KR101874527B1 - Method for gene analysis judgement and recording medium storing program for executing the same, and recording medium storing program for executing the same - Google Patents

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김병호
강진운
심재웅
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Abstract

The present invention relates to a gene analysis judging method, recording medium storing a program for executing the same, and a computer program stored in medium for implementing the same. More specifically, the present invention provides a gene analysis judging method which utilizes a gene analysis device, receives analyzed base sequence information and statistically interprets the information, recording medium storing a program for executing the same, and a computer program stored in medium for implementing the same. The gene analysis judging method comprises: an original gene interpreting result inputting step (S10); a tracking database storing step (S20); a request gene interpreting result inputting step (S30); a laboratory information management system (LIMS) database storing step (S40); a gene interpreting step (S50); and a displaying step (S60).

Description

유전자 분석판정 방법, 이를 구현하기 위한 프로그램이 저장된 기록매체 및 이를 구현하기 위해 매체에 저장된 컴퓨터프로그램 {METHOD FOR GENE ANALYSIS JUDGEMENT AND RECORDING MEDIUM STORING PROGRAM FOR EXECUTING THE SAME, AND RECORDING MEDIUM STORING PROGRAM FOR EXECUTING THE SAME}BACKGROUND OF THE INVENTION 1. Field of the Invention The present invention relates to a genetic analysis determination method, a recording medium storing a program for implementing the method, and a computer program stored in a medium for implementing the same. 2. Description of the Related Art [0002]

본 발명은 유전자 분석판정 방법, 이를 구현하기 위한 프로그램이 저장된 기록매체 및 이를 구현하기 위해 매체에 저장된 컴퓨터프로그램에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 유전자분석장비를 활용하여 분석된 염기서열정보를 입력받아 통계적 의미로 해석하는 유전자 분석판정 방법, 이를 구현하기 위한 프로그램이 저장된 기록매체 및 이를 구현하기 위해 매체에 저장된 컴퓨터프로그램에 관한 것이다.The present invention relates to a gene analysis determination method, a recording medium storing a program for implementing the method, and a computer program stored in a medium for implementing the method. More particularly, the present invention relates to a gene analysis method, And a computer program stored in a medium for implementing the program.

유용자원 유전체 해독연구 가속화로 각국의 원천기술 확보 경쟁이 치열해지고 있다. Useful Resources Accelerating the study of genome detoxification, competition for securing source technologies of each country is becoming fierce.

특히 유전체사업으로 생성된 데이터는 수요자(국민, 연구계, 산업계) 중심으로 최대한 활용될 수 있도록 각 분야별 유전체 정보의 표준화 부문도 시급한 과제로 떠오르고 있다. In particular, the standardization of genome information for each sector is becoming an urgent task in order to maximize utilization of the data generated by the genome project centered on consumers (national, research, industry).

이는 빅데이터 유전체 정보는 바이오산업 소재 발굴 및 품종 개발을 위한 핵심기반 기반 기술이기 때문이다. This is because big data genome information is a core base technology for discovering biotech materials and developing varieties.

특히 DNA 분석 시스템 분야의 사용범위가 기업 및 연구소, 병원, 식품납품 등을 넘어 개인에 이르기까지 다양하게 확대되고 있으며, 2015년을 시작으로 돼지고기 이력추적 시스템이 보급되기 시작하고 있다. 이에 따라 DNA 분석 시스템 개발관련 다양화 등의 필요성이 대두되고 있다. In particular, the scope of DNA analysis system is expanding to include individuals, beyond companies, laboratories, hospitals, and food delivery. Starting in 2015, pork traceability systems are beginning to spread. As a result, the need for diversification in the development of DNA analysis systems is increasing.

DNA 동일성검사는 쇠고기의 이력 정보가 생산 - 도축 - 가공 - 판매 단계를 거치면서 정확하게 전달되고 있는지를 과학적으로 확인할 수 있는 방법으로 소비자의 신뢰를 확보할 수 있는 유일한 수단으로, 개체마다 DNA 구조가 다르고, 동일 개체에서는 동일한 DNA 구조로 되어있는 점을 이용, 생산ㆍ도축ㅇ가공된 고기와 판매되고 있는 고기가 일치하는지의 여부를 유전자감식 기법으로 검사하는 것이다.DNA identity testing is the only way to ensure that consumers can trust their beef's history information to ensure that it is being delivered accurately through production, slaughter, processing, and sales stages. , And that the same DNA structure is used in the same individual, and whether or not the meat produced and slaughtered are in agreement with the meat being sold is checked by gene detection.

이는, 쇠고기 이력추적시스템의 유효성을 확인ㅇ감시함으로써 소비자 등으로부터 신뢰 확보하고, 위생. 안전성, 원산지 표시 등의 문제 발생에 대비한 추적검사를 수행하며, 이와 같은 추적검사시스템이 확립되게 되면, 우리나라 소의 유전정보를 데이터베이스화하여 한우의 유전적 특성 규명 등 가축개량, 경영개선 등 소 산업의 경쟁력을 강화시킬 수 있다.This will ensure that the beef traceability system is validated and that it will be trusted by consumers, Safety, and indication of origin. When such a follow-up inspection system is established, the genetic information of Korean cattle is converted into a database, It can strengthen the competitiveness of.

전세계적으로 다양한 DNA분석 시스템 및 관련업체가 DNA분석시장을 형성하고 있어 DNA분석에 대한 기술이 계속적으로 발전해 가고 있다.A variety of DNA analysis systems and related companies around the world are forming the market for DNA analysis, and the technology for DNA analysis continues to evolve.

또한 '14.10.12 나고야 의정서 발효에 따라 생물자원 수입 물가 급등이 예상되고 각 나라에서는 '유전자 개발 전쟁'에 진입할 정도로 자국 생물자원에 대한 유전체(DNA) 해독 연구에 박차를 가하고 있다. In addition, it is spurring research on genome (DNA) detoxification of its own biological resources so that the importation price of biological resources is expected to rise due to the enactment of the protocol of October 12, 2012, and countries enter the "genetic development war".

따라서 바이오정보시스템(DNA분석시스템)의 역할도 매우 증가하고 있는 것이 현실이다. 이는, 빅데이터 유전체 정보는 바이오산업 소재 발굴 및 품종 개발을 위한 핵심적인 기술이기 때문이다.Therefore, the role of bioinformation system (DNA analysis system) is increasing very much. This is because big data genome information is a key technology for discovering bio-materials and developing varieties.

종래의 바이오정보시스템(DNA분석시스템)은 매칭 시 1개의 시료만 불러오는 1:1 비교 분석만 가능하고, 이외의 1:N, N:N 분석 및 비교 분석이 불가능 한 문제가 있다.In the conventional bioinformation system (DNA analysis system), 1: 1 comparative analysis in which only one sample is loaded at the time of matching can be performed, and other 1: N, N: N analysis and comparative analysis are impossible.

또한, 파이선 언어로 개발되어 있어 해당 데이터 비교 분석에 시간이 많이 걸리는 문제가 있다.Also, since it is developed in the Python language, there is a problem that it takes much time to compare and analyze the data.

아울러, 분석결과 업로드 시 오류 및 시간이 많이 걸리는 문제(최대 30분 시간 소요)가 있었다.In addition, there was an error and time-consuming problem (up to 30 minutes) when uploading the analysis results.

한국공개특허 [10-2011-0020933]에서는 이력추적 체계에서 사용하기 위한 유전자형 분석 방법 및 이의 수단이 개시되어 있다.Korean Unexamined Patent Publication [10-2011-0020933] discloses a genotype analysis method and its means for use in a hysteresis tracking system.

한국공개특허 [10-2011-0020933](공개일자: 2011년03월03일)Korean Published Patent [10-2011-0020933] (Open date: March 03, 2011)

따라서, 본 발명은 상기한 바와 같은 문제점을 해결하기 위하여 안출된 것으로, 본 발명의 목적은 유전자분석장비를 활용하여 분석된 염기서열정보를 입력받아 통계적 의미로 해석하는 유전자 분석판정 방법, 이를 구현하기 위한 프로그램이 저장된 기록매체 및 이를 구현하기 위해 매체에 저장된 컴퓨터프로그램을 제공하는 것이다.SUMMARY OF THE INVENTION Accordingly, it is an object of the present invention to provide a genetic analysis determination method for analyzing nucleotide sequence information analyzed using a genetic analysis device and analyzing the information in a statistical sense, And a computer program stored in the medium to implement the recording medium.

본 발명의 실 시예들의 목적은 이상에서 언급한 목적으로 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 목적들은 아래의 기재로부터 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.The objects of the embodiments of the present invention are not limited to the above-mentioned objects, and other objects not mentioned can be clearly understood by those skilled in the art from the following description .

상기한 바와 같은 목적을 달성하기 위한 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법은, 컴퓨터를 포함하는 연산처리수단에 의하여 실행되는 프로그램 형태로 이루어지는 유전자 분석판정 방법에 있어서, 연산처리수단이 원본 샘플을 유전자분석장비로 검사한 생물의 염기서열해석 결과를 텍스트 정보로 입력받는 원본유전자해석결과입력 단계(S10); 연산처리수단이 상기 원본유전자해석결과입력 단계(S10)에서 입력받은 텍스트 정보를 근거로 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보를 추적데이터베이스에 저장하는 추적데이터베이스저장 단계(S20); 연산처리수단이 의뢰 샘플을 유전자분석장비로 검사한 생물의 염기서열해석 결과를 텍스트 정보로 입력받는 의뢰유전자해석결과입력 단계(S30); 연산처리수단이 상기 의뢰유전자분석결과입력 단계(S30)에서 입력받은 텍스트 정보를 근거로 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보를 림스데이터베이스에 저장하는 림스데이터베이스저장 단계(S40); 연산처리수단이 상기 림스데이터베이스저장 단계(S40)에서 상기 림스데이터베이스 저장된 염기서열 정보를 상기 추적데이터베이스저장 단계(S20)에서 상기 추적데이터베이스에 저장된 다른 염기서열정보와 비교분석하여 통계적 의미로 해석하는 유전자해석 단계(S50); 및 연산처리수단이 상기 유전자해석 단계(S50)에서 해석된 결과를 화면에 표시하는 디스플레이 단계(S60);를 포함한다.According to an aspect of the present invention, there is provided a gene analysis determination method comprising a program type executed by an arithmetic processing means including a computer, A step (S 10) of inputting the original gene analysis result, which is inputted as the text information, of the result of analyzing the base sequence of the organism, (S20) for storing the nucleotide sequence information in a tracking database according to a predetermined database table based on the text information inputted in the input step (S10) of the original gene analysis result; A step S30 of inputting a referral gene analysis result in which a result of analyzing the nucleotide sequence of the organism, which is inspected by the arithmetic processing means with the gene analysis equipment, is input as text information; A rim database storing step (S40) of storing the nucleotide sequence information in a rim database according to a predetermined database table based on the text information input by the operation processing means in the step S30 of inputting the request gene analysis result; The arithmetic processing means compares the nucleotide sequence information stored in the rinsing database with the nucleotide sequence information stored in the tracking database in the tracking database storing step (S20) in the rinsing database storing step (S40) Step S50; And a display step (S60) in which the calculation processing means displays the result interpreted in the gene analysis step (S50) on the screen.

또한, 상기 데이터베이스저장 단계(S40)는 주기적으로 특정 동작을 수행하도록 하는 배치(Batch) 프로그램을 이용하여 상기 유전자분석결과입력 단계(S30)에서 입력받은 텍스트 정보를 데이터베이스 테이블에 따라 상기 림스데이터베이스에 저장하는 것을 특징으로 한다.Also, the database storing step S40 may include storing the text information inputted in the gene analysis result input step S30 in the rim database according to the database table by using a batch program for periodically performing a specific operation .

또, 상기 데이터베이스 테이블은 유전자 마커(Marker) 정보를 기준으로 만들어진 것을 특징으로 한다.In addition, the database table is characterized by being made on the basis of genetic marker information.

또한, 상기 유전자 마커(Marker) 정보는 BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 및 TGLA53에 관한 정보를 포함하는 것을 특징으로 한다.The gene marker information includes information on BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 and TGLA53.

또, 상기 유전자해석 단계(S50)는 상기 림스데이터베이스 에 저장된 염기서열 정보를 상기 추적데이터베이스에 저장된 다른 염기서열정보와 비교하여 동일한 염기서열정보가 있는지 확인하는 DNA 동일성검사를 수행하는 것을 특징으로 한다.In the gene analysis step (S50), the nucleotide sequence information stored in the rims database is compared with other nucleotide sequence information stored in the tracking database to perform DNA identity checking to determine whether there is the same nucleotide sequence information.

또한, 상기 유전자해석 단계(S50)는 상기 추적데이터베이스에 상기 림스데이터베이스 에 저장된 염기서열 정보와 동일한 염기서열정보가 없을 경우, 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 추출하는 것을 특징으로 하고, 상기 디스플레이 단계(S60)는 상기 유전자해석 단계(S50)에서 추출된 상기 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 표시하되, 유전자 형질이 틀리 거나 정확한 정보가 나오지 않은 부분을 특정 색(노란색)으로 표시 되어 비교가 가능하도록 하는 것을 특징으로 한다.In the gene analysis step S50, if there is no nucleotide sequence information identical to the nucleotide sequence information stored in the rinsing database, the most similar type of nucleotide sequence information is extracted in the tracking database, S60) displays the nucleotide sequence information of the most similar type extracted in the gene analysis step (S50), and makes it possible to compare the portions of the genotype that are not correct or correctly displayed with a specific color (yellow) .

또, 상기 유전자해석 단계(S50)는 유전자빈도, 유전자빈셋, 유전자패널정보 중 선택되는 하나 또는 복수의 정보를 근거로 비교분석을 수행하는 것을 특징으로 한다.The gene analysis step (S50) is characterized in that the comparative analysis is performed based on one or a plurality of pieces of information selected from gene frequencies, gene viseets, and gene panel information.

또한, 본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 유전자 분석판정 방법을 구현하기 위한 프로그램이 저장된 컴퓨터 판독 가능한 기록매체가 제공되는 것을 특징으로 한다.According to an embodiment of the present invention, there is provided a computer-readable recording medium on which a program for implementing the gene analysis determination method is stored.

아울러, 본 발명의 일 실시예에 따르면, 상기 유전자 분석판정 방법을 구현하기 위해, 컴퓨터 판독 가능한 기록매체에 저장된 프로그램이 제공되는 것을 특징으로 한다.According to an embodiment of the present invention, a program stored in a computer-readable recording medium is provided to implement the gene analysis determination method.

본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법, 이를 구현하기 위한 프로그램이 저장된 기록매체 및 이를 구현하기 위해 매체에 저장된 컴퓨터프로그램에 의하면, 오픈소스기반의 보편적인 JAVA기술을 기반으로 구현하되, 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보가 데이터베이스에 저장되도록 간략하게 설계함으로써, 개발 및 유지보수가 매우 용이한 효과가 있다. According to the gene analysis determination method, the recording medium storing the program for implementing the method, and the computer program stored in the medium for implementing the method, the present invention is implemented based on an open source-based universal JAVA technology, By simplifying the design so that the nucleotide sequence information is stored in the database according to the table, development and maintenance are very easy.

또한, 종래에는 1:1 비교 분석 이외의 1:N분석 및 비교 분석이 불가능 하였으나, 본 발명은 많은 수요의 DNA분석 요청에 따라 1:N, N:N 비교분석(멀티 유전자 분석)이 가능하도록 설계 함으로써, DNA분석 시간 단축 및 비용절감이 가능한 효과가 있다.In addition, although 1: N analysis and comparative analysis other than 1: 1 comparative analysis were impossible in the past, the present invention can be applied to a 1: N and N: N comparative analysis By designing, it is possible to shorten the DNA analysis time and reduce the cost.

또, 해당 시험용 시료(의뢰 샘플의 시료)와 비교분석 시료(원본 샘플의 시료)의 자동 매칭이 가능함으로써, 비교 분석에 필요한 시간을 줄일 수 있는 효과가 있다.In addition, since the test sample (specimen of the commissioned sample) and the comparative analytical specimen (specimen of the original sample) can be automatically matched, the time required for the comparative analysis can be reduced.

또한, 배치(Batch) 프로그램을 이용하여 데이터베이스에 염기서열 정보가 자동으로 저장되도록 함으로써, 더욱 빠르고 정확하게 염기서열해석 결과를 데이터베이스에 업로드 시킬 수 있는 효과가 있다.In addition, the base sequence information is automatically stored in the database by using a batch program, so that the base sequence analysis result can be uploaded to the database more quickly and accurately.

또한, 유전자 마커(Marker) 정보를 기준으로 데이터베이스 테이블을 만듦으로써, 최소한의 시간으로 정확한 검사가 가능한 효과가 있다.In addition, by creating a database table based on genetic marker information, it is possible to perform accurate inspection in a minimum amount of time.

또, 유전자 마커(Marker) 정보로, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 및 TGLA53에 관한 정보를 포함하도록 하고 DNA 동일성검사를 수행함으로써, 축산물의 출생에서 도축, 포장처리, 판매에 이르기까지의 정보를 기록 및 관리하여 위생 및 안전에 문제가 발생할 경우 그 이력을 추적하여 신속하게 대처하기 위한 축산물 이력제의 위반 여부를 빠르고 정확하게 확인할 수 있는 효과가 있다.In addition, by carrying out DNA identity check with information on BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 and TGLA53 as genetic marker information, It is possible to quickly and accurately check whether a livestock registration system is violated in order to track and track the history of hygiene and safety problems in the event of a problem in hygiene and safety.

또한, 동일한 염기서열정보가 없을 경우, 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 추출하여 출력함으로써, 동일한 데이터일 경우 자동으로 동일성(일치) 판정을 내리고, 비교 분석 값 중 한 두 가지가 틀린 경우도 동일성(일치)판정이 가능한 효과가 있다.In addition, when there is no identical nucleotide sequence information, the most similar type nucleotide sequence information is extracted and output, so that the same data is automatically determined in the case of the same data, and when one or two of the comparative analysis values are different, Match) can be determined.

또, 유전자빈도, 유전자빈셋, 유전자패널정보 중 선택되는 하나 또는 복수의 정보를 근거로 비교분석을 수행함으로써, 보다 정확한 통계적 의미로 해석이 가능한 효과가 있다.Further, by performing comparative analysis based on one or more pieces of information selected from gene frequency, gene vise set, and gene panel information, it is possible to interpret it with more accurate statistical meaning.

아울러, 제품개발을 통한 융합의 범주는 병원, 기업, 연구소, 식품유통업체등의 시장 진출이 가능하며, 기존 제품의 비용적인 문제와 과도한 유지보수비용 문제를 극복할 수 있는 효과가 있다.In addition, the convergence category through product development is able to advance into the market of hospitals, companies, research institutes, food distributors, etc., and it can overcome the cost problems of the existing products and the excessive maintenance cost problems.

도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 흐름을 보여주는 도면.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 원본유전자해석결과입력 단계 또는 의뢰유전자해석결과입력 단계에서 입력받은 텍스트 형태의 염기서열해석 결과의 예를 보여주는 도면.
도 3은 도 2의 앞 부분을 확대한 텍스트 데이터를 보여주는 도면.
도 4는 도 2의 중간 부분을 확대한 텍스트 데이터를 보여주는 도면.
도 5는 도 2의 끝 부분을 확대한 텍스트 데이터를 보여주는 도면.
도 6은 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 디스플레이 단계에서 화면에 표시된 결과의 예를 보여주는 도면.
BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS FIG. 1 is a flow chart of a method for determining a gene analysis according to an embodiment of the present invention. FIG.
FIG. 2 is a diagram showing an example of a result of analyzing a nucleotide sequence of a text type input in a step of inputting an original gene analysis result or a requesting gene analysis result in a gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention. FIG.
Fig. 3 is a view showing text data enlarged in the front part of Fig. 2; Fig.
Fig. 4 is a view showing text data obtained by enlarging an intermediate portion of Fig. 2; Fig.
Fig. 5 is a view showing text data enlarged at the end portion of Fig. 2; Fig.
6 is a view showing an example of a result displayed on a screen in a display step of a gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention;

본 발명은 다양한 변경을 가할 수 있고 여러 가지 실시예를 가질 수 있는바, 특정 실시예들을 도면에 예시하고 상세하게 설명하고자 한다. 그러나 이는 본 발명을 특정한 실시 형태에 대해 한정하려는 것이 아니며, 본 발명의 사상 및 기술 범위에 포함되는 모든 변경, 균등물 내지 대체물을 포함하는 것으로 이해되어야한다.While the invention is susceptible to various modifications and alternative forms, specific embodiments thereof are shown by way of example in the drawings and will herein be described in detail. It is to be understood, however, that the invention is not to be limited to the specific embodiments, but includes all modifications, equivalents, and alternatives falling within the spirit and scope of the invention.

어떤 구성요소가 다른 구성요소에 "연결되어" 있다거나 "접속되어" 있다고 언급된 때에는, 그 다른 구성요소에 직접적으로 연결되어 있거나 또는 접속되어 있을 수도 있지만, 중간에 다른 구성요소가 존재할 수도 있다고 이해되어야 할 것이다.It is to be understood that when an element is referred to as being "connected" or "connected" to another element, it may be directly connected or connected to the other element, .

반면에, 어떤 구성요소가 다른 구성요소에 "직접 연결되어" 있다거나 "직접 접속되어" 있다고 언급된 때에는, 중간에 다른 구성요소가 존재하지 않는 것으로 이해되어야 할 것이다.On the other hand, when an element is referred to as being "directly connected" or "directly connected" to another element, it should be understood that there are no other elements in between.

본 명세서에서 사용되는 용어는 단지 특정한 실시예를 설명하기 위해 사용된 것으로, 본 발명을 한정하려는 의도가 아니다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 출원에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 명세서상에 기재된 특징, 숫자, 공정, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 공정, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다.The terminology used herein is for the purpose of describing particular embodiments only and is not intended to be limiting of the invention. The singular expressions include plural expressions unless the context clearly dictates otherwise. In the present application, the term "comprises" or "having ", etc. is intended to specify the presence of stated features, integers, steps, operations, elements, parts, or combinations thereof, And does not preclude the presence or addition of one or more other features, integers, integers, steps, operations, elements, components, or combinations thereof.

다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미가 있다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥상 가지는 의미와 일치하는 의미가 있는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.Unless otherwise defined, all terms used herein, including technical or scientific terms, have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs. Terms such as those defined in commonly used dictionaries are to be interpreted as having a meaning consistent with the meaning in the context of the relevant art and are to be construed as ideal or overly formal in meaning unless explicitly defined in the present application Do not.

이하, 첨부된 도면을 참조하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명한다. 이에 앞서, 본 명세서 및 청구범위에 사용된 용어나 단어는 통상적이거나 사전적인 의미로 한정하여 해석되어서는 아니 되며, 발명자는 그 자신의 발명을 가장 최선의 방법으로 설명하기 위해 용어의 개념을 적절하게 정의할 수 있다는 원칙에 입각하여, 본 발명의 기술적 사상에 부합하는 의미와 개념으로 해석되어야만 한다. 또한, 사용되는 기술 용어 및 과학 용어에 있어서 다른 정의가 없다면, 이 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자가 통상적으로 이해하고 있는 의미를 가지며, 하기의 설명 및 첨부 도면에서 본 발명의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있는 공지 기능 및 구성에 대한 설명은 생략한다. 다음에 소개되는 도면들은 당업자에게 본 발명의 사상이 충분히 전달될 수 있도록 하기 위해 예로서 제공되는 것이다. 따라서, 본 발명은 이하 제시되는 도면들에 한정되지 않고 다른 형태로 구체화될 수도 있다. 또한, 명세서 전반에 걸쳐서 동일한 참조번호들은 동일한 구성요소들을 나타낸다. 도면들 중 동일한 구성요소들은 가능한 한 어느 곳에서든지 동일한 부호들로 나타내고 있음에 유의해야 한다. Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to the accompanying drawings. Prior to this, terms and words used in the present specification and claims should not be construed as limited to ordinary or dictionary terms, and the inventor should appropriately interpret the concept of the term appropriately in order to describe its own invention in the best way. The present invention should be construed in accordance with the meaning and concept consistent with the technical idea of the present invention. Further, it is to be understood that, unless otherwise defined, technical terms and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs. Descriptions of known functions and configurations that may be unnecessarily blurred are omitted. The following drawings are provided by way of example so that those skilled in the art can fully understand the spirit of the present invention. Therefore, the present invention is not limited to the following drawings, but may be embodied in other forms. In addition, like reference numerals designate like elements throughout the specification. It is to be noted that the same elements among the drawings are denoted by the same reference numerals whenever possible.

도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 흐름을 보여주는 도면이고, 도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 원본유전자해석결과입력 단계 또는 의뢰유전자해석결과입력 단계에서 입력받은 텍스트 형태의 염기서열해석 결과의 예를 보여주는 도면이며, 도 3은 도 2의 앞 부분을 확대한 텍스트 데이터를 보여주는 도면이고, 도 4는 도 2의 중간 부분을 확대한 텍스트 데이터를 보여주는 도면이며, 도 5는 도 2의 끝 부분을 확대한 텍스트 데이터를 보여주는 도면이고, 도 6은 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 디스플레이 단계에서 화면에 표시된 결과의 예를 보여주는 도면이다.FIG. 1 is a flowchart illustrating a method for determining a gene analysis according to an embodiment of the present invention. FIG. 2 is a flowchart illustrating a method of determining a gene analysis according to an embodiment of the present invention. FIG. 3 is a view showing an example of a result of a base sequence analysis of a text type inputted in the step of FIG. 2. FIG. 3 is a view showing text data enlarged in the front part of FIG. FIG. 5 is a view showing text data enlarged at the end of FIG. 2, FIG. 6 is a view showing an example of a result displayed on a screen in a display step of the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention to be.

DNA 분석이란 유전자분석장비를 이용하여 생물유전자의 염기서열을 검사하는 것을 의미한다.DNA analysis refers to the examination of the base sequence of a biological gene using gene analysis equipment.

유전자 분석 방법으로는 유전자분석장비를 활용한 마이크로 어레이 혹은 DNA칩 방식의 분석방법 등을 사용할 수 있다. As a gene analysis method, it is possible to use a microarray or a DNA chip-based analysis method using gene analysis equipment.

DNA 분석판정시스템(DAJS; DNA Analysis Judgement System)은 생물의 유전자(Genome) 정보를 분석하고 여러 형태의 통계적 의미로 판정하는 시스템을 말하는 것으로, DNA 분석판정시스템은 생물 유전자를 유전자분석장비를 활용하여 분석 하고 분석된 결과를 분석판정시스템이 통계적 의미로 해석하는 통합 시스템이다.The DNA Analysis Judging System (DAJS) is a system for analyzing genome information of organisms and judging them by various statistical meanings. The DNA analysis judgment system uses biological gene analysis equipment It is an integrated system that analyze and analyze the analyzed results in statistical terms.

이 중, 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법은 분석판정시스템에 해당된다.Among them, the gene analysis determination method according to one embodiment of the present invention corresponds to the analysis determination system.

또한, 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법은 오픈소스기반의 보편적인 JAVA기술을 기반으로 구현함으로써, 개발 및 유지보수가 매우 용이하다.In addition, the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention is implemented based on an open source-based universal JAVA technology, so that development and maintenance are very easy.

아울러, 1:N, N:N 비교분석(멀티 유전자 분석)이 가능하도록 설계 하여 DNA분석 시간 단축 및 비용절감이 가능하다.In addition, 1: N and N: N comparative analysis (multi-gene analysis) is designed to be able to reduce DNA analysis time and cost savings.

도 1에 도시된 바와 같이, 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법은 컴퓨터를 포함하는 연산처리수단에 의하여 실행되는 프로그램 형태로 이루어지는 유전자 분석판정 방법에 있어서, 원본유전자해석결과입력 단계(S10), 추적데이터베이스저장 단계(S20), 의뢰유전자해석결과입력 단계(S30), 림스데이터베이스저장 단계(S40), 유전자해석 단계(S50) 및 디스플레이 단계(S60)를 포함한다.As shown in FIG. 1, a gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention includes a program type executed by an arithmetic processing means including a computer, S10), a tracking database storage step S20, a requesting gene analysis result input step S30, a rim database storing step S40, a gene analysis step S50, and a display step S60.

원본유전자해석결과입력 단계(S10)는 연산처리수단이 원본 샘플을 유전자분석장비로 검사(분석 및 해석)한 생물의 염기서열해석 결과를 텍스트 정보로 입력받는다.The original gene analysis result input step (S10) receives the result of analyzing the nucleotide sequence of the organism (the analysis and the analysis) of the original sample with the gene analysis equipment as the text information.

염기서열은 유전자를 구성하는 염기의 배열로 아데닌(A), 구아닌(G), 시토신(C), 티민(T)의 순서로 돼 있다. 염기서열에 따라 생물학적 특성이 결정된다.The nucleotide sequence is the sequence of the nucleotides constituting the gene and is in the order of adenine (A), guanine (G), cytosine (C), and thymine (T). The biological characteristics are determined by the base sequence.

유전 정보는 ATGC라는 문자로 이루어진 디지털 정보이고, 염기 서열 정보를 염기서열해석 결과라 한다. The genetic information is digital information consisting of the letters ATGC, and the nucleotide sequence information is called the nucleotide sequence analysis result.

즉, 상기 원본유전자해석결과입력 단계(S10)는, 생물 유전자를 유전자분석장비를 활용하여 DNA 추출, PCR 증폭, 전기 영동, 농도 측정, 유전자 분석 등의 과정을 거쳐 원본 샘플의 시료를 검사 하고, 그 결과(텍스트 정보-도 2 내지 도 5 참조)를 분석판정시스템에서 입력받는 과정이다.That is, in the step of inputting the original gene analysis result (S10), a sample of the original sample is inspected through DNA extraction, PCR amplification, electrophoresis, concentration measurement and gene analysis using a gene analysis apparatus, And the result (text information - see Figs. 2 to 5) is input to the analysis decision system.

추적데이터베이스저장 단계(S20)는 연산처리수단이 상기 원본유전자해석결과입력 단계(S10)에서 입력받은 텍스트 정보를 근거로 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보를 추적데이터베이스에 저장한다.The tracking database storing step S20 stores the base sequence information in the tracking database according to a predetermined database table based on the text information inputted in the input step S10 of the original gene analysis result.

상기 추적데이터베이스저장 단계(S20)는 추적 검사 등에 이용될 원본 샘플의 염기서열해석 결과를 추적데이터베이스에 저장하되, 미리 경정된 데이터베이스 테이블에 맞추어 저장된다.The tracking database storage step (S20) stores the result of analyzing the base sequence of the original sample to be used for the tracking inspection in the tracking database, and is stored in accordance with the corrected database table.

이는, 추후 필요로 하는 정보의 신속한 비교를 위한 것이다.This is for a quick comparison of the information needed later.

의뢰유전자해석결과입력 단계(S30)는 연산처리수단이 의뢰 샘플을 유전자분석장비로 검사(분석 및 해석)한 생물의 염기서열해석 결과를 텍스트 정보로 입력받는다.In the input gene analysis result input step (S30), the result of analyzing the nucleotide sequence of the organism that the operation processing means inspects (analyzes and analyzes) the request sample with the gene analysis equipment is input as the text information.

즉, 상기 의뢰유전자해석결과입력 단계(S30)는 상기 원본유전자해석결과입력 단계(S10)와 같이, 생물 유전자를 유전자분석장비를 활용하여 DNA 추출, PCR 증폭, 전기 영동, 농도 측정, 유전자 분석 등의 과정을 거쳐 의뢰 샘플의 시료를 검사 하고, 그 결과(텍스트 정보-도 2 내지 도 5 참조)를 분석판정시스템에서 입력받는 과정이다.That is, the inputting step S30 of the referral gene analysis step may include DNA extraction, PCR amplification, electrophoresis, concentration measurement, gene analysis, and the like using the gene analysis equipment, as in the step S10 of inputting the original gene analysis result And the result (text information - see FIGS. 2 to 5) is input to the analysis determination system.

림스데이터베이스저장 단계(S40)는 연산처리수단이 상기 의뢰유전자분석결과입력 단계(S30)에서 입력받은 텍스트 정보를 근거로 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보를 림스데이터베이스(LIMSDB; Laboratory Information Management System(실험실정보관리시스템) Data Base)에 저장한다.The rim database storing step S40 is a step of storing the nucleotide sequence information according to a predetermined database table based on the text information inputted in the step S30 of inputting the request gene analysis result in the rRNA database LIMSDB Laboratory information management system) Data Base.

즉, 상기 림스데이터베이스저장 단계(S40)는 상기 추적데이터베이스저장 단계(S20)와 같이, 추적 검사 등에 이용될 의뢰 샘플의 염기서열해석 결과를 림스데이터베이스에 저장하되, 미리 경정된 데이터베이스 테이블에 맞추어 저장된다.That is, the rinse database storing step S40 stores the result of analyzing the base sequence of the request sample to be used for the follow-up inspection, etc. in the rinsing database, as in the tracking database storing step S20, .

유전자해석 단계(S50)는 연산처리수단이 상기 림스데이터베이스저장 단계(S40)에서 상기 림스데이터베이스 저장된 염기서열 정보를 상기 추적데이터베이스저장 단계(S20)에서 상기 추적데이터베이스에 저장된 다른 염기서열정보와 비교분석하여 통계적 의미로 해석한다.In the gene analysis step S50, the arithmetic processing means compares and analyzes the nucleotide sequence information stored in the rinsing database with the other nucleotide sequence information stored in the tracking database in the tracking database storing step S20 in the rinsing database storing step S40 Interpret it in a statistical sense.

통계적 의미와 해석은 상관관계 등을 이용할 수 있다.상관관계는 통계적으로 상관관계분석(correlation analysis)이라는 절차를 통해 얻을 수 있다. Statistical significance and interpretation can be used for correlation, etc. The correlation can be obtained statistically through a procedure called correlation analysis.

상관관계분석을 통해 두 변인(예, 수학점수와 과학점수)의 상관계수(correlation coefficient; r)가 산출되며, 이를 해석하기 위해서는 결정계수(determinant coefficient)라는 용어를 사용한다. Correlation analysis is used to calculate the correlation coefficient (r) between two variables (eg mathematics score and science score), and the term determinant coefficient is used to interpret it.

결정계수는 상관계수(r)의 제곱으로 해석되므로 비율(%)의 의미가 된다. 예를 들어, 수학점수와 과학점수의 상관계수(r)= .90이라면, 이는 해석상 81%의 상관관계를 가지고 있는 것으로 해석된다. The decision coefficient is interpreted as the square of the correlation coefficient (r), so it means the ratio (%). For example, if the correlation coefficient between the mathematics score and the science score (r) is .90, it is interpreted as having an 81% correlation in the interpretation.

상관관계는 두 변인의 인과관계가 아닌 상호의존성 혹은 상호관련성을 파악하기 위한 방법이다. Correlation is a way to identify interdependencies or interrelation rather than the causal relationship between two variables.

상관관계는 인과관계의 필요조건은 될 수 있으나 충분조건이 될 수는 없다. 즉, X와 Y가 상관이 있을 때, X가 Y의 원인이 될 수도 있고, Y가 X의 원인이 될 수도 있다. 하지만 또 다른 변인 Z가 Y 혹은 X의 원인이 될 수 도 있는 것이다. 이 경우에 X와 Y의 관계는 두 변인간의 인과관계(그 방향은 확인할 수 없지만) 혹은 제 3의 변인의 인과관계가 존재한다는 것을 확인해 줄 수 있다. Correlation can be a causal requirement but not a sufficient condition. That is, when X and Y are correlated, X may be the cause of Y, and Y may be the cause of X. However, another variable, Z, may be the cause of Y or X. In this case, the relationship between X and Y can confirm that there is a causal relationship between the two variables (although the direction can not be confirmed) or the third variable.

인과관계가 관계의 방향과 그 강도까지도 설명할 수 있는 반면에, 상관은 변인들 간의 관계에 대한 설명만이 가능하고, 그러한 관계가 인과관계임을 함축하는 정도이다. 즉 상관관계가 존재한다 하더라도 인과관계가 성립되지 않을 수도 있지만, 인과관계가 성립한다면 분명 상관관계도 성립하는 것이다.While causality can explain the direction and intensity of a relationship, correlation is only a description of the relationship between variables, implying that the relationship is a causal relationship. In other words, even if a correlation exists, a causal relation may not be established, but if a causal relationship is established, a correlation is also established.

DNA는 그 크기(물리적 크기가 아니라 저장된 내용)가 엄청나기 때문에 모든 DNA서열을 가지고 분석을 하는 것은 어렵다. 따라서 어떤 특정한 부분을 이용할 수 있는데, 이 부분이 어떤 부분이냐에 따라서 DNA밴드가 서로 비슷할 수도 다를 수도 있다.DNA is difficult to analyze with all DNA sequences because its size (not physical size, but stored content) is enormous. So, you can use any specific part, depending on what part this part is, the DNA bands may be similar or different.

DNA는 아데닌(A), 구아닌(G), 시토신(C), 티민(T)이라는 네개의 종류의 작은 블럭으로 이루어져 있다. 이 블럭들이 사람의 경우에는 30억개 정도 연결된 것이 DNA이다. DNA에 들어있는 내용은 AGCT들이 어떤 순서로 배열되어 있느냐에 따른다. DNA consists of four small blocks called adenine (A), guanine (G), cytosine (C), and thymine (T). In the case of humans, these blocks are linked to DNA by about 3 billion. The content in the DNA depends on the order in which the AGCTs are arranged.

DNA는 그 배열에 따라 적절한 효소로 특정 부위를 자를 수가 있다. 이렇게 자른 것들은 크기가 다 다릅니다. 따라서 이들을 크기 별로 분리하면 DNA들이 짧은 것에서 긴 것까지 일렬로 배열이 되는데 이 모양을 DNA밴드라고 한다. DNA can be cleaved with a suitable enzyme according to its sequence. These cuts are different in size. Thus, by separating them by size, DNA is arranged in a row from short to long, which is called the DNA band.

DNA서열을 검사에 이용하는 것은 그리 좋은 방법이 아니다. 왜냐하면 그러한 DNA서열에는 변화가 적기 때문이다. DNA검사에는 '단순반복서열'이라 불리는 서열을 이용하는 경우가 보통이다. 이러한 서열은 단백질을 암호화하지 않기 때문에 그리 필수적이지는 않으며 보통 6~10개의 단위가 한 세트를 이루어 100~200번 정도 반복된다. Using DNA sequences for testing is not a good idea. Because there is less variation in such DNA sequences. For DNA testing, a sequence called 'simple repeat sequence' is usually used. This sequence is not essential because it does not encode the protein, and it usually repeats 100 to 200 times in a set of 6 to 10 units.

이 때, 개체에 따라서 반복되는 정도나, 반복되는 단위의 문자 종류 등에 변이가 많다. 따라서 이들을 적절한 효소로 잘라서 나열해보면 개체에 따라 다르게 DNA밴드가 형성된다.At this time, there are many variations such as the degree of repetition according to the individual and the character type of the repeated unit. Therefore, if they are cut out with proper enzymes, DNA bands are formed depending on individuals.

단순반복서열 외에도 유전자는 유전이 되기 때문에 생물학적으로 가까운 관계에 있으면 DNA밴드가 비슷하게 형성 된다. 그러니까 어떤 DNA밴드가 있을 때 이 검사자의 부모나 형제 들은 이 DNA밴드와 비슷한 모양을 만든다는 것이다. 이것을 이용해서 친자확인을 할 수 있다. In addition to simple repeat sequences, genes are inherited, so DNA bands are similarly formed if they are biologically close. So, when there is a DNA band, the tester's parents or siblings will look similar to this DNA band. This can be used to confirm the paternity.

상기 유전자해석 단계(S50)에서, 통계적 의미로 해석한다는 것은 동일성검사, 친자검사, 혈연관계검사 등을 수행하는 것을 말한다.In the gene analysis step (S50), interpretation in the statistical meaning means performing the identity test, the paternity test, the blood relationship test, and the like.

DNA동일성검사는 모든 개체마다 유전자(DNA)구조가 다르다는 점을 이용하여 개체식별번호가 부여된 축산물 등으로부터 채취한 시료에 대해 유전자 감식기법을 활용하여 각각의 시료에서 추출된 DNA의 분석결과를 비교하여 동일성 여부를 검사하는 것이고, 친자검사는 DNA 분석결과를 비교하여 친자인지 확인하는 것이며, 혈연관계검사는 DNA 분석결과를 비교하여 혈연관계인지 확인하는 것이다.The DNA identity test uses the fact that the gene (DNA) structure is different for every individual, and the analysis result of the DNA extracted from each sample is compared using the gene detection technique for the sample collected from the livestock etc. And the paternity test is to compare the results of the DNA analysis to confirm the paternity. The blood relational test is to compare the DNA analysis results to confirm that they are related.

디스플레이 단계(S60)는 연산처리수단이 상기 유전자해석 단계(S50)에서 해석된 결과를 화면에 표시한다.(도 6 참조)In the display step S60, the arithmetic processing means displays the result interpreted in the gene analysis step S50 on the screen (see Fig. 6).

이때, 원본 샘플의 시료에 대한 DNA 분석결과와 의뢰 샘플의 시료에 대한 DNA 분석결과를 모두 보여지도록 할 수 있다.At this time, the DNA analysis result of the sample of the original sample and the DNA analysis result of the sample of the referenced sample can be displayed.

본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 데이터베이스저장 단계(S40)는 주기적으로 특정 동작을 수행하도록 하는 배치(Batch) 프로그램을 이용하여 상기 유전자분석결과입력 단계(S30)에서 입력받은 텍스트 정보를 데이터베이스 테이블에 따라 상기 림스데이터베이스에 저장하는 것을 특징으로 할 수 있다.The database storing step S40 of the gene analysis determining method according to an embodiment of the present invention may be performed by using a batch program for periodically performing a specific operation, In the rim database according to the database table.

배치(Batch) 프로그램은 주기적으로 특정 동작을 수행하도록 하는 프로그램을 말하는 것으로, A batch program is a program that causes a specific operation to be performed periodically,

유전자분석장비로 검사된 염기서열해석 결과(텍스트 정보)를 배치(Batch) 프로그램이 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 추적데이터베이스에 저장할 수 있다.The batch analysis program (text information) can be stored in the tracking database according to a predetermined database table.

일반적으로 유전자분석장비로 검사된 염기서열해석 결과(텍스트 정보)를 추적데이터베이스에 저장 시 최대 30분 정도 소요되어, 염기서열해석 결과(텍스트 정보)를 추적데이터베이스에 업로드 시 장시간이 소요되며 오류가 발생될 우려가 있으나, 배치(Batch) 프로그램을 이용하게 되면 15초 이내에 염기서열해석 결과(텍스트 정보)를 추적데이터베이스에 업로드 하는 것이 가능하다.Generally, it takes up to 30 minutes to store the result of analysis of nucleotide sequence (text information), which is inspected by genetic analysis equipment, in the tracking database, and it takes a long time to upload the result of the sequence analysis (text information) It is possible to upload a sequence analysis result (text information) to the tracking database within 15 seconds by using a batch program.

이때, 상기 데이터베이스 테이블은 유전자 마커(Marker) 정보를 기준으로 만들어진 것을 특징으로 할 수 있다.Here, the database table may be based on genetic marker information.

유전자를 분석할 때 모든 좌위에 대한 분석을 실시하기 어려울 뿐만 아니라 모든 유전자가 생물활동에 관여하고 있는 것이 아니기 때문에 개체 간 또는 집단 간에 차이가 많이 발생(다형성)하는 부위를 분석하는 방식을 주로 이용하며, 여기에 이용되는 것들을 유전자 마커(DNA Maker)라고 한다.In analyzing genes, it is not easy to analyze all the loci, and since all genes are not involved in biological activities, we mainly use the method of analyzing regions where there are many differences (polymorphism) between individuals or groups , And those used here are called genetic markers (DNA Makers).

유전자 분석방법에 사용되는 유전자 마커(DNA Maker)에는 초위성체(Microsatellite) 마커, RFLPs(제한효소단편길이 다형성) 마커, VNTRs(직렬반복변수 유전자자리) 마커, 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism) 마커 등이 있고, 초위성체(Microsatellite) 마커에는 STR(Short Tandem Repeat) 마커 등이 있다. Genetic markers (DNA Makers) used in gene analysis methods include microsatellite markers, RFLPs (restriction enzyme fragment length polymorphism) markers, VNTRs (serial repeat variable locus) markers, single nucleotide polymorphism markers , And microsatellite markers include STR (short tandem repeat) markers.

Y염색체에서 STR(Short Tandem Repeat)라는 영역이 있다. 이 영역은 미소부수체(mircosatellite)라고도 불리는데, DNA에서 2개에서 6개의 염기쌍 배열들이 짧게 반복되어서 나타나는 영역이다. 이런 영역은 주로 DNA에서 재조합하지 않는 부분이나, 거의 변화가 없는 유전자 발현부분에 존재하는 것으로 알려져 있다. 결국 이런 영역은 돌연변이가 생기지 않는 한 부모에게서 거의 동일하게 물려받게 되며, 이런 특징 때문에 STR 영역은 법의학적 감식이라던가 친자확인이나 가계의 연구 등에 사용될 수 있다. On the Y chromosome, there is an area called STR (Short Tandem Repeat). This region, also called mircosatellite, is the region in the DNA where the sequences of 2 to 6 base pairs are repeated a short time. This region is known to exist in parts of the DNA that are not recombined, but in almost no change in gene expression. Ultimately, this area will inherit almost the same from parents as long as there is no mutation, and because of this feature, the STR domain can be used for forensic identification, paternity identification, and family research.

하지만 이 STR 영역을 모두 검사하는 것은 무리이기 때문에 특정 유전자 마커를 지정해서 그것을 연구하는 방법이 진행될 수 있다. 적게는 10~20 가지의 유전자 마커를 대조할 수 있고, 보다 정밀하게 조사해야하는 경우는 더 많은 마커를 조사 할 수 있다. 가계연구의 경우 100 개가 넘는 유전자 마커를 조사할 수도 있다. However, since it is impossible to examine all of these STR regions, a method of studying them by designating specific genetic markers can be carried out. Less than 10 to 20 genetic markers can be compared, and more markers can be investigated if more precise investigation is required. In the case of household research, more than 100 genetic markers may be examined.

STR(Short Tandem Repeat) 마커를 가지고도 부계 계통조사도 가능하다. 이는 아버지에게서 아들로 물려지는 것이기 때문이다. 하지만 이 영역에 대한 조사는 가까운 조상들에 대해서만 명확하게 나타난다. STR (Short Tandem Repeat) Marker can be used to investigate the paternal system. This is because it is passed from father to son. However, the investigation of this area is only apparent for the near ancestors.

여기서, 한우 이력추적제에 적용하기 위해 사용할 수 있는 상기 유전자 마커(Marker) 정보는 BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 및 TGLA53를 포함하는 11 개의 초위성체(Microsatellite) 마커에 대한 정보를 사용할 수 있다.Herein, the genetic marker information that can be used for the application to the Korean native hysteresis tracker includes 11 super satellites including BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 and TGLA53 Microsatellite marker information is available.

이때, 성 감별을 위한 2개의 sexing primer로 조합된 하나의 Multiplex PCR set(BOV_X 및 BOV_Y)를 이용할 수 있다.At this time, one multiplex PCR set (BOV_X and BOV_Y) combined with two sexing primers for gender discrimination can be used.

본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 유전자해석 단계(S50)는 상기 림스데이터베이스 에 저장된 염기서열 정보를 상기 추적데이터베이스에 저장된 다른 염기서열정보와 비교하여 동일한 염기서열정보가 있는지 확인하는 DNA 동일성검사를 수행하는 것을 특징으로 할 수 있다.In the gene analysis step (S50) of the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention, the nucleotide sequence information stored in the rim database is compared with other nucleotide sequence information stored in the tracking database to confirm whether there is the same nucleotide sequence information And performs the identity check.

상기 DNA 동일성검사는 축산물 등의 이력정보가 생산 - 도축 - 가공 - 판매 단계를 거치면서 정확하게 전달되고 있는지를 과학적으로 확인하기 위하여 수행할 수 있다.The DNA identity test can be performed to scientifically confirm whether the history information of livestock products is being accurately transmitted through the production-slaughter-processing-sale phase.

본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 유전자해석 단계(S50)는 상기 추적데이터베이스에 상기 림스데이터베이스 에 저장된 염기서열 정보와 동일한 염기서열정보가 없을 경우, 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 추출하는 것을 특징으로 하고,In the gene analysis step (S50) of the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention, when there is no nucleotide sequence information identical to the nucleotide sequence information stored in the rinsing database, the most similar type nucleotide sequence information is extracted .

상기 디스플레이 단계(S60)는 상기 유전자해석 단계(S50)에서 추출된 상기 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 표시하되, 유전자 형질이 틀리 거나 정확한 정보가 나오지 않은 부분을 특정 색(노란색)으로 표시 되어 비교가 가능하도록 하는 것을 특징으로 할 수 있다.(도 6 참조)The display step S60 may display the most similar type of nucleotide sequence information extracted in the gene analysis step S50, and may display a part of the genetic trait or information in which no accurate information is displayed as a specific color (yellow) (Refer to FIG. 6).

즉, 상기 유전자해석 단계(S50) 및 디스플레이 단계(S60)는 염기서열정보가 정확하게 매칭 되지 않아도 가장 비슷한 염기서열정보를 비교할 수 있도록 도와준다.That is, the gene analysis step (S50) and the display step (S60) can help the most similar nucleotide sequence information to be compared even if the nucleotide sequence information is not exactly matched.

종래에는 완벽하게 동일한 데이터가 없으면 빈 화면이 출력되었으나, 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법은 동일한 데이터가 없을 시 최대한 비슷한 유형의 비교 자료를 보여 주고 유전자 형질이 틀리 거나 정확한 정보가 나오지 않은 부분은 특정 색(노란색)으로 표시 되어 비교가 가능하도록 하였다.Conventionally, a blank screen is output when there is no completely identical data. However, the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention shows comparable types of comparative data as much as possible when there is no identical data, (Yellow) to make comparison possible.

따라서, 동일한 데이터일 경우 자동으로 동일성(일치) 판정을 내리고, 부정확한 데이터일 경우 도 5에 도시된 바와 같이, 출력되도록 함으로써 수작업 확인 후 동일성 판정이 가능하다.(비교 분석 값의 경우 한 두 가지가 틀린 경우도 동일성(일치)판정이 가능함)Therefore, it is possible to automatically perform the determination of coincidence (coincidence) in the case of the same data, and to output it as shown in Fig. 5 in case of inaccurate data. It is also possible to make a judgment on the match)

본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법의 유전자해석 단계(S50)는 유전자빈도, 유전자빈셋, 유전자패널정보 중 선택되는 하나 또는 복수의 정보를 근거로 비교분석을 수행하는 것을 특징으로 할 수 있다.The gene analysis step (S50) of the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention may be characterized in that a comparative analysis is performed based on one or a plurality of pieces of information selected from gene frequencies, gene viseets, and gene panel information have.

유전자빈도(gene frequency)는 빈도(allelic frequency)라고도 한다. 어떤 (gene locus)에서 각종 대립(allele)가 한 개인 멘델집단내에 존재하는 상대적비율(相對的比率)을 나타내는 수치를 말한다. 의 집단적 구성을 나타내는 데는 가장 기본적인 양이라고 할 수 있다. 유전자빈도는 (mutation), (natural selection), (genetic drift), 이주(移住), 유전자내 재조합 등 여러 가지 요인에 의해, 시간이 경과함에 따라 변화한다. 유전자빈도에서 빈도를 파악한다는 것은 일반적으로는 불가능 하지만 임의교배(random mating)하고 있는 집단에서는 암수(雌雄)배우자가 무작위로 조합하기 때문에 그에 대한 추정(推定)은 비교적 용이하다.The gene frequency is also called the allelic frequency. This is a numerical value that indicates the relative proportions in which alleles are present in a single Mendelian population in a gene locus. Is the most basic amount to represent the collective composition of. The frequency of a gene changes over time due to various factors such as mutation, natural selection, genetic drift, migration, and recombination in a gene. It is generally not possible to determine the frequency in gene frequency, but it is relatively easy to estimate (estimate) the random mating group because it is a random combination of male and female spouses.

유전자패널은 실험에 사용되는 마커들의 값들을 관리하기 위한 것으로 패널명, STR maker, 염료색, 최소 크기 및 최대 크기 등을 말한다.The Gene Panel is used to manage the values of the markers used in the experiment, such as panel name, STR maker, dye color, minimum size and maximum size.

유전자빈셋은 빈도값과 유사하며, 고정되서 가지고 있는 유전자 형질의 값을 나타내는 것으로, Marker Range, Allele 이름, 위치, 좌위 및 우위 등을 말한다.Gene visequence is similar to the frequency value and indicates the value of the gene trait that is fixed. It refers to the Marker Range, Allele name, position, position and superiority.

이상에서 본 발명의 일 실시예에 따른 유전자 분석판정 방법에 대하여 설명하였지만, 유전자 분석판정 방법을 구현하기 위한 프로그램이 저장된 컴퓨터 판독 가능한 기록매체 및 유전자 분석판정 방법을 구현하기 위한 컴퓨터 판독 가능한 기록매체에 저장된 프로그램 역시 구현 가능함은 물론이다.Although the gene analysis determination method according to an embodiment of the present invention has been described above, it is possible to provide a computer-readable recording medium storing a program for implementing the gene analysis determination method, and a computer readable recording medium for implementing the gene analysis determination method Of course, the stored program can be implemented.

즉, 상술한 유전자 분석판정 방법은 이를 구현하기 위한 명령어들의 프로그램이 유형적으로 구현됨으로써, 컴퓨터를 통해 판독될 수 있는 기록매체에 포함되어 제공될 수도 있음을 당업자들이 쉽게 이해할 수 있을 것이다. 다시 말해, 다양한 컴퓨터 수단을 통하여 수행될 수 있는 프로그램 명령 형태로 구현되어, 컴퓨터 판독 가능한 기록매체에 기록될 수 있다. 상기 컴퓨터 판독 가능한 기록매체는 프로그램 명령, 데이터 파일, 데이터 구조 등을 단독으로 또는 조합하여 포함할 수 있다. 상기 컴퓨터 판독 가능한 기록매체에 기록되는 프로그램 명령은 본 발명을 위하여 특별히 설계되고 구성된 것들이거나 컴퓨터 소프트웨어 당업자에게 공지되어 사용 가능한 것일 수도 있다. 상기 컴퓨터 판독 가능한 기록매체의 예에는 하드 디스크, 플로피 디스크 및 자기테이프와 같은 자기 매체(magnetic media), CD-ROM, DVD와 같은 광기록매체(optical media), 플롭티컬 디스크(floptical disk)와 같은 자기-광 매체(magneto-optical media), 및 롬(ROM), 램(RAM), 플래시 메모리, USB 메모리 등과 같은 프로그램 명령을 저장하고 수행하도록 특별히 구성된 하드웨어 장치가 포함된다. 프로그램 명령의 예에는 컴파일러에 의해 만들어지는 것과 같은 기계어 코드뿐만 아니라 인터프리터 등을 사용해서 컴퓨터에 의해서 실행될 수 있는 고급 언어 코드를 포함한다. 상기 하드웨어 장치는 본 발명의 동작을 수행하기 위해 하나 이상의 소프트웨어 모듈로서 작동하도록 구성될 수 있으며, 그 역도 마찬가지이다.That is, those skilled in the art will readily understand that the above-described gene analysis determination method may be provided in a recording medium readable by a computer by tangibly embodying a program of instructions for implementing the method. In other words, it can be implemented in the form of a program command that can be executed through various computer means, and can be recorded on a computer-readable recording medium. The computer-readable recording medium may include program commands, data files, data structures, and the like, alone or in combination. The program instructions recorded on the computer-readable recording medium may be those specially designed and configured for the present invention or may be those known and available to those skilled in the computer software. Examples of the computer-readable medium include magnetic media such as hard disks, floppy disks and magnetic tape, optical media such as CD-ROMs and DVDs, and optical disks such as floppy disks. Magneto-optical media and hardware devices specifically configured to store and execute program instructions such as ROM, RAM, flash memory, USB memory, and the like. Examples of program instructions include machine language code such as those produced by a compiler, as well as high-level language code that can be executed by a computer using an interpreter or the like. The hardware device may be configured to operate as one or more software modules to perform the operations of the present invention, and vice versa.

본 발명은 상기한 실시예에 한정되지 아니하며, 적용범위가 다양함은 물론이고, 청구범위에서 청구하는 본 발명의 요지를 벗어남이 없이 다양한 변형 실시가 가능한 것은 물론이다. It will be understood by those skilled in the art that various changes in form and details may be made therein without departing from the spirit and scope of the invention as defined by the appended claims.

S10: 원본유전자해석결과입력 단계
S20: 추적데이터베이스저장 단계
S30: 의뢰유전자해석결과입력 단계
S40: 림스데이터베이스저장 단계
S50: 유전자해석 단계
S60: 디스플레이 단계
S10: Input step of original gene analysis result
S20: Steps to save trace database
S30: Requested gene analysis result input step
S40: Step to store rim database
S50: gene analysis step
S60: Display step

Claims (9)

컴퓨터를 포함하는 연산처리수단에 의하여 실행되는 프로그램 형태로 이루어지는 유전자 분석판정 방법에 있어서,
연산처리수단이 원본 샘플을 유전자분석장비로 검사한 생물의 염기서열해석 결과를 텍스트 정보로 입력받는 원본유전자해석결과입력 단계(S10);
연산처리수단이 상기 원본유전자해석결과입력 단계(S10)에서 입력받은 텍스트 정보를 근거로 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보를 추적데이터베이스에 저장하는 추적데이터베이스저장 단계(S20);
연산처리수단이 의뢰 샘플을 유전자분석장비로 검사한 생물의 염기서열해석 결과를 텍스트 정보로 입력받는 의뢰유전자해석결과입력 단계(S30);
연산처리수단이 상기 의뢰유전자분석결과입력 단계(S30)에서 입력받은 텍스트 정보를 근거로 미리 결정된 데이터베이스 테이블에 따라 염기서열 정보를 림스데이터베이스에 저장하는 림스데이터베이스저장 단계(S40);
연산처리수단이 상기 림스데이터베이스저장 단계(S40)에서 상기 림스데이터베이스 저장된 염기서열 정보를 상기 추적데이터베이스저장 단계(S20)에서 상기 추적데이터베이스에 저장된 다른 염기서열정보와 비교분석하여 통계적 의미로 해석하는 유전자해석 단계(S50); 및
연산처리수단이 상기 유전자해석 단계(S50)에서 해석된 결과를 화면에 표시하는 디스플레이 단계(S60);
를 포함하며,
상기 데이터베이스저장 단계(S40)는
주기적으로 특정 동작을 수행하도록 하는 배치(Batch) 프로그램을 이용하여 상기 유전자분석결과입력 단계(S30)에서 입력받은 텍스트 정보를 데이터베이스 테이블에 따라 상기 림스데이터베이스에 저장하는 것을 특징으로 하고,
상기 데이터베이스 테이블은
유전자 마커(Marker) 중 STR(Short Tandem Repeat) 마커정보를 기준으로 만들어진 것을 특징으로 하며,
상기 유전자 마커(Marker) 정보는
BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA23, SPS115, TGLA122, TGLA126, TGLA227 및 TGLA53에 관한 정보를 포함하는 것을 특징으로 하되, 성 감별을 위한 2개의 sexing primer로 조합된 하나의 Multiplex PCR set(BOV_X 및 BOV_Y)를 포함하고,
상기 유전자해석 단계(S50)는
상기 림스데이터베이스 에 저장된 염기서열 정보를 상기 추적데이터베이스에 저장된 다른 염기서열정보와 비교하여 동일한 염기서열정보가 있는지 확인하는 DNA 동일성검사를 수행하는 것을 특징으로 하며,
상기 유전자해석 단계(S50)는
상기 추적데이터베이스에 상기 림스데이터베이스 에 저장된 염기서열 정보와 동일한 염기서열정보가 없을 경우, 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 추출하는 것을 특징으로 하고,
상기 디스플레이 단계(S60)는
상기 유전자해석 단계(S50)에서 추출된 상기 가장 유사한 유형의 염기서열정보를 표시하되, 유전자 형질이 틀리 거나 정확한 정보가 나오지 않은 부분을 특정 색으로 표시 되어 비교가 가능하도록 하는 것을 특징으로 하며,
상기 유전자해석 단계(S50)는
유전자빈도, 유전자빈셋 및 유전자패널정보를 근거로 비교분석을 수행하는 것을 특징으로 하고,
상기 원본유전자해석결과입력 단계(S10)부터 디스플레이 단계(S60)까지의 모든 단계들은 오픈소스 기반의 JAVA 기술을 기반으로 구현되되, 1:N 또는 N:N 비교분석이 가능하도록 구현된 것을 특징으로 하며,
상기 디스플레이 단계(S60)는 원본 샘플의 시료에 대한 DNA 분석결과와 의뢰 샘플의 시료에 대한 DNA 분석결과를 모두 보여지도록 하는 유전자 분석판정 방법.
A gene analysis determination method comprising a program form executed by an arithmetic processing means including a computer,
A step (S10) of inputting the original gene analysis result in which the operation processing means receives the result of analyzing the nucleotide sequence of the organism, the original sample of which is inspected by the gene analysis equipment, as text information;
(S20) for storing the nucleotide sequence information in a tracking database according to a predetermined database table based on the text information inputted in the input step (S10) of the original gene analysis result;
A step S30 of inputting a referral gene analysis result in which a result of analyzing the nucleotide sequence of the organism, which is inspected by the arithmetic processing means with the gene analysis equipment, is input as text information;
A rim database storing step (S40) of storing the nucleotide sequence information in a rim database according to a predetermined database table based on the text information input by the operation processing means in the step S30 of inputting the request gene analysis result;
The arithmetic processing means compares the nucleotide sequence information stored in the rinsing database with the nucleotide sequence information stored in the tracking database in the tracking database storing step (S20) in the rinsing database storing step (S40) Step S50; And
A display step (S60) in which the operation processing means displays a result interpreted in the gene analysis step (S50) on a screen;
/ RTI >
The database storage step (S40)
The text information inputted in the step S30 of inputting the gene analysis result is stored in the rim database according to the database table by using a batch program for periodically performing a specific operation,
The database table
(Short Tandem Repeat) marker information among genetic markers,
The gene marker information
The present invention relates to a multiplex PCR set (BOV_X (SEQ ID NO: 1), SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: And BOV_Y)
The gene analysis step (S50)
The nucleotide sequence information stored in the rim database is compared with other nucleotide sequence information stored in the tracking database to perform DNA identity checking to determine whether there is the same nucleotide sequence information,
The gene analysis step (S50)
If the base sequence information identical to the base sequence information stored in the rim database is not present in the tracking database, extracts the base sequence information of the most similar type,
The displaying step S60
The nucleotide sequence information of the most similar type extracted in the gene analysis step (S50) is displayed, and a portion in which the genetic traits are not correct or information is not correctly displayed is displayed in a specific color so that comparison is possible.
The gene analysis step (S50)
Wherein the comparative analysis is performed on the basis of the gene frequency, the gene set, and the gene panel information,
All the steps from the input step S10 to the display step S60 of the original gene analysis result are implemented based on the open source based JAVA technology and are implemented such that 1: N or N: N comparison analysis is possible In addition,
Wherein the display step S60 displays both the DNA analysis result of the sample of the original sample and the DNA analysis result of the sample of the referral sample.
삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete 제 1항에 기재된 유전자 분석판정 방법을 구현하기 위한 프로그램이 저장된 컴퓨터 판독 가능한 기록매체.
A computer-readable recording medium storing a program for implementing the gene analysis determination method according to claim 1.
제 1항에 기재된 유전자 분석판정 방법을 구현하기 위한 컴퓨터 판독 가능한 기록매체에 저장된 프로그램.A program stored in a computer-readable recording medium for implementing the gene analysis determination method according to claim 1.
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