JPWO2020186207A5 - - Google Patents

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JPWO2020186207A5
JPWO2020186207A5 JP2021554696A JP2021554696A JPWO2020186207A5 JP WO2020186207 A5 JPWO2020186207 A5 JP WO2020186207A5 JP 2021554696 A JP2021554696 A JP 2021554696A JP 2021554696 A JP2021554696 A JP 2021554696A JP WO2020186207 A5 JPWO2020186207 A5 JP WO2020186207A5
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参考文献
特許および特許出願を含むがこれらに限定されない、本明細書および本明細書の実施例で引用されるすべての刊行物および参考文献は、あたかも個々の刊行物または参考文献が、完全に記載されるように参照により本明細書に組み込まれることが具体的かつ個別に示されるかのように、それらの全体が参照により組み込まれる。この出願が優先権を主張する任意の特許出願もまた、刊行物および参考文献について上述した方法で、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
カプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクターであって、
隣接する逆位末端反復(ITR)間の少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列を含み、少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも1つのFVIIIタンパク質をコードし、少なくとも1つのFVIIIタンパク質をコードする前記少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、表1のいずれかの配列と少なくとも85%の同一性を有する配列から選択される、カプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクター。
(項目2)
前記ceDNAベクターが、表9の配列と少なくとも85%の同一性を有する配列から選択される核酸配列を含む、項目1に記載のceDNAベクター。
(項目3)
前記ceDNAベクターが、配列番号210と少なくとも85%同一である核酸配列を含む、項目1または2に記載のceDNAベクター。
(項目4)
前記ceDNAベクターが、配列番号214と少なくとも85%同一である核酸配列を含む、項目1または2に記載のceDNAベクター。
(項目5)
前記ceDNAベクターが、少なくとも1つのFVIIIタンパク質をコードする前記少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む、項目1~4のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目6)
前記ceDNAベクターが、エンハンサーを含む、項目1~5のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目7)
前記ceDNAベクターが、5’UTRおよび/またはイントロン配列を含む、項目1~6のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目8)
前記ceDNAベクターが、3’UTR配列を含む、項目1~7のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目9)
前記ceDNAベクターが、少なくとも1つのポリA配列を含む、項目1~8のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目10)
前記ceDNAベクターが、少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列に作動可能に連結された少なくとも1つのプロモーターを含む、項目1~9のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目11)
少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、cDNAである、項目1~10のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目12)
少なくとも1つのITRが、機能的末端分解部位およびRep結合部位を含む、項目1~11のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目13)
前記ITRの一方または両方が、パルボウイルス、ディペンドウイルス、およびアデノ随伴ウイルス(AAV)から選択されるウイルスに由来する、項目1~12のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目14)
前記隣接するITRが、対称または非対称である、項目1~13のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目15)
前記隣接するITRが、対称または実質的に対称である、項目14に記載のceDNAベクター。
(項目16)
前記隣接するITRが、非対称である、項目14に記載のceDNAベクター。
(項目17)
前記ITRの一方または両方が野生型であるか、または前記ITRの両方が野生型である、項目1~16のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目18)
前記隣接するITRが、異なるウイルス血清型に由来する、項目1~17のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目19)
前記隣接するITRが、表2に示されるウイルス血清型の対に由来する、項目1~18のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目20)
前記ITRの一方または両方が、表3、表5A、表5B、または表6の配列から選択される配列を含む、項目1~19のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目21)
前記ITRの少なくとも一方が、野生型AAV ITR配列から、前記ITRの全体的な三次元立体構造に影響を与える欠失、付加、または置換によって変更されている、項目1~20のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目22)
前記ITRの一方または両方が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、およびAAV12から選択されるAAV血清型に由来する、項目1~21のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目23)
前記ITRの一方または両方が、合成のものである、項目1~22のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目24)
前記ITRの一方もしくは両方が野生型ITRでないか、または前記ITRの両方が野生型でない、項目1~23のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目25)
前記ITRの一方または両方が、A、A’、B、B’、C、C’、D、およびD’から選択されるITR領域のうちの少なくとも1つにおける欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~24のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目26)
前記欠失、挿入、および/または置換が、通常は前記A、A’、B、B’、C、またはC’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、項目25に記載のceDNAベクター。
(項目27)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~26のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目28)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~26のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目29)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の一部、ならびに/または通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、項目1~26のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目30)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムループ構造を含む、項目1~29のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目31)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムおよび2つのループを含む、項目1~30のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目32)
前記ITRの一方または両方が、通常は前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムおよび単一のループを含む、項目1~31のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目33)
両方のITRが、前記ITRが互いに対して反転されたときに全体的な三次元対称性をもたらすような様式で変更されている、項目1~32のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目34)
前記ITRの一方または両方が、表3、5A、5B、および6の配列から選択される配列を含む、項目1~33のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目35)
少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも1つの調節スイッチの制御下にある、項目1~34のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
(項目36)
少なくとも1つの調節スイッチが、バイナリ調節スイッチ、小分子調節スイッチ、パスコード調節スイッチ、核酸ベース調節スイッチ、転写後調節スイッチ、放射線制御または超音波制御の調節スイッチ、低酸素媒介調節スイッチ、炎症反応調節スイッチ、剪断活性化調節スイッチ、およびキルスイッチから選択される、項目35に記載のceDNAベクター。
(項目37)
細胞内でFVIIIタンパク質を発現する方法であって、前記細胞を項目1~36のいずれか一項に記載のceDNAベクターと接触させることを含む、方法。
(項目38)
前記細胞が、光受容体またはRPE細胞である、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記細胞が、インビトロまたはインビボにある、項目37または38に記載の方法。
(項目40)
前記少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、真核細胞での発現のためにコドン最適化される、項目37~39のいずれか一項に記載の方法。
(項目41)
前記少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、表1に示されるいずれかの配列と少なくとも85%の同一性を有する配列である、項目37~40のいずれか一項に記載の方法。
(項目42)
血友病Aを有する対象を治療する方法であって、項目1~36のいずれか一項に記載のceDNAベクターを前記対象に投与することを含み、少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも1つのFVIIIタンパク質をコードする、方法。
(項目43)
前記対象の血清中のFVIIIのレベルが、対照と比較して、前記ceDNAベクターを投与された対象において増加される、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記FVIIIのレベルの増加が、前記対照と比較して、約40%より大きい、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記少なくとも1つの異種ヌクレオチド配列が、表1に示されるいずれかの配列と少なくとも85%の同一性を有する配列である、項目42に記載の方法。
(項目46)
前記ceDNAベクターが、光受容細胞、もしくはRPE細胞、またはそれらの両方に投与される、項目42~45のいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記ceDNAベクターが、光受容細胞、もしくはRPE細胞、またはそれらの両方において前記FVIIIタンパク質を発現する、項目42~46のいずれか一項に記載の方法。
(項目48)
前記ceDNAベクターが、網膜下注射、脈絡膜上注射、または硝子体内注射のうちのいずれか1つ以上によって投与される、項目42~47のいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
項目1~36のいずれか一項に記載のceDNAベクターを含む、薬学的組成物。
(項目50)
項目1~36のいずれか一項に記載のceDNAベクターを含有する、細胞。
(項目51)
前記細胞が、光受容細胞、もしくはRPE細胞、またはそれらの両方である、項目50に記載の細胞。
(項目52)
項目1~36のいずれか一項に記載のceDNAベクターおよび脂質を含む、組成物。
(項目53)
前記脂質が、脂質ナノ粒子(LNP)である、項目52に記載の組成物。
(項目54)
項目1~36のいずれか一項に記載のceDNAベクター、項目49に記載の薬学的組成物、項目50もしくは51に記載の細胞、または項目52もしくは53に記載の組成物を含む、キット。
REFERENCES All publications and references, including but not limited to patents and patent applications, cited in this specification and examples herein are fully incorporated as if each individual publication or reference were cited in full. are incorporated by reference in their entireties as if specifically and individually indicated to be incorporated herein by reference as if written. Any patent application to which this application claims priority is also incorporated herein by reference in the manner described above for publications and references.
The present invention provides, for example, the following items.
(Item 1)
A capsid-free closed-end DNA (ceDNA) vector comprising:
at least one heterologous nucleotide sequence between adjacent inverted terminal repeats (ITRs), said at least one heterologous nucleotide sequence encoding at least one FVIII protein, said at least one heterologous nucleotide sequence encoding at least one FVIII protein A capsid-free closed-end DNA (ceDNA) vector whose nucleotide sequence is selected from sequences having at least 85% identity to any of the sequences in Table 1.
(Item 2)
2. The ceDNA vector of item 1, wherein said ceDNA vector comprises a nucleic acid sequence selected from sequences having at least 85% identity with the sequences of Table 9.
(Item 3)
3. The ceDNA vector of items 1 or 2, wherein said ceDNA vector comprises a nucleic acid sequence that is at least 85% identical to SEQ ID NO:210.
(Item 4)
3. The ceDNA vector of items 1 or 2, wherein said ceDNA vector comprises a nucleic acid sequence that is at least 85% identical to SEQ ID NO:214.
(Item 5)
5. The ceDNA vector of any one of items 1-4, wherein said ceDNA vector comprises a promoter operably linked to said at least one heterologous nucleotide sequence encoding at least one FVIII protein.
(Item 6)
6. The ceDNA vector of any one of items 1-5, wherein the ceDNA vector comprises an enhancer.
(Item 7)
7. The ceDNA vector according to any one of items 1 to 6, wherein said ceDNA vector comprises a 5'UTR and/or intronic sequences.
(Item 8)
8. The ceDNA vector of any one of items 1-7, wherein said ceDNA vector comprises a 3'UTR sequence.
(Item 9)
9. The ceDNA vector of any one of items 1-8, wherein said ceDNA vector comprises at least one poly A sequence.
(Item 10)
10. The ceDNA vector of any one of items 1-9, wherein said ceDNA vector comprises at least one promoter operably linked to at least one heterologous nucleotide sequence.
(Item 11)
11. The ceDNA vector of any one of items 1-10, wherein at least one heterologous nucleotide sequence is a cDNA.
(Item 12)
12. The ceDNA vector of any one of items 1-11, wherein at least one ITR comprises a functional terminal resolution site and a Rep binding site.
(Item 13)
13. The ceDNA vector of any one of items 1-12, wherein one or both of said ITRs are derived from a virus selected from parvovirus, dependovirus and adeno-associated virus (AAV).
(Item 14)
14. The ceDNA vector of any one of items 1-13, wherein said flanking ITRs are symmetrical or asymmetrical.
(Item 15)
15. The ceDNA vector of item 14, wherein said flanking ITRs are symmetrical or substantially symmetrical.
(Item 16)
15. The ceDNA vector of item 14, wherein said flanking ITRs are asymmetric.
(Item 17)
17. The ceDNA vector of any one of items 1-16, wherein one or both of said ITRs are wild-type, or both of said ITRs are wild-type.
(Item 18)
18. The ceDNA vector of any one of items 1-17, wherein said flanking ITRs are derived from different viral serotypes.
(Item 19)
19. The ceDNA vector of any one of items 1-18, wherein said flanking ITRs are derived from pairs of viral serotypes shown in Table 2.
(Item 20)
20. The ceDNA vector of any one of items 1-19, wherein one or both of said ITRs comprises a sequence selected from the sequences of Table 3, Table 5A, Table 5B or Table 6.
(Item 21)
21. Any one of items 1-20, wherein at least one of said ITRs has been altered from a wild-type AAV ITR sequence by a deletion, addition or substitution affecting the overall three-dimensional conformation of said ITR. The ceDNA vector described in .
(Item 22)
Any of items 1-21, wherein one or both of said ITRs are from an AAV serotype selected from AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, and AAV12. 1. The ceDNA vector according to item 1.
(Item 23)
23. The ceDNA vector of any one of items 1-22, wherein one or both of said ITRs are synthetic.
(Item 24)
24. The ceDNA vector of any one of items 1-23, wherein one or both of said ITRs are not wild-type ITRs, or both of said ITRs are not wild-type.
(Item 25)
one or both of said ITRs are deleted, inserted and/or substituted in at least one of the ITR regions selected from A, A', B, B', C, C', D and D' 25. The ceDNA vector of any one of items 1-24, which is modified by
(Item 26)
item, wherein said deletion, insertion and/or substitution results in deletion of all or part of the stem-loop structure normally formed by said A, A', B, B', C, or C' regions 25. The ceDNA vector according to 25 above.
(Item 27)
wherein one or both of said ITRs are modified by deletion, insertion and/or substitution resulting in deletion of all or part of the stem-loop structure normally formed by said B and B' regions 27. The ceDNA vector according to any one of 1-26.
(Item 28)
wherein one or both of said ITRs are modified by deletion, insertion and/or substitution resulting in deletion of all or part of the stem-loop structure normally formed by said C and C' regions. 27. The ceDNA vector according to any one of 1-26.
(Item 29)
one or both of said ITRs lacking part of the stem-loop structure normally formed by said B and B' regions and/or part of the stem-loop structure normally formed by said C and C' regions 27. The ceDNA vector according to any one of items 1 to 26, which is modified by deletion, insertion and/or substitution resulting in a deletion.
(Item 30)
In a region in which one or both of the ITRs usually contain a first stem-loop structure formed by the B and B' regions and a second stem-loop structure formed by the C and C' regions, 30. The ceDNA vector of any one of items 1-29, comprising a single stem-loop structure.
(Item 31)
In a region in which one or both of the ITRs usually contain a first stem-loop structure formed by the B and B' regions and a second stem-loop structure formed by the C and C' regions, 31. The ceDNA vector of any one of items 1-30, comprising a single stem and two loops.
(Item 32)
In a region in which one or both of the ITRs usually contain a first stem-loop structure formed by the B and B' regions and a second stem-loop structure formed by the C and C' regions, 32. The ceDNA vector of any one of items 1-31, comprising a single stem and a single loop.
(Item 33)
33. The ceDNA vector of any one of items 1-32, wherein both ITRs are altered in such a manner as to result in an overall three-dimensional symmetry when said ITRs are flipped with respect to each other.
(Item 34)
34. The ceDNA vector of any one of items 1-33, wherein one or both of said ITRs comprises a sequence selected from the sequences of Tables 3, 5A, 5B and 6.
(Item 35)
35. The ceDNA vector of any one of items 1-34, wherein at least one heterologous nucleotide sequence is under the control of at least one regulatory switch.
(Item 36)
the at least one regulatory switch is a binary regulatory switch, a small molecule regulatory switch, a passcode regulatory switch, a nucleic acid-based regulatory switch, a post-transcriptional regulatory switch, a radiation-controlled or ultrasound-controlled regulatory switch, a hypoxia-mediated regulatory switch, an inflammatory response regulation 36. The ceDNA vector of item 35, selected from switches, shear-activated regulatory switches, and kill switches.
(Item 37)
37. A method of expressing a FVIII protein in a cell, comprising contacting said cell with a ceDNA vector according to any one of items 1-36.
(Item 38)
38. The method of item 37, wherein the cells are photoreceptor or RPE cells.
(Item 39)
39. The method of item 37 or 38, wherein said cell is in vitro or in vivo.
(Item 40)
40. The method of any one of items 37-39, wherein said at least one heterologous nucleotide sequence is codon optimized for expression in a eukaryotic cell.
(Item 41)
41. The method of any one of items 37-40, wherein said at least one heterologous nucleotide sequence is a sequence having at least 85% identity with any of the sequences shown in Table 1.
(Item 42)
37. A method of treating a subject with hemophilia A, comprising administering to said subject the ceDNA vector of any one of items 1-36, wherein at least one heterologous nucleotide sequence comprises at least one A method encoding a FVIII protein.
(Item 43)
43. The method of item 42, wherein the level of FVIII in the subject's serum is increased in the subject administered the ceDNA vector compared to controls.
(Item 44)
44. The method of item 43, wherein the increase in FVIII levels is greater than about 40% compared to the control.
(Item 45)
43. The method of item 42, wherein said at least one heterologous nucleotide sequence is a sequence having at least 85% identity with any of the sequences shown in Table 1.
(Item 46)
46. The method of any one of items 42-45, wherein the ceDNA vector is administered to photoreceptor cells, or RPE cells, or both.
(Item 47)
47. The method of any one of items 42-46, wherein said ceDNA vector expresses said FVIII protein in photoreceptor cells, or RPE cells, or both.
(Item 48)
48. The method of any one of items 42-47, wherein the ceDNA vector is administered by any one or more of subretinal injection, suprachoroidal injection, or intravitreal injection.
(Item 49)
A pharmaceutical composition comprising the ceDNA vector according to any one of items 1-36.
(Item 50)
A cell containing the ceDNA vector according to any one of items 1-36.
(Item 51)
51. The cell of item 50, wherein said cell is a photoreceptor cell, or an RPE cell, or both.
(Item 52)
A composition comprising the ceDNA vector of any one of items 1-36 and a lipid.
(Item 53)
53. The composition of item 52, wherein said lipid is a lipid nanoparticle (LNP).
(Item 54)
A kit comprising the ceDNA vector of any one of items 1-36, the pharmaceutical composition of item 49, the cell of item 50 or 51, or the composition of item 52 or 53.

Claims (37)

カプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクターであって、
隣接する逆位末端反復(ITR)間に位置付けられた少なくとも1つの核酸配列を含み、前記少なくとも1つの核酸配列が、少なくとも1つの第VIII因子(FVIIIタンパク質をコードし、前記少なくとも1つのFVIIIタンパク質をコードする前記少なくとも1つの核酸配列が、表1に示される配列からなる群から選択される配列と少なくとも85%の同一性を有する、カプシド不含閉端DNA(ceDNA)ベクター。
A capsid-free closed-end DNA (ceDNA) vector comprising:
at least one nucleic acid sequence positioned between adjacent inverted terminal repeats (ITRs), said at least one nucleic acid sequence encoding at least one factor VIII (FVIII ) protein, said at least one FVIII protein wherein said at least one nucleic acid sequence encoding has at least 85% identity with a sequence selected from the group consisting of the sequences shown in Table 1.
前記ceDNAベクターが、表9に示される配列からなる群から選択される配列と少なくとも85%の同一性を有する核酸配列を含む、請求項1に記載のceDNAベクター。 2. The ceDNA vector of claim 1, wherein said ceDNA vector comprises a nucleic acid sequence having at least 85% identity to a sequence selected from the group consisting of the sequences shown in Table 9. 前記ceDNAベクターが、配列番号210と少なくとも85%同一である核酸配列を含む、請求項1または2に記載のceDNAベクター。 3. The ceDNA vector of claim 1 or 2, wherein the ceDNA vector comprises a nucleic acid sequence that is at least 85% identical to SEQ ID NO:210. 前記ceDNAベクターが、配列番号214と少なくとも85%同一である核酸配列を含む、請求項1または2に記載のceDNAベクター。 3. The ceDNA vector of claim 1 or 2, wherein the ceDNA vector comprises a nucleic acid sequence that is at least 85% identical to SEQ ID NO:214. 前記ceDNAベクターが、前記少なくとも1つのFVIIIタンパク質をコードする前記少なくとも1つの核酸配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 12. The ceDNA vector of any one of the preceding claims , wherein said ceDNA vector comprises a promoter operably linked to said at least one nucleic acid sequence encoding said at least one FVIII protein. 前記ceDNAベクターが、
エンハンサー
5’UTRおよび/もしくはイントロン配列;
3’UTR配列;ならびに/または
少なくとも1つのポリA配列
を含む、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
The ceDNA vector is
enhancer ;
5'UTR and/or intron sequences;
3'UTR sequence; and/or
at least one poly A sequence
The ceDNA vector according to any one of the preceding claims, comprising
前記少なくとも1つの核酸配列が、cDNAである、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 12. The ceDNA vector of any one of the preceding claims , wherein said at least one nucleic acid sequence is cDNA. 前記隣接するITRの少なくとも一方が、機能的末端分解部位および複製(Rep)タンパク質結合部位を含む、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 13. The ceDNA vector of any one of the preceding claims, wherein at least one of said flanking ITRs comprises a functional terminal resolution site and a replication ( Rep ) protein binding site. 前記隣接するITRの一方または両方が、パルボウイルス、ディペンドウイルス、およびアデノ随伴ウイルス(AAV)からなる群から選択されるウイルスに由来する、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 4. The ceDNA vector of any one of the preceding claims, wherein one or both of said flanking ITRs are derived from a virus selected from the group consisting of parvovirus, dependovirus and adeno-associated virus (AAV). 前記隣接するITRが、対称もしくは非対称である
前記隣接するITRが、対称もしくは実質的に対称である;
前記隣接するITRが、非対称である;および/または
前記隣接するITRの一方が野生型であるか、もしくは前記隣接するITRの両方が野生型である、
先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
said adjacent ITRs are symmetrical or asymmetrical ;
said adjacent ITRs are symmetrical or substantially symmetrical;
said adjacent ITRs are asymmetric; and/or
one of said flanking ITRs is wild-type, or both said flanking ITRs are wild-type;
ceDNA vector according to any one of the preceding claims.
前記隣接するITRが、異なるウイルス血清型に由来する、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 The ceDNA vector of any one of the preceding claims , wherein said flanking ITRs are derived from different viral serotypes. 前記隣接するITRが、表2に示されるウイルス血清型の対からなる群から選択されるウイルス血清型の対に由来する、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 4. The ceDNA vector of any one of the preceding claims, wherein the flanking ITRs are from a viral serotype pair selected from the group consisting of the viral serotype pairs shown in Table 2. 前記隣接するITRの一方もしくは両方が、表3、表5A、表5B、および表6に示される配列からなる群から選択される配列を含む;
前記隣接するITRの少なくとも一方が、野生型AAV ITR配列から、前記ITRの全体的な三次元立体構造に影響を与える欠失、付加、もしくは置換によって変更されている;
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、およびAAV12からなる群から選択されるAAV血清型に由来する;
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、合成のものである;ならびに/または
前記隣接するITRの一方が野生型ITRでないか、もしくは前記隣接するITRの両方が野生型でない、
先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
one or both of said flanking ITRs comprise a sequence selected from the group consisting of the sequences shown in Table 3, Table 5A, Table 5B, and Table 6;
at least one of said flanking ITRs is altered from a wild-type AAV ITR sequence by a deletion, addition, or substitution that affects the overall three-dimensional conformation of said ITR;
one or both of said flanking ITRs are from an AAV serotype selected from the group consisting of AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, and AAV12;
one or both of said flanking ITRs are synthetic; and/or
one of said flanking ITRs is not a wild-type ITR, or both of said flanking ITRs are not wild-type;
ceDNA vector according to any one of the preceding claims.
前記隣接するITRの一方または両方が、A、A’、B、B’、C、C’、D、およびD’からなる群から選択されるITR領域のうちの少なくとも1つにおける欠失、挿入、および/または置換によって修飾されている、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 deletion, insertion in at least one of the ITR regions, wherein one or both of said flanking ITRs are selected from the group consisting of A, A', B, B', C, C', D, and D' , and/or modified by substitutions . 前記欠失、前記挿入、および/または前記置換が、前記A、A’、B、B’、C、またはC’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、先行の請求項のceDNAベクター。 said deletion, said insertion, and/or said substitution results in deletion of all or part of the stem-loop structure formed by said A, A', B, B', C, or C'region; The ceDNA vector of the preceding claim. 前記隣接するITRの一方もしくは両方が、前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の全部もしくは一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/もしくは置換によって修飾されている;
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の全部もしくは一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/もしくは置換によって修飾されている;
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、前記BおよびB’領域によって形成されるステムループ構造の一部、ならびに/もしくは通常は前記CおよびC’領域によって形成されるステムループ構造の一部の欠失をもたらす、欠失、挿入、および/もしくは置換によって修飾されている;
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムループ構造を含む;
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムおよび2つのループを含む;ならびに/または
前記隣接するITRの一方もしくは両方が、前記BおよびB’領域によって形成される第1のステムループ構造と、前記CおよびC’領域によって形成される第2のステムループ構造とを含む領域に、単一のステムおよび単一のループを含む、
先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。
one or both of said flanking ITRs are modified by deletion, insertion and/ or substitution resulting in the deletion of all or part of the stem-loop structure formed by said B and B'regions;
one or both of said flanking ITRs have been modified by deletion, insertion and/or substitution resulting in deletion of all or part of the stem-loop structure formed by said C and C'regions;
one or both of said flanking ITRs lack part of the stem-loop structure formed by said B and B' regions and/or part of the stem-loop structure normally formed by said C and C' regions. modified by deletions, insertions, and/or substitutions that result in deletions;
in a region in which one or both of the adjacent ITRs contain a first stem-loop structure formed by the B and B' regions and a second stem-loop structure formed by the C and C' regions, contains a single stem-loop structure;
in a region in which one or both of the adjacent ITRs contain a first stem-loop structure formed by the B and B' regions and a second stem-loop structure formed by the C and C' regions, comprising a single stem and two loops; and/or
in a region in which one or both of the adjacent ITRs contain a first stem-loop structure formed by the B and B' regions and a second stem-loop structure formed by the C and C' regions, containing a single stem and a single loop,
ceDNA vector according to any one of the preceding claims.
両方の隣接するITRが、前記ITRが互いに対して反転されたときに全体的な三次元対称性をもたらすような様式で変更されている、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 13. The ceDNA vector of any one of the preceding claims, wherein both flanking ITRs are altered in such a manner as to result in an overall three-dimensional symmetry when said ITRs are flipped with respect to each other. . 前記隣接するITRの一方または両方が、表3、5A、5B、および6に示される配列からなる群から選択される配列を含む、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 8. The ceDNA vector of any one of the preceding claims, wherein one or both of said flanking ITRs comprises a sequence selected from the group consisting of sequences shown in Tables 3, 5A, 5B and 6. 前記ceDNAベクターが、少なくとも1つの調節スイッチを含む先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター。 The ceDNA vector of any one of the preceding claims , wherein the ceDNA vector comprises at least one regulatory switch. 前記少なくとも1つの調節スイッチが、バイナリ調節スイッチ、小分子調節スイッチ、パスコード調節スイッチ、核酸ベース調節スイッチ、転写後調節スイッチ、放射線制御または超音波制御の調節スイッチ、低酸素媒介調節スイッチ、炎症反応調節スイッチ、剪断活性化調節スイッチ、およびキルスイッチからなる群から選択される、請求項19に記載のceDNAベクター。 said at least one regulatory switch is a binary regulatory switch, a small molecule regulatory switch, a passcode regulatory switch, a nucleic acid-based regulatory switch, a post-transcriptional regulatory switch, a radiation-controlled or ultrasound-controlled regulatory switch, a hypoxia-mediated regulatory switch, an inflammatory response 20. The ceDNA vector of claim 19 , which is selected from the group consisting of regulatory switches, shear-activated regulatory switches, and kill switches. 細胞内でFVIIIタンパク質を発現する方法における使用のための、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクターを含む薬学的組成物。 A pharmaceutical composition comprising a ceDNA vector according to any one of the preceding claims for use in a method of expressing FVIII protein in cells. 前記細胞が、肝細胞である、請求項21に記載の薬学的組成物22. The pharmaceutical composition of claim 21 , wherein said cells are hepatocytes . 前記細胞が、インビトロまたはインビボにある、請求項21または22に記載の薬学的組成物 23. The pharmaceutical composition of claim 21 or 22 , wherein said cells are in vitro or in vivo. 前記少なくとも1つの核酸配列が、細胞での発現のためにコドン最適化される、請求項21~23のいずれか一項に記載の薬学的組成物 The pharmaceutical composition according to any one of claims 21-23 , wherein said at least one nucleic acid sequence is codon-optimized for expression in a cell . 前記少なくとも1つの核酸配列が、表1に示される配からなる群から選択される配列と少なくとも85%の同一性を有する配列である、請求項21~23のいずれか一項に記載の薬学的組成物24. Any one of claims 21-23 , wherein said at least one nucleic acid sequence is a sequence having at least 85% identity with a sequence selected from the group consisting of the sequences shown in Table 1. pharmaceutical composition . 血友病Aを有する対象を治療する方法における使用のための、先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクターを含む薬学的組成物 A pharmaceutical composition comprising a ceDNA vector according to any one of the preceding claims for use in a method of treating a subject with hemophilia A. 前記対象の血清中のFVIIIのレベルが、対照と比較して、前記ceDNAベクターを投与された対象において増加される;および/または
前記FVIIIのレベルの増加が、前記対照と比較して、約40%より大きい、
請求項26に記載の薬学的組成物
the level of FVIII in the serum of said subject is increased in a subject administered said ceDNA vector compared to a control ; and/or
the increase in the level of FVIII is greater than about 40% compared to the control;
27. A pharmaceutical composition according to claim 26 .
前記少なくとも1つの核酸配列が、表1に示される配からなる群から選択される配列と少なくとも85%の同一性を有する配列である、請求項26に記載の薬学的組成物27. The pharmaceutical composition of claim 26 , wherein said at least one nucleic acid sequence is a sequence having at least 85% identity to a sequence selected from the group consisting of sequences shown in Table 1. 前記ceDNAベクターが、肝細胞に投与される、請求項26~28のいずれか一項に記載の薬学的組成物29. The pharmaceutical composition of any one of claims 26-28 , wherein the ceDNA vector is administered to hepatocytes . 前記ceDNAベクターが、肝細胞において前記FVIIIタンパク質を発現する、請求項26~29のいずれか一項に記載の薬学的組成物 The pharmaceutical composition according to any one of claims 26-29 , wherein said ceDNA vector expresses said FVIII protein in hepatocytes . 前記ceDNAベクターが、静脈内注射によって投与される、請求項26~30のいずれか一項に記載の薬学的組成物 The pharmaceutical composition of any one of claims 26-30 , wherein the ceDNA vector is administered by intravenous injection . 先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクターを含む、薬学的組成物。 A pharmaceutical composition comprising a ceDNA vector according to any one of the preceding claims . 先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクターを含有する、細胞。 A cell containing a ceDNA vector according to any one of the preceding claims . 前記細胞が、肝細胞である、請求項33に記載の細胞。 34. The cell of claim 33 , wherein said cell is a hepatocyte . 先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクターおよび脂質を含む、組成物。 A composition comprising the ceDNA vector of any one of the preceding claims and a lipid. 前記脂質が、脂質ナノ粒子(LNP)である、請求項35に記載の組成物。 36. The composition of claim 35 , wherein said lipid is a lipid nanoparticle (LNP). 先行の請求項のいずれか一項に記載のceDNAベクター、請求項32に記載の薬学的組成物、請求項33もしくは34に記載の細胞、または請求項35もしくは36に記載の組成物および使用のための指示を含む、キット。
A ceDNA vector according to any one of the preceding claims , a pharmaceutical composition according to claim 32 , a cell according to claim 33 or 34 , or a composition and use according to claim 35 or 36. kit, including instructions for
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