KR102063240B1 - 폐암 환자의 변증 구분용 snp 마커 및 이의 용도 - Google Patents

폐암 환자의 변증 구분용 snp 마커 및 이의 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 폐암 환자의 변증 구분용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 구체적으로 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물, 키트, 마이크로어레이 및 폐암 환자의 변증 구분을 위한 정보 제공 방법에 관한 것이다.
본 발명의 SNP 마커는 폐암 환자의 변증을 객관적으로 구분할 수 있으므로, 폐암 환자의 맞춤 치료에 유용하게 활용될 수 있다.

Description

폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 및 이의 용도 {Novel SNP marker for pattern identification of lung cancer patients and uses thereof}
본 발명은 폐암 환자의 변증 구분용 SNP(single nucleotide polymorphism) 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 구체적으로 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물, 키트, 마이크로어레이 및 폐암 환자의 변증 구분을 위한 정보의 제공 방법에 관한 것이다.
폐암은 한국인에서 가장 호발하는 암으로서, 흡연 및 각종 유해 환경의 영향으로 그 환자 수는 최근 급격히 증가하고 있다. 그러나, 조기 발견할 수 있는 방법이 없고, 증상이 나타나 병원을 찾은 때에는 수술하기에 늦은 경우가 흔하여 사망률이 매우 높은 암이다. 폐암의 흔한 증상은 기침, 체중 감소, 호흡 곤란, 흉통, 객혈, 목소리 변화 등을 들 수 있는데, 폐암 초기보다는 병이 어느 정도 진행된 다음에 나타나는 경우가 많다.
서양의학에 기반한 의료 기술의 성장에도 불구하고, 치료 비용이 증가하는 등의 여러 문제점이 수반됨에 따라, 보완대체의학에 대한 관심과 선호도가 증가하고 있다. 그 중에서, 한의학적 치료는 삶의 질 개선의 만족도가 높은 편이며, 양방치료의 부작용을 완화시킬 수 있는 효과적인 치료법으로 인식된다. 또한, 암환자는 종양으로 인한 통증을 비롯하여 항암치료로 유발된 여러 증상 등이 복합적으로 나타나는 특성이 있는바, 한의학적 치료의 목적은 항암제 부작용 관리, 삶의 질 향상을 위한 경우가 많아 환자들의 만족도가 높은 편이다(이은일 외, 대한보건협회학술지, 2002, 28(3):225-238.; 정태영 외, 대한한방내과학회지, 2010, 31(1):102-112.).
한편, 변증(pattern identification; syndrome differentiation)은 한의학적 이론에 맞춰 환자의 '증(證)'을 도출하는 것으로, 질환의 원인, 특성, 유형, 증후 등을 분석하여 진단하는 것을 의미한다(WHO international standard terminologies on traditional medicine in the Western Pacific Region, 2007). 변증은 환자의 여러 증상을 종합적으로 살핀 후 치료를 결정하는 한의학 이론으로 한의학에서 진단하고 약을 처방하는 과정에 자연스럽게 이루어지는 기본 원칙이며, 변증에 따라 치료 방법 및 사용 약제가 매우 다르므로, 정확한 진단이 필요하다.
그러나, 종래의 변증 구분은 한의사가 환자를 문진하여 설문지 도구를 통하여 진단하는데, 전문가의 경험, 의견 또는 고문헌의 내용에 의존하여 이루어지기 때문에 신뢰성 및 타당성의 문제를 포함하고 있었다(J Physiol & Pathol Korean Med 28(6):585~592). 또한, 설문지를 응답하는 환자의 심리적 상황 등에 따라 다양한 오류가 발생할 가능성이 높아, 표준화된 진단법이 요구되고 있다.
이와 관련하여, 중풍 변증 판별 방법(한국 공개특허 10-2010-0052284호), 비만 변증 판별 방법(한국 공개특허 10-2011-0060142호) 등이 개발된 바 있으나, 폐암 환자의 변증을 구분하는 방법은 개발된 바 없었다.
이러한 배경하에, 본 발명자들은 환자의 유전적, 체질적 특성에 맞는 한의학적 치료법을 적용하기 위해, 폐암 환자의 객관적인 변증 구분 방법을 개발하고자 예의 노력 연구한 결과, 허증, 정체 또는 정상의 변증으로 구분되는 폐암 환자들은 서로 다른 유전적 변이를 나타내며, 상기 변이는 폐암 환자의 변증을 구분하기 위한 바이오마커로 사용될 수 있음을 확인하여, 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 하나의 목적은 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 표시되는 유전자 중 어느 하나의 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 하나의 목적은 상기 SNP 마커 조성물을 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 상기 조성물을 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 상기 조성물을 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 하나의 목적은 (a) 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 다형성 부위(polymorphic site)를 증폭시키는 단계; 및 (b) 상기 증폭된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위한 본 발명의 하나의 양태는 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 표시되는 유전자 중 어느 하나의 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 표시되는 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물은, 생식세포 및 체세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정체, 허증 또는 정상, 정체 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 10의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물은, 생식세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정체, 허증 또는 정상, 정체 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 11 내지 24의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 체세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정체, 허증 또는 정상, 정체 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 8의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 생식세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정체를 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 9 및 10의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 생식세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 11 내지 15의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 생식세포적 변이를 통해 변증으로서 정체 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 16 내지 19의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 체세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정체를 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 20 내지 22의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 체세포적 변이를 통해 변증으로서 허증 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체적인 하나의 양태는, 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 23 및 24의 염기서열로 표시되는 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 SNP 마커 조성물은, 체세포적 변이를 통해 변증으로서 정체 또는 정상을 구분하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 용어, "변증"(pattern identification; syndrome differentiation)은 한의학적 이론에 맞춰 환자의 '증(證)'을 도출하는 것으로, 질환의 원인, 특성, 유형, 증후 등을 분석하여 진단하는 것을 의미한다(WHO international standard terminologies on traditional medicine in the Western Pacific Region, 2007). 변증은 환자의 여러 증상을 종합적으로 살핀 후 치료를 결정하는 한의학 이론으로 한의학에서 진단하고 약을 처방하는 과정에 자연스럽게 이루어지는 기본 원칙이다. 한의학의 치료는 질환에 따라 결정되기 보다는 변증에 따라 이루어지는 경우가 대부분이다. 그러나, 변증의 구분은 상당히 주관적이기 때문에 객관적인 기준을 중시하는 임상시험에서는 많이 활용되지 못하고 있었다. 본 발명은, 변증을 구분하기 위한 객관적인 수단을 제공함으로써 상술한 문제점을 해결한 것에 그 특징이 있다.
본 발명의 목적상, 상기 변증은 허증, 정체 또는 정상으로 구분하는 것일 수 있다.
본 발명의 용어, "허증"은 기혈(氣血)이 부족하거나 장부가 허손(虛損)되어 기능이 약해진 상태, 또는 정기(正氣)가 부족하여 몸의 저항력과 생리적 기능이 약해진 상태를 의미하며, 양허 및 음허를 포함한다.
본 발명의 목적상, 상기 허증은 양허이거나, 음허이거나, 또는 양허 및 음허 모두인 것일 수 있다.
상기 용어, "양허"는 양 결핍(Yang deficiency)으로도 명명되며, 몸의 생리적 기능에서 에너지 수준이 감소하는 것을 의미하고, 피로, 숨가쁨, 오한, 묽은 변, 소변량 증가 등의 증상이 나타나는 상태를 의미할 수 있다(Su YC, Forsch Komplementmed, 2008 Dec, 15(6):327-34.).
또한, 상기 용어, "음허"는 음 결핍(음허, Yin deficiency)으로도 명명되며, 혈액, 간질액, 또는 다른 체액 등 인체의 모든 물질적 측면이 감소하는 것을 의미하고, 갈증, 안면홍조, 대변 건조, 소변량 감소 등의 증상이 나타나는 상태를 의미할 수 있다(Lin JD, Forsch Komplementmed, 2012, 19(5):234-41.).
본 발명의 용어, "정체"(Stasis)는 음양이 불균형하여 인체의 물질적 측면이 에너지에 의해 적절히 운송되지 않는 것을 나타내는 것을 의미하고, 혈액의 정체, 가래, 관절 통증, 흉부 압박감 또는 통증, 덩어리, 기침 등의 증상이 나타나는 상태를 의미할 수 있다. 정체는 음과 양의 불균형에 의해 발생하기 때문에 음허가 악화될 때 나타날 수 있다(Lin JD, Europen Journal of Integrative Medicine, 2012, 4(4):e379-391.).
본 발명의 용어, "정상"은 한의학적인 병리 상황이 정상인 상태를 의미하며, 양허, 음허 또는 정체 중 어느 것에도 해당하지 않는 상태일 수 있다.
구체적으로, 상기 변증은 정상, 허 및 정체의 순서로 한의학적 병리 상태가 악화되는 것일 수 있다.
본 발명의 용어, "DNAAF3 유전자"는 'Serpin Family A Member 3 또는 Alpha-1-Antichymotrypsin' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미한다. 간 질환 또는 알츠하이머 질환을 갖는 환자에서 상기 유전자의 돌연변이가 발견되었음이 공지된 바 있으나, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_001076.2, AAB25010.1 등), 구체적으로 서열번호 1의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "RUNDC1" 유전자는 'RUN domain-containing protein 1' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAH14873.1 등), 구체적으로 서열번호 2의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "PPP1R3G" 유전자는 'protein phosphatase 1 regulatory subunit 3G' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_001138587.1 등), 구체적으로 서열번호 3의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "HLA-B" 유전자는 'major histocompatibility complex, class I, B' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAC29503.1, AAB39109.1 등), 구체적으로 서열번호 4의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "PLA2G7" 유전자는 'Platelet-activating factor acetylhydrolase precursor' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_001161829.1, NP_005075.3 등), 구체적으로 서열번호 5의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "FBLN2" 유전자는 'Fibulin-2 precursor', 'fibulin-2 isoform a precursor', 'fibulin-2 isoform b precursor' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_001158507.1, NP_001989.2 등), 구체적으로 서열번호 6의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "C4B_2" 유전자는 'Complement component 4B' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AET24773.1 등), 구체적으로 서열번호 7의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "FUT3" 유전자는 'fucosyltransferase 3' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AEE35590.1, CAR64693.1 등), 구체적으로 서열번호 8의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "TULP1" 유전자는 'tubby-related protein 1' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_003313.3, NP_001276324. 등), 구체적으로 서열번호 9의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "RUNDC1" 유전자는 'RUN domain-containing protein 1' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAH14873.1 등), 구체적으로 서열번호 10의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "PLIN1" 유전자는 'perilipin', 'lipid droplet-associated protein' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAH31084.1 등), 구체적으로 서열번호 11의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "C11orf42" 유전자는 11번 염색체의 오픈 리딩 프레임 42(Chromosome 11 Open Reading Frame 42)를 의미하며, 규명되지 않은 단백질을 암호화하는 유전자로서, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: EAW68741.1, AAH31612.1 등), 구체적으로 서열번호 12의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "SIRPA-1" 유전자는 'signal regulatory protein α' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAH75849.1, AAH38510.1 등), 구체적으로 서열번호 13의 염기 서열로 표시될 수 있다. 또한, 본 명세서에서, 상기 SIRPA-1 유전자는 SIRPA 유전자를 의미할 수 있다.
본 발명의 용어, "SIRPA-2" 유전자는 'signal regulatory protein α' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAH75849.1, AAH38510.1 등), 구체적으로 서열번호 14의 염기 서열로 표시될 수 있다. 또한, 본 명세서에서, 상기 SIRPA-2 유전자는 SIRPA 유전자를 의미할 수 있다.
본 발명의 용어, "MEFV" 유전자는 'pyrin', 'marenostrin' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: CAA05906.1 등), 구체적으로 서열번호 15의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "HECTD4" 유전자는 'E3 ubiquitin protein ligase 4' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_001103132.3 등), 구체적으로 서열번호 16의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "ADCY9" 유전자는 'adenylate cyclase 9' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAI36659.1, AAI36658.1 등), 구체적으로 서열번호 17의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "ZNF208" 유전자는 'Zinc finger protein 208' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_009084.2 등), 구체적으로 서열번호 18의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "TSSK2" 유전자는 'Testis-specific serine/threonine-protein kinase 2' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_443732.3 등), 구체적으로 서열번호 19의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "ADCY9" 유전자는 'adenylate cyclase 9' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: AAI36659.1, AAI36658.1 등), 구체적으로 서열번호 20의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "ZNF208" 유전자는 'Zinc finger protein 208' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_009084.2 등), 구체적으로 서열번호 21의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "TSSK2" 유전자는 'Testis-specific serine/threonine-protein kinase 2' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_443732.3 등), 구체적으로 서열번호 22의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "QRICH2" 유전자는 'Glutamine-rich protein 2' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_115510.1 등), 구체적으로 서열번호 23의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "PRB4" 유전자는 'Basic salivary proline-rich protein 4' 등으로 불리는 단백질을 코딩하는 유전자를 의미하며, 폐암과 상기 유전자의 연관성은 알려진 바 없다. 상기 유전자의 구체적인 염기서열 및 단백질 정보는 NCBI에 공지되어 있으며(Accession: NP_001248328.1 등), 구체적으로 서열번호 24의 염기 서열로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "SNP 마커"는 DNA 서열상의 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 대립인자 염기쌍을 의미한다. 상기 SNP는 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자가 존재하는 다형성 부위(polymorphic site)에서 단일 염기만이 다른 경우를 의미하는데, 이는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있어, 개체의 유전적 다양성을 발생시킨다. 또한, SNP는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함할 수도 있는데, 본 발명의 SNP는 폐암 환자의 허증, 정체 또는 정상과 같은 증상의 차이를 나타낼 수 있다. 본 명세서에서 상기 "SNP 마커"는 "SNP" 또는 "변이"와 혼용되어 명명될 수 있다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기가 G 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 SNP 마커는 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드일 수 있고, 더욱 구체적으로 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기를 포함하는 전체 또는 일부의 폴리뉴클레오티드일 수 있으며, 가장 구체적으로 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 이용되는 염기서열은, 생물학적으로 균등 활성을 갖는 변이를 고려한다면, 서열목록에 기재된 서열과 실질적인 동일성(substantial identity)을 나타내는 서열도 포함하는 것으로 해석된다. 상기 용어, '실질적인 동일성'은 본 발명의 서열과 임의의 다른 서열을 최대한 대응되도록 얼라인(align)하고, 당업계에서 통상적으로 이용되는 알고리즘을 이용하여 얼라인된 서열을 분석한 경우에, 최소 60%의 상동성, 더욱 구체적으로 70%의 상동성, 더더욱 구체적으로 80%의 상동성, 가장 구체적으로 90%의 상동성을 나타내는 서열을 의미한다.
따라서, 상기 서열번호 1 내지 21로 표시되는 염기서열과 높은 상동성을 갖는 염기서열, 예를 들면 그 상동성이 70% 이상, 구체적으로 80% 이상, 더욱 구체적으로 90% 이상의 높은 상동성을 갖는 염기서열도 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는, 허증, 정체 또는 정상으로 변증이 구분된 폐암 환자들 간의 유전적 변이를 확인한 결과, DNAAF3, RUNDC1, PPP1R3G, HLA-B, PLA2G7, FBLN2, C4B_2, FUT3 유전자에서는 허증 및 정체를 구분할 수 있는 생식세포적 변이가 나타나고(표 1), TULP1, RUNDC1 유전자에서는 허증 및 정상을 구분할 수 있는 생식세포적 변이가 나타나고(표 3), PLIN1, C11orf42, SIRPA(SIRPA-1 및 SIRPA-2), MEFV 유전자에서는 정체 및 정상을 구분할 수 있는 생식세포적 변이가 나타나고(표 5), HECTD4, ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에서는 허증 및 정체를 구분할 수 있는 체세포적 변이가 나타나고(표 7), ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에서는 허증 및 정상을 구분할 수 있는 체세포적 변이가 나타나고(표 9), QRICH2, PRB4 유전자에서는 정체 및 정상을 구분할 수 있는 체세포적 변이가 나타나는 것을 확인하였다(표 11).
이는, 상기 유전자에서 나타나는 변이는 폐암 환자의 허증, 정체 또는 정상의 변증을 객관적으로 구분하는 유전자 마커로서 유용하게 사용될 수 있음을 시사하는 것이다.
다른 하나의 양태는 상기 SNP 마커 조성물을 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 조성물을 제공한다.
이때, 상기 용어 "변증"에 대한 설명은 전술한 바와 같다.
본 발명의 용어, "마커 조성물을 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"는 상기 SNP 마커 조성물에 포함된 SNP에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP를 증폭시킬 수 있는 제제를 의미한다. 구체적인 예로 SNP가 포함된 다형성 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브(probe); 또는 상기 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머(primer)일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 용어 "프로브"란 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 라벨링(labeling) 되어 있는 핵산 단편을 의미한다. 프로브는 올리고 뉴클레오타이드(oligonucleotide) 프로브, 단일 사슬 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중 사슬 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
본 발명에서, SNP 마커에 결합 및 인식하는 프로브는 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 서열에 대해 상보적인 서열을 포함하며, 이에 제한되지 않으나 DNA, RNA 또는 DNA-RNA 잡종(hybrid) 형태일 수 있다. 또한, 육안으로 인식가능하도록 하기 위해 프로브의 5' 또는 3' 말단에 형광 표지인자, 방사선 표지 인자 등을 추가로 부착할 수 있다.
본 발명의 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 본 발명에서, SNP 마커의 검출 및 증폭에 사용되는 프라이머는 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드가 될 수 있는데, 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있다. 또한, 상기 프라이머 서열은 상기 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드와 완전하게 상보적일 필요는 없으며, 혼성화할 정도로 충분히 상보적이면 사용가능하다.
또한, 프라이머는 적절히 변형될 수 있는데, 구체적인 예로, 메틸화, 캡화, 뉴클레오타이드의 치환 또는 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있을 수 있다.
본 발명의 구체적인 일 실시예에서는, 허증, 정체 또는 정상으로 변증이 구분된 폐암 환자들 간의 유전적 변이를 확인한 결과, DNAAF3, RUNDC1, PPP1R3G, HLA-B, PLA2G7, FBLN2, C4B_2, FUT3 유전자에서는 허증 및 정체를 구분할 수 있는 생식세포적 변이가 나타나고(표 1), TULP1, RUNDC1 유전자에서는 허증 및 정상을 구분할 수 있는 생식세포적 변이가 나타나고(표 3), PLIN1, C11orf42, SIRPA(SIRPA-1 및 SIRPA-2), MEFV 유전자에서는 정체 및 정상을 구분할 수 있는 생식세포적 변이가 나타나고(표 5), HECTD4, ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에서는 허증 및 정체를 구분할 수 있는 체세포적 변이가 나타나고(표 7), ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에서는 허증 및 정상을 구분할 수 있는 체세포적 변이가 나타나고(표 9), QRICH2, PRB4 유전자에서는 정체 및 정상을 구분할 수 있는 체세포적 변이가 나타나는 것을 확인하였다(표 11).
이는, 상기 유전자에서 나타나는 변이를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 본 발명에 따른 조성물은 폐암 환자의 허증, 정체 또는 정상의 변증을 객관적으로 구분하는데 유용하게 사용될 수 있음을 시사하는 것이다.
또 다른 하나의 양태는 상기 조성물을 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 키트를 제공한다.
이때, 상기 용어 "변증"에 대한 설명은 전술한 바와 같다.
본 발명의 키트는, 상기 변증 구분용 조성물을 이용하여 본 발명에서 제공하는 SNP 마커의 염기를 검출하여 확인함으로써 폐암 환자의 변증을 구분할 수 있다. 구체적으로, 상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 칩 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
하나의 예로, 상기 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. 예를 들어, RT-PCR 키트는, 상기 SNP에 대한 특이적인 각각의 프라이머 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 디옥시뉴클레오타이드(dNTPs), 디디옥시뉴클레오타이드(ddNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
또 다른 예로, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 폐암 환자의 변증 구분용 DNA 칩 키트일 수 있다.
상기 용어, "DNA 칩"은 수십만 개의 DNA의 각 염기를 한 번에 확인할 수 있는 DNA 마이크로어레이의 하나를 의미한다. 상기 DNA 칩 키트는, 일반적으로 편평한 고체 지지판, 전형적으로는 현미경용 슬라이드보다 크지 않은 유리 표면에 핵산 종을 격자형 배열(gridded array)로 부착한 것으로, 칩 표면에 핵산이 일정하게 배열되어, DNA 칩 상의 핵산과 칩 표면에 처리된 용액 내에 포함된 상보적인 핵산 간에 다중 혼성화(hybridization) 반응이 일어나 대량 병렬 분석이 가능하도록 하는 도구이다.
또 다른 하나의 양태는 상기 조성물을 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 마이크로어레이를 제공한다.
이때, 상기 용어 "변증"에 대한 설명은 전술한 바와 같다.
구체적으로, 상기 마이크로어레이는 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기가 G 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기가 A 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기가 C 또는 G이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
또한, 상기 마이크로어레이는 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 21번째 염기를 포함하는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
본 발명에서, 상기 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 프로브 폴리뉴클레오티드에 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어진다.
구체적으로, 프로브 폴리뉴클레오티드를 기판상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 프로브 폴리뉴클레오티드는 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 프로브는 대립유전자 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립유전자간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립유전자 중 하나에만 혼성화 하도록 충분히 엄격해야 한다. 이렇게 함으로써 다른 대립유전자 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 본 발명의 프로브는 대립유전자를 검출하여 폐암 환자의 변증 구분 등에 사용될 수 있다. 상기 구분에는 서던 블롯트 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출 방법들이 포함되며, DNA 칩을 이용한 방법에서 DNA 칩의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다. 상기 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1 M 이하의 염 농도 및 25℃ 이상의 온도하에서 수행될 수 있다.
본 발명의 폐암 환자의 변증 구분과 연관된 프로브 폴리뉴클레오티드를 기판상에 고정화하는 과정도 종래 기술을 사용하여 용이하게 수행할 수 있다. 또한, 마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 구체적인 예로, 상기 검출은 핵산 시료를 형광 물질을 포함하는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.
또 다른 하나의 양태는 (a) 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 다형성 부위(polymorphic site)를 증폭시키는 단계; 및 (b) 상기 증폭된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
이때, 상기 용어 "변증"에 대한 설명은 전술한 바와 같다.
본 발명의 용어, "시료"는 변증을 구분하고자 하는 사람으로부터 유래한 물질을 의미하며, 구체적으로 종양 조직, 정상 조직, 혈액, 혈청, 소변 또는 머리카락일 수 있으나, 환자의 DNA를 확보할 수 있는 한, 그 종류는 특별히 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 상기 (a) 단계의 DNA로부터 상기 SNP를 포함하는 다형성 부위를 증폭하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 구체적인 예로, PCR, 리가제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplification), 자가유지 서열 복제, 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA) 등이 사용될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 (b) 단계의 증폭된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계도 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 구체적인 예로, 시퀀싱, 미니 시퀀싱, 다이렉트 시퀀싱(direct sequencing), 전체 엑솜 시퀀싱(Whole exome sequencing), 대립유전자 특이적 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화(dynamic allele-specifichybridization; DASH), PCR 연장 분석(예로, 단일 염기 연장(single base extension; SBE), PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예로, Sequenom의 MassARRAY 시스템), Bio-Plex 시스템(BioRad) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
구체적으로, 상기 시퀀싱 분석은 염기서열 결정을 위한 통상적인 방법을 사용할 수 있으며, 자동화된 유전자분석기를 이용하여 수행될 수 있다.
전술한 바와 같이, 본 발명에서 제공하는 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 2의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 3의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 4의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 5의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 6의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 7의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 8의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하므로,
상기 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
상기 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 3의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우;
상기 서열번호 4의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
상기 서열번호 5의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우;
상기 서열번호 6의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
상기 서열번호 7의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
상기 서열번호 8의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우, 허증으로 판단할 수 있고,
또한, 상기 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
상기 서열번호 3의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 4의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 5의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
상기 서열번호 6의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우;
상기 서열번호 7의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우; 및
상기 서열번호 8의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우, 정체로 판단할 수 있다.
또한, 본 발명의 조성물은 서열번호 9의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 10의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하므로,
상기 서열번호 9의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
상기 서열번호 9의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우, 허증으로 판단할 수 있고,
또한, 상기 서열번호 10의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우; 및
상기 서열번호 10의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단할 수 있다.
또한, 본 발명의 조성물은 서열번호 11의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 12의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 13의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 14의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 15의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하므로,
상기 서열번호 11의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 12의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
상기 서열번호 13의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
상기 서열번호 14의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우; 및
상기 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우, 정체로 판단할 수 있고,
또한, 상기 서열번호 11의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
상기 서열번호 12의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 13의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 14의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우; 및
상기 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단할 수 있다.
또한, 본 발명의 조성물은 서열번호 16의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 17의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 18의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 19의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하므로,
상기 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
상기 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우; 및
상기 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우, 허증으로 판단할 수 있고,
또한, 상기 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
상기 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
상기 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정체로 판단할 수 있다.
또한, 본 발명의 조성물은 서열번호 20의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 21의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 22의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하므로,
상기 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
상기 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우; 및
상기 서열번호 22의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우, 허증으로 판단할 수 있고,
또한, 상기 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
상기 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
상기 서열번호 22의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단할 수 있다.
또한, 본 발명의 조성물은 서열번호 23의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하고;
서열번호 24의 폴리뉴클레오티드, 구체적으로 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 폴리뉴클레오티드에 포함된 SNP 마커를 포함하므로,
상기 서열번호 23의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
상기 서열번호 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우, 정체로 판단할 수 있고,
또한, 상기 서열번호 23의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우; 및
상기 서열번호 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우, 정상으로 판단할 수 있다.
본 발명의 SNP 마커는 폐암 환자의 변증을 객관적으로 구분할 수 있으므로, 폐암 환자의 맞춤 치료에 유용하게 활용될 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.
실험예 1. 연구 대상자 선별
먼저, 본 발명은 경희대학교(참조번호: KUGH15010-002) 및 고려대학교 구로병원(참조번호: KHSIRB-15-005)의 임상연구심의위원회에서 수행하였다. 관련 절차를 수행하기 전, 모든 환자로부터 서면 동의를 받았다. 49세 내지 84세 사이의 한국 남성과 여성으로 구성된 총 65명의 폐암환자에 대하여, 19개 항목의 역학 정보에 대해 설문 조사를 실시하였다. 상기 항목에는 성별, 나이, 인종, 체중, 키, 병력(암, 당뇨병, 협심증/심근 경색, 고혈압 등), 수술 기록, 가족력, 투약 내역, 흡연, 암 진단 정보(진단명, 수술 명, 임상 TNM 병기, 병리학 TNM 병기, 암 아형)등이 포함되었다.
또한, BCQ+, BCQ-, BCQ 설문지를 통한 BCQ(Body constitution questionnaire) 분류를 통해 변증을 허증, 정체 또는 정상으로 구분하였다. 이때, 상기 허증에는 양허 또는 음허가 포함되며, 허증 또는 정체에 속하지 않는 환자는 정상으로 분류하였다. 상기 65명 중 30명의 변증이 구분되며, 4명이 허증, 11명이 정체, 및 15명이 정상으로 구분됨을 확인하였다. 한편, 상기 설문지는 대규모의 연구를 통해 타당성이 확인되었다(Wong W, Complement Ther Med., 2014 Aug, 22(4):670-82.).
실험예 2. 전체 엑솜(exome) 시퀀싱 방법
상기 실험예 1을 통해 변증을 구분한 폐암 환자에 대하여, 환자의 동의 하에 정상 및 폐암 조직을 채취하였다.
이후, 조직 샘플로부터 정제된 DNA를 생성하였고, 인간 게놈의 전체 엑손을 표적으로하는 키트(Ion AmpliSeqTM Exome RDY, Life Technologies)를 사용하여 전체 엑솜(exome) 시퀀싱을 수행하였다. 라이브러리 제작은 키트(Ion AmpliSeqTM Library Kit 2.0, Life Technologies)를 사용하여 수행하였으며, 이들의 시퀀싱을 위해 OneTouch System을 사용하여 라이브러리 템플릿을 준비하고 바코드화하였다. 바코드화 된 2개의 샘플을 Ion PI Chip (Life Technologies) 용도로 다중화하였고, Ion Proton Sequencer System (Life Technologies)으로 시퀀싱하였다.
실험예 3. 서열 분석
서열 판독은 Ion Torrent Suite 소프트웨어 v 4.0.2(Life Technologies)를 사용하여 처리하였다. 역다중화한 샘플의 품질을 확인하였고, 고품질의 시퀀싱 리드(reads)를 hg19 인간 게놈(UCSC 버전, 2009년 2월)에 대하여 매핑(mapping)하였다. 변이는 Torrent Variant Caller v 4.2(Life Technologies)를 사용하여 확인하였다.
또한, 단백질 기능을 손실시킬 것으로 예상되는 프레임시프트(frameshift), 미스센스(missense), 넌센스(nonsense), 필수 스플라이스 부위의 다형성(essential splice site polymorphisms) 등의 변이는 GERP++, SIFT, LRT, 돌연변이 시험기, 돌연변이 시험기, PhyloP, PolyPhen2 HDIV 방법 등 총 7가지 인실리코(in silico) 분석을 통해 확인하였다.
실험예 4. 통계 분석
변이체의 대립 형질 빈도(allele-frequency) 차이를 확인하기 위한 피셔 검정(Fisher's exact tests)은 SVS8 소프트웨어(Golden Helix Inc., Bozeman, MT, USA)를 이용하여 수행하였다. 또한, 주성분 분석(PCA)을 이용한 변증의 계층화도 상기 SVS8 소포트웨어를 이용하여 수행하였다.
P-값(P-value)은 BINOMDIST 기능을 이용하여 계산하였다. 이때, 상기 BINOMDIST 기능은 게놈상의 모든 유전자와 비교 시 유전자 온톨로지 범주의 과표현을 기반으로 한다.
실시예 1. 변증에 따른 폐암 환자의 유전적 다양성 확인
실시예 1-1. 생식세포적 변이 확인
폐암 환자의 변증 구분에 사용될 수 있는 바이오마커를 규명하기 위하여, 상기 실시예에 따라 허(Xu), 정체(Stasis) 또는 정상(None, Not assigned)에서 나타나는 변이, 즉 SNP를 확인하였다.
그 결과, 총 30명의 환자에서 총 27,844개의 프레임시프트, 미스센스, 넌센스, 필수 스플라이스 부위 다형성 등의 변이가 존재함을 확인하였고, 상기 변이 중에서도 생식세포적 변이는 29개 유전자에 포함된 23,490개임을 확인하였다.
실시예 1-1-1. 허증 및 정체 구분용 변이 확인
변증 중에서도 허와 정체를 구분하는데 사용될 수 있는 마커를 규명하기 위하여, 생식세포적 변이인 23,490개의 SNP에 대하여 피셔 검증(Fisher's exact tests)을 수행하였다. 이후, 상기 그룹 사이에 빈도 차이를 나타내는 변이 및 이를 포함하고 있는 유전자를 확인하였다.
그 결과, 하기 표 1에 나타낸 바와 같이, 허 및 정체 간에 9개의 변이가 통계적으로 유의한 빈도 차이를 나타내는 것을 확인하였다(P < 0.001). 구체적으로, 상기 변이는 DNAAF3, RUNDC1, PPP1R3G, HLA-B, PLA2G7, FBLN2, C4B_2, FUT3 유전자에서 나타나는 것임을 확인하였다. 한편, 상기 변이를 포함하는 유전자의 염기서열은 하기 표 2에 나타내었다.
변증 그룹 변이
(염색체:위치)		 rs# 유전자 아미노산 변화 대립형질 소수 대립형질
빈도
(Minor allele frequency)		 P-값
허
(n=4)		 정체
(n=11)
허증 및
정체
(Xu vs. Stasis)		 19:55671337 rs890872 DNAAF3 Asp412Asn T>C 1.000 0.091 7.7E-06
17:41133071 rs1708875 RUNDC1 Trp160Arg C>T 1.000 0.091 7.7E-06
6:5086558 rs436556 PPP1R3G Pro280Gln A>C 1.000 0.136 2.8E-05
6:31324531 rs1131204 HLA-B Ala93Thr T>C 1.000 0.136 2.8E-05
6:46679303 rs1805018 PLA2G7 Ile198Thr A>G 0.750 0.000 4.7E-05
3:13670536 rs9843344 FBLN2 Thr854Ala G>A 0.750 0.000 4.7E-05
6:31964320 . C4B_2 Val1207Leu C>G 1.000 0.182 8.5E-05
19:5844649 rs812936 FUT3 Arg68Trp A>G 1.000 0.182 8.5E-05
유전자 염색체 번호 변이
위치		 서열위치
(좌측 및
우측 포함)		 염기서열
(좌측 20 bp [대립형질 A > 대립형질 B] 우측 20 bp)
DNAAF3 19 55671337 55671317-55671357 GTGGAGAGTCTGAGCAGAAT[T>C]GAGCGGCAGGAAGTGGACGG
(서열번호 1)
RUNDC1 17 41133071 41133051-41133091 GGCTGCCAGGGGACCGGCCA[C>T]GGTTGCGGGGCGAGGACCAG
(서열번호 2)
PPP1R3G 6 5086558 5086538-5086578 GCCACAGCAGCCAGAGGCAC[A>C]GTCTGGGGCCTCCGAGCCAG
(서열번호 3)
HLA-B 6 31324531 31324511-31324551 TCGGTCAGTCTGTGCCTGGG[T>C]CTTGTAGATCTGTGTGTTCC
(서열번호 4)
PLA2G7 6 46679303 46679283-46679323 AGAGCCAAGACTTGTCCCCT[A>G]TTTCTGCAGCAGATTGGTCC
(서열번호 5)
FBLN2 3 13670536 13670516-13670556 ACCACGCCAGCGATGATGGG[G>A]CCAAGTGTGTGGGTAAGGCC
(서열번호 6)
C4B_2 6 31964320 31964300-31964340 TGACACTGACCAAGGCGCCT[C>G]TGGACCTGCTCGGTGTTGCC
(서열번호 7)
FUT3 19 5844649 5844629-5844669 GATGTGGAAAGGCCATGTCC[A>G]TAGCAGGATCAGGAGGGTGG
(서열번호 8)
상기 표 1의 결과를 통해, 폐암 환자의 허 및 정체를 구분하는데 사용될 수 있는 생식세포적 유전자 마커는 DNAAF3 유전자에 포함된 SNP인 rs890872; RUNDC1 유전자에 포함된 SNP인 rs1708875; PPP1R3G 유전자에 포함된 SNP인 rs436556; HLA-B 유전자에 포함된 SNP인 rs1131204; PLA2G7 유전자에 포함된 SNP인 rs1805018; FBLN2 유전자에 포함된 SNP인 rs9843344; C4B_2 유전자에 포함된 신규의 SNP; 또는 FUT3 유전자에 포함된 SNP인 rs812936임을 알 수 있었다.
구체적으로, 상기 rs890872(DNAAF3 유전자에 포함)는 T 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1708875(RUNDC1 유전자에 포함)는 C 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs436556(PPP1R3G 유전자에 포함)는 A 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1131204(HLA-B 유전자에 포함)는 T 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1805018(PLA2G7 유전자에 포함)는 A 또는 G의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs9843344(FBLN2 유전자에 포함)는 G 또는 A의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 C4B_2 유전자에 포함된 신규의 SNP는 C는 또는 G의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs812936(FUT3 유전자에 포함)는 A는 또는 G의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
종합하면, 상기 DNAAF3, RUNDC1, PPP1R3G, HLA-B, PLA2G7, FBLN2, C4B_2, FUT3 유전자에 포함된 SNP의 유전형이 각각 T, C, A, T, A, G, C, A인 경우 허증 또는 정체 중에서 허증으로 구분하고, G, T, C, C, G, A, G, G인 경우 허증 또는 정체 중에서 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
실시예 1-1-2. 허증 및 정상 구분용 변이 확인
변증 중에서도 허와 정상을 구분하는데 사용될 수 있는 마커를 규명하기 위하여, 생식세포적 변이인 23,490개의 SNP에 대하여 피셔 검증을 수행하였다. 이후, 상기 그룹 사이에 빈도 차이를 나타내는 변이 및 이를 포함하고 있는 유전자를 확인하였다.
그 결과, 하기 표 3에 나타낸 바와 같이, 허 및 정상 간에 2개의 변이가 통계적으로 유의한 빈도 차이를 나타내는 것을 확인하였다(P < 0.001). 구체적으로, 상기 변이는 TULP1, RUNDC1 유전자에서 나타나는 것임을 확인하였다. 한편, 상기 변이를 포함하는 유전자의 염기서열은 하기 표 4에 나타내었다.
변증 그룹 변이
(염색체:
위치)		 rs# 유전자 아미노산 변화 대립
형질		 소수 대립형질
빈도		 P-값
허
(n=4)
 정상
(n=15)
허 및 정상
(Xu vs. Not assigned)		 6:35479574 rs7764472 TULP1 Thr67Arg C>G 1.000 0.200 6.1E-05
17:41133071 rs1708875 RUNDC1 Trp160Arg C>T 1.000 0.200 6.1E-05
유전자 염색체
번호		 변이
위치		 서열 위치
(좌측 및
우측 포함)		 염기서열
(좌측 20 bp [대립형질 A > 대립형질 B] 우측 20 bp)
TULP1 6 35479574 35479554-35479594 GCTCCTCCCGCGGCCTCCCC[C>G]TCCGCCCAGCTGAGCCGAGA
(서열번호 9)
RUNDC1 17 41133071 41133051-41133091 GGCTGCCAGGGGACCGGCCA[C>T]GGTTGCGGGGCGAGGACCAG
(서열번호 10)
상기 표 3의 결과를 통해, 폐암 환자의 허 및 정상을 구분하는데 사용될 수 있는 생식세포적 유전자 마커는 TULP1 유전자에 포함된 SNP인 rs7764472; 또는 RUNDC1 유전자에 포함된 SNP인 rs1708875임을 알 수 있었다.
구체적으로, 상기 rs7764472(TULP1 유전자에 포함)는 C 또는 G의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1708875(RUNDC1 유전자에 포함)는 C 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
종합하면, 상기 TULP1, RUNDC1 유전자에 포함된 SNP의 유전형이 각각 C, C인 경우 허증 또는 정상 중에서 허증으로 구분하고, G, T인 경우 허증 또는 정상 중에서 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
실시예 1-1-3. 정체 및 정상 구분용 변이 확인
변증 중에서도 정체와 정상를 구분하는데 사용될 수 있는 마커를 규명하기 위하여, 생식세포적 변이인 23,490개의 SNP에 대하여 피셔 검증을 수행하였다. 이후, 상기 그룹 사이에 빈도 차이를 나타내는 변이 및 이를 포함하고 있는 유전자를 확인하였다.
그 결과, 하기 표 5에 나타낸 바와 같이, 정체 및 정상 간에 5개의 변이가 통계적으로 유의한 빈도 차이를 나타내는 것을 확인하였다(P < 0.001). 구체적으로, 상기 변이는 PLIN1, C11orf42, SIRPA(SIRPA-1 및 SIRPA-2), MEFV 유전자에서 나타나는 것임을 확인하였다. 한편, 상기 변이를 포함하는 유전자의 염기서열은 하기 표 6에 나타내었다.
변증 그룹 변이
(염색체:
위치)		 rs# 유전자 아미노산 변화 대립
형질		 소수 대립형질
빈도		 P-값
정체
(n=11)		 정상
(n=15)
정체 및 정상
(Stasis vs. Not assigned)		 15:90213229 rs6496589 PLIN1 Pro194Ala C>G 0.818 0.133 7.9E-07
11:6231731 rs10769671 C11orf42 Pro242Ser C>T 0.091 0.700 1.3E-05
20:1895950 rs1135200 SIRPA-1 Asp95Glu G>C 0.818 0.267 0.0002
20:1895963 rs17855613 SIRPA-2 Asn100Asp G>A 0.818 0.267 0.0002
16:3293922 rs1231123 MEFV Asp424Glu A>T 0.636 0.133 0.0003
유전자 염색체 번호 변이
위치		 서열 위치
(좌측 및
우측 포함)		 염기서열
(좌측 20 bp [대립형질 A > 대립형질 B] 우측 20 bp)
PLIN1 15 90213229 90213209-90213249 ACCTGACTCTTCCTTGTCTG[C>G]AGGGAGGAGGTACTCCACCA
(서열번호 11)
C11orf42 11 6231731 6231711-6231751 CTCTGGCCCCCACATCAGCA[C>T]CTGCTGATACAACTGAAGCT
(서열번호 12)
SIRPA-1 20 1895950 1895930-1895970 CGGGTAACAACTGTTTCAGA[G>C]CTCACAAAGAGAAACAACAT
(서열번호 13)
SIRPA-2 20 1895963 1895943-1895983 TTTCAGACCTCACAAAGAGA[G>A]ACAACATGGACTTTTCCATC
(서열번호 14)
MEFV 16 3293922 3293902-3293942 AAAATCAGATAGGGAAAAAA[A>T]TCCTGAGCATTAGCATTAAG
(서열번호 15)
상기 표 5의 결과를 통해, 폐암 환자의 허 및 정상을 구분하는데 사용될 수 있는 생식세포적 유전자 마커는 PLIN1 유전자에 포함된 SNP인 rs6496589; C11orf42 유전자에 포함된 SNP인 rs10769671; SIRPA-1 유전자에 포함된 SNP인 rs1135200; SIRPA-2 유전자에 포함된 SNP인 rs17855613; 또는 MEFV 유전자에 포함된 SNP인 rs1231123임을 알 수 있었다.
구체적으로, 상기 rs6496589(PLIN1 유전자에 포함)는 C 또는 G의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs10769671(C11orf42 유전자에 포함)는 C 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1135200(SIRPA-1 유전자에 포함)는 G 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs17855613(SIRPA-2 유전자에 포함)는 G 또는 A의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1231123(MEFV 유전자에 포함)는 A 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
종합하면, 상기 PLIN1, C11orf42, SIRPA-1, SIRPA-2, MEFV 유전자에 포함된 SNP의 유전형이 각각 C, T, G, G, A인 경우 정체 또는 정상 중에서 정체로 구분하고, G, C, C, A, T인 경우 정체 또는 정상 중에서 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
실시예 1-2. 체세포적 변이 확인
폐암 환자의 변증 구분에 사용될 수 있는 바이오마커를 규명하기 위하여, 상기 실시예에 따라 허, 정체 또는 정상에서 나타나는 변이, 즉 SNP를 확인하였다.
그 결과, 총 30명의 환자에서 총 27,844개의 프레임시프트, 미스센스, 넌센스, 필수 스플라이스 부위 다형성 등의 변이가 존재함을 확인하였고, 상기 변이 중에서도 체세포적 변이는 49개 유전자에 포함된 8,792개임을 확인하였다.
실시예 1-2-1. 허증 및 정체 구분용 변이 확인
변증 중에서도 허와 정체를 구분하는데 사용될 수 있는 마커를 규명하기 위하여, 체세포적 변이인 8,792개의 SNP에 대하여 피셔 검증을 수행하였다. 이후, 상기 그룹 사이에 빈도 차이를 나타내는 변이 및 이를 포함하고 있는 유전자를 확인하였다.
그 결과, 하기 표 7에 나타낸 바와 같이, 허 및 정체 간에 4개의 변이가 통계적으로 유의한 빈도 차이를 나타내는 것을 확인하였다(P < 0.05). 구체적으로, 상기 변이는 HECTD4, ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에서 나타나는 것임을 확인하였다. 한편, 상기 변이를 포함하는 유전자의 염기서열은 하기 표 8에 나타내었다.
변증 그룹 변이
(염색체:위치)		 rs# 유전자
 아미노산 변화 대립형질 소수 대립형질
빈도		 P-값
허
(n=4)		 정체
(n=11)
허 및 정체 12:112654894 . HECTD4 Gly2260Arg C>G 0.375 0.000 0.01
16:4033436 rs2230739 ADCY9 Ile772Met T>C 0.375 0.000 0.01
19:22155918 rs10425763 ZNF208 Lys640Glu T>C 0.375 0.000 0.01
22:19119751 rs1052763 TSSK2 Thr280Met C>T 0.375 0.000 0.01
유전자 염색체
번호		 변이
위치		 서열 위치
(좌측 및
우측 포함)		 염기서열
(좌측 20 bp [대립형질 A > 대립형질 B] 우측 20 bp)
HECTD4 12 112654894 112654874-112654914 GCCCCGGGGCAGGCCTCCCC[C>G]AGCGCTGGGGTCAGCCAGGA
(서열번호 16)
ADCY9 16 4033436 4033416-4033456 GTCTTCACGGGGGAGTTCTT[T>C]ATGACCTGTGTGGAGCAGGA
(서열번호 17)
ZNF208 19 22155918 22155898-22155938 AAAGGTTTTGCCACATTCTT[T>C]ACATTTGTAGGGCTTCTCTC
(서열번호 18)
TSSK2 22 19119751 19119731-19119771 GCCCCCCAAGCCCAAAGCCA[C>T]GTCTTCTGCCTCCTTCAAGA
(서열번호 19)
상기 표 7의 결과를 통해, 폐암 환자의 허 및 정체를 구분하는데 사용될 수 있는 체세포적 유전자 마커는 HECTD4 유전자에 포함된 신규의 SNP; ADCY9 유전자에 포함된 SNP인 rs2230739; ZNF208 유전자에 포함된 SNP인 rs10425763; 또는 TSSK2 유전자에 포함된 SNP인 rs1052763임을 알 수 있었다.
구체적으로, 상기 HECTD4 유전자에 포함된 신규의 SNP는 C 또는 G의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs2230739(ADCY9 유전자에 포함)는 T 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs10425763(ZNF208 유전자에 포함)는 T 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1052763(TSSK2 유전자에 포함)는 C 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
종합하면, 상기 HECTD4, ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에 포함된 SNP의 유전형이 각각 C, T, T, C인 경우 허증 또는 정체 중에서 허증으로 구분하고, G, C, C, T인 경우 허증 또는 정체 중에서 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
실시예 1-2-2. 허증 및 정상 구분용 변이 확인
변증 중에서도 허와 정상를 구분하는데 사용될 수 있는 마커를 규명하기 위하여, 생식세포적 변이인 8,792개의 SNP에 대하여 피셔 검증을 수행하였다. 이후, 상기 그룹 사이에 빈도 차이를 나타내는 변이 및 이를 포함하고 있는 유전자를 확인하였다.
그 결과, 하기 표 9에 나타낸 바와 같이, 허 및 정상 간에 3개의 변이가 통계적으로 유의한 빈도 차이를 나타내는 것을 확인하였다(P < 0.05). 구체적으로, 상기 변이는 ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에서 나타나는 것임을 확인하였다. 한편, 상기 변이를 포함하는 유전자의 염기서열은 하기 표 10에 나타내었다.
변증 그룹 변이
(염색체:위치)		 rs# 유전자 아미노산
변화		 대립형질 소수 대립형질
빈도		 P-값
허
(n=4)		 정상
(n=15)
허 및 정상 16:4033436 rs2230739 ADCY9 Ile772Met T>C 0.375 0.000 0.007
19:22155918 rs10425763 ZNF208 Lys640Glu T>C 0.375 0.000 0.007
22:19119751 rs1052763 TSSK2 Thr280Met C>T 0.375 0.000 0.007
유전자 염색체
번호		 변이
위치		 서열 위치
(좌측 및
우측 포함		 염기서열
(좌측 20 bp [대립형질 A > 대립형질 B] 우측 20 bp)
ADCY9 16 4033436 4033416-4033456 GTCTTCACGGGGGAGTTCTT[T>C]ATGACCTGTGTGGAGCAGGA
(서열번호 20)
ZNF208 19 22155918 22155898-22155938 AAAGGTTTTGCCACATTCTT[T>C]ACATTTGTAGGGCTTCTCTC
(서열번호 21)
TSSK2 22 19119751 19119731-19119771 GCCCCCCAAGCCCAAAGCCA[C>T]GTCTTCTGCCTCCTTCAAGA
(서열번호 22)
상기 표 9의 결과를 통해, 폐암 환자의 허 및 정상을 구분하는데 사용될 수 있는 체세포적 유전자 마커는 ADCY9 유전자에 포함된 SNP인 rs2230739; ZNF208 유전자에 포함된 SNP인 rs10425763; 또는 TSSK2 유전자에 포함된 SNP인 rs1052763임을 알 수 있었다.
구체적으로, 상기 rs2230739(ADCY9 유전자에 포함)는 T 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs10425763(ZNF208 유전자에 포함)는 T 또는 C의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 rs1052763(TSSK2 유전자에 포함)는 C 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 허증, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
종합하면, 상기 ADCY9, ZNF208, TSSK2 유전자에 포함된 SNP의 유전형이 각각 T, T, C인 경우 허증 또는 정체 중에서 허증으로 구분하고, C, C, T인 경우 허증 또는 정체 중에서 정체로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
실시예 1-2-3. 정체 및 정상 구분용 변이 확인
변증 중에서도 정체와 정상를 구분하는데 사용될 수 있는 마커를 규명하기 위하여, 생식세포적 변이인 8,792개의 SNP에 대하여 피셔 검증을 수행하였다. 이후, 상기 그룹 사이에 빈도 차이를 나타내는 변이 및 이를 포함하고 있는 유전자를 확인하였다.
그 결과, 하기 표 11에 나타낸 바와 같이, 정체 및 정상 간에 2개의 변이가 통계적으로 유의한 빈도 차이를 나타내는 것을 확인하였다(P < 0.05). 구체적으로, 상기 변이는 QRICH2, PRB4 유전자에서 나타나는 것임을 확인하였다. 한편, 상기 변이를 포함하는 유전자의 염기서열은 하기 표 12에 나타내었다.
변증 그룹 변이
(염색체:위치)		 rs# 유전자
 아미노산 변화 대립형질 소수 대립형질
빈도		 P-값
정체
(n=11)		 정상
(n=15)
정체 및
정상		 17:74288595 . QRICH2 Arg572His C>T 0.227 0.000 0.01
12:11461271 . PRB4 Pro216Ser G>A 0.227 0.000 0.01
유전자 염색체
번호		 변이
위치		 서열 위치
(좌측 및
우측 포함)		 염기서열
(좌측 20 bp [대립형질 A > 대립형질 B] 우측 20 bp)
QRICH2 17 74288595 74288575-74288615 CACGAGGTTGTGCCAAACCA[C>T]GCTGATCTACTCCAGGTTGG
(서열번호 23)
PRB4 12 11461271 11461251-11461291 TCCAGCAGGAGGTGCCTGAG[G>A]CTGCTGGGGATTGCCTCCTG
(서열번호 24)
상기 표 11의 결과를 통해, 폐암 환자의 허 및 정상을 구분하는데 사용될 수 있는 체세포적 유전자 마커는 QRICH2 유전자에 포함된 신규의 SNP; 또는 PRB4 유전자에 포함된 신규의 SNP임을 알 수 있었다.
구체적으로, 상기 QRICH2 유전자에 포함된 신규의 SNP는 C 또는 T의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 C인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 T인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
또한, 상기 PRB4 유전자에 포함된 신규의 SNP는 G 또는 A의 유전형을 가지며, 상기 SNP의 유전형이 G인 경우 정체, 상기 SNP의 유전형이 A인 경우 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
종합하면, 상기 QRICH2, PRB4 유전자에 포함된 SNP의 유전형이 각각 C, G인 경우 정체 또는 정상 중에서 정체로 구분하고, T, A인 경우 정체 또는 정상 중에서 정상으로 구분할 수 있음을 알 수 있었다.
이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로서 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
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Claims (22)

  1. 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 표시되는 유전자 중 어느 하나의 유전자의 21번째 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 SNP 마커 조성물로서,
    상기 변증은 허증, 정체 또는 정상인 것인, 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는 5 내지 300개의 연속적인 염기로 구성되는 것인, 조성물.
  3. 삭제
  4. 제1항에 있어서, 상기 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 DNAAF3 유전자의 21번째 염기는 T 또는 C이고;
    상기 서열번호 2의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기는 C 또는 T이고;
    상기 서열번호 3의 염기서열로 표시되는 PPP1R3G 유전자의 21번째 염기는 A 또는 C이고;
    상기 서열번호 4의 염기서열로 표시되는 HLA-B 유전자의 21번째 염기는 T 또는 C이고;
    상기 서열번호 5의 염기서열로 표시되는 PLA2G7 유전자의 21번째 염기는 A 또는 G이고;
    상기 서열번호 6의 염기서열로 표시되는 FBLN2 유전자의 21번째 염기는 G 또는 A이고;
    상기 서열번호 7의 염기서열로 표시되는 C4B_2 유전자의 21번째 염기는 C 또는 G이고;
    상기 서열번호 8의 염기서열로 표시되는 FUT3 유전자의 21번째 염기는 A 또는 G이고;
    상기 서열번호 9의 염기서열로 표시되는 TULP1 유전자의 21번째 염기는 C 또는 G이고;
    상기 서열번호 10의 염기서열로 표시되는 RUNDC1 유전자의 21번째 염기는 C 또는 T이고;
    상기 서열번호 11의 염기서열로 표시되는 PLIN1 유전자의 21번째 염기는 C 또는 G이고;
    상기 서열번호 12의 염기서열로 표시되는 C11orf42 유전자의 21번째 염기는 C 또는 T이고;
    상기 서열번호 13의 염기서열로 표시되는 SIRPA-1 유전자의 21번째 염기는 G 또는 C이고;
    상기 서열번호 14의 염기서열로 표시되는 SIRPA-2 유전자의 21번째 염기는 G 또는 A이고;
    상기 서열번호 15의 염기서열로 표시되는 MEFV 유전자의 21번째 염기는 A 또는 T이고;
    상기 서열번호 16의 염기서열로 표시되는 HECTD4 유전자의 21번째 염기는 C 또는 G이고;
    상기 서열번호 17의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기는 T 또는 C이고;
    상기 서열번호 18의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기는 T 또는 C이고;
    상기 서열번호 19의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기는 C 또는 T이고;
    상기 서열번호 20의 염기서열로 표시되는 ADCY9 유전자의 21번째 염기는 T 또는 C이고;
    상기 서열번호 21의 염기서열로 표시되는 ZNF208 유전자의 21번째 염기는 T 또는 C이고;
    상기 서열번호 22의 염기서열로 표시되는 TSSK2 유전자의 21번째 염기는 C 또는 T이고;
    상기 서열번호 23의 염기서열로 표시되는 QRICH2 유전자의 21번째 염기는 C 또는 T이고;
    상기 서열번호 24의 염기서열로 표시되는 PRB4 유전자의 21번째 염기는 C 또는 A인 것인, 조성물.
  5. 제1항, 제2항 및 제4항 중 어느 한 항의 SNP 마커 조성물을 검출 또는 증폭할 수 있는 프로브(probe) 또는 프라이머(primer) 제제를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 조성물.
  6. 삭제
  7. 제5항의 조성물을 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 키트.
  8. 제7항에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR 키트 또는 DNA 칩 키트인 것인, 키트.
  9. 제1항, 제2항 및 제4항 중 어느 한 항의 SNP 마커 조성물을 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분용 마이크로어레이.
  10. (a) 개체로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드 중 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 다형성 부위(polymorphic site)를 증폭시키는 단계; 및
    (b) 상기 증폭된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 폐암 환자의 변증 구분을 위한 정보를 제공하는 방법으로서,
    상기 변증은 허증, 정체 또는 정상인 것인, 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 3의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우;
    상기 서열번호 4의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 5의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우;
    상기 서열번호 6의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
    상기 서열번호 7의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
    상기 서열번호 8의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우, 허증으로 판단하는, 방법.
  12. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 2의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 3의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 4의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 5의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
    상기 서열번호 6의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우;
    상기 서열번호 7의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우; 및
    상기 서열번호 8의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우, 정체로 판단하는, 방법.
  13. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 9의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
    상기 서열번호 10의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우, 허증으로 판단하는, 방법.
  14. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 9의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우; 및
    상기 서열번호 10의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단하는, 방법.
  15. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 11의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 12의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 13의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
    상기 서열번호 14의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우; 및
    상기 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우, 정체로 판단하는, 방법.
  16. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 11의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
    상기 서열번호 12의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 13의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 14의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우; 및
    상기 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단하는, 방법.
  17. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우, 허증으로 판단하는, 방법.
  18. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우;
    상기 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정체로 판단하는, 방법.
  19. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우;
    상기 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우; 및
    상기 서열번호 22의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우, 허증으로 판단하는, 방법.
  20. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우;
    상기 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
    상기 서열번호 22의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단하는, 방법.
  21. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 23의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 C이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 G인 경우; 및
    상기 서열번호 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 G이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 C인 경우, 정체로 판단하는, 방법.
  22. 제10항에 있어서, 상기 서열번호 24의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 A이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 T인 경우; 및
    상기 서열번호 23의 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드에서 21번째에 해당하는 염기가 T이고, 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 염기가 A인 경우, 정상으로 판단하는, 방법.
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