JPWO2020025659A5 - - Google Patents

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本明細書にいう「ヒト抗体」には、フレームワーク領域とCDR領域がどちらもヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体が含まれる。さらにまた、抗体が定常領域を含有する場合、その定常領域もヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する。本発明のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列によってコードされていないアミノ酸残基(例えばインビトロでのランダム突然変異導入もしくは部位特異的突然変異導入によって導入される突然変異またはインビボでの体細胞突然変異によって導入される突然変異)を含みうる。ただし、本明細書において使用される「ヒト抗体」という用語は、マウスなど別の哺乳動物種の生殖細胞系に由来するCDR配列がヒトフレームワーク配列上に移植されている抗体を包含しないものとする。
[本発明1001]
少なくとも2つのサブユニットを任意の順序で含み、第1サブユニットが完全長免疫グロブリンまたはその抗原結合ドメインを含みかつPD-L1に特異的であり、第2サブユニットがリポカリンムテインを含みかつCD137に特異的である、CD137とPD-L1の両方に結合する能力を有する融合タンパク質。
[本発明1002]
第3サブユニットをさらに含み、第3サブユニットがCD137に特異的なリポカリンムテインを含む、本発明1001の融合タンパク質。
[本発明1003]
最大でも約2nMのK D 値で、または第1サブユニットに含まれる免疫グロブリンもしくはその抗原結合ドメインの単独でのK D 値と同等かそれより低いK D 値で、PD-L1に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1004]
最大でも約7nMのK D 値で、または第2サブユニットに含まれるCD137に特異的なリポカリンムテインの単独でのK D 値と同等かそれより低いK D 値で、CD137に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1005]
K D 値が表面プラズモン共鳴(SPR)アッセイによって決定される、本発明1003または本発明1004の融合タンパク質。
[本発明1006]
最大でも約0.5nMのEC 50 値で、または第1サブユニットに含まれる免疫グロブリンもしくはその抗原結合ドメインの単独でのEC 50 値と同等かそれより低いEC 50 値で、PD-L1に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1007]
最大でも約0.6nMのEC 50 値で、または第2サブユニットに含まれるCD137に特異的なリポカリンムテインの単独でのEC 50 値と同等かそれより低いEC 50 値で、CD137に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1008]
EC 50 値が酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)アッセイによって決定される、本発明1006~1007のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1009]
カニクイザルPD-L1と交差反応する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1010]
カニクイザルCD137と交差反応する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1011]
ELISAアッセイにおいて測定した場合に、最大でも約10nMのEC 50 値で、CD137とPD-L1に同時に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1012]
細胞上に発現したCD137に最大でも約60nMのEC 50 値で結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1013]
フローサイトメトリー分析において測定した場合に、細胞上に発現したPD-L1に、最大でも約10nMのEC 50 値で結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1014]
PD-L1発現腫瘍細胞に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1015]
CD137リガンドの存在下でCD137に結合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1016]
PD-L1への結合に関してPD-1と競合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1017]
CD137への結合に関して、SEQ ID NO:28とSEQ ID NO:29とに示す抗体と競合する能力を有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1018]
SEQ ID NO:28とSEQ ID NO:29とに示す抗体とオーバーラップするCD137結合性エピトープを有する、本発明1001または本発明1002の融合タンパク質。
[本発明1019]
T細胞の増殖および/または応答を刺激する能力を有する、本発明1001~1018のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1020]
CD4+および/またはCD8+T細胞の増殖を刺激する能力を有する、本発明1001~1019のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1021]
IL-2および/またはIFN-ガンマの分泌の増加を誘導する能力を有する、本発明1001~1020のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1022]
細胞傷害性因子の分泌の増加を誘導する能力を有する、本発明1001~1021のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1023]
T細胞応答をPD-L1依存的に共刺激する能力を有する、本発明1001~1022のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1024]
腫瘍微小環境におけるT細胞応答を共刺激する能力を有する、本発明1001~1023のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1025]
PD-L1の非存在下ではT細胞応答を共刺激しない、本発明1001~1024のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1026]
PD-1の阻害シグナルを遮断する能力を有する、本発明1001~1025のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1027]
抗体様の薬物動態プロファイルを有する、本発明1001~1026のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1028]
SEQ ID NO:147またはSEQ ID NO:148よりも好ましい薬物動態プロファイルを有する、本発明1001~1027のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1029]
リポカリンムテインが、成熟ヒト涙液リポカリンの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:1)の位置5、26~31、33~34、42、46、52、56、58、60~61、65、71、85、94、101、104~106、108、111、114、121、133、148、150および153に対応する位置に、1つまたは複数の変異アミノ酸残基を含む、本発明1001~1028のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1030]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、成熟hTlcの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:1)の位置5、26~31、33~34、42、46、52、56、58、60~61、65、71、85、94、101、104~106、108、111、114、121、133、148、150および153に対応する1つまたは複数の位置に、以下の変異アミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含む、本発明1029の融合タンパク質:
Ala5→ValまたはThr;Arg26→Glu;Glu27→Gly;Phe28→Cys;Pro29→Arg;Glu30→Pro;Met31→Trp;Leu33→Ile;Glu34→Phe;Thr42→Ser;Gly46→Asp;Lys52→Glu;Leu56→Ala;Ser58→Asp;Arg60→Pro;Cys61→Ala;Lys65→ArgまたはAsn;Thr71→Ala;Val85→Asp;Lys94→ArgまたはGlu;Cys101→Ser;Glu104→Val;Leu105→Cys;His106→Asp;Lys108→Ser;Arg111→Pro;Lys114→Trp;Lys121→Glu;Ala133→Thr;Arg148→Ser;Ser150→IleおよびCys153→Ser。
[本発明1031]
成熟ヒト涙液リポカリンの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:1)と比較して、リポカリンムテインのアミノ酸配列が、以下の変異アミノ酸残基のセットのうちの1つを含む、本発明1029または本発明1030の融合タンパク質:

Figure 2020025659000011
Figure 2020025659000012

[本発明1032]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:34~40からなる群より選択されるアミノ酸配列またはそのフラグメントもしくは変異体を含む、本発明1029~1032のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1033]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:34~40からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも85%の配列同一性を有する、本発明1029~1032のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1034]
リポカリンムテインが、成熟ヒト好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン(hNGAL)の直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)の位置28、36、40~41、49、52、65、68、70、72~73、77、79、81、83、87、94、96、100、103、106、125、127、132および134に対応する位置に、1つまたは複数の変異アミノ酸残基を含む、本発明1001~1028のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1035]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、成熟ヒト好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン(hNGAL)の直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)の位置28、36、40~41、49、52、65、68、70、72~73、77、79、81、83、87、94、96、100、103、106、125、127、132および134に対応する位置に、以下の変異アミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含む、本発明1034の融合タンパク質:
Gln28→His;Leu36→Gln;Ala40→Ile;Ile41→ArgまたはLys;Gln49→Val、Ile、His、SerまたはAsn;Tyr52→Met;Asn65→Asp;Ser68→Met、AlaまたはGly;Leu70→Ala、Lys、SerまたはThr;Arg72→Asp;Lys73→Asp;Asp77→Met、Arg、ThrまたはAsn;Trp79→AlaまたはAsp;Arg81→Met、TrpまたはSer;Phe83→Leu;Cys87→Ser;Leu94→Phe;Asn96→Lys;Tyr100→Phe;Leu103→His;Tyr106→Ser;Lys125→Phe;Ser127→Phe;Tyr132→GluおよびLys134→Tyr。
[本発明1036]
リポカリンムテインが、成熟ヒト好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン(hNGAL)の直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)の位置20、25、28、33、36、40~41、44、49、52、59、68、70~73、77~82、87、92、96、98、100、101、103、122、125、127、132および134に対応する位置に、1つまたは複数の変異アミノ酸残基を含む、本発明1001~1028のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1037]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)の位置20、25、28、33、36、40~41、44、49、52、59、68、70~73、77~82、87、92、96、98、100、101、103、122、125、127、132および134に対応する位置に、以下の変異アミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含む、本発明1036の融合タンパク質:
Gln20→Arg;Asn25→TyrまたはAsp;Gln28→His;Val33→Ile;Leu36→Met;Ala40→Asn;Ile41→Leu;Glu44→ValまたはAsp;Gln49→His;Tyr52→SerまたはGly;Lys59→Asn;Ser68→Asp;Leu70→Met;Phe71→Leu;Arg72→Leu;Lys73→Asp;Asp77→GlnまたはHis;Tyr78→His;Trp79→Ile;Ile80→Asn;Arg81→TrpまたはGln;Thr82→Pro;Cys87→Ser;Phe92→LeuまたはSer;Asn96→Phe;Lys98→Arg;Tyr100→Asp;Pro101→Leu;Leu103→HisまたはPro;Phe122→Tyr;Lys125→Ser;Ser127→Ile;Tyr132→Trp;およびLys134→Gly。
[本発明1038]
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)と比較して、リポカリンムテインのアミノ酸配列が、以下の変異アミノ酸残基のセットのうちの1つを含む、本発明1034~1037のいずれかの融合タンパク質:
Figure 2020025659000013
Figure 2020025659000014
Figure 2020025659000015
Figure 2020025659000016

[本発明1039]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:41~59からなる群より選択されるアミノ酸配列またはそのフラグメントもしくは変異体を含む、本発明1034~1038のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1040]
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:41~59からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも85%の配列同一性を有する、本発明1034~1038のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1041]
1つのサブユニットが別のサブユニットにリンカーを介して連結されている、本発明1001~1040のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1042]
第2サブユニットがN末端において、リンカーを介して、第1サブユニットの各重鎖定常領域(CH)のN末端もしくはC末端または第1サブユニットの各軽鎖定常領域(CL)のN末端もしくはC末端に連結されている、本発明1001~1041のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1043]
第3サブユニットが、N末端において、リンカーを介して、第1サブユニットの各重鎖定常領域(CH)のN末端もしくはC末端、第1サブユニットの各軽鎖定常領域(CL)のN末端もしくはC末端、または各第2サブユニットのC末端に連結されている、本発明1001~1042のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1044]
リンカーが、構造不定の(Gly-Gly-Gly-Gly-Ser) 3 リンカー(SEQ ID NO:13)である、本発明1041~1043のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1045]
リンカーが、構造不定のグリシン-セリンリンカー、ポリプロリンリンカー、プロリン-アラニン-セリンポリマー、またはSEQ ID NO:13~23からなる群より選択されるリンカーである、本発明1041~1043のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1046]
第1サブユニットが抗体である、本発明1001~1045のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1047]
抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:75~79からなる群より選択され、モノクローナル抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:80~84からなる群より選択される、本発明1046の融合タンパク質。
[本発明1048]
抗体が、SEQ ID NO:85~86のいずれか1つである重鎖と、SEQ ID NO:87の軽鎖とを含む、本発明1046の融合タンパク質。
[本発明1049]
抗体がそれぞれ以下の重鎖可変領域と軽鎖可変領域とを含む、本発明1046の融合タンパク質:
SEQ ID NO:75とSEQ ID NO:80、SEQ ID NO:76とSEQ ID NO:81、SEQ ID NO:77とSEQ ID NO:82、SEQ ID NO:78とSEQ ID NO:83、またはSEQ ID NO:79とSEQ ID NO:84。
[本発明1050]
抗体がそれぞれ以下の重鎖と軽鎖とを含む、本発明1046の融合タンパク質:
SEQ ID NO:85とSEQ ID NO:87、およびSEQ ID NO:86とSEQ ID NO:87。
[本発明1051]
抗体の重鎖が以下のCDR配列のセットのうちの1つを含む、本発明1046の融合タンパク質:
Figure 2020025659000017

[本発明1052]
抗体の軽鎖が以下のCDR配列のセットのうちの1つを含む、本発明1046の融合タンパク質:
Figure 2020025659000018

[本発明1053]
抗体の重鎖が以下のCDR配列のセット:
Figure 2020025659000019
を含み、抗体の軽鎖が以下のCDR配列のセット:
Figure 2020025659000020
を含む、本発明1046の融合タンパク質。
[本発明1054]
モノクローナル抗体がIgG4バックボーンを有する、本発明1046の融合タンパク質。
[本発明1055]
IgG4バックボーンが以下の突然変異のうちの1つまたは複数を有する、本発明1054の融合タンパク質:
S228P、N297A、F234A、L235A、M428L、N434S、M252Y、S254TおよびT256E。
[本発明1056]
SEQ ID NO:86~94のいずれか1つに示されるアミノ酸配列を含むか、またはSEQ ID NO:88~94のいずれか1つに示されるアミノ酸配列に対して少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92%、少なくとも95%、少なくとも97%、少なくとも98%またはそれより高い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1001~1055のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1057]
SEQ ID NO:90とSEQ ID NO:87とに示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:91とに示されるアミノ酸、SEQ ID NO:92とSEQ ID NO:87とに示されるアミノ酸、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:93とに示されるアミノ酸、SEQ ID NO:94とSEQ ID NO:87とに示されるアミノ酸、またはSEQ ID NO:90とSEQ ID NO:91とに示されるアミノ酸を含む、本発明1001~1056のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1058]
融合タンパク質が、SEQ ID NO:90とSEQ ID NO:87、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92とSEQ ID NO:87、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94とSEQ ID NO:87、またはSEQ ID NO:90とSEQ ID NO:91とに示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92%、少なくとも95%、少なくとも97%、少なくとも98%、またはそれより高い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1001~1056のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1059]
本発明1001~1058のいずれかの融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
[本発明1060]
前記核酸分子の発現を可能にするための制御配列に機能的に連結されている、本発明1059の核酸分子。
[本発明1061]
ベクター中またはファージミドベクター中に含まれている、本発明1059または本発明1060の核酸分子。
[本発明1062]
本発明1058~1060のいずれかの核酸分子を含有する、宿主細胞。
[本発明1063]
本発明1001~1062のいずれかの融合タンパク質を生産する方法であって、該融合タンパク質が、該融合タンパク質をコードする核酸から出発して生産される、前記方法。
[本発明1064]
融合タンパク質が細菌宿主生物中または真核宿主生物中で生産され、かつこの宿主生物またはその培養物から単離される、本発明1063の方法。
[本発明1065]
CD137の下流シグナリング経路の活性化およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行うための、本発明1001~1058のいずれかの融合タンパク質または該融合タンパク質を含む組成物の使用。
[本発明1066]
CD137の下流シグナリング経路の活性化およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行う方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1067]
T細胞の共刺激およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行う方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1068]
リンパ球活性の誘導およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行う方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1069]
T細胞上でのCD137のクラスター化および活性化を誘導し、該T細胞をPD-L1陽性腫瘍細胞に向かわせる方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1070]
PD-L1陽性腫瘍細胞の近傍において限局的リンパ球応答を誘導する方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1071]
PD-L1陽性腫瘍細胞の近傍においてT細胞によるIL-2分泌および/または細胞傷害性因子分泌の増加を誘導する方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1072]
細胞傷害性因子が、パーフォリン、グランザイムBおよびグランザイムAからなる群より選択される、本発明1071の方法。
[本発明1073]
PD-L1陽性腫瘍細胞の近傍においてT細胞による細胞傷害性因子の分泌の増加を誘導する方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの1つもしくは複数の融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1074]
本発明1001~1058のいずれかの1つまたは複数の融合タンパク質を含む、薬学的組成物。
[本発明1075]
PD-L1陽性がんを予防、改善または処置する方法であって、腫瘍を含む組織に、本発明1001~1058のいずれかの融合タンパク質または該融合タンパク質を含む1つまたは複数の組成物を適用する工程を含む、前記方法。
[本発明1076]
治療に使用するための本発明1001~1058のいずれかの融合タンパク質。
[本発明1077]
がんの処置における使用である本発明1070の使用のための融合タンパク質。
[本発明1078]
医薬を製造するための本発明1001~1058のいずれかの融合タンパク質の使用。
[本発明1079]
医薬ががんの処置用である、本発明1078の使用。
As used herein, "human antibodies" include antibodies having variable regions in which both the framework and CDR regions are derived from human germline immunoglobulin sequences. Furthermore, if the antibody contains a constant region, the constant region is also derived from human germline immunoglobulin sequences. The human antibodies of the invention may have amino acid residues not encoded by human germline immunoglobulin sequences (e.g., mutations introduced by random or site-directed mutagenesis in vitro or somatic in vivo). Mutations introduced by mutation). However, the term "human antibody" as used herein is not intended to encompass antibodies in which CDR sequences derived from the germline of another mammalian species, such as mouse, have been grafted onto human framework sequences. do.
[Invention 1001]
comprising at least two subunits in any order, wherein the first subunit comprises a full-length immunoglobulin or antigen-binding domain thereof and is specific for PD-L1, and the second subunit comprises a lipocalin mutein and is directed against CD137 A fusion protein that has the ability to bind both CD137 and PD-L1, which is specific.
[Invention 1002]
1001. The fusion protein of invention 1001, further comprising a third subunit, wherein the third subunit comprises a CD137-specific lipocalin mutein.
[Invention 1003]
Ability to bind PD-L1 with a K D value of at most about 2 nM or a K D value equal to or lower than the K D value of the immunoglobulin contained in the first subunit or its antigen-binding domain alone The fusion protein of invention 1001 or invention 1002, comprising:
[Invention 1004]
Ability to bind CD137 with a KD value of at most about 7 nM or with a KD value equal to or lower than the KD value of the CD137 -specific lipocalin mutein alone contained in the second subunit , the fusion protein of the invention 1001 or the invention 1002.
[Invention 1005]
A fusion protein of invention 1003 or invention 1004, wherein the K D value is determined by a surface plasmon resonance (SPR) assay.
[Invention 1006]
Binds PD-L1 with an EC50 value of at most about 0.5 nM or with an EC50 value equal to or lower than the EC50 value of the immunoglobulin contained in the first subunit or its antigen-binding domain alone A fusion protein of the invention 1001 or invention 1002, which has the ability.
[Invention 1007]
Ability to bind CD137 with an EC50 value of at most about 0.6 nM or an EC50 value equal to or lower than the EC50 value of the lipocalin mutein specific for CD137 contained in the second subunit alone A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 comprising:
[Invention 1008]
The fusion protein of any of invention 1006-1007 , wherein the EC50 value is determined by an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) assay.
[Invention 1009]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 that cross-reacts with cynomolgus monkey PD-L1.
[Invention 1010]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 that cross-reacts with cynomolgus monkey CD137.
[Invention 1011]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 having the ability to simultaneously bind CD137 and PD-L1 with an EC 50 value of at most about 10 nM as measured in an ELISA assay .
[Invention 1012]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 which is capable of binding CD137 expressed on cells with an EC50 value of at most about 60 nM .
[Invention 1013]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 which has the ability to bind to PD-L1 expressed on cells with an EC 50 value of at most about 10 nM as determined in a flow cytometric analysis .
[Invention 1014]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002, which is capable of binding to PD-L1-expressing tumor cells.
[Invention 1015]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 having the ability to bind CD137 in the presence of a CD137 ligand.
[Invention 1016]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002, which has the ability to compete with PD-1 for binding to PD-L1.
[Invention 1017]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002, which is capable of competing with the antibodies shown in SEQ ID NO:28 and SEQ ID NO:29 for binding to CD137.
[Invention 1018]
A fusion protein of invention 1001 or invention 1002 having a CD137 binding epitope that overlaps with the antibodies shown in SEQ ID NO:28 and SEQ ID NO:29.
[Invention 1019]
The fusion protein of any of the invention 1001-1018, which is capable of stimulating T cell proliferation and/or response.
[Invention 1020]
The fusion protein of any of invention 1001-1019, which is capable of stimulating proliferation of CD4+ and/or CD8+ T cells.
[Invention 1021]
The fusion protein of any of invention 1001-1020, which is capable of inducing increased secretion of IL-2 and/or IFN-gamma.
[Invention 1022]
The fusion protein of any of invention 1001-1021, which is capable of inducing increased secretion of a cytotoxic factor.
[Invention 1023]
The fusion protein of any of the inventions 1001-1022, which is capable of co-stimulating T cell responses in a PD-L1 dependent manner.
[Invention 1024]
The fusion protein of any of invention 1001-1023, which has the ability to co-stimulate T cell responses in the tumor microenvironment.
[Invention 1025]
The fusion protein of any of invention 1001-1024, which does not co-stimulate T cell responses in the absence of PD-L1.
[Invention 1026]
The fusion protein of any of invention 1001-1025, which is capable of blocking inhibitory signals of PD-1.
[Invention 1027]
The fusion protein of any of invention 1001-1026, which has an antibody-like pharmacokinetic profile.
[Invention 1028]
The fusion protein of any of the inventions 1001-1027, which has a more favorable pharmacokinetic profile than SEQ ID NO:147 or SEQ ID NO:148.
[Invention 1029]
The lipocalin muteins are at positions 5, 26-31, 33-34, 42, 46, 52, 56, 58, 60-61, 65, 1001-1028 of the invention comprising one or more mutated amino acid residues at positions corresponding to 71, 85, 94, 101, 104-106, 108, 111, 114, 121, 133, 148, 150 and 153 any of the fusion proteins of
[Invention 1030]
The amino acid sequence of the lipocalin mutein is at positions 5, 26-31, 33-34, 42, 46, 52, 56, 58, 60-61, 65, At one or more positions corresponding to 71, 85, 94, 101, 104-106, 108, 111, 114, 121, 133, 148, 150 and 153, one or more of the following mutated amino acid residues: A fusion protein of the invention 1029, comprising a plurality of:
Ala5→Val or Thr;Arg26→Glu;Glu27→Gly;Phe28→Cys;Pro29→Arg;Glu30→Pro;Met31→Trp;Leu33→Ile; Leu56→Ala;Ser58→Asp;Arg60→Pro;Cys61→Ala;Lys65→Arg or Asn;Thr71→Ala;Val85→Asp;Lys94→Arg or Glu;Cys101→Ser; Arg111→Pro; Lys114→Trp; Lys121→Glu; Ala133→Thr; Arg148→Ser; Ser150→Ile and Cys153→Ser.
[Invention 1031]
The 1029 or Fusion proteins of the invention 1030:
Figure 2020025659000011
Figure 2020025659000012
.
[Invention 1032]
The fusion protein of any of Inventions 1029-1032, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:34-40 or a fragment or variant thereof.
[Invention 1033]
The fusion protein of any of Inventions 1029-1032, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein has at least 85% sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:34-40.
[Invention 1034]
The lipocalin mutein is from position 28, 36, 40 to 41, 49, 52, 65, 68, 70, 72 of the linear polypeptide sequence (SEQ ID NO:2) of mature human neutrophil gelatinase-associated lipocalin (hNGAL). 1001 of the invention comprising one or more mutated amino acid residues at positions corresponding to 73, 77, 79, 81, 83, 87, 94, 96, 100, 103, 106, 125, 127, 132 and 134 -1028 any fusion protein.
[Invention 1035]
The amino acid sequence of the lipocalin mutein corresponds to positions 28, 36, 40-41, 49, 52, 65, 68, 70 of the mature human neutrophil gelatinase-associated lipocalin (hNGAL) linear polypeptide sequence (SEQ ID NO:2). , 72-73, 77, 79, 81, 83, 87, 94, 96, 100, 103, 106, 125, 127, 132 and 134, one of the following mutated amino acid residues or A fusion protein of the invention 1034, comprising a plurality of:
Gln28→His; Leu36→Gln; Ala40→Ile; Ile41→Arg or Lys; Gln49→Val, Ile, His, Ser or Asn; Lys, Ser or Thr; Arg72→Asp; Lys73→Asp; Asp77→Met, Arg, Thr or Asn; Trp79→Ala or Asp; Arg81→Met, Trp or Ser; Asn96→Lys; Tyr100→Phe; Leu103→His; Tyr106→Ser; Lys125→Phe; Ser127→Phe; Tyr132→Glu and Lys134→Tyr.
[Invention 1036]
The lipocalin muteins are at positions 20, 25, 28, 33, 36, 40-41, 44, 49, 52, 44, 49, 52 of the linear polypeptide sequence (SEQ ID NO:2) of mature human neutrophil gelatinase-associated lipocalin (hNGAL). one or more mutated amino acid residues at positions corresponding to 59, 68, 70-73, 77-82, 87, 92, 96, 98, 100, 101, 103, 122, 125, 127, 132 and 134 The fusion protein of any of the inventions 1001-1028, comprising:
[Invention 1037]
The amino acid sequence of the lipocalin mutein is from positions 20, 25, 28, 33, 36, 40 to 41, 44, 49, 52, 59, 68, 70 of the linear polypeptide sequence of mature hNGAL (SEQ ID NO:2). containing one or more of the following mutated amino acid residues at positions corresponding to 73, 77-82, 87, 92, 96, 98, 100, 101, 103, 122, 125, 127, 132 and 134 , the fusion protein of the invention 1036:
Gln20→Arg;Asn25→Tyr or Asp;Gln28→His;Val33→Ile;Leu36→Met;Ala40→Asn;Ile41→Leu;Glu44→Val or Asp; Ser68→Asp;Leu70→Met;Phe71→Leu;Arg72→Leu;Lys73→Asp;Asp77→Gln or His;Tyr78→His;Trp79→Ile; Ser;Phe92→Leu or Ser;Asn96→Phe;Lys98→Arg;Tyr100→Asp;Pro101→Leu;Leu103→His or Pro;Phe122→Tyr; .
[Invention 1038]
Any of invention 1034-1037, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein comprises one of the following set of mutated amino acid residues as compared to the linear polypeptide sequence of mature hNGAL (SEQ ID NO:2): or fusion protein:
Figure 2020025659000013
Figure 2020025659000014
Figure 2020025659000015
Figure 2020025659000016
.
[Invention 1039]
The fusion protein of any of Inventions 1034-1038, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:41-59 or a fragment or variant thereof.
[Invention 1040]
The fusion protein of any of Inventions 1034-1038, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein has at least 85% sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:41-59.
[Invention 1041]
The fusion protein of any of inventions 1001-1040, wherein one subunit is linked to another subunit via a linker.
[Invention 1042]
N-terminus or C-terminus of each heavy chain constant region (CH) of the first subunit or N-terminus of each light chain constant region (CL) of the first subunit via a linker at the N-terminus of the second subunit Or the fusion protein of any of inventions 1001-1041 linked to the C-terminus.
[Invention 1043]
The third subunit is, at the N-terminus, via a linker, the N-terminus or C-terminus of each heavy chain constant region (CH) of the first subunit, and the N-terminus of each light chain constant region (CL) of the first subunit. The fusion protein of any of the inventions 1001-1042, linked to the terminus or C-terminus, or to the C-terminus of each second subunit.
[Invention 1044]
The fusion protein of any of Inventions 1041-1043, wherein the linker is a non-structured (Gly-Gly-Gly-Gly-Ser) 3 linker (SEQ ID NO:13).
[Invention 1045]
The linker of any of Inventions 1041-1043, wherein the linker is an unstructured glycine-serine linker, a polyproline linker, a proline-alanine-serine polymer, or a linker selected from the group consisting of SEQ ID NOs:13-23. fusion protein.
[Invention 1046]
The fusion protein of any of inventions 1001-1045, wherein the first subunit is an antibody.
[Invention 1047]
1046 of the invention, wherein the heavy chain variable region of the antibody is selected from the group consisting of SEQ ID NO:75-79 and the light chain variable region of the monoclonal antibody is selected from the group consisting of SEQ ID NO:80-84 .
[Invention 1048]
The fusion protein of invention 1046, wherein the antibody comprises a heavy chain of any one of SEQ ID NO:85-86 and a light chain of SEQ ID NO:87.
[Invention 1049]
A fusion protein of invention 1046, wherein the antibodies each comprise a heavy chain variable region and a light chain variable region:
SEQ ID NO:75 and SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:76 and SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:77 and SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:78 and SEQ ID NO:83, or SEQ ID NO:79 and SEQ ID NO:84.
[Invention 1050]
A fusion protein of the invention 1046, wherein the antibodies each comprise the following heavy and light chains:
SEQ ID NO:85 and SEQ ID NO:87, and SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:87.
[Invention 1051]
A fusion protein of invention 1046, wherein the heavy chain of the antibody comprises one of the following sets of CDR sequences:
Figure 2020025659000017
.
[Invention 1052]
A fusion protein of invention 1046, wherein the light chain of the antibody comprises one of the following sets of CDR sequences:
Figure 2020025659000018
.
[Invention 1053]
The heavy chain of the antibody has the following set of CDR sequences:
Figure 2020025659000019
and the light chain of the antibody has the following set of CDR sequences:
Figure 2020025659000020
A fusion protein of the invention 1046 comprising:
[Invention 1054]
A fusion protein of the invention 1046, wherein the monoclonal antibody has an IgG4 backbone.
[Invention 1055]
A fusion protein of invention 1054, wherein the IgG4 backbone has one or more of the following mutations:
S228P, N297A, F234A, L235A, M428L, N434S, M252Y, S254T and T256E.
[Invention 1056]
comprising the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs:86-94, or at least 70%, at least 75% relative to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs:88-94, any of the inventions 1001-1055 comprising an amino acid sequence with at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 92%, at least 95%, at least 97%, at least 98% or more sequence identity fusion protein.
[Invention 1057]
Amino acid sequences shown in SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:87, amino acids shown in SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:91, amino acids shown in SEQ ID NO:92 and SEQ ID NO:87 amino acids, the amino acids set forth in SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:93, the amino acids set forth in SEQ ID NO:94 and SEQ ID NO:87, or the amino acids set forth in SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:91 A fusion protein of any of invention 1001-1056 comprising the indicated amino acids.
[Invention 1058]
The fusion proteins are SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:92 and SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO: 93, at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85% relative to the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:94 and SEQ ID NO:87, or SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:91 The fusion protein of any of the inventions 1001-1056, comprising amino acid sequences having a sequence identity of at least 90%, at least 92%, at least 95%, at least 97%, at least 98%, or higher.
[Invention 1059]
A nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence encoding a fusion protein of any of the inventions 1001-1058.
[Invention 1060]
A nucleic acid molecule of the invention 1059 operably linked to regulatory sequences to allow expression of said nucleic acid molecule.
[Invention 1061]
A nucleic acid molecule of the invention 1059 or invention 1060 contained in a vector or in a phagemid vector.
[Invention 1062]
A host cell containing a nucleic acid molecule of any of the inventions 1058-1060.
[Invention 1063]
1062. A method of producing a fusion protein according to any of the inventions 1001-1062, wherein said fusion protein is produced starting from a nucleic acid encoding said fusion protein.
[Invention 1064]
The method of the invention 1063, wherein the fusion protein is produced in a bacterial or eukaryotic host organism and isolated from this host organism or culture thereof.
[Invention 1065]
Use of the fusion protein of any of the invention 1001-1058 or a composition comprising said fusion protein to simultaneously activate the downstream signaling pathway of CD137 and associate with PD-L1 positive tumor cells.
[Invention 1066]
A method for simultaneously activating the downstream signaling pathway of CD137 and associating with PD-L1 positive tumor cells, wherein one or more fusion proteins of any of the inventions 1001-1058 or Said method comprising applying one or more compositions comprising the fusion protein.
[Invention 1067]
A method for simultaneously co-stimulating T cells and engaging with PD-L1 positive tumor cells, wherein one or more fusion proteins of any of the inventions 1001-1058 or said fusion proteins are administered to a tissue comprising a tumor. The above method, comprising applying one or more compositions comprising:
[Invention 1068]
A method of simultaneously inducing lymphocyte activity and associating with PD-L1 positive tumor cells, comprising administering one or more fusion proteins of any of the inventions 1001 to 1058 or said fusion proteins to a tissue comprising a tumor. The above method, comprising applying one or more compositions comprising:
[Invention 1069]
A method of inducing clustering and activation of CD137 on T cells and targeting the T cells to PD-L1 positive tumor cells, comprising applying any one of 1001 to 1058 of the invention to a tissue containing a tumor. Said method comprising applying one or more fusion proteins or one or more compositions comprising said fusion proteins.
[Invention 1070]
A method of inducing a focal lymphocyte response in the vicinity of PD-L1-positive tumor cells, wherein the tumor-containing tissue comprises one or more fusion proteins of any of the inventions 1001-1058 or said fusion proteins. The above method, comprising applying one or more compositions.
[Invention 1071]
A method for inducing an increase in IL-2 secretion and/or cytotoxic factor secretion by T cells in the vicinity of PD-L1-positive tumor cells, comprising applying any one of present inventions 1001 to 1058 to a tissue containing a tumor. Said method comprising applying one or more fusion proteins or one or more compositions comprising said fusion proteins.
[Invention 1072]
1071. The method of invention 1071, wherein the cytotoxic agent is selected from the group consisting of perforin, granzyme B and granzyme A.
[Invention 1073]
A method of inducing increased secretion of cytotoxic factors by T cells in the vicinity of PD-L1-positive tumor cells, comprising administering one or more of the fusion proteins of any of the inventions 1001-1058 to a tissue comprising a tumor. or applying one or more compositions comprising said fusion protein.
[Invention 1074]
A pharmaceutical composition comprising one or more fusion proteins of any of the inventions 1001-1058.
[Invention 1075]
A method of preventing, ameliorating or treating PD-L1-positive cancer, comprising applying the fusion protein of any of the inventions 1001-1058 or one or more compositions comprising said fusion protein to a tissue containing a tumor. The above method, comprising the step of
[Invention 1076]
A fusion protein of any of the invention 1001-1058 for use in therapy.
[Invention 1077]
A fusion protein for use of the invention 1070 for use in the treatment of cancer.
[Invention 1078]
Use of any of the fusion proteins of the invention 1001-1058 for the manufacture of a medicament.
[Invention 1079]
Use of the invention 1078, wherein the medicament is for treating cancer.

Claims (25)

少なくとも2つのサブユニットを任意の順序で含み、第1サブユニットが完全長免疫グロブリンまたはその抗原結合ドメインを含みかつPD-L1に特異的であり、第2サブユニットがリポカリンムテインを含みかつCD137に特異的である、CD137とPD-L1の両方に結合する能力を有する融合タンパク質。 comprising at least two subunits in any order, wherein the first subunit comprises a full-length immunoglobulin or antigen-binding domain thereof and is specific for PD-L1, and the second subunit comprises a lipocalin mutein and is directed against CD137 A fusion protein that has the ability to bind both CD137 and PD-L1, which is specific. 第3サブユニットをさらに含み、第3サブユニットがCD137に特異的なリポカリンムテインを含む、請求項1記載の融合タンパク質。 2. The fusion protein of claim 1, further comprising a third subunit, wherein the third subunit comprises a CD137-specific lipocalin mutein. (i) 最大でも約2nMのKD値で、または第1サブユニットに含まれる免疫グロブリンもしくはその抗原結合ドメインの単独でのKD値と同等かそれより低いKD値で、PD-L1に結合する能力を有する、
(ii) 最大でも約7nMのK D 値で、または第2サブユニットに含まれるCD137に特異的なリポカリンムテインの単独でのK D 値と同等かそれより低いK D 値で、CD137に結合する能力を有する、
(iii) 最大でも約0.5nMのEC 50 値で、または第1サブユニットに含まれる免疫グロブリンもしくはその抗原結合ドメインの単独でのEC 50 値と同等かそれより低いEC 50 値で、PD-L1に結合する能力を有する、
(iv) 最大でも約0.6nMのEC 50 値で、または第2サブユニットに含まれるCD137に特異的なリポカリンムテインの単独でのEC 50 値と同等かそれより低いEC 50 値で、CD137に結合する能力を有する、
(v) カニクイザルPD-L1と交差反応する、
(vi) カニクイザルCD137と交差反応する、
(vii) ELISAアッセイにおいて測定した場合に、最大でも約10nMのEC 50 値で、CD137とPD-L1に同時に結合する能力を有する、
(viii) 細胞上に発現したCD137に最大でも約60nMのEC 50 値で結合する能力を有する、
(ix) フローサイトメトリー分析において測定した場合に、細胞上に発現したPD-L1に、最大でも約10nMのEC 50 値で結合する能力を有する、
(x) PD-L1発現腫瘍細胞に結合する能力を有する、
(xi) CD137リガンドの存在下でCD137に結合する能力を有する、
(xii) PD-L1への結合に関してPD-1と競合する能力を有する、
(xiii) CD137への結合に関して、SEQ ID NO:28とSEQ ID NO:29とに示す抗体と競合する能力を有する、
(xiv) SEQ ID NO:28とSEQ ID NO:29とに示す抗体とオーバーラップするCD137結合性エピトープを有する、
(xv) T細胞の増殖および/または応答を刺激する能力を有する、
(xvi) CD4+および/またはCD8+T細胞の増殖を刺激する能力を有する、
(xvii) IL-2および/またはIFN-ガンマの分泌の増加を誘導する能力を有する、
(xviii) 細胞傷害性因子の分泌の増加を誘導する能力を有する、
(xix) T細胞応答をPD-L1依存的に共刺激する能力を有する、
(xx) 腫瘍微小環境におけるT細胞応答を共刺激する能力を有する、
(xxi) PD-L1の非存在下ではT細胞応答を共刺激しない、または
(xxii) PD-1の阻害シグナルを遮断する能力を有する、
請求項1または請求項2記載の融合タンパク質。
(i) to PD-L1 with a K D value of at most about 2 nM, or a K D value equal to or lower than the K D value of the immunoglobulin contained in the first subunit or its antigen-binding domain alone; having the ability to bind
(ii) binds CD137 with a KD value of at most about 7 nM or with a KD value equal to or lower than the KD value of the CD137 -specific lipocalin mutein alone contained in the second subunit ; capable of
(iii) PD-L1 with an EC50 value of at most about 0.5 nM , or an EC50 value equal to or lower than the EC50 value of the immunoglobulin contained in the first subunit or its antigen-binding domain alone; having the ability to bind to
(iv) binds to CD137 with an EC50 value of at most about 0.6 nM or an EC50 value equal to or lower than the EC50 value of the CD137 -specific lipocalin mutein alone contained in the second subunit; have the ability to
(v) cross-reacting with cynomolgus monkey PD-L1,
(vi) cross-reacting with cynomolgus monkey CD137,
(vii) having the ability to simultaneously bind CD137 and PD-L1 with an EC50 value of at most about 10 nM as measured in an ELISA assay ;
(viii) having the ability to bind CD137 expressed on cells with an EC50 value of at most about 60 nM ;
(ix) having the ability to bind PD-L1 expressed on cells with an EC 50 value of at most about 10 nM as measured in flow cytometric analysis ;
(x) having the ability to bind PD-L1-expressing tumor cells,
(xi) having the ability to bind CD137 in the presence of a CD137 ligand;
(xii) having the ability to compete with PD-1 for binding to PD-L1;
(xiii) having the ability to compete with the antibodies set forth in SEQ ID NO:28 and SEQ ID NO:29 for binding to CD137;
(xiv) has a CD137 binding epitope that overlaps with the antibodies shown in SEQ ID NO:28 and SEQ ID NO:29;
(xv) having the ability to stimulate T cell proliferation and/or responses,
(xvi) having the ability to stimulate proliferation of CD4+ and/or CD8+ T cells;
(xvii) having the ability to induce increased secretion of IL-2 and/or IFN-gamma;
(xviii) having the ability to induce increased secretion of cytotoxic factors;
(xix) having the ability to co-stimulate T cell responses in a PD-L1 dependent manner;
(xx) has the ability to co-stimulate T cell responses in the tumor microenvironment,
(xxi) does not co-stimulate T cell responses in the absence of PD-L1, or
(xxii) having the ability to block inhibitory signals of PD-1,
3. The fusion protein of claim 1 or claim 2.
(i)リポカリンムテインのアミノ酸配列が、成熟hTlcの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:1)の位置5、26~31、33~34、42、46、52、56、58、60~61、65、71、85、94、101、104~106、108、111、114、121、133、148、150および153に対応する位置に、以下の変異アミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含む
Ala5→ValまたはThr;Arg26→Glu;Glu27→Gly;Phe28→Cys;Pro29→Arg;Glu30→Pro;Met31→Trp;Leu33→Ile;Glu34→Phe;Thr42→Ser;Gly46→Asp;Lys52→Glu;Leu56→Ala;Ser58→Asp;Arg60→Pro;Cys61→Ala;Lys65→ArgまたはAsn;Thr71→Ala;Val85→Asp;Lys94→ArgまたはGlu;Cys101→Ser;Glu104→Val;Leu105→Cys;His106→Asp;Lys108→Ser;Arg111→Pro;Lys114→Trp;Lys121→Glu;Ala133→Thr;Arg148→Ser;Ser150→IleおよびCys153→Ser
(ii) 成熟ヒト涙液リポカリンの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:1)と比較して、リポカリンムテインのアミノ酸配列が、以下の変異アミノ酸残基のセットのうちの1つを含む、
Figure 2020025659000001

Figure 2020025659000002
(iii) リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:34~40からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の配列同一性を有する、または
(iv) リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:34~40からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
請求項1~3のいずれか一項記載の融合タンパク質
(i) the amino acid sequence of the lipocalin mutein is at positions 5, 26-31, 33-34, 42, 46, 52, 56, 58, 60-61 of the linear polypeptide sequence of mature hTlc (SEQ ID NO:1) , 65, 71, 85, 94, 101, 104-106, 108, 111, 114, 121, 133, 148, 150 and 153, one of the following mutated amino acid residues or including multiple
A la5→Val or Thr;Arg26→Glu;Glu27→Gly;Phe28→Cys;Pro29→Arg;Glu30→Pro;Met31→Trp;Leu33→Ile;Glu34→Phe;Thr42→Ser; Arg60→Pro;Cys61→Ala;Lys65→Arg or Asn;Thr71→Ala;Val85→Asp;Lys94→Arg or Glu;Cys101→Ser;Glu104→Val;Leu105→Cys;His106 →Asp;Lys108→Ser;Arg111→Pro;Lys114→Trp;Lys121→Glu;Ala133→Thr;Arg148→Ser;Ser150→Ile and Cys153→Ser ,
(ii) compared to the linear polypeptide sequence of mature human tear lipocalin (SEQ ID NO:1), the amino acid sequence of the lipocalin mutein contains one of the following sets of mutated amino acid residues:
Figure 2020025659000001

Figure 2020025659000002
(iii) the amino acid sequence of the lipocalin mutein has at least 85%, at least 90%, or at least 95% sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:34-40, or
(iv) the amino acid sequence of the lipocalin mutein comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:34-40;
A fusion protein according to any one of claims 1-3 .
(i) リポカリンムテインのアミノ酸配列が、成熟ヒト好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン(hNGAL)の直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)の位置28、36、40~41、49、52、65、68、70、72~73、77、79、81、83、87、94、96、100、103、106、125、127、132および134に対応する位置に、以下の変異アミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含む
Gln28→His;Leu36→Gln;Ala40→Ile;Ile41→ArgまたはLys;Gln49→Val、Ile、His、SerまたはAsn;Tyr52→Met;Asn65→Asp;Ser68→Met、AlaまたはGly;Leu70→Ala、Lys、SerまたはThr;Arg72→Asp;Lys73→Asp;Asp77→Met、Arg、ThrまたはAsn;Trp79→AlaまたはAsp;Arg81→Met、TrpまたはSer;Phe83→Leu;Cys87→Ser;Leu94→Phe;Asn96→Lys;Tyr100→Phe;Leu103→His;Tyr106→Ser;Lys125→Phe;Ser127→Phe;Tyr132→GluおよびLys134→Tyr、または
(ii) リポカリンムテインのアミノ酸配列が、成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)の位置20、25、28、33、36、40~41、44、49、52、59、68、70~73、77~82、87、92、96、98、100、101、103、122、125、127、132および134に対応する位置に、以下の変異アミノ酸残基のうちの1つまたは複数を含む、
Gln20→Arg;Asn25→TyrまたはAsp;Gln28→His;Val33→Ile;Leu36→Met;Ala40→Asn;Ile41→Leu;Glu44→ValまたはAsp;Gln49→His;Tyr52→SerまたはGly;Lys59→Asn;Ser68→Asp;Leu70→Met;Phe71→Leu;Arg72→Leu;Lys73→Asp;Asp77→GlnまたはHis;Tyr78→His;Trp79→Ile;Ile80→Asn;Arg81→TrpまたはGln;Thr82→Pro;Cys87→Ser;Phe92→LeuまたはSer;Asn96→Phe;Lys98→Arg;Tyr100→Asp;Pro101→Leu;Leu103→HisまたはPro;Phe122→Tyr;Lys125→Ser;Ser127→Ile;Tyr132→Trp;およびLys134→Gly
請求項1~3のいずれか一項記載の融合タンパク質
(i) the amino acid sequence of the lipocalin mutein is at positions 28, 36, 40-41, 49, 52, 65 of the mature human neutrophil gelatinase-associated lipocalin (hNGAL) linear polypeptide sequence (SEQ ID NO:2); at positions corresponding to 68, 70, 72-73, 77, 79, 81, 83, 87, 94, 96, 100, 103, 106, 125, 127, 132 and 134 of including one or more
Gln28 →His; Leu36→Gln; Ala40→Ile; Ile41→Arg or Lys; Gln49→Val, Ile, His, Ser or Asn; Tyr52→Met; Lys73→Asp; Asp77→Met, Arg, Thr or Asn;Trp79→Ala or Asp;Arg81→Met, Trp or Ser;Phe83→Leu;Cys87→Ser;Leu94→Phe ;Asn96→Lys;Tyr100→Phe;Leu103→His;Tyr106→Ser;Lys125→Phe;Ser127→Phe;Tyr132→Glu and Lys134→Tyr , or
(ii) the amino acid sequence of the lipocalin mutein is at positions 20, 25, 28, 33, 36, 40-41, 44, 49, 52, 59, 68 of the linear polypeptide sequence of mature hNGAL (SEQ ID NO:2) , 70-73, 77-82, 87, 92, 96, 98, 100, 101, 103, 122, 125, 127, 132 and 134, one of the following mutated amino acid residues or including multiple
Gln20→Arg;Asn25→Tyr or Asp;Gln28→His;Val33→Ile;Leu36→Met;Ala40→Asn;Ile41→Leu;Glu44→Val or Asp; Ser68→Asp;Leu70→Met;Phe71→Leu;Arg72→Leu;Lys73→Asp;Asp77→Gln or His;Tyr78→His;Trp79→Ile; Ser;Phe92→Leu or Ser;Asn96→Phe;Lys98→Arg;Tyr100→Asp;Pro101→Leu;Leu103→His or Pro;Phe122→Tyr;
A fusion protein according to any one of claims 1-3 .
成熟hNGALの直鎖ポリペプチド配列(SEQ ID NO:2)と比較して、リポカリンムテインのアミノ酸配列が、以下の変異アミノ酸残基のセットのうちの1つを含む、請求項1~3および5のいずれか一項記載の融合タンパク質:
Figure 2020025659000003
Figure 2020025659000004
Figure 2020025659000005
Figure 2020025659000006
Claims 1-3 and 5 , wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein comprises one of the following sets of mutated amino acid residues compared to the linear polypeptide sequence of mature hNGAL (SEQ ID NO:2): The fusion protein of any one of:
Figure 2020025659000003
Figure 2020025659000004
Figure 2020025659000005
Figure 2020025659000006
.
リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:41~59からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも85%の配列同一性を有する、請求項1~3および5~6のいずれか一項記載の融合タンパク質。 7. Any one of claims 1-3 and 5-6 , wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein has at least 85% sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:41-59. A fusion protein according to paragraph. リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:41~59からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも90%の配列同一性を有する、請求項1~3および5~7のいずれか一項記載の融合タンパク質。8. Any one of claims 1-3 and 5-7, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein has at least 90% sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:41-59. A fusion protein according to paragraph. リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:41~59からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも95%の配列同一性を有する、請求項1~3および5~8のいずれか一項記載の融合タンパク質。9. Any one of claims 1-3 and 5-8, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein has at least 95% sequence identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:41-59. A fusion protein according to paragraph. リポカリンムテインのアミノ酸配列が、SEQ ID NO:41~59からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~3および5~9のいずれか一項記載の融合タンパク質。 10. The fusion protein of any one of claims 1-3 and 5-9, wherein the amino acid sequence of the lipocalin mutein comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs:41-59. (i) 1つのサブユニットが別のサブユニットにリンカーを介して連結されている
(ii) 第2サブユニットがN末端において、リンカーを介して、第1サブユニットの各重鎖定常領域(CH)のN末端もしくはC末端または第1サブユニットの各軽鎖定常領域(CL)のN末端もしくはC末端に連結されている、
(iii) 第3サブユニットが、N末端において、リンカーを介して、第1サブユニットの各重鎖定常領域(CH)のN末端もしくはC末端、第1サブユニットの各軽鎖定常領域(CL)のN末端もしくはC末端、または各第2サブユニットのC末端に連結されている、
(iv) リンカーが、構造不定の(Gly-Gly-Gly-Gly-Ser) 3 リンカー(SEQ ID NO:13)である、または
(v) リンカーが、構造不定のグリシン-セリンリンカー、ポリプロリンリンカー、プロリン-アラニン-セリンポリマー、またはSEQ ID NO:13~23からなる群より選択されるリンカーである、
請求項1~10のいずれか一項記載の融合タンパク質。
(i) one subunit is linked to another subunit via a linker ,
(ii) at the N-terminus of the second subunit, via a linker, the N-terminus or C-terminus of each heavy chain constant region (CH) of the first subunit or each light chain constant region (CL) of the first subunit; linked to the N-terminus or C-terminus of
(iii) the third subunit, via a linker, at the N-terminus, the N-terminus or C-terminus of each heavy chain constant region (CH) of the first subunit, each light chain constant region of the first subunit (CL ), or linked to the C-terminus of each second subunit,
(iv) the linker is an unstructured (Gly-Gly-Gly-Gly-Ser) 3 linker (SEQ ID NO:13), or
(v) the linker is an unstructured glycine-serine linker, a polyproline linker, a proline-alanine-serine polymer, or a linker selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 13-23;
A fusion protein according to any one of claims 1-10 .
第1サブユニットが抗体である、請求項1~11のいずれか一項記載の融合タンパク質。 12. The fusion protein of any one of claims 1-11 , wherein the first subunit is an antibody. (i) 抗体の重鎖可変領域がSEQ ID NO:75~79からなる群より選択され、抗体の軽鎖可変領域がSEQ ID NO:80~84からなる群より選択される、
(ii) 抗体が、SEQ ID NO:85~86のいずれか1つである重鎖と、SEQ ID NO:87の軽鎖とを含む、
(iii) 抗体がそれぞれ以下の重鎖可変領域と軽鎖可変領域とを含む:
SEQ ID NO:75とSEQ ID NO:80、SEQ ID NO:76とSEQ ID NO:81、SEQ ID NO:77とSEQ ID NO:82、SEQ ID NO:78とSEQ ID NO:83、またはSEQ ID NO:79とSEQ ID NO:84、
(iv) 抗体がそれぞれ以下の重鎖と軽鎖とを含む:
SEQ ID NO:85とSEQ ID NO:87、またはSEQ ID NO:86とSEQ ID NO:87
(v) 抗体の重鎖が以下のCDR配列のセットのうちの1つを含む:
Figure 2020025659000007
(vi) 抗体の軽鎖が以下のCDR配列のセットのうちの1つを含む:
Figure 2020025659000008
、または
(vii) 抗体がIgG4バックボーンを有する、好ましくは、IgG4バックボーンが以下の突然変異のうちの1つまたは複数を有する:
S228P、N297A、F234A、L235A、M428L、N434S、M252Y、S254TおよびT256E、
請求項12記載の融合タンパク質。
(i) the heavy chain variable region of the antibody is selected from the group consisting of SEQ ID NO:75-79 and the light chain variable region of the antibody is selected from the group consisting of SEQ ID NO:80-84;
(ii) the antibody comprises a heavy chain of any one of SEQ ID NO:85-86 and a light chain of SEQ ID NO:87;
(iii) the antibody comprises a heavy chain variable region and a light chain variable region, respectively:
SEQ ID NO:75 and SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:76 and SEQ ID NO:81, SEQ ID NO:77 and SEQ ID NO:82, SEQ ID NO:78 and SEQ ID NO:83, or SEQ ID NO:79 and SEQ ID NO:84,
(iv) the antibody comprises each of the following heavy and light chains:
SEQ ID NO:85 and SEQ ID NO:87, or SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:87 ,
(v) the heavy chain of the antibody contains one of the following sets of CDR sequences:
Figure 2020025659000007
(vi) the light chain of the antibody contains one of the following sets of CDR sequences:
Figure 2020025659000008
,or
(vii) the antibody has an IgG4 backbone, preferably the IgG4 backbone has one or more of the following mutations:
S228P, N297A, F234A, L235A, M428L, N434S, M252Y, S254T and T256E,
13. The fusion protein of claim 12 .
抗体の重鎖が以下のCDR配列のセット:
Figure 2020025659000009
を含み、抗体の軽鎖が以下のCDR配列のセット:
Figure 2020025659000010
を含む、請求項12または13記載の融合タンパク質。
The heavy chain of the antibody has the following set of CDR sequences:
Figure 2020025659000009
and the light chain of the antibody has the following set of CDR sequences:
Figure 2020025659000010
14. The fusion protein of claim 12 or 13 , comprising
SEQ ID NO:86~94のいずれか1つに示されるアミノ酸配列を含むか、またはSEQ ID NO:86~94のいずれか1つに示されるアミノ酸配列に対して少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92%、少なくとも95%、少なくとも97%、少なくとも98%またはそれより高い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1~14のいずれか一項記載の融合タンパク質。 comprising the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs: 86-94 , or at least 70%, at least 75% relative to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs:86-94, 15. Any one of claims 1-14 comprising amino acid sequences having at least 80%, at least 85%, at least 90%, at least 92%, at least 95%, at least 97%, at least 98% or higher sequence identity. A fusion protein according to paragraph. 融合タンパク質が、SEQ ID NO:90とSEQ ID NO:87、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92とSEQ ID NO:87、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94とSEQ ID NO:87、またはSEQ ID NO:90とSEQ ID NO:91とに示されるアミノ酸配列に対して、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92%、少なくとも95%、少なくとも97%、少なくとも98%、またはそれより高い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1~15のいずれか一項記載の融合タンパク質。 The fusion proteins are SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:91, SEQ ID NO:92 and SEQ ID NO:87, SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO: 93, at least 70%, at least 75%, at least 80%, at least 85% relative to the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:94 and SEQ ID NO:87, or SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:91 16. The fusion protein of any one of claims 1-15 , comprising an amino acid sequence having a sequence identity of at least 90%, at least 92%, at least 95%, at least 97%, at least 98%, or higher. . SEQ ID NO:90とSEQ ID NO:87とに示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:91とに示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:92とSEQ ID NO:87とに示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:86とSEQ ID NO:93とに示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:94とSEQ ID NO:87とに示されるアミノ酸配列、またはSEQ ID NO:90とSEQ ID NO:91とに示されるアミノ酸配列を含む、請求項1~16のいずれか一項記載の融合タンパク質。 The amino acid sequences shown in SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO:87, the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:91, the amino acid sequences shown in SEQ ID NO:92 and SEQ ID NO:87 the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:86 and SEQ ID NO:93; the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:94 and SEQ ID NO:87; or SEQ ID NO:90 and SEQ ID NO: 17. The fusion protein of any one of claims 1-16 , comprising the amino acid sequence shown in:91. 請求項1~17のいずれか一項記載の融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。 A nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence encoding a fusion protein according to any one of claims 1-17 . (i) 前記核酸分子の発現を可能にするための制御配列に機能的に連結されている、または
(ii) ベクター中またはファージミドベクター中に含まれている、
請求項18記載の核酸分子。
(i) operably linked to regulatory sequences to allow expression of said nucleic acid molecule, or
(ii) contained in a vector or in a phagemid vector,
19. The nucleic acid molecule of claim 18 .
請求項18または19記載の核酸分子を含有する、宿主細胞。 20. A host cell containing the nucleic acid molecule of claim 18 or 19 . 請求項1~17のいずれか一項記載の融合タンパク質を生産する方法であって、該融合タンパク質が、該融合タンパク質をコードする核酸から出発して生産される、前記方法。 18. A method of producing a fusion protein according to any one of claims 1-17 , wherein said fusion protein is produced starting from a nucleic acid encoding said fusion protein. 融合タンパク質が細菌宿主生物中または真核宿主生物中で生産され、かつこの宿主生物またはその培養物から単離される、請求項21記載の方法。 22. The method of claim 21 , wherein the fusion protein is produced in a bacterial or eukaryotic host organism and isolated from this host organism or culture thereof. 請求項1~17のいずれか一項記載の融合タンパク質を含む、薬学的組成物。 A pharmaceutical composition comprising the fusion protein of any one of claims 1-17 . がんの処置のための、請求項1~17のいずれか一項記載の融合タンパク質を含む、薬学的組成物。A pharmaceutical composition comprising the fusion protein of any one of claims 1-17 for the treatment of cancer. (i) CD137の下流シグナリング経路の活性化およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行うための、
(ii) T細胞の共刺激およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行うための、
(iii) リンパ球活性の誘導およびPD-L1陽性腫瘍細胞との会合を同時に行うための、
(iv) T細胞上でのCD137のクラスター化および活性化を誘導し、該T細胞をPD-L1陽性腫瘍細胞に向かわせるための、
(v) PD-L1陽性腫瘍細胞の近傍において限局的リンパ球応答を誘導するための、
(vi) PD-L1陽性腫瘍細胞の近傍においてT細胞によるIL-2分泌および/または細胞傷害性因子分泌の増加を誘導するための、細胞傷害性因子が、好ましくは、パーフォリン、グランザイムBおよびグランザイムAからなる群より選択される、
(vii) PD-L1陽性腫瘍細胞の近傍においてT細胞による細胞傷害性因子の分泌の増加を誘導するための、または
(viii) PD-L1陽性がんを予防、改善または処置するための、
請求項1~17のいずれか一項記載の融合タンパク質を含む薬学的組成
(i) to simultaneously activate the downstream signaling pathway of CD137 and associate with PD-L1 positive tumor cells,
(ii) for simultaneous co-stimulation of T cells and engagement with PD-L1 positive tumor cells,
(iii) for simultaneous induction of lymphocyte activity and association with PD-L1 positive tumor cells,
(iv) to induce clustering and activation of CD137 on T cells and direct the T cells to PD-L1 positive tumor cells;
(v) to induce a focal lymphocyte response in the vicinity of PD-L1 positive tumor cells,
(vi) cytotoxic factors, preferably perforin, granzyme B and granzyme, for inducing increased IL-2 secretion and/or cytotoxic factor secretion by T cells in the vicinity of PD-L1-positive tumor cells selected from the group consisting of A,
(vii) to induce increased secretion of cytotoxic factors by T cells in the vicinity of PD-L1 positive tumor cells, or
(viii) for preventing, ameliorating or treating PD-L1 positive cancer,
A pharmaceutical composition comprising the fusion protein of any one of claims 1-17 .
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