本発明を実行するための、本発明者らに既知の最良の態様等の本発明の好ましい実施形態は、本明細書で記載されている。この好ましい実施形態の変形形態は、前述の説明を読むことで当業者に明らかになり得る。本発明者らは、当業者がそのような変形形態を適切に用いることを期待し、本発明者らは、本明細書で具体的に説明されている以外の方法で本発明を実施することを意図している。従って、本発明は、適用可能な法律により許可されるように、本明細書に添付された特許請求の範囲で列挙された主題の全ての改変形態及び均等物を含む。更に、その全ての可能な変形形態における上記の要素の任意の組み合わせは、別途本明細書で指示されない限り又は別途文脈により明確に矛盾しない限り、本発明に包含される。
本発明は、以下を提供する。
1. 少なくとも1種のS.アウレウス(S.aureus)ロイコトキシンに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、可変重鎖(VH)相補性決定領域(CDR)1、VH CDR2、VH CDR3、可変軽鎖(VL)CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含み、前記VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3は、(a)それぞれ配列番号1、2、3、12、5及び6;(b)それぞれ配列番号1~6;(c)それぞれ配列番号1、2、17、4、5及び6;(d)それぞれ配列番号1、2、17、12、5及び6;並びに(e)それぞれ配列番号1、20、3、4、5及び6からなる群から選択される配列を含む、抗体又はその抗原結合断片。
2. 少なくとも1種のS.アウレウス(S.aureus)ロイコトキシンに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片であって、SAN481-SYT-YTEのVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含む抗体又はその抗原結合断片。
3. 前記CDRは、Kabat定義CDR、Chothia定義CDR又はAbM定義CDRである、上記2に記載の抗体又はその抗原結合断片。
4. VH及びVLを含み、前記VHは、配列番号7、15、18、21又は23のアミノ酸配列を含む、上記1~3のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
5. VH及びVLを含み、前記VLは、配列番号8又は13のアミノ酸配列を含む、上記1~4のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
6. VH及びVLを含み、前記VH及びVLは、(a)それぞれ配列番号15及び13;(b)それぞれ配列番号7及び8;(c)それぞれ配列番号7及び13;(d)それぞれ配列番号15及び8;(e)それぞれ配列番号18及び8;(f)それぞれ配列番号18及び13;(g)それぞれ配列番号21及び8;並びに(h)それぞれ配列番号23及び13からなる群から選択される配列を含む、上記1~5のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
7. 配列番号15の配列を含むVHと、配列番号13の配列を含むVLとを含む、上記1~5のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
8. 配列番号16、9、11、22又は24の配列を含む重鎖を含む、上記1~7のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
9. 配列番号14又は10の配列を含む軽鎖を含む、上記1~8のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
10. 前記抗体は、重鎖及び軽鎖を含み、前記重鎖及び軽鎖は、(a)それぞれ配列番号16及び14;(b)それぞれ配列番号9及び10;(c)それぞれ配列番号11及び10;(d)それぞれ配列番号11及び14;(e)それぞれ配列番号16及び10;(f)それぞれ配列番号19及び10;(g)それぞれ配列番号19及び14;(h)それぞれ配列番号22及び10;並びに(i)それぞれ配列番号24及び14からなる群から選択される配列を含む、上記1~9のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
11. 前記抗体は、配列番号16の配列を含む重鎖と、配列番号14の配列を含む軽鎖とを含む、上記1~9のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
12. 配列番号15のアミノ酸配列を含むVHと、配列番号13のアミノ酸配列を含むVLとを含む抗体と同じS.アウレウス(S.aureus)ロイコトキシンエピトープに結合する抗体又はその抗原結合断片。
13. S.アウレウス(S.aureus)ロイコトキシンへの、配列番号15のアミノ酸配列を含むVHと、配列番号13のアミノ酸配列を含むVLとを含む抗体の結合を競合的に阻害する抗体又はその抗原結合断片。
14. (a)LukF、LukD若しくはHlgBに結合し、且つ/又は(b)LukF、LukD若しくはHlgBを中和する、上記1~13のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
15. (a)LukF、LukD及びHlgBに結合し、且つ/又は(b)LukF、LukD及びHlgBを中和する、上記1~14のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
16. 重鎖定常領域を更に含む、上記1~15のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
17. 前記重鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2重鎖定常領域からなる群から選択される、上記16に記載の抗体又はその抗原結合断片。
18. 前記重鎖定常領域は、ヒトIgG1定常領域である、上記17に記載の抗体又はその抗原結合断片。
19. 軽鎖定常領域を更に含む、上記1~18のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
20. 前記軽鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンIgGκ及びIgGλ軽鎖定常領域からなる群から選択される、上記19に記載の抗体又はその抗原結合断片。
21. 前記軽鎖定常領域は、ヒトIgGκ軽鎖定常領域である、上記20に記載の抗体又はその抗原結合断片。
22. IgG抗体又はその抗原結合断片である、上記1~21のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
23. 半減期を改善するように操作されているFc領域を含む、上記1~22のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
24. YTE変異を有するFc領域を含む、上記1~23のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
25. モノクローナル抗体又は抗原結合断片である、上記1~24のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
26. 完全長の抗体である、上記1~25のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
27. 抗原結合断片である、上記1~9又は12~26のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
28. Fab、Fab’、F(ab’)2、一本鎖Fv(scFv)、ジスルフィド連結Fv、イントラボディ、IgGΔCH2、ミニボディ、F(ab’)3、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2又はscFv-Fcを含む、上記27に記載の抗原結合断片。
29. S.アウレウス(S.aureus)のLukF、LukD及びHlgBに対する75pM未満の親和性を有する、上記1~28のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
30. LukF、LukD及びHIgBに対する類似した結合親和性を有する、上記1~29のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
31. 検出可能な標識を更に含む、上記1~30のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片。
32. 上記1~31のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片と、任意選択的に、薬学的に許容される担体とを含む組成物。
33. 対象においてスタフィロコッカス・アウレウス(Staphylococcus aureus)(S.アウレウス(S.aureus))感染症を処置又は予防する方法であって、上記1~31のいずれかに記載の抗体若しくは抗原結合断片又は上記32に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。
34. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、敗血症である、上記33に記載の方法。
35. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、菌血症である、上記33に記載の方法。
36. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、肺炎である、上記33に記載の方法。
37. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、ICU肺炎である、上記33に記載の方法。
38. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、皮膚又は軟組織感染症(SSTI)である、上記33に記載の方法。
39. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、下肢の糖尿病性感染症である、上記33に記載の方法。
40. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、糖尿病性足部潰瘍(DFU)である、上記33に記載の方法。
41. 前記DFUは、非感染である、上記40に記載の方法。
42. 前記DFUは、感染である、上記40に記載の方法。
43. 前記DFUは、グレード1、2又は3のDFUである、上記40に記載の方法。
44. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、骨又は関節の感染症である、上記33に記載の方法。
45. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、関節感染症、器具感染症、創傷感染症、手術部位感染症又は骨髄炎である、上記33に記載の方法。
46. 前記対象は、手術対象である、上記33~45のいずれかに記載の方法。
47. 前記S.アウレウス(S.aureus)感染症は、抗生物質耐性S.アウレウス(S.aureus)を含む、上記33~46のいずれかに記載の方法。
48. 前記対象は、糖尿病を有する、上記33~47のいずれかに記載の方法。
49. 前記対象は、ヒトである、上記33~48のいずれかに記載の方法。
50. S.アウレウス(S.aureus)感染症を前記処置又は予防することは、毒素の中和、細胞溶解を阻害すること、多臓器不全を阻害すること、S.アウレウス(S.aureus)関連敗血症を阻害すること又は前述のものの任意の組み合わせを含む、上記33~49のいずれかに記載の方法。
51. 上記1~30のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片の前記VH又は重鎖をコードする核酸分子を含む、単離されたポリヌクレオチド。
52. 上記1~30のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片の前記VL又は軽鎖をコードする核酸分子を含む、単離されたポリヌクレオチド。
53. 上記51及び/又は52に記載のポリヌクレオチドを含む、単離されたベクター。
54. 上記51及び/若しくは52に記載のポリヌクレオチド、上記53に記載のベクター又は上記51に記載のポリヌクレオチドを含む第1のベクター及び上記52に記載のポリヌクレオチドを含む第2のベクターを含む宿主細胞。
55. CHO、NS0、PER-C6、HEK-293及びHeLa細胞からなる群から選択される、上記54に記載の宿主細胞。
56. 単離されている、上記54又は55に記載の宿主細胞。
57. 抗体又はその抗原結合断片を作製する方法であって、前記抗体又はその抗原結合断片が産生されるように、上記54~56のいずれかに記載の宿主細胞を培養することを含む方法。
58. サンプル中のS.アウレウス(S.aureus)又はS.アウレウス(S.aureus)ロイコトキシンを検出する方法であって、前記サンプルを、上記1~31のいずれかに記載の抗体又はその抗原結合断片と接触させることを含む方法。
Preferred embodiments of this invention are described herein, including the best mode known to the inventors for carrying out the invention. Variations on this preferred embodiment may become apparent to those of ordinary skill in the art upon reading the foregoing description. The inventors expect skilled artisans to employ such variations as appropriate, and the inventors do not intend to practice the invention otherwise than as specifically described herein. is intended. Accordingly, this invention includes all modifications and equivalents of the subject matter recited in the claims appended hereto as permitted by applicable law. Moreover, any combination of the above-described elements in all possible variations thereof is encompassed by the invention unless otherwise indicated herein or otherwise clearly contradicted by context.
The present invention provides the following.
1. at least one S. An antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically binds to S. aureus leukotoxin, comprising variable heavy chain (VH) complementarity determining region (CDR) 1, VH CDR2, VH CDR3, variable light chain (VL ) CDR1, VL CDR2 and VL CDR3, said VH CDR1, VH CDR2, VH CDR3, VL CDR1, VL CDR2 and VL CDR3 comprising (a) SEQ ID NOs: 1, 2, 3, 12, 5 and 6, respectively; (c) SEQ ID NOS: 1, 2, 17, 4, 5 and 6 respectively; (d) SEQ ID NOS: 1, 2, 17, 12, 5 and 6 respectively; and (e) SEQ ID NOS: 1-6 respectively; An antibody or antigen-binding fragment thereof comprising a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 1, 20, 3, 4, 5 and 6.
2. at least one S. An antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically binds to S. aureus leukotoxin, said antibody comprising VH CDR1, VH CDR2, VH CDR3, VL CDR1, VL CDR2 and VL CDR3 of SAN481-SYT-YTE or an antigen-binding fragment thereof.
3. 3. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to 2 above, wherein the CDRs are Kabat-defined CDRs, Chothia-defined CDRs or AbM-defined CDRs.
4. 4. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 3 above, comprising VH and VL, wherein said VH comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO: 7, 15, 18, 21 or 23.
5. 5. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 4 above, comprising VH and VL, wherein said VL comprises the amino acid sequence of SEQ ID NO:8 or 13.
6. (b) SEQ ID NOs: 7 and 8, respectively; (c) SEQ ID NOs: 7 and 13, respectively; (d) SEQ ID NOs: 15 and 13, respectively; (e) SEQ ID NOs: 18 and 8, respectively; (f) SEQ ID NOs: 18 and 13, respectively; (g) SEQ ID NOs: 21 and 8, respectively; and (h) SEQ ID NOs: 23 and 13, respectively. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 5 above, comprising
7. 6. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 5 above, which comprises a VH comprising the sequence of SEQ ID NO:15 and a VL comprising the sequence of SEQ ID NO:13.
8. 8. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 7 above, comprising a heavy chain comprising the sequence of SEQ ID NO: 16, 9, 11, 22 or 24.
9. 9. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 8 above, comprising a light chain comprising the sequence of SEQ ID NO: 14 or 10.
10. Said antibody comprises a heavy chain and a light chain, said heavy chain and light chain having the following sequences: (a) SEQ ID NOs: 16 and 14, respectively; (b) SEQ ID NOs: 9 and 10, respectively; (c) SEQ ID NOs: 11 and 10, respectively; (d) SEQ ID NOs: 11 and 14 respectively; (e) SEQ ID NOs 16 and 10 respectively; (f) SEQ ID NOs 19 and 10 respectively; (g) SEQ ID NOs 19 and 14 respectively; (h) SEQ ID NOs 22 and 10 respectively; and (i) the antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 9 above, which comprises a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOS: 24 and 14, respectively.
11. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 9 above, wherein the antibody comprises a heavy chain comprising the sequence of SEQ ID NO:16 and a light chain comprising the sequence of SEQ ID NO:14.
12. The same S . An antibody or antigen-binding fragment thereof that binds to a S. aureus leukotoxin epitope.
13. S. An antibody or an antigen-binding fragment thereof that competitively inhibits binding of an antibody comprising a VH comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 15 and a VL comprising the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13 to S. aureus leukotoxin.
14. 14. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 13 above, which (a) binds to LukF, LukD or HlgB and/or (b) neutralizes LukF, LukD or HlgB.
15. 15. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 14 above, which (a) binds to LukF, LukD and HlgB and/or (b) neutralizes LukF, LukD and HlgB.
16. 16. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 15 above, further comprising a heavy chain constant region.
17. 17. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to 16 above, wherein the heavy chain constant region is selected from the group consisting of human immunoglobulin IgG 1 , IgG 2 , IgG 3 , IgG 4 , IgA 1 and IgA 2 heavy chain constant regions. .
18. 18. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to 17 above, wherein said heavy chain constant region is a human IgG 1 constant region.
19. 19. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 18 above, further comprising a light chain constant region.
20. 20. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to 19 above, wherein said light chain constant region is selected from the group consisting of human immunoglobulin IgGκ and IgGλ light chain constant regions.
21. 21. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to 20 above, wherein the light chain constant region is a human IgGκ light chain constant region.
22. 22. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 21 above, which is an IgG antibody or antigen-binding fragment thereof.
23. 23. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 22 above, which comprises an Fc region that has been engineered to have improved half-life.
24. 24. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 23 above, which comprises an Fc region having a YTE mutation.
25. 25. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 24 above, which is a monoclonal antibody or antigen-binding fragment.
26. 26. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 25 above, which is a full-length antibody.
27. 27. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 9 or 12 to 26 above, which is an antigen-binding fragment.
28. Fab, Fab′, F(ab′) 2 , single-chain Fv (scFv), disulfide-linked Fv, intrabody, IgGΔCH2, minibody, F(ab′) 3 , tetrabody, triabody, diabody, DVD- 28. The antigen-binding fragment of 27 above, comprising Ig, Fcab, mAb 2 , (scFv) 2 or scFv-Fc.
29. S. 29. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 28 above, which has an affinity of less than 75 pM for LukF, LukD and HlgB of S. aureus.
30. 30. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any of the above 1-29, which has similar binding affinities for LukF, LukD and HIgB.
31. 31. The antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 30 above, further comprising a detectable label.
32. A composition comprising the antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 31 above and, optionally, a pharmaceutically acceptable carrier.
33. 32. A method of treating or preventing a Staphylococcus aureus (S. aureus) infection in a subject, comprising the antibody or antigen-binding fragment of any one of 1 to 31 above, or 33. A method comprising administering the composition of 32 to said subject.
34. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is sepsis.
35. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is bacteremia.
36. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is pneumonia.
37. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is ICU pneumonia.
38. The aforementioned S.I. 34. The method of claim 33, wherein the S. aureus infection is a skin or soft tissue infection (SSTI).
39. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is a diabetic infection of the lower extremities.
40. The aforementioned S.I. 34. The method of Claim 33, wherein the S. aureus infection is diabetic foot ulcer (DFU).
41. 41. The method of 40 above, wherein said DFU is non-infectious.
42. 41. The method of 40 above, wherein said DFU is an infection.
43. 41. The method of claim 40, wherein the DFU is Grade 1, 2 or 3 DFU.
44. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is a bone or joint infection.
45. The aforementioned S.I. 34. The method of 33 above, wherein the S. aureus infection is a joint infection, instrument infection, wound infection, surgical site infection or osteomyelitis.
46. 46. The method according to any one of 33 to 45 above, wherein the subject is a surgical subject.
47. The aforementioned S.I. S. aureus infections are caused by antibiotic-resistant S. aureus. 47. The method of any of 33-46 above, comprising S. aureus.
48. 48. The method of any of 33-47 above, wherein said subject has diabetes.
49. 49. The method according to any one of 33 to 48 above, wherein the subject is a human.
50. S. Said treatment or prevention of S. aureus infection includes neutralization of toxins, inhibition of cell lysis, inhibition of multiple organ failure, S. aureus infection. 49. The method of any of 33-49 above, comprising inhibiting S. aureus-associated sepsis or any combination of the foregoing.
51. 31. An isolated polynucleotide comprising a nucleic acid molecule encoding said VH or heavy chain of the antibody or antigen-binding fragment thereof of any of 1-30 above.
52. An isolated polynucleotide comprising a nucleic acid molecule encoding said VL or light chain of the antibody or antigen-binding fragment thereof of any of 1-30 above.
53. An isolated vector comprising a polynucleotide according to 51 and/or 52 above.
54. A host cell comprising the polynucleotide according to 51 and/or 52 above, the vector according to 53 above, or a first vector comprising the polynucleotide according to 51 above and a second vector comprising the polynucleotide according to 52 above. .
55. 55. The host cell of 54 above, which is selected from the group consisting of CHO, NS0, PER-C6, HEK-293 and HeLa cells.
56. 56. The host cell of 54 or 55 above, which is isolated.
57. 57. A method of producing an antibody or antigen-binding fragment thereof, comprising culturing the host cell of any of 54-56 above such that said antibody or antigen-binding fragment thereof is produced.
58. S. cerevisiae in the sample. S. aureus or S. aureus. 32. A method of detecting S. aureus leukotoxin, comprising contacting said sample with an antibody or antigen-binding fragment thereof according to any one of 1 to 31 above.