JPWO2020252472A5 - - Google Patents

Download PDF

Info

Publication number
JPWO2020252472A5
JPWO2020252472A5 JP2021573759A JP2021573759A JPWO2020252472A5 JP WO2020252472 A5 JPWO2020252472 A5 JP WO2020252472A5 JP 2021573759 A JP2021573759 A JP 2021573759A JP 2021573759 A JP2021573759 A JP 2021573759A JP WO2020252472 A5 JPWO2020252472 A5 JP WO2020252472A5
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
muc1
antibody
cell
car
cancer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2021573759A
Other languages
Japanese (ja)
Other versions
JP2022538778A (en
Publication date
Application filed filed Critical
Priority claimed from PCT/US2020/037783 external-priority patent/WO2020252472A2/en
Publication of JP2022538778A publication Critical patent/JP2022538778A/en
Publication of JPWO2020252472A5 publication Critical patent/JPWO2020252472A5/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Description

[本発明1001]
MUC1-SEAドメイン(配列番号1)または該ドメイン上のエピトープに対応するペプチドに結合する、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合フラグメント。
[本発明1002]
配列番号12、13、14、15、16の1つ以上のアミノ酸配列、もしくはその一部分に対応する、V
配列番号17、18、19、20、21の1つ以上のアミノ酸配列、もしくは一部分に対応する、V
またはそれらの任意の組み合わせ
を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1003]
表1に記載されるアミノ酸配列のうちの1つ以上を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1004]
クローンT4E3、G2-2-F8、G1-3-A3、G1-2-B10、G1-1-A1、またはG3-1-D6に対応する、本発明1001の抗体。
[本発明1005]
前記抗体のCDR3が、V -CDR3の末端のアミノ酸配列GMDV、15~20アミノ酸であるV -CDR3、V CDR3の3’末端に単一のアミノ酸挿入を有すること、またはそれらの任意の組み合わせのうちの1つ以上を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1006]
ヒト化されている、または完全ヒトである、本発明1001の抗体。
[本発明1007]
単一特異性または二重特異性である、本発明1001の抗体。
[本発明1008]
一本鎖抗体である、本発明1001の抗体。
[本発明1009]
Fabフラグメント抗体を含む、本発明1001の抗体。
[本発明1010]
1pM~1μMの範囲内の結合親和性を有する、本発明1001の抗体。
[本発明1011]
治療剤に連結された、先行本発明のいずれかの抗体。
[本発明1012]
前記治療剤が、毒素、放射性標識、siRNA、小分子、またはサイトカインである、本発明1010の抗体。
[本発明1013]
前記治療剤が、MMAEである、本発明1011の抗体。
[本発明1014]
本発明1001~1013のいずれかの抗体を産生する、細胞。
[本発明1015]
本発明1001~1013のいずれかの抗体および薬学的に許容される賦形剤を含む、薬学的組成物。
[本発明1016]
本発明1001~1013のいずれかの抗体をコードする、核酸。
[本発明1017]
MUC1-SEAドメイン(配列番号1)または該ドメイン上のエピトープに対応するペプチドに結合する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする、核酸。
[本発明1018]
配列番号23~32に記載の1つ以上のヌクレオチド配列、その一部分、またはそれらの任意の組み合わせを含む、本発明1017の核酸。
[本発明1019]
本発明1017の核酸を含む、ベクター。
[本発明1020]
本発明1019のベクターを含む、細胞。
[本発明1021]
本発明1020の細胞を含む、薬学的組成物。
[本発明1022]
本発明1001~1013のいずれかの抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、キメラ抗原受容体(CAR)。
[本発明1023]
前記抗原結合フラグメントが、scFvまたはFabを含む、本発明1022のCAR。
[本発明1024]
二重特異性CARまたは二重標的化CARを含む、本発明1022のCAR。
[本発明1025]
本発明1022~1024のCARを含む、細胞。
[本発明1026]
T細胞を含む、本発明1025の細胞。
[本発明1027]
抗体またはそのフラグメントをさらに分泌する、本発明1023の細胞。
[本発明1028]
前記分泌された抗体が、モノクローナル抗体を含む、本発明1027の細胞。
[本発明1029]
前記分泌された抗体が、免疫チェックポイント遮断抗体を含む、本発明1027の細胞。
[本発明1030]
前記分泌された抗体が、対象の免疫系を調節する、本発明1027の細胞。
[本発明1031]
本発明1025の細胞および薬学的に許容される賦形剤を含む、薬学的組成物。
[本発明1032]
本発明1022~1024のCARをコードする、核酸。
[本発明1033]
キメラ抗原受容体(CAR)をコードする核酸を含む、操作されたT細胞であって、該キメラ抗原受容体が、MUC1-SEAドメインに特異的である、操作されたT細胞。
[本発明1034]
前記CARが、scFvまたはFabを含む、本発明1033の操作されたT細胞。
[本発明1035]
前記CARが、二重特異性CARを含む、本発明1033の操作されたT細胞。
[本発明1036]
前記核酸が、
前記操作された細胞から分泌され得るそのフラグメントの抗体を含む、ポリペプチド
をさらにコードする、本発明1033の操作されたT細胞。
[本発明1037]
本発明1033~1036のいずれかの操作されたT細胞および薬学的に許容される賦形剤を含む、薬学的組成物。
[本発明1038]
がんに罹患している対象を治療するための方法であって、がんに罹患している該対象に、本発明1001~1013のいずれかの抗体または本発明1033~1036のいずれかの細胞を含む組成物を投与することを含む、方法。
[本発明1039]
前記がんが、MUC1、メソテリン、および/または他の腫瘍関連抗原を発現する、本発明1038の方法。
[本発明1040]
前記がんが、上皮がんを含む、本発明1038の方法。
[本発明1041]
前記上皮がんが、乳がん、基底細胞がん、腺がん、胃腸がん、口唇がん、口がん、食道がん、小腸がんおよび胃がん、結腸がん、肝臓がん、膀胱がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮頸がん、肺がん、乳がんおよび皮膚がん、例えば、扁平上皮細胞および基底細胞がん、前立腺がん、腎細胞がん、ならびに全身の上皮細胞に影響を与える他の既知のがんを含む、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記対象に化学療法剤を投与することをさらに含む、本発明1038の方法。
[本発明1043]
MUC1発現がんを有する対象を選択することをさらに含む、本発明1038の方法。
[本発明1044]
前記抗体または細胞が、MUC1発現がん細胞のアポトーシスを誘導する、本発明1038の方法。
[本発明1045]
がん細胞のアポトーシスを誘導するための方法であって、該がん細胞を、本発明1001~1013のいずれかの抗体または本発明1022~1024のいずれかのCARと接触させることを含む、方法。
[本発明1046]
前記がん細胞が、その表面にMUC1-SEAを含有する、本発明1045の方法。
本発明の他の目的および利点は、その後の記載から容易に明らかになるであろう。
[Invention 1001]
An isolated monoclonal antibody or antigen-binding fragment thereof that binds to the MUC1-SEA domain (SEQ ID NO: 1) or a peptide corresponding to an epitope on said domain.
[Invention 1002]
V H , which corresponds to one or more of the amino acid sequences of SEQ ID NOs: 12, 13, 14, 15, 16, or a portion thereof ;
V L , which corresponds to one or more amino acid sequences, or portions of SEQ ID NOS: 17, 18, 19, 20, 21 ;
or any combination thereof
The antibody of the invention 1001, comprising:
[Invention 1003]
An antibody of the invention 1001 comprising one or more of the amino acid sequences listed in Table 1.
[Invention 1004]
An antibody of the invention 1001 corresponding to clone T4E3, G2-2-F8, G1-3-A3, G1-2-B10, G1-1-A1, or G3-1-D6.
[Invention 1005]
wherein the CDR3 of said antibody has the amino acid sequence GMDV at the end of the VH-CDR3, a VH-CDR3 that is 15-20 amino acids, a single amino acid insertion at the 3' end of the V L CDR3 , or any of these Antibodies of the invention 1001, including one or more of the combinations.
[Invention 1006]
An antibody of the invention 1001 that is humanized or fully human.
[Invention 1007]
The antibody of the invention 1001, which is monospecific or bispecific.
[Invention 1008]
The antibody of the invention 1001, which is a single chain antibody.
[Invention 1009]
Antibodies of the invention 1001, including Fab fragment antibodies.
[Invention 1010]
An antibody of the invention 1001 having a binding affinity in the range of 1 pM to 1 μM.
[Invention 1011]
An antibody of any preceding invention linked to a therapeutic agent.
[Invention 1012]
1010. The antibody of the invention 1010, wherein said therapeutic agent is a toxin, radiolabel, siRNA, small molecule, or cytokine.
[Invention 1013]
1011. The antibody of the invention 1011, wherein said therapeutic agent is MMAE.
[Invention 1014]
A cell that produces the antibody of any one of the inventions 1001-1013.
[Invention 1015]
A pharmaceutical composition comprising an antibody of any of the inventions 1001-1013 and a pharmaceutically acceptable excipient.
[Invention 1016]
A nucleic acid encoding the antibody of any of the inventions 1001-1013.
[Invention 1017]
A nucleic acid encoding an isolated monoclonal antibody or antigen-binding fragment thereof that binds to the MUC1-SEA domain (SEQ ID NO: 1) or a peptide corresponding to an epitope on said domain.
[Invention 1018]
A nucleic acid of the invention 1017 comprising one or more nucleotide sequences set forth in SEQ ID NOs:23-32, portions thereof, or any combination thereof.
[Invention 1019]
A vector comprising the nucleic acid of the invention 1017.
[Invention 1020]
A cell containing the vector of the present invention 1019.
[Invention 1021]
A pharmaceutical composition comprising the cells of the invention 1020.
[Invention 1022]
A chimeric antigen receptor (CAR) comprising an antibody or antigen-binding fragment thereof of any of the inventions 1001-1013.
[Invention 1023]
The CAR of the invention 1022, wherein said antigen-binding fragment comprises a scFv or Fab.
[Invention 1024]
CARs of the invention 1022, including bispecific or dual targeting CARs.
[Invention 1025]
A cell comprising the CAR of the invention 1022-1024.
[Invention 1026]
Cells of the invention 1025, including T cells.
[Invention 1027]
A cell of the invention 1023 which further secretes an antibody or fragment thereof.
[Invention 1028]
1027. The cell of the invention 1027, wherein said secreted antibody comprises a monoclonal antibody.
[Invention 1029]
1027. The cell of the invention 1027, wherein said secreted antibody comprises an immune checkpoint blocking antibody.
[Invention 1030]
1027. The cell of the invention 1027, wherein said secreted antibody modulates the subject's immune system.
[Invention 1031]
A pharmaceutical composition comprising cells of the invention 1025 and a pharmaceutically acceptable excipient.
[Invention 1032]
A nucleic acid encoding the CAR of the invention 1022-1024.
[Invention 1033]
An engineered T cell comprising a nucleic acid encoding a chimeric antigen receptor (CAR), wherein the chimeric antigen receptor is specific for the MUC1-SEA domain.
[Invention 1034]
1033. The engineered T cell of the invention 1033, wherein said CAR comprises a scFv or Fab.
[Invention 1035]
The engineered T cell of the invention 1033, wherein said CAR comprises a bispecific CAR.
[Invention 1036]
the nucleic acid is
a polypeptide comprising an antibody that is a fragment thereof that can be secreted from said engineered cell
The engineered T cell of the invention 1033 further encoding a
[Invention 1037]
A pharmaceutical composition comprising the engineered T cells of any of the inventions 1033-1036 and a pharmaceutically acceptable excipient.
[Invention 1038]
A method for treating a subject suffering from cancer, comprising administering to the subject suffering from cancer the antibody of any of the inventions 1001-1013 or the cell of any of the inventions 1033-1036 A method comprising administering a composition comprising
[Invention 1039]
1038. The method of the invention 1038, wherein said cancer expresses MUC1, mesothelin, and/or other tumor-associated antigens.
[Invention 1040]
1038. The method of the invention 1038, wherein said cancer comprises epithelial carcinoma.
[Invention 1041]
The epithelial cancer is breast cancer, basal cell carcinoma, adenocarcinoma, gastrointestinal cancer, lip cancer, mouth cancer, esophageal cancer, small intestine cancer and gastric cancer, colon cancer, liver cancer, bladder cancer , pancreatic, ovarian, cervical, lung, breast and skin cancers, including squamous and basal cell carcinoma, prostate cancer, renal cell carcinoma, and epithelial cells throughout the body. The method of the invention 1040, including other known cancers that give.
[Invention 1042]
The method of invention 1038, further comprising administering a chemotherapeutic agent to said subject.
[Invention 1043]
1038. The method of the invention 1038, further comprising selecting a subject with a MUC1-expressing cancer.
[Invention 1044]
1038. The method of the invention 1038, wherein said antibody or cell induces apoptosis of MUC1-expressing cancer cells.
[Invention 1045]
A method for inducing apoptosis of cancer cells, comprising contacting the cancer cells with the antibody of any of inventions 1001-1013 or the CAR of any of inventions 1022-1024. .
[Invention 1046]
1045. The method of the present invention 1045, wherein said cancer cells contain MUC1-SEA on their surface.
Other objects and advantages of the present invention will become readily apparent from the ensuing description.

2つの抗MUC1-C scFv-Fcの用量応答曲線を示す。T4E3 scFv-Fcは、3D1 scFv-Fcよりも6倍低いEC50を示す。用量応答曲線は、scFv-Fcの段階希釈物をHCT116-MUC1(MUC1-C+)またはHCT116-v(MUC1-)結腸がん細胞株とインキュベートし、続いて二次抗ヒトFc-FITC抗体とインキュベートし、フローサイトメトリーによって結合を検出することによって生成された。Dose-response curves of two anti-MUC1-C scFv-Fc are shown. T4E3 scFv-Fc exhibits a 6-fold lower EC50 than 3D1 scFv-Fc. Dose-response curves were obtained by incubating serial dilutions of scFv-Fc with HCT116-MUC1 (MUC1-C+) or HCT116-v (MUC1-) colon cancer cell lines followed by secondary anti-human Fc-FITC antibody. and detected binding by flow cytometry. 抗MUC1-C CAR T細胞3D1-ZsGreenおよびT4E3-ZsGreenによる腫瘍細胞殺滅を示す。細胞殺滅アッセイは、細胞殺滅を視覚化するためにCeligoイメージングサイトメーターを利用する。蛍光タンパク質を発現するがん細胞株:HCT116-v、HCT116-MUC1、およびCOV362は、96ウェルプレートにおいて播種され(3000細胞/ウェル)、10:1または2:1のエフェクター対標的(E:T)比でT細胞とインキュベートされる。プレートは、22時間および42時間後に画像化される。細胞生存率は、mCardinal+細胞を数えることによって計算することができる。mCardinalシグナルの喪失は、がん細胞死を示す。結腸がん細胞株HCT116-vは、MUC1-Cを発現しないが、HCT116-MUC1およびCOV362は、100%MUC1-C陽性である。X48-ZsGreenは、利用されるがん細胞株のいずれにも見られないCXCR4を標的とするCAR T細胞である。注-T細胞の利用可能性のため、T4E3-ZsGreen CAR T細胞は、HCT116-MUC1がん細胞とインキュベートされなかった。Tumor cell killing by anti-MUC1-C CAR T cells 3D1-ZsGreen and T4E3-ZsGreen. The cell killing assay utilizes a Celigo Imaging Cytometer to visualize cell killing. Cancer cell lines expressing fluorescent proteins: HCT116-v, HCT116-MUC1, and COV362 were seeded (3000 cells/well) in 96-well plates with 10:1 or 2:1 effector to target (E:T ) ratio with T cells. Plates are imaged after 22 and 42 hours. Cell viability can be calculated by counting mCardinal+ cells. Loss of mCardinal signal indicates cancer cell death. Colon cancer cell line HCT116-v does not express MUC1-C, whereas HCT116-MUC1 and COV362 are 100% MUC1-C positive. X48-ZsGreen is a CAR T cell targeting CXCR4 that is not found in any of the cancer cell lines utilized. Note - T4E3-ZsGreen CAR T cells were not incubated with HCT116-MUC1 cancer cells due to T cell availability. 図3は、T4E3腫瘍細胞殺滅実験設計を示す。がん細胞は、200μLのRPMI-1640+10%FBS+20mM HEPESにおいてウェルあたり3000で播種される。それらは、300gで5分間スピンダウンされ、その後Celigoイメージングサイトメーターで画像化される。100μLの培地は、ウェルの各々から除去され、T細胞は、以下のプレートマップに従って10:1または2:1のE:T比で添加される。T4E3細胞の不足のため、T4E3は、COV362の2つのウェルおよびHCT116-vの1つのウェルにのみ指定されたE:T比で添加した。T細胞寿命を確保するために、IL-21(30ng/mL)も培養物に添加した。T細胞の添加直後に、プレートを画像化した。プレートはまた、T細胞添加の7時間後、22時間後、および42時間後に画像化した。本明細書に含まれるものは、プレートマップであり、Xは、示されたCAR T細胞を受けるウェルを示す。Figure 3 shows the T4E3 tumor cell killing experimental design. Cancer cells are seeded at 3000 per well in 200 μL RPMI-1640+10% FBS+20 mM HEPES. They are spun down at 300 g for 5 minutes and then imaged on a Celigo imaging cytometer. 100 μL of medium is removed from each well and T cells are added at an E:T ratio of 10:1 or 2:1 according to the plate map below. Due to lack of T4E3 cells, T4E3 was added only to two wells of COV362 and one well of HCT116-v at the indicated E:T ratio. IL-21 (30 ng/mL) was also added to the cultures to ensure T cell longevity. Plates were imaged immediately after addition of T cells. Plates were also imaged at 7, 22, and 42 hours after T cell addition. Included here are plate maps, with Xs indicating wells receiving the indicated CAR T cells. 図3-1の説明を参照のこと。See description of Figure 3-1. 図3-1の説明を参照のこと。See description of Figure 3-1. 抗MUC-1-SEA scFvの発見を示す。Shown is the discovery of anti-MUC-1-SEA scFv. 図5は、T4E3 scFv CAR T対3D1 scFv CAR T殺滅を示す。Figure 5 shows T4E3 scFv CAR T versus 3D1 scFv CAR T killing. 図5-1の説明を参照のこと。See description of Figure 5-1. 用量依存的な殺滅を示す。Shows dose-dependent killing. 図7は、遺伝子割り当てを示す。FIG. 7 shows gene assignments. 図7-1の説明を参照のこと。See description of Figure 7-1. 図7-1の説明を参照のこと。See description of Figure 7-1. MUC1-SEAのアノテーションされた構造(配列番号1)を示す。Shown is the annotated structure of MUC1-SEA (SEQ ID NO: 1) . 図9は、抗MUC1抗体アミノ酸配列(それぞれ出現順に、配列番号135、12、13、15、14、136、16、137、17、18、21、20、138、19、139、48、および140~145)のアラインメントを示す。Figure 9 shows the anti-MUC1 antibody amino acid sequences (SEQ ID NOs: 135, 12, 13, 15, 14, 136, 16, 137, 17, 18, 21, 20, 138, 19, 139, 48, and 140, respectively, in order of appearance). 145) . 図9-1の説明を参照のこと。See description of Figure 9-1. 図9-1の説明を参照のこと。See description of Figure 9-1. 図9-1の説明を参照のこと。See description of Figure 9-1. 図10は、抗MUC1抗体CDR3領域の分析を示す。図は、それぞれ出現順に配列番号146~158および120を開示している。 Figure 10 shows analysis of the anti-MUC1 antibody CDR3 regions. The figures disclose SEQ ID NOs: 146-158 and 120, respectively, in order of appearance. 図10-1の説明を参照のこと。See description of Figure 10-1. 図11は、上皮性卵巣がんの正確な情報を示す。https://www.cancer.org/content/dam/cancer-org/research/cancer-facts-and-statistics/annual-cancer-facts-and-figures/2018/cancer-facts-and-figures-special-section-ovarian-cancer-2018.pdf。FIG. 11 shows accurate information for epithelial ovarian cancer. https://www. cancer. org/content/dam/cancer-org/research/cancer-facts-and-statistics/annual-cancer-facts-and-figures/2018/cancer-facts-and-figures-special-section-ovarian-cancer-2018. pdf. 図11-1の説明を参照のこと。See description of Figure 11-1. 図12は、上皮性卵巣がんの治療を示す。FIG. 12 shows treatment of epithelial ovarian cancer. 図12-1の説明を参照のこと。See description of Figure 12-1. 図13は、卵巣がんの免疫抑制微小環境がCAR T細胞有効性を妨げることを示す。FIG. 13 shows that the immunosuppressive microenvironment of ovarian cancer interferes with CAR T cell efficacy. 図13-1の説明を参照のこと。See description of Figure 13-1. 卵巣がん微小環境におけるTregがCAR T細胞有効性を妨げることを示す。Tregは、例えば、腫瘍特異的T細胞および樹状細胞の抑制による卵巣がんにおける腫瘍進行、TGF-ベータおよびIL-10の分泌によるT細胞増殖の遮断、ならびにTILへの阻害シグナルの伝達をもたらす、Treg上のCTLA-4の高発現に寄与する。We show that Tregs in the ovarian cancer microenvironment interfere with CAR T cell efficacy. Tregs lead to tumor progression in ovarian cancer, for example, by suppressing tumor-specific T cells and dendritic cells, blocking T cell proliferation by secreting TGF-beta and IL-10, and transmitting inhibitory signals to TILs. , contribute to the high expression of CTLA-4 on Tregs. 図15は、固形腫瘍の治療のためのCAR T細胞工場を示す。Figure 15 shows CAR T cell factories for treatment of solid tumors. 図15-1の説明を参照のこと。See description of Figure 15-1. 図15-1の説明を参照のこと。See description of Figure 15-1. 図16は、卵巣がんCAR T細胞工場成分の選択を示す。一実施形態では、標的指向成分は、抗MUC1-C-CARを含み、ペイロードは、抗CCR4抗体を含む。理論によって縛られることを望むことなしに、MUC1-C CAR T細胞工場は、MUC1+腫瘍に移動し、免疫抑制性卵巣がん腫瘍微小環境を逆転させ、腫瘍細胞死をもたらすであろう。Figure 16 shows selection of ovarian cancer CAR T cell factory components. In one embodiment, the targeting component comprises anti-MUC1-C-CAR and the payload comprises an anti-CCR4 antibody. Without wishing to be bound by theory, MUC1-C CAR T cell factories may migrate to MUC1+ tumors and reverse the immunosuppressive ovarian cancer tumor microenvironment, resulting in tumor cell death. 図16-1の説明を参照のこと。See description of Figure 16-1. 図17は、MUC1-C CAR T細胞療法と併用することができる抗CCR4 CAR T細胞の開発を示す。Figure 17 shows the development of anti-CCR4 CAR T cells that can be used in combination with MUC1-C CAR T cell therapy. 図17-1の説明を参照のこと。See description of Figure 17-1. 図18は、抗MUC1-C抗体h3D1 IgG(Kufe研究室提供)のMUC1-C末端ドメインおよび結合エピトープの概略図を示す。Figure 18 shows a schematic representation of the MUC1-C-terminal domain and binding epitope of anti-MUC1-C antibody h3D1 IgG (provided by Kufe lab). 図18-1の説明を参照のこと。See description of Figure 18-1. 図19は、CAR親和性の効果およびCARエピトープの効果を示す。例えば、CARの親和性は、T細胞活性化、殺滅率、および健常組織とがん性組織とを区別するCARの能力に影響を与える。さらに、膜近位CARがより低い結合効率を有する場合でも、CARが抗原上の膜近位エピトープを認識すると、より効率的なT細胞活性化が起こる。Figure 19 shows the effect of CAR affinity and the effect of CAR epitope. For example, CAR affinity affects T cell activation, killing rates, and the CAR's ability to distinguish between healthy and cancerous tissue. Furthermore, even though membrane-proximal CARs have lower binding efficiencies, more efficient T-cell activation occurs when CARs recognize membrane-proximal epitopes on antigens. 図19-1の説明を参照のこと。See description of Figure 19-1. 図20は、h3D1 IgGのscFvへの変換後の親和性の低減を示す。細胞株への結合後のscFv-Fcの親和性の喪失は、初期MUC-1C CAR T細胞の努力を妨げた。3D1 scFv-Fcおよび3D1 IgGの親和性の定量化。図は配列番号159を開示している。 Figure 20 shows affinity reduction after conversion of h3D1 IgG to scFv. Loss of affinity of scFv-Fc after binding to cell lines hampered the efforts of early MUC-1C CAR T cells. Affinity quantification of 3D1 scFv-Fc and 3D1 IgG. The figure discloses SEQ ID NO:159. 図20-1の説明を参照のこと。See description of Figure 20-1. MUC1-SEAを含む構築物のアミノ酸配列(配列番号1)を示す。Shown is the amino acid sequence (SEQ ID NO: 1) of a construct containing MUC1-SEA. 図22は、MUC1-SEAドメインを含む、全長MUC1を示す。MUC1-SEAドメインは、保存されたGVVS配列(配列番号33)で自己タンパク質分解による自己切断を受ける。矢印によって示されるように、切断は、Gの後およびVの前で起こる。図は、それぞれ出現順に配列番号160、34、および161を開示している。 Figure 22 shows full-length MUC1, including the MUC1-SEA domain. The MUC1-SEA domain undergoes autoproteolytic self-cleavage at the conserved GVVS sequence (SEQ ID NO:33) . Cleavage occurs after G and before V, as indicated by the arrows. The figures disclose SEQ ID NOs: 160, 34, and 161, respectively, in order of appearance. 図22-1の説明を参照のこと。See description of Figure 22-1. Muc1-SEA精製を示す。Muc1-SEAは、BL21(DE3)細胞においてpET28aベクターから発現された。タンパク質は、N末端Hisタグ(Ni-NTA樹脂)を介して精製した。pET28a-MUC1(sea)を有する125mlのBL21(DE3)をOD 0.6まで継代培養し、0.1または0.5mMいずれかのIPTGで誘導した。培養物を30℃で一晩成長させ、9000rpmでペレット化した。ペレットを4mLのB-PERに再懸濁した後、15分間超音波処理した(30/59秒オン/オフサイクル)。溶解された細胞をスピンダウンし、上清をNi-NTA結合バッファー(20mMイミダゾール)で50:50に希釈した後、Ni-NTA樹脂と1時間インキュベートした。樹脂は、収集し、結合バッファー(20mMイミダゾール)で洗浄した後、250mMイミダゾールで溶出した。収集されたタンパク質は、長期貯蔵のためにPBSにバッファー交換した。視覚化のために、すべての試料は、4倍LDSローディング色素で調製した。試料1~5は、還元されず、試料6は、10%BMEで還元される。Mucl-SEA purification is shown. Mucl-SEA was expressed from the pET28a vector in BL21(DE3) cells. Proteins were purified via an N-terminal His-tag (Ni-NTA resin). 125 ml of BL21(DE3) harboring pET28a-MUC1(sea) were subcultured to OD 0.6 and induced with either 0.1 or 0.5 mM IPTG. Cultures were grown overnight at 30° C. and pelleted at 9000 rpm. The pellet was resuspended in 4 mL of B-PER and then sonicated for 15 minutes (30/59 sec on/off cycle). Lysed cells were spun down and the supernatant was diluted 50:50 with Ni-NTA binding buffer (20 mM imidazole) and then incubated with Ni-NTA resin for 1 hour. The resin was collected, washed with binding buffer (20 mM imidazole) and then eluted with 250 mM imidazole. Collected proteins were buffer exchanged into PBS for long-term storage. For visualization, all samples were prepared with 4x LDS loading dye. Samples 1-5 are not reduced and sample 6 is reduced with 10% BME. Muc1-SEA自己切断を示す。4~12%Boltゲルは、MESバッファー中で泳動した。試料は、特に指定がない限り、非還元性であった(10%BME)。MBP-Muc1(約4ug)を除いて、約5ugを各ウェルに装填した。約6kDaの非常にかすかなバンドは、切断産物であり得る。Mucl-SEA autocleavage is shown. 4-12% Bolt gels were run in MES buffer. Samples were non-reducing (10% BME) unless otherwise specified. Approximately 5 ug was loaded into each well, except for MBP-Muc1 (approximately 4 ug). A very faint band of approximately 6 kDa could be a cleavage product. h3D1結合を示す。Nunc maxisorbプレートは、PBS中の1μg/mlのMuc1-SEAで一晩4℃でコーティングした。翌日、プレートは、4%ミルク-PBSで2時間37℃でブロックした。次いで、ブロッキング溶液を捨て、2%ミルク-PBST中の適切な抗体希釈物で置き換えた。抗体溶液を37℃で1時間インキュベートした後、PBSTで6回洗浄した。抗ヒトFc-HRP二次を使用して、3D1結合を検出した(2%ミルク-PBSTで1:100k希釈)。37℃での1時間のインキュベーション後、プレートをPBSTで6回洗浄し、TMB基質を加えた。反応は、ストップバッファーの添加によってクエンチし、450nmで読み取った。h3D1 binding is shown. Nunc maxisorb plates were coated with 1 μg/ml Muc1-SEA in PBS overnight at 4°C. The following day, plates were blocked with 4% milk-PBS for 2 hours at 37°C. The blocking solution was then discarded and replaced with the appropriate antibody dilution in 2% milk-PBST. After incubating the antibody solution at 37° C. for 1 hour, it was washed 6 times with PBST. 3D1 binding was detected using an anti-human Fc-HRP secondary (1:100k dilution in 2% milk-PBST). After 1 hour incubation at 37° C., plates were washed 6 times with PBST and TMB substrate was added. Reactions were quenched by the addition of stop buffer and read at 450 nm. 図26は、MUC1パニング要約を示す。FIG. 26 shows the MUC1 panning summary. 図26-1の説明を参照のこと。See description of Figure 26-1. 2つの抗MUC1-C scFv-Fcの用量応答曲線を示す。T4E3 scFv-Fcは、3D1 scFv-Fcよりも6倍低いEC50を示す。用量応答曲線は、scFv-Fcの段階希釈物をHCT116-MUC1(MUC1-C+)またはHCT116-v(MUC1-)結腸がん細胞株とインキュベートし、続いて二次抗ヒトFc-FITC抗体とインキュベートし、フローサイトメトリーによって結合を検出することによって生成された。Dose-response curves of two anti-MUC1-C scFv-Fc are shown. T4E3 scFv-Fc exhibits a 6-fold lower EC50 than 3D1 scFv-Fc. Dose-response curves were obtained by incubating serial dilutions of scFv-Fc with HCT116-MUC1 (MUC1-C+) or HCT116-v (MUC1-) colon cancer cell lines followed by secondary anti-human Fc-FITC antibody. and detected binding by flow cytometry. 抗MUC1-SEA scFvの結合特性を示す。Binding properties of anti-MUC1-SEA scFv are shown. FR1-CDR2のアラインメントを示す。図は、それぞれ出現順に配列番号135、12、13、15、14、136、16、137、17、18、21、20、138、および19のFR1-CDR2を開示している。 FR1-CDR2 alignment is shown. The figures disclose FR1-CDR2 of SEQ ID NOs: 135, 12, 13, 15, 14, 136, 16, 137, 17, 18, 21, 20, 138, and 19, respectively, in order of appearance. FR3-FR4のアラインメントを示す。図は、それぞれ出現順に配列番号135、12、13、15、14、136、16、137、17、18、21、20、138、および19のFR3-FR4を開示している。 Alignment of FR3-FR4 is shown. The figures disclose FR3-FR4 of SEQ ID NOs: 135, 12, 13, 15, 14, 136, 16, 137, 17, 18, 21, 20, 138, and 19, respectively, in order of appearance. 図31は、T4E3 scFv CAR T対3D1 scFv CAR T殺滅を示す。結腸がん細胞株HCT116-vは、対照、MUC1-細胞株である。COV362は、MUC1+細胞株である。mAb2-3は、対照、抗CCR4抗体である。Figure 31 shows T4E3 scFv CAR T versus 3D1 scFv CAR T killing. Colon cancer cell line HCT116-v is the control, MUC1- cell line. COV362 is a MUC1+ cell line. mAb 2-3 is a control, anti-CCR4 antibody. 図31-1の説明を参照のこと。See description of Figure 31-1. 用量依存的な殺滅を示す。HCT116-vは、対照、MUC1-細胞株である。COV362は、MUC1+細胞株である。mAb2-3は、対照、抗CCR4抗体である。Shows dose-dependent killing. HCT116-v is the control, MUC1- cell line. COV362 is a MUC1+ cell line. mAb 2-3 is a control, anti-CCR4 antibody. 抗MUC1-C CAR T細胞3D1-ZsGreenおよびT4E3-ZsGreenによる腫瘍細胞殺滅を示す。細胞殺滅アッセイは、細胞殺滅を視覚化するためにCeligoイメージングサイトメーターを利用する。蛍光タンパク質を発現するがん細胞株:HCT116-v、HCT116-MUC1、およびCOV362は、96ウェルプレートにおいて播種され(3000細胞/ウェル)、10:1または2:1のエフェクター対標的(E:T)比でT細胞とインキュベートされる。プレートは、22時間および42時間後に画像化される。細胞生存率は、mCardinal+細胞を数えることによって計算することができる。mCardinalシグナルの喪失は、がん細胞死を示す。結腸がん細胞株HCT116-vは、MUC1-Cを発現しないが、HCT116-MUC1およびCOV362は、100%MUC1-C陽性である。X48-ZsGreenは、利用されるがん細胞株のいずれにも見られないCXCR4を標的とするCAR T細胞である。Tumor cell killing by anti-MUC1-C CAR T cells 3D1-ZsGreen and T4E3-ZsGreen. The cell killing assay utilizes a Celigo Imaging Cytometer to visualize cell killing. Cancer cell lines expressing fluorescent proteins: HCT116-v, HCT116-MUC1, and COV362 were seeded (3000 cells/well) in 96-well plates with 10:1 or 2:1 effector to target (E:T ) ratio with T cells. Plates are imaged after 22 and 42 hours. Cell viability can be calculated by counting mCardinal+ cells. Loss of mCardinal signal indicates cancer cell death. Colon cancer cell line HCT116-v does not express MUC1-C, whereas HCT116-MUC1 and COV362 are 100% MUC1-C positive. X48-ZsGreen is a CAR T cell targeting CXCR4 that is not found in any of the cancer cell lines utilized. Tregおよび腫瘍細胞を同様に殺滅するMUC1-CCR4二重標的CARのCAR挿入マップを示す。CAR insertion map of MUC1-CCR4 dual-targeting CAR that kills Tregs and tumor cells alike. 図35は、Tregおよび腫瘍細胞を同様に殺滅するMUC1-CCR4二重標的CARのベクターマップを示す。Figure 35 shows a vector map of the MUC1-CCR4 dual targeting CAR that kills Tregs and tumor cells alike. 図35-1の説明を参照のこと。See description of Figure 35-1. 図36は、Fab構築物を生成するF2Aの利用を示す。図は、それぞれ出現順に配列番号163~174としての配列のアライメント、および配列番号162としての「RAKRSGSG」を開示している。 Figure 36 shows the use of F2A to generate Fab constructs. The figure discloses an alignment of the sequences as SEQ ID NOS: 163-174 and "RAKRSGSG" as SEQ ID NO: 162, respectively, in order of appearance. 図36-1の説明を参照のこと。See description of Figure 36-1. 図36-1の説明を参照のこと。See description of Figure 36-1. 図37は、初期設計構築物設計の分析を示す。Figure 37 shows an analysis of the initial design construct design. 図37-1の説明を参照のこと。See description of Figure 37-1. F105リーダーを使用したFab設計の戦略を示す。構築物において、初期B細胞受容体設計が重鎖の発現のためのVHリーダーの代わりにpHAGEベクターにあるF105リーダーを使用したという観察に基づいて、リーダー配列が変更された。加えて、Fabの同一性は、HAステムに結合する、市販の抗血球凝集素抗体Medi8852に変更された。図は、配列番号162としての「RAKRSGSG」を開示している。 A strategy for Fab design using the F105 reader is shown. In the construct the leader sequence was changed based on the observation that the initial B-cell receptor design used the F105 leader in the pHAGE vector instead of the VH leader for heavy chain expression. Additionally, the identity of the Fab was changed to the commercial anti-hemagglutinin antibody Medi8852, which binds to the HA stem. The figure discloses "RAKRSGSG" as SEQ ID NO:162. Medi8852がHAステムに結合するが、MUC1-SEAに結合しないことを示す。Medi8852 binds to the HA stem but not to MUC1-SEA. Medi8852 Fab F105構築物にクローン化され、結合および発現について評価されたmAb2-3 Fabおよび3D1 Fabを示す。mAb2-3および3D1 Fabの両方がそれぞれのscFvよりも高いEC50を有することが観察された。Shown are mAb2-3 Fab and 3D1 Fab cloned into the Medi8852 Fab F105 construct and evaluated for binding and expression. Both mAb2-3 and 3D1 Fab were observed to have higher EC50 than their respective scFv. Medi8852 Fab F105構築物にクローン化され、フローサイトメトリーによって結合および発現について評価されたmAb2-3 Fabおよび3D1 Fabを示す。各値は、3つの複製の平均を表す。Shown are mAb2-3 and 3D1 Fabs cloned into the Medi8852 Fab F105 construct and assessed for binding and expression by flow cytometry. Each value represents the average of three replicates. ラムダ軽鎖を有するFab(抗Muc1 T4E3 Fab)を生成するために拡張されたMedia8852構築物を示す。結果は、scFvよりも低い親和性を有するFabの例を示す。Media8852 construct extended to generate Fab with lambda light chain (anti-Muc1 T4E3 Fab). The results show examples of Fabs with lower affinities than scFv. Fab CAR T細胞殺滅を示す。Fab CAR T細胞は、scFv CAR T細胞よりも低い効率でMUC1+腫瘍細胞を殺滅する。Fab CAR T cell killing is shown. Fab CAR T cells kill MUC1+ tumor cells with lower efficiency than scFv CAR T cells. 図44は、二重特異性クロスオーバーFabの実施形態を示す。L1、L2、L3、およびL4は、リンカーの非限定的な例を指す。図は、配列番号162としての「RAKRSGSG」、配列番号175としての「(Gly) 」、および配列番号176としての「(Gly) 」を開示している。 Figure 44 shows an embodiment of a bispecific crossover Fab. L1, L2, L3, and L4 refer to non-limiting examples of linkers. The figure discloses "RAKRSGSG" as SEQ ID NO:162, "(Gly) 7 " as SEQ ID NO:175, and "(Gly) 5 " as SEQ ID NO:176 . 図44-1の説明を参照のこと。See description of Figure 44-1. 図45は、二重特異性クロスオーバーFabの実施形態を示す。すべての値は、3つの複製の平均である。Figure 45 shows an embodiment of a bispecific crossover Fab. All values are the average of three replicates. 図45-1の説明を参照のこと。See description of Figure 45-1. 図46は、結合についての用量応答曲線を示す。Figure 46 shows dose response curves for binding. 図46-1の説明を参照のこと。See description of Figure 46-1. (A)単一特異性抗MUC1-Cのレンチウイルス構築物および(B)抗メソテリンCAR T細胞を示す。(C)二重特異性抗MUC1-C/メソテリンCAR T細胞のレンチウイルス構築物。(D)二重特異性抗MUC1-C/メソテリンCAR T細胞工場のレンチウイルス構築物。(E)抗MUC1-C/メソテリンCAR T工場作用機序の略図表現。(A) Monospecific anti-MUC1-C lentiviral constructs and (B) anti-mesothelin CAR T cells. (C) Lentiviral constructs of bispecific anti-MUC1-C/mesothelin CAR T cells. (D) Lentiviral construct of a bispecific anti-MUC1-C/mesothelin CAR T cell factory. (E) Schematic representation of anti-MUC1-C/mesothelin CAR T factory mechanism of action. (上のパネル)染色されていない対照(赤)と比較され、Ovcar-4が11.4%メソテリン+であり、COV362が54.2%メソテリン+であることを明らかにする、抗メソテリンAPC(青)で染色されたOvcar-4およびCOV362のフローサイトメトリーヒストグラム(下のパネル)233nMの抗MUC1-C h3D1 IgGで染色され、続いて抗ヒトFc-FITC二次染色によって、Ovcar-4が46.1%MUC1-C+であり、COV362が85.5%MUC1-C+であることを明らかにする、Ovcar-4およびCOV362のフローサイトメトリーヒストグラムを示す。(Upper panel) Anti-mesothelin APC (anti-mesothelin APC), compared to unstained controls (red), revealing that Ovcar-4 is 11.4% mesothelin+ and COV362 is 54.2% mesothelin+. Flow cytometry histograms of Ovcar-4 and COV362 stained with (blue) (bottom panel) stained with 233 nM anti-MUC1-C h3D1 IgG followed by anti-human Fc-FITC secondary staining revealed that Ovcar-4 Flow cytometry histograms of Ovcar-4 and COV362 revealing 0.1% MUC1-C+ and COV362 85.5% MUC1-C+. (A)卵巣がん転移を示すことにおけるその有用性を強調する、卵巣がんの同所性マウスモデルの略画表現を示す。(B)同所性卵巣腫瘍を有する5匹のマウスから得られた腫瘍および卵巣。上のマウスの腫瘍は、高異型度漿液性卵巣がん(HGSC)細胞株Ovcar-4(350,000細胞/マウス)から生成され、下の4つの卵巣および腫瘍は、HGSC細胞株COV362(500,000細胞/マウス)から生成された。(A) Shows a schematic representation of an orthotopic mouse model of ovarian cancer, highlighting its utility in indicating ovarian cancer metastasis. (B) Tumors and ovaries from 5 mice bearing orthotopic ovarian tumors. Top mouse tumors were generated from the high-grade serous ovarian cancer (HGSC) cell line Ovcar-4 (350,000 cells/mouse), bottom four ovaries and tumors were generated from the HGSC cell line COV362 (500 cells/mouse). ,000 cells/mouse). 図50は、(A)転移および腫瘍微小環境の研究を可能にする、同所性ヒト化マウスモデルの略図表現、(B)腎細胞がんのヒト化NSG-SGM3マウスモデルにおけるCD45+白血球のマッピングを示すt-SNE 2D散布図、(C)クラスター1および2内のCCR4の存在を示し、TregおよびTh2細胞の存在を示すバイオリン図を示す。FIG. 50. (A) Schematic representation of an orthotopic humanized mouse model that allows the study of metastasis and tumor microenvironment, (B) Mapping of CD45+ leukocytes in a humanized NSG-SGM3 mouse model of renal cell carcinoma. (C) t-SNE 2D scatterplot showing the presence of CCR4 within clusters 1 and 2, showing the presence of Treg and Th2 cells. 図50-1の説明を参照のこと。See description of Figure 50-1. 図51(A)は、抗MUC1抗体のアミノ酸配列を示す。図51(A)および図51(B)は、それぞれ出現順に配列番号47、15、13、48~57、73、20、18、および74~83を開示している。 Figure 51(A) shows the amino acid sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 51(A) and 51(B) disclose SEQ ID NOs: 47, 15, 13, 48-57, 73, 20, 18, and 74-83, respectively, in order of appearance. 図51(A)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 51(A)-1. 図51(A)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 51(A)-1. 図51(A)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 51(A)-1. 図51(B)は、抗MUC1抗体のアミノ酸配列を示す。図51(A)および図51(B)は、それぞれ出現順に配列番号47、15、13、48~57、73、20、18、および74~83を開示している。 Figure 51(B) shows the amino acid sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 51(A) and 51(B) disclose SEQ ID NOs: 47, 15, 13, 48-57, 73, 20, 18, and 74-83, respectively, in order of appearance. 図51(B)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 51(B)-1. 図52(A)は、抗MUC1抗体のヌクレオチド配列を示す。図52(A)から図52(D)は、それぞれ出現順に配列番号35、36、24、37~46、および60~72を開示している。 Figure 52(A) shows the nucleotide sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 52(A) through 52(D) disclose SEQ ID NOs: 35, 36, 24, 37-46, and 60-72, respectively, in order of appearance. 図52(A)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 52(A)-1. 図52(B)は、抗MUC1抗体のヌクレオチド配列を示す。図52(A)から図52(D)は、それぞれ出現順に配列番号35、36、24、37~46、および60~72を開示している。 Figure 52(B) shows the nucleotide sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 52(A) through 52(D) disclose SEQ ID NOs: 35, 36, 24, 37-46, and 60-72, respectively, in order of appearance. 図52(B)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 52(B)-1. 図52(B)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 52(B)-1. 図52(B)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 52(B)-1. 図52(C)は、抗MUC1抗体のヌクレオチド配列を示す。図52(A)から図52(D)は、それぞれ出現順に配列番号35、36、24、37~46、および60~72を開示している。 Figure 52(C) shows the nucleotide sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 52(A) through 52(D) disclose SEQ ID NOs: 35, 36, 24, 37-46, and 60-72, respectively, in order of appearance. 図52(C)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 52(C)-1. 図52(D)は、抗MUC1抗体のヌクレオチド配列を示す。図52(A)から図52(D)は、それぞれ出現順に配列番号35、36、24、37~46、および60~72を開示している。 Figure 52(D) shows the nucleotide sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 52(A) through 52(D) disclose SEQ ID NOs: 35, 36, 24, 37-46, and 60-72, respectively, in order of appearance. 図52(D)-1の説明を参照のこと。See description of FIG. 52(D)-1. 図53(A)は、抗MUC1抗体のアミノ酸配列を示す。図53(A)から図53(C)は、それぞれ出現順に配列番号16、58、51、14、48、177、59、21、84、85、19、74、86、および87を開示している。 Figure 53(A) shows the amino acid sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 53(A) to 53(C) disclose SEQ ID NOS: 16, 58, 51, 14, 48, 177, 59, 21, 84, 85, 19, 74, 86, and 87, respectively, in order of appearance. there is 図53(B)は、抗MUC1抗体のアミノ酸配列を示す。図53(A)から図53(C)は、それぞれ出現順に配列番号16、58、51、14、48、177、59、21、84、85、19、74、86、および87を開示している。 Figure 53(B) shows the amino acid sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 53(A) to 53(C) disclose SEQ ID NOS: 16, 58, 51, 14, 48, 177, 59, 21, 84, 85, 19, 74, 86, and 87, respectively, in order of appearance. there is 図53(C)は、抗MUC1抗体のアミノ酸配列を示す。図53(A)から図53(C)は、それぞれ出現順に配列番号16、58、51、14、48、177、59、21、84、85、19、74、86、および87を開示している。 Figure 53(C) shows the amino acid sequence of the anti-MUC1 antibody. Figures 53(A) to 53(C) disclose SEQ ID NOS: 16, 58, 51, 14, 48, 177, 59, 21, 84, 85, 19, 74, 86, and 87, respectively, in order of appearance. there is

MUC1遺伝子は、立体構造ストレスにより、ウニ精子タンパク質エンテロキナーゼおよびアグリン(SEA)ドメイン内に位置する、GSVVVモチーフ(配列番号34)(以下の下線および太字を参照されたい)で翻訳直後に、2つのペプチドフラグメント:より長いN末端サブユニット(MUC1-N)およびより短いC末端サブユニット(MUC1-C)へと自己タンパク質分解的に切断される、単一のポリペプチド鎖をコードする。細胞外では、2つのサブユニットは、安定した水素結合を通して会合したままである。
Due to conformational stress, the MUC1 gene is split into two sequences immediately after translation with the GSVVV motif (SEQ ID NO: 34) (see underlined and bolded below), located within the sea urchin sperm protein enterokinase and agrin (SEA) domain. Peptide fragment: Encodes a single polypeptide chain that is autoproteolytically cleaved into a longer N-terminal subunit (MUC1-N) and a shorter C-terminal subunit (MUC1-C). Extracellularly, the two subunits remain associated through stable hydrogen bonds.

重鎖ヌクレオチド配列

Figure 2020252472000001
Figure 2020252472000002
Figure 2020252472000003
heavy chain nucleotide sequence
Figure 2020252472000001
Figure 2020252472000002
Figure 2020252472000003

重鎖アミノ酸配列(CDR1は太字で示され、CDR2は下線で示され、CDR3は太字および下線で示される)

Figure 2020252472000004
Figure 2020252472000005
Figure 2020252472000006
Figure 2020252472000007
Heavy chain amino acid sequence (CDR1 is shown in bold, CDR2 is underlined, CDR3 is shown in bold and underlined)
Figure 2020252472000004
Figure 2020252472000005
Figure 2020252472000006
Figure 2020252472000007

軽鎖ヌクレオチド配列

Figure 2020252472000008
Figure 2020252472000009
Figure 2020252472000010
light chain nucleotide sequence
Figure 2020252472000008
Figure 2020252472000009
Figure 2020252472000010

軽鎖アミノ酸配列(CDR1は太字で示され、CDR2は下線で示され、CDR3は太字および下線で示される)

Figure 2020252472000011
Figure 2020252472000012
Figure 2020252472000013
Figure 2020252472000014
Light chain amino acid sequence (CDR1 is shown in bold, CDR2 is underlined, CDR3 is shown in bold and underlined)
Figure 2020252472000011
Figure 2020252472000012
Figure 2020252472000013
Figure 2020252472000014

一本鎖Fv(「scFv」)ポリペプチド分子は、共有結合的に連結されたV:Vヘテロ二量体であり、これは、ペプチドコードリンカーによって連結されたVおよびVコード遺伝子を含む遺伝子融合体から発現され得る。(Huston et al.(1988)Proc Nat Acad Sci USA 85(16):5879-5883を参照されたい)。例えば、図9を参照すると、一実施形態は、T4E3 V(配列番号17)アミノ酸配列に連結された本明細書に記載されるT4E3 V(配列番号12)アミノ酸配列を含むことができる。
A single-chain Fv (“scFv”) polypeptide molecule is a covalently linked V H :V L heterodimer, which consists of the V H and V L encoding genes joined by a peptide-encoding linker. can be expressed from a gene fusion containing (See Huston et al. (1988) Proc Nat Acad Sci USA 85(16):5879-5883). For example, referring to FIG. 9, one embodiment can include the T4E3 V H (SEQ ID NO: 12 ) amino acid sequence described herein linked to the T4E3 V L (SEQ ID NO: 17 ) amino acid sequence.

Figure 2020252472000015
Figure 2020252472000016
Figure 2020252472000015
Figure 2020252472000016

抗体は、上記の一本鎖抗体をコードするDNAセグメントを含有するベクターによって発現させることができる。例えば、ベクターは、配列番号23~27、35、36、24、もしくは37~46(重鎖配列)または配列番号28~32もしくは60~72(軽鎖配列)のうちの1つ以上を含むことができる。
The antibody can be expressed from a vector containing a DNA segment encoding the single chain antibody described above. For example, the vector comprises one or more of SEQ ID NOs : 23-27, 35, 36, 24, or 37-46 (heavy chain sequences) or SEQ ID NOs: 28-32 or 60-72 (light chain sequences). can be done.

二重特異性抗体
二重特異性抗体(bsAb)は、2つの可変ドメインまたはscFvユニットを含む抗体であり、結果として、得られる抗体は、2つの異なる抗原を認識する。本発明は、MUC1-SEAおよび第2の抗原を認識する二重特異性抗体を提供する。例示的な第2の抗原には、腫瘍関連抗原(例えば、メソテリン、LINGO1)、サイトカイン(例えば、IL-12、IL-15)、および細胞表面受容体が含まれる。異なるフォーマットの二重特異性抗体も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、抗MUC1フラグメントおよび第2のフラグメントの各々は、Fabフラグメント、一本鎖可変フラグメント(scFv)、または単一ドメイン抗体から各々独立して選択される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗体は、Fcフラグメントをさらに含む。本発明の二重特異性抗体は、本明細書に開示されるMUC1抗体の重鎖および軽鎖の組み合わせまたはscFvを含む。例えば、配列番号23~27、35、36、24、もしくは37~46(重鎖配列) または配列番号28~32もしくは60~72(軽鎖配列)を参照されたい。
Bispecific Antibodies Bispecific antibodies (bsAbs) are antibodies that contain two variable domains or scFv units, such that the resulting antibody recognizes two different antigens. The present invention provides bispecific antibodies that recognize MUC1-SEA and a second antigen. Exemplary second antigens include tumor-associated antigens (eg, mesothelin, LINGO1), cytokines (eg, IL-12, IL-15), and cell surface receptors. Different formats of bispecific antibodies are also provided herein. In some embodiments, each of the anti-MUC1 fragment and second fragment are each independently selected from a Fab fragment, a single chain variable fragment (scFv), or a single domain antibody. In some embodiments, a bispecific antibody further comprises an Fc fragment. The bispecific antibodies of the invention comprise heavy and light chain combinations or scFvs of the MUC1 antibodies disclosed herein. See, eg, SEQ ID NOs :23-27, 35, 36, 24, or 37-46 (heavy chain sequences) or SEQ ID NOs:28-32 or 60-72 (light chain sequences).

別の実施形態では、二重特異性抗体は、2つ以上の異なる抗体からの重-軽鎖二量体の交換を通して構築されて、第1の重-軽鎖二量体がMUC1を認識し、第2の重-軽鎖二量体が第2の抗原を認識するハイブリッド抗体を生成することができる。重-軽鎖二量体のメカニズムは、二重特異性分子としても機能するヒトIgG4の形成に類似している。IgG重鎖の二量体化は、各重鎖のCH3ドメインとジスルフィド架橋とのペアリングなどの分子内力によって促進される。CH3ドメインにおける特定のアミノ酸の存在(R409)は、二量体交換およびIgG4分子の構築を促進することが示されている。重鎖ペアリングはまた、抗体のヒンジ領域における重鎖間ジスルフィド架橋によってさらに安定化される。具体的には、IgG4において、ヒンジ領域は、アミノ酸226~230で(配列Cys-Pro-Pro-Cys(配列番号134))を含有する安定なIgG1ヒンジ領域と比較して)アミノ酸配列Cys-Pro-Ser-Cys(配列番号133)を含有する。229位のセリンのこの配列の違いは、IgG4がヒンジ領域において新規鎖内ジスルフィドを形成する傾向に関連している(Van der Neut Kolfschoten,M.et al,2007,Science 317:1554-1557およびLabrijn,A.F.et al,2011,Journal of Immunol 187:3238-3246)。
In another embodiment, bispecific antibodies are constructed through the exchange of heavy-light chain dimers from two or more different antibodies, the first heavy-light chain dimer recognizing MUC1. , a second heavy-light chain dimer can generate a hybrid antibody that recognizes a second antigen. The mechanism of heavy-light chain dimerization is similar to the formation of human IgG4, which also functions as a bispecific molecule. Dimerization of IgG heavy chains is facilitated by intramolecular forces such as the pairing of the CH3 domains of each heavy chain with disulfide bridges. The presence of a specific amino acid (R409) in the CH3 domain has been shown to promote dimer exchange and assembly of IgG4 molecules. Heavy chain pairing is also further stabilized by inter-heavy chain disulfide bridges in the hinge region of the antibody. Specifically, in IgG4, the hinge region has the amino acid sequence Cys-Pro -Ser-Cys (SEQ ID NO: 133) . This sequence difference at serine 229 is associated with the propensity of IgG4 to form novel intrachain disulfides in the hinge region (Van der Neut Kolfschoten, M. et al, 2007, Science 317:1554-1557 and Labrijn , AF et al, 2011, Journal of Immunol 187:3238-3246).

したがって、本発明の二重特異性抗体は、CH3ドメインにおけるR409残基およびMUC1または第2の抗原を認識する抗体のヒンジ領域におけるCys-Pro-Ser-Cys配列(配列番号133)の導入を通して作製することができ、その結果、重-軽鎖二量体は、交換して、MUC1を認識する1つの重-軽鎖二量体および第2の抗原を認識する第2の重-軽鎖二量体を有する抗体分子を産生し、第2の抗原は、本明細書に開示される任意の抗原である。本明細書に開示されるように、既知のIgG4分子はまた、重鎖および軽鎖がMUC1または第2の抗原を認識するように改変され得る。本発明の二重特異性抗体を構築するためのこの方法の使用は、特定の白血球によって発現される補体およびFc受容体などの、免疫応答のエフェクターシステムとの相互作用が不十分であるという点で、Fc領域が他のIgGサブタイプとは異なるIgG4分子の固有の特徴のために有益であり得る。この特定の特性によって、これらのIgG4ベースの二重特異性抗体は、抗体が標的に結合し、標的に関連するシグナル伝達経路を機能的に改変する必要があるが、エフェクター活性を誘導しない、治療用途に魅力的となる。

Thus, the bispecific antibodies of the invention are generated through the introduction of the R409 residue in the CH3 domain and the Cys-Pro-Ser-Cys sequence (SEQ ID NO: 133) in the hinge region of an antibody that recognizes MUC1 or a second antigen. so that the heavy-light chain dimers exchange to form one heavy-light chain dimer that recognizes MUC1 and a second heavy-light chain dimer that recognizes a second antigen. The second antigen is any of the antigens disclosed herein. As disclosed herein, known IgG4 molecules can also be modified such that the heavy and light chains recognize MUC1 or a second antigen. The use of this method to construct the bispecific antibodies of the invention has been shown to interact poorly with effector systems of the immune response, such as complement and Fc receptors expressed by certain leukocytes. In that regard, the Fc region may be beneficial due to unique features of the IgG4 molecule that distinguish it from other IgG subtypes. Due to this particular property, these IgG4-based bispecific antibodies require that the antibody bind to the target and functionally alter target-associated signaling pathways, but do not induce effector activity, therapeutic Attractive for use.

JP2021573759A 2019-06-14 2020-06-15 ANTIBODY AGAINST MUC1 AND METHODS OF USE THEREOF Pending JP2022538778A (en)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962861619P 2019-06-14 2019-06-14
US62/861,619 2019-06-14
PCT/US2020/037783 WO2020252472A2 (en) 2019-06-14 2020-06-15 Antibodies against muc1 and methods of use thereof

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2022538778A JP2022538778A (en) 2022-09-06
JPWO2020252472A5 true JPWO2020252472A5 (en) 2023-02-10

Family

ID=73782134

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2021573759A Pending JP2022538778A (en) 2019-06-14 2020-06-15 ANTIBODY AGAINST MUC1 AND METHODS OF USE THEREOF

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20220289863A1 (en)
EP (1) EP3983447A4 (en)
JP (1) JP2022538778A (en)
AU (1) AU2020290579A1 (en)
CA (1) CA3141926A1 (en)
WO (1) WO2020252472A2 (en)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2021127505A1 (en) * 2019-12-20 2021-06-24 Poseida Therapeutics, Inc. Anti-muc1 compositions and methods of use
CA3230370A1 (en) * 2021-08-27 2023-03-02 Peptron, Inc. Novel anti-muc1 antibody and use thereof

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2006048291A2 (en) * 2004-11-03 2006-05-11 Almac Diagnostics Limited Transcriptome microarray technology and methods of using the same
JP5714212B2 (en) * 2005-12-08 2015-05-07 メダレックス・リミテッド・ライアビリティ・カンパニーMedarex, L.L.C. Human monoclonal antibody against O8E
CA2742968C (en) * 2008-11-07 2020-06-09 Fabrus Llc Combinatorial antibody libraries and uses thereof
US20130101664A1 (en) * 2011-08-18 2013-04-25 Donald W. Kufe Muc1 ligand traps for use in treating cancers
MX2016009954A (en) * 2014-01-29 2017-02-23 Dana Farber Cancer Inst Inc Antibodies against the muc1-c/extracellular domain (muc1-c/ecd).
EP3227324A4 (en) * 2014-12-05 2018-08-29 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Antibodies targeting g-protein coupled receptor and methods of use
US10617773B2 (en) * 2016-08-05 2020-04-14 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Antibodies against the MUC1-C/extracellular domain (MUC1-C/ECD)
WO2018174544A2 (en) * 2017-03-21 2018-09-27 주식회사 펩트론 Antibody binding specifically to muc1 and use thereof

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP5430928B2 (en) Anti-CD16 binding molecule
TW201927824A (en) Tri-chain antibody, preparation method and use thereof
JP2014522644A (en) Multispecific antibody
CN112236456B (en) Novel bispecific PD-1/LAG-3 antibody molecules
WO2020244526A1 (en) Ceacam5-resistant monoclonal antibody and preparation method thereof and use thereof
WO2022121928A1 (en) Anti-egfr nanobody and use thereof
TW201934582A (en) Anti-PD-1/anti-HER2 natural antibody structural heterodimeric bispecific antibody and method of preparing the same
JP6940732B2 (en) Cancer cell-specific anti-podocalyxin antibody and its manufacturing method
JP2024510098A (en) Anti-GPRC5DxBCMAxCD3 trispecific antibody and use thereof
WO2016192613A1 (en) Bivalent antibody having single-domain antigen-binding fragment fused to conventional fab fragment
JP7078237B1 (en) Anti-TSPAN8-anti-CD3 bispecific antibody and anti-TSPAN8 antibody
CN111936516B (en) Novel anti-EGFR antibody polypeptides
CA3199830A1 (en) Tumor-specific claudin 18.2 antibody-drug conjugates
CN116390948A (en) Bifunctional molecules
JP2021501575A (en) Bispecific antibody and its production method and usage method
US20220064254A1 (en) Anti-hk2 chimeric antigen receptor (car)
JP2024028890A (en) Meditope-enabled T cells
JP2023179400A (en) Fusion protein comprising anti-mesothelin antibody, anti-cd3 antibody or anti-egfr antibody, bispecific or trispecific antibody comprising the same, and uses thereof
JPWO2020252472A5 (en)
CN116940598A (en) CLDN18.2/CD3 bispecific antibodies for the treatment of solid tumors expressing CLDN18.2
CN111448214B (en) Miniaturized antibodies against glucocorticoid-induced tumor necrosis factor receptor (GITR), polymers thereof, and uses thereof
CN115943161A (en) Multispecific antibodies that bind to both MAIT and tumor cells
JPWO2017168726A1 (en) Anti-podocalyxin antibody targeting the cancer microenvironment
CN110520442A (en) Multi-specificity antibody, antibody coupling matter and relevant pharmaceutical composition and application
CN116789836B (en) Antibodies against DLL3 and uses thereof