JPWO2017065000A1 - Biomarker for predicting effective cases of PD-1 pathway inhibitors - Google Patents
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Abstract
開示されているのは、被験対象から採取された生体試料における、ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを指標とする、該被験対象における卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性を判定する方法、卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用のバイオマーカー、並びに卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用キットである。Disclosed are ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, in biological samples collected from test subjects. , RNF182, SAA2, SLCO4A1, UNC5A, and a method for determining the sensitivity of an ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor in the test subject using the expression level of at least one gene selected from the group consisting of VNN1 as an index A biomarker for determining the sensitivity of ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor, and a kit for determining the sensitivity of ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor.
Description
本発明は、PD-1経路阻害薬に対する薬剤感受性を判定する方法、PD-1経路阻害薬に対する薬剤感受性の判定用のバイオマーカー、及びPD-1経路阻害薬に対する薬剤感受性の判定用キットに関する。 The present invention relates to a method for determining drug sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor, a biomarker for determining drug sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor, and a kit for determining drug sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor.
PD-1 (Programmed Cell Death -1)はT細胞に発現するがん細胞に対する免疫を抑制する免疫抑制性補助シグナルの受容体であり、リガンドとしてはPD-L1及びPD-L2が知られている。近年、このPD-1経路を阻害する抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体などを用いた新しいがん治療が注目されており、更にその治療効果に関わるバイオマーカーの探索が世界中で行われている。 PD-1 (Programmed Cell Death -1) is an immunosuppressive auxiliary signal receptor that suppresses immunity to cancer cells expressed in T cells, and PD-L1 and PD-L2 are known as ligands . In recent years, new cancer treatments using anti-PD-1 antibodies and anti-PD-L1 antibodies that inhibit this PD-1 pathway have attracted attention, and the search for biomarkers related to their therapeutic effects has been conducted around the world. It has been broken.
例えば、特許文献１ではPD-1と特異的に結合するヒトモノクローナル抗体を単離したことが報告されている。PD-1経路阻害薬の中で抗PD-1抗体としては、ニボルマブ(nivolumab)及びペンブロリズマブ(pembrolizumab)が知られている。このような抗PD-1抗体又はリガンドに結合する抗PD-L1抗体を利用することによりPD-1経路を阻害することで、がん細胞に対する免疫応答を増強できると考えられている。 For example, Patent Document 1 reports that a human monoclonal antibody that specifically binds to PD-1 has been isolated. Among the PD-1 pathway inhibitors, nivolumab and pembrolizumab are known as anti-PD-1 antibodies. It is considered that the immune response against cancer cells can be enhanced by inhibiting the PD-1 pathway by using such an anti-PD-1 antibody or an anti-PD-L1 antibody that binds to a ligand.
PD-1経路阻害薬に関するバイオマーカーについては、例えば、非特許文献１〜３で報告されている。 For example, non-patent documents 1 to 3 report biomarkers related to PD-1 pathway inhibitors.
非特許文献１によれば、数多くの臨床試験にて、腫瘍によるPD-L1の発現が、PD-1経路阻害薬の治療効果にある程度相関すると報告されているが、その発現の流動性、採取時期、採取法、解析方法及び評価法の不統一など、まだ問題点が多い。 According to Non-Patent Document 1, it has been reported that the expression of PD-L1 by tumors is correlated to some extent with the therapeutic effect of PD-1 pathway inhibitors in many clinical trials. There are still many problems such as inconsistency of timing, sampling method, analysis method and evaluation method.
非特許文献２には、腫瘍において変異によって生じる新しい抗原(ネオ抗原)は抗腫瘍T細胞のターゲットになり、さらに当該ネオ抗原はインビボで強い免疫反応を引き起こす可能性があることが記載されている。そして、当該ネオ抗原に対する免疫に対する抵抗性を有するようになった腫瘍について抗PD-1抗体処置を行うと、当該腫瘍に対する免疫が回復したことが記載されている。このように、非特許文献２で述べられているのは、ネオ抗原とPD-1阻害との関連性である。 Non-Patent Document 2 describes that a new antigen (neoantigen) generated by mutation in a tumor becomes a target of anti-tumor T cells, and that the neoantigen may cause a strong immune response in vivo. . And it is described that the immunity against the tumor was recovered when the anti-PD-1 antibody treatment was performed on the tumor that became resistant to the immunity against the neoantigen. Thus, what is described in Non-Patent Document 2 is the relationship between neoantigen and PD-1 inhibition.
非特許文献３では、抗PD-1治療が有効な患者において、浸潤した腫瘍でPD-1及びPD-L1を発現する細胞数が多く、T細胞抗原受容体のレパートリーが多いことが報告されている。 Non-Patent Document 3 reports that in patients with effective anti-PD-1 treatment, the number of cells expressing PD-1 and PD-L1 in the infiltrated tumor is large, and the repertoire of T cell antigen receptors is large. Yes.
本発明は、PD-1経路阻害薬に対して感受性を示す卵巣癌において発現が上昇する遺伝子を見出し、当該遺伝子を利用した卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定方法を提供することを目的とする。また、本発明は、当該遺伝子を含む、卵巣癌の薬剤感受性の判定用のバイオマーカー、及び卵巣癌の薬剤感受性の判定用キットを提供することを目的とする。 The present invention finds a gene whose expression is increased in ovarian cancer that is sensitive to a PD-1 pathway inhibitor and provides a method for determining the sensitivity of ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor using the gene With the goal. Another object of the present invention is to provide a biomarker for determining drug sensitivity of ovarian cancer, and a kit for determining drug sensitivity of ovarian cancer, including the gene.
本発明者は、京都大学病院産科婦人科において再発卵巣癌患者20人を対象に、抗PD-1抗体薬を用いた第II相医師主導治験を行い、15%の患者に腫瘍縮小を認め、45%の患者に治療効果(不変含む)を認めた。そこで、これらの患者から手術検体(腫瘍組織)を入手し、腫瘍のRNAを抽出後に網羅的遺伝子発現解析を行った結果、抗PD-1抗体薬による完全奏功の治療効果を認めた患者で発現が上昇(あるいは下降)する遺伝子、及び遺伝子群を統計学的に抽出した。そして、これらの遺伝子中から、PD-1経路阻害薬に対する感受性の判定のためのバイオマーカーとして有効に機能し得る候補遺伝子を同定した。 The present inventor conducted a phase II-initiated clinical trial using anti-PD-1 antibody drugs for 20 patients with recurrent ovarian cancer in the Department of Obstetrics and Gynecology, Kyoto University Hospital, and 15% of patients recognized tumor shrinkage, 45% of patients had a therapeutic effect (including no change). Therefore, surgical specimens (tumor tissues) were obtained from these patients, and gene expression analysis was conducted after extracting RNA from tumors. As a result, it was expressed in patients who were confirmed to be completely successful with anti-PD-1 antibody drugs. Statistically extracted genes and gene groups that increased (or decreased). From these genes, candidate genes that could function effectively as biomarkers for determining sensitivity to PD-1 pathway inhibitors were identified.
本発明は、これら知見に基づき、更に検討を重ねて完成されたものであり、次の卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定方法、卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用のバイオマーカー、及び卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用キットを提供するものである。 The present invention has been completed on the basis of these findings and has been completed. The method for determining the sensitivity of the following ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor, the sensitivity determination of an ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor And a kit for determining sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor of ovarian cancer.
(I) 卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定方法
(I-1) 被験対象から採取された生体試料における、ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを指標とする、
該被験対象における卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性を判定する方法。
(I-2) DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、MMP24、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを指標とする、(I-1)に記載の方法。
(I-3) EEF1A2、HNF1B、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを指標とする、(I-1)又は(I-2)に記載の方法。
(I-4) 前記遺伝子の発現レベルの検出を、
前記遺伝子のmRNA、又は
前記遺伝子にコードされるタンパク質
を検出することにより行う、(I-1)〜(I-3)のいずれか一項に記載の方法。
(I-5) 前記PD-1経路阻害薬が、抗PD-1抗体である、(I-1)〜(I-4)のいずれか一項に記載の方法。
(I-6) 前記発現レベルが上昇していた場合に、卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定する、(I-1)〜(I-5)のいずれか一項に記載の方法。
(I-7) (I-1)〜(I-6)のいずれか一項に記載の方法により卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定された被験対象に対して、PD-1経路阻害薬の有効量を投与する工程を含む、卵巣癌の治療方法。 (I) Method for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors
(I-1) ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHODR, in biological samples collected from test subjects , Using as an index the expression level of at least one gene selected from the group consisting of SAA2, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1,
A method for determining the sensitivity of an ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor in the test subject.
(I-2) The expression level of at least one gene selected from the group consisting of DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, MMP24, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1 is used as an index. The method according to (I-1).
(I-3) The method according to (I-1) or (I-2), wherein the expression level of at least one gene selected from the group consisting of EEF1A2, HNF1B, and VNN1 is used as an index.
(I-4) detecting the expression level of the gene,
The method according to any one of (I-1) to (I-3), which is performed by detecting mRNA of the gene or a protein encoded by the gene.
(I-5) The method according to any one of (I-1) to (I-4), wherein the PD-1 pathway inhibitor is an anti-PD-1 antibody.
(I-6) When the expression level is increased, it is determined that ovarian cancer is sensitive to a PD-1 pathway inhibitor, (I-1) to (I-5) The method described.
(I-7) A test subject whose ovarian cancer has been determined to be sensitive to a PD-1 pathway inhibitor by the method according to any one of (I-1) to (I-6), PD A method for treating ovarian cancer comprising administering an effective amount of a -1 pathway inhibitor.
(II) 卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用のバイオマーカー
(II-1) ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子を含む、
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用のバイオマーカー。
(II-2) DNAH5、 DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、MMP24、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子を含む、(II-1)に記載のバイオマーカー。
(II-3) EEF1A2、HNF1B、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子を含む、(II-1)又は(II-2)に記載のバイオマーカー。
(II-4) 前記PD-1経路阻害薬が、抗PD-1抗体である、(II-1)〜(II-3)のいずれか一項に記載のバイオマーカー。 (II) Biomarkers for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors
(II-1) ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, VLC1 Comprising at least one gene selected from the group consisting of:
A biomarker for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors.
(II-2) comprises at least one gene selected from the group consisting of DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, MMP24, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1, (II-1 ).
(II-3) The biomarker according to (II-1) or (II-2), comprising at least one gene selected from the group consisting of EEF1A2, HNF1B, and VNN1.
(II-4) The biomarker according to any one of (II-1) to (II-3), wherein the PD-1 pathway inhibitor is an anti-PD-1 antibody.
(III) 卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用キット
(III-1) ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子に結合する核酸、又は該遺伝子にコードされるタンパク質に結合する抗体若しくは抗体断片を含む、
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用キット。
(III-2) DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、MMP24、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子に結合する核酸、又は該遺伝子にコードされるタンパク質に結合する抗体若しくは抗体断片を含む、(III-1)に記載のキット。
(III-3) EEF1A2、HNF1B、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子に結合する核酸、又は該遺伝子にコードされるタンパク質に結合する抗体若しくは抗体断片を含む、(III-1)又は(III-2)に記載のキット。
(III-4) 前記PD-1経路阻害薬が、抗PD-1抗体である、(III-1)〜(III-3)のいずれか一項に記載のキット。 (III) Kit for determining sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors
(III-1) ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, VLC1, AVA2, SLC4A A nucleic acid that binds to at least one gene selected from the group, or an antibody or antibody fragment that binds to a protein encoded by the gene,
A kit for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors.
(III-2) a nucleic acid that binds to at least one gene selected from the group consisting of DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, MMP24, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1, or The kit according to (III-1), comprising an antibody or antibody fragment that binds to a protein encoded by a gene.
(III-3) a nucleic acid that binds to at least one gene selected from the group consisting of EEF1A2, HNF1B, and VNN1, or an antibody or antibody fragment that binds to a protein encoded by the gene (III-1) ) Or (III-2).
(III-4) The kit according to any one of (III-1) to (III-3), wherein the PD-1 pathway inhibitor is an anti-PD-1 antibody.
本発明により、卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性に関するバイオマーカーとなる遺伝子を見出すことができ、当該遺伝子の発現レベルを指標にすることで、PD-1経路阻害薬に対する感受性を示す卵巣癌であるか否かを判定することができる。 According to the present invention, a gene serving as a biomarker relating to the sensitivity of ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor can be found, and by using the expression level of the gene as an index, an ovary exhibiting sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor Whether or not it is cancer can be determined.
本発明により、当該医薬に対して有効な患者を効率的に選別することが可能となる。 According to the present invention, it is possible to efficiently select patients effective for the medicine.
以下、本発明について詳細に説明する。 Hereinafter, the present invention will be described in detail.
なお、本明細書において「含む(comprise)」とは、「本質的にからなる(essentially consist of)」という意味と、「からなる(consist of)」という意味をも包含する。 In the present specification, “comprise” includes the meaning of “essentially consist of” and the meaning of “consist of”.
本発明において「遺伝子」とは、特に言及しない限り、2本鎖DNA、1本鎖DNA(センス鎖又はアンチセンス鎖)、及びそれらの断片が含まれる。また、本発明において「遺伝子」とは、特に言及しない限り、調節領域、コード領域、エクソン、及びイントロンを区別することなく示すものとする。 In the present invention, “gene” includes double-stranded DNA, single-stranded DNA (sense strand or antisense strand), and fragments thereof, unless otherwise specified. In the present invention, “gene” refers to a regulatory region, a coding region, an exon, and an intron without distinction unless otherwise specified.
また、本発明において、「核酸」、「ヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」は同義であって、これらはDNA及びRNAの両方を含み、2本鎖であっても1本鎖であってもよい。 In the present invention, “nucleic acid”, “nucleotide” and “polynucleotide” are synonymous and include both DNA and RNA, and may be double-stranded or single-stranded.
以下、本発明で使用する各遺伝子について説明する。なお、以下に示すRefSeq ID及びUniGene IDはNCBIのweb siteに登録されているものである。また、以下のRefSeq IDで示されるタンパク質は、シグナル配列を含むものも存在するが、その場合は、成熟タンパク質の意味も包含しているものとする。 Hereinafter, each gene used in the present invention will be described. The following RefSeq ID and UniGene ID are registered on the NCBI website. In addition, some proteins represented by the following RefSeq ID include a signal sequence, and in that case, the meaning of a mature protein is also included.
ATP7B (ATPase, Cu2+ transporting, beta polypeptide)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_000053 (配列番号１)、NM_001005918、NM_0012431821として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_000044 (配列番号２)、NP_001005918、NP_001230111として登録されている。また、ATP7Bは、UniGene ID: Hs.492280として登録されている。The nucleotide sequence of the ATP7B (ATPase, Cu 2+ transporting, beta polypeptide) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_000053 (SEQ ID NO: 1), NM_001005918, NM_0012431821, and the amino acid sequence is also referred to as RefSeq Accession No. NP_000044 (SEQ ID NO: 2) NP_001005918 and NP_001230111 are registered. ATP7B is registered as UniGene ID: Hs.492280.
BAIAP2L2 (BAI1-associated protein 2-like 2)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_025045 (配列番号３)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_079321 (配列番号４)として登録されている。また、BAIAP2L2は、UniGene ID: Hs.474822として登録されている。 The base sequence of BAIAP2L2 (BAI1-associated protein 2-like 2) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_025045 (SEQ ID NO: 3), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_079321 (SEQ ID NO: 4). ing. BIAAP2L2 is registered as UniGene ID: Hs.474822.
DNAH5 (Dynein, axonemal, heavy chain 5)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_001369 (配列番号５)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_001360 (配列番号６)として登録されている。また、DNAH5は、UniGene ID: Hs.212360として登録されている。 The nucleotide sequence of the DNAH5 (Dynein, axonemal, heavy chain 5) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_001369 (SEQ ID NO: 5), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_001360 (SEQ ID NO: 6). Yes. DNAH5 is registered as UniGene ID: Hs.212360.
DUX2 (Double homeobox 2)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_012147 (配列番号７)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_036279 (配列番号８)として登録されている。また、DUX2は、UniGene ID: Hs.729867として登録されている。 The base sequence of the DUX2 (Double homeobox 2) gene is registered as RefSeq Accession No. NM — 012147 (SEQ ID NO: 7), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP — 036279 (SEQ ID NO: 8). DUX2 is registered as UniGene ID: Hs.729867.
DUX4 (Double homeobox 4)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_033178 (配列番号９)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_149418 (配列番号１０)として登録されている。また、DUX4は、UniGene ID: Hs.553518として登録されている。 The base sequence of the DUX4 (Double homeobox 4) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_033178 (SEQ ID NO: 9), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_149418 (SEQ ID NO: 10). DUX4 is registered as UniGene ID: Hs.553518.
DUX4L2 (Double homeobox 4 like 2)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_001127386 (配列番号１１)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_001120858 (配列番号１２)として登録されている。また、DUX4L2は、UniGene ID: Hs.714689として登録されている。 The base sequence of the DUX4L2 (Double homeobox 4 like 2) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_001127386 (SEQ ID NO: 11), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_001120858 (SEQ ID NO: 12). DUX4L2 is registered as UniGene ID: Hs.714689.
DUX4L4 (Double homeobox 4 like 4)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_001177376 (配列番号１３)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_001170847 (配列番号１４)として登録されている。また、DUX4L4は、UniGene ID: Hs.725918として登録されている。 The base sequence of the DUX4L4 (Double homeobox 4 like 4) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_001177376 (SEQ ID NO: 13), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_001170847 (SEQ ID NO: 14). DUX4L4 is registered as UniGene ID: Hs.725918.
EEF1A2 (Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 2)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_001958 (配列番号１５)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_001949 (配列番号１６)として登録されている。また、EEF1A2は、UniGene ID: Hs.433839として登録されている。 The base sequence of the EEF1A2 (Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 2) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_001958 (SEQ ID NO: 15), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_001949 (SEQ ID NO: 16). Yes. EEF1A2 is registered as UniGene ID: Hs.433839.
EPHA7 (EPH receptor A7)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_004440 (配列番号１７)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_004431 (配列番号１８)として登録されている。また、EPHA7は、UniGene ID: Hs.73962として登録されている。 The nucleotide sequence of the EPHA7 (EPH receptor A7) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_004440 (SEQ ID NO: 17), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_004431 (SEQ ID NO: 18). EPHA7 is registered as UniGene ID: Hs.73962.
HNF1B (HNF1 homeobox B)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_000458 (配列番号１９)、NM_001165923として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_000449 (配列番号２０)、NP_001159395として登録されている。また、HNF1Bは、UniGene ID: Hs.191144として登録されている。 The nucleotide sequence of HNF1B (HNF1 homeobox B) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_000458 (SEQ ID NO: 19) and NM_001165923, and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_000449 (SEQ ID NO: 20) and NP_001159395. Yes. HNF1B is registered as UniGene ID: Hs.191144.
IL12RB2 (Interleukin 12 receptor, beta 2)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_001559 (配列番号２１)、NM_001258214、NM_001258215、NM_001258216として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_001550 (配列番号２２)、NP_001245143、NP_001245144、NP_001245145として登録されている。また、IL12RB2は、UniGene ID: Hs.479347として登録されている。 The nucleotide sequence of IL12RB2 (Interleukin 12 receptor, beta 2) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_001559 (SEQ ID NO: 21), NM_001258214, NM_001258215, NM_001258216, and the amino acid sequence is also RefSeq Accession No. NP_001550 (SEQ ID NO: 22). ), NP_001245143, NP_001245144, and NP_001245145. IL12RB2 is registered as UniGene ID: Hs.479347.
GRAMD3 (GRAM domain containing 3)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_001146319 (配列番号２３)、NM_001143620、NM_001146321、NM_001146322、NM_023927として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_001139791 (配列番号２４)、NP_001139792、NP_001139793、NP_001139794、NP_0076416として登録されている。また、GRAMD3は、UniGene ID: Hs.363558として登録されている。 The base sequence of GRAMD3 (GRAM domain containing 3) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_001146319 (SEQ ID NO: 23), NM_001143620, NM_001146321, NM_001146322, NM_023927, and the amino acid sequence is also RefSeq Accession No. NP_001139791 (SEQ ID NO: 24). ), NP_001139792, NP_001139793, NP_001139794, and NP_0076416. GRAMD3 is registered as UniGene ID: Hs.363558.
LOC100422737遺伝子の塩基配列(long non-coding RNA)は、RefSeq Accession No.NR_033557 (配列番号２５)として登録されている。また、LOC100422737は、UniGene ID: Hs.634681として登録されている。 The base sequence (long non-coding RNA) of the LOC100422737 gene is registered as RefSeq Accession No. NR — 033557 (SEQ ID NO: 25). LOC100422737 is registered as UniGene ID: Hs.634681.
MMP24 (Matrix metallopeptidase 24 (membrane-inserted))遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_006690 (配列番号２６)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_006681 (配列番号２７)として登録されている。また、MMP24は、UniGene ID: Hs.715494として登録されている。 The base sequence of MMP24 (Matrix metallopeptidase 24 (membrane-inserted)) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_006690 (SEQ ID NO: 26), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_006681 (SEQ ID NO: 27). ing. MMP24 is registered as UniGene ID: Hs.715494.
NHSL1 (NHS-like 1)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_020464 (配列番号２８)、NM_001144060として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_065197 (配列番号２９)、NP_001137532として登録されている。また、NHSL1は、UniGene ID: Hs.652741として登録されている。 The nucleotide sequence of NHSL1 (NHS-like 1) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_020464 (SEQ ID NO: 28) and NM_001144060, and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_065197 (SEQ ID NO: 29) and NP_001137532. ing. NHSL1 is registered as UniGene ID: Hs.652741.
PTHLH (Parathyroid hormone-like hormone)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No. NM_198965 (配列番号３０)、NM_002820、NM_198964、NM_198966として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No. NP_945316 (配列番号３１)、NP_002811、NP_945315、NP_945317として登録されている。また、PTHLHは、UniGene ID: Hs.591159として登録されている。 The base sequence of PTHLH (Parathyroid hormone-like hormone) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_198965 (SEQ ID NO: 30), NM_002820, NM_198964, NM_198966, and the amino acid sequence is also referred to as RefSeq Accession No. NP_945316 (SEQ ID NO: 31). , NP_002811, NP_945315, and NP_945317. PTHLH is registered as UniGene ID: Hs.591159.
RHOD (Ras homolog family member D)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_014578 (配列番号３２)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_055393 (配列番号３３)として登録されている。また、RHODは、UniGene ID: Hs.15114として登録されている。 The base sequence of the RHOD (Ras homolog family member D) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_014578 (SEQ ID NO: 32), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_055393 (SEQ ID NO: 33). RHOD is registered as UniGene ID: Hs.15114.
RNF182 (Ring finger protein 182)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_152737 (配列番号３４)、NM_001165034、NM_001165033、NM_001165032として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_689950 (配列番号３５)、NP_001158506、NP_001158505、NP_001158504として登録されている。また、RNF182は、UniGene ID: Hs.111164として登録されている。 The base sequence of RNF182 (Ring finger protein 182) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_152737 (SEQ ID NO: 34), NM_001165034, NM_001165033, NM_001165032, and the amino acid sequence is also RefSeq Accession No. NP_689950 (SEQ ID NO: 35), They are registered as NP_001158506, NP_001158505, and NP_001158504. The RNF 182 is registered as UniGene ID: Hs.111164.
SAA2 (Serm amyloid A2)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_030754 (配列番号３６)、NM_001127380として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_110381 (配列番号３７)、NP_001120852として登録されている。また、SAA2は、UniGene ID: Hs.731376として登録されている。 The nucleotide sequence of the SAA2 (Serm amyloid A2) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_030754 (SEQ ID NO: 36) and NM_001127380, and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_110381 (SEQ ID NO: 37) and NP_001120852. Yes. SAA2 is registered as UniGene ID: Hs.731376.
SLCO4A1 (Solute carrier organic anion transporter family, member 4A1)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_016354 (配列番号３８)として登録されており、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_057438 (配列番号３９)として登録されている。また、SLCO4A1は、UniGene ID: Hs.235782として登録されている。 The nucleotide sequence of the SLCO4A1 (Solute carrier organic anion transporter family, member 4A1) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_016354 (SEQ ID NO: 38), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_057438 (SEQ ID NO: 39) Has been. SLCO4A1 is registered as UniGene ID: Hs.235782.
UNC5A (Unc-5 netrin receptor A)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_133369 (配列番号４０)として登録されており、また、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_588610 (配列番号４１)として登録されている。また、UNC5Aは、UniGene ID: Hs.33191として登録されている。 The nucleotide sequence of UNC5A (Unc-5 netrin receptor A) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_133369 (SEQ ID NO: 40), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_588610 (SEQ ID NO: 41). ing. UNC5A is registered as UniGene ID: Hs.33191.
VNN1 (Vanin 1)遺伝子の塩基配列は、RefSeq Accession No.NM_004666 (配列番号４２)として登録されており、また、アミノ酸配列についてもRefSeq Accession No.NP_004657 (配列番号４３)として登録されている。また、VNN1は、UniGene ID: Hs.12114として登録されている。 The base sequence of the VNN1 (Vanin 1) gene is registered as RefSeq Accession No. NM_004666 (SEQ ID NO: 42), and the amino acid sequence is also registered as RefSeq Accession No. NP_004657 (SEQ ID NO: 43). VNN1 is registered as UniGene ID: Hs.12114.
本発明においては、上記遺伝子には、前述するようなデータベースに登録されている塩基配列を有するもの以外であっても、その縮重物及び変異体も含まれ、縮重物及び変異体としては上記アミノ酸配列からなるタンパク質と同等の生物学的活性を有するタンパク質をコードするものが望ましい。同等の生物学的活性を有するタンパク質としては、例えば、他の生物由来のタンパク質が挙げられる。 In the present invention, the above genes include degenerate products and mutants other than those having the nucleotide sequences registered in the database as described above. What encodes a protein having a biological activity equivalent to that of the protein comprising the above amino acid sequence is desirable. Examples of proteins having equivalent biological activity include proteins derived from other organisms.
変異体としては、例えば、(a)前述するようなデータベースに登録されているアミノ酸配列において、１又は2個以上、例えば１〜50個、1〜25個、1〜12個、1〜9個、1〜5個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする遺伝子、(b)前述するようなデータベースに登録されている塩基配列と70%以上、80%以上、90%以上、95%以上の同一性を有する塩基配列からなる遺伝子などが挙げられる。 As a variant, for example, (a) 1 or 2 or more, for example, 1-50, 1-25, 1-12, 1-9 in the amino acid sequence registered in the database as described above , A gene encoding a protein consisting of an amino acid sequence in which 1 to 5 amino acids are substituted, deleted or added, (b) 70% or more, 80% or more of the nucleotide sequence registered in the database as described above, Examples thereof include genes comprising nucleotide sequences having 90% or more and 95% or more identity.
塩基配列の同一性は、市販の又は電気通信回線(インターネット)を通じて利用可能な解析ツールを用いて算出することができる。塩基配列の同一性(%)は、当該分野で慣用のプログラム(例えば、BLAST、FASTA等)を初期設定で用いて決定することができる。 The identity of the base sequence can be calculated using an analysis tool that is commercially available or available through a telecommunication line (Internet). The base sequence identity (%) can be determined using a program commonly used in the art (for example, BLAST, FASTA, etc.) by default.
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定方法
本発明の被験対象における卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性を判定する方法は、該被験対象から採取された生体試料における、ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子の発現レベルを指標とすることを特徴とする。 Method for Determining Sensitivity to PD-1 Pathway Inhibitor of Ovarian Cancer A method for determining the sensitivity of PD-1 pathway inhibitor to ovarian cancer in a test subject of the present invention is ATP7B in a biological sample collected from the subject. BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, SLCO4A1, UNC5A, and NN5 It is characterized by using the expression level of one kind of gene as an index.
上記遺伝子としては、好ましくはDNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、MMP24、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子であり、より好ましくはEEF1A2、HNF1B、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子である。 The gene is preferably at least one gene selected from the group consisting of DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, MMP24, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1, and more preferably Is at least one gene selected from the group consisting of EEF1A2, HNF1B, and VNN1.
なお、本発明の方法において、上記の遺伝子に加えて上記以外の遺伝子の発現レベルを利用することを排除するものではなく、上記以外の遺伝子の発現レベルをPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定に利用することができる。 The method of the present invention does not exclude the use of the expression level of genes other than the above in addition to the above genes, and determines the sensitivity of the expression levels of genes other than the above to PD-1 pathway inhibitors. Can be used.
本発明における被験対象は、卵巣癌に罹患している哺乳動物(ヒト、マウス、ラット、サル、イヌ、ネコ、ウサギ、ブタ、ウマ、ウシ等)であり、好ましくはヒト、特にヒトの女性である。生体試料は、被験対象から単離された細胞、組織(バイオプシー試料、手術により摘出された検体、組織標本など)、体液(血液、血漿、血清、リンパ液、唾液、尿、髄液など)、便等であり、好ましくは腫瘍の細胞又は組織、特に卵巣癌の細胞又は組織である。 The test subject in the present invention is a mammal (human, mouse, rat, monkey, dog, cat, rabbit, pig, horse, cow, etc.) suffering from ovarian cancer, preferably a human, particularly a human female. is there. Biological samples include cells, tissues (biopsy samples, specimens removed by surgery, tissue specimens, etc.), body fluids (blood, plasma, serum, lymph, saliva, urine, spinal fluid, etc.), feces, etc. Preferred are tumor cells or tissues, particularly ovarian cancer cells or tissues.
本発明において、卵巣癌の種類は特に限定されず、粘液性腺癌、明細胞腺癌、類内膜腺癌、漿液性腺癌等のいずれの組織型であっても適用することができる。 In the present invention, the type of ovarian cancer is not particularly limited, and can be applied to any tissue type such as mucinous adenocarcinoma, clear cell adenocarcinoma, endometrioid adenocarcinoma, serous adenocarcinoma and the like.
PD-1経路阻害薬としては、PD-1経路を阻害することが可能な薬剤であれば特に制限なく使用することができる。本発明におけるPD-1経路阻害薬としては、特にヒトに対して使用されるものが望ましい。PD-1経路阻害薬は、PD-1経路を阻害することで、がん細胞に対する免疫抑制を阻害することができ、がん細胞に対する免疫応答を増強できると考えられる。 Any PD-1 pathway inhibitor can be used without particular limitation as long as it is a drug capable of inhibiting the PD-1 pathway. As the PD-1 pathway inhibitor in the present invention, those used particularly for humans are desirable. PD-1 pathway inhibitors can inhibit immune suppression against cancer cells by inhibiting the PD-1 pathway, and are thought to be able to enhance immune responses against cancer cells.
PD-1経路阻害薬としては、PD-L1及び／又はPD-L2のPD-1に対する結合を阻害する薬剤を挙げることができる。そのような薬剤としては、例えば、PD-L1、PD-L2又はPD-1に結合する化合物(例えば、抗体)を挙げることができる。本発明におけるPD-1経路阻害薬としては、好ましくは抗PD-1抗体である。そのような抗PD-1抗体としては、ニボルマブ及びペンブロリズマブが知られている。抗体はモノクローナル抗体及びポリクローナル抗体のいずれでもよく、またヒト化されたキメラ抗体であってもよい。抗体のアイソタイプは、IgG (IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgA、IgDなどが存在するが、制限無くいずれのものであってもよい。抗体はまた抗体断片であってもよく、そのような抗体断片としてはFab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv等が挙げられる。Examples of PD-1 pathway inhibitors include drugs that inhibit the binding of PD-L1 and / or PD-L2 to PD-1. Examples of such agents include compounds (eg, antibodies) that bind to PD-L1, PD-L2, or PD-1. The PD-1 pathway inhibitor in the present invention is preferably an anti-PD-1 antibody. Nivolumab and pembrolizumab are known as such anti-PD-1 antibodies. The antibody may be a monoclonal antibody or a polyclonal antibody, or may be a humanized chimeric antibody. Antibody isotypes include IgG (IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgM, IgA, IgD, etc., but any may be used without limitation. The antibody may also be an antibody fragment, and examples of such an antibody fragment include Fab, Fab ′, F (ab ′) 2 , Fv, scFv and the like.
遺伝子の発現レベルを検出する方法としては、上記遺伝子のmRNA、又は当該遺伝子にコードされるタンパク質を検出することにより行うことが挙げられる。生体試料中からのmRNA又はタンパク質の抽出は常法に従い行うことができる。 Examples of the method for detecting the expression level of a gene include detecting mRNA of the gene or a protein encoded by the gene. Extraction of mRNA or protein from a biological sample can be performed according to a conventional method.
mRNAを検出する方法としては、mRNAを定量できる方法であれば特に限定されず使用することができる。当該検出方法としては、例えば、DNAチップ(又はマイクロアレイ)法、realtime PCR法、ノーザンブロット法等が挙げられる。ここでのmRNAを検出する方法は、mRNAに対応するcDNAを検出することも含む。 As a method for detecting mRNA, any method that can quantify mRNA can be used without any particular limitation. Examples of the detection method include a DNA chip (or microarray) method, a realtime PCR method, a northern blot method, and the like. The method for detecting mRNA here also includes detecting cDNA corresponding to mRNA.
タンパク質を検出する方法としては、タンパク質を定量できる方法であれば特に限定されず使用することができる。当該検出方法としては、例えば、免疫組織染色、免疫細胞染色、フローサイトメトリー、プロテインチップ、ELISA法、ウェスタンブロッティング法による解析法等が挙げられる。 The method for detecting the protein is not particularly limited as long as it is a method capable of quantifying the protein. Examples of the detection method include immunohistochemical staining, immune cell staining, flow cytometry, protein chip, ELISA method, Western blotting analysis method, and the like.
本発明の方法では、上記遺伝子の発現レベルを指標として、被験対象の卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有するか否かを判定する。この場合、例えば、上記遺伝子の発現レベルが、予め設定されたカットオフ値より高い場合、被験対象の卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定する。上記のカットオフ値は、当業者が適宜設定することができるものであり、例えば、PD-1経路阻害薬に対する感受性を有しない卵巣癌細胞又は組織の上記遺伝子の発現レベルの平均値又は中央値と比較して有意に高い値とすることができる。また、上記のカットオフ値は過去に得られたデータから標準化されたものを使用することができる。 In the method of the present invention, it is determined whether the ovarian cancer to be tested has sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor using the expression level of the gene as an index. In this case, for example, when the expression level of the gene is higher than a preset cutoff value, it is determined that the ovarian cancer to be tested has sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor. The cut-off value can be appropriately set by those skilled in the art. For example, the average or median expression level of the gene in ovarian cancer cells or tissues that are not sensitive to PD-1 pathway inhibitors. The value can be significantly higher than that. Further, the cut-off value can be a standardized value from data obtained in the past.
また、本発明において、上記遺伝子の発現レベルが、卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有しない被験対象における生体試料の発現レベルと比較して、好ましくは10%以上、より好ましくは50%以上、更に好ましくは100%以上、特に好ましくは200%以上上昇していた場合に、被験対象の卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定を行うことができる。 In the present invention, the expression level of the gene is preferably 10% or more, more preferably 50%, compared to the expression level of a biological sample in a test subject in which ovarian cancer is not sensitive to a PD-1 pathway inhibitor. %, More preferably 100% or more, particularly preferably 200% or more, it can be determined that the subject ovarian cancer is sensitive to PD-1 pathway inhibitors.
なお、上記遺伝子の内の1種の遺伝子において前述するような発現レベルの上昇が見られた場合に、被験対象の卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有するとの判定を行ってもよいが、2種以上の遺伝子において前述するような発現レベルが上昇していることが望ましい。 In addition, even if it is determined that the ovarian cancer to be tested is sensitive to a PD-1 pathway inhibitor when an increase in the expression level as described above is observed in one of the above genes, However, it is desirable that the expression level as described above is increased in two or more genes.
また、本発明において、上記遺伝子の複数種のセットの発現プロファイルが、卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有する際の特徴を含んでいる場合にも、被験対象の卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定することができる。 In the present invention, the ovarian cancer to be tested is also a PD- when the expression profile of a plurality of sets of genes includes characteristics when the ovarian cancer has sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor. It can be determined to have sensitivity to a single pathway inhibitor.
この場合、例えば、遺伝子セットの発現レベルをスコア化し、当該スコアが予め設定されたカットオフ値より高い場合、被験対象の卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定する。このように、遺伝子セットの発現レベルをスコア化する手法は周知であり、例えば、ssGSEA (single sample gene set enrichment analysis)法が知られている。上記のカットオフ値は、当業者が適宜設定することができるものであり、例えば、PD-1経路阻害薬に対する感受性を有しない卵巣癌細胞又は組織の発現レベルから得られるスコアの平均値又は中央値と比較して有意に高い値とすることができる。また、上記のカットオフ値は過去に得られたデータから標準化されたものを使用することができる。 In this case, for example, when the expression level of the gene set is scored and the score is higher than a preset cutoff value, it is determined that the ovarian cancer to be tested is sensitive to the PD-1 pathway inhibitor. As described above, a technique for scoring the expression level of a gene set is well known. For example, an ssGSEA (single sample gene set enrichment analysis) method is known. The above cut-off value can be appropriately set by those skilled in the art. For example, the average value or the center of the score obtained from the expression level of ovarian cancer cells or tissues that are not sensitive to PD-1 pathway inhibitors. The value can be significantly higher than the value. Further, the cut-off value can be a standardized value from data obtained in the past.
本発明において、卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定された場合、卵巣癌がPD-1経路阻害薬による治療効果が高いと予測される。すなわち、本発明の感受性の判定方法は、治療効果を予測する方法との意味をも包含するものである。本発明において感受性が高いと判定された場合に予想される治療効果は、完全奏功(CR)、部分奏功(PR)及び不変(SD)のいずれであってもよいが、好ましくは完全奏功(CR)である。 In the present invention, when it is determined that ovarian cancer has sensitivity to a PD-1 pathway inhibitor, it is predicted that ovarian cancer has a high therapeutic effect by the PD-1 pathway inhibitor. That is, the method for determining sensitivity according to the present invention includes the meaning of a method for predicting a therapeutic effect. In the present invention, the therapeutic effect expected when it is determined that sensitivity is high may be any of complete response (CR), partial response (PR) and unchanged (SD), but preferably complete response (CR) ).
本発明において、卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有すると判定された場合は、卵巣癌に対する治療効果が高いと考えられるため、被験対象に対してPD-1経路阻害薬を投与することにより卵巣癌の治療が行われることが望ましい。 In the present invention, when it is determined that ovarian cancer is sensitive to a PD-1 pathway inhibitor, a therapeutic effect on ovarian cancer is considered to be high, and thus a PD-1 pathway inhibitor is administered to a test subject. Therefore, it is desirable to treat ovarian cancer.
PD-1経路阻害薬の投与方法は特に限定されず、例えば、動脈内投与、静脈内投与、口腔内投与、直腸投与、経腸投与、経皮投与、経口投与などにより行うことができる。 The method for administering the PD-1 pathway inhibitor is not particularly limited, and can be performed by, for example, intraarterial administration, intravenous administration, buccal administration, rectal administration, enteral administration, transdermal administration, oral administration, and the like.
PD-1経路阻害薬は、有効成分をそのまま使用するか、又は医薬品において許容される無毒性の担体、希釈剤若しくは賦形剤とともに、タブレット(素錠、糖衣錠、発泡錠、フィルムコート錠、チュアブル錠、トローチ剤などを含む)、カプセル剤、丸剤、粉末剤(散剤)、細粒剤、顆粒剤、液剤、懸濁液、乳濁液、シロップ、ペースト、注射剤(使用時に、蒸留水又はアミノ酸輸液、電解質輸液等の輸液に配合して液剤として調製する場合を含む)などの形態に調製して使用される。 PD-1 pathway inhibitors can be used as active ingredients as they are or in combination with non-toxic carriers, diluents or excipients that are acceptable in pharmaceuticals, tablets (plain tablets, dragees, effervescent tablets, film-coated tablets, chewable tablets). Tablets, troches, etc.), capsules, pills, powders (powder), fine granules, granules, solutions, suspensions, emulsions, syrups, pastes, injections (when used, distilled water Or, it is prepared and used in a form such as amino acid infusion, electrolyte infusion and the like, which is prepared as a liquid preparation.
被験対象に投与されるPD-1経路阻害薬中の有効成分の含量は、医薬製剤全量中0.0001〜100重量%、好ましくは0.001〜99.9重量%、より好ましくは0.01〜99重量%の範囲から適宜選択することが可能である。 The content of the active ingredient in the PD-1 pathway inhibitor administered to the test subject is suitably 0.0001 to 100% by weight, preferably 0.001 to 99.9% by weight, more preferably 0.01 to 99% by weight in the total amount of the pharmaceutical preparation. It is possible to select.
PD-1経路阻害薬の投与量は、患者の体重、年齢、性別、症状などの種々の条件に応じて適宜決定することができる。 The dosage of the PD-1 pathway inhibitor can be appropriately determined according to various conditions such as the body weight, age, sex, and symptoms of the patient.
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用のバイオマーカー
本発明の卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用のバイオマーカーは、ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子を含むことを特徴とする。 Biomarkers for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors Biomarkers for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors of the present invention include ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, Characterized in that it comprises at least one gene selected from the group consisting of DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1 To do.
上記遺伝子の発現レベルを指標にすることで、PD-1経路阻害薬に対する感受性を示す卵巣癌であるか否かを判定することができることから、上記遺伝子は卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用のバイオマーカーとなり得る。 By using the expression level of the gene as an indicator, it can be determined whether or not the ovarian cancer is sensitive to a PD-1 pathway inhibitor. It can be a biomarker for sensitivity determination.
なお、卵巣癌、PD-1経路阻害薬、感受性の判定方法等は前述するものと同様である。 Ovarian cancer, PD-1 pathway inhibitors, sensitivity determination methods, etc. are the same as described above.
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性判定用キット
本発明の卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用キットは、ATP7B、BAIAP2L2、DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、GRAMD3、LOC100422737、MMP24、NHSL1、PTHLH、RHOD、RNF182、SAA2、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1からなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子に結合する核酸、又は該遺伝子にコードされるタンパク質に結合する抗体若しくは抗体断片を含むことを特徴とする。 Kit for determining sensitivity to PD-1 pathway inhibitor of ovarian cancer The kit for determining sensitivity to PD-1 pathway inhibitor of ovarian cancer of the present invention is ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, Nucleic acid that binds to at least one gene selected from the group consisting of EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1, or codes to the gene It comprises an antibody or antibody fragment that binds to the protein to be produced.
上記遺伝子に結合する核酸とは、当該遺伝子にハイブリダイズできるポリヌクレオチドのことであり、例えば、DNAチップ(又はマイクロアレイ)法、realtime PCR法、ノーザンブロット法等に使用することでmRNAを検出し、当該遺伝子の発現レベルを検出することができる。 The nucleic acid that binds to the gene is a polynucleotide that can hybridize to the gene.For example, mRNA is detected by using it in a DNA chip (or microarray) method, realtime PCR method, Northern blot method, The expression level of the gene can be detected.
上記タンパク質に結合する抗体又は抗体断片は、当該タンパク質に特異的に結合する抗体が主に意図される。抗体又は抗体断片は、公知の方法に従って取得することが可能であり、抗体はモノクローナル抗体及びポリクローナル抗体のいずれでもよく、またヒト化されたキメラ抗体であってもよい。抗体のアイソタイプは、IgG (IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgA、IgDなどが存在するが、制限無くいずれのものも使用できる。抗体断片としてはFab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv等が挙げられ、抗体又は抗体断片は蛍光色素等により修飾されていてもよい。当該抗体又は抗体断片は、免疫組織染色、免疫細胞染色、フローサイトメトリー、プロテインチップ、ELISA法、ウェスタンブロッティング法による解析法等に使用することでタンパク質を検出し、当該遺伝子の発現レベルを検出することができる。The antibody or antibody fragment that binds to the protein is mainly intended to be an antibody that specifically binds to the protein. The antibody or antibody fragment can be obtained according to a known method. The antibody may be either a monoclonal antibody or a polyclonal antibody, or may be a humanized chimeric antibody. Antibody isotypes include IgG (IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgM, IgA, IgD, etc., but any can be used without limitation. Examples of antibody fragments include Fab, Fab ′, F (ab ′) 2 , Fv, scFv, and the like, and the antibody or antibody fragment may be modified with a fluorescent dye or the like. The antibody or antibody fragment is used for immunohistochemical staining, immune cell staining, flow cytometry, protein chip, ELISA, Western blotting analysis, etc. to detect the protein and detect the expression level of the gene be able to.
本発明において、上記感受性判定用キットを使用して、前述するのと同様な方法で、被験対照の生体試料における上記遺伝子の発現レベルを検出し、当該発現レベルを指標として、卵巣癌がPD-1経路阻害薬に対する感受性を有するか否かを判定することができる。 In the present invention, using the sensitivity determination kit, the expression level of the gene in the biological sample of the test control is detected in the same manner as described above, and the ovarian cancer is expressed in PD- It can be determined whether or not there is sensitivity to a single pathway inhibitor.
また、本発明のキットには、必要により上記以外の物が含まれていてもよい。そのような物としては、例えば、ポジティブコントロール、ネガティブコントロール、本発明のキットを使用した上記遺伝子の検出方法を記載したインストラクションなどが挙げられる。 In addition, the kit of the present invention may contain other than the above if necessary. Examples of such a product include a positive control, a negative control, and an instruction describing a method for detecting the gene using the kit of the present invention.
なお、卵巣癌、PD-1経路阻害薬、感受性の判定方法等は前述するものと同様である。 Ovarian cancer, PD-1 pathway inhibitors, sensitivity determination methods, etc. are the same as described above.
本発明により、卵巣癌のPD-1経路阻害薬(特に、抗PD-1抗体)に対する感受性に関するバイオマーカーとなる遺伝子の発現レベルを指標にすることで、PD-1経路阻害薬に対する感受性を示す卵巣癌であるか否かを判定することが可能となる。それにより、PD-1経路阻害薬(特に、抗PD-1抗体)に対して有効な患者(著効を示す患者)を効率的に選別することが可能となる。 According to the present invention, the expression level of a gene serving as a biomarker for susceptibility to PD-1 pathway inhibitors (especially anti-PD-1 antibodies) of ovarian cancer is used as an index to show sensitivity to PD-1 pathway inhibitors. It becomes possible to determine whether or not the cancer is ovarian cancer. This makes it possible to efficiently select patients effective for PD-1 pathway inhibitors (particularly, anti-PD-1 antibodies) (patients that exhibit significant effects).
以下、本発明を更に詳しく説明するため実施例を挙げる。しかし、本発明はこれら実施例等になんら限定されるものではない。 Examples are given below to illustrate the present invention in more detail. However, the present invention is not limited to these examples.
試験例
＜対象＞
京都大学医学部附属病院産科婦人科で行われたプラチナ抵抗性再発・進行卵巣癌に対する抗PD-1抗体(nivolumab)を用いた試験を受けた患者20例のうち、倫理委員会の承認のもと患者もしくはその家族に同意を得た後に、下記の網羅的遺伝子発現解析(マイクロアレイ解析)が評価可能であった17例を対象とした。 Test example <subject>
Approved by the Ethics Committee out of 20 patients who underwent an anti-PD-1 antibody (nivolumab) test for platinum-resistant recurrent / advanced ovarian cancer at the Department of Obstetrics and Gynecology, Kyoto University Hospital After obtaining consent from patients or their families, 17 subjects who were able to evaluate the following comprehensive gene expression analysis (microarray analysis) were included.
＜発現解析＞
上記治験を受けた患者の手術標本(腫瘍部)からRNAをQIAGEN AllPrep DNA/RNA Kit (Cat. No.80234)を用いて抽出した後、SensationPlus Amplification and WT Labeling Kit (Affymetrix社、Part no.902312)を用いてRNAを増幅及び標識化した。次に、標識化されたDNAを用いてGeneChip(登録商標) Human Transcriptome Array 2.0 (Affymetrix社、Part No.902312)による発現解析を行い、GeneChip(登録商標) Scanner 3000 system (Affymetrix社、Part No.00-0218)によりマイクロアレイをスキャンしマイクロアレイデータを取得した。<Expression analysis>
RNA was extracted from surgical specimens (tumor sites) of patients undergoing the above trial using QIAGEN AllPrep DNA / RNA Kit (Cat.No. 80234), then SensationPlus Amplification and WT Labeling Kit (Affymetrix, Part no. 902312) ) Was used to amplify and label RNA. Next, expression analysis using GeneChip (registered trademark) Human Transcriptome Array 2.0 (Affymetrix, Part No. 902312) was performed using the labeled DNA, and GeneChip (registered trademark) Scanner 3000 system (Affymetrix, Part No. 00-0218), the microarray was scanned to obtain microarray data.
得られたマイクロアレイデータについてExpression Console ver 1.4.1 (Affymetrix社)によりSignal Space Transformation-Robust multi-array Average (SST-RMA) normalizationを行い、遺伝子レベルで解析を行った。 The obtained microarray data was subjected to Signal Space Transformation-Robust multi-array Average (SST-RMA) normalization by Expression Console ver 1.4.1 (Affymetrix) and analyzed at the gene level.
＜統計解析＞
統計解析は、階層的クラスター解析(Average linkage)により行った。完全奏功の治療効果を認めた症例とそれ以外の症例(PR+SD+PD)の間で、有意に発現の差を認める遺伝子あるいは遺伝子群を抽出した(完全奏効(CR)：2例、部分奏効(PR)：1例、不変(SD)：4例、増悪(PD)：10例)<Statistical analysis>
Statistical analysis was performed by hierarchical cluster analysis (Average linkage). We extracted genes or gene groups that showed a significant difference in expression between cases that had a complete response and other cases (PR + SD + PD) (complete response (CR): 2 cases, partial Response (PR): 1 case, unchanged (SD): 4 cases, exacerbation (PD): 10 cases)
なお、統計解析は、統計ソフトR3.1.1及びBioconductor ‘SAGx’ packageよりSamrocを用いて、FDR Q value < 0.05を有意差ありと定義して分類した。 Statistical analysis was classified by defining FDR Q value <0.05 as significant with Samroc from statistical software R3.1.1 and Bioconductor 'SAGx' package.
＜結果＞
階層的クラスター解析を行った結果、CRで有意に発現上昇又は低下した遺伝子が497遺伝子あった。階層的クラスター解析の結果は図１に示す。<Result>
As a result of hierarchical cluster analysis, there were 497 genes whose expression was significantly increased or decreased in CR. The results of the hierarchical cluster analysis are shown in FIG.
このCRで有意に発現上昇又は低下した遺伝子群の中で、FDP Q value < 0.0005、p < 1×10-6となり、且つCR 2例がCR以外の全症例の2倍(log2スケールで1)以上の発現上昇を認めた遺伝子として以下の22遺伝子が挙げられた。Among the genes whose expression was significantly increased or decreased in CR, FDP Q value <0.0005, p <1 × 10 -6 , and 2 CR were 2 times of all cases except CR (1 on log2 scale) The following 22 genes were listed as genes with the above increased expression.
上記の22遺伝子の中から、CR 2例において特異的な発現パターンを示すこと、及びその遺伝子の特徴から、13種類の遺伝子(DNAH5、DUX2、DUX4、DUX4L2、DUX4L4、EEF1A2、EPHA7、HNF1B、IL12RB2、MMP24、SLCO4A1、UNC5A、及びVNN1)を抽出した。 From the above 22 genes, it shows a specific expression pattern in 2 CR cases, and from the characteristics of the gene, 13 kinds of genes (DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2 MMP24, SLCO4A1, UNC5A, and VNN1) were extracted.
さらに上記の22遺伝子の中で、遺伝子変異や細胞増殖に関与する遺伝子であり且つ特に感受性に寄与した遺伝子はEEF1A2、VNN1及びHNF1Bの3種の遺伝子であった(図２〜４)。 Furthermore, among the 22 genes described above, genes involved in gene mutation and cell proliferation and particularly contributed to sensitivity were three genes, EEF1A2, VNN1 and HNF1B (FIGS. 2 to 4).
Claims (13)
該被験対象における卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性を判定する方法。In biological samples collected from test subjects, ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, A2, Using as an index the expression level of at least one gene selected from the group consisting of UNC5A and VNN1,
A method for determining the sensitivity of an ovarian cancer to a PD-1 pathway inhibitor in the test subject.
前記遺伝子のmRNA、又は
前記遺伝子にコードされるタンパク質
を検出することにより行う、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。Detecting the expression level of the gene,
The method according to any one of claims 1 to 3, which is carried out by detecting mRNA of the gene or protein encoded by the gene.
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用のバイオマーカー。ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, V1 Including at least one gene
A biomarker for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors.
卵巣癌のPD-1経路阻害薬に対する感受性の判定用キット。ATP7B, BAIAP2L2, DNAH5, DUX2, DUX4, DUX4L2, DUX4L4, EEF1A2, EPHA7, HNF1B, IL12RB2, GRAMD3, LOC100422737, MMP24, NHSL1, PTHLH, RHOD, RNF182, SAA2, V1 A nucleic acid that binds to at least one gene, or an antibody or antibody fragment that binds to a protein encoded by the gene,
A kit for determining the sensitivity of ovarian cancer to PD-1 pathway inhibitors.
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