KR100625325B1 - Probe Composition and Primer Mixture for Detection of Corona Virus and Method for Detecting Corona Virus Using the Same - Google Patents
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Abstract
본 발명은 코로나바이러스 검출용 프로브 조성물과 프라이머 및 이를 이용한 코로나바이러스의 검출방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는, SARS 바이러스의 리더서열과 N 단백질을 코딩하는 염기서열을 검출의 표적으로 이용하여 SARS 바이러스를 효과적으로 검출할 수 있도록 고안된, SARS 바이러스의 리더서열 또는 N 단백질을 코딩하는 염기서열 유래의 프로브 조성물과 프라이머 및 상기 프로브 조성물 또는 상기 프라이머를 이용하여 사스 바이러스를 효과적으로 검출하는 방법에 관한 것이다. The present invention relates to a probe composition and a primer for detecting a coronavirus and a method for detecting a coronavirus using the same, and more specifically, to a SARS virus using a leader sequence of a SARS virus and a base sequence encoding an N protein as targets for detection. It relates to a probe composition and a primer derived from a nucleotide sequence encoding a leader sequence or N protein of SARS virus designed to effectively detect the SARS virus and a method for effectively detecting SARS virus using the probe composition or the primer.
본 발명에 따른 코로나바이러스 검출용 프라이머와 하이힐 프라이머를 조합하여 사용할 경우, SARS 바이러스의 리더서열 또는 N 단백질을 코딩하는 염기서열만을 특이적으로 증폭할 수 있어, SARS 바이러스를 포함한 코로나바이러스를 효과적으로 검출하는 것이 가능하다. When a combination of a coronavirus detection primer and a high heel primer according to the present invention is used, only a leader sequence of a SARS virus or a nucleotide sequence encoding an N protein can be specifically amplified to effectively detect a coronavirus including a SARS virus. It is possible.
사스, 코로나바이러스, 역전사, 특이적 증폭, 리더서열, N 단백질SARS, coronavirus, reverse transcription, specific amplification, leader sequence, N protein
Description
도 1은 감염세포에서 코로나바이러스가 복제하는 기작을 나타낸 모식도이다.1 is a schematic diagram showing the mechanism by which coronaviruses replicate in infected cells.
도 2는 본 발명의 제1구현예에 따른 하이힐(high-heel) 프라이머를 이용한 SARS 바이러스 리더서열(leader sequence)의 특이적 증폭과정을 나타낸 것이다.Figure 2 shows a specific amplification process of the SARS virus leader sequence using a high-heel primer (high-heel) primer according to the first embodiment of the present invention.
도 3은 본 발명의 제2구현예에 따른 하이힐 프라이머를 이용한 SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 특이적 증폭과정을 나타낸 것이다.Figure 3 shows a specific amplification process of the nucleotide sequence encoding the SARS virus N protein using a high heel primer according to a second embodiment of the present invention.
도 4는 본 발명의 제1구현예에 따른 프라이머 혼합물을 이용하여 RT-PCR을 수행한 후 샘플 RNA의 증폭여부를 전기영동으로 확인한 것이다. 레인 M은 사이즈 마커이고, 레인1은 샘플 RNA 자체를, 레인2는 샘플 RNA의 PCR 증폭물을, 레인3은 CH001-F과 CH001-R의 프라이머 세트를 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인4는 CH001-F-high 프라이머, CH001-R-high 프라이머 및 하이힐 프라이머로 구성된 프라이머 혼합물을 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인5는 blank를 나타낸다. Figure 4 shows the amplification of the sample RNA by electrophoresis after performing RT-PCR using the primer mixture according to the first embodiment of the present invention. Lane M is the size marker,
도 5는 본 발명의 제2구현예에 따른 프라이머 혼합물을 이용하여 RT-PCR을 수행한 후 샘플 RNA의 증폭여부를 전기영동으로 확인한 것이다. 레인 M은 사이즈 마커이고, 레인1은 샘플 RNA 자체를, 레인2는 샘플 RNA의 PCR 증폭물을, 레인3은 CH003-F과 CH003-R의 프라이머 세트를 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인4는 CH003-F-high 프라이머, CH003-R-high 프라이머 및 하이힐 프라이머로 구성된 프라이머 혼합물을 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인5는 blank를 나타낸다. FIG. 5 shows the amplification of sample RNA by electrophoresis after RT-PCR was performed using the primer mixture according to the second embodiment of the present invention. Lane M is the size marker,
발명의 분야Field of invention
본 발명은 코로나바이러스 검출용 프로브 조성물과 프라이머 및 이를 이용한 코로나바이러스의 검출방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는, SARS 바이러스의 리더서열과 N 단백질을 코딩하는 염기서열을 검출의 표적으로 이용하여 SARS 바이러스를 효과적으로 검출할 수 있도록 고안된, SARS 바이러스의 리더서열 또는 N 단백질을 코딩하는 염기서열 유래의 프로브 조성물과 프라이머 및 상기 프로브 조성물 또는 상기 프라이머를 이용하여 사스 바이러스를 효과적으로 검출하는 방법에 관한 것이다. The present invention relates to a probe composition and a primer for detecting a coronavirus and a method for detecting a coronavirus using the same, and more specifically, to a SARS virus using a leader sequence of a SARS virus and a base sequence encoding an N protein as targets for detection. It relates to a probe composition and a primer derived from a nucleotide sequence encoding a leader sequence or N protein of SARS virus designed to effectively detect the SARS virus and a method for effectively detecting SARS virus using the probe composition or the primer.
발명의 배경Background of the Invention
중증급성 호흡기 증후군(Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS)는 2002년 11월부터 중국 광동지역을 중심으로 발생하여 홍콩, 싱가포르, 캐나다 등 전세 계로 확산되고 있는 발열과 기침, 호흡곤란, 비정형 폐렴 등을 보이는 증후군이다. SARS는 변종 사스 코로나바이러스가 원인 병원체로 알려져 있다. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) has been developed since November 2002, mainly in Guangdong, China, and has fever, cough, shortness of breath, and atypical pneumonia, which has spread throughout the world including Hong Kong, Singapore, and Canada. to be. SARS is known to be caused by the variant SARS coronavirus.
이 바이러스 감염으로 인한 임상적 증상은 일반 감기바이러스 감염에 의한 증상과 유사하나, 조기에 검출되지 않는다면 생명이 위험해 질 수 있을 만큼 치명적인 바이러스이다. The clinical symptoms of this viral infection are similar to those of common cold virus infections, but are deadly viruses that can be dangerous if not detected early.
일반적으로 바이러스를 분석하는 데는 다음과 같은 방법이 사용되고 있다. In general, the following methods are used to analyze viruses.
첫째는 HCV 유전자형에 특이성을 지닌 프라이머를 사용하는 SSP-PCR이다. 이는 코어(core) 부위에서 여러 유전자형에 특이한 프라이머를 조합하여 RT-PCR을 실시하는 것으로, RT-PCR 후에 바로 결과를 얻을 수 있는 장점이 있으나, 프라이머 인식부위에 돌연변이가 발생하거나 새로운 형에 대하여서는 검출이 곤란하는 단점이 있다. The first is SSP-PCR, which uses primers specific for the HCV genotype. RT-PCR is performed by combining primers specific for several genotypes in the core region, and there is an advantage that results can be obtained immediately after RT-PCR. However, mutations occur in primer recognition sites or for new types. There is a disadvantage that it is difficult to detect.
둘째는 5'UTR 부위를 RT-PCR로 증폭하고 제한효소를 사용하는 PCR-RFLP 법(Park et al., J. Med. Microbiol. 47: 1998)인데, 간단하고 쉽게 결과를 얻을 수 있는 장점이 있으나, 사용하는 제한효소가 변이 부분을 인식하지 못할 경우, 분석이 곤란하다는 단점이 있다. Secondly, PCR-RFLP method (Park et al., J. Med. Microbiol. 47: 1998), which amplifies the 5'UTR site with RT-PCR and uses restriction enzymes, has a simple and easy result. However, if the restriction enzyme used does not recognize the mutant part, there is a disadvantage that the analysis is difficult.
셋째는 5'UTR 부위를 RT-PCR로 증폭하여 유전자형에 특이한 올리고뉴클레오티드 프로브가 붙어있는 필터와 교잡반응을 시키는 것이다. 이것은 프로브의 종류에 따라 정확한 결과를 얻을 수 있으나, 필터를 사용함에 따라서 많은 수의 프로브를 찍는데 한계가 있으며, 하나의 필터에서 한명만을 분석해야 하기 때문에 많은 검체를 처리하고 분석하는데 있어 시간과 노동력이 많이 소모가 된다. Third, the 5'UTR site is amplified by RT-PCR and hybridized with a filter attached to an oligonucleotide probe specific to the genotype. This results in accurate results depending on the type of probe, but there are limitations in taking a large number of probes as a filter is used. Since only one person needs to be analyzed in one filter, it takes time and labor to process and analyze many samples. It is a lot of consumption.
SARS 바이러스는 약 29kb 정도의 RNA를 유전물질로 포함하고 있는 호흡기 바이러스로, 코로나바이러스(coronnavirus)의 변종 바이러스인데 코로나바이러스는 세포에 감염되면 약 6-10개의 subgenomic RNA를 만들어낸다 (도 1). SARS virus is a respiratory virus that contains about 29 kb of RNA as a genetic material, a variant of coronavirus, which produces about 6-10 subgenomic RNAs when infected with cells (FIG. 1).
도 1에 나타낸 바와 같이, 코로나바이러스는 세포내에서 복제될 때, 72bp에 해당하는 리더서열(leader sequence)이 각 subgenomic RNA의 5' 말단에 결합하는 리더 조인(leader joining) 현상이 일어난다. 이 리더서열은 세포내에서 가장 복제수가 높으며, N 단백질을 코딩하는 subgenomic RNA의 복제수가 그 다음으로 높다. As shown in FIG. 1, when a coronavirus is replicated in a cell, leader joining phenomenon occurs in which a leader sequence corresponding to 72 bp binds to the 5 ′ end of each subgenomic RNA. This leader sequence has the highest number of copies in the cell and the next highest number of copies of the subgenomic RNA encoding the N protein.
따라서 코로나바이러스의 효과적인 검출을 위해서는 리더서열과 N 단백질 유전자를 검출의 표적으로 이용하는 것이 가장 효과적이다. 이들 염기서열은 알려진 모든 SARS 바이러스에 공통적으로 존재하기 때문에 현재까지 알려진 모든 SARS 바이러스를 검출할 수 있다. Therefore, for the effective detection of coronavirus, it is most effective to use the leader sequence and the N protein gene as targets for detection. These sequences are common to all known SARS viruses and therefore can detect all known SARS viruses.
이에 본 발명자들은 SARS 바이러스의 리더서열과 N 단백질을 코딩하는 염기서열 유래의 프로브 및 프라이머를 고안하고, 상기 프라이머와 하이힐 프라이머를 사용한 RT-PCR에 의해 SARS 바이러스를 효과적으로 검출할 수 있다는 것을 확인하고 본 발명을 완성하게 되었다.The present inventors have devised a probe and a primer derived from a nucleotide sequence encoding the N protein and a leader sequence of the SARS virus, and confirmed that the SARS virus can be effectively detected by RT-PCR using the primer and the high heel primer. The invention was completed.
결국, 본 발명의 주된 목적은 감염성 바이러스인 SARS 바이러스를 포함하는 코로나바이러스의 검출용 프로브 조성물 및 프라이머를 제공하는데 있다.After all, the main object of the present invention is to provide a probe composition and primer for the detection of coronavirus including SARS virus, which is an infectious virus.
본 발명의 다른 목적은 상기 프로브 조성물 또는 상기 프라이머를 이용하여 사스 바이러스를 포함한 코로나바이러스를 효과적으로 검출하는 방법을 제공하는데 있다.
Another object of the present invention is to provide a method for effectively detecting a coronavirus including SARS virus using the probe composition or the primer.
상기 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 제1구현예로, (a) 서열번호 1의 염기서열을 가지는 SARS 바이러스의 리더서열; (b) 상기 (a)에 상보적인 염기서열; 및 (c) 상기 (a) 또는 (b)의 염기서열에서 유래된 10bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 염기서열을 포함하는 코로나 바이러스 검출용 프로브 조성물을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention provides a first embodiment, comprising: (a) a leader sequence of a SARS virus having a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; (b) a nucleotide sequence complementary to (a) above; And (c) at least one nucleotide sequence selected from the group consisting of oligonucleotides having a continuous sequence of at least 10 bp derived from the nucleotide sequence of (a) or (b).
본 발명의 제1구현예는 또한, 코로나바이러스 감염 의심환자의 임상샘플에서 유래된 핵산을 상기 프로브 조성물과 하이브리다이제이션시키는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스의 검출방법을 제공한다.The first embodiment of the present invention also provides a method for detecting coronavirus, wherein the nucleic acid derived from a clinical sample of a suspected coronavirus infection is hybridized with the probe composition.
본 발명의 제1구현예는 또한, 상기 프로브 조성물이 기질 상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 코로나 바이러스 검출용 DNA 칩 및 상기 DNA 칩을 이용하는 것을 특징으로 하는 코로나 바이러스의 검출방법을 제공한다. A first embodiment of the present invention also provides a coronavirus detection DNA chip, characterized in that the probe composition is integrated on a substrate and a method for detecting coronavirus, characterized in that using the DNA chip.
본 발명의 제1구현예는 또한, (a) 서열번호 1의 염기서열을 가지는 SARS 바이러스의 리더서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드; 및 (b) 서열번호 1의 염기서열에 상보적인 서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드를 함유하는 코로나바이러스 검출용 프라이머 세트를 제공한다. A first embodiment of the present invention also comprises: (a) an oligonucleotide having a contiguous sequence of 8 bp or more derived from a leader sequence of a SARS virus having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; And (b) a primer set for detecting coronaviruses containing an oligonucleotide having a contiguous sequence of 8 bp or more derived from a sequence complementary to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.
본 발명의 제1구현예는 또한, (a) 하이힐 프라이머에 서열번호 1의 염기서열을 가지는 SARS 바이러스의 리더서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드가 조합된 프라이머; 및 (b) 하이힐 프라이머에 서열번호 1의 염기서열에 상보적인 서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드가 조합된 프라이머를 함유하는 코로나바이러스 검출용 프라이머 세트를 제공한다. 상기 프라이머 세트에 있어서, (a)의 올리고뉴클레오티드는 서열번호 5의 염기서열을 가지고, (b)의 올리고뉴클레오티드는 서열번호 4의 염기서열을 가지는 것을 특징으로 할 수 있다.The first embodiment of the present invention also comprises: (a) a primer comprising an oligonucleotide having a consensus sequence of 8 bp or more derived from a leader sequence of a SARS virus having a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 in a high heel primer; And (b) provides a primer set for detecting coronavirus containing a primer in combination with a high heel primer oligonucleotide having a sequence of at least 8bp derived from the sequence complementary to the base sequence of SEQ ID NO: 1. In the primer set, the oligonucleotide of (a) may have a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, the oligonucleotide of (b) may be characterized by having a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4.
본 발명의 제1구현예는 또한, 상기 프라이머 세트와 하이힐 프라이머를 함유하는 코로나바이러스 검출용 프라이머 혼합물 및 상기 프라이머 혼합물을 이용하여 코로나바이러스 감염 의심환자 유래의 임상샘플에서 추출된 RNA를 RT-PCR로 증폭하는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스의 검출방법을 제공한다. In a first embodiment of the present invention, RNA-extracted RNA from a clinical sample derived from a suspected coronavirus infection using the primer mixture and the primer mixture for detecting the coronavirus containing the primer set and the high heel primer is converted into RT-PCR. It provides a method for detecting coronavirus, characterized in that the amplification.
본 발명은 제2구현예로, (a) 서열번호 2로 표시되는 SARS 바이러스의 N 단백질을 코딩하는 염기서열; (b) 상기 (a)에 상보적인 염기서열; 및 (c) 상기 (a) 또는 (b)의 염기서열에서 유래된 10bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 염기서열을 포함하는 코로나 바이러스 검출용 프로브 조성물을 제공한다. The present invention provides a second embodiment, (a) a base sequence encoding the N protein of the SARS virus represented by SEQ ID NO: 2; (b) a nucleotide sequence complementary to (a) above; And (c) at least one nucleotide sequence selected from the group consisting of oligonucleotides having a continuous sequence of at least 10 bp derived from the nucleotide sequence of (a) or (b).
본 발명의 제2구현예는 또한, 코로나바이러스 감염 의심환자의 임상샘플에서 유래된 핵산을 상기 프로브 조성물과 하이브리다이제이션시키는 것을 특징으로 하 는 코로나바이러스의 검출방법을 제공한다. A second embodiment of the present invention also provides a method for detecting coronavirus, characterized by hybridizing a nucleic acid derived from a clinical sample of a suspected coronavirus infection with the probe composition.
본 발명의 제2구현예는 또한, 상기 프로브 조성물이 기질 상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 코로나 바이러스 검출용 DNA 칩 및 상기 DNA 칩을 이용하는 것을 특징으로 하는 코로나 바이러스의 검출방법을 제공한다. A second embodiment of the present invention also provides a coronavirus detection DNA chip, characterized in that the probe composition is integrated on a substrate and a method for detecting coronavirus, characterized in that using the DNA chip.
본 발명의 제2구현예는 또한, (a) 서열번호 2의 염기서열을 가지는 SARS 바이러스의 N 단백질을 코딩하는 염기서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드; 및 (b) 서열번호 2의 염기서열에 상보적인 서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드를 함유하는 코로나바이러스 검출용 프라이머 세트를 제공한다. A second embodiment of the present invention also comprises: (a) an oligonucleotide having a contiguous sequence of 8 bp or more derived from the nucleotide sequence encoding the N protein of a SARS virus having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2; And (b) a primer set for coronavirus detection containing an oligonucleotide having a contiguous sequence of 8 bp or more derived from a sequence complementary to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2.
본 발명의 제2구현예는 또한, (a) 하이힐 프라이머에 서열번호 2로 표시되는 SARS 바이러스의 N 단백질을 코딩하는 염기서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드가 조합된 프라이머; 및 (b) 하이힐 프라이머에 서열번호 2의 염기서열에 상보적인 서열에서 유래된 8bp 이상의 연속적인 서열을 가지는 올리고뉴클레오티드가 조합된 프라이머를 함유하는 코로나바이러스 검출용 프라이머 세트를 제공한다. 상기 프라이머 세트에 있어서, (a)의 올리고뉴클레오티드는 서열번호 7의 염기서열을 가지고, (b)의 올리고뉴클레오티드는 서열번호 6의 염기서열을 가지는 것을 특징으로 할 수 있다. A second embodiment of the present invention also comprises: (a) a primer comprising an oligonucleotide having a contiguous sequence of 8 bp or more derived from a nucleotide sequence encoding an N protein of SARS virus represented by SEQ ID NO: 2 in a high heel primer; And (b) a primer set for coronavirus detection comprising a primer in which a high heel primer is combined with an oligonucleotide having a contiguous sequence of 8 bp or more derived from a sequence complementary to the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2. In the primer set, the oligonucleotide of (a) may have a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, and the oligonucleotide of (b) may have a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6.
본 발명의 제2구현예는 또한, 상기 프라이머 세트와 하이힐 프라이머를 함유하는 코로나바이러스 검출용 프라이머 혼합물 및 상기 프라이머 혼합물을 이용하여 코로나바이러스 감염 의심환자 유래의 임상샘플에서 추출된 RNA를 RT-PCR로 증폭하 는 것을 특징으로 하는 코로나바이러스의 검출방법을 제공한다.In a second embodiment of the present invention, the RNA mixture extracted from a clinical sample derived from a suspected coronavirus infection using the primer mixture and the primer mixture for detecting the coronavirus containing the primer set and the high heel primer was converted into RT-PCR. It provides a method for detecting coronavirus, characterized in that the amplification.
본 발명의 제1구현예 및 제2구현예에 있어서, 하이힐 프라이머는 서열번호 3으로 표시되는 것임을 특징으로 할 수 있고, 코로나바이러스는 SARS 바이러스인 것을 특징으로 할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 또한, 상기 RT-PCR은 (a) 상기 RNA로부터 역전사를 통하여 cDNA를 합성하는 단계; (b) 상기 합성된 cDNA를 주형으로 하여 ds-cDNA를 합성하는 단계; 및 (c) 상기 합성된 ds-cDNA를 하이힐 프라이머를 이용하여 증폭하는 단계를 거치는 것을 특징으로 할 수 있다.In the first and second embodiments of the present invention, the high heel primer may be characterized in that represented by SEQ ID NO: 3, coronavirus may be characterized in that the SARS virus, but is not limited thereto. In addition, the RT-PCR comprises the steps of (a) synthesizing cDNA from the RNA via reverse transcription; (b) synthesizing ds-cDNA using the synthesized cDNA as a template; And (c) amplifying the synthesized ds-cDNA using a high heel primer.
본 발명에서 사용하는 "하이힐 프라이머"라는 용어는 Tm이 약 72℃이고, GC 함량이 70%이상인 올리고뉴클레오티드로 정의한다. 상기 하이힐 프라이머는 65-75℃에서, 바람직하게는 72℃에서 어닐링이 되도록 고안된 프라이머로 RNA의 선형증폭을 효율성을 최대화 하도록 고안된 프라이머이다. The term “high heel primer” used in the present invention is defined as an oligonucleotide having a Tm of about 72 ° C. and a GC content of 70% or more. The high heel primer is a primer designed to anneal at 65-75 ° C., preferably 72 ° C., to maximize the efficiency of linear amplification of RNA.
72℃는 또한, DNA 증폭을 위하여 통상적으로 사용되는 Taq 중합효소의 효율이 최대화되는 온도이므로 선형 증폭과정을 최적화시킬 수 있고, 하이힐 프라이머의 어닐링과 합성될 cDNA의 신장(extension)이 동시에 일어날 수 있으므로 시간의 효율성을 높일 수 있어, 비특이적 증폭을 최소화할 수 있다. 72 ° C. is also the temperature at which the efficiency of Taq polymerase commonly used for DNA amplification is maximized, thus optimizing the linear amplification process, and the annealing of the high heel primer and the extension of cDNA to be synthesized can occur simultaneously. The efficiency of time can be increased, thereby minimizing nonspecific amplification.
본 발명에서, 하이힐 프라이머는 서열번호 3으로 표시되는 것을 사용하였으나, 상기 정의된 바와 같이, Tm이 약 72℃이고, GC 함량이 70%이상인 한, 이에 국한되는 것은 아니다. In the present invention, the high heel primer used is represented by SEQ ID NO: 3, but as defined above, as long as the Tm is about 72 ℃, GC content is 70% or more, but not limited thereto.
서열번호 3: 5'- CGC TGG GCC GAC CGG GCG CGG GAC -3'SEQ ID NO: 5'- CGC TGG GCC GAC CGG GCG CGG GAC-3 '
제1구현예: SARS 바이러스 리더서열의 특이적 증폭Embodiment 1: Specific Amplification of the SARS Virus Leader Sequence
SARS 바이러스는 RNA 바이러스이므로, 증폭을 위해서는 우선 역전사 방법으로 SARS 바이러스 염기서열에 상보적인 단일가닥 cDNA를 합성한다. 이때 역전사 프라이머는 하이힐 프라이머에 서열번호 4로 표시되는 SARS 리더서열 특이적 프라이머가 조합된 프라이머를 사용한다. Since SARS virus is an RNA virus, for amplification, a single-stranded cDNA complementary to the SARS virus sequence is first synthesized by reverse transcription. In this case, the reverse transcription primer uses a primer in which the SARS leader sequence specific primer represented by SEQ ID NO: 4 is combined with the high heel primer.
서열번호 4: 5'-gtt cgt tta gag aac aga tct a-3'SEQ ID NO: 5'-gtt cgt tta gag aac aga tct a-3 '
상기 합성된 단일가닥(single stranded) cDNA를 SARS 바이러스 리더서열의 효과적인 증폭을 위해서, PCR 반응을 수행한다. 이때 SARS 리더의 전체 크기는 72bp이므로 일반적인 아가로스 겔 전기영동에서는 증폭여부를 확인하기가 어렵다. 또한 SARS 리더서열을 특이적으로 증폭하기 위해서는 증폭반응에서의 주형 어닐링 온도가 높이는 것이 중요하다. In order to efficiently amplify the synthesized single stranded cDNA, SARS virus leader sequence, a PCR reaction is performed. The overall size of the SARS reader is 72bp, so it is difficult to confirm amplification in agarose gel electrophoresis. It is also important to increase the template annealing temperature in the amplification reaction to specifically amplify the SARS leader sequence.
따라서 SARS 리더서열의 특이적 증폭 및 증폭여부의 식별을 용이하게 하기 위하여 PCR 반응에서는 하이힐 프라이머를 포함하는 프라이머 혼합물을 사용한다 (도 2). 도 2는 본 발명에 따른 SARS 리더서열의 특이적 증폭을 나타낸 모식도이다. Therefore, in order to facilitate specific amplification of SARS leader sequence and identification of amplification, a primer mixture including high heel primer is used in a PCR reaction (FIG. 2). Figure 2 is a schematic diagram showing the specific amplification of the SARS leader sequence according to the present invention.
본 발명의 제1구현예에 따른 프라이머 혼합물은 다음과 같다. Primer mixture according to the first embodiment of the present invention is as follows.
(1) 하이힐 프라이머: 높은 Tm 값을 갖는 (70℃ 이상) 24bp의 서열번호 3으로 표시되는 것(1) high heel primer: the one represented by SEQ ID NO: 3 of 24 bp (more than 70 ° C.) having a high Tm value
(2) CH001-R-high 프라이머: 서열번호 3의 하이힐 프라이머에 SARS 바이러스 리더서열의 3' 말단에 해당하는 22bp의 CH001-R 프라이머(서열번호 4)가 연결된 것.(2) CH001-R-high primer: 22 bp CH001-R primer (SEQ ID NO: 4) corresponding to the 3 'end of the SARS virus leader sequence to the high heel primer of SEQ ID NO: 3.
(3) CH001-F-high 프라이머: 서열번호 3의 하이힐 프라이머에 SARS 바이러스 리더서열의 5' 말단에 해당하는 22bp의 CH001-F 프라이머(서열번호 5)가 연결된 것(3) CH001-F-high primer: 22 bp CH001-F primer (SEQ ID NO: 5) corresponding to the 5 'end of the SARS virus leader sequence to the high heel primer of SEQ ID NO: 3
서열번호 5: 5'-ata tta ggt ttt tac cta ccc a-3'SEQ ID NO: 5'-ata tta ggt ttt tac cta ccc a-3 '
제2구현예: SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 특이적 증폭Embodiment 2: Specific Amplification of Sequence Encoding SARS Virus N Protein
SARS 바이러스는 RNA 바이러스이므로, 증폭을 위해서는 우선 역전사 방법으로 SARS 바이러스 염기서열에 상보적인 단일가닥 cDNA를 합성한다. 이때 역전사 프라이머는 SARS 바이러스의 N 단백질을 코딩하는 염기서열에 특이적인 프라이머(서열번호 6: CH003-R)와 하이힐 프라이머가 조합된 프라이머(CH003-R-high)를 사용한다.Since SARS virus is an RNA virus, for amplification, a single-stranded cDNA complementary to the SARS virus sequence is first synthesized by reverse transcription. In this case, the reverse transcription primer uses a primer (CH003-R-high), which is a primer (SEQ ID NO: 6: CH003-R) specific to the nucleotide sequence encoding the N protein of the SARS virus, and a high heel primer.
서열번호 6: 5'-CTC TGC GTA GAA GCC TTT TGG-3'SEQ ID NO: 5'-CTC TGC GTA GAA GCC TTT TGG-3 '
상기 합성된 단일가닥 cDNA를 SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 효과적인 증폭을 위해서, PCR 반응을 수행한다. 이때 SARS N 단백질의 전체 크기 약 1.7kb 중에 약 188bp 정도에 해당하는 부분을 증폭하도록 프라이머를 제작하였다. 또한 SARS N 단백질을 코딩하는 염기서열을 특이적으로 증폭하기 위해서는 증폭반응에서의 주형과 프라이머 간의 어닐링 온도가 높을수록 유리하다. In order to effectively amplify the sequence encoding the synthesized single-stranded cDNA SARS virus N protein, a PCR reaction is performed. At this time, a primer was prepared to amplify a portion corresponding to about 188bp in the total size of SARS N protein of about 1.7kb. In addition, in order to specifically amplify the nucleotide sequence encoding the SARS N protein, the higher the annealing temperature between the template and the primer in the amplification reaction is advantageous.
따라서 SARS의 특이적 증폭 및 증폭여부의 식별을 용이하게 하기 위하여 PCR 반응에서는 하이힐 프라이머를 포함하는 프라이머 혼합물을 사용한다 (도 3). 도 3 은 본 발명에 따른 하이힐 프라이머를 이용한 SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 특이적 증폭을 나타낸 모식도이다.Therefore, in order to facilitate identification of specific amplification and amplification of SARS, a primer mixture including high heel primers is used in a PCR reaction (FIG. 3). Figure 3 is a schematic diagram showing the specific amplification of the nucleotide sequence encoding SARS virus N protein using a high heel primer according to the present invention.
본 발명의 제2구현예에 따른 프라이머 혼합물은 다음과 같다. Primer mixture according to the second embodiment of the present invention is as follows.
(1) 하이힐 프라이머: 높은 Tm 값을 갖는 (70℃ 이상) 24bp의 서열번호 3으로 표시되는 것(1) high heel primer: the one represented by SEQ ID NO: 3 of 24 bp (more than 70 ° C.) having a high Tm value
(2) CH003-R-high 프라이머: 서열번호 3의 하이힐 프라이머에 SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 3'에 해당하는 21bp의 CH003-R 프라이머(서열번호 6)가 연결된 것(2) CH003-R-high primer: The high heel primer of SEQ ID NO: 3 is linked to a 21 bp CH003-R primer (SEQ ID NO: 6) corresponding to 3 'of the nucleotide sequence encoding the SARS virus N protein.
(3) CH003-F-high 프라이머: 서열번호 3의 하이힐 프라이머에 SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 5'에 해당하는 21bp의 CH003-F 프라이머(서열번호 7)가 연결된 것(3) CH003-F-high primer: The high heel primer of SEQ ID NO: 3 is linked to a 21 bp CH003-F primer (SEQ ID NO: 7) corresponding to 5 'of the nucleotide sequence encoding the SARS virus N protein.
서열번호 7: 5'-ACCTAGGAACT GGCCCAGAAG-3' SEQ ID NO: 5'-ACCTAGGAACT GGCCCAGAAG-3 '
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다 할 것이다. Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. These examples are only for illustrating the present invention, and the scope of the present invention is not to be construed as being limited by these examples.
특히 하기 실시예에서는 SARS 바이러스의 리더서열 및 N 단백질을 코딩하는 염기서열에서 유래된 프라이머와 하이힐 프라이머를 이용한 RT-PCR에 의해 코로나바이러스를 검출하는 방법만을 예시하였으나, 리더서열 및 N 단백질을 코딩하는 염기서열을 이용하여 프로브 조성물을 디자인하고, 임상샘플에서 유래된 핵산을 상기 프로브 조성물과 하이브리다이제이션하여 코로나바이러스를 검출하는 것은 당업자게 자명하다 할 것이다. 또한, 상기 프로브 조성물을 기질상에 집적하여 DNA 칩을 제작하고, 이를 이용하여 코로나바이러스를 검출하는 것 역시 당업자에게 자명하다 할 것이다. In particular, the following examples exemplify a method for detecting coronavirus by RT-PCR using primers derived from a leader sequence of the SARS virus and a nucleotide sequence encoding the N protein and a high heel primer. It will be apparent to those skilled in the art to design probe compositions using sequences and to detect coronaviruses by hybridizing nucleic acids derived from clinical samples with the probe compositions. In addition, it will be apparent to those skilled in the art that the probe composition may be integrated on a substrate to produce a DNA chip, and to detect coronaviruses using the same.
실시예 1: SARS 바이러스 리더서열의 특이적 증폭Example 1: Specific Amplification of SARS Virus Leader Sequence
(1) 역전사에 의한 단일가닥 cDNA의 합성(1) Synthesis of single stranded cDNA by reverse transcription
SARS 바이러스 감염 의심환자의 임상샘플에서 전체 RNA를 추출하였다(인비트로겐(Invitrogen), 트리졸(Trizol) 방법). 추출된 샘플 RNA 1-5㎕에 1㎕의 CH001-R-high 프라이머(2㎍/㎕)를 65℃에서 10분간 인큐베이션하여 어닐링하였다. 어닐링시 반응부피는 15.4㎕이었다. 상기 어닐링한 반응용액에 5X 일차가닥(fisrt strand) 버퍼(Invitrogen) 6㎕, 0.1mM DTT(Invitrogen) 3㎕, 25mM dNTP (Amersham) 0.6㎕, 역전사효소(SuperscriptII, 200U, Invitrogen) 1㎕를 첨가하여 최종 반응용액이 25㎕가 되도록 한 다음, 42℃에 2시간 동안 인큐베이션하였다.Total RNA was extracted from clinical samples of suspected SARS virus infection (Invitrogen, Trizol method). 1-5 μl of extracted sample RNA was annealed by incubating 1 μl of CH001-R-high primer (2 μg / μl) at 65 ° C. for 10 minutes. The reaction volume was 15.4 μl at the time of annealing. To the annealed reaction solution, 6 µl of 5X fisrt strand buffer (Invitrogen), 3 µl of 0.1 mM DTT (Invitrogen), 0.6 µl of 25 mM dNTP (Amersham), and 1 µl of reverse transcriptase (SuperscriptII, 200U, Invitrogen) were added. The final reaction solution was 25 μl and then incubated at 42 ° C. for 2 hours.
(2) SARS 리더서열의 증폭(2) Amplification of SARS Leader Sequence
SARS 리더서열의 PCR 증폭반응은 하나의 튜브안에서 이루어지도록 디자인하였다. 상기 서열번호 3의 하이힐 프라이머와, CH001-R-high 프라이머 및 CH001-F-high 프라이머를 동시에 넣어주고, 역전사에 의해서 만들어진 단일가닥 리더서열 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다. 즉, 상기 (1)에서 준비된 역전사 혼합물 2.5㎕에 10X PCR 버퍼(Solgent, Korea) 2.5㎕, Taq 폴리머라제 (5U/㎕, Solgent, Korea) 1㎕, dNTP(2.5mM, Solgent, Korea) 1㎕, CH001-F-high 프라이머(10pmole/㎕) 1㎕, CH001-R-high 프라이머(10pmole/㎕) 1㎕ 및 서열번호 3의 하이힐 프라이머(100pmole/㎕) 1㎕를 첨가하여 최종 반응부피가 25㎕가 되도록 한 다음 PCR[(94℃에서 10분, 94℃에서 1분, 50℃에서 1분, 72℃에서 30초) 1 내지 4 싸이클]을 수행하였다. 상기 PCR시 CH001-R-high와 CH001-F-high 프라이머에 의해 2차적인 PCR에 필요한 주형이 만들어진다.PCR amplification of the SARS leader sequence was designed to be performed in one tube. PCR was performed using the high heel primer of SEQ ID NO: 3, the CH001-R-high primer and the CH001-F-high primer at the same time, and using the single-stranded leader sequence cDNA made by reverse transcription as a template. That is, 2.5 μl of 10X PCR buffer (Solgent, Korea), 1 μl of Taq polymerase (5U / μl, Solgent, Korea), 1 μl of dNTP (2.5 mM, Solgent, Korea) in 2.5 μl of the reverse transcription mixture prepared in (1) above. 1 μl of CH001-F-high primer (10 pmole / μl), 1 μl of CH001-R-high primer (10 pmole / μl) and 1 μl of high heel primer (100 pmole / μl) of SEQ ID NO. 1 μl of PCR [10 min at 94 ° C., 1 min at 94 ° C., 1 min at 50 ° C., 30 sec at 72 ° C.) was performed. During PCR, a template necessary for secondary PCR is made by CH001-R-high and CH001-F-high primers.
그 후 서열번호 3의 하이힐 프라이머를 이용하여 증폭반응[(94℃에서 1분, 72℃에서 45초) 35 내지 40 싸이클 수행 및 72℃에서 최종신장(final extension) 10분]을 수행하였다. 상기 증폭반응에서, SARS 리더서열(72bp)를 포함하는 약 120bp의 증폭산물이 특이적으로 만들어진다. 상기 증폭산물이 특이적으로 만들어지는 것을 확인하기 위하여 전기영동을 수행하였다 (도 4). Thereafter, the amplification reaction was performed using a high heel primer of SEQ ID NO. 3 (1 minute at 94 ° C., 45 seconds at 72 ° C.) and 35 to 40 cycles, and final extension at 72 ° C. for 10 minutes. In the amplification reaction, an amplification product of about 120 bp comprising the SARS leader sequence (72 bp) is specifically made. Electrophoresis was performed to confirm that the amplification products were made specifically (FIG. 4).
도 4는 총 25㎕의 반응용액 중 5㎕를 1.5% 아가로스겔 상에서 전기영동한 사진이다. 레인 M은 사이즈 마커이고, 레인1은 샘플 RNA 자체를, 레인2는 샘플 RNA의 PCR 증폭물을, 레인3은 CH001-F과 CH001-R의 프라이머 세트를 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인4는 CH001-F-high 프라이머, CH001-R-high 프라이머 및 하이힐 프라이머로 구성된 프라이머 혼합물을 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인5는 blank를 나타낸다. Figure 4 is a picture of the electrophoresis on 5% of a total of 25μl reaction solution on 1.5% agarose gel. Lane M is the size marker,
도 4에 나타난 바와 같이, RNA 자체(레인 1) 또는 RNA 자체를 PCR한 경우(레인 2)에는 PCR 산물이 만들어지지 않으나, CH001-F와 CH001-R의 프라이머 세트를 사용하거나, CH001-R-high 프라이머, CH001-F-high 프라이머 및 하이힐 프라이머로 구성된 프라이머 혼합물을 사용해서 RT-PCR을 수행한 경우에는, 각각 약 72bp 및 약 120bp의 SARS 리더서열이 특이적으로 증폭되었고, 특히 하이힐 프라이머를 첨가한 경우에 증폭효율이 더 좋았다. As shown in FIG. 4, if the RNA itself (lane 1) or RNA itself is PCR (lane 2), no PCR product is produced, but a primer set of CH001-F and CH001-R is used, or CH001-R- When RT-PCR was performed using a primer mixture consisting of a high primer, a CH001-F-high primer, and a high heel primer, SARS leader sequences of about 72 bp and about 120 bp, respectively, were specifically amplified, in particular high heels primers were added. In one case, the amplification efficiency was better.
결국, 본 실시예에서는 증폭시 주형과 프라이머의 어닐링 온도를 높여줌으로써, 비특이적 증폭을 최소화할 수 있고, SARS 리더서열을 특이적으로 증폭하는 것이 가능하다는 것을 확인할 수 있었다. As a result, in this embodiment, by increasing the annealing temperature of the template and primer during amplification, it can be confirmed that it is possible to minimize non-specific amplification and to specifically amplify the SARS leader sequence.
실시예 2: SARS 바이러스 N 단백질을 코딩하는 염기서열의 특이적 증폭Example 2: Specific Amplification of Sequence Encoding SARS Virus N Protein
(1) 역전사에 의한 단일가닥 cDNA의 합성(1) Synthesis of single stranded cDNA by reverse transcription
SARS 바이러스 감염 의심환자의 임상샘플에 추출된 샘플 RNA 1-5㎕에 1㎕의 CH003-R-high 프라이머(2㎍/㎕)를 65℃에서 10분간 인큐베이션하여 어닐링하였다. 어닐링시 반응부피는 15.4㎕이었다. 상기 어닐링한 반응용액에 5X 일차가닥(fisrt strand) 버퍼(Invitrogen) 6㎕, 0.1mM DTT(Invitrogen) 3㎕, 25mM dNTP(Amersham) 0.6㎕, 역전사효소(SuperscriptII, 200U, Invitrogen) 1㎕를 첨가하여 최종 반응용액이 25㎕가 되도록 한 다음, 42℃에 2시간 동안 인큐베이션하였다.1-5 μl of sample RNA extracted from clinical samples of suspected SARS virus infection was annealed by incubating 1 μl of CH003-R-high primer (2 μg / μl) at 65 ° C. for 10 minutes. The reaction volume was 15.4 μl at the time of annealing. To the annealed reaction solution, 6 µl of 5X fisrt strand buffer (Invitrogen), 3 µl of 0.1 mM DTT (Invitrogen), 0.6 µl of 25 mM dNTP (Amersham), and 1 µl of reverse transcriptase (SuperscriptII, 200U, Invitrogen) were added. The final reaction solution was 25 μl and then incubated at 42 ° C. for 2 hours.
(2) SARS N 단백질을 코딩하는 염기서열의 증폭(2) Amplification of the nucleotide sequence encoding the SARS N protein
실시예 1의 SARS 리더서열의 PCR 증폭방법과 유사한 방법으로 N 단백질을 코 딩하는 염기서열을 특이적으로 증폭하였는데, 증폭반응은 하나의 튜브 안에서 이루어지도록 디자인하였다. 상기 서열번호 3의 하이힐 프라이머와 CH003-R-high 프라이머 및 CH003-F-high 프라이머를 동시에 넣어주고, 역전사에 의해서 만들어진 단일가닥 리더서열 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 수행하였다. 즉, 상기 (1)에서 준비된 역전사 혼합물 2.5㎕에 10X PCR 버퍼(Solgent, Korea) 2.5㎕, Taq 폴리머라제(5U/㎕, Solgent, Korea) 1㎕, dNTP(2.5mM, Solgent, Korea) 1㎕, CH003-F-high 프라이머(10pmole/㎕) 1㎕, CH003-R-high 프라이머(10pmole/㎕) 1㎕ 및 서열번호 3의 하이힐 프라이머(100pmole/㎕) 1㎕를 첨가하여 최종 반응부피가 25㎕가 되도록 한 다음, PCR[(94℃에서 10분, 94℃에서 1분, 50℃에서 1분, 72℃에서 30초) 1 내지 4 싸이클]을 수행하였다. 상기 PCR시 CH003-R-high과 CH003-F-high 프라이머에 의해 2차적인 PCR에 필요한 주형이 만들어진다. The nucleotide sequence encoding the N protein was specifically amplified by a method similar to the PCR amplification method of the SARS leader sequence of Example 1, and the amplification reaction was designed to be performed in one tube. The high heel primer of SEQ ID NO: 3, CH003-R-high primer and CH003-F-high primer were put at the same time, and PCR was performed using a single-stranded leader sequence cDNA made by reverse transcription as a template. That is, 2.5 μl of 10X PCR buffer (Solgent, Korea), 1 μl of Taq polymerase (5U / μl, Solgent, Korea), 1 μl of dNTP (2.5 mM, Solgent, Korea) in 2.5 μl of the reverse transcription mixture prepared in (1) above. 1 μl of CH003-F-high primer (10 pmole / μl), 1 μl of CH003-R-high primer (10 pmole / μl) and 1 μl of high heel primer (100 pmole / μl) of SEQ ID NO. 1 μl of PCR (10 min at 94 ° C., 1 min at 94 ° C., 1 min at 50 ° C., 30 sec at 72 ° C.) was performed. During PCR, a template necessary for secondary PCR is made by using CH003-R-high and CH003-F-high primers.
그 후 서열번호 3의 하이힐 프라이머를 이용하여 증폭반응[(94℃에서 1분, 72℃에서 45초) 35 내지 40 싸이클 수행 및 최종신장(final extension) 72℃에서 10분]을 수행하였다. 상기 증폭반응에서, SARS N 단백질을 코딩하는 염기서열(약188bp)을 포함하는 약 236bp의 증폭산물이 특이적으로 만들어진다. 상기 증폭산물이 특이적으로 만들어지는 것을 확인하기 위하여, 전기영동을 수행하였다 (도 5). Thereafter, the amplification reaction was performed using a high heel primer of SEQ ID NO. 3 (1 minute at 94 ° C., 45 seconds at 72 ° C.) and 35 to 40 cycles, and 10 minutes at 72 ° C. as a final extension. In the amplification reaction, an amplification product of about 236 bp comprising a nucleotide sequence encoding about SARS N protein (about 188 bp) is specifically made. In order to confirm that the amplification product is made specifically, electrophoresis was performed (FIG. 5).
도 5는 총 25㎕의 반응용액 중 5㎕를 1.5% 아가로스겔 상에서 전기영동한 사진이다. 도 5에서 레인 M은 사이즈 마커이고, 레인1은 샘플 RNA 자체를, 레인2는 샘플 RNA의 PCR 증폭물을, 레인3은 CH003-F과 CH003-R의 프라이머 세트를 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인4는 CH003-F-high 프라이머, CH003-R-high 프라이머 및 하이 힐 프라이머로 구성된 프라이머 혼합물 이용한 RT-PCR 증폭물을, 레인5는 blank를 나타낸다. 5 is a photograph of 5 μl of a total of 25 μl of reaction solution electrophoresed on 1.5% agarose gel. In FIG. 5, lane M is a size marker,
도 5에 나타난 바와 같이, RNA 자체(레인 1) 또는 RNA 자체를 PCR한 경우(레인 2)에는 PCR 산물이 만들어지지 않으나, CH003-F과 CH003-R의 프라이머 세트를 사용하거나, CH003-R-high 프라이머, CH003-F-high 프라이머 및 하이힐 프라이머로 구성된 프라이머 혼합물을 사용해서 RT-PCR을 수행한 경우에는, 각각 약 188bp 및 약 236bp의 SARS N 단백질을 코딩하는 염기서열이 특이적으로 증폭되었고, 특히 하이힐 프라이머를 첨가한 경우에 증폭효율이 더 좋았다. As shown in FIG. 5, when the RNA itself (lane 1) or RNA itself is PCR (lane 2), PCR products are not produced, but primer sets of CH003-F and CH003-R are used, or CH003-R- When RT-PCR was performed using a primer mixture consisting of a high primer, a CH003-F-high primer, and a high heel primer, the nucleotide sequences encoding SARS N protein of about 188 bp and about 236 bp, respectively, were specifically amplified. In particular, the amplification efficiency was better when the high heel primer was added.
결국, 본 실시예에서는 증폭시 주형과 프라이머의 어닐링 온도를 높여줌으로써, 비특이적 증폭을 최소화할 수 있고, SARS N 단백질을 코딩하는 염기서열을 특이적으로 증폭하는 것이 가능하다는 것을 확인할 수 있었다.As a result, in this embodiment, by increasing the annealing temperature of the template and primer during amplification, it was confirmed that non-specific amplification can be minimized, and it is possible to specifically amplify the nucleotide sequence encoding the SARS N protein.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. The specific parts of the present invention have been described in detail above, and it is apparent to those skilled in the art that such specific descriptions are merely preferred embodiments, and thus the scope of the present invention is not limited thereto. something to do.
본 발명에 따른 SARS 바이러스 검출용 프라이머 혼합물을 이용한 RT-PCR 시스템은 SARS 바이러스의 리더서열 또는 N 단백질을 코딩하는 염기서열만을 특이적으로 증폭할 수 있어, SARS 바이러스를 포함하는 코로나바이러스를 효과적인 검 출에 유용하다. The RT-PCR system using the primer mixture for SARS virus detection according to the present invention can specifically amplify only the nucleotide sequence encoding the SARS virus leader or N protein, thereby effectively detecting the coronavirus containing SARS virus. Useful for
또한 일반적으로 임상시료 내에는 바이러스의 타이터(titer)가 매우 낮기 때문에, 종래기술에서는 2번 이상의 네스티드(nested) PCR을 수행해야 하는데 비해, 본 발명에서는 최종 증폭반응에서 하이힐 프라이머를 사용함으로써 네스티드 PCR의 효과를 대체할 수 있을 것으로 기대된다.In addition, since virus titers are generally very low in clinical samples, two or more nested PCRs should be performed in the prior art. In the present invention, four heels primers are used in the final amplification reaction. It is expected to replace the effects of sted PCR.
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