JP4122380B2 - Analysis method of seaweed - Google Patents

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本発明は、海藻の分析方法に関する。特に本発明は、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法およびこの方法にプライマーとして用いるDNAに関する。   The present invention relates to a method for analyzing seaweed. In particular, the present invention relates to a method for analyzing whether a test sample is a seaweed belonging to the genus Aonori and DNA used as a primer in this method.

実行関税率表1212.20-139に分類されるアオノリ属の海藻は、IQ該当品目(割当量が決まっている品目)である。これに対し、その代用品として使用されるアオサ属の海藻は、AA品目(自由に輸入できる品目)である。しかし、商品名がともに「青のり」であること、および輸入形態が主に粉末であることから、通関の現場での顕微鏡観察において両者を区別することは困難であった。   The seaweeds of the genus Aonori classified in the effective tariff rate table 1212.20-139 are IQ applicable items (items for which quota is determined). In contrast, seaweeds of the genus Aosa used as a substitute are AA items (items that can be freely imported). However, since the trade name is “blue paste” and the imported form is mainly powder, it was difficult to distinguish between the two in microscopic observation at customs clearance.

ところで、アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻とは、ITS(インターナル・トランスクライブド・スペーサー)領域の塩基配列を比較することで、識別することができる。(非特許文献1〜7)
Woolcott, G. W. & King, R. J. 1999. Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae, Chlorophyta) in eastern Australia: comparison of morphological features and analyses of nuclear rDNA sequences data. Aust. Sts. Bot. 12: 709-25. Tan, I. H., Blomster, J., Hansen, G., Leskinen, E., Maggs, C. A., Mann, D. G. Sluiman, H. J & Stanhope, M. J. 1999. Molecular phylogenetic evidence for a reversible morphogenetic switch controlling the gross morphology of two common genera of green seaweeds, Ulva and Enteromorpha. Mol. Biol. Evol. 16: 1011-8. Malta, E. J., Draisma, S. G. A. & Kamermans, P. 1999. Free-floating Ulva in the southwest Netherlands: species or morphotypes? A morphological, molecular and ecological comparison. Eur. J. Phycol. 34: 443-54. Coat, G., Dion, P., Noailles, M. C., De Reviers, B., Fontaine, J. M., Bergaer-Perrot, Y. & Loiseaux-De Goer, S. 1998. Ulva armoricana (Ulvales, Chlorophyta) from the coasts of Brittany (France). II. Nuclear rDNA ITS sequences analysis. Eur. J. Phycol. 33: 81-6. Blomster, J. 2000. Molecular and morphological approaches to the evolutionary history of the Enteromorpha-Ulva species complex. W. & A. de Nottbeck Foundation Sci. Rep. 20: 1-24. Shimada, S., Hiraoka, M., Nabata, S., Iima, M. & Masuda, M. 2003. Molecular phylogenetic analyses of the Japanese Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae), with special reference to the free-floating Ulva. Phycological Research 51: 99-108. Hayden, H.S., Blomster, J., Maggs, C. A., Silva, P.C., Stanhope, M. J. & Waaland, R.J. 2003 Linnaeus was right all along: Ulva and Enteromorpha are not distinct genera. Eur. J. Phycol. 38: 277-294.
By the way, seaweeds of the genus Aonori and seaweeds of the genus Aosa can be identified by comparing the base sequences of the ITS (internal transscribed spacer) region. (Non-Patent Documents 1-7)
Woolcott, GW & King, RJ 1999. Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae, Chlorophyta) in eastern Australia: comparison of morphological features and analyzes of nuclear rDNA sequences data.Aust. Sts. Bot. 12: 709-25. Tan, IH, Blomster, J., Hansen, G., Leskinen, E., Maggs, CA, Mann, DG Sluiman, H. J & Stanhope, MJ 1999. Molecular phylogenetic evidence for a reversible morphogenetic switch controlling the gross morphology of two common genera of green seaweeds, Ulva and Enteromorpha. Mol. Biol. Evol. 16: 1011-8. Malta, EJ, Draisma, SGA & Kamermans, P. 1999. Free-floating Ulva in the southwest Netherlands: species or morphotypes? A morphological, molecular and ecological comparison. Eur. J. Phycol. 34: 443-54. Coat, G., Dion, P., Noailles, MC, De Reviers, B., Fontaine, JM, Bergaer-Perrot, Y. & Loiseaux-De Goer, S. 1998. Ulva armoricana (Ulvales, Chlorophyta) from the coasts of Brittany (France). II. Nuclear rDNA ITS sequences analysis. Eur. J. Phycol. 33: 81-6. Blomster, J. 2000. Molecular and morphological approaches to the evolutionary history of the Enteromorpha-Ulva species complex.W. & A. de Nottbeck Foundation Sci. Rep. 20: 1-24. Shimada, S., Hiraoka, M., Nabata, S., Iima, M. & Masuda, M. 2003. Molecular phylogenetic analyzes of the Japanese Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae), with special reference to the free-floating Ulva Phycological Research 51: 99-108. Hayden, HS, Blomster, J., Maggs, CA, Silva, PC, Stanhope, MJ & Waaland, RJ 2003 Linnaeus was right all along: Ulva and Enteromorpha are not distinct genera. Eur. J. Phycol. 38: 277-294 .

しかし、ITS領域の塩基配列を分析することによる識別作業には、DNAシーケエンサーが必要であるが、全国の税関に、DNAシーケエンサーは配備されておらず、現実には実施できない。したがって、この方法は、許可保留扱いで分析依頼されるIQ関係貨物の分析法として現時点では適当でない。また、多検体を処理する場合、個々の検体について塩基配列を分析することは、分析に時間がかかる上、コストもかかり、この点でも問題がある。   However, although the DNA sequencer is required for the identification work by analyzing the base sequence of the ITS region, the DNA sequencer is not deployed at customs nationwide and cannot be implemented in practice. Therefore, this method is not suitable at present as an analysis method for IQ-related cargo that is requested to be analyzed with permission pending. Further, when processing a large number of specimens, analyzing the base sequence of each specimen takes time and costs for the analysis, and this is also problematic.

そこで本発明の目的は、DNAシーケエンサーを用いることなしに、簡便かつ低コストで、検体が、アオノリ属の海藻であるか否かを分析する方法を提供することにある。   Therefore, an object of the present invention is to provide a method for analyzing whether or not a specimen is a seaweed of the genus Aonori, without using a DNA sequencer, at a simple and low cost.

上記課題を解決する本発明は以下の通りである。
[請求項1]被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法であって、
被検試料に含まれるDNAを鋳型として、
アオノリ属の海藻であるウスバアオノリ、ヒラアオノリおよびボウアオノリのそれぞれの遺伝子における種特異的な配列に相補的な3種類の配列を一方のプライマーとし、かつ上記3種の海藻に共通する1種類の遺伝子配列を他方のプライマーとして
PCRを行い、
PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する前記方法。
[請求項2]アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻とを識別するために用いられる請求項1に記載の方法。
[請求項3]前記一方のプライマーがフォワードプライマーであり、前記他方のプライマーがリバースプライマーである請求項1または2に記載の方法。
[請求項4]前記一方のプライマーが配列表に記載の配列番号1〜3の塩基配列を有する請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
[請求項5]前記他方のプライマーが配列表に記載の配列番号4の塩基配列を有する請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
[請求項6]PCR産物の有無を、PCR産物を電気泳動法により確認する、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
[請求項7]被検試料に含まれるDNAを抽出し、抽出したDNAをPCRの鋳型として用いる請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
[請求項8]被検試料に含まれるDNAが抽出されていることを確認した後に、前記PCRを実施する請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
[請求項9]DNAが抽出されていることの確認は、アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻に共通する塩基配列を有する1対のプライマーを用いたPCRにより行う請求項8に記載の方法。
[請求項10]前記1対のプライマーが配列番号5および6の塩基配列を有する請求項9に記載の方法。
[請求項11] 被検試料に含まれるDNAを鋳型としてPCRを行い、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法に、プライマーとして用いられるDNAであって、配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列を有するDNA、または配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列の一部の塩基配列を有し、かつ塩基数が15以上であるDNA。
[請求項12]被検試料に含まれるDNAを鋳型としてPCRを行い、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法に、プライマーとして用いられる、配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列を有する4種類のDNAを含むか、または前記4種類のDNAの少なくとも1種が配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列の一部の塩基配列を有し、かつ塩基数が15以上であるDNAであるプライマーセット。
The present invention for solving the above problems is as follows.
[Claim 1] A method for analyzing whether a test sample is a seaweed of Aonori,
Using DNA contained in the test sample as a template,
One kind of gene sequence common to the above three kinds of seaweeds, using one of the three kinds of sequences complementary to the species-specific sequences in each of the genes of the seaweeds of the genus Aonori, Usbaaonori, Hiiraaoori and Bouaoonori As the other primer
Perform PCR,
The said method of determining whether a test sample is a seaweed of Aonori genus by the presence or absence of a PCR product.
[Claim 2] The method according to claim 1, which is used to distinguish seaweeds of the genus Aonori and seaweeds of the genus Aosa.
[Claim 3] The method according to claim 1 or 2, wherein the one primer is a forward primer and the other primer is a reverse primer.
[4] The method according to any one of [1] to [3], wherein the one primer has the base sequence of SEQ ID NOs: 1 to 3 described in the sequence listing.
[5] The method according to any one of [1] to [4], wherein the other primer has the base sequence of SEQ ID NO: 4 described in the sequence listing.
[6] The method according to any one of [1] to [5], wherein the presence or absence of the PCR product is confirmed by electrophoresis.
[7] The method according to any one of [1] to [6], wherein DNA contained in the test sample is extracted, and the extracted DNA is used as a PCR template.
[8] The method according to any one of [1] to [7], wherein the PCR is carried out after confirming that the DNA contained in the test sample has been extracted.
[9] The method according to [8], wherein the DNA is confirmed to be extracted by PCR using a pair of primers having a base sequence common to a seaweed of Aonori and a seaweed of Aosa.
[10] The method according to [9], wherein the pair of primers has the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 5 and 6.
[Claim 11] PCR is performed using DNA contained in the test sample as a template, and it is determined whether or not the test sample is a seaweed of the genus Aonori, based on the presence or absence of a PCR product. DNA used as a primer in the method for analyzing whether the DNA has any one of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 1 to 4 described in the sequence listing, or the DNA of SEQ ID NOS: 1-4 described in the sequence listing DNA having a partial base sequence of any one of the base sequences and having 15 or more bases.
[Claim 12] PCR is carried out using DNA contained in the test sample as a template, and it is determined whether the test sample is a seaweed of the genus Aonori, based on the presence or absence of a PCR product. 4 types of DNA having any one of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 1 to 4 described in the Sequence Listing, which are used as primers in the method for analyzing whether at least one of the four types of DNAs is used Is a primer set which is a DNA having a partial base sequence of any one of SEQ ID NOS: 1 to 4 described in the Sequence Listing and having 15 or more bases.

本発明によれば、DNAシーケエンサーを用いることなしに、簡便かつ低コストで、検体が、アオノリ属の海藻であるか否かを分析する方法ことができる。   According to the present invention, it is possible to analyze whether or not a specimen is a seaweed belonging to the genus Aonori, without using a DNA sequencer, simply and at low cost.

本発明の方法は、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法である。この本発明では、被検試料に含まれるDNAを鋳型として、アオノリ属の海藻であるウスバアオノリ、ヒラアオノリおよびボウアオノリのそれぞれの遺伝子における種特異的な配列に相補的な3種類の配列を一方のプライマーとし、かつ上記3種の海藻に共通する1種類の遺伝子配列を他方のプライマーとしてPCRを行う。そして、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する。   The method of the present invention is a method for analyzing whether a test sample is a seaweed of the genus Aonori. In the present invention, three primers that are complementary to the species-specific sequences of each of the genes of Usubaaonori, Hieraonoori, and Boaonori, which are seaweeds of the genus Aonori, are used as a template with the DNA contained in the test sample as a template. In addition, PCR is carried out using one gene sequence common to the above three types of seaweeds as the other primer. Then, whether or not the test sample is a seaweed of the genus Aonori is determined based on the presence or absence of the PCR product.

ウスバアオノリ、ヒラアオノリおよびボウアオノリに、スジアオノリを加えた4種類が、アオノリ属の海藻の主要なものであり、通関するアオノリ属の海藻のほぼ100%がこれら4種類のいずれかに属する。但し、ウスバアオノリとスジアオノリとは、別種とされているが、ITS領域は共通しており、ウスバアオノリの種特異的な配列を用いることで、スジアオノリについても検出できる。したがって、ウスバアオノリ、ヒラアオノリおよびボウアオノリの3種類の海藻についてPCR産物が得られるか否かを検討することで、実質的に、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを判定できる。   The four species of Usubaaonori, Hiraonori and Bouaoonori plus Susioonori are the main species of the seaweed of the genus Aonori, and almost 100% of the customary Aonori seaweed belongs to one of these four types. However, although Usubaaonori and Susiaoonori are different species, the ITS region is common, and Susioonori can also be detected by using a species-specific sequence of Usbaaonori. Therefore, by examining whether or not a PCR product can be obtained for three kinds of seaweeds of Usubaaoori, Hiiraonoori and Bouaooriori, it can be determined substantially whether or not the test sample is seaweed of the genus Aonori.

そこで、本発明では、これら3種類の海藻の遺伝子、例えば、ITS配列において、種特異的な領域を探査し、これら種特異的な配列に相補的な3種類の配列を一方のプライマーとして用いる。また、これら3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列を他方のプライマーとして用い、PCRを行う。被検試料がアオノリ属の海藻であれば、即ち、ウスバアオノリ、スジアオノリ、ヒラアオノリおよびボウアオノリのいずれかであれば、PCR産物が得られ、被検試料がアオノリ属の海藻であると判定できる。また、PCR産物が得られなければ、被検試料はアオノリ属の海藻ではない、と判定できる。   Therefore, in the present invention, species-specific regions are searched for in these three types of seaweed genes, for example, ITS sequences, and three types of sequences complementary to these species-specific sequences are used as one primer. Also, PCR is performed using one gene sequence common to these three types of seaweeds as the other primer. If the test sample is a seaweed belonging to the genus Aonori, that is, any one of Usubaaonori, Susiaoonori, Hiiraonori and Bouaoonori, a PCR product can be obtained, and it can be determined that the test sample is a seaweed belonging to the genus Aonori. If no PCR product is obtained, it can be determined that the test sample is not a seaweed of the genus Aonori.

このように、本発明の方法によれば、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを判定することができる。そして、例えば、税関においては、識別が難しい状態で通関手続に供されるアオノリ属の海藻とアオサ属の海藻とを識別するために用いることができる。   Thus, according to the method of the present invention, it can be determined whether or not the test sample is a seaweed of the genus Aonori. For example, in customs, it can be used to identify seaweeds of the genus Aonori and seaweeds of the genus Aosa that are subjected to customs clearance procedures in a state where identification is difficult.

上記PCRにおいて一方のプライマーとして用いる「種特異的な配列に相補的な3種類の配列」および他方のプライマーとして用いる「3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列」は、例えば、ITS配列において、種特異的な領域および3種類の海藻に共通する領域を探査することで選択することができる。上記3種類のアオノリ属の海藻にスジアオノリを加えた4種類の海藻のITS配列は公知である(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。   The “three types of sequences complementary to the species-specific sequence” used as one primer in the PCR and the “one type of gene sequence common to three types of seaweed” used as the other primer are, for example, in the ITS sequence. It can be selected by exploring species-specific regions and regions common to three types of seaweed. The ITS sequences of four kinds of seaweeds obtained by adding Sujionori to the above three kinds of seaweeds of the genus Aonori are known (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

また、本発明の分析方法は、主に、アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻との識別を目的とするので、種特異的な領域は、アオサ属の海藻との比較においてアオノリ属の海藻に種特異的な領域であることを意味する。   In addition, the analysis method of the present invention mainly aims to distinguish seaweeds of the genus Aonori from seaweeds of the genus Aosa. It means a species-specific region.

そのようなアオノリ属の海藻に種特異的な領域は、上記3種類の各海藻のITS配列と、アオサ属の海藻のITS配列とを比較することで、決定できる。具体的には、アオサ属の海藻の内、例えば、「青のり」として取引されることが多い、9種のアオサ属の海藻、アナアオサ、オオバアオサ、ナガアオサ、リボンアオサ、アミアオサ、コツブアオサ、ミナミアオサ、U. rigida, U. armoricanaのITS配列とを比較することで決定できる。勿論、これら以外のアオサ属の海藻のITS配列を比較対象とすることもでき、比較対象の数が多ければそれだけ種特異性を上げることができる。アオサ属の海藻のITS配列も公知である(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。   Such a species-specific region for the seaweed of the genus Aonori can be determined by comparing the ITS sequences of each of the three types of seaweed with the ITS sequences of the seaweed of the genus Aosa. Specifically, among the seaweeds of the genus Aosa, for example, nine kinds of seaweeds of the genus Aosa, which are often traded as “blue seaweed”, Anaaaosa, Oobaaosa, Nagaaosa, Ribbonaosa, Amiaosa, Kotsubuosa, Minamiosa, U. rigida It can be determined by comparing with the ITS sequence of U. armoricana. Of course, ITS sequences of other seaweeds belonging to the genus Aosa can be used as comparison targets, and the species specificity can be increased as the number of comparison targets increases. ITS sequences of seaweeds of the genus Aosa are also known (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

一方のプライマーとして用いる「種特異的な配列に相補的な3種類の配列」は、上記手法により決定できる種特異的な領域から、プライマーとしての利用を考慮して適宜決定できる。プライマーとして鋳型と特異的にハイブリダイズという観点から、塩基数は最低15個であることが適当であり、好ましくは塩基数15〜30個、より好ましくは塩基数20〜30個である。この長さのプライマーであれば、鋳型DNAとの特異的なアニーリングに十分だからである。   The “three types of sequences complementary to the species-specific sequence” used as one primer can be appropriately determined from the species-specific region that can be determined by the above-described method in consideration of the use as a primer. From the viewpoint of specifically hybridizing with a template as a primer, the number of bases is suitably at least 15, preferably 15 to 30 bases, more preferably 20 to 30 bases. This is because a primer of this length is sufficient for specific annealing with the template DNA.

種特異的な配列に相補的な3種類の配列は、具体的には、配列表に記載の配列番号1〜3の塩基配列を有することができる。上記配列番号1〜3の塩基配列は、いずれも、アオサ属の海藻の遺伝子には相補配列が含まれておらず、アオノリ属の海藻において種特異的な配列に相補的配列である。したがって、これらの配列は種特異的な領域であり、これらの配列の一部をプライマーとして利用することもできる。即ち、これらの配列から、その5'および/または3'側の一部塩基を除いた配列をプライマーとして利用することもできる。その場合、配列の塩基数は、上記で示した数値範囲を考慮して適宜決定できる。即ち、配列表に記載の配列番号1〜3の塩基配列の内、塩基数が少なくとも15である配列をプライマーとして利用することもできる。   Specifically, the three types of sequences complementary to the species-specific sequence can have the base sequences of SEQ ID NOs: 1 to 3 described in the sequence listing. None of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 3 include a sequence complementary to a species-specific sequence in the seaweed of Aonori, which does not include a complementary sequence in the gene of seaweed of Aosa. Therefore, these sequences are species-specific regions, and some of these sequences can be used as primers. That is, a sequence obtained by removing a partial base on the 5 ′ and / or 3 ′ side from these sequences can also be used as a primer. In that case, the number of bases in the sequence can be appropriately determined in consideration of the numerical range shown above. That is, a sequence having at least 15 bases among the base sequences of SEQ ID NOs: 1 to 3 described in the sequence listing can also be used as a primer.

また、3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列は、前記3種類のアオノリ属の海藻のITS配列に共通する領域から、適宜決定できる。この場合、アオサ属の海藻のITS配列に共通する領域があってもよい。上記種特異的な配列に相補的な3種類の配列は、アオサ属の海藻のITS配列とは相違するので、3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列が、アオサ属の海藻のITS配列と共通部分が有っても、PCRの際にアオサ属の海藻の遺伝子は増幅されないからである。また、3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列は、PCRによって、増幅されるべきDNAの塩基数を考慮して、即ち、アオノリ属の海藻に種特異的な領域とのITS配列上での距離を考慮して適宜決定できる。アオノリ属の海藻に種特異的な領域(配列)と3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列との距離は、塩基数で、例えば、100〜2000個の範囲であることができる。距離が短いと、増幅されるDNAの分子量が小さくPCR産物の有無の確認に支障が出る場合がある。また、距離が長い場合、被検試料に含まれるDNAに該当する配列があっても、PCRによる増幅が上手く進行せず、分析誤差の原因となる可能性がある。PCR産物の有無の確認が良好にできるという観点からは、上記距離は、塩基数で、例えば、200〜1000個の範囲であることが好ましく、300〜600個の範囲であることがより好ましい。   In addition, one type of gene sequence common to the three types of seaweed can be appropriately determined from the region common to the ITS sequences of the three types of seaweeds of the genus Aonori. In this case, there may be a region common to the ITS sequence of the seaweed belonging to the genus Aosa. The three sequences complementary to the above species-specific sequences differ from the ITS sequence of Aosa seaweed, so one gene sequence common to the three kinds of seaweed is the ITS sequence of Aosa seaweed. This is because even if there is a common part, the gene of seaweed belonging to the genus Aosa is not amplified during PCR. In addition, one kind of gene sequence common to three kinds of seaweeds is considered on the ITS sequence with a species-specific region for seaweeds of the genus Aonori, considering the number of DNA bases to be amplified by PCR. The distance can be determined as appropriate. The distance between the species-specific region (sequence) of the seaweed of the genus Aonori and one type of gene sequence common to the three types of seaweed can be in the range of, for example, 100 to 2000. If the distance is short, the molecular weight of the amplified DNA is small, which may hinder the confirmation of the presence or absence of PCR products. If the distance is long, even if there is a sequence corresponding to the DNA contained in the test sample, amplification by PCR does not proceed well, which may cause analysis errors. From the viewpoint that the presence or absence of the PCR product can be confirmed satisfactorily, the distance is preferably the number of bases, for example, in the range of 200 to 1000, and more preferably in the range of 300 to 600.

3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列は、例えば、配列表に記載の配列番号4の塩基配列を有するものであることができる。上記配列番号4の塩基配列は、いずれも、アオサ属の海藻の遺伝子には相補配列が含まれておらず、アオノリ属の海藻において種特異的な配列に相補的配列である。したがって、この配列は種特異的な領域であり、これらの配列の一部をプライマーとして利用することもできる。即ち、これらの配列から、その5'および/または3'側の一部塩基を除いた配列をプライマーとして利用することもできる。その場合、配列の塩基数は、15個以上の範囲から適宜決定できる。   One type of gene sequence common to the three types of seaweed can have, for example, the base sequence of SEQ ID NO: 4 described in the sequence listing. The base sequence of SEQ ID NO: 4 does not contain a complementary sequence in the gene for seaweed belonging to the genus Aosa, and is a sequence complementary to a species-specific sequence in seaweed belonging to the genus Aonori. Therefore, this sequence is a species-specific region, and a part of these sequences can be used as a primer. That is, a sequence obtained by removing a partial base on the 5 ′ and / or 3 ′ side from these sequences can also be used as a primer. In that case, the number of bases in the sequence can be appropriately determined from a range of 15 or more.

種特異的な配列に相補的な3種類の配列は、フォワードプライマーまたはリバースプライマーのいずれかであることができ、種特異的な配列に相補的な3種類の配列がフォワードプライマーである場合、3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列をリバースプライマーとして用いることができる。また、種特異的な配列に相補的な3種類の配列がリバースプライマーである場合、3種類の海藻に共通する1種類の遺伝子配列をフォワードプライマーとして用いることができる。尚、上記配列番号1〜3の塩基配列は、フォワードプライマーであり、配列番号4の塩基配列は、リバースプライマーである。   The three sequences complementary to the species-specific sequence can be either forward primers or reverse primers, and if the three sequences complementary to the species-specific sequence are forward primers, 3 One kind of gene sequence common to various kinds of seaweeds can be used as a reverse primer. In addition, when three types of sequences complementary to a species-specific sequence are reverse primers, one type of gene sequence common to three types of seaweeds can be used as a forward primer. The base sequences of SEQ ID NOs: 1 to 3 are forward primers, and the base sequence of SEQ ID NO: 4 is a reverse primer.

尚、本発明は、被検試料に含まれるDNAを鋳型としてPCRを行い、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法に、プライマーとして用いられるDNAを包含し、このDNAは、配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列を有するDNA、および配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列の一部の塩基配列を有し、かつ塩基数が15以上であるDNAである。塩基数が15以上であれば、プライマーとして機能する。   The present invention performs PCR using DNA contained in the test sample as a template, and determines whether the test sample is a seaweed belonging to the genus Aonori, based on the presence or absence of a PCR product. The method for analyzing whether it is a seaweed includes DNA used as a primer, which DNA has any one of the nucleotide sequences of SEQ ID NOS: 1 to 4 described in the Sequence Listing, and the sequence described in the Sequence Listing DNA having a part of the base sequence of any one of Nos. 1 to 4 and having 15 or more bases. If the number of bases is 15 or more, it functions as a primer.

さらに本発明は、被検試料に含まれるDNAを鋳型としてPCRを行い、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法に、プライマーとして用いられるプライマーセットを包含し、このプライマーセット、配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列を有する4種類のDNAを含むものである。あるいは、本発明のプライマーセットは、前記4種類のDNAの少なくとも1種が配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列の一部の塩基配列を有し、かつ塩基数が15以上であるDNAであることもできる。   Furthermore, the present invention performs PCR using DNA contained in the test sample as a template, and determines whether or not the test sample is a seaweed belonging to the genus Aonori, based on the presence or absence of a PCR product. The primer set used as a primer is included in the method for analyzing whether or not, and this primer set includes four types of DNAs having any one of the base sequences of SEQ ID NOS: 1 to 4 described in the sequence listing. Alternatively, in the primer set of the present invention, at least one of the four types of DNA has a partial base sequence of any one of the base sequences of SEQ ID NOS: 1 to 4 described in the sequence listing, and the number of bases is 15 It can also be DNA which is the above.

本発明におけるPCRは常法により行うことができる。具体的には、PCRは、94℃ 45秒、50℃ 45秒、68℃ 60秒を35サイクルで行うことができる。尚、サイクル数は、サンプル中の鋳型の量等を考慮して、適宜増減することができる。PCRの試薬は、市販品を用いることができ、例えば、ex Taq (TAKARA社製)を使用することができる。また、1サンプルの試料内容は、例えば、次の通りとすることができる(Buffer 3μL、dNTP mix 2.5μL、DMSO 1.5μL、Taq 0.2μL、DW 22.3μL、合計30μL)。   PCR in the present invention can be performed by a conventional method. Specifically, PCR can be performed in 35 cycles of 94 ° C. for 45 seconds, 50 ° C. for 45 seconds, and 68 ° C. for 60 seconds. The number of cycles can be appropriately increased or decreased in consideration of the amount of mold in the sample. Commercially available products can be used as PCR reagents, for example, ex Taq (manufactured by TAKARA) can be used. The sample content of one sample can be, for example, as follows (Buffer 3 μL, dNTP mix 2.5 μL, DMSO 1.5 μL, Taq 0.2 μL, DW 22.3 μL, total 30 μL).

PCR法において、被検試料に含まれるDNAを鋳型とするが、具体的には、被検試料に含まれるDNAを抽出し、抽出したDNAをPCRの鋳型として用いることが適当である。被検試料に含まれるDNAの抽出は、例えば、以下に示す方法により実施できる。輸入される乾燥アオサ・アオノリ類は、約1m角に破砕され粉末状になっている。これをまず海水に浸して1片ずつに分離し、実体顕微鏡下で絵筆・ピンセットを用いてクリーニングする。クリーニングした1片を1.5mlチューブにいれ、ポンプを使って減圧乾燥を10分間行う。サンプルの入った1.5mlチューブに液体窒素を入れ、ペッスルで破砕する。破砕したサンプルから、例えば、DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen社製)を用いてDNAを抽出することができる。   In the PCR method, DNA contained in a test sample is used as a template. Specifically, it is appropriate to extract DNA contained in the test sample and use the extracted DNA as a PCR template. Extraction of DNA contained in the test sample can be performed, for example, by the following method. Imported dried Aosa and Aonori are crushed to about 1 square meter and powdered. This is first soaked in seawater and separated into individual pieces, which are then cleaned with a paintbrush or tweezers under a stereomicroscope. Place the cleaned piece in a 1.5ml tube and dry under reduced pressure for 10 minutes using a pump. Place liquid nitrogen in a 1.5 ml tube containing the sample and crush it with a pestle. DNA can be extracted from the crushed sample using, for example, DNeasy Plant Mini Kit (manufactured by Qiagen).

さらに、被検試料に含まれるDNAの抽出を行う場合、本発明の方法におけるPCRを実施する前に、被検試料に含まれるDNAが確実に抽出されていることを確認することが好ましい。DNAが抽出されていることの確認は、例えば、アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻に共通する塩基配列を有する1対のプライマーを用いたPCRにより行うことができる。そのような1対のプライマーは、例えば、配列番号5および6の塩基配列を有するものであることができる。上記1対のプライマーを用いたPCRを行い、PCR産物の有無を確認することで、被検試料に含まれるDNAが確実に抽出されているか否かを確認できる。尚、配列番号5および6の塩基配列の一部の配列を有するDNA対をプライマーとして用いることもできる。また、PCRは前記で説明したと同様に実施できる。   Furthermore, when extracting DNA contained in the test sample, it is preferable to confirm that the DNA contained in the test sample is reliably extracted before performing PCR in the method of the present invention. Confirmation that DNA is extracted can be performed, for example, by PCR using a pair of primers having a base sequence common to seaweeds of the genus Aonori and seaweeds of the genus Aosa. Such a pair of primers can have, for example, the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 5 and 6. By performing PCR using the above-mentioned pair of primers and confirming the presence or absence of the PCR product, it can be confirmed whether or not the DNA contained in the test sample is reliably extracted. A DNA pair having a partial sequence of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 5 and 6 can also be used as a primer. PCR can be performed in the same manner as described above.

本発明の方法におけるPCR産物の有無の確認、および上記被検試料に含まれるDNAが確実に抽出されているか否かの確認のための、PCR産物の有無の確認は、常法により行うことができる。例えば、PCR産物を電気泳動法に供し、バンドの有無からPCR産物の有無を判定することができる。電気泳動は、例えば、1%アガロースゲル(1xTAE buffer)にて行うことができる。具体的には、1サンプル4μLをローディングし、約15分通電して泳動させる。泳動後、例えば、エチジウムブロマイドで染色し、トランスイルミネータにてバンドの有無を確認することができる。   The confirmation of the presence or absence of a PCR product in order to confirm the presence or absence of a PCR product in the method of the present invention and to confirm whether or not the DNA contained in the test sample has been reliably extracted can be performed by a conventional method. it can. For example, the PCR product can be subjected to electrophoresis, and the presence or absence of a PCR product can be determined from the presence or absence of a band. Electrophoresis can be performed, for example, on a 1% agarose gel (1 × TAE buffer). Specifically, 4 μL of one sample is loaded, and electrophoresed for about 15 minutes. After electrophoresis, for example, it can be stained with ethidium bromide and the presence or absence of a band can be confirmed with a transilluminator.

本発明によれば、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定することができる。また、必要により、PCR産物の分子量の違いから、電気泳動法の結果(バンドの位置)により、被検試料がアオノリ属の海藻である場合、ウスバアオノリ(またはスジアオノリ)、ヒラアオノリおよびボウアオノリのいずれの海藻であるかも、判別することも可能である。また、種特異的な配列に相補的な3種類の配列(プライマー)のいずれかまたはそれぞれに予め蛍光マーカー等のマーカーを付しておくことで、上記3種(4種)の海藻の識別を容易にすることもできる。   According to the present invention, whether or not a test sample is a seaweed of the genus Aonori can be determined based on the presence or absence of a PCR product. If necessary, depending on the molecular weight of the PCR product, depending on the result of electrophoresis (band position), if the test sample is a seaweed belonging to the genus Aonori, any one of Usubaaonori (or Sueaonori), Hiraaoori and Boaonori It is also possible to determine whether it is a seaweed. In addition, by attaching a marker such as a fluorescent marker to any one of the three types of sequences (primers) complementary to the species-specific sequence or each of them, the above three types (four types) of seaweed can be identified. It can also be made easier.

以下本発明を実施例により詳細に説明する。   Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to examples.

実施例1
[主要アオノリ3種の種特異的プライマーの作製]
世界中のアオサ・アオノリ類約300検体のITS領域(Internal Transcribed Spacer region)のDNA配列から、主要アオノリ4種のそれぞれの種で特異的な領域を探した。Forward側として主要アオノリ3種に種特異的なプライマー(ウスバアオノリ/スジアオノリ:5'-CGCGTGCGCTCCCCTCGGGGGGCG-3'(配列番号1)、ヒラアオノリ:5'-TGAGGTGCGCTCCCCCGGGGGCGCGCCCCT-3' (配列番号2)、ボウアオノリ:5'-TGGGAGGGGGTGGTGGTGCTCACG-3'(配列番号3))を作製し、Reverse側は共通な5'-TGATAGGTTAAGTTCAGC-3' (配列番号4)を作製した。
Example 1
[Generation of species-specific primers for the three major blueberry species]
From the DNA sequence of the ITS region (Internal Transcribed Spacer region) of about 300 Aosa-Aonori species around the world, we searched for specific regions in each of the four major Aonori species. Species-specific primers for the three major Aonori species on the Forward side (Usuba aonori / Sujiaonori: 5'-CGCGTGCGCTCCCCTCGGGGGGCG-3 '(SEQ ID NO: 1), Hira Aonori: 5'-TGAGGTGCGCTCCCCCGGGGGCGCGCCCCT-3' (SEQ ID NO: 2), Bow Aonori: 5 '-TGGGAGGGGGTGGTGGTGCTCACG-3' (SEQ ID NO: 3)) was prepared, and 5'-TGATAGGTTAAGTTCAGC-3 '(SEQ ID NO: 4) was prepared on the reverse side.

尚、ウスバアオノリとスジアオノリは現在では別種とされているが、ITS領域の研究で日本のスジアオノリはウスバアオノリと同種の可能性が報告されている(平岡雅規、嶌田智:海洋と生物2004「四万十川の特産品スジアオノリの生物学」26 (6) 508-515.)。したがって、両種については同一のプライマーを用いる。また、Reverse側のプライマーは、既に報告済みのものである(Satoshi Shimada, Masanori Hiraoka, Shinichi Nabata, Masafumi Iima & Michio Masuda. 2003. Molecular phylogenetic analyses of the Japanese Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae), with special reference to the free-floating Ulva. Phycological Research 51: 99-108.)。 In addition, although Usubaaonori and Susiaoonori are now considered as separate species, research on ITS has reported that the Susioonori of Japan is likely to be the same species as Usubaaonori ( Masahira Hiraoka, Satoshi Hamada : Marine and Biological 2004, Shimanto Biology of river special product Susioonori "26 (6) 508-515. Therefore, the same primer is used for both species. The reverse primer has already been reported ( Satoshi Shimada , Masanori Hiraoka, Shinichi Nabata, Masafumi Iima & Michio Masuda. 2003. Molecular phylogenetic analyzes of the Japanese Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae), with special reference to the free-floating Ulva. Phycological Research 51: 99-108.).

上記で作製した種特異的なプライマーが有効かどうかの検証を以下に行った。   Verification was made as to whether or not the species-specific primer prepared above was effective.

[サンプル]
比較のための主要アオサ9種(アナアオサ、オオバアオサ、ナガアオサ、リボンアオサ、アミアオサ、コツブアオサ、ミナミアオサ、U. rigida, U. armoricana)と主要アオノリ4種のDNAを用意した。
[sample]
For comparison, DNA of 9 major Aosa (anaanaosa, Oobaaosa, Nagaaosa, Ribbonaosa, Amiaosa, Kotobuaosa, Minamiosa, U. rigida, U. armoricana) and 4 major Aonori DNAs were prepared.

[1回目のPCR]
用意したサンプルの抽出DNAを鋳型として1回目のPCRをかけた。これは抽出DNAが、PCR可能なDNAかどうかを確認するためのコントロール実験である。海藻類は多糖類やポリフェノールが多くPCRが阻害されることがある。したがって、抽出DNAをダイレクトに電気泳動で確認してもPCRが可能なサンプルであることの証拠にならない。PCRの試薬はex Taq (TAKARA社製)を使用した。1サンプルの試料内容は次の通りである(Buffer 3μL、dNTP mix 2.5μL、DMSO 1.5μL、Taq 0.2μL、DW 22.3μL、合計30μL)。プライマーはアオサ・アオノリ類のITS2領域を増幅するプライマーセット(F:5'-CTCTCAACAACGGATATCT-3'(配列番号5)、R:5'-TGATAGGTTAAGTTCAGC-3'(配列番号6))を用いた。これは既に報告済みのものである(Satoshi Shimada, Masanori Hiraoka, Shinichi Nabata, Masafumi Iima & Michio Masuda. 2003. Molecular phylogenetic analyses of the Japanese Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae), with special reference to the free-floating Ulva. Phycological Research 51: 99-108.)。
[First PCR]
The first PCR was performed using the extracted DNA of the prepared sample as a template. This is a control experiment to confirm whether the extracted DNA is DNA that can be PCR. Seaweed is rich in polysaccharides and polyphenols, and PCR may be inhibited. Therefore, even if the extracted DNA is directly confirmed by electrophoresis, it does not prove that the sample is capable of PCR. Ex Taq (manufactured by TAKARA) was used as a PCR reagent. The contents of one sample are as follows (Buffer 3 μL, dNTP mix 2.5 μL, DMSO 1.5 μL, Taq 0.2 μL, DW 22.3 μL, total 30 μL). The primer used the primer set (F: 5'-CTCTCAACAACGGATATCT-3 '(sequence number 5), R: 5'-TGATAGGTTAAGTTCAGC-3' (sequence number 6)) which amplifies the ITS2 area | region of Aosa-Aonori. This has already been reported ( Satoshi Shimada , Masanori Hiraoka, Shinichi Nabata, Masafumi Iima & Michio Masuda. 2003. Molecular phylogenetic analyzes of the Japanese Ulva and Enteromorpha (Ulvales, Ulvophyceae), with special reference to the free-floating Ulva. Phycological Research 51: 99-108.).

試薬等のDNAコンタミネーションをチェックするためDNAを入れないサンプルも用意した。PCRの反応条件は次の通りである(94℃ 45秒、50℃ 45秒、68℃ 60秒を35サイクル)。1%アガロースゲルにて電気泳動でバンドの有無を確認した。結果、DNAを入れないサンプル以外すべてバンドが現れ、DNAとしての問題がないことがわかった(図1)。   In order to check DNA contamination such as reagents, a sample without DNA was also prepared. PCR reaction conditions are as follows (35 cycles of 94 ° C 45 seconds, 50 ° C 45 seconds, 68 ° C 60 seconds). The presence or absence of a band was confirmed by electrophoresis on a 1% agarose gel. As a result, all the bands other than the sample without DNA appeared, and it was found that there was no problem as DNA (Figure 1).

[2回目のPCR]
主要アオノリ3種にそれぞれ特異的なForwardプライマー(配列番号1〜3)、Reverse側は共通なプライマー(配列番号4)を用いて、PCRを行った。試薬、プログラム等は1回目と同様の条件とした。1%アガロースゲルにて電気泳動でバンドの有無を確認した。結果、それぞれの種特異的なプライマーセットではその種でのみバンドが現れた(図2(A)〜(C))。
[Second PCR]
PCR was performed using a forward primer (SEQ ID NO: 1 to 3) specific to each of the three major blueberry species, and a common primer (SEQ ID NO: 4) on the reverse side. Reagents, programs, etc. were the same conditions as the first time. The presence or absence of a band was confirmed by electrophoresis on a 1% agarose gel. As a result, in each species-specific primer set, a band appeared only for that species (FIGS. 2 (A) to (C)).

[確認のためのシークエンス]
2回目のPCRで現れたバンドが本当にその種のITS領域のものかを確かめるために、シークエンスを行った。PCR産物を精製し、ダイターミネーター法シンケンシングキット(BIG DYE : Applied Biosystems 社製)を用いてサイクルシーケンスを行った。反応条件は、96℃ 30秒、50℃ 15秒、60℃ 240秒の30サイクルで行った。サイクルシーケンス反応産物をDNA自動シーケンサーにより塩基配列を解読した結果、2回目のPCRで現れたバンドがそれぞれの種のITS領域のものである事を確かめられた。以上により、作製したプライマーは種特異的なバンド増幅が可能な、種特異的な配列であることが分かる。
[Sequence for verification]
A sequence was performed to see if the band that appeared in the second round of PCR really belongs to that kind of ITS domain. The PCR product was purified, and a cycle sequence was performed using a dye terminator sequencing kit (BIG DYE: Applied Biosystems). The reaction conditions were 30 cycles of 96 ° C. for 30 seconds, 50 ° C. for 15 seconds, and 60 ° C. for 240 seconds. As a result of decoding the base sequence of the cycle sequence reaction product using a DNA automatic sequencer, it was confirmed that the bands that appeared in the second PCR belong to the ITS region of each species. From the above, it can be seen that the prepared primer has a species-specific sequence capable of species-specific band amplification.

実施例2
[検体のクリーニング]
輸入される乾燥アオサ・アオノリ類は、約1m角に破砕され粉末状になっている。これをまず海水に浸して1片ずつに分離し、実体顕微鏡下で絵筆・ピンセットを用いてクリーニングした。クリーニングした1片を1.5mlチューブにいれ、ポンプを使って減圧乾燥を10分間行った。10サンプル用意した。
Example 2
[Sample cleaning]
Imported dried Aosa and Aonori are crushed to about 1 square meter and powdered. This was first soaked in seawater and separated into individual pieces, which were then cleaned with a paintbrush and tweezers under a stereomicroscope. The cleaned piece was placed in a 1.5 ml tube and dried under reduced pressure for 10 minutes using a pump. Ten samples were prepared.

[DNAの抽出]
サンプルの入った1.5mlチューブに液体窒素を入れ、ペッスルで破砕した。DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen社製)にてDNAを抽出した。
[DNA extraction]
Liquid nitrogen was placed in a 1.5 ml tube containing the sample and crushed with a pestle. DNA was extracted with DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen).

[1回目のPCR]
抽出DNAを鋳型として1回目のPCRを行った。これは前述のDNA抽出サンプルがPCR可能なDNAが抽出できたかを確認するためのコントロール実験である。海藻類は多糖類やポリフェノールが多くPCRが阻害されることがある。したがって、抽出DNAをダイレクトに電気泳動で確認してもPCRが可能なサンプルであることの証拠にならない。PCRの試薬はex Taq (TAKARA社製)を使用した。1サンプルの試料内容は次の通りである(Buffer 3μL、dNTP mix 2.5μL、DMSO 1.5μL、Taq 0.2μL、DW 22.3μL、合計30μL)。プライマーはアオサ・アオノリ類のITS2領域を増幅するプライマーセット(配列番号5および6))を用いた。試薬等のDNAコンタミネーションをチェックするためDNAを入れないサンプルも用意した。PCRの反応条件は次の通りである(94℃ 45秒、50℃ 45秒、68℃ 60秒を35サイクル)。1%アガロースゲルにて電気泳動でバンドの有無を確認した。2番目のサンプルは普通のバントは異なり数本のバンドが検出された(図3)。DNAの抽出は成功しているが、おそらくアオサ・アオノリ類ではないと思われる。そのまま全サンプルを2回目のPCRにかけた。
[First PCR]
The first PCR was performed using the extracted DNA as a template. This is a control experiment for confirming whether or not the above-mentioned DNA extraction sample has extracted DNA that can be PCR. Seaweed is rich in polysaccharides and polyphenols, and PCR may be inhibited. Therefore, even if the extracted DNA is directly confirmed by electrophoresis, it does not prove that the sample is capable of PCR. Ex Taq (manufactured by TAKARA) was used as a PCR reagent. The contents of one sample are as follows (Buffer 3 μL, dNTP mix 2.5 μL, DMSO 1.5 μL, Taq 0.2 μL, DW 22.3 μL, total 30 μL). As a primer, a primer set (SEQ ID NOs: 5 and 6)) for amplifying the ITS2 region of Aosa aonoris was used. In order to check DNA contamination such as reagents, a sample without DNA was also prepared. PCR reaction conditions are as follows (35 cycles of 94 ° C 45 seconds, 50 ° C 45 seconds, 68 ° C 60 seconds). The presence or absence of a band was confirmed by electrophoresis on a 1% agarose gel. The second sample was different from a normal bunt and several bands were detected (Fig. 3). Although DNA extraction has been successful, it is probably not Aosa or Aonori. All samples were subjected to the second PCR as they were.

[2回目のPCR]
主要アオノリ3種にそれぞれ特異的なForwardプライマーと(配列番号1〜3)、Reverse側は共通なプライマー(配列番号4)を用いてPCRを行った。試薬、プログラム等は1回目と同様である。1%アガロースゲルにて電気泳動でバンドの有無を確認した(図4(A)、(B))。すると、ウスバアオノリ/スジアオノリ種特異的なプライマーを使用した場合のみ1,4,5,7,10番目のサンプルで明確なバンドが確認でき、10検体中5検体が陽性であった。即ち、5検体がアオノリ属の海藻であった。
[Second PCR]
PCR was performed using a forward primer specific to each of the three major blueberry species (SEQ ID NOs: 1 to 3) and a common primer (SEQ ID NO: 4) on the reverse side. Reagents, programs, etc. are the same as the first time. The presence or absence of a band was confirmed by electrophoresis on a 1% agarose gel (FIGS. 4 (A) and (B)). Then, only when the Usbaaonori / Sujiaoori species-specific primer was used, clear bands could be confirmed in the 1st, 4th, 5th, 7th and 10th samples, and 5 out of 10 samples were positive. That is, 5 samples were seaweeds of the genus Aonori.

本発明は、海藻の種の同定に利用できる。   The present invention can be used for identification of seaweed species.

実施例1の1回目のPCR産物の電気泳動写真。FIG. 2 is an electrophoresis photograph of the first PCR product of Example 1. FIG. 実施例1の2回目のPCR産物の電気泳動写真。2 is an electrophoresis photograph of the second PCR product of Example 1. FIG. 実施例2の1回目のPCR産物の電気泳動写真。FIG. 3 is an electrophoresis photograph of the first PCR product of Example 2. FIG. 実施例2の2回目のPCR産物の電気泳動写真。2 is an electrophoresis photograph of the second PCR product of Example 2. FIG.

Claims (9)

被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法であって、
被検試料に含まれるDNAを鋳型として、
アオノリ属の海藻であるウスバアオノリ、ヒラアオノリおよびボウアオノリのそれぞれの遺伝子における種特異的な配列に相補的な3種類の配列である、配列表に記載の配列番号1〜3の塩基配列からなるDNAを一方のプライマーとし、かつ上記3種の海藻に共通する1種類の配列である、配列表に記載の配列番号4の塩基配列からなるDNAを他方のプライマーとしてPCRを行い、
PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する前記方法。
A method for analyzing whether a test sample is a seaweed of Aonori,
Using DNA contained in the test sample as a template,
A DNA comprising the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 3 described in the Sequence Listing, which are three types of sequences complementary to the species-specific sequences in the genes of each species of the seaweeds of the genus Aonori, Usubaaonori, Hiraonori and Bouaoonori PCR is carried out using one of the primers and a DNA consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 4 described in the Sequence Listing, which is one kind of sequence common to the three seaweeds, as the other primer,
The said method of determining whether a test sample is a seaweed of Aonori genus by the presence or absence of a PCR product.
アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻とを識別するために用いられる請求項1に記載の方法。 The method according to claim 1, which is used for discriminating between seaweeds of the genus Aonori and seaweeds of the genus Aosa. 前記一方のプライマーがフォワードプライマーであり、前記他方のプライマーがリバースプライマーである請求項1または2に記載の方法。 The method according to claim 1 or 2, wherein the one primer is a forward primer and the other primer is a reverse primer. PCR産物の有無を、PCR産物を電気泳動法により確認する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。 The method according to any one of claims 1 to 3, wherein the presence or absence of a PCR product is confirmed by electrophoresis. 被検試料に含まれるDNAを抽出し、抽出したDNAをPCRの鋳型として用いる請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。 The method according to any one of claims 1 to 4, wherein DNA contained in a test sample is extracted, and the extracted DNA is used as a PCR template. 被検試料に含まれるDNAが抽出されていることを確認した後に、前記PCRを実施する請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。 The method according to any one of claims 1 to 5, wherein the PCR is performed after confirming that DNA contained in the test sample has been extracted. DNAが抽出されていることの確認は、アオノリ属の海藻とアオサ属の海藻に共通する塩基配列を有する1対のプライマーを用いたPCRにより行う請求項6に記載の方法。 The method according to claim 6, wherein the DNA is confirmed to be extracted by PCR using a pair of primers having a base sequence common to the seaweed of the genus Aonori and the seaweed of the genus Aosa. 前記1対のプライマーが配列番号5および6の塩基配列を有する請求項7に記載の方法。 The method according to claim 7, wherein the pair of primers has the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 5 and 6. 被検試料に含まれるDNAを鋳型としてPCRを行い、PCR産物の有無により、被検試料がアオノリ属の海藻であるか否かを決定する、被検試料がアオノリ属の海藻であるかを分析する方法に、プライマーとして用いられる、配列表に記載の配列番号1〜4のいずれかの塩基配列からなる4種類のDNAを含むプライマーセット。 Perform PCR using the DNA contained in the test sample as a template, and determine whether the test sample is a seaweed of the genus Aonori, based on the presence or absence of the PCR product. Analyze whether the test sample is a seaweed of the genus Aonori A primer set comprising four types of DNAs consisting of any one of the nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 1 to 4 described in the Sequence Listing, which are used as primers in the method.
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