KR101508580B1 - Method for Predicting or Diagnosing Recurrent Ovarian Cancer - Google Patents

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Abstract

본 발명은 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는, (a) 난소암 환자로부터 분리된 생물학적 시료의 miRNAs의 발현을 측정하는 단계; 및 (b) 상기 miRNAs의 발현 양을 분석하여 재발성 난소암의 예측 또는 진단하는 단계를 포함하는 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법을 제공한다. 상기 예측 또는 진단은 일차성 난소암(primary ovarian cancer) 조직의 miRNAs 발현 양상과 비교하여 재발성 난소암을 판정한다; (ⅰ) miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656으로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 상향-조절(up-regulated)되는 경우; 또는 (ⅱ) miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 재발성 난소암으로 판정한다.The present invention relates to a method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer. More particularly, the present invention relates to a method for diagnosing ovarian cancer, comprising: (a) measuring the expression of miRNAs of a biological sample isolated from an ovarian cancer patient; And (b) analyzing the expression level of the miRNAs to predict or diagnose recurrent ovarian cancer. Wherein said prediction or diagnosis determines recurrent ovarian cancer in comparison with the expression pattern of miRNAs in primary ovarian cancer tissue; MiR-425, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-3692-5p, miR- at least one microRNA selected from the group consisting of miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p, and miR-3656 is up- If it is; MiR-509-3p, miR-509-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR- 5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- Recurrent ovarian cancer is determined when one or more microRNAs selected from the group of constructs are down-regulated.

Description

재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법{Method for Predicting or Diagnosing Recurrent Ovarian Cancer}[0001] The present invention relates to a method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer,

본 발명은 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법에 관한 것이다.
The present invention relates to a method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer.

난소암(ovarian cancer)은 부인암 중에서도 가장 사망률이 높아서 발병한 환자의 50% 이상이 사망하게 된다. 임상적으로 가장 흔한 종류의 난소암으로 상피성 난소암(epithelial ovarian cancer)을 들 수 있는데 전체 난소암의 90%를 차지한다. 상피성 난소암은 80% 이상이 폐경기 여성에서 발생하며 가장 높은 발생빈도를 보이는 연령은 62세이다. 상피성 난소암과는 달리 20세 이하의 젊은 여성에서 주로 발생하는 악성 생식세포암(germ cell tumor)도 있다. 이 난소암은 30대에서도 간혹 발견되나 나이가 증가할수록 그 빈도가 감소하게 되며 드물게는 10세 이하에서도 발견된다. 침윤성 상피성 난소암(다른 부위 및 다른 장기로 전이된 난소암)의 5년 생존율은 15%에서 35%이다.Ovarian cancer is the highest mortality among women with cancer, resulting in more than 50% of deaths. Clinically, the most common type of ovarian cancer is epithelial ovarian cancer, accounting for 90% of all ovarian cancer. More than 80% of epithelial ovarian cancers occur in postmenopausal women and the highest incidence is 62 years. Unlike epithelial ovarian cancer, malignant germ cell tumors occur mainly in young women under 20 years of age. These ovarian cancers are rarely found in their 30s, but their frequency decreases with increasing age and is rarely found under 10 years of age. The 5-year survival rate of invasive epithelial ovarian cancer (ovarian cancer metastasized to other sites and other organs) is 15% to 35%.

난소암은 대부분의 경우 다른 장기로 전이된 상태에서도 증상이 나타나지 않기 때문에 상당히 진행된 상태, 즉 높은 임상기(임상3기)에서야 발견이 된다. 따라서 난소암은 대수술을 반드시 필요로 하며 동시에 복합적 치료방법이 항시 요구된다. 그러므로 환자의 강한 투지와 더불어 신체적 에너지를 절대적으로 필요로 하는 질병이라 할 수 있다.In most cases, ovarian cancer is found only in the highly advanced stage (stage 3), since symptoms do not occur even in the case of metastasis to other organs. Therefore, ovarian cancer is a necessity for major surgery, and at the same time, multiple treatment methods are always required. Therefore, it can be said that the physical energy is absolutely necessary with the patient's strong determination.

난소암의 유발인자는 아직까지는 확실한 학술적 증거가 있는 것은 아니다. 여러 가지 화학물질이나 방사선 노출, 내분비적 인자, 바이러스, 혈액형, 영양상태 등이 있을 수 있으나 논란의 대상이 되고 있는 것은 사실이다. 그러나 주목할 것은 가족력으로 볼 때 친지 중에 난소암이 있는 가계에서는 난소암 발생위험률이 50%나 되기 때문에 출산 이후 예방적 난소절제가 고려되기도 한다. 따라서 이들은 20대 초반에 유전 상담을 시작해야하며, 실제적인 신체적 검진은 30대 초반에 이루어져야 한다. 이들은 25세부터 골반진찰 및 초음파, 난소암 진단을 위한 혈액검사가 주기적으로 이루어져야 한다. 신체적 검진은 매 6개월마다 골반 및 복부 진찰, 혈청검사로, 그리고 매 1년마다 골반초음파를 할 것을 권장한다.The cause of ovarian cancer has yet to be proven. There may be various chemicals or exposure to radiation, endocrine factors, viruses, blood types, and nutritional status, but it is the subject of controversy. However, it is noteworthy that familial history of ovarian cancer in ovarian cancer patients has a 50% risk of developing ovarian cancer, so prophylactic ovariectomy may be considered after childbirth. Therefore, they should begin genetic counseling in their early 20s, and actual physical examinations should be done in their early thirties. They should be regularly undergoing pelvic examinations and blood tests for ultrasound and ovarian cancer from age 25. Physical examinations are recommended every 6 months with pelvic and abdominal examination, serologic testing, and every 1 year with pelvic ultrasonography.

난소암은 수술 후 항암화학치료제에 비교적 민감하게 반응하나 이 질환으로 사망률이 매우 높은 까닭에 좀 더 새로운 개발이 절실한 상황이다. 수술요법은 적절한 제거(optimal surgery), 즉 제거 후 복강 내에 남아 있는 악성 종양의 크기가 지름 1 ㎝ 미만으로 줄어졌느냐에 따라 그 성패가 좌우된다. 이러한 종양 감축술의 시행은 수술 받은 환자의 예후와도 직결되기 때문이다. 또한 수술 후 잔류 종양의 크기가 작으면 작을수록 수술 후 항암치료제 투여에 예후가 훨씬 좋아진다. 난소암 치료에서 방사선요법은 여러가지 검토가 이루어져야 한다. 일부 몇몇의 난소암을 제외하고는 방사선 단독요법은 부적절한 경우가 많으며 특히 생식 능력의 보존이라는 측면에서는 세부적인 검토가 필요하다. 최근 항암요법으로는 시스플라틴(cisplatin), 카르보플라틴(carboplatin)이 주가 되며 탁솔(taxol), 토포테칸(topotecan)과 같은 약제가 부각되고 있다.Ovarian cancer is relatively sensitive to post-operative chemotherapeutic agents, but due to its high mortality rate, it is in urgent need of further development. Operative therapy depends on optimal surgery, ie, whether the size of malignant tumors remaining within the abdominal cavity after removal is reduced to less than 1 ㎝ in diameter. This tumor reduction is directly related to the prognosis of the operated patient. The smaller the size of residual tumor after surgery, the better the prognosis for postoperative chemotherapy. Radiation therapy for ovarian cancer should be reviewed. Except for some ovarian cancer, radiation monotherapy is often inadequate, especially in terms of preserving fertility. Recently, cisplatin and carboplatin have been the major anticancer drugs, and taxol and topotecan have been highlighted.

그러나, 난소암은 부인암 중 가장 치명적인 암으로 3기 이상의 진행성 난소암의 경우 초기 치료에서 60-70 % 정도의 관해율을 보이지만, 결국 대부분의 환자가 재발성, 항암제 내성암으로 진행되어 사망에 이르게 된다. 암줄기세포는 현재 재발성, 항암제 내성암을 발생시키는 주요 원인으로 추정되며, microRNA의 발현은 암줄기세포의 유전자 조절에 중요한 역할을 담당하고 있는 것으로 추정된다.
However, ovarian cancer is the most deadly cancer of gynecologic cancer. In the case of advanced ovarian cancer of three or more stages, the initial treatment shows a remission rate of about 60-70%. However, most of the patients are relapsed, do. Cancer cells are presumed to be the main cause of recurrent cancer, and microRNA expression is presumed to play an important role in gene regulation of cancer stem cells.

본 명세서 전체에 걸쳐 다수의 논문 및 특허문헌이 참조되고 그 인용이 표시되어 있다. 인용된 논문 및 특허문헌의 개시 내용은 그 전체로서 본 명세서에 참조로 삽입되어 본 발명이 속하는 기술 분야의 수준 및 본 발명의 내용이 보다 명확하게 설명된다.
Numerous papers and patent documents are referenced and cited throughout this specification. The disclosures of the cited papers and patent documents are incorporated herein by reference in their entirety to better understand the state of the art to which the present invention pertains and the content of the present invention.

본 발명자들은 난소암의 재발(recurrence) 및 항암제 내성을 유발하는 주요한 원인인 암줄기세포의 유전자 조절에 중요한 역할을 담당하고 있는 것으로 추정되는 마이크로 RNA(miRNA)의 발현 양을 조사하여, 재발성 난소암의 조기 진단 및 예방하고자 노력하였다. 그 결과, 일차성 난소암 및 재발성 난소암의 마이크로 RNA 발현 양을 분석하여 재발성 난소암 특이적인 마이크로 RNA를 규명함으로써, 본 발명을 완성하였다.The present inventors examined the expression levels of microRNAs (miRNAs) presumed to play an important role in gene regulation of cancer stem cells, which are the main cause of ovarian cancer recurrence and anticancer drug resistance, And to prevent early diagnosis. As a result, the inventors have completed the present invention by analyzing the amount of microRNA expressed in primary ovarian cancer and recurrent ovarian cancer to identify recurrent ovarian cancer-specific microRNAs.

따라서, 본 발명의 목적은 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법을 제공하는 데 있다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer.

본 발명의 다른 목적은 재발성 난소암의 예측 또는 진단용 키트를 제공하는 데 있다.It is another object of the present invention to provide a kit for the prediction or diagnosis of recurrent ovarian cancer.

본 발명의 또 다른 목적은 난소암 재발 억제용 의약 후보물질(drug candidate)의 스크리닝 방법을 제공하는 데 있다.It is another object of the present invention to provide a screening method of a drug candidate for inhibiting recurrence of ovarian cancer.

본 발명의 다른 목적은 난소암 재발 억제용 약제학적 조성물을 제공하는 데 있다.
It is another object of the present invention to provide a pharmaceutical composition for inhibiting ovarian cancer recurrence.

본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 발명의 상세한 설명, 청구범위 및 도면에 의해 보다 명확하게 된다.
Other objects and advantages of the present invention will become more apparent from the following detailed description of the invention, claims and drawings.

본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법을 제공한다.
According to one aspect of the present invention, the present invention provides a method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer.

본 발명자들은 난소암의 재발(recurrence) 및 항암제 내성을 유발하는 주요한 원인인 암줄기세포의 유전자 조절에 중요한 역할을 담당하고 있는 것으로 추정되는 마이크로 RNA(miRNA)의 발현 양을 조사하여, 재발성 난소암의 조기 진단 및 예방하고자 노력하였다. 그 결과, 일차성 난소암 및 재발성 난소암의 마이크로 RNA 발현 양을 분석하여 재발성 난소암 특이적인 마이크로 RNA를 규명하였다.
The present inventors examined the expression levels of microRNAs (miRNAs) presumed to play an important role in gene regulation of cancer stem cells, which are the main cause of ovarian cancer recurrence and anticancer drug resistance, And to prevent early diagnosis. As a result, microRNA expression levels of primary ovarian cancer and recurrent ovarian cancer were analyzed to identify recurrent ovarian cancer - specific microRNAs.

본 발명의 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법을 단계별로 상세하게 설명한다.The method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer of the present invention will be described step by step in detail.

단계 (a): miRNAs의 발현을 측정하는 단계Step (a): measuring the expression of miRNAs

난소암 환자로부터 분리된 생물학적 시료의 miRNAs의 발현을 측정한다.The expression of miRNAs in biological samples isolated from ovarian cancer patients is measured.

본 발명에서 예측 또는 진단하고자 하는 “재발성 난소암(recurrent ovarian cancer)”은 일차성 난소암(primary ovarian cancer) 발생 후에 재발되는 난소암으로, 가장 큰 특징은 항암제 내성을 갖는 점이다. 보다 상세하게는, 일차성 난소암을 진단받고 병기결정(staging) 수술 후 항암제(예컨대, 탁신계 항암제, 플래티늄계 항암제)를 투여한 후에 재발된 난소암을 “재발성 난소암”이라고 한다. 재발성 난소암의 경우 항암제 내성을 갖고 있어 한 번 난소암이 재발하면 환자는 결국 난소암으로 사망에 이르게 된다. 현재까지 재발성 난소암을 치료하는 방법이 개발되어 있지 않으며, 이에 관련된 유전자 등의 변화 양상에 대한 연구도 매우 제한적이다.The "recurrent ovarian cancer" to be predicted or diagnosed in the present invention is an ovarian cancer that recurs after the occurrence of primary ovarian cancer. The most important feature is ovarian cancer resistance. More specifically, a recurrent ovarian cancer after the diagnosis of primary ovarian cancer and the administration of an anticancer agent (for example, a thrombotic cancer drug or a platinum-based anticancer drug) after staging surgery is referred to as " recurrent ovarian cancer ". Recurrent ovarian cancer has an anticancer drug resistance. Once ovarian cancer recurs, the patient will eventually die of ovarian cancer. To date, no method has been developed for the treatment of recurrent ovarian cancer.

본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 생물학적 시료는 난소암 조직이다. 본 발명의 다른 구현예에 따르면, 상기 난소암 조직의 동결건조 조직(fresh frozen tissue or snep frozen tissue) 또는 포르말린-고정 파라핀 포매 조직(formalin-fixed paraffin embedded tissue; FFPE)로부터 RNA를 추출하여 이용한다.According to one embodiment of the present invention, the biological sample is an ovarian cancer tissue. According to another embodiment of the present invention, RNA is extracted from fresh frozen tissue or snep frozen tissue of the ovarian cancer tissue or formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPE).

본 발명의 재발성 난소암을 예측 또는 진단하기 위해 miRNAs의 발현 양을 분석한다. 본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 miRNAs의 발현 양의 분석은 마이크로어레이를 실시하여 측정한다.The amount of expression of miRNAs is analyzed to predict or diagnose recurrent ovarian cancer of the present invention. According to one embodiment of the present invention, the expression level of the miRNAs is assayed by microarray.

상기 마이크로어레이는 고상표면에 프로브 또는 프라이머가 고정화 되어 있다.The microarray has a probe or a primer immobilized on the surface of the solid phase.

본 발명에서 이용되는 프로브 또는 프라이머는 miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p. miR-3656, miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 miRNA의 뉴클레오티드 서열에 대하여 상보적인 서열을 갖는다. 본 명세서에서 용어“상보적(complementary)”은 어떤 특정한 혼성화(hybridization) 또는 어닐링 조건 하에서 상술한 뉴클레오티드 서열에 선택적으로 혼성화 할 수 있을 정도의 상보성을 갖는 것을 의미한다. 따라서 용어 “상보적”은 용어 완전 상보적(perfectly complementary)과는 다른 의미를 가지며, 본 발명의 프라이머 또는 프로브는 상술한 뉴클레오티드 서열에 선택적으로 혼성화 할 수 있을 정도이면, 하나 또는 그 이상의 미스매치(mismatch) 염기서열을 가질 수 있다. 프라이머 또는 프로브 제작 시 참조하여야 하는 본 발명의 miRNA의 뉴클레오타이드 서열은 GenBank에서 확인할 수 있으며, 이 서열을 참조하여 프라이머 또는 프로브를 디자인할 수 있다.The probes or primers used in the present invention are miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR- , miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p. miRNA-509-3p, miR-504-3p, miR-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR- 5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- Having a sequence complementary to the nucleotide sequence of one or more miRNAs selected from the group consisting of SEQ ID NOs. The term " complementary " as used herein means having complementarity enough to selectively hybridize to the nucleotide sequences described above under any particular hybridization or annealing conditions. Thus, the term " complementary " has a different meaning from the term complementary, and the primers or probes of the present invention may include one or more mismatches mismatch < / RTI > sequence. The nucleotide sequence of the miRNA of the present invention to be referred to in the preparation of the primer or probe can be confirmed by GenBank, and a primer or a probe can be designed with reference to this sequence.

본 발명의 키트 또는 방법에 의해 분석된 상기 miRNA의 발현 정도, 예컨대, RT(reverse transcriptase)-PCR 또는 실시간(real-time)-PCR 방법(참조: Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001))에 의해 측정된 발현 정도가 정상 대조군과 비교하여 1.5배 이상, 본 발명의 일 구현예에 따르면 2배 이상, 본 발명의 다른 구현예에 따르면, 3배 이상의 발현도를 나타내는 경우에는 분석 시료를 채취한 대상(subject)이 재발성 난소암을 가지고 있거나 발병 위험도가 높은 것으로 판정한다.
The degree of expression of the miRNA analyzed by the kit or method of the present invention, such as RT (reverse transcriptase) -PCR or real-time-PCR (see Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. The degree of expression as measured by the method described in the Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)) is 1.5 times or more as compared with the normal control, twice as much according to one embodiment of the present invention, , And when the expression level is three times or more, the subject to be analyzed is judged to have recurrent ovarian cancer or a high risk of developing ovarian cancer.

단계 (b): 재발성 난소암의 예측 또는 진단 단계Step (b): prediction or diagnosis of recurrent ovarian cancer

다음, 상기 miRNAs의 발현 양을 분석하여 재발성 난소암의 예측 또는 진단한다. Next, the expression level of the miRNAs is analyzed to predict or diagnose recurrent ovarian cancer.

상기 예측 또는 진단은 일차성 난소암(primary ovarian cancer) 조직의 miRNAs 발현 양과 비교하여 재발성 난소암을 판정한다; (ⅰ) miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656으로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 상향-조절(up-regulated)되는 경우; 또는 (ⅱ) miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 재발성 난소암으로 판정한다.Wherein said prediction or diagnosis determines recurrent ovarian cancer in comparison to the amount of expression of miRNAs in primary ovarian cancer tissue; MiR-425, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-3692-5p, miR- at least one microRNA selected from the group consisting of miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p, and miR-3656 is up- If it is; MiR-509-3p, miR-509-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR- 5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- Recurrent ovarian cancer is determined when one or more microRNAs selected from the group of constructs are down-regulated.

본 발명은 miRNAs의 발현 정도와 재발성 난소암 사이의 상관성에 기초한다. 즉, miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656의 발현은 재발성 난소암 환자에서 상향-조절 되는 양상으로 나타나고, 일차성 난소암 환자에서는 하향-조절 되는 양상으로 나타난다. 또한, miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p는 재발성 난소암 환자에서 하향-조절 되는 양상으로 나타나고, 일차성 난소암 환자에서는 상향-조절 되는 양상으로 나타난다. 본 명세서에서 miRNAs를 언급하면서 사용되는 용어 “상향-조절”은 조사 대상의 시료(예컨대, 세포)에서의 상기 miRNA의 발현 정도가 일차성 난소암 세포의 miRNA 발현 정도와 비교하여 높은 경우를 의미한다. 본 명세서에서 상기 miRNA를 언급하면서 사용되는 용어 “하향-조절”은 조사 대상의 시료(예컨대, 세포)에서의 miRNA의 발현 정도가 일차성 난소암 세포의 miRNA 발현 정도와 비교하여 낮은 경우를 의미한다.The present invention is based on the degree of expression of miRNAs and the correlation between recurrent ovarian cancer. MiR-370, miR-3780, miR-370, miR-370, miR-370, miR- Expression of miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p and miR-3656 was shown to be up-regulated in patients with recurrent ovarian cancer, In ovarian cancer patients, they appear to be down-regulated. MiR-509-3p, miR-504-3p, miR-506-3p, miR-509-3p, miR-509-3-5p, miR- miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR- It is a down - regulated pattern in ovarian cancer patients and an upward - regulated pattern in primary ovarian cancer patients. The term " up-regulation " used herein to refer to miRNAs refers to the case where the expression level of the miRNA in the sample (e.g., cell) to be investigated is higher than the miRNA expression level of primary ovarian cancer cells . The term " down-regulation " used herein to refer to the miRNA herein refers to the case where the expression level of miRNA in the sample (e.g., cell) to be irradiated is lower than the miRNA expression level of primary ovarian cancer cells .

본 발명의 재발성 난소암을 판정하는데 있어서, 상기 상향-조절은 1.5배 이상, 2.0 배 이상 또는 2.3배 이상 발현 양이 증가된 것을 의미하고, 상기 하향-조절은 1.5배 이상, 2.0배 이상 또는 3.0배 이상 발현 양이 감소된 것을 의미한다.
In the determination of the recurrent ovarian cancer of the present invention, the up-regulation means that the expression level is 1.5 times or more, 2.0 times or 2.3 times or more, and the down-regulation is 1.5 times or more, 2.0 times or more Which means that the expression level of 3.0 times or more is decreased.

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p, miR-3656, miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA에 대한 프라이머 또는 프로브를 포함하는 재발성 난소암의 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.According to another aspect of the present invention, there is provided a pharmaceutical composition comprising miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR- -4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p, miR-3656, miRNA- -3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, , primers or probes for one or more microRNAs selected from the group consisting of miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- Lt; RTI ID = 0.0 > ovarian cancer. ≪ / RTI >

본 발명의 키트가 마이크로어레이인 경우에는, 마이크로어레이의 고상표면에 프로브가 고정화 되어 있다. 본 발명의 키트가 유전자 증폭 키트인 경우에는 프라이머를 포함한다.When the kit of the present invention is a microarray, the probe is immobilized on the solid-phase surface of the microarray. When the kit of the present invention is a gene amplification kit, it includes a primer.

본 발명의 키트 또는 방법에 의해 분석된 상기 miRNA의 발현 정도, 예컨대, RT(reverse transcriptase)-PCR 또는 실시간(real-time)-PCR 방법(참조: Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001))에 의해 측정된 발현 정도가 정상 대조군과 비교하여 1.5배 이상, 바람직하게는 2배 이상, 가장 바람직하게는 3배 이상의 발현도를 나타내는 경우에는 분석 시료를 채취한 대상(subject)이 재발성 난소암을 가지고 있거나 발병 위험도가 높은 것으로 판정한다.
The degree of expression of the miRNA analyzed by the kit or method of the present invention, such as RT (reverse transcriptase) -PCR or real-time-PCR (see Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. The expression level measured by the method described in the Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)) is 1.5 times or more, preferably 2 times or more, and most preferably 3 times or more as compared with the normal control, The subject to be sampled is judged to have recurrent ovarian cancer or a high risk of developing it.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 난소암 재발 억제용 의약 후보물질(drug candidate)의 스크리닝 방법을 제공한다.
According to another aspect of the present invention, there is provided a method for screening a drug candidate for inhibiting recurrence of ovarian cancer.

본 발명의 난소암 재발 억제용 의약 후보물질(drug candidate)의 스크리닝 방법을 단계별로 상세하게 설명한다.
The screening method of the drug candidates for inhibiting the recurrence of ovarian cancer of the present invention will be described step by step.

단계 (a): 난소암 세포에 분석시료를 접촉하는 단계Step (a): Step of contacting an assay sample with ovarian cancer cells

본 발명의 난소암 재발 억제용 의약 후보물질을 스크리닝 하기 위해, 난소암 세포에 분석시료를 접촉한다.In order to screen the drug candidates for inhibiting recurrence of ovarian cancer of the present invention, the ovarian cancer cells are contacted with the analytical sample.

본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 난소암 세포는 UWB1.289(ATCC, CRL-2745), SK-OV-3(ATCC, HTB-77), UWB1.289+BRCA1(ATCC, CRL-2946) 또는 재발성 난소암 환자의 난소암 조직으로부터 분리된 세포이다.According to one embodiment of the present invention, the ovarian cancer cells are UWB1.289 (ATCC, CRL-2745), SK-OV-3 (ATCC, HTB-77), UWB1.289 + BRCA1 (ATCC, CRL- Or ovarian cancer tissue in patients with recurrent ovarian cancer.

본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 분석시료는 화학물질, 펩타이드 및 천연 추출물을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 본 발명의 스크리닝 방법에 의해 분석되는 시료는 단일 화합물 또는 화합물들의 혼합물(예컨대, 천연 추출물 또는 세포 또는 조직 배양물)이다. 시료는 합성 또는 천연 화합물의 라이브러리로부터 얻을 수 있다. 이러한 화합물의 라이브러리를 얻는 방법은 당업계에 공지되어 있다. 합성 화합물 라이브러리는 Maybridge Chemical Co.(UK), Comgenex(USA), Brandon Associates(USA), Microsource(USA) 및 Sigma-Aldrich(USA)에서 상업적으로 구입 가능하며, 천연 화합물의 라이브러리는 Pan Laboratories(USA) 및 MycoSearch(USA)에서 상업적으로 구입 가능하다. 시료는 당업계에 공지된 다양한 조합 라이브러리 방법에 의해 얻을 수 있으며, 예를 들어, 생물학적 라이브러리, 공간 어드레서블 패러럴 고상 또는 액상 라이브러리(spatially addressable parallel solid phase or solution phase libraries), 디컨볼루션이 요구되는 합성 라이브러리 방법, “1-비드 1-화합물” 라이브러리 방법, 그리고 친화성 크로마토그래피 선별을 이용하는 합성 라이브러리 방법에 의해 얻을 수 있다. 분자 라이브러리의 합성 방법은, DeWitt et al., Proc . Natl . Acad . Sci . U.S.A. 90, 6909, 1993; Erb et al. Proc . Natl . Acad . Sci . U.S.A. 91, 11422, 1994; Zuckermann et al., J. Med . Chem . 37, 2678, 1994; Cho et al., Science 261, 1303, 1993; Carell et al., Angew . Chem . Int . Ed . Engl . 33, 2059, 1994; Carell et al., Angew . Chem. Int . Ed . Engl . 33, 2061; Gallop et al., J. Med . Chem . 37, 1233, 1994 등에 개시되어 있다.
According to one embodiment of the present invention, the analytical sample includes, but is not limited to, chemicals, peptides, and natural extracts. The sample analyzed by the screening method of the present invention is a single compound or a mixture of compounds (e.g., a natural extract or a cell or tissue culture). Samples can be obtained from a library of synthetic or natural compounds. Methods for obtaining libraries of such compounds are known in the art. Synthetic compound libraries are commercially available from Maybridge Chemical Co., Comgenex (USA), Brandon Associates (USA), Microsource (USA) and Sigma-Aldrich (USA) ) And MycoSearch (USA). Samples can be obtained by various combinatorial library methods known in the art and include, for example, biological libraries, spatially addressable parallel solid phase or solution phase libraries, , The " 1-bead 1-compound " library method, and the synthetic library method using affinity chromatography screening. Methods for synthesis of molecular libraries are described in DeWitt et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA 90, 6909, 1993; Erb et al. Proc . Natl . Acad . Sci . USA 91, 11422, 1994; Zuckermann et al., J. Med . Chem . 37, 2678, 1994; Cho et al., Science 261, 1303, 1993; Carell et al., Angew . Chem . Int . Ed . Engl . 33,2059,1994; Carell et al., Angew . Chem. Int . Ed . Engl . 33, 2061; Gallop et al., J. Med . Chem . 37, 1233, 1994, and the like.

단계 (b): Step (b): miRNAmiRNA 발현 수준을 측정하여 분석시료를 판정하는 단계 Determining the assay sample by measuring the expression level

상기 난소암 세포의 miRNA 발현 수준을 측정하여 분석시료를 판정한다. 보다 상세하게는, (ⅰ) miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656으로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 상향-조절(up-regulated)되는 경우; 또는 (ⅱ) miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 상기 분석시료는 난소암 재발 억제용 의약 후보물질로 판정한다.The level of miRNA expression of the ovarian cancer cells is measured to determine assay samples. More particularly, the present invention relates to a pharmaceutical composition comprising (i) miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR- one or more microRNAs selected from the group consisting of miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR- (up-regulated); MiR-509-3p, miR-509-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR- 5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- If one or more of the microRNAs selected from the group of constructs is down-regulated, the assay sample is determined to be a drug candidate for inhibiting recurrence of ovarian cancer.

본 발명의 스크리닝 방법을 상기 miRNAs의 발현을 분석하여 실시하는 경우, miRNAs의 발현량 변화의 측정은 당업계에 공지된 다양한 방법을 통해 실시될 수 있다. 예를 들어, RT-PCR(Sambrook 등, Molecular Cloning . A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001)), 노던 블롯팅(Peter B. Kaufma et al., Molecular and Cellular Methods in Biology and Medicine, 102-108, CRC press), cDNA 마이크로어레이를 이용한 혼성화 반응(Sambrook 등, Molecular Cloning . A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001)) 또는 인 시투(in situ) 혼성화 반응(Sambrook 등, Molecular Cloning . A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001))을 이용하여 실시할 수 있다.
When the screening method of the present invention is carried out by analyzing the expression of the miRNAs, the measurement of the expression level of miRNAs can be carried out through various methods known in the art. For example, such as RT-PCR (Sambrook, Molecular Cloning . A Laboratory Manual , 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)), northern blotting (Peter B. Kaufma et al., Molecular and Cellular Methods in Biology and Medicine , 102-108, CRC press), hybridization reaction using a cDNA microarray (Sambrook et al., Molecular Cloning . A Laboratory Manual , 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)) or in situ (in situ hybridization reaction (Sambrook et al., Molecular Cloning . A Laboratory Manual , 3rd ed. Cold Spring Harbor Press (2001)).

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656으로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA에 대한 안티센스 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 난소암 재발 억제용 약제학적 조성물을 제공한다.According to another aspect of the present invention, there is provided a pharmaceutical composition comprising miR-630, miR-370, miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR- At least one microRNA selected from the group consisting of: -4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p and miR- There is provided a pharmaceutical composition for inhibiting the recurrence of ovarian cancer comprising the antisense oligonucleotide.

본 명세서에서 용어 “안티센스 올리고뉴클레오타이드”는 타겟으로 하는 miRNA, 특히 miRNA의 씨드 서열에 대한 상보적인 서열을 가지고 있어 miRNA와 이합체(duplex)를 형성할 수 있는 핵산-기반 분자를 포괄한다. 따라서, 본 명세서에서 용어 “안티센스 올리고뉴클레오타이드”는 “상보적 핵산-기반 억제제”로 기재될 수 있다.
As used herein, the term " antisense oligonucleotide " encompasses nucleic acid-based molecules capable of forming duplexes with miRNAs having complementary sequences to the target miRNAs, particularly miRNAs. Thus, the term " antisense oligonucleotide " herein can be described as a " complementary nucleic acid-based inhibitor ".

본 발명의 조성물이 약제학적 조성물로 제조되는 경우, 본 발명의 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용되는 담체를 포함한다. 본 발명의 약제학적 조성물에 포함되는 약제학적으로 허용되는 담체는 제제시에 통상적으로 이용되는 것으로서, 락토스, 덱스트로스, 수크로스, 솔비톨, 만니톨, 전분, 아카시아 고무, 인산 칼슘, 알기네이트, 젤라틴, 규산 칼슘, 미세결정성 셀룰로스, 폴리비닐피롤리돈, 셀룰로스, 물, 시럽, 메틸 셀룰로스, 메틸히드록시벤조에이트, 프로필히드록시벤조에이트, 활석, 스테아르산 마그네슘 및 미네랄 오일 등을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 본 발명의 약제학적 조성물은 상기 성분들 이외에 윤활제, 습윤제, 감미제, 향미제, 유화제, 현탁제, 보존제 등을 추가로 포함할 수 있다. 적합한 약제학적으로 허용되는 담체 및 제제는 Remington's Pharmaceutical Sciences (19th ed., 1995)에 상세히 기재되어 있다.When the composition of the present invention is manufactured from a pharmaceutical composition, the pharmaceutical composition of the present invention includes a pharmaceutically acceptable carrier. The pharmaceutically acceptable carriers to be contained in the pharmaceutical composition of the present invention are those conventionally used in the present invention and include lactose, dextrose, sucrose, sorbitol, mannitol, starch, acacia rubber, calcium phosphate, alginate, gelatin, But are not limited to, calcium silicate, microcrystalline cellulose, polyvinylpyrrolidone, cellulose, water, syrups, methylcellulose, methylhydroxybenzoate, propylhydroxybenzoate, talc, magnesium stearate and mineral oil. It is not. The pharmaceutical composition of the present invention may further contain a lubricant, a wetting agent, a sweetening agent, a flavoring agent, an emulsifying agent, a suspending agent, a preservative, etc. in addition to the above components. Suitable pharmaceutically acceptable carriers and formulations are described in detail in Remington ' s Pharmaceutical Sciences (19th ed., 1995).

본 발명의 약제학적 조성물은 경구 또는 비경구 투여할 수 있으며, 비경구 투여인 경우에는 정맥내 주입, 피하 주입, 근육 주입, 복강 주입, 경피 투여, 점막 투여 및 점안 투여 등으로 투여할 수 있다. The pharmaceutical composition of the present invention can be administered orally or parenterally. In the case of parenteral administration, the composition can be administered by intravenous infusion, subcutaneous injection, muscle injection, intraperitoneal injection, percutaneous administration, mucosal administration, or topical administration.

본 발명의 약제학적 조성물의 적합한 투여량은 제제화 방법, 투여 방식, 환자의 연령, 체중, 성, 병적 상태, 음식, 투여 시간, 투여 경로, 배설 속도 및 반응 감응성과 같은 요인들에 의해 다양하게 처방될 수 있다. 바람직하게는, 본 발명의 약제학적 조성물의 투여량은 성인 기준으로 0.001-100 ㎎/kg(체중)이다.The appropriate dosage of the pharmaceutical composition of the present invention may vary depending on factors such as the formulation method, administration method, age, body weight, sex, pathological condition, food, administration time, administration route, excretion rate, . Preferably, the dosage of the pharmaceutical composition of the present invention is 0.001-100 mg / kg (body weight) on an adult basis.

본 발명의 약제학적 조성물은 당해 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자가 용이하게 실시할 수 있는 방법에 따라, 약제학적으로 허용되는 담체 및/또는 부형제를 이용하여 제제화함으로써 단위 용량 형태로 제조되거나 또는 다용량 용기 내에 내입시켜 제조될 수 있다. 이때 제형은 오일 또는 수성 매질중의 용액, 현탁액, 시럽제 또는 유화액 형태이거나 엑스제, 산제, 분말제, 과립제, 정제 또는 캅셀제 형태일 수도 있으며, 분산제 또는 안정화제를 추가적으로 포함할 수 있다.
The pharmaceutical composition of the present invention may be formulated into a unit dose form by formulating it using a pharmaceutically acceptable carrier and / or excipient according to a method which can be easily carried out by a person having ordinary skill in the art to which the present invention belongs. Or by intrusion into a multi-dose container. The formulations may be in the form of solutions, suspensions, syrups or emulsions in oils or aqueous media, or in the form of excipients, powders, powders, granules, tablets or capsules, and may additionally contain dispersing or stabilizing agents.

본 발명의 특징 및 이점을 요약하면 다음과 같다: The features and advantages of the present invention are summarized as follows:

(a) 본 발명은 재발성 난소암의 예측 또는 진단 방법, 난소암 재발 억제용 의약 후보물질(drug candidate)의 스크리닝 방법 및 난소암 재발 억제용 약제학적 조성물을 제공한다.(a) The present invention provides a method for predicting or diagnosing recurrent ovarian cancer, a method for screening a drug candidate for inhibiting ovarian cancer recurrence, and a pharmaceutical composition for inhibiting ovarian cancer recurrence.

(b) 본 발명은 재발성 난소암, 즉 항암제 내성 난소암 환자에서 고발현 또는 저발현 되는 miRNAs를 규명하여, 항암제 내성이 생기는 기전을 이해하고 재발성 난소암 환자의 생존률을 높일 수 있는 새로운 치료방법에 대한 기초 연구를 제공한다.
(b) The present invention is to identify miRNAs that are highly expressed or underexpressed in patients with recurrent ovarian cancer, ie, cancer-resistant ovarian cancer, to understand the mechanism of resistance to chemotherapy and to improve the survival rate of patients with recurrent ovarian cancer It provides a basic study on the method.

도 1은 마이크로 RNA 마이크로어레이의 작업플로우를 보여준다.
도 2는 난소암 환자 선별을 나타내는 것으로, 환자에서 처음 난소암을 진단받고 병기결정 수술을 시행할 때 채취한 조직(일차성 난소암 조직)과, 재발 판정 후 시행한 두번째 수술에서 채취한 조직(재발성 난소암 조직)이 있는 경우를 대상으로 한다.
도 3은 마이크로어레이를 실시한 시료를 도식적으로 나타낸다.
도 4a 및 도 4b는 동결건조 조직(fresh-frozen tissue)와 포르말린-고정 파라핀 포매(FFPE; Formalin-fixed paraffin embedded)의 마이크로 RNA 발현 결과를 비교한 그래프로, 두 샘플에서 거의 동일한 패턴을 나타낸다. p 값은 0.001 미만이다.
도 5는 일차성 난소암 및 재발성 난소암의 마이크로어레이 결과를 나타낸다.
도 6은 정상군과 비교하여 4배 이상 상향-조절(up-regulated)된 일차성 난소암 관련 마이크로 RNA 및 재발성 난소암 관련 마이크로 RNA를 나타낸다.
도 7은 정상군과 비교하여 4배 이상 하향-조절(down-regulated)된 일차성 난소암 관련 마이크로 RNA 및 재발성 난소암 관련 마이크로 RNA를 나타낸다.
Figure 1 shows the work flow of a microRNA microarray.
FIG. 2 shows the screening of patients with ovarian cancer. FIG. 2 is a graph showing the results of screening for ovarian cancer patients in which the tissues (primary ovarian cancer tissues) Recurrent ovarian cancer tissue).
Figure 3 schematically shows a sample subjected to microarray.
4A and 4B are graphs comparing microRNA expression results of fresh-frozen tissue and formalin-fixed paraffin embedded (FFPE), and show almost the same pattern in both samples. The p value is less than 0.001.
Figure 5 shows microarray results of primary ovarian cancer and recurrent ovarian cancer.
FIG. 6 shows up-regulated primary ovarian cancer-related microRNAs and recurrent ovarian cancer-related microRNAs four times or more as compared with the normal group.
FIG. 7 shows down-regulated primary ovarian cancer-related microRNAs and recurrent ovarian cancer-related microRNAs four times or more as compared with the normal group.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. It is to be understood by those skilled in the art that these embodiments are only for describing the present invention in more detail and that the scope of the present invention is not limited by these embodiments in accordance with the gist of the present invention .

실시예Example

실험 재료 및 실험 과정Experimental Materials and Experimental Process

샘플 수집(Sample collection ( biosamplebiosample collectioncollection ))

환자에서 처음 난소암을 진단받고 병기결정 수술을 시행할 때 채취한 조직(일차성 난소암 조직)과, 재발 판정 후 시행한 두번째 수술에서 채취한 조직(재발성 난소암 조직)이 있는 경우를 대상으로 하였다.The patients who were initially diagnosed with ovarian cancer and had a recurrent ovarian cancer tissue (primary ovarian cancer tissue) and a second ovarian cancer tissue (recurrent ovarian cancer tissue) Respectively.

재발 후 조직은 동결보존 조직(snap frozen tissue) 및 파라핀 포매 조직으로 보관되어 있는 형태를 사용하였고, 그 근거는 다음과 같다. 다른 종류의 RNA와 달리 MicroRNA의 경우 동결보존되어 있는 조직에서와 마찬가지로, 포르말린으로 고정시킨 파라핀 포매 조직에서도 MicroRNA의 발현이 일정하게 보존되는 것으로 알려져있다(Hasemeier B, et al, BMC Biotechnol. 2008 Nov 27;8:90). 따라서, 본원 병리과에 보관 중인 난소암 환자의 조직을 이용하여 실험을 진행하였다.
After recurrence, tissues were stored in snap frozen tissues and paraffin embedded tissues. In contrast to other types of RNA, MicroRNA is known to retain a constant expression of microRNA in formalin-fixed paraffin-embedded tissues as well as in cryopreserved tissues (Hasemeier B, et al, BMC Biotechnol. ; 8: 90). Therefore, we performed the experiment using the tissues of ovarian cancer patients in our hospital.

MicroRNA 마이크로어레이MicroRNA microarray

총 RNA 샘플은 100 ng을 사용하였고, 포함된 microRNA는 아질런트 miRNA 컴플릿 라벨링 및 하이브키트(Agilent miRNA Complete Labeling and HybKit, AgilentTechnologies, CA)를 이용하여 Cyanine3-pGp(Cy3)으로 표지(labeling)하였다.100 ng of the total RNA sample was used and the contained microRNA was labeled with Cyanine3-pGp (Cy3) using azilut miRNA complement labeling and hive kit (Agilent miRNA Complete Labeling and HybKit, Agilent Technologies, CA).

샘플들을 아질런트 휴먼 miRNAv14 칩(AMDID029297, Agilent, CA) 상에 위치시키고, 가스킷(Gasket) 슬라이드(Agilent Technologies, CA)로 덮었다. 슬라이드를 아질런트 혼성화 시스템에서 42℃에서 16시간 동안 혼성화(hybridization) 하였다. 부합된 슬라이드를 세척 완충액(0.0005% Triton X-102)로 5분 동안 세척 후 5분 뒤 한번 더 세척을 실시하였다. 세척을 마친 후 슬라이드를 상온에서 3000 rpm으로 원심분리한 후, 건조하였다.Samples were placed on an Agilent human miRNA v14 chip (AMDID029297, Agilent, CA) and covered with a Gasket slide (Agilent Technologies, CA). The slides were hybridized for 16 hours at 42 ° C in a Agilent hybridization system. The fitted slide was washed with wash buffer (0.0005% Triton X-102) for 5 minutes and then again after 5 minutes. After washing, the slides were centrifuged at 3000 rpm at room temperature and then dried.

MicroRNA 어레이는 GeneSpring GX v11.5(Agilent technologies, CA)를 이용하여 분석하였다. 데이터는 원-채널 마이크로어레이(one-channel microarrays)를 위한 표준적인 표준화(normalization) 과정을 거쳤다.MicroRNA arrays were analyzed using GeneSpring GX v11.5 (Agilent technologies, CA). The data was subjected to standard normalization procedures for one-channel microarrays.

원-채널 마이크로어레이를 위해 백분위 중간값 표준화(percentile median normalization), 폴드-변화 값(Fold-change values)을 시료와 대조군 사이의 언페어 비교법(unpaired comparison)을 이용하여 계산하였고, 평균 폴드-변화 값을 계산하기 위해 평균화 하였다. 웰치's t-시험법을 이용하여 p-값을 계산하여 유의한 발현 정도를 판단하였다.For the one-channel microarray, percentile median normalization and fold-change values were calculated using unpaired comparison between sample and control, and mean fold-change values Were calculated. The p - value was calculated using the Welch 's t - test and the significance level was determined.

발굴된 microRNA의 표적 예측(Target prediction)을 위하여 TargetScan 5.1 및 miRBase v16 데이터베이스를 사용하였다(도 1).
TargetScan 5.1 and miRBase v16 databases were used for target prediction of excised microRNAs (Fig. 1).

정량적 실시간 RT-PCR(qRT-PCR)Quantitative real-time RT-PCR (qRT-PCR)

MicroRNA 마이크로어레이 실험 결과 및 트랜스펙션(transfection) 실험의 유효성 검증을 위해 qRT-PCR을 실시하였다.QRT-PCR was performed to validate the results of microRNA microarray experiments and transfection experiments.

TaqMan MicroRNA 분석법(Applied Biosystems)을 이용하여 microRNA를 정량하였다(Johnson CD, et al). 시료로부터 총 RNA를 분리하여 200 뉴클레오타이드 미만의 작은 RNA들을 mirVANA PARIS miRNA 분리 키트(Ambion)를 이용하여 추출하였다. 260 ㎚의 흡광도를 이용하여 RNA의 농도를 측정하고, 표적 microRNA를 정량하였다. microRNA의 정량을 위하여 Ct(threshold cycle)값을 각각 고정된 threshold 0.2를 넘을 때마다의 부분 주기 수(fractional cycle number)로 정의하였다.MicroRNAs were quantified using TaqMan MicroRNA assay (Applied Biosystems) (Johnson CD, et al). Total RNA was isolated from the sample and small RNAs less than 200 nucleotides were extracted using the mirVANA PARIS miRNA isolation kit (Ambion). The concentration of RNA was measured using absorbance at 260 nm and the target microRNA was quantified. For the quantification of microRNA, the threshold cycle (Ct) value was defined as the fractional cycle number of each time the threshold 0.2 was exceeded.

각 microRNA의 정량을 위해 각각 10 ng의 총 RNA를 사용하였다.
10 ng of total RNA was used for quantification of each microRNA.

실험 결과Experiment result

환자의 종양 샘플 및 RNA QCPatient tumor samples and RNA QC

총 RNA 추출은 4명의 정상 난소 조직(fresh-frozen) 및 8명의 난소암 환자를 대상으로 진행하였다. 난소암 환자의 경우 본원 종양 샘플을 보관하고 있는 중에 본원에서 사전 항암요법을 시행 받지 않고 일차로 병기결정수술을 진행하면서 채취한 종양 샘플을 보관하고 있고, 이후 재발 후 이차적 종양감축술이나 기타 병증으로 인해 고식적 수술을 진행하면서 채취한 종양 샘플을 보관하고 있는 환자를 대상으로 진행하였다(도 2, 도 3 및 표 1). 이들 샘플 중 8명은 파라핀-포매 조직으로 총 RNA 추출을 시행하였다.Total RNA extraction was performed on four normal ovarian cancers (fresh-frozen) and eight ovarian cancer patients. In the case of ovarian cancer patient, we preserve the tumor sample while preserving the tumor sample in the primary stage without performing the preoperative chemotherapy, and after the recurrence, the secondary tumor reduction or other pathology (Fig. 2, Fig. 3, and Table 1). Eight of these samples were subjected to total RNA extraction with paraffin-embedded tissues.

하기 표 1의 FFPE는 포르말린-고정 파라핀 포매(Formalin-fixed Paraffin embedded)이고, PFS는 무진행 생존기간(Progression-free Survival)이며, PS는 백금 민감성(Platinum sensitive)이고, PR은 백금 내성 재발(Platinum Resistant Recurrence)이다.The FFPE in Table 1 below is formalin-fixed paraffin embedded, PFS is progression-free survival, PS is platinum sensitive, PR is platinum-resistance relapse Platinum Resistant Recurrence).

환자번호Patient number 샘플 종류Sample Type 병기ordnance 분화도Degree of differentiation 1차 수술Primary surgery 2차 수술Secondary surgery PFS
(개월)
PFS
(month)
재발 유형Type of recurrence
P1P1 snap frozensnap frozen ⅢcⅢc G3G3 2010-02-082010-02-08 2011-12-012011-12-01 1616 PSPS P2P2 snap frozensnap frozen ⅢcⅢc G2G2 2010-12-092010-12-09 2011-12-162011-12-16 88 PSPS P3P3 snap frozensnap frozen ⅢcⅢc G2G2 2011-11-232011-11-23 2012-07-102012-07-10 00 PRPR P4P4 snap frozensnap frozen ⅢcⅢc G3G3 2009-10-052009-10-05 2012-05-162012-05-16 2727 PSPS P5P5 FFPFFFPF ⅢcⅢc G3G3 2006-05-302006-05-30 2009-12-022009-12-02 66 PRPR P6P6 FFPFFFPF IV G3G3 2010-12-242010-12-24 2011-12-062011-12-06 66 PRPR P7P7 FFPFFFPF IV G2G2 2011-08-182011-08-18 2012-08-232012-08-23 77 PSPS P8P8 FFPFFFPF ⅢcⅢc G3G3 2010-04-012010-04-01 2011-03-232011-03-23 88 PSPS

파라핀-paraffin- 포매Embedding 조직에서 추출한  Tissue-extracted microRNAmicroRNA 의 정량적 확인Quantitative confirmation of

이를 위해 2011년에 4명의 정상 난소 조직(fresh-frozen), 8명의 난소암 환자의 fresh-frozen 조직 및 파라핀 포매 조직을 비교 하였고, 이들로부터 채취한 총 RNA의 질은 실험을 진행하기 적합하였고, 이 샘플들의 상관 계수(correlation coefficient)는 신뢰할만 하였다(도 4a 및 도 4b).
In 2011, we compared four fresh-frozen, fresh-frozen, and paraffin-embedded tissues from eight ovarian cancer patients, The correlation coefficients of these samples were reliable (Figs. 4A and 4B).

microRNAmicroRNA 마이크로어레이Microarray

MicroRNA 마이크로어레이를 시행하여 대조군(정상난소 군)과 최초 진단 시 난소암(일차성 난소암) 및 재발성 난소암의 세 그룹 간의 microRNA 발현을 비교하였다(도 5 및 표 2). MicroRNA microarrays were performed to compare the microRNA expression between the control group (normal ovarian group) and the three groups of ovarian cancer (primary ovarian cancer) and recurrent ovarian cancer at the initial diagnosis (FIG. 5 and Table 2).

-- 상향-조절된 miRNAsUp-regulated miRNAs 하향-조절된 miRNAsDown-regulated miRNAs 정상 vs. 일차성 난소암Normal vs. Primary ovarian cancer 5757 7373 정상 vs. 재발성 난소암Normal vs. Recurrent ovarian cancer 8080 119119 일차성 난소암 vs. 재발성 난소암Primary ovarian cancer vs. Recurrent ovarian cancer 6060 5252

상기 표 2는 2배 이상 차이나는 상향-조절 또는 하향-조절된 miRNA를 개수하여 나타내었다.Table 2 above shows the number of up-regulated or down-regulated miRNAs that differ by more than two-fold.

하기 표 3은 정상군과 일차성 난소암의 마이크로어레이 결과를 비교하여 상향-조절 또는 하향-조절된 miRNA를 나타내었다.Table 3 below shows the up-regulated or down-regulated miRNAs by comparing microarray results of normal and primary ovarian cancer.

상향-조절Up-regulation 폴드 변화Fold change 하향-조절Down-regulation 폴드 변화Fold change hsa-miR-200c-3phsa-miR-200c-3p 8.815418.81541 hsa-miR-204-5phsa-miR-204-5p -4.1174-4.1174 hsa-miR-200b-3phsa-miR-200b-3p 8.608468.60846 hsa-miR-424-5phsa-miR-424-5p -3.4337-3.4337 hsa-miR-141-3phsa-miR-141-3p 7.845077.84507 hsa-miR-129-2-3phsa-miR-129-2-3p -3.3847-3.3847 hsa-miR-200a-3phsa-miR-200a-3p 7.438257.43825 hsa-miR-101-3phsa-miR-101-3p -3.3685-3.3685 hsa-miR-205-5phsa-miR-205-5p 7.157627.15762 hsa-miR-362-3phsa-miR-362-3p -3.3642-3.3642 hsa-miR-429hsa-miR-429 6.948526.94852 hsa-miR-136-3phsa-miR-136-3p -3.238-3.238 hsa-miR-96-5phsa-miR-96-5p 6.022516.02251 hsa-miR-136-5phsa-miR-136-5p -3.1687-3.1687 hsa-miR-135b-5phsa-miR-135b-5p 5.540035.54003 hsa-miR-4324hsa-miR-4324 -3.0473-3.0473 hsa-miR-224-5phsa-miR-224-5p 5.315415.31541 hsa-miR-195-5phsa-miR-195-5p -3.0079-3.0079 hsa-miR-183-5phsa-miR-183-5p 4.631874.63187 hsa-miR-125b-5phsa-miR-125b-5p -3.0068-3.0068 hsa-miR-203hsa-miR-203 4.338374.33837 hsa-miR-532-3phsa-miR-532-3p -2.8097-2.8097 hsa-miR-130b-3phsa-miR-130b-3p 3.764933.76493 hsa-miR-376chsa-miR-376c -2.7559-2.7559 hsa-miR-200a-5phsa-miR-200a-5p 3.135663.13566 hsa-miR-99a-5phsa-miR-99a-5p -2.7459-2.7459 hsa-miR-21-3phsa-miR-21-3p 3.090033.09003 hsa-miR-377-3phsa-miR-377-3p -2.7412-2.7412 hsa-miR-221-3phsa-miR-221-3p 2.979812.97981 hsa-miR-214-3phsa-miR-214-3p -2.6489-2.6489 hsa-miR-200b-5phsa-miR-200b-5p 2.946782.94678 hsa-miR-145-5phsa-miR-145-5p -2.6145-2.6145 hsa-miR-95hsa-miR-95 2.847312.84731 hsa-miR-29c-3phsa-miR-29c-3p -2.5987-2.5987

일차성 난소암 및 재발성 난소암에서 발현되는 miRNA 패턴을 비교하였다(도 6, 도 7 및 표 4).MiRNA patterns expressed in primary ovarian cancer and recurrent ovarian cancer were compared (Figs. 6, 7 and Table 4).

상향-조절Up-regulation 폴드 변화Fold change 하향-조절Down-regulation 폴드 변화Fold change hsa-miR-630hsa-miR-630 2.480392.48039 hsa-miR-509-3phsa-miR-509-3p -3.6413-3.6413 hsa-miR-370hsa-miR-370 2.094882.09488 hsa-miR-514a-3phsa-miR-514a-3p -3.127-3.127 hsa-miR-575hsa-miR-575 2.087482.08748 hsa-miR-506-3phsa-miR-506-3p -2.4918-2.4918 hsa-miR-3692-5phsa-miR-3692-5p 1.729061.72906 hsa-miR-508-3phsa-miR-508-3p -2.3845-2.3845 hsa-miR-4270hsa-miR-4270 1.677291.67729 hsa-miR-509-3-5phsa-miR-509-3-5p -2.3436-2.3436 hsa-miR-548qhsa-miR-548q 1.670191.67019 hsa-miR-95hsa-miR-95 -2.3274-2.3274 hsa-miR-135a-3phsa-miR-135a-3p 1.634261.63426 hsa-miR-30a-3phsa-miR-30a-3p -2.2598-2.2598 hsa-miR-1207-5phsa-miR-1207-5p 1.622391.62239 hsa-miR-362-5phsa-miR-362-5p -2.0035-2.0035 hsa-miR-4281hsa-miR-4281 1.608951.60895 hsa-miR-30b-5phsa-miR-30b-5p -2.0014-2.0014 hsa-miR-671-5phsa-miR-671-5p 1.599021.59902 hsa-miR-30e-3phsa-miR-30e-3p -1.9538-1.9538 hsa-miR-638hsa-miR-638 1.598331.59833 hsa-miR-1271-5phsa-miR-1271-5p -1.907-1.907 hsa-miR-1225-5phsa-miR-1225-5p 1.581571.58157 hsa-miR-3607-3phsa-miR-3607-3p -1.862-1.862 hsa-miR-196b-5phsa-miR-196b-5p 1.566541.56654 hsa-miR-30c-5phsa-miR-30c-5p -1.8293-1.8293 hsa-miR-1915-3phsa-miR-1915-3p 1.553721.55372 hsa-miR-182-5phsa-miR-182-5p -1.8284-1.8284 hsa-miR-483-5phsa-miR-483-5p 1.548321.54832 hsa-miR-17-5phsa-miR-17-5p -1.8284-1.8284 hsa-miR-3656hsa-miR-3656 1.537631.53763 hsa-miR-509-5phsa-miR-509-5p -1.825-1.825

이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술하였는바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.While the present invention has been particularly shown and described with reference to exemplary embodiments thereof, it is to be understood that the same is by way of illustration and example only and is not to be construed as limiting the scope of the present invention. It is therefore intended that the scope of the invention be defined by the claims appended hereto and their equivalents.

Claims (9)

다음의 단계를 포함하는 재발성 난소암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위한 방법:
(a) 난소암 환자로부터 분리된 생물학적 시료의 miRNAs의 발현을 측정하는 단계; 및
(b) 상기 miRNAs의 발현 양을 분석하는 단계로서 일차성 난소암(primary ovarian cancer) 조직의 miRNAs 발현 양상과 비교하여 재발성 난소암을 판정한다; 상기 miRNA로서 miR-630가 상향-조절(up-regulated)되는 경우에 재발성 난소암으로 판정한다.
A method for providing information necessary for diagnosis of recurrent ovarian cancer comprising the steps of:
(a) measuring the expression of miRNAs of a biological sample isolated from an ovarian cancer patient; And
(b) determining the amount of expression of said miRNAs as compared to the expression pattern of miRNAs in primary ovarian cancer tissue to determine recurrent ovarian cancer; If miR-630 as the miRNA is up-regulated, it is determined to be a recurrent ovarian cancer.
제 1 항에 있어서, 상기 단계 (a)의 생물학적 시료는 난소암 조직인 것을 특징으로 하는 방법.
2. The method of claim 1, wherein the biological sample of step (a) is an ovarian cancer tissue.
제 1 항에 있어서, 상기 단계 (a)의 miRNAs의 발현은 마이크로어레이를 실시하여 측정하는 것을 특징으로 하는 방법.
2. The method of claim 1, wherein the expression of the miRNAs of step (a) is measured by performing a microarray.
miR-630에 대한 프라이머 또는 프로브를 포함하는 재발성 난소암의 예측 또는 진단용 키트.
A kit for prediction or diagnosis of recurrent ovarian cancer comprising a primer or a probe for miR-630.
다음의 단계를 포함하는 난소암 재발 억제용 의약 후보물질(drug candidate)의 스크리닝 방법:
(a) 난소암 환자로부터 분리된 난소암 세포에 분석시료를 접촉하는 단계; 및
(b) 상기 난소암 세포의 miRNA 발현 수준을 측정하여 분석시료를 판정하는 단계; 상기 miRNA로서 miR-630가 상향-조절(up-regulated)되는 경우에 상기 분석시료는 난소암 재발 억제용 의약 후보물질로 판정한다.
A screening method for a drug candidate for inhibiting recurrence of ovarian cancer comprising the steps of:
(a) contacting an assay sample with an ovarian cancer cell isolated from an ovarian cancer patient; And
(b) determining an assay sample by measuring miRNA expression levels of the ovarian cancer cells; When miR-630 as the miRNA is up-regulated, the assay sample is judged to be a drug candidate for inhibiting recurrence of ovarian cancer.
삭제delete 제 1 항에 있어서, 상기 방법은 다음의 miRNA 발현 양을 분석하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 방법:
(ⅰ) miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656으로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 상향-조절(up-regulated)되는 경우; 또는 (ⅱ) miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 재발성 난소암으로 판정한다.
2. The method of claim 1, wherein the method further comprises analyzing an amount of miRNA expression:
(I) miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR- Wherein at least one microRNA selected from the group consisting of miR-19p, -5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p and miR-3656 is up-regulated; MiR-509-3p, miR-509-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR- 5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- Recurrent ovarian cancer is determined when one or more microRNAs selected from the group of constructs are down-regulated.
제 4 항에 있어서, 상기 키트는 miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p, miR-3656, miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA에 대한 프라이머 또는 프로브를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 재발성 난소암의 예측 또는 진단용 키트.
5. The kit according to claim 4, wherein said kit is selected from the group consisting of miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR- MiR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p, miR-3656, miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR- -508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, Characterized in that it further comprises a primer or a probe for one or more microRNAs selected from the group consisting of miR-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p and miR- Predictive or diagnostic kits for ovarian cancer.
제 5 항에 있어서, 상기 방법은 다음의 miRNA 발현 수준을 측정하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 스크리닝 방법:
(ⅰ) miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR-671-5p, miR-638, miR-1225-5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p 및 miR-3656으로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 상향-조절(up-regulated)되는 경우; 또는 (ⅱ) miRNA-509-3p, miRNA-514a-3p, miR-506-3p, miRNA-508-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR-362-5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR-17-5p 및 miR-509-5p로 구성된 군으로부터 선택되는 하나 이상의 microRNA가 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 상기 분석시료는 난소암 재발 억제용 의약 후보물질로 판정한다.
6. The screening method according to claim 5, wherein the method further comprises the step of measuring the following miRNA expression levels:
(I) miR-575, miR-3692-5p, miR-4270, miR-548q, miR-135a-3p, miR-1207-5p, miR-4281, miR- Wherein at least one microRNA selected from the group consisting of miR-19p, -5p, miR-196b-5p, miR-1915-3p, miR-483-5p and miR-3656 is up-regulated; MiR-509-3p, miR-509-3p, miR-509-3-5p, miR-95, miR-30a-3p, miR- 5p, miR-30b-5p, miR-30e-3p, miR-1271-5p, miR-3607-3p, miR-30c-5p, miR-182-5p, miR- If one or more of the microRNAs selected from the group of constructs is down-regulated, the assay sample is determined to be a drug candidate for inhibiting recurrence of ovarian cancer.
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