JP6002691B2 - 組織因子経路阻害剤に対するアプタマーおよび出血障害治療薬としてのそれらの使用 - Google Patents

組織因子経路阻害剤に対するアプタマーおよび出血障害治療薬としてのそれらの使用 Download PDF

Info

Publication number
JP6002691B2
JP6002691B2 JP2013553643A JP2013553643A JP6002691B2 JP 6002691 B2 JP6002691 B2 JP 6002691B2 JP 2013553643 A JP2013553643 A JP 2013553643A JP 2013553643 A JP2013553643 A JP 2013553643A JP 6002691 B2 JP6002691 B2 JP 6002691B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
aptamer
tfpi
amino acids
ome
seq
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
JP2013553643A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2014507147A5 (ja
JP2014507147A (ja
Inventor
ロバート シャウブ，
ロバート シャウブ，
キャスリーン マクギネス，
キャスリーン マクギネス，
ジェニファー ネルソン，
ジェニファー ネルソン，
ライアン ゲンガ，
ライアン ゲンガ，
エミリー ウォーターズ，
エミリー ウォーターズ，
ジェフリー クルス，
ジェフリー クルス，
ジョン ディーナー，
ジョン ディーナー，
Original Assignee
バクスアルタ ゲーエムベーハー
バクスアルタ ゲーエムベーハー
バクスアルタ インコーポレイテッド
バクスアルタ インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from US13/026,165 external-priority patent/US8598327B2/en
Application filed by バクスアルタ ゲーエムベーハー, バクスアルタ ゲーエムベーハー, バクスアルタ インコーポレイテッド, バクスアルタ インコーポレイテッド filed Critical バクスアルタ ゲーエムベーハー
Publication of JP2014507147A publication Critical patent/JP2014507147A/ja
Publication of JP2014507147A5 publication Critical patent/JP2014507147A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP6002691B2 publication Critical patent/JP6002691B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • A61P7/04—Antihaemorrhagics; Procoagulants; Haemostatic agents; Antifibrinolytic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Description

関連出願の相互参照
本非仮特許出願は、２０１０年８月１７日に出願された米国特許出願第１２／８５８，３６９号の一部継続出願であり、米国特許法第１１９条（ｅ）３５項の下で、２００９年８月１８日に出願された米国特許仮出願第６１／２３４，９３９号、２０１０年６月１０日に出願された同第６１／３５３，３７４号、２０１０年７月２１日に出願された同第６１／３６６，３６２号、および２０１０年７月２６日に出願された同第６１／３６７，７６６号に対する優先権の利益を主張するものであり、それぞれの内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本発明は、概して、出血障害および／またはＴＦＰＩが関与すると見なされる他の病状、疾患、もしくは障害の治療薬ならびに診断薬として有用である、核酸の分野、より具体的には、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーに関する。本発明はさらに、ＴＦＰＩに結合するアプタマーの投与のための物質および方法に関する。
アプタマー
アプタマーは、ワトソンクリック塩基対合以外の相互作用を介して、高い特異性および親和性で標的に結合する、単離または精製された核酸である。アプタマーは、標的に特異的に結合するために化学的接触を提供する三次元構造を有する。従来の核酸結合とは異なり、アプタマー結合は保存直線塩基配列に依存せず、むしろ特定の二次または三次構造に依存している。すなわち、アプタマーの核酸配列は非コード配列である。アプタマーが有し得る任意のコードする可能性は、全く偶発的であり、標的へのアプタマーの結合において、いかなる形であれ何の役割も果たさない。典型的な最小化アプタマーは、５〜１５ｋＤａの大きさ（１５〜４５個のヌクレオチド）であり、ナノモルからサブナノモルの親和性で標的に結合し、密接に関連する標的を判別する（例えば、アプタマーは、典型的には、同一の遺伝子または機能的ファミリー由来の他のタンパク質に結合しない）。
アプタマーは、成長因子、転写因子、酵素、免疫グロブリン、および受容体を含む、小分子、炭水化物、ペプチド、およびタンパク質等の多数の標的に対して生成されている。
アプタマーは、選択された標的に特異的に結合し、例えば、結合を介して、標的の活性または結合相互作用を調節することができ、アプタマーは、標的の機能する能力を阻害もしくは刺激し得る。標的への特異的結合は、アプタマーの先天的性質である。機能的活性、すなわち、標的の機能の阻害または刺激は、アプタマーの先天的性質ではない。多くの場合、アプタマーは標的に結合し、標的の機能にほとんど、あるいは全く影響を及ぼさない。時には、アプタマーが標的に結合し、標的の機能に阻害的または刺激的影響を及ぼすこともある。
アプタマーは、高い特異性および親和性、生物学的活性、低い免疫原性、調節可能な薬物動態学的性質、ならびに安定性を含む、治療薬および診断薬としての使用においていくつかの望ましい特性を有する。
出血障害
凝固は、出血を止めるのに十分な安定したフィブリン／細胞の止血血栓の形成である。図１に示される凝固プロセスは、３つのステージに分類することができる複雑な生化学的および細胞間相互作用を含む。ステージ１は、接触（内因性）または組織因子／ＶＩＩａ（外因性）経路のいずれかにより活性化された第Ｘ因子の形成である。ステージ２は、第Ｘａ因子によるプロトロンビンからのトロンビンの形成である。ステージ３は、第ＸＩＩＩａ因子で安定化されたフィブリノーゲンからのフィブリンの形成である。
血友病は、常にではないが、通常、単一凝固タンパク質の量的および／または機能的欠乏を伴う凝固の先天性または後天性障害と定義される。凝固第ＶＩＩＩ因子（血友病Ａ）および第ＩＸ因子（血友病Ｂ）の欠乏は、２つの最も一般的な遺伝性出血障害である。世界的に見た血友病ＡおよびＢ患者の全体的な総数は、約４００，０００人であるが、これらの個人の約１／４（１００，０００人）のみが治療を受けている。血友病ＡおよびＢを、因子欠乏の程度に関してさらに分類することができる。軽度の血友病は、正常な因子レベルの５〜４０％であり、全血友病集団のうちの約２５％に相当する。中程度の血友病は、正常な因子レベルの１〜５％であり、全血友病集団のうちの約２５％に相当する。重度の血友病は、正常な因子レベルの１％未満であり、全血友病集団のうちの約５０％に相当し、現在利用可能な療法の利用度が最も高い人々である。
Ｐｏｏｌによる寒冷沈降反応の発見（非特許文献１（Ｐｏｏｌ ｅｔ ａｌ．，“Ｈｉｇｈ−ｐｏｔｅｎｃｙ ａｎｔｉｈａｅｍｏｐｈｉｌｉｃ ｆａｃｔｏｒ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｅ ｐｒｅｐａｒｅｄ ｆｒｏｍ ｃｒｙｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｅ”，Ｎａｔｕｒｅ，ｖｏｌ．２０３，ｐ．３１２（１９６４）））以来、これらの生命にかかわる欠乏症の治療は、第ＶＩＩＩ因子および第ＩＸ因子濃縮物の質の改善に向けた努力を継続しつつ、因子補充に集中している。最も顕著な改善は、第ＶＩＩＩ因子および第ＩＸ因子の組換え型の有効性である。これらの高度に精製された組換え分子は、それらを血友病の治療に使用される補充因子の基本形態にした安全性および有効性特性を有する。軽度および中程度の患者の大部分は、「要望に応じて」、すなわち、出血が起こったときに治療される。重度の患者の約５０〜６０％が「要望に応じて」治療される一方で、この集団の残りは、毎週２〜３回因子を静脈内投与することを含む予防的療法を用いる。
残念ながら、組換え因子は、依然として、濃縮物およびより高度に精製された血漿由来因子の制限のいくつかを有する。これらの制限には、有効な血漿濃度を維持するために再三にわたる注入が必要となる、分子の比較的短い半減期；高い費用；インヒビター患者と呼ばれる患者の亜集団における、特に第ＶＩＩＩ因子に対する抗体応答の発達が含まれる。
阻害性抗体を発達させる患者の大部分において、この抗体は一過性にすぎない。持続した抗体応答を有する患者（約１５％）において、何人かは、複雑で高価な寛容化プロトコルに応答する。寛容化に応答しない患者（約５〜１０％）は、出血を制御するために非第ＶＩＩＩ因子／第ＩＸ因子製品の使用を必要とする。プロトロンビン複合体濃縮製剤（ＰＣＣ）、第ＶＩＩＩ因子インヒビターバイパス製剤（ＦＥＩＢＡ）、および組換え第ＶＩＩａ因子（ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）、ＦＶＩＩａ）は、インヒビター患者にとって有効な第ＶＩＩＩ因子／第ＩＸ因子バイパス治療である。
組換え第ＶＩＩａ因子（ｒＦＶＩＩａ）治療において、これらのバイパス製剤を最もよく使用する。第ＶＩＩａ因子は、外因経路を活性化するために内因性組織因子と複合する。これは、第Ｘ因子を直接的に活性化することもできる。ｒＦＶＩＩａ治療への応答は可変である。ｒＦＶＩＩａの弱い薬物動態学的（ＰＫ）特性に加えて、可変応答は、出血を制御するために複数回の注入を必要とし、予防的治療に対するその有用性を著しく制限することができる。
改善された効力、安定性、および循環半減期を有する、修飾された第ＶＩＩＩ因子、第ＩＸ因子、および第ＶＩＩａ因子分子の開発に向けた主要な努力が現在進行中である。全ての事例において、製品は、安定性、薬物動態学、および／または既存の補充因子の製剤の漸進的な改善を示すことが留意されるべきである。
組織因子／ＶＩＩａ（外因性）経路は、第ＶＩＩＩ因子、第Ｖ因子、および第ＩＸ因子依存性内在経路を開始および迅速化するために最初の止血応答としての機能を果たすことができる低レベルのトロンビンの急速な形成を提供する。組織因子、第ＶＩＩａ因子、および第Ｘａ因子は、この経路において中心的役割を有し、内皮細胞関連クニッツ型プロテイナーゼ阻害剤、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）により密接に調節される。
組織因子経路阻害剤は、内皮細胞表面で合成され、またそこに結合されると見られ（「表面ＴＦＰＩ」）、２〜４ｎＭの濃度で血漿中に見られ（「血漿ＴＦＰＩ」）、保存されて（２００ｐＭ／１０８血小板）活性化血小板から放出される、４０ｋＤａセリンプロテアーゼ阻害剤である。血漿ＴＦＰＩの約１０％が酸化ＬＤＬ粒子と結合しない一方で、９０％は酸化ＬＤＬ粒子と結合し、不活性である。ＴＦＰＩの２種類の基本形態、ＴＦＰＩαおよびＴＦＰＩβがある（図２および図３）。
ＴＦＰＩαは、３つのＫｕｎｉｔｚデコイドメイン、Ｋ１、Ｋ２、およびＫ３を含有する。Ｋ１およびＫ２は、プロテアーゼ基質を模倣し、標的プロテアーゼに強力であるが可逆的に結合することによって阻害する。ＴＦＰＩαに関して、Ｋ１が組織因子／ＶＩＩａに結合し、それを阻害する一方で、Ｋ２は、第Ｘａ因子に結合し、それを阻害する。Ｋ３の役割は現時点で未知であるが、細胞表面結合における役割およびＫ２による第Ｘａ因子の阻害を強化する役割を有し得る。ＴＦＰＩαは、分子の膜結合部位領域である塩基性Ｃ末端尾部ペプチドを有する。表面ＴＦＰＩの８０％がＴＦＰＩαであることが推定される。ＴＦＰＩαは、最初に、膜プロテオグリカンに結合する内皮細胞表面に結合される。ヘパリンは、培養内皮細胞、単離された静脈、その後の静脈内（ＩＶ）ヘパリン（未分画およびＬＭＷＨ）注入からＴＦＰＩαを放出することが示されている。放出機序の正確な本質は不明であるが（競合または誘発された放出）、ＴＦＰＩレベルは、ＩＶヘパリン投与後に３〜８倍増加し得る。いくつかのＴＦＰＩαが未特定の共受容体を介してグリコシル化ホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）に結合されるとも見なされ得る。
ＴＦＰＩβは、グリコシル化ホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーと翻訳後に修飾されるＴＦＰＩの選択的にスプライスされた種類である。それは培養内皮細胞中の表面ＴＦＰＩの約２０％に相当することが推定される。それはインビトロでの阻害活性を有するが、インビボにおける機能的役割はさほど明らかではない。
表面ＴＦＰＩは、血管損傷および血栓形成の部位へのその局在性に基づく凝固の調節においてより重要な役割を有し得る。表面ＴＦＰＩは、活性ＴＦＰＩの最大比率％に相当する。いくつかの研究所からのデータは、ＴＦＰＩが、抗トロンビンＩＩＩ（ＡＴＩＩＩ）およびタンパク質Ｃとの相互作用を介して、補完性／相乗効果も有し得ることを示唆する。
ＴＦＰＩは、そのＫ１およびＫ２ドメインを介して第ＶＩＩａ因子および第Ｘａ因子に、かつそのＫ３およびＣ末端ドメインを介してプロテオグリカンに結合する。ＴＦＰＩが組織因子／ＶＩＩａおよびＸａの両方の阻害において主要な役割を有するという事実は、ＴＦＰＩ阻害が組換え精製因子に加えて、または組換え精製因子との組み合わせで施される単回治療または補助療法を提供し得ることを示唆する。血栓形成促進状態を促進する取り組みは、組織因子によって媒介される凝固の外因経路の上方調節を介し得る。これは、ＴＦＰＩの阻害が血友病患者の凝固を改善する可能性があることを示唆した。
研究は、マウスにおけるＴＦＰＩ欠乏が血栓形成を増加させる可能性があり、ＴＦＰＩ抗体が第ＶＩＩＩ因子欠乏ウサギにおいて出血時間を改善し、血友病患者からの血漿凝固時間を短縮することを実証した。ウサギにおいて、一時的な血友病Ａは、ウサギを第ＶＩＩＩ因子抗体で処理することにより誘発された。この後に、第ＶＩＩＩ因子補充またはウサギＴＦＰＩに特異的である抗体のいずれかでの処理が続いた。第ＶＩＩＩ因子補充で観察された治療に類似した抗ＴＦＰＩ治療は、出血の減少および凝固の補正をもたらした。Ｌｉｕら（非特許文献２（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ ｉｎ ｂｌｅｅｄｉｎｇ ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ ｂｙ Ｎｏｎ−Ａｎｔｉｃｏａｇｕｌａｎｔ Ｓｕｌｆａｔｅｄ Ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ （ＮＡＳＰ）”，Ｔｈｒｏｍｂ．Ｈａｅｍｏｓｔ．，ｖｏｌ．９５，ｐｐ．６８−７６（２００６）））は、ＴＦＰＩを阻害する褐藻類から単離された非抗凝固多糖の効果を報告した。Ｐｒａｓａｄらによる続報（非特許文献３（Ｐｒａｓａｄ ｅｔ ａｌ．，“Ｅｆｆｉｃａｃｙ ａｎｄ ｓａｆｅｔｙ ｏｆ ａ ｎｅｗ−ｃｌａｓｓ ｏｆ ｈｅｍｏｓｔａｔｉｃ ｄｒｕｇ ｃａｎｄｉｄａｔｅ，ＡＶ５１３，ｉｎ ｄｏｇｓ ｗｉｔｈ ｈｅｍｏｐｈｉｌｉａ Ａ”，Ｂｌｏｏｄ，ｖｏｌ．１１１，ｐｐ．６７２−６７９（２００８）））は、血友病Ａイヌにおけるこの多糖も評価した。両研究において、ＴＦＰＩ阻害が、正常な凝固特性の回復、ならびにイヌモデルにおいて、改善されたトロンボエラストグラム（ＴＥＧ）および爪出血時間の減少を含む止血特性の改善にプラスの影響を与えることが見出された。これらのデータは、ＴＦＰＩの阻害が血友病を治療する取り組みを提供し得ることを示唆する。
したがって、これは、出血障害の治療においてＴＦＰＩに拮抗するための新規の治療、または医学的手技と併せて用いられる新規の治療、あるいは凝固前の状態を引き起こすために別の薬物もしくは別の療法との併用で用いられる新規の治療を特定するのに有益であろう。本発明は、これらおよび他の必要性を満たす物質および方法を提供する。
Ｐｏｏｌ ｅｔ ａｌ．，"Ｈｉｇｈ−ｐｏｔｅｎｃｙ ａｎｔｉｈａｅｍｏｐｈｉｌｉｃ ｆａｃｔｏｒ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｅ ｐｒｅｐａｒｅｄ ｆｒｏｍ ｃｒｙｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｅ"，Ｎａｔｕｒｅ，ｖｏｌ．２０３，ｐ．３１２（１９６４） Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，"Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ ｉｎ ｂｌｅｅｄｉｎｇ ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ ｂｙ Ｎｏｎ−Ａｎｔｉｃｏａｇｕｌａｎｔ Ｓｕｌｆａｔｅｄ Ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ （ＮＡＳＰ）"，Ｔｈｒｏｍｂ．Ｈａｅｍｏｓｔ．，ｖｏｌ．９５，ｐｐ．６８−７６（２００６） Ｐｒａｓａｄ ｅｔ ａｌ．，"Ｅｆｆｉｃａｃｙ ａｎｄ ｓａｆｅｔｙ ｏｆ ａ ｎｅｗ−ｃｌａｓｓ ｏｆ ｈｅｍｏｓｔａｔｉｃ ｄｒｕｇ ｃａｎｄｉｄａｔｅ，ＡＶ５１３，ｉｎ ｄｏｇｓ ｗｉｔｈ ｈｅｍｏｐｈｉｌｉａ Ａ"，Ｂｌｏｏｄ，ｖｏｌ．１１１，ｐｐ．６７２−６７９（２００８）
本発明は、本明細書で「ＴＦＰＩアプタマー」と称される組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマー、ならびに場合によっては他の作用物質を用いて、出血障害および他のＴＦＰＩによって媒介される病状、疾患、または障害の治療においてそのようなアプタマーを用いるための方法を提供する。加えて、合併症またはその副作用を軽減するために、場合によっては他の作用物質を伴って、ＴＦＰＩアプタマーを、医学的手技の前、間、および／または後に用いることができる。
ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩまたは１つ以上のその部分（もしくは領域）に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、ＴＦＰＩはヒトＴＦＰＩである。好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーはＴＦＰＩに結合し、Ｋ３／Ｃ末端領域等のＫ１およびＫ２領域の外側で、少なくともある程度、結合接触を必要とする。より好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）に少なくともある程度結合する。好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、１００ｎＭ以下のＴＦＰＩに対する解離定数を有する。
ＴＦＰＩアプタマーの例として、本明細書でＡＲＣ２６８３５と称される配列番号１、本明細書でＡＲＣ１７４８０と称される配列番号２、本明細書でＡＲＣ１９４９８と称される配列番号３、本明細書でＡＲＣ１９４９９と称される配列番号４、本明細書でＡＲＣ１９５００と称される配列番号５、本明細書でＡＲＣ１９５０１と称される配列番号６、本明細書でＡＲＣ３１３０１と称される配列番号７、本明細書でＡＲＣ１８５４６と称される配列番号８、本明細書でＡＲＣ１９８８１と称される配列番号９、および本明細書でＡＲＣ１９８８２と称される配列番号１０からなる群から選択される核酸配列を含むアプタマーが挙げられるが、それらに限定されない。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号１）（ＡＲＣ２６８３５）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は、（当技術分野において２’−Ｏｍｅ、２’−メトキシ、または２’−ＯＣＨ３含有ヌクレオチドとしても既知の）２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号１の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
より好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号２）（ＡＲＣ１７４８０）を含むアプタマーまたはその塩であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号２の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
さらにより好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ＮＨ２−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号３）（ＡＲＣ１９４９８）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ＮＨ２」は、５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号３の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
最も好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ＰＥＧ４０Ｋ−ＮＨ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号４）（ＡＲＣ１９４９９）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ＮＨ」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＰＥＧ」はポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号４の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。いくつかの実施形態において、配列番号４のＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの全分子量を有する分岐ＰＥＧ部分である。他の実施形態において、配列番号４のＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの分子量を有する線状ＰＥＧ部分である。さらなる実施形態において、配列番号４のＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの分子量を有するメトキシポリエチレングリコール（ｍＰＥＧ）部分である。さらにさらなる実施形態において、配列番号４のＰＥＧ４０Ｋ部分は、図６〜９に示されるように、それぞれ２０ｋＤａの分子量を有する２つのｍＰＥＧ２０Ｋ部分を含有する分岐ｍＰＥＧ部分であり、「２０ＫＰＥＧ」は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分を指す。好ましい実施形態において、配列番号４のＰＥＧ４０Ｋ部分は、図６に示される分岐ＰＥＧ４０Ｋ部分であり、「２０ＫＰＥＧ」は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分を指し、図７に示されるようにアプタマーに結合される。より好ましい実施形態において、ＰＥＧ４０Ｋ部分は、図８に示されるように、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーに結合され、「２０ＫＰＥＧ」は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分を指す。最も好ましい実施形態において、ＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの全分子量を有するｍＰＥＧ部分であり、図９Ａおよび９Ｂに示されるように、５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーに結合される。
あるいは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ＮＨ２−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ＮＨ２（配列番号５）（ＡＲＣ１９５００）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＮＨ２」はヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来である。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号５の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
段落［００２９］のＴＦＰＩアプタマーより好ましいＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ＰＥＧ２０Ｋ−ＮＨ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ＮＨ−ＰＥＧ２０Ｋ（配列番号６）（ＡＲＣ１９５０１）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＮＨ」はヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「ＰＥＧ」はポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号６の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。いくつかの実施形態において、配列番号６のＰＥＧ２０Ｋ部分は分岐ＰＥＧ部分である。他の実施形態において、分配列番号６のＰＥＧ２０Ｋ部は線状ＰＥＧ部分である。さらなる実施形態において、配列番号６のＰＥＧ２０Ｋ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するメトキシポリエチレングリコール（ｍＰＥＧ）部分である。さらにさらなる実施形態において、配列番号６のＰＥＧ２０Ｋ部分は、それぞれ１０ｋＤａの分子量を有する２つのｍＰＥＧ１０Ｋ部分を含有する分岐ｍＰＥＧ部分である。
あるいは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号７）（ＡＲＣ３１３０１）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号７の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
段落［００３１］のＴＦＰＩアプタマーよりも好ましいＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号８）（ＡＲＣ１８５４６）を含むアプタマーまたはその塩であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号８の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
段落［００３１］のＴＦＰＩアプタマーよりもより好ましいＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ＮＨ２−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号９）（ＡＲＣ１９８８１）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ＮＨ２」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号９の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。
段落［００３１］のＴＦＰＩアプタマーよりもさらにより好ましいＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列：ＰＥＧ４０Ｋ−ＮＨ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号１０）（ＡＲＣ１９８８２）を含むアプタマーまたはその塩であり、「ＮＨ」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＰＥＧ」はポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、配列番号１０の核酸配列から成るアプタマーまたはその塩である。いくつかの実施形態において、配列番号１０のＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの全分子量を有する分岐ＰＥＧ部分である。他の実施形態において、配列番号１０のＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの分子量を有する線状ＰＥＧ部分である。さらなる実施形態において、配列番号１０のＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの分子量を有するメトキシポリエチレングリコール（ｍＰＥＧ）部分である。さらにさらなる実施形態において、配列番号１０のＰＥＧ４０Ｋ部分は、図６〜９に示されるように、それぞれ２０ｋＤａの分子量を有する２つのｍＰＥＧ２０Ｋ部分を含有する分岐ｍＰＥＧ部分であり、「２０ＫＰＥＧ」は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分を指す。好ましい実施形態において、配列番号１０のＰＥＧ４０Ｋ部分は、図６に示される分岐ＰＥＧ４０Ｋ部分であり、「２０ＫＰＥＧ」は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分を指し、図７に示されるようにアプタマーに結合される。より好ましい実施形態において、ＰＥＧ４０Ｋ部分は、図８に示されるように、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーに結合され、「２０ＫＰＥＧ」は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分を指す。最も好ましい実施形態において、ＰＥＧ４０Ｋ部分は、４０ｋＤａの全分子量を有するｍＰＥＧ部分であり、図９Ａおよび９Ｂに示されるように、５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーに結合される。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、１つ以上のリンカーの有無にかかわらず、１つ以上のＰＥＧ部分に結合される。ＰＥＧ部分は、任意の型のＰＥＧ部分であり得る。例えば、ＰＥＧ部分は、線形、分岐、多分岐、星形、櫛形、または樹枝状であり得る。加えて、ＰＥＧ部分は、任意の分子量を有し得る。好ましくは、ＰＥＧ部分は、５〜１００ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。より好ましくは、ＰＥＧ部分は、１０〜８０ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。さらにより好ましくは、ＰＥＧ部分は、２０〜６０ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。なお一層より好ましくは、ＰＥＧ部分は、３０〜５０ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。最も好ましくは、本明細書で「４０ＫＰＥＧ」とも称されるＰＥＧ部分は、４０ｋＤａの大きさの分子量を有する。同一または異なるＰＥＧ部分を、ＴＦＰＩアプタマーに結合することができる。同一または異なるリンカーを用いて、同一または異なるＰＥＧ部分をＴＦＰＩアプタマーに結合させてもよく、あるいはリンカーを用いなくてもよい。
あるいは、ＴＦＰＩアプタマーを、１つ以上のリンカーの有無にかかわらず、（１つ以上のＰＥＧ部分に結合するというよりはむしろ）１つ以上のＰＥＧ代替物に結合することができる。ＰＥＧ代替物の例として、ポリオキサゾリン（ＰＯＺ）、ＰｏｌｙＰＥＧ、ヒドロキシエチルデンプン（ＨＥＳ）、およびアルブミンが挙げられるが、それらに限定されない。ＰＥＧ代替物は、任意の型のＰＥＧ代替物であってもよいが、ＰＥＧ部分と同一または同様に機能する、すなわち、腎臓濾過を軽減し、循環血液中のＴＦＰＩアプタマーの半減期を増加させるはずである。同一または異なるＰＥＧ代替物を、ＴＦＰＩアプタマーに結合することができる。同一または異なるリンカーを用いて、同一または異なるＰＥＧ代替物をＴＦＰＩアプタマーに結合させてもよく、あるいはリンカーを用いなくてもよい。あるいは、ＰＥＧ部分およびＰＥＧ代替物の組み合わせを、同一または異なるリンカーのうちの１つ以上の有無にかかわらず、ＴＦＰＩアプタマーに結合することができる。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、１つ以上のリンカーを介してＰＥＧ部分またはＰＥＧ代替物に結合される。しかしながら、リンカーを使用することなく、ＴＦＰＩアプタマーを、ＰＥＧ部分またはＰＥＧ代替物に直接結合することができる。リンカーは任意の種類の分子であり得る。リンカーの例として、アミン、チオール、およびアジドが挙げられるが、それらに限定されない。リンカーは、リン酸基を含み得る。好ましくは、リンカーは、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来である。いくつかの実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１８個の連続したＣＨ２基を含む。より好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１２個の連続したＣＨ２基を含む。さらにより好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、４〜８個の連続したＣＨ２基を含む。最も好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、すなわち、６個の連続したＣＨ２基を含む、５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイトである。同一もしくは異なるリンカーのうちの１つ以上を用いて、同一もしくは異なるＰＥＧ部分のうちの１つ以上または同一もしくは異なるＰＥＧ代替物のうちの１つ以上をＴＦＰＩアプタマーに結合させてもよく、あるいはリンカーを用いなくてもよい。
好ましい実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。好ましくは、アプタマーは、配列番号２および８からなる群から選択される。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
好ましい代替実施形態において、以下の構造：

，
を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。好ましくは、アプタマーは、配列番号１からなる群から選択される。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
より好ましい実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。好ましくは、アプタマーは、配列番号２および８からなる群から選択される。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
より好ましい代替実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。好ましくは、アプタマーは、配列番号１からなる群から選択される。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
最も好ましい実施形態において、以下の構造：


を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位（ＰＥＧ＝２０ｋＤａ）であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。ｎの数が特定の分子量を有するＰＥＧに対してわずかに異なり得るため、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位である。好ましくは、「ｎ」は、４００〜５００個のエチレンオキシド単位に及ぶ。より好ましくは、「ｎ」は、４２５〜４７５個のエチレンオキシド単位に及ぶ。さらにより好ましくは、「ｎ」は、４４０〜４６０個のエチレンオキシド単位に及ぶ。最も好ましくは、「ｎ」は、４５４個のエチレンオキシド単位である。好ましくは、アプタマーは、配列番号２および８からなる群から選択される。
最も好ましい代替実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位（ＰＥＧ＝２０ｋＤａ）であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。ｎの数が特定の分子量を有するＰＥＧに対してわずかに異なり得るため、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位である。好ましくは、「ｎ」は、４００〜５００個のエチレンオキシド単位に及ぶ。より好ましくは、「ｎ」は、４２５〜４７５個のエチレンオキシド単位に及ぶ。さらにより好ましくは、「ｎ」は、４４０〜４６０個のエチレンオキシド単位に及ぶ。最も好ましくは、「ｎ」は、４５４個のエチレンオキシド単位である。好ましくは、アプタマーは、配列番号１からなる群から選択される。
本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力を有するアプタマーも提供する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一の構造を有する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力および実質的に同一の構造を有する。本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力、および実質的に同一のＴＦＰＩの生物学的機能を調節する能力を有するアプタマーも提供する。本発明はさらに、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力および実質的に同一の血液凝固を調節する能力を有するアプタマーを提供する。本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一の構造および実質的に同一のＴＦＰＩの生物学的機能を調節する能力を有するアプタマーも提供する。本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一の構造および実質的に同一の血液凝固を調節する能力を有するアプタマーも提供する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力、実質的に同一の構造、および実質的に同一のＴＦＰＩの生物学的機能を調節する能力を有する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力、実質的に同一の構造、および実質的に同一の血液凝固を調節する能力を有する。
ＴＦＰＩアプタマーは、少なくとも１つの化学修飾を含み得る。好ましくは、修飾は、糖位置での化学的置換、ヌクレオチド間連結での化学的置換、および塩基位置での化学的置換からなる群から選択される。あるいは、修飾は、修飾ヌクレオチドの組み込み、３’キャッピング、５’キャッピング、高分子量の非免疫原性化合物との共役、脂溶性化合物との共役、ＣｐＧモチーフの組み込み、およびリン酸骨格へのホスホロチオエートまたはホスホロジチオエートの組み込みからなる群から選択される。高分子量の非免疫原性化合物は、好ましくは、ポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態において、ポリエチレングリコールは、メトキシポリエチレングリコール（ｍＰＥＧ）である。３’キャッピングは、好ましくは、逆位のデオキシチミジンのキャッピングである。
本発明は、ＴＦＰＩに結合し、以下の特性：（ｉ）ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号１）の一次ヌクレオチド配列を含むこと、（ｉｉ）配列番号１もしくは７に示される一次ヌクレオチド配列と、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を有する一次ヌクレオチド配列を含むこと、（ｉｉｉ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０からなる群から選択される一次ヌクレオチド配列を含むアプタマーの能力と実質的に同一またはより良好なＴＦＰＩに結合する能力を有すること、および／または（ｉｖ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０からなる群から選択される一次ヌクレオチド配列を含むアプタマーのＴＦＰＩを調節もしくは阻害する能力と実質的に同一またはより良好な能力を有することのうちの１つ以上を有するアプタマーも提供する。本明細書で使用される、一次ヌクレオチド配列という用語は、３’〜５’修飾にかかわらず、アプタマーを形成する核酸配列のヌクレオチド塩基の５’〜３’直線配列を指す。例えば、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、およびＡＲＣ１９５０１は全て、同一の一次ヌクレオチド配列を有する。
本発明はさらに、治療有効量のＴＦＰＩアプタマーまたはその塩、および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む医薬組成物を提供する。
本発明はさらに、対象に上記の医薬組成物を投与することにより、ＴＦＰＩによって媒介される病状、疾患、または障害を治療するか、予防するか、その進行を遅延させるか、あるいは改善するための方法を提供する。好ましくは、対象は、哺乳動物である。より好ましくは、対象は、ヒトである。好ましくは、病状、疾患、または障害は、血友病Ａ（第ＶＩＩＩ因子欠乏症）、血友病Ｂ（第ＩＸ因子欠乏症）、および血友病Ｃ（第ＸＩ因子欠乏症）を含む、軽度もしくは中程度もしくは重度の先天性または後天性凝固因子欠乏症、阻害剤を有する血友病ＡもしくはＢ、他の因子の欠乏症（Ｖ、ＶＩＩ、Ｘ、ＸＩＩＩ、プロトロンビン、フィブリノーゲン）、α２プラスミン阻害剤の欠乏、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤１の欠乏、複数の因子欠乏、機能的因子異常（例えば、プロトロンビン異常）、足首、肘、および膝を含むが、それらに限定されない関節出血（関節血症）、他の位置（筋肉、胃腸、口等）における特発性出血、出血性卒中、頭蓋内出血、外傷に関連する裂傷および他の出血、急性外傷性凝固障害、癌（例えば、急性前骨髄球性白血病）に関連する凝固障害、フォンビルブランド病、播種性血管内凝固、肝臓疾患、月経過多、血小板減少、ならびに抗凝固剤の使用に関連する出血（例えば、ビタミンＫアンタゴニスト、ＦＸａアンタゴニスト等）からなる群から選択される。
医薬組成物を、多数の投与経路で投与することができる。好ましくは、組成物は静脈内投与（ＩＶ）される。最も好ましくは、組成物は皮下投与（ＳＣまたはＳＱ）される。
医薬組成物を、様々な治療計画を用いて投与することができる。例えば、本組成物を、患者が出血症状に罹患していない時等に、維持療法として、規定された用量で規定された期間投与することができる。あるいは、本組成物を、患者が出血症状に罹患している時等に、要望に応じて、すなわち、必要に応じて投与することができる。さらなる代替実施形態において、組成物を、維持療法および要望に応じた療法との併用で投与することができる。そのような実施形態において、組成物を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、組成物の投与量を出血が止まるまで必要に応じて増加させ、その時点で、組成物の投与量を以前の維持レベルに減少させて戻す。別のそのような実施形態において、組成物を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、別の出血障害の療法（第ＶＩＩＩ因子等）を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、他の出血障害療法が打ち切られる。この全期間中、組成物を維持療法として投与し続ける。さらに別のそのような実施形態において、組成物を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、組成物の投与量を減少させ、別の出血障害療法（第ＶＩＩＩ因子等）を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、組成物の投与量を以前の維持レベルまで増加させて戻し、他の出血障害療法が打ち切られる。別のそのような実施形態において、別の出血障害療法（第ＶＩＩＩ因子等）を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間を投与することができ、その場合、組成物を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、組成物での治療が打ち切られる。この全期間中、他の出血障害療法を維持療法として投与し続ける。さらに別のそのような実施形態において、別の出血障害療法（第ＶＩＩＩ因子等）を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、他の出血障害療法の投与量を減少させ、組成物を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、他の出血障害療法の投与量を以前の維持レベルに増加させて戻し、組成物での療法が打ち切られる。
医薬組成物を、医学的手技の前、間、および／または後に投与することもできる。例えば、医薬組成物を、歯科処置、関節形成術（例えば、人工股関節置換手術）を含むが、それらに限定されない整形外科、外科的または放射性滑膜切除術（ＲＳＶ）、大手術、静脈穿刺、輸血、および切断術により引き起こされる出血に関連した予防法および／または治療等の医学的手技（前、間、および／もしくは後）と併せて投与することができる。
医薬組成物を、活性化プロトロンビン複合体濃縮製剤（ＡＰＣＣ）、第ＶＩＩＩ因子インヒビターバイパス製剤（ＦＥＩＢＡ（登録商標））、組換え第ＶＩＩａ因子（例えば、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標））、組換え第ＶＩＩＩ因子（Ａｄｖａｔｅ（登録商標）、Ｋｏｇｅｎａｔｅ（登録商標）、Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｅ（登録商標）、Ｈｅｌｉｘａｔｅ（登録商標）、ＲｅＦａｃｔｏ（登録商標））、血漿由来第ＶＩＩＩ因子（Ｈｕｍａｔｅ Ｐ（登録商標）、Ｈｅｍｏｆｉｌ Ｍ（登録商標））、組換え第ＩＸ因子（ＢｅｎｅＦＩＸ（登録商標））、血漿由来第ＩＸ因子（Ｂｅｂｕｌｉｎ ＶＨ（登録商標）、Ｋｏｎｙｎｅ（登録商標）、Ｍｏｎｏｎｉｎｅ（登録商標））、寒冷沈降物、酢酸デスモプレシン（ＤＤＡＶＰ）、イプシロンアミノカプロン酸、またはトラネキサム酸等の別の薬物との併用で投与することもできる。あるいは、医薬組成物を、血液もしくは血液製剤の輸血、血漿フェレーシス、高用量の補充因子での免疫寛容導入療法、免疫抑制剤（例えば、プレドニゾン、リツキシマブ）での免疫寛容療法、または疼痛治療等の別の療法との併用で投与することができる。
ＴＦＰＩアプタマーを、ＴＦＰＩタンパク質の特定のために用いることができる。具体的には、ＴＦＰＩアプタマーを用いて、生物学的試料または他の対象由来試料等の試料中のＴＦＰＩタンパク質を特定、定量化、またはさもなければその存在を検出することができる。例えば、ＴＦＰＩアプタマーを、インビトロアッセイ、例えば、ＥＬＩＳＡにおいて用いて、患者試料のＴＦＰＩレベルを検出することができる。
本発明は、分子がその中でＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合またはさもなければそれと相互作用する、ＴＦＰＩを調節するための方法も提供し、少なくとも一部が、Ｋ３／Ｃ末端領域等のＴＦＰＩのＫ１およびＫ２ドメインの外側である。分子は、例えば、小分子有機化合物、抗体、タンパク質もしくはペプチド、多糖、核酸、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、または任意のそれらの組み合わせ等の任意の種類の分子であり得る。好ましくは、分子は小分子有機化合物である。より好ましくは、分子は抗体である。最も好ましくは、分子はアプタマーである。例えば、分子は、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。分子が、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、その分子は、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。分子が、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、その分子は、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、分子は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）に少なくともある程度結合する。分子は、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形に対する解離定数を含む。
本発明はさらに、出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善のための薬剤の製造におけるＴＦＰＩアプタマーの使用を提供する。例えば、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２は、出血障害を治療するか、予防するか、その進行を遅延させるか、またはさもなければ改善するための薬剤の製造において用いられる。
一実施形態において、本発明は、出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善の方法で用いるＴＦＰＩアプタマーを提供する。
一実施形態において、本発明は、ヒトまたは動物の体で実践される診断法で用いる診断用組成物または診断薬の製造におけるＴＦＰＩアプタマーの使用を提供する。いくつかの実施形態において、診断法は、出血障害の診断を目的とする。
一実施形態において、本発明は、ヒトまたは動物の体で実践される診断法で用いるＴＦＰＩアプタマーを提供する。いくつかの実施形態において、診断法は、出血障害の診断を目的とする。
一実施形態において、本発明は、インビトロ診断を目的としたＴＦＰＩアプタマーの使用を提供する。いくつかの実施形態において、インビトロでの使用は、出血障害の診断を目的とする。
本発明はさらに、本明細書で「ＴＦＰＩ拮抗薬」と称されるＴＦＰＩアプタマーの影響を逆転させる作用物質に関する。ＴＦＰＩ拮抗薬は、タンパク質、抗体、小分子有機化合物、またはオリゴヌクレオチド等の任意の種類の分子であり得る。好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、１０〜１５個のヌクレオチド長であるオリゴヌクレオチドである。好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、ＴＦＰＩアプタマーに結合する。好ましくは、そのような結合は、相補的塩基対合を介する。理論に束縛されることを望むことなく、ＴＦＰＩ拮抗薬は、ＴＦＰＩアプタマーとハイブリッド形成しながら作用し、それにより、ＴＦＰＩアプタマーの構造を破壊し、ＴＦＰＩへのＴＦＰＩアプタマーの結合を予防する。
ＴＦＰＩ拮抗薬の例として、ＡＲＣ２３０８５である配列番号１５、ＡＲＣ２３０８７である配列番号１６、ＡＲＣ２３０８８である配列番号１７、およびＡＲＣ２３０８９である配列番号１８が含まれるが、それらに限定されない。
好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＡ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＣ−ｍＣ（配列番号１５）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、（当技術分野において２’−ＯＭｅ、２’−メトキシ、または２’−ＯＣＨ３含有残基としても既知の）２’−Ｏメチル含有残基である。
あるいは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＡ（配列番号１６）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、２’−Ｏメチル含有残基である。
あるいは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＣ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＣ（配列番号１７）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、２’−Ｏメチル含有残基である。
あるいは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＣ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＡ−ｍＡ（配列番号１８）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、２’−Ｏメチル含有残基である。
本発明はさらに、出血障害を治療し、予防し、その進行を遅延させ、および／または改善するための方法を提供し、本方法は、そのような治療を必要とする患者に、ＴＦＰＩ拮抗薬を投与するステップを含む。
本発明は、出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善のための薬剤の製造におけるＴＦＰＩ拮抗薬の使用を提供する。
したがって、本発明は、患者の出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善のための薬剤の製造におけるＴＦＰＩ拮抗薬の使用を提供し、本方法は、患者に投与されるＴＦＰＩアプタマーの治療効果を制御および／または調節するために、患者にＴＦＰＩ拮抗薬を投与することを含む。ＴＦＰＩアプタマーを、ＴＦＰＩ拮抗薬の投与前に、ＴＦＰＩ拮抗薬の投与と同時に、またはＴＦＰＩ拮抗薬の投与後に投与することができ、併用療法の一環として投与することができる。好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、患者の出血障害を治療し、予防し、その進行を遅延させ、および／または改善するために、患者に投与される。
本発明は、出血障害の治療の制御および／または調節で用いる薬剤の製造におけるＴＦＰＩ拮抗薬の使用も提供し、出血障害は、ＴＦＰＩアプタマーで治療される。
一実施形態において、本発明は、出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善で用いるＴＦＰＩ拮抗薬を提供する。
したがって、本発明は、患者の出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善で用いるＴＦＰＩ拮抗薬を提供し、本方法は、患者に投与されるＴＦＰＩアプタマー治療効果を制御および／または調節するために、患者にＴＦＰＩ拮抗薬を投与することを含む。
本発明は、出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善で用いるＴＦＰＩ拮抗薬も提供し、出血障害は、ＴＦＰＩアプタマーで治療される。
一実施形態において、本発明は、ヒトまたは動物の体で実践される診断法で用いる診断用組成物または診断薬の製造におけるＴＦＰＩ拮抗薬の使用を提供する。いくつかの実施形態において、診断法は、出血障害の診断を目的とする。
一実施形態において、本発明は、ヒトまたは動物の体で実践される診断法で用いるＴＦＰＩ拮抗薬を提供する。いくつかの実施形態において、診断法は、出血障害の診断を目的とする。
一実施形態において、本発明は、インビトロ診断を目的としたＴＦＰＩ拮抗薬の使用を提供する。いくつかの実施形態において、インビトロでの使用は、出血障害の診断を目的とする。
本発明は、出血障害の治療、予防、進行遅延、および／または改善における１つ以上のＴＦＰＩアプタマーの使用法とともに、１つ以上のＴＦＰＩアプタマー量を含む少なくとも１つの容器を含むキットも提供する。例えば、キットは、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、またはＡＲＣ１９８８２、およびそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、アプタマーは、医薬組成物として製剤化される。キットはさらに、拮抗薬の投与に関する指示とともに、ＴＦＰＩ拮抗薬を含み得る。
本発明は、ＴＦＰＩに結合するアプタマーを生成するための方法も提供し、本方法は、本明細書に記載のＴＦＰＩに結合するアプタマーの核酸配列を有する核酸を化学的に合成するステップを含む。本方法はさらに、合成された核酸配列またはその塩を、薬学的に許容される担体または希釈剤と混合することにより、医薬組成物を製剤化するステップを含み得る。
本発明はさらに、拮抗薬を生成するための方法を提供し、本方法は、本明細書に記載のＴＦＰＩ拮抗薬の核酸配列を有する核酸を化学的に合成するステップを含む。本方法はさらに、合成された核酸配列またはその塩を、薬学的に許容される担体または希釈剤と混合することにより、医薬組成物を製剤化するステップを含み得る。
本発明はさらに、ＳＥＬＥＸ（商標）プロセスにより特定されたアプタマーを提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物をＴＦＰＩと接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸をＴＦＰＩに結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望の回数の周期で、結合、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩに結合するアプタマーを得るステップを含む。
本発明はさらに、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための方法を提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物をＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸をＴＦＰＩに結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望の回数の周期で、接触、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩに結合するアプタマーを得るステップを含む。本方法は、全長ＴＦＰＩに結合し、続いて、分配および増幅する、介在する周期または追加の周期を含み得る。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための方法も提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物を全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸を全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）ＴＦＰＩの一部を有する結合された核酸、または全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの一部に結合するリガンドを特異的に溶出するステップ、（ｄ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｅ）所望の回数の周期で、接触、分配、溶出、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するアプタマーを得るステップを含む。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための方法も提供し、（ａ）ＴＦＰＩ上の１つ以上のエピトープがアプタマー結合するのを阻止するＴＦＰＩリガンド（ＴＦＰＩに結合するリガンド）の存在下で結合が起こる条件下で、核酸の混合物を全長ＴＦＰＩまたはＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸を全長ＴＦＰＩまたはＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望の回数の周期で、接触、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するアプタマーを得るステップを含む。本方法の他の実施形態において、ＴＦＰＩ上の１つ以上の部分がアプタマー結合するのを阻止するＴＦＰＩリガンドの包括は、接触ステップ、分配ステップ、または両方のステップ中に起こり得る。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための方法も提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物を全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）所望の機能的性質を有する結合された核酸を、所望の機能的性質を有さない結合された核酸から分配するステップ、（ｃ）ＴＦＰＩの一部を有する結合された核酸、または全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの一部に結合するリガンドを特異的に溶出するステップ、（ｄ）所望の機能的性質を有する結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｅ）所望の回数の周期で、接触、分配、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するアプタマーを得るステップを含む。ステップ（ｂ）およびステップ（ｃ）は、連続して、または同時に起こり得る。好ましくは、所望の機能的性質は、ＦＸａ、ＦＶＩＩａ、ＴＦＰＩ受容体、またはグリコカリックスとのＴＦＰＩの相互作用の阻害である。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、配列番号１１のアミノ酸配列を有するヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドに結合するアプタマーも提供し、アプタマーは、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害を調節し、ＴＦＰＩへの結合において、配列番号４（ＡＲＣ１９４９９）、配列番号１（ＡＲＣ２６８３５）、配列番号２（ＡＲＣ１７４８０）、配列番号３（ＡＲＣ１９４９８）、配列番号５（ＡＲＣ１９５００）、配列番号６（ＡＲＣ１９５０１）、配列番号７（ＡＲＣ３１３０１）、配列番号８（ＡＲＣ１８５４６）、配列番号９（ＡＲＣ１９８８１）、および配列番号１０（ＡＲＣ１９８８２）からなる群から選択される核酸配列を含む参照アプタマーと競合する。好ましくは、参照アプタマーは、配列番号４の核酸配列（ＡＲＣ１９４９９）を含む。
本発明はさらに、配列番号１１のアミノ酸配列を有するヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドに結合するアプタマーを提供し、アプタマーは、アプタマーにより認識される領域の少なくとも一部が、第ＶＩＩａ因子、第Ｘａ因子、または第ＶＩＩａ因子および第Ｘａ因子の両方で結合されるＴＦＰＩ領域と異なるＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合する。好ましくは、アプタマーは、アミノ酸残基１４８〜１７０、アミノ酸残基１５０〜１７０、アミノ酸残基１５５〜１７５、アミノ酸残基１６０〜１８０、アミノ酸残基１６５〜１８５、アミノ酸残基１７０〜１９０、アミノ酸残基１７５〜１９５、アミノ酸残基１８０〜２００、アミノ酸残基１８５〜２０５、アミノ酸残基１９０〜２１０、アミノ酸残基１９５〜２１５、アミノ酸残基２００〜２２０、アミノ酸残基２０５〜２２５、アミノ酸残基２１０〜２３０、アミノ酸残基２１５〜２３５、アミノ酸残基２２０〜２４０、アミノ酸残基２２５〜２４５、アミノ酸残基２３０〜２５０、アミノ酸残基２３５〜２５５、アミノ酸残基２４０〜２６０、アミノ酸残基２４５〜２６５、アミノ酸残基２５０〜２７０、アミノ酸残基２５５〜２７５、アミノ酸残基２６０〜２７６、アミノ酸残基１４８〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１８０、アミノ酸残基１５０〜１８５、アミノ酸残基１５０〜１９０、アミノ酸残基１５０〜１９５、アミノ酸残基１５０〜２００、アミノ酸残基１５０〜２０５、アミノ酸残基１５０〜２１０、アミノ酸残基１５０〜２１５、アミノ酸残基１５０〜２２０、アミノ酸残基１５０〜２２５、アミノ酸残基１５０〜２３０、アミノ酸残基１５０〜２３５、アミノ酸残基１５０〜２４０、アミノ酸残基１５０〜２４５、アミノ酸残基１５０〜２５０、アミノ酸残基１５０〜２５５、アミノ酸残基１５０〜２６０、アミノ酸残基１５０〜２６５、アミノ酸残基１５０〜２７０、アミノ酸残基１５０〜２７５、アミノ酸残基１５０〜２７６、アミノ酸残基１９０〜２４０、アミノ酸残基１９０〜２７６、アミノ酸残基２４０〜２７６、アミノ酸残基２４２〜２７６、アミノ酸残基１６１〜１８１、アミノ酸残基１６２〜１８１、アミノ酸残基１８２〜２４０、アミノ酸残基１８２〜２４１、およびアミノ酸残基１８２〜２７６からなる群から選択される配列番号１１のアミノ酸配列の少なくとも一部を含む１つ以上の領域に結合する。より好ましくは、アプタマーは、ＴＦＰＩへの結合において、配列番号４の核酸配列（ＡＲＣ１９４９９）を含む参照アプタマーと競合する。
本発明は、配列番号４の核酸配列（ＡＲＣ１９４９９）を含むＴＦＰＩアプタマーで結合される領域と同一の、配列番号１１のアミノ酸配列を有するヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドの領域に結合するアプタマーも提供する。
本発明はさらに、配列番号１１の１つ以上の部分を含むヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドの領域に結合するアプタマーを提供し、１つ以上の部分は、アミノ酸残基１４８〜１７０、アミノ酸残基１５０〜１７０、アミノ酸残基１５５〜１７５、アミノ酸残基１６０〜１８０、アミノ酸残基１６５〜１８５、アミノ酸残基１７０〜１９０、アミノ酸残基１７５〜１９５、アミノ酸残基１８０〜２００、アミノ酸残基１８５〜２０５、アミノ酸残基１９０〜２１０、アミノ酸残基１９５〜２１５、アミノ酸残基２００〜２２０、アミノ酸残基２０５〜２２５、アミノ酸残基２１０〜２３０、アミノ酸残基２１５〜２３５、アミノ酸残基２２０〜２４０、アミノ酸残基２２５〜２４５、アミノ酸残基２３０〜２５０、アミノ酸残基２３５〜２５５、アミノ酸残基２４０〜２６０、アミノ酸残基２４５〜２６５、アミノ酸残基２５０〜２７０、アミノ酸残基２５５〜２７５、アミノ酸残基２６０〜２７６、アミノ酸残基１４８〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１８０、アミノ酸残基１５０〜１８５、アミノ酸残基１５０〜１９０、アミノ酸残基１５０〜１９５、アミノ酸残基１５０〜２００、アミノ酸残基１５０〜２０５、アミノ酸残基１５０〜２１０、アミノ酸残基１５０〜２１５、アミノ酸残基１５０〜２２０、アミノ酸残基１５０〜２２５、アミノ酸残基１５０〜２３０、アミノ酸残基１５０〜２３５、アミノ酸残基１５０〜２４０、アミノ酸残基１５０〜２４５、アミノ酸残基１５０〜２５０、アミノ酸残基１５０〜２５５、アミノ酸残基１５０〜２６０、アミノ酸残基１５０〜２６５、アミノ酸残基１５０〜２７０、アミノ酸残基１５０〜２７５、アミノ酸残基１５０〜２７６、アミノ酸残基１９０〜２４０、アミノ酸残基１９０〜２７６、アミノ酸残基２４０〜２７６、アミノ酸残基２４２〜２７６、アミノ酸残基１６１〜１８１、アミノ酸残基１６２〜１８１、アミノ酸残基１８２〜２４０、アミノ酸残基１８２〜２４１、およびアミノ酸残基１８２〜２７６からなる群から選択される。
本発明はさらに、ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、以下の性質：ａ）ＴＦＰＩへの結合において、配列番号１〜１０のうちのいずれか１つと競合すること、ｂ）第Ｘａ因子のＴＦＰＩ阻害を阻害すること、
ｃ）血友病血漿中のトロンビン生成を増加させること、ｄ）内因性テナーゼ複合体のＴＦＰＩ阻害を阻害すること、ｅ）全血および血漿においてトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定される、正常な止血を回復させること、ｆ）より短い凝固時間、より迅速な血栓形成、またはより安定した血栓の発達によって示される、全血および血漿においてトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））もしくは回転式トロンボエラストメトリー（ＲＯＴＥＭ）で測定される、正常な凝固を回復させること、ｇ）希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）、組織因子活性凝固時間（ＴＦ−ＡＣＴ）、または任意の他のＴＦＰＩ感受性凝固時間測定で測定される、凝固時間を減少させることのうちの１つ以上を示すアプタマーを提供する。
本発明は、ヒト組織因子経路阻害剤に結合するアプタマーも提供し、アプタマーは、ＴＦＰＩへの結合において、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、および配列番号１０からなる群から選択される参照アプタマーと競合する。
本発明はさらに、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーを提供し、アプタマーは、ＴＦＰＩへの結合において、直接的または間接的のいずれかで、ＡＤ４９０３からなる群から選択される参照抗体と競合する。
本発明は、ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、配列番号４のヌクレオチド配列を有するステムループモチーフを含むアプタマーも提供し、ａ）ヌクレオチド１、２、３、４、６、８、１１、１２、１３、１７、２０、２１、２２、２４、２８、３０、および３２のうちの任意の１つ以上が、２’−ＯＭｅ置換から２’−デオキシ置換に修飾されてもよく、ｂ）ヌクレオチド５、７、１５、１９、２３、２７、２９、および３１のうちの任意の１つ以上が、２’−ＯＭｅウラシルから２’−デオキシウラシルまたは２’−デオキシチミンのいずれかに修飾されてもよく、ｃ）ヌクレオチド１８が、２’−ＯＭｅウラシルから２’−デオキシウラシルに修飾されてもよく、かつ／またはｄ）ヌクレオチド１４、１６、および２５のうちの任意の１つ以上が、２’−デオキシシトシンから２’−ＯＭｅシトシンまたは２’−フルオロシトシンのいずれかに修飾されてもよい。
本発明はさらに、ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、配列番号２のヌクレオチド７〜２８を含むアプタマーを提供する。
本発明はさらに、上記のアプタマーのうちのいずれか１つを投与することを含む、出血障害を治療するための方法を提供する。
本発明はさらに、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーを提供し、アプタマーは、配列番号４、１、２、３、５、６、７、８、９、および１０からなる群から選択される一次核酸配列を含む。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の残基６〜２９の核酸配列を含むアプタマー。
（項目２）
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の核酸配列を含み、配列番号２の残基１〜６または３０〜３２に一塩基置換をさらに含むアプタマー。
（項目３）
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の核酸配列を含み、図１４７から選択される一塩基置換をさらに含むアプタマー。
（項目４）
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の核酸配列を含み、６および２９位、７および２８位、または８および２７位に塩基対合相互作用を維持する複数変異をさらに含むアプタマー。
（項目５）
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、以下の式Ｉに記載の構造：
Ｘ（１）−Ｘ（２）−Ｘ（３）−Ｘ（４）−Ｘ（５）−Ｘ（６）−Ｕ−Ｘ（７）−Ｃ−Ｘ（８）−Ｘ（９）−Ｘ（１０）−Ｘ（１１）−Ｘ（１２）−Ｃ−Ｘ（１４）−Ｃ−Ｘ（１５）−Ｕ−Ｘ（１６）−Ｘ（１７）−Ｘ（１８）−Ｘ（１９）−Ｕ−Ｘ（２０）−Ｃ−Ｘ（２１）−Ｕ−Ｘ（２２）−Ｘ（２３）−Ｘ（２４）
ここで、Ｘ（１）、Ｘ（２）、Ｘ（３）、Ｘ（４）、Ｘ（５），Ｘ（６）、Ｘ（１４）、Ｘ（２２）、Ｘ（２３）およびＸ（２４）はそれぞれＡ、Ｃ、Ｇ、またはＵから独立して選択され、
Ｘ（７）はＡまたはＧであり、
Ｘ（８）、Ｘ（２１）はそれぞれＣまたはＵから独立して選択され、
Ｘ（９）はＧまたはＵであり、
Ｘ（１０）、Ｘ（１１）、Ｘ（１３）、Ｘ（１７）、Ｘ（１８）、Ｘ（１９）はそれぞれＧであり、
Ｘ（１２）はＡ、ＧまたはＵであり、
Ｘ（１５）はＡであり、
Ｘ（１６）はＡ、ＣまたはＧであり、および
Ｘ（２０）はＡまたはＣである、を含むアプタマー。
（項目６）
Ｘ（１）〜Ｘ（２４）の１つ以上がメチル化ヌクレオチドである項目５に記載のアプタマー。
（項目７）
治療有効量の項目１または５に記載のアプタマーを含む医薬組成物。
（項目８）
項目１または５に記載の組成物を対象に投与することを含む、ＴＦＰＩによって媒介される出血障害を治療する、予防する、その進行を遅延させる、または寛解させる方法。
（項目９）
対象は哺乳動物である項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記出血障害は、先天性または後天性の凝固因子欠乏症、血友病Ａ、血友病Ｂ、血友病Ｃ、阻害因子を有する血友病ＡまたはＢ、他の因子の欠乏症、α２プラスミン阻害因子の欠乏、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤１の欠乏症、多因子の欠乏症、機能的因子の異常、関節出血、他の部位の特発性出血、出血性卒中、頭蓋内出血、裂傷、外傷と関連する出血、急性外傷性凝固障害、癌と関連する凝固障害、フォンビルブランド病、播種性血管内凝固、肝臓疾患、月経過多、抗凝固剤の使用と関連する血小板減少症および出血からなる群から選択される、項目８に記載の方法。
（項目１１）
項目１または５に記載のアプタマーを含むキット。
（項目１２）
アプタマーは糖位置の化学的置換、ヌクレオチド間結合の化学的置換、および塩基位置の化学的置換から成る群から選択される少なくとも１つの化学的修飾をさらに含み、修飾は糖位置の化学的置換、ヌクレオチド間結合の化学的置換、および塩基位置の化学的置換から成る群から選択される項目１又は５に記載のアプタマー。
（項目１３）
高分子量、非免疫原性の化合物はポリエチレングリコールである項目１２に記載のアプタマー。
（項目１４）
ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、アプタマーは以下の一次ヌクレオチド配列を含み、
ｇｇａａｕａｕａｃｕ ｕｇｇｃｕｃｇｕｕａ ｇｇｕｇｃｇｕａｕａ ｕａ
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０から成る群から選択される参照のアプタマーとＴＦＰＩに結合することにおいて競合するアプタマー。
（項目１５）
アプタマーには少なくとも１つの化学的修飾がある項目１４に記載のアプタマー。
（項目１６）
修飾は糖位置の化学的置換、ヌクレオチド間結合の化学的置換、および塩基位置の化学的置換から成る群から選択される項目１５に記載のアプタマー。
（項目１７）
修飾は、修飾ヌクレオチドの組込み、ヌクレオチドキャップ、高分子量の非疫原性化合物への結合、親油性化合物への結合、ＣｐＧモチーフの組込み、およびホスホロチオエートまたはジチオリン酸のリン酸骨格への組み込みから成る群から選択される項目１６に記載のアプタマー。
（項目１８）
高分子量の非免疫原性化合物はポリエチレングリコールである項目１７に記載のアプタマー。
（項目１９）
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号１または７の一次ヌクレオチド配列との配列同一性が少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％であるアプタマー。
凝固カスケードの概略図である。 血管内皮または血漿プールに結合したＴＦＰＩの形態説明図である。 内皮細胞上で見い出されたＴＦＰＩの２つの形態、ＴＦＰＩα（図３Ａ）、およびＴＦＰＩβ（図３Ｂ）の概略図である。 内皮細胞上で見い出されたＴＦＰＩの２つの形態、ＴＦＰＩα（図３Ａ）、およびＴＦＰＩβ（図３Ｂ）の概略図である。 ランダム配列オリゴヌクレオチドのプールからのインビトロアプタマー選択（ＳＥＬＥＸ（商標））プロセスの概略図である。 成熟ヒトＴＦＰＩタンパク質のアミノ酸配列の説明図である。 ４０ｋＤａ分岐ＰＥＧの説明図である。 アミンアプタマーの５’末端に結合される４０ｋＤａ分岐ＰＥＧの説明図である。 ５’−アミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーの５’末端に結合される４０ｋＤａ分岐ＰＥＧの説明図である。 ５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーの５’末端に結合される４０ｋＤａ分岐ＰＥＧの説明図である。 ５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイトを用いてアプタマーの５’末端に結合される４０ｋＤａ分岐ＰＥＧの代替説明図である。 ２’−Ｏメチル（円形）および２’−デオキシ（四角形）ヌクレオチドから成り、その５’末端において４０ｋＤａ ＰＥＧ部分で、ならびにその３’末端において逆位のデオキシチミジン残基（３Ｔ、当技術分野でｉｄＴとしても既知である）で修飾される、ＴＦＰＩアプタマーの説明図である。 ２’−Ｏメチル（円形）および２’−デオキシ（四角形）ヌクレオチドから成り、その５’末端において４０ｋＤａ ＰＥＧ部分およびリンカーで、ならびにその３’末端において逆位のデオキシチミジン残基（３Ｔ）で修飾される、ＴＦＰＩアプタマーの説明図である。 ２’−Ｏメチル（円形）および２’−デオキシ（四角形）ヌクレオチドから成り、その５’末端において４０ｋＤａ分岐ＰＥＧ部分およびヘキシルアミンホスファート含有リンカーで、ならびにその３’末端において逆位のデオキシチミジン残基（３Ｔ）で修飾される、ＡＲＣ１９４９９の推定構造の説明図である。 標準の単一ＰＥＧ化、複数ＰＥＧ化、ＰＥＧ化を介するオリゴマー化等の様々なＰＥＧ化戦略を示す説明図である。 全長ＴＦＰＩに密接に結合するＡＲＣ１７４８０を示すグラフである。データを、単相モデルおよび二相モデルの両方に当てはめて、結合のＫＤを決定する。 ｔＲＮＡがＴＦＰＩに対するＡＲＣ１７４８０の親和性を変えることを示すグラフである。アプタマーは、ｔＲＮＡの存在下で依然としてＴＦＰＩに密接に結合しており、このことは、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０の結合が特異的であることを示唆する。 放射標識したＡＲＣ１７４８０、全長ＴＦＰＩ、および様々な非標識アプタマーでの結合競合実験の結果を示す。非標識ＡＲＣ１７４８０およびＡＲＣ１９４９９（図１３Ａ）、ＡＲＣ１９４９８（図１３Ｂ）、ＡＲＣ１８５４６（図１３Ｃ）、ＡＲＣ２６８３５およびＡＲＣ３１３０１（図１３Ｄ）、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ１９８８１、ならびにＡＲＣ１９８８２（図１３Ｅ）全てが、結合について放射標識したＡＲＣ１７４８０と競合する。 ＡＲＣ１７４８０ならびに凝固因子、プロテアーゼ阻害剤、および凝固酵素前駆体を含む様々なタンパク質での結合実験を示す一連のグラフである。図１４Ａは、ＡＲＣ１７４８０および様々なタンパク質での結合実験のグラフである。 ＡＲＣ１７４８０およびＴＦＰＩまたは様々な活性化凝固因子での結合実験のグラフである。 ＡＲＣ１７４８０およびＴＦＰＩまたは様々なプロテアーゼ阻害剤での結合実験のグラフである。 ＡＲＣ１７４８０およびＴＦＰＩまたは様々な凝固酵素前駆体での結合実験のグラフである。ＡＲＣ１７４８０は、ＴＦＰＩへの有意な結合を示したが、試験された他のタンパク質のうちのいずれにも有意な結合を示さなかった。 組換えＴＦＰＩへのＡＲＣ１９４９９の結合を実証するプレートベースのアッセイのデータを示すグラフである。 ＡＲＣ１９４９９と競合した、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１９４９８の結合を実証するプレートベースの競合アッセイのデータを示すグラフである。 放射標識したＡＲＣ１７４８０、全長ＴＦＰＩ、およびＴＦＰＩ−Ｈｉｓでの結合アッセイの結果を示す。 放射標識したＡＲＣ１７４８０、全長ＴＦＰＩ、切断型ＴＦＰＩ−Ｋ１Ｋ２、ＴＦＰＩ Ｋ３−Ｃ末端ドメインタンパク質、およびニュートラアビジンの存在下でＴＦＰＩのＣ末端領域を含有するペプチドでの結合アッセイの結果を示す。 ０．１ｍｇ／ｍＬのヘパリンの不在または存在下における、放射標識したＡＲＣ１７４８０および全長ＴＦＰＩでの結合アッセイの結果を示す。 競合相手として、放射標識したＡＲＣ１７４８０、１２．５ｎＭの全長ＴＦＰＩ、ならびに異なる濃度のヘパリンおよび低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）での結合競合アッセイの結果を示す。 プレートベースの結合アッセイにおける、ＡＲＣ１９４９９との様々な抗ＴＦＰＩ抗体の競合を説明する。 同上。 ニトロセルロース濾過（ドットブロット）アッセイにおける、ＡＲＣ１９４９９との様々な抗ＴＦＰＩ抗体の競合を説明する。 同上。 同上。 外因性Ｘａｓｅ阻害アッセイにおける、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。図２１Ａにおいて、速度（ｍＯＤ／分）を時間（分）に対してプロットした。ＴＦＰＩの不在下では、速度は直線であった。１ｎＭ ＴＦＰＩは、速度を劇的に減少させた。ＡＲＣ１９４９９の濃度を０．０１ｎＭから１０００ｎＭに増加させることにより、ＴＦＰＩなしに近いレベルになるまで、用量依存的様式に速度を増加させた。図２１Ｂにおいて、４分時点での速度を、ＴＦＰＩの不在下における４分時点での速度に基準化した。ＡＲＣ１９４９９は、アッセイの速度の用量依存的改善を示し、１０ｎＭアプタマーの時点でＴＦＰＩなしのレベルに近いレベルに達した。図２１Ａのデータは、３つの実験の代表であった。図２１Ｂデータは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 全長ＴＦＰＩおよびＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ１９８８１、またはＡＲＣ１９８８２での第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイの結果を示す。調整されたＦＸａ基質分解の速度を、アプタマー濃度の関数としてプロットする。速度を、アプタマーの不在下においてＦＸａおよびＴＦＰＩで観察された速度の減算により調整する。アプタマーの全てがＴＦＰＩを阻害し、本アッセイにおいて、ＦＸａ活性の濃度依存的増加をもたらす。 同上。 同上。 発色性ＦＸａ活性アッセイにおける、ＴＦＰＩ阻害からのＡＲＣ１９４９９による第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性の保護を示すグラフである。 第Ｘ因子（ＦＸ）活性化の発色アッセイにおける、ＴＦＰＩ阻害からのＡＲＣ１９４９９による外因性ＦＸａｓｅの保護を示すグラフである。 ＴＦ：ＦＶＩＩａ活性の蛍光アッセイにおける、ＴＦＰＩ阻害からのＡＲＣ１９４９９によるＴＦ：ＦＶＩＩａ複合体の保護を示すグラフである。 正常な合成凝固プロテオーム（ＳＣＰ）における組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を示すグラフである。 血友病Ａ合成凝固プロテオームにおける組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を示すグラフである。 血友病Ｂ合成凝固プロテオームにおける組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を示すグラフである。 ＡＲＣ１９４９９の不在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成への第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の増加した濃度の影響を示すグラフである。 １．０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成への第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の増加した濃度の影響を示すグラフである。 ２．５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成への第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の増加した濃度の影響を示すグラフである。 第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の不在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の増加した濃度の影響を示すグラフである。 １００％の第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の存在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の増加した濃度の影響を示すグラフである。 ２％の第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の存在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の増加した濃度の影響を示すグラフである。 ５％の第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の存在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の増加した濃度の影響を示すグラフである。 ４０％の第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）の存在下における、組織因子（ＴＦ）により開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の増加した濃度の影響を示すグラフである。 ０．１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３７Ａ）または１．０ｐＭ ＴＦ（図３７Ｂ）で開始されるプールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における自動校正トロンビン生成（ＣＡＴ、ｃａｌｉｂｒａｔｅｄ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｔｈｒｏｍｂｏｇｒａｍ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。 ０．１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３７Ａ）または１．０ｐＭ ＴＦ（図３７Ｂ）で開始されるプールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における自動校正トロンビン生成（ＣＡＴ、ｃａｌｉｂｒａｔｅｄ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｔｈｒｏｍｂｏｇｒａｍ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。 内因性トロンビン生成能（ＥＴＰ、図３７Ｃ）およびピークトロンビン（図３７Ｄ）の両方ともに、両方のＴＦ濃度でＡＲＣ１９４９９の増加した濃度を伴って用量依存的増加を示した。 内因性トロンビン生成能（ＥＴＰ、図３７Ｃ）およびピークトロンビン（図３７Ｄ）の両方ともに、両方のＴＦ濃度でＡＲＣ１９４９９の増加した濃度を伴って用量依存的増加を示した。 遅延時間（図３７Ｅ）は、両方のＴＦ濃度でＡＲＣ１９４９９の増加した濃度を伴って用量依存的減少を示した。 ０．０１、０．１、または１．０ｐＭ組織因子（ＴＦ）で開始されるＴＦＰＩが枯渇した血漿における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。図３８Ａは、３つの異なるＴＦ濃度を有するＡＲＣ１９４９９の増加した濃度でのトロンビン生成曲線を示す。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３８Ｂ）、ピークトロンビン（図３８Ｃ）、および遅延時間（図３８Ｄ）は、全ての試験されたＴＦ濃度での全ての試験されたＡＲＣ１９４９９濃度において、ほとんど、あるいは全く変化を示さなかった。 先に中和した多クローン性抗ＴＦＰＩ抗体で処理された、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。本アッセイを、０．０１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３９Ａ）、０．１ｐＭ ＴＦ（図３９Ｂ）、または１．０ｐＭ ＴＦ（図３９Ｃ）で開始した。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３９Ｄ）、ピークトロンビン（図３９Ｅ）、および遅延時間（図３９Ｆ）は、ＴＦ濃度とは無関係である全てのＡＲＣ１９４９９濃度において大部分は変化しないままであった。 先に中和した多クローン性抗ＴＦＰＩ抗体で処理された、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。本アッセイを、０．０１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３９Ａ）、０．１ｐＭ ＴＦ（図３９Ｂ）、または１．０ｐＭ ＴＦ（図３９Ｃ）で開始した。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３９Ｄ）、ピークトロンビン（図３９Ｅ）、および遅延時間（図３９Ｆ）は、ＴＦ濃度とは無関係である全てのＡＲＣ１９４９９濃度において大部分は変化しないままであった。 先に中和した多クローン性抗ＴＦＰＩ抗体で処理された、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。本アッセイを、０．０１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３９Ａ）、０．１ｐＭ ＴＦ（図３９Ｂ）、または１．０ｐＭ ＴＦ（図３９Ｃ）で開始した。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３９Ｄ）、ピークトロンビン（図３９Ｅ）、および遅延時間（図３９Ｆ）は、ＴＦ濃度とは無関係である全てのＡＲＣ１９４９９濃度において大部分は変化しないままであった。 先に中和した多クローン性抗ＴＦＰＩ抗体で処理された、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。本アッセイを、０．０１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３９Ａ）、０．１ｐＭ ＴＦ（図３９Ｂ）、または１．０ｐＭ ＴＦ（図３９Ｃ）で開始した。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３９Ｄ）、ピークトロンビン（図３９Ｅ）、および遅延時間（図３９Ｆ）は、ＴＦ濃度とは無関係である全てのＡＲＣ１９４９９濃度において大部分は変化しないままであった。 先に中和した多クローン性抗ＴＦＰＩ抗体で処理された、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。本アッセイを、０．０１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３９Ａ）、０．１ｐＭ ＴＦ（図３９Ｂ）、または１．０ｐＭ ＴＦ（図３９Ｃ）で開始した。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３９Ｄ）、ピークトロンビン（図３９Ｅ）、および遅延時間（図３９Ｆ）は、ＴＦ濃度とは無関係である全てのＡＲＣ１９４９９濃度において大部分は変化しないままであった。 先に中和した多クローン性抗ＴＦＰＩ抗体で処理された、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９の活性を示す一連のグラフである。本アッセイを、０．０１ｐＭ組織因子（ＴＦ、図３９Ａ）、０．１ｐＭ ＴＦ（図３９Ｂ）、または１．０ｐＭ ＴＦ（図３９Ｃ）で開始した。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図３９Ｄ）、ピークトロンビン（図３９Ｅ）、および遅延時間（図３９Ｆ）は、ＴＦ濃度とは無関係である全てのＡＲＣ１９４９９濃度において大部分は変化しないままであった。 様々な濃度のＡＲＣ１７４８０（図４０Ａ）、ＡＲＣ１９４９８（図４０Ｂ）、およびＡＲＣ１９４９９（図４０Ｃ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９の様々な濃度で測定された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）は、相互に類似し、ＡＲＣ１９４９９は、わずかにより大きな活性を有し、３０ｎＭアプタマーの時点で正常な血漿レベルに近いＥＴＰプラトーに達した。トロンビン生成曲線（図４０Ａ〜Ｃ）は代表的なデータである。ＥＴＰ（図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）のデータは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 様々な濃度のＡＲＣ１７４８０（図４０Ａ）、ＡＲＣ１９４９８（図４０Ｂ）、およびＡＲＣ１９４９９（図４０Ｃ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９の様々な濃度で測定された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）は、相互に類似し、ＡＲＣ１９４９９は、わずかにより大きな活性を有し、３０ｎＭアプタマーの時点で正常な血漿レベルに近いＥＴＰプラトーに達した。トロンビン生成曲線（図４０Ａ〜Ｃ）は代表的なデータである。ＥＴＰ（図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）のデータは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 様々な濃度のＡＲＣ１７４８０（図４０Ａ）、ＡＲＣ１９４９８（図４０Ｂ）、およびＡＲＣ１９４９９（図４０Ｃ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９の様々な濃度で測定された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）は、相互に類似し、ＡＲＣ１９４９９は、わずかにより大きな活性を有し、３０ｎＭアプタマーの時点で正常な血漿レベルに近いＥＴＰプラトーに達した。トロンビン生成曲線（図４０Ａ〜Ｃ）は代表的なデータである。ＥＴＰ（図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）のデータは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 様々な濃度のＡＲＣ１７４８０（図４０Ａ）、ＡＲＣ１９４９８（図４０Ｂ）、およびＡＲＣ１９４９９（図４０Ｃ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９の様々な濃度で測定された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）は、相互に類似し、ＡＲＣ１９４９９は、わずかにより大きな活性を有し、３０ｎＭアプタマーの時点で正常な血漿レベルに近いＥＴＰプラトーに達した。トロンビン生成曲線（図４０Ａ〜Ｃ）は代表的なデータである。ＥＴＰ（図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）のデータは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 様々な濃度のＡＲＣ１７４８０（図４０Ａ）、ＡＲＣ１９４９８（図４０Ｂ）、およびＡＲＣ１９４９９（図４０Ｃ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９の様々な濃度で測定された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）は、相互に類似し、ＡＲＣ１９４９９は、わずかにより大きな活性を有し、３０ｎＭアプタマーの時点で正常な血漿レベルに近いＥＴＰプラトーに達した。トロンビン生成曲線（図４０Ａ〜Ｃ）は代表的なデータである。ＥＴＰ（図４０Ｄ）およびピークトロンビン（図４０Ｅ）のデータは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 １人の健常な志願者由来の血小板に乏しい正常な血漿中のトロンビン生成のグラフである。血漿を抗ＦＶＩＩＩ抗体で処理し、血友病Ａ様の状態を生成した。ＡＲＣ１９４９９は、抗体で処理された血漿中のトロンビン生成の用量依存的増加を示した。 血友病Ｂ血漿における様々な濃度のＡＲＣ１９４９９（図４２Ａ）およびＡＲＣ１７４８０（図４２Ｂ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。 血友病Ｂ血漿における様々な濃度のＡＲＣ１９４９９（図４２Ａ）およびＡＲＣ１７４８０（図４２Ｂ）での校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを示す一連のグラフである。 血友病Ｂ血漿における、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）、ピークトロンビン、ならびに遅延時間へのＡＲＣ１９４９９（ひし形）およびＡＲＣ１７４８０（三角形）の影響を示す一連のグラフである。実線は、任意の薬物の不在下での各パラメーターのレベルを示す。斜線は、いかなる追加の薬物も有さない、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。両方のアプタマーともに、血友病Ｂ血漿において、相互に非常に類似した反応を示した。 血友病Ａ（図４４Ａ）、阻害剤（図４４Ｂ）を有する血友病Ａ、または血友病Ｂ（図４４Ｃ）を有する患者由来の血漿における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイで測定された、陰性対照アプタマーと比較したトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を示す一連のグラフである。遅延時間（左）、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）（中）、およびピークトロンビン濃度（右）に関して得られた結果である。全てのグラフにおいて、線は、アプタマーの不在下での正常な血漿（実線）および因子欠乏血漿（点線）の活性を示し、線周囲の陰影は、平均の標準誤差を示す。 同上 同上 血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ２６８３５、およびＡＲＣ３１３０１でのトロンビン生成実験の結果を示す。調整された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４５ＡおよびＣ）ならびに調整されたピークトロンビン（図４５ＢおよびＤ）の値を、アプタマー濃度の関数としてプロットする。血友病血漿のＥＴＰおよびピークトロンビンの値を各値から減算し、調整値を得た。ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ２６８３５、およびＡＲＣ３１３０１は、濃度依存的様式で血友病Ａ血漿中のトロンビン生成を増加させる。 血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２でのトロンビン生成実験の結果を示す。調整された内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４６Ａ）および調整されたピークトロンビン（図４６Ｂ）の値を、アプタマー濃度の関数としてプロットする。血友病血漿のＥＴＰおよびピークトロンビンの値を各値から減算し、調整値を得た。ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２は、濃度依存的様式で血友病Ａ血漿中のトロンビン生成を増加させる。 正常な血漿における内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４７Ａ）、ピークトロンビン（図４７Ｂ）、ならびに遅延時間（図４７Ｃ）へのＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（塗りつぶされていない三角形）およびＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされたひし形）の影響を示すトロンビン生成実験からの一連のグラフである。黒色の実線は、任意の薬物の不在下での各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 血友病Ａ血漿における内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４８Ａ）、ピークトロンビン（図４８Ｂ）、ならびに遅延時間（図４８Ｃ）へのＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（塗りつぶされていない三角形）およびＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされたひし形）の影響を示すトロンビン生成実験からの一連のグラフである。黒色の実線は、任意の薬物の不在下での各パラメーターのレベルを示す。点線は、いかなる追加の薬物も有さない、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 血友病Ａインヒビター血漿における内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図４９Ａ）、ピークトロンビン（図４９Ｂ）、ならびに遅延時間（図４９Ｃ）へのＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（塗りつぶされていない三角形）およびＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされたひし形）の影響を示すトロンビン生成実験からの一連のグラフである。黒色の実線は、任意の薬物の不在下での各パラメーターのレベルを示す。点線は、いかなる追加の薬物も有さない、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）における各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 健常な志願者由来のクエン酸全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））アッセイにおける、Ｒ値（図５０Ａ）、角度（図５０Ｂ）、ならびに最大振幅（ＭＡ、図５０Ｃ）へのＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（塗りつぶされていない三角形）およびＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされたひし形）の影響を示す実験からの一連のグラフである。黒色の実線は、任意の薬物の不在下での各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 抗ＦＶＩＩＩ抗体で処理された健常な志願者由来のクエン酸全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））アッセイにおける、Ｒ値（図５１Ａ）、角度（図５１Ｂ）、ならびに最大振幅（ＭＡ、図５１Ｃ）へのＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（塗りつぶされていない三角形）およびＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされたひし形）の影響を示す実験からの一連のグラフである。黒色の実線は、任意の薬物の不在下での各パラメーターのレベルを示す。点線は、抗体で処理されていない全血における各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 遅延時間（図５２Ａ）、ピークトロンビン（図５２Ｂ）、および内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図５２Ｃ）を示すトロンボエラストグラフィー実験からの一連のグラフである。それぞれの線は、異なる割合の第ＶＩＩＩ因子の存在下におけるＡＲＣ１９４９９の用量応答を示す（塗りつぶされたひし形０％、塗りつぶされていない三角形１．４％、塗りつぶされた四角形２．５％、塗りつぶされた三角形５％、塗りつぶされていない四角形１４％、および塗りつぶされた円形１４０％）。点線は、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）のみの存在下における各パラメーターのレベルを示す。実線は、いかなる追加物も有さない、血友病Ａ血漿における各パラメーターのレベルを示す。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 様々な濃度の第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）を有する血漿中のＡＲＣ１９４９９活性を実証するトロンビン生成実験からの一連のグラフである。図５３Ａにおいて、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）を、ＡＲＣ１９４９９濃度の関数としてプロットする。点線は、血友病Ａ血漿への異なる量のＦＶＩＩＩの添加後のＥＴＰを示す。実線は、ＡＲＣ１９４９９が血友病Ａ血漿（三角形を有する線）および５％のＦＶＩＩＩを添加した血友病Ａ血漿（ひし形を有する線）中のＥＴＰを増加させることを示す。図５３Ｂにおいて、ＦＶＩＩＩ濃度に対するＥＴＰをプロットする。３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を添加したＥＴＰデータおよび添加しないＥＴＰデータが示される。 空間的凝固モデルの実験的設計を説明する。図５４Ａは、空間的凝固チャンバーの略図である。 チャンバー内の血餅進行を測定するためのシステムの構成要素の略図である。 活性化表面からの距離の関数としてプロットした、光散乱で測定される空間的凝固モデルにおける血餅増殖を説明する２つのグラフを示す。凝固を、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の不在（図５５Ａ）および存在（図５５Ｂ）下で、正常なプールされた血漿中の低密度の組織因子で活性化した。 正常なプールされた血漿中の３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の不在（黒色の太線）および存在（灰色の細線）下における時間に対する血餅の大きさのグラフである。このグラフから得ることができるパラメーターには、遅延時間（血餅成長の開始までの時間）、初期速度（αまたはＶ初期、成長開始後最初の１０分間の平均勾配）、定常速度（βまたはＶ定常、成長開始後翌３０分間の平均勾配）、および６０分後の血餅の大きさ（血栓形成効率の積分パラメーター）が含まれる。 正常なプールされた血漿における遅延時間（図５７Ａ）、Ｖ初期（図５７Ｂ）、Ｖ定常（図５７Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図５７Ｄ）を示す一連のグラフであり、それぞれ、ＡＲＣ１９４９９の存在（円形）および不在（四角形）下における組織因子密度の関数としてプロットした。 正常なプールされた血漿における遅延時間（図５８Ａ）、Ｖ初期（図５８Ｂ）、Ｖ定常（図５８Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図５８Ｄ）を示す一連のグラフであり、それぞれ、低い表面組織因子密度の条件下で、ＡＲＣ１９４９９濃度の関数としてプロットした。 低い表面組織因子密度の条件下で、正常なプールされた血漿における遅延時間（図５９Ａ）、Ｖ初期（図５９Ｂ）、Ｖ定常（図５９Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図５９Ｄ）へのＡＲＣ１９４９９の影響を説明する一連のグラフである。星印は、統計的に有意な差異±ＡＲＣ１９４９９（Ｐ０．０５未満）を示す。 正常なプールされた血漿における遅延時間（図６０Ａ）、Ｖ初期（図６０Ｂ）、Ｖ定常（図６０Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図６０Ｄ）を示す一連のグラフであり、それぞれ、中程度の表面組織因子密度の条件下で、ＡＲＣ１９４９９濃度の関数としてプロットした。 中程度の表面組織因子密度の条件下で、正常なプールされた血漿における遅延時間（図６１Ａ）、Ｖ初期（図６１Ｂ）、Ｖ定常（図６１Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図６１Ｄ）へのＡＲＣ１９４９９の影響を説明する一連のグラフである。星印は、統計的に有意な差異±ＡＲＣ１９４９９（Ｐ０．０５未満）を示す。 低い表面組織因子密度の条件下で、正常なプールされた血漿（図６２Ａ）中の血餅増殖と、１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９（図６２Ｂ）または１００ｎＭ組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａもしくはＮｏｖｏｓｅｖｅｎ（登録商標）を含有する正常なプールされた血漿を比較する。 空間的凝固モデルからの一連の光散乱画像を示す説明図である。それぞれの列は、０、１０、２０、３０、４０、５０、および６０分間にわたる表面（下部）からの血餅増殖を示す。最上列は重度の血友病Ａ血漿中の血餅増殖を示し、続いて２列目は、１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を含有する重度の血友病Ａ血漿中の血餅増殖を示し、３列目は、１００ｎＭ組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ）を含有する重度の血友病Ａ血漿の血餅増殖を示す。 正常な血漿（濃灰色、点線）、重度の血友病Ａ血漿（黒色、実線）、１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９（薄灰色、実線）または１００ｎＭ組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ）（薄灰色、点線）を含有する重度の血友病Ａ血漿中の、時間に対する血餅の大きさのグラフである。 空間的血栓形成実験のために血漿試料を得た血友病Ａ患者の人口動態を要約する表である。 低い表面組織因子密度で活性化された空間的血栓形成への、患者１由来の重度の血友病Ａ血漿に滴定されたＡＲＣ１９４９９または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ）の影響を示す。遅延時間へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響は、それぞれ、図６６Ａおよび図６６Ｂに示され、一方で、Ｖ初期へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響は、それぞれ、図６６Ｃおよび図６６Ｄに示される。 低い表面組織因子密度で活性化された空間的血栓形成への、患者２由来の重度の血友病Ａ血漿に滴定されたＡＲＣ１９４９９または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ）の影響を示す。遅延時間へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響は、それぞれ、図６７Ａおよび図６７Ｂに示され、一方で、Ｖ初期へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響は、それぞれ、図６７Ｃおよび図６７Ｄに示される。 同上。 同上。 同上。 低い表面組織因子密度で活性化された空間的血栓形成への、患者３由来の重度の血友病Ａ血漿に滴定されたＡＲＣ１９４９９または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ）の影響を示す。遅延時間へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響は、それぞれ、図６８Ａおよび図６８Ｂに示され、一方で、Ｖ初期へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響は、それぞれ、図６８Ｃおよび図６８Ｄに示される。 同上。 同上。 同上。 低い表面組織因子密度で活性化された患者１〜３由来の血友病Ａ血漿試料におけるＶ定常への、ＡＲＣ１９４９９（黒色の記号）または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ、灰色の記号）の影響を示す。 低い表面組織因子密度で活性化された患者１〜３由来の血友病Ａ血漿試料における６０分間時点での血餅の大きさへの、ＡＲＣ１９４９９（図７０Ａ）または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ、図７０Ｂ）の影響を示す。 同上。 低い表面組織因子密度で活性化された血友病Ａ血漿における平均遅延時間（図７１Ａ）、Ｖ初期（図７１Ｂ）、Ｖ定常（図７１Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７１Ｄ）への３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の影響を説明する一連のグラフである（ｎ＝３）。星印は、統計的に有意な差異±ＡＲＣ１９４９９（Ｐ０．０５未満）を示す。 同上。 同上。 同上。 中程度の表面組織因子密度で活性化された患者４由来の血友病Ａ血漿における遅延時間（図７２Ａ）、Ｖ初期（図７２Ｂ）、Ｖ定常（図７２Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７２Ｄ）を示す一連のグラフである。各パラメーターを、ＡＲＣ１９４９９（四角形）または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ、円形）の関数としてプロットする。 同上。 同上。 同上。 中程度の表面組織因子密度で活性化された患者５由来の血友病Ａ血漿における遅延時間（図７３Ａ）、Ｖ初期（図７３Ｂ）、Ｖ定常（図７３Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７３Ｄ）を示す一連のグラフである。各パラメーターを、ＡＲＣ１９４９９（四角形）または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ、円形）の関数としてプロットする。 同上。 同上。 同上。 中程度の表面組織因子密度で活性化された患者６由来の血友病Ａ血漿における遅延時間（図７４Ａ）、Ｖ初期（図７４Ｂ）、Ｖ定常（図７４Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７４Ｄ）を示す一連のグラフである。各パラメーターを、ＡＲＣ１９４９９（四角形）または組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ、円形）の関数としてプロットする。 同上。 同上。 同上。 中程度の表面組織因子密度で活性化された患者６由来の血友病Ａ血漿における平均遅延時間（図７５Ａ）、Ｖ初期（図７５Ｂ）、Ｖ定常（図７５Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７５Ｄ）を示す一連のグラフである（ｎ＝３）。 同上。 同上。 同上。 中程度の表面組織因子密度で活性化された血友病Ａ血漿と３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を含有する血友病Ａ血漿とを比較した正常な血漿における、遅延時間（図７６Ａ）、Ｖ初期（図７６Ｂ）、Ｖ定常（図７６Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７６Ｄ）を示す一連のグラフである。 同上。 同上。 同上。 遅延時間（白色）、Ｖ初期（薄灰色）、Ｖ定常（中程度の灰色）、および６０分後の血餅の大きさ（黒色）で表されるように、血友病Ａ血漿（斜線バー）に対する正常な血漿（実線バー）における血餅増殖を促進するＡＲＣ１９４９９の効率を説明する棒グラフである。効率は、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下で決定されるパラメーターと、ＡＲＣ１９４９９の不在下でのパラメーターとの比率と定義される。 低い表面組織因子密度で活性化された血友病Ａ血漿中のＡＲＣ１９４９９への遅延時間（図７８Ａ）および６０分時点での血餅の大きさ（図７８Ｂ）の濃度依存性を説明する。これらのデータを用いて、グラフの下の表に示されるＩＣ５０値を計算した。 低い表面組織因子密度で活性化された、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９または３００ｎＭ組換え因子ＶＩＩａ（ｒＶＩＩａ）を含有する血友病Ａ血漿と比較した、血友病Ａ血漿のみにおける遅延時間（図７９Ａ）、Ｖ初期（図７９Ｂ）、Ｖ定常（図７９Ｃ）、および６０分後の血餅の大きさ（図７９Ｄ）を説明する一連のグラフである。 低い表面組織因子密度で活性化されたＴＦＰＩが枯渇した血漿における遅延時間（図８０Ａ）とＶ初期（図８０Ｂ）とを比較する。それぞれのグラフは、ＴＦＰＩが枯渇した血漿のみ（「ＰＢＳ」）、±１０ｎＭ組換えＴＦＰＩ（「ＴＦＰＩ」）で補充したＴＦＰＩが枯渇した血漿、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を含有するＴＦＰＩが枯渇した血漿（「ＡＲＣ」）、ならびに１０ｎＭ組換えＴＦＰＩおよび３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９で補充したＴＦＰＩが枯渇した血漿（「ＡＲＣ＋ＴＦＰＩ」）において測定されたパラメーターを示す。 正常な重度の血友病Ｂ個人および重度の血友病Ａ個人由来の全血試料における、ＴＦ−活性凝固時間（ＴＦ−ＡＣＴ）アッセイへのＡＲＣ１９４９９の影響を示す一連の表である。 正常な重度の血友病Ｂ個人および重度の血友病Ａ個人由来の全血試料における、希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）アッセイへのＡＲＣ１９４９９の影響を示す一連の表である。 血友病患者（塗りつぶされた四角形）および健常な対照（塗りつぶされていない円形）由来の（トウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）を有さない）全血試料における、ＲＯＴＥＭパラメーターへの異なるＡＲＣ１９４９９濃度の影響を示す。以下のパラメーター：凝固時間（ＣＴ）、血栓形成時間（ＣＦＴ）、最大血餅硬度（ＭＣＦ）、およびアルファ角度（アルファ）を分析した。 ＦＶＩＩＩレベル：１％未満（塗りつぶされた四角形）、１〜５％（塗りつぶされた逆三角形）、５％超（塗りつぶされた三角形）に従って階級化した血友病Ａ患者と比較した、健常な対照（塗りつぶされていない円形）由来の血液試料における、凝固時間（ＣＴ）への異なるＡＲＣ１９４９９濃度の影響を示す。斜線領域は、健常な対照の範囲を示す。 血友病患者（塗りつぶされた四角形）および健常な対照（塗りつぶされていない円形）由来の（トウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）を有する）全血試料における、ＲＯＴＥＭパラメーターへの異なるＡＲＣ１９４９９濃度の影響を示す。以下のパラメーター：凝固時間（ＣＴ）、血栓形成時間（ＣＦＴ）、最大血餅硬度（ＭＣＦ）、およびアルファ角度（アルファ）を分析した。 後天性血友病Ａを有する１人の患者由来の全血試料における、ＲＯＴＥＭパラメーターへの異なるＡＲＣ１９４９９濃度の影響を示す。以下のパラメーター：凝固時間（ＣＴ）、血栓形成時間（ＣＦＴ）、最大血餅硬度（ＭＣＦ）、およびアルファ角度（アルファ）を分析した。 中和ＦＶＩＩＩ抗体とともに事前にインキュベートされた健常な対照血液のＲＯＴＥＭパラメーターを示す。グラフは、同一の対照における凝固時間（ＣＴ）（左パネル）および血栓形成時間（ＣＦＴ）（右パネル）を示し、それぞれのグラフの左側に、ＦＶＩＩＩ抗体による阻害後の値が示される。 代表的な重度の血友病Ａ患者（左パネル）および健常な対照（右パネル）由来の血漿における校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイからのトロンビン生成曲線を示す。両グラフは、２００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下（塗りつぶされていない円形）および不在下（塗りつぶされた四角形）での結果を示す。 内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）、ピークまでの時間、ピークトロンビン濃度、およびスタートテールを含む、ＡＲＣ１９４９９濃度に対する校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）パラメーターのプロットを示す。それぞれのグラフにおいて、血友病患者（塗りつぶされた四角形）由来の血漿におけるＡＲＣ１９４９９への応答を、健常な対照（塗りつぶされていない円形）と比較する。 血友病患者（塗りつぶされた四角形）における応答を、健常な対照（塗りつぶされていない円形）における応答と比較した、ＡＲＣ１９４９９濃度に対する校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）遅延時間のプロットである。 ＦＶＩＩＩレベル：１％未満（塗りつぶされた四角形）、１〜５％（塗りつぶされた逆三角形）、５％超（塗りつぶされた三角形）に従って階級化した血友病Ａ患者と比較した、健常な対照（塗りつぶされていない円形）由来の血漿試料におけるピークトロンビンへの異なるＡＲＣ１９４９９濃度の影響を示す。斜線領域は、健常な対照において観察された範囲を示す。 ＡＲＣ１９４９９の０ｎＭ（塗りつぶされた四角形）、２ｎＭ（星印）、２０ｎＭ（塗りつぶされていない円形）、または２００ｎＭ（塗りつぶされた星印）を含有する後天性血友病Ａを有する１人の患者由来の血漿におけるトロンビン生成曲線を示す。 中和ＦＶＩＩＩ抗体とともに事前にインキュベートされた健常な対照血漿の校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）パラメーターを示す。グラフは、同一の対照における内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）（左パネル）およびピークトロンビン（右パネル）を示し、それぞれのグラフの左側に、ＦＶＩＩＩ抗体による阻害後の値が示される。 健常な志願者（ＡＲＣ ＨＶ ０１）の代表的な校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）データを示す。 重度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＳＨＡ ０５）の代表的な校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）データを示す。 中程度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＭｏＨＡ ０１）の代表的な校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）データを示す。 軽度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＭｉＨＡ ０３）の代表的な校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）データを示す。 健常な対照（塗りつぶされた円形）と比較した、重度の血友病Ａ（塗りつぶされていないひし形）、中程度の血友病Ａ（塗りつぶされていない四角形）、軽度の血友病Ａ（塗りつぶされていない三角形）、または重度の血友病Ｂ（塗りつぶされた三角形）を有する患者由来の新鮮な血漿試料において測定された、平均校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）パラメーター（内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）、ピークトロンビン、遅延時間、およびピークまでの時間）を示す一連のグラフである。 同上。 健常な対照（塗りつぶされた円形）と比較した、重度の血友病Ａ（塗りつぶされていないひし形）、中程度の血友病Ａ（塗りつぶされていない四角形）、軽度の血友病Ａ（塗りつぶされていない三角形）、または重度の血友病Ｂ（塗りつぶされた三角形）を有する患者由来の凍結解凍した血漿試料において測定された、平均校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）パラメーター（内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）、ピークトロンビン、遅延時間、およびピークまでの時間）を示す一連のグラフである。 同上。 健常な志願者（ＡＲＣ ＨＶ ０１）由来の代表的な全血トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 重度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＳＨＡ ０２）の代表的な全血トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 中程度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＭｏＨＡ ０１）の代表的な全血トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 軽度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＭｉＨＡ ０１）の代表的な全血トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 健常な対照（塗りつぶされた円形）と比較した、重度の血友病Ａ（塗りつぶされていないひし形）、中程度の血友病Ａ（塗りつぶされていない四角形）、軽度の血友病Ａ（塗りつぶされていない三角形）、または重度の血友病Ｂ（塗りつぶされた三角形）を有する患者由来の全血試料において測定された、平均トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））パラメーター（Ｒ時間、Ｋ、および角度）を示す一連のグラフである。 重度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＳＨＡ ０２）の代表的な血漿トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 中程度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＭｏＨＡ ０１）の代表的な血漿トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 軽度の血友病Ａを有する患者（ＡＲＣ ＭｉＨＡ ０３）の代表的な血漿トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））データを示す。 健常な対照（塗りつぶされた円形）と比較した、重度の血友病Ａ（塗りつぶされていないひし形）、中程度の血友病Ａ（塗りつぶされていない四角形）、軽度の血友病Ａ（塗りつぶされていない三角形）、または重度の血友病Ｂ（塗りつぶされた三角形）を有する患者由来の血漿試料において測定された、平均トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））パラメーター（Ｒ時間、Ｋ、および角度）を示す一連のグラフである。 ＡＲＣ１９４９９活性を逆転させることができることを示す一連のグラフである。ＡＲＣ１９４９９（点線）は、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図１０９Ａ）おおよびピークトロンビン（図１０９Ｂ）で測定される、血友病Ａ血漿のみ（実線）と比較して、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおけるトロンビン生成を改善した。ＡＲＣ２３０８５（塗りつぶされたひし形）、ＡＲＣ２３０８７（塗りつぶされていない三角形）、ＡＲＣ２３０８８（塗りつぶされた四角形）、およびＡＲＣ２３０８９（塗りつぶされた三角形）の添加は、１００ｎＭ以上の濃度でこの改善を逆転させることができ、ＡＲＣ１９４９９の不在と同様のレベルに達する。図１０９Ｃにおいて、トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））アッセイからのＲ値は、５００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９が血友病Ａ血漿において延長されたＲ値を短縮することを示した。１μＭ ＡＲＣ２３０８５は、３７℃で５分間の事前インキュベーションの有無にかかわらず、この改善を部分的に逆転させた。ＡＲＣ２３０８７は、３７℃で５分間の事前インキュベーションを伴って、この改善を逆転させた。ＡＲＣ２３０８８は、いずれの条件でもほとんど逆転を示さなかった。ＡＲＣ２３０８９は、３７℃で５分間の事前インキュベーションを伴って、ＡＲＣ１９４９９の改善も逆転させた。 同上。 同上。 ０．００（図１１０Ａ）、０．１５６（図１１０Ｂ）、０．３１２（図１１０Ｃ）、０．６２５（図１１０Ｄ）、１．２５（図１１０Ｅ）、２．５０（図１１０Ｆ）、または５．００ＩＵ／ｍＬ（図１１０Ｇ）の低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）の存在下での、血友病Ａ血漿におけるＡＲＣ１９４９９の活性を示す校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイからの一連のトロンビン生成曲線である。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 血友病Ａ血漿においてＡＲＣ１９４９９およびＬＭＷＨの両方の増加した濃度で実行された校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイからの内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図１１１Ａ）およびピークトロンビン（図１１１Ｂ）を示す一連のグラフである。ＬＭＷＨの濃度は、ＩＵ／ｍＬの単位でｘ軸上に示される。ＬＭＷＨの治療用量（１．２５ＩＵ／ｍＬ以上）で、ＡＲＣ１９４９９の凝固促進活性を逆転させた。 同上。 血友病Ａ血漿においてＡＲＣ１９４９９およびＬＭＷＨの両方の増加した濃度で実行された校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイからの内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図１１２Ａ）およびピークトロンビン（図１１２Ｂ）を示す一連のグラフである。ＬＭＷＨの濃度は、μＭの単位でｘ軸上に示される。これらのグラフにおけるデータを曲線適合により分析し、様々なＡＲＣ１９４９９濃度の存在下におけるＬＭＷＨ ＩＣ５０の推定値を生成した。ＩＣ５０値を、グラフの下の表で見出すことができる。 同上。 血清におけるいくつかのＴＦＰＩアプタマーのインビトロでの安定性を示す一連のグラフである。ヒト、サル、およびラット血清におけるＡＲＣ１９４９８（図１１３Ａ）、ＡＲＣ１９４９９（図１１３Ｂ）、ＡＲＣ１９５００（図１１３Ｃ）、ＡＲＣ１９５０１（図１１３Ｄ）、ＡＲＣ１９８８１（図１１３Ｅ）、およびＡＲＣ１９８８２（図１１３Ｆ）の安定性を、７２時間にわたって測定した。 同上。 同上。 同上。 同上。 同上。 抗ヒトＦＶＩＩＩ抗体で事前に処理されたカニクイザル由来の血漿を、増加した濃度のＡＲＣ１９４９９と混合させ、活性についてアッセイした、トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））アッセイのグラフである。双方ともにアプタマーの不在下において、実線は、未処理のサル由来の血漿を示し、点線は、抗体で処理されたサル由来の血漿を示す。データは平均±標準誤差を示し、陰影部分は、アプタマーなしの試料の標準誤差を示す。 カニクイザルの第ＶＩＩＩ因子抗体注入後の処理の有無にかかわらず、第ＶＩＩＩ因子活性が１％未満まで減少し、研究期間の間（５．５時間）、そのままの状態であったことを示すグラフである。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３〜６を示す。 カニクイザルのＡＲＣ１９４９９処理の前および後のプロトロンビン（ＰＴ）および活性化部分トロンボプラスチン（ａＰＴＴ）時間を示す一連のグラフである。 生理食塩水（塗りつぶされた三角形）、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（×）、６００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされていない四角形）、３００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされていない三角形）、または１００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされていないひし形）で処理されたサルにおいて決定された、凝固時間の測定であるＲ値（図１１７Ａ）、血栓形成速度の測定である角度（図１１７Ｂ）、および血餅強度の測定である最大振幅（ＭＡ、図１１７Ｃ）を示すトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））分析からの一連のグラフである。本研究の経時変化は、ｘ軸上に示される。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３〜６を示す。 同上。 同上。 図１１７よりも長い時間、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）（×）または３００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９（三角形）で処理された追加のサルにおいて決定された、凝固時間の測定であるＲ値（図１１８Ａ）、血栓形成速度の測定である角度（図１１８Ｂ）、および血餅強度の測定である最大振幅（ＭＡ、図１１８Ｃ）を示すトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））分析からの一連のグラフである。本研究の経時変化は、ｘ軸に示される。データは、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）処理において平均±標準誤差、ｎ＝５、ＡＲＣ１９４９９処理においてｎ＝６を示す。 同上。 同上。 ＡＲＣ１９４９９の２０ｍｇ／ｋｇ静脈内（ＩＶ、実線）または皮下（ＳＣ、斜線）投与後のカニクイザルにおけるＴＦＰＩレベルをｎＭ単位でｙ軸に示すグラフである。経時変化は、ｘ軸に示される。ＴＦＰＩ放出のパターンは、ＩＶおよびＳＣ投与の両方において非常に類似した。データは、平均±標準誤差、ｎ＝３を示す。 非ヒト霊長類（ＮＨＰ）出血モデルにおける出血時間の評価ならびに関連したＦＶＩＩＩ抗体およびＡＲＣ１９４９９投与ならびに血液サンプリングのスケジュールを示す。 ＦＶＩＩＩ抗体およびＡＲＣ１９４９９で処理されたカニクイザルの様々な投薬群由来の血漿試料におけるＦＶＩＩＩ活性レベルを示す一連のグラフである：出血時間を１回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正した第１群のサル（図１２１Ａ）、出血時間を２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正した第２群のサル（図１２１Ｂ）、出血時間を３回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正した第３群のサル（図１２１Ｃ）、および出血時間を３回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正しなかった第４群のサル（図１２１Ｄ）。 同上。 同上。 同上。 秒単位（図１２２Ａ）および％でのベースライン出血時間（図１２２Ｂ）の第１群のサルの平均出血時間を示す。 同上。 秒単位（図１２３Ａ）および％でのベースライン出血時間（図１２３Ｂ）の第１群のサルの個々の出血時間を示す。 同上。 秒単位（図１２４Ａ）および％でのベースライン出血時間（図１２４Ｂ）の第２群のサルの平均出血時間を示す。 同上。 秒単位（図１２５Ａ）および％でのベースライン出血時間（図１２５Ｂ）の第２群のサルの個々の出血時間を示す。 秒単位（図１２６Ａ）および％でのベースライン出血時間（図１２６Ｂ）の第３群のサルの出血時間を示す。 同上。 秒単位（図１２７Ａ）および％でのベースライン出血時間（図１２７Ｂ）の第４群のサルの出血時間を示す。 同上。 第１群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された群平均Ｒ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第１群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第２群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された群平均Ｒ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第２群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第３群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第４群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、全血のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第１群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、血漿のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された群平均Ｒ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第１群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、血漿のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第２群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、血漿のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された群平均Ｒ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第２群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、血漿のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第３群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、血漿のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 第４群のサルのサンプリング時点に対してプロットした、血漿のトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定された個々のＲ値のグラフである。抗第ＶＩＩＩ因子抗体の投与時間は正記号（＋）で示され、ＡＲＣ１９４９９の投与時間は星印（＊）で示される。 ＡＲＣ１７４８０配列において単一および複数の２’−置換を含有するＡＲＣ１７４８０の誘導体を示す。ＡＲＣ１７４８０との差異は影付きの部分である。 同上。 ＡＲＣ１７４８０配列中の残基のそれぞれの対の間に単一のホスホロチオエート置換を含有するＡＲＣ１７４８０の誘導体を示す。それぞれのホスホロチオエートは、配列中の残基の対の間に「ｓ」で示される。ＡＲＣ１７４８０との差異は影付きの部分である。 同上。 ＡＲＣ１７４８０の推定上の二次構造にマッピングされる、許容できる２’置換および許容できない２’置換を示す。 図１４２Ｂは、ＡＲＣ１７４８０の４個のデオキシシチジン残基（残基９、１４、１６、および２５）で２’−デオキシから２’−Ｏメチルおよび／または２’−フルオロへの複数の置換を伴う活性ＡＲＣ１７４８０誘導体を示す。 ＡＲＣ１７４８０配列における単一または複数の欠失を含有するＡＲＣ１７４８０の誘導体を示す。ＡＲＣ１７４８０との差異は、黒色で強調されている。 同上。 ＡＲＣ１７４８０の推定上の二次構造にマッピングされる、許容できる単一の残基欠失および許容できない単一の残基欠失を示す。ＡＲＣ１７４８０は、２’−Ｏメチル（円形）および２’−デオキシ（四角形）ヌクレオチドから成り、その３’末端において逆位のデオキシチミジン残基（３Ｔ）で修飾される。隣接ヌクレオチドが同一である場合に備えて、対応する二重残基欠失も示される。許容できる欠失は灰色で強調され、許容できない欠失は黒色で強調されている。許容できる二重欠失および許容できない二重欠失が示される。 図１４４Ｂは、活性ＡＲＣ１７４８０誘導体である、ＡＲＣ３３８８９およびＡＲＣ３３８９５を示す。これらの分子はそれぞれ、欠失した７個のＡＲＣ１７４８０残基を有し、それらは黒色の円形で示される。 ３’切断型ＡＲＣ１９４９９誘導体でのトロンビン生成実験の結果を示す。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図１４５Ａ）およびピークトロンビン（図１４５Ｂ）で測定される、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ２１３８３、ＡＲＣ２１３８５、ＡＲＣ２１３８７、およびＡＲＣ２１３８９は全て、濃度依存的様式で血友病Ａ血漿中のトロンビン生成を増加させる。 同上。 ＡＲＣ１７４８０配列に単一ヌクレオチド変異を含むＡＲＣ１７４８０の誘導体を示す。ＡＲＣ１７４８０に対する差は影付きになっている。 同上。 ＡＲＣ１７４８０の推定上の二次構造にマッピングされた単一の許容できるヌクレオチド変異を示す。各位の文字はＡＲＣ１７４８０配列の構成で個別に置換されるときに、その位置で許容できるヌクレオチドを示す。 ＡＲＣ１７４８０配列の複数変異および／または削除を含むＡＲＣ１７４８０の誘導体を示す。ＡＲＣ１７４８０に対する削除は黒色で強調表示し、ＡＲＣ１７４８０に対する変異は影付きになっている。 残基６および２９、７および２８、並びに８および２７でワトソン・クリック塩基対合を維持するＡＲＣ１７４８０配列に対して複数変異を含むＡＲＣ１７４８０の誘導体を示す。ＡＲＣ１７４８０に対する変異は影付きになっている。これらの分子のいくつかはＡＲＣ１７４８０に対する削除も含み、黒色で強調表示される。 ＡＲＣ１７４８０配列に複数変異を含むＡＲＣ１７４８０の誘導体を示し、それぞれは個別に許容できる（図１４７および表４０を参照のこと）。ＡＲＣ１７４８０に対する変異は影付きになっている。 ＴＦＰＩ（１０ｎＭ）に結合することについて、微量の放射標識されたＡＲＣ１７４８０と競合するＦＸａおよびＡＲＣ１９４９９（２０００〜０．１０ｎＭ）の様々な濃度を表すグラフである。ＦＸａの様々な濃度（２０００〜０．１０ｎＭ）が微量の放射標識されたＡＲＣ１７４８０に結合される対照実験のグラフも表す。 第ＶＩＩＩ因子およびＴＦＰＩの枯渇の影響を説明する空間的凝固のコンピューターー・シミュレーションを示す一連のグラフである。パネルＡおよびパネルＢは、それぞれ５または１００ｐｍｏｌｅ／ｍ２のＴＦの凝固活性化について、凝固サイズ対時間プロットを表す。パネルＣは、ＴＦ表面密度の関数として、ＴＦＰＩのある場合とない場合の血友病Ａ血漿における遅延時間を表す。 血友病Ａの空間的凝固増殖のＴＦＰＩおよび第ＶＩＩＩ因子の濃度変動を組み合わせたコンピューターー・シミュレーションに基づく予想される影響を表す一連のグラフである。個々のパネルは、以下の凝固パラメーターー、遅延時間（ａ）、初期速度（ｂ）、定常速度（ｃ）、凝固サイズ（ｄ）について、ＴＦＰＩおよび第ＶＩＩＩ因子への依存を表す。 空間的凝固モデルの実験的設計を説明する。パネルＡは空間的凝固チャンバーーの概略図である。パネルＢはチャンバーー内の凝固の進行を測定する系の要素の概略図である。 空間的凝固実験に用いる血友病Ａ患者の特徴を示す表であり、実験開始時の第ＶＩＩＩ因子レベルおよび特性活性化部分トロンボプラスチン時間（ＡＰＴＴ）を含む。 第ＶＩＩＩ置換因子を投与する前、投与後の様々な時点に測定された第ＶＩＩＩ因子レベル（パネルＡ）およびＡＰＴＴ（パネルＢ）を表す一組のグラフである。個々の測定値は、試験に使用した全９例からの試料について表される。 血友病Ａの空間的凝固へのＡＲＣ１９４９９および第ＶＩＩＩ因子の影響を説明する。パネルＡは、表面密度が２ｐｍｏｌｅ／ｍ２のときの固定化されたＴＦによって開始される血漿の凝固増殖を典型的に表す光散乱微速度撮影画像であり、１００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を添加した場合と添加しない場合の第ＶＩＩＩ因子の投与前（０時間）、および投与後１時間および２４時間である。ＴＦにコートされた活性化因子は各画像の左側に垂直方向の黒色の細長い片として見える。白色のバーはスケールが０．５ｍｍであることを表す。パネルＢ〜ＤはパネルＡに示す各時点について、凝固サイズ対時間プロットを表す。（ｂ）０時間、（ｃ）第ＶＩＩＩ因子投与後１時間、（ｄ）第ＶＩＩＩ因子投与後２４時間。パネルＣは試験全体にわたって実験分析に用いられたパラメーターーも説明する。遅延時間（凝固開始の時間）、初期速度（最初１０分の平均勾配）α、定常速度β（３０分後の平均勾配）、実験開始から６０分後の凝固サイズ。 様々な方法で調製された血友病ＡのＡＲＣ１９４９９の効率を説明するバーグラフである。ＣＴＩに回収された新たに調製された血漿および凍結／解凍された血漿について、３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９がある場合とない場合の凝固パラメーターーの比が表される。エラーバーは標準誤差に基づいて計算された。 患者１に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者２に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者３に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者４に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者５に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者６に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者７に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者８に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 患者９に第ＶＩＩＩ因子を投与後０、１、および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への空間的凝固パラメーターーの依存を表す一組のグラフである。 第ＶＩＩＩ因子の３つの異なる範囲、＜５％、５〜３０％および＞３０％について、１００ｎＭのＡＲＣ１９４９９が空間的凝固パラメーターーに及ぼす影響を表す一組のグラフである。空間的凝固パラメーターーは、遅延時間（ａ）、初期速度（ｂ）、定常速度（ｃ）、および凝固サイズ（ｄ）の９例からの試料について、平均値（±Ｓ．Ｅ．Ｍ．）として表される。 （ａ）遅延時間、（ｂ）初期速度、（ｃ）定常速度、および（ｄ）凝固サイズについて、凝固パラメーターーの第ＶＩＩＩ因子の投与（四角）前、第ＶＩＩＩ因子の投与後１時間（円形）および２４時間（三角形）に取られた血漿の試料のＡＲＣ１９４９９への濃度依存を表すグラフである。各データポイントは９例の試料についての平均（±Ｓ．Ｅ．Ｍ．）である。 空間的凝固形成のＴＦＰＩの役割およびその不活性化の結果を説明する一連の図である。（ａ）正常な条件下で、ＴＦＰＩはｆＸａに依存する様式で外因性テナーゼを急速に阻害し、このことは追加のｆＸａが内因性テナーゼによって活性化されるため、フィブリンによる凝固の空間的伝播を止めない。（ｂ）ｆＶＩＩＩａの不在が空間的伝播を防ぐため、血友病Ａの血漿の凝固サイズは有意に損なわれる。（ｃ）血友病Ａの血漿にＡＲＣ１９４９９を加えることにより、ＴＦＰＩを不活性化する。このことは空間的伝播の速度を回復させることはないが、凝固が正常な血漿の場合よりもずっと早く開始する。その結果、全体のフィブリンの凝固サイズが正常になる。 ＴＦＰＩおよび第ＶＩＩＩ因子の枯渇が凝固に及ぼす影響を説明するコンピューターー・シミュレーションである。（ａ）凝固サイズ対時間プロットに表されるように、ＴＦＰＩおよび第ＶＩＩＩ因子の枯渇がフィブリン凝固の伝播に及ぼす影響。（ｂ）ＴＦＰＩおよび第ＶＩＩＩ因子の枯渇が第Ｘａ因子の発生に及ぼす影響を説明する内因性テナーゼ（右パネル）または外因性テナーゼ（左パネル）によって産生される第Ｘａ因子。第Ｘａ因子の発生は、時間の関数として、活性化因子からのカスケードおよび距離の活性化からプロットされる。 様々な条件下のＦＸａ活性を記述する一連のグラフである。パネルＡおよびＢでは、ＴＦＰＩ、ＦＸａおよび基質がＡＲＣ１９４９９不在下で混合された。パネルＡではＦＸａが最後に加えられ、パネルＢでは、基質が最後に加えられた。下部のパネルはＡＲＣ１９４９９存在下の同じアッセイを表す。パネルＣはＦＸａ添加前に混合されたＴＦＰＩ、基質およびＡＲＣ１９４９９での結果を表し、パネルＤは基質添加前に混合されたＡＲＣ１９４９９、ＴＦＰＩおよびＦＸａでの結果を表す。 基質添加前のＴＦＰＩ、ＦＸａ、およびＡＲＣ１９４９９の３０分のインキュベーション後のＦＸａ活性のＡＲＣ１９４９９とＴＦＰＩとの関係を表す。パネルＡでは、結果をｘ軸上のＡＲＣ１９４９９の濃度と共にプロットする。パネルＢでは、同じ結果をｘ軸上のＴＦＰＩの濃度と共にプロットする。 プレートベースの結合アッセイにおける様々な抗ＴＦＰＩ抗体のＡＲＣ１９４９９との競合を説明する。 ＡおよびＢはニトロセルロース濾過（ドットブロット）アッセイにおける様々な抗ＴＦＰＩ抗体のＡＲＣ１７４８０との競合を説明する。 ＡＲＣ１９４９９の濃度に対してプロットされた相対的なＦＸａ活性に示されるように、ＡＲＣ１９４９９がＦＸａのＴＦＰＩ阻害に及ぼす影響を説明するグラフである。１ｎＭ（三角形）または２ｎＭ（塗りつぶされた円）のいずれかのＴＦＰＩを第Ｘａ因子の０．２ｎＭおよび様々なＡＲＣ１９４９９とインキュベートし、発色基質を加えて残基の第Ｘａ因子の活性を測定した。 ４μＭのＡＲＣ１９４９９の不在下（パネルＡ）または存在下（パネルＢ）における様々な条件のＦＸａのＴＦＰＩ阻害を説明する一組のグラフである。パネルＡでは、曲線＃１（円形）は、ＴＦＰＩの不在下、第Ｘａ因子による発色基質の切断を表し、曲線＃２（三角形）は、ＴＦＰＩ（２ｎＭ）および発色基質を第Ｘａ因子に同時に加えたときの第Ｘａ因子による基質の切断を表し、曲線＃３（＋記号）は、ＴＦＰＩ（２ｎＭ）を基質に添加する前に第Ｘａ因子（０．２ｎＭ）で事前にインキュベートしたときの第Ｘａ因子による基質の切断を表す。パネルＢでは、曲線＃４（円形）、＃５（三角形）、および＃６（＋記号）は、ＡＲＣ１９４９９の４μＭを含めることを除いては＃１、＃２、および＃３とそれぞれ同じ条件下の第Ｘａ因子による基質の切断を表す。図１７７Ａと１７７Ｂのグラフは双方とも、４回繰り返すことからほとんど同一の結果を描写するものである。 ＡＲＣ１９４９９が外因性テナーゼのＴＦＰＩ阻害に及ぼす影響を説明する一連のグラフである。パネルＡは、１ｐＭの組織因子、１ｎＭの第ＶＩＩａ因子、１５０ｎＭのＦＸ、ｍＭのＣａＣｌ２、および様々な量のＡＲＣ１９４９９の反応からＦＸａが活性化された第ＦＸａ因子による基質の切断の進行曲線を表す。線１は、ＴＦＰＩが存在しないときの第ＦＸａ因子による基質の切断を表し、線２〜６は、２ｎＭのＴＦＰＩおよびＡＲＣ１９４９９の４０００、１０００、１００、１０および０ｎＭが存在するときの第ＦＸａ因子による基質の切断を表す。パネルＢは、パネルＡから対時間でプロットされた第Ｘａ活性因子の濃度に形を変えたデータを表す。パネルＣでは、増加するＡＲＣ１９４９９の濃度の関数としてプロットされたＴＦＰＩによる外因性テナーゼのターンオフ時間に関して表す。 ＡＲＣ１９４９９がプロトロンビナーゼのＴＦＰＩ阻害に及ぼす影響を説明する一組のグラフである。パネルＡでは、曲線＃１（円形）はＴＦＰＩが存在しないときの０．１ｐＭのプロトロンビナーゼによってトロンビンが発生することを表し、曲線＃２（三角形）はＴＦＰＩの１ｎＭが０．１ｐＭのプロトロンビナーゼと共に含まれたときのトロンビンの発生を表し、曲線＃３（＋記号）はＦＶａが存在しなかったときのトロンビンの発生を表す。パネルＢでは、４μＭのＡＲＣ１９４９９が含まれることを除いては、パネルＡからの＃１、＃２、および＃３とそれぞれ同じ条件下で、曲線＃４（円形）、＃５（三角形）、および＃６（＋記号）がアッセイから実施される。これらのグラフは、４回繰り返すことからほとんど同一の結果を描写するものである。 ＡＲＣ１９４９９がヒトのＦＶＩＩＩ欠損血漿に測定された希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）に及ぼす影響を表す一組のグラフである。パネルＡでは、０．２５ｐＭ（塗りつぶされた円）または０．５ｐＭ（三角形）のいずれかの組み換え組織因子を用いて、ＦＶＩＩＩの濃度を増加させながら調製された血漿の試料のｄＰＴを開始した。ＦＶＩＩＩの中身は、ＦＶＩＩＩ欠損血漿を異なる割当量の正常な血漿と混合することによって、試料ごとに変化した。パネルＢでは、０．２５ｐＭ（塗りつぶされた円）または０．５ｐＭ（三角形）のいずれかの組み換え組織因子によって開始されたとき、ＡＲＣ１９４９９は第ＶＩＩＩ因子欠損血漿のｄＰＴを短縮した。パネルＢでは、ＡＲＣ１９４９９が不在下、０．２５ｐＭのＴＦと混合されたＦＶＩＩＩ欠損血漿中に測定された凝固時間では、事前に設定した上限値である３６０秒以内に凝固することができなかった。グラフにするために３６０秒の値はこのデータポイントに割り付けた。これらのデータ。結果は４秒未満の差で重複した測定値から平均を取った。 ＡＲＣ１９４９９がＦＶＩＩＩ欠損全血試料に測定された全血凝固時間に及ぼす影響を示すグラフである。組換え組織因子（０．５ｐＭ、Ｉｎｎｏｖｉｎ（登録商標））およびＡＲＣ１９４９９（指示された濃度）を新たに採血された血液（抗凝固剤として５ｍＭのＥＤＴＡを含む）に加えた。処理された血液試料はＣａＣｌ２を添加する前に３７℃で３分間インキュベートされ、凝固反応を開始した。 ＴＦＰＩとＡＲＣ１９４９８との相互作用を検討するために用いられる水素重水素交換（ＨＤＸ）戦略を説明する図である。 ２３℃で異なるｐＨおよび交換時間でＴＦＰＩ断片について達成した重水素化レベルを説明する図である。各断片の位置は、ＴＦＰＩアミノ酸配列と近位することによって指示され、重水素化レベルは図の下の色キーに従った色コードによって指示される。 ２３℃で異なるｐＨおよび交換時間で個別のＴＦＰＩタンパク質断片についての重水素化の割合（％）を表す表である。このデータを用いて図２の図を描いた。 ２３℃のＴＦＰＩの交換時間の関数としてプロットされた重水素化の割合（％）を表す一連のグラフである。各グラフはペプチド断片を表す。各グラフ中、四角形はｐＨ５のときに回収されたデータを表し、ひし形はｐＨ７のときに回収されたデータを表す。この図のために、ｐＨ５の時点はｐＨ７等量に変換した（例えばｐＨ５のときの３０秒はｐＨ７のときの０．３秒に等しい）。 ＴＦＰＩおよびＡＲＣ１９４９８と共にＨＤＸに用いられた緩衝液を表す一組の表である。 ３℃のＴＦＰＩの交換時間の関数としてプロットされた重水素化の割合（％）を表す一連のグラフである。各グラフはペプチド断片を表す。各グラフ中、青色の三角形はオン溶液／オフカラム実験のデータを表し、紫色のひし形はオンカラム／オフカラム対照実験のデータを表す。この図のために、ｐＨ５およびｐＨ６の時点はｐＨ７等量に変換した。 ３℃、ｐＨ５、６および７のｏｎ／ｏｆｆ交換実験後のＴＦＰＩの各断片の重水素化レベルの差を表す表である。この表の値は、オン溶液／オフカラム実験の重水素化の割合（％）からオンカラム／オフカラム実験の重水素化の割合（％）を引くことによって計算した。差が５％以上である（≧５％）ことを表すＴＦＰＩ断片は、ＡＲＣ１９４９８の存在下で保護された領域である。 ３℃、ｐＨ５、６および７のｏｎ／ｏｆｆ交換実験後のＴＦＰＩの各断片の重水素化レベルの差を説明する図である。暗青色はＡＲＣ１９４９８による保護がないことを示す。明るい色は差が５％より大きい（＞５％）ことを示し、ＡＲＣ１９４９８の存在下で保護された領域である。パネルＡは個別のｐＨおよび交換時間についてのデータを表す。パネルＢは全ｐＨおよび交換時間にわたる平均化されたデータを反映する。
本発明の１つ以上の実施形態の詳細が、下に添付の記述において説明される。本明細書に記載の方法および物質と同様または同等の任意の方法および物質を本発明の実践および試験において使用することができるが、好ましい方法および物質をこれから説明する。本発明の他の特性、目的、および利点は、記述から明らかになる。記述において、単数形は、文脈が別途明確に示さない限り、複数形も含む。別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する当業者により一般的に理解される意味と同一の意味を有する。不一致が生じる場合、本記述を調節する。
本発明は、本明細書で「ＴＦＰＩアプタマー」と記載されるＴＦＰＩに結合するアプタマー、ならびに場合によっては他の作用物質を用いて、出血障害および他のＴＦＰＩによって媒介される病状、疾患、または障害の治療においてそのようなアプタマーを用いるための方法を提供する。加えて、合併症またはその副作用を軽減するか、またはさもなければその進行を遅延させるために、場合によっては他の作用物質を伴って、ＴＦＰＩアプタマーを、医学的手技の前、間、および／または後に用いることができる。
アプタマーの特定
本明細書に記載のアプタマーは、好ましくは、概して図４に示される、ＥＸｐｏｎｅｎｔｉａｌ ＥｎｒｉｃｈｍｅｎｔのＳｙｓｔｅｍａｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ＬｉｇａｎｄｓまたはＳＥＬＥＸ（商標）として当技術分野で既知の方法を介して特定される。より具体的には、核酸の出発プールを含有する混合物に始まって、ＳＥＬＥＸ（商標）法は、（ａ）結合にとって好ましい条件下で混合物を標的と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸を標的に結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望の回数の周期で、接触、分配、および増幅するステップを繰り返して、標的に対して非常に特異的な高親和性アプタマーを産出するステップを含む。ＲＮＡアプタマー等の転写されたアプタマーが選択される場合、ＳＥＬＥＸ（商標）法の増幅ステップは、（ｉ）核酸標的複合体から解離される核酸を逆転写するか、またはさもなければ配列情報を対応するＤＮＡ配列に伝達するステップ、（ｉｉ）ＰＣＲ増幅のステップ、および（ｉｉｉ）本プロセスを再開する前に、ＰＣＲで増幅された核酸を転写するか、またはさもなければ配列情報を対応するＲＮＡ配列に伝達するステップを含む。核酸の出発プールは、修飾または未修飾ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドであってもよく、許容される修飾は、塩基、糖類、および／またはヌクレオチド間連結での修飾を含む。出発プールの組成物は、最終アプタマーの所望の性質によって決まる。選択を、例えば、インビボ分解に対してアプタマーを安定化させるために修飾ヌクレオチドを組み込む核酸配列により実行することができる。例えば、ヌクレアーゼ分解への耐性を、２’位置での修飾基の組み込みにより大いに増加することができる。
一実施形態において、本発明は、全ての塩基での単一の２’置換またはアデノシン三リン酸（ＡＴＰ）、グアノシン三リン酸（ＧＴＰ）、シチジン三リン酸（ＣＴＰ）、チミジン三リン酸（ＴＴＰ）、およびウリジン三リン酸（ＵＴＰ）ヌクレオチドの２’−ＯＨ、２’−Ｆ、２’−デオキシ、２’−ＮＨ２、および２’−ＯＭｅ修飾の組み合わせを含むアプタマーを提供する。別の実施形態において、本発明は、ＡＴＰ、ＧＴＰ、ＣＴＰ、ＴＴＰ、およびＵＴＰヌクレオチドの２’−ＯＨ、２’−Ｆ、２’−デオキシ、２’−ＯＭｅ、２’−ＮＨ２、および２’−メトキシエチル修飾の組み合わせを含むアプタマーを提供する。さらなる実施形態において、本発明は、全てもしくは実質的に全ての２’−ＯＭｅで修飾されたＡＴＰ、ＧＴＰ、ＣＴＰ、ＴＴＰ、および／またはＵＴＰヌクレオチドを含むアプタマーを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明の２’−修飾アプタマーは、修飾されたポリメラーゼ、例えば、野生型ポリメラーゼの組み込み率よりも高い、フラノースの２’位置に巨大な置換基を有する修飾ヌクレオチドの組み込み率を有する修飾されたＲＮＡポリメラーゼを用いて作成される。一実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがフェニルアラニンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｆ）である。別の実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがフェニルアラニンに変化し、位置３７８のリジンがアルギニンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｆ／Ｋ３７８Ｒ）である。さらに別の実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがフェニルアラニンに変化し、位置７８４のヒスチジンがアラニンに変化し、位置３７８のリジンがアルギニンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｆ／Ｈ７８４Ａ／Ｋ３７８Ｒ）であり、転写反応混合物は、転写のために２’−ＯＨ ＧＴＰの添加を必要とする。さらなる実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがフェニルアラニンに変化し、位置７８４のヒスチジンがアラニンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｆ／Ｈ７８４Ａ）である。
一実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがロイシンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｌ）である。別の実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがロイシンに変化し、位置７８４のヒスチジンがアラニンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｌ／Ｈ７８４Ａ）である。さらに別の実施形態において、修飾されたＲＮＡポリメラーゼは、位置６３９のチロシンがロイシンに変化し、ヒスチジンが位置７８４でアラニンに変化し、位置３７８のリジンがアルギニンに変化した変異体Ｔ７ポリメラーゼ（Ｙ６３９Ｌ／Ｈ７８４Ａ／Ｋ３７８Ｒ）である。
野生型ポリメラーゼの組み込み率よりも高い、フラノース２’位置で巨大な置換基を有する修飾ヌクレオチドの組み込み率を有する別の好適なＲＮＡポリメラーゼは、例えば、変異体Ｔ３ＲＮＡポリメラーゼである。一実施形態において、変異体Ｔ３ＲＮＡポリメラーゼは位置６４０で変異を有し、位置６４０のチロシンはフェニルアラニンに置換される（Ｙ６４０Ｆ）。別の実施形態において、変異体Ｔ３ＲＮＡポリメラーゼは、位置６４０および７８５で変異を有し、位置６４０のチロシンはロイシンに置換され、位置７８５のヒスチジンはアラニンに置換される（Ｙ６４０Ｌ／Ｈ７８５Ａ）。
２’修飾オリゴヌクレオチドを、全ての修飾ヌクレオチドまたは一部の修飾ヌクレオチドで合成することができる。本修飾は、同一であるか、あるいは異なる。いくつかまたは全てのヌクレオチドを修飾することができ、修飾されるヌクレオチドは、同一の修飾を含有し得る。例えば、同一の塩基を含有する全てのヌクレオチドは、１種類の修飾を有し得る一方で、他の塩基を含有するヌクレオチドは、異なる種類の修飾を有し得る。全てのプリンヌクレオチドは、１種類の修飾を有し得る（か、あるいは修飾されない）一方で、全てのピリミジンヌクレオチドは、別の異なる種類の修飾を有し得る（か、あるいは修飾されない）。このようにして、転写物、または転写物のプールは、例えば、リボヌクレオチド（２’−ＯＨ）、デオキシリボヌクレオチド（２’−デオキシ）、２’−アミノヌクレオチド（２’−ＮＨ２）、２’−フルオロヌクレオチド（２’−Ｆ）、および２’−Ｏ−メチル（２’−ＯＭｅ）ヌクレオチドを含む任意の修飾の組み合わせを用いて生成される。
本明細書で使用される、２’−ＯＭｅ Ａ、Ｇ、Ｃ、およびＵ、ならびに／またはＴ三リン酸塩（２’−ＯＭｅ ＡＴＰ、２’−ＯＭｅ ＵＴＰおよび／または２’−ＯＭｅ ＴＴＰ、２’−ＯＭｅ ＣＴＰ、ならびに２’−ＯＭｅ ＧＴＰ）のみを含有する転写混合物は、ＭＮＡまたはｍＲｍＹ混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、ＭＮＡアプタマーまたはｍＲｍＹアプタマーと称され、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドのみを含有する。２’−ＯＭｅ Ｃ、および、Ｕおよび／またはＴ、ならびに２’−ＯＨ ＡおよびＧを含有する転写混合物は、「ｒＲｍＹ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＲｍＹ」アプタマーと称される。デオキシＡおよびＧ、ならびに２’−ＯＭｅ Ｕ、および／またはＴ、およびＣを含有する転写混合物は、「ｄＲｍＹ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＲｍＹ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｃ、およびＵ、および／またはＴ、ならびに２’−ＯＨ Ｇを含有する転写混合物は、「ｒＧｍＨ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＧｍＨ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｃ、Ｕおよび／またはＴ、およびＧ、ならびに２’−ＯＭｅ Ａ、Ｕ、および／またはＴ、およびＣ、ならびに２’−Ｆ Ｇを選択的に含有する転写混合物は、「交互混合物」と称され、それから選択されるアプタマーは、「交互混合物」アプタマーと称される。２’−ＯＨ ＡおよびＧ、ならびに２’−Ｆ Ｃ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｒＲｆＹ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＲｆＹ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ ＡおよびＧ、ならびに２’−Ｆ Ｃ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｍＲｆＹ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｍＲｆＹ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｕ、および／またはＴ、およびＣ、ならびに２’−Ｆ Ｇを含有する転写混合物は、「ｆＧｍＨ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｆＧｍＨ」アプタマーと称される。Ｇの最大１０％がリボヌクレオチドである、２’−ＯＭｅ Ａ、Ｕ、および／またはＴ、Ｃ、およびＧを含有する転写混合物は、「ｒ／ｍＧｍＨ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒ／ｍＧｍＨ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｕ、および／またはＴ、およびＣ、ならびにデオキシＧを含有する転写混合物は、「ｄＧｍＨ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＧｍＨ」アプタマーと称される。デオキシＡ、ならびに２’−ＯＭｅ Ｃ、Ｇ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｄＡｍＢ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＡｍＢ」アプタマーと称される。２’−ＯＨ Ａ、ならびに２’−ＯＭｅ Ｃ、Ｇ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｒＡｍＢ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＡｍＢ」アプタマーと称される。２’−ＯＨ Ａおよび２’−ＯＨ Ｇ、ならびに２’−デオキシＣおよび２’−デオキシＴを含有する転写混合物は、ｒＲｄＹ混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＲｄＹ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｕ、および／またはＴ、およびＧ、ならびにデオキシＣを含有する転写混合物は、「ｄＣｍＤ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＣｍＤ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｇ、およびＣ、ならびにデオキシＴを含有する転写混合物は、「ｄＴｍＶ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＴｍＶ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｃ、およびＧ、ならびに２’−ＯＨ Ｕを含有する転写混合物は、「ｒＵｍＶ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＵｍＶ」アプタマーと称される。２’−ＯＭｅ Ａ、Ｃ、およびＧ、ならびに２’−デオキシＵを含有する転写混合物は、「ｄＵｍＶ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＵｍＶ」アプタマーと称される。全ての２’−ＯＨヌクレオチドを含有する転写混合物は、「ｒＮ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｒＮ」、「ｒＲｒＹ」、またはＲＮＡアプタマーと称される。全てのデオキシヌクレオチドを含有する転写混合物は、「ｄＮ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｄＮ」、「ｄＲｄＹ」、またはＤＮＡアプタマーと称される。２’−Ｆ Ｃならびに２’−ＯＭｅ Ａ、Ｇ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｆＣｍＤ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｆＣｍＤ」アプタマーと称される。２’−Ｆ Ｕならびに２’−ＯＭｅ Ａ、Ｇ、およびＣを含有する転写混合物は、「ｆＵｍＶ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｆＵｍＶ」アプタマーと称される。２’−Ｆ ＡおよびＧ、ならびに２’−ＯＭｅ Ｃ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｆＲｍＹ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｆＲｍＹ」アプタマーと称される。２’−Ｆ Ａならびに２’−ＯＭｅ Ｃ、Ｇ、およびＵ、および／またはＴを含有する転写混合物は、「ｆＡｍＢ」混合物と称され、それから選択されるアプタマーは、「ｆＡｍＢ」アプタマーと称される。
いくつかの要因を、本明細書に開示のアプタマーを生成するために用いられる転写条件を最適化するのに有用となるよう決定した。例えば、リーダー配列を、ＤＮＡ転写鋳型の５’末端で固定配列に組み込むことができる。リーダー配列は、典型的には、６〜１５個のヌクレオチド長、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個のヌクレオチド長であり、全てのプリン、またはプリンおよびピリミジンヌクレオチドの混合物から成り得る。
２’−ＯＭｅ ＧＴＰを含有する組成物に関して、別の有用な要因は、２’−ＯＨグアノシンまたはグアノシン一リン酸塩（ＧＭＰ）の存在または濃縮物であり得る。転写を、二段階に分けることができる。第１の段階は、開始であり、その間、ＲＮＡが約１０〜１２個のヌクレオチドにより伸長され、第２の段階は、伸長であり、その間、転写が第１の約１０〜１２個のヌクレオチドの添加を越えて進む。過剰な２’−ＯＭｅ ＧＴＰを含有する転写混合物に添加された２’−ＯＨ ＧＭＰまたはグアノシンが、ポリメラーゼに転写を開始させることを可能にするのに十分であることが見出された。例えば、２’−ＯＨグアノシン、またはＧＭＰでのプライミング転写は、開始ヌクレオチドへのポリメラーゼの特異性のため有用である。ＧＭＰの好ましい濃度は、０．５ｍＭ、さらにより好ましくは、１ｍＭである。
転写物への２’−ＯＭｅ置換ヌクレオチドの組み込みを最適化するのに有用な別の要因は、転写混合物における二価マグネシウムおよびマンガンの両方の使用である。塩化マグネシウムおよび塩化マンガンの濃度の異なる組み合わせが、２’−Ｏ修飾転写物の収率に影響を及ぼし、塩化マグネシウムおよび塩化マンガンの最適濃度が、二価金属イオンを複合する転写反応混合物中のＮＴＰの濃度によって決まることが見出された。
転写反応に含めることができる他の試薬には、Ｎ−２−ヒドロキシエチルピペラジン−Ｎ’−２−エタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）緩衝液等の緩衝液、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）等のレドックス試薬、スペルミジン、スペルミン等のポリカチオン、トリトンＸ１００等の界面活性剤、および任意のそれらの組み合わせが含まれる。
一実施形態において、ＨＥＰＥＳ緩衝液の濃度は、０〜１Ｍに及び得る。本発明は、例えば、トリスヒドロキシメチルアミノメタンを含む、５〜１０のｐＫａを有する他の緩衝剤の使用も企図する。いくつかの実施形態において、ＤＴＴ濃度は、０〜４００ｍＭに及び得る。本発明の本方法は、例えば、メルカプトエタノールを含む他の還元剤の使用も提供する。いくつかの実施形態において、スペルミジンおよび／またはスペルミン濃度は、０〜２０ｍＭに及び得る。いくつかの実施形態において、ＰＥＧ−８０００の濃度は、０〜５０％（ｗ／ｖ）に及び得る。本発明の本方法は、例えば、他の分子量のＰＥＧまたは他のポリアルキレングリコールを含む他の親水性ポリマーの使用も提供する。いくつかの実施形態において、トリトンＸ−１００の濃度は、０〜０．１％（ｗ／ｖ）に及び得る。本発明の本方法は、他のトリトン−Ｘ洗剤を含む、例えば、他の洗剤を含む他の非イオン洗剤の使用も提供する。いくつかの実施形態において、ＭｇＣｌ２の濃度は、０．５ｍＭ〜５０ｍＭに及び得る。ＭｎＣｌ２濃度は、０．１５ｍＭ〜１５ｍＭに及び得る。いくつかの実施形態において、２’−ＯＭｅ ＮＴＰの濃度（それぞれＮＴＰ）は、５μＭ〜５ｍＭに及び得る。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨ ＧＴＰの濃度は、０μＭ〜３００μＭに及び得る。いくつかの実施形態において、２’−ＯＨ ＧＭＰの濃度は、０〜５ｍＭに及び得る。ｐＨは、ｐＨ６〜ｐＨ９に及び得る。
ＳＥＬＥＸプロセスの変形を用いて、アプタマーを特定することができる。例えば、当業者は、アゴニストＳＥＬＥＸ、トグルＳＥＬＥＸ、２’−修飾ＳＥＬＥＸ、またはカウンターＳＥＬＥＸを用いることができる。ＳＥＬＥＸプロセスのこれらの変形のそれぞれが当技術分野で既知である。
ＴＦＰＩアプタマー
本発明は、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩの活性を機能的に調節する、例えば、刺激するか、阻止するか、またはさもなければ阻害するか、あるいは刺激する、核酸アプタマー、好ましくは、２０〜５５個のヌクレオチド長の核酸アプタマーを含む。
ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩもしくは変形または１つ以上のその部分（もしくは領域）に少なくともある程度結合する。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。
本明細書で使用されるＴＦＰＩ変形は、ＴＦＰＩ機能と本質的に同一の機能を実行する変形を包含し、好ましくは、実質的に同一の構造を含み、いくつかの実施形態において、ヒトＴＦＰＩのアミノ酸配列と少なくとも７０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも９０％の配列同一性、およびより好ましくは少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含み、配列番号１１として図５に示される。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、全長ＴＦＰＩに結合する。アプタマーがＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合する場合、アプタマーが、Ｋ３／Ｃ末端領域等のＫ１およびＫ２領域の外側で、少なくともある程度、ＴＦＰＩの一部との結合接触または他の相互作用を必要とすることが好ましい。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。より好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される成熟ＴＦＰＩ（例えば、図３Ａ）の１つ以上の部分に少なくともある程度結合する。
ＴＦＰＩは、任意の種由来であり得るが、好ましくは、ヒトである。
ＴＦＰＩアプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形に対する解離定数を含む。いくつかの実施形態において、解離定数を、ドットブロット滴定により決定する。
ＴＦＰＩアプタマーは、リボ核酸、デオキシリボ核酸、修飾された核酸（例えば、２’で修飾）もしくは混合されたリボ核酸、デオキシリボ核酸および修飾された核酸、または任意のそれらの組み合わせであり得る。アプタマーは、単鎖リボ核酸、デオキシリボ核酸、修飾された核酸（例えば、２’で修飾）、リボ核酸および修飾された核酸、デオキシリボ核酸および修飾された核酸もしくは混合されたリボ核酸、デオキシリボ核酸および修飾された核酸、または任意のそれらの組み合わせであり得る。
いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩアプタマーは、少なくとも１つの化学修飾を含む。いくつかの実施形態において、化学修飾は、糖位置での化学的置換、ヌクレオチド間連結での化学的置換、および塩基位置での化学的置換からなる群から選択される。他の実施形態において、化学修飾は、修飾ヌクレオチドの組み込み、３’キャッピング、５’キャッピング、高分子量の非免疫原性化合物との共役、脂溶性化合物との共役、ＣｐＧモチーフの組み込み、およびリン酸骨格へのホスホロチオエートまたはホスホロジチオエートの組み込みからなる群から選択される。好ましい実施形態において、非免疫原性高分子量化合物は、ポリアルキレングリコールであり、より好ましくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）である。いくつかの実施形態において、ポリエチレングリコールは、メトキシポリエチレングリコール（ｍＰＥＧ）である。別の好ましい実施形態において、３’キャッピングは、逆位のデオキシチミジンのキャッピングである。
本明細書に記載の修飾は、アプタマーの安定性に影響を及ぼす場合もあり、例えば、キャッピング部分の組み込みは、エンドヌクレアーゼ分解に対してアプタマー安定化させ得る。さらに、本明細書に記載の修飾は、その標的へのアプタマーの結合親和性に影響を及ぼす場合もあり、例えば、修飾ヌクレオチドの部位特異的な組み込みまたはＰＥＧとの共役は、結合親和性に影響を及ぼす場合もある。結合親和性へのそのような修飾の影響を、修飾の組み込み前および組み込み後の結合親和性を比較するために、例えば、ＥＬＩＳＡ等の機能的アッセイ、または微量の標識アプタマーが様々な標的濃度でインキュベートされ、複合体がニトロセルロース上で捕捉されて定量化される結合アッセイ等の多種多様の当技術分野で認識される技術を用いて決定することができる。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩまたは変形もしくは１つ以上のその部分に少なくともある程度結合し、ＴＦＰＩの機能を阻害するアンタゴニストの役割をする。
ＴＦＰＩアプタマーは、完全に、または部分的に、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害を阻害するか、減少させるか、阻止するか、またはさもなければ調節する。ＴＦＰＩアプタマーの存在下でＴＦＰＩによって媒介される阻害のレベルが、ＴＦＰＩアプタマーの不在下でＴＦＰＩによって媒介される阻害のレベルと比較して、少なくとも９５％、例えば、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％減少する時に、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害等、ＴＦＰＩ生物学的活性を完全に調節するか、阻止するか、阻害するか、減少させるか、拮抗するか、中和させるか、またはさもなければ妨害すると考えられる。ＴＦＰＩアプタマーの不在下でＴＦＰＩによって媒介される阻害のレベルが、ＴＦＰＩアプタマーの不在下でＴＦＰＩ活性のレベルと比較して、９５％未満、例えば、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、または９０％減少する時、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩによって媒介される阻害等、ＴＦＰＩ生物学的活性を部分的に調節するか、阻止するか、阻害するか、減少させるか、拮抗するか、中和するか、またはさもなければ妨害すると考えられる。
治療薬および／または診断薬としての使用のためのＴＦＰＩに結合し、その機能を調節するアプタマーの例として、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２が挙げられるが、それらに限定されない。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、以下の核酸配列のうちの１つを含む：
（ＡＲＣ２６８３５）
「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は、（当技術分野において２’−ＯＭｅ、２’−メトキシ、または２’−ＯＣＨ３含有ヌクレオチドとしても既知の）２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号１）、
（ＡＲＣ１７４８０）
「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号２）、
（ＡＲＣ１９４９８）
「ＮＨ２」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである、ＮＨ２−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号３）、
（ＡＲＣ１９４９９）
「ＮＨ」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＰＥＧ」はポリエチレングリコールである、ＰＥＧ４０Ｋ−ＮＨ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号４）、
（ＡＲＣ１９５００）
「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＮＨ２」はヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来である、ＮＨ２−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ＮＨ２（配列番号５）、
（ＡＲＣ１９５０１）
「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＮＨ」はヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「ＰＥＧ」はポリエチレングリコールである、ＰＥＧ２０Ｋ−ＮＨ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ＮＨ−ＰＥＧ２０Ｋ（配列番号６）、
（ＡＲＣ３１３０１）
「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号７）、
（ＡＲＣ１８５４６）
「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号８）、
（ＡＲＣ１９８８１）
「ＮＨ２」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである、ＮＨ２−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号９）、
（ＡＲＣ１９８８２）
「ＮＨ」は５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドであり、「ＰＥＧ」はポリエチレングリコールである、ＰＥＧ４０Ｋ−ＮＨ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号１０）。
ＡＲＣ２６８３５の化学名は、２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリルである。
ＡＲＣ１７４８０の化学名は、２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−（３’→３’）−２’−デオキシチミジンである。
ＡＲＣ１９４９８の化学名は、６−アミノヘキシリル−（１→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−（３’→３’）−２’−デオキシチミジンである。
ＡＲＣ１９４９９の化学名は、Ｎ−（メトキシ−ポリエチレングリコール）−６−アミノヘキシリル−（１→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−（３’→３’）−２’−デオキシチミジンである。
ＡＲＣ１９５００の化学名は、６−アミノヘキシリル−（１→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−６−アミノヘキシリルである。
ＡＲＣ１９５０１の化学名は、Ｎ−（メトキシ−ポリエチレングリコール）−６−アミノヘキシリル−（１→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−６−アミノヘキシリル−Ｎ−（メトキシ−ポリエチレングリコール）である。
ＡＲＣ３１３０１の化学名は、２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリルである。
ＡＲＣ１８５４６の化学名は、２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−（３’→３’）−２’−デオキシチミジンである。
ＡＲＣ１９８８１の化学名は、６−アミノヘキシリル−（１→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−（３’→３’）−２’−デオキシチミジンである。
ＡＲＣ１９８８２の化学名は、Ｎ−（メトキシ−ポリエチレングリコール）−６−アミノヘキシリル−（１→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−デオキシシチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−（３’→３’）−２’−デオキシチミジンである。
本発明のＴＦＰＩアプタマーは、任意の二次構造を有し得る。好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、図１０Ａおよび図１０Ｂ等のステムおよびループモチーフを含む。ＡＲＣ１９４９９の推定上の二次構造が図１０Ｃに示され、ステムおよびループモチーフを含む。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、１つ以上のリンカーを伴って（図１０Ｂ）、または伴わずに（図１０Ａ）、１つ以上のＰＥＧ部分に結合される。ＰＥＧ部分は、任意の型のＰＥＧ部分であり得る。例えば、ＰＥＧ部分は、線形、分岐、多分岐、星形、櫛形、または樹枝状であり得る。加えて、ＰＥＧ部分は、任意の分子量を有し得る。好ましくは、ＰＥＧ部分は、５〜１００ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。より好ましくは、ＰＥＧ部分は、１０〜８０ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。さらにより好ましくは、ＰＥＧ部分は、２０〜６０ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。なお一層より好ましくは、ＰＥＧ部分は、３０〜５０ｋＤａの範囲の大きさの分子量を有する。最も好ましくは、ＰＥＧ部分は、４０ｋＤａの大きさの分子量を有する。同一または異なるＰＥＧ部分を、ＴＦＰＩアプタマーに結合することができる。同一または異なるリンカーを用いて、同一または異なるＰＥＧ部分をＴＦＰＩアプタマーに結合させてもよく、あるいはリンカーを用いなくてもよい。
あるいは、ＴＦＰＩアプタマーを、１つ以上のリンカーの有無にかかわらず、（１つ以上のＰＥＧ部分に結合するというよりはむしろ）１つ以上のＰＥＧ代替物に結合することができる。ＰＥＧ代替物の例として、ポリオキサゾリン（ＰＯＺ）、ＰｏｌｙＰＥＧ、ヒドロキシエチルデンプン（ＨＥＳ）、およびアルブミンが挙げられるが、それらに限定されない。ＰＥＧ代替物は、任意の型のＰＥＧ代替物であってもよいが、ＰＥＧ部分と同一または同様に機能する、すなわち、腎臓濾過を軽減し、循環血液中のＴＦＰＩアプタマーの半減期を増加させるはずである。同一または異なるＰＥＧ代替物を、ＴＦＰＩアプタマーに結合することができる。同一または異なるリンカーを用いて、同一または異なるＰＥＧ代替物をＴＦＰＩアプタマーに結合させてもよく、あるいはリンカーを用いなくてもよい。あるいは、ＰＥＧ部分およびＰＥＧ代替物の組み合わせを、同一または異なるリンカーのうちの１つ以上の有無にかかわらず、ＴＦＰＩアプタマーに結合することができる。
好ましくは、ＴＦＰＩアプタマーは、リンカーを介してＰＥＧ部分に結合される（図１０Ｂ）。しかしながら、リンカーを使用することなく、ＴＦＰＩアプタマーを、ＰＥＧ部分に直接結合することができる（図１０Ａ）。リンカーは、任意の種類の分子であり得る。リンカーの例として、アミン、チオール、およびアジドが挙げられるが、それらに限定されない。例えば、アミン（ＲＮＨ２）および活性化エステル（Ｒ’Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ”）または無水物（Ｒ’Ｃ（＝Ｏ）ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ”）をリンカーとして用いて、アミド（Ｒ’（Ｃ＝Ｏ）ＮＲ）を産出することができる。活性化エステルは、制限なく、ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）およびＮＨＳのスルホン誘導体、ニトロフェニルエステル、および他の置換芳香族誘導体を含む。無水物は、コハク酸無水物誘導体等の環状であり得る。アミン（ＲＮＨ２）および活性化炭酸塩（Ｒ’ＯＣ（＝Ｏ）ＯＲ”）を用いて、カルバミン酸塩（ＲＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ）を産出することができる。活性化カルバミン酸塩は、制限なく、ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）およびＮＨＳのスルホン誘導体、ニトロフェニルカルバメートを含む。アミン（ＲＮＨ２）およびイソチオシアネート（Ｒ’Ｎ＝Ｃ＝Ｓ）をリンカーとして用いて、イソチオ尿素（ＲＮＨＣ（＝Ｓ）ＮＨＲ’）を産出することができる。アミン（ＲＮＨ２）およびイソシアネート（Ｒ’Ｎ＝Ｃ＝Ｏ）をリンカーとして用いて、イソ尿素（ＲＮＨ（Ｃ＝Ｏ）ＮＨＲ’）を産出することができる。アミン（ＲＮＨ２）およびアシルアジド（Ｒ’（Ｃ＝Ｏ）Ｎ２）をリンカーとして用いて、アミド（ＲＮＨ（Ｃ＝Ｏ）Ｒ’）を産出することができる。アミン（ＲＮＨ２）およびアルデヒドまたはグリオキサル（Ｒ’（Ｃ＝Ｏ）Ｈ）をリンカーとして用いて、イミン（Ｒ’ＣＨ＝ＮＲ）または還元を介したアミン（Ｒ’ＣＨ２＝ＮＨＲ）を産出することができる。アミン（ＲＮＨ２）およびスルホニルクロリド（Ｒ’ＳＯ２Ｃｌ）をリンカーとして用いて、スルホンアミド（Ｒ’ＳＯ２ＮＨＲ）を産出することができる。アミン（ＲＮＨ２）およびエポキシドおよびオキシランをリンカーとして用いて、α−ヒドロキシアミンを得ることができる。チオール（ＲＳＨ）およびヨードアセチル（Ｒ’（Ｃ＝Ｏ）ＣＨ２Ｉ）をリンカーとして用いて、チオエーテル（ＲＳＣＨ２（Ｏ＝Ｃ）Ｒ’）を産出することができる。チオール（ＲＳＨ）およびマレイミドまたはマレイミド誘導体をリンカーとして用いて、チオエーテルを得ることができる。チオール（ＲＳＨ）およびアジリジンをリンカーとして用いて、α−アミンチオエーテルを得ることができる。チオール（ＲＳＨ）およびアクリロイル誘導体（Ｒ’ＣＨ＝ＣＨ２）をリンカーとして用いて、チオエーテル（Ｒ’ＣＨ２ＣＨ２ＳＲ）を得ることができる。チオール（ＲＳＨ）およびジスルフィド（Ｒ’ＳＳＲ”）をリンカーとして用いて、ジスルフィド（ＲＳＳＲ’またはＲ”）を得ることができる。チオール（ＲＳＨ）およびビニルスルホン（ＣＨ２＝ＣＨＳＯ２Ｒ’）をリンカーとして用いて、チオールエーテル（ＲＳＣＨ２ＣＨ２ＳＯ２Ｒ’）を産出することができる。アジド（ＲＮ３）およびアルキン（Ｒ’Ｃ＝Ｈ）をリンカーとして用いて、トリアゾリンを産出することができる。好ましくは、リンカーは、リン酸基を含有する。好ましくは、リンカーは、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来である。いくつかの実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１８個の連続したＣＨ２基を含む。より好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１２個の連続したＣＨ２基を含む。さらにより好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、４〜８個の連続したＣＨ２基を含む。最も好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、６個の連続したＣＨ２基を含み、すなわち、５’−ヘキシルアミンリンカーホスホルアミダイトである。同一もしくは異なるリンカーのうちの１つ以上を用いて、同一もしくは異なるＰＥＧ部分のうちの１つ以上または同一もしくは異なるＰＥＧ代替物のうちの１つ以上をＴＦＰＩアプタマーに結合させてもよく、あるいはリンカーを用いなくてもよい。
好ましい実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
特定の実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、
アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号２）の核酸配列を有し、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１８個の連続したＣＨ２基を含む。より好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１２個の連続したＣＨ２基を含む。さらにより好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、４〜８個の連続したＣＨ２基を含む。最も好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、６個の連続したＣＨ２基を含む。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
特定の実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、
アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号８）の核酸配列を有し、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１８個の連続したＣＨ２基を含む。より好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１２個の連続したＣＨ２基を含む。さらにより好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、４〜８個の連続したＣＨ２基を含む。最も好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、６個の連続したＣＨ２基を含む。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
好ましい代替実施形態において、以下の構造：

，
を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
特定の代替実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、

は、５’−アミンリンカーホスホルアミダイト由来であり、
アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号１）の核酸配列を有し、ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１８個の連続したＣＨ２基を含む。より好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、２〜１２個の連続したＣＨ２基を含む。さらにより好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、４〜８個の連続したＣＨ２基を含む。最も好ましい実施形態において、５’−アミンリンカーホスホルアミダイトは、６個の連続したＣＨ２基を含む。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
より好ましい実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
特定の実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号２）の核酸配列を有し、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
特定の実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号８）の核酸配列を有し、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
より好ましい代替実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
特定の代替実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号１）の核酸配列を有し、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有する任意のＰＥＧ部分であってもよい。好ましくは、２０ＫＰＥＧ部分は、２０ｋＤａの分子量を有するｍＰＥＧ部分である。
最も好ましい実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位（ＰＥＧ＝２０ｋＤａ）であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。ｎの数が特定の分子量を有するＰＥＧに対してわずかに異なり得るため、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位である。好ましくは、「ｎ」は、４００〜５００個のエチレンオキシド単位に及ぶ。より好ましくは、「ｎ」は、４２５〜４７５個のエチレンオキシド単位に及ぶ。さらにより好ましくは、「ｎ」は、４４０〜４６０個のエチレンオキシド単位に及ぶ。最も好ましくは、「ｎ」は、４５４個のエチレンオキシド単位である。
特定の実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号２）の核酸配列を有し、「ｎ」は約４５０であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。本アプタマーは、ＡＲＣ１９４９９としても既知である。
特定の実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号８）の核酸配列を有し、「ｎ」は約４５０であり、「３Ｔ」は逆位のデオキシチミジンであり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。本アプタマーは、ＡＲＣ１９８８２としても既知である。
最も好ましい代替実施形態において、以下の構造：

を含むアプタマーまたはその塩が提供され、式中、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位（ＰＥＧ＝２０ｋＤａ）であり、アプタマーは、本発明のＴＦＰＩアプタマーである。ｎの数が、特定の分子量を有するＰＥＧに対してわずかに異なり得るため、「ｎ」は、約４５４個のエチレンオキシド単位である。好ましくは、「ｎ」は、４００〜５００個のエチレンオキシド単位に及ぶ。より好ましくは、「ｎ」は、４２５〜４７５個のエチレンオキシド単位に及ぶ。さらにより好ましくは、「ｎ」は、４４０〜４６０個のエチレンオキシド単位に及ぶ。最も好ましくは、「ｎ」は、４５４個のエチレンオキシド単位である。
特定の代替実施形態において、アプタマーまたはその塩は、以下の構造：

を含み、式中、アプタマーは、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ（配列番号１）の核酸配列を有し、「ｎ」は約４５０であり、「ｄＮ」はデオキシヌクレオチドであり、「ｍＮ」は２’−Ｏメチルを含有するヌクレオチドである。本アプタマーは、ＡＲＣ１９５０１としても既知である。
本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力を有するアプタマーも提供する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一の構造を有する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩおよび実質的に同一の構造に結合する能力を有する。本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力および実質的に同一のＴＦＰＩの生物学的機能を調節する能力を有するアプタマーも提供する。本発明はさらに、アプタマーを提供する。配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力および実質的に同一の血液凝固を調節する能力を有する。本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一の構造および実質的に同一のＴＦＰＩの生物学的機能を調節する能力を有するアプタマーも提供する。本発明は、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一の構造および実質的に同一の血液凝固を調節する能力を有するアプタマーも提供する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力、実質的に同一の構造、および実質的に同一のＴＦＰＩの生物学的機能を調節する能力を有する。いくつかの実施形態において、アプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示されるアプタマーのうちのいずれか１つと実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力、実質的に同一の構造、および実質的に同一の血液凝固を調節する能力を有する。本明細書で使用される、実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力とは、親和性が、本明細書に記載の核酸配列および／またはアプタマーの親和性の１０倍または１００倍以内であることを意味する。所与の配列が実質的に同一のＴＦＰＩに結合する能力を有するかを決定することは、十分に当業者の技術の範囲内である。いくつかの実施形態において、ＴＦＰＩに結合するアプタマーは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０と少なくとも７０％、８０％、９０％、または９５％同一である核酸配列を有する。
ＴＦＰＩに結合するアプタマーの能力を、実施例３４で説明されるように、結合競合アッセイで評価することができ、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示される本アプタマーのうちの１つを、対照アプタマーの役割をする競合相手として選択することができる。例えば、好適なアッセイは、微量の放射標識した対照アプタマーおよび５０００ｎＭ、１６６６７ｎＭ、５５６ｎＭ、１８５ｎＭ、６１．７ｎＭ、２０．６ｎＭ、６．８６ｎＭ、２．２９ｎＭ、０．７６Ｎｍ、または０．２５ｎＭの非標識競合アプタマーを有する１０ｎＭヒトＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ，Ｓｔａｍｆｏｒｄ， ＣＴ、カタログ番号４５００ＰＣ）をインキュベートすることを含み得る。対照アプタマーを各実験に含める。各分子に関して、それぞれの競合アプタマーの濃度で結合される放射標識した対照アプタマーの割合を分析に用いた。結合される放射標識した対照アプタマーの割合を、アプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝結合される放射標識した対照アプタマーの割合、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝結合される最大の放射標識した対照アプタマー、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめ、結合競合についてのＩＣ５０値を生成する。各アプタマーのＩＣ５０を、同一の実験で評価される対照アプタマーのＩＣ５０と比較する。実質的に同一の結合する能力を有するアプタマーは、対照アプタマーのＩＣ５０の１０倍または１００倍以内であるＩＣ５０を有するアプタマーおよび／または同一の実験で評価される対照アプタマーのＩＣ５０よりも最大で５倍大きいＩＣ５０を有するアプタマーを含み得る。
生物学的機能を調節および／または血液凝固を調節するアプタマーの能力を、例えば、実施例３４で説明されるように、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイで評価することができ、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示される本アプタマーのうちの１つを対照アプタマーとして選択することができる。例えば、好適なアッセイは、５００ｎＭ、１６７ｎＭ、５５．６ｎＭ、１８．５ｎＭ、６．１７ｎＭ、および２．０８ｎＭアプタマー濃度でプールされた血友病Ａ血漿におけるＣＡＴアッセイでの評価を含み得る。対照アプタマーを各実験に含める。各分子に関して、各アプタマー濃度の内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）およびピークトロンビン値を分析に使用する。血友病Ａ血漿のみのＥＴＰまたはピークトロンビン値を、各濃度での各分子について、アプタマーの存在下での対応する値から減算する。次いで、補正したＥＴＰおよびピーク値を、アプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝ＥＴＰまたはピークトロンビン、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大ＥＴＰまたはピークトロンビン、ならびにｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめ、ＥＴＰおよびピークトロンビン双方についてのＩＣ５０値を生成する。各アプタマーのＩＣ５０を、同一の実験で評価される対照アプタマーのＩＣ５０と比較する。実質的に同一の生物学的機能を調節および／または血液凝固を調節する能力を有するアプタマーは、対照アプタマーのＩＣ５０の１０倍または１００倍以内であるＩＣ５０を有するアプタマー、および／またはその分子のＥＴＰおよびピークトロンビンＩＣ５０のうちの１つまたは両方が同一の実験で評価される対照アプタマーのＩＣ５０よりも最大５倍大きいアプタマーを含み得る。
生物学的機能を調節および／または血液凝固を調節するアプタマーの能力を、例えば、実施例３４で説明されるように、第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイにおいてＴＦＰＩの阻害を評価することにより評価することができ、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０に示される本アプタマーのうちの１つを、対照アプタマーとして選択することができる。好適なアッセイは、場合によってはアプタマーを添加して、ＴＦＰＩの存在下および不在下で発色性基質を切断するＦＸａの能力を測定することを含み得る。例えば、２ｎＭヒトＦＸａを、８ｎＭヒトＴＦＰＩとともにインキュベートする。次いで、５００μＭ発色性基質およびアプタマーを添加し、基質のＦＸａ切断を、時間の関数として、４０５ｎｍ（Ａ４０５）での吸光度により測定する。アプタマーを、５００ｎＭ、１２５ｎＭ、３１．２５ｎＭ、７．８１ｎＭ、１．９５ｎＭ、および０．４９ｎＭ濃度で試験する。対照アプタマーを各実験に含める。各アプタマー濃度に関して、Ａ４０５を、時間の関数としてプロットし、各曲線の直線領域を、等式ｙ＝ｍｘ＋ｂ（式中、ｙ＝Ａ４０５、ｘ＝アプタマー濃度、ｍ＝基質切断速度、およびｂ＝ｙ切片）に当てはめ、ＦＸａ基質切断速度を生成する。ＴＦＰＩの存在下、およびアプタマーの不在下でのＦＸａ基質切断速度を、各濃度での各分子について、ＴＦＰＩおよびアプタマー双方の存在下での対応する値から減算する。次いで、補正した速度を、アプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（Ｖｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））（式中、ｙ＝基質切断速度、ｘ＝アプタマーの濃度、ならびにＶｍａｘ＝基質切断の最大速度）に当てはめ、ＩＣ５０および最大（Ｖｍａｘ）値を生成する。各アプタマーのＩＣ５０およびＶｍａｘ値を、同一の実験で評価される対照アプタマーのＩＣ５０およびＶｍａｘ値と比較する。実質的に同一の生物学的機能を調節および／または血液凝固を調節する能力を有するアプタマーは、対照アプタマーのＩＣ５０の１０倍または１００倍以内であるＩＣ５０を有するアプタマー、および／または同一の実験で評価される対照アプタマーのＩＣ５０よりも最大５倍大きいＩＣ５０を有するアプタマー、および／または同一の実験で評価される対照アプタマーのＶｍａｘ値の少なくとも８０％のＶｍａｘ値を有するアプタマーを含み得る。
２つ以上の核酸またはタンパク質配列の文脈において、「配列同一性」もしくは「％同一性」という用語は、以下の配列比較アルゴリズムのうちの１つを用いて、または目視検査により測定される時、最大一致について比較およびアライメントした場合に、同一であるか、あるいは同一である特定の割合のアミノ酸残基またはヌクレオチドを有する２つ以上の配列もしくは部分列を指す。配列比較に関して、典型的には、１つの配列は、試験配列と比較される参照配列の役割をする。比較のための配列の最適アライメントを、例えば、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムにより、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズムにより、Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８５：２４４４（１９８８）の類似法の検索により、コンピューターによるこれらのアルゴリズムの実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）により、または目視検査（概して、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｐｕｂ．ｂｙ Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃ．ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（１９８７）を参照のこと）により行うことができる。
配列同一性の割合を決定するのに好適なアルゴリズムの一例は、基本的局所アライメント検索ツール（以下「ＢＬＡＳＴ」）で用いられるアルゴリズムであり、例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０（１９９０）およびＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１５：３３８９−３４０２（１９９７）を参照されたく、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（以下「ＮＣＢＩ」）から公的に入手可能である。
ＳＥＬＥＸ（商標）法、２’修飾ＳＥＬＥＸ（商標）により特定されるアプタマー、最小化アプタマー、最適化アプタマー、および化学的に置換されたアプタマーアプタマーを含むが、それらに限定されない本発明のアプタマーを、固相オリゴヌクレオチド合成技術等の当技術分野で周知の任意のオリゴヌクレオチド合成技術を用いて製造することができる（例えば、Ｇｕａｌｔｉｅｒｅ，Ｆ．Ｅｄ．，Ｎｅｗ Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｃｈ ９，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，ｐ．２６１−３３５，２０００，Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照のこと）。固相オリゴヌクレオチド合成技術を用いたアプタマーの製造を、工業規模で行うこともできる。トリエステル合成法（例えば、Ｓｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．４：２５５７（１９７７）およびＨｉｒｏｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．，２８：２４４９（１９７８）を参照のこと）等の液相法ならびに組換え手段を用いて、本発明のアプタマーを製造することもできる。
加えて、多種多様の官能基を、固相合成中に導入することができる。官能性は、アミンまたはチオール等の官能基をもたらす単純なリンカーであってもよく、あるいはビオチンまたは蛍光色素等のより複雑な構築物であってもよい。典型的には、官能基リンカーまたはより複雑な部分を、ホスホルアミダイトを用いて導入するか、あるいは合成後（すなわち、固相合成後）に導入することができる。あるいは、修飾された固体支持体を利用することにより、多種多様の官能性を、オリゴヌクレオチドの３’末端で導入することができ、それにより、より多岐にわたる共役技術を可能にする。
本発明はさらに、ＳＥＬＥＸ（商標）プロセスにより同定されたアプタマーを提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物をＴＦＰＩと接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸をＴＦＰＩに結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望する回数の周期で、結合、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩに結合するアプタマーを得るステップを含む。
本発明はさらに、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを同定するための方法を提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物をＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸をＴＦＰＩに結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望する回数の周期で、接触、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩに結合するアプタマーを得るステップを含む。本方法は、全長ＴＦＰＩに結合し、続いて、分配および増幅する、介在する周期または追加の周期を含み得る。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを同定するための方法も提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物を全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸を全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの一部に結合するリガンドを有する結合された核酸、または全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの一部に結合するリガンドを特異的に溶出するステップ、（ｄ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｅ）所望する回数の周期で、接触、分配、溶出、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するアプタマーを得るステップを含む。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを同定するための方法も提供し、（ａ）ＴＦＰＩ上の１つ以上のエピトープがアプタマー結合するのを阻止するＴＦＰＩリガンド（ＴＦＰＩに結合するリガンド）の存在下で結合が起こる条件下で、核酸の混合物を全長ＴＦＰＩまたはＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）未結合核酸を全長ＴＦＰＩまたはＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合した核酸から分配するステップ、（ｃ）結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｄ）所望の回数の周期で、接触、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するアプタマーを得るステップを含む。本方法の他の実施形態において、ＴＦＰＩ上の１つ以上の部分がアプタマー結合するのを阻止するＴＦＰＩリガンドの包括は、接触ステップ、分配ステップ、または両方のステップ中に起こり得る。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に少なくともある程度結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを同定するための方法も提供し、（ａ）結合が起こる条件下で、核酸の混合物を全長ＴＦＰＩまたはＴＦＰＩの１つ以上の部分と接触させるステップ、（ｂ）所望の機能的性質を有する結合された核酸を、所望の機能的性質を有さない結合された核酸から分配するステップ、（ｃ）ＴＦＰＩの部分を有する結合された核酸、または全長ＴＦＰＩもしくはＴＦＰＩの部分に結合するリガンドを特異的に溶出するステップ、（ｄ）所望の機能的性質を有する結合された核酸を増幅して、核酸のリガンド濃縮混合物を産出するステップ、ならびに任意で、（ｅ）所望の回数の周期で、接触、分配、分配、および増幅するステップを繰り返して、ＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するアプタマーを得るステップを含む。ステップ（ｂ）およびステップ（ｃ）は、連続して、または同時に起こり得る。例えば、ＴＦＰＩアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。ＴＦＰＩアプタマーが、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。ＴＦＰＩアプタマーが、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、そのアプタマーは、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、成熟ＴＦＰＩの１つ以上の部分（例えば、図３Ａ）は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される。アプタマーは、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形もしくは１つ以上の部分に対する解離定数を含む。
本発明は、配列番号１１のアミノ酸配列を有するヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドに結合するアプタマーも提供し、アプタマーは、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害を調節し、ＴＦＰＩへの結合において、配列番号４（ＡＲＣ１９４９９）、配列番号１（ＡＲＣ２６８３５）、配列番号２（ＡＲＣ１７４８０）、配列番号３（ＡＲＣ１９４９８）、配列番号５（ＡＲＣ１９５００）、配列番号６（ＡＲＣ１９５０１）、配列番号７（ＡＲＣ３１３０１）、配列番号８（ＡＲＣ１８５４６）、配列番号９（ＡＲＣ１９８８１）、および配列番号１０（ＡＲＣ１９８８２）からなる群から選択される核酸配列を含む参照アプタマーと競合する。好ましくは、参照アプタマーは、配列番号４の核酸配列（ＡＲＣ１９４９９）を含む。
本発明はさらに、配列番号１１のアミノ酸配列を有するヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドに結合するアプタマーを提供し、アプタマーは、アプタマーにより認識される領域の少なくとも一部が、第ＶＩＩａ因子、第Ｘａ因子、または第ＶＩＩａ因子および第Ｘａ因子の両方で結合されるＴＦＰＩ領域と異なるＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合する。好ましくは、アプタマーは、アミノ酸残基１４８〜１７０、アミノ酸残基１５０〜１７０、アミノ酸残基１５５〜１７５、アミノ酸残基１６０〜１８０、アミノ酸残基１６５〜１８５、アミノ酸残基１７０〜１９０、アミノ酸残基１７５〜１９５、アミノ酸残基１８０〜２００、アミノ酸残基１８５〜２０５、アミノ酸残基１９０〜２１０、アミノ酸残基１９５〜２１５、アミノ酸残基２００〜２２０、アミノ酸残基２０５〜２２５、アミノ酸残基２１０〜２３０、アミノ酸残基２１５〜２３５、アミノ酸残基２２０〜２４０、アミノ酸残基２２５〜２４５、アミノ酸残基２３０〜２５０、アミノ酸残基２３５〜２５５、アミノ酸残基２４０〜２６０、アミノ酸残基２４５〜２６５、アミノ酸残基２５０〜２７０、アミノ酸残基２５５〜２７５、アミノ酸残基２６０〜２７６、アミノ酸残基１４８〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１８０、アミノ酸残基１５０〜１８５、アミノ酸残基１５０〜１９０、アミノ酸残基１５０〜１９５、アミノ酸残基１５０〜２００、アミノ酸残基１５０〜２０５、アミノ酸残基１５０〜２１０、アミノ酸残基１５０〜２１５、アミノ酸残基１５０〜２２０、アミノ酸残基１５０〜２２５、アミノ酸残基１５０〜２３０、アミノ酸残基１５０〜２３５、アミノ酸残基１５０〜２４０、アミノ酸残基１５０〜２４５、アミノ酸残基１５０〜２５０、アミノ酸残基１５０〜２５５、アミノ酸残基１５０〜２６０、アミノ酸残基１５０〜２６５、アミノ酸残基１５０〜２７０、アミノ酸残基１５０〜２７５、アミノ酸残基１５０〜２７６、アミノ酸残基１９０〜２４０、アミノ酸残基１９０〜２７６、アミノ酸残基２４０〜２７６、アミノ酸残基２４２〜２７６、アミノ酸残基１６１〜１８１、アミノ酸残基１６２〜１８１、アミノ酸残基１８２〜２４０、アミノ酸残基１８２〜２４１、およびアミノ酸残基１８２〜２７６からなる群から選択される配列番号１１のアミノ酸配列の少なくとも一部を含む１つ以上の領域に結合する。より好ましくは、アプタマーは、ＴＦＰＩへの結合において、配列番号４の核酸配列（ＡＲＣ１９４９９）を含む参照アプタマーと競合する。
本発明は、配列番号４の核酸配列（ＡＲＣ１９４９９）を含むＴＦＰＩアプタマーで結合される領域と同一の、配列番号１１のアミノ酸配列を有するヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドの領域に結合するアプタマーも提供する。
本発明はさらに、配列番号１１の１つ以上の部分を含むヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）ポリペプチドの領域に結合するアプタマーを提供し、１つ以上の部分は、アミノ酸残基１４８〜１７０、アミノ酸残基１５０〜１７０、アミノ酸残基１５５〜１７５、アミノ酸残基１６０〜１８０、アミノ酸残基１６５〜１８５、アミノ酸残基１７０〜１９０、アミノ酸残基１７５〜１９５、アミノ酸残基１８０〜２００、アミノ酸残基１８５〜２０５、アミノ酸残基１９０〜２１０、アミノ酸残基１９５〜２１５、アミノ酸残基２００〜２２０、アミノ酸残基２０５〜２２５、アミノ酸残基２１０〜２３０、アミノ酸残基２１５〜２３５、アミノ酸残基２２０〜２４０、アミノ酸残基２２５〜２４５、アミノ酸残基２３０〜２５０、アミノ酸残基２３５〜２５５、アミノ酸残基２４０〜２６０、アミノ酸残基２４５〜２６５、アミノ酸残基２５０〜２７０、アミノ酸残基２５５〜２７５、アミノ酸残基２６０〜２７６、アミノ酸残基１４８〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１７５、アミノ酸残基１５０〜１８０、アミノ酸残基１５０〜１８５、アミノ酸残基１５０〜１９０、アミノ酸残基１５０〜１９５、アミノ酸残基１５０〜２００、アミノ酸残基１５０〜２０５、アミノ酸残基１５０〜２１０、アミノ酸残基１５０〜２１５、アミノ酸残基１５０〜２２０、アミノ酸残基１５０〜２２５、アミノ酸残基１５０〜２３０、アミノ酸残基１５０〜２３５、アミノ酸残基１５０〜２４０、アミノ酸残基１５０〜２４５、アミノ酸残基１５０〜２５０、アミノ酸残基１５０〜２５５、アミノ酸残基１５０〜２６０、アミノ酸残基１５０〜２６５、アミノ酸残基１５０〜２７０、アミノ酸残基１５０〜２７５、アミノ酸残基１５０〜２７６、アミノ酸残基１９０〜２４０、アミノ酸残基１９０〜２７６、アミノ酸残基２４０〜２７６、アミノ酸残基２４２〜２７６、アミノ酸残基１６１〜１８１、アミノ酸残基１６２〜１８１、アミノ酸残基１８２〜２４０、アミノ酸残基１８２〜２４１、およびアミノ酸残基１８２〜２７６からなる群から選択される。
本発明はさらに、ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、以下の性質：ａ）ＴＦＰＩへの結合において、配列番号１〜１０のうちのいずれか１つと競合すること、ｂ）第Ｘａ因子のＴＦＰＩ阻害を阻害すること、
ｃ）血友病血漿におけるトロンビン生成を増加させること、ｄ）内因性テナーゼ複合体のＴＦＰＩ阻害を阻害すること、ｅ）全血および血漿においてトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））で測定される、正常な止血を回復させること、ｆ）より短い凝固時間、より迅速な血栓形成、またはより安定した血栓の発達によって示される、全血および血漿においてトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））もしくは回転式トロンボエラストメトリー（ＲＯＴＥＭ）で測定される、正常な凝固を回復させること、ｇ）希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）、組織因子活性凝固時間（ＴＦ−ＡＣＴ）、または任意の他のＴＦＰＩ感受性凝固時間測定で測定される、凝固時間を減少させることのうちの１つ以上を示すアプタマーを提供する。
本発明は、ヒト組織因子経路阻害剤に結合するアプタマーも提供し、アプタマーは、ＴＦＰＩへの結合において、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、および配列番号１０からなる群から選択される参照アプタマーと競合する。
本発明はさらに、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーを提供し、アプタマーは、ＴＦＰＩへの結合において、直接的または間接的のいずれかで、ＡＤ４９０３からなる群から選択される参照抗体と競合する。
本発明は、ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、配列番号４のヌクレオチド配列を有するステムループモチーフを含むアプタマーも提供し、ａ）ヌクレオチド１、２、３、４、６、８、１１、１２、１３、１７、２０、２１、２２、２４、２８、３０、および３２のうちの任意の１つ以上が、２’−ＯＭｅ置換から２’−デオキシ置換に修飾されてもよく、ｂ）ヌクレオチド５、７、１５、１９、２３、２７、２９、および３１のうちの任意の１つ以上が、２’−ＯＭｅウラシルから２’−デオキシウラシルまたは２’−デオキシチミンのいずれかに修飾されてもよく、ｃ）ヌクレオチド１８が、２’−ＯＭｅウラシルから２’−デオキシウラシルに修飾されてもよく、かつ／またはｄ）ヌクレオチド１４、１６、および２５のうちの任意の１つ以上が、２’−デオキシシトシンから２’−ＯＭｅシトシンまたは２’−フルオロシトシンのいずれかに修飾されてもよい。
本発明はさらに、ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合し、配列番号２のヌクレオチド７〜２８を含むアプタマーを提供する。
本発明はさらに、上記のアプタマーのうちのいずれか１つを投与することを含む、出血障害を治療するための方法を提供する。
本発明はさらに、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーを提供し、アプタマーは、配列番号４、１、２、３、５、６、７、８、９、および１０からなる群から選択される一次核酸配列を含む。アプタマーの一次核酸配列は、任意の修飾（２’−Ｏメチル、２’−フルオロ修飾、３Ｔ、またはＰＥＧ等）なしで、単独でヌクレオチド（アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミン）を指す。
アプタマー医薬品化学
ＴＦＰＩに結合するアプタマーが特定された時点で、いくつかの技術を、特定されたアプタマー配列の結合、安定性、効力、および／または機能的特性をさらに増加させるために任意で実行することができる。
ＴＦＰＩに結合するアプタマーは、所望の結合および／または機能的特性を有する最小のアプタマー配列（本明細書で「最小化構築物」または「最小化アプタマー」とも称される）を得るために切断型であり得る。これを達成するための１つの方法は、最小化構築物の設計の情報を得るために、折り畳みプログラムおよび配列分析を使用する、例えば、選択物から得られたクローン配列をアライメントし、保存モチーフおよび／または共変動を探し求めることによるものである。好適な折り畳みプログラムは、例えば、ＲＮＡ構造プログラム（Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．；Ｄｉｓｎｅｙ，Ｍ．Ｄ．；Ｃｈｉｌｄｓ，Ｊ．Ｌ．；Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒ，Ｓ．Ｊ．；Ｚｕｋｅｒ，Ｍ．；ａｎｄ Ｔｕｒｎｅｒ，Ｄ．Ｈ．，”Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｎｇ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓ ｉｎｔｏ ａ ｄｙｎａｍｉｃ ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，” ２００４．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＵＳ，１０１，７２８７−７２９２）を含む。生化学的プロービング実験を、アプタマー配列の５’および３’境界を決定し、最小化構築物の設計の情報を得るために実行することもできる。次いで、最小化構築物を化学的に合成し、それらが由来した非最小化配列と比較した結合および機能的特性について試験することができる。一連の５’、３’、および／または内部欠失を含有するアプタマー配列の変形を、直接化学的に合成し、それらが由来した非最小化アプタマー配列と比較した結合および／または機能的特性について試験することもできる。
さらに、ドープ再選択を用いて、単一の活性アプタマー配列または単一の最小化アプタマー配列内の配列要求性を調査することができる。ドープ再選択を、目的の単一配列に基づいて設計された合成の縮重プールを用いて実行する。縮重のレベルは、通常、野生型配列、すなわち、目的の単一配列と７０％〜８５％異なる。概して、中立変異を伴う配列は、ドープ再選択プロセスを介して特定され、いくつかの場合において、配列変化は、親和性の改善をもたらし得る。次いで、ドープ再選択を用いて特定された複合配列情報を使用して、最小の結合モチーフを特定し、最適化の取り組みを支援することができる。
アプタマー配列および／または最小化アプタマー配列を、アプタマー医薬品化学を用いてＳＥＬＥＸ（商標）後に最適化し、結合親和性および／または機能的特性を増加させるか、またはあるいは、配列中のどの位置が結合活性および／または機能的特性に必須であるかを決定することができる。
アプタマー医薬品化学は、複数組の変形アプタマーが化学的に合成されるアプタマー改善技術である。これらの複数組の変形は、典型的には、単一置換基の導入の点で親アプタマーとは異なり、この置換基の位置の点で相互に異なる。次に、これらの変形を、相互および親アプタマーと比較する。特性における改善は十分に著しくあり得るため、特定の治療基準を得るのに単一置換基を含むことはそれほど必要ではない。
あるいは、一組の単一変形から収集される情報を用いて、２つ以上の置換基が同時に導入されるさらに複数の組の変形を設計することができる。一設計戦略において、単一置換基変形の全てを順位付けし、上位の４つを選択し、これらの４つの単一置換基変形の全ての可能性のある２つ１組（６種類）、３つ１組（４種類）、および４つ１組（１種類）を合成およびアッセイする。第２の設計戦略において、最良の単一置換基変形を新規の親と見なし、この最高順位の単一置換基変形を含む２つ１組の置換基変形を合成およびアッセイする。他の戦略を用いてもよく、これらの戦略を、さらに改善された変形を特定し続けながら、置換基の数が徐々に増加するように、繰り返し適用することができる。
アプタマー医薬品化学を、特に全体的というよりはむしろ、局所的な置換基の導入を調査する方法として用いることができる。アプタマーが転写により生成されるライブラリ内で発見されるため、ＳＥＬＥＸ（商標）プロセス中に導入される任意の置換基は、全体的に導入されるはずである。例えば、ヌクレオチド間にホスホロチオエート結合を導入することが所望される時、本結合は、全体的に置換される場合に、Ａすべて（またはＧ、Ｃ、Ｔ、Ｕすべて等）でのみ導入することができる。ホスホロチオエートをいくつかのＡ（またはいくつかのＧ、Ｃ、Ｔ、Ｕ等）（局所的置換）で必要とするが、他のＡ（またはいくつかのＧ、Ｃ、Ｔ、Ｕ等）ではそれを許容することができないアプタマーを、本プロセスでは容易に発見することができない。
アプタマー医薬品化学プロセスで利用することができる置換基の種類は、それらをオリゴマー合成スキームに導入する能力によってのみ制限される。本プロセスは、ヌクレオチドのみに限定されることはない。アプタマー医薬品化学スキームは、立体的嵩高さ、疎水性、親水性、親油性、疎油性、正電荷、負電荷、中性電荷、双性イオン、分極率、ヌクレアーゼ抵抗性、立体構造の剛性、立体構造の柔軟性、タンパク質結合特性、質量等を導入する置換基を含み得る。アプタマー医薬品化学スキームは、塩基修飾、糖修飾、またはホスホジエステル結合修飾を含み得る。
治療アプタマーの脈絡において有益であると思われる置換基の種類を考慮する時、以下のカテゴリー：
（１）体内にすでに存在している置換基、例えば、２’−デオキシ、２’−リボ、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、イノシン、もしくは５−メチルシトシン、
（２）承認された治療の一環である置換基、例えば、２’−フルオロヌクレオチド、または
（３）上記の２つのカテゴリーのうちの１つに加水分解、分解、もしくは代謝する置換基、例えば、メチルホスホネート結合オリゴヌクレオチドもしくはホスホロチオエート結合オリゴヌクレオチド
のうちの１つ以上に分類される置換を導入することが望ましくあり得る。
本発明のアプタマーは、本明細書に記載のアプタマー医薬品化学を介して開発されるアプタマーを含む。
本発明のアプタマーの標的結合親和性を、アプタマーと標的（例えば、タンパク質）との間の一連の結合反応を介して評価することができ、微量の３２Ｐ−標識アプタマーを標的の希釈系列とともに緩衝媒体中でインキュベートし、次いで、真空濾過マニホールドを用いてニトロセルロース濾過により分析する。本明細書でドットブロット結合アッセイと称される場合、本方法は、ニトロセルロース、（上から下に）ナイロンフィルター、およびゲルブロット紙から成る３層の濾過媒体を用いる。標的に結合されるアプタマーがニトロセルロースフィルター上に捕捉される一方で、非標的結合されたアプタマーは、ナイロンフィルター上に捕捉される。ゲルブロット紙を、他のフィルターの支持媒体として含む。濾過後、フィルター層を分離し、乾燥させ、蛍光面上に曝露し、蛍光画像システムを用いて定量化する。定量化された結果を用いて、アプタマー結合曲線を生成することができ、これから解離定数（ＫＤ）を算出することができる。好ましい実施形態において、結合反応を実行するために用いられる緩衝媒体は、１×ダルベッコのＰＢＳ（Ｃａ＋＋およびＭｇ＋＋を含む）＋０．１ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡである。
概して、標的の機能的活性を調節するアプタマーの能力をインビトロおよびインビボモデルを用いて評価することができ、標的の生物学的機能により異なる。いくつかの実施形態において、本発明のアプタマーは、既知の標的の生物学的機能を阻害し得る。他の実施形態において、本発明のアプタマーは、既知の標的の生物学的機能を刺激し得る。本発明のアプタマーの機能的活性を、既知のＴＦＰＩの機能を測定するよう設計されたインビトロおよびインビボモデルを用いて評価することができる。
アプタマー配列および／または最小化アプタマー配列を、アプタマー配列および／または最小化アプタマー配列の安定性を最適化するように、切断部位および修飾の部位特異的特定のための代謝特性で指向されたアプタマー医薬品化学を用いて最適化することもできる。
代謝特性で指向されたアプタマー医薬品化学は、親アプタマーを試験流体とともにインキュベートし、混合物をもたらすことを含む。次いで、混合物を分析して、インキュベート後の親アプタマーの消失速度または残存するアプタマーの量もしくは割合、特異的アプタマー代謝特性、および特異的アプタマー代謝産物配列を決定する。形成される特異的代謝産物の配列を知ることは、代謝産物の質量に基づいてヌクレアーゼ切断の部位を特定することを可能にする。代謝プロファイリングを体系的に行い、特異的アプタマー切断部位を特定した後、本方法は、アプタマー配列および／または最小化アプタマー配列の安定性を最適化するよう設計される切断部位もしくはその付近で化学的置換または修飾を導入することを含む。
一実施形態において、アプタマーは、ａ）親アプタマーを試験流体とともにインキュベートして混合物をもたらすこと、ｂ）混合物を分析して親アプタマーの代謝産物を特定し、それにより、親アプタマー中の少なくとも１つのアプタマー切断部位を検出すること、ならびにｃ）少なくとも１つのアプタマー切断部位に近接した位置で化学的置換を導入して修飾アプタマーをもたらすことにより特定および修飾される。このことは、アプタマーの安定性、具体的には、エンドヌクレアーゼおよびエキソヌクレアーゼへのアプタマーの安定性を強化する。
いくつかの実施形態において、試験流体は、生物学的マトリックス、具体的には、血清、血漿、脳脊髄液、細胞画分、Ｓ９画分、およびミクロソーム画分を含む組織抽出物、房水、硝子体液、ならびに組織ホモジネートのうちの１つ以上からなる群から選択される生物学的マトリックスである。いくつかの実施形態において、生物学的マトリックスは、マウス、ラット、サル、ブタ、ヒト、イヌ、テンジクネズミ、およびウサギのうちの１つ以上からなる群から選択される種由来である。いくつかの実施形態において、試験流体は、少なくとも１つの精製された酵素、具体的には、ヘビ毒ホスホジエステラーゼおよびＤＮＡｓｅ Ｉからなる群から選択される少なくとも１つの精製された酵素を含む。
いくつかの実施形態において、分析するステップは、液体クロマトグラフィーおよび質量分析法、具体的には、電子噴霧イオン化液体クロマトグラフィー質量分析法、ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、またはキャピラリー電気泳動法を用いて得られたアプタマーを分析して、少なくとも１つのアプタマー切断部位の位置を決定することを含む。いくつかの実施形態において、分析するステップは、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法（ＰＡＧＥ）、キャピラリー電気泳動法、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）および液体クロマトグラフィー質量分析法（ＬＣ／ＭＳ）、具体的には、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳまたはＬＣ／ＭＳ／ＭＳ／ＭＳ、より具体的には、エレクトロスプレーオン化ＬＣ／ＭＳ（ＥＳＩ−ＬＣ／ＭＳ）、ＥＳＩ−ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ、およびＥＳＩ−ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ／ＭＳのうちの１つ以上からなる群から選択される生物学的分析法を用いて得られたアプタマーを分析することを含む。
いくつかの実施形態において、近接した位置は、アプタマー切断部位に対して直ぐ５’側の位置、アプタマー切断部位からヌクレオチド３個以内の５’側の位置、アプタマー切断部位に対して直ぐ３’側の位置、アプタマー切断部位からヌクレオチド３個以内の３’側の位置、および切断されたヌクレオチド間連結の位置からなる群から選択される位置を含む。
いくつかの実施形態において、化学的置換は、糖位置での化学的置換、塩基位置での化学的置換、およびヌクレオチド間連結での化学的置換からなる群から選択される。より具体的には、置換は、異なるヌクレオチドへのヌクレオチド置換、ピリミジンへのプリン置換、任意のヌクレオチドへの２’−アミン置換、ウリジンへの２’−デオキシジヒドロウリジン置換、シチジンへの２’−デオキシ−５−メチルシチジン置換、プリンへの２−アミノプリン置換、リン酸ジエステルへのホスホロチオエート置換、リン酸ジエステルへのホスホロジチオエート置換、２’−ＯＨヌクレオチド、２’−ＯＭｅヌクレオチド、もしくは２’−フルオロヌクレオチドへの２’−デオキシヌクレオチド置換、２’−ＯＨヌクレオチド、２’−デオキシヌクレオチド、もしくは２’−フルオロヌクレオチドへの２’−ＯＭｅヌクレオチド置換、２’−ＯＨヌクレオチド、２’−デオキシヌクレオチド、もしくは２’−ＯＭｅヌクレオチドへの２’−フルオロヌクレオチド置換、または２’−ＯＨ、２’−フルオロ、もしくは２’−デオキシヌクレオチドへの２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチド置換、２’−フルオロヌクレオチドへの２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチド置換、および１つ以上のＰＥＧもしくは他のポリマーまたは他のＰＫもしくは分布に影響を与える構成要素の添加からなる群から選択される。
さらなる実施形態において、これらの方法の導入するステップはさらに、１つ以上の切断部位もしくは単一の切断部位またはそれらの両方で２つ以上の化学的置換を導入することを含む。
２つ以上のアプタマー切断部位が検出される別の実施形態において、これらの方法の導入するステップはさらに、インキュベートするステップ中の時間内に最初に起こるよう決定されたアプタマー切断部位の関連した近接位置で、または化学的置換の導入時に所望の性質を提供する任意の他の切断部位で少なくとも１つの化学的置換を導入することを含む。
他の実施形態において、これらの方法はさらに、試験流体における修飾アプタマーの安定性を試験するステップを含む。いくつかの実施形態において、アプタマーの安定性は、試験流体中で無傷のままである親アプタマーの割合と比較した、試験流体中で無傷のままである修飾アプタマーの割合を決定することにより評価される。いくつかの実施形態において、無傷のアプタマー割合は、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法（ＰＡＧＥ）、キャピラリー電気泳動法、ＨＰＬＣおよびＬＣ／ＭＳ、具体的には、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳまたはＬＣ／ＭＳ／ＭＳ／ＭＳ、より具体的には、ＥＳＩ−ＬＣ／ＭＳ、ＥＳＩ−ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ、およびＥＳＩ−ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ／ＭＳのうちの１つ以上からなる群から選択される生物学的分析法により評価される。他の実施形態において、修飾アプタマーは、試験流体において親アプタマーよりも安定しており、好ましくは少なくとも２倍、より好ましくは少なくとも５倍、最も好ましくは少なくとも１０倍安定している。
さらなる実施形態において、これらの方法はさらに、その標的に対する修飾アプタマーの解離定数またはＩＣ５０を決定することを含む。いくつかの実施形態において、化学的置換は、アプタマーのそれぞれの位置で単独で導入されるか、あるいは様々な組み合わせで導入され、それぞれの得られたアプタマーに対する解離定数またはＩＣ５０が決定される。化学的置換は、単一の化学修飾が親アプタマーの解離定数以下である修飾アプタマーに対する解離定数をもたらすように、アプタマー切断部位に近接した位置で導入される。本発明の別の実施形態において、本方法は、親アプタマーの解離定数またはＩＣ５０以下であるその標的に対する解離定数またはＩＣ５０を有する修飾アプタマーを選択することを含む。
他の実施形態において、修飾アプタマーは、生物学的活性を有する標的に結合し、本方法はさらに、修飾アプタマーの存在および不在下で標的の生物学的活性を試験することを含む。別の実施形態において、方法はさらに、親アプタマーの生物学的活性と同一であるか、あるいはそれよりも良好である生物学的活性を有する標的に結合する修飾アプタマーを選択することを含む。生物学的活性を、ＥＬＩＳＡアッセイまたは細胞に基づいたアッセイ等の任意の関連アッセイで測定することができる。
いくつかの実施形態において、インキュベートするステップ、分析するステップ、導入するステップ、および試験するステップは、所望の安定性が得られるまで反復的に繰り返される。
本発明のアプタマーを、当業者により採用される任意の数の技術に従って、日常的に診断目的に適合させることができる。診断における利用は、インビボおよびインビトロ診断的適用の両方を含み得る。診断薬は、ユーザが特定の場所または濃度で所与の標的の存在を特定することを可能にすることのみ必要とする。単に標的を伴って結合対を形成する能力は、診断目的に肯定的なシグナルを引き起こすのに十分であり得る。当業者は、当技術分野で既知の手順により任意のアプタマーを適合させ、そのようなリガンドの存在を追跡するために標識タグを組み込むこともできるであろう。そのようなタグを、いくつかの診断手順において用いる場合もある。
免疫刺激モチーフを有するアプタマー
本発明は、ＴＦＰＩに結合し、その生物学的機能を調節するアプタマーを提供する。
脊椎動物の免疫系による細菌ＤＮＡの認識は、特定の配列状況における非メチル化ＣＧジヌクレオチドの認識（「ＣｐＧモチーフ」）に基づく。そのようなモチーフを認識する１つの受容体は、はっきり異なる微生物成分を認識することで先天性免疫応答に関与するＴｏｌｌ様の受容体のファミリーメンバー（約１０個のメンバー）であるＴｏｌｌ様の受容体９（「ＴＬＲ９」）である。ＴＬＲ９は、配列特異的様式で非メチル化オリゴデオキシヌクレオチド（「ＯＤＮ」）ＣｐＧ配列により活性化される。ＣｐＧモチーフの認識は、先天性免疫応答および最終的には後天性免疫応答につながる防御機構を引き起こす。例えば、マウスにおけるＴＬＲ９の活性化は、抗原提示細胞の活性化、ＭＨＣクラスＩおよびＩＩ分子の上方調節、ならびに重要な共刺激分子とＩＬ−１２およびＩＬ−２３を含むサイトカインの発現を引き起こす。この活性化は、ＴＨ１サイトカインＩＦＮ−ガンマの強固な上方調節を含むＢ細胞およびＴ細胞応答を、直接的および間接的の両方で強化する。集合的に、ＣｐＧ配列への応答は、感染病からの保護、ワクチンへの改善された免疫応答、喘息に対する効果的な応答、および改善された抗体依存性細胞媒介性細胞毒性につながる。したがって、ＣｐＧ ＯＤＮは、感染病からの保護を提供し、免疫アジュバントまたは癌治療薬（単剤療法またはｍＡｂもしくは他の治療との併用）として機能することができ、喘息およびアレルギー反応を低下させることができる。
ＣｐＧモチーフの多種多様の異なるクラスが特定されており、それぞれ、認識時に、異なるカスケードの事象、サイトカインおよび他の分子の放出、ならびにある特定の細胞の活性化をもたらす。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、ＣｐＧ Ｍｏｔｉｆｓ ｉｎ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ ＤＮＡ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｉｍｍｕｎｅ Ｆｅｅｃｔｓ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００２，２０：７０９−７６０を参照されたい。さらなる免疫刺激モチーフが、以下の米国特許：米国特許第６，２０７，６４６号、米国特許第６，２３９，１１６号、米国特許第６，４２９，１９９号、米国特許第６，２１４，８０６号、米国特許第６，６５３，２９２号、米国特許第６，４２６，３３４号、米国特許第６，５１４，９４８号、および米国特許第６，４９８，１４８号に開示されており、それぞれ、参照により本明細書に組み込まれる。これらのＣｐＧまたは他の免疫刺激モチーフのうちのいずれかを、アプタマーに組み込むことができる。アプタマーの選択は、治療される疾患または障害によって決まる。好ましい免疫刺激モチーフは、「ｒ」がプリンを示し、「ｙ」がピリミジンを示し、「Ｘ」が任意のヌクレオチドを示す、以下の通り（５’から３’、左から右に示される）：ＡＡＣＧＴＴＣＧＡＧ（配列番号１２）、ＡＡＣＧＴＴ、ＡＣＧＴ、ｒＣＧｙ、ｒｒＣＧｙｙ、ＸＣＧＸ、ＸＸＣＧＸＸ、およびＸ１Ｘ２ＣＧＹ１Ｙ２であり、式中、Ｘ１はＧまたはＡであり、Ｘ２Ｃではなく、Ｙ１はＧではなく、Ｙ２は好ましくはＴである。
ＣｐＧモチーフがＣｐＧモチーフに結合することで既知の標的以外の特定の標的（「非ＣｐＧ標的」）に結合するアプタマーに組み込まれ、結合時に免疫応答を刺激する例において、ＣｐＧは、好ましくは、アプタマーの非必須領域に配置される。アプタマーの非必須領域を、部位特異的変異原性、欠失分析、および／または置換分析により特定することができる。しかしながら、非ＣｐＧ標的に結合するアプタマーの能力を著しく妨害しない任意の位置を用いることができる。アプタマー配列内に埋め込まれることに加えて、ＣｐＧモチーフを、５’末端および３’末端のいずれかまたはそれら両方に付加するか、またはさもなければアプタマーに結合することができる。非ＣｐＧ標的に結合するアプタマーの能力が著しく妨害されない限り、結合の任意の位置または手段を用いることができる。
本明細書で使用される「免疫応答の刺激」は、（１）特定の応答の誘導（例えば、Ｔｈ１応答の誘導）またはある特定の分子の生成、あるいは（２）特定の応答の阻害もしくは抑制（例えば、Ｔｈ２応答の阻害もしくは抑制）またはある特定の分子の阻害もしくは抑制のいずれかを意味し得る。
１つ以上のＣｐＧまたは他の免疫刺激配列を有するアプタマーを含む本発明のアプタマーを、例えば、本明細書に記載のＳＥＬＥＸ（商標）プロセスを用いた多種多様の戦略により特定または生成することができる。組み込まれる免疫刺激配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、置換ＤＮＡもしくはＲＮＡ、および／または置換もしくは非置換ＤＮＡ／ＲＮＡの組み合わせであり得る。概して、戦略を２つの群に分類することができる。戦略の両方の群に関して、ＣｐＧモチーフは、ａ）抑制された免疫応答が疾患の発症に関連する状況（すなわち、ＡＩＤＳ等の免疫不全症）に対抗するよう免疫応答を刺激するため、およびｂ）特定の標的もしくは細胞型（すなわち、癌細胞）に対する刺激された免疫応答に焦点を合わせるため、あるいは免疫応答をＴＨ２もしくはＴＨ１７状態から離れてＴＨ１状態に向かうよう偏らせるために含まれる（すなわち、アレルギー状態に対抗するためにＩｇＥ等の抗アレルギー標的に対するアプタマー中のＣｐＧモチーフを含む）。
第１群において、戦略は、ＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列ならびに標的への結合部位の両方を含むアプタマーを特定もしくは生成することを対象とし、標的（以下「非ＣｐＧ標的」）は、ＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列を認識することで既知の標的以外の標的である。本発明のいくつかの実施形態において、非ＣｐＧ標的は、ＴＦＰＩ標的である。この群の第１の戦略は、ＣｐＧモチーフが固定領域または固定領域の一部としてプールのそれぞれのメンバーに組み込まれたオリゴヌクレオチドプールを用いて（例えば、いくつかの実施形態において、プールメンバーのランダム化領域がその中に組み込まれたＣｐＧモチーフを有する固定領域を含む）、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して特定の非ＣｐＧ標的、好ましくは標的に対するアプタマーを得ること、およびＣｐＧモチーフを含むアプタマーを特定することを含む。この群の第２の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して特定の非ＣｐＧ標的を得ること、および選択後に、ＣｐＧモチーフを５’および／または３’末端に付加するか、あるいはＣｐＧモチーフをアプタマーの領域、好ましくは非必須領域に組み込むことを含む。この群の第３の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して特定の非ＣｐＧ標的に対するアプタマーを得ることであり、プールの合成中に、プールのそれぞれのメンバーのランダム化領域がＣｐＧモチーフ中で濃縮されるように１つ以上のヌクレオチド付加ステップにおいて様々なヌクレオチドのモル比を偏らせること、およびＣｐＧモチーフを含むアプタマーを特定することを含む。この群の第４の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して特定の非ＣｐＧ標的に対するアプタマーを得ること、およびＣｐＧモチーフを含むアプタマーを特定することを含む。この群の第５の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して特定の非ＣｐＧ標的に対するアプタマーを得ること、および結合時に免疫応答を刺激するがＣｐＧモチーフを含まないアプタマーを特定することを含む。
第２群において、戦略は、ＣｐＧモチーフ（例えば、ＴＬＲ９または他のｔｏｌｌ様の受容体）の受容体により結合され、結合時に免疫応答を刺激するＣｐＧモチーフおよび／または他の配列を含むアプタマーを特定もしくは生成することを対象とする。この群の第１の戦略は、ＣｐＧモチーフが固定領域または固定領域の一部としてプールのそれぞれのメンバーに組み込まれたオリゴヌクレオチドプールを用いて（例えば、いくつかの実施形態において、プールメンバーのランダム化領域がその中に組み込まれたＣｐＧモチーフを有する固定領域を含む）、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して、ＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列に結合し、結合時に免疫応答を刺激することで既知の標的に対するアプタマーを得ること、およびＣｐＧモチーフを含むアプタマーを特定することを含む。この群の第２の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して、ＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列に結合し、結合時に免疫応答を刺激することで既知の標的に対するアプタマーを得ること、およびＣｐＧモチーフを５’および／または３’末端に付加するか、あるいはＣｐＧモチーフをアプタマーの領域、好ましくは非必須領域に組み込むことを含む。この群の第３の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して、ＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列に結合し、結合時に免疫応答を刺激することで既知の標的に対するアプタマーを得ることであり、プールの合成中に、プールのそれぞれのメンバーのランダム化領域がＣｐＧモチーフ中で濃縮されるように１つ以上のヌクレオチド付加ステップにおいて様々なヌクレオチドのモル比を偏らせること、およびＣｐＧモチーフを含むアプタマーを特定することを含む。この群の第４の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行して、ＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列に結合し、結合時に免疫応答を刺激することで既知の標的に対するアプタマーを得ること、およびＣｐＧモチーフを含むアプタマーを特定することを含む。この群の第５の戦略は、ＳＥＬＥＸ（商標）を実行してＣｐＧモチーフまたは他の免疫刺激配列に結合することで既知の標的に対するアプタマーを得ること、および結合時に免疫応答を刺激するがＣｐＧモチーフを含まないアプタマーを特定することを含む。
薬物動態の調節およびアプタマー治療の体内分布
アプタマーを含む全てのオリゴヌクレオチドに基づく治療の薬物動態学的性質を所望の薬学的適用に一致させることが重要である。アプタマーは、器官および組織を標的化するよう分布され、所望の投与計画と一致した期間、体内に留まる（未修飾）ことが可能であるはずである。
本発明は、アプタマー組成物の薬物動態、具体的には、アプタマー薬物動態を調整する能力に影響を及ぼす物質および方法を提供する。アプタマー薬物動態の調整性（すなわち、調節する能力）は、アプタマーへの修飾部分（例えばＰＥＧポリマー）の共役および／あるいは修飾ヌクレオチド（例えば、２’−フルオロもしくは２’−Ｏ−メチル）または修飾ヌクレオチド間連結の組み込みを介して達成され、アプタマーの化学組成物を変化させる。アプタマー薬物動態を調整する能力は、既存の治療適用の改善において、またはあるいは新規の治療適用の改善において用いられる。例えば、いくつかの治療適用において、例えば、迅速な薬物クリアランスまたは薬物遮断が所望される場合もある抗新生物または緊急の医療環境では、抗新生物又は緊急の医療環境において、循環中のアプタマーの滞留時間を減少させることが望ましい。あるいは、他の治療適用において、例えば、治療薬の体循環が所望される維持療法では、アプタマーの滞留時間を増加させることが望ましい。
加えて、アプタマー薬物動態の調整性は、対象におけるその治療目的に一致させるよう、アプタマーの体内動態、例えば、吸収、分布、代謝、および排泄（ＡＤＭＥ）を補正するために用いられる。アプタマーの薬物動態の調整性は、アプタマーの吸収の様式および程度、体の流体および組織にわたるアプタマーの分布、アプタマーおよびその代謝産物の連続的な代謝的変換、ならびに最終的にアプタマーおよびその代謝産物の排泄に影響を及ぼし得る。例えば、いくつかの治療適用において、特定の種類の組織または特定の器官（もしくは一連の器官）を標的化する目的でアプタマー治療薬の体内分布を変化させること、あるいは特定の細胞型に進入する傾向を増加させることが望ましくあり得る。これらの適用において、アプタマー治療薬は、特定の組織および／または器官内で優先的に分布し、そこに蓄積して、治療効果を引き起こす。他の治療適用において、アプタマー治療薬が罹患組織中に優先的に蓄積するように、細胞のマーカーまたは所与の疾患、細胞傷害、もしくは他の異常な病状に関連する症状を示す組織を標的化することが望ましくあり得る。例えば、アプタマー治療薬のＰＥＧ化（例えば、２０ｋＤａ ＰＥＧポリマーもしくは他のポリマーまたは共役構成要素でのＰＥＧ化）は、ＰＥＧ化アプタマー治療薬が炎症組織中に優先的に蓄積するように、炎症組織を標的化するために用いられる。
アプタマー治療薬の薬物動態学的特性（例えば、修飾ヌクレオチド等のアプタマー共役体または変化した化学的性質を有するアプタマー）を決定するために、正常な対象、例えば、試験動物もしくはヒト、あるいは罹患対象、例えば、凝固亢進もしくは凝固低下の動物モデル等のＴＦＰＩ特異的動物モデルまたは凝固欠乏を有するヒトにおいて、多種多様のパラメーターが試験される。そのようなパラメーターには、例えば、分布または排泄半減期（ｔ１／２）、血漿クリアランス（ＣＬ）、分布容積（Ｖｓｓ）、濃度時間曲線下面積濃度（ＡＵＣ）、観察された最大血清または血漿濃度（Ｃｍａｘ）、およびアプタマー組成物の平均滞留時間（ＭＲＴ）が含まれる。本明細書で使用される「ＡＵＣ」という用語は、アプタマー投与後のアプタマー治療薬の時間に対する血漿濃度曲線下面積を指す。ＡＵＣ値は、アプタマーの曝露を推定するために用いられ、例えば、皮下投与等の血管外経路での投与後にアプタマーの生物学的利用能を決定するためにも用いられる。生物学的利用能は、静脈内投与後に得られたＡＵＣに対する皮下投与後に得られたＡＵＣの比率を求め、それらを各投与後に用いられる用量に基準化すること（すなわち、同一の用量または基準化された用量で静脈内投与により投与された同一のアプタマーと比較した、皮下投与後に投与されたアプタマーのパーセント比）により決定される。ＣＬ値は、体循環からの親アプタマー治療薬の除去の測定である。分布容積（Ｖｄ）は、その血漿濃度に対する一時期の体内のアプタマーの量に関係する用語である。Ｖｄは、どの程度薬物が血漿から除去され、組織および／または器官に分布されるかを決定するために用いられる。より大きなＶｄは、広範な分布、大規模な組織結合、または広範な分布および大規模な組織結合の両方を意味する。３つの基本的な分布容積：（ｉ）濃度時間曲線の戻し外挿から得られたゼロ時間での分布の見かけ容積または最初の容積、（ｉｉ）分布が完了した時点でＶｄｓｓに近似させて計算される容積であり、面積量が排泄動態によって決まる、容積、および（ｉｉｉ）分布が完了した時点で計算される容積がある。パラメーターが排泄動態とは無関係であるため、理想的には測定されるはずであるこのパラメーターはＶｄｓｓである。アプタマーのＶｓｓが血液量よりも大きい場合、アプタマーが体循環の外側に分布され、組織または器官中で見つけられる可能性が高いことを示唆する。薬力学的パラメーターを、薬物特性を評価するために用いることもできる。
アプタマー治療薬（例えば、修飾ヌクレオチド等のアプタマー共役体もしくは変化した化学的性質を有するアプタマー）の分布を決定するために、正常な動物または罹患した標的特異性動物モデルに投与される放射標識したアプタマーを用いた組織分布の研究または量的全身オートラジオグラフィーが用いられる。特定の部位における放射標識したアプタマーの蓄積を定量化することができる。
安定化アプタマー等の本明細書に記載のアプタマーの薬物動態および体内分布を、小分子、ペプチド、もしくはポリマー等を含むが、それらに限定されない調節部分にアプタマーを共役させることにより、または修飾ヌクレオチドをアプタマーに組み込むことにより、制御された様式で調節することができる。修飾部分の共役および／またはヌクレオチド化学組成物の改変は、循環中のアプタマー滞留時間ならびに組織および細胞での分布の基本的な態様を変化させる。
ヌクレアーゼによる代謝に加えて、オリゴヌクレオチド治療薬は、腎臓濾過による排泄を受けやすい。そのため、静脈内投与されるヌクレアーゼに耐性を示すオリゴヌクレオチドは、典型的には、濾過を阻止することができない場合、３０分未満のインビボ半減期を示す。これを、血流から組織内への急速な分布を促進すること、またはオリゴヌクレオチドの見かけ分子量を糸球体の有効なカットオフサイズを超えて増大させることのいずれかにより達成することができる。以下に説明されるように、ＰＥＧポリマーへの小分子量治療薬の共役（ＰＥＧ化）は、循環中のアプタマーの滞留時間を劇的に延長し、それにより、投薬頻度を減少させ、血管標的に対する有効性を増大させることができる。
修飾ヌクレオチドを、アプタマーの血漿クリアランスを調節するために用いることもできる。例えば、インビトロおよびインビボで高度のヌクレアーゼ耐性を示すため現世代のアプタマーの典型である、例えば、２’−フルオロ、２’−ＯＭｅ、および／またはホスホロチオエート安定化化学的性質を組み込む非共役アプタマーは、未修飾アプタマーと比較した時に、組織、主に肝臓および腎臓内への急速な分布を示す。
ＰＡＧ誘導体化核酸
上で説明され、図１１に示されるように、高分子量の非免疫原性ポリマーでの核酸の誘導体化は、それらをより有効および／または安全な治療薬にする、核酸の薬物動態学的性質および薬力学的性質を変化させる生成能を有する。活性における好ましい変化は、ヌクレアーゼによる分解に対する耐性の増加、腎臓濾過の低下、免疫系に対する曝露の減少、および体内の治療薬の分布の変化を含み得る。
本発明のアプタマー組成物を、１つ以上のポリアルキレングリコール（「ＰＡＧ」）部分で誘導体化することができる。本発明で用いられる典型的なポリマーは、ポリエチレンオキシド（「ＰＥＯ」）としても既知のポリエチレングリコール（「ＰＥＧ」）およびポリプロピレングリコール（ポリイソプロピレングリコールを含む）を含む。さらに、異なるアルキレンオキシドのランダムまたはブロックコポリマーを多数の適用において用いることができる。一般的な形態において、ＰＥＧ等のポリアルキレングリコールは、各末端で終了するヒドロキシル基を有する線状ポリマー、すなわち、ＨＯ−ＣＨ２ＣＨ２Ｏ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−ＯＨである。このポリマー、アルファ−、オメガ−ジヒドロキシルポリエチレングリコールをＨＯ−ＰＥＧ−ＯＨで表すこともでき、−ＰＥＧ−の記号は、以下の構造単位：−ＣＨ２ＣＨ２Ｏ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−を表すことが理解され、式中、ｎは、典型的には４〜１０，０００に及ぶ。
治療指標に好適なＰＡＧポリマーは、典型的には、水および多数の有機溶媒溶解性、毒性の欠如、ならびに免疫原性の欠如の性質を有する。ＰＡＧの一用途は、ポリマーを不溶性分子に共有結合し、得られたＰＡＧ−分子「共役体」を可溶性にすることである。例えば、非水溶性薬物パクリタキセルは、ＰＥＧにカップリングする時に水溶性になることが示された。Ｇｒｅｅｎｗａｌｄ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，６０：３３１−３３６（１９９５）。ＰＡＧ共役体は、溶解性および安定性を強化するのみならず、体内の分子の血液循環半減期ならびに後に分布を延長するために用いられることが多い。
本発明のアプタマーに共役されるＰＡＧ誘導体化化合物は、典型的には、５〜８０ｋＤａの大きさであるが、任意の大きさを用いることができ、選択はアプタマーおよび適用によって決まる。本発明の他のＰＡＧ誘導体化化合物は、１０〜８０ｋＤａの大きさである。本発明のさらに他のＰＡＧ誘導体化化合物は、１０〜６０ｋＤａの大きさである。いくつかの実施形態において、本発明の組成物に誘導体化されるＰＡＧ部分は、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００ｋＤａの大きさの範囲の分子量を有するＰＥＧ部分である。いくつかの実施形態において、ＰＥＧは線状ＰＥＧである一方で、他の実施形態において、ＰＥＧは分岐ＰＥＧである。さらに他の実施形態において、ＰＥＧは、図６に示されるように、４０ｋＤａの分岐ＰＥＧである。いくつかの実施形態において、４０ｋＤａの分岐ＰＥＧは、図７に示されるように、アプタマーの５’末端に結合される。
高分子量のＰＥＧ（超１０ｋＤａ）の生成は困難であり、非能率的であり、高価であり得る。高分子量のＰＥＧ核酸共役体を合成するために、より高い分子量の活性化ＰＥＧが生成される。そのような分子を生成するための方法は、線状活性化ＰＥＧの形成、またはそこで２つ以上のＰＥＧが活性化基を担持する中核に結合される分岐活性化ＰＥＧの形成を含む。これらのより高い分子量のＰＥＧ分子の末端部分、すなわち、比較的非反応性ヒドロキシル（−ＯＨ）部分を、化合物上の反応部位での他の化合物へのＰＥＧのうちの１つ以上の結合のために活性化するか、あるいは官能基に変換することができる。分岐活性化ＰＥＧは、３つ以上の終点を有し、２つ以上の終点が活性化された場合、そのようなより高い分子量の活性化ＰＥＧ分子は、本明細書で多活性化ＰＥＧと称される。いくつかの場合において、分岐ＰＥＧ分子中の全ての終点が活性化されるわけではない。分岐ＰＥＧ分子の任意の２つの終点が活性化される場合、そのようなＰＥＧ分子は、二活性化ＰＥＧと称される。分岐ＰＥＧ分子中の１つの末端のみが活性化される場合、そのようなＰＥＧ分子は、単活性化と称される。他の場合において、線状ＰＥＧ分子は、二官能性であり、「ＰＥＧジオール」と称されることもある。ＰＥＧ分子の末端部分は、化合物上の反応部位での他の化合物へのＰＥＧの結合のために活性化するか、あるいは官能基に変換することができる、比較的非反応性ヒドロキシル部分、−ＯＨ基である。そのような活性化されたＰＥＧジオールは、本明細書で同一二活性化ＰＥＧと称される。分子は、多種多様の当技術分野で認識される技術のいずれかを用いて生成される。先に説明された方法のうちの１つを用いてＰＥＧを活性化することに加えて、ＰＥＧ分子の末端アルコール官能性の１つまたは両方を、核酸への異なる種類の共役を可能にするよう改変することができる。例えば、末端アルコール官能性のうちの１つをアミンまたはチオールに変換することは、尿素およびチオウレタン共役体へのアクセスを可能にする。他の官能性は、例えば、マレイミドおよびアルデヒドを含む。
多数の適用において、ＰＥＧ分子が単官能性である（または単活性化される）ように、１つの末端上のＰＥＧ分子を本質的に非反応性部分でキャッピングすることが望ましい。概して、活性化ＰＥＧに対して複数の反応部位を示すタンパク質治療の場合、同一二官能性活性化ＰＥＧは、大規模な架橋結合をもたらし、官能性に乏しい凝集体を産出する。単活性化ＰＥＧを生成するために、ＰＥＧジオール分子の末端上の１つのヒドロキシル部分は、典型的には、非反応性メトキシ末端部分、−ＯＣＨ３で置換される。この実施形態において、ポリマーを、ＭｅＯ−ＣＨ２ＣＨ２Ｏ−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−ＣＨ２ＣＨ２−ＯＨで表すことができ、一般的に「ｍＰＥＧ」と称され、式中、ｎは、典型的には４〜１０，０００に及ぶ。
他方のＰＥＧ分子のキャッピングされていない末端は、典型的には、表面上の反応部位またはタンパク質、ペプチド、もしくはオリゴヌクレオチド等の分子での結合のために活性化することができる反応末端部分に変換される。
いくつかの事例において、異なる二官能性ＰＥＧ試薬を生成することが望ましく、ＰＥＧ分子の末端がＮ−ヒドロキシスクシンイミドまたはニトロフェニルカーボネート等の反応基を有する一方で、反対側の末端は、マレイミドまたは他の活性化基を含有する。これらの実施形態において、２つの異なる官能性、例えば、アミンおよびチオールを、異なる時期に活性化ＰＥＧ試薬に共役することができる。
医薬組成物
本発明は、ＴＦＰＩに結合するアプタマーを含む医薬組成物も含む。いくつかの実施形態において、組成物は、単独で、もしくは１つ以上の薬学的に許容される担体または希釈剤との組み合わせで、治療有効量の薬理学的に活性なＴＦＰＩアプタマーまたはその薬学的に許容される塩を含む。
組成物は、１つ以上のＴＦＰＩアプタマーを含み得る。例えば、組成物は、ＡＲＣ１９４９９を含み得る。あるいは、組成物は、ＡＲＣ１９８８２を含み得る。あるいは、組成物は、ＡＲＣ１９４９９および別のＴＦＰＩアプタマーを含み得る。組成物が同一のアプタマーであるか、あるいは２つの異なるアプタマーであり得る少なくとも２つのアプタマーを含む実施形態において、アプタマーを、任意でともに繋留するか、またはさもなければカップリングすることができる。好ましくは、組成物は、ＡＲＣ１９４９９単独、または別のＴＦＰＩアプタマーと組み合わせたＡＲＣ１９４９９のいずれかを含む。あるいは、組成物は、別の作用物質と組み合わせたＴＦＰＩアプタマーを含む。好ましくは、組成物は、別の作用物質と組み合わせたＡＲＣ１９４９９を含む。
本明細書で使用される「薬学的に許容される塩」という用語は、使用条件下で非毒性である対イオンで調製され、安定した製剤と互換性がある活性化合物の塩形態を指す。ＴＦＰＩアプタマーの薬学的に許容される塩の例として、塩酸塩、硫酸塩、リン酸塩、酢酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、および酒石酸塩が挙げられる。
本明細書で使用される「薬学的に許容される担体」、「薬学的に許容される媒体」、または「薬学的に許容される賦形剤」という用語は、製剤の他の成分と互換性があり、そのレシピエントに対して有害ではないことを意味する。薬学的に許容される担体は、当技術分野で周知である。薬学的に許容される担体の例を、例えば、Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｌｍａｎｓ，Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ｌａｔｅｓｔ ｅｄｉｔｉｏｎで見出すことができる。
医薬組成物は、概して、本治療における治療有効量の活性構成要素、例えば、薬学的に許容される担体または媒体中に溶解もしくは分散される本発明のＴＦＰＩアプタマーを含む。好ましい薬学的に許容される担体の例として、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、およびグルコース溶液が挙げられるが、それらに限定されない。しかしながら、他の薬学的に許容される担体も使用し得ることが企図される。他の薬学的に許容される媒体または担体の例として、任意および全ての溶媒、分散媒、被覆剤、抗菌剤、抗真菌剤、等張遅延剤、および吸収遅延剤等が挙げられる。組成物中で用いることができる薬学的に許容される担体には、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、ヒト血清アルブミン等の血清タンパク質、リン酸塩、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム等の緩衝物質、飽和脂肪酸の部分的グリセリド混合物、水、硫酸プロタミン、リン酸１水素２ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイド状シリカ、三ケイ酸マグネシウム等の塩または電解質、ポリビニルピロリドン、セルロースベースの物質、ポリエチレングリコール、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ポリアクリル酸塩、ワックス、ポリエチレンポリオキシプロピレンブロックポリマー、ポリエチレングリコール、および羊毛脂が含まれるが、それらに限定されない。薬学的に活性な物質へのそのような媒体および作用物質の使用は、当技術分野において周知である。
医薬組成物は、製剤のｐＨ、オスモル濃度、粘度、透明度、色、無菌性、安定性、分解または吸収率を改変または維持するための保存剤、安定剤、湿潤剤、もしくは乳化剤等の薬学的に許容される賦形剤、溶液促進剤、塩、または緩衝液も含有し得る。固体組成物に関して、賦形剤は、医薬品等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリン、滑石、セルロース、グルコース、サッカロース、炭酸マグネシウム等を含む。
医薬組成物は、従来の混合法、造粒法、コーティング法に従って調製され、典型的には、活性構成要素の０．１％〜９９．９％、例えば、０．１％〜７５％、０．１％〜５０％、０．１％〜２５％、０．１％〜１０％、０．１〜５％、好ましくは１％〜５０％を含有する。
医薬組成物の製剤は当業者に既知である。典型的には、そのような組成物を、液体溶液もしくは懸濁液のいずれかの注入物質、注入前の液体中の溶液もしくは懸濁液に好適な固体形態、経口投与用の錠剤または他の固体、徐放性製剤用の徐放性カプセル、あるいは点眼薬、クリーム、ローション、軟膏、吸入薬等を含む現在使用されている任意の他の形態に製剤化することができる。本組成物を、例えば、担体としてポリアルキレングリコールを用いて、坐薬に製剤化することができる。いくつかの実施形態において、坐薬は、脂肪乳剤または懸濁液から調製される。手術野における特定の領域を治療するための外科医、医師、または医療従事者による生理食塩水ベースの洗浄液等の無菌製剤の使用は、特に有用であり得る。
本組成物を、錠剤、カプセル、丸剤、粉末、顆粒、エリキシル剤、チンキ剤、懸濁液、シロップ、および乳剤等の経口剤形に製剤化することができる。例えば、錠剤またはカプセル（例えば、ゼラチンカプセル）の形態での経口投与に関して、活性薬物成分を、エタノール、グリセロール、水等の薬学的に許容される経口用非毒性担体と合わせることができる。さらに、所望されるか、あるいは必要である場合、好適な結合剤、滑剤、崩壊剤、および着色剤を混合物に組み込むこともできる。好適な結合剤には、デンプン、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、デンプン糊、ゼラチン、メチルセルロース、カルボキシルメチルセルロースナトリウムおよび／またはポリビニルピロリドン、グルコースもしくはベータラクトース等の天然糖、コーンシロップ、アカシア、トラガカント、もしくはアルギン酸ナトリウム等の天然および合成粘剤、ポリエチレングリコール、ワックス等が含まれる。これらの剤形に使用される滑剤には、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、シリカ、滑石、ステアリン酸、そのマグネシウムもしくはカルシウム塩、および／またはポリエチレングリコール等が含まれる。崩壊薬には、制限なく、デンプン、メチルセルロース、寒天、ベントナイト、キサンタンガムデンプン、寒天、アルギン酸もしくはそのナトリウム塩、または発泡性混合物等が含まれる。希釈剤には、例えば、ラクトース、ブドウ糖、サッカロース、マンニトール、ソルビトール、セルロース、および／またはグリシンが含まれる。
医薬組成物を、小単層ベシクル、大単層ベシクル、および多層ベシクル等のリポソーム送達システムにおいて製剤化することもできる。リポソームを、コレステロール、ステアリルアミン、またはホスファチジルコリンを含有する多種多様のリン脂質から形成することができる。いくつかの実施形態において、脂質成分の膜は、米国特許第５，２６２，５６４号に説明されるように、薬物の水溶液で水和されて、薬物をカプセル化する脂質層を形成する。例えば、本明細書に記載のアプタマーを、当技術分野で既知の方法を用いて構築される脂溶性化合物または高分子量の非免疫原性化合物との複合体として得ることができる。さらに、リポソームは、細胞毒性薬を内部で標的化および運搬して細胞死滅を媒介するために、それらの表面上にアプタマーを担持し得る。核酸に関連する複合体の例は、米国特許第６，０１１，０２０号に提供される。
本発明の組成物を、標的化可能な薬物担体として可溶性ポリマーとカップリングさせることができる。そのようなポリマーは、ポリビニルピロリドン、ピランコポリマー、ポリヒドロキシプロピルメタクリルアミドフェノール、ポリヒドロキシエチルアスパナミドフェノール、またはパルミトイル残基で置換されたポリエチレンオキシドポリリジンを含み得る。さらに、本発明の組成物を、薬物の制御放出を達成するのに有用な生分解性ポリマーのクラス、例えば、ポリ乳酸、ポリエプシロンカプロラクトン、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリアセタール、ポリジヒドロピラン、ポリシアノアクリレート、およびヒドロゲルの架橋または両親媒性ブロックコポリマーにカップリングさせることができる。
本発明の組成物を、医療デバイスとの併用で使用することもできる。
投与される活性成分の量および組成物の容量は、治療される宿主動物によって決まる。投与に必要とされる正確な量の活性化合物は、施術者の判断によって決まり、それぞれの個人に特有である。
活性化合物を分散するのに必要とされる最小容量の組成物が、典型的には利用される。好適な投与計画を変えることもできるが、初めに化合物を投与し、結果を監視し、次いでさらに制御された用量をさらなる間隔で与えるのが特徴であろう。
投与
本組成物を、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、およびより好ましくはヒトに投与することができる。「患者」および「対象」という用語は、本出願を通して同義に使用され、これらの用語は、ヒトおよび動物対象の両方を含む。
ＴＦＰＩアプタマーがアンタゴニストアプタマーである実施形態において、本明細書で提供されるＴＦＰＩアプタマー組成物は、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害を阻害するか、軽減するか、阻止するか、またはさもなければ調節するのに有効な量で対象に投与される。ＴＦＰＩアプタマー組成物は、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害を、完全にもしくは部分的に阻害するか、軽減するか、阻止するか、またはさもなければ調節し得る。ＴＦＰＩアプタマーは、少なくとも１〜２％の因子補充と同等である血友病血漿に対して、そのアプタマーが、トロンビン生成の増加（例えば、ピークトロンビン、内因性トロンビンポテンシャル、または遅延時間）を引き起こす時に、ＴＦＰＩ活性を阻害するか、またはさもなければ調節すると見なされる。
本組成物を、多数の投与経路で投与することができる。そのような投与経路には、経口経路、経鼻的、経膣的、または経直腸的等の局所経路、ならびに静脈、皮下、皮内、筋肉内、関節内、および髄腔内投与等の非経口経路が含まれるが、それらに限定されない。好適な投与経路を、静脈内投与後の皮下投与等の組み合わせで用いることもできる。しかしながら、投与経路は、担当医により決定される。好ましくは、製剤は、静脈投与される。最も好ましくは、製剤は、皮下投与される。
経口剤形を、錠剤、カプセル、丸剤、粉末、顆粒、エリキシル剤、チンキ剤、懸濁液、シロップ、または乳剤として投与することができる。
局所剤形には、クリーム、軟膏、ローション、経鼻媒体用のエアゾールスプレーおよびゲル、吸入薬、または経皮貼布が含まれる。
非経口剤形には、予充填シリンジ、ならびに前投与に再構成される溶液および凍結乾燥粉末が含まれる。
本発明のアプタマーを利用する用法用量は、患者の種類、種、年齢、体重、性別、および病状を含む多種多様の要因、治療される状態の重症度、投与経路、患者の腎機能および肝機能、ならびに採用される特定のアプタマーまたはその塩に従って選択される。当業医師または獣医は、状態の進行を予防するか、それに対抗するか、あるいは停止させるのに必要とされる薬物の有効量を容易に決定および処方することができる。
医薬組成物を、様々な治療計画を用いて投与することができる。例えば、本組成物を、患者が出血症状に罹患していない時等に、維持療法として、規定された用量で規定された期間投与することができる。あるいは、本組成物を、患者が出血症状に罹患している時等に、要望に応じて、すなわち、必要に応じて投与することができる。さらなる代替実施形態において、本組成物を、維持療法および要望に応じた療法の組み合わせで投与することができる。そのような実施形態において、組成物を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、組成物の投与量を出血が止まるまで必要に応じて増加させ、その時点で、組成物の投与量を以前の維持レベルに減少させて戻す。別のそのような実施形態において、組成物を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、別の出血障害の療法（第ＶＩＩＩ因子等）を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、他の出血障害療法が打ち切られる。この全期間中、組成物を維持療法として投与し続ける。さらに別のそのような実施形態において、組成物を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、組成物の投与量を減少させ、別の出血障害療法（第ＶＩＩＩ因子等）を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、組成物の投与量を以前の維持レベルまで増加させて戻し、他の出血障害療法が打ち切られる。別のそのような実施形態において、別の出血障害療法（第ＶＩＩＩ因子等）を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間を投与することができ、その場合、組成物を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、組成物での治療が打ち切られる。この全期間中、他の出血障害療法を維持療法として投与し続ける。さらに別のそのような実施形態において、別の出血障害療法（ＦＶＩＩＩ等）を、出血が起こるまで、維持療法として規定された用量で規定された期間投与することができ、その場合、他の出血障害療法の投与量を減少させ、組成物を出血が止まるまで患者に投与し、その時点で、他の出血障害療法の投与量を以前の維持レベルに増加させて戻し、組成物での療法が打ち切られる。
適応症
本組成物は、ＴＦＰＩによって媒介される血液凝固の阻害を伴う出血障害の病状の治療を含む、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）によって媒介される病状を治療するか、予防するか、その進行を遅延させるか、あるいは改善するために使用される。治療されるか、予防されるか、遅延されるか、あるいは改善される病状は、血友病Ａ（第ＶＩＩＩ因子欠乏症）、血友病Ｂ（第ＩＸ因子欠乏症）、および血友病Ｃ（第ＸＩ因子欠乏症）を含む、軽度もしくは中程度もしくは重度の先天性または後天性凝固因子欠乏症、阻害剤を有する血友病ＡもしくはＢ、他の因子の欠乏症（Ｖ、ＶＩＩ、Ｘ、ＸＩＩＩ、プロトロンビン、フィブリノーゲン）、α２プラスミン阻害剤の欠乏、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤１の欠乏、複数の因子欠乏、機能的因子異常（例えば、プロトロンビン異常）、足首、肘、および膝を含むが、それらに限定されない関節出血（関節血症）、他の位置（筋肉、胃腸、口等）における特発性出血、出血性卒中、頭蓋内出血、外傷に関連する裂傷および他の出血、急性外傷性凝固障害、癌（例えば、急性前骨髄球性白血病）に関連する凝固障害、フォンビルブランド病、播種性血管内凝固、肝臓疾患、月経過多、血小板減少、ならびに抗凝固剤の使用に関連する出血（例えば、ビタミンＫ拮抗薬、ＦＸａ拮抗薬等）からなる群から選択される。
医薬組成物を、医学的手技の前、間、および／または後に投与することもできる。例えば、医薬組成物を、歯科処置、関節形成術（例えば、人工股関節置換手術）を含むが、それらに限定されない整形外科、外科的または放射性滑膜切除術（ＲＳＶ）、大手術、静脈穿刺、輸血、および切断術により引き起こされる出血に関連した予防法および／または治療等の医学的手技（前、間、および／もしくは後）と併せて投与することができる。
治療上の論理的根拠
作用機序に関する理論に束縛されることを望むことなく、以下の治療上の論理的根拠が、ほんの一例として提供される。
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の阻害剤は、（外因経路としても既知の）組織因子／第ＶＩＩａ因子経路を介してトロンビンの生成を高めることが予想されるであろう。正常な個人において、外因経路の活性化は、トロンビン生成応答を刺激して開始させ、少量の活性化トロンビンをもたらす。開始後、この経路は、ＴＦＰＩの阻害作用により急速に非活性化される。その後のトロンビン生成応答の増殖は、第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）および第ＩＸ因子（ＦＩＸ）を含む内在経路のトロンビン媒介性フィードバック活性化によって決まる。増殖は、十分に多くの量のトロンビンを生成し、安定した血餅の形成を触媒するのに必要である。第ＶＩＩＩ因子（血友病Ａ）または第ＩＸ因子（血友病Ｂ）のいずれかを欠乏する個人は、低下した増殖応答を有する。重度の欠乏（１％未満）を有する個人は、内在経路を介してこれらのタンパク質に依存しているトロンビンを生成することができない。この状態は、十分なトロンビンを生成し、適切な血小板活性化、フィブリン生成、および安定した血栓形成を有することができなくする。しかしながら、これらの個人は、無傷の外因経路を有する。ＴＦＰＩの阻害は、開始応答の継続を許容し、増殖が外因経路を介して起こることを可能にし、十分なトロンビン生成を許容して、欠乏した内在経路を部分的または完全に置換し、ゆえに出血危険性を軽減し得る。出血増加の危険性も有するこれらの因子を軽度または中程度に欠乏する個人は、ＴＦＰＩ阻害により引き起こされる血液凝固の増加から恩恵を受ける場合もある。加えて、外傷等の他の理由で出血している正常な内因および外因経路を有する患者において、ＴＦＰＩ阻害は、出血を制御し得る止血刺激を提供することができる。他の凝固因子の欠乏、血小板欠乏、および出血に関連する血管障害を有する患者は、ＴＦＰＩを阻害するであろう治療から恩恵を受ける場合もある。
併用療法
本発明の一実施形態は、凝固カスケード調節分子の他の凝固促進因子または他の阻害剤等の出血性疾患もしくは障害の１つ以上の他の治療との併用で使用され、るＴＦＰＩアプタマーもしくはその塩または医薬組成物を含む。医薬組成物を、活性化プロトロンビン複合体濃縮製剤（ＡＰＣＣ）、第ＶＩＩＩ因子インヒビターバイパス複合体製剤（ＦＥＩＢＡ（登録商標））、組換え第ＶＩＩａ因子（例えば、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標））、組換え第ＶＩＩＩ因子（Ａｄｖａｔｅ（登録商標）、Ｋｏｇｅｎａｔｅ（登録商標）、Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｅ（登録商標）、Ｈｅｌｉｘａｔｅ（登録商標）、ＲｅＦａｃｔｏ（登録商標））、血漿由来第ＶＩＩＩ因子（Ｈｕｍａｔｅ Ｐ（登録商標）、Ｈｅｍｏｆｉｌ Ｍ（登録商標））、組換え第ＩＸ因子（ＢｅｎｅＦＩＸ（登録商標））、血漿由来第ＩＸ因子（Ｂｅｂｕｌｉｎ ＶＨ（登録商標）、Ｋｏｎｙｎｅ（登録商標）、Ｍｏｎｏｎｉｎｅ（登録商標））、寒冷沈降物、酢酸デスモプレシン（ＤＤＡＶＰ）、イプシロンアミノカプロン酸、またはトラネキサム酸等の別の薬物との併用で投与することもできる。あるいは、医薬組成物を、血液もしくは血液製剤の輸血、血漿フェレーシス、高用量の置換因子での免疫寛容導入療法、免疫抑制剤（例えば、プレドニゾン、リツキシマブ）での免疫寛容療法、または疼痛治療等の別の療法との併用で投与することができる。概して、既知の治療薬の現在利用可能な剤形およびそのような組み合わせで用いる非薬物療法の使用が好適である。
「併用療法」（または「共治療」）は、ＴＦＰＩアプタマー、およびこれらの治療薬もしくは治療の共作用から有益な効果を提供するよう意図される特定の治療計画の一環として少なくとも第２の作用物質または治療の投与を含む。併用療法の有益な効果には、治療薬または治療の併用に由来する薬物動態学的もしくは薬力学的共作用が含まれるが、それらに限定されない。併用療法におけるこれらの治療薬または治療の投与は、典型的には、規定された期間（選択される併用に応じて、通常、数分、数時間、数日間、または数週間）にわたって実行される。
併用療法は、本発明の併用を付随的および任意にもたらす別個の単剤治療計画の一環として、これらの治療薬または治療のうちの２つ以上の投与を包含するよう意図される場合もあるが、一般的には意図されない。併用療法は、順次様式で治療薬または治療の投与を包含するよう意図される。すなわち、これらの治療薬もしくは治療の投与、または治療薬もしくは治療のうちの少なくとも２つの投与と同様に、それぞれの治療薬もしくは治療は、実質的に同時に起こる様式で異なる時間に投与される。実質上同時投与を、例えば、対象に、各治療薬の一定した比率を有する単回注入薬、または治療薬のそれぞれの複数回の単回注入薬を投与することにより達成することができる。
各治療薬または治療の順次投与または実質上同時投与を、局所経路、経口経路、静脈経路、皮下経路、筋肉内経路、および粘膜組織を通る直接吸収を含むが、それらに限定されない任意の適切な経路により達成することができる。治療薬もしくは治療を、同一の経路または異なる経路で投与することができる。例えば、選択される併用療法の第１の治療薬または治療を、注入により投与することができる一方で、併用療法の他の治療薬または治療を、皮下投与することができる。あるいは、例えば、全ての治療薬または治療を、皮下投与することができるか、あるいは全ての治療薬または治療を、注入により投与することができる。治療薬または治療が投与される順序は、別途留意されない限り重要ではない。
併用療法は、他の生物学的に活性な成分とのさらなる併用で、上述の治療薬または治療の投与を包含することもできる。併用療法が非薬物療法を含む場合、治療薬および非薬物療法の併用の共作用から有益な効果が得られる限り、その非薬物療法を、任意の好適な時間で行うことができる。例えば、適切な場合において、非薬物療法が、恐らく数日あるいは数週間、治療薬の投与から時間的に除去される場合にも依然として有益な効果が得られる。
拮抗薬
本発明はさらに、本明細書で「ＴＦＰＩ拮抗薬」と称される、ＴＦＰＩアプタマーの影響を逆転させる作用物質に関する。本作用物質は、タンパク質、抗体、小分子有機化合物、またはオリゴヌクレオチド等の任意の種類の分子であり得る。
好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、１０〜１５個のヌクレオチド長の核酸である。しかしながら、拮抗薬の長さには制限はない。
好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、ＴＦＰＩアプタマーに結合する。ＴＦＰＩ拮抗薬は、全長ＴＦＰＩアプタマーまたはその画分に結合し得る。そのような結合は、イオン相互作用、共有結合、相補的塩基対合、水素結合、または任意の他の種類の化学結合を介し得る。好ましくは、そのような結合は、相補的塩基対合を介する。理論に束縛されることを望むことなく、ＴＦＰＩ拮抗薬は、ＴＦＰＩアプタマーとのハイブリッド形成により作用し、それにより、ＴＦＰＩアプタマーの二次および三次構造を破壊し、ＴＦＰＩへのＴＦＰＩアプタマーの結合を予防する。ＴＦＰＩへのＴＦＰＩアプタマーの結合を予防することにより、結合相互作用の効果、例えば、治療効果、および／または分子経路の刺激もしくは阻害を調節することができ、結合相互作用および関連する影響の程度を制御する手段を提供する。
ＴＦＰＩ拮抗薬は、リボ核酸、デオキシリボ核酸、またはリボ核酸およびデオキシリボ核酸の混合物であり得る。好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、単鎖である。好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、全ての２’−Ｏメチル残基および３’−逆位のデオキシチミジンを含む。しかしながら、ＴＦＰＩ拮抗薬は、アプタマー上で見出すことができる任意の他の３’もしくは５’修飾とともに、修飾されたか、あるいは修飾されていない任意のヌクレオチドを含有し得る。
ＴＦＰＩ拮抗薬の例として、ＡＲＣ２３０８５である配列番号１６、ＡＲＣ２３０８７である配列番号１５、ＡＲＣ２３０８８である配列番号１７、およびＡＲＣ２３０８９である配列番号１８が挙げられるが、それらに限定されない。
好ましくは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＡ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＣ−ｍＣ（配列番号１５）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、（当技術分野において２’−ＯＭｅ、２’−メトキシ、または２’−ＯＣＨ３含有残基としても既知の）２’−Ｏメチル含有残基である。
あるいは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＡ（配列番号１６）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、２’−Ｏメチル含有残基である。
あるいは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＣ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＣ（配列番号１７）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、２’−Ｏメチル含有残基である。
あるいは、ＴＦＰＩ拮抗薬は、以下に示される構造：
ｍＣ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＣ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＣ−ｍＣ−ｍＡ−ｍＡ（配列番号１８）を含む核酸であり、式中、「ｍＮ」は、２’−Ｏメチル含有残基である。
ＡＲＣ２３０８５の化学名は、２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリルである。
ＡＲＣ２３０８７の化学名は、２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリルである。
ＡＲＣ２３０８８の化学名は、２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリルである。
ＡＲＣ２３０８９の化学名は、２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−ウラシリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−グアニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−シチジリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリル−（３’→５’）−２’−ＯＭｅ−アデニリルである。
本発明は、配列番号１５、１６、１７、または１８のうちのいずれか１つに対して７０％以上の同一性を有するＴＦＰＩ拮抗薬も含む。例えば、ＴＦＰＩ拮抗薬は、配列番号１５、１６、１７、または１８のうちの１つに対して７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００％の同一性を有し得る。
本発明は、ＴＦＰＩアプタマーに結合するＴＦＰＩ拮抗薬を含有する医薬組成物も含む。いくつかの実施形態において、本組成物は、単独で、または１つ以上の薬学的に許容される担体との組み合わせで、有効量の薬理学的に活性ＴＦＰＩ拮抗薬またはその薬学的に許容される塩を含む。本組成物は、１つ以上の異なるＴＦＰＩ拮抗薬を含有し得る。ＴＦＰＩ拮抗薬は、ＴＦＰＩアプタマーの治療効果を逆転させるのに有効な量で対象に投与される。本組成物を、例えば、局所的、経鼻的、または非経口的等の多数の投与経路により投与することができる。ＴＦＰＩ拮抗薬の用法用量は、患者の種類、種、年齢、体重、性別、および病状を含む多種多様の要因、治療される状態の重症度、投与経路、患者の腎機能および肝機能、患者を治療するのに用いられるＴＦＰＩアプタマーの量、ならびに採用される特定のＴＦＰＩ拮抗薬またはその塩によって決まる。当業医師または獣医は、ＴＦＰＩアプタマーの治療効果を逆転させるのに必要とされるＴＦＰＩ拮抗薬の有効量を容易に決定および処方することができる。
本発明はさらに、ＴＦＰＩアプタマーの止血活性を中和させる作用物質を含む。そのような作用物質は、ＴＦＰＩに結合し、そのＴＦＰＩアプタマーによる阻害を予防し得るか、あるいは作用物質は、ＴＦＰＩアプタマーの止血活性に対応する様式で、下流の凝固因子（例えば、ＦＸａまたはトロンビン）を阻害し得る。そのような作用物質は、未分画ヘパリンまたは低分子量ヘパリン等の抗凝固剤を含み得るが、それらに限定されない。Ｗｅｓｓｅｌｓｃｈｍｉｄｔによる研究（Ｗｅｓｓｅｌｓｃｈｍｉｄｔ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ ｆｏｒ ｔｉｓｓｕｅ ｆａｃｔｏｒ ｐａｔｈｗａｙ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｗｉｔｈ ｆａｃｔｏｒ Ｘａ ａｎｄ ｈｅｐａｒｉｎ”，Ｂｌｏｏｄ Ｃｏａｇｕｌ Ｆｉｂｒｉｎｏｌｙｓｉｓ，ｖｏｌ．４，ｐｐ．６６１−６６９（１９９３））は、ヘパリンが、Ｋ３およびＣ末端ドメインとの相互作用を介してＴＦＰＩに結合し、ＴＦＰＩに結合するＴＦＰＩアプタマーの能力を直接的または間接的のいずれかで妨害し得ることを示す。さらに、同一の研究において、ヘパリン結合は、ＴＦＰＩのＦＸａ阻害活性を促進し、ＴＦＰＩアプタマーの止血活性にさらに対抗する傾向があることが観察された。最終的に、ヘパリンは、抗トロンビン依存的機構を介してトロンビン、Ｆｘａ、および他の凝固因子を阻害することで周知である。これらの活性は、トロンビン生成および血栓形成を刺激するＴＦＰＩアプタマーの能力を中和させる場合もある。ＴＦＰＩアプタマーの止血効果が血栓症を引き起こす事象において、これらの作用物質のうちの１つを投与して、その進行を停止させることができる。当業医師もしくは獣医は、ＴＦＰＩアプタマーの止血効果を逆転させるのに必要とされる抗凝固または他の中和剤の有効量を容易に決定および処方することができる。
キット
医薬組成物を、キット内に包装することもできる。本キットは、ＴＦＰＩアプタマーの投与に関する取扱説明書とともに組成物を含む。本キットは、以下：シリンジもしくは予充填黒シリンジ、点滴用袋もしくは瓶、バイアル、異なる剤形の同一のＴＦＰＩアプタマー、または別のＴＦＰＩアプタマーのうちの１つ以上も含み得る。例えば、本キットは、本発明のＴＦＰＩアプタマーの静脈内投与製剤および皮下投与製剤の両方を含み得る。あるいは、本キットは、凍結乾燥したＴＦＰＩアプタマーおよび生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水の点滴用袋を含み得る。本キットの形態は、別個の成分が異なる剤形で投与される（すなわち、非経口および経口）はずである時、または異なる投与間隔で投与される時に、特に有益である。本キットはさらに、拮抗薬の投与に関する取扱説明書とともにＴＦＰＩ拮抗薬を含み得る。本キットは、ＴＦＰＩ拮抗薬の静脈内投与製剤および皮下投与製剤の両方を含有し得る。あるいは、本キットは、凍結乾燥したＴＦＰＩ拮抗薬および溶液の点滴用袋を含有し得る。
好ましくは、キットは、５±３℃で保存される。本キットは、室温で保存するか、あるいは−２０℃で凍結することができる。
ＴＦＰＩの調節
本発明は、分子がＴＦＰＩの１つ以上の部分に結合するか、またはさもなければそれと相互作用する、ＴＦＰＩを調節するための方法も提供し、少なくとも一部は、Ｋ３／Ｃ末端領域等のＴＦＰＩのＫ１およびＫ２ドメインの外側である。分子は、例えば、小分子有機化合物、抗体、タンパク質もしくはペプチド、核酸、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、またはそれらの任意の組み合わせ等の任意の種類の分子であり得る。好ましくは、分子は、小分子有機化合物である。より好ましくは、分子は、抗体である。最も好ましくは、分子は、アプタマーである。例えば、分子は、ＴＦＰＩの直線部分または等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用し得る。分子が、ペプチド結合により連結されるアミノ酸残基の連続的ストレッチに結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、その分子は、ＴＦＰＩの直線部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。分子が、ポリペプチド鎖の二次および／または三次構造を折り畳むことにより、またはそれらの他の態様によりまとめられる非連続的なアミノ酸残基に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する時に、その分子は、ＴＦＰＩの等角部分に結合するか、あるいはさもなければそれと相互作用する。好ましくは、分子は、アミノ酸１４８〜１７０、アミノ酸１５０〜１７０、アミノ酸１５５〜１７５、アミノ酸１６０〜１８０、アミノ酸１６５〜１８５、アミノ酸１７０〜１９０、アミノ酸１７５〜１９５、アミノ酸１８０〜２００、アミノ酸１８５〜２０５、アミノ酸１９０〜２１０、アミノ酸１９５〜２１５、アミノ酸２００〜２２０、アミノ酸２０５〜２２５、アミノ酸２１０〜２３０、アミノ酸２１５〜２３５、アミノ酸２２０〜２４０、アミノ酸２２５〜２４５、アミノ酸２３０〜２５０、アミノ酸２３５〜２５５、アミノ酸２４０〜２６０、アミノ酸２４５〜２６５、アミノ酸２５０〜２７０、アミノ酸２５５〜２７５、アミノ酸２６０〜２７６、アミノ酸１４８〜１７５、アミノ酸１５０〜１７５、アミノ酸１５０〜１８０、アミノ酸１５０〜１８５、アミノ酸１５０〜１９０、アミノ酸１５０〜１９５、アミノ酸１５０〜２００、アミノ酸１５０〜２０５、アミノ酸１５０〜２１０、アミノ酸１５０〜２１５、アミノ酸１５０〜２２０、アミノ酸１５０〜２２５、アミノ酸１５０〜２３０、アミノ酸１５０〜２３５、アミノ酸１５０〜２４０、アミノ酸１５０〜２４５、アミノ酸１５０〜２５０、アミノ酸１５０〜２５５、アミノ酸１５０〜２６０、アミノ酸１５０〜２６５、アミノ酸１５０〜２７０、アミノ酸１５０〜２７５、アミノ酸１５０〜２７６、アミノ酸１９０〜２４０、アミノ酸１９０〜２７６、アミノ酸２４０〜２７６、アミノ酸２４２〜２７６、アミノ酸１６１〜１８１、アミノ酸１６２〜１８１、アミノ酸１８２〜２４０、アミノ酸１８２〜２４１、およびアミノ酸１８２〜２７６からなる群から選択される成熟ＴＦＰＩ（例えば、図３Ａ）の１つ以上の部分に少なくともある程度結合する。分子は、好ましくは、１００μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、好ましくは５０ｎＭ以下、好ましくは２５ｎＭ以下、好ましくは１０ｎＭ以下、好ましくは５ｎＭ以下、より好ましくは３ｎＭ以下、さらにより好ましくは１ｎＭ以下、および最も好ましくは５００ｐＭ以下のヒトＴＦＰＩまたはその変形に対する解離定数を含む。
その精神および範囲から逸脱することなく、当業者に明らかであるように、本発明において多数の修正および変形が行うことができる。本明細書に記載の特定の実施形態は、ほんの一例として提供されており、本発明は、そのような特許請求の範囲が付与される同等物の全範囲に加えて、添付の特許請求の範囲の用語によってのみ制限される。
本明細書で引用される全ての出版物および特許文書は、そのような出版物および文書それぞれが、参照により本明細書に組み込まれることを具体的かつ個別に示されるのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。出版物および特許文書の引用は、いずれも関連のある先行技術であると認めるものではなく、その内容または日付に関して承認するものでもない。本発明を書面による記述で説明してきたが、当業者は、本発明を多種多様の実施形態において実践することができ、前述の説明および以下の実施例は、図解目的であって、以下に続く特許請求の範囲を制限しないことを認識する。
実施例において、以下のＴＦＰＩアプタマーのうちの１つ以上を用いて、様々な実験を行った。ＡＲＣ２６８３５は、配列番号１に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１７４８０は、配列番号２に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１９４９８は、配列番号３に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１９４９９は、配列番号４に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１９５００は、配列番号５に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１９５０１は、配列番号６に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ２６８３５は、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、およびＡＲＣ１９５０１のぞれぞれのコアアプタマー配列である。ＡＲＣ３１３０１は、配列番号７に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１８５４６は、配列番号８に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１９８８１は、配列番号９に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ１９８８２は、配列番号１０に説明されるアプタマーである。ＡＲＣ３１３０１は、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２のぞれぞれのコアアプタマー配列である。
実施例１
本実施例は、どのようにＡＲＣ１９４９９が生成されたかを実証する。
インビトロ選択実験を、それぞれ、ｄＣ、ｍＡ、ｍＧ、およびｍＵ残基を含有した修飾オリゴヌクレオチド分子のプール、ならびにＡｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ（カタログ番号４５００ＰＣ、Ｓｔａｍｆｏｒｄ，ＣＴ）から入手した組換えヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）を用いて実行した。ＴＦＰＩに結合するための選択の反復ラウンド、続いて増幅ラウンドを実行して、ＡＲＣ１４９４３、ＡＲＣ１９４９９への８４個のヌクレオチド長の前駆物質を生成した。ＡＲＣ１４９４３を、コンピューターによる折り畳み予測プログラムおよび系統的欠失を用いて８４個のヌクレオチドから３２個のヌクレオチド（ＡＲＣ２６８３５）に最小化した。ＡＲＣ２６８３５への３’−逆位のデオキシチミジン残基の付加は、ＡＲＣ１７４８０、３３個のヌクレオチド長分子をもたらした。ＡＲＣ１７４８０への５’−ヘキシルアミン基の添加は、ＡＲＣ１９４９８をもたらした。次に、この分子を、５’−ヘキシルアミン基を介して４０ｋＤａ ＰＥＧ部分でＰＥＧ化して、ＡＲＣ１９４９９をもたらした。
実施例２
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０が、競合ｔＲＮＡの不在および存在下の両方で、ドットブロット結合実験においてインビトロでＴＦＰＩに密接に結合することを実証する。
放射標識したＡＲＣ１７４８０を、異なる濃度のＴＦＰＩとともにインキュベートした。次に、ＴＦＰＩに結合したＡＲＣ１７４８０を、ニトロセルロースフィルター膜上に捕捉した。添加した全体の放射標識したＡＲＣ１７４８０に対するニトロセルロースフィルターに結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の比率を、タンパク質濃度の関数としての結合したＡＲＣ１７４８０の割合として決定し、プロットした。ＡＲＣ１７４８０／ＴＦＰＩ結合プロットの例が図１２Ａに示される。データを、単相および二相アプタマータンパク質結合のモデルに当てはめた。この実験を１１回繰り返し、単相および二相結合モデルの両方を用いてＫＤを各データセットについて決定した。単相適合を用いて決定された平均ＫＤは４．０±１．５ｎＭであり、二相適合を用いて決定された平均ＫＤは１．７±０．７ｎＭであった。それら自体への適合およびそれら自体の適合は、いずれの結合モデルも明確に支持しないが、データへの単相適合および二相適合の両方ともに、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０の相互作用の異なるモデルを想定する。データに当てはめるために使用したモデルにかかわらず、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０の結合について決定されたＫＤは、本質的に同一であった。単相適用および二相適用の両方から決定されたＫＤを考慮に入れた場合、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１７４８０の平均ＫＤは、２．９±１．６ｎＭであった。この平均ＫＤは、ＡＲＣ１７４８０とＴＦＰＩとの間の結合相互作用の様式を想定せず、したがって、アプタマーとタンパク質との間の結合相互作用の最もロバストな決定である。ＡＲＣ１７４８０がｔＲＮＡの存在下でヒトＴＦＰＩへの結合を維持し、このことは、結合が特異的であったことを示唆する。ＴＦＰＩに対するＡＲＣ１７４８０の結合親和性の変化は、４２±１２ｎＭの平均ＫＤを有する０．１ｍｇ／ｍＬ ｔＲＮＡの存在下で観察された。ｔＲＮＡの存在および不在下でのＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１７４８０のプロット例が図１２Ｂに示される。
実施例３
本実施例は、非標識ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２が、ＴＦＰＩへの結合において、放射標識したＡＲＣ１７４８０と競合することを実証する。本実施例は、これらのアプタマーの全てがＡＲＣ１７４８０で観察された親和性に類似したＴＦＰＩの親和性を有することも実証する。
各アプタマーを、結合競合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合について評価した。これらの実験に関して、ヒトＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ，Ｓｔａｍｆｏｒｄ，ＣＴ、カタログ番号４５００ＰＣ）を、微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０および異なる濃度の非標識競合アプタマー（ＡＲＣ１９４９９を除く全てのアプタマーにおいては５０００ｎＭ〜０．２５ｎＭ、ＡＲＣ１９４９９においては１０００ｎＭ〜０．０５ｎＭ）とともにインキュベートした。図１３ＡのＡＲＣ１７４８０およびＡＲＣ１９４９９での実験において、６０ｎＭ ＴＦＰＩを用いた。全ての他の実験（図１３Ｂ〜Ｅ）において、１０ｎＭ ＴＦＰＩを用いた。ＡＲＣ１７４８０を、対照として全ての実験で、競合相手として含めた。各アプタマーについて、各競合アプタマー濃度で結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合を分析に使用した。結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大の結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、結合競合についてのＩＣ５０値を生成した。図１３Ａ〜Ｅは、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２との競合実験のグラフを示す。これらの分子全てが、ＴＦＰＩへの結合について、放射標識したＡＲＣ１７４８０と同様に競合した。これらの実験は、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２の全てが、全長ＴＦＰＩに同様に結合することを実証する。
実施例４
本実施例は、ＴＦＰＩアプタマーがＴＦＰＩに特異的に結合することを実証する。
本実験において、ＡＲＣ１７４８０を、凝固カスケードにおける鍵分子、すなわち、その阻害がＴＦＰＩ阻害と同様の特性を示すであろう分子、または構造もしくは機能に関してＴＦＰＩと同様である分子である多種多様のタンパク質への結合について試験した。調査したタンパク質は、ＴＦＰＩ、第Ｖａ因子（ＦＶａ）、第ＸＩＩ因子（ＦＸＩＩ）、抗トロンビン（ＡＴＩＩＩ）、ヘパリン共同因子ＩＩ（ＨＣＩＩ）、アルファトロンビン、プロトロンビン、第ＶＩＩａ因子（ＦＶＩＩａ）、第ＩＸａ因子（ＦＩＸａ）、第Ｘａ因子（ＦＸａ）、第ＸＩａ因子（ＦＸＩａ）、カリクレイン、プラスミン、アルファ−１抗トリプシン（セルピン−Ａ１）、ＴＦＰＩ−２、およびＧＳＴ−ＴＦＰＩ−２であった。最大０．５−１μＭの各タンパク質の存在下で、ＡＲＣ１７４８０は、試験した配列関連または機構関連のタンパク質に対して有意な親和性を有さなかった（図１４Ａ〜Ｄ）。ＡＲＣ１７４８０は、タンパク質のより高い濃度であるＦＸＩＩへの結合を示した。この結合が０．１ｍｇ／ｍＬ ｔＲＮＡの存在下で除去され（図１４Ｄ）、このことは、結合が恐らく非特異的であったことを示唆する。
これらの実験は、ＴＦＰＩアプタマーにより媒介される凝固への任意の影響が、恐らくＴＦＰＩの結合および阻害を指示するはずであることを示唆する。
実施例５
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９がプレートベースの結合アッセイにおいてＴＦＰＩに密接に結合することを実証する。本実施例は、ＡＲＣ１９４９８が、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合についてのＡＲＣ１９４９９とのその競合により、ＴＦＰＩに密接に結合することも実証する。
ＴＦＰＩに対するＡＲＣ１９４９９の結合親和性を評価するために、組換えヒトＴＦＰＩタンパク質（０．５ｍｇ／ｍＬ）を、ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）中に希釈して１５μｇ／ｍＬの最終濃度にし、１００μＬを９６ウェルのＭａｘｉｓｏｒｂプレートに添加し、４℃で終夜インキュベートした。次に、ＴＦＰＩ溶液を除去し、その後、プレートを室温にて２００μＬ洗浄緩衝液（ＤＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で３回洗浄した。次に、プレートを、室温で３０分間、ＤＰＢＳ中の１０ｍｇ／ｍＬウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）の２００μＬでブロックした。次に、ＢＳＡブロッキング溶液を除去し、プレートを再度２００μＬ洗浄緩衝液で３回洗浄した。次に、ＤＰＢＳ中の０．１％ＢＳＡで連続して希釈したＡＲＣ１９４９９をプレートに添加し、室温で３時間インキュベートした。２００μＬ洗浄緩衝液で３回洗浄した後、０．５μｇ／ｍＬウサギモノクローナル抗ＰＥＧ抗体（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ）の１００μＬをプレートに添加し、室温で６０分間インキュベートした。次に、抗ＰＥＧ抗体溶液を除去し、プレートを上述のように洗浄した。次いで、アッセイ緩衝液中で１０００倍に希釈された１００μＬの抗ウサギＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を各ウェルに添加し、３０分間インキュベートした。２００μＬの洗浄緩衝液で３回洗浄した後、１００μＬの停止液（２Ｎ Ｈ２ＳＯ４）を各ウェルに添加して反応を停止させる前に、１００μＬのＴＭＢ溶液（Ｐｉｅｒｃｅ）を各ウェルに添加し、２分間インキュベートした。次に、アッセイプレートを、Ｖｉｃｔｏｒ３Ｖ １４２０マルチラベルカウンター（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を用いて４５０ｎｍで読み取った。５つの異なる結合実験は、ＡＲＣ１９４９９と組換えＴＦＰＩとの間の結合親和性がプレートベースの結合アッセイにおいて３０ｎＭであることを示唆した。これらの実験のうちの１つのデータが図１５に示される。
ＴＦＰＩタンパク質に対するＡＲＣ１９４９８の親和性を評価するために、ＡＲＣ１９４９９：ＴＦＰＩ結合競合アッセイを設定した。組換えヒトＴＦＰＩタンパク質（０．５ｍｇ／ｍＬ）をＤＰＢＳ中に希釈して１５μｇ／ｍＬの最終濃度にし、１００μＬを９６ウェルのＭａｘｉｓｏｒｂプレートに添加し、４℃で終夜インキュベートした。次に、ＴＦＰＩ溶液を除去し、その後、プレートを室温にて２００μＬ洗浄緩衝液（ＤＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で３回洗浄した。次に、プレートを、室温で３０分間、ＤＰＢＳ中の１０ｍｇ／ｍＬ ＢＳＡの２００μＬでブロックした。次に、ＢＳＡブロッキング溶液を除去し、プレートを再度２００μＬ洗浄緩衝液で３回洗浄した。ＡＲＣ１９４９８を連続して希釈し、０．１％ＢＳＡ中のＤＰＢＳ中の２０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９と異なる濃度で混合したＡＲＣ１９４９８：ＡＲＣ１９４９９混合物をプレートに添加し、室温で３時間インキュベートした。２００μＬ洗浄緩衝液で３回洗浄した後、０．５μｇ／ｍＬウサギモノクローナル抗ＰＥＧ抗体（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ）の１００μＬをプレートに添加し、室温で６０分間インキュベートした。次に、抗ＰＥＧ抗体溶液を除去し、プレートを上述のように洗浄した。次いで、アッセイ緩衝液中で１０００倍に希釈した１００μＬ抗ウサギＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を各ウェルに添加し、３０分間インキュベートした。２００μＬ洗浄緩衝液で３回洗浄した後、１００μＬ停止液を各ウェルに添加して反応を停止させる前に、ＴＭＢ溶液（Ｐｉｅｒｃｅ）の１００μＬを各ウェルに添加し、２分間インキュベートした。次に、アッセイプレートを、Ｖｉｃｔｏｒ３Ｖ １４２０マルチラベルカウンター（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を用いて４５０ｎｍで読み取った。ＡＲＣ１９４９９結合の阻害の割合を、０％阻害として２０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９中の０ｎＭ ＡＲＣ１９４９８、ならびに１００％阻害として０ｎＭ ＡＲＣ１９４９８および０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を用いて計算した。ＩＣ５０を、Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍ ４ソフトウェアを用いて、４−パラメーターロジスティックに基づいて計算した。図１６は、本実験の２つの複製物を示し、それら両方ともに、本アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９とのＡＲＣ１９４９８の競合についての２０ｎＭのＩＣ５０をもたらした。これらの結果は、ＡＲＣ１９４９８が、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９で観察された結合親和性に類似したＴＦＰＩに対する結合親和性を有することを示唆する。
実施例６
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０が結合するＴＦＰＩ上の領域を試験する。ドットブロット結合実験を、放射標識したＡＲＣ１７４８０および様々な切断型ＴＦＰＩタンパク質で実行し、結合競合実験を、放射標識したＡＲＣ１７４８０、ＴＦＰＩ、およびヘパリンまたは低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）で実行した。結合実験に用いたタンパク質は、以下の表１に記載される。
微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０を、異なる濃度（５００ｎＭ〜０．７ｎＭ）の全長ＴＦＰＩおよびＴＦＰＩ−Ｈｉｓとともにインキュベートした（表１）。図１７Ａは、ＡＲＣ１７４８０が、全長ＴＦＰＩへのその結合と比較して、ＴＦＰＩ−Ｈｉｓへの結合を減少させたことを示す。本実験は、ＴＦＰＩ−Ｈｉｓ内で行方不明であるが、全長ＴＦＰＩ内では存在するＴＦＰＩのＣ末端２０個のアミノ酸が、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０の結合に寄与することを示唆した。
微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０を、異なる濃度の切断型ＴＦＰＩ−Ｋ１Ｋ２（５００ｎＭ−０．００８ｎＭ）およびＫ３−Ｃ末端ドメインタンパク質（５００ｎＭ〜０．７ｎＭ）とともにインキュベートした（表１）。図１７Ｂは、ＡＲＣ１７４８０が、切断型ＴＦＰＩ−Ｋ１Ｋ２への検出可能な結合を有さず、タンパク質のより高い濃度でのみ検出可能であったＫ３−Ｃ末端ドメインタンパク質への非常に弱い結合を有することを示す。微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０を、異なる濃度のＣ末端ペプチド（１０μＭ〜０．１７ｎＭ）とともにインキュベートした（表１）。次に、ニュートラアビジン（約１００ｎＭモノマー）を結合溶液に添加して、ニトロセルロースフィルター上でのアプタマー：ペプチド複合体の捕捉を支援した。ニトロセルロースフィルター上で捕捉された放射標識したアプタマーの量を定量化し、放射標識したアプタマーの総量と比較して、図１７Ｂに示される結合曲線を生成した。ＡＲＣ１７４８０は、ペプチドの高い濃度でＣ末端ペプチドへの弱い結合を示した。
微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０を、０．１ｍｇ／ｍＬ未分画ヘパリンの不在または存在下で、異なる濃度の全長ＴＦＰＩ（５００ｎＭ−０．００８ｎＭ）とともにインキュベートした（図１８Ａ）。本結合実験でのヘパリンの包含は、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０結合を完全に無効にした。別個の実験において、微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０を、１２．５ｎＭ全長ＴＦＰＩおよび未分画ヘパリンまたは低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）の異なる濃度（５μＭ〜０．２５ｎＭ）とともにインキュベートした。図１８Ｂは、未分画ヘパリンおよびＬＭＷＨの両方ともに、濃度依存的様式で、ＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１７４８０と競合したことを示す。ヘパリンは、ＬＭＷＨよりも有効な競合相手であった。ＴＦＰＩのＫ３−Ｃ末端領域は、グリコカリックス結合に関与しており、これは、ヘパリンおよびＬＭＷＨが結合されるはずのタンパク質の領域である。これらの実験は、ＴＦＰＩのＫ３−Ｃ末端領域は、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０結合にとって重要であることを示唆する。
総合すると、これらの実験は、Ｃ末端ドメインが恐らくＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０結合に関与することを実証する。これらの実験は、ＴＦＰＩ上のＡＲＣ１７４８０結合領域が、タンパク質のＫ１〜Ｋ２領域内またはタンパク質のＫ３−Ｃ末端領域内に完全に含有されないことも実証する。ＡＲＣ１７４８０結合に必要とされる領域は、恐らくタンパク質の２つ以上のドメインに及ぶ。

実施例７
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０およびＡＲＣ１９４９９が結合するＴＦＰＩ上の領域を試験する。これらの実験について、ＴＦＰＩ上の異なる領域に結合する抗体を用いて、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１９４９９と競合させ、ドットブロット結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１７４８０と競合させた。競合に使用した抗体は、以下の表２に示される。
本実施例は、抗体ＡＤ４９０３（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ、カタログ番号４９０３）が、プレートベースの結合アッセイにおいてＴＦＰＩへのＡＲＣ１９４９９の結合について競合し、ドットブロット結合アッセイにおいてＴＦＰＩへのＡＲＣ１７４８０の結合について競合したことを実証する（図１９Ａおよび図２０Ｃ）。抗体ＡＤ４９０３を、Ｋ１ドメインアミノ酸残基２２〜８７を含有するＴＦＰＩの画分に対して産生させ、この領域のある場所でＴＦＰＩに結合させる（表２）。本実施例は、ＴＦＰＩのＫ２ドメインとＫ３ドメインとの間の介在領域の一部であるアミノ酸残基１４８〜１６２を含有したペプチドに対して産生させた抗体ＡＣＪＫ−４が、ドットブロット結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１７４８０と弱々しく競合したことも実証する（図２０Ｂ）。本実施例は、ＴＦＰＩのＣ末端ドメイン一部である、それぞれアミノ酸残基２６１〜２７６および２４５〜２６２を含有したペプチドに対して産生させた抗体ＡＣＪＫ−１およびＡＣＪＫ−２が、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへのＡＲＣ１９４９９結合について部分的に競合したことも実証する（図１９Ｂ）。本実施例はさらに、ＴＦＰＩの異なる領域に結合するいくつかの他の抗体が、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１９４９９と競合せず、ドットブロットベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１７４８０と競合しなかったことを実証する。競合実験で使用した抗体は、以下の表２に示される。
プレートベースの結合実験について、１００μＬダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）中のＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、カタログ番号４９００ＰＣ）の４００ｎｇ／ウェルを用いて、９６ウェルのＭａｘｉｓｏｒｂプレートを４℃で被覆した。次に、ＴＦＰＩ溶液を除去し、その後、プレートを室温にて２００μＬ洗浄緩衝液（ＤＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で３回洗浄した。次に、プレートを、室温で３０分間、ＤＰＢＳ中の１０ｍｇ／ｍＬウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）の２００μＬでブロックした。次に、ＢＳＡブロッキング溶液を除去し、プレートを２００μＬ洗浄緩衝液で３回洗浄した。競合抗体を連続して希釈し、２５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の最終濃度のＡＲＣ１９４９９およびＤＰＢＳ中の０．１％ＢＳＡと混合し、次に、混合物をアッセイプレートに添加し、室温で３時間インキュベートした。ＡＲＣ１９４９８を同様にＡＲＣ１９４９９と混合し、抗体競合アッセイで陽性対照として使用した。次に、ウェルを上述のように洗浄した。競合のための抗体ＡＤ４９０３、ＡＤ４９０４、および７０３５−Ａ０１を用いた実験について、アッセイ緩衝液中の０．５μｇ／ｍＬウサギモノクローナル抗ＰＥＧ抗体（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ、カタログ番号２０６１−１）の１００μＬをプレートに添加し、室温で３時間インキュベートした。次に、抗ＰＥＧ抗体溶液を除去し、プレートを上述のように洗浄し、その後、アッセイ緩衝液中の１：１０００で希釈した抗ウサギＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カタログ番号７０７４）の１００μＬを各ウェルに添加し、３０分間インキュベートした。二次抗体溶液を除去し、プレートを上述のように洗浄した。抗体ＡＣＪＫ１−ＡＣＪＫ５について、アッセイ緩衝液中の１００μＬビオチン化ウサギモノクローナル抗ＰＥＧ抗体（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ、カタログ番号２１７３）の０．５μｇ／ｍＬをアッセイプレートに添加し、室温で３時間インキュベートし、その後、上述のように洗浄した。次に、抗体を除去し、プレートを上述のように洗浄し、その後、ＤＰＢＳ中で２００倍に希釈されたＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）のストレプトアビジン−ＨＲＰ（４８００−３０−０６）の１００μＬを添加し、室温でさらに１時間インキュベートした。次に、ストレプトアビジン−ＨＲＰを除去し、プレートを上述のように洗浄した。次に、ＴＭＢ溶液（Ｐｉｅｒｃｅ、番号３４０２８）の１００μＬを各ウェルに添加し、２分間インキュベートし、その後、１００μＬ停止液（２Ｎ Ｈ２ＳＯ４）を各ウェルに添加して反応を停止させた。次に、アッセイプレートを、Ｖｉｃｔｏｒ３Ｖ １４２０マルチラベルカウンター（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を用いて、４５０ｎｍで読み取った。結合阻害の割合を、０％阻害として２５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９中の０ｎＭ抗体、１００％阻害として０ｎＭ抗体および０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を用いて計算した。ＩＣ５０を、Ｐｒｉｓｍ ４ Ｇｒａｐｈｐａｄソフトウェアを用いて、４−パラメーターロジスティックに基づいて計算した。
図１９Ａに示されるように、ＴＦＰＩのＫ１ドメイン内で結合する抗体ＡＤ４９０３は、プレートベースの結合アッセイにおいて、組換えＴＦＰＩへの結合についてＡＲＣ１９４９９と競合した。ＴＦＰＩのＣ末端領域内で結合する抗体ＡＣＪＫ−１およびＡＣＪＫ−２は、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１９４９９について部分的に競合した（図１９Ｂ）。抗体ＡＤ４９０４、ＡＣＪＫ−３、ＡＣＪＫ−４、ＡＣＪＫ−５、および７０３５−Ａ０１は、プレートベースの結合アッセイにおいて、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１９４９９についての競合を示さなかった（図１９ＡおよびＢ）。これらの実験は、ＴＦＰＩのＫ１領域およびＣ末端領域が、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１９４９９に関与していることを示唆する。
表２の抗体も、ドットブロットベースの競合結合アッセイにおいて試験した。これらの実験において、微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０を、場合によっては抗体を添加して、１０ｎＭ組換えＴＦＰＩとともにインキュベートした。抗体を、１０００ｎＭ、３３３ｎＭ、１１１ｎＭ、３７．０ｎＭ、１２．４ｎＭ、４．１２ｎＭ、１．３７ｎＭ、０．４６ｎＭ、０．１５ｎＭ、および０．０５１ｎＭで試験した。ＡＲＣ１７４８０を、対照として全ての実験で、競合相手として含めた。各分子に関して、各競合アプタマー濃度で結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合を分析に使用した。結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大の結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、結合競合についてのＩＣ５０値を生成した。図２０は、ＡＣＪＫ−１、ＡＣＪＫ−２、ＡＣＪＫ−３、ＡＣＪＫ−４、ＡＣＪＫ−５、ＡＤ４９０３、およびＡＤ４９０４で実行した結合競合実験を示す。これらの実験は、抗体ＡＤ４９０３が、ドットブロット競合アッセイにおいて、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１７４８０について競合したことを実証する（図２０Ｃ）。ＡＣＪＫ−４が、本アッセイにおいて、結合について部分的に競合した（図２０Ｂ）一方で、ＡＣＪＫ−１、ＡＣＪＫ−２、ＡＣＪＫ−３、ＡＣＪＫ−５、およびＡＤ４９０４は、結合についてのＡＲＣ１７４８０との有意な競合を示さなかった（図２０Ａ〜Ｃ）。これらの実験は、ＴＦＰＩのＫ１領域およびＫ２〜Ｋ３介在領域が、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１７４８０に関与していることを示唆する。
総合すると、これらの実験は、ＴＦＰＩのＫ１領域が、恐らくＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１７４８０／ＡＲＣ１９４９９に関与していることを実証する。これらの実験は、ＴＦＰＩのＣ末端およびＫ２〜Ｋ３介在領域がアプタマー結合に関与し得ることも示唆する。ＴＦＰＩの他の領域への抗体の結合競合の欠如は、アプタマー結合におけるそれらの関与を妨げない。
実施例８
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、外因性テナーゼ（Ｘａｓｅ）阻害アッセイにおいて、ＴＦＰＩを阻害するインビトロ活性を有することを実証する。
本アッセイにおいて、組織因子（ＴＦ）を、第ＶＩＩａ因子（ＦＶＩＩａ）およびリン脂質小胞と混合した。第因子Ｘ（ＦＸ）を添加し、一定分量を除去し、様々な時点で反応停止させた。この時点で、第Ｘａ因子（ＦＸａ）の発色性基質を添加し、ＦＸａ生成の速度を決定するために、４０５ｎｍでの吸光度を１時間にわたって測定した。１ｎＭ ＴＦＰＩを含ませた時、ＦＸａ生成の速度が著しく低下した。これは、図２１Ａにおいて、塗りつぶされたひし形（ＴＦＰＩなし）を塗りつぶされていない円形（１ｎＭ ＴＦＰＩ）と比較した時に見られた。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９を１ｎＭ ＴＦＰＩとともに含ませた時、ＦＸａ生成の速度における用量依存的改善が見られた。１０００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされていないひし形）は、ＴＦＰＩ（塗りつぶされたひし形）の不在下でのＦＸａ生成の速度に近いＦＸａ生成の速度をもたらした（図２１Ａ）。１つの特定の時点（この場合、４分時点）の速度を、同一の時点でＴＦＰＩなしで得られた速度で割ることによって、これらの速度を正常化した（図２１Ｂ）。この様式において、ＴＦＰＩは、４分時点におけるＦＸａ生成の速度を７０％近く減少させた。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９はこの速度を改善し、１０〜１０００ｎＭアプタマー付近でＴＦＰＩなしでのレベルに近いレベルに達した（図２１Ｂ）。
本実験は、ＡＲＣ１９４９９が、インビトロにおける外因性テナーゼ阻害アッセイにおいて、ＴＦＰＩを阻害することを示唆する。
実施例９
本実施例は、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２が、第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイにおいて、ＴＦＰＩ阻害活性を有することを実証する。
各アプタマーを、第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイにおいて、ＴＦＰＩの阻害について評価した。発色性基質を切断するＦＸａの能力を、場合によってはアプタマーを添加して、ＴＦＰＩの存在および不在下で測定した。これらの実験について、２ｎＭヒトＦＸａを、８ｎＭヒトＴＦＰＩとともにインキュベートした。次いで、５００μＭ発色性基質およびアプタマーを添加し、基質のＦＸａ切断を、時間の関数として、４０５ｎｍ（Ａ４０５）での吸光度により測定した。アプタマーを、５００ｎＭ、１２５ｎＭ、３１．２５ｎＭ、７．８１ｎＭ、１．９５ｎＭ、および０．４９ｎＭ濃度で試験した。ＡＲＣ１７４８０を、各実験に対照として含んだ。各アプタマー濃度について、Ａ４０５を時間の関数としてプロットし、各曲線の直線領域を、等式ｙ＝ｍｘ＋ｂ（式中、ｙ＝Ａ４０５、ｘ＝アプタマー濃度、ｍ＝基質切断速度、およびｂ＝ｙ切片）に当てはめ、ＦＸａ基質切断速度を生成した。ＴＦＰＩの存在下、およびアプタマーの不在下でのＦＸａ基質切断速度を、各濃度の各アプタマーにおいて、ＴＦＰＩおよびアプタマーの両方の存在下での対応する値から減算した。次いで、調整した速度をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（Ｖｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））（式中、ｙ＝基質切断速度、ｘ＝アプタマー濃度、およびＶｍａｘ＝基質切断のｐ最大速度）に当てはめて、ＩＣ５０および最大（Ｖｍａｘ）値を生成した。図２２Ａ〜Ｃは、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、ＡＲＣ１９４９９、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２でのＦＸａ活性アッセイのグラフを示す。アプタマー濃度の関数としてのＦＸａ活性の増加から証明されるように、これらのアプタマー全てが、これらのアッセイにおいてＴＦＰＩを阻害した。これらのアプタマー全てが、ＦＸａアッセイにおいて同様の活性を有した。
実施例１０
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、精製成分での発色アッセイにおいて、第Ｘａ因子（ＦＸａ）をＴＦＰＩによる阻害から保護することを実証する。
ＦＸａ（１ｎＭ）、ＴＦＰＩ（２．５ｎＭ）、ＡＲＣ１９４９９（０−５００ｎＭ）、およびＳｐｅｃｔｒｏｚｙｍｅ Ｘａ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ）発色性基質（２００μＭ）を、平衡が得られるまで（５分間）、２ｍＭ ＣａＣｌ２および０．１％ＰＥＧ−６，０００（ＨＢＳＰ２緩衝液）を含有するＨＥＰＥＳ緩衝生理食塩水（２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．４）中に３７℃でインキュベートした。Ｓｐｅｃｔｒｏｚｙｍｅ ＦＸａ加水分解の速度を、ＴｈｅｒｍｏＭａｘの器具（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を用いて決定し、ＴＦＰＩなし（１００％）と比較したＦＸａ活性％としてプロットした。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９がＦＸａ活性の増加を引き起こし（図２３）、ＡＲＣ１９４９９がＦＸａをＴＦＰＩによる阻害から保護したことを実証する。このデータに基づいて、ＴＦＰＩに対するＡＲＣ１９４９９の見かけの解離定数（ＫＤ）は１．８ｎＭであった。ＡＲＣ１９４９９は、ＴＦＰＩに対して特異的であるが、ＴＦＰＩの不在下においてＦＸａ活性を阻害しなかった（データ示されず）。
実施例１１
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、精製成分での発色活性アッセイにおいて、組織因子、第ＶＩＩａ因子（ＦＶＩＩａ）および第Ｘａ因子（ＦＸａ）から成る外因性ＦＸａｓｅ複合体を、ＴＦＰＩによる阻害から保護することを実証する。
再脂質化された組織因子（ＴＦ、２０ｐＭ）、ＦＶＩＩａ（１ｎＭ）、ＰＣＰＳ小胞（７５％ホスファチジルコリン／２５％ホスファチジルセリン、２０μＭ）、およびＡＲＣ１９４９９（０〜１０００ｎＭ）を、３７℃で１０分間、ＨＢＳＰ２緩衝液中でインキュベートし、その後、ＦＸ（１μＭ）およびＴＦＰＩ（２．５ｎＭ）を同時に添加した。一定分量を３０秒毎に５分間除去し、２０ｍＭ ＥＤＴＡおよび０．１％ＰＥＧを含有するＨＢＳ緩衝液中で反応停止させた。Ｓｐｅｃｔｒｏｚｙｍｅ ＦＸａ基質（２００μＭ）を添加し、基質の加水分解速度を測定し、活性ＦＸａの濃度を較正曲線から推定した。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９が、ＴＦＰＩの不在下で測定された速度の最大７０％のＦＸａ活性の増加を引き起こし（図２４）、ＡＲＣ１９４９９が、外因性ＦＸａｓｅ複合体をＴＦＰＩによる阻害から実質的に保護することを実証する。
実施例１２
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、精製成分を用いて実行される組織因子：ＦＶＩＩａ活性の蛍光アッセイにおいて、組織因子：ＦＶＩＩａ複合体をＴＦＰＩ阻害から保護することを実証する。
組織因子（ＴＦ、１ｎＭ）、ＦＶＩＩａ（２ｎＭ）、およびＡＲＣ１９４９９（０〜７．５ｎＭ）を、３７℃で１０分間、ＨＢＳＰ２中でインキュベートし、その後、蛍光基質ＳＮ−１７ｃ（５０μＭ）およびＴＦＰＩ（８ｎＭ）を同時に添加した。基質の加水分解速度を、蛍光プレートリーダー（ＢｉｏＴｅｋ）で測定した。ＴＦＰＩは、これらの条件下で、ＴＦ：ＦＶＩＩａ活性の約５０％を阻害した（図２５）。ＡＲＣ１９４９９の化学量論的濃度の添加（８ｎＭ）は、ＴＦＰＩなしの対照と比較して、全てのＴＦ：ＦＶＩＩａ活性を完全に回復させ（図２５）、ＡＲＣ１９４９９がＴＦ：ＦＶＩＩａ複合体をＴＦＰＩ阻害から効率的に保護したことを実証する。８ｎＭ ＴＦＰＩの存在下での増加したＡＲＣ１９４９９濃度の滴定は、ＡＲＣ１９４９９濃度依存的様式で、ＴＦ：ＦＶＩＩａ複合体の活性を増加させ、約１ｎＭ ＡＲＣ１９４９９で活性の中点に達した。データ分析は、本アッセイにおけるＴＦＰＩに対するＡＲＣ１９４９９の見かけのＫＤが、１．２ｎＭであったことを示唆した。ＡＲＣ１９４９９は、ＴＦＰＩに対して特異的であるが、ＴＦＰＩの不在下においてＴＦ：ＦＶＩＩａ活性を阻害しなかった（データ示されず）。
実施例１３
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、血友病Ａおよび血友病Ｂをモデル化する合成凝固プロテオームにおいて、ＴＦＰＩを阻害することを実証する。これらのデータは、ＡＲＣ１９４９９が、完全なる（０％）第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）または第ＩＸ因子（ＦＩＸ）欠乏の存在下で、正常なトロンビン生成を回復させたことを示す。ＡＲＣ１９４９９は、不完全な（２％、５％、または４０％）ＦＶＩＩＩ欠乏の存在下で、正常なトロンビン生成も回復させた。
トロンビン生成を、凝血促進剤および凝固阻害剤（第Ｖ因子、第ＶＩＩ因子、第ＶＩＩａ因子、第ＶＩＩＩ因子、第ＩＸ因子、第Ｘ因子、第ＸＩ因子、プロトロンビン、抗トロンビン、およびＴＦＰＩ、全て平均生理学的濃度）および５０μＭ ＰＣＰＳ（７５％ホスファチジルコリン／２５％ホスファチジルセリン）の混合物に添加した５ｐＭの再脂質化された組織因子（ＴＦ）で開始した。長期にわたるトロンビン生成を、Ｓｐｅｃｔｒｏｚｙｍｅ ＴＨ基質（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ）を用いて、発色アッセイにおいて測定した。ＡＲＣ１９４９９を、完全なる再構成系（健常な対照）、またはＦＶＩＩＩ（重度の血友病Ａ）もしくはＦＩＸ（重度の血友病Ｂ）のいずれかを除外した再構成系において、１ｎＭ、２．５ｎＭ、５ｎＭ、および１０ｎＭの増加した濃度で試験した。
全てのタンパク質の平均生理学的濃度のタンパク質（「健常な対照」、図２６）の存在下で、５ｐＭの再脂質化されたＴＦで開始したトロンビン生成の開始（遅滞）期は約６分間であり、観察された活性トロンビンの最大濃度は２７０ｎＭであった（塗りつぶされたひし形）。ＴＦＰＩの除外は、開始期を（２分まで）著しく短縮し、最大トロンビン濃度を３７４ｎＭに増加させた（塗りつぶされた円形）。２．５ｎＭ ＴＦＰＩの存在下における増加したＡＲＣ１９４９９濃度の添加は、ＡＲＣ１９４９９依存的様式で、開始期の継続期間を減少させ、最大トロンビン濃度を増加させ、１０ｎＭ（塗りつぶされていない四角形）で、ＡＲＣ１９４９９のトロンビン生成特性は、ＴＦＰＩおよびＡＲＣ１９４９９の両方の不在下で観察されたトロンビン生成特性とほぼ同一であった（図２６）。
ＦＶＩＩＩの不在下において、ＴＦで開始されるトロンビン生成は著しく抑圧された（図２７）。開始期を、「健常な対照」（塗りつぶされたひし形）の６分から、血友病Ａ（塗りつぶされていないひし形）の１０分に延ばし、最大トロンビン活性は、２７０ｎＭから３４ｎＭに減少した。ＦＶＩＩＩの不在下でのＴＦＰＩの除外は、正常なトロンビン生成を回復させ（活性トロンビンの最大濃度は２６４ｎＭまで増加し）、開始期の継続時間を２分まで遅延させた（塗りつぶされた円形）。ＦＶＩＩＩの不在下および２．５ｎＭ ＴＦＰＩの存在下において、５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９（星印）の添加は、３分の開始期で、「健常な対照」で観察されたレベルまでトロンビン生成を回復させた。１０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９（塗りつぶされていない四角形）および２．５ｎＭ ＴＦＰＩの存在下ならびにＦＶＩＩＩの不在下において、トロンビン生成特性は、ＴＦＰＩ、ＦＶＩＩＩ、およびＡＲＣ１９４９９の不在下で観察されたトロンビン生成特性と類似した。
血友病Ｂ（ＦＩＸなし）合成凝固プロテオームにおけるＡＲＣ１９４９９によるＴＦＰＩ阻害の影響は、血友病Ａモデルで観察されたＴＦＰＩ阻害の影響に類似しており、言い換えると、５ｎＭ濃度でＦＩＸの不在下でのＡＲＣ１９４９９は、「健常な対照」で観察されたレベルに類似したレベルまでトロンビン生成を回復させた（図２８）。
ＴＦにより開始されるトロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を、０％、２％（０．０１４ｎＭ）、５％（０．０３５ｎＭ）、４０％（０．２８ｎＭ）、および１００％（０．７ｎＭ）ＦＶＩＩＩの合成凝固プロテオームモデルで評価した。選択したＦＶＩＩＩ濃度は、重度（１％未満）、中程度（１〜５％）、および軽度（５〜４０％）の血友病Ａ患者で観察された範囲を包含した。ＡＲＣ１９４９９の不在下において（図２９）、トロンビン生成は、試験した全てのＦＶＩＩＩ濃度で最大で４０％抑圧された。４０％ＦＶＩＩＩプロテオーム（星印）において観察されたピークトロンビンレベルは、「健常な対照」の約５０％であった（塗りつぶされたひし形）。１ｎＭの濃度でのＡＲＣ１９４９９の添加は、開始期を短縮し、ピークトロンビンレベルを増加させて、トロンビン生成を著しく高めるのに十分であった（図３０）。２．５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の添加が、０〜５％ＦＶＩＩＩの存在下でのトロンビン生成を本質的に正常化した（図３１）一方で、４０％および１００％ＦＶＩＩＩでの２．５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９は、開始期のさらなる短縮を誘発し、ほぼ「ＴＦＰＩなし」対照の程度までピークトロンビンを増加させた。
図３２は、「健常な対照」および「ＴＦＰＩなし」対照と比較した、一連のＡＲＣ１９４９９濃度（０、１、２．５、５、および１０ｎＭ）の存在下での０％ＦＶＩＩＩのさらなる合成凝固プロテオームデータを示す。図３３は、同一の範囲のＡＲＣ１９４９９濃度での１００％ＦＶＩＩＩのデータを示す。図３４、３５、および３６は、それぞれ、０、１、および２．５ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下における２％、５％、および４０％ＦＶＩＩＩのデータを示す。全ての条件下で、ＡＲＣ１９４９９は、有意な凝固促進応答を示し、開始期（遅延時間）を減少、ピークトロンビンを増加させた。ＦＶＩＩＩ欠乏の全ての事例（０〜４０％ＦＶＩＩＩ）において、ＡＲＣ１９４９９は、正常なトロンビン生成特性を回復させることができた。
実施例１４
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９のインビトロ活性が、ＴＦＰＩの存在に対して特異的であることを実証する。
この実験では、組織因子凝固経路の開始後に長期にわたるトロンビンの生成を測定する校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、トロンビン生成に影響を及ぼすＡＲＣ１９４９９の能力を、３つの異なる血漿条件下で試験した。第１の条件において、ＴＦ濃度が最終反応体積において０．１または１．０ｐＭのいずれかになるように、増加した濃度のＡＲＣ１９４９９を、プールされた正常な血漿（ＰＮＰ）に添加し、組織因子（ＴＦ）およびリン脂質を含有する溶液と混合した（図３７）。トロンビン生成を、トロンビンの塩化カルシウムおよび蛍光基質を含有する混合物の添加により開始した。反応は３７℃で起こり、蛍光強度を１時間にわって定期的に測定した。ＡＲＣ１９４９９を、以下の血漿濃度：０．１、１、１０、１００、および１０００ｎＭで試験した。
いずれかのＴＦ濃度で、増加したＡＲＣ１９４９９は、ＰＮＰ血漿中のトロンビン生成を増加させた（図３７Ａ〜Ｂ）。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、曲線下面積）およびピークトロンビン（アッセイにおいていずれか１つの時点で生成されるトロンビンの最高レベル）値の両方ともに、ＡＲＣ１９４９９を伴って用量依存的様式で増加した（図３７Ｃ〜Ｄ）。遅延時間（トロンビン生成が開始するまでの時間）は、ＡＲＣ１９４９９を伴って用量依存的様式で減少した（図３７Ｅ）。これらの結果は、両方のＴＦの濃度で観察された。
ＡＲＣ１９４９９活性を測定するＣＡＴアッセイを、ＴＦＰＩが枯渇した血漿中で繰り返した。ＴＦＰＩを免疫枯渇して凍結乾燥した血漿を、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ（Ｓｔａｍｆｏｒｄ，ＣＴ）から入手し、使用前に再懸濁した。トロンビン生成を、０．０１、０．１、または１．０ｐＭ ＴＦで上述のように測定した。図３８Ａの結果は、それぞれのＴＦ濃度について測定されたトロンビン生成曲線が相互にはっきりと異なるが、特定のＴＦ濃度内では、ＡＲＣ１９４９９濃度を増加させてもトロンビン生成に本質的な差異はなかった。これは、ＣＡＴアッセイで測定されたパラメーターにおいても見られた。ＡＲＣ１９４９９濃度を増加させても、ＥＴＰ、ピークトロンビン、または遅延時間にほとんど、あるいは全く変化がなく（図３８Ｂ〜Ｄ）、ＴＦ濃度とは無関係であった。
ＡＲＣ１９４９９活性を、第３の一連の血漿条件下で試験した。この場合、ＰＮＰを、全てのＴＦＰＩ活性を中和させるために、ＴＦＰＩに対して多クローン性抗体とともにインキュベートした。次に、ＡＲＣ１９４９９を、この抗体で処理された血漿に添加した（図３９）。再び、トロンビン生成を、０．０１、０．１、または１．０ｐＭ ＴＦのいずれかで開始した。ＴＦＰＩを中和させたため、多クローン性抗体の添加は、全ての３つのＴＦ濃度でトロンビン生成を高めたが、増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、トロンビン生成のさらなる増加を引き起こさないように見えた（図３９Ａ〜Ｃ）。ＡＲＣ１９４９９を添加した時、ＥＴＰ、ピークトロンビン、または遅延時間への影響は皆無に等しかった（図３９Ｄ〜Ｆ）。
これらの実験は、機能的ＴＦＰＩが血漿中に存在する時に、ＡＲＣ１９４９９は凝固促進活性のみを有し、したがって、ＡＲＣ１９４９９がＴＦＰＩに対して特異的であることを示唆する。
実施例１５
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９が、ＴＦＰＩ活性をインビトロで阻害することを実証する。
本実験において、ＴＦＰＩアプタマー（ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９）の阻害活性を、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて、プールされた血友病Ａ（第ＶＩＩＩ因子欠乏症）血漿においてインビトロで測定した。アプタマーを、プールされた血友病Ａ血漿中の異なる濃度で滴定し、生成されたトロンビンの量を、最終反応物中の１．０ｐＭ ＴＦを用いて、プールされた正常な血漿対照（図４０Ａ〜Ｃ）と比較した。時間曲線に対するトロンビン生成下面積である内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）と、本実験にわたって生成されたトロンビンの最高濃度であるピークトロンビンの両方ともに、ＴＦＰＩのアプタマー阻害の間接的測定をもたらした。３つのアプタマー全てが本アッセイにおいて同様の活性を有し、ＡＲＣ１９４９９が他の２つよりもわずかに高い活性を有した。ＡＲＣ１９４９９は、３０ｎＭの時点で、ＥＴＰを正常なレベル近くまで補正した（図４０Ｄ）。ピークトロンビンレベルは、アプタマーの増加した濃度に伴い増加した（図４０Ｅ）。
これらの結果は、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ１９４９８、およびＡＲＣ１９４９９が、ＴＦＰＩ活性をインビトロで阻害することを示す。
実施例１６
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、血友病Ａ様の状態を生成するために抗第ＶＩＩＩ因子抗体で処理された正常なヒト血漿において、トロンビン生成を増加させることを実証する。
健常な志願者由来の血小板に乏しい血漿を、抗ＦＶＩＩＩ抗体で処理し、血友病Ａ様の状態を生成した。この抗体で処理された血漿中のトロンビン生成は、血友病Ａ血漿で観察されたトロンビン生成と類似した（図４１）。抗体で処理された血漿へのＡＲＣ１９４９９の添加は、トロンビン生成において用量依存的増加をもたらした。これらの結果は、ＡＲＣ１９４９９が、抗ＦＶＩＩＩ抗体での処理に起因する、血漿中のトロンビン生成を低ＦＶＩＩＩレベルで補正することができることを実証する。
実施例１７
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０およびＡＲＣ１９４９９が、ＴＦＰＩ活性をインビトロで阻害し、生物学的活性を有することを実証する。
非ＰＥＧ化コアＴＦＰＩ阻害アプタマーＡＲＣ１７４８０およびＰＥＧ化アプタマーＡＲＣ１９４９９の影響を、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを用いて、血友病Ｂ（ＦＩＸ−欠乏）血漿におけるインビトロでのトロンビン生成活性について評価した。
これらの研究を、１％未満の第ＩＸ因子レベルを有する２人の血友病Ｂ患者からプールした血漿（Ｇｅｏｒｇｅ Ｋｉｎｇ Ｂｉｏ−Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｉｎｃ，Ｏｖｅｒｌａｎｄ Ｐａｒｋ，ＫＳより市販）において実行した。本アッセイにおいて、血漿およびアプタマーを混合し、リン脂質および組織因子を含有する試薬に添加した。トロンビン生成を、トロンビンの塩化カルシウムおよび蛍光基質を含有する混合物の添加により開始した。反応は３７℃で起こり、蛍光強度を、１時間にわたって定期的に測定した。組織因子およびリン脂質の最終濃度は、それぞれ、１ｐＭおよび４μＭであった。アプタマーを、以下の血漿濃度：０．３、１、３、１０、３０、１００、３００、および１０００ｎＭで試験した。個々のトロンビン生成曲線が図４２に示され、プールされた正常な血漿と比較した、血友病Ｂ血漿中のトロンビン生成の程度への増加した濃度のＡＲＣ１９４９９（図４２Ａ）またはＡＲＣ１７４８０（図４２Ｂ）の影響を説明する。ＥＴＰ、ピークトロンビン、および遅延時間のプロットが図４３に示される。ＡＲＣ１９４９９での結果が左側に示され、ＡＲＣ１７４８０での結果が右側に示される。
ＥＴＰおよびピークトロンビンレベルは、血友病Ｂプール由来の血漿において、プールされた正常な血漿と比較して、それぞれ、約８５％および約９５％減少し、第ＩＸ因子の欠損によるトロンビン生成の欠乏と一致した。これらのパラメーターの両方で測定されるように、ＡＲＣ１７４８０（三角形）およびＡＲＣ１９４９９（ひし形）の両方ともに、トロンビン生成における欠陥を大いに補正した（図４３）。１００ｎＭの時点で、両方のアプタマーはプールされた正常な血漿で得られたＥＴＰとほぼ同等のＥＴＰを示し、ＡＲＣ１７４８０の３００ｎＭ時点で、ほぼ同等のピークトロンビンを示した（図４３）。ピークトロンビンは、ＡＲＣ１９４９９の３００ｎＭの時点でプラトー状態となった。ＡＲＣ１７４８０およびＡＲＣ１９４９９は、血友病Ｂ血漿の遅延時間を減少させ、薬物を有さないプールされた正常な血漿および任意の血友病Ｂ血漿で得られたものを下回った（図４３）。
これらの結果は、ＡＲＣ１７４８０およびＡＲＣ１９４９９が、血友病Ｂ血漿と同様の効力でＴＦＰＩをインビトロで阻害することを示す。
実施例１８
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、陰性対照アプタマーと比較して、ＴＦＰＩ活性をインビトロで阻害し、生物学的活性を有することを実証する。
トロンビン生成を高めるＡＲＣ１９４９９の能力を、３つの血小板に乏しい血友病血漿：７〜８人の重度の血友病Ａを有する患者（１％未満のＦＶＩＩＩレベル、「血友病Ａ血漿」と称される）からプールした血漿、抗ＦＶＩＩＩ抗体の高力価を有する３人の異なる血友病Ａ患者（１６０ベセズダ単位（ＢＵ）／ｍＬ以上、「インヒビター血漿」と称される）からプールした血漿、および２人の重度の血友病Ｂを有する患者（１％未満のＦＩＸレベル、「血友病Ｂ血漿」と称される）からプールした血漿において試験した。全ての血漿を、Ｇｅｏｒｇｅ Ｋｉｎｇ Ｂｉｏ−Ｍｅｄｉｃａｌ（Ｏｖｅｒｌａｎｄ Ｐａｒｋ，ＫＳ）から入手した。トロンビン生成を、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを用いて測定した。本アッセイにおいて、血漿およびアプタマーを混合し、リン脂質および組織因子を含有する試薬に添加した。トロンビン生成を、トロンビンの塩化カルシウムおよび蛍光基質を含有する混合物の添加により開始した。反応は３７℃で起こり、蛍光強度を、１時間にわたって定期的に測定した。組織因子およびリン脂質の最終濃度は、それぞれ、１ｐＭおよび４μＭであった。ＡＲＣ１９４９９（０．３、１、３、１０、３０、１００、３００、および１０００ｎＭ）の存在下でのトロンビン生成を、陰性対照アプタマー（０．１、１、１０、１００、および１０００ｎＭ）と比較した。ＥＴＰ、ピークトロンビン、および遅延時間（平均±標準誤差）のプロットが、図４４に示される。
血友病Ａ血漿は、正常な血漿と比較して、わずかに短い遅延時間を有し、ＥＴＰおよびピークトロンビンを著しく減少させた（それぞれ、約５０％および約７５％）。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、トロンビン生成における欠陥を大いに補正した。ＥＴＰを、３ｎＭ ＡＲＣ１９４９９で正常なレベル近くまで補正し、ピークトロンビンを１００ｎＭアプタマーで補正した（図４４Ａ）。インヒビター血漿は、正常な血漿と比較して、ＥＴＰおよびピークトロンビンも減少させた（それぞれ、約５０％および約７０％）。重度の血友病Ａ血漿と同様に、ＡＲＣ１９４９９は、本血漿中のトロンビン生成を増加させた。３０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９では、ＥＴＰおよびピークトロンビンの両方ともに正常なレベルであった（図４４Ｂ）。血友病Ｂは、トロンビン生成におけるさらに大きな欠陥を有し、ＥＴＰおよびピークトロンビンを著しく減少させ（それぞれ、約７０％および約９０％）、遅延時間を増加させた。血友病Ａ血漿と同様に、増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、本血漿中のトロンビン生成を改善し、３０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９で正常なＥＴＰレベル、１００〜３００ｎＭアプタマーで正常なピークトロンビンレベルを得た（図４４Ｃ）。総合すると、これらの結果は、３０〜１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９は、３つの異なる種類の血友病血漿中の凝固を回復させるのに有効であることを実証する。陰性対照アプタマーも同様に３つの異なる血漿において試験したが、トロンビン生成の補正を示さなかった（図４４）。
本実施例で使用した陰性対照アプタマーＡＲＣ３２６０３の配列は、ｍＧ−ｍＧ−ｍＡ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＧ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＵ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＧ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＧ−ｄＣ−ｍＧ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−ｍＵ−ｍＡ−３Ｔ（配列番号１５２）であった。
実施例１９
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２が校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイにおいて生物学的活性を有するとを実証する。
各アプタマーのＴＦＰＩ阻害活性を、ＣＡＴアッセイにおいて、５００ｎＭ、１６７ｎＭ、５５．６ｎＭ、１８．５ｎＭ、６．１７ｎＭ、および２．０８ｎＭアプタマー濃度のプールされた血友病Ａ血漿中で評価した。ＡＲＣ１７４８０を対照として全ての実験に含めた。各アプタマーについて、各アプタマー濃度の内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）およびピークトロンビン値を分析に使用した。血友病Ａ血漿のみのＥＴＰまたはピークトロンビン値を、各濃度での各分子について、アプタマーの存在下での対応する値から減算した。次いで、調整したＥＴＰおよびピーク値を、アプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝ＥＴＰまたはピークトロンビン、ｘ＝アプタマー濃度、ｍａｘ＝最大ＥＴＰまたはピークトロンビン、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、ＥＴＰおよびピークトロンビン両方のＩＣ５０値を生成した。図４５Ａ〜Ｄおよび図４６Ａ〜Ｂは、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２でのＣＡＴ実験のグラフを示す。調整した内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）およびピークトロンビンの両方が示される。これらの実験は、血友病Ａ血漿のＥＴＰおよびピークトロンビンにおける濃度依存的増加で証明されるように、ＡＲＣ１７４８０、ＡＲＣ２６８３５、ＡＲＣ１９５００、ＡＲＣ１９５０１、ＡＲＣ３１３０１、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１９８８１、およびＡＲＣ１９８８２の全てが、ＣＡＴアッセイにおいて、ＴＦＰＩを機能的に阻害することを実証する。これらの分子全てが、ＣＡＴアッセイにおいて同様の活性を有した。
実施例２０
本実施例は、ＴＦＰＩアプタマーが生物学的活性を有することを実証する。
本実験において、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）の能力と比較した、トロンビン生成に影響を及ぼすＡＲＣ１９４９９の能力を、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを用いて試験した。ＣＡＴアッセイは、いくつかのパラメーターを生成してトロンビン生成を比較する。遅延時間は、トロンビン生成が開始するまでの時間の長さの測定である。ピークトロンビンは、任意の一時点での生成されるトロンビンの最大量の測定である。内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）は、トロンビン生成曲線下面積である。
これらの研究を、３つの異なる血漿：健常な志願者由来の血小板に乏しい血漿、１％未満の第ＶＩＩＩ因子レベルを有する血友病Ａ患者由来の血漿のプール（Ｇｅｏｒｇｅ Ｋｉｎｇ Ｂｉｏ−Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｉｎｃ，Ｏｖｅｒｌａｎｄ Ｐａｒｋ，ＫＳから市販）、および第ＶＩＩＩ因子に対して阻害剤抗体の高力価を有する血友病Ａ患者由来の血漿（Ｇｅｏｒｇｅ Ｋｉｎｇ Ｂｉｏ−Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｉｎｃ，Ｏｖｅｒｌａｎｄ Ｐａｒｋ，ＫＳから市販）の存在下で実行した。ＣＡＴアッセイにおいて、血漿および薬物（ＡＲＣ１９４９９またはＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）のいずれか）をともに混合し、リン脂質および組織因子を含有する試薬に添加した。トロンビン生成を、トロンビンの塩化カルシウムおよび蛍光基質を含有する混合物の添加により開始した。反応は３７℃で起こり、蛍光強度を、１時間にわたって定期的に測定した。組織因子およびリン脂質最終濃度は、それぞれ、１ｐＭおよび４μＭであった。薬物を、以下の血漿濃度：０．３、１、３、１０、３０、１００、および３００ｎＭで試験した。
健常な志願者由来の血漿において、ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）で試験した濃度の範囲にわたってＥＴＰの変化はなかった（図４７Ａ）。ピークトロンビンレベルは、より高い用量でわずかに増加し、ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、ほぼ同一の様式を示した（図４７Ｂ）。ＡＲＣ１９４９９がトロンビン生成の遅延時間に影響を与えなかった一方で、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、遅延時間の用量依存的減少を示し、３０ｎＭの時点で最小遅延時間に達した（図４７Ｃ）。
ＥＴＰおよびピークトロンビンレベルは、血友病Ａプール由来の血漿において、それぞれ、約４０％および約７５％減少し、第ＶＩＩＩ因子の欠損によるトロンビン生成の欠乏と一致した。ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、これらのパラメーターの両方で測定されるように、トロンビン生成における欠陥を大いに補正した。これらの作用物質は、ほぼ同等のＥＴＰへの影響を示し、３０ｎＭの時点で最大ＥＴＰに達した（図４８Ａ）。ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、ピークトロンビンにわずかに高い影響を与え、３０ｎＭの時点で最大レベルに達した。ＡＲＣ１９４９９は、３００ｎＭで同一のピークトロンビンのレベルに達した（図４８Ｂ）。健常な志願者由来の血漿において見られるように、ＡＲＣ１９４９９が遅延時間に影響を与えなかった一方で、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、遅延時間の用量依存的減少を示し、３０ｎＭで最大の影響に達した（図４８Ｃ）。
同様の結果が、高力価抗体を有する患者由来の血漿において見られた。両方の薬物ともに、同一の様式でＥＴＰおよびピークトロンビンを増加させた（図４９Ａ〜Ｂ）。この場合もやはり、ＡＲＣ１９４９９が遅延時間に影響を与えなかった一方で、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、遅延時間の用量依存的減少を示した（図４９Ｃ）。インヒビター血漿に関連する標準誤差は、健常な血漿または血友病Ａプールにおいて見られた標準誤差よりも高かった。これは、３人のインヒビター患者（１６０ＢＵ／ｍＬ、５３３ＢＵ／ｍＬ、および５８４ ＢＵ／ｍＬ）の間の力価における差異による可能性が高い。
全体的に見て、遅延時間を除いて、ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、試験した全ての血漿におけるトロンビン生成に非常に類似した影響を与えた。
実施例２１
本実施例は、ＴＦＰＩアプタマーが生物学的活性を有することを実証する。
本実験において、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）の能力と比較した、血栓形成に影響を及ぼすＡＲＣ１９４９９の能力を、トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））アッセイを用いて試験した。ＴＥＧ（登録商標）アッセイは、発達する血餅の機械的性質を測定する。ＴＥＧ（登録商標）アッセイにおいて、血液生成物および任意の活性化因子を含有するカップを、捻れワイヤに取り付けられたピン周囲で自由に振動させる。血餅が発達するにつれて、新しく形成されたフィブリン鎖は、振動したカップを固定されたピンに接続させ、ピンを引っ張り始め、したがって、捻れワイヤへの力を生成する。この力は、血栓形成を監視するコンピューターによりシグナルに変換され、時間に対するシグナルの高さのトレースとして示される。このトレースから、様々な態様の血栓形成を測定するいくつかのパラメーターを抽出することができる。Ｒ値は、最初の血餅が発達するまでの時間を測定する。角度は、血餅が形成する速度の測定である。最大振幅（ＭＡ）は、血餅強度および安定性の測定である。
これらの研究を、健常な志願者由来のクエン酸全血において実行した。第１のアッセイにおいて、薬物を、処理されていない全血において試験した。第２のアッセイにおいて、血液をまず、薬物添加前に、３７℃で３時間、ヒト第ＶＩＩＩ因子に対してヒツジ多クローン性抗体で処理した。両方のアッセイにおいて、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）またはＡＲＣ１９４９９を、０．０１、０．１、１、１０、または１００ｎＭの最終血液濃度で、血液（抗体で処理された血液または処理されていない血液）に添加した。凝固の活性化は、最終希釈１：２０００００（約６ｆＭ）の組織因子（Ｉｎｎｏｖｉｎ）および最終濃度１１ｍＭの塩化カルシウムの添加時に起こった。
処理されていない血液において、ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）の両方ともに、１０ｎＭで最小値に達するように見えたＲ値の中程度の用量依存的減少を示した（図５０Ａ）。角度およびＭＡ値は、試験した濃度にわたって変化しないままであった（図５０Ｂ〜Ｃ）。
第ＶＩＩＩ因子抗体で処理された血液において、両方の薬物ともに、Ｒ値に同様の影響を与えた。処理されていない血液と比較して、抗体で処理された血液のＲ値は延長された。ＡＲＣ１９４９９またはＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）の濃度が増加するにつれて、Ｒ値は、処理されていない血液のレベルと同一のレベルに回復した（図５１Ａ）。抗体処理は、血液中の血栓形成の速度を減少させ、その角度により報告される。ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、角度に強い影響を与え、０．１から１００ｎＭのＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）に直線的に増加させた。この増加は、処理されていない血液で得られた角度を超えた。ＡＲＣ１９４９９も角度を増加させたが、値は、処理されていない血液で得られたレベルと同様のレベルで、アプタマーの１０ｎＭの時点でプラトー状態となるように見えた（図５１Ｂ）。ＭＡへの影響は、主として、全血のＭＡにおける大きな差異があるように見えないため、ＦＶＩＩＩ抗体処理にかかわらず、両方の薬物において最小であった。両方の薬物ともに、処理されていない血液で得られたＭＡ値と、抗体で処理された血液で得られたＭＡ値との間に収まるＭＡ値をもたらした。（図５１Ｃ）。
ＣＡＴアッセイで見られるように、ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、第ＶＩＩＩ因子を欠乏したか否かにかかわらず、全血における血栓形成に非常に類似した影響を与えた。この２つの薬物の間の主な違いは、血栓形成の速度（角度）への影響において見られ、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、濃度が増加するにつれて、速度においてより直線的な増加を示すが、ＡＲＣ１９４９９も同様に、速度を増加させる。
実施例２２
本実施例は、ＴＦＰＩアプタマーが生物学的活性を有することを実証する。
本実験において、トロンビン生成におけるＡＲＣ１９４９９と第ＶＩＩＩ因子との間の相乗効果を、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを用いて試験した。これらの研究を、１％未満の第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）レベルを有する血友病Ａ患者由来の血漿のプール（Ｇｅｏｒｇｅ Ｋｉｎｇ Ｂｉｏ−Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｉｎｃ，Ｏｖｅｒｌａｎｄ Ｐａｒｋ，ＫＳから市販）の存在下で実行した。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９（１〜３００ｎＭ）を、０、１．４、２．５、５、１４、および１４０％の第ＶＩＩＩ因子（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｓｔａｎｄａｒｄ）の存在下で分析した。結果を、ＡＲＣ１９４９９の不在下での血友病Ａおよびプールされた正常な血漿のベースライン応答と比較した。
正常な血漿および血友病Ａ血漿が他の点では同等であると想定して、血友病Ａ血漿における第ＶＩＩＩ因子の不在は、本実験において、正常な血漿と比較して、トロンビン生成のベースライン遅延時間の限界に近い減少（図５２Ａ）、ピークトロンビン濃度の３〜４倍の減少（図５２Ｂ）、および内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）の１．５〜１．６倍の減少（図５２Ｃ）を引き起こした。第ＶＩＩＩ因子の不在下において、ＡＲＣ１９４９９は、トロンビン生成の遅延時間にほとんど、あるいは全く影響を及ぼさなかったが、ピークトロンビン濃度およびＥＴＰにおける用量依存的増加を引き起こした。外因性第ＶＩＩＩ因子の添加は、全てのパラメーターにおいて漸進的変化を引き起こし、最大の影響がピークトロンビン濃度で観察された（図５２Ｂ）。１４０％の第ＶＩＩＩ因子での再構成は、このパラメーターを正常な血漿において観察されたレベルに類似したレベルまで回復させ、より小さい改善が１４％以下の第ＶＩＩＩ因子で観察された。さらに、それぞれの第ＶＩＩＩ因子濃度により引き起こされたピークトロンビンにおける漸進的な増加は、ＡＲＣ１９４９９の全ての濃度でほぼ同一であり、このことは、トロンビン生成へのその２つの作用物質の影響が、相乗的というよりもむしろ相加的であることを示唆する。ＥＴＰにおいて、第ＶＩＩＩ因子は、ＡＲＣ１９４９９の用量応答曲線を平らにし、相加的効果は、より低い濃度のＡＲＣ１９４９９でのみ観察された（図５２Ｃ）。いったんＡＲＣ１９４９９の１０ｎＭに達すると、さらなる第ＶＩＩＩ因子は利益を有するように見えなかった。図５３Ａは、ＦＶＩＩＩを添加した異なる濃度の血友病Ａ血漿のＥＴＰを示す（点線）。ＡＲＣ１９４９９の添加は、血友病Ａ血漿および５％ＦＶＩＩＩを添加した血友病Ａ血漿において用量依存的増加をもたらした。ＡＲＣ１９４９９は、ＥＴＰを評価した時の１〜１０ｎＭアプタマー（図５３Ａ）、またはピークトロンビンを評価した時の１０〜３０ｎＭアプタマーでの１４％ＦＶＩＩＩに類似した血友病Ａ血漿における凝血促進効果を媒介した。ＡＲＣ１９４９９の飽和量（３００ｎＭ）を異なる濃度のＦＶＩＩＩを有する血漿に添加した時、トロンビン生成レベルは正常な血漿で観察されたレベルに近く、このことは、ＡＲＣ１９４９９が重度の血栓形成促進効果を有さないことを示唆する（図５３Ｂ）。１４０％第ＶＩＩＩ因子をもってしても、正常な血漿のＥＴＰレベルに一度も達しなかった。したがって、この測定により、外因性第ＶＩＩＩ因子の添加は、その作用を促進するというよりはむしろ、ＡＲＣ１９４９９様のバイパス剤の必要性を未然に防ぐように見えた。興味深いことに、ＡＲＣ１９４９９は、第ＶＩＩＩ因子のより高い濃度で遅延時間を減少させるように見えた（図５２Ａ）。
この事例におけるＴＦＰＩの阻害は、より迅速なトロンビン生成の第ＶＩＩＩ因子依存的増殖を可能にし得る。
実施例２３
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、固定化組織因子で活性化された血友病血漿中の血栓形成の空間的モデルにおける凝固を改善することができることを実証する。
空間実験モデルの主要な性質は、血漿凝固が固定化組織因子（ＴＦ）で被覆される表面により活性化されることである。次に、フィブリンゲルが増殖して、巨大な血漿になる。凝固は、特別に設計されたチャンバー内で起こる（図５４Ａ）。血漿試料を、チャンバーのウェルに装填し、その後、サーモスタット内に設置する。全ての実験を３７℃で実行する。チャンバー内へのその端面上に固定化されるＴＦの挿入物の浸漬により、凝固を開始する。血栓形成を、ＣＣＤカメラを用いて、フィブリンゲルからの光散乱により登録する（図５４Ｂ）。チャンバーを、単色光で均一に照射し、画像を１５秒毎に捕捉する。次に、入手した一連の画像をコンピューターで処理し、血液凝固の空間的動態のパラメーターを計算する。
この一連の実験のために、表面を、１〜１００ｐｍｏｌｅ／ｍ２の範囲のＴＦ密度で誘導体化した。表面上のＴＦの密度は、過剰な第ＶＩＩａ因子（Ｎｏｖｏｓｅｖｅｎ（登録商標）、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ）の存在下で、発色性第Ｘａ因子基質Ｓ−２７６５（Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｘ）を用いて、第Ｘ因子（Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を活性化する能力を特徴とした。Ｓ−２７６５切断の速度を光吸収（４０５ｎｍ）で測定し、一式のＴＦ標準溶液（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ）を用いて調製された較正曲線と比較して、ＴＦ濃度を計算した。
それぞれの光散乱画像を、活性化表面に引かれた垂線に沿って（画素強度に基づく）平均光散乱強度を計算することにより処理した。各画像のデータを、活性化表面からの距離に対する光散乱強度のプロット上に一本の等高線として示した（図５５）。血餅増殖を、最大９０分の連続した時点で取り込まれた画像から決定した増加した光散乱強度の連続した等高線により質的に（図５５）、または時間に対する血餅の大きさをプロットすることにより量的に（図５６）示した。各画像における血餅の大きさを、散乱強度が最大半減である等高線に沿って、座標（マイクロメートルまたはミリメートル単位）として決定した。時間プロットに対する血餅の大きさに基づいて、以下のパラメーター：遅延時間（活性化因子との血漿の接触と血栓形成の開始との間の遅延）、血餅成長の初期速度（αもしくはＶ初期、遅延時間後の最初の１０分間にわたる時間曲線に対する血餅の大きさの平均勾配）、血餅成長の空間速度または定常速度（βもしくはＶ定常、翌３０分間にわたる平均勾配）、および本実験の６０分後の血餅の大きさ（血栓形成効率の積分パラメーター）を計算した。各実験について、活性化因子表面に沿って、異なる時点から４つの垂線を引いた。時間に対する血餅の大きさの特性を分析し、それぞれの凝固パラメーターの４つの値を得て、次に、平均化して平均を得た。
この研究をまず、（業務用血漿または凍結血漿ではなく）健常なドナーおよび血友病Ａ患者由来の新たに調製された血漿を用いて行った。血液を、健常な志願者および血友病Ａ患者から９：１のｖ／ｖ比で収集して、３．８％クエン酸ナトリウムおよび０．２ｍｇ／ｍＬ ＣＴＩ（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｒｕｓｓｉａｎ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を含有する溶液に入れ、次に、１，５００ｇで１５分間の遠心分離で処理し、血小板に乏しい血漿を得た。これを１０，０００ｇで５分間さらに遠心分離し、血小板を含まない血漿を得た。正常な血漿の新鮮なプールを、それぞれ３人の健常なドナーから調製した。実験の１５分前の時点で、３００μＬの血漿を１８μＬのＡＲＣ１９４９９または組換え第ＶＩＩａ因子（あるいは、指定されたｒＶＩＩａもしくはＮｏｖｏｓｅｖｅｎ（登録商標））で補充した。ＡＲＣ１９４９９または第ｒＶＩＩａ因子を欠乏する対照実験において、血漿を、同一の容量のリン酸緩衝生理食塩水で補充した。血漿を６μＬの１Ｍ ＣａＣｌ２の添加により再石灰化し、混合し、３００μＬの再石灰化された血漿を実験用チャンバー内に設置した。次に、ＴＦ誘導体化表面を有する挿入物をチャンバー内に設置し、凝固を開始した（図５４Ａ）。
３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を有する正常なプールされた血漿およびＡＲＣ１９４９９を有さない正常なプールされた血漿中の１ｐｍｏｌｅ／ｍ２のＴＦ密度により活性化された、典型的な空間的血栓形成実験の結果が、それぞれ、図５５Ａおよび図５５Ｂに示される。プロットは、活性化因子からの距離の関数として光散乱の輪郭を示す。２つの輪郭の間の時間は２．５分間であり、各実験の総使用時間は９０分間である。図５５Ａと比較した図５５Ｂの各時点での光散乱の強化は、ＡＲＣ１９４９９の添加が空間的血栓形成を改善したことを示唆する。しかしながら、血栓形成へのＡＲＣ１９４９９の影響は、処理された散乱データから算出された時間に対する血餅の大きさのプロットにおいてより明確に見られ、遅延時間、Ｖ初期（α）、および６０分時点での血餅の大きさにおける改善は観察可能である。
血栓形成パラメーターを、図５７に示されるＴＦ表面密度の関数としてプロットした。縦のエラーバーが血餅パラメーターの標準偏差を示し、一方で、「ｎ」は特定のＴＦ密度で実行した実験の数である。横のバーは、ＴＦ密度の決定についてのＳＤである（それぞれの活性化因子シリーズにおいてｎ＝２）。図５７Ａは、活性化因子ＴＦ密度への平均遅延時間依存度を示す。ＡＲＣ１９４９９によるＴＦＰＩ阻害の大きさはＴＦ密度によって決まり、密度が減少するにつれてより著しくなった（ＴＦ密度１〜３ｐｍｏｌｅ／ｍ２での遅延時間において最大２．５倍の短縮）。図５７Ｂは、活性化因子ＴＦ密度への平均的な初期血餅成長速度の依存度を示す。この場合もやはり、ＡＲＣ１９４９９の影響は、初期速度において約１．８倍の増加が観察された低ＴＦ密度（１〜３ｐｍｏｌｅ／ｍ２）でのみ有意であった。図５７Ｃは活性化因子ＴＦ密度への血餅成長定常速度の依存度を示し、ＡＲＣ１９４９９は、活性化因子の全範囲にわたって血餅増殖速度にほとんど影響を与えなかった。最後に、図５７Ｄは、６０分後の平均的な血餅の大きさを示す。ＴＦＰＩの阻害は、１〜４ｐｍｏｌｅ／ｍ２の密度で血餅の大きさに影響を及ぼし、ＡＲＣ１９４９９の影響は、ＴＦ密度が増加するにつれてわずかになった。これらのデータに基づいて、２つのＴＦ密度：低ＴＦ密度１〜２ｐｍｏｌｅ／ｍ２、および中程度のＴＦ密度１０〜２０ｐｍｏｌｅ／ｍ２を、ＡＲＣ１９４９９のさらなる研究のために選択した。いくつかのロットの活性化因子をこれらのＴＦ密度のそれぞれにおいて調製し、低密度および中程度の密度の活性化因子の平均値は、それぞれ、２．０±０．６８（ｎ＝２２ロット）および２０．６±８．９０ｐｍｏｌｅ／ｍ２（ｎ＝５ロット）であった。
正常なプールされた血漿における異なるＡＲＣ１９４９９濃度（０〜１０００ｎＭ）の空間的凝固への影響を評価し、ＡＲＣ１９４９９の影響の用量依存度を試験した。図５８は、異なる正常な血漿プール（ｎ＝４）および低表面ＴＦ密度での実験の平均（標準誤差）の平均誤差および標準誤差を示す。最大３０ｎＭまでのＡＲＣ１９４９９濃度の増加の増加に伴って遅延時間（図５８Ａ）は減少し、それから安定した。ＡＲＣ１９４９９濃度の増加に伴って初期速度（図５８Ｂ）は約３０％増加した一方で、定常速度（図５８Ｃ）は、濃度の全範囲にわたって著しく影響を及ぼさなかった。ＡＲＣ１９４９９濃度の増加に伴い、６０分時点での血餅の大きさ（図５８Ｄ）において検出可能な増加があった。影響を受けた全てのパラメーターに関して、ＡＲＣ１９４９９の最大の影響が３００ｎＭで得られ、最大半減の影響の濃度は１０ｎＭ未満であった。図５９は、図５７および図５８からの未加工データと合わせた低ＴＦ密度での０〜３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９の凝固パラメーターの平均（±標準誤差）を示す（ｎ＝６）。ＡＲＣ１９４９９の影響の統計的有意性を計算するために、各パラメーター値の間の差異を各実験において計算し、これらの差異の分布を、ｔ検定を用いてゼロと比較した。星印は、統計的有意性（Ｐ０．０５未満）を示し、±ＡＲＣ１９４９９の間の値の差異がゼロとは異なることを示す。遅延時間および血餅の大きさへの影響が一番大きかったが、４つ全てのパラメーターへの影響は統計的に有意であった。
図６０は、ＡＲＣ１９４９９濃度の関数としてプロットした、異なる正常な血漿プール（ｎ＝３）および中程度の表面ＴＦ密度での実験における平均パラメーター（±標準誤差）を示す。ＡＲＣ１９４９９の凝固への影響は、この実験においてより小さかった。図６１は、４つ全ての凝固パラメーターについて、０ｎＭのＡＲＣ１９４９９と３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を比較した統計的分析を示す。差異のいくつかが統計的に有意であるように見えたが（星印で示される）、中程度のＴＦ密度で活性化された正常な血漿におけるＡＲＣ１９４９９の凝固への影響は非常に小さかった。
血友病Ａ血漿中の低密度のＴＦで活性化された典型的な空間的血栓形成が図６２に示される。プロットは、血友病Ａ血漿のみ（図６２Ａ）および１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９（図６２Ｂ）または１００ｎＭ ｒＶＩＩａ（図６２Ｃ）を含有する血友病Ａ血漿について、活性化因子からの距離の関数として光散乱の特性を示す。本データが算出された光散乱画像の例が図６３に示され、処理データから算出された時間に対する血餅の大きさのプロットが図６４に示され、正常な血漿特性を比較のために含めた。これらのデータに基づいて、ＡＲＣ１９４９９は、遅延時間を短縮し、血餅の大きさを増加させることにより、空間的血栓形成を改善した。図６４に示されるように、１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９は、血栓形成を部分的に正常化し、活性化表面からの血餅増殖を促進した。対照的に、１００ｎＭ ｒＶＩＩａは、強力なＴＦ非依存性の凝固を刺激した。活性化表面からの空間的血餅増殖の正常化を刺激するというよりはむしろ、この濃度のｒＶＩＩａは、反応チャンバーの至るところで凝固を誘発した。
さらなる実験は、様々な血友病患者の血漿におけるＡＲＣ１９４９９の濃度依存的影響を特徴付けた。試料を得た患者プールの人口動態が、図６５の表に示される。患者の全てが、重度（１％未満）または中程度（１〜５％）のＦＶＩＩＩ欠乏を有した。図６６、図６７、および図６８は、それぞれ、患者番号１、２、および３の血漿における低密度のＴＦで活性化された空間的血栓形成へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響を示す。この時点より、エラーバーは、単一実験内の増殖するフィブリン血餅の前面に沿ったｎ＝４領域の標準誤差を示す。これらの図のパネルＡおよびパネルＢは、それぞれ、ＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａ濃度への遅延時間依存度を示す。遅延時間は２倍減少し、ＡＲＣ１９４９９の濃度は０から最大３０ｎＭまで増加し、より高いＡＲＣ１９４９９濃度においては、遅延時間のさらなる著しい変化はなかった。同一の図のパネルＣおよびパネルＤは、それぞれ、ＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａ濃度への初期速度依存度を示す。初期速度は２倍増加し、ＡＲＣ１９４９９の濃度は０から最大３０ｎＭまで増加し、より高いＡＲＣ１９４９９濃度においては、さらなる著しい変化はなかった。図６９は、１つのグラフにおける３人全ての患者のＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａ濃度への血餅成長定常速度の依存度を示す。ＡＲＣ１９４９９は、全体の調査した濃度範囲にわたって定常速度に影響を与えなかった一方で、ｒＶＩＩａの添加は、本パラメーターの強力な増加につながった。最後に、図７０は、ＡＲＣ１９４９９（図７０Ａ）およびｒＶＩＩａ（図７０Ｂ）への６０分時点での血餅の大きさの依存度を示す。６０分時点での血餅の大きさは１．５〜２倍増加し、ＡＲＣ１９４９９の濃度は０から最大３０ｎＭまで増加し、より高いＡＲＣ１９４９９濃度においては、さらなる著しい変化はなかった。０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９および３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９についての各パラメーターを比較した、低ＴＦ密度データの統計的分析が図７１に示される。ＡＲＣ１９４９９は、遅延時間（図７１Ａ）、初期速度（図７１Ｂ）、および６０分時点での血餅の大きさ（図７１Ｄ）に著しく影響を与えたが、定常速度（図７１Ｃ）には影響を与えなかった。
図７２、図７３、および図７４は、それぞれ、患者番号４、５、および６の血漿における中程度の密度のＴＦで活性化された空間的血栓形成へのＡＲＣ１９４９９およびｒＶＩＩａの影響を示す。ＡＲＣ１９４９９は、試験した全範囲の濃度にわたって、中程度の密度の活性化因子についての凝固パラメーターにほとんど影響を与えなかった。０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９および３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９についての各パラメーターを比較した、中程度のＴＦ密度のデータの統計的分析が図７５に示される。ＡＲＣ１９４９９は、これらの条件下において、４つの凝固パラメーターのうちのいずれにも著しい影響を与えなかった。
低ＴＦ密度の条件下でＡＲＣ１９４９９での凝固正常化の程度を推定するために、図７６は、正常な血漿と比較した、３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を有する血友病Ａおよび血友病Ａについての平均凝固パラメーターを示す。ＡＲＣ１９４９９は、正常なレベル未満に遅延時間を短縮し、初期速度を正常化したが、定常速度には影響を与えなかった。ＡＲＣ１９４９９は、６０分時点での血餅の大きさを約２倍、正常な値の３０％から最大６０％まで増加させた。ＡＲＣ１９４９９の影響が、正常な血漿および血友病Ａ血漿において異なるかを確認するために、３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を有する場合の比率および３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を有さない場合の比率を、４つ全ての凝固パラメーターについてプロットした［比率＝（パラメーター）＋ＡＲＣ１９４９９／（パラメーター）−ＡＲＣ１９４９９］（図７７）。血友病Ａ血漿および正常な血漿の両方において、遅延時間比は約０．５であり、このことは、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の添加がそれぞれの遅延時間を約半分に減少させることを示唆する。Ｖ定常についての比率もそれらの血漿の間において同様であった。しかしながら、正常な血漿と比較して、血友病Ａ血漿においてＶ初期および６０分時点での血餅の大きさでより大きな比率が観察され、このことは、血友病Ａ血漿におけるＡＲＣ１９４９９の最大の影響が、正常な血漿における最大の影響をわずかに超えたことを示唆する。
血友病Ａ血漿におけるＡＲＣ１９４９９のＩＣ５０を決定するために、低ＴＦ密度に対するＡＲＣ１９４９９濃度（最大１０ｎＭ）の関数として平均遅延時間および血餅の大きさをプロットした（図７８）。曲線適合により計算された最大半減の影響は、両パラメーターにおいて約０．７ｎＭであった。
図７９は、血友病Ａ血漿のみ、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９を有する血友病Ａ血漿、または３０ｎＭ ｒＶＩＩａを有する血友病Ａ血漿についての凝固パラメーターを比較する。図７９Ａ〜Ｄは、それぞれ、遅延時間、初期血餅成長速度、定常速度、および６０分後の血餅の大きさを示す。ｒＶＩＩａとは対照的に、ＡＲＣ１９４９９は、遅延時間を短縮し、初期速度を増加させることにより、最初に血餅の大きさを増加させ、これは、空間的増殖段階（Ｖ定常）に影響を与えなかった。
ＴＦＰＩが枯渇した血漿における低ＴＦ密度での実験も実行し、ＡＲＣ１９４９９の作用機序およびＴＦＰＩによる空間的凝固の調節に関する識見を得た。凍結乾燥したＴＦＰＩが枯渇した血漿をＡｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａから購入し、脱イオン水中で再懸濁し、ＣＴＩを０．２ｍｇ／ｍＬ添加した。組換えＴＦＰＩ（ｒＴＦＰＩ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を、空間的血栓形成の測定のために、低ＴＦ表面密度の存在下で、０または１０ｎＭの濃度のＡＲＣ１９４９９を有する血漿またはＡＲＣ１９４９９を有さない血漿（０または３００ｎＭ）中に添加した。ｒＴＦＰＩの添加は、ＡＲＣ１９４９９の不在下において遅延時間（図８０）を著しく増加させたが、３００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下では影響を与えず、このことは、これが完全に阻害されたことを示唆した。ＡＲＣ１９４９９は、補充的ｒＴＦＰＩの不在下ではＴＦＰＩが枯渇した血漿中の凝固に影響を与えず、このことは、その影響はＴＦＰＩに特異的であることを示唆する。ｒＴＦＰＩもＡＲＣ１９４９９も、本実験において初期速度にいかなる影響も与えなかった。
結論として、ＡＲＣ１９４９９は、低ＴＦ密度（１〜３ｐｍｏｌｅ／ｍ２）で、空間的に不均一な系において、正常な血漿および血友病Ａ血漿中の凝固を著しく改善した。遅延時間が短縮され、空間的増殖の初期速度および６０分時点での血餅の大きさがＡＲＣ１９４９９の最大２倍に増加し、活性化因子どころか空間的増殖速度にほとんど影響を与えなかった。血友病Ａ血漿において、このことが延時間および初期速度パラメーターの完全なる正常化をもたらした一方で、６０分時点での血餅の大きさは、部分的に正常化された（ＡＲＣ１９４９９の添加時に正常な血漿の３０％〜６０％増加）。ＴＦ密度の増加を伴って、アプタマーの影響は小さくなり、ＴＦが２０ｐｍｏｌｅ／ｍ２を超えた時点での影響はほとんどなかった。低ＴＦ密度での本実験における凝固へのＡＲＣ１９４９９の作用は、ＡＲＣ１９４９９がＴＦＰＩを欠乏した血漿中の凝固に影響を与えなかったため、ＴＦＰＩに特異的であった。
実施例２４
本実施例は、全血および無細胞（血漿）凝固時間アッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９が血友病Ａ患者および血友病Ｂ患者から収集された試料中の凝固を改善することができることを実証する。
血液試料（２０ｍＬ）を、７人の重度の血友病Ａ対象（対象番号１、３、５、８、１０、１１、および１２）、２人の重度の血友病Ｂ対象（対象番号４および９）、ならびに３人の健常な対照（対象番号２、６、および７）を含む１２人の対象から収集した。血液を、０．５ｍＭ ＥＤＴＡおよび０．１ｍｇ／ｍＬトウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ、Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）内に収集した。各試料の約半分を全血アッセイで使用した一方で、残りの半分を遠心分離して、乏血小板血漿（ＰＰＰ）を調製した。
ＴＦ活性凝固時間（ＴＦ−ＡＣＴ）は、未分画ヘパリンおよびプロタミンへの患者の応答を測定するための一般的に用いられているシステムである、Ｈｅｍｏｃｈｒｏｎ（登録商標）Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｗｈｏｌｅ Ｂｌｏｏｄ Ｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｔｅｃｈｎｉｄｙｎｅ Ｃｏｒｐ．）を用いて実行した全血アッセイである。この機器で測定される標準ＡＣＴは、凝固の「接触」または「内因性」経路の活性化因子（例えば、セリットまたはカオリン）を含有するチューブを使用する。しかしながら、ＴＦ−ＡＣＴのために、標準ＡＣＴを測定するために設計されるチューブを接触活性化試薬ですすいだ。その中に、１２μＬの１Ｍ ＣａＣｌ２、所望の量のＡＲＣ１９４９９、および２μＬの５ｎＭ再脂質化組換えＴＦ（Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を添加した。この混合物への２ｍＬの全血の添加時に、凝固時間を標準ＡＣＴに関してＨｅｍｏｃｈｒｏｎ（登録商標）Ｒｅｓｐｏｎｓｅ機器上で測定した。結果は、図８１の表様式で示される。３３５±２２秒の平均ベースラインＴＦ−ＡＣＴが正常な対象において観察された。凝血促進効果を示唆するＴＦ−ＡＣＴの適度な減少（最大７５秒）が、４４〜７００ｎＭに及ぶＡＲＣ１９４９９濃度でこれらの個人において観察された。２人の血友病Ｂ対象は、５２８秒および５８０秒のベースラインＴＦ−ＡＣＴを示した。これらの２人の個人において、ＴＦ−ＡＣＴは８８ｎＭ ＡＲＣ１９４９９で１６０〜２０５秒減少し、それから、より高いＡＲＣ１９４９９濃度（最大３５０ｎＭ）で適度に増加した。比較的広い範囲のベースラインＴＦ−ＡＣＴ値が血友病Ａ群において観察され、平均値は５７８±１４０秒であった。ＡＲＣ１９４９９に依存したＴＦ−ＡＣＴの大幅な短縮がこれらの個人の７人中６人に観察され、このうち２人（対象番号１および１１）において、正常な範囲以下の値が観察された。最大４７秒の適度な減少のみ対象番号１２で観察されたが、この対象は、群内で最短の試験ベースラインＴＦ−ＡＣＴ（３２８秒）も示した。これらのデータは、ＡＲＣ１９４９９によるＴＦＰＩ抑制が、単純な全血凝固アッセイにおいて凝固活性を改善することができたことを示唆する。
希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）アッセイを、ＴＦ−ＡＣＴアッセイに関して説明される血液試料と同一の血液試料から調製されたＰＰＰ上で実行した。標準プロトロンビン時間（ＰＴ）を、組織因子（約１ｎＭ）、塩化カルシウム、およびリン脂質から成るトロンボプラスチンを、血漿に添加することにより実行し、凝固の「組織因子」または「外因性」経路の完全性を評価する。標準ＰＴプトロコルを用いて測定される正常な血漿試料における凝固時間は、典型的には約１１秒である。ＰＴは、ワルファリンへの患者の応答を測定するために一般的に使用されており、ＦＶＩＩＩおよびＦＩＸのような接触経路因子の欠乏に対して非常に鈍感である。標準ＰＴとは対照的に、ｄＰＴは、非常に低いＴＦ濃度を使用し、本アッセイで測定される凝固時間は、ＴＦおよび接触経路の両方の因子に敏感である。この特定の実験において、トロンボプラスチン試薬（Ｉｎｎｏｖｉｎ、Ｄａｄｅ−Ｂｅｈｒｉｎｇ）を、トリス緩衝生理食塩水（２０ｍＭトリス、ｐＨ７．５、１５０ｍＭ ＮａＣｌ）中に希釈し、０．３ｐＭのＴＦ濃度に達した。１２０μＬのＰＰＰを６０μＬの希釈ＴＦ溶液と混合することによりｄＰＴを実行し、６０μＬの２５ｍＭ ＣａＣｌ２を血漿／ＴＦ混合物に添加する前に、３７℃で３分間インキュベートした。凝固時間をＡＣＬ−８０００凝固計（Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｂｅｄｆｏｒｄ，ＭＡから）上で記録し、全ての対象に関するデータが図８２に表様式で示される。全ての正常な対象および血友病Ｂ対象、ならびに７人中６人の血友病Ａ対象由来のＰＰＰ試料のベースライン凝固時間は３６０秒超であり、それは、凝固計上で事前に設定した最大の測定可能な凝固時間であった。１人の血友病Ａ対象（番号１０）は、１６９秒のベースラインｄＰＴを示した。ＰＰＰに添加した増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、典型的には、ｄＰＴ凝固時間の減少をもたらした。正常な対象由来のＰＰＰにおいて、２ｎＭ ＡＲＣ１９４９９は、ベースラインに対して凝固時間（平均＝２７８±１５秒）を著しく低下させるのに十分であったが、血友病Ａ対象または血友病Ｂ対象由来の血漿において明らかな影響はなかった。しかしながら、８ｎＭ ＡＲＣ１９４９９は、ほぼ全ての対象由来のＰＰＰにおける凝固時間を低下させた。低いベースラインｄＰＴが観察された対象番号１０、およびＡＲＣ１９４９９に対して非応答性であるように見えた対象番号１２由来のＰＰＰにおいて例外が観察された。これらの２人の個人を除いて、８ｎＭ ＡＲＣ１９４９９についての血友病Ａ群の平均凝固時間は１８８±８秒であった。同一の条件下における正常な群および血友病Ｂ群の平均凝固時間は、それぞれ、２０４±３７秒および２２６±２２秒であった。より高い濃度のＡＲＣ１９４９９は、適度な凝固時間のさらなる減少のみを引き起こした。正常な群、血友病Ａ（番号１０および番号１２を除く）群、ならびに血友病Ｂ群の５００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９での平均凝固時間は、それぞれ、１７９±６秒、２００±２１秒、および１６１±３秒であった。これらのデータは、ＡＲＣ１９４９９によるＴＦＰＩ抑制が、単純な血漿に基づく凝固アッセイにおいて凝固活性を改善することができることを示唆する。
実施例２５
本実施例は、回転式トロンボエラストメトリー（ＲＯＴＥＭ）で測定されるように、ＡＲＣ１９４９９が、血友病Ａ患者および血友病Ｂ患者由来の全血試料中の凝固を改善することができることを実証する。
血液試料を、３９人の健常な志願者（男性２７人および女性１２人）ならびに４０人の血友病患者（全て男性）から収集した。４０人の血友病患者のうち、３人の血友病Ｂ（ＨＢ）患者および２８人の血友病Ａ（ＨＡ）患者は、重度（１％未満のベースライン因子活性）であると診断され、１人のＨＡ患者および１人のＨＢ患者は、中程度の血友病（１〜５％のベースライン因子活性）に罹患しており、４人のＨＡ患者および２人のＨＢ患者が軽度の血友病（５％超のベースライン因子活性）を有した。２１ゲージの翼状針を用いて、血液試料を、１：９の体積比で３．８％クエン酸ナトリウムを含有するプラスチックのＶａｃｕｅｔｔｅチューブ（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ−Ｏｎｅ）内に注いだ。
凝固を、初代のトロンボエラストグラフィーシステム（ＴＥＧ（商標））に基づくＲＯＴＥＭ（Ｐｅｎｔａｐｈａｒｍ ＧｍｂＨ）で分析した。典型的なＲＯＴＥＭ実験では、血液を加熱したカップ内で、３７℃でインキュベートする。フィブリンがカップとピンとの間に形成される時に、ピンの回転が検出されてトレースが生成され、このことは、経時的血栓形成を示唆する。以下のパラメーター：凝固時間（ＣＴ）、血栓形成時間（ＣＦＴ）、最大血餅硬度（ＭＣＦ）、およびアルファ角度（アルファ）を、ＲＯＴＥＭのトレースから分析することができる。凝固時間（ＣＴ）は、分析の開始から血餅の開始までの期間を特徴付ける。血栓形成時間（ＣＦＴ）は、２０ｍｍの振幅に達するまでのその後の期間を特徴付ける。アルファ角度を、２ｍｍの振幅点を通る曲線に対する中心線と接線との間の角度で得る。ＣＦＴおよびアルファ角度の両方ともに、血栓の発達の速度を示す。ＭＣＦは、ＲＯＴＥＭのトレースの最大振幅から計算され、血餅の安定性および強さを描写し、ＭＣＦは、フィブリノーゲンおよび血小板機能によって大きく左右される。
この一式の実験において、３００μＬのＡＲＣ１９４９９を混ぜた全血（０、０．２、０．６、２、６、２０、６０、２００、または６００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９）を、予熱したプラスチックカップに移した。血液試料を２０μＬの０．２Ｍ ＣａＣｌ２を用いて再石灰化し、凝固を約３３ｆＭの組織因子（ＴＦ）（Ｉｎｎｏｖｉｎ，Ｄａｄｅ Ｂｅｈｒｉｎｇ、１：２００，０００で希釈）で活性化した。全ての分析を３７℃で実行した。測定を、トウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）なし、または１００μｇ／ｍＬのＣＴＩ（Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ）を伴ってのいずれかで実行した。測定したパラメーターのうちのいずれかのＡＲＣ１９４９９の異なる濃度の間の比較を、Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ Ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎを用いてＷｉｌｃｏｘｏｎ符号付き順位検定で計算した。健常な対照を患者と比較するために、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ Ｕ−試験を用いた。第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）活性に対する止血パラメーターの相関関係を分析するために、Ｓｐｅａｒｍａｎの順位相関係数を用いた。０．０５以下のｐ値を、統計的に有意であると見なした。
血友病患者のベースライン全血凝固特性は、健常な対照（全てｐ０．０１未満）と比較して、ＣＴＩの不在下において、（延長されたＣＴで示される）延長された開始期ならびに減少した全血凝固の増殖段階（延長されたＣＦＴおよびより小さいアルファ角度）を特徴とした（図８３）。
２ｎＭ以上のＡＲＣ１９４９９の濃度は、血友病患者および健常な対照（ｐ０．０１未満）の両方において、全血凝固を著しく強化した。ＡＲＣ１９４９９の最大止血効果を、６０ｎＭ以上の濃度で得た。血友病の血液において、ＡＲＣ１９４９９はＣＦＴを減少させ、アルファ角度を健常な対照（ｐ０．４超）のアルファ角度に等しい値まで増加させた。凝固時間はＡＲＣ１９４９９により実質的に改善されたが、完全に正常化されなかった。ＭＣＦは、対照と患者との間で著しくは異ならないが、ＡＲＣ１９４９９によって著しく増加した（血友病患者の２ｎＭ以上、および健常な対照の２００ｎＭと比較して、０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９においてｐ０．０５未満）。
血友病Ａ患者試料中のＦＶＩＩＩ凝固剤活性（ＦＶＩＩＩ：Ｃ）活性レベルとベースラインＣＴとの間の比較は、有意な相関関係を示唆した（ｐ０．０１未満）。したがって、血友病Ａ患者のＣＴデータを、３つの群（１％未満のＦＶＩＩＩ：Ｃ、１〜５％のＦＶＩＩＩ：Ｃ、および５％超のＦＶＩＩＩ：Ｃ）に階級化し、健常な対照のＣＴデータの次に再プロットした（図８４）。先に示唆したように、２ｎＭ以上の濃度のＡＲＣ１９４９９は、凝固時間を著しく短縮した（ｐ０．０１未満）。血友病患者および健常な対照のＣＴ値は著しく異なるままであったが（ｐ０．０５未満）、ＡＲＣ１９４９９は、ベースライン値と比較して、血友病患者のＣＴを最大で３８％まで、健常な対照のＣＴを最大で１９％まで短縮した。測定された１％未満のＦＶＩＩＩ：Ｃを有する患者において、ＡＲＣ１９４９９がＣＴに最も影響を与えた。１％未満のＦＶＩＩＩ：Ｃを有する患者のＣＴは完全に正常化されなかったが、ＡＲＣ１９４９９は、健常な対照の範囲および５％超のＦＶＩＩＩ：Ｃを有する患者の値に等しい値にＣＴを短縮した。
２８人の血友病患者および１１人の健常な男性対照由来の試料を用いて、さらなるＲＯＴＥＭ分析をＣＴＩを含有する血液において実行した。この場合もやはり、凝固特性は、ＭＣＦを除く全てのパラメーターにおいて、患者と健常な対照（ｐ０．０１未満）では著しく異なった（図８５）。ＣＴＩの不在下での測定に類似して、ＣＴＩを含有する血液へのＡＲＣ１９４９９の添加は、ＣＴおよびＣＦＴを著しく短縮し、アルファ角度およびＭＣＦ（濃度２０ｎＭ以上、ｐ０．０１以下）を上昇させた。ＣＴＩを含有する血液において、前止血効果は、ＣＴＩを有さない血液よりも顕著であった。ＣＴＩを含有する血液への２００ｎＭのＡＲＣ１９４９９の添加時に、ＣＴが著しく短縮されただけでなく（ｐ０．０１未満）、もはや健常な対照のベースラインＣＴとは異ならなかった（ｐ＝０．０６）。ＡＲＣ１９４９９は、全血を欠乏するＣＴＩで事前に観察されたように、ＣＦＴおよびＣＴＩ全血のアルファ角度も正常化した。６０ｎＭ以上のＡＲＣ１９４９９と混ぜた血友病の血液のＲＯＴＥＭパラメーターは、健常な対照のベースライン値と等しかった（ｐ０．１超）。
後天性血友病Ａを有する１人の患者を採用した。この患者は、７％のＦＶＩＩＩ：Ｃ活性、８．５ＢＵ／ｍＬのＦＶＩＩＩ阻害剤、および６３秒上昇したａＰＴＴを示した。この患者は、２回のＦＶＩＩＩバイパス活性（ＦＥＩＢＡ）の注入を受け、最も最近の注入は静脈穿刺の８時間以内であった。結果として、この患者のＣＴおよびＣＦＴは、すでに正常であった（患者値：ＣＴ＝４９６秒、ＣＦＴ＝２１３秒、健常な対照の平均値：ＣＴ＝６０７秒、ＣＦＴ＝２５１秒）。ＡＲＣ１９４９９は、対照および遺伝性血友病患者よりもＣＴおよびＣＦＴをさらに短縮した（ＣＴ：１９％および３０％に対して４７％、ＣＦＴ：３８％および２２％に対して４５％）。ＡＲＣ１９４９９は、図８６に示されるように、アルファ角度も増加させた。
後天性血友病を有する患者は極めてまれであるため、ＲＯＴＥＭ実験を、ＦＶＩＩＩに対する中和抗体で処理された正常な血液上で繰り返した。健常な対照由来の血液を、ヒツジ抗ヒトＦＶＩＩＩ多クローン性抗体（特定の活性２３００ＢＵ／ｍｇ、Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ）で事前にインキュベートした。図８７は、同一の対照におけるＣＴ（左パネル）およびＣＦＴ（右パネル）を示し、それぞれのグラフの左側に、ＦＶＩＩＩ抗体による阻害後の値が示される。６０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の添加は、抗体で処理された血液のＣＴおよびＣＦＴの両方を正常化した。
これらのデータは、ＲＯＴＥＭで測定されるように、ＡＲＣ１９４９９が、健常な対照および血友病患者由来の血液試料中の凝固に凝固促進効果を与えたことを示す。さらに、ＡＲＣ１９４９９は、血友病患者由来の血液におけるＲＯＴＥＭ凝固パラメーターを正常化することができた。
実施例２６
本実施例は、較正自動トロンボグラフィー（ＣＡＴ）で測定されるように、ＡＲＣ１９４９９が、血友病Ａ患者および血友病Ｂ患者由来の血漿試料中のトロンビン生成を改善することができることを実証する。
血液試料を３９人の健常な志願者（男性２７人および女性１２人）ならびに４０人の血友病患者（全て男性）から収集した。４０人の血友病患者のうち、３人の血友病Ｂ（ＨＢ）患者および２８人の血友病Ａ（ＨＡ）患者は、重度（１％未満のベースライン因子活性）であると診断され、１人のＨＡ患者および１人のＨＢ患者は、中程度の血友病（１〜５％のベースライン因子活性）に罹患しており、４人のＨＡ患者および２人のＨＢ患者が軽度の血友病（５％超のベースライン因子活性）を有した。２１ゲージの翼状針を用いて、血液試料を、１：９の体積比で３．８％クエン酸ナトリウムを含有するプラスチックのＶａｃｕｅｔｔｅチューブ（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ−Ｏｎｅ）内に注いだ。乏血小板血漿（ＰＰＰ）を、２段階の室温での遠心分離ステップ、すなわち、１７００×ｇで１０分間の第１の回転、その後、１８，０００×ｇで１５分間の第２の回転により、これらの試料から調製した。１００μｇ／ｍＬのトウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ、Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）を含有するＰＰＰを、アッセイで用いるために、異なる濃度のＡＲＣ１９４９９（０、０．２、０．６、２、６、２０、６０、２００、または６００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９）と混ぜた。
９６ウェルのマイクロタイタープレート中に、８０μＬのＰＰＰを、２０μＬの組織因子（ＴＦ）およびリン脂質の混合物（ＰＰＰ−Ｒｅａｇｅｎｔ Ｌｏｗ，Ｔｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅ ＢＶ）に添加することにより、ＣＡＴアッセイを実行した。ＴＦおよびリン脂質の最終濃度は、それぞれ、１ｐＭおよび４μＭであった。２０μＬの蛍光基質（ＦｌｕＣａ Ｋｉｔ，Ｔｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅ ＢＶ）を添加することにより反応を開始し、Ｆｌｕｏｒｏｓｋａｎ Ａｓｃｅｎｔ蛍光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて蛍光性を検出した。Ｔｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅソフトウェアによる分析は、ｙ軸にトロンビン（ｎＭ）、およびｘ軸に時間（分間）を有するトロンビン生成曲線をもたらした。ソフトウェアは、遅延時間（分、最初のトロンビン生成の開始までの時間）、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、ｎＭ、トロンビン生成曲線下面積）、ピークトロンビン（ｎＭ、アッセイの任意のある時点で生成された最高量のトロンビン）、ピークまでの時間（分、ピークトロンビン濃度に達するまでの時間）、およびスタートテール（分、トロンビン生成の終了に達する時点）を含む、いくつかのパラメーターの値を決定した。測定したパラメーターのうちのいずれかの異なる濃度のＡＲＣ１９４９９の間の比較を、Ｂｏｎｆｅｒｒｏｎｉ Ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎを用いてＷｉｌｃｏｘｏｎ符号付き順位検定で計算した。健常な対照を患者と比較するために、Ｍａｎｎ−ＷｈｉｔｎｅｙＵ試験を使用した。０．０５以下のｐ値を、統計的に有意であると見なした。
２００ｎＭのＡＲＣ１９４９９の存在下および不在下でのトロンビン生成と比較した、代表的な血友病Ａ患者（左パネル）および健常な対照（右パネル）のＣＡＴデータの例が図８８に示される。ＡＲＣ１９４９９の添加は、血友病Ａ患者試料におけるトロンビン生成曲線を正常化し、健常な対照試料におけるトロンビン生成を増加させた。
全ての血友病患者および健常な男性対照についての平均ＣＡＴパラメーターが図８９に示される。ベースラインにおいて、血友病患者群は、延長されたピークまでの時間、より低いピークトロンビン生成、および大幅に損なわれたＥＴＰを示した。ＡＲＣ１９４９９の不在下において、以下のＣＡＴパラメーター：ピークまでの時間、ピークトロンビン生成、ＥＴＰ、およびスタートテールは、健常な男性対照と血友病患者との間で著しく異なった（ｐ０．００１未満）。健常な対照と血友病患者との間に遅延時間における有意な差異はなかった（図９０）。ＡＲＣ１９４９９の添加は、ＣＡＴアッセイによって評価されたパラメーターの全てを著しくを高めた（図８９および図９０）。６０ｎＭを超える濃度のＡＲＣ１９４９９は、血友病患者のＣＡＴパラメーターを正常化した。以下のＣＡＴパラメーター：スタートテール、ピークまでの時間、およびＥＴＰにおいて、健常な対照のベースライン値と、６０ｎＭ以上のＡＲＣ１９４９９を添加して測定された血友病患者の値との間にもはや有意な差異はなかった（ｐ０．０５超）（図８９）。患者と対照との間のピークトロンビンは著しく異なるままであったが、６００ｎＭのＡＲＣ１９４９９は、血友病患者のピークトロンビンをベースラインにおいて４７ｎＭから１３５ｎＭに１８５％増加させ、したがって、健常な対照の正常な範囲に達した（健常な対照の平均ピークトロンビン１６７ｎＭ、最小１００ｎＭ、最大２９７ｎＭ）。ＡＲＣ１９４９９は、両群において遅延時間を著しく短縮したが（０．６ｎＭを超える濃度に対してｐ０．００１未満）、それらの群の間の差異は、引き続き有意ではなかった（図９０）。
図９１は、ピークトロンビンデータを３つの群（１％未満のＦＶＩＩＩ凝固剤活性（ＦＶＩＩＩ：Ｃ）、１〜５％のＦＶＩＩＩ：Ｃ、および５％超のＦＶＩＩＩ：Ｃ）に階級化し、健常な対照ピークトロンビンデータの次に再プロットしたピークトロンビンデータを示す。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、４つ全ての群においてピークトロンビン生成を増加させた。ＡＲＣ１９４９９は、ベースラインの平均の健常な対照値と比較して、１％未満のＦＶＩＩＩ：Ｃ血漿においてピークトロンビンを完全に正常化しなかったが、６０ｎＭ以上の値のＡＲＣ１９４９９で、５％超のＦＶＩＩＩ：Ｃ濃度を有する患者のベースラインよりも高いベースラインおよび健常な対照において観察された値の範囲内（図９１の斜線領域）に達した。
ＣＡＴアッセイを、後天性血友病を有する患者由来のＡＲＣ１９４９９を混ぜた試料上でも実行した。この患者は、７％のＦＶＩＩＩ：Ｃ活性、８．５ＢＵ／ｍＬ ＦＶＩＩＩ阻害剤、および６３秒上昇したａＰＴＴを示した。この患者は、２回のＦＶＩＩＩバイパス活性（ＦＥＩＢＡ）の注入を受け、最も最近の注入は静脈穿刺の８時間以内であった。結果として、この患者の凝固のＲＯＴＥＭパラメーターは、すでに正常であった（患者値：ＣＴ＝４９６秒、ＣＦＴ＝２１３秒、健常な対照の平均値：ＣＴ＝６０７秒、ＣＦＴ＝２５１秒）。０、２、２０、および２００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下で測定されたトロンビン生成曲線が図９２に示される。この患者は正常なＲＯＴＥＭ値を示したが、ベースラインＣＡＴ値は大幅に損なわれた。遺伝性血友病を有する患者に関して、増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、この患者由来の試料中のトロンビン生成を正常化した。ＡＲＣ１９４９９は、ピークトロンビンおよび患者のＥＴＰに最も影響したが、それらの両方ともに２．５倍以上増加した。ピークトロンビンを正常化した（ピークトロンビン：ベースライン５４ｎＭ〜最大１６５ｎＭ、健常な対照の平均ベースライン値：１６４ｎＭ）。さらに、ＡＲＣ１９４９９（２００ｎＭ）は、ＥＴＰを健常な対照の値を上回った値に増加させた（ＥＴＰ：ベースライン９７３ｎＭ〜最大２５７７ｎＭ、健常な対照の平均ベースライン：ＥＴＰ１３２２ｎＭ）。
ＣＡＴ実験をＦＶＩＩＩに対する中和抗体で処理された正常な血漿上で繰り返した。健常な対照由来のＰＰＰを、ヒツジ抗ヒトＦＶＩＩＩ多クローン性抗体（特定の活性２３００ＢＵ／ｍｇ、Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ）で事前にインキュベートした。図９３は、同一の対照におけるＥＴＰ（左パネル）およびピークトロンビン（右パネル）を示し、それぞれのグラフの左側に、ＦＶＩＩＩ抗体による阻害後の値が示される。６０ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の添加は、抗体で処理された血漿におけるＥＴＰおよびピークトロンビンの両方を正常化した。
これらのデータは、ＣＡＴで測定されるように、ＡＲＣ１９４９９が、健常な対照および血友病患者由来の血液試料中のトロンビン生成に凝固促進効果を与えたことを示す。さらに、ＡＲＣ１９４９９は、血友病患者由来の血漿におけるＣＡＴパラメーターを正常化することができた。
実施例２７
本実施例は、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）で測定されるように、ＡＲＣ１９４９９が、重度、中程度、および軽度の血友病Ａ患者、ならびに重度の血友病Ｂ患者由来の血漿試料中のトロンビン生成時間（ＴＧＴ）を改善することができることを実証する。
血液を、３．２％クエン酸ナトリウムおよび２５０μＬの１．３ｍｇ／ｍＬトウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）を含有する３．２ｍＬのＶａｃｕｅｔｔｅチューブ内に収集し、最終ＣＴＩ濃度は１００μｇ／ｍＬであった。試料を、重度（１％未満のＦＶＩＩＩ、ｎ＝１０）、中程度（１〜５％のＦＶＩＩＩ、ｎ＝７）、および軽度（５〜４０％のＦＶＩＩＩ、ｎ＝５）血友病Ａを有する患者、重度の血友病Ｂ（１％未満のＦＩＸ、ｎ＝５）を有する患者、ならびに健常な志願者（ｎ＝１０）から収集した。ＣＡＴアッセイ用の乏血小板血漿（ＰＰＰ）を調製するために、チューブを２５００×ｇで１５分間遠心分離し、上清を新鮮なＥｐｐｅｎｄｏｒｆチューブに移し、その後、１１０００×ｇで５分間遠心分離した。血漿をすぐに使用するか、あるいは後に使用するために−８０℃で凍結させるかのいずれかを行った。トロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を分析するために、ＡＲＣ１９４９９を、１０、１００、３００、１０００、３０００、または１０，０００ｎｇ／ｍＬ（０．９、９．０、２７．１、９０．３、２７１、または９０３ｎＭ）の濃度で血漿に添加した。
トロンビン生成時間（ＴＧＴ）アッセイを、Ｔｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅソフトウェアバーション２．６でプログラム化されたＴｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｆｌｕｏｒｏｓｋａｎ Ａｓｃｅｎｔ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ（シリアル番号３７４−９００３１Ｃ）から成るＴｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅ機器（Ｔｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅ，Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）上で、較正自動トロンボグラフィー（ＣＡＴ）により実行した。８０μＬの血漿を、２０μＬの再脂質化された組換え組織因子（ＴＦ、最終濃度１ｐＭ）と混合し、２０μＬのＦｌｕＣａ基質の添加によりアッセイを開始した。Ｔｈｒｏｍｂｉｎｏｓｃｏｐｅソフトウェアによるデータの分析は、ｙ軸上にトロンビン（ｎＭ）およびｘ軸上に時間（分間）を有するトロンビン生成曲線をもたらした。ソフトウェアは、遅延時間（分、最初のトロンビン生成の開始までの時間）、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、ｎＭ、トロンビン生成曲線下面積）、ピークトロンビン（ｎＭ、アッセイの任意のある時点で生成された最高量のトロンビン）、およびピークまでの時間（分、ピークトロンビン濃度に達するまでの時間）を含む、いくつかのパラメーターの値を決定した。全ての測定を二重に実行した。各群の平均における差異を、必要に応じて、スチューデントｔ検定またはＡＮＯＶＡを用いて試験した。
図９４〜９７は、健常な志願者（ＨＶ）、重度の血友病Ａを有する患者（ＳＨＡ）、中程度の血友病Ａを有する患者（ＭｏＨＡ）、および軽度の血友病Ａを有する患者（ＭｉＨＡ）からの代表的なＣＡＴデータを示す。新たに処理された血漿で実行した実験での健常な志願者、全ての３つの血友病Ａ患者群、および重度の血友病Ｂ患者群の平均データは、図９８に示される。ベースラインＥＴＰおよびピークトロンビンパラメーターは、健常な対照と比較して、全ての血友病患者群において減少し、ピークまでの時間は増加した。ベースラインパラメーター値が３つの血友病Ａ患者群の間で本質的に区別不能であったため、ＦＶＩＩＩ欠乏の重症度は、観察されたトロンビン生成に影響を与えなかった。ＦＶＩＩＩ欠乏は、健常な対照と比較して、ベースライン遅延時間にほとんど影響を与えなかったが、ＦＩＸ欠乏は、ベースラインで約２倍の遅延時間の延長をもたらした。同様のＣＡＴパラメーター値が凍結融解を経た血漿試料において観察されたため、血漿の凍結は、トロンビン生成にほとんど影響を与えなかった（図９９）。
個別のデータプロット（図９５〜９７）ならびに平均データプロット（図９８および図９９）に示されるように、ＡＲＣ１９４９９の添加は、血友病血漿中のトロンビン生成を改善した。ＥＴＰは、最大１０，０００ｎｇ／ｍＬ（９０３ｎＭ）の増加した濃度のＡＲＣ１９４９９とともに増加し、全ての血友病群において正常なレベルに達した（図９８および図９９）。改善への傾向もピークトロンビンにおいて観察された。このパラメーターの正常化が達成されなかったが、３〜５倍の改善が全ての患者群において観察された。ＡＲＣ１９４９９は、いずれの血友病Ａ患者群においても遅延時間にほとんど影響を与えなかったが、血友病Ｂ由来の血漿における遅延時間をわずかに改善した。ピークまでの時間のわずかな改善も、患者群の全てにおいて観察された。健常な志願者の血漿において、ＡＲＣ１９４９９の添加は、いずれのＣＡＴパラメーターにもほとんど影響を与えなかった。
以下の表：表３．重度の血友病Ａ（ＳＨＡ）、表４．中程度の血友病Ａ（ＭｏＨＡ）、表５．軽度の血友病Ａ（ＭｉＨＡ）、表６．重度の血友病Ｂ（ＳＨＢ）、および表７．正常群における新鮮な血漿および凍結血漿についての平均ＣＡＴデータが、四分位範囲で示される。総合すると、データは、ＡＲＣ１９４９９が、全ての重症度レベルの血友病Ａ患者の血漿、および重度の血友病Ｂ血漿中のトロンビン生成を改善したことを示す。















実施例２８
本実施例は、トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ）で測定されるように、ＡＲＣ１９４９９が、血友病Ａおよび血友病Ｂ患者由来の全血および血漿試料中の凝固を改善することができることを実証する。
血液を、３．２％のクエン酸ナトリウムおよび２５０μＬの１．３ｍｇ／ｍＬトウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）を含有する３．２ｍＬのＶａｃｕｅｔｔｅチューブ内に収集し、最終ＣＴＩ濃度は１００μｇ／ｍＬであった。試料を、重度（１％未満のＦＶＩＩＩ、ｎ＝１０）、中程度（１〜５％のＦＶＩＩＩ、ｎ＝７）、および軽度（５〜４０％のＦＶＩＩＩ、ｎ＝５）血友病Ａを有する患者、重度の血友病Ｂ（１％未満のＦＩＸ、ｎ＝５）を有する患者、ならびに健常な志願者（ｎ＝１０）から収集した。ＣＡＴアッセイ用の乏血小板血漿（ＰＰＰ）を調製するために、チューブを２５００×ｇで１５分間遠心分離し、上清を新鮮なＥｐｐｅｎｄｏｒｆチューブに移し、その後、再び１１０００×ｇで５分間遠心分離した。血漿をすぐに使用するか、あるいは後に使用するために−８０℃で凍結させるかのいずれかを行った。トロンビン生成へのＡＲＣ１９４９９の影響を分析するために、ＡＲＣ１９４９９を、１０、１００、３００、１０００、３０００、または１０，０００ｎｇ／ｍＬ（０．９、９．０、２７．１、９０．３、２７１、または９０３ｎＭ）の濃度で血漿に添加した。
トロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ）アッセイを、ＨａｅｍｏｓｃｏｐｅのＴＥＧ５０００シリーズの機器を用いて実行した。使い捨ての反応カップ中に、３００μＬの全血を４０μＬの９ｐＭ組織因子（ＴＦ）および２０μＬの０．２Ｍ ＣａＣｌ２に添加して、全血ＴＥＧアッセイを実行した。時間トレースに対する振幅を分析して、Ｒ時間（血栓形成を開始するまでの時間、振幅＝２ｍｍ）、Ｋ値（振幅２０ｍｍに達するのに必要とされる時間に等しい、血栓形成の速度の測定）、および角度（Ｒ時間に設定されるその開始点で描かれた振幅トレースの接線から計算される、血栓形成の速度の別の測定）を得た。血漿ＴＥＧアッセイを補充的リン脂質（ＰＬ）を含めたことを除いて同様に実行した。これらのアッセイにおいて、３００μＬのＰＰＰを、１０μＬの３８ｐＭ ＴＦ、３０μＬの４８μＭ ＰＬ（２０％ホスファチジルセリン、２０％ホスファチジルエタノールアミン、６０％ホスファチジルコリン、Ａｖａｎｔｉ Ｐｏｌａｒ Ｌｉｐｉｄｓ）、および２０μＬの０．２Ｍ ＣａＣｌ２と混合した。これらの反応における最終ＰＬ濃度は４μＭであった。
図１００〜１０３は、健常な志願者（ＨＶ）、重度の血友病Ａを有する患者（ＳＨＡ）、中程度の血友病Ａを有する患者（ＭｏＨＡ）、および軽度の血友病Ａを有する患者（ＭｉＨＡ）からの代表的な全血ＴＥＧデータを示す。健常な志願者、全ての３つの血友病Ａ患者群、および重度の血友病Ｂ患者群の平均データが図１０４に示される。ベースラインＲ時間の値は、健常な対照と比較して、全ての血友病患者群において上昇し、このことは、血餅開始の遅延を示唆し、最も有意な影響が重度の血友病Ａおよび血友病Ｂ試料において観察された。さらに、健常な対照と比較して、血友病患者試料のＫ値は増加し、角度は減少した。これらの影響は、因子欠乏の重大度にかかわらず、全ての患者群において同様であったが、これらの影響の両方ともに、正常群と比較して、より緩徐な血栓形成を示す。
個別のデータ（図１０１〜１０３）および平均データプロット（図１０４）に示されるように、ＡＲＣ１９４９９の添加は、ＴＥＧで測定されるように、全血中の血栓形成を改善した。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９（最大１０，０００ｎｇ／ｍＬ、９０３ｎＭ）は、患者群の全てにおいて、ＴＥＧパラメーターの全てを実質的に正常化した（図１０４）。ＡＲＣ１９４９９は、正常な血餅開始（Ｒ時間）および発達（Ｋ値および角度）を回復させた。
同様の結果が、血漿ＴＥＧアッセイで観察された。重度の血友病Ａ（ＳＨＡ）、中程度の血友病Ａ（ＭｏＨＡ）、軽度の血友病Ａ（ＭｉＨＡ）を有する代表的な患者からの個別の血漿ＴＥＧデータが図１０５〜１０７に示され、平均データは図１０８に示される。血友病血漿試料におけるベースライン凝固効果は、３つ全てのＴＥＧパラメーターにおいて疾患重症度との相関への傾向を示し、最も実質的な効果が重度の血友病Ａおよび血友病Ｂ試料で観察された（図１０８）。ＡＲＣ１９４９９の添加は、血栓形成を示す３つ全てのパラメーターを改善した。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、Ｒ時間およびＫ値で測定されるように、患者群の全てにおいて凝固を正常化するように見えた。対照的に、ＡＲＣ１９４９９が、軽度および中程度の血友病Ａ群の両方の角度を正常化するように見えた一方で、重度の血友病Ａおよび血友病Ｂ群の角度は、試験した最高濃度のＡＲＣ１９４９９においてさえも完全には補正されなかった。それにもかかわらず、実質的な改善が、群の全てにおいて観察された。
以下の表：表８．重度の血友病Ａ（ＳＨＡ）、表９．中程度の血友病Ａ（ＭｏＨＡ）、表１０．軽度の血友病Ａ（ＭｉＨＡ）、表１１．重度の血友病Ｂ（ＳＨＢ）、および表１２．正常群における全血ＴＥＧ測定についての平均データが、四分位範囲で示される。さらなる表は、血漿ＴＥＧ測定：表１３．重度の血友病Ａ（ＳＨＡ）、表１４．中程度の血友病Ａ（ＭｏＨＡ）、表１５．軽度の血友病Ａ（ＭｉＨＡ）、表１６．重度の血友病Ｂ（ＳＨＢ）、および表１７．正常群についての平均データを四分位範囲で示す。表の全てにおいて、各パラメーターの予期された正常な範囲は、欄見出しの斜字体で示される。総合すると、本データは、ＡＲＣ１９４９９が、全ての重症度レベルの血友病Ａ患者血漿および重度の血友病Ｂ血漿中の血栓形成を改善することを示す。









実施例２９
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９のインビトロ活性を逆転させることができることを実証する。
４つの拮抗薬（ＡＲＣ２３０８５、ＡＲＣ２３０８７、ＡＲＣ２３０８８、およびＡＲＣ２３０８９）をＡＲＣ１９４９９と混合し、血友病Ａ血漿において、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）およびトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））アッセイの両方で試験した（図１０９）。
ＣＡＴアッセイに関して、ＡＲＣ１９４９９を、それぞれの拮抗薬と個別に３７℃で５分間インキュベートした。次に、混合物を、１００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の最終濃度および増加した濃度のＡＲＣ２３０８５、ＡＲＣ２３０８７、ＡＲＣ２３０８８、またはＡＲＣ２３０８９（２．５、５、１０、２０、４０、８０、１６０、および３２０ｎＭ）で血友病Ａ血漿に添加した。次に、ＣＡＴアッセイを、先に説明したように、最終ＴＦ濃度１．０ｐＭを用いて実行した。ＡＲＣ１９４９９単独で、血友病Ａ血漿のＥＴＰを約６００ｎＭから約９００ｎＭに改善した（図１０９Ａ）。試験した４つ全ての拮抗薬は、８０ｎＭを超える濃度で試験した時に、この改善を阻止した。ＡＲＣ２３０８５およびＡＲＣ２３０８９が１６０ｎＭでＡＲＣ１９４９９活性をほぼ完全に逆転させた一方で、ＡＲＣ２３０８７およびＡＲＣ２３０８８は、３２０ｎＭでＡＲＣ１９４９９活性をほぼ完全に逆転させた。ピークトロンビンを見ると（図１０９Ｂ）、それら４つの拮抗薬は、８０ｎＭで同様のＡＲＣ１９４９９活性の部分的逆転を示した。この場合もやはり、１６０ｎＭの時点でＡＲＣ２３０８５およびＡＲＣ２３０８９がＡＲＣ１９４９９活性を完全に逆転させた一方で、他の２つの拮抗薬は、３２０ｎＭの時点でＡＲＣ１９４９９活性を完全に逆転させた。
ＴＥＧ（登録商標）アッセイに関して、ＡＲＣ１９４９９およびそれら４つの拮抗薬のうちの１つずつを、血友病Ａ血漿と混合し、ＴＦおよびＣａＣｌ２を添加して凝固を開始させた。これを、ＡＲＣ１９４９９および追加の拮抗薬の３７℃での５分間の事前インキュベーションを伴って、およびインキュベーションを伴わずに実行した。ＡＲＣ１９４９９を単独で試験した時に、アプタマーは、血友病Ａ血漿の延長されたＲ値を５４分から８．３分に補正した（図１０９Ｃ）。ＡＲＣ２３０８５は、この改善を部分的に逆転させ、それぞれ、５分間の事前インキュベーションを伴って３０分、および伴わずに２４分のＲ値となった。ＡＲＣ２３０８７は、事前インキュベーションなしではＡＲＣ１９４９９を逆転させることができないが、インキュベーションを伴ってＡＲＣ１９４９９活性を逆転させたことを実証し、３８分のＲ値をもたらした。ＡＲＣ２３０８８は、本アッセイにおいて、任意の事前インキュベーションに関係なく、ＡＲＣ１９４９９活性を逆転させる能力が皆無に近かったことを実証した。ＡＲＣ２３０８７と同様に、ＡＲＣ２３０８９は、事前インキュベーションなしでは、ＡＲＣ１９４９９活性を逆転させる能力がほとんどないことを示した。しかしながら、本アッセイの前に拮抗薬をＡＲＣ１９４９９とともにインキュベートした時に、ＡＲＣ１９４９９活性をほぼ完全に逆転させ、４２分のＲ値をもたらした（図１０９Ｃ）。
これらの実験は、ＡＲＣ１９４９９のインビトロ活性を逆転させることができることを示唆する。
実施例３０
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）のインビトロ抗凝固活性を阻害しないことを実証する。
本アッセイにおいて、増加した濃度のＡＲＣ１９４９９および増加した濃度のＬＭＷＨをともに混合し、血友病Ａ血漿に添加した。これらの血漿混合物のトロンビンポテンシャルを、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイを用いて分析した。図１１０は、それぞれのＬＭＷＨ濃度の存在下での増加したアプタマーの濃度のトロンビン生成曲線を示す。ＡＲＣ１９４９９を、０．１、１、１０、１００、および１０００ｎＭで試験した。ＬＭＷＨを、０（図１１０Ａ）、０．１５６（図１１０Ｂ）、０．３１２（図１１０Ｃ）、０．６２５（図１１０Ｄ）、１．２５（図１１０Ｅ）、２．５（図１１０Ｆ）、および５．０ＩＵ（国際単位）／ｍＬ（図１１０Ｇ）で試験した。
図１１１Ａにおいて、それぞれの組み合わせのＥＴＰ値をｙ軸に示し、ＬＭＷＨ濃度をｘ軸に示す。図１１１Ｂのピークトロンビン値においても同様にした。両方の事例において、治療用量のＬＭＷＨ（０．５〜１．０ＩＵ／ｍＬ）は、トロンビン生成を強力に阻害し、より高い濃度では、最大１０００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下でさえ、いかなるトロンビンの生成もほぼ完全に阻止した（図１１１）。ＬＭＷＨの３８１±２４．３ｎＭおよび２９９±１８．０ｎＭのＩＣ５０値を、それぞれ、ＡＲＣ１９４９９の不在下におけるＥＴＰおよびピークトロンビンデータから計算し、これらの結果は、以前の測定と一致している（Ｒｏｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｓ ｔｈｒｏｍｂｉｎ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｔｈｅ ｎｅｗ ｒａｐｉｄ，ｒｅｌｉａｂｌｅ ａｎｄ ｒｅｌｅｖａｎｔ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａｎｔｉｃｏａｇｕｌａｎｔ ｄｒｕｇｓ？，Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｒｅｓ．２００９；５９：１６０−１６６）。増加した濃度のＡＲＣ１９４９９は、ＬＭＷＨのＩＣ５０を著しく変化させるようには見えず（図１１２）、このことは、ＡＲＣ１９４９９がＬＭＷＨの抗凝固活性を妨害しないことを示唆する。
本実験は、１０００ｎＭ ＡＲＣ１９４９９の存在下でさえも、治療用量のＬＭＷＨが依然としてインビトロアッセイにおいて抗凝固剤のままであることを示唆する。
実施例３１
本実施例は、ＴＦＰＩアプタマーが血清ヌクレアーゼに対して安定であることを実証する。
本実験において、各アプタマーの５０μＭを、９０％のプールされたヒト、カニクイザル、またはラット血清中で、３７℃で７２時間インキュベートした。図１１３に示されるように、試料をＨＰＬＣで分析し、インキュベーション時間の関数として残存する割合を決定した。
ＡＲＣ１９４９８およびＡＲＣ１９４９９の両方ともに、７２時間にわたって、ヒト、サル、ならびにラット血清において９５％を超えて安定していた（図１１３Ａおよび１１３Ｂ）。
ＡＲＣ１９５００は、７２時間にわたって、ヒト、サル、およびラット血清において９２％を超えて安定しており（図１１３Ｃ）、ＡＲＣ１９５０１は、７２時間にわたって、ヒト、サル、およびラット血清において８０％を超えて安定していた（図１１３Ｄ）。
ＡＲＣ１９８８１は、７２時間にわたって、ヒト、サル、およびラット血清において７８％を超えて安定しており（図１１３Ｅ）、ＡＲＣ１９８８２は、７２時間にわたって、ヒト、サル、およびラット血清において９１％を超えて安定していた（図１１３Ｆ）。
実施例３２
本実施例は、ＴＦＰＩアプタマーが生物学的活性を有することを実証する。
本実験において、血友病Ａの非ヒト霊長類モデルを、カニクイザルに、ヒト第ＶＩＩＩ因子（２０ｍｇ、５０，０００ベセズダ単位）に対するヒツジ多クローン性抗体の単回静脈内（ＩＶ）ボーラスを注入することにより作成した。静脈内注入の３．５時間後、サルを、生理食塩水（１ｍＬ／ｋｇ）、組換え第ＶＩＩａ因子（ｒＦＶＩＩａ）（ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）、９０μｇ／ｋｇボーラス）、またはＡＲＣ１９４９９（６００μｇ／ｋｇ、３００μｇ／ｋｇ、もしくは１００μｇ／ｋｇボーラスのいずれか）のいずれかで処理した。クエン酸血液試料を、抗体投与前（ベースライン）、抗体投与の２．５時間後、薬物／生理食塩水での処理の１５分間後（時間＝３．７５時間）、ならびに薬物／生理食塩水での処理の１時間および２時間後（それぞれ、時間＝４．５および５．５時間）に得た。血液を処理して血漿を生成し、クエン酸血漿試料を、プロトロンビン時間（ＰＴ）、活性化部分トロンボプラスチン時間（ａＰＴＴ）、第ＶＩＩＩ因子機能、およびトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））についてアッセイした。生理食塩水で処理したサルは、５．５時間の時点で引き出された後に、ＡＲＣ１９４９９（６００μｇ／ｋｇ）の治療を受けた。本治療を受けてから１５分後に、別のクエン酸血液試料を注ぎ、血漿を処理した。
ＡＲＣ１９４９９がサルＴＦＰＩを阻害することを確実にするために、抗体処理後にサルから採取された血漿を、１〜１０００ｎＭの増加した濃度のＡＲＣ１９４９９とエクスビボで混合し、ＴＥＧ（登録商標）アッセイで試験した（図１１４）。アプタマーを混合した血漿を、抗体処理前および抗体処理後の両方において（それぞれ、実線および点線）、アプタマーを有さない血漿と比較した。抗体処理のみが、Ｒ値を延長した。この抗体で処理された血漿へのＡＲＣ１９４９９の添加は、Ｒ値をベースラインレベル近くまで補正し、このことは、アプタマーがサル血漿と交差反応したことを示唆する。
抗体注入の２．５時間後に回収した血漿試料において、第ＶＩＩＩ因子レベルは０．６％を下回り、５．５時間のアッセイにわたってそのままの状態であった（図１１５）。予想通り、ＦＶＩＩＩに対して非感受性であるＰＴは、抗体投与後に変化しないままであったが（図１１６Ａ）、ｒＦＶＩＩａの注入時に、ＰＴ値の１３．０±０．４秒から１０．７±０．４秒へのわずかな下落があった。ａＰＴＴ値は、第ＶＩＩＩ因子抗体の投与後に増加した（図１１６Ｂ）。ＰＴアッセイで見られるように、ｒＦＶＩＩａ投与は、ａＰＴＴアッセイにおける凝固時間の減少をもたらした。生理食塩水処理時に、ａＰＴＴ値に変化はなかった。（全ての濃度での）ＡＲＣ１９４９９での治療は、ａＰＴＴの延長をもたらした。５．５時間後の時点でＡＲＣ１９４９９ボーラス投与を受けた生理食塩水で処理した動物も、アプタマー投与後にａＰＴＴの延長を示した。この血友病Ａ様のモデルにおける血栓の発達へのＡＲＣ１９４９９での治療の影響を、組織因子（ＴＦ）活性化ＴＥＧ（登録商標）を用いてアッセイした。試験した全ての動物において、抗体投与は、Ｒ値の延長をもたらした（図１１７Ａ）。生理食塩水での処理がＲ値にさらなる影響を与えなかった一方で、ｒＦＶＩＩａならびに６００μｇ／ｋｇおよび３００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９での治療の両方ともに、ベースラインに近いレベルまでのＲ値の減少をもたらした。ＡＲＣ１９４９９の１００μｇ／ｋｇ用量は無効用量であり、Ｒ値にプラスの影響を与えなかった。生理食塩水で処理したサルにおいて、研究の終盤でのＡＲＣ１９４９９のさらなる注入は、Ｒ値の減少に即効性があった。角度（図１１７Ｂ）および最大振幅（ＭＡ）（図１１７Ｃ）は、抗体投与後に両方ともに減少した。６００μｇ／ｋｇおよび３００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９での治療は、ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）と同様に、角度にますます影響を与えるように見えた一方で、１００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９での治療は、生理食塩水処理に同様に反応を示した（図１１７Ｂ）。生理食塩水を含む処理の全ては、ＭＡに付加的影響を与えないように見えた（図１１７Ｃ）。
第２の一連の関連実験において、サルを、同一濃度の抗ＦＶＩＩＩ抗体で、続いて、１時間後に、３００μｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９または９０μｇ／ｋｇ ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）で処理した。クエン酸血液試料を得て、抗体投与の６０分間後、ならびに薬物投与の６０、１２０、１８０、２４０、３００、および４２０分後に、ベースラインの血漿を処理した。血漿試料を、上述のように、ＴＦ活性化ＴＥＧ（登録商標）アッセイを用いて試験した。前述同様に、抗体投与は、Ｒ値の増加（図１１８Ａ）、ならびに角度およびＭＡ値の減少（図１１８Ｂ〜Ｃ）をもたらした。ＡＲＣ１９４９９およびＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）は、非常に類似した様式で反応を示し、Ｒ値をベースラインレベル近くまで回復させ、角度およびＭＡ値の両方を改善した（図１１８）。
総合すると、第ＶＩＩＩ因子、ａＰＴＴ、およびＴＥＧ（登録商標）の全てが、これらのサルにおいて、血友病Ａ様の状態をうまく引き起こしたことを示唆する。ＡＲＣ１９４９９の注入時のａＰＴＴの適度な延長は、恐らく、先に他のアプタマーで観察された、内因性カスケードのさらなる非特異的阻害を反映する。しかしながら、ＴＥＧ（登録商標）アッセイで測定されるＴＦ活性化血漿における凝固時間（Ｒ値）の明確な補正は、第ＶＩＩＩ因子の欠損による止血欠陥が、ＴＦＰＩのＡＲＣ１９４９９阻害によりうまく回避されたことを示唆する。
ＡＲＣ１９４９９での治療におけるさらなる観察で、ＴＦＰＩの血漿レベルの増加をもたらすように見えた。予備実験において、ＡＲＣ１９４９９での治療後、上述のこれらのカニクイザル実験からの試料のＴＦＰＩ濃度は、１：４０で希釈した際にＴＦＰＩ ＥＬＩＳＡの定量の上限を超えた。静脈内または皮下（ＳＣ）投与のいずれかを介して非常に高い用量（２０ｍｇ／ｋｇ）のＡＲＣ１９４９９を受けたカニクイザル由来のＥＤＴＡ血漿試料のＴＦＰＩレベルを測定するこにより、この結果をより綿密に分析した。血液試料を２週間にわたって定期的に注ぐことにより、より延長されたＡＲＣ１９４９９への曝露後のＴＦＰＩ血漿濃度における変化の評価を可能にした。ＴＦＰＩ濃度を、以下：投与前、投与後０．０８３（静脈内のみ）、０．５、２、６、１２、３６、７２、１２０、１６８、２４０、および３３６時間の時点で連続して希釈した血漿試料（最大１：１６００に希釈）中で測定した。ＡＲＣ１９４９９の静脈内投与または皮下投与のいずれかで治療された動物において、ＴＦＰＩレベルは、第１の時点で約０．２ｎＭ（投与前）から５〜７ｎＭにすぐに増加し、その後、ピークレベルまでの時間にわたってより緩徐に、それぞれ、９１±１２および７１±２ｎＭに増加した（図１１９）。ＴＦＰＩレベルのパターンは、静脈内投与または皮下投与のいずれかで治療されたサルにおいて類似しており、７２〜１２０時間の時点でピークレベルまで増加し、緩徐な下落が続いた。しかしながら、ＡＲＣ１９４９９ ｔｍａｘ推定値は、それぞれ、静脈内投与では５分、皮下投与では２４時間であった（データ示されず）。したがって、ＡＲＣ１９４９９がインビボで血漿ＴＦＰＩの増加を促したが、長期にわたるＴＦＰＩおよびＡＲＣ１９４９９濃度の変化は、必ずしも相関しているわけではない。ＴＦＰＩの増加の機構は知られていないが、ＡＲＣ１９４９９への最初の曝露が内皮細胞表面からのＴＦＰＩの急速な放出を引き起こした一方で、それに続く増加は、細胞内貯蔵からのＴＦＰＩの緩徐な放出、ＴＦＰＩ発現の上方調節、および／またはＴＦＰＩクリアランス機構の阻害によるものである可能性がある。アプタマー治療の際のこの血漿ＴＦＰＩレベルの増加は、ＡＲＣ１９４９９に対して特異的であった。ＴＦＰＩ以外の標的に対するアプタマーは、ＴＦＰＩレベルを増加させるようには見えず、特に、ＡＲＣ１９４９９と同一のレベルまで増加させるようには見えなかった（データ示されず）。
実施例３３
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が血友病Ａの非ヒト霊長類（ＮＨＰ）モデルの出血時間を短縮し、この短縮された出血時間が、大抵の場合において、血友病Ａに関連し、かつ以下で説明されるＮＨＰモデルに含まれる延長されたＲ値からのトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））Ｒ値（初期血栓形成までの時間の測定）の同時補正により反映されることを実証する。
ＡＲＣ１９４９９で治療した場合の出血時間およびＡＲＣ１９４９９で治療しなかった場合の出血時間を、カニクイザルに抗ＦＶＩＩＩ抗体（ＦＶＩＩＩ Ａｂ）を投与して血友病Ａ様の状態を引き起こした血友病ＡのＮＨＰモデルにおいて評価した。図１２０に図示されるように、出血時間を、実験の開始時（ベースライン）、次いで、ＦＶＩＩＩ Ａｂ投与の２．５時間後に測定した。次に、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９のボーラス投与での処理を開始した。出血時間を、全てのサル群について、第１のＡＲＣ１９４９９投与の１時間後に測定した。出血時間が補正されなかったサルに関して、出血時間を、第２のＡＲＣ１９４９９投与の１７分後に再評価した。出血時間が依然として補正されなかったサルに関して、出血時間を、第３のＡＲＣ１９４９９投与の１７分間後に再評価した（第３群および第４群）。
血液試料の出血時間の評価および収集に関して、サルを麻酔し、血圧決定のために大腿静脈内に線を設置し、出血時間の評価に使用した伏在静脈の反対側の伏在静脈に、投薬およびサンプリングのために、２２ゲージのカテーテルを挿入した。出血時間の評価および関連したＦＶＩＩＩ ＡｂとＡＲＣ１９４９９投薬のスケジュールならびに血液サンプリングが図１２０に示される。前処理ベースライン血液試料および出血時間（前処理出血時間、ＢＴ０）を、それぞれ、ＦＶＩＩＩ Ａｂ投薬の１０分前および５分前に採取した。まず生理食塩水を混合した約３〜４ｍＬの血液を回収することにより血液試料を採取し、その後、それを取っておいた。次に、希釈されていない血液試料を、シリンジを用いて採取した。収集した血液をすぐにクエン酸塩含有チューブ内に注入し、１０回反転させて混合した。クエン酸全血の試料をＴＥＧ（登録商標）で分析し、残りのクエン酸血液を処理して分析用の血漿を得た。次に、第１の血液−生理食塩水試料を、サルに戻し注入し、その後、採取した血液試料と同等の量の生理食塩水を流した。
伏在静脈を出血時間の評価のために曝露した。２２ゲージ、１インチの皮下注射針（Ｋｅｎｄａｌｌ Ｍｏｎｏｊｅｃｔ，Ｋｅｎｄａｌｌ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｍａｎｓｆｉｅｌｄ， ＭＡ）を、止血鉗子を用いて９０°の角度に対して斜角で慎重に屈曲させ、屈曲は、注射針の先端から５ｍｍであった。注射針を、注射針の屈曲に至るまで曝露した静脈内に挿入し、１つの静脈壁のみに穿刺した。血液を、Ｓｕｒｇｉｃｕｔｔ Ｂｌｅｅｄｉｎｇ Ｔｉｍｅ Ｂｌｏｔｔｉｎｇ Ｐａｐｅｒ（ＩＴＣ，Ｅｄｉｓｏｎ，ＮＪ）を用いて静脈から取り出し、実際の穿刺部位に触れないように注意した。血液を取り出す能力の喪失によって決定されるように、出血開始の瞬間から出血停止までの時間を測定した。血圧を、出血時間評価の１〜５分前および１〜５分後に測定した。出血時間の評価後、創傷をＧｌｕｔｕｒｅ（Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｓ， Ａｂｂｏｔｔ Ｐａｒｋ， ＩＬ）で閉じた。
ＦＶＩＩＩ Ａｂ（Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ（Ｅｓｓｅｘ Ｊｕｎｃｔｉｏｎ，ＶＴ）のヒツジ抗ヒトＦＶＩＩＩ多クローン性抗体、ロットＹ１２１７）を、出血時間の評価に使用した伏在静脈の反対側の伏在静脈に設置した２２ゲージのカテーテルを介する緩徐な単回ボーラス投与として、サルの静脈内に投与（静脈内投与）した。これを使用するまで−８０℃で凍結保存し、使用前に３回を超えずに解凍および再凍結させた。それぞれのサルは、１２，６４２ベセズダ単位／ｋｇのＦＶＩＩＩ Ａｂを受けた。ＦＶＩＩＩ Ａｂを与えた２時間後に別の血液試料を採取し、３０分間後に出血時間を評価した（ＦＶＩＩＩ投与後の出血時間、ＢＴＦＶＩＩＩ）。ＡＲＣ１９４９９の第１の用量を、緩徐な単回ボーラス投与として静脈内投与した。第ＶＩＩＩ因子ＡｂまたはＡＲＣ１９４９９のいずれかの投与前の全ての事例において、０．５〜１．０ｍＬの流体をカテーテルから除去し、ＦＶＩＩＩ ＡｂまたはＡＲＣ１９４９９を投与し、その後、カテーテルを２〜３ｍＬの温生理食塩水で洗い流した。血液試料を５５分間後に採取した。第１のＡＲＣ１９４９９用量の投与の１時間後、出血時間を評価した（ＡＲＣ１９４９９の第１の用量投与後の出血時間、ＢＴ１）。次に、出血時間が第１のＡＲＣ１９４９９用量によって補正されたかを決定した。処理前のベースラインと第１のＡＲＣ１９４９９用量投与後の出血時間との間の差異が、処理前のベースラインとＦＶＩＩＩ投与後の出血時間との間の差異の半分未満（すなわち、（ＢＴ１〜ＢＴ０）／（ＢＴＦＶＩＩＩ〜ＢＴ０）が０．５未満）である場合に、補正が実現されたと見なされる。出血時間が無事に補正された場合、その動物についての出血時間の研究を終了した。出血時間が補正されなかった場合、第２の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９用量を、先の出血時間の評価の開始１０分後に投与した。血液試料を１２分後に採取し、出血時間の評価を第２のＡＲＣ１９４９９注入の１７分後に開始した（第２のＡＲＣ１９４９９用量投与後の出血時間、ＢＴ２）。次に、出血時間が第２のＡＲＣ１９４９９用量によって補正されたかを決定した。出血時間が無事補正された場合、その動物についての出血時間の研究を終了した。出血時間が補正されなかった場合、第３の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９用量を、先の出血時間の評価の開始１０分後に投与した。血液試料を１２分後に採取し、出血時間の評価を第３のＡＲＣ１９４９９注入の１７分後に開始した（第３のＡＲＣ１９４９９用量投与後の出血時間、ＢＴ３）。次に、出血時間が第３のＡＲＣ１９４９９用量によって補正されたかを決定した。出血時間が無事補正されたかにかかわらず、その動物についての出血時間の研究を終了した。出血時間が補正されなかった場合、第４の３ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９用量を、先の出血時間の評価の開始１４分後に投与し、血液試料を全血ＴＥＧ（登録商標）分析のために採取したが、本研究で使用した種類に類似した利用可能な静脈の種類の欠如のため、これ以上出血時間を評価しなかった。翌２４時間にわたる出血の予防措置として、それぞれの動物の回復前にＡＲＣ１９４９９（１〜３ｍｇ／ｋｇ）をさらに投与した。それぞれの動物の血液サンプリング、化合物の投与、および出血時間の評価の実際の時点は、報告した時点の５分以内である。
本研究におけるサル由来のクエン酸血漿中のＦＶＩＩＩａ活性レベルを、Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｘ（Ｄｉａｐｈａｒｍａ，Ｃｏｌｕｍｂｕｓ ＯＨ）のＣｏａｍａｔｉｃ ＦＶＩＩＩアッセイを用いて測定した。本研究中に得た試料を、処理前のベースライン血漿試料のプールから生成された標準曲線と比較した。全ての試料および標準物質を、キット添付の反応緩衝液中で８０倍に希釈した。反応を製造業者の指示通りに実行し、４０５ｎｍでの吸光度の変化を４５分間にわたって読み取った。カニクイザル血漿試料に関連するＦＶＩＩＩ活性レベルは、表１８および図１２１（表１８Ａおよび図１２１Ａ：第１群：出血時間を１回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正したサル、表１８Ｂおよび図１２１Ｂ：第２群：出血時間を２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正したサル、表１８Ｃおよび図１２１Ｃ：第３群：出血時間を３回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正したサル、表１８Ｄおよび図１２１Ｄ：第４群：出血時間を３回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９補正しなかったサル）に示される。抗体処理の前に、全てのサル由来の血漿は、５７．６％〜９３．５％まで様々な非常に高いＦＶＩＩＩ活性レベルを有した（表１８）。抗体処理後、この活性は、全ての動物において測定可能なレベル未満（０．１％未満）に減少し、本アッセイにわたって低いままであった（図１２１）。最も重要なことに、本アッセイは、動物の異なる群の間のＦＶＩＩＩ不活性化のレベルに差異を留意せず、このことは、出血時間を補正するのに必要とされるＡＲＣ１９４９９の用量が、ＦＶＩＩＩ Ａｂ投与後のＦＶＩＩＩ活性の異なるレベルには関連していないことを示唆する。
（出血時間が１回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９により補正された）第１群のサルの群平均出血時間（±標準誤差）が表１９に示される。血液試料の時点に対するこの群の群平均出血時間も図１２２に図示する（図１２２Ａ：秒単位、図１２２Ｂ：ベースライン出血時間の％）。抗ＦＶＩＩＩ抗体での処理は、群平均出血時間を群平均ベースライン出血時間の２０３±１５％に延長するという結果をもたらした。１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理は、群平均出血時間を本質的にベースラインレベルまで戻して補正した（群平均ベースライン出血時間の１０２±１１％）。第１群のサルの個別の出血時間が表２０に示され、それぞれの時点での個別のサルの出血時間も図１２３でプロットする。（図１２３Ａ：秒単位、図１２３Ｂ：ベースライン出血時間の％）。この群の全てのサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、それらのベースライン出血時間と比較して、出血時間の延長を示した（範囲：ベースライン出血時間の１６２〜２５２％）。この群の全てのサルは、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与に反応して、それらのベースライン出血時間と比較して、出血時間の補正も示した（範囲：ベースライン出血時間の８２〜１５２％）。


（出血時間が２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９により補正された）第２群のサルの群平均出血時間（±標準誤差）が表２１に示される。血液試料の時点に対するこの群の群平均出血時間も図１２４に図示する（図１２４Ａ：秒単位、図１２４Ｂ：ベースライン出血時間の％）。抗ＦＶＩＩＩ抗体での処理は、群平均出血時間を群平均ベースライン出血時間の１９５±２６％に延長するという結果をもたらした。１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理後、群平均出血時間が減少したが、群平均ベースライン出血時間の１７５±２０％のみであった。その後、追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９が、本質的にベースラインレベルまで群平均出血時間を減少させた（群平均ベースライン出血時間の９４±１７％）。第２群のサルの個別の出血時間が表２２に示され、それぞれの時点での個別のサルの出血時間も図１２５でプロットする（図１２５Ａ：秒単位、図１２５Ｂ：ベースライン出血時間の％）。この群の全てのサルは、ＦＶＩＩＩ ａｂの投与に反応して、処理前のそれらのベースライン出血時間と比較して、出血時間の延長を示した（範囲：ベースライン出血時間の１４３〜２６３％）。１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与後、それらのサルの３匹が出血時間のわずかな減少を示した一方で、１匹のサルは、出血時間の微増を示した。この群の全てのサルは、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の第２の用量に反応して、出血時間の補正を示した（範囲：ベースライン出血時間の６１〜１３８％）。

第３群のサルの出血時間が表２３に示され、血液試料の時点に対する出血時間も図１２６に図示する（図１２６Ａ：秒単位、図１２６Ｂ：ベースライン出血時間の％）。このサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、その出血時間をベースライン出血時間の２２０％に延長させることを示した。ＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、出血時間は、ベースラインの３３０％に増加した。２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理は、出血時間をベースライン出血時間の２１０％に減少させるという結果をもたらした。この第２の用量が実際に出血時間を補正しなかったことを確認するために、さらなる出血時間の評価を第２の用量のＡＲＣ１９４９９の投与の３８分後に実行した。この４５秒の出血時間は、第２のＡＲＣ１９４９９用量を与えた１２分後に測定した４２秒に非常に近く、出血時間が２回用量のＡＲＣ１９４９９により補正されなかったことを確認した。追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９は、出血時間をベースライン出血時間の８５％に補正した。
第４群のサルの出血時間が表２４に示され、血液試料の時点に対する出血時間も図１２７に図示する（図１２７Ａ：秒単位、図１２７Ｂ：ベースライン出血時間の％）。このサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、その出血時間をベースライン出血時間の１４３％に延長させることを示した。ＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、出血時間は、ベースライン出血時間の１９３％まで著しく増加した。２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理後の出血時間は、その後、ベースライン出血時間の１５４％まで減少した。追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９は、出血時間を有意に変化することができず、ここではベースライン出血時間の１５９％であった。先の評価で使用した静脈と一致した十分な利用可能な静脈を欠如するため、この動物においてさらなる出血時間の評価を行うことができなかった。
カニクイザル全血の凝固状態を、クエン酸全血試料上でＴＥＧ（登録商標）アッセイを用いて分析した。凝固反応を開始するために、３３０μＬのクエン酸全血を、２０μＬ ０．２Ｍ［Ｈａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｂｒａｉｎｔｒｅｅ，ＭＡ）］および１０μＬ組織因子（ＴＦ）を含有する使い捨てカップ（Ｈａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐ、カタログ番号６２１１）に添加した（３７℃で最終希釈１：２０００００）。Ｉｎｎｏｖｉｎ（Ｄａｄｅ−Ｂｅｈｒｉｎｇ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）を、組織因子（ＴＦ）源として使用し、製造業者の推奨通りに水中で再構成し、使用前に０．９％生理食塩水中で１：５５５５に希釈した。再構成した原液Ｉｎｎｏｖｉｎを、４℃で４週間未満保存した。初期血栓形成に対する時間（Ｒ値）を、Ｈａｅｍｏｓｃｏｐｅ ＴＥＧ（登録商標）５０００システム（Ｈａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｒａｉｎｔｒｅｅ，ＭＡ）を用いて測定した。
（出血時間が１回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９により補正された）第１群のサルの群平均Ｒ値（±標準誤差）が表２５に示される。血液試料の時点に対する群平均Ｒ値も図示する（図１２８）。ＦＶＩＩＩ Ａｂでの処理は、群平均Ｒ値を群群平均ベースラインＲ値の約４．８倍に延長するという結果をもたらした。１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理が、ＦＶＩＩＩ Ａｂでの処理後に得た値から群平均Ｒ値を減少させた一方で、このＲ値は、依然として群平均ベースラインＲ値の約３．２倍であった。第１群のサルの個別のＲ値が表２６に示され、血液試料の時点に対する個別のＲ値も図１２９に図示する。この群の全てのサルは、ＦＶＩＩＩ ａｂの投与に反応して、処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の延長を示した（２．９〜９．４倍の範囲）。この群の１匹を除く全てのサルが、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与に反応して、処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の減少も示した（１．４〜５．３倍の範囲）。１匹のサル、ＮＨＰ０７０１５６５は、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与後にＲ値の微増を示した。


（出血時間が２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９により補正された）第２群のサルの群平均Ｒ値（±標準誤差）が表２７に示される。血液試料の時点に対する群平均Ｒ値も図１３０に図示する。抗ＦＶＩＩＩ抗体での処理は、群平均Ｒ値を群平均ベースラインＲ値の約５．９倍に延長するという結果をもたらした。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、群平均Ｒ値は、群平均ベースラインＲ値の約４．０倍に減少した。この群の出血時間を補正した２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理は、ＦＶＩＩＩ Ａｂでの処理後に得た値から群平均Ｒ値をさらに減少させたが、このＲ値は、依然として群平均ベースラインＲ値の約３．５倍であった。第２群のサルの個別のＲ値が表２８に示され、血液試料の時点に対する個別のＲ値も図１３１に図示する。この群の全てのサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、ベースラインでの処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の延長を示した（４．０〜９．１倍の範囲）。この群の１匹を除く全てのサルは、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与に反応して、処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の減少も示し（２．４〜５．０倍の範囲）、この群の出血時間の全てを補正した２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこれらのサルの処理は、これらのサルのうちの２匹のＲ値をさらに減少させ、第３のサルのＲ値をわずかに増加させた。１匹のサル、ＮＨＰ０６１１６５５は、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与後に、ＦＶＩＩＩ Ａｂ注入後のＲ値と比較して、１０３％のＲ値の増加を示し、出血時間を補正した追加の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理は、ベースラインＲ値の６．４倍までＲ値を減少させた。


第３群のサルのＲ値が表２９に示され、血液試料の時点に対するＲ値も図１３２に図示する。このサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、そのベースラインＲ値の７．６倍のそのＲ値の延長を示した。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、Ｒ値は、ベースラインＲ値の６．１倍に減少した。このサルの出血時間も補正しなかった２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理は、さらにＲ値をベースラインのＲ値の５．８倍にわずかに減少させた。出血時間を補正した追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９は、Ｒ値をベースラインＲ値の３倍に減少させた。
第４群のサルのＲ値が表３０に示され、血液試料の時点に対するＲ値も図１３３に図示する。このサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、そのベースラインＲ値の２．９倍の延長を示した。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、Ｒ値は、ベースラインＲ値の１．６倍に減少した。このサルの出血時間も補正しなかった２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理は、さらにＲ値をベースラインＲ値の１．５倍にわずかに減少させた。依然として出血時間を補正しなかった追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９は、Ｒ値をベースラインＲ値の１．２倍強にわずかに減少させた。第４の３ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９用量は、Ｒ値にほとんど影響を与えず、ここでは処理前のベースラインＲ値の１．１倍であった。先の評価で使用した静脈と一致した十分な利用可能な静脈を欠如するため、この動物においてさらなる出血時間の評価を行うことができなかった。
カニクイザル血漿の凝固状態も、クエン酸血液試料由来の血漿においてＴＥＧ（登録商標）アッセイを用いて分析した。クエン酸全血試料を血漿処理まで室温で保った。試料を２，０００×ｇで１５分間、室温で遠心分離した。血漿を除去し、分析用として輸送するまで−８０℃ですぐに保存した。分析前に、血漿試料を３７℃で急速に解凍した。凝固反応を開始するために、３３０μＬのクエン酸血漿を、２０μＬ ０．２Ｍ（Ｈａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｂｒａｉｎｔｒｅｅ，ＭＡ））および１０μＬ ＴＦ（３７℃で最終希釈１：２０００００）を含有する使い捨てカップ（Ｈａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｒａｉｎｔｒｅｅ，ＭＡ、カタログ番号６２１１）に添加した。Ｉｎｎｏｖｉｎ（Ｄａｄｅ−Ｂｅｈｒｉｎｇ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）を、組織因子（ＴＦ）源として使用し、製造業者の推奨通りに水中で再構成し、使用前に０．９％生理食塩水中で１：５５５５に希釈した。再構成した原液Ｉｎｎｏｖｉｎを４℃で４週間未満保存した。初期血栓形成に対する時間（Ｒ値）を、Ｈａｅｍｏｓｃｏｐｅ ＴＥＧ（登録商標）５０００システム（Ｈａｅｍｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｒａｉｎｔｒｅｅ，ＭＡ）を用いて測定した。
（出血時間が１回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９により補正された）第１群のサル由来の血漿試料の群平均Ｒ値（±標準誤差）が表３１に示される。血漿試料の時点に対する群平均Ｒ値も図示する（図１３４）。ＦＶＩＩＩ Ａｂでの処理は、群平均Ｒ値を群平均ベースラインＲ値の約２．８倍に延長するという結果をもたらした。１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理が、ＦＶＩＩＩ Ａｂでの処理後に得た値から群平均Ｒ値を減少させた一方で、このＲ値は、依然として群平均ベースラインＲ値の約１．９倍であった。第１群のサルの個別のＲ値が表３２に示され、血漿試料の時点に対する個別のＲ値も図１３５に図示する。この群の全てのサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の延長を示した（１．７〜５．１倍の範囲）。この群の１匹を除く全てのサルは、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与に反応して、処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の減少も示した（１．３〜１．８倍の範囲）。１匹のサル、ＮＨＰ０６０３４７７は、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与後に、ＦＶＩＩＩ Ａｂ注入後のＲ値と比較して、５０％のＲ値の増加を示し、全血ＴＥＧ（登録商標）分析は、その代わりに、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与後に、ＦＶＩＩＩ Ａｂ注入後のＲ値と比較して、５３％のＲ値の減少を示した。その全血ＴＥＧ（登録商標）分析が１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与に反応してＲ値の微増を示したＮＨＰ０７０１５６５の血漿ＴＥＧ（登録商標）分析は、１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の投与後、ＦＶＩＩＩ Ａｂ注入後のＲ値よりも実際には６６％下回った。


（出血時間が２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９により補正された）第２群のサル由来の血漿試料の群平均Ｒ値（±標準誤差）が表３３に示される。血液試料の時点に対する群平均Ｒ値も図１３６に図示する。抗ＦＶＩＩＩ抗体での処理は、群平均Ｒ値を群平均ベースラインＲ値の約４．０倍に延長するという結果をもたらした。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、群平均Ｒ値は、群平均ベースラインＲ値の約２．２倍に減少した。この群の出血時間を補正した２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理は、ＦＶＩＩＩ Ａｂでの処理後に得た値から群平均Ｒ値をさらに著しく減少させなかった。第２群のサルの個別のＲ値が表３４に示され、血液試料の時点に対する個別のＲ値も図１３７に図示する。この群の全てのサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、ベースラインでの処理前のそれらのベースラインＲ値と比較して、Ｒ値の延長を示した（１．１〜６．４倍の範囲）。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、この群の全てのサルの血漿Ｒ値は、群平均ベースラインＲ値を超えて減少した（０．５〜４．５倍の範囲）。２匹のサルのＲ値は、依然として処理前のベースラインでのＲ値よりも高かったが、この群の出血時間の全てを補正した２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのサルの処理は、変化をもたらさなかったか、あるいはＲ値をさらに減少させた（０．５〜３．２倍の範囲）。


第３群のサル由来の血漿試料のＲ値が表３５に示され、血液試料の時点に対するＲ値も図１３８に図示する。このサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、そのＲ値をそのベースラインＲ値の３．５倍に延長させることを示した。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、Ｒ値は、ベースラインＲ値の１．３倍に減少した。このサルの出血時間も補正しなかった２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理は、Ｒ値をベースラインＲ値の１．１倍にさらに減少させた。出血時間を補正した追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９は、Ｒ値をベースラインＲ値の０．９倍に減少させた。
第４群のサル由来の血漿試料のＲ値が表３６に示され、血液試料の時点に対するＲ値も図１３９に図示する。このサルは、ＦＶＩＩＩ Ａｂの投与に反応して、そのベースラインＲ値の２．９倍に延長させることを示した。出血時間を補正しなかったＡＲＣ１９４９９の１ｍｇ／ｋｇ用量での処理に反応して、Ｒ値は、ベースラインＲ値を超えてベースラインＲ値の１．１倍に減少する。このサルの出血時間も補正しなかった２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９でのこのサルの処理後に採取した血液からの血漿は、ベースラインＲ値の１．２倍よりもわずかに高いＲ値を示した。依然として出血時間を補正しなかった追加用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９は、ベースラインＲ値の１．０倍強にわずかにＲ値を減少させた。第４の３ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９用量は、処理前のベースラインを下回ってＲ値を減少させた（処理前のベースラインＲ値の０．９倍）。先の評価で使用した静脈と一致した十分な利用可能な静脈を欠如するため、この動物においてさらなる出血時間の評価を行うことができなかった。
上述の実施例は、ＦＶＩＩＩ Ａｂで処理したサルが、伏在静脈の穿刺後に長引く出血を呈し、血友病の特徴である長引く出血との一致が観察された。この研究で試験したサルの大多数（１２匹中１１匹）において、最大３ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９での処理がこの長引く出血時間を補正した。それらのサルの６匹のみが、この補正を呈するために１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９の１回用量を必要とし、他の４匹のサルの出血時間は、２回用量の１ｍｇ／ｋｇ ＡＲＣ１９４９９で補正された。これらのサル由来の全血のＴＥＧ（登録商標）分析のＲ値は、ＦＶＩＩＩ Ａｂ投与後に予期された上昇を示し、この上昇は、ＡＲＣ１９４９９での処理後にベースラインレベルに向かって減少し、同様のパターンがこれらの血液試料からの血漿の分析において見られた。これらのデータは、ＡＲＣ１９４９９が、誘発された血友病のモデルにおいて長引く出血を補正することができることを示し、インヒビターおよび非インヒビター血友病Ａ患者の治療における成功した治療薬としてのＡＲＣ１９４９９の可能性のある臨床的有用性を支援する。
実施例３４
本実施例は、アプタマー医薬品化学を通じた、ＡＲＣ１７４８０において許容できる置換および許容できない置換の評価である。
以下の表３７ならびに図１４０および図１４１に示されるように、ＡＲＣ１７４８０内の残基の２’位またはリン酸骨格内での修飾を用いて試験するために、分子を生成した。ＡＲＣ１７４８０内のそれぞれ個々の２’−デオキシ残基を、対応する２’−メトキシまたは２’−フルオロを含有する残基により置換し、それぞれＡＲＣ１８５３８−ＡＲＣ１８５４１およびＡＲＣ１９４９３−ＡＲＣ１９４９６を得た（図１４０）。追加的に、ＡＲＣ１７４８０内の９、１４、１６、および２５位の４つのデオキシシチジン残基に、２’−デオキシから２’−メトキシおよび／または２’−デオキシから２’−フルオロの複数の残基を有するいくつかの分子を生成し、ＡＲＣ１８５４５、ＡＲＣ１８５４６、ＡＲＣ１８５４９、ＡＲＣ１９４７６、ＡＲＣ１９４７７、ＡＲＣ１９４７８、ＡＲＣ１９４８４、ＡＲＣ１９４９０、およびＡＲＣ１９４９１を得た（図１４０）。ＡＲＣ１７４８０内のそれぞれ個々の２’−メトキシ残基を対応する２’−デオキシ残基により置換し、２’−メトキシウリジン残基を２’−デオキシチミジンおよび２’−デオキシウリジンの両方の残基で置換して、ＡＲＣ１９４４８−ＡＲＣ１９４７５およびＡＲＣ３３８６７−ＡＲＣ３３８７７を得た（図１４０）。ＡＲＣ１７４８０内の各ヌクレオチド対の間のリン酸塩を、個々にホスホロチオエートで置換し、ＡＲＣ１９４１６−ＡＲＣ１９４４７を得た（図１４１）。
修飾されたＡＲＣ１７４８０分子を、結合および機能についてアッセイした。本評価に使用されたアッセイは、自動較正トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイ、ドットブロット結合競合アッセイ、およびＦＸａ活性アッセイであった。これらのアッセイの結果を表３７に要約し、図１４２に示す。置換は、行われた３つのアッセイのうちの少なくとも２つの基準を満たす場合、活性に対して許容できると見なされた。許容できた（「満たす」）、および許容できなかった（「満たさない」）置換を、表３７に特定する。各アッセイに使用された実験詳細および基準を、以下の段落に記載する。
各分子のＴＦＰＩ阻害活性を、ＣＡＴアッセイで、５００ｎＭ、１６６．６７ｎＭ、５５．５６ｎＭ、１８．５２ｎＭ、６．１７ｎＭ、および２．０８ｎＭのアプタマー濃度で、プールした血友病Ａ血漿中で評価した。ＡＲＣ１７４８０を対照として全ての実験に含めた。各分子について、各アプタマー濃度の内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）およびピークトロンビン値を分析に使用した。血友病Ａ血漿のみのＥＴＰまたはピークトロンビン値を、各濃度での各分子について、アプタマーの存在下での対応する値から減算した。次いで、補正したＥＴＰおよびピーク値をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝ＥＴＰまたはピークトロンビン、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大ＥＴＰまたはピークトロンビン、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、ＥＴＰおよびピークトロンビン双方についてのＩＣ５０値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０を、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０と比較した。置換は、ＣＡＴアッセイにおいて、その分子のＥＴＰおよびピークトロンビン双方のＩＣ５０が、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のものの５倍を超えなければ、許容できると見なされた。許容できる置換を、アッセイ基準を満たす（「満たす」）、またはアッセイ基準を満たさない（「満たさない」）として、表３７に示す。
各分子を、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）への結合について、結合競合アッセイで評価した。これらの実験について、１０ｎＭのヒトＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ，Ｓｔａｍｆｏｒｄ，ＣＴ、カタログ番号４５００ＰＣ）を、微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０、ならびに５０００ｎＭ、１６６６．６７ｎＭ、５５５．５６ｎＭ、１８５．１９ｎＭ、６１．７３ｎＭ、２０．５８ｎＭ、６．８６ｎＭ、２．２９ｎＭ、０．７６ｎＭ、または０．２５ｎＭの非標識の競合アプタマーとともにインキュベートした。ＡＲＣ１７４８０を、対照として全ての実験で、競合相手として含めた。各分子について、各競合アプタマー濃度で結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合を分析に使用した。結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大の結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、結合競合についてのＩＣ５０値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０を、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０と比較した。置換は、結合競合アッセイにおいて、その分子のＩＣ５０が同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のものの５倍を超えなければ、許容できると見なされた。許容できる置換を、アッセイ基準を満たす（「満たす」）、またはアッセイ基準を満たさない（「満たさない」）として、表３７に示す。
各分子を、第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイでＴＦＰＩの阻害について評価した。Ｆｘａの発色基質を切断する能力を、ＴＦＰＩの存在および不在下で、アプタマーを添加して、または添加せずに測定した。これらの実験のために、２ｎＭのヒトＦＸａを８ｎＭのヒトＴＦＰＩとともにインキュベートした。次いで、５００μＭの発色基質およびアプタマーを添加し、この基質のＦＸａ切断を、時間の関数として４０５ｎｍの吸光度（Ａ４０５）で測定した。アプタマーを、５００ｎＭ、１２５ｎＭ、３１．２５ｎＭ、７．８１ｎＭ、１．９５ｎＭ、および０．４９ｎＭの濃度で試験した。ＡＲＣ１７４８０を対照として各実験に含めた。各アプタマー濃度について、Ａ４０５を時間の関数としてプロットし、各曲線の直線領域を等式ｙ＝ｍｘ＋ｂ（式中、ｙ＝Ａ４０５、ｘ＝アプタマー濃度、ｍ＝基質の切断速度、およびｂ＝ｙ切片）に当てはめて、ＦＸａ基質の切断速度を生成した。ＴＦＰＩの存在下、およびアプタマーの不在下でのＦＸａ基質の切断速度を、各濃度の各分子について、ＴＦＰＩおよびアプタマー双方の存在下での対応する値から減算した。次いで、補正した速度をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（Ｖｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））（式中、ｙ＝基質の切断速度、ｘ＝アプタマーの濃度、およびＶｍａｘ＝基質の最大切断速度）に当てはめて、ＩＣ５０値および最大（Ｖｍａｘ）値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０値およびＶｍａｘ値を、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０値およびＶｍａｘ値と比較した。置換は、ＦＸａ活性アッセイにおいて、その分子のＩＣ５０が同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のものの５倍を超えず、かつＶｍａｘ値が同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＶｍａｘ値の８０％より低くなければ、許容できると見なされた。許容できる置換を、アッセイ基準を満たす（「満たす」）、またはアッセイ基準を満たさない（「満たさない」）として、表３７に示す。
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０内の複数の個々の２’置換が結合および活性に対して許容でき、２’置換のいくつかの組み合わせもまた許容できることを示す（表３７および図１４２）。本実施例はまた、ホスホロチオエート置換が、ＡＲＣ１７４８０内の各ヌクレオチド対間で許容できることも示す（表３７）。ＡＲＣ１７４８０内の許容できる２’置換および／またはホスホロチオエート置換のさらなる組み合わせが、結合および活性について許容できる可能性が高い。















実施例３５
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０内で許容できる欠失および許容できない欠失の評価である。
以下の表３８および図１４３に示されるように、ＡＲＣ１７４８０配列内で欠失された単一または複数の残基を用いて試験するために、分子を生成した。ＡＲＣ１７４８０内のそれぞれ個々の残基を１つずつ欠失させて、ＡＲＣ３２３０１、ＡＲＣ３３１２０〜ＡＲＣ３３１４３、およびＡＲＣ１８５５５を得た。２つの隣接するヌクレオチドが同一である場合は、対応する二重欠失も生成し、ＡＲＣ３２３０２、およびＡＲＣ３３１４４〜ＡＲＣ３３１４８を得た。さらに、複数の欠失を有する分子を生成して、ＡＲＣ３２３０３、ＡＲＣ３２３０５、ＡＲＣ３２３０６、ＡＲＣ３２３０７、ＡＲＣ３３８８９、ＡＲＣ３３８９０、ＡＲＣ３３８９１、ＡＲＣ３３８９５、ＡＲＣ３３９００、およびＡＲＣ３３９０７を得た。
欠失を有するＡＲＣ１７４８０分子を、結合および機能についてアッセイした。本評価に使用されたアッセイは、自動較正トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイ、ドットブロット結合競合アッセイ、およびＦＸａ活性アッセイであった。これらのアッセイの結果を表３８および図１４４に要約する。置換は、行われた３つのアッセイのうちの少なくとも２つの基準を満たす場合、活性に対して許容できると見なされた。許容できた（「満たす」）、および許容できなかった（「満たさない」）置換を、表３８に特定する。各アッセイに使用された実験詳細および基準を、以下の段落に記載する。
各分子のＴＦＰＩ阻害活性を、ＣＡＴアッセイで、５００ｎＭ、１６６．６７ｎＭ、５５．５６ｎＭ、１８．５２ｎＭ、６．１７ｎＭ、および２．０８ｎＭのアプタマー濃度で、プールした血友病Ａ血漿中で評価した。ＡＲＣ１７４８０を対照として全ての実験に含めた。各分子について、各アプタマー濃度の内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）およびピークトロンビン値を分析に使用した。血友病Ａ血漿のみのＥＴＰまたはピークトロンビン値を、各濃度での各分子について、アプタマーの存在下での対応する値から減算した。次いで、補正したＥＴＰおよびピーク値をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝ＥＴＰまたはピークトロンビン、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大ＥＴＰまたはピークトロンビン、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、ＥＴＰおよびピークトロンビン双方についてのＩＣ５０値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０を、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０と比較した。置換は、ＣＡＴアッセイにおいて、その分子のＥＴＰおよびピークトロンビン双方のＩＣ５０が、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のものの５倍を超えなければ、許容できると見なされた。許容できる置換を、アッセイ基準を満たす（「満たす」）、またはアッセイ基準を満たさない（「満たさない」）として、表３８に示す。
各分子を、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）への結合について、結合競合アッセイで評価した。これらの実験について、１０ｎＭのヒトＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ，Ｓｔａｍｆｏｒｄ，ＣＴ、カタログ番号４５００ＰＣ）を、微量の放射標識したＡＲＣ１７４８０、ならびに５０００ｎＭ、１６６６．６７ｎＭ、５５５．５６ｎＭ、１８５．１９ｎＭ、６１．７３ｎＭ、２０．５８ｎＭ、６．８６ｎＭ、２．２９ｎＭ、０．７６ｎＭ、または０．２５ｎＭの非標識の競合アプタマーとともにインキュベートした。ＡＲＣ１７４８０を、対照として全ての実験で、競合相手として含めた。各分子について、各競合アプタマー濃度で結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合を分析に使用した。結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０の割合、ｘ＝アプタマーの濃度、ｍａｘ＝最大の結合した放射標識したＡＲＣ１７４８０、およびｉｎｔ＝ｙ切片）に当てはめて、結合競合についてのＩＣ５０値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０を、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０と比較した。置換は、結合競合アッセイにおいて、その分子のＩＣ５０が同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のものの５倍を超えなければ、許容できると見なされた。許容できる置換を、アッセイ基準を満たす（「満たす」）、またはアッセイ基準を満たさない（「満たさない」）として、表３８に示す。
各分子を、第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイでＴＦＰＩの阻害について評価した。Ｆｘａの発色基質を切断する能力を、ＴＦＰＩの存在および不在下で、アプタマーを添加して、または添加せずに測定した。これらの実験のために、２ｎＭのヒトＦＸａを８ｎＭのヒトＴＦＰＩとともにインキュベートした。次いで、５００μＭの発色基質およびアプタマーを添加し、この基質のＦＸａ切断を、時間の関数として４０５ｎｍの吸光度（Ａ４０５）で測定した。アプタマーを、５００ｎＭ、１２５ｎＭ、３１．２５ｎＭ、７．８１ｎＭ、１．９５ｎＭ、および０．４９ｎＭの濃度で試験した。ＡＲＣ１７４８０を対照として各実験に含めた。各アプタマー濃度について、Ａ４０５を時間の関数としてプロットし、各曲線の直線領域を等式ｙ＝ｍｘ＋ｂ（式中、ｙ＝Ａ４０５、ｘ＝アプタマー濃度、ｍ＝基質の切断速度、およびｂ＝ｙ切片）に当てはめて、ＦＸａ基質の切断速度を生成した。ＴＦＰＩの存在下、およびアプタマーの不在下でのＦＸａ基質の切断速度を、各濃度の各分子について、ＴＦＰＩおよびアプタマー双方の存在下での対応する値から減算した。次いで、補正した速度をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（Ｖｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））（式中、ｙ＝基質の切断速度、ｘ＝アプタマーの濃度、およびＶｍａｘ＝基質の最大切断速度）に当てはめて、ＩＣ５０値および最大（Ｖｍａｘ）値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０値およびＶｍａｘ値を、同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０値および最大値と比較した。置換は、ＦＸａ活性アッセイにおいて、その分子のＩＣ５０が同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のものの５倍を超えず、かつＶｍａｘ値が同一の実験で評価されたＡＲＣ１７４８０のＶｍａｘ値の８０％より低くなければ、許容できると見なされた。許容できる置換を、アッセイ基準を満たす（「満たす」）、またはアッセイ基準を満たさない（「満たさない」）として、表３８に示す。
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０内の複数の個々の欠失が結合および活性に対して許容でき、欠失のいくつかの組み合わせもまた許容できることを示す（表３８および図１４４）。ＡＲＣ３３８８９およびＡＲＣ３３８９５はそれぞれ、それらの５’および３’末端での合計７つの欠失に許容でき、２５ヌクレオチド長であるコア分子を生じた。ＡＲＣ１７４８０内の欠失のさらなる組み合わせが、分子中の追加的変化を伴って、または伴わずに、結合および活性に対して許容できる可能性がある。







実施例３６
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９の３’を切り詰めた誘導体が、ＣＡＴアッセイにおいて機能的活性を有することを示す。
ＡＲＣ２１３８３、ＡＲＣ２１３８５、ＡＲＣ２１３８７、およびＡＲＣ２１３８９は、ＡＲＣ１９４９９に対して、それらの３’末端に連続する単一欠失を有する（表３９）。これらの分子は、それらの５’末端が４０ｋＤａのＰＥＧでＰＥＧ化されている。これらの分子を異なる濃度（３００ｎＭ〜１．２ｎＭ）で血友病Ａ血漿に添加し、トロンビン生成を測定した。この実験ではＡＲＣ１９４９９を対照として使用した。これらの３’を切り詰めた分子は全て、ＣＡＴアッセイにおいて、内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ、図１４５Ａ）およびピークトロンビン（図１４５Ｂ）の双方に関して、ＡＲＣ１９４９９を用いて観察されたものに類似した活性を有した。
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９を３’−３Ｔおよび３つの３’末端コアヌクレオチドの除去により切り詰めることができ、依然としてＣＡＴアッセイにおいて親分子ＡＲＣ１９４９９のものに類似した活性を保持することを示す。
実施例３７
本実施例は、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の１つ以上の部分に少なくとも部分的に結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための戦略を説明する。これらの実験のために、標的とされるＴＦＰＩの領域を含む部分的ＴＦＰＩタンパク質またはペプチドが、選択標的として使用される。この種類の実験には、ＴＦＰＩタンパク質の任意の部分が使用されてもよい。例えば、完全長ＴＦＰＩのＫ３およびＣ末端ドメインのみを含有するＴＦＰＩタンパク質（Ｋ３−Ｃ ＴＦＰＩ、アミノ酸１８２〜２７６）が、選択の標的である。核酸プールをＫ３−Ｃ ＴＦＰＩとともにインキュベートし、結合を起こさせ、この混合物を分配して結合した核酸を非結合核酸から分離し、結合した核酸をタンパク質から溶出し、増幅する。この過程を、アプタマーが特定されるまで複数のサイクルの間任意で繰り返す。いくつかのサイクルについて、アプタマーが、完全長タンパク質との関連で、このタンパク質のＫ３−Ｃ末端領域に結合することを保証するために、完全長ＴＦＰＩを標的として使用する。これらの実験により、結合エピトープが例えば、このタンパク質のＫ３−Ｃ末端領域内に含有される、ＴＦＰＩ結合アプタマーの特定がもたらされる。
実施例３８
本実施例は、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の１つ以上の部分に少なくとも部分的に結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための戦略を説明する。これらの実験のために、完全長ＴＦＰＩが選択標的として使用され、ＴＦＰＩの一部分またはＴＦＰＩに結合するリガンドを使用して、ＴＦＰＩタンパク質の一部分に結合するアプタマーを溶出する。ＴＦＰＩの一部分のみを含有するタンパク質またはペプチドもまた、選択標的として使用することができるだろう。例えば、溶出のために、ＴＦＰＩのアミノ酸１５０〜１９０を含むペプチドが使用される。核酸プールを完全長ＴＦＰＩとともにインキュベートし、結合を起こさせ、この混合物を分配して結合した核酸を非結合核酸から分離し、結合した核酸を、ＴＦＰＩ １５０〜１９０ペプチドとともにインキュベートすることによりタンパク質から溶出し、増幅する。この過程を、アプタマーが特定されるまで複数のサイクルの間繰り返す。これらの実験により、結合エピトープが例えば、ＴＦＰＩの１５０〜１９０領域の全てまたは一部を含有する、ＴＦＰＩ結合アプタマーの特定がもたらされる。
実施例３９
本実施例は、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の１つ以上の部分に少なくとも部分的に結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための戦略を説明する。これらの実験のために、完全長ＴＦＰＩが選択標的として使用され、ＴＦＰＩに結合するリガンドは、エピトープがアプタマーに結合するのを阻止して、アプタマーがこのタンパク質上の代替部位に結合するのを推進するために、その選択に含まれる。ＴＦＰＩの一部分のみを含有するタンパク質またはペプチドもまた、選択標的として使用することができるだろう。その阻止リガンドは、選択ステップおよび／または分配ステップに、捕捉方法または洗浄試薬として含まれる。例えば、ＴＦＰＩのＣ末端に結合する抗体がその選択に含まれる。核酸プールをこの抗体の存在下でＴＦＰＩとともにインキュベートし、結合を起こさせ、この混合物を分配して結合した核酸を非結合核酸から分離し、結合した核酸をタンパク質から溶出し、増幅する。この過程を、アプタマーが特定されるまで複数のサイクルの間繰り返す。いくつかのサイクルは、分配ステップの間洗浄液中に抗体を含み、いくつかのサイクルは、結合ステップで抗体と併せて、または抗体を含めずに、ＴＦＰＩ−アプタマー複合体を捕捉するための分配方法として抗体を使用する。これらの実験により、結合エピトープが、例えば、ＴＦＰＩのＣ末端の抗体結合領域内に含有されない、ＴＦＰＩ結合アプタマーの特定がもたらされる。
実施例４０
本実施例は、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の１つ以上の部分に少なくとも部分的に結合するか、またはさもなければそれと相互作用するアプタマーを特定するための戦略を説明する。これらの実験のために、完全長ＴＦＰＩが選択標的として使用され、所望の機能的性質を有するアプタマーをその機能的性質を有さない核酸から分離する分配ステップが採用される。ＴＦＰＩの一部分のみを含有するタンパク質またはペプチドもまた、選択標的として使用することができるだろう。例えば、所望のアプタマーの機能的性質は、第Ｘａ因子（ＦＸａ）とのＴＦＰＩ相互作用の阻害である。これらの実験のために、核酸プールを、結合を可能にする条件下でＴＦＰＩとともにインキュベートし、次いで分配して、ＴＦＰＩに結合したアプタマーから結合していない核酸を分離する。次いで、ＴＦＰＩに結合したアプタマーを、疎水性プレートに結合されたＦＸａとともにインキュベートする。遊離ＴＦＰＩおよびＴＦＰＩ−ＦＸａ相互作用を妨げないアプタマーと結合したＴＦＰＩは、プレート上のＦＸａに結合し、一方ＴＦＰＩ−ＦＸａ相互作用を妨げるアプタマーと結合したＴＦＰＩは、プレートに結合しない。次いで、非結合ＴＦＰＩ−アプタマー複合体からのアプタマーを増幅する。この過程を、アプタマーが特定されるまで複数のサイクルの間繰り返す。これらの実験によって、例えば、ＴＦＰＩとＦＸａとの間の機能的相互作用の阻害を媒介するＴＦＰＩタンパク質の領域に結合するアプタマーの特定がもたらされる。
実施例４１
本実施例は、組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の１つ以上の部分に少なくとも部分的に結合するか、またはさもなければそれと相互作用する抗体を特定するための戦略を説明する。抗原は、対象とするＴＦＰＩの任意の１つ以上の部分であってもよい。例えば、抗原は、完全長ＴＦＰＩのＫ３およびＣ末端ドメインのみを含有するＴＦＰＩタンパク質（Ｋ３−Ｃ ＴＦＰＩ、アミノ酸１８２〜２７６）であってもよい。抗原は発現系で発現されるか、自動タンパク質合成機で合成される。次いで、マウスを溶液中の抗原で免疫付与する。次いで、抗体生成細胞を免疫付与されたマウスから単離し、骨髄腫細胞と融合させて、モノクローナル抗体生成ハイブリドーマを形成する。次いで、そのハイブリドーマを選択培地中で培養する。次いで、得られた細胞を連続希釈により播種し、抗原に特異的に結合する抗体の生成についてアッセイする。次いで、選択されたモノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマを培養する。次いで、抗体をハイブリドーマ細胞の培養培地浮遊物から精製する。これらの実験により、結合エピトープが、例えば、このタンパク質のＫ３−Ｃ末端領域内に含有される、ＴＦＰＩ−結合抗体の特定がもたらされる。
実施例４２
本実施例は、ＡＲＣ１７４８０の許容できるおよび許容できないヌクレオチド変異を評価する。本実施例は、ＡＲＣ１７４８０の欠失と組み合わせた許容できるおよび許容できないヌクレオチド変異を評価する。
以下の表４０並びに図１４６および１５０に示されるように、ＡＲＣ１７４８０配列内の個別または複数のヌクレオチドの変異について試験を行うために、分子を発生させた。ＡＲＣ１７４８０の各残基について、単一変異を試料採取した。２’−メトキシ残基については、２’−メトキシ−Ａ、２’−メトキシ−Ｃ、２’−メトキシ−Ｇ、および２’−メトキシ−Ｕ残基を評価し、２’−デオキシ残基については、２’−デオキシ−Ａ、２’−デオキシ−Ｃ、２’−デオキシ−Ｇ、および２’−デオキシ−Ｔ残基を評価した。表４０（ＡＲＣ３３１４９〜ＡＲＣ３３１８０、ＡＲＣ３４８５６〜ＡＲＣ３４９１９）の配列は、各ヌクレオチド位の３つの可能性のある変異を包含する。例えば、ＡＲＣ１７４８０のヌクレオチドが２’−メトキシ−Ａであるならば、対応する２’−メトキシ−Ｃ、２’−メトキシ−Ｇ、および２’−メトキシ−Ｕ変異は本実施例に示される。さらに、ＡＲＣ１７４８０に対して複数のヌクレオチド変異を有するいくつかの分子を評価した。ＡＲＣ１７４８０配列に対してヌクレオチド変異とヌクレオチド欠失の両方を有するいくつかの分子も試験した。
置換されたＡＲＣ１７４８０分子を結合および官能基についてアッセイした。当該評価に用いたアッセイは、校正自動トロンビン生成（ＣＡＴ）アッセイ、ドットブロット結合−競合アッセイ、ＦＸａ活性アッセイであった。これらのアッセイの結果は表４０に要約し、図１４７に記載した。変異が実施された３つのアッセイのうち少なくとも２つの基準を満たせば、活性について許容できると考えられた。許容できる（「はい」）および許容できない（「いいえ」）変異を表４０に同定した。各アッセイに用いた実験の詳細および基準は以下の段落に記述する。本実施例に記述した分子は最初にＣＡＴアッセイおよびドットブロット結合−競合アッセイで試験を行った。大部分の場合、ＣＡＴアッセイの結果とドットブロット結合−競合アッセイの結果との間に矛盾があるならば、ＦＸａ活性アッセイだけで分子に試験を実施した。
各分子のＴＦＰＩ阻害活性をアプタマー濃度が５００ｎＭ、１６６．６７ｎＭ、５５．５６ｎＭ、１８．５２ｎＭ、６．１７ｎＭおよび２．０８ｎＭであるプールされた血友病Ａの血漿でＣＡＴアッセイで評価した。全ての実験にＡＲＣ１７４８０を対照として含めた。各分子について、各アプタマー濃度の内因性トロンビンポテンシャル（ＥＴＰ）およびピークトロンビン値を分析に用いた。血友病Ａの血漿単独のＥＴＰまたはピークトロンビン値を、各濃度の各分子についてのアプタマー存在下で対応する値から引いた。その後、補正したＥＴＰおよびピーク値をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝ＥＴＰまたはピークトロンビン、ｘ＝アプタマー濃度、ｍａｘ＝最大のＥＴＰまたはピークトロンビン、およびｉｎｔ＝ｙ−切片）に適合させ、ＥＴＰとピークトロンビンの双方についてＩＣ５０値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０を同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０と比較した。分子のＥＴＰとピークトロンビンＩＣ５０の双方が、同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０より５倍以下であれば、変異がＣＡＴアッセイにおいて許容できると考えられた。許容できる変異を、アッセイ基準を満たす（「はい」）またはアッセイ基準を満たさない（「いいえ」）として、表４０に表した。
各分子を結合−競合アッセイにおける組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）の結合について評価した。これらの実験について、１０ｎＭのヒトＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ、スタンフォード、コネチカット州、カタログ番号４９００ＰＣ）を、微量の放射標識されたＡＲＣ１７４８０および標識されていない競合アプタマーの５０００ｎＭ、１６６６．６７ｎＭ、５５５．５６ｎＭ、１８５．１９ｎＭ、６１．７３ｎＭ、２０．５８ｎＭ、６．８６ｎＭ、２．２９ｎＭ、０．７６ｎＭまたは０．２５ｎＭと共にインキュベートした。全ての実験にＡＲＣ１７４８０を対照として、競合として含めた。各分子について、各競合アプタマーの濃度で結合された放射標識されたＡＲＣ１７４８０の百分率を分析に用いた。放射標識された結合ＡＲＣ１７４８０の百分率をアプタマー濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝放射標識された結合ＡＲＣ１７４８０の百分率、ｘ＝アプタマー濃度、ｍａｘ＝最大の結合されたＡＲＣ１７４８０、およびｉｎｔ＝ｙ−切片）に適合させ、結合−競合についてＩＣ５０値を生成した。各アプタマーのＩＣ５０を同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０と比較した。分子のＩＣ５０が同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０より５倍以下であれば、変異が結合−競合アッセイにおいて許容できると考えられた。許容できる変異を、アッセイ基準を満たす（「はい」）またはアッセイ基準を満たさない（「いいえ」）として、表４０に表した。
いくつかの分子を第Ｘａ因子（ＦＸａ）活性アッセイにおけるＴＦＰＩの阻害について評価した。発色基質を切断するＦＸａの能力をＴＦＰＩの存在下または不在下、アプタマーの追加する場合と追加しない場合で測定した。これらの実験について、２ｎＭのヒトＦＸａを８ｎＭのヒトＴＦＰＩとインキュベートした。その後、５００μＭの発色基質およびアプタマーを加え、ＦＸａの基質切断を、時間の関数として４０５ｎｍの吸光度（Ａ４０５）で測定した。アプタマーの濃度が５００ｎＭ、１２５ｎＭ、３１．２５ｎＭ、７．８１ｎＭ、１．９５ｎＭおよび０．４９ｎＭで試験を行った。各実験にＡＲＣ１７４８０を対照として含めた。各アプタマー濃度において、時間の関数としてＡ４０５をプロットし、各曲線の直線領域を等式ｙ＝ｍｘ＋ｂ（式中、ｙ＝Ａ４０５、ｘ＝アプタマー濃度、ｍ＝基質切断の割合、およびｂ＝ｙ−切片）に適合させ、ＦＸａの基質切断の割合を生成した。ＴＦＰＩの存在下およびアプタマーの不在下のＦＸａの基質切断の割合を、各濃度の各分子について、ＴＦＰＩもアプタマーも存在しているときの対応する値から引いた。その後、アプタマー濃度の関数として補正した割合をプロットし、等式ｙ＝（Ｖｍａｘ／（１＋ＩＣ５０／ｘ））（式中、ｙ＝基質切断の割合、ｘ＝アプタマー濃度、およびＶｍａｘ＝基質切断の最大の割合）に適合させ、ＩＣ５０および最大値（Ｖｍａｘ）を生成した。各アプタマーのＩＣ５０値およびＶｍａｘ値を同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０値およびＶｍａｘ値と比較した。分子のＩＣ５０が同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＩＣ５０より５倍以下であれば、変異はＦＸａ活性アッセイにおいて許容できると考えられ、Ｖｍａｘ値は同じ実験で評価したＡＲＣ１７４８０のＶｍａｘ値の８０％以上であった。許容できる変異を、アッセイ基準を満たす（「はい」）またはアッセイ基準を満たさない（「いいえ」）として、表４０に表した。
ＡＲＣ１７４８０のいくつかの残基は単一変異に許容できるのに対し、他は示さなかった（図１４６および１４７、表４０）。分子の５’および３’末端の単一変異は、残基１〜６および残基３０〜３２（ＡＲＣ３３１４９−３３１５４、ＡＲＣ３４８５６−３４８６７、ＡＲＣ３３１７８−３３１８０、ＡＲＣ３４９１４−３４９１９）のいずれか４つの可能性のあるヌクレオチドとの分子の活性によって証明されるように、よく許容された。１９位（ＡＲＣ３３１６７、３４８９２、３４８９３）の単一変異もまたよく許容された。残基８、１０、１１、１５、２１、２８、および２９（ＡＲＣ３３１５６、ＡＲＣ３４８７０、ＡＲＣ３４８７１、ＡＲＣ３３１５８、ＡＲＣ３４８７４、ＡＲＣ３４８７５、ＡＲＣ３３１５９、ＡＲＣ３４８７６、ＡＲＣ３４８７７、ＡＲＣ３３１６３、ＡＲＣ３４８８４、ＡＲＣ３４８８５、ＡＲＣ３３１６９、ＡＲＣ３４８９６、ＡＲＣ３４８９７、ＡＲＣ３３１７６、ＡＲＣ３４９１０、ＡＲＣ３４９１１、ＡＲＣ３３１７７、ＡＲＣ３４９１２、ＡＲＣ３４９１３）は単一変異に対していくらか許容できたが、残りの残基は単一変異に対してほとんど許容できなかった（残基７、９、１２〜１４、１６〜１８、２０、および２２〜２７、ＡＲＣ３３１５５、ＡＲＣ３４８６８、ＡＲＣ３４８６９、ＡＲＣ３３１５７、ＡＲＣ３４８７２、ＡＲＣ３４８７３、ＡＲＣ３３１６０、ＡＲＣ３４８７８、ＡＲＣ３４８７９、ＡＲＣ３３１６１、ＡＲＣ３４８８０、ＡＲＣ３４８８１、ＡＲＣ３３１６２、ＡＲＣ３４８８２、ＡＲＣ３４８８３、ＡＲＣ３３１６４、ＡＲＣ３４８８６、ＡＲＣ３４８８７、ＡＲＣ３３１６５、ＡＲＣ３４８８８、ＡＲＣ３４８８９、ＡＲＣ３３１６６、ＡＲＣ３４８９０、ＡＲＣ３４８９１、ＡＲＣ３３１６８、ＡＲＣ３４８９４、ＡＲＣ３４８９５、ＡＲＣ３３１７０、ＡＲＣ３４８９８、ＡＲＣ３４８９９、ＡＲＣ３３１７１、ＡＲＣ３４９００、ＡＲＣ３４９０１、ＡＲＣ３３１７２、ＡＲＣ３４９０２、ＡＲＣ３４９０３、ＡＲＣ３３１７３、ＡＲＣ３４９０４、ＡＲＣ３４９０５、ＡＲＣ３３１７４、ＡＲＣ３４９０６、ＡＲＣ３４９０７、ＡＲＣ３３１７５、ＡＲＣ３４９０８、およびＡＲＣ３４９０９）。
５’および３’末端の変異の許容性は、これらの残基がＡＲＣ１７４８０の機能に重要でないことを示唆する。いくつかの分子の活性の検討はこの観察（図１４８、表４０）を支持するデータを加える。１〜５位および３０〜３２位の複数の結合された変異は活性基準（ＡＲＣ３４８５４）を満たす分子になり、これらのヌクレオチドが活性に大切であるとは思われないという結論を支持する。しかしＡＲＣ３３８９３は、削除されたＡＲＣ１７４８０の５’末端に５ヌクレオチド（残基１〜５）があり、３’末端に３ヌクレオチド（残基３０〜３２）があるが、ＣＡＴまたはＦＸａアッセイにおいて活性基準を満たさない。ＡＲＣ３３９２９は、残基１〜５および残基３０〜３２が欠失している点でＡＲＣ３３８９３とほとんど同じであるが、残基６で２’−メトキシ−Ｇに置換され、残基２９で２’−メトキシ−Ｃに置換される（番号付けはＡＲＣ１７４８０の残基を意味する）。ＡＲＣ３３９２９はＣＡＴ、結合、およびＦＸａアッセイにおいて活性基準を満たし、分子内の変異も作られるならば、残基１〜５および残基３０〜３２がＡＲＣ１７４８０配列から削除され得ることを示している。６位および２９位の同じ変異も、ＡＲＣ３４８５５の活性によって証明されるように、残基１〜５および残基３０〜３２に変異がある状況で許容できることを示す。これらの実験により、残基６〜２９はＡＲＣ１７４８０のコア配列を形成し得ることが示唆される。
様々な分子を試験することから得られる結果により、配列内のいくつかのヌクレオチドが互いに塩基対を形成する可能性があることが示される（表４０、図１４９）。６位のｍＡおよび２９位のｍＵに変異を含むが、この２つの残基の間に塩基対を維持する分子は活性基準を満たす。具体的にはＡＲＣ３３１８３（６ｍＵ：２９ｍＵ）、ＡＲＣ３４９２０（６ｍＧ：２９ｍＣ）、およびＡＲＣ３４９２１（６ｍＣ：２９ｍＧ）である。上述のように、６位の単一変異は許容できる一方で、２９位の単一変異は部分的に許容できる。まとめると、これらの結果により、残基６および２９はワトソン・クリック塩基対合規則に従って一緒に置換されるならば、変異に対して許容できることが説明され、残基６および２９は塩基対合されることが強く示唆される。７位のｍＵおよび２８位のｍＡに変異を含むが、この２つの残基の間に塩基対を維持する分子は活性基準を満たす。具体的にはＡＲＣ３３１８４（７ｍＡ：２８ｍＵ）、ＡＲＣ３４９２２（７ｍＧ：２８ｍＣ）、およびＡＲＣ３４９２３（７ｍＣ：２８ｍＧ）である。上述のように、７位の単一変異は許容できない一方で、２８位の単一変異は部分的に許容できる。まとめると、これらの結果により、残基７および２８はワトソン・クリック塩基対合規則に従って一緒に置換されるならば、変異に対して許容できることが説明され、残基８および２７は塩基対合されることが強く示唆される。８位のｍＡおよび２７位のｍＵに変異を含むが（８ｍＡ：２７ｍＵ）、この２つの残基の間に塩基対を維持する分子は活性基準を満たす。具体的にはＡＲＣ３３１８５（８ｍＵ：２７ｍＡ）、ＡＲＣ３４９２４（８ｍＧ：２７ｍＣ）、およびＡＲＣ３４９２５（８ｍＣ：２７ｍＧ）である。上述のように、８位の単一変異は部分的に許容できる一方で、２７位の単一変異は許容できない。まとめると、これらの結果により、残基８および２７はワトソン・クリック塩基対合規則に従って一緒に置換されるならば、変異に対して許容できることが説明され、残基８および２７は塩基対合されることが強く示唆される。残基６および２９、７および２８、並びに８および２７が塩基対を形成するという結論は、適切な塩基対合相互作用（ＡＲＣ３５１７３−３５１８０）を保つ同じ分子の中に、これらの位の複数変異に許容できることによっても支持される。しかし、残基１〜５および３０〜３２が削除されて分子内に同じ複数変異が作られるとき、いくつかの変異しか許容できず（ＡＲＣ３５１８１−３５１８９）、このことは、変異が全長の分子の構成で作られるとき、残基１〜５および３０〜３２は結合および活性に積極的に寄与することが示唆される。
許容できる単一変異を組み合わせた分子についても試験を行い、図１５０（ＡＲＣ３５１９０、ＡＲＣ３５１９１、ＡＲＣ３５１９３−３５１９５、ＡＲＣ３５２２０、ＡＲＣ３５２２１、ＡＲＣ３５２２３−３５２２９、ＡＲＣ３５２３１、ＡＲＣ３５２３２）に表す。これらの分子は結合−競合またはＦＸａアッセイにおいて活性基準を満たさなかった。この実験により、分子内の単一変異が許容できることがあるとしても、分子内の他の変異と組み合わせたときに許容できないことが示される。
本実施例は、多くの単一および複数変異がＡＲＣ１７４８０配列内で許容できることを説明する。変異内の分子を評価することにより、コアアプタマー配列がヌクレオチド６〜２９に含まれること、残基６および２９、７および２８、並びに８および２７が配列内に塩基対を形成する可能性があることが示唆される。さらに、多くの変異は個別には許容できるが、互いに組み合わせると、常に許容できるとは限らない。















実施例４３
本実施例は、ＦＸａがＴＦＰＩに結合することについて放射標識されたＡＲＣ１７４８０と部分的に競合することを説明する。
これらの実施例について、最終濃度が１０ｎＭのヒトＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ社、スタンフォード、コネチカット州、カタログ番号４９００ＰＣ）を微量の放射標識されたＡＲＣ１７４８０および異なる濃度のヒトＦＸａ（Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、エセックス・ジャンクション、バーモント州、カタログ番号ＨＣＸＡ−００６０）またはＡＲＣ１９４９９（２０００ｎＭ〜０．１０ｎＭ）とインキュベートした。対照もＴＦＰＩ不在下で実施し、微量の放射標識されたＡＲＣ１７４８０を異なる濃度のＦＸａ（２０００ｎＭ〜０．１０ｎＭ）とインキュベートした。放射標識されたＡＲＣ１７４８０の結合の百分率を競合の濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝放射標識されたＡＲＣ１７４８０結合の割合、ｘ＝競合の濃度、ｍａｘ＝最大の放射標識されたＡＲＣ１７４８０結合、およびｉｎｔ＝ｙ−切片）に適合させ、結合−競合についてＩＣ５０値を生成した。図１５１は、ＴＦＰＩに結合することについて、ＦＸａおよびＡＲＣ１９４９９の放射標識されたＡＲＣ１７４８０との競合をグラフに表す。濃度が約７５ｎＭ以上の競合結合曲線の平坦域によって証明されるように、ＦＸａはＴＦＰＩに結合することについて、ＡＲＣ１７４８０と部分的に競合する。対照的に、ＡＲＣ１９４９９はＴＦＰＩに結合することについて、放射標識されたＡＲＣ１７４８０と完全に競合する。ＴＦＰＩを欠損する対照実験では、ＡＲＣ１７４８０はＦＸａに検知できる結合がない。
これらの結果により、ＴＦＰＩに結合することについて、ＦＸａがＡＲＣ１７４８０と部分的に競合することが説明され、ＦＸａおよびＡＲＣ１７４８０はＴＦＰＩに同時に結合し得ることが示唆される。
実施例４４
本実施例はＡＲＣ１９４９９と第ＶＩＩＩ補充因子との間の薬物間相互作用の可能性を評価する。本実施例は、凝固形成の空間的モデル、固定化された組織因子と活性化される血友病の血漿中、第ＶＩＩＩ補充因子（ＦＶＩＩＩ）の存在下または不在下において、ＡＲＣ１９４９９が凝固を改善することができることを説明する。
空間的実験モデルの主要な特性は、血漿の凝固が固定化された組織因子（ＴＦ）で覆われた表面によって活性化されることである。その後、フィブリンゲルは血漿の塊に伝播する。凝固サイズ対時間の計測値から、以下のパラメーターーが計算され得る。遅延時間（血漿が活性因子に接触し、凝固形成が始まるまでの遅延）、凝固増殖の初期速度（Ｖ初期、遅延時間経過後、最初の１０分間にわたって凝固サイズ対時間の曲線の勾配を意味する）、凝固増殖の空間的速度（Ｖ定常、次の３０分間にわたる勾配を意味する）、実験から６０分後の凝固増殖。
ＡＲＣ１９４９９が凝固ネットワーク規則の現在の知識に基づいて、凝固の伝播に及ぼし得る影響を予想するために、まず、４つの異なるケース、正常な血漿、ＴＦＰＩが完全に不活性化された正常な血漿、血友病Ａの血漿（ｆＶＩＩＩなし）、およびＴＦＰＩ活性が完全に不活性化された血友病Ａの血漿について凝固のコンピューターー・シミュレーションを実施した。ちょっとした修正を加えた凝固の詳細な機序による数学モデルを用いて、血液凝固のコンピューターー・シミュレーションを実施した（Ｐａｎｔｅｌｅｅｖら（２００６）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｊ ９０：１４８９−１５００）。モデルの反応動態学を一組の微分方程式によって記述した。数学モデルは二相性であり、反応は活性因子（ＴＦ）との表面と血漿の量の両方で起こった。以下のモデル定数はオリジナルのモデルとは異なった。接触による活性化を阻害するために、血液はトウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）に回収されたため、ｋｃｏｎｔａｃｔ（接触による活性化の定数）を０ｍｉｎ−１に設定し、第ＶＩＩａ因子およびＶＩＩ因子とＴＦとの会合速度定数（ｋａＶＩＩａ，ＴＦおよびｋａＶＩＩ，ＴＦ）を０．００９４ｎＭ−１ｍｉｎ−１に設定し、第ＶＩＩａ因子およびＶＩＩ因子とＴＦとの解離速度定数（ｋｄＶＩＩａ−ＴＦおよびｋｄＶＩＩ−ＴＦ）を０．０３４２ｍｉｎ−１に設定し、第Ｘａ因子、第ＶＩＩａ因子およびＴＦの解離速度定数を３８５ｍｉｎ−１に設定し、複合体ＶＩＩａ−ＴＦ（ｋｃａｔ Ｘ，ＶＩＩａ−ＴＦ）による第Ｘ因子活性化の触媒定数を２０ｍｉｎ−１に設定し、ミカエリス定数（ＫＭ Ｘ，ＶＩＩａ−ＴＦ）を３９０ｎＭに設定した。血小板がない血漿で実験を行ったため、実効定数ｋｅｆｆ ＩＸ，ＶＩＩａおよびｋｅｆｆ Ｘ，ＶＩＩａを０ｎＭ−２ｍｉｎ−１に設定した。
組織因子（ＴＦ）密度が５ｐｍｏｌｅ／ｍ２であるコンピューターー・シミュレーションの結果は、ＴＦＰＩの完全な不活性化により遅延時間を有意に短縮する一方で、凝固の伝播に及ぼす影響は、正常な血漿も血友病の血漿も小さいことを表した（図１５２Ａ）。ＴＦＰＩが存在するとき、ＴＦ密度を１００ｐｍｏｌｅ／ｍ２まで増加させると、正常な血漿も血友病の血漿も、遅延時間が実質的に短縮した。組織因子（ＴＦ）密度が５ｐｍｏｌｅ／ｍ２であるシミュレーションとは対照的に、１００ｐｍｏｌｅ／ｍ２でのＴＦＰＩの完全な不活性化では、速度および凝固サイズはわずかしか改善しない一方で、遅延時間は影響を受けなかった。これらのシミュレーションは、ＴＦＰＩの遮断は最初の凝固形成段階に影響を及ぼすものであり、主に遅延時間および初期の凝固増殖の速度を変化させると予想した。図１５２Ｃに表されるように、遅延時間については、ＴＦＰＩの遮断の影響はＴＦ密度が低い場合に大きくなるはずである。
空間的凝固形成におけるＴＦＰＩおよびｆＶＩＩＩの相対的な役割を理解し、ＴＦＰＩ拮抗作用およびｆＶＩＩＩ補充についての可能性のある薬物間相互作用効果を予想するために、０〜０．７ｎＭのｆＶＩＩＩの濃度範囲、０〜２．５ｎＭのＴＦＰＩの濃度範囲についてもコンピューターー・シミュレーションを実施した（すなわち、両方のタンパク質の活性が０〜１００％）。モデルの凝固を１０ｐｍｏｌｅ／ｍ２のＴＦ表面密度によって開始した（図１５３）。ＴＦＰＩ拮抗作用が遅延時間を短縮することによって凝固開始時間に影響を及ぼした（図１５３Ａ）一方で、ｆＶＩＩＩは主に凝固伝播速度に影響した（図１５３Ｃ）。積分パラメーターーである凝固サイズ（図１５３Ｄ）は、ｆＶＩＩＩ濃度の全範囲でＴＦＰＩに従属した。しかし、ＴＦＰＩ拮抗作用の（凝固サイズの全体的な増加に関して）絶対効率はｆＶＩＩＩレベルの増加と変わらない一方で、相対効率は低下した。
空間的凝固の実験的計測を特別に設計されたチャンバーーに実施した（図１５４Ａ）。血漿の試料をサーモスタットに続いて配置されたチャンバーーのウェルに充填した。全実験は３７℃で行った。凝固を端面に固定化されたＴＦと共にチャンバーーに挿入したものを浸漬することによって開始した。凝固形成はＣＣＤカメラを用いてフィブリンゲルから光散乱によって登録した（図１５４Ｂ）。チャンバーーは単色光で均一に照射された。散乱した光は外部ノイズを減ずる光学フィルターを通過する。画像は１５秒毎にキャプチャーした。得られた連続の画像をその後、コンピューターーで加工し、血液凝固の空間ダイナミクスのパラメーターーを計算した。得られた連続の画像をその後、コンピューターーで加工し、血液凝固の空間ダイナミクスのパラメーターーを計算した。
当該一組の実験のために、表面を１〜２ｐｍｏｌｅ／ｍ２のＴＦ密度で誘導体化した。トロンボプラスチンを（Ｆａｄｅｅｖａら（２０１０）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｍｏｓｃ）７５：７３４−７４３）に本質的に記述されるように、化学的な吸着法によってポリスチレン表面に固定した。表面を以下のようにＰＥＩの薄い層で覆った。４ｍｇ／ｍＬのアルブミン、２％のＰＥＩ、および１％のグルタルアルデヒドを２：１：１の容積比で混合し、１３μＬ／ｃｍ２のポリスチレン表面に塗布した。ポリスチレン表面を室温（ＲＴ）で２４時間乾燥させた。その後、室温に１時間、０．５％のグルタルアルデヒドでインキュベートし、蒸留水で１５分間４回洗浄した。得られた表面を室温で１時間、１２ｎＭのトロンボプラスチン（０．２ｍＬ／ｃｍ２）にインキュベートし、１５分間蒸留水で２回洗浄した。表面の遊離したグルタルアルデヒドは０．１Ｍのグリシン（０．２ｍＬ／ｃｍ２）で１時間インキュベートすることによって遮断された。最後に、活性因子を１５分間蒸留水２０ｍＬで４回洗浄し、３７℃で３０分間乾燥させ、ポリエチレンバッグに密封した。活性因子を４℃で保管した。
表面のＴＦ活性は、過剰な第ＶＩＩａ因子の存在下で第Ｘ因子を活性化することのできる能力を特徴とする。Ａｃｔｉｃｈｒｏｍｅ ＴＦアッセイからキャリブレーターＴＦと共に調製された活性化因子（１×４ｍｍ）またはキャリブレーターＴＦ溶液を９６ウェルプレートのウェルに配置した。緩衝液Ａ（１Ｍのトリス、１５０ｍＭのＮａＣｌ、０．１％のＰＥＧ−６０００、ｐＨ８．７）をその後、２０μＬ加えた。次に塩化カルシウム（１５ｍＭ）を含む緩衝液Ａに第ＶＩＩａ因子（２０μＬ、６０ｎＭ）を加え、室温で５分間インキュベートした。最後に、緩衝液Ａの１．５μＭの第Ｘ因子の２０μＬを加えた。活性因子を３７℃で３０分間インキュベートした。活性因子をウェルから取り除いた。活性化を停止し、検出を開始するために、２５ｍＭのＥＤＴＡおよび１．０５ｍＭの発色基質Ｓ−２７６５を含む溶液の４０μＬをウェルに加えた。発色基質切断の割合は、動力学的な様式のＴｈｅｒｍｏｍａｘマイクロプレートリーダーを用いて、４０５ｎｍの波長で光吸収することによって特定した。ＴＦ濃度は検量線から特定した。
血液はインフォームドコンセント済みの血友病Ａ患者から回収した。全患者は重度の血友病Ａ（ＦＶＩＩＩ：Ｃ＜１％）と診断され、３０または５０ＩＵ／ｋｇの第ＶＩＩＩ因子による予防を受け（患者８を除く）、実験前の３日間は第ＶＩＩＩ因子の濃縮製剤を使用しないことを報告した。患者の大部分からの血液試料は、第ＶＩＩＩ因子の投与前（０時間）、投与後１、４、２４、および４８時間に回収された（患者７〜９については０、１、および２４時間の試料のみを回収した）。０、１および２４時間に回収された試料だけを空間的凝固実験のために用いた一方で、ＡＰＴＴおよび第ＶＩＩＩ因子のレベル（凝固活性に基づくアッセイで）は全試料で測定した。図１５５は、患者の特徴および第ＶＩＩＩ因子投与前に測定されたＶＩＩＩおよびＡＰＴＴ値を表す。図１５６は、異なる時点の各患者について測定した第ＶＩＩＩ因子およびＡＰＴＴ値を表し、残らず第ＶＩＩＩ因子の薬物動態の既知のパラメーターーと良好に一致する。空間的凝固実験についての血液は、３．８％のクエン酸ナトリウム（ｐＨ５．５）と０．１ｍｇ／ｍＬ（最終濃度）のトウモロコシトリプシン阻害剤（ＣＴＩ）を含む溶液に９：１のｖ／ｖ比で回収された。その後、血液は１５分間２，５００ｇを遠心分離によって処理され、血小板が不足した血漿を得て、その後さらに５分間１１，０００ｇを遠心分離にかけ、血小板のない血漿を得て、後に使用するために−８０℃で凍結した。実験前に凍結した血漿を室温の流水下で１０分間解凍し、（Ｓｉｎａｕｒｉｄｚｅら（１９９８）Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ １４２５：６０７−６１６）に記述されるように、乳酸の処置によって血漿のｐＨを７．２〜７．４に安定させた。ＡＲＣ１９４９９の一定分量を最初の実験日の前に室温で３０分間解凍した。ＡＲＣ１９４９９をリン酸緩衝塩類溶液（ＰＢＳ）に溶解し、必要な最終濃度に達した。各実験の前の１５分間に、血漿の３００μＬはＡＲＣ１９４９９溶液の１８μＬで補われた。ＡＲＣ１９４９９の最終濃度が０ｎＭである対照実験では、血漿はビヒクルＰＢＳの同じ容量で補われた。活性因子を緩衝液（２０ｎＭのヘペス、ＮａＣｌの１５０ｍＭ、ｐＨ＝７．２〜７．４）に置き、実験中、活性因子近くの気泡形成を減じた。１ＭのＣａＣｌ２の溶液、活性因子の緩衝液および調製された血漿は、３７℃で１５分間別々にインキュベートした。実験チャンバーーを３７℃で実験装置のサーモスタットに置いた。血漿を続いて６μＬの１ＭのＣａＣｌ２を加えることによって再石灰化し、素早く混合し、血漿の３００μＬを実験チャンバーーに置いた。活性因子は緩衝液から取り出され、余剰な緩衝液は吸取紙で取り除かれ、活性因子を実験チャンバーーに置き、凝固を開始した。
各実験について、凝固増殖のパラメーターーを連続画像に基づいて測定した。最初に、背景の画像を連続画像の各画像から抜き取り、結果として得られる画像を分析した。活性因子に垂直線を引き、凝固の輪郭（ピクセル強度に基づいて、平均の光散乱のプロット対活性因子からの距離）を計算した。凝固サイズを座標としての各輪郭について測定し、光散乱強度が最大の５０％であり、これが最大半量のフィブリノゲンのフィブリンへの変換に対応する（Ｏｖａｎｅｓｏｖら（２００５）Ｊ Ｔｈｒｏｍｂ Ｈａｅｍｏｓｔ ３：３２１−３３１に記述されるように）。６０分後の遅延時間、凝固増殖の初期速度（αまたはＶ初期）、凝固増殖の空間的速度（βまたはＶ定常）および凝固サイズを含む空間的凝固パラメーターーを凝固サイズ対時間プロットから計算した。各実験について、活性因子の異なる領域に、活性因子の表面に４つ垂直線を引いた。凝固増殖の特性を分析し、各凝固パラメーターーの値を４つ得て、平均を取り、平均値を得た。
血友病Ａの血漿における空間的凝固のＡＲＣ１９４９９の実験的効果を９例からの血漿を用いて試験を行った。図１５７は、ｆＶＩＩＩ注入後の様々な時点に回収された血友病Ａの血漿に１００ｎＭのＡＲＣ１９４９９をｉｎ ｖｉｔｒｏに加えた効果を説明する。図１５７Ａは、血友病Ａの血漿の表面密度が２ｐｍｏｌｅ／ｍ２である固定化されたＴＦによって開始される凝固サイズの典型的な光散乱微速度画像を表し、それぞれ、第ＶＩＩＩ因子投与前（０時間）、および第ＶＩＩＩ因子投与後１時間または２４時間、ＡＲＣ１９４９９（１００ｎＭ）存在下および不在下を表す。これらの画像に、ＴＦでコートされた活性因子が各画像の左側の垂直方向の黒色の細長い片として見える。図１５７のパネルＢ、ＣおよびＤはパネルＡの関連する画像に由来する凝固サイズ対時間プロットである。パネルＣは試験全体の実験的分析に使用したパラメーターーも説明する。
対照として、ＡＲＣ１９４９９が新たに調製された血漿および凍結および解凍の周期を経た同じ血漿に及ぼす影響を比較する一連の実験を行った。当該試験に使用した血漿の調製方法は、実験前に凍結／解凍された血漿を含むため、凝固パラメーターーを凝固亢進に移行し、実験中の大部分の血漿に自然に起こる凝固の出現を導くことができた。図１５８は、ＣＴＩに回収された新たに調製された血漿および凍結／解凍された同じ血漿中に測定された３００ｎＭのＡＲＣ１９４９９がある場合とない場合の空間的凝固のパラメーターーの比を表す。この図は、新たに調製された血漿と凍結／解凍された同じ血漿との間に、ＡＲＣ１９４９９に対する凝固のパラメーターーまたは反応に有意差が認められなかったことを表す。
図１５９〜１６７は、患者１〜９にそれぞれ第ＶＩＩＩ因子を投与する前（０時間）、および投与後の１時間および２４時間のＡＲＣ１９４９９の濃度への凝固パラメーターーの依存度を表す。各図のパネルＡ、Ｂ、ＣおよびＤは、遅延時間、初期速度、定常速度および凝固サイズをそれぞれ表す。パネルＥは第ＶＩＩＩ因子およびＡＲＣ１９４９９の濃度への凝固サイズの依存度を表す。全例に、遅延時間を短縮し、凝固サイズを増加させることによって、ＡＲＣ１９４９９が空間的凝固を向上させた。ＡＲＣ１９４９９は第ＶＩＩＩ因子の濃度の全範囲に、影響の程度は患者ごとに異なるが、有意な影響を引き起こした。Ｖ初期およびＶ定常への影響はもっと入り交じっていたが、試料のいくつかにこれらのパラメーターーの増加が認められた。
薬物間相互作用の転帰は、患者の大多数にシミュレーションで予測したものとほぼ同じであった。図１５９〜１６７のパネルＥに表されるように、ＡＲＣ１９４９９は、第ＶＩＩＩ因子の低濃度に凝固サイズに最も大きな効果があった一方で、第ＶＩＩＩ因子はＡＲＣ１９４９９の低濃度で最も効果的であった。このことは、患者２および３からの血漿を除き、大部分の血漿に認められ、ＡＲＣ１９４９９の相対的効果は第ＶＩＩＩ因子の全濃度についてほぼ同じであった（逆も真であった）。さらに、初期の第ＶＩＩＩ因子レベルが極めて高かった患者９における第ＶＩＩＩ因子の低濃度を試験することができなかった。それでも、第ＶＩＩＩ因子の高濃度でＡＲＣ１９４９９の影響がないことを検討することができた。患者７の血漿には２４時間の時点に、有意な自然に起こる凝固があり、凝固サイズを評価することができなかった。しかしながら０時間および１時間の時点のデータは、当該患者の血漿を同じカテゴリーに包含することができた。
様々な患者からの血漿を使用して得られた結果をさらに分析するために平均化した。図１６８は、患者の血液中の第ＶＩＩＩ因子の３つの濃度範囲、５％未満、５％〜３０％、および３０％以上について、１００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を加えることの影響を表す。全凝固パラメーターーについての平均値およびＳ．Ｅ．Ｍ．を表す。図１６８のそれぞれのパネルの実験の数にいくらか差があることに留意されたい。これは全ての凝固パラメーターーを常に計算できるわけではなかったことを原因とする。例えば、凝固がない実験について遅延時間を計算することはできない。逆に、活性因子に依存しない凝固の実験については、遅延時間しか計算できす、６０分の時点の凝固サイズは計算できない。
図１６８のパネルＡは、指示された第ＶＩＩＩ因子の濃度範囲について、１００ｎＭのＡＲＣ１９４９９を加えた場合と加えない場合の平均遅延時間を比較したものを表す。ＡＲＣ１９４９９は、３つ全ての第ＶＩＩＩ因子の濃度範囲で、遅延時間を統計的に有意に減少させた（平均値は対応ｔ検定を用いてＰ＜０．０５で有意差がある）。しかしながら、ＡＲＣ１９４９９で達成された値は、互いに有意差は認められなかった（平均値は対応ｔ検定を用いてＰ＜０．０５）。第ＶＩＩＩ因子の濃度が増加するとＡＲＣ１９４９９の効率性にいくらか低下もあった（ＦＶＩＩＩ＜５％では遅延時間は５０％短縮したが、ＦＶＩＩＩ＞３０％ではその効果は２５％に過ぎなかった）。
図１６８のパネルＢおよびＣは同じ濃度範囲について、ＡＲＣ１９４９９が凝固増殖の速度に及ぼす影響を表す。ＡＲＣ１９４９９が初期速度に及ぼす影響は統計的に有意（ＦＶＩＩＩ＞３０％を除き）であり、定常速度は有意ではなかったが（５％＜ＦＶＩＩＩ＜３０％を除き）、影響は小さいほうであった（影響が４０％超であったＦＶＩＩＩ＜５％を除き１８％〜３０％の増加）。
図１６８のパネルＤに表されるように、ＡＲＣ１９４９９は、第ＶＩＩＩ因子の濃度の３つ全ての範囲について、凝固サイズを統計的に有意に増加させた（Ｐ＜０．０１）。第ＶＩＩＩ因子の濃度が増加する（５％未満３０％以上）につれて、ＡＲＣ１９４９９の影響は２００％から４０％まで低下した。言い換えれば、ＡＲＣ１９４９９の添加により、第ＶＩＩＩ因子の全レベルについて同じであるプラトーを達成した（ＡＲＣ１９４９９での凝固サイズの値は、対応ｔ検定を用いるＰ=０．０５で、３つの濃度範囲に有意差はなかった）。
最後に、図１６９に、第ＶＩＩＩ因子注入後の０、１および２４時間で得られる平均的な空間凝固パラメーターーをＡＲＣ１９４９９の濃度の関数として表す。垂直なエラーバーは標準誤差を示し、実験の数は患者数に等しく、ｎ＝９である。凝固サイズの増加の規模に関して（パネルＤ）、ＡＲＣ１９４９９の絶対的な用量依存は３つの時点すべてについてほぼ同じに見えた。ＡＲＣ１９４９９の相対効果は０時間の時点（四角形）で最大であり、１時間（円形）および２４時間（三角形）の時点で最小である。
空間的凝固モデルのデータに基づくＴＦＰＩおよびＡＲＣ１９４９９についての活動の機序を図１７０に模式的に表す。正常な血漿では、ｆＸａをいくらか産生した後、外因性テナーゼはｆＸａに依存的な様式でＴＦＰＩによって阻害され、第Ｘ因子および第ＩＸ因子の活性をさらに防ぐこととなる。このことはしかし、内因性テナーゼによって正常に代償される。ｆＸａとは対照的に，
ｆＩＸａは抗トロンビンＩＩＩによってゆっくりと阻害され、空間に効率的に拡散することができ、ｆＶＩＩＩａに結合し、活性因子から離れてｆＸａを産生する（図１７０Ａ）。当該経路は血友病Ａの血漿では機能せず（図１７０Ｂ）、凝固の開始は影響を受けないが、空間的伝播は損なわれる。血友病Ａの血漿において、ＡＲＣ１９４９９によってＴＦＰＩを遮断することは膜結合複合体ＶＩＩａ−ＴＦの阻害を防ぐ。結果的に、第Ｘａ因子および第ＩＸａ因子のより高い産生がトロンビンレベルを増加させ、凝固形成の初期段階を進める（図１７０Ｃ）が、不完全な空間的伝播を進めない。要約すると、ＡＲＣ１９４９９のＴＦＰＩの不活性化は、血友病Ａの損なわれた空間的凝固の伝播を正常するというよりむしろ、最終的な凝固サイズを究極には正常なサイズとほぼ同じにする凝固の開始を進める。
同様に、図１７１では、ｆＶＩＩＩおよび／またはＴＦＰＩの存在下または不存在下において、空間および時間の関数として、内因性および外因性テナーゼによって産生される第Ｘａ因子を表すために数学的モデリングを使用した。パネルＡは、ＴＦＰＩ存在下および不存在下の正常および血友病Ａの血漿について、典型的な凝固サイズ対時間プロットを表す。パネルＢは、同じ条件下の内因性テナーゼ（右のパネル）および外因性テナーゼ（左のパネル）による第Ｘａ因子の産生に及ぼす影響を表す。これらのパネルに表されるように、血友病Ａは内因性第Ｘａ因子の産生を本質的に排除する。ＴＦＰＩ阻害は内因性第Ｘａ因子の産生にほとんど影響しないが、外因性第Ｘａ因子の産生を実質的に高める。注目すべきことに第Ｘａ因子の産生を高めることは活性因子の近くに局所化される。第Ｘａ因子は、血漿中のその急速な阻害のため、活性因子から離れたところでは得ることができない。したがって、ＴＦＰＩ拮抗作用の影響は局所化される。凝固物は大きくなるが、それほど大きくはならない。このことは、第ＶＩＩＩ因子がないときに長所を与え、外因性第Ｘａ因子は凝固の重要な要素となる。対照的に、第ＶＩＩＩ因子が存在し活性因子から離れたところで凝固伝播をもたらすとき、ＴＦＰＩ阻害は凝固をほとんど進行させない。
結論として、当該試験のデータにより、血友病Ａの血漿の第ＶＩＩＩ因子のあらゆる濃度範囲について、ＡＲＣ１９４９９を添加することによって、主に、遅延時間の短縮および凝固サイズの増加によって、空間的な凝固形成が有意に向上することが示される。対照的に、第ＶＩＩＩ因子は遅延時間にほとんど影響を及ぼさないが、空間的凝固増殖の速度を増加させる。ＡＲＣ１９４９９は、第ＶＩＩＩ因子のレベルを増加させることによって、遅延時間にほんのわずかしか影響を及ぼさない。凝固サイズに関して、第ＶＩＩＩ因子の濃度が低いときにＡＲＣ１９４９９の相対効果は大きく、試験を受けた患者の大多数（９例中７例）に第ＶＩＩＩ因子の濃度が高いときには小さかった。逆に、第ＶＩＩＩ因子の影響はＡＲＣ１９４９９の濃度が低いときは大きかった。残りの２例では、利用できるデータが、反応の差が第ＶＩＩＩ因子の初期レベルまたは使用される第ＶＩＩＩ因子の濃縮製剤（Ｈａｅｍｏｃｔｉｎ、Ｋｏｇｅｎａｔｅ、またはＯｃｔａｎａｔｅ）に起因すると思われることをなんら示していないにも関わらず、第ＶＩＩＩ因子の全レベルについて、ＡＲＣ１９４９９の相対効果にほとんど差がなかった。
凝固のｉｎ ｖｉｔｒｏの実験的モデルを使用する試験から得られる全体的な結論は、血友病Ａの血漿におけるＡＲＣ１９４９９の影響は、第ＶＩＩＩ因子の濃度が増加するにつれて小さくなることである。同じことがＡＲＣ１９４９９の濃度の関数として、第ＶＩＩＩ因子の影響に当てはまる。このことにより、患者は現在の第ＶＩＩＩ因子のレベルに懸念することなく、ＡＲＣ１９４９９で安全に治療を受けることができ、逆も真で、臨床試験中にＡＲＣ１９４９９を摂取している患者は第ＶＩＩＩ因子の濃縮製剤で安全に治療を受けることができる。
実施例４５
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、精製された成分での色素形成アッセイにおいてＴＦＰＩによって阻害を受けることから第Ｘａ因子（ＦＸａ）を保護することを説明する。ＴＦＰＩは活性が緩やかで強力なＦＸａ阻害剤であり（［Ｈｕａｎｇら（１９９３）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６８（３６）：２６９５０−２６９５５］、ＴＦＰＩのクーニッツ（Ｋｕｎｉｔｚ）−２ドメインを必要とするが（Ｇｉｒａｒｄら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３３８：５１８−５２０；Ｐｅｔｅｒｓｅｎら（１９９６） Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ ２３５：３１０−３１６）、他のＴＦＰＩドメインも当該相互作用を強化することに寄与する（Ｈｕａｎｇら１９９３）。ＦＸａとの最初の遭遇により、ＴＦＰＩと、強結合複合体に緩やかに異性化するＦＸａとの間に弱い衝突錯体を急速に形成する。このことがＦＸａ基質の存在下で、ＦＸａ活性の初期バースト（υｏ）と、続くもっとゆっくりとした定常状態速度（υｓ）と二相性の速度曲線となる。本実施例では、υｏおよびυｓに反映されるように、ＡＲＣ１９４９９がＦＸａのＴＦＰＩ阻害に及ぼす影響を検討した。
ＴＦＰＩおよび／またはＡＲＣ１９４９９の様々な濃度が存在する下で、成分を混合物に加える順序と反応を開始する前に一緒にインキュベートする時間の長さを変更して、発色基質（Ｓ−２７６５、Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｘ）を切断するＦＸａの能力を測定した。最初の実験では、濃度を増加させたＴＦＰＩを（最終１ｎＭ）およびＳ−２７６５（最終０．５ｎＭ）と混合し、ＦＸａを最後に加えるか（図１７２Ａ）、Ｓ−72６５を最後に加えるかした（図１７２Ｂ）。ＦＸａを最後に加えたとき（図１７２Ａ）、Ｓ−72６５の切断についての進行曲線はＦＸａ／ＴＦＰＩ複合体が安定化するにつれて定常状態速度（υｓ）に移行したυｏを特徴とする産生物の発生の初期バーストから始まった。ＴＦＰＩの濃度が最大３２ｎＭまで増加すると、υｏもυｓも徐々に低下した。基質を最後に加えたとき（図１７２Ｂ）、ＦＸａおよびＴＦＰＩは基質を加える直前に一緒に混合した。これらのステップはたった数分で完了したが、ＦＸａおよびＴＦＰＩは基質を加えるまでに十分に速く平衡化し、強力な複合体の形成は大方完了しているように見えた。この場合の進行曲線は二相性の特徴が弱いことを表し、産生物の形成速度は、定常状態速度υｓを主に反映した。８ｎＭ以上のＴＦＰＩの存在下では、阻害はこれらの条件下でほぼ完了し、産生物はほとんど形成されない。
これらの反応へのＡＲＣ１９４９９の影響を検討するために、１ｎＭのＦＸａおよび０．５ｍＭのＳ−２７６５と共に、８ｎＭのＴＦＰＩを濃度が増したＡＲＣ１９４９９（最終１、１０、または１００ｎＭ）と混合した。ＦＸａを最後に加えるか（図１７２Ｃ）またはＳ−２７６５を最後に加えるか（図１７２Ｄ）した。ＡＲＣ１９４９９は定常状態速度に有意な影響があるように見えた。このことは図１７２Ｄに最も明確に表れ、０または１ｎＭのＡＲＣ１９４９９の存在下ではＦＸａの活性はほとんど観察されなかったが、実質的な活性は、ＡＲＣ１９４９９がもっと高い濃度で回復した。定常状態速度への同様の影響が図１７２Ｃにはっきり表れる一方で、反応の初期速度への影響はほとんどはっきりしないが、小さいように見える。
υｓへのＡＲＣ１９４９９の影響を検討するために実験をさらに行った。図１７２Ｂおよび１７２Ｄの実験と同様に、基質を最後に加えたが、阻害複合体が完全に平衡化されたことを確実にするために、基質を加える前に、ＦＸａ、ＴＦＰＩ、およびアプタマーを室温で３０分間インキュベートした（図１７３）。ＦＸａ（１ｎＭ）およびＳ−２７６５（０．５ｍＭ）の最終濃度は前回の実験と同じであったが、ＴＦＰＩは１〜４０ｎＭに変化し、ＡＲＣ１９４９９は１．２５から２５６０ｎＭに変化した。図１７３Ａでは、ＦＸａの反応速度をアプタマーの濃度の関数としてｘ軸上にプロットし、図１７３Ｂでは、同じデータをＴＦＰＩの濃度の関数としてｘ軸上にプロットした。観察された速度はＴＦＰＩまたはＡＲＣ１９４９９の不在下で４０〜４５ｍＯＤ／分であり、ＴＦＰＩの濃度が最も低いとき（１ｎＭ）であっても、阻害を観察した。以前に観察したように、ほぼ完全な阻害はＴＦＰＩの濃度が８ｎＭ以上のときに認められる。ＡＲＣ１９４９９の濃度を増加させると、ＴＦＰＩの存在下でＦＸａの活性を増加させることができる。ＴＦＰＩのいずれの濃度で、アプタマーの濃度が最も高いときでは、ＴＦＰＩの不在下に見られるレベルまでＦＸａの活性を完全に回復することはできなかった（塗りつぶしたひし形、図１７３Ａ）。図１７３ＢはＡＲＣ１９４９９の影響は１６０ｎＭのアプタマーによって飽和されたことを表す。この図はＡＲＣ１９４９９の濃度が飽和しても、当該アッセイのＴＦＰＩ阻害を完全に元に戻さなかったことを説明する。ＴＦＰＩはＦＸａの弱い阻害剤のままであった。
要約すると、これらの２つの図は、ＡＲＣ１９４９９はＦＸａに接触した後に、ＴＦＰＩを阻害する最も大きい役割を担っているように思われることを示唆する。このことは反応初期速度への影響は小さく、定常状態速度への影響はかなり大きいことを説明しているように思われる。これらのデータはまた、ＡＲＣ１９４９９がＴＦＰＩを阻害してもなお、得られるＴＦＰＩ：ＡＲＣ１９４９９複合体は相互に作用し、ＦＸａを阻害することができ、図１７３では、なぜＴＦＰＩの完全な阻害がないのかを説明する。
実施例４６
本実施例はＡＲＣ１７４８０とＡＲＣ１９４９９が結合するＴＦＰＩ上の領域を検討する。これらの実験について、ＴＦＰＩ上の様々な領域に結合する抗体を用いて、プレートベースの結合アッセイに、ＡＲＣ１９４９９と共にＴＦＰＩに結合することについて競合させ、またはドットブロット結合アッセイに、ＡＲＣ１７４８０と共にＴＦＰＩに結合することについて競合させた。競合に使用する抗体を以下の表４１に表す。
本実施例は、抗体Ｍ１０５２７３（Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ社のモノクローナル抗体）をプレートベースの結合アッセイではＡＲＣ１７４８０がＴＦＰＩに結合することについて競合させ、ドットブロット結合アッセイではＡＲＣ１７４８０がＴＦＰＩに結合することについて競合させたことを説明する。抗体Ｍ１０５２７３はＫ３ドメインアミノ酸残基１６０〜２５０を含むＴＦＰＩの断片に対して産生され、当該領域のどこかでＴＦＰＩに結合する（表４１）。本実施例はまた、Ｍ１０５２７１、Ｍ１０５２７２、およびＡＨＴＦＰＩ−５１３８すべてがプレートベースの結合アッセイではＴＦＰＩに結合することについてＡＲＣ１９４９９と競合するが（図１７４）、ドットブロット結合アッセイでは競合しないことを説明する（図１７５Ａ）。Ｍ１０５２７１はＫ１ドメインアミノ酸残基１７〜８７を含むＴＦＰＩの断片に対して産生されるモノクローナル抗体である。Ｍ１０５２７２はＫ２ドメインアミノ酸残基８８〜１６０を含むＴＦＰＩの断片に対して産生されるモノクローナル抗体である。ＡＨＴＦＰＩ−５１３８はＴＦＰＩ（残基１〜１６）のＮ末端に対して産生されるモノクローナル抗体である。一方、ＴＦＰＩ（残基２５１〜２７６）のＣ末端に対して産生されたＭ１０５２７４は両方のアッセイで弱い競合活性を示すのみであった（図１７４および１７５Ａ）。ＰＡＨＴＦＰＩ−ＳはＫ１およびＫ２ドメインのみを含むＴＦＰＩの切断型バージョンに対して産生されるポリクローナル抗体であり、ネガティブコントロールのオリゴヌクレオチドであるＡＲＣ３２６０３と同様に、ドットブロット結合アッセイではいかなる競合も示さなかったが、プレートベースの結合アッセイではＡＲＣ１９４９８と同様に競合した（図１７４）。競合実験に使用する抗体を以下の表４１に表す。
プレートベースの結合実験について、１００μＬのダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）中のＴＦＰＩの４００ｎｇ／ウェル（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ社、カタログ番号４９００ＰＣ）を用いて、９６ウェルＭａｘｉｓｏｒｂプレートを４℃でコートした。ＴＦＰＩ溶液をその後除去し、プレートを室温で２００μＬの洗浄緩衝液（ＤＰＢＳ＋０．０５％のＴｗｅｅｎ２０）で続けて３回洗浄した。プレートはその後室温で３０分間、ＤＰＢＳ中の１０ｍｇ／ｍＬのウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）の２００μＬで遮断した。ＢＳＡで遮断した溶液をその後除去し、プレートを２００μＬの洗浄緩衝液で３回洗浄した。競合する抗体を連続的に希釈し、ＤＰＢＳ中最終濃度が２５ｎＭのＡＲＣ１９４９９および０．１％のＢＳＡでＡＲＣ１９４９９と混合し、混合物をその後アッセイプレートに加え、室温で３時間インキュベートした。ＡＲＣ１９４９８をＡＲＣ１９４９９と同様に混合し、抗体競合アッセイのポジティブコントロールとして使用した。ウェルをその後上述のように洗浄した。競合にＰＡＨＴＦＰＩ−Ｓを使用する実験について、アッセイ緩衝液中の０．５μｇ／ｍＬのウサギモノクローナル抗ＰＥＧ抗体（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ社、カタログ番号２０６１−１）の１００μＬをプレートに加え、室温で３時間インキュベートした。抗ＰＥＧ抗体の溶液はその後除去し、プレートを上述のように洗浄し、アッセイ緩衝液中に１：１０００に希釈した抗ウサギＩｇＧ−ＨＲＰ二次抗体を各ウェルに加え（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社、カタログ番号７０７４）、３０分間インキュベートした。二次抗体の溶液はその後除去し、プレートを上述のように洗浄した。残りの抗体について、アッセイ緩衝液中の１００μＬのビオチン化ウサギモノクローナル抗ＰＥＧ抗体（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ社、カタログ番号２１７３）の０．５μｇ／ｍＬをプレートに加え、室温で３時間インキュベートした。抗ＰＥＧ抗体の溶液はその後除去し、プレートを上述のように洗浄し、ＤＰＢＳ中に２００倍に希釈したＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ社（ミネアポリス、ミネソタ州）のストレプトアビジン−ＨＲＰの１００μＬを加え、室温でさらに１時間インキュベートした。ストレプトアビジン−ＨＲＰはその後除去し、プレートを上述のように洗浄した。ＴＭＢ溶液（Ｐｉｅｒｃｅｓ社、カタログ番号３４０２８）の溶液の１００μＬを各ウェルに加え、２分間インキュベートし、１００μＬの停止溶液（２ＮのＨ２ＳＯ４）を各ウェルに加え、反応を停止させた。アッセイプレートをその後Ｖｉｃｔｏｒ３Ｖ１４２０マルチレーベル・カウンター（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を用いて４５０ｎｍで読み取った。結合の阻害の割合を阻害が０％である２５ｎＭのＡＲＣ１９４９９、並びに阻害が１００％である０ｎＭの抗体および０ｎＭのＡＲＣ１９４９９を用いて計算した。Ｐｒｉｓｍ４ Ｇｒａｐｈｐａｄソフトウェアを用いて４パラメーターロジスティクスに基づいてＩＣ５０を計算した。
図１７４に表されるように、ＴＦＰＩのＫ１ドメイン内で結合する抗体Ｍ１０５２７１、ＴＦＰＩのＫ２ドメイン内で結合する抗体Ｍ１０５２７２、ＴＦＰＩのＫ３ドメイン内で結合する抗体Ｍ１０５２７３およびＴＦＰＩのＮ末端領域に結合するＡＨＴＦＰＩ−５１３８はすべて、プレートベースの結合アッセイで組換えＴＦＰＩに結合することについてＡＲＣ１９４９９と競合する。なかでも、ＴＦＰＩのＫ３ドメインに対してＭ１０５２７３が最も良好に競合し、ＡＲＣ１９４９９とＴＦＰＩとの間の相互作用を１００％近く遮断した一方で、その他の抗体は相互作用を６０％と８５％の間で遮断する。ＴＦＰＩのＫ１およびＫ２ドメインに対して向けられるポリクローナル抗体であるＰＡＨＴＦＰＩ−Ｓは試験することのできた最大の濃度（３００ｎＭ）で相互作用の５０％近く阻害した。しかしながら、この抗体はプラトーに達していなかったため、もっと高い濃度でより高い阻害が可能である。ＴＦＰＩのＣ末端部内に結合するモノクローナル抗体であるＭ１０５２７４は、当該アッセイではＴＦＰＩに結合することについて、ＡＲＣ１９４９９に部分的にしか競合しなかった（＜５０％）。
表４１の抗体はドットブロットに基づく競合結合アッセイでも試験を行った。これらの実験では、抗体を加える場合と加えない場合とで、微量の放射標識されたＡＲＣ１７４８０を１０ｎＭの組換えＴＦＰＩとインキュベートした。抗体は１０００ｎＭ、３３３ｎＭ、１１１ｎＭ、３７．０ｎＭ、１２．４ｎＭ、４．１２ｎＭ、１．３７ｎＭ、０．４６ｎＭ、０．１５ｎＭおよび０．０５１ｎＭで試験した。ＡＲＣ１７４８０を対照としてすべての実験に競合として含めた。各分子について、各競合アプタマーの濃度で放射標識されたＡＲＣ１７４８０の結合の百分率を分析に使用した。放射標識されたＡＲＣ１７４８０の結合の百分率をアプタマーの濃度の関数としてプロットし、等式ｙ＝（ｍａｘ／（１＋ｘ／ＩＣ５０））＋ｉｎｔ（式中、ｙ＝放射標識されたＡＲＣ１７４８０の結合の百分率、ｘ＝アプタマー濃度、ｍａｘ＝最大の放射標識されたＡＲＣ１７４８０の結合、およびｉｎｔ＝ｙ−切片）に適合させ、結合−競合についてＩＣ５０値を生成した。図１７５はＭ１０５２７１、Ｍ１０５２７２、Ｍ１０５２７３、Ｍ１０５２７４、ＰＡＨＴＦＰＩ−Ｓ、およびＡＲＣ３２６０３で実施した結合−競合実験を表す。これらの実験は、抗体Ｍ１０５２７３がドットブロット競合アッセイで、ＴＦＰＩに結合するＡＲＣ１７４８０に競合することを示す（図１７５Ａ）。Ｍ１０５２７４は当該アッセイで結合に部分的に競合する（図１７５Ａ）一方で、Ｍ１０５２７１、Ｍ１０５２７２、およびＰＡＨＴＦＰＩ−ＳはＡＲＣ１７４８０と結合することについて、有意な競合を示さない（図１７５Ａ、図１７５Ｂ）。
上述の２組の実験の間の主な差は以下のように要約できる。１）プレートアッセイは固定化されたＴＦＰＩを使用できた一方で、ドットブロットアッセイは溶液中の１０ｎＭのＴＦＰＩを使用できた。２）プレートベースのアッセイの競合アプタマー（ＡＲＣ１９４９９）には５’末端で分子量の高いＰＥＧがあったのに対し、ドットブロットアッセイの競合アプタマー（ＡＲＣ１７４８０）にはリン酸基しかなかった。３）プレートベースのアッセイの競合アプタマーは２５ｎＭの濃度で加えられた一方で、ドットブロットアッセイの競合アプタマーは微量（ピコモル）しか加えられなかった。これらの因子のいずれか、特にプレートベースのアッセイでは明らかであったが、ドットブロットアッセイでは明らかにならなかったＭ１０５２７１、Ｍ１０５７２２およびＰＡＨＴＦＰＩ−Ｓによる見かけの競合が結果の違いに寄与していたと思われる。２つのアッセイは一致しており、Ｍ１０５２７３による（ＴＦＰＩのＫ３ドメインに対する）完全に近い競合およびＭ１０５２７４による（ＴＦＰＩのＣ末端領域に対する）部分的な競合を表す。まとめると、これらの実験は、Ｋ３ドメインがＡＲＣ１７４８０／ＡＲＣ１９４９９とＴＦＰＩとの間の相互作用に重要な役割を担っており、Ｃ末端ドメインも同様に役割を担い得ることが示唆される。しかしながら、プレートアッセイのデータは、ＴＦＰＩの複数の領域が直接的または間接的にこの相互作用に寄与し得、アプタマー結合のＴＦＰＩの特定のドメインまたは領域の関与を除外しないことを示す。
実施例４７
本実施例は血友病Ａの非ヒト霊長類モデルで得られる血漿の試料のＡＲＣ１９４９９の濃度を評価する。本実施例は実施例３２に拡張し、血友病Ａのサルのモデルにおける凝固欠損を矯正するときのＡＲＣ１９４９９の効果を記述する。
本実験では、血友病Ａの非ヒト霊長類モデルをカニクイザルにヒトの第ＶＩＩＩ因子に対するヒツジポリクローナル抗体を静脈に単回ボーラス注射（２０ｍｇ、５０，０００ベセスダ単位）をすることによって生成する。静脈注射から３．５時間後に、サルを生理食塩水（１ｍＬ／ｋｇ）、組換え第ＶＩＩａ因子（ｒＦＶＩＩａ）（ＮｏｖｏＳｅｖｅｎ（登録商標）、９０μｇ／ｋｇボーラス）またはＡＲＣ１９４９９（６００μｇ／ｋｇ、３００μｇ／ｋｇまたは１００μｇ／ｋｇボーラス）のいずれかで処置した。抗体を投与する前（ベースライン、時間＝０）、抗体投与から２．５時間後、薬物／生理食塩水の処置から１５分後（時間＝３．７５時間）、および薬物／生理食塩水の処置から１時間および２時間後（時間＝それぞれ４．５時間および５．５時間）にクエン酸塩添加血を得た。血漿を発生するように血液を処理にかけ、プロトロンビン時間（ＰＴ）、特性活性化部分トロンボプラスチン時間（ａＰＴＴ）、第ＶＩＩＩ因子の機能およびトロンボエラストグラフィー（ＴＥＧ（登録商標））を含むいくつかの方法を用いてクエン酸塩添加血漿を分析した。特にＡＲＣ１９４９９の３００μｇ／ｋｇおよび６００μｇ／ｋｇの用量が、ＴＥＧによって測定されるように、試料の凝固欠損を矯正するのに効果があるように見えた（実施例３２）。ＡＲＣ１９４９９がこれらの試料に存在することを確認するために、ＡＲＣ１９４９９の血漿濃度を紫外吸収検出の高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ−ＵＶ）によって測定した。
ＨＰＬＣ分析のために血漿の試料を調製するために、少量の一(50μＬ)定分量の試験血漿を消化用緩衝液（６０ｍＭのトリスＨＣＬ、ｐＨ８．０、１００ｍＭのＥＤＴＡおよび０．５％のＳＤＳ）の２５μＬおよびプロテイナーゼ溶液（１０ｍＭのトリスＨＣｌ、ｐＨ７．５、２０ｍＭのＣａＣｌ２、１０％のグリセロールｖ／ｖ中の１．０ｍｇ／ｍＬのプロテイナーゼＫ）の７５μＬと混合した。１５０μＬの試料を５５℃で一晩インキュベートし振盪した。インキュベートした後、試料を遠心分離にかけ（１４，０００回転、４℃、１５分）、上清の１００μＬを取り出し、ＨＰＬＣ注入バイアルに移した。アッセイの注入量は約２５μＬであった。ＨＰＬＣ分析に使用された装置の条件を表４２に表す。定量の下限（ＬＬＯＱ）は線形の濃度範囲が０．２〜５００μｇ／ｍＬで０．２μｇ／ｍＬであった。ＨＰＬＣ法は盲検のサルの血漿に調製され、ｉｎ ｖｉｖｏの試料に調製するために用いる同じプロテイナーゼ法によって抽出されたＡＲＣ１９４９９の濃度の標準品に対して較正した。報告されたＡＲＣ１９４９９の濃度はすべてアプタマーの質量に基づいており、ＰＥＧの質量を除外した。
個別の血漿試料中の測定されたＡＲＣ１９４９９の濃度を表４３（３００μｇ／ｋｇ）および表４４（６００μｇ／ｋｇ）に認めることができる。３００μｇ／ｋｇで処置を受けたサルの測定されたＡＲＣ１９４９９の平均濃度は、試験の一定期間にわたり、６．８０〜８．０５μｇ／ｍＬ（０．６１〜０．７３μＭ）であった。６００μｇ／ｋｇで処置を受けたサルの測定されたＡＲＣ１９４９９の平均濃度は、試験の一定期間にわたり、１４．９３〜１５．７３μｇ／ｍＬ（１．３５〜１．４２μＭ）であった。

実施例４８
本実施例は、精製された成分および発色性のＦＸａ基質を用いてＦＸａ活性のアッセイにおいて、ＡＲＣ１９４９９が第Ｘａ因子（ＦＸａ）をＴＦＰＩによる阻害から保護することを説明する。
ＦＸａのＴＦＰＩ媒介の阻害を試験するために、事前に記述されているもの（Ｈｕａｎｇら（１９９３）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６８（３６）：２６９５０−５）に修正を加えてＦＸａ基質の切断を監視した。第Ｘａ因子はＥｎｚｙｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社製であった。組換えヒトＴＦＰＩを（Ｐｅｄｅｒｓｅｎら（１９９０）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６５（２８）：１６７８６−９３）に記述されているように、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ社（コペンハーゲン、デンマーク）の細胞株から精製した。ＦＸａの８０μＬ（最終濃度、０．２ｎＭ）またはＴＦＰＩを加えたＦＸａ（最終濃度、２ｎＭ）のいずれかを室温で２０分間、３ｍＭのＣａＣｌ２と共に、アッセイ緩衝液（２０ｍＭのヘペス、ｐＨ７．４、１５０ｍＭのＮａＣｌ、および１ｍｇ／ｍＬのウシ血清アルブミン）にインキュベートした。その後、発色基質の２０μＬ（Ｐｅｆａｃｈｒｏｍｅ ＦＸａ ５５２３、Ｃｅｎｔｅｒｃｈｅｍ社の最終濃度、０．３ｍＭ）またはＴＦＰＩを加えた発色基質の２０μＬを加え、基質のＦＸａ切断を監視した。ＦＸａのＴＦＰＩ阻害へのＡＲＣ１９４９９の影響を検討するとき、アプタマーの濃度を最大４μＭ（最終濃度）に変化させることもアッセイに含めた。基質のＦＸａ切断をＴｈｅｒｍｏＭａｘ（商標）プレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ社、サニーベール、カリフォルニア州）の９６ウェルのマイクロタイタープレート中で監視した。
ＦＸａのＴＦＰＩ媒介の阻害に対するＡＲＣ１９４９９の影響を特徴化するために、アプタマーとヒトＴＦＰＩとの間の見かけの親和性を最初に確かめた。このアッセイでは、濃度を変化させたアプタマーを１または２ｎＭのＴＦＰＩと混合し、ＦＸａに加え、ＦＸａ−ＴＦＰＩ複合体を形成した。阻害されていないＦＸａを特定の発色基質の切断によってアッセイした。データを相対的なＦｘａ活性に対して正規化し、ＴＦＰＩの不在下のＦＸａの活性を１、ＴＦＰＩが存在し、ＡＲＣ１９４９９が存在しないときのＦＸａの活性を０とする。この正規化した結果を図１７６に表す。ＴＦＰＩと共に存在するアプタマーが多いほど、より大きなＦＸａの活性がアッセイに残っていたことが見ることができる。起点と平坦域との間の曲線の中間点は、ＡＲＣ１９４９９およびＴＦＰＩについての見かけの結合定数を推定し、ＡＲＣ１９４９９の濃度は約５０ｎＭである。図１７８は、アプタマーの濃度が飽和していても、相対的なＦＸａの活性は１００％に達していないことを説明する。これらのデータについて可能な説明は、ＡＲＣ１９４９９はＦＸａと直接接触するＴＦＰＩの第２のクーニッツドメインに結合していないことである。したがって、ＡＲＣ１９４９９はＦＸａとＴＦＰＩとの間の相互作用を完全に遮断することができない。言い換えれば、アプタマー−ＴＦＰＩ複合体はＦＸａの活性阻害を持ち続けているが、ＴＦＰＩ単独ほどの能力ではない。
次にＦＸａとＴＦＰＩとの間の相互作用を検討した。以前の報告と同様に、ＴＦＰＩの存在／不在下のＸａ基質の切断を監視することによって、ＦＸａとＴＦＰＩとの間の相互作用を試験した（Ｈｕａｎｇら、１９９３；Ｆｒａｎｓｓｅｎら（１９９７）Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ ３２３：３３−７；Ｂａｕｇｈら（１９９８）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７３（８）：４３７８−８６）。図１７７Ａ（＃１と標識された曲線）に表されるように、ＦＸａは擬似一次条件で発色基質を切断する。ＴＦＰＩおよび発色基質をＦＸａに同時に加えたとき、ＦＸａがＴＦＰＩによって阻害されるにつれて、基質の切断の割合が徐々に減少した（図１７７Ａの曲線２）。基質を加える前にＦＸａをＴＦＰＩと共に事前にインキュベートしたとき、平衡点での基質の切断の割合を図１７７Ａ（曲線３）に表す。アプタマーをアッセイに含めたとき、図１７７Ｂの曲線４に表されるように、ＴＦＰＩ不在下のＦＸａ活性は影響を受けなかった。しかしながら、アプタマーをＴＦＰＩと共に同時にＦＸａに加えたとき、図１７７Ｂの曲線５を図１７７Ａの曲線１と比較することによって表されるように、基質の切断の割合が劇的に増加した。図１７７Ｂの曲線６によって表されるように、ＦＸａおよびＴＦＰＩを事前にインキュベートして、ＦＸａ−ＴＦＰＩ複合体を形成したとき、図１７７Ａの曲線３と比較すると、アプタマーの添加により、平衡点での基質のＸａ切断が高まった。曲線３と曲線６との比較により、アプタマーは事前に形成されたＸａ−ＴＦＰＩ複合体からＴＦＰＩを取り除くことができ、それによりＦＸａ活性が有意に回復した。
図１７７のライン１および４の勾配は、アッセイの最初のＦＸａの濃度を表す。ＴＦＰＩはＦＸａをゆっくりと阻害するため、反応の後半段階の曲線＃２、＃３、＃５、および＃６は平衡点での各実験のＦＸａ活性を表す。言い換えれば、これらの勾配は各条件下でＴＦＰＩによって阻害されなかったＦＸａの量を表す。阻害されなかったＦＸａの濃度は勾配から導きだすことができるため、平衡点でのＦＸａ−ＴＦＰＩ複合体の濃度は最初のＦＸａの濃度と平衡点でのＦＸａの濃度との間の差を表す。同様に、ＴＦＰＩの濃度も導きだすことができる。したがって、各アッセイのＦＸａ−ＴＦＰＩの平衡定数Ｋｉは、曲線＃２、＃３、＃５、および＃６についてそれぞれ、０．２４ｎＭ、０．１５ｎＭ、４．３ｎＭ、および３．４ｎＭであると計算された。ＡＲＣ１９４９９の存在によってＦＸａについてのＴＦＰＩのＫｉが２０倍に増加したことは明らかである。これらのデータはアプタマーがＴＦＰＩの相互作用と共にＦＸａに干渉し、それによってＴＦＰＩをＦＸａの弱い因子阻害剤にする。
要約すると、結果は、ＡＲＣ１９４９９はＦＸａの活性に直接影響を及ぼさないが、第Ｘａ因子に結合するＴＦＰＩに干渉することができ、Ｘａ−ＴＦＰＩ複合体からＴＦＰＩを引き離すこともできることを示す。
実施例４９
本実施例はＡＲＣ１９４９９が外因性テナーゼをＴＦＰＩによる阻害から保護することを説明する。
このアッセイでは、再脂質付加された組換えヒト組織因子（Ｉｎｎｏｖｉｎ（商標）、Ｂａｘｔｅｒ社）の１ｐＭ、１ｎＭの第ＶＩＩａ因子（Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社）、１５０ｎＭの第Ｘ因子（ＦＸ）、３ｎＭの塩化カルシウム、２ｎＭのＴＦＰＩ、および様々な濃度のＡＲＣ１９４９９を第Ｘａ因子（Ｐｅｆａｃｈｒｏｍｅ ＦＸａ ５５２３、Ｃｅｎｔｅｒｃｈｅｍ社）についての発色基質と共に、３７℃でインキュベートした。これらのアッセイに使用する組換えヒトＴＦＰＩを（Ｐｅｄｅｒｓｅｎら（１９９０）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６５（２８）：１６７８６−９３）に記述されるように、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ社（コペンハーゲン、デンマーク）の細胞株から精製した。
第Ｘａ因子（ＦＸａ）の基質の切断を図１７８Ａに表す。曲線＃１はＴＦＰＩ不在下の外因性テナーゼ複合体によるＦＸａの発生を表す。曲線＃２〜５は、４０００、１０００、１００、および１０ｎＭのＡＲＣ１９４９９と共に２ｎＭのＴＦＰＩの存在下のＦＸａの発生を表す。曲線＃６は、２ｎＭのＴＦＰＩは存在するがＡＲＣ１９４９９が存在しないときのＦＸａの発生を表す。図１７８Ａのデータは（Ｂａｕｇｈら（１９９８）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７３（８）：４３７８−８６に記述されるように）活性ＦＸａの量に変換され、これを図１７８Ｂに表す。曲線＃１は、ＴＦＰＩが存在しないとき、外因性テナーゼが結果的に持続性のＦＸａ活性になることを示す。曲線＃６は、ＴＦＰＩがＡＲＣ１９４９９の不在下でＸａの発生を停止することを示す。曲線＃２〜５は、ＡＲＣ１９４９９の存在下でＴＦＰＩによる第Ｘａ因子の阻害が遅延することを示す。ある程度まで、存在するＡＲＣ１９４９９が多いほど、第Ｘａ因子の発生が長く持続することも明らかである。活性第Ｘａ因子が平衡点にある（曲線が水平になる箇所）セクションが曲線＃２〜６にある。水平なラインのそれぞれが起点に向かって伸長する点、および曲線＃１との切片は、ＴＦＰＩが外因性テナーゼを遮断する点として定義され得る。ターンオフ時間をＡＲＣ１９４９９の濃度に対してプロットし、これを図１７８Ｃに表す。４０００ｎＭのＡＲＣ１９４９９がこのアッセイの飽和であることが明らかである。図１７８Ａ〜１７８Ｃから、ＡＲＣ１９４９９は外因性テナーゼによって第Ｘａ因子の発生を延長するが、ＴＦＰＩの調節を完全に遮断しないことも明らかである。図１７８Ｃの曲線の中間点は約５０ｎＭであり、図１７６に表されるデータと一致している。
実施例５０
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９が、プロトロンビナーゼ複合体内でプロトロンビンのＦＸａ媒介活性化のＴＦＰＩ阻害を防ぐことを説明する。
プロトロンビナーゼ活性のＴＦＰＩ阻害を（Ｆｒａｎｓｓｅｎら（１９９７）Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ ３２３：３３−７）に記述されているようにいくつかの修正を加えて行った。リン脂質液胞を調製するために使用する１，２−ジオレオイル−ｓｎ−グリセリン−３−ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、Ｌ−α−ホスファチジルコリン（ＰＣ）、およびＬ−α−ホスファチジルセリン（ＰＳ）はＡｖａｎｔｉ Ｐｏｌａｒ Ｌｉｐｉｄｓ社（アラバスター、アラバマ州）製であった。単層リン脂質液胞（１５％のＰＳ、４１％のＰＣおよび４４％のＰＥ）を（Ｍａｙｅｒら（１９８６）Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ ８５８（１）：１６１−８））に記述されているように調製した。組換えヒトＴＦＰＩを（Ｍａｙｅｒら（１９８６）Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ ８５８（１）：１６１−８）に記述されているように、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ社（コペンハーゲン、デンマーク）の細胞株から精製した。第Ｘａ因子（ＦＸａ）はＥｎｚｙｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社製であり、第Ｖａ（ＦＶａ）因子はＨａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製であった。Ｑ−セファロース結合（塩溶出）上のクロマトグラフィー、ヘパリン親和性クロマトグラフィー、金属キレートクロマトグラフィー、ＨｉＴｒａｐ Ｑからのカルシウム溶出によってプロトロンビン複合体濃縮物からプロトロンビンを調製した。プロトロンビナーゼ複合体（０．１ｐＭの第Ｘａ因子、１ｎＭの第Ｖａ因子および２０μＭのリン脂質膜）をＴＦＰＩがある場合とない場合とで、３７℃で２０分間インキュベートした後、プロトロンビン（３００ｎＭ）およびトロンビンについての発色基質（０．３ｍＭのＴｏｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ａｒｇ−ｐＮＡ−ＡｃＯＨ、Ｃｅｎｔｅｒｃｈｅｍ社）を加えた。基質のトロンビン切断を３７℃で３０分間続けて監視した。
図１７９Ａおよび図１７９Ｂの曲線＃１および＃４は（それぞれ）、アプタマーの不在下（図１７９Ａ）および存在下（図１７９Ｂ）で、Ｘａ／Ｖａ複合体によってプロトロンビンからトロンビンが発生することを表す。この図から見ることができるように、アプタマーの存在はＴＦＰＩの不在下ではプロトロンビナーゼ活性に影響を与えなかった。ＦＶａがアッセイから取り除かれたとき、ライン＃３および＃６に表されるように、トロンビンの発生を検知することができなかった。図１７９Ａの曲線＃２に表されるように、ＴＦＰＩの１ｎＭがアッセイに含まれたとき、プロトロンビナーゼからトロンビンの発生が減少した。しかしながら、図１７９Ｂの曲線＃５に表されるように、ＡＲＣ１９４９９をアッセイに加えると、トロンビンの発生がベースラインのレベルまで回復した。このアッセイは二次反応を監視するために設計されたため、観察されたデータを以下の等式に適合することができる。
式中、第２の微分定数であるＣはプロトロンビナーゼの濃度に比例する。曲線＃１、４、および５の適合された第２の微分定数は同じである一方で、曲線＃２の適合された定数は他の約６７％である。第２の微分定数がプロトロンビナーゼの濃度に比例するため、図１７９のデータは、図１７９Ａの条件下で、膜上の第Ｘａ／Ｖａ因子複合体のＴＦＰＩに競合するにも関わらず、ＴＦＰＩはプロトロンビナーゼ活性の約１／３を阻害することを示す。しかしながら、ＡＲＣ１９４９９はプロトロンビナーゼのＴＦＰＩ媒介阻害を遮断し、図１７９Ｂに表されるように活性を回復させる。
これらの結果はアプタマーがＦＸａのＴＦＰＩ阻害と干渉することを示す。この干渉は、遊離したＦＸａに当てはまるだけでなく、プロトロンビナーゼ複合体内のＦＸａにも当てはまる。
実施例５１
本実施例は、ＡＲＣ１９４９９にはＦＶＩＩＩ欠損血漿および全血の生物学的活性があることを説明する。ＡＲＣ１９４９９は血漿の希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）アッセイおよび組織因子活性化全血凝固アッセイの凝固時間を短縮した。
血漿中の凝固時間について、血友病Ａのドナーからプールされた第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）欠損血漿はＨＲＦ社（ローリー、ノースカロライナ州）製であり、正常な血漿はＴｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社（ミドルタウン、バージニア州）製であった。血漿の７０μＬを脂質付加された組み替え組織因子（Ｉｎｎｏｖｉｎ（商標）、０．５ｐＭまたは１ｐＭ）溶液と混合し、３７℃で３分間インキュベートした後に２５ｍＭのＣａＣｌ２の７０μＬを血漿／Ｉｎｎｏｖｉｎ混合物に加えることによって、希釈プロトロンビン時間（ｄＰＴ）を測定した。凝固時間をＳｔａｒｔ４凝固計で記録した。ＦＶＩＩＩ欠損血漿のｄＰＴを短縮するＡＲＣ１９４９９の効果を試験したとき、アプタマーを組織因子（ＴＦ）溶液の０．５ｐＭまたは１ｐＭのどちらかに希釈し、ＦＶＩＩＩ欠損血漿と３７℃で３分間インキュベートした後にＣａＣｌ２を加えて凝固反応を開始した。
図１８０Ａに表されるように、プールされた正常な血漿中で０．２５ｐＭの組織因子の最終濃度は、ＡＲＣ１９４９９不在下でｄＰＴが１６０秒になった一方で、組織因子の０．５ｐＭは、ｄＰＴが１４０秒になった。図１８０Ａに表されるように、ＦＶＩＩＩのレベルが低下するにつれて、ｄＰＴが進行的に延長した。ＦＶＩＩＩの不在下で、０．２５ｐＭのＴＦは３６０秒（事前にセットしたパラメーターー）以内に測定できる凝固を産生することができなかった一方で、ＴＦの０．５ｐＭは、凝固時間が２７０秒になった。第ＶＩＩＩ因子欠損血漿のｄＰＴアッセイにＡＲＣ１９４９９を含めたとき、凝固時間が短縮した。図１８０Ｂに表されるように、３０ｎＭのＡＲＣ１９４９９は、０．２５ｐＭのＴＦの存在下でｄＰＴを２４０秒まで短縮した。同様に、ＡＲＣ１９４９９の３０ｎＭは、０．５ｐＭのＴＦの存在下で凝固時間を１８０秒まで短縮した。
全血を測定するために、個々の患者からの試料を使用した。重度の血友病Ａ（ＦＶＩＩＩ阻害剤がある場合とない場合で、ＦＶＩＩＩ活性が１ＩＵ／ｄＬより小さい）の外来患者をノースカロライナ大学の包括的血友病クリニックから募った。募集した全患者は、少なくとも７日間にＦＶＩＩＩまたはいかなるバイパス生成物の治療を受けたことがなかった。血液試料は、ノースカロライナ大学の人対象委員会の治験審査委員会によって承認されたプロトコルを用いて、清潔な静脈穿刺によって得られ、試験前にＥＤＴＡ（最終５ｍＭ）を含む管に移した。第ＶＩＩＩ因子欠損血漿のｄＰＴ試験と同様に、様々な量のＡＲＣ１９４９９を含むＩｎｎｏｖｉｎ溶液の１０μＬをＥＤＴＡ処理した血液の１５０μＬに加え、０．５ｐＭの組織因子および設計されたＡＲＣ１９４９９濃縮物を得た。全血／Ｉｎｎｏｖｉｎ／ＡＲＣ１９４９９の混合物を３７℃で３分間インキュベートした後に、２５ｍＭのＣａＣｌ２の７０μＬを開始した凝固に加えた。ＡＲＣ１９４９９の不在下で、血友病Ａの試料は０．５ｐＭの脂質付加された組換え組織因子によって開始されるように、３６０秒以内に凝固しなかった。しかしながら、図１８１に表されるように、ＡＲＣ１９４９９をアッセイに含めたとき、凝固時間が劇的に短縮した。各個体のＡＲＣ１９４９９への反応は異なっているが、ＡＲＣ１９４９９の３０ｎＭが最適効果に達するという一般的傾向は同じである。
実施例５２
ＴＦＰＩ活性の薬理学的な抑止は、血友病の出血を管理および／または防ぐ実効可能な方法になり得る。アプタマーＢＡＸ４９９（かつてはＡｒｃｈｅｍｉｘ社から提供されるＡＲＣ１９４９９）と標的分子のヒトＴＦＰＩとの間の相互作用を検討した。ＢＡＸ４９９とＴＦＰＩとの間の見かけの結合定数（Ｋｉ）は５０ｎＭであった。ＢＡＸ４９９の存在下で、ＴＦＰＩと第Ｘａ因子との間のＫｉは２０倍に増加し、ＢＡＸ４９９がＴＦＰＩと第Ｘａ因子との間の親和性を低下させたことを示す。精製された成分を用いた系では、ＢＡＸ４９９は外因性テナーゼ活性のＴＦＰＩ媒介の阻害を遅延させ、プロトロンビナーゼ複合体のＴＦＰＩ阻害を完全に防いだ。血漿系では、ＢＡＸ４９９は、第ＶＩＩＩ因子欠損血漿の希釈プロトロンビン時間（０．２５ｐＭのＴＦによって開始される）を短縮した。具体的には、１０ｎＭのアプタマーは３０ＩＵ／ｄＬのＦＶＩＩＩを含む血漿と同様の凝固時間を発生させた。さらに、新たに採血された重度の血友病Ａの血液に加えたとき、ＢＡＸ４９９はまた全血凝固時間を有意に短縮した。全体的に、これらの結果は、ＢＡＸ４９９はＴＦＰＩ活性を減弱させ、血友病の治療における阻害についてＴＦＰＩを標的にするという考えが支持されることを示す。
実施例５３
本実施例はＡＲＣ１９４９８が結合するＴＦＰＩ上の領域を検討する。本実験では、ＡＲＣ１９４９８の存在下および不在下で、ＴＦＰＩの水素重水素交換（ＨＤＸ）の特性を評価し、アプタマーによる保護部位を特定する。アプタマーの存在下および不在下で、ＨＤＸをＴＦＰＩ上で実施し、タンパク質はペプシン触媒されたタンパク質分解によって消化され、得られるペプチドの質量を質量分析によって測定した。アプタマーが不在のときより存在しているときのほうがゆっくりと交換するＴＦＰＩの領域は、相互作用の部位に思われる。
ＨＤＸによるＴＦＰＩ／ＡＲＣ１９４９８相互作用を評価するために使用する実験方法を図１８２に説明する。この図は、一般的に、方法がどのように使用され、抗原についての抗体のエピトープを特定するのかを表す。「抗原」をＴＦＰＩにおよび「抗体」をＡＲＣ１９４９８に変えることによって、同じ一般的な方法をＴＦＰＩ／ＡＲＣ１９４９８相互作用の特定のケースに適用することができる。方法は、測定できる割合の水性溶媒中に、タンパク質アミド水素をプロトンと交換するという前提に基づく。タンパク質が重水（Ｄ２Ｏ）に基づく溶媒に移された時、アミド水素は重水素原子と交換し、タンパク質の分子質量が増加する。適切な時点で反応を凍結し、質量分析によって経時的な質量の増加を測定することによって、ＨＤＸの割合を測定することができる。適切な酵素でタンパク質を消化し、液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ−ＭＳ）によって成分のペプチドの質量を評価することによって、タンパク質の特定の領域の交換速度をさらに調べることができる。抗体またはアプタマー等のリガンドを加えることにより、その領域内のアミド水素の溶媒への露出度を低下させることによって、相互作用の部位のＨＤＸを遅らせることができる。ＨＤＸの特性をリガンドの添加によって攪乱する成分のペプチドを同定することによって、リガンド相互作用の部位をタンパク質配列にマップすることができる。
予備的な実験は、次の交換実験についてタイムウインドウを測定するために、２つのｐＨでアプタマー不在下のＴＦＰＩの交換特性を評価した。全長のＴＦＰＩ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃａ社）をＤ２Ｏ中のｐＨ７．０のリン酸緩衝塩類溶液（ＰＢＳ）、またはＤ２Ｏ中１ｍＭのＣａＣｌ２、１ｍＭのＭｇＣｌ２、２ｍＭのフォスコリン−１２を含むｐＨ５．０の５０ｍＭのクエン酸塩緩衝液に希釈することによって、ＨＤＸを実施した。溶液中のＴＦＰＩの最終濃度は４．７μＭであり、Ｄ２Ｏの濃度は８５％であった。これらを２３℃で３０、１００、３００、１０００または３０００秒間インキュベートし、その後４０μＬを冷却した急冷溶液の２０μＬと混合した。ｐＨ７交換について、８Ｍの尿素の急冷溶液、１Ｍのトリス（ヒドロキシメチル）ホスフィン（ＴＨＰ）、ｐＨ４の５ｍＭのフォスコリン−１２を使用した。ｐＨ５交換について、８Ｍの尿素の急冷溶液、１ＭのＴＨＰ、１００ｍＭのクエン酸塩、ｐＨ４の２ｍＭのフォスコリン−１２を使用した。各試料を「緩衝液Ａ」（Ｈ２Ｏ中の０．０５％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ））中の固定化されたペプシンカラムに２００μＬ／分で通した。ペプシンの断片を逆相トラップカラムに充填し、２００μＬ／分で３分間「緩衝液Ａ」で脱塩した。消化性ペプチドをその後、１３％〜４０％の「緩衝液Ｂ」（９５％のアセトニトリル、５％のＨ２Ｏ、０．００２５％のＴＦＡ）の直線勾配でＣ１８カラムによって分離し、質量分析によって分析した。対照として、ＴＦＰＩを１００ｎＭのトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）を含む８５％のＤ２Ｏに希釈し、６０℃で３時間インキュベートすることによって、完全に重水素化された試料を調製した。
ｐＨ５およびｐＨ７、２３℃の溶液中のＴＦＰＩについてのＨＤＸの結果を図１８３から図１８５に表す。データはＴＦＰＩが極めて動的なタンパク質であることを示す。タンパク質の大部分は２３℃、ｐＨ７で３０秒前には完全に交換した（７０％より大きい重水素化）（図１８３および１８４）。断片の大部分は３０秒、２３℃、ｐＨ５であっても有意に重水素化され、０．３秒、２３℃、ｐＨ７と等量である（図１８３および１８４）。図１８５に表されるように、重水素化内容物の確立はｐＨ５（正方形）の時点とｐＨ７（ひし形）の時点との間の時間で連続的である。この図のために、ｐＨ５の時点をｐＨ７の等量に変換した（例えば、ｐＨ５の３０秒はｐＨ７の０．３秒に等しい）。この図は、ｐＨの変化がＴＦＰＩの動的な特性を変化させないことを示す。
アプタマー存在下のＨＤＸ実験をＰＯＲＯＳ（登録商標）ＡＬクロマトグラフィー・レジン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）上で固定化されたＡＲＣ１９４９８を使用して実施した。ＰＯＲＯＳ（登録商標）ＡＬレジン上のアミン反応性アルデヒド基はＡＲＣ１９４９８の５’末端アミンと反応することができる。レジンへの結合は本質的に製造者の指示に従い行った。最初に０．１ｇのＰＯＲＯＳ（登録商標）ＡＬレジンは、約４０ｎｍｏｌｅのＡＲＣ１９４９８を含むｐＨ７．０のＰＢＳの４００μＬに溶解された４ｍｇのＮａＣＮＢＨ３（６３．７μｍｏｌ）とインキュベートされた（１時間、室温）。２．８ＭのＮａ２ＳＯ４を５つの８０μＬの部分に段階的に加え、最終的な混合物（５０μＭのＡＲＣ１９５９８、５ｍｇ／ｍＬ（８０ｍＭ）のＮａＣＮＢＨ３、１．４ＭのＮａ２ＳＯ４）を室温で一晩インキュベートした。結合されたレジンをＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中のＮａＣＮＢＨ３（８ｍｇ／ｍＬ）およびエタノールアミン（約１Ｍ）の溶液で遮断した。レジンをその後ＰＢＳで再度洗浄し、乾燥させ、ｐＨ７．０のＰＢＳ中に再懸濁した。
ＡＲＣ１９４９８存在下のＴＦＰＩのＨＤＸを図１８３の上のパネルに記述した「オン溶液／オフカラム交換」を使用して最初に評価した。この方法では、重水素ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応を溶液中に行い、ｏｆｆ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応（Ｈ２Ｏで再均衡化）をＡＲＣ１９４９８カラムに結合されたＴＦＰＩでおこなった。重水素ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応を図１８６に記述されるように所望のｐＨに適した「交換Ｄ」緩衝液中に行った。ＡＲＣ１９４９８と結合したレジンで調製したクロマトグラフィーカラム（総容積約１００ｍＬ）を０．８％のギ酸で洗浄し、その後８５％のＤ２Ｏを含む「交換ＨＤ」緩衝液（３部のＰＢＳ、ｐＨ７．０、１７部の「交換Ｄ」緩衝液）で均衡化した。ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅステップを開始するために、濃縮されたＴＦＰＩ溶液の６μＬ（１ｍｇ／ｍＬ、３１μＭ）を３４μＬの「交換Ｄ」緩衝液に希釈し、４．７μＭのＴＦＰＩおよび８５％のＤ２Ｏの最終濃縮物を得た。反応物を３℃で１５０または５００秒間のいずれかでインキュベートし、その間ＡＲＣ１９４９８カラム上に挿入し、カラムは３℃で「交換ＨＤ」緩衝液の１００μＬで洗浄した。カラムはその後、３℃、適切なｐＨ（図１８５）で「交換Ｈ」緩衝液の２００μＬで洗浄し、ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応を中断し、ｏｆｆ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応を開始した。カラムをその後、３℃で７５秒または２５０秒のいずれかでインキュベートした。その後、１１０μＬの冷却された「緩衝液Ｅ」（Ｈ２Ｏ中、ｐＨ２．５の８Ｍの尿素、１ＭのＴＨＰ、５０ｍＭのクエン酸塩、２ｍＭのフォスコリン−１２）をカラムに加えることによって、ｏｆｆ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応を中断した。ＴＦＰＩを追加の４０μＬの冷却された「緩衝液Ｅ」でカラムから溶出した。
溶出されたＴＦＰＩの分析を開始するために、４０μＬの画分を２０μＬの冷却した「緩衝液Ｑ」（Ｈ２０中ｐＨ４、２００ｍＭのクエン酸塩）と混合し、「緩衝液Ａ」に２００μＬ／分で流れる固定化されたペプシンに５５μＬを適用した。ペプシン断片の溶液を回収し、１３〜４０％の「緩衝液Ｂ」の直線勾配を用いて、画分についてＣ１８カラム上に充填する前に脱塩した。ペプチドはその後、質量分析によって分析された。
第２の実験を図１８３の下のパネルに記述された「オンカラム／オフカラム交換」を用いて実施した。この方法では、ＴＦＰＩを重水素ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応の前にＡＲＣ１９４９８上に充填し、ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅとｏｆｆ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応の両方をカラム上で実施した。この実験の目的はＡＲＣ１９４９８に依存せずにゆっくりと交換するＴＦＰＩの領域について制御することである。この場合、ＴＦＰＩ貯蔵液を「交換Ｈ」緩衝液に希釈し、「交換Ｈ」で均衡化もされていたＡＲＣ１９４９８カラム上に適用した。３℃の「交換ＨＤ」の２００μＬがカラム上を通過し、１５０秒または５００秒間インキュベートすることによって、ｏｎ−ｅｘｃｈａｎｇｅ反応を開始した。「オン溶液／オフカラム交換」実験について記述されているように、次のステップおよび分析を実施した。
ＴＦＰＩとのＨＤＸ実験の結果を図１８７〜１８９に表す。全体的に、データは、ＴＦＰＩの２つの一般的な領域はＡＲＣ１９４９８、残基１５〜６９および１９１〜２７２に結合すると保護されたことを示す。図１８７は、ｐＨ５、６、および７、３℃のｏｎ／ｏｆｆ交換の後に、ＴＦＰＩの各断片について、時間の関数としてプロットされた重水素化の割合（％）の点から、重水素の中身を表す。タンパク質配列の約７０％を網羅してペプチドが得られた。青色の三角形はオン溶液／オフカラム実験のデータを表し、紫色のひし形はオンカラム／オフカラム対照実験のデータを表す。全交換時間は２３℃のｐＨ７の等量に変換された（例えば３℃のｐＨ６の１５０秒は２３℃のｐＨ７の１．８５秒に等しい）。重水素化レベルの差を図１８８の表の形式で表す。オン溶液／オンカラム実験後の全ｐＨのわたる平均の重水素化レベルおよび断片１９１〜２０５、２０８〜２３６および２５５〜２７２の交換時間は、オンカラム／オフカラム実験後のものより５％大きかった。ｐＨ５についてはとりわけ、重水素化レベルの平均の差は３つの断片のどれよりも１０％以上大きかった。同様に、オン溶液／オンカラム実験後の断片１５〜２５、３１〜４７、および５６〜６９の平均の重水素化レベルはオンカラム／オフカラム実験後より５％大きかった。
図１８９に、各断片の重水素化レベルの差をＴＦＰＩアミノ酸配列に対して並置して図形形式で説明する。この図では、各遮断が次のペプチドを表す。パネルＡでは、各遮断はｐＨ５、６、および７の２つの交換時間（１５０および５００秒）に対応する６つの時点を含む。暗青色はアプタマー結合に何の保護もないことを表す。明るい色は、色キーに表されるように、オン溶液／オフカラム交換後のほうがオンカラム／オフカラム交換後よりも重水素が多いことを示す。パネルＢは、全交換時間および全ｐＨにわたるＴＦＰＩの各断片について重水素化レベルの平均の差を表す。再度、明るい色は保護領域に対応する（＞５％）。これらのデータは、残基１５〜６９および１９１〜２７２がＡＲＣ１９４９８のＴＦＰＩへの結合上で保護されることを示す。残基１５〜６９はＴＦＰＩのＫ１ドメイン（残基２６〜７６）と大体対応する一方で、１９１〜２７２はＫ３ドメイン（１８９〜２３９）およびＣ末端断片（（２４０〜２７６）に対応し、これらがＡＲＣ１９４９８についての相互作用の可能性のある領域であることを示唆する。
実施例５４
組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）は凝固開始の主要な制御因子であり、凝固促進および抗凝固療法について有望な標的である。アプタマーＡＲＣ１９４９９は、ＴＦＰＩを不活性化することによってホメオスタシスを向上させるように設計された親和性の高い特定のＴＦＰＩ拮抗薬である。しかしながら、ＴＦＰＩを阻害することによる凝固開始の刺激が、どの程度、どのような様式で凝固伝播の空間的および時間的特徴に影響を及ぼすのかは、すぐには明らかにならない。空間的、反応を止める実験系で、組換え活性因子ＶＩＩ（ｒＶＩＩａ）と比較してＡＲＣ１９４９９の凝固に対する影響を検討した。
固定化された組織因子（ＴＦ）と共に表面によって活性化される再石灰化される血漿の凝固伝播をビデオ顕微鏡で監視した。
用量依存的なＡＲＣ１９４９９は、遅延時間を短縮し、凝固サイズを最大約２倍にまで増加させることによって、２ｐｍｏｌｅ／ｍ２の組織因子（ＴＦ）と活性化される正常および血友病Ａの血漿の凝固を向上させた。ＴＦＰＩを補充する場合と補充しない場合のＴＦＰＩが枯渇した血漿における実験によって確認されるように、この効果はＴＦＰＩ特有であった。凝固の向上は、最大半数がＡＲＣ１９４９９の０．７ｎＭであり、１０〜１０００ｎＭでプラトーに到達した。ＡＲＣ１９４９９の効果はＴＦの表面密度が増加すると減少した。これとは対照的に、ｒＶＩＩａは、遅延時間の短縮と凝固伝播の空間的速度の増加の両方によって、２または２０ｐｍｏｌｅ／ｍ２でＴＦと活性化された血友病Ａの血漿の凝固を向上させた。ｒＶＩＩａが３０ｎＭより大きい（＞３０ｎＭ）ときに、反応チャンバーーの至る所で活性因子に依存しない凝固があるまで、ｒＶＩＩａの効果は濃度と共に増加した。
これらの結果は、ＡＲＣ１９４９９が凝固の空間的実験モデルにおいて、具体的にはｒＶＩＩａとは質的に異なる様式でＴＦＰＩを阻害することによって、凝固を有意に向上させることを示す。
これで、本発明を明細書および実施例により説明したが、当業者は、本発明が種々の実施形態で実践され得、上記の説明および実施例が説明を目的とするものであって、以下の特許請求の範囲を限定するものではないことを認識するだろう。

Claims (18)

  1. 組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の残基６〜２９の核酸配列を含むアプタマー。
  2. 組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の核酸配列を含み、配列番号２の残基１〜６または３０〜３２に一塩基置換をさらに含むアプタマー。
  3. 組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の核酸配列を含み、
    １および２位のいずれか１つにおけるｍＡ、ｍＣまたはｍＵ；
    ３、４、６、３０および３２位のいずれか１つにおけるｍＣ、ｍＧまたはｍＵ；
    ５位、１９位および３１位のいずれか１つにおけるｍＡ、ｍＣまたはｍＧ；
    １５位におけるｍＡまたはｍＧ；
    ２１位におけるｍＡまたはｍＣ；
    ８および１１位のいずれか１つにおけるｍＧ；ならびに
    １０、２８および２９位のいずれか１つにおけるｍＣ
    から成る群から選択される一塩基置換のいずれか１つをさらに含むアプタマー。
  4. 組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号２の核酸配列を含み、６および２９位、７および２８位、または８および２７位に塩基対合相互作用を維持する複数変異をさらに含むアプタマー。
  5. 治療有効量の請求項１〜４のいずれか１項に記載のアプタマーを含む医薬組成物。
  6. 対象におけるＴＦＰＩによって媒介される出血障害を治療する、予防する、その進行を遅延させる、または寛解させるための組成物であって、請求項１〜４のいずれか１項に記載のアプタマーを含む、組成物。
  7. 対象は哺乳動物である請求項６に記載の組成物。
  8. 前記出血障害は、先天性または後天性の凝固因子欠乏症、血友病Ａ、血友病Ｂ、血友病Ｃ、阻害因子を有する血友病ＡまたはＢ、他の因子の欠乏症、α２プラスミン阻害因子の欠乏、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤１の欠乏症、多因子の欠乏症、機能的因子の異常、関節出血、他の部位の特発性出血、出血性卒中、頭蓋内出血、裂傷、外傷と関連する出血、急性外傷性凝固障害、癌と関連する凝固障害、フォンビルブランド病、播種性血管内凝固、肝臓疾患、
    月経過多、抗凝固剤の使用と関連する血小板減少症および出血からなる群から選択される、請求項６に記載の組成物。
  9. 請求項１〜４のいずれか１項に記載のアプタマーを含むキット。
  10. アプタマーは糖位置の化学的置換、ヌクレオチド間結合の化学的置換、および塩基位置の化学的置換から成る群から選択される少なくとも１つの化学的修飾をさらに含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載のアプタマー。
  11. 高分子量、非免疫原性の化合物はポリエチレングリコールである請求項１０に記載のアプタマー。
  12. ヒト組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、アプタマーは以下の一次ヌクレオチド配列を含み、
    ｇｇａａｕａｕａｃｕ ｕｇｇｃｕｃｇｕｕａ ｇｇｕｇｃｇｕａｕａ ｕａ
    配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０から成る群から選択される参照のアプタマーとＴＦＰＩに結合することにおいて競合するアプタマー。
  13. アプタマーには少なくとも１つの化学的修飾がある請求項１２に記載のアプタマー。
  14. 修飾は糖位置の化学的置換、ヌクレオチド間結合の化学的置換、および塩基位置の化学的置換から成る群から選択される請求項１３に記載のアプタマー。
  15. 修飾は、修飾ヌクレオチドの組込み、ヌクレオチドキャップ、高分子量の非疫原性化合物への結合、親油性化合物への結合、ＣｐＧモチーフの組込み、およびホスホロチオエートまたはジチオリン酸のリン酸骨格への組み込みから成る群から選択される請求項１４に記載のアプタマー。
  16. 高分子量の非免疫原性化合物はポリエチレングリコールである請求項１５に記載のアプタマー。
  17. 組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号１または７の核酸配列を含み、
    １および２位のいずれか１つにおけるｍＡ、ｍＣまたはｍＵ；
    ３、４、６、３０および３２位のいずれか１つにおけるｍＣ、ｍＧまたはｍＵ；
    ５、１９および３１位のいずれか１つにおけるｍＡ、ｍＣまたはｍＧ；
    １５位におけるｍＡまたはｍＧ；
    ２１位におけるｍＡまたはｍＣ；
    ８および１１位のいずれか１つにおけるｍＧ；ならびに
    １０、２８および２９位のいずれか１つにおけるｍＣ
    から成る群から選択される一塩基置換のいずれか１つを含む、アプタマー。
  18. 組織因子経路阻害剤（ＴＦＰＩ）に結合するアプタマーであって、配列番号１または７の核酸配列を含み、６および２９位、７および２８位、または８および２７位に塩基対合相互作用を維持する複数変異をさらに含むアプタマー。
JP2013553643A 2011-02-11 2012-02-13 組織因子経路阻害剤に対するアプタマーおよび出血障害治療薬としてのそれらの使用 Active JP6002691B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US13/026,165 US8598327B2 (en) 2009-08-18 2011-02-11 Aptamers to tissue factor pathway inhibitor and their use as bleeding disorder therapeutics
US13/026,165 2011-02-11
PCT/US2012/024916 WO2012109675A1 (en) 2011-02-11 2012-02-13 Aptamers to tissue factor pathway inhibitor and their use as bleeding disorder therapeutics

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2014507147A JP2014507147A (ja) 2014-03-27
JP2014507147A5 JP2014507147A5 (ja) 2015-04-09
JP6002691B2 true JP6002691B2 (ja) 2016-10-05

Family

ID=45771912

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2013553643A Active JP6002691B2 (ja) 2011-02-11 2012-02-13 組織因子経路阻害剤に対するアプタマーおよび出血障害治療薬としてのそれらの使用

Country Status (5)

Country Link
EP (1) EP2673364A1 (ja)
JP (1) JP6002691B2 (ja)
AU (1) AU2012214148A1 (ja)
CA (1) CA2827160A1 (ja)
WO (1) WO2012109675A1 (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101969402B1 (ko) * 2016-10-27 2019-04-16 대한민국 물사출 분쇄기의 거치장치

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2745317C (en) † 2008-12-22 2019-03-05 Ida Hilden Antibodies against tissue factor pathway inhibitor
SG10201903166PA (en) 2010-03-01 2019-05-30 Bayer Healthcare Llc Optimized monoclonal antibodies against tissue factor pathway inhibitor (tfpi)
US20130267584A1 (en) * 2012-03-22 2013-10-10 Baxter Healthcare S.A. Aptamers to tissue factor pathway inhibitor and their use as bleeding disorder therapeutics
CN111411164B (zh) * 2020-05-26 2022-11-01 中国检验检疫科学研究院 利用数字pcr检测番茄溃疡病菌的方法及其使用的成套试剂

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6011020A (en) 1990-06-11 2000-01-04 Nexstar Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid ligand complexes
US5262564A (en) 1992-10-30 1993-11-16 Octamer, Inc. Sulfinic acid adducts of organo nitroso compounds useful as retroviral inactivating agents anti-retroviral agents and anti-tumor agents
US6239116B1 (en) 1994-07-15 2001-05-29 University Of Iowa Research Foundation Immunostimulatory nucleic acid molecules
US6207646B1 (en) 1994-07-15 2001-03-27 University Of Iowa Research Foundation Immunostimulatory nucleic acid molecules
US6429199B1 (en) 1994-07-15 2002-08-06 University Of Iowa Research Foundation Immunostimulatory nucleic acid molecules for activating dendritic cells
US6214806B1 (en) 1997-02-28 2001-04-10 University Of Iowa Research Foundation Use of nucleic acids containing unmethylated CPC dinucleotide in the treatment of LPS-associated disorders
US6426334B1 (en) 1997-04-30 2002-07-30 Hybridon, Inc. Oligonucleotide mediated specific cytokine induction and reduction of tumor growth in a mammal
EP1009413B1 (en) 1997-09-05 2007-02-14 The Regents Of The University Of California Use of immunostimulatory oligonucleotides for preventing or treating asthma
US6514948B1 (en) 1999-07-02 2003-02-04 The Regents Of The University Of California Method for enhancing an immune response
US20080161425A1 (en) * 2005-07-29 2008-07-03 Universiteit Van Maastricht Regulation of Tissue Factor Activity by Protein S and Tissue Factor Pathway Inhibitor
CN104984319A (zh) * 2008-12-19 2015-10-21 巴克斯特国际公司 Tfpi抑制剂和使用方法
FR2942232B1 (fr) * 2009-02-19 2015-03-13 Lfb Biotechnologies Moyens pour la purification d'une proteine de la coagulation et procedes pour sa mise en oeuvre
SG178408A1 (en) * 2009-08-18 2012-03-29 Baxter Int Aptamers to tissue factor pathway inhibitor and their use as bleeding disorder therapeutics

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101969402B1 (ko) * 2016-10-27 2019-04-16 대한민국 물사출 분쇄기의 거치장치

Also Published As

Publication number Publication date
CA2827160A1 (en) 2012-08-16
WO2012109675A1 (en) 2012-08-16
JP2014507147A (ja) 2014-03-27
EP2673364A1 (en) 2013-12-18
AU2012214148A1 (en) 2013-08-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US8252913B2 (en) Aptamers to tissue factor pathway inhibitor and their use as bleeding disorder therapeutics
US8598327B2 (en) Aptamers to tissue factor pathway inhibitor and their use as bleeding disorder therapeutics
US8283330B2 (en) Modulators of pharmacological agents
EP1745062B1 (en) Improved modulators of coagulation factors
US7998939B2 (en) Aptamers that bind thrombin with high affinity
JP6002691B2 (ja) 組織因子経路阻害剤に対するアプタマーおよび出血障害治療薬としてのそれらの使用
US10494634B2 (en) Factor XIa-specific aptamers
US20150344533A1 (en) Nucleic acid modulators of glycoprotein vi
AU2012244176B8 (en) Modulators of pharmacological agents
AU2012244176B2 (en) Modulators of pharmacological agents
WO2017064213A1 (en) Method and compounds for treatment and prophylaxis of bleeding episodes

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20150213

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20150213

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20160126

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20160426

A711 Notification of change in applicant

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711

Effective date: 20160511

RD03 Notification of appointment of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423

Effective date: 20160606

RD04 Notification of resignation of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424

Effective date: 20160608

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20160809

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20160905

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 6002691

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

S531 Written request for registration of change of domicile

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313531

R350 Written notification of registration of transfer

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250