JPWO2021242903A5 - - Google Patents
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Description
本開示の新規特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に述べられる。本開示の原理が利用される例示的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、及び付属の図面を参照することにより、本開示の特徴及び利点のより良好な理解が得られる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
操作されたポリヌクレオチドであって、標的ＲＮＡのある領域に少なくとも部分的に相補的である標的化配列を含み、前記標的ＲＮＡが、
（ａ）ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）ポリペプチドをコードするか、
（ｂ）非コード配列を含むか、又は
（ｃ）（ａ）及び（ｂ）を含み、
前記操作されたポリヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの前記領域に結合すると、前記標的ＲＮＡと会合して、ＲＮＡ編集エンティティを動員する構造的特徴を形成するように構成され、前記ＲＮＡ編集エンティティが、前記操作されたポリヌクレオチド及び前記標的ＲＮＡの前記領域と会合すると、前記標的ＲＮＡの前記領域におけるヌクレオチドの塩基の編集、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドの翻訳の調節、又はそれらの両方を容易にする、操作されたポリヌクレオチド。
（項目２）
前記標的化配列が、約４０、４５、６０、８０、１００、１２０、２００、又は３００ヌクレオチド長である、項目１に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３）
前記標的化配列が、約１００ヌクレオチド長である、項目１又は２に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４）
前記標的ＲＮＡの前記領域に少なくとも部分的に相補的である前記標的化配列が、前記標的ＲＮＡの前記領域中のヌクレオチドに相補的ではない少なくとも１つのヌクレオチドを含む、項目１～３のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５）
前記相補的ではない少なくとも１つのヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの前記領域中のアデノシン（Ａ）であり、前記Ａが、Ａ／Ｃミスマッチ中に含まれる、項目４に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６）
前記相補的ではない少なくとも１つのヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの前記領域中のアデノシン（Ａ）であり、前記Ａが、内部ループ又はバルジ中に含まれる、項目４に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目７）
前記Ａが、編集のための前記標的ＲＮＡの前記領域中の前記ヌクレオチドの前記塩基である、項目４～６のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目８）
前記標的ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｌｎｃＲＮＡ、ｌｉｎｃＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｅｘＲＮＡ、ｓｃａＲＮＡ、ＹＲＮＡ、ｅＲＮＡ、及びｈｎＲＮＡを含む群から選択される、項目１～７のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目９）
前記標的ＲＮＡが、ｍＲＮＡである、項目１～８のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１０）
前記構造的特徴が、バルジ、ヘアピン、内部ループ、及びこれらの任意の組み合わせを含む、項目１～９のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１１）
前記構造的特徴が、バルジを含む、項目１～１０のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１２）
前記バルジが、非対称バルジである、項目１１に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１３）
前記バルジが、対称バルジである、項目１１に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１４）
前記バルジが、１～４ヌクレオチド長である、項目１１～１３のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１５）
前記構造的特徴が、ヘアピンを含む、項目１～１０のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１６）
前記構造的特徴が、内部ループを含む、項目１～１０のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１７）
前記内部ループが、５～５０ヌクレオチド長である、項目１６に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１８）
前記内部ループが、６ヌクレオチド長である、項目１６又は１７に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目１９）
少なくとも２つの内部ループを含む、項目１～１８のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２０）
２つの内部ループを含む、項目１～１９のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２１）
前記２つの内部ループが、内部対称ループである、項目２０に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２２）
前記２つの内部ループが、内部対称ループであり、前記２つの内部ループの各々の側が、６ヌクレオチド長である、項目２０又は２１に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２３）
前記内部ループが、非対称内部ループである、項目１６に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２４）
構造化モチーフを含む、項目１～２３のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２５）
前記構造化モチーフが、前記バルジ、前記ヘアピン、及び前記内部ループのうちの少なくとも２つを含む、項目２４に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２６）
前記構造化モチーフが、前記バルジ及び前記ヘアピンを含む、項目２５に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２７）
前記構造化モチーフが、前記バルジ及び前記内部ループを含む、項目２５に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２８）
前記操作されたポリヌクレオチドが、動員ドメインを欠いている、項目１～２７のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目２９）
前記ＲＮＡ編集エンティティが、ＲＮＡ（ＡＤＡＲ）ポリペプチド若しくはその生物学的に活性な断片に作用するアデノシンデアミナーゼ、又はｔＲＮＡ（ＡＤＡＴ）ポリペプチド若しくはその生物学的に活性な断片に作用するアデノシンデアミナーゼを含む、項目１～２８のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３０）
前記ＡＤＡＲポリペプチド又はその生物学的に活性な断片が、ＡＤＡＲ１又はＡＤＡＲ２を含む、項目２９に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３１）
前記操作されたポリヌクレオチドが、前記ＲＮＡ編集エンティティを動員することができるＲＮＡ編集エンティティ動員ドメインを更に含む、項目１～３０のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３２）
前記ＲＮＡ編集エンティティ動員ドメインが、少なくとも１～約７５ヌクレオチド長である、項目３１に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３３）
前記ＲＮＡ編集エンティティ動員ドメインが、少なくとも３０～５０ヌクレオチド長である、項目３１又は３２に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３４）
前記ＲＮＡ編集エンティティ動員ドメインが、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット２（ＧｌｕＲ２）配列を含む、項目３１～３３のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３５）
前記ＧｌｕＲ２配列が、配列番号１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％の配列同一性を含む、項目３４に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３６）
前記ＧｌｕＲ２配列が、配列番号１を含む、項目３４に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３７）
前記領域が、前記標的ＲＮＡの５～６００ヌクレオチド長、４０～４００ヌクレオチド長、又は８０～１２０ヌクレオチド長である、項目１～３６のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３８）
前記領域が、前記標的ＲＮＡの５０～２００ヌクレオチド長である、項目１～３７のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目３９）
前記領域が、前記標的ＲＮＡの約１００ヌクレオチド長である、項目１～３８のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４０）
前記標的ＲＮＡの前記領域が、配列番号７３又は配列番号７４に対して少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目１～３９のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４１）
前記非コード配列が、３プライム非翻訳領域（３’ＵＴＲ）を含む、項目１～４０のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４２）
前記非コード配列が、５プライム非翻訳領域（５’ＵＴＲ）を含む、項目１～４１のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４３）
前記標的ＲＮＡの前記領域の前記５’ＵＴＲ中の塩基の編集が、前記ＬＲＲＫ２ポリペ
プチドの遺伝子翻訳を少なくとも部分的に調節する、項目４２に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４４）
前記標的ＲＮＡの前記領域の前記５’ＵＴＲ中の塩基の編集が、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのｍＲＮＡ翻訳の調節を容易にする、項目４２に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４５）
前記標的ＲＮＡが、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドをコードする、項目１～４４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４６）
前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドをコードする前記標的ＲＮＡが、ポリ（Ａ）テール、マイクロＲＮＡ応答要素（ＭＲＥ）、ＡＵリッチ要素（ＡＲＥ）、ｈｎＲＮＰ結合部位、又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも一部分を含む、項目４５に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４７）
前記操作されたポリヌクレオチドが、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドの発現を調節するように構成されている、項目４５又は４６に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４８）
前記標的ＲＮＡが、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのリピートドメイン、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのＲａｓ ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｘ（Ｒｏｃ）ＧＴＰａｓｅドメイン、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのキナーゼドメイン、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのＷＤ４０ドメイン、又は前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのＲＯＣのＣ末端（ＣＯＲ）ドメインをコードする、項目４５～４７のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目４９）
前記標的ＲＮＡが、前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドのキナーゼドメインをコードする、項目４８に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５０）
前記標的ＲＮＡの前記領域が、野生型ポリペプチドをコードする以外は同等の領域と比較して、変異を含む、項目１～４９のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５１）
前記標的ＲＮＡの前記領域が、野生型ＬＲＲＫ２ポリペプチドをコードする以外は同等の領域と比較して、変異を含む、項目１～５０のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５２）
前記変異が、多型を含む、項目５０又は５１に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５３）
前記変異が、ＧからＡへの変異である、項目５０～５２のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５４）
前記標的ＲＮＡが、配列番号５～配列番号１４のうちのいずれか１つに対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目１～５３のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５５）
前記標的ＲＮＡが、配列番号１５～配列番号２４のうちのいずれか１つに対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含むＬＲＲＫ２ポリペプチドをコードする、項目１～５４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５６）
前記標的ＲＮＡが、配列番号１５のＧ２０１９Ｓに対応する変異を含むＬＲＲＫ２ポリ
ペプチドをコードする、項目１～５５のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５７）
前記塩基の編集が、配列番号５の中の６０５５番目のヌクレオチドに対応するＡの編集である、項目１～５６のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５８）
前記標的ＲＮＡが、表３の変異又は表３の変異の任意の組み合わせに対応する変異を含むＬＲＲＫ２ポリペプチドをコードする、項目１～５７のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目５９）
前記操作されたポリヌクレオチドが、配列番号６６～配列番号７２、配列番号８１、配列番号８２、又は配列番号８６～配列番号１８２のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目１～５８のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６０）
前記操作されたポリヌクレオチドが、前記標的ＲＮＡの前記領域に会合するとき、前記会合が、ハイブリダイズされたポリヌクレオチド鎖を含む、項目１～５９のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６１）
前記ハイブリダイズされたポリヌクレオチド鎖が、二本鎖ＲＮＡ二本鎖を少なくとも部分的に形成する、項目６０に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６２）
前記操作されたポリヌクレオチドが、化学修飾を更に含む、項目１～６１のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６３）
前記操作されたポリヌクレオチドが、ＲＮＡ、ＤＮＡ、又はそれらの両方を含む、項目１～６２のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６４）
前記操作されたポリヌクレオチドが、前記ＲＮＡを含む、項目６３に記載の操作されたポリヌクレオチド。
（項目６５）
項目１～６４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチドを含む、ベクター。
（項目６６）
前記ベクターが、ウイルスベクターである、項目６５に記載のベクター。
（項目６７）
前記ウイルスベクターが、ＡＡＶベクターであり、前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ１４、ＡＡＶ１５、ＡＡＶ１６、ＡＡＶ．ｒｈ８、ＡＡＶ．ｒｈ１０、ＡＡＶ．ｒｈ２０、ＡＡＶ．ｒｈ３９、ＡＡＶ．Ｒｈ７４、ＡＡＶ．ＲＨＭ４－１、ＡＡＶ．ｈｕ３７、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０Ｌ６５、ＡＡＶ．７ｍ８、ＡＡＶ．ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ２ｔＹＦ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ．ＬＫ０３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１、ＡＡＶ．ＨＳＣ２、ＡＡＶ．ＨＳＣ３、ＡＡＶ．ＨＳＣ４、ＡＡＶ．ＨＳＣ５、ＡＡＶ．ＨＳＣ６、ＡＡＶ．ＨＳＣ７、ＡＡＶ．ＨＳＣ８、ＡＡＶ．ＨＳＣ９、ＡＡＶ．ＨＳＣ１０、ＡＡＶ．ＨＳＣ１１、ＡＡＶ．ＨＳＣ１２、ＡＡＶ．ＨＳＣ１３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１４、ＡＡＶ．ＨＳＣ１５、ＡＡＶ．ＨＳＣ１６、及びＡＡＶｈｕ６８から選択される血清型を有するアデノ随伴ウイルスに由来する、項目６６に記載のベクター。
（項目６８）
前記ＡＡＶベクターが、組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ベクター、ハイブリッドＡＡＶベクター、キメラＡＡＶベクター、自己相補的ＡＡＶ（ｓｃＡＡＶ）ベクター、一本鎖ＡＡＶ、又はこれらの任意の組み合わせである、項目６７に記載のベクター。
（項目６９）
前記ＡＡＶベクターが、複製遺伝子と、第１のＡＡＶ血清型からの逆位末端反復と、第２のＡＡＶ血清型からのカプシドタンパク質と、を含むゲノムを含む、項目６７又は６８に記載のベクター。
（項目７０）
前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ２／５ベクター、ＡＡＶ２／６ベクター、ＡＡＶ２／７ベクター、ＡＡＶ２／８ベクター、又はＡＡＶ２／９ベクターである、項目６７～６９のいずれか一項に記載のベクター。
（項目７１）
前記逆位末端反復が、５’逆位末端反復、３’逆位末端反復、及び変異した逆位末端反復を含む、項目６７～７０のいずれか一項に記載のベクター。
（項目７２）
前記変異した逆位末端反復が、末端分解部位を欠いている、項目７１に記載のベクター。
（項目７３）
単位用量形態の薬学的組成物であって、（ａ）項目１～６４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド、項目６５～７２のいずれか一項に記載のベクター、又はこれらの任意の組み合わせと、（ｂ）薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体と、を含む、薬学的組成物。
（項目７４）
項目１～６４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチドと、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体とを混合することを含む、薬学的組成物を作製する方法。
（項目７５）
項目１～６４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド、項目６５～７４のいずれか一項に記載のベクター、又はそれらの両方を含む、単離された細胞。
（項目７６）
容器中に項目１～６４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド、項目６５～７４のいずれか一項に記載のベクター、又はそれらの両方を含む、キット。
（項目７７）
キットを作製する方法であって、項目１～６４のいずれか一項に記載の操作されたポリヌクレオチド、項目６５～７４のいずれか一項に記載のベクター、又はそれらの両方を容器に挿入することを含む、方法。
（項目７８）
疾患又は状態を治療又は予防することを必要とする対象においてそれを行う方法であって、前記方法が、前記疾患又は状態を治療又は予防することを必要とする対象に、（ａ）項目６５～７４のいずれか一項に記載のベクター、（ｂ）項目７３に記載の薬学的組成物、又は（ｃ）（ａ）及び（ｂ）を投与することを含む、方法。
（項目７９）
前記投与することが、治療有効量の前記ベクターを投与することを含む、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記投与することが、疾患又は状態の少なくとも１つの症状を少なくとも部分的に治療又は予防することを必要とする対象にそれを行う、項目７８又は７９に記載の方法。
（項目８１）
前記ベクターが、第２の操作されたポリヌクレオチドを更に含むか、又はコードする、項目７８～８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
第２の操作されたポリヌクレオチドを含むか、又はコードする第２のベクターを投与することを更に含む、項目７８～８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、第２の標的ＲＮＡのある領域に少なくとも部分的にハイブリダイズする第２の標的化配列を含む、項目８１又は８２に記載の方法。
（項目８４）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドの前記第２の標的化配列が、前記第２の標的ＲＮＡの前記領域に少なくとも部分的に相補的である、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記第２の標的ＲＮＡが、アルファ－シヌクレイン（ＳＮＣＡ）、グルコシルセラミダーゼベータ（ＧＢＡ）、ＰＴＥＮ誘導キナーゼ１（ＰＩＮＫ１）、Ｔａｕ、これらのいずれかの生物学的に活性な断片、又はこれらの任意の組み合わせを含むペプチドをコードする、項目８３又は８４に記載の方法。
（項目８６）
前記第２の標的ＲＮＡが、前記ＳＮＣＡポリペプチド又はその生物学的に活性な断片をコードする、項目８５に記載の方法。
（項目８７）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、前記ＲＮＡ編集エンティティによる前記第２の標的ＲＮＡのある領域のポリヌクレオチドのヌクレオチドの塩基の編集を容易にするように構成されている、項目８１～８６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８８）
前記編集することが、前記第２の標的ＲＮＡによってコードされるポリペプチドの低減した発現をもたらす、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、配列番号２５～配列番号３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目８１～８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、配列番号３４～配列番号３６のうちのいずれか１つに対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含むＳＣＮＡポリペプチドをコードする、項目８１～８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目９１）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、表６の変異又は表６の変異の任意の組み合わせに対応する変異を含むＳＮＣＡポリペプチドをコードする、項目８１～９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、ＳＮＣＡポリペプチドをコードする前記第２の標的ＲＮＡの翻訳開始部位のアデノシン（Ａ）の編集を容易にする、項目８１～９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目９３）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、配列番号３７～配列番号４８のうちのいずれか１つに対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目８１～８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、Ｔａｕポリペプチドをコードする前記第２の標的ＲＮＡの翻訳開始部位のアデノシン（Ａ）の編集を容易にする、項目８１～８８又は９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９５）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、配列番号４９に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目８１～８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、ＰＩＮＫ１ポリペプチドをコードする前記第２の標的ＲＮＡの翻訳開始部位のアデノシン（Ａ）の編集を容易にする、項目８１～８８又は９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、配列番号５０～配列番号５４のうちのいずれか１つに対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目８１～８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、ＧＢＡポリペプチドをコードする前記第２の標的ＲＮＡの翻訳開始部位のアデノシン（Ａ）の編集を容易にする、項目８１～８８又は９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記第２の操作されたポリヌクレオチドが、配列番号１８３～配列番号１９２のうちのいずれか１つに対して少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９９％、又は１００％の配列同一性を含む、項目８１～９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
前記疾患又は状態が、中枢神経系（ＣＮＳ）、胃腸（ＧＩ）管、又はそれらの両方の疾患又は状態である、項目７８～９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記疾患が、両方の疾患であり、前記疾患が、パーキンソン病である、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記疾患が、ＧＩ管の疾患であり、前記疾患が、クローン病である、項目１００に記載の方法。
（項目１０３）
第２の療法を行うことを更に含む、項目７８～１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
前記第２の療法が、前記ベクターと同時に、又は連続的に投与される、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
前記第２の療法が、プロバイオティクス、カルビドパ、レボドパ、ＭＡＯ Ｂ阻害剤、カテコールＯ－メチルトランスフェラーゼ（ＣＯＭＴ）阻害剤、抗コリン作用薬、アマンタジン、脳深部刺激、これらのいずれかの塩、又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つを含む、項目１０３又は１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記ベクター、前記第２の療法、又はそれらの両方を投与することが、独立して、少なくとも約１日に１回、１日に２回、１日に３回、１日に４回、週に１回、週に２回、週に３回、隔週、隔月、月に１回、又は年に１回行われる、項目１０３～１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記対象の前記疾患又は状態をモニタリングすることを更に含む、項目７８～１０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記ベクターが、単位用量形態での薬学的組成物中に含まれる、項目７８～１０７の
いずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
前記対象が、前記投与の前に前記疾患又は前記状態を有すると診断されている、項目７８～１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記診断が、インビトロアッセイを介する、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記標的ＲＮＡの前記領域の前記ポリヌクレオチドの前記ヌクレオチドの前記塩基の前記編集が、配列決定によって測定される場合に、少なくとも約３％、５％、１０％、１５％、又は２０％の編集を含む、項目７８～１１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１２）
前記第２の標的ＲＮＡが、ＳＮＣＡポリペプチドをコードし、ＡＤＡＲポリペプチドによる前記標的ＲＮＡの前記領域の前記ポリヌクレオチドの前記ヌクレオチドの前記塩基の前記編集が、前記標的ＲＮＡによってコードされる非修飾ポリペプチドと比較して、
（ａ）配列番号１５の前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドの２０１９位に対応する位置のイノシンに対するアデニン、
（ｂ）配列番号３４の前記ＳＮＣＡポリペプチドの３０位若しくは５３位に対応する位置のイノシンに対するアデニン、又は
（ｃ）（ａ）及び（ｂ）を含む、残基の変化を含む修飾ポリペプチドをもたらす、項目１１１に記載の方法。
The novel features of the present disclosure are set forth with particularity in the appended claims. A better understanding of the features and advantages of the present disclosure will be obtained by reference to the following detailed description that sets forth illustrative embodiments, in which the principles of the disclosure are utilized, and the accompanying drawings.
In an embodiment of the present invention, for example, the following items are provided:
(Item 1)
1. An engineered polynucleotide comprising a targeting sequence that is at least partially complementary to a region of a target RNA, said target RNA comprising:
(a) encoding a leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) polypeptide;
(b) contains non-coding sequences; or
(c) comprising (a) and (b);
The engineered polynucleotide is configured such that, upon binding to the region of the target RNA, the engineered polynucleotide associates with the target RNA to form a structural feature that recruits an RNA editing entity, and the RNA editing entity, upon association with the engineered polynucleotide and the region of the target RNA, facilitates editing of nucleotide bases in the region of the target RNA, regulating translation of the LRRK2 polypeptide, or both.
(Item 2)
2. The engineered polynucleotide of claim 1, wherein the targeting sequence is about 40, 45, 60, 80, 100, 120, 200, or 300 nucleotides in length.
(Item 3)
3. The engineered polynucleotide of claim 1 or 2, wherein the targeting sequence is about 100 nucleotides in length.
(Item 4)
4. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 3, wherein the targeting sequence that is at least partially complementary to said region of the target RNA comprises at least one nucleotide that is not complementary to a nucleotide in said region of the target RNA.
(Item 5)
5. The engineered polynucleotide of claim 4, wherein said at least one non-complementary nucleotide is an adenosine (A) in said region of said target RNA, said A being comprised in an A/C mismatch.
(Item 6)
5. The engineered polynucleotide of claim 4, wherein said at least one non-complementary nucleotide is an adenosine (A) in said region of said target RNA, said A being contained in an internal loop or bulge.
(Item 7)
7. The engineered polynucleotide of any one of items 4 to 6, wherein A is the base of the nucleotide in the region of the target RNA for editing.
(Item 8)
8. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 7, wherein the target RNA is selected from the group comprising mRNA, pre-mRNA, tRNA, lncRNA, lincRNA, miRNA, rRNA, snRNA, siRNA, piRNA, snoRNA, exRNA, scaRNA, YRNA, eRNA, and hnRNA.
(Item 9)
9. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 8, wherein the target RNA is mRNA.
(Item 10)
10. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 9, wherein the structural features comprise a bulge, a hairpin, an internal loop, and any combination thereof.
(Item 11)
11. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 10, wherein the structural feature comprises a bulge.
(Item 12)
12. The engineered polynucleotide of claim 11, wherein the bulge is an asymmetric bulge.
(Item 13)
12. The engineered polynucleotide of claim 11, wherein the bulge is a symmetric bulge.
(Item 14)
14. The engineered polynucleotide of any one of claims 11 to 13, wherein the bulge is 1 to 4 nucleotides in length.
(Item 15)
11. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 10, wherein the structural feature comprises a hairpin.
(Item 16)
11. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 10, wherein the structural feature comprises an internal loop.
(Item 17)
17. The engineered polynucleotide of claim 16, wherein the internal loop is 5 to 50 nucleotides in length.
(Item 18)
18. The engineered polynucleotide of claim 16 or 17, wherein the internal loop is 6 nucleotides in length.
(Item 19)
19. The engineered polynucleotide of any one of paragraphs 1 to 18, comprising at least two internal loops.
(Item 20)
20. The engineered polynucleotide of any one of items 1 to 19, comprising two internal loops.
(Item 21)
21. The engineered polynucleotide of claim 20, wherein the two internal loops are internal symmetric loops.
(Item 22)
22. The engineered polynucleotide of claim 20 or 21, wherein the two internal loops are internal symmetric loops and each side of the two internal loops is 6 nucleotides in length.
(Item 23)
17. The engineered polynucleotide of claim 16, wherein the internal loop is an asymmetric internal loop.
(Item 24)
24. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 23, comprising a structural motif.
(Item 25)
25. The engineered polynucleotide of claim 24, wherein the structural motif comprises at least two of the bulge, the hairpin, and the internal loop.
(Item 26)
26. The engineered polynucleotide of claim 25, wherein the structural motif comprises the bulge and the hairpin.
(Item 27)
26. The engineered polynucleotide of claim 25, wherein the structural motif comprises the bulge and the internal loop.
(Item 28)
28. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein the engineered polynucleotide lacks a recruitment domain.
(Item 29)
29. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 28, wherein the RNA editing entity comprises an adenosine deaminase acting on an RNA(ADAR) polypeptide or a biologically active fragment thereof, or an adenosine deaminase acting on a tRNA(ADAT) polypeptide or a biologically active fragment thereof.
(Item 30)
30. The engineered polynucleotide of claim 29, wherein the ADAR polypeptide or biologically active fragment thereof comprises ADAR1 or ADAR2.
(Item 31)
31. The engineered polynucleotide of any one of items 1 to 30, wherein the engineered polynucleotide further comprises an RNA editing entity recruitment domain capable of recruiting the RNA editing entity.
(Item 32)
32. The engineered polynucleotide of claim 31, wherein the RNA editing entity recruitment domain is at least 1 to about 75 nucleotides in length.
(Item 33)
33. The engineered polynucleotide of claim 31 or 32, wherein the RNA editing entity recruitment domain is at least 30-50 nucleotides in length.
(Item 34)
34. The engineered polynucleotide of any one of claims 31 to 33, wherein the RNA editing entity recruitment domain comprises a glutamate ionotropic receptor AMPA-type subunit 2 (GluR2) sequence.
(Item 35)
35. The engineered polynucleotide of claim 34, wherein the GluR2 sequence comprises at least about 80%, 85%, 90%, 95%, or 99% sequence identity to SEQ ID NO:1.
(Item 36)
35. The engineered polynucleotide of claim 34, wherein the GluR2 sequence comprises SEQ ID NO:1.
(Item 37)
37. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein the region is 5-600 nucleotides in length, 40-400 nucleotides in length, or 80-120 nucleotides in length of the target RNA.
(Item 38)
38. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein said region is 50-200 nucleotides in length of said target RNA.
(Item 39)
39. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein said region is about 100 nucleotides in length of said target RNA.
(Item 40)
40. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein said region of the target RNA comprises at least 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99%, or 100% sequence identity to SEQ ID NO:73 or SEQ ID NO:74.
(Item 41)
41. The engineered polynucleotide of any one of paragraphs 1 to 40, wherein the non-coding sequence comprises a three prime untranslated region (3'UTR).
(Item 42)
42. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 41, wherein the non-coding sequence comprises a 5 prime untranslated region (5'UTR).
(Item 43)
Editing bases in the 5'UTR of the region of the target RNA
43. The engineered polynucleotide of claim 42, which at least partially regulates gene translation of a peptide.
(Item 44)
43. The engineered polynucleotide of claim 42, wherein editing of bases in the 5'UTR of the region of the target RNA facilitates regulation of mRNA translation of the LRRK2 polypeptide.
(Item 45)
45. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 44, wherein the target RNA encodes the LRRK2 polypeptide.
(Item 46)
46. The engineered polynucleotide of claim 45, wherein the target RNA encoding the LRRK2 polypeptide comprises at least a portion of a poly(A) tail, a microRNA response element (MRE), an AU-rich element (ARE), a hnRNP binding site, or any combination thereof.
(Item 47)
47. The engineered polynucleotide of claim 45 or 46, wherein the engineered polynucleotide is configured to regulate expression of the LRRK2 polypeptide.
(Item 48)
48. The engineered polynucleotide of any one of paragraphs 45 to 47, wherein the target RNA encodes a repeat domain of the LRRK2 polypeptide, a Ras of complex (Roc) GTPase domain of the LRRK2 polypeptide, a kinase domain of the LRRK2 polypeptide, a WD40 domain of the LRRK2 polypeptide, or a C-terminal (COR) domain of ROC of the LRRK2 polypeptide.
(Item 49)
49. The engineered polynucleotide of claim 48, wherein the target RNA encodes the kinase domain of the LRRK2 polypeptide.
(Item 50)
50. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein said region of the target RNA comprises a mutation compared to an otherwise equivalent region encoding a wild-type polypeptide.
(Item 51)
51. The engineered polynucleotide of any one of paragraphs 1 to 50, wherein said region of said target RNA comprises a mutation compared to an otherwise equivalent region encoding a wild-type LRRK2 polypeptide.
(Item 52)
52. The engineered polynucleotide of claim 50 or 51, wherein the mutation comprises a polymorphism.
(Item 53)
53. The engineered polynucleotide of any one of items 50 to 52, wherein the mutation is a G to A mutation.
(Item 54)
54. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein the target RNA comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:5-14.
(Item 55)
55. The engineered polynucleotide of any one of paragraphs 1 to 54, wherein the target RNA encodes a LRRK2 polypeptide that comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs: 15 to 24.
(Item 56)
The target RNA is an LRRK2 polypeptide containing a mutation corresponding to G2019S of SEQ ID NO:15.
56. The engineered polynucleotide of any one of items 1 to 55, which encodes a peptide.
(Item 57)
57. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein the base edit is an A edit corresponding to nucleotide 6055 in SEQ ID NO:5.
(Item 58)
58. The engineered polynucleotide of any one of paragraphs 1 to 57, wherein the target RNA encodes a LRRK2 polypeptide comprising a mutation in Table 3 or a mutation corresponding to any combination of the mutations in Table 3.
(Item 59)
59. The engineered polynucleotide of any one of the preceding claims, wherein the engineered polynucleotide comprises at least 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:66-72, SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:82, or SEQ ID NOs:86-182.
(Item 60)
60. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 59, wherein when the engineered polynucleotide associates with the region of the target RNA, the association comprises a hybridized polynucleotide strand.
(Item 61)
61. The engineered polynucleotide of claim 60, wherein the hybridized polynucleotide strands at least partially form a double-stranded RNA duplex.
(Item 62)
62. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 61, wherein the engineered polynucleotide further comprises a chemical modification.
(Item 63)
63. The engineered polynucleotide of any one of claims 1 to 62, wherein the engineered polynucleotide comprises RNA, DNA, or both.
(Item 64)
64. The engineered polynucleotide of claim 63, wherein the engineered polynucleotide comprises the RNA.
(Item 65)
65. A vector comprising the engineered polynucleotide of any one of items 1 to 64.
(Item 66)
66. The vector according to claim 65, wherein the vector is a viral vector.
(Item 67)
The viral vector is an AAV vector, and the AAV vector is selected from the group consisting of AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, AAV12, AAV13, AAV14, AAV15, AAV16, AAV.rh8, AAV.rh10, AAV.rh20, AAV.rh39, AAV.Rh74, AAV.RHM4-1, AAV.hu37, AAV.Anc80, AAV.Anc80L65, AAV.7m8, AAV.PHP.B, AAV2.5, AAV2tYF, AAV3B, AAV. 67. The vector of item 66, derived from an adeno-associated virus having a serotype selected from AAV.LK03, AAV.HSC1, AAV.HSC2, AAV.HSC3, AAV.HSC4, AAV.HSC5, AAV.HSC6, AAV.HSC7, AAV.HSC8, AAV.HSC9, AAV.HSC10, AAV.HSC11, AAV.HSC12, AAV.HSC13, AAV.HSC14, AAV.HSC15, AAV.HSC16, and AAVhu68.
(Item 68)
68. The vector of claim 67, wherein the AAV vector is a recombinant AAV (rAAV) vector, a hybrid AAV vector, a chimeric AAV vector, a self-complementary AAV (scAAV) vector, a single-stranded AAV vector, or any combination thereof.
(Item 69)
69. The vector of claim 67 or 68, wherein the AAV vector comprises a genome comprising a replication gene, an inverted terminal repeat from a first AAV serotype, and a capsid protein from a second AAV serotype.
(Item 70)
70. The vector of any one of items 67 to 69, wherein the AAV vector is an AAV2/5 vector, an AAV2/6 vector, an AAV2/7 vector, an AAV2/8 vector, or an AAV2/9 vector.
(Item 71)
71. The vector of any one of items 67 to 70, wherein the inverted terminal repeat comprises a 5' inverted terminal repeat, a 3' inverted terminal repeat, and a mutated inverted terminal repeat.
(Item 72)
72. The vector of claim 71, wherein the mutated inverted terminal repeat lacks a terminal resolution site.
(Item 73)
73. A pharmaceutical composition in unit dose form comprising: (a) the engineered polynucleotide of any one of items 1 to 64, the vector of any one of items 65 to 72, or any combination thereof; and (b) a pharma- ceutically acceptable excipient, diluent, or carrier.
(Item 74)
65. A method of making a pharmaceutical composition comprising mixing the engineered polynucleotide of any one of items 1 to 64 with a pharma- ceutically acceptable excipient, diluent, or carrier.
(Item 75)
75. An isolated cell comprising the engineered polynucleotide of any one of items 1 to 64, the vector of any one of items 65 to 74, or both.
(Item 76)
75. A kit comprising an engineered polynucleotide according to any one of items 1 to 64, a vector according to any one of items 65 to 74, or both in a container.
(Item 77)
75. A method of making a kit, comprising inserting the engineered polynucleotide of any one of items 1 to 64, the vector of any one of items 65 to 74, or both, into a container.
(Item 78)
A method of treating or preventing a disease or condition in a subject in need thereof, said method comprising administering to a subject in need thereof (a) the vector according to any one of items 65 to 74, (b) the pharmaceutical composition according to item 73, or (c) (a) and (b).
(Item 79)
80. The method of claim 78, wherein said administering comprises administering a therapeutically effective amount of said vector.
(Item 80)
80. The method of claim 78 or 79, wherein said administering is to a subject in need thereof to at least partially treat or prevent at least one symptom of a disease or condition.
(Item 81)
81. The method of any one of items 78 to 80, wherein the vector further comprises or encodes a second engineered polynucleotide.
(Item 82)
82. The method of any one of paragraphs 78-81, further comprising administering a second vector that contains or encodes a second engineered polynucleotide.
(Item 83)
83. The method of claim 81 or 82, wherein the second engineered polynucleotide comprises a second targeting sequence that at least partially hybridizes to a region of a second target RNA.
(Item 84)
84. The method of claim 83, wherein the second targeting sequence of the second engineered polynucleotide is at least partially complementary to the region of the second target RNA.
(Item 85)
85. The method of claim 83 or 84, wherein the second target RNA encodes a peptide comprising alpha-synuclein (SNCA), glucosylceramidase beta (GBA), PTEN-induced kinase 1 (PINK1), Tau, a biologically active fragment of any of these, or any combination thereof.
(Item 86)
86. The method of claim 85, wherein the second target RNA encodes the SNCA polypeptide or a biologically active fragment thereof.
(Item 87)
87. The method of any one of claims 81 to 86, wherein the second engineered polynucleotide is configured to facilitate editing of nucleotide bases of a polynucleotide of a region of the second target RNA by the RNA editing entity.
(Item 88)
90. The method of claim 87, wherein said editing results in reduced expression of a polypeptide encoded by said second target RNA.
(Item 89)
89. The method of any one of paragraphs 81-88, wherein the second engineered polynucleotide comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:25-33.
(Item 90)
90. The method of any one of paragraphs 81-89, wherein the second engineered polynucleotide encodes a SCNA polypeptide that comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:34-36.
(Item 91)
91. The method of any one of paragraphs 81-90, wherein the second engineered polynucleotide encodes an SNCA polypeptide comprising a mutation corresponding to a mutation in Table 6 or any combination of the mutations in Table 6.
(Item 92)
92. The method of any one of claims 81-91, wherein the second engineered polynucleotide facilitates editing of an adenosine (A) at the translation start site of the second target RNA encoding an SNCA polypeptide.
(Item 93)
89. The method of any one of paragraphs 81-88, wherein the second engineered polynucleotide comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:37-48.
(Item 94)
94. The method of any one of paragraphs 81-88 or 93, wherein the second engineered polynucleotide facilitates editing of an adenosine (A) at a translation start site of the second target RNA encoding a Tau polypeptide.
(Item 95)
89. The method of any one of items 81-88, wherein the second engineered polynucleotide comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to SEQ ID NO:49.
(Item 96)
96. The method of any one of paragraphs 81-88 or 95, wherein the second engineered polynucleotide facilitates editing of an adenosine (A) at a translation start site of the second target RNA encoding a PINK1 polypeptide.
(Item 97)
89. The method of any one of paragraphs 81-88, wherein the second engineered polynucleotide comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:50-54.
(Item 98)
98. The method of any one of items 81 to 88 or 97, wherein the second engineered polynucleotide facilitates editing of an adenosine (A) at the translation start site of the second target RNA encoding a GBA polypeptide.
(Item 99)
93. The method of any one of paragraphs 81-92, wherein the second engineered polynucleotide comprises at least 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs:183-192.
(Item 100)
100. The method of any one of claims 78 to 99, wherein the disease or condition is a disease or condition of the central nervous system (CNS), the gastrointestinal (GI) tract, or both.
(Item 101)
101. The method of claim 100, wherein the disease is both diseases and the disease is Parkinson's disease.
(Item 102)
101. The method of claim 100, wherein the disease is a disease of the GI tract, the disease being Crohn's disease.
(Item 103)
103. The method of any one of items 78 to 102, further comprising administering a second therapy.
(Item 104)
104. The method of claim 103, wherein the second therapy is administered simultaneously or sequentially with the vector.
(Item 105)
105. The method of claim 103 or 104, wherein the second therapy comprises at least one of a probiotic, carbidopa, levodopa, an MAO B inhibitor, a catechol O-methyltransferase (COMT) inhibitor, an anticholinergic, amantadine, deep brain stimulation, a salt of any of these, or any combination thereof.
(Item 106)
106. The method of any one of paragraphs 103-105, wherein administering the vector, the second therapy, or both, independently occurs at least about once a day, twice a day, three times a day, four times a day, once a week, twice a week, three times a week, every other week, every other month, once a month, or once a year.
(Item 107)
107. The method of any one of items 78 to 106, further comprising monitoring the disease or condition in the subject.
(Item 108)
108. The method of claim 78, wherein the vector is contained in a pharmaceutical composition in unit dose form.
2. The method according to any one of claims 1 to 11.
(Item 109)
109. The method of any one of items 78 to 108, wherein the subject has been diagnosed with the disease or condition prior to said administration.
(Item 110)
110. The method of claim 109, wherein the diagnosis is via an in vitro assay.
(Item 111)
111. The method of any one of items 78-110, wherein the editing of the bases of the nucleotides of the polynucleotides of the region of the target RNA comprises at least about 3%, 5%, 10%, 15%, or 20% editing as measured by sequencing.
(Item 112)
the second target RNA encodes an SNCA polypeptide, and said editing of said bases of said nucleotides of said polynucleotides of said region of said target RNA by an ADAR polypeptide, compared to an unmodified polypeptide encoded by said target RNA,
(a) an adenine to inosine at a position corresponding to position 2019 of the LRRK2 polypeptide of SEQ ID NO:15;
(b) an adenine to inosine at a position corresponding to position 30 or 53 of the SNCA polypeptide of SEQ ID NO: 34; or
(c) the method of claim 111, resulting in a modified polypeptide comprising residue changes comprising (a) and (b).
Claims (25)
（ａ）ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）ポリペプチドをコードするか、
（ｂ）非コード配列を含むか、又は
（ｃ）（ａ）及び（ｂ）を含み、
前記操作されたガイドＲＮＡが、前記標的ＲＮＡの前記領域に結合すると、前記標的ＲＮＡと会合して、構造的特徴を形成するように構成され、前記構造的特徴が、バルジ、内部ループ、又はこれらの任意の組み合わせを含み、ＲＮＡ編集エンティティが、前記操作されたガイドＲＮＡ及び前記標的ＲＮＡの前記領域と会合すると、前記標的ＲＮＡの前記領域におけるヌクレオチドの塩基の編集、及び前記ＬＲＲＫ２ポリペプチドの翻訳の調節を容易にする、操作されたガイドＲＮＡ。 An engineered guide RNA comprising a targeting sequence that is at least partially complementary to a region of a target RNA, said targeting sequence comprising at least one nucleotide that is not complementary to a nucleotide in said region of said target RNA, said target RNA comprising:
(a) encoding a leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) polypeptide;
(b) comprises non-coding sequences; or (c) comprises (a) and (b);
the engineered guide RNA is configured to associate with the target RNA to form a structural feature upon binding to the region of the target RNA, the structural feature comprising a bulge, an internal loop, or any combination thereof; and an RNA editing entity upon association with the engineered guide RNA and the region of the target RNA facilitates editing of nucleotide bases in the region of the target RNA and regulation of translation of the LRRK2 polypeptide.
（ｉｉ）前記標的ＲＮＡが、配列番号１５のＧ２０１９Ｓに対応する変異を含むＬＲＲＫ２ポリペプチドをコードする、及び／又は
（ｉｉｉ）前記塩基の編集が、配列番号５の中の６０５５番目のヌクレオチドに対応するＡの編集である、
請求項１～１４のいずれか一項に記載の操作されたガイドＲＮＡ。 (i) the target RNA encodes a LRRK2 polypeptide that comprises at least 80%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, or 100% sequence identity to any one of SEQ ID NOs: 15 to 24;
(ii) the target RNA encodes an LRRK2 polypeptide comprising a mutation corresponding to G2019S of SEQ ID NO: 15; and/or
(iii) the base edit is an edit of A corresponding to the 6055th nucleotide in SEQ ID NO:5;
An engineered guide RNA according to any one of claims 1 to 14 .
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