KR101061540B1 - Polynucleotides containing a monobasic polymorph, Microarray and diagnostic kit comprising the same, Detection method using the same - Google Patents

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Abstract

본 발명은 MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, 및 ST7 유전자로부터 유래된 단일염기다형 (Single-Nucleotide Polymorphism; SNP)을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공하며, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 자폐증의 임상적 진단의 표지 인자로서 사용될 수 있다.The present invention provides a polynucleotide comprising a single-nucleotide polymorphism (SNP) derived from MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, and ST7 genes or a complementary polynucleotide thereof. Or its complementary polynucleotides can be used as markers for the clinical diagnosis of autism.

자폐증, 단일염기다형, LAMB1, WNT2, FOXP2, ST7 Autism, monobasic, polymorphic, LAMB1, WNT2, FOXP2, ST7

Description

단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이를 포함하는 마이크로어레이 및 진단키트, 이를 이용한 검출 방법{Polynucleotides comprising single nucleotide polymorphism, microarrays and diagnostic kits comprising the same, and detection methods using the same}Polynucleotides comprising single nucleotide polymorphism, microarrays and diagnostic kits comprising the same, and detection methods using the same

본 발명은 자폐증(autism)과 관련된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드; 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 자폐증 진단을 위한 증폭용 프라이머 또는 자폐증 진단용 프로브; 상기 프로브를 포함하는 마이크로어레이; 및 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하는데 유용한, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 이용한 검출 방법에 관한 것이다.The present invention relates to polynucleotides or their complementary nucleotides comprising monobasic polymorphisms associated with autism; An amplification primer or autism diagnostic probe for diagnosing autism consisting of the polynucleotide or its complementary nucleotide; A microarray comprising the probe; And a detection method using the polynucleotide or its complementary nucleotides, which is useful for providing information necessary for diagnosing autism.

사람의 염색체는 모두 23쌍으로 22쌍의 상동 염색체와 1쌍의 성염색체로 구성되어있다. 상기 23쌍의 염색체는 아버지로부터 23개 어머니로부터 23개씩을 받아 총 46개의 염색체를 가지고 있다. 인간 게놈프로젝트의 성공적 완료로 약 99.9%의 염기서열이 모든 사람의 개인 간에 동일한 유전적 염기서열을 자니고 있음이 밝혀졌다. 즉, 약 0.1%의 염기 서열만이 개인 간의 차이를 보이게 된다. 따라서 0.1%의 염기서열 차이가 개인간 유전적 차이의 원으로 추정되고 있다.All human chromosomes are 23 pairs, consisting of 22 homologous chromosomes and 1 pair of sex chromosomes. The 23 pairs of chromosomes have a total of 46 chromosomes received 23 from 23 mothers from the father. Successful completion of the Human Genome Project revealed that approximately 99.9% of the nucleotide sequences carry the same genetic sequence among all individuals. That is, only about 0.1% of the base sequences show differences between individuals. Therefore, it is estimated that 0.1% sequence difference is the source of genetic differences among individuals.

유전체 내에 존재하는 유전변이에는 크게 네 가지 형태가 존재한다. 첫 번째로 반복염기서열의 길이에 따라 새틀릿(satellite), 미니새틀릿(minisatellite), 마이크로새틀릿(microsatellite)(또는 STR; short tandem repeats)로 분류되는 반복 염기서열수의 차이에 따른 유전형변이형이다. 두 번째는 역트랜스포존(retrotransposons)에 의해 유전체의 여러 곳에 산발적으로 흩어져 존재하는 LINE, SINE 또는 transposable element 등의 유전형변이형 있다. 세 번째로, 특정한 유전부위 또는 염기서열이 삽입되거나 결손이 되어 나타나는 변형이 존재한다. 네 번째로 전체 인간 유전 변이형의 약 90% 이상을 차지하고 있는 가장 많이 존재하는 변이로 하나의 염기서열이 치환되어 나타나는 변이 형태로서, 최근 유전적 다양성연구에 가장 많이 이용되고 있는 SNP(single nucleotide polymorphism : 단일염기다형)가 있다. SNP는 인간집단에서 1% 이상의 빈도로 존재하는 2개의 대립 염기서열(biallele)이 발생하는 위치를 말하며, 인간이 가지고 있는 유전변이형 중에서 가장 많이 존재하는 형태로서 약 300bp마다 하나의 SNP 가 존재하는 것으로 추정하고 있다. 이러한 SNP가 나타내는 유전학적 의미는 그 위치에 따라 각 개체에 큰 차이를 가져온다. 예를 들면, 단일염기다형이 단백질을 암호화하고 있는 위치에 존재할 경우, 단백질의 구조에 영향을 미칠 수 있게 되어 단백질 기능이 달라질 수 있게 되며, 질병과도 연관될 수 있다. 다른 예로 단일염기다형이 단백질을 암호화하지 않는 다른 유전자상에서 존재할 경우, 즉 프로모터(promoter) 또는 인트론(intron)에 존재할 경우, 각각에 대하여 단백질의 발현 수준에 차이를 가져와 그 단백질의 전체적인 활성이 줄어들 수 있고, 변성적인 인트론 제거 과정(alternative splicing)을 통하여 단백질이 비정상적으로 발현될 수도 있다.There are four types of genetic variation in the genome. First, genotyping is caused by the difference in the number of repeat sequences classified into satellite, minisatellite, microsatellite (or short tandem repeats) according to the length of the repeat base sequence. Brother. The second is genotyping such as LINE, SINE, or transposable elements that are scattered scattered around the genome by retrotransposons. Third, there are modifications that appear due to insertion or deletion of specific genetic sites or sequences. Fourth, the most common mutation, which accounts for more than 90% of all human genetic variants, is a variant in which one nucleotide sequence is substituted. Single nucleotide polymorphism is the most widely used in genetic diversity research. : Monobasic polymorphism). SNP refers to the position where two alleles (biallele) occur at a frequency of 1% or more in the human population, and is the most common form among human genetic variants, in which one SNP exists about every 300bp. It is estimated. The genetic meaning of these SNPs makes a big difference in each individual depending on their location. For example, when a monobasic polymorph is present at a location that encodes a protein, it may affect the structure of the protein, altering protein function and associated with disease. In another example, if a monobasic polymorph is present on another gene that does not encode a protein, ie, on a promoter or intron, the expression level of the protein may differ for each, resulting in a decrease in the overall activity of the protein. In addition, a protein may be abnormally expressed through alterative splicing.

이러한 단일염기다형의 유전형(genotype) 확인을 위해서 다양한 분석법들이 사용된다. 가장 대표적인 2가지 전통적인 방법으로는 제한효소를 이용한 제한 단편화 길이 다형성(Restriction Fragment Length Polymorphism; RFLP)과 단일가닥 DNA가 자체내의 약한 분자 간 결합에 의하여 안정화되는 구조가 전기영동에 영향을 미치는 것을 이용한 SSCP방법이 있다. 최근에는 규모에 따라 그 방법이 크게 두 가지로 나뉜다. 첫 번째 방법은 작은 규모의 방법으로 단일염기다형을 조사하는데 사용되며, 대립형질 특이적 혼성화(Allele-specific hybridization)를 이용한 TaqManTM 프로브 방법, 용융온도(melting temperature; Tm)을 이용한 역동적 대립형질 특이적 혼성화(Dynamic Allele-Specific Hybridization; DASH)방법, 중합반응을 이용한 pyrosequencing 등이 있다. 두 번째로 대량의 단일염기 다형성의 유전형을 확인하는 방법으로 마이크로어레이 기술은 대립형질 특이적 신장(Allele-Specific Extension)이라는 원리를 이용한 프로브들을 조그만 기판위에 집적화시켜 심은 후, 목적 DNA들과의 혼성화와 신장(Extension)을 시킴으로써 단일염기다형의 유전형을 확인하고 있다.Various assays are used to identify the genotype of such monobasic polymorphisms. The two most representative traditional methods include restriction fragmentation length polymorphism (RFLP) using restriction enzymes and SSCP using single-strand DNA stabilization by weak intermolecular bonds in itself. There is a way. In recent years, the method is largely divided into two methods. The first method is a small scale method for investigating monobasic polymorphisms, TaqMan ™ probe method using allele-specific hybridization, and dynamic allele specificity using melting temperature (Tm). Dynamic Allele-Specific Hybridization (DASH), pyrosequencing using polymerization, etc. Secondly, as a way of identifying the genotype of a large number of single-base polymorphisms, microarray technology integrates and planted probes on a small substrate using the principle of allele-specific extension, and then hybridizes with target DNAs. Genotyping of single nucleotide polymorphisms is confirmed by extension with.

한편, 자폐스펙트럼장애(Autism Spectrum Disorder; ASD)라고도 불리 우는 자폐증(autism)은 전반적인 발달장애(Pervasive Developmental Disorder; PDD)로서 사회적 상화작용의 장애, 의사소통의 장애, 반복적이고 상동증적인 행동을 보이는 신경발달장애이다. 자폐증은 다양한 형태로 나타나고 개인에 따라 심각한 정도가 다르며, 자폐증(autistic disorder), 레트장애(Rett’s disorder), 소아기 붕괴장애(childhood disintegrative disorder), 아스퍼거 증후군(Asperger’s syndrome), 특정불능의 전반적 발달장애(Pervasive Developmental Disorder Not Otherwise Specified; PDD-NOS)를 포함한다. 상기 PDD-NOS 란 자폐증에 가깝지만 미국정신의학회 진단기준인 정신장애 진단 및 통계편람(Diagnostic and Statistical Manual of Mental DisorderIV; DSM-IV)의 진단기준에는 적합하지 않는 장애를 말하는 것으로 자폐증이 가지는 세가지 주된 증상이 모두 나타나지 않고 일부가 나타나는 경우를 말하는 것으로 WHO가 작성한 국제질병분류(International Classification of Disease; ICD)에서는 비정형 자폐증(Atypical Autism disorder)으로 정의된다.Autism, also called Autism Spectrum Disorder (ASD), is a general developmental disorder (PDD) that impairs social interaction, impaired communication, and neurological behavior with repetitive and homologous behavior. It is a developmental disorder. Autism comes in many forms and varies from person to person, with autistic disorder, Rett's disorder, childhood disintegrative disorder, Asperger's syndrome, and general developmental disorders of specific impairment. Pervasive Developmental Disorder Not Otherwise Specified (PDD-NOS). The PDD-NOS is a disorder that is close to autism but does not meet the diagnostic criteria of the Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorder IV (DSM-IV). This is a case where all of these do not appear and some appear, which is defined as Atypical Autism disorder in the International Classification of Disease (ICD) prepared by the WHO.

자폐증의 대부분은 소아기 자폐로 10,000 명당 2∼5 명의 유병률을 보이고, 아스퍼거 증후군 등 전반적 발달장애를 포함하는 경우 10,000명당 20∼50 명까지 보이며, 남녀 성비는 약 4:1 로서 여자보다 남자에서 발생 빈도가 높게 나타난다 [Gillberg C, Wing L. Autism: not an extremely rare disorder. Acta Psychiatr Scand;99:399-406 (1999); Fombonne E. The epidemiology of autism: a review. Psychol Med;29:769-786 (1999)]. 아직까지 자폐증의 정확한 원인은 보고되어 있지 않으나 많은 연구에서 유전학적 요인이 제시되었다 [Kaminsky Z, Wang SC, Petronis A. Complex disease, gender and epigenetics. Ann Med;38:530-544 (2006)]. 자폐증 환자의 형제자매들은 2∼4 % 정도로 자폐증 유병률을 보며, 이는 가족 중에 자폐증환자가 없는 경우에 비해 약 10 배 정도 그 빈도가 높은 것이다 [Folstein S,Rutter M. Genetic influences and infantile autism. Nature;265:726-728 (1977); Folstein S, Rutter M. Infantile autism: a genetic study of 21 twin pairs. J Child Psychol Psychiatry;18:297-321 (1977)]. 또한, 쌍생아 연구에서 자폐증 환자가 있는 일란성 쌍생아에서의 일치율은 36%, 이란성 쌍생아의 경우는 0%이며, 증상을 폭 넓게 본 경우 일란성 쌍생아에서는 85%, 이란성 쌍생아의 경우는 약 10%로 보고된 바 있다 [Bailey A, Le Couteur A, Gottesman I, Bolton P, Simonoff E, Yuzda E, et al. Autism as a strongly genetic disorder: evidence from a British twin study. Psychol Med;25:63-77 (1995)]. 이를 통하여 자폐증은 유전학적 요인이 그 발병에 있어 중요한 요소임을 증명하는 것으로서 최근에는 가족 및 쌍생아 연관성 연구를 통하여 자폐증이 복잡하고 다양한 상호작용 유전자자리(multiple locus)가 연루됨이 제시된 바 있다 [Pickles A, Bolton P, Macdonald H, Bailey A, Le Couteur A, Sim CH, et al. Latent-class analysis of recurrence risks for complex phenotypes with selection and measurement error: a twin and family history study of autism. Am J Hum Genet;57:717-726 (1995); Risch N, Spiker D, Lotspeich L, Nouri N, Hinds D, Hallmayer J, et al. A genomic screen of autism: evidence for a multilocus etiology. Am J Hum Genet;65:493-507 (1999); Folstein SE, Rosen-Sheidley B. Genetics of autism: complex aetiology for a heterogeneous disorder. Nat Rev Genet;2:943-955 (2001)].Most children with autism have a prevalence of 2 to 5 per 10,000 children in autism, and 20 to 50 per 10,000 people with general developmental disorders such as Asperger's Syndrome. [Gillberg C, Wing L. Autism: not an extremely rare disorder. Acta Psychiatr Scand; 99: 399-406 (1999); Fombonne E. The epidemiology of autism: a review. Psychol Med; 29: 769-786 (1999). The exact cause of autism has not been reported yet, but many studies have suggested genetic factors [Kaminsky Z, Wang SC, Petronis A. Complex disease, gender and epigenetics. Ann Med; 38: 530-544 (2006). Siblings of autism patients have an autism prevalence of 2 to 4%, about 10 times more likely than those without autism in their families [Folstein S, Rutter M. Genetic influences and infantile autism. Nature; 265: 726-728 (1977); Folstein S, Rutter M. Infantile autism: a genetic study of 21 twin pairs. J Child Psychol Psychiatry; 18: 297-321 (1977). In the twin studies, the coincidence rate was 36% in identical twins with autism, 0% in fraternal twins, 85% in identical twins, and 10% in fraternal twins. Bailey A, Le Couteur A, Gottesman I, Bolton P, Simonoff E, Yuzda E, et al. Autism as a strongly genetic disorder: evidence from a British twin study. Psychol Med; 25: 63-77 (1995). This suggests that autism is an important factor in the development of autism. Recently, family and twin studies have suggested that autism is complicated and involves multiple locus [Pickles A]. Bolton P, Macdonald H, Bailey A, Le Couteur A, Sim CH, et al. Latent-class analysis of recurrence risks for complex phenotypes with selection and measurement error: a twin and family history study of autism. Am J Hum Genet; 57: 717-726 (1995); Risch N, Spiker D, Lotspeich L, Nouri N, Hinds D, Hallmayer J, et al. A genomic screen of autism: evidence for a multilocus etiology. Am J Hum Genet; 65: 493-507 (1999); Folstein SE, Rosen-Sheidley B. Genetics of autism: complex aetiology for a heterogeneous disorder. Nat Rev Genet; 2: 943-955 (2001).

자폐증의 유전학적 요인을 밝히기 위하여 다양한 연관성 분석 및 전유전체 조사(genome-wide screening)를 통한 자폐증과의 연관성 연구가 활발히 진행되고 있으며, 이들 연구에 따르면 사람이 가지고 있는 총 22개의 상동염색체 중에서 7번 염색체는 자폐증과 연관성이 많은 염색체로 보고된 바 있다 [IMGSAC. A full genome screen for autism with evidence for linkage to a region on chromosome 7q. International Molecular Genetic Study of Autism Consortium. Hum Mol Genet;7:571-578 (1998); IMGSAC. Further characterization of the autism susceptibility locus AUTS1 on chromosome 7q. Hum Mol Genet;10:973-982 (2001); Maestrini E, Paul A, Monaco AP, Bailey A. Identifying autism susceptibility genes. Neuron;28:19-24 (2000); Philippe A, Martinez M, Guilloud-Bataille M, Gillberg C, Rastam M, Sponheim E, et al. Genome-wide scan for autism susceptibility genes. ParisAutism Research International Sibpair Study. Hum Mol Genet;8:805-812 (1999)].In order to elucidate the genetic factors of autism, various association analysis and genome-wide screening have been actively conducted to study the association with autism. According to these studies, 7 out of 22 human homologous chromosomes Chromosomes have been reported to be highly associated with autism [IMGSAC. A full genome screen for autism with evidence for linkage to a region on chromosome 7q. International Molecular Genetic Study of Autism Consortium. Hum Mol Genet; 7: 571-578 (1998); IMGSAC. Further characterization of the autism susceptibility locus AUTS1 on chromosome 7q. Hum Mol Genet; 10: 973-982 (2001); Maestrini E, Paul A, Monaco AP, Bailey A. Identifying autism susceptibility genes. Neuron; 28: 19-24 (2000); Philippe A, Martinez M, Guilloud-Bataille M, Gillberg C, Rastam M, Sponheim E, et al. Genome-wide scan for autism susceptibility genes. ParisAutism Research International Sibpair Study. Hum Mol Genet; 8: 805-812 (1999).

현재까지 많은 유전연구에도 불구하고 자폐증이 어떠한 유전양식으로 자손에게 유전되는지, 혹은 어떠한 유전자가 관여하는지에 관해서는 연구자마다 의견이 달라서 유전적으로도 이질성을 가졌거나, 여러 유전자가 관여할 가능성이 제시되기도 하였다. 또한, 아직까지 자폐증의 진단에 있어서 생리학적이나 생물학적인 진단 기준이 존재하지 않는다. 따라서 자폐증에 진단 및 예측할 수 있고 세부 질환을 판단할 수 있는 객관적인 분자생물학적 지표를 찾아내는 것이 당업계에 요구된다.Despite many genetic studies to date, different opinions on whether autism is passed on to a progeny and on which genes are involved have different opinions, suggesting that genetics may be heterogeneous or may involve multiple genes. It was. Furthermore, no physiological or biological diagnostic criteria exist for the diagnosis of autism. Therefore, there is a need in the art to find objective molecular biological indicators that can diagnose and predict autism and to determine detailed diseases.

본 발명자들은 자폐증과 연관성이 많은 염색체로 보고된 7번 염색체 중, 특정 유전자 즉 MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, 및 ST7 유전자를 후보 유전자로 선정하여, 자폐증 진단을 위한 분자생물학적 수준에서의 진단 지표를 개발하고자 다양한 연구를 수행하였다. 그 결과, 놀랍게도 수많은 단일염기다형 중 일부의 단일염기다형만이 자폐증 환자군과 정상인군에서 통계학적으로 유의성 있는 차이를 나타낸다는 것을 발견하였으며, 상기 분석된 단일염기다형은 자폐증 진단을 위한 분자생물학적 지표로서 기능할 수 있다는 것을 발견하였다.Among the chromosomes 7 reported as chromosomes highly associated with autism, the present inventors selected specific genes, namely, MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, and ST7 genes as candidate genes, at a molecular biological level for diagnosing autism. Various studies were conducted to develop diagnostic indicators. As a result, it was surprisingly found that only a single base polymorphism of a number of single base polymorphisms showed a statistically significant difference in the autism patients group and the normal group. The analyzed single base polymorphisms were used as a molecular biological indicator for diagnosing autism. It was found that it could function.

따라서, 본 발명은 자폐증과 관련된 단일염기다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것을 목적으로 한다.Accordingly, it is an object of the present invention to provide a polynucleotide or its complementary polynucleotide comprising a monobasic polymorphism associated with autism.

또한, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 자폐증 진단을 위한 증폭용 프라이머 또는 자폐증 진단용 프로브를 제공하는 것을 목적으로 한다.Another object of the present invention is to provide an amplification primer or autism diagnostic probe for diagnosing autism consisting of the polynucleotide or its complementary nucleotide.

또한, 본 발명은 상기 프로브를 포함하는 마이크로어레이를 제공하는 것을 목적으로 한다.Another object of the present invention is to provide a microarray including the probe.

또한, 본 발명은 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하는데 유용한, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 이용한 검출 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.It is also an object of the present invention to provide a detection method using the polynucleotide or its complementary nucleotides, which is useful for providing information necessary for diagnosing autism.

본 발명의 일 태양에 따라, 서열번호 2의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (b)"라 함); 서열번호 3의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (c)"라 함); 서열번호 4의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 401번째 염기 (다형성 부위)가 G이고, 상기 401번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (d)"라 함); 서열번호 5의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기 (다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (e)"라 함); 서열번호 8의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (h)"라 함); 서열번호 9의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 A이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (i)"라 함); 서열번호 10의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (j)"라 함); 서열번호 13의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 201번째 염기 (다형성 부위)가 A이고, 상기 201번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, " 폴리뉴클레오티드 (m)"라 함); 서열번호 15의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (o)"라 함); 서열번호 16의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 163번째 염기 (다형성 부위)가 G이고, 상기 163번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (p)"라 함); 서열번호 17의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (q)"라 함); 서열번호 18의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 477번째 염기 (다형성 부위)가 A이고, 상기 477번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (r)"라 함); 서열번호 19의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기 (다형성 부위)가 C이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (s)"라 함); 및 서열번호 20의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 249번째 염기 (다형성 부위)가 C이고, 상기 249번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 (이하, "폴리뉴클레오티드 (t)"라 함)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드가 제공된다. According to one aspect of the invention, in the polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 2, the polynucleotide consisting of ten or more consecutive DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) is C and comprises the 301th base ( Hereinafter referred to as "polynucleotide (b)"; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 3, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) is A and hereinafter referred to as "polynucleotide (c) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 4, a polynucleotide consisting of ten or more contiguous DNA sequences including the 401 th base (polymorphic site) is G and comprising the 401 th base (hereinafter referred to as "polynucleotide (d) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 5, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 201 base, wherein the 201 base (polymorphic site) is A (hereinafter, "polynucleotide (e) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 8, a polynucleotide consisting of 10 or more contiguous DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) is A and comprising the 301th base (hereinafter, referred to as "polynucleotide (h) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 9, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) A and comprising the 301th base (hereinafter referred to as "polynucleotide (i) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 10, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) is C and comprising the 301th base (hereinafter, "polynucleotide (j) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 13, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 201 base, wherein the 201 base (polymorphic site) is A (hereinafter, "polynucleotide (m) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 15, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) is T and comprising the 301th base (hereinafter referred to as "polynucleotide (o) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 16, a polynucleotide consisting of 10 or more contiguous DNA sequences including the 163 th base (polymorphic site) is G and comprising the 163 th base (hereinafter referred to as "polynucleotide (p) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 17, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences including the 301th base (polymorphic site) is T and comprising the 301th base (hereinafter, referred to as "polynucleotide (q) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 18, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences including the 477th base (polymorphic site) A and comprising the 477th base (hereinafter, referred to as "polynucleotide (r) "; In a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 19, a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 301th base (polymorphic site) is C and comprising the 301th base (hereinafter, referred to as "polynucleotide (s) "; And a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 20, wherein the 249th base (polymorphic site) is C and a polynucleotide consisting of 10 or more consecutive DNA sequences comprising the 249th base (hereinafter, “polynucleotide (t Polynucleotides or complementary nucleotides thereof selected from the group consisting of "

또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보 적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 자폐증 진단을 위한 증폭용 프라이머가 제공된다.In addition, according to another aspect of the present invention, there is provided an amplification primer for diagnosing autism, comprising the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof.

또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 자폐증 진단용 프로브 및 이를 포함한 마이크로어레이가 제공된다..In addition, according to another aspect of the present invention, there is provided a diagnostic probe for autism and a microarray comprising the same, comprising the polynucleotide or its complementary polynucleotide.

또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 자폐증 진단용 키트가 제공된다.In addition, according to another aspect of the present invention, there is provided a kit for diagnosing autism, comprising the polynucleotide or its complementary polynucleotide.

또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계 (단, 상기 다형성 부위는 상기에서 정의한 바와 같다)를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법이 제공된다.In addition, according to another aspect of the present invention, to provide information necessary for diagnosing autism, (i) obtaining a nucleic acid sample from a sample; And (ii) analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site of at least one polynucleotide selected from polynucleotides of SEQ ID NOs: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20 or complementary nucleotides thereof from the nucleic acid sample ( Provided that the polymorphic site is as defined above).

또한, 본 발명의 다른 태양에 따라, 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터 반수체형(haplotype)을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법이 제공된다.In addition, according to another aspect of the present invention, to provide information necessary for diagnosing autism, (i) obtaining a nucleic acid sample from a sample; And (ii) analyzing haplotypes from the nucleic acid sample.

본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보 적 뉴클레오티드는 자폐증의 진단에 유용하게 사용될 수 있다.Polynucleotides or complementary nucleotides of at least one selected from the group consisting of polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) according to the present invention It can be useful for diagnosis.

또한, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드로 이루어진 프라이머 또는 프로브, 및 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드 키트는 자폐증의 진단에 유용하게 사용될 수 있다.In addition, primers or probes consisting of the polynucleotide or its complementary nucleotides, and the polynucleotide or the complementary nucleotide kit thereof may be usefully used for the diagnosis of autism.

또한 본 발명의 검출 방법은 자폐증 진단에 필요한 정보를 효과적으로 제공할 수 있다.In addition, the detection method of the present invention can effectively provide information necessary for diagnosing autism.

본 명세서에서 "자폐증(autism)" 이라 함은, 자폐 스펙트럼 장애(Autism Spectrum Disorder; ASD)라고도 칭해지며, 전반적인 발달장애(Pervasive Developmental Disorder; PDD)로서 사회적 상호작용의 장애, 의사소통의 장애, 반복적이고 상동증적인 행동을 보이는 신경발달장애를 총칭한다. 자폐증은 다양한 형태로 나타나고 개인에 따라 심각한 정도가 다르며, 자폐증(autistic disorder), 레트 장애(Rett's disorder), 소아기 붕괴장애(childhood disintegrative disorder), 아스퍼거 증후군(Asperger's syndrome), 특정불능의 전반적 발달장애(Pervasive Developmental Disorder Not Otherwise Specified; PDD-NOS)를 포함한다. 상기 PDD-NOS 란 자폐증에 가깝지만 미국정신의학회 진단기준인 정신장애 진단 및 통계편람(Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorder-IV; DSM-IV)의 진단기준에는 적합하지 않는 장애로서, 자폐증이 가지는 세가지 주된 증상이 모두 나타나지 않고 일부가 나타나는 경우를 말하는 것으로 WHO가 작성한 국제질병분류(International Classification of Disease; ICD)에서는 비정형 자폐증(Atypical Autism disorder)으로 정의된다. 본 명세서에서 "자폐증"이라 함은 상기 PDD-NOS도 포함한다.The term "autism" in this specification, also referred to as Autism Spectrum Disorder (ASD), is a pervasive developmental disorder (PDD), a disorder of social interaction, a disorder of communication, repetition. It is a generic term for neurodevelopmental disorders with typical and homologous behavior. Autism comes in many forms and varies from person to person, with autistic disorders, Rett's disorders, childhood disintegrative disorders, Asperger's syndrome, and general developmental disorders Pervasive Developmental Disorder Not Otherwise Specified (PDD-NOS). The PDD-NOS is a disorder that is close to autism but is not suitable for the diagnostic criteria of the Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorder-IV (DSM-IV). It refers to the case in which all symptoms do not appear and some appear, which is defined as Atypical Autism disorder in the International Classification of Disease (ICD) written by WHO. As used herein, “autism” also includes the PDD-NOS.

본 발명은 자폐증과 관련되는 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 제공한다. 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 상보적 뉴클레오티드가 유래하는 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 DNA 서열은 자폐증 환자군과 정상인군에서 통계학적으로 유의성 있는 차이를 보이는 단일염기다형으로서, 이들은 각각 MTHFR(5,10-Methylenetetrahydrofolate reductase), AUTS2(autism susceptibility candidate 2), RELN(reelin), LAMB1(laminin, beta 1laminin, beta 1), WNT2(wingless-type MMTV integration site family member 2), FOXP2(forkhead box P2), 및 ST7(suppression of tumorigenicity 7) 유전자에 존재한다.The present invention provides a polynucleotide selected from the group consisting of polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) or complementary nucleotides thereof associated with autism. To provide. The DNA sequences of SEQ ID NOs: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20 from which the polynucleotide or its complementary complementary nucleotides are derived are monobasic polymorphisms showing statistically significant differences in the autistic patients group and the normal group. These include MTHFR (5,10-Methylenetetrahydrofolate reductase), AUTS2 (autism susceptibility candidate 2), RELN (reelin), LAMB1 (laminin, beta 1laminin, beta 1), and WNT2 (wingless-type MMTV integration site family member 2), respectively. , Forkhead box P2 (FOXP2), and suppression of tumorigenicity 7 (ST7) genes.

MTHFR 유전자는 5,10-메틸렌테트라히드로폴레이트(5,10-methylenetetrahydrofolate)를 5-메틸테트라히드로폴레이트(5-methyltetrahydrofolate)로 전환시키는 효소를 코딩하는 유전자로서, 생성되는 메틸기가 호모시스테인에 제공되어 메티오닌을 합성하는 대사과정에 관여한다. 이 유전자의 돌연변이는 효소의 활성을 저하시켜 과량의 호모시스테인이 체내에 축적되게 된다. 이러한 혈중 호모시스테인 과다증은 여러 가지 혈관성 질환 및 암의 원인으로 작용하는 것으로 알려져 있다. AUTS2 (autism susceptibility candidate 2) 유전자는 자폐증에 다감한 유전자로서 알려져 있으나, 아직 명확한 기능이 열려져 있지는 않다. RELN 유전자는 분비성 단백질분해효소를 코딩하는 유전자로서 신경세포 이동에 중요한 역할을 수행하며, 상기 효소의 농도가 낮으면 정상적인 인식에 필요한 신경회로를 약화시켜 정신분열증(schizophrenia), 자폐증(autism)의 발병 시킬 수 있는 것으로 알려져 있다. LAMB1 유전자는 기저막의 중요한 구성요소인 라미닌을 구성하는 세 개의 단백질 체인(laminin alpha, beta and gamma) 중에서 베타 체인의 세가지 아형 중 하나를 코딩하는 유전자이다. WNT2 유전자는 신호전달과정에서 단백질의 방출에 연관된 유전자이다. WNT2 유전자는 뇌 발달에 영향을 주는 16개의 WNT 유전자 패밀리 중 하나이다. FOXP2 유전자는 전사인자의 하나로서 DNA와 결합하는 단백질이며, 다른 유전자 생성물들의 생산을 조절하는 스위치로서의 역할을 하는 유전자이다. FOXP2 유전자의 돌연변이는 다른 생물체들에서 발성(vocalization) 손상을 일으키며, 발음이 부정확하고 문장이해력이 떨어지는 것으로 알려져 있다. ST7 유전자는 아직 기능이 명확히 알려져 있지 않으나, 자폐증 감수성 지역(autism-susceptibility locus)로 확인되는 7번 염색체 지구(region)에 존재하는 유전자로 알려져 있다.The MTHFR gene encodes an enzyme that converts 5,10-methylenetetrahydrofolate to 5-methyltetrahydrofolate, and the resulting methyl group is provided to homocysteine. It is involved in the metabolism of methionine. Mutations in this gene reduce the activity of the enzyme, causing excess homocysteine to accumulate in the body. Such homocysteine hyperactivity in blood is known to act as a cause of various vascular diseases and cancer. AUTS2 (autism susceptibility candidate 2) gene is known as a gene susceptible to autism, but no clear function is yet open. The RELN gene encodes a secretory protease and plays an important role in neuronal migration.A low concentration of the enzyme weakens the neural circuits necessary for normal recognition, resulting in schizophrenia and autism. It is known to be possible. The LAMB1 gene is one of the three subtypes of the beta chain of the three protein chains (laminin alpha, beta and gamma) that make up laminin, an important component of the basement membrane. The WNT2 gene is a gene involved in the release of proteins during signaling. The WNT2 gene is one of 16 WNT gene families that affect brain development. The FOXP2 gene is a protein that binds DNA as one of the transcription factors and is a gene that serves as a switch that controls the production of other gene products. Mutations in the FOXP2 gene cause vocalization damage in other organisms, and are known to be inaccurate and poorly understood. The ST7 gene is not yet known for its function, but it is known as a gene present in chromosome region 7, which is identified as an autism-susceptibility locus.

본 발명자들은 자폐증과 관련된 후보 유전자군으로서 MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, 및 ST7을 선정하여, 자폐증 진단에 있어서 분자 수준에서의 진단 지표를 개발하고자 다양한 연구를 수행하였다. MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, 및 ST7은 각각 223, 3158, 2755, 306, 129, 647, 및 271 개의 수많은 단일염기다형이 존재하는 것으로 알려져 있다 (NCBI dbSNP;http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/). 본 발명자들은 한국인 자폐증 환자 180명과 정상인 147명을 대상으로 유전자형 분석 및 통계학적 분석을 수행하였으며, 놀랍게도 수많은 단일염기다형 중 극히 일부의 단일염기다형만이 자폐증 환자군과 정상인군에서 통계학적으로 유의성 있는 차이를 나타낸다는 것을 발견하였다. 특히, 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 단일염기다형은 하디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium) 및 로지스틱 회기분석 결과, 각각의 다형성 부위에 위험대립인자가 존재함을 확인하였다.We selected MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, and ST7 as candidate gene groups related to autism, and conducted various studies to develop diagnostic indicators at the molecular level in autism diagnosis. MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, and ST7 are known to have 223, 3158, 2755, 306, 129, 647, and 271 numerous single base polymorphisms respectively (NCBI dbSNP; http: // www .ncbi.nlm.nih.gov / projects / SNP /). We performed genotyping and statistical analysis on 180 Korean autism patients and 147 normal patients. Surprisingly, only a few of the single nucleotide polymorphisms were statistically significant differences between the autism patients and the normal population. Was found. In particular, the monobasic polymorphs of SEQ ID NOs: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20 show risk alleles at each polymorphic site as a result of Hardy-Weinberg Equilibrium and logistic regression It was confirmed.

따라서, 본 발명은 자폐증과 관련되는 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드를 포함하며, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 길이는 10 내지 100 뉴클레오티드, 바람직하게는 20 내지 60 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게는 40 내지 60 뉴클레오티드이다. Accordingly, the present invention provides a polynucleotide selected from the group consisting of polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) or complements thereof associated with autism. Red nucleotides, wherein the polynucleotide or its complementary nucleotide is 10 to 100 nucleotides in length, preferably 20 to 60 nucleotides, more preferably 40 to 60 nucleotides.

본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열이다. 다형성 서열 (polymorphic sequence)이란 뉴클레오티드 서열 중에 단일염기다형을 나타내는 다형성 부위 (polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 다형성 부위 (polymorphic site)란 다형성 서열 중 단일염기다형이 일어나는 부위를 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA가 될 수 있다.The polynucleotide according to the invention is at least one polynucleotide selected from the group consisting of (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) is a polymorphic sequence. A polymorphic sequence refers to a sequence comprising a polymorphic site representing a monobasic polymorphism in a nucleotide sequence. A polymorphic site refers to a site where a monobasic polymorphism occurs in the polymorphic sequence. The polynucleotide can be DNA or RNA.

본 발명은 또한, 다형성 부위를 포함한 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 DNA서열로부터 유래한 10개 이상의 연속적 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드와 혼성화하는 자폐증 진단용 대립형질 특이적 폴리뉴클 레오티드를 포함한다. 상기 대립형질 특이적 (allele-specific) 폴리뉴클레오티드란 각 대립형질에 특이적으로 혼성화하는 것을 의미한다. 즉, 상기 단일염기다형이 나타내는 대립형질 중 하나에 특이적으로 혼성화 할 수 있음을 뜻한다.The invention also relates to autism diagnostic allele specific hybridization with at least 10 consecutive polynucleotides or their complementary nucleotides derived from DNA sequences SEQ ID NOs: 2-5, 8-10, 13, and 15-20, including polymorphic sites Red polynucleotides. The allele-specific polynucleotide means to hybridize specifically to each allele. That is, it means that it can hybridize specifically to one of the alleles represented by the single nucleotide polymorphism.

본 발명은 또한, 상기 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 자폐증 진단을 위한 증폭용 대립형질 특이적 프라이머를 포함한다. 여기서 "프라이머 (primer)"란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건 (예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 (ATP,GTP,CTP,TTP) 및 DNA 폴리머라제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 10 내지 100, 바람직하게는 10 내지 80 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 3'-말단이 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 단일염기다형과 정렬하는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립형질 형태의 DNA에서 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용된다. 증폭에 의하여 두 개의 프라이머로부터 산물이 증폭되고, 증폭된 산물만을 특이적으로 염색하여 시각화한다. 이는 특정 대립형질 형태가 존재한다는 것을 의미한다. 여기서 사용되는 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드들이 다른 변성화 과정을 거치게 되면, GoldenGateTM Assay 뿐만 아니라 다른 방법들에 의해서도 사용될 수 있다. The present invention also provides a polynucleotide selected from the group consisting of the polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t), or a complementary polynucleotide thereof. Comprising, comprising an allele specific primer for amplification for diagnosis of autism. “Primer” herein refers to the synthesis of template-directed DNA synthesis under appropriate conditions (eg, four different nucleoside triphosphates (ATP, GTP, CTP, TTP) and DNA polymerase) in a suitable buffer and at a suitable temperature. It refers to a single stranded oligonucleotide that can act as a starting point. The appropriate length of the primer may vary depending on the purpose of use, but is usually 10 to 100, preferably 10 to 80 nucleotides. Short primer molecules generally require lower temperatures to form stable hybrids with the template. The primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize with the template. The primer is preferably 3'-terminal alignment with the monobasic polymorphism of SEQ ID NO: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20. The primer hybridizes to the target DNA comprising the polymorphic site and initiates amplification in allelic form of DNA where the primer exhibits complete homology. This primer is used in pairs with a second primer that hybridizes to the other side. The product is amplified from two primers by amplification, and only the amplified product is specifically stained and visualized. This means that certain allelic forms exist. If the allele-specific polynucleotides used herein undergo different denaturation processes, they can be used by other methods as well as GoldenGate ™ Assay.

본 발명은 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 자폐증 진단용 프로브 및 이를 포함하는 자폐증 진단용 마이크로어레이를 포함한다. 또한, 본 발명은 폴리뉴클레오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 자폐증 진단용 키트를 포함한다.The present invention comprises a polynucleotide selected from the group consisting of polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) or complementary polynucleotides thereof, Autism diagnostic probe and autism diagnostic microarray comprising the same. In addition, the present invention provides a polynucleotide selected from the group consisting of polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) or complementary polynucleotides thereof. It includes, autism diagnostic kit.

본 발명은 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 폴리뉴클레오티드로부터 하나 이상 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계 (단, 상기 다형성 부위는 상기에서 정의한 바와 같다)를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법을 포함한다.In order to provide information necessary for diagnosing autism, the present invention comprises the steps of: (i) obtaining a nucleic acid sample from a sample; And (ii) analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site of at least one polynucleotide selected from polynucleotides of SEQ ID NOs: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20 or complementary nucleotides thereof from the nucleic acid sample ( Provided that the polymorphic site is as defined above).

상기 검체는 혈액, 조직, 세포 등을 포함하며, 핵산 시료는 통상의 방법에 따라 얻을 수 있다. 예를 들어 혈액에 경우 다음과 같이 핵산 시료를 얻을 수 있다. 혈액을 원심분리 시험관으로 옮기고 낮은 농도의 염 성분 완충용액(low-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, 및 2mM EDTA))을 첨가한다. 그리고 Nonidet P-40을 첨가한 다음, 얻어진 용액을 잘 섞어준 후, 상온에서 10분간 약 2,200 rpm으로 원심분리한다. 이때 얻어진 덩어리는 고농도의 염 성분 완충용액(high-salt buffer solution(10mM Tris-HCl [pH 7.6], 10mM KCl, 10mM MgCl2, 0.4M NaCl, 및 2mM EDTA))으로 재현탁한다. 게놈 DNA는 50ul의 10% SDS와 섞은 후, 약 55℃에서 밤새 반응시킨다. 반응 후에, 각 게놈 DNA들은 1.5ml 용량의 원심분리 시험관으로 옮겨, 6M NaCl을 0.3ml 첨가한다. 게놈 DNA들을 잘 섞어준 후, 약 12,000rpm에서 10분간 원심분리한다. 원심분리 후, 게놈 DNA가 들어있는 상층을 모아서 새로운 시험관으로 옮기고, 상온에서 동량의 100% 에탄올을 첨가한다. 게놈 DNA들이 침전될 때까지 잘 섞어 주고, 침전이 되면 70% 에탄올로 게놈 DNA들을 세척한다. 이 과정이 끝나면 시험관 뚜껑을 열어, 용액성분이 마르도록 놓아둔다. 그리고 TE 완충용액(pH 8.0)을 넣어 게놈 DNA를 재현탁함으로써, 핵산 시료를 얻을 수 있다.The sample includes blood, tissue, cells, and the like, and a nucleic acid sample can be obtained according to a conventional method. For example, in the case of blood, a nucleic acid sample can be obtained as follows. The blood is transferred to a centrifuge tube and a low concentration of salt component buffer (10 mM Tris-HCl [pH 7.6], 10 mM KCl, 10 mM MgCl 2, and 2 mM EDTA) is added. Then, after adding Nonidet P-40, the resulting solution was mixed well and centrifuged at about 2,200 rpm for 10 minutes at room temperature. The resulting mass is resuspended in a high concentration of salt component buffer (10 mM Tris-HCl [pH 7.6], 10 mM KCl, 10 mM MgCl 2, 0.4M NaCl, and 2 mM EDTA). Genomic DNA is mixed with 50ul of 10% SDS and reacted at about 55 ° C overnight. After the reaction, each genomic DNA is transferred to a 1.5 ml centrifuge tube and 0.3 ml of 6 M NaCl is added. After mixing the genomic DNA well, centrifuge for 10 minutes at about 12,000rpm. After centrifugation, the upper layer containing genomic DNA is collected, transferred to a new test tube, and the same amount of 100% ethanol is added at room temperature. Mix the genomic DNA well until it is settled, and wash the genomic DNA with 70% ethanol when settling. At the end of this procedure, open the test tube lid and allow the solution to dry. The nucleic acid sample can be obtained by resuspending genomic DNA by adding TE buffer solution (pH 8.0).

여기에서, 상기 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 단계는 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 서열로서 다형성 부위를 포함하는 서열(단, 상기 다형성 부위는 상기에서 정의한 바와 같다)을 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 수행될 수 있다. 상기 프라이머 또는 프로브는 상기에서 설명한 바와 같다. Wherein determining the nucleotide sequence of the polymorphic site is a polynucleotide selected from the group consisting of polynucleotides of SEQ ID NOs: 2-5, 8-10, 13, and 15-20 or a polymorphic site thereof as a complementary polynucleotide sequence thereof. (However, the polymorphic site is as defined above) can be carried out using a primer or a probe as a template. The primer or probe is as described above.

또한, 상기 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 분석하는 단계는 폴리뉴클레 오티드 (b) 내지 (e), (h) 내지 (j), (m), (o) 내지 (t)로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화시키는 단계; 및 얻어진 혼성화 결과를 분석하는 단계를 포함하여 수행될 수 있으며, 상기 마이크로어레이에 고정되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 DNA 서열의 길이는 각각 10 내지 100 뉴클레오티드일 수 있다.In addition, analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site is selected from the group consisting of polynucleotides (b) to (e), (h) to (j), (m), (o) to (t) Hybridizing the nucleic acid sample to a microarray to which a polynucleotide or its complementary nucleotide is immobilized; And analyzing the obtained hybridization results, wherein the lengths of the DNA sequences of the polynucleotides or complementary nucleotides immobilized on the microarrays may be 10 to 100 nucleotides, respectively.

본 발명의 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법에 따라 얻어진 결과는 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공할 수 있으며, 예를 들어, 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열이 각각 C, A, G, A, A, A, C, A, T, G, T, A, C, 및 C(위험 대립인자)인 것이 하나 이상 존재하는 경우, 자폐증 환자군에 속하는 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 대립 인자를 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 자폐증 환자군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.The results obtained according to the method for detecting a monobasic polymorphism in a sample of the present invention may provide information necessary for diagnosing autism, for example, polymorphisms of SEQ ID NOs: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20 If at least one nucleotide sequence of the site is C, A, G, A, A, A, C, A, T, G, T, A, C, and C (risk allele), respectively, It can be determined to belong. The more a nucleic acid sequence having the risk allele is detected in one sample, the higher the probability of belonging to the autism patient group.

또한, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 다형성 부위의 유전자형(genotype) 분석을 포함할 수 있다. 바람직하게는, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계는 서열번호 2, 8, 10 및 16의 다형성부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 및 열성 유전자형(resessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 3, 5 및 18의 다형성 부위의 우성 유전자형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 4, 17 및 19의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 및 우성 유전자 형(dominant genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 9, 13 및 15의 다형성 부위의 열성 유전자형(resessive genotype) 분석을 포함하거나, 서열번호 20의 다형성 부위의 공우성 유전자형(co-dominant genotype) 분석을 포함할 수 있다.In addition, analyzing the base sequence of the polymorphic site may comprise genotype (genotype) analysis of the polymorphic site of SEQ ID NO: 2 to 5, 8 to 10, 13, and 15 to 20. Preferably, analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site comprises co-dominant genotype and recessive genotype analysis of the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 2, 8, 10 and 16, or sequence Analysis of dominant genotypes of polymorphic sites of Nos. 3, 5, and 18, or co-dominant genotype and dominant genotypes of polymorphic sites of SEQ ID NOs: 4, 17, and 19 Or a recessive genotype analysis of the polymorphic sites of SEQ ID NOs: 9, 13, and 15, or co-dominant genotype analysis of the polymorphic sites of SEQ ID NO: 20.

즉, 서열번호 2, 8, 10 및 16의 다형성 부위가 각각 유전자형이 C/C, A/A, C/C, 및 G/G 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있으며, 공우성 모형에서도 유의하므로 위험대립인자인 C, A, C 및 G를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 3, 5 및 18의 다형성 부위가 각각 유전자형이 A/A, A/A, 및 A/A 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 4, 17 및 19의 다형성 부위의 유전자형이 각각 G/G와 A/G, T/T와 C/T, 및 C/C와 T/C 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있으며, 공우성 모형에서도 유의하므로 위험대립인자인 G, T, 및 C를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 9, 13 및 15의 다형성 부위가 각각 유전자형이 A/A, A/A, 및 T/T 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 20은 위험대립인자인 G를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 올라가는 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 대립 인자를 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.That is, the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 2, 8, 10, and 16 can be determined to be at high risk of autism when one or more genotypes of C / C, A / A, C / C, and G / G are present. In addition, since it is also important in the comorbidity model, the risk alleles C, A, C and G can be judged to have a high risk of autism. In addition, the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 3, 5, and 18 may be determined to have a high risk of autism when genotypes A / A, A / A, and A / A are present. In addition, if the genotypes of the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 4, 17, and 19 are present at least one of G / G and A / G, T / T and C / T, and C / C and T / C, respectively, It can be judged that it is high, and it is also important in the model of the likelihood. Therefore, if the risk alleles G, T, and C are included, the risk of autism is high. In addition, the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 9, 13, and 15 may be determined to have a high risk of autism when at least one genotype of A / A, A / A, and T / T is present. In addition, SEQ ID NO: 20 may be determined to increase the risk of autism when having a risk allele G. The more the nucleic acid sequence having the risk allele is detected in one sample, the higher the probability of belonging to the risk group can be determined.

본 발명은 또한, 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터 반수체형(haplotype) 을 분석하는 단계를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법을 포함한다. 구체적으로, 상기 반수체형 분석은 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 1 및 2의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형, 서열번호 6 및 7의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형, 또는 서열번호 8, 9, 11, 12, 13 및 14의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정되는 반수체형을 분석함으로써 수행될 수 있다. 상기 서열번호 1 및 2의 DNA 서열의 다형성 부위는 각각 서열번호 1의 401번째 염기 및 서열번호 2의 301번째 염기를 말하며, 상기 서열번호 6 및 7의 DNA 서열의 다형성 부위는 각각 서열번호 6의 499번째 염기 및 서열번호 7의 301번째 염기를 말하고, 상기 서열번호 8, 9, 11, 12, 13 및 14의 DNA 서열의 다형성 부위는 각각 서열번호 8의 301번째 염기, 서열번호 9의 301번째 염기, 서열번호 11의 301번째 염기, 서열번호 12의 301번째 염기, 서열번호 13의 201번째 염기, 및 서열번호 14의 567번째 염기를 말한다.The present invention also provides a method for diagnosing autism, comprising: (i) obtaining a nucleic acid sample from a sample; And (ii) analyzing haplotypes from the nucleic acid sample. Specifically, the haplotype analysis is a haplotype determined from the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2, the haplotype determined from the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 6 and 7, or SEQ ID NO: Can be performed by analyzing haplotypes determined from polymorphic sites of the DNA sequences 8, 9, 11, 12, 13 and 14. The polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2 refer to the 401 th base of SEQ ID NO: 1 and the 301 th base of SEQ ID NO: 2, respectively, and the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 6 and 7, respectively, Refers to the 499th base and the 301th base of SEQ ID NO: 7, wherein the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 8, 9, 11, 12, 13, and 14 are the 301th base of SEQ ID NO: 8, and the 301th base of SEQ ID NO: 9, respectively. Base, the 301th base of SEQ ID NO: 11, the 301th base of SEQ ID NO: 12, the 201th base of SEQ ID NO: 13, and the 567th base of SEQ ID NO: 14.

즉, 서열번호 1 및 2의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석결과, GA 반수체형을 가지지 않는 경우 또는 GC 반수체형을 가지는 경우, 그렇지 않은 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다. 또한, 서열번호 6 및 7의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석 결과, TC 반수체형을 가지고 있지 않은 사람이 이를 가지고 있는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다. 또한, 서열번호 8, 9, 11, 12, 13 및 14의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석 결과, AAGAAG 반수체형을 가지고 있는 사람이 이를 가지지 않는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있 다 (표 6, 도 1-2 참조). That is, as a result of the haplotype analysis determined from the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2, it may be determined that the case of having no GA haplotype or having a GC haplotype has a higher risk of autism than the other. . As a result of the haplotype analysis determined from the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 6 and 7, it can be determined that a person who does not have a TC haplotype has a higher risk of autism than a person who has it. In addition, the haplotype analysis determined from the polymorphic regions of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 8, 9, 11, 12, 13, and 14 revealed that those with AAGAAG haplotypes are more likely to develop autism than those without them. (See Table 6, Figures 1-2).

이하, 본 발명을 실시예를 통하여 더욱 상세히 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to examples. However, these examples are for illustrating the present invention, and the scope of the present invention is not limited to these examples.

실시예Example

1. One. 피검자Subject 선정 selection

자폐증 환자는 7 ∼ 22.5세로 2004년에서 2006년까지 3개의 특수학교의 외래환자 및 학생을 대상으로 180명을 선정하였으며, 이들 모두 DSM-IV(American Psychiatric Association, 1994), 임상 면접시험, 증후 등급(symptom rating)을 시행하였으며, Childhood Autism Rating Scale (CARS) 점수 30 이상의 환자를 선정하였다. 모든 진단은 독립된 2명의 경험 있는 정신과 의사 및 심리학자에 의해 수행 되었다. 대조군은 유전학적, 신경학적 병인이 없는 건강한 147명을 대상으로 선정 하였다. 모든 대상은 연구의 목적과 방법에 대한 설명을 한 후 서면 동의서를 통해 동의를 얻었으며, 자체 기관윤리위원회(Institutional Review Board, IRB)를 통과하였다. 선정된 총 327명으로부터 혈액을 채취하여, 혈액 내의 게놈 DNA(Genomic DNA)를 분리하여 실험에 사용하였다. 사용된 군집의 크기는 다음 표 1과 같다.Patients with autism aged 7 to 22.5 years old were selected from 180 outpatients and students from three special schools from 2004 to 2006. All of them were American Psychiatric Association (DSM-IV), clinical interview, symptom grade. (symptom rating) was performed, and patients with a Childhood Autism Rating Scale (CARS) score of 30 or higher were selected. All diagnoses were performed by two independent psychiatrists and psychologists. The control group was selected from 147 healthy individuals with no genetic or neurological etiology. All subjects were informed by written consent after explaining the purpose and method of the study and passed through their Institutional Review Board (IRB). Blood was collected from a total of 327 people, and genomic DNA (Genomic DNA) in the blood was isolated and used for the experiment. The size of the clusters used is shown in Table 1 below.

그룹group 정상인Normal 환자군Patient group 총합계total 조사인원Survey 147147 180180 327327

2. 게놈 2. Genome DNADNA 의 준비Preparation

게놈 DNA(genomic DNA; gDNA)를 준비하기 위하여 327명으로부터 혈액을 채취하였다. 혈액은 300 ul씩을 제공받았으며 게놈 DNA를 추출하기 위하여 Gentra사의 blood genomic DNA preparation kit를 사용하였다. 준비된 게놈 DNA는 GoldenGate Assay를 위해 Quant-iTTM Picogreen dsDNA assay kit (Molecular Probes, Invitrogen)을 사용하여 250 ng/5 ul의 농도로 조정하였다.Blood was collected from 327 to prepare genomic DNA (gDNA). Blood was given 300 ul each and Gentra's blood genomic DNA preparation kit was used to extract genomic DNA. Prepared genomic DNA using the Quant-iT TM Picogreen dsDNA assay kit (Molecular Probes, Invitrogen) for GoldenGate Assay was adjusted to 250 ng / concentration of 5 ul.

3. 게놈 3. Genome DNADNA 의 증폭 및 분석Amplification and analysis

Goldengate assay 방법에 따라, Sentrix array matrix chip을 사용하여 유전자형을 분석하였다. 일루미나사(Illumina Inc.)로부터 GoldenGate assay를 위한 모든 시약과 Sentrix array matrix chip을 구입하여 사용하였다. 모든 과정은 일루미나사의 GoldenGate assay 방법에 따라 시행하였다. According to the Goldengate assay method, genotyping was performed using a Sentrix array matrix chip. All reagents and Sentrix array matrix chips for GoldenGate assay were purchased from Illumina Inc. All procedures were performed according to Illumina's GoldenGate assay method.

게놈 DNA 시료(250 ng/5 ㎕)는 96웰 플레이트에서 5 ul의 GS#-MS1 시약과 혼합하였다. 플레이트를 밀봉하고 250×g에서 1 분 동안 원심분리하고, 95 ℃ heat block에서 30 분간 반응시켰다. 여기에 5 ul GS#-SUD를 넣고 혼합한 후 5 ul 2-프로판올(2-propanol)을 넣고, 다시 혼합한 후에 3,000×g에서 20분 동안 원심분리한 후 상등액을 제거하고 펠렛을 건조시켰다. 건조된 DNA는 10 ul의 GS#-RS1 시약을 넣고 잘 풀어주었다. 여기에 10 ul의 GS#-OPA와 30 ul의 GS#-OB1를 넣고, 잘 혼합한 후 70℃ heat block에 넣고 30℃가 될 때까지 천천히 식혔다. GS#-ASE 플레이트를 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치하였다. 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-AM1을 넣어주고 잘 혼합하였다. 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치한 후 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-AM1을 넣어주고 잘 혼합하였다. 위와 동일한 방법으로 50 ul GS#-UB1로 세척 후, 상등액을 제거하고, 37 ul GS#-MEL을 넣어주고 잘 혼합한 후에 45℃에서 15분간 배양(incubation)하였다. 위 플레이트를 다시 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치한 후 상등액을 제거하고, 50 ul GS#-UB1을 넣어주었다. 다시 위 과정을 반복하고, 35 ul GS#-IP1을 넣어주고 잘 혼합한 후 95℃ heat block에서 1분간 배양(incubation)하였다. 플레이트를 마그네틱 플레이트 위에 올리고 2분간 방치하였다. 상등액 30 ul를 GS#-PCR 플레이트에 옮긴 후 64 ul의 illumina-recommended DNA polymerase와 100 ul UDG를 GS#-MMP tube에 넣어준후 잘 섞어주고, 표 2에 나타낸 조건으로 증폭시켰다. Genomic DNA samples (250 ng / 5 μl) were mixed with 5 ul of GS # -MS1 reagent in 96 well plates. The plate was sealed and centrifuged for 1 minute at 250 × g, and reacted for 30 minutes in a 95 ° C. heat block. 5 ul GS # -SUD was added thereto, mixed, and 5 ul 2-propanol was added. After mixing, the mixture was centrifuged at 3,000 × g for 20 minutes, and then the supernatant was removed and the pellet was dried. The dried DNA was added well with 10 ul of GS # -RS1 reagent. 10 ul of GS # -OPA and 30 ul of GS # -OB1 were added thereto, mixed well, and placed in a 70 ° C. heat block and slowly cooled down to 30 ° C. The GS # -ASE plate was placed on the magnetic plate and left for 2 minutes. The supernatant was removed and 50 ul GS # -AM1 was added and mixed well. After placing on a magnetic plate and left for 2 minutes, the supernatant was removed, 50 ul GS # -AM1 was added and mixed well. After washing with 50 ul GS # -UB1 in the same manner as above, the supernatant was removed, 37 ul GS # -MEL was added and mixed well, and then incubated at 45 ° C. for 15 minutes. The upper plate was placed again on the magnetic plate, left for 2 minutes, the supernatant was removed, and 50 ul GS # -UB1 was added thereto. Repeat the above process again, put 35 ul GS # -IP1 and mix well and incubated for 1 minute in a 95 ℃ heat block. The plate was placed on a magnetic plate and left for 2 minutes. 30 ul of the supernatant was transferred to the GS # -PCR plate, 64 ul of illumina-recommended DNA polymerase and 100 ul UDG were added to the GS # -MMP tube, mixed well, and amplified under the conditions shown in Table 2.

온도Temperature 각 온도에서의 시간Time at each temperature 37℃37 ℃ 10 min10 min 95℃95 ℃ 3 min3 min 34 사이클34 cycles 95℃95 ℃ 35 sec 35 sec 56℃56 ℃ 35 sec 35 sec 72℃72 ℃ 2 min2 min 72℃72 ℃ 10 min10 min 4℃4 ℃ 5 min5 min

반응 후에 20 ul의 GS#MPB를 넣고 잘 혼합한 후, 96웰 필터 플레이트에 옮기고, 암실에서 60분 동안 방치하였다. 필터 플레이트 어댑터를 96웰 V-bottom에 놓고, 원심분리하여 상등액을 제거하였다. 다시 필터 플레이트에 50 ul GS#-UB2를 넣고 1000 x g에서 5 분간 원심분리하였다. 30 ul의 GS#_MH1가 들어있는 GS#-INT 플레이트를 필터 플레이트 위에 놓고, 30 ul의 0.1N NaOH를 필터 플레이트에 넣었다. 1000 xg에서 5 분간 원심분리하여 PCR 생산물을 수거하였다.After the reaction, 20 ul of GS # MPB was added and mixed well, and then transferred to a 96 well filter plate, and left in the dark for 60 minutes. The filter plate adapter was placed in a 96 well V-bottom and centrifuged to remove the supernatant. 50 ul GS # -UB2 was put back into the filter plate and centrifuged at 1000 x g for 5 minutes. A GS # -INT plate containing 30 ul of GS # _MH1 was placed on the filter plate and 30 ul of 0.1N NaOH was placed in the filter plate. PCR products were harvested by centrifugation at 1000 xg for 5 minutes.

칩을 GS#-UB2와 NaOH에서 전 처리하고, 수거한 PCR 산물을 384웰에 옮기고 여기에 전처리한 칩을 올렸다. 60 ℃에서 30 분 동한 혼성화시키고 다시 온도를 45℃로 바꾸고 14시간 이상 혼성화시켰다. GS#UB2, GS#IS1에서 세척한 후에 상온에서 건조시킨 후, 분석을 위해서 이미지 스캐닝(image scanning)을 실시하였다.The chips were pretreated in GS # -UB2 and NaOH, and the collected PCR products were transferred to 384 wells and the pretreated chips were loaded thereon. Hybridization was performed at 60 ° C. for 30 minutes and again the temperature was changed to 45 ° C. and hybridized for at least 14 hours. After washing in GS # UB2, GS # IS1, and dried at room temperature, image scanning was performed for analysis.

유전자형 분석 이미지 파일로부터의 유전자형의 분석은 Illumina사의 Beadstudio (version 2.3.41.16318)를 사용하여 각 다형성에 대한 유전자형를 확인하였다. Beadstudio는 두 개의 대립인자를 인식하는 프로브들 사이의 발색의 세기에 대한 비율을 가지고 전형적인 유전자형의 패턴을 나타낸다.Genotyping Analysis of genotypes from image files confirmed the genotype for each polymorphism using Illumina's Beadstudio (version 2.3.41.16318). Beadstudio exhibits a typical genotype pattern with a ratio of the intensity of color development between probes recognizing two alleles.

4. 통계학적 분석4. Statistical Analysis

각각의 단일염기다형들에 대한 유전자형은 Haploview software (version 53.32) 와 SAS statistical software (SAS Institute, Cary, NC)를 이용하여 결과를 분석하였다. 유의성의 검정을 위한 유의수준은 5%로 하여 P 값이 0.05 이하인 경우에만 유의성을 두었다. The genotypes for each of the single nucleotide polymorphisms were analyzed using Haploview software (version 53.32) and SAS statistical software (SAS Institute, Cary, NC). The significance level for the test of significance was 5%, which was significant only when the P value was 0.05 or less.

각각의 단일염기다형 결과로부터 소수 대립인자 빈도 (Minor Allele Frequency; MAF)가 5% 이상인 것으로 기준을 두었으며, 하아디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium ; HWE) 검정을 카이제곱 분석을 통해 시행하여 유의수준 (p value) >0.05 이상을 나타내는 단일염기다형들을 선택하였다. 여기서 선택된 결과로부터 대립형질 (alleles)과 유전형질 (genotypes)에 대하여 질병에 대한 연관성을 오즈 비 (Odds Ratio; OR)를 통해 구하였고 두 집단 간의 유의성 있는 차이를 나타내는지를 검정하였다. 오즈 비(Odds Ratio)는 로지스틱 회귀모형을 통하여 산출하였으며 우성 (Dominant), 열성 (Recessive) 및 공우성(Co-Dominant) 모형을 적용하였다. 각 모형에 따른 질병과의 유의성을 분석함에 있어 다수 대립인자를 A1이라 하고 소수 대립인자를 A2라 하면 우성 (Dominant) 모형은 A1A1의 빈도와 A1A2와 A2A2의 빈도에 대한 합을 비교하는 것이고, 열성 (Recessive) 형질 모형은 A1A1과 A1A2의 합과 A2A2의 빈도를 비교하는 것이고, 공우성 (Co-Dominant) 형질 모형은 A1A1, A1A2 및 A2A2에 대한 각각의 빈도를 비교하는 것이다. The minimum allele frequency (MAF) was 5% or more from each monobasic polymorphism, and the Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) test was performed by chi-square analysis. Monobasic polymorphs were selected that showed levels (p value)> 0.05 or greater. From the results selected, alleles and genotypes were correlated with disease by Odds Ratio (OR) and tested for significant differences between the two groups. Odds Ratio was calculated by logistic regression model and dominant, recessive and co-dominant models were applied. In analyzing the significance of each model, the majority allele is A1 and the minor allele is A2. The dominant model compares the sum of the frequency of A1A1 with the frequency of A1A2 and A2A2. The Recessive trait model compares the sum of A1A1 and A1A2 with the frequency of A2A2, while the Co-Dominant trait model compares the respective frequencies for A1A1, A1A2 and A2A2.

두 개 이상의 단일염기다형성이 연관 비평형을 이루며, 하나의 그룹을 형성하는데, 이를 연관 비평형 블록(Linkage Disequilibrium Block)이라 한다. 연관 비평형 블록은 Gabriel이 제안한 방법을 통하여 확인하였다 (Gabriel SB, Schaffner SF, Nguyen H, Moore JM, Roy J, Blumenstiel B, et al. The structure of haplotype blocks in the human genome. Science;296:2225-2229 (2002)). 연관 비평형 블록들로부터 형성되는 유전적 단위체는 각 단일염기다형의 유전자형 분석으로부터 그 유형이 결정되는데, 이를 반수체형(Haplotype)이라고 한다. Haploview를 사용하여 유전자 단위에서 밀접한 연관성을 나타내는 단일염기다형들간의 연관비평형 검정 (Linkage disequilibrium; LD)을 시행하였으며, 이로부터 얻어지는 반수체형 (Haplotype)이 질병에 어떠한 연관성을 오즈비를 통해 검정하였다. 또한 연관비평형 검정에 의한 각 단일염기다형들의 연관성에 대해서는 르완톤의 (Lewontin's) ｜D'｜ 및 r 2 측정을 사용하였다.Two or more single nucleotide polymorphisms form an associative non-equilibrium and form a group, called the Linkage Disequilibrium Block. Associative non-equilibrium blocks were identified using the method proposed by Gabriel (Gabriel SB, Schaffner SF, Nguyen H, Moore JM, Roy J, Blumenstiel B, et al. The structure of haplotype blocks in the human genome.Science; 296: 2225 -2229 (2002)). Genetic units formed from associative non-equilibrium blocks are determined from the genotyping of each monobasic polymorphism, which is called the haplotype. Linkage disequilibrium (LD) between single nucleotide polymorphisms, which are closely related at the genetic level, was performed using Haploview. . In addition, Lewantin's D 'and r 2 measurements were used.

5. 결과5. Results

(1) (One) MTHFRMTHFR , , AUTS2AUTS2 , , RELNRELN , , LAMB1LAMB1 , , WNT2WNT2 , , FOXP2FOXP2 , 및 , And ST7ST7 유전자에 존재하는 유의성을 나타내는  Indicating the significance present in the gene 단일염기다형Monobasic Polymorphic

자폐증과 관련된 후보 유전자군으로서 MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, 및 ST7을 선정하여, 상기 유전자형 분석을 통하여 얻어진 결과를 분석한 결과, 놀랍게도 수많은 단일염기다형 중, MTHFR, AUTS2, 및 WNT2 유전자는 각각 2개의 단일염기다형, RELN 유전자는 3개의 단일염기다형, LAMB1 유전자는 9개의 단일염기다형, FOXP2 및 ST7 유전자는 각각 1개의 단일염기다형이 통계학적으로 유의성이 있는 것으로 나타났다. 이들 단일염기다형의 다형성 부위의 특성은 다음 표 3과 같다.MTHFR, AUTS2, RELN, LAMB1, WNT2, FOXP2, and ST7 were selected as candidate gene groups related to autism, and the results obtained through the genotyping analysis were surprisingly found among MTHFR, AUTS2, and WNT2. Two mononucleotide polymorphisms, three monobasic polymorphisms for RELN genes, nine monobasic polymorphisms for LAMB1 genes, and one monobasic polymorphism for FOXP2 and ST7 genes were statistically significant. The characteristics of the polymorphic sites of these monobasic polymorphisms are shown in Table 3 below.

서열번호SEQ ID NO: Reference
SNP IDReference
SNP ID 대립인자Allele 염색체 지역Chromosome area 위치location 유전자gene SNP역할SNP Role 아미노산 변화Amino acid changes 1One rs2274976rs2274976 G>AG> A 1p36.31p36.3 1178519311785193 MTHFRMTHFR exon11exon11 Gln->ArgGln-> Arg 22 rs1801131rs1801131 A>CA> C 1p36.31p36.3 1178874211788742 MTHFRMTHFR exon7exon7 Ala->GluAla-> Glu 33 rs736477rs736477 A>GA> G 7q11.227q11.22 6957092469570924 AUTS2AUTS2 intronintron 변화없음No change 44 rs2293503rs2293503 A>GA> G 7q11.227q11.22 6969477669694776 AUTS2AUTS2 intronintron 변화없음No change 55 rs13232021rs13232021 A>GA> G 7q227q22 102735098102735098 RELNRELN intronintron 변화없음No change 66 rs362646rs362646 T>CT> C 7q227q22 102869754102869754 RELNRELN intronintron 변화없음No change 77 rs2072402rs2072402 C>AC> A 7q227q22 102885872102885872 RELNRELN intronintron 변화없음No change 88 rs7561rs7561 C>AC> A 7q227q22 107158317107158317 LAMB1LAMB1 3'UTR3'UTR 변화없음No change 99 rs7797759rs7797759 C>AC> A 7q227q22 107158958107158958 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1010 rs13646rs13646 T>CT> C 7q227q22 107159089107159089 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1111 rs2237685rs2237685 G>AG> A 7q227q22 107168735107168735 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1212 rs10271464rs10271464 G>AG> A 7q227q22 107173554107173554 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1313 rs2158836rs2158836 G>AG> A 7q227q22 107174790107174790 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1414 rs740287rs740287 T>GT> G 7q227q22 107178731107178731 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1515 rs4730283rs4730283 C>TC> T 7q227q22 107187940107187940 LAMB1LAMB1 exon22exon22 Arg->GlnArg-> Gln 1616 rs1548638rs1548638 G>TG> T 7q237q23 107198769107198769 LAMB1LAMB1 intronintron 변화없음No change 1717 rs936145rs936145 C>TC> T 7q317q31 113891131113891131 FOXP2FOXP2 intronintron 변화없음No change 1818 rs12706126rs12706126 A>GA> G 7q31.1-q31.37q31.1-q31.3 116185759116185759 ST7ST7 5'-flanking
UTR5'-flanking
UTR 변화없음No change 1919 rs6948009rs6948009 T>CT> C 7q317q31 116510364116510364 WNT2WNT2 3'-flanking
UTR3'-flanking
UTR 변화없음No change 2020 rs3779548rs3779548 A>GA> G 7q317q31 116524846116524846 WNT2WNT2 intronintron 변화없음No change

ㆍ서열번호는 각 단일염기다형을 나타내는 서열번호이다.Sequence number is a sequence number which represents each monobasic polymorphism.

ㆍReference SNP ID는 표준단일염기다형의 명칭 (Reference SNP ID; rs)을 의미하며, 이는 인간게놈프로젝트 후, 미국 국립보건원 산하 생물공학정보연구소 (NCBI)의 데이터베이스에서 각 단일염기다형을 구분하기 위하여 붙인 이름이다. Reference SNP ID refers to the name of the standard single nucleotide polymorphism (Reference SNP ID; rs), which is used to distinguish each single nucleotide polymorphism from the database of the National Institute of Biotechnology Information (NCBI) under the National Institute of Health. Name given.

ㆍ염색체 지역은 염색체를 특정 기법으로 염색했을 때 색깔에 따라 나누어지는 단위를 나타내고 있다. 이는 일명 G-band라고 불리고 있다. The chromosome region represents the unit that is divided by color when the chromosome is dyed by a specific technique. This is called G-band.

ㆍ위치는 염색체상에서 표준염기서열의 위치를 의미한다(NCBI Genome build 36.2).Position refers to the position of the standard base sequence on the chromosome (NCBI Genome build 36.2).

ㆍ유전자는 상기 단일염기다형들이 위치하고 있는 유전자를 나타낸다. Gene refers to the gene where the single nucleotide polymorphisms are located.

ㆍSNP 역할은 상기 단일염기다형들이 유전자상에서 어디에 위치하고 있는지를 나타내주고 있다. 따라서 각각의 단일염기다형들이 유전자의 발현과 기능에 있어서 어떻게 작용하는지를 알 수 있다. The SNP role indicates where the single base polymorphisms are located on the gene. Thus, it can be seen how each monobasic polymorphism works in gene expression and function.

ㆍ아미노산의 변화는 상기 단일염기다형들이 유전자가 발현되어 단백질을 생성할 때, 그 단백질을 이루는 아미노산에 변화를 주고 있는지에 대한 설명이다.A change in amino acid is a description of whether the monobasic polymorphs are changing the amino acids constituting the protein when the gene is expressed to produce a protein.

(2) 유전자형((2) genotype ( genotypegenotype ) 및 ) And 위험대립인자Risk allele 분석 analysis

표 4는 서열번호 1 내지 20의 소수대립인자 빈도와 각 유전형의 수와 그 빈도를 나타내며, 표 5a 및 5b는 표 4의 각 유전형 빈도에 대하여 각 단일염기다형이 우성 (Dominant) 모형, 열성 (Recessive) 모형, 그리고 공우성 (Co-dominant, 불완전우성) 모형을 따라 자폐증과 연관성이 있는지를 검정한 결과와 위험 대립인자를 나타낸다. 위험대립인자는 이 대립인자를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 대립인자를 말한다. Table 4 shows the frequency of minor alleles of SEQ ID NOS: 1-20, the number of genotypes and their frequency, and Tables 5A and 5B show the dominant model, recessive ( Recessive model and co-dominant (inferiority) model are used to test for association with autism and risk alleles. A risk allele is an allele with a high risk of autism if it has this allele.

서열번호SEQ ID NO: 대립
인자Opposition
factor 소수 대립인자 빈도Prime allele frequency A1A1A1A1 A1A2A1A2 A2A2A2A2 대조군Control group 자폐증Autism 대조군Control group 자폐증Autism 대조군Control group 자폐증Autism 대조군Control group 자폐증Autism 1One G>AG> A 0.090.09 0.100.10 123(83.67)123 (83.67) 145(80.56)145 (80.56) 23(15.65)23 (15.65) 35(19.45)35 (19.45) 1(0.68)1 (0.68) -- 22 A>CA> C 0.200.20 0.280.28 94(63.95)94 (63.95) 96(54.24)96 (54.24) 48(32.65)48 (32.65) 64(36.16)64 (36.16) 5(3.40)5 (3.40) 17(9.60)17 (9.60) 33 A>GA> G 0.090.09 0.050.05 122(82.99)122 (82.99) 163(90.56)163 (90.56) 24(16.33)24 (16.33) 16(8.89)16 (8.89) 1(0.68)1 (0.68) 1(0.56)1 (0.56) 44 A>GA> G 0.380.38 0.490.49 54(36.73)54 (36.73) 42(23.33)42 (23.33) 73(49.66)73 (49.66) 99(55.00)99 (55.00) 20(13.61)20 (13.61) 39(21.67)39 (21.67) 55 A>GA> G 0.270.27 0.230.23 76(51.70)76 (51.70) 113(62.78)113 (62.78) 63(42.86)63 (42.86) 52(28.89)52 (28.89) 8(5.44)8 (5.44) 15(8.33)15 (8.33) 66 T>CT> C 0.420.42 0.490.49 48(32.65)48 (32.65) 43(23.89)43 (23.89) 75(51.02)75 (51.02) 97(53.89)97 (53.89) 24(16.33)24 (16.33) 40(22.22)40 (22.22) 77 C>AC> A 0.140.14 0.140.14 109(74.15)109 (74.15) 133(73.89)133 (73.89) 34(23.13)34 (23.13) 45(25.00)45 (25.00) 4(2.72)4 (2.72) 2(1.11)2 (1.11) 88 C>AC> A 0.130.13 0.190.19 110(74.83)110 (74.83) 122(67.78)122 (67.78) 36(24.49)36 (24.49) 48(26.67)48 (26.67) 1(0.68)1 (0.68) 10(5.56)10 (5.56) 99 C>AC> A 0.130.13 0.190.19 97(74.05)97 (74.05) 121(68.75)121 (68.75) 33(25.19)33 (25.19) 44(25.00)44 (25.00) 1(0.76)1 (0.76) 11(6.25)11 (6.25) 1010 T>CT> C 0.130.13 0.200.20 110(74.83)110 (74.83) 123(68.33)123 (68.33) 36(24.49)36 (24.49) 42(23.33)42 (23.33) 1(0.68)1 (0.68) 15(8.33)15 (8.33) 1111 G>AG> A 0.300.30 0.300.30 73(49.66)73 (49.66) 88(48.89)88 (48.89) 61(41.50)61 (41.50) 76(42.22)76 (42.22) 13(8.84)13 (8.84) 16(8.89)16 (8.89) 1212 G>AG> A 0.140.14 0.180.18 108(73.47)108 (73.47) 127(70.56)127 (70.56) 37(25.17)37 (25.17) 43(23.89)43 (23.89) 2(1.36)2 (1.36) 10(5.56)10 (5.56) 1313 G>AG> A 0.130.13 0.180.18 109(74.15)109 (74.15) 126(70.00)126 (70.00) 37(25.17)37 (25.17) 44(24.44)44 (24.44) 1(0.68)1 (0.68) 10(5.56)10 (5.56) 1414 T>GT> G 0.150.15 0.200.20 105(71.43)105 (71.43) 119(66.11)119 (66.11) 39(26.53)39 (26.53) 51(28.33)51 (28.33) 3(2.04)3 (2.04) 10(5.56)10 (5.56) 1515 C>TC> T 0.140.14 0.200.20 107(72.79)107 (72.79) 117(65.36)117 (65.36) 38(25.85)38 (25.85) 51(28.49)51 (28.49) 2(1.36)2 (1.36) 11(6.15)11 (6.15) 1616 G>TG> T 0.320.32 0.240.24 71(48.30)71 (48.30) 101(56.11)101 (56.11) 59(40.14)59 (40.14) 70(38.89)70 (38.89) 17(11.56)17 (11.56) 9(5.00)9 (5.00) 1717 C>TC> T 0.070.07 0.120.12 127(86.39)127 (86.39) 137(76.11)137 (76.11) 18(12.24)18 (12.24) 42(23.33)42 (23.33) 2(1.36)2 (1.36) 1(0.56)1 (0.56) 1818 A>GA> G 0.200.20 0.140.14 93(63.27)93 (63.27) 134(74.44)134 (74.44) 50(34.01)50 (34.01) 41(22.78)41 (22.78) 4(2.72)4 (2.72) 5(2.78)5 (2.78) 1919 T>CT> C 0.150.15 0.230.23 106(72.11)106 (72.11) 105(58.33)105 (58.33) 39(26.53)39 (26.53) 68(37.78)68 (37.78) 2(1.36)2 (1.36) 7(3.89)7 (3.89) 2020 A>GA> G 0.340.34 0.410.41 60(40.82)60 (40.82) 56(31.11)56 (31.11) 74(50.34)74 (50.34) 100(55.56)100 (55.56) 13(8.84)13 (8.84) 24(13.33)24 (13.33)

자폐증환자와 정상인에 대한 각 단일염기다형의 HWE와 로지스틱 회귀분석HWE and logistic regression analysis for each monobasic polymorphism for autistic patients and normal subjects 서열번호SEQ ID NO: HWEHWE 모형model OR (95% CI)OR (95% CI) p-valuep-value 위험대립인자Risk allele 1One 대조군Control group 0.090.09 공우성Woo Woo Sung -- -- -- 자폐증Autism 0.150.15 우성dominant -- -- 열성zeal -- -- 22 대조군Control group 0.710.71 공우성Woo Woo Sung 1.53 (1.06∼2.20)1.53 (1.06-2.20) 0.0230.023 CC 자폐증Autism 0.200.20 우성dominant 1.50 (0.96∼2.34)1.50 (0.96∼2.34) 0.0780.078 열성zeal 3.02 (1.09∼8.39)3.02 (1.09-8.39) 0.0340.034 33 대조군Control group 0.880.88 공우성Woo Woo Sung 0.55 (0.30∼1.02)0.55 (0.30 to 1.02) 0.0580.058 AA 자폐증Autism 0.390.39 우성dominant 0.51 (0.26∼0.98)0.51 (0.26-0.98) 0.0450.045 열성zeal 0.81 (0.05∼13.13)0.81 (0.05-13.13) 0.8850.885 44 대조군Control group 0.550.55 공우성Woo Woo Sung 1.61 (1.16∼2.24)1.61 (1.16-2.24) 0.0050.005 GG 자폐증Autism 0.180.18 우성dominant 1.91 (1.18∼3.09)1.91 (1.18-3.09) 0.0090.009 열성zeal 1.76 (0.97∼3.17)1.76 (0.97-3.17) 0.0610.061 55 대조군Control group 0.270.27 공우성Woo Woo Sung 0.81 (0.57∼1.15)0.81 (0.57-1.15) 0.2400.240 AA 자폐증Autism 0.020.02 우성dominant 0.63 (0.41∼0.99)0.63 (0.41-0.99) 0.0440.044 열성zeal 1.58 (0.65∼3.84)1.58 (0.65 ~ 3.84) 0.3130.313 66 대조군Control group 0.560.56 공우성Woo Woo Sung 1.37 (0.99∼1.90)1.37 (0.99-1.90) 0.0550.055 -- 자폐증Autism 0.290.29 우성dominant 1.54 (0.95∼2.51)1.54 (0.95-2.51) 0.0790.079 열성zeal 1.46 (0.84∼2.57)1.46 (0.84 ~ 2.57) 0.1830.183 77 대조군Control group 0.500.50 공우성Woo Woo Sung 0.94 (0.60∼1.48)0.94 (0.60-1.48) 0.8030.803 -- 자폐증Autism 0.400.40 우성dominant 1.01 (0.62∼1.67)1.01 (0.62-1.67) 0.9570.957 열성zeal 0.40 (0.07∼2.22)0.40 (0.07 ~ 2.22) 0.2960.296 88 대조군Control group 0.290.29 공우성Woo Woo Sung 1.54 (1.01∼2.35)1.54 (1.01-2.35) 0.0470.047 AA 자폐증Autism 0.080.08 우성dominant 1.41 (0.87∼2.30)1.41 (0.87-2.30) 0.1630.163 열성zeal 8.59 (1.09∼67.89)8.59 (1.09-67.89) 0.0410.041 99 대조군Control group 0.310.31 공우성Woo Woo Sung 1.45 (0.94∼2.24)1.45 (0.94-2.24) 0.0900.090 AA 자폐증Autism 0.020.02 우성dominant 1.30 (0.78∼2.15)1.30 (0.78-2.15) 0.3120.312 열성zeal 8.67 (1.10∼67.99)8.67 (1.10-67.99) 0.0400.040 1010 대조군Control group 0.290.29 공우성Woo Woo Sung 1.58 (1.06∼2.37)1.58 (1.06-2.37) 0.0260.026 CC 자폐증Autism 0.000.00 우성dominant 1.38 (0.85∼2.24)1.38 (0.85-2.24) 0.1970.197 열성zeal 13.27 (1.73∼101.64)13.27 (1.73-101.64) 0.0130.013

자폐증환자와 정상인에 대한 각 단일염기다형의 HWE와 로지스틱 회귀분석HWE and logistic regression analysis for each monobasic polymorphism for autistic patients and normal subjects 서열번호SEQ ID NO: HWEHWE 모형model OR (95% CI)OR (95% CI) p-valuep-value 위험대립인자Risk allele 1111 대조군Control group 0.960.96 공우성Woo Woo Sung 1.02 (0.73∼1.43)1.02 (0.73 ~ 1.43) 0.9100.910 -- 자폐증Autism 0.940.94 우성dominant 1.03 (0.67∼1.59)1.03 (0.67-1.59) 0.8900.890 열성zeal 1.01 (0.47∼2.16)1.01 (0.47-2.16) 0.9890.989 1212 대조군Control group 0.560.56 공우성Woo Woo Sung 1.28 (0.85∼1.94)1.28 (0.85-1.94) 0.2370.237 -- 자폐증Autism 0.020.02 우성dominant 1.16 (0.71∼1.88)1.16 (0.71-1.88) 0.5600.560 열성zeal 4.26 (0.92∼19.78)4.26 (0.92-19.78) 0.0640.064 1313 대조군Control group 0.260.26 공우성Woo Woo Sung 1.39 (0.91∼2.11)1.39 (0.91-2.11) 0.1290.129 AA 자폐증Autism 0.030.03 우성dominant 1.23 (0.75∼2.00)1.23 (0.75-2.00) 0.4070.407 열성zeal 8.59 (1.09∼67.89)8.59 (1.09-67.89) 0.0410.041 1414 대조군Control group 0.780.78 공우성Woo Woo Sung 1.34 (0.90∼2.00)1.34 (0.90-2.00) 0.1540.154 -- 자폐증Autism 0.160.16 우성dominant 1.28 (0.80∼2.06)1.28 (0.80-2.06) 0.3040.304 열성zeal 2.82 (0.76∼10.46)2.82 (0.76-10.46) 0.1200.120 1515 대조군Control group 0.500.50 공우성Woo Woo Sung 1.50 (1.00∼2.26)1.50 (1.00-2.26) 0.0500.050 TT 자폐증Autism 0.100.10 우성dominant 1.42 (0.88∼2.28)1.42 (0.88-2.28) 0.1510.151 열성zeal 4.75 (1.04∼21.76)4.75 (1.04-21.76) 0.0450.045 1616 대조군Control group 0.380.38 공우성Woo Woo Sung 0.70 (0.50∼0.99)0.70 (0.50-0.99) 0.0440.044 GG 자폐증Autism 0.480.48 우성dominant 0.73 (0.47∼1.13)0.73 (0.47-1.13) 0.1600.160 열성zeal 0.40 (0.17∼0.93)0.40 (0.17-0.93) 0.0340.034 1717 대조군Control group 0.160.16 공우성Woo Woo Sung 1.74 (1.01∼2.99)1.74 (1.01-2.99) 0.0470.047 TT 자폐증Autism 0.240.24 우성dominant 1.99 (1.11∼3.57)1.99 (1.11-3.57) 0.0200.020 열성zeal 0.41 (0.04∼4.51)0.41 (0.04-4.51) 0.4620.462 1818 대조군Control group 0.370.37 공우성Woo Woo Sung 0.67 (0.44∼1.02)0.67 (0.44-1.02) 0.0590.059 AA 자폐증Autism 0.400.40 우성dominant 0.59 (0.37∼0.95)0.59 (0.37-0.95) 0.0300.030 열성zeal 1.02 (0.27∼3.87)1.02 (0.27-3.87) 0.9750.975 1919 대조군Control group 0.450.45 공우성Woo Woo Sung 1.79 (1.17∼2.73)1.79 (1.17-2.63) 0.0070.007 CC 자폐증Autism 0.320.32 우성dominant 1.85 (1.16∼2.94)1.85 (1.16-2.94) 0.0100.010 열성zeal 2.93 (0.60∼14.34)2.93 (0.60 to 14.34) 0.1840.184 2020 대조군Control group 0.140.14 공우성Woo Woo Sung 1.42 (1.00∼2.01)1.42 (1.00-2.01) 0.0470.047 GG 자폐증Autism 0.050.05 우성dominant 1.53 (0.97∼2.41)1.53 (0.97-2.41) 0.0690.069 열성zeal 1.59 (0.78∼3.24)1.59 (0.78-3.24) 0.2050.205

ㆍHWE 상태는 하아디-와인버그 평형 (Hardy-Weinberg Equilibrium)의 상태를 나타내는 것이다. 카이제곱 (df=1) 검정에서 chi-value = 3.84(p-value=0.05, df=1)을 기준으로, 3.84보다 큰 경우에는 하아디-와인버크 평형 HWE (Hardy-Weinberg Equilibrium)으로 판단하고, 3.84보다 작은 경우에는 하아디-와인버그 비평형 (Hardy-Weinberg Disequilibrium)으로 판단하였다.The HWE state represents the state of Hardy-Weinberg Equilibrium. Based on chi-value = 3.84 (p-value = 0.05, df = 1) in the chi-square (df = 1) test, it is judged by Hardy-Weinberg equilibrium HWE (Hardy-Weinberg Equilibrium) if it is greater than 3.84, If less than 3.84, it was judged as Hardy-Weinberg Disequilibrium.

ㆍ오즈 비율 (odds ratio, OR)은 환자군 중에서 위험 대립인자를 가질 오즈에 대한 정상군 중에서 위험 대립인자를 가질 오즈의 비율을 나타낸다. 95% CI는 오즈 비율의 95% 신뢰구간을 나타내는 것으로, (하한 신뢰구간, 상한 신뢰구간)을 나타낸다. 신뢰구간은 1을 포함하는 경우에는 질병과의 연관성을 유의하다고 판단할 수 없다. 오즈비율이 1보다 크고 95%신뢰구간에 1이 포함되어 있지 않은 경우 소수 대립인자가 질환군에서 더 높은 빈도를 가지며, 오즈비율이 1보다 작은 경우에는 다수 대립인자가 질환군에서 더 높은 빈도를 가진다. The odds ratio (OR) represents the ratio of odds of risk alleles among normal groups to odds of risk alleles among patient groups. 95% CI represents the 95% confidence interval of the odds ratio, indicating (lower confidence interval, upper confidence interval). Confidence intervals with a value of 1 cannot be considered significant for association with disease. If the odds ratio is greater than 1 and does not include 1 in the 95% confidence interval, minor alleles have a higher frequency in the disease group. If the odds ratio is less than 1, the majority allele has a higher frequency in the disease group. Have

ㆍ위험 대립 인자 (risk allele)는 p-value에 유의성이 있는 경우 오즈비가 1 보가 크면 소수 대립인자, 오즈비가 1 보다 작으면 다수 대립인자로 하였다.The risk allele was a small allele if the odds ratio was greater than 1 when the p-value was significant and a majority allele if the odds ratio was less than 1.

대립유전자 (Allele)는 대립형질들이 환자군가 정상인군 사이에서 출현되는 빈도수의 비율을 통하여 위험 대립인자가 질병에 어느 정도의 연관성 (위험도)를 가지고 있는지 확인할 수 있다. 95% 신뢰구간에 1을 포함하고 있을 경우 유의성이 없기 때문에, 상기 표 5로부터 확인할 수 있는 바와 같이, 서열번호 1, 6, 7, 11, 12, 및 14의 경우 유의성을 가지고 있지 않다. 따라서, 서열번호 2 내지 5, 8 내지 10, 13, 및 15 내지 20의 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열이 각각 C, A, G, A, A, A, C, A, T, G, T, A, C, 및 C(위험 대립인자)인 것이 하나 이상 존재하는 경우, 자폐증 걸릴 가능성이 높은 것으로 판단할 수 있다The allele can identify how risk alleles are associated with disease through the ratio of the frequency at which alleles appear between patients and normal subjects. Since there is no significance when 1 is included in the 95% confidence interval, as shown in Table 5 above, SEQ ID Nos. 1, 6, 7, 11, 12, and 14 do not have significance. Thus, the nucleotide sequences of the polymorphic sites of SEQ ID NOs: 2-5, 8-10, 13, and 15-20 are C, A, G, A, A, A, C, A, T, G, T, A, If more than one of C, and C (risk allele) is present, it may be determined that autism is more likely

또한, 서열번호 2, 8, 10, 및 16은 공우성과 열성 모형에서 유의성을 보이며, 서열번호 2, 8, 및 10은 오즈비가 > 1로 유전자형(genotype)이 소수대립인자(Minor Allele)을 가지고 있는 사람이 다수대립인자(Major Allele)를 가지고 있는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 더 높은 것으로 나타났다. 서열번호 16은 오즈비가 < 1로 유전자형(genotype)이 다수 대립인자를 가지고 있는 사람이 소수 대립인자를 가지고 있는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 더 높은 것으로 나타났다.In addition, SEQ ID NOs: 2, 8, 10, and 16 show significance in the co-occurrence and recessive model, and SEQ ID NOs: 2, 8, and 10 have a minor allele of genotype with an odds ratio of> 1. Those who have a higher risk for autism than those who have Major Allele. SEQ ID NO: 16 shows that people with a large allele with a genotype of Ozbi <1 have a higher risk of developing autism than those with a minor allele.

서열번호 3, 5 및 18은 우성 모형에서 유의성을 보이며 오즈비가 < 1로서 유전자형이 다수 대립인자를 가지고 있는 사람이 소수대립인자 둘로 구성된 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 나타났다. SEQ ID NOs: 3, 5, and 18 showed significance in the dominant model, and those with a large allele of genotype with an odds ratio of <1 were more likely to develop autism than those consisting of two minor alleles.

서열번호 4, 17 및 19은 공우성과 우성 모형에서 유의성을 보이며 오즈비가 > 1로서 유전자형이 소수 대립인자를 가지고 있는 사람이 다수 대립인자 둘로 구성된 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 나타났다. SEQ ID NOs: 4, 17, and 19 showed significant significance in the co-dominance and dominance model, with an odds ratio of> 1, and those with minor alleles with genotypes were more likely to develop autism than those with two alleles.

서열번호 9, 13 및 15은 열성 모형에서 유의성을 보이며 오즈비가 > 1로서 두개의 소수 대립인자를 가지고 있는 사람의 경우 다수 대립인자를 하나 이상 가지고 있는 사람에 비해 자폐증에 걸릴 위험이 더 높은 것으로 나타났다. 서열번호 20은 공우성 모형에서 유의성을 보이며 오즈비가 > 1로서 소수 대립인자를 가지고 있을수록 자폐증에 걸릴 위험이 더 높은 것으로 나타났다.SEQ ID NOs: 9, 13 and 15 are significant in the recessive model, and those with two minor alleles with an odds ratio of> 1 have a higher risk of developing autism than those with one or more alleles. . SEQ ID NO: 20 was significant in the co-occurrence model, and the higher the odds ratio of Ozbi> 1, the higher the risk of autism.

상기 결과로부터, 서열번호 2, 8, 10 및 16의 다형성 부위가 각각 유전자형이 C/C, A/A, C/C, 및 G/G 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있으며, 공우성 모형에서도 유의하므로 위험대립인자인 C, A, C 및 G를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 3, 5 및 18의 다형성 부위가 각각 유전자형이 A/A, A/A, 및 A/A 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 4, 17 및 19의 다형성 부위의 유전자형이 각각 G/G와 A/G, T/T와 C/T, 및 C/C와 T/C 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있으며, 공우성 모형에서도 유의하므로 위험대립인자인 G, T, 및 C를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 9, 13 및 15의 다형성 부위가 각각 유전자형이 A/A, A/A, 및 T/T 가 하나 이상 존재하는 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 높은 것으로 판단할 수 있다. 또한 서열번호 20은 위험대립인자인 G를 가지고 있을 경우 자폐증에 걸릴 위험도가 올라가는 것으로 판단할 수 있다. 상기 위험 대립 인자를 갖는 핵산 서열이 하나의 검체에서 많이 검출되면 될수록 위험군에서 속하는 확률은 더 높은 것으로 판단할 수 있다.From the above results, it is determined that the polymorphic sites of SEQ ID NOs: 2, 8, 10, and 16 are at high risk of autism when one or more genotypes of C / C, A / A, C / C, and G / G are present. Because it is also important in the co-occurrence model, the risk alleles C, A, C, and G may be considered to be at high risk for autism. In addition, the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 3, 5, and 18 may be determined to have a high risk of autism when genotypes A / A, A / A, and A / A are present. In addition, if the genotypes of the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 4, 17, and 19 are present at least one of G / G and A / G, T / T and C / T, and C / C and T / C, respectively, It can be judged that it is high, and it is also important in the model of the likelihood. Therefore, if the risk alleles G, T, and C are included, the risk of autism is high. In addition, the polymorphic regions of SEQ ID NOs: 9, 13, and 15 may be determined to have a high risk of autism when at least one genotype of A / A, A / A, and T / T is present. In addition, SEQ ID NO: 20 may be determined to increase the risk of autism when having a risk allele G. The more the nucleic acid sequence having the risk allele is detected in one sample, the higher the probability of belonging to the risk group can be determined.

서열번호 1은 자폐증 환자군에서 소수 대립인자 둘로 구성된 유전형이 발견되지 않아 분석이 이루어 지지 않으며, 서열번호 6, 7, 11, 12, 및 14는 연관성이 없는 것으로 나왔으나 서열번호 3을 포함하는 위 단일염기 다형성들은 연관불균형으로부터 반수체형을 확인하여 연관성을 분석한 결과 유의한 반수체형을 얻었다 (도 1 및 2 참조).SEQ ID NO: 1 is not analyzed because a genotype consisting of two minor alleles was not found in the autism patient group, and SEQ ID NOs 6, 7, 11, 12, and 14 were found to be unrelated, The base polymorphisms were identified by the haplotype from the linkage disequilibrium, and the correlation analysis resulted in a significant haplotype (see FIGS. 1 and 2).

(3) (3) 반수체형Haploid 분석 analysis

표 6 및 도 1은 서열번호 1 내지 20에 대한 다형성 부위간의 연관성을 나타내며 도 2는 이를 토대로, 도 1로부터 형성된 연관 비평형 블록(Linkage Disequilibrium Block)으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형(Haplotype)을 나타낸다. 표 7은 각 블록의 반수체형에 대한 자폐증과의 연관성 검정 결과이다.Table 6 and FIG. 1 show the association between the polymorphic sites for SEQ ID NOS: 1-20, and FIG. 2 shows the haplotypes formed in comparison to genotyping results from the Linkage Disequilibrium Block formed from FIG. Haplotype). Table 7 shows the results of association test with autism for haplotype of each block.

｜D'｜｜ D '｜
blockblock block1block1 blockblock 서열
번호order
number 1One 22 rr 22 block1block1 1One 0.9730.973 22 0.2940.294



｜D'｜｜ D '｜
blockblock block2block2 block3block3 blockblock 서열
번호order
number 66 77 88 99 1111 1212 1313 1414 rr 22 block2block2 66 1One -- -- -- -- -- -- 77 0.1370.137 -- -- -- -- -- -- block3block3 88 -- -- 0.9760.976 1One 0.9650.965 0.9880.988 0.9650.965 99 -- -- 0.9410.941 0.9360.936 0.9510.951 0.9750.975 0.9630.963 1111 -- -- 0.0820.082 0.0750.075 1One 1One 0.880.88 1212 -- -- 0.9110.911 0.8830.883 0.080.08 0.9880.988 1One 1313 -- -- 0.9440.944 0.9180.918 0.0790.079 0.9660.966 1One 1414 -- -- 0.8350.835 0.8270.827 0.0710.071 0.8770.877 0.8670.867

연관불균형 블록Associative block 반수체형
Haploid
대조군(%)Control group (%) 자폐증(%)Autism (%) 모델Model OR (95% CI)OR (95% CI) p-valuep-value Block1Block1 ht1ht1 ht/htht / ht 94(63.95)94 (63.95) 95 (53.67)95 (53.67) 공우성Woo Woo Sung 1.55(1.08∼2.24)1.55 (1.08-2.24) 0.0180.018 G-AG-A -/ht-/ ht 48(32.65)48 (32.65) 65 (36.72)65 (36.72) 우성dominant 1.53(0.98∼2.40)1.53 (0.98-2.40) 0.0620.062 -/--/- 5(3.40)5 (3.40) 17 (9.60)17 (9.60) 열성zeal 3.02(1.09∼8.39)3.02 (1.09-8.39) 0.0340.034 ht2ht2 ht/htht / ht 1(0.68)1 (0.68) 6 (3.39)6 (3.39) 공우성Woo Woo Sung 0.54(0.34∼0.86)0.54 (0.34-0.86) 0.0090.009 G-CG-C -/ht-/ ht 31(21.09)31 (21.09) 54 (30.51)54 (30.51) 우성dominant 0.20(0.02∼1.64)0.20 (0.02-1.64) 0.1330.133 -/--/- 115(78.23)115 (78.23) 117 (66.10)117 (66.10) 열성zeal 0.54(0.33∼0.89)0.54 (0.33-0.89) 0.0170.017 ht3ht3 ht/htht / ht 1(0.68)1 (0.68) -- 공우성Woo Woo Sung 0.93(0.53∼1.64)0.93 (0.53-1.64) 0.8050.805 A-CA-C -/ht-/ ht 23(15.65)23 (15.65) 32 (18.08)32 (18.08) 우성dominant -- -- -/--/- 123(83.67)123 (83.67) 145 (81.92)145 (81.92) 열성zeal 0.88(0.49∼1.58)0.88 (0.49-1.58) 0.6780.678 Block2Block2 ht4ht4 ht/htht / ht 24 (16.33)24 (16.33) 40 (22.22)40 (22.22) 공우성Woo Woo Sung 0.73(0.53∼1.01)0.73 (0.53-1.01) 0.0550.055 C-CC-C -/ht-/ ht 75 (51.02)75 (51.02) 97 (53.89)97 (53.89) 우성dominant 0.68(0.39∼1.20)0.68 (0.39-1.20) 0.1830.183 -/--/- 48 (32.65)48 (32.65) 43 (23.89)43 (23.89) 열성zeal 0.65(0.40∼1.05)0.65 (0.40 to 1.05) 0.0790.079 ht5ht5 ht/htht / ht 30 (20.41)30 (20.41) 21 (11.67)21 (11.67) 공우성Woo Woo Sung 1.33(0.96∼1.83)1.33 (0.96-1.83) 0.0820.082 T-CT-C -/ht-/ ht 69 (46.94)69 (46.94) 92 (51.11)92 (51.11) 우성dominant 1.94(1.06∼3.56)1.94 (1.06 to 3.56) 0.0320.032 -/--/- 48 (32.65)48 (32.65) 67 (37.22)67 (37.22) 열성zeal 1.22(0.77∼1.93)1.22 (0.77-1.93) 0.3900.390 ht6ht6 ht/htht / ht 4 (2.72)4 (2.72) 2 (1.11)2 (1.11) 공우성Woo Woo Sung 1.06(0.68∼1.65)1.06 (0.68-1.65) 0.8030.803 T-AT-A -/ht-/ ht 34 (23.13)34 (23.13) 45 (25.00)45 (25.00) 우성dominant 2.49(0.45∼13.79)2.49 (0.45-13.79) 0.2960.296 -/--/- 109 (74.15)109 (74.15) 133 (73.89)133 (73.89) 열성zeal 0.99(0.60∼1.62)0.99 (0.60 to 1.62) 0.9570.957 Block3Block3 ht7ht7 ht/htht / ht 45 (30.61)45 (30.61) 47 (26.11)47 (26.11) 공우성Woo Woo Sung 1.27(0.92∼1.74)1.27 (0.92-1.74) 0.1420.142 C-C-G-G-G-TC-C-G-G-G-T -/ht-/ ht 77 (52.38)77 (52.38) 90 (50.00)90 (50.00) 우성dominant 1.25(0.77∼2.02)1.25 (0.77 to 2.02) 0.3680.368 -/--/- 25 (17.01)25 (17.01) 43 (23.89)43 (23.89) 열성zeal 1.53(0.88∼2.65)1.53 (0.88-2.65) 0.1290.129 ht8ht8 ht/htht / ht 12 (8.16)12 (8.16) 16 (8.89)16 (8.89) 공우성Woo Woo Sung 1.01(0.72∼1.41)1.01 (0.72-1.41) 0.9750.975 C-C-A-G-G-TC-C-A-G-G-T -/ht-/ ht 58 (39.46)58 (39.46) 68 (37.78)68 (37.78) 우성dominant 0.91(0.42∼1.99)0.91 (0.42-1.99) 0.8160.816 -/--/- 77 (52.38)77 (52.38) 96 (53.33)96 (53.33) 열성zeal 1.04(0.67∼1.61)1.04 (0.67-1.61) 0.8640.864 ht9ht9 ht/htht / ht 1 (0.68)1 (0.68) 10 (5.56)10 (5.56) 공우성Woo Woo Sung 0.74(0.49∼1.14)0.74 (0.49-1.14) 0.1720.172 A-A-G-A-A-GA-A-G-A-A-G -/ht-/ ht 36 (24.49)36 (24.49) 41 (22.78)41 (22.78) 우성dominant 0.12(0.01∼0.92)0.12 (0.01-0.92) 0.0410.041 -/--/- 110 (74.83)110 (74.83) 129 (71.67)129 (71.67) 열성zeal 0.85(0.52∼1.39)0.85 (0.52-1.39) 0.5210.521

도 1에서 알 수 있는 바와 같이, 서열번호 1과 2가 연관 비평형 블록(block1)을 형성하였으며, 서열번호 6과 7이 연관 비평형 블록(block2)을 형성하였다. 또한, 서열번호 8, 9, 11, 12, 13 및 14에서 연관 비평형 블록(block3)이 형성되었다. 도 2로부터 첫 번째 블록인 서열번호 1과 2로 구성된 블록(block1)은 GA(ht1), GC(ht2) 및 AC(ht3) 형태의 반수체형이 나타냈으며, 두 번째 블록인 서열번호 6과 7로 구성된 블록(block2)은 CC(ht4), TC(ht5) 및 TA(ht6) 형태의 반수체형이 나타냈으며, 서열번호 8, 9, 11, 12, 13 및 14로 구성된 세 번째 블록(block3)에서는 CCGGGT(ht7), CCAGGT(ht8), 및 AAGAAG(ht9) 형태의 반수체형을 보였다. 도2를 보면 각 블록 내에서 상위에 있는 반수체형이 나타나는 빈도가 높다. 표 6은 도 1에 나타난 각 단일염기다형 간의 연관비평형 블록의 조밀함을 수치화하여 나타낸 것으로 ｜D'｜과 r2 값을 나타내고 있다. 표 7은 우성 모형, 열성 모형, 그리고 공우성(불완전우성) 모형을 따라 자폐증과 연관성이 있는지를 검정한 결과이다. block1에서 ht1(GA)와 ht2(GC) 반수체형이 공우성과 열성 모형에서 유의성을 보여, 각각 반수체형 ht1과 ht2를 가지고 있는 않은 사람이 가지고 있는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 나타났다. block2에서 ht5(TC)와 block3에서 ht9(AAGAAG) 반수체형이 우성모형에서 유의성을 보여, 각각 반수체형으로 ht5와 ht9를 가지고 있는 사람이 그렇지 않은 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 나타났다.As can be seen in Figure 1, SEQ ID NO: 1 and 2 formed an associative non equilibrium block (block1), SEQ ID NO: 6 and 7 formed an associative non equilibrium block (block2). In addition, associative non-equilibrium blocks (block3) were formed in SEQ ID NOs: 8, 9, 11, 12, 13 and 14. Block 1 consisting of SEQ ID NOs: 1 and 2, which is the first block from FIG. 2, has a haplotype in the form of GA (ht1), GC (ht2), and AC (ht3), and the second block, SEQ ID NOs: 6 and 7 Block 2 consists of CC (ht4), TC (ht5) and TA (ht6) haplotypes, and the third block consisting of SEQ ID NOs: 8, 9, 11, 12, 13, and 14 (block3) Showed haplotypes in the form of CCGGGT (ht7), CCAGGT (ht8), and AAGAAG (ht9). 2, the frequency of the haploids appearing higher in each block is high. It indicates the value and r 2 | Table 6 illustrates to quantify the dense for each single nucleotide polymorphism associated with non-equilibrium between the blocks shown in Figure 1 | D '. Table 7 shows the results of testing the association with autism according to the dominant model, recessive model, and coexistence (incomplete dominant) model. In block 1, the ht1 (GA) and ht2 (GC) haplotypes were significant in the co-occurrence and recessive models, indicating that people with a haploid ht1 and ht2 had a higher risk of developing autism. In block2, ht5 (TC) and block3 in ht9 (AAGAAG) haplotypes were significant in the dominant model, and those with haplotypes of ht5 and ht9, respectively, had a higher risk of autism than those who did not.

상기 결과로부터, 서열번호 1 및 2의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석결과, GA 반수체형을 가지지 않는 경우 또는 GC 반수체형을 가지는 경우, 그렇지 않은 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다. 또한, 서열번호 6 및 7의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석 결과, TC 반수체형을 가지고 있지 않은 사람이 이를 가지고 있는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다. 또한, 서열번호 8, 9, 11, 12, 13 및 14의 DNA 서열의 다형성 부위로부터 결정된 반수체형 분석 결과, AAGAAG 반수체형을 가지고 있는 사람이 이를 가지지 않는 사람보다 자폐증에 걸릴 위험이 높은 것으로 판정할 수 있다.From the above results, the haplotype analysis determined from the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 1 and 2 indicates that there is no risk of developing autism than those who do not have the GA haplotype or have the GC haplotype. Can be. As a result of the haplotype analysis determined from the polymorphic sites of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 6 and 7, it can be determined that a person who does not have a TC haplotype has a higher risk of autism than a person who has it. In addition, the haplotype analysis determined from the polymorphic regions of the DNA sequences of SEQ ID NOs: 8, 9, 11, 12, 13, and 14 revealed that those with AAGAAG haplotypes are more likely to develop autism than those without them. Can be.

도 1a MTHFR 유전자의 연관비평형 블록을 나타낸다.1A shows an associative unbalance block of the MTHFR gene.

도 1b RELN 및 LAMB1 유전자의 연관비평형 블록을 나타낸다.1B shows associative unbalance blocks of the RELN and LAMB1 genes.

도 2a MTHFR 유전자의 연관비평형 블록으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형을 나타낸다.Figure 2a shows the haplotype formed from the analysis of the genotype from the association non-equilibrium block of the MTHFR gene.

도 2b RELN 및 LAMB1 유전자의 연관비평형 블록으로부터 유전자형의 분석결과와 대비하여 형성된 반수체형을 나타낸다.Figure 2b shows the haplotype formed from the analysis of the genotypes from the unbalanced blocks of RELN and LAMB1 genes.

<110> College of Medicine Pochon CHA University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Polynucleotides comprising single nucleotide polymorphism, microarrays and diagnostic kits comprising the same, and detection methods using the same <160> 20 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 cttccctggg cgagagatca tccagcccac cgtagtggat cccgtcagct tcatgttctg 60 gaaggtaaag gagccggggg caagcttgcc ccgcccacct ggaaaaccgt ggggagggat 120 tgggaccaag tcccaagcgt gtgctgaagg ccacactgga cccagccttc agggcacacc 180 cagctctgac tcacccatgt cactgctgat gcagggtgtt tatttctggg caggggtggg 240 aagtgatact ggcagtgggc cttgttctat tccgggaaat gtcctgttga gcagagccct 300 tggagagccc tgttaatctt gcctctgtgt gtgtgtgcat gtgtgcgtgt gtgcgggggt 360 atgtgtgtgt aggacgaggc ctttgccctg tggattgagc rgtggggaaa gctgtatgag 420 gaggagtccc cgtcccgcac catcatccag tacatccacg acaactactt cctggtcaac 480 ctggtggaca atgacttccc actggacaac tgcctctggc aggtggtgga agacacattg 540 gagcttctca acaggcccac ccagaatgcg agagaaacgg aggctccatg accctgcgtc 600 ctgacgccct gcgttggagc cactcctgtc ccgccttcct cctccacagt gctgcttctc 660 ttgggaactc cactctcctt cgtgtctctc ccaccccggc ctccactccc ccacctgaca 720 atggcagcta gactggagtg aggcttccag gctcttcctg gacctgagtc ggccccacat 780 gggaacctag tactctctgc t 801 <210> 2 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 tgcagacctt ccttgcaaat atatctttgt tcttgggagc gggagggcag aagaagtttg 60 catgcttgtg gttgacctgg gaggagtcag gggcagaatt tacaggaatg gcctcctggg 120 catgtggtgg cactgccctc tgtcaggagt gtgccctgac ctctgggcac ccctctgcca 180 ggggcaattc ctcttcccct gcctttgggg agctgaagga ctactacctc ttctacctga 240 agagcaagtc ccccaaggag gagctgctga agatgtgggg ggaggagctg accagtgaag 300 maagtgtctt tgaagtcttt gttctttacc tctcgggaga accaaaccgg aatggtcaca 360 aagtgagtga tgctggagtg gggaccctgg ttcatcccct gcccctggcc tgaccccagc 420 tgcaggccag gctgcggggc tgtgacttcc ccatcctgtg ccctcccctc catgctgtgg 480 acatggcaaa gggagaaggg taagttggga gacctccacc tggaagggct tagggaggca 540 aagacaggct gggtctttgt tgggggccgt gagagggact cagggtgcca aacctgatgg 600 t 601 <210> 3 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 agacactatt attcccattt cacagataaa gctaaggaag ttgcccaagg tcacagactg 60 atcaggtagc ggagctacaa cagcaagatc tgagtccaaa gcgtgtgtgt ttcaggatgt 120 cctcacactg ccaccctcct cccaccctgg tcacctgcca cagggagcga ctattcactc 180 aacagtcctc ctgaattttc ctgcctgcat ctcaaccctc attttcacat tttccagggg 240 actaccttcc cctcattcct gcaacctaat tctacctgtg aagcccccta cgctttgaag 300 ygcatccaag aaacaccttc ctgaagaaga tggcctcaga cgccgccagg gagagtttgt 360 gtttcttctg aaacaaccta tgttctgcct ggaatttcag ctgcttctgt cctggtcttc 420 tttctcctgt caggtaatta ggcggcatct agaatgccag ctaatctcca ttcaaatgcc 480 ggctctggag tgaatgataa cagtccactg tctgtgctga tgttctagta ggggagaaag 540 acaaataaaa gtcaacaaat gaataaagaa ggtaattgca gggtgtgaca tgtgtcatga 600 g 601 <210> 4 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 aatgcctgaa tctgcctgta cacttgcaga tgggatcgaa tacacaaagg ccacacaaag 60 catgcacctt tattaggaag agactcattt atcggggcag tgagatgtag aataactcct 120 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cgagtcaacc cgccagaagc 540 agctctacag ctgccattac tcagtacaca ggaccaaata catagcatgt tcttgttttc 600 ttcagaaaat acatatgtgg aaaaaagtag tgcctatgga ttaatcccaa actccagaag 660 cgtggctgag aacctggtct tctcggtttt acctcccttg ccctctcttg actaacacgc 720 cgtccgcatc acatgaaggt tttccacatc ccaaaccttc ttgctttggc atgttacatc 780 ttttgcttat ttcctgagat ttaggctcaa atatccagct ccctgaagaa catctccagc 840 ttggctgtcc cagagcatcc caaaccaacg gatctaagac agaagccctc aatccctcgg 900 atggtctcta tcagggtgaa ggcactacca cctgctgagt caaccaagtc agaaatttag 960 tccccgttct tctccagatt ctttcttcac actccatcag gaaccaaatt ctgtgatttt 1020 tacttctgca tcttgtgtct ctcttccccc tttccattgg ctatgctatg ctaaatataa 1080 gaaatgcggc tgggcacggt ggctcacgcc tgtaatctca gcactttggg aggccgagac 1140 aggcggatca cctgaggttg ggagttcgag accagcctca ccaacatgga gaaaccccat 1200 ctctactaaa aatacaaaat tagctgggcg tggtggcgca ggcctgtaat cccagatact 1260 tgggaggctg aggcacgaga 1280 <210> 17 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 17 aacaatcatt tgtggcatgt gttaacaaat ataatgaaat 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caggattgag gaaaacagac tcagtcctta 300 tcctcgtggt gtcatcgact tcatggtcct tgaagcagta gccaggcact gggacacagt 360 ctaggtgctg gagaaccctc acactggggc aggaaagtgg tggtgtttag gtttcagtcc 420 ttgttgcatt gctctgttat aaggtcttat cttatatatg tcattttgac aaggtaaaga 480 ataagttatt catctccttc tgctttgac 509 <110> College of Medicine Pochon CHA University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> polynucleotides comprising single nucleotide polymorphism,          microarrays and diagnostic kits comprising the same, and          detection methods using the same <160> 20 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 cttccctggg cgagagatca tccagcccac cgtagtggat cccgtcagct tcatgttctg 60 gaaggtaaag gagccggggg caagcttgcc ccgcccacct ggaaaaccgt ggggagggat 120 tgggaccaag tcccaagcgt gtgctgaagg ccacactgga cccagccttc agggcacacc 180 cagctctgac tcacccatgt cactgctgat gcagggtgtt tatttctggg caggggtggg 240 aagtgatact ggcagtgggc cttgttctat tccgggaaat gtcctgttga gcagagccct 300 tggagagccc tgttaatctt gcctctgtgt gtgtgtgcat gtgtgcgtgt gtgcgggggt 360 atgtgtgtgt aggacgaggc ctttgccctg tggattgagc rgtggggaaa gctgtatgag 420 gaggagtccc cgtcccgcac catcatccag tacatccacg acaactactt cctggtcaac 480 ctggtggaca atgacttccc actggacaac tgcctctggc aggtggtgga agacacattg 540 gagcttctca acaggcccac ccagaatgcg agagaaacgg aggctccatg accctgcgtc 600 ctgacgccct gcgttggagc cactcctgtc ccgccttcct cctccacagt gctgcttctc 660 ttgggaactc cactctcctt cgtgtctctc ccaccccggc ctccactccc ccacctgaca 720 atggcagcta gactggagtg aggcttccag gctcttcctg gacctgagtc ggccccacat 780 gggaacctag tactctctgc t 801 <210> 2 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 tgcagacctt ccttgcaaat atatctttgt tcttgggagc gggagggcag aagaagtttg 60 catgcttgtg gttgacctgg gaggagtcag gggcagaatt tacaggaatg gcctcctggg 120 catgtggtgg cactgccctc tgtcaggagt gtgccctgac ctctgggcac ccctctgcca 180 ggggcaattc ctcttcccct gcctttgggg agctgaagga ctactacctc ttctacctga 240 agagcaagtc ccccaaggag gagctgctga agatgtgggg ggaggagctg accagtgaag 300 maagtgtctt 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tctgtgctga tgttctagta ggggagaaag 540 acaaataaaa gtcaacaaat gaataaagaa ggtaattgca gggtgtgaca tgtgtcatga 600 g 601 <210> 4 <211> 801 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 aatgcctgaa tctgcctgta cacttgcaga tgggatcgaa tacacaaagg ccacacaaag 60 catgcacctt tattaggaag agactcattt atcggggcag tgagatgtag aataactcct 120 ctccataacg tcagcttgtg tttctttccg cttcctagag gtgacctttg ctatggggca 180 agagctcacc atcttcttcc aatgggcagg aacaggctgt tgtaaactcg gattccctga 240 gataccaagg aatggctctc acccactgca ccatgggaag ttcaggcaga accactgccg 300 agcacagctc tactaccgaa agaatgcggt gtaagagatg aaatctggaa gctggacggg 360 atgtactgaa actcctaaga gagcaccatc tcctgcctaa rtggtaagca gggtatctgg 420 gactcccacc agcttgcccg gaggtgcagc gggagcatgg taaacacagc agggttgcct 480 gaagcacaca tctcagttcc cattattttg ggcgactcac ctaggtgggc agcagggttg 540 aggaagttgc tgtgatgagg aggtggccca aaaggggtcc cagttgggtg tgcagcacct 600 gttaagtcaa acataacgaa accagagttt acaaaaagcc aacttcgaag atgcaaccgg 660 cttctacttg cttaagggcc ccgtgagaaa atatgttcaa gggaggtcat 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aaagaggtta ggtttcttac ctattatgac aaaaatgcta atttcaggat 420 aactcattga tttttattct gcaacatgga ttcaagtatt tcaatatctc agagagaatg 480 tactcaccca ctgtagtttt cagaggagta gacagtgctg tgggggaggt ggggtccagc 540 acagatctca ggtaagcatt cagtgtgaag gagggaccag gagcgcccat ggttggtaga 600 a 601 <210> 8 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 tttcacacag gcttattttt taaattactt taaggcatcc atagtttatt taaaagtgaa 60 aaatatattc actttgtctt gagatcatca tagtataaat tgctcagact ttatatatat 120 atatatctcc acagatttag aaagaaaata tgaagacaat caaagatact tagaagataa 180 agctcaagaa ttagcaagac tggaaggaga agtccgttca ctcctaaagg atataagcca 240 gaaagttgct gtgtatagca catgcttgta acagaggaga ataaaaaatg gctgaggtga 300 mcaaggtaaa acaactacat tttaaaaact gacttaatgc tcttcaaaat aaaacatcac 360 ctatttaatg tttttaatca cattttgtat ggagttaaat aaagtacagt gcttttgtat 420 atattttggt gtacttgtta ctttcactga ttgttgatga atcccttttt tcactgtaaa 480 cgtggattta taaacaagtt tactgcgtcc atgaagaccc taatttatgt tgtctataaa 540 caagctatta tatttatttg acaggtaaac atcctccaaa actccacacc cttgactccc 600 c 601 <210> 9 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 gctaaaagag tttttgcttc attttgtagc atttcggctt tccttctggc atcagctgac 60 tcttcagttt ttttggcaat taaattttct acttttttat acttttcatc aagttcacca 120 tctaaagtct atagttccac atttagacag aaagaagtgg taatgttagt gtcagtaatt 180 acatttaaga gcaatagtgt aatcatggca tgcattctgg attaagggcc accaaggata 240 ttcactggta agtaatttaa aattttatct tcaaacagtg gaattgaatg caaaattgac 300 mtgattttaa agaacatttc aaaaaattct ggagttgcag caaatcctta gggctaagtc 360 ctcattctcc tgattattac ttttctatag aaaagttgta gcataattgt attgcaaatt 420 acatagagaa gcgcagattt ttcaaaagta gattagacat tagagaagcc catattgaag 480 aagtggaggc tctttggatc ttgactaaat taggatttgt gaagacttgc ttataaggaa 540 atcagaggaa aaagattaaa caaaagatac aggaaggaaa ggtgagattg tagcatatgc 600 a 601 <210> 10 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 10 tagttccaca tttagacaga aagaagtggt aatgttagtg tcagtaatta catttaagag 60 caatagtgta atcatggcat gcattctgga ttaagggcca ccaaggatat tcactggtaa 120 gtaatttaaa attttatctt caaacagtgg aattgaatgc aaaattgacc tgattttaaa 180 gaacatttca aaaaattctg gagttgcagc aaatccttag ggctaagtcc tcattctcct 240 gattattact tttctataga aaagttgtag cataattgta ttgcaaatta catagagaag 300 ygcagatttt tcaaaagtag attagacatt agagaagccc atattgaaga agtggaggct 360 ctttggatct tgactaaatt aggatttgtg aagacttgct tataaggaaa tcagaggaaa 420 aagattaaac aaaagataca ggaaggaaag gtgagattgt agcatatgca agaagtgagt 480 gaggagaaga gaaatggggt gtggggttgg aatgcaaatg attcttttta gaaactgttc 540 aaatagccat ttatggaaat ttcatttcaa gagattttgt tcctttctct tgtgataaaa 600 t 601 <210> 11 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 11 gatggagaga attggcattt catgcttcat aactttgtct cctgttagct gcaatttaca 60 cattgctcta agccttcatt tttctttttt cttcatcttt tatttttcca tttaataaat 120 gacagattat ttgctcccta tttgctataa agtttcagaa gataatgagt atgaaaccta 180 gcaggcatca ataaacactg tcttatattg tgaccaattt tgtctatttc agagaaagtg 240 atgagaggag ggaggaagca tcactaagac aaagctgtaa tgaagtttga actcttctgc 300 rcctatgtac cttccatctt taactttctc tgtgtctctg ggctaagaga acacaaacct 360 tagtctataa aaaataccct ccaaattatt tcacataggt atccttcctt gaaaacacag 420 gaaggaagag gaagaaacag gctcagttag gcttttttgg ggccttctgc ctgattttca 480 ttaaactcac aacccaattt catttggctc cagagttcct ttttaaaagc ttctgggaaa 540 tgaatctact ttctaggctg gtttcagggt taatcttcac caggtaaagt tactggaaca 600 a 601 <210> 12 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 12 tgacatcaag gtccagttac tttaaatcta ggtctaggaa ggacctcctt caagtcgctt 60 gagctaatgt cagctgtcct ctgctactca tgcctggtat gagatgaaaa gtccctctgg 120 cttcttaaag gtgctgatta aagtctcatc acacacaaaa aatgttactg tcatttcgtc 180 atataaacac ctcagtgtgc aggatttaac tgtgaagcag tcccctcagg cctagatggt 240 gagtctgcag tgaaaaaacc atagcatcta gggaagcaca gatgcctcat acccttttct 300 rtttttgtcc tttagcactt aggtcttatt gtgctgtttt gggggttcct ttttggcaaa 360 aggagttggg atgtttaggg gcaagagagg ggaggtagga gaaagggtag ataaatgatc 420 cttgagaagg tcaattctct aggcttccac taacaaacac tgtccaatca gagggaagat 480 tacctagaga aggggtggga tgaggacttt tcagcataga 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gaggcagagg ttatagtgag 60 ctgagatcat gccactgcac tccagcctgg gtgatagagt gagactctgt ctcattaaaa 120 aaaaaaaaaa aattggtctc atctttcctt agttgaaagt gaaattttac ctctctgaac 180 aagtgttttc ccaagtgaaa taaatacagg aagaataaaa tctgctgata atgaaaaaaa 240 ggtggaagtc attctaagaa gtgggcagaa taaatgtgca tcttacttcg acagtcctgc 300 yggagggcat caccatagta tccaaaccgg cagaactgac agtgttcccc ttccgtgtgg 360 tacaggcact tgagacacct cccagtctcc ttgtcacagg cttctgggtc tgtcgtgtca 420 atgttgttgt gacactggca aggctgacac gaccccccaa cttctgatgg attgccaaag 480 tatcctgagg cacagtcgtc acatctggaa cctgtcaccc gataaaacca aacacaagat 540 gtttagctta ttgactgaaa gctcaccagt gcaccgacac tcatgcctag agagagctga 600 t 601 <210> 16 <211> 1280 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 16 ttggggatga atagatgaaa aaatatcctt gcctcagtat ttaccatgct aggttgataa 60 ctttggagca taagtagaga gaagaaaagt ttcttgtaaa gacacatttc ttaaaccaac 120 caaaagcctt atcagtgaat gctccaaagc caatttgtga gtkatagaat tacttagctt 180 taaatatgac tcttctcagg aaggcatggt cctgatcctt attttgtgct cactgacaaa 240 gctataaaaa tgcttctgaa atggggtctt tacaaagcat gtatgttcca ctacacccca 300 aaacactgct ttaccgacct gccacacact cccctactca caggccccaa gttggcttcc 360 tccgcttcat agaggtagtg atccagggtg gcaaagtagt aaccaggttc cacttcgttg 420 cactgacgtc caatcatgtg aggccggcat gagcactggc ctgactccgc aaagcaactg 480 gaagggagga ggagccacat cagctgagtt catggtcacg cgagtcaacc cgccagaagc 540 agctctacag ctgccattac tcagtacaca ggaccaaata catagcatgt tcttgttttc 600 ttcagaaaat acatatgtgg aaaaaagtag tgcctatgga ttaatcccaa actccagaag 660 cgtggctgag aacctggtct tctcggtttt acctcccttg ccctctcttg actaacacgc 720 cgtccgcatc acatgaaggt tttccacatc ccaaaccttc ttgctttggc atgttacatc 780 ttttgcttat ttcctgagat ttaggctcaa atatccagct ccctgaagaa catctccagc 840 ttggctgtcc cagagcatcc caaaccaacg gatctaagac agaagccctc aatccctcgg 900 atggtctcta tcagggtgaa ggcactacca cctgctgagt caaccaagtc agaaatttag 960 tccccgttct tctccagatt ctttcttcac actccatcag gaaccaaatt ctgtgatttt 1020 tacttctgca tcttgtgtct ctcttccccc tttccattgg ctatgctatg ctaaatataa 1080 gaaatgcggc tgggcacggt ggctcacgcc tgtaatctca gcactttggg aggccgagac 1140 aggcggatca cctgaggttg ggagttcgag accagcctca ccaacatgga gaaaccccat 1200 ctctactaaa aatacaaaat tagctgggcg tggtggcgca ggcctgtaat cccagatact 1260 tgggaggctg aggcacgaga 1280 <210> 17 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 17 aacaatcatt tgtggcatgt gttaacaaat ataatgaaat gtcaagtttg ccaattcctc 60 tggaagtatc attttcaatt tatgattaca gtgtcactta atgctgatgt accctggaaa 120 gtgggtgtca gggtagaaaa aagaaaaaag gtgagaatgt atgcaagctg tttaacagtg 180 tgcccttcat tactcccctc agaaaggccc tgttcttcat tatcaaaaaa ctcatatcac 240 ctctgtcata tttaccacac atcttttgtc ataaatagca tccaattagc aaaattttta 300 ygcagggcag cacataaaaa gatttctgcc atacatttaa atggtattca caagaggtaa 360 tctgtggtcc tttttacttt atacagtagg ctatacaacc aagcaagaaa actaattcta 420 attgttctgt ttctctataa agtaactgct gagtggctaa atagagaata ttcagctttt 480 gtttataatt tagtaacacc tgtcttttta aatcccaaat acacttctta agataaacct 540 ttttttaatg gggagaaaat gatgtgtaca gcattgattg atctttcttt gtggatttgt 600 t 601 <210> 18 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aacgccaaga acctggacaa 840 cctgcagtca cgatccttta ctggtgacaa tattgtttta ttttactgag attccatgta 900 tcagtgttag acacaaaaat catttggtca tgtgctgcca taaataacta taaagaaagt 960 ctatgtgtgc caatttc 977 <210> 19 <211> 601 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 19 gtcctacact atctcaaaca ctcaagagtg tggtcctatt tgtgatggag cattgggcaa 60 tgcctgatat gtgcaccaat cccttcgcct ctcttggtct caatttcccc aaactgaagg 120 aagctgagat gtctcctaag atcctttcca atttgaaaca cagcctggat tgatgatttc 180 acagttcatc cagcaggagg aagggctgat ggctgtggga cccccatgaa agtgccttcg 240 cactctcatg aaggaattca caccaacctt cagggtaact gaagactgag cagctgccca 300 ygtgcctggc cttcttcaca ccaagctcag agcagctact gtcattccac tgttcccacc 360 atccgaatcc atagaataaa aggaggaaag agtcactttg gaaaagttag acaacaattt 420 gggaatgagg gaaaggggat gaattctgac atttttaaga gggctggagg caaatgttaa 480 ctatggcaaa gtactccagt aggttgtttt gtacgagtct cagtctaaat gaccttactg 540 tatggtatta aagaatgagg aagaaccaat aatttgatac cagatgcatg taatgaaata 600 t 601 <210> 20 <211> 509 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 20 gtgttctctc atgcccagtg gtgtggccta ctttgcagaa gctcatgaat gccgggattg 60 tgtcccacca gctgattaaa aacaagggaa catgttttta atgattaaac atgattaaaa 120 atatgtcagc caatagcaat gggtggatct tacttagata ctaatatgtg aagttctaac 180 ctgtacacct taagtccctc atttcttcat tgcacaaata ttgattgaga tcctcctatg 240 tgccagacrc tcttataatc actgggaacg caggattgag gaaaacagac tcagtcctta 300 tcctcgtggt gtcatcgact tcatggtcct tgaagcagta gccaggcact gggacacagt 360 ctaggtgctg gagaaccctc acactggggc aggaaagtgg tggtgtttag gtttcagtcc 420 ttgttgcatt gctctgttat aaggtcttat cttatatatg tcattttgac aaggtaaaga 480 ataagttatt catctccttc tgctttgac 509  

Claims (16)

삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete 삭제delete 한국인에서의 자폐증 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, (i) 검체로부터 핵산 시료를 얻는 단계; 및 (ii) 상기 핵산 시료로부터, 서열번호 15의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계 (단, 상기 다형성 부위는 서열번호 15의 DNA 서열 중 301번째 염기를 말한다)를 포함하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.In order to provide information necessary for diagnosing autism in Koreans, (i) obtaining a nucleic acid sample from a sample; And (ii) analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site of the polynucleotide of SEQ ID NO: 15 or its complementary nucleotide from the nucleic acid sample, wherein the polymorphic site refers to the 301th base of the DNA sequence of SEQ ID NO: 15). A method for detecting a monobasic polymorph in a sample comprising a. 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 15의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 서열로서 다형성 부위를 포함하는 서열(단, 상기 다형성 부위는 서열번호 15의 DNA 서열 중 301번째 염기를 말한다)을 주형으로 하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 수행되는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.8. The method of claim 7, wherein analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site comprises a polynucleotide of SEQ ID NO: 15 or a complementary polynucleotide sequence thereof comprising the polymorphic site, wherein the polymorphic site is a DNA sequence of SEQ ID NO: 15 Method of detecting a single nucleotide polymorphism in a sample, characterized in that carried out using a primer or a probe with a template). 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 분석하는 단계가 서열번호 15의 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드에서, 301번째 염기(다형성 부위)가 T이고, 상기 301번째 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 DNA 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드가 고정된 마이크로어레이에 상기 핵산 시료를 혼성화시키는 단계; 및 얻어진 혼성화 결과를 분석하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.8. The method of claim 7, wherein the step of analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site is a polynucleotide consisting of the DNA sequence of SEQ ID NO: 15, the 301th base (polymorphic site) is T, 10 or more comprising the 301th base Hybridizing the nucleic acid sample to a micronucleotide consisting of a contiguous DNA sequence or a complementary nucleotide thereof; And analyzing the obtained hybridization result. 제9항에 있어서, 상기 마이크로어레이에 고정되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 뉴클레오티드의 DNA 서열의 길이가 10 내지 100 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.10. The method of claim 9, wherein the DNA sequence of the polynucleotide or complementary nucleotide thereof immobilized on the microarray is 10 to 100 nucleotides in length. 삭제delete 삭제delete 삭제delete 제7항에 있어서, 상기 다형성 부위의 염기 서열을 분석하는 단계가 서열번호 15의 다형성 부위의 열성 유전자형 분석을 포함하는 것을 특징으로 하는, 검체 중의 단일염기다형을 검출하는 방법.The method of claim 7, wherein analyzing the nucleotide sequence of the polymorphic site comprises recessive genotyping of the polymorphic site of SEQ ID NO: 15. 9. 삭제delete 삭제delete
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