JPWO2019191390A5 - - Google Patents
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Claims (36)
ａ）潜在的ドナーから微生物叢サンプルを得るステップ、
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の種の優勢度及び／又は存在量を判定するステップ、並びに
ｃ）前記微生物叢サンプルが、
クレード１４、クレード１０１、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数における細菌種の１つ又は複数；
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌種；
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌種；
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌；又は
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３ ２０１２、オシリバクター種１ ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される１つ又は複数の細菌種
を含む場合、前記ドナーの糞便は糞便物質移入に有用であると判定するステップ
を含む方法。 A method of identifying mammalian subjects as donors whose feces are useful for fecal material transfer.
a) Steps to obtain a microbiota sample from a potential donor,
b) Steps to determine the predominance and / or abundance of bacterial species in the microbial flora sample, and c) the microbial flora sample
One or more of the bacterial species in one or more of clade 14, clade 101, clade 126, clade 61, clade 125, or clade 135;
A bacterial species that is a phylogenetic descendant of the closest common ancestor (MRCA) of the Ficalibacterium plausnitzi and flavoni fracta plowti ;
Bacterial species with at least 94.5% 16S rDNA sequence identity with 16S rDNA sequences of species belonging to the family Ruminococcus;
Bacteria with at least 98.7% 16S rDNA sequence identity with 16S rDNA sequences of species belonging to the family Ruminococcus; or
Eubacterium Syrahium, Crostridium leptam (GCF_000154345), Anaerotruncascoccus colihominis, Subdrigranulum variaville, Crostridium methylpentosam, Pseudoflavoni fracta capillosus, Ethanoligenens harbinens (GCF_000178115), Lumino Ruminococcus Albus (GCF_000179635), Ruminococcus Champagne Rensis (GCF_000210095), Flavoni Fracta Prouti, Osiribacus Valericigenes, Osiribacus Luminantium, Ruminococcus Ferroides, Ruminococcus Caridas, Ruminococcus flave (GCF_000518765), Crostridium Jedahense, Crostridium billide, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Ruminococcus des Morans, Ruminococcus bicirculance, Ruminococcus lactiformans, Crostridium hosseensis, Intestinimonas maciliensis. , Anaeromasiribasillas senegalensis, Ruminococcus champanelensis (GCF_001312825), Bittarella maciliensis, Butirisicoccus porcolm, Actalibactumris, Ruminococcus leptam (GCF_0025556665), Ruminococcus brom (GCF_002834225) , Monogloba Spectinity Cass, Ethanoligenens harbinens (GCF_003040045), Neglectattimonensis, Anaerotruncaslubi infantis, Masilio Crostridium coli, Angelaxera maciliensis, Sporobacter Termitidis, Negative Vivasilas masiliensis, Masilimarie masiliensis, Intestini vasilas masiliensis, Eubacterium Coprostanoligenes, Provencibacterium masiliensis, Papilibactor cinnamivorance, Crostridium merde, Marasmitran Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), Ruminococcus family bacteria D16, Ruminococcus Albus (GCF_000178155), a Oscillospiraceae G3 2012, Oscillospiraceae 13, Oscillospiraceae NK3B98, Oscillospiraceae KLE 1728, Oscillospiraceae ASF500, Oscillospiraceae FC2018, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae (GCF) , Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae ER4, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae UC5 1 2F7, Oscillospiraceae UC5 1 1E11, Oscillospiraceae UC5 1 1D1, Oscillospiraceae W14A, Oscillospiraceae CPB6, Oscillospiraceae An92, Oscillospiraceae An91, Oscillospiraceae An306, Oscillospiraceae An201, Oscillospiraceae An200, Pseudoflabonif Oscillospiraceae An187, Pseudoflaboniflacter species An184, Anaeromasiribasirus species An172, Gemiger species An120, Flaboniflacter species An100, Flaboniflacter species An10, Oscillospiraceae bacteria CHKCI005, Oscillospiraceae P7, Oscillospiraceae Mi (GCF_900101355), Oscillospiraceae YE78, Oscillospiraceae FB2012, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae PC13, Oscillospiraceae P3106 , Oscillospiraceae Marseille P3890, Crostridium SN20, Anaeroturunkas AT3, Anaeromasiribasilas Marseille P3876, Gemigerformisiris (STS00001), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 1 (STS00002), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 2 STS00003), Oscillospiraceae (STS00004), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 3 (STS00005), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 4 (STS00006), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 5 (STS000027), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 6 (STS00008) ), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 7 (STS000009), or a combination thereof. Bacterial species
A method comprising the step of determining that the donor's stool is useful for the transfer of stool material.
前記チェックポイント阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＡＭＰ－５１４、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＴＳＲ－０４２、ＲＧ－７４４６、ＢＭＳ－９３６５５９、ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＫ－３４７５、ＣＴ Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ－４７３６、ＭＳＢ－００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ－０１２、ＬＡＧ－３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、ＳＴＩ－Ａ１０１０、又はその組み合わせから選択される、請求項５に記載の治療用組成物。 The checkpoint inhibitor is selected from anti-PD-1 antibody, anti-CTLA-4 antibody, anti-PD-L1 antibody, or a combination thereof, or
The checkpoint inhibitors include pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pigilimumab, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558. 3.475, CT O11, MPDL3280A, MEDI-4736, MSB-0020718C, AUR-012, LAG-3, OX40 inhibitor, OX40L inhibitor, TIGIT inhibitor, STI-A1010, or a combination thereof. 5. The therapeutic composition according to 5.
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）及びフラボニフラクタープラウティ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ）の最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌； Bacteria that are the phylogenetic descendants of the closest common ancestor (MRCA) of Faecalibacterium plausnitzii and Flavoniflactor plauti;
ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌； Bacteria with at least 94.5% 16S rDNA sequence identity with 16S rDNA sequences of species belonging to the family Ruminococcaceae;
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌； Bacteria with at least 98.7% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus;
ルミノコッカス科の科、例えばルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ゲミガー（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ）、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）の属、又はその組み合わせの中の１つ又は複数の属に属する細菌； Bacteria belonging to one or more genera of the family Ruminococcus, such as the genus Ruminococcus, Gemmiger, Ficalibacterium, Subdoligranulum, or a combination thereof;
アリスティペス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ユーバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エリュシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、パラバクテロイデス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌； Aristipes, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Eubacterium, Eubacterium. Bacteria belonging to one or more of the genus Odoribacter, Parabacteroides, or a combination thereof;
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌； Bacteria belonging to one or more of the genera Aristipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, or a combination thereof;
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌； Bacteria belonging to one or more of the genera Barnesiera, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichia, Odribacter, Parabacteroides, or a combination thereof;
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３ ２０１２、オシリバクター種１ ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種； Eubacterium Syrahium, Crostridium leptam (GCF_000154345), Anaerotruncascoccus colihominis, Subdrigranulum variaville, Crostridium methylpentosam, Pseudoflavoni fracta capillosus, Ethanoligenens harbinens (GCF_000178115), Lumino Ruminococcus Albus (GCF_000179635), Ruminococcus Champagne Rensis (GCF_000210095), Flavoni Fracta Prouti, Osiribacus Valericigenes, Osiribacus Luminantium, Ruminococcus Ferroides, Ruminococcus Caridas, Ruminococcus flave (GCF_000518765), Crostridium Jedahense, Crostridium bilide, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Ruminococcus des Morans, Ruminococcus bicirculance, Ruminococcus lactiformans, Crostridium Joseensis, Intestinimonas maciliensis. , Anaeromasiribasillas senegalensis, Ruminococcus champanelensis (GCF_001312825), Bittarella maciliensis, Butirisicoccus porcolm, Actalibactumris, Ruminococcus leptam (GCF_0025556665), Ruminococcus brom (GCF_002834225) , Monogloba Spectinity Cass, Ethanoligenens harbinens (GCF_003040045), Neglectattimonensis, Anaerotruncaslubi infantis, Masilio Crostridium coli, Angelaxera maciliensis, Sporobacter Termitidis, Negative Vivasilas masiliensis, Masilimarie masiliensis, Intestini vasilas masiliensis, Eubacterium Coprostanoligenes, Provencibacterium masiliensis, Papilibactor cinnamivorance, Crostridium merde, Marasmitran Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), Ruminococcus family bacteria D16, Ruminococcus Albus (GCF_000178155), a Oscillospiraceae G3 2012, Oscillospiraceae 13, Oscillospiraceae NK3B98, Oscillospiraceae KLE 1728, Oscillospiraceae ASF500, Oscillospiraceae FC2018, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae (GCF) , Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae ER4, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae UC5 1 2F7, Oscillospiraceae UC5 1 1E11, Oscillospiraceae UC5 1 1D1, Oscillospiraceae W14A, Oscillospiraceae CPB6, Oscillospiraceae An92, Oscillospiraceae An91, Oscillospiraceae An306, Oscillospiraceae An201, Oscillospiraceae An200, Pseudoflabonif Oscillospiraceae An187, Pseudoflaboniflacter species An184, Anaeromasiribasirus species An172, Gemiger species An120, Flaboniflacter species An100, Flaboniflacter species An10, Oscillospiraceae bacteria CHKCI005, Oscillospiraceae P7, Oscillospiraceae Mi (GCF_900101355), Oscillospiraceae YE78, Oscillospiraceae FB2012, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae PC13, Oscillospiraceae P3106 , Oscillospiraceae Marseille P3890, Crostridium SN20, Anaeroturunkas AT3, Anaeromasiribasilas Marseille P3876, Gemigerformisiris (STS00001), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 1 (STS00002), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 2 STS00003), Oscillospiraceae (STS00004), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 3 (STS00005), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 4 (STS00006), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 5 (STS000027), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 6 (STS00008) ), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 7 (STS000009), or a combination thereof Bacterial species;
アリスティペスセネガレンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、バルネシエラインテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、バクテロイデスドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｏｒｅｉ）、ビフィドバクテリウムビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウムロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、オドリバクタースプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、ユーバクテリウム＿ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿ｂｉｆｏｒｍｅ）、パラバクテロイデスディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、又はその組み合わせから選択される細菌種； Aristipes senegalensis, Barnesiella intestinihominis, Bacteroides dorei, Bifidobacterium bifidobacteria bifidobacteria bifidobacteria _SC102, Blautier_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium innocum, Odribacter splanchnicus, Ubacterium _biforma (Eubacteria or Bifidobacterium), Parabacteroides, Parabacteroides, Parabacteroides, Parabacteroides. Bacterial species;
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種； Bacterial species selected from Aristipes senegalensis, Bacteroides dray, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Bacteroides distasonis, or a combination thereof;
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種； Bacteria selected from Barnesieline testinihominis, bifidobacteria bifidam, bifidobacteria longum, brautia_SC102, brautia_SC109, Clostridium innocum, odoribacter sprunknicus, parabacteroides distasonis, or a combination thereof. seed;
表１Ａ、１Ｂ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ、４Ｂ、５Ａ、５Ｂ、６Ａ、６Ｂ、７Ａ、７Ｂ、８Ａ、８Ｂ、１０、又は１１に列挙される種の１つ又は複数に属する細菌；又は Bacteria belonging to one or more of the species listed in Tables 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, 6B, 7A, 7B, 8A, 8B, 10, or 11. ; Or
図６の系統樹における種の１つ又は複数に属する細菌 Bacteria belonging to one or more species in the phylogenetic tree of FIG.
の単離集団又は精製集団の有効量を含む治療用組成物。A therapeutic composition comprising an effective amount of an isolated or purified population of.
前記チェックポイント阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＡＭＰ－５１４、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＴＳＲ－０４２、ＲＧ－７４４６、ＢＭＳ－９３６５５９、ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＫ－３４７５、ＣＴ Ｏ１１、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ－４７３６、ＭＳＢ－００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ－０１２、ＬＡＧ－３、ＯＸ４０阻害剤、ＯＸ４０Ｌ阻害剤、ＴＩＧＩＴ阻害剤、又はＳＴＩ－Ａ１０１０から選択される、請求項１１に記載の治療用組成物。 The checkpoint inhibitors include pembrolizumab, nivolumab, atezolizumab, avelumab, durvalumab, ipilimumab, pigilimumab, AMP-224, AMP-514, STI-A1110, TSR-042, RG-7446, BMS-936559, BMS-936558. 10. The 11. Therapeutic composition of.
前記対象が、前記以前の治療に対して毒性応答を有すると判定されている、請求項２８に記載の治療用組成物。 28. The therapeutic composition of claim 28, wherein the subject has been determined to have a toxic response to the previous treatment.
ａ）前記対象から微生物叢サンプルを得るステップ、a) Steps to obtain a microbiota sample from the subject,
ｂ）前記微生物叢サンプルにおける細菌の属の優勢度を判定するステップ、並びにb) Steps to determine the predominance of the genus of bacteria in the microbiota sample, as well as
ｃ）前記微生物叢サンプルが、c) The microbiota sample is
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌； Bacteria that are phylogenetic descendants of the closest common ancestor (MRCA) of Ficalibacterium plausnitzi and flavoni fracta plowty;
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌； Bacteria with at least 94.5% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus;
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌； Bacteria with at least 98.7% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus;
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌； Bacteria belonging to one or more of the genus Ruminococcus, Gemiger, Ficalibacterium, Subdrigranulum, or a combination thereof;
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌； Bacteria belonging to one or more of the genera Aristipes, Bacteroides, Barnesiera, Bifidobacterium, Blautier, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichia, Odribacter, Parabacteroides, or a combination thereof;
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌； Bacteria belonging to one or more of the genera Aristipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, or a combination thereof;
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数； One or more of the genus Barnesiera, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichia, Odribacter, Parabacteroides, or a combination thereof;
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３ ２０１２、オシリバクター種１ ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種； Eubacterium Syrahium, Crostridium leptam (GCF_000154345), Anaerotruncascoccus colihominis, Subdrigranulum variaville, Crostridium methylpentosam, Pseudoflavoni fracta capillosus, Ethanoligenens harbinens (GCF_000178115), Lumino Ruminococcus Albus (GCF_000179635), Ruminococcus Champagne Rensis (GCF_000210095), Flavoni Fracta Prouti, Osiribacus Valericigenes, Osiribacus Luminantium, Ruminococcus Ferroides, Ruminococcus Caridas, Ruminococcus flave (GCF_000518765), Crostridium Jedahense, Crostridium bilide, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Ruminococcus des Morans, Ruminococcus bicirculance, Ruminococcus lactiformans, Crostridium Joseensis, Intestinimonas maciliensis. , Anaeromasiribasillas senegalensis, Ruminococcus champanelensis (GCF_001312825), Bittarella maciliensis, Butirisicoccus porcolm, Actalibactumris, Ruminococcus leptam (GCF_0025556665), Ruminococcus brom (GCF_002834225) , Monogloba Spectinity Cass, Ethanoligenens harbinens (GCF_003040045), Neglectattimonensis, Anaerotruncaslubi infantis, Masilio Crostridium coli, Angelaxera maciliensis, Sporobacter Termitidis, Negative Vivasilas masiliensis, Masilimarie masiliensis, Intestini vasilas masiliensis, Eubacterium Coprostanoligenes, Provencibacterium masiliensis, Papilibactor cinnamivorance, Crostridium merde, Marasmitran Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), Ruminococcus family bacteria D16, Ruminococcus Albus (GCF_000178155), a Oscillospiraceae G3 2012, Oscillospiraceae 13, Oscillospiraceae NK3B98, Oscillospiraceae KLE 1728, Oscillospiraceae ASF500, Oscillospiraceae FC2018, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae (GCF) , Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae ER4, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae UC5 1 2F7, Oscillospiraceae UC5 1 1E11, Oscillospiraceae UC5 1 1D1, Oscillospiraceae W14A, Oscillospiraceae CPB6, Oscillospiraceae An92, Oscillospiraceae An91, Oscillospiraceae An306, Oscillospiraceae An201, Oscillospiraceae An200, Pseudoflabonif Oscillospiraceae An187, Pseudoflaboniflacter species An184, Anaeromasiribasirus species An172, Gemiger species An120, Flaboniflacter species An100, Flaboniflacter species An10, Oscillospiraceae bacteria CHKCI005, Oscillospiraceae P7, Oscillospiraceae Mi (GCF_900101355), Oscillospiraceae YE78, Oscillospiraceae FB2012, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae PC13, Oscillospiraceae P3106 , Oscillospiraceae Marseille P3890, Crostridium SN20, Anaeroturunkas AT3, Anaeromasiribasilas Marseille P3876, Gemigerformisiris (STS00001), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 1 (STS00002), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 2 STS00003), Oscillospiraceae (STS00004), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 3 (STS00005), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 4 (STS00006), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 5 (STS000027), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 6 (STS00008) ), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 7 (STS000009), or a combination thereof Bacterial species;
アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種； Aristipes Senegalensis, Barnesieline Testini Hominis, Bacteroides Dray, Bifidobacterium Bifidum, Bifidobacterium Longum, Blautier_SC102, Blautier_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium Innocum, Odribacter Splunknicus, Eubacterium Bacterial species selected from Eubacterium, Parabacteroides distasonis, or a combination thereof;
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種；又は Bacterial species selected from Aristipes senegalensis, Bacteroides dray, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Bacteroides distasonis, or a combination thereof; or
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種 Bacteria selected from Barnesieline testinihominis, bifidobacteria bifidam, bifidobacteria longum, brautia_SC102, brautia_SC109, Clostridium innocum, odoribacter sprunknicus, parabacteroides distasonis, or a combination thereof. seed
を含む場合、前記対象は前記療法の候補者であると判定するステップIs included, the step of determining that the subject is a candidate for the therapy.
を含む方法。How to include.
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌；
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌；
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌；
ルミノコッカス、ゲミガー、フィーカリバクテリウム、サブドリグラヌルムの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌；
アリスティペス、バクテロイデス、バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌；
アリスティペス、バクテロイデス、ブラウティア、クロストリジウム、ユーバクテリウム、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数に属する細菌；
バルネシエラ、ビフィドバクテリウム、ブラウティア、エリュシペロトリクス綱、オドリバクター、パラバクテロイデスの属、又はその組み合わせのうちの１つ又は複数；
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３ ２０１２、オシリバクター種１ ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種；
アリスティペスセネガレンシス、バルネシエラインテスティニホミニス、バクテロイデスドレイ、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種；
アリスティペスセネガレンシス、バクテロイデスドレイ、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウム＿ＳＣ６４、ユーバクテリウム＿ビフォルメ、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種；又は
バルネシエラインテスティニホミニス、ビフィドバクテリウムビフィダム、ビフィドバクテリウムロンガム、ブラウティア＿ＳＣ１０２、ブラウティア＿ＳＣ１０９、クロストリジウムイノキューム、オドリバクタースプランクニカス、パラバクテロイデスディスタソニス、又はその組み合わせから選択される細菌種
について微生物叢プロファイルを評価するステップを含む方法。 In the sample derived from the subject
Bacteria that are phylogenetic descendants of the closest common ancestor (MRCA) of Ficalibacterium plausnitzi and flavoni fracta plowty;
Bacteria with at least 94.5% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus ;
Bacteria with at least 98.7% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus;
Bacteria belonging to one or more of the genus Ruminococcus, Gemiger, Ficalibacterium, Subdrigranulum, or a combination thereof;
Bacteria belonging to one or more of the genera Aristipes, Bacteroides, Barnesiera, Bifidobacterium, Blautier, Clostridium, Eubacterium, Erysipelotrichia, Odribacter, Parabacteroides, or a combination thereof;
Bacteria belonging to one or more of the genera Aristipes, Bacteroides, Blautia, Clostridium, Eubacterium, Parabacteroides, or a combination thereof;
One or more of the genera Barnesiera, Bifidobacterium, Blautia, Erysipelotrichia, Odribacter, Parabacteroides, or a combination thereof;
Eubacterium Syrahium, Crostridium leptam (GCF_000154345), Anaerotruncascoccus colihominis, Subdrigranulum variaville, Crostridium methylpentosam, Pseudoflavoni fracta capillosus, Ethanoligenens harbinens (GCF_000178115), Lumino Ruminococcus Albus (GCF_000179635), Ruminococcus Champagne Rensis (GCF_000210095), Flavoni Fracta Prouti, Osiribacus Valericigenes, Osiribacus Luminantium, Ruminococcus Ferroides, Ruminococcus Caridas, Ruminococcus flave (GCF_000518765), Crostridium Jedahense, Crostridium billide, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Ruminococcus des Morans, Ruminococcus bicirculance, Ruminococcus lactiformans, Crostridium hosseensis, Intestinimonas maciliensis. , Anaeromasiribasillas senegalensis, Ruminococcus champanelensis (GCF_001312825), Bittarella maciliensis, Butirisicoccus porcolm, Actalibactumris, Ruminococcus leptam (GCF_0025556665), Ruminococcus brom (GCF_002834225) , Monogloba Spectinity Cass, Ethanoligenens harbinens (GCF_003040045), Neglectattimonensis, Anaerotruncaslubi infantis, Masilio Crostridium coli, Angelaxera maciliensis, Sporobacter Termitidis, Negative Vivasilas masiliensis, Masilimarie masiliensis, Intestini vasilas masiliensis, Eubacterium Coprostanoligenes, Provencibacterium masiliensis, Papilibactor cinnamivorance, Crostridium merde, Marasmitran Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), Ruminococcus family bacteria D16, Ruminococcus Albus (GCF_000178155), a Oscillospiraceae G3 2012, Oscillospiraceae 13, Oscillospiraceae NK3B98, Oscillospiraceae KLE 1728, Oscillospiraceae ASF500, Oscillospiraceae FC2018, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae (GCF) , Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae ER4, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae UC5 1 2F7, Oscillospiraceae UC5 1 1E11, Oscillospiraceae UC5 1 1D1, Oscillospiraceae W14A, Oscillospiraceae CPB6, Oscillospiraceae An92, Oscillospiraceae An91, Oscillospiraceae An306, Oscillospiraceae An201, Oscillospiraceae An200, Pseudoflabonif Oscillospiraceae An187, Pseudoflaboniflacter species An184, Anaeromasiribasirus species An172, Gemiger species An120, Flaboniflacter species An100, Flaboniflacter species An10, Oscillospiraceae bacteria CHKCI005, Oscillospiraceae P7, Oscillospiraceae Mi (GCF_900101355), Oscillospiraceae YE78, Oscillospiraceae FB2012, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae PC13, Oscillospiraceae P3106 , Oscillospiraceae Marseille P3890, Crostridium SN20, Anaeroturunkas AT3, Anaeromasiribasilas Marseille P3876, Gemigerformisiris (STS00001), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 1 (STS00002), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 2 STS00003), Oscillospiraceae (STS00004), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 3 (STS00005), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 4 (STS00006), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 5 (STS000027), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 6 (STS00008) ), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 7 (STS000009), or a bacterial species selected from a combination thereof;
Aristipes Senegalensis, Barnesieline Testini Hominis, Bacteroides Dray, Bifidobacterium Bifidum, Bifidobacterium Longum, Blautier_SC102, Blautier_SC109, Clostridium_SC64, Clostridium Innocum, Odribacter Splunknicus, Eubacterium Bacterial species selected from Eubacterium, Parabacteroides distasonis, or a combination thereof;
Bacterial species selected from Aristipes senegalensis, Bacteroides dray, Blautia_SC109, Clostridium_SC64, Eubacterium_biforme, Bacteroides distasonis, or a combination thereof; or
Bacteria selected from Barnesieline testinihominis, bifidobacteria bifidam, bifidobacteria longum, brautia_SC102, brautia_SC109, Clostridium innocum, odoribacter sprunknicus, parabacteroides distasonis, or a combination thereof. seed
A method comprising the step of assessing a microbiota profile.
フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ及びフラボニフラクタープラウティの最も近い共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である細菌； Bacteria that are phylogenetic descendants of the closest common ancestor (MRCA) of Ficalibacterium plausnitzi and flavoni fracta plowty;
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９４．５％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌； Bacteria with at least 94.5% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus;
ルミノコッカス科の科に属する種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と少なくとも９８．７％の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列同一性を有する細菌； Bacteria with at least 98.7% 16S rDNA sequence identity with species belonging to the family Ruminococcus;
ユーバクテリウムシラエウム、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿０００１５４３４５）、アナエロツルンカスコリホミニス、サブドリグラヌルムバリアビレ、クロストリジウムメチルペントーサム、シュードフラボニフラクターカピローサス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿０００１７８１１５）、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７９６３５）、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿０００２１００９５）、フラボニフラクタープラウティ、オシリバクターバレリシゲネス、オシリバクタールミナンティウム、クロストリジウムスポロスフェロイデス、ルミノコッカスカリダス、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００５１８７６５）、クロストリジウムジェダヘンセ、クロストリジウムビリデ、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００６２１２８５）、アガトバキュラムデスモランス、ルミノコッカスビサーキュランス、ルテニバクテリウムラクタチフォルマンス、クロストリジウムホセエンシス、インテスティニモナスマシリエンシス、アナエロマシリバシラスセネガレンシス、ルミノコッカスシャンパネレンシス（ＧＣＦ＿００１３１２８２５）、ビッタレラマシリエンシス、ブチリシコッカスポルコルム、アクタリバクタームリス、クロストリジウムレプタム（ＧＣＦ＿００２５５６６６５）、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿００２８３４２２５）、モノグロバスペクチニリティカス、エタノリゲネンスハルビネンス（ＧＣＦ＿００３０２００４５）、ネグレクタチモネンシス、アナエロツルンカスルビインファンティス、マシリオクロストリジウムコリ、アンゲラキセラマシリエンシス、スポロバクターターミティディス、ネガティビバシラスマシリエンシス、マシリマリエマシリエンシス、インテスティニバシラスマシリエンシス、ユーバクテリウムコプロスタノリゲネス、プロベンシバクテリウムマシリエンシス、パピリバクターシンナミボランス、クロストリジウムメルデ、マラスミトランカスマシリエンシス、マシリマリエチモネンシス、ピグマイオバクターマシリエンシス、クロストリジウムミニホミネ、ネオビタレラマシリエンシス、フィーカリバクテリウムプラウスニッツイ、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００１７４８９５）、ルミノコッカス科細菌Ｄ１６、ルミノコッカスアルブス（ＧＣＦ＿０００１７８１５５）、アナエロツルンカス種Ｇ３ ２０１２、オシリバクター種１ ３、クロストリジウム目細菌ＮＫ３Ｂ９８、オシリバクター種ＫＬＥ １７２８、フィルミクテス門細菌ＡＳＦ５００、ルミノコッカス種ＦＣ２０１８、ルミノコッカス種ＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカスフラベファシエンス（ＧＣＦ＿０００７０１９４５）、ルミノコッカス種ＨＵＮ００７、細菌ＭＳ４、インテスティニモナスブチリシプロヅセンス、オシリバクター種ＥＲ４、カンジダタスソレアフェレアマシリエンシス、クロストリジウムセルロシ、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ ２Ｆ７、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｅ１１、クロストリジウム綱細菌ＵＣ５ １ １Ｄ１、フォルニエレラマシリエンシス、クロストリジウム種Ｗ１４Ａ、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、フラボニフラクター種Ａｎ９２、フラボニフラクター種Ａｎ９１、フラボニフラクター種Ａｎ３０６、アナエロフィルム種Ａｎ２０１、アナエロマシリバシラス種Ａｎ２００、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８７、シュードフラボニフラクター種Ａｎ１８４、アナエロマシリバシラス種Ａｎ１７２、ゲミガー種Ａｎ１２０、フラボニフラクター種Ａｎ１００、フラボニフラクター種Ａｎ１０、ユーバクテリウム科細菌ＣＨＫＣＩ００５、ルミノコッカス科細菌Ｐ７、ルミノコッカスブロミ（ＧＣＦ＿９００１０１３５５）、ルミノコッカス種ＹＥ７８、ルミノコッカス科細菌ＦＢ２０１２、ルミノコッカス科細菌マルセイユＰ２９３５、ヒドロゲノアナエロバクテリウムサッカロボランス、ルミノコッカス科細菌Ｄ５、オシリバクター種ＰＣ１３、シュードフラボニフラクター種マルセイユＰ３１０６、ネグレクタ種マルセイユＰ３８９０、クロストリジウム種ＳＮ２０、アナエロツルンカス種ＡＴ３、アナエロマシリバシラス種マルセイユＰ３８７６、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００１）、ルミノコッカス科無名種１（ＳＴＳ００００２）、ルミノコッカス科無名種２（ＳＴＳ００００３）、ゲミガーフォルミシリス（ＳＴＳ００００４）、ルミノコッカス科無名種３（ＳＴＳ００００５）、ルミノコッカス科無名種４（ＳＴＳ００００６）、ルミノコッカス科無名種５（ＳＴＳ００００７）、ルミノコッカス科無名種６（ＳＴＳ００００８）、ルミノコッカス科無名種７（ＳＴＳ００００９）、又はその組み合わせから選択される細菌種；又は Eubacterium Syrahium, Crostridium leptam (GCF_000154345), Anaerotruncascoccus colihominis, Subdrigranulum variaville, Crostridium methylpentosam, Pseudoflavoni fracta capillosus, Ethanoligenens harbinens (GCF_000178115), Lumino Ruminococcus Albus (GCF_000179635), Ruminococcus Champagne Rensis (GCF_000210095), Flavoni Fracta Prouti, Osiribacus Valericigenes, Osiribacus Luminantium, Ruminococcus Ferroides, Ruminococcus Caridas, Ruminococcus flave (GCF_000518765), Crostridium Jedahense, Crostridium bilide, Ruminococcus albus (GCF_000621285), Ruminococcus des Morans, Ruminococcus bicirculance, Ruminococcus lactiformans, Crostridium Joseensis, Intestinimonas maciliensis. , Anaeromasiribasillas senegalensis, Ruminococcus champanelensis (GCF_001312825), Bittarella maciliensis, Butirisicoccus porcolm, Actalibactumris, Ruminococcus leptam (GCF_0025556665), Ruminococcus brom (GCF_002834225) , Monogloba Spectinity Cass, Ethanoligenens harbinens (GCF_003040045), Neglectattimonensis, Anaerotruncaslubi infantis, Masilio Crostridium coli, Angelaxera maciliensis, Sporobacter Termitidis, Negative Vivasilas masiliensis, Masilimarie masiliensis, Intestini vasilas masiliensis, Eubacterium Coprostanoligenes, Provencibacterium masiliensis, Papilibactor cinnamivorance, Crostridium merde, Marasmitran Ruminococcus flavefaciens (GCF_000174895), Ruminococcus family bacteria D16, Ruminococcus Albus (GCF_000178155), a Oscillospiraceae G3 2012, Oscillospiraceae 13, Oscillospiraceae NK3B98, Oscillospiraceae KLE 1728, Oscillospiraceae ASF500, Oscillospiraceae FC2018, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae NK3A76, Oscillospiraceae (GCF) , Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae ER4, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae, Oscillospiraceae UC5 1 2F7, Oscillospiraceae UC5 1 1E11, Oscillospiraceae UC5 1 1D1, Oscillospiraceae W14A, Oscillospiraceae CPB6, Oscillospiraceae An92, Oscillospiraceae An91, Oscillospiraceae An306, Oscillospiraceae An201, Oscillospiraceae An200, Pseudoflabonif Oscillospiraceae An187, Pseudoflaboniflacter species An184, Anaeromasiribasirus species An172, Gemiger species An120, Flaboniflacter species An100, Flaboniflacter species An10, Oscillospiraceae bacteria CHKCI005, Oscillospiraceae P7, Oscillospiraceae Mi (GCF_900101355), Oscillospiraceae YE78, Oscillospiraceae FB2012, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae Oscillospiraceae, Oscillospiraceae PC13, Oscillospiraceae P3106 , Oscillospiraceae Marseille P3890, Crostridium SN20, Anaeroturunkas AT3, Anaeromasiribasilas Marseille P3876, Gemigerformisiris (STS00001), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 1 (STS00002), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 2 STS00003), Oscillospiraceae (STS00004), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 3 (STS00005), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 4 (STS00006), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 5 (STS000027), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 6 (STS00008) ), Oscillospiraceae Oscillospiraceae 7 (STS000009), or a combination thereof Bacterial species; or
クレード１４、クレード１０１、クレード１２６、クレード６１、クレード１２５、又はクレード１３５のうちの１つ又は複数に属する１つ又は複数の細菌種 One or more bacterial species belonging to one or more of clade 14, clade 101, clade 126, clade 61, clade 125, or clade 135.
から選択される１つ又は複数の種に属する細菌を含むかどうかを判定するステップを含む、チェックポイント阻害剤に対する対象の応答を改善し得る供与糞便物質を同定するための方法。A method for identifying a donor fecal substance that can improve a subject's response to a checkpoint inhibitor, comprising the step of determining whether it contains a bacterium belonging to one or more species selected from.
対象の胃腸微生物叢における細菌、真菌及び／又は古細菌の１つ又は複数の種の存在又は量を操縦するための、治療用組成物。 A therapeutic composition for manipulating the presence or amount of one or more species of bacteria, fungi and / or archaea in a subject gastrointestinal microbial flora.
ドナーから糞便物質のサンプルを単離することと、 Isolating a sample of fecal material from a donor,
前記サンプルに賦形剤を添加することを含む、方法。 A method comprising adding an excipient to the sample.
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