JP7527665B2 - トルコギキョウ植物を判別する方法、作出する方法、及びトルコギキョウ植物 - Google Patents
トルコギキョウ植物を判別する方法、作出する方法、及びトルコギキョウ植物 Download PDFInfo
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Description
〔1〕
フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を判別する方法であって、被検トルコギキョウ植物が、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、上記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物であると判別することを含む、方法。
(1)AGTTTGCTTCCAGTGAGACCTCCAGCTCTATATATACCTGCATAAATGACGTAATAATAGAAATATGATGTGATAGTGTGTTAGTGAGGAAATTCAGTAAATACAAATAGGAAGTTTCTAATAAACTGCTAAGATCATTCCAGCTGTTTTTTCATCCAATATAGCAAGCGAACTTTCTTGTCTAAACCACAATCACATTGCCTTTGCT(配列番号1)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)CAGAAGATGACGAGGCATACCATCAATCAAAAAATATATGTCAAAAAGTAATACAGACAATTGAATAGGCATAAAAAAACAAGGGGAAAAAATAAGCAAGCATCATATCGTTCATTTTATTCCAACCATAGTTATCGAACACAGCTTAGTAGTTTAGTGGTTCAACTGGTAGGCCATTGAGCCAAACTTTAAGTTTTATATATTACTAAAATAATATAGGGCGGACCTTCGAGCAACTGGTAAAGGTGATGCTTTGTAACCTTGAGGTCACGGGTTCGTCCCGCGGAAATAGCCTCGAGTTCGAGCCACAGAAATAATCTCTTGTACAAAGTGTAAGATAAGGCTGCGTACATCAGATTGCGAAACGATCTGGCC(配列番号2)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)GTCACGAGTTCAAGCTGCGAAAACAACCTCTTGTAAAAAAAAGTGTAGGTTATGAATGTACGGGATGTAAAAACAGAATCTTGTAAAAAAAGTGTAGATATGACTGCACATATCAGATCGCAAAGCGATTCCGTTTCTCTCCGGACCTTGCTTGCACAAACGTAGGAAGTTACTACGGGAGCGTCCTTTGTAT(配列番号3)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)CTGTCTCATCTTTCGGCGCTTCCTCTTAAGTCTCCTCATTCTCTTCTTCTTCCACTGAACATGGCACAAACACAATCACGTTAACAGATGAAAACACTTC(配列番号4)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)GATTGATCTCTAGACTTTATATGTTAGTCTATAAATAGGGCTATATAATCTGTTAAGTCAATCAATAAGATCGCTTCTTTCTTCTTTTCTACACTTGAAGA(配列番号5)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)TGTGAAGTCATTCCAGATTCCTTGGAAACCCCATCCAGTGTATAACTGAGCACCATATCTCGCTAATGACTTGACATTTAAAAAATAGGTGCCTTACGGTT(配列番号6)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)TTTGCCCTCAAGGTCCTTCCACATTTGCAGGAGAGAAGATGTACGAGTGCTGGCACTGTCTTGCTCACCCTCCCATAGCCGCCCAGACTCTGGAGATTGTGCATTTTTAAGAATAGAAGAACCAAAAATGGAATGATTGGGCAAACCAGTAACAGCCATTCCACTTCAGTAATCAAAATCAACCATCTGACAACCCAATCATGCTAATCATAGCATAAAGTAGCATATAACACATCCATATGCTCTCATCACATCCAAAAACTGTCCATTACCAATATGCAGTTACATCAAACACCTGGTATTTGATATACAAGTGTCAGAAAATTACATTTCTGGAAAAAGAGAAAAGGTCATAACGCCCATCTTTTCTCTGAAAAGTGAAACCCACCCAACAAAAAAACTGAAAAAGTCAACATTTGAAGGCCACCGAATTATTCAAAATTTGGAATCAAATAAAGCGACGACATAAAACCCATCAATAAAAATAGAATCTTGCACACTCGCCCACCCTACCTCCCAATCA(配列番号19)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)TGCTTCAGCCCGCAATCTAAACTTCATGATCCAGCTCTTTATCAAATGCTGCATAAGGTAACTGATAATCTTTTATCAATCCGGGCATATTTGTAGTGTCATGTCTCCTTAATTTTCTATCCTGGATGACACTTTTCAATGAAGCTTTTCATTGATCTAATTTTCTTAATGGCAATAGTGTTCATGTTGTAAGTTATTTAGATCTTGTACTCCATGTTTTATCTTGGTTTCTCTTCCTCTCCCCCTTTAAATGTGATTATATACTTTAGTTTCTGGAGCTTATTTAGTATTGAATTGGTTGATTGCCTTCATGTTGATACTTGTTACATTATGGAGATTTGATTTATCATTCCTGTATTGCAGTTCATGCGAAAAGTGCTTGCACTGCTGATGGCTGAGTTCCGAAAGCTAGGTGCTAATGTTGTACATGCAACCTTTTCAAAATTCATCATTGACACTGGGAAATCTGATCTTCTTGCCGCAAAAGCTTATTGTGATAGTTTGCTCAAAACTCTGCAGACT(配列番号21)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)CCGGTGTGGGCTCAACATTAGCAAACCATGAAGTGTTTTTTTTTCACCTTTATTTGACATACCATGAAGTGTTAATCCACAATTACAAAAAATAACAAGTTTGTTAAGAAAGGCAAGGTCACCAAACAGCGGTCACACATATATACATACACACACATATATATATATATATAATGACACCTTTTAGAGAAAAAAAACTTAAGTGCTGTACCGGACATGCTCGGTGGGCTCTGGTGTCAATATTATACTATGATCATGATTAGGGCTGTAAATGAACCAAGCCGTTCGGTTGTTAGGCTCGTTTGGTTCGAGCTCAAACTCGAGCTCGGCTCGGATAAAAGGTTAATGAACAGAGCTTGAACACCTTTTTCTGTTCGAGCTCGGTAAGTGACACCGTTCGTTTAAGGTGTTCGGCTCGTTAATGTTGTTCGTTGAGTTAAACGAACCAAGCTTGAACAAGTAAATATGTTCGTTTAAATAAACGAACAAGCTCGGCTCGTTCGCTAAGTTAAATGAACAGAGCTTGAACAACGCAATGCTCGGCTCGTTCGGCTCGTTTACAGCCCTAATCATGATTAAAATGACAGGATACATATATACACACACTTTTCTTTCGACCTGCATAATTCTTTATTCTTTTTCAGTCCCTCAATGTTTTCTACTTTCTGTATAAAAGCATTATAATTTTGTAGACTTATGAAATACCCTAATTTGGTTGTCGAAGCAAAACTTCACAGGACTTCAAATAGACATGATAATATATCTGCGCTAACTTAATTATGATAACTGATGCTTTTGTTTTCTCATATACATAAATTTGTGTCTACTTTCTTTTTATGAACAAGGGGGAGAAGGGTGTCTGGAT(配列番号23)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)TCCAGTTCTACGATCAGAGCCTTAATCGAAAAAGCATAAACCAATAAACCACCGAACATGTTAGCGATGATGAGTGTAGCAACCTTTTGTCCATTGTACGGGTTGCACCTCCATTACGGTGCATTTTTCGGTCAAGGTACGCCTTGGCCATTGGGTATATTATTTACATTGTTCCAAAAAAGATGATGAGTGTAGCAAAACAGAAAATCCGTCTTATTATTTTATCTTTTAATGGTTAATGAGTAATATTTTAAGTCGGTCACTAATTATTGATAATGCTCCGTAATTTACAAGTTGGTCTCTTTGGGAG(配列番号25)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)TGGCATGACAAAAGCTAGGCTACTAAAAGACTAGGCAACCCTTTTATAAGCATATTGCATCCTGCAAGTGATGCCTTCATTCATCTTTCACTACAACGAATCAACGGAAGCAAGCTAGAAAAGCTAACTTCTGTTTTGTTTTGTCATTCTAGTTACCAATATGCACCTAAAGGAATCAACGGGCTATTTGCATTCAAACAGTGGAAAAAAAAAACTACACACATTGGAATTAAGAAGTCATTACAGTCAGACACAATAATTCGCCACGTGCCATCCTTGTAGAGAAAAACAAGAAACAGATACAGCTATCAAACATATTTTCTTCAAGGAACTTACGGCGAGACAATATGCTTACAGTTAAAGAAAACCATTATTTGCCAAGTAAGCAGAAAATATTGCTCAGGGGCCTTCA(配列番号27)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)TCTTTGCCTTCGACTTCTTTCATCTTTTAGGGTTTCCACTGCTTTTGTAACATATATACAATGATGAACTACTCTATAAATATGATGGTGATAAAATTTATTAAGAAAAAAAAAAGAAAAGATTGATGAATGCCGCCCGGTAAGGTCCCGAGTTCGAACCAGAATCAGAAACGGAACTAGCTTTCGAATATATATGTCCTAATAGCCATGCATCCTGTAACACTTTTCTACTATAAGTCCTAATAGTCTAAAAAACTGTACATTGAGGCCTTCTCTTCCCATTTTGCCCAAATTTCCTGGGACCAGCCA(配列番号29)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)GGGAGGACGTCATACTGCAGCCTCCACAGGAAAAGATTCAGTCGACTAGAGCTCTTAAGTTTCCATATACGATGCGTAGCTTGAGCATTCCGAGACTATGTCGCTGATGTTTGCACAGTATAGACGCTAGCGACACAAAATCTACCCGAAGCGTTTGGTCCTCATCGCCAACAATCGTCCGTGTGGTTCTCCATTCGGCTGGGTCTGTGTAGTTCCTTCTTCAATATGTATGAGCCAAGTCAAACTCGAATAGTTCGGCTCTTTTAAAGAGTTATAACGTTATCAAGCCGAACTCGAACATATCTTAAGACTCGATATATTGACCAAGTCAAGTCAAACTGTTTTTTAACTTAAACGAGTCTAAACTCGAAAACCTACTATTTGATTCGGTTTGGCTCGTTAACCGCATTGTAATTATCTCATCATTCTTGTCGATTTTATTTTTTGTGCTTCACTCTATTTAATTCGTAAGAAAATTCTATTTAATTAAACTTTATATTAAAAAGAAGTTTCTTTTCTTGTTTATGGGAACCATGATCTAACCAAATATTCACTATGTTATACTGTAATAGATGAGGAGAGGGAAATATAAGAGCAACG(配列番号31)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)CTCCTCCGAATCCACTTGAGGTGCATATAGGCTTATAATATTGATTGCTTCTTTTTCAAGCACCAACTTACGGGCTATAGTTCTTTCTCCTTTCCTAAAAACACCTACTACTAAGTATGTTAATCATGCATCTGCAATAACTCCAACTCCAACTCCATTTATTATCTTATTCTTTCATGTGTACATGATTTTAAATCTTGAATTATCCAGCATCCTATCTTTTGAACATATCCACTTTGTCTCTTGTAAAAATAAAATATTTATTTTTATCCTTATCATTGAATCCACTAATTCTATTGTTTATCCCGTTAGAGTTCCAGTGTTGCATGTTCGTAGTCTTATACTCTTACCTAAACTAGTATTTTGTCTCTTAGTATCTAACTTACGGTTTAAGAACTCTTGCTTATTTTTCACTGTATTCGAGTTCTCTAGGAGATGCAGCGTCTCCAGTTCAATTGTCGTCCCATTCGAGCCATGCGACGAGGATCCTTGTTTATTTGACACTACATCCAAGTACCTCAGATGCA(配列番号33)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)TGGTGAAATTAGCATTACAGTTTCATCTTTATTTGCAGAAATTTTCCCATAAGTTAAAAGCATAGCTAAAAACGCGTTAACTTGGCAAGTACTCGGCCTTTAACATTGATTAGACATGTGTAAAGGTTGATCTTAATGTTAGGTCCCTTAGAACACACTAAAAGGGGAGTTGAATAGTGTGTTCACCAAGTATGATTATTTTCTACGTATAAAGCAAAATTGTTAGAACATGTCATTTTAGAAATCCATTATTGAACTCCAGATCAATGCAAACCCATATCAATTTAGCAAAATTCTTATTCTCTATACCAATTCCTCTATTGGATTCTCTAATTCAAACATCTACGAAATTCCATCCATATGTAAATCAAGTATCACGAATTCTTTCGCGTTAAACTATTCTAA(配列番号35)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)CAGAAGATGACGAGGCATACCATCAATCAAAAAATATATGTCAAAAAGTAATACAGACAATTGAATAGGCATAAAAAAACAAGGGGAAAAAATAAGCAAGCATCATATCGTTCATTTTATTCCAACCATAGTTATCGAACACAGCTTAGTAGTTTAGTGGTTCAACTGGTAGGCCATTGAGCCAAACTTTAAGTTTTATATATTACTAAAATAATATAGGGCGGACCTTCGAGCAACTGGTAAAGGTGATGCTTTGTAACCTTGAGGTCACGGGTTCGTCCCGCGGAAATAGCCTCGAGTTCGAGCCACAGAAATAATCTCTTGTACAAAGTGTAAGATAAGGCTGCGTACATCAGATTGCGAAACGATCTGGCC(配列番号37)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)TGGCACTCTTGTGAAAGACAGTTTTATATATATAAGAGTCGCTATATATATTTTGATCATATAATGAATCTAATTCAAACTAGTAACATGCATGTTGTATATGTATGTACTATAGCAAATGGGATCACCTTTAAGACGATCTAATCAATAAACATTAAGTATGCATATGCTTAAAGTGAAATATTTGAAAGAAAAAGTTATGCCGCTAGCAATGTAGAGGTGGATTCGTTTAAAGGCCACAAGACGTTATAACTTAATTATTTTTATAAATAGTGCAATGATTGTTGTTGTATTTTTATAAATACTGCAATTAATTAATCTATGCAGGTATATATAGAGTCGAGGGTTTCACTGGA(配列番号39)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)GGTCTTCAGATGGACGTGACTTGGTATCTAATTGAATAGTTCGCTAAGTACAAAATTGTGCACGGGATGGATGATCTATCAATAGTTCATATTCATTGTATCTTATGTTACAGTCTAATTTAAACAATGGACGATCTCGTTTTTGCGATTTTTGATCACAATAAAAAAAAAATACATTAAAAGTGGACAAATAATTCGATGCAATTGATGCACTATGAAGCAAATTTGATCCTCTCGCTCAAGGTCGTAATACTGCTTAATAATTAGGTTATGGTTACTATGGGTCATCGGAAAACAACCTCTGTATGTTTCTAATACATGGATATGGTTGCATACATCTGACCCCTATACCCGCCATAGACGGGAGCCTCTAACGCAATGGTGTAATGTTGTGTTGTAATTAGGTTATGGTTACAAGGGTGGGCCTTGAACCAACTAGTAAGTTTGTTGCTTTGTAACTTTAAGGTTACCGGTTCAAGCCTGCCTCTTACACAAAGTACTGAATAAGACTTCATATATCACATCGCAAAACGATTCGACCCCTCTTTAGATCGTGCGTAAACG(配列番号41)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)GCTGCAACATTCACTTGACTTGGTCTGGTGGATGCTTCATTTCCAGAACTTTGAGCCACCCCAACAGAAACCCACAAATAAGAGATCAAAACCAACACTGTTCTCCACATATATAACTTGGCCTGCATTTTTTGCACAAAAGCCGCAGCTCAAAGTGTGATTCTTGATGTCTTTCTGGAAATATGAGTGCATCTGCAGAGAGATGCATTATGAACTCTGGGAATTCTAGTACAGAATTTGTGGAATCGTGGAAATTTGACATGGCTTGCAGGTAAGTTTCTTATACATTATTAATAATTTTTTTTCTTATTTCAAATTATATTCAGGCGCGGAAGGTTCCATATTTATTGAATCAAACTATACTGTCCTATATCTAACTTCTGCGTATCTATTCCATGAAAGGTACGAAGAAGAAGAAGTTACTTGCATTTGATTAATGAACTAAAGACGACAACAACATTCCATATGACTTTAGAGTCTCTCGCTTATGGCAGTGTATAGATGGTCGGATGTACACAACTATACCTATATGTTAGAAACGCATAGATGTTTCCCGATGACCCATAATAAAAATTGTGTCAAGCTATGTCGATCAACTGCTATCTCTCACCCCATTTTCCATCGTCCGCCACGTGCCAACAGGGAGGGTGAGCCTAAATGAGAGAATGGGGAGGAAGAATTGTATGAGTGGGATGGCTGGCGCGTGGTGGACAGAGGGAAAGGAGGTGAGGGATTTGAGGGTCCACACTAAAAGTAGCCGATAGACCTTAAGAGGGAAATTTAACTTATGTACAATCTAAAATGTCGCCTCATGTTTCAAACACACTCATCATAAACTTTTAGACCTGATAAGCTTATGACCATTATGCCCAAGTCGTATTAGCACCATACTACATGCTTAGTCG(配列番号43)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
〔2〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号7のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号8のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(3)の配列番号3に対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号9のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号22の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号24の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号26の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号28の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号30の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号32の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号34の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号36の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号38の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号40の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号42の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号44の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することである、〔1〕に記載の方法。
〔3〕
上記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
上記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
上記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、〔1〕又は〔2〕に記載の方法。
〔4〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおけ152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおけ260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおけ538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位の塩基が挿入されていることであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、〔1〕~〔3〕のいずれかに記載の方法。
〔5〕
上記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセットを用いたPCR法によって増幅したDNA断片の長さに基づき、
配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを、決定することをさらに含む、〔4〕に記載の方法。
〔6〕
被検トルコギキョウ植物が、上記(1)~(19)からなる群から選択される3以上の条件を満たす場合に、上記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物であると判別することを含む、〔1〕~〔5〕のいずれかに記載の方法。
〔7〕
〔1〕~〔6〕のいずれかの方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかのゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するためのマーカー。
〔8〕
ユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma exaltatum)とフザリウム属菌による立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物において、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、上記交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含む、フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を作出する方法。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
〔9〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号7のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号8のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号9のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号22の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号24の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号26の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号28の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号30の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号32の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号34の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号36の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号38の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号40の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号42の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号44の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することである、〔8〕に記載の方法。
〔10〕
上記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
上記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
上記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、〔8〕又は〔9〕に記載の方法。
〔11〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおける152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166~193位の塩基が挿入されていることであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、〔8〕~〔10〕のいずれかに記載の方法。
〔12〕
上記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセットを用いたPCR法によって増幅したDNA断片の長さに基づき、
配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを、決定することをさらに含む、〔11〕に記載の方法。
〔13〕
上記交配後代トルコギキョウ植物が、上記(1)~(19)からなる群から選択される3以上の条件を満たす場合に、上記交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含む、〔8〕~〔12〕のいずれかに記載の方法。
〔14〕
〔8〕~〔13〕のいずれかの方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかのゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するためのマーカー。
〔15〕
ユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma exaltatum)とフザリウム属菌による立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物であって、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たすトルコギキョウ植物。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
〔16〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号7の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号8の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号9の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号22の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号24の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号26の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号28の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号30の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号32の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号34の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号36の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号38の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号40の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号42の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号44の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することである、〔15〕に記載の交配後代トルコギキョウ植物。
〔17〕
上記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
上記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
上記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、〔15〕又は〔16〕に記載の交配後代トルコギキョウ植物。
〔18〕 上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおける152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位塩基が挿入されていることであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、〔15〕~〔17〕のいずれかに記載の交配後代トルコギキョウ植物。
〔P1〕
フザリウム・ソラニーによる立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を判別する方法であって、被検トルコギキョウ植物が、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、上記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム・ソラニーによる立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物であると判別することを含む、方法。
(1)AGTTTGCTTCCAGTGAGACCTCCAGCTCTATATATACCTGCATAAATGACGTAATAATAGAAATATGATGTGATAGTGTGTTAGTGAGGAAATTCAGTAAATACAAATAGGAAGTTTCTAATAAACTGCTAAGATCATTCCAGCTGTTTTTTCATCCAATATAGCAAGCGAACTTTCTTGTCTAAACCACAATCACATTGCCTTTGCT(配列番号1)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)CAGAAGATGACGAGGCATACCATCAATCAAAAAATATATGTCAAAAAGTAATACAGACAATTGAATAGGCATAAAAAAACAAGGGGAAAAAATAAGCAAGCATCATATCGTTCATTTTATTCCAACCATAGTTATCGAACACAGCTTAGTAGTTTAGTGGTTCAACTGGTAGGCCATTGAGCCAAACTTTAAGTTTTATATATTACTAAAATAATATAGGGCGGACCTTCGAGCAACTGGTAAAGGTGATGCTTTGTAACCTTGAGGTCACGGGTTCGTCCCGCGGAAATAGCCTCGAGTTCGAGCCACAGAAATAATCTCTTGTACAAAGTGTAAGATAAGGCTGCGTACATCAGATTGCGAAACGATCTGGCC(配列番号2)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)GTCACGAGTTCAAGCTGCGAAAACAACCTCTTGTAAAAAAAAGTGTAGGTTATGAATGTACGGGATGTAAAAACAGAATCTTGTAAAAAAAGTGTAGATATGACTGCACATATCAGATCGCAAAGCGATTCCGTTTCTCTCCGGACCTTGCTTGCACAAACGTAGGAAGTTACTACGGGAGCGTCCTTTGTAT(配列番号3)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)CTGTCTCATCTTTCGGCGCTTCCTCTTAAGTCTCCTCATTCTCTTCTTCTTCCACTGAACATGGCACAAACACAATCACGTTAACAGATGAAAACACTTC(配列番号4)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)GATTGATCTCTAGACTTTATATGTTAGTCTATAAATAGGGCTATATAATCTGTTAAGTCAATCAATAAGATCGCTTCTTTCTTCTTTTCTACACTTGAAGA(配列番号5)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)TGTGAAGTCATTCCAGATTCCTTGGAAACCCCATCCAGTGTATAACTGAGCACCATATCTCGCTAATGACTTGACATTTAAAAAATAGGTGCCTTACGGTT(配列番号6)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)TTTGCCCTCAAGGTCCTTCCACATTTGCAGGAGAGAAGATGTACGAGTGCTGGCACTGTCTTGCTCACCCTCCCATAGCCGCCCAGACTCTGGAGATTGTGCATTTTTAAGAATAGAAGAACCAAAAATGGAATGATTGGGCAAACCAGTAACAGCCATTCCACTTCAGTAATCAAAATCAACCATCTGACAACCCAATCATGCTAATCATAGCATAAAGTAGCATATAACACATCCATATGCTCTCATCACATCCAAAAACTGTCCATTACCAATATGCAGTTACATCAAACACCTGGTATTTGATATACAAGTGTCAGAAAATTACATTTCTGGAAAAAGAGAAAAGGTCATAACGCCCATCTTTTCTCTGAAAAGTGAAACCCACCCAACAAAAAAACTGAAAAAGTCAACATTTGAAGGCCACCGAATTATTCAAAATTTGGAATCAAATAAAGCGACGACATAAAACCCATCAATAAAAATAGAATCTTGCACACTCGCCCACCCTACCTCCCAATCA(配列番号19)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)TGCTTCAGCCCGCAATCTAAACTTCATGATCCAGCTCTTTATCAAATGCTGCATAAGGTAACTGATAATCTTTTATCAATCCGGGCATATTTGTAGTGTCATGTCTCCTTAATTTTCTATCCTGGATGACACTTTTCAATGAAGCTTTTCATTGATCTAATTTTCTTAATGGCAATAGTGTTCATGTTGTAAGTTATTTAGATCTTGTACTCCATGTTTTATCTTGGTTTCTCTTCCTCTCCCCCTTTAAATGTGATTATATACTTTAGTTTCTGGAGCTTATTTAGTATTGAATTGGTTGATTGCCTTCATGTTGATACTTGTTACATTATGGAGATTTGATTTATCATTCCTGTATTGCAGTTCATGCGAAAAGTGCTTGCACTGCTGATGGCTGAGTTCCGAAAGCTAGGTGCTAATGTTGTACATGCAACCTTTTCAAAATTCATCATTGACACTGGGAAATCTGATCTTCTTGCCGCAAAAGCTTATTGTGATAGTTTGCTCAAAACTCTGCAGACT(配列番号21)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)CCGGTGTGGGCTCAACATTAGCAAACCATGAAGTGTTTTTTTTTCACCTTTATTTGACATACCATGAAGTGTTAATCCACAATTACAAAAAATAACAAGTTTGTTAAGAAAGGCAAGGTCACCAAACAGCGGTCACACATATATACATACACACACATATATATATATATATAATGACACCTTTTAGAGAAAAAAAACTTAAGTGCTGTACCGGACATGCTCGGTGGGCTCTGGTGTCAATATTATACTATGATCATGATTAGGGCTGTAAATGAACCAAGCCGTTCGGTTGTTAGGCTCGTTTGGTTCGAGCTCAAACTCGAGCTCGGCTCGGATAAAAGGTTAATGAACAGAGCTTGAACACCTTTTTCTGTTCGAGCTCGGTAAGTGACACCGTTCGTTTAAGGTGTTCGGCTCGTTAATGTTGTTCGTTGAGTTAAACGAACCAAGCTTGAACAAGTAAATATGTTCGTTTAAATAAACGAACAAGCTCGGCTCGTTCGCTAAGTTAAATGAACAGAGCTTGAACAACGCAATGCTCGGCTCGTTCGGCTCGTTTACAGCCCTAATCATGATTAAAATGACAGGATACATATATACACACACTTTTCTTTCGACCTGCATAATTCTTTATTCTTTTTCAGTCCCTCAATGTTTTCTACTTTCTGTATAAAAGCATTATAATTTTGTAGACTTATGAAATACCCTAATTTGGTTGTCGAAGCAAAACTTCACAGGACTTCAAATAGACATGATAATATATCTGCGCTAACTTAATTATGATAACTGATGCTTTTGTTTTCTCATATACATAAATTTGTGTCTACTTTCTTTTTATGAACAAGGGGGAGAAGGGTGTCTGGAT(配列番号23)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)TCCAGTTCTACGATCAGAGCCTTAATCGAAAAAGCATAAACCAATAAACCACCGAACATGTTAGCGATGATGAGTGTAGCAACCTTTTGTCCATTGTACGGGTTGCACCTCCATTACGGTGCATTTTTCGGTCAAGGTACGCCTTGGCCATTGGGTATATTATTTACATTGTTCCAAAAAAGATGATGAGTGTAGCAAAACAGAAAATCCGTCTTATTATTTTATCTTTTAATGGTTAATGAGTAATATTTTAAGTCGGTCACTAATTATTGATAATGCTCCGTAATTTACAAGTTGGTCTCTTTGGGAG(配列番号25)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)TGGCATGACAAAAGCTAGGCTACTAAAAGACTAGGCAACCCTTTTATAAGCATATTGCATCCTGCAAGTGATGCCTTCATTCATCTTTCACTACAACGAATCAACGGAAGCAAGCTAGAAAAGCTAACTTCTGTTTTGTTTTGTCATTCTAGTTACCAATATGCACCTAAAGGAATCAACGGGCTATTTGCATTCAAACAGTGGAAAAAAAAAACTACACACATTGGAATTAAGAAGTCATTACAGTCAGACACAATAATTCGCCACGTGCCATCCTTGTAGAGAAAAACAAGAAACAGATACAGCTATCAAACATATTTTCTTCAAGGAACTTACGGCGAGACAATATGCTTACAGTTAAAGAAAACCATTATTTGCCAAGTAAGCAGAAAATATTGCTCAGGGGCCTTCA(配列番号27)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)TCTTTGCCTTCGACTTCTTTCATCTTTTAGGGTTTCCACTGCTTTTGTAACATATATACAATGATGAACTACTCTATAAATATGATGGTGATAAAATTTATTAAGAAAAAAAAAAGAAAAGATTGATGAATGCCGCCCGGTAAGGTCCCGAGTTCGAACCAGAATCAGAAACGGAACTAGCTTTCGAATATATATGTCCTAATAGCCATGCATCCTGTAACACTTTTCTACTATAAGTCCTAATAGTCTAAAAAACTGTACATTGAGGCCTTCTCTTCCCATTTTGCCCAAATTTCCTGGGACCAGCCA(配列番号29)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)GGGAGGACGTCATACTGCAGCCTCCACAGGAAAAGATTCAGTCGACTAGAGCTCTTAAGTTTCCATATACGATGCGTAGCTTGAGCATTCCGAGACTATGTCGCTGATGTTTGCACAGTATAGACGCTAGCGACACAAAATCTACCCGAAGCGTTTGGTCCTCATCGCCAACAATCGTCCGTGTGGTTCTCCATTCGGCTGGGTCTGTGTAGTTCCTTCTTCAATATGTATGAGCCAAGTCAAACTCGAATAGTTCGGCTCTTTTAAAGAGTTATAACGTTATCAAGCCGAACTCGAACATATCTTAAGACTCGATATATTGACCAAGTCAAGTCAAACTGTTTTTTAACTTAAACGAGTCTAAACTCGAAAACCTACTATTTGATTCGGTTTGGCTCGTTAACCGCATTGTAATTATCTCATCATTCTTGTCGATTTTATTTTTTGTGCTTCACTCTATTTAATTCGTAAGAAAATTCTATTTAATTAAACTTTATATTAAAAAGAAGTTTCTTTTCTTGTTTATGGGAACCATGATCTAACCAAATATTCACTATGTTATACTGTAATAGATGAGGAGAGGGAAATATAAGAGCAACG(配列番号31)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)CTCCTCCGAATCCACTTGAGGTGCATATAGGCTTATAATATTGATTGCTTCTTTTTCAAGCACCAACTTACGGGCTATAGTTCTTTCTCCTTTCCTAAAAACACCTACTACTAAGTATGTTAATCATGCATCTGCAATAACTCCAACTCCAACTCCATTTATTATCTTATTCTTTCATGTGTACATGATTTTAAATCTTGAATTATCCAGCATCCTATCTTTTGAACATATCCACTTTGTCTCTTGTAAAAATAAAATATTTATTTTTATCCTTATCATTGAATCCACTAATTCTATTGTTTATCCCGTTAGAGTTCCAGTGTTGCATGTTCGTAGTCTTATACTCTTACCTAAACTAGTATTTTGTCTCTTAGTATCTAACTTACGGTTTAAGAACTCTTGCTTATTTTTCACTGTATTCGAGTTCTCTAGGAGATGCAGCGTCTCCAGTTCAATTGTCGTCCCATTCGAGCCATGCGACGAGGATCCTTGTTTATTTGACACTACATCCAAGTACCTCAGATGCA(配列番号33)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)TGGTGAAATTAGCATTACAGTTTCATCTTTATTTGCAGAAATTTTCCCATAAGTTAAAAGCATAGCTAAAAACGCGTTAACTTGGCAAGTACTCGGCCTTTAACATTGATTAGACATGTGTAAAGGTTGATCTTAATGTTAGGTCCCTTAGAACACACTAAAAGGGGAGTTGAATAGTGTGTTCACCAAGTATGATTATTTTCTACGTATAAAGCAAAATTGTTAGAACATGTCATTTTAGAAATCCATTATTGAACTCCAGATCAATGCAAACCCATATCAATTTAGCAAAATTCTTATTCTCTATACCAATTCCTCTATTGGATTCTCTAATTCAAACATCTACGAAATTCCATCCATATGTAAATCAAGTATCACGAATTCTTTCGCGTTAAACTATTCTAA(配列番号35)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)CAGAAGATGACGAGGCATACCATCAATCAAAAAATATATGTCAAAAAGTAATACAGACAATTGAATAGGCATAAAAAAACAAGGGGAAAAAATAAGCAAGCATCATATCGTTCATTTTATTCCAACCATAGTTATCGAACACAGCTTAGTAGTTTAGTGGTTCAACTGGTAGGCCATTGAGCCAAACTTTAAGTTTTATATATTACTAAAATAATATAGGGCGGACCTTCGAGCAACTGGTAAAGGTGATGCTTTGTAACCTTGAGGTCACGGGTTCGTCCCGCGGAAATAGCCTCGAGTTCGAGCCACAGAAATAATCTCTTGTACAAAGTGTAAGATAAGGCTGCGTACATCAGATTGCGAAACGATCTGGCC(配列番号37)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)TGGCACTCTTGTGAAAGACAGTTTTATATATATAAGAGTCGCTATATATATTTTGATCATATAATGAATCTAATTCAAACTAGTAACATGCATGTTGTATATGTATGTACTATAGCAAATGGGATCACCTTTAAGACGATCTAATCAATAAACATTAAGTATGCATATGCTTAAAGTGAAATATTTGAAAGAAAAAGTTATGCCGCTAGCAATGTAGAGGTGGATTCGTTTAAAGGCCACAAGACGTTATAACTTAATTATTTTTATAAATAGTGCAATGATTGTTGTTGTATTTTTATAAATACTGCAATTAATTAATCTATGCAGGTATATATAGAGTCGAGGGTTTCACTGGA(配列番号39)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)GGTCTTCAGATGGACGTGACTTGGTATCTAATTGAATAGTTCGCTAAGTACAAAATTGTGCACGGGATGGATGATCTATCAATAGTTCATATTCATTGTATCTTATGTTACAGTCTAATTTAAACAATGGACGATCTCGTTTTTGCGATTTTTGATCACAATAAAAAAAAAATACATTAAAAGTGGACAAATAATTCGATGCAATTGATGCACTATGAAGCAAATTTGATCCTCTCGCTCAAGGTCGTAATACTGCTTAATAATTAGGTTATGGTTACTATGGGTCATCGGAAAACAACCTCTGTATGTTTCTAATACATGGATATGGTTGCATACATCTGACCCCTATACCCGCCATAGACGGGAGCCTCTAACGCAATGGTGTAATGTTGTGTTGTAATTAGGTTATGGTTACAAGGGTGGGCCTTGAACCAACTAGTAAGTTTGTTGCTTTGTAACTTTAAGGTTACCGGTTCAAGCCTGCCTCTTACACAAAGTACTGAATAAGACTTCATATATCACATCGCAAAACGATTCGACCCCTCTTTAGATCGTGCGTAAACG(配列番号41)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)GCTGCAACATTCACTTGACTTGGTCTGGTGGATGCTTCATTTCCAGAACTTTGAGCCACCCCAACAGAAACCCACAAATAAGAGATCAAAACCAACACTGTTCTCCACATATATAACTTGGCCTGCATTTTTTGCACAAAAGCCGCAGCTCAAAGTGTGATTCTTGATGTCTTTCTGGAAATATGAGTGCATCTGCAGAGAGATGCATTATGAACTCTGGGAATTCTAGTACAGAATTTGTGGAATCGTGGAAATTTGACATGGCTTGCAGGTAAGTTTCTTATACATTATTAATAATTTTTTTTCTTATTTCAAATTATATTCAGGCGCGGAAGGTTCCATATTTATTGAATCAAACTATACTGTCCTATATCTAACTTCTGCGTATCTATTCCATGAAAGGTACGAAGAAGAAGAAGTTACTTGCATTTGATTAATGAACTAAAGACGACAACAACATTCCATATGACTTTAGAGTCTCTCGCTTATGGCAGTGTATAGATGGTCGGATGTACACAACTATACCTATATGTTAGAAACGCATAGATGTTTCCCGATGACCCATAATAAAAATTGTGTCAAGCTATGTCGATCAACTGCTATCTCTCACCCCATTTTCCATCGTCCGCCACGTGCCAACAGGGAGGGTGAGCCTAAATGAGAGAATGGGGAGGAAGAATTGTATGAGTGGGATGGCTGGCGCGTGGTGGACAGAGGGAAAGGAGGTGAGGGATTTGAGGGTCCACACTAAAAGTAGCCGATAGACCTTAAGAGGGAAATTTAACTTATGTACAATCTAAAATGTCGCCTCATGTTTCAAACACACTCATCATAAACTTTTAGACCTGATAAGCTTATGACCATTATGCCCAAGTCGTATTAGCACCATACTACATGCTTAGTCG(配列番号43)のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
〔P2〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号7のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号8のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(3)の配列番号3に対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号9のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号22の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号24の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号26の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号28の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号30の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号32の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号34の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号36の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号38の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号40の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号42の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号44の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することである、〔P1〕に記載の方法。
〔P3〕
上記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
上記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
上記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、〔P1〕又は〔P2〕に記載の方法。
〔P4〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおけ152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおけ260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおけ538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位の塩基が挿入されていることであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、〔P1〕~〔P3〕のいずれかに記載の方法。
〔P5〕
上記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセットを用いたPCR法によって増幅したDNA断片の長さに基づき、
配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを、決定することをさらに含む、〔P4〕に記載の方法。
〔P6〕
被検トルコギキョウ植物が、上記(1)~(19)からなる群から選択される3以上の条件を満たす場合に、上記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム・ソラニーによる立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物であると判別することを含む、〔P1〕~〔P5〕のいずれかに記載の方法。
〔P7〕
〔P1〕~〔P6〕のいずれかの方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかのゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するためのマーカー。
〔P8〕
ユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma exaltatum)とフザリウム・ソラニーによる立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物において、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、上記交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含む、フザリウム・ソラニーによる立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を作出する方法。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
〔P9〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号7のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号8のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号9のゲノムDNAの配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号22の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号24の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号26の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号28の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号30の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号32の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号34の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号36の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号38の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号40の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号42の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号44の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することである、〔P8〕に記載の方法。
〔P10〕
上記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
上記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
上記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、〔P8〕又は〔P9〕に記載の方法。
〔P11〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおける152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166~193位の塩基が挿入されていることであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、〔P8〕~〔P10〕のいずれかに記載の方法。
〔P12〕
上記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセットを用いたPCR法によって増幅したDNA断片の長さに基づき、
配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを、決定することをさらに含む、〔P11〕に記載の方法。
〔P13〕
上記交配後代トルコギキョウ植物が、上記(1)~(19)からなる群から選択される3以上の条件を満たす場合に、上記交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含む、〔P8〕~〔P12〕のいずれかに記載の方法。
〔P14〕
〔P8〕~〔P13〕のいずれかの方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかのゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するためのマーカー。
〔P15〕
ユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma exaltatum)とフザリウム・ソラニーによる立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物であって、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たすトルコギキョウ植物。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
〔P16〕
上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号7の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号8の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号9の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号20の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号22の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号24の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号26の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号28の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号30の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号32の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号34の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号36の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号38の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号40の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号42の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAが配列番号44の配列と少なくとも90%の配列同一性を有することである、〔P15〕に記載の交配後代トルコギキョウ植物。
〔P17〕
上記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
上記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
上記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、〔P15〕又は〔P16〕に記載の交配後代トルコギキョウ植物。
〔P18〕 上記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
上記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
上記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
上記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
上記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおける152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位塩基が挿入されていることであり、
上記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
上記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
上記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
上記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
上記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
上記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
上記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
上記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
上記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
上記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、〔P15〕~〔P17〕のいずれかに記載の交配後代トルコギキョウ植物。
(接種方法)
水耕装置(ホームハイポニカSarah,協和(株))にトルコギキョウ植物を定植し、約3週間後に注射針で株元2箇所に針刺し付傷処理後に、菌濃度1×107~1×108個/mLのフザリウム・ソラニー懸濁液を1mL/株ずつ株元灌注する方法で接種を行う。
フザリウム・オキシスポラムの接種については、トルコギキョウ植物を土に定植し断根処理処理後に、菌濃度1×107~1×108個/mLのフザリウム・オキシスポラム懸濁液を1mL/株ずつ株元灌注する方法で接種を行う。
(評価)
フザリウム・ソラニー種後1週間毎に発病程度を調査し、表1に記載のように、発病度、発病株率を算出する。他のフザリウム属菌についても同様に抵抗性を評価することができる。
本実施形態に係る、フザリウム属菌(例えば、フザリウム・ソラニー)による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を判別する方法(以下「本判別方法」ともいう)は、被検トルコギキョウ植物が、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、上記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム属菌(例えば、フザリウム・ソラニー)による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物であると判別することを含む。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
配列番号1における56~157位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号2における174~213位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号3における139~154位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間における、配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間における、配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号23のゲノムDNAにおける260位~569位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間における、配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位における配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位における配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位における配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位における配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、並びにこれらの組み合わせからなる群から選択されるものが挙げられる。
本実施形態に係る、フザリウム属菌(例えば、フザリウム・ソラニー)による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を作出する方法(以下「本作出方法」ともいう)は、ユーストマ・エグザルタトゥムとフザリウム・ソラニーによる立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物において、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、当該交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含む。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
上記(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合には、当該交配後代トルコギキョウ植物が、フザリウム属菌(例えば、フザリウム・ソラニー)による立枯病に対して抵抗性を示す可能性が高いからである。
本発明は、一実施形態として、ユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma exaltatum)とフザリウム属菌(例えば、フザリウム・ソラニー)による立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物であって、相同染色体上の少なくとも1箇所において、以下の(1)~(19)からなる群から選択される1以上の条件を満たすトルコギキョウ植物も提供する。
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
トルコギキョウ生産圃場で立枯病を発症した個体から分離したフザリウム・ソラニーに対し極強の抵抗性を示すトルコギキョウ野生種‘大川一号’と、極弱の抵抗性を示す固定自殖系統‘紫盃’を材料に、病害抵抗性を司る因子の遺伝性解析を行った。両系統を両親とする分離集団における病害抵抗性をフザリウム・ソラニーの接種検定により評価し、抵抗性の優劣性を明らかにした。
極弱の抵抗性を示す固定自殖系統‘紫盃’は、現在流通しているトルコギキョウ品種(ユーストマ・グランディフロラム)とのゲノム共通性が高いと予想されている。一方でフザリウム・ソラニーに対し極強の抵抗性を示すユーストマ・エグザルタトゥム野生種‘大川1号’のゲノムはユーストマ・グランディフロラムに対し多くの遺伝的多型をもつと考えられる。病害抵抗性遺伝子座の同定の第一歩として、両系統間のDNA多型を同定した。
これらの領域を解析したところ、下記の表に示すように、それぞれ1~4個のSNPを有する領域であることが分かった。
初年度までの集団で得た抵抗性座乗候補領域の信頼性を検証するために、第一回集団における3座SNP近傍に複数のインデルマーカーを設計し、2年目に供試した雑種第二代第二集団実生191個体の発病スコアとインデル遺伝子型を検証した。その結果、ID756_180F_584,498、IDE934_147F_2,665,700、IDE965_187F_958,712の3座遺伝子型と平均発病指数において、第一集団と同様の傾向が認められたため、当領域が病害抵抗性に関与すると考えられた(図3)。
上記3座が全て紫盃タイプを持つものの発病程度平均値は、3座について大川1号タイプをもつものに比べ大きかったが、うち2座は同一連鎖群に座乗していたため、2座に挟まれた領域の病害抵抗性関与をさらに検証した。2座(IDE756-180F及びIDE926-147F)をホモ固定化(IDE756-180Fを抵抗性の遺伝子型B、IDE926-147Fを罹病性の遺伝子型A)したものの後代(第三世代の雑種)における立枯病害抵抗性を検証した。なお、別の染色体にある187Fは罹病性の遺伝型(A)で固定した。第三世代の各雑種(縦軸)における180Fコンティグから147コンティグまでの範囲の各座の多型を図7に示す。遺伝子型Aは紫盃タイプ、遺伝子型Bは大川1号タイプ、遺伝子型Hはヘテロタイプを示す。また、図7の囲み線部分の各座の平均発病指数値を図8に示す。図8において、実線は罹病性型ホモの発病度平均値―抵抗性型ホモ系統発病度平均値、破線は罹病性型ホモの発病度平均値―ヘテロ系統発病度平均値、一点鎖線は抵抗性型ホモ系統発病度平均値―ヘテロ系統発病度平均値を示す。すなわち、罹病性の遺伝型(A)をもつ雑種の発病指数は、抵抗性の遺伝型をもつ雑種の発病指数よりも高かった。したがって、2座に挟まれた領域の遺伝子型と雑種の抵抗性の強弱には相関があることが分かった。よって、当領域の遺伝子型を調査すれば、強抵抗性の系統が選抜できることがわかった。
静岡県のトルコギキョウ産地から分離・同定されたフザリウム・オキシスポラムの1菌株(以下、フザリウム・オキシスポラム静岡菌株)は、フザリウム・ソラニーのQTL解析で用いた両親(紫盃及び大川1号)に対して異なる罹病性を示したため、それら両親の雑種がフザリウム・オキシスポラムのQTL解析に利用可能であると予想された。そこで雑種に対してフザリウム・オキシスポラム静岡菌株を接種したところ、抵抗性が分離した。さらに、「(4)インデル遺伝子型とフザリウム・ソラニーに対する発病指数の関係の解析」において得られた3座がフザリウム・ソラニー抵抗性親型(3座がB)の集団に対して、フザリウム・オキシスポラム静岡菌株を接種したところ、発病個体は認められなかった(図9)。
Claims (15)
- フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示す可能性が高いトルコギキョウ植物を判別する方法であって、被検トルコギキョウ植物が、相同染色体上の少なくとも1箇所において、
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、及び
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、前記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示す可能性が高いトルコギキョウ植物であると判別することを含み、
前記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
前記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
前記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
前記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
前記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
前記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、
前記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
前記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
前記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおける152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位塩基が挿入されていることであり、
前記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
前記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
前記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
前記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
前記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
前記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
前記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
前記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
前記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
前記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、方法。 - 被検トルコギキョウ植物が、フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すユーストマ・エグザルタトゥムとフザリウム属菌による立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物である、請求項1に記載の方法。
- 前記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセットを用いたPCR法によって増幅したDNA断片の長さに基づき、
配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを、決定することを含む、請求項1又は2に記載の方法。 - 被検トルコギキョウ植物が、前記(1)~(19)からなる群から選択される3以上の条件を満たす場合に、前記被検トルコギキョウ植物を、フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示す可能性が高いトルコギキョウ植物であると判別する、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1~4のいずれか一項の方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するための組成物又はプライマーセットであって、前記組成物は、請求項1~4のいずれか一項の方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するためのプローブを含む、組成物又はプライマーセット。
- 前記組成物が、前記プローブを用いたハイブリダイゼーションによりユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するための組成物、又は前記プローブを用いてSNPの塩基タイプを確認するための組成物であり、
前記プライマーセットが、前記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、SNPの有無をDNA増幅法による増幅の有無により確認するためのプライマーセット、又はDNA増幅法による増幅産物を特定の制限酵素により処理した際の切断の有無によりSNPの有無を確認するためのプライマーセットである、請求項5に記載の組成物又はプライマーセット。 - 配列番号1における56~157位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号2における174~213位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号3における139~154位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間における、配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間における、配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号23のゲノムDNAにおける260位~569位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間における、配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位における配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位における配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位における配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位における配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、並びにこれらの組み合わせからなる群から選択され、
ユーストマ・グランディフロラムのゲノムにおいて50~1200bpのDNA断片を増幅する、請求項5又は6に記載のプライマーセット。 - 配列番号13と90%以上の配列同一性を有するプライマー、及び配列番号14と90%以上の配列同一性を有するプライマーを含むプライマーセット、
配列番号15と90%以上の配列同一性を有するプライマー、及び配列番号16と90%以上の配列同一性を有するプライマーを含むプライマーセット、
配列番号17と90%以上の配列同一性を有するプライマー、及び配列番号18と90%以上の配列同一性を有するプライマーを含むプライマーセットからなる群から選択される、請求項5~7のいずれか一項に記載のプライマーセット。 - フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma exaltatum)とフザリウム属菌による立枯病に対して罹病性であるトルコギキョウ植物の交配後代トルコギキョウ植物において、相同染色体上の少なくとも1箇所において、
(1)配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(2)配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(3)配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(4)配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(5)配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(6)配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(7)配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(8)配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(9)配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(10)配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(11)配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(12)配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(13)配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(14)配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(15)配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(16)配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(17)配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、
(18)配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である、及び
(19)配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型である
からなる群から選択される1以上の条件を満たす場合に、前記交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含み、
前記(1)の配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号1のゲノムDNAにおける56~157位の塩基が欠失していることであり、
前記(2)の配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号2のゲノムDNAにおける174~213位の塩基が欠失していることであり、
前記(3)の配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号3のゲノムDNAにおける139~154位の塩基が欠失していることであり、
前記(4)の配列番号4のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号4のゲノムDNAにおける100位の塩基がチミンであることであり、
前記(5)の配列番号5のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号5のゲノムDNAにおける37位の塩基がチミンであり、且つ38位の塩基がアデニンであることであり、
前記(6)の配列番号6のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号6のゲノムDNAにおける8位の塩基がアデニンであり、40位の塩基がアデニンであり、53位の塩基がチミンであり、且つ100位の塩基がシトシンであることである、
前記(7)の配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間に配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基が欠失していることであり、
前記(8)の配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基が欠失していることであり、
前記(9)の配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号23のゲノムDNAにおける152位~153位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける260位~535位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける538位~569位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間に配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位塩基が挿入されていることであり、
前記(10)の配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位において配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基が挿入されていることであり、
前記(11)の配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基が欠失していることであり、
前記(12)の配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基が欠失していることであり、
前記(13)の配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基が欠失していることであり、
前記(14)の配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基が欠失していることであり、
前記(15)の配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位に配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基が挿入されていることであり、
前記(16)の配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基が欠失していることであり、
前記(17)の配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基が欠失していることであり、
前記(18)の配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位に配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基が挿入されていることであり、
前記(19)の配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であることが、配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基が欠失していること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位に配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基が挿入されていること、及び/又は配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位が欠失していることである、
フザリウム属菌による立枯病に抵抗性を示すトルコギキョウ植物を作出する方法。 - 前記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセットを用いたPCR法によって増幅したDNA断片の長さに基づき、
配列番号1のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号2のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号3のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号19のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号21のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号23のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号25のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号27のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号29のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号31のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号33のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号35のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号37のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号39のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号41のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否か、及び/又は
配列番号43のゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを、決定することを含む、請求項9に記載の方法。 - 前記交配後代トルコギキョウ植物が、前記(1)~(19)からなる群から選択される3以上の条件を満たす場合に、前記交配後代トルコギキョウ植物を選抜することを含む、請求項9又は10に記載の方法。
- 請求項9~11のいずれか一項の方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかのゲノムDNAに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するための組成物又はプライマーセットであって、前記組成物は、請求項9~11のいずれか一項の方法において、配列番号1~6、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41及び43のいずれかに対応するゲノムDNAがユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するためのプローブを含む、組成物又はプライマーセット。
- 前記組成物が、前記プローブを用いたハイブリダイゼーションによりユーストマ・エグザルタトゥム型であるか否かを決定するように設計された組成物、又は前記プローブを用いてSNPの塩基タイプを確認するための組成物であり、
前記プライマーセットが、前記欠失及び/又は挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、SNPの有無をDNA増幅法による増幅の有無により確認するためのプライマーセット、又はDNA増幅法による増幅産物を特定の制限酵素により処理した際の切断の有無によりSNPの有無を確認するためのプライマーセットである、請求項12に記載の組成物又はプライマーセット。 - 配列番号1における56~157位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号2における174~213位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号3における139~154位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける330位~331位間における、配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの328位~420位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける391位~392位間における、配列番号20に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの481位~491位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号19のゲノムDNAにおける78位~80位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号21のゲノムDNAにおける240位~291位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号23のゲノムDNAにおける260位~569位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号23のゲノムDNAにおける165位~166位間における、配列番号24に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの166位~193位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号25のゲノムDNAにおける78位~190位における配列番号26に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの79位~290位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号27のゲノムDNAにおける83位~135位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号29のゲノムDNAにおける124位~203位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号31のゲノムDNAにおける247位~340位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号33のゲノムDNAにおける171位~342位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号35のゲノムDNAにおける198位~342位における配列番号36に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの197位~627位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号37のゲノムDNAにおける176位~213位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号39のゲノムDNAにおける207位~315の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号41のゲノムDNAにおける278位~432位における配列番号42に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの276位~293位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける603位~746位における配列番号44に記載の塩基配列からなるゲノムDNAの589位~1011位の塩基の挿入を挟み込むように設計されたプライマーセット、
配列番号43のゲノムDNAにおける473位~477位の塩基の欠失を挟み込むように設計されたプライマーセット、並びにこれらの組み合わせからなる群から選択され、
ユーストマ・グランディフロラムのゲノムにおいて50~1200bpのDNA断片を増幅する、請求項12又は13に記載のプライマーセット。 - 配列番号13と90%以上の配列同一性を有するプライマー、及び配列番号14と90%以上の配列同一性を有するプライマーを含むプライマーセット、 配列番号15と90%以上の配列同一性を有するプライマー、及び配列番号16と90%以上の配列同一性を有するプライマーを含むプライマーセット、
配列番号17と90%以上の配列同一性を有するプライマー、及び配列番号18と90%以上の配列同一性を有するプライマーを含むプライマーセットからなる群から選択される、請求項12~14のいずれか一項に記載のプライマーセット。
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