JP2024511950A - Ｔｃｒ－ｔ療法に対する腫瘍細胞の感受性を広げるための腫瘍におけるｈｌａハプロタイプ発現の多様性の増強方法 - Google Patents

Ｔｃｒ－ｔ療法に対する腫瘍細胞の感受性を広げるための腫瘍におけるｈｌａハプロタイプ発現の多様性の増強方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、腫瘍細胞にとって内在性のハプロタイプとは異なるハプロタイプ、例えばＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞の感受性を高める方法を提供する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年３月１２日に出願された米国仮特許出願第６３／１６０，５５８号に対する優先権を主張し、これは参照により本明細書に援用される。
ＴＣＲ－Ｔは、固形腫瘍の免疫療法に関して有望なアプローチである。腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の養子移入により、黒色腫及び腎臓癌患者において客観的な腫瘍退縮を引き起こすことができることが１９８０年代後半から知られていた（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２００１．Ｎａｔｕｒｅ ４１１：３８０－４）。１９９０年代に、主に黒色腫に対して腫瘍関連抗原の分子クローニングが行われ、黒色腫／メラノサイト分化抗原ＭＡＲＴ－１、ｇｐ１００、及びチロシナーゼが同定された。さらに、共通のがん／精巣抗原であるＮＹ－ＥＳＯ－１、ＭＡＧＥ－Ａ３、及びＳＳＸ２が、ＴＩＬによって認識される分子標的として同定された（１）。ＴＩＬベースの療法に続いて、これらの腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）を特異的に標的とするＴＣＲを発現するように改変されたＴ細胞（ほとんどの場合、ＣＤ８＋Ｔ細胞）の養子移入は、選択された黒色腫患者において一定の成功を収めている（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２０１４．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ １１：６３０－２；Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，ｅｔ ａｌ．，２００１．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２４：３６３－７３；及びＤｕｄｌｅｙ ＭＥ，ｅｔ ａｌ．，２００２．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９８：８５０－４）。特に、ある症例報告では、ＮＹ－ＥＳＯ－１に対するＨＬＡ－ＤＰ４拘束性ＣＤ４＋Ｔ細胞クローンの使用が、エピトープ拡散と呼ばれる機構によって媒介される完全な応答を引き起こしたことが示された（Ｈｕｎｄｅｒ ＮＮ，ｅｔ ａｌ．，２００８．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５８：２６９８－７０３）。その結果、科学者らは遺伝子導入を利用してＴＣＲを導入し、Ｔ細胞を腫瘍反応性にした（Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，ｅｔ ａｌ．，２００６．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１４：１２６－９）。遺伝子改変されたＭＡＲＴ－１ ＴＣＲの養子移入臨床試験が２００６年に実施され、転移性黒色腫患者１７人中２人（１２％）が抗腫瘍反応を経験したが、これは治癒には程遠く、ＴＩＬで観察された率よりも低かったものの、遺伝子改変された末梢Ｔ細胞が進行性転移性黒色腫患者において抗腫瘍活性を示し得るという概念実証が得られた（Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，ｅｔ ａｌ．，２００６．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１４：１２６－９）。レトロウイルスを使用してＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲをＴ細胞に送達する、黒色腫以外の患者を治療する最初の臨床研究が２０１１年に発表された（Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，ｅｔ ａｌ．，２０１１．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２９：９１７－２４）。その後、２０１５年に、ＮＹ－ＥＳＯ－１の同じエピトープを標的とするＴＣＲを使用した別の研究が行われた（Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，ｅｔ ａｌ．，２０１５．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２１：１０１９－２７）。客観的な臨床応答は、滑膜細胞肉腫患者の１８人中１１人（６１％）、黒色腫患者の２０人中１１人（５５％）に認められた（Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，ｅｔ ａｌ．，２０１５．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２１：１０１９－２７）。どちらの患者群も、以前の化学療法及び放射線療法に失敗している。
ＮＹ－ＥＳＯ－１に関する最新データは２０１９年に公開された（Ｂｌｏｏｄ Ａｄｖ．２０１９ Ｊｕｌ ９；３（１３）：２０２２－２０３４）。この研究では、２５人の患者に最大１×１０１０のＮＹ－ＥＳＯ－１特異的ペプチド増強アフィニティー受容体（ＳＰＥＡＲ）Ｔ細胞を注入した。客観的奏効率は４２日目で８０％、１００日目で７６％、及び１年で４４％であった。１年目では、患者２５人中１３人（５２％）は疾患の進行がなく、１１人が奏効者（１人が厳格な完全奏効、１人が完全奏効、８人が非常に良好な部分奏効、１人が部分奏効）であった。
改変Ｔ細胞受容体療法には、ＣＡＲ－Ｔ療法と同様に、体内の活性化Ｔリンパ球を用いてがんを治療することが含まれる。どちらの戦略も細胞表面に新しい受容体を結合させ、様々な形態のがんを攻撃できるようにする。２つの方法の違いは、どの抗原を認識できるかによる。ＣＡＲ－Ｔ細胞は、がん細胞の表面にある天然の抗原に結合する。これに対し、改変ＴＣＲ療法（ＴＣＲ－Ｔ）では、追加された受容体はＭＨＣタンパク質とのみ結合することができる。そのため、ＴＣＲ－Ｔが可能であるようにハプロタイプを変更することによって、がんの種類に対してＴＣＲ－Ｔをより広範に適用できるようにすることが当技術分野において依然として必要とされている。
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）による抗原エピトープとＨＬＡ複合体の認識は、内在的に発生した腫瘍細胞をＴ細胞が排除するための天然の監視機構である。ＴＣＲ改変Ｔ細胞は現在、様々な種類の腫瘍に対する養子細胞移入療法に使用されており、臨床で大きな成功を収めている。しかしながら、多くの状況では、ＴＣＲが腫瘍細胞表面のペプチドを認識するために必要な適合するＨＬＡが存在しないため、患者はＴＣＲ－Ｔ療法による治療を受けることができない。この制限に対処するために、本実施例では、適合するＨＬＡハプロタイプがない場合でも患者がＴＣＲ－Ｔ療法の対象となることを可能にするアプローチ方法を提供する。本実施例では、選択されたＴＣＲに適合する必要なＨＬＡを特異的に発現するように患者の腫瘍細胞を改変することに基づく技術を提供する。本方法を腫瘍選択的遺伝子送達アプローチと組み合わせると、正常組織ではなく腫瘍細胞のみが標的及び必要なハプロタイプの両方を発現するという事実により、毒性が最小限にとどまることが予測される。さらに、このアプローチは、自己環境におけるＴＣＲ－Ｔ療法の成功を制限する腫瘍細胞によるＨＬＡの下方制御の問題にも対処し得る。
ＴＣＲに基づく効果的な殺傷には、腫瘍が腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、及び適合するＨＬＡハプロタイプの両方を発現するという要件により、ＴＣＲに基づく治療で治療することができる集団の規模は制限され、実際、共通のＴＡＡを標的とする効果的なＴＣＲを発見することは、固形腫瘍の免疫療法における主要なボトルネックの１つである（Ｃｏｌｅ ＤＪ，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５４：５２６５－８，Ｃｌａｙ ＴＭ，ｅｔ ａｌ．，１９９９．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６３：５０７－１３）。これまでのところ、臨床で成功しているＴＣＲの大部分はＨＬＡ－Ａ２拘束性であり、ＮＹ－ＥＳＯ－１は転移性黒色腫、滑膜細胞肉腫、及び多発性骨髄腫に関する初期臨床試験で最も成功したＴＡＡである（Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，ｅｔ ａｌ．，２０１１．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２９：９１７－２４，及びＲｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，ｅｔ ａｌ．，２０１５．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２１：１０１９－２７，及びＲａｐｏｐｏｒｔ ＡＰ，ｅｔ ａｌ．，２０１５．Ｎａｔ Ｍｅｄ）。理論的には、ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＨＬＡ－Ａ２特異的ＴＣＲを適合性のない患者にも適用できるようにするための２つのアプローチが考えられる。１つは、ＨＬＡ－Ａ２患者のＮＹ－ＥＳＯ－１欠損腫瘍にＮＹ－ＥＳＯ－１抗原を導入することであり、もう１つは、非ＨＬＡ－Ａ２患者のＮＹ－ＥＳＯ－１陽性腫瘍にＨＬＡ－Ａ２を導入することである。実際には、ＨＬＡが適合する患者においてＴＡＡの腫瘍特異的発現を改変すると、体細胞におけるＴＡＡのオフターゲット発現による潜在的な毒性が生じ得る。対照的に、ＨＬＡ不適合の患者においてＨＬＡの腫瘍特異的発現を強制すると、オフターゲット毒性にＴＡＡと不適合ＨＬＡの両方の発現が必要であるため、その毒性の可能性は低くなる。患者の腫瘍細胞を改変して同種異系のＨＬＡを発現させることによって細胞傷害性を獲得する戦略は、がん免疫療法における新たな手段となり得る。
本発明は、腫瘍細胞の内在性ハプロタイプとは異なるハプロタイプ、例えばＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞を遺伝子改変するステップを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞の感受性を高める方法を提供することにより、これらの現在のニーズを満たすものである。
本発明は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための方法を提供し、この方法は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
本発明はまた、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示を上方制御する方法も提供する。
本発明はまた、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる方法を提供し、この方法は、腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
本発明はまた、腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法を提供し、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させることをさらに含む。
この方法のいくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させ、ＴＣＲ－Ｔによって腫瘍細胞集団を標的化できるようにすることを含む。
本発明はまた、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞の感受性を高めるための方法を提供し、この方法は：
ａ）腫瘍細胞集団の腫瘍ハプロタイプを決定し、
ｂ）腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含み、その場合、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプが発現し、腫瘍細胞集団がＴＣＲ－Ｔ療法に対してより高い感受性を示す。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させ、抗原提示を上方制御する。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させ、腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる。
本発明はまた、腫瘍細胞集団をＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法を提供し、この方法は：
ａ）腫瘍細胞集団のＨＬＡハプロタイプを決定し、
ｂ）腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞にとって内在性のＨＬＡハプロタイプとは異なるＨＬＡハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含み、その場合、腫瘍細胞にとって内在性のＨＬＡハプロタイプとは異なるＨＬＡハプロタイプが発現し、腫瘍細胞集団がＴＣＲ－Ｔ療法に対してより高い感受性を示す。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードするベクターを接触させることを含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを導入及び／または組み込み、それによって腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。
いくつかの実施形態では、核酸またはベクターを、腫瘍細胞集団のゲノムに安定的に組み込む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを導入及び／または組み込み、それによって、核酸またはベクターによってコードされる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現する。
本発明は、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための方法におけるベクターの使用を提供する。
本発明は、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示を上方制御する方法におけるベクターの使用を提供する。
本発明は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる方法におけるベクターの使用を提供し、この方法は、腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
本発明は、腫瘍細胞集団を同種異系Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法におけるベクターの使用を提供し、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
本発明は、腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法におけるベクターの使用を提供し、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクターまたはウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ベクターを、それを必要とする対象に全身的に、腫瘍内に、及び／または静脈内に投与する。
いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、粘液腫ウイルス、コクサッキーウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、ニューカッスル病ウイルスベクター、レトロウイルスベクター（レンチウイルスベクターまたはシュードタイプベクターを含む）、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、シミアンウイルスベクター、センダイウイルスベクター、麻疹ウイルスベクター、泡沫状ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、及び水疱性口内炎ウイルスベクターからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、及び粘液腫ウイルスからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクターであり、投与経路は全身性である。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルスベクターであり、投与経路は腫瘍内である。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、粘液種ウイルスであり、投与経路は全身性である。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させるために腫瘍細胞集団を遺伝子改変した後に、ＴＣＲ－Ｔを投与する。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡ、ＮＹ－ＥＳＯ、ＨＥＲＶ、ＬＡＧＥ、ＭＡＧＥ、ＭＵＣ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＣＡＧＥ、ＳＳＸ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＸＡＧＥ、チロシナーゼ、またはメランＡ腫瘍ハプロタイプである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－Ａ３、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥ腫瘍ハプロタイプである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡ、ＨＬＡ－Ａ２、ＫＫ－ＬＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、またはＨＥＲＶ－Ｅ腫瘍ハプロタイプである。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡハプロタイプは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－Ａ３、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、及びＨＬＡ－ＤＲＢ５からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡハプロタイプはＨＬＡ－Ａ２である。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡハプロタイプはＭＨＣクラスＩハロタイプである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプはＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、ＴＣＲ－Ｔは、ＨＬＡ拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプはＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、ＴＣＲ－Ｔは、拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含み、拘束性及び／または標的化ＴＣＲ－Ｔは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに結合する。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプはＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、ＴＣＲ－Ｔは、ＫＫ－ＬＣ－１拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプはＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、ＴＣＲ－Ｔは、ＨＥＲＶ－Ｅ拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプはＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、ＴＣＲ－Ｔは、ＮＹ－ＥＳＯ－１拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプは、ヌルハプロタイプであるか、または腫瘍ハプロタイプを欠いている。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団は固形腫瘍由来である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は、肉腫、がん腫、及びリンパ腫からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は、膀胱、子宮頸部、胃、乳房、肺、結腸、直腸、皮膚、黒色腫、消化管、尿路、または膵臓のがんまたはがん腫に由来する。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞はｉｎ ｖｉｔｒｏである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞はｉｎ ｖｉｖｏである。
いくつかの実施形態では、方法または使用は、それを必要とする対象におけるがんの治療のためのものである。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔの投与は、固形腫瘍の増殖を阻害する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－ＴはＴＣＲ－Ｔ細胞を含み、これにはＴＣＲ－Ｔ細胞の注入が含まれる。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＫＫ－ＬＣ－１、またはＮＹ－ＥＳＯ－１に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、Ｋｉｔａ－Ｋｙｕｓｈｕ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ａｎｔｉｇｅｎ－１５２－６０（ＫＫ－ＬＣ－１５２－６０）に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＫＫ－ＬＣ－１５２－６０は、アミノ酸配列ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＨＥＲＶ－Ｅに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＨＥＲＶ－Ｅは、アミノ酸配列ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５は、アミノ酸配列ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号５及び／または１０のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１６及び／または２１のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２７及び／または３２のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３８及び／または４３のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲβ鎖及びＴＣＲα鎖をコードする核酸を含み、β鎖をコードするヌクレオチド配列は、α鎖をコードするヌクレオチド配列の５’に位置する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６、１７、２８、もしくは３９の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６、１７、２８、もしくは３９からなる群から選択される配列由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４からなる群から選択される配列由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号５、１６、２７、もしくは３８からなる群から選択される配列由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０、２１、３２、もしくは４３からなる群から選択される配列由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号５、１６、２７、もしくは３８の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０、２１、３２、もしくは４３の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１の核酸配列及び配列番号６の核酸配列を含むか、または配列番号５のアミノ酸配列をコードする核酸及び配列番号１０のアミノ酸配列をコードする核酸を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１２の核酸配列及び配列番号１７の核酸配列を含むか、または配列番号１６のアミノ酸配列をコードする核酸及び配列番号２１のアミノ酸配列をコードする核酸を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２３の核酸配列及び配列番号２８の核酸配列を含むか、または配列番号２７のアミノ酸配列をコードする核酸及び配列番号３２のアミノ酸配列をコードする核酸を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号３４の核酸配列及び配列番号３９の核酸配列を含むか、または配列番号３８のアミノ酸配列をコードする核酸及び配列番号４３のアミノ酸配列をコードする核酸を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号６のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１２のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号１７のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２３のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号２８のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号３４のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号３９のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
本発明はまた、アミノ酸配列ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）を含むペプチドを提供する。
本発明はまた、アミノ酸配列ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）を含むペプチドを提供する。
本発明はまた、アミノ酸配列ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）を含むペプチドを提供する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）、ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）、及びＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）からなる群から選択されるペプチドに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
ＨＥＲＶ－Ｅ発現：ＣＯＬＯ－２０５（結腸）、ＳＫ－ＬＵ－１（肺）、ＦＭ－６（皮膚）、Ａ４９８（明細胞腎）、及び１７５５Ｒ（明細胞腎）におけるＨＥＲＶ－Ｅ発現のｑＰＣＲデータ。すべてのデータは、１０５βアクチンあたりのコピー数によって正規化されている。 ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲの形質導入：非形質導入細胞及びＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ形質導入細胞における抗ＣＤ３４で染色されたＴ細胞の代表的な形質導入。 ドナーＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ Ｔ細胞とＡ＊１１形質導入標的細胞の共培養：ドナーＴ細胞（ドナー３８９、６０１、及び８０１）にＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲを形質導入し、Ａ４９８、Ａ４９８＋Ａ＊１１、１７５５Ｒ、及び１７５５Ｒ＋Ａ＊１１と共培養した。 Ｔ細胞の形質導入：未染色（ＵＳ）、未形質導入（ＵＴ）、及びＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲで形質導入した５つのドナーＴ細胞。ＵＴ及びドナー細胞は抗マウスＴＣＲ－β（ＢＶ４２１）で染色した。ドナーＴ細胞は、１９９、２００、３９７、５１１、及び５１２である。 正常細胞及び腫瘍細胞におけるＣＴ８３の発現。５人のドナー（精巣、脳、及び肺）のプール由来の正常細胞ＲＮＡ。すべての発現レベルは、βアクチンに対する比である。 ＤＵ－１４５（Ａ）及びＭＫＮ－４５（Ｂ）におけるＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞との共培養時のインターフェロンγ放出。ドナーＴ細胞を、ドナー番号ならびにレトロウイルス形質導入の「Ｒ」（１９９Ｒ、２００Ｒ、３９７Ｒ、５１１Ｒ、及び５１２Ｒ）によって示す。 Ｔ細胞の形質導入：非染色（ＵＳ）、非形質導入（ＵＴ）、及び５種類のドナーＴ細胞。ＵＴ及びドナー細胞は、抗マウスＴＣＲ－β（ＢＶ４２１）で染色した。ドナーＴ細胞は、ドナー番号１９９と２００である。 ドナー１９９（Ａ）及びドナー２００（Ｂ）におけるＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞との共培養時のインターフェロンγ放出。標的細胞は、タイプとＡ＊０２ステータスによって示される。 例示的なレジメンの概略図。 ＫＫ－ＬＣ－１ ＴＣＲ配列情報。 ＫＫ－ＬＣ－１ ＴＣＲ配列情報。 ＨＥＲＶ－Ｅ ＴＣＲ配列情報。 ＨＥＲＶ－Ｅ ＴＣＲ配列情報。 ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ配列情報。 ＮＹ－ＥＳＯ－１ ＴＣＲ配列情報。 １Ｇ４－ＬＹ－ＴＣＲ ＴＣＲ配列情報。 １Ｇ４－ＬＹ－ＴＣＲ ＴＣＲ配列情報。
Ｉ．序文
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）による抗原エピトープとＨＬＡ複合体の認識は、Ｔ細胞が内在的に発生した腫瘍細胞を排除するための自然な監視機構である。ＴＣＲ改変Ｔ細胞は現在、様々な種類の腫瘍に対する養子細胞移入療法に使用されており、臨床で大きな成功を収めている。しかしながら、多くの状況では、ＴＣＲが腫瘍細胞表面のペプチドを認識するために必要な適合するＨＬＡが存在しないため、患者はＴＣＲ－Ｔ療法による治療を受けることができない。この制限に対処するために、本発明は、適合するハプロタイプがない場合でも患者がＴＣＲ－Ｔ療法の対象となることを可能にするアプローチ方法を提供する。本発明において記載される技術は、選択されたＴＣＲに適合する必要なＨＬＡを特異的に発現するように患者の腫瘍細胞を改変することに基づいている。腫瘍選択的遺伝子送達アプローチと組み合わせると、正常組織ではなく腫瘍細胞のみが標的及び必要なハプロタイプの両方を発現するという事実により、毒性が最小限にとどまることが予測される。さらに、このアプローチは、自己環境におけるＴＣＲ－Ｔ療法の成功を制限する腫瘍細胞によるＨＬＡの下方制御の問題にも対処し得る。
Ｉ．選択された定義
以下の用語及び方法の説明は、本開示をより良く説明し、本開示の実施において当業者をガイドするために提供する。単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明確に指示しない限り、１つまたは複数を指す。用語「または」とは、文脈で明確に別段の指示がない限り、記載された代替要素のうちの１つの要素、または２つ以上の要素の組み合わせを指す。本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」は「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」を意味する。したがって、「ＡまたはＢを含む」とは、追加の要素を排除することなく、「Ａ、Ｂ、またはＡ及びＢを含む」ことを意味する。
別段に説明されない限り、本明細書で使用するすべての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者に一般に理解される意味と同じ意味を有する。
本明細書で使用される場合、「接触させる」または「接触」とは、ある物体が別の物体に比較的近い物理的な近接を指す。一般に、接触には、２つ以上の物体を相互に物理的に近接させて配置し、物体に相互作用する機会を与えることが含まれる。例えば、腫瘍細胞集団と核酸またはベクターとの接触は、例えば、固形がんを有する対象または患者に核酸またはベクターを注射することによって、核酸またはベクターを腫瘍細胞集団に物理的に近接させて配置することによって達成することができる。同様に、例えば、腫瘍細胞集団が増殖している培地に核酸またはベクターを添加することによって、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの接触を起こすこともできる。
本明細書で使用される場合、「ＴＣＲ複合体」または「ＴＣＲ」とは、一般に、ＣＤ３とＴＣＲとの会合によって形成される複合体を指す。例えば、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３ｙ鎖、ＣＤ３Ｐ鎖、２つのＣＤ３ｓ鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲａ鎖、及びＴＣＲＰ鎖からなり得る。あるいは、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３ｙ鎖、ＣＤ３Ｐ鎖、２つのＣＤ３ｓ鎖、ＣＤ３Ｃ鎖のホモ二量体、ＴＣＲγ鎖、及びＴＣＲＰ鎖からなり得る。いくつかの例では、本明細書で使用される「ＴＣＲ複合体の成分」は、ＴＣＲ鎖（例えば、ＴＣＲａ、ＴＣＲｐ、ＴＣＲγ、またはＴＣＲ５）、ＣＤ３鎖（例えば、ＣＤ３ｙ、ＣＤ３５、ＣＤ３ｓ、もしくはＣＤ３５、または２つ以上のＴＣＲ鎖またはＣＤ３鎖によって形成される複合体（例えば、ＴＣＲａとＴＣＲＰの複合体、ＴＣＲｙとＴＣＲ５の複合体、ＣＤ３ｓとＣＤ３５の複合体、ＣＤ３ｙとＣＤ３ｓの複合体、またはＴＣＲａ、ＴＣＲｐ、ＣＤ３ｙ、ＣＤ３５、及び２つのＣＤ３ｓ鎖のサブＴＣＲ複合体）を指し得る。
抗原提示細胞（ＡＰＣ）（樹状細胞、マクロファージ、リンパ球、または他の細胞型など）による抗原プロセシングの原理、及び免疫適合性の（例えば、抗原提示に関連するＭＨＣ遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子型を共有する）ＡＰＣとＴ細胞間の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）拘束性の提示を含む、ＡＰＣによるＴ細胞への抗原提示の原理はよく確立されている（例えば、Ｍｕｒｐｈｙ，Ｊａｎｅｗａｙ’ｓ Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（８ｔｈ Ｅｄ．）２０１ １ Ｇａｒｌａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，ＮＹ；ｃｈａｐｔｅｒｓ ６，９ ａｎｄ １６を参照のこと）。例えば、サイトゾルに由来するプロセシングされた抗原ペプチドは、一般に長さが約７アミノ酸～約１１アミノ酸であり、クラスＩ ＭＨＣ（ＨＬＡ）分子と会合する。
本明細書で使用される場合、「改変ドメイン」または「改変タンパク質」または「置換ドメイン」または「置換タンパク質」とは、少なくとも８５％（例えば、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％）の野生型もしくは参照モチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質に対して、同一ではない配列同一性を有するモチーフ、領域、ドメイン、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質を指す。改変ドメインまたは改変タンパク質または誘導体には、同じアミノ酸に対するすべての可能なコドン選択に基づくもの、及び保存的アミノ酸置換に基づくコドン選択に基づくものが含まれ得る。置換型類似体は、一般的には、タンパク質内の１つ以上の部位において野生型または参照配列の１つのアミノ酸を別のアミノ酸へ交換し、ポリペプチドの１つ以上の特性を、他の機能または特性を完全に失わせることなく改変するように設計され得る。一態様では、置換は保存的置換である。
本明細書で使用される場合、「保存的アミノ酸置換」とは、あるアミノ酸から、側鎖または類似の化学的特徴を有するアミノ酸への置換である。保存的置換を行うための同様のアミノ酸として、酸性側鎖（グルタミン酸、アスパラギン酸）、塩基性側鎖（アルギニン、リジン、ヒスチジン）、極性アミド側鎖（グルタミン、アスパラギン）、疎水性の脂肪族側鎖（ロイシン、イソロイシン、バリン、アラニン、グリシン）、芳香族側鎖（フェニルアラニン、トリプトファン、チロシン）、小型の側鎖（グリシン、アラニン、セリン、スレオニン、メチオニン）、または脂肪族ヒドロキシル側鎖（セリン、スレオニン）を有するアミノ酸が挙げられる。さらに、コードされた配列内の単一のアミノ酸または少数のアミノ酸を改変、追加、または削除する個々の置換、欠失、または付加は、いくつかの例では「保存的置換」として分類され得る。
本明細書で使用される場合、「異種」または「外来性」または「非内在性」の構築物または配列は、宿主細胞にとって天然ではないが、宿主細胞由来の核酸分子または核酸分子の一部と相同であり得る核酸分子または核酸分子の一部を指す。異種または外来性の核酸分子、構築物、または配列の供給源は、異なる属または種に由来し得る。特定の実施形態では、異種または外来性の核酸分子（例えば、非内在性または非天然の）を、例えば、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、形質導入、エレクトロポレーションなどによって、細胞または細胞集団またはゲノムまたはゲノム集団に付加し、その場合、付加される分子を、宿主ゲノムに組み込むか、または染色体外遺伝物質として（例えば、プラスミドまたは他の形態の自己複製ベクターとして）存在させることができ、いくつかの例では複数コピーで存在させることができる。さらに、「異種」とは、たとえ宿主細胞が相同なタンパク質または活性をコードしている場合でも、宿主細胞に導入された外来性核酸分子によってコードされる非天然タンパク質または他の活性を指す。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することは、「異種」配列、または「外来性」配列、または「非内在性」配列を遺伝子改変の一部として使用することを伴う改変を含む。
本明細書に記載されるように、複数の異種または外来性核酸分子を、融合タンパク質、またはそれらの任意の組み合わせをコードする別個の核酸分子として、複数の個別に制御される遺伝子として、ポリシストロン性核酸分子として、単一の核酸分子として、細胞または細胞集団に導入することができる。例えば、本明細書に開示されるように、宿主細胞を、所望の遺伝子改変、例えば、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードする２つ以上の異種または外来性の核酸分子を発現するように改変することができる。いくつかの実施形態では、異なるハプロタイプにより、腫瘍ハプロタイプをマイナー組織適合性（Ｈ）抗原ペプチドに特異的なＴＣＲ（例えば、ＴＣＲα及びＴＣＲβ）に適合させることが可能になる。２つ以上の外来性核酸分子を細胞または細胞集団に導入する場合、２つ以上の外来性核酸分子は、単一の核酸分子として（例えば、単一のベクター上に）、別個のベクター上に導入され得るか、または宿主染色体に単一部位もしくは複数部位において組み込まれ得るか、またはそれらの組み合わせであることが理解される。参照される異種核酸分子またはタンパク質活性の数は、細胞または細胞集団に導入された別個の核酸分子の数ではなく、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指す。
本明細書で使用される場合、用語「内在性」または「天然」とは、細胞または細胞集団に通常存在する遺伝子、タンパク質、または活性を指す。いくつかの実施形態では、遺伝子、タンパク質、または活性は、親遺伝子または野生型遺伝子、タンパク質または活性と比較して、突然変異、過剰発現、シャッフル、複製、または他の方法で変化する可能性があり、依然としてその特定の細胞または細胞集団に対して内在性または天然であるとみなされ得る。
本明細書で使用される場合、用語「相同な」または「ホモログ」とは、宿主細胞、種、もしくは株において見出されるか、またはそれらに由来する分子もしくは活性を指す。例えば、異種または外来性の核酸分子は、天然の宿主細胞遺伝子と相同であり得、任意選択で発現レベルの変化、異なる配列、活性の変化、またはそれらの任意の組み合わせを有し得る。
本明細書で使用される場合、語句「配列同一性」とは、２つ以上の核酸配列、または２つ以上のアミノ酸配列間の同一性／類似性を示し、配列間の同一性または類似性の観点から表現される。配列の同一性は、同一性の割合として測定することができ、割合が高いほど配列の同一性が高くなる。配列の類似性は、類似性の割合（保存的アミノ酸置換を考慮）として測定することができ、割合が高いほど配列はより類似している。核酸またはアミノ酸配列のホモログまたはオルソログは、標準的な方法を使用してアラインメントした場合、比較的高度な配列同一性／類似性を有する。比較のために配列をアラインメントする方法は、当技術分野で周知である。様々なプログラムと位置合わせアルゴリズムについては、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２，１９８１；Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３，１９７０；Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４，１９８８；Ｈｉｇｇｉｎｓ ＆ Ｓｈａｒｐ，Ｇｅｎｅ，７３：２３７－４４，１９８８；Ｈｉｇｇｉｎｓ ＆ Ｓｈａｒｐ，ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１－３，１９８９；Ｃｏｒｐｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：１０８８１－９０，１９８８；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｐｐｌｓ．ｉｎ ｔｈｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ ８，１５５－６５，１９９２；及びＰｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．２４：３０７－３１，１９９４に記載されている。Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０，１９９０は、配列アラインメント方法と相同性計算の詳細な考察を提示している。ＮＣＢＩ Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０，１９９０）は、配列解析プログラムｂｌａｓｔｐ、ｂｌａｓｔｎ、ｂｌａｓｔｘ、ｔｂｌａｓｔｎ、及びｔｂｌａｓｔｘと関連して使用するために、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｂｕｉｌｄｉｎｇ ３８Ａ，Ｒｏｏｍ ８Ｎ８０５，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．２０８９４）を含むいくつかの情報源から、及びインターネット上で入手することができる。追加情報は、ＮＣＢＩ Ｗｅｂサイトに記載されている。ＢＬＡＳＴＮは核酸配列の比較に使用することができ、ＢＬＡＳＴＰはアミノ酸配列の比較に使用することができる。約３０アミノ酸を上回るアミノ酸配列の比較には、デフォルトのパラメータに設定されたデフォルトのＢＬＯＳＵＭ６２マトリックスを使用して、Ｂｌａｓｔ ２配列関数を使用する。ホモログは通常、ＮＣＢＩ Ｂａｓｉｃ Ｂｌａｓｔ ２．０、ギャップ付きｂｌａｓｔｐをｎｒまたはＳｗｉｓｓｐｒｏｔデータベースなどのデータベースと共に使用するアミノ酸配列との全長アラインメントにわたってカウントされる少なくとも７０％の配列同一性を保有していることを特徴とする。ｂｌａｓｔｎプログラムで検索されるクエリは、ＤＵＳＴでフィルタリングされる（Ｈａｎｃｏｃｋ ａｎｄ Ａｒｍｓｔｒｏｎｇ，１９９４，Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．１０：６７－７０）。さらに、手動アラインメントを実施することができる。さらに類似性の高いタンパク質は、この方法で評価した場合、本明細書で提供されるカーゴタンパク質または標的化部分に対して、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の配列同一性など、同一性の割合の増加を示す。短いペプチド（約３０アミノ酸未満）をアラインメントする場合、デフォルトパラメータ（オープンギャップ９、伸長ギャップペナルティ１）に設定されたＰＡＭ３０マトリックスを使用して、Ｂｌａｓｔ ２配列関数を使用してアラインメントを実行する。参照配列に対してさらに類似性の高いタンパク質は、この方法で評価した場合、本明細書で提供されるカーゴ部分または標的化部分に対して、少なくとも約６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％の配列同一性など、同一性の割合の増加を示す。全配列に満たない配列を配列同一性について比較する場合、ホモログは通常、１０～２０アミノ酸の短いウィンドウにわたって少なくとも７５％の配列同一性を有し、参照配列に対するそれらの同一性に依存して、少なくとも８５％、９０％、９５％、または９８％の配列同一性を有し得る。そのような短いウィンドウにわたって配列同一性を決定する方法は、ＮＣＢＩ Ｗｅｂサイトに記載されている。
本明細書で使用する場合、用語「可変領域」または「可変ドメイン」とは、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質（例えば、ＴＣＲのα鎖またはβ鎖（またはγδＴＣＲの場合はγ鎖及びδ鎖））のドメインを指し、これは、免疫グロブリンスーパーファミリー結合タンパク質（例えば、ＴＣＲ）の抗原への結合に関与する。天然ＴＣＲのα鎖とβ鎖の可変ドメイン（それぞれＶαとνβ）は一般に類似した構造を有し、各ドメインは、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つのＣＤＲを含む。Ｖαドメインは、可変遺伝子セグメントと結合遺伝子セグメント（Ｖ－Ｊ）という２つの別個のＤＮＡセグメントによってコードされており、νβドメインは、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント、及び結合遺伝子セグメント（Ｖ－Ｄ－Ｊ）という３つの別個のＤＮＡセグメントによってコードされている。抗原結合特異性を付与するためには、単一のＶαまたはＶβドメインで十分であり得る。さらに、抗原に結合するＴＣＲ由来のＶαまたはＶβドメインを使用して、特定の抗原に結合するＴＣＲを単離して、それぞれ、相補的ＶαまたはＶβドメインのライブラリをスクリーニングしてもよい。
本明細書で使用される場合、用語「相補性決定領域」及び「ＣＤＲ」とは、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、抗原特異性及び／または結合親和性を付与するＴＣＲ可変領域内のアミノ酸の不連続配列を指すことは当技術分野で公知である。一般に、各α鎖可変領域に３つのＣＤＲ（αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、αＣＤＲ３）が存在し、各β鎖可変領域に３つのＣＤＲ（βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、βＣＤＲ３）が存在する。理論に束縛されるものではないが、ＣＤＲ３はプロセシングされた抗原の認識を担う主要なＣＤＲであると考えられており、ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は主にＭＨＣ Ｉを含むＭＨＣと相互作用する。
ＩＩ．ハプロタイプ改変
本明細書に記載される本発明は、適切なＴＡＡを発現する不適合腫瘍細胞にＨＬＡ分子を送達し、ＴＡＡ標的化ＴＣＲを発現するＴ細胞によって腫瘍細胞が死滅しやすくする方法を記載する。
腫瘍細胞内のＨＬＡ発現の下方制御は、腫瘍が免疫監視を逃れるために利用する主要なメカニズムである（１２、１３）。腫瘍細胞によるそのようなＨＬＡの下方制御は、ＴＣＲベースの免疫療法における非反応性をもたらす。実際、ＨＬＡクラスＩの損失または下方制御は、様々な起源のヒト腫瘍で６０％～９０％の範囲の割合で報告されている。本発明は、ＨＬＡ損失及び／または下方制御を逆転させる方法を提供することによって、このニーズに対処する。
ＨＬＡ不適合患者が特定のＴＣＲ－Ｔ治療に適格となるようにＨＬＡ発現を改変することに加えて、本発明によって記載される方法は、欠損した及び／または異なるＨＬＡを発現するように腫瘍細胞を改変することも可能にし、これによりｉｎ ｖｉｖｏでの自己及び／または同種異系環境における腫瘍殺傷効力を向上させることができる。
本発明は、腫瘍細胞の内在性ハプロタイプとは異なるハプロタイプ、例えばＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞を遺伝子改変するステップを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞の感受性を高める方法を提供する。いくつかの実施形態では、この方法は、所望のＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための方法を提供し、この方法は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。いくつかの実施形態では、感度の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の増加である。いくつかの実施形態では、感度の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示を上方制御して、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプの発現を増加させる方法を含む。いくつかの実施形態では、発現の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の増加である。いくつかの実施形態では、抗原提示の上方制御は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１倍、２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍の上方制御である。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示を上方制御する方法を含む。いくつかの実施形態では、抗原提示の上方制御は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の上方制御である。いくつかの実施形態では、抗原提示の上方制御は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍の上方制御である。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる方法を含み、この方法は、腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御の逆転は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の発現の逆転である。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御の逆転は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１倍、２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍の発現の逆転である。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法を含み、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡ発現の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変した腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡ発現の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変した腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１倍、２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍の増加である。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団を同種異系Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法を含み、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を同種異系Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡ発現の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を同種異系Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡ発現の増加は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変した腫瘍細胞集団と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍の増加である。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、遺伝子改変した細胞集団中の腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させることをさらに含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させることにより、ＴＣＲ－Ｔによって腫瘍細胞集団を標的化することができる。
いくつかの実施形態では、この方法は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞の感受性を高めるための方法を含み、この方法は：
ａ）腫瘍細胞集団の腫瘍ハプロタイプを決定し、
ｂ）腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含み、その場合、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプが発現し、腫瘍細胞集団がＴＣＲ－Ｔ療法に対してより高い感受性を示す。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団の腫瘍ハプロタイプの決定は、ＰＣＲ、配列決定、フローサイトメトリー、及び細胞集団の遺伝子特性を決定するための他の方法を含む、ハプロタイプを決定するための様々な方法のいずれかを含み得る。いくつかの実施形態では、ＰＣＲ及び／またはフローサイトメトリー法には、市販の方法及びアッセイが含まれる。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリー法は、Ｌｕｍｉｎｅｘプラットフォーム（ワールドワイドウェブのｌｕｍｉｎｅｘｃｏｒｐ．ｃｏｍ／で市販されている）を使用する。いくつかの実施形態では、接触には、トランスフェクション及び／または形質転換方法が含まれ得る。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプの決定は、腫瘍組織試料を含む組織由来の試料及び血液試料を使用して実施することができる。いくつかの実施形態では、試料は、固形腫瘍、例えばがん腫、肉腫、及び／またはリンパ腫に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、「ＩＩ．治療のための固形腫瘍」と題された本明細書の第ＩＩ節に記載されているように固形腫瘍由来である。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させ、細胞集団における抗原提示を上方制御する。いくつかの実施形態では、腫瘍とは異なる腫瘍ハプロタイプの発現は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における発現と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％増加し、細胞集団における抗原提示を、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における抗原提示と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％上方制御する。いくつかの実施形態では、腫瘍とは異なる腫瘍ハプロタイプの発現は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における発現と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加し、細胞集団における抗原提示を、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における抗原提示と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍上方制御する。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させ、腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる。いくつかの実施形態では、腫瘍とは異なる腫瘍ハプロタイプの発現は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における発現と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％増加し、細胞集団における発現の下方制御を、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における抗原提示と比較して、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％逆転させる。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍とは異なる腫瘍ハプロタイプの発現は、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における発現と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加し、細胞集団における発現の下方制御を、腫瘍ハプロタイプを遺伝子改変する前の腫瘍細胞集団における抗原提示と比較して、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍逆転させる。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団をＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法を提供し、この方法は：
ａ）腫瘍細胞集団のＨＬＡハプロタイプを決定し、
ｂ）腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞にとって内在性のＨＬＡハプロタイプとは異なるＨＬＡハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含み、その場合、腫瘍細胞にとって内在性のＨＬＡハプロタイプとは異なるＨＬＡハプロタイプが発現し、腫瘍細胞集団がＴＣＲ－Ｔ療法に対してより高い感受性を示す。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団の腫瘍ハプロタイプの決定には、ハプロタイプを決定するための様々な方法のいずれか、ＰＣＲを含む配列ベースのアッセイ、またはフローサイトメトリーベースのアッセイ（ＦＡＣＳもしくは他の細胞選別ベースの方法を含む）、エキソーム配列決定など、及び細胞集団の遺伝的特性を決定するための他の方法が含まれ得る。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。
いくつかの実施形態では、接触には、本明細書に記載の核酸を伴う、感染、トランスフェクション及び／または形質転換方法が含まれ得る。いくつかの実施形態では、接触には、使用する特定のウイルスベクターに基づいて、ウイルス感染を伴う方法が含まれ得る。
本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現することができる。本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、もしくは少なくとも１０倍、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現することができる。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現する。本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、もしくは少なくとも１０倍、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現する。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現する。本明細書に記載の方法のいくつかの実施形態では、少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、もしくは少なくとも１０倍、またはそれ以上の腫瘍細胞集団が、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現する。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、所望のＨＬＡハプロタイプを安定的に発現するように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
Ｉ．核酸、ウイルスベクター、及び非ウイルスベクター
いくつかの実施形態では、本発明は、腫瘍細胞集団を遺伝子改変する方法において核酸を使用する。いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは非ウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変し、目的のポリペプチドを産生するための構築物は、当技術分野で公知の任意の適切な分子生物工学技術を使用することによって達成することができる。効率的な転写及び翻訳を得るために、本開示の各導入遺伝子構築物中のポリヌクレオチドは、特定の実施形態において、少なくとも１つの適切な発現制御配列（調節配列とも呼ばれる）、例えば、リーダー配列、特に、目的のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変するための構築物は、選択マーカーをコードする。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変するための構築物は、ＣＤ３４、短縮型ＣＤ３４、及び／またはＬＮＧＦ－Ｒ（低親和性神経成長因子受容体としても知られる）を含む選択マーカーをコードする。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変するための構築物は、選択マーカーをコードし、それにより、腫瘍細胞は、ＣＤ３４、短縮型ＣＤ３４、及び／またはＬＮＧＦ－Ｒを発現する。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変するための構築物は、選択マーカーをコードし、それにより、腫瘍細胞は、ＣＤ３４を発現する。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変するための構築物は、選択マーカーをコードし、それにより、腫瘍細胞は、短縮型ＣＤ３４を発現する。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を遺伝子改変するための構築物は、選択マーカーをコードし、それにより、腫瘍細胞は、ＬＮＧＦ－Ｒを発現する。
いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書に記載の方法においてウイルスベクター及び／または非ウイルスベクターを使用する。いくつかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは非ウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは、本明細書に記載の核酸を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための方法においてベクターの使用を利用する。いくつかの実施形態では、本発明は、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための方法におけるベクターの使用を利用する。
いくつかの実施形態では、本発明は、腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示を上方制御する方法におけるベクターの使用を利用する。
いくつかの実施形態では、本発明は、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるために、腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる方法におけるベクターの使用を利用し、この方法は、腫瘍ハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、腫瘍細胞集団を同種異系Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法におけるベクターの使用を利用し、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、ＨＬＡの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためにＨＬＡ発現を増加させる方法におけるベクターの使用を利用し、この方法は、ＨＬＡハプロタイプを発現するように腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団がＨＬＡ陰性の場合に、ＨＬＡの発現を増加させるように腫瘍細胞を遺伝子改変する方法を含む。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、ベクター内に含まれる。いくつかの実施形態では、核酸は、非ウイルスベクター内に含まれる。いくつかの実施形態では、核酸は、ウイルスベクター内に含まれる。いくつかの実施形態では、核酸は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現する。いくつかの実施形態では、核酸は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを含むポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態では、この方法は、腫瘍細胞集団に、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードするベクターを接触させることを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現する。いくつかの実施形態では、ベクターは、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現する核酸を含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを含むポリペプチドを発現する。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを形質移入し、それによって腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団を核酸またはベクターで形質転換し、それによって腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを挿入し、それによって腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを組み込み、それによって腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。
いくつかの実施形態では、核酸またはベクターを、腫瘍細胞集団のゲノムに安定的に組み込む。いくつかの実施形態では、ベクターを、腫瘍細胞集団のゲノムに安定的に組み込む。いくつかの実施形態では、核酸を、腫瘍細胞集団のゲノムに安定的に組み込む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを挿入し、それによって、核酸またはベクターによってコードされる腫瘍ハプロタイプを発現させる。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡハロタイプの欠損である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団にベクターを形質移入し、それによって、核酸またはベクターによってコードされる腫瘍ハプロタイプを発現させる。いくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団にベクターを形質移入し、それによって、核酸またはベクターによってコードされる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡハロタイプの欠損である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の腫瘍細胞集団に核酸またはベクターを組み込み、それによって、核酸またはベクターによってコードされる腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡハロタイプの欠損である。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプの安定的な発現は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプが、少なくとも１２時間、少なくとも２４時間、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、または少なくとも１か月間発現することによって示される。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプはＨＬＡハロタイプである。いくつかの実施形態では、腫瘍ハプロタイプは、ＨＬＡハロタイプの欠損である。
ａ．ウイルスベクター
腫瘍溶解性ウイルスとＴＣＲ－Ｔベースの治療の併用療法における腫瘍死滅の複数のメカニズム。実際、ＦＤＡによって承認された最初の腫瘍溶解性ウイルス療法はＴ－ＶＥＣであり、これは、腫瘍内で選択的に複製し、ＧＭ－ＣＳＦを産生して全身性の抗腫瘍免疫応答を強化するように設計された単純ヘルペスウイルス１型由来の腫瘍溶解性免疫療法（ＯＩ）である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される発明は、ＧＭ－ＣＳＦの代わりにＨＬＡ分子をコードする腫瘍溶解性ウイルスを使用して、腫瘍細胞内のＨＬＡタイプを特異的に切り替えて、それらを、利用可能なＴＣＲに対して感受性にすることを提案する。ＧＭ－ＣＳＦをコードする腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍内注射後２～３日で腫瘍を破壊し、樹状細胞とマクロファージを腫瘍部位に誘引し、ｉｎ ｖｉｖｏで腫瘍反応性Ｔ細胞応答を誘導する。腫瘍溶解による腫瘍破壊に加えて、ＨＬＡ分子の腫瘍溶解性送達は、ＴＣＲ－Ｔ依存性細胞傷害に感受性の腫瘍細胞を生じさせる可能性があり、これはｉｎ ｖｉｖｏでのＴＣＲ－Ｔの養子移入の数週間後に起こり得る。不適合または同種異系のＨＬＡを獲得しているが、腫瘍抗原の発現が欠如している腫瘍細胞は、ＴＣＲ－Ｔ媒介性の細胞死を免れ得る。しかしながら、不適合または同種異系のＨＬＡを発現しているが抗原を欠損しているこれらの腫瘍細胞は、同種異系ＨＬＡの発現により長期的には宿主対腫瘍効果の効果的な標的となり得る。
いくつかの実施形態では、腫瘍溶解性ウイルスを、同種異系ＨＬＡ分子を腫瘍細胞に送達するためのビヒクルとして使用することができる。腫瘍細胞におけるＨＬＡ発現の下方制御を克服し、不適合ＨＬＡの発現を獲得するために、選択されたＨＬＡ分子をコードする腫瘍溶解性ウイルスを使用して分子を腫瘍細胞に送達することができる。ＨＬＡ遺伝子送達に適したウイルスとしては、ワクシニア（ポックス）、アデノウイルス、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、コクサッキーウイルス、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、及びニューカッスル病ウイルスが挙げられる。正常細胞でのウイルス複製に特に必要であるが、腫瘍細胞での複製には必要ではない遺伝子を欠失させることにより、これらのウイルスのそれぞれで腫瘍選択的発現を達成することができる。例えば、ワクシニアウイルスにおいてウイルスチミジンキナーゼ遺伝子を欠失させると、通常、大きなヌクレオチドのプールを有する腫瘍におけるウイルス複製にはほとんど影響がないが、低レベルのチミジンキナーゼを発現する正常細胞において複製が消失する。さらに、腫瘍細胞における抗ウイルス応答は、多くの場合、機能不全に陥る。健康な組織では、インターフェロン及びインターフェロン関連因子がウイルスの複製を制限し、ウイルスのクリアランスを促進するが、腫瘍ではインターフェロンの応答が制限されているため、ウイルス複製が可能である。腫瘍選択的発現は、ウイルス遺伝子をテロメラーゼ逆転写酵素（ＴＥＲＴ）プロモーターなどの腫瘍特異的プロモーターの制御下に置くことによっても達成することができる。同様に、組織特異的プロモーターの使用、例えば、前立腺特異的抗原をコードする遺伝子のプロモーターを使用して、非重要臓器である前立腺への発現を制限することができる。現在までに、食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認された腫瘍溶解性ウイルス（黒色腫治療用の遺伝子組み換え型ヘルペスウイルス）が１つ存在するが、臨床試験中の多数のウイルスが、がんの潜在的な治療薬として評価されているところである。本発明によれば、多くの腫瘍溶解性ウイルスのいずれも、記載される方法において使用することができる。
腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍内及び／または静脈内に送達することができる。どちらの送達様式も動物モデルで効果的であることが示されている。臨床では、ガイド下腫瘍内注射が最も広範囲に使用されており、実際、ＨＳＶなどの特定のウイルスについてはこれが唯一の選択肢である。しかしながら、ワクシニアウイルスとアデノウイルスの静脈内送達は、臨床的に実証されている。腫瘍内注射には、肝臓内の腫瘍など、アクセス可能な腫瘍または転移にしか適用できないという欠点がある。
最近、腫瘍溶解性ウイルスには、腫瘍におけるＨＬＡ発現の見かけの下方制御を逆転させ、「コールド」腫瘍を「ホット」炎症性腫瘍に変換する能力があることが報告された。患者自身のＨＬＡハプロタイプまたは不適合のハプロタイプを発現する腫瘍溶解性ウイルスの使用には、腫瘍微小環境の免疫原性の調節において二重の利点が存在し得る。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、粘液腫ウイルス、コクサッキーウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、ニューカッスル病ウイルスベクター、レトロウイルスベクター（レンチウイルスベクターまたはシュードタイプベクターを含む）、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、シミアンウイルスベクター、センダイウイルスベクター、麻疹ウイルスベクター、泡沫状ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、及び水疱性口内炎ウイルスベクターからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、及び粘液腫ウイルスからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ワクシニアウイルスベースのウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベースのベクター、ＨＳＶウイルスベースのベクター、及び粘液腫ウイルスベースのベクターである。
ｂ．ワクシニア
本発明はさらに、ハプロタイプ改変を誘導するために使用するベクターとして、多くのワクシニアウイルスのうちの１つを使用することができる。
１．ワクシニアベクターの例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される国際特許公開第ＷＯ２０１９／１３４０４８号に記載されているワクシニアプラットフォームを含むワクシニアベースのウイルス技術を利用することによって促進される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはワクシニアウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ハプロタイプ改変配列を含むワクシニアウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターがワクシニア（ポックス）ウイルスベクターである場合、投与経路は全身性である。
いくつかの実施形態では、本発明は、がんの治療のためにオルソポックスウイルスを使用する。特に、本発明は、以下の遺伝子の１つ以上またはすべてに欠失を含むようにオルソポックスウイルスを遺伝子改変した場合に生じる、腫瘍溶解活性の増強、感染拡大、及び安全性の結果を確実にすることができる：Ｃ２Ｌ、Ｃ１Ｌ、ＮＩＬ、Ｎ２Ｌ、ＭＩＬ、Ｍ２Ｌ、Ｋ１Ｌ、Ｋ２Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｋ４Ｌ、Ｋ５Ｌ、Ｋ６Ｌ、Ｋ７Ｒ、Ｆ１Ｌ、Ｆ２Ｌ、Ｆ３Ｌ、Ｂ１４Ｒ、Ｂ１５Ｒ、Ｂ１６Ｒ、Ｂ１７Ｌ、Ｂ１８Ｒ、Ｂ１９Ｒ、Ｂ２０Ｒ、Ｋ ＯＲＦ Ａ、Ｋ ＯＲＦ Ｂ、Ｂ ＯＲＦ Ｅ、Ｂ ＯＲＦ Ｆ、Ｂ ＯＲＦ Ｇ、Ｂ２１Ｒ、Ｂ２２Ｒ、Ｂ２３Ｒ、Ｂ２４Ｒ、Ｂ２５Ｒ、Ｂ２６Ｒ、Ｂ２７Ｒ、Ｂ２８Ｒ、及びＢ２９Ｒ。これらの遺伝子の１つ以上、またはすべてに変異を示すワクシニアウイルスなどの遺伝子改変オルソポックスウイルス（例えば、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ、Ｗｙｅｔｈ、Ｌｉｓｔｅｒ、ＥＭ６３、ＡＣＡＭ２０００、ＬＣ１６ｍ８、ＣＶ－１、変異ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）、Ｄａｉｒｅｎ Ｉ、ＧＬＶ－ｌｈ６８、ＩＥ１Ｄ－Ｊ、Ｌ－ＩＶＰ、ＬＣ１６ｍ８、ＬＣ１６ｍＯ、Ｔａｓｈｋｅｎｔ、Ｔｉａｎ Ｔａｎ、及びＷＡＵ８６／８８－１ウイルス）は、腫瘍溶解能力の向上、腫瘍内の複製、感染力、免疫回避、腫瘍の持続性、外来性ＤＮＡ配列の組み込み能力、及び／または大規模製造への適性などの一連の有益な特徴を示し得る。本発明はさらに、Ｂ８Ｒ遺伝子に欠失を含むようにさらに遺伝子改変されたオルソポックスウイルスの使用を企図する。いくつかの実施形態では、ベクターは、Ｂ８Ｒ遺伝子の欠失を含んでいても、含まなくてもよい。
いくつかの実施形態では、核酸は、組換えオルソポックスウイルスゲノムを含み、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｃ２Ｌ、Ｃ１Ｌ、ＮＩＬ、Ｎ２Ｌ、ＭＩＬ、Ｍ２Ｌ、Ｋ１Ｌ、Ｋ２Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｋ４Ｌ、Ｋ５Ｌ、Ｋ６Ｌ、Ｋ７Ｒ、Ｆ１Ｌ、Ｆ２Ｌ、Ｆ３Ｌ、Ｂ１４Ｒ、Ｂ１５Ｒ、Ｂ１６Ｒ、Ｂ１７Ｌ、Ｂ１８Ｒ、Ｂ１９Ｒ、Ｂ２０Ｒからなる群からそれぞれ独立して選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、または２２個の遺伝子の欠失を有する。いくつかの実施形態では、欠失には、Ｃ２Ｌ、Ｃ１Ｌ、ＮＩＬ、Ｎ２Ｌ、ＭＩＬ、Ｍ２Ｌ、Ｋ１Ｌ、Ｋ２Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｋ４Ｌ、Ｋ５Ｌ、Ｋ６Ｌ、Ｋ７Ｒ、Ｆ１Ｌ、Ｆ２Ｌ、Ｆ３Ｌ、Ｂ１４Ｒ、Ｂ１５Ｒ、Ｂ１６Ｒ、Ｂ１７Ｌ、Ｂ１８Ｒ、Ｂ１９Ｒ、Ｂ２０Ｒ遺伝子のそれぞれが含まれる。いくつかの実施形態では、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｂ８Ｒ遺伝子の欠失をさらに含み得る。
いくつかの実施形態では、核酸は組換えオルソポックスウイルスゲノムを含み、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｂ１４Ｒ、Ｂ１６Ｒ、Ｂ１７Ｌ、Ｂ１８Ｒ、Ｂ１９Ｒ、及びＢ２０Ｒからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の欠失を有する。いくつかの実施形態では、欠失は、Ｂ１４Ｒ、Ｂ１６Ｒ、Ｂ１７Ｌ、Ｂ１８Ｒ、Ｂ１９Ｒ、及びＢ２０Ｒからなる群からそれぞれ独立して選択される少なくとも２、３、４、または５個の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、欠失には、Ｂ１４Ｒ、Ｂ１６Ｒ、Ｂ１７Ｌ、Ｂ１８Ｒ、Ｂ１９Ｒ、及びＢ２０Ｒのそれぞれが含まれる。いくつかの実施形態では、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｂ８Ｒの欠失をさらに含み得る。
いくつかの実施形態では、核酸は組換えオルソポックスウイルスゲノムを含み、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｃ２Ｌ、Ｃ１Ｌ、ＮＩＬ、Ｎ２Ｌ、ＭＩＬ、Ｍ２Ｌ、Ｋ１Ｌ、Ｋ２Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｋ４Ｌ、Ｋ５Ｌ、Ｋ６Ｌ、Ｋ７Ｒ、Ｆ１Ｌ、Ｆ２Ｌ、及びＦ３Ｌからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の欠失を有する。いくつかの実施形態では、欠失には、Ｃ２Ｌ、Ｃ１Ｌ、ＮＩＬ、Ｎ２Ｌ、ＭＩＬ、Ｍ２Ｌ、Ｋ１Ｌ、Ｋ２Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｋ４Ｌ、Ｋ５Ｌ、Ｋ６Ｌ、Ｋ７Ｒ、Ｆ１Ｌ、Ｆ２Ｌ、及びＦ３Ｌからなる群からそれぞれ独立して選択される、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５個の遺伝子が含まれる。いくつかの実施形態では、欠失には、Ｃ２Ｌ、Ｃ１Ｌ、ＮＩＬ、Ｎ２Ｌ、ＭＩＬ、Ｍ２Ｌ、Ｋ１Ｌ、Ｋ２Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｋ４Ｌ、Ｋ５Ｌ、Ｋ６Ｌ、Ｋ７Ｒ、Ｆ１Ｌ、Ｆ２Ｌ、及びＦ３Ｌのそれぞれが含まれる。いくつかの実施形態では、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｂ８Ｒの欠失をさらに含み得る。
いくつかの実施形態では、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｂ２１Ｒ、Ｂ２２Ｒ、Ｂ２３Ｒ、Ｂ２４Ｒ、Ｂ２５Ｒ、Ｂ２６Ｒ、Ｂ２７Ｒ、Ｂ２８Ｒ、及びＢ２９Ｒからなる逆位末端配列（ＩＴＲ）遺伝子の群から選択される少なくとも１つの遺伝子の欠失を有する。いくつかの実施形態では、欠失には、Ｂ２１Ｒ、Ｂ２２Ｒ、Ｂ２３Ｒ、Ｂ２４Ｒ、Ｂ２５Ｒ、Ｂ２６Ｒ、Ｂ２７Ｒ、Ｂ２８Ｒ、及びＢ２９ＲからなるＩＴＲ遺伝子の群からそれぞれ独立して選択される、少なくとも２、３、４、５、６、７、または８個の遺伝子が含まれる。いくつかの実施形態では、欠失には、Ｂ２１Ｒ、Ｂ２２Ｒ、Ｂ２３Ｒ、Ｂ２４Ｒ、Ｂ２５Ｒ、Ｂ２６Ｒ、Ｂ２７Ｒ、Ｂ２８Ｒ、及びＢ２９Ｒのそれぞれが含まれる。本明細書に開示されるいくつかの実施形態では、組換えオルソポックスウイルスゲノムは、Ｂ８Ｒの欠失をさらに含み得る。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスは、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ、Ｗｙｅｔｈ、Ｌｉｓｔｅｒ、ＥＭ６３、ＡＣＡＭ２０００、ＬＣ１６ｍ８、ＣＶ－１、変異ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）、Ｄａｉｒｅｎ Ｉ、ＧＬＶ－１ｈ６８、ＩＨＤ－Ｊ、Ｌ－ＩＶＰ、ＬＣ１６ｍ８、ＬＣ１６ｍＯ、Ｔａｓｈｋｅｎｔ、Ｔｉａｎ Ｔａｎ、及びＷＡＵ８６／８８－１からなる群から選択される株である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスは、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ、Ｔｉａｎ Ｔａｎ、Ｗｙｅｔｈ、及びＬｉｓｔｅｒからなる群から選択される株である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスは、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株ワクシニアウイルスである。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスは、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅワクシニアウイルスである。
いくつかの実施形態では、１つ以上、またはすべての欠失が、対応する遺伝子をコードするポリヌクレオチド全体の欠失である。いくつかの実施形態では、１つ以上、またはすべての欠失が、対応する遺伝子をコードするポリヌクレオチドの一部分の欠失であり、その欠失は、例えば、宿主細胞への導入時に遺伝子を機能させないためには十分なものである。
２．ワクシニアベクターの例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される国際特許公開第ＷＯ２０１９／０８９７５５Ａ１号に記載されているワクシニアプラットフォームを含むワクシニアベースのウイルス技術を利用することによって促進される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはワクシニアウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ハプロタイプ改変配列を含むワクシニアウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターがワクシニア（ポックス）ウイルスベクターである場合、投与経路は全身性である。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、ウイルスのゲノムに改変を含み得る。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、エンベロープ細胞外型（ＥＥＶ）のウイルスの産生を増強することができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、Ｂ５Ｒ遺伝子の突然変異または欠失を含み得、前記欠失は部分的欠失である。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、Ｂ５Ｒ遺伝子のＳＣＲ領域に変異または欠失を含み得、前記ＳＣＲ領域は、ＳＣＲ１、ＳＣＲ３、ＳＣＲ４、またはそれらの任意の組み合わせを含み、ＳＣＲ領域は、ＳＣＲ２を含まない。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、Ｂ５Ｒ遺伝子の突然変異または欠失を含み得る。いくつかの実施形態では、欠失は、Ｂ５Ｒ遺伝子の部分的欠失であり得る。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、ウイルスのゲノムに改変を含み得、その改変には、Ａ５２Ｒ遺伝子の突然変異または欠失が含まれ得る。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、Ａ５２Ｒ遺伝子の欠失を含み得る。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、ウイルスのゲノム中に少なくとも１つの追加の改変をさらに含み得、追加の改変には、さらなるウイルス遺伝子の突然変異または欠失が含まれ得る。
いくつかの実施形態では、さらなるウイルス遺伝子は、Ｆ１３Ｌ、Ａ３６Ｒ、Ａ３４Ｒ、Ａ３３Ｒ、Ｂ８Ｒ、Ｂ１８Ｒ、ＳＰＩ－１、ＳＰＩ－２、Ｂ１５Ｒ、ＶＧＦ、Ｅ３Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ａ４１Ｌ、Ｋ７Ｒ、及びＮＩＬのうちの少なくとも１つ、ならびにその機能的ドメイン、もしくは断片、もしくはバリアント、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、例えば、少なくとも１つの追加の外来性核酸をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの追加の外来性核酸は、ＬＩＧＨＴ（リンホトキシン様、誘導性発現を示し、Ｔリンパ球が発現する受容体であるヘルペスウイルス侵入メディエーター（ＨＶＥＭ）に関してＨＳＶ糖タンパク質Ｄと競合する）の配列をコードする核酸を含み得る。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、ウイルスＶＨ１タンパク質をコードする外来性核酸をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、改変ワクシニアウイルスベクターは、ウイルスＶＨ１タンパク質をコードする外来性核酸を含み得、外来性核酸は、ポックスウイルスのゲノム由来であり得、その場合、ポックスウイルスはワクシニアウイルスではない。いくつかの実施形態では、ポックスウイルスは、麻疹ウイルス、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、単純ヘルペスウイルス、水疱性口内炎ウイルス、レオウイルス、ニューカッスル病ウイルス、セネカウイルス、レンチウイルス、メンゴウイルス、及び／または粘液種ウイルスを含み得る。
いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターゲノムは、チミジンキナーゼ遺伝子を含み得る。いくつかの実施形態では、ウイルスゲノムからチミジンキナーゼ遺伝子を欠失させることができる。いくつかの実施形態では、ワクシニアウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルス由来のチミジンキナーゼ遺伝子をさらに含み得る。
３．ワクシニアベクターの例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される米国特許公開第ＵＳ２０２０／０２１５１３２号に記載されているワクシニアプラットフォームを含むワクシニアベースのウイルス技術を利用することによって促進される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはワクシニアウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ハプロタイプ改変配列を含むワクシニアウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターがワクシニア（ポックス）ウイルスベクターである場合、投与経路は全身性である。
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変に使用されるワクシニアベクターは、配列番号４５または配列番号４６（ＵＳ２０２０／０２１５１３２の配列番号１及び配列番号２；本明細書に提供される）に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、９８％）の配列同一性を有するか、またはＴＫ遺伝子の欠失によって改変されている配列番号１または配列番号２（両方ともＵＳ２０２０／０２１５１３２より）に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、９８％）の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むキメラポックスウイルスである。組換えポックスウイルスは腫瘍溶解性があり、特定のがん細胞に感染して殺傷することができる。
いくつかの実施形態では、配列番号４５または配列番号４６に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％）の配列同一性を有するヌクレオチド配列は：（ｉ）牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株、アライグマポックスウイルスＨｅｒｍａｎ株、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株、ワクシニアウイルスＷＲ株、ワクシニアウイルスＩＨＤ株、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株、ワクシニアウイルスＣＬ株、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株、ワクシニアウイルスＡＳ株、オルフウイルスＮＺ２株、及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株からなる群から選択される少なくとも２つのポックスウイルス株由来の核酸断片、（ｉｉ）１つ以上のハプロタイプ改変核酸配列、または（ｉｉｉ）検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。
別の態様では、配列番号４５に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％）の配列同一性を有するヌクレオチド配列は：（ｉ）牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株、アライグマポックスウイルスＨｅｒｍａｎ株、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株、ワクシニアウイルスＷＲ株、ワクシニアウイルスＩＨＤ株、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株、ワクシニアウイルスＣＬ株、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株、及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片、（ｉｉ）１つ以上のハプロタイプ改変核酸配列、または（ｉｉｉ）検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。
別の態様では、配列番号４６に対して少なくとも７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列は：（ｉ）オルフウイルスＮＺ２株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片、（ｉｉ）１つ以上のハプロタイプ改変核酸配列、または（ｉｉｉ）検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。
一態様では、配列番号４５または配列番号４６に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％）の配列同一性を有するヌクレオチド配列は：（ｉ）牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株、アライグマポックスウイルスＨｅｒｍａｎ株、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株、ワクシニアウイルスＷＲ株、ワクシニアウイルスＩＨＤ株、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株、ワクシニアウイルスＣＬ株、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株、ワクシニアウイルスＡＳ株、オルフウイルスＮＺ２株、及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株からなる群から選択される少なくとも２つのポックスウイルス株由来の核酸断片、（ｉｉ）１つ以上のハプロタイプ改変核酸配列、（ｉｉｉ）１つ以上の核酸結合配列、または（ｉｖ）検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。
別の態様では、配列番号４５に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％）の配列同一性を有するヌクレオチド配列は：（ｉ）牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株、アライグマポックスウイルスＨｅｒｍａｎ株、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株、ワクシニアウイルスＷＲ株、ワクシニアウイルスＩＨＤ株、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株、ワクシニアウイルスＣＬ株、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株、及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片、（ｉｉ）１つ以上のハプロタイプ改変核酸配列、（ｉｉｉ）１つ以上の核酸結合配列、または（ｉｖ）検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。
別の態様では、配列番号４６に対して少なくとも７０％（８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％）（８０％、８５％、９０％、９５％、または９８％）の配列同一性を有するヌクレオチド配列は：（ｉ）オルフウイルスＮＺ２株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片、（ｉｉ）１つ以上の抗がん性核酸配列、（ｉｉｉ）１つ以上のハプロタイプ改変核酸配列、または（ｉｖ）検出可能な部分をコードする核酸配列を含む。
実施形態において、核酸断片は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株、アライグマポックスウイルスＨｅｒｍａｎ株、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株、ワクシニアウイルスＷＲ株、ワクシニアウイルスＩＨＤ株、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株、ワクシニアウイルスＣＬ株、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株、及びワクシニアウイルスＡＳ株に由来する。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びアライグマポックスウイルスＨｅｒｍａｎ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びワクシニアウイルスＷＲ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びワクシニアウイルスＩＨＤ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びワクシニアウイルスＣＬ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、牛痘ウイルスＢｒｉｇｈｔｏｎ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びワクシニアウイルスＷＲ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びワクシニアウイルスＩＨＤ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びワクシニアウイルスＣＬ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ウサギポックスウイルスＵｔｒｅｃｈｔ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及びワクシニアウイルスＩＨＤ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及びワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及びワクシニアウイルスＣＬ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及びワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＷＲ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＩＨＤ株及びワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＩＨＤ株及びワクシニアウイルスＣＬ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＩＨＤ株及びワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＩＨＤ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＩＨＤ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＩＨＤ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株及びワクシニアウイルスＣＬ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株及びワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＥｌｓｔｒｅｅ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＣＬ株及びワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＣＬ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＣＬ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＣＬ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株及びワクシニアウイルスＡＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＬｅｄｅｒｌｅ－Ｃｈｏｒｉｏａｌｌａｎｔｏｉｃ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＡＳ株及びオルフウイルスＮＺ２株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、ワクシニアウイルスＡＳ株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。実施形態では、核酸配列は、オルフウイルスＮＺ２株及び偽牛痘ウイルスＴＪＳ株由来の核酸断片を含む。
ｃ．単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）
１．ＨＳＶベクターの例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される国際特許公開第ＷＯ２０１７／１３２５５２号に記載されている単純ヘルペスウイルスプラットフォームを含む単純ヘルペスウイルスベースのウイルス技術を利用することによって促進される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ハプロタイプ改変配列を含む単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターが単純ヘルペスウイルスベクターである場合、投与経路は腫瘍内である。
いくつかの実施形態では、本発明は、ウイルス複製に必要とされる１つ以上のウイルス遺伝子の遺伝子座に挿入することができる１つ以上の標的配列の１つ以上のコピーを含む、組み換え腫瘍溶解性ウイルスを提供する。いくつかの実施形態では、ウイルスは、単純ヘルペスウイルス、アデノウイルス、ポリオウイルス、ワクシニアウイルス、麻疹ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、オルソミクソウイルス、パルボウイルス、マラバウイルス、またはコクサッキーウイルスである。いくつかの実施形態では、ウイルスは単純ヘルペスウイルスであり、ウイルス複製に必要な１つ以上のウイルス遺伝子は、ＵＬ１、ＵＬ５、ＵＬ６、ＵＬ７、ＵＬ８、ＵＬ９、ＵＬ１１、ＵＬ１２、ＵＬ１４、ＵＬ１５．ＵＬ１７、１Ｘ１８、ＵＬ１９．ＵＬ２０、ＵＬ２２、１Ｘ２５、１Ｘ２６、ＵＬ２６．５、ＵＬ２７、ＵＬ２８、ＵＬ２９、ＵＬ３０、ＵＬ３１、ＵＬ３２、ＵＬ３３、ＵＬ３４、ＵＬ３５、ＵＬ３６、ＵＬ３７、ＵＬ３８、ＵＬ３９、ＵＬ４０、ＵＬ４２、ＵＬ４８、ＵＬ４９、ＵＬ５２、ＵＬ５３、ＵＬ５４、ＩＣＰ０、ＩＣＰ４、ＩＣＰ２２、ＩＣＰ２７、ＩＣＰ４７、γ－３４．５、ＵＳ３、ＵＳ４、ＵＳ５、ＵＳ６、ＵＳ７、ＵＳ８、ＵＳ９、ＵＳ１０、ＵＳ１１、及びＵＳ１２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変配列を、ウイルス複製に必要な１つ以上のウイルス遺伝子の５’非翻訳領域（ＵＴＲ）または３’ＵＴＲに組み込むことができる。いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変配列を、ＩＣＰ４、ＩＣＰ２７、ＵＬ１９、及び／またはＵＬ３０遺伝子座に挿入する。
２．ＨＳＶベクターの例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される国際特許公開第ＷＯ２０１９／２４３８４７号及び／または第ＷＯ２０１７／１１８８６５号に記載されている単純ヘルペスウイルスプラットフォームを含む単純ヘルペスウイルスベースのウイルス技術を利用することによって促進される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ハプロタイプ改変配列を含む単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターが単純ヘルペスウイルスベクターである場合、投与経路は腫瘍内である。
いくつかの実施形態では、単純ヘルペスウイルスは、野生型（すなわち、親ウイルス種から変化していない）であるか、または遺伝子破壊もしくは遺伝子付加を有し得る。いくつかの実施形態では、本発明で使用するウイルスベクターは、膜融合性タンパク質及び少なくとも１つの免疫刺激分子を発現するウイルスを含む。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、膜融合性タンパク質によって媒介される直接的な腫瘍溶解効果、ウイルスの複製、及び腫瘍を介した拡散を提供し、これにより、（ｉ）抗腫瘍免疫応答を誘導するために放出されるネオ抗原を含む腫瘍抗原の量が増加し、（ｉｉ）ウイルスにコードされた免疫刺激分子（複数可）の発現が増強される。いくつかの実施形態では、膜融合性タンパク質は、テナガザル白血病ウイルス（ＧＡＬＶ）由来の糖タンパク質であり、Ｒ膜貫通ペプチドが変異または除去されている（ＧＡＬＶ－Ｒ－）。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはＨＳＶ１である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０４を有するＲＨ０１８Ａ株、仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０２を有するＲＨ００４Ａ株、仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０７を有するＲＨ０３１Ａ株、仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０８を有するＲＨ０４０Ｂ株、仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０３を有するＲＨ０１５Ａ株、仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０５を有するＲＨ０２１Ａ株、仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０６を有するＲＨ０２３Ａ株、または仮受託番号ＥＣＣＡＣ１６１２１９０９を有するＲＨ０４７Ａ株である。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、仮受託番号ＥＡＣＣ１６１２１９０４を有するＲＨ０１８Ａ株である。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、機能的ＩＣＰ３４．５を発現せず、機能的ＩＣＰ４７を発現せず、及び／または前初期遺伝子としてＵＳ１１遺伝子を発現する。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）Ｇタンパク質、シンシチン－１、シンシチン－２、サルウイルス５（ＳＶ５）Ｆタンパク質、麻疹ウイルス（ＭＶ）Ｈタンパク質、ＭＶ Ｆタンパク質、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）Ｆタンパク質、及びテナガザル白血病ウイルス（ＧＡＬＶ）、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、Ｍａｓｏｎ－Ｐｆｉｚｅｒサルウイルス（ＭＰＭＶ）、またはＲペプチドが欠失したウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）由来の糖タンパク質からなる群から選択される膜融合性タンパク質をコードする核酸を含む。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ＨＳＶ１などの単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）である。ＨＳＶは通常、機能的ＩＣＰ３４．５及び／または機能的ＩＣＰ４７を発現せず、及び／または前初期遺伝子としてＵＳ１１遺伝子を発現する。いくつかの実施形態では、ＩＣＰ３４．５をコードする遺伝子に変異を導入して、ＨＳＶに対する選択的腫瘍溶解活性を付与する。機能的なＩＣＰ３４．５の発現を妨げる、ＩＣＰ３４．５をコードする遺伝子の変異については、Ｃｈｏｕ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５０：１２６２－１２６６，Ｍａｃｌｅａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．７２：６３１－６３９及びＬｉｕ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １０：２９２－３０３に記載されており、これらは参照により本明愛書に援用される。ＩＣＰ６をコードする遺伝子及び／またはチミジンキナーゼをコードする遺伝子もまた、ウイルス感染または腫瘍内での複製を妨げない限り、他の遺伝子と同様に不活化してもよい。いくつかの実施形態では、ＩＣＰ４７をコードする遺伝子の発現を通常制御する前初期プロモーターの制御下にＵＳ１１遺伝子を配置する様式でのＩＣＰ４７をコードする遺伝子を欠失させると、腫瘍内での複製が増強される（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ，２００３を参照のこと（参照により本明細書に援用される））。
ウイルスは、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、レトロウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、またはレオウイルスの株を含む、がんの腫瘍溶解性治療に使用され得る任意のウイルス種の株であってもよい。ウイルスは、好ましくは、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、例えばＨＳＶ１である。ＨＳＶは通常、機能的ＩＣＰ３４．５及び／または機能的ＩＣＰ４７を発現せず、及び／または前初期遺伝子としてＵＳ１１遺伝子を発現する。
いくつかの実施形態では、ウイルスは、ＨＳＶ１及び／またはＨＳＶ２の株を含むヘルペスウイルス（ＨＳＶ）である。
いくつかの実施形態では、ＨＳＶ後期遺伝子であるＵＳ１１コード配列をウイルス複製に非依存的なプロモーターの制御下に配置する他の変異もヘルペスウイルスに導入してよい。そのような変異により、ＨＳＶの複製が起こる前にＵＳ１１を発現させることができ、腫瘍内でのウイルスの複製が増強される。特に、そのような変異は、機能的なＩＣＰ３４．５をコードする遺伝子を欠くＨＳＶの複製を増強する。
いくつかの実施形態では、本開示のＨＳＶは、プロモーターに作動可能に連結されたＵＳ１１遺伝子を含み、プロモーターの活性はウイルス複製に非依存的である。プロモーターは、哺乳類、好ましくはヒトの腫瘍細胞において活性な、前初期（ＩＥ）プロモーターまたは非ＨＳＶプロモーターであってもよい。プロモーターは、例えば、哺乳類、好ましくはヒトのゲノムに由来するプロモーターなどの真核生物プロモーターであってもよい。プロモーターは、遍在性プロモーター（β－アクチンまたはチューブリンのプロモーターなど）、または腫瘍特異的プロモーターなどの細胞特異的プロモーターであってもよい。プロモーターは、モロニーマウス白血病ウイルス末端反復配列（ＭＭＬＶ ＬＴＲ）プロモーター、またはヒトもしくはマウスのサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ＩＥプロモーターなどのウイルスプロモーターであってもよい。ＨＳＶ即時初期（ＩＥ）プロモーターは当技術分野で周知である。ＨＳＶ ＩＥプロモーターは、ＩＣＰ０、ＩＣＰ４、ＩＣＰ２２、ＩＣＰ２７、またはＩＣＰ４７の発現を促進するプロモーターであり得る。
ｄ．粘液腫ウイルス（ＭＶ）
１．ＭＶベクターの例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、ハプロタイプ改変は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される国際特許公開第ＷＯ２０２０／０５１２４８号に記載されている粘液種ウイルスプラットフォームを含む粘液種ウイルスベースのウイルス技術を利用することによって促進される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ハプロタイプ改変配列を含む粘液種ウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターが粘液種ウイルスである場合、投与経路は全身性である。
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、粘液種ウイルス（ＭＹＸＶ）ベースのベクターである。いくつかの実施形態では、粘液腫ウイルス（ＭＹＸＶ）は、ＬＩＧＨＴ（リンホトキシン様、誘導性発現を示し、Ｔリンパ球が発現する受容体であるヘルペスウイルス侵入メディエーター（ＨＶＥＭ）に関してＨＳＶ糖タンパク質Ｄと競合する）配列を含む。いくつかの実施形態では、粘液腫ウイルスは、ＭＹＸＶ－ＬＩＧＨＴを含む。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴは、ヒトＬＩＧＨＴ由来の配列を含む。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴは、配列番号１３～１５（ＷＯ２０２０／０５１２４８より）（本出願では４７～４９）のいずれか１つと少なくとも７０％同一であり、以下にコピーされる配列を含む：
Figure 2024511950000002
いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴは、粘液腫ウイルスゲノムのＭ１３５オープンリーディングフレームとＭ１３６オープンリーディングフレームとの間にある。いくつかの実施形態では、粘液腫ウイルスは、ＭＹＸＶ－ＦＬｕｃ－ｈｕＬＩＧＨＴ－ＴｄＴｏｍａｔｏを含む。いくつかの実施形態では、粘液腫ウイルスは、ＭＹＸＶ－デコリンを含む。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴ導入遺伝子は、哺乳類ＬＩＧＨＴ遺伝子由来の配列を含む。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴ導入遺伝子は、マウスＬＩＧＨＴ遺伝子（ｍＬＩＧＨＴ）由来の配列を含む。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴ導入遺伝子は、ヒトＬＩＧＨＴ遺伝子（ｈｕＬＩＧＨＴ）由来の配列を含む。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴ導入遺伝子は、分泌される産物をコードする。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴ導入遺伝子は、細胞表面に局在する産物（例えば、膜貫通ドメインを含む）をコードする。いくつかの実施形態では、ＬＩＧＨＴ遺伝子は、上記で示されるように、配列番号４６～４８のいずれか１つに由来する配列を含む。
いくつかの実施形態では、粘液腫ウイルスは、Ｍ００１Ｒ、Ｍ００２Ｒ、Ｍ００３．１Ｒ、Ｍ００３．２Ｒ、Ｍ００４．１Ｒ、Ｍ００４Ｒ、Ｍ００５Ｒ、Ｍ００６Ｒ、Ｍ００７Ｒ、Ｍ００８．１Ｒ、Ｍ００８Ｒ、Ｍ００９Ｌ、Ｍ０１３、Ｍ０３６Ｌ、Ｍ０６３Ｌ、Ｍ１１Ｌ、Ｍ１２８Ｌ、Ｍ１３１Ｒ、Ｍ１３５Ｒ、Ｍ１３６Ｒ、Ｍ１４１Ｒ、Ｍ１４８Ｒ、Ｍ１５１Ｒ、Ｍ１５２Ｒ、Ｍ１５３Ｒ、Ｍ１５４Ｌ、Ｍ１５６Ｒ、Ｍ－Ｔ２、Ｍ－Ｔ４、Ｍ－Ｔ５、Ｍ－Ｔ７、及びＳＯＤからなる群から選択される１つ以上の遺伝子の欠失または破壊を含む。いくつかの実施形態では、粘液腫ウイルスは、Ｍ１３５の欠失を含む。
ＩＩ．治療のための固形腫瘍
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、固形がんまたは固形腫瘍の治療に有用である。用語「がん」とは一般に、原発性腫瘍と転移性腫瘍の両方を含む腫瘍を指す。いくつかの実施形態では、腫瘍は固形腫瘍である。本明細書で提供される方法の一部として、本方法は、例えば、がんの完全寛解を含む固形がんの成長の阻害、がんの転移の阻害、及びがん抵抗性の促進、ならびに患者の生存率を高めることに役立つ。用語「がんの成長」とは一般に、がん内部のより発達した形態への変化を示唆する多数の指標のいずれかを指す。したがって、がんの成長の抑制を測定するための指標には、がん細胞の生存率の低下、腫瘍体積または形態の縮小（例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）、超音波検査、または他の画像化法を用いて測定される）、腫瘍成長の遅延、腫瘍血管系の破壊、遅延型皮膚過敏反応試験の性能向上、細胞溶解性Ｔリンパ球の活性の増加、及び腫瘍特異的抗原のレベルの低下、ならびに患者の生存結果の増加が含まれるがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、がんには、固形腫瘍、例えばがん腫、肉腫、及び／またはリンパ腫が含まれる。がん腫には、周囲の組織に浸潤、例えば侵襲し、転移を引き起こす上皮細胞に由来する悪性新生物が含まれる。腺癌は、腺組織、または認識可能な腺構造を形成する組織に由来するがん腫である。がんの別の広範なカテゴリーには、肉腫及び線維肉腫が含まれ、これらは、細胞が線維状または均一な物質、例えば胎生結合組織に埋め込まれた腫瘍である。
いくつかの実施形態では、固形腫瘍は、膀胱、子宮頸部、胃、乳房、肺、結腸、直腸、皮膚、黒色腫、消化管、尿路、または膵臓のがんまたはがん腫に由来する。
いくつかの実施形態では、がん腫としては、副腎皮質癌、腺房癌、腺房細胞癌、小葉癌、腺嚢癌腫、腺様嚢胞癌、腺様扁平上皮癌、腺腫性癌、腺扁平上皮癌、付属器癌、副腎皮質癌、副腎皮質のがん、副腎皮質癌、アルドステロン産生癌、アルドステロン分泌癌、肺胞癌、肺胞細胞癌、エナメル上皮癌、乳頭部癌、甲状腺未分化癌、アポクリン腺癌、基底細胞癌、基底細胞癌、肺胞癌、面皰基底細胞癌、嚢胞性基底細胞癌、モルフェア様基底細胞癌、多中心性基底細胞癌、結節潰瘍型基底細胞癌、色素性基底細胞癌、硬化性基底細胞癌、表層基底細胞癌、類基底細胞癌、基底扁平上皮癌、胆管癌、肝外胆管癌、肝内胆管癌、気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、細気管支肺胞癌、細気管支肺胞上皮癌、細気管支肺胞細胞癌、気管支原性肺癌、大脳様癌腫、胆管細胞癌、絨毛癌、脈絡叢癌、明細胞癌、総排泄肛門癌、粘液癌、面皰癌、内体癌、子宮体癌、コルチゾール産生癌、篩状癌、円柱状癌、円柱状細胞癌、腺管癌、乳管癌、前立腺管癌、非浸潤性乳管癌（ＤＣＩＳ）、エクリン癌、胚性癌腫、鎧状癌、子宮内膜癌、子宮体癌、類内膜癌、類表皮癌、混合腫瘍由来癌、多形性腺腫由来癌、外向発育癌、線維層状型肝細胞癌、線維癌（ｃａｎｃｅｒ ｆｉｂｒｏ’ｓｕｍ）、甲状腺濾胞状癌、胃癌、粘液癌、膠様癌、巨細胞癌、甲状腺巨細胞癌、巨大細胞癌（巨大細胞網様核を含む）、腺癌、顆粒膜細胞癌、肝細胞癌、好酸性細胞癌、副腎様癌、小児胎児性癌、膵島細胞癌、炎症性乳癌、上皮内癌、管内癌、表皮内癌、上皮内癌、若年性胎児性癌、クルチツキー細胞癌、大細胞癌、軟膜癌、小葉癌、浸潤性小葉癌、浸潤性小葉癌、上皮内小葉癌（ＬＣＩＳ）、リンパ上皮癌、髄質癌、髄様癌、甲状腺髄様癌、髄様甲状腺癌、黒色癌、髄膜癌、メルケル細胞癌、変型性細胞癌、微小乳頭癌、粘液性癌、粘液癌、鼻咽頭癌、皮膚神経内分泌癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、エンバク細胞癌、骨化性癌、類骨癌、パジェット病、乳頭癌、甲状腺乳頭癌、乳頭部周囲癌、前浸潤性癌、棘細胞癌、腎細胞癌、瘢痕癌、住血吸虫膀胱癌、シュナイダー癌腫、スキルス癌、脂腺癌、印環細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、紡錘細胞癌、海綿体癌、扁平上皮癌、扁平上皮細胞癌、終末乳管癌、未分化甲状腺癌、濾胞性甲状腺癌、甲状腺髄様癌、甲状腺乳頭癌、皮膚の小柱癌、移行細胞癌、管状癌、甲状腺の未分化癌、子宮体癌、疣状癌、扁平上皮細胞癌（頭頸部癌を含む）、食道扁平上皮細胞癌、及び／または口腔癌及び癌腫が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、肉腫としては、脂肪肉腫、肺胞軟部肉腫、エナメル芽細胞肉腫、トリ肉腫、ブドウ状肉腫、ニワトリ肉腫、緑色種肉腫、軟骨芽細胞肉腫、腎臓の明細胞肉腫、胎児肉腫、子宮内膜間質肉腫、類上皮肉腫、ユーイング肉腫、筋膜肉腫、線維芽細胞性肉腫、家禽肉腫、巨細胞肉腫、顆粒球性肉腫、血管内皮性肉腫、ホジキン病、特発性多発性色素性出血性肉腫、Ｂ細胞の免疫芽球性肉腫、Ｔ細胞の免疫芽球性肉腫、ジェンセン病、カポジ病、クッパー細胞肉腫、白血球性肉腫、リンパ性肉腫、メラノーマ性肉腫、混合細胞肉腫、多発性肉腫、リンパ管腫肉腫、特発性出血性肉腫、多能性原発性骨肉腫、骨芽細胞性肉腫、骨原性肉腫、傍骨肉腫、多形性肉腫、偽カポジ肉腫、細網細胞肉腫、脳細網細胞肉腫、横紋筋肉腫、軟部組織肉腫、紡錘細胞肉腫、滑膜肉腫、毛細血管拡張性肉腫、肉腫（骨肉腫）／悪性線維性骨の組織球腫、及び／または軟部組織肉腫が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、リンパ腫としては、エイズ関連リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、Ｔ細胞白血病／リンパ腫、アフリカリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｂ細胞単球様リンパ腫、ウシ悪性腫瘍、バーキットリンパ腫、中心細胞性リンパ腫、皮膚リンパ腫、びまん性リンパ腫、びまん性大細胞型リンパ腫、びまん性混合小細胞及び大細胞型リンパ腫、びまん性小分割細胞性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、濾胞中心細胞リンパ腫、濾胞性混合小分割細胞及び大細胞型リンパ腫、濾胞性大細胞型リンパ腫、濾胞性小分割細胞リンパ腫、巨大濾胞リンパ腫、巨大濾胞性リンパ腫、肉芽腫性リンパ腫、組織球性大細胞型リンパ腫、免疫芽球性大細胞型分割細胞リンパ腫、大細胞型有核細胞リンパ腫、レナートリンパ腫、リンパ芽球性リンパ腫、リンパ球性リンパ腫、中間型リンパ球性リンパ腫、中間分化型リンパ球性リンパ腫、形質細胞様リンパ腫、低分化型リンパ球性リンパ腫、小型リンパ球性リンパ腫、高分化型リンパ球性リンパ腫、ＭＡＬＴ、マントル細胞リンパ腫、マントル層リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、地中海リンパ腫、混合リンパ球性組織球性リンパ腫、結節性リンパ腫、形質細胞様リンパ腫、多形性リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性体液性リンパ腫、小型ｂ細胞リンパ腫、小分割細胞性リンパ腫、小型有核細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、回旋状Ｔ細胞リンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、小リンパ球性Ｔ細胞リンパ腫、未定義リンパ腫、ｕ細胞リンパ腫、未分化リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、体液性（体腔ベース）リンパ腫、胸腺リンパ腫、及び／または皮膚Ｔ細胞リンパ腫が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、標的となり得る消化管固形癌には、肝外胆管癌、結腸癌、結腸及び直腸癌、結腸直腸癌、胆嚢癌、胃（胃）癌、消化管カルチノイド、消化管カルチノイド、消化管間質腫瘍、膀胱癌、膵島細胞癌（膵内分泌部）、膵臓癌、膵島細胞癌、前立腺癌、直腸癌、唾液腺癌、小腸癌、結腸癌、及び／または結腸直腸腫瘍に関連するポリープが含まれる。
いくつかの実施形態では、肺及び呼吸器固形癌としては、気管支腺腫／カルチノイド、食道癌、食道癌、食道癌、下咽頭癌、喉頭癌、下咽頭癌、肺カルチノイド腫瘍、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、肺小細胞癌、中皮腫、鼻腔及び副鼻腔癌、鼻咽頭癌、上咽頭癌、口腔癌、口腔及び口唇癌、中咽頭癌、副鼻腔癌及び鼻腔癌、及び／または胸膜肺芽腫が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、尿路癌及び生殖癌としては、子宮頸癌、子宮内膜癌、卵巣上皮癌、性腺外胚細胞腫瘍、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、卵巣胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛腫瘍、脾臓癌、腎臓癌、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、陰茎癌、腎細胞癌（癌腫を含む）、腎細胞癌、腎盂及び尿管癌（移行上皮癌）、腎盂及び尿管の移行上皮癌、妊娠性絨毛腫瘍、精巣癌、尿管及び腎盂癌、移行上皮癌、尿道癌、子宮体癌、子宮肉腫、膣癌、外陰癌、卵巣癌、原発性腹膜上皮新生物、子宮頸癌、子宮癌及び卵胞の固形腫瘍）、表在性膀胱腫瘍、浸潤性膀胱移行上皮癌、及び／または筋浸潤性膀胱癌が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、皮膚癌及び黒色腫（ならびに非黒色腫）には、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、眼内黒色腫、ヒト皮膚ケラチノサイトの腫瘍進行、基底細胞癌、及び扁平上皮癌が含まれるが、これらに限定されない。標的となり得る肝臓癌には、肝外胆管癌及び肝細胞癌が含まれる。標的となり得る眼癌には、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、及び眼内黒色腫が含まれる。標的となり得るホルモン癌としては、副甲状腺癌、松果体及びテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、下垂体腫瘍、胸腺腫及び胸腺癌、胸腺腫、胸腺癌、甲状腺癌、副腎皮質癌、及び／またはＡＣＴＨ産生腫瘍が挙げられる。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔの投与は、固形腫瘍の成長を抑制する。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔの投与は、固形腫瘍の成長を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％抑制する。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔの投与は、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現することができる腫瘍細胞集団の少なくとも１倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、もしくは少なくとも１０倍、またはそれ以上、固形腫瘍の成長を抑制する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－ＴはＴＣＲ－Ｔ細胞を含み、これにはＴＣＲ－Ｔ細胞の注入が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－ＴはＴＣＲ－Ｔ細胞を含み、これには腫瘍細胞集団のハプロタイプを遺伝子改変した後のＴＣＲ－Ｔ細胞の注入が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－ＴはＴＣＲ－Ｔ細胞を含み、これには腫瘍細胞集団のＨＬＡハプロタイプを遺伝子改変した後のＴＣＲ－Ｔ細胞の注入が含まれる。
ＩＩＩ．ＴＣＲ配列
本明細書に記載されるように、本発明は、腫瘍細胞をＴＣＲ療法（ＴＣＲ－Ｔ）に対してより感受性にするために腫瘍細胞集団を遺伝子改変することに関する方法、核酸、及びベクターを提供する。
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させるために腫瘍細胞集団を遺伝子改変した後に、ＴＣＲ－Ｔを投与する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む。いくつかの実施形態では、拘束性及び／または標的化ＴＣＲは、ＴＣＲα鎖をコードする核酸及びＴＣＲβ鎖をコードする核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、拘束性及び／または標的化ＴＣＲは、別個のオープンリーディングフレーム下に組み込まれた、ＴＣＲα鎖をコードする核酸及びＴＣＲβ鎖をコードする核酸によってコードされる。
特定の実施形態では、ＴＣＲα鎖をコードする核酸及びＴＣＲβ鎖をコードする核酸は、単一のオープンリーディングフレームに組み込まれ、単一のオープンリーディングフレームは、α鎖をコードするポリヌクレオチドとβ鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された自己切断ペプチドをコードするポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、拘束性及び／または標的化ＴＣＲは、単一のベクターにコードされた、ＴＣＲα鎖をコードする核酸及びＴＣＲβ鎖をコードする核酸によってコードされる。いくつかの実施形態では、拘束性及び／または標的化ＴＣＲは、別個のベクターにコードされた、ＴＣＲα鎖をコードする核酸及びＴＣＲβ鎖をコードする核酸によってコードされる。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法は、特定の抗原特異性を有するＴＣＲを標的とする。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する抗原特異性を有するＴＣＲに対する特異性を有する。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する抗原特異性を有するＴＣＲに対する特異性を有するＴＣＲα鎖及びＴＣＲβ鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＫＫ－ＬＣ－１、またはＮＹ－ＥＳＯ－１に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＫＫ－ＬＣ－１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＫＫ－ＬＣ－１に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、１つ以上のベクターがＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲβ配列を含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲα配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲβ配列及びＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲα配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、Ｋｉｔａ－Ｋｙｕｓｈｕ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ａｎｔｉｇｅｎ－１５２－６０（ＫＫ－ＬＣ－１５２－６０）に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＫＫ－ＬＣ－１５２－６０は、アミノ酸配列ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＨＥＲＶ－Ｅを標的とする。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＨＥＲＶ－Ｅに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、１つ以上のベクターがＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲβ配列を含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲα配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲβ配列及びＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲα配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＨＥＲＶ－Ｅは、アミノ酸配列ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１を標的とする。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＮＹ－ＥＳＯ－１に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、１つ以上のベクターが、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲβ配列を含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲα配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲβ配列及びＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲα配列を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５は、アミノ酸配列ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号５及び／または１０のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号１６及び／または２１のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号２７及び／または３２のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、配列番号３８及び／または４３のアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＴＣＲβ鎖及びＴＣＲα鎖をコードする核酸を含み、β鎖をコードするヌクレオチド配列は、α鎖をコードするヌクレオチド配列の５’に位置する。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、ならびにβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する特異性を有するαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する特異性を有するβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する特異性を有するαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する特異性を有するβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６、１７、２８、もしくは３９の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号１の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号１７の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号１２の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号２８の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号２３の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号３９の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号３４の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６、１７、２８、または３９の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、配列番号６、１７、２８、または３９由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４の核酸配列に対する少なくとも８０％の配列同一性、ならびに配列番号１、１２、２３、もしくは３４由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、配列番号６由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、ならびに配列番号１の核酸配列に対する少なくとも８０％の配列同一性、ならびに配列番号１由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号１７の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、配列番号１７由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１２の核酸配列に対する少なくとも８０％の配列同一性、ならびに配列番号１２由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号２８の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、配列番号２８由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号２３の核酸配列に対する少なくとも８０％の配列同一性、ならびに配列番号２３由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号３９の核酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、配列番号３９由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号３４の核酸配列に対する少なくとも８０％の配列同一性、ならびに配列番号３４由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、配列同一性は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％、またはいくつかの実施形態では１００％である。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号６、１７、２８、もしくは３９からなる群から選択される配列由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４からなる群から選択される配列由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号５、１６、２７、もしくは３８からなる群から選択される配列由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０、２１、３２、もしくは４３からなる群から選択される配列由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号５由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号１６由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号２１由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号２７由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号３２由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号３８由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号４３由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号５、１６、２７、もしくは３８の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０、２１、３２、もしくは４３の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号５の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号１０の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号１６の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号２１の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号２７の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号３２の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔは、配列番号３８の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、及び配列番号４３の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、ならびにβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含むＴＣＲ－Ｔを含む。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、１つのベクターが、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖を含むＴＣＲ－Ｔを含み、第２のベクターが、βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１の核酸配列及び配列番号６の核酸配列を含むか、または配列番号５のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号１０のアミノ配列をコードする核酸を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１２の核酸配列及び配列番号１７の核酸配列を含むか、または配列番号１６のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号２１のアミノ配列をコードする核酸を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２３の核酸配列及び配列番号２８の核酸配列を含むか、または配列番号２７のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号３２のアミノ配列をコードする核酸を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号３４の核酸配列及び配列番号３９の核酸配列を含むか、または配列番号３８のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号４３のアミノ配列をコードする核酸を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号６のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号１２のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号１７のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号２３のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号２８のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ベクターは、配列番号３４のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号３９のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸配列ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）を含むペプチドを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸配列ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）を含むペプチドを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸配列ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）を含むペプチドを提供する。本明細書に記載の方法または使用のいくつかの実施形態では、ＴＣＲ－Ｔ療法は、ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）、ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）、またはＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）のペプチドに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む。
実施例１：ＨＥＲＶ－Ｅ／Ａ＊１１腫瘍株におけるＡ＊１１発現はＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞による認識を付与する
本実施例は、ＴＣＲ－Ｔ療法に対する腫瘍細胞の感受性を拡大するために、腫瘍におけるＨＬＡハプロタイプ発現の多様性を高める方法を提供する。
ＴＣＲ療法には２つの制約がある。第１に、腫瘍細胞は、標的ペプチド、本実施例ではＨＥＲＶ－Ｅを発現する必要がある。ＴＣＲ及びペプチドに結合する正しいＨＬＡ分子も標的細胞上に存在する必要がある。発明者らは、ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲが、ＨＥＲＶ－ＥとＨＬＡ－Ａ＊１１の両方を天然に発現する腫瘍細胞の認識に非常に有効であることを示した。天然にはＨＬＡ－Ａ＊１１陰性であるがＨＥＲＶ－Ｅ陽性である腫瘍細胞においてＨＬＡ－Ａ＊１１を発現させることが腫瘍認識に十分であるかどうかは、依然として未解決の疑問点である。これらの実験の目的は、ＨＥＲＶ－Ｅを発現するが天然にはＡ＊１１陽性ではない腫瘍を、ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞がＡ＊１１発現ベクターでの形質導入後に認識するかどうかを評価することである。
正常組織では、ＨＥＲＶ－Ｅの発現は極めて低く、検出限界を下回っている。一部の悪性腫瘍、特に腎臓及び腎細胞の悪性腫瘍では、ＨＥＲＶ－Ｅの発現が非常に顕著になる。それぞれＣＯＬＯ－２０５、ＳＫ－ＬＵ－１、及びＦＭ－６に代表される結腸、肺、及び皮膚の悪性腫瘍では、ＨＥＲＶ－Ｅの発現はほとんど認められない。腎臓及び腎細胞の悪性腫瘍ではＨＥＲＶ－Ｅの発現が認められ、本明細書ではＡ４９８及び１７５５Ｒで示される（図１）。しかしながら、これらの細胞は、ＨＥＲＶ－Ｅ ＴＣＲによって検出される適切なＨＬＡ分子を有していない。Ａ４９８はＨＬＡ－Ａ＊０２であり、１７５５ＲはＨＬＡ－Ａ＊０２／ＨＬＡ－Ａ＊３１である。これらの細胞へのＡ＊１１ ＨＬＡの導入がＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲによる認識を引き起こすのに十分であるかどうかを試験するために、これら２つの細胞株にＡ＊１１発現エレメントを含むレトロウイルスベクターを形質導入した。ｐＢＡＢＥレトロウイルスベクターにはピューロマイシン耐性エレメントも含まれており、形質導入後、細胞を適切な量のピューロマイシンで１０日間選択した。
エフェクター細胞を作製するために、α及びβＴＣＲエレメントならびに短縮型ＣＤ３４エレメントを含むＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲウイルスをドナーＴ細胞に形質導入した。４日後、細胞をＣＤ３４で染色し、これにより、集団のどれだけがＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲで形質導入されたかが検出される。その結果、ドナーＴ細胞のおよそ３０％がＴＣＲ陽性であることが判明した（図２）。
Ａ＊１１発現がこれらの形質導入細胞に標的認識を付与するかどうかを試験するために、共培養実験を実施した。ＨＥＲＶ－Ｅ－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞を、Ａ４９８、Ａ４９８＋Ａ＊１１、１７５５Ｒ、及び１７５５Ｒ＋Ａ＊１１細胞と共培養した。１８時間後、上清を回収し、上清に対してインターフェロンγ（ＩＦＮγ）に関するＥＬＳＩＡを実施した。Ａ＊１１形質導入細胞Ａ４９８＋Ａ＊１１及び１７５５Ｒ＋Ａ＊１１の両方でＩＦＮγ放出の増加が認められる（図３）。
このデータは、ＨＥＲＶ－Ｅ陽性であるが天然にはＨＬＡ－Ａ＊１１陰性である腫瘍に、Ａ＊１１発現を導入すると、これらの腫瘍細胞がＴ細胞に認識されることを示している。認識は、Ａ４９８対１７５５Ｒなど、発現率が低い場合にも効果があるようである。これが広く適用可能であれば、これまでのＨＬＡ拘束性ＴＣＲを、ＨＬＡ－Ａ＊１１発現ベクターを保有する腫瘍標的ウイルスと組み合わせて使用できるようになる。これにより、他の患者細胞はＨＬＡ－Ａ＊１１対立遺伝子を有さないため、交差反応性が制限されるだけでなく、ＨＬＡ非依存的な方法でＴ細胞療法を使用できるようにもなる。
実施例２：ＫＫ－ＬＣ－１＋／Ａ＊０１－腫瘍株におけるＡ＊０１発現は、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞による認識を付与する。
ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ＊０１タンパク質（Ａ＊０１）を天然に発現するＫＫ－ＬＣ－１陽性腫瘍の認識に非常に効果的であることが示されている。ＴＣＲ療法の制約は２重である：（１）標的ペプチド、本実施例ではＫＫ－ＬＣ－１が発現すること、及び（２）ＴＣＲとペプチドが結合する正しいＨＬＡ－Ａ分子が発現すること。ＨＬＡ分子の発現が、ＫＫ－ＬＣ－１陽性だがＡ＊０１陰性である細胞株に認識を付与するのに十分であるかどうかは未解決の問題である。これらの実験の目的は、ＫＫ－ＬＣ－１を発現するが天然にはＡ＊０１陽性ではない腫瘍を、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞がＡ＊０１発現ベクターでの形質導入後に認識するかどうかを評価することであった。
５人の健康なドナー由来のＴ細胞にＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲレトロウイルスを形質導入した。４日後、マウスＴ細胞受容体β定常領域に結合する抗体で細胞を染色した。この領域は、ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ上にのみ存在し、非形質導入細胞では検出されない。Ｔ細胞は、すべてのドナーにわたっておよそ３０％の形質導入率を示す（図４）。
非がん細胞では、ＫＫ－ＬＣ－１（ＣＴ８３）の発現は、精巣の免疫特権領域に限定されている（図４）。がん細胞では、これらの精巣限定抗原の異常発現により、免疫療法の標的となるがん精巣抗原が誘導される。そのような２つの株、ＤＵ－１４５及びＭＫＮ－４５は、ＣＴ８３の発現を示すが、ＦＭ－６などの他の株は発現を示さない（図５）。ピューロマイシン耐性カセット及びＨＬＡ－Ａ＊０１コードエレメントを含むｐＢＡＢＥレトロウイルス構築物を２つのＫＫ－ＬＣ－１陽性株ＤＵ－１４５及びＭＫＮ－４５に形質導入することによって、標的細胞を作製した。ＤＵ－１４５は、ＨＬＡ－Ａ＊０３及びＨＬＡ－Ａ＊３３を天然に発現し、ＭＫＮ－４５は、ＨＬＡ－Ａ＊２４を天然に発現する。細胞にｐＢＡＢＥ構築物を形質導入し、次いで適切な量のピューロマイシンで１０日間処理して、ＫＫ－ＬＣ－１陽性及びＡ＊０１陽性であるピューロマイシン耐性集団を選択した。
Ａ＊０１発現がこれらの形質導入細胞に標的認識を付与するかどうかを試験するために、共培養実験を実施した。ＫＫ－ＬＣ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞をＤＵ－１４５、ＤＵ－１４５＋Ａ＊０１、ＭＫＮ－４５、及びＭＫＮ－４５＋Ａ＊０１と共培養した。１８時間後、上清を回収し、上清に対してインターフェロンγ（ＩＦＮγ）に関するＥＬＩＳＡを実施した。Ａ＊０１形質導入細胞ＤＵ－１４５＋Ａ＊０１（図６Ａ）及びＭＫＮ－１４５＋Ａ＊０１（図６Ｂ）の両方でＩＦＮγ放出の増加が認められる。
このデータは、ＫＫ－ＬＣ－１陽性であるがＨＬＡ－Ａ＊０１陰性である腫瘍に、Ａ＊０１発現を導入すると、これらの腫瘍細胞がＴ細胞に認識されることを示している。これが広く適用可能であれば、これまでのＨＬＡ拘束性ＴＣＲを、ＨＬＡ－Ａ＊０１発現ベクターを保有する腫瘍標的ウイルスと組み合わせて使用できるようになる。これにより、他の患者細胞はＨＬＡ－Ａ＊０１対立遺伝子を有さないため、交差反応性が制限されるだけでなく、ＨＬＡ非依存的な方法でＴ細胞療法を使用できるようにもなる。
実施例３：ＮＹ－ＥＳＯ－１＋／Ａ＊０２－腫瘍株におけるＡ＊０２発現は、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞による認識を付与する。
ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ＊０２タンパク質（Ａ＊０２）を天然に発現するＮＹ－ＥＳＯ－１陽性腫瘍の認識に非常に効果的であることが示されている。ＴＣＲ療法の制約は２重である：（１）標的ペプチド、本実施例ではＮＹ－ＥＳＯ－１が発現すること、及び（２）ＴＣＲとペプチドが結合する正しいＨＬＡ－Ａ分子が発現すること。ＨＬＡ分子の発現が、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性だがＡ＊０２陰性である細胞株に認識を付与するのに十分であるかどうかは未解決の問題である。これらの実験の目的は、ＮＹ－ＥＳＯ－１を発現するが天然にはＡ＊０２陽性ではない腫瘍を、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞がＡ＊０２発現ベクターでの形質導入後に認識するかどうかを評価することであった。
２人の健康なドナー由来のＴ細胞にＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲレトロウイルスを形質導入した。４日後、マウスＴ細胞受容体β定常領域に結合する抗体で細胞を染色した。この領域は、ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ上にのみ存在し、非形質導入細胞では検出されない。Ｔ細胞は、すべてのドナーにわたっておよそ４０％の形質導入率を示す（図７）。
２つのＮＹ－ＥＳＯ－１陽性株ＭＥＬ－６２４．２８及びＥＫＶＸに、ピューロマイシン耐性カセット及びＨＬＡ－Ａ＊０２コードエレメントを含むｐＢＡＢＥレトロウイルス構築物を形質導入することによって、標的細胞を作製した。ＭＥＬ－６２４．２８はＨＬＡ－Ａ＊０３を天然に発現し、ＥＫＶＸは、ＨＬＡ－Ａ＊１を天然に発現する。細胞にｐＢＡＢＥ構築物を形質導入し、次いで適切な量のピューロマイシンで１０日間処理して、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性及びＡ＊０２陽性であるピューロマイシン耐性集団を選択した。
Ａ＊０２発現がこれらの形質導入細胞に標的認識を付与するかどうかを試験するために、共培養実験を実施した。ＮＹ－ＥＳＯ－１－ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞を、ＭＥＬ－６２４．２８、ＭＥＬ－６２４．２８＋Ａ＊０２、ＥＫＶＸ、及びＥＫＶＸ＋Ａ＊０２と共培養した。１８時間後、上清を回収し、上清に対してインターフェロンγ（ＩＦＮγ）に関するＥＬＩＳＡを実施した。２人のドナー１９９（図８Ａ）及び２００（図８Ｂ）にわたるＡ＊０２形質導入細胞の両方でＩＦＮγ放出の増加が認められる。
このデータは、ＮＹ－ＥＳＯ－１陽性であるがＨＬＡ－Ａ＊０２陰性である腫瘍に、Ａ＊０２発現を導入すると、これらの腫瘍細胞がＴ細胞に認識されることを示している。これが広く適用可能であれば、これまでのＨＬＡ拘束性ＴＣＲを、ＨＬＡ－Ａ＊０２発現ベクターを保有する腫瘍標的ウイルスと組み合わせて使用できるようになる。これにより、他の患者細胞はＨＬＡ－Ａ＊０２対立遺伝子を有さないため、交差反応性が制限されるだけでなく、ＨＬＡ非依存的な方法でＴ細胞療法を使用できるようにもなる。
実施例１～３の参考文献：
１． Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２００１．Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｔｕｍｏｕｒ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔｕｒｅ ４１１：３８０－４
２． Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２０１４．Ｄｅｃａｄｅ ｉｎ ｒｅｖｉｅｗ－ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ：Ｅｎｔｅｒｉｎｇ ｔｈｅ ｍａｉｎｓｔｒｅａｍ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ １１：６３０－２
３． Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ Ｊ，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ ＭＩ，Ｙｕ Ｄ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｔｏｐａｌｉａｎ ＳＬ，Ｓｃｈｗａｒｔｚｅｎｔｒｕｂｅｒ ＤＪ，Ｈｗｕ Ｐ，Ｍａｒｉｎｃｏｌａ ＦＭ，Ｓｈｅｒｒｙ Ｒ，Ｌｅｉｔｍａｎ ＳＦ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２００１．Ａｄｏｐｔｉｖｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｃｌｏｎｅｄ ｍｅｌａｎｏｍａ－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２４：３６３－７３
４． Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｈｗｕ Ｐ，Ｓｃｈｗａｒｔｚｅｎｔｒｕｂｅｒ ＤＪ，Ｔｏｐａｌｉａｎ ＳＬ，Ｓｈｅｒｒｙ Ｒ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｈｕｂｉｃｋｉ ＡＭ，Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ＭＲ，Ｒａｆｆｅｌｄ Ｍ，Ｄｕｒａｙ Ｐ，Ｓｅｉｐｐ ＣＡ，Ｒｏｇｅｒｓ－Ｆｒｅｅｚｅｒ Ｌ，Ｍｏｒｔｏｎ ＫＥ，Ｍａｖｒｏｕｋａｋｉｓ ＳＡ，Ｗｈｉｔｅ ＤＥ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２００２．Ｃａｎｃｅｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｆｔｅｒ ｃｌｏｎａｌ ｒｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９８：８５０－４
５． Ｈｕｎｄｅｒ ＮＮ，Ｗａｌｌｅｎ Ｈ，Ｃａｏ Ｊ，Ｈｅｎｄｒｉｃｋｓ ＤＷ，Ｒｅｉｌｌｙ ＪＺ，Ｒｏｄｍｙｒｅ Ｒ，Ｊｕｎｇｂｌｕｔｈ Ａ，Ｇｎｊａｔｉｃ Ｓ，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ＪＡ，Ｙｅｅ Ｃ．２００８．Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｍｅｌａｎｏｍａ ｗｉｔｈ ａｕｔｏｌｏｇｏｕｓ ＣＤ４＋Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｇａｉｎｓｔ ＮＹ－ＥＳＯ－１．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５８：２６９８－７０３
６． Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｓｈｅｒｒｙ ＲＭ，Ｒｏｙａｌ ＲＥ，Ｔｏｐａｌｉａｎ ＳＬ，Ｋａｍｍｕｌａ ＵＳ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｚｈｅｎｇ Ｚ，Ｎａｈｖｉ Ａ，ｄｅ Ｖｒｉｅｓ ＣＲ，Ｒｏｇｅｒｓ－Ｆｒｅｅｚｅｒ ＬＪ，Ｍａｖｒｏｕｋａｋｉｓ ＳＡ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２００６．Ｃａｎｃｅｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｆｔｅｒ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１４：１２６－９
７． Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，Ｆｅｌｄｍａｎ ＳＡ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｓｈｅｒｒｙ ＲＭ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｎａｈｖｉ ＡＶ，Ｈｅｌｍａｎ ＬＪ，Ｍａｃｋａｌｌ ＣＬ，Ｋａｍｍｕｌａ ＵＳ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｒａｆｆｅｌｄ Ｍ，Ｌｅｅ ＣＣ，Ｌｅｖｙ ＣＬ，Ｌｉ ＹＦ，Ｅｌ－Ｇａｍｉｌ Ｍ，Ｓｃｈｗａｒｚ ＳＬ，Ｌａｕｒｅｎｃｏｔ Ｃ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２０１１．Ｔｕｍｏｒ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｐａｔｉｅｎｔｓ Ｗｉｔｈ Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ Ｓｙｎｏｖｉａｌ Ｃｅｌｌ Ｓａｒｃｏｍａ ａｎｄ Ｍｅｌａｎｏｍａ Ｕｓｉｎｇ Ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ Ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｗｉｔｈ ＮＹ－ＥＳＯ－１．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２９：９１７－２４
８． Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｋａｓｓｉｍ ＳＨ，Ｔｒａｎ ＴＬ，Ｃｒｙｓｔａｌ ＪＳ，Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，Ｆｅｌｄｍａｎ ＳＡ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｓｈｅｒｒｙ ＲＭ，Ｋａｍｍｕｌａ ＵＳ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｒａｆｆｅｌｄ Ｍ，Ｌｅｅ ＣＣ，Ｌｉ ＹＦ，Ｅｌ－Ｇａｍｉｌ Ｍ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．２０１５．Ａ ｐｉｌｏｔ ｔｒｉａｌ ｕｓｉｎｇ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ＮＹ－ＥＳＯ－１－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ：ｌｏｎｇ－ｔｅｒｍ ｆｏｌｌｏｗ－ｕｐ ａｎｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ ｗｉｔｈ ｒｅｓｐｏｎｓｅ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２１：１０１９－２７
９． Ｃｏｌｅ ＤＪ，Ｗｅｉｌ ＤＰ，Ｓｈａｍａｍｉａｎ Ｐ，Ｒｉｖｏｌｔｉｎｉ Ｌ，Ｋａｗａｋａｍｉ Ｙ，Ｔｏｐａｌｉａｎ Ｓ，Ｊｅｎｎｉｎｇｓ Ｃ，Ｅｌｉｙａｈｕ Ｓ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ ＭＩ．１９９４．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＡＲＴ－１－ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ：Ｔ ｃｅｌｌｓ ｕｔｉｌｉｚｉｎｇ ｄｉｓｔｉｎｃｔ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｖａｒｉａｂｌｅ ａｎｄ ｊｏｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅ ｔｈｅ ｓａｍｅ ｔｕｍｏｒ ｅｐｉｔｏｐｅ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５４：５２６５－８
１０． Ｃｌａｙ ＴＭ，Ｃｕｓｔｅｒ ＭＣ，Ｓａｃｈｓ Ｊ，Ｈｗｕ Ｐ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ ＭＩ．１９９９．Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ａ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎ－ｒｅａｃｔｉｖｅ ＴＣＲ ｔｏ ｈｕｍａｎ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｃｏｎｆｅｒｓ ａｎｔｉ－ｔｕｍｏｒ ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６３：５０７－１３
１１． Ｒａｐｏｐｏｒｔ ＡＰ，Ｓｔａｄｔｍａｕｅｒ ＥＡ，Ｂｉｎｄｅｒ－Ｓｃｈｏｌｌ ＧＫ，Ｇｏｌｏｕｂｅｖａ Ｏ，Ｖｏｇｌ ＤＴ，Ｌａｃｅｙ ＳＦ，Ｂａｄｒｏｓ ＡＺ，Ｇａｒｆａｌｌ Ａ，Ｗｅｉｓｓ Ｂ，Ｆｉｎｋｌｅｓｔｅｉｎ Ｊ，Ｋｕｌｉｋｏｖｓｋａｙａ Ｉ，Ｓｉｎｈａ ＳＫ，Ｋｒｏｎｓｂｅｒｇ Ｓ，Ｇｕｐｔａ Ｍ，Ｂｏｎｄ Ｓ，Ｍｅｌｃｈｉｏｒｉ Ｌ，Ｂｒｅｗｅｒ ＪＥ，Ｂｅｎｎｅｔｔ ＡＤ，Ｇｅｒｒｙ ＡＢ，Ｐｕｍｐｈｒｅｙ ＮＪ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ Ｄ，Ｔａｙｔｏｎ－Ｍａｒｔｉｎ ＨＫ，Ｒｉｂｅｉｒｏ Ｌ，Ｈｏｌｄｉｃｈ Ｔ，Ｙａｎｏｖｉｃｈ Ｓ，Ｈａｒｄｙ Ｎ，Ｙａｒｅｄ Ｊ，Ｋｅｒｒ Ｎ，Ｐｈｉｌｉｐ Ｓ，Ｗｅｓｔｐｈａｌ Ｓ，Ｓｉｅｇｅｌ ＤＬ，Ｌｅｖｉｎｅ ＢＬ，Ｊａｋｏｂｓｅｎ ＢＫ，Ｋａｌｏｓ Ｍ，Ｊｕｎｅ ＣＨ．２０１５．ＮＹ－ＥＳＯ－１－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＴＣＲ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｍｅｄｉａｔｅ ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ａｎｔｉｇｅｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ｅｆｆｅｃｔｓ ｉｎ ｍｙｅｌｏｍａ．Ｎａｔ Ｍｅｄ
１２． Ｒｉｖｏｌｔｉｎｉ Ｌ，Ｌｏｆｔｕｓ ＤＪ，Ｓｑｕａｒｃｉｎａ Ｐ，Ｃａｓｔｅｌｌｉ Ｃ，Ｒｉｎｉ Ｆ，Ａｒｉｅｎｔｉ Ｆ，Ｂｅｌｌｉ Ｆ，Ｍａｒｉｎｃｏｌａ ＦＭ，Ｇｅｉｓｌｅｒ Ｃ，Ｂｏｒｓａｔｔｉ Ａ，Ａｐｐｅｌｌａ Ｅ，Ｐａｒｍｉａｎｉ Ｇ．１９９８．Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ－ｄｅｒｉｖｅｄ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｂｙ ＣＴＬ：ｐｏｓｓｉｂｌｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｉｎｖｏｌｖｅｄ ｉｎ ｄｏｗｎ－ｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ ａｎｔｉ－ｔｕｍｏｒ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｃｒｉｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １８：５５－６３
１３． Ｇａｒｒｉｄｏ Ｆ，Ａｌｇａｒｒａ Ｉ，Ｇａｒｃｉａ－Ｌｏｒａ ＡＭ．２０１０．Ｔｈｅ ｅｓｃａｐｅ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｆｒｏｍ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ：ｉｍｍｕｎｏｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ ｌｏｓｓ ｖａｒｉａｎｔｓ ｈａｒｂｏｒｉｎｇ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ－ｉｒｒｅｖｅｒｓｉｂｌｅ“ｈａｒｄ”ｌｅｓｉｏｎｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ５９：１６０１－６
上記の実施例は、本発明の組成物、系、及び方法の実施形態の作製方法及び使用方法の完全な開示及び説明を当業者に示すために提示されており、本発明者らが自身の発明と見なすものの範囲を限定することを意図しない。当業者には明らかである、本発明を実施するための上記形態の改変形態は、添付の特許項の範囲内であるように意図されている。本明細書で言及されている特許及び刊行物はいずれも、本発明が属する分野の当業者の知識レベルを示している。
いずれの見出し及びセクションの表記も、明瞭化及び参照目的のために使用されているに過ぎず、いかなる場合も、限定するものとみなすべきではない。例えば、当業者は、本明細書に記載されている本発明の趣旨及び範囲に従って、それぞれ異なる見出し及びセクションから、様々な態様を適宜組み合わせることの有用性を理解するであろう。
本明細書に引用されているいずれの参照文献も、それぞれの個々の刊行物、特許または特許出願の全体が、参照により、あらゆる目的で援用されることが、具体的かつ個別に示されている場合と同程度に、参照により、あらゆる目的で、その全体が本明細書に援用される。
当業者には明らかなように、本願の趣旨及び範囲から逸脱せずに、本願の改変及び変形を数多く行うことができる。本明細書に記載されている具体的な実施形態及び実施例は、例として示されているに過ぎず、本出願は、添付の請求項が権利を与えられている均等物の全範囲とともに、請求項の条項によってのみ限定されるものとする。

Claims (80)

  1. ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性の増加方法であって、前記方法が、前記腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、前記増加方法。
  2. 腫瘍細胞集団にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する前記腫瘍細胞集団の感受性を高めるための、前記腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示の上方制御方法。
  3. ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための、前記腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御の逆転方法であって、前記方法が、前記腫瘍ハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、前記逆転方法。
  4. 腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡの発現の増加方法であって、前記方法が、前記ＨＬＡのハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、前記増加方法。
  5. 前記方法が、前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプを発現させることをさらに含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプを発現させることにより、前記ＴＣＲ－Ｔによって前記腫瘍細胞集団を標的化することができる、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
  7. ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞の感受性の増加方法であって、前記方法が：
    ａ）前記腫瘍細胞集団の腫瘍ハプロタイプを決定し、
    ｂ）前記腫瘍細胞集団に、前記腫瘍細胞にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含み、その場合、前記腫瘍細胞にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプが発現し、前記腫瘍細胞集団がＴＣＲ－Ｔ療法に対してより高い感受性を示す、前記増加方法。
  8. 前記腫瘍細胞にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプが発現し、抗原提示を上方制御する、請求項７に記載の方法。
  9. 前記腫瘍細胞にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプが発現し、腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御を逆転させる、請求項７に記載の方法。
  10. 腫瘍細胞集団をＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に感受性にするためのＨＬＡ発現の増加方法であって、前記方法が：
    ａ）前記腫瘍細胞集団のＨＬＡハプロタイプを決定し、
    ｂ）前記腫瘍細胞集団に、前記腫瘍細胞にとって内在性の前記ＨＬＡハプロタイプとは異なるＨＬＡハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含み、その場合、前記腫瘍細胞にとって内在性の前記ＨＬＡハプロタイプとは異なる前記ＨＬＡハプロタイプが発現し、前記腫瘍細胞集団がＴＣＲ－Ｔ療法に対してより高い感受性を示す、前記増加方法。
  11. 前記方法が、前記腫瘍細胞集団に、前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプをコードする核酸を接触させることを含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
  12. 前記方法が、前記腫瘍細胞集団に、前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプをコードするベクターを接触させることを含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
  13. 前記腫瘍細胞集団に前記核酸またはベクターを導入及び／または組み込み、それによって前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる、請求項１１～１２のいずれか１項に記載の方法。
  14. 前記核酸またはベクターを、前記腫瘍細胞集団のゲノムに安定的に組み込む、請求項１０～１２のいずれか１項に記載の方法。
  15. 少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の前記腫瘍細胞集団に前記核酸またはベクターを導入及び／または組み込み、それによって、前記核酸またはベクターによってコードされる前記腫瘍ハプロタイプを安定的に発現させる、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。
  16. 少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、もしくは少なくとも９９％、またはそれ以上の前記腫瘍細胞集団が、前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプを安定的に発現する、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する前記腫瘍細胞集団の感受性の増加方法におけるベクターの使用。
  18. 腫瘍細胞にとって内在性の腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する前記腫瘍細胞集団の感受性を高めるための、前記腫瘍細胞集団の細胞表面上の抗原提示の上方制御方法におけるベクターの使用。
  19. ＴＣＲ改変Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）療法に対する腫瘍細胞集団の感受性を高めるための、前記腫瘍細胞集団における腫瘍ハプロタイプ遺伝子の発現の下方制御の逆転方法におけるベクターの使用であって、前記方法が、前記腫瘍ハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、前記ベクターの使用。
  20. 腫瘍細胞集団を同種異系Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡの発現の増加方法におけるベクターの使用であって、前記方法が、前記ＨＬＡのハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、前記ベクターの使用。
  21. 腫瘍細胞集団を自己Ｔ細胞に対して感受性にするためのＨＬＡの発現の増加方法におけるベクターの使用であって、前記方法が、前記ＨＬＡのハプロタイプを発現するように前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変することを含む、前記ベクターの使用。
  22. 前記ベクターが非ウイルスベクターまたはウイルスベクターである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  23. 前記ベクターを、それを必要とする対象に全身的に、腫瘍内に、及び／または静脈内に投与する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  24. 前記ベクターがウイルスベクターである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  25. ウイルスベクターが、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、粘液腫ウイルス、コクサッキーウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、ニューカッスル病ウイルスベクター、レトロウイルスベクター（レンチウイルスベクターまたはシュードタイプベクターを含む）、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、シミアンウイルスベクター、センダイウイルスベクター、麻疹ウイルスベクター、泡沫状ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、及び水疱性口内炎ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項２４に記載の方法または使用。
  26. 前記ウイルスベクターが、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、及び粘液腫ウイルスからなる群から選択される、請求項２４～２５に記載の方法または使用。
  27. 前記ウイルスベクターが、ワクシニア（ポックス）ウイルスベクターであり、投与経路が全身性である、請求項２４～２６に記載の方法または使用。
  28. 前記ウイルスベクターが、単純ヘルペスウイルスベクターであり、投与経路が腫瘍内である、請求項２４～２６に記載の方法または使用。
  29. 前記ウイルスベクターが、粘液種ウイルスであり、投与経路が全身性である、請求項２４～２６に記載の方法または使用。
  30. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる腫瘍ハプロタイプを発現させるために前記腫瘍細胞集団を遺伝子改変した後に、前記ＴＣＲ－Ｔを投与する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  31. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプが、ＨＬＡ、ＮＹ－ＥＳＯ、ＨＥＲＶ、ＬＡＧＥ、ＭＡＧＥ、ＭＵＣ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＣＡＧＥ、ＳＳＸ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＸＡＧＥ、チロシナーゼ、またはメランＡ腫瘍ハプロタイプである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  32. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプが、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－Ａ３、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ５、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥ腫瘍ハプロタイプである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  33. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプが、ＨＬＡ、ＨＬＡ－Ａ２、ＫＫ－ＬＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、またはＨＥＲＶ－Ｅ腫瘍ハプロタイプである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  34. 前記ＨＬＡハプロタイプが、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－Ａ３、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１、及びＨＬＡ－ＤＲＢ５からなる群から選択される、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  35. 前記ＨＬＡハプロタイプがＨＬＡ－Ａ２である、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  36. 前記ＨＬＡハプロタイプがＭＨＣクラスＩハプロタイプである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  37. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプがＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、前記ＴＣＲ－Ｔが、ＨＬＡ拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  38. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプがＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、前記ＴＣＲ－Ｔが、拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含み、前記拘束性及び／または標的化ＴＣＲ－Ｔが、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに結合する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  39. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプがＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、前記ＴＣＲ－Ｔが、ＫＫ－ＬＣ－１拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  40. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプがＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、前記ＴＣＲ－Ｔが、ＨＥＲＶ－Ｅ拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  41. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプとは異なる前記腫瘍ハプロタイプがＨＬＡ腫瘍ハプロタイプであり、前記ＴＣＲ－Ｔが、ＮＹ－ＥＳＯ－１拘束性及び／または標的化ＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  42. 前記腫瘍細胞集団にとって内在性の前記腫瘍ハプロタイプが、ヌルハプロタイプであるか、または前記腫瘍ハプロタイプを欠いている、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  43. 前記腫瘍細胞集団が固形腫瘍に由来する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  44. 前記固形腫瘍が、肉腫、がん腫、及びリンパ腫からなる群から選択される、請求項４３に記載の方法または使用。
  45. 前記固形腫瘍が、膀胱、子宮頸部、胃、乳房、肺、結腸、直腸、皮膚、黒色腫、消化管、尿路、または膵臓のがんまたはがん腫に由来する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  46. 前記腫瘍細胞が、ｉｎ ｖｉｔｒｏである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  47. 前記腫瘍細胞が、ｉｎ ｖｉｖｏである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  48. 前記方法または使用が、がんの治療を必要とする対象における前記治療のためのものである、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  49. 前記ＴＣＲ－Ｔの投与が、固形腫瘍の成長を抑制する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  50. 前記ＴＣＲ－Ｔが、ＴＣＲ－Ｔ細胞の注入を含む、ＴＣＲ－Ｔ細胞を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  51. 前記ＴＣＲ－Ｔ療法が、ＫＫ－ＬＣ－１、ＣＴ８３、ＶＧＧＬ１、ＰＬＡＣ－１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＨＥＲＶ－Ｋ、ＬＡＧＥ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、Ｐ１Ａ、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥ－１、ＭＡＧＥ－Ａ１、ＭＡＧＥ－Ａ２、ＭＡＧＥ－Ａ３、ＭＡＧＥ－Ａ４、ＭＡＣＥ－Ａ５、ＭＡＧＥ－Ａ６、ＭＡＧＥ－Ａ７、ＭＡＧＥ－Ａ８、ＭＡＧＥ－Ａ９、ＭＡＧＥ－Ａ１０、ＭＡＧＥ－Ａ１１、ＭＡＧＥ－Ａ１２、ＧＡＧＥ－１、ＧＡＧＥ－２、ＧＡＧＥ－３、ＧＡＧＥ－４、ＧＡＧＥ－５、ＧＡＧＥ－６、ＧＡＧＥ－７、ＧＡＧＥ－８、ＢＡＧＥ－１、ＲＡＧＥ－１、ＣＡＧＥ、ＬＢ３３／ＭＵＭ－１、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ－Ｘｐ２（ＭＡＧＥ－Ｂ２）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ３（ＭＡＧＥ－Ｂ３）、ＭＡＧＥ－Ｘｐ４（ＭＡＧＥ－Ｂ４）、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＭＡＧＥ－Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ－Ｃ２、ＳＳＸ－１、ＳＳＸ－２（ＨＯＭ－ＭＥＬ－４０）、ＳＳＸ－３、ＳＳＸ－４、ＳＳＸ－５、ＳＣＰ－ｉ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、チロシナーゼ、メランＡ、またはＸＡＧＥに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  52. 前記ＴＣＲ－Ｔ療法が、ＨＥＲＶ－Ｅ、ＫＫ－ＬＣ－１、またはＮＹ－ＥＳＯ－１に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  53. 前記ＴＣＲ－Ｔ療法が、Ｋｉｔａ－Ｋｙｕｓｈｕ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ａｎｔｉｇｅｎ－１５２－６０（ＫＫ－ＬＣ－１５２－６０）に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  54. 前記ＫＫ－ＬＣ－１５２－６０が、アミノ酸配列ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）を含む、請求項５３に記載の方法または使用。
  55. 前記ＴＣＲ－Ｔ療法が、ＨＥＲＶ－Ｅに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  56. 前記ＨＥＲＶ－Ｅが、アミノ酸配列ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）を含む、請求項５５に記載の方法または使用。
  57. 前記ＴＣＲ－Ｔ療法が、ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５に対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  58. 前記ＮＹ－ＥＳＯ－１１５７－１６５が、アミノ酸配列ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）を含む、請求項５７に記載の方法または使用。
  59. 前記ＴＣＲが、配列番号５及び／または１０のアミノ酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  60. 前記ＴＣＲが、配列番号１６及び／または２１のアミノ酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  61. 前記ＴＣＲが、配列番号２７及び／または３２のアミノ酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  62. 前記ＴＣＲが、配列番号３８及び／または４３のアミノ酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  63. 前記ＴＣＲが、ＴＣＲβ鎖及びＴＣＲα鎖をコードする核酸を含み、前記β鎖をコードするヌクレオチド配列が、前記α鎖をコードするヌクレオチド配列の５’に位置する、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  64. 前記ＴＣＲ－Ｔが、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  65. 前記ＴＣＲ－Ｔが、配列番号６、１７、２８、もしくは３９の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４の核酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  66. 前記ＴＣＲ－Ｔが、配列番号６、１７、２８、もしくは３９からなる群から選択される配列由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１、１２、２３、もしくは３４からなる群から選択される配列由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含む核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  67. 前記ＴＣＲ－Ｔが、配列番号５、１６、２７、もしくは３８からなる群から選択される配列由来のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０、２１、３２、もしくは４３からなる群から選択される配列由来のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  68. 前記ＴＣＲ－Ｔが、配列番号５、１６、２７、もしくは３８の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体α鎖、配列番号１０、２１、３２、もしくは４３の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むＴ細胞受容体β鎖、または両方を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  69. 前記ベクターが、配列番号１の核酸配列及び配列番号６の核酸配列を含むか、または配列番号５のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号１０のアミノ配列をコードする核酸を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  70. 前記ベクターが、配列番号１２の核酸配列及び配列番号１７の核酸配列を含むか、または配列番号１６のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号２１のアミノ配列をコードする核酸を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  71. 前記ベクターが、配列番号２３の核酸配列及び配列番号２８の核酸配列を含むか、または配列番号２７のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号３２のアミノ配列をコードする核酸を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  72. 前記ベクターが、配列番号３４の核酸配列及び配列番号３９の核酸配列を含むか、または配列番号３８のアミノ配列をコードする核酸及び配列番号４３のアミノ配列をコードする核酸を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  73. 前記ベクターが、配列番号１のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号６のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  74. 前記ベクターが、配列番号１２のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号１７のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  75. 前記ベクターが、配列番号２３のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号２８のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  76. 前記ベクターが、配列番号３４のβＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３をコードする核酸配列、ならびに配列番号３９のαＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３をコードする核酸配列を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  77. アミノ酸配列ＮＴＤＮＮＬＡＶＹ（配列番号１１）を含むペプチド。
  78. アミノ酸配列ＡＴＦＬＧＳＬＴＷＫ（配列番号２２）を含むペプチド。
  79. アミノ酸配列ＳＬＬＭＷＩＴＱＣ（配列番号３３）を含むペプチド。
  80. 前記ＴＣＲ－Ｔ療法が、請求項７７～７９のいずれか１項に記載のペプチドに対する抗原特異性を有するＴＣＲを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
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