JPWO2021087395A5 - - Google Patents
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Description
本開示の好ましい実施形態を本明細書で示し、説明したが、このような実施形態を単なる例として提供することは、当業者には明らかであろう。本開示から逸脱することなく、非常に多くの変形形態、変更形態および置換形態がすぐに当業者の心に浮かぶことであろう。本明細書に記載の本開示の実施形態の様々な代替形態を、本開示を実施する際に用いることができることは、理解されるはずである。下記の請求項が本開示の範囲を定義すること、およびこれらの請求項の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が、これらの請求項に包含されることを意図している。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
（ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、前記第１の試料および前記第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液および月経液を含む、ステップ；
（ｂ）前記第１の試料および前記第２の試料を、前記第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；
（ｃ）前記第１の試料および前記第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および
（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料および前記第２の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップ
を含む方法。
（項目２）
前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
（ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
（ｅ）前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記第１の試料および第２の試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記時点が、約１５分から、約３０日、約６０日または約９０日の間の期間、分離されている、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記時点が、前記対象の月経周期内の異なる日を含む、項目８に記載の方法。
（項目１１）
前記時点が、単一月経周期内にある、項目８に記載の方法。
（項目１２）
前記時点が、別個の月経周期における日を含む、項目８に記載の方法。
（項目１３）
前記時点が、前記対象の月経の１または複数日中にある、項目８に記載の方法。
（項目１４）
１つの時点が前記対象の月経中にあり、１つの時点が前記対象の月経中にない、項目８に記載の方法。
（項目１５）
前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記試料収集用具が、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子の発現レベルを含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記生体物質が細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記２つまたはそれより多くの健康状態が、医療処置の前および後のものを含む、項目４に記載の方法。
（項目２６）
前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、項目７に記載の方法。
（項目２７）
参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、項目７に記載の方法。
（項目２８）
前記健康状態が、月経障害を含む、項目７に記載の方法。
（項目２９）
前記健康状態が、子宮内膜症を含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記健康状態が、健康な患者を含む、項目７に記載の方法。
（項目３１）
健康参照メンストルアロームフィンガープリントが、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む、項目７に記載の方法。
（項目３２）
メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
（ａ）対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、前記第１の試料および前記第２の試料が、第１および第２の吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；
（ｂ）前記第１の試料および前記第２の試料を、前記第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；
（ｃ）前記第１の試料および前記第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および
（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、参照メンストルアロームフィンガープリントと比較して前記第１の試料および／または前記第２の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップ
を含む方法。
（項目３３）
前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
（ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３６）
前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３７）
前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３８）
前記第１の試料および第２の試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３９）
前記時点が、約１５分から、約３０日、約６０日または約９０日の間の期間、分離されている、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記時点が、前記対象の月経周期内の異なる日を含む、項目３８に記載の方法。
（項目４１）
前記時点が、単一月経周期内にある、項目３８に記載の方法。
（項目４２）
前記時点が、別個の月経周期における日を含む、項目３８に記載の方法。
（項目４３）
前記時点が、前記対象の月経の１または複数日中にある、項目３８に記載の方法。
（項目４４）
１つの時点が前記対象の月経中にあり、１つの時点が前記対象の月経中にない、項目３８に記載の方法。
（項目４５）
前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、項目３２に記載の方法。
（項目４６）
前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、項目３２に記載の方法。
（項目４７）
前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、項目３２に記載の方法。
（項目４８）
前記試料収集用具が、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、項目３２に記載の方法。
（項目４９）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む、項目３２に記載の方法。
（項目５０）
前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子の発現レベルを含む、項目３２に記載の方法。
（項目５１）
前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む、項目３２に記載の方法。
（項目５２）
前記生体物質が細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される、項目３２に記載の方法。
（項目５３）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される、項目３２に記載の方法。
（項目５４）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される、項目３２に記載の方法。
（項目５５）
前記２つまたはそれより多くの健康状態が、医療処置の前および後のものを含む、項目３７に記載の方法。
（項目５６）
前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、項目３７に記載の方法。
（項目５７）
参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、項目３２に記載の方法。
（項目５８）
前記健康状態が、月経障害を含む、項目３７に記載の方法。
（項目５９）
前記健康状態が、子宮内膜症を含む、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記健康状態が、健康な患者を含む、項目３７に記載の方法。
（項目６１）
健康参照メンストルアロームフィンガープリントが、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む、項目３７に記載の方法。
（項目６２）
メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
（ａ）対象から第１の試料を得るステップであって、前記第１の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；
（ｂ）前記第１の試料を、前記試料収集用具から水性緩衝液に溶出させるステップ；
（ｃ）前記第１の試料から生体物質を分離するステップ；
（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、ステップ；および
（ｅ）前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照フィンガープリントと比較するステップ
を含む方法。
（項目６３）
前記参照フィンガープリントが、対象の参照群における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記参照フィンガープリントが、過去の時点の前記対象における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、項目６２に記載の方法。
（項目６５）
参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、項目６２に記載の方法。
（項目６６）
前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、項目６２に記載の方法。
（項目６７）
前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、２つまたはそれより多くの健康状態間で頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記２つまたはそれより多くの健康状態が、医療処置の前および後のものを含む、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、項目６６に記載の方法。
（項目７１）
前記健康状態が、月経障害を含む、項目６７に記載の方法。
（項目７２）
前記健康状態が、子宮内膜症を含む、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記健康状態が、健康な患者を含む、項目６６に記載の方法。
（項目７４）
前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、項目６２に記載の方法。
（項目７５）
（ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、項目６２に記載の方法。
（項目７６）
前記複数のメンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、項目６２に記載の方法。
（項目７７）
前記第１の試料および参照試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、項目６２に記載の方法。
（項目７８）
前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、項目６２に記載の方法。
（項目７９）
前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、項目６２に記載の方法。
（項目８０）
前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、項目６２に記載の方法。
（項目８１）
前記試料収集用具が、試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、項目６２に記載の方法。
（項目８２）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子座のメチル化ステータスを含む、項目６２に記載の方法。
（項目８３）
前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数の遺伝子の発現レベルを含む、項目６２に記載の方法。
（項目８４）
前記生体物質がＲＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーが、複数のｍｉＲＮＡの存在および／またはレベルを含む、項目６２に記載の方法。
（項目８５）
前記生体物質が細胞であり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の細胞型の存在および／または量が測定される、項目６２に記載の方法。
（項目８６）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって１つまたは複数の微生物の存在および／またはレベルが測定される、項目６２に記載の方法。
（項目８７）
前記生体物質がＤＮＡであり、複数のメンストルアロームバイオマーカーによって微生物の多様性が測定される、項目６２に記載の方法。
（項目８８）
健康参照メンストルアロームフィンガープリントが、主成分分析、ｔ分布型確率的近傍埋め込み法、ヒートマップ、多様度指数、またはこれらの組合せを含む、項目６２に記載の方法。
（項目８９）
メンストルアロームフィンガープリントを作成する方法であって、
（ａ）子宮内膜症を有するまたは有する疑いがある対象から第１の試料および第２の試料を得るステップであって、前記第１の試料および前記第２の試料が、吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む、ステップ；
（ｂ）前記第１の試料および前記第２の試料を前記第１および第２の試料収集用具から水性緩衝液に別々に溶出させるステップ；
（ｃ）前記第１の試料および前記第２の試料の各々から、生体物質を分離するステップ；および
（ｄ）試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料および前記第２の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在の差を含む、ステップ
を含む方法。
（項目９０）
前記生体物質が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、メチル化核酸、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、タンパク質－核酸複合体、微生物、および哺乳動物細胞型からなる群から選択される１つまたは複数の生体物質を含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質を、前記第１の試料および前記第２の試料の他の成分から単離するステップをさらに含む、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
（ｄ）における前記試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップが、前記第１の試料および前記第２の試料からの抽出生体物質をアッセイして複数のバイオマーカーを同定することを含む、項目９０に記載の方法。
（項目９３）
前記生体物質がｍｉＲＮＡであり、前記複数のバイオマーカーが、ｌｅｔ－７ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－１００－５ｐ、ｍｉＲ－１４９－５ｐ、ｍｉＲ－１９３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２２１－５ｐ、ｍｉＲ－３６３－３ｐ、ｍｉＲ－９９ａ－５ｐ、ｌｅｔ－７ｅ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１０ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１２７－３ｐ、ｍｉＲ－１３２－３ｐ、ｍｉＲ－１４１－３ｐ、ｍｉＲ－１４２－５ｐ、ｍｉＲ－１４３－３ｐ、ｍｉＲ－１４４－５ｐ、ｍｉＲ－１４５－５ｐ、ｍｉＲ－１５２－３ｐ、ｍｉＲ－１６－２－３ｐ、ｍｉＲ－１７－３ｐ、ｍｉＲ－１９５－５ｐ、ｍｉＲ－１９６ｂ－５ｐ、ｍｉＲ－１９９ａ－３ｐ／１９９ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｍｉＲ－２０３ａ－３ｐ、ｍｉＲ－２０５－５ｐ、ｍｉＲ－２１－３ｐ、ｍｉＲ－２１－５ｐ、ｍｉＲ－２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２２－３ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－２３ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２７ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－２８－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－３ｐ、ｍｉＲ－３０ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ａ－５ｐ、ｍｉＲ－３４ｃ－５ｐ、ｍｉＲ－３６５ａ－３ｐ／３６５ｂ－３ｐ、ｍｉＲ－３７５、ｍｉＲ－４０９およびｍｉＲ－９８－５ｐからなる群から選択されるｍｉＲＮＡを含む、項目９０に記載の方法。
（項目９４）
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ－１２７１－５ｐ、ｍｉＲ－４４８５－３ｐ、ｍｉＲ－１２５ｂ－２－３ｐ、およびｍｉＲ－４１０－３ｐからなる群から選択される、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記複数のバイオマーカーが、表４におけるＣｐＧ部位から選択される１つまたは複数のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルを含む、項目９０に記載の方法。
（項目９６）
前記微生物が、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｃｋｌａｍｉａ、およびＫｌｅｂｓｉｅｌｌａからなる群から選択される属の細菌である、項目９０に記載の方法。
（項目９７）
前記哺乳動物細胞型が、内皮細胞、上皮細胞、白血球、間葉細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目９０に記載の方法。
（項目９８）
（ｅ）前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照メンストルアロームフィンガープリントと比較するステップをさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目９９）
前記参照メンストルアロームフィンガープリントが、健康状態に関連する前記複数のメンストルアロームバイオマーカーの閾値レベルまたは存在を含む、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記健康状態が、外科手術前の健康状態を含む、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
参照状態が、外科手術後の健康状態を含む、項目９９に記載の方法。
（項目１０２）
前記第１の試料および第２の試料が、前記対象から異なる時点で収集された生体物質を含む、項目８９に記載の方法。
（項目１０３）
時点が、約１５分から約３０日の間の期間、分離されている、項目８９に記載の方法。
（項目１０４）
時点が、前記対象の月経周期内の異なる日を含む、項目８９に記載の方法。
（項目１０５）
時点が、単一月経周期内にある、項目８９に記載の方法。
（項目１０６）
時点が、別個の月経周期における日を含む、項目８９に記載の方法。
（項目１０７）
時点が、前記対象の月経の１または複数日中にある、項目８９に記載の方法。
（項目１０８）
１つの時点が前記対象の月経中にあり、１つの時点が前記対象の月経中にない、項目８９に記載の方法。
（項目１０９）
前記試料収集用具が、膣内試料収集用具である、項目８９に記載の方法。
（項目１１０）
前記試料収集用具が、生体物質を無傷状態で保存する、項目８９に記載の方法。
（項目１１１）
前記試料収集用具が、少なくとも３ｍｌの流体を吸収することができる、項目８９に記載の方法。
（項目１１２）
前記試料収集用具が、前記試料を収集した後に緩衝剤に置かれる、項目８９に記載の方法。
While preferred embodiments of the disclosure have been shown and described herein, it will be obvious to those skilled in the art that such embodiments are provided by way of example only. Numerous variations, modifications and substitutions will immediately occur to those skilled in the art without departing from this disclosure. It should be understood that various alternatives to the embodiments of the disclosure described herein may be used in implementing the disclosure. It is intended that the following claims define the scope of this disclosure and that methods and structures within the scope of these claims and their equivalents be covered thereby.
In certain embodiments, for example, the following is provided:
(Item 1)
1. A method of creating a menstrual aroma fingerprint, the method comprising:
(a) obtaining a first sample and a second sample from a subject, the first sample and the second sample being collected on first and second absorbent sample collection devices; including cervicovaginal fluid and menstrual fluid;
(b) separately eluting the first sample and the second sample from the first and second sample collection devices into an aqueous buffer;
(c) separating biological material from each of the first sample and the second sample; and
(d) constructing a sample menstrualome fingerprint, the sample menstrualome fingerprint comprising a plurality of menstrualome biomaterials in the biological material from the first sample and the second sample. steps, including differences in the level and/or presence of markers;
method including.
(Item 2)
Item 1, wherein the biological material comprises one or more biological materials selected from the group consisting of RNA, DNA, methylated nucleic acids, miRNA, proteins, protein-nucleic acid complexes, microorganisms, and mammalian cell types. Method described.
(Item 3)
Item 1, wherein the step of constructing a sample menstrual aromatic fingerprint in (d) comprises assaying extracted biological material from the first sample and the second sample to identify a plurality of biomarkers. The method described in.
(Item 4)
2. The method of item 1, wherein the plurality of menstrual biomarkers include biomarkers that exhibit differential presence or levels in cervicovaginal fluid or menstrual fluid between two or more health conditions.
(Item 5)
Item 1, wherein the plurality of menstrual biomarkers include biomarkers that exhibit differential presence or levels in cervicovaginal fluid or menstrual fluid compared to peripheral blood, cervicovaginal tissue, or longitudinal menstrual samples. the method of.
(Item 6)
The method of item 1, further comprising the step of: (e) comparing the sample menstrualome fingerprint to a reference menstrualome fingerprint.
(Item 7)
7. The method of item 6, wherein the reference menstrual fingerprint includes a threshold level or presence of the plurality of menstrual biomarkers associated with a health condition.
(Item 8)
2. The method of item 1, wherein the first sample and second sample include biological material collected from the subject at different times.
(Item 9)
9. The method of item 8, wherein the time points are separated by a period of between about 15 minutes, about 30 days, about 60 days, or about 90 days.
(Item 10)
9. The method of item 8, wherein the time points include different days within the subject's menstrual cycle.
(Item 11)
9. The method of item 8, wherein the time point is within a single menstrual cycle.
(Item 12)
9. The method of item 8, wherein the time points include days in separate menstrual cycles.
(Item 13)
9. The method of item 8, wherein the time point is during one or more days of the subject's menstrual period.
(Item 14)
9. The method of item 8, wherein one time point is during the subject's menstruation and one time point is not during the subject's menstruation.
(Item 15)
The method of item 1, wherein the sample collection device is an intravaginal sample collection device.
(Item 16)
2. The method of item 1, wherein the sample collection device preserves biological material in an intact state.
(Item 17)
2. The method of item 1, wherein the sample collection device is capable of absorbing at least 3 ml of fluid.
(Item 18)
The method of item 1, wherein the sample collection device is placed in a buffer after collecting the sample.
(Item 19)
2. The method according to item 1, wherein the biological material is DNA and the plurality of menstrualome biomarkers include methylation status of a plurality of genetic loci.
(Item 20)
The method according to item 1, wherein the biological material is RNA, and the plurality of menstrual genome biomarkers include the expression levels of a plurality of genes.
(Item 21)
2. The method of item 1, wherein the biological material is RNA and the plurality of menstrualome biomarkers include the presence and/or level of a plurality of miRNAs.
(Item 22)
2. The method of item 1, wherein the biological material is a cell and the presence and/or amount of one or more cell types is determined by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 23)
2. The method of item 1, wherein the biological material is DNA and the presence and/or level of one or more microorganisms is determined by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 24)
2. The method according to item 1, wherein the biological material is DNA, and the diversity of microorganisms is measured by a plurality of menstrualome biomarkers.
(Item 25)
5. The method of item 4, wherein the two or more health conditions include before and after medical treatment.
(Item 26)
8. The method of item 7, wherein the health condition includes a pre-surgical health condition.
(Item 27)
8. The method according to item 7, wherein the reference condition includes a post-surgical health condition.
(Item 28)
8. The method according to item 7, wherein the health condition includes a menstrual disorder.
(Item 29)
29. The method of item 28, wherein the health condition includes endometriosis.
(Item 30)
8. The method of item 7, wherein the health condition includes a healthy patient.
(Item 31)
8. The method of item 7, wherein the health reference menstrual aroma fingerprint comprises principal component analysis, t-distributed stochastic neighborhood embedding, a heat map, a diversity index, or a combination thereof.
(Item 32)
1. A method of creating a menstrual aroma fingerprint, the method comprising:
(a) obtaining a first sample and a second sample from a subject, the first sample and the second sample being collected on first and second absorbent sample collection devices; a step involving cervicovaginal fluid or menstrual fluid;
(b) separately eluting the first sample and the second sample from the first and second sample collection devices into an aqueous buffer;
(c) separating biological material from each of the first sample and the second sample; and
(d) constructing a sample menstrualome fingerprint, wherein the sample menstrualome fingerprint is determined from the first sample and/or the second sample by comparison with a reference menstrualome fingerprint. comprising a difference in the level and/or presence of a plurality of menstrual biomarkers in the biological material of
method including.
(Item 33)
Item 32, wherein the biological material comprises one or more biological materials selected from the group consisting of RNA, DNA, methylated nucleic acids, miRNA, proteins, protein-nucleic acid complexes, microorganisms, and mammalian cell types. Method described.
(Item 34)
Item 32, wherein the step of constructing a sample menstrual aromatic fingerprint in (d) comprises assaying extracted biological material from the first sample and the second sample to identify a plurality of biomarkers. The method described in.
(Item 35)
33. The method of item 32, wherein the plurality of menstrual biomarkers include biomarkers that exhibit differential presence or levels in cervicovaginal fluid or menstrual fluid between two or more health conditions.
(Item 36)
Item 33, wherein the plurality of menstrual biomarkers include biomarkers that exhibit differential presence or levels in cervicovaginal fluid or menstrual fluid compared to peripheral blood, cervicovaginal tissue, or longitudinal menstrual samples. the method of.
(Item 37)
33. The method of item 32, wherein the reference menstrual fingerprint includes a threshold level or presence of the plurality of menstrual biomarkers associated with a health condition.
(Item 38)
33. The method of item 32, wherein the first sample and second sample include biological material collected from the subject at different times.
(Item 39)
39. The method of item 38, wherein the time points are separated by a period of between about 15 minutes, about 30 days, about 60 days, or about 90 days.
(Item 40)
39. The method of item 38, wherein the time points include different days within the subject's menstrual cycle.
(Item 41)
39. The method of item 38, wherein the time point is within a single menstrual cycle.
(Item 42)
39. The method of item 38, wherein the time points include days in separate menstrual cycles.
(Item 43)
39. The method of item 38, wherein the time point is during one or more days of the subject's menstrual period.
(Item 44)
39. The method of item 38, wherein one time point is during the subject's menstruation and one time point is not during the subject's menstruation.
(Item 45)
33. The method of item 32, wherein the sample collection device is an intravaginal sample collection device.
(Item 46)
33. The method of item 32, wherein the sample collection device preserves biological material intact.
(Item 47)
33. The method of item 32, wherein the sample collection device is capable of absorbing at least 3 ml of fluid.
(Item 48)
33. The method of item 32, wherein the sample collection device is placed in a buffer after collecting the sample.
(Item 49)
33. The method of item 32, wherein the biological material is DNA and the plurality of menstrual genome biomarkers include methylation status of a plurality of genetic loci.
(Item 50)
33. The method according to item 32, wherein the biological material is RNA and the plurality of menstrual genome biomarkers include expression levels of a plurality of genes.
(Item 51)
33. The method of item 32, wherein the biological material is RNA and the plurality of menstrual biomarkers include the presence and/or level of a plurality of miRNAs.
(Item 52)
33. The method of item 32, wherein the biological material is a cell and the presence and/or amount of one or more cell types is determined by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 53)
33. The method of item 32, wherein the biological material is DNA and the presence and/or level of one or more microorganisms is determined by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 54)
33. The method according to item 32, wherein the biological material is DNA, and the diversity of microorganisms is measured by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 55)
38. The method of item 37, wherein the two or more health conditions include before and after medical treatment.
(Item 56)
38. The method of item 37, wherein the health condition includes a pre-surgical health condition.
(Item 57)
33. The method of item 32, wherein the reference condition includes a post-surgical health condition.
(Item 58)
38. The method of item 37, wherein the health condition includes a menstrual disorder.
(Item 59)
59. The method of item 58, wherein the health condition includes endometriosis.
(Item 60)
38. The method of item 37, wherein the health condition includes a healthy patient.
(Item 61)
38. The method of item 37, wherein the health reference menstrual aroma fingerprint comprises principal component analysis, t-distributed stochastic neighborhood embedding, a heat map, a diversity index, or a combination thereof.
(Item 62)
1. A method of creating a menstrual aroma fingerprint, the method comprising:
(a) obtaining a first sample from a subject, said first sample comprising cervicovaginal fluid or menstrual fluid collected on an absorbent sample collection device;
(b) eluting the first sample from the sample collection device into an aqueous buffer;
(c) separating biological material from the first sample;
(d) constructing a sample menstrualome fingerprint, the sample menstrualome fingerprint determining the level of a plurality of menstrualome biomarkers in the biological material from the first sample; a step including being; and
(e) comparing said sample menstrual aroma fingerprint to a reference fingerprint;
method including.
(Item 63)
63. The method of item 62, wherein the reference fingerprint comprises the levels and/or presence of a plurality of menstrualome biomarkers in a reference group of subjects.
(Item 64)
63. The method of item 62, wherein the reference fingerprint comprises levels and/or presence of a plurality of menstrualome biomarkers in the subject at a past time.
(Item 65)
63. The method of item 62, wherein the reference menstrual fingerprint includes a threshold level or presence of the plurality of menstrual biomarkers associated with a health condition.
(Item 66)
63. The method of item 62, wherein the reference menstrual fingerprint includes a threshold level or presence of the plurality of menstrual biomarkers associated with a health condition.
(Item 67)
67. The method of item 66, wherein the plurality of menstrual biomarkers include biomarkers that exhibit differential presence or levels in cervicovaginal fluid or menstrual fluid between two or more health conditions.
(Item 68)
68. The method of item 67, wherein the two or more health conditions include before and after medical treatment.
(Item 69)
69. The method of item 68, wherein the health condition includes a pre-surgical health condition.
(Item 70)
67. The method of item 66, wherein the reference condition includes a post-surgical health condition.
(Item 71)
68. The method of item 67, wherein the health condition includes a menstrual disorder.
(Item 72)
72. The method of item 71, wherein the health condition includes endometriosis.
(Item 73)
67. The method of item 66, wherein the health condition includes a healthy patient.
(Item 74)
Item 62, wherein the biological material comprises one or more biological materials selected from the group consisting of RNA, DNA, methylated nucleic acids, miRNA, proteins, protein-nucleic acid complexes, microorganisms, and mammalian cell types. Method described.
(Item 75)
Item 62, wherein the step of constructing the sample menstrual aromatic fingerprint in (d) comprises assaying extracted biological material from the first sample and the second sample to identify a plurality of biomarkers. Method described.
(Item 76)
Item 62, wherein the plurality of menstrual biomarkers include biomarkers that exhibit differential presence or levels in cervicovaginal fluid or menstrual fluid compared to peripheral blood, cervicovaginal tissue, or longitudinal menstrual samples. the method of.
(Item 77)
63. The method of item 62, wherein the first sample and reference sample include biological material collected from the subject at different times.
(Item 78)
63. The method of item 62, wherein the sample collection device is an intravaginal sample collection device.
(Item 79)
63. The method of item 62, wherein the sample collection device preserves biological material intact.
(Item 80)
63. The method of item 62, wherein the sample collection device is capable of absorbing at least 3 ml of fluid.
(Item 81)
63. The method of item 62, wherein the sample collection device is placed in a buffer after collecting the sample.
(Item 82)
63. The method of item 62, wherein the biological material is DNA and the plurality of menstrual genome biomarkers include methylation status of a plurality of genetic loci.
(Item 83)
63. The method according to item 62, wherein the biological material is RNA, and the plurality of menstrualome biomarkers include expression levels of a plurality of genes.
(Item 84)
63. The method of item 62, wherein the biological material is RNA and the plurality of menstrual biomarkers include the presence and/or level of a plurality of miRNAs.
(Item 85)
63. The method of item 62, wherein the biological material is a cell and the presence and/or amount of one or more cell types is determined by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 86)
63. The method of item 62, wherein the biological material is DNA and the presence and/or level of one or more microorganisms is determined by a plurality of menstrual biomarkers.
(Item 87)
63. The method according to item 62, wherein the biological material is DNA, and the diversity of microorganisms is measured by a plurality of menstrualome biomarkers.
(Item 88)
63. The method of item 62, wherein the health reference menstrual aroma fingerprint comprises principal component analysis, t-distributed stochastic neighborhood embedding, a heat map, a diversity index, or a combination thereof.
(Item 89)
1. A method of creating a menstrual aroma fingerprint, the method comprising:
(a) obtaining a first sample and a second sample from a subject having or suspected of having endometriosis, the first sample and the second sample being arranged in an absorbable sample collection device; comprising the cervicovaginal fluid or menstrual fluid collected above;
(b) separately eluting the first sample and the second sample from the first and second sample collection devices into an aqueous buffer;
(c) separating biological material from each of the first sample and the second sample; and
(d) constructing a sample menstrualome fingerprint, the sample menstrualome fingerprint comprising a plurality of menstrualome biomaterials in the biological material from the first sample and the second sample. steps, including differences in the level and/or presence of markers;
method including.
(Item 90)
Item 89, wherein the biological material comprises one or more biological materials selected from the group consisting of RNA, DNA, methylated nucleic acids, miRNA, proteins, protein-nucleic acid complexes, microorganisms, and mammalian cell types. Method described.
(Item 91)
91. The method of item 90, further comprising isolating extracted biological material from the first sample and the second sample from other components of the first sample and the second sample.
(Item 92)
Item 90, wherein the step of constructing the sample menstrual aroma fingerprint in (d) comprises assaying extracted biological material from the first sample and the second sample to identify a plurality of biomarkers. The method described in.
(Item 93)
The biological substance is miRNA, and the plurality of biomarkers are let-7c-5p, miR-100-5p, miR-149-5p, miR-193b-3p, miR-221-5p, miR-363-3p. , miR-99a-5p, let-7e-5p, miR-10a-5p, miR-10b-5p, miR-125b-5p, miR-127-3p, miR-132-3p, miR-141-3p, miR -142-5p, miR-143-3p, miR-144-5p, miR-145-5p, miR-152-3p, miR-16-2-3p, miR-17-3p, miR-195-5p, miR -196b-5p, miR-199a-3p/199b-3p, miR-200a-3p, miR-200c-3p, miR-203a-3p, miR-205-5p, miR-21-3p, miR-21-5p , miR-22-3p, miR-222-3p, miR-224-5p, miR-23b-3p, miR-27b-3p, miR-28-3p, miR-30a-3p, miR-30a-5p, miR -34a-5p, miR-34c-5p, miR-365a-3p/365b-3p, miR-375, miR-409 and miR-98-5p, according to item 90. Method.
(Item 94)
94. The method of item 93, wherein the miRNA is selected from the group consisting of miR-1271-5p, miR-4485-3p, miR-125b-2-3p, and miR-410-3p.
(Item 95)
91. The method of item 90, wherein the plurality of biomarkers comprises a methylation profile of one or more CpG sites selected from the CpG sites in Table 4.
(Item 96)
The microorganism is Atopobium, Propionibacterium, Dialister, Porphyromonas, Streptococcus, Dermabacter, Moraxella, Anaerococcus, Peptostreptococcus. to item 90, which is a bacterium of the genus selected from the group consisting of Lactobacillus, Lactobacillus, Prevotella, Campylobacter, Corynebacterium, Facklamia, and Klebsiella; Method described.
(Item 97)
91. The method of item 90, wherein the mammalian cell type is selected from the group consisting of endothelial cells, epithelial cells, leukocytes, mesenchymal cells, and combinations thereof.
(Item 98)
90. The method of item 89, further comprising the step of: (e) comparing the sample menstrualome fingerprint to a reference menstrualome fingerprint.
(Item 99)
99. The method of item 98, wherein the reference menstrual fingerprint includes a threshold level or presence of the plurality of menstrual biomarkers associated with a health condition.
(Item 100)
100. The method of item 99, wherein the health condition includes a pre-surgical health condition.
(Item 101)
100. The method of item 99, wherein the reference condition includes a post-surgical health condition.
(Item 102)
90. The method of item 89, wherein the first sample and second sample include biological material collected from the subject at different times.
(Item 103)
90. The method of item 89, wherein the time points are separated by a period of between about 15 minutes and about 30 days.
(Item 104)
90. The method of item 89, wherein the time points include different days within the subject's menstrual cycle.
(Item 105)
90. The method of item 89, wherein the time point is within a single menstrual cycle.
(Item 106)
90. The method of item 89, wherein the time points include days in separate menstrual cycles.
(Item 107)
90. The method of item 89, wherein the time point is during one or more days of the subject's menstrual period.
(Item 108)
90. The method of item 89, wherein one time point is during the subject's menstruation and one time point is not during the subject's menstruation.
(Item 109)
90. The method of item 89, wherein the sample collection device is an intravaginal sample collection device.
(Item 110)
90. The method of item 89, wherein the sample collection device preserves biological material intact.
(Item 111)
90. The method of item 89, wherein the sample collection device is capable of absorbing at least 3 ml of fluid.
(Item 112)
90. The method of item 89, wherein the sample collection device is placed in a buffer after collecting the sample.
Claims (15)
ａ．吸収性試料収集用具上に収集された頸膣液または月経液を含む第１の試料を、前記試料収集用具から水性緩衝液に溶出させるステップであって、前記第１の試料は、対象から得られたものである、ステップ；
ｂ．前記第１の試料から生体物質を分離するステップ；
ｃ．試料メンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記試料メンストルアロームフィンガープリントが、前記第１の試料からの前記生体物質中の複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、ステップ；および
ｄ．前記試料メンストルアロームフィンガープリントを参照フィンガープリントと比較するステップ
を含み、
前記メンストルアロームバイオマーカーが、末梢血、頸膣組織または縦断月経試料と比較して頸膣液または月経液において差次的な存在またはレベルを提示するバイオマーカーを含む、方法。 1. A method of creating a menstrual aroma fingerprint, the method comprising:
a. eluting a first sample comprising cervicovaginal fluid or menstrual fluid collected on an absorbent sample collection device from the sample collection device into an aqueous buffer , the first sample comprising: What is obtained is the step ;
b. separating biological material from the first sample;
c. constructing a sample menstrualome fingerprint, said sample menstrualome fingerprint comprising the level and/or presence of a plurality of menstrualome biomarkers in said biological material from said first sample; , step; and
d. comparing the sample menstrual aroma fingerprint to a reference fingerprint ;
The method wherein the menstrual biomarker comprises a biomarker that exhibits a differential presence or level in cervicovaginal fluid or menstrual fluid compared to peripheral blood, cervicovaginal tissue or longitudinal menstrual samples.
（ｉ）対象の参照群、または
（ｉｉ）過去の時点の前記対象
における複数のメンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、請求項１に記載の方法。 The reference fingerprint is
(i) a reference group of interest ; or
(ii) said object at a time in the past;
2. The method of claim 1 , comprising the level and/or presence of a plurality of menstrualome biomarkers in.
（ｉ）医療処置の前または後のもの、あるいは
（ｉｉ）外科手術の前または後のもの
を含む、請求項４に記載の方法。 one of said two or more health conditions,
(i) before or after a medical procedure ; or
(ii) before or after surgery;
5. The method of claim 4 , comprising:
（ｂ）前記第２の試料から、生体物質を分離するステップ；および (b) separating biological material from the second sample; and
（ｃ）第２のメンストルアロームフィンガープリントを構築するステップであって、前記第２のメンストルアロームフィンガープリントが、前記第２の試料からの前記生体物質中の複数の前記メンストルアロームバイオマーカーのレベルおよび／または存在を含む、ステップ (c) constructing a second menstrualome fingerprint, the second menstrualome fingerprint comprising a plurality of the menstrualome biomarkers in the biological material from the second sample; steps, including the level and/or presence of
をさらに含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。The method according to any one of claims 1 to 13, further comprising:
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