JP5581473B2 - 塩基配列決定方法、塩基配列決定装置およびそのプログラム - Google Patents
塩基配列決定方法、塩基配列決定装置およびそのプログラム Download PDFInfo
- Publication number
- JP5581473B2 JP5581473B2 JP2009052892A JP2009052892A JP5581473B2 JP 5581473 B2 JP5581473 B2 JP 5581473B2 JP 2009052892 A JP2009052892 A JP 2009052892A JP 2009052892 A JP2009052892 A JP 2009052892A JP 5581473 B2 JP5581473 B2 JP 5581473B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- base sequence
- base
- information
- reliability
- sequences
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 73
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 68
- 238000003860 storage Methods 0.000 claims description 56
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 40
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 7
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 claims description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 claims 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 57
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 45
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 19
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 12
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 11
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000011160 research Methods 0.000 description 5
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 3
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 230000000712 assembly Effects 0.000 description 1
- 238000000429 assembly Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000010365 information processing Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000012950 reanalysis Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
Images
Landscapes
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
Description
前記複数の塩基配列を得る解析手段として、同一の解析対象に対して異なる複数のアセンブリ・アルゴリズムを適用してアセンブリを行わせる、ことを特徴とする。
Claims (16)
- 塩基配列を決定する塩基配列決定方法であって、
解析対象に対して異なる複数の手段により解析して得た複数の塩基配列の情報に基づいて、前記複数の塩基配列の情報に対して、近似する塩基配列の部位が前記複数の塩基配列間で揃うよう前記複数の塩基配列を加工して出力すべき塩基配列の情報を決定するとともに、前記出力すべき塩基配列の情報の前記複数の塩基配列の情報に含まれる所定の位置の塩基を相互に比較して、一致度を算出し、算出した前記一致度に応じて信頼度を特定して、前記塩基配列の情報と共に出力する塩基配列決定工程を実施し、
前記複数の塩基配列を得る解析手段として、同一の解析対象に対して異なる複数のアセンブリ・アルゴリズムを適用してアセンブリを行う、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1に記載の塩基配列決定方法であって、
前記出力すべき塩基配列の情報は、一つの塩基配列についての情報である、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1または2に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記複数の塩基配列の前記所定の位置にある塩基の種類のうち、他の塩基よりも多く出現する塩基を特定し、当該塩基が前記所定の位置に出現した塩基配列の数の、前記複数の塩基配列の数に対する割合を、前記所定の位置の一致度として算出する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜3のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記複数の塩基配列の情報に含まれる所定の位置の塩基が判別不能である場合、当該判別不能な塩基は前記所定の位置に出現する塩基として扱わない、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜4のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記所定の位置の塩基を含む複数の塩基により構成される塩基群を対象として前記一致度を算出する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜5のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記複数の塩基配列に含まれるコドン単位で前記一致度を算出する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜6のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記塩基配列の加工には、マルチプルアライメントの手法を用いる、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜7のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記複数の塩基配列の中から、エクソンを対象として一致度を算出する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜8のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記一致度の高低に応じた表示色で前記信頼度を表示する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜8のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記一致度の高低を表すグラフを用いて前記信頼度を表示する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項1〜10のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記信頼度は、前記出力すべき塩基配列の配列内の位置ごとに特定される、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項11に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記信頼度は、前記塩基配列の配列内の位置ごとに、前記塩基配列の情報と対応付けて出力される、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 請求項3〜12のいずれか一項に記載の塩基配列決定方法であって、
前記塩基配列決定工程において、前記所定の位置ごとに前記他の塩基よりも多く出現する塩基を有する新たな塩基配列の情報を生成し、前記出力すべき塩基配列の情報と特定する、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 塩基配列を決定する塩基配列決定方法であって、
解析対象に対して異なる複数の手段により解析して得た複数の塩基配列の情報に基づいて、前記複数の塩基配列の情報に含まれる所定の位置の塩基を相互に比較して、一致度を算出し、算出した前記一致度に応じて信頼度を特定して、前記塩基配列の情報と共に出力する塩基配列決定工程を実施し、
前記複数の塩基配列を得る解析手段として、同一の解析対象に対して異なる複数のアセンブリ・アルゴリズムを適用してアセンブリを行う、
ことを特徴とする塩基配列決定方法。 - 記憶手段と、
解析対象を異なる複数の手段により解析して得た複数の塩基配列の情報を受け付けて前記記憶手段に記憶させる塩基配列情報受付手段と、
前記塩基配列情報受付手段により前記記憶手段に記憶された複数の塩基配列の情報を読み出し、前記複数の塩基配列の情報に対して、近似する塩基配列の部位が前記複数の塩基配列間で揃うよう前記複数の塩基配列を加工して出力すべき塩基配列の情報を決定する塩基配列データ決定手段と、
前記塩基配列データ決定手段において決定した前記出力すべき塩基配列の情報の前記複数の塩基配列の情報に含まれる所定の位置の塩基を相互に比較して、一致度を算出し、算出した前記一致度に応じて信頼度を特定する信頼度特定手段と、
前記信頼度特定手段により特定した信頼度と、前記出力すべき塩基配列の情報と、を対応付けて出力する出力手段と、を備え、
前記複数の塩基配列を得る解析手段として、同一の解析対象に対して異なる複数のアセンブリ・アルゴリズムを適用してアセンブリを行う、
ことを特徴とする塩基配列決定装置。 - コンピュータに、塩基配列データの決定をさせるプログラムであって、
前記コンピュータを、制御手段と、記憶手段と、出力手段として機能させ、
前記制御手段に対して、
解析対象を異なる複数の手段により解析して得た複数の塩基配列の情報を受け付けて前記記憶手段に記憶させる塩基配列情報受付手順と、
前記塩基配列情報受付手順により前記記憶手段に記憶された複数の塩基配列の情報を読み出し、前記複数の塩基配列の情報に対して、近似する塩基配列の部位が前記複数の塩基配列間で揃うよう前記複数の塩基配列を加工して出力すべき塩基配列の情報を決定する塩基配列データ決定手順と、
前記塩基配列データ決定手順において決定した前記出力すべき塩基配列の情報の前記複数の塩基配列の情報に含まれる所定の位置の塩基を相互に比較して、一致度を算出し、算出した前記一致度に応じて信頼度を特定する信頼度特定手順と、
前記信頼度特定手順により特定した信頼度と、前記出力すべき塩基配列の情報と、を対応付けて前記出力手段に出力させる出力手順と、を実行させ、
前記複数の塩基配列を得る解析手段として、同一の解析対象に対して異なる複数のアセンブリ・アルゴリズムを適用してアセンブリを行わせる、
ことを特徴とするプログラム。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009052892A JP5581473B2 (ja) | 2009-03-06 | 2009-03-06 | 塩基配列決定方法、塩基配列決定装置およびそのプログラム |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2009052892A JP5581473B2 (ja) | 2009-03-06 | 2009-03-06 | 塩基配列決定方法、塩基配列決定装置およびそのプログラム |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2010205206A JP2010205206A (ja) | 2010-09-16 |
JP5581473B2 true JP5581473B2 (ja) | 2014-09-03 |
Family
ID=42966585
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2009052892A Expired - Fee Related JP5581473B2 (ja) | 2009-03-06 | 2009-03-06 | 塩基配列決定方法、塩基配列決定装置およびそのプログラム |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP5581473B2 (ja) |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH1040257A (ja) * | 1996-07-24 | 1998-02-13 | Hitachi Ltd | 文字配列比較方法、およびそれを用いたアセンブル方法 |
JPH11169172A (ja) * | 1997-12-08 | 1999-06-29 | Hitachi Ltd | Dna塩基配列上のタンパク質コード領域予測方法及び記録媒体 |
JP3237606B2 (ja) * | 1998-04-10 | 2001-12-10 | 日本電気株式会社 | 複数文字列アライメント方法およびシステム |
JP2003330934A (ja) * | 2002-05-10 | 2003-11-21 | Celestar Lexico-Sciences Inc | 変異体配列解析装置、変異体配列解析方法、プログラム、および、記録媒体 |
JP2004215640A (ja) * | 2003-01-15 | 2004-08-05 | Riichi Adachi | Dna配列のアセンブリング方法 |
JP2006158287A (ja) * | 2004-12-07 | 2006-06-22 | Hitachi Software Eng Co Ltd | プライマーの設計及び表示方法及び装置 |
-
2009
- 2009-03-06 JP JP2009052892A patent/JP5581473B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2010205206A (ja) | 2010-09-16 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Raphael et al. | A novel method for multiple alignment of sequences with repeated and shuffled elements | |
Blanchette et al. | Aligning multiple genomic sequences with the threaded blockset aligner | |
Edwards et al. | Real time metagenomics: using k-mers to annotate metagenomes | |
Chu et al. | EBARDenovo: highly accurate de novo assembly of RNA-Seq with efficient chimera-detection | |
Kavak et al. | Discovery and genotyping of novel sequence insertions in many sequenced individuals | |
Sahin et al. | HiC-DC+ enables systematic 3D interaction calls and differential analysis for Hi-C and HiChIP | |
Leggett et al. | Identifying and classifying trait linked polymorphisms in non-reference species by walking coloured de Bruijn graphs | |
KR20140006846A (ko) | Dna 서열의 데이터 분석 | |
Jung et al. | An automatic block and spot indexing with k-nearest neighbors graph for microarray image analysis | |
Haghshenas et al. | lordFAST: sensitive and fast alignment search tool for long noisy read sequencing data | |
US10573405B2 (en) | Genome analysis and visualization using coverages for bin sizes and ranges of genomic base coordinates calculated and stored before an output request | |
Palatnick et al. | iGenomics: Comprehensive DNA sequence analysis on your Smartphone | |
WO2016114009A1 (ja) | 融合遺伝子解析装置、融合遺伝子解析方法、及びプログラム | |
JP2007011996A (ja) | 発現情報の解析方法及びそのシステム | |
US20150142328A1 (en) | Calculation method for interchromosomal translocation position | |
Tu et al. | Bioinformatics for analysis of poxvirus genomes | |
JP5581473B2 (ja) | 塩基配列決定方法、塩基配列決定装置およびそのプログラム | |
Choi et al. | NBLAST: a graphical user interface-based two-way BLAST software with a dot plot viewer | |
Pongor et al. | Fast and sensitive alignment of microbial whole genome sequencing reads to large sequence datasets on a desktop PC: application to metagenomic datasets and pathogen identification | |
Wang et al. | IsoSplitter: identification and characterization of alternative splicing sites without a reference genome | |
Kamal et al. | An integrated algorithm for local sequence alignment | |
KR20060114569A (ko) | 특허정보시스템의 작동방법 | |
Forslund et al. | VisRD—visual recombination detection | |
Khan et al. | MSuPDA: A memory efficient algorithm for sequence alignment | |
David et al. | Targeted domain assembly for fast functional profiling of metagenomic datasets with S3A |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20120203 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130917 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20131022 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20140325 |
|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711 Effective date: 20140417 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20140424 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20140417 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140613 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5581473 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |