JP2024510369A - キメラ抗原受容体t細胞療法のアウトカム予測バイオマーカーとしての腸内マイクロバイオーム - Google Patents
キメラ抗原受容体t細胞療法のアウトカム予測バイオマーカーとしての腸内マイクロバイオーム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2024510369A JP2024510369A JP2023546040A JP2023546040A JP2024510369A JP 2024510369 A JP2024510369 A JP 2024510369A JP 2023546040 A JP2023546040 A JP 2023546040A JP 2023546040 A JP2023546040 A JP 2023546040A JP 2024510369 A JP2024510369 A JP 2024510369A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- species
- genus
- individual
- cell therapy
- therapy
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 title claims abstract description 65
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 title claims abstract description 16
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 title claims abstract description 13
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title claims description 165
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 title claims description 31
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title description 6
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 170
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 143
- 244000005709 gut microbiome Species 0.000 claims abstract description 138
- 238000011357 CAR T-cell therapy Methods 0.000 claims abstract description 96
- 238000011467 adoptive cell therapy Methods 0.000 claims abstract description 71
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 47
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 claims abstract description 21
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 247
- 239000006041 probiotic Substances 0.000 claims description 80
- 235000018291 probiotics Nutrition 0.000 claims description 80
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 76
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 59
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 58
- 230000002550 fecal effect Effects 0.000 claims description 50
- 241000095588 Ruminococcaceae Species 0.000 claims description 48
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 claims description 48
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 claims description 48
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 42
- 230000000529 probiotic effect Effects 0.000 claims description 42
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 claims description 40
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 34
- 108010083359 Antigen Receptors Proteins 0.000 claims description 29
- 102000006306 Antigen Receptors Human genes 0.000 claims description 29
- 206010052015 cytokine release syndrome Diseases 0.000 claims description 28
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 22
- 241000113606 Ruminiclostridium Species 0.000 claims description 21
- 239000007943 implant Substances 0.000 claims description 21
- 241001112693 Lachnospiraceae Species 0.000 claims description 20
- 241001147804 [Clostridium] celerecrescens Species 0.000 claims description 20
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 18
- 241000115153 Bacteroides xylanisolvens Species 0.000 claims description 17
- 241001464864 Anaerococcus vaginalis Species 0.000 claims description 16
- 241000260433 Dialister succinatiphilus Species 0.000 claims description 16
- 241000530062 Peptoniphilus harei Species 0.000 claims description 16
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 claims description 15
- 241001518263 Corynebacterium tuberculostearicum Species 0.000 claims description 15
- 241001438871 Eisenbergiella Species 0.000 claims description 15
- 241000351207 Peptoniphilus Species 0.000 claims description 15
- 241000192031 Ruminococcus Species 0.000 claims description 15
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 claims description 15
- 241000044131 Aminipila butyrica Species 0.000 claims description 14
- 241001134770 Bifidobacterium animalis Species 0.000 claims description 14
- 241000028537 Blautia luti Species 0.000 claims description 14
- 241001112690 Eubacteriaceae Species 0.000 claims description 14
- 241001344598 Ezakiella Species 0.000 claims description 14
- 241001140861 Longicatena caecimuris Species 0.000 claims description 14
- 241000692843 Porphyromonadaceae Species 0.000 claims description 14
- 241001135211 Porphyromonas asaccharolytica Species 0.000 claims description 14
- 241001135213 Porphyromonas endodontalis Species 0.000 claims description 14
- 241000530934 Prevotella timonensis Species 0.000 claims description 14
- 241001425419 Turicibacter Species 0.000 claims description 14
- 241001282046 [Eubacterium] sulci Species 0.000 claims description 14
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 claims description 14
- 241000301580 Butyricicoccus pullicaecorum Species 0.000 claims description 13
- 241000880909 Corynebacterium durum Species 0.000 claims description 13
- 241001038766 Ihubacter massiliensis Species 0.000 claims description 13
- 241000125969 Lachnoclostridium Species 0.000 claims description 13
- 241000186612 Lactobacillus sakei Species 0.000 claims description 13
- 241001464881 Peptoniphilus lacrimalis Species 0.000 claims description 13
- 241000605894 Porphyromonas Species 0.000 claims description 13
- 241000302292 Porphyromonas bennonis Species 0.000 claims description 13
- 241000605861 Prevotella Species 0.000 claims description 13
- 241000123753 Ruminococcus bromii Species 0.000 claims description 13
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims description 13
- 241001085041 Varibaculum Species 0.000 claims description 13
- 241001085082 Varibaculum cambriense Species 0.000 claims description 13
- 241001533204 Veillonella dispar Species 0.000 claims description 13
- 241000193818 Atopobium Species 0.000 claims description 12
- 241000193838 Atopobium parvulum Species 0.000 claims description 12
- 241001449840 Blautia glucerasea Species 0.000 claims description 12
- 241001464949 Coprococcus eutactus Species 0.000 claims description 12
- 241001309423 Lactonifactor Species 0.000 claims description 12
- 241000194024 Streptococcus salivarius Species 0.000 claims description 12
- 241001678097 Turicibacter sanguinis Species 0.000 claims description 12
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 claims description 12
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 claims description 12
- 241001135228 Bacteroides ovatus Species 0.000 claims description 11
- 241000260432 Barnesiella intestinihominis Species 0.000 claims description 11
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 claims description 11
- 241000318609 Fenollaria massiliensis Species 0.000 claims description 11
- 241000685814 Lactonifactor longoviformis Species 0.000 claims description 11
- 241000318612 Levyella massiliensis Species 0.000 claims description 11
- 241000057637 Murdochiella Species 0.000 claims description 11
- 241001112692 Peptostreptococcaceae Species 0.000 claims description 11
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 11
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 claims description 11
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 11
- 241001112695 Clostridiales Species 0.000 claims description 10
- 241000186249 Corynebacterium sp. Species 0.000 claims description 10
- 241000872831 Roseburia faecis Species 0.000 claims description 10
- 241001592639 Veillonella tobetsuensis Species 0.000 claims description 10
- 241000379991 Anaerococcus Species 0.000 claims description 9
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 claims description 9
- 241000927512 Barnesiella Species 0.000 claims description 9
- 241001140864 Frisingicoccus caecimuris Species 0.000 claims description 9
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 claims description 8
- 241000605739 Desulfovibrio desulfuricans Species 0.000 claims description 8
- 241001531272 Agathobaculum desmolans Species 0.000 claims description 7
- 241000193833 Bacillales Species 0.000 claims description 7
- 241000206227 Eisenbergiella massiliensis Species 0.000 claims description 7
- 241000368889 Fournierella Species 0.000 claims description 7
- 241001464870 [Ruminococcus] torques Species 0.000 claims description 7
- 241000868590 Barnesiellaceae Species 0.000 claims description 6
- 241000662772 Flavonifractor Species 0.000 claims description 6
- 241001134569 Flavonifractor plautii Species 0.000 claims description 6
- 241001135232 Odoribacter splanchnicus Species 0.000 claims description 6
- 241001148134 Veillonella Species 0.000 claims description 6
- 241001148135 Veillonella parvula Species 0.000 claims description 6
- 239000012642 immune effector Substances 0.000 claims description 6
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 claims description 6
- 241000099176 Anaerococcus sp. Species 0.000 claims description 5
- 241001112741 Bacillaceae Species 0.000 claims description 5
- 241000268242 Barnesiella sp. Species 0.000 claims description 5
- 241001016694 Cuneatibacter Species 0.000 claims description 5
- 241000966565 Dialister propionicifaciens Species 0.000 claims description 5
- 241000192016 Finegoldia magna Species 0.000 claims description 5
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 claims description 5
- 208000007125 Neurotoxicity Syndromes Diseases 0.000 claims description 5
- 241000801571 Phascolarctobacterium succinatutens Species 0.000 claims description 5
- 206010044221 Toxic encephalopathy Diseases 0.000 claims description 5
- 241000702462 Akkermansia muciniphila Species 0.000 claims description 4
- 241000606215 Bacteroides vulgatus Species 0.000 claims description 4
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 4
- 206010066476 Haematological malignancy Diseases 0.000 claims description 4
- 241000606766 Haemophilus parainfluenzae Species 0.000 claims description 4
- 241000339806 Hydrogenoanaerobacterium Species 0.000 claims description 4
- 241000927544 Olsenella Species 0.000 claims description 4
- 241000927555 Olsenella uli Species 0.000 claims description 4
- 241001519471 Porphyrobacter sanguineus Species 0.000 claims description 4
- 241000911872 Streptococcus anginosus group Species 0.000 claims description 4
- 229940118852 bifidobacterium animalis Drugs 0.000 claims description 4
- 241000030716 Alistipes shahii Species 0.000 claims description 3
- 241000206266 Anaerotruncus rubiinfantis Species 0.000 claims description 3
- 241001531275 Faecalitalea cylindroides Species 0.000 claims description 3
- 241000605975 Fusobacterium varium Species 0.000 claims description 3
- 241000056196 Intestinibacillus massiliensis Species 0.000 claims description 3
- 241000616258 Intestinimonas Species 0.000 claims description 3
- 241000218588 Lactobacillus rhamnosus Species 0.000 claims description 3
- 241000135617 Monoglobus pectinilyticus Species 0.000 claims description 3
- 241001331870 Raoultibacter Species 0.000 claims description 3
- 241000030493 [Clostridium] hylemonae Species 0.000 claims description 3
- 241001098250 [Clostridium] lavalense Species 0.000 claims description 3
- 229940096118 ella Drugs 0.000 claims description 3
- OOLLAFOLCSJHRE-ZHAKMVSLSA-N ulipristal acetate Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1[C@@H]1C2=C3CCC(=O)C=C3CC[C@H]2[C@H](CC[C@]2(OC(C)=O)C(C)=O)[C@]2(C)C1 OOLLAFOLCSJHRE-ZHAKMVSLSA-N 0.000 claims description 3
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 claims description 2
- 241001603151 Philus Species 0.000 claims description 2
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 claims description 2
- 241000408655 Dispar Species 0.000 claims 1
- 231100000956 nontoxicity Toxicity 0.000 claims 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 abstract 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 35
- 238000009172 cell transfer therapy Methods 0.000 description 33
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 29
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 29
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 29
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 20
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 19
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 18
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 16
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 14
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 13
- 230000009258 tissue cross reactivity Effects 0.000 description 11
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 10
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 9
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 8
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 7
- 241001400674 Altererythrobacter Species 0.000 description 6
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 6
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 6
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 6
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 6
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 6
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 6
- 108091007741 Chimeric antigen receptor T cells Proteins 0.000 description 5
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 5
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 5
- -1 compressors Substances 0.000 description 5
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 5
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 5
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 5
- 241001468161 Acetobacterium Species 0.000 description 4
- 241000606126 Bacteroidaceae Species 0.000 description 4
- 241000192696 Porphyrobacter Species 0.000 description 4
- 230000000139 costimulatory effect Effects 0.000 description 4
- 235000015872 dietary supplement Nutrition 0.000 description 4
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 4
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 4
- 235000013406 prebiotics Nutrition 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 4
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 3
- 241001221145 Bacteroides pyogenes Species 0.000 description 3
- 241001626906 Blastomonas Species 0.000 description 3
- 241000186394 Eubacterium Species 0.000 description 3
- 241000579497 Falsibacillus pallidus Species 0.000 description 3
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 3
- 241000186655 Halobacillus halophilus Species 0.000 description 3
- 241000193806 Marinococcus halophilus Species 0.000 description 3
- 241001105493 Parageobacillus thermantarcticus Species 0.000 description 3
- DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N Propylene glycol Chemical compound CC(O)CO DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241001547082 Pseudobacillus Species 0.000 description 3
- 241000383873 Sphingopyxis Species 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 3
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 3
- 241001112780 Acetoanaerobium Species 0.000 description 2
- 241000029571 Aeribacillus Species 0.000 description 2
- 241000324499 Alkalibacillus Species 0.000 description 2
- 241000358067 Alkalibacillus haloalkaliphilus Species 0.000 description 2
- 241001503853 Alkalibacillus halophilus Species 0.000 description 2
- 241000447456 Alkalibacter Species 0.000 description 2
- 241000037909 Alkalibaculum Species 0.000 description 2
- 241000870059 Alkalicoccus Species 0.000 description 2
- 241000254018 Alkalilactibacillus Species 0.000 description 2
- 241000337170 Allobacillus Species 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 2
- 241001130963 Altererythrobacter sediminis Species 0.000 description 2
- 241001479819 Alteribacillus Species 0.000 description 2
- 241000226889 Alteribacillus iranensis Species 0.000 description 2
- 241000916411 Alteribacillus persepolensis Species 0.000 description 2
- 241000929149 Aminicella Species 0.000 description 2
- 241001147782 Amphibacillus Species 0.000 description 2
- 241001417868 Amylobacillus Species 0.000 description 2
- 241001408664 Anaerobacillus Species 0.000 description 2
- 241001499237 Anaerobacillus alkalidiazotrophicus Species 0.000 description 2
- 241001673109 Anaerobacillus arseniciselenatis Species 0.000 description 2
- 241001464907 Anaerococcus hydrogenalis Species 0.000 description 2
- 241000530054 Anaerococcus octavius Species 0.000 description 2
- 241001464890 Anaerococcus prevotii Species 0.000 description 2
- 241000079561 Anaerofustis Species 0.000 description 2
- 241001626813 Anoxybacillus Species 0.000 description 2
- 241001284243 Aquibacillus Species 0.000 description 2
- 241000089030 Asaccharospora Species 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000111861 Aureibacillus halotolerans Species 0.000 description 2
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 2
- 241001150381 Bacillus altitudinis Species 0.000 description 2
- 241000021612 Bacillus halotolerans Species 0.000 description 2
- 241001032451 Bacillus indicus Species 0.000 description 2
- 241001032450 Bacteroides cellulosilyticus Species 0.000 description 2
- 241001195773 Bacteroides massiliensis Species 0.000 description 2
- 241000498637 Brevibacillus agri Species 0.000 description 2
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 description 2
- 241000697879 Citrimicrobium Species 0.000 description 2
- 241001247823 Citromicrobium Species 0.000 description 2
- 241000064585 Clostridioides Species 0.000 description 2
- 241000193163 Clostridioides difficile Species 0.000 description 2
- 241000093177 Compostibacillus Species 0.000 description 2
- 241000503641 Coprobacter Species 0.000 description 2
- 241000081797 Criibacterium Species 0.000 description 2
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 2
- 241000354129 Desertibacillus Species 0.000 description 2
- 241001480797 Domibacillus Species 0.000 description 2
- 241000431394 Edaphobacillus Species 0.000 description 2
- 241000190844 Erythrobacter Species 0.000 description 2
- 241001375793 Erythrobacter aquimaris Species 0.000 description 2
- 241001038836 Ezakiella massiliensis Species 0.000 description 2
- 241000144791 Falsibacillus Species 0.000 description 2
- 241001296781 Fermentibacillus Species 0.000 description 2
- 241001430270 Fictibacillus Species 0.000 description 2
- 241001376287 Fictibacillus arsenicus Species 0.000 description 2
- 241001065721 Fictibacillus barbaricus Species 0.000 description 2
- 241000285779 Fictibacillus gelatini Species 0.000 description 2
- 241001179476 Fictibacillus nanhaiensis Species 0.000 description 2
- 241000496163 Fictibacillus rigui Species 0.000 description 2
- 241000845813 Fictibacillus solisalsi Species 0.000 description 2
- 241000178967 Filifactor Species 0.000 description 2
- 241000321606 Filobacillus Species 0.000 description 2
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 2
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical class OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 2
- 241001627088 Garciella Species 0.000 description 2
- 241000626621 Geobacillus Species 0.000 description 2
- 241000193385 Geobacillus stearothermophilus Species 0.000 description 2
- 241001468249 Geobacillus thermocatenulatus Species 0.000 description 2
- 241000948428 Geobacillus vulcani Species 0.000 description 2
- 241000329158 Geomicrobium Species 0.000 description 2
- 241001261512 Gracilibacillus Species 0.000 description 2
- 241000777639 Gracilibacillus dipsosauri Species 0.000 description 2
- 241000862436 Halalkalibacillus Species 0.000 description 2
- 241000914303 Halobacillus alkaliphilus Species 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 241001360236 Intestinibacillus Species 0.000 description 2
- 241000089024 Intestinibacter Species 0.000 description 2
- 241001016060 Irregularibacter Species 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 2
- 241000186781 Listeria Species 0.000 description 2
- 241001134775 Lysinibacillus fusiformis Species 0.000 description 2
- 241000193386 Lysinibacillus sphaericus Species 0.000 description 2
- 241001185311 Lyticum Species 0.000 description 2
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 description 2
- 241001467460 Myxogastria Species 0.000 description 2
- 241001499231 Natronobacillus Species 0.000 description 2
- 241000383839 Novosphingobium Species 0.000 description 2
- 241001308462 Numidum Species 0.000 description 2
- 241001072230 Oceanobacillus Species 0.000 description 2
- 241000224207 Ornithinibacillus Species 0.000 description 2
- 241000742044 Paeniclostridium Species 0.000 description 2
- 241000606210 Parabacteroides distasonis Species 0.000 description 2
- 241000030714 Parabacteroides goldsteinii Species 0.000 description 2
- 241000742045 Paraclostridium Species 0.000 description 2
- 241000617801 Parageobacillus Species 0.000 description 2
- 241001621940 Parageobacillus caldoxylosilyticus Species 0.000 description 2
- 241000193390 Parageobacillus thermoglucosidasius Species 0.000 description 2
- 241001663853 Parageobacillus toebii Species 0.000 description 2
- 241001143323 Paraliobacillus Species 0.000 description 2
- 241000366232 Paralkalibacillus Species 0.000 description 2
- 241001238603 Paralkalibacillus indicireducens Species 0.000 description 2
- 241001042455 Paucisalibacillus Species 0.000 description 2
- 241000634305 Pelagirhabdus Species 0.000 description 2
- 241000722257 Pelagirhabdus fermentum Species 0.000 description 2
- 241000970775 Peptoanaerobacter Species 0.000 description 2
- 241001607889 Peptoclostridium Species 0.000 description 2
- 241000192013 Peptoniphilus asaccharolyticus Species 0.000 description 2
- 241000530065 Peptoniphilus ivorii Species 0.000 description 2
- 241000191992 Peptostreptococcus Species 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001305660 Piscibacillus Species 0.000 description 2
- 241000791053 Polygonibacillus Species 0.000 description 2
- 241000856619 Pontibacillus Species 0.000 description 2
- 241000435271 Pontibacillus marinus Species 0.000 description 2
- 241000060255 Porphyrobacter colymbi Species 0.000 description 2
- 241001485465 Porphyrobacter cryptus Species 0.000 description 2
- 241000035069 Porphyrobacter dokdonensis Species 0.000 description 2
- 241000112685 Porphyrobacter donghaensis Species 0.000 description 2
- 241000192695 Porphyrobacter neustonensis Species 0.000 description 2
- 241000866032 Porphyrobacter tepidarius Species 0.000 description 2
- 241000134844 Porphyromonas catoniae Species 0.000 description 2
- 241001135223 Prevotella melaninogenica Species 0.000 description 2
- 241001135262 Prevotella oris Species 0.000 description 2
- 241000371294 Pseudogracilibacillus Species 0.000 description 2
- 241000184247 Pseudoramibacter Species 0.000 description 2
- 241001671107 Psychrobacillus Species 0.000 description 2
- 241000193420 Psychrobacillus insolitus Species 0.000 description 2
- 241000577491 Psychrobacillus psychrodurans Species 0.000 description 2
- 238000012181 QIAquick gel extraction kit Methods 0.000 description 2
- 229920000294 Resistant starch Polymers 0.000 description 2
- 241000608941 Rhabdanaerobium Species 0.000 description 2
- 240000002044 Rhizophora apiculata Species 0.000 description 2
- 241000040577 Romboutsia Species 0.000 description 2
- 241001023238 Salibacterium halochares Species 0.000 description 2
- 241000105345 Salibacterium qingdaonense Species 0.000 description 2
- 241000006383 Salimicrobium halophilum Species 0.000 description 2
- 241001292348 Salipaludibacillus agaradhaerens Species 0.000 description 2
- 241000883283 Salirhabdus Species 0.000 description 2
- 241001474800 Salisediminibacterium Species 0.000 description 2
- 241000894029 Salisediminibacterium locisalis Species 0.000 description 2
- 241001474802 Saliterribacillus Species 0.000 description 2
- 241001381999 Salsuginibacillus Species 0.000 description 2
- 241000206467 Sediminibacillus Species 0.000 description 2
- 241000206464 Sediminibacillus halophilus Species 0.000 description 2
- 241001304176 Sinibacillus Species 0.000 description 2
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 241000383837 Sphingobium Species 0.000 description 2
- 241000131972 Sphingomonadaceae Species 0.000 description 2
- 241001185305 Sphingomonadales Species 0.000 description 2
- 241001077040 Sphingopyxis nepalensis Species 0.000 description 2
- 241000281590 Sphingopyxis soli Species 0.000 description 2
- 241000371136 Sphingosinicella Species 0.000 description 2
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 description 2
- 241000191963 Staphylococcus epidermidis Species 0.000 description 2
- 241000507187 Staphylococcus massiliensis Species 0.000 description 2
- 241001234013 Staphylococcus vitulinus Species 0.000 description 2
- 241001220634 Streptococcus halotolerans Species 0.000 description 2
- 241000337173 Streptohalobacillus Species 0.000 description 2
- 241000267696 Swionibacillus Species 0.000 description 2
- 241000823039 Tenuibacillus Species 0.000 description 2
- 241000369109 Tepidibacillus Species 0.000 description 2
- 241000846120 Terribacillus Species 0.000 description 2
- 241001153975 Terrilactibacillus Species 0.000 description 2
- 241001304271 Texcoconibacillus Species 0.000 description 2
- 241000322298 Thalassobacillus Species 0.000 description 2
- 241000041799 Thermolongibacillus Species 0.000 description 2
- 241001659629 Virgibacillus Species 0.000 description 2
- 241000193406 Virgibacillus halodenitrificans Species 0.000 description 2
- 241001327123 Virgibacillus marismortui Species 0.000 description 2
- 241000193396 Virgibacillus pantothenticus Species 0.000 description 2
- 241000862002 Virgibacillus salexigens Species 0.000 description 2
- 241000470059 Vulcanibacillus Species 0.000 description 2
- 239000003070 absorption delaying agent Substances 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 2
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- 239000003429 antifungal agent Substances 0.000 description 2
- 229940121375 antifungal agent Drugs 0.000 description 2
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 2
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 2
- OSASVXMJTNOKOY-UHFFFAOYSA-N chlorobutanol Chemical compound CC(C)(O)C(Cl)(Cl)Cl OSASVXMJTNOKOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 238000002052 colonoscopy Methods 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 239000006071 cream Substances 0.000 description 2
- HEBKCHPVOIAQTA-NGQZWQHPSA-N d-xylitol Chemical compound OC[C@H](O)C(O)[C@H](O)CO HEBKCHPVOIAQTA-NGQZWQHPSA-N 0.000 description 2
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 2
- 239000002612 dispersion medium Substances 0.000 description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 2
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 2
- 235000021255 galacto-oligosaccharides Nutrition 0.000 description 2
- 150000003271 galactooligosaccharides Chemical class 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 239000000833 heterodimer Substances 0.000 description 2
- 235000020256 human milk Nutrition 0.000 description 2
- 210000004251 human milk Anatomy 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 2
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 2
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 2
- 210000000581 natural killer T-cell Anatomy 0.000 description 2
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 2
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 235000021254 resistant starch Nutrition 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 2
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 2
- 239000003826 tablet Substances 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 241001449935 'Novosphingobium aquaticum' Singh et al. 2015 Species 0.000 description 1
- IIZPXYDJLKNOIY-JXPKJXOSSA-N 1-palmitoyl-2-arachidonoyl-sn-glycero-3-phosphocholine Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP([O-])(=O)OCC[N+](C)(C)C)OC(=O)CCC\C=C/C\C=C/C\C=C/C\C=C/CCCCC IIZPXYDJLKNOIY-JXPKJXOSSA-N 0.000 description 1
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001430193 Absiella dolichum Species 0.000 description 1
- 241001531194 Absiella tortuosum Species 0.000 description 1
- 241001223493 Acetoanaerobium noterae Species 0.000 description 1
- 241000511260 Acetobacterium bakii Species 0.000 description 1
- 241000511218 Acetobacterium carbinolicum Species 0.000 description 1
- 241000511217 Acetobacterium fimetarium Species 0.000 description 1
- 241000511216 Acetobacterium malicum Species 0.000 description 1
- 241000511222 Acetobacterium wieringae Species 0.000 description 1
- 241001468163 Acetobacterium woodii Species 0.000 description 1
- 241000549912 Acetofilamentum Species 0.000 description 1
- 241000245942 Acetomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000549924 Acetothermus Species 0.000 description 1
- 206010067484 Adverse reaction Diseases 0.000 description 1
- 241001468246 Aeribacillus pallidus Species 0.000 description 1
- 241001112733 Alicyclobacillaceae Species 0.000 description 1
- 241000640374 Alicyclobacillus acidocaldarius Species 0.000 description 1
- 241000193412 Alicyclobacillus acidoterrestris Species 0.000 description 1
- 241000193415 Alicyclobacillus cycloheptanicus Species 0.000 description 1
- 241001135230 Alistipes putredinis Species 0.000 description 1
- 241001636568 Alkalibacillus almallahensis Species 0.000 description 1
- 241001143222 Alkalibacillus filiformis Species 0.000 description 1
- 241000151534 Alkalibacillus flavidus Species 0.000 description 1
- 241000798844 Alkalibacillus salilacus Species 0.000 description 1
- 241000862434 Alkalibacillus silvisoli Species 0.000 description 1
- 241000659337 Alkalibacter saccharofermentans Species 0.000 description 1
- 241001534860 Alkalibaculum bacchi Species 0.000 description 1
- 241000347984 Alkalicoccus halolimnae Species 0.000 description 1
- 241001143270 Alkalicoccus saliphilus Species 0.000 description 1
- 241000254021 Alkalilactibacillus ikkensis Species 0.000 description 1
- 241000361405 Altererythrobacter aerius Species 0.000 description 1
- 241000144656 Altererythrobacter aestiaquae Species 0.000 description 1
- 241000158430 Altererythrobacter aestuarii Species 0.000 description 1
- 241000780679 Altererythrobacter aquaemixtae Species 0.000 description 1
- 241000906667 Altererythrobacter aquiaggeris Species 0.000 description 1
- 241001521566 Altererythrobacter atlanticus Species 0.000 description 1
- 241000908354 Altererythrobacter aurantiacus Species 0.000 description 1
- 241000294172 Altererythrobacter deserti Species 0.000 description 1
- 241001670958 Altererythrobacter dongtanensis Species 0.000 description 1
- 241001400751 Altererythrobacter epoxidivorans Species 0.000 description 1
- 241000631495 Altererythrobacter gangjinensis Species 0.000 description 1
- 241000142803 Altererythrobacter indicus Species 0.000 description 1
- 241001552298 Altererythrobacter ishigakiensis Species 0.000 description 1
- 241001028495 Altererythrobacter lauratis Species 0.000 description 1
- 241001163856 Altererythrobacter luteolus Species 0.000 description 1
- 241000128999 Altererythrobacter marensis Species 0.000 description 1
- 241001481642 Altererythrobacter marinus Species 0.000 description 1
- 241001197466 Altererythrobacter rigui Species 0.000 description 1
- 241000644272 Altererythrobacter salegens Species 0.000 description 1
- 241000671515 Altererythrobacter soli Species 0.000 description 1
- 241001135742 Altererythrobacter troitsensis Species 0.000 description 1
- 241001055821 Altererythrobacter xiamenensis Species 0.000 description 1
- 241000270910 Altererythrobacter xinjiangensis Species 0.000 description 1
- 241001273633 Altererythrobacter xixiisoli Species 0.000 description 1
- 241000225328 Alteribacillus alkaliphilus Species 0.000 description 1
- 241000226891 Alteribacillus bidgolensis Species 0.000 description 1
- 241000042967 Aminicella lysinilytica Species 0.000 description 1
- 241000224489 Amoeba Species 0.000 description 1
- 241000328368 Amphibacillus cookii Species 0.000 description 1
- 241001269922 Amphibacillus iburiensis Species 0.000 description 1
- 241000795383 Amphibacillus indicireducens Species 0.000 description 1
- 241001332185 Amphibacillus jilinensis Species 0.000 description 1
- 241000722246 Amphibacillus tropicus Species 0.000 description 1
- 241000193373 Amphibacillus xylanus Species 0.000 description 1
- 241000877145 Anaerobacillus alkalilacustris Species 0.000 description 1
- 241000039815 Anaerobacillus macyae Species 0.000 description 1
- 241001464884 Anaerococcus lactolyticus Species 0.000 description 1
- 241001333988 Anaerococcus nagyae Species 0.000 description 1
- 241001464898 Anaerococcus tetradius Species 0.000 description 1
- 241001580965 Anaerofustis stercorihominis Species 0.000 description 1
- 241000246073 Anaerorhabdus Species 0.000 description 1
- 241000319947 Anaerotignum lactatifermentans Species 0.000 description 1
- 241001531270 Andreesenia angusta Species 0.000 description 1
- 241000193741 Aneurinibacillus aneurinilyticus Species 0.000 description 1
- 241000217428 Aneurinibacillus migulanus Species 0.000 description 1
- 241001281729 Aneurinibacillus thermoaerophilus Species 0.000 description 1
- 241001160853 Anoxybacillus amylolyticus Species 0.000 description 1
- 241000091694 Anoxybacillus ayderensis Species 0.000 description 1
- 241000692566 Anoxybacillus bogrovensis Species 0.000 description 1
- 241001035871 Anoxybacillus caldiproteolyticus Species 0.000 description 1
- 241001235239 Anoxybacillus calidus Species 0.000 description 1
- 241000285802 Anoxybacillus contaminans Species 0.000 description 1
- 241000180620 Anoxybacillus eryuanensis Species 0.000 description 1
- 241001468259 Anoxybacillus flavithermus Species 0.000 description 1
- 241001520170 Anoxybacillus gonensis Species 0.000 description 1
- 241001487119 Anoxybacillus kamchatkensis Species 0.000 description 1
- 241000455890 Anoxybacillus kaynarcensis Species 0.000 description 1
- 241000763626 Anoxybacillus mongoliensis Species 0.000 description 1
- 241001626810 Anoxybacillus pushchinoensis Species 0.000 description 1
- 241001235116 Anoxybacillus rupiensis Species 0.000 description 1
- 241000626073 Anoxybacillus salavatliensis Species 0.000 description 1
- 241001249061 Anoxybacillus tengchongensis Species 0.000 description 1
- 241000089537 Anoxybacillus tepidamans Species 0.000 description 1
- 241000633346 Anoxybacillus thermarum Species 0.000 description 1
- 241001575428 Anoxybacillus vitaminiphilus Species 0.000 description 1
- 240000002339 Anredera cordifolia Species 0.000 description 1
- 241000174935 Aquibacillus albus Species 0.000 description 1
- 241000497487 Aquibacillus koreensis Species 0.000 description 1
- 241000720132 Aquibacillus salifodinae Species 0.000 description 1
- 241000239449 Aquisalibacillus Species 0.000 description 1
- 241000208340 Araliaceae Species 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 241001147785 Asaccharospora irregularis Species 0.000 description 1
- 241000612630 Atopobium deltae Species 0.000 description 1
- 241001531201 Atopobium fossor Species 0.000 description 1
- 241000193815 Atopobium minutum Species 0.000 description 1
- 241000193836 Atopobium rimae Species 0.000 description 1
- 241001633064 Atopobium vaginae Species 0.000 description 1
- 241001673616 Aureibacillus Species 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 241000304886 Bacilli Species 0.000 description 1
- 241000118355 Bacillus acidiceler Species 0.000 description 1
- 241001260372 Bacillus acidicola Species 0.000 description 1
- 241000283910 Bacillus acidiproducens Species 0.000 description 1
- 241001183283 Bacillus aeolius Species 0.000 description 1
- 241001150382 Bacillus aerius Species 0.000 description 1
- 241001150378 Bacillus aerophilus Species 0.000 description 1
- 241000513399 Bacillus aidingensis Species 0.000 description 1
- 241000193376 Bacillus akibai Species 0.000 description 1
- 241000193375 Bacillus alcalophilus Species 0.000 description 1
- 241000285020 Bacillus algicola Species 0.000 description 1
- 241001391484 Bacillus alkalinitrilicus Species 0.000 description 1
- 241000287345 Bacillus alkalisediminis Species 0.000 description 1
- 241000924888 Bacillus alkalitelluris Species 0.000 description 1
- 241001425963 Bacillus andreesenii Species 0.000 description 1
- 241000193738 Bacillus anthracis Species 0.000 description 1
- 241001143891 Bacillus aquimaris Species 0.000 description 1
- 241000331867 Bacillus asahii Species 0.000 description 1
- 241000193410 Bacillus atrophaeus Species 0.000 description 1
- 241001363720 Bacillus aurantiacus Species 0.000 description 1
- 241000193409 Bacillus azotoformans Species 0.000 description 1
- 241000193408 Bacillus badius Species 0.000 description 1
- 241000223009 Bacillus bataviensis Species 0.000 description 1
- 241000193416 Bacillus benzoevorans Species 0.000 description 1
- 241001470576 Bacillus beringensis Species 0.000 description 1
- 241000452296 Bacillus berkeleyi Species 0.000 description 1
- 241001026324 Bacillus bogoriensis Species 0.000 description 1
- 241000966273 Bacillus boroniphilus Species 0.000 description 1
- 241001323694 Bacillus butanolivorans Species 0.000 description 1
- 241000347655 Bacillus canaveralius Species 0.000 description 1
- 241000006380 Bacillus carboniphilus Species 0.000 description 1
- 241000845425 Bacillus cecembensis Species 0.000 description 1
- 241001646894 Bacillus chungangensis Species 0.000 description 1
- 241000193752 Bacillus circulans Species 0.000 description 1
- 241001328122 Bacillus clausii Species 0.000 description 1
- 241000193749 Bacillus coagulans Species 0.000 description 1
- 241000678616 Bacillus coahuilensis Species 0.000 description 1
- 241001468256 Bacillus cohnii Species 0.000 description 1
- 241001560509 Bacillus cytotoxicus Species 0.000 description 1
- 241001219427 Bacillus daliensis Species 0.000 description 1
- 241000480228 Bacillus decisifrondis Species 0.000 description 1
- 241000365704 Bacillus decolorationis Species 0.000 description 1
- 241000944721 Bacillus deserti Species 0.000 description 1
- 241000223006 Bacillus drentensis Species 0.000 description 1
- 241000947228 Bacillus endophyticus Species 0.000 description 1
- 241000166175 Bacillus endoradicis Species 0.000 description 1
- 241001364843 Bacillus farraginis Species 0.000 description 1
- 241000193414 Bacillus fastidiosus Species 0.000 description 1
- 241000547610 Bacillus fengqiuensis Species 0.000 description 1
- 241000193747 Bacillus firmus Species 0.000 description 1
- 241000006381 Bacillus flexus Species 0.000 description 1
- 241000495374 Bacillus foraminis Species 0.000 description 1
- 241001364845 Bacillus fordii Species 0.000 description 1
- 241001364844 Bacillus fortis Species 0.000 description 1
- 241001513496 Bacillus fumarioli Species 0.000 description 1
- 241000977264 Bacillus funiculus Species 0.000 description 1
- 241001610592 Bacillus galactosidilyticus Species 0.000 description 1
- 241001385703 Bacillus galliciensis Species 0.000 description 1
- 241001328119 Bacillus gibsonii Species 0.000 description 1
- 241001328135 Bacillus halmapalus Species 0.000 description 1
- 241000006382 Bacillus halodurans Species 0.000 description 1
- 241000825009 Bacillus hisashii Species 0.000 description 1
- 241000186551 Bacillus horneckiae Species 0.000 description 1
- 241001301836 Bacillus horti Species 0.000 description 1
- 241000040462 Bacillus huizhouensis Species 0.000 description 1
- 241000065501 Bacillus humi Species 0.000 description 1
- 241001245216 Bacillus hwajinpoensis Species 0.000 description 1
- 241001661600 Bacillus idriensis Species 0.000 description 1
- 241001661602 Bacillus infantis Species 0.000 description 1
- 241001515794 Bacillus infernus Species 0.000 description 1
- 241000756349 Bacillus korlensis Species 0.000 description 1
- 241001092457 Bacillus kribbensis Species 0.000 description 1
- 241001523399 Bacillus krulwichiae Species 0.000 description 1
- 241000867095 Bacillus lehensis Species 0.000 description 1
- 241000193422 Bacillus lentus Species 0.000 description 1
- 241000194108 Bacillus licheniformis Species 0.000 description 1
- 241000698515 Bacillus ligniniphilus Species 0.000 description 1
- 241001643767 Bacillus litoralis Species 0.000 description 1
- 241000775876 Bacillus luciferensis Species 0.000 description 1
- 241001280075 Bacillus luteolus Species 0.000 description 1
- 241000193379 Bacillus mannanilyticus Species 0.000 description 1
- 241001143890 Bacillus marisflavi Species 0.000 description 1
- 241001032346 Bacillus marmarensis Species 0.000 description 1
- 241000194107 Bacillus megaterium Species 0.000 description 1
- 241001208143 Bacillus mesonae Species 0.000 description 1
- 241000193398 Bacillus methanolicus Species 0.000 description 1
- 241001249117 Bacillus mojavensis Species 0.000 description 1
- 241000693172 Bacillus murimartini Species 0.000 description 1
- 241000194106 Bacillus mycoides Species 0.000 description 1
- 241001662157 Bacillus niabensis Species 0.000 description 1
- 241000006385 Bacillus niacini Species 0.000 description 1
- 241000223014 Bacillus novalis Species 0.000 description 1
- 241000587861 Bacillus oceanisediminis Species 0.000 description 1
- 241000344824 Bacillus okhensis Species 0.000 description 1
- 241000963702 Bacillus okuhidensis Species 0.000 description 1
- 241001536371 Bacillus oleronius Species 0.000 description 1
- 241000677297 Bacillus oryzaecorticis Species 0.000 description 1
- 241001120919 Bacillus oshimensis Species 0.000 description 1
- 241001126986 Bacillus panacisoli Species 0.000 description 1
- 241001643941 Bacillus paraflexus Species 0.000 description 1
- 241000331092 Bacillus patagoniensis Species 0.000 description 1
- 241000226913 Bacillus persicus Species 0.000 description 1
- 241000428714 Bacillus plakortidis Species 0.000 description 1
- 241001429228 Bacillus pocheonensis Species 0.000 description 1
- 241001365187 Bacillus polygoni Species 0.000 description 1
- 241001328129 Bacillus pseudalcaliphilus Species 0.000 description 1
- 241001328127 Bacillus pseudofirmus Species 0.000 description 1
- 241000906059 Bacillus pseudomycoides Species 0.000 description 1
- 241000194104 Bacillus psychrosaccharolyticus Species 0.000 description 1
- 241000194103 Bacillus pumilus Species 0.000 description 1
- 241001658955 Bacillus purgationiresistens Species 0.000 description 1
- 241000040009 Bacillus qingshengii Species 0.000 description 1
- 241001608774 Bacillus ruris Species 0.000 description 1
- 241000835167 Bacillus safensis Species 0.000 description 1
- 241000798847 Bacillus seohaeanensis Species 0.000 description 1
- 241001304324 Bacillus shacheensis Species 0.000 description 1
- 241000040345 Bacillus shackletonii Species 0.000 description 1
- 241000278457 Bacillus siamensis Species 0.000 description 1
- 241000193400 Bacillus simplex Species 0.000 description 1
- 241000193399 Bacillus smithii Species 0.000 description 1
- 241000656516 Bacillus solimangrovi Species 0.000 description 1
- 241000460252 Bacillus songklensis Species 0.000 description 1
- 241000266830 Bacillus sonorensis Species 0.000 description 1
- 241000202341 Bacillus sporothermodurans Species 0.000 description 1
- 241001150380 Bacillus stratosphericus Species 0.000 description 1
- 241000315694 Bacillus tequilensis Species 0.000 description 1
- 241001495667 Bacillus thermoamylovorans Species 0.000 description 1
- 241001345152 Bacillus thermocopriae Species 0.000 description 1
- 241000102674 Bacillus thioparans Species 0.000 description 1
- 241000193388 Bacillus thuringiensis Species 0.000 description 1
- 241000905228 Bacillus tianshenii Species 0.000 description 1
- 241000756763 Bacillus trypoxylicola Species 0.000 description 1
- 241000563903 Bacillus velezensis Species 0.000 description 1
- 241000223012 Bacillus vireti Species 0.000 description 1
- 241000602824 Bacillus wakoensis Species 0.000 description 1
- 241000542740 Bacillus xiamenensis Species 0.000 description 1
- 241000311516 Bacillus xiaoxiensis Species 0.000 description 1
- 241000025044 Bacillus zhanjiangensis Species 0.000 description 1
- 241001674039 Bacteroides acidifaciens Species 0.000 description 1
- 241000168635 Bacteroides barnesiae Species 0.000 description 1
- 241000217846 Bacteroides caccae Species 0.000 description 1
- 241000859775 Bacteroides caecicola Species 0.000 description 1
- 241000685477 Bacteroides caecigallinarum Species 0.000 description 1
- 241000801600 Bacteroides clarus Species 0.000 description 1
- 241001220439 Bacteroides coprocola Species 0.000 description 1
- 241000545821 Bacteroides coprophilus Species 0.000 description 1
- 241001631983 Bacteroides coprosuis Species 0.000 description 1
- 241001105998 Bacteroides dorei Species 0.000 description 1
- 241001135322 Bacteroides eggerthii Species 0.000 description 1
- 241000337516 Bacteroides faecichinchillae Species 0.000 description 1
- 241000956551 Bacteroides faecis Species 0.000 description 1
- 241000402140 Bacteroides finegoldii Species 0.000 description 1
- 241000514947 Bacteroides galacturonicus Species 0.000 description 1
- 241000859740 Bacteroides gallinaceum Species 0.000 description 1
- 241000168642 Bacteroides gallinarum Species 0.000 description 1
- 241001567982 Bacteroides graminisolvens Species 0.000 description 1
- 241001109645 Bacteroides helcogenes Species 0.000 description 1
- 241000047484 Bacteroides intestinalis Species 0.000 description 1
- 241001122266 Bacteroides nordii Species 0.000 description 1
- 241000801630 Bacteroides oleiciplenus Species 0.000 description 1
- 241000828416 Bacteroides paurosaccharolyticus Species 0.000 description 1
- 241001220441 Bacteroides plebeius Species 0.000 description 1
- 241000859824 Bacteroides propionicifaciens Species 0.000 description 1
- 241000660102 Bacteroides reticulotermitis Species 0.000 description 1
- 241001652281 Bacteroides rodentium Species 0.000 description 1
- 241000168636 Bacteroides salanitronis Species 0.000 description 1
- 241000204294 Bacteroides stercoris Species 0.000 description 1
- 241000606123 Bacteroides thetaiotaomicron Species 0.000 description 1
- 241000606219 Bacteroides uniformis Species 0.000 description 1
- 241000514942 Bacteroides xylanolyticus Species 0.000 description 1
- 241000927510 Barnesiella viscericola Species 0.000 description 1
- 241000235122 Bensingtonia naganoensis Species 0.000 description 1
- 241001135755 Betaproteobacteria Species 0.000 description 1
- 241001378080 Bhargavaea beijingensis Species 0.000 description 1
- 241000123777 Blautia obeum Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 241000525436 Brachonella spiralis Species 0.000 description 1
- 241000191775 Brevibacillus borstelensis Species 0.000 description 1
- 241000193764 Brevibacillus brevis Species 0.000 description 1
- 241000534628 Brevibacillus centrosporus Species 0.000 description 1
- 241000534630 Brevibacillus choshinensis Species 0.000 description 1
- 241000534612 Brevibacillus formosus Species 0.000 description 1
- 241001429258 Brevibacillus ginsengisoli Species 0.000 description 1
- 241000193417 Brevibacillus laterosporus Species 0.000 description 1
- 241000630118 Brevibacillus panacihumi Species 0.000 description 1
- 241000534614 Brevibacillus parabrevis Species 0.000 description 1
- 241000534616 Brevibacillus reuszeri Species 0.000 description 1
- 241001468177 Brevibacillus thermoruber Species 0.000 description 1
- 241001600148 Burkholderiales Species 0.000 description 1
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 description 1
- 241001038828 Caecibacter massiliensis Species 0.000 description 1
- 241000199490 Caldalkalibacillus Species 0.000 description 1
- 241001189169 Caldalkalibacillus thermarum Species 0.000 description 1
- 241001068246 Caldalkalibacillus uzonensis Species 0.000 description 1
- 241000231829 Caldibacillus Species 0.000 description 1
- 241000874825 Caldibacillus debilis Species 0.000 description 1
- 241000130188 Calditerricola Species 0.000 description 1
- 241000130178 Calditerricola satsumensis Species 0.000 description 1
- 241000478152 Calditerricola yamamurae Species 0.000 description 1
- 241000961068 Candidatus Vestibaculum Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000315677 Cerasibacillus Species 0.000 description 1
- 241000315697 Cerasibacillus quisquiliarum Species 0.000 description 1
- 240000001817 Cereus hexagonus Species 0.000 description 1
- 241000219930 Clarkia Species 0.000 description 1
- 241001112696 Clostridia Species 0.000 description 1
- 241000186584 Clostridioides mangenotii Species 0.000 description 1
- 241001531193 Clostridium tarantellae Species 0.000 description 1
- 206010010144 Completed suicide Diseases 0.000 description 1
- 241000770534 Compostibacillus humi Species 0.000 description 1
- 241001517050 Corynebacterium accolens Species 0.000 description 1
- 241001517047 Corynebacterium acetoacidophilum Species 0.000 description 1
- 241001517048 Corynebacterium afermentans Species 0.000 description 1
- 241000909293 Corynebacterium alkanolyticum Species 0.000 description 1
- 241000186145 Corynebacterium ammoniagenes Species 0.000 description 1
- 241000158508 Corynebacterium amycolatum Species 0.000 description 1
- 241000353681 Corynebacterium appendicis Species 0.000 description 1
- 241001134827 Corynebacterium aquatimens Species 0.000 description 1
- 241000147183 Corynebacterium argentoratense Species 0.000 description 1
- 241000116865 Corynebacterium atrinae Species 0.000 description 1
- 241001423306 Corynebacterium atypicum Species 0.000 description 1
- 241000427397 Corynebacterium aurimucosum Species 0.000 description 1
- 241000168411 Corynebacterium auris Species 0.000 description 1
- 241000422843 Corynebacterium auriscanis Species 0.000 description 1
- 241000205822 Corynebacterium bouchesdurhonense Species 0.000 description 1
- 241001508000 Corynebacterium bovis Species 0.000 description 1
- 241000186248 Corynebacterium callunae Species 0.000 description 1
- 241000334677 Corynebacterium camporealensis Species 0.000 description 1
- 241000316904 Corynebacterium ciconiae Species 0.000 description 1
- 241001233907 Corynebacterium confusum Species 0.000 description 1
- 241000520076 Corynebacterium coyleae Species 0.000 description 1
- 241000424760 Corynebacterium crenatum Species 0.000 description 1
- 241001605246 Corynebacterium crudilactis Species 0.000 description 1
- 241001635692 Corynebacterium cyclohexanicum Species 0.000 description 1
- 241001495432 Corynebacterium cystitidis Species 0.000 description 1
- 241000446654 Corynebacterium deserti Species 0.000 description 1
- 241000272936 Corynebacterium doosanense Species 0.000 description 1
- 241001644925 Corynebacterium efficiens Species 0.000 description 1
- 241001517042 Corynebacterium fastidiosum Species 0.000 description 1
- 241000899401 Corynebacterium felinum Species 0.000 description 1
- 241001134763 Corynebacterium flavescens Species 0.000 description 1
- 241001038822 Corynebacterium fournierii Species 0.000 description 1
- 241000369160 Corynebacterium frankenforstense Species 0.000 description 1
- 241000521406 Corynebacterium freiburgense Species 0.000 description 1
- 241000940098 Corynebacterium freneyi Species 0.000 description 1
- 241001517043 Corynebacterium genitalium Species 0.000 description 1
- 241001117273 Corynebacterium glaucum Species 0.000 description 1
- 241001533284 Corynebacterium glucuronolyticum Species 0.000 description 1
- 241000186226 Corynebacterium glutamicum Species 0.000 description 1
- 241000399083 Corynebacterium glyciniphilum Species 0.000 description 1
- 241000291063 Corynebacterium halotolerans Species 0.000 description 1
- 241000881314 Corynebacterium hansenii Species 0.000 description 1
- 241000015585 Corynebacterium humireducens Species 0.000 description 1
- 241000352291 Corynebacterium ihumii Species 0.000 description 1
- 241000024402 Corynebacterium imitans Species 0.000 description 1
- 241000744725 Corynebacterium jeddahense Species 0.000 description 1
- 241001517041 Corynebacterium jeikeium Species 0.000 description 1
- 241001565363 Corynebacterium kefirresidentii Species 0.000 description 1
- 241000334646 Corynebacterium kroppenstedtii Species 0.000 description 1
- 241001495430 Corynebacterium kutscheri Species 0.000 description 1
- 241000363697 Corynebacterium lactis Species 0.000 description 1
- 241000334665 Corynebacterium lipophiloflavum Species 0.000 description 1
- 241000778959 Corynebacterium marinum Species 0.000 description 1
- 241001236603 Corynebacterium maris Species 0.000 description 1
- 241000393344 Corynebacterium massiliense Species 0.000 description 1
- 241000334674 Corynebacterium mastitidis Species 0.000 description 1
- 241000158496 Corynebacterium matruchotii Species 0.000 description 1
- 241000133018 Corynebacterium melassecola Species 0.000 description 1
- 241001518260 Corynebacterium minutissimum Species 0.000 description 1
- 241000577797 Corynebacterium mucifaciens Species 0.000 description 1
- 241001186315 Corynebacterium mustelae Species 0.000 description 1
- 241001518268 Corynebacterium mycetoides Species 0.000 description 1
- 241000225323 Corynebacterium nasicanis Species 0.000 description 1
- 241000186247 Corynebacterium nephridii Species 0.000 description 1
- 241000334676 Corynebacterium phocae Species 0.000 description 1
- 241001068807 Corynebacterium phoceense Species 0.000 description 1
- 241000622596 Corynebacterium pilbarense Species 0.000 description 1
- 241001495433 Corynebacterium pilosum Species 0.000 description 1
- 241000128247 Corynebacterium pollutisoli Species 0.000 description 1
- 241000158499 Corynebacterium propinquum Species 0.000 description 1
- 241000643892 Corynebacterium provencense Species 0.000 description 1
- 241001522132 Corynebacterium pseudodiphtheriticum Species 0.000 description 1
- 241001518270 Corynebacterium pseudogenitalium Species 0.000 description 1
- 241000186225 Corynebacterium pseudotuberculosis Species 0.000 description 1
- 241000353352 Corynebacterium pyruviciproducens Species 0.000 description 1
- 241000159540 Corynebacterium segmentosum Species 0.000 description 1
- 241001313296 Corynebacterium simulans Species 0.000 description 1
- 241001425837 Corynebacterium sphenisci Species 0.000 description 1
- 241001098119 Corynebacterium spheniscorum Species 0.000 description 1
- 241000186308 Corynebacterium stationis Species 0.000 description 1
- 241000158523 Corynebacterium striatum Species 0.000 description 1
- 241001182439 Corynebacterium suicordis Species 0.000 description 1
- 241000334945 Corynebacterium sundsvallense Species 0.000 description 1
- 241000225322 Corynebacterium tapiri Species 0.000 description 1
- 241000030491 Corynebacterium terpenotabidum Species 0.000 description 1
- 241000960580 Corynebacterium testudinoris Species 0.000 description 1
- 241000892281 Corynebacterium tuscaniense Species 0.000 description 1
- 241000918600 Corynebacterium ulcerans Species 0.000 description 1
- 241000269824 Corynebacterium ulceribovis Species 0.000 description 1
- 241000158520 Corynebacterium urealyticum Species 0.000 description 1
- 241000186245 Corynebacterium xerosis Species 0.000 description 1
- 241000062082 Criibacterium bergeronii Species 0.000 description 1
- 241000921412 Croceicoccus Species 0.000 description 1
- 241001140786 Cuneatibacter caecimuris Species 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N D-Cellobiose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-CUHNMECISA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 241001135761 Deltaproteobacteria Species 0.000 description 1
- 241001447804 Desertibacillus haloalkaliphilus Species 0.000 description 1
- 244000101366 Diplotaxis muralis Species 0.000 description 1
- 241001147784 Domibacillus aminovorans Species 0.000 description 1
- 241001514385 Domibacillus antri Species 0.000 description 1
- 241000280565 Domibacillus enclensis Species 0.000 description 1
- 241001486738 Domibacillus indicus Species 0.000 description 1
- 241001513812 Domibacillus iocasae Species 0.000 description 1
- 241000751413 Domibacillus robiginosus Species 0.000 description 1
- 241000024397 Dysgonomonas Species 0.000 description 1
- 241000458742 Edaphobacillus lindanitolerans Species 0.000 description 1
- 241001438869 Eisenbergiella tayi Species 0.000 description 1
- 241000792859 Enema Species 0.000 description 1
- 241000305071 Enterobacterales Species 0.000 description 1
- 241001148568 Epsilonproteobacteria Species 0.000 description 1
- 241000780656 Erythrobacter aquimixticola Species 0.000 description 1
- 241001013137 Erythrobacter arachoides Species 0.000 description 1
- 241001323391 Erythrobacter atlanticus Species 0.000 description 1
- 241000285705 Erythrobacter citreus Species 0.000 description 1
- 241001440609 Erythrobacter flavus Species 0.000 description 1
- 241000106024 Erythrobacter gaetbuli Species 0.000 description 1
- 241000313118 Erythrobacter gangjinensis Species 0.000 description 1
- 241001398395 Erythrobacter jejuensis Species 0.000 description 1
- 241000190839 Erythrobacter longus Species 0.000 description 1
- 241001315825 Erythrobacter luteus Species 0.000 description 1
- 241001235517 Erythrobacter lutimaris Species 0.000 description 1
- 241000369208 Erythrobacter marinus Species 0.000 description 1
- 241000047542 Erythrobacter nanhaisediminis Species 0.000 description 1
- 241001411844 Erythrobacter odishensis Species 0.000 description 1
- 241000797752 Erythrobacter pelagi Species 0.000 description 1
- 241000106013 Erythrobacter seohaensis Species 0.000 description 1
- 241001133211 Erythrobacter vulgaris Species 0.000 description 1
- 241000763049 Erythrobacter xanthus Species 0.000 description 1
- 241000368135 Erythrobacteraceae Species 0.000 description 1
- 241001495144 Erythromicrobium Species 0.000 description 1
- 241001495146 Erythromicrobium ramosum Species 0.000 description 1
- 241001621933 Eubacterium aggregans Species 0.000 description 1
- 241000193456 Eubacterium barkeri Species 0.000 description 1
- 241000520740 Eubacterium callanderi Species 0.000 description 1
- 241001109644 Eubacterium coprostanoligenes Species 0.000 description 1
- 241001646703 Eubacterium multiforme Species 0.000 description 1
- 241001646696 Eubacterium nitritogenes Species 0.000 description 1
- 241000186401 Eubacterium oxidoreducens Species 0.000 description 1
- 241000393498 Eubacterium plexicaudatum Species 0.000 description 1
- 241000010757 Eubacterium pyruvativorans Species 0.000 description 1
- 241001531190 Eubacterium ramulus Species 0.000 description 1
- 241001531191 Eubacterium uniforme Species 0.000 description 1
- 241001531192 Eubacterium ventriosum Species 0.000 description 1
- 241001531182 Eubacterium xylanophilum Species 0.000 description 1
- 241000889558 Ezakiella peruensis Species 0.000 description 1
- 241001303933 Falsiporphyromonas Species 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 241001612932 Fermentibacillus polygoni Species 0.000 description 1
- 241000763499 Fermentimonas Species 0.000 description 1
- 241000280560 Fictibacillus enclensis Species 0.000 description 1
- 241000128256 Fictibacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241001667492 Fictibacillus phosphorivorans Species 0.000 description 1
- 241001282092 Filifactor alocis Species 0.000 description 1
- 241001147710 Filifactor villosus Species 0.000 description 1
- 241000358076 Filobacillus milosensis Species 0.000 description 1
- 241001584243 Fournierella massiliensis Species 0.000 description 1
- 241001314703 Gabonia Species 0.000 description 1
- 241000942889 Gabonibacter Species 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 241000192128 Gammaproteobacteria Species 0.000 description 1
- 241001627085 Garciella nitratireducens Species 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 241000718550 Geobacillus galactosidasius Species 0.000 description 1
- 241001413472 Geobacillus icigianus Species 0.000 description 1
- 241000659317 Geobacillus jurassicus Species 0.000 description 1
- 241000193419 Geobacillus kaustophilus Species 0.000 description 1
- 241000427388 Geobacillus lituanicus Species 0.000 description 1
- 241000626620 Geobacillus subterraneus Species 0.000 description 1
- 241001468175 Geobacillus thermodenitrificans Species 0.000 description 1
- 241001468176 Geobacillus thermoleovorans Species 0.000 description 1
- 241000626619 Geobacillus uzenensis Species 0.000 description 1
- 241000191278 Geomicrobium halophilum Species 0.000 description 1
- 241000517216 Geomicrobium sediminis Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 1
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 1
- 241000323261 Gracilibacillus alcaliphilus Species 0.000 description 1
- 241000113879 Gracilibacillus bigeumensis Species 0.000 description 1
- 241000952241 Gracilibacillus boraciitolerans Species 0.000 description 1
- 241001480829 Gracilibacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241001261514 Gracilibacillus halotolerans Species 0.000 description 1
- 241000643821 Gracilibacillus kekensis Species 0.000 description 1
- 241000865796 Gracilibacillus lacisalsi Species 0.000 description 1
- 241000358217 Gracilibacillus orientalis Species 0.000 description 1
- 241001483040 Gracilibacillus quinghaiensis Species 0.000 description 1
- 241000128973 Gracilibacillus saliphilus Species 0.000 description 1
- 241000852659 Gracilibacillus thailandensis Species 0.000 description 1
- 241001385701 Gracilibacillus ureilyticus Species 0.000 description 1
- 241000193004 Halobacillus Species 0.000 description 1
- 241000971622 Halobacillus aidingensis Species 0.000 description 1
- 241000507071 Halobacillus andaensis Species 0.000 description 1
- 241000070946 Halobacillus campisalis Species 0.000 description 1
- 241000971627 Halobacillus dabanensis Species 0.000 description 1
- 241001398356 Halobacillus faecis Species 0.000 description 1
- 241001474456 Halobacillus karajensis Species 0.000 description 1
- 241000892106 Halobacillus kuroshimensis Species 0.000 description 1
- 241000193002 Halobacillus litoralis Species 0.000 description 1
- 241000223634 Halobacillus locisalis Species 0.000 description 1
- 241000505704 Halobacillus naozhouensis Species 0.000 description 1
- 241001122387 Halobacillus profundi Species 0.000 description 1
- 241001440607 Halobacillus salinus Species 0.000 description 1
- 241001283598 Halobacillus salsuginis Species 0.000 description 1
- 241000465208 Halobacillus seohaensis Species 0.000 description 1
- 241000013715 Halobacillus trueperi Species 0.000 description 1
- 241001237615 Halobacillus yeomjeoni Species 0.000 description 1
- 241000950833 Halolactibacillus Species 0.000 description 1
- 241000950819 Halolactibacillus miurensis Species 0.000 description 1
- 241000003769 Hankyongella Species 0.000 description 1
- 102100029360 Hematopoietic cell signal transducer Human genes 0.000 description 1
- 241000201073 Hephaestia Species 0.000 description 1
- 241000224421 Heterolobosea Species 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000990188 Homo sapiens Hematopoietic cell signal transducer Proteins 0.000 description 1
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 1
- 101000809875 Homo sapiens TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 description 1
- 241001529315 Hydrogenibacillus Species 0.000 description 1
- 241000193404 Hydrogenibacillus schlegelii Species 0.000 description 1
- 241001529428 Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans Species 0.000 description 1
- 229940076838 Immune checkpoint inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 102000037984 Inhibitory immune checkpoint proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008026 Inhibitory immune checkpoint proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000037075 Intestinibacter bartlettii Species 0.000 description 1
- 241000946243 Intestinimonas butyriciproducens Species 0.000 description 1
- 241000701201 Intestinimonas massiliensis Species 0.000 description 1
- 241001140788 Irregularibacter muris Species 0.000 description 1
- 241001468178 Kyrpidia tusciae Species 0.000 description 1
- 241001018714 Lachnoclostridium pacaense Species 0.000 description 1
- 241000933069 Lachnoclostridium phytofermentans Species 0.000 description 1
- 241001675866 Lachnoclostridium sp. Species 0.000 description 1
- 241001308641 Lascolabacillus Species 0.000 description 1
- 241000736479 Lentibacillus Species 0.000 description 1
- 241000755898 Lentibacillus garicola Species 0.000 description 1
- 241000675844 Lentibacillus halodurans Species 0.000 description 1
- 241001163886 Lentibacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241000549564 Lentibacillus jeotgali Species 0.000 description 1
- 241001403113 Lentibacillus juripiscarius Species 0.000 description 1
- 241000670829 Lentibacillus kapialis Species 0.000 description 1
- 241000798401 Lentibacillus lacisalsi Species 0.000 description 1
- 241001456993 Lentibacillus persicus Species 0.000 description 1
- 241000736481 Lentibacillus salicampi Species 0.000 description 1
- 241001193250 Lentibacillus salis Species 0.000 description 1
- 241000371304 Listeria aquatica Species 0.000 description 1
- 241000215688 Listeria booriae Species 0.000 description 1
- 241000371308 Listeria cornellensis Species 0.000 description 1
- 241000452253 Listeria fleischmannii Species 0.000 description 1
- 241000371306 Listeria floridensis Species 0.000 description 1
- 241000371298 Listeria grandensis Species 0.000 description 1
- 241000186806 Listeria grayi Species 0.000 description 1
- 241000186805 Listeria innocua Species 0.000 description 1
- 241000186780 Listeria ivanovii Species 0.000 description 1
- 241001120504 Listeria marthii Species 0.000 description 1
- 241000186779 Listeria monocytogenes Species 0.000 description 1
- 241000390917 Listeria newyorkensis Species 0.000 description 1
- 241000371296 Listeria riparia Species 0.000 description 1
- 241001554615 Listeria rocourtiae Species 0.000 description 1
- 241000186807 Listeria seeligeri Species 0.000 description 1
- 241001545398 Listeria weihenstephanensis Species 0.000 description 1
- 241000186814 Listeria welshimeri Species 0.000 description 1
- 241001112727 Listeriaceae Species 0.000 description 1
- 241000790173 Lutibacterium Species 0.000 description 1
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 241000568397 Lysinibacillus Species 0.000 description 1
- 241001167717 Lysinibacillus odysseyi Species 0.000 description 1
- 241001475450 Macellibacteroides Species 0.000 description 1
- 241000973043 Macrococcus caseolyticus Species 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 238000000585 Mann–Whitney U test Methods 0.000 description 1
- 241000193785 Marinococcus Species 0.000 description 1
- 241000874607 Marinococcus halotolerans Species 0.000 description 1
- 241001532103 Marinococcus salis Species 0.000 description 1
- 241001450937 Marinococcus tarijensis Species 0.000 description 1
- 241001314683 Massilibacterium Species 0.000 description 1
- 241000877128 Massilibacterium senegalense Species 0.000 description 1
- 241000408611 Melghiribacillus Species 0.000 description 1
- 241001383010 Melghiribacillus thermohalophilus Species 0.000 description 1
- 241001545942 Microaerobacter Species 0.000 description 1
- 241000956243 Microaerobacter geothermalis Species 0.000 description 1
- 241001611892 Microbacter Species 0.000 description 1
- 244000128833 Mimulus luteus Species 0.000 description 1
- 244000294411 Mirabilis expansa Species 0.000 description 1
- 235000015429 Mirabilis expansa Nutrition 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N N-acelyl-D-glucosamine Natural products CC(=O)NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O OVRNDRQMDRJTHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N N-acetyl-beta-D-glucosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-FMDGEEDCSA-N 0.000 description 1
- MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N N-acetylglucosamine Natural products CC(=O)N[C@@H](C=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO MBLBDJOUHNCFQT-LXGUWJNJSA-N 0.000 description 1
- 241001367773 Natribacillus Species 0.000 description 1
- 241000191273 Natribacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241001499230 Natronobacillus azotifigens Species 0.000 description 1
- 241000347059 Novosphingobium acidiphilum Species 0.000 description 1
- 241000778732 Novosphingobium aquiterrae Species 0.000 description 1
- 241000656492 Novosphingobium arabidopsis Species 0.000 description 1
- 241001049695 Novosphingobium barchaimii Species 0.000 description 1
- 241001148370 Novosphingobium chloroacetimidivorans Species 0.000 description 1
- 241000772295 Novosphingobium endophyticum Species 0.000 description 1
- 241000569355 Novosphingobium fluoreni Species 0.000 description 1
- 241000720932 Novosphingobium hassiacum Species 0.000 description 1
- 241001122605 Novosphingobium indicum Species 0.000 description 1
- 241001288554 Novosphingobium kunmingense Species 0.000 description 1
- 241001302001 Novosphingobium lentum Species 0.000 description 1
- 241001435548 Novosphingobium lindaniclasticum Species 0.000 description 1
- 241000504097 Novosphingobium malaysiense Species 0.000 description 1
- 241000463151 Novosphingobium marinum Species 0.000 description 1
- 241001405239 Novosphingobium mathurense Species 0.000 description 1
- 241000435253 Novosphingobium naphthalenivorans Species 0.000 description 1
- 241000196693 Novosphingobium nitrogenifigens Species 0.000 description 1
- 241000794218 Novosphingobium oryzae Species 0.000 description 1
- 241001405240 Novosphingobium panipatense Species 0.000 description 1
- 241000023237 Novosphingobium taihuense Species 0.000 description 1
- 241000430981 Novosphingobium tardaugens Species 0.000 description 1
- 241000793320 Numidum massiliense Species 0.000 description 1
- 241000061489 Oceanobacillus arenosus Species 0.000 description 1
- 241001506834 Oceanobacillus bengalensis Species 0.000 description 1
- 241000634765 Oceanobacillus caeni Species 0.000 description 1
- 241000489316 Oceanobacillus chironomi Species 0.000 description 1
- 241000061488 Oceanobacillus chungangensis Species 0.000 description 1
- 241000314541 Oceanobacillus damuensis Species 0.000 description 1
- 241000226904 Oceanobacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241001072247 Oceanobacillus iheyensis Species 0.000 description 1
- 241001515407 Oceanobacillus indicireducens Species 0.000 description 1
- 241000194139 Oceanobacillus kapialis Species 0.000 description 1
- 241000207313 Oceanobacillus luteolus Species 0.000 description 1
- 241001385700 Oceanobacillus neutriphilus Species 0.000 description 1
- 241000148594 Oceanobacillus oncorhynchi Species 0.000 description 1
- 241000793902 Oceanobacillus pacificus Species 0.000 description 1
- 241000693186 Oceanobacillus picturae Species 0.000 description 1
- 241000415921 Oceanobacillus polygoni Species 0.000 description 1
- 241000127147 Oceanobacillus profundus Species 0.000 description 1
- 241000314543 Oceanobacillus rekensis Species 0.000 description 1
- 241001587873 Oceanobacillus sojae Species 0.000 description 1
- 241000973582 Olsenella scatoligenes Species 0.000 description 1
- 241000047033 Olsenella umbonata Species 0.000 description 1
- 241001504663 Onychostoma elongatum Species 0.000 description 1
- 241000148593 Ornithinibacillus bavariensis Species 0.000 description 1
- 241000337452 Ornithinibacillus californiensis Species 0.000 description 1
- 241000008849 Ornithinibacillus contaminans Species 0.000 description 1
- 241000617648 Ornithinibacillus heyuanensis Species 0.000 description 1
- 241001076676 Ornithinibacillus scapharcae Species 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 241000566145 Otus Species 0.000 description 1
- 241001082433 Pacificimonas Species 0.000 description 1
- 241001112734 Paenibacillaceae Species 0.000 description 1
- 241000611836 Paenibacillus alginolyticus Species 0.000 description 1
- 241000193411 Paenibacillus amylolyticus Species 0.000 description 1
- 241001337872 Paenibacillus chitinolyticus Species 0.000 description 1
- 241000611787 Paenibacillus chondroitinus Species 0.000 description 1
- 241000611789 Paenibacillus curdlanolyticus Species 0.000 description 1
- 241000178959 Paenibacillus durus Species 0.000 description 1
- 241000881862 Paenibacillus edaphicus Species 0.000 description 1
- 241000935121 Paenibacillus endophyticus Species 0.000 description 1
- 241000193418 Paenibacillus larvae Species 0.000 description 1
- 241000193393 Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens Species 0.000 description 1
- 241000194109 Paenibacillus lautus Species 0.000 description 1
- 241001310335 Paenibacillus lentimorbus Species 0.000 description 1
- 241000178960 Paenibacillus macerans Species 0.000 description 1
- 241000689135 Paenibacillus macquariensis Species 0.000 description 1
- 241000881860 Paenibacillus mucilaginosus Species 0.000 description 1
- 241000193397 Paenibacillus pabuli Species 0.000 description 1
- 241000611735 Paenibacillus peoriae Species 0.000 description 1
- 241000194105 Paenibacillus polymyxa Species 0.000 description 1
- 241001310339 Paenibacillus popilliae Species 0.000 description 1
- 241000568030 Paenibacillus sediminis Species 0.000 description 1
- 241000937418 Paenibacillus senegalensis Species 0.000 description 1
- 241001411008 Paenibacillus soli Species 0.000 description 1
- 241000227676 Paenibacillus thiaminolyticus Species 0.000 description 1
- 241001147789 Paeniclostridium ghonii Species 0.000 description 1
- 241000193465 Paeniclostridium sordellii Species 0.000 description 1
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 1
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 1
- 241001640612 Parablastomonas Species 0.000 description 1
- 241000861159 Paraburkholderia ginsengiterrae Species 0.000 description 1
- 241000866630 Paraburkholderia graminis Species 0.000 description 1
- 241000176271 Paraburkholderia rhizosphaerae Species 0.000 description 1
- 241000480193 Paraburkholderia soli Species 0.000 description 1
- 241000590158 Paraclostridium benzoelyticum Species 0.000 description 1
- 241000193157 Paraclostridium bifermentans Species 0.000 description 1
- 241000922852 Parageobacillus genomosp. 1 Species 0.000 description 1
- 241001480933 Paraliobacillus quinghaiensis Species 0.000 description 1
- 241001143324 Paraliobacillus ryukyuensis Species 0.000 description 1
- 241000375697 Parasphingopyxis Species 0.000 description 1
- 241001464887 Parvimonas micra Species 0.000 description 1
- 241001476744 Pasteuriaceae Species 0.000 description 1
- 241001042456 Paucisalibacillus globulus Species 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 241000151847 Pelagirhabdus alkalitolerans Species 0.000 description 1
- 241001414297 Peptoanaerobacter stomatis Species 0.000 description 1
- 241001607074 Peptoniphilus coxii Species 0.000 description 1
- 241000374256 Peptoniphilus duerdenii Species 0.000 description 1
- 241000962519 Peptoniphilus gorbachii Species 0.000 description 1
- 241000374258 Peptoniphilus koenoeneniae Species 0.000 description 1
- 241000863370 Peptoniphilus methioninivorax Species 0.000 description 1
- 241001262774 Peptoniphilus obesi Species 0.000 description 1
- 241000962507 Peptoniphilus olsenii Species 0.000 description 1
- 241001491577 Peptoniphilus stercorisuis Species 0.000 description 1
- 241001607075 Peptoniphilus tyrrelliae Species 0.000 description 1
- 241000056095 Peptoniphilus urinimassiliensis Species 0.000 description 1
- 241000192035 Peptostreptococcus anaerobius Species 0.000 description 1
- 241001473333 Peptostreptococcus canis Species 0.000 description 1
- 241001596546 Peptostreptococcus russellii Species 0.000 description 1
- 241000684246 Peptostreptococcus stomatis Species 0.000 description 1
- 241000286209 Phasianidae Species 0.000 description 1
- 241001220324 Piscibacillus salipiscarius Species 0.000 description 1
- 241001112744 Planococcaceae Species 0.000 description 1
- 241000684741 Planomonospora algeriensis Species 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 241000111613 Polymorphobacter Species 0.000 description 1
- 241000084588 Pontibacillus chungwhensis Species 0.000 description 1
- 241000727260 Pontibacillus litoralis Species 0.000 description 1
- 241000212273 Pontibacillus salicampi Species 0.000 description 1
- 241001482367 Pontibacillus salipaludis Species 0.000 description 1
- 241001122439 Pontibacillus yanchengensis Species 0.000 description 1
- 241001509393 Porphyromonas cangingivalis Species 0.000 description 1
- 241001509390 Porphyromonas canoris Species 0.000 description 1
- 241001148530 Porphyromonas circumdentaria Species 0.000 description 1
- 241000878522 Porphyromonas crevioricanis Species 0.000 description 1
- 241000605862 Porphyromonas gingivalis Species 0.000 description 1
- 241000095441 Porphyromonas gingivicanis Species 0.000 description 1
- 241000162745 Porphyromonas gulae Species 0.000 description 1
- 241001135239 Porphyromonas levii Species 0.000 description 1
- 241001135241 Porphyromonas macacae Species 0.000 description 1
- 241001343073 Porphyromonas pasteri Species 0.000 description 1
- 241000041193 Porphyromonas pogonae Species 0.000 description 1
- 241001635667 Porphyromonas somerae Species 0.000 description 1
- 241000770209 Porphyromonas uenonis Species 0.000 description 1
- 241001302521 Prevotella albensis Species 0.000 description 1
- 241001041813 Prevotella amnii Species 0.000 description 1
- 241000987248 Prevotella bergensis Species 0.000 description 1
- 241001135215 Prevotella bivia Species 0.000 description 1
- 241001646114 Prevotella brevis Species 0.000 description 1
- 241001299661 Prevotella bryantii Species 0.000 description 1
- 241001135217 Prevotella buccae Species 0.000 description 1
- 241001135206 Prevotella buccalis Species 0.000 description 1
- 241000385060 Prevotella copri Species 0.000 description 1
- 241000509620 Prevotella dentalis Species 0.000 description 1
- 241001135209 Prevotella denticola Species 0.000 description 1
- 241000124542 Prevotella maculosa Species 0.000 description 1
- 241001141018 Prevotella marshii Species 0.000 description 1
- 241001141020 Prevotella micans Species 0.000 description 1
- 241000782070 Prevotella multiformis Species 0.000 description 1
- 241001221454 Prevotella multisaccharivorax Species 0.000 description 1
- 241001135225 Prevotella nigrescens Species 0.000 description 1
- 241001135261 Prevotella oralis Species 0.000 description 1
- 241001135263 Prevotella oulorum Species 0.000 description 1
- 241000864367 Prevotella pallens Species 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 241001053147 Proteocatella Species 0.000 description 1
- 241001053116 Proteocatella sphenisci Species 0.000 description 1
- 241001495182 Pseudobacteroides cellulosolvens Species 0.000 description 1
- 241000371292 Pseudogracilibacillus auburnensis Species 0.000 description 1
- 241000589517 Pseudomonas aeruginosa Species 0.000 description 1
- 241000184246 Pseudoramibacter alactolyticus Species 0.000 description 1
- 241000577495 Psychrobacillus psychrotolerans Species 0.000 description 1
- 241000682973 Quasibacillus Species 0.000 description 1
- 241001669241 Quasibacillus thermotolerans Species 0.000 description 1
- 241001038779 Raoultibacter massiliensis Species 0.000 description 1
- 241000603036 Raoultibacter timonensis Species 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 241001558625 Rhabdanaerobium thermarum Species 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 241001638816 Romboutsia ilealis Species 0.000 description 1
- 241000186567 Romboutsia lituseburensis Species 0.000 description 1
- 241000442145 Romboutsia timonensis Species 0.000 description 1
- 241000051882 Rubeoparvulum Species 0.000 description 1
- 241000830460 Rubeoparvulum massiliense Species 0.000 description 1
- 241001037428 Ruminiclostridium sp. Species 0.000 description 1
- 241000192029 Ruminococcus albus Species 0.000 description 1
- 241000123754 Ruminococcus callidus Species 0.000 description 1
- 241000192026 Ruminococcus flavefaciens Species 0.000 description 1
- 241000100220 Ruminococcus gauvreauii Species 0.000 description 1
- 241000202356 Ruminococcus lactaris Species 0.000 description 1
- 241001451093 Rummeliibacillus pycnus Species 0.000 description 1
- 241001147742 Saccharococcus Species 0.000 description 1
- 101000720426 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) 60S ribosomal protein L23-A Proteins 0.000 description 1
- 101000720428 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) 60S ribosomal protein L23-B Proteins 0.000 description 1
- 241000489642 Salibacterium Species 0.000 description 1
- 241000905673 Salibacterium lacus Species 0.000 description 1
- 241001042899 Salimicrobium Species 0.000 description 1
- 241001172902 Salimicrobium flavidum Species 0.000 description 1
- 241000367977 Salimicrobium jeotgali Species 0.000 description 1
- 241001042826 Salimicrobium luteum Species 0.000 description 1
- 241001614266 Salinibacillus Species 0.000 description 1
- 241000675881 Salinibacillus aidingensis Species 0.000 description 1
- 241000675912 Salinibacillus kushneri Species 0.000 description 1
- 241000100994 Salinibacillus xinjiangensis Species 0.000 description 1
- 241000489588 Salipaludibacillus Species 0.000 description 1
- 241001413307 Salipaludibacillus aurantiacus Species 0.000 description 1
- 241000747359 Salipaludibacillus neizhouensis Species 0.000 description 1
- 241000883282 Salirhabdus euzebyi Species 0.000 description 1
- 241001552545 Salirhabdus salicampi Species 0.000 description 1
- 241000888979 Salisediminibacterium haloalkalitolerans Species 0.000 description 1
- 241000226862 Saliterribacillus persicus Species 0.000 description 1
- 241001381993 Salsuginibacillus kocurii Species 0.000 description 1
- 240000000513 Santalum album Species 0.000 description 1
- 241001291918 Solibacillus silvestris Species 0.000 description 1
- 241000203415 Sphingobium chlorophenolicum Species 0.000 description 1
- 241000328420 Sphingobium francense Species 0.000 description 1
- 241000328430 Sphingobium indicum Species 0.000 description 1
- 241000328432 Sphingobium japonicum Species 0.000 description 1
- 241000080928 Sphingomicrobium Species 0.000 description 1
- 241000736131 Sphingomonas Species 0.000 description 1
- 241000237098 Sphingopyxis alaskensis Species 0.000 description 1
- 241000496912 Sphingopyxis baekryungensis Species 0.000 description 1
- 241000179794 Sphingopyxis bauzanensis Species 0.000 description 1
- 241001052481 Sphingopyxis chilensis Species 0.000 description 1
- 241000125406 Sphingopyxis flava Species 0.000 description 1
- 241000462028 Sphingopyxis fribergensis Species 0.000 description 1
- 241001429401 Sphingopyxis ginsengisoli Species 0.000 description 1
- 241000112734 Sphingopyxis granuli Species 0.000 description 1
- 241000084840 Sphingopyxis indica Species 0.000 description 1
- 241001429293 Sphingopyxis panaciterrae Species 0.000 description 1
- 241000506459 Sphingopyxis solisilvae Species 0.000 description 1
- 241000344854 Sphingopyxis taejonensis Species 0.000 description 1
- 241001410241 Sphingopyxis ummariensis Species 0.000 description 1
- 241000720921 Sphingopyxis witflariensis Species 0.000 description 1
- 241001474784 Sphingorhabdus Species 0.000 description 1
- 241000105533 Sphingorhabdus flavimaris Species 0.000 description 1
- 241001397065 Sporacetigenium Species 0.000 description 1
- 241000823036 Sporacetigenium mesophilum Species 0.000 description 1
- 241001464969 Sporolactobacillus laevolacticus Species 0.000 description 1
- 241000193395 Sporosarcina pasteurii Species 0.000 description 1
- 241000193394 Sporosarcina psychrophila Species 0.000 description 1
- 241000297770 Stakelama Species 0.000 description 1
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 description 1
- 241000458595 Staphylococcus agnetis Species 0.000 description 1
- 241000461232 Staphylococcus argenteus Species 0.000 description 1
- 241001147686 Staphylococcus arlettae Species 0.000 description 1
- 241001147687 Staphylococcus auricularis Species 0.000 description 1
- 241001147736 Staphylococcus capitis Species 0.000 description 1
- 241001147695 Staphylococcus caprae Species 0.000 description 1
- 241000191965 Staphylococcus carnosus Species 0.000 description 1
- 241000201854 Staphylococcus chromogenes Species 0.000 description 1
- 241001147698 Staphylococcus cohnii Species 0.000 description 1
- 241000520126 Staphylococcus delphini Species 0.000 description 1
- 241001629554 Staphylococcus devriesei Species 0.000 description 1
- 241000768264 Staphylococcus edaphicus Species 0.000 description 1
- 241001033898 Staphylococcus equorum Species 0.000 description 1
- 241000201871 Staphylococcus felis Species 0.000 description 1
- 241001617353 Staphylococcus fleurettii Species 0.000 description 1
- 241000191984 Staphylococcus haemolyticus Species 0.000 description 1
- 241000192087 Staphylococcus hominis Species 0.000 description 1
- 241000191982 Staphylococcus hyicus Species 0.000 description 1
- 241000191980 Staphylococcus intermedius Species 0.000 description 1
- 241001147689 Staphylococcus kloosii Species 0.000 description 1
- 241001379473 Staphylococcus leei Species 0.000 description 1
- 241000147121 Staphylococcus lentus Species 0.000 description 1
- 241001134656 Staphylococcus lugdunensis Species 0.000 description 1
- 241000010986 Staphylococcus lutrae Species 0.000 description 1
- 241000432394 Staphylococcus lyticans Species 0.000 description 1
- 241000937219 Staphylococcus microti Species 0.000 description 1
- 241000192101 Staphylococcus muscae Species 0.000 description 1
- 241000193817 Staphylococcus pasteuri Species 0.000 description 1
- 241000236551 Staphylococcus petrasii Species 0.000 description 1
- 241000783655 Staphylococcus petrasii subsp. jettensis Species 0.000 description 1
- 241000681475 Staphylococcus pettenkoferi Species 0.000 description 1
- 241001220301 Staphylococcus piscifermentans Species 0.000 description 1
- 241000794282 Staphylococcus pseudintermedius Species 0.000 description 1
- 241001368129 Staphylococcus pseudolugdunensis Species 0.000 description 1
- 241000192099 Staphylococcus schleiferi Species 0.000 description 1
- 241001642616 Staphylococcus schweitzeri Species 0.000 description 1
- 241000192097 Staphylococcus sciuri Species 0.000 description 1
- 241000967959 Staphylococcus simiae Species 0.000 description 1
- 241000191978 Staphylococcus simulans Species 0.000 description 1
- 241001503679 Staphylococcus stepanovicii Species 0.000 description 1
- 241000861996 Staphylococcus succinus Species 0.000 description 1
- 241000192086 Staphylococcus warneri Species 0.000 description 1
- 241000191973 Staphylococcus xylosus Species 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 241000738503 Streptohalobacillus salinus Species 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 241001082337 Swionibacillus sediminis Species 0.000 description 1
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 1
- 102100038717 TYRO protein tyrosine kinase-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 241000131694 Tenericutes Species 0.000 description 1
- 241000979553 Tenuibacillus halotolerans Species 0.000 description 1
- 241000676762 Tenuibacillus multivorans Species 0.000 description 1
- 241000708554 Tepidibacillus decaturensis Species 0.000 description 1
- 241000500008 Tepidibacillus fermentans Species 0.000 description 1
- 241000897129 Tepidibacillus infernus Species 0.000 description 1
- 241001581232 Tepidibacter Species 0.000 description 1
- 241000305805 Tepidibacter formicigenes Species 0.000 description 1
- 241000226046 Tepidibacter mesophilus Species 0.000 description 1
- 241001581233 Tepidibacter thalassicus Species 0.000 description 1
- 241001632251 Terribacillus aidingensis Species 0.000 description 1
- 241000530609 Terribacillus goriensis Species 0.000 description 1
- 241001401068 Terribacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241001401069 Terribacillus saccharophilus Species 0.000 description 1
- 241000221838 Terrilactibacillus laevilacticus Species 0.000 description 1
- 241000089063 Terrisporobacter Species 0.000 description 1
- 241001509489 Terrisporobacter glycolicus Species 0.000 description 1
- 241000186582 Terrisporobacter mayombei Species 0.000 description 1
- 241000881049 Terrisporobacter petrolearius Species 0.000 description 1
- 241001543199 Texcoconibacillus texcoconensis Species 0.000 description 1
- 241001186290 Thalassobacillus cyri Species 0.000 description 1
- 241000495343 Thalassobacillus devorans Species 0.000 description 1
- 241000162121 Thalassobacillus hwangdonensis Species 0.000 description 1
- 241001258763 Thalassobacillus pellis Species 0.000 description 1
- 241001236848 Thermolongibacillus altinsuensis Species 0.000 description 1
- 241001235229 Thermolongibacillus kozakliensis Species 0.000 description 1
- 241001313536 Thermothelomyces thermophila Species 0.000 description 1
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 description 1
- 241000498583 Ureibacillus thermosphaericus Species 0.000 description 1
- 241001131783 Varibaculum timonense Species 0.000 description 1
- 241001533207 Veillonella atypica Species 0.000 description 1
- 241001048169 Veillonella caviae Species 0.000 description 1
- 241001488327 Veillonella criceti Species 0.000 description 1
- 241001050689 Veillonella denticariosi Species 0.000 description 1
- 241001142820 Veillonella magna Species 0.000 description 1
- 241001116698 Veillonella montpellierensis Species 0.000 description 1
- 241001488326 Veillonella ratti Species 0.000 description 1
- 241001048168 Veillonella rodentium Species 0.000 description 1
- 241001341704 Veillonella rogosae Species 0.000 description 1
- 241000065720 Virgibacillus alimentarius Species 0.000 description 1
- 241001207232 Virgibacillus arcticus Species 0.000 description 1
- 241001172900 Virgibacillus byunsanensis Species 0.000 description 1
- 241001208233 Virgibacillus campisalis Species 0.000 description 1
- 241000693185 Virgibacillus carmonensis Species 0.000 description 1
- 241000959853 Virgibacillus chiguensis Species 0.000 description 1
- 241000890396 Virgibacillus dokdonensis Species 0.000 description 1
- 241000116002 Virgibacillus flavescens Species 0.000 description 1
- 241001401066 Virgibacillus halophilus Species 0.000 description 1
- 241000966206 Virgibacillus kapii Species 0.000 description 1
- 241001169000 Virgibacillus kekensis Species 0.000 description 1
- 241001270150 Virgibacillus litoralis Species 0.000 description 1
- 241001331636 Virgibacillus natechei Species 0.000 description 1
- 241000365709 Virgibacillus necropolis Species 0.000 description 1
- 241001349191 Virgibacillus oceani Species 0.000 description 1
- 241000671022 Virgibacillus olivae Species 0.000 description 1
- 241001252918 Virgibacillus phasianinus Species 0.000 description 1
- 241001659625 Virgibacillus proomii Species 0.000 description 1
- 241000466260 Virgibacillus salarius Species 0.000 description 1
- 241000493266 Virgibacillus salinus Species 0.000 description 1
- 241001169001 Virgibacillus sediminis Species 0.000 description 1
- 241000180665 Virgibacillus siamensis Species 0.000 description 1
- 241000178011 Virgibacillus soli Species 0.000 description 1
- 241000738703 Virgibacillus subterraneus Species 0.000 description 1
- 241000865780 Virgibacillus xinjiangensis Species 0.000 description 1
- 241000065508 Viridibacillus arenosi Species 0.000 description 1
- 241000388249 Vulcanibacillus modesticaldus Species 0.000 description 1
- 241000588901 Zymomonas Species 0.000 description 1
- 241000588902 Zymomonas mobilis Species 0.000 description 1
- 241001673106 [Bacillus] selenitireducens Species 0.000 description 1
- 241001468250 [Bacillus] thermocloacae Species 0.000 description 1
- 241001494424 [Eubacterium] brachy Species 0.000 description 1
- 241001646708 [Eubacterium] budayi Species 0.000 description 1
- 241001147774 [Eubacterium] cellulosolvens Species 0.000 description 1
- 241001531271 [Eubacterium] combesii Species 0.000 description 1
- 241001531273 [Eubacterium] eligens Species 0.000 description 1
- 241000557616 [Eubacterium] infirmum Species 0.000 description 1
- 241001288813 [Eubacterium] minutum Species 0.000 description 1
- 241001494431 [Eubacterium] nodatum Species 0.000 description 1
- 241000186397 [Eubacterium] tenue Species 0.000 description 1
- 241001531183 [Eubacterium] yurii Species 0.000 description 1
- 241001464867 [Ruminococcus] gnavus Species 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 230000006838 adverse reaction Effects 0.000 description 1
- 230000000172 allergic effect Effects 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 210000003001 amoeba Anatomy 0.000 description 1
- 229940044726 anaerococcus tetradius Drugs 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000006023 anti-tumor response Effects 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 235000006708 antioxidants Nutrition 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920000617 arabinoxylan Polymers 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 208000010668 atopic eczema Diseases 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N beta-maltose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QUYVBRFLSA-N 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 235000014121 butter Nutrition 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 235000011089 carbon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 229960005395 cetuximab Drugs 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 229960004926 chlorobutanol Drugs 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 235000013409 condiments Nutrition 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 210000005220 cytoplasmic tail Anatomy 0.000 description 1
- 235000013365 dairy product Nutrition 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- UGMCXQCYOVCMTB-UHFFFAOYSA-K dihydroxy(stearato)aluminium Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)O[Al](O)O UGMCXQCYOVCMTB-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 206010013023 diphtheria Diseases 0.000 description 1
- 239000007884 disintegrant Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 1
- 239000007920 enema Substances 0.000 description 1
- 229940095399 enema Drugs 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- BEFDCLMNVWHSGT-UHFFFAOYSA-N ethenylcyclopentane Chemical compound C=CC1CCCC1 BEFDCLMNVWHSGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 235000019634 flavors Nutrition 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 235000003599 food sweetener Nutrition 0.000 description 1
- 235000013350 formula milk Nutrition 0.000 description 1
- 235000011389 fruit/vegetable juice Nutrition 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 230000035784 germination Effects 0.000 description 1
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 239000012274 immune-checkpoint protein inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 1
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011293 immunotherapeutic strategy Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 239000007972 injectable composition Substances 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 1
- 235000021109 kimchi Nutrition 0.000 description 1
- 235000019226 kombucha tea Nutrition 0.000 description 1
- IEQCXFNWPAHHQR-UHFFFAOYSA-N lacto-N-neotetraose Natural products OCC1OC(OC2C(C(OC3C(OC(O)C(O)C3O)CO)OC(CO)C2O)O)C(NC(=O)C)C(O)C1OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O IEQCXFNWPAHHQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940062780 lacto-n-neotetraose Drugs 0.000 description 1
- 239000000787 lecithin Substances 0.000 description 1
- 235000010445 lecithin Nutrition 0.000 description 1
- 229940067606 lecithin Drugs 0.000 description 1
- 231100001231 less toxic Toxicity 0.000 description 1
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 1
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 239000000314 lubricant Substances 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 235000013536 miso Nutrition 0.000 description 1
- 229950006780 n-acetylglucosamine Drugs 0.000 description 1
- RBMYDHMFFAVMMM-PLQWBNBWSA-N neolactotetraose Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H]([C@@H](O[C@@H]1CO)O[C@@H]1[C@H]([C@H](O[C@H]([C@H](O)CO)[C@H](O)[C@@H](O)C=O)O[C@H](CO)[C@@H]1O)O)NC(=O)C)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O RBMYDHMFFAVMMM-PLQWBNBWSA-N 0.000 description 1
- 231100000189 neurotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002887 neurotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000035764 nutrition Effects 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 229940074571 peptostreptococcus anaerobius Drugs 0.000 description 1
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 1
- 229960003742 phenol Drugs 0.000 description 1
- 239000006187 pill Substances 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 1
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 208000037821 progressive disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N saccharin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NS(=O)(=O)C2=C1 CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014438 salad dressings Nutrition 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000002002 slurry Substances 0.000 description 1
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 1
- 235000013570 smoothie Nutrition 0.000 description 1
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 229940075582 sorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000010199 sorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004334 sorbic acid Substances 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000013268 sustained release Methods 0.000 description 1
- 239000012730 sustained-release form Substances 0.000 description 1
- 239000003765 sweetening agent Substances 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 235000013548 tempeh Nutrition 0.000 description 1
- 238000011287 therapeutic dose Methods 0.000 description 1
- RTKIYNMVFMVABJ-UHFFFAOYSA-L thimerosal Chemical compound [Na+].CC[Hg]SC1=CC=CC=C1C([O-])=O RTKIYNMVFMVABJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229940033663 thimerosal Drugs 0.000 description 1
- 230000000699 topical effect Effects 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- 238000007473 univariate analysis Methods 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 235000015112 vegetable and seed oil Nutrition 0.000 description 1
- 239000008158 vegetable oil Substances 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000013618 yogurt Nutrition 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
- A61K35/741—Probiotics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
- A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/46—Cellular immunotherapy
- A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
- A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/52—Cytokines; Lymphokines; Interferons
- C07K14/54—Interleukins [IL]
- C07K14/5443—IL-15
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/715—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons
- C07K14/7155—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons for interleukins [IL]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
本開示は、養子細胞療法に関連する方法及び組成物、並びに腸内マイクロバイオームに関連するその有効性に関する。特定の場合、キメラ抗原受容体(CAR)T細胞療法が個体にとって有効であるか否かを、その腸内マイクロバイオームに基づいて判定することができる。特定の実施態様では、個体の腸内マイクロバイオームの分析に基づき、CAR T細胞療法を投与する前に、1つ以上の特定の微生物組成物を含む組成物を個体に提供することができる。【選択図】図1A
Description
本出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、2021年1月29日に出願された米国仮特許出願番号63/143,665の優先権を主張する。
本開示の実施形態は、少なくとも細胞生物学、分子生物学、免疫学、微生物学、及び医学の分野に関係する。
最近、癌治療において、効果的かつ毒性が低い標的戦略により、かなりの進歩が見られる。免疫療法及びキメラ抗原受容体(CAR)T細胞は、主に血液悪性腫瘍において、再発/難治性及び最前線の疾患設定の様々な腫瘍でますます評価されている。一部の患者において印象的な結果が得られているにもかかわらず、CAR T細胞に対する臨床反応には依然として大きな不均一性がある。本開示は、このようなニーズに対する解決策を提供する。
本開示は、養子細胞移植療法などの免疫療法の結果(又は結果の可能性)の決定を行うことに少なくとも関連するシステム、方法、及び組成物に関する。本開示はまた、養子細胞移植療法などの免疫療法の毒性(又は毒性の可能性)の判定を行うためのシステム、方法、及び組成物に関する。本開示はまた、養子細胞移植療法などの免疫療法のためのシステム、方法、及び組成物に関する。本開示の具体的な実施形態により、医療従事者は、治療が個体に対して有効であるかどうか、及び/又は毒性があるかどうかの可能性に関して、情報に基づいた決定を行うことができる。
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオーム多様性測定基準及び組成物は、癌に向けられた養子細胞移植療法(発現する細胞の種類に関係なく、1つ以上の操作された抗原受容体を発現する細胞など)に関連する有効性及び/又は毒性と相関する。本開示は、対象の腸内マイクロバイオームを分析することを含む、養子移植療法(例えば、CAR T細胞療法)に対する対象の応答を予測するための組成物及び方法に関する。本開示は、対象の腸内マイクロバイオームを分析することを含め、対象の非有効性CAR T細胞療法(部分奏効、病勢安定、又は病勢進行を含む)に対するリスク、及び/又はCAR T細胞療法の毒性に対するリスクを決定するための組成物及び方法に関する。本開示はさらに、CAR T細胞療法の有効性を改善し、及び/又は毒性を低減することを含む、癌を有する対象を処置するための治療用組成物及び方法を提供する。いくつかの場合、CAR T細胞療法を必要とする個体の腸内マイクロバイオームの解析は、個体に対するCAR T細胞療法を改善し、及び/又は個体に対するCAR T細胞療法の毒性を低減する特定の介入が個体に必要であると決定する情報を提供する。このような介入には、一例に過ぎないが、1つ以上のプロバイオティクス組成物及び/又は1つ以上の糞便移植物が含まれる。
本開示の実施形態は、個体の腸内マイクロバイオームから微生物組成物を分析するステップを含む、個体の治療応答を決定又は予測する方法を含み、ここで
(a)Bacillales目;及び/又はPhascolarctobacterium succinatutens種;及び/又はFinegoldia magna;及び/又はStreptococcus anginosus group;及び/又はAkkermansia muciniphila;及び/又はEscherichia coli;及び/又はHaemophilus parainfluenzaeのの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記個体に対する療法が、標準又は別の個体と比較して、有効でないか、又は有効でないリスクがある;及び/又は
(b)個体に対する腸内マイクロバイオームが、Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1属; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae属 UCG 002; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科 (Odoribacter splanchnicusなど); Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種;及びFlavonifractor plautii種のの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記個体に対する療法が、標準又は別の個体と比較して、有効であるか、又は有効である可能性が増大する。(a)の具体例において、前記個体は癌を有し、前記個体に対する療法に対する反応は、部分的反応、病勢安定、又は病勢進行であるか、又はそのリスクを有する。(b)の具体例では、前記個体が癌(固形腫瘍など、又は血液学的悪性腫瘍である)を有し、前記個体に対する療法に対する応答が、完全奏効であるか、又は完全奏効である可能性が増大しており、前記個体の腸内マイクロバイオームはFlavonifractor plautiiを含む。
本明細書で言及される療法は、養子T細胞療法、養子NK細胞療法などであり得る養子細胞療法などの免疫療法を含む、任意の適切な種類であり得る。具体的な実施態様において、養子細胞療法の細胞は、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変され、例えば、操作された抗原受容体が1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含むか、又は細胞が1つ以上のそれら両方を有する。具体的には、養子細胞療法は、CAR T細胞療法を含む。
上記要素(b)に関するいくつかの実施形態において、前記方法は、治療上有効な量の療法を前記個体に投与する工程をさらに含む。
上記要素(a)に関するいくつかの実施形態では、前記療法がCAR T細胞療法であり、前記CAR T細胞療法が、CAR T細胞療法の有効性を高めるために、個体に投与する前に改変される。前記CAR T細胞療法の投与量は増加され得る。
本開示の任意の方法において、前記CARの1つ以上の成分は、CAR療法を必要とする個体の腸内マイクロバイオームからの微生物組成の決定時などに、変更される。
特定の実施形態では、個体は、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が投与される。特定の場合において、1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物は、Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1属; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae属 UCG 002; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科 (Odoribacter splanchnicusなど); Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種;及びFlavonifractor plautii種のの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される。
本開示の方法の特定の実施形態において、前記個体には、遺伝子操作された抗原受容体を発現する細胞を含む養子細胞療法以外の治療有効量の癌療法が提供される。
本開示の実施形態は、個体の腸内マイクロバイオームから微生物組成物を分析する工程を含む、個体に対する療法の毒性を判定又は予測する方法を含み、ここで:
(a)前記腸内マイクロバイオームが、Lactobacillus rhamnosus種; Parabacteroides goldsteinii種; Olsenella uli種; Fusobacterium varium種; Porphyrobacter属; Dialister succinatiphilus種; Faecalitalea cylindroides種; Porphyrobacter sanguineus種; Ruminiclostridium 9 unclass種; Sphingomonadaceae科; Sphingomonadales目; 及びOlsenella属の1つ以上を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記療法が、標準又は別の個体と比較して、前記個体に毒性を有するか、毒性を有するリスクがある;及び/又は、
(b)前記腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種の1つ以上を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記療法が、標準又は別の個体と比較して、前記個体に対して毒性を有しないか、又は毒性を有しない可能性が増大する。特定の実施形態では、前記毒性はサイトカイン放出症候群(CRS)を含む。前記毒性の決定は、CRSに関連する毒性のグレードを判定することとしてさらに定義され得る。前記療法は、養子T細胞療法を含む養子細胞療法などの免疫療法を含んでもよい。場合によっては、養子細胞療法の細胞は、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変され、操作された抗原受容体は、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体から構成されてもよく、あるいは細胞はそれらの1つ以上を有していてもよい。特定の実施形態において、養子細胞療法はCAR T細胞療法を含む。本開示の特定の方法において、(b)の方法要素は、治療上有効な量の療法を個体に投与する工程をさらに含み得る。本方法のいくつかの態様において、要素(a)において、前記療法はCAR T細胞療法であり、CAR T細胞療法は、CAR T細胞療法の毒性を低減するために、個体に投与する前に改変される。前記CAR T細胞療法の投与量は減量されてもよく、及び/又はCARの1つ以上のコンポーネントが変更されてもよい。
特定の実施形態において、個体は、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物を投与される。1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物は、Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種の1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される。いくつかの場合、前記個体は治療上有効な量の別の癌療法が提供される。
本開示の実施形態は、免疫療法を受けている個体が、免疫療法を受けた後に特定のグレードの免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群(ICANS)毒性を有する可能性を判定する方法であって、個体の腸内マイクロバイオームを分析する工程を含む、方法を含み得る、ここで:
(a)前記腸内マイクロバイオームが、[Clostridium] lavalense種; Cuneatibacter属; Clostridiales vadin BB60 group科; Clostridiales vadin BB60 group属; Clostridiales vadin BB60 group ge unclass種; [Clostridium] hylemonae種; Anaerotruncus rubiinfantis種; Ruminococcaceae UCG 004属; Eisenbergiella massiliensis種; Hydrogenoanaerobacterium属; Ruminococcaceae UCG 008属; Intestinibacillus massiliensis種; Raoultibacter属; Monoglobus pectinilyticus種; Bacillaceae科; Pseudomonas aeruginosa種; Bacillus hisashii種; Caecibacter massiliensis種; 及びPrevotella multisaccharivorax種のうちの1つ以上を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前期個体がICANS毒性のグレード3又は4である可能性があるか、又はICANS毒性のグレード3又は4となるリスクがある;及び/又は、
(b)前記腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前期個体がICANS毒性のグレード1又は2である可能性があるか、又はICANS毒性のグレード1又は2となるリスクがある。前記療法は、養子T細胞療法を含む養子細胞療法などの免疫療法を含んでいてもよい。前記養子細胞療法の細胞は、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変されてもよく、操作された抗原受容体は、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含んでもよく、前記細胞はそれらの1つ以上を有してもよい。前記養子細胞療法は、CAR T細胞療法を含んでいてもよい。
(b)の方法要素において、本方法は、治療上有効な量の免疫療法を個体に投与する工程をさらに含み得る。方法要素(a)において、前記分析後、前記個体への送達前に、前記免疫療法はICANSのリスクを低減するように改変され得る。方法要素(a)において、前記療法はCAR T細胞療法であり、CAR T細胞療法の毒性を低減するために、個体への投与前にCAR T細胞療法が改変される。場合によっては、CAR T細胞療法の投与量が減量され、及び/又はCARの1つ以上のコンポーネントが変更される。本方法の特定の実施形態において、前記個体には、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が投与される。前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物は、Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上を含み得る。前記個体には、治療上有効な量の別の癌療法が提供され得る。
本開示の実施形態は、個体における癌を処置する方法を含み、該方法は、以下の場合に個体に治療有効量の免疫療法を提供する工程を含む:
(a)個体の腸内マイクロバイオームが、Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される;
(b)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される;及び/又は
(c)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される。いくつかの実施形態において、前記免疫療法は、養子T細胞療法などの養子細胞療法を含む。前記養子細胞療法の細胞は、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変されてもよく、操作された抗原受容体は、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含むか、又は前記細胞がそれらの1つ以上を有してもよい。前記養子細胞療法は、CAR T細胞療法を含んでもよい。いくつかの実施形態において、前記個体には、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が投与され、いくつかの場合において、前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物は、(a)、(b)及び/若しくは(c)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、(a)、(b)及び/若しくは(c)のいずれか1つ以上の微生物からなるか、又は本質的に(a)、(b)及び/若しくは(c)のいずれか1つ以上の微生物から構成される:
(a)Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物;
(b)Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上;及び/又は、
(c)Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上。いくつかの実施形態において、前記個体は、治療上有効な量の別の癌療法を提供される。
本開示の実施形態は、養子細胞療法を必要とする個体の治療アウトカムを判定する方法であって、腸内マイクロバイオームをその中の微生物の多様性について分析するステップを含み、前記個体の腸内マイクロバイオームが高い多様性を有する場合、前記個体は、腸内マイクロバイオームの高い多様性を欠く個体と比較して、有効な養子細胞療法の可能性が増大する、方法を含む。特定の実施形態において、前記個体の腸内マイクロバイオームの微生物の多様性が低い場合、前記個体には、有効量の1つ以上の糞便移植物及び/又は1つ以上のプロバイオティクス組成物が提供される。前記腸内マイクロバイオームの多様性は、逆シンプソン指数(ISI)によって決定してもよいし、しなくてもよい。
いくつかの場合、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にある場合、前記個体は有効な養子細胞療法の可能性が増大する。いくつかの場合、前記マイクロバイオーム中の1つ以上の微生物の同一性が、1つ以上の微生物のゲノムのショットガンシーケンシングによって決定される。前記マイクロバイオームにおける1つ以上の微生物の同一性は、1つ以上の微生物のゲノムの指向性配列決定(directed sequencing)によって決定されてもよく、指向性配列決定は、1つ以上の微生物の16S rRNAの配列決定であってもよい。具体的な実施形態において、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にある場合、前記個体にCAR T細胞療法などの養子細胞療法の有効量が投与される。いくつかの実施形態では、個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にない場合、前記個体には有効量の養子細胞療法が投与されない。場合によっては、養子細胞療法はCAR T細胞療法であり、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にない場合、CAR T細胞療法は、CAR T細胞療法の投与量が減量される、及び/又はCARの1つ以上のコンポーネントが変更されるなどにより、改変される。特定の実施形態において、個体には、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植が投与される。前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物は、(a)、(b)、及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される:
いくつかの場合、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にある場合、前記個体は有効な養子細胞療法の可能性が増大する。いくつかの場合、前記マイクロバイオーム中の1つ以上の微生物の同一性が、1つ以上の微生物のゲノムのショットガンシーケンシングによって決定される。前記マイクロバイオームにおける1つ以上の微生物の同一性は、1つ以上の微生物のゲノムの指向性配列決定(directed sequencing)によって決定されてもよく、指向性配列決定は、1つ以上の微生物の16S rRNAの配列決定であってもよい。具体的な実施形態において、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にある場合、前記個体にCAR T細胞療法などの養子細胞療法の有効量が投与される。いくつかの実施形態では、個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にない場合、前記個体には有効量の養子細胞療法が投与されない。場合によっては、養子細胞療法はCAR T細胞療法であり、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にない場合、CAR T細胞療法は、CAR T細胞療法の投与量が減量される、及び/又はCARの1つ以上のコンポーネントが変更されるなどにより、改変される。特定の実施形態において、個体には、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植が投与される。前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物は、(a)、(b)、及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される:
(a)Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物;
(b)Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上;及び/又は、
(c)Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上。
本開示の実施形態は、(a)、(b)、及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される、プロバイオティクス組成物及び/又は糞便移植組成物、を含む:
(a)Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1属; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae属 UCG 002; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科 (Odoribacter splanchnicusなど); Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種;及びFlavonifractor plautii種のの1つ以上の微生物;
(b)Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上;及び/又は
(c)Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上。
本発明の1つの実施形態に関して論じたいかなる制限も、本発明の他の任意の実施形態に適用され得ることが特に企図される。さらに、本発明の任意の組成物を本発明の任意の方法で使用してもよく、本発明の任意の方法を本発明の任意の組成物を製造又は利用するために使用してもよい。実施例に記載された実施形態の態様は、異なる実施例又は本出願の他の場所(例えば発明の簡単な概要、図面の簡単な説明、詳細な説明、及び特許請求の範囲)において論じられた実施形態の文脈で実施され得る実施形態でもある。
以上、本開示の特徴及び技術的利点を、以下の詳細な説明をよりよく理解できるように、かなり大まかに概説した。以下、本明細書における特許請求の範囲の主題を形成する追加の特徴及び利点を説明する。開示された着想及び具体的な実施形態は、本設計と同じ目的を実行するための他の構造を修正又は設計するための基礎として容易に利用され得ることが、当業者には理解されるべきである。また、そのような等価な構造は、添付の特許請求の範囲に規定された精神及び範囲から逸脱しないことも、当業者には理解されるはずである。本明細書に開示された設計の特徴と考えられる新規な特徴は、構成及び操作方法の両方に関して、さらなる目的及び利点とともに、添付の図と関連して考慮すれば、下記の説明からよりよく理解されるであろう。しかしながら、各図は、例示及び説明の目的のみのために提供されており、本開示の限界の定義として意図されていないことを明示的に理解されたい。
本開示をより完全に理解するために、添付の図面と併せて以下の説明を参照する。
本開示の様々な実施形態が本明細書で示され、説明されてきたが、そのような実施形態が単なる例示として提供されたものであることは当業者には明らかであろう。本発明から逸脱することなく、多数の変形、変更、及び置換を当業者は想起し得る。本明細書に記載される開示の実施形態に対する様々な代替案が採用され得ることが理解されるべきである。
[I.定義の例]
長年にわたる特許法の慣例に従い、本明細書において、特許請求の範囲を含め、comprisingという語と共に使用される場合、「a」及び「an」という語は、「1つ以上」を表す。本明細書及び特許請求の範囲で使用される場合、単数形の「a」、「an」及び「the」は、文脈上明らかにそうでないことが指示されない限り、複数の参照を含む。例えば、用語「核酸」(a nucleic acid)は、それらの混合物を含む複数の核酸を含む。本開示のいくつかの実施形態は、本開示の1つ以上の要素、方法のステップ、及び/又は方法からなるか、又はそれらから本質的に構成され得る。本明細書に記載される任意の方法又は組成物は、本明細書に記載される任意の他の方法又は組成物に関して実施され得、異なる実施形態が組み合わされ得ることが企図される。
長年にわたる特許法の慣例に従い、本明細書において、特許請求の範囲を含め、comprisingという語と共に使用される場合、「a」及び「an」という語は、「1つ以上」を表す。本明細書及び特許請求の範囲で使用される場合、単数形の「a」、「an」及び「the」は、文脈上明らかにそうでないことが指示されない限り、複数の参照を含む。例えば、用語「核酸」(a nucleic acid)は、それらの混合物を含む複数の核酸を含む。本開示のいくつかの実施形態は、本開示の1つ以上の要素、方法のステップ、及び/又は方法からなるか、又はそれらから本質的に構成され得る。本明細書に記載される任意の方法又は組成物は、本明細書に記載される任意の他の方法又は組成物に関して実施され得、異なる実施形態が組み合わされ得ることが企図される。
本明細書全体を通して、文脈上他に必要とされない限り、「含む(comprise)」、「含む(comprises)」、及び「含んでいる(comprising)」という語は、記載されたステップもしくは要素、又はステップもしくは要素のグループを含むことを意味するが、他のステップもしくは要素、又はステップもしくは要素のグループを排除することを意味しないと理解される。「~からなる(consist of)」とは、「~からなる」という語句の後に続くものを含むこと、及びそれらに限定されることを意味する。したがって、「~からなる」という表現は、列挙された要素が必須又は必須であり、他の要素が存在してはならないことを示す。
「~から本質的に構成される」とは、その語句の後に列挙された要素を含むことを意味し、列挙された要素について開示で指定された活性又は作用を妨げないか、又はそれに寄与しない他の要素に限定される。したがって、「~から本質的に構成される」という表現は、列挙された要素は必要又は必須であるが、他の要素は任意であり、列挙された要素の活性又は作用に影響を及ぼすかどうかに応じて、存在してもしなくてもよいことを示す。
「~から本質的に構成される」とは、その語句の後に列挙された要素を含むことを意味し、列挙された要素について開示で指定された活性又は作用を妨げないか、又はそれに寄与しない他の要素に限定される。したがって、「~から本質的に構成される」という表現は、列挙された要素は必要又は必須であるが、他の要素は任意であり、列挙された要素の活性又は作用に影響を及ぼすかどうかに応じて、存在してもしなくてもよいことを示す。
本明細書で使用される場合、「又は」及び「及び/又は」という用語は、複数のコンポーネントを組み合わせて、又は互いに排他的に記述するために使用される。
例えば、「x、y、及び/又はz」は、「x」単独、「y」単独、「z」単独、「x、y、及びz」、「(x及びy)又はz」、「x又は(y及びz)」、又は「x又はy又はz」を指すことができる。x、y、又はzは、実施形態から特に除外されてもよいことが特に企図されている。
例えば、「x、y、及び/又はz」は、「x」単独、「y」単独、「z」単独、「x、y、及びz」、「(x及びy)又はz」、「x又は(y及びz)」、又は「x又はy又はz」を指すことができる。x、y、又はzは、実施形態から特に除外されてもよいことが特に企図されている。
本出願を通じて、用語「約」は、値を決定するために採用される装置又は方法についての誤差の標準偏差を含むことを示すために、細胞及び分子生物学の分野におけるその平明かつ通常の意味に従って使用される。
本明細書全体を通して、「一実施形態」、「実施形態」、「特定の実施形態」、「関連する実施形態」、「ある実施形態」、「追加の実施形態」、又は「さらなる実施形態」、又はそれらの組み合わせへの言及は、実施形態に関連して説明される特定の特徴、構造、又は特性が、本発明の少なくとも1つの実施形態に含まれることを意味する。
したがって、本明細書を通じて様々な場所に前述の語句が現れるが、必ずしもすべてが同じ実施形態を指すわけではない。さらに、特定の特徴、構造、又は特性は、1つ以上の実施形態において任意の適切な方法で組み合わせることができる。
したがって、本明細書を通じて様々な場所に前述の語句が現れるが、必ずしもすべてが同じ実施形態を指すわけではない。さらに、特定の特徴、構造、又は特性は、1つ以上の実施形態において任意の適切な方法で組み合わせることができる。
本明細書で使用する「腸」という用語は、少なくとも胃、小腸、及び大腸を含む消化管の少なくとも一部を指す。
本明細書で使用する「微生物」という用語は、細菌、真菌、ウイルス、原生動物、藻類、アメーバ、粘菌、又はそれらの組み合わせなどの微生物を指す。本開示に包含される任意の細菌について、本開示はその任意の株を含む。本開示において、属が具体的に言及される場合、その属内の任意の種もまた、参照によりリストに参照により組み込まれるなど、参照により組み込まれ得る。例えば、コリネバクテリウム属が言及される場合、コリネバクテリウム属内の任意の種が本明細書に包含される。
本明細書で使用する「マイクロバイオーム」という用語は、一般に、腸などの宿主の特定の場所及び/又は組織及び/又は器官内を含む宿主内の群集内の細菌、真菌、ウイルス、原生動物、藻類、アメーバ、及び/又は粘菌などの微生物(微生物とも呼ばれることがある)の集合体を指す。
本明細書で使用する「プロバイオティクス」という用語は、有益な資質のために体内に導入される1つ以上の微生物を指す。
本明細書で使用する「試料」という用語は、一般に、腸などの体内の任意の部位からのものを含む生物学的試料を指す。試料は、組織又は細胞から採取してもよいし、腸内環境から採取してもよい。いくつかの例では、試料は、組織生検、便、血液、肺組織、腫瘍、又はそれらの組み合わせを含む、身体組織の任意の部分から構成されるか、又はそれらに由来する可能性がある。試料は、採取前に、供給源から分離されていてもよい。いくつかの例では、試料は、試料調製中にその主要な供給源(細胞、組織、血液などの体液、環境試料など)から分離される。試料は、一次供給源から精製又は濃縮されてもされなくてもよい。一部の実施形態では、一次供給源は、さらなる処理の前にホモジナイズされる。試料は、望ましくない物質を除去するために濾過又は遠心分離されてもよい。試料はまた、特定の微生物など、そこに含まれる特定の組成物について精製又は濃縮されてもよい。試料は、無傷、断片化、又は部分的に分解された組織又は細胞を含んでもよい。
本明細書で使用される「対象」という用語は、一般に、処理中又は分析中の生物学的試料を有し、一部の実施形態ではそれに関連する腸内マイクロバイオームを有する個体を指す。対象は動物であり得、養子細胞療法などの免疫療法の所望のレシピエントであり得る。対象は、哺乳動物、例えば、ヒト、実験動物(例えば、霊長類、ラット、マウス、ウサギ)、家畜(例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、七面鳥、ニワトリ)、家庭用ペット(例えば、イヌ、ネコ、げっ歯類)、ウマ、及びトランスジェニック非ヒト動物を含む、方法又は材料の対象である任意の生物又は動物対象であり得る。対象は、例えば、1つ以上の癌などの疾患(医学的状態と呼ばれる場合がある)を有するか、又は有する疑いのある患者であり得る。対象は、無症状であってもよい。「個体」という用語は、少なくともいくつかの実施形態において、互換的に使用され得る。本明細書で使用される「対象」又は「個体」は、医療施設に収容されていてもいなくてもよく、医療施設の外来患者として治療されていてもいなくてもよい。個体は、インターネットを介して1つ以上の医療用組成物を受け取ることができる。個体は、ヒト又は非ヒト動物の任意の年齢を含んでもよく、したがって、成人及び少年(例えば、子供)及び幼児の両方を含み、胎内の個体を含む。対象は、医学的治療の必要性を有していても、有していなくてもよい。個体は、臨床的であるか基礎科学研究の支援であるかにかかわらず、自発的又は非自発的に試験に参加することができる。個体は、性別、人種、年齢を問わない。
[II.開示の実施形態]
腸内マイクロバイオームは、免疫療法に対す応答に関連しうる重要な宿主因子の一つとして浮上してきた。免疫チェックポイント阻害剤療法などの免疫療法戦略を評価した最近のいくつかのヒト研究では、より多様な腸内マイクロバイオームを有する患者において、有意に優れた応答と生存が見られた。現在のところ、腸内マイクロバイオームがCAR T細胞などの養子細胞療法に対する抗腫瘍反応を調節するかどうかは不明である。本開示では、個体の腸内マイクロバイオームの多様性及び特定の腸内マイクロバイオーム組成が、癌に対するCAR-T療法(養子細胞療法の一例として)に関連する有効性及び毒性と相関することが示される。
腸内マイクロバイオームは、免疫療法に対す応答に関連しうる重要な宿主因子の一つとして浮上してきた。免疫チェックポイント阻害剤療法などの免疫療法戦略を評価した最近のいくつかのヒト研究では、より多様な腸内マイクロバイオームを有する患者において、有意に優れた応答と生存が見られた。現在のところ、腸内マイクロバイオームがCAR T細胞などの養子細胞療法に対する抗腫瘍反応を調節するかどうかは不明である。本開示では、個体の腸内マイクロバイオームの多様性及び特定の腸内マイクロバイオーム組成が、癌に対するCAR-T療法(養子細胞療法の一例として)に関連する有効性及び毒性と相関することが示される。
本開示は、CAR-T療法の有効性を高めるためにマイクロバイオームを調節することによる癌の治療のための方法及び組成物に関する。本開示はまた、CAR-T療法に関連する有効性及び毒性の予測のためのバイオマーカーとしてのマイクロバイオームの多様性指標及び細菌存在量に関する。
本明細書に包含される結果は、有効性及び毒性に関連し得る腸内細菌の特定の組成に関連する。特定の実施形態において、腸内マイクロバイオームは、免疫療法を必要とする個体について分析され、その分析は、例えば、詳細なリードを提供することができるショットガン配列決定又は標準的な16S rRNA配列決定を含む、任意の適切な方法によって行われ得る。マイクロバイオーム研究では、ショットガンシーケンシングにより、細菌、真菌、ウイルス、その他多くの種類の微生物を同時に同定し、プロファイリングすることができる。
いくつかの実施形態では、プロバイオティクス又は糞便微生物叢移植(及び、場合によっては、関連する代謝産物/タンパク質)が、CAR-T療法に対する応答を調節して、その有効性及び/又は安全性を高めるために利用され得る。このような場合、事前に腸内マイクロバイオームを解析することで、どのような個体にプロバイオティクス又は糞便移植が必要かを判断することができ、十分な情報に基づいた臨床的意思決定が可能となる。
(A.使用方法の例)
本開示の方法によって、養子細胞移植のような免疫療法を含む標的治療戦略の改善又は有効性(例えば、少なくとも1つの症状の改善)の決定が可能になる。養子細胞移植はどのような種類のものであってもよいが、特定の実施形態では、養子細胞移植は、1つ以上の操作された抗体を発現するように人の手によって操作された細胞に関する。抗原受容体は、1つ以上の特定の癌に関連する癌抗原などの有害な医学的状態に関連する抗原を特異的に標的化するように操作され得る。癌は再発性又は難治性であってもよいし、再発性又は難治性でなくてもよい。癌は、固形癌であっても血液悪性腫瘍であってもよい。癌は、任意のステージ、タイプ、発生組織でありうる。癌は転移性であっても、転移性でなくてもよい。癌は、1つ以上の種類の療法に対して耐性であっても、耐性でなくてもよい。
本開示の方法によって、養子細胞移植のような免疫療法を含む標的治療戦略の改善又は有効性(例えば、少なくとも1つの症状の改善)の決定が可能になる。養子細胞移植はどのような種類のものであってもよいが、特定の実施形態では、養子細胞移植は、1つ以上の操作された抗体を発現するように人の手によって操作された細胞に関する。抗原受容体は、1つ以上の特定の癌に関連する癌抗原などの有害な医学的状態に関連する抗原を特異的に標的化するように操作され得る。癌は再発性又は難治性であってもよいし、再発性又は難治性でなくてもよい。癌は、固形癌であっても血液悪性腫瘍であってもよい。癌は、任意のステージ、タイプ、発生組織でありうる。癌は転移性であっても、転移性でなくてもよい。癌は、1つ以上の種類の療法に対して耐性であっても、耐性でなくてもよい。
特定の実施形態では、個体から採取した試料を分析して、その個体に対する養子細胞移植などの免疫療法の有効性の可能性を判定する。養子細胞移植は、1つ以上の操作された抗原受容体を発現する細胞を含んでいてもよいが、具体的な実施形態では、操作された抗原受容体は、キメラ抗原受容体(CAR)及び/又は非ネイティブT細胞受容体である。特定の態様において、養子細胞療法は、細胞が1つ以上のCARを発現する養子細胞療法を含み、特定の態様において、細胞は、T細胞、NK細胞、NKT細胞、γδT細胞、マクロファージ、B細胞、又はこれらの混合物である。
本開示の方法には、養子細胞移植が有効である可能性を高めるために、養子細胞移植療法に対する応答を増強する方法が含まれる。いくつかの場合には、本方法は、養子細胞移植が有効であるか否かが不明である個体に対して採用され、他の場合には、本方法は、養子細胞移植が有効でない可能性があることが知られている個体に対して採用される。また、養子細胞移植がその個体にとって有効であるべきであると判定されているにもかかわらず、日常的な問題として、あるいはその個体の一般的な治療上の利益のために、本開示の方法が採用される場合もある。
本開示は、癌を有するか、又は癌を有する疑いがあり、養子細胞移植を含む免疫療法による介入が必要な個体の腸内マイクロバイオームに関連する方法及び組成物を包含する。
いくつかの実施形態では、個体に対する養子細胞移植による毒性の可能性は、個体への養子細胞移植の送達前も含め、腸内マイクロバイオームに基づいて決定される。このような場合、結果として、養子細胞移植が個体に与えられないか、個体に対する毒性を回避するために養子細胞移植が変更されるか、個体に対する免疫療法の毒性を軽減又は除去するために1つ以上の他の薬剤が個体に投与される(その薬剤が免疫療法と同時に投与されるか、免疫療法の前に投与されるか、免疫療法の後に投与されるかは問わない)。例えば、養子細胞移植の細胞において自殺遺伝子を活性化する薬剤の有効量を個体に投与することができる。1つ以上の薬剤は、1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植を含んでもよい。いくつかの実施形態では、既に個体に与えられた養子細胞移植による毒性の直接的又は間接的な原因は、養子細胞移植の送達後の腸内マイクロバイオームに基づいて決定される。
本開示は、養子細胞移植療法の有効性を高めるために個体の腸内マイクロバイオームを調節するための方法及び組成物を包含する。調節は、養子細胞移植療法を個体に送達する前に腸内マイクロバイオームを解析した結果であってもよいし、そうでなくてもよい。いくつかの場合、調節は、養子細胞移植療法を行う前の腸内マイクロバイオームの解析の結果であり、その解析の結果により、結果として生じる腸内マイクロバイオームの調節の性質を決定する。例えば、調節は、個体の腸内マイクロバイオームにおいて欠乏していると判定された1つ以上の微生物を含む組成物を有効量提供することを含む場合がある。いくつかの場合、調節は、個体の腸内マイクロバイオームにおいて過剰であると判定された1つ以上の微生物のレベルを低下させるであろう1つ以上の抗生物質の有効量を提供することを含み得る。いくつかの場合、腸内マイクロバイオームの欠乏と腸内マイクロバイオームの過剰の両方が、養子細胞移植療法の送達前に処理される。特定の実施形態において、このような処置は、養子細胞移植療法の有効性を向上させ、及び/又は養子細胞移植療法の毒性を低減させる。
特定の実施形態において、本開示は、以下のバイオマーカーのうちの1つ以上の分析に基づいて、養子細胞移植療法が個体に対して有効であるか又は有毒であるかを予測する方法に関する:(1)腸内マイクロバイオームの多様性;及び/又は(2)腸内マイクロバイオームにおける1つ以上の特定の微生物のレベルの分析。いくつかの実施形態において、本開示は、標準又は異なるマイクロバイオームを有する個体と比較した場合など、養子細胞移植療法が個体において有効又は有毒である可能性を判定する方法に関する。上記(1)及び/又は(2)の解析の結果、養子細胞移植療法を利用するのが最善かどうか、又はどのように利用するのが最善かを決定することができる。例えば、腸内マイクロバイオームの解析の結果、養子細胞移植療法がその個体に有効である(又は有効である可能性が高い)ことが示された場合、その個体は治療上有効な量の養子細胞移植療法を受けることができる。腸内マイクロバイオームの解析により、養子細胞移植療法がその個体に有効でない(あるいは有効でないリスクが高い)ことが予測された場合には、その個体は養子細胞移植療法を受けなくてもよいし、養子細胞移植療法のレジメン及び/又は組成自体を変更してもよいし、あるいは養子細胞移植療法の有効性を改善するために腸内マイクロバイオームを変化させる1つ以上の微生物の有効量を投与してもよい。腸内マイクロバイオームの解析から、養子細胞移植療法がその個体に有毒である(あるいは、異なる腸内マイクロバイオームを持つ個体と比較して有毒である可能性が高い)ことが予測される場合、その個体は養子細胞移植療法を受けないか、あるいは養子細胞移植療法のレジメン及び/又は組成自体が変更されるか、あるいは養子細胞移植療法の毒性を軽減するために腸内マイクロバイオームを変化させる1種以上の微生物の有効量が投与される。これらの予測された症例又はリスクのある症例のいずれにおいても、個体に対して治療が有効である可能性及び/又は無毒である可能性を高めるために、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植を受けることができる。
いくつかの実施形態では、個体の腸内マイクロバイオームの分析後、養子細胞移植療法を含む免疫療法などの特定の療法を投与される前も含めて、個体が腸内マイクロバイオームの改変を必要としていることが判定される。いくつかの態様において、改変は、1つ以上の微生物の存在及び/又は1つ以上の微生物のレベルが改変されるように腸内マイクロバイオームを改変する1つ以上の組成物の有効量を個体に投与することを含む。いくつかの実施形態において、個体には、腸内マイクロバイオームの分析に基づく場合を含め、個体が欠乏していると考えられる1つ以上の微生物を含むプロバイオティクスなどの組成物が提供される。この組成物は、個体の腸内マイクロバイオームに欠乏している1つ以上の微生物を含んでいてもよく、この投与(1回の投与、複数回の投与にかかわらず)に続いて、個体の腸内マイクロバイオームは、その個体が特定の養子細胞療法を含む特定の療法のレシピエントとなりうるような十分なレベルまで改変される。特定の態様では、個体は1つ以上の微生物が欠乏していると判定され、その個体には1つ以上の微生物を含む1つ以上の組成物の有効量が(1回以上の投与で)提供され、その上で、(腸内マイクロバイオームの改変の結果として)養子細胞療法が、その個体が組成物(単数又は複数)を受けなかった場合と比較してより有効であるような、特定の養子細胞療法の有効量が提供される。いくつかの場合、代替的又は追加的に、個体が組成物(単数又は複数)を投与されなかった場合と比較して、毒性が低減された1つ以上の微生物を含む1つ以上の組成物を(1回又は複数回の投与で)投与される。
本開示は、マイクロバイオームを分析することによって、CAR T細胞療法などの養子細胞移植療法が個体において治療的であるかどうかを判定又は予測することを包含し、分析によって個体が腸内マイクロバイオームの改変を必要としていると判定された場合、個体に、マイクロバイオームの欠乏に対処する有効量の組成物を提供することを包含する。一例として、個体には、(1)個体の腸内マイクロバイオームにおいて不十分なレベルで存在する1つ以上の微生物を含む、(2)腸内マイクロバイオームにおける1つ以上の微生物の過剰なレベルを低下させる1つ以上の薬剤(抗生物質など)を含む、又は(3)その両方を含む、有効量の組成物が提供され得る。(1)の組成物は、プロバイオティクスであってもそうでなくてもよく、糞便移植であってもそうでなくてもよい。
特定の実施形態において、本開示は、対照又は標準又は正常な個体(癌を有していない個体又は多様性の高い腸内マイクロバイオームを有すると判定された個体又は特定の微生物を有する個体など)と比較して、個体がその腸内マイクロバイオームにおいて欠乏している1つ以上の微生物を受け取るように、1つ以上の組成物をカスタマイズすることを包含する。カスタマイズは、個体の腸内マイクロバイオームの分析後に行われてもよく、又は組成物の含有量は、少なくともいくつかの場合において、一般集団で一貫している欠乏と比較して標準化されてもよい。特定の実施形態では、プロバイオティクスなどの組成物は、個体の腸内マイクロバイオームの分析の後で製剤化得るが、一方、他の場合には、プロバイオティクスは、腸内マイクロバイオームに差異があるかもしれないが、それらの間に共通の欠乏がある個体に投与される場合がある。欠乏とは、腸内の1つ以上の有益な微生物のレベルが不十分であること、腸内の1つ以上の非有益な微生物のレベルが過剰であること、腸内マイクロバイオームが一定レベルの多様性を欠いていること、又はそれらの組み合わせである。
(1.微生物全体の多様性)
特定の実施形態では、どの微生物が実際に存在し、及び/又は存在しないかに関係なく、個体の腸内マイクロバイオームがその微生物の全体的な多様性について分析される。特定の場合において、多様性の高い腸内マイクロバイオームを有する個体は、1つ以上の症状を改善する、又は完全奏効を示すなど、有効な養子細胞移植療法を受ける可能性が増大する。特定の場合、腸内マイクロバイオームの多様性が低い個体は、養子細胞移植療法が有効である可能性が低下する。特定の場合、多様性の高い腸内マイクロバイオームを有する個体は、養子細胞移植療法に直接的又は間接的に関連する毒性の可能性が低下する。特定の場合、腸内マイクロバイオームの多様性が低い個体は、養子細胞移植療法に直接的又は間接的に関連する毒性の可能性が増大する。少なくともいくつかのケースでは、腸内マイクロバイオームの多様性が高い個体は、特定の期間(例えば、養子細胞移植療法による初回治療後、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、又は12、13、14、15、16、17、又は18ヶ月以上)の後に無増悪生存期間(progression-free survival)が期待できる。
特定の実施形態では、どの微生物が実際に存在し、及び/又は存在しないかに関係なく、個体の腸内マイクロバイオームがその微生物の全体的な多様性について分析される。特定の場合において、多様性の高い腸内マイクロバイオームを有する個体は、1つ以上の症状を改善する、又は完全奏効を示すなど、有効な養子細胞移植療法を受ける可能性が増大する。特定の場合、腸内マイクロバイオームの多様性が低い個体は、養子細胞移植療法が有効である可能性が低下する。特定の場合、多様性の高い腸内マイクロバイオームを有する個体は、養子細胞移植療法に直接的又は間接的に関連する毒性の可能性が低下する。特定の場合、腸内マイクロバイオームの多様性が低い個体は、養子細胞移植療法に直接的又は間接的に関連する毒性の可能性が増大する。少なくともいくつかのケースでは、腸内マイクロバイオームの多様性が高い個体は、特定の期間(例えば、養子細胞移植療法による初回治療後、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、又は12、13、14、15、16、17、又は18ヶ月以上)の後に無増悪生存期間(progression-free survival)が期待できる。
腸内マイクロバイオームの全体的な多様性は、任意の適切な方法で測定することができる。特定の態様では、シャノン指数などの微生物アルファ多様性、観察されたアウトカムなどを含む、マイクロバイオームを定量化する複数の方法が存在する。多様性の測定は歴史的に、分析の基本単位として種に依存してきた。所与の群集内の多様性(アルファ多様性)は通常、種の総数(種の豊富さ)、種の相対的存在量(種の均等度)、又はこれら2つの次元を組み合わせた指標を用いて特徴づけられる。いくつかの実施形態では、多様性は逆シンプソン指数(ISI)の関数として測定され、微生物アルファ多様性が算出される。代替指標としては、観察されたOUTs-各試料中の異なる種/OTUの数、Chao1指数-存在量データからの推定多様性、シャノン多様性などがある。ISIのような定量的な種ベースの指標は、異なる群集におけるマイクロバイオームα多様性の要約や比較によく用いられる。個体における腸内マイクロバイオームの多様性は、ISI分析に基づいて作成された標準値と比較することができ、個体の腸内マイクロバイオームの値が最高三分位値(例えば、ISIのカットオフ値10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20)にある場合、その個体は、例えば、無増悪生存期間又は完全奏効によって測定されるような、有効な養子細胞移植療法を受けることになる。特定の実施形態では、個体の腸内マイクロバイオームの全体的な値が最下位三分位にある場合、その個体は、無奏効、不良奏効、部分奏効、病勢安定、病勢進行など、養子細胞移植療法による転帰が不良となるリスクがある。
特定の実施形態において、ISI解析に基づいて生成される標準は、部分的には、標準のために解析された配列決定リードの数及び/又は個体数の関数である。標準は、既知の個体、及びどの個体が完全奏効したか又は完全奏効しなかったかという知識に基づいて生成され得る。ISIの三分位は、腸内マイクロバイオームの多様性の関数として、特定の時間後にCRを有する個体数とCRを有さない個体数とに基づいて層別化することができる。特定の例では、高位の三分位は16以上であると考えられ、少なくとも無増悪生存期間と3ヶ月のCRが期待される個体であると特定される。具体的な例では、150万リードにおいて、ISI 16は高い多様性と反応を予測した。具体的な側面では、試料あたりの平均リード数は約49,000であり、このコホートにおけるISIの平均は13.8であるのに対し、ISIの中央値は13.4である。したがって、いくつかの実施形態では、平均49,000リードの応答予測では、ISIスコアが16の個体は、CAR T細胞療法から応答を得る可能性がより高くなるであろう。
個体が多様性の低い腸内マイクロバイオームを有すると判定された実施形態では、個体は養子細胞療法を受けてもよいし、受けなくてもよい。多様性の低い腸内マイクロバイオームを有するにもかかわらず個体が療法を受ける場合には、その個体が、糞便移植及び/又はプロバイオティクス組成物(単数又は複数)のような、腸内マイクロバイオームの多様性を改善する1つ以上の薬剤の有効量を受けたためである可能性がある。個体が高い多様性の腸内マイクロバイオームを有すると判断された場合、治療上有効な量の養子細胞療法を受けることができる。
(2.完全奏効なし)
本開示の特定の実施形態は、CAR T細胞療法などの免疫療法による治療を必要とする個体における腸内マイクロバイオームの分析に関する。具体的には、CAR T細胞療法を必要とする個体は、治療前に腸内マイクロバイオームを分析される。少なくとも特定の実施形態において、1つ以上の特定の微生物の存在、1つ以上の特定の微生物の非存在、又はそれらの組み合わせは、異なる腸内マイクロバイオームを有する個体(例えば、治療を必要とする個体と比較した場合に、1つ以上の特定の微生物の存在及び/又は1つ以上の特定の微生物の非存在に差異を有する個体など)と比較した場合に、その個体が有するであろう、又は有する可能性が高い、治療に対する応答のタイプを同定する。
本開示の特定の実施形態は、CAR T細胞療法などの免疫療法による治療を必要とする個体における腸内マイクロバイオームの分析に関する。具体的には、CAR T細胞療法を必要とする個体は、治療前に腸内マイクロバイオームを分析される。少なくとも特定の実施形態において、1つ以上の特定の微生物の存在、1つ以上の特定の微生物の非存在、又はそれらの組み合わせは、異なる腸内マイクロバイオームを有する個体(例えば、治療を必要とする個体と比較した場合に、1つ以上の特定の微生物の存在及び/又は1つ以上の特定の微生物の非存在に差異を有する個体など)と比較した場合に、その個体が有するであろう、又は有する可能性が高い、治療に対する応答のタイプを同定する。
図2で取り上げたように、治療に対して完全奏効を示した治療後3ヵ月の個体は、部分奏効(partial response;PR)、病勢安定(stable disease;SD)、又は病勢進行(progressive disease;PD)を示した個体とは異なる初期腸内マイクロバイオーム組成を有していた。特定の実施形態では、Bacillales目の微生物を有する個体、及び/又はPhascolarctobacterium succinatutens種を有する個体は、PR、SD、又はPDを有するか、又は有するリスクが増大した。個体がPR、SD、又はPDを有するリスクが増大している場合、PR、SD、又はPDを有するそのようなリスクは、そのような微生物を有していなかった個体と比較して増大する可能性がある。具体的な実施形態では、個体の腸内マイクロバイオームは、Bacillus属、Listeria属、及びStaphylococcus属の任意の種を含むBacillales目の任意の科から、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20又はそれ以上の微生物を有する。個体がBacillales目の1つ以上の細菌を有すると判定された場合、及び/又はPhascolarctobacterium succinatutensを有すると判定された場合、判定の結果、個体はCAR T細胞療法を受けてもよいし、受けなくてもよい。前述の微生物を1つ以上有するにもかかわらず、個体が依然としてCAR T細胞療法を受ける場合には、個体は、手術、化学療法、薬物療法、放射線療法、ホルモン療法、又はそれらの組み合わせなど、CAR T細胞療法以外の1つ以上の追加の癌療法を受けることができる。前述の微生物を1つ以上有するにもかかわらず、個体が依然としてCAR T細胞療法を受ける場合、CAR T細胞療法は、個体がPR、SD、又はPDを有するリスクを克服できるように、異なる用量(より多いなど)で投与され、及び/又は改変される場合がある。例えば、CARの標的抗原が変更されてもよい;CARにおいて、追加の、又は異なる共刺激ドメインが利用されてもよい;細胞において追加の標的抗原を標的とする追加のCARが利用されてもよい;CAR T細胞療法において1つ以上のサイトカイン(IL-15など)が利用されてもよい、などである。特定の実施形態では、CAR-T療法の追加のヒンジドメイン及び膜貫通ドメインが利用されてもよい。CAR-T分泌抗体又は任意のタンパク質を利用することもできる。個体には、Bacillales目及び/又はPhascolarctobacterium succinatutens種の1つ以上の微生物を標的とするなど、個体の腸内マイクロバイオームにおける欠乏を克服する1つ以上の微生物を標的とする抗生物質を含む、1つ以上の抗生物質を投与してもよい。
Bacillales目の代表的な科は、Alicyclobacillaceae; Bacillaceae; Listeriaceae; Paenibacillaceae; Pasteuriaceae; Planococcaceae; Sporolactobacillaceae; Staphylococcaceae; 及びThermoactinomycetaceae;が、 Bacillales目の代表的な属は 、Bacillus、Listeria及びStaphylococcusが挙げられる。
(3.完全奏効)
図2で取り上げたように、治療に完全奏効した治療後3ヵ月の個体は、特定の腸内マイクロバイオーム組成を有していた。シーケンシング結果と照合してOUTを生成するためにどのようなデータベースを用いたかの方法に関しては、以下のものが利用された:アンプリコンプールをQIAquickゲル抽出キット(Qiagen)で精製し、2×250 bpペアエンドプロトコルを用いてIllumina Miseqシーケンサープラットフォームでシーケンスした。配列決定後、ペアエンドリードはQIIMEで逆多重化(de-multiplexed)され、VSEARCHを用いてマージされてキメラによる重複解除(dereplicated)を行った。UNOISE 3コマンドアルゴリズムを用いてリードのノイズ除去を行った(R. C. Edgar. bioRxiv, 081257, 2016)。Operational taxonomic units(OUTs)は、Silvaデータベースバージョン138でMothur法を用いて分類した。差分分類群に基づく単変量解析では、種、属、科、鋼、目レベルの豊富なマイクロバイオーム分類群を、ロジット変換後にMann-Whitney U検定を用いて解析した。解析の詳細な計算パイプラインは以前に記載されている(Yinghong Wang et al. Nat Med. 2018)。探索的分析では、p値は多重比較のために調整されていない。
図2で取り上げたように、治療に完全奏効した治療後3ヵ月の個体は、特定の腸内マイクロバイオーム組成を有していた。シーケンシング結果と照合してOUTを生成するためにどのようなデータベースを用いたかの方法に関しては、以下のものが利用された:アンプリコンプールをQIAquickゲル抽出キット(Qiagen)で精製し、2×250 bpペアエンドプロトコルを用いてIllumina Miseqシーケンサープラットフォームでシーケンスした。配列決定後、ペアエンドリードはQIIMEで逆多重化(de-multiplexed)され、VSEARCHを用いてマージされてキメラによる重複解除(dereplicated)を行った。UNOISE 3コマンドアルゴリズムを用いてリードのノイズ除去を行った(R. C. Edgar. bioRxiv, 081257, 2016)。Operational taxonomic units(OUTs)は、Silvaデータベースバージョン138でMothur法を用いて分類した。差分分類群に基づく単変量解析では、種、属、科、鋼、目レベルの豊富なマイクロバイオーム分類群を、ロジット変換後にMann-Whitney U検定を用いて解析した。解析の詳細な計算パイプラインは以前に記載されている(Yinghong Wang et al. Nat Med. 2018)。探索的分析では、p値は多重比較のために調整されていない。
SILVAリリース138では、ゲノム分類学データベース(GTDB)が採用された(Parks 2018)。努力の結果、特定のケースでは、以下のグループが重要な適応を受けやすかった:Archaea、Enterobacterales、Deltaproteobacteria、Firmicutes、Clostridia。Betaproteobacteriales(以前はベータプロテオバクテリアと呼ばれていた)は、現在ではガンマプロテオバクテリアの1つの目であるBurkholderialesとなっている。イプシロンプロテオバクテリアは、新しい門であるCampilobacterotaの中に消えた。Tenericutesは消滅し、すべてBacilliの一部となり、Firmicutesに含まれる。さらに、SILVAデータセット中のすべての配列はEMBL-EBI/ENA分類学上の割り当てを持つ。利用可能な場合は、比較のためにRDPとGTDB分類法が追加されている。リリース<138ではgreengenes分類法も追加された。本発明者らは細菌の分類にSILVAを使用した。
具体的な態様において、以下のリストから1つ以上の微生物を有していた個体は、以下のリストから1つ以上の微生物を有していなかった個体と比較した場合の可能性の増大を含め、完全奏効を有する可能性が増加した:
Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1属; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae属 UCG 002; Anaerococcus属; Barnesiella属; Clostridium celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科 (Odoribacter splanchnicusなど); Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; Flavonifractor plautii種。特定の実施形態において、個体の腸内マイクロバイオームは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、又はそれ以上の前述の微生物を有する。
特定の実施形態において、個体が前述の微生物の1つ以上(場合によっては、微生物の大部分又は全て)を有すると判定された場合、その個体は、対応する微生物を有さない個体と比較して、完全奏効するか、又は完全奏効する可能性が増大する。具体的な実施形態において、個体が、少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、又は95%を超えるような特定の数の前述の微生物を有すると判定される場合、個体は、同じ又は類似の数の対応する微生物を有さない個体と比較して、完全奏効するか、又は完全奏効する可能性が増加する。
特定の実施形態では、個体が、完全奏効リストにおいて前述の微生物の1つ以上(場合によっては、微生物の大部分もしくは全て、又は前述のような割合)を有すると判定された場合、その個体に、治療上有効な量のCAR T細胞療法を投与することができる。個体には、追加の癌療法が行われる場合もあれば、行われない場合もある。個体が腸内組成に基づいて有効なCAR T細胞療法を受ける可能性があるにもかかわらず、個体には、個体の腸内マイクロバイオームを増強する1つ以上の微生物を含む1つ以上のプロバイオティクス組成物が投与される場合がある。
以下では、上記の完全奏効リストで言及された科及び属から、特定の種を示す。
Bacillus属において、代表的な種は、B. acidiceler; B. acidicola; B. acidiproducens; B. acidocaldarius; B. acidoterrestris; B. aeolius; B. aerius; B. aerophilus; B. agaradhaerens; B. agri; B. aidingensis; B. akibai; B. alcalophilus; B. algicola; B. alginolyticus; B. alkalidiazotrophicus; B. alkalinitrilicus; B. alkalisediminis; B. alkalitelluris; B. altitudinis; B. alveayuensis; B. alvei; B. amyloliquefaciens; B. aminovorans; B. amylolyticus; B. andreesenii;;B. aneurinilyticus; B. anthracis; B. aquimaris; B. arenosi; B. arseniciselenatis; B. arsenicus; B. aurantiacus; B. arvi; B. aryabhattai; B. asahii; B. atrophaeus; B. axarquiensis; B. azotofixans; B. azotoformans; B. badius; B. barbaricus; B. bataviensis; B. beijingensis; B. benzoevorans; B. beringensis; B. berkeleyi; B. beveridgei; B. bogoriensis; B. boroniphilus; B. borstelensis; B. brevis Migula; B. butanolivorans; B. canaveralius; B. carboniphilus; B. cecembensis; B. cellulosilyticus; B. centrosporus; B. cereus; B. chagannorensis; B. chitinolyticus; B. chondroitinus; B. choshinensis; B. chungangensis; B. cibi; B. circulans; B. clarkia; B. clausii;B; coagulans;;B. coahuilensis; B. cohnii; B. composti; B. curdlanolyticus; B. cycloheptanicus; B. cytotoxicus; B. daliensis; B. decisifrondis; B. decolorationis; B. deserti; B. dipsosauri; B. drentensis; B. edaphicus; B. ehimensis; B. eiseniae; B. enclensis; B. endophyticus; B. endoradicis; B. farraginis; B. fastidiosus; B. fengqiuensis; B. firmus; B. flexus; B. foraminis; B. fordii; B. formosus; B. fortis; B. fumarioli; B. funiculus; B. fusiformis; B. galactophilus; B. galactosidilyticus; B. galliciensis; B. gelatini; B. gibsonii; B. ginseng; B. ginsengihumi; B. ginsengisoli; B. glucanolyticus; B. gordonae; B. gottheilii; B. graminis; B. halmapalus; B. haloalkaliphilus; B. halochares; B. halodenitrificans; B. halodurans; B. halophilus; B. halosaccharovorans; B. hemicellulosilyticus; B. hemicentroti; B. herbersteinensis; B. horikoshii; B. horneckiae; B. horti; B. huizhouensis; B. humi; B. hwajinpoensis; B. idriensis; B. indicus; B. infantis; B. infernus; B. insolitus; B. invictae; B. iranensis; B. isabeliae; B. isronensis; B. jeotgali; B. kaustophilus; B. kobensis; B. kochii; B. kokeshiiformis; B. koreensis; B. korlensis; B. kribbensis; B. krulwichiae; B. laevolacticus; B. larvae; B. laterosporus; B. lautus; B. lehensis; B. lentimorbus; B. lentus; B. licheniformis; B. ligniniphilus; B. litoralis; B. locisalis; B. luciferensis; B. luteolus; B. luteus; B. macauensis; B. macerans; B. macquariensis; B. macyae; B. malacitensis; B. mannanilyticus; B. marisflavi; B. marismortui; B. marmarensis; B. massiliensis; B. megaterium; B. mesonae; B. methanolicus; B. methylotrophicus; B. migulanus; B. mojavensis; B. mucilaginosus; B. muralis; B. murimartini; B. mycoides; B. naganoensis; B. nanhaiensis; B. nanhaiisediminis; B. nealsonii; B. neidei; B. neizhouensis; B. niabensis; B. niacini; B. novalis; B. oceanisediminis; B. odysseyi; B. okhensis; B. okuhidensis; B. oleronius; B. oryzaecorticis; B. oshimensis; B. pabuli; B. pakistanensis; B. pallidus; B. pallidus; B. panacisoli; B. panaciterrae; B. pantothenticus; B. parabrevis; B. paraflexus; B. pasteurii; B. patagoniensis; B. peoriae; B. persepolensis; B. persicus; B. pervagus; B. plakortidis; B. pocheonensis; B. polygoni; B. polymyxa; B. popilliae; B. pseudalcalophilus; B. pseudofirmus; B. pseudomycoides; B. psychrodurans; B. psychrophilus; B. psychrosaccharolyticus; B. psychrotolerans; B. pulvifaciens; B. pumilus; B. purgationiresistens; B. pycnus; B. qingdaonensis; B. qingshengii; B. reuszeri; B. rhizosphaerae; B. rigui; B. ruris; B. safensis; B. salaries; B. salexigens; B. saliphilus; B. schlegelii; B. sediminis; B. selenatarsenatis; B. selenitireducens; B. seohaeanensis; B. shacheensis; B. shackletonii; B. siamensis; B. silvestris; B. simplex; B. spiralis; B. smithii; B. soli; B. solimangrovi; B. solisalsi; B. songklensis; B. sonorensis; B. sphaericus; B. sporothermodurans; B. stearothermophilus; B. stratosphericus; B. subterraneus; B. subtilis; B. taeanensis; B. tequilensis; B. thermantarcticus; B. thermoaerophilus; B. thermoamylovorans; B. thermocatenulatus; B. thermocloacae; B. thermocopriae; B. thermodenitrificans; B. thermoglucosidasius; B. thermolactis; B. thermoleovorans; B. thermophiles; B. thermoruber; B. thermosphaericus; B. thiaminolyticus; B. thioparans; B. thuringiensis; B. tianshenii; B. trypoxylicola; B. tusciae; B. validus; B. vallismortis; B. vedderi; B. velezensis; B. vietnamensis; B. vireti; B. vulcani; B. wakoensis; B. xiamenensis; B. xiaoxiensis; B. zanthoxyli; 及びB. zhanjiangensisが挙げられる。
Listeria属において、代表的な種は、Listeria monocytogenes、Listeria seeligeri。Listeria ivanovii、Listeria welshimeri、Listeria marthii、Listeria innocua、Listeria grayi、Listeria fleischmannii、Listeria floridensis、Listeria aquatica、Listeria newyorkensis、Listeria cornellensis、Listeria rocourtiae、Listeria weihenstephanensis、Listeria grandensis、Listeria riparia、及びListeria booriaeが挙げられる。
Staphylococcus属において、代表的な種は、S. argenteus; S. arlettae; S. agnetis; S. aureus; S. auricularis; S. caeli; S. capitis; S. caprae; S. carnosus; S. caseolyticus; S. chromogenes; S. cohnii; S. cornubiensis; S. condiment; S. debuckii; S. delphini;S. devriesei; S. edaphicus; S. epidermidis; S. equorum; S. felis; S. fleurettii; S. gallinarum; S. haemolyticus; S. hominis; S. hyicus; S. intermedius; S. jettensis; S. kloosii; S. leei; S. lentus; S. lugdunensis; S. lutrae; S. lyticans; S. massiliensis; S. microti; S. muscae; S. nepalensis;S. pasteuri; S. petrasii; S. pettenkoferi; S. piscifermentans; S. pseudintermedius; S. pseudolugdunensis; S. pulvereri; S. rostri; S. saccharolyticus; S. saprophyticus; S. schleiferi; S. schweitzeri; S. sciuri; S. simiae; S. simulans; S. stepanovicii; S. succinus; S. vitulinus; S. warneri;及びS. xylosusが挙げられる。
With respect to the Genus Varibaculum属において、代表的な種は、V. anthropic; V. cambriense; V. massiliense; 及びV. timonenseが挙げられる。
Murdochiella属において、代表的な種は、Murdochella alacer; Murdochella Antarctica; Murdochella crispate; Murdochella levifoliata; Murdochella lobate; Murdochella macrina; Murdochella superlata (Papuliscala superlataと同義); 及びMurdochella tertiaが挙げられる。
Ruminiclostridium属において、代表的な種は、Ruminiclostridium cellobioparum; Ruminiclostridium cellulolyticum; Ruminiclostridium hungatei; Ruminiclostridium josui; Ruminiclostridium papyrosolvens; Ruminiclostridium sufflavum; 及びRuminiclostridium sp. MA18が挙げられる。
Prevotella属において、代表的な種は、Prevotella albensis; Prevotella amnii; Prevotella bergensis; Prevotella bivia; Prevotella brevis; Prevotella bryantii; Prevotella buccae; Prevotella buccalis; Prevotella copri; Prevotella dentalis; Prevotella denticola; Prevotella disiens; Prevotella histicola; Prevotella intermedia; Prevotella maculosa; Prevotella marshii; Prevotella melaninogenica; Prevotella micans; Prevotella multiformis; Prevotella nigrescens; Prevotella oralis; Prevotella oris; Prevotella oulorum; 及び Prevotella pallensが挙げられる。
Ezakiella属において、代表的な種は、Ezakiella coagulans; Ezakiella massiliensis; Ezakiella peruensis; 及びEzakiella massiliensisが挙げられる。
With respect to the Genus Eisenbergiella属において、代表的な種は、E. massiliensis; 及び E. tayiが挙げられる。
Anaerococcus属において、代表的な種は、Anaerococcus hydrogenalis; Anaerococcus lactolyticus; Anaerococcus octavius; Anaerococcus prevotii; Anaerococcus tetradius; Anaerococcus vaginalis; Anaerococcus murdochii; Anaerococcus degenerii; Anaerococcus provencensis; Anaerococcus senegalensis; Anaerococcus rubiinfantis; Anaerococcus marasmi; Anaerococcus urinomassiliensis; 及びAnaerococcus nagyaeが挙げられる。
Barnesiella属において、代表的な種は、B. intestinihominis and B. viscericolaが挙げられる。
Bacteroidaceae科において、代表的な属は、Acetofilamentum; Acetomicrobium; Acetothermus; Anaerorhabdus; Bacteroides; Capsularisが挙げられる。
Barnesiellaceae科において、代表的な属は、Barnesiella及びCoprobacterが挙げられる。
Bacteroides属において、代表的な種は、B. acidifaciens; B. barnesiaes; B. caccae; B. caecicola; B. caecigallinarum; B. cellulosilyticus; B. cellulosolvens; B. clarus; B. coagulans; B. coprocola; B. coprophilus; B. coprosuis; B. distasonis (Parabacteroides distasonisと考えられ得る); B. dorei; B. eggerthii; B. gracilis; B. faecichinchillae; B. faecis; B. finegoldii; B. fluxus; B. fragilis; B. galacturonicus; B. gallinaceum; B. gallinarum; B. goldsteinii; B. graminisolvens; B. helcogene; B. intestinalis; B. luti; B. massiliensis; B. melaninogenicus; B. nordii; B. oleiciplenus; B. oris; B. ovatus; B. paurosaccharolyticus; B. plebeius; B. polypragmatus; B. propionicifaciens; B. putredinis; B. pyogenes; B. reticulotermitis; B. rodentium; B. salanitronis; B. salyersiae; B. sartorii; B. sediment; B. stercoris; B. suis; B. tectus; B. thetaiotaomicronl B. uniformis; B. vulgatus; B. xylanisolvens; 及びB. xylanolyticusが挙げられる。
Fournierella属において、代表的な種は、Fournierella massiliensisが挙げられる。
Porphyromonadaceae科において、代表的な属は、Barnesiella; Candidatus Vestibaculum; Coprobacter; Dysgonomonas; Falsiporphyromonas; Fermentimonas; Gabonia; Gabonibacter; Lascolabacillus; Macellibacteroides; Microbacter; Muribaculum; Parabacteroides; Porphyromonas; Proteiniphilum; Sanguibacteroides; 及びTannerellaが挙げられる。
Peptoniphilus属において、代表的な種は、P. asaccharolyticus; P. catoniae; P. coxii; P. duerdenii; P. gorbachii; P. harei; P. ivorii; P. koenoeneniae; P. lacrimalis; P. lacydonensis; P. methioninivorax; P. olsenii; P. senegalensis; P. stercorisuis; P. timonensis; P. tyrrelliae; 及びP. urinimassiliensisが挙げられる。
Porphyromonas属において、代表的な種は、P. asaccharolytica; P. bennonis; P. cangingivalis; P. canoris; P. catoniae; P. circumdentaria; P. crevioricanis; P. endodontalis; P. gingivalis; P. gingivicanis; P. gulae; P. levii; P. macacae; P. pasteri; P. pogonae; P. somerae; 及びP. uenonisが挙げられる。
Genus GCA-900066575属において、代表的な種は、sp002160765; sp002160825; sp900066385; 及びsp900553635が挙げられる。
Lachnoclostridium属において、代表的な種は、Lachnoclostridium pacaense; Lachnoclostridium touaregense; Lachnoclostridium bouchesdurhonense; Lachnoclostridium phytofermentans; Lachnoclostridium sp. YL32; 及びLachnoclostridium massiliosenegalenseが挙げられる。
Intestinimonas属において、代表的な種は、Intestinimonas butyriciproducens及びIntestinimonas massiliensisが挙げられる。
Flavonifractor属において、代表的な種は、Flavonifractor plautiiである。
(4.サイトカイン放出症候群のリスク)
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームの組成は、1つ以上の操作された抗原受容体を発現する細胞(CAR T細胞療法を含む)などの免疫療法が個体に毒性を示すか否かのバイオマーカーとして作用する。特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームの組成は、CAR T細胞療法の結果として、個体がサイトカイン放出症候群(CRS)を発症するリスクに関するバイオマーカーとして機能する。個体の腸内マイクロバイオームは、CRSのグレードを判定することを可能にする可能性があり、そのような情報は、個体がCAR T細胞療法を受けるか否か、又は治療レジメンの調整が正当化されるか否かに影響を及ぼす可能性がある。
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームの組成は、1つ以上の操作された抗原受容体を発現する細胞(CAR T細胞療法を含む)などの免疫療法が個体に毒性を示すか否かのバイオマーカーとして作用する。特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームの組成は、CAR T細胞療法の結果として、個体がサイトカイン放出症候群(CRS)を発症するリスクに関するバイオマーカーとして機能する。個体の腸内マイクロバイオームは、CRSのグレードを判定することを可能にする可能性があり、そのような情報は、個体がCAR T細胞療法を受けるか否か、又は治療レジメンの調整が正当化されるか否かに影響を及ぼす可能性がある。
特定の実施形態では、個体の腸内マイクロバイオーム解析は、個体が0、1、2、3、又は4のCRSグレードを有すると判定される。
特定の実施形態において、個体が以下の微生物の1つ以上を有する場合、個体は2、3、又は4のCRSグレードを有する:Lactobacillus rhamnosus種; Parabacteroides goldsteinii種; Olsenella uli種; Fusobacterium varium種; Porphyrobacter属; Dialister succinatiphilus種; Faecalitalea cylindroides種; Porphyrobacter sanguineus種; Ruminiclostridium 9 unclass種; Sphingomonadaceae科; Sphingomonadales目; 及びOlsenella属。
特定の実施形態では、個体が特定の数の前述の微生物、例えば少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95%、又は95%を超えるの微生物を保有している場合、CRSグレードが2、3、又は4であるか、又は、該当する微生物を保有していない個体と比較して、CRSグレードが2、3、又は4である可能性が高くなる。
このような場合、解析の結果、個体には治療上有効な量のCAR T細胞療法が提供されてもよいし、されなくてもよい。特定の態様では、治療レジメンは、CAR T細胞及び/又はその投与量(低下など)の変更など、個体のCRSのリスクをさらに低下させるように変更することができる。例えば、CARの標的抗原を変更する、CARにおいて1つ以上の追加的又は異なる共刺激ドメインを利用する、細胞において追加の標的抗原を標的とする追加のCARを利用する、CAR T細胞療法において1つ以上のサイトカインを回避する、などを行ってもよい。個体は、追加の癌療法を受けてもよいし、受けなくてもよい。個体には、個体の腸内マイクロバイオームの欠乏を克服する1つ以上の微生物を含む、1つ以上のプロバイオティクス組成物及び/又は1つ以上の糞便移植が投与されてもよい。
他の実施形態では、個体の腸内マイクロバイオーム解析は、その個体が0もしくは1のCRSグレードを将来的に有するか、又は、対応する微生物を有しない個体と比較して、0もしくは1のCRSグレードを有する可能性が高いと判定する。特定の実施形態では、個体が以下の微生物の1つ以上を有する場合、個体は0又は1のCRSグレードを有する(又は、これらの微生物を欠く個体と比較して有するリスクがある):Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; Clostridium celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; Veillonella parvula種。
特定の実施形態では、個体が、少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95%、又は95%を超える数の前述の微生物を有すると判定された場合、その個体は、0又は1のCRS評点を有するか、又は、対応する微生物を有しない個体と比較して0又は1のCRS評点を有する可能性が増加する。
このような場合、解析の結果、個体には治療上有効な量のCAR T細胞療法が提供される。しかし、特定の態様では、治療レジメンは、CAR T細胞の変更及び/又はその投与量の変更(減量など)など、個体のCRSのリスクをさらに低下させるように変更することができる。例えば、CARの標的抗原を変更する;CARにおいて1つ以上の追加的又は異なる共刺激ドメインを利用する;細胞において追加の標的抗原を標的とする追加のCARを利用する;CAR T細胞療法において1つ以上のサイトカインを回避する、などを行ってもよい。個体は、追加の癌療法を受けてもよいし、受けなくてもよい。個体には、個体の腸内マイクロバイオームの欠乏を克服する1つ以上の微生物を含む、1つ以上のプロバイオティクス組成物及び/又は1つ以上の糞便移植物が投与されてもよい。
以下では、上記のサイトカイン放出症候群リスクのリストで言及された目、科、属から特定の種を示す。
Porphyrobacter属において、代表的な種は、P. colymbi; P. cryptus; P. dokdonensis; P. donghaensis; P. neustonensis; P. sanguineus; 及びP. tepidariusが挙げられる。
Sphingomonadaceae科において、代表的な属は、Blastomonas; Citrimicrobium; Citromicrobium; Hankyongella; Hephaestia; Lutibacterium; Novosphingobium; Pacificimonas; Parablastomonas; Parasphingopyxis; Polymorphobacter; Rhizorhabdus; Rhizorhapis; Sandaracinobacter; Sandarakinorhabdus; Sphingoaurantiacus; Sphingobium; Sphingomicrobium; Sphingomonas; Sphingopyxis; Sphingorhabdus; Sphingosinicella; Stakelama; 及びZymomonasが挙げられる。
Sphingomonadales目において、代表的な属は、Altererythrobacter; Blastomonas (代表的な種はBlastomonas aquatic); Citrimicrobium; Citromicrobium; croceicoccus; Erythrobacter; Porphyrobacter; Sphingobium; Sphingomonadaceae; Sphingomonadales; Sphingomonas; Sphingopyxis; 及びZymomonas(代表的な種としてZymomonas mobilis)が挙げられる。
Altererythrobacter属において、代表的な種は、Altererythrobacter aerius; Altererythrobacter aestiaquae; Altererythrobacter aestuarii; Altererythrobacter aquaemixtae; Altererythrobacter aquiaggeris; Altererythrobacter atlanticus; Altererythrobacter aurantiacus; Altererythrobacter buctensis; Altererythrobacter confluentis; Altererythrobacter deserti; Altererythrobacter dongtanensis; Altererythrobacter endophyticus; Altererythrobacter epoxidivorans; Altererythrobacter flavus; Altererythrobacter fulvus; Altererythrobacter gangjinensis; Altererythrobacter indicus; Altererythrobacter ishigakiensis; Altererythrobacter lauratis; Altererythrobacter luteolus; Altererythrobacter mangrove; Altererythrobacter marensis; Altererythrobacter marinus; Altererythrobacter namhicola; Altererythrobacter oceanensis; Altererythrobacter rigui; Altererythrobacter salegens; Altererythrobacter sediminis; Altererythrobacter soli; Altererythrobacter troitsensis; Altererythrobacter xiamenensis; Altererythrobacter xinjiangensis; 及びAltererythrobacter xixiisoliが挙げられる。
Erythrobacter属において、代表的な種は、Erythrobacter aquimaris; Erythrobacter aquimixticola; Erythrobacter arachoides; Erythrobacter atlanticus; Erythrobacter citreus; Erythrobacter flavus; Erythrobacter gaetbuli; Erythrobacter gangjinensis; Erythrobacter jejuensis; Erythrobacter litoralis; Erythrobacter longus; Erythrobacter luteus; Erythrobacter lutimaris; Erythrobacter marinus; Erythrobacter nanhaisediminis; Erythrobacter odishensis; Erythrobacter pelagi; Erythrobacter seohaensis; Erythrobacter vulgaris; Erythrobacter xanthus; Erythrobacteraceae; Erythromicrobium; Erythromicrobium ramosum; 及びErythrobacter aquimarisが挙げられる。
Novosphingobium属において、代表的な種は、Novosphingobium acidiphilum; Novosphingobium aquaticum; Novosphingobium aquiterrae; Novosphingobium arabidopsis; Novosphingobium barchaimii; Novosphingobium chloroacetimidivorans; Novosphingobium endophyticum; Novosphingobium fluoreni; Novosphingobium fuchskuhlense; Novosphingobium gossypii; Novosphingobium hassiacum; Novosphingobium indicum; Novosphingobium kunmingense; Novosphingobium lentum; Novosphingobium lindaniclasticum; Novosphingobium malaysiense; Novosphingobium marinum; Novosphingobium mathurense; Novosphingobium naphthalenivorans; Novosphingobium nitrogenifigens; Novosphingobium oryzae; Novosphingobium panipatense; Novosphingobium rhizosphaerae; Novosphingobium sediminicola; Novosphingobium soli; Novosphingobium taihuense; 及びNovosphingobium tardaugensが挙げられる。
Porphyrobacter属において、代表的な種は、Porphyrobacter colymbi; Porphyrobacter cryptus; Porphyrobacter dokdonensis; Porphyrobacter donghaensis; Porphyrobacter neustonensis; 及びPorphyrobacter tepidariusが挙げられる。
Sphingobium属において、代表的な種は、Sphingobium chlorophenolicum; Sphingobium francense; Sphingobium indicum; 及びSphingobium japonicumが挙げられる。
Sphingopyxis属において、代表的な種は、Sphingopyxis alaskensis; Sphingopyxis baekryungensis; Sphingopyxis bauzanensis; Sphingopyxis chilensis; Sphingopyxis flava; Sphingopyxis flavimaris; Sphingopyxis fribergensis; Sphingopyxis ginsengisoli; Sphingopyxis granuli; Sphingopyxis indica; Sphingopyxis italic; Sphingopyxis nepalensis; Sphingopyxis panaciterrae; Sphingopyxis panaciterrulae; Sphingopyxis soli; Sphingopyxis solisilvae; Sphingopyxis taejonensis; Sphingopyxis ummariensis; Sphingopyxis witflariensis; 及びSphingosinicella humiが挙げられる。
Olsenella属において、代表的な種は、O. profuse; O. scatoligenes; O. uli; 及びO. umbonataが挙げられる。
Eubacteriaceae科において、代表的な属は、Acetobacterium; Alkalibacter; Alkalibaculum; Aminicella; Anaerofustis; Eubacterium; Garciella; Intestinibacillus; Irregularibacter; Pseudoramibacter; 及びRhabdanaerobiumが挙げられる。
Acetobacterium属において、代表的な種は、Acetobacterium bakii; Acetobacterium carbinolicum; Acetobacterium fimetarium; Acetobacterium malicum; Acetobacterium paludpsum; Acetobacterium tundra; Acetobacterium wieringae; 及びAcetobacterium woodiiが挙げられる。
Alkalibacter属において、代表的な種は、A. saccharofermentansである。
Alkalibaculum属において、代表的な種は、A. bacchiである。
Aminicella属において、代表的な種は、Aminicella lysinilyticaである。
Anaerofustis属において、代表的な種は、A. stercorihominisである。
Eubacterium属において、代表的な種は、Eubacterium aggregans; Eubacterium angustum; Eubacterium barkeri; Eubacterium brachy; Eubacterium budayi; Eubacterium callanderi; Eubacterium cellulosolvens; Eubacterium combesii; Eubacterium coprostanoligenes; Eubacterium dolichum; Eubacterium eligens; Eubacterium hallii; Eubacterium infirmum; Eubacterium limosum; Eubacterium minutum; Eubacterium multiforme; Eubacterium nitritogenes; Eubacterium nodatum; Eubacterium oxidoreducens; Eubacterium plexicaudatum; Eubacterium pyruvativorans; Eubacterium ramulus; Eubacterium rectale; Eubacterium ruminantium; Eubacterium saphenum; Eubacterium siraeum; Eubacterium sulci; Eubacterium tarantellae; Eubacterium tenue; Eubacterium tortuosum; Eubacterium uniforme; Eubacterium ventriosum; Eubacterium xylanophilum; 及びEubacterium yuriiが挙げられる。
Garciella属において、代表的な種は、G. nitratireducensである。
Intestinibacillus属において、代表的な種は、Intestinibacillus massiliensisである。
Irregularibacter属において、代表的な種は、Irregularibacter murisである。
Pseudoramibacter属において、代表的な種は、P. alactolyticusである。
Rhabdanaerobium属に関しては、代表的な種としてRhabdanaerobium thermarumが挙げられる。
Ruminococcus属において、代表的な種は、Ruminococcus albus; Ruminococcus bromii; Ruminococcus callidus; Ruminococcus flavefaciens; Ruminococcus gauvreauii; Ruminococcus gnavus; Ruminococcus lactaris; Ruminococcus obeum; 及びRuminococcus torquesが挙げられる。
Turicibacter属において、代表的な種は、Turicibacter sanguinisである。
Veillonella属において、代表的な種は、V. tobetsuensis; V. magna; V. criceti; V. ratti; V. montpellierensis; V. caviae; V. dispar; V. parvula; V. rogosae; V. atypica; V. denticariosi; 及びV. rodentiumが挙げられる。
Atopobium属において、代表的な種は、A. deltae; A. fossor; A. minutum; A. parvulum; A. rimae; 及びA. vaginaeが挙げられる。
Lactonifactor属において、代表的な種は、Lactonifactor longoviformisである。
Peptostreptococcaceae科において、代表的な属は、Acetoanaerobium; Asaccharospora; Clostridioides; Criibacterium; Filifactor; Intestinibacter; Paeniclostridium; Paraclostridium; Peptoanaerobacter; Peptoclostridium; Peptostreptococcus; Proteocatella; Romboutsia; Sporacetigenium; Tepidibacter; 及びTerrisporobacterが挙げられる。
Acetoanaerobium属において、代表的な種は、A. noteraeである。
Asaccharospora属において、代表的な種は、Asaccharospora irregularisである。
Clostridioides属において、代表的な種は、Clostridioides difficile及びClostridioides mangenotiiが挙げられる。
Criibacterium属において、代表的な種は、Criibacterium bergeroniiである。
Filifactor属において、代表的な種は、Filifactor villosus及びFilifactor alocisが挙げられる。
Intestinibacter属において、代表的な種は、Intestinibacter bartlettiiである。
Paeniclostridium属において、代表的な種は、Paeniclostridium sordellii及びPaeniclostridium ghoniiが挙げられる。
Paraclostridium属において、代表的な種は、Paraclostridium bifermentans及びParaclostridium benzoelyticumが挙げられる。
Peptoanaerobacter属において、代表的な種は、Peptoanaerobacter stomatisである。
Peptoclostridium属において、代表的な種は、Peptoclostridium difficileである。
Peptostreptococcus属において、代表的な種は、Peptostreptococcus anaerobius; Peptostreptococcus asaccharolyticus; Peptostreptococcus canis; Peptostreptococcus harei; Peptostreptococcus hydrogenalis; Peptostreptococcus indoliticus; Peptostreptococcus ivorii; Peptostreptococcus lacrimalis; Peptostreptococcus lactolyticus; Peptostreptococcus magnus; Peptostreptococcus micros; Peptostreptococcus octavius; Peptostreptococcus prevotii; Peptostreptococcus tetradius; Peptostreptococcus russellii; Peptostreptococcus stomatis; 及びPeptostreptococcus vaginalisが挙げられる。
Proteocatella属において、代表的な種は、Proteocatella sphenisciである。
Romboutsia属において、代表的な種は、Romboutsia timonensis; Romboutsia hominis; Romboutsia lituseburensis; 及びRomboutsia ilealisが挙げられる。
Sporacetigenium属において、代表的な種は、S. poracetigenium及びSporacetigenium mesophilumが挙げられる。
Tepidibacter属において、代表的な種は、T. formicigenes; T. mesophilus; 及びT. thalassicusが挙げられる。
Terrisporobacter属において、代表的な種は、Terrisporobacter glycolicus; Terrisporobacter mayombei; 及びTerrisporobacter petroleariusが挙げられる。
(5.免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群リスク)
特定の実施形態において、CAR T細胞療法などの免疫療法を必要とする個体の腸内マイクロバイオームは、免疫効果細胞関連神経毒性症候群(ICANS)を有する個体のリスクを決定するために、療法前に分析される。特定の実施形態において、個体の腸内マイクロバイオームは、CAR T細胞療法の前に分析され、同じ微生物を持たない個体と比較して、その個体が罹患しやすいICANSのグレード(0、1、2、3、又は4)を決定する。
特定の実施形態において、CAR T細胞療法などの免疫療法を必要とする個体の腸内マイクロバイオームは、免疫効果細胞関連神経毒性症候群(ICANS)を有する個体のリスクを決定するために、療法前に分析される。特定の実施形態において、個体の腸内マイクロバイオームは、CAR T細胞療法の前に分析され、同じ微生物を持たない個体と比較して、その個体が罹患しやすいICANSのグレード(0、1、2、3、又は4)を決定する。
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームが以下の微生物の1つ以上を有する場合、個体はICANSグレードが3又は4であるリスクがある:[Clostridium] lavalense種; Cuneatibacter属; Clostridiales vadin BB60 group科; Clostridiales vadin BB60 group属; Clostridiales vadin BB60 group ge unclass種; [Clostridium] hylemonae種; Anaerotruncus rubiinfantis種; Ruminococcaceae UCG 004属; Eisenbergiella massiliensis種; Hydrogenoanaerobacterium属; Ruminococcaceae UCG 008属; Intestinibacillus massiliensis種; Raoultibacter属; Monoglobus pectinilyticus種; Bacillaceae科; Pseudomonas aeruginosa種; Bacillus hisashii種; Caecibacter massiliensis種; 及びPrevotella multisaccharivorax種。特定の実施形態において、腸内マイクロバイオームが1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、又は20以上の微生物を有する場合、個体はICANSグレードが3又は4であるリスクがある。少なくとも場合によっては、腸内マイクロバイオームが少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95%、又は95%を超える前述の微生物を有する場合、個体はICANSグレード3又は4を有するリスクがある。
腸内マイクロバイオームに基づいて個体がICANSグレード3又は4を有すると決定された場合、その個体はCAR T細胞療法を受けてもよいし、受けなくてもよい。前述の微生物を1つ以上有するにもかかわらず依然としてCAR T細胞療法を受ける場合、CAR T細胞療法は、異なる(より低いなど)用量で投与され、及び/又はICANSを有するリスクを克服できるように変更される場合がある。例えば、CARの標的抗原を変更する;CARにおいて追加的又は異なるコスティミュレイトリードメインを利用する;細胞において追加の標的抗原を標的とする追加のCARを利用する;CAR T細胞療法において1つ以上のサイトカインを回避する、などを行うことができる。
いくつかの実施形態では、個体の腸内マイクロバイオームが分析され、0、1、又は2のICANSグレードを有するか、又は、その個体が対応する1つ以上の微生物を有していない個体と比較して0、1、又は2のICANSグレードを有するリスクがあると判定される。特定の実施形態において、個体の腸内マイクロバイオームは、以下のうちの1つ以上を有する:Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; Coprococcus eutactus種。いくつかの場合、腸内マイクロバイオームは前述のリストの大部分又はすべてを有する。個体は、前述のリストのうちの1、2、3、4、5種類の微生物を保有してもよい。
特定の実施形態では、この決定後の個体には、治療上有効な量のCAR T細胞療法が投与される。いくつかの場合、ICANSのリスクをさらに低減するためのCAR T細胞療法が、異なる(より低いなど)用量で投与されてもよく、及び/又は個体がICANSを有するリスクを克服できるように改変されてもよい。例えば、CARの標的抗原が変更される;CARにおいて追加的又は異なる共刺激ドメインが利用される;細胞において追加の標的抗原を標的とする追加のCARが利用される;CAR T細胞療法において1つ以上のサイトカインが回避される、などを行うことができる。個体には、個体の腸内マイクロバイオームの欠乏を克服する1つ以上の微生物を含む、1つ以上のプロバイオティクス組成物、又は1つ以上の糞便移植物を投与してもよい。
以下では、上記のICANSリスクのリストで言及された目、科、属から特定の種を示す。
Cuneatibacter属において、代表的な種は、C. caecimurisである。
Hydrogenoanaerobacterium属において、代表的な種は、Hydrogenoanaerobacterium saccharovoransである。
Raoultibacter属において、代表的な種は、Raoultibacter timonensis及びRaoultibacter massiliensisが挙げられる。
Bacillaceae科において、代表的な属は、Aeribacillus; Aliibacillus; Alkalibacillus; Alkalicoccus; Alkalilactibacillus; Allobacillus; Alteribacillus; Amphibacillus; Amylobacillus; Anaerobacillus; Anoxybacillus; Aquibacillus; Aquisalibacillus; Aureibacillus; Bacillus; Caldalkalibacillus; Caldibacillus; Calditerricola; Cerasibacillus; Compostibacillus; Desertibacillus; Domibacillus; Edaphobacillus; Falsibacillus; Fermentibacillus; Fictibacillus; Filobacillus; Geobacillus; Geomicrobium; Gracilibacillus; Halalkalibacillus; Halobacillus; Halolactibacillus; Hydrogenibacillus; Lentibacillus; Lysinibacillus; Marinococcus; Massilibacterium; Melghiribacillus; Microaerobacter; Natribacillus; Natronobacillus; Numidum; Oceanobacillus; Ornithinibacillus; Parageobacillus; Paraliobacillus; Paralkalibacillus; Paucisalibacillus; Pelagirhabdus; Piscibacillus; Polygonibacillus; Pontibacillus; Pradoshia; Pseudobacillus; Pseudogracilibacillus; Psychrobacillus; Pueribacillus; Quasibacillus; Rubeoparvulum; Saccharococcus; Salibacterium; Salimicrobium; Salinibacillus; Salipaludibacillus; Salirhabdus; Salisediminibacterium; Saliterribacillus; Salsuginibacillus; Sediminibacillus; Sinibacillus; Streptohalobacillus; Swionibacillus; Tenuibacillus; Tepidibacillus; Terribacillus; Terrilactibacillus; Texcoconibacillus; Thalassobacillus; Thalassorhabdus; Thermolongibacillus; Virgibacillus; 及びVulcanibacillusが挙げられる。
Aeribacillus属において、代表的な種は、A. pallidusである。
Aliibacillus属において、代表的な種は、Aliibacillus thermotoleransである。
Alkalibacillus属において、代表的な種は、A. almallahensis; A. filiformis; A. flavidus; A. haloalkaliphilus; A. halophilus; A. salilacus; 及びA. silvisoliが挙げられる。
Alkalilactibacillus属において、代表的な種は、Alkalilactibacillus ikkensisである。
Alkalicoccus属において、代表的な種は、Alkalicoccus saliphilus及びAlkalicoccus halolimnaeが挙げられる。
Allobacillus属において、代表的な種は、A. halotoleransである。
Alteribacillus属において、代表的な種は、A. alkaliphilus; A. bidgolensis; A. iranensis; 及びA. persepolensisが挙げられる。
Amphibacillus属において、代表的な種は、A. cookii; A. fermentum; A. iburiensis; A. indicireducens; A. jilinensis; A. marinus; A. sediminis; A. tropicus; 及びA. xylanusが挙げられる。
Amylobacillus属において、代表的な種は、A. thermophilesである。
Anaerobacillus属において、代表的な種は、A. alkalidiazotrophicus; A. alkalilacustris; 及びA. arseniciselenatisが挙げられる。
Anoxybacillus属において、A. amylolyticus; A. ayderensis; A. bogrovensis; A. caldiproteolyticus; A. calidus; A. contaminans; A. eryuanensis; A. flavithermus; A. gonensis; A. kamchatkensis; A. kaynarcensis; A. kestanbolensis; A. mongoliensis; A. pushchinoensis; A. rupiensis; A. salavatliensis; A. tengchongensis; A. tepidamans; A. thermarum; A. vitaminiphilus; 及びvoinovskiensis。
Aquibacillus属において、代表的な種は、 A. albus; A. halophilus; A. koreensis; 及びA. salifodinaeが挙げられる。
Aquisalibacillus属において、代表的な種は、A. elongatesである。
Aureibacillus属において、代表的な種は、Aureibacillus halotoleransである。
Caldalkalibacillus属において、代表的な種は、C. thermarum及びC. uzonensisが挙げられる。
Caldibacillus属において、代表的な種は、C. debilisである。
Calditerricola属において、代表的な種は、C. satsumensis及びC. yamamuraeが挙げられる。
Cerasibacillus属において、代表的な種は、C. quisquiliarumである。
Compostibacillus属において、代表的な種は、C. humiである。
Desertibacillus属において、代表的な種は、Desertibacillus haloalkaliphilusである。
Domibacillus属において、代表的な種は、D. antri; D. enclensis; D. indicus; D. iocasae; D. robiginosus; 及びD. tundraが挙げられる。
Edaphobacillus属において、代表的な種は、E. lindanitoleransである。
Falsibacillus属において、代表的な種は、F. pallidusである。
Fermentibacillus属において、代表的な種は、F. polygoniである。
Fictibacillus属において、代表的な種は、F. arsenicus; F. barbaricus; F. enclensis; F. gelatini; F. halophilus; F. acauensis; F. nanhaiensis; F. phosphorivorans; F. rigui; 及びF. solisalsiが挙げられる。
Filobacillus属において、代表的な種は、F. milensisである。
Geobacillus属において、代表的な種は、G. caldoxylosilyticus; G. galactosidasius; G. icigianus; G. jurassicus; G. kaustophilus; G. lituanicus; G. stearothermophilus; G. subterraneus; G. thermantarcticus; G. thermocatenulatus; G. thermodenitrificans; G. thermoglucosidasius; G. thermoleovorans; G. toebii; G.uzenensis; 及びG. vulcaniが挙げられる。
Geomicrobium属において、代表的な種は、Geomicrobium halophilum及びGeomicrobium sediminisが挙げられる。
Gracilibacillus属において、代表的な種は、G. alcaliphilus; G. boraciitolerans; G. bigeumensis; G. dipsosauri; G. halophilus; G. halotolerans; G. kekensis; G. lacisalsi; G. massiliensis; G. orientalis; G. quinghaiensis; G. saliphilus; G. thailandensis; 及びG. ureilyticusが挙げられる。
Halalkalibacillus属において、代表的な種は、H. halophilusである。
Halobacillus属において、代表的な種は、H. aidingensis; H. alkaliphilus; H. andaensis; H. campisalis; H. dabanensis; H. faecis; H. halophilus; H. karajensis; H. kuroshimensis; H. litoralis; H. locisalis; H. mangrove; H. naozhouensis; H. profundi; H. salinus; H. salsuginis; H. seohaensis; H. trueperi; 及びH. yeomjeoniが挙げられる。
Halolactibacillus属において、代表的な種は、H. alkaliphilus; H. halophilus; 及びH. miurensisが挙げられる。
Hydrogenibacillus属において、代表的な種は、H. schlegeliiである。
Lentibacillus属において、代表的な種は、L. garicola; L. halodurans; L. halophilus; L. jeotgali; L. juripiscarius; L. kapialis; L. lacisalsi; L. persicus; L. salaries; L. salicampi; L. salinarum; 及びL. salisが挙げられる。
Lysinibacillus属において、代表的な種は、L. sphaericus及びL. fusiformisが挙げられる。
Marinococcus属において、代表的な種は、M. halophilus; M. halotolerans; M. luteus; M. salis; 及びM. tarijensis.
Massilibacterium属において、代表的な種は、Massilibacterium senegalenseである。
Melghiribacillus属において、代表的な種は、M. thermohalophilusである。
Microaerobacter属において、代表的な種は、M. geothermalisである。
Natribacillus属において、代表的な種は、N. halophilusである。
Natronobacillus属において、代表的な種は、N. azotifigensである。
Numidum属において、代表的な種は、 Numidum massilienseである。
Oceanobacillus属において、O. arenosus; O. bengalensis; O. caeni; O. chironomi; O. chungangensis; O. damuensis; O. iheyensis; O. indicireducens; O. kapialis; O. kimchi; O. limi; O. locisalsi; O. luteolus; O. neutriphilus; O. oncorhynchi; O. pacificus; O. picturae; O. polygoni; O. profundus; O. rekensis; 及びO. sojae。
Ornithinibacillus属において、代表的な種は、 O. bavariensis; O. californiensis; O. contaminans; O. halophilus; O. heyuanensis; 及びO. scapharcaeが挙げられる。
Parageobacillus属において、代表的な種は、Parageobacillus caldoxylosilyticus; Parageobacillus genomospecies 1; Parageobacillus thermantarcticus; Parageobacillus thermoglucosidasius; 及びParageobacillus toebiiが挙げられる。
Paraliobacillus属において、代表的な種は、P. quinghaiensis; P. ryukyuensis; 及びP. sediminisが挙げられる。
Paralkalibacillus属において、代表的な種は、Paralkalibacillus indicireducensが挙げられる。
Paucisalibacillus属において、代表的な種は、 P. algeriensis及びP. globulusが挙げられる。
Pelagirhabdus属において、代表的な種は、P. alkalitolerans及びP. fermentumが挙げられる。
Piscibacillus属において、代表的な種は、P. halophilus及びP. salipiscariusが挙げられる。
Polygonibacillus属において、代表的な種は、 P. indicireducensである。
Pontibacillus属において、代表的な種はP. chungwhensis; P. halophilus; P. litoralis; P. marinus; P. salicampi; P. salipaludis; 及びP. yanchengensisが挙げられる。
Pradoshia属において、代表的な種は、Pradoshia eiseniaeである。
Pseudobacillus属において、代表的な種は、Pseudobacillus badiusである。
Pseudogracilibacillus属において、代表的な種は、P. marinus; P. endophyticus; 及びP. auburnensisが挙げられる。
Psychrobacillus属において、代表的な種は、P. insolitus; P. psychrodurans; P. psychrotolerans; 及びP. soliが挙げられる。
Pueribacillus属において、代表的な種は、Pueribacillus theaeである。
Quasibacillus属において、代表的な種は、Quasibacillus thermotoleransである。
Rubeoparvulum属において、代表的な種は、Rubeoparvulum massilienseである。
Saccharococcus属において、代表的な種は、 S. thermophilesである。
Salibacterium属において、代表的な種は、S. halochares; S. halotolerans; S. qingdaonense; 及びS. lacusが挙げられる。
Salimicrobium属において、代表的な種は、S. album; S. flavidum; S. halophilum; S. jeotgali; S. luteum; 及びS. salexigensが挙げられる。
Salinibacillus属において、代表的な種は、S. aidingensis; S. kushneri; 及びS. xinjiangensisが挙げられる。
Salipaludibacillus属において、代表的な種は、 S. agaradhaerens; S. aurantiacus; 及びS. neizhouensisが挙げられる。
Salirhabdus属において、代表的な種は、S. euzebyi 及びS. salicampiが挙げられる。
Salisediminibacterium属において、代表的な種は、S. haloalkalitolerans; S. halotolerans; 及びS. locisalisが挙げられる。
Saliterribacillus属において、代表的な種は、S. persicusである。
Salsuginibacillus属において、代表的な種は、S. halophilus 及びS. kocuriiが挙げられる。
Sediminibacillus属において、代表的な種は、S. albus; S. halophilus; 及びS. massiliensisが挙げられる。
Sinibacillus属において、代表的な種は、S. soliである。
Streptohalobacillus属において、代表的な種は、S. salinusである。
Swionibacillus属において、代表的な種は、Swionibacillus sediminisである。
Tenuibacillus属において、代表的な種は、Tenuibacillus multivorans及びTenuibacillus halotoleransが挙げられる。
Tepidibacillus属において、代表的な種は、T. decaturensis; T. fermentans; 及びT. infernusが挙げられる。
Terribacillus属において、代表的な種は、T. aidingensis; T. goriensis; T. halophilus; 及びT. saccharophilusが挙げられる。
Terrilactibacillus属において、代表的な種は、T. laevilacticusである。
Texcoconibacillus属において、代表的な種は、T. texcoconensisである。
Thalassobacillus属において、代表的な種は、T. cyri; T. devorans; T. hwangdonensis; 及びT. pellisが挙げられる。
Thalassorhabdus属において、代表的な種は、Thalassorhabdus alkalitoleransである。
Thermolongibacillus属において、代表的な種は、T. altinsuensis及びT. kozakliensisが挙げられる。
Virgibacillus属において、V. alimentarius; V. arcticus; V. byunsanensis; V. campisalis; V. carmonensis; V. chiguensis; V. dokdonensis; V. flavescens; V. halodenitrificans; V. halophilus; V. halotolerans; V. indicus; V. kapii; V. kekensis; V. litoralis; V. marismortui; V. natechei; V. necropolis; V. oceani; V. olivae; V. pantothenticus; V. phasianinus; V. picturae; V. profundi; V. proomii; V. salaries; V. salexigens; V. salinus; V. sediminis; V. siamensis; V. soli; V. subterraneus; 及びV. xinjiangensis。
Vulcanibacillus属において、代表的な種は、V. modesticaldusである。
Corynebacterium属において、代表的な種は、Corynebacterium accolens; Corynebacterium acetoacidophilum; Corynebacterium afermentans; Corynebacterium alimapuense; Corynebacterium alkanolyticum; Corynebacterium ammoniagenes; Corynebacterium amycolatum; Corynebacterium appendicis; Corynebacterium aquatimens; Corynebacterium aquilae; Corynebacterium argentoratense; Corynebacterium atrinae; Corynebacterium atypicum; Corynebacterium aurimucosum; Corynebacterium auris; Corynebacterium auriscanis; Corynebacterium bouchesdurhonense; Corynebacterium bovis; Corynebacterium callunae; Corynebacterium camporealensis; Corynebacterium canis; Corynebacterium capitovis; Corynebacterium casei; Corynebacterium caspium; Corynebacterium cervicis; Corynebacterium choanis; Corynebacterium ciconiae; Corynebacterium confusum; Corynebacterium coyleae; Corynebacterium crenatum; Corynebacterium crudilactis; Corynebacterium cyclohexanicum; Corynebacterium cystitidis; Corynebacterium defluvii; Corynebacterium deserti; Corynebacterium diphtheria; Corynebacterium doosanense; Corynebacterium durum; Corynebacterium efficiens; Corynebacterium epidermidicanis; Corynebacterium faecale; Corynebacterium falsenii; Corynebacterium fastidiosum; Corynebacterium felinum; Corynebacterium flavescens; Corynebacterium fournierii; Corynebacterium frankenforstense; Corynebacterium freiburgense; Corynebacterium freneyi; Corynebacterium genitalium; Corynebacterium geronticis; Corynebacterium glaucum; Corynebacterium glucuronolyticum; Corynebacterium glutamicum; Corynebacterium glyciniphilum; Corynebacterium godavarianum; Corynebacterium gottingense; Corynebacterium guangdongense; Corynebacterium hadale; Corynebacterium halotolerans; Corynebacterium hansenii; Corynebacterium heidelbergense; Corynebacterium humireducens; Corynebacterium ihumii; Corynebacterium imitans; Corynebacterium jeddahense; Corynebacterium jeikeium; Corynebacterium kefirresidentii; Corynebacterium kroppenstedtii; Corynebacterium kutscheri; Corynebacterium lactis; Corynebacterium lipophiloflavum; Corynebacterium lowii; Corynebacterium lubricantis; Corynebacterium macginleyi; Corynebacterium marinum; Corynebacterium maris; Corynebacterium massiliense; Corynebacterium mastitidis; Corynebacterium matruchotii; Corynebacterium melassecola; Corynebacterium minutissimum; Corynebacterium mucifaciens; Corynebacterium mustelae; Corynebacterium mycetoides; Corynebacterium nasicanis; Corynebacterium nephridii; Corynebacterium nuruki; Corynebacterium oculi; Corynebacterium otitidis; Corynebacterium pekinense; Corynebacterium pelargi; Corynebacterium phocae; Corynebacterium phoceense; Corynebacterium pilbarense; Corynebacterium pilosum; Corynebacterium pollutisoli; Corynebacterium propinquum; Corynebacterium provencense; Corynebacterium pseudodiphtheriticum; Corynebacterium pseudogenitalium; Corynebacterium pseudopelargi; Corynebacterium pseudotuberculosis; Corynebacterium pyruviciproducens; Corynebacterium renale; Corynebacterium resistens; Corynebacterium riegelii; Corynebacterium sanguinis; Corynebacterium segmentosum; Corynebacterium simulans; Corynebacterium singular; Corynebacterium sphenisci; Corynebacterium spheniscorum; Corynebacterium sputi; Corynebacterium stationis; Corynebacterium striatum; Corynebacterium suicordis; Corynebacterium sundsvallense; Corynebacterium tapiri; Corynebacterium terpenotabidum; Corynebacterium testudinoris; Corynebacterium thermoaminogenes; Corynebacterium thomssenii; Corynebacterium timonense; Corynebacterium tracheae; Corynebacterium tuberculostearicum; Corynebacterium tuscaniense; Corynebacterium ulcerans; Corynebacterium ulceribovis; Corynebacterium urealyticum; Corynebacterium ureicelerivorans; Corynebacterium urinapleomorphum; Corynebacterium uropygiale; Corynebacterium uterequi; Corynebacterium variabile; Corynebacterium vitaeruminis; 及びCorynebacterium xerosisが挙げられる。
(B.本開示の組成物の例)
(1.糞便移植と組成物)
本開示の実施形態は、養子細胞療法を必要としているが、有効性の欠如及び/又は個体にとって毒性のリスクがある不適当な腸内マイクロバイオームを有する個体に対する糞便移植を包含する。
(1.糞便移植と組成物)
本開示の実施形態は、養子細胞療法を必要としているが、有効性の欠如及び/又は個体にとって毒性のリスクがある不適当な腸内マイクロバイオームを有する個体に対する糞便移植を包含する。
特定の実施形態では、CAR T細胞療法を必要とする個体ではない個体の腸内マイクロバイオームが、CAR T細胞療法を必要とする個体への糞便移植のためのドナーである。このような場合、CAR T細胞療法を必要としないドナーの個体がスクリーニングされ、その腸内マイクロバイオームが本明細書に包含されるパラメーターに基づく適切な組成を有するかどうかが判定される。すなわち、その個体自身は養子細胞療法を必要としていないが、その個体の腸内マイクロバイオームは、(本明細書に包含されるパラメーターに基づいて)ドナーとなるのに適した組成である可能性がある。この個体からの糞便の有効量を、CAR T細胞療法を必要とする個体に移植することができる。特定の実施形態では、この個体(又は他の適切なドナー個体の組み合わせ)の糞便は、それを必要とする個体が後で使用できるように、既製の方法で保存することができる。他の場合には、使用前には保存されない。
糞便移植は、大腸内視鏡検査又は経鼻十二指腸経管によって行われる。大腸内視鏡検査では、大腸内視鏡が大腸全体を通して進められる。大腸内視鏡が引き抜かれると、糞便移植用組成物が大腸内視鏡を通して結腸内に送達される。糞便移植の調製方法は、米国特許第10,736,849号などが当技術分野で知られている。
特定の実施形態では、1つ以上のカスタマイズされた糞便移植用組成物が本明細書に包含される。1つ以上の糞便移植用組成物の組成は、個体の腸内マイクロバイオームの欠乏に対処するように、又は個体の腸内マイクロバイオームを増強するように、調整されてもされなくてもよい。いくつかの場合、糞便移植物は既製のものと考えられ、CAR T細胞療法を含むあらゆる種類の免疫療法を強化するための標準的な1つ以上の微生物を含む。このような糞便移植は、腸内マイクロバイオームを事前に分析することなく、個体に投与することができる。特定の実施形態では、糞便移植用組成物は、個体の腸内マイクロバイオームの特定の欠乏に合わせて調整される。いくつかの場合、そのようなカスタマイズされた糞便移植物は、その個体において欠乏していると考えられる微生物のすべてを含んでいてもよいし、含んでいなくてもよい。
(2.プロバイオティクス組成物)
特定の実施形態では、1つ以上のプロバイオティクス組成物が本明細書に包含される。1つ以上のプロバイオティクス組成物の組成は、個体の腸内マイクロバイオームにおける任意の欠乏に対処するように、又は個体の腸内マイクロバイオームを増強するように、調整されてもされなくてもよい。いくつかの場合、プロバイオティクスは既製のものであると考えられ、CAR T細胞療法を含むあらゆる種類の免疫療法を増強するための標準的な1つ以上の微生物を含む。このようなプロバイオティクスは、腸内マイクロバイオームを事前に分析することなく、個体に投与することができる。プロバイオティクスは、有効なCAR T細胞療法に関連し、かつ/又は毒性に関連しないとして本明細書に列挙された任意の1つ以上の微生物を含み得る。
特定の実施形態では、1つ以上のプロバイオティクス組成物が本明細書に包含される。1つ以上のプロバイオティクス組成物の組成は、個体の腸内マイクロバイオームにおける任意の欠乏に対処するように、又は個体の腸内マイクロバイオームを増強するように、調整されてもされなくてもよい。いくつかの場合、プロバイオティクスは既製のものであると考えられ、CAR T細胞療法を含むあらゆる種類の免疫療法を増強するための標準的な1つ以上の微生物を含む。このようなプロバイオティクスは、腸内マイクロバイオームを事前に分析することなく、個体に投与することができる。プロバイオティクスは、有効なCAR T細胞療法に関連し、かつ/又は毒性に関連しないとして本明細書に列挙された任意の1つ以上の微生物を含み得る。
特定の実施形態では、プロバイオティクス組成物は、個体の腸内マイクロバイオームの特定の欠乏に合わせて調整される。いくつかの場合、そのようなカスタマイズされたプロバイオティクスは、個体において欠乏していると考えられる微生物の全てを含んでいてもよいし、含んでいなくてもよい。
個体には、個体の腸内マイクロバイオームの欠乏を克服する1つ以上の微生物を含む、1つ以上のプロバイオティクス組成物が投与されてもよい。プロバイオティクスは、CAR T細胞療法を増強するため、及び/又は個体に対するCAR T細胞療法の毒性を低減するために投与され得る。
特定の実施形態では、プロバイオティクスは生きた微生物を含み、適切な量を投与すると、CAR T細胞療法を増強し、かつ/又は個体に対するCAR T細胞療法の毒性を低減し得る。プロバイオティクスは、食品及び栄養補助食品(例えば、カプセル、錠剤及び粉末が挙げられるが、これらに限定されない)で利用可能である。プロバイオティクスを含む食品の非限定的な例としては、ヨーグルト、発酵乳、未発酵乳などの乳製品、スムージー、バター、クリーム、フムス、コンブチャ、サラダドレッシング、味噌、テンペ、栄養バー、一部のジュースや大豆飲料などが挙げられる。
複数の微生物がプロバイオティクスに含まれる場合、複数の微生物の比率は実質的に同じであってもなくてもよい。例えば、いくつかの場合、組成物中の2つの特定の微生物は、1:1、1:2、1:5、1:10、1:20、1:50、1:100などの比率であってもよい。一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、本明細書に開示される少なくとも2つの異なる細菌種に由来する細菌を含む。所与の組成物内において、異なる細菌株は、最大生物学的活性を達成するために必要な等量(均等な組み合わせ)又は様々な割合(不均等な組み合わせ)で含有され得る。例えば、2つの細菌株を有する細菌組成物において、菌株は、1:10,000の比率から1:1の比率、1:10,000の比率から1:1,000の比率、1:1,000の比率から1:100の比率、1:100の比率から1:50の比率、1:50の比率から1:20の比率、1:20の比率から1:10の比率、1:10の比率から1:1の比率で存在し得る。少なくとも3つの細菌株を含む細菌組成物の場合、菌株の比率は、2つの菌株を有する細菌組成物の比率からペアごとに選択され得る。例えば、細菌株A、B、及びCを含む細菌組成物において、A株とB株との間の比率、B株とC株との間の比率、及びA株とC株との間の比率の少なくとも1つは、独立して、上記の対の組み合わせから選択され得る。1つの特定の実施形態において、本発明は、2つ以上の細菌含有組成物を同一の対象に投与することを包含する。このような組成物は、同時又は逐次的に投与することができる。
本開示のプロバイオティクス組成物は、限定されないが、例えば、生きた細菌細胞、条件付き致死細菌細胞、不活性化細菌細胞、死滅細菌細胞、芽胞(例えば、発芽コンピテント芽胞)、組換えキャリア株、細胞抽出物、及び細菌由来産物(例えば、細菌抗原又は細菌代謝産物などの天然又は合成の細菌由来産物)を含み得る。特定の一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、プロバイオティクス組成物中に含まれる1つ以上の細菌株の播種を最適化する賦形剤又は担体を含む。
プロバイオティクス組成物の投与を含む方法のいずれかの一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、凍結乾燥調製物から再構成される。プロバイオティクス組成物の投与を含む方法のいずれかの一実施形態において、前記プロバイオティクス組成物は、pHを適切な数値、例えば7.0に調整するための緩衝剤を含む。
本開示の方法に従ってプロバイオティクス組成物中に投与される細菌株は、生きた細菌を含み得る。1つ又はいくつかの異なる細菌接種材料を、同時に又は逐次的に投与することができる(異なる時間に投与することを含む)。このような細菌は、胃腸(GI)微生物叢から単離し、培養で増殖させることができる。本開示はまた、関連する細菌種に由来する1つ以上の異種遺伝子を発現する組換えキャリア株などの「細菌類似体」を投与することを含む。このような組換え細菌の使用は、より高いタンパク質発現により、より少ない治療量の使用を可能にする可能性がある。
プロバイオティクス組成物の投与を含む上記の方法のいずれかの一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、(i)担体及び/又は賦形剤、並びに/又は(ii)組成物中に存在する1つ以上の細菌の増殖及び/又は活性を刺激する1つ以上のプレバイオティクス剤を含む。特定の一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、プロバイオティクス組成物中に含まれる1つ以上の細菌株の接種を最適化する賦形剤又は担体を含む。
プロバイオティクス組成物の投与を含む上記の方法のいずれかの一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、対象の消化管に直接又は間接的に送達される。一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、経口、局所、直腸(例えば、糞便微生物叢移植(FMT)、浣腸による)、粘膜、舌下、鼻腔、及び経鼻経口胃経管からなる群より選択される経路によって対象に投与される。一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、液体、泡、クリーム、スプレー、粉末、又はゲルの形態で対象に送達される。一実施形態において、プロバイオティクス組成物は、緩衝剤(例えば、炭酸水素ナトリウム)、乳児用調製粉乳又は滅菌ヒトミルク、又は細菌が生存及び増殖することを可能にする他の薬剤(例えば、胃の酸性環境において生存し、腸内において増殖)、に加え、防腐剤、安定剤、結合剤、圧縮剤、滑沢剤、分散促進剤、崩壊剤、酸化防止剤、香味剤、甘味剤、及び着色剤を含む。
プロバイオティクス組成物の投与を含む上記の方法のいずれかの一実施形態では、プロバイオティクス組成物は、プロバイオティクス組成物に含まれる細菌の増殖及び/又は活性を刺激するプレバイオティクスと一緒に投与される。有用なプレバイオティクスの非限定的な例としては、例えば、以下が挙げられる:フラクトオリゴ糖(FOS)、ガラクトオリゴ糖(GOS)、ヒトミルクオリゴ糖(HMO)、ラクト-N-ネオテトラオース、D-タガトース、キシロオリゴ糖(XOS)、アラビノキシランオリゴ糖(AXOS)、N-アセチルグルコサミン、N-アセチルガラクトサミン、グルコース、アラビノース、マルトース、ラクトース、スクロース、セロビオース、アミノ酸、アルコール、難消化性デンプン(RS)、及びこれらの任意の混合物。特定の一実施形態では、プロバイオティクス及びプレバイオティクスは、1つの組成物で投与されるか、2つの別々の組成物として同時に投与されるか、又は順次投与される。
いくつかの実施形態では、個体に対する投与量は、所望の効果をもたらすのに十分な量で計算された所定量の微生物を含む。実際の投与形態は、採用される特定の細菌及び達成される効果による。所望の微生物を含む組成物は、単独で、又は1つ以上の追加のプロバイオティクス剤、栄養補助剤、又は治療剤と組み合わせて投与することができる。1つ以上の追加のプロバイオティクス剤、栄養補助剤、又は治療剤と「組み合わせて」の投与には、同時(同時)投与及び任意の順序での連続投与の両方が含まれる。投与は、望ましくない副作用の変化を考慮するなど、監督する開業医が適切と判断した場合に、慢性的又は断続的に行うことができる。
組成物は、例えば、瞬間凍結、乾燥又は凍結乾燥の凍結組成物として、保存及び/又は輸送のために製剤化することができる。さらに、組成物は、単独で又は薬学的に許容される担体もしくは生体適合性足場などの担体と組み合わせて投与され得る。本開示の組成物は、従来通り、坐剤として直腸投与、非経口投与、又は例えば静脈内、皮下、若しくは筋肉内に注射により投与することができる。他の投与様式に適した追加の製剤としては、経口製剤が挙げられる。経口製剤は、例えば、医薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどの通常使用される賦形剤を含む。これらの組成物は、溶液、坐剤、懸濁剤、錠剤、丸薬、カプセル剤、徐放性製剤又は粉末の形態をとり、約10%~約95%、好ましくは約25%~約70%の活性成分を含有する。
典型的には、組成物は、投与剤形と適合する方法で、治療される個体に対して治療的に有効であるような量で投与される。投与量は、治療される個体に依存する。投与すべき組成物の正確な量は、当業者の判断に依存する。初回投与及びブースター投与に適した投与計画も様々であるが、典型的には、初回投与とそれに続く投与に代表される。
多くの実施態様において、組成物の複数回の投与を、多くとも、又は少なくとも、約3、4、5、6、7、8、9、10日又はそれ以上行うことが望ましいであろう。特定の場合、投与は、CAR T細胞療法の前、最中、及び/又は後に行われる。投与は通常2日~12週間の間隔、より通常は1週間~2週間の間隔で行われる。免疫系の状態を維持するために、特定の間隔で定期的にブースターを投与することが望ましい場合もある。
プロバイオティクスは、薬学的に許容されるか、又は薬理学的に許容される。「薬学的に許容される」又は「薬学的に許容される」という語句は、動物又はヒトに投与された場合に、有害な、アレルギー性の、又は他の有害な反応を生じない分子実体及び組成物を指す。本明細書で使用する「薬学的に許容される担体」には、あらゆる溶媒、分散媒体、コーティング剤、抗菌剤及び抗真菌剤、等張化剤及び吸収遅延剤などが含まれる。医薬活性物質に対するこのような媒体及び薬剤の使用は、当該技術分野において周知である。従来の媒体や薬剤が活性成分と不適合である場合を除き、免疫原性組成物や治療用組成物への使用が企図されている。
担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液状ポリエチレングリコール等)、それらの適当な混合物、及び植物油を含む溶媒又は分散媒であってもよい。適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティングの使用、分散液の場合に必要な粒子径の維持、及び界面活性剤の使用によって維持することができる。望ましくない微生物の作用の防止は、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなどの様々な抗菌剤及び抗真菌剤によってもたらすことができる。多くの場合、等張化剤、例えば糖類や塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射可能な組成物の長時間の吸収は、例えばモノステアリン酸アルミニウムやゼラチンなどの吸収遅延剤の組成物への使用によってもたらされる。
プロバイオティクス組成物の有効量は、意図される目的に基づいて決定され得る。「単位用量」又は「投与量」という用語は、対象における使用に適した物理的に離散した単位を指し、各単位は、その投与、すなわち適切な経路及びレジメンに関連して上述した所望の応答を生じるように計算された所定量の組成物を含む。投与される量は、処置の数及び単位用量の両方に従って、所望される結果及び/又は保護に依存する。組成物の正確な量もまた、施術者の判断に依存し、各個体に特有のものである。投与量に影響する因子としては、被験者の身体的及び臨床的状態、投与経路、意図される治療の目的(症状の緩和対治癒)、並びに特定の組成物の効力、安定性及び毒性が挙げられる。製剤化された溶液は、投与形態に適合した方法で、治療的又は予防的に有効な量だけ投与される。製剤は、上記の注射液のような様々な剤形で容易に投与される。
(3.養子細胞療法とキメラ抗原受容体)
本開示の特定の実施形態では、個体が、CAR T細胞療法を含む養子細胞療法を必要としている。特定の実施形態における個体は癌を有しており、個体の体内の癌細胞上の1つ以上の抗原を標的とする養子細胞療法を必要としている。個体は、日常的な健康管理として腸内マイクロバイオームの解析の対象となり、そのような解析は必要に応じて癌治療に適用されるか、又は個体は、癌の診断後に腸内マイクロバイオームの解析の対象となり、その治療が必要とされる。個体は、腸内マイクロバイオームの組成をスクリーニングすることによって、養子細胞療法の適否についてスクリーニングされることがある。場合によっては、個体の腸内マイクロバイオームの解析は、少なくともいくつかの場合において、個体が治療的介入の有無にかかわらず養子細胞療法を受けることができるか否かを含む治療転帰の判定を提供する。例えば、腸内マイクロバイオームの解析は、養子細胞療法がその個体に有効かどうかを決定する。もし養子細胞療法がその個体にとって毒性があり、かつ/又は効果がないと考えられる場合には、養子細胞療法をその個体には行わないか、その個体に対して変更するか、あるいは養子細胞療法を強化し、かつ/又はより安全なものにするために、治療レジメンに1つ以上の追加的な薬剤を含めることができる。
本開示の特定の実施形態では、個体が、CAR T細胞療法を含む養子細胞療法を必要としている。特定の実施形態における個体は癌を有しており、個体の体内の癌細胞上の1つ以上の抗原を標的とする養子細胞療法を必要としている。個体は、日常的な健康管理として腸内マイクロバイオームの解析の対象となり、そのような解析は必要に応じて癌治療に適用されるか、又は個体は、癌の診断後に腸内マイクロバイオームの解析の対象となり、その治療が必要とされる。個体は、腸内マイクロバイオームの組成をスクリーニングすることによって、養子細胞療法の適否についてスクリーニングされることがある。場合によっては、個体の腸内マイクロバイオームの解析は、少なくともいくつかの場合において、個体が治療的介入の有無にかかわらず養子細胞療法を受けることができるか否かを含む治療転帰の判定を提供する。例えば、腸内マイクロバイオームの解析は、養子細胞療法がその個体に有効かどうかを決定する。もし養子細胞療法がその個体にとって毒性があり、かつ/又は効果がないと考えられる場合には、養子細胞療法をその個体には行わないか、その個体に対して変更するか、あるいは養子細胞療法を強化し、かつ/又はより安全なものにするために、治療レジメンに1つ以上の追加的な薬剤を含めることができる。
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームは、1つ以上の操作された抗原受容体を発現する特定の免疫細胞を含む養子細胞移植療法の適合性について分析される。特定の場合、免疫細胞は、T細胞、NK細胞、NKT細胞、γδT細胞、マクロファージ、B細胞、又はこれらの混合物である。
養子細胞療法はどのような種類のものであってもよいが、具体的な実施形態では、養子細胞療法は、例えば、1つ以上の非天然の人工抗原受容体を発現するように操作されているため操作された複数の免疫細胞を含む。操作された抗原受容体は、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)、1つ以上の操作されたT細胞受容体、又はその両方であってもよいが、具体的な実施形態では、操作された抗原受容体は、個体の癌細胞上の特定の癌抗原を標的とする抗原結合ドメイン(scFvなど)を含むように操作されたCARを含む。すなわち、具体的な実施形態において、CARは、個体の癌細胞上の抗原を標的とするため、特異的に調整又は選択される。具体的な実施形態において、CARは、2つ以上の対応する癌抗原を標的とすることを可能にする2つ以上の抗原結合ドメインを含む。
いくつかの実施形態において、CARは、a)1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン、b)膜貫通ドメイン、及びc)1つ以上の抗原結合領域を含む細胞外ドメインを含む。いくつかの実施形態において、CARは、膜貫通ドメインと、CD28、CD27、OX-40(CD134)、DAP10、DAP12、及び4-1BB(CD137)のうちの1つ以上などの1つ以上のコスティミュレイトリードメインとを含む。CARはまた、特定の実施形態において、CD3zetaを含んでいてもよい。
いくつかの実施形態では、CARは、養子縁組療法で標的とする特定の細胞型に発現する抗原、例えば癌マーカーなど、特定の抗原(又はマーカー、リガンド)に対する特異性を有するように構築される。したがって、CARは、典型的には、その細胞外部分に、1つ以上の抗原結合フラグメント、ドメイン、又は部分、あるいは1つ以上の抗体可変ドメイン、及び/又は抗体分子のような、1つ以上の抗原結合分子を含む。一部の実施形態では、CARは、モノクローナル抗体(mAb)の可変重鎖(VH)及び可変軽鎖(VL)に由来する単鎖抗体フラグメント(scFv)などの抗体分子の抗原結合部分又は部分を含む。本方法では、任意の適切な抗原を標的とすることができる。抗原は、場合によっては、ある種の癌細胞には関連するが、非癌細胞には関連しないこともある。例示的な抗原としては、腫瘍/癌関連抗原、腫瘍新抗原、感染因子の抗原分子、又は自己/自己抗原が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
代替的な実施形態では、養子細胞療法は、CARではなく、その代わりに非天然型T細胞受容体である工学的抗原受容体を含んでいる。したがって、いくつかの実施形態では、操作された異種抗原受容体には、組換えTCR及び/又は天然に存在するT細胞からクローン化されたTCRが含まれる。「T細胞受容体」又は「TCR」とは、可変α鎖及びβ鎖(それぞれTCRα及びTCRβとしても知られる)、又は可変γ鎖及びδ鎖(それぞれTCRγ及びTCRδとしても知られる)を含み、MHC受容体に結合した抗原ペプチドに特異的に結合することができる分子を指す。いくつかの実施形態では、TCRはαβ型である。
いくつかの実施形態では、TCR鎖は膜貫通ドメインを含むことができる。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは正に荷電している。場合によっては、TCR鎖は細胞質尾部を含む。場合によっては、この構造によりTCRはCD3のような他の分子と会合することができる。例えば、膜貫通領域を有する定数ドメインを含むTCRは、タンパク質を細胞膜に固定し、CD3シグナル伝達装置又は複合体の不変サブユニットと会合することができる。 いくつかの実施形態では、TCRは2本の鎖αとβ(又は任意にγとδ)のヘテロ二量体であってもよいし、一本鎖TCR構築物であってもよい。いくつかの実施形態では、TCRは、ジスルフィド結合又はジスルフィド結合などによって連結された2つの別個の鎖(α鎖とβ鎖、又はγ鎖とδ鎖)を含むヘテロ二量体である。
いくつかの実施形態では、CAR T細胞を含む養子細胞移植療法は、養子細胞が個体に対して毒性を示す場合に死滅させることを可能にする1つ以上の安全スイッチを含んでいる。特定の実施形態では、細胞は、薬剤の送達時に養子細胞を殺すことを可能にする自殺遺伝子を含むベクターを含んでいる。一例として、自殺遺伝子は抗体セツキシマブが標的とするEGFRtである。もう一つの例はiCaspase9+とAP1903である。他の自殺スイッチとしては、スイッチHSV-TKやスイッチCD20がある。
(C.腸内マイクロバイオームの分析方法の例)
腸内マイクロバイオームの内容を決定するための腸内マイクロバイオームの分析は、任意の適切な方法によって実施することができる。分析は、便、組織生検、又はそれらの組み合わせなど、適切な試料の採取から始めることができる。便を試料として選択する場合、便全体を採取し、直ちにホモジナイズし(例えば、ブレンダーや組織ホモジナイザーを用いて)、ホモジネートを液体窒素中又はドライアイス/エタノールスラリー中で瞬間凍結し、アリコートを培養に適した培地中で一定割合のグリセロール中に保存することができる。試料を採取した人が分析を行う場合もあれば、そうでない場合もある。分析前に試料を保存する場合もあれば、保存せずに分析する場合もある。
腸内マイクロバイオームの内容を決定するための腸内マイクロバイオームの分析は、任意の適切な方法によって実施することができる。分析は、便、組織生検、又はそれらの組み合わせなど、適切な試料の採取から始めることができる。便を試料として選択する場合、便全体を採取し、直ちにホモジナイズし(例えば、ブレンダーや組織ホモジナイザーを用いて)、ホモジネートを液体窒素中又はドライアイス/エタノールスラリー中で瞬間凍結し、アリコートを培養に適した培地中で一定割合のグリセロール中に保存することができる。試料を採取した人が分析を行う場合もあれば、そうでない場合もある。分析前に試料を保存する場合もあれば、保存せずに分析する場合もある。
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームは、より詳細なリードを提供するように、ショットガンメタゲノミクスシーケンスを含む、微生物の核酸のショットガンシーケンシングに基づいて解析される。特定の実施形態では、DNAの特定の領域ではなく、微生物のゲノムDNAの大部分又は実質的にすべてが解析される。しかし、特定の実施形態では、16S rRNA配列決定など、DNAの特定領域の解析が利用される。
他の分析方法を単独で、又は他の方法と併用して利用することもできる。一例として、十分に特徴づけられた選択的培養条件を有する既知の生物については、培養を検出方法として利用することができる。一連の既知の微生物又はその遺伝子を標的とするアッセイパネルを利用してもよい。便試料は、核酸抽出後、相補的DNA合成を経て、所定の範囲の生物に特異的なプライマーの混合物を用いて増幅される。その後、ゲノムDNA又はPCR産物のいずれかを、蛍光ベースの測定法又はメルトカーブ解析を用いたハイブリダイゼーションアレイなどにより、定性及び定量することができる。具体的な実施形態では、定量的PCR及び逆転写定量的PCRを利用することができる。
特定の実施形態では、PCRを含む様々な方法を用いてDNAの特定領域を桁違いに増幅するアンプリコン分析が採用される。特定の場合、PCRプライマーは細菌の16S rRNAのような特定の領域に一致する。細菌の16S rRNA遺伝子には、配列の多様性を示す9つの超可変領域(V1-V9)があり、種レベルを含む多くの細菌分類群を区別するバーコードのような方法として使用できる。場合によっては、次世代シーケンサーを用いて配列を読み取ることもある。また、16S rRNAのような1つの遺伝子を用いるのではなく、試料中のDNAをすべて細かく断片化し、その断片の塩基配列を決定するショットガンメタゲノミクスを利用し、塩基配列を決定した断片を並べることで、微生物の同定に必要な情報をより大規模に提供する場合もある。
特に、リンパ腫患者から糞便ベースライン試料を採取した。簡単に説明すると、QIAamp DNA stool mini kit(Qiagen社製)を用いて、製造者のプロトコールに従い、集中的なビーズビート溶解ステップを含むように変更して、ゲノムDNAを単離した。16S rRNA遺伝子のV4領域は、抽出及び精製した各10 ngのゲノムDNAから、515のフォワードプライマー対と806のリバースプライマー対を用いてPCR法により増幅した(Caporaso, J. G. et al. ISME J. 6, 1621-1624 2012)。アンプリコンプールをQIAquickゲル抽出キット(Qiagen)で精製し、2×250bpペアエンドプロトコルを用いてIllumina Miseqシーケンサープラットフォームで塩基配列を決定した。
以下の実施例は、本発明の好ましい実施態様を示すために含まれる。以下の実施例において開示される技術は、本発明の実施において良好に機能するように本発明者によって発見された技術を表すものであり、したがって、その実施のための好ましい態様を構成すると考えることができることを、当業者は理解すべきである。しかしながら、当業者は、本開示に照らして、開示される特定の実施形態において多くの変更を加えることができ、それでもなお、本開示の主題の精神及び範囲から逸脱することなく、同様又は類似の結果を得ることができることを理解すべきである。
[例1 CAR T細胞療法後の転帰を予測するバイオマーカーとしての腸内マイクロバイオームと、CAR-Tの有効性を高め毒性を軽減するためのその調節法]
抗CD19 CAR-T療法による治療を受けている再発/難治性大細胞型B細胞リンパ腫患者から、ベースラインの便試料を採取した。全検体について、V4領域の標的リボソーム16S RNA遺伝子配列決定を用いて分類学的プロファイリングを行い、また、応答、生存転帰、毒性との関連を調べるために、様々なマイクロバイオーム多様性指標を算出した。
抗CD19 CAR-T療法による治療を受けている再発/難治性大細胞型B細胞リンパ腫患者から、ベースラインの便試料を採取した。全検体について、V4領域の標的リボソーム16S RNA遺伝子配列決定を用いて分類学的プロファイリングを行い、また、応答、生存転帰、毒性との関連を調べるために、様々なマイクロバイオーム多様性指標を算出した。
逆シンプソン指数(ISI)で測定した微生物の多様性が高い患者は、下図に示すように、無増悪生存期間及び全生存期間と有意に相関した。3ヶ月時点で継続中の応答が長期的な持続性と関連することが以前に示されたため(Locke et al, Lancet Oncol 2019)、CAR-T注入後3ヶ月時点で継続中の完全奏効(CR)を有する患者又は有さない患者におけるベースラインの腸内マイクロバイオームマーカーの差異を分析した。図1Aに示すように、3ヶ月時点で完全奏効が継続している患者は、そうでない患者と比較してISIが有意に高かった。また、ISIの三分位値によって患者を層別化し、無増悪生存期間(PFS)と全生存期間(OS)に対する腸内細菌の多様性の影響を分析した。ISI値が最も高い3分位の患者(n=11、PFS中央値未到達)のPFSは、中間位(n=11、PFS中央値2.82ヶ月、HR12.7、95%CI 3.61~44.77、log-rank、p=0.001)又は低位(n=11、PFS中央値2.43ヶ月、HR12.9、95%CI 3.68~45.75、log-rank、p=0.001)のISI値の患者と比較して有意に高かった(図1B)。高いISI値はまた、OSと正の有意な相関を示した(図1C)。
CRが継続している患者とそうでない患者(部分奏効:PR、病勢安定:SD、病勢進行:PD)では、いくつかの細菌ファミリーの相対的存在量が増加していた。これらの種の例には、Falvonifractor属、Intestimonas属、Lachnoclostridium属、peptoniphilus属などが含まれる。応答に関連する細菌のリストを、図2及び図3に示す。
以下の図に示すように、サイトカイン放出症候群(CRS)や免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群(ICANS)などのCAR-T療法に関連する毒性に関連する微生物組成には違いがあった。例えば、Veillonella parvula種、Lactonifactor属、Atopobium属、ruminococcus属などは、図4及び図5に示すように、低グレードのCRSと関連している。
同様に、図6に示すように、Cuneatibacter属、Clostridiales属、Raolutibacter属のような少数の菌種は、高グレードのICANと関連している。図7は、様々な細菌を分析し、その存在が病気の進行を促進するか否かを示したものである。5つの非有効性細菌群には、Finegoldia magna、Streptococcus anginosus group、Akkermansia muciniphila、Escherichia coli、及びHaemophilus parainfluenzaeが含まれた。1つの細菌は、病気の進行を妨げることで有効であった:Odribacter splanchnicus。
特定の実施形態では、腸内マイクロバイオームの多様性指標は、CAR T細胞療法後の奏効の持続性及び生存の強力な予測因子である。さらに、腸内細菌の組成及び存在量の違いは、CAR-T療法に関連する応答及び毒性に影響を及ぼす。腸内マイクロバイオームの調節は、CAR T細胞療法の有効性と毒性に顕著な影響を及ぼす可能性がある。
本開示及びその利点について詳細に説明したが、添付の特許請求の範囲によって定義される設計の精神及び範囲から逸脱することなく、本明細書において様々な変更、置換及び改変を行うことができることを理解されたい。さらに、本出願の範囲は、本明細書に記載されたプロセス、機械、製造、物質組成、手段、方法及びステップの特定の実施形態に限定されることを意図するものではない。当業者であれば、本開示から容易に理解されるように、本明細書に記載される対応する実施形態と実質的に同じ機能を果たすか、又は実質的に同じ結果を達成する、現在存在するか、又は後に開発されるプロセス、機械、製造、物質組成物、手段、方法、又はステップが、本開示に従って利用され得る。従って、添付の特許請求の範囲は、そのようなプロセス、機械、製造、物質組成物、手段、方法、又はステップをその範囲内に含むことを意図している。
Claims (91)
- 個体における療法の応答を判定又は予測する方法であって、個体の腸内マイクロバイオームから微生物組成を分析するステップを含み:
(a)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Bacillales目;及び/又はPhascolarctobacterium succinatutens種;及び/又はFinegoldia magna;及び/又はStreptococcus anginosus group;及び/又はAkkermansia muciniphila;及び/又はEscherichia coli;及び/又はHaemophilus parainfluenzaeの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記個体における療法が、標準又は別の個体と比較して、有効でないか、又は有効でないリスクがある;及び/又は
(b)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1属; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種の1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記個体における療法が、標準又は別の個体と比較して、有効であるか、又は有効である可能性が増大する、方法。 - 前記個体が癌を有し、前記個体に対する療法の応答が、部分奏効、病勢安定、若しくは病勢進行であるか、又は、部分奏効、病勢安定、若しくは病勢進行のリスクを有する、請求項1(a)に記載の方法。
- 前記個体が癌を有し、前記個体の療法に対する応答が、完全奏効、又は完全奏効である可能性が増大する、請求項1(b)に記載の方法。
- 前記癌が固形腫瘍を含む、又は血液学的悪性腫瘍である、請求項2又は3に記載の方法。
- 前記個体の腸内マイクロバイオームが、Flavonifractor plautiiを含む、請求項1(b)に記載の方法。
- 前記療法が免疫療法を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫療法が養子細胞療法を含む、請求項6に記載の方法。
- 前記養子細胞療法が、養子T細胞療法を含む、請求項7に記載の方法。
- 前記養子細胞療法の細胞が、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変される、請求項7又は8に記載の方法。
- 前記操作された抗原受容体が、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)若しくは1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含む、又は前記細胞がそれらの1つ以上を有する、請求項9に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法を含む、請求項7~10のいずれか一項に記載の方法。
- 治療上有効な量の前記療法を前記個体に与える工程をさらに含む、請求項1(b)に記載の方法。
- 前記療法がCAR T細胞療法であり、前記CAR T細胞療法の有効性を高めるために、前記個体への投与前に前記CAR T細胞療法が改変される、請求項1(a)に記載の方法。
- 前記CAR T細胞療法の投与量が増量される、請求項13に記載の方法。
- 前記CARの1つ以上の成分が変更される、請求項13又は14に記載の方法。
- 前記個体に、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が投与される、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が、Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1属; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種の1つ以上の微生物を含む、又はそれらからなる、又はそれらから本質的に構成される、請求項16に記載の方法。
- 前記個体に、治療上有効な量の別の癌療法が提供される、請求項1~17のいずれか一項に記載の方法。
- 個体における療法の毒性を判定又は予測する方法であって、前記個体の腸内マイクロバイオームから微生物組成物を分析する工程を含み:
(a)前記腸内マイクロバイオームが、Lactobacillus rhamnosus種; Parabacteroides goldsteinii種; Olsenella uli種; Fusobacterium varium種; Porphyrobacter属; Dialister succinatiphilus種; Faecalitalea cylindroides種; Porphyrobacter sanguineus種; Ruminiclostridium 9 unclass種; Sphingomonadaceae科; Sphingomonadales目; 及びOlsenella属の1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記療法が、標準又は別の個体と比較して、前記個体に対して毒性を有するか、又は毒性を有するリスクがある;及び/又は
(b)前記腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種の1つ以上の微生物を含む、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前記療法が、標準又は別の個体と比較して、前記個体に対して毒性を有しないか、又は毒性を有しない可能性が増大する、方法。 - 前記毒性がサイトカイン放出症候群(CRS)を含む、請求項19に記載の方法。
- 前記毒性を判定することが、CRSに関連する毒性のグレードを判定することとしてさらに定義される、請求項20に記載の方法。
- 前記療法が免疫療法を含む、請求項19~21のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫療法が養子細胞療法を含む、請求項22に記載の方法。
- 前記養子細胞療法が養子T細胞療法を含む、請求項23に記載の方法。
- 前記養子細胞療法の細胞が、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変される、請求項23又は24に記載の方法。
- 前記操作された抗原受容体が、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)若しくは1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含む、又は前記細胞がそれらの1つ以上を有する、請求項25に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法を含む、請求項23~26のいずれか一項に記載の方法。
- 治療上有効な量の前記療法を前記個体に与える工程をさらに含む、請求項19(b)に記載の方法。
- 前記療法がCAR T細胞療法であり、前記CAR T細胞療法の毒性を低減するために、前記個体への投与前に前記CAR T細胞療法が改変される、請求項19(a)に記載の方法。
- 前記CAR T細胞療法の投与量が減量される、請求項29に記載の方法。
- 前記CARの1つ以上のコンポーネントが変更される、請求項29又は30に記載の方法。
- 前記個体が、有効量の1種以上のプロバイオティクス及び/又は1種以上の糞便移植物を投与される、請求項19~31のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が、Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される、請求項32に記載の方法。
- 前記個体に、治療上有効な量の別の癌療法が提供される、請求項19~33のいずれか一項に記載の方法。
- 免疫療法を受けている個体が、免疫療法を受けた後に特定のグレードの免疫エフェクター細胞関連神経毒性症候群(ICANS)毒性を有する可能性を判定する方法であって、前記個体の腸内マイクロバイオームを分析する工程を含み:
(a)前記腸内マイクロバイオームが、[Clostridium] lavalense種; Cuneatibacter属; Clostridiales vadin BB60 group科; Clostridiales vadin BB60 group属; Clostridiales vadin BB60 group ge unclass種; [Clostridium] hylemonae種; Anaerotruncus rubiinfantis種; Ruminococcaceae UCG 004属; Eisenbergiella massiliensis種; Hydrogenoanaerobacterium属; Ruminococcaceae UCG 008属; Intestinibacillus massiliensis種; Raoultibacter属; Monoglobus pectinilyticus種; Bacillaceae科; Pseudomonas aeruginosa種; Bacillus hisashii種; Caecibacter massiliensis種; 及びPrevotella multisaccharivorax種のうちの1つ以上を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前期個体がICANS毒性のグレード3又は4である可能性があるか、又はICANS毒性のグレード3又は4となるリスクがある;及び/又は、
(b)前記腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される場合、前期個体がICANS毒性のグレード1又は2である可能性があるか、又はICANS毒性のグレード1又は2となるリスクがある、方法。 - 前記療法が免疫療法を含む、請求項35に記載の方法。
- 前記免疫療法が養子細胞療法を含む、請求項36に記載の方法。
- 前記養子細胞療法が養子T細胞療法を含む、請求項37に記載の方法。
- 前記養子細胞療法の細胞が、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変される、請求項37又は38に記載の方法。
- 前記操作された抗原受容体が、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含むか、又は前記細胞がそれらの1つ以上を有する、請求項39に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法を含む、請求項37~40のいずれか一項に記載の方法。
- 治療上有効な量の前記免疫療法を前記個体に投与する工程をさらに含む、請求項35(b)に記載の方法。
- 前記分析後、前記個体への送達前に、前記免疫療法がICANSのリスクを低減するように改変される、請求項35(a)に記載の方法。
- 前記療法がCAR T細胞療法であり、前記CAR T細胞療法の毒性を低減するために、前記個体に投与する前に前記CAR T細胞療法が改変される、請求項35(a)に記載の方法。
- 前記CAR T細胞療法の投与量が減量される、請求項44に記載の方法。
- 前記CARの1つ以上のコンポーネントが変更される、請求項44又は45に記載の方法。
- 前記個体が、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物を投与される、請求項35~46のいずれか一項に記載の方法。
- 1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が、Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上を含む、これらからなる、又はこれらから本質的に構成される、請求項47に記載の方法。
- 前記個体に、治療上有効な量の別の癌療法が提供される、請求項35~48のいずれか一項に記載の方法。
- 個体の癌を処置する方法であって、以下の場合に個体に治療上有効な量の免疫療法を提供する工程を含む方法:
(a)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される;
(b)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される;及び/又は
(c)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される。 - 前記免疫療法が養子細胞療法を含む、請求項50に記載の方法。
- 前記養子細胞療法が養子T細胞療法を含む、請求項51に記載の方法。
- 前記養子細胞療法の細胞が、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変される、請求項51又は52に記載の方法。
- 前記操作された抗原受容体が、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体を含むか、又は前記細胞が1つ以上のそれらを有する、請求項53に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法を含む、請求項50~54のいずれか一項に記載の方法。
- 前記個体が、有効量の1種以上のプロバイオティクス及び/又は1種以上の糞便移植物を投与される、請求項50~55のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が、(a)、(b)及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、(a)、(b)及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物からなるか、(a)、(b)及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物から本質的に構成される、請求項56に記載の方法:
(a)Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物;
(b)Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上の微生物;及び/又は、
(c)Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上の微生物。 - 前記個体に、治療上有効な量の別の癌療法が提供される、請求項50~57のいずれか一項に記載の方法。
- 養子細胞療法を必要とする個体の治療アウトカムを判定する方法であって、腸内マイクロバイオームをその中の微生物の多様性について分析するステップを含み、前記個体の腸内マイクロバイオームが高い多様性を有する場合、前記個体は、腸内マイクロバイオームの高い多様性を欠く個体と比較して、養子細胞療法が有効である可能性が増大する、方法。
- 前記個体の腸内マイクロバイオーム中の微生物の多様性が低い場合、前記個体に有効量の1つ以上の糞便移植物及び/又は1つ以上のプロバイオティクス組成物が提供される、請求項59に記載の方法。
- 前記腸内マイクロバイオームの多様性が、逆シンプソン指数(ISI)によって決定される、請求項59又は60に記載の方法。
- 前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にある場合、前記個体に養子細胞療法が有効である可能性が増大する、請求項61に記載の方法。
- 前記マイクロバイオーム中の1つ以上の微生物の帰属が、1つ以上の微生物のゲノムのショットガンシーケンシングによって決定される、請求項59~62のいずれか一項に記載の方法。
- 前記マイクロバイオーム中の1つ以上の微生物の帰属が、1つ以上の微生物のゲノムの指向性配列決定(directed sequencing)によって決定される、請求項59~62のいずれか一項に記載の方法。
- 前記指向性配列決定が、前記1つ以上の微生物の16S rRNAの配列決定である、請求項64に記載の方法。
- 前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にある場合、前記個体に有効量の養子細胞療法が投与される、請求項62~65のいずれか一項に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法である、請求項66に記載の方法。
- 前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にない場合、前記個体に有効量の養子細胞療法が投与されない、請求項62~65のいずれか一項に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法であり、前記個体の腸内マイクロバイオームの多様性がISIによって決定される最高三分位にない場合、CAR T細胞療法が変更される、請求項62~65のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CAR T細胞療法の投与量が減量される、請求項69に記載の方法。
- 前記CARの1つ以上のコンポーネントが変更される、請求項69又は70に記載の方法。
- 前記個体に、有効量の1種以上のプロバイオティクス及び/又は1種以上の糞便移植物が投与される、請求項66~71のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が、(a)、(b)及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、(a)、(b)及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物からなるか、(a)、(b)及び/又は(c)のいずれか1つ以上の微生物から本質的に構成される、請求項72に記載の方法:
(a)Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物;
(b)Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上;及び/又は、
(c)Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上。 - (a)、(b)、(c)及び/又は(d)のいずれか1つ以上の微生物を含むか、(a)、(b)、(c)及び/又は(d)のいずれか1つ以上からなるか、(a)、(b)、(c)及び/又は(d)のいずれか1つ以上から本質的に構成される、プロバイオティクス組成物及び/又は糞便移植組成物:
(a)Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物;
(b)Corynebacterium durum種; Eubacterium sulci種; Ihubacter massiliensis種; Eubacteriaceae科; Bacteroides xylanisolvens種; Ruminococcus 2属; Ruminococcus bromii種; Blautia luti種; Turicibacter属; Turicibacter sanguinis種; [Clostridium] celerecrescens種; Veillonella属; Roseburia faecis種; Atopobium属; Lactonifactor属; Lactonifactor longoviformis種; Atopobium parvulum種; Peptostreptococcaceae科; Veillonella tobetsuensis種; 及びVeillonella parvula種のうちの1つ以上;及び/又は
(c)Corynebacterium属; Lactobacillus sakei種; Veillonella dispar種; Streptococcus salivarius種; 及びCoprococcus eutactus種のうちの1つ以上;及び/又は、
(d)Odoribacter splanchnicus。 - 個体の療法に対する応答を判定又は予測する方法であって、個体の腸内マイクロバイオームから微生物組成を分析するステップを含み:
(a)前記個体の腸内マイクロバイオームが、Finegoldia magna; 及び/又はStreptococcus anginosus group; 及び/又はAkkermansia muciniphila; 及び/又はEscherichia coli; 及び/又はHaemophilus parainfluenzaeのうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、それらから本質的に構成される場合、前記個体に対する治療は、標準的な個体又は別の個体と比較して、有効でないか、又は有効でないリスクがある;及び/又は、
(b)個体の腸内マイクロバイオームがOdoribacter splanchnicusを含むか、Odoribacter splanchnicusからなるか、Odoribacter splanchnicusから本質的に構成されている場合、前記個体に対する療法は、標準的な個体又は別の個体と比較して、有効であるか、又は有効である可能性が増加する。 - 前記個体が癌を有し、前記個体の前記療法に対する応答が、部分奏効、病勢安定、又は病勢進行であるか、又は、部分奏効、病勢安定、又は病勢進行となるリスクを有する、請求項75(a)に記載の方法。
- 前記個体が癌を有し、前記個体の前記療法に対する応答が、完全奏効であるか、又は完全奏効である可能性が増大する、請求項75(b)に記載の方法。
- 前記癌が固形腫瘍を含む、又は血液学的悪性腫瘍である、請求項76又は77に記載の方法。
- 前記療法が免疫療法を含む、請求項75~78のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫療法が養子細胞療法を含む、請求項79に記載の方法。
- 前記養子細胞療法が養子T細胞療法を含む、請求項80に記載の方法。
- 前記養子細胞療法の細胞が、1つ以上の操作された抗原受容体を含むように改変される、請求項80又は81に記載の方法。
- 前記操作された抗原受容体が、1つ以上のキメラ抗原受容体(CAR)又は1つ以上の非ネイティブT細胞受容体からなるか、又は前記細胞が1つ以上のそれらを有する、請求項82に記載の方法。
- 前記養子細胞療法がCAR T細胞療法を含む、請求項80~83のいずれか一項に記載の方法。
- 治療上有効な量の前記療法を前記個体に与える工程をさらに含む、請求項75(b)に記載の方法。
- 前記療法がCAR T細胞療法であり、前記CAR T細胞療法の有効性を高めるために、個体への投与前に前記CAR T細胞療法が改変される、請求項75(a)に記載の方法。
- 前記CAR T細胞療法の投与量が増量される、請求項86に記載の方法。
- 前記CARの1つ以上のコンポーネントが変更される、請求項86又は87に記載の方法。
- 前記個体が、有効量の1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物を投与される、請求項75~88のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上のプロバイオティクス及び/又は1つ以上の糞便移植物が、
Odoribacter splanchnicus及び/又は、
Varibaculum属; Bifidobacterium animalis種; Corynebacterium tuberculostearicum種; Dialister succinatiphilus種; Porphyromonas asaccharolytica種; Porphyromonas endodontalis種; Ruminococcaceae ge unclass種; Varibaculum cambriense種; Murdochiella属; Levyella massiliensis種; Porphyromonas bennonis種; Peptoniphilus lacrimalis種; Peptoniphilus harei種; Anaerococcus vaginalis種; Butyricicoccus pullicaecorum種; Prevotella timonensis種; Ruminiclostridium 1種; Fenollaria massiliensis種; Frisingicoccus caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 010属; Hungateiclostridium cellulolyticum種; Ruminococcaceae UCG 010 unclass種; Prevotella属; Ezakiella属; Aminipila butyrica種; Eisenbergiella属; GCA 900066755属; Bacteroides ovatus種; Lachnospiraceae ge属; Ruminococcaceae unclass属; Ruminiclostridium 9属; Bacteroides cellulosilyticus種; Bacteroides vulgatus種; Alistipes shahii種; Eisenbergiella massiliensis種; GCA 900066225属; [Ruminococcus] torques種; Longicatena caecimuris種; Ruminococcaceae UCG 002属; Anaerococcus属; Barnesiella属; [Clostridium] celerecrescens種; Barnesiella intestinihominis種; Desulfovibrio desulfuricans種; Bacteroidaceae科; Barnesiellaceae科; Bacteroides属; Bacteroides xylanisolvens種; Dialister propionicifaciens種; Fournierella属; Lachnospiraceae unclass属; Porphyromonadaceae科; Peptoniphilus属; Porphyromonas属; Blautia glucerasea種; GCA 900066575属; Lachnoclostridium属; Intestinimonas属; Anaerotignum lactatifermentans種; Bacteroides thetaiotaomicron種; Flavonifractor属; Agathobaculum desmolans種; 及びFlavonifractor plautii種のうちの1つ以上の微生物を含むか、それらからなるか、又はそれらから本質的に構成される、請求項89に記載の方法。 - 前記個体に、治療上有効な量の別の癌療法が提供される、請求項75~90のいずれか一項に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US202163143665P | 2021-01-29 | 2021-01-29 | |
US63/143,665 | 2021-01-29 | ||
PCT/US2022/014420 WO2022165255A1 (en) | 2021-01-29 | 2022-01-28 | Gut microbiome as a predictive biomarker of outcomes for chimeric antigen receptor t-cell therapy |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2024510369A true JP2024510369A (ja) | 2024-03-07 |
Family
ID=82654969
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023546040A Pending JP2024510369A (ja) | 2021-01-29 | 2022-01-28 | キメラ抗原受容体t細胞療法のアウトカム予測バイオマーカーとしての腸内マイクロバイオーム |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20240084403A1 (ja) |
EP (1) | EP4284402A1 (ja) |
JP (1) | JP2024510369A (ja) |
KR (1) | KR20230136197A (ja) |
CA (1) | CA3210085A1 (ja) |
WO (1) | WO2022165255A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN116574644B (zh) * | 2023-04-27 | 2023-11-28 | 四川农业大学 | 一株Parageobacillus toebii PMBT002及其应用 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2018531908A (ja) * | 2015-09-04 | 2018-11-01 | メモリアル スローン ケタリング キャンサー センター | 癌の再発のリスクを検出するための方法及び組成物 |
-
2022
- 2022-01-28 CA CA3210085A patent/CA3210085A1/en active Pending
- 2022-01-28 EP EP22746750.3A patent/EP4284402A1/en active Pending
- 2022-01-28 WO PCT/US2022/014420 patent/WO2022165255A1/en active Application Filing
- 2022-01-28 US US18/262,338 patent/US20240084403A1/en active Pending
- 2022-01-28 JP JP2023546040A patent/JP2024510369A/ja active Pending
- 2022-01-28 KR KR1020237029227A patent/KR20230136197A/ko unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA3210085A1 (en) | 2022-08-04 |
WO2022165255A1 (en) | 2022-08-04 |
US20240084403A1 (en) | 2024-03-14 |
EP4284402A1 (en) | 2023-12-06 |
KR20230136197A (ko) | 2023-09-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11471531B2 (en) | Selectively altering microbiota for immune modulation | |
US20230263843A1 (en) | Microbiota composition, as a marker of responsiveness to anti-pd1/pd-l1/pd-l2 antibodies and use of microbial modulators for improving the efficacy of an anti-pd1/pd-l1/pd-l2 ab-based treatment | |
Altmeyer et al. | Impact of a probiotic Bacillus cereus strain on the jejunal epithelial barrier and on the NKG2D expressing immune cells during the weaning phase of piglets | |
US20240084403A1 (en) | Gut Microbiome as a Predictive Biomarker of Outcomes for Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy |