JPWO2006027835A1 - ゲノム解析方法 - Google Patents
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Abstract
Description
図1は、本発明のゲノム解析方法に用いられるゲノム解析装置の概要を説明するための図、図2は、図1のゲノム解析装置による解析の概要を説明するための図、図3は、本発明のゲノム解析方法を示すフローチャートである。
ここで、
サンプルiの起源母集団への帰属度をqi
起源母集団をkk
起源母集団kのハプロタイプ頻度をpk
サンプルiのデュプロタイプ頻度をdi
とする。
まず、図3に示すように、調査する遺伝子多型の決定を行う(ステップS1)。ここでは、まず、調査したい集団の遺伝子多型のウェットプロセスによるアレル情報の決定を行う(ステップS2)。また、アレル情報より個人のハプロタイプの決定、又は推定を行う(ステップS3)。
次に、実施例について説明する。
以下に示す図4〜図15は、起源母集団を推論し、かつ各サンプルを起源母集団に割り当てるために複数座位の遺伝子型データ及びハプロタイプデータを使用する双対性変換演算子によるゲノム解析方法による解析結果の一例を示す図である。
する工程とを有することを特徴とする。
[0017] また、前記第1及び第2状態変数が互いに他で表す遺伝(統計)学の知識を埋め込んだ変換式を演算子として互いに変換を行い、第1及び第2の状態変数をそれらの演算子に埋め込んだ第3の状態変数により推定する工程を有するようにすることができる。
[0018] また、前記第1の状態変数が各サンプルの起源母集団帰属度であり、前記第2の状態変数が起源母集団ハプロタイプ頻度であるようにすることができる。
[0019] また、前記第3の状態変数が各サンプルのディプロタイプ及びその頻度であるようにすることができる。
[0020] また、調査する遺伝子多型の決定を行う工程と、調査したい集団の遺伝子多型のウェットプロセスによるアレル情報の決定を行う工程と、前記アレル情報より個人のハプロタイプの決定、又は推定を行う工程と、集団の双対状態にある二つの特徴パラメータの決定を行う工程と、遺伝情報より前記二つの特徴パラメータ間の変換演算子を構築する工程と、所定の初期値より始め、変換演算子により前記二つの特徴パラメータを順番に求める工程と、前記特徴パラメータが収束するまで変換を繰り返す工程とを有し、前記二つの特徴パラメータが求まることで、前記サンプルデータより母集団の特徴が推定されるようにすることができる。
また、本発明に係るゲノム解析装置は、
サンプルデータにより母集団の特徴を推定するための解析を行うゲノ厶解析装置であって、
前記サンプルデータを取り込む取込手段と、
遺伝(統計)学の知識より双対性を成す二つの第1及び第2の状態変数を選択し、前記第1及び第2の状態変数を本来あるべき値に収束させることで、前記サンプルデータが属する母集団の特徴を推定する演算手段と、
前記母集団の特徴を推定した結果を出力する出力手段とを有する
ことを特徴とする。
前記演算手段は、前記第1及び第2状態変数が互いに他で表す遺伝(統計)学の知識を埋め込んだ変換式を演算子として互いに変換を行い、第1及び第2の状態変数をそれらの演算子に埋め込んだ第3の状態変数により推定することを特徴とすることができる。
また、前記第1の状態変数が各サンプルの起源母集団帰属度であり、前記第2の状態変数が起源母集団ハプロタイプ頻度であることを特徴とすることもできる。
また、前記第3の状態変数が各サンプルのディプロタイプ及びその頻度であることを特徴とすることもでききる。
また、前記演算手段は、
調査する遺伝子多型の決定を行う工程と、
調査したい集団の遺伝子多型のウェットプロセスによるアレル情報の決定を行う工程と、
前記アレル情報より個人のハプロタイプの決定、又は推定を行う工程と、
集団の双対状態にある二つの特徴パラメータの決定を行う工程と、
遺伝情報より前記二つの特徴パラメータ間の変換演算子を構築する工程と、
所定の初期値より始め、変換演算子により前記二つの特徴パラメータを順番に求める工程と、
前記特徴パラメータが収束するまで変換を繰り返す工程とを行い、
前記二つの特徴パラメータが求まることで、前記サンプルデータより母集団の特徴が推定される
ことを特徴とすることもできる。
【発明を実施するための最良の形態】
[0021] 以下、本発明の実施の形態について説明する。
図1は、本発明のゲノム解析方法に用いられるゲノム解析装置の概要を説明するための図、図2は、図1のゲノム解析装置による解析の概要を説明するための図、図3は、本発明のゲノム解析方法を示すフローチャートである。
[0022] 図1に示すように、ゲノム解析装置1は、サンプルデータより母集団の特徴を推定し、その解析結果を出力するものである。ゲノム解析装置1としては、後述のゲノム解析のための演算を行う解析プログラムを搭載したノートパソコン、ディスクトップパソコン等を用いることができる。
[0023] ゲノム解析装置1による解析の概要は、たとえば図2に示すように、双対性を成す状態で特徴付けすることができる実在をモデル化したものである、第1の状
Claims (5)
- サンプルデータにより母集団の特徴を推定するための解析を行うゲノム解析方法であって、
前記サンプルデータを取り込む工程と、
遺伝(統計)学の知識より双対性を成す二つの第1及び第2の状態変数を選択し、前記第1及び第2の状態変数を本来あるべき値に収束させることで、前記サンプルデータが属する母集団の特徴を推定する工程と、
前記母集団の特徴を推定した結果を出力する工程とを有する
ことを特徴とするゲノム解析方法。 - 前記第1及び第2状態変数が互いに他で表す遺伝(統計)学の知識を埋め込んだ変換式を演算子として互いに変換を行い、第1及び第2の状態変数をそれらの演算子に埋め込んだ第3の状態変数により推定する工程を有することを特徴とする請求項1に記載のゲノム解析方法。
- 前記第1の状態変数が各サンプルの起源母集団帰属度であり、前記第2の状態変数が起源母集団ハプロタイプ頻度であることを特徴とする請求項1又は2に記載のゲノム解析方法。
- 前記第3の状態変数が各サンプルのディプロタイプ及びその頻度であることを特徴とする請求項1〜3のいずれかに記載のゲノム解析方法。
- 調査する遺伝子多型の決定を行う工程と、
調査したい集団の遺伝子多型のウェットプロセスによるアレル情報の決定を行う工程と、
前記アレル情報より個人のハプロタイプの決定、又は推定を行う工程と、
集団の双対状態にある二つの特徴パラメータの決定を行う工程と、
遺伝情報より前記二つの特徴パラメータ間の変換演算子を構築する工程と、
所定の初期値より始め、変換演算子により前記二つの特徴パラメータを順番に求める工程と、
前記特徴パラメータが収束するまで変換を繰り返す工程とを有し、
前記二つの特徴パラメータが求まることで、前記サンプルデータより母集団の特徴が推定される
ことを特徴とする請求項1〜4のいずれかに記載のゲノム解析方法。
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