JP4059517B2 - ホモ接合指紋法による同祖領域判定方法、同祖領域判定装置、及び遺伝子スクリーニング方法 - Google Patents
ホモ接合指紋法による同祖領域判定方法、同祖領域判定装置、及び遺伝子スクリーニング方法 Download PDFInfo
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Description
<実施形態1の構成>
実施形態1について説明する。図2に本実施形態の機能ブロックの一例を示した。本実施形態の「同祖領域判定装置」(0200)は、「ホモ接合判定部」(0201)と、「ホモ接合領域情報取得部」(0202)と、「同祖領域判定部」(0203)を有する。
図5は実施形態1の同祖領域判定方法の処理の流れを示したものである。まず、二倍体以上である検体DNAの多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定する(ホモ接合判定ステップ S0501)。次に、前記ホモ接合判定ステップにて判定の対象となった多型マーカーのうち、ホモ接合と判定された多型マーカー(S0501YES)が連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得し(ホモ接合領域情報取得ステップ S0502)、前記ホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率が所定の同祖判定条件を満たした場合(S0503YES)に、ホモ接合体領域を同祖領域であると判定する(同祖領域判定ステップ S0504)。
まだ原因遺伝子の同定がされていない疾患を有しているヒトのDNAを検体として用いた場合には、本実施形態の同祖領域判定方法によって判定された同祖領域は疾患遺伝子を有している可能性の高い領域といえる。ヒトの場合と同様に、動物や植物のDNAを検体として用いた場合には、同祖領域であると判定された領域は疾患感受性遺伝子を有している可能性の高い領域といえる。また、本実施形態の同祖領域判定方法によって、現在ある解析方法よりも少ない検体数で、容易に疾患感受性遺伝子の候補領域を特定することができる。さらに、疾患を有していない検体DNAにおいて同祖領域と判定された領域は、劣性遺伝に対して脆弱な部分であるとも判定できる。
<実施形態2の構成>
実施形態2について説明する。図6に本実施形態の機能ブロックの一例を示した。本実施形態の「同祖領域判定装置」(0600)は、「多型マーカー選択部」(0601)と、「ホモ接合判定部」(0602)と、「ホモ接合領域情報取得部」(0603)と、「同祖領域判定部」(0604)を有する。
図7は実施形態2の同祖領域判定方法の処理の流れを示したものである。まず、二倍体以上である検体DNAの多型マーカーからホモ接合判定対象となる多型マーカーを選択し(多型マーカー選択ステップ S0701)、前記多型マーカー選択ステップにて選択された多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定する(ホモ接合判定ステップ S0702)。次に、前記ホモ接合判定ステップにてホモ接合と判定された多型マーカー(S0702YES)が連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得する(ホモ接合領域情報取得ステップ S0703)。さらに、前記ホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率が所定の同祖判定条件を満たした場合(S0704YES)に、ホモ接合体領域を同祖領域であると判定する(同祖領域判定ステップ S0705)。
本実施形態の同祖領域判定方法によって、多型マーカーを選択することにより、必要以上の多型マーカーの検出を省けるため、時間的にも費用的にも効率的に同祖領域を特定することができる。また、すでに関連解析や罹患同胞対解析等によって候補遺伝子領域が特定されているような場合には、その候補遺伝子領域内に存在する多型マーカーを細かく選択することによって、さらに候補遺伝子領域を絞り込むことが可能となる。
<実施形態3の構成>
実施形態3について説明する。図8に実施形態1を基本とする本実施形態の機能ブロックの一例を示した。本実施形態の「同祖領域判定装置」(0800)は、「ホモ接合判定部」(0801)と、「ホモ接合領域情報取得部」(0802)と、「同祖領域判定部」(0803)と、「同祖領域情報保持部」(0804)と、「同祖領域重複頻度情報取得部」(0805)を有する。
図10は実施形態3の処理の流れを示したものである。まず、二倍体以上である検体DNAの多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定する(ホモ接合判定ステップ S1001)。次に、前記ホモ接合判定ステップにて判定の対象となった多型マーカーのうち、ホモ接合と判定された多型マーカーが連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得し(ホモ接合領域情報取得ステップ S1002)、前記ホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率が所定の同祖判定条件を満たした場合に(S1003YES)、ホモ接合体領域を同祖領域であると判定する(同祖領域判定ステップ S1004)。さらに、前記同祖領域判定ステップにて同祖領域であると判定された領域を示す同祖領域情報を、複数の検体に対して取得し(同祖領域情報取得ステップ S1005)、前記同祖領域情報取得ステップにて取得された複数の検体の同祖領域情報に基づいて、特定の同祖領域が複数の検体間で重なる頻度を取得する(同祖領域重複頻度取得ステップ S1006)。
本実施形態の同祖領域判定方法によって、まだ原因遺伝子の同定がされていない疾患を有しているヒトのDNAを検体として用いた場合には、疾患の原因遺伝子を有している可能性の高い領域の絞り込みを行うことができる。動物や植物の疾患感受性遺伝子の探索においても同様に用いることができる。また、家畜などの動物や植物の品種改良を行う際に本実施形態の同祖領域判定方法を用いることにより、劣性で有為な機能や形質を発現するような遺伝子の探索が可能となる。
<実施形態4の構成>
実施形態4について説明する。図11に実施形態1を基本とする本実施形態の機能ブロックの一例を示した。本実施形態の「同祖領域判定装置」(1100)は、「ホモ接合判定部」(1101)と、「ホモ接合領域情報取得部」(1102)と、「同祖領域判定部」(1103)と、「同祖領域情報保持部」(1104)と、「同祖領域重複頻度情報取得部」(1105)と、「同祖領域情報蓄積部」(1106)と、「重要同祖領域情報取得部」(1107)を有する。
図12は実施形態4の処理の流れを示したものである。まず、二倍体以上である検体DNAの多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定する(ホモ接合判定ステップ S1201)。次に、前記ホモ接合判定ステップにて判定の対象となった多型マーカーのうち、ホモ接合と判定された多型マーカーが連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得し(ホモ接合領域情報取得ステップ S1202)、前記ホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率が所定の同祖判定条件を満たした場合に(S1203YES)、ホモ接合体領域を同祖領域であると判定する(同祖領域判定ステップ S1204)。さらに、前記同祖領域判定ステップにて同祖領域であると判定された領域を示す同祖領域情報を、複数の検体に対して取得し(同祖領域情報取得ステップ S1205)、前記同祖領域情報取得ステップにて取得された複数の検体の同祖領域情報に基づいて、特定の同祖領域が複数の検体間で重なる頻度を取得する(同祖領域重複頻度取得ステップ S1206)。最後に、前記同祖領域重複頻度取得ステップにて取得された重複頻度を同祖領域情報に対応付けて蓄積し(同祖領域情報蓄積ステップ S1207)、前記同祖領域情報蓄積ステップにて蓄積された同祖領域情報のうち所定の重複頻度以上である重要同祖領域情報を取得する(重要同祖領域情報取得ステップ S1208)。
本実施形態の同祖領域判定方法によって、複数の検体で同祖領域と判定された領域のうちで、さらに重複頻度の高い領域の情報のみを取得することができる。疾患感受性遺伝子の探索を行う領域の絞り込む場合に、所定の重複頻度の設定値を変化することによって探索候補領域数の調整を行うことが可能となる。
<実施形態5の構成>
実施形態5について説明する。図13に実施形態1を基本とする本実施形態の機能ブロックの一例を示した。本実施形態の「同祖領域判定装置」(1300)は、「ホモ接合判定部」(1301)と、「ホモ接合領域情報取得部」(1302)と、「同祖領域判定部」(1303)と、「同祖領域情報出力部」(1304)とを有する。
図20を用いて計算機による実施形態5の処理の流れの一例を説明する。図20では多型マーカーとしてSNPを用い、同祖判定条件を連続確率が1/105以下に設定している。まず、SNPタイピング結果を取得すると、SNPの種類をAAのホモ、BBのホモ、ABのヘテロ、Nocallの4つに分類し、それぞれ1、2、3、4とする(S2001)。A及びBはあらかじめどの塩基を示すものであるかを決定しておく。Nocallは塩基の検出が行えなかったものである。SNPを染色体及び位置により並び替え(S2002)、処理を行っていない最も番号の小さい染色体の一を選択する(S2003)。選択した染色体の位置番号が小さいものから順に多型の種類を検索する(S2004)。まずホモ接合領域のstartとなる1又は2のSNPを検索する(S2005〜S2007)。最初に検出したホモ接合のSNPをstartとする(S2008)。次に隣のSNPを検索し(S2009)、4であればさらに次のSNPを検索する(S2010)。隣のSNPが1又は2であれば(S2011YES)、連続するホモ接合のSNPのホモ接合比を乗算する(S2012)。また隣のSNPが3であれば(S2013)、一つ前のSNPをホモ接合領域のendとする(S2014)。選択した染色体のすべての処理が終了していない場合には(S2015NO)、次にホモ接合領域のstartとなるSNPを検索するステップに戻り(S2006)、選択した染色体のすべてのSNPを検索するまで繰り返す。選択した染色体のすべてのSNPを検索し(S2015YES)、すべての染色体の処理が完了したかを確かめる。すべての染色体の処理が完了していない場合には(S2016NO)、次の染色体の検索を開始する(S2003)。すべての染色体の処理が完了した場合には(S2016YES)、ホモ接合比を乗算した値が設定した同祖判定条件(1/105以下)を満たす領域の情報のみを記録し、出力する(S2017)。
同祖領域情報を視覚化することにより、疾患遺伝子位置との比較や、他の検体との比較が容易となる。また、長い同祖領域を有していれば、近い家系内で近親婚があったこと、短い同祖領域ばかりであれば、近い家系内には近親婚がないことを容易に知ることができる。
<実施形態6の構成>
実施形態6について説明する。図14に実施形態2を基本とする本実施形態の機能ブロックの一例を示した。本実施形態の「同祖領域判定装置」(1400)は、「多型マーカー選択部」(1401)と、「ホモ接合判定部」(1402)と、「ホモ接合領域情報取得部」(1403)と、「同祖領域判定部」(1404)と、「同祖領域情報保持部」(1405)と、「同祖領域重複頻度情報取得部」(1406)と、「同祖領域情報蓄積部」(1407)と、「重要同祖領域情報取得部」(1408)と、「同祖領域重複頻度視覚化情報出力部」(1409)と、「重要同祖領域情報出力部」(1410)を有する。
複数の検体の同祖領域情報を、同祖領域重複頻度視覚化情報又は重要同祖領域情報として出力することにより、集団における同祖領域の頻度を明確にすることできる。同祖領域重複頻度視覚化情報出力部を有する同祖領域判定装置は、重複頻度の高い領域を容易に判断することを可能にする。また、重要同祖領域情報出力部を有する同祖領域判定装置は、設定した重複頻度以上の同祖領域のみを出力するため、遺伝子探索を行う領域を限定し、効率的に遺伝子スクリーニングを行うことを可能にする。
実施形態7について説明する。本実施形態は、特定の機能を有する遺伝子のスクリーニング方法であって、上記いずれか一に記載の同祖領域判定方法又は同祖領域判定装置によって判定された同祖領域に含まれる遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子の配列と比較する遺伝子スクリーニング方法である。
実施形態8について説明する。本実施形態は、特定の機能を有する遺伝子のスクリーニング方法であって、上記いずれか一に記載の同祖領域判定方法又は同祖領域判定装置によって判定された同祖領域情報が、前記同祖領域情報蓄積部に蓄積されている同祖領域情報と重複している場合に、重複領域に含まれる遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子の配列と比較する遺伝子スクリーニング方法である。
実施形態9について説明する。本実施形態は、特定の機能を有する遺伝子のスクリーニング方法であって、上記いずれか一に記載の同祖領域判定方法又は同祖領域判定装置によって判定された同祖領域が、ホモ接合となることにより機能することがすでに既知である遺伝子の含まれうる領域であるか否かを判定し、既知である遺伝子が含まれうる領域である場合に、既知である遺伝子と検体DNAの該遺伝子の配列を比較する遺伝子スクリーニング方法を提供する。
実施形態10について説明する。本実施形態は、特定の機能を有する遺伝子のスクリーニング方法であって、前記検体DNAが疾患を有する検体のDNAであり、上記いずれか一に記載の同祖領域判定方法又は同祖領域判定装置によって判定された同祖領域が、該疾患に関係すると予想される遺伝子を含む場合に、前記検体DNAの同祖領域中の該遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子と比較する、遺伝子スクリーニング方法を提供する。
肺胞微石症は、肺胞内に層状、年輪状のリン酸カルシウムからなる無数の微結石が形成される原因不明の稀な疾患である(非特許文献6)。本疾患は小児から成人に至るまで見られるが発症における性差はなく、その症状は年齢により異なる。通常、小児期から若年期の症例では胸部X線像に顕著なびまん性肺陰影が見られるにもかかわらず、概して自覚症状に乏しいが、40歳以上の症例では運動時の呼吸困難、咳等自覚症状を訴える。本疾患の長期予後は発見時の年齢により異なるが、必ずしも良好ではない。特に40歳以上の中高年期では症状の進行に伴い咳、呼吸困難等の呼吸器症状を生じる。さらに症状の進行することで呼吸不全に陥り死亡する例も多い。
図15に示す肺胞微石症を発症した5名を患者のDNAを検体として用いた。斜線は死亡した患者を示している。患者1、2、4は近親婚家系であり、家系内に肺胞微石症の患者を有している。また患者3は近親婚家系ではないが、家系内に肺胞微石症の患者を有している。患者5については近親婚家系かどうか分からない。検体DNAは、生存している患者においては、血液から調整し、死亡している患者においては、パラフィン包理切片標本から調整を行った。ゲノムDNAを抽出する方法は公知の方法を用いることができる。
多型マーカーは、染色体の全範囲に亘って満遍なく配置されているAffimetrix社のGeneChip(登録商標)Human Mapping 100k setを用いて行った。GeneChip Human Mapping 100k setは、テロメアとセントロメアを除く領域を幅広くカバーし、約10万個のSNPを一度に検出できる。100kb以内に少なくとも1個のSNPが含まれる領域は全DNAの92%、50kb以内では83%、10kb以内では40%に相当するため、疾患の原因が何であるのかが分かっていない場合の同祖領域の判定において好ましい。図16にそのSNPのカバー領域を示している。
前記各検体のDNAに対してSNPのタイピングを行った。またその解析は、判定の信頼性を確保するため、Australian Genome Research FacilityとAROS applied biotechnologyの2社に依頼して行った。タイピング結果は非常によく一致していた。SNPタイピングは、Affimetrix社のGeneChip Mapping 100k Assay Mannualに従い、行った。
SNPタイピングの結果から、ホモ接合かどうかを判定し、ホモ接合の連続している領域を判定した。
10万個のSNPの検出を行ったため同祖判定条件を連続確率が1/105以下として、同祖領域の判定を行った。ホモ接合領域及び同祖領域の判定は、以下の図23から図29に記載のプログラムを計算機に実行させて行った。この図においては、ホモ接合領域をSHS(Stretch of Homozygous SNPs)として表している。
患者1と2の共通部分、すなわち重複頻度が2の重要同祖領域を示したものが図18(D)である。どちらの患者も長い同祖領域を持つため、まだ候補領域の絞り込みが行えない。しかし、患者1から3の3検体の同祖領域の共通部分、すなわち重複頻度が3である重要同祖領域を視覚化して出力した図18(E)では、近親婚家系ではない患者3により、重要同祖領域を絞り込むことができた。この重要同祖領域は合わせて11.5Mbの長さとなった。図18(D)、(E)は、図30から図33に記載のプログラムによって重要同祖領域を判定し、重要同祖領域出力部によって視覚化して出力したものである。
11.5Mbの重要同祖領域内には、35個の遺伝子が含まれていた。しかし、そのうち25個の遺伝子は既知であるか、機能のほぼ知られた遺伝子であった。この中で肺胞微石症の病態に直接関係のありそうな遺伝子は,リン酸共輸送体をコードする遺伝子ただ一つであった。したがって、SLC34A2を候補遺伝子として、5検体に対し各検体のSLC34A2のエクソンの配列を調べたところ、全員の遺伝子がホモ接合の変異を有していた。それに対し、10人の健常人の遺伝子には変異は見られなかった。SLC34A2の塩基配列は、適当な配列をプライマーとして、BigDye Terminator v1.1 cycle sequencing Kit(ABI社)を用いて添付のプロトコルに従って反応を行った。自動DNAシークエンサー(ABI PRISM 310:ABI社)でこの反応産物の塩基配列を直接読み、増幅産物が改変型であることを確認した。また、健常人のゲノムDNAの抽出は上記患者のゲノムDNA抽出方法と同様である。
以上の結果から、従来近親婚家系を用いた劣性疾患遺伝子の同定に用いられていたHomozygosity mapping法が、Homozygosity fingerprinting法として近親婚のない患者にも拡張可能であることことが証明された。低浸透率である肺胞微石症の原因遺伝子の同定において、わずか3例の検体で遺伝子の同定に至ったことから、他の劣性疾患遺伝子の同定においても少数の検体で利用可能であることが示唆される。したがって、本発明の同祖領域判定方法、同祖領域判定装置、及び遺伝子スクリーニング方法は、劣性遺伝子の同定において非常に有効な解析方法を提供するものであることが判明した。
0201 ホモ接合判定部
0202 ホモ接合領域情報取得部
0203 同祖領域判定部
Claims (49)
- 二倍体以上である検体DNAの多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定するホモ接合判定ステップと、
前記ホモ接合判定ステップにて判定の対象となった多型マーカーのうち、ホモ接合と判定された多型マーカーが連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得するホモ接合領域情報取得ステップと、
前記ホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率及び/又は連続距離が所定の同祖判定条件を満たした場合に、ホモ接合体領域を同祖領域であると判定する同祖領域判定ステップと、
を有する同祖領域判定方法。 - 二倍体以上である検体DNAの多型マーカーからホモ接合判定対象となる多型マーカーを選択する多型マーカー選択ステップと、
前記多型マーカー選択ステップにて選択された多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定するホモ接合判定ステップと、
前記ホモ接合判定ステップにてホモ接合と判定された多型マーカーが連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得するホモ接合領域情報取得ステップと、
前記ホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率及び/又は連続距離が所定の同祖判定条件を満たした場合に、ホモ接合体領域を同祖領域であると判定する同祖領域判定ステップと、
を有する同祖領域判定方法。 - 前記多型マーカー選択ステップは、検体DNAの全染色体領域にわたって多型マーカーを選択するステップである請求項2に記載の同祖領域判定方法。
- 前記多型マーカー選択ステップは、候補遺伝子領域とされた領域に含まれる多型マーカーを選択するステップである請求項2に記載の同祖領域判定方法。
- 前記検体DNAが植物由来のDNAである請求項1から4のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記検体DNAが動物由来のDNAである請求項1から4のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記検体DNAがヒト由来のDNAである請求項1から4のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記検体DNAが日本人由来のDNAである請求項1から4のいずれか一に記載の同祖領域判定方法
- 前記多型マーカーは、SNPである請求項1から8のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記多型マーカーは、マイクロサテライトである請求項1から8のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記多型マーカーは、VNTRである請求項1から8のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記多型マーカーは、SNP、マイクロサテライト、VNTRのいずれか二以上の組み合わせである請求項1から8のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。
- 前記多型マーカー選択ステップは、
前記検体DNAがヒト由来のDNAであり、検体DNAの全染色体領域中において1万個以上のSNPを選択するステップである請求項9に記載の同祖領域判定方法。 - 前記多型マーカー選択ステップは、
前記検体DNAがヒト由来のDNAであり、検体DNAの全染色体領域中において10万個以上のSNPを選択するステップである請求項9に記載の同祖領域判定方法。 - 前記同祖領域判定ステップにおいて、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が1000万分の1から1万分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項1から14のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。 - 前記同祖領域判定ステップにおいて、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が500万分の1から5万分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項1から14のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。 - 前記同祖領域判定ステップにおいて、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が100万分の1から10万分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項1から14のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。 - 前記同祖領域判定ステップにおいて、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が100万分の1から5000分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項1から14のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。 - 前記同祖領域判定ステップにて同祖領域であると判定された領域を示す同祖領域情報を、複数の検体に対して取得する同祖領域情報取得ステップと、
前記同祖領域情報取得ステップにて取得された複数の検体の同祖領域情報に基づいて、特定の同祖領域が複数の検体間で重なる頻度を取得する同祖領域重複頻度取得ステップと、
をさらに有する請求項1から18のいずれか一に記載の同祖領域判定方法。 - 請求項1から19のいずれか一に記載の同祖領域判定方法によって判定された同祖領域に含まれる遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子の配列と比較する遺伝子スクリーニング方法。
- 請求項1から19のいずれか一に記載の同祖領域判定方法によって判定された同祖領域が、ホモ接合となることにより機能することがすでに既知である遺伝子の含まれうる領域であるか否かを判定し、既知である遺伝子が含まれうる領域である場合に、既知である遺伝子と検体DNAの該遺伝子の配列を比較する遺伝子スクリーニング方法。
- 前記検体DNAが疾患を有する検体のDNAであり、請求項1から19のいずれか一に記載の同祖領域判定方法によって判定された同祖領域が、該疾患に関係すると予想される遺伝子を含む場合に、前記同祖領域中の検体DNAの該遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子と比較する、遺伝子スクリーニング方法。
- 二倍体以上である検体DNAの多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定するホモ接合判定部と、
前記ホモ接合判定部にて判定の対象となった多型マーカーのうち、ホモ接合と判定された多型マーカーが連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得するホモ接合領域情報取得部と、
前記ホモ接合領域情報取得部にて取得されるホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率及び/又は連続距離が所定の同祖判定条件を満たした場合に、ホモ接合領域を同祖領域であると判定する同祖領域判定部と、
を有する同祖領域判定装置。 - 二倍体以上である検体DNAの多型マーカーからホモ接合判定対象となる多型マーカーを選択する多型マーカー選択部と、
前記多型マーカー選択部にて選択された多型マーカーを構成している塩基が、ホモ接合であるか判定するホモ接合判定部と、
前記ホモ接合判定部にて判定の対象となった多型マーカーのうち、ホモ接合と判定された多型マーカーが連続する検体DNAの領域を示すホモ接合領域情報を取得するホモ接合領域情報取得部と、
前記ホモ接合領域情報取得部にて取得されるホモ接合領域情報に含まれる多型マーカーの連続確率及び/又は連続距離が所定の同祖判定条件を満たした場合に、ホモ接合領域を同祖領域であると判定する同祖領域判定部と、
を有する同祖領域判定装置。 - 前記多型マーカー選択部において、
検体DNAの全染色体領域にわたって多型マーカーを選択する請求項24に記載の同祖領域判定装置。 - 前記多型マーカー選択部において、
候補遺伝子領域とされた領域に含まれる多型マーカーを選択するステップである請求項24に記載の同祖領域判定装置。 - 前記検体DNAが植物由来のDNAである請求項23から26のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記検体DNAが動物由来のDNAである請求項23から26のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記検体DNAがヒト由来のDNAである請求項23から26のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記検体DNAが日本人由来のDNAである請求項23から26のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記多型マーカーは、SNPである請求項23から30のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記多型マーカーは、マイクロサテライトである請求項23から30のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記多型マーカーは、VNTRである請求項23から30のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記多型マーカーは、SNP、マイクロサテライト、VNTRのいずれか二以上の組み合わせである請求項23から30のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記多型マーカー選択部において、
前記検体DNAがヒト由来のDNAであり、検体DNAの全染色体領域中で1万個以上のSNPを選択する請求項31に記載の同祖領域判定装置。 - 前記多型マーカー選択部において、
前記検体DNAがヒト由来のDNAであり、検体DNAの全染色体領域中で10万個以上のSNPを選択する請求項31に記載の同祖領域判定装置。 - 前記同祖領域判定部において、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が1000万分の1から1万分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項23から36のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。 - 前記同祖領域判定部において、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が500万分の1から5万分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項23から36のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。 - 前記同祖領域判定部において、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が100万分の1から10万分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項23から36のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。 - 前記同祖領域判定部において、
前記所定の同祖判定条件は、ホモ接合領域情報で示される領域の多型マーカーのホモ接合が連続する確率が100万分の1から5000分の1の範囲から選択される値よりも小さいことである請求項23から36のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。 - 前記同祖領域判定部にて所定の同祖判定条件を満たすと判定されたホモ接合領域を示す情報である同祖領域情報を視覚化して出力する同祖領域情報出力部をさらに有する請求項23から40のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。
- 前記同祖領域判定部にて同祖領域であると判定された領域を示す同祖領域情報を複数の検体に対応して複数保持する同祖領域情報保持部と、
前記同祖領域情報保持部にて保持された複数の検体の同祖領域情報に基づいて、特定の同祖領域が複数の検体間で重なる頻度を示す同祖領域重複頻度情報を取得する同祖領域重複頻度情報取得部と、
をさらに有する請求項23から41のいずれか一に記載の同祖領域判定装置。 - 前記同祖領域重複頻度情報取得部にて取得された同祖領域重複頻度情報を視覚化した情報である同祖領域重複頻度視覚化情報を出力する同祖領域重複頻度視覚化情報出力部をさらに有する請求項42に記載の同祖領域判定装置。
- 前記同祖領域重複頻度取得部にて取得された重複頻度を同祖領域情報に対応付けて蓄積する同祖領域情報蓄積部と、
前記同祖領域情報蓄積部に蓄積されている同祖領域情報のうち所定の重複頻度以上である重複頻度と対応付けられている同祖領域情報を取得する重要同祖領域情報取得部と、
をさらに有する請求項42又は43に記載の同祖領域判定装置。 - 前記重要同祖領域情報取得部にて取得された所定の重複頻度以上である重複頻度と対応付けられている同祖領域情報を示す重要同祖領域情報を視覚化して出力する重要同祖領域情報出力部をさらに有する請求項44に記載の同祖領域判定装置。
- 請求項23から45のいずれか一に記載の同祖領域判定装置によって判定された同祖領域に含まれる遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子の配列と比較する遺伝子スクリーニング方法。
- 請求項23から45のいずれか一に記載の同祖領域判定装置によって判定された同祖領域情報が、前記同祖領域情報蓄積部に蓄積されている同祖領域情報と重複している場合に、重複領域に含まれる遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子の配列と比較する遺伝子スクリーニング方法。
- 請求項23から45のいずれか一に記載の同祖領域判定装置によって判定された同祖領域が、ホモ接合となることにより機能することがすでに既知である遺伝子の含まれうる領域であるか否かを判定し、既知である遺伝子が含まれうる領域である場合に、既知である遺伝子と検体DNAの該遺伝子の配列を比較する遺伝子スクリーニング方法。
- 前記検体DNAが疾患を有する検体のDNAであり、請求項23から45のいずれか一に記載の同祖領域判定装置によって判定された同祖領域が、該疾患に関係すると予想される遺伝子を含む場合に、前記検体DNAの同祖領域中の該遺伝子の配列を同定し、正常遺伝子と比較する、遺伝子スクリーニング方法。
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