JPWO2019014246A5 - - Google Patents
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ＮＩＫの阻害は、非標準ＮＦ－κＢ経路を直接阻害するアプローチを提供する。このアッセイは、高コンテンツの細胞画像化を使用するｐ５２の核移行（ＲＥＬＢ、非標準ＮＦ－ｋＢシグナル伝達）の定量化に依存している。ＲＥＬＢ核移行アッセイでは、細胞を異なる濃度の化合物で処理し、非標準ＮＦ－ｋＢシグナル伝達の強力なアクチベーターである拮抗性抗リンホトキシンβ受容体（ＬＴ－βＲ）抗体１００ｎｇ／ｍＬで刺激する。核へのＲＥＬＢ移行は、細胞質シグナル強度に対する核の比率により定量化される。ＲＥＬＢの核移行を選択的に阻害する強力な化合物が発見された。
Inhibition of NIK provides an approach to directly inhibit the non-canonical NF-κB pathway. This assay relies on the quantification of p52 nuclear translocation (RELB, non-canonical NF-kB signaling) using high-content cell imaging. In the RELB nuclear translocation assay, cells are treated with different concentrations of compounds and stimulated with 100 ng/mL of an antagonistic anti-lymphotoxin beta receptor (LT-βR) antibody, a potent activator of non-canonical NF-kB signaling. RELB translocation to the nucleus is quantified by the ratio of nuclear to cytoplasmic signal intensity. Potent compounds have been discovered that selectively inhibit nuclear translocation of RELB.
ｃＧＡＳは、２’３’－環状ＧＭＰ－ＡＭＰ（ｃＧＡＭＰ）の形成を触媒し、これがインターフェロン遺伝子の刺激因子（ＳＴＩＮＧ、ＴＭＥＭ１７３としても知られている）を活性化し、Ｉ型インターフェロン産生を誘導する。ＣＩＮ－高細胞中でＳＴＩＮＧタンパク質レベルの増加が観察された（図６Ｃ）。しかしながら、ｐ６５またはＩＲＦのリン酸化に有意な変化がないこと、ならびに核移行がないことによって証明されるように、下流のインターフェロン調節因子または標準ＮＦ－κＢ経路の活性化の証拠はなかった（図６Ｃ）。これは、がん細胞がサイトゾルＤＮＡセンシングの下流でインターフェロン産生を抑制するという観察と一致している（Ｓｔｅｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ １３４，５８７－５９８（２００８）、Ｌａｕ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５０，５６８－５７１（２０１５））。しかしながら、サイトゾルＤＮＡは、ＳＴＩＮＧ依存的およびＴＢＫ１非依存的な方法で非標準ＮＦ－κＢ経路を活性化することができる（Ａｂｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，５３２８－５３４１（２０１４））。
cGAS catalyzes the formation of 2'3'-cyclic GMP-AMP (cGAMP), which activates the stimulator of the interferon gene (STING, also known as TMEM173) and induces type I interferon production. Increased STING protein levels were observed in CIN-high cells (Fig. 6C). However, there was no evidence of activation of downstream interferon regulators or canonical NF-κB pathways, as evidenced by no significant changes in p65 or IRF phosphorylation, as well as no nuclear translocation (Fig. 6C). This is consistent with the observation that cancer cells suppress interferon production downstream of cytosolic DNA sensing (Stetson et al., Cell 134, 587-598 (2008), Lau et al. Science 350, 568 -571 (2015)). However, cytosolic DNA can activate the non-canonical NF-κB pathway in a STING-dependent and TBK1-independent manner (Abe et al. J. Virol. 88, 5328-5341 (2014)).
中～高レベルの染色体不安定性を示す細胞（ＣＩＮ－中／高細胞）中で、非標準ＮＦ－κＢ経路の活性化の証拠が観察された。これらの細胞は、非標準経路の活性化に沿って、ｐ１００プール全体と比較して、非標準ＮＦ－κＢ前駆体タンパク質ｐ１００のレベルが低く、リン酸化ｐ１００およびその切断産物ｐ５２の量が増加していた（図６Ｃ～６Ｄ）。また、非標準のＮＦ－κＢ経路阻害物質であるＴＲＡＦ２のレベルが大幅に低減した（図６Ｃ）。中～高レベルの染色体不安定性を示すＣＩＮ－中／高細胞細胞において、ｐ５２の結合パートナーであるＲｅｌＢの核移行が観察された（図６Ｅ）。
Evidence of activation of the non-canonical NF-κB pathway was observed in cells exhibiting moderate to high levels of chromosomal instability (CIN-medium/high cells). These cells show lower levels of the non-canonical NF-κB precursor protein p100 and increased amounts of phosphorylated p100 and its cleavage product p52 compared to the total p100 pool, along with activation of the non-canonical pathway. (Figs. 6C-6D). Also, the levels of TRAF2, a non-canonical NF-κB pathway inhibitor, were greatly reduced (FIG. 6C). Nuclear translocation of RelB, the binding partner of p52, was observed in CIN-medium/high cells exhibiting moderate to high levels of chromosomal instability (Fig. 6E).
興味深いことに、ＳＴＩＮＧの枯渇により、非標準ＮＦ－κＢの活性化とＲｅｌＢ核移行が廃止され、ＴＮＦ－α／ＮＦ－κＢならびに他の炎症およびＥＭＴ経路における負のエンリッチメントと関連していた（図６Ｄ～６Ｅ）。
Interestingly, depletion of STING abolished non-canonical NF-κB activation and RelB nuclear translocation and was associated with negative enrichment in TNF-α/NF-κB and other inflammatory and EMT pathways ( 6D-6E).
方法２：
ＮＩＫの阻害は、非標準ＮＦ－κＢ経路を直接阻害するアプローチを提供する。このアッセイは、高コンテンツの細胞画像化を使用するｐ５２の核移行（ＲＥＬＢ、非標準ＮＦ－ｋＢシグナル伝達）の定量化に依存している。ヒトＲＥＬＢの配列の例を、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９として以下に示す。
Inhibition of NIK provides an approach to directly inhibit the non-canonical NF-κB pathway. This assay relies on the quantification of p52 nuclear translocation (RELB, non-canonical NF-kB signaling) using high-content cell imaging. An example of the sequence of human RELB is shown below as SEQ ID NO:59.
ＲＥＬＢ核移行アッセイでは、細胞を異なる濃度の化合物で処理し、１００ｎｇ／ｍＬの非標準ＮＦ－ｋＢシグナル伝達の強力なアクチベーターである拮抗性抗リンホトキシンβ受容体（ＬＴ－βＲ）抗体（例えば、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈから）で刺激する。核へのＲＥＬＢ移行は、サイトゾルシグナル強度に対する核の比率によって定量化される。ＲＥＬＢの核移行を選択的に阻害する強力な化合物が発見された。
In the RELB nuclear translocation assay, cells were treated with different concentrations of compounds and 100 ng/mL of an antagonistic anti-lymphotoxin beta receptor (LT-βR) antibody that is a potent activator of non-canonical NF-kB signaling (e.g., from Sigma Aldrich). RELB translocation to the nucleus is quantified by the ratio of nuclear to cytosolic signal intensity. Potent compounds have been discovered that selectively inhibit nuclear translocation of RELB.
記述：
２）ａ．細胞試料の１つ以上の細胞内に少なくとも１０％、もしくは少なくとも１１％、もしくは少なくとも１２％、もしくは少なくとも１３％、もしくは少なくとも１４％、もしくは少なくとも１５％の検出可能な染色体誤分離を有する、
ｂ．細胞試料の１つ以上の細胞内に少なくとも３％、少なくとも４％、もしくは少なくとも５％の検出可能な小核を有する、
ｃ．細胞試料の１つ以上の細胞内に検出可能なサイトゾル二本鎖ＤＮＡを有する、または
ｄ．細胞試料中もしくは体液試料中、少なくとも１０％超、もしくは少なくとも２０％超、もしくは少なくとも３０％超、もしくは少なくとも５０％超、もしくは少なくとも７０％超、もしくは少なくとも８０％超、もしくは少なくとも９０％超のｃＧＡＭＰの濃度もしくは量を有する
前記細胞試料または体液試料を有する患者に転移化学療法剤を投与し、それによって、前記患者の転移性がんを治療することを含む、方法。
３）転移化学療法剤を、誤分離を呈する前記細胞試料の後期細胞中１５～２０％の染色体を有する患者に投与することを含む、記述１の方法。
４）転移化学療法剤を、小核を呈する前記細胞試料中５～８％の細胞を有する患者に投与することを含む、記述１または２の方法。
５）転移化学療法剤を、正常な非がん組織と比較してサイトゾル内の染色強度が１倍～２倍増加した患者に投与することを含む、記述１、２、または３の方法。
６）転移化学療法剤を、体液試料中のｃＧＡＭＰの濃度または量が非がん性体液試料よりも１倍～２倍大きい患者に投与することを含む、記述１、２、３、または４の方法。
７）前記患者の細胞内または体液内の染色体誤分離、小核、サイトゾル二本鎖ＤＮＡ、またはｃＧＡＭＰを定量化するために、前記患者由来の試料を経時的にモニタリングすることをさらに含む、記述１～４または５の方法。
８）前記転移化学療法剤が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、３、または５のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するキネシン－１３タンパク質を含む組成物である、記述１～５または６の方法。
９）前記転移化学療法剤が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、４、または６のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含むキネシン－１３核酸を含む組成物である、記述１～６または７の方法。
１０）前記転移化学療法剤が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するＭＣＡＫタンパク質またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するＭＣＡＫ核酸を含む組成物である、記述１～７または８の方法。
１１）前記転移化学療法剤が、少なくとも１つのＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、またはＭＳＴ１阻害性核酸を含む組成物である、記述１～８または９の方法。
１２）前記転移化学療法剤が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、または３６のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有する少なくとも１つの阻害性核酸を含む組成物である、記述１～９または１０の方法。
１３）前記転移化学療法剤が、ＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、またはＭＳＴ１タンパク質に親和性を持って結合する少なくとも１つの抗体を含む組成物である、記述１～１０または１１の方法。
１４）前記転移化学療法剤が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、３、５、または７のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するキネシン－１３タンパク質またはＭＣＡＫタンパク質をコードする核酸セグメントに操作可能に連結されたプロモーターを有する発現ベクターを含む組成物である、記述１～１１または１２の方法。
１５）前記転移化学療法剤が、構造
１６）前記体液試料中または前記細胞試料中のｃＧＡＭＰの濃度または量が、質量分析法（ＭＳ）を伴う液体クロマトグラフィー（ＬＣ）を含む方法において定量化される、記述１～１３または１４の方法。
１７）前記体液試料中または前記細胞試料中の前記ｃＧＡＭＰが、アルコール抽出物を生成するためにアルコール中に抽出および／または溶解され、前記アルコール抽出物が、クロマトグラフィーに供され得、かつ前記クロマトグラフィーからの流出液が、前記ｃＧＡＭＰの濃度または量を測定する前に、アセトニトリル、水、またはそれらの組み合わせに懸濁することができる、記述１～１４または１５の方法。
１８）少なくとも１種類のキネシン－１３タンパク質、少なくとも１種類のＭＡＣＫタンパク質、キネシン－１３の少なくとも１種類のアゴニスト、ＭＡＣＫの少なくとも１種類のアゴニスト、またはそれらの組み合わせを対象に投与することを含む、方法。
１９）前記少なくとも１種類のキネシン－１３タンパク質またはＭＣＡＫが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、３、５、または７のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有する、記述１７の方法。
２０）キネシン－１３の少なくとも１種類のアゴニストが
２１）ＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、ＭＳＴ１、またはそれらの任意の組み合わせを前記対象に投与することをさらに含む、記述１７、１８、または１９の方法。
２２）哺乳動物細胞中のＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、ＭＳＴ１、またはそれらの任意の組み合わせを阻害することを含む、方法。
２３）キネシン－１３タンパク質またはＭＡＣＫタンパク質をコードする核酸セグメントに操作可能に連結されたプロモーターを含む発現ベクターを対象に投与することを含む、方法。
２４）少なくとも１種類の前記キネシン－１３タンパク質またはＭＡＣＫタンパク質が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、３、５、または７のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有する、記述２２の方法。
２５）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９、１１、１３、または１５のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性または相補性を有する阻害性核酸セグメントに操作可能に連結されたプロモーターを含む発現ベクターを投与することを含む、記述１７～２３または２３の方法。
２６）ＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、ＭＳＴ１、またはそれらの任意の組み合わせを前記対象に投与することをさらに含む、記述１～２３または２４の方法。
２７）ＡＢＣＣ４のアゴニスト、ＡＢＣＧ２のアゴニスト、もしくはそれらの組み合わせを投与すること、ＡＢＣＣ４もしくはＡＢＣＧ２をコードする核酸セグメントに操作可能に連結されたプロモーターを含む発現カセットもしくは発現ベクターを投与すること、またはそれらの組み合わせをさらに含み、記述１～２４または２５の方法。
２８）前記患者における細胞が、投与前に染色体不安定性を呈する、記述１～２５または２６の方法。
２９）前記患者ががんを有する疑いがある、記述１～２６または２７の方法。
３０）前記患者ががんを発症している疑いがある、記述１～２７または２８の方法。
３１）前記患者ががんを有する、記述１～２８または２９の方法。
３２）前記患者が転移性がんを有する、記述１～２９または３０の方法。
３３）前記対象におけるがんの転移を阻害する、記述１～３０または３１の方法。
３４）前記タンパク質または前記発現ベクターを受容しなかった対照対象と比較して、対象におけるがんの転移を阻害する、記述１～３１または３２の方法。
３５）染色体不安定性を阻害する、記述１～３２または３３の方法。
３６）患者由来の試験試料中の以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５のうちの少なくとも１つの発現レベルを定量化して、試験試料中の少なくとも１つの以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５の定量化した少なくとも１つの発現レベルを生成することを含む、方法。
３７）健常試料中または非がん性試料中の少なくとも１つの対応する遺伝子の対照発現レベルと比較して、前記試験試料中の少なくとも１つの以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５の定量化した少なくとも１つの発現レベルにおける少なくとも１つの差を決定することをさらに含む、記述３５の方法。
３８）前記健常試料または非がん性試料が染色体不安定性を呈しない、記述３５または３６の方法。
３９）転移性がんを有する患者由来の試料（または試料のセット）中の少なくとも１つの対応する遺伝子の対照発現レベルと比較して、前記試験試料中の少なくとも１つの以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５の定量化した少なくとも１つの発現レベルにおける少なくとも１つの差を決定することをさらに含む、記述３５、３６、または３７の方法。
４０）前記試験試料中の以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５のうちの２個以上、または３個以上、または４個以上、または５個以上、または６個以上、または７個以上、または８個以上、または９個以上、１０個以上、または１１個以上、または１２個以上、または１３個以上、または１４個以上、または１５個以上、または１６個以上、または１７個以上、または１８個以上、または１９個以上、または２０個以上、または２１個以上、または２２個以上の発現レベルを定量化することを含む、記述３５～３７または３８の方法。
４１）健常試料中または非がん性試料中の少なくとも１つの対応する遺伝子の対照発現レベルと比較して、前記試験試料中の少なくとも１つの以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５の定量化した少なくとも１つの発現レベルにおける差が少なくとも、１０％、または２０％、または３０％、または４０％、または５０％、または６０％、または７５％、または１００％の発現の増加である、記述３５～３８または３９の方法。
４２）試料（または転移性がんを有する１名以上の患者由来の試料のセット）中の少なくとも１つの対応する遺伝子の平均対照発現レベルと比較して、前記試験試料中の少なくとも１つの以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５の定量化した少なくとも１つの発現レベルにおける差が少なくとも、１０％、または２０％、または３０％、または４０％、または５０％、または６０％、または７５％、または１００％の発現の増加である、記述３５～３９または４０に記載の方法。
４３）対照発現レベルと比較して、前記試験試料中の少なくとも１つの以下の遺伝子：ＰＥＬＩ２、ＢＭＰ２、ＳＨＨ、ＴＮＳ４、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＯＢＯ１、ＡＲＨＧＡＰ２８、ＣＨＮ２、ＣＳＴ１、Ｆ１３Ａ１、ＣＰＶＬ、ＳＥＭＡ６Ｄ、Ｃ９ｏｒｆ１５２、ＮＨＳＬ２、ＧＴＦ２ＩＰ７、ＤＰＹＳＬ３、ＰＣＤＨ７、ＫＨＤＲＢＳ３、ＴＲＡＣ、ＴＭＥＭ１５６、ＣＳＴ４、ＣＤ２４、またはＦＧＦ５の定量化した少なくとも１つの発現レベルにおける差が少なくとも、これらの対応する遺伝子の発現の増加の少なくとも１．２倍、または少なくとも１．５倍、または少なくとも２倍、または少なくとも３倍、または少なくとも５倍、または少なくとも７倍、または少なくとも１０倍の発現の増加である、記述３５～４０または４１の方法。
４４）染色体不安定性腫瘍細胞に対する治療ツールとしてサイトゾルＤＮＡセンシングの下流の標準経路を回復および／または活性化して細胞固有の細胞毒性経路を誘導するために、ＳＴＩＮＧタンパク質を対象に投与するかまたは対象において発現カセットまたは発現ベクターからＳＴＩＮＧタンパク質を発現させることを含む、方法。
４５）染色体不安定性腫瘍細胞に対する治療ツールとしてサイトゾルＤＮＡセンシングの下流の標準経路を回復および／または活性化して細胞固有の細胞毒性経路を誘導するために、１種類以上のＳＴＩＮＧアゴニストを対象に投与することを含む、方法。
４６）腫瘍細胞を免疫療法に対して感作させる、記述４３または４４の方法。
４７）担体と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、３、または５のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するキネシン－１３タンパク質とを含む、組成物。
４８）担体と、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２、４、または６のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含むキネシン－１３核酸とを含む、組成物。
４９）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するＭＣＡＫタンパク質、またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するＭＣＡＫ核酸をさらに含む、記述４６または４７の組成物。
５０）少なくとも１つのＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、またはＭＳＴ１阻害性核酸を含む、記述４６、４７、または４８の組成物。
５１）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、または３６のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有する少なくとも１つの阻害性核酸を含む、記述４６～４８または４９の組成物。
５２）ＳＴＩＮＧ、ｃＧＡＳ、ＮＦ－κＢ転写因子ｐ５２、ＮＦ－κＢ転写因子ＲｅｌＢ、ＥＮＰＰ１、ＬＴβＲ、ＢＡＦＦＲ、ＣＤ４０、ＲＡＮＫ、ＦＮ１４、ＮＩＫ（ＭＡＰ３Ｋ１４）、またはＭＳＴ１タンパク質に親和性を持って結合する少なくとも１つの抗体を含む、記述４６～４９または５０の組成物。
５３）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、または２３のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するタンパク質に親和性を持って結合する少なくとも１つの抗体を含む、記述４６～５０または５１の組成物。
５４）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１、３、５、または７のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性を有するキネシン－１３タンパク質またはＭＣＡＫタンパク質をコードする核酸セグメントに操作可能に連結されたプロモーターを含む、発現ベクター。
５５）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、または３６のうちのいずれかに対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性または相補性を有する阻害性核酸に操作可能に連結されたプロモーターを含む、発現ベクター。
５６）（ａ）培養培地中で試験化合物をがん（または転移性がん）細胞と混合して、試験アッセイ物を生成すること、（ｂ）前記試験化合物が細胞と会合するのにまたは細胞に浸透するのに十分な時間および条件下で、前記試験アッセイ物をインキュベートすること、（ｃ）前記培養培地中、前記細胞中、またはそれらの組み合わせ中のｃＧＡＭＰの量または濃度を測定して、試験アッセイ物ｃＧＡＭＰ値を生成すること、ならびに（ｄ）基準ｃＧＡＭＰ値よりも低い試験アッセイ物ｃＧＡＭＰ値を有する試験化合物を選択し、それによって、有効な試験化合物を生成することを含む、方法。
５７）前記基準ｃＧＡＭＰ値が、試験化合物を含まないアッセイ物混合物の培養培地中、細胞中、またはそれらの組み合わせ中のｃＧＡＭＰの量または濃度である、記述５５の方法。
５８）（ａ）患者から細胞試料または組織試料を得ること、（ｂ）前記試料由来の既知数または既知重量の細胞または組織から産生されたｃＧＡＭＰの量または濃度を測定して、基準ｃＧＡＭＰ値を生成すること、（ｃ）前記試料由来の前記既知数または既知重量の細胞または組織を試験化合物と混合して、試験アッセイ物を生成すること、（ｄ）前記試験アッセイ物中（前記細胞培地中または前記細胞中もしくは前記組織中）のｃＧＡＭＰの量または濃度を測定して、試験アッセイ物ｃＧＡＭＰ値を生成すること、（ｅ）任意に、ステップ（ｃ）および（ｄ）を繰り返すこと、ならびに前記基準ｃＧＡＭＰ値よりも低い試験アッセイ物ｃＧＡＭＰ値を有する試験化合物を選択し、それによって、有効な試験化合物を同定することを含む、方法。
５９）前記転移性がん細胞または転移性組織を前記培養培地中で混合して前記試験アッセイ物を生成する、記述５５、５６、または５７の方法。
６０）ｃＧＡＭＰを測定する前に、前記細胞試料または前記組織試料をアルコール（例えば、メタノール、エタノール、またはイソプロパノール）で抽出して、アルコール抽出物を生成することをさらに含む、記述５５～５７または５８の方法。
６１）半純粋な（ｓｅｍｉ－ｐｕｒｅ）試験試料のｃＧＡＭＰを測定する前に、１つ以上のＨｙｐｅｒＳｅｐアミノプロピル固相カラムを使用する固相抽出（ＳＰＥ）により前記アルコール抽出物を精製して、前記半純粋な試験試料を生成することをさらに含む、記述５９の方法。
６２）前記ｃＧＡＭＰを測定する前に、アセトニトリル、水、またはそれらの組み合わせにｃＧＡＭｐを懸濁することをさらに含む、記述５９または６０の方法。
６３）ｃＧＡＭＰの量または濃度を測定することが、ｃＧＡＭＰのレベルを測定するための液体クロマトグラフィーおよび／または質量分析を含む、記述５５～６０または６１の方法。
６４）例えば、前記有効な試験化合物の毒性および／または有効性をさらに評価するために、前記有効な試験化合物を動物モデルに投与することをさらに含む、記述５５～６１または６２の方法。
６５）前記有効な試験化合物を、患者にまたは得られた前記細胞試料もしくは組織試料が由来する患者に投与することをさらに含む、記述５５～６２または６３の方法。
６６）（ａ）培養培地中で試験化合物をがん（または転移性がん）細胞と混合して、試験アッセイ物を生成すること、（ｂ）前記試験化合物が前記細胞中のｃＧＡＭＰに影響を及ぼすのに十分な時間および条件下で、前記試験アッセイ物をインキュベートすること、（ｃ）前記培養培地中、前記細胞中、またはそれらの組み合わせ中のｃＧＡＭＰの量または濃度を測定して、試験アッセイ物ｃＧＡＭＰ値を生成すること、ならびに（ｄ）基準ｃＧＡＭＰ値よりも低い試験アッセイ物ｃＧＡＭＰ値を有する試験化合物を選択し、それによって、有効な試験化合物を生成することを含む方法によって生成される、有効な試験化合物。
６７）前記転移性がん細胞または転移性組織を前記培養培地中に混合して前記試験アッセイ物を生成する、記述６５の生成された有効な試験化合物。
６８）前記方法が、前記ｃＧＡＭＰを測定する前に、前記細胞をアルコール（例えば、メタノール、エタノール、またはイソプロパノール）で抽出して、アルコール抽出物を生成することをさらに含む、記述６５または６６の生成された有効な試験化合物。
６９）前記方法が、前記細胞試料または組織試料をメタノールで抽出してメタノール抽出物を生成すること、および前記メタノール抽出物中のｃＧＡＭＰを測定することをさらに含む、記述６５、６６、または６７の生成された有効な試験化合物。
７０）前記半純粋な試験試料の前記ｃＧＡＭＰを測定する前に、１つ以上のＨｙｐｅｒＳｅｐアミノプロピル固相カラムを使用する固相抽出（ＳＰＥ）により前記アルコール抽出物または前記メタノール抽出物を精製して、前記半純粋な試験試料を生成することをさらに含む、記述６７または６８の生成された有効な試験化合物。
７１）ｃＧＡＭＰの量または濃度を測定することが、ｃＧＡＭＰのレベルを測定するための液体クロマトグラフィーおよび／または質量分析を含む、記述６５～６８または６９の生成された有効な試験化合物。
７２）例えば、前記有効な試験化合物の毒性および／または有効性をさらに評価するために、前記有効な試験化合物を動物モデルに投与することをさらに含む、記述６５～６９または７０の生成された有効な試験化合物。
７３）前記方法が、前記有効な試験化合物を、患者にまたは得られた前記細胞試料もしくは前記組織試料が由来する患者に投与することをさらに含む、記述６５～７０または７１の生成された有効な試験化合物。
７４）（ａ）２－アミノ－６－メルカプト－７－メチルプリンリボヌクレオシド（ＭＥＳＧ）を含有する試験アッセイ物混合物中で、試験化合物をＫＩＦ２ＢまたはＭＣＡＫと混合すること、（ｂ）前記試験アッセイ物混合物をインキュベートして、インキュベートされた試験アッセイ物を生成すること、（ｃ）無機リン酸の量を測定して、無機リン酸試験結果を提供すること、および（ｄ）前記無機リン酸試験結果を対照または基準と比較することを含む、方法。
７５）前記対照が、ＫＩＦ２ＢまたはＭＣＡＫおよび２－アミノ－６－メルカプト－７－メチルプリンリボヌクレオシド（ＭＥＳＧ）を含有するが前記試験化合物を含有しない対照アッセイ物中に存在する無機リン酸（Ｐｉ）の量である、記述７４の方法。
７６）前記基準が、ＫＩＦ２ＢまたはＭＣＡＫおよび２－アミノ－６－メルカプト－７－メチルプリンリボヌクレオシド（ＭＥＳＧ）を含有するが前記試験化合物を含有しない２つ以上の対照アッセイ物中に存在する無機リン酸（Ｐｉ）の平均量である、記述７４の方法。
７７）前記対照または基準よりも高い無機リン酸試験結果を有する試験化合物を選択することをさらに含む、記述７４、７５、または７６の方法。
７８）前記対照または基準よりも高い無機リン酸試験結果を有する試験化合物を選択すること、および第２のアッセイにおいて前記試験化合物を評価して、試験化合物をＫＩＦ２ＢまたはＭＣＡＫのアクチベーターとして評価判定することをさらに含む、記述７４～７６または７７の方法。
７９）（ａ）試験化合物を、γ－チューブリン標識中心体を有するがん細胞と混合して、試験アッセイ物を生成すること、（ｂ）前記試験化合物が前記がん細胞に浸透してインキュベートされた試験がん細胞を生成するのに十分な時間および条件下で、前記試験アッセイ物をインキュベートすること、（ｃ）平均距離結果をもたらす、一連のインキュベートされた試験がん細胞内のγ－チューブリン標識中心体間の距離を測定すること、ならびに（ｄ）前記平均距離結果を対照または基準と比較することを含む、方法。
８０）前記距離が、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって測定される、記述７９の方法。
８１）前記対照が、前記試験化合物を含有しない対照アッセイ物のがん細胞におけるγ－チューブリン標識中心体間の距離である、記述７９または８０の方法。
８２）前記基準が、前記試験化合物を含有しない対照アッセイ物における一連のγ－チューブリン標識がん細胞内のγ－チューブリン標識中心体間の平均距離である、記述７９または８０の方法。
８３）前記対照または基準よりも小さい平均距離結果を有する試験化合物を選択することをさらに含む、記述７９、８０、または８１の方法。
８４）前記対照または基準よりも小さい平均距離結果を有する試験化合物を選択すること、および第２のアッセイにおいて前記試験化合物を評価して、試験化合物をＭＣＡＫのアクチベーターとして評価判定することをさらに含む、記述７４～７６または７７の方法。
８５）（ａ）ＮＦ－ｋＢ誘導キナーゼを、試験化合物と、ＡＴＰと、および特異的にＡＤＰを認識する抗体に結合した蛍光トレーサー（６３３ｎｍ）を有する前記抗体と混合すること、（ｂ）試験アッセイ物混合物をインキュベートして、インキュベートされた試験アッセイ物を生成すること、（ｃ）前記インキュベートされた試験アッセイ物中の蛍光の量を測定すること、ならびに（ｄ）前記インキュベートされた試験アッセイ物中の蛍光の量を対照または基準と比較することを含む、方法。
８６）前記対照が、前記試験化合物を含有しない対照アッセイ物中の蛍光の量である、記述８５の方法。
８７）前記基準が、前記試験化合物を含有しない一連の対照アッセイ物中の蛍光の平均量である、記述８５の方法。
８８）１つ以上のインキュベートされた試験アッセイ物中の蛍光の量が、前記対照または基準よりも高い試験化合物を選択することをさらに含む、記述８５、８６、または８７の方法。
８９）１つ以上のインキュベートされた試験アッセイ物中の蛍光の量が、前記対照または基準よりも高い試験化合物を選択すること、および第２のアッセイ物中の前記試験化合物を評価して、前記試験化合物をＮＦ－ｋＢ誘導キナーゼの阻害物質として評価判定することをさらに含む、記述８５～８７または８８の方法。
９０）（ａ）がん細胞を試験化合物および抗リンホトキシンβ受容体（ＬＴ－βＲ）抗体と混合すること、（ｂ）前記試験化合物が前記がん細胞に浸透するのに十分な時間および条件下で、前記試験アッセイ物をインキュベートして、インキュベートされた試験がん細胞を生成すること、（ｃ）前記インキュベートされた試験がん細胞の核へのＲＥＬＢ移行の量を測定すること、ならびに（ｄ）前記インキュベートされた試験がん細胞の核へのＲＥＬＢ移行の量を対照または基準と比較することを含む、方法。
９１）前記インキュベートされた試験がん細胞の核へのＲＥＬＢ移行の量を測定することが、細胞質シグナル強度に対する核の比率を得ることをさらに含む、記述９０の方法。
９２）前記対照が、前記試験化合物を含有しない対照アッセイ物中の核へのＲＥＬＢ移行の量である、記述９０または９１の方法。
９３）前記基準が、前記試験化合物を含有しない一連の対照アッセイ物中の核へのＲＥＬＢ移行の平均量である、記述９０または９１の方法。
９４）前記インキュベートされた試験がん細胞の核へのＲＥＬＢ移行の量が、前記対照または基準よりも少ない試験化合物を選択することをさらに含む、記述９０～９２または９３の方法。
９５）前記インキュベートされた試験がん細胞の核へのＲＥＬＢ移行の量が、前記対照または基準よりも少ない試験化合物を選択すること、および第２のアッセイにおいて前記試験化合物を評価して、前記試験化合物をＮＦ－ｋＢ誘導キナーゼの阻害物質として評価判定することをさらに含む、記述８５～８７または８８の方法。
９６）記述７４～９４または９５の方法によって生成された有効な試験化合物。
９７）前記方法が、例えば、前記有効な試験化合物の毒性および／または有効性をさらに評価するために、前記有効な試験化合物を動物モデルに投与することをさらに含む、記述９６の有効な試験化合物。
９８）前記方法が、前記有効な試験化合物を、患者にまたは得られた前記がん細胞が由来する患者に投与することをさらに含む、記述９６または９７の有効な試験化合物。
Description:
2) a. have at least 10%, or at least 11%, or at least 12%, or at least 13%, or at least 14%, or at least 15% detectable chromosomal missegregations in one or more cells of the cell sample;
b. have at least 3%, at least 4%, or at least 5% detectable micronuclei within one or more cells of the cell sample;
c. has detectable cytosolic double-stranded DNA in one or more cells of the cell sample, or d. cGAMP of at least 10% or more, or at least 20% or more, or at least 30% or more, or at least 50% or more, or at least 70% or more, or at least 80% or more, or at least 90% or more, in a cell or fluid sample administering a metastatic chemotherapeutic agent to a patient having said cell or body fluid sample having a concentration or amount of , thereby treating metastatic cancer in said patient.
3) The method of statement 1, comprising administering a metastatic chemotherapeutic agent to a patient having 15-20% chromosomes in late cells of said cell sample exhibiting missegregation.
4) The method of statements 1 or 2, comprising administering a metastatic chemotherapeutic agent to a patient having 5-8% of cells in said cell sample exhibiting micronuclei.
5) The method of statements 1, 2, or 3, comprising administering a metastatic chemotherapeutic agent to a patient with a 1- to 2-fold increase in staining intensity in the cytosol compared to normal non-cancerous tissue.
6) of statements 1, 2, 3, or 4, comprising administering a metastatic chemotherapeutic agent to a patient whose body fluid sample has a concentration or amount of cGAMP that is 1- to 2-fold greater than the non-cancerous body fluid sample; Method.
7) monitoring samples from said patient over time to quantify chromosome missegregation, micronuclei, cytosolic double-stranded DNA, or cGAMP in cells or fluids of said patient; The method of statements 1-4 or 5.
8) the metastatic chemotherapeutic agent is at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95% to any of SEQ ID NO: 1, 3, or 5; , a composition comprising a kinesin-13 protein having at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
9) the metastatic chemotherapeutic agent is at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95% for any of SEQ ID NO: 2, 4, or 6 , a composition comprising a kinesin-13 nucleic acid comprising a sequence having at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
10) the metastatic chemotherapeutic agent is at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96% to an MCAK protein or SEQ ID NO:8 having 98%, at least 99% sequence identity , a composition comprising a MCAK nucleic acid having at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
11) the metastasis chemotherapeutic agent inhibits at least one of STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), or MST1 10. The method of statements 1-8 or 9, wherein the composition is a composition comprising a nucleic acid.
12) the metastasis chemotherapeutic agent is SEQ ID NO: 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35 , or 36 at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% 11. The method of statements 1-9 or 10, wherein the composition comprises at least one inhibitory nucleic acid having a sequence identity of .
13) the metastasis chemotherapeutic agent has affinity for STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), or MST1 protein 12. The method of statements 1-10 or 11, wherein the composition comprises at least one antibody that binds with
14) the metastatic chemotherapeutic agent is at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least An expression vector having a promoter operably linked to a nucleic acid segment encoding a kinesin-13 protein or MCAK protein having 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity 13. The method of statements 1-11 or 12, which is a composition.
15) the metastatic chemotherapeutic agent has the structure
16) The method of statements 1-13 or 14, wherein the concentration or amount of cGAMP in said body fluid sample or in said cell sample is quantified in a method comprising liquid chromatography (LC) with mass spectrometry (MS). .
17) the cGAMP in the bodily fluid sample or in the cell sample is extracted and/or dissolved in alcohol to produce an alcoholic extract, the alcoholic extract may be subjected to chromatography, and 16. The method of statements 1-14 or 15, wherein the effluent from imaging can be suspended in acetonitrile, water, or a combination thereof prior to measuring the concentration or amount of said cGAMP.
18) a method comprising administering to the subject at least one kinesin-13 protein, at least one MACK protein, at least one agonist of kinesin-13, at least one agonist of MACK, or a combination thereof .
19) said at least one kinesin-13 protein or MCAK is at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93% of any of SEQ ID NO: 1, 3, 5, or 7 , having at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
20) at least one agonist of kinesin-13
21) administering STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), MST1, or any combination thereof to said subject 20. The method of statements 17, 18, or 19, further comprising:
22) STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), MST1, or any combination thereof in mammalian cells A method comprising inhibiting
23) A method comprising administering to the subject an expression vector comprising a promoter operably linked to a nucleic acid segment encoding a kinesin-13 protein or a MACK protein.
24) at least one of said Kinesin-13 protein or MACK protein is at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93% of any of SEQ ID NO: 1, 3, 5, or 7 %, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
25) at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96% for any of SEQ ID NO: 9, 11, 13, or 15; of statements 17-23 or 23, comprising administering an expression vector comprising a promoter operably linked to an inhibitory nucleic acid segment having at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity or complementarity Method.
26) administering STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), MST1, or any combination thereof to said subject 25. The method of statements 1-23 or 24, further comprising:
27) administering an agonist of ABCC4, an agonist of ABCG2, or combinations thereof, administering an expression cassette or expression vector comprising a promoter operably linked to a nucleic acid segment encoding ABCC4 or ABCG2, or The method of statements 1-24 or 25, further comprising combinations.
28) The method of statements 1-25 or 26, wherein cells in said patient exhibit chromosomal instability prior to administration.
29) The method of statements 1-26 or 27, wherein said patient is suspected of having cancer.
30) The method of statements 1-27 or 28, wherein said patient is suspected of developing cancer.
31) The method of statements 1-28 or 29, wherein said patient has cancer.
32) The method of statements 1-29 or 30, wherein said patient has metastatic cancer.
33) The method of statements 1-30 or 31, wherein cancer metastasis is inhibited in said subject.
34) The method of statements 1-31 or 32, wherein cancer metastasis is inhibited in a subject as compared to a control subject that did not receive said protein or said expression vector.
35) The method of statements 1-32 or 33, wherein chromosomal instability is inhibited.
36) The following genes in patient-derived test samples: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC , TMEM156, CST4, CD24, or FGF5, and quantifying the expression level of at least one of the following genes in the test sample: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1. , F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156, CST4, CD24, or FGF5.
37) at least one of the following genes in said test sample compared to control expression levels of at least one corresponding gene in a healthy or non-cancerous sample: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, at least one difference in the quantified expression levels of at least one of ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156, CST4, CD24, or FGF5 36. The method of statement 35, further comprising determining .
38) The method of statements 35 or 36, wherein said healthy or non-cancerous sample does not exhibit chromosomal instability.
39) at least one of the following genes in said test sample compared to control expression levels of at least one corresponding gene in a sample (or set of samples) from a patient with metastatic cancer: PELI2, BMP2 , SHH, TNS4, RAB3B, ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156, CST4, CD24, or FGF5 38. The method of statements 35, 36, or 37, further comprising determining at least one difference in expression levels.
40) The following genes in said test sample: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156 , CST4, CD24, or FGF5, or 2 or more, or 3 or more, or 4 or more, or 5 or more, or 6 or more, or 7 or more, or 8 or more, or 9 or more, 10 or 11 or more, or 12 or more, or 13 or more, or 14 or more, or 15 or more, or 16 or more, or 17 or more, or 18 or more, or 19 or more, or 20 39. The method of statements 35-37 or 38, comprising quantifying 1 or more, or 21 or more, or 22 or more expression levels.
41) at least one of the following genes in said test sample compared to control expression levels of at least one corresponding gene in a healthy or non-cancerous sample: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, a difference in the quantified expression levels of at least one of ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156, CST4, CD24, or FGF5, at least The method of statements 35-38 or 39, wherein the increase in expression is 10%, or 20%, or 30%, or 40%, or 50%, or 60%, or 75%, or 100%.
42) compared to the average control expression level of at least one corresponding gene in the sample (or set of samples from one or more patients with metastatic cancer), at least one of the following in said test sample: Genes: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156, CST4, CD24, or FGF5 quantification wherein the difference in expression level of at least one of the expression levels is at least an increase in expression of 10%, or 20%, or 30%, or 40%, or 50%, or 60%, or 75%, or 100% The method according to 35-39 or 40.
43) at least one of the following genes in said test sample compared to control expression levels: PELI2, BMP2, SHH, TNS4, RAB3B, ROBO1, ARHGAP28, CHN2, CST1, F13A1, CPVL, SEMA6D, C9orf152, NHSL2, A difference in the quantified expression levels of at least one of GTF2IP7, DPYSL3, PCDH7, KHDRBS3, TRAC, TMEM156, CST4, CD24, or FGF5 is at least 1.2-fold the increase in expression of their corresponding genes, or at least 42. The method of statements 35-40 or 41, wherein the increase in expression is 1.5-fold, or at least 2-fold, or at least 3-fold, or at least 5-fold, or at least 7-fold, or at least 10-fold.
44) administering or administering STING proteins to a subject to restore and/or activate canonical pathways downstream of cytosolic DNA sensing to induce cell-intrinsic cytotoxic pathways as a therapeutic tool against chromosomally unstable tumor cells; expressing a STING protein from an expression cassette or expression vector in .
45) Administering one or more STING agonists to a subject to restore and/or activate canonical pathways downstream of cytosolic DNA sensing to induce cell-intrinsic cytotoxic pathways as a therapeutic tool against chromosomally unstable tumor cells. A method comprising:
46) The method of statements 43 or 44, wherein the tumor cells are sensitized to immunotherapy.
47) a carrier and at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96% for any of SEQ ID NO: 1, 3, or 5 and a kinesin-13 protein having at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
48) a carrier and at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96% for any of SEQ ID NO: 2, 4, or 6 , a kinesin-13 nucleic acid comprising a sequence having at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
49) at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% of SEQ ID NO:7 a MCAK protein having sequence identity to or at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 48. The composition of statements 46 or 47, further comprising a MCAK nucleic acid having 98%, at least 99% sequence identity.
50) comprising at least one STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), or MST1 inhibitory nucleic acid, statement 46 , 47, or 48.
51) SEQ ID NO: any of 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, or 36 at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity to at least The composition of statements 46-48 or 49 comprising one inhibitory nucleic acid.
52) at least one that binds with affinity to STING, cGAS, NF-κB transcription factor p52, NF-κB transcription factor RelB, ENPP1, LTβR, BAFFR, CD40, RANK, FN14, NIK (MAP3K14), or MST1 protein 51. The composition of statements 46-49 or 50, comprising two antibodies.
53) at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94% for any of SEQ ID NO: 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, or 23; 52. The composition of statements 46-50 or 51, comprising at least one antibody that binds with affinity to a protein having at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity. .
54) at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96% for any of SEQ ID NO: 1, 3, 5, or 7; An expression vector comprising a promoter operably linked to a nucleic acid segment encoding a kinesin-13 protein or MCAK protein having at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity.
55) SEQ ID NO: any of 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, or 36 at least 90%, at least 91%, at least 92%, at least 93%, at least 94%, at least 95%, at least 96%, at least 97%, at least 98%, at least 99% sequence identity or complementarity to An expression vector comprising a promoter operably linked to an inhibitory nucleic acid having a
56) (a) admixing a test compound with cancer (or metastatic cancer) cells in a culture medium to form a test assay; (c) measuring the amount or concentration of cGAMP in the culture medium, the cells, or a combination thereof; generating a test assay cGAMP value; and (d) selecting a test compound having a test assay cGAMP value lower than a reference cGAMP value, thereby generating an effective test compound.
57) The method of statement 55, wherein said baseline cGAMP value is the amount or concentration of cGAMP in culture medium, in cells, or a combination thereof of assay mixtures without test compound.
58) (a) obtaining a cell or tissue sample from a patient; (b) measuring the amount or concentration of cGAMP produced from a known number or known weight of cells or tissue from said sample to obtain a baseline cGAMP value; (c) mixing said known number or known weight of cells or tissue from said sample with a test compound to produce a test assay; (d) in said test assay (in said cell culture medium) (e) optionally repeating steps (c) and (d); A method comprising selecting test compounds that have test assay cGAMP values that are lower than a reference cGAMP value, thereby identifying effective test compounds.
59) The method of statements 55, 56, or 57, wherein said metastatic cancer cells or metastatic tissue are mixed in said culture medium to produce said test assay.
60) Statements 55-57 or 58, further comprising extracting said cell sample or said tissue sample with an alcohol (eg, methanol, ethanol, or isopropanol) to produce an alcoholic extract prior to measuring cGAMP the method of.
61) Purifying said alcoholic extract by solid phase extraction (SPE) using one or more HyperSep aminopropyl solid phase columns prior to measuring cGAMP in a semi-pure test sample, said 60. The method of Statement 59, further comprising producing a semi-pure test sample.
62) The method of statements 59 or 60, further comprising suspending cGAMP in acetonitrile, water, or a combination thereof prior to measuring said cGAMP.
63) The method of statements 55-60 or 61, wherein measuring the amount or concentration of cGAMP comprises liquid chromatography and/or mass spectrometry to measure levels of cGAMP.
64) The method of statements 55-61 or 62, further comprising administering said effective test compound to an animal model, for example to further assess the toxicity and/or efficacy of said effective test compound.
65) The method of statements 55-62 or 63, further comprising administering said effective test compound to the patient or to the patient from which said cell or tissue sample obtained is derived.
66) (a) admixing a test compound with cancer (or metastatic cancer) cells in a culture medium to form a test assay; (c) measuring the amount or concentration of cGAMP in the culture medium, in the cells, or a combination thereof to determine the amount or concentration of cGAMP in the test assay and (d) selecting test compounds that have test assay cGAMP values that are lower than the reference cGAMP value, thereby generating effective test compounds. Effective test compound.
67) The produced effective test compound of statement 65, wherein said metastatic cancer cells or metastatic tissue are admixed in said culture medium to produce said test assay.
68) Producing statements 65 or 66, wherein said method further comprises extracting said cells with an alcohol (e.g., methanol, ethanol, or isopropanol) to produce an alcoholic extract prior to measuring said cGAMP validated test compounds.
69) of statement 65, 66, or 67, wherein said method further comprises extracting said cell or tissue sample with methanol to produce a methanol extract, and measuring cGAMP in said methanol extract; Generated Valid Test Compounds.
70) purifying said alcohol extract or said methanol extract by solid phase extraction (SPE) using one or more HyperSep aminopropyl solid phase columns prior to measuring said cGAMP in said semi-pure test sample; 69. The produced effective test compound of Statement 67 or 68, further comprising producing said semi-pure test sample.
71) The produced effective test compound of statements 65-68 or 69, wherein measuring the amount or concentration of cGAMP comprises liquid chromatography and/or mass spectrometry to measure the level of cGAMP.
72) The generated efficacy of statements 65-69 or 70, further comprising administering said active test compound to an animal model, e.g., to further assess the toxicity and/or efficacy of said active test compound test compound.
73) The generated effective test compound of statements 65-70 or 71, wherein said method further comprises administering said effective test compound to a patient or to a patient from which said cell sample or said tissue sample obtained is derived. test compound.
74) (a) mixing a test compound with KIF2B or MCAK in a test assay mixture containing 2-amino-6-mercapto-7-methylpurine ribonucleoside (MESG); (b) said test assay; incubating the mixture to produce an incubated test assay; (c) measuring the amount of inorganic phosphate to provide an inorganic phosphate test result; and (d) said inorganic phosphate test result. to a control or standard.
75) Inorganic phosphate (Pi) present in control assays where said control contains KIF2B or MCAK and 2-amino-6-mercapto-7-methylpurine ribonucleoside (MESG) but does not contain said test compound 74. The method of statement 74, which is a quantity of .
76) if said criterion is inorganic phosphorus present in two or more control assays containing KIF2B or MCAK and 2-amino-6-mercapto-7-methylpurine ribonucleoside (MESG) but not said test compound; 74. The method of statement 74, which is the average amount of acid (Pi).
77) The method of statements 74, 75, or 76, further comprising selecting test compounds having higher inorganic phosphate test results than said control or reference.
78) selecting a test compound having an inorganic phosphate test result higher than said control or reference and evaluating said test compound in a second assay to assess the test compound as an activator of KIF2B or MCAK; 78. The method of statements 74-76 or 77, further comprising:
79) (a) mixing a test compound with cancer cells having γ-tubulin labeled centrosomes to form a test assay; (b) incubating the cancer cells with the test compound permeating; (c) incubating the test assay for a time and under conditions sufficient to generate an average distance result of the γ- measuring the distance between tubulin-labeled centrosomes; and (d) comparing said average distance result to a control or reference.
80) The method of statement 79, wherein said distance is measured by fluorescence in situ hybridization (FISH).
81) The method of statements 79 or 80, wherein said control is the distance between gamma-tubulin labeled centrosomes in cancer cells in a control assay that does not contain said test compound.
82) The method of statements 79 or 80, wherein said criterion is the average distance between γ-tubulin labeled centrosomes in a series of γ-tubulin labeled cancer cells in a control assay not containing said test compound.
83) The method of statements 79, 80, or 81 further comprising selecting test compounds having mean distance results that are less than said control or reference.
84) further comprising selecting a test compound having an average distance result that is less than said control or reference and evaluating said test compound in a second assay to assess the test compound as an activator of MCAK; , statements 74-76 or 77.
85) (a) mixing a NF-kB-inducing kinase with a test compound, ATP, and said antibody having a fluorescent tracer (633 nm) conjugated to said antibody that specifically recognizes ADP; (b) test assay (c) measuring the amount of fluorescence in said incubated test assay; and (d) in said incubated test assay. comparing the amount of fluorescence of with a control or reference.
86) The method of statement 85, wherein said control is the amount of fluorescence in a control assay that does not contain said test compound.
87) The method of statement 85, wherein said criterion is the average amount of fluorescence in a series of control assays that do not contain said test compound.
88) The method of statements 85, 86, or 87, further comprising selecting a test compound whose amount of fluorescence in one or more incubated test assays is higher than said control or reference.
89) selecting a test compound for which the amount of fluorescence in one or more incubated test assays is higher than said control or reference, and evaluating said test compound in a second assay, said 89. The method of statements 85-87 or 88, further comprising evaluating the test compound as an inhibitor of NF-kB-inducing kinase.
90) (a) admixing cancer cells with a test compound and an anti-lymphotoxin beta receptor (LT-βR) antibody; (b) for a time and under conditions sufficient for said test compound to penetrate said cancer cells; (c) measuring the amount of RELB translocation to the nucleus of the incubated test cancer cells; and (d ) comparing the amount of RELB translocation to the nucleus of said incubated test cancer cells with a control or reference.
91) The method of statement 90, wherein measuring the amount of RELB translocation to the nucleus of said incubated test cancer cells further comprises obtaining a nuclear to cytoplasmic signal intensity ratio.
92) The method of statements 90 or 91, wherein said control is the amount of RELB translocation to the nucleus in a control assay not containing said test compound.
93) The method of Statement 90 or 91, wherein said criterion is the average amount of RELB translocation to the nucleus in a series of control assays not containing said test compound.
94) The method of statements 90-92 or 93, further comprising selecting a test compound that causes less RELB translocation to the nucleus of said incubated test cancer cells than said control or reference.
95) selecting a test compound that causes less amount of RELB translocation to the nucleus of said incubated test cancer cells than said control or reference; 89. The method of statements 85-87 or 88, further comprising evaluating the compound as an inhibitor of NF-kB-induced kinase.
96) A valid test compound produced by the method of Statements 74-94 or 95.
97) The effective test compound of statement 96, wherein said method further comprises administering said effective test compound to an animal model, e.g., to further assess toxicity and/or efficacy of said effective test compound. .
98) The effective test compound of statements 96 or 97, wherein said method further comprises administering said effective test compound to a patient or to a patient from which said cancer cells obtained are derived.
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