KR100753538B1 - 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색 방법 및 장치와 이를위한 기록매체 - Google Patents
스트레스 단백질 내성 유전자의 검색 방법 및 장치와 이를위한 기록매체 Download PDFInfo
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Abstract
Description
Claims (10)
- (1) 기주 유래 단백질과 스트레스 단백질의 아미노산 서열을 입력받아 상기 기주 유래 단백질과 상기 스트레스 단백질의 구조 도메인을 예측하는 단계;(2) 기주 유래 단백질의 구조 도메인과 스트레스 단백질의 구조 도메인의 상호작용 여부를 확인하여 스트레스 단백질과 상호작용하는 기주 유래 단백질을 1차 선택하는 단계;(3) 단계 (2)로부터 선택된 각 기주 유래 단백질에 포함된 각 구조 도메인의 상호작용도를 계산하는 단계;(4) 단계 (3)에서 계산된 상호작용도를 이용하여 단계 (2)에서 1차 선택된 기주 유래 단백질 각각의 총 상호작용도를 계산하여, 상기 총 상호작용도로부터 적어도 하나 이상의 기주 유래 단백질을 2차 선택하는 단계를 포함한 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색방법.
- 제 1 항에 있어서,상기 단계(1)은 SCOP(Structure classification of protein) 도메인 서열과 상기 스트레스 단백질의 아미노산 서열 또는, SCOP(Structure classification of protein) 도메인 서열과 상기 기주 유래 단백질의 아미노산 서열의 상동성 검색 단계인 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색방법.
- 제 1 항에 있어서,상기 단계(2)는 PSIMAP(Protein Structure Interaction Map)을 이용하여 상호작용 여부를 확인하는 단계인 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색방법.
- 제 1 항에 있어서,상기 단계(3)은 존재하는 모든 것의 속성이 정규분포라는 가정 하에 원점수의 평균을 0으로 하고, 표준편차를 1로 하여 각 평가 대상의 스코어가 평균으로부터 떨어진 거리를 표준편차로 나눈 값을 의미하는 z-score 계산법을 이용하여 상호작용도를 계산하는 단계인 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색방법.
- 제 1 항에 있어서,상기 단계(4)의 총 상호작용도를 계산하는 단계는 상기 1차 선택된 기주 유래 단백질 별로, 상기 기주 유래 단백질과 상호작용 관계에 있는 스트레스 단백질 구조 도메인의 상호작용도를 합산하는 단계인 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색방법.
- 제 1 항에 있어서,상기 단계(4)의 기주 유래 단백질을 2차 선택하는 단계는 일정 값 이상의 상호작용도를 갖는 기주 유래 단백질 또는 총 상호작용도가 우수한 상위 적어도 하나 이상의 기주 유래 단백질을 선택하는 단계인 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색 방법.
- 제어부;스트레스 단백질 내성 유전자 검색을 위한 명령이 입력되고, 스트레스 단백질의 아미노산 서열 및 기주 유래 단백질의 아미노산 서열이 입력되며, 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 결과를 출력하기 위한 입출력부;상기 입출력부를 통해 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 명령이 입력되고, 상기 스트레스 단백질 및 기주 유래 단백질의 아미노산 서열이 입력됨에 따라, 상기 스트레스 단백질과 기주 유래된 단백질의 도메인 구조를 예측하기 위한 구조 도메인 예측부;상기 기주 유래 단백질의 구조 도메인과 스트레스 단백질의 구조 도메인의 도메인 구조 예측 결과를 참조하여 스트레스 단백질과 상호작용하는 기주 유래 단백질을 1차 선택하고, 스트레스 단백질과 기주 유래 단백질의 총 상호작용도에 따라 기주 유래 단백질을 2차 선택하여 상기 입출력부를 통해 상기 2차 선택 결과를 출력하는 기주 유래 단백질 선택부; 및상기 기주 유래 단백질 선택부의 1차 선택 결과에 따라, 상기 스트레스 단백질과 상호작용하는 기주 유래 단백질의 구조 도메인의 상호작용도를 계산하고 계산 결과를 저장하며, 상기 기주 유래 단백질 선택부에서 1차 선택된 기주 유래 단백질별 총 상호작용도를 계산하고 계산 결과를 저장하기 위한 상호 작용도 확인부;를 포함하는 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 장치.
- 제 7 항에 있어서,상기 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 장치는 통신망 인터페이스를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 장치.
- 제 8 항에 있어서,상기 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 장치는 상기 통신망 인터페이스를 통해 타 통신단말 구비된 SCOP 도메인 서열 데이터베이스 및 PSIMAP에 접근하는 것을 특징으로 하는 스트레스 단백질 내성 유전자 검색 장치.
- 기주 유래 단백질와 스트레스 단백질의 아미노산 서열을 입력받아 상기 기주 유래 단백질과 상기 스트레스 단백질의 구조 도메인을 예측하는 기능;기주 유래 단백질의 구조 도메인과 스트레스 단백질의 구조 도메인의 상호작용 여부를 확인하여 스트레스 단백질과 상호작용하는 기주 유래 단백질을 1차 선택하는 기능;상기 1차 선택된 각 기주 유래 단백질에 포함된 각 구조 도메인의 상호작용도를 계산하는 기능;상기 상호작용도를 이용하여 상기 1차 선택된 기주 유래 단백질 각각의 총 상호작용도를 계산하여, 상기 총 상호작용도로부터 적어도 하나 이상의 기주 유래 단백질을 2차 선택하는 기능을 실행할 수 있는 프로그램이 저장된 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록 매체.
Applications Claiming Priority (2)
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KR1020050124431A KR100753538B1 (ko) | 2004-12-17 | 2005-12-16 | 스트레스 단백질 내성 유전자의 검색 방법 및 장치와 이를위한 기록매체 |
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JP2004329210A (ja) | 2003-04-17 | 2004-11-25 | Taisei Corp | 塩ストレス耐性を付与する遺伝子 |
KR20040105736A (ko) * | 2002-02-28 | 2004-12-16 | 안티제닉스 아이엔씨 | 스트레스 단백질의 올리고머화에 기초한 방법 및 산물 |
-
2005
- 2005-12-16 KR KR1020050124431A patent/KR100753538B1/ko active IP Right Grant
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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KR20040105736A (ko) * | 2002-02-28 | 2004-12-16 | 안티제닉스 아이엔씨 | 스트레스 단백질의 올리고머화에 기초한 방법 및 산물 |
JP2004329210A (ja) | 2003-04-17 | 2004-11-25 | Taisei Corp | 塩ストレス耐性を付与する遺伝子 |
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