JP7227405B2 - 薬物分類方法と装置、端末デバイス及び記憶媒体 - Google Patents
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Description
検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、仮想原子はn個の原子のそれぞれに接続されており、検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得することと、
仮想原子とn個の原子のそれぞれとの接続関係、及びn個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、n個の原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築することと、
隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列を確定することと、
検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを転送特徴行列に基づいて確定し、且つ分子特徴ベクトルを分類器に入力して、分類器を介して検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力することとを含む。
原子属性特徴ベクトル取得モジュール、第一特徴処理モジュール、特徴学習モジュール、及び薬物分類モジュールを含み、
原子属性特徴ベクトル取得モジュールは、検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得するように構成されており、検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、仮想原子はn個の原子のそれぞれに接続されており、
第一特徴処理モジュールは、仮想原子とn個の原子のそれぞれとの接続関係、及びn個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、且つ、n個の原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築するように構成されており、
特徴学習モジュールは、隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列を確定するように構成されており、
薬物分類モジュールは、検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを転送特徴行列に基づいて確定し、且つ分子特徴ベクトルを分類器に入力して、分類器を介して検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力するように構成されている。
検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、仮想原子はn個の原子のそれぞれに接続されており、検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得することと、
仮想原子とn個の原子のそれぞれとの接続関係、及びn個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、n個の原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築することと、
隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列とを確定することと、
検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを転送特徴行列に基づいて確定し、且つ分子特徴ベクトルを分類器に入力して、分類器を介して検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力することと、
を実行するように構成されている。
検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得することと、検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、仮想原子はn個の原子のそれぞれに接続されており、
仮想原子とn個の原子のそれぞれとの接続関係、及びn個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、n個の原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築することと、
隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列を確定することと、
検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを転送特徴行列に基づいて確定し、且つ分子特徴ベクトルを分類器に入力して、分類器を介して検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力することと、
を実行させるように構成されている。
原子属性特徴ベクトル取得モジュール31は、検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得するように構成されている。検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、仮想原子はn個の原子のそれぞれに接続されている。
第一特徴処理モジュール32は、仮想原子とn個の原子のそれぞれとの接続関係、及びn個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、n個の原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築するように構成されている。
特徴学習モジュール33は、隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列を確定するように構成されている。
薬物分類モジュール34は、検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを転送特徴行列に基づいて確定し、且つ分子特徴ベクトルを分類器に入力して、分類器を介して検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力するように構成されている。
化学結合属性特徴ベクトル取得モジュール35は、検出しようとする薬物分子における各原子を接続する化学結合に対応する属性特徴ベクトル、及び仮想原子とn個の原子のそれぞれを接続する化学結合に対応する属性特徴ベクトルを取得するように構成されている。
第二特徴処理モジュール36は、各原子の化学結合に対応する属性特徴ベクトルと仮想原子の化学結合に対応する属性特徴ベクトルとに基づいて、化学結合属性特徴行列を構築するように構成されている。
前記特徴学習モジュール33は、化学結合属性特徴行列、隣接行列及び原子属性特徴行列をグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列を確定するように構成されている。
モデル訓練モジュール37は、複数の薬物分子訓練サンプルを含む訓練データ集合を取得するように構成されている。各薬物分子訓練サンプルは、少なくとも一つのサンプル薬物分子及び少なくとも一つのサンプル薬物分子における各サンプル薬物分子の薬物種類ラベルを含む。
モデル訓練モジュール37は、各薬物分子訓練サンプルに基づいてグラフニューラルネットワークと分類器を訓練することによって、収束条件を満たすグラフニューラルネットワークと分類器を取得するように構成されている。
薬物分類モジュール34は第二分子特徴ベクトル確定ユニット343と第二薬物種類確定ユニット344をさらに含む。第二分子特徴ベクトル確定ユニット343は、
転送特徴行列におけるn個の原子に対応するn個の転送特徴ベクトルを取得し、
n個の転送特徴ベクトルの合計を第一分子特徴ベクトルとして確定し、且つ転送特徴行列における仮想原子に対応する転送特徴ベクトルを第二分子特徴ベクトルとして確定し、
第一分子特徴ベクトルと第二分子特徴ベクトルとに対して重み付き加算を行って第三分子特徴ベクトルを取得し、且つ第三分子特徴ベクトルを検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルとして確定するように構成されている。
各原子は一つの転送特徴ベクトルに対応する。
検出しようとする薬物分子における各原子を接続する化学結合に対応する属性特徴ベクトル、及び仮想原子とn個の原子のそれぞれを接続する化学結合に対応する属性特徴ベクトルを取得して、各原子の化学結合に対応する属性特徴ベクトルと仮想原子の化学結合に対応する属性特徴ベクトルとに基づいて、化学結合属性特徴行列を構築するように構成されている。
化学結合属性特徴行列、隣接行列及び原子属性特徴行列をグラフニューラルネットワークに入力して、グラフニューラルネットワークを介してn個の原子と仮想原子との転送特徴行列を確定するように構成されている。
上記プロセッサ401は、各薬物分子訓練サンプルに基づいてグラフニューラルネットワークと分類器を訓練することによって、収束条件を満たすグラフニューラルネットワークと分類器を取得するように構成されている。
転送特徴行列におけるn個の原子に対応するn個の転送特徴ベクトルを取得し、
n個の転送特徴ベクトルの合計を第一分子特徴ベクトルとして確定し、且つ転送特徴行列における仮想原子に対応する転送特徴ベクトルを第二分子特徴ベクトルとして確定し、
第一分子特徴ベクトルと第二分子特徴ベクトルとに対して重み付き加算を行って第三分子特徴ベクトルを取得し、且つ第三分子特徴ベクトルを検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルとして確定するように構成されている。
各原子は一つの転送特徴ベクトルに対応する。
Claims (10)
- 端末デバイスに適用される薬物分類方法であって、
検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、仮想原子は前記n個の原子のそれぞれに接続されており、前記端末デバイスの原子属性特徴ベクトル取得モジュールによって、前記検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと前記仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得することと、
前記端末デバイスの第一特徴処理モジュールによって、前記仮想原子と前記n個の原子のそれぞれとの接続関係、及び前記n個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、前記n個の原子の属性特徴ベクトルと前記仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築することと、
前記端末デバイスの特徴学習モジュールによって、前記隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、前記グラフニューラルネットワークを介して前記n個の原子と前記仮想原子との転送特徴行列を確定することと、
前記端末デバイスの薬物分類モジュールによって、前記検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを前記転送特徴行列に基づいて確定し、且つ前記分子特徴ベクトルを分類器に入力して、前記分類器を介して前記検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力することとを含む、
ことを特徴とする薬物分類方法。 - 前記n個の原子と前記仮想原子とのうちの任意の一つの原子の属性特徴ベクトルは、前記任意の一つの原子の属性特徴によって確定され、前記任意の一つの原子の属性特徴は原子の種類、化学結合の数、形式電荷、原子キラリティー、水素原子に接続された数、原子軌道、及び芳香族性のうちの一つ又は複数を含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記端末デバイスの化学結合属性特徴ベクトル取得モジュールによって、検出しようとする薬物分子における各原子をつなぐ化学結合に対応する属性特徴ベクトル、及び前記仮想原子と前記n個の原子のそれぞれとの両方を接続する化学結合に対応する属性特徴ベクトルを取得することと、
前記端末デバイスの第二特徴処理モジュールによって、前記各原子の化学結合に対応する属性特徴ベクトルと前記仮想原子の化学結合に対応する属性特徴ベクトルとに基づいて、化学結合属性特徴行列を構築することとをさらに含み、
前記端末デバイスの特徴学習モジュールによって、前記隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、前記グラフニューラルネットワークを介して前記n個の原子と前記仮想原子との転送特徴行列を確定することは、
前記特徴学習モジュールによって、前記化学結合属性特徴行列、前記隣接行列、及び前記原子属性特徴行列をグラフニューラルネットワークに入力して、前記グラフニューラルネットワークを介して前記n個の原子と前記仮想原子との転送特徴行列を確定することを含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記n個の原子の間の化学結合及び前記仮想原子と前記n個の原子のそれぞれとをつなぐ化学結合のうちの任意の一つの化学結合の属性特徴ベクトルは、前記任意の一つの化学結合の属性特徴によって確定され、前記任意の一つの化学結合の属性特徴は、化学結合の種類、共役特徴、環状結合特徴、及び分子の立体化学特徴のうちの一つ又は複数を含む、
ことを特徴とする請求項3に記載の方法。 - 検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得する前に、前記方法は、
前記端末デバイスのモデル訓練モジュールによって、複数の薬物分子訓練サンプルを含む訓練データ集合を取得することと、
前記モデル訓練モジュールによって、各薬物分子訓練サンプルに基づいて前記グラフニューラルネットワークと前記分類器を訓練することによって、収束条件を満たす前記グラフニューラルネットワークと前記分類器を取得することとを更に含み、
各薬物分子訓練サンプルは、少なくとも一つのサンプル薬物分子及び前記少なくとも一つのサンプル薬物分子における各サンプル薬物分子の薬物種類ラベルを含む、
ことを特徴とする請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。 - 前記端末デバイスの薬物分類モジュールによって、前記検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを前記転送特徴行列に基づいて確定することは、
前記薬物分類モジュールに含まれる第一分子特徴ベクトル確定ユニットによって、前記転送特徴行列における前記仮想原子に対応する転送特徴ベクトルを、前記検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルとして確定することを含む、
ことを特徴とする請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。 - 前記端末デバイスの薬物分類モジュールによって、前記検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを前記転送特徴行列に基づいて確定することは、
前記薬物分類モジュールに含まれる第二分子特徴ベクトル確定ユニットによって、前記転送特徴行列における前記n個の原子に対応するn個の転送特徴ベクトルを取得することと、
前記第二分子特徴ベクトル確定ユニットによって、前記n個の転送特徴ベクトルの合計を第一分子特徴ベクトルとして確定し、且つ前記転送特徴行列における前記仮想原子に対応する転送特徴ベクトルを第二分子特徴ベクトルとして確定することと、
前記第二分子特徴ベクトル確定ユニットによって、前記第一分子特徴ベクトルと前記第二分子特徴ベクトルとに対して重み付き加算を行って第三分子特徴ベクトルを取得し、且つ前記第三分子特徴ベクトルを前記検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルとして確定することとを含み、
前記n個の原子のそれぞれは一つの転送特徴ベクトルに対応する、
ことを特徴とする請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。 - 薬物分類装置であって、
原子属性特徴ベクトル取得モジュール、第一特徴処理モジュール、特徴学習モジュール、及び薬物分類モジュールを含み、
前記原子属性特徴ベクトル取得モジュールは、検出しようとする薬物分子における各原子の属性特徴ベクトルと仮想原子の属性特徴ベクトルとを取得するように構成されており、前記検出しようとする薬物分子はn個の原子を含み、且つ、前記仮想原子は前記n個の原子のそれぞれに接続されており、
前記第一特徴処理モジュールは、前記仮想原子と前記n個の原子のそれぞれとの接続関係、及び前記n個の原子の間の接続関係に基づいて隣接行列を構築し、且つ、前記n個の原子の属性特徴ベクトルと前記仮想原子の属性特徴ベクトルとに基づいて、原子属性特徴行列を構築するように構成されており、
特徴学習モジュールは、前記隣接行列と原子属性特徴行列とをグラフニューラルネットワークに入力して、前記グラフニューラルネットワークを介して前記n個の原子と前記仮想原子との転送特徴行列を確定するように構成されており、
薬物分類モジュールは、前記検出しようとする薬物分子に対応する分子特徴ベクトルを前記転送特徴行列に基づいて確定し、且つ、前記分子特徴ベクトルを分類器に入力して、前記分類器を介して前記検出しようとする薬物分子の薬物種類を出力するように構成されている、
ことを特徴とする薬物分類装置。 - 端末デバイスであって、相互に接続されたプロセッサとメモリを含み、
前記メモリは、プログラム命令を含むコンピュータプログラムを格納するように構成されており、前記プロセッサは、前記プログラム命令を呼び出して、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法を実行するように構成されている、
ことを特徴とする端末デバイス。 - コンピュータプログラムを格納したコンピュータ可読記憶媒体であって、前記コンピュータプログラムはプログラム命令を含み、前記プログラム命令は、プロセッサに実行されると、前記プロセッサに、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法を実行させるように構成されている、
ことを特徴とするコンピュータ可読記憶媒体。
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