JPWO2021154828A5 - - Google Patents
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Description
[本発明1001]
親SARS-CoV-2コロナウイルスの1つもしくは複数のウイルスタンパク質または1つもしくは複数のその断片をコードするポリヌクレオチドであって、
前記ポリヌクレオチドが、その親SARS-CoV-2コロナウイルスポリヌクレオチドと比較して、再コードされており、かつ
前記ポリヌクレオチドによりコードされる前記親SARS-CoV-2コロナウイルスの前記1つもしくは複数のウイルスタンパク質または1つもしくは複数のその断片のアミノ酸配列が同じままであるか、あるいは
前記ポリヌクレオチドによりコードされる前記親SARS-CoV-2コロナウイルスの前記1つもしくは複数のウイルスタンパク質または1つもしくは複数のその断片のアミノ酸配列が、最大20アミノ酸の置換、付加、または欠失を含む、
ポリヌクレオチド。
[本発明1002]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスが、野生型SARS-CoV-2である、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1003]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスが、天然分離株SARS-CoV-2である、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1004]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスが、GenBankアクセッション番号MN985325.1の核酸配列を有するSARS-CoV-2コロナウイルスのワシントン分離株である、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1005]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスが、SARS-CoV-2コロナウイルスのBetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019分離株（SEQ ID NO:1）である、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1006]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスが、SARS-CoV-2バリアントである、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1007]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスが、英国バリアント、南アフリカバリアント、およびブラジルバリアントからなる群より選択されるSARS-CoV-2バリアントである、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1008]
その親SARS-CoV-2コロナウイルスポリヌクレオチドと比較して、コドンペアバイアス（CPB）を低減させることまたはコドン使用頻度バイアスを低減させることにより再コードされている、本発明1001～1007のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1009]
その親SARS-CoV-2コロナウイルスポリヌクレオチドと比較して、CpGまたはUpAジヌクレオチドの数を増加させることにより再コードされている、本発明1001～1007のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1010]
前記再コードされた1つもしくは複数のウイルスタンパク質の各々、または前記再コードされた1つもしくは複数のその断片の各々が、-0.05より低い、-0.1より低い、-0.2より低い、-0.3より低い、または-0.4より低いコドンペアバイアスを有する、前記本発明のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1011]
その親SARS-CoV-2コロナウイルスポリヌクレオチドと比較して、CPB脱最適化されている、前記本発明のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1012]
その親SARS-CoV-2コロナウイルスポリヌクレオチドと比較して、コドン脱最適化されている、前記本発明のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1013]
前記コドン脱最適化またはCPB脱最適化が、ヒトにおいて頻繁に使用されるコドンまたはCPBに基づく、本発明1011～1012のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1014]
前記コドン脱最適化またはCPB脱最適化が、コロナウイルスにおいて頻繁に使用されるコドンまたはCPBに基づく、本発明1011～1012のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1015]
前記コドン脱最適化またはCPB脱最適化が、SARS-CoV-2コロナウイルスにおいて頻繁に使用されるコドンまたはCPBに基づく、本発明1011～1012のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1016]
前記コドン脱最適化またはCPB脱最適化が、野生型SARS-CoV-2コロナウイルスにおいて頻繁に使用されるコドンまたはCPBに基づく、本発明1011～1012のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1017]
RNA依存性RNAポリメラーゼ（RdRP）、RdRPの断片、スパイクタンパク質、スパイクタンパク質の断片、およびこれらの組合せから選択される、再コードされたヌクレオチド配列を含む、前記本発明のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1018]
SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:2のbp 11294～12709、bp 14641～15903、bp 21656～22306、bp 22505～23905、およびbp 24110～25381から選択される少なくとも1つのCPB脱最適化された領域を含む、前記本発明のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1019]
再コードされたスパイクタンパク質またはスパイクタンパク質の断片を含み、フューリン切断部位が排除されている、前記本発明のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1020]
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834、SEQ ID NO:7、またはSEQ ID NO:7のヌクレオチド1～29,834を有する、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1021]
3’末端における1つまたは複数の連続するアデニンをさらに含む、本発明1020のポリヌクレオチド。
[本発明1022]
SEQ ID NO:3を有する、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1023]
本発明1001～1022のいずれかのポリヌクレオチドを含む、細菌人工染色体（BAC）。
[本発明1024]
本発明1001～1022のいずれかのポリヌクレオチドを含む、ベクター。
[本発明1025]
本発明1001～1022のいずれかのポリヌクレオチド、本発明1023のBAC、または1024のベクターを含む、細胞。
[本発明1026]
Vero細胞またはベビーハムスター腎臓（BHK）細胞である、本発明1025の細胞。
[本発明1027]
本発明1001～1022のいずれかのポリヌクレオチドによりコードされる、ポリペプチド。
[本発明1028]
本発明1001～1022のいずれかのポリヌクレオチドを含む、改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。
[本発明1029]
本発明1001～1022のいずれかのポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド
を含む、改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。
[本発明1030]
そのウイルスタンパク質のうちの1つまたは複数の発現が、その親SARS-CoV-2コロナウイルスと比較して、低減されている、本発明1028または本発明1029の改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。
[本発明1031]
そのウイルスタンパク質のうちの1つまたは複数の発現における低減が、RdRP、スパイクタンパク質およびこれらの組合せから選択される領域を再コードすることの結果として、低減されている、本発明1028～1030のいずれかの改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。
[本発明1032]
SEQ ID NO:4、またはSEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834、またはSEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834および3’末端における1つもしくは複数の連続するアデニン
を有するポリヌクレオチド
を含む、改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。
[本発明1033]
SEQ ID NO:4、またはSEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834、またはSEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834および3’末端における1つもしくは複数の連続するアデニンを有するポリヌクレオチド
によりコードされるポリペプチドを含む、改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。
[本発明1034]
本発明1028～1033のいずれかの改変型SARS-CoV-2コロナウイルス
を含む、対象において保護免疫応答を誘導するためのワクチン組成物。
[本発明1035]
薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む、本発明1034のワクチン組成物。
[本発明1036]
本発明1028～1033のいずれかの改変型SARS-CoV-2コロナウイルス
を含む、対象において免疫応答を誘発するための免疫組成物。
[本発明1037]
薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む、本発明1036の免疫組成物。
[本発明1038]
対象において免疫応答を誘発する方法であって、以下：
本発明1028～1033のいずれかの改変型SARS-CoV-2コロナウイルス、または
本発明1034もしくは本発明1035のワクチン組成物、または
本発明1036もしくは本発明1037の免疫組成物
のある用量を、前記対象に投与する工程
を含む、方法。
[本発明1039]
対象において免疫応答を誘発する方法であって、以下：
本発明1028～1033のいずれかの改変型SARS-CoV-2コロナウイルス、または本発明1034もしくは本発明1035のワクチン組成物、または本発明1036もしくは本発明1037の免疫組成物の、プライム用量を、前記対象に投与する工程；および
本発明1028～1033のいずれかの改変型SARS-CoV-2コロナウイルス、または本発明1034もしくは本発明1035のワクチン組成物、または本発明1036もしくは本発明1037の免疫組成物の、1つまたは複数のブースト用量を、前記対象に投与する工程
を含む、方法。
[本発明1040]
前記免疫応答が、保護免疫応答である、本発明1038～1039のいずれかの方法。
[本発明1041]
前記用量が、予防有効用量または治療有効用量である、本発明1038～1040のいずれかの方法。
[本発明1042]
投与する工程が、経鼻経路を介する、本発明1038～1041のいずれかの方法。
[本発明1043]
投与する工程が、点鼻を介する、本発明1038～1041のいずれかの方法。
[本発明1044]
投与する工程が、経鼻スプレーを介する、本発明1038～1041のいずれかの方法。
[本発明1045]
前記用量が約10 4 ～10 6 PFUである、または、
前記プライム用量が約10 4 ～10 6 PFUであり、かつ前記1つもしくは複数のブースト用量が約10 4 ～10 6 PFUである、
本発明1038～1045のいずれかの方法。
[本発明1046]
改変型SARS-CoV-2コロナウイルスを製造する方法であって、以下：
親SARS-CoV-2コロナウイルスの1つもしくは複数のタンパク質または1つもしくは複数のその断片をコードするヌクレオチド配列を得る工程；
前記1つもしくは複数のタンパク質または1つもしくは複数のその断片のタンパク質発現を低減させるために、前記ヌクレオチド配列を再コードする工程；および
前記改変型SARS-CoV-2コロナウイルスゲノムを製造するために、前記再コードされたヌクレオチド配列を有する核酸で前記親SARS-CoV-2コロナウイルスゲノムを置換する工程
を含み、
前記再コードされたヌクレオチド配列の発現が、前記親ウイルスと比較して、低減されている、方法。
[本発明1047]
前記親SARS-CoV-2コロナウイルス配列が、野生型（wt）ウイルス核酸である、本発明1046の方法。
[本発明1048]
前記改変型SARS-CoV-2コロナウイルスが、本発明1028～1033のいずれかのものである、本発明1046の方法。
本発明の他の特色および利点は、本発明の態様の様々な特色を例によって説明する、添付の図と組み合わせて解釈される以下の詳細な説明から明らかとなる。
[Invention 1001]
A polynucleotide encoding one or more viral proteins or one or more fragments thereof of a parent SARS-CoV-2 coronavirus, comprising:
said polynucleotide is recoded compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide, and
the amino acid sequence of said one or more viral proteins or one or more fragments thereof of said parent SARS-CoV-2 coronavirus encoded by said polynucleotide remains the same; or
The amino acid sequence of said one or more viral proteins or one or more fragments thereof of said parent SARS-CoV-2 coronavirus encoded by said polynucleotide comprises substitutions, additions or deletions of up to 20 amino acids. include,
polynucleotide.
[Invention 1002]
The polynucleotide of the invention 1001, wherein the parent SARS-CoV-2 coronavirus is wild-type SARS-CoV-2.
[Present invention 1003]
The polynucleotide of the invention 1001, wherein said parent SARS-CoV-2 coronavirus is a naturally isolated SARS-CoV-2.
[Present invention 1004]
The polynucleotide of the invention 1001, wherein said parent SARS-CoV-2 coronavirus is the Washington isolate of SARS-CoV-2 coronavirus having the nucleic acid sequence of GenBank Accession No. MN985325.1.
[Present invention 1005]
The polynucleotide of the invention 1001, wherein the parent SARS-CoV-2 coronavirus is BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 isolate of SARS-CoV-2 coronavirus (SEQ ID NO:1).
[Present invention 1006]
The polynucleotide of the invention 1001, wherein the parent SARS-CoV-2 coronavirus is a SARS-CoV-2 variant.
[Present invention 1007]
The polynucleotide of the invention 1001, wherein said parent SARS-CoV-2 coronavirus is a SARS-CoV-2 variant selected from the group consisting of the UK variant, the South African variant, and the Brazilian variant.
[Present invention 1008]
Any of the inventions 1001-1007 that has been recoded with reduced codon pair bias (CPB) or reduced codon usage bias compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide. polynucleotide.
[Present invention 1009]
A polynucleotide of any of the invention 1001-1007, which is recoded by increasing the number of CpG or UpA dinucleotides compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide.
[Present invention 1010]
Each of said recoded one or more viral proteins, or each of said recoded one or more fragments thereof, is lower than -0.05, lower than -0.1, lower than -0.2, lower than -0.3. Any of the polynucleotides of the invention, having a codon pair bias of low or lower than -0.4.
[Present invention 1011]
Any polynucleotide of the invention as described above, which is CPB de-optimized compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide.
[Invention 1012]
Any of the above polynucleotides of the invention that is codon deoptimized compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide.
[Present invention 1013]
The polynucleotide of any of the invention 1011-1012, wherein said codon deoptimization or CPB deoptimization is based on frequently used codons or CPB in humans.
[Present invention 1014]
The polynucleotide of any of the invention 1011-1012, wherein said codon deoptimization or CPB deoptimization is based on a codon or CPB frequently used in coronaviruses.
[Present invention 1015]
The polynucleotide of any of the invention 1011-1012, wherein said codon deoptimization or CPB deoptimization is based on a frequently used codon or CPB in the SARS-CoV-2 coronavirus.
[Invention 1016]
The polynucleotide of any of the invention 1011-1012, wherein said codon deoptimization or CPB deoptimization is based on a frequently used codon or CPB in the wild type SARS-CoV-2 coronavirus.
[Invention 1017]
Any of the polynucleotides of the present invention, comprising a recoded nucleotide sequence selected from RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), a fragment of RdRP, a spike protein, a fragment of a spike protein, and combinations thereof.
[Invention 1018]
at least one CPB deoptimized selected from bp 11294-12709, bp 14641-15903, bp 21656-22306, bp 22505-23905, and bp 24110-25381 of SEQ ID NO:1 or SEQ ID NO:2 Any of the polynucleotides of the invention above comprising a region.
[Invention 1019]
A polynucleotide according to any of the preceding inventions, comprising a recoded spike protein or a fragment of a spike protein, in which the furin cleavage site has been eliminated.
[Invention 1020]
A polynucleotide of the invention 1001 having SEQ ID NO:4, nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:7, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:7.
[Invention 1021]
The polynucleotide of the invention 1020 further comprising one or more consecutive adenines at the 3' end.
[Invention 1022]
Polynucleotide of the invention 1001 having SEQ ID NO:3.
[Invention 1023]
A bacterial artificial chromosome (BAC) comprising any of the polynucleotides of the present invention 1001 to 1022.
[Invention 1024]
A vector comprising any of the polynucleotides of the present invention 1001 to 1022.
[Invention 1025]
A cell comprising the polynucleotide of any one of the present inventions 1001 to 1022, the BAC of the present invention 1023, or the vector of the present invention 1024.
[Invention 1026]
Cells of the invention 1025 which are Vero cells or baby hamster kidney (BHK) cells.
[Invention 1027]
A polypeptide encoded by any of the polynucleotides of the present invention 1001 to 1022.
[Invention 1028]
A modified SARS-CoV-2 coronavirus comprising any of the polynucleotides of the present invention 1001 to 1022.
[Invention 1029]
Polypeptide encoded by any of the polynucleotides of the present invention 1001 to 1022
Modified SARS-CoV-2 coronaviruses, including:
[Invention 1030]
A modified SARS-CoV-2 coronavirus of the invention 1028 or of the invention 1029, wherein the expression of one or more of its viral proteins is reduced compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus. .
[Present invention 1031]
Any of the invention 1028-1030, wherein the reduction in expression of one or more of the viral proteins is reduced as a result of recoding a region selected from RdRP, spike protein, and combinations thereof. The modified SARS-CoV-2 coronavirus.
[Invention 1032]
SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4 and one or more consecutive adenines at the 3' end
polynucleotide having
Modified SARS-CoV-2 coronaviruses, including:
[Present invention 1033]
SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4, or a polynucleotide having nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4 and one or more consecutive adenines at the 3' end
A modified SARS-CoV-2 coronavirus comprising a polypeptide encoded by.
[Present invention 1034]
Modified SARS-CoV-2 coronavirus of any one of the present invention 1028 to 1033
A vaccine composition for inducing a protective immune response in a subject, comprising:
[Invention 1035]
The vaccine composition of the invention 1034 further comprising a pharmaceutically acceptable carrier or excipient.
[Invention 1036]
Modified SARS-CoV-2 coronavirus of any one of the present invention 1028 to 1033
An immune composition for inducing an immune response in a subject, comprising:
[Present invention 1037]
The immunological composition of the invention 1036 further comprising a pharmaceutically acceptable carrier or excipient.
[Invention 1038]
A method of inducing an immune response in a subject, the method comprising:
The modified SARS-CoV-2 coronavirus according to any of the inventions 1028 to 1033, or
The vaccine composition of the present invention 1034 or the present invention 1035, or
Immune composition of the present invention 1036 or the present invention 1037
administering to said subject a dose of
including methods.
[Invention 1039]
A method of inducing an immune response in a subject, the method comprising:
a prime dose of the modified SARS-CoV-2 coronavirus of any of the inventions 1028 to 1033, or the vaccine composition of the invention 1034 or the invention 1035, or the immunization composition of the invention 1036 or the invention 1037; administering to said subject; and
One or more of the modified SARS-CoV-2 coronavirus of any of the inventions 1028 to 1033, or the vaccine composition of the invention 1034 or the invention 1035, or the immunological composition of the invention 1036 or the invention 1037. administering to said subject a boost dose of
including methods.
[Invention 1040]
The method of any of the inventions 1038-1039, wherein said immune response is a protective immune response.
[Present invention 1041]
The method of any of the inventions 1038-1040, wherein the dose is a prophylactically effective dose or a therapeutically effective dose.
[Present invention 1042]
The method of any of the inventions 1038-1041, wherein the step of administering is via the nasal route.
[Invention 1043]
The method according to any one of Inventions 1038 to 1041, wherein the step of administering is via nasal spray.
[Present invention 1044]
The method of any of the inventions 1038-1041, wherein the step of administering is via a nasal spray.
[Invention 1045]
the dose is about 10 4 to 10 6 PFU, or
the prime dose is about 10 4 to 10 6 PFU and the one or more boost doses are about 10 4 to 10 6 PFU;
The method according to any one of the invention 1038 to 1045.
[Invention 1046]
A method for producing a modified SARS-CoV-2 coronavirus, comprising:
obtaining a nucleotide sequence encoding one or more proteins or one or more fragments thereof of a parent SARS-CoV-2 coronavirus;
recoding said nucleotide sequence to reduce protein expression of said one or more proteins or one or more fragments thereof; and
replacing said parent SARS-CoV-2 coronavirus genome with a nucleic acid having said recoded nucleotide sequence to produce said modified SARS-CoV-2 coronavirus genome;
including;
The method, wherein expression of said recoded nucleotide sequence is reduced compared to said parental virus.
[Invention 1047]
1046. The method of the invention 1046, wherein said parent SARS-CoV-2 coronavirus sequence is a wild type (wt) viral nucleic acid.
[Invention 1048]
The method of invention 1046, wherein said modified SARS-CoV-2 coronavirus is of any of inventions 1028-1033.
Other features and advantages of the invention will become apparent from the following detailed description, taken in conjunction with the accompanying drawings, which explains, by way of example, various features of aspects of the invention.
Claims (18)
前記ポリヌクレオチドが、その親SARS-CoV-2コロナウイルスポリヌクレオチドと比較して、再コードされており、かつ
前記ポリヌクレオチドによりコードされる前記親SARS-CoV-2コロナウイルスの前記1つもしくは複数のウイルスタンパク質または1つもしくは複数のその断片のアミノ酸配列が同じままであるか、あるいは
前記ポリヌクレオチドによりコードされる前記親SARS-CoV-2コロナウイルスの前記1つもしくは複数のウイルスタンパク質または1つもしくは複数のその断片のアミノ酸配列が、最大20アミノ酸の置換、付加、または欠失を含む、
ポリヌクレオチド。 A polynucleotide encoding one or more viral proteins or one or more fragments thereof of a parent SARS-CoV-2 coronavirus, comprising:
said polynucleotide is recoded as compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide, and said one or more of said parent SARS-CoV-2 coronaviruses encoded by said polynucleotide. the amino acid sequence of the viral protein or fragments thereof remains the same; or the viral protein(s) of the parent SARS-CoV-2 coronavirus encoded by the polynucleotide or the amino acid sequence of multiple fragments thereof comprises substitutions, additions, or deletions of up to 20 amino acids;
polynucleotide.
任意で、前記SARS-CoV-2バリアントが、英国バリアント、南アフリカバリアント、およびブラジルバリアントからなる群より選択される、
請求項1記載のポリヌクレオチド。 The parent SARS-CoV-2 coronavirus is a wild-type SARS-CoV-2, a naturally occurring isolate of SARS-CoV-2, and a Washington isolation of SARS-CoV-2 coronavirus having the nucleic acid sequence of GenBank accession number MN985325.1. strain, the BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 isolate of the SARS-CoV-2 coronavirus (SEQ ID NO:1), or a SARS-CoV-2 variant;
Optionally, said SARS-CoV-2 variant is selected from the group consisting of the UK variant, the South African variant, and the Brazilian variant.
The polynucleotide according to claim 1.
前記再コードされた1つもしくは複数のウイルスタンパク質の各々、または前記再コードされた1つもしくは複数のその断片の各々が、-0.05より低い、-0.1より低い、-0.2より低い、-0.3より低い、または-0.4より低いコドンペアバイアスを有する、
請求項1または2記載のポリヌクレオチド。 or by reducing codon pair bias (CPB) or codon usage bias as compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide; has been recoded by increasing the number of CpG or UpA dinucleotides compared to
Each of said recoded one or more viral proteins, or each of said recoded one or more fragments thereof, is lower than -0.05, lower than -0.1, lower than -0.2, lower than -0.3. having a codon pair bias that is low or lower than -0.4;
3. The polynucleotide according to claim 1 or 2 .
任意で、前記コドン脱最適化またはCPB脱最適化が、
(i)ヒトにおいて頻繁に使用されるコドンもしくはCPBに基づく、
(ii)コロナウイルスにおいて頻繁に使用されるコドンもしくはCPBに基づく、
(iii)SARS-CoV-2コロナウイルスにおいて頻繁に使用されるコドンもしくはCPBに基づく、または
(iv)野生型SARS-CoV-2コロナウイルスにおいて頻繁に使用されるコドンもしくはCPBに基づく、
ポリヌクレオチド。 CPB deoptimized compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide and/or codon deoptimized compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus polynucleotide The polynucleotide according to any one of claims 1 to 3 , wherein
Optionally, said codon deoptimization or CPB deoptimization comprises
(i) based on frequently used codons or CPBs in humans;
(ii) based on frequently used codons or CPBs in coronaviruses;
(iii) based on codons or CPBs frequently used in the SARS-CoV-2 coronavirus; or
(iv) based on frequently used codons or CPBs in the wild-type SARS-CoV-2 coronavirus;
polynucleotide .
(ii)SEQ ID NO:1もしくはSEQ ID NO:2のbp 11294～12709、bp 14641～15903、bp 21656～22306、bp 22505～23905、およびbp 24110～25381から選択される少なくとも1つのCPB脱最適化された領域、ならびに/または
(iii)フューリン切断部位が排除されている、再コードされたスパイクタンパク質もしくはスパイクタンパク質の断片
を含む、請求項1～4のいずれか一項記載のポリヌクレオチド。 (i) a recoded nucleotide sequence selected from RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), a fragment of RdRP, a spike protein, a fragment of a spike protein, and combinations thereof ; and/or
(ii) at least one CPB deoptimization selected from bp 11294-12709, bp 14641-15903, bp 21656-22306, bp 22505-23905, and bp 24110-25381 of SEQ ID NO:1 or SEQ ID NO:2; area and/or
(iii) a recoded spike protein or fragment of the spike protein in which the furin cleavage site has been eliminated;
5. The polynucleotide according to any one of claims 1 to 4 , comprising:
SEQ ID NO:3を有する、
請求項1記載のポリヌクレオチド。 SEQ ID NO:4, nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:7, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:7 , optionally one or more at the 3' end. further comprising consecutive adenines, or
having SEQ ID NO:3;
The polynucleotide according to claim 1.
を含む、細胞であって、任意で、Vero細胞またはベビーハムスター腎臓（BHK）細胞である、細胞。 The polynucleotide according to any one of claims 1 to 6 , or the BAC or vector according to claim 7
and optionally is a Vero cell or a baby hamster kidney (BHK) cell .
請求項1～6のいずれか一項記載のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド
を含む、改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。 The polynucleotide according to any one of claims 1 to 6 , or
A polypeptide encoded by the polynucleotide according to any one of claims 1 to 6.
Modified SARS-CoV-2 coronaviruses, including:
そのウイルスタンパク質のうちの1つもしくは複数の発現における低減が、RdRP、スパイクタンパク質、およびこれらの組合せから選択される領域を再コードすることの結果として、低減されている、
請求項10記載の改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。 expression of one or more of its viral proteins is reduced compared to its parent SARS-CoV-2 coronavirus, and/or
the reduction in expression of one or more of the viral proteins is reduced as a result of recoding a region selected from RdRP, spike protein, and combinations thereof;
The modified SARS-CoV-2 coronavirus according to claim 10 .
を有するポリヌクレオチド、あるいは
(ii)SEQ ID NO:4、またはSEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834、またはSEQ ID NO:4のヌクレオチド1～29,834および3’末端における1つもしくは複数の連続するアデニン
を有するポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド
を含む、改変型SARS-CoV-2コロナウイルス。 (i) a polynucleotide having SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4 and one or more consecutive adenines at the 3' end ; or
(ii) SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4, or nucleotides 1 to 29,834 of SEQ ID NO:4 and one or more consecutive adenines at the 3'end;
A polypeptide encoded by a polynucleotide having
Modified SARS-CoV-2 coronaviruses, including:
請求項10～12のいずれか一項記載の改変型SARS-CoV-2コロナウイルスを含み、任意で、薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む、
ワクチン組成物または免疫組成物。 A vaccine composition for inducing a protective immune response in a subject , or an immunization composition for inducing an immune response in a subject, the composition comprising:
comprising a modified SARS-CoV-2 coronavirus according to any one of claims 10 to 12, optionally further comprising a pharmaceutically acceptable carrier or excipient;
Vaccine or immunization composition .
請求項10～12のいずれか一項記載の改変型SARS-CoV-2コロナウイルス、または
請求項13記載のワクチン組成物もしくは免疫組成物
の用量。 for use in inducing an immune response in a subject;
The modified SARS-CoV-2 coronavirus according to any one of claims 10 to 12 , or the vaccine composition or immune composition according to claim 13 .
dosage .
請求項10～12のいずれか一項記載の改変型SARS-CoV-2コロナウイルス、または請求項13記載のワクチン組成物もしくは免疫組成物の、プライム用量；および
請求項10～12のいずれか一項記載の改変型SARS-CoV-2コロナウイルス、または請求項13記載のワクチン組成物もしくは免疫組成物の、1つまたは複数のブースト用量。 for use in inducing an immune response in a subject;
a prime dose of a modified SARS - CoV-2 coronavirus according to any one of claims 10 to 12 , or a vaccine composition or an immunization composition according to claim 13 ; and 14. One or more boost doses of a modified SARS-CoV-2 coronavirus according to claim 13, or a vaccine or immunization composition according to claim 13 .
前記用量が、予防有効用量または治療有効用量である、ならびに/あるいは
前記用量、前記プライム用量、および前記1つまたは複数のブースト用量が、経鼻投与されるか、または、点鼻薬もしくは鼻スプレーによって投与されるためのものである、ならびに/あるいは
前記用量が約10 4 ～10 6 PFUである、または、前記プライム用量が約10 4 ～10 6 PFUであり、かつ前記1つもしくは複数のブースト用量が約10 4 ～10 6 PFUである、
請求項15に記載の用量、あるいは、請求項16に記載のプライム用量および1つまたは複数のブースト用量。 said immune response is a protective immune response and/or
the dose is a prophylactically or therapeutically effective dose, and/or
said dose, said prime dose and said one or more boost doses are administered intranasally or are for administration by nasal drops or spray; and/or
the dose is about 10 4 -10 6 PFU, or the prime dose is about 10 4 -10 6 PFU and the one or more boost doses are about 10 4 -10 6 PFU;
16. A dose according to claim 15, or a prime dose and one or more boost doses according to claim 16 .
親SARS-CoV-2コロナウイルスの1つもしくは複数のタンパク質または1つもしくは複数のその断片をコードするヌクレオチド配列を得る工程；
前記1つもしくは複数のタンパク質または1つもしくは複数のその断片のタンパク質発現を低減させるために、前記ヌクレオチド配列を再コードする工程；および
改変型SARS-CoV-2コロナウイルスゲノムを製造するために、前記再コードされたヌクレオチド配列を有する核酸で親SARS-CoV-2コロナウイルスゲノムを置換する工程
を含み、
前記再コードされたヌクレオチド配列の発現が、前記親ウイルスと比較して、低減されており、任意で、
前記親SARS-CoV-2コロナウイルスの配列が、野生型（wt）ウイルス核酸である、および/または、
前記改変型SARS-CoV-2コロナウイルスが、請求項10～12のいずれか一項記載のものである、
方法。 A method for producing a modified SARS-CoV-2 coronavirus, comprising:
obtaining a nucleotide sequence encoding one or more proteins or one or more fragments thereof of a parent SARS-CoV-2 coronavirus;
recoding said nucleotide sequence to reduce protein expression of said one or more proteins or one or more fragments thereof; and
replacing the parent SARS-CoV-2 coronavirus genome with a nucleic acid having said recoded nucleotide sequence to produce a modified SARS-CoV-2 coronavirus genome;
expression of said recoded nucleotide sequence is reduced compared to said parental virus, and optionally
said parent SARS-CoV-2 coronavirus sequence is a wild-type (wt) viral nucleic acid, and/or
The modified SARS-CoV-2 coronavirus is according to any one of claims 10 to 12,
Method.
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