JP7187680B2 - 線構造抽出装置及び方法、プログラム並びに学習済みモデル - Google Patents
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Description
本発明の一実施形態として医療画像から管状構造を検出する場合の例を説明する。近年、マルチスライスCT(Computed Tomography)装置等の医療機器の進歩により、質の高い3次元画像が画像診断に用いられるようになってきている。しかしながら、3次元画像は多数のスライス画像から構成され、情報量が多いため、医師が所望の観察部位を見つけ診断することに時間を要する場合がある。
本発明の実施形態に係る線構造抽出装置は、図1から図3で説明したような画像診断の支援に適用される管状構造物の中心線(センターライン)を抽出する処理に適用される。ここでは、具体的な適用例として、腹部3次元CT画像から肝臓の門脈及び静脈の構造を検出する場合を想定する。血管は本開示における「管状構造物」の一例であり、血管の中心線は本開示における「線構造」の一例である。本実施形態に係る線構造抽出装置は、入力画像から血管の中心線を構成する点の集まり、つまり中心線上の複数の点を予測し、かつ、各点のクラス分類のラベル付けを行う。中心線上の点群は「点列」と言い換えてもよい。
図4は、本発明の実施形態に適用されるFaster R-CNNの概要を示す構成図である。Faster R-CNN40は、入力画像IMiptの画像中から物体が存在しそうな領域を見つけ出す第1のニューラルネットワーク41と、第1のニューラルネットワーク41の出力として得られた候補領域RPの各々について、候補領域RP内の物体が何であるかを特定するクラス分類の処理を行う第2のニューラルネットワーク42と、を含んで構成される。
図5は、本発明の実施形態に係る線構造抽出装置50における処理の内容を概略的に示す説明図である。図5において、図4と共通する要素には同一の符号を付す。線構造抽出装置50は、1台又は複数台のコンピュータを用いて構成される計算システム(コンピューティングシステム)によって実現することができる。線構造抽出装置50は、第1の処理モジュールとしてのDCNN411と、第2の処理モジュールとしてのRPN412と、第3の処理モジュールとしてのR-CNN423と、を備える。「モジュール」という用語はプログラムモジュールの概念を含む。
例えば、肝臓の血管の抽出に用いられるRPN412は、門脈と静脈の区別なく、血管の中心線上の候補点を提示するように訓練される。RPN412の最終層から得られる特徴マップの各画素が、中心線上の候補点を予測するユニットである。それぞれのユニットは、図5で説明した特徴マップFMの画素pxfmに対応している。それぞれのユニットは、ユニットの中心位置を基準とした、中心線の最近点の位置とのずれ量を予測する。
図8は、アンカーの説明図である。図8は、図6と同様に、特徴マップFMの一部を表しており、グリッドのマス目は特徴マップFMの画素、すなわちユニットを表す。それぞれのユニットは、あらかじめ定義された複数のアンカーを仮想的に有している。図7では、説明を簡単にするために、2種類のアンカーを示す。図7は、グレーで塗りつぶしたユニットu(4,4)に配置される第1のアンカー71及び第2のアンカー72を示す。第1のアンカー71は、3×3のピクセルサイズを持つアンカーである。第2のアンカー72は、7×7のピクセルサイズを持つアンカーである。
アンカーを使った学習方法の手順の例を以下に示す。
アンカーを使った推論(予測)方法の例を以下に示す。
各ユニットが予測した中心線上点の点群は、過剰に多い場合がある。特許文献1及び非特許文献1に記載のように、Faster R-CNNでは、RPNとR-CNNとの間に重要な候補のみを選択して残すNMS処理が挿入されている。NMS処理は、同じ物体を示している複数の矩形のうちから1つの矩形を残して、他の矩形からの出力を抑制する処理である。
図11は、RPN412によって予測された候補点の例を示しており、候補点の中に孤立点が含まれている場合の説明図である。血管の中心線のような線構造は、連続する点の配列(点列)によって表現されるため、図11に示すように、各ユニットから予測された中心線上点が他の点列から大きく離れて孤立して存在するような場合は、その孤立点ISPは誤って予測された結果(誤検出)である可能性が高い。したがって、RPN412において、予測された中心線上の候補点が孤立してある場合は誤検出と判断できる所定の閾値を設定しておき、この閾値以内の距離に他の候補点が一つも存在しない点は、その孤立点ISPを予測結果から削除(消去)する。
R-CNN423は、RPN412が予測したアンカー内の特徴マップを規格化した画像を入力として、クラス判別を行う。本実施形態が扱う血管構造のように、検出の対象がグラフ理論の木構造である場合に、R-CNN423は、木構造の構成要素としての「根」、「枝上の点」、「分岐点」、又は「末梢の点(末端)」の4ラベルのいずれかに分類する。
人体中には様々な血管系があり、例えば肝臓や肺がある。肝臓の血管系であれば動脈、門脈、及び静脈がある。それぞれの血管系は接触したり、交差したりしており、解剖を把握するために、対象を分離することが重要である。そこでR-CNN423に血管の種類を分類させる構成としてもよい。この場合、分類するクラスの項目として解剖学的名称を与え、学習データに正解となるラベルのデータを加えればよい。
肝臓の血管を分類する目的の場合には、RPN412が検出した候補点(予測した中心線上点)に対し、R-CNN423が判別するクラスを血管タイプによって、{門脈,静脈,動脈,その他}の4クラスとする。
肺の血管構造の場合、例えば、肺静脈と肺動脈のクラス分けをすることができる。あるいはまた、気管及び気管支の木構造を持つ気管構造に関して、解剖学的な気管支名及び/又は区域名によって複数のクラス分けを行うことができる。肺は、気管支枝によって複数の区域に分類される。例えば、気管、右肺の主気管支、上葉支、肺突枝(B1)、後上葉枝(B2)、前上葉枝(B3)、中間幹、中葉支、外側中葉枝(B4)、内側中葉枝(B5)、下葉支、上下葉枝(B6)、内側肺底枝(B7)、前肺底枝(B8)、外側肺底枝(B9)、後肺底枝(B10)、底幹支、左肺の主気管支、上葉支、上区支、肺突後枝(B1+2)、前上葉枝(B3)、舌支、上舌枝(B4)、下舌枝(B5)、下葉支、上下葉枝(B6)、内側前肺底枝(B7+8)、外側肺底枝(B9)、後肺底枝(B10)、及び底幹支などの各クラスに分けることができる。
図13は、線構造抽出装置50に実装される学習モデル52のネットワーク構造と処理の流れを概略的に示す説明図である。図13において、図4及び図5で説明した要素と対応する要素には同一の符号を付し、その説明は省略する。学習モデル52は、DCNN411と、RPN412と、R-CNN423と、を含む。
図14は、線構造抽出装置50による処理内容の例を示すフローチャートである。図14に示す処理は、線構造抽出装置50として機能する計算システムによって実行される。計算システムは、コンピュータ可読媒体に記憶されたプログラムに従って各ステップの処理を実行する。
次に、本実施形態に係る線構造抽出装置50における学習モデルの学習方法の例について説明する。
学習に用いる学習データとして、訓練画像と、その訓練画像に含まれる血管の中心線上の各点の位置情報と、中心線上の各点における血管太さ情報と、各点についてのクラス分類の正解ラベルと、の組み合わせを複数セット用いる。「学習データ」とは、機械学習に用いる訓練用のデータであり、「学習用データ」或いは「訓練データ」と同義である。
図17は、機械学習を行う学習装置100の構成例を示す機能ブロック図である。学習装置100は、1台又は複数台のコンピュータを用いて構成される計算システムによって実現することができる。学習装置100を構成する計算システムは、線構造抽出装置50を構成する計算システムと同じシステムであってもよいし、異なるシステムであってもよく、また一部の要素を共有するシステムであってもよい。
図18は、本実施形態に係る線構造抽出装置50における学習モデル52の学習方法の例を示すフローチャートである。図18に示す処理は、学習装置100として機能する1台又は複数台のコンピュータを用いて構成される計算システムによって実行される。計算システムは、コンピュータ可読媒体に記憶されたプログラムに従って各ステップの処理を実行する。機械学習に使用する計算システムは、線構造抽出装置50を構成する計算システムと同じシステムであってもよいし、異なるシステムであってもよく、また一部の要素を共有するシステムであってもよい。
これまで2次元画像を例に説明したが、2次元画像について説明した事項は、3次元画像の処理に拡張して適用することができる。2次元から3次元への拡張に際しての読み替えは、例えば、次のとおりである。
図19は、コンピュータのハードウェア構成の例を示すブロック図である。コンピュータ800は、パーソナルコンピュータであってもよいし、ワークステーションであってもよく、また、サーバコンピュータであってもよい。コンピュータ800は、既に説明した線構造抽出装置50、学習装置100、及び学習データ保管部150のいずれかの一部又は全部又はこれらの複数の機能を備えた装置として用いることができる。
上述の実施形態で説明した線構造抽出機能、及び学習機能のうち少なくとも1つの処理機能の一部又は全部をコンピュータに実現させるプログラムを、光ディスク、磁気ディスク、若しくは、半導体メモリその他の有体物たる非一時的な情報記憶媒体であるコンピュータ可読媒体に記録し、この情報記憶媒体を通じてプログラムを提供することが可能である。
図4の第1のニューラルネットワーク41、DCNN411、RPN412、第2のニューラルネットワーク42、R-CNN423、図17のデータ取得部102、学習モデル52、第1誤差計算部110、第2誤差計算部112、及びオプティマイザ114などの各種の処理を実行する処理部(processing unit)のハードウェア的な構造は、例えば、次に示すような各種のプロセッサ(processor)である。
(1)本実施形態によれば、画像中から線構造を抽出することができる。
本開示による線構造抽出処理の技術は、CT画像に限らず、各種の3次元断層画像に適用することができる。例えば、MRI(Magnetic Resonance Imaging)装置により取得されるMR画像、PET(Positron Emission Tomography)装置により取得されるPET画像、OCT(Optical Coherence Tomography)装置により取得されるOCT画像、3次元超音波撮影装置により取得される3次元超音波画像等であってもよい。
[1]検出しようとする対象物の形及び/又は大きさによっては、アンカーの種類は1種類であってもよい。
上述の実施形態で説明した構成や変形例で説明した事項は、適宜組み合わせて用いることができ、また、一部の事項を置き換えることもできる。本発明は上述した実施形態に限定されず、本発明の精神を逸脱しない範囲で種々の変形が可能であることは言うまでもない。
41 第1のニューラルネットワーク
42 第2のニューラルネットワーク
50 線構造抽出装置
52 学習モデル
71 第1のアンカー
72 第2のアンカー
81、82、83 アンカー
100 学習装置
102 データ取得部
110 第1誤差計算部
112 第2誤差計算部
114 オプティマイザ
150 学習データ保管部
410 第1サブネットワーク
411 DCNN
412 RPN
414、416、417、418 畳み込み層
420 第2サブネットワーク
423 R-CNN
424 ROIプーリング層
426、427 全結合層
428 ソフトマックス層
800 コンピュータ
810 ストレージ
812 通信部
814 入力装置
816 表示装置
818 バス
A1、A2、A3 アンカー
BV 血管
Car 冠動脈経路
CLbv 中心線
CP、CP34 中心座標
NP、NP34 最近点
Nd ノード
Eg エッジ
HVR1 画像
HVR2 画像
IMipt 入力画像
FM 特徴マップ
RP 候補領域
LD(i) 学習データ
PLQ プラーク
px 画素
pxfm 画素
u ユニット
S50~S58 線構造抽出処理のステップ
S61~S67 候補領域生成処理のステップ
S202~S210 学習処理のステップ
Claims (22)
- 画像から線構造を構成する要素点を抽出する線構造抽出装置であって、
前記画像の入力を受けて前記画像から線構造を構成する1つ以上の要素点を予測結果として出力するよう学習された学習モデルを備え、
前記学習モデルは、
前記画像を受け入れて畳み込みの処理により前記画像の特徴量を示す特徴マップを生成する第1の処理モジュールと、
前記特徴マップをグリッド状に既定サイズの領域を持つ複数のユニットに分割して得られる前記ユニットごとに、ユニット中心点から最も近くにある前記線構造の前記要素点への前記ユニット中心点からのシフト量を計算する第2の処理モジュールと、
を含む線構造抽出装置。 - 前記第2の処理モジュールは、
前記ユニットの各々に対して、予め定められた形状及びサイズを持つ1つ以上の基準形状領域であるアンカーを配置し、
前記ユニットごとに前記ユニットの位置の前記特徴量を用いて畳み込みの処理を行うことにより、前記アンカーのアンカー中心点から最も近くにある前記線構造の前記要素点である最近点に前記アンカー中心点を移動させるための前記シフト量と、前記アンカー内に前記線構造が存在するか否かを判別するためのスコアと、を計算する、
請求項1に記載の線構造抽出装置。 - 前記基準形状領域は、前記画像が2次元画像である場合は矩形領域であり、前記画像が3次元画像である場合は直方体領域である、
請求項2に記載の線構造抽出装置。 - 前記線構造は、前記画像内において太さを持つ領域の代表線であり、
前記太さを持つ領域の太さに対応させて、サイズが異なる複数のアンカーが用いられる、請求項2又は3に記載の線構造抽出装置。 - 前記線構造は、前記画像内において太さを持つ領域の代表線であり、
前記第2の処理モジュールは、対象とする前記太さを持つ領域の太さに応じて前記アンカーのサイズを変更するように学習されたものである、
請求項2から4のいずれか一項に記載の線構造抽出装置。 - 前記線構造は、前記画像内において太さを持つ領域の代表線であり、
前記第2の処理モジュールは、前記アンカーごとに、前記太さを持つ領域の前記最近点の周囲の太さに合わせて前記アンカーの少なくとも1つの辺の方向についての前記アンカーの変形倍率を計算するように学習されたものである、
請求項2から5のいずれか一項に記載の線構造抽出装置。 - 前記太さを持つ領域は管状構造物であり、
前記代表線は、前記管状構造物の経路に沿った中心線である、
請求項4から6のいずれか一項に記載の線構造抽出装置。 - 前記第1の処理モジュール及び前記第2の処理モジュールの各々はニューラルネットワークによって構成されており、
前記第1の処理モジュールは、複数の畳み込み層を備える畳み込みニューラルネットワークによって構成され、
前記第2の処理モジュールは、前記第1の処理モジュールとは異なる畳み込み層を備え、
前記特徴マップから前記線構造が含まれる候補領域を予測する領域提案ネットワークによって構成される、請求項1から7のいずれか一項に記載の線構造抽出装置。 - 前記第2の処理モジュールによって予測された前記線構造の前記要素点に対し、各点をクラス分類するよう学習された第3の処理モジュールをさらに備える、請求項1から8のいずれか一項に記載の線構造抽出装置。
- 前記第3の処理モジュールにより分類されるクラスは、グラフ理論の木構造における根、分岐、末端、及び枝上の点のうち少なくとも1つを含む、
請求項9に記載の線構造抽出装置。 - 前記線構造は、血管の経路に沿った中心線であり、
前記第3の処理モジュールにより分類されるクラスは、血管構造における特定の解剖学的名称を含む、
請求項9に記載の線構造抽出装置。 - 前記線構造は、気管の経路に沿った中心線であり、
前記第3の処理モジュールにより分類されるクラスは、気管構造における特定の解剖学的名称を含む、
請求項9に記載の線構造抽出装置。 - 前記第3の処理モジュールは、ニューラルネットワークによって構成されており、
前記第3の処理モジュールは、
前記特徴マップから、前記第2の処理モジュールによって予測された前記要素点を含む前記アンカーの局所画像を切り出して前記局所画像を固定サイズに変形する関心領域プーリング層と、
前記固定サイズに変形された前記局所画像が入力される畳み込み層及び全結合層のうち少なくとも一方と、
を含む、請求項2を引用する請求項9から12のいずれか一項に記載の線構造抽出装置。 - 画像から線構造を構成する要素点を抽出する線構造抽出方法であって、
前記画像の入力を受けて前記画像から線構造を構成する1つ以上の要素点を予測結果として出力するよう学習された学習モデルを用い、
前記学習モデルへの前記画像の入力を受け付けることと、
入力された前記画像について第1の処理モジュールにより畳み込みの処理を行い、前記画像の特徴量を示す特徴マップを生成することと、
前記特徴マップをグリッド状に既定サイズの領域を持つ複数のユニットに分割し、第2の処理モジュールを用いて、前記ユニットごとにユニット中心点から最も近くにある前記線構造の前記要素点への前記ユニット中心点からのシフト量を計算することと、
を含む線構造抽出方法。 - 前記複数のユニットによって予測された複数の前記要素点の点群のうち、前記ユニットのサイズの半分を目安とする第1の間隔よりも近接している過剰な前記要素点の一部を削除して、前記第1の間隔の程度で前記要素点を選択して残すこと、をさらに含む、
請求項14に記載の線構造抽出方法。 - 前記線構造は、前記画像内において太さを持つ領域の代表線であり、
前記複数のユニットによって予測された複数の前記要素点の点群のうち、前記太さの半分を目安とする第2の間隔よりも近接している過剰な前記要素点の一部を削除して、前記第2の間隔の程度で前記要素点を選択して残すこと、をさらに含む、
請求項14に記載の線構造抽出方法。 - 前記複数のユニットによって予測された複数の前記要素点の点群のうち、予め定めた閾値以内の距離に他の点が存在しない孤立点を削除すること、をさらに含む、
請求項14から16のいずれか一項に記載の線構造抽出方法。 - 画像から線構造を構成する要素点を抽出する機能をコンピュータに実現させるためのプログラムであって、
前記画像の入力を受け付ける機能と、
入力された前記画像について第1の処理モジュールを用いて畳み込みの処理を行い、前記画像の特徴量を示す特徴マップを生成する機能と、
前記特徴マップをグリッド状に既定サイズの領域を持つ複数のユニットに分割し、第2の処理モジュールを用いて、前記ユニットごとに前記ユニットの中心点から最も近くにある前記線構造の前記要素点への前記ユニット中心点からのシフト量を予測する機能と、
をコンピュータに実現させるプログラム。 - 非一時的かつコンピュータ読取可能な記録媒体であって、前記記録媒体に格納された指令がコンピュータによって読み取られた場合に請求項18に記載のプログラムをコンピュータに実行させる記録媒体。
- 入力された画像から線構造を構成する1つ以上の要素点を予測結果として出力する機能をコンピュータに実現させる学習済みモデルであって、
前記画像を受け入れて畳み込みの処理により前記画像の特徴量を示す特徴マップを生成する第1の処理モジュールと、
前記特徴マップをグリッド状に既定サイズの領域を持つ複数のユニットに分割して得られる前記ユニットごとに、ユニット中心点から最も近くにある前記線構造の前記要素点への前記ユニット中心点からのシフト量を計算する第2の処理モジュールと、
を含む学習済みモデル。 - 前記第1の処理モジュール及び前記第2の処理モジュールを構成しているネットワークのパラメータは、訓練画像と、前記訓練画像に含まれている線構造の位置情報と、を組み合わせた複数の学習データを用いた機械学習を実行することによって決定されている、請求項20に記載の学習済みモデル。
- 前記線構造は、前記画像内において太さを持つ領域の代表線であり、
前記学習データは、前記訓練画像に含まれている前記太さを持つ領域の太さ情報をさらに含む、請求項21に記載の学習済みモデル。
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