JP4472530B2 - 毛管電気泳動への連続サンプル注入 - Google Patents

Description

本発明は、毛管電気泳動への連続サンプル注入に関する。

核酸配列決定と、配列決定反応からのポリヌクレオチドの分離との自動化は、関心のあるさまざまな核酸の迅速かつ大規模な配列決定を可能にした。典型的には、核酸配列決定は、蛍光発色団または色素で標識された鎖終結用ヌクレオチドを前記配列決定反応に取り込むことによって実行される。サイズの異なる核酸産物はゲル電気泳動により分離され、自動化シーケンサで検出される。進行中に大規模核酸配列決定プロジェクトは、前記核酸配列決定工程ができるだけ効率的であることを要求する。しかし、既存の核酸配列決定方法は前記電気泳動のステップによって制限される。

現行の方法は、自動化電気泳動によって分離および検出される配列決定されたポリヌクレオチドから生成される有用なデータの量を最大化することができない。毛管ゲル電気泳動を用いると、サンプル中の最初の核酸断片が分離され、ピーク状の有用なデータを生成するのに１５ないし４０分間かかるのが典型的である。有用なデータが生成されないこの初期時間は「サンプルデッドタイム」として知られ、その長さは前記核酸断片のサイズと、前記電気泳動の実行条件とによって異なる。

現行の自動化毛管ゲル電気泳動式ポリヌクレオチド配列決定の手順によって生成される有用なデータのその他の律速因子は、電気泳動によって各サンプルが分離されて同定された後、ゲルが洗い流されて新しいゲルに交換されることである。この洗い流すステップは、典型的な自動化毛管ゲル電気泳動システムでの丸１回のサイクルあたり約１０分間かかる。したがって、実行に３５分ないし１５０分間かかる電気泳動については、その電気泳動の泳動時間のうち約１０分ないし１００分間だけしか有用なデータが収集されない。

必要なのは、大規模核酸配列決定プロジェクトがより素早くかつ全体的なコストを低く実行できるために、前記サンプルデッドタイムを減らし、核酸サンプルの電気泳動効率を増大させる電気泳動法である。

発明の概要
本発明は上記の必要を満たす。本発明は、自動化毛管ゲル電気泳動の負荷サイクルを改善することによって、サンプル・スループットを増大させ、ポリヌクレオチド解析の効率および速度を増大させる、電気泳動の実施方法である。本方法は毛管電気泳動システムを用意することを含む。前記毛管電気泳動システムは注入端と溶出端とを有する毛管電気泳動ゲルを含む。２個以上のサンプルが選択される。各サンプルは異なるサイズのポリヌクレオチドの混合物を含み、それぞれのサイズのポリヌクレオチドはそのサイズに対応する電気泳動度を有する。サンプル中で最小のポリヌクレオチドは最も速い電気泳動度を有し、サンプル中で最大のポリヌクレオチドは最も遅い電気泳動度を有する。第１サンプルが時間Ｔ_０に前記ゲルの注入端に注入され、電気泳動の実行により、第１サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが時間Ｔ_Ｆに検出窓を通過し、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが時間Ｔ_ｓに検出窓を通過する。電気泳動が第１サンプルについて実施される。第２サンプルは時間（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）に前記ゲルの注入端に注入され、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、第２サンプルについて電気泳動が実施される。第３サンプルは、時間２（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）に前記ゲルの注入端に注入され、第２サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第３サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、第３サンプルについて電気泳動が実施される。前記方法は次のサンプルを時間ｎ（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）に前記ゲルの注入端に逐次注入するステップを含むが、ここでｎは３ないし２５の整数である。各サンプルからのポリヌクレオチドは、前記検出窓を通過するときに検出される。１つの実施態様では、本方法は２個以上のサンプルについて同時に２本以上の毛管ゲルで実施される。

発明の詳細な説明
以下は、本発明の複数の実施態様と、該実施態様の複数の変更とを説明する。しかし、この説明は本発明をこれらの特定の実施態様に限定するものとして解釈されるべきではない。当業者は同様にして多数の他の実施態様を認識するであろう。好ましいか、特に好ましいとして言及されてここに説明される実施態様の全てにおいて、これらの実施態様は、好ましい場合があるとしても、必須ではない。

本発明は、サンプル・スループットを増大させ、一定時間内により多くのサンプルを処理することを可能にする、電気泳動の実施方法である。本発明の第１のステップは、電気泳動ゲルを有する電気泳動システムを用意することである。好ましい実施態様では、前記電気泳動ゲルは毛管ゲルである。前記毛管電気泳動ゲルは注入端と溶出端とを含む。代表的な実施態様では、前記毛管ゲルは約１０ｃｍないし約１００ｃｍの長さがあり、１％ないし１０％の濃度のポリアクリルアミドポリマーを含む。

２個以上のサンプルが選択される。各サンプルは、異なるサイズのポリヌクレオチドであって、該サイズに対応する電気泳動度を有するポリヌクレオチドを含むのが典型的である。サンプル中の最小のポリヌクレオチドは最も速い電気泳動度を有し、サンプル中の最大のポリヌクレオチドは最も遅い電気泳動度を有する。

ポリヌクレオチドを含むサンプルはＤＮＡ断片を含むのが典型的である。好ましい実施態様では、前記ポリヌクレオチドは配列決定反応の産物である。この実施態様では、異なるサイズのポリヌクレオチドは、前記配列決定反応中の鎖終結用ヌクレオチドによって生成されるのが典型的である。前記鎖終結用ヌクレオチドは各ヌクレオチドに特異的な色素または蛍光発色団で標識される。ＲＮＡおよび修飾核酸を含む他のヌクレオチドが用いられる場合がある。典型的には、前記ＤＮＡ断片のサイズは約２０ヌクレオチドないし約８００ヌクレオチドの長さの範囲内である。代替的には前記サンプルは、電気泳動で分離されるタンパク質のような他の生体分子を含む場合がある。ＰＣＲアンプリコンを用いて生成され、毛管電気泳動によって分離された、配列決定反応産物の例が図１に示される。

本方法の次のステップは、第１サンプルを時間Ｔ_０に前記ゲルの注入端に注入することである。このステップは、例えば電気的注入法（ｅｌｅｃｔｒｏｋｉｎｅｔｉｃ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）を含む、自動的な手段によって実行される場合がある。電気泳動は第１サンプルについて予め定められた時間実行され、その後、第２サンプルが前記ゲルの注入端に注入される。第２サンプルおよびこれに続く全てのサンプルのための注入時間は、前もってわかっているのが典型的で、設定された電気泳動条件下で試験的な泳動を行うこと、および、サンプル中のポリヌクレオチドのサイズのばらつきを考慮することによって前もって決定される。電気泳動が第１サンプルについて実行されるとき、第１サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドは時間Ｔ_Ｆに検出窓を通過し、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドは時間Ｔ_Ｓに検出窓を通過する（図２）。

電気泳動は予め定められた時間第１サンプルについて実行された後、前記ゲルの注入端に第２サンプルが注入される。第１サンプル由来のポリヌクレオチドは前記毛管ゲルの溶出端に向かって移動し、該溶出端で前記ポリヌクレオチドは検出によって検出される。第２サンプルを前記ゲルの注入端に注入するステップは、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより前に検出窓を通過するような時間に実行される。第２サンプルについての電気泳動は、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより前に前記検出窓を通過するように実行される。好ましい実施態様では第２サンプルは、第１サンプルの最後のピークと第２サンプルの最初のピークとが同時に泳動されることを防止するために、時間（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）、または、時間（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）からピーク幅１個分を検出するのに相当する時間だけ後で注入される。したがって第２サンプルは、時間（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）と、時間（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）に１個のピークの検出に等しい時間を加えた時間との間に注入されるのが典型的である。前記１個のピークの検出に等しい時間はサンプルおよび電気泳動条件によって異なり、例えば、１ないし３０秒、より典型的には１ないし１０秒、さらにもっと典型的には１ないし５秒の場合がある。これらの時間はサンプルのサイズおよび泳動条件によって異なる場合がある。Ｔ_０、Ｔ_Ｆ、Ｔ_Ｓ等の時間の少しのばらつきは、サンプルの重複を防止するという全体の目的が損なわれないかぎり許容される。

好ましい実施態様では本方法は、第３サンプルを時間２（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）に前記ゲルの注入端に注入する、次のステップを含む。第３サンプルについての電気泳動は、第２サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第３サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより前に検出窓を通過するように第３サンプルを実行する。

好ましい実施態様では本方法の追加のステップは、時間ｎ（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）に前記ゲルの注入端に追加のサンプルを逐次的に注入することを含み、ここでｎは３ないし２５の整数で、（ｎ−１）がサンプル数を表す。典型的には、ｎは３ないし１２である。

本方法の最後のステップは、各サンプル由来のポリヌクレオチドを検出することである。好ましい実施態様では電気泳動は、ベックマンＣＥＱ２０００ＤＮＡ解析システム（ベックマン・コールター社、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ）のような自動システムで実行される。ベックマンＣＥＱ２０００ＤＮＡ解析システムは、前記ポリヌクレオチドが前記検出窓を通過するときに該ポリヌクレオチドを検出する。第１サンプル由来のポリヌクレオチドの検出は、第２サンプルの電気泳動と同時に行われる。同様に第２サンプル由来のポリヌクレオチドの検出は、第３サンプルの電気泳動と同時に行われる。

したがって本発明の方法は、第１サンプル以外のサンプルのデッドタイムを除去する。これは、多数のサンプルを個別に泳動する場合に要する時間より非常に少ない時間内で電気泳動に供することを可能にする。

代表的な実施態様では合計約２５回までの泳動が、毛管ゲルを洗い流したり交換したりしないで同一の毛管ポリアクリルアミドゲルが全てのサンプルの電気泳動に使用されるように、同一の毛管電気泳動ゲルで実行される。より典型的には、１２個ないし１６個のサンプルまたは８個ないし１２個のサンプルが、毛管ゲルを洗い流したり交換したりしないで、同一の毛管電気泳動ゲルで逐次的に電気泳動される。

好ましい実施態様では、電気泳動は多数のサンプルについて多数の毛管ゲル内で同時に実行される。本方法は、（ａ）注入端と溶出端とを有する毛管電気泳動ゲルを含み電気泳動システムを用意するステップと、（ｂ）２個以上のサンプルであって、それぞれのサンプルはサイズが異なり、そのポリヌクレオチドサイズに対応する塩基泳動度を有するポリヌクレオチドを含み、前記サンプル中で最小のポリヌクレオチドは最も速い電気泳動度を有し、サンプル中で最大のポリヌクレオチドは最も遅い電気泳動度を有する、サンプルを選択するステップと、（ｃ）前記ゲルの注入端に第１サンプルを注入するステップと、（ｄ）前記ポリヌクレオチドを分離するために第１サンプルについて電気泳動を実行するステップと、（ｄ）のステップの後、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するような時間に、前記ゲルの注入端に第２サンプルを注入するステップと、（ｆ）第２サンプルについて電気泳動を実行するステップと、（ｇ）各サンプル由来のポリヌクレオチドを検出するステップとを含む。代表的な実施態様では前記電気泳動システムは、２個ないし約１００個の毛管電気泳動ゲルを含み、電気泳動が２本または３本以上以上の毛管ゲルで同時に実行される。しかし、１０１個以上の毛管電気泳動ゲルを含む電気泳動システムは本発明の範囲内である。

本発明の方法は、自動毛管ゲル電気泳動の負荷サイクルを減小することによって、サンプルのデッドタイムを低減し、電気泳動工程の速度および効率を増大させることが可能にする電気泳動法を提供するためと見ることができる。

以下のとおり本発明を説明するが、以下に示され、特許請求の範囲に記載されるとおりの本発明の範囲および公正な意味から逸脱することなく、多数の変更および改変がなされる場合があることは自明なはずである。

各毛管ゲルあたり１２個のサンプルの連続注入
電気泳動はベックマンＣＥＱ２０００ＤＮＡ解析システム（ベックマン・コールター社、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ）の８本の異なる毛管ゲルで実行された。各毛管ゲルは、配列決定反応によって生成したＤＮＡ断片の１２個のサンプルが連続的に注入された。前記断片は、ベックマン・コールターの色素標識ジデオキシターミネータ・サイクル配列決定キット、型番６０８０００（ベックマン・コールター社、カリフォルニア州、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ）を用いて生成された。鋳型は、ヒト・パピローマウイルスから生成された２９４塩基対のＰＣＲアンプリコンであった。

分離メジウムは、３０ｍＭ ＴＲＩＳおよび１０ｍＭ ＴＡＰＳ（［２−ヒドロキシル−１，１ビス［ヒドロキシメチル］エチル）アミノ］１−プロパンスルホン酸）からなるバッファー中の高分子量ポリアクリルアミドポリマーからなるものであった。

サンプルは長さ３０ｃｍのゲルが充填された毛管に２ｋＶ、１５秒間で電気的に注入され、分離は６ｋＶで行われた。合計９６個のサンプルが８本の毛管ゲルで解析された。１本の毛管についての電気泳動図が図３に示される。１７９分間に前記９６個のサンプルが分離され、４個のヌクレオチドのそれぞれについて異なる色として電気泳動図に検出され、約２３，０４０個＝｛１２ｘ８ｘ（２９４−５４）｝個の判定済み塩基（ｃａｌｌｅｄ ｂａｓｅｓ）が得られた。前記ゲルはサンプルとサンプルとの合間に新しいゲルと交換されず、前記毛管ゲルはサンプルの泳動と泳動との合間にリアライメントされることはなかった。従来の方法を用いる類似の解析は、実行するのに約４３２分間かかったであろう。したがってこのサンプルについて本方法は、先行技術の手順がポリヌクレオチドを検出し解析するのに要した時間のたった４２％しかかからない。

ゲルあたり１３個以上の連続サンプル注入について予想されるスループットの増大
図４は、図１および３に示された実施例についての毛管１本あたり２５回までの連続サンプル注入でのサンプルスループットの予想される増大を示す。従来の方法によってＮ個のサンプルの電気泳動解析に要する時間は３６Ｎであるが、ここで３６は、システムの準備時間１０分と、デッドタイム１３分と、サンプル時間１３分との和である。デッドタイムの合計は２３Ｎで、これはサンプルあたりのシステム準備時間１０分とデッドタイム１３分とを含む。これに対し本発明の方法では、毛管１本あたりのサンプル泳動回数が増加するにつれて、デッドタイムおよびサンプル調製時間がゼロに近づき、スループット時間は１３Ｎだけである。計算されたスループット増大因子（ＴＩＦ）は３６Ｎ／１３Ｎ＝約２．８である。したがって多数回の注入については、本方法は従来の方法よりも２．８倍速いであろう。図２は、従来の方法との比較で本発明の方法について複数回のサンプル注入を実行する予想時間を示す。

本発明は一部の好ましい態様（ｖｅｒｓｉｏｎ）を参照してかなり詳細に説明されたが、他の態様も可能である。したがって添付する特許請求の範囲の精神および範囲は、ここに記載した好ましい態様の説明に限定されるべきではない。

特許請求の範囲、要約および図面を含む本明細書に開示された全ての特徴と、開示されたいずれかの方法または工程の全てのステップとは、かかる特徴および／またはステップの少なくとも一部が相互に排除的な組み合わせを除いて、いかなる組み合わせで組み合わされてもかまわない。特許請求の範囲、要約および図面を含む、本明細書に開示されるそれぞれの特徴は、そうでない旨を特記しないかぎり、同一、均等または類似の目的に役立つ代替的な特徴によって置換可能である。したがってそうでない旨を特記しないかぎり、開示されたそれぞれの特徴は、均等または類似の特徴の上位概念の系列の単に１つの実施例にすぎない。

本発明のこれらの特徴、局面および利点は、本明細書の詳細な説明、添付する特許請求の範囲および図面を参酌するとよく理解できる。

長さ５４塩基から２９４塩基までのサイズ範囲の標識断片を有するＰＣＲ産物の配列決定反応の泳動についての電気泳動図。 複数回のサンプルの泳動結果を合成して単一の電気泳動図を得る本発明の実施態様の概念図。 図１に記載のＰＣＲ産物について１本の毛管で実行された１２回の連続注入から得られた電気泳動図。 先行技術の典型的な方法と比較して本発明の方法は効率が増大することを示すグラフ。

Claims (11)

1. 電気泳動の実施方法であって、
   （ａ）注入端と溶出端とを有する毛管電気泳動ゲルを含む、電気泳動システムを用意するステップと、
   （ｂ）２個以上のサンプルを選択するステップであって、各サンプルは、サイズが異なるポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドのサイズに対応する塩基泳動度を有し、前記サンプル中で最小のポリヌクレオチドは最も速い電気泳動度を有し、前記サンプル中で最大のポリヌクレオチドは最も遅い電気泳動度を有する、２個以上のサンプルを選択するステップと、
   （ｃ）第１サンプルを時刻Ｔ_０に前記ゲルの注入端に注入するステップであって、電気泳動の実行に際し、第１サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドは検出窓を時刻Ｔ_Ｆに通過し、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドは検出窓を時刻Ｔ_Ｓに通過する、第１サンプルを時刻Ｔ_０に前記ゲルの注入端に注入するステップと、
   （ｄ）第１サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｅ）第２サンプルを時刻［Ｔ_０＋（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）］に前記ゲルの注入端に注入して、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、第２サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｆ）第３サンプルを時刻［Ｔ_０＋２×（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）］に前記ゲルの注入端に注入して、第２サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第３サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、第３サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｇ）整数ｎが少なくとも３のとき、逐次的に次のサンプルを時刻［Ｔ_０＋ｎ×（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）］に前記ゲルの注入端に注入して、直前の各サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが次の各サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、次の各サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｈ）各サンプル由来のポリヌクレオチドが前記検出窓を通過する際に該ポリヌクレオチドを検出するステップとを含み、
   前記次のサンプルの少なくとも1個は、第１サンプルが前記検出窓を通過した後で注入される、電気泳動の実施方法。
2. 電気泳動の実施方法であって、
   （ａ）注入端と溶出端とを有する毛管電気泳動ゲルを含む、電気泳動システムを用意するステップと、
   （ｂ）２個以上のサンプルを選択するステップであって、各サンプルは、サイズが異なるポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドのサイズに対応する塩基泳動度を有し、前記サンプル中で最小のポリヌクレオチドは最も速い電気泳動度を有し、前記サンプル中で最大のポリヌクレオチドは最も遅い電気泳動度を有する、２個以上のサンプルを選択するステップと、
   （ｃ）前記ゲルの注入端に第１サンプルを注入するステップと、
   （ｄ）前記ポリヌクレオチドを分離するために第１サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｅ）ステップ（ｄ）の後で、第２サンプルを前記ゲルの注入端に注入し、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、第２サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｆ）前記ゲルの注入端に、逐次的に次のサンプルを注入し、直前の各サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが次の各サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、各サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｇ）各サンプル由来のポリヌクレオチドを検出するステップとを含み、
   前記次のサンプルのうち１個は、第１サンプルが前記検出窓を通過した後で注入される、電気泳動の実施方法。
3. 電気泳動の実施方法であって、
   （ａ）複数の毛管電気泳動ゲルを含む電気泳動システムを用意するステップであって、各ゲルは注入端と溶出端とを有する、複数の毛管電気泳動ゲルを含む電気泳動システムを用意するステップと、
   （ｂ）前記毛管電気泳動ゲルのそれぞれについてサンプルのセットを用意するステップであって、該サンプルのセットは、１個の毛管電気泳動ゲルに注入されるサンプルのグループを含み、各サンプルは、サイズが異なるポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドのサイズに対応する電気泳動度を有し、前記サンプル中で最小のポリヌクレオチドは最も速い電気泳動度を有し、前記サンプル中で最大のポリヌクレオチドは最も遅い電気泳動度を有する、サンプルのセットを用意するステップと、
   （ｃ）前記サンプルの各セット由来の第１サンプルを時刻Ｔ_０に前記各毛管電気泳動ゲルの注入端に注入するステップであって、電気泳動の実行に際し、第１サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドは前記電気泳動システムの検出窓を時刻Ｔ_Ｆに通過し、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドは前記電気泳動システムの検出窓を時刻Ｔ_Ｓに通過する、第１サンプルを時刻Ｔ_０に前記各ゲルの注入端に注入するステップと、
   （ｄ）第１サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｅ）前記サンプルの各セット由来の第２サンプルを時刻［Ｔ_０＋（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）］に前記各毛管電気泳動ゲルの注入端に注入して、第１サンプル中で最も遅い電気泳動度を有するポリヌクレオチドが第２サンプル中で最も速い電気泳動度を有するポリヌクレオチドより先に前記電気泳動システムの検出窓を通過するように、第２サンプルについて電気泳動を実行するステップと、
   （ｆ）整数ｎが少なくとも３のとき、前記サンプルの各セット由来の残りのいずれかのサンプルを逐次的に時刻［Ｔ_０＋ｎ×（Ｔ_Ｓ−Ｔ_Ｆ）］に前記各毛管電気泳動ゲルの注入端に注入するステップと、
   （ｇ）各サンプル由来のポリヌクレオチドが前記検出窓を通過する際に該ポリヌクレオチドを検出するステップとを含み、
   サンプルの各セットにおいて、第３サンプル又は前記残りのサンプルの１個は、そのセット由来の第１サンプルが前記検出窓を通過した後で前記各毛管電気泳動ゲルの注入端に注入される、電気泳動の実施方法。
4. 電気泳動は２個以上のサンプルについて各毛管ゲル内で同時に実行される、請求項３に記載の方法。
5. 前記サンプルはＤＮＡ断片を含むポリヌクレオチドを含む、請求項１、２または３に記載の方法。
6. 前記ＤＮＡ断片のサイズは２０個ないし８００個のヌクレオチドの長さの範囲内である、請求項５に記載の方法。
7. 前記方法は自動システムで実行される、請求項１、２または３に記載の方法。
8. 同一の毛管電気泳動ゲル内で合計４個ないし１６個のサンプルが逐次的に電気泳動される、請求項１に記載の方法。
9. 同一の毛管電気泳動ゲル内で合計６個ないし１２個のサンプルが逐次的に電気泳動される、請求項８に記載の方法。
10. 前記電気泳動システムは２本ないし約１００本の毛管電気泳動ゲルを含み、電気泳動は２本または３本以上の毛管ゲルで同時に実行される、請求項３に記載の方法。
11. 第１サンプルについての電気泳動は、第２サンプルを注入するより予め定められた時間だけ前に、実行される、請求項２に記載の方法。

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