JP5514733B2 - 療法に対する応答を予測するための方法 - Google Patents
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Description
上述の患者から採取される試料から細胞を単離するステップ、
ステロイド、免疫調節オリゴヌクレオチド、またはその混合物の存在下において上述の単離細胞を培養するステップ、
上述の単離細胞において少なくとも1つのマーカー遺伝子の発現レベルを決定するステップ、および
ステロイド、免疫調節オリゴヌクレオチド、もしくはその混合物の存在下における、健常な人からの細胞の培養物から得られる値に対して、または健常な集団から得られる標準化された値に対して、上述の少なくとも1つのマーカー遺伝子の上述の発現レベルを比較するステップを含む方法である。
より好ましくは、試薬は、上述の遺伝子の特異的な領域に相補的であり、上述の遺伝子とハイブリダイズまたはアニールすることができるオリゴヌクレオチドプローブである。
被験物質
本発明においては、CpGモチーフを含むDNAベースの免疫調節オリゴヌクレオチドIDX0150(IDX0150;Kappaproct(登録商標),InDex Pharmaceuticals AB,Stockholm,Swedenとしても知られている)を、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)中での定義された遺伝子の刺激を試験するために使用した。凍結乾燥されたIDX0150を秤量し、室温で1×PBS pH7.4(Gibco)中に溶解させた。ストック濃度は、UV分光測定(SmartSpec(商標)3000,BIORAD)を用いて95%の精度になるように調整した。IDX0150ストック溶液は−20℃で保存した。刺激実験のために、ストック溶液の一部を、低濃度のストック溶液が1種類と高濃度のストック溶液が1種類(それぞれ、25μMおよび100μMの最終濃度)とが得られるようにさらに希釈した。濃度は、上記に記載したように分光光度計を使用して光学密度(OD)を測定することにより、同様に決定した。
細胞の調製
末梢血単核細胞(PMBC)を、7人のステロイド抵抗性喘息患者または潰瘍性大腸炎患者、および10人の健常者の血液試料から、Ficoll−Paque Plus(Pharmacia Biotech)を使用した密度勾配遠心分離法によって単離し、緩衝生理食塩溶液(PBS)中で3回洗浄し、15%の熱不活化ウシ胎児血清(FCS)(Gibco,Life Technologies)、100U/mlのペニシリン、100μg/mlのストレプトマイシン(Life Technologies)、2mMのL−グルタミン(Sigma)、ゲンタマイシン25ug/ml(Sigma)、および5mMのHepes(Gibco,Life Technologies)を含む完全RPMI 1640(Sigma/Gibco)中に再懸濁した。細胞を、0.4%トリパンブルー溶液(Sigma Aldrich)を使用して計数した。平均すると、PBMCの収量は、提供者の試料あたり細胞60〜120×106個の範囲であった。
インビトロでのPBMCの刺激
上記に記載したように調製したPBMCを、5%のFBSを含むRPMIc(Gibco,Life Technologies)中に再懸濁し、96ウェル平底細胞培養プレート(Falcon)に、1ウェルあたり細胞0.5×106個の細胞密度で播種した。プレーティングの直後に、細胞を、コルチコステロイドDex(10−10M、10−8M、または10−6M)の存在下または非存在下で、IDX0150(25μMまたは100μM)で刺激した。処理の間、細胞を、加湿したSteriCycle CO2細胞培養インキュベーター(ThermoForma)の中で、5%の二酸化炭素(CO2)、37℃で48時間インキュベートした。インキュベーション期間後、上清を吸引し、細胞を、1.0%のβ−メルカプトエタノールを含む50μl/ウェルのRLT溶解緩衝液(Qiagen)によって覆った。PBMCを含む培養プレートは、RNAの単離手順まで−20℃で保存した。
上記に記載したように調製した96ウェルプレートを−20℃から取り出し、室温で解凍した。解凍後、PBMCを、1.0%のβ−メルカプトエタノールを含む50μl/ウェルのRLT溶解緩衝液(Qiagen)中に再懸濁した。RNAの単離は、製造業者の説明書に従ってRNeasy RNA単離キット(Qiagen)を使用して行った。RNAを40μlのRNaseフリー水中で溶出させ、5μlのRNA溶出液を使用して、分光測定(SmartSpec(商標)3000,BIO−RAD)によってRNA濃度を決定した。RNAの質は、RNAを可視化するためのエチジウムブロマイドを含む、1×TAE緩衝液を用いた1%アガロース(Sigma)ゲルでのゲル電気泳動によってチェックした。
第1鎖cDNAの合成のために、0.3〜1.0μgの全PBMC RNAについて、プライマーとしてd(T)20オリゴヌクレオチドを使用したポリメラーゼ連鎖反応を用いた従来法による逆転写(RT−PCR)を行った。選択したヌクレオチド配列(表1)に特異的なPCRプライマーオリゴヌクレオチド(表2)を使用したPCRによって二本鎖cDNAを合成した。cDNAストック溶液を適切な容量の滅菌脱イオン水(Gibco)中で希釈した。cDNA試料は、合成されたPCR産物について予想した長さを確認するためのエチジウムブロマイドを含む、1×TAE緩衝液を用いた1%アガロース(Sigma)ゲルでのゲル電気泳動によって分析した。
PBMC cDNAを用いたリアルタイムPCRを、検討した遺伝子についてはそれぞれの試料−処理/遺伝子の組み合わせについては3連で、ハウスキーパー遺伝子(γ−アクチン)については2連で行った。二本鎖のcDNAを、選択したヌクレオチド配列(表1)に特異的なPCRプライマーオリゴヌクレオチド(表2)を使用したリアルタイムPCRによって合成した。個々の立ち上がりサイクル数(Cycle threshold)(ΔCt)と相対定量(Relative Quantitation)(RQ)値についてのリアルタイムPCRデータを計算し、供給業者(Applied Biosystems)の説明書に従って7500 System SDS Softwareで分析した。個々の値をExcelにエクスポートし、統計学的に分析した。処理しなかった試料中での遺伝子発現の基底レベルを、個々のΔCt値からのRQ値の計算によってExcelで決定した。
7個の選択した遺伝子を、先に記載したようにPBMC培養実験において遺伝子発現について分析した。それぞれの遺伝子/患者のペアについて、PBMC培養物を、オリゴヌクレオチドIDX0150を含む、またはコルチコステロイドDexを含む、またはIDX0150/Dexを一緒に含むCpGでの処理のために、6個のアリコート試料に分けた。IDX0150は、25μMおよび100μMの最終濃度で使用し、Dexは、10−10M、10−8M、または10−6Mの最終濃度で細胞増殖培地に添加した。細胞を、先に記載したように48時間培養した。
PBMC培養実験の設定は、実施例1に記載したとおりに行った。CD163遺伝子の発現レベルの平均値を図1および4に示す。偏差バーは、健常者(HV)の群およびステロイド抵抗性喘息患者または潰瘍性大腸炎患者(SR)の群における発現レベル値の範囲を示す。平均発現レベル値を、実施例1に記載したように基底発現レベル値に対して標準化した。
トロンボスポンジンは、マトリックスメタロプロテイナーゼ(MMP)と構造的に関係があり、それらの機能を調節する(Chen,2000)。Tsp1の発現は、グルココルチコイドによってアップレギュレートされることが示されている(Galon,2002)。また、インターロイキン1(IL−1)の有害な作用を制限する抗炎症性デコイ受容体であるIL1−R2は、その遺伝子の中でも、グルココルチコイドによって強くアップレギュレートされるものである(Re,1994;Galon,2002)。
PBMC培養実験の設定を、先に記載したとおりに行った(実施例1を参照のこと)。TLR2遺伝子、TLR4遺伝子、MKP−1遺伝子、およびTXK遺伝子の発現レベルの平均値を、それぞれ、図7、8、9、および10に示す。
臨床試験は、DNAをベースとする免疫調節オリゴヌクレオチドIDX0150(Kappaproct(登録商標),InDex Pharmaceuticals AB)とコルチコステロイドデキサメタゾンとを含む併用療法の臨床的有効性を検討すること、特に、本発明の1つの実施形態に従うインビトロ方法との間での相関関係を検討することを主目的として進められている。この研究ではまた、上記インビトロ方法に基づいて選択された処理の臨床的有効性も試験される。試験群は、インビトロ方法で上記併用療法に応答することが示されている潰瘍性大腸炎患者からなり、すなわち、これらの患者から得られたPBMC細胞は、ステロイドおよび免疫調節オリゴヌクレオチドの存在下で選択マーカー遺伝子の発現の増強を示したものである。臨床的有効性は、内視鏡的および臨床的寛解/改善率、組織学的改善、ならびに臨床検査値の変化によって決定される。
<<01>>
Beutler B, Jiang Z, Georgel P, Crozat K, Croker B, Rutschmann S, Du X,
Hoebe K. 2006. Genetic analysis of host resistance: Toll-like receptor
signaling and immuninty at large. Ann. Rev. Immunol. 24: 353-389.
<<02>>
Buechler C, Ritter M, Orso E, Langmann T, Klucken J, Schmitz G. 2000.
Regulation of scavenger receptor CD163 expression in human mononuclear
cells and macrophages by pro- and antiinflammatory stimuli. J. Leukoc.
Biol. 67: 97-103.
<<03>>
Chen H, Herndon ME, Lawler J. 2000. The cell biology of
thrombospondin-1. Matrix Biol. 19: 597-614.
<<04>>
Chrousos GP, Vingerhoeds A, Brandon D. 1982. Primary Cortisol resis-
tance in man. A glucocorticoid receptor-mediated disease. J. Clin.
Invest. 69(6): 1261- 1269.
<<05>>
Chrousos GP, Detera-Wadleigh SD, Karl M. 1993. Syndromes of
glucocorticoid resistance. Ann. Intern. Med. 119(11 ): 1113-1124.
<<06>>
Clark JK, Schrader WT, O'Malley BW. 1992. Mechanism of steroid
hormones. 1992. In: JD Wilson, DW Foster, eds. Williams Textbook of
Endocrinology. WB Saunders Co., Philadelphia, PA, pp. 35-90.
<<07>>
Cole TJ, Blendy JA, Monaghan AP. 1995. Targeted disruption of the
glucocorticoid receptor gene blocks adrenergic chromaffin cell
development and severely retards lung maturation. Genes. Dev. 9(13):
1608-1621.
<<08>>
Cowdery JS, Chace JH, Yi AK, Krieg AM. 1996. Bacterial DNA induces NK
cells to produce IFN-gamma in vivo and increases the toxicity of
lipopolysaccharides. J. Immunol. 156(12): 4570-4575.
<<09>>
Galon J, Franchimont D, Hiroi N, Frey G, Boettner A, Ehrhart-Bornstein
M., O'Shea JJ, Chrousos GP, Bornstein SR. 2002. Gene profiling reveals
unknown enhancing and suppressive actions of glucocorticoids on immune
cells. FASEB J. 16(1 ): 61-71.
<<10>>
Gisbert JP et al., 2008. Crohnology: A tale of time and times and
inflammatory bowel diseases.World J Gastroenterol. 14(36): 5504-7.
<<11>>
Iho S, Yamamoto T, Takahashi T, Yamamoto S. 1999.
Oligodeoxynucleotides containing palindrome sequences with internal
5'CpG-3' act directly on human NK and activated T cells to induce
IFN-gamma production in vitro. J. Immunol. 163(7): 3642-3652.
<<12>>
Jakob T, Walker PS, Krieg AM, Udey MC, Vogel JC. 1998. Activation of
cutaneous dendritic cells by CpG-containing oligodeoxynucleotides: a
role for dendritic cells in the augmentation of TH1 responses by
immunostimulatory DNA. J. Immunol. 161(6): 3042-3049.
<<13>>
Kline JN. 2000. Effects of CpG DNA on Th1/Th2 balance in asthma. Curr.
Top. Microbiol. Immunol. 247: 211-225.
<<14>>
Krieg A. 1996. Lymphocyte activation by CpG dinucleotide motifs in
prokaryotic DNA. Trends Microbiol. 4(2): 73-76.
<<15>>
Krieg A. 1998. Leukocyte stimulation by oligodeoxynucleotides. CA
Stein, AM Krieg, eds. Applied Antisense Oligonucleotide Technology.
John Wiley and Sons Inc., New York, NY. pp. 431-448.
<<16>>
Leung DYM, Szefler SS. 1995. Steroid-Resistant Asthma. Med. Sci.
Update 13(2), (http://librarv2.nationaliewish.org/MSU/13n2MSU StRe
Asthma.html).
<<17>>
Leung et al. 2002. Steroid-unresponsive asthma. Semin Respir Crit Care
Med. 23(4):387-98.
<<18>>
Mannon PJ, Fuss IJ, Mayer L, Elson CO, Sandborn WJ, Present D, DoNn B,
Goodman N, Groden C, Hornung RL, Quezado M, Neurath MF, Salfeld J,
Veldman GM, Schwertschlag U, Strober W. 2004. Anti-IL-12 Crohn's
disease study group. Anti-interleukin-12 antibody for active Crohn's
disease. N. Engl. J. Med. 351 (20): 2069-2079.
<<19>>
Munkholm et al. 1994. Frequency of glucocorticoid resistance and
dependency in Crohn's disease. Gut; 35(3):360-2.
<<20>>
Mariette X. 2003. Anti-cytokines in the treatment of inflammation.
Rev. Prat. 53(5): 507-511.
<<21>>
Munck A, Guyre PM, Holbrook NJ. 1984. Physiological functions of
glucocorticoids in stress and their relation to pharmacological
actions. Endocr. Rev. 5(1): 25-44.
<<22>>
Neurath MF, Fuss I, Kelsall BL, Stuber E, Strober W. 1995. Antibodies
to interleukin 12 abrogate established experimental colitis in mice.
J. Exp. Med. 182(5): 1281-1290.
<<23>>
Re, F, Muzio, M, De Rossi, M, Polentarutti, N, Giri, JG., Mantovani,
A, Colotta, F. 1994. The type Il 'receptor' as a decoy target for
interleukin 1 in polymorphonuclear leukocytes: characterization of
induction by dexamethasone and ligand binding properties of the
released decoy receptor. J. Exp. Med. 179: 739-743.
<<24>>
Ritter M, Buechler C, Langmann T, Orso E, Klucken J, Schmitz G. 1999.
The scavenger receptor CD163: Regulation, promoter structure and
genomic organization. Pathobiol. 67(5-6): 257-261.
<<25>>
Reinisch W and Vogelsang H. 2002. Steroid dependency in Crohn's
disease. Gastroenterology, 123(1):393-5
<<26>>
Sambrook J, Russell DW. 2001. Molecular cloning. A laboratory manual.
Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY.
<<27>>
Shadidi H, Vottero A, Stratakis CA, Taymans SE, Karl M, Longui CA,
Chrousos GP, Daughaday WH, Gregory SA, Plate JM. 1999. lmbalanced
expression of the glucocorticoid receptor isoforms in cultured
lymphocytes from a patient with systemic glucocorticoid resistance and
chronic lymphocytic leukemia. Biochem. Biophys. Res. Commun.
254(3): 559-565.
<<28>>
Sparwasser T, Koch ES, Vabulas RM, Heeg K, Lipford GB, Ellwart JW,
Wagner H. 1998. Bacterial DNA and immunostimulatory CpG
oligonucleotides trigger maturation and activation of murine dendritic
cells. Eur. J. Immunol. 28(6): 2045-2054.
<<29>>
Stacey KJ, Sweet MJ, Hume DA. 1996. Macrophages ingest and are
activated by bacterial DNA. J. Immunol. 157(5): 2116-2122.
<<30>>
Takeba Y, Nakafuchi H, Takeno m, Kashiwakura J, Suzuki N. 2002. Txk,
a member of nonreceptor tyrosine kinase of Tec family, acts as a Th1
cell-specific transcription factor and regulates IFN-gamma gene
transcription. J. Immunol. 168: 2365-2370.
<<31>>
Vermeer H, Hendriks-Stegeman Bl, van Suylekom D, Rijkers GT, van Buul-
Offers SC, Jansen M. 2004. An in vitro bioassay to determine individ-
ual sensitivity to glucocorticoids: induction of FKBP51 mRNA in periph-
eral blood mononuclear cells. MoI. Cell. Endocrinol. 218(1-2): 49-55.
<<32>>
Wolleben G, Erb KJ. 2006. Immune stimulatory strategies for the preven-
tion and treatment of asthma. Curr. Pharm. Des. 12(25): 3281-3292.
<<33>>
Wu W, Chaudhuri S, Brcikley DR, Pang D, Karrison T, Conzen SD. 2004.
Microarray analysis reveals glucocorticoid-regulated survival genes
that are associated with inhibition of apoptosis in breast epithelial
cells. Cancer Res. 64(5): 1757-1764.
<<34>>
Zhao Q, Temsamani J, iadarola PL, Jiang Z, Agrawal S. 1996. Effect
of different chemically modified oligodeoxynucleotides on immune
stimulation. Biochem. Pharmacol. 51 (2): 173-182.
<<35>>
Zimmerman S, Egeter O, Hausmann S, Lipford GB, Rocken M, Wagner H,
Heeg K. 1998. CpG oligodeoxynucleotides trigger protective and
curative Th1 responses in lethal murine Leishmaniasis. J. Immunol.
160(8): 3627-3630.
Claims (21)
- 免疫調節オリゴヌクレオチドがステロイドの作用に対しステロイド抵抗性の疑いのある患者を再感作することができるかどうかを予測するためのインビトロ方法であって、
−前記患者から採取される試料から細胞を単離するステップと、
−ステロイド、および免疫調節オリゴヌクレオチドの存在下において単離した前記細胞を培養するステップと、
−前記単離した前記細胞からの少なくとも1つのマーカー遺伝子の発現レベルを決定するステップであって、前記少なくとも1つのマーカー遺伝子がCD163、Tsp1、IL1−R2、TLR2、TLR4、MKP−1、およびTXKから選択される、ステップと、
−前記ステロイド、および前記免疫調節オリゴヌクレオチドの存在下における健常な人からの細胞の前記培養物から得られる値に対して、または健常な集団から得られる標準化された値に対して、前記少なくとも1つのマーカー遺伝子の前記発現レベルを比較するステップと、
から構成され、
前記患者および前記健常な人の試料において測定される、少なくとも1つの選択されたマーカー遺伝子の発現レベルの類似性は、前記免疫調節オリゴヌクレオチドがステロイドの作用に対し前記患者の再感作が可能であることを示すことを特徴とするインビトロ方法。 - 前記選択されたマーカー遺伝子は、遺伝子CD163、Tsp1、およびIL1−R2の少なくとも1つであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記選択されたマーカー遺伝子はCD163であることを特徴とする請求項1乃至2のいずれかに記載の方法。
- 前記細胞は、血球細胞であることを特徴とする請求項1乃至3のいずれかに記載の方法。
- 前記血球細胞は、末梢血単核細胞(PMBC)であることを特徴とする請求項4に記載の方法。
- 前記患者は、炎症性疾患の症状を示すことを特徴とする請求項1乃至4のいずれかに記載の方法。
- 前記炎症性疾患は、急性または慢性喘息、慢性閉塞性肺疾患(COPD)、潰瘍性大腸炎、クローン病、関節リウマチ、乾癬、および気腫から選ばれることを特徴とする請求項6項に記載の方法。
- 前記マーカー遺伝子の発現レベルは、遺伝子特異的プライマーを使用する前記遺伝子の核酸増幅および前記増幅結果の定量によって決定されることを特徴とする請求項1乃至7のいずれかに記載の方法。
- 前記核酸増幅は、配列番号1および2、配列番号3および4、配列番号5および6、配列番号7および8、配列番号9および10、配列番号11および12、および、配列番号13および14の対から選ばれる遺伝子特異的プライマー、または機能的に等価なプライマーによって実行されることを特徴とする請求項8に記載の方法。
- 前記マーカー遺伝子の発現レベルは、前記マーカー遺伝子から翻訳されるタンパク質によって決定されることを特徴とする請求項1乃至7のいずれかに記載の方法。
- 前記発現レベルは、前記タンパク質に結合している抗体によって決定されることを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 炎症性の症状を示すステロイド抵抗性患者の療法を選択するための検査キットであって、前記キットは、CD163、Tsp1、IL1−R2、TLR2、TLR4、MKP−1、およびTXKから選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子に対し特異的なプライマーまたは前記少なくとも1つのマーカー遺伝子から翻訳されるタンパク質に結合する抗体、ステロイドの作用に対し細胞を感作させるための免疫調節オリゴヌクレオチド、および、使用説明書を備え、そして、前記プライマーまたは抗体は前記マーカー遺伝子の発現レベルの分析を可能にすることを特徴とする検査キット。
- 前記プライマーは、CD163、TsplおよびIL1−R2から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子に対し特異的であるか、または、前記抗体はCD163、TsplおよびIL1−R2から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子から翻訳されるタンパク質に結合する請求項12に記載のキット。
- 前記特異的プライマーは、配列番号1および2、配列番号3および4、配列番号5および6、配列番号7および8、配列番号9および10、配列番号11および12、および、配列番号13および14の対から選択されるか、または機能的に等価なプライマーであることを特徴とする請求項12に記載のキット。
- 前記特異的なプライマーは、配列番号1および2、配列番号3および4、配列番号5および6から選択されるか、または機能的に等価なプライマーであることを特徴とする請求項13に記載のキット。
- 前記キットは、前記マーカー遺伝子CD163に特異的なプライマーを含むことを特徴とする請求項13に記載の検査キット。
- 前記特異的なプライマーは、配列番号1および2、または機能的に等価なプライマーであることを特徴とする請求項16に記載のキット。
- 前記キットは、前記マーカー遺伝子Tsp1に特異的なプライマーを含むことを特徴とする請求項13に記載の検査キット。
- 前記特異的なプライマーは、配列番号3および4、または機能的に等価なプライマーであることを特徴とする請求項18に記載のキット。
- 前記キットは、前記マーカー遺伝子IL1−R2に特異的なプライマーを含むことを特徴とする請求項13に記載のキット。
- 前記特異的なプライマーは、配列番号5および6、または機能的に等価なプライマーであることを特徴とする請求項20に記載のキット。
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