JP7344996B2 - 共有メモリベースの遺伝子解析方法、装置、およびコンピュータデバイス - Google Patents
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Description
本出願は、中華人民共和国の特許事務所に2020年10月22日に提出された「共有メモリベースの遺伝子解析方法、装置、およびコンピュータデバイス」と題する中国特許出願公開第202011139824.9号の優先権を主張し、その全内容が引用により本願明細書に組み込まれるものとする。
本開示は、データ処理の技術分野に関し、特に共有メモリベースの遺伝子解析方法、装置、コンピュータデバイス、およびコンピュータ可読記憶媒体に関する。
Claims (10)
- 共有メモリベースの遺伝子解析方法であって、
サンプルデータを読み取り、前記サンプルデータを前処理するステップと、
前記前処理されたサンプルデータに対して遺伝子解析を実施し、前記遺伝子解析に必要なライブラリファイルが遺伝子共有メモリにあるかどうかを判定するステップと、
前記必要なライブラリファイルがある場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリから取得し、前記必要なライブラリファイルを前記前処理されたサンプルデータの前記遺伝子解析のプロセスにマッピングし、前記遺伝子解析を完了するステップと、
前記必要なライブラリファイルが前記遺伝子共有メモリにない場合は、前記必要なライブラリファイルが読み込み条件を満たしているかどうかを判定するステップと、
前記読み込み条件が満たされている場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むステップと、を含み、
前記遺伝子解析に必要な前記ライブラリファイルが前記遺伝子共有メモリにない場合は、前記必要なライブラリファイルが読み込み条件を満たしているかどうかを判定し、前記読み込み条件が満たされている場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むステップは、
前記必要なライブラリファイルの情報と前記遺伝子共有メモリの情報とを取得するサブステップであって、前記必要なライブラリファイルの前記情報は、前記必要なライブラリファイルが必要とする空間と前記必要なライブラリファイルの履歴読み込み要求の数とを含み、前記遺伝子共有メモリの前記情報は、前記遺伝子共有メモリの残りの空間を含む、サブステップと、
前記必要なライブラリファイルの前記履歴読み込み要求の数が第1のプリセット数より大きく、且つ前記必要なライブラリファイルが必要とする前記空間が前記遺伝子共有メモリの前記残りの空間より小さい場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むサブステップと、
を含み、
前記必要なライブラリファイルの前記情報は、前記必要なライブラリファイルの読み込み要求頻度を更に含み、前記遺伝子共有メモリの前記情報は、前記遺伝子共有メモリ内の全てのライブラリファイルの読み込み要求頻度を更に含み、前記必要なライブラリファイルが読み込み条件を満たしているかどうかを判定し、前記読み込み条件が満たされている場合に前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むステップは、
前記必要なライブラリファイルの前記履歴読み込み要求の数が前記第1のプリセット数より大きく、且つ前記必要なライブラリファイルが必要とする前記空間が前記遺伝子共有メモリの前記残りの空間より大きい場合は、各ライブラリファイルの読み込み要求頻度優先度を取得するために、前記必要なライブラリファイルの前記読み込み要求頻度と前記全てのライブラリファイルの前記読み込み要求頻度とに応じて、前記必要なライブラリファイルと前記全てのライブラリファイルとを優先度順にランク付けするサブステップと、
前記必要なライブラリファイルの前記読み込み要求頻度優先度が前記遺伝子共有メモリ内の一ライブラリファイルの前記読み込み要求頻度優先度より高く、且つ前記遺伝子共有メモリ内の読み込み要求頻度優先度がより低い前記ライブラリファイルの削除後の前記遺伝子共有メモリの前記残りの空間が、前記必要なライブラリファイルが必要とする前記空間以上である場合は、前記遺伝子共有メモリ内の前記読み込み要求頻度優先度がより低い前記ライブラリファイルを削除するサブステップと、
前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むサブステップと、
を更に含む、共有メモリベースの遺伝子解析方法。 - 前記遺伝子解析に使用されるライブラリファイルのために前記遺伝子共有メモリを設定し、前記遺伝子共有メモリのサイズと、収容可能なライブラリファイルの数と、各ライブラリファイルの名前と、前記各ライブラリファイルのサイズオフセットとを設定するステップと、
前記遺伝子共有メモリのサイズと、前記収容可能なライブラリファイルの数と、前記各ライブラリファイルの名前と、前記各ライブラリファイルのサイズオフセットとに応じて、遺伝子解析に共通に使用されるライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むステップと、
を更に含む、請求項1に記載の共有メモリベースの遺伝子解析方法。 - 前記遺伝子解析は、アライメント解析と、変異解析と、アノテーション解析とを含み、本方法は、
前記前処理されたサンプルデータに対して前記アライメント解析と、前記変異解析と、前記アノテーション解析とを順次実施するステップであって、前記前処理されたサンプルデータが複数群のサンプルデータを含む場合は、前記複数群のサンプルデータが前記遺伝子解析の同じステップまたは複数の異なるステップで一度に解析される、ステップを更に含む、請求項1又は2に記載の共有メモリベースの遺伝子解析方法。 - 前記遺伝子解析は、ソーティング解析とマーキング重複解析とを更に含み、前記前処理されたサンプルデータに対して前記アライメント解析と、前記変異解析と、前記アノテーション解析とを順次実施した後、本方法は、
前記アライメント解析後の前記サンプルデータを位置タグで標識するステップと、前記標識されたサンプルデータに対して前記ソーティング解析と前記マーキング重複解析とをモジュールによって実施するステップと、
を更に含む、請求項3に記載の共有メモリベースの遺伝子解析方法。 - 前記遺伝子解析の一部または全てのステップをメモリの使用によって接続するステップ、
を更に含む、請求項4に記載の共有メモリベースの遺伝子解析方法。 - 前記サンプルデータを前処理するステップは、
前記サンプルデータに対して品質制御と、フィルタリング操作と、統計処理とを実施するサブステップを含む、請求項1~5の何れか一項に記載の共有メモリベースの遺伝子解析方法。 - 共有メモリベースの遺伝子解析装置であって、
サンプルデータを読み取るように構成されたデータ読み取りモジュールと、
前記サンプルデータを前処理するように構成されたデータ前処理モジュールと、
前記前処理されたサンプルデータに対して遺伝子解析を実施し、前記遺伝子解析に必要なライブラリファイルが遺伝子共有メモリにあるかどうかを判定し、前記遺伝子解析に必要なライブラリファイルが前記遺伝子共有メモリにある場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリから取得し、前記必要なライブラリファイルを前記前処理されたサンプルデータの前記遺伝子解析のプロセスにマッピングし、前記遺伝子解析を完了するように構成された遺伝子解析モジュールと、
前記必要なライブラリファイルが前記遺伝子共有メモリにない場合は、前記必要なライブラリファイルが読み込み条件を満たしているかどうかを判定し、前記読み込み条件が満たされている場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むライブラリファイル読み込みモジュールと、を備え、
前記ライブラリファイル読み込みモジュールは、ライブラリ情報およびメモリ情報取得モジュールを備え、
前記ライブラリ情報およびメモリ情報取得モジュールは、
前記必要なライブラリファイルの情報と前記遺伝子共有メモリの情報とを取得するように構成され、前記必要なライブラリファイルの前記情報は、前記必要なライブラリファイルが必要とする空間と前記必要なライブラリファイルの履歴読み込み要求の数とを含み、前記遺伝子共有メモリの前記情報は、前記遺伝子共有メモリの残りの空間を含んでおり、
前記ライブラリファイル読み込みモジュールは、前記必要なライブラリファイルの前記履歴読み込み要求の数が第1のプリセット数より大きく、且つ前記必要なライブラリファイルが必要とする前記空間が前記遺伝子共有メモリの前記残りの空間より小さい場合は、前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むよう構成され、
前記必要なライブラリファイルの前記情報は、前記必要なライブラリファイルの読み込み要求頻度を更に含み、前記遺伝子共有メモリの前記情報は、前記遺伝子共有メモリ内の全てのライブラリファイルの読み込み要求頻度を更に含んでおり、
前記ライブラリファイル読み込みモジュールは、優先度ランク付けモジュールとライブラリファイル削除モジュールとを更に含んでおり、
前記優先度ランク付けモジュールは、
前記必要なライブラリファイルの前記履歴読み込み要求の数が前記第1のプリセット数より大きく、且つ前記必要なライブラリファイルが必要とする前記空間が前記遺伝子共有メモリの前記残りの空間より大きい場合は、各ライブラリファイルの読み込み要求頻度優先度を取得するために、前記必要なライブラリファイルの前記読み込み要求頻度と前記全てのライブラリファイルの前記読み込み要求頻度とに応じて、前記必要なライブラリファイルと前記全てのライブラリファイルとを優先度順にランク付けするように構成され、
前記ライブラリファイル削除モジュールは、
前記必要なライブラリファイルの前記読み込み要求頻度優先度が前記遺伝子共有メモリ内の一ライブラリファイルの前記読み込み要求頻度優先度より高く、且つ前記遺伝子共有メモリ内の読み込み要求頻度優先度がより低い前記ライブラリファイルの削除後の前記遺伝子共有メモリの前記残りの空間が、前記必要なライブラリファイルが必要とする前記空間以上である場合は、前記遺伝子共有メモリ内の前記読み込み要求頻度優先度がより低い前記ライブラリファイルを削除するよう構成され、
前記ライブラリファイル読み込みモジュールは、
前記必要なライブラリファイルを前記遺伝子共有メモリに読み込むように構成されている、共有メモリベースの遺伝子解析装置。 - メモリと、プロセッサと、前記メモリに記憶された、前記プロセッサ上で実行可能なコンピュータプログラムとを備えたコンピュータデバイスであって、前記プロセッサは、前記コンピュータプログラムを実行すると、請求項1~6の何れか一項に記載の方法のステップを具現化するコンピュータデバイス。
- コンピュータプログラムが記憶されているコンピュータ可読記憶媒体であって、前記コンピュータプログラムは、プロセッサによって実行されると、請求項1~6の何れか一項に記載の方法のステップを具現化するコンピュータ可読記憶媒体。
- コンピュータプログラムであって、前記コンピュータプログラムは複数の命令を含み、前記複数の命令は、プロセッサによって実行されると、請求項1~6の何れか一項に記載の共有メモリベースの遺伝子解析方法を前記プロセッサに実行させる、コンピュータプログラム。
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