JPWO2020168075A5 - - Google Patents
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Description
本開示は以下の実施形態を含む。
実施形態１
必要とする対象において神経障害を治療する方法であって、(i) アデノシン塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、(ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを前記対象に投与することを含み、前記アデノシン塩基エディターはプログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドが、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象の神経障害に関連する標的遺伝子のスプライス部位において単一核酸塩基の改変をもたらし、それによって対象の前記神経障害を治療する、方法。
実施形態２
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置82もしくは166におけるアミノ酸置換またはそれに対応する置換を含む、実施形態1記載の方法。
実施形態３
前記単一核酸塩基の改変が、前記標的遺伝子によってコードされる転写物の代替的スプライシングをもたらす、実施形態1または2に記載の方法。
実施形態４
前記代替的スプライシングが、前記標的遺伝子によってコードされる切り詰められたタンパク質または機能しないタンパク質を生成する、実施形態1～3のいずれか一項記載の方法。
実施形態５
前記単一核酸塩基の改変が、前記対象における前記標的遺伝子の発現低下をもたらす、実施形態1～4のいずれか一項記載の方法。
実施形態６
前記標的遺伝子がスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子であり、神経疾患が筋萎縮性側索硬化症 (ALS) である、実施形態1～5のいずれか一項記載の方法。
実施形態７
必要とする対象において筋萎縮性側索硬化症 (ALS) を治療する方法であって、前記対象に、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、(ii)ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを投与することを含み、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらし、それによって前記対象のALSを治療する、方法。
実施形態８
必要とする対象において筋萎縮性側索硬化症 (ALS) を治療する方法であって、前記対象に、(i)塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、(ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを投与することを含み、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子における単一核酸塩基の改変をもたらし、前記単一核酸塩基の改変は、SOD1遺伝子中に未熟な終止コドンをもたらし、それによって前記対象におけるALSを治療する、方法。
実施形態９
前記デアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置8もしくは166におけるアミノ酸置換またはそれに対応する置換を含むアデノシンデアミナーゼである、実施形態7または8記載の方法。
実施形態１０
前記単一核酸塩基の改変がAからGへの改変である、実施形態7～9のいずれか一項記載の方法。
実施形態１１
前記単一核酸塩基の改変が、SOD1遺伝子のスプライスアクセプター部位におけるものである、実施形態7～10のいずれか一項記載の方法。
実施形態１２
前記スプライス部位が、SOD1遺伝子のエクソンの5’におけるスプライスアクセプター部位である、実施形態7～11のいずれか一項記載の方法。
実施形態１３
SOD1遺伝子の前記エクソンが、配列番号3に対応するエクソン3またはそのバリアントである、実施形態7～12のいずれか一項記載の方法。
実施形態１４
SOD1遺伝子の前記エクソン3が、配列番号3における番号付けでSOD1ポリヌクレオチド配列またはそのバリアントのヌクレオチド位置6828におけるスプライスアクセプターAGに隣接している、実施形態7～13のいずれか一項記載の方法。
実施形態１５
SOD1遺伝子の前記エクソンが、配列番号3に対応するエクソン4またはそのバリアントである、実施形態7～12のいずれか一項記載の方法。
実施形態１６
前記単一核酸塩基の改変が、配列番号3に対応するヒトSOD1遺伝子のエクソン3～5を欠失する転写産物またはそのバリアントを生成する、実施形態7～15のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１７
前記投与後に、前記対象においてSOD1遺伝子の発現が少なくとも40%低下する、実施形態7～16のいずれか一項記載の方法。
実施形態１８
前記ガイドポリヌクレオチドが、SOD1遺伝子のスプライスアクセプター核酸配列またはスプライスドナー核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態7～17のいずれか一項記載の方法。
実施形態１９
前記ガイドポリヌクレオチドが、表19または表23から選択されるいずれかの核酸配列を含む、実施形態7～18のいずれか一項記載の方法。
実施形態２０
前記ガイドポリヌクレオチドが、5′-UUAAAGGAAAGUAAUGGACCAGU-3′、5′-UAAAUAGGCUGUACCAGUGCAGG-3′、5′-UUCAUUAUUAGGCAUGUUGGAGA-3′、5′-AAAUAGGCUGUACCAGUGCAGGU-3′、5′-UAUUAGGCAUGUUGGAGACUUGG-3′からなる群より選択される核酸配列を含む、実施形態7～19のいずれか一項記載の方法。
実施形態２１
前記標的遺伝子がアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子であり、神経疾患が球脊髄性筋萎縮症 (SBMA) である、実施形態1～5のいずれか一項記載の方法。
実施形態２２
対象における球脊髄性筋萎縮症 (SBMA) を治療する方法であって、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、(ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを前記対象に投与することを含み、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子のスプライス部位において単一核酸塩基の改変をもたらし、それによって、前記対象中のSBMAを治療する、方法。
実施形態２３
対象における球脊髄性筋萎縮症 (SBMA) を治療する方法であって、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、(ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを前記対象に投与することを含み、
前記アデノシン塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドが、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子において単一核酸塩基の改変をもたらし、前記単一核酸塩基の改変が、前記AR遺伝子における未熟な終止コドンをもたらし、それによって前記対象におけるSBMAを治療する、方法。
実施形態２４
前記核酸塩基改変が、AR遺伝子におけるCAG-TAGコドン変化をもたらす、実施形態22または23に記載の方法。
実施形態２５
前記コドン変化がAR遺伝子のエクソン1またはエクソン2におけるものである、実施形態22～24のいずれか一項記載の方法。
実施形態２６
前記デアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置82または166におけるアミノ酸置換を含むアデノシンデアミナーゼである、実施形態22～25のいずれか一項記載の方法。
実施形態２７
前記単一核酸塩基の改変が、AからGへの改変である、実施形態22～26のいずれか一項記載の方法。
実施形態２８
前記AからGへの核酸塩基の改変がAR遺伝子のスプライスアクセプター部位におけるものである、実施形態22～27のいずれか一項記載の方法。
実施形態２９
前記スプライス部位が、AR遺伝子のエクソンの5’にあるスプライスアクセプター部位である、実施形態22～28のいずれか一項記載の方法。
実施形態３０
前記AR遺伝子のエクソンが、配列番号4に対応するエクソン2またはそのバリアントである、実施形態22～29のいずれか一項記載の方法。
実施形態３１
前記スプライス部位がAR遺伝子のエクソンの3’にあるスプライスドナー部位である、実施形態22～28のいずれか一項記載の方法。
実施形態３２
AR遺伝子の前記エクソンが、配列番号4に対応するエクソン1またはそのバリアントである、実施形態22～28および31のいずれか一項記載の方法。
実施形態３３
前記投与の後に対象においてAR遺伝子の発現が少なくとも40%低下する、実施形態22～32のいずれか一項記載の方法。
実施形態３４
前記ガイドポリヌクレオチドが、AR遺伝子のスプライスアクセプター核酸配列またはスプライスドナー核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態22～33のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３５
前記ガイドポリヌクレオチドが、表41 Aまたは41 Bから選択される核酸配列を含む、実施形態22～34のいずれか一項記載の方法。
実施形態３６
前記ガイドポリヌクレオチドが、5′-ACUUACCGCAUGUCCCCGUAAGG-3′、5′- AGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGG-3′、5′- AAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGG-3′からなる群より選択される核酸配列を含む、実施形態22～35のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３７
前記対象が哺乳動物またはヒトである、実施形態1～36のいずれか一項記載の方法。
実施形態３８
前記投与が、前記対象の中枢神経系 (CNS) の細胞への送達を通じて行われる、実施形態1～37のいずれか一項記載の方法。
実施形態３９
前記細胞が運動ニューロンである、実施形態1～38のいずれか一項記載の方法。
実施形態４０
神経障害に関連する標的遺伝子またはその調節エレメントを改変する方法であって、前記標的遺伝子またはその調節エレメントを、 (i) アデノシン塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列、および(ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列と接触させることを含み、前記アデノシン塩基エディターが、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドが、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記標的遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、方法。
実施形態４１
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置82または166におけるアミノ酸置換を含む、実施形態40記載の方法。
実施形態４２
前記単一核酸塩基の改変が、標的遺伝子によってコードされる転写物代替的スプライシング、標的遺伝子によってコードされる切り詰められたおよび/または非機能性のタンパク質、および/または細胞内で発現された場合の標的遺伝子の発現低下をもたらす、実施形態40または41に記載の方法。
実施形態４３
前記標的遺伝子がスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子であり、神経疾患が筋萎縮性側索硬化症 (ALS) である、実施形態40～42のいずれか一項記載の方法。
実施形態４４
スーパーオキシドジスムターゼ (SOD1) 遺伝子の発現を調節する方法であって、SOD1遺伝子またはその調節エレメントを、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列、および (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列と接触させることを含み、
前記塩基エディターが、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、方法。
実施形態４５
スーパーオキシドジスムターゼ (SOD1) 遺伝子を改変する方法であって、SOD1遺伝子またはその調節エレメントを、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列、および (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列と接触させることを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子における単一核酸塩基の改変をもたらし、前記単一核酸塩基の改変が、SOD1遺伝子において未熟な終止コドンをもたらす、方法。
実施形態４６
前記単一核酸塩基の改変が、AからGへの改変である、実施形態44または45に記載の方法。
実施形態４７
前記核酸塩基の改変が、SOD1遺伝子のスプライスアクセプター部位におけるものである、実施形態44～46のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４８
前記スプライス部位が、SOD1遺伝子のエクソンの5'にあるスプライスアクセプター部位である、実施形態44～47のいずれか一項記載の方法。
実施形態４９
SOD1遺伝子の前記エクソンが、配列番号3に対応するエクソン3またはそのバリアントである、実施形態44～48のいずれか一項記載の方法。
実施形態５０
SOD1遺伝子の前記エクソン3が、配列番号3における番号付けでSOD1ポリヌクレオチド配列のヌクレオチド位置6828におけるスプライスアクセプターに隣接している、実施形態44～49のいずれか一項記載の方法、またはそのバリアント。
実施形態５１
SOD1遺伝子の前記エクソンが、配列番号3に対応するエクソン4またはそのバリアントである、実施形態44～48のいずれか一項記載の方法。
実施形態５２
前記単一核酸塩基の改変が、配列番号3に対応するSOD1遺伝子のエクソン3～5を欠く転写産物またはそのバリアントを生成する、実施形態44～51のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５３
前記ガイドポリヌクレオチドが、SOD1遺伝子のスプライスアクセプター核酸配列またはスプライスドナー核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態44～52のいずれか一項記載の方法。
実施形態５４
前記ガイドポリヌクレオチドが、表19または表23から選択される核酸配列を含む、実施形態44～53のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５５
前記ガイドポリヌクレオチドが、5′-UUAAAGGAAAGUAAUGGACCAGU-3′、5′-UAAAUAGGCUGUACCAGUGCAGG-3′、5′-UUCAUUAUUAGGCAUGUUGGAGA-3′、5′-AAAUAGGCUGUACCAGUGCAGGU-3′、5′-UAUUAGGCAUGUUGGAGACUUGG-3′からなる群から選択される核酸配列を含む、実施形態44～54のいずれか一項記載の方法。
実施形態５６
前記標的遺伝子がアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子であり、神経疾患が球脊髄性筋萎縮症 (SBMA) である、実施形態40～42のいずれか一項記載の方法。
実施形態５７
アンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子の発現を調節する方法であって、AR遺伝子またはその調節エレメントを、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列、および (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列と接触させることを含み、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子のスプライス部位において単一核酸塩基の改変をもたらす、方法。
実施形態５８
アンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子を改変する方法であって、AR遺伝子またはその調節エレメントを、 (i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列、および (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列、と接触させることを含み、
前記塩基エディターが、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象におけるアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子における単一核酸塩基の改変をもたらし、前記単一核酸塩基の改変が、前記AR遺伝子において未熟な終止コドンを生じさせる、方法。
実施形態５９
前記デアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置82または166におけるアミノ酸置換を含むアデノシンデアミナーゼである、実施形態57または58記載の方法。
実施形態６０
前記デアミナーゼがシチジンデアミナーゼである、実施形態57～59のいずれか一項記載の方法。
実施形態６１
前記単一核酸塩基の改変が、CからTへの改変である、実施形態57～60のいずれか一項記載の方法。
実施形態６２
前記核酸塩基の改変が、AR遺伝子におけるCAG-TAGコドン変化をもたらす、実施形態57～61のいずれか一項に記載の方法。
実施形態６３
前記コドン変化がAR遺伝子のエクソン1またはエクソン2にある、実施形態57～62のいずれか一項記載の方法。
実施形態６４
前記単一核酸塩基の改変が、AからGへの改変である、実施形態57～63のいずれか一項に記載の方法。
実施形態６５
AからGへの核酸塩基改変がAR遺伝子のスプライスアクセプター部位におけるものである、実施形態57～64のいずれか一項記載の方法。
実施形態６６
前記スプライス部位が、AR遺伝子のエクソンの5’にあるスプライスアクセプター部位である、実施形態57～65のいずれか一項に記載の方法。
実施形態６７
AR遺伝子の前記エクソンが、配列番号4に対応するエクソン2またはそのバリアントである、実施形態57～66のいずれか一項記載の方法。
実施形態６８
前記スプライス部位がAR遺伝子のエクソンの3’にあるスプライスドナー部位である、実施形態57～65のいずれか一項記載の方法。
実施形態６９
AR遺伝子の前記エクソンが、配列番号4に対応するエクソン1またはそのバリアントである、実施形態57～65および68のいずれか一項記載の方法。
実施形態７０
前記ガイドポリヌクレオチドが、表41 Aまたは41 Bから選択される核酸配列を含む、実施形態57～69のいずれか一項記載の方法。
実施形態７１
前記ガイドポリヌクレオチドが、AR遺伝子のスプライスアクセプター核酸配列またはスプライスドナー核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態57～70のいずれか一項に記載の方法。
実施形態７２
前記ガイドポリヌクレオチドが、表41 Aまたは41 Bから選択される核酸配列を含む、実施形態57～71のいずれか一項記載の方法。
実施形態７３
前記ガイドポリヌクレオチドが、5′-ACUUACCGCAUGUCCCCGUAAGG-3′、5′- AGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGG-3′、5′- AAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGG-3′、およびその相補鎖からなる群より選択される核酸配列を含む、実施形態57～72のいずれか一項に記載の方法。
実施形態７４
前記接触が細胞内である、実施形態57～73のいずれか一項記載の方法。
実施形態７５
前記単一核酸塩基の改変が、細胞のゲノムにおいて15%未満のインデルをもたらす、実施形態57～74のいずれか一項記載の方法。
実施形態７６
前記単一核酸塩基の改変が、細胞のゲノムにおいて5%未満のインデルをもたらす、実施形態57～75のいずれか一項記載の方法。
実施形態７７
前記単一核酸塩基の改変が、細胞のゲノムにおいて2%未満のインデルをもたらす、実施形態57～76のいずれか一項記載の方法。
実施形態７８
前記細胞が哺乳動物細胞またはヒト細胞である、実施形態57～77のいずれか一項記載の方法。
実施形態７９
前記細胞が中枢神経系細胞である、実施形態57～78のいずれか一項記載の方法。
実施形態８０
前記細胞が運動ニューロンである、実施形態57～79のいずれか一項記載の方法。
実施形態８１
前記接触が細胞の集団におけるものである、実施形態57～80のいずれか一項記載の方法。
実施形態８２
前記接触後に、細胞集団の少なくとも40%が単一核酸塩基の改変を含む、実施形態57～81のいずれか一項記載の方法。
実施形態８３
前記接触後に、細胞集団の少なくとも50%が単一核酸塩基の改変を含む、実施形態57～82のいずれか一項記載の方法。
実施形態８４
前記接触後に、細胞集団の少なくとも60%が単一核酸塩基の改変を含む、実施形態57～83のいずれか一項記載の方法。
実施形態８５
前記接触後に、細胞集団の少なくとも85%が生存可能である、実施形態57～84のいずれか一項記載の方法。
実施形態８６
前記細胞の集団が哺乳動物細胞またはヒト細胞である、実施形態57～85のいずれか一項記載の方法。
実施形態８７
前記細胞の集団が中枢神経系細胞である、実施形態57～86のいずれか一項記載の方法。
実施形態８８
前記細胞の集団が運動ニューロンである、実施形態57～87のいずれか一項記載の方法。
実施形態８９
前記アデノシンデアミナーゼがTadAデアミナーゼを含む、実施形態1～88のいずれか一項記載の方法。
実施形態９０
前記アデノシンデアミナーゼがTadA7.10である、実施形態89記載の方法。
実施形態９１
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでV28S変異もしくはT166R変異またはそれに対応する変異を含むTadAである、実施形態89または90記載の方法。
実施形態９２
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでY147T、Y147R、Q154S、Y123H、およびQ154R、またはそれらに対応する変異のうちの1つ以上の変異を含む、実施形態89～91のいずれか一項記載の方法。
実施形態９３
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでY147T + Q154R; Y147T + Q154S; Y147R + Q154S; V82S + Q154S; V82S + Y147R; V82S + Q154R; V82S + Y123H; I76Y + V82S; V82S + Y123H + Y147T; V82S + Y123H + Y147R; V82S + Y123H + Q154R; Y147R + Q154R +Y123H; Y147R + Q154R + I76Y; Y147R + Q154R + T166R; Y123H + Y147R + Q154R + I76Y; V82S + Y123H + Y147R + Q154R; およびI76Y + V82S + Y123H + Y147R + Q154Rからなる群より選択される変異の組合せまたはそれらの対応する変異を含む、実施形態89～92のいずれか一項記載の方法。
実施形態９４
前記アデノシンデアミナーゼが、149、150、151、152、153、154、155、156、および157からなる群より選択される残基で始まるC末端の欠失を含む、実施形態89～93のいずれか一項記載の方法。
実施形態９５
前記アデノシンデアミナーゼがTadAダイマーを含む、実施形態89～94のいずれか一項記載の方法。
実施形態９６
前記アデノシンデアミナーゼがアデノシンデアミナーゼモノマーを含む、実施形態89～95のいずれか一項記載の方法。
実施形態９７
前記ポリヌクレオチドによりプログラム可能なDNA結合ドメインがCas9ドメインである、実施形態1～96のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９８
前記Cas9ドメインがCas9ニッカーゼドメインである、実施形態97記載の方法。
実施形態９９
前記Cas9ドメインがSpCas9ドメインを含む、実施形態97または98に記載の方法。
実施形態１００
前記SpCas9ドメインが、配列番号1における番号付けでD10Aおよび/またはH840Aアミノ酸置換またはそれに対応するアミノ酸置換を含む、実施形態97～99のいずれか一項記載の方法。
実施形態１０１
前記Cas9ドメインがSaCas9ドメインを含む、実施形態97～100のいずれか一項記載の方法。
実施形態１０２
前記Cas9ドメインが、改変されたPAMに対する特異性を有する、実施形態97～101のいずれか一項記載の方法。
実施形態１０３
前記Cas9ドメインが、NGG、NGA、NGCG、NGN、NNGRRT、NNNRRT、NGCG、NGCN、NGTN、およびNGCからなる群から選択されるPAM配列に対する特異性を有し、ここでNはA、G、C、またはTであり、RはAまたはGである、実施形態97～102のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０４
実施形態1～103のいずれか一項によって産生される細胞の集団。
実施形態１０５
(i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、 (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを含む、塩基エディターシステムであって、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導してスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、
塩基エディターシステム。
実施形態１０６
(i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、 (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを含む、塩基エディターシステムであって、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子における単一核酸塩基の改変をもたらし、前記単一核酸塩基の改変がSOD1遺伝子において未熟な終止コドンをもたらす、
塩基エディターシステム。
実施形態１０７
前記デアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置82または166におけるアミノ酸置換を含むアデノシンデアミナーゼである、実施形態105または106に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１０８
前記デアミナーゼがシチジンデアミナーゼである、実施形態105～107のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１０９
前記単一核酸塩基の改変が、AからGへの改変である、実施形態105～108のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１０
前記AからGへの核酸塩基の改変が、SOD1遺伝子のスプライスアクセプター部位におけるものである、実施形態105～109のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１１
前記スプライス部位が、SOD1遺伝子のエクソンの5’にあるスプライスアクセプター部位である、実施形態105～110のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１２
SOD1遺伝子の前記エクソンが、配列番号3に対応するエクソン3またはそのバリアントである、実施形態105～111のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１３
SOD1遺伝子の前記エクソン3が、配列番号3における番号付けでSOD1ポリヌクレオチド配列のヌクレオチド位置6828におけるスプライスアクセプターAGまたはそのバリアントに隣接している、実施形態105～112のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１４
SOD1転写物の代替的スプライシングが、配列番号3に対応するSOD1遺伝子のエクソン3～5を欠失する転写産物またはそのバリアントを生成する、実施形態105～113のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１５
SOD1遺伝子の前記エクソンが、配列番号3に対応するエクソン4またはそのバリアントである、実施形態105～111のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１６
前記ガイドポリヌクレオチドが、SOD1遺伝子のスプライスアクセプター核酸配列またはスプライスドナー核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態105～115のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１７
前記ガイドポリヌクレオチドが、表19または表23から選択される核酸配列を含む、実施形態105～116のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１８
前記ガイドポリヌクレオチドが、5′-UUAAAGGAAAGUAAUGGACCAGU-3′、5′-UAAAUAGGCUGUACCAGUGCAGG-3′、5′-UUCAUUAUUAGGCAUGUUGGAGA-3′、5′-AAAUAGGCUGUACCAGUGCAGGU-3′、5′-UAUUAGGCAUGUUGGAGACUUGG-3′、およびその相補配列からなる群から選択される核酸配列を含む、実施形態105～117のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１１９
(i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、 (ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを含む、塩基エディターシステムであって、
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子のスプライス部位において単一核酸塩基の改変をもたらす、塩基エディターシステム。
実施形態１２０
(i) 塩基エディターまたはそれをコードする核酸配列と、(ii) ガイドポリヌクレオチドまたはそれをコードする核酸配列とを含む、塩基エディターシステムであって、
前記アデノシン塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導して対象中のアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子における単一核酸塩基の改変をもたらし、前記単一核酸塩基の改変が、AR遺伝子において未熟な終止コドンを生じさせる、塩基エディターシステム。
実施形態１２１
前記デアミナーゼが、配列番号2における番号付けでアミノ酸位置82または166におけるアミノ酸置換を含むアデノシンデアミナーゼである、実施形態119または120に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２２
前記デアミナーゼがシチジンデアミナーゼである、実施形態119～121のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２３
前記単一核酸塩基の改変が、CからTへの改変である、実施形態119～122のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２４
前記単一核酸塩基の改変が、AR遺伝子におけるCAG-TAGコドン変化をもたらす、実施形態119～123のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２５
前記コドン変化が、配列番号4に対応するAR遺伝子のエクソン1もしくはエクソン2またはそのバリアントである、実施形態119～124のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２６
前記単一核酸塩基の改変がAからGへの改変である、実施形態119～125のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２７
前記AからGへの核酸塩基の改変が、AR遺伝子のスプライスアクセプター部位におけるものである、実施形態119～126のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２８
前記スプライス部位が、AR遺伝子のエクソンの5’にあるスプライスアクセプター部位である、実施形態119～127のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１２９
AR遺伝子の前記エクソンが、配列番号4に対応するエクソン2またはそのバリアントである、実施形態119～128のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３０
前記スプライス部位が、AR遺伝子のエクソンの3’にあるスプライスドナー部位である、実施形態119～127のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３１
AR遺伝子の前記エクソンが、配列番号4に対応するエクソン1またはそのバリアントである、実施形態119～127および130のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３２
前記ガイドポリヌクレオチドが、AR遺伝子のスプライスアクセプター核酸配列またはスプライスドナー核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態119～131のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３３
前記ガイドポリヌクレオチドが、表41 Aまたは41 Bから選択される核酸配列を含む、実施形態119～132のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３４
前記ガイドポリヌクレオチドが、5′-ACUUACCGCAUGUCCCCGUAAGG-3′、5′- AGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGG-3′、5′- AAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGG-3′、およびその相補鎖からなる群から選択される核酸配列を含む、実施形態119～133のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３５
前記アデノシンデアミナーゼがTadAデアミナーゼを含む、実施形態105～134のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３６
前記アデノシンデアミナーゼがTadA7.10である、実施形態135記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３７
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでV28S変異もしくはT166R突然変異またはそれらに対応する変異を含むTadAである、実施形態135または136に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３８
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでY147T、Y147R、Q154S、Y123H、およびQ154Rのうちの1つ以上またはそれらに対応する変異を含む、実施形態135～137のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１３９
前記アデノシンデアミナーゼが、配列番号2における番号付けでY147T + Q154R; Y147T + Q154S; Y147R + Q154S; V82S + Q154S; V82S + Y147R; V82S + Q154R; V82S + Y123H; I76Y + V82S; V82S + Y123H + Y147T; V82S + Y123H + Y147R; V82S + Y123H + Q154R; Y147R + Q154R +Y123H; Y147R + Q154R + I76Y; Y147R + Q154R + T166R; Y123H + Y147R + Q154R + I76Y; V82S + Y123H + Y147R + Q154R; およびI76Y + V82S + Y123H + Y147R + Q154Rからなる群より選択される変異の組合せまたはそれらに対応する変異を含む、実施形態135～138のいずれか一項記載の塩基エディターシステム
実施形態１４０
前記アデノシンデアミナーゼが、149、150、151、152、153、154、155、156および157からなる群より選択される残基で始まるC末端の欠失を含む、実施形態135～139のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４１
前記アデノシンデアミナーゼがTadAダイマーを含む、実施形態135～140のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４２
前記アデノシンデアミナーゼがアデノシンデアミナーゼモノマーを含む、実施形態135～141のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４３
前記ポリヌクレオチドによりプログラム可能なDNA結合ドメインがCas9ドメインである、実施形態105～142のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４４
前記Cas9ドメインがCas9ニッカーゼドメインである、実施形態143に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４５
前記Cas9ドメインがSpCas9ドメインを含む、実施形態143または144に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４６
前記SpCas9ドメインが、配列番号1における番号付けでD10Aおよび/またはH840Aアミノ酸置換またはそれらに対応するアミノ酸置換を含む、実施形態143～145のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４７
前記Cas9ドメインがSaCas9ドメインを含む、実施形態143～146のいずれか一項記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４８
前記Cas9ドメインが、改変されたPAMに対する特異性を有する、実施形態105～147のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１４９
前記Cas9ドメインが、NGG、NGA、NGCG、NGN、NNGRRT、NNNRRT、NGCG、NGCN、NGTN、およびNGCからなる群から選択されるPAM配列に対する特異性を有し、ここでNはA、G、C、またはTであり、RはAまたはGである、実施形態143～148のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
実施形態１５０
実施形態105～149のいずれか一項に記載の塩基エディターシステムにおける前記ポリヌクレオチドによりプログラム可能なDNA結合ドメインをコードする核酸配列と、前記アデノシンデアミナーゼドメインをコードする核酸配列とを含む、ベクター。
実施形態１５１
前記ガイドポリヌクレオチドをコードする核酸配列をさらに含む、実施形態150に記載のベクター。
実施形態１５２
前記ベクターがウイルスベクターである、実施形態150または151に記載のベクター。
実施形態１５３
実施形態105～149のいずれか一項に記載の塩基エディターシステムまたは実施形態150～152のいずれか一項に記載のベクターを含む、細胞。
実施形態１５４
前記細胞が哺乳動物細胞、ヒト細胞、または運動ニューロンである、実施形態153に記載の細胞。
実施形態１５５
前記細胞がインビボ、エクスビボ、またはインビトロである、実施形態153または154記載の細胞。
実施形態１５６
前記細胞が、対象から単離された自己細胞である、実施形態153～155のいずれか一項記載の細胞。
実施形態１５７
前記細胞が同種異系細胞である、実施形態153～156のいずれか一項記載の細胞。
実施形態１５８
実施形態105～149のいずれか一項に記載の塩基エディターシステムまたは実施形態150～152のいずれか一項に記載のベクターを含む、細胞の集団。
実施形態１５９
哺乳動物細胞、ヒト細胞、または運動ニューロンである、実施形態158記載の細胞の集団。
実施形態１６０
インビボ、エクスビボ、またはインビトロである、実施形態158または159記載の細胞の集団。
実施形態１６１
細胞が対象から単離された自己細胞である、実施形態158～160のいずれか一項記載の細胞の集団。
実施形態１６２
実施形態105～149のいずれか一項記載の塩基エディターシステム、実施形態150～152のいずれか一項記載のベクター、実施形態153～157のいずれか一項記載の細胞、または実施形態158～161のいずれか一項記載の細胞の集団と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
実施形態１６３
脂質をさらに含む、実施形態162記載の医薬組成物。
実施形態１６４
ウイルスをさらに含む、実施形態162記載の医薬組成物。
実施形態１６５
実施形態105～149のいずれか一項記載の塩基エディターシステムまたは実施形態150～152のいずれか一項記載のベクターを含む、キット。
実施形態１６６
前記ガイドポリヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオチドが非天然修飾を含む、前記実施形態のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１６７
前記核酸配列の少なくとも一つのヌクレオチドが非天然修飾を含む、実施形態20、36、55または73のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１６８
前記核酸配列の少なくとも一つのヌクレオチドが非天然修飾を含む、実施形態118または134のいずれか一項に記載の塩基エディターシステム。
［他の実施形態］
以上の説明から、本明細書に記載された発明を様々な用途および条件に適合させるために、それに変形および修正を加えることができることは明らかである。そのような実施形態も、下記の特許請求の範囲の範囲内である。
The present disclosure includes the following embodiments.
Embodiment 1
A method of treating a neurological disorder in a subject in need thereof comprising administering (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same to said subject. wherein said adenosine base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain;
wherein said guide polynucleotide directs said adenosine base editor to produce a single nucleobase modification at a splice site of a target gene associated with said neurological disorder in said subject, thereby treating said neurological disorder in said subject.
Embodiment 2
2. The method of embodiment 1, wherein said adenosine deaminase comprises an amino acid substitution at or corresponding to amino acid position 82 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 3
3. The method of embodiment 1 or 2, wherein said single nucleobase modification results in alternative splicing of a transcript encoded by said target gene.
Embodiment 4
4. The method of any one of embodiments 1-3, wherein said alternative splicing produces a truncated or non-functional protein encoded by said target gene.
Embodiment 5
The method of any one of embodiments 1-4, wherein said single nucleobase modification results in decreased expression of said target gene in said subject.
Embodiment 6
6. The method of any one of embodiments 1-5, wherein said target gene is the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene and the neurological disease is amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
Embodiment 7
A method of treating amyotrophic lateral sclerosis (ALS) in a subject in need thereof, comprising: (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or the same. administering a nucleic acid sequence encoding
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
The method, wherein the guide polynucleotide guides the adenosine base editor to produce a single nucleobase modification at a splice site of the subject's superoxide dismutase 1 (SOD1) gene, thereby treating ALS in the subject.
Embodiment 8
A method of treating amyotrophic lateral sclerosis (ALS) in a subject in need thereof, comprising: (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or the administering a nucleic acid sequence encoding
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
The guide polynucleotide guides the adenosine base editor to effect a single nucleobase modification in the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene of the subject, wherein the single nucleobase modification results in an immature A method of providing a stop codon, thereby treating ALS in said subject.
Embodiment 9
The method of embodiment 7 or 8, wherein said deaminase is an adenosine deaminase comprising an amino acid substitution at or corresponding to amino acid position 8 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 10
The method of any one of embodiments 7-9, wherein said single nucleobase modification is an A to G modification.
Embodiment 11
The method of any one of embodiments 7-10, wherein said single nucleobase modification is at the splice acceptor site of the SOD1 gene.
Embodiment 12
12. The method of any one of embodiments 7-11, wherein said splice site is a splice acceptor site 5' of an exon of the SOD1 gene.
Embodiment 13
13. The method of any one of embodiments 7-12, wherein said exon of the SOD1 gene is exon 3 corresponding to SEQ ID NO:3 or a variant thereof.
Embodiment 14
14. The method of any one of embodiments 7-13, wherein said exon 3 of the SOD1 gene is flanked by the splice acceptor AG at nucleotide position 6828 of the SOD1 polynucleotide sequence or variant thereof as numbered in SEQ ID NO:3. .
Embodiment 15
13. The method of any one of embodiments 7-12, wherein said exon of the SOD1 gene is exon 4 corresponding to SEQ ID NO:3 or a variant thereof.
Embodiment 16
16. The method of any one of embodiments 7-15, wherein said single nucleobase modification produces a transcript lacking exons 3-5 of the human SOD1 gene corresponding to SEQ ID NO:3, or a variant thereof. .
Embodiment 17
The method of any one of embodiments 7-16, wherein SOD1 gene expression is reduced by at least 40% in said subject after said administering.
Embodiment 18
18. The method of any one of embodiments 7-17, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence complementary to a splice acceptor or splice donor nucleic acid sequence of the SOD1 gene.
Embodiment 19
19. The method of any one of embodiments 7-18, wherein said guide polynucleotide comprises any nucleic acid sequence selected from Table 19 or Table 23.
Embodiment 20
The guide polynucleotide is selected from the group consisting of 5′-UUAAAGGAAAGUAAUGGACCAGU-3′, 5′-UAAAUAGGCUGUACCAGUGCAGG-3′, 5′-UUCAUUAUUAGGCAUGUUGGAGA-3′, 5′-AAAUAGGCUGUACCAGUGCAGGU-3′, and 5′-UAUUAGGGCAUGUUGGAGACUUGG-3′ 20. The method of any one of embodiments 7-19, comprising a nucleic acid sequence that is
Embodiment 21
6. The method of any one of embodiments 1-5, wherein the target gene is the androgen receptor (AR) gene and the neurological disease is spinobulbar muscular atrophy (SBMA).
Embodiment 22
A method of treating spinal and bulbar muscular atrophy (SBMA) in a subject, comprising: providing (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same to the subject. including administering to
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
wherein said guide polynucleotide directs said adenosine base editor to produce a single nucleobase modification at a splice site of said subject's androgen receptor (AR) gene, thereby treating SBMA in said subject. .
Embodiment 23
A method of treating spinal and bulbar muscular atrophy (SBMA) in a subject, comprising: providing (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same to the subject. including administering to
said adenosine base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
said guide polynucleotide directing said adenosine base editor to effect a single nucleobase modification in said androgen receptor (AR) gene of said subject, said single nucleobase modification causing premature termination in said AR gene; A method of providing codons and thereby treating SBMA in said subject.
Embodiment 24
24. The method of embodiment 22 or 23, wherein said nucleobase modification results in a CAG-TAG codon change in the AR gene.
Embodiment 25
25. The method of any one of embodiments 22-24, wherein said codon change is in exon 1 or exon 2 of the AR gene.
Embodiment 26
26. The method of any one of embodiments 22-25, wherein said deaminase is an adenosine deaminase comprising an amino acid substitution at amino acid position 82 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 27
27. The method of any one of embodiments 22-26, wherein said single nucleobase modification is an A to G modification.
Embodiment 28
28. The method of any one of embodiments 22-27, wherein said A to G nucleobase alteration is at the splice acceptor site of the AR gene.
Embodiment 29
29. The method of any one of embodiments 22-28, wherein said splice site is a splice acceptor site 5' of an exon of the AR gene.
Embodiment 30
30. The method of any one of embodiments 22-29, wherein the exon of the AR gene is exon 2 corresponding to SEQ ID NO:4 or a variant thereof.
Embodiment 31
29. The method of any one of embodiments 22-28, wherein said splice site is a splice donor site 3' of an exon of the AR gene.
Embodiment 32
32. The method of any one of embodiments 22-28 and 31, wherein said exon of the AR gene is exon 1 corresponding to SEQ ID NO:4 or a variant thereof.
Embodiment 33
The method of any one of embodiments 22-32, wherein AR gene expression is reduced by at least 40% in the subject following said administration.
Embodiment 34
34. The method of any one of embodiments 22-33, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence complementary to a splice acceptor or splice donor nucleic acid sequence of an AR gene.
Embodiment 35
The method of any one of embodiments 22-34, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from Table 41A or 41B.
Embodiment 36
36. Any one of embodiments 22-35, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from the group consisting of 5'-ACUUACCGCAUGUCCCCGUAAGG-3', 5'-AGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGG-3', 5'-AAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGG-3'. The method described in section.
Embodiment 37
37. The method of any one of embodiments 1-36, wherein said subject is a mammal or a human.
Embodiment 38
38. The method of any one of embodiments 1-37, wherein said administering is through delivery to cells of the central nervous system (CNS) of said subject.
Embodiment 39
39. The method of any one of embodiments 1-38, wherein said cells are motor neurons.
Embodiment 40
A method of modifying a target gene or regulatory element thereof associated with a neurological disorder, comprising: (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or said adenosine base editor comprising a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain; and said guide polynucleotide guiding said adenosine base editor to target gene. A method that results in a single nucleobase modification at a splice junction.
Embodiment 41
41. The method of embodiment 40, wherein said adenosine deaminase comprises an amino acid substitution at amino acid position 82 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 42
Said single nucleobase modification may result in alternative splicing of transcripts encoded by the target gene, truncated and/or non-functional proteins encoded by the target gene, and/or 42. The method of embodiment 40 or 41, which results in decreased expression of the target gene.
Embodiment 43
43. The method of any one of embodiments 40-42, wherein said target gene is the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene and the neurological disease is amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
Embodiment 44
A method of regulating the expression of a superoxide dismutase (SOD1) gene comprising: (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding it; and (ii) a guide polynucleotide or encoding thereof. contacting with a nucleic acid sequence;
The base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain, and the guide polynucleotide guides the adenosine base editor to effect single nucleobase modifications at a splice site of the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene. ,Method.
Embodiment 45
A method of modifying a superoxide dismutase (SOD1) gene, comprising combining the SOD1 gene or its regulatory elements with (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding it, and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding it. including contacting with
The guide polynucleotide guides the adenosine base editor to effect a single nucleobase modification in the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene of the subject, wherein the single nucleobase modification results in premature termination in the SOD1 gene. A method that provides a codon.
Embodiment 46
46. The method of embodiment 44 or 45, wherein said single nucleobase modification is an A to G modification.
Embodiment 47
47. The method of any one of embodiments 44-46, wherein said nucleobase modification is at the splice acceptor site of the SOD1 gene.
Embodiment 48
48. The method of any one of embodiments 44-47, wherein said splice site is a splice acceptor site 5' of an exon of the SOD1 gene.
Embodiment 49
49. The method of any one of embodiments 44-48, wherein said exon of the SOD1 gene is exon 3 corresponding to SEQ ID NO:3 or a variant thereof.
Embodiment 50
50. The method of any one of embodiments 44-49, or a variant thereof, wherein said exon 3 of the SOD1 gene is flanked by a splice acceptor at nucleotide position 6828 of the SOD1 polynucleotide sequence as numbered in SEQ ID NO:3. .
Embodiment 51
49. The method of any one of embodiments 44-48, wherein said exon of the SOD1 gene is exon 4 corresponding to SEQ ID NO:3 or a variant thereof.
Embodiment 52
52. The method of any one of embodiments 44-51, wherein said single nucleobase modification produces a transcript lacking exons 3-5 of the SOD1 gene corresponding to SEQ ID NO:3, or a variant thereof.
Embodiment 53
53. The method of any one of embodiments 44-52, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence complementary to a splice acceptor or splice donor nucleic acid sequence of the SOD1 gene.
Embodiment 54
54. The method of any one of embodiments 44-53, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from Table 19 or Table 23.
Embodiment 55
The guide polynucleotide is selected from the group consisting of 5'-UUAAAGGAAAGUAAUGGACCAGU-3', 5'-UAAAUAGGCUGUACCAGUGCAGG-3', 5'-UUCAUUAUUAGGCAUGUUGGAGA-3', 5'-AAAUAGGCUGUACCAGUGCAGGU-3', 5'-UAUUAGGGCAUGUUGGAGACUUGG-3' 55. The method of any one of embodiments 44-54, comprising the nucleic acid sequence of
Embodiment 56
43. The method of any one of embodiments 40-42, wherein said target gene is the androgen receptor (AR) gene and the neurological disease is spinobulbar muscular atrophy (SBMA).
Embodiment 57
A method of modulating the expression of an androgen receptor (AR) gene comprising: (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding it; and (ii) a guide polynucleotide or encoding thereof. contacting with a nucleic acid sequence;
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain, said guide polynucleotide directing said adenosine base editor to effect single nucleobase modifications at splice sites of androgen receptor (AR) genes; Method.
Embodiment 58
A method of modifying an androgen receptor (AR) gene, comprising combining the AR gene or its regulatory elements with (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding it, and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding it. including contacting with
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain, said guide polynucleotide directing said adenosine base editor to effect single nucleobase modifications in an androgen receptor (AR) gene in said subject; The method, wherein the single nucleobase modification creates a premature stop codon in the AR gene.
Embodiment 59
59. The method of embodiment 57 or 58, wherein said deaminase is an adenosine deaminase comprising an amino acid substitution at amino acid position 82 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 60
60. The method of any one of embodiments 57-59, wherein said deaminase is cytidine deaminase.
Embodiment 61
The method of any one of embodiments 57-60, wherein said single nucleobase modification is a C to T modification.
Embodiment 62
62. The method of any one of embodiments 57-61, wherein said nucleobase modification results in a CAG-TAG codon change in the AR gene.
Embodiment 63
63. The method of any one of embodiments 57-62, wherein said codon change is in exon 1 or exon 2 of the AR gene.
Embodiment 64
64. The method of any one of embodiments 57-63, wherein said single nucleobase modification is an A to G modification.
Embodiment 65
65. The method of any one of embodiments 57-64, wherein the A to G nucleobase modification is at the splice acceptor site of the AR gene.
Embodiment 66
66. The method of any one of embodiments 57-65, wherein said splice site is a splice acceptor site 5' of an exon of the AR gene.
Embodiment 67
67. The method of any one of embodiments 57-66, wherein said exon of the AR gene is exon 2 corresponding to SEQ ID NO:4 or a variant thereof.
Embodiment 68
66. The method of any one of embodiments 57-65, wherein said splice site is a splice donor site 3' of an exon of the AR gene.
Embodiment 69
69. The method of any one of embodiments 57-65 and 68, wherein said exon of the AR gene is exon 1 corresponding to SEQ ID NO:4 or a variant thereof.
Embodiment 70
70. The method of any one of embodiments 57-69, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from Table 41A or 41B.
Embodiment 71
71. The method of any one of embodiments 57-70, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence complementary to a splice acceptor or splice donor nucleic acid sequence of an AR gene.
Embodiment 72
72. The method of any one of embodiments 57-71, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from Table 41A or 41B.
Embodiment 73
Embodiment 57- wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from the group consisting of 5'-ACUUACCGCAUGUCCCCGUAAGG-3', 5'-AGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGG-3', 5'-AAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGG-3', and complementary strands thereof 72. The method of any one of clauses 72.
Embodiment 74
74. The method of any one of embodiments 57-73, wherein said contacting is intracellular.
Embodiment 75
75. The method of any one of embodiments 57-74, wherein said single nucleobase modification results in less than 15% indels in the genome of the cell.
Embodiment 76
76. The method of any one of embodiments 57-75, wherein said single nucleobase modification results in less than 5% indels in the genome of the cell.
Embodiment 77
77. The method of any one of embodiments 57-76, wherein said single nucleobase modification results in less than 2% indels in the genome of the cell.
Embodiment 78
78. The method of any one of embodiments 57-77, wherein said cells are mammalian cells or human cells.
Embodiment 79
79. The method of any one of embodiments 57-78, wherein said cells are central nervous system cells.
Embodiment 80
80. The method of any one of embodiments 57-79, wherein said cells are motor neurons.
Embodiment 81
81. The method of any one of embodiments 57-80, wherein said contacting is in a population of cells.
Embodiment 82
The method of any one of embodiments 57-81, wherein after said contacting, at least 40% of the cell population comprises a single nucleobase modification.
Embodiment 83
The method of any one of embodiments 57-82, wherein after said contacting, at least 50% of the cell population comprises a single nucleobase modification.
Embodiment 84
84. The method of any one of embodiments 57-83, wherein after said contacting, at least 60% of the cell population comprises a single nucleobase modification.
Embodiment 85
85. The method of any one of embodiments 57-84, wherein at least 85% of the cell population is viable after said contacting.
Embodiment 86
The method of any one of embodiments 57-85, wherein said population of cells are mammalian cells or human cells.
Embodiment 87
The method of any one of embodiments 57-86, wherein said population of cells are central nervous system cells.
Embodiment 88
88. The method of any one of embodiments 57-87, wherein said population of cells are motor neurons.
Embodiment 89
89. The method of any one of embodiments 1-88, wherein said adenosine deaminase comprises TadA deaminase.
Embodiment 90
90. The method of embodiment 89, wherein said adenosine deaminase is TadA7.10.
Embodiment 91
91. The method of embodiment 89 or 90, wherein said adenosine deaminase is TadA comprising the V28S or T166R mutation or corresponding mutations as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 92
92. Any one of embodiments 89-91, wherein said adenosine deaminase comprises one or more mutations of Y147T, Y147R, Q154S, Y123H, and Q154R as numbered in SEQ ID NO:2, or mutations corresponding thereto described method.
Embodiment 93
Y147T + Q154S; Y147R + Q154S; V82S + Q154S; V82S + Y147R; V82S + Q154R; V82S + Y123H; V82S + Y123H + Y147R; V82S + Y123H + Q154R; Y147R + Q154R +Y123H; Y147R + Q154R + I76Y; Y147R + Q154R + T166R; The method of any one of embodiments 89-92, comprising a combination of mutations selected from the group consisting of + Y123H + Y147R + Q154R or their corresponding mutations.
Embodiment 94
Any of embodiments 89-93, wherein said adenosine deaminase comprises a C-terminal deletion starting at residues selected from the group consisting of 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, and 157. The method described in item 1.
Embodiment 95
The method of any one of embodiments 89-94, wherein said adenosine deaminase comprises a TadA dimer.
Embodiment 96
The method of any one of embodiments 89-95, wherein said adenosine deaminase comprises an adenosine deaminase monomer.
Embodiment 97
97. The method of any one of embodiments 1-96, wherein said polynucleotide programmable DNA binding domain is a Cas9 domain.
Embodiment 98
98. The method of embodiment 97, wherein said Cas9 domain is a Cas9 nickase domain.
Embodiment 99
99. The method of embodiment 97 or 98, wherein said Cas9 domain comprises an SpCas9 domain.
Embodiment 100
99. The method of any one of embodiments 97-99, wherein said SpCas9 domain comprises D10A and/or H840A amino acid substitutions or corresponding amino acid substitutions as numbered in SEQ ID NO:1.
Embodiment 101
101. The method of any one of embodiments 97-100, wherein said Cas9 domain comprises a SaCas9 domain.
Embodiment 102
102. The method of any one of embodiments 97-101, wherein said Cas9 domain has a modified specificity for PAM.
Embodiment 103
said Cas9 domain has specificity for a PAM sequence selected from the group consisting of NGG, NGA, NGCG, NGN, NNGRRT, NNNRRT, NGCG, NGCN, NGTN, and NGC, where N is A, G, C , or T and R is A or G. The method of any one of embodiments 97-102.
Embodiment 104
A population of cells produced according to any one of embodiments 1-103.
Embodiment 105
A base editor system comprising (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same, wherein
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
wherein the guide polynucleotide guides the adenosine base editor to effect single nucleobase modifications at the superoxide dismutase 1 (SOD1) splice site;
Base editor system.
Embodiment 106
A base editor system comprising (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same, wherein
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
said guide polynucleotide guides said adenosine base editor to produce a single nucleobase modification in the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene, said single nucleobase modification resulting in a premature stop codon in the SOD1 gene;
Base editor system.
Embodiment 107
107. The base editor system of embodiment 105 or 106, wherein said deaminase is an adenosine deaminase comprising an amino acid substitution at amino acid position 82 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 108
108. The base editor system of any one of embodiments 105-107, wherein said deaminase is cytidine deaminase.
Embodiment 109
109. The base editor system of any one of embodiments 105-108, wherein said single nucleobase modification is an A to G modification.
Embodiment 110
110. The base editor system of any one of embodiments 105-109, wherein said A to G nucleobase modification is at the splice acceptor site of the SOD1 gene.
Embodiment 111
111. The base editor system of any one of embodiments 105-110, wherein said splice site is a splice acceptor site 5' of an exon of the SOD1 gene.
Embodiment 112
112. The base editor system of any one of embodiments 105-111, wherein said exon of the SOD1 gene is exon 3 corresponding to SEQ ID NO:3 or a variant thereof.
Embodiment 113
113. Any one of embodiments 105-112, wherein said exon 3 of the SOD1 gene is flanked by the splice acceptor AG or variant thereof at nucleotide position 6828 of the SOD1 polynucleotide sequence as numbered in SEQ ID NO:3. Base editor system.
Embodiment 114
The base editor of any one of embodiments 105-113, wherein alternative splicing of the SOD1 transcript produces a transcript lacking exons 3-5 of the SOD1 gene corresponding to SEQ ID NO:3, or a variant thereof. system.
Embodiment 115
112. The base editor system of any one of embodiments 105-111, wherein said exon of the SOD1 gene is exon 4 corresponding to SEQ ID NO:3 or a variant thereof.
Embodiment 116
116. The base editor system of any one of embodiments 105-115, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence complementary to a splice acceptor or splice donor nucleic acid sequence of the SOD1 gene.
Embodiment 117
117. The base editor system of any one of embodiments 105-116, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from Table 19 or Table 23.
Embodiment 118
5'-UUAAAGGAAAGUAAUGGACCAGU-3', 5'-UAAAUAGGCUGUACCAGUGCAGG-3', 5'-UUCAUUAUUAGGCAUGUUGGAGA-3', 5'-AAAUAGGCUGUACCAGUGCAGGU-3', 5'-UAUUAGGCAUGUUGGAGACUUGG-3', and complementary sequences thereof 118. The base editor system of any one of embodiments 105-117, comprising a nucleic acid sequence selected from the group consisting of:
Embodiment 119
A base editor system comprising (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same, wherein
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
A base editor system, wherein said guide polynucleotide guides said adenosine base editor to produce a single nucleobase modification at a splice junction of an androgen receptor (AR) gene.
Embodiment 120
A base editor system comprising (i) a base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same, wherein
said adenosine base editor comprises a programmable DNA binding domain and a deaminase domain;
The guide polynucleotide guides the adenosine base editor to effect a single nucleobase modification in the androgen receptor (AR) gene in the subject, wherein the single nucleobase modification creates a premature stop codon in the AR gene. Generating base editor system.
Embodiment 121
121. The base editor system of embodiment 119 or 120, wherein said deaminase is an adenosine deaminase comprising an amino acid substitution at amino acid position 82 or 166 as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 122
122. The base editor system of any one of embodiments 119-121, wherein said deaminase is cytidine deaminase.
Embodiment 123
123. The base editor system of any one of embodiments 119-122, wherein said single nucleobase modification is a C to T modification.
Embodiment 124
124. The base editor system of any one of embodiments 119-123, wherein said single nucleobase modification results in a CAG-TAG codon change in the AR gene.
Embodiment 125
125. The base editor system of any one of embodiments 119-124, wherein said codon change is in exon 1 or exon 2 of the AR gene corresponding to SEQ ID NO:4 or variants thereof.
Embodiment 126
126. The base editor system of any one of embodiments 119-125, wherein said single nucleobase modification is an A to G modification.
Embodiment 127
127. The base editor system of any one of embodiments 119-126, wherein said A to G nucleobase modification is at the splice acceptor site of the AR gene.
Embodiment 128
128. The base editor system of any one of embodiments 119-127, wherein said splice site is a splice acceptor site 5' of an exon of the AR gene.
Embodiment 129
129. The base editor system of any one of embodiments 119-128, wherein said exon of the AR gene is exon 2 corresponding to SEQ ID NO:4 or a variant thereof.
Embodiment 130
128. The base editor system of any one of embodiments 119-127, wherein said splice site is a splice donor site 3' of an exon of the AR gene.
Embodiment 131
131. The base editor system of any one of embodiments 119-127 and 130, wherein said exon of the AR gene is exon 1 corresponding to SEQ ID NO:4 or a variant thereof.
Embodiment 132
132. The base editor system of any one of embodiments 119-131, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence complementary to a splice acceptor or splice donor nucleic acid sequence of an AR gene.
Embodiment 133
133. The base editor system of any one of embodiments 119-132, wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from Table 41A or 41B.
Embodiment 134
Embodiment 119- wherein said guide polynucleotide comprises a nucleic acid sequence selected from the group consisting of 5'-ACUUACCGCAUGUCCCCGUAAGG-3', 5'-AGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGG-3', 5'-AAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGG-3', and complementary strands thereof 133. The base editor system according to any one of clauses 133 to 133.
Embodiment 135
135. The base editor system of any one of embodiments 105-134, wherein said adenosine deaminase comprises TadA deaminase.
Embodiment 136
136. The base editor system of embodiment 135, wherein said adenosine deaminase is TadA7.10.
Embodiment 137
137. The base editor system of embodiment 135 or 136, wherein said adenosine deaminase is TadA comprising the V28S mutation or the T166R mutation or their corresponding mutations as numbered in SEQ ID NO:2.
Embodiment 138
138. Any one of embodiments 135-137, wherein the adenosine deaminase comprises one or more of Y147T, Y147R, Q154S, Y123H, and Q154R, numbered in SEQ ID NO:2, or mutations corresponding thereto. Base editor system.
Embodiment 139
Y147T + Q154S; Y147R + Q154S; V82S + Q154S; V82S + Y147R; V82S + Q154R; V82S + Y123H; V82S + Y123H + Y147R; V82S + Y123H + Q154R; Y147R + Q154R +Y123H; Y147R + Q154R + I76Y; Y147R + Q154R + T166R; 139. The base editor system of any one of embodiments 135-138, comprising a combination of mutations selected from the group consisting of + Y123H + Y147R + Q154R or their corresponding mutations.
Embodiment 140
140. Any one of embodiments 135-139, wherein said adenosine deaminase comprises a C-terminal deletion starting at a residue selected from the group consisting of 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156 and 157. The base editor system described in section.
Embodiment 141
141. The base editor system of any one of embodiments 135-140, wherein said adenosine deaminase comprises a TadA dimer.
Embodiment 142
142. The base editor system of any one of embodiments 135-141, wherein said adenosine deaminase comprises an adenosine deaminase monomer.
Embodiment 143
143. The base editor system of any one of embodiments 105-142, wherein said polynucleotide programmable DNA binding domain is a Cas9 domain.
Embodiment 144
144. The base editor system of embodiment 143, wherein said Cas9 domain is a Cas9 nickase domain.
Embodiment 145
The base editor system of embodiment 143 or 144, wherein said Cas9 domain comprises an SpCas9 domain.
Embodiment 146
146. The base editor system of any one of embodiments 143-145, wherein said SpCas9 domain comprises the D10A and/or H840A amino acid substitutions or their corresponding amino acid substitutions as numbered in SEQ ID NO:1.
Embodiment 147
The base editor system of any one of embodiments 143-146, wherein said Cas9 domain comprises a SaCas9 domain.
Embodiment 148
148. The base editor system of any one of embodiments 105-147, wherein said Cas9 domain has specificity for modified PAM.
Embodiment 149
said Cas9 domain has specificity for a PAM sequence selected from the group consisting of NGG, NGA, NGCG, NGN, NNGRRT, NNNRRT, NGCG, NGCN, NGTN, and NGC, where N is A, G, C , or T, and R is A or G. The base editor system of any one of embodiments 143-148.
Embodiment 150
A vector comprising a nucleic acid sequence encoding said polynucleotide programmable DNA binding domain in the base editor system of any one of embodiments 105-149 and a nucleic acid sequence encoding said adenosine deaminase domain.
Embodiment 151
151. The vector of embodiment 150, further comprising a nucleic acid sequence encoding said guide polynucleotide.
Embodiment 152
152. The vector according to embodiment 150 or 151, wherein said vector is a viral vector.
Embodiment 153
A cell comprising the base editor system of any one of embodiments 105-149 or the vector of any one of embodiments 150-152.
Embodiment 154
154. The cell of embodiment 153, wherein said cell is a mammalian cell, human cell, or motor neuron.
Embodiment 155
155. The cell of embodiment 153 or 154, wherein said cell is in vivo, ex vivo, or in vitro.
Embodiment 156
The cell of any one of embodiments 153-155, wherein said cell is an autologous cell isolated from a subject.
Embodiment 157
157. The cell of any one of embodiments 153-156, wherein said cell is an allogeneic cell.
Embodiment 158
A population of cells comprising a base editor system according to any one of embodiments 105-149 or a vector according to any one of embodiments 150-152.
Embodiment 159
159. The population of cells according to embodiment 158, which are mammalian cells, human cells, or motor neurons.
Embodiment 160
159. The population of cells according to embodiment 158 or 159, which is in vivo, ex vivo, or in vitro.
Embodiment 161
161. The population of cells according to any one of embodiments 158-160, wherein the cells are autologous cells isolated from a subject.
Embodiment 162
The base editor system of any one of embodiments 105-149, the vector of any one of embodiments 150-152, the cell of any one of embodiments 153-157, or the cell of any one of embodiments 158-161 and a pharmaceutically acceptable carrier.
Embodiment 163
163. The pharmaceutical composition according to embodiment 162, further comprising a lipid.
Embodiment 164
163. The pharmaceutical composition according to embodiment 162, further comprising a virus.
Embodiment 165
A kit comprising the base editor system of any one of embodiments 105-149 or the vector of any one of embodiments 150-152.
Embodiment 166
The method of any one of the preceding embodiments, wherein at least one nucleotide of said guide polynucleotide comprises a non-naturally occurring modification.
Embodiment 167
74. The method of any one of embodiments 20, 36, 55 or 73, wherein at least one nucleotide of said nucleic acid sequence comprises a non-naturally occurring modification.
Embodiment 168
135. The base editor system of any one of embodiments 118 or 134, wherein at least one nucleotide of said nucleic acid sequence comprises a non-naturally occurring modification.
[Other embodiments]
From the foregoing description it is evident that variations and modifications may be made to the invention described herein in order to adapt it to various uses and conditions. Such embodiments are also within the scope of the following claims.
Claims (41)
前記ガイドポリヌクレオチドが、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象の神経障害に関連する標的遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、医薬組成物。 1. A pharmaceutical composition for the treatment of a neurological disorder in a subject , said pharmaceutical composition comprising: (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or the same encoding a nucleic acid sequence , said adenosine base editor comprising a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain;
A pharmaceutical composition, wherein said guide polynucleotide directs said adenosine base editor to produce a single nucleobase modification at a splice site of a target gene associated with a neurological disorder in said subject.
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、医薬組成物。 A pharmaceutical composition for the treatment of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) in a subject , said pharmaceutical composition comprising: (i) an adenosine base editor or a nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or a nucleic acid sequence encoding it,
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain;
The pharmaceutical composition, wherein said guide polynucleotide guides said adenosine base editor to effect single nucleobase modifications at a splice site of said subject's superoxide dismutase 1 (SOD1) gene.
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導して前記対象のアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、医薬組成物。 A pharmaceutical composition for the treatment of spinobulbar muscular atrophy (SBMA) in a subject, said pharmaceutical composition comprising: (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding the same; and (ii) a guide polynucleotide or a nucleic acid sequence encoding it;
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain;
The pharmaceutical composition, wherein said guide polynucleotide guides said adenosine base editor to effect single nucleobase modifications at a splice site of said androgen receptor (AR) gene of said subject.
前記塩基エディターが、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) 遺伝子のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、方法。 An in vitro or ex vivo method of modulating the expression of a superoxide dismutase (SOD1) gene comprising: (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding it; and (ii) a guide polynucleotide. or contacting with a nucleic acid sequence encoding it,
The base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain, and the guide polynucleotide guides the adenosine base editor to make a single nucleobase modification at a splice site of the superoxide dismutase 1 (SOD1) gene. How to bring.
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子のスプライス部位において単一核酸塩基の改変をもたらす、方法。 An in vitro or ex vivo method of modulating expression of an androgen receptor (AR) gene comprising: (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding it; and (ii) a guide polynucleotide. or contacting with a nucleic acid sequence encoding it,
The base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain, and the guide polynucleotide guides the adenosine base editor to produce single nucleobase modifications at the androgen receptor (AR) gene splice sites. ,Method.
前記塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドは、前記アデノシン塩基エディターを誘導してスーパーオキシドジスムターゼ1 (SOD1) のスプライス部位における単一核酸塩基の改変をもたらす、
塩基エディターシステム。 A base editor system comprising (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same, wherein
said base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain;
wherein the guide polynucleotide guides the adenosine base editor to effect single nucleobase modifications at the superoxide dismutase 1 (SOD1) splice site;
Base editor system.
前記アデノシン塩基エディターは、プログラム可能なDNA結合ドメインおよびアデノシンデアミナーゼドメインを含み、
前記ガイドポリヌクレオチドが前記アデノシン塩基エディターを誘導してアンドロゲン受容体 (AR) 遺伝子のスプライス部位において単一核酸塩基の改変をもたらす、塩基エディターシステム。 A base editor system comprising (i) an adenosine base editor or nucleic acid sequence encoding the same and (ii) a guide polynucleotide or nucleic acid sequence encoding the same, wherein
said adenosine base editor comprises a programmable DNA binding domain and an adenosine deaminase domain;
A base editor system, wherein said guide polynucleotide guides said adenosine base editor to produce a single nucleobase modification at a splice junction of an androgen receptor (AR) gene.
前記ベクターがウイルスベクターである、
請求項３５に記載のベクター。 said vector further comprises a nucleic acid sequence encoding said guide polynucleotide; and/or
wherein said vector is a viral vector;
36. The vector of claim 35 .
前記細胞がインビボ、エクスビボ、またはインビトロであり；および／または
前記細胞が、対象から単離された自己細胞であるか、もしくは同種異系細胞である、
請求項３７に記載の細胞。 said cells are mammalian cells, human cells, or motor neurons;
said cells are in vivo, ex vivo, or in vitro; and/or
said cells are autologous cells isolated from a subject or are allogeneic cells;
38. A cell according to claim 37 .
A kit comprising a base editor system according to any one of claims 28-34 or a vector according to claims 35 or 36 .
Applications Claiming Priority (17)
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