JPH09305628A - Device for generating canonized data and its method - Google Patents
Device for generating canonized data and its methodInfo
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- JPH09305628A JPH09305628A JP8125123A JP12512396A JPH09305628A JP H09305628 A JPH09305628 A JP H09305628A JP 8125123 A JP8125123 A JP 8125123A JP 12512396 A JP12512396 A JP 12512396A JP H09305628 A JPH09305628 A JP H09305628A
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Abstract
Description
【0001】[0001]
【発明の属する技術分野】本発明は、化学及び生化学分
野の情報処理を行う処理装置及び処理方法に関し、特
に、化合物を構成する各原子についての各種データから
化合物の化学構造を一意的に特定する正準化データを作
成する正準化データ作成装置及び正準化データ作成方法
に関する。BACKGROUND OF THE INVENTION 1. Field of the Invention The present invention relates to a processing apparatus and a processing method for performing information processing in the fields of chemistry and biochemistry, and particularly to uniquely specify a chemical structure of a compound from various data on each atom constituting the compound. And a canonicalized data creating method for creating canonicalized data.
【0002】[0002]
【従来の技術】従来より、化合物情報を収載した化合物
データベースシステム、及び化合物の反応情報を収載し
た反応データベースシステムが開発されている。化合物
データベースシステムには、既存の化合物の物性や作用
などの化合物情報が収載されており、化合物の構造をキ
ーとして化合物情報にアクセスするものである。この化
合物データベースを用いれば、化合物の特性や作用を効
率良く参照することができる。また、反応データベース
システムには、既存の化合物の反応情報が収載されてお
り、化合物の構造をキーとして反応情報にアクセスする
ものである。この反応データベースシステムを用いれ
ば、合成化学の研究者が化合物の新規合成を行う際に、
既存の化合物の反応情報の中から類似する反応情報を効
率良く参照することができ、合成化学の研究では必須で
ある。2. Description of the Related Art Conventionally, a compound database system containing compound information and a reaction database system containing compound reaction information have been developed. The compound database system contains compound information such as physical properties and actions of existing compounds, and the compound information is accessed with the structure of the compound as a key. By using this compound database, it is possible to efficiently refer to the properties and actions of compounds. In addition, the reaction database system stores reaction information of existing compounds, and the reaction information is accessed using the structure of the compound as a key. Using this reaction database system, researchers in synthetic chemistry can perform new synthesis of compounds,
Since similar reaction information can be efficiently referred to from the reaction information of existing compounds, it is essential in synthetic chemistry research.
【0003】なお、化合物データベースには、例えば、
米国MDL社の化合物管理システム“MACCS”があ
る。また、反応データベースシステムには、例えば、米
国MDL社の総合化学情報管理システム“ISIS”
や、反応情報管理システム“REACCS”がある。In the compound database, for example,
There is a compound management system "MACCS" of MDL, Inc. in the United States. Further, the reaction database system is, for example, a comprehensive chemical information management system "ISIS" of MDL, Inc. in the United States.
There is also a reaction information management system "REACCS".
【0004】[0004]
【発明が解決しようとする課題】ところで、従来の化合
物/反応データベースシステムは、化合物の特性や作用
の情報と共に、化合物の構造図をディスプレイに表示さ
せる機能を有している。このように構造図を表示させる
ことによって視覚的に優れたシステムの構築が可能とな
る。ところがこの化合物の構造図は、多くの記憶領域を
占有する画像データ(ビットマップデータ)としてシス
テムに保存されるため、大容量の記憶装置が必要となり
問題であった。By the way, the conventional compound / reaction database system has a function of displaying a structural diagram of a compound on a display together with information on the property and action of the compound. By displaying the structure diagram in this way, it is possible to construct a visually excellent system. However, since the structural diagram of this compound is stored in the system as image data (bitmap data) occupying a large storage area, a large-capacity storage device is required, which is a problem.
【0005】本発明は、化合物/反応データベースシス
テムで利用した場合にこのシステムの記憶領域の使用量
を大幅に削減させることのできる正準化データ作成装置
及び正準化データ作成方法を提供することを目的とす
る。The present invention provides a canonicalized data creating apparatus and a canonicalized data creating method which can significantly reduce the amount of storage area used in a compound / reaction database system. With the goal.
【0006】[0006]
【課題を解決するための手段】上記課題を解決するため
に、本発明の正準化データ作成装置は、化合物を構成す
る各原子についての固有データ及び原子間の結合対デー
タの入力を受け付ける入力手段と、入力手段で受け付け
られた各データに基づいて、化合物の化学構造を一意的
に特定できる正準化データを作成する正準化データ作成
手段とを備えた正準化データ作成装置であって、正準化
データ作成手段は、各原子を等価原子ごとに別のクラス
に分類して、クラスごとに異なるクラス番号を各原子に
与える第1の処理部と、第1の処理部で各原子に与えら
れたクラス番号に基づいて、化合物の構造と一意的に対
応した正準化番号を各原子に与える第2の処理部と、第
2の処理部で各原子に与えられた正準化番号に基づい
て、正準化データを作成する第3の処理部とを備えるこ
とを特徴とする。In order to solve the above-mentioned problems, the canonicalized data creating apparatus of the present invention has an input for accepting the input of the unique data for each atom constituting the compound and the bond pair data between the atoms. And a canonical data creating means for creating canonical data capable of uniquely identifying a chemical structure of a compound based on each data received by the input means. Then, the canonicalized data creating means classifies each atom into different classes for each equivalent atom, and assigns a different class number to each atom in each class. A second processing unit that gives each atom a canonicalization number uniquely corresponding to the structure of the compound based on the class number given to the atom, and the canonical process given to each atom by the second processing unit. Canonicalized data based on the digitization number Characterized in that it comprises a third processing unit that formed.
【0007】このような構成を有する本発明の正準化デ
ータ作成装置によれば、入力手段で受け付けられた各原
子についての固有データ及び原子間の結合対データは正
準化データ作成手段に与えられる。そして、正準化デー
タ作成手段では、これらのデータに基づいて正準化デー
タが作成される。According to the canonical data creation device of the present invention having such a configuration, the unique data for each atom and the bond pair data between the atoms accepted by the input means are given to the canonical data creation means. To be Then, the canonicalized data creating means creates canonicalized data based on these data.
【0008】即ち、正準化データ作成手段では、まず、
第1の処理部の処理を実行し、各原子についての固有デ
ータ及び原子間の結合対データに基づいて、各原子を等
価原子ごとに別のクラスに分類する。そして、クラスご
とに異なるクラス番号を各原子に与える。次に、第2の
処理部の処理を実行し、各原子に与えられたクラス番号
及び原子間の結合対データに基づいて、化合物の構造と
一意的に対応した正準化番号を各原子に与える。さら
に、第3の処理部の処理を実行し、各原子に与えられた
正準化番号及び各原子についての固有データに基づいて
正準化データを作成する。That is, in the canonicalized data creating means, first,
The processing of the first processing unit is executed, and each atom is classified into a different class for each equivalent atom based on the unique data for each atom and the bond pair data between the atoms. Then, a different class number is given to each atom for each class. Next, the processing of the second processing unit is executed, and the canonicalization number uniquely corresponding to the structure of the compound is assigned to each atom based on the class number given to each atom and the bond pair data between the atoms. give. Further, the process of the third processing unit is executed to create the canonicalized data based on the canonicalized number given to each atom and the unique data for each atom.
【0009】ここで、第1の処理部は、各原子に3種類
の属性(ai ,bij,dij)を与えて、これらの属性が
一つでも異なる原子は非等価であると判定できることを
利用して、各原子を等価原子ごとに異なるクラス番号を
付与しており、3種類の属性(ai ,bij,dij)の中
で、ai は入力番号iの原子の種類記号であり、bijは
入力番号iの原子に隣接する結合のうち、その種類記号
がjである結合の数であり、dijは入力番号iの原子か
ら最短経路により、j個の結合を経て巡れる道筋の数で
あり、第2の処理部は、正準化番号を1から昇順に各原
子に与える過程において、クラス番号の優先順位が最高
である原子に正準化番号1を与え、以降正準化番号nま
でが付与されているとき、既に正準化番号が与えられて
いる原子で、且つまだ正準化番号が与えられていない原
子が結合している原子の中で、正準化番号が最小である
原子を選び、その原子に結合している原子で、且つまだ
正準化番号が与えられていない原子の中で、クラス番号
の優先順位が最高である原子に正準化番号n+1を与え
ており、第3の処理部は、各原子に3種類の属性(P
i ,Ti ,Si )を与えて、これらの属性を一列に並べ
ることによって正準化データを作成しており、3種類の
属性(Pi ,Ti ,Si )の中で、Pi は正準化番号i
の原子に結合し且つ正準化番号が最小の原子の正準化番
号であり、Tiは正準化番号iの原子と正準化番号Pi
の原子との結合の種類記号であり、Siは正準化番号i
の原子の種類記号であることが好ましい。Here, the first processing unit gives each atom three types of attributes (a i , b ij , d ij ) and determines that atoms having even one of these attributes are not equivalent. Utilizing what is possible, each atom is given a different class number for each equivalent atom, and among the three types of attributes (a i , b ij , d ij ), a i is the type of atom with the input number i Is a symbol, b ij is the number of bonds whose kind symbol is j among the bonds adjacent to the atom of input number i, and d ij is the number of bonds from the atom of input number i by the shortest path. The second processing unit assigns the canonicalization number 1 to the atom with the highest class number priority in the process of assigning the canonicalization number to each atom in ascending order from 1. , And thereafter, up to the canonicalization number n, the atoms which have already been given canonicalization numbers, and Among the atoms to which atoms that have not been given canonicalization numbers are bonded, select the atom with the smallest canonicalization number, and the atom that is bonded to that atom, and whose canonicalization number is still Among the atoms that are not given, the atom having the highest class number priority is given the canonicalization number n + 1, and the third processing unit gives each atom three types of attributes (P
i , T i , S i ) are given and these attributes are arranged in a line to create the canonical data. Among the three types of attributes (P i , T i , S i ), P i is the canonicalization number i
Is the canonicalization number of the atom that has the smallest canonicalization number and is connected to the atom of, and T i is the atom of canonicalization number i and the canonicalization number P i.
Is a symbol for the type of bond with the atom, and S i is the canonicalization number i
It is preferable that the symbol is the atom type symbol.
【0010】また、本発明の正準化データ作成方法は、
化合物を構成する各原子についての固有データ及び原子
間の結合対データに基づいて、化合物の化学構造を一意
的に特定できる正準化データを作成する正準化データ作
成方法であって、各原子を等価原子ごとに別のクラスに
分類して、クラスごとに異なるクラス番号を各原子に与
える第1のステップと、第1のステップで各原子に与え
られたクラス番号に基づいて、化合物の構造と一意的に
対応した正準化番号を各原子に与える第2のステップ
と、第2のステップで各原子に与えられた正準化番号に
基づいて、正準化データを作成する第3のステップとを
備えることを特徴とする。Further, the canonical data creation method of the present invention is
A method for creating canonical data that uniquely identifies the chemical structure of a compound, based on the unique data for each atom that constitutes the compound and the bond pair data between the atoms. Is classified into different classes for each equivalent atom, and the structure of the compound is determined based on the first step of giving each atom a different class number for each class and the class number given to each atom in the first step. The second step of giving each atom a canonicalization number uniquely corresponding to and the third step of creating the canonicalization data based on the canonicalization number given to each atom in the second step. And a step.
【0011】ここで、第1のステップは、各原子に3種
類の属性(ai ,bij,dij)を与えて、これらの属性
が一つでも異なる原子は非等価であると判定できること
を利用して、各原子を等価原子ごとに異なるクラス番号
を付与しており、3種類の属性(ai ,bij,dij)の
中で、ai は入力番号iの原子の種類記号であり、bij
は入力番号iの原子に隣接する結合のうち、その種類記
号がjである結合の数であり、dijは入力番号iの原子
から最短経路により、j個の結合を経て巡れる道筋の数
であり、第2のステップは、正準化番号を1から昇順に
各原子に与える過程において、クラス番号の優先順位が
最高である原子に正準化番号1を与え、以降正準化番号
nまでが付与されているとき、既に正準化番号が与えら
れている原子で、且つまだ正準化番号が与えられていな
い原子が結合している原子の中で、正準化番号が最小で
ある原子を選び、その原子に結合している原子で、且つ
まだ正準化番号が与えられていない原子の中で、クラス
番号の優先順位が最高である原子に正準化番号n+1を
与えており、第3のステップは、各原子に3種類の属性
(Pi ,Ti ,Si )を与えて、これらの属性を一列に
並べることによって正準化データを作成しており、3種
類の属性(Pi ,Ti ,Si )の中で、Piは正準化番
号iの原子に結合し且つ正準化番号が最小の原子の正準
化番号であり、Ti は正準化番号iの原子と正準化番号
Pi の原子との結合の種類記号であり、Si は正準化番
号iの原子の種類記号であることが好ましい。Here, the first step is to give three kinds of attributes (a i , b ij , di ij ) to each atom, and to judge that atoms having any one of these attributes are not equivalent. , Each atom is given a different class number for each equivalent atom, and among the three types of attributes (a i , b ij , d ij ), a i is the type symbol of the atom with the input number i. And b ij
Is the number of bonds whose kind symbol is j among the bonds adjacent to the atom with the input number i, and dij is the number of paths that can pass from the atom with the input number i through j bonds by the shortest path. The second step is to give the atom having the highest class number priority in the process of giving each atom in ascending order from 1 and assigning the canonical number 1 thereafter. Up to, the atom with the canonicalization number already assigned and the atom with the canonicalization number not yet assigned has the smallest canonicalization number. Select an atom and assign the canonicalization number n + 1 to the atom that has the highest class number priority among the atoms that are bonded to that atom and have not yet been given a canonicalization number. In the third step, each atom has three types of attributes (P i , T i , S i ) is given to create the canonical data by arranging these attributes in a line. Among the three types of attributes (P i , T i , S i ), P i is the canonicalization number. i is the canonicalization number of the atom that is bonded to the atom of i and has the smallest canonicalization number, and T i is the type symbol of the bond between the atom of canonicalization number i and the atom of canonicalization number P i . , S i is preferably a symbol of the atom type with the canonicalization number i.
【0012】[0012]
【発明の実施の形態】以下、本発明に係る好適な実施形
態について添付図面を参照して説明する。Preferred embodiments of the present invention will be described below with reference to the accompanying drawings.
【0013】図1は、本発明に係る実施形態である正準
化データ作成装置1の構成を示すブロック図である。図
1に示すように、正準化データ作成装置1は、分子構造
図の画像データ10aを記憶する画像メモリ10と、記
号データ11aなどを一時的に記憶する作業用メモリ1
1と、オペレーティングシステム(OS)21及び正準
化データ作成プログラム22が記憶された主記憶装置2
0と、結合表ファイル31及び化合物情報ファイル33
が記憶されたハードディスク装置30とを備えている。FIG. 1 is a block diagram showing a configuration of a canonical data creating apparatus 1 according to an embodiment of the present invention. As shown in FIG. 1, the canonical data creation device 1 includes an image memory 10 for storing image data 10a of a molecular structure diagram and a work memory 1 for temporarily storing symbol data 11a and the like.
1 and a main storage device 2 in which an operating system (OS) 21 and a canonical data creation program 22 are stored
0, binding table file 31 and compound information file 33
Is stored in the hard disk device 30.
【0014】また、正準化データ作成装置1は、分子構
造図を表示するディスプレイ40と、手書き図形の入力
を受け付けるポインティングデバイスであるマウス50
と、化学式等の記号データの入力を受け付けるキーボー
ド60と、分子構造図を出力するプリンタ70と、分子
構造図作成プログラム22の実行等を制御するCPU8
0とを備えている。なお、ポインティングデバイスに
は、マウス50以外に、タブレット、ディジタイザ、ラ
イトペンなどがあり、これらのいずれの装置をマウス5
0の代わりに備えてもよい。Further, the canonical data preparation system 1 includes a display 40 for displaying a molecular structure diagram and a mouse 50 as a pointing device for accepting input of handwritten figures.
A keyboard 60 for receiving symbolic data such as chemical formulas, a printer 70 for outputting a molecular structure diagram, and a CPU 8 for controlling execution of the molecular structure diagram creation program 22.
It has 0 and. In addition to the mouse 50, the pointing device includes a tablet, a digitizer, a light pen, and the like.
It may be provided instead of 0.
【0015】正準化データ作成プログラム22は、化合
物を構成する各原子についての固有データ及び原子間の
結合対データに基づいて正準化データを作成するプログ
ラムである。この正準化データ作成プログラム22は、
処理を統括するメインルーチン100と、化合物を構成
する各原子にクラス番号を与える構成原子分類ルーチン
(第1の処理部)101とを備えている。また、正準化
データ作成プログラム22は、クラス番号に基づいて各
原子に正準化番号を与える正準化番号付与ルーチン(第
2の処理部)102と、各原子の正準化番号に基づいて
正準化データを作成する正準化データ作成ルーチン(第
3の処理部)103とを備えている。The canonical data creation program 22 is a program that creates canonical data based on the unique data for each atom constituting the compound and the bond pair data between the atoms. This canonical data creation program 22
A main routine 100 for supervising the processing and a constituent atom classification routine (first processing unit) 101 for giving a class number to each atom constituting the compound are provided. Further, the canonicalization data creation program 22 is based on a canonicalization number assigning routine (second processing unit) 102 for giving a canonicalization number to each atom based on a class number, and a canonicalization number for each atom. And a canonicalized data creation routine (third processing unit) 103 for creating canonicalized data.
【0016】ハードディスク装置30には、複数の結合
表32を格納できる結合表ファイル31が設けられてい
る。結合表32には化合物を構成する各原子についての
固有データ及び原子間の結合対データが記録されてお
り、正準化データ作成プログラム22は結合表32を介
して、これらのデータにアクセスできる。The hard disk device 30 is provided with a binding table file 31 capable of storing a plurality of binding tables 32. The bond table 32 records unique data for each atom constituting the compound and bond pair data between the atoms, and the canonical data creation program 22 can access these data via the bond table 32.
【0017】図2(a)及び図2(b)に示すように、
結合表32は、各原子についての固有データが記録され
た原子テーブル32aと、原子間の結合対データが記録
された原子対テーブル32bとを備えている。具体的に
は、原子テーブル32aには、入力番号(原子の番号と
もいう)、原子の二次元座標(X座標・Y座標)、元素
名(一般に元素記号が用いられるが、原子番号などの数
字であってもよい)、属性、原子数、及び結合数を書き
込む欄が設けられており(図2(a)参照)、原子対テ
ーブル32bには、結合原子対データ、結合種(例え
ば、単結合は1、二重結合は2とする)、及び構造(各
分子が分子構造図の環状部に属するか、鎖状部に属する
かを区別する欄)を書き込む欄が設けられている(図2
(b)参照)。As shown in FIGS. 2 (a) and 2 (b),
The bond table 32 includes an atom table 32a in which unique data about each atom is recorded and an atom pair table 32b in which bond pair data between atoms are recorded. Specifically, in the atom table 32a, input numbers (also referred to as atom numbers), two-dimensional coordinates (X coordinates / Y coordinates) of atoms, element names (generally element symbols are used, but numbers such as atomic numbers). Column) is provided (see FIG. 2A), and the atom pair table 32b includes the bond atom pair data and the bond type (for example, single bond). Bonds are 1 and double bonds are 2), and a column for writing the structure (a column for distinguishing whether each molecule belongs to the cyclic portion or the chain portion of the molecular structure diagram) is provided (Fig. Two
(B)).
【0018】ここで、入力番号は、化合物を構成する各
原子をコンピュータで識別するための番号であり、図2
(a)の例では数字であるが、記号であっても良い。ま
た、結合原子対データは、入力番号の組合せとして表現
されるのが良い。Here, the input number is a number for identifying each atom constituting the compound with a computer, and FIG.
Although it is a number in the example of (a), it may be a symbol. Also, the bond atom pair data is preferably represented as a combination of input numbers.
【0019】なお、正準化データを作成するためには、
上記の原子テーブル32a及び原子対テーブル32bの
すべてのデータが必要であるのではなく、固有データと
して原子の番号及び元素名、結合対データとして結合原
子対データ及び結合種があれば十分である。In order to create the canonicalized data,
Not all the data in the atom table 32a and the atom pair table 32b described above are required, but it is sufficient if the atomic number and element name are used as the unique data, and the bond atom pair data and the bond type are used as the bond pair data.
【0020】また、ハードディスク装置30には、化合
物番号とこの化合物に対応する正準化データ(カノニカ
ルデータともいう)との関係を示す一覧表が記録された
化合物情報ファイル33が格納されている。図3に示す
ように、化合物情報ファイル33は、化合物番号C1 〜
C7 の各化合物に対応した正準化データと、化合物C1
〜C7 の各化合物についての参照データ(名称、文献、
物性等)とを、化合物番号C1 〜C7 に対応した一覧表
として記録したファイルである。このため、化合物番号
C1 〜C7 をキーとして、化合物情報ファイル33にア
クセスすれば、化合物番号C1 〜C7 の各化合物につい
ての、正準化データ及び参照データを読み出すことがで
きる。ここで、正準化データは各化合物の化学構造を一
意的に特定する複数の記号からなるデータである。The hard disk device 30 also stores a compound information file 33 in which a list showing the relationship between compound numbers and canonical data (also called canonical data) corresponding to the compounds is recorded. As shown in FIG. 3, the compound information file 33 includes compound numbers C 1 to
Canonical data for each compound of C 7 and compound C 1
~ C 7 reference data for each compound (name, literature,
And physical properties) are recorded as a list corresponding to compound numbers C 1 to C 7 . Therefore, if the compound information file 33 is accessed by using the compound numbers C 1 to C 7 as keys, the canonicalized data and the reference data for each compound of the compound numbers C 1 to C 7 can be read. Here, the canonicalized data is data composed of a plurality of symbols that uniquely specify the chemical structure of each compound.
【0021】なお、構成原子分類ルーチン101が第1
のステップに、正準化番号付与ルーチン102が第2の
ステップに、正準化データ作成ルーチン103が第3の
ステップにそれぞれ対応する。The constituent atom classification routine 101 is the first
The canonicalization number assignment routine 102 corresponds to the second step, and the canonicalization data creation routine 103 corresponds to the third step.
【0022】次に、正準化データ作成装置1の動作の概
要について説明する。図4に示すように、操作者はマウ
ス50又はキーボード60を操作して、分子構造図の作
成対象となる化合物の結合表32を結合表ファイル31
内に作成することができる。Next, the outline of the operation of the canonical data creating device 1 will be described. As shown in FIG. 4, the operator operates the mouse 50 or the keyboard 60 to display the binding table 32 of the compound for which the molecular structure diagram is to be created in the binding table file 31.
Can be created within.
【0023】マウス50による入力は、マウス50を用
いてディスプレイ40上に化合物の分子構造図を手書き
入力するもので、入力順に定まる各原子の入力番号が、
主記憶装置20内に作成された結合表32の入力番号の
欄に書き込まれる。さらに、この分子構造図E1 の各原
子の結合関係を示す結合原子対データが、結合表32の
結合原子対の欄に書き込まれる。このように、マウス5
0による入力では、化合物を特定する結合表32が手書
きされた分子構造図E1 から作成される。The mouse 50 is used for handwriting the molecular structure diagram of the compound on the display 40 using the mouse 50. The input numbers of the atoms determined in the input order are
It is written in the input number column of the combination table 32 created in the main storage device 20. Further, bond atom pair data indicating the bond relationship of each atom in the molecular structure diagram E 1 is written in the bond atom pair column of the bond table 32. In this way, mouse 5
When the input is 0, the bond table 32 for identifying the compound is created from the handwritten molecular structure diagram E 1 .
【0024】ここで、マウス50による手書き分子構造
図E1の入力について、より具体的に説明する。まず、
操作者がマウス50をクリックすると、結合原子対を構
成する一方の原子についてのデータが入力される。次
に、操作者がマウス50を移動させて、マウス50を再
びクリックすると、一方の原子と結合原子対を構成する
他方の原子についてのデータが入力される。そして、こ
の他方の原子についてのデータを入力するためのクリッ
クは、続いて次のクリックがなされた時には、次の結合
原子対の一方の原子を指定するクリックと見なされる。
このように、連続した2回のクリックによって、一つの
結合原子対を指定することができる。即ち、操作者が原
子を次々とずらしながら、結合原子対の指定を続けるこ
とにより、化合物を構成する全ての結合を入力すること
ができる。The input of the handwritten molecular structure diagram E 1 by the mouse 50 will be described more specifically. First,
When the operator clicks the mouse 50, data on one of the atoms forming the bond atom pair is input. Next, when the operator moves the mouse 50 and clicks the mouse 50 again, data on one atom and the other atom forming a bond atom pair is input. Then, the click for inputting the data for the other atom is regarded as a click for designating one atom of the next bond atom pair when the next click is subsequently made.
In this way, one bond atom pair can be designated by two consecutive clicks. That is, the operator can input all the bonds constituting the compound by continuously designating the bond atom pairs while shifting the atoms one by one.
【0025】入力された原子についてのデータに対応し
て(例えば原子の入力順に1,2,3,・・・というよ
うに)、原子テーブル32aの入力番号の欄に原子の番
号が書き込まれる。また、入力された原子の結合関係に
ついてのデータは、原子対テーブル32bの結合原子対
の欄に書き込まれる。さらに、操作者が原子の元素名を
入力した場合には、それは原子テーブル32aの元素名
の欄に書き込まれる。同様に、操作者が結合原子対を結
ぶ結合の多重度を入力した場合には、それは原子対テー
ブル32bの結合種の欄に書き込まれる。元素名及び多
重度は、それが書き込まれなかった時には、それぞれ炭
素及び単結合と認識されるのがよい。なお、分子構造図
及びそれに基づく結合表は、通常、水素原子を省略して
作成される。The atom number is written in the input number column of the atom table 32a in correspondence with the input data of the atom (for example, 1, 2, 3, ... In the order of atom input). Further, the input data regarding the bond relation of the atoms is written in the column of the bond atom pair of the atom pair table 32b. Further, when the operator inputs the element name of the atom, it is written in the element name column of the atom table 32a. Similarly, when the operator inputs the multiplicity of the bond connecting the bond atom pairs, it is written in the bond type column of the atom pair table 32b. The element name and multiplicity should be recognized as carbon and single bond, respectively, when it is not written. The molecular structure diagram and the bond table based on it are usually prepared by omitting hydrogen atoms.
【0026】また、キーボード60による入力は、キー
ボード60を用いて所定の化合物に対応する結合表名を
特定する記号列を入力するもので、入力された記号デー
タ11aに基づいて、この結合表名によって特定される
結合表32が結合表ファイル31から読み出される。In addition, the keyboard 60 is used to input a symbol string that specifies a binding table name corresponding to a predetermined compound using the keyboard 60. Based on the input symbol data 11a, the binding table name is input. The binding table 32 specified by is read from the binding table file 31.
【0027】このように、マウス50及びキーボード6
0が入力手段Aを構成し、マウス50とキーボード60
とのいずれを用いても結合表32が得られる。そして、
正準化データ作成手段Bである正準化データ作成プログ
ラム22が実行されて、結合表32の各データに基づい
て正準化データ34が作成される。このように作成され
た正準化データ34は、化合物の参照データと共に化合
物情報ファイル33に書き込まれて保存される。ここ
で、結合表32から正準化データ34を作成して保存す
るのは、結合表32のままで保存するよりも記憶領域を
小さくできるからである。即ち、図2に示した結合表3
2に基づいて作成した正準化データ34は“1%1%1
−2%3%5%N/6%7/”であり、化合物の構造を
非常に短い文字・数字・記号列で表すことができる。こ
のように短い記号列を保存の対象とすれば、記憶資源を
有効に利用でき装置の小型軽量化に寄与することができ
る。Thus, the mouse 50 and the keyboard 6
0 constitutes input means A, and mouse 50 and keyboard 60
The binding table 32 is obtained by using either of the above. And
The canonicalized data creating program 22 which is the canonicalized data creating means B is executed, and the canonicalized data 34 is created based on each data of the connection table 32. The canonical data 34 thus created is written and stored in the compound information file 33 together with the compound reference data. The reason why the canonicalized data 34 is created and stored from the combination table 32 is that the storage area can be made smaller than that of the combination table 32 as it is. That is, the connection table 3 shown in FIG.
The canonical data 34 created based on 2 is “1% 1% 1
-2% 3% 5% N / 6% 7 / ", and the structure of the compound can be represented by extremely short letters, numbers, and symbol strings. The storage resources can be effectively used, and the device can be made compact and lightweight.
【0028】また、結合表32の結合原子対データに基
づいて、二次元座標演算処理が行われることによって、
各原子の二次元座標データを得ることができる。このよ
うに得られた二次元座標データから美的に優れた分子構
造図E2 が作成される。作成された分子構造図E2 は、
ディスプレイ40に表示することやプリンタ70から出
力することができる。Further, the two-dimensional coordinate calculation processing is performed based on the bond atom pair data in the bond table 32,
Two-dimensional coordinate data of each atom can be obtained. From the two-dimensional coordinate data thus obtained, the aesthetically superior molecular structure diagram E 2 is created. The created molecular structure diagram E 2 is
It can be displayed on the display 40 or output from the printer 70.
【0029】なお、キーボード60による入力は、前記
固有データ及び結合対データを主記憶装置20内に作成
された結合表に直接書き込むことでも良い。また、イメ
ージスキャナーやオプティカルカードリーダー(OC
R)などの光学的に図形や文字を読み取る装置を本発明
の入力装置として用いて、結合表データの入力の受付け
を行うことでも良い。The input from the keyboard 60 may be performed by directly writing the unique data and the join pair data into the join table created in the main storage device 20. In addition, image scanners and optical card readers (OC
A device for optically reading a figure or a character such as R) may be used as the input device of the present invention to accept the input of the connection table data.
【0030】次に、本発明に係る実施形態である正準化
データ作成方法について説明する。この作成方法には、
正準化データ作成装置1が用いられる。まず、OS21
の制御の下で、正準化データ作成プログラム22のメイ
ンルーチン100が起動される。Next, a canonicalized data creating method according to an embodiment of the present invention will be described. This method is
The canonical data creation device 1 is used. First, OS21
Under the control of, the main routine 100 of the canonical data creation program 22 is started.
【0031】図5のフローチャートに示すように、メイ
ンルーチン100は、まず、構成原子分類ルーチン10
1を呼び出して、化合物を構成する各原子にクラス番号
を付与する(S10)。次に、正準化番号付与ルーチン
102を呼び出して、各原子に付与されたクラス番号に
基づいて各原子に正準化番号を付与する(S20)。さ
らに、正準化データ作成ルーチン103を呼び出して、
各原子に付与された正準化番号に基づいて正準化データ
を作成する(S30)。このように作成された正準化デ
ータは、化合物情報ファイル33に書き込まれて保存さ
れる。As shown in the flow chart of FIG. 5, the main routine 100 first consists of the constituent atom classification routine 10.
1 is called to give a class number to each atom constituting the compound (S10). Next, the canonicalization number assignment routine 102 is called to assign a canonicalization number to each atom based on the class number assigned to each atom (S20). Furthermore, by calling the canonical data creation routine 103,
The canonicalization data is created based on the canonicalization number given to each atom (S30). The canonical data thus created is written and stored in the compound information file 33.
【0032】次に、S10で呼び出される構成原子分類
ルーチン101の処理について説明する。この処理は、
化合物を構成する各原子を等価原子毎に別のクラスに分
類して、属するクラスに対応するクラス番号を各原子に
与える処理である。例えば、ベンゼンの6個の炭素原子
は全て等価なので、全てに同一のクラス番号が与えられ
る。また、トルエンの7個の炭素原子は、5種類のクラ
ス番号で表現される。即ち、トルエンのオルソ位の二つ
の炭素原子、さらにメタ位の二つの炭素原子はそれぞれ
等価であり、同一のクラス番号が与えられる。Next, the processing of the constituent atom classification routine 101 called in S10 will be described. This process
This is a process of classifying each atom constituting a compound into different classes for each equivalent atom and giving a class number corresponding to the class to which each atom belongs. For example, all 6 carbon atoms of benzene are equivalent, so they are all given the same class number. The 7 carbon atoms of toluene are represented by 5 different class numbers. That is, the two carbon atoms in the ortho position of toluene and the two carbon atoms in the meta position are equivalent and are given the same class number.
【0033】図6のフローチャートに示すように、ま
ず、結合表32に基づいて化合物を構成する各原子に3
種類の属性(ai ,bij,dij)をそれぞれ与える(S
101)。ここで、属性ai は入力番号iの原子の種類
記号(この例では原子番号)である。また、属性bijは
入力番号iの原子に隣接する結合(即ち、入力番号iの
原子を一方の原子とする結合)のうち、その種類記号
(この例では結合種は単結合を1、二重結合を2、三重
結合を3、芳香結合を4とした)がjである結合の数
(ベクトル量)である。さらに、属性dijは入力番号i
の原子から最短経路によりj個の結合を経て巡れる道筋
の数(ベクトル量)である。As shown in the flow chart of FIG. 6, first, based on the bond table 32, 3 atoms are formed for each atom constituting the compound.
Type attributes (a i , b ij , d ij ) are given (S
101). Here, the attribute a i is the type symbol (atom number in this example) of the atom of the input number i. Further, the attribute b ij is the type symbol (in this example, the bond type is a single bond, a single bond, or a double bond) of the bonds adjacent to the atom with the input number i (that is, the bond having the atom with the input number i as one atom). The number of bonds (vector quantity) is j, where 2 is a heavy bond, 3 is a triple bond, and 4 is an aromatic bond. Furthermore, the attribute d ij is the input number i
It is the number of paths (vector amount) that can be traveled from the atom of through the j bonds by the shortest path.
【0034】次に、原子ごとに属性(ai ,bij,
dij)を並べて数字列(この例では9桁の数字列)と
し、この数字列が小さい順番にクラス番号Ci 0 を与え
て、各原子を複数のクラスに分類する(S102)。こ
こで与えられるクラス番号Ci 0 は0次のクラス番号で
あり、S103以降のループ処理で1次のクラス番号C
i 1、2次のクラス番号Ci 2 、…を順次求めていく。
この0次の段階でクラスの数が総原子数と等しければ、
処理を終了してもよい。Next, the attributes (a i , b ij ,
(d ij ) are arranged to form a numerical sequence (in this example, a 9-digit numerical sequence), the class numbers C i 0 are given in ascending order of the numerical sequence, and each atom is classified into a plurality of classes (S102). The class number C i 0 given here is the 0th-order class number, and is the 1st-order class number C in the loop processing after S103.
i 1 , secondary class numbers C i 2 , ... Are sequentially obtained.
If the number of classes is equal to the total number of atoms in this 0th order,
The processing may be terminated.
【0035】次に、次数nを1にする(S103)。そ
して、各原子に属性Vij n を与える(S104)。属性
Vij n は入力番号iの原子に結合し、次数n−1おいて
クラス番号がjである原子の数である。さらに、原子ご
とに属性(ai ,bij,dij,Vij n )を並べて、この
数字列が小さい順番にクラス番号Ci n を与えて、各原
子を複数のクラスに分類する(S105)。そして、ク
ラスの数Nn が前のループでのクラスの数N(n-1) と等
しいか調べて、等しい場合には処理を終了する。また
は、クラスの数Nn が総原子数と等しいか調べて、等し
い場合には処理を終了する(S106)。いずれも等し
くない場合には、nに1を加えて処理をS104に戻す
(S107)。S102とS105の処理では、数字列
が小さい順にクラス番号を与えているが、大きい順にク
ラス番号を与えてもよい。Next, the order n is set to 1 (S103). Then, the attribute V ij n is given to each atom (S104). The attribute V ij n is the number of atoms having a class number j in the order n−1 that is bonded to the atom with the input number i. Furthermore, the attributes (a i , b ij , d ij , V ij n ) are arranged for each atom, and the class numbers C i n are given in the ascending order of the number sequence to classify each atom into a plurality of classes (S105). ). Then, check whether the number N n of classes is equal to the number of classes N (n-1) in the previous loop, the process is terminated if equal. Alternatively, it is checked whether the number N n of classes is equal to the total number of atoms, and if they are equal, the process ends (S106). If they are not equal, 1 is added to n and the process returns to S104 (S107). In the processes of S102 and S105, the class numbers are given in ascending order of the number string, but the class numbers may be given in ascending order.
【0036】次に、3,5−ジメチル−2,3,4,5
−テトラハイドロピリジンを例にして構成原子分類ルー
チン101のステップごとの処理を詳細に説明する。Next, 3,5-dimethyl-2,3,4,5
The step-by-step processing of the constituent atom classification routine 101 will be described in detail using tetrahydropyridine as an example.
【0037】まず、S101の処理が実行される。この
処理を実行する際には、図7(a)(b)に示すような
データが既に結合表32に書き込まれており、この結合
表32に書き込まれた各データに基づいて、各原子に3
種類の属性(ai ,bij,dij)を与える。ここで、こ
の結合表32に記録された入力番号は、図8に示すよう
に各原子が手書き入力された順番に与えられる任意の数
字である。First, the process of S101 is executed. When this processing is executed, the data as shown in FIGS. 7A and 7B has already been written in the binding table 32, and based on each data written in this binding table 32, the data is written in each atom. Three
The type attributes (a i , b ij , d ij ) are given. Here, the input numbers recorded in the bond table 32 are arbitrary numbers given in the order in which each atom is handwritten and input, as shown in FIG.
【0038】属性ai は次のように求められる。上述し
たように属性ai は入力番号iの原子の種類記号であ
る。ここで、結合表32には各原子の元素記号が記録さ
れており、これらの元素記号から原子の種類記号(原子
番号)を求めることができる。従って、元素記号を結合
表32から読み出すことによって、この元素記号に対応
した属性ai を得ることができる。その結果、a1 ,a
2 ,a4 〜a8 =6(炭素の原子番号)、a3 =7(窒
素の原子番号)がそれぞれ得られる。The attribute a i is obtained as follows. As described above, the attribute a i is the type symbol of the atom with the input number i. Here, the element symbol of each atom is recorded in the bond table 32, and the type symbol (atomic number) of the atom can be obtained from these element symbols. Therefore, by reading the element symbol from the bond table 32, the attribute a i corresponding to this element symbol can be obtained. As a result, a 1 , a
2, a 4 ~a 8 = 6 ( atomic number of carbon), a 3 = 7 (nitrogen atomic number) is obtained, respectively.
【0039】また、属性bijは次のように求められる。
上述したように属性bijは入力番号iの原子に隣接する
結合のうち、その種類記号がjである結合の数である。
結合表32には各原子の結合種が記録されており、この
結合種を結合表32から読み出すことによって属性bij
を得ることができる。その結果、b1j=(3,0,0,
0)、b2j=(1,1,0,0)、b3j=(1,1,
0,0)、b4j=(2,0,0,0)、b5j=(3,
0,0,0)、b6j=(2,0,0,0)、b7j=
(1,0,0,0)、b8j=(1,0,0,0)がそれ
ぞれ得られる。Further, the attribute b ij is obtained as follows.
As described above, the attribute b ij is the number of bonds whose kind symbol is j among the bonds adjacent to the atom of the input number i.
The bond type of each atom is recorded in the bond table 32, and the attribute b ij is read by reading the bond type from the bond table 32.
Can be obtained. As a result, b 1j = (3,0,0,
0), b 2j = (1,1,0,0), b 3j = (1,1,
0,0), b 4j = (2,0,0,0), b 5j = (3
0,0,0), b 6j = (2,0,0,0), b 7j =
(1,0,0,0) and b8j = (1,0,0,0) are obtained, respectively.
【0040】具体的には、属性bijは図9(a)(b)
に示す参照テーブル12を用いて求められる。参照テー
ブル12は2つの原子の結合関係を示す配列D(x,
y)として構成されており、結合表32の結合原子対及
び結合種のデータに基づいて作成される。ここで、xは
結合原子対データの1番目の原子の番号、yは2番目の
原子の番号であり、例えばx=2、y=3の座標位置に
は、結合種の2が丸で囲って示されている。即ち、結合
原子対が示す配列要素に結合種jが書き込まれて、参照
テーブル12が作成されている。Specifically, the attribute b ij is shown in FIGS. 9 (a) and 9 (b).
It is obtained using the reference table 12 shown in FIG. The reference table 12 is an array D (x, which indicates the bond relationship of two atoms.
y) and is created based on the bond atom pair and bond species data in the bond table 32. Here, x is the number of the first atom in the bond atom pair data, and y is the number of the second atom. For example, at the coordinate position of x = 2 and y = 3, the bond type 2 is circled. Is shown. That is, the bond type j is written in the array element indicated by the bond atom pair, and the reference table 12 is created.
【0041】この参照テーブル12を用いた属性bijの
抽出は次のように行われる。まず、参照テーブル12の
配列要素のうち、x=1又はy=1を満たす配列要素
(図9(a)において斜線で示した配列要素)を探索し
て、この配列要素に書き込まれたデータ(結合種)jを
抽出する。その結果、D(1,2)=1、D(1,6)
=1、D(1,8)=1が得られる。このように得られ
た3つの配列要素のデータjは全て1なので、b11=3
となる。また、データjが2以上の配列要素は得られな
いので、b12〜b14=0となる。The extraction of the attribute b ij using this reference table 12 is performed as follows. First, of the array elements of the reference table 12, an array element that satisfies x = 1 or y = 1 (array element indicated by diagonal lines in FIG. 9A) is searched, and the data written in this array element ( Bond type) j is extracted. As a result, D (1,2) = 1, D (1,6)
= 1 and D (1,8) = 1 are obtained. Since the data j of the three array elements thus obtained are all 1, b 11 = 3
Becomes Further, since array elements having data j of 2 or more cannot be obtained, b 12 to b 14 = 0.
【0042】次に、参照テーブル12の配列要素のう
ち、X=2又はY=2を満たす配列要素(図9(b)に
おいて斜線で示した配列要素)を探索して、この配列要
素に書き込まれたデータを抽出する。その結果、D
(1,2)=1、D(2,3)=2が得られる。このよ
うに得られた配列要素のデータjは1,2で、それぞれ
1つなので、b21=b22=1となる。また、データjが
3以上の配列要素は得られないので、b23=b24=0と
なる。Next, of the array elements of the reference table 12, an array element satisfying X = 2 or Y = 2 (array element shown by hatching in FIG. 9B) is searched and written in this array element. Extracted data. As a result, D
(1,2) = 1 and D (2,3) = 2 are obtained. The data j of the array element thus obtained is 1 and 2, and each is one, so b 21 = b 22 = 1. Further, since array elements having data j of 3 or more cannot be obtained, b 23 = b 24 = 0.
【0043】i=3〜8についても同様に処理すること
により、図10に示す属性bij(i=1〜8、j=1〜
4)が得られる。By performing the same processing for i = 3 to 8, the attribute b ij (i = 1 to 8, j = 1 to 1) shown in FIG.
4) is obtained.
【0044】さらに、属性dijは次のように求められ
る。上述したように属性dijは入力番号iの原子から最
短経路によりj個の結合を経て巡れる道筋の数である。
即ち、図8の分子構造図に基づいて説明すると、入力番
号1の原子から1個の結合を経て巡れる道筋は、(入力
番号1〜入力番号2)、(入力番号1〜入力番号6)、
(入力番号1〜入力番号8)の計3本である。また、入
力番号1の原子から2個の結合を経て巡れる道筋は、
(入力番号1〜入力番号2〜入力番号3)、(入力番号
1〜入力番号6〜入力番号5)の計2本である。Further, the attribute d ij is obtained as follows. As described above, the attribute d ij is the number of routes that can pass from the atom with the input number i through the j bonds by the shortest path.
That is, to explain based on the molecular structure diagram of FIG. 8, the paths that can pass from the atom of input number 1 through one bond are (input number 1 to input number 2), (input number 1 to input number 6) ,
There are a total of three (input number 1 to input number 8). In addition, the route that can pass from the atom of input number 1 through two bonds is
There are a total of two (input number 1 to input number 2 to input number 3) and (input number 1 to input number 6 to input number 5).
【0045】さらに、入力番号1の原子から最短経路に
より3個の結合を経て巡れる道筋は、(入力番号1〜入
力番号2〜入力番号3〜入力番号4)、(入力番号1〜
入力番号6〜入力番号5〜入力番号4)、(入力番号1
〜入力番号6〜入力番号5〜入力番号7)の計3本であ
る。さらにまた、入力番号1の原子から最短経路により
4個の結合を経て巡れる道筋は0本である。図8を見れ
ば、入力番号1の原子から4個の結合を経て巡れる道筋
は存在する。例えば、(入力番号1〜入力番号2〜入力
番号3〜入力番号4〜入力番号5)の道筋である。しか
しながら、入力番号1(出発点)から入力番号5(到着
点)に至る道筋として、入力番号6を経由して2個の結
合で巡れる道筋がある。従って、例示の道筋は出発点か
ら到着点に至る最短経路ではない。以上の処理の結果、
d1j=(3,2,3,0)が得られる。Further, the routes that can be traveled from the atom of input number 1 through the three bonds by the shortest path are (input number 1 to input number 2 to input number 3 to input number 4), (input number 1 to input number 1 to
Input number 6 to input number 5 to input number 4), (input number 1
-Input number 6-input number 5-input number 7) are three in total. Furthermore, the number of paths that can be traveled from the atom of input number 1 through the four bonds by the shortest path is 0. Looking at FIG. 8, there is a route that can be traveled from the atom of input number 1 through four bonds. For example, the route is (input number 1-input number 2-input number 3--input number 4-input number 5). However, as a route from the input number 1 (starting point) to the input number 5 (arriving point), there is a route that can be looped by two couplings via the input number 6. Therefore, the illustrated route is not the shortest route from the departure point to the arrival point. As a result of the above processing,
We obtain d 1j = (3,2,3,0).
【0046】同様の処理によって、d2j=(2,3,
2,2)、d3j=(2,2,4,0)、d4j=(2,
3,2,2)、d5j=(3,2,3,0)、d6j=
(2,4,2,0)、d7j=(1,2,2,3)、d8j
=(1,2,2,3)がそれぞれ得られる。By the same processing, d 2j = (2,3,
2,2), d 3j = (2,2,4,0), d 4j = (2
3,2,2), d 5j = (3,2,3,0), d 6j =
(2, 4, 2, 0), d 7j = (1, 2, 2, 3), d 8j
= (1,2,2,3) are obtained respectively.
【0047】具体的には、属性dijも属性bijと同様
に、参照テーブル12を参照して求められる。この参照
テーブル12を参照した属性dijの抽出はi=1、i=
2、…の順番で行われる。まず、属性d1j(i=1)が
抽出される。Specifically, the attribute d ij is also obtained by referring to the reference table 12 like the attribute b ij . The extraction of the attribute d ij with reference to the reference table 12 is i = 1, i =
It is performed in the order of 2, ... First, the attribute d 1j (i = 1) is extracted.
【0048】属性d1j(i=1)の抽出は、参照テーブ
ル12の配列要素のうち、X=1又はY=1を満たす配
列要素(図11(a)において斜線で示した配列要素)
を探索して、データが書き込まれた配列要素を抽出す
る。そして、抽出された配列要素に結合経路数として1
を書き込む。その結果、D(1,2)、D(1,6)、
D(1,8)に結合経路数1が書き込まれる(図11
(a)では結合経路数を三角形で囲んで示す)。The extraction of the attribute d 1j (i = 1) is performed by arranging the array elements satisfying X = 1 or Y = 1 among the array elements of the reference table 12 (array elements shown by hatching in FIG. 11A).
Is searched to extract the array element in which the data is written. Then, 1 is set as the number of connection paths in the extracted array element.
Write. As a result, D (1,2), D (1,6),
The coupling path number 1 is written in D (1,8) (FIG. 11).
In (a), the number of bond paths is shown by enclosing it in a triangle.
【0049】次に、結合経路数1が書き込まれた各配列
要素の添字S=(1,2),(1,6),(1,8)を
抽出する。これらの添字Sから前段の抽出処理で利用し
た1を除き、S=2,6,8を得る。このようにして得
られたS=2,6,8に基づいて、X=2,6,8又は
Y=2,6,8を満たす配列要素(図11(b)におい
て斜線で示した配列要素)を探索し、データが書き込ま
れて且つ結合経路数が書き込まれていない配列要素を抽
出する。そして、抽出された配列要素に結合経路数とし
て2を書き込む。その結果、D(2,3)、D(5,
6)に結合経路数2が書き込まれる。Next, the subscripts S = (1,2), (1,6), (1,8) of each array element in which the coupling path number 1 is written are extracted. From these subscripts S, S = 2, 6, 8 is obtained by excluding 1 used in the extraction process of the previous stage. Based on S = 2,6,8 thus obtained, array elements satisfying X = 2,6,8 or Y = 2,6,8 (array elements shaded in FIG. 11B) ) Is searched, and the array element in which the data is written and the bond path number is not written is extracted. Then, 2 is written in the extracted array element as the number of coupling paths. As a result, D (2,3), D (5,
The number of coupling paths of 2 is written in 6).
【0050】さらに、結合経路数2が書き込まれた各配
列要素の添字S=(2,3),(5,6)を抽出する。
これらの添字Sから前段の抽出処理で利用した2,6を
除き、S=3,5を得る。このようにして得られたS=
3,5に基づいて、X=3,5又はY=3,5を満たす
配列要素(図12(c)において斜線で示した配列要
素)を探索し、データが書き込まれて且つ結合経路数が
書き込まれていない配列要素を抽出する。そして、抽出
された配列要素に結合経路数として3を書き込む。その
結果、D(3,4)、D(4,5)、D(5,7)に結
合経路数3が書き込まれる。Further, the subscripts S = (2,3), (5,6) of each array element in which the number of coupling paths 2 is written are extracted.
From these subscripts S, 2 and 6 used in the previous extraction process are removed, and S = 3 and 5 are obtained. Thus obtained S =
Based on 3, 5, array elements satisfying X = 3,5 or Y = 3,5 (array elements shaded in FIG. 12C) are searched, and data is written and the number of coupling paths is Extract unwritten array elements. Then, 3 is written as the number of coupling paths in the extracted array element. As a result, the coupling path number 3 is written in D (3,4), D (4,5) and D (5,7).
【0051】以上の処理によって、全ての配列要素に結
合経路数が書き込まれる。その結果、結合経路数1の配
列要素が3個、結合経路数2の配列要素が2個、結合経
路数3の配列要素が3個、結合経路数4の配列要素が0
個となり、d1j=(3,2,3,0)が得られる。By the above processing, the number of coupling paths is written in all array elements. As a result, there are three array elements with the number of bond paths of 1, three array elements with the number of bond paths of two, three array elements with the number of bond paths of three, and zero array elements with the number of bond paths of four.
As a result, d 1j = (3,2,3,0) is obtained.
【0052】次に、属性d2j(i=2)が抽出される。
属性d2j(i=2)の抽出は、参照テーブル12の配列
要素のうち、X=2又はY=2を満たす配列要素(図1
3(a)において斜線で示した配列要素)を探索して、
データが書き込まれた配列要素を抽出する。そして、抽
出された配列要素に結合経路数として1を書き込む。そ
の結果、D(1,2)、D(2,3)に結合経路数1が
書き込まれる(図13(a)では結合経路数を三角形で
囲んで示す)。Next, the attribute d 2j (i = 2) is extracted.
The extraction of the attribute d 2j (i = 2) is performed by selecting an array element satisfying X = 2 or Y = 2 among the array elements of the reference table 12 (see FIG. 1).
3 (a), the array elements indicated by diagonal lines are searched,
Extract the array element in which the data was written. Then, 1 is written as the number of coupling paths in the extracted array element. As a result, the bond path number 1 is written in D (1, 2) and D (2, 3) (in FIG. 13A, the bond path number is enclosed by a triangle).
【0053】次に、結合経路数1が書き込まれた各配列
要素の添字S=(1,2),(2,3)を抽出する。こ
れらの添字Sから前段の抽出処理で利用した2を除き、
S=1,3を得る。このようにして得られたS=1,3
に基づいて、X=1,3又はY=1,3を満たす配列要
素(図13(b)において斜線で示した配列要素)を探
索し、データが書き込まれて且つ結合経路数が書き込ま
れていない配列要素を抽出する。そして、抽出された配
列要素に結合経路数として2を書き込む。その結果、D
(1,6)、D(1,8)、D(3,4)に結合経路数
2が書き込まれる。Next, the subscripts S = (1, 2), (2, 3) of each array element in which the coupling path number 1 is written are extracted. Except for 2 used in the previous extraction process from these subscripts S,
We obtain S = 1,3. S = 1,3 obtained in this way
Based on the above, an array element satisfying X = 1,3 or Y = 1,3 (array element shown by hatching in FIG. 13B) is searched, and data is written and the number of coupling paths is written. Extract missing array elements. Then, 2 is written in the extracted array element as the number of coupling paths. As a result, D
The coupling path number 2 is written in (1,6), D (1,8), and D (3,4).
【0054】さらに、結合経路数2が書き込まれた各配
列要素の添字S=(1,6),(1,8),(3,4)
を抽出する。これらの添字Sから前段の抽出処理で利用
した1,3を除き、S=4,6,8を得る。このように
して得られたS=4,6,8に基づいて、X=4,6,
8又はY=4,6,8を満たす配列要素(図14(c)
において斜線で示した配列要素)を探索し、データが書
き込まれて且つ結合経路数が書き込まれていない配列要
素を抽出する。そして、抽出された配列要素に結合経路
数として3を書き込む。その結果、D(4,5)、D
(5,6)に結合経路数3が書き込まれる。Further, the subscripts S = (1,6), (1,8), (3,4) of each array element in which the number of coupling paths 2 is written.
To extract. From these subscripts S, S = 4, 6, and 8 are obtained by excluding 1 and 3 used in the previous extraction process. Based on S = 4,6,8 thus obtained, X = 4,6,
8 or array elements satisfying Y = 4, 6, 8 (FIG. 14 (c))
The array element indicated by the diagonal line in (1) is searched, and the array element to which the data is written and the number of bond paths is not written is extracted. Then, 3 is written as the number of coupling paths in the extracted array element. As a result, D (4,5), D
The number of coupling paths of 3 is written in (5, 6).
【0055】さらにまた、結合経路数3が書き込まれた
各配列要素の添字S=(4,5),(5,6)を抽出す
る。これらの添字Sから前段の抽出処理で利用した4,
6を除き、S=5,5(即ち、S=5が2重に適用され
る。)を得る。このようにして得られたS=5,5に基
づいてX=5又はY=5を満たす配列要素(図14
(d)において斜線で示した配列要素)を探索して、デ
ータが書き込まれて且つ結合経路数が書き込まれていな
い配列要素を抽出する。そして、抽出された配列要素に
結合経路数として4を書き込む。その結果、D(5,
7)に結合経路数4が2つ書き込まれる。Furthermore, the subscripts S = (4,5), (5, 6) of each array element in which the coupling path number 3 is written are extracted. From these subscripts S, which were used in the previous extraction process 4,
With the exception of 6, we get S = 5,5 (ie S = 5 is applied twice). Based on S = 5,5 thus obtained, array elements satisfying X = 5 or Y = 5 (see FIG.
(D), the array elements indicated by diagonal lines are searched to extract array elements for which data is written and the number of coupling paths is not written. Then, 4 is written as the number of coupling paths in the extracted array element. As a result, D (5,
The number 4 of coupling paths is written in 7).
【0056】以上の処理によって、全ての配列要素に結
合経路数が書き込まれる。その結果、結合経路数1の配
列要素が2個、結合経路数2の配列要素が3個、結合経
路数3の配列要素が2個、結合経路数4の配列要素が2
個となり、d2j=(2,3,2,2)が得られる。By the above processing, the number of coupling paths is written in all array elements. As a result, there are two array elements with the number of bond paths of 1, three array elements with the number of bond paths of two, two array elements with the number of bond paths of three, and two array elements with the number of bond paths of four.
As a result, d 2j = (2,3,2,2) is obtained.
【0057】そして、属性dijのその他(i=3〜8)
のそれぞれについて、同様の処理を全ての配列要素に結
合経路数が書き込まれるまで続けると、図10に示すd
ij(i=1〜8、j=1〜4)が得られる。以上説明し
たS101の処理によって、3,5−ジメチル−2,
3,4,5−テトラハイドロピリジンを構成する各原子
に3種類の属性(ai ,bij,dij)が与えられた。Others of the attribute dij (i = 3 to 8)
10 is repeated until the number of bond paths is written in all the array elements, the d shown in FIG.
ij (i = 1 to 8, j = 1 to 4) are obtained. By the process of S101 described above, 3,5-dimethyl-2,
Three kinds of attributes ( ai , bij , dij ) were given to each atom constituting 3,4,5-tetrahydropyridine.
【0058】次に、S102の処理が実行される。上述
したように、S102では原子ごとに属性(ai ,
bij,dij)を並べて9桁の数字列とし、この数字列が
小さい順番にクラス番号Ci 0 を与えて、各原子を複数
のクラスに分類している。ここで与えられるクラス番号
Ci 0 は入力番号iの原子の0次のクラス番号である。Next, the process of S102 is executed. As described above, in S102, the attribute (a i ,
b ij and d ij ) are arranged to form a 9-digit number sequence, and the class numbers C i 0 are given in ascending order of the number sequence to classify each atom into a plurality of classes. The class number C i 0 given here is the 0th-order class number of the atom with the input number i.
【0059】S102の処理を具体的に説明すると、入
力番号1の原子の数字列は“630003230”であ
り、入力番号2の原子の数字列は“61100232
2”である。以下順番に、“711002240”、
“620002322”、“630003230”、
“620002420”、“610001223”、
“610001223”となる。The process of S102 will be described in detail. The number sequence of the atom with the input number 1 is "630003230", and the number sequence of the atom with the input number 2 is "61100232".
2 ". In the following order," 711002240 ",
"620002322", "630003230",
"620002420", "610001223",
It becomes "610001223".
【0060】その結果、入力番号7及び8の原子の数字
列が最小となり、これらの原子にクラス番号C7 0 =C
8 0 =1が与えられる。以下、数字列が小さい順に、入
力番号2の原子にクラス番号C2 0 =2が与えられて、
入力番号4の原子にクラス番号C4 0 =3が与えられ
る。また、入力番号6の原子にクラス番号C6 0 =4が
与えられて、入力番号1及び5の原子にクラス番号C1
0 =C5 0 =5が与えられる。さらに、入力番号3の原
子にクラス番号C3 0 =6が与えられる(図15(a)
参照)。このようにして各原子は6つのクラスに分類さ
れて、クラスの数N0 は6となる。[0060] As a result, the numeric string of the atoms of input numbers 7 and 8 is minimized, the class number C 7 to these atoms 0 = C
8 0 = 1 is given. Hereafter, the class number C 2 0 = 2 is given to the atom with the input number 2 in ascending order of the number string,
Class number C 4 0 = 3 is given to the atoms input number 4. Also, the class number C 6 0 = 4 is given to the atom of input number 6, class number C 1 to atom input number 1 and 5
0 = C 5 0 = 5 is given. Further, the class number C 3 0 = 6 is given to the atoms input number 3 (Fig. 15 (a)
reference). In this way, each atom is classified into 6 classes, and the number of classes N 0 is 6.
【0061】次に、S103の処理が実行されて、次元
nを1にする。Next, the processing of S103 is executed to set the dimension n to 1.
【0062】さらに、S104の処理が実行される。上
述したように、S104では各原子に属性Vij 1(n=1)を
与えている。ここで、属性Vij n は入力番号iの原子に
結合し、クラス番号がjである原子の数である。即ち、
図15(a)の分子構造図に基づいて説明すると、入力
番号1の原子に結合した原子の入力番号は2,6,8で
あり、これらの原子のクラス番号はC2 0 =2、C6 0
=4、C8 0 =1である。その結果、j=1,2,4の
属性V1j 1 に1が書き込まれて、V1j 1 =(1,1,
0,1,0,0)が得られる。Further, the processing of S104 is executed. As described above, the attribute V ij 1 (n = 1) is given to each atom in S104. Here, the attribute V ij n is the number of atoms having a class number j that is bonded to the atom with the input number i. That is,
Explaining based on the molecular structure diagram of FIG. 15 (a), the input numbers of atoms bonded to the atom of input number 1 are 2, 6 and 8, and the class numbers of these atoms are C 2 0 = 2, C 6 0
= 4 and C 8 0 = 1. As a result, 1 is written in the attribute V 1j 1 for j = 1, 2, 4, and V 1j 1 = (1,1,
0,1,0,0) is obtained.
【0063】また、入力番号2の原子に結合した原子の
入力番号は1,3であり、これらの原子のクラス番号は
C1 0 =5、C3 0 =6である。その結果、j=5,6
の属性V2j 1 に1が書き込まれて、V2j 1 =(0,0,
0,0,1,1)が得られる。入力番号3〜8の原子に
ついても同様に処理することにより、V3j 1 =(0,
1,1,0,0,0)、V4j 1 =(0,0,0,0,
1,1)、V5j 1 =(1,0,1,1,0,0)、V6j
1 =(0,0,0,0,2,0)、V7j 1 =(0,0,
0,0,1,0)、V8j 1 =(0,0,0,0,1,
0)がそれぞれ得られる。The input numbers of the atoms bonded to the input number 2 are 1, 3 and the class numbers of these atoms are C 1 0 = 5 and C 3 0 = 6. As a result, j = 5,6
1 is written in the attribute V 2j 1 of V 2j 1 = (0,0,
0,0,1,1) is obtained. By similarly processing the atoms of input numbers 3 to 8, V 3j 1 = (0,
1, 1, 0, 0, 0), V 4j 1 = (0, 0, 0, 0,
1, 1), V 5j 1 = (1, 0, 1, 1, 0, 0), V 6j
1 = (0,0,0,0,2,0), V 7j 1 = (0,0,
0,0,1,0), V 8j 1 = (0,0,0,0,1,
0) is obtained respectively.
【0064】具体的には、属性Vij n は図9(a)
(b)に示す参照テーブル12を用いて求められる。こ
の参照テーブル12を用いた属性Vij 1 の抽出はi=
1、i=2、…の順番で行われる。まず、属性V1j 1
(i=1)が抽出される。属性V1j 1(i=1)の抽出
は、参照テーブル12の配列要素のうち、x=1又はy
=1を満たす配列要素(図9(a)において斜線で示し
た配列要素)を探索して、データが書き込まれた配列要
素の添字S=(1,2),(1,6),(1,8)を抽
出する。これらの添字Sからi=1を除き、S=2,
6,8を得る。このようにして得られたSの値を0次の
クラス番号Ci 0 に代入して、C2 0 =2、C6 0=
4、C8 0 =1を得る。そして、j=1,2,4の属性
V1j 1 に1を書き込むことにより、V1j 1 =(1,1,
0,1,0,0)が求められる。Specifically, the attribute V ij n is as shown in FIG.
It is obtained using the reference table 12 shown in (b). The extraction of the attribute V ij 1 using this reference table 12 is i =
1, i = 2, ... First, the attribute V 1j 1
(I = 1) is extracted. The extraction of the attribute V 1j 1 (i = 1) is performed by selecting x = 1 or y from the array elements of the reference table 12.
= 1 is searched for an array element (array element indicated by diagonal lines in FIG. 9A), and the subscript S = (1, 2), (1, 6), (1 , 8). Excluding i = 1 from these subscripts S, S = 2
Get 6,8. Substituting the value of S thus obtained for the 0th-order class number C i 0 , C 2 0 = 2, C 6 0 =
4, to obtain a C 8 0 = 1. Then, by writing 1 to the attribute V 1j 1 for j = 1, 2, 4, V 1j 1 = (1,1,
0,1,0,0) is required.
【0065】次に、属性V2j 1 (i=2)が抽出され
る。属性V2j 1 (i=2)の抽出は、参照テーブル12
の配列要素のうち、X=2又はY=2を満たす配列要素
(図9(b)において斜線で示した配列要素)を探索し
て、データが書き込まれた配列要素の添字S=(1,
2),(2,3)を抽出する。これらの添字Sからi=
2を除き、S=1,3を得る。このようにして得られた
Sの値を0次のクラス番号Ci 0 に代入して、C1 0 =
5、C3 0 =6を得る。そして、j=5,6の属性V2j
1 に1を書き込むことにより、V2j 1 =(0,0,0,
0,1,1)が求められる。Next, the attribute V 2j 1 (i = 2) is extracted. The extraction of the attribute V 2j 1 (i = 2) is performed in the reference table 12
Of the array elements of X = 2 or Y = 2 (array elements shaded in FIG. 9B) are searched, and the subscript S = (1,
2), (2, 3) are extracted. From these subscripts S i =
Except for 2, we get S = 1,3. Substituting the value of S thus obtained for the 0th-order class number C i 0 , C 1 0 =
5, to obtain a C 3 0 = 6. Then, the attribute V 2j with j = 5 and 6
By writing 1 to 1, V 2j 1 = (0, 0, 0,
0,1,1) is required.
【0066】i=3〜8についても同様に処理すること
により、図16に示す属性Vij 1 (i=1〜8、j=1
〜6)が得られる。By performing similar processing for i = 3 to 8, the attribute V ij 1 (i = 1 to 8, j = 1 shown in FIG. 16 is obtained.
~ 6) is obtained.
【0067】次に、S105の処理が実行される。上述
したように、S105では原子ごとに属性(Ci n-1 ,
Vij n )を並べて、この数字列が小さい順番にクラス番
号Ci n を与えて、各原子を複数のクラスに分類してい
る。Next, the processing of S105 is executed. As described above, in S105, the attribute (C i n-1 ,
V ij n ) are arranged and the class numbers C i n are given in the ascending order of the number sequence to classify each atom into a plurality of classes.
【0068】具体的には、入力番号1の原子の数字列は
“5110100”であり、入力番号2の原子の数字列
は“2000011”である。以下順番に、“6011
000”、“3000011”、“5101100”、
“4000020”、“1000010”、“1000
010”となる。Specifically, the number sequence of the atom with the input number 1 is "5110100", and the number sequence of the atom with the input number 2 is "2000011". In the following order, "6011
000 ”,“ 3000011 ”,“ 5101100 ”,
"4000020", "1000010", "1000"
010 ".
【0069】その結果、入力番号7及び8の原子の数字
列が最小となり、これらの原子にクラス番号C7 1 =C
8 1 =1が与えられる。以下、数字列が小さい順に、入
力番号2の原子にクラス番号C2 1 =2が与えられて、
入力番号4の原子にクラス番号C4 1 =3が与えられ
る。さらに、入力番号6の原子にクラス番号C6 1 =4
が与えられて、入力番号5の原子にクラス番号C5 1 =
5が与えられる。さらにまた、入力番号1の原子にクラ
ス番号C1 1 =6が与えられて、入力番号3の原子にク
ラス番号C3 1 =7が与えられる。このようにして各原
子は7つのクラスに分類されて、クラスの数N1 は7と
なる。As a result, the number string of the atoms with the input numbers 7 and 8 becomes the minimum, and the class number C 7 1 = C is assigned to these atoms.
8 1 = 1 is given. Hereafter, the class number C 2 1 = 2 is given to the atom with the input number 2 in ascending order of the number string,
Class number C 4 1 = 3 is given to the atoms input number 4. Further, the atom with the input number 6 has the class number C 6 1 = 4.
Is given, the class number C 5 1 =
5 is given. Furthermore, the atom with the input number 1 is given the class number C 1 1 = 6, and the atom with the input number 3 is given the class number C 3 1 = 7. In this way, each atom is classified into seven classes, and the number of classes N 1 is 7.
【0070】次に、S106の処理を実行して、クラス
の数Nn がN(n-1) と等しいか調べて、等しい場合には
処理を終了する。また、クラスの数Nn が総原子数と等
しいか調べて、等しい場合には処理を終了する。ここで
は、クラスの数N1 が7で、クラスの数N0 が6なの
で、N1 とN0 とは等しくない。また、総原子数は8な
ので、クラスの数N1 と総原子数とは等しくない。この
ようにいずれも等しくないので、S107の処理を実行
してnを2とする。Next, the process of S106 is executed to check whether the number N n of classes is equal to N (n-1) . If they are equal, the process is terminated. Also, it is checked whether the number N n of classes is equal to the total number of atoms, and if they are equal, the process is terminated. Here, the number N 1 of classes is 7 and the number N 0 of classes is 6, so N 1 and N 0 are not equal. Moreover, since the total number of atoms is 8, the number of classes N 1 is not equal to the total number of atoms. Thus, since they are not equal to each other, the process of S107 is executed to set n to 2.
【0071】さらに、S104に戻って各原子に属性V
ij 2 を与える。その結果、図17に示すように、V1j 2
=(1,1,0,1,0,0,0)、V2j 2 =(0,
0,0,0,0,1,1)、V3j 2 =(0,1,1,
0,0,0,0)、V4j 2 =(0,0,0,0,1,
0,1)、V5j 2 =(1,0,1,1,0,0,0)、
V6j 2 =(0,0,0,0,1,1,0)、V7j 2 =
(0,0,0,0,1,0,0)、V8j 2 =(0,0,
0,0,0,1,0)が得られる。Further, returning to S104, the attribute V is assigned to each atom.
give ij 2 . As a result, as shown in FIG. 17, V 1j 2
= (1,1,0,1,0,0,0), V 2j 2 = (0,
0,0,0,0,1,1), V 3j 2 = (0,1,1,
0,0,0,0), V 4j 2 = (0,0,0,0,1,
0,1), V 5j 2 = (1,0,1,1,0,0,0),
V 6j 2 = (0,0,0,0,1,1,0), V 7j 2 =
(0,0,0,0,1,0,0), V 8j 2 = (0,0,
0,0,0,1,0) is obtained.
【0072】そして、S105の処理を実行して、各原
子にクラス番号Ci 2 を与える。その結果、図15
(c)に示すように、C1 2 =7、C2 2 =3、C3 2
=8、C4 2 =4、C5 2 =6、C6 2 =5、C7 2 =
2、C8 2 =1が得られる。このようにして各原子は8
つのクラスに分類されて、クラスの数N2 は8となる。
クラスの数N2 =8は総原子数と等しいので、S106
の判定によって処理を終了する。Then, the process of S105 is executed to give each atom a class number C i 2 . As a result, FIG.
As shown in (c), C 1 2 = 7, C 2 2 = 3, C 3 2
= 8, C 4 2 = 4, C 5 2 = 6, C 6 2 = 5, C 7 2 =
2, C 8 2 = 1 is obtained. In this way each atom is 8
As a result of being classified into one class, the number N 2 of classes becomes 8.
Since the number of classes N 2 = 8 is equal to the total number of atoms, S106
The process is ended by the judgment of.
【0073】次に、図18のフローチャートを用いて、
図5のS20で呼び出される正準化番号付与ルーチン1
02の処理について説明する。ここで正準化番号とは、
化合物の構造によって一意的に定まる各原子の番号であ
る。即ち、分子構造図を手書き入力することによって与
えられる入力番号は、入力する順番が異なることによっ
て変わる任意的な番号である。これに対して正準化デー
タ34は、化合物の構造にのみ依存した一意的なデータ
でなければならない。このため、任意的な入力番号から
一意的な正準化データ34を直接作成することは困難で
ある。そこで、正準化データ作成プログラム22では、
入力番号を一旦正準化番号に変換して、この一意的な正
準化番号に基づいて正準化データ34を作成することに
より、円滑な正準化データ34の作成を可能にしてい
る。Next, using the flowchart of FIG.
Canonical numbering routine 1 called in S20 of FIG.
The process of 02 will be described. Here, the canonicalization number is
It is the number of each atom that is uniquely determined by the structure of the compound. That is, the input number given by handwriting the molecular structure diagram is an arbitrary number that changes depending on the input order. On the other hand, the canonicalized data 34 must be unique data that depends only on the structure of the compound. Therefore, it is difficult to directly create the unique canonicalized data 34 from an arbitrary input number. Therefore, in the canonical data creation program 22,
The input number is once converted into a canonicalization number, and the canonicalized data 34 is created based on this unique canonicalized number, so that the canonicalized data 34 can be created smoothly.
【0074】正準化番号付与ルーチン102の処理は、
まず、変数kに1を与える(S201)。次に、構成原
子分類ルーチン101で得られた最終クラス番号Ci f
を調べて、最大の原子に正準化番号k(ここではk=
1)を与える(S202)。クラス番号が最大の原子が
複数個ある場合には、これらの原子の中から任意の原子
を選び、この原子に正準化番号kを与える。そして、全
ての原子に正準化番号が与えられた後に処理を終了する
(S203)。The process of the canonicalization number assigning routine 102 is as follows.
First, 1 is given to the variable k (S201). Next, the final class number C i f obtained by the constituent atom classification routine 101
And find the canonicalization number k (where k =
1) is given (S202). When there are a plurality of atoms having the largest class number, an arbitrary atom is selected from these atoms and a canonicalization number k is given to this atom. Then, after the canonicalization numbers are given to all the atoms, the processing is ended (S203).
【0075】次に、変数kに1を加えて(S204)、
正準化番号の決まった原子(以下、既決原子という)の
中から、まだ正準化番号が決まっていない原子(以下、
未決原子という)が結合している既決原子を抽出する
(S205)。そして、抽出された既決原子が複数ある
か判定して(S206)、抽出された既決原子が複数あ
る場合には、これらの既決原子の中で正準化番号が最小
の既決原子を選択する(S207)。そして、選択され
た既決原子に結合している未決原子の中からクラス番号
Ci f が最大の未決原子を抽出して、この未決原子の正
準化番号をkとする(S208)。なお、クラス番号C
i f が最大の既決原子が複数ある場合には、これらの既
決原子の中から任意に選択する。Next, 1 is added to the variable k (S204),
Atoms whose canonical numbers have been determined (hereinafter referred to as “determined atoms”) have no canonical numbers yet (hereinafter,
The determined atoms to which the undetermined atoms are bound are extracted (S205). Then, it is determined whether or not there are a plurality of extracted fixed atoms (S206), and when there are a plurality of extracted fixed atoms, the fixed atom with the smallest canonicalization number is selected from among these fixed atoms ( S207). Then, the undecided atom having the largest class number C i f is extracted from the undecided atoms bonded to the selected decided atom, and the canonicalization number of this undecided atom is set to k (S208). In addition, class number C
If there are multiple decided atoms with the largest i f , select among these decided atoms.
【0076】また、S206で既決原子が1つであると
判定された場合には、この既決原子に結合している未決
原子の中からクラス番号Ci f が最大の未決原子を選択
して、この未決原子に正準化番号kを与える(S20
9)。S208及びS209の処理が終了した後にS2
03に処理を戻し、全ての原子に正準化番号が与えられ
るまで、S203〜S209のループを繰り返す。When it is determined in S206 that the number of the decided atom is one, the undecided atom having the largest class number C i f is selected from the undecided atoms bonded to the decided atom, A canonicalization number k is given to this undetermined atom (S20
9). After the processing of S208 and S209 is completed, S2
The process is returned to 03, and the loop of S203 to S209 is repeated until the canonicalization numbers are given to all the atoms.
【0077】次に、正準化番号付与ルーチン102の処
理について、3,5−ジメチル−2,3,4,5−テト
ラハイドロピリジンを用いた具体例を説明する。まず、
S201の処理で変数kに1を与えて、次にS202の
処理を行う。S202の処理では、入力番号3の原子が
C3 f =8で最大なので、入力番号3の原子に正準化番
号k=1を与える。次に、S204の処理で変数kを2
にして、S205の処理で入力番号3の原子を既決原子
として抽出する。Next, with respect to the process of the canonicalization number assigning routine 102, a specific example using 3,5-dimethyl-2,3,4,5-tetrahydropyridine will be described. First,
1 is given to the variable k in the process of S201, and then the process of S202 is performed. In the process of S202, the atom with the input number 3 is C 3 f = 8, which is the maximum, so the atom with the input number 3 is given the canonicalization number k = 1. Next, the variable k is set to 2 in the process of S204.
Then, the atom of input number 3 is extracted as a determined atom in the process of S205.
【0078】このように抽出された既決原子は1つだけ
なので、次にS209の処理を行う。入力番号3の原子
に結合している未決原子は入力番号2,4の原子なの
で、これらの原子の中からクラス番号Ci f が最大の原
子を選択する。即ち、入力番号2の原子のクラス番号は
C2 f =3で、入力番号4の原子のクラス番号はC4 f
=4である。このため、入力番号4の原子を選択して、
この原子に正準化番号k=2を与える。Since there is only one determined atom thus extracted, the processing of S209 is performed next. Since the undetermined atoms bound to the atom with the input number 3 are the atoms with the input numbers 2 and 4, the atom with the largest class number C i f is selected from these atoms. That is, the class number of the atom of input number 2 is C 2 f = 3, and the class number of the atom of input number 4 is C 4 f
= 4. Therefore, select the atom with input number 4,
The canonicalization number k = 2 is given to this atom.
【0079】次に、S204の処理に戻って変数kを3
にして、S205の処理で入力番号3,4の原子を既決
原子として抽出する。このように抽出された既決原子は
複数あるので、次にS207の処理を行い、抽出された
既決原子の中から正準化番号が最小の原子を選択する。
即ち、入力番号3の原子の正準化番号は1で、入力番号
4の原子の正準化番号は2である。このため、入力番号
3の原子を選択する。そして、S208の処理を行い、
入力番号3の原子に結合した入力番号2の原子に正準化
番号k=3を与える。Next, returning to the processing of S204, the variable k is set to 3
Then, in the process of S205, the atoms having the input numbers 3 and 4 are extracted as the determined atoms. Since there are a plurality of determined atoms thus extracted, the process of S207 is performed next, and the atom having the smallest canonicalization number is selected from the extracted determined atoms.
That is, the atom of input number 3 has a canonicalization number of 1, and the atom of input number 4 has a canonicalization number of 2. Therefore, the atom with the input number 3 is selected. Then, the process of S208 is performed,
The canonicalization number k = 3 is given to the atom of input number 2 which is bonded to the atom of input number 3.
【0080】さらに、S204の処理に戻って変数kを
4にして、S205の処理で入力番号2,4の原子を既
決原子として抽出する。このように抽出された既決原子
は複数あるので、次にS207の処理を行い、抽出され
た既決原子の中から正準化番号が最小の原子を選択す
る。即ち、入力番号2の原子の正準化番号は3で、入力
番号4の原子の正準化番号は2である。このため、入力
番号4の原子を選択する。そして、S208の処理を行
い、入力番号4の原子に結合した入力番号5の原子に正
準化番号k=4を与える。Further, returning to the processing of S204, the variable k is set to 4, and the atoms of the input numbers 2 and 4 are extracted as the determined atoms in the processing of S205. Since there are a plurality of determined atoms thus extracted, the process of S207 is performed next, and the atom having the smallest canonicalization number is selected from the extracted determined atoms. That is, the atom of input number 2 has a canonicalization number of 3, and the atom of input number 4 has a canonicalization number of 2. Therefore, the atom with the input number 4 is selected. Then, the processing of S208 is performed, and the canonicalization number k = 4 is given to the atom of the input number 5 which is bonded to the atom of the input number 4.
【0081】同様の処理を繰り返すことにより、入力番
号1の原子に正準化番号5が、入力番号6の原子に正準
化番号6がそれぞれ与えられる。また、入力番号7の原
子に正準化番号7が、入力番号8の原子に正準化番号8
がそれぞれ与えられる。By repeating the same process, the atom having the input number 1 is given the canonicalization number 5, and the atom having the input number 6 is given the canonicalization number 6. The atom with the input number 7 has the canonicalization number 7 and the atom with the input number 8 has the canonicalization number 8
Are given respectively.
【0082】その後、S203の処理を行い、この段階
では全ての原子の正準化番号が求められているので処理
を終了する。その結果、図19に示すような正準化番号
が得られる。After that, the process of S203 is performed, and since the canonicalization numbers of all the atoms have been obtained at this stage, the process ends. As a result, the canonicalization number as shown in FIG. 19 is obtained.
【0083】本発明の構成原子分類ルーチン101と正
準化番号付与ルーチン102は、原子への番号付与(S
102,S105,S202,S208,S209)と
いう処理と、原子の選択(S202,S207,S20
8,S209)という判断とを含んでいる。そして、番
号付与にあたって昇順で行うか降順で行うか、また原子
の選択にあたって数字の大小の大きいものを優先するか
小さいものを優先するかは、化合物の構造と一意的に対
応する正準化データを作成するという課題が達成される
範囲で、プログラム作成者の自由な選択である(負の数
学を用いるという選択を含めて)。The constituent atom classification routine 101 and the canonicalization number assignment routine 102 of the present invention assign numbers to atoms (S
102, S105, S202, S208, S209) and atom selection (S202, S207, S20).
8, S209). Whether or not the numbers are assigned in ascending or descending order, and in selecting atoms, the one with the larger or the smaller number is given priority, the canonical data uniquely corresponding to the structure of the compound. To the extent that the task of creating is achieved, it is a free choice of the programmer (including the choice of using negative mathematics).
【0084】従って、本発明における「クラス番号の優
先順位が最高である」とは、上述の意味であって、必ず
しも数字の大きな方を選択することを意味しない。但
し、正準化番号を付与する過程で、本例のように既決原
子から順に右左右左・・・と交互に番号が付与されるア
ルゴリズムを採用するのが好ましい。Therefore, in the present invention, "the class number has the highest priority" has the above-mentioned meaning, and does not necessarily mean that the one with the larger number is selected. However, in the process of assigning the canonicalization number, it is preferable to employ an algorithm in which numbers are assigned alternately from right to left, left, ...
【0085】さらに、本発明の第2の処理部又は第2の
ステップにおいて、正準化番号を1から各原子に昇順に
番号を付けるやり方は、等差数列的({p+q(n−
1)|n=1,2,3・・・nmax})であればよく、
「1」は基準となる数学(等差数列の初項p)という意
味であリ、1そのものである必要はない。また、公差q
も1でなくてもよい。Further, in the second processing unit or the second step of the present invention, the method of assigning the canonicalization number to each atom in ascending order from 1 is the arithmetic progression ({p + q (n-
1) | n = 1,2,3 ... n max }),
"1" means the reference mathematics (the first term p of the arithmetic progression), and does not have to be 1 itself. Also, the tolerance q
Does not have to be 1.
【0086】さらにまた、本発明の第2の処理部又は第
2のステップにおいて、正準化番号を初項p(通常、総
原子数とされる)から降順(負の公差q)に各原子に与
えることもできる。この場合には、正準化番号nの次に
は、既に正準化番号が与えられている原子で、且つ正準
化番号がまだ与えられていない原子が結合している原子
の中で、正準化番号が最大である原子を選び、その原子
に結合している原子で、且つ正準化番号がまだ与えられ
ていない原子の中で、クラス番号の優先順位が最高であ
る原子に次の正準化番号n+q(qは負なので、実際に
はn−1のような値である)が与えられる。降順の場合
には、さらに、属性Piの定義は、正準化番号iの原子
に結合し且つ正準化番号が最大の原子の正準化番号、と
改められるのがよい。Furthermore, in the second processing unit or the second step of the present invention, the canonicalization number is changed from the first term p (usually the total number of atoms) in descending order (negative tolerance q) to each atom. Can also be given to. In this case, next to the canonicalization number n, among the atoms to which atoms that have already been given canonicalization numbers and which have not yet been given canonicalization numbers are bonded, Select the atom with the highest canonicalization number and select the atom that has the highest class number priority among the atoms that are bonded to that atom and have not yet been given a canonicalization number. Canonicalization number n + q (since q is negative, it is actually a value like n−1). In the case of the descending order, the definition of the attribute P i may be further amended to be the canonicalization number of the atom that has the largest canonicalization number and is connected to the atom of the canonicalization number i.
【0087】次に、図20のフローチャートを用いて、
S30で呼び出される正準化データ作成ルーチン103
の処理について説明する。この処理は、まず、図21に
示すように入力番号を正準化番号に置き換えて、結合表
32を書き替える(S301)。そして、この結合表3
2に基づいて、各原子に対して3種類のデータ(Pi,
Ti ,Si )を求める(S302)。ここで、Pi は正
準化番号i(i>1)の原子に結合して、番号が最小で
ある原子の正準化番号である。また、Ti は正準化番号
i(i>1)の原子と正準化番号Pi の原子との結合の
種類記号(この例では単結合は一、二重結合は=、三重
結合は#、芳香結合は%など)である。さらに、Si は
正準化番号i(i>0)の原子の種類記号(この例では
元素記号)である。Next, using the flowchart of FIG. 20,
Canonicalized data creation routine 103 called in S30
Will be described. In this process, first, as shown in FIG. 21, the input number is replaced with the canonicalized number, and the connection table 32 is rewritten (S301). And this combination table 3
Based on 2, three types of data (P i ,
T i , S i ) is calculated (S302). Here, P i is the canonicalization number of the atom having the smallest number by being bonded to the atom having the canonicalization number i (i> 1). Further, T i is a kind symbol of a bond between an atom having a canonicalization number i (i> 1) and an atom having a canonicalization number P i (in this example, one single bond, a double bond =, and a triple bond is #, Aroma bond is%, etc.). Further, S i is a kind symbol (element symbol in this example) of the atom having the canonicalization number i (i> 0).
【0088】具体的には、まず、正準化番号1の原子の
元素記号について、原子テーブル32aを参照して調べ
る。その結果、S1 =“N”が得られる。次に、正準化
番号2の原子と結合した原子について、原子対テーブル
32bを参照して調べる。その結果、正準化番号1,4
の原子が得られる。これらの原子の中で最小の正準化番
号は1なので、P2 =1となる。そして、正準化番号2
の原子と正準化番号1の原子との結合は単結合なので、
T2 =“−”となる。さらに、原子テーブル32aを参
照することにより、S2 =“C”が得られる。Specifically, first, the element symbol of the atom of canonicalization number 1 is examined with reference to the atom table 32a. As a result, S 1 = “N” is obtained. Next, the atom bonded to the atom having the canonicalization number 2 is examined with reference to the atom pair table 32b. As a result, canonicalization numbers 1, 4
To obtain the atom. Since the smallest canonicalization number is 1 among these atoms, P 2 = 1. And canonicalization number 2
Since the bond between the atom of and the atom of canonical number 1 is a single bond,
T 2 = “−”. Further, S 2 = “C” is obtained by referring to the atom table 32a.
【0089】次に、正準化番号3の原子と結合した原子
について、原子対テーブル32bを参照して調べる。そ
の結果、正準化番号1,5の原子が得られる。これらの
原子の中で最小の正準化番号は1なので、P3 =1とな
る。そして、正準化番号3の原子と正準化番号1の原子
との結合は二重結合なので、T3 =“=”となる。さら
に、原子テーブル32aを参照することにより、S3 =
“C”が得られる。以下同様に処理を行うことにより、
P4 =2、P5 =3、P6 =4、P7 =4、P8 =5、
T4 〜T8 =“−”、S4 〜S8 =“C”が得られる。Next, the atom bonded to the atom of canonicalization number 3 is examined with reference to the atom pair table 32b. As a result, atoms having canonicalization numbers 1 and 5 are obtained. Since the smallest canonicalization number is 1 among these atoms, P 3 = 1. Then, since the bond between the atom having the canonicalization number 3 and the atom having the canonicalization number 1 is a double bond, T 3 = “=”. Further, by referring to the atom table 32a, S 3 =
"C" is obtained. By performing the same process below,
P 4 = 2, P 5 = 3, P 6 = 4, P 7 = 4, P 8 = 5,
T 4 ~T 8 = "-" , S 4 ~S 8 = "C" is obtained.
【0090】次に、S302の処理でTi を求めた際に
参照されなかった結合原子対を抽出する(S303)。
この処理は原子対テーブル32bを参照して行う。その
結果、正準化番号5の原子と正準化番号6の原子との結
合原子対が抽出される。そして、抽出された結合原子対
に対して3種類のデータ(R1 j ,R2 j ,Hj )を求
める(S304)。ここで、R1 j ,R2 j はその結合
を構成する2つの原子の正準化番号である。また、Hj
はその結合の種類記号(この例ではTi と同じものを用
いる)である。なお、R1 j とR2 j とは、R1 j >R
2 j の関係を満たすものとする。また、別の結合原子対
(R1 k ,R2 k )とは、R1 j ≦R1 k の関係を満た
すか、R1 j =R1 k で且つR2 j <R2 k の関係を満
たすものとする。Next, a bond atom pair not referred to when T i is obtained in the process of S302 is extracted (S303).
This processing is performed with reference to the atom pair table 32b. As a result, the bond atom pair of the atom of canonicalization number 5 and the atom of canonicalization number 6 is extracted. Then, three types of data (R 1 j , R 2 j , H j ) are obtained for the extracted bond atom pairs (S304). Here, R 1 j and R 2 j are the canonicalization numbers of the two atoms forming the bond. Also, H j
Is the type symbol of the bond (in this example the same as T i is used). R 1 j and R 2 j are R 1 j > R
The relationship of 2 j is satisfied. Further, with another bond atom pair (R 1 k , R 2 k ), the relation of R 1 j ≦ R 1 k is satisfied, or the relation of R 1 j = R 1 k and R 2 j <R 2 k is satisfied. Shall be satisfied.
【0091】以上の処理によって、図22に示す正準化
木構造データが作成できた。By the above processing, the canonicalized tree structure data shown in FIG. 22 can be created.
【0092】次に、S302及びS304の処理で求め
た各データを一列に並べて、正準化データを作成する
(S305)。即ち、原子の種類記号及び結合の種類記
号と異なる区切り記号Fを定義して、S302及びS3
04の処理で求めた各データを以下のように並べる。 S1 、P2 、T2 、S2 、P3 、T3 、S3 、P4 、T
4 、S4 、……、PN、TN 、SN 、F、R1 1 、H
1 、R2 1 、F、R1 2 、H2 、R2 2 、……、F、R
1 M 、HM 、R2 M 、F ここで、Nは総原子数であり、MはS304の抽出され
た結合原子対の総数である。Next, the data obtained in the processing of S302 and S304 are arranged in a line to create canonicalized data (S305). That is, a delimiter F different from the atom type symbol and the bond type symbol is defined, and S302 and S3 are defined.
The respective data obtained in the processing of 04 are arranged as follows. S 1 , P 2 , T 2 , S 2 , P 3 , T 3 , S 3 , P 4 , T
4 , S 4 , ..., P N , T N , S N , F, R 11 1 , H
1, R 2 1, F, R 1 2, H 2, R 2 2, ......, F, R
1 M , H M , R 2 M , F where N is the total number of atoms and M is the total number of extracted bond atom pairs in S304.
【0093】このようにして得られたデータ列は、化合
物の構造と一意的に対応する正準化データである。具体
的には、区切り記号Fを“/”として、得られたデータ
を所定の順番に並べると、 “N1=C1=C2−C3−C4−C4−C5−C/5
−6/” が得られる。そして、この正準化データは化合物情報フ
ァイル33に書き込まれて保存される(S306)。そ
の後、処理は終了する。The data string thus obtained is the canonical data uniquely corresponding to the structure of the compound. Specifically, if the delimiter F is "/" and the obtained data are arranged in a predetermined order, "N1 = C1 = C2-C3-C4-C4-C5-C / 5" is obtained.
-6 / "is obtained. Then, the canonical data is written and stored in the compound information file 33 (S306). After that, the process ends.
【0094】なお、本発明は上記実施形態に限定される
ことなく、本発明の趣旨から逸脱しない範囲内におい
て、例えば以下のように変更することも可能である。The present invention is not limited to the above-described embodiment, but may be modified as follows, for example, without departing from the spirit of the present invention.
【0095】(1)上記実施形態では、正準化データと
して原子の種類記号Si を含めたデータ列を用いている
が、最も出現頻度が高い原子の種類記号(通常は炭素の
C)をデータ列から除いてもよい。即ち、上述した正準
化データから炭素Cの記号を省略することにより、 “N1−1=2−3−4−4−5−/5−6/” が得られる。このようにしてデータ列を短くすることに
より、化合物情報ファイル33に書き込まれるデータ量
を削減することができる。(1) In the above embodiment, the data string including the atom type symbol S i is used as the canonical data, but the atom type symbol with the highest frequency of occurrence (usually carbon C) is used. It may be excluded from the data string. That is, "N1-1 = 2-3-4-4-5- / 5-6 /" is obtained by omitting the carbon C symbol from the above canonicalized data. By thus shortening the data string, the amount of data written in the compound information file 33 can be reduced.
【0096】(2)正準化番号付与ルーチン102で
は、S209の処理でクラス番号Ci fが最大の未決原
子が複数選択された場合に、次の処理を追加してもよ
い。(2) In the canonicalization number assignment routine 102, the following process may be added when a plurality of undecided atoms having the largest class number C i f are selected in the process of S209.
【0097】(a)クラス番号Ci f が最大の未決原子
が環状構造部分に属していない場合には、複数の未決原
子の中から任意の未決原子を選択して、この未決原子の
正準化番号をkとする。その後に処理をS203に戻
す。(A) When the undecided atom with the largest class number C i f does not belong to the cyclic structure part, an arbitrary undecided atom is selected from a plurality of undecided atoms, and the canonical atom of this undecided atom is selected. Let the chemical number be k. After that, the process returns to S203.
【0098】(b)クラス番号Ci f が最大の未決原子
が環状構造部分に属している場合には、S209で選択
された未決原子(以下、候補原子という)とこれらの候
補原子に結合した既決原子との結合を切断した構造につ
いて、各候補原子に対して次のベクトル量を定義する。(B) When the undecided atom with the largest class number C i f belongs to the cyclic structure portion, the undecided atom selected in S209 (hereinafter referred to as the candidate atom) is bonded to these candidate atoms. The following vector quantity is defined for each candidate atom in the structure in which the bond with the determined atom is broken.
【0099】mik:候補原子iと、正準化番号kである
原子間の最小結合数 予め、この属性について優先順位を定めておき、最も優
先順位の高い原子iを選択して、その原子の正準化番号
をkとする。その後に処理をS203に戻す。M ik : the minimum number of bonds between the candidate atom i and the atom with the canonicalization number k. Priorities are set in advance for this attribute, the atom i with the highest priority is selected, and that atom is selected. Let the canonicalization number of k be k. After that, the process returns to S203.
【0100】ここで、原子の属性値に基づく原子の選択
基準を例示する。まず、スカラー量についてはその大小
による。また、ベクトル量については2つのベクトル
i,kの要素がVij,Vkjのとき、Vij≠Vkjである要
素の中で最小のjにおける大小を優先順位の判定基準と
する。このような判定基準を用いることにより、属性b
ij,dij,Vij n ,mijの優先順位を定めることができ
る。また複数の属性によって優先順位が定まる場合に
は、予め、属性間にも優先順位を定めておき、優先順位
の高い属性での判定を優先するのが好ましい。Here, the selection criteria of atoms based on the attribute values of the atoms will be exemplified. First, the amount of scalar depends on its size. Regarding the vector amount, when the elements of the two vectors i and k are V ij and V kj , the size of the smallest j among the elements of V ij ≠ V kj is used as the criterion for determining the priority order. By using such a criterion, the attribute b
ij, d ij, V ij n , it is possible to prioritize the m ij. Further, when the priority order is determined by a plurality of attributes, it is preferable to set the priority order among the attributes in advance and give priority to the determination with the attribute having the higher priority order.
【0101】なお、上記の本発明にかかる正準化データ
作成方法によって図23(a)に示すC60分子の正準化
データを求めたところ、C60分子の構造を一意的に特定
する正準化データ(図23(b))を僅か1.5秒で得
ることができた。これに対して、原子を等価原子毎に分
類する処理過程を経ていないモルガン・アルゴリズムに
よって、同一性能の情報処理装置を用いてC60分子の正
準化データを求めたところ、正準化データを得るのに5
50秒を要した。従って、本発明において上記本発明に
かかる正準化データ作成手段及び方法を採用すれば、本
発明にかかる情報処理の速度が大幅に向上する。When the canonical data of the C 60 molecule shown in FIG. 23 (a) was obtained by the above canonical data creating method according to the present invention, the canonical data uniquely identifying the structure of the C 60 molecule was obtained. The normalized data (FIG. 23 (b)) could be obtained in only 1.5 seconds. On the other hand, when the canonical data of the C 60 molecule was obtained by the Morgan algorithm which did not go through the process of classifying the atoms into equivalent atoms, the canonical data of the C 60 molecule was obtained. 5 to get
It took 50 seconds. Therefore, if the canonical data creating means and method according to the present invention are adopted in the present invention, the speed of information processing according to the present invention is significantly improved.
【0102】[0102]
【発明の効果】以上詳細に説明したように、本発明の正
準化データ作成装置であれば、入力手段で受け付けられ
た各原子についての固有データ及び原子間の結合対デー
タは正準化データ作成手段に与えられる。そして、正準
化データ作成手段では、これらのデータに基づいて正準
化データが作成される。また、本発明の正準化データ作
成方法であれば、化合物を構成する各原子についての固
有データ及び原子間の結合対データに基づいて正準化デ
ータが作成される。As described in detail above, in the canonical data generation device of the present invention, the unique data for each atom and the bond pair data between atoms accepted by the input means are canonical data. Given to the means of creation. Then, the canonicalized data creating means creates canonicalized data based on these data. Further, according to the canonical data creation method of the present invention, the canonical data is created based on the unique data for each atom constituting the compound and the bond pair data between the atoms.
【0103】このように、本発明の正準化データ作成装
置及び正準化データ作成方法で作成された正準化データ
は、非常に短い文字・数字・記号列であり、少ない記憶
領域で正準化データを保存することができる。このた
め、本発明の正準化データ作成装置及び正準化データ作
成方法を化合物/反応データベースシステムで利用すれ
ば、化合物/反応データベースシステムの記憶領域の使
用量を大幅に削減させることができる。As described above, the canonicalized data created by the canonicalized data creating apparatus and the canonicalized data creating method of the present invention is a very short string of characters, numbers and symbols, and can be created in a small storage area. Normalized data can be saved. Therefore, if the canonical data creating device and the canonical data creating method of the present invention are used in a compound / reaction database system, the amount of storage area used in the compound / reaction database system can be significantly reduced.
【図1】正準化データ作成装置の構成を示すブロック図
である。FIG. 1 is a block diagram showing a configuration of a canonical data creation device.
【図2】(a)は、結合表の原子テーブルの内容を示す
図である。(b)は、結合表の原子対テーブルの内容を
示す図である。FIG. 2A is a diagram showing the contents of an atom table of a binding table. (B) is a figure which shows the content of the atom pair table of a connection table.
【図3】化合物情報ファイルのデータ内容を示す図であ
る。FIG. 3 is a diagram showing data contents of a compound information file.
【図4】正準化データ作成装置の動作の概要を示す概略
図である。FIG. 4 is a schematic diagram showing an outline of the operation of the canonical data creation device.
【図5】メインルーチンの処理の概要を示すフローチャ
ートである。FIG. 5 is a flowchart showing an outline of processing of a main routine.
【図6】構成原子分類ルーチンの処理の概要を示すフロ
ーチャートである。FIG. 6 is a flowchart showing an outline of processing of a constituent atom classification routine.
【図7】(a)は、結合表の原子テーブルの内容を示す
図である。(b)は、結合表の原子対テーブルの内容を
示す図である。FIG. 7A is a diagram showing the contents of an atom table of a binding table. (B) is a figure which shows the content of the atom pair table of a connection table.
【図8】3,5−ジメチル−2,3,4,5−テトラハ
イドロピリジンを構成する各原子と入力番号との関係を
示す図である。FIG. 8 is a diagram showing a relationship between each atom constituting 3,5-dimethyl-2,3,4,5-tetrahydropyridine and an input number.
【図9】(a)(b)は、参照テーブルのデータ内容を
示す図である。9A and 9B are diagrams showing data contents of a reference table.
【図10】3,5−ジメチル−2,3,4,5−テトラ
ハイドロピリジンを構成する各原子に与えられた3種類
の属性(ai ,bij,dij)を示す図である。FIG. 10 is a diagram showing three types of attributes (a i , b ij , d ij ) given to each atom constituting 3,5-dimethyl-2,3,4,5-tetrahydropyridine.
【図11】(a)(b)は、参照テーブルのデータ内容
を示す図である。11A and 11B are views showing data contents of a reference table.
【図12】(c)は、参照テーブルのデータ内容を示す
図である。FIG. 12C is a diagram showing data contents of a reference table.
【図13】(a)(b)は、参照テーブルのデータ内容
を示す図である。13A and 13B are diagrams showing data contents of a reference table.
【図14】(c)(d)は、参照テーブルのデータ内容
を示す図である。14 (c) and (d) are views showing data contents of a reference table.
【図15】(a)(b)(c)は、3,5−ジメチル−
2,3,4,5−テトラハイドロピリジンを構成する各
原子とクラス番号との関係を示す図である。15 (a), (b) and (c) are 3,5-dimethyl-.
It is a figure which shows the relationship between each atom which comprises 2,3,4,5-tetrahydropyridine, and a class number.
【図16】3,5−ジメチル−2,3,4,5−テトラ
ハイドロピリジンを構成する各原子に与えられた属性V
ij 1 を示す図である。FIG. 16 is an attribute V assigned to each atom constituting 3,5-dimethyl-2,3,4,5-tetrahydropyridine.
It is a figure which shows ij 1 .
【図17】3,5−ジメチル−2,3,4,5−テトラ
ハイドロピリジンを構成する各原子に与えられた属性V
ij 2 を示す図である。FIG. 17 is an attribute V assigned to each atom constituting 3,5-dimethyl-2,3,4,5-tetrahydropyridine.
It is a figure which shows ij 2 .
【図18】正準化番号付与ルーチンの処理の概要を示す
フローチャートである。FIG. 18 is a flowchart showing an outline of processing of a canonicalization number assignment routine.
【図19】3,5−ジメチル−2,3,4,5−テトラ
ハイドロピリジンを構成する各原子と正準化番号との関
係を示す図である。FIG. 19 is a diagram showing a relationship between each atom constituting 3,5-dimethyl-2,3,4,5-tetrahydropyridine and a canonicalization number.
【図20】正準化データ作成ルーチンの処理の概要を示
すフローチャートである。FIG. 20 is a flowchart showing an outline of processing of a canonicalized data creation routine.
【図21】(a)は、結合表の原子テーブルの内容を示
す図である。(b)は、結合表の原子対テーブルの内容
を示す図である。FIG. 21 (a) is a diagram showing the contents of an atom table of a binding table. (B) is a figure which shows the content of the atom pair table of a connection table.
【図22】正準化木構造データのデータ内容を示す図で
ある。FIG. 22 is a diagram showing the data content of canonicalized tree structure data.
【図23】(a)は、C60分子の分子構造を示す図であ
る。(b)は、C60分子の正準化データを示す図であ
る。FIG. 23 (a) is a diagram showing a molecular structure of a C 60 molecule. (B) is a diagram showing a canonical data C 60 molecules.
1…正準化データ作成装置、10…画像メモリ、11…
作業用メモリ、20…主記憶装置、21…オペレーティ
ングシステム、22…正準化データ作成プログラム、3
0…ハードディスク装置、31…結合表ファイル、32
…結合表、33…化合物情報ファイル、34…正準化デ
ータ、40…ディスプレイ、50…マウス、60…キー
ボード、70…プリンタ、80…CPU、100…メイ
ンルーチン、101…構成原子分類ルーチン(第1の処
理部)、102…正準化番号付与ルーチン(第2の処理
部)、103…正準化データ作成ルーチン(第3の処理
部)、A…入力手段、B…正準化データ作成手段。1 ... Canonicalized data creating device, 10 ... Image memory, 11 ...
Working memory, 20 ... Main storage device, 21 ... Operating system, 22 ... Canonicalized data creation program, 3
0 ... Hard disk device, 31 ... Binding table file, 32
... bond table, 33 ... compound information file, 34 ... canonical data, 40 ... display, 50 ... mouse, 60 ... keyboard, 70 ... printer, 80 ... CPU, 100 ... main routine, 101 ... constituent atom classification routine (first 1 processing unit), 102 ... Canonical number assigning routine (second processing unit), 103 ... Canonical data creation routine (3rd processing unit), A ... Input means, B ... Canonical data creation means.
Claims (4)
データ及び原子間の結合対データの入力を受け付ける入
力手段と、 前記入力手段で受け付けられた各データに基づいて、前
記化合物の化学構造を一意的に特定できる正準化データ
を作成する正準化データ作成手段とを備えた正準化デー
タ作成装置であって、 前記正準化データ作成手段は、 各原子を等価原子ごとに別のクラスに分類して、クラス
ごとに異なるクラス番号を各原子に与える第1の処理部
と、 前記第1の処理部で各原子に与えられたクラス番号に基
づいて、前記化合物の構造と一意的に対応した正準化番
号を各原子に与える第2の処理部と、 前記第2の処理部で各原子に与えられた正準化番号に基
づいて、前記正準化データを作成する第3の処理部とを
備えることを特徴とした正準化データ作成装置。1. A chemical structure of a compound is uniquely defined based on input means for accepting input of unique data for each atom constituting a compound and bond pair data between atoms, and each data accepted by the input means. A canonical data creating device having canonical data creating means for creating canonically specified canonical data, wherein the canonical data creating means is a class for each atom of different equivalent atoms. A first processing unit that gives each atom a different class number for each class, and a unique structure of the compound based on the class number given to each atom in the first processing unit. A second processing unit that gives a corresponding canonicalization number to each atom, and a third processing unit that creates the canonicalization data based on the canonicalization number given to each atom by the second processing unit. And a processing unit. Canonical data creating apparatus.
これらの属性が一つでも異なる原子は非等価であると判
定できることを利用して、各原子を等価原子ごとに異な
るクラス番号を付与しており、 前記3種類の属性(ai ,bij,dij)の中で、ai は
入力番号iの原子の種類記号であり、bijは入力番号i
の原子に隣接する結合のうち、その種類記号がjである
結合の数であり、dijは入力番号iの原子から最短経路
により、j個の結合を経て巡れる道筋の数であり、 前記第2の処理部は、 正準化番号を1から昇順に各原子に与える過程におい
て、前記クラス番号の優先順位が最高である原子に正準
化番号1を与え、以降正準化番号nまでが付与されてい
るとき、既に正準化番号が与えられている原子で、且つ
まだ正準化番号が与えられていない原子が結合している
原子の中で、正準化番号が最小である原子を選び、その
原子に結合している原子で、且つまだ正準化番号が与え
られていない原子の中で、前記クラス番号の優先順位が
最高である原子に正準化番号n+1を与えており、 前記第3の処理部は、 各原子に3種類の属性(Pi ,Ti ,Si )を与えて、
これらの属性を一列に並べることによって前記正準化デ
ータを作成しており、 前記3種類の属性(Pi ,Ti ,Si )の中で、Pi は
正準化番号iの原子に結合し且つ正準化番号が最小の原
子の正準化番号であり、Ti は正準化番号iの原子と正
準化番号Pi の原子との結合の種類記号であり、Si は
正準化番号iの原子の種類記号であることを特徴とした
請求項1記載の正準化データ作成装置。2. The first processing unit gives each atom three kinds of attributes (a i , b ij , d ij ),
Utilizing the fact that it is possible to determine that atoms having different even one of these attributes are not equivalent, each atom is given a different class number for each equivalent atom, and the three types of attributes (a i , b ij , d ij ), a i is the symbol of the atom of the input number i, and b ij is the input number i
Is the number of bonds whose type symbol is j among the bonds adjacent to the atom, and d ij is the number of routes that can pass from the atom with the input number i through j bonds by the shortest path, The second processing unit assigns the canonicalization number 1 to the atom having the highest priority of the class number in the process of assigning the canonicalization number to each atom in ascending order from 1, and thereafter, up to the canonicalization number n. Is given, the canonicalization number is the smallest among the atoms to which atoms that have already been given canonicalization numbers and which have not yet been given canonicalization numbers are bound. Select an atom, and give the canonicalization number n + 1 to the atom that has the highest priority of the class number among the atoms that are bonded to the atom and have not yet been given the canonicalization number. The third processing unit includes three types of attributes (P i , T i , S i ),
The canonicalized data is created by arranging these attributes in a line. Among the three types of attributes (P i , T i , S i ), P i is an atom with a canonicalization number i. Is the canonicalization number of the atom that is bonded and has the smallest canonicalization number, T i is the type symbol of the bond between the atom of canonicalization number i and the atom of canonicalization number P i , and S i is The canonical data creation device according to claim 1, wherein the canonical code is the atom type symbol of the canonicalization number i.
データ及び原子間の結合対データに基づいて、前記化合
物の化学構造を一意的に特定できる正準化データを作成
する正準化データ作成方法であって、 各原子を等価原子ごとに別のクラスに分類して、クラス
ごとに異なるクラス番号を各原子に与える第1のステッ
プと、 前記第1のステップで各原子に与えられたクラス番号に
基づいて、前記化合物の構造と一意的に対応した正準化
番号を各原子に与える第2のステップと、 前記第2のステップで各原子に与えられた正準化番号に
基づいて、前記正準化データを作成する第3のステップ
とを備えることを特徴とした正準化データ作成方法。3. A canonical data creation method for creating canonical data capable of uniquely identifying the chemical structure of the compound based on the unique data for each atom constituting the compound and the bond pair data between the atoms. Where each atom is classified into a different class for each equivalent atom, and a first step of giving each atom a different class number for each class, and a class number given to each atom in the first step The second step of giving each atom a canonicalization number uniquely corresponding to the structure of the compound, and the canonical number given to each atom in the second step, And a third step of creating canonical data.
これらの属性が一つでも異なる原子は非等価であると判
定できることを利用して、各原子を等価原子ごとに異な
るクラス番号を付与しており、 前記3種類の属性(ai ,bij,dij)の中で、ai は
入力番号iの原子の種類記号であり、bijは入力番号i
の原子に隣接する結合のうち、その種類記号がjである
結合の数であり、dijは入力番号iの原子から最短経路
により、j個の結合を経て巡れる道筋の数であり、 前記第2のステップは、 正準化番号を1から昇順に各原子に与える過程におい
て、前記クラス番号の優先順位が最高である原子に正準
化番号1を与え、以降正準化番号nまでが付与されてい
るとき、既に正準化番号が与えられている原子で、且つ
まだ正準化番号が与えられていない原子が結合している
原子の中で、正準化番号が最小である原子を選び、その
原子に結合している原子で、且つまだ正準化番号が与え
られていない原子の中で、前記クラス番号の優先順位が
最高である原子に正準化番号n+1を与えており、 前記第3のステップは、 各原子に3種類の属性(Pi ,Ti ,Si )を与えて、
これらの属性を一列に並べることによって前記正準化デ
ータを作成しており、 前記3種類の属性(Pi ,Ti ,Si )の中で、Pi は
正準化番号iの原子に結合し且つ正準化番号が最小の原
子の正準化番号であり、Ti は正準化番号iの原子と正
準化番号Pi の原子との結合の種類記号であり、Si は
正準化番号iの原子の種類記号であることを特徴とした
請求項3記載の正準化データ作成方法。4. The first step is to give each atom three kinds of attributes (a i , b ij , d ij ),
Utilizing the fact that it is possible to determine that atoms having different even one of these attributes are not equivalent, each atom is given a different class number for each equivalent atom, and the three types of attributes (a i , b ij , d ij ), a i is the symbol of the atom of the input number i, and b ij is the input number i
Is the number of bonds whose type symbol is j among the bonds adjacent to the atom, and d ij is the number of routes that can pass from the atom with the input number i through j bonds by the shortest path, In the second step, in the process of giving canonical numbers to atoms in ascending order from 1, the atom having the highest priority of the class number is given the canonical number 1, and thereafter the canonical numbers n are assigned. When attached, the atom that has already been given a canonicalization number and has the smallest canonicalization number among the atoms to which atoms that have not yet been given a canonicalization number are bound. And assigns the canonicalization number n + 1 to the atom that has the highest priority of the class number among the atoms that are bonded to the atom and have not yet been given the canonicalization number. In the third step, each atom has three kinds of attributes (P i , T i , S i ),
The canonicalized data is created by arranging these attributes in a line. Among the three types of attributes (P i , T i , S i ), P i is an atom with a canonicalization number i. Is the canonicalization number of the atom that is bonded and has the smallest canonicalization number, T i is the type symbol of the bond between the atom of canonicalization number i and the atom of canonicalization number P i , and S i is The canonical data creation method according to claim 3, wherein the atom type symbol of the canonicalization number i is used.
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP8125123A JPH09305628A (en) | 1996-05-20 | 1996-05-20 | Device for generating canonized data and its method |
PCT/JP1997/001661 WO1997044744A1 (en) | 1996-05-20 | 1997-05-16 | Normalized data generator, normalized data generating method and recording medium for generating normalized data |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP8125123A JPH09305628A (en) | 1996-05-20 | 1996-05-20 | Device for generating canonized data and its method |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH09305628A true JPH09305628A (en) | 1997-11-28 |
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Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
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JP8125123A Pending JPH09305628A (en) | 1996-05-20 | 1996-05-20 | Device for generating canonized data and its method |
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JP (1) | JPH09305628A (en) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009265855A (en) * | 2008-04-24 | 2009-11-12 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | Conformational notation device and method |
-
1996
- 1996-05-20 JP JP8125123A patent/JPH09305628A/en active Pending
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009265855A (en) * | 2008-04-24 | 2009-11-12 | National Institute Of Advanced Industrial & Technology | Conformational notation device and method |
JP4691728B2 (en) * | 2008-04-24 | 2011-06-01 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | Conformational notation device and notation method |
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