JP4426184B2 - 組み合わせpcrを使用したポリヌクレオチド分析 - Google Patents
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Description
米国特許第5,916,776号明細書(特許文献4)は、標的核酸の増幅方法について記載したもので、この方法では、ファーストストランドのコピーを固体支持材上の第1の位置に捕捉し、これを第2の位置に移動させてファーストストランドのコピーを再生する。磁気粒子および微量液体デバイス(microfluidic device)を用いてこの方法を実行する手順も示されている。米国特許第5,939,291号(特許文献5)には同一の出願人による別の微量液体デバイスも記載されている。
(i)少なくとも2個のオリゴヌクレオチドが溶液中に存在すること、および
(ii)少なくとも2個の別のオリゴヌクレオチドが固体支持材に付着していること、および
(iii)固体支持材に結合したオリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチド配列は、溶液中の少なくとも1個のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列に部分的もしくは完全に同一であるか、または相補的であることを特徴とする方法が提供される。
(i)少なくとも2種のオリゴヌクレオチドプライマーが溶液中に存在すること;
(ii)少なくとも1種の別のオリゴヌクレオチドプライマーが固体支持材に付着していること;および
(iii)固体支持材に結合されたオリゴヌクレオチドの少なくとも1個のヌクレオチド配列は、1個のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列の一部に部分的もしくは完全に同一であるか、または相補的であることを特徴とする方法が提供される。
(i)複数の支持材表面を用意し
(ii)各オリゴヌクレオチドの5’末端に共有結合するとともに支持材表面に共有結合する安定なリンカーを介して、1または複数のオリゴヌクレオチドを前記表面のそれぞれに共有結合させ、前記表面が各々異なるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの組合わせを担持するようにし、
(iii)前記支持材表面の各々を、酵素の基質及び補因子を伴った酵素(単数または複数)の存在下に1または複数の追加的なオリゴヌクレオチドおよび核酸または核酸の混合物に接触させ、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドに移し、
(iv)必要に応じ前記固体支持材上の1または複数のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(v)必要に応じ、前記固体支持材に結合した1または複数のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドにさらに移し、
(vi)必要に応じ(iv)〜(v)の工程を1回以上循環的に繰り返し、支持材表面の個々のオリゴヌクレオチドを、核酸または核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドへと転換する工程を含む、複数の固体支持材表面に付着した複数のポリヌクレオチドの製造方法を提供する。
(i)支持材表面を用意し
(ii)前記表面を個別の領域に分離し、
(iii)各オリゴヌクレオチドの5’末端に共有結合するとともに支持材表面に共有結合する安定なリンカーを介して、複数のオリゴヌクレオチドを前記領域に共有結合させ、前記領域が各々異なるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの組合わせを担持するようにし、
(iv)前記支持材表面を、酵素の基質及び補因子を伴った酵素(単数または複数)の存在下に1または複数の追加的なオリゴヌクレオチドおよび核酸または核酸の混合物に接触させ、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドに移し、
(v)必要に応じ、前記固体支持材に結合した1または複数のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(vi)必要に応じ、前記固体支持材に結合した1または複数のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドにさらに移し、
(vii)必要に応じ(v)〜(vi)の工程を1回以上循環的に繰り返し、支持材表面の個々のオリゴヌクレオチドを、核酸または核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドへと転換する工程を含む、複数の固体支持材表面に付着した複数のポリヌクレオチドの製造方法を提供する。
(i)核酸または核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドを多数担持する1または複数の支持材表面を製造するための上に規定した方法を適用し、
(ii)前記支持材表面の少なくとも1つを、支持材表面(単数または複数)のポリヌクレオチドにハイブリダイズできる1または複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブに接触させ、
(iii)支持材表面(単数または複数)を洗浄してハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブを除去し、
(iv)支持材表面(単数または複数)の各ポリヌクレオチドにハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブの量を測定し、
(v)必要に応じ、支持材表面(単数または複数)を、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブを除去するのに十分な条件下に洗浄してから、(ii)〜(iv)の工程を1回以上、各回ごとに異なるオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブ(単数または複数)を使用する工程を含む、核酸または核酸混合物の分析方法を提供する。
(i)核酸または核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドを多数担持する1または複数の支持材表面を製造するための上に規定した方法を適用し、
(ii)前記支持材表面の少なくとも1つを、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに、1または複数のオリゴヌクレオチドプローブに接触させて、支持材表面(単数または複数)のポリヌクレオチドに相補的な1または複数のポリヌクレオチドを生産し、
(iii)必要に応じ、前記支持材表面(単数または複数)、オリゴヌクレオチドプライマー(単数または複数)、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(iv)必要に応じ、前記支持材表面(単数または複数)、オリゴヌクレオチドプライマー(単数または複数)、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、支持材表面(単数または複数)のポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドをさらに生産し、
(v)必要に応じ(iii)〜(iv)の工程を1回以上循環的に繰り返し、プライマーオリゴヌクレオチド(単数または複数)を、支持材表面(単数または複数)のポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドへと転換し、
(vi)前記相補的ポリヌクレオチドを支持材表面(単数または複数)のポリヌクレオチドにハイブリダイズさせ、
(vii)支持材表面(単数または複数)を洗浄してハイブリダイズしていないポリヌクレオチドを除去し、
(viii)支持材表面(単数または複数)の各ポリヌクレオチドにハイブリダイズした相補的ポリヌクレオチドの量を測定し、
(ix)必要に応じ、支持材表面(単数または複数)を、ハイブリダイズした相補的ポリヌクレオチドを除去するのに十分な条件下に洗浄してから、(ii)〜(viii)の工程を1回以上、各回ごとに異なるオリゴヌクレオチドプライマー(単数または複数)を使用して繰り返す工程を含む、核酸または核酸混合物の分析方法を提供する。
(i)それぞれ一意的な識別手段を備えた多数の支持材表面を用意し、
(ii)n個のオリゴヌクレオチドからなるセット(ここで、nは1より大きな整数である。)を前記支持材表面のうちの1つに、各オリゴヌクレオチドの5’末端に共有結合するとともに支持材表面に共有結合する安定なリンカーを介して、各個別のオリゴヌクレオチドが個別の支持材表面に付着するように共有結合させ、
(iii)前記支持材表面の全部を、n個すべてのオリゴヌクレオチド、分析しようとする核酸または核酸混合物の溶液に、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに接触させて、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面に結合したオリゴヌクレオチドに移し、
(iv)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(v)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドにさらに移し、
(vi)必要に応じ(iv)〜(v)の工程を1回以上循環的に繰り返し、支持材に結合した個々のオリゴヌクレオチドを、核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドに変換することによって支持材に結合したnセットのポリヌクレオチドを生産し、
(vii)前記支持材表面を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、前記支持材に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを除去し、
(viii)前記n個の支持材表面の1または複数を、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに、前記n個のオリゴヌクレオチドプライマーのうちの1つを含む溶液に接触させて、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドを生産し、
(ix)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(x)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドをさらに生産し、
(xi)必要に応じ(ix)〜(x)の工程を1回以上循環的に繰り返し、プライマーオリゴヌクレオチドを、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドに変換し、
(xii)前記相補的ポリヌクレオチドを、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズし、
(xiii)前記支持材表面を非変性条件下に洗浄して、ハイブリダイズしていないポリヌクレオチドを除去し、
(xiv)前記支持材表面の各々を他の支持材表面から分離し、
(xv)前記支持材表面を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、ハイブリダイズしたポリヌクレオチドを溶液中に放出し、
(xvi)各支持材表面から溶液中に放出された、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドを分析し、および
(xvii)必要に応じ(viii)〜(xvi)の工程を1回以上、各回ごとに、前記n個のオリゴヌクレオチドプライマーからなるセットの異なるメンバーを使用して繰り返す工程を含む、核酸または核酸混合物の分析方法を提供する。
(i)それぞれ一意的な識別手段を備えた多数の支持材表面を用意し、
(ii)n個のオリゴヌクレオチドからなるセット(ここで、nは1より大きな整数である。)を前記支持材表面のうちの1つに、各オリゴヌクレオチドの5’末端に共有結合するとともに支持材表面に共有結合する安定なリンカーを介して、各個別のオリゴヌクレオチドが個別の支持材表面に付着するように共有結合させ、
(iii)前記支持材表面を、前記n個すべてのオリゴヌクレオチドおよび分析しようとする核酸または核酸の混合物を含む溶液に、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに接触させて、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面に結合したオリゴヌクレオチドに移し、
(iv)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(v)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドにさらに移し、
(vi)必要に応じ(iv)〜(v)の工程を1回以上循環的に繰り返し、支持材に結合した個々のオリゴヌクレオチドを、核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドに変換することによって支持材に結合したnセットのポリヌクレオチドを生産し、
(vii)前記支持材表面を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、前記支持材に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを除去し、
(viii)前記n個の支持材表面のそれぞれを個別に、酵素(単数または複数)の存在下、酵素基質及び補因子とともに、前記n個のオリゴヌクレオチドプライマーのうちの1つを含む溶液に接触させて、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドを生産し、前記n個の支持材表面の各々がn個のオリゴヌクレオチドプライマーからなるセットの一意なメンバーに接触するようにし、
(ix)必要に応じ、前記支持材表面のそれぞれ、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(x)必要に応じ、前記支持材表面のそれぞれ、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドをさらに生産し、
(xi)必要に応じ(ix)〜(x)の工程を1回以上循環的に繰り返し、プライマーオリゴヌクレオチドを、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドに変換し、
(xii)前記相補的ポリヌクレオチドを、前記支持材表面に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズし、
(xiii)前記支持材表面を非変性条件下に洗浄して、ハイブリダイズしていないポリヌクレオチドを除去し、
(xiv)前記支持材表面を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、ハイブリダイズしたポリヌクレオチドを溶液中に放出し、
(xv)各支持材表面から溶液中に放出された、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドを分析し、および
(xvi)必要に応じ、各回ごとに前記n個の支持材表面のそれぞれに対しn個のオリゴヌクレオチドプライマーからなる前記セットの異なるメンバーを使用して、(viii)〜(xv)の工程を1回以上、繰り返す工程を含む核酸または核酸混合物の分析方法を提供する。
(i)支持材表面を用意し
(ii)前記表面をn個(ここで、nは1より大きな整数である。)の個別の領域に分離し、
(iii)前記領域の各々に一意的な識別手段を付与し、
(iv)n個のオリゴヌクレオチドからなるセットの各々を前記領域のうちの1つに、各オリゴヌクレオチドの5’末端に共有結合するとともに支持材表面に共有結合する安定なリンカーを介して、各個別のオリゴヌクレオチドが支持材表面の個別の領域に付着するように共有結合させ、
(v)前記支持材表面を、n個すべてのオリゴヌクレオチドおよび分析しようとする核酸または核酸の混合物を含む溶液に、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに接触させて、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面に付着させたオリゴヌクレオチドに移し、
(vi)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(vii)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドにさらに移し、
(viii)必要に応じ(vi)〜(vii)の工程を1回以上循環的に繰り返し、支持材に結合した個々のオリゴヌクレオチドを、核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドに変換することによって支持材に結合したnセットのポリヌクレオチドを生産し、
(ix)前記支持材領域を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、前記支持材に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを除去し、
(x)前記n個の支持材領域の1または複数を、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに、前記n個のオリゴヌクレオチドプライマーのうちの1つを含む溶液に接触させて、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドを生産し、
(xi)必要に応じ、前記支持材領域、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(xii)必要に応じ、前記支持材領域、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドをさらに生産し、
(xiii)必要に応じ(xi)〜(xii)の工程を1回以上循環的に繰り返し、プライマーオリゴヌクレオチドを、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドに変換し、
(xiv)前記相補的ポリヌクレオチドを、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズし、
(xv)前記支持材領域を非変性条件下に洗浄して、ハイブリダイズしていないポリヌクレオチドを除去し、
(xvi)前記支持材領域の各々を他の支持材領域から分離し、
(xvii)前記支持材領域を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、ハイブリダイズしたポリヌクレオチドを溶液中に放出し、
(xviii)各支持材領域から溶液中に放出された、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドを分析し、および
(xix)必要に応じ、各回ごとにn個のオリゴヌクレオチドプライマーからなるセットから選択される異なるオリゴヌクレオチドプライマーの溶液を使用して、(x)〜(xviii)の工程を1回以上、繰り返す工程を含む核酸または核酸混合物の分析方法を提供する。
(i)支持材表面を用意し
(ii)前記表面をn個(ここで、nは1より大きな整数である。)の個別の領域に分離し、
(iii)前記領域の各々に一意的な識別手段を付与し、
(iv)n個のオリゴヌクレオチドからなるセットの各々を前記領域のうちの1つに、各オリゴヌクレオチドの5’末端に共有結合するとともに支持材表面に共有結合する安定なリンカーを介して、各個別のオリゴヌクレオチドが支持材表面の個別の領域に付着するように共有結合させ、
(v)前記支持材表面を、前記n個すべてのオリゴヌクレオチドおよび分析しようとする核酸または核酸の混合物を含む溶液に、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに接触させて、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面に付着させたオリゴヌクレオチドに移し、
(vi)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(vii)必要に応じ、前記支持材表面、オリゴヌクレオチドと核酸との混合物、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、遺伝子配列データを核酸または核酸の混合物から支持材表面のオリゴヌクレオチドにさらに移し、
(viii)必要に応じ(vi)〜(vii)の工程を1回以上循環的に繰り返し、支持材に結合した個々のオリゴヌクレオチドを、核酸の混合物に由来する遺伝子配列データを含むポリヌクレオチドに変換することによって支持材に結合したnセットのポリヌクレオチドを生産し、
(ix)前記支持材表面を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、前記支持材に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを除去し、
(x)前記支持材表面を物理的に分割して、それぞれが、支持材に結合したn個のオリゴヌクレオチドプライマーの1つの伸長に由来する、支持材領域に結合したポリヌクレオチドのセットを担持する個々に識別されるn個の支持材領域を形成し、
(xi)前記n個の支持材領域の各々を、酵素(単数または複数)の存在下、基質及び補因子とともに、前記n個の支持材領域のそれぞれがn個のオリゴヌクレオチドプライマーのセットの一意的なメンバーに接触するように前記n個のオリゴヌクレオチドプローブのうちの1つを含む溶液に個別に接触させて、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドを生産し、
(xii)必要に応じ、前記支持材領域のすべて、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を加熱するかpHを変えて二重鎖分子を解離させ、
(xiii)必要に応じ、前記支持材領域のすべて、オリゴヌクレオチドプライマー、酵素(単数または複数)、基質及び補因子を冷却するかpHを変え、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドをさらに生産し、
(xiv)必要に応じ(xii)〜(xiii)の工程を1回以上循環的に繰り返し、プライマーオリゴヌクレオチドを、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドに変換し、
(xv)前記相補的ポリヌクレオチドを、前記支持材領域に結合したポリヌクレオチドにハイブリダイズし、
(xvi)前記支持材領域を非変性条件下に洗浄して、ハイブリダイズしていないポリヌクレオチドを除去し、
(xvii)前記支持材領域を変性条件下に洗浄して二重鎖分子を変性させ、ハイブリダイズしたポリヌクレオチドを溶液中に放出し、
(xviii)各支持材領域から溶液中に放出された、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドを分析し、および
(xix)必要に応じ、各回ごとに、前記n個の支持材領域の各々について、n個のオリゴヌクレオチドプライマーからなる前記セットの異なるメンバーを使用して、(xi)〜(xviii)の工程を1回以上、繰り返す工程を含む核酸または核酸混合物の分析方法を提供する。
(i)核酸の第1の混合物に由来する遺伝子配列データを含む固定されたポリヌクレオチドの第1のセットを、前記固定されたポリヌクレオチドの第1のセットに相補的なポリヌクレオチドの第1のセットとともに、担持する支持材表面または領域のセットを生じるべく、上に規定した方法を適用し、
(ii)核酸の第2の混合物に由来する遺伝子配列データを含む固定されたポリヌクレオチドの第2のセットを、前記固定されたポリヌクレオチドの第2のセットに相補的なポリヌクレオチドの第2のセットとともに、担持する支持材表面または領域のセットを生じるべく、上に規定した方法を適用し、
(iii)固定されたポリヌクレオチドの前記第1のセットに前記第1の相補的ポリヌクレオチドにハイブリダイズし、
(iv)固定されたポリヌクレオチドの前記第1のセットにハイブリダイズされた相補的ポリヌクレオチドを個別に放出させて分析し、
(v)固定されたポリヌクレオチドの前記第2のセットに前記第2の相補的ポリヌクレオチドをハイブリダイズし、
(vi)固定されたポリヌクレオチドの前記第2のセットのそれぞれにハイブリダイズされた相補的ポリヌクレオチドを個別に放出させて分析し、
(vii)必要に応じ、相補的ポリヌクレオチドの前記第1のセットの1以上のメンバーを固定されたポリヌクレオチドの前記第2のセットの1以上のメンバーにハイブリダイズさせ、固定されたポリヌクレオチドの前記第2のセットのそれぞれにハイブリダイズされた相補的ポリヌクレオチドを個別に放出させて分析し、
(viii)必要に応じ、相補的ポリヌクレオチドの前記第2のセットの1以上のメンバーを固定されたポリヌクレオチドの前記第1のセットの1以上のメンバーにハイブリダイズさせ、固定されたポリヌクレオチドの前記第1のセットのそれぞれにハイブリダイズされた相補的ポリヌクレオチドを個別に放出させて分析し、
(ix)別の核酸混合物について工程(ii)および(v)〜(viii)を随意に繰り返すこと
を含む2種以上の核酸混合物の分析方法を提供する。
本発明は、上記に規定する方法であって、安定したリンカー部分が95℃の水溶液中で熱的に安定している方法をさらに提供する。
本発明は、上記に規定する方法であって、分析される核酸または核酸混合物が、1本鎖DNA分子、2本鎖DNA分子およびメッセンジャーRNA分子を含む群から選択される方法をさらに提供する。
本発明は、上記に規定する装置であって、固定されたオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの各セットが、同定、アラインメントまたは較正目的で使用される対照物質または指標を含む装置をさらに提供する。
この方法によれば、溶液中におけるオリゴヌクレオチドプライマーのセット10を、同一のオリゴヌクレオチドプライマーのセット11と共に使用し、これらは各々を個別支持材表面12〜19のセットのうちの1つに付着させる。固体支持材表面の各々は別個の要素(例えば上に説明した図1に例示されるようなRFタグ)でもよいし、または、例えば図2のガラス・プレートや図3のシリコン・ウエハーのようなより大きな表面の領域でもよい。本発明の実施に適した他のタイプの支持材表面は、一意的に識別可能なマーカー(例えば、蛍光性染料の定義された比率の組合わせまたは他の分子の特定の組合わせなど)で標識されたガラスまたはプラスチックのビーズを含む。これらのタイプの支持媒体は、コンビナトリアルケミストリーおよび生化学的分析での利用のために市販されている。
各表中「+」符号がある場合は、生成物中へ標識された分子の組込みを生じさせる組合わせを示し、「−」符号は、標識された分子が含まれていないことを表わす。
Claims (14)
- 核酸分析体中に2種以上のターゲット配列が同時に存在することを判定するための試料の分析方法であって、前記ターゲット配列のぞれぞれは第一及び第二のオリゴヌクレチオチドプライマー配列に結合するものであり、下記工程
(i)第一の複数の異なるオリゴヌクレチオチドプライマーであって、各々が共有結合でその5’末端が固体支持材表面に結合するに適したものを用意する工程、
(ii)溶液状態にある第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーであって、前記第一及び第二のオリゴヌクレチオチドプライマーのそれぞれの配列が互いに同一であるものを用意する工程、
(iii)複数の固体支持材表面であって、それぞれが独立して識別可能となるように分割されるものを用意する工程、
(iv)第一の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのそれぞれを、複数の固体支持材表面のそれぞれに識別可能な状態で共有結合させる工程、
(v)前記結合した第一の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーを含む複数の固体支持材表面のすべてに対して、前記試料を用いて、前記第一及び第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーの存在下ポリメラーゼ連鎖増幅反応を実施して、前記の結合オリゴヌクレチオチドプライマーを結合ポリヌクレオチド鎖伸張生成物に変換する工程、
(vi)前記固体支持材表面に共有結合したポリヌクレチド鎖伸張生成物を非共有結合的に結合したオリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドと分離する工程、及び
(vii)前記共有結合した鎖伸張生成物のそれぞれに対して、前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのいずれが前記鎖伸張生成物の部分への相補的配列であるかを同定する工程
を含み、単一の分析操作においてプライマーのすべての組み合わせによる増幅物を生成させ得る分析方法。 - 前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのいずれが前記鎖伸張生成物の部分への相補的配列であるかを同定する前記工程が、標識化された複数のオリゴヌクレチオチドプライマーであって、それぞれの配列が前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのそれぞれの配列と同じであるプライマーをプローブとして用いて行われる請求項1に記載の方法。
- 前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのいずれが前記鎖伸張生成物の部分への相補的配列であるかを同定する前記工程が、第三の複数の異なるオリゴヌクレチオチドプライマーであってそれぞれの配列が前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのそれぞれの配列と同じであるプライマーと標識化されたヌクレオチドモノマーとを用いたプライマー依存型相補鎖合成を利用し、共有結合したすべての鎖伸張生成物に対し多重プロービング工程により行われる請求項1に記載の方法。
- 別々の固体支持材に結合した前記鎖伸張生成物のそれぞれが、別々に処理されるものであって、前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのいずれが前記鎖伸張生成物の部分への相補的配列であるかを同定する前記工程が、標識化された複数のオリゴヌクレチオチドプライマーであって、それぞれの配列が前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのそれぞれの配列と同じであるプライマーをプローブとして用い、固体支持材に結合した鎖伸張生成物のそれぞれに対し平行多重プロービングにより行われる請求項1に記載の方法。
- 別々の固体支持材に結合した前記鎖伸張生成物のそれぞれが、別々に処理されるものであって、前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのいずれが前記鎖伸張生成物の部分への相補的配列であるかを同定する前記工程が、第三の複数の異なるオリゴヌクレチオチドプライマーであってそれぞれの配列が前記第二の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーのそれぞれの配列と同じであるプライマーと標識化されたヌクレオチドモノマーとを用いたプライマー依存型相補鎖合成を利用し、固体支持材に結合した鎖伸張生成物のそれぞれに対し平行多重プロービングにより行われる請求項1に記載の方法。
- 追加の固体支持材に結合したオリゴヌクレチオチドが、対照として前記第一の複数のオリゴヌクレチオチドプライマーと共に含まれる請求項1に記載の方法。
- 固体支持材に結合したオリゴヌクレチオチドプライマーが、分割された固体支持材表面に結合されており、それがマイクロアレイとして供給される請求項1に記載の方法。
- 固体支持材に結合したオリゴヌクレチオチドプライマーが、分割された固体支持材表面に結合されており、それが同定指標を備えた個々のビーズとして供給される請求項1に記載の方法。
- オリゴヌクレチオチドプライマーが、ホスホジエステル類、ホスホロチオエート類及びメチルホスホン酸エステル類を含む群から選択されるヌクレチオチド間の結合を含む請求項1に記載の方法。
- 前記核酸分析体が、一本鎖DNA、二本鎖DNA及びメッセンジャーRNAを含む群から選択される請求項1に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法を実施するのに用いられる装置であって、
複数の別個の固体支持材表面であって、前記固体支持材表面のそれぞれは他の固体支持材表面と区別し独立して識別し得るように形成かつ配列されたもの、
第一の複数のオリゴヌクレオチドプライマーであって、前記プライマーの5’末端に前記固体支持材表面のそれぞれ一つが共有結合により結合したもの、
分析体、酵素及び試薬の溶液を前記固体支持材表面に接触して維持するための封じ込め手段、及び
前記表面の溶液中で漏出が起こらないようにポリメラーゼ・チェーン・リアクション増幅処理を行うための密閉手段を含み、
使用に際し、装置は単一の分析操作でプライマーのすべての組み合わせによる反応物を生成させ、前記封じ込め手段は前記第一の複数のオリゴヌクレオチドプライマーのいずれか一つが結合した支持材表面が、同じく第一の複数のオリゴヌクレオチドプライマーが結合した他の支持材表面から区別できるように形成かつ配列されている装置。 - 前記第一の複数の異なるオリゴヌクレオチドプライマーが前記固体支持材表面に安定なリンカー部分を介して結合している請求項11に記載の装置。
- 前記固体支持材表面が、より大きな表面領域としての固体支持材表面に設けた分離区域によって構成される請求項11に記載の装置。
- 前記固体支持材表面が、それぞれ同定指標を備えたビーズからなる固体支持材の表面によって構成される請求項11に記載の装置。
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US20020151040A1 (en) * | 2000-02-18 | 2002-10-17 | Matthew O' Keefe | Apparatus and methods for parallel processing of microvolume liquid reactions |
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US20060094108A1 (en) * | 2002-12-20 | 2006-05-04 | Karl Yoder | Thermal cycler for microfluidic array assays |
WO2004074818A2 (en) | 2002-12-20 | 2004-09-02 | Biotrove, Inc. | Assay apparatus and method using microfluidic arrays |
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GB0411577D0 (en) * | 2004-05-24 | 2004-06-23 | Ivf Ltd | Identification of biological samples |
EP1726362A1 (en) * | 2005-05-24 | 2006-11-29 | IVF Limited | Apparatus for communicating with a memory tag, and for providing a temperature-controlled surface |
US20060105453A1 (en) * | 2004-09-09 | 2006-05-18 | Brenan Colin J | Coating process for microfluidic sample arrays |
WO2006035497A1 (ja) * | 2004-09-29 | 2006-04-06 | Mukunoki, Akio | 核酸増幅反応容器及び核酸増幅反応装置 |
WO2006102396A2 (en) * | 2005-03-22 | 2006-09-28 | Applera Corporation | Grooved high density plate |
GB0515695D0 (en) * | 2005-07-29 | 2005-09-07 | Randox Lab Ltd | Method |
US20070072193A1 (en) * | 2005-09-27 | 2007-03-29 | Shah Manish M | Ligand arrays having controlled feature size, and methods of making and using the same |
US10040048B1 (en) | 2014-09-25 | 2018-08-07 | Synthego Corporation | Automated modular system and method for production of biopolymers |
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Family Cites Families (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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JP3920320B2 (ja) * | 1992-02-26 | 2007-05-30 | ヴァンダービルト ユニバーシティ | 精製されたHelicobacter pylori由来の空胞形成毒素およびその使用方法 |
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GB9503808D0 (en) | 1995-02-24 | 1995-04-12 | Univ Nottingham | Detection assay |
JPH08242897A (ja) * | 1995-03-07 | 1996-09-24 | Nippon Zoki Pharmaceut Co Ltd | 遺伝子の複製及び増幅方法 |
AUPO427996A0 (en) * | 1996-12-20 | 1997-01-23 | Co-Operative Research Centre For Diagnostic Technologies | Method for detecting a nucleotide at a specific location within a polynucleotide sequence and apparatus therefor |
EP1591541B1 (en) * | 1997-04-01 | 2012-02-15 | Illumina Cambridge Limited | Method of nucleic acid sequencing |
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