JP5494664B2 - 項目配置決定装置、項目配置決定方法、項目配置決定プログラム、評価装置、評価方法、および評価プログラム - Google Patents
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Description
本実施の形態にかかる項目配置決定装置の構成について、図1から図9を参照して説明する。図1は、項目配置決定装置100の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本発明に関係する部分のみを概念的に示している。
以上のように構成された項目配置決定装置100で行われる項目配置決定処理の一例を、図10を参照して説明する。図10は、項目配置決定処理の一例を示すフローチャートである。
1b:“物理化学特性による血中アミノ酸状態の評価”および“特定の疾患との比較”
1c:“物理化学特性による血中アミノ酸状態の推移の評価”
注:研究目的1bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
2a:“血漿中アミノ酸濃度の類似性による血中アミノ酸状態の評価”
2b:“血漿中アミノ酸濃度の類似性による血中アミノ酸状態の評価”および“特定の疾患との比較”
2c:“血漿中アミノ酸濃度の類似性による血中アミノ酸状態の推移の把握”
注:研究目的2bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
3a:“生化学代謝に基づく血中アミノ酸状態の評価”
3b:“生化学代謝に基づく血中アミノ酸状態の評価”および“特定の疾患との比較”
3c:“生化学代謝に基づく血中アミノ酸状態の推移の評価”
注:研究目的3bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
4a:“疾患に基づく血中アミノ酸状態の評価”
4b:“疾患に基づく血中アミノ酸状態の評価”および“特定の疾患との比較”
4c:“疾患に基づく血中アミノ酸状態の推移の評価”
注1:研究目的4bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
注2:研究目的4a〜4cに対しては、疾患名をさらに選択させる。
5a:“物理化学・生物学的特性についての総合的なアミノ酸状態の評価”
5b:“物理化学・生物学的特性についての総合的なアミノ酸状態の評価”および“特定の疾患との比較”
5c:“物理化学・生物学的特性についての総合的なアミノ酸状態の推移の評価”
注:研究目的5bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
6a:“物理化学・代謝生化学・臨床医学・生物学的特性についての総合的なアミノ酸状態の評価”
6b:“物理化学・代謝生化学・臨床医学・生物学的特性についての総合的なアミノ酸状態の評価”および“特定の疾患との比較”
6c:“物理化学・代謝生化学・臨床医学・生物学的特性についての総合的なアミノ酸状態の推移の評価”
注:研究目的6bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
7a:“血漿中アミノ酸濃度および生化学マーカーの類似性による血中アミノ酸および生化学マーカーの状態の評価”
7b:“血漿中アミノ酸濃度および生化学マーカーの類似性による血中アミノ酸および生化学マーカーの状態の評価”および“特定の疾患との比較”
7c:“血漿中アミノ酸濃度および生化学マーカーの類似性による血中アミノ酸および生化学マーカーの状態の推移の把握”
注:研究目的7bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
8a:“疾患に基づくアミノ酸および生化学マーカーの状態の評価”
8b:“疾患に基づくアミノ酸および生化学マーカーの状態の評価”および“特定の疾患との比較”
8c:“疾患に基づくアミノ酸および生化学マーカーの状態の推移の評価”
注1:研究目的8bの場合、比較対象の疾患名をさらに選択させる。
注2:研究目的8a〜8cに対しては、疾患名をさらに選択させる。
12.研究目的2a〜2c、7a〜7cが選択された場合:実施例5に記載の数式5または数式6で定義されるアミノ酸(またはアミノ酸および生化学マーカー)間の相関性による近縁度
13.研究目的3a〜3cが選択された場合:実施例9に記載の数式7で定義されるアミノ酸間の生化学的代謝経路による近縁度
14.研究目的4a〜4c、8a〜8cが選択された場合:実施例13で詳述する疾患との関連度による近縁度(ROC曲線下面積に基づくユークリッド距離)
15.研究目的5a〜5cが選択された場合:実施例17で詳述するアミノ酸の物理化学的特性および生物学的特性の組み合わせによる近縁度(特性値に基づくユークリッド距離)
16.研究目的6a〜6cが選択された場合:実施例21で詳述するアミノ酸の物理化学的特性、代謝生化学的特性、臨床医学的特性および生物学的特性の組み合わせによる近縁度(特性値に基づくユークリッド距離)
22.実施例5に記載の数式5または数式6で定義されるアミノ酸(またはアミノ酸および生化学マーカー)間の相関性による近縁度の場合:アミノ酸濃度データベースからの、血漿中アミノ酸濃度データ(または血漿中アミノ酸濃度データおよび生化学標準統計データ)の抽出
23.実施例9に記載の数式7で定義されるアミノ酸間の生化学的代謝経路による近縁度の場合:アミノ酸特性データベースからの生化学的代謝経路の抽出、および当該抽出した生化学的代謝経路の各カテゴリーへの各アミノ酸の帰属値の算出
24.実施例13で詳述する疾患との関連度による近縁度の場合:アミノ酸特性データベースからの各疾患の患者データの抽出、および当該抽出した患者データに基づく各疾患に対する各アミノ酸についてのROC曲線下面積の算出
以上、詳細に説明したように、項目配置決定装置100は、(1)入力された1時点または複数時点の測定データを読み込み、(2)研究目的や疾患名の一覧をモニタ114に選択可能に表示し、ユーザに所望のものを選択させ、(3)選択された研究目的に応じて、予め定義された複数の項目間の近縁度の中から、使用するものを判定し、(4)判定した項目間の近縁度の算出に必要なデータを、外部システム200のアミノ酸特性データベースやアミノ酸濃度データベースから抽出し、必要に応じて、当該抽出したデータに基づいて別の性質のデータを算出し、(5)判定した項目間の近縁度および変数データを使用して、各項目間の近縁度を行列要素とする近縁度行列を算出し、(6)近縁度行列に基づいて、多次元尺度構成法またはWald法による階層的クラスタリング法を適用して、アミノ酸や生化学マーカーなどを含む項目の名称のグラフにおける相対的配置を算出(決定)し、(7)グラフ形式の一覧を測定データの時点数に応じてモニタ114に選択可能に表示し、ユーザに所望のものを設定させ、(8)算出した相対的配置で特定される位置に各々の項目名称が視認可能に描画され且つ測定データに含まれる各々の項目の測定値が視認可能に描画されたグラフであって、予め設定した特徴(カテゴリー)に該当する項目の項目名称が他の項目名称と視覚的に識別可能に描画されたものをモニタ114に出力する。これにより、ユーザは、アミノ酸を少なくとも含む複数の項目(特に共通する特徴を有する項目)を、項目間の相互関係や全体的な傾向を含めて同時かつ正確に視認することができる。
[付記項2]アミノ酸濃度データを少なくとも1つ含む付記項1の臨床検査データの表示方法。
[付記項3]臨床検査値の基準値の上限、下限及び中心値をグラフ上に示した付記項2の臨床検査データの表示方法。
[付記項4]Leu,Val,Ile,Thr,Ser,Ala,Glyの内2つ以上が互いに隣接している配置である、またはLeu,Val,Ileの内2つ以上が互いに隣接している配置である、またはPhe,Trp,His,Tyrの内2つ以上が隣接している配置である、またはLys,Argが互いに隣接している配置である、またはCystine,Metが互いに隣接している配置である、またはAsn,Asp,Gln,Gluの内2つ以上が隣接している配置である、またはArg,Cit,Ornの内2つ以上が隣接している配置である付記項3の臨床検査データの表示方法。
[付記項5]Gly,Ala,Ser,Thr,Val,Leu,Ile,Asp,Asn,Glu,Gln,Arg,Lys,Cystine,Met,His,Trp,Phe,Tyr,Proの順番であり、この内の2つ以上のアミノ酸を含む付記項3の臨床検査データの表示方法。
Dij 2={α(Ci−Cj)2+β(Pi−Pj)2+γ(Vi−Vj)2} ・・・数式1
ここで、数式1において、α、βおよびγはそれぞれ、数式2、数式3および数式4で定義される。なお、数式2、数式3および数式4において、“mean{ }”は、{ }内の平均である。
α=1/mean{(Ci−Cj)2} ・・・数式2
β=1/mean{(Pi−Pj)2} ・・・数式3
γ=1/mean{(Vi−Vj)2} ・・・数式4
D=sqrt(1−S) ・・・数式5
ここで、数式5において、“sqrt( )”は、( )内の行列の平方根行列である。
D=sqrt(1−abs(S)) ・・・数式6
ここで、数式6において、“abs( )”は、( )内の行列の行列要素の絶対値である。
Dij=1−#{CAi and CAj}/#{CAi or CAj} ・・・数式7
ここで、数式7において、“#{ }”は、{ }内の集合の要素の数を表し、“and”および“or”はそれぞれ、集合演算の積および和である。
102 制御部
102a 読込部
102b 選択部
102c 判定部
102d 抽出部
102e 行列算出部
102f 配値算出部
102g 設定部
102h 出力実行部
104 通信インターフェース部
106 記憶部
106a 読込データファイル
106b 変数データファイル
106c 行列データファイル
106d 配値データファイル
106e 出力データファイル
108 入出力インターフェース部
112 入力装置
114 出力装置
200 外部システム
300 ネットワーク
Claims (14)
- アミノ酸を少なくとも含む複数の項目の測定値に関する測定結果をグラフで出力する際の、前記項目を一意に識別するための複数の項目識別情報の当該グラフにおける配置を決定する、制御部を備えた項目配置決定装置であって、
前記制御部は、
前記項目間の関係の近さの度合いに関する予め定義された近縁度を、当該近縁度の算出に必要な予め取得したデータに基づいて、前記項目の組み合わせごとに算出する近縁度算出手段と、
前記近縁度算出手段で算出した複数の前記近縁度を、前記配置の決定に適用可能な所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出する配置算出手段と、
を備えたこと、
を特徴とする項目配置決定装置。 - 前記項目を予め設定した複数の変数からなるベクトルで定義し、前記近縁度を前記ベクトル間の距離で定義した場合、
前記近縁度算出手段は、前記ベクトル間の前記距離を、予め取得した各々の前記変数の値に関する変数データに基づいて、前記ベクトルの組み合わせごとに算出し、
前記配置算出手段は、前記近縁度算出手段で算出した複数の前記距離を前記所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出すること、
を特徴とする請求項1に記載の項目配置決定装置。 - 前記ベクトルは、前記アミノ酸の物理化学的特性、代謝生化学的特性、臨床医学的特性、生物学的特性その他の前記アミノ酸の特性を前記変数とするものであり、前記変数の値は前記特性の値であること、
を特徴とする請求項2に記載の項目配置決定装置。 - 前記ベクトルは、予め設定した疾患を前記変数とするものであり、前記変数の値は、前記疾患に対する前記アミノ酸についてのROC(Receiver Operating Characteristic)曲線下面積であること、
を特徴とする請求項2に記載の項目配置決定装置。 - 前記ベクトルを、前記アミノ酸の生化学的代謝経路に関するカテゴリーを前記変数とするものとして定義し、前記近縁度を、前記ベクトル間の前記距離に替えて、前記アミノ酸が帰属する前記カテゴリーの集合に対してTanimoto Indexが用いられたもので定義した場合、
前記変数の値は、前記アミノ酸の前記カテゴリーへの前記帰属の有無が二値化された帰属値であり、
前記近縁度算出手段は、前記近縁度を、予め取得した各々の前記帰属値に関する前記変数データに基づいて、前記ベクトルの組み合わせごとに算出し、
前記配置算出手段は、前記近縁度算出手段で算出した複数の前記近縁度を前記所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出すること、
を特徴とする請求項2に記載の項目配置決定装置。 - 前記近縁度を、前記項目間の相関関係に関する数値で定義した場合、
前記近縁度算出手段は、前記数値を、前記アミノ酸の濃度を少なくとも含む予め取得した前記データに基づいて、前記項目の組み合わせごとに算出し、
前記配置算出手段は、前記近縁度算出手段で算出した複数の前記数値を前記所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出すること、
を特徴とする請求項1に記載の項目配置決定装置。 - 前記近縁度を、1から前記項目間の相関係数またはその絶対値を引いた値を行列要素とする行列の平方根行列における前記行列要素で定義した場合、
前記近縁度算出手段は、前記平方根行列を、前記アミノ酸の濃度を少なくとも含む予め取得した前記データに基づいて算出し、
前記配置算出手段は、前記近縁度算出手段で算出した前記平方根行列における複数の前記行列要素を前記所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出すること、
を特徴とする請求項6に記載の項目配置決定装置。 - 前記制御部は、
前記配置算出手段で算出した前記配置で特定される位置に各々の前記項目識別情報が視認可能に描画され且つ予め取得した前記測定結果に含まれる各々の前記項目の前記測定値が視認可能に描画された前記グラフであって、予め設定した特徴を持つ前記項目の前記項目識別情報が他の前記項目識別情報と視覚的に識別可能に描画されたものを出力する出力実行手段
をさらに備えたこと、
を特徴とする請求項1から7のいずれか1つに記載の項目配置決定装置。 - 前記グラフがレーダーチャートである場合、
前記出力実行手段は、予め設定した前記項目の基準値に対する前記測定値の増分および減分が互いに視覚的に識別可能にさらに描画された前記レーダーチャートを出力すること
を特徴とする請求項8に記載の項目配置決定装置。 - アミノ酸を少なくとも含む複数の項目の測定値に関する測定結果をグラフで出力する際の、前記項目を一意に識別するための複数の項目識別情報の当該グラフにおける配置を決定する、制御部を備えた情報処理装置において実行される項目配置決定方法であって、
前記制御部において実行される、
前記項目間の関係の近さの度合いに関する予め定義された近縁度を、当該近縁度の算出に必要な予め取得したデータに基づいて、前記項目の組み合わせごとに算出する近縁度算出ステップと、
前記近縁度算出ステップで算出した複数の前記近縁度を、前記配置の決定に適用可能な所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出する配置算出ステップと、
を含むこと、
を特徴とする項目配置決定方法。 - アミノ酸を少なくとも含む複数の項目の測定値に関する測定結果をグラフで出力する際の、前記項目を一意に識別するための複数の項目識別情報の当該グラフにおける配置を決定する、制御部を備えた情報処理装置において実行させるための項目配置決定プログラムであって、
前記制御部において実行させるための、
前記項目間の関係の近さの度合いに関する予め定義された近縁度を、当該近縁度の算出に必要な予め取得したデータに基づいて、前記項目の組み合わせごとに算出する近縁度算出ステップと、
前記近縁度算出ステップで算出した複数の前記近縁度を、前記配置の決定に適用可能な所定の手法で解析することにより、複数の前記項目識別情報の前記グラフにおける前記配置を算出する配置算出ステップと、
を含むこと、
を特徴とする項目配置決定プログラム。 - アミノ酸を少なくとも含む複数の項目の測定値に関する測定結果と前記項目を一意に識別するための複数の項目識別情報とが示されているグラフにより、1)受診者の血中アミノ酸状態を評価、2)予め指定された疾患の患者の血中アミノ酸状態と比較することにより受診者の血中アミノ酸状態を評価、または、3)受診者の血中アミノ酸状態の推移を評価する、制御部を備えた評価装置、であって、
前記グラフにおける複数の前記項目識別情報の配置は、前記項目間の関係の近さの度合いに関する予め定義された近縁度を当該近縁度の算出に必要な予め取得したデータに基づいて前記項目の組み合わせごとに算出し、当該算出した複数の前記近縁度を当該配置の決定に適用可能な所定の手法で解析することにより、決定されたものであること、
を特徴とする評価装置。 - アミノ酸を少なくとも含む複数の項目の測定値に関する測定結果と前記項目を一意に識別するための複数の項目識別情報とが示されているグラフにより、1)受診者の血中アミノ酸状態を評価、2)予め指定された疾患の患者の血中アミノ酸状態と比較することにより受診者の血中アミノ酸状態を評価、または、3)受診者の血中アミノ酸状態の推移を評価する、制御部を備えた情報処理装置において実行される評価方法、であって、
前記グラフにおける複数の前記項目識別情報の配置は、前記項目間の関係の近さの度合いに関する予め定義された近縁度を当該近縁度の算出に必要な予め取得したデータに基づいて前記項目の組み合わせごとに算出し、当該算出した複数の前記近縁度を当該配置の決定に適用可能な所定の手法で解析することにより、決定されたものであること、
を特徴とする評価方法。 - アミノ酸を少なくとも含む複数の項目の測定値に関する測定結果と前記項目を一意に識別するための複数の項目識別情報とが示されているグラフにより、1)受診者の血中アミノ酸状態を評価、2)予め指定された疾患の患者の血中アミノ酸状態と比較することにより受診者の血中アミノ酸状態を評価、または、3)受診者の血中アミノ酸状態の推移を評価する、制御部を備えた情報処理装置において実行させるための評価プログラム、であって、
前記グラフにおける複数の前記項目識別情報の配置は、前記項目間の関係の近さの度合いに関する予め定義された近縁度を当該近縁度の算出に必要な予め取得したデータに基づいて前記項目の組み合わせごとに算出し、当該算出した複数の前記近縁度を当該配置の決定に適用可能な所定の手法で解析することにより、決定されたものであること、
を特徴とする評価プログラム。
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