JP3857576B2 - 高分子材料設計システムおよび高分子材料設計プログラム - Google Patents
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Description
【発明の属する技術分野】
本発明は、高分子材料設計システムおよび高分子材料設計プログラムに関する。
【0002】
【従来の技術】
従来、材料設計や機器設計においては、理論的な実証を行う前の数値解析やシミュレーションが重要である。
【0003】
解析やシミュレーションを行うプログラム、いわゆる、解析エンジンは、多くのものが流通しており、それぞれの解析エンジンで入出力データを規定している。
すなわち、解析エンジンに応じて、或る定まったデータ形式の入力データに対しては、解析結果として、或る定まったデータ形式の出力データとして出力する。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】
このように解析エンジン毎に定まったデータ形式の入出力データとなっているので、データ形式が異なる複数の入力データを解析するには、各データ形式毎に解析エンジンを準備して各解析エンジン毎に解析を行うか、あるいは、或るデータ形式に対応する解析エンジンを準備して異なるデータ形式の入力データは、前記或るデータ形式に変換して解析エンジンで解析を行う必要があり、したがって、解析エンジンの数が多くなったり、変換回数が増えたりするといった難点がある。
【0005】
また、或る解析エンジンの解析結果を、さらに解析内容が異なる他の解析エンジンで解析するためには、両解析エンジンのデータ形式が異なっている場合には、前記或る解析エンジンに対応したデータ形式の出力データを、前記他の解析エンジンに対応したデータ形式の入力データに変換するプログラムが必要になるといった難点がある。
【0006】
さらに、解析エンジンを用いた解析結果は、解析エンジン毎に定まったデータ形式の出力データとなっており、かかる出力データは、数値の羅列であって、その数値がどのような意味を持つかを把握するには、マニュアルを参照するなどして調べる必要があり、解析結果の分析が面倒であった。
【0007】
本発明は、上述のような点に鑑みて為されたものであって、解析エンジンの入出力データのデータ形式を共通化できるようにして効率的な解析を行える環境を提供することを主たる目的とする。
【0008】
【課題を解決するための手段】
本発明では、上述の目的を達成するために、次のように構成している。
【0009】
すなわち、本発明の高分子材料設計システムは、分子構造データを解析手段で解析処理して出力する高分子材料設計システムであって、入力データを前記解析手段に入力するための入力用のデータ規定手段と、前記解析手段による解析処理結果を出力データとして出力するための出力用のデータ規定手段とを備え、前記入出力データは、変数の値を含むデータ部と、該データ部のデータを定義する変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位を含む定義部とからなるデータ形式であって、複数分子から構成される分子群を表現する変数と、個々の分子は複数の原子から構成され該個々の原子を表現する変数と、分子群を構成する個々の原子の座標、速度、力を表現する変数とを含み、前記入力用のデータ規定手段は、入力データを該定義部で定義されているデータがデータ部のどのデータに相当するかを解析し、定義とデータとを関連付けて前記解析手段の入力データ記憶領域に記憶させ、前記出力用のデータ規定手段は、出力データ記憶領域に定義と関連付けて記憶されている前記解析手段による解析処理結果のデータを読み出し、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなるデータ形式の出力データとして出力することを特徴とする。また、本発明の高分子材料設計プログラムは、分子構造データを解析手段で解析処理して出力するためにコンピュータを、入力データを前記解析手段に入力する入力用のデータ規定手段として機能させ、前記解析手段による解析処理結果を出力データとして出力する出力用のデータ規定手段として機能させ、前記入出力データは、変数の値を含むデータ部と、該データ部のデータを定義する変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位を含む定義部とからなるデータ形式であって、複数分子から構成される分子群を表現する変数と、個々の分子は複数の原子から構成され該個々の原子を表現する変数と、分子群を構成する個々の原子の座標、速度、力を表現する変数とを含み、前記入力用のデータ規定手段は、入力データを該定義部で定義されているデータがデータ部のどのデータに相当するかを解析し、定義とデータとを関連付けて前記解析手段の入力データ記憶領域に記憶させ、前記出力用のデータ規定手段は、出力データ記憶領域に定義と関連付けて記憶されている前記解析手段による解析処理結果のデータを読み出し、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなるデータ形式の出力データとして出力することを特徴とする。さらに、 [kg] 、 [rad] 、 [J] 、 [kJ] 、 [K] 、 [mol] 、 [nm] をシステムが保有する基本単位系とし、これを組み合わせることで、単位系を定義できることを特徴とする。
【0010】
本発明によると、解析手段の入出力データを所定のデータ形式としているので、解析エンジンの入出力データのデータ形式を共通化できることになり、従来のように、異なるデータ形式毎に解析エンジンを必要とすることもなく、また、一旦所定のデータ形式に変換した後は、異なる解析内容の解析エンジンであっても、従来のようにデータ形式を変換する必要がなく、変換回数を低減できることになる。さらに、所定のデータ形式は、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなるので、単なる数値データの羅列である従来例のように、その数値がどのような意味を持つかを把握するために、マニュアルなどを参照することなく、定義部から容易に把握できることになる。
【0011】
本発明によると、データ部の変数名、型、意味および単位を容易に把握できることになる。
【0013】
本発明によると、所定のデータ形式のデータを、定義部の定義に関連付けて記憶領域に取り出しやすいように記憶させることができるので、記憶させたデータに対して、編集、表示やその他の処理を容易に行える。
【0014】
本発明によると、記憶させたデータに対する処理も容易に行えることになる。
【0015】
本発明の一つの実施態様においては、高分子材料設計システムは、前記記憶領域に記憶されているデータに対して、簡易言語プログラムに従って操作を行うデータ操作手段を備える構成とし、また、高分子材料設計プログラムは、前記コンピュータを、前記記憶手段に記憶されているデータに対して、簡易言語プログラムに従って操作を行うデータ操作手段として機能させるものである。
【0016】
本発明によると、データ部と定義部とからなる所定のデータ形式に対応して記憶領域にデータが記憶されているので、データに対する様々な操作、例えば、編集、表示、印字といったような操作を簡易言語プログラムで実行させることができる。
【0017】
また、記憶領域には、変数の値と、その変数名、型、意味および単位とが対応付けて記憶されているので、前記データ操作手段は、より簡易な拡張簡易言語プログラムを用いてデータに対する様々な操作を記述することができ、この拡張簡易言語プログラムを、変換インターフェースを用いて簡易言語に変換して操作を実行することができる。
【0018】
さらに、頻繁に使用される所定の操作に対応する拡張簡易言語プログラムは、アクションファイルとして格納しておくことにより、前記所定の操作を容易に行えることになる。
【0019】
本発明の好ましい実施態様においては、高分子材料設計システムは、前記解析手段による解析処理の実行を制御する解析制御手段を備える構成とし、また、高分子材料設計プログラムは、前記コンピュータを、前記解析手段による解析処理の実行を制御する解析制御手段として機能させるものである。
【0020】
本発明によると、解析処理の開始や終了などを制御することができる。
【0021】
本発明の他の実施態様においては、高分子材料設計システムは、前記解析制御手段が、前記解析処理の停止および再開を指示するデータが格納されたコントロールファイルおよび変更できる変数を定義するパラメータファイルを含む構成であり、また、高分子材料設計プログラムは、前記解析制御手段による解析処理の停止および再開を指示するデータが格納されたコントロールファイルおよび変更できる変数を定義するパラメータファイルを含むものである。
【0022】
本発明によると、コントロールファイルの指示に従って解析処理を一旦停止し、パラメータファイルで定義された変数を変更して解析処理を再開することができる。
【0023】
本発明の更に他の実施態様においては、前記解析制御手段は、解析処理を監視するものである。
【0024】
本発明によると、長時間に亘る解析処理の実行状態を監視することができる。
【0025】
本発明の他の実施態様においては、監視する変数を定義するとともに、その変数のデータが、前記所定のデータ形式で更新記憶されるサマリファイルを含むものである。
【0026】
本発明によると、サマリファイルで定義された変数を監視し、その変数の値をサマリファイルに更新記憶するので、解析経過時間に応じて、監視対象の変数が、どのように変化するかを監視できる。
【0027】
【発明の実施の形態】
以下、本発明の実施の形態について図面を参照して詳細に説明する。
【0028】
(実施の形態1)
図1は、本発明の一つの実施の形態に係る科学技術計算解析システムの機能の関連を示すブロック図である。
【0029】
この実施の形態の科学技術計算解析システムは、例えば、コンピュータシステムで構成されており、本発明に係る科学技術計算解析プログラムによって処理が実行されるものであり、入力データファイル1からのデータを入力して解析エンジン2で解析処理し、その結果を,出力データファイル3に出力するものである。
【0030】
この実施の形態の科学技術計算解析システムでは、異なる解析エンジンを利用する場合であっても、その入出力データの形式を共通化できるようにして効率的な解析を行えるようにするために、次のように構成している。
【0031】
すなわち、入力データファイル1は、データ部と該データ部のデータを定義するデータ定義部とからなる所定のデータ形式であるUDF(User Definable Format)形式のファイルとなっている。
【0032】
このUDF形式のデータ部は、データの実体となる部分であって、変数(パラメータ)の値から構成され、データ定義部は、データを定義する部分であって、変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位などからなり、従来例のような単なる数値の羅列ではなく、定義された順番でデータが配列されている。
【0033】
なお、UDF形式の具体例は、図17〜図19に基づいて、後述する。
【0034】
この実施の形態では、このようなUDF形式の入力データファイル1を、解析エンジン2に入力するための入力用のデータ規定手段41を備える一方、解析処理結果を、UDF形式の出力データとして出力データファイル3に出力するための出力用のデータ規定手段42を備えている。
【0035】
図2は、入力用のデータ規定手段の動作説明に供するフローチャートである。
【0036】
データ定義部1aおよびデータ部1bからなるUDF形式の入力データファイル1からファイル入力機能によってテキストデータを取り込む(ステップn1)。字句解析(ステップn2)、構文解析(ステップn3)および意味解析(ステップn4)を行うことによって、データ定義部1aで定義されているデータが、データ部1bのどのデータに相当するかを解析し、定義とデータとを関連付けてデータを取り出す易いように入力データ記憶域5に記憶させる。
【0037】
図3は、以上のようにして取り込んで入力データ記憶域5に記憶した入力データに対する解析エンジン2による解析処理の動作説明に供するフローチャートである。定義と関連付けて入力データ記憶域5に記憶されている入力データの内から解析に必要なデータを、データ抽出機能によって抽出し(ステップn1)、解析ループを開始し(ステップn2)、解析機能によって解析処理を行い(ステップn3)、この実施の形態では、データ更新機能によって、一回の処理毎に、その結果のデータを、UDF形式に対応して定義と関連付けて出力データ記憶域6に更新記憶し(ステップn4)、解析ループが終了したら終了する(ステップn5)。
【0038】
したがって、出力データ記憶域6には、最終的な解析処理結果の出力データが定義と関連付けて記憶されることになる。
【0039】
図4は、以上のようにして解析処理が終了して出力データ記憶域6に記憶されているデータを、図1の出力用のデータ規定手段42を介して出力データファイル3に出力する場合の処理を示すフローチャートである。
【0040】
ファイル出力機能によって、出力データ記憶域6のバイナリデータである出力データを読み出し、テキストデータであるデータ定義部3aとデータ部3bとからなるUDF形式にして出力データファイル3に出力する(ステップn1)。
【0041】
解析結果が出力される出力データファイル3は、変数の値からなるデータ部と、その変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位などからなるデータ定義部とからなるUDF形式であるので、従来例に比べて、変数の値の意味を容易に把握することができ、解析結果の分析が容易となる。
【0042】
また、UDF形式では、データを定義できるので、解析エンジンを開発する開発者と解析を行う解析者が、変数の意味を容易に共有化できることになり、それぞれの業務の支援に役立つ。
【0043】
さらに、従来では、入出力データのデータ形式に応じた解析エンジンとするか、あるいは、入出力データを解析エンジンに応じて変換する必要があったのに対して、UDF形式のみの解析エンジンだけでよく、入力データを、一旦UDF形式に変換した後は、UDF形式のどの解析エンジンでも解析を行えることになり、従来例に比べてデータの変換の回数を低減できることになる。また、出力データをグラフ化する場合にも、従来では、データ形式に応じたプログラムが必要であったけれども、UDF形式の対応したプログラムだけで済むことになる。
【0044】
(実施の形態2)
図5は、本発明の他の実施の形態に係る科学技術計算解析システムの機能の関連を示すブロック図であり、上述の実施の形態に対応する部分には、同一の参照符号を付す。
【0045】
この実施の形態の科学技術計算解析システムは、解析エンジン2による解析処理の実行を制御する解析制御手段としてのコントロール(CONTROL)ファイル7を備えるとともに、解析処理において、変更できるパラメータ(変数)を定義するパラメータ(PARAMETER)ファイル8を備えている。
【0046】
コントロールファイル7は、解析エンジン2による解析処理の開始、終了、停止、再開を指示するデータであり、パラメータファイル8は、変更できるパラメータを定義するものであって、上述の入力データファイル1や出力データファイル3と同様に、データ定義部とデータ部とからなるUDF形式となっており、入力用のデータ規定手段41を介して上述の入力データと同様に解析エンジン2に取り込まれる。
【0047】
図6は、この実施の形態の解析エンジン2による解析処理の動作説明に供するフローチャートである。
【0048】
先ず、上述の実施の形態と同様に、定義と関連付けて入力データ記憶域5に記憶されているデータの内から解析に必要なデータを、データ抽出機能によって抽出し(ステップn1)、解析ループを開始し(ステップn2)、解析制御判定機構によって、コントロールファイル7のデータであるコントロールデータ20を取り込み(ステップn3)、そのコントロールデータ20に応じて、中止、実行あるいは再開のいずれかに制御を分岐し(ステップn4)、中止の場合には、解析処理を終了し、実行の場合には、解析機能によって解析処理を行い(ステップn5)、データ更新機能によって、一回の処理毎に、その結果のデータを、UDF形式に対応して定義と関連付けて出力データ記憶域6に更新記憶し(ステップn6)、解析ループが終了したら終了する(ステップn7)。
【0049】
また、ステップn3において、コントロールデータ20に基づいて、解析処理が一時停止され、後述のようにコントロールデータが変更されて再開に制御が分岐されると、上述のパラメータファイル8のデータが取り込まれたパラメータデータ記憶域9からパラメータをデータ抽出機能で抽出してそのパラメータを変更して解析処理を再開するのである(ステップn8)。
【0050】
この実施の形態によれば、解析処理の途中で一時停止し、指定したパラメータを変更して解析処理を再開することができる。
【0051】
(実施の形態3)
図7は、本発明の更に他の実施の形態に係る科学技術計算解析システムの機能の関連を示すブロック図であり、上述の実施の形態に対応する部分には、同一の参照符号を付す。
【0052】
この実施の形態では、上述の図5の構成において、解析エンジン2による解析処理を監視する解析制御手段としてのサマリ(SUMMARY)ファイル10を備えている。このサマリファイル10は、監視する変数を定義するものであって、上述の入力データファイル1や出力データファイル3と同様に、データ定義部とデータ部とからなるUDF形式となっており、入力用のデータ規定手段41を介して上述の入力データと同様に解析エンジン2に取り込まれる。また、このサマリファイル10は、監視対象とされた変数のデータが、出力用のデータ規定手段42を介して出力される。
【0053】
図8は、この実施の形態の解析エンジンによる解析処理の動作説明に供するフローチャートであり、図6に対応する部分には、同一の参照符号を付す。
【0054】
この実施の形態では、解析機能によって解析処理を行い(ステップn5)、一回の処理毎に、その結果のデータを、UDF形式に対応して定義と関連付けて出力データ記憶域6に記憶する一方、サマリファイル10で定義された監視対象となる変数のデータについては、定義と関連付けてサマリデータ記憶域11に更新記憶される(ステップn6)。
【0055】
また、このサマリデータ記憶域11に更新記憶された監視対象の変数のデータは、例えば、図9の監視制御のフローチャートに示されるように、解析監視ループが開始されると(ステップn1)、監視項目表示機能によって、グラフ化して表示することも可能であり(ステップn2)、さらに、上述のサマリファイル10には、監視対象の変数の値が、所定値になったら所要の処理を実行せよという指令を書き込むことができるので、かかる場合には、その監視項目が所定値になったか否かという監視項目判定を行い(ステップn3)、その判定結果に応じて、処理起動機能によって所要の処理を実行することもできる(ステップn4)。
【0056】
この実施の形態によれば、監視したい種類のパラメータを、サマリファイル10で指定することにより、そのパラメータを、グラフ化して表示するといったことができ、効率的に監視できることになる。
【0057】
(実施の形態4)
本発明の科学技術計算解析システムは、上述の各実施の形態の構成に加えて、図10の機能関連のブロック図に示される構成を追加してもよい。
【0058】
すなわち、上述のデータ規定手段41,42の機能を利用してUDF形式のデータに対して所要の操作、例えば、グラフ表示、編集、あるいは、他のデータ形式のデータをUDF形式に変換するといった操作を行うデータ操作手段12を設けるのである。
【0059】
図11は、このデータ操作手段12の動作を説明するためのフローチャートである。
【0060】
UDF形式に対応してデータ記憶域13に記憶されているデータに対して、所要の操作を施す場合には、拡張簡易言語プログラムによって行えるようにしている。
【0061】
すなわち、拡張簡易言語プログラム15を、簡易言語変換インタフェースで簡易言語プログラム16に変換し(ステップn1)、UDF形式に対応して定義に関連付けてデータ記憶域13に記憶されているデータをデータ抽出機能によって抽出し(ステップn2)、簡易言語実行機能によって簡易言語プログラム16に従って所要の処理を行って(ステップn3)データ更新機能によってUDF形式に対応して定義に関連付けてデータ記憶域14に記憶させるのである(ステップn4)。
【0062】
このようにUDF形式で共通化されていることを利用して、データ記憶域13に記憶されているデータに対して、拡張簡易言語プログラム15で所要の操作(処理)を行える。
【0063】
したがって、所要の操作をさせるためのプログラムの作成が容易となる。
【0064】
特に、解析システムでは、試行錯誤的に処理を行ってプログラムを作成する必要があり、かかる場合に拡張簡易言語によってプログラムを作成できるので便利である。
【0065】
また、本発明の他の実施の形態として、試行錯誤の後、最終的に簡易言語のプログラムが決定された後は、アクション(ACTION)ファイルとして所要の操作を定義してもよい。すなわち、試行錯誤的に作成されて最終的に決定されたプログラムをアクションファイルとして蓄積してもよい。
【0066】
図12は、かかるアクションファイルを用いたデータ処理を説明するためのフローチャートである。
【0067】
アクションファイル17は、操作を定義する操作定義データ18と、操作に対応した拡張簡易言語プログラム19とからなり、選択指定された操作に対応するデータが、データ記憶域13にあるか否かをデータ指定機能によって判断し(ステップn1)、そのデータが存在する場合には、操作選択機能によってアクションファイル17で選択された操作を選択し(ステップn2)、その操作に対応する拡張簡易言語プログラム19を、上述の実施の形態と同様に、簡易言語変換インタフェースで簡易言語プログラム16に変換し(ステップn3)、UDF形式に対応して定義に関連付けてデータ記憶域13に記憶されているデータを、データ抽出機能によって抽出し(ステップn4)、簡易言語実行機能で簡易言語プログラム16に従って所要の処理を行って(ステップn5)データ更新機能によってUDF形式に対応して定義に関連付けてデータ記憶域14に記憶させるのである(ステップn6)。
【0068】
次に、上述の各実施の形態に共通する解析エンジン2の解析制御のフローチャートを、図13に示す。
【0069】
先ず、解析を開始する場合には、実行する解析エンジン、入力データファイル、出力データファイル、パラメータファイル、サマリファイルを指定し(ステップn1)、データ規定機能によって、上述のようにUDF形式に対応して定義と関連付けて入力データ記憶域5およびパラメータデータ記憶域9にデータが記憶される(ステップn2)。
【0070】
また、解析監視起動機能によって解析監視機能が起動されると(ステップn3)、上述の図9の処理が実行される。
【0071】
さらに、解析エンジン起動機能によって、解析エンジンが起動されると(ステップn4)、上述の図8の処理が実行される。
【0072】
実行監視ループにおいては(ステップn5)、解析エンジン監視機能によって解析エンジンが監視され(ステップn6)、パラメータデータの変更があると、データ更新機能によってパラメータデータ記憶域9のパラメータデータが更新され(ステップn7,n8)、また、コントロールデータの変更があると(ステップn9)、コントロールデータ20が変更される。
【0073】
次に、本発明の科学技術計算解析システムを具体的な実施例に基づいて説明する。
【0074】
ここでは、高分子材料設計に適用して▲1▼解析実行前準備、▲2▼解析実行、▲3▼解析結果分析の3段階に沿って説明する。
【0075】
1.解析実行前準備
(1)解析データ作成
高分子材料設計では、分子構造データを組み合わせて新しい材料の設計を行う。分子構造データは、既存のデータ形式に基づく外部ファイルがよく用いられる。
【0076】
ここでは、このような既存のデータ形式の外部データファイルからUDF形式の入力データファイルに取り込むための操作を記述したアクションファイルを利用して簡便に解析用の入力データ(解析データ)を作成するようにしている。
【0077】
すなわち、図14および図15にそれぞれ示される既存のデータ形式であるmolファイルおよびPDBファイルの分子構造データを、UDF形式の入力データファイルに取り込むものである。
【0078】
この場合、図16に示されるように、分子構造データの取り込み先のUDFファイルを開いて分子構造データの取り込みアクション、この例でモルキュールビルダー(MoleculeBuilder)21をクリックしてそのアクションプログラムを実行することにより、UDF形式に変換されて入力データファイルとしてのUDFファイルに取り込まれる。
【0079】
図17〜図19は、UDFファイルに取り込まれた結果のテキスト表示の例を示しており、3つの図に分けて示している。
【0080】
このUDF形式は、科学技術計算で用いる物理量の定義とデータ値とを緻密かつ効率的に表現するための科学技術計算用のデータ書式である。
【0081】
UDF形式のファイルは、図17から図18の略中段に亘って示されるデータ定義部30と、図18の略中段以降に示されるデータ部31とからなる。
【0082】
データ定義部30は、使用する単位系定義32のブロック34と、データ構造定義33のブロック35とからなる。
【0083】
単位系定義32は、データ構造定義33において、使用できる単位を定義するものであり、データ構造定義33で定義される変数の単位は、単位系定義32で定義された単位を組み合わせた式を使用して記述することができる。
【0084】
データ構造定義33は、変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位を定義する。
【0085】
UDFにおける変数の基本型は、int、long、single、float、double、stringおよびこれらの配列型であるが、定義されたデータ構造の変数名を、データ構造定義ブロック内の後続の定義において変数の型として用いることができる。
【0086】
変数の意味は、文字列で記述され、GUI環境では変数の説明文として表示させることができる。
【0087】
ここで、データ構造定義の例を挙げると、例えば、図18のVector3d36という変数の型は、floatという基本型のx,y,zの3つの変数の組であり、単位は、unitであると定義されている。ここで、unitとは、外部から与えられる単位であることを示している。
【0088】
また、Moleculer_Coord37という変数の型は、Vector3dという変数の型を持つatomという変数名の配列であり、単位は、unitであると定義されている。
【0089】
また、position38という変数の型は、Moleculer_Coordという変数の型を持つmolという変数名の配列であって、単位は、上述の単位系定義32で定義されているsigmaであると定義されている。さらに、このposition38は、その意味がPosition of atomsであると定義されている。
【0090】
また、Set_of_Molecules39は、分子群を表現する変数名であり、Moleculeという型を持つmoleculeという変数名の配列であると定義されており、このSet_of_Moleculesは複数分子から構成され、個々の分子は複数の原子から構成される。個々の原子は、Atomという変数の型で表現され、図17に示されるように、このAtomという変数の型40は、Atom_ID、Atom_Name、Atom_Type_Name、Chirality、Main_Chainの5つのデータの並びから構成される。
【0091】
また、図18に示されるStructure41は、分子群を構成する個々の原子の座標、速度、力を表現する変数である。座標、速度、力は、3次元のベクトルVector3dの型で表現され、x,y,zの3つのデータの並びから構成される。
【0092】
一方、図18の略中段以降のデータ部31は、データブロック42で記述され、このデータブロック42内では、データ値をデータ定義部で定義された順に記述され、これによりデータ変数名とデータ値の関連付けを効率的に行うことができる。
【0093】
このようにデータ部には、定義されたようにデータが並んでいるので、UDF変数をプログラムから使用する場合、例えば、変数名:Set_of_Molecules.molecule[0].atom[0].Atom_Nameで、図18のデータ値43:”C1”を参照することができ、また、変数名:Structure.mol[0].atom[2].zで、図19のデータ値44:−4.3740001を参照することができる。
【0094】
このようにしてデータ部の全てのデータを参照する式を作製できることになり、従来のようにマニュアルやプログラムを見る必要がない。
【0095】
次に、このようにUDFファイルに取り込んだデータに対して、例えば、3D表示のアクション、この例では、上述の図16のshow22をクリックすることにより、アクションファイルによって図20に示されるような分子構造の3D表示が行える。
【0096】
UDFファイルには、上述のように、データの変数名、型、意味、単位の定義が行われているので、これらを利用することにより、解析に必要なデータの作成を迅速に行うことができる。
【0097】
例えば、データ変数の意味を参照する場合には、カーソルで指定して図21に示されるように、意味を参照することができる。この図21では、Initial_Unit_Cell23をクリックして矩形の領域24にその説明が表示されている。従来では、変数の意味を知るためには、マニュアルを参照する必要があったけれども、本発明では、UDF形式であるので、簡単に変数の意味を参照することが可能となる。
【0098】
また、一般に入力データの単位系は、解析エンジン毎に異なっており、特定の単位で無次元化されていることが多く、従来では、解析データの作成には、マニュアルを参照して単位系換算計算を行うなどの複雑な作業が必要であったけれども、本発明では、UDFファイルの定義部に変数の単位系が定義されるので、変換可能な任意の単位系で入力を行い、自動的に解析エンジンが必要とする単位系に変換することが可能となる。例えば、圧力の場合には、図22に示されるように、Pressure_Stress25をクリックすることにより、変換できる単位系が矩形領域26に表示される。
【0099】
データの編集においては、同じ編集操作の繰り返しや複雑な手順の編集を行う必要があり、従来は、マクロ機能として編集プログラムに組み込まれることが多かったが、マクロ定義方法が編集プログラムごとに異なり、定義操作自体が複雑になっていたのに対して、本発明では、スクリプト言語の記述と実行を常時行うことができ、編集操作をプログラムすることが容易となる。
【0100】
例えば、図23に示されるAtomID27は、1,2,3,4……と1から始まっているが、解析エンジンによっては、このAtomIDが0から始まるデータを扱うように作成されている場合があり、かかる場合には、AtomIDを、全て−1した値に変更する必要があるが、本発明では、例えば、図24に示されるスクリプト言語によるアクションファイルによって、アトムIDを0から始まる連番に変更することができる。
【0101】
これらアクションは、編集時に試行錯誤的に作成することも可能であるが、前もって準備しておくこともでき、これにより、特定のUDFファイルに対する編集操作を、ライブラリ(アクションファイル)として蓄えることができる。
【0102】
さらに、スクリプト言語で記述した操作方法をUDFファイル変数と関連付けしたアクションファイルを用いることにより、編集対象に規定された編集操作を間違いなく実行することが可能になる。
【0103】
(2)解析エンジン実行状態の監視準備
解析者は、特定の解析目的のもとに、解析エンジンの実行状態を監視する必要がある。
【0104】
一般に、解析エンジンの解析出力結果は、膨大であり、この中から特定のデータのみを実行中に取り出すことは困難であることが多い。
【0105】
このため、解析エンジンに特定の解析結果データをサマリファイルに出力させることを指示する仕組みにより、効率的に実行状態を監視することが可能となる。
【0106】
例えば、図25のサマリファイルでは、解析ステップ、解析経過時間、解析温度をログ出力させ、解析温度と解析圧力を解析経過時間でグラフプロットすることを指示している。
【0107】
解析エンジンは、実行時にサマリファイルを読み込み、指示に従って解析データの一部をサマリファイルに追加する。
【0108】
2.解析実行
(1)解析実行開始
解析実行時には、例えば、図26に示されるように、解析エンジン、入力用UDFファイル、出力用UDFファイル、解析パラメータ等を対応する領域にそれぞれ指定入力する。
【0109】
(2)解析エンジン実行状態の制御
解析エンジンの実行中は、サマリファイルで指定した特定の解析結果が表示される。
【0110】
これらの情報を判断して、実行中断、実行再開、実行終了を行うことが可能である。実行中断時に、解析パラメータの変更を行う場合、パラメータファイルの編集を行う。この編集操作は、UDFファイルの編集に示したものと同じである。
【0111】
(3)解析エンジン実行状態の監視および自動化
サマリファイルの内容を可視化するプログラムにより、例えば、図27に示されるように指定したパラメータを可視化して詳細に解析状態を監視したり、データの値をチェックし、パラメータファイルを変更した上で、解析継続を行うような自動監視プログラムを作成できる。
【0112】
3.解析結果分析
(1)解析結果の可視化
解析結果を分析するために、2D描画、3D描画、アニメーションなどの可視化を行う必要がある。これには、スクリプト言語で記述した描画プログラムを利用できる。これらのスクリプト言語の記述と実行を表示画面下部で試行錯誤的に行え、また、アクションとして実行することも可能である。
【0113】
例えば、図28は、分子構造の3D描画プログラムの例であり、分子構造の3D描画を行うことができる。
【0114】
(2)解析結果の分析プログラム作成・実行
出力UDFファイルの解析結果を数値計算したり、数値計算結果のグラフ化をスクリプト言語により行うことが可能である。この手順は、解析結果の可視化で示したものと同様に、試行錯誤的に行うことも、アクションから実行することも可能である。
【0115】
例えば、図29に示されるように、特定の2つの原子をマークし、マークされた原子28,29を解析経過時間で追跡して軌跡を描画している。
【0116】
(3)分析プログラムの蓄積
解析者が分析のために作成したスクリプトは、全てアクションとして蓄積可能である。アクションは、UDF変数と関連付けすることにより、選択対象に可能な操作を間違いなく実行することが可能になる。
【0117】
アクションファイル作成においては、作成したスクリプトをアクションファイルへ記述する。例えば、図30は、特定原子の解析経過時間追跡を行うアクションの記述例であり、これにより、マーカー追加、軌跡作成および軌跡描画の3回のアクション操作で描画可能となる。
【0118】
また、アクションファイルは、特定のUDFファイルに関連付けることにより、異なる解析エンジンのUDFファイルとの名前の重複を避けることが可能となる。また、複数の解析エンジンに共通なアクションを定義することも可能となる。例えば、図31に示されるように、UDFファイルに、下線で示されるようにアクションファイル名を記述しておくことで、このUDFファイルを開くと、指定したアクションを実行できる。
【0119】
(その他の実施の形態)
上述の実施の形態では、データ部とデータ定義部とからなるUDF形式のデータに適用して説明したけれども、本発明の他の実施の形態として、文書構造の指定に使うタグを独自に定義できるXMLに適用してもよい。
【0120】
上述の実施の形態では、コンピュータシステムに適用して説明したけれども、本発明の他の実施の形態として、インターネットなどのネットワークを介して接続されたコンピュータによって科学技術計算解析システムを構成してもよい。
【0121】
【発明の効果】
以上のように本発明によれば、解析手段の入出力データを、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなる所定のデータ形式としているので、解析エンジンの入出力データのデータ形式を共通化できることになり、従来のように、異なるデータ形式毎に解析エンジンを必要とすることもなく、また、一旦所定のデータ形式に変換した後は、異なる解析内容の解析エンジンであっても、従来のようにデータ形式を変換する必要がなく、変換回数を低減できることになる。
【0122】
さらに、所定のデータ形式は、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなるので、単なる数値データの羅列である従来例のように、その数値がどのような意味を持つかを把握するために、マニュアルなどを参照することなく、定義部から容易に把握できることになり、解析結果の分析等が迅速に行える。
【0123】
また、所定のデータ形式のデータを、定義部の定義に関連付けて記憶領域に取り出しやすいよにう記憶させることができるので、記憶させたデータに対して、簡易言語プログラムで編集、表示やその他の操作を容易に行える。
【0124】
さらに、解析処理の途中で、解析処理を一旦停止してパラメータを変更して解析処理を再開することができ、また、解析処理において、指定したパラメータを効率よく監視することができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明の一つの実施形態に係る科学技術計算解析システムの機能を示すブロック図である。
【図2】図1の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図3】図1の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図4】図1の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図5】本発明の他の実施の形態に係る解析システムの機能を示すブロック図である。
【図6】図5の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図7】本発明の更に他の実施の形態に係る解析システムの機能を示すブロック図である。
【図8】図7の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図9】図7の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図10】本発明の他の実施の形態に機能を示すブロック図である。
【図11】図10の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図12】図10の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図13】本発明の実施の形態の動作説明に供するフローチャートである。
【図14】molファイルの分子構造データである。
【図15】PDBファイルの分子構造データである。
【図16】分子構造データの取り込みアクションの実行画面を示す図である。
【図17】UDF形式の取り込み結果のテキスト表示例を示す図である。
【図18】UDF形式の取り込み結果のテキスト表示例を示す図である。
【図19】UDF形式の取り込み結果のテキスト表示例を示す図である。
【図20】分子構造の3D表示画面を示す図である。
【図21】変数の意味の参照画面を示す図である。
【図22】単位系を選択した表示画面を示す図である。
【図23】アクションファイルによる編集操作例の表示画面を示す図である。
【図24】図20のアクションファイルの定義例を示す図である。
【図25】サマリファイルの定義例を示す図である。
【図26】解析実行開始の表示画面を示す図である。
【図27】サマリファイルの内容を可視化した表示画面を示す図である。
【図28】分子構造の3D描画プログラムである。
【図29】マークされた2つ原子の軌跡を描画した画面を示す図である。
【図30】図26のアクションの記述例を示す図である。
【図31】UDFファイルの関連付けの例を示す図である。
【符号の説明】
1 入力データファイル
2 解析エンジン
3 出力データファイル
41,42 データ規定手段
7 コントロールファイル
8 パラメータファイル
10 サマリファイル
12 データ操作手段
15 拡張簡易言語プログラム
16 簡易言語プログラム
17 アクションファイル
Claims (18)
- 分子構造データを解析手段で解析処理して出力する高分子材料設計システムであって、
入力データを前記解析手段に入力するための入力用のデータ規定手段と、前記解析手段による解析処理結果を出力データとして出力するための出力用のデータ規定手段とを備え、
前記入出力データは、変数の値を含むデータ部と、該データ部のデータを定義する変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位を含む定義部とからなるデータ形式であって、複数分子から構成される分子群を表現する変数と、個々の分子は複数の原子から構成され該個々の原子を表現する変数と、分子群を構成する個々の原子の座標、速度、力を表現する変数とを含み、
前記入力用のデータ規定手段は、入力データを該定義部で定義されているデータがデータ部のどのデータに相当するかを解析し、定義とデータとを関連付けて前記解析手段の入力データ記憶領域に記憶させ、
前記出力用のデータ規定手段は、出力データ記憶領域に定義と関連付けて記憶されている前記解析手段による解析処理結果のデータを読み出し、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなるデータ形式の出力データとして出力することを特徴とする高分子材料設計システム。 - [kg] 、 [rad] 、 [J] 、 [kJ] 、 [K] 、 [mol] 、 [nm] をシステムが保有する基本単位系とし、これらを組合せることで、単位系を定義できることを特徴とする、請求項1記載の高分子材料設計システム。
- 前記記憶領域に記憶されているデータに対して、簡易言語プログラムに従って操作を行うデータ操作手段を備える請求項1または2記載の高分子材料設計システム。
- 前記データ操作手段は、拡張簡易言語プログラムを、前記簡易言語プログラムに変換して前記操作を行う請求項3記載の高分子材料設計システム。
- 前記データ操作手段は、操作を定義する操作定義データと操作に対応した拡張簡易言語プログラムとが格納されたアクションファイルを含む請求項4記載の高分子材料設計システム。
- 前記解析手段による解析処理の実行を制御する解析制御手段を備える請求項1〜5のいずれかに記載の高分子材料設計システム。
- 前記解析制御手段は、前記解析処理の停止および再開を指示するデータが格納されたコントロールファイルおよび変更できる変数を定義するパラメータファイルを含む請求項6記載の高分子材料設計システム。
- 前記解析制御手段は、解析処理を監視する請求項6または7記載の高分子材料設計システム。
- 前記解析制御手段は、監視する変数を定義するとともに、その変数のデータが、前記所定のデータ形式で更新記憶されるサマリファイルを含む請求項8記載の高分子材料設計システム。
- 分子構造データを解析手段で解析処理して出力するためにコンピュータを、
入力データを前記解析手段に入力する入力用のデータ規定手段として機能させ、前記解析手段による解析処理結果を出力データとして出力する出力用のデータ規定手段として機能させ、
前記入出力データは、変数の値を含むデータ部と、該データ部のデータを定義する変数名、変数の型、変数の意味および変数の単位を含む定義部とからなるデータ形式であって、複数分子から構成される分子群を表現する変数と、個々の分子は複数の原子から構成され該個々の原子を表現する変数と、分子群を構成する個々の原子の座標、速度、力を表現する変数とを含み、
前記入力用のデータ規定手段は、入力データを該定義部で定義されているデータがデータ部のどのデータに相当するかを解析し、定義とデータとを関連付けて前記解析手段の入 力データ記憶領域に記憶させ、
前記出力用のデータ規定手段は、出力データ記憶領域に定義と関連付けて記憶されている前記解析手段による解析処理結果のデータを読み出し、データ部と該データ部のデータを定義する定義部とからなるデータ形式の出力データとして出力することを特徴とする高分子材料設計プログラム。 - [kg] 、 [rad] 、 [J] 、 [kJ] 、 [K] 、 [mol] 、 [nm] をシステムが保有する基本単位系とし、これらを組合せることで、単位系を定義できることを特徴とする、請求項10記載の高分子材料設計プログラム。
- 前記コンピュータを、
前記記憶手段に記憶されているデータに対して、簡易言語プログラムに従って操作を行うデータ操作手段として機能させる請求項10または11記載の高分子材料設計プログラム。 - 前記データ操作手段は、拡張簡易言語プログラムを、前記簡易言語プログラムに変換して前記操作を行う請求項12記載の高分子材料設計プログラム。
- 前記データ操作手段による操作を定義する操作定義データと操作に対応した拡張簡易言語プログラムとが格納されたアクションファイルを含む請求項13記載の高分子材料設計プログラム。
- 前記コンピュータを、
前記解析手段による解析処理の実行を制御する解析制御手段として機能させる請求項10〜14のいずれかに記載の高分子材料設計プログラム。 - 前記解析制御手段による解析処理の停止および再開を指示するデータが格納されたコントロールファイルおよび変更できる変数を定義するパラメータファイルを含む請求項15記載の高分子材料設計プログラム。
- 前記解析制御手段は、解析処理を監視する請求項15または16記載の高分子材料設計プログラム。
- 前記解析制御手段による監視する変数を定義するとともに、その変数のデータが、前記所定のデータ形式で更新記憶されるサマリファイルを含む請求項17記載の高分子材料設計プログラム。
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