JPWO2020037239A5 - - Google Patents

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JPWO2020037239A5
JPWO2020037239A5 JP2021507743A JP2021507743A JPWO2020037239A5 JP WO2020037239 A5 JPWO2020037239 A5 JP WO2020037239A5 JP 2021507743 A JP2021507743 A JP 2021507743A JP 2021507743 A JP2021507743 A JP 2021507743A JP WO2020037239 A5 JPWO2020037239 A5 JP WO2020037239A5
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tcr
nucleic acid
amino acid
recombinant nucleic
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Description

相互参照
本出願は、２０１８年８月１６日に出願された米国仮出願第６２／７６４，８１７号および２０１９年２月２５日に出願された米国仮出願第６２／８１０，１１２号の利益を主張し、これらのいずれも、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
［０００１．１］
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含有し、その全体が参照により本明細書に援用される。２０１９年９月６日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、５０４０１－７２６．６０１ ＳＬ．ｔｘｔの名前であり、サイズは４１９３１１バイトである。
CROSS REFERENCE This application has the benefit of U.S. Provisional Application No. 62/764,817 filed Aug. 16, 2018 and U.S. Provisional Application No. 62/810,112 filed Feb. 25, 2019. both of which are hereby incorporated by reference in their entireties.
sequence listing
[0001.1]
The instant application contains a Sequence Listing which has been submitted electronically in ASCII format and is hereby incorporated by reference in its entirety. Said ASCII copy made on September 6, 2019 is 50401-726.601 SL. txt and its size is 419311 bytes.

本発明の新規な特性は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本発明の特性および利点のより良好な理解は、本発明の原理が用いられる例示的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、およびその添付の図面を参照することによって得られるであろう。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
配列番号５２に記載されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号５０に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号５１に記載されるアミノ酸配列を有する、項目１に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１または２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目５)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目７)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号４７に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号４８に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号４９に記載されるアミノ酸配列を有する、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目８)
（ａ）配列番号５６または５７と少なくとも８０％の配列同一性を有し、少なくとも配列番号５２をコードする配列を含む、配列、および
（ｂ）配列番号５３または５４と少なくとも８０％の配列同一性を有し、少なくとも配列番号４９をコードする配列を含む、配列
を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の組換え核酸。
(項目９)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１０)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１１)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１２)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１３)
前記ＴＣＲが、
（ａ）配列番号６０に記載されるアミノ酸配列または配列番号６０に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、ベータ鎖、
（ｂ）配列番号５９に記載されるアミノ酸配列または配列番号５９に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、アルファ鎖
を含む、項目１に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１４)
前記ＴＣＲが、突然変異Ｇ１２Ｖを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープに結合する、先行する項目のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目１５)
ＴＣＲベータ鎖構築物およびＴＣＲアルファ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸であって、前記ＴＣＲベータ鎖構築物が配列番号５３７および５６３から選択されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含む、組換え核酸。
(項目１６)
配列番号５３７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５４１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１５に記載の組換え核酸。
(項目１７)
前記ＴＣＲアルファ鎖構築物が、配列番号５３９または配列番号５５２に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１６に記載の組換え核酸。
(項目１８)
配列番号５６３のアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号５６７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１５に記載の組換え核酸。
(項目１９)
前記ＴＣＲアルファ鎖構築物を含む前記ＴＣＲが、配列番号５６５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目１８に記載の組換え核酸。
(項目２０)
項目１から１９のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。
(項目２１)
項目１から１９のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目２０に記載のベクターを含む、細胞。
(項目２２)
（ａ）ＴＣＲベータ鎖構築物、および
（ｂ）ＴＣＲアルファ鎖構築物
を含むＴＣＲ構築物をコードする組換え核酸であって、
前記ＴＣＲが、点突然変異Ｇ１２ＶまたはＧ１２Ｃを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合し、前記エピトープが、ヒトＭＨＣ－タンパク質複合体であり、前記ヒトＭＨＣ－タンパク質が、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原である、組換え核酸。
(項目２３)
前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む、項目２２に記載の組換え核酸。
(項目２４)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を有する、項目２２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２５)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号６３に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を有する、項目２３または２４に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目２３から２５のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２７)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目２３から２６のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２８)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目２３から２７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目２９)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目２３から２８のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３０)
項目２３から２９のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。
(項目３１)
項目２３から２９のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目３０に記載のベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞。
(項目３２)
前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号８４に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む、項目２２に記載の組換え核酸。
(項目３３)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を有する、項目３２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３４)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ３が、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を有する、項目３２または３３に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３５)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目３２から３４のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号９０に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目３２から３５のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３７)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目３２から３６のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３８)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号８７に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目３２から３７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目３９)
項目３２から３８のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。
(項目４０)
項目３２から３８のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目３９に記載のベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞。
(項目４１)
前記ＴＣＲベータ鎖構築物が、配列番号３８８に記載されるアミノ酸配列を有するＣＤＲ３を含む、項目２２に記載の組換え核酸。
(項目４２)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号３８６に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号３８７に記載されるアミノ酸配列を有する、項目４１に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４３)
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらに含み、
前記ＣＤＲ１が、配列番号３８３に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号３８４に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号３８５に記載されるアミノ酸配列を有する、項目４１または４２に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４４)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号３９４に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目４１から４３のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４５)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号３９４に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目４１から４４のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４６)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号３９１に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、または少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する可変領域を含む、項目３２から３６のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４７)
前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号３９１に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、項目３２から３７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする組換え核酸。
(項目４８)
項目４１から４７のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、組換えベクター。
(項目４９)
項目４１から４７のいずれか一項に記載の組換え核酸または項目４８に記載のベクターのうちのいずれか１つを含む、細胞。
(項目５０)
エピトープが、８～２５個のアミノ酸の長さを有する、項目１から４９のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５１)
エピトープが、野生型エピトープとは少なくとも１つのアミノ酸が異なる突然変異を含む、項目１から５０のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５２)
エピトープが、対応する野生型エピトープよりも高い親和性で、前記ヒトＭＨＣに結合する、項目１から５１のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５３)
エピトープが、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、前記ヒトＭＨＣに結合する、項目１から５２のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５４)
突然変異が、対象の非がん細胞には存在しない、項目１から５３のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５５)
前記ＴＣＲが、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、項目１から５４のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５６)
プロモーターに作動可能に連結されている、項目１から５５のいずれか一項に記載の核酸。
(項目５７)
ＣＤ４＋Ｔ細胞である、項目２１、３１、４０、および４９のいずれか一項に記載の細胞。
(項目５８)
ＣＤ８＋Ｔ細胞である、項目２１、３１、４０、および４９のいずれか一項に記載の細胞。
(項目５９)
ＲＡＳ突然変異を有する対象から単離される、項目２１、３１、４０、および４９のいずれか一項に記載の細胞。
(項目６０)
（ａ）項目１から５６のいずれか一項に記載の核酸、または項目１５、２５、３４、４３のいずれか一項に記載のベクター、または
項目１６、２６、３５、４４のいずれか一項に記載の細胞と、
（ｂ）薬学的に許容される賦形剤または希釈剤と
を含む、医薬組成物。
(項目６１)
免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む、項目５５に記載の医薬組成物。
(項目６２)
アジュバントが、ポリＩ：Ｃである、項目５６に記載の医薬組成物。
(項目６３)
免疫疾患またはがんを処置する際の使用のための、項目６０から６２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
(項目６４)
免疫疾患またはがんを処置するための、項目６０から６２のいずれか一項に記載の医薬組成物の使用。
(項目６５)
疾患または状態を有する対象を処置する方法であって、前記対象に、項目６０から６３のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
(項目６６)
がんを有する対象を処置する方法であって、前記対象に、項目６０から６３のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与するステップを含む、方法。
(項目６７)
がんを有する対象を治療の候補として特定する方法であって、前記対象を、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子またはＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされるタンパク質を発現する対象として判定するステップを含み、前記治療が、項目６０から６３のいずれか一項から選択される医薬組成物である、方法。
The novel features of the invention are set out with particularity in the appended claims. A better understanding of the features and advantages of the present invention may be had by reference to the following detailed description, which sets forth illustrative embodiments in which the principles of the invention are employed, and the accompanying drawings.
The present invention provides, for example, the following items.
(Item 1)
A recombinant nucleic acid encoding a TCR comprising a T cell receptor (TCR) beta chain construct comprising complementarity determining region 3 (CDR3) having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:52.
(Item 2)
said T cell receptor (TCR) beta chain construct further comprising a complementarity determining region 1 (CDR1) and a complementarity determining region 2 (CDR2), wherein said CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:50 3. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 1, wherein said CDR2 has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:51.
(Item 3)
3. The T cell receptor (TCR) beta chain construct encodes the TCR of item 1 or 2, wherein the variable region has at least 80% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:58. recombinant nucleic acid.
(Item 4)
5. Any one of the preceding items, wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having at least 90% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:58. A recombinant nucleic acid encoding a TCR.
(Item 5)
wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having at least 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:58; A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of the preceding items, comprising:
(Item 6)
A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of the preceding items, wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:58.
(Item 7)
further comprising a T cell receptor (TCR) alpha chain construct having CDR1, CDR2, and CDR3;
the CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 47,
the CDR2 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 48;
A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of the preceding items, wherein said CDR has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:49.
(Item 8)
(a) a sequence having at least 80% sequence identity with SEQ ID NO: 56 or 57, including a sequence encoding at least SEQ ID NO: 52; and
(b) a sequence having at least 80% sequence identity with SEQ ID NO: 53 or 54, including a sequence encoding at least SEQ ID NO: 49;
A recombinant nucleic acid according to any one of the preceding items comprising
(Item 9)
5. Any one of the preceding items, wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having at least 80% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:55. A recombinant nucleic acid encoding a TCR.
(Item 10)
5. Any one of the preceding items, wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having at least 90% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:55. A recombinant nucleic acid encoding a TCR.
(Item 11)
wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having at least 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:55; A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of the preceding items, comprising:
(Item 12)
A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of the preceding items, wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:55.
(Item 13)
The TCR is
(a) a beta chain having an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:60 or an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:60;
(b) an alpha chain having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:59 or an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:59;
A recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 1, comprising:
(Item 14)
A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of the preceding items, wherein said TCR binds to an epitope derived from human RAS comprising the mutation G12V.
(Item 15)
A recombinant nucleic acid encoding a TCR comprising a TCR beta chain construct and a TCR alpha chain construct, wherein said TCR beta chain construct comprises complementarity determining region 3 (CDR3) having an amino acid sequence selected from SEQ ID NOs:537 and 563. A recombinant nucleic acid.
(Item 16)
said TCR beta chain construct comprising a CDR3 having the amino acid sequence of SEQ ID NO:537 is at least 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:541 16. Recombinant nucleic acid according to item 15, comprising variable regions with % or 100% sequence identity.
(Item 17)
said TCR alpha chain construct is at least 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, or 100% of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:539 or SEQ ID NO:552 17. Recombinant nucleic acid according to item 16, comprising variable regions of identity.
(Item 18)
said TCR beta chain construct comprising a CDR3 having the amino acid sequence of SEQ ID NO:563 is at least 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 16. Recombinant nucleic acid according to item 15, comprising a variable region with 99% sequence identity.
(Item 19)
said TCR comprising said TCR alpha chain construct is at least 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, or 100% of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:565 19. Recombinant nucleic acid according to item 18, comprising variable regions of identity.
(Item 20)
A vector comprising a recombinant nucleic acid according to any one of items 1-19.
(Item 21)
A cell comprising a recombinant nucleic acid according to any one of items 1 to 19 or a vector according to item 20.
(Item 22)
(a) a TCR beta chain construct, and
(b) TCR alpha chain constructs
A recombinant nucleic acid encoding a TCR construct comprising
said TCR recognizes and binds to a human RAS-derived epitope comprising a point mutation G12V or G12C, said epitope is a human MHC-protein complex, said human MHC-protein is associated with the HLA A03:01 allele A recombinant nucleic acid that is an HLA antigen encoded by
(Item 23)
23. The recombinant nucleic acid of item 22, wherein said TCR beta chain construct comprises a CDR3 having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:68.
(Item 24)
said T cell receptor (TCR) beta chain construct further comprising a complementarity determining region 1 (CDR1) and a complementarity determining region 2 (CDR2), wherein said CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:66 23. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 22, wherein said CDR2 has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:67.
(Item 25)
further comprising a T cell receptor (TCR) alpha chain construct having CDR1, CDR2, and CDR3;
the CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 63;
the CDR2 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 64;
25. A recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 23 or 24, wherein said CDR has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:65.
(Item 26)
The T cell receptor (TCR) beta chain construct is at least 80%, or at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:74 26. A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of items 23-25, comprising a variable region with sequence identity.
(Item 27)
27. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 23-26, wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:74.
(Item 28)
The T cell receptor (TCR) alpha chain construct is at least 80%, or at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:71 28. A recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 23-27, comprising a variable region with sequence identity.
(Item 29)
29. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 23-28, wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:71.
(Item 30)
A vector comprising a recombinant nucleic acid according to any one of items 23-29.
(Item 31)
A cell comprising any one of the recombinant nucleic acid of any one of items 23 to 29 or the vector of item 30.
(Item 32)
23. The recombinant nucleic acid of item 22, wherein said TCR beta chain construct comprises a CDR3 having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:84.
(Item 33)
said T cell receptor (TCR) beta chain construct further comprising a complementarity determining region 1 (CDR1) and a complementarity determining region 2 (CDR2), wherein said CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:82 33. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 32, wherein said CDR2 has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:83.
(Item 34)
further comprising a T cell receptor (TCR) alpha chain construct having CDR1, CDR2, and CDR3;
the CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 79;
the CDR2 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 80;
34. A recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 32 or 33, wherein said CDR3 has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:81.
(Item 35)
The T cell receptor (TCR) beta chain construct is at least 80%, or at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:90 35. A recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 32-34, comprising a variable region with sequence identity.
(Item 36)
36. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 32-35, wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:90.
(Item 37)
The T cell receptor (TCR) alpha chain construct is at least 80%, or at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:87 37. A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of items 32-36, comprising a variable region with sequence identity.
(Item 38)
38. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 32-37, wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:87.
(Item 39)
A vector comprising a recombinant nucleic acid according to any one of items 32-38.
(Item 40)
A cell comprising any one of the recombinant nucleic acid of any one of items 32 to 38 or the vector of item 39.
(Item 41)
23. The recombinant nucleic acid of item 22, wherein said TCR beta chain construct comprises a CDR3 having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:388.
(Item 42)
said T cell receptor (TCR) beta chain construct further comprising a complementarity determining region 1 (CDR1) and a complementarity determining region 2 (CDR2), wherein said CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:386 42. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 41, wherein said CDR2 has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:387.
(Item 43)
further comprising a T cell receptor (TCR) alpha chain construct having CDR1, CDR2, and CDR3;
the CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 383;
the CDR2 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 384;
43. A recombinant nucleic acid encoding the TCR of item 41 or 42, wherein said CDR has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:385.
(Item 44)
The T cell receptor (TCR) beta chain construct is at least 80%, or at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:394 44. A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of items 41 to 43, comprising a variable region with sequence identity.
(Item 45)
45. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 41-44, wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:394.
(Item 46)
The T cell receptor (TCR) alpha chain construct is at least 80%, or at least 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, or 99% relative to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:391 37. A recombinant nucleic acid encoding a TCR according to any one of items 32-36, comprising a variable region with sequence identity.
(Item 47)
38. The recombinant nucleic acid encoding the TCR of any one of items 32-37, wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:391.
(Item 48)
A recombinant vector comprising a recombinant nucleic acid according to any one of items 41-47.
(Item 49)
A cell comprising any one of the recombinant nucleic acid of any one of items 41 to 47 or the vector of item 48.
(Item 50)
49. Nucleic acid according to any one of items 1 to 49, wherein the epitope has a length of 8-25 amino acids.
(Item 51)
51. Nucleic acid according to any one of items 1 to 50, wherein the epitope comprises a mutation that differs from the wild-type epitope by at least one amino acid.
(Item 52)
52. The nucleic acid of any one of items 1-51, wherein the epitope binds to said human MHC with a higher affinity than the corresponding wild-type epitope.
(Item 53)
53. The nucleic acid of any one of items 1-52, wherein the epitope binds to said human MHC with a KD or IC50 of less than 500 nM, less than 250 nM, less than 150 nM, less than 100 nM, less than 50 nM, less than 25 nM, or less than 10 nM. .
(Item 54)
54. The nucleic acid of any one of items 1-53, wherein the mutation is absent in non-cancer cells of the subject.
(Item 55)
55. of any one of items 1-54, wherein said TCR binds to MHC-peptide complexes with a KD or IC50 of less than 500 nM, less than 250 nM, less than 150 nM, less than 100 nM, less than 50 nM, less than 25 nM, or less than 10 nM Nucleic acids as described.
(Item 56)
56. The nucleic acid of any one of items 1-55, operably linked to a promoter.
(Item 57)
50. The cell of any one of items 21, 31, 40 and 49, which is a CD4+ T cell.
(Item 58)
50. The cell of any one of items 21, 31, 40 and 49, which is a CD8+ T cell.
(Item 59)
50. The cell of any one of items 21, 31, 40 and 49, isolated from a subject with a RAS mutation.
(Item 60)
(a) a nucleic acid according to any one of items 1 to 56, or a vector according to any one of items 15, 25, 34, 43, or
a cell according to any one of items 16, 26, 35, 44;
(b) a pharmaceutically acceptable excipient or diluent;
A pharmaceutical composition comprising:
(Item 61)
56. Pharmaceutical composition according to item 55, further comprising an immunomodulatory agent or adjuvant.
(Item 62)
57. Pharmaceutical composition according to item 56, wherein the adjuvant is poly I:C.
(Item 63)
63. Pharmaceutical composition according to any one of items 60 to 62, for use in treating immune diseases or cancer.
(Item 64)
Use of a pharmaceutical composition according to any one of items 60 to 62 for treating immune diseases or cancer.
(Item 65)
64. A method of treating a subject having a disease or condition, comprising administering to said subject a pharmaceutical composition according to any one of items 60-63.
(Item 66)
64. A method of treating a subject with cancer, comprising administering to said subject a pharmaceutical composition according to any one of items 60-63.
(Item 67)
A method of identifying a subject with cancer as a candidate for treatment, comprising determining said subject as expressing a protein encoded by an HLA-A03:01 allele or an HLA-A11:01 allele. wherein said treatment is a pharmaceutical composition selected from any one of items 60-63.

図８Ｆは、ＲＡＳ ＴＣＲ－２６およびＲＡＳ ＴＣＲ－２７を特定するために使用した作業フローを示す。ＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大のフローサイトメトリー分析を、上部左に示す。拡大したＣＤ８＋Ｔ細胞との共培養後５４時間にわたるＨＬＡ－Ａ１１：０１およびＧＦＰを発現する標的Ａ３７５細胞の細胞成長の測定を、上部右に示す。この実験では、ペプチドの存在下で拡大させたＴ細胞を、示される量のペプチドをロードしたＡ３７５細胞とともにインキュベートした。漸増量または突然変異体ＲＡＳペプチドをロードした標的細胞を、野生型ペプチドを用いた対照に対して正規化して比較する、４８時間の時点での計算された特異的細胞傷害性を、下部左に示す。下部右には、多量体陽性細胞の単一細胞ＴＣＲシーケンシング後のＴＣＲアルファおよびＴＣＲベータＣＤＲ３領域の相対存在度を示す。左側の円グラフにおいて、図８Ｆは、配列番号６０３として、「ＣＡＶＫＧＧＧＳＧＴＹＫＹＩＦ」、配列番号６０４として、「ＣＡＶＧＮＮＱＧＧＫＬＩＦ」、配列番号６０５として、「ＣＡＧＰＮＴＮＡＧＫＳＴＦ」、配列番号６０６として、「ＣＡＡＳＩＡＤＧＱＫＬＬＦ」、配列番号６０７として、「ＣＡＹＩＤＡＧＮＱＦＹＦ」、配列番号６０８として、「ＣＡＶＲＧＤＳＧＧＧＡＤＧＬＴＦ」、配列番号６０９として、「ＣＡＶＤＩＩＧＧＫＳＴＦ」および配列番号６１０として、「ＣＡＡＮＡＧＧＴＳＹＧＫＬＴＦ」を開示する。右側の円グラフにおいて、図８Ｆは、配列番号６１１として「ＣＡＳＳＦＦＰＴＳＴＧＲＴＤＴＱＹＦ」、配列番号６１２として「ＣＡＳＳＧＰＧＰＲＧＦＮＥＱＦＦ」、配列番号６１３として「ＣＡＳＳＬＧＱＤＴＥＡＦＦ」、配列番号６１４として「ＣＡＳＳＥＳＧＳＧＥＫＬＦＦ」、配列番号６１５として「ＣＡＳＩＴＰＲＤＥＱＦＦ」および配列番号６１６として「ＣＡＳＳＥＷＧＳＴＧＥＬＦＦ」を開示する。 FIG. 8F shows the workflow used to identify RAS TCR-26 and RAS TCR-27. Flow cytometric analysis of expansion of CD8 + T cells specific for the RAS-peptide-HLA-A11:01 complex in response to stimulation with RAS G12V peptide is shown top left. Cell growth measurements of target A375 cells expressing HLA-A11:01 and GFP over 54 hours after co-culture with expanded CD8 + T cells are shown in the top right. In this experiment, T cells expanded in the presence of peptide were incubated with A375 cells loaded with the indicated amount of peptide. Calculated specific cytotoxicity at 48 hours comparing target cells loaded with increasing amounts or mutant RAS peptide normalized to controls with wild-type peptide, bottom left. show. Bottom right, relative abundance of TCR alpha and TCR beta CDR3 regions after single-cell TCR sequencing of multimer-positive cells. In the left hand pie chart, FIG. , "CAYIDAGNQFYF" as SEQ ID NO:608, "CAVRGDSGGGADGLTF" as SEQ ID NO:609, "CAVDIIGGKSTF" as SEQ ID NO:609 and "CAANAGGTSYGKLTF" as SEQ ID NO:610. In the right hand pie chart, FIG. "CASSEWGSTGELFF" is disclosed as SEQ ID NO:616.

図８Ｇは、ＲＡＳ ＴＣＲ－２８を特定するために使用した作業フローを示す。ＲＡＳ Ｇ１２Ｖペプチドでの刺激に応答したＲＡＳ－ペプチド－ＨＬＡ－Ａ１１：０１複合体に特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞の拡大のフローサイトメトリー分析を、上部左に示す。拡大したＣＤ８＋Ｔ細胞との共培養後５４時間にわたる、ＨＬＡ－Ａ１１：０１およびＧＦＰを発現する、様々な用量のペプチドをロードした、標的Ａ３７５細胞の細胞成長の測定を、上部右に示す。データは、細胞成長とペプチド用量との良好な逆相関を示し、これにより、ペプチドに対するＴＣＲの特異性が示される。漸増量または突然変異体ＲＡＳペプチドをロードした標的細胞を、野生型ペプチドを用いた対照に対して正規化して比較する、４８時間の時点での計算された特異的細胞傷害性を、下部左に示す。下部右には、多量体陽性細胞の単一細胞ＴＣＲシーケンシング後のＴＣＲアルファおよびＴＣＲベータＣＤＲ３領域の相対存在度を示す。左側の円グラフにおいて、図８Ｇは、配列番号６１７として、「ＣＡＭＲＥＧＲＧＡＧＮＮＲＫＬＩＷ」、配列番号６１８として、「ＣＡＬＳＥＡＧＬＧＧＧＫＬＩＦ」および配列番号６１９として、「ＣＡＡＳＡＶＧＱＥＹＧＮＫＬＶＦ」を開示する。右側の円グラフにおいて、図８Ｇは、配列番号６２０として、「ＣＡＳＳＱＤＲＬＡＧＤＹＥＱＹＦ」および配列番号６２１として、「ＣＡＳＳＥＹＴＭＧＴＱＹＦ」を開示する。 FIG. 8G shows the workflow used to identify RAS TCR-28. Flow cytometric analysis of expansion of CD8 + T cells specific for the RAS-peptide-HLA-A11:01 complex in response to stimulation with RAS G12V peptide is shown top left. Cell growth measurements of peptide-loaded target A375 cells expressing HLA-A11:01 and GFP over 54 hours after co-culture with expanded CD8 + T cells are shown in the top right. The data show a good inverse correlation between cell growth and peptide dose, demonstrating the specificity of the TCR for peptides. Calculated specific cytotoxicity at 48 hours comparing target cells loaded with increasing amounts or mutant RAS peptide normalized to controls with wild-type peptide, bottom left. show. Bottom right, relative abundance of TCR alpha and TCR beta CDR3 regions after single-cell TCR sequencing of multimer-positive cells. In the pie chart on the left, FIG. 8G discloses "CAMREGRGAGNNRKLIW" as SEQ ID NO:617, "CALSEAGLGGGKLIF" as SEQ ID NO:618 and "CAASAVGQEYGNKLVF" as SEQ ID NO:619. In the pie chart on the right, FIG. 8G discloses “CASSQDRLAGDYEQYF” as SEQ ID NO:620 and “CASSEYTMGTQYF” as SEQ ID NO:621.

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｖ突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｃ突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｇ１２Ｄ突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、Ｑ６１に突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein the RAS peptide comprises the G12V mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein the RAS peptide comprises the G12C mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein the RAS peptide comprises the G12D mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein the RAS peptide comprises a mutation at Q61. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein the RAS peptides are VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45) , VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 46) , VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301) , VVVGADGVGK ( SEQ ID NO: 301) No. 302) , VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109) , VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110) , KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15) , LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30) , KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 219) , LVVVGADGV (SEQ ID NO: 220) , KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 220) 221) , or LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 222) .

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされ、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＲＡＳペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子によってコードされ、ＲＡＳペプチドは、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４５）、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号４６）、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０１）、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（配列番号３０２）、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１０９）、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ（配列番号１１０）、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号１５）、ＬＶＶＶＧＡＣＧＶ（配列番号３０）、ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２１９）、ＬＶＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２２０）、ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２１）、またはＬＶＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号２２２）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein human MHC is encoded by the HLA-A02:01 allele and the RAS peptides are VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45) , VVVGAVGVGK ( SEQ ID NO: 46) , VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301) , VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 302) , VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109) , VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110) , KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15) , LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30) , KLVVVGADGV (sequence 219) , LVVVGADGV (SEQ ID NO:220) , KLVVVGAVGV (SEQ ID NO:221) , or LVVVGAVGV (SEQ ID NO:222) . In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein human MHC is encoded by the HLA-A03:01 allele and the RAS peptides are VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45) , VVVGAVGVGK ( SEQ ID NO: 46) , VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301) , VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 302) , VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109) , VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110) , KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15) , LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30) , KLVVVGADGV (sequence 219) , LVVVGADGV (SEQ ID NO:220) , KLVVVGAVGV (SEQ ID NO:221) , or LVVVGAVGV (SEQ ID NO:222) . In various embodiments, the TCR binds to the MHC:RAS peptide complex, wherein human MHC is encoded by the HLA-A11:01 allele and the RAS peptides are VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 45) , VVVGAVGVGK ( SEQ ID NO: 46) , VVGADGVGK (SEQ ID NO: 301) , VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 302) , VVGACGVGK (SEQ ID NO: 109) , VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 110) , KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 15) , LVVVGACGV (SEQ ID NO: 30) , KLVVVGADGV (sequence 219) , LVVVGADGV (SEQ ID NO:220) , KLVVVGAVGV (SEQ ID NO:221) , or LVVVGAVGV (SEQ ID NO:222) .

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、遺伝子融合突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、少なくとも２つの連続的なアミノ酸を含む遺伝子融合突然変異を含み、少なくとも２つの連続的なアミノ酸は、ＴＭＰＲＳＳ２の少なくとも１つのアミノ酸およびＥＲＧの少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ（配列番号１５６）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:TMPRSS2::ERG peptide complex, wherein the TMPRSS2::ERG peptide comprises a gene fusion mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:TMPRSS2::ERG peptide complex, wherein the TMPRSS2::ERG peptide comprises a gene fusion mutation comprising at least two consecutive amino acids and at least two The three contiguous amino acids include at least one amino acid of TMPRSS2 and at least one amino acid of ERG. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:TMPRSS2::ERG peptide complex, wherein the TMPRSS2::ERG peptide comprises the sequence ALNSEALSV (SEQ ID NO: 156) .

様々な実施形態では、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされる。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧペプチドは、ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ（配列番号１５６）の配列を含む。
ＶＩＩ．ＧＡＴＡ３ペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
In various embodiments, human MHC is encoded by the HLA-A02:01 allele. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:TMPRSS2::ERG peptide complex, wherein the human MHC is encoded by the HLA-A02:01 allele and the TMPRSS2::ERG peptide is ALNSEALSV (sequence 156) .
VII. TCRs specific for GATA3 peptide-MHC complexes

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸およびＧＡＴＡ３野生型配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸、およびＧＡＴＡ３野生型配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも１つのアミノ酸およびＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされない少なくとも１つのアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドは、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされる少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸、およびＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされない少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のアミノ酸を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡペプチドのそれぞれのアミノ酸は、ＧＡＴＡ３ネオＯＲＦ配列によってコードされるアミノ酸である。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ＧＡＴＡ３ペプチドは、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ（配列番号１４１）、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ（配列番号２０３）、またはＥＳＫＩＭＦＡＴＬ（配列番号２１８）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA peptide comprises at least one amino acid encoded by the GATA3 neo-ORF sequence. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA peptides are at least 2, 3, 4, 5, 6, encoded by the GATA3 neo-ORF sequences. 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 , 24, or 25 amino acids. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA peptide comprises at least one amino acid encoded by the GATA3 neo-ORF sequence and at least one amino acid encoded by the GATA3 wild-type sequence. Contains amino acids. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA peptides are at least 2, 3, 4, 5, 6, encoded by the GATA3 neo-ORF sequences. 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 , 24, or 25 amino acids and at least 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 encoded by the GATA3 wild-type sequence, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, or 25 amino acids. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA peptide has at least one amino acid encoded by the GATA3 neo-ORF sequence and at least one amino acid not encoded by the GATA3 neo-ORF sequence. including. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA peptides are at least 2, 3, 4, 5, 6, encoded by the GATA3 neo-ORF sequences. 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 , 24, or 25 amino acids, and at least 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 not encoded by the GATA3 neo-ORF sequence. , 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, or 25 amino acids. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein each amino acid of the GATA peptide is an amino acid encoded by the GATA3 neo-ORF sequence. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein the GATA3 peptide has the sequence MLTGPPARV (SEQ ID NO: 141) , KPKRDGYMF (SEQ ID NO: 203) , or ESKIMFATL (SEQ ID NO: 218) . include.

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＧＡＴＡ３ペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ｂ０８：０１対立遺伝子によってコードされ、ＧＡＴＡ３ペプチドは、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ（配列番号１４１）、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ（配列番号２０３）、またはＥＳＫＩＭＦＡＴＬ（配列番号２１８）の配列を含む。
ＶＩＩＩ．ＢＴＫペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:GATA3 peptide complex, wherein human MHC is encoded by the HLA-B08:01 allele and the GATA3 peptide is MLTGPPARV (SEQ ID NO: 141) , KPKRDGYMF ( SEQ ID NO:203) , or ESKIMFATL (SEQ ID NO:218) .
VIII. TCRs specific for BTK peptide-MHC complexes

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ＢＴＫペプチドは、点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ＢＴＫペプチドは、Ｃ４８１Ｓ点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ＢＴＫペプチドは、ＳＬＬＮＹＬＲＥＭ（配列番号１７３）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:BTK peptide complex, wherein the BTK peptide comprises a point mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:BTK peptide complex, wherein the BTK peptide comprises a C481S point mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:BTK peptide complex, wherein the BTK peptide comprises the sequence SLLNYLREM (SEQ ID NO: 173) .

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＢＴＫペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＢＴＫペプチドは、ＳＬＬＮＹＬＲＥＭ（配列番号１７３）の配列を含む。
ＩＸ．ＥＧＦＲペプチド－ＭＨＣ複合体に特異的なＴＣＲ
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:BTK peptide complex, wherein the human MHC is encoded by the HLA-A02:01 allele and the BTK peptide has the sequence SLLNYLREM (SEQ ID NO: 173) . include.
IX. TCRs specific for EGFR peptide-MHC complexes

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ＥＧＦＲペプチドは、点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ＥＧＦＲペプチドは、Ｔ７９０Ｍ点突然変異を含む。様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ＥＧＦＲペプチドは、ＱＬＩＭＱＬＭＰＦ（配列番号４６１）、ＬＩＭＱＬＭＰＦＧＣ（配列番号４６２）、またはＭＱＬＭＰＦＧＣＬＬ（配列番号４６３）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to MHC:EGFR peptide complexes, wherein the EGFR peptide comprises a point mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:EGFR peptide complex, wherein the EGFR peptide comprises the T790M point mutation. In various embodiments, the TCR binds to the MHC:EGFR peptide complex, wherein the EGFR peptide has the sequence QLIMQLMPF (SEQ ID NO:461) , LIMQLMPFGC (SEQ ID NO:462) , or MQLMPFGCLL (SEQ ID NO:463) . include.

様々な実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣ：ＥＧＦＲペプチド複合体に結合し、ここで、ヒトＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子によってコードされ、ＥＧＦＲペプチドは、ＱＬＩＭＱＬＭＰＦ（配列番号４６１）、ＬＩＭＱＬＭＰＦＧＣ（配列番号４６２）、またはＭＱＬＭＰＦＧＣＬＬ（配列番号４６３）の配列を含む。
In various embodiments, the TCR binds to the MHC:EGFR peptide complex, wherein the human MHC is encoded by the HLA-A02:01 allele and the EGFR peptides are QLIMQLMPF (SEQ ID NO:461) , LIMQLMPFGC ( SEQ ID NO:462) , or MQLMPFGCLL (SEQ ID NO:463) .

図３Ａは、ＴＣＲアルファ鎖およびＴＣＲベータ鎖構築物を組み込む例示的なベクター設計の図解を表し、ここで、ＴＣＲアルファ鎖およびベータ鎖構築物は、図に示されるように、ＴＣＲアルファ（α）鎖およびＴＣＲベータ（β）鎖のそれぞれに、可変（Ｖ）、多様性（（Ｄ）、ベータ鎖構築物のみ）、結合性（Ｊ）、および定常（Ｃ）領域をコードする核酸配列を、たとえば、プロモーター（図に示されるような例示的なＥＦ１ａ領域）を含む、組み込まれた核酸配列の発現に必要なエレメントを含む上流の制御エレメントを有するベクターに含み、さらに、Ｆ２ＡおよびＰ２Ａタンパク質分解切断部位およびピューロマイシンに媒介される選択のためのピューロマイシン耐性（Ｐｕｒｏ）をコードする配列をさらに組み込む。レンチウイルスベクターは、ｐＣＤＨ－ＥＦ１－Ｔ２Ａ－Ｐｕｒｏ（ＳＢＩ ｓｙｓｔｅｍ ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）から構築した。抗原特異的ＴＣＲレンチウイルスベクターを、ＴＣＲベータ可変領域、続いてＴＣＲベータマウス定常領域、フューリン切断部位、ＳＧＳＧリンカー（配列番号６０１）、Ｆ２Ａ部位、ＴＣＲアルファ可変領域、ＴＣＲアルファ定常領域、Ｔ２Ａ部位、およびピューロマイシン耐性遺伝子を挿入することによって生成した（図３Ａおよび３Ｂ）。
（実施例６）
トランスフェクションおよび形質導入
FIG. 3A depicts a schematic of an exemplary vector design incorporating TCR alpha and beta chain constructs, where the TCR alpha and beta chain constructs are TCR alpha (α) and For each of the TCR beta (β) chains, nucleic acid sequences encoding the variable (V), diversity ((D), beta chain constructs only), junctional (J), and constant (C) regions are provided, e.g. (exemplary EF1a region as shown) in a vector with upstream regulatory elements containing the elements necessary for the expression of the integrated nucleic acid sequence, as well as the F2A and P2A proteolytic cleavage sites and the purine A sequence encoding puromycin resistance (Puro) for mycin-mediated selection is additionally incorporated. A lentiviral vector was constructed from pCDH-EF1-T2A-Puro (SBI system bioscience). The antigen-specific TCR lentiviral vector is composed of the TCR beta variable region followed by the TCR beta mouse constant region, the furin cleavage site, the SGSG linker (SEQ ID NO: 601) , the F2A site, the TCR alpha variable region, the TCR alpha constant region, the T2A site, and by inserting a puromycin resistance gene (FIGS. 3A and 3B).
(Example 6)
Transfection and transduction

外因性ペプチドのパルスに関して、１×１０６個のＴ２、２９３Ｔ、またはＡ３７５細胞を、３７℃および５％ ＣＯ２で２時間、１０ｐｇ／ｍＬのヒトβ２－ミクログロブリン（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）および滴定量が１×１０－５Ｍ～１×１０－１２ＭのＲＡＳまたはＧＡＴＡ３ペプチドとともにインキュベートし、１０－５ＭのインフルエンザペプチドＧＩＬ（インフルエンザマトリクスタンパク質５８－６６ ＧＩＬＧＦＶＴＬ（配列番号６０２）、Ｍｅｔａｂｉｏｎ）でパルスしたＴ２細胞は、陰性対照としての機能を果たした。洗浄した後、ペプチドをロードしたＴ２細胞を、ＩＬ－２放出アッセイにおいて使用した（図６Ｂ、７、８、１２Ｅ、および１４）。
（実施例９）
ネオ抗原を発現する標的細胞
For exogenous peptide pulsing, 1×10 6 T2, 293T, or A375 cells were incubated with 10 pg/mL human β 2 -microglobulin (Calbiochem) for 2 h at 37° C. and 5% CO 2 and the titer was T2 incubated with 1×10 −5 M to 1×10 −12 M RAS or GATA3 peptide and pulsed with 10 −5 M influenza peptide GIL (Influenza Matrix Protein 58-66 GILGFVTL (SEQ ID NO: 602) , Metabion) Cells served as a negative control. After washing, peptide-loaded T2 cells were used in IL-2 release assays (FIGS. 6B, 7, 8, 12E, and 14).
(Example 9)
Target cells expressing neoantigen

この実施例は、開発したＴＣＲの詳細を提供する。表１は、本明細書に記載されるＴＣＲの一覧を提供し、表２は、特定のアミノ酸およびコーディング配列を提供する。

Figure 2020037239000001
Figure 2020037239000002
 This example provides details of the developed TCR. Table 1 provides a list of TCRs described herein and Table 2 provides specific amino acids and coding sequences.
Figure 2020037239000001
Figure 2020037239000002

Claims (16)

配列番号５２に記載されるアミノ酸配列を有する相補性決定領域３（ＣＤＲ３）を含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物を含むＴＣＲをコードする組換え核酸。 A recombinant nucleic acid encoding a TCR comprising a T cell receptor (TCR) beta chain construct comprising complementarity determining region 3 (CDR3) having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:52. 前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、相補性決定領域１（ＣＤＲ１）および相補性決定領域２（ＣＤＲ２）をさらに含み、前記ＣＤＲ１が、配列番号５０に記載されるアミノ酸配列を有し、前記ＣＤＲ２が、配列番号５１に記載されるアミノ酸配列を有する、請求項１に記載の組換え核酸。 said T cell receptor (TCR) beta chain construct further comprising a complementarity determining region 1 (CDR1) and a complementarity determining region 2 (CDR2), wherein said CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:50 2. The recombinant nucleic acid of claim 1, wherein said CDR2 has the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:51. 前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、請求項１または２に記載の組換え核酸。 3. The recombinant nucleic acid of claim 1 or 2, wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having at least 80% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:58. . 前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベータ鎖構築物が、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の組換え核酸。 4. The recombinant nucleic acid of any one of claims 1-3 , wherein said T cell receptor (TCR) beta chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:58. ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物をさらにコードし、
前記ＣＤＲ１が、配列番号４７に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲ２が、配列番号４８に記載されるアミノ酸配列を有し、
前記ＣＤＲが、配列番号４９に記載されるアミノ酸配列を有する、
請求項１～４のいずれか一項に記載の組換え核酸。 further encoding a T cell receptor (TCR) alpha chain construct having CDR1, CDR2 and CDR3;
the CDR1 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 47,
the CDR2 has an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 48;
the CDRs have the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 49 ;
A recombinant nucleic acid according to any one of claims 1-4 . 前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する可変領域を含む、請求項５に記載の組換え核酸。 6. The recombinant nucleic acid of claim 5 , wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having at least 80% sequence identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:55. 前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖構築物が、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列を有する可変領域を含む、請求項６に記載の組換え核酸。 7. The recombinant nucleic acid of claim 6 , wherein said T cell receptor (TCR) alpha chain construct comprises a variable region having the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:55. 前記ＴＣＲが、
（ａ）配列番号６０に記載されるアミノ酸配列または配列番号６０に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、ＴＣＲベータ鎖構築物、
（ｂ）配列番号５９に記載されるアミノ酸配列または配列番号５９に対して少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を有する、ＴＣＲアルファ鎖構築物
を含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の組換え核酸。 The TCR is
(a) a TCR beta chain construct having an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:60 or an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:60;
(b) a TCR alpha chain construct having an amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:59 or an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:59
8. The recombinant nucleic acid of any one of claims 1-7, comprising: 請求項１から８のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む、ベクター。 A vector comprising a recombinant nucleic acid according to any one of claims 1-8 . 請求項１から８のいずれか一項に記載の組換え核酸または請求項９に記載のベクターを含む、細胞。 A cell comprising a recombinant nucleic acid according to any one of claims 1 to 8 or a vector according to claim 9 . （ａ）ＴＣＲベータ鎖構築物、および
（ｂ）ＴＣＲアルファ鎖構築物
を含むＴＣＲ構築物をコードする組換え核酸であって、
前記ＴＣＲが、点突然変異Ｇ１２ＶまたはＧ１２Ｃを含むヒトＲＡＳ由来のエピトープを認識しそれに結合し、前記エピトープが、ヒトＭＨＣ－タンパク質複合体であり、前記ヒトＭＨＣ－タンパク質が、ＨＬＡ Ａ０３：０１対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ抗原である、組換え核酸。 A recombinant nucleic acid encoding a TCR construct comprising (a) a TCR beta chain construct and (b) a TCR alpha chain construct,
said TCR recognizes and binds to a human RAS-derived epitope comprising a point mutation G12V or G12C, said epitope is a human MHC-protein complex, said human MHC-protein is associated with the HLA A03:01 allele A recombinant nucleic acid that is an HLA antigen encoded by ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項１０に記載の細胞。 11. The cells of claim 10 , which are CD4+ T cells or CD8+ T cells. （ａ）請求項１から８のいずれか一項に記載の組換え核酸、または請求項９に記載の組換えベクター、または請求項１０に記載の細胞と、
（ｂ）薬学的に許容される賦形剤または希釈剤と
を含む、医薬組成物。 (a) a recombinant nucleic acid according to any one of claims 1 to 8 , or a recombinant vector according to claim 9 , or a cell according to claim 10 ;
(b) a pharmaceutical composition comprising a pharmaceutically acceptable excipient or diluent; 医薬としての使用のための組成物であって、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換え核酸、または請求項９に記載の組換えベクター、または請求項１０に記載の細胞を含む、組成物。 A composition for use as a pharmaceutical, comprising a recombinant nucleic acid according to any one of claims 1 to 8, or a recombinant vector according to claim 9, or a cell according to claim 10. A composition comprising: 免疫疾患またはがんの処置における使用のための組成物であって、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換え核酸、または請求項９に記載の組換えベクター、または請求項１０に記載の細胞を含む、組成物。 A composition for use in the treatment of immune diseases or cancer, wherein the recombinant nucleic acid according to any one of claims 1 to 8, or the recombinant vector according to claim 9, or claim 10 A composition comprising the cells of . 前記免疫疾患またはがんが、胆管の腺癌、膀胱の移行細胞癌、乳癌、子宮頸腺癌、結腸腺癌、結腸腺腫、神経芽細胞腫（自律神経節）、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、若年性骨髄単球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質細胞骨髄腫、肝細胞癌、大細胞癌、非小細胞癌、腺管癌、内分泌腫瘍、前立腺腺癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、悪性黒色腫、血管肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、横紋筋肉腫、粘液腫、悪性線維性組織球腫、多形性肉腫、胚細胞腫、セミノーマ、未分化癌、濾胞性癌、乳頭状癌、およびハースル細胞癌からなる群から選択されるがんである、請求項１５に記載の使用のための組成物。 said immune disease or cancer is bile duct adenocarcinoma, transitional cell carcinoma of the bladder, breast cancer, cervical adenocarcinoma, colon adenocarcinoma, colon adenoma, neuroblastoma (autonomic ganglia), acute myelogenous leukemia, chronic bone marrow chronic myelomonocytic leukemia, juvenile myelomonocytic leukemia, acute lymphoblastic leukemia, Burkitt's lymphoma, Hodgkin's lymphoma, plasma cell myeloma, hepatocellular carcinoma, large cell carcinoma, non-small cell carcinoma, Ductal carcinoma, endocrine tumor, prostatic adenocarcinoma, basal cell carcinoma, squamous cell carcinoma, malignant melanoma, angiosarcoma, leiomyosarcoma, liposarcoma, rhabdomyosarcoma, myxoma, malignant fibrous histiocytoma, multiple 16. The composition for use according to claim 15, which is a cancer selected from the group consisting of sarcoma form, germinoma, seminoma, undifferentiated carcinoma, follicular carcinoma, papillary carcinoma and Hurstell cell carcinoma.
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KR20210040355A (en) * 2018-06-19 2021-04-13 바이오엔테크 유에스 인크. Neo antigen and its use
AU2020213119A1 (en) * 2019-01-25 2021-09-09 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Compositions and methods for targeting mutant RAS
WO2020172332A1 (en) 2019-02-20 2020-08-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Binding proteins specific for ras neoantigens and uses thereof
TW202216740A (en) * 2020-06-17 2022-05-01 美商帝斯肯醫療公司 Sars-cov-2 immunodominant peptides and uses thereof
IL276599A (en) * 2020-08-09 2022-03-01 Yeda Res & Dev Mage-a1 specific t cell receptor and uses thereof
WO2022036103A1 (en) * 2020-08-13 2022-02-17 Rootpath Genomics, Inc. Compositions and methods for antigen identification
US11421015B2 (en) 2020-12-07 2022-08-23 Think Therapeutics, Inc. Method of compact peptide vaccines using residue optimization
CN117529492A (en) * 2021-01-21 2024-02-06 鹿特丹伊拉斯谟大学医疗中心 T cells for therapy
US20230079750A1 (en) * 2021-04-05 2023-03-16 Janssen Biotech, Inc. Calr and jak2 t-cell receptors
IL307601A (en) * 2021-04-14 2023-12-01 Tscan Therapeutics Inc Magec2 immunogenic peptides, binding proteins recognizing magec2 immunogenic peptides, and uses thereof
EP4326751A1 (en) * 2021-04-21 2024-02-28 The United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Hla class i-restricted t cell receptors against ras with q61k mutation
US11464842B1 (en) * 2021-04-28 2022-10-11 Think Therapeutics, Inc. Compositions and method for optimized peptide vaccines using residue optimization
CA3217621A1 (en) * 2021-05-03 2022-11-10 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education T cell receptors (tcrs) targeting minor histocompatibility antigen ha-1
WO2023077100A1 (en) * 2021-10-29 2023-05-04 Yafei Hou T cell receptor recognizing r175h mutation in p53 and its application
WO2023220718A1 (en) * 2022-05-13 2023-11-16 Fred Hutchinson Cancer Center Binding proteins specific for ras neoantigens and uses thereof
TW202402798A (en) * 2022-05-23 2024-01-16 美商艾費尼Ｔ醫療公司 Binding proteins and engineered cells specific for neoantigens and uses thereof
CN117264043B (en) * 2022-06-14 2024-05-10 上海镔铁生物科技有限责任公司 T cell receptor targeting KRAS G12V mutant polypeptide and application thereof
WO2024039576A2 (en) * 2022-08-19 2024-02-22 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center T cell receptors targeting ras mutations and uses thereof

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150104441A1 (en) * 2013-10-11 2015-04-16 Oslo Universitetssykehus Hf Identification of disease-driving antigens
PL3223850T3 (en) * 2014-11-26 2020-08-24 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Anti-mutated kras t cell receptors
CN115873129A (en) * 2015-03-23 2023-03-31 约翰·霍普金斯大学 HLA-restricted epitopes encoded by somatic mutant genes
EP3347374A1 (en) * 2015-09-09 2018-07-18 Immune Design Corp. Ny-eso-1 specific tcrs and methods of use thereof
CN115073583A (en) * 2015-09-15 2022-09-20 美国卫生和人力服务部 T cell receptor recognizing HLA-CW8 restriction mutant KRAS
US20190307868A1 (en) * 2016-03-31 2019-10-10 Neon Therapeutics, Inc. Neoantigens and methods of their use
CN108395479B (en) * 2017-02-06 2021-07-16 高军 T cell receptor related to KRAS gene mutation

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