KR101256984B1 - Hepatitis E virus detecting method and kit using reverse transcription-polymerase chain reaction enzyme-linked immunosorbent assay - Google Patents

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Abstract

본 발명은 E형 간염 바이러스 유전자 특이적인, HEV 검출용 프라이머 및 프로브, 상기 프라이머 및 프로브를 포함하는 E형 간염 바이러스 유전자 검출용 키트, 상기 프라이머 및 프로브를 이용하여 RT-PCR 및 ELISA를 수행하여 E형 간염 바이러스의 유전자를 검출하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 키트 및 검출방법에 따를 때, HEV에 대한 민감도와 특이도가 높고 한 번에 많은 양의 시료를 검사할 수 있어 종래의 E형 간염 바이러스 검출방법을 대체할 수 있다. The present invention is a hepatitis E virus gene-specific primers and probes for detecting HEV, hepatitis E virus gene detection kit comprising the primers and probes, RT-PCR and ELISA using the primers and probes to perform E A method for detecting a gene of hepatitis virus. According to the kit and the detection method of the present invention, the sensitivity and specificity for HEV can be high, and a large amount of samples can be examined at a time, thereby replacing the conventional hepatitis E virus detection method.

Description

RT-PCR ELISA를 이용한 E형 간염 바이러스 검출방법 및 키트{Hepatitis E virus detecting method and kit using reverse transcription-polymerase chain reaction enzyme-linked immunosorbent assay}Hepatitis E virus detecting method and kit using reverse transcription-polymerase chain reaction enzyme-linked immunosorbent assay}

본 발명은 E형 간염 바이러스 유전자 특이적인, HEV 검출용 프라이머 및 프로브, 상기 프라이머 및 프로브를 포함하는 E형 간염 바이러스 유전자 검출용 키트, 상기 프라이머 및 프로브를 이용하여 RT-PCR 및 ELISA를 수행하여 E형 간염 바이러스의 유전자를 검출하는 방법에 관한 것이다. The present invention is a hepatitis E virus gene-specific primers and probes for detecting HEV, hepatitis E virus gene detection kit comprising the primers and probes, RT-PCR and ELISA using the primers and probes to perform E A method for detecting a gene of hepatitis virus.

E형 간염 바이러스(Hepatitis E virus, 이하 HEV라 함)는 크기가 30-34 nm 정도 되며, 외피가 없는 Caliciviridae 가계로, 양성가닥 RNA 바이러스이다(Robert H. Purcell and Suzanne U. Emerson, 1990, Fields Virology, 3051-3061). 상기 바이러스는 대표적인 바이러스성 식중독 균주 중 하나로, 주로 식품에 의해 분변-경구 경로로 감염되며(Hui, Y., Sattar, S.A., Murrell, K.D., Nip, W., Stanfield, P.S. (Eds.), 2001, Hepatitis A and E viruses, vol. 2: Viruses, Parasites, Pathogens, and HACCP, 2nd ed. Marcel Dekker, Inc..), 특히 genotype 3과 4는 사람뿐만 아니라 돼지, 맷돼지, 야생 사슴, 야생 몽구스 등에서 발견되며(Meng, X.J., Purcell, R.H., Halbur, P.G., Lehman, J.R., Webb, D.M., Tsareva, T.S., Haynes, J.S., Thacker, B.J., Emerson, S.U., 1997. A novel virus in swine is closely related to the human hepatitis E virus. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94, 98609865.; Okamoto, H., Takahashi, M., Nishizawa, T., Fukai, K., Muramatsu, U., Yoshikawa, A., 2001.) 쌍각류 조개(Tian-Cheng Li, Tatsuo Miyamora, Naokazu Takeda, 2007, Am. J. Trop. Med. Hyg., 76(1), 170-172, Detection of hepatitis E virus RNA from the bivalve Yamato-Shijimi (corbicula japonica) in Japan)와 돼지 간 소시지(Philippe Colson et al., J. Infectious Diseases, 2010, 202(6), 825-834, Pig liver sausage as a source of hepatitis E virus transmission to humans)에서도 발견된 사례가 보고된 바 있다. Hepatitis E virus (hereafter referred to as HEV) is a 30-34 nm size, envelopeless Caliciviridae family, a positive strand RNA virus (Robert H. Purcell and Suzanne U. Emerson, 1990, Fields). Virology, 3051-3061). The virus is one of the representative viral food poisoning strains, and is mainly infected by food in the fecal-oral route (Hui, Y., Sattar, SA, Murrell, KD, Nip, W., Stanfield, PS (Eds.), 2001 , Hepatitis A and E viruses, vol. 2: Viruses, Parasites, Pathogens, and HACCP, 2nd ed.Marcel Dekker, Inc.), especially genotypes 3 and 4, in humans as well as pigs, wild boars, wild deer, wild mongoose, etc. A novel virus in swine is closely related to (Meng, XJ, Purcell, RH, Halbur, PG, Lehman, JR, Webb, DM, Tsareva, TS, Haynes, JS, Thacker, BJ, Emerson, SU, 1997. the human hepatitis E virus.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94, 98609865 .; Okamoto, H., Takahashi, M., Nishizawa, T., Fukai, K., Muramatsu, U., Yoshikawa, A., Tian-Cheng Li, Tatsuo Miyamora, Naokazu Takeda, 2007, Am. J. Trop. Med. Hyg., 76 (1), 170-172, Detection of hepatitis E virus RNA from the bivalve Yamato -Shijimi ( corbicula japonica ) in Japan) and in case of Philippine Colson et al., J. Infectious Diseases, 2010, 202 (6), 825-834, Pig liver sausage as a source of hepatitis E virus transmission to humans. Has been reported.

상기 E형 간염바이러스에 의한 감염은 경구로 감염되고 감염됐을 때 피로, 구역질, 식욕부진 등의 증상이 있으며, 급성간염만 일으키고 만성으로 진행되지는 않으나, E형 간염 감염자 중 일부는 치명성 급성 간염으로 사망하며 예방백신도 없으며, 특히 임산부에게 감염된 경우 높은 치사율을 보인다고 보고되었다. 따라서, E형 간염 바이러스를 검출하여 간염을 정확하게 진단하는 것이 매우 중요한 의료적 과제이다. The infection caused by the hepatitis E virus is oral, and when infected, there are symptoms such as fatigue, nausea and anorexia, and it causes only acute hepatitis and does not progress chronically, but some of the hepatitis E infections are fatal acute hepatitis. Has been reported to have a high mortality rate, especially in pregnant women. Therefore, the accurate diagnosis of hepatitis by detecting the hepatitis E virus is a very important medical problem.

그러나 상기 E형 간염 바이러스에 대한 배양법은 특별히 알려진 바가 없고, 기존의 기술에서 검출하기에는 민감도가 낮기 때문에 전 세계적으로 이와 관련된 연구에 많은 어려움을 겪고 있다. However, the culturing method for the hepatitis E virus is not particularly known, and since the sensitivity is low to detect in the existing technology, there are many difficulties in research related to the world.

특히, 바이러스성 식중독을 일으키는 소화기 바이러스에 대한 연구는 환자의 분변, 혈액 등의 가검물에서 병원체를 검출하는 연구가 비교적 많이 수행되었으나, 농축산물을 대상으로 한 연구는 거의 수행되지 못하여 표준검출법이 미미한 실정이다. 또한 현재 주로 사용되고 있는 분자생물학적 연구 기법인 polymerase chain reaction (PCR), reverse trancription polymerase chain reaction (이하, RT-PCR라 함)과 같은 유전자 검사법은 다수의 샘플을 동시에 감사하기에 부적합하며, 민감도가 낮아 단일 프라이머 쌍으로는 검출이 어렵고 nested RT-PCR을 통해 민감도를 높여야 검출이 가능하지만, 프라이머 제작 비용이 많이 들고 검출에 많은 시간이 소요되는 단점이 있다. 또한, 여러 병원체를 동시에 검출할 수 있는 DNA chip 기술이 개발되고 있으나 이 역시 개발 비용이 많이 들고, 샘플당 검사 단가가 높은 것이 단점으로 지적되고 있다.In particular, many studies on gastrointestinal viruses causing viral food poisoning have been conducted to detect pathogens in feces, blood, and other specimens. However, few studies have been conducted on concentrated products, so the standard detection method is inadequate. to be. In addition, genetic testing methods such as polymerase chain reaction (PCR) and reverse trancription polymerase chain reaction (hereinafter referred to as RT-PCR), which are currently used molecular biology research techniques, are not suitable for auditing multiple samples at the same time. It is difficult to detect with a single primer pair and can be detected only by increasing sensitivity through nested RT-PCR. However, the primer has a high cost and takes a long time to detect. In addition, a DNA chip technology for detecting multiple pathogens is being developed, but this also has a high development cost and a high test cost per sample has been pointed out as a disadvantage.

이에, 본 발명자는 바이러스성 식중독 균주 검출에 일반적으로 사용되고 있는 RT-PCR 기법의 낮은 민감도 및 많은 양의 시료를 검사하기에 부적합하다는 단점 등을 극복하기 위해 예의 노력한 결과, HEV 특이적인 프라이머 및 프로브를 개발하고, 이를 RT-PCR 기법에 효소 면역 측정법((Enzyme Linked Immunosorbent Assay, 이하 ELISA라 함)을 접목시켜 검출을 수행할 경우 민감도와 특이도가 높고 한 번에 많은 양의 시료를 검사할 수 있어 종래의 E형 간염 바이러스 검출방법을 대체할 수 있음을 확인하고, 본 발명을 완성하였다. Accordingly, the present inventors have made efforts to overcome the low sensitivity of the RT-PCR technique, which is generally used for detecting viral food poisoning strains, and the disadvantage of being inadequate for testing a large amount of samples. When the detection is performed by combining enzyme immunoassay method (Enzyme Linked Immunosorbent Assay, or ELISA) with RT-PCR technique, it is possible to examine a large amount of samples at high sensitivity and specificity. It was confirmed that the conventional hepatitis E virus detection method can be replaced, the present invention was completed.

본 발명의 목적은 E형 간염 바이러스 유전자 특이적인, HEV 검출용 프라이머 및 프로브를 제공하는 것이다.It is an object of the present invention to provide primers and probes for HEV detection, specific for hepatitis E virus genes.

본 발명의 다른 목적은 상기 프라이머 및 프로브를 포함하는 E형 간염 바이러스 유전자 검출용 키트를 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a hepatitis E virus gene detection kit comprising the primer and probe.

본 발명의 또다른 목적은 RT-PCR 및 ELISA를 이용하여 E형 간염 바이러스의 유전자를 검출하는 방법을 제공하는 것이다.Another object of the present invention is to provide a method for detecting the gene of hepatitis E virus using RT-PCR and ELISA.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 9로 기재되는 염기서열로 이루어진 그룹 중에서 하나 이상 선택된, E형 간염 바이러스 유전자 검출용 프라이머를 제공한다.
In order to achieve the above object, the present invention provides a primer for detecting hepatitis E virus gene, one or more selected from the group consisting of the nucleotide sequences shown in SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 9.

본 발명에서 용어, "프라이머"는 짧은 자유 3말단 수산화기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. As used herein, the term "primer" refers to a short nucleic acid sequence that can form a base pair with a complementary template with a nucleic acid sequence having a short free 3-terminal hydroxyl group and that serves as a starting point for template strand copying.

상기 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, RNA 또는 DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 RNA 또는 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명의 프라이머는, HEV 유전자 특이적인 프라이머로 7개 내지 50개의 뉴클레오타이드 서열을 가질 수 있다. The primers can initiate RNA or DNA synthesis in the presence of four different nucleoside triphosphates and reagents for polymerization (ie, RNA or DNA polymerase or reverse transcriptase) at appropriate buffers and temperatures. The primer of the present invention may have 7 to 50 nucleotide sequences as a HEV gene specific primer.

또한, 상기 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다. 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예: 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그날 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예: 아크리딘, 프소랄렌 등), 킬레이트화제(예: 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등), 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 본 발명의 핵산 서열은 또한 검출 가능한 시그날을 직접적으로 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다. 표지의 예로는 방사성 동위원소, 형광성 분자, 비오틴 등이 있다.In addition, the primers may incorporate additional features that do not change the basic properties of the primers that serve as a starting point for DNA synthesis. Modifications can also be made using many means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include, but are not limited to, methylation, "capping ", substitution of one or more natural nucleotides into homologues, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkers such as methylphosphonate, phosphotriester, (E.g., phosphoramidate, carbamate, etc.) or charged linkages (e.g., phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). The nucleic acid can be in the form of one or more additional covalently linked residues such as a protein such as a nuclease, a toxin, an antibody, a signal peptide, a poly-L-lysine, an intercalator such as acridine, ), Chelating agents (e.g., metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.), and alkylating agents. Nucleic acid sequences of the invention can also be modified using a label that can provide a detectable signal directly or indirectly. Examples of labels include radioisotopes, fluorescent molecules, biotin, and the like.

본 발명자는 문헌조사를 통하여 각 genotype GI부터 GIV까지 사람과 돼지 HEV의 complete genome을 통해 가장 상동성이 높은 부분을 중심으로 신규한 HEV 특이적 프라이머 세트를 개발하였으며, 이를 표 3에 나타내었다. 본 발명의 프라이머는 바람직하게 서열번호 1 내지 서열번호 4로 기재되는 염기서열 중에서 선택된 어느 하나(left primer)와 서열번호 5 내지 서열번호 9로 기재되는 염기서열 중에서 선택된 어느 하나(right primer)로 이루어지는 프라이머 세트일 수 있다. 바람직하게, 서열번호 2(HEV-L5612)와 서열번호 9(HEV-R6018), 서열번호 2와 서열번호 8(HEV-R5928), 서열번호 3(HEV-L5699)과 서열번호 8, 서열번호 3과 서열번호 9, 서열번호 4(HEV-L5909)와 서열번호 9의 프라이머 세트일 수 있다. The inventors have developed novel HEV-specific primer sets centered on the most homologous parts through complete genomes of human and porcine HEVs from each genotype GI to GIV through literature studies, and are shown in Table 3. The primer of the present invention preferably consists of any one selected from the base sequences described in SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 4 (left primer) and any one selected from the base sequences described in SEQ ID NO: 5 to SEQ ID NO: 9 (right primer) It may be a primer set. Preferably, SEQ ID NO: 2 (HEV-L5612) and SEQ ID NO: 9 (HEV-R6018), SEQ ID NO: 2 and SEQ ID NO: 8 (HEV-R5928), SEQ ID NO: 3 (HEV-L5699), SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 3 And SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 4 (HEV-L5909) and SEQ ID NO: 9 primer set.

본 발명에서는 생물학적 샘플 중에서 HEV RNA의 검출을 위해, 주형으로서 생물학적 샘플 내에 함유된 HEV의 특정 영역의 RNA 서열을 사용하고, 역전사 한 후 산물을 회수하여 HEV 특이적으로 고안된 상기 프라이머를 이용하여 증폭하고, 증폭된 산물을 마이크로플레이트 웰 내에서 특이하게 고안된 프로브(서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 7, 서열번호 10 및 서열번호 11)와 하이브리다이제이션을 수행하고, 반응 결과물을 효소가 표지된 항체와 결합시켜 부착된 효소 작용에 의해 나타난 흡광도를 ELISA reader로 측정하여 HEV를 검출할 수 있다. In the present invention, for detection of HEV RNA in a biological sample, using the RNA sequence of a specific region of HEV contained in the biological sample as a template, after reverse transcription, the product is recovered and amplified using the HEV-specifically designed primer. , The amplified product is hybridized with a specifically designed probe (SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 10, and SEQ ID NO: 11) in a microplate well, and the reaction product is HEV can be detected by measuring the absorbance indicated by the enzymatic action of the enzyme by binding to the labeled antibody.

종래의 방법은 RT-PCR을 단독으로 사용하였으나, 본 발명에서는 ELISA를 함께 사용함으로써, HEV에 대한 민감도와 특이도가 높고 한 번에 많은 양의 시료를 검사할 수 있는 특징이 있다. Conventional methods used RT-PCR alone, but by using the ELISA in the present invention, it is characterized by high sensitivity and specificity for HEV and can test a large amount of samples at once.

본원에서 용어, "증폭"은 핵산이 복제되는 반복 과정을 지칭한다. HEV의 특정 영역의 서열을 회수하기 위해 폴리머라제 연쇄 반응, 리가제 연쇄 반응, Real-time PCR, RT-PCR을 사용할 수 있으며, 이에 한정되지 않으나, 바람직하게 PCR을 사용할 수 있다. 바람직하게는 RT-PCR을 수행하여 RNA를 역전사한 후 PCR을 수행하여 핵산을 증폭할 수 있다. 통상적으로, PCR용 필수 성분들 모두를 함유하는 반응 혼합물(HEV-특이적인 증폭 프라이머 포함)을 역 전사 반응 혼합물에 직접 가할 수 있다. As used herein, the term “amplification” refers to an iterative process in which a nucleic acid is replicated. Polymerase chain reaction, ligase chain reaction, real-time PCR, RT-PCR may be used to recover the sequence of a specific region of HEV, but is not limited thereto. Preferably, PCR may be used. Preferably, RT-PCR may be performed to reverse transcription of RNA, followed by PCR to amplify the nucleic acid. Typically, a reaction mixture containing all of the essential components for PCR (including HEV-specific amplification primers) can be added directly to the reverse transcription reaction mixture.

본 발명에서 용어, "RT - PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction)이란 역전사 중합효소연쇄반응을 의미하며, 유전자 증폭법의 하나이다. PCR에 쓰이는 Taq DNA 중합효소는 DNA를 template해서 DNA를 증폭하는 효소이므로 RNA로부터 직접 증폭할 수 없으므로, RNA를 template로 할 경우에는 일단 DNA로 복사한 다음 증폭하기 때문에 RNA를 PCR하는 방법을 RT-PCR이라고 한다. 이 경우, PCR을 시행하기 이전에 RNA를 합성해주는 효소인 reverse transcriptase를 처리하면 된다. 상기 RT-PCR은 바이러스 유전 물질을 수백만 배로 복제할 수 있기 때문에 바이러스를 동정하는데 사용될 수 있다. 또한, 특정 바이러스의 특정 염기 서열에 대한 프라이머를 작성하고 이를 RT-PCR법에 이용할 수 있다. In the present invention, the term "RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) means reverse transcription polymerase chain reaction, and is one of gene amplification method. Taq DNA polymerase used in PCR is an enzyme that amplifies DNA by template DNA. Since RNA can't be amplified directly from RNA, it is called RT-PCR when RNA is templated and then amplified, and then amplified, so it is an enzyme that synthesizes RNA before PCR. The reverse transcriptase can be used to identify a virus because it can replicate millions of times the viral genetic material, and also prepare primers for specific nucleotide sequences of a specific virus and then use the RT-PCR. Can be used for law.

상기 HEV-특이적인 증폭 산물의 검출은 생물학적 샘플중의 HEV RNA의 존재를 나타낸다. 겔 전기영동을 사용하는 경우, HEV-특이적인 증폭 산물은 반응에 사용된 증폭 프라이머에 상응하는 서열의 HEV RNA내 위치에 의해 예견되는 바와 같이, 이들의 크기로 확인할 수 있다. 본 발명에서는 상기 증폭산물에 ELISA를 이용하여 HEV 를 검출할 수 있다. 상기 ELISA에 대하여는 하기에서 자세히 기술한다. Detection of the HEV-specific amplification product indicates the presence of HEV RNA in the biological sample. When using gel electrophoresis, HEV-specific amplification products can be identified by their size, as predicted by the position in the HEV RNA of the sequence corresponding to the amplification primers used in the reaction. In the present invention, HEV can be detected using an ELISA for the amplification product. The ELISA is described in detail below.

본 발명에서 상기 역전사에 적절한 조건을 표 1에 나타내었으며, RT 과정 후 PCR에 사용된 시약과 조건은 표 2에 나타내었다.
In the present invention, the conditions suitable for the reverse transcription are shown in Table 1, and the reagents and conditions used in the PCR after the RT process are shown in Table 2.

다른 하나의 양태로서, 상기 본 발명은 상기 본 발명의 HEV 특이적인 프라이머를 포함하는, E형 간염 바이러스 유전자 검출용 키트를 제공한다.
In another aspect, the present invention provides a hepatitis E virus gene detection kit comprising the HEV specific primer of the present invention.

상기 키트는 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 7, 서열번호 10 및 서열번호 11로 기재되는 염기서열로 이루어진 그룹 중에서 하나 이상 선택된 프로브를 추가로 포함할 수 있다. The kit may further comprise at least one probe selected from the group consisting of the nucleotide sequences set forth in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 10, and SEQ ID NO: 11.

구체적인 일 양태로서, 상기 키트는 역전사 중합효소반응 및 효소 면역 측정법을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 HEV 유전자 검출용 키트일 수 있다. 상기 키트는 HEV 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 및 프로브를 포함할 수 있으며, 이외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수, 설명서 등을 추가로 포함할 수 있다. In a specific embodiment, the kit may be a kit for detecting HEV genes, which includes essential elements necessary for performing reverse transcriptase and enzyme immunoassay. The kit may include individual primer pairs and probes specific for the HEV gene, in addition to test tubes or other suitable containers, reaction buffers (variable pH and magnesium concentrations), deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymers Enzymes such as lyases and reverse transcriptases, DNAse, RNAse inhibitors DEPC-water, sterile water, instructions and the like may further be included.

또한 상기 키트는 바람직하게, ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함할 수 있으며, 구체적으로 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 표지된 2차 항체, 발색단(chromophores), 효소(예: 항체와 컨주게이트됨) 및 그의 기질 또는 항체와 결합할 수 있는 다른 물질 등을 포함할 수 있다.The kit may also preferably comprise the necessary elements necessary to perform an ELISA, specifically reagents capable of detecting bound antibodies, such as labeled secondary antibodies, chromophores, enzymes ( Eg conjugated with an antibody) and its substrate or other substance capable of binding to the antibody, and the like.

본 발명의 RT-PCR ELISA를 이용한 구체적인 하나의 예로서의 키트의 모식도를 도 3에 나타내었다. 도 3에서 보듯이, 바이러스 게놈의 양을 탐지하기 위한 RT-PCT ELISA는 digoxigenin(Dig)-레이블된 레플리콘과 하이브리드화된 비오틴이 결합된 특이적인 프로브를 스트렙타비딘-코팅된 마이크로티터 플레이트 위에 부착시킴에 의해 수행되고, 고정된 하이브리드화된 증폭산물의 탐지는 최종 발색 발달단계를 갖는 퍼옥시다아제 또는 알칼린 포스파타제에 결합된 항-Dig 항체를 이용하여 수행될 수 있다. A schematic diagram of a kit as one specific example using the RT-PCR ELISA of the present invention is shown in FIG. 3. As shown in FIG. 3, RT-PCT ELISA for detecting the amount of viral genome was performed on a streptavidin-coated microtiter plate with a specific probe bound to digoxigenin (Dig) -labeled replicon and hybridized biotin. Detection by immobilization of the stomach and immobilization of immobilized hybridized amplification products can be carried out using anti-Dig antibodies bound to peroxidase or alkaline phosphatase with a final color developmental stage.

상기 본 발명의 키트를 사용하여 생물학적 샘플로부터 기원한 HEV RNA에 대하여 RT-PCR 및 ELISA를 수행함으로써, E형 간염 바이러스의 유전자를 검출할 수 있다. Genes of hepatitis E virus can be detected by performing RT-PCR and ELISA on HEV RNAs derived from biological samples using the kit of the present invention.

본 발명의 하나의 구체예로서, 본 발명의 상기 HEV-특이적 프라이머 및 프로브를 이용하여 RT-PCR ELISA를 수행하여 HEV 검출 실험을 한 결과, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 4로 기재되는 프로브가 우수한 감도를 나타내었으며, 서열번호 2(HEV-L5612)와 서열번호 9(HEV-R6018), 서열번호 2와 서열번호 8(HEV-R5928), 서열번호 3(HEV-L5699)과 서열번호 8, 서열번호 3과 서열번호 9, 서열번호 4(HEV-L5909)와 서열번호 9의 각각의 프라이머 조합의 경우, HEV에 대한 높은 감도를 나타내었으며, 특히 L5699R6018과 L5909R6018의 프라이머 조합에서 우수한 감도를 나타내었다. 또한, 종래 nested RT-PCR에서는 양성을 보였지만 디자인된 primer를 통한 single RT-PCR에서 확실한 음성을 보인 081010 샘플에서도 양성을 보이는 것을 확인할 수 있었다 (도 4 및 도 5 참조). 또한, 민감도 및 특이성을 검사한 결과, HEV에 대한 민감도 및 특이성이 우수한 것으로 나타났다 (도 6 참조) As one embodiment of the present invention, the HEV detection experiment by performing RT-PCR ELISA using the HEV-specific primer and probe of the present invention, as described in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4 Probe showed excellent sensitivity, SEQ ID NO: 2 (HEV-L5612) and SEQ ID NO: 9 (HEV-R6018), SEQ ID NO: 2 and SEQ ID NO: 8 (HEV-R5928), SEQ ID NO: 3 (HEV-L5699) The primer combinations of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 4 (HEV-L5909) and SEQ ID NO: 9 exhibited high sensitivity to HEV, especially in the primer combinations of L5699R6018 and L5909R6018. Indicated. In addition, it was confirmed that the conventional nested RT-PCR was positive even in the 081010 sample showing positive in single RT-PCR through the designed primer (see FIGS. 4 and 5). In addition, the results of the sensitivity and specificity test showed that the sensitivity and specificity for HEV was excellent (see FIG. 6).

이로써, 본 발명의 프라이머, 프로브 및 키트를 이용하여 HEV 유전자를 검출할 경우, 민감도가 낮아서 단일 프라이머 쌍으로는 검출이 어렵고 nested RT-PCR을 통해 민감도를 높여야 검출이 가능했던 종래의 문제를 해결할 수 있음을 알 수 있다 Thus, when the HEV gene is detected using the primers, probes and kits of the present invention, it is difficult to detect a single primer pair due to its low sensitivity, and it is possible to solve the conventional problem that was possible only by increasing the sensitivity through nested RT-PCR. I can see that

본 발명에서 용어 “생물학적 샘플”이란 HEV 유전자를 얻을 수 있는 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 또는 분뇨와 같은 시료 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.As used herein, the term “biological sample” includes, but is not limited to, a sample such as tissue, cells, whole blood, serum, plasma, saliva, sputum, or manure from which the HEV gene can be obtained.

본 발명에 의해 검출될 수 있는 HEV는 HEV 혈청형 3 및 4일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
HEV detectable by the present invention may be HEV serotypes 3 and 4, but is not limited thereto.

다른 하나의 양태로서, 본 발명은 (i) 생물학적 샘플로부터 기원한 RNA를 서열번호 1 내지 서열번호 9로 기재되는 염기서열로 이루어진 그룹 중에서 하나 이상 선택된, E형 간염 바이러스 유전자 검출용 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 수행하여 증폭 산물을 생성하는 단계; 및 (ii) 상기 증폭 산물을 ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) 를 통해 검출하는 단계;를 포함하고, 상기 증폭산물의 검출이 생물학적 샘플 중의 HEV RNA의 존재를 나타내는 것인, E형 간염 바이러스의 유전자를 검출하는 방법을 제공한다.
In another embodiment, the present invention provides a method for detecting hepatitis E virus gene, which comprises (i) at least one RNA from a biological sample selected from the group consisting of nucleotide sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 9. Performing RT-PCR to generate an amplification product; And (ii) detecting the amplification product via ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay), wherein detection of the amplification product indicates the presence of HEV RNA in a biological sample. It provides a method for detecting.

본 발명에서 용어, "ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay)"란 효소결합 면역흡수 분석법으로서, 항체에 효소를 결합시켜 항원-항체 반응을 확인하는 방법을 말하며, 본 발명에서는 HEV 유전자를 검출하기 위해 사용한다. 이 방법은 간단하고 비용이 많이 들지 않으며 다량 분석이 가능하고, 항체분자에 효소를 공유결합으로 부착시켜 높은 특이성과 민감도를 가지기 때문에 정성 및 정량분석에 유리하며 임상적으로 널리 쓰이고 있다. 이 기법은 효소의 촉매작용과 항체의 특이성에 변화를 주지 않고 효소를 공유 결합시킨 항체를 사용한다. 전형적인 결합효소로는 horseradish peroxidase, alkaline phosphatase, β-galactosidase를 사용하는데 이들 모두는 반응생성물이 색을 나타내어서 매우 적은 양으로도 측정될 수 있는 반응을 촉매한다. ELISA에는 항원을 검출하는 직접 ELISA와 항체를 검출하는 간접 ELISA, 고체 지지체에 부착된 항체와 항원의 복합체에서 항원을 인지하는 표지된 또 다른 항체를 이용하는 직접적 샌드위치 ELISA, 고체 지지체에 부착된 항체와 항원의 복합체에서 항원을 인지하는 또 다른 항체와 반응시킨 후 이 항체를 인지하는 표지된 2차 항체를 이용하는 간접적 샌드위치 ELISA 등이 있으나, 본 발명에 제한없이 포함된다. In the present invention, the term "ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay)" refers to an enzyme-linked immunosorbent assay, which refers to a method of confirming an antigen-antibody reaction by binding an enzyme to an antibody, and used in the present invention to detect an HEV gene. . This method is simple, inexpensive, capable of large-scale analysis, and has high specificity and sensitivity by covalently attaching enzymes to antibody molecules, which is advantageous for qualitative and quantitative analysis and is widely used clinically. This technique uses an antibody that covalently binds the enzyme without altering the catalysis of the enzyme and the specificity of the antibody. Typical binding enzymes include horseradish peroxidase, alkaline phosphatase and β-galactosidase, all of which catalyze reactions that can be measured in very small amounts due to the color of the reaction product. ELISA includes direct ELISA for detecting antigen, indirect ELISA for detecting antibody, direct sandwich ELISA using another labeled antibody that recognizes the antigen in a complex of antibody and antigen attached to a solid support, antibody and antigen attached to a solid support. Indirect sandwich ELISA using a labeled secondary antibody that recognizes the antibody after reacting with another antibody that recognizes the antigen in the complex, but is included without limitation in the present invention.

상기 (i) 단계의 프라이머는 서열번호 1 내지 서열번호 4로 기재되는 염기서열 중에서 선택된 어느 하나와 서열번호 5 내지 서열번호 9로 기재되는 염기서열 중에서 선택된 어느 하나로 이루어지는 프라이머 세트일 수 있다. The primer of step (i) may be a primer set consisting of any one selected from the base sequences described in SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 4 and any one selected from the base sequences described in SEQ ID NO: 5 to SEQ ID NO: 9.

또한, 상기 (ii) 단계는 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 7, 서열번호 10 및 서열번호 11로 기재되는 염기서열로 이루어진 그룹 중에서 하나 이상 선택된 프로브를 사용하여 수행될 수 있다. In addition, the step (ii) may be performed using a probe selected from at least one group consisting of the nucleotide sequences set forth in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 10, and SEQ ID NO: 11. have.

상기 검출 방법의 증폭 단계에서는 RT-PCR을 사용할 수 있으며, 이와 관련된 내용에 대해서는 앞서 상세히 기술한 것 모두가 그대로 검출 방법에도 적용될 수 있다. RT-PCR may be used in the amplification step of the detection method, and all of the above-described details may be applied to the detection method as it is.

본 발명의 하나의 구체예로서, 본 발명의 상기 HEV-특이적 프라이머 및 프로브를 이용하여 상기 검출 방법에 따라 RT-PCR ELISA를 수행한 결과, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 4로 기재되는 프로브가 우수한 감도를 나타내었으며, 서열번호 2(HEV-L5612)와 서열번호 9(HEV-R6018), 서열번호 2와 서열번호 8(HEV-R5928), 서열번호 3(HEV-L5699)과 서열번호 8, 서열번호 3과 서열번호 9, 서열번호 4(HEV-L5909)와 서열번호 9의 각각의 프라이머 조합의 경우, HEV에 대한 높은 감도를 나타내었으며, 특히 L5699R6018과 L5909R6018의 프라이머 조합에서 우수한 감도를 나타내었다. 또한, 종래 nested RT-PCR에서는 양성을 보였지만 디자인된 primer를 통한 single RT-PCR에서 확실한 음성을 보인 081010 샘플에서도 양성을 보이는 것을 확인할 수 있었다 (도 4 및 도 5 참조). 또한, 민감도 및 특이성을 검사한 결과, HEV에 대한 민감도 및 특이성이 우수한 것으로 나타났다 (도 6 참조) As one embodiment of the present invention, RT-PCR ELISA was carried out according to the detection method using the HEV-specific primers and probes of the present invention, and as set forth in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4 Probe showed excellent sensitivity, SEQ ID NO: 2 (HEV-L5612) and SEQ ID NO: 9 (HEV-R6018), SEQ ID NO: 2 and SEQ ID NO: 8 (HEV-R5928), SEQ ID NO: 3 (HEV-L5699) The primer combinations of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 4 (HEV-L5909) and SEQ ID NO: 9 exhibited high sensitivity to HEV, especially in the primer combinations of L5699R6018 and L5909R6018. Indicated. In addition, it was confirmed that the conventional nested RT-PCR was positive even in the 081010 sample showing positive in single RT-PCR through the designed primer (see FIGS. 4 and 5). In addition, the results of the sensitivity and specificity test showed that the sensitivity and specificity for HEV was excellent (see FIG. 6).

이를 통해, 본 발명의 상기 RT-PCR ELISA를 적용한 HEV 검출방법은 다수의 샘플을 동시에 검사할 수 있으며, 종래 검출방법에 비해 우수한 민감도 및 특이성을 가짐을 알 수 있다 Through this, the HEV detection method to which the RT-PCR ELISA of the present invention is applied can be examined a plurality of samples at the same time, it can be seen that has a superior sensitivity and specificity compared to the conventional detection method.

상기 설명한 바와 같이, 본 발명의 E형 간염 바이러스 유전자 특이적인, HEV 검출용 프라이머 및 프로브, 및 이를 포함하는 E형 간염 바이러스 유전자 검출용 키트 및 상기 프라이머 및 프로브를 이용하여 RT-PCR 및 ELISA를 함께 수행하여 HEV를 검출하는 방법은, HEV에 대한 민감도와 특이도가 높고 한 번에 많은 양의 시료를 검사할 수 있어 종래의 E형 간염 바이러스 검출방법을 대체할 수 있는 효과를 갖는다. As described above, hepatitis E virus gene specific of the present invention, HEV detection primers and probes, and hepatitis E virus gene detection kit comprising the same and RT-PCR and ELISA using the primers and probes together By performing the method for detecting HEV, the sensitivity and specificity for HEV can be high, and a large amount of samples can be examined at a time, thereby replacing the conventional hepatitis E virus detection method.

도 1은 E형 간염 바이러스 유전자의 모식도를 나타낸 것이다.
도 2는 HEV-특이적 프라이머와 프로브 위치를 나타낸 모식도이다.
도 3은 RT-PCR ELISA를 수행할 때 적용가능한 구체적인 하나의 예로서 키트의 모식도를 나타낸 것이다. 바이러스 게놈의 양을 탐지하기 위한 RT-PCT ELISA는 digoxigenin(Dig)-레이블된 레플리콘과 하이브리드화된 비오틴이 결합된 특이적인 프로브를 스트렙타비딘-코팅된 마이크로티터 플레이트 위에 부착시킴에 의해 수행한다. 고정된 하이브리드화된 증폭산물의 탐지는 최종 발색 발달단계를 갖는 퍼옥시다아제 또는 알칼린 포스파타제에 결합된 항-Dig 항체를 이용하여 수행한다.
도 4는 본 발명의 RT-PCR ELISA를 적용한 하나의 구체적인 예로서, 총 22개의 돼지 분변 샘플에서 선별한 6개의 샘플에 대하여 본 발명의 프라이머를 이용하여 RT-PCR products를 얻은 후 plate에서 판독한 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 상기 6개의 돼지 분변 샘플에 대하여 각 프라이머 조합에 대하여 농도별(3pM, 25pM)로 처리한 결과를 나타낸 결과이다.
도 6은 HEV의 cDNA 양을 100ng/ul로부터 10배씩 단계 희석하여 민감도를 시험하고, 다른 인간 바이러스 4종(Hepatitis A virus, Rotavirus, Norovirus GI, Norovirus GII), 동물 바이러스 1종(Feline calicivirus)과의 특이성 검사를 실시한 결과를 나타낸 것이다.
Figure 1 shows a schematic diagram of the hepatitis E virus gene.
2 is a schematic diagram showing HEV-specific primer and probe positions.
Figure 3 shows a schematic of the kit as one specific example applicable when performing the RT-PCR ELISA. RT-PCT ELISA for detecting the amount of viral genome was performed by attaching a specific probe bound to a digoxigenin (Dig) -labeled replicon and hybridized biotin onto a streptavidin-coated microtiter plate. do. Detection of immobilized hybridized amplification products is carried out using anti-Dig antibodies bound to peroxidase or alkaline phosphatase with a final color developmental stage.
Figure 4 is a specific example of applying the RT-PCR ELISA of the present invention, 6 samples selected from a total of 22 pig fecal samples obtained by using the primer of the present invention RT-PCR products obtained by reading from the plate The results are shown.
FIG. 5 shows the results of treatment of each of the six pig fecal samples by concentration (3 pM, 25 pM) for each primer combination.
6 is a test for sensitivity by diluting the amount of cDNA of HEV by 10-fold dilution from 100ng / ul, and four other human viruses (Hepatitis A virus, Rotavirus, Norovirus GI, Norovirus GII), one animal virus (Feline calicivirus) and The results of the test for specificity are shown.

이하, 본 발명을 실시예를 통하여 상세히 설명하도록 한다. 하기 실시예는 본 발명을 설명하기 위한 일 예에 지나지 않으며, 이에 의하여 본 발명의 범위가 제한되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail through examples. The following examples are only illustrative of the present invention, and the scope of the present invention is not limited thereby.

실시예Example 1:  One: RNARNA 분리 detach

RNA 분리 방법은 Trisol을 이용한 방법을 사용하였다. 1.5 ml 튜브에 0.2g의 돼지 분변과 1.2 ml의 PBS를 넣고 1200 × g, 4℃에서 30분 간 원심분리 한 후 상층액을 다시 16000 × g, 4℃에서 10분 동안 원심분리시켰다. 상층액 500 ul와 Trisol LS 500ul를 vortex 한 후 10분 동안 정체시켰다. 10분 후 300 ul의 chloroform을 첨가하고 vortex 한 후 10분 동안 정체시켰다. 10분 후 7,500 rpm, 4℃에서 15분 동안 원심분리한 후 상층액을 새로운 1.5 ml 튜브에 옮겨 cold isopropanol 500 ml와 함께 vortex하고 -20℃에서 overnight시켰다. 다음날 14,000 rpm, 4℃에서 30분 동안 원심분리한 후 상층액을 제거하고 cold 75% DEPC ETOH 500 ul를 넣고 약하게 vortex 하였다. 다시 14,000 rpm, 4℃에서 30분 동안 원심분리한 후 상층액을 제거하고 건조시킨 후 20 ul의 DEPC 3차 멸균증류수를 첨가하였으며, 사용 전까지는 -20℃에서 저장하였다.
RNA isolation method was used a method using Trisol. In a 1.5 ml tube, 0.2 g of pig feces and 1.2 ml of PBS were centrifuged at 1200 × g and 4 ° C. for 30 minutes, and the supernatant was again centrifuged at 16000 × g and 4 ° C. for 10 minutes. After vortexing 500 ul of the supernatant and 500 ul of Trisol LS, the mixture was suspended for 10 minutes. After 10 minutes, 300 ul of chloroform was added and vortexed for 10 minutes. After 10 minutes, centrifugation was performed at 7,500 rpm and 4 ° C. for 15 minutes, and the supernatant was transferred to a new 1.5 ml tube, vortexed with 500 ml of cold isopropanol, and overnight at -20 ° C. The next day, after centrifugation for 30 minutes at 14,000 rpm, 4 ℃, the supernatant was removed, and cold 75% DEPC ETOH 500 ul was added to weak vortex. After centrifugation at 14,000 rpm and 4 ° C. for 30 minutes, the supernatant was removed, dried, and 20 ul of DEPC tertiary sterile distilled water was added and stored at −20 ° C. until use.

실시예Example 2:  2: 역전사Reverse transcription 중합효소 연쇄반응 ( Polymerase chain reaction ReversRevers transcriptiontranscription -- polymerase중합체 chain  chain reactionreaction , , RTRT -- PCRPCR ))

역전사 과정에서 사용된 시약과 조건은 하기 표 1에 나타내었다. 또한, HEV의 RT-PCR중에서 RT 과정 후 PCR에서 사용된 시약과 조건은 하기 표 2에 나타내었다. The reagents and conditions used in the reverse transcription process are shown in Table 1 below. In addition, the reagents and conditions used in the PCR after the RT process in the RT-PCR of HEV are shown in Table 2 below.

[표 1][Table 1]

Figure 112010074902771-pat00001
Figure 112010074902771-pat00001

[표 2][Table 2]

Figure 112010074902771-pat00002

Figure 112010074902771-pat00002

프라이머primer 디자인 design

본 발명에서는 문헌조사를 통하여 각 genotype GI부터 GIV까지 사람과 돼지 HEV의 complete genome을 통해 가장 상동성이 높은 부분을 중심으로 HEV-특이적인 프라이머 세트를 개발하여 사용하였으며, 본 발명에서 개발한 프라이머 세트를 하기 표 3에 나타내었다.
In the present invention, HEV-specific primer sets were developed and used based on the most homologous parts through complete genomes of human and porcine HEVs from each genotype GI to GIV through literature studies. It is shown in Table 3 below.

[표 3][Table 3]

Figure 112010074902771-pat00003

Figure 112010074902771-pat00003

프로브Probe 디자인 design

RT-PCR 산물 내에 위치한 특정 염기 서열을 중심으로 프로브를 디자인하되 20-30bp 내외 길이를 가지며 비오틴으로 표지하여 제작하였다.
The probe was designed around a specific nucleotide sequence located in the RT-PCR product, but was produced by labeling with biotin having a length of about 20-30bp.

[표 4][Table 4]

Figure 112010074902771-pat00004

Figure 112010074902771-pat00004

상기 본 발명의 HEV-특이적 프라이머 및 프로브의 위치는 도 2에 나타내었으며, 상기 프로브의 제작에 사용되는 프로그램은 다음과 같았다.The position of the HEV-specific primer and probe of the present invention is shown in Figure 2, the program used for the production of the probe was as follows.

- Clone Manager Professional Suite (Scientific & Educational Software)-Clone Manager Professional Suite (Scientific & Educational Software)

- Oligo (MedProbe)Oligo (MedProbe)

- Primer Premier (Premier Biosoft)Primer Premier (Premier Biosoft)

- NTI software (Invitrogen Inc.)
-NTI software (Invitrogen Inc.)

실시예Example 3:  3: 하이브리드화Hybridization 및 검출 반응 And detection reaction

1X TAE(Tris-Acetate-EDTA) buffer에 1% gel agarose와 0.1% Ethidium bromide를 첨가하여 젤을 만들고 100v에서 50분 간 전기영동을 실시하여 증폭 된 RT-PCR product를 확인한 후 94℃에서 5분 간 pre-denaturation시켰다. PCR tube에 10 ul의 denaturing solution을 분주한 뒤 5 ul의 Dig-labeled PCR-amplified product를 분주하고 실온에서 10분간 반응시켰다. 각 tube에 각 primer 조합에 적합한 biotinylated type-specific probe를 2 ul(1 pmol/ul)씩 넣고 188 ul의 hybridization buffer를 첨가한 후 37℃에서 10분간 반응시켰으며 이때 negative control은 DIG-labeled PCR product만을 제외하였다. 반응 후 200 ul을 streptavidin-coated plate well에 옮긴 후 37℃에서 60분 동안 반응시켰다. plate의 각 well의 시약을 vacuum pump를 이용하여 제거한 후 상온에서 각 well 당 200 ul의 washing buffer를 이용하여 4회 washing하였다. 200 ul의 anti-Dig peroxidase-conjugated solution을 각 well에 넣고 상온에서 30분간 암반응시켰다(* anti-dioxigenin-POD conjugate (peroxidase conjugated anti-DIG antibody) : conjugate buffer = 1 : 500). Plate의 각 well의 시약을 vacuum pump를 이용하여 제거한 후 상온에서 각 웰 당 200 ul의 washing buffer를 이용하여 4회 세척하였다. 200 ul의 ABTS substrate solution을 상온에서 암반응 시킨 후 30분, 60분, 90분에서 반응을 확인하였다. Microplate reader를 이용하여 OD 405nm에서 흡광도를 측정하였으며(reference 492nm) 결과가 60분에서 0.1 이상이면 양성으로 판정하였다.
1% gel agarose and 0.1% Ethidium bromide were added to 1X TAE (Tris-Acetate-EDTA) buffer to make a gel and electrophoresed at 100v for 50 minutes to confirm the amplified RT-PCR product. Liver pre-denaturation. After dispensing 10 ul of denaturing solution into the PCR tube, 5 ul of Dig-labeled PCR-amplified product was dispensed and reacted at room temperature for 10 minutes. 2 ul (1 pmol / ul) of biotinylated type-specific probe suitable for each primer combination was added to each tube, and 188 ul of hybridization buffer was added, followed by reaction at 37 ° C for 10 minutes. The negative control was a DIG-labeled PCR product. Only bays were excluded. After the reaction, 200 ul was transferred to a streptavidin-coated plate well and reacted at 37 ° C. for 60 minutes. The reagents of each well of the plate were removed using a vacuum pump, and then washed four times using 200 ul of washing buffer per well at room temperature. 200 ul of anti-Dig peroxidase-conjugated solution was added to each well and allowed to react for 30 minutes at room temperature (* anti-dioxigenin-POD conjugate (peroxidase conjugated anti-DIG antibody): conjugate buffer = 1: 500). Reagents of each well of the plate were removed using a vacuum pump, and then washed four times using 200 ul of washing buffer per well at room temperature. The reaction was confirmed at 30, 60, and 90 minutes after the dark reaction of 200 ul of ABTS substrate solution at room temperature. Absorbance was measured at 405 nm using a microplate reader (reference 492 nm).

실시예Example 4:  4: RTRT -- PCRPCR ELISAELISA 를 적용한 Applied HEVHEV 의 검출 테스트Detection test

총 22개의 돼지 분변 샘플에서 선별한 6개의 샘플에 대하여, 서열번호 1 내지 서열번호 4로 기재되는 left primer 서열 중의 어느 하나와 서열번호 5 내지 서열번호 9로 기재되는 right primer 서열 중의 어느 하나를 세트로 한 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 RT-PCR products를 얻은 후 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 7, 서열번호 10, 또는 서열번호 11로 기재되는 본 발명의 프로브를 이용하여 plate에서 판독하여, HEV를 검출하는 테스트를 하였다. For six samples selected from a total of 22 pig fecal samples, either one of the left primer sequences shown in SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 4 and the right primer sequence shown in SEQ ID NO: 5 to SEQ ID NO: 9 are set After using the primer set of the present invention to obtain RT-PCR products using the probe of the present invention described in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 10, or SEQ ID NO: The plate was read on a plate and tested for detecting HEV.

각각 프라이머 세트에 대한 conventional PCR 과정을 통해 민감도가 높은 프라이머 조합을 찾아 확실한 양성을 보인 081021 샘플과, reference primer를 이용한 nested RT-PCR에서는 양성을 보였지만 디자인된 primer를 통한 single RT-PCR에서 확실한 음성을 보인 081010 샘플을 포함한 6개의 샘플을 선별하였다. 그런 다음 primer 농도를 3pM과 25pM로 하여 90분까지 10분 단위로 signal을 비교 후 양성 판정에 적합한 프로브 농도, 시간 그리고 측정값을 선택하였으며, 각 프라이머 조합에 대한 각각의 프로브들의 감도를 비교하여 가장 시그널이 높은 프로브를 선택하였다. The 081021 sample showed a positively positive primer combination through conventional PCR for each primer set and the nested RT-PCR using a reference primer was positive, but the single negative RT-PCR was designed through the designed primer. Six samples were selected, including the 081010 sample shown. Then, the signal concentrations were measured for 10 minutes up to 90 minutes with primer concentrations of 3pM and 25pM, and the probe concentration, time, and measurement were selected for the positive determination, and the sensitivity of each probe for each primer combination was compared. Probes with high signal were selected.

그 결과, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 4로 기재되는 프로브가 우수한 감도를 나타내었다. 또한, 도 4 및 도 5에서 보듯이, 본 발명의 HEV-특이적 프라이머 및 프로브를 이용하여 RT-PCR ELISA 한 경우, 각각의 프라이머 조합에 대하여 HEV에 대한 높은 감도를 나타내었으며, 특히 L5699R6018과 L5909R6018의 프라이머 조합에서 우수한 감도를 나타내었다. 또한, 종래 nested RT-PCR에서는 양성을 보였지만 디자인된 primer를 통한 single RT-PCR에서 확실한 음성을 보인 081010 샘플에서도 양성을 보이는 것을 확인할 수 있었다. 이로써, 본 발명의 방법을 이용할 때 다수의 샘플을 동시에 검사할 수 있으며, 민감도가 낮아서 단일 프라이머 쌍으로는 검출이 어렵고 nested RT-PCR을 통해 민감도를 높여야 검출이 가능했던 종래의 검사방법을 대체할 수 있음을 알 수 있다.
As a result, the probe described in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4 showed excellent sensitivity. In addition, as shown in Figures 4 and 5, RT-PCR ELISA using the HEV-specific primers and probes of the present invention, showed a high sensitivity for HEV for each primer combination, in particular L5699R6018 and L5909R6018 Excellent sensitivity was shown in the primer combination of. In addition, the conventional nested RT-PCR showed a positive, but it was confirmed that even in the 081010 sample showing a certain negative in a single RT-PCR through the designed primer. As a result, when using the method of the present invention, multiple samples can be tested simultaneously, and the sensitivity is low, so it is difficult to detect with a single primer pair, and it is possible to replace the conventional test method which was possible to increase the sensitivity through nested RT-PCR. It can be seen that.

실시예Example 5:  5: RTRT -- PCRPCR ELISAELISA 를 적용한 Applied HEVHEV 의 검출 방법의 민감도 및 특이성 검사Sensitivity and specificity of detection methods

HEV의 cDNA양을 100ng/ul로부터 10배씩 단계 희석하여 민감도를 시험하고, 다른 인간 바이러스 4종(Hepatitis A virus, Rotavirus, Norovirus GI, Norovirus GII), 동물 바이러스 1종(Feline calicivirus)과의 특이성 검사를 실시하였다. 그 결과, 도 6에서 보듯이, 민감도 및 특이성에서 모두 우수한 효과를 나타내었다. Sensitivity was tested by diluting the amount of cDNA of HEV in 10-fold steps from 100 ng / ul and testing specificity with 4 other human viruses (Hepatitis A virus, Rotavirus, Norovirus GI, Norovirus GII) and 1 animal virus (Feline calicivirus). Was carried out. As a result, as shown in Figure 6, it showed an excellent effect in both sensitivity and specificity.

<110> Chung-Ang University Industry-Academy Cooperation Foundation <120> Hepatitis E virus detecting method and kit using reverse transcription-polymerase chain reaction enzyme-linked immunosorbent assay <160> 11 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5227 <400> 1 gttgctcttc gtgcttctgc 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5612 <400> 2 aatttgtcta cgtccccgct 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5699 <400> 3 cttcaggatg gcaccaacac 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5909 <400> 4 gttcagcccg gtatagcctc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5632 <400> 5 aagcggggac gtagacaaat 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5718 <400> 6 gtgttggtgc catcctgaag 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5818 <400> 7 atagccacca acagcattcg 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5928 <400> 8 gaggctatac cgggctgaac 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R6018 <400> 9 gtagcctcct cctcagccac 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-5359P <400> 10 gggctgagaa tcaaccctgt 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-5952P <400> 11 gccttcacta ccgcaatcaa 20 <110> Chung-Ang University Industry-Academy Cooperation Foundation <120> Hepatitis E virus detecting method and kit using reverse          transcription-polymerase chain reaction enzyme-linked          immunosorbent assay <160> 11 <170> Kopatentin 1.71 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5227 <400> 1 gttgctcttc gtgcttctgc 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5612 <400> 2 aatttgtcta cgtccccgct 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5699 <400> 3 cttcaggatg gcaccaacac 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-L5909 <400> 4 gttcagcccg gtatagcctc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5632 <400> 5 aagcggggac gtagacaaat 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5718 <400> 6 gtgttggtgc catcctgaag 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5818 <400> 7 atagccacca acagcattcg 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R5928 <400> 8 gaggctatac cgggctgaac 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-R6018 <400> 9 gtagcctcct cctcagccac 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-5359P <400> 10 gggctgagaa tcaaccctgt 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HEV-5952P <400> 11 gccttcacta ccgcaatcaa 20

Claims (9)

서열번호 2, 서열번호 8, 및 서열번호 9로 기재되는 염기서열로 이루어진 E형 간염 바이러스 유전자 검출용 프라이머 세트.A primer set for detection of hepatitis E virus gene consisting of the nucleotide sequences set forth in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 8, and SEQ ID NO: 9. 삭제delete 삭제delete 제1항의 프라이머 세트를 포함하는, E형 간염 바이러스 유전자 검출용 키트.Hepatitis E virus gene detection kit comprising the primer set of claim 1. 제4항에 있어서, 상기 키트는 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 및 서열번호 7로 기재되는 염기서열로 이루어진 그룹 중에서 하나 이상 선택된 프로브를 추가로 포함하는 키트.The kit of claim 4, wherein the kit further comprises at least one probe selected from the group consisting of SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, and SEQ ID NO: 7. 6. (i) 생물학적 샘플로부터 기원한 RNA를 서열번호 2, 서열번호 8, 및 서열번호 9로 기재되는 염기서열로 이루어진 E형 간염 바이러스 유전자 검출용 프라이머를 이용하여 RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction)을 수행하여 증폭 산물을 생성하는 단계; 및
(ii) 상기 증폭 산물을 ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) 를 통해 검출하는 단계;를 포함하고, 상기 증폭산물의 검출이 생물학적 샘플 중의 HEV RNA의 존재를 나타내는 것인, E형 간염 바이러스의 유전자를 검출하는 방법.
(i) Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) using a primer for detecting hepatitis E virus gene consisting of a nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 8, and SEQ ID NO: 9 Performing an amplification product; And
(ii) detecting the amplification product via an ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay); wherein the detection of the amplification product indicates the presence of HEV RNA in a biological sample. How to.
삭제delete 제6항에 있어서, 상기 (ii) 단계는 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 및 서열번호 7로 기재되는 염기서열로 이루어진 그룹 중에서 하나 이상 선택된 프로브를 사용하여 수행되는 방법.7. The method of claim 6, wherein step (ii) is performed using a probe selected from at least one group consisting of the nucleotide sequences set forth in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, and SEQ ID NO: 7. 삭제delete
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