JPWO2020077341A5 - - Google Patents
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Description
上に開示されている主題は、制限的ではなく説明的と考慮されるべきであり、添付の特許請求の範囲は、本開示の真の精神および範囲内に収まる斯かる改変、増強および他の実施形態の全てを網羅することが意図される。よって、法律が許す最大限まで、本開示の範囲は、次の特許請求の範囲およびその均等の最も広い許容できる解釈によって決定されるべきであり、前述の詳細な説明によって制限も限定もされない。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
がんを有する対象を処置するための方法であって、
（ａ）前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと、
（ｄ）前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法を、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別された前記対象に投与するステップ、または治療細菌もしくはその芽胞またはそれを含む医薬品を、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別された前記対象に投与するステップと
を含み、前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法。
（項目２）
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、または
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目３）
がんを有する対象を処置するための方法であって、ＣＡＲ Ｔ細胞療法を前記対象に投与するステップを含み、
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも低く、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、方法。
（項目４）
がんを有する対象を処置するための方法であって、治療細菌もしくはその芽胞、またはそれを含む医薬品を、前記対象に投与するステップを含み、
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも高く、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、方法。
（項目５）
前記Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ属の細菌を含む、項目２から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ属の細菌が、Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ ｉｌｅｉｔｉｓを含む、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓを含む、項目２から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍを含む、項目２から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、または
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目１０）
がんを有する対象を処置するための方法であって、ＣＡＲ Ｔ細胞療法を前記対象に投与するステップを含み、
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも高く、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、方法。
（項目１１）
がんを有する対象を処置するための方法であって、治療細菌もしくはその芽胞、またはそれを含む医薬品を、前記対象に投与するステップを含み、
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも低く、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、方法。
（項目１２）
前記Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ属の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ属の細菌、またはこれらの組合せを含む、項目９から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ属の細菌が、Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｒｕｍｉｎｉｓを含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ属の細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｐｅｃｔｉｎｏｓｃｈｉｚａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、またはこれらの組合せを含む、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
前記Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓを含む、項目９から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌を含む、項目９から１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｏｇｏｓａｅ、またはこれらの組合せを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌が、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓを含む、項目９から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ属の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ＵＣＧ－００４属の細菌、またはこれらの組合せを含む、項目９から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ属の細菌が、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ、またはこれらの組合せを含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の細菌を含む、項目９から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の細菌が、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｙｇｄａｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ、またはこれらの組合せを含む、項目９から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記細菌またはその芽胞のレベルが、前記試料における他の細菌と比較した、前記細菌またはその芽胞の相対的存在量である、項目１から２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
がんを有する対象を処置するための方法であって、
（ａ）前記対象の試料における細菌遺伝子のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌遺伝子のレベルを参照細菌遺伝子レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと、
（ｄ）前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法を、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別された前記対象に投与するステップ、または治療細菌もしくはその芽胞またはそれを含む医薬品を、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別された前記対象に投与するステップと
を含み、前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、方法。
（項目２６）
前記細菌遺伝子のレベルが、前記参照細菌遺伝子レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別される、または
前記細菌遺伝子のレベルが、前記参照細菌遺伝子レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別される、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
がんを有する対象を処置するための方法であって、ＣＡＲ Ｔ細胞療法を前記対象に投与するステップを含み、
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌遺伝子のレベルが、参照細菌遺伝子レベルよりも低く、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、方法。
（項目２８）
がんを有する対象を処置するための方法であって、治療細菌もしくはその芽胞、またはそれを含む医薬品を、前記対象に投与するステップを含み、
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌遺伝子のレベルが、参照細菌遺伝子レベルよりも高く、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、方法。
（項目２９）
ビタミンＢ生合成に関与する前記遺伝子が、ｔｈｉＨ、ｐａｎＣ、ｐｄｘＪ、ｇａｐＡ、ｄｘｓ、またはこれらの組合せを含む、項目２５から２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
二次胆汁酸生合成および分解に関与する前記遺伝子が、ｂａｉＡ１、ｂａｉＦ、ｂａｉＥ、ｂａｉＣＤ、またはこれらの組合せを含む、項目２５から２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記細菌遺伝子のレベルが、前記試料における他の細菌遺伝子と比較した、前記細菌遺伝子の相対的存在量である、項目２５から３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記試料が、前記対象の糞便試料または腸内容物試料である、項目１から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記がんが、卵巣がん、多発性骨髄腫、Ｂ細胞悪性病変、またはこれらの組合せである、項目１から３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法が、ムチン１６（ＭＵＣ１６）、Ｂ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）、ＣＤ１９またはこれらの組合せに結合する細胞外結合ドメインを含むＣＡＲ Ｔ細胞を含む、項目１から３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記治療細菌またはその芽胞が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、項目１から２、４から９、１１から２６および２８から３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法を受けている、これを受けることになる、またはこれを受けたことがある、項目１から３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対する前記応答が、部分奏効または完全奏効である、項目１から３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
治療細菌またはその芽胞と、生体適合性医薬品担体とを含む医薬組成物であって、
前記治療細菌またはその芽胞が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、医薬組成物。
（項目３９）
前記Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ属の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ属の細菌、またはこれらの組合せを含む、項目３８に記載の医薬組成物。
（項目４０）
前記Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ属の細菌が、Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｒｕｍｉｎｉｓを含む、項目３９に記載の医薬組成物。
（項目４１）
前記Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ属の細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｐｅｃｔｉｎｏｓｃｈｉｚａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、またはこれらの組合せを含む、項目３９に記載の医薬組成物。
（項目４２）
前記Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓを含む、項目３８から４１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
（項目４３）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌を含む、項目３８から４１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
（項目４４）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｏｇｏｓａｅ、またはこれらの組合せを含む、項目４３に記載の医薬組成物。
（項目４５）
前記Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌が、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓを含む、項目３８から４４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
（項目４６）
前記Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ属の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ＵＣＧ－００４属の細菌、またはこれらの組合せを含む、項目３８から４５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
（項目４７）
前記Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ属の細菌が、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ、またはこれらの組合せを含む、項目４６に記載の医薬組成物。
（項目４８）
前記Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の細菌を含む、項目３８から４７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
（項目４９）
前記Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の細菌が、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍを含む、項目４８に記載の医薬組成物。
（項目５０）
前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｙｇｄａｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ、またはこれらの組合せを含む、項目３８から４９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
（項目５１）
がんを有する対象を、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するための方法であって、
（ａ）前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと
を含み、前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法。
（項目５２）
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、または
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ属の細菌を含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ属の細菌が、Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ ｉｌｅｉｔｉｓを含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓを含む、項目５２に記載の方法。
（項目５６）
前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｕｍを含む、項目５２から５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、または
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、項目５１に記載の方法。
（項目５８）
前記Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌が、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ属の細菌、Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ属の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ属の細菌、またはこれらの組合せを含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ属の細菌が、Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｒｕｍｉｎｉｓを含む、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ属の細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｐｅｃｔｉｎｏｓｃｈｉｚａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、またはこれらの組合せを含む、項目５８に記載の方法。
（項目６１）
前記Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓを含む、項目５７から６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌を含む、項目５７から６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｏｇｏｓａｅ、またはこれらの組合せを含む、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌が、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓを含む、項目５７から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ属の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ＵＣＧ－００４属の細菌、またはこれらの組合せを含む、項目５７から６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ属の細菌が、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ、またはこれらの組合せを含む、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌が、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の細菌を含む、項目５７から６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属の細菌が、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍを含む、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｍｙｇｄａｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ、またはこれらの組合せを含む、項目５７から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記細菌またはその芽胞のレベルが、前記試料における他の細菌と比較した、前記細菌またはその芽胞の相対的存在量である、項目５１から６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
がんを有する対象を、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するための方法であって、
（ａ）前記対象の試料における細菌遺伝子のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌遺伝子のレベルを参照細菌遺伝子レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと
を含み、前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、方法。
（項目７２）
前記細菌遺伝子のレベルが、前記参照細菌遺伝子レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別される、または
前記細菌遺伝子のレベルが、前記参照細菌遺伝子レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別される、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
ビタミンＢ生合成に関与する前記遺伝子が、ｔｈｉＨ、ｐａｎＣ、ｐｄｘＪ、ｇａｐＡ、ｄｘｓ、またはこれらの組合せを含む、項目７１または７２に記載の方法。
（項目７４）
二次胆汁酸生合成および分解に関与する前記遺伝子が、ｂａｉＡ１、ｂａｉＦ、ｂａｉＥ、ｂａｉＣＤ、またはこれらの組合せを含む、項目７１から７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記細菌遺伝子のレベルが、前記試料における他の細菌遺伝子と比較した、前記細菌遺伝子の相対的存在量である、項目７１から７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記試料が、前記対象の糞便試料または腸内容物試料である、項目５１から７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
前記がんが、卵巣がん、多発性骨髄腫、Ｂ細胞悪性病変、またはこれらの組合せである、項目５１から７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目７８）
前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法が、ムチン１６（ＭＵＣ１６）、Ｂ細胞成熟抗原（ＢＣＭＡ）、ＣＤ１９またはこれらの組合せに結合する細胞外結合ドメインを含むＣＡＲ Ｔ細胞を含む、項目５１から７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法を受けている、これを受けることになる、またはこれを受けたことがある、項目５１から７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対する前記応答が、部分奏効または完全奏効である、項目５１から７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
対象を、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するためのキットであって、前記キットが、細菌またはその芽胞のレベルを検出するための手段を含み、前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらの組合せからなる群から選択される、キット。
（項目８２）
前記対象を、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するための使用説明書をさらに含み、前記使用説明書が、
（ａ）前記対象の試料における前記細菌またはその芽胞のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと
を含む、項目５５に記載のキット。
（項目８３）
対象を、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するためのキットであって、前記キットが、細菌遺伝子のレベルを検出するための手段を含み、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、キット。
（項目８４）
前記対象を、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するための使用説明書をさらに含み、前記使用説明書が、
（ａ）前記対象の試料における前記細菌遺伝子のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌遺伝子のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと
を含む、項目５５に記載のキット。
The subject matter disclosed above is to be considered illustrative rather than restrictive, and the appended claims cover all such modifications, enhancements and other modifications that fall within the true spirit and scope of the disclosure. It is intended to cover all of the embodiments. Accordingly, to the fullest extent permitted by law, the scope of the disclosure should be determined by the broadest allowable interpretation of the following claims and their equivalents, and not limited or limited by the preceding detailed description.
In certain embodiments, for example, the following items are provided.
(Item 1)
A method for treating a subject with cancer, comprising:
(a) determining the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject;
(b) comparing the level of said bacteria or spores thereof to a reference level of bacteria or spores thereof;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; When,
(d) administering said CAR T cell therapy to said subject identified as likely to respond to said CAR T cell therapy; administering to said subject identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to T cell therapy;
を含み、前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のA method selected from the group consisting of bacteria, bacteria of the family Peptococceae, and combinations thereof.
(Item 2)
said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is lower than said reference bacteria or spores level thereof; or
identifying that the subject is likely to be non-responsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy if the level of bacteria or spores thereof is higher than the level of the reference bacteria or spores thereof;
The method of item 1, wherein the bacterium is selected from the group consisting of bacteria of the family Peptostreptococcaceae, bacteria of the family Bacteroidaceae, bacteria of the family Clostridiaceae, and any combination thereof.
(Item 3)
1. A method for treating a subject with cancer, comprising administering CAR T cell therapy to said subject,
said subject is identified as likely to respond to CAR T-cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in said subject's sample is lower than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The method, wherein the bacterium is selected from the group consisting of bacteria of the family Peptostreptococcaceae, bacteria of the family Bacteroidaceae, bacteria of the family Clostridiaceae, and any combination thereof.
(Item 4)
1. A method for treating a subject with cancer, comprising administering to said subject a therapeutic bacterium or spore thereof, or a pharmaceutical product comprising the same,
said subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to CAR T cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject is higher than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The method, wherein the bacterium is selected from the group consisting of bacteria of the family Peptostreptococcaceae, bacteria of the family Bacteroidaceae, bacteria of the family Clostridiaceae, and any combination thereof.
(Item 5)
5. The method according to any one of items 2 to 4, wherein the bacteria of the family Peptostreptococcaceae comprise bacteria of the genus Romboutsia.
(Item 6)
5. The method of item 4, wherein the Romboutsia bacterium comprises Romboutsia ileitis.
(Item 7)
7. The method of any one of items 2 to 6, wherein the bacteria of the family Bacteroidaceae comprise Bacteroides uniformis.
(Item 8)
8. The method of any one of items 2 to 7, wherein the Clostridiaceae bacterium comprises Clostridium butyricum.
(Item 9)
said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is higher than said reference bacteria or spores level thereof, or
identifying that the subject is likely to be non-responsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy if the level of bacteria or spores thereof is lower than the level of the reference bacteria or spores thereof;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. The method of item 1, selected from the group consisting of combinations.
(Item 10)
1. A method for treating a subject with cancer, comprising administering CAR T cell therapy to said subject,
said subject is identified as likely to respond to CAR T-cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject is higher than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. A method selected from the group consisting of combinations.
(Item 11)
1. A method for treating a subject with cancer, comprising administering to said subject a therapeutic bacterium or spore thereof, or a pharmaceutical product comprising the same,
said subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to CAR T cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject is lower than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. A method selected from the group consisting of combinations.
(Item 12)
12. The method of any one of items 9 to 11, wherein the bacteria of the family Lachnospiraceae comprise bacteria of the genus Roseburia, bacteria of the genus Pseudobutyrivibrio, bacteria of the genus Lachnospira, or combinations thereof.
(Item 13)
13. The method of item 12, wherein the Pseudobutyrivibrio bacterium comprises Pseudobutyrivibrio ruminis.
(Item 14)
13. The method of item 12, wherein the Lachnospira bacterium comprises Lachnospira pectinoschiza, Coprococcus comes, or a combination thereof.
(Item 15)
15. The method of any one of items 9 to 14, wherein the Rikenellaceae family bacterium comprises Alistipes indistinctus.
(Item 16)
16. The method according to any one of items 9 to 15, wherein the bacteria of the Lactobacillus family comprise bacteria of the genus Lactobacillus.
(Item 17)
17. The method of item 16, wherein the Lactobacillus bacterium comprises Lactobacillus fermentum, Lactobacillus rogosae, or a combination thereof.
(Item 18)
18. A method according to any one of items 9 to 17, wherein the bacteria of the family Oscillospiraceae comprise Oscillibacter valericigenes.
(Item 19)
19. The method according to any one of items 9 to 18, wherein the bacteria of the family Ruminococcaceae comprise bacteria of the genus Anaerotruncus, bacteria of the genus Ruminococcaceae UCG-004, or a combination thereof.
(Item 20)
20. The method of item 19, wherein the Anaerotruncus bacterium comprises Anaerotruncus colihominis, Clostridium methylpentosum, or a combination thereof.
(Item 21)
21. The method according to any one of items 9 to 20, wherein the bacteria of the Acidaminococcaceae family comprise bacteria of the genus Phascolarctobacterium.
(Item 22)
22. The method of item 21, wherein the Phascolarctobacterium bacterium comprises Phascolarctobacterium faecium.
(Item 23)
23. The method of any one of items 9 to 22, wherein the Clostridiaceae bacterium comprises Clostridium amygdalinum, Clostridium saccharolyticum, or a combination thereof.
(Item 24)
24. The method of any one of items 1-23, wherein the level of the bacteria or spores thereof is the relative abundance of the bacteria or spores thereof compared to other bacteria in the sample.
(Item 25)
A method for treating a subject with cancer, comprising:
(a) determining the level of bacterial genes in a sample of said subject;
(b) comparing the level of said bacterial gene to a reference bacterial gene level;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; When,
(d) administering said CAR T cell therapy to said subject identified as likely to respond to said CAR T cell therapy; administering to said subject identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to T cell therapy;
wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in B vitamin biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
(Item 26)
If the level of the bacterial gene is lower than the reference bacterial gene level, then the subject is identified as likely to respond to the CAR T cell therapy, or
26. The method of item 25, wherein if the bacterial gene level is higher than the reference bacterial gene level, the subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy. Method.
(Item 27)
1. A method for treating a subject with cancer, comprising administering CAR T cell therapy to said subject,
said subject is identified as likely to be responsive to CAR T cell therapy, and said subject's sample has a bacterial gene level that is lower than a reference bacterial gene level;
The method, wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in B vitamin biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
(Item 28)
1. A method for treating a subject with cancer, comprising administering to said subject a therapeutic bacterium or spore thereof, or a pharmaceutical product comprising the same,
said subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to CAR T cell therapy, wherein the level of a bacterial gene in a sample of said subject is higher than a reference bacterial gene level;
The method, wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in B vitamin biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
(Item 29)
29. The method of any one of items 25-28, wherein said gene involved in vitamin B biosynthesis comprises thiH, panC, pdxJ, gapA, dxs, or a combination thereof.
(Item 30)
30. The method of any one of items 25-29, wherein said genes involved in secondary bile acid biosynthesis and degradation comprise baiA1, baiF, baiE, baiCD, or a combination thereof.
(Item 31)
31. The method of any one of items 25-30, wherein the level of the bacterial gene is the relative abundance of the bacterial gene compared to other bacterial genes in the sample.
(Item 32)
32. The method of any one of items 1-31, wherein said sample is a fecal sample or intestinal contents sample of said subject.
(Item 33)
33. The method of any one of items 1-32, wherein the cancer is ovarian cancer, multiple myeloma, B-cell malignancies, or a combination thereof.
(Item 34)
34. Any one of items 1-33, wherein said CAR T cell therapy comprises CAR T cells comprising an extracellular binding domain that binds mucin 16 (MUC16), B cell maturation antigen (BCMA), CD19 or a combination thereof The method described in .
(Item 35)
The therapeutic bacteria or spores thereof are bacteria of the family Lachnospiraceae, bacteria of the family Rikenellaceae, bacteria of the family Lactobacillusaceae, bacteria of the family Oscillospiraceae, bacteria of the family Ruminococcaceae, bacteria of the family Acidaminococcaceae, bacteria of the family Clostridiaceaceae, and bacteria of the family Clostridiaceaceae. 35. The method of any one of items 1-2, 4-9, 11-26 and 28-34, selected from the group consisting of any combination of
(Item 36)
36. The method of any one of items 1-35, wherein said subject is receiving, will receive, or has received said CAR T cell therapy.
(Item 37)
37. The method of any one of items 1-36, wherein said response to said CAR T cell therapy is a partial response or a complete response.
(Item 38)
A pharmaceutical composition comprising a therapeutic bacterium or spore thereof and a biocompatible pharmaceutical carrier,
The therapeutic bacteria or spores thereof are bacteria of the family Lachnospiraceae, bacteria of the family Rikenellaceae, bacteria of the family Lactobacillusaceae, bacteria of the family Oscillospiraceae, bacteria of the family Ruminococcaceae, bacteria of the family Acidaminococcaceae, bacteria of the family Clostridiaceaceae, and bacteria of the family Clostridiaceaceae. A pharmaceutical composition selected from the group consisting of any combination of
(Item 39)
39. The pharmaceutical composition according to item 38, wherein the Lachnospiraceae bacterium comprises a bacterium of the genus Roseburia, a bacterium of the genus Pseudobutyrivibrio, a bacterium of the genus Lachnospira, or a combination thereof.
(Item 40)
40. The pharmaceutical composition according to item 39, wherein the Pseudobutyrivibrio bacterium comprises Pseudobutyrivibrio ruminis.
(Item 41)
40. The pharmaceutical composition of item 39, wherein the Lachnospira bacterium comprises Lachnospira pectinoschiza, Coprococcus comes, or a combination thereof.
(Item 42)
42. The pharmaceutical composition of any one of items 38-41, wherein the Rikenellaceae bacterium comprises Alistipes indistinctus.
(Item 43)
42. The pharmaceutical composition according to any one of items 38 to 41, wherein the bacterium of the Lactobacillus family comprises a bacterium of the genus Lactobacillus.
(Item 44)
44. The pharmaceutical composition of item 43, wherein the bacterium of the genus Lactobacillus comprises Lactobacillus fermentum, Lactobacillus rogosae, or a combination thereof.
(Item 45)
45. The pharmaceutical composition according to any one of items 38 to 44, wherein said bacteria of the Oscillospiraceae family comprise Oscillibacter valericigenes.
(Item 46)
46. The pharmaceutical composition according to any one of items 38 to 45, wherein the bacteria of the family Ruminococcaceae comprise bacteria of the genus Anaerotruncus, bacteria of the genus Ruminococcaceae UCG-004, or a combination thereof.
(Item 47)
47. The pharmaceutical composition of item 46, wherein the bacterium of the genus Anaerotruncus comprises Anaerotruncus colihominis, Clostridium methylpentosum, or a combination thereof.
(Item 48)
48. The pharmaceutical composition according to any one of items 38 to 47, wherein the bacteria of the Acidaminococcaceae family comprise bacteria of the genus Phascolarctobacterium.
(Item 49)
49. The pharmaceutical composition of item 48, wherein said bacteria of the genus Phascolarctobacterium comprises Phascolarctobacterium faecium.
(Item 50)
50. The pharmaceutical composition of any one of items 38-49, wherein said bacteria of the family Clostridiaceae comprise Clostridium amygdalinum, Clostridium saccharolyticum, or a combination thereof.
(Item 51)
1. A method for identifying a subject with cancer as likely to respond to a CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy ,
(a) determining the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject;
(b) comparing the level of said bacteria or spores thereof to a reference level of bacteria or spores thereof;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; step and
を含み、前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のA method selected from the group consisting of bacteria, bacteria of the family Peptococceae, and combinations thereof.
(Item 52)
said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is lower than said reference bacteria or spores level thereof; or
identifying that the subject is likely to be non-responsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy if the level of bacteria or spores thereof is higher than the level of the reference bacteria or spores thereof;
52. The method of item 51, wherein the bacterium is selected from the group consisting of bacteria of the family Peptostreptococcaceae, bacteria of the family Bacteroidaceae, bacteria of the family Clostridiaceae, and any combination thereof.
(Item 53)
53. The method of item 52, wherein the bacteria of the family Peptostreptococcaceae comprise bacteria of the genus Romboutsia.
(Item 54)
54. The method of item 53, wherein the Romboutsia bacterium comprises Romboutsia ileitis.
(Item 55)
53. The method of item 52, wherein said bacterium of the family Bacteroidaceae comprises Bacteroides uniformis.
(Item 56)
56. The method of any one of items 52-55, wherein the Clostridiaceae bacterium comprises Clostridium butyricum.
(Item 57)
said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is higher than said reference bacteria or spores level thereof, or
identifying that the subject is likely to be non-responsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy if the level of bacteria or spores thereof is lower than the level of the reference bacteria or spores thereof;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. 52. The method of item 51, selected from the group consisting of combinations.
(Item 58)
58. The method of item 57, wherein the Lachnospiraceae family bacterium comprises a bacterium of the genus Roseburia, a bacterium of the genus Pseudobutyrivibrio, a bacterium of the genus Lachnospira, or a combination thereof.
(Item 59)
59. The method of item 58, wherein the Pseudobutyrivibrio bacterium comprises Pseudobutyrivibrio ruminis.
(Item 60)
59. The method of item 58, wherein the Lachnospira bacterium comprises Lachnospira pectinoschiza, Coprococcus comes, or a combination thereof.
(Item 61)
61. The method of any one of items 57-60, wherein the Rikenellaceae bacterium comprises Alistipes indistinctus.
(Item 62)
62. The method of any one of items 57-61, wherein the Lactobacillus family bacterium comprises a bacterium of the genus Lactobacillus.
(Item 63)
63. The method of item 62, wherein the Lactobacillus bacterium comprises Lactobacillus fermentum, Lactobacillus rogosae, or a combination thereof.
(Item 64)
64. The method of any one of items 57-63, wherein the bacteria of the family Oscillospiraceae comprise Oscillibacter valericigenes.
(Item 65)
65. The method of any one of items 57 to 64, wherein the bacteria of the family Ruminococcaceae comprise bacteria of the genus Anaerotruncus, bacteria of the genus Ruminococcaceae UCG-004, or a combination thereof.
(Item 66)
66. The method of item 65, wherein the Anaerotruncus bacterium comprises Anaerotruncus colihominis, Clostridium methylpentosum, or a combination thereof.
(Item 67)
67. The method according to any one of items 57 to 66, wherein the acidaminococcaceae bacterium comprises a bacterium of the genus Phascolarctobacterium.
(Item 68)
68. The method of item 67, wherein said Phascolarctobacterium bacterium comprises Phascolarctobacterium faecium.
(Item 69)
69. The method of any one of items 57-68, wherein the Clostridiaceae bacterium comprises Clostridium amygdalinum, Clostridium saccharolyticum, or a combination thereof.
(Item 70)
70. The method of any one of items 51-69, wherein the level of the bacteria or spores thereof is the relative abundance of the bacteria or spores thereof compared to other bacteria in the sample.
(Item 71)
1. A method for identifying a subject with cancer as likely to respond to a CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy ,
(a) determining the level of bacterial genes in a sample of said subject;
(b) comparing the level of said bacterial gene to a reference bacterial gene level;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; step and
wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in B vitamin biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
(Item 72)
If the level of the bacterial gene is lower than the reference bacterial gene level, then the subject is identified as likely to respond to the CAR T cell therapy, or
72. The method of paragraph 71, wherein if the bacterial gene level is higher than the reference bacterial gene level, the subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy. Method.
(Item 73)
73. The method of item 71 or 72, wherein said gene involved in vitamin B biosynthesis comprises thiH, panC, pdxJ, gapA, dxs, or a combination thereof.
(Item 74)
74. The method of any one of items 71-73, wherein said genes involved in secondary bile acid biosynthesis and degradation comprise baiA1, baiF, baiE, baiCD, or a combination thereof.
(Item 75)
75. The method of any one of items 71-74, wherein the level of the bacterial gene is the relative abundance of the bacterial gene compared to other bacterial genes in the sample.
(Item 76)
76. The method of any one of items 51-75, wherein said sample is a fecal sample or intestinal contents sample of said subject.
(Item 77)
77. The method of any one of items 51-76, wherein the cancer is ovarian cancer, multiple myeloma, B-cell malignancies, or a combination thereof.
(Item 78)
78. Any one of items 51-77, wherein said CAR T cell therapy comprises CAR T cells comprising an extracellular binding domain that binds mucin 16 (MUC16), B cell maturation antigen (BCMA), CD19 or a combination thereof The method described in .
(Item 79)
79. The method of any one of items 51-78, wherein said subject is receiving, will receive, or has received said CAR T cell therapy.
(Item 80)
80. The method of any one of items 51-79, wherein said response to said CAR T cell therapy is a partial response or a complete response.
(Item 81)
A kit for identifying a subject as likely to be responsive to CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy, said kit comprising , means for detecting the level of a bacterium or spores thereof, wherein said bacterium is of the family Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Clostridiaceae, Lachnospiraceae, Rikenellaceae, Lactobacillus, A kit selected from the group consisting of bacteria of the family Oscillospiraceae, bacteria of the family Ruminococcaceae, bacteria of the family Acidaminococcaceae, bacteria of the family Peptococceae, and combinations thereof.
(Item 82)
further comprising instructions for identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy , said instructions are
(a) determining the level of said bacteria or spores thereof in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacteria or spores thereof to a reference level of bacteria or spores thereof;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; step and
56. The kit of item 55, comprising:
(Item 83)
A kit for identifying a subject as likely to be responsive to CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy, said kit comprising , including means for detecting the level of bacterial genes;
The kit, wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in vitamin B biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
(Item 84)
further comprising instructions for identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy , said instructions are
(a) determining the level of said bacterial gene in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacterial gene to a reference bacterium or its spore level;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; step and
56. The kit of item 55, comprising:
Claims (84)
（ａ）前記対象の試料における前記細菌またはその芽胞のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと
を含み、前記対象が、前記比較に基づき、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別された前記対象に投与され、または治療細菌もしくはその芽胞またはそれを含む医薬品が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別された前記対象に投与されるものであり、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法。 1. A method of determining the level of bacteria or spores thereof as an indicator for treating a subject with cancer, comprising:
(a) determining the level of said bacteria or spores thereof in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacteria or spores thereof to a reference level of bacteria or spores thereof;
wherein said subject is identified as likely to be responsive to CAR T cell therapy, or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy, based on said comparison;
The CAR T cell therapy is administered to the subject identified as likely to respond to the CAR T cell therapy, or a therapeutic bacterium or spore thereof or pharmaceutical comprising the same is administered to the CAR T cell therapy administered to said subject identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ bacterium, and combinations thereof.
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。 said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is lower than said reference bacteria or spores thereof level; If the level is higher than the reference bacterium or spore level thereof, identifying the subject as likely to be unresponsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy;
2. The method of claim 1, wherein the bacterium is selected from the group consisting of Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Clostridiaceae, and any combination thereof.
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも低く、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、組成物。 A composition comprising a CAR T cell therapeutic agent for treating a subject with cancer, said composition being administered to said subject;
said subject is identified as likely to respond to CAR T-cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in said subject's sample is lower than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The composition, wherein said bacterium is selected from the group consisting of Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Clostridiaceae, and any combination thereof .
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも高く、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、組成物。 1. A composition comprising a therapeutic bacterium or spore thereof, or a medicament comprising the same, for treating a subject with cancer, wherein said composition or said medicament is administered to said subject;
said subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to CAR T cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject is higher than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The composition, wherein said bacterium is selected from the group consisting of Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Clostridiaceae, and any combination thereof .
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。 said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is higher than said reference bacteria or spores thereof level; if the level is lower than the reference bacterium or spore level thereof, identifying the subject as likely to be unresponsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. 2. The method of claim 1, selected from the group consisting of combinations.
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも高く、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、組成物。 A composition comprising a CAR T cell therapeutic agent for treating a subject with cancer, said composition being administered to said subject;
said subject is identified as likely to respond to CAR T-cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject is higher than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. A composition selected from the group consisting of combinations.
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌またはその芽胞のレベルが、参照細菌またはその芽胞レベルよりも低く、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、組成物。 1. A composition comprising a therapeutic bacterium or spore thereof, or a medicament comprising the same, for treating a subject with cancer, wherein said composition or said medicament is administered to said subject;
said subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to CAR T cell therapy, and the level of bacteria or spores thereof in a sample of said subject is lower than the level of a reference bacteria or spores thereof;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. A composition selected from the group consisting of combinations.
（ａ）前記対象の試料における前記細菌遺伝子のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌遺伝子のレベルを参照細菌遺伝子レベルと比較するステップと
を含み、前記対象が、前記比較に基づき、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別された前記対象に投与され、または治療細菌もしくはその芽胞またはそれを含む医薬品が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別された前記対象に投与されるものであり、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、方法。 1. A method of determining bacterial gene levels as an indication for treating a subject with cancer, comprising:
(a) determining the level of said bacterial gene in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacterial gene to a reference bacterial gene level;
wherein said subject is identified as likely to be responsive to CAR T cell therapy, or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy, based on said comparison;
The CAR T cell therapy is administered to the subject identified as likely to respond to the CAR T cell therapy, or a therapeutic bacterium or spore thereof or pharmaceutical comprising the same is administered to the CAR T cell therapy administered to said subject identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to
The method, wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in B vitamin biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
前記細菌遺伝子のレベルが、前記参照細菌遺伝子レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別される、請求項２５に記載の方法。 The subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if the level of said bacterial gene is lower than said reference bacterial gene level; 26. The method of claim 25, wherein higher than the bacterial gene level identifies the subject as likely to be unresponsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy.
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌遺伝子のレベルが、参照細菌遺伝子レベルよりも低く、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、組成物。 A composition comprising a CAR T cell therapeutic agent for treating a subject with cancer, said composition being administered to said subject;
said subject is identified as likely to be responsive to CAR T cell therapy, and said subject's sample has a bacterial gene level that is lower than a reference bacterial gene level;
The composition , wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in vitamin B biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
前記対象が、ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答または応答不良である可能性が高いと識別され、前記対象の試料における細菌遺伝子のレベルが、参照細菌遺伝子レベルよりも高く、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、組成物。 1. A composition comprising a therapeutic bacterium or spore thereof, or a medicament comprising the same, for treating a subject with cancer, wherein said composition or said medicament is administered to said subject;
said subject is identified as likely to be non-responsive or poorly responsive to CAR T cell therapy, wherein the level of a bacterial gene in a sample of said subject is higher than a reference bacterial gene level;
The composition , wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in vitamin B biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
前記治療細菌またはその芽胞が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、医薬組成物。 A pharmaceutical composition comprising a therapeutic bacterium or spore thereof and a biocompatible pharmaceutical carrier,
The therapeutic bacteria or spores thereof are bacteria of the family Lachnospiraceae, bacteria of the family Rikenellaceae, bacteria of the family Lactobacillusaceae, bacteria of the family Oscillospiraceae, bacteria of the family Ruminococcaceae, bacteria of the family Acidaminococcaceae, bacteria of the family Clostridiaceaceae, and bacteria of the family Clostridiaceaceae. A pharmaceutical composition selected from the group consisting of any combination of
（ａ）前記対象の試料における前記細菌またはその芽胞のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと
を含み、前記対象が、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらの組合せからなる群から選択される、方法。 Bacteria as an indicator for identifying a subject with cancer as likely to respond to CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy or a method for determining the level of spores thereof ,
(a) determining the level of said bacteria or spores thereof in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacteria or spores thereof to a reference level of bacteria or spores thereof;
wherein said subject is identified as likely to be responsive to said CAR T cell therapy, or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison ,
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ bacterium, and combinations thereof.
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、請求項５１に記載の方法。 said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is lower than said reference bacteria or spores thereof level; If the level is higher than the reference bacterium or spore level thereof, identifying the subject as likely to be unresponsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy;
52. The method of claim 51, wherein the bacterium is selected from the group consisting of Peptostreptococcaceae, Bacteroidaceae, Clostridiaceae, and any combination thereof.
前記細菌もしくはその芽胞のレベルが、前記参照細菌もしくはその芽胞レベルよりも低い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌が、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ科の細菌、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科の細菌、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科の細菌、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科の細菌、およびこれらのいずれかの組合せからなる群から選択される、請求項５１に記載の方法。 said subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if said level of bacteria or spores thereof is higher than said reference bacteria or spores thereof level; if the level is lower than the reference bacterium or spore level thereof, identifying the subject as likely to be unresponsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy;
The bacterium is a bacterium of the family Lachnospiraceae, a bacterium of the family Rikenellaceae, a bacterium of the family Lactobacillusaceae, a bacterium of the family Oscillospiraceae, a bacterium of the family Ruminococcaceae, a bacterium of the family Acidaminococcaceae, a bacterium of the family Clostridiaceae, and any of these bacteria of the family Pepteaceae. 52. The method of claim 51, selected from the group consisting of combinations.
（ａ）前記対象の試料における前記細菌遺伝子のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌遺伝子のレベルを参照細菌遺伝子レベルと比較するステップと
を含み、前記対象が、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別され、
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、方法。 Bacteria as an indicator for identifying a subject with cancer as likely to respond to CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy A method of determining the level of a gene comprising :
(a) determining the level of said bacterial gene in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacterial gene to a reference bacterial gene level;
wherein said subject is identified as likely to be responsive to said CAR T cell therapy, or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison ,
The method, wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in B vitamin biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
前記細菌遺伝子のレベルが、前記参照細菌遺伝子レベルよりも高い場合、前記対象が、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別される、請求項７１に記載の方法。 The subject is identified as likely to respond to said CAR T cell therapy if the level of said bacterial gene is lower than said reference bacterial gene level; 72. The method of claim 71, wherein higher than the bacterial gene level identifies the subject as likely to be unresponsive or poorly responsive to the CAR T cell therapy.
（ａ）前記対象の試料における前記細菌またはその芽胞のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌またはその芽胞のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと
を含む、請求項５５に記載のキット。 further comprising instructions for identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy , said instructions are
(a) determining the level of said bacteria or spores thereof in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacteria or spores thereof to a reference level of bacteria or spores thereof;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; 56. The kit of claim 55, comprising the steps of:
前記細菌遺伝子が、ビタミンＢ生合成または二次胆汁酸生合成もしくは分解に関与する遺伝子からなる群から選択される、キット。 A kit for identifying a subject as likely to be responsive to CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy, said kit comprising , including means for detecting the level of bacterial genes;
The kit, wherein said bacterial gene is selected from the group consisting of genes involved in vitamin B biosynthesis or secondary bile acid biosynthesis or degradation.
（ａ）前記対象の試料における前記細菌遺伝子のレベルを決定するステップと、
（ｂ）前記細菌遺伝子のレベルを参照細菌またはその芽胞レベルと比較するステップと、
（ｃ）前記対象を、前記比較に基づき、前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して応答する可能性が高い、または前記ＣＡＲ Ｔ細胞療法に対して無応答もしくは応答不良である可能性が高いと識別するステップと
を含む、請求項５５に記載のキット。
further comprising instructions for identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be unresponsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy , said instructions are
(a) determining the level of said bacterial gene in said subject's sample;
(b) comparing the level of said bacterial gene to a reference bacterium or its spore level;
(c) identifying said subject as likely to be responsive to said CAR T cell therapy or likely to be non-responsive or poorly responsive to said CAR T cell therapy based on said comparison; 56. The kit of claim 55, comprising the steps of:
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