JPWO2022003359A5 - - Google Patents
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Claims (46)
（ａ）サンプルを提供し、光源を用いて前記サンプルを照射するステップと、
（ｂ）
（ｉ）前記サンプルの第１の波数強度データセットを取得するために、第１の複数の波数範囲のうちのそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定するステップであって、前記第１の複数の波数範囲は、事前に選択され、前記サンプル中のウイルス核酸に特徴的である、ステップと、
（ｉｉ）前記第１の波数強度データセットに対して第１のセットの数学的データ処理ステップを実行するステップと、
（ｉｉｉ）前記第１のセットの数学的データ処理ステップの出力に基づいて、前記サンプルのウイルス核酸含有量を決定するステップと、
（ｃ）
（ｉ）前記サンプルの第２の波数強度データセットを取得するために、第２の複数の波数範囲のうちのそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定するステップであって、前記第２の複数の波数範囲は、事前に選択され、前記サンプル中のウイルスの１つ以上のウイルス構造分子に特徴的である、ステップと、
（ｉｉ）前記第２の波数強度データセットに対して第２のセットの数学的データ処理ステップを実行するステップと、
（ｉｉｉ）前記第２のセットの数学的データ処理ステップの出力に基づいて、前記サンプル中の前記１つ以上のウイルス構造分子を含むウイルス含有量を決定するステップと、
（ｄ）ステップ（ｂ）（ｉｉｉ）および（ｃ）（ｉｉｉ）で決定された値に基づいて、前記サンプル中の前記１つ以上のウイルス構造分子を含むウイルスに対するウイルス核酸の前記比率を決定するステップとを含む、
方法。 1. A method for determining a ratio of viral nucleic acid to viruses containing one or more viral structural molecules in a sample using Raman spectroscopy, comprising:
(a) providing a sample and illuminating the sample with a light source;
(b)
(i) measuring a total intensity of Raman scattered light in each one of a first plurality of wavenumber ranges to obtain a first wavenumber intensity data set for the sample, the first plurality of wavenumber ranges being preselected and characteristic of viral nucleic acid in the sample;
(ii) performing a first set of mathematical data processing steps on the first wavenumber intensity data set;
(iii) determining the viral nucleic acid content of the sample based on the output of the first set of mathematical data processing steps;
(c)
(i) measuring a total intensity of Raman scattered light in a respective one of a second plurality of wavenumber ranges to obtain a second wavenumber intensity data set for the sample, the second plurality of wavenumber ranges being preselected and characteristic of one or more viral structural molecules of a virus in the sample;
(ii) performing a second set of mathematical data processing steps on the second wavenumber intensity data set;
(iii) determining the viral content, including the one or more viral structural molecules, in the sample based on the output of the second set of mathematical data processing steps;
(d) determining the ratio of viral nucleic acid to virus comprising the one or more viral structural molecules in the sample based on the values determined in steps (b)(iii) and (c)(iii).
Method.
（ｉ）多変量回帰アルゴリズムを波数信号強度データに適用することによってモデルパラメータを取得するステップを含み、
（ｉｉ）前記多変量回帰アルゴリズムを前記信号強度データに適用することによって取得された前記モデルパラメータを使用して、前記サンプルの前記ウイルス核酸含有量を決定し、前記サンプル中の前記１つ以上のウイルス構造分子を含む前記ウイルス含有量を決定するステップを含み、かつ／あるいは、
（ｂ）前記サンプルを照射するために使用される前記光源はレーザであり、前記サンプルは、７８５ｎｍの波長を有する光で照射され、かつ／あるいは、
（ｃ）前記ラマン散乱光は、電荷結合素子（ＣＣＤ）を使用して検出される、
請求項１に記載の方法。 (a) performing the first and second sets of mathematical data processing steps on the first and second wavenumber intensity data sets ,
(i) obtaining model parameters by applying a multivariate regression algorithm to the wavenumber signal intensity data;
( ii ) determining the viral nucleic acid content of the sample using the model parameters obtained by applying the multivariate regression algorithm to the signal intensity data, and determining the viral content, including the one or more viral structural molecules, in the sample; and/or
(b) the light source used to illuminate the sample is a laser and the sample is illuminated with light having a wavelength of 785 nm; and/or
(c) the Raman scattered light is detected using a charge-coupled device (CCD) ;
The method of claim 1.
（ａ）表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～１２のうちの４個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～１２のうちの６個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～１２のうちの８個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～１２のうちの１０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～１２のうちの１２個すべてを含むか、あるいは、
（ｂ）表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲１３～２２のうちの４個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲１３～２２のうちの６個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲１３～２２のうちの８個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲１３～２２のうちの１０個すべてを含むか、あるいは、
（ｃ）表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲２３～３０のうちの４個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲２３～３０のうちの６個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表１に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲２３～３０のうちの８個すべてを含む、
請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 The first plurality of wavenumber ranges of a Raman spectrum measured to obtain the first wavenumber intensity data set of the sample are
(a) includes four or more of the wavenumber ranges 1 to 12, as listed in Table 1, having a VIP of 1.00 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include six or more of wavenumber ranges 1 to 12, as listed in Table 1, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 8 or more of wavenumber ranges 1 to 12, as listed in Table 1, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 10 or more of wavenumber ranges 1 to 12, as listed in Table 1, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all twelve of wavenumber ranges 1 to 12, as listed in Table 1, in which the VIP is 1.00 or greater ; or
(b) includes four or more of the wavenumber ranges 13-22, as listed in Table 1, having a VIP of 1.25 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include six or more of the wavenumber ranges 13 to 22, as listed in Table 1, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 8 or more of the wavenumber ranges 13 to 22, as listed in Table 1, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all ten of the wavenumber ranges 13 to 22, as listed in Table 1, in which the VIP is 1.25 or greater; or
(c) including four or more of the wavenumber ranges 23-30, as listed in Table 1, having a VIP of 1.50 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include six or more of the wavenumber ranges 23 to 30, as listed in Table 1, having a VIP of 1.50 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all eight of the wavenumber ranges 23 to 30, in which the VIP is 1.50 or greater, as listed in Table 1;
The method according to any one of claims 1 to 6 .
（ａ）表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２０のうちの４個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２０のうちの６個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２０のうちの８個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２０のうちの１０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２０のうちの１２個以上、１４個以上、１６個以上、もしくは１８個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２０のうちの２０個すべてを含むか、あるいは、
（ｂ）表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２１～３３のうちの４個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２１～３３のうちの６個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２１～３３のうちの８個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２１～３３のうちの１０個以上、１１個以上、もしくは１２個を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２１～３３のうちの１３個すべてを含むか、あるいは、
（ｃ）表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲３４～４０のうちの４個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲３４～４０のうちの５個もしくは６個を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表２に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲３４～４０のうちの７個すべてを含む、
請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。 The second plurality of wavenumber ranges of the Raman spectrum measured to obtain the second wavenumber intensity data set for the sample are
(a) includes four or more of the wavenumber ranges 1 to 20, as listed in Table 2, having a VIP of 1.00 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include six or more of the wavenumber ranges 1 to 20, as listed in Table 2, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 8 or more of the wavenumber ranges 1 to 20, as listed in Table 2, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 10 or more of the wavenumber ranges 1 to 20, as listed in Table 2, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 12 or more, 14 or more, 16 or more, or 18 or more of wavenumber ranges 1 to 20, as listed in Table 2, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all 20 of wavenumber ranges 1 to 20, as listed in Table 2, having a VIP of 1.00 or greater ; or
(b) includes four or more of the wavenumber ranges 21 to 33, as listed in Table 2, having a VIP of 1.25 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include six or more of the wavenumber ranges 21 to 33, as listed in Table 2, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 8 or more of the wavenumber ranges 21 to 33, as listed in Table 2, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 10 or more, 11 or more, or 12 wavenumber ranges of 21 to 33 having a VIP of 1.25 or more, as listed in Table 2; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all thirteen of wavenumber ranges 21 to 33, as listed in Table 2, in which the VIP is 1.25 or greater; or
(c) includes four or more of the wavenumber ranges 34-40, as listed in Table 2, having a VIP of 1.50 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include five or six of the wavenumber ranges 34-40, as listed in Table 2, having a VIP of 1.50 or greater; or
The multiple wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all seven of the wavenumber ranges 34 to 40, which have a VIP of 1.50 or more, as listed in Table 2;
The method according to any one of claims 1 to 7.
（ａ）表３に列挙されるような、変数重要度指標（ＶＩＰ）が１．００以上である、波数範囲１～２８のうちの５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２８のうちの１０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２８のうちの１５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２８のうちの２０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２８のうちの２５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．００以上である、波数範囲１～２８のうちの２８個すべてを含むか、あるいは、
（ｂ）表３に列挙されるような、変数重要度指標（ＶＩＰ）が１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの１０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの１５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの２０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの２５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの３０個を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．２５以上である、波数範囲２９～５９のうちの３１個すべてを含むか、あるいは、
（ｃ）表３に列挙されるような、変数重要度指標（ＶＩＰ）が１．５０以上である、波数範囲６０～８１のうちの５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲６０～８１のうちの１０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲６０～８１のうちの１５個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲６０～８１のうちの２０個以上を含むか、または、
測定されるラマンスペクトルの前記複数の波数範囲は、表３に列挙されるような、ＶＩＰが１．５０以上である、波数範囲６０～８１のうちの２２個すべてを含む、
請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 The first plurality of wavenumber ranges of a Raman spectrum measured to obtain the first wavenumber intensity data set of the sample are
(a) includes five or more of the wavenumber ranges 1 to 28, as listed in Table 3, having a Variable Importance Index (VIP) of 1.00 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 10 or more of the wavenumber ranges 1 to 28, as listed in Table 3, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 15 or more of wavenumber ranges 1 to 28, as listed in Table 3, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 20 or more of wavenumber ranges 1 to 28, as listed in Table 3, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 25 or more of wavenumber ranges 1 to 28, as listed in Table 3, having a VIP of 1.00 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all 28 of wavenumber ranges 1 to 28, as listed in Table 3, having a VIP of 1.00 or greater ; or
(b) includes five or more of the wavenumber range 29-59, as listed in Table 3, with a Variable Importance Index (VIP) of 1.25 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 10 or more of the wavenumber ranges 29 to 59, as listed in Table 3, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 15 or more of the wavenumber ranges 29 to 59, as listed in Table 3, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 20 or more of the wavenumber ranges 29 to 59, as listed in Table 3, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 25 or more of the wavenumber ranges 29 to 59, as listed in Table 3, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 30 of the wavenumber ranges 29 to 59, as listed in Table 3, having a VIP of 1.25 or more; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all 31 of wavenumber ranges 29 to 59, as listed in Table 3, in which the VIP is 1.25 or greater; or
(c) includes five or more of the wavenumber range 60-81, as listed in Table 3, with a Variable Importance Index (VIP) of 1.50 or greater; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 10 or more of the wavenumber ranges 60 to 81 having a VIP of 1.50 or more, as listed in Table 3; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 15 or more of the wavenumber ranges 60 to 81 having a VIP of 1.50 or more, as listed in Table 3; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include 20 or more of the wavenumber ranges 60 to 81 having a VIP of 1.50 or more, as listed in Table 3; or
The plurality of wavenumber ranges of the measured Raman spectrum include all 22 wavenumber ranges of 60 to 81, as listed in Table 3, in which the VIP is 1.50 or more;
The method according to any one of claims 1 to 6 .
（ｂ）前記１つ以上のウイルス構造分子は、１つ以上の核タンパク質および／もしくは１つ以上のカプソメアのような１つ以上のウイルスタンパク質；１つ以上のウイルス糖鎖；グリコシル化ウイルスタンパク質のような１つ以上のグリコシル化ウイルス分子；ならびに／または１つ以上のウイルス脂質を含み、かつ／あるいは、
（ｃ）前記比率は、機能的ウイルス力価の尺度を提供し、かつ／あるいは、
（ｄ）前記サンプルは、ウイルス培養物である、
請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。 (a) the nucleic acid comprises a viral DNA genome, or the nucleic acid comprises a viral RNA genome, and/or
(b) the one or more viral structural molecules comprise one or more viral proteins, such as one or more nucleoproteins and/or one or more capsomeres; one or more viral carbohydrates; one or more glycosylated viral molecules, such as glycosylated viral proteins; and/or one or more viral lipids; and/or
(c) the ratio provides a measure of functional virus titer; and/or
(d) the sample is a viral culture;
The method according to any one of claims 1 to 11 .
（ｂ）光源を用いて前記ウイルス培養物を照射する前記ステップおよび前記ラマン散乱光の総強度を測定する前記ステップは、前記ウイルス培養物から採取された培地のアリコート上で直接（エクスサイチューで）実行される、
請求項１２（ｄ）または１３に記載の方法。 (a) the steps of illuminating the virus culture with a light source and measuring the total intensity of the Raman scattered light are performed directly on the medium of the virus culture (in situ) ; or
(b) the steps of illuminating the virus culture with a light source and measuring the total intensity of the Raman scattered light are performed directly (ex situ) on an aliquot of medium taken from the virus culture;
14. The method according to claim 12(d) or 13 .
（ｂ）前記サンプル中の前記比率の変化を使用して、ウイルス産生プロセスの開始段階、産生段階、および／または定常段階を決定する、請求項１５または１６に記載の方法。 (a) the ratio of viral nucleic acid to virus comprising one or more viral structural molecules is determined repeatedly over a period of time to provide a measure of changes in the ratio in real time ; and/or
17. The method of claim 15 or 16 , wherein (b) the change in the ratio in the sample is used to determine the initiation stage, the production stage, and/or the stationary stage of the viral production process.
（ｂ）前記方法は、ウイルス産生プロセスの下流のプロセスを評価するために使用され、かつ／あるいは、
（ｃ）前記方法は、それによって取得された前記比率を、代替の方法によって同じサンプルから取得された比率と比較するステップを含む、
請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。 (a) the method is used to determine optimal conditions for a virus production process ; and/or
(b) the method is used to evaluate a process downstream of the virus production process; and/or
(c) the method includes the step of comparing the ratio thereby obtained with a ratio obtained from the same sample by an alternative method,
The method according to any one of claims 1 to 17 .
（ｂ）対象からの前記サンプル中の比率は、前記個人の感染段階の予後を提供するために、前記個人の感染について以前に取得された１つ以上の比率測定値と比較される、請求項２０に記載の方法。 (a) the sample is a blood, saliva, sputum, plasma, serum, cerebrospinal fluid, urine, or stool sample; and/or
21. The method of claim 20 , wherein (b) the ratio in the sample from a subject is compared to one or more ratio measurements previously obtained for the individual's infection to provide a prognosis of the individual's stage of infection .
（ａ）
（ｉ）前記サンプルの第１の波数強度データセットを提供するステップであって、前記第１のデータセットは、光源を用いて前記サンプルを照射するステップと、第１の複数の波数範囲のうちのそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定するステップとによって取得されたものであり、ラマンスペクトル中の前記第１の複数の波数範囲は、前記サンプル中のウイルス核酸に特徴的なものとして選択されたものである、ステップと、
（ｉｉ）前記第１の波数強度データセットに対して第１のセットの数学的データ処理ステップを実行するステップと、
（ｉｉｉ）前記第１のセットの数学的データ処理ステップの出力に基づいて、前記サンプルの核酸含有量を決定するステップと、
（ｂ）
（ｉ）前記サンプルの第２の波数強度データセットを提供するステップであって、前記第２のデータセットは、光源を用いて前記サンプルを照射するステップと、第２の複数の波数範囲のうちのそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定するステップとによって取得されたものであり、ラマンスペクトル中の前記第２の複数の波数範囲は、前記サンプル中の前記ウイルスの１つ以上のウイルス構造分子に特徴的なものとして選択されたものである、ステップと、
（ｉｉ）前記第２の波数強度データセットに対して第２のセットの数学的データ処理ステップを実行するステップと、
（ｉｉｉ）前記第２のセットの数学的データ処理ステップの出力に基づいて、前記サンプル中の前記１つ以上のウイルス構造分子を含むウイルス含有量を決定するステップと、
（ｃ）ステップ（ａ）（ｉｉｉ）および（ｂ）（ｉｉｉ）で決定された値に基づいて、前記サンプル中の前記１つ以上のウイルス構造分子を含むウイルスに対するウイルス核酸の前記比率を決定するステップとを含む、
方法。 1. A method for determining a ratio of viral nucleic acid to viruses containing one or more viral structural molecules in a sample using Raman spectroscopy, comprising:
(a)
(i) providing a first wavenumber intensity data set of the sample, the first data set being obtained by illuminating the sample with a light source and measuring the total intensity of Raman scattered light in each one of a first plurality of wavenumber ranges, the first plurality of wavenumber ranges in the Raman spectrum being selected as characteristic of viral nucleic acid in the sample;
(ii) performing a first set of mathematical data processing steps on the first wavenumber intensity data set;
(iii) determining the nucleic acid content of the sample based on the output of the first set of mathematical data processing steps;
(b)
(i) providing a second wavenumber intensity data set of the sample, the second data set being obtained by illuminating the sample with a light source and measuring the total intensity of Raman scattered light in each one of a second plurality of wavenumber ranges, the second plurality of wavenumber ranges in the Raman spectrum being selected as characteristic of one or more viral structural molecules of the virus in the sample;
(ii) performing a second set of mathematical data processing steps on the second wavenumber intensity data set;
(iii) determining the viral content, including the one or more viral structural molecules, in the sample based on the output of the second set of mathematical data processing steps;
(c) determining the ratio of viral nucleic acid to virus comprising the one or more viral structural molecules in the sample based on the values determined in steps (a)(iii) and (b)(iii);
Method.
（ｂ）前記ラマン散乱光の総強度を測定する前記ステップは、前記ウイルス培養物から採取された培地のアリコート上で直接（エクスサイチューで）実行される、請求項２６または２７に記載の使用。 (a) the step of measuring the total intensity of the Raman scattered light is performed directly (in situ) on the medium of the virus culture ; or
28. The use according to claim 26 or 27 , wherein (b) the step of measuring the total intensity of the Raman scattered light is carried out directly (ex situ) on an aliquot of medium taken from the virus culture .
（ｂ）前記ラマン分光法は、表面増強ラマン分光法ではない、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法または使用。 (a) the virus in the sample is not HIV-1 or an HIV-1 virus-like particle (HIV-1 VLP); and/or
32. The method or use of any one of claims 1 to 31 , wherein (b) the Raman spectroscopy is not surface-enhanced Raman spectroscopy .
（ａ）前記サンプルを提供し、光源を用いて前記サンプルを照射するステップを含み、
（ｂ）複数の波数範囲のそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定して、前記サンプルの波数強度データセットを取得するステップであって、前記複数の波数範囲は、事前に選択され、前記サンプル中の前記ウイルスの前記１つ以上のウイルス構造分子に特徴的である、ステップを含み、
（ｃ）正規化された波数信号強度データを取得するステップを含み、このステップは、前処理分析法を使用して信号強度データを前処理することにより実行され、
（ｄ）前記前処理された信号強度データに多変量回帰アルゴリズムを適用することによってモデルパラメータを取得するステップであって、キャリブレーションが実行され、前記前処理された信号強度データは、非ラマン分光法を使用して、同じサンプル条件で取得されたウイルス力価データと比較されるステップを含み、
（ｅ）前記前処理されたデータから取得された前記モデルパラメータを使用して応答値を推測するステップを含み、
（ｆ）変数選択を実行し、ラマンスペクトル変数を特定するステップを含み、
サンプル中の１つ以上のウイルス構造分子を含む前記ウイルス含有量は、前記多変量データ処理モデルから導出された前記特定されたラマンスペクトル変数について取得された前記モデルパラメータを使用して決定される、
方法。 1. A method for constructing a multivariate data processing model capable of determining the viral content, including one or more viral structural molecules, in a sample from a Raman spectroscopy wavenumber intensity data set acquired on said sample, comprising:
(a) providing the sample and illuminating the sample with a light source;
(b) measuring the total intensity of the Raman scattered light in each one of a plurality of wavenumber ranges to obtain a wavenumber intensity data set for the sample, the plurality of wavenumber ranges being pre-selected and characteristic of the one or more viral structural molecules of the virus in the sample;
(c) obtaining normalized wavenumber signal intensity data, which is performed by pre-processing the signal intensity data using a pre- processing analysis method ;
(d) obtaining model parameters by applying a multivariate regression algorithm to the pre-processed signal intensity data , wherein a calibration is performed and the pre-processed signal intensity data is compared to virus titer data obtained under the same sample conditions using a non- Raman spectroscopy method;
(e) estimating response values using the model parameters obtained from the pre-processed data;
(f) performing variable selection to identify Raman spectral variables ;
The viral content, including one or more viral structural molecules, in the sample is determined using the model parameters obtained for the identified Raman spectral variables derived from the multivariate data processing model.
Method.
（ａ）前記サンプルを提供し、光源を用いて前記サンプルを照射するステップを含み、
（ｂ）
（ｉ）第１の複数の波数範囲のそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定して、前記サンプルの第１の波数強度データセットを取得するステップであって、前記第１の複数の波数範囲は、事前に選択され、前記サンプル中のウイルス核酸に特徴的である、ステップを含み、
（ｉｉ）第２の複数の波数範囲のそれぞれ１つの中で、ラマン散乱光の総強度を測定して、前記サンプルの第２の波数強度データセットを取得するステップであって、前記第１の複数の波数範囲は、事前に選択され、前記サンプル中の前記ウイルスの前記１つ以上のウイルス構造分子に特徴的である、ステップと、
（ｃ）前記第１および第２の波数強度データセットの正規化された波数信号強度データを取得するステップを含み、このステップは、前処理分析法を使用して信号強度データを前処理することにより実行され、
（ｄ）前記前処理された信号強度データセットのそれぞれ１つに多変量回帰アルゴリズムを適用することによって、前記第１および第２の波数強度データセットに適用されるモデルパラメータを取得するステップであって、キャリブレーションが実行され、前記前処理された信号強度データは、非ラマン分光法を使用して、同じサンプル条件で取得されたウイルス力価データと比較されるステップを含み、
（ｅ）前記前処理されたデータセットのそれぞれ１つから取得された前記モデルパラメータを使用して応答値を推測するステップを含み、
（ｆ）変数選択を実行し、ラマンスペクトル変数を特定するステップを含み、
前記サンプル中の１つ以上のウイルス構造分子を含むウイルスに対するウイルス核酸の前記比率は、前記多変量データ処理モデルから導出された前記特定されたラマンスペクトル変数について取得された前記モデルパラメータを使用して決定される、
方法。 1. A method of constructing, from a Raman spectroscopy wavenumber intensity data set acquired for a sample, one or more multivariate data processing models capable of determining the ratio of viral nucleic acid to viruses comprising one or more viral structural molecules in said sample, comprising:
(a) providing the sample and illuminating the sample with a light source;
(b)
(i) measuring the total intensity of Raman scattered light in each one of a first plurality of wavenumber ranges to obtain a first wavenumber intensity data set for the sample, the first plurality of wavenumber ranges being preselected and characteristic of viral nucleic acid in the sample;
(ii) measuring the total intensity of the Raman scattered light in each one of a second plurality of wavenumber ranges to obtain a second wavenumber intensity data set for the sample, the first plurality of wavenumber ranges being preselected and characteristic of the one or more viral structural molecules of the virus in the sample;
(c) obtaining normalized wavenumber signal intensity data for the first and second wavenumber intensity data sets, which step is performed by pre-processing the signal intensity data using a pre- processing analysis method;
(d) obtaining model parameters to be applied to the first and second wavenumber intensity data sets by applying a multivariate regression algorithm to each one of the pre-processed signal intensity data sets, wherein a calibration is performed and the pre-processed signal intensity data is compared to virus titer data obtained under the same sample conditions using a non- Raman spectroscopy method;
(e) estimating response values using the model parameters obtained from each one of the pre-processed data sets;
(f) performing variable selection to identify Raman spectral variables ;
the ratio of viral nucleic acid to virus comprising one or more viral structural molecules in the sample is determined using the model parameters obtained for the identified Raman spectral variables derived from the multivariate data processing model.
Method.
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