KR100313667B1 - THERMOACTINOMYCES SP.) A novel high-potency control protein A of E79 and a DNA encoding the same - Google Patents

THERMOACTINOMYCES SP.) A novel high-potency control protein A of E79 and a DNA encoding the same Download PDF

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Abstract

본 발명은 신규한 이화대사물 조절 단백질 A(Catabolite control protein; CcpA) 및 이를 코딩하는 DNA에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 효소의 산업적 생산시 발생하는 효소생산 저해요인중 하나인 이화대사물 억제(catabolite repression) 현상에 관여하는 이화대사물 조절 단백질 A, 그리고 이를 코딩하는 DNA 염기서열 및 이의 강력한 프로모터를 특징으로 하는 것으로서, 본 발명의 이화대사물 조절 단백질 A를 코딩하는 DNA는 이화대사물 억제 형질의 해제와 같은 변이 유발에 이용될 수 있으며, 이렇게하여 발효배지내 당조성에 관계없이 단백질 가수분해효소를 구성적으로 생산하는 변이체를 제조할 수 있는 효과가 있다.The present invention relates to a novel catabolite control protein (CcpA) and a DNA encoding the same, and more particularly, to a novel catabolite control protein (CcpA) catabolite repression, and a DNA sequence coding therefor and a strong promoter therefor. The DNA encoding the metabolite regulatory protein A of the present invention is characterized in that the DNA encoding the catabolite repression And thus it is possible to produce a mutant which constitutively produces a protein hydrolyzing enzyme regardless of the sugar composition in the fermentation medium.

Description

써모액티노마이세스 속(Thermoactinomyces sp.) E79의 신규한 이화대사물 조절 단백질 A 및 이를 코딩하는 DNAThermoactinomyces sp. E79, a novel catabolic regulatory protein A and DNA encoding it

본 발명은 신규한 이화대사물 조절 단백질 A(Catabolite control protein A; CcpA) 및 이를 코딩하는 DNA에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 효소의 산업적 생산시 발생하는 효소생산 저해요인중 하나인 이화대사물 억제(catabolite repression) 현상에 관여하는 이화대사물 조절 단백질 A 및 이를 코딩하는 DNA 염기서열에 관한 것이다.The present invention relates to novel catabolite control protein A (CcpA) and DNA encoding the same, and more particularly, to a novel catabolite control protein A (CcpA) The present invention relates to a catabolite repression (Catabolite repression) phenomenon and a DNA sequence encoding the same.

일반적으로 단백질 가수분해효소, 크실라나제, 아밀라제 및 셀룰라제 등은 대부분 기질의 존재하에서 유도되는 유도효소이며, 상기 효소들을 산업적으로 생산하는 경우에는 그 생산성을 제한하는 여러 가지 요소가 있다. 한편, 상기의 효소가 생산될 때 이화대사물 억제(catabolite repression) 또는 피드백 저해(end product feedback inhibition)와 같은 여러가지 생합성 대사 조절기구들에 의하여 그 생산이 조절되는 바, 이는 상기 효소를 산업적으로 생산할 때 그 생산성을 저하시키는 중대한 요인이 되고 있다(이정기,미생물과 산업, 21, 262 ∼ 269(1995)).In general, protein hydrolytic enzymes, xylanases, amylases, and cellulases are mostly inducible enzymes that are induced in the presence of a substrate. When the enzymes are industrially produced, there are various factors that limit their productivity. On the other hand, when the above-mentioned enzyme is produced, its production is regulated by various biosynthetic metabolic control mechanisms such as catabolite repression or end product feedback inhibition, (1995)). In addition, it is important to reduce the productivity of microorganisms .

이에, 상기한 문제점을 극복하고자 다양한 방법이 연구되어 있는 바, 변이 유도제 또는 자외선 처리 등 고전적인 변이 유도방법을 사용하여 변이체를 무작위적으로 제조하고, 이중 고생산 균주를 선별하는 방법이 이용되고 있다. 또한, 발효조건 등의 최적화, 유전자의 클로닝 및 강력한 프로모터를 이용한 고발현체계의 구축 등의 방법이 상기 문제점의 해결방안으로 제시되어 있다.Accordingly, various methods have been studied to overcome the above-mentioned problems, and a method of randomly producing mutants using a classical mutagenesis method such as a mutagenesis agent or ultraviolet ray treatment and selecting a high production strain has been used . In addition, methods such as optimization of fermentation conditions, cloning of genes, and construction of a high expression system using a strong promoter have been proposed as a solution to the above problems.

한편, 많은 종류의 산업용 효소가 바실러스를 비롯한 그람양성 세균에서 생산되어고 있으나, 이러한 산업균주에서 효소생산에 관여하는 세포내 조절 단백질이나 조절인자 등과 같은 조절체계에 관한 연구가 아직 초보적 단계에 지나지 않은 까닭에, 보다 근본적인 효소생산 조절은 이루어지지 않고 있다.On the other hand, many kinds of industrial enzymes have been produced in Gram-positive bacteria including Bacillus. However, studies on regulation systems such as intracellular regulatory proteins and regulatory factors involved in enzyme production in these industrial strains have not yet been developed yet Because of this, more fundamental enzyme production control has not been achieved.

공지된 바와 같이, 대장균에서는 이화대사물 활성 단백질(Catabolite activator protein)과 cAMP 복합체가 특정 유전자의 전사를 조절하는 조절시스템이 존재하고 있다.한편, 상기 조절기작을 가지고 있지 않은 바실러스를 비롯한 그람양성 세균에서도 세포내 당대사를 조절하는 전반적 조절기작(Global regulatory mechanism)이 존재하는 가의 여부에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다(Hueck, C.J., & H. Wolfgang,Mol. Microbiol., 15, 395 ∼ 401(1995)). 상기 연구 가운데 그람양성 세균에서 이화대사물 억제에 관여하는 이화대사물 조절 단백질A(CcpA) 및 포스포트랜스퍼라제 시스템의 HPr과 같은 총체적인 조절단백질에 대한 연구가 활발히 이루어지고 있는 바, 그 예는 다음과 같다: 바실러스(Christoph J. et al.,Mol. Microbiol., 16, 855 ∼ 864(1995)), Staphylococcus(Egeter, O. et al., Mol. Microbiol., 21, 739 ∼ 749(1996)) 및 젖산균(Monedero, V. et al.,J. Bacteriol., 179, 6657 ∼ 6664(1997)).As is well known, E. coli has a regulatory system that regulates the transcription of a specific gene by a catabolite activator protein and a cAMP complex. On the other hand, in the case of gram-positive bacteria including bacillus, (Hueck, CJ, & H. Wolfgang, & Hughes, R., et al., ≪ RTI ID = 0.0 >Mol. Microbiol., 15, 395-401 (1995)). Among the above studies, there have been active studies on a total regulatory protein such as a cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA) and a phosphotransferase system HPr, which are involved in the inhibition of divalent metabolites in Gram-positive bacteria, : ≪ / RTI > Bacillus (Christoph J. et al.Mol. Microbiol., 16, 855-864 (1995)), Staphylococcus(Monterero, V. et al., &Quot; Microbiol. &Quot;, 21, 739-749 (1996)J. Bacteriol., 179, 6657-6664 (1997)).

상기의 선행기술들에서는 다양한 효소의 생합성 조절체계에 관여하는 이화대사물 조절 단백질 및 이의 유전자를 분리하여 염기서열 및 아미노산 서열 등을 개시하고 있으며, 이화대사물 조절 단백질과 효소 생합성 조절과의 관계에 대해 언급하고 있다.In the above prior arts, there is disclosed a base sequence and an amino acid sequence by separating an eicosyl metabolite regulatory protein and its gene involved in a biosynthesis regulatory system of various enzymes, and the relation between the eicosanoid regulatory protein and the enzyme biosynthesis control .

한편, 종래의 연구는 주로 중온성 균주를 대상으로 하고 있으며, 그 연구단계가 매우 초보적인 단계에 있고, 대부분의 연구들이 당 가수분해효소의 생산 조절에 관한 연구에 집중되어 있는 바, 내열성 및 내알칼리성 단백질 가수분해효소를 생산하는 고온성 세균을 대상으로 하는 연구는 거의 이루어져 있지 않은 실정이다.On the other hand, conventional studies have mainly focused on mesophilic strains, and the research stage is at a very early stage, and most studies have focused on studies on the regulation of the production of sugar hydrolase, Studies on high temperature bacteria producing alkaline protein hydrolytic enzymes are rarely conducted.

본 발명의 발명자들은 상기한 단백질 가수분해효소를 고수율로 제조할 수 있는 균주를 개발하고자 예의 연구 노력한 결과, 내열성 및 내알칼리성 단백질 가수분해효소와 같은 유용 산업효소를 생산하는 써모액티노마이세스 속(Thermoactinomycessp.) E79로부터 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)을 코딩하는 유전자를 분리하고, 이에 의해 코딩되는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)이 단백질 가수분해효소의 생합성을 조절함을 확인함으로써 본 발명을 완성하게 되었다.The inventors of the present invention have made extensive efforts to develop a strain capable of producing the above-described protein hydrolyzing enzyme at a high yield. As a result, it has been found that a thermoactinomycetes producing a useful industrial enzyme such as a heat resistant and an alkaline protease ( CcpA ) was isolated from Thermoactinomyces sp. E79, and the encoded metabolite regulatory protein A (CcpA) encoded thereby regulates the biosynthesis of the protein hydrolase Thereby completing the present invention.

따라서, 본 발명의 목적은 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 코딩하는 DNA를 제공하는데 있다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a DNA encoding a cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA).

본 발명의 다른 목적은 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 제공하는데 있다.It is another object of the present invention to provide an eukaryotic metabolite control protein A (CcpA).

본 발명의 또 다른 목적은 상기 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)의 제조방법을 제공하는데 있다.It is yet another object of the present invention to provide a method for producing the above-mentioned metabolite controlling protein A (CcpA).

도 1은 본 발명의 신규한 이화대사물 조절 단백질 A를 코딩하는 유전자의 분리 방법을 나타낸 과정도,BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS FIG. 1 is a process diagram showing a method for separating a gene encoding a novel metabolite regulating protein A of the present invention,

도 2는 본 발명의 신규한 이화대사물 조절 단백질 A를 코딩하는 유전자를 포함하는 재조합 플라스미드 pTCA2의 개열지도,Figure 2 shows the cleavage map of the recombinant plasmid pTCA2 containing the gene encoding the novel cyanobacterium metabolite control protein A of the present invention,

도 3은 본 발명의 신규한 이화대사물 조절 단백질 A 및 공지된 다른 이화대사물 조절 단백질 A의 아미노산 서열,Figure 3 shows the amino acid sequences of the novel metabolizing enzyme control A of the present invention and another known metabolizing enzyme controlling protein A,

도 4는 본 발명의 신규한 이화대사물 조절 단백질 A를 코딩하는 유전자를 포함하는 재조합 플라스미드 pTCAB3의 개열지도,FIG. 4 shows the cleavage map of the recombinant plasmid pTCAB3 containing the gene encoding the novel cyanobacterium metabolite control protein A of the present invention,

도 5는 본 발명의 신규한 이화대사물 조절 단백질 A의 정제도를 나타내는SDS-PAGE 사진,FIG. 5 is an SDS-PAGE photograph showing the purification scheme of the novel EBA metabolizable protein A of the present invention,

도 6은 E79 단백질 가수분해효소 유전자와 이화대사물 조절 단백질 A와의 상호작용을 조사하기 위한 공동-발현 플라스미드의 제조방법을 나타낸 개략도,6 is a schematic diagram showing a method for producing a cavity-expressing plasmid for examining the interaction between the E79 proteinase gene and the eukaryotic metabolite regulatory protein A,

도 7은 이화대사물 조절 단백질 A 유전자에 의한 단백질 가수분해효소 생산 억제를 나타내는 사진.FIG. 7 is a photograph showing inhibition of the production of protein hydrolyzing enzyme by the eicosyl metabolite regulatory protein A gene.

본 발명은 서열 1에 기재된 DNA 염기서열을 갖는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 이의 프로모터를 그 특징으로 한다.The present invention is characterized by a DNA encoding a cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA) having the nucleotide sequence as set forth in SEQ ID NO: 1 and a promoter thereof.

또한, 본 발명은 서열 1에 기재된 아미노산서열을 갖는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 다른 특징으로 한다.In addition, the present invention is characterized by a catabolic control protein A (CcpA) having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1.

한편, 본 발명은 서열 1에 기재된 DNA 염기서열을 갖는 이화대사물 조절 단백질A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 이의 프로모터를 포함하며, 첨부한 도 2에 도시된 개열지도를 갖는 재조합 플라스미드 pTCA2를 또 다른 특징으로 한다.On the other hand, the present invention includes a DNA encoding a cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA) having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 and its promoter, and the recombinant plasmid pTCA2 having the cleavage map shown in FIG. 2 Other features.

본 발명은 서열 1에 기재된 DNA 염기서열을 갖는 이화대사물 조절 단백질A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 이의 프로모터를 포함하며, 첨부한 도 4에 도시된 개열지도를 갖는 재조합 플라스미드 pTCAB3를 그 특징으로 한다.The present invention relates to a recombinant plasmid pTCAB3 comprising the DNA coding for the cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA) having the DNA base sequence set forth in SEQ ID NO: 1 and its promoter and having the cleavage map shown in FIG. 4 do.

본 발명은 상기 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)의 제조방법을 그 특징으로 한다.The present invention is characterized by a method for producing the above-mentioned metabolite controlling protein A (CcpA).

이와 같은 본 발명을 상세히 설명하면 다음과 같다:Hereinafter, the present invention will be described in detail.

본 발명 이화대사물 조절 단백질 A(이하, "CcpA"라 한다)를 코딩하는 DNA의 염기서열을 확인하기 위하여, 우선 써모액티노마이세스 속 E79(Lee, J.K. et al.,Biosci. Biotech. Biochem., 60, 840 ∼ 846(1996); KCTC 1045BP)로부터 염색체 DNA를 분리한다.In order to confirm the nucleotide sequence of the DNA encoding the metabolite regulatory protein A of the present invention (hereinafter referred to as "CcpA"), firstly, Thermoactinomycetes genus E79 (Lee, JK et al., Biosci. Biotech. Biochem ., 60, 840 ~ 846 (1996); the chromosomal DNA is isolated from KCTC 1045BP).

이어, CcpA를 코딩하는 DNA를 분리하기 위하여, 일차적으로 기존에 알려진 여러 CcpA의 아미노산서열 상동성 비교를 통하여 상동성 부위에 해당하는 프라이머를 제작하고, 이를 이용하여 PCR을 수행한다. 상기 PCR 실험을 통하여 ccpA 유전자의 부분적 증폭이 이루어지고, 전체 ccpA 유전자를 분리하기 위해 상기 증폭된 DNA 단편을 디곡시게닌(digoxigenin) 표지를 한다.Next, in order to isolate DNA encoding CcpA, primers corresponding to homologous regions are first prepared by comparing the amino acid sequence homologies of several known CcpAs, and PCR is performed using the primers. The ccpA gene is partially amplified through the PCR experiment, and the amplified DNA fragment is labeled with digoxigenin to isolate the entire ccpA gene.

그리고 나서, 써모액티노마이세스 속 E79 유래 ccpA 전체 유전자를 분리하기 위하여 첨부한 도 1에 나타낸 전략에 따라 다음과 같이 실시한다: 우선, 써모액티노마이세스 속 E79의 염색체 DNA를 제한효소를 이용하여 부분절단한 후, 2 ∼ 5 kb의 DNA 단편을 회수한다. 이어, 상기 DNA 단편을 제한효소로 절단한 pUC19과 혼합하고, DNA 연결효소를 이용하여 서로 연결한후 이를 대장균(E. coli) XL1-Blue에 도입한다. 그리고 나서, 상기 형질전환된 대장균을 니트로셀룰로스 멤브레인에 옮긴 후, 상기 대장균 세포내에 있는 DNA를 니트로셀룰로스 멤브레인에 옮긴 다음, 상기 디곡시게닌으로 표지된 탐침을 가하고 콜로니 혼성화반응을 행한다. 최종적으로, 상기 콜로니 혼성화반응에 대해 양성반응을 나타내는 클론을 선별함으로써 ccpA 유전자를 갖는 클론을 분리한 다음, 분리된 ccpA 유전자를 갖는 형질전환체에서 플라스미드를 분리하고, 이를 pTCA2라 명명하였다(참조: 도 2). 이에, 상기 pTCA2에 의해 형질전환된 대장균(E. coli) XL1-Blue를 대장균(E. coli) XL1-Blue(pTCA2)라 명명하고, 이를 한국과학기술연구원 유전자은행에 1998년 1월 8일자로 기탁하고, 기탁번호 KCTC 8865P를 부여받았다.Then, in order to isolate the entire ccpA gene derived from genus Thermoactinomyces sp. E79, the following procedure is carried out according to the attached strategy shown in Fig. 1: First, the chromosomal DNA of Thermolactinomyces sp. E79 is digested with restriction enzymes After partial cleavage, DNA fragments of 2 to 5 kb are recovered. Next, the DNA fragment is mixed with pUC19 digested with restriction enzymes, ligated to each other using DNA ligase, and introduced into E. coli XL1-Blue. Then, the transformed E. coli is transferred to a nitrocellulose membrane, DNA in the E. coli cells is transferred to a nitrocellulose membrane, the digoxigenin-labeled probe is added, and a colony hybridization reaction is carried out. Finally, the clone having the ccpA gene was isolated by selecting a clone showing a positive reaction for the colony hybridization reaction, and then the plasmid was separated from the transformant having the separated ccpA gene, which was named pTCA2 (see, 2). E. coli XL1-Blue transformed with pTCA2 was designated as E. coli XL1-Blue (pTCA2), which was deposited with the Gene Bank of Korea Institute of Science and Technology as of January 8, 1998 And deposited with the deposit number KCTC 8865P.

이어, 상기 클로닝된 ccpA 유전자를 포함하는 DNA의 염기서열을 결정하였는 바, 그 서열은 서열목록의 서열 1과 같다. Subsequently, the nucleotide sequence of the DNA containing the cloned ccpA gene was determined, and the sequence thereof is shown in SEQ ID NO: 1.

한편, 상기 과정에서 분리된 ccpA 유전자에 의한 바실러스 메가테리움(Bacillus megaterium) CcpA 변이주의 형질전환을 확인하기 위하여 바실러스 벡터인 pHV33에 삽입하여 pTCAB3를 제조하는 바(참조: 도 4), 상기 pHV33 벡터를 이용한 이유는 바실러스에서 복제 가능한 복제원점을 갖고 있으며, 선택 표지로 이용할 수 있는 클로람페니콜 내성유전자를 갖고 있기 때문이다. 이어, 상기 재조합 플라스미드 pTCAB3를 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356에 도입하여 형질전환시키고, 이화대사물 억제 형질의 회복을 확인한다.In order to confirm transformation of Bacillus megaterium CcpA mutant by the ccpA gene isolated in the above procedure, pTCAB3 was prepared by inserting it into a Bacillus vector pHV33 (see FIG. 4), and the pHV33 vector Because it has a cloning origin that can be replicated in Bacillus and has a chloramphenicol resistance gene that can be used as a selection marker. Then, the recombinant plasmid pTCAB3 was introduced into a Bacillus megaterium CcpA mutant WH356, transformed, and the restoration of the metabolite-suppressing trait was confirmed.

본 발명은 CcpA 단백질을 제조방법을 또 다른 특징으로 하는 바, 상기 제조방법은 상기에서 분리한 ccpA 유전자의 강력한 프로모터 및 CcpA 단백질의 열안정성을 이용한 것으로서, (ⅰ) 상기 재조합 플라스미드 pTCAB3를 함유한 균주의 배양단계; (ⅱ) 세포 추출액을 얻기 위해 상기 배양된 균주의 분쇄단계; 및 (ⅲ) 55 ∼ 65℃에서 상기 세포 추출액의 열처리 단계를 포함한다. 상기 정제과정중 열처리 단계에서 온도는 바람직하게는 55 ∼ 65℃이며, 가장 바람직하게는 60℃이다. 상기 열처리 단계에서 온도가 55℃ 미만인 경우에는 본 발명의 재조합 플라스미드가 도입되는 숙주의 다른 단백질이 과량 잔존하게 되고, 65℃를 초과하는 경우에는 CcpA 단백질의 손실이 있기 때문이다.Another aspect of the present invention is a method for producing a CcpA protein, Using the strong promoter of the ccpA gene and the thermal stability of the CcpA protein isolated from the above, (i) a step of culturing a strain containing the recombinant plasmid pTCAB3; (Ii) a step of pulverizing the cultured strain to obtain a cell extract; And (iii) heat treating the cell extract at 55-65 < 0 > C. The temperature in the heat treatment step during the purification process is preferably 55 to 65 ° C, and most preferably 60 ° C. If the temperature is lower than 55 캜 in the heat treatment step, excess protein of the host in which the recombinant plasmid of the present invention is introduced remains in excess, and if it exceeds 65 캜, there is a loss of CcpA protein.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. It will be apparent to those skilled in the art that these embodiments are only for describing the present invention in more detail and that the scope of the present invention is not limited by these embodiments in accordance with the gist of the present invention .

실시예 1: 써모액티노마이세스 속 E79로부터 염색체 DNA의 분리Example 1: Isolation of chromosomal DNA from Thermolactinomyces sp. E79

써모액티노마이세스 속 E79(KCTC 1045BP)의 염색체 DNA 분리시 세포용해에 어려움이 많아 기존의 방법을 상당히 변형하여 다음과 같이 분리하였다: 우선, 균체를 50℃에서 1.5 ℓ 단백질 가수분해효소생산 배지(1.0% 소이톤, 2.0% 가용성 전분, 0.3% K2HPO4및 0.05% MgSO4, pH 7.2)를 이용하여 16시간 액체배양하고, 250 rpm에서 원심분리한 후 세포침전물을 TEN 완충액(10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA 및 10 mM NaCl, pH 7.6)으로 세척하였다. 이어, 상기 세척한 균체를 -70℃로 얼렸다가 다시 녹이는 과정을 2회 반복한 후 라이소자임을 첨가한 SET 완충용액(20% 수크로스, 50 mM Tris-HCl 및 50 mM EDTA, pH 7.6)에 현탁시켜 37℃에서 1시간동안 반응시켰다. 그런 다음, 25% SDS 용액을 20 ㎖ 첨가하고 부분적으로 세포용해가 일어난 용액에 단백질 가수분해효소 K(10 ㎎/㎖)를 2 ㎖ 첨가하였으며, 60℃에서 1시간동안 흔든 다음, 동량의 페놀/클로로포름 혼합액 처리를 3회 반복하고 50℃의 고온에서 페놀/클로로포름 혼합액의 존재하에서 2시간동안 서서히 흔들어 주었다. 그리고 나서, 원심분리을 하였으며 형성된 상층액에 5 M NaCl을 최종농도 0.3 M이 되도록 첨가한 후 2배 부피의 에탄올을 첨가하였고, 이때 침전되는 DNA를 유리봉으로 감아 올려 95% 에탄올에 침지시켜 세척하고 TE 완충용액(10 mM Tris-HCl 및 1 mM EDTA, pH 7.8)에 용해하였다.In the isolation of chromosomal DNA of the genus Thermolactinomyces sp. E79 (KCTC 1045BP), it was difficult to dissolve cells, and the conventional method was significantly modified to isolate as follows: First, the cells were cultured in a 1.5 L protein- The cells were cultured for 16 hours in a liquid medium (1.0% sorbitol, 2.0% soluble starch, 0.3% K 2 HPO 4 and 0.05% MgSO 4 , pH 7.2), centrifuged at 250 rpm and the cell precipitates were suspended in TEN buffer Tris-HCl, 1 mM EDTA and 10 mM NaCl, pH 7.6). Then, the washed cells were frozen at -70 ° C. and then dissolved again. The cells were suspended in SET buffer (20% sucrose, 50 mM Tris-HCl and 50 mM EDTA, pH 7.6) supplemented with lysozyme And reacted at 37 DEG C for 1 hour. Next, 20 ml of a 25% SDS solution was added, 2 ml of protein hydrolyzing enzyme K (10 mg / ml) was added to the partially lysed solution, and the mixture was shaken at 60 ° C for 1 hour. Then, Chloroform mixed solution treatment was repeated three times and the mixture was gradually shaken for 2 hours in the presence of a phenol / chloroform mixture at a high temperature of 50 캜. Then, 5 M NaCl was added to the supernatant thus formed to a final concentration of 0.3 M, and 2-fold volume of ethanol was added. The precipitated DNA was wrapped with a glass rod, immersed in 95% ethanol and washed And dissolved in TE buffer solution (10 mM Tris-HCl and 1 mM EDTA, pH 7.8).

실시예 2: PCR을 이용한 써모액티노마이세스 속 E79 유래 ccpA 유전자의 부분적 증폭 및 DIG 표지를 이용한 탐침 제조Example 2: Partial amplification of the ccpA gene derived from E79-derived thermolactinomycetes by PCR and preparation of probe using DIG labeling

PCR을 이용하여 써모액티노마이세스 속 E79 유래 CcpA 유전자의 증폭을 다음과 같이 수행하였다: 우선, 프라이머로서 기존에 상동성을 가지고 있는 것으로 알려진 콘센서스 서열(consensus sequence)을 바탕으로 축퇴성 프라이머(degenerate primer)(N-말단 프라이머: 5'-CTGAATTCATGGCNACNGT-3', C-말단 프라이머: 5'-CTGGATCCGCNCCNATRTCRTA-3')를 합성하였다. 이어, 상기 실시예 1에서 분리한 써모액티노마이세스 속 E79의 염색체 DNA를 모형으로 하고, 상기 합성된 프라이머를 이용하여 PCR을 수행하였으며, 최종적으로 0.8 kb의 DNA 단편을 증폭하었다. 상기 PCR 과정은 Perkin Elmer사의 9600 model을 이용하여 수행하였으며, 이때 반응은 94℃에서 5분간 변성시킨 후에 94℃에서 1분, 55℃에서 1분 및 72℃에서 1분의 조건으로 30회 사이클을 반복하였으며, 최종적으로 72℃에서 10분간 DNA 연장반응을 수행하였다. 한편, 콜로니 혼성화를 통해 전체 ccpA 유전자를 분리하기 위한 탐침을 제조하기 위해 상기 과정에서 증폭된 ccpA 유전자 DNA를 DIG 표지시스템(베링거 만헤임사)을 이용하여 디곡시게닌(digoxigenin)-표지 dUTP로 표지하였다.Amplification of the C7pA gene derived from Thermolactinomyces sp. E79 was carried out using PCR as follows. First, an axon degradation primer (SEQ ID NO: 2) was constructed based on a consensus sequence known to have homology as a primer terminal primer: 5'-CTGAATTCATGGCNACNGT-3 ', C-terminal primer: 5'-CTGGATCCGCNCCNATRTCRTA-3'). Next, the chromosomal DNA of the thermotacticinase strain E79 isolated in Example 1 was modeled, PCR was performed using the synthesized primer, and a 0.8 kb DNA fragment was finally amplified. The PCR was performed using a Perkin Elmer 9600 model. The reaction was performed at 94 ° C for 5 minutes, followed by 30 cycles at 94 ° C for 1 minute, at 55 ° C for 1 minute, and at 72 ° C for 1 minute And DNA extension reaction was finally performed at 72 ° C for 10 minutes. Meanwhile, in order to prepare a probe for isolating the entire ccpA gene through colony hybridization, the amplified ccpA gene DNA was labeled with digoxigenin-labeled dUTP using a DIG labeling system (Boehringer Mannheim) .

실시예 3: 콜로니 혼성화를 이용한 ccpA 전체 유전자의 클로닝Example 3: Cloning of whole gene of ccpA using colony hybridization

써모액티노마이세스 속 E79 유래 ccp 전체 유전자를 분리하기 위하여 첨부한 도 1에 나타낸 전략에 따라 다음과 같이 실시하였다: 우선, 써모액티노마이세스 속 E79의 염색체 DNA (100 ㎍)를 5 유니트의Sau3AI으로 부분절단한 시료중에서 수크로스 농도구배를 이용하여 2 ∼ 5 kb의 DNA 단편을 회수하였으며, 이를 1 유니트의BamHI으로 절단한 pUC19(베링거 맨하임사)과 혼합하여 1 유니트의 T4 DNA 연결효소를 이용하여 16℃에서 16시간 반응시켰다. 이어, 상기 연결반응 혼합액 20 ㎕및 전기동공기(electroporator; 바이오라드사, GenePulser)를 이용하여 대장균 XL1-Blue(Stratagene사)을 2.5 kV로 통전하여 형질전환시킨 후, 나타난 형질전환체들을 니트로셀룰로스 멤브레인에 옮기고, 진공 트랜스퍼(호퍼사, TransVac TE80) 를 이용하여 변성완충액(0.5 M NaOH 및 1.5 M NaCl) 10 ㎖, 재생완충액(0.5 M Tris-HCl 및 3 M NaCl, pH 7.3) 10 ㎖ 및 X20 SSC(0.3 M 시트르산나트륨 및 3 M NaCl, pH 7.0) 10 ㎖를 사용하여 DNA의 변성 및 중화의 과정을 거쳐 DNA를 니트로셀룰로스 멤브레인에 옮긴 다음, 자외선을 사용하여 고정화하였다. 그런 다음, 상기 멤브레인에 혼성화완충액(5X SSC, 1% BSA, N-라우로일 사코신 및 0.02% SDS) 10 ㎖ 및 변성된 상기 실시예 2에서 제조된 탐침 20 ㎕를 가하고, 42℃에서 16시간동안 콜로니 혼성화반응을 행하였다. 그리고 나서, 상기 콜로니 혼성화반응에 대해 양성반응을 나타내는 클론을 선별하기 위해, 완충액(100 mM 말레산 및 150 mM NaCl, pH 7.5)에 150 ㎍/㎖의 농도로 항체 콘쥬게이트(항-디곡시게닌 알칼린 포스파타제 콘쥬게이트)를 첨가한 다음, 멤브레인과 30분간 반응시킨 후 최종적으로 NBT(nitro blue tetrazolium salt) 및 5-브로모-4-클로로-3-인도일레 포스페이트를 가해 발색되는 클론을 선별하였다.To isolate the entire ccp gene from Thermolactinomyces sp. E79, the following procedure was carried out according to the attached strategy shown in Fig. 1: First, the chromosomal DNA (100 쨉 g) of Thermolactinomyces sp. E79 was transferred into 5 units A DNA fragment of 2 to 5 kb was recovered using a sucrose gradient in a sample cut with Sau 3AI. This DNA fragment was mixed with pUC19 (Boehringer Mannheim) digested with 1 unit of Bam HI and 1 unit of T4 DNA The reaction was carried out at 16 ° C for 16 hours using a linking enzyme. Next, Escherichia coli XL1-Blue (Stratagene) was transformed by electrowinning with 2.5 V of electrowinning air (electroporator; BioRad Co., Ltd., Stratagene) by 20 연결 of the above-mentioned coupling reaction mixture and transformed with the nitrocellulose membrane 10 ml of denaturation buffer (0.5 M NaOH and 1.5 M NaCl), 10 ml of regeneration buffer (0.5 M Tris-HCl and 3 M NaCl, pH 7.3) and 10 ml of X20 SSC (pH 7.4) using a vacuum transfer (Hopper, TransVac TE80) (0.3 M sodium citrate and 3 M NaCl, pH 7.0), the DNA was transferred to a nitrocellulose membrane and immobilized using ultraviolet light. Then, 10 ml of hybridization buffer (5X SSC, 1% BSA, N-lauroylsacosin and 0.02% SDS) and 20 μl of the probe prepared in Example 2 were added to the membrane, and 16 Colony hybridization was performed for a period of time. Then, in order to select a clone showing a positive reaction to the colony hybridization reaction, an antibody conjugate (anti-digoxigenin) at a concentration of 150 μg / ml in a buffer (100 mM maleic acid and 150 mM NaCl, pH 7.5) Alkaline phosphatase conjugate) was added, followed by reaction with the membrane for 30 minutes. Finally, NBT (nitro blue tetrazolium salt) and 5-bromo-4-chloro-3-indole phosphate were added to select clones that developed color .

실시예 4 : ccpA 유전자를 포함하는 재조합 플라스미드의 분리Example 4: Isolation of recombinant plasmid containing ccpA gene

상기 실시예 3의 콜로니 혼성화반응에 대해 양성 결과를 나타내는 형질전환체를 5 ㎖ 액체배양한 후 위자드 미니프렙 키트(프로메가사)를 사용하여 플라스미드를 분리하였다. 이어, 상기 분리된 플라스미드를BamHI,SalI,SmaI,XhoI,XmnI 및AccI 제한효소로 절단하여 분석한 결과 최종적으로 pUC19에 2.5 kb의 DNA가 삽입된 상기 실시예 3에서 제조된 재조합 플라스미드를 확인하였으며, 이를 pTCA2라 명명하였다(참조: 도 2). 이에, 상기 pTCA2에 의해 형질전환된 대장균(E. coli) XL1-Blue를 대장균(E. coli) XL1-Blue(pTCA2)라 명명하고, 이를 한국과학기술연구원 유전자은행에 1998년 1월 8일자로 기탁하고, 기탁번호 KCTC 8865P를 부여받았다.5 ml of the transformant showing a positive result for the colony hybridization of Example 3 was cultured in liquid, and the plasmid was isolated using a Wizard Mini Prep Kit (Promega). Then, the isolated plasmid was digested with Bam HI, Sal I, Sma I, Xho I, Xmn I and Acc I restriction enzymes, and finally, 2.5 kb DNA was inserted into pUC19. A recombinant plasmid was identified and designated pTCA2 (see Figure 2). E. coli XL1-Blue transformed with pTCA2 was designated as E. coli XL1-Blue (pTCA2), which was deposited with the Gene Bank of Korea Institute of Science and Technology as of January 8, 1998 And deposited with the deposit number KCTC 8865P.

실시예 5: ccpA 유전자의 염기서열 결정 및 분석Example 5: Determination of nucleotide sequence and analysis of ccpA gene

클로닝된 유전자의 염기서열을 결정하기 위하여 약 2.5 kb 의 DNA 단편을 자동 염기서열 결정시스템(ABI 377 Prism DNA Sequencer, Perkin Elmer사)을 사용하여 염기서열을 결정하였으며, 그 결과는 서열목록의 서열 1에 나타내었다. 서열 1에서 확인할 수 있듯이, 약 2.5 kb의 DNA 단편내에는 자체의 프로모터와 CcpA를 암호하고 있는 총 1038 bp의 오픈 리딩프레임(open reading frame)이 존재함을 알 수 있었다. 상기한 염기서열로부터 서열 1에 나타낸 바와 같이 CcpA의 아미노산서열을 추론할 수 있었으며 총 346개의 아미노산으로 이루어진 단백질임을 알 수 있었다.In order to determine the nucleotide sequence of the cloned gene, a DNA fragment of about 2.5 kb was sequenced using an automatic nucleotide sequencing system (ABI 377 Prism DNA Sequencer, Perkin Elmer), and the result was as shown in SEQ ID NO: Respectively. As shown in SEQ ID NO: 1, a DNA fragment of about 2.5 kb contained a total of 1038 bp open reading frames coding for its own promoter and CcpA. As shown in SEQ ID NO: 1, the amino acid sequence of CcpA was deduced from the above-mentioned nucleotide sequence, and it was found that the protein was composed of 346 amino acids in total.

한편, 상기에서 분리한 유전자에 의한 CcpA 단백질의 아미노산서열을 기존에 알려진 다른 세균 유래의 CcpA 단백질과 비교하여 도 3에 나타내었는 바, 도 3에서 Ta는 써모액티노마이세스 속(Thermoactinomycessp.) E79, Bs는 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), Bm은 바실러스 메가테리움(Bacillus megaterium), Sx는 스태필로코커스 자일로서스(Staphylococcus xylosus) 및 Lc는 락토바실러스 델브루크키이(Lactobacillus delbruckii)를 나타내며, 점선 상자는 헬릭스-턴-헬릭스 모티프를 나타내고, *는 상기 5종류의 미생물의 서열이 모두 일치하는 경우 그리고 ㆍ는 아미노산의 유사성이 있는 경우를 나타낸 것이다. 도 3에서 알 수 있듯이, 써모액티노마이세스 속 E79의 CcpA는 다른 미생물의 CcpA와 약 60%의 상동성을 나타내는 신규한 CcpA로 밝혀졌다.3, the amino acid sequence of the CcpA protein by the gene isolated from the above is compared with the known CcpA protein derived from other bacteria. As shown in FIG. 3, Ta represents Thermoactinomyces sp. E79, Bs represent Bacillus subtilis , Bm represents Bacillus megaterium , Sx represents Staphylococcus xylosus , and Lc represents Lactobacillus delbruckii , The dashed box represents the helix-turn-helix motif, * represents the case where the sequences of the five kinds of microorganisms are all identical to each other, and. As can be seen from Fig. 3, the CcpA of the genus Thermotactinomycetes E79 was found to be a novel CcpA exhibiting about 60% homology with CcpA of other microorganisms.

실시예 6: 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주의 형질전환을 위한 재조합 플라스미드 의 제조Example 6: Preparation of recombinant plasmid for transformation of Bacillus megaterium CcpA mutant

ccpA 유전자를 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356에 도입하기 위하여, 상기 플라스미드 pTCA2를 1 유니트의BamHI으로 절단하여 정제한 1.6 kb의 ccpA 유전자 및 동일한 제한효소로 절단한 바실러스 벡터인 pHV33(ATCC 39217)에 삽입하여 재조합 플라스미드를 제조하고, 이를 pTCAB3라 명명하였다(참조: 도 4). 상기 재조합 플라스미드 pTCAB3를 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356에 도입하기 위하여 다음과 같이 원형질체(protoplast) 형질전환법을 사용하였다: 바실러스 메가테리움 WH356을 5 ㎖의 LB 배지에 접종하여 37℃에서 하룻밤 진탕배양하였다. 이어, 550 ㎚에서 흡광도가 0.5가 되었을 때 2,700×g에서 10분동안 원심분리하였으며, 침전된 세포를 2 mg/㎖의 라이소자임을 첨가한 5 ㎖의 SMMP((2X SMM(0.5 M 슈크로스, 0.02 M 말리에이트 및 0.02 M MgCl2, pH 6.5)과 4X PAB 배지의 혼합물)에 현탁시킨 후, 37℃에서 1시간동안 방치하였다. 그런 다음, 위상차 현미경으로 원형질체화된 정도를 확인한 후 2,700×g 에서 15분간 원심분리하고, 이어 수득한 세포를 상기 SMMP로 2회 세척하고 2 ㎖의 SMMP에 용해하여 원형질체 세포로 사용하였다. 그리고 나서, 형질전환을 시키기 위하여 상기 원형질체 세포 1 ㎖을 동량의 2X SMM과 혼합된 DNA와 혼합한 후, 즉시 3 ㎖의 40% PEG 6000을 첨가하고 실온에서 2분간 방치하였다. 이어, 10 ㎖의 SMMP를 가한 후 2,700×g에서 15분간 원심분리하여 균체를 1 ㎖의 SMMP에 현탁하고 37℃에서 90분간 진탕배양하여 10 ㎎/㎖ 의 클로람페니콜이 첨가된 DM3 배지(100 ㎖ 1M 숙신산나트륨, 70 ㎖ 10% 이스트 추출물, 5% 카자미노산, 0.8% 한천, 20 ㎖ 3.5% K2HPO4/1.5% KH2PO4, 5 ㎖ 20% 포도당, 4 ㎖ 1M MgCl2 및 1 ㎖ 2% BSA, pH 7.3)에 도말하여 이용하였다. 형질전환한 후, 재생배지에서 나타난 형질전환체중 ccpA 유전자가 도입된 형질전환체를 선별하기 위하여 M9 최소배지(75 g/ℓ Na2HPO4, 30 g/ℓ KH2PO4, 5 g/ℓ NaCl, 10 g/ℓ NH4Cl, 0.21 g/ℓ MgSO4, pH 7.4)에 크실로스(0.5%)만을 첨가한 평판배지, 그리고 포도당(0.5%) 및 크실로스(0.5%)를 모두 첨가한 평판배지에 각각 투스-피킹하여 37℃에서 16시간동안 배양하였다. 이때, ccpA 유전자가 연결된 pTCAB3가 도입되지 않은 변이주는 ccpA 유전자에 변이가 생긴 균주이기 때문에 포도당에 의한 이화대사물 억제(catabolite repression) 현상이 나타나지 않는 바, 상기 두 종류 모두의 배지에서 청색 콜로니를 형성하였다. 한편, pTCAB3가 도입된 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주에서는 도입된 ccpA 유전자에 의해 이화대사물 억제가 회복되어 크실로스만이 첨가된 배지에서는 청색 콜로니를 나타내지만 크실로스 및 포도당이 모두 첨가된 배지에서는 백색 콜로니를 나타내었다. 따라서, 백색 콜로니 형성을 확인함으로써 pTCAB3에 의한 바실러스 메가테리움 형질전환체를 선별하였다.To introduce the ccpA gene into the Bacillus megaterium CcpA mutant WH356, 1.6 kb of the ccpA gene purified by digesting the plasmid pTCA2 with 1 unit of Bam HI and the Bacillus vector pHV33 (ATCC 39217) cut with the same restriction enzyme To prepare a recombinant plasmid, which was named pTCAB3 (see Fig. 4). To introduce the recombinant plasmid pTCAB3 into the Bacillus megaterium CcpA mutant WH356, protoplast transformation was used as follows: Bacillus megaterium WH356 was inoculated into 5 ml of LB medium and incubated overnight at 37 ° C with shaking Respectively. Then, when the absorbance at 550 nm was 0.5, the cells were centrifuged at 2,700 x g for 10 minutes. The precipitated cells were washed with 5 ml of SMM (2 × SMM (0.5 M sucrose, 0.02 M maleate and 0.02 M MgCl2, pH 6.5) and 4X PAB medium) and allowed to stand for 1 hour at 37 ° C. After confirming the degree of protoplast formation under a phase contrast microscope, The resulting cells were washed twice with the SMMP and dissolved in 2 ml of SMMP to be used as protoplast cells. Then, 1 ml of the protoplast cells was mixed with an equal volume of 2X SMM to be transformed After mixing with the DNA, 3 ml of 40% PEG 6000 was immediately added and left at room temperature for 2 minutes. Next, 10 ml of SMMP was added, followed by centrifugation at 2,700 x g for 15 minutes to remove the cells in 1 ml of SMMP Suspended and cultured at 37 DEG C for 90 minutes with shaking (100 ml 1M sodium succinate, 70 ml 10% yeast extract, 5% kanamycinose, 0.8% agar, 20 ml 3.5% K2HPO4 / 1.5% KH2PO4, 5 ml 20% glucose, 10 ml / 4 ml of 1 M MgCl 2 and 1 ml of 2% BSA, pH 7.3). After transforming, transformants having the ccpA gene introduced into the transformed cells in the regeneration medium were selected using a M9 minimal medium (75 g (0.5%) was added to a plate medium supplemented with xylose (0.5%) in a buffer solution (0.5 g / l Na2HPO4, 30 g / l KH2PO4, 5 g / l NaCl, 10 g / l NH4Cl, 0.21 g / , And xylose (0.5%), and cultured for 16 hours at 37 ° C. At this time, the mutant strain in which the ccpA gene was not inserted and the ccpA gene was mutated was a strain having a mutation in the ccpA gene There is no catabolite repression due to glucose, Blue colonies were formed in the medium. On the other hand, in the Bacillus megaterium CcpA mutant in which pTCAB3 was introduced, the inhibition of cyanobacterial metabolism was restored by the introduced ccpA gene, whereas in the medium supplemented with xylose only blue colonies were observed. On the medium supplemented with xylose and glucose, Colony. Thus, by confirming the formation of white colonies, Bacillus megaterium transformants selected by pTCAB3 were selected.

실시예 7: ccpA 유전자에 의한 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주의 이화대사물 억제 형질의 회복Example 7: Restoration of the eicin metabolite inhibitory properties of the Bacillus megaterium CcpA mutant by the ccpA gene

리포터 효소로서 β-갈락토시다제를 사용하여 분리한 ccpA 유전자에 의한 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356의 이화대사물 억제 형질 회복 현상을 다음과 같이 측정하였다: 우선, 0.5%의 크실로스 및 포도당을 첨가한 실시예 6의 M9 최소배지, 그리고 크실로스만을 첨가한 M9 최소배지 각각에 야생주 바실러스 메가테리움 WH331, 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356, 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356에 플라스미드 pHV33이 도입된 형질전화체 및 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356에 플라스미드 pTCAB3이 도입된 형질전환체 각각을 5시간 배양한 다음, 50 ㎕의 세포에 동량의 클로로포름을 넣고 10초간 격렬하게 흔들어 주었다. 이어, 상기 혼합액에 기질로서 0.2 ㎖의 ONPG(2-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside, 4 ㎎/㎖)를 첨가하여 10분간 반응시킨 다음, OD420값을 측정함으로써 효소활성도(유니트)를 계산하였고, 그 결과는 다음 표 1에 나타내었다. 하기 표 1에서 억제비는 억제되지 않은 β-갈락토시다제의 활성도와 억제된 β-갈락토시다제의 활성도의 비를 나타낸 것이다.The reproductive phenotype of the Bacillus megaterium CcpA mutant WH356 by the ccpA gene isolated using β-galactosidase as a reporter enzyme was measured as follows: First, 0.5% of xylose and glucose The plasmid pHV33 was introduced into wild-type Bacillus megaterium WH331, Bacillus megaterium CcpA mutant WH356 and Bacillus megaterium CcpA mutant WH356 in the M9 minimal medium of Example 6 and the M9 minimal medium supplemented with xylose alone, respectively Plasmids transformed with the plasmid pTCAB3 were transfected for 5 hours in the transformant and Bacillus megaterium CcpA mutant WH356, and then 50 쨉 l of cells were added with the same amount of chloroform and shaken vigorously for 10 seconds. Then, 0.2 ml of ONPG (2-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside, 4 mg / ml) was added as a substrate to the mixture and reacted for 10 minutes. Then, an enzyme activity (unit) was calculated by measuring an OD 420 value , And the results are shown in Table 1 below. In Table 1 below, the inhibition ratio is the ratio of the activity of the unredunded? -Galactosidase to that of the inhibited? -Galactosidase.

바실러스 메가테리움 변이주Bacillus megaterium mutant 도입된 플라스미드The introduced plasmid 배양조건Culture conditions β-갈락토시다제 활성도(유니트)? -Galactosidase activity (unit) 억제비Inhibition ratio WH331WH331 크실로스Xylose 742.2±5.5742.2 ± 5.5 18.118.1 크실로스+포도당Xylose + glucose 41.0±2.541.0 ± 2.5 WH356WH356 크실로스Xylose 735.4±7.3735.4 + - 7.3 1.11.1 크실로스+포도당Xylose + glucose 660.5±5.2660.5 ± 5.2 WH356WH356 pHV33pHV33 크실로스Xylose 517.4±8.7517.4 ± 8.7 1.51.5 크실로스+포도당Xylose + glucose 337.6±9.8337.6 ± 9.8 WH356WH356 pTCAB3pTCAB3 크실로스Xylose 437.7±6.8437.7 + - 6.8 10.110.1 크실로스+포도당Xylose + glucose 43.4±3.143.4 ± 3.1

상기 표 1에서 확인할 수 있듯이, 바실러스 메가테리움 CcpA 변이주 WH356의 경우에는 CcpA의 변이로 인하여 M9 최소배지에서 포도당의 존재시에도 β-갈락토시다제의 활성이 저해를 받지 않으나, 분리한 ccpA 유전자가 도입된 WH356의 경우 포도당이 존재하는 배지에서 성장시 야생주 바실러스 메가테리움 WH331에서 나타내는 것과 같이 β-갈락토시다제의 활성이 현저히 저해되어 포도당에 의한 이화대사물 억제 형질이 회복되었음을 알 수 있었다.As shown in Table 1, in the case of Bacillus megaterium CcpA mutant WH356, the activity of β-galactosidase was not inhibited even in the presence of glucose in the M9 minimal medium due to the mutation of CcpA, but the isolated ccpA gene In the case of WH356, the activity of beta -galactosidase was remarkably inhibited as shown in wild-type Bacillus megaterium WH331, indicating that the growth inhibitory property of glucose metabolized by WH356 was recovered there was.

실시예 8: CcpA 단백질의 부분정제Example 8: Partial purification of CcpA protein

우선, 37℃에서 하룻밤 배양한 5 ㎖의 재조합 플라스미드 pTCAB3를 함유한 대장균 형질전환체를 원심분리한 후 완충액(50 mM Tri-HCl, pH 8.0) 0.5 ㎖에 현탁하고, 음파파쇄기를 사용하여 세포를 파괴함으로써 세포추출물을 얻었다. 이어, 상기 세포추출물 0.1 ㎖을 고온에서 열처리한 후 SDS-PAGE하여 정제도를 확인하였으며, 그 결과는 첨부한 도 5에 나타내었다. 도 5에서 1레인은 분자량마커, 2레인은 열처리하지 않은 세포추출물(대조군), 3레인은 55℃에서 30분동안 열처리한 경우, 4레인은 60℃에서 15분동안 열처리한 경우, 그리고 5레인은 60℃에서 30분동안 열처리한 경우이다.First, E. coli transformants containing 5 ml of the recombinant plasmid pTCAB3 cultured overnight at 37 ° C were centrifuged, suspended in 0.5 ml of buffer (50 mM Tri-HCl, pH 8.0), and the cells were cultured using a sonicator The cell extract was obtained by destroying. Next, 0.1 ml of the cell extract was heat-treated at a high temperature and subjected to SDS-PAGE to confirm purification. The results are shown in FIG. 5 attached hereto. In FIG. 5, lane 1 indicates the molecular weight marker, 2 lane indicates the cell extract without heat treatment (control group), 3 lane indicates heat treatment at 55 캜 for 30 minutes, 4 lane indicates heat treatment at 60 캜 for 15 minutes, Is a heat treatment at 60 占 폚 for 30 minutes.

도 5에서 확인할 수 있듯이, 열처리하지 않은 세포추출물을 로딩한 2레인에서 CcpA 단백질을 나타내는 밴드가 매우 강력하게 나타났는 바, 이는 ccpA 구조유전자의 윗쪽에 있는 강력한 프로모터에 의해 대장균내에서 CcpA가 고발현됨을 나타내며, 상기 프로모터는 다른 유용 단백질의 고발현에도 응용가능성을 갖고 있을 것으로 기대된다.As can be seen in FIG. 5, the bands representing the CcpA protein in the two lanes loaded with the untreated cell extract were very strong, indicating that CcpA was highly expressed in E. coli by a strong promoter located above the ccpA structural gene , And the promoter is expected to have applicability to high expression of other useful proteins.

또한, 도 5에서 확인할 수 있듯이 본 발명의 CcpA는 비교적 열에 안정한 특성을 가지고 있으므로 숙주로 사용한 대장균 유래 단백질과는 달리 60℃에서 30분간 열처리하여도 대부분 안정하게 남아있어 열처리를 이용한 부분정제가 가능하였다.As can be seen from FIG. 5, CcpA of the present invention has relatively stable thermostability, so that unlike the protein derived from Escherichia coli used as a host, most of the CcpA remains stable even after heat treatment at 60 ° C for 30 minutes, and partial purification using heat treatment is possible .

실시예 9: E79 단백질 가수분해효소 및 CcpA의 공동발현Example 9 Coexpression of E79 Protease and CcpA

E79 단백질 가수분해효소의 생합성 조절에 있어 본 발명의 CcpA가 관여하는 지를 조사하기 위하여 공동-발현 플라스미드를 다음과 같이 제조하였다(참조: 도 6): 우선, E79 단백질 가수분해효소를 코드하고 있는 1.6 kb의 BamHI DNA 단편을 pHV33의BamH1 위치에 삽입하여 재조합 플라스미드 pTAP5를 제조하였다. 또한, 플라스미드 벡터 pHV33에 본 발명의 ccpA 유전자가 삽입된 재조합 플라스미드 pTCAB3를EcoRI 으로 절단한 후 2 유니트의 크래나우 프래그먼트로 처리하여 제한효소처리 말단을 평활화시켰다. 이 위치에 역시 2 유니트의 크래나우 프래그먼트로 제한효소처리 말단을 평활화시킨 1.6 kb의 BamHI E79 단백질 가수분해효소 유전자를 브런트 엔드 라이게이션을 통해 삽입하여 최종적으로 10.1 kb의 공동-발현 플라스미드 pTCO5를 제조하였다.To investigate whether CcpA of the present invention is involved in the regulation of the biosynthesis of the E79 protein hydrolase, a co-expression plasmid was prepared as follows (see FIG. 6): First, the protein encoding the E79 proteinase kb of BamHI DNA fragment was inserted into the Bam H1 site of pHV33 to prepare a recombinant plasmid pTAP5. In addition, the recombinant plasmid pTCAB3 having the ccpA gene of the present invention inserted into the plasmid vector pHV33 was digested with Eco RI and then treated with 2 units of Crana fragments to smooth the restriction enzyme-treated ends. At this position, a 1.6 kb BamHI E79 protein hydrolase gene having a restriction enzyme-treated end smoothed with 2 units of Cranow fragment was inserted through a blunt end ligation to finally produce a 10.1 kb co-expression plasmid pTCO5 Respectively.

이어, 상기 두 종류의 재조합 플라스미드 100 ng을 대장균에 실시예 3의 전기동공기(electroporator; 바이오라드사, GenePulser)를 이용하여 대장균(E. coli) XL1-Blue(Stratagene사)을 형질전환시킨 후 각각의 재조합 플라스미드를 함유하고 있는 형질전환체에 의해서 나타나는 단백질 가수분해효소의 활성을 다음과 같이 측정하였으며, 그 결과는 하기의 표 2에 나타내었다: 먼저, 상기 대장균 형질전환체를 0.5 ㎖의 LB 배지에서 하룻밤 배양하고, 이어 상기 실시예 8과 동일하게하여 세포추출물을 수득한 다음 원심분리하고, 이의 상층액을 단백질 가수분해효소원으로 이용하였다. 그런 다음, 상기 효소액 0.5 ㎖에 기질용액(10 mM Gly-KCl-KOH 및 0.6% 헤마스텐 카제인, pH 10.0) 3 ㎖을 첨가하고, 55℃에서 2시간동안 반응시킨 다음 3 ㎖의 TCA 용액(0.11 M TCA, 0.22 M 아세트산나트륨 및 0.33 M 아세트산)을 가하여 반응을 정지시켰다. 그리고 나서, 미분해 카제인을 실온에서 10분간 방치하여 침전시킨 후 275 nm에서 흡광도를 측정하였다. 한편, 효소의 역가는 OD275값을 분당 0.01 증가시키는 효소량을 1 유니트(unit)로하여 결정하였다.Next, E. coli XL1-Blue (Stratagene) was transformed into E. coli with 100 ng of the two kinds of recombinant plasmids using an electroporator (GenePulser) of Example 3, The activity of the protease expressed by the transformant containing the recombinant plasmid of the present invention was measured as follows. The results are shown in Table 2. First, the E. coli transformant was suspended in 0.5 ml of LB medium , And then cell extracts were obtained in the same manner as in Example 8, followed by centrifugation, and the supernatant was used as a source of a protein hydrolyzing enzyme. Subsequently, 3 ml of a substrate solution (10 mM Gly-KCl-KOH and 0.6% hemasuthene casein, pH 10.0) was added to 0.5 ml of the enzyme solution, reacted at 55 ° C for 2 hours and then 3 ml of TCA solution M TCA, 0.22 M sodium acetate and 0.33 M acetic acid) was added to stop the reaction. Then, the undifferentiated casein was allowed to stand for 10 minutes at room temperature to precipitate, and the absorbance was measured at 275 nm. On the other hand, the enzyme reverse transcriptase was determined by using 1 unit of enzyme to increase the OD 275 value by 0.01 per minute.

하기 표 2에서 비성장속도(specific growth rate)는 37℃에서 20시간동안 1시간 간격으로 OD600을 측정하여 결정하였다.The specific growth rate in the following Table 2 was determined by measuring OD 600 at 1 hour intervals at 37 캜 for 20 hours.

플라스미드Plasmid 단백질 가수분해효소 활성도(유니트/㎎)Activity of protein hydrolyzing enzyme (unit / mg) 비성장속도(h-1)Non-growth rate (h -1 ) pTAP5(pHV33/apr)pTAP5 (pHV33 / apr ) 8181 0.430.43 pTCO5(pHV33/apr/ccpA)pTCO5 (pHV33 / apr / ccpA ) 3030 0.540.54

상기 표 2에서 확인할 수 있듯이, pTCO5으로 형질전환된 세포의 추출물이 pTAP5으로 형질전환된 세포의 추출물보다 단백질 가수분해효소의 활성이 약 2.7배 감소하는 것을 알 수 있었는 바, 이는 pTCO5에 의해 발현되는 CcpA에 의해 이화대사물 억제 형질이 회복되었기 때문이다.As shown in Table 2, the activity of the protease was reduced by about 2.7 times as compared with that of the extract of cells transformed with pTCO5, which was expressed by pTCO5 CcpA has restored the metabolism inhibition trait.

상기 이화대사물 억제 형질의 회복은 상기 각각의 재조합 플라스미드를 가지고 있는 대장균 형질전환체의 성장속도를 통해서도 알 수 있었는 바, pTAP5에 의해 형질전환된 세포의 경우에는 발현되는 E79 단백질 가수분해효소에 의해 세포가 손상을 받기 때문에 정상적인 성장이 일어나지 않고 상당히 저하되었다. 그러나, 공동-발현 플라스미드 pTCO5를 함유한 세포의 성장속도는 감소된 단백질 가수분해효소의 활성으로 인해 세포가 덜 손상됨으로써 성장속도가 회복되어 빨라진 것을 확인할 수 있었다.The recovery of the EA metabolism inhibitory trait was also confirmed by the growth rate of E. coli transformants having the respective recombinant plasmids. In the case of the cells transfected with pTAP5, the E79 protein hydrolase Because the cells were damaged, normal growth did not occur and significantly decreased. However, the growth rate of the cells containing the co-expressing plasmid pTCO5 was found to be faster due to less damage to the cells due to decreased activity of the proteolytic enzymes.

한편, CcpA에 의한 단백질가수분해효소의 생산억제를 배지상으로 확인하기 위해 상기 형질전환된 대장균을 0.8% (W/V) 스킴밀크가 첨가된 LB 평판배지(1% 트립톤, 0.5% 이스트추출물 및 1% NaCl, pH 7.0)를 이용하여 37℃ 항온기에서 20시간 동안 성장시킨 후 55℃ 항온기에서 2시간 방치하여 생기는 투명환을 관찰하였으며, 그 결과는 첨부된 도 7에 나타내었다.On the other hand, the transformed Escherichia coli was inoculated into LB plate medium (1% tryptone, 0.5% yeast extract, 0.8% (W / V) skim milk) to inhibit production of protein hydrolyzing enzyme by CcpA And 1% NaCl, pH 7.0) at 37 ° C for 20 hours, and the resulting transparent ring was observed at 55 ° C for 2 hours. The results are shown in FIG. 7 attached hereto.

도 7에서 확인할 수 있듯이, E79 단백질 가수분해효소 유전자가 단독으로 발현되는 pTAP5의 경우에는 스킴밀크를 첨가한 평판배지에서 비교적 큰 할로(halo)를 형성하지만, 반면에 E79 단백질 가수분해효소 유전자와 분리한 ccpA 유전자가 동시에 발현되는 pTCO5의 경우에는 단백질 가수분해효소의 생산이 현저히 감소하여 거의 할로를 형성하지 못하였다.As shown in FIG. 7, in the case of pTAP5 in which the E79 protein hydrolase gene is expressed alone, it forms relatively large halo in the plate medium supplemented with skim milk, whereas it is separated from the E79 protein hydrolase gene In the case of pTCO5, in which a ccpA gene is simultaneously expressed, the production of protein hydrolytic enzymes was markedly reduced and almost no halo was formed.

상기한 결과들로 미루어 분리한 CcpA 단백질이 E79 단백질 가수분해효소 유전자의 발현을 억제함으로써 효소의 생산을 저해하고 있다는 것을 확인할 수 있었다.As a result, it was confirmed that the CcpA protein isolated by the above results inhibits the expression of the E79 protein hydrolase gene, thereby inhibiting the production of the enzyme.

이상에서 상세히 설명하고 입증하였듯이, 본 발명은 서열 1에 기재된 DNA 염기서열을 갖는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 서열 1에 기재된 아미노산서열을 갖는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 제공한다. 또한, 본 발명은 상기 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)의 효과적인 제조방법을 제공한다.As described and demonstrated in detail above, the present invention provides a DNA encoding a cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA) having the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 and a DNA encoding the cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA ). In addition, the present invention provides an effective method for producing the above-mentioned metabolite controlling protein A (CcpA).

본 발명의 이화대사물 조절 단백질 A의 아미노산 및 이를 코딩하는 DNA는 신규할 뿐만 아니라, 호열성 세균에서는 처음으로 분리한 당 대사 조절유전자이다. 한편, 본 발명에 의해 분리된 ccpA 유전자는 이화대사물 억제 형질의 해제와 같은 변이 유발에 이용될 수 있으며, 이렇게하여 단백질 가수분해효소를 발효배지내 당 조성에 관계없이 구성적으로 생산하는 변이체를 제조할 수 있다.The amino acid of the control protein A of the present invention and the DNA encoding the same are not only new but also the first sugar metabolism regulating genes in thermophilic bacteria. Meanwhile, the ccpA gene isolated by the present invention can be used to induce mutations such as the disruption of the metabolism inhibitory property of eicosapentaenoic acid. Thus, it is possible to produce a mutant that constitutively produces a protein hydrolyzing enzyme regardless of the sugar composition in the fermentation medium Can be manufactured.

서열목록Sequence List

서열번호: 1SEQ ID NO: 1

서열의 길이: 2459Length of sequence: 2459

서열의 타입: 핵산Sequence type: nucleic acid

쇄의 수: 2본쇄Number of chains: 2

토폴로지: 선형Topology: Linear

분자의 타입: genomic DNAMolecular type: genomic DNA

기원origin

생물명: 써모액티노마이세스 속(Thermoactinomycessp.)Name of species: Thermoactinomyces sp.

주명: E79Title: E79

서열의 특징Characteristics of sequence

특징을 나타내는 기호: -10 signalSymbol to characterize: -10 signal

존재위치: 907..912Present location: 907..912

특징을 결정하는 방법: SHow to determine features: S

특징을 나타내는 기호: -35 signalSymbols used to indicate characteristics: -35 signal

존재위치: 886..891Present location: 886..891

특징을 결정하는 방법: SHow to determine features: S

특징을 나타내는 기호: CDSSymbol to characterize: CDS

존재위치: 1018..2055Present location: 1018..2055

특징을 결정하는 방법: SHow to determine features: S

Claims (8)

서열 1에 기재된 DNA 염기서열을 갖는 것을 특징으로 하는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 이의 프로모터.A DNA encoding a cyanide metabolite regulatory protein A (CcpA) having the DNA base sequence set forth in SEQ ID NO: 1 and a promoter therefor. 서열 2에 기재된 아미노산서열을 갖는 것을 특징으로 하는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA).(CcpA) having an amino acid sequence as set forth in SEQ ID NO: 2. 서열 2에 기재된 아미노산서열 또는 이의 기능적 등가물을 코딩하는 DNA.A DNA encoding the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2 or a functional equivalent thereof. 제 1 항의 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 이의 프로모터를 포함하며, 도 2에 도시된 개열지도를 갖는 것을 특징으로 하는 재조합 플라스미드 pTCA2.1. A recombinant plasmid pTCA2 comprising the DNA coding for the metabolite hydrolysis control protein A (CcpA) of claim 1 and its promoter, and having the cleavage map shown in Fig. 제 4 항의 재조합 플라스미드 pTCA2로 형질전환된 대장균(Escherichia coli) XL1-Blue(pTCA2)(KCTC 8865P). Escherichia coli XL1-Blue (pTCA2) (KCTC 8865P) transformed with the recombinant plasmid pTCA2 of claim 4. 제 1 항의 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)를 코딩하는 DNA 및 이의 프로모터를 포함하며, 도 4에 도시된 개열지도를 갖는 것을 특징으로 하는 재조합 플라스미드 pTCAB3.A recombinant plasmid pTCAB3 comprising the DNA coding for the metabolomic control protein A (CcpA) of claim 1 and its promoter, and having the cleavage map shown in Fig. 다음과 같은 단계를 포함하는 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA)의 제조방법:A method for producing an amide metabolism controlling protein A (CcpA) comprising the steps of: (ⅰ) 상기 제 6 항의 재조합 플라스미드 pTCAB3를 함유한 균주의 배양단계;(I) culturing a strain containing the recombinant plasmid pTCAB3 of claim 6; (ⅱ) 세포 추출액을 얻기 위한 상기 배양된 균주의 분쇄단계; 및(Ii) a step of pulverizing the cultured strain to obtain a cell extract; And (ⅲ) 55 ∼ 65℃에서 상기 세포 추출액의 열처리 단계.(Iii) heat-treating the cell extract at 55 to 65 ° C. 제 7 항의 정제방법에 의해 제조된 이화대사물 조절 단백질 A(CcpA).A metabolite regulatory protein A (CcpA) produced by the method of claim 7.
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