JP2024509157A - リングフィンガータンパク質２１３（ｒｎｆ２１３）阻害剤による肝疾患の治療 - Google Patents

リングフィンガータンパク質２１３（ｒｎｆ２１３）阻害剤による肝疾患の治療 Download PDF

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Abstract

本開示は、肝疾患を有する対象を治療する方法、及び肝疾患を発症する増加したリスクを有する対象を特定する方法を提供する。

Description

配列表の参照
本出願は、２０２２年２月２８日に作製された、１８９２３８０５９０２ＳＥＱという名称で１３，７７７キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子提出された配列表を含む。この配列表は、参照により、本明細書に援用される。
本開示は、概して、リングフィンガータンパク質２１３（Ｒｉｎｇ Ｆｉｎｇｅｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ ２１３、ＲＮＦ２１３）阻害剤による肝疾患を有する対象の治療、及び肝疾患を発症する増加したリスクを有する対象を特定する方法に関する。
慢性肝疾患及び硬変は、米国において主要な罹患原因及び死因であり、２０１４年における死亡数は３８，１７０件に及んでいる（総死亡数の１．５％）（非特許文献１）。米国において、肝硬変の病因として特に多いのは、アルコール性肝疾患、慢性Ｃ型肝炎及び非アルコール性脂肪肝疾患（ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ、ＮＡＦＬＤ）であり、２００４～２０１３年では、肝移植を待っている対象の約８０％をこれらの３つが占めていた（非特許文献２）。米国におけるＮＡＦＬＤの推定存在率は１９～４６パーセントであり（非特許文献３、非特許文献４、及び非特許文献５）、おそらくは、ＮＡＦＬＤの主な危険因子である肥満率の上昇と連動して（非特許文献６）、時間の経過とともに上昇している（非特許文献７）。Ｃ型肝炎の治療は有意に進歩しているのに対し、アルコール性または非アルコール性肝疾患及び硬変のための証拠に基づく治療は現在存在しない。
リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）は、Ｃ３ＨＣ４型のリングフィンガードメインを含むタンパク質であり、これは、亜鉛の２つの原子を結合する特殊なタイプのＺｎフィンガーであり、タンパク質－タンパク質相互作用の媒介に関与すると考えられている。タンパク質はまた、ＡＴＰａｓｅ活性に関連するＡＡＡドメインを含む。ＲＮＦ２１３は、Ｅ３ユビキチン－タンパク質リガーゼとしても知られており、血管新生及び血管発達における非カノニカルなＷｎｔシグナル伝達経路に関与し、ＲＳＰＯ３の下流でＦＬＮＡ及びＮＦＡＴＣ２のユビキチン化及び分解を媒介することによって作用し、非カノニカルなＷｎｔシグナル伝達経路の阻害をもたらし、血管退縮を促進する。さらに、ＲＮＦ２１３は、動脈閉塞及び異常な血管生成を特徴とする脳血管障害であるモヤモヤ病（Ｍｏｙａｍｏｙａ ｄｉｓｅａｓｅ、ＭＭＤ）の感受性遺伝子である。加えて、ＲＮＦ２１３は、脂肪毒性、脂肪蓄積、及び脂質滴の形成を調節する脂質代謝に役割を果たす。ＲＮＦ２１３－／－ＭＧＩマウスは、体重及びレプチンの減少、食物摂取の増加、グルコースの増加、ならびにインスリンの障害を示す。
Ｋｏｃｈａｎｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ’ｌ．Ｖｉｔａｌ Ｓｔａｔ．Ｒｅｐ．，２０１６，６５，１－１２２ Ｗｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１５，１４８，５４７－５５５ Ｂｒｏｗｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２００４，４０，１３８７－１３９５ Ｌａｚｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．，２０１３，１７８，３８－４５ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，２０１１，１４０，１２４－１３１ Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１１，３３２，１５１９－１５２３ Ｙｏｕｎｏｓｓｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．Ｈｅｐａｔｏｌ．，２０１１，９，５２４－５３０
本開示は、肝疾患を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、脂肪肝疾患を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝細胞癌を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝硬変を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝線維症を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪性肝炎（ｎｏｎ－ａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ、ＮＡＳＨ）を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、対象は肝疾患に罹患しており、方法は、対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために生物学的サンプルについて遺伝子型決定アッセイを実施することまたは実施したことによって、対象がヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するかどうかを決定するステップと、対象がＲＮＦ２１３参照である場合、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量で対象に投与するか、または継続して投与し、かつＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与するステップと、対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である場合、肝疾患を治療または阻害する治療剤を、標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で対象に投与するか、または継続して投与し、かつＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与するステップと、を含み、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が肝疾患を発症する低下したリスクを有することを示す、方法を提供する。
本開示はまた、肝疾患を発症する増加したリスクを有する対象を特定する方法であって、方法は、対象から得られる生物学的サンプル中のヒトリングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の存在または非存在を決定すること、または決定したことを含み、対象がＲＮＦ２１３参照である場合、対象は、肝疾患を発症する増加したリスクを有し、対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性であるか、またはＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してホモ接合性である場合、対象は、肝疾患を発症する低下したリスクを有する、方法を提供する。
本開示はまた、対象における肝疾患の治療に使用するための、肝疾患を治療または阻害する治療剤であって、対象は、ＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子と、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子と、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子と、を有する、治療剤を提供する。
本開示はまた、対象における肝疾患の治療に使用するためのＲＮＦ２１３阻害剤であって、対象は、ヒトリングフィンガータンパク質２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子と、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子と、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子と、を有する、ＲＮＦ２１３阻害剤を提供する。
本開示の態様に関連する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲を通して使用される。別段に示されていない限り、このような用語には、当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。他の具体的に定義される用語は、本明細書において提供される定義と合致した様式で解釈されるものとする。
別段明確に述べられない限り、本明細書において説明される任意の方法または態様は、そのステップが特定の順序で遂行されることを要求するものとして解釈されるようには一切意図されない。したがって、ステップを特定の順序に限定すべきことが、請求項または説明において、方法クレームによって具体的に定められていない場合には、いかなる点においても、順序を定めるようには意図されていない。このことは、ステップもしくは作業フローの手筈に関する論理事項、文法構成もしくは句読法に由来する一般的意味、または本明細書に記載されている態様の数もしくは種類を含め、あらゆる考え得る非明示的な解釈基準についても同様である。
本明細書において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別段文脈による明瞭な定めがない限り、複数の指示物を包含する。
本明細書において使用される場合、「約」という用語は、列挙された数値が近似値であり、小さな変動が、開示される実施形態の実践に有意に影響しないであろうことを意味する。数値が使用される場合、文脈によって別段の指示がない限り、「約」という用語は、数値が±１０％変動し、開示された実施形態の範囲内に留まることができることを意味する。
本明細書において使用される場合、「含むこと」という用語は、特定の実施形態において、所望に応じて、「～からなること」または「～から本質的になること」と置き換えられ得る。
本明細書で使用される場合、「単離された」という用語は、核酸分子またはポリペプチドに関して、核酸分子またはポリペプチドが、例えば血液及び／または動物組織とは別の、その天然環境以外の状態にあることを意味する。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子またはポリペプチドは、他の核酸分子または他のポリペプチド、特に動物起源の他の核酸分子またはポリペプチドを実質的に含まない。いくつかの実施形態において、核酸分子またはポリペプチドは、高度に精製された形態、すなわち、９５％を超える純度または９９％を超える純度であり得る。この文脈で使用される場合、「単離された」という用語は、二量体または代替的にリン酸化もしくは誘導体化された形態等の代替的な物理的形態の同じ核酸分子またはポリペプチドの存在を排除しない。
本明細書において使用される場合、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含み得、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含み得、一本鎖、二本鎖、または多重鎖であり得る。核酸の一方の鎖は、その相補物ともいう。
本明細書において使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物を含む任意の動物を包含する。哺乳動物としては、家畜（例えばウマ、ウシ、ブタ等）、愛玩動物（例えばイヌ、ネコ等）、実験用動物（例えばマウス、ラット、ウサギ等）、及び非ヒト霊長動物が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態において、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態において、ヒトは、医師のケア下の患者である。
対象における肝疾患を発症する低下したリスクに関連するＲＮＦ２１３遺伝子における希少なバリアントが、本開示に従って特定されている。例えば、ヒトＲＮＦ２１３参照における１０２，９１７位のアデニンヌクレオチド（配列番号１を参照）をグアニンに、またはヒトＲＮＦ２１３参照における１０２，３９１位のグアニンヌクレオチド（配列番号１を参照）をシトシンに、またはヒトＲＮＦ２１３参照における１０３，２２６位のシトシンヌクレオチド（配列番号１を参照）をチミンに変化させる遺伝子変異は、そのような変異を有するヒトが肝疾患を発症する低下したリスクを有し得ることを示すことが観察されている。ＲＮＦ２１３遺伝子またはタンパク質のバリアントには、肝疾患との既知の関連性はないと考えられている。全体として、本明細書に記載の遺伝子分析は、驚くべきことに、ＲＮＦ２１３遺伝子、特にＲＮＦ２１３遺伝子のバリアントが、肝疾患を発症するリスクの低下と関連することを示す。したがって、肝疾患（例えば、脂肪肝疾患（アルコール性脂肪肝疾患（ａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ、ＡＦＬＤ）及びＮＡＦＬＤを含む）、肝細胞癌、肝硬変、肝線維症、単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、及び肝実質性疾患）を発症する増加したリスクを有するＲＮＦ２１３参照である対象は、肝疾患が予防され、その症状が軽減され、及び／または症状の発症が抑制されるように治療され得る。したがって、本開示は、リスクがある対象または活動性疾患を有する対象がそれに応じて治療され得るように、対象におけるそのようなバリアントの特定を利用して、肝疾患を発症するそのような対象におけるリスクを特定もしくは層別化するか、または対象が肝疾患を発症する増加したリスクを有すると診断する、方法を提供する。
特定のＲＮＦ２１３バリアントの総負荷が、肝疾患（例えば、脂肪肝疾患（ＡＦＬＤ及びＮＡＦＬＤを含む）、肝細胞癌、肝硬変、肝線維症、単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、及び肝実質性疾患等）を発症するリスクの低下と関連することが、本開示に従ってさらに観察されている。したがって、肝疾患を有するヒトは、ＲＮＦ２１３を阻害する分子で治療され得ると考えられている。したがって、本開示は、リスクがある対象または活動性疾患を有する対象が治療され得るように、対象におけるそのようなバリアントの特定及びそのようなバリアントを有する総負荷を利用して、そのような肝疾患の対象におけるリスクを特定もしくは層別化するか、または対象が肝疾患を有すると診断するための方法を提供する。
本開示の目的のため、任意の特定のヒトは、３つのＲＮＦ２１３遺伝子型：ｉ）ＲＮＦ２１３参照、ｉｉ）ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性、またはｉｉｉ）ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してホモ接合性のうちの１つを有するものとしてカテゴリー化され得る。ヒトがＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子のコピーを有しない場合、ヒトは、ＲＮＦ２１３参照である。ヒトが、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の単一コピーを有する場合、ヒトは、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である。本明細書で使用される場合、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失バリアント核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする任意のＲＮＦ２１３核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。部分的な機能喪失（または予測される部分的な機能喪失）を有するＲＮＦ２１３ポリペプチドを有するヒトは、ＲＮＦ２１３についてハイポモルフィックである。ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕをコードする任意の核酸分子であり得る。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕをコードする。ヒトが、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の２つのコピーを有する場合、ヒトは、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してホモ接合性である。
ＲＮＦ２１３参照であると遺伝子型決定されるか、または決定される対象について、そのような対象は、肝疾患（例えば、脂肪肝疾患（ＡＦＬＤ及びＮＡＦＬＤを含む）、肝細胞癌、肝硬変、肝線維症、単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、及び肝実質性疾患）を発症する増加したリスクを有する。ＲＮＦ２１３参照であることが遺伝子型決定されるか、もしくは決定されているか、またはＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である対象について、そのような対象は、ＲＮＦ２１３阻害剤で治療され得る。
本明細書に記載されている実施形態のうちのいずれかでは、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする任意のＲＮＦ２１３核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）であり得る。例えば、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕをコードする任意の核酸分子であり得る。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕをコードする。
本明細書に記載の実施形態のうちのいずれかでは、ＲＮＦ２１３ポリペプチドは、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有する任意のＲＮＦ２１３ポリペプチドであり得る。本明細書に記載のいずれかの実施形態において、ＲＮＦ２１３ポリペプチドは、例えば、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕを含む、本明細書に記載のＲＮＦ２１３ポリペプチドのうちのいずれかであり得る。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３ポリペプチドは、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕである。
本明細書に記載される実施形態のうちのいずれかにおいて、肝疾患は、ＡＦＬＤ及びＮＡＦＬＤ、肝細胞癌、肝硬変、肝線維症、単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、ＮＡＳＨ、または肝実質性疾患を含む脂肪肝疾患である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、脂肪肝疾患である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、ＡＦＬＤである。いくつかの実施形態において、肝疾患は、ＮＡＦＬＤである。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝細胞癌である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝硬変である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝線維症である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、単純性脂肪肝である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、脂肪性肝炎である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、ＮＡＳＨである。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝実質性疾患である。
いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝障害、肝脂肪の沈着、肝炎症、中毒性肝疾患、免疫性肝疾患、またはアラニンアミノトランスフェラーゼ（ａｌａｎｉｎｅ ａｍｉｎｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ、ＡＬＴ）の上昇である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝障害である。いくつかの実施形態において、肝障害は、肝臓酵素の上昇によって測定される。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝脂肪の沈着である。いくつかの実施形態において、肝脂肪の沈着は、画像診断、生検、または他の手順によって特定される。いくつかの実施形態において、肝疾患は、肝炎症である。いくつかの実施形態において、肝炎症は、生検、画像診断、または他の手順によって特定される。いくつかの実施形態において、肝疾患は、中毒性肝疾患である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、免疫性肝疾患である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、ＡＬＴの上昇である。いくつかの実施形態において、肝疾患は、金属、タンパク質性物質、胆汁酸、または他の刺激性もしくは炎症促進性物質の蓄積に起因する。いくつかの実施形態において、肝疾患は、鉄等の金属の蓄積に起因する。いくつかの実施形態において、肝疾患は、アルファ１抗トリプシン欠乏症等のタンパク質性物質の蓄積に起因する。いくつかの実施形態において、肝疾患は、胆汁酸の蓄積に起因する。いくつかの実施形態において、肝疾患は、刺激性物質の蓄積に起因する。いくつかの実施形態において、肝疾患は炎症促進性物質の蓄積によるものである。
肝疾患の症状としては、肝臓肥大、疲労感、右上腹部の痛み、腹部膨満（腹水症）、表皮直ぐ下の血管の拡大、男性における胸部拡大、脾臓の拡大、手掌紅斑、ならびに皮膚及び目の黄変（黄疸）、掻痒、暗色尿、浅色便、吐き気または嘔吐、食欲喪失、及び容易にあざができる傾向が挙げられるがこれらに限定されない。肝疾患のための検査は、血液検査、肝臓の画像化、及び肝臓の生検を伴い得る。対象が、既知の危険因子（例えば、病原性変異のような遺伝子因子）を少なくとも１つ有する場合には、その個体は、肝疾患のリスクが向上しており、その危険因子を有する個体は、危険因子のない個体よりも、その疾患を発症するリスクが統計的に有意な形で高い者と位置付けられる。肝疾患の危険因子も周知であり、例えば、アルコールの過剰摂取、肥満症、高コレステロール、高レベルの血中トリグリセリド、多嚢胞性卵巣症候群、睡眠時無呼吸、２型糖尿病、甲状腺機能低下（甲状腺機能低下症）、下垂体機能低下（下垂体機能低下症）及びメタボリックシンドローム（血中脂質の増大を含む）を挙げることができる。
本開示は、肝疾患を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、脂肪肝疾患（ＡＦＬＤまたはＮＡＦＬＤ等）を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝細胞癌を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝硬変を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、肝線維症を有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、またはＮＡＳＨを有する対象を治療する方法であって、ＲＮＦ２１３阻害剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３阻害剤は、阻害性核酸分子を含む。阻害性核酸分子の例としては、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及び短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。そのような阻害性核酸分子は、ｍＲＮＡ分子等のＲＮＦ２１３核酸分子の任意の領域を標的にするように設計することができる。いくつかの実施形態において、阻害性核酸分子は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子内の配列にハイブリダイズし、対象における細胞中のＲＮＦ２１３ポリペプチドの発現を減少させる。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３阻害剤は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイズし、対象における細胞中のＲＮＦ２１３ポリペプチドの発現を減少させるアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３阻害剤は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイズし、対象における細胞中のＲＮＦ２１３ポリペプチドの発現を減少させるｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３阻害剤は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイズし、対象における細胞中のＲＮＦ２１３ポリペプチドの発現を減少させるｓｈＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンス核酸分子は、配列番号８２～２０６０２で表されるヌクレオチド配列のうちのいずれかを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、配列番号２０６０３～６４５８８で表されるヌクレオチド配列（センス鎖及びアンチセンス鎖）のうちのいずれかを含むか、またはそれからなる（例えば、センス鎖は、例えば、配列番号２０６０３であり、対応するアンチセンス鎖は、配列番号２０６０４である；センス鎖は、例えば、配列番号２０６０５であり、対応するアンチセンス鎖は、配列番号２０６０６である等）。
本明細書に開示される阻害性核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含み得る。阻害性核酸分子を、ベクターまたは異種標識等の異種核酸配列に連結または融合することもできる。例えば、本明細書に開示される阻害性核酸分子は、ベクター内部にあるか、または阻害性核酸分子と異種核酸配列とを含む外因性ドナー配列であり得る。阻害性核酸分子は、異種標識へ連結または融合もされ得る。標識は、直接検出可能であり得る（例えば、フルオロフォア等）か、または間接的に検出可能であり得る（例えば、ハプテン、酵素、またはフルオロフォアクエンチャー等）。そのような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的手段により検出可能であり得る。かかる標識としては、例えば放射性同位体標識、色素、染料、クロモゲン、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識はまた、例えば、化学発光物質、金属含有物質、またはシグナルの酵素依存性二次生成が生じる酵素であり得る。「標識」という用語はまた、コンジュゲートされた分子が、基質とともに続いて添加されたときに、検出可能なシグナルを生成するために使用されるように、コンジュゲートされた分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指し得る。例えば、ビオチンは、タグに結合するための西洋ワサビペルオキシデート（ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ ｐｅｒｏｘｉｄａｔｅ、ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンコンジュゲートとともにタグとして使用することができ、ＨＲＰの存在を検出するために、熱量測定基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ｔｅｔｒａｍｅｔｈｙｌｂｅｎｚｉｄｉｎｅ、ＴＭＢ）等）または蛍光発生基質を使用して検査することができる。精製を促進するためのタグとして使用することができる例示的な標識として、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧもしくは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓもしくはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限定されない。多数の標識としては、例えば粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素、及びそれらの比色基質、蛍光発生基質、及び化学発光基質、ならびに他の標識が挙げられる。
開示される阻害性核酸分子は、例えばヌクレオチド、または非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチド（ヌクレオチド類似体またはヌクレオチド代替物等）を含み得る。このようなヌクレオチドとしては、改変された塩基、糖もしくはホスフェート基を含むか、またはその構造に非天然部分が導入されているヌクレオチドが挙げられる。非天然ヌクレオチドの例としては、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド及びフルオロフォア標識ヌクレオチドが挙げられるが、これらに限らない。
本明細書に開示された阻害性核酸分子は、１つ以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基、糖、またはリン酸部分のいずれかへの修飾を含むヌクレオチドである。塩基部分への修飾として、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然及び合成修飾、ならびに例えばプソイドウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イル等の異なるプリンまたはピリミジン塩基が挙げられるが、これらに限定されない。修飾塩基としては、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（偽ウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば、５－ブロモ等）、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換ウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、及び３－デアザアデニンが含まれるがこれらに限定されない。
ヌクレオチド類似体にはまた、糖部分の修飾も含まれ得る。糖部分への修飾には、リボース及びデオキシリボースの天然修飾、ならびに合成修飾が含まれるが、これらに限定されない。糖修飾としては、２’位での以下の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキル（式中、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは、置換または非置換のＣ１－１０アルキルまたはＣ２－１０アルケニル、及びＣ２－１０アルキニルであり得る）が挙げられるがこれらに限定されない。また、例示的な２’糖修飾としては、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎ－ＯＮＨ２、及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中、ｎ及びｍは独立して１～約１０である）が挙げられるが、これらに限定されない。２’位での他の修飾としては、Ｃ１－１０アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリールまたはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性の改善のための基、またはオリゴヌクレオチドの薬物動力学的特性の改善のための基、及び類似する特性を有する他の置換基が挙げられるが、これらに限定されない。糖の他の位置で、特に、３’末端ヌクレオチドまたは２’－５’結合オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位と、５’末端ヌクレオチドの５’位で同様の修飾が行われていてもよい。修飾された糖としては、架橋環酸素（ＣＨ２及びＳ等）で修飾を含有するものも挙げられ得る。ヌクレオチド糖類似体は、ペントフラノシル糖の代わりに糖模倣体（シクロブチル部分等）も有し得る。
ヌクレオチド類似体は、リン酸部分でも修飾され得る。修飾されたリン酸塩部分としては、２つのヌクレオチド間のリンケージが、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含むメチル及び他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホラミデート及びアミノアルキルホスホラミデートを含むホスホラミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエート、ならびにボラノホスフェートを含むように修飾することができるものが挙げられるが、これらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸リンケージまたは修飾されたリン酸リンケージは、３’－５’リンケージまたは２’－５’リンケージを介することができ、リンケージは逆向きの極性（３’－５’から５’－３’へまたは２’－５’から５’－２’へ等）を含有し得る。様々な塩、混合塩、及び遊離酸形態も含まれる。ヌクレオチド置換体には、ペプチド核酸（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ、ＰＮＡ）も含まれる。
いくつかの実施形態において、アンチセンス核酸分子はギャップマーであり、それによって５’及び３’末端の最初の１～７ヌクレオチドは各々、２’－メトキシエチル（２’－ｍｅｔｈｏｘｙｅｔｈｙｌ、２’－ＭＯＥ）修飾を有する。いくつかの実施形態において、５’及び３’末端の最初の５ヌクレオチドは各々、２’－ＭＯＥ修飾を有する。いくつかの実施形態において、５’及び３’末端の最初の１～７ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’及び３’末端の最初の５ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間の骨格リンケージの各々は、ホスホロチオエートリンケージである。
いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、末端修飾を有する。いくつかの実施形態において、アンチセンス鎖の５’末端は、リン酸化される。いくつかの実施形態において、５’－（Ｅ）－ビニル－ホスホネート等の、加水分解することができない５’－ホスフェート類似体が使用される。
いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、骨格修飾を有する。いくつかの実施形態において、連続したリボースヌクレオシドを連結する修飾ホスホジエステル基は、ｓｉＲＮＡの安定性及びインビボバイオアベイラビリティを向上させることが示されている。ホスホジエステルリンケージの非エステル基（－ＯＨ、＝Ｏ）は、硫黄、ホウ素、またはアセテートと置き換えて、ホスホロチオエート、ボラノホスフェート、及びホスホノアセテートリンケージを得ることができる。加えて、ホスホジエステル基をホスホトリエステルで置換することは、負電荷を排除することによって、ｓｉＲＮＡの細胞取り込み及び血清成分上での保持を促進することができる。いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、糖修飾を有する。いくつかの実施形態において、糖は脱プロトン化され（エキソヌクレアーゼ及びエンドヌクレアーゼによって触媒される反応）、それによって２’－ヒドロキシルは、求核剤として作用し、ホスホジエステル結合中の隣接するリンを攻撃することができる。かかる代替物としては、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル、及び２’－フルオロ修飾が挙げられる。
いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、塩基修飾を有する。いくつかの実施形態において、塩基は、シュードウリジン、５’－メチルシチジン、Ｎ６－メチルアデノシン、イノシン、及びＮ７－メチルグアノシン等の修飾塩基で置換され得る。
いくつかの実施形態において、ｓｉＲＮＡ分子は、脂質にコンジュゲートされる。脂質は、ｓｉＲＮＡの５’または３’末端にコンジュゲートされて、それらが血清リポタンパク質と会合することを可能にすることによって、それらのインビボバイオアベイラビリティを改善することができる。代表的な脂質としては、コレステロール及びビタミンＥ、ならびにパルミテート及びトコフェロール等の脂肪酸が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態において、代表的なｓｉＲＮＡは、以下の式を有する：
センス：ｍＮ＊ｍＮ＊／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／＊ｍＮ＊／３２ＦＮ／
アンチセンス：／５２ＦＮ／＊／ｉ２ＦＮ／＊ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ／ｉ２ＦＮ／ｍＮ＊Ｎ＊Ｎ
式中、「Ｎ」は塩基であり、「２Ｆ」は２’－Ｆ修飾であり、「ｍ」は２’－Ｏ－メチル修飾であり、「Ｉ」は内部塩基であり、「＊」はホスホロチオエート骨格リンケージである。
本開示はまた、本明細書に開示される阻害性核酸分子のうちのいずれか１つ以上を含むベクターを提供する。いくつかの実施形態において、本開示のベクターは、本明細書に開示される阻害性核酸分子のうちのいずれか１つ以上と、異種核酸と、を含む。ベクターは、核酸分子を輸送できるウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであることができる。いくつかの実施形態において、ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡ等）である。いくつかの実施形態において、本開示のベクターは、ウイルスベクターであって、追加のＤＮＡセグメントをそのウイルスゲノムにライゲーションできるウイルスベクターである。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス（カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルス等）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン－バー（ＥＢＶ）由来エピソーム、及び当該技術分野において既知の他の発現ベクターが挙げられるがこれらに限定されない。
本開示はまた、本明細書に開示される阻害性核酸分子のうちのいずれか１つ以上を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、組成物は、薬学的組成物である。いくつかの実施形態において、組成物は、担体及び／または賦形剤を含む。担体の例としては、ポリ（乳酸）（ｐｏｌｙ（ｌａｃｔｉｃ ａｃｉｄ）、ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ｐｏｌｙ（Ｄ，Ｌ－ｌａｃｔｉｃ－ｃｏｇｌｙｃｏｌｉｃ－ａｃｉｄ）、ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート（ｃｏｃｈｌｅａｔｅ）、及び脂質微小管が挙げられるが、これらに限らない。担体は、ＰＢＳ、ＨＢＳＳ等のような緩衝化塩溶液を含んでよい。
いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３阻害剤は、認識配列（複数可）における１つ以上のニックもしくは二本鎖切断を誘導するヌクレアーゼ剤、またはＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内の認識配列に結合するＤＮＡ結合タンパク質を含む。認識配列は、ＲＮＦ２１３遺伝子のコード領域内、または遺伝子の発現に影響を及ぼす制御領域内に所在し得る。ＤＮＡ結合タンパク質またはヌクレアーゼ剤の認識配列は、イントロン、エクソン、プロモーター、エンハンサー、調節領域、または任意の非タンパク質コード領域内に所在し得る。認識配列は、ＲＮＦ２１３遺伝子の開始コドンを含み得るかまたはそれに近接し得る。例えば、認識配列は、開始コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドに配置することができる。別の例として、各々が開始コドンを含むかまたは当該コドンに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的化する、２つ以上のヌクレアーゼ剤が使用され得る。別の例として、１つが開始コドンを含むかまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とし、もう１つが終止コドンを含むかまたはそれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする２つのヌクレアーゼ剤を使用することができ、これらのヌクレアーゼ剤による切断により、２つのヌクレアーゼ認識配列間のコード領域を欠失させることができる。所望される認識配列の中へのニックまたは二本鎖切断を誘導する任意のヌクレアーゼ剤は、本明細書において開示される方法及び組成物において使用され得る。所望される認識配列へ結合する任意のＤＮＡ結合タンパク質は、本明細書において開示される方法及び組成物において使用され得る。
本明細書における使用に好適なヌクレアーゼ剤及びＤＮＡ結合タンパク質としては、ジンクフィンガータンパク質もしくはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ｎｕｃｌｅａｓｅ、ＺＦＮ）ペア、転写活性化因子様エフェクター（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ａｃｔｉｖａｔｏｒ－Ｌｉｋｅ Ｅｆｆｅｃｔｏｒ、ＴＡＬＥ）タンパク質もしくは転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ａｃｔｉｖａｔｏｒ－Ｌｉｋｅ Ｅｆｆｅｃｔｏｒ Ｎｕｃｌｅａｓｅ、ＴＡＬＥＮ）、またはクラスター化規則的散在型短パリンドローム反復（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ Ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ Ｓｈｏｒｔ Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ Ｒｅｐｅａｔ、ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系が挙げられるがこれらに限定されない。認識配列の長さは異なることができるが、例えば、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＮ対については約３０～約３６ｂｐ、各ＺＦＮについては約１５～約１８ｂｐ、ＴＡＬＥタンパク質またはＴＡＬＥＮについては約３６ｂｐ、及びＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓガイドＲＮＡについては約２０ｂｐである認識配列が挙げられる。
いくつかの実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を使用して、細胞内のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子を修飾することができる。本明細書で開示される方法及び組成物は、ＲＮＦ２１３核酸分子の部位特異的切断のためにＣＲＩＳＰＲ複合体（Ｃａｓタンパク質と複合体化したガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む）を利用することによってＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を用いることができる。
Ｃａｓタンパク質は、概して、ｇＲＮＡと相互作用し得る少なくとも１つのＲＮＡ認識または結合ドメインを含む。Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼドメイン（例えばＤＮａｓｅドメインまたはＲＮａｓｅドメイン等）、ＤＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、タンパク質－タンパク質相互作用ドメイン、二量体化ドメイン、及び他のドメインも含み得る。好適なＣａｓタンパク質には、例えば、野生型Ｃａｓ９タンパク質及び野生型Ｃｐｆ１タンパク質（例えば、ＦｎＣｐｆ１等）が挙げられる。Ｃａｓタンパク質は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子中で二本鎖切断を生成するように完全な切断活性を有し得るか、またはＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子中で一本鎖切断を生成するニッカーゼであり得る。Ｃａｓタンパク質の追加の例としては、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（ＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１またはＣｓｘ１２）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１０ｄ、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（ＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（ＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６、ならびにそれらのホモログまたは修飾バージョンが挙げられるがこれらに限定されない。Ｃａｓタンパク質はまた、融合タンパク質として異種ポリペプチドに作動可能に連結され得る。例えば、Ｃａｓタンパク質を、切断ドメイン、エピジェネティック修飾ドメイン、転写活性化ドメイン、または転写抑制因子ドメインに融合させることができる。Ｃａｓタンパク質は、任意の形態で提供することができる。例えば、Ｃａｓタンパク質を、タンパク質、例えば、ｇＲＮＡと複合体化したＣａｓタンパク質の形態で提供することができる。代替的に、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸分子の形態（ＲＮＡまたはＤＮＡ等）で提供され得る。
いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の標的とする遺伝子修飾は、細胞を、Ｃａｓタンパク質及びＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内の１つ以上のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズする１つ以上のｇＲＮＡと接触させることによって生成され得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１の領域内に所在し得る。ｇＲＮＡ認識配列はまた、配列番号１に従う１０２，９１７位、１０２，３９１位、または１０３，２２６位に対応する位置を含み得るかまたはそれに近接し得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、１０２，３９１位、または１０３，２２６位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて所在することができる。ｇＲＮＡ認識配列は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の開始コドンもしくはＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の終止コドンを含み得るかまたはそれに近接し得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は開始コドンまたは終止コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて所在することができる。
ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内のｇＲＮＡ認識配列は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼが標的とするＤＮＡ配列の直後にある２～６塩基対のＤＮＡ配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ（Ｐｒｏｔｏｓｐａｃｅｒ Ａｄｊａｃｅｎｔ Ｍｏｔｉｆ、ＰＡＭ）配列の近傍に所在する。カノニカルなＰＡＭは、配列５’－ＮＧＧ－３’（配列中、「Ｎ」は任意の核酸塩基であり、２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が後続する）である。ｇＲＮＡは、遺伝子編集のためにＣａｓ９をゲノム中のいかなる場所へも輸送し得るが、Ｃａｓ９がＰＡＭを認識する部位以外のいかなる部位でも編集は起こり得ない。加えて、５’－ＮＧＡ－３’は、ヒト細胞について高度に効率的な非カノニカルなＰＡＭであり得る。概して、ＰＡＭは、ｇＲＮＡによって標的化されるＤＮＡ配列の約２～６ヌクレオチド下流である。ＰＡＭは、ｇＲＮＡ認識配列に隣接し得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、３’端上でＰＡＭが隣接し得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡ認識配列は、５’端上でＰＡＭが隣接し得る。例えば、Ｃａｓタンパク質の切断部位は、ＰＡＭ配列の上流または下流の、約１～約１０の塩基対、約２～約５の塩基対、または３つの塩基対であり得る。いくつかの実施形態において（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓからのＣａｓ９または密接に関連するＣａｓ９が使用された場合等）、非相補鎖のＰＡＭ配列は、５’－ＮＧＧ－３’（式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直ぐ３’である）であり得る。したがって、相補鎖のＰＡＭ配列は５’－ＣＣＮ－３’となり、式中、Ｎは、任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直ぐ５’である。
ｇＲＮＡは、Ｃａｓタンパク質に結合し、Ｃａｓタンパク質をＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内の特定の位置に標的化するＲＮＡ分子である。例示的なｇＲＮＡは、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子に結合またはそれを切断するようにＣａｓ酵素を誘導するのに有効なｇＲＮＡであり、ｇＲＮＡは、配列番号１に従う１０２，９１７位、１０２，３９１位、または１０３，２２６位に対応する位置を含むかまたはそれに近接する、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするＤＮＡ標的セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、配列番号１に従う１０２，９１７位、１０２，３９１位、または１０３，２２６位に対応する位置から約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチド離れて所在するｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするように選択することができる。他の例示的なｇＲＮＡは、開始コドンまたは終止コドンを含むかまたはそれに近接するＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内に存在するｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、開始コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、もしくは約１，０００ヌクレオチド離れて所在するｇＲＮＡ認識配列、または終止コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、もしくは約１，０００ヌクレオチド離れて所在するｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするように選択することができる。好適なｇＲＮＡは、約１７～約２５ヌクレオチド、約１７～約２３ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、ｇＲＮＡは、２０ヌクレオチドを含み得る。
ヒトＲＮＦ２１３参照遺伝子内に所在する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号６２～８１として表１に示される。
Ｃａｓタンパク質及びｇＲＮＡは、複合体を形成し、Ｃａｓタンパク質は、標的ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子を切断する。Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合するであろう標的ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子中に存在する核酸配列の内部または外部の部位で核酸分子を切断することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体（ｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズされ、Ｃａｓタンパク質と複合体化されるｇＲＮＡを含む）の形成により、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合するであろうＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子中に存在する核酸配列中または当該配列の近傍（例えば当該配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、またはそれ以上の塩基対内等）で、１つまたは両方の鎖が切断され得る。
かかる方法は、例えば、配列番号１の領域が破壊されている、開始コドンが破壊されている、終止コドンが破壊されている、またはコード配列が破壊されているもしくは欠失している、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子をもたらし得る。任意選択で、細胞は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子中の標的ゲノム遺伝子座内の追加のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズする１つ以上の追加のｇＲＮＡｓと、さらに接触させることができる。細胞を１以上の追加のｇＲＮＡ（例えば、第２のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズする第２のｇＲＮＡ）と接触させることによって、Ｃａｓタンパク質による切断は、２以上の二本鎖切断または２以上の一本鎖切断を作り出すことができる。
いくつかの実施形態において、治療の方法はさらに、対象からの生物学的サンプルにおいて、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の存在または非存在を検出することを含む。本開示全体で使用される場合、「ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失バリアント核酸分子」は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする任意のＲＮＦ２１３核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子等）である。
本開示はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、対象は肝疾患に罹患している、方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法は、対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び患者がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために生物学的サンプルについて遺伝子型決定アッセイを実施することまたは実施したことによって、対象がヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するかどうかを決定することを含む。対象がＲＮＦ２１３参照である場合、肝疾患を治療または阻害する治療剤が、標準投薬量で対象に投与されるか、または継続して投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤が、対象に投与される。対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である場合、肝疾患を治療または阻害する治療剤は、標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で対象に投与されるか、または継続して投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤が、対象に投与される。ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が肝疾患を発症する低下したリスクを有することを示す。いくつかの実施形態において、対象は、ＲＮＦ２１３参照である。いくつかの実施形態において、対象は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である。
いくつかの実施形態において、方法は、対象から得られた生物学的サンプルについて遺伝子型決定アッセイを実施するか、または実施したことによって、複数のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはｍＲＮＡ分子から生成されるＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子を有する対象の総負荷を決定することを含む。対象がより低い総負荷を有する場合、対象は肝疾患を発症するリスクがより高く、対象は、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量で投与されるか、または継続して投与される。対象がより大きな総負荷を有する場合、対象は肝疾患を発症するリスクがより低く、対象は、標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で肝疾患を治療または阻害する治療剤を投与されるか、または継続して投与される。総負荷が高いほど、肝疾患を発症するリスクは低くなる。
ＲＮＦ２１３参照であることが遺伝子型決定されるか、もしくは決定されているか、またはＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である対象について、そのような対象は、本明細書に記載されるように、ＲＮＦ２１３阻害剤で治療され得る。
対象からの生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の存在もしくは非存在を検出すること、及び／または対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによって実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インサイチュで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちのいずれかにおいて、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。
いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３参照である場合、対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量で投与される。いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である場合、対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を、標準投薬量と同じまたはそれ未満の投薬量で投与される。
いくつかの実施形態において、治療方法は、対象からの生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドの存在または非存在を検出することをさらに含む。いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有しない場合、対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量で投与される。いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有する場合、対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を、標準投薬量と同じまたはそれ未満の投薬量で投与される。
本開示はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、対象は肝疾患に罹患している、方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法は、対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有するかどうかを決定するために生物学的サンプルについてアッセイを実施することまたは実施したことによって、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有するかどうかを決定することを含む。対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有しない場合、肝疾患を治療または阻害する治療剤が、標準投薬量で対象に投与されるか、または継続して投与され、かつＧＰＡＭ阻害剤が対象に投与される。対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有する場合、肝疾患を治療または阻害する治療剤は、標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で対象に投与されるか、または継続して投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤が対象に投与される。ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドの存在は、対象が肝疾患を発症する低下したリスクを有することを示す。いくつかの実施形態において、対象は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有しない。
対象からの生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドの存在もしくは非存在を検出すること、及び／または対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有するかどうかを決定することは、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによって実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インサイチュで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちのいずれかにおいて、ポリペプチドは、対象から得られた細胞内に存在し得る。
肝疾患を治療または阻害する治療剤の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ジスルフィラム、ナルトレキソン、アカンプロサート、プレドニゾン、プレドニゾン、アザチオプリン、ペニシラミン、トリエンティン、デフェロキサミン、シプロフロキサシン、ノロフロキサシン、セフトリアキソン、オフロキサシン、アモキシシリン－クラブラン酸塩、フィトナジオン、ブメタニド、フロセミド、ヒドロクロロチアジド、クロロチアジド、アミロリド、トリアムテレン、スピロノラクトン、オクトレオチド、アテノロール、メトプロロール、ナドロール、プロプラノロール、チモロール、及びカルベジロール。
（例えば、慢性Ｃ型肝炎治療において使用するための）肝疾患治療剤の追加の例としては、リバビリン、パリタプレビル、シメプレビル（Ｏｌｙｓｉｏ）、グラゾプレビル、レジパスビル、オムビタスビル、エルバスビル、ダクラタスビル（Ｄａｋｌｉｎｚａ）、ダサブビル、リトナビル、ソホスブビル、ベルパタスビル、ボキシラプレビル、グレカプレビル、ピブレンタスビル、ペギンテルフェロンアルファ－２ａ、ペギンテルフェロンアルファ－２ｂ、及びインターフェロンアルファ－２ｂが挙げられるが、これらに限定されない。
（例えば、非アルコール性脂肪肝疾患において使用するための）肝疾患治療剤の追加の例としては、体重減少誘導剤、例えば、オルリスタットまたはシブトラミン；インスリン感受化剤、例えば、チアゾリジンジオン（ｔｈｉａｚｏｌｉｄｉｎｅｄｉｏｎｅ、ＴＺＤ）、メトホルミン、及びメグリチニド；脂質低下剤、例えば、スタチン、フィブラート、及びオメガ－３脂肪酸；２３オレスポンディン（２３ｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎ）、例えば、ビタミンＥ、ベタイン、Ｎ－アセチル－システイン、レシチン、シリマリン、及びベータ－カロテン；抗ＴＮＦ剤、例えば、ペントキシフィリン；プロバイオティクス、例えば、ＶＳＬ＃３；ならびに細胞保護剤、例えば、ウルソデオキシコール酸（ｕｒｓｏｄｅｏｘｙｃｈｏｌｉｃ ａｃｉｄ、ＵＤＣＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の好適な治療としては、ＡＣＥ阻害剤／ＡＲＢ、オリゴフルクトース、及びインクレチン類似体が挙げられる。
（例えば、ＮＡＳＨにおいて使用するための）肝疾患治療剤の追加の例としては、ＯＣＡＬＩＶＡ（登録商標）（オベチコール酸）、セロンセルチブ、エラフィブラノル、セニクリビロク、ＧＲ＿ＭＤ＿０２、ＭＧＬ＿３１９６、ＩＭＭ１２４Ｅ、アラキジルアミドコラノイン酸（ＡＲＡＭＣＨＯＬ（商標））、ＧＳ０９７６、エムリカサン、ボリキシバット、ＮＧＭ２８２、ＧＳ９６７４、トロピフェキソル、ＭＮ＿００１、ＬＭＢ７６３、ＢＩ＿１４６７３３５、ＭＳＤＣ＿０６０２、ＰＦ＿０５２２１３０４、ＤＦ１０２、サログリタザル、ＢＭＳ９８６０３６、ラニフィブラノル、セマグルチド、ニタゾキサニド、ＧＲＩ＿０６２１、ＥＹＰ００１、ＶＫ２８０９、ナルメフェン、ＬＩＫ０６６、ＭＴ＿３９９５、エロビキシバット、ナモデノソン、フォラルマブ、ＳＡＲ４２５８９９、ソタグリフロジン、ＥＤＰ＿３０５、イソサブテート、ゲムカベン、ＴＥＲＮ＿１０１、ＫＢＰ＿０４２、ＰＦ＿０６８６５５７１、ＤＵＲ９２８、ＰＦ＿０６８３５９１９、ＮＧＭ３１３、ＢＭＳ＿９８６１７１、ナマシズマブ、ＣＥＲ＿２０９、ＮＤ＿Ｌ０２＿ｓ０２０１、ＲＴＵ＿１０９６、ＤＲＸ＿０６５、ＩＯＮＩＳ＿ＤＧＡＴ２Ｒｘ、ＩＮＴ＿７６７、ＮＣ＿００１、セラデパル、ＰＸＬ７７０、ＴＥＲＮ＿２０１、ＮＶ５５６、ＡＺＤ２６９３、ＳＰ＿１３７３、ＶＫ０２１４、ヘパステム、ＴＧＦＴＸ４、ＲＬＢＮ１１２７、ＧＫＴ＿１３７８３１、ＲＹＩ＿０１８、ＣＢ４２０９－ＣＢ４２１１、及びＪＨ＿０９２０が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態において、肝疾患を治療または阻害する治療剤の用量は、（標準投薬量を受け得る）ＲＮＦ２１３参照である対象と比較して、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である対象については、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％減らすことができる（すなわち、標準投薬量よりも少ない）。いくつかの実施形態において、肝疾患を治療または阻害する治療剤の用量は約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％減らすことができる。加えて、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である対象における肝疾患を治療または阻害する治療剤の用量は、ＲＮＦ２１３参照である対象と比較して、低い頻度で投与することができる。
肝疾患を治療または阻害する治療剤及び／またはＲＮＦ２１３阻害剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週間後、２週間後、３週間後、１か月後、５週間後、６週間後、７週間後、８週間後、２か月後、または３か月後に反復することができる。反復投与は、同じ用量または異なる用量であることができる。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上反復することができる。例えば、ある特定の投薬量レジメンに従って、対象は、例えば、６か月、１年、またはそれ以上等の長期間にわたって療法を受けることができる。
肝疾患を治療または阻害する治療剤及び／またはＲＮＦ２１３阻害剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内が含まれるがこれらに限定されない任意の好適な経路で行うことができる。投与のための薬学的組成物は、望ましくは滅菌済みで実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。薬学的組成物は、単位投薬形態（すなわち単回投与のための投薬量）で提供することができる。薬学的組成物は、１つ以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤または補助剤を使用して製剤化することができる。製剤は、選択した投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤または補助剤が、製剤の他の成分と適合性があり、かつそれらのレシピエントに実質的に有害でないことを意味する。
「治療する」、「治療すること」及び「治療」、ならびに「予防する」、「予防すること」及び「予防」という用語は、本明細書において使用される場合、所望される生物学的応答（それぞれ治療効果及び予防効果等）を惹起することを指す。いくつかの実施形態において、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、肝疾患の減少／低減、肝疾患の重症度低下／低減（例えば、肝疾患の発症の低減または抑制等）、症状及び肝疾患に関連する影響の減少／低減、症状及び肝疾患に関連する影響の発症遅延、肝疾患に関連する影響の症状の重症度低減、急性エピソードの重症度低減、症状及び肝疾患に関連する影響の数の低減、症状及び肝疾患に関連する影響の潜伏期短縮、症状及び肝疾患に関連する影響の改善、二次的症状の低減、二次感染の低減、肝疾患の再発予防、再発エピソードの回数もしくは頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期延長、持続的進行までの時間の延長、寛解の促進、寛解の誘導、寛解の増大、回復の加速、または代替的治療法の有効性の増大もしくはそれに対する抵抗性の低下、及び／または罹患宿主動物の生存期間の延長のうちの１つ以上を含む。予防効果は、治療プロトコルの投与後の、肝疾患の発生／進行の完全もしくは部分的な回避／阻害、または遅延（例えば、完全もしくは部分的な回避／阻害、または遅延等）、及び罹患宿主動物の生存期間延長を含み得る。肝疾患の治療は、任意の臨床ステージまたは症状で任意の形態の肝疾患を有するものとしてすでに診断された対象の治療、肝疾患の症状もしくは徴候の発症または進展または増悪または悪化の遅延、及び／または肝疾患の重症度の予防及び／または低減を包含する。
本開示はまた、肝疾患を発症する増加したリスクを有する対象を特定する方法を提供する。いくつかの実施形態において、方法は、対象から得られた生物学的サンプルにおいて、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子）の存在または非存在を決定すること、または決定したことを含む。対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を欠く（すなわち、対象が遺伝子型的にＲＮＦ２１３参照としてカテゴリー化される）場合、対象は、肝疾患を発症する増加したリスクを有する。対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有する（すなわち、対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性またはホモ接合性である）場合、対象は、肝疾患を発症する低下したリスクを有する。
ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の単一コピーを有することは、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子のコピーを有しないことよりも、肝疾患を発症することからヒト対象をさらに保護する。いかなる特定の理論または作用機序にも限定されることを意図するものではないが、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の単一コピー（すなわち、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性）は肝疾患を発症することから対象を保護すると考えられており、かつ、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の２つのコピー（すなわち、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してホモ接合性）を有することは、単一コピーを持つ対象と比べて肝疾患を発症することから対象をさらに保護し得るとも考えられている。したがって、いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の単一コピーは肝疾患を発症することから対象を完全に保護しなくてもよいが、代わりに、部分的または不完全に保護し得る。いかなる特定の理論にも束縛されることを望まないが、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の単一コピーを有する対象に依然として存在する、肝疾患の発症に関与する追加の因子または分子があり、そのために、肝疾患の発症からの完全な保護に及ばない可能性がある。
対象が対象からの生物学的サンプル中にＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するかどうかを決定すること、及び／または対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するかどうかを決定することは、本明細書に記載の方法のうちのいずれかによって実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インサイチュで実行され得る。いくつかの実施形態において、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちのいずれかにおいて、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。
本開示はまた、肝疾患を発症する増加したリスクを有する対象を特定する方法であって、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子、及び／または本明細書に記載の１つ以上のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントポリペプチドを有する対象の総負荷を決定すること、または決定したことを含む、方法を提供する。対象が有する総負荷が高いほど、肝疾患を発症するリスクは低くなる。対象が有する総負荷が低いほど、肝疾患を発症するリスクは高くなる。
いくつかの実施形態において、方法は、肝疾患のリスクの低下に関連する、予測される機能喪失またはミスセンスバリアントＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子、及び／または予測される機能喪失バリアントＲＮＦ２１３ポリペプチドを有する対象の総負荷を決定することをさらに含むことができる。総負荷は、ＲＮＦ２１３遺伝子内のすべてのバリアントの合計であり、これは、肝疾患との関連分析において実行され得る。いくつかの実施形態において、対象は、肝疾患を発症するリスクの低下に関連する１つ以上の予測される機能喪失またはミスセンスバリアントＲＮＦ２１３核酸分子に対してホモ接合性である。いくつかの実施形態において、対象は、肝疾患を発症するリスクの低下に関連する１つ以上の予測される機能喪失またはミスセンスバリアントＲＮＦ２１３核酸分子に対してヘテロ接合性である。関連分析の結果は、ＲＮＦ２１３の機能喪失及びミスセンスバリアントが、肝疾患のリスクの低下と関連していることを示唆している。いくつかの実施形態において、それらの総負荷に基づいて、対象が肝疾患を発症する増加したリスクを有するものとして特定された場合、対象は、本明細書に記載されるように、肝疾患を治療または阻害する治療剤及び／またはＲＮＦ２１３阻害剤でさらに治療される。
いくつかの実施形態において、任意の１つ以上のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有する対象の総負荷は、予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子のうちのいずれかの複数の重み付けされた合計を表す。いくつかの実施形態において、総負荷は、ＲＮＦ２１３遺伝子内またはその周りに存在する（最大１０Ｍｂ）少なくとも約２、少なくとも約３、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約１０、少なくとも約２０、少なくとも約３０、少なくとも約４０、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約１００、少なくとも約１２０、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約１，０００、少なくとも約１０，０００、少なくとも約１００，０００、または少なくとも約１，０００，０００もしくは１，０００，０００を超える遺伝的バリアントを使用して計算され、ここで、遺伝的負荷は、対立遺伝子の数に、肝疾患との関連推定値または各対立遺伝子についての関連するアウトカム（例えば、重み付けされた多遺伝子負荷スコア）を乗じたものである。これには、ゲノムアノテーションに関係なく、遺伝的関連分析において肝臓関連形質との非ゼロ関連を示すＲＮＦ２１３遺伝子（遺伝子の周りに最大１０Ｍｂ）に近接する任意の遺伝的バリアントが含まれ得る。いくつかの実施形態において、対象が所望の閾値スコアよりも高い総負荷を有する場合、対象は、肝疾患を発症する低いまたは低下したリスクを有する。いくつかの実施形態において、対象が所望の閾値スコアよりも低い総負荷を有する場合、対象は、肝疾患を発症する高いまたは増加したリスクを有する。
いくつかの実施形態において、総負荷は、例えば、上位五分位、中間五分位、及び下位五分位等の五分位に分けることができ、総負荷の上位五分位は最低リスク群に対応し、総負荷の下位五分位は最高リスク群に対応する。いくつかの実施形態において、より大きな総負荷を有する対象は、対象集団からの総負荷の上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％を含むがこれらに限定されない、最も重み付けされた総負荷を含む。いくつかの実施形態において、遺伝的バリアントは、関連についてのｐ値範囲の上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％において肝疾患との関連を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態において、特定された遺伝的バリアントの各々は、約１０－２以下、約１０－３以下、約１０－４以下、約１０－５以下、約１０－６以下、約１０－７以下、約１０－８以下、約１０－９以下、約１０－１０以下、約１０－１１以下、約１０－１２以下、約１０－１３以下、約１０－１４以下、または約１０－１５以下のｐ値を有する肝疾患との関連を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態において、特定された遺伝的バリアントは、５×１０－８未満のｐ値を有する肝疾患との関連を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態において、特定された遺伝的バリアントは、分布の上位２０％について約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、もしくは約２．２５以上、または約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、約２．２５以上、約２．５以上、もしくは約２．７５以上のオッズ比（ｏｄｄｓ ｒａｔｉｏ、ＯＲ）を有する参照集団の残りの部分と比較して、高リスク対象における肝疾患との関連を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態において、オッズ比（ＯＲ）は、約１．０～約１．５、約１．５～約２．０、約２．０～約２．５、約２．５～約３．０、約３．０～約３．５、約３．５～約４．０、約４．０～約４．５、約４．５～約５．０、約５．０～約５．５、約５．５～約６．０、約６．０～約６．５、約６．５～約７．０、または７．０を超える範囲であってもよい。いくつかの実施形態において、高リスクの対象は、参照集団における下位十分位、五分位、または三分位の総負荷を有する対象を含む。総負荷の閾値は、意図された実用化の性質及びその実用化にとって有意義であると考えられるリスク差に基づいて決定される。
いくつかの実施形態において、対象が肝疾患を発症する増加したリスクを有するものとして特定された場合、対象は、本明細書に記載されるように、肝疾患を治療または阻害する治療剤及び／またはＲＮＦ２１３阻害剤でさらに治療される。例えば、対象がＲＮＦ２１３参照であり、そのために、肝疾患を発症する増加したリスクを有する場合、対象は、ＲＮＦ２１３阻害剤を投与される。いくつかの実施形態において、かかる対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を投与される。いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である場合、対象は、肝疾患を治療または阻害する治療剤を、標準投薬量と同じまたはそれ未満の投薬量で投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤も投与される。いくつかの実施形態において、対象は、ＲＮＦ２１３参照である。いくつかの実施形態において、対象は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である。さらに、対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するためのより低い総負荷を有し、したがって肝疾患の増加したリスクを有する場合、対象は、肝疾患を治療または阻害する治療剤を投与される。いくつかの実施形態において、対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するためのより低い総負荷を有する場合、対象は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するためのより高い総負荷を有する対象に投与される標準投薬量と同じまたはそれを超える投薬量で肝疾患を治療または阻害する治療剤を投与される。
本開示はまた、対象からの生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子、及び／または対象からの生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子、及び／または対象からの生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から生成されるＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子の存在または非存在を検出する方法を提供する。集団内の遺伝子配列、及びそのような遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、一塩基多型のような多型のために異なり得ることが理解される。ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子、及びＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子について本明細書で提供する配列は、例示的な配列に過ぎない。ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、及びバリアントｃＤＮＡ分子についての他の配列も可能である。
生物学的サンプルは、対象からの任意の細胞、組織、または生体液に由来し得る。生物学的サンプルは、骨髄サンプル、腫瘍生検標本、細針吸引生検標本、または体液（血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿等）のサンプルのようないずれかの臨床的に関連する組織を含んでもよい。いくつかの場合では、サンプルには口腔スワブが含まれる。本明細書において開示される方法において使用される生物学的サンプルは、アッセイフォーマット、検出方法の性質、及びサンプルとして使用される組織、細胞、または抽出物に基づいて変動し得る。生物学的サンプルは、用いるアッセイに応じて異なる方法で処理することができる。例えば、任意のＲＮＦ２１３バリアント核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡについて生物学的サンプルを単離または濃縮するように設計した予備処理を採用することができる。様々な技術を、この目的のために使用し得る。任意のＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のレベルを検出する場合、様々な技術を使用してｍＲＮＡ分子を含む生物学的サンプルを濃縮することができる。ｍＲＮＡ分子の存在もしくはレベル、または特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するために、様々な方法を使用することができる。
いくつかの実施形態において、対象におけるヒトのＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を検出することは、対象から得られた生物学的サンプルをアッセイまたは分析して、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子、及び／または生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子、及び／または生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から生成されるＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子が、機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすか、または機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすと予測される１つ以上のバリエーションを含むかどうかを決定することを含む。
いくつかの実施形態において、対象におけるＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｍＲＮＡ分子から生成されたｃＤＮＡ分子等）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生物学的サンプルについてアッセイを実施することを含む。アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子が特定のヌクレオチド配列を含むかどうかを決定する。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン（ゲノム核酸分子の場合）、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、もしくは配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン（ｍＲＮＡ分子の場合）、または配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、もしくは配列番号３７に従う８４位にグアニン（ＣＤＮＡ分子の場合）を含む。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン（ゲノム核酸分子の場合）、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシン（ｍＲＮＡ分子の場合）、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、もしくは配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシン（ｃＤＮＡ分子の場合）を含む。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミン（ゲノム核酸分子の場合）を含む。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、細胞または細胞溶解物を含む。そのような方法は、例えば、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子を含む生物学的サンプルを対象から得ること、及びｍＲＮＡである場合、任意選択でｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含み得る。そのようなアッセイは、例えば、特定のＲＮＦ２１３核酸分子のこれらの位置の同一性を判定することを含むことができる。いくつかの実施形態において、方法は、インビトロの方法である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子、またはＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こす、または機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすと予測される１つ以上のバリエーションを含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、以下のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含む：生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列決定された部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置もしくはその相補物を含む）；生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列決定された部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物を含む）；及び／または生物学的サンプル中のｍＲＮＡから生成されるＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列決定された部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物を含む）。生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子の配列決定された部分が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、もしくは配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、または配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、もしくは配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンを含む場合、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、以下のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含む：生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列決定された部分は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置もしくはその相補物を含む）；生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列決定された部分は、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物）：及び／または生物学的サンプル中のｍＲＮＡから生成されるＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列決定された部分は、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含む）。生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子の配列決定された部分が、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシン、または配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子の配列決定された部分が、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子の配列決定された部分が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子の配列決定された部分が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から生成されたＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子の配列決定された部分が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子である。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）生物学的サンプルを、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置に近接するＲＮＦ２１３：ゲノム核酸分子；配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、もしくは配列番号１８に従う８４位に対応する位置に近接するｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、もしくは配列番号３７に従う８４位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応するＲＮＦ２１３：ゲノム核酸分子；配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、もしくは配列番号１８に従う８４位に対応するｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、もしくは配列番号３７に従う８４位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、もしくは配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン；または配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、もしくは配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）生物学的サンプルを、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置に近接するＲＮＦ２１３：ゲノム核酸分子；配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置に近接するｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応するＲＮＦ２１３：ゲノム核酸分子；配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応するｍＲＮＡ分子；及び／または配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン；配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシン；または配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）生物学的サンプルを、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置に近接するＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応するＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）生物学的サンプルを、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置に近接するＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応するＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）生物学的サンプルを、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置に近接するＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応するＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）生物学的サンプルを、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置に近接するＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応するＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、アッセイは、核酸分子の全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態において、ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡから得られたＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡのみが分析される。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、ｉ）配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変異特異的プローブは、ｉ）配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、ｉ）配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変異特異的プローブは、ｉ）配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、ａ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、核酸分子はｍＲＮＡであり、決定ステップは、増幅ステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写することをさらに含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、変異特異的プローブは、ｉ）配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、変異特異的プローブは、ｉ）配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物；ｉｉ）配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物；及び／またはｉｉｉ）配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。
いくつかの実施形態において、決定ステップ、検出ステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。
変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して、突然変異（核酸配列中のＳＮＰ等）を検出することができる。鋳型とのミスマッチが存在するとＤＮＡポリメラーゼは伸長しないため、変化特異的プライマーを使用することができる。
いくつかの実施形態において、サンプル中の核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される。いくつかの実施形態において、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。
いくつかの実施形態において、アッセイは、生物学的サンプルを、ストリンジェントな条件下で、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム配列、バリアントｍＲＮＡ配列、またはバリアントｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイズし、対応するＲＮＦ２１３参照配列にはそうではない変異特異的プライマーまたは変異特異的プローブ等のプライマーまたはプローブと接触させることと、ハイブリダイゼーションが生じたかどうかを決定することと、を含む。
いくつかの実施形態において、アッセイは、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態において、アッセイは、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ、ＲＴ－ＰＣＲ）によってｍＲＮＡをｃＤＮＡへと逆転写することも含む。
いくつかの実施形態において、方法は、標的ヌクレオチド配列に結合し、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、もしくはバリアントｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または特定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリダイゼーション条件または反応条件は、この結果を達成するために作業者が決定することができる。ヌクレオチド長は、本明細書において記載または例示される任意のアッセイを含めた選択した検出方法における使用のために十分な任意の長さであり得る。そのようなプローブ及びプライマーは、高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下で標的ヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズすることができる。プローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列内の連続したヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有し得るが、プローブは、標的ヌクレオチド配列とは異なり、かつ、標的ヌクレオチド配列を特異的に検出及び／または特定する能力を保持しているものを従来の方法で設計することができる。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有することができる。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、ｉ）配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン（ゲノム核酸分子）；ｉｉ）配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン（ｍＲＮＡ分子の場合）、またはｉｉｉ）配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン（ＣＤＮＡ分子の場合）を含むヌクレオチド配列を含むかどうかを決定するために、生物学的サンプルを、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にあるグアニンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にあるグアニンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーと、を含むプライマー対を用いた増幅方法に供して、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にあるグアニンをコードする位置にあるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態において、アンプリコンは、プライマー対＋１つのヌクレオチド塩基対の組み合わせた長さからＤＮＡ増幅プロトコルによって産生され得る任意の長さのアンプリコンまでの長さの範囲であってもよい。この距離は、１つのヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界まで、または約２万のヌクレオチド塩基対の範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンを含む位置と、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、ｉ）配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン（ゲノム核酸分子）；ｉｉ）配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシン（ｍＲＮＡ分子の場合）、またはｉｉｉ）配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシン（ＣＤＮＡ分子の場合）を含むヌクレオチド配列を含むかどうかを決定するために、生物学的サンプルを、配列番号３に従う１０２，３９１位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にあるグアニンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号３に従う１０２，３９１位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にあるシトシンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーと、を含むプライマー対を用いた増幅方法に供して、配列番号３に従う１０２，３９１位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にあるシトシンをコードする位置にあるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態において、アンプリコンは、プライマー対＋１つのヌクレオチド塩基対の組み合わせた長さからＤＮＡ増幅プロトコルによって産生され得る任意の長さのアンプリコンまでの長さの範囲であってもよい。この距離は、１つのヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界まで、または約２万のヌクレオチド塩基対の範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号３に従う１０２，３９１位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む位置と、配列番号３に従う１０２，３９１位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。
いくつかの実施形態において、生物学的サンプル中のＲＮＦ２１３核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を含むかどうかを決定するために、生物学的サンプルは、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にあるチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にあるチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーと、を含むプライマー対を用いた増幅方法に供して、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にあるチミンをコードする位置にあるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態において、アンプリコンは、プライマー対＋１つのヌクレオチド塩基対の組み合わせた長さからＤＮＡ増幅プロトコルによって産生され得る任意の長さのアンプリコンまでの長さの範囲であってもよい。この距離は、１つのヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界まで、または約２万のヌクレオチド塩基対の範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む位置と、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。
同様のアンプリコンは、ｍＲＮＡ及び／またはｃＤＮＡ配列から生成することができる。ＰＣＲプライマー対は、例えば、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）、ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、及びＰｒｉｍｅｒ３（Ｖｅｒｓｉｏｎ ０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１，Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）におけるＰＣＲプライマー解析ツール等、その目的を意図したコンピュータープログラムを使用することにより、既知の配列から得ることができる。さらに、配列を視覚的に走査し、既知のガイドラインを使用してプライマーを手動で特定することができる。
例示的な核酸配列決定技術の例としては、鎖ターミネーター（サンガー）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法は、精製されたＤＮＡ、増幅されたＤＮＡ、及び固定された細胞調製物（蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、ＦＩＳＨ））に対する、標識されたプライマーまたはプローブを使用することを含む、配列決定以外の核酸ハイブリダイゼーション法を包含する。いくつかの方法において、標的核酸分子は、検出の前にまたは検出と同時に増幅され得る。核酸増幅技術の用例として、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換型増幅法（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベースの増幅法（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法としては、リガーゼ連鎖反応、鎖置換型増幅法、及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
ハイブリダイゼーション技法において、プローブまたはプライマーがその標的へ特異的にハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件が用いられ得る。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の非標的配列よりも検出可能に高い程度（バックグラウンドの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上等、バックグラウンドの１０倍超を含む）でハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他のヌクレオチド配列よりも検知可能に高い程度（少なくとも２倍）でハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他のヌクレオチド配列よりも検知可能に高い程度（少なくとも３倍）でハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他のヌクレオチド配列よりも検知可能に高い程度（少なくとも４倍）でハイブリダイズするであろう。いくつかの実施形態において、ストリンジェント条件下でのポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他のヌクレオチド配列よりも検出可能に高い程度（バックグラウンドの１０倍超）でハイブリダイズするであろう。ストリンジェントな条件は、配列によって決まり、環境によって異なることになる。
ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシー条件（例えば約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、続いて５０℃での２×ＳＳＣの洗浄）は、既知であるか、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６中で見出され得る。典型的には、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３で約１．５Ｍ未満のＮａ＋イオン、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド等）について少なくとも約３０℃及びより長プローブ（例えば５０ヌクレオチド超等）について少なくとも約６０℃である条件であるだろう。ストリンジェントな条件は、ホルムアミド等の不安定化剤の添加により実現してもよい。任意選択で、洗浄緩衝剤は、約０．１％～約１％のＳＤＳを含み得る。ハイブリダイゼーションの継続時間は、概して約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄時間の期間は、少なくとも平衡に達するのに十分な時間である。
本開示はまた、ヒトＲＮＦ２１３予測機能喪失ポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象から得られた生物学的サンプルについてアッセイを実施して、対象におけるＲＮＦ２１３ポリペプチドが、ポリペプチドが機能喪失（部分的もしくは完全）または予測される機能喪失（部分的もしくは完全）を有する原因となる１つ以上のバリエーションを含むかどうかを決定することを含む、方法を提供する。ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドは、本明細書に記載のＲＮＦ２１３バリアントポリペプチドのうちのいずれかであり得る。いくつかの実施形態において、方法は、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕの存在を検出する。いくつかの実施形態において、方法は、ＲＮＦ２１３のＧｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕの存在を検出する。
いくつかの実施形態において、方法は、対象から得られたサンプルに対してアッセイを実施して、サンプル中のＲＮＦ２１３ポリペプチドが、配列番号５０に従う３，９１５位、配列番号５１に従う３，９６４位、配列番号５２に従う８２２位、配列番号５３に従う３５０位、配列番号５４に従う１４６位、配列番号５５に従う３７位、または配列番号５６に従う２８位に対応する位置にグリシンを含むかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、対象から得られたサンプルに対してアッセイを実施して、サンプル中のＲＮＦ２１３ポリペプチドが、配列番号５７に従う３，８３８位、配列番号５８に従う３，８８７位、配列番号５９に従う７４５位、配列番号６０に従う２７３位、または配列番号６１に従う６９位に対応する位置にロイシンを含むかどうかを決定することを含む。
いくつかの実施形態において、検出ステップは、配列番号５０もしくは配列番号４３に従う３，９１５位、配列番号５１もしくは配列番号４４に従う３，９６４位、配列番号５２もしくは配列番号４５に従う８２２位、配列番号５３もしくは配列番号４６に従う３５０位、配列番号５４もしくは配列番号４７に従う１４６位、配列番号５５もしくは配列番号４８に従う３７位、または配列番号５６もしくは配列番号４９に従う２８位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態において、検出ステップは、配列番号５７もしくは配列番号４３に従う３，８３８位、配列番号５８もしくは配列番号４４に従う３，８８７位、配列番号５９もしくは配列番号４５に従う７４５位、配列番号６０もしくは配列番号４６に従う２７３位、または配列番号６１もしくは配列番号４７に従う６９位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。
いくつかの実施形態において、検出ステップは、配列番号５０もしくは配列番号４３に従う３，９１５位、配列番号５１もしくは配列番号４４に従う３，９６４位、配列番号５２もしくは配列番号４５に従う８２２位、配列番号５３もしくは配列番号４６に従う３５０位、配列番号５４もしくは配列番号４７に従う１４６位、配列番号５５もしくは配列番号４８に従う３７位、または配列番号５６もしくは配列番号４９に従う２８位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。いくつかの実施形態において、検出ステップは、配列番号５７もしくは配列番号４３に従う３，８３８位、配列番号５８もしくは配列番号４４に従う３，８８７位、配列番号５９もしくは配列番号４５に従う７４５位、配列番号６０もしくは配列番号４６に従う２７３位、または配列番号６１もしくは配列番号４７に従う６９位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。
いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有しない場合、対象は、肝疾患を発症する増加したリスクを有する。いくつかの実施形態において、対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失ポリペプチドを有する場合、対象は、肝疾患を発症する低下したリスクを有する。
本開示はまた、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子（本明細書に開示されるゲノムバリアント核酸分子、ｍＲＮＡバリアント分子、及びｃＤＮＡバリアント分子のうちのいずれか等）にハイブリダイズする単離された核酸分子を提供する。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置を含むＲＮＦ２１３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、配列番号３に従う１０２，３９１位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置を含むＲＮＦ２１３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置を含むＲＮＦ２１３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、もしくは少なくとも約５０００ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態において、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、もしくは少なくとも約２５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、少なくとも約１８ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１０～約３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、または約１８～約２２ヌクレオチドからなるか、またはそれらを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１８～約３０のヌクレオチドからなるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態において、そのような単離された核酸分子は、ストリンジェントな条件下でＲＮＦ２１３バリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子）にハイブリダイズする。そのような核酸分子は、例えば、本明細書に記載されているまたは例示されているようなプローブ、プライマー、変異特異的プローブ、または変異特異的プライマーとして使用することができ、プライマー、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡを含むが、これらに限定されず、それらの各々が本明細書の他の場所でさらに詳細に記載されており、本明細書に記載されている方法のうちのいずれかで使用することができる。
いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５個の連続ヌクレオチドにハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～約１００のヌクレオチド、もしくは約１５～約３５のヌクレオチドからなるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～約１００のヌクレオチドからなるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態において、単離された核酸分子は、約１５～約３５のヌクレオチドからなるか、またはそれを含む。
いくつかの実施形態において、単離された変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、少なくとも約１５ヌクレオチドを含み、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、位置配列番号３３に従う２，６８５位もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態において、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、配列番号２に従う１０２，９１６～１０２，９１８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１２に従う１１，８８６～１１，８８８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３５～１２，０３７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８４～２，６８６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０４９～１，０５１位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３７～４３９位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１１～１１３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１８に従う８３～８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３１に従う１１，８８６～１１，８８８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３５～１２，０３７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８４～２，６８６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０４９～１，０５１位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５の４３７～４３９位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号３６の１１１～１１３位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号３７の８３～８５位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、単離された変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、少なくとも約１５ヌクレオチドを含み、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その部分は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２３に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４１に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態において、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、配列番号３に従う１０２，３９１～１０２，３９３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５～１１，６５７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４～１１，８０６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３～２，４５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う位８１８～８２０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２３に従う２０６～２０８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５～１１，６５７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４～１１，８０６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３～２，４５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８～８２０位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６～２０８位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、単離された変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、少なくとも約１５ヌクレオチドを含み、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマーは、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その部分は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置もしくはその相補物を含む。
いくつかの実施形態において、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態において、変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーは、ＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書において記載されるプローブ及びプライマー（変異特異的プローブ及び変異特異的プライマーを包含する）は、本明細書に開示される核酸分子のうちのいずれか、またはその相補物へ特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態において、プローブ及びプライマーは、で本明細書において開示される核酸分子のうちの任意のものへストリンジェントな条件下特異的にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、プライマー（変異特異的プライマーを包含する）は、第二世代配列決定またはハイスループット配列決定において使用され得る。いくつかの実例において、プライマー（変異特異的プライマーを包含する）は、修飾され得る。特に、プライマーは、例えば超並列シグネチャ配列決定（Ｍａｓｓｉｖｅ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ＭＰＳＳ）、ポロニー配列決定（Ｐｏｌｏｎｙ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、及び４５４パイロシーケンシング（Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）の異なるステップで使用される、様々な修飾を含み得る。修飾プライマーはプロセスの複数のステップで使用され得、クローニングステップにおけるビオチン化プライマー、ならびにビーズローディングステップ及び検出ステップで使用される蛍光標識プライマーが挙げられる。ポロニー配列決定は、一般的に、ＤＮＡテンプレートの各分子の長さが約１３５ｂｐであるペアエンドタグライブラリを使用して実施される。ビオチン化プライマーは、ビーズ負荷ステップ及びエマルジョンＰＣＲにおいて使用される。蛍光標識された縮重ノナマーオリゴヌクレオチドは、検出ステップで使用される。アダプターは、ストレプトアビジンコートビーズ上へのＤＮＡライブラリの固定化のために、５’－ビオチンタグを含有し得る。
本明細書に記載のプローブ及びプライマーは、本明細書において開示されるＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のうちのいずれかにおけるヌクレオチドバリエーションを検出するために使用され得る。本明細書に記載のプライマーは、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子、もしくはＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子、またはその断片を増幅するために使用され得る。
本開示はまた、上記のプライマーのうちのいずれかを含むプライマーの対を提供する。例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号１に従う１０２，９１７位に対応する位置で（グアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ゲノム核酸分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号５に従う１１，８８７位に対応する位置で（１１，８８７位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号６に従う１２，０３６位に対応する位置で（１２，０３６位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号７に従う２，６８５位に対応する位置で（２，６８５位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号８に従う１，０５０位に対応する位置で（１，０５０位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号９に従う４３８位に対応する位置で（４３８位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１６に従う４３８位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号１０に従う１１２位に対応する位置で（１１２位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１７に従う１１２位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号１１に従う８４位に対応する位置で（８４位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１８に従う８４位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１８に従う８４位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２４に従う１１，８８７位に対応する位置で（１１，８８７位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２５に従う１２，０３６位に対応する位置で（１２，０３６位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２６に従う２，６８５位に対応する位置で（２，６８５位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２７に従う１，０５０位に対応する位置で（１，０５０位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内のＣＤＮＡ配列番号２８に従う４３８位に対応する位置で（４３８位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３５に従う４３８位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２９に従う１１２位に対応する位置で（１１２位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３６に従う１１２位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号３０に従う８４位に対応する位置で（８４位のグアニンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３７に従う８４位に対応する位置で（アデニンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３７に従う８４位に対応する位置におけるグアニンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
本開示はまた、上記のプライマーのうちのいずれかを含むプライマーの対を提供する。例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号１に従う１０２，３９１位に対応する位置で（シトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ゲノム核酸分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号５に従う１１，６５５位に対応する位置で（１１，６５５位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号６に従う１１，８０４位に対応する位置で（１１，８０４位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号７に従う２，４５３位に対応する位置で（２，４５３位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号８に従う８１８位に対応する位置で（８１８位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号２２に従う８１８位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号９に従う２０６位に対応する位置で（２０６位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子内の配列番号２３に従う２０６位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号２３に従う２０６位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２４に従う１１，６５５位に対応する位置で（１１，６５５位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２５に従う１１，８０４位に対応する位置で（１１，８０４位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２６に従う２，４５３位に対応する位置で（２，４５３位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２７に従う８１８位に対応する位置で（８１８位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号４１に従う８１８位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号２８に従う２０６位に対応する位置で（２０６位のシトシンではなく）グアニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３ ＣＤＮＡ分子内の配列番号４２に従う２０６位に対応する位置で（グアニンではなく）シトシンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントＣＤＮＡ分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号４２に従う２０６位に対応する位置におけるシトシンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
本開示はまた、上記のプライマーのうちのいずれかを含むプライマーの対を提供する。例えば、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号１に従う１０３，２２６位に対応する位置で（チミンではなく）アデニンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３参照ゲノム核酸分子の存在を示すであろう。逆に、プライマーの３’端のうちの１つが、特定のＲＮＦ２１３核酸分子内の配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置で（アデニンではなく）チミンにハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子の存在を示すであろう。いくつかの実施形態において、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置におけるチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’端にあることができる。
本開示の文脈において、「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（例えば、変異特異的プローブまたは変異特異的プライマー等）が、ＲＮＦ２１３参照ゲノム核酸分子、ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子、及び／またはＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列にハイブリダイズしないことを意味する。
いくつかの実施形態において、プローブ（例えば変異特異的プローブ等）は、標識を含む。いくつかの実施形態において、標識は、蛍光標識、放射標識、またはビオチンである。
本開示は、本明細書において開示されるプローブのうちのいずれか１つ以上が結合される基質を含む支持体も提供する。固体支持体は、分子（本明細書に開示されているプローブのうちのいずれか等）が会合できる固体状態の基質または支持体である。固体支持体の形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の種類のプローブがアレイ状、グリッド状またはその他の組織化されたパターンでカップリングしてある固体支持体である。固体状態の基質の形態は、標準的な９６ウェルタイプのようなマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態において、通常１ウェル当たり１つのアレイを含有するマルチウェルスライドグラスを用いることができる。
ＲＮＦ２１３参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号１に示されている。配列番号１を参照すると、１０２，９１７位はアデニンである。配列番号１を参照すると、１０２，３９１位はグアニンである。配列番号１を参照すると、１０３，２２６位はシトシンである。
ＲＮＦ２１３のバリアントゲノム核酸分子が存在し、１０２，９１７位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号２に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントゲノム核酸分子が存在し、１０２，３９１位のグアニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号３に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントゲノム核酸分子が存在し、１０３，２２６位のシトシンがチミンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号４に示されている。
ＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号５に示されている。配列番号５を参照すると、１１，８８７位はアデニンである。配列番号５を参照すると、１１，６５５位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号６に示されている。配列番号６を参照すると、１２，０３６位はアデニンである。配列番号６を参照すると、１１，８０４位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号７に示されている。配列番号７を参照すると、２，６８５位はアデニンである。配列番号７を参照すると、２，４５３位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号８に示されている。配列番号８を参照すると、１，０５０位はアデニンである。配列番号８を参照すると、８１８位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号９に示されている。配列番号９を参照すると、４３８位はアデニンである。配列番号９を参照すると、２０６位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１０に示されている。配列番号１０を参照すると、１１２位はアデニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１１に示されている。配列番号１１を参照すると、８４位はアデニンである。
ＲＮＦ２１３のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、１１，８８７位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１２に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、１２，０３６位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１３に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、２，６８５位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１４に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、１，０５０位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１５に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、４３８位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１６に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、１１２位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１７に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、８４位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１８に示されている。
ＲＮＦ２１３のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、１１，６５５位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１９に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、１１，８０４位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２０に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、２，４５３位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２１に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、８１８位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２２に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在し、２０６位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２３に示されている。
ＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２４に示されている。配列番号２４を参照すると、１１，８８７位はアデニンである。配列番号２４を参照すると、１１，６５５位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２５に示されている。配列番号２５を参照すると、１２，０３６位はアデニンである。配列番号２５を参照すると、１１，８０４位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２６に示されている。配列番号２６を参照すると、２，６８５位はアデニンである。配列番号２６を参照すると、２，４５３位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２７に示されている。配列番号２７を参照すると、１，０５０位はアデニンである。配列番号２７を参照すると、８１８位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２８に示されている。配列番号２８を参照すると、４３８位はアデニンである。配列番号２８を参照すると、２０６位はグアニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２９に示されている。配列番号２９を参照すると、１１２位はアデニンである。別のＲＮＦ２１３参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３０に示されている。配列番号３０を参照すると、８４位はアデニンである。
ＲＮＦ２１３のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、１１，８８７位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３１に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、１２，０３６位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３２に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、２，６８５位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３３に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、１，０５０位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３４に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、４３８位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３５に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、１１２位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３６に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、８４位のアデニンがグアニンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３７に示されている。
ＲＮＦ２１３のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、１１，６５５位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３８に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、１１，８０４位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３９に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、２，４５３位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号４０に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、８１８位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号４１に示されている。
ＲＮＦ２１３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在し、２０６位のアデニンがシトシンと置き換えられる。このＲＮＦ２１３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号４２に示されている。
ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、任意の生物由来であり得る。例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、ヒト、または別の生物（例えば、非ヒト哺乳動物、げっ歯類、マウス、もしくはラット）からのオーソログであり得る。集団内の遺伝子配列は、一塩基多型のような多型に起因して異なり得ることが理解される。本明細書で提供される実施例は、単なる例示的な配列である。他の配列もまた可能である。
本明細書では、開示された核酸分子と相互作用することができる機能的ポリヌクレオチドも提供される。機能的ポリヌクレオチドの例としては、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三本鎖形成分子、及び外部ガイド配列が含まれるが、これらに限定されない。機能的ポリヌクレオチドは、標的分子が有する特定の活性のエフェクター、阻害剤、調節剤、及び刺激剤として機能することができ、または機能的ポリヌクレオチドは、任意の他の分子から独立した新規活性を有することができる。
本明細書に開示される単離された核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含み得る。単離された核酸分子を、ベクターまたは異種標識等の異種核酸配列に連結または融合することもできる。例えば、本明細書に開示される単離された核酸分子は、ベクター内部にあるか、または単離された核酸分子と異種核酸配列とを含む外因性ドナー配列であり得る。単離された核酸分子は、異種標識へ連結または融合もされ得る。標識は、直接検出可能であり得る（例えば、フルオロフォア等）か、または間接的に検出可能であり得る（例えば、ハプテン、酵素、またはフルオロフォアクエンチャー等）。そのような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的手段により検出可能であり得る。かかる標識としては、例えば放射性同位体標識、色素、染料、クロモゲン、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識はまた、例えば、化学発光物質、金属含有物質、またはシグナルの酵素依存性二次生成が生じる酵素であり得る。「標識」という用語はまた、コンジュゲートされた分子が、基質とともに続いて添加されたときに、検出可能なシグナルを生成するために使用されるように、コンジュゲートされた分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指し得る。例えば、ビオチンは、タグに結合するための西洋ワサビペルオキシデート（ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ ｐｅｒｏｘｉｄａｔｅ、ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンコンジュゲートとともにタグとして使用することができ、ＨＲＰの存在を検出するために、熱量測定基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ｔｅｔｒａｍｅｔｈｙｌｂｅｎｚｉｄｉｎｅ、ＴＭＢ）等）または蛍光発生基質を使用して検査することができる。精製を促進するためのタグとして使用することができる例示的な標識として、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧもしくは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓもしくはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限定されない。多数の標識としては、例えば粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素、及びそれらの比色基質、蛍光発生基質、及び化学発光基質、ならびに他の標識が挙げられる。
開示される核酸分子は、例えばヌクレオチド、または非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチド（ヌクレオチド類似体またはヌクレオチド代替物等）を含み得る。このようなヌクレオチドとしては、改変された塩基、糖もしくはホスフェート基を含むか、またはその構造に非天然部分が導入されているヌクレオチドが挙げられる。非天然ヌクレオチドの例としては、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド及びフルオロフォア標識ヌクレオチドが挙げられるが、これらに限らない。
本明細書に開示された核酸分子は、１つ以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基、糖、またはリン酸部分のいずれかへの修飾を含むヌクレオチドである。塩基部分への修飾として、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然及び合成修飾、ならびに例えばプソイドウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イル等の異なるプリンまたはピリミジン塩基が挙げられるが、これらに限定されない。修飾塩基としては、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニルウラシル及びシトシン、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（偽ウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば、５－ブロモ等）、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換ウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、及び３－デアザアデニンが含まれるがこれらに限定されない。
ヌクレオチド類似体にはまた、糖部分の修飾も含まれ得る。糖部分への修飾には、リボース及びデオキシリボースの天然修飾、ならびに合成修飾が含まれるが、これらに限定されない。糖修飾としては、２’位での以下の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキル（式中、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは、置換または非置換のＣ１－１０アルキルまたはＣ２－１０アルケニル、及びＣ２－１０アルキニルであり得る）が挙げられるがこれらに限定されない。また、例示的な２’糖修飾としては、－Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、－Ｏ（ＣＨ２）ｎ－ＯＮＨ２、及び－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中、ｎ及びｍは１～約１０である）が挙げられるが、これらに限定されない。２’位での他の修飾としては、Ｃ１－１０アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリールまたはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性の改善のための基、またはオリゴヌクレオチドの薬物動力学的特性の改善のための基、及び類似する特性を有する他の置換基が挙げられるが、これらに限定されない。糖の他の位置で、特に、３’末端ヌクレオチドまたは２’－５’結合オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位と、５’末端ヌクレオチドの５’位で同様の修飾が行われていてもよい。修飾された糖としては、架橋環酸素（ＣＨ２及びＳ等）で修飾を含有するものも挙げられ得る。ヌクレオチド糖類似体は、ペントフラノシル糖の代わりに糖模倣体（シクロブチル部分等）も有し得る。
ヌクレオチド類似体は、リン酸部分でも修飾され得る。修飾されたリン酸塩部分としては、２つのヌクレオチド間のリンケージが、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含むメチル及び他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホラミデート及びアミノアルキルホスホラミデートを含むホスホラミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエート、ならびにボラノホスフェートを含むように修飾することができるものが挙げられるが、これらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸リンケージまたは修飾されたリン酸リンケージは、３’－５’リンケージまたは２’－５’リンケージを介することができ、リンケージは逆向きの極性（３’－５’から５’－３’へまたは２’－５’から５’－２’へ等）を含有し得る。様々な塩、混合塩、及び遊離酸形態も含まれる。ヌクレオチド置換体には、ペプチド核酸（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ、ＰＮＡ）も含まれる。
本開示はまた、本明細書に開示される核酸分子のうちのいずれか１つ以上を含むベクターを提供する。いくつかの実施形態において、本開示のベクターは、本明細書に開示される核酸分子のうちのいずれか１つ以上と、異種核酸と、を含む。ベクターは、核酸分子を輸送できるウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであることができる。いくつかの実施形態において、ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡ等）である。いくつかの実施形態において、本開示のベクターは、ウイルスベクターであって、追加のＤＮＡセグメントをそのウイルスゲノムにライゲーションできるウイルスベクターである。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス（カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルス等）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン－バー（ＥＢＶ）由来エピソーム、及び当該技術分野において既知の他の発現ベクターが挙げられるがこれらに限定されない。
哺乳類宿主細胞発現のための所望の調節配列は、例えば、哺乳類細胞における高レベルのポリペプチド発現を指示するウイルス要素、例えば、レトロウイルスＬＴＲに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ、ＣＭＶ）（例えば、ＣＭＶプロモーター／エンハンサー等）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）（例えば、ＳＶ４０プロモーター／エンハンサー等）、アデノウイルス（例えば、アデノウイルス主要後期プロモーター（ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｍａｊｏｒ ｌａｔｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ、ＡｄＭＬＰ）等）、ポリオーマ、ならびに天然免疫グロブリン及びアクチンプロモーター等の強力な哺乳類プロモーターを含むことができる。また、細菌細胞または真菌細胞（例えば、酵母細胞等）中でポリペプチドを発現させる方法も周知である。プロモーターは、例えば、構成的に活性なプロモーター、条件的プロモーター、誘導性プロモーター、時間的に制限されたプロモーター（例えば、発生学的に調節されたプロモーター等）、または空間的に制限されたプロモーター（例えば、細胞特異的もしくは組織特異的プロモーター等）であり得る。
核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定のストレッチ間のパーセント同一性（またはパーセント相補性）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本的な局所アラインメントサーチツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）またはＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）を使用して、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用するデフォルト設定を使用して、常套的に求めることができる。本明細書において、パーセント配列同一性について言及する場合、配列同一性の高いパーセンテージが低いものよりも好ましい。
本開示はまた、本明細書に開示される単離された核酸分子、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちのいずれか１つ以上を含む組成物も提供する。いくつかの実施形態において、組成物は、薬学的組成物である。いくつかの実施形態において、組成物は、担体及び／または賦形剤を含む。担体の例としては、ポリ（乳酸）（ｐｏｌｙ（ｌａｃｔｉｃ ａｃｉｄ）、ＰＬＡ）マイクロスフィア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ｐｏｌｙ（Ｄ，Ｌ－ｌａｃｔｉｃ－ｃｏｇｌｙｃｏｌｉｃ－ａｃｉｄ）、ＰＬＧＡ）マイクロスフィア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート（ｃｏｃｈｌｅａｔｅ）、及び脂質微小管が挙げられるが、これらに限らない。担体は、ＰＢＳ、ＨＢＳＳ等のような緩衝化塩溶液を含んでよい。
本明細書で使用される場合、「に対応する」という語句またはその文法的変形は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチドの配列または位置の番号付けの文脈で使用される場合、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列を参照配列（例えば、配列番号１、配列番号５、または配列番号２４等）と比較したときの指定された参照配列の番号付けを指す。言い換えれば、特定のポリマーの残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の番号または残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸）の位置は、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列の範囲内でのその残基の実際の位置番号によってではなく、参照配列を基準として指定される。例えば、特定のヌクレオチド配列は、ギャップを導入して２つの配列間の残基の一致を最適化することによって参照配列へアラインメントさせることができる。これらの場合では、ギャップは存在するが、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列における残基の番号付けは、それがアラインメントしている参照配列を基準として行われる。
例えば、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンを含む、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子は、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列が配列番号２の配列にアラインメントされている場合、ＲＮＦ２１３配列が、配列番号２の１０２，９１７位に対応する位置にグアニン残基を有することを意味する。配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンを含む、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子、及び配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンを含む、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子についても同様である。言い換えれば、これらの語句は、ＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする核酸分子を指し、ゲノム核酸分子は、配列番号２の１０２，９１７位のグアニン残基に相同であるグアニン残基を含むヌクレオチド配列を有する（あるいは、ｍＲＮＡ分子は、配列番号１２の１１，８８７位のグアニン残基に相同であるグアニン残基を含むヌクレオチド配列を有するか、またはｃＤＮＡ分子は、配列番号３１の１１，８８７位のグアニン残基に相同であるグアニン残基を含むヌクレオチド配列を有する）。本明細書において、そのような配列は、ゲノム核酸分子に関して「Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙ変異を伴うＲＮＦ２１３配列」もしくは「Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙバリエーションを伴うＲＮＦ２１３配列」（またはｍＲＮＡ分子に関して「Ａ１１８８７Ｇ変異を伴うＲＮＦ２１３配列」もしくは「Ａ１１８８７Ｇバリエーションを伴うＲＮＦ２１３配列」、及びｃＤＮＡ分子に関して「Ａ１１８８７Ｇ変異を伴うＲＮＦ２１３配列」または「Ａ１１８８７Ｇバリエーションを伴うＲＮＦ２１３配列」）とも称される。同じことが、本明細書に開示されるすべての他の分子についても実行され得る。
本明細書に記載されるように、例えば、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応するＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内の位置は、特定のＲＮＦ２１３核酸分子のヌクレオチド配列と配列番号２のヌクレオチド配列との間の配列アラインメントを実施することによって特定することができる。例えば、配列番号２の１０２，９１７位に対応するヌクレオチド位置を特定するための配列アラインメントを実施するために使用することができる様々な計算アルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９７，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１４，１０７９，１０５－１１６）の使用によって、配列アラインメントが実施され得る。しかしながら、配列は、手動でアラインメントすることもできる。
ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４３（アイソフォーム１）、配列番号４４（アイソフォーム２）、配列番号４５（アイソフォーム３）、配列番号４６（アイソフォーム４）、配列番号４７（アイソフォーム５）、配列番号４８（アイソフォーム６）、及び配列番号４９（アイソフォーム７）に示される。配列番号４３（アイソフォーム１）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、５，２０７アミノ酸長である。配列番号４３を参照すると、３，９１５位はグルタミン酸である。配列番号４３を参照すると、３，８３８位はバリンである。配列番号４４（アイソフォーム２）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、５，２５６アミノ酸長である。配列番号４４を参照すると、３，９６４位はグルタミン酸である。配列番号４４を参照すると、３，８８７位はバリンである。配列番号４５（アイソフォーム３）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、２，１１４アミノ酸長である。配列番号４５を参照すると、８２２位はグルタミン酸である。配列番号４６（アイソフォーム４）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、１，６４２アミノ酸長である。配列番号４６を参照すると、３５０位はグルタミン酸である。配列番号４６を参照すると、２７３位はバリンである。配列番号４７（アイソフォーム５）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、５，２５６アミノ酸長である。配列番号４７を参照すると、１４６位はグルタミン酸である。配列番号４４を参照すると、６９位はバリンである。配列番号４８（アイソフォーム６）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、３７アミノ酸長である。配列番号４９（アイソフォーム７）を参照すると、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドは、２８アミノ酸長である。
ＲＮＦ２１３バリアントポリペプチドのセットが存在し、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドについて先に言及した位置におけるグルタミン酸（配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、及び配列番号４９を参照）は、グリシンによって置き換えられる。配列番号５０（Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙ、アイソフォーム１）を参照すると、３，９１５位はグリシンである。配列番号５１（Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、アイソフォーム２）を参照すると、３，９６４位はグリシンである。配列番号５２（Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、アイソフォーム３）を参照すると、８２２位はグリシンである。配列番号５３（Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、アイソフォーム４）を参照すると、３５０位はグリシンである。配列番号５４（Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、アイソフォーム５）を参照すると、１４６位はグリシンである。配列番号５５（Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、アイソフォーム６）を参照すると、３７位はグリシンである。配列番号５６（Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、アイソフォーム７）を参照すると、２８位はグリシンである。
ＲＮＦ２１３バリアントポリペプチドの別のセットが存在し、ＲＮＦ２１３参照ポリペプチドについて先に言及した位置におけるバリン（配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、及び配列番号４９を参照）は、ロイシンによって置き換えられる。配列番号５７（Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、アイソフォーム１）を参照すると、３，８３８位はロイシンである。配列番号５８ Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、アイソフォーム２）を参照すると、３，８８７位はロイシンである。配列番号５９（Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、アイソフォーム３）を参照すると、７４５位はロイシンである。配列番号６０（Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、アイソフォーム４）を参照すると、２７３位はロイシンである。配列番号６１（Ｖａｌ６９Ｌｅｕ、アイソフォーム５）を参照すると、６９位はロイシンである。
添付の配列表中でリストされるヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、標準的な文字略称をヌクレオチド塩基について使用し、３文字コードをアミノ酸について使用して示される。ヌクレオチド配列では、配列の５’端から３’端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進むという標準的なしきたりに従っている。各々のヌクレオチド配列の１つの鎖のみが示されるが、提示された鎖に対する任意の参照によって、相補鎖が包含されることが理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端での開始からカルボキシ末端の方に（すなわち、各配列において左から右に）進む標準的な慣例に従う。
本開示はまた、対象における肝疾患の治療に使用するための（または肝疾患を治療するための医薬の調製に使用するための）肝疾患を治療または阻害する治療剤であって、対象は、本明細書に記載のヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちのいずれかを有する、治療剤を提供する。肝疾患を治療または阻害する治療剤は、本明細書に記載される肝疾患を治療または阻害する治療剤のうちのいずれかであり得る。
いくつかの実施形態において、対象は、ｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子、ｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子、またはｉｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子、またはｉｖ）配列番号５０に従う３，９１５位、配列番号５１に従う３，９６４位、配列番号５２に従う８２２位、配列番号５３に従う３５０位、配列番号５４に従う１４６位、配列番号５５に従う３７位、または配列番号５６に従う２８位に対応する位置にグリシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子；または配列番号５０に従う３，９１５位に対応する位置にグリシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子、ｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子、またはｉｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子、またはｉｖ）配列番号５７に従う３，８３８位、配列番号５８に従う３，８８７位、配列番号５９に従う７４５位、配列番号６０に従う２７３位、または配列番号６１に従う６９位に対応する位置にロイシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子；または配列番号５７に従う３，８３８位に対応する位置にロイシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子を含む。
本開示はまた、対象における肝疾患の治療に使用するための（または肝疾患を治療するための医薬の調製に使用するための）ＲＮＦ２１３阻害剤であって、対象は、本明細書に記載のヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちのいずれかを有する、ＲＮＦ２１３阻害剤を提供する。ＲＮＦ２１３阻害剤は、本明細書に記載のＲＮＦ２１３阻害剤のうちのいずれかであり得る。
いくつかの実施形態において、対象は、ｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子、ｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子、またはｉｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子、またはｉｖ）配列番号５０に従う３，９１５位、配列番号５１に従う３，９６４位、配列番号５２に従う８２２位、配列番号５３に従う３５０位、配列番号５４に従う１４６位、配列番号５５に従う３７位、または配列番号５６に従う２８位に対応する位置にグリシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子；または配列番号５０に従う３，９１５位に対応する位置にグリシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子、ｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子、またはｉｉｉ）ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子、またはｉｖ）配列番号５７に従う３，８３８位、配列番号５８に従う３，８８７位、配列番号５９に従う７４５位、配列番号６０に従う２７３位、または配列番号６１に従う６９位に対応する位置にロイシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子；ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子；または配列番号５７に従う３，８３８位に対応する位置にロイシンを含むＲＮＦ２１３ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態において、対象は、ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子を含む。
上または下で引用されるすべての特許文書、ウェブサイト、他の出版物、アクセッション番号、及び同種のものは、あたかも各々の個別の項目が、参照によってそのように援用されることが具体的かつ個別に示されたかのように、同じ程度までそれらの全体がすべての目的のために参照によって援用される。異なるバージョンの配列が異なる時点でアクセッション番号に関連付けられている場合、本出願の有効出願日におけるアクセッション番号に関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、実際の出願日または優先出願の出願日のうちの早い方を意味し、該当する場合はアクセッション番号が参照される。同様に、異なるバージョンの刊行物、ウェブサイト等が異なる時点で公開される場合、特に明記しない限り、出願の有効出願日において最後に公開されたバージョンを意味する。本開示の任意の特色、ステップ、要素、実施形態、または態様は、別段具体的に指摘されない限り、他の特色、ステップ、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用され得る。本開示を、明確化及び理解を目的として、例示及び例としてある程度詳細に説明してきたが、特定の変更及び修正を添付の特許請求の範囲内で実施し得ることは明らかであろう。
以下の実施例は、実施形態をより詳細に記載するために提供される。これらは、特許請求する実施形態を例示することを意図しており、限定することを意図していない。以下の実施例は、本明細書において記載される化合物、組成物、品物、デバイス及び／または方法が、どのように作製及び評価されるかについての開示及び記載を当業者を提供するものであり、純粋に例示的であることが意図され、任意の特許請求の範囲を限定することは意図されない。数値（例えば量、温度等等）に関して正確性を確実にする取り組みがなされているが、ある程度の誤差及び偏差が考慮され得る。別段に示されていない限り、部は、重量部であり、温度は、℃または周囲温度であり、圧力は、大気圧または大気圧近傍である。
実施例１：ＲＮＦ２１３をコードする遺伝子の機能喪失は、より低いＡＬＴ、ＡＳＴ、及び肝疾患に対する保護と関連している
慢性肝疾患に寄与する遺伝的因子を特定するために、ＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋコホート（ＵＫＢ）、Ｇｅｉｓｉｎｇｅｒ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔｅｍ ＭｙＣｏｄｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｈｅａｌｔｈ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅコホート研究（ＧＨＳ）、及びＭｏｕｎｔ ＳｉｎａｉのＢｉｏＭｅ Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｃｏｈｏｒｔ（ＳＩＮＡＩ）におけるヨーロッパ系の５９７，８５６人の参加者の帰属遺伝子型データ、エクソーム配列データ、及び電子健康記録を分析した。ＵＫＢ及びＧＨＳにおける発見分析を実施して、広く使用されている肝損傷の尺度であるアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）及びアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）によって測定される肝損傷に関連する新しい遺伝的バリアント及び遺伝子を特定した。その後、ＵＫＢ、ＧＨＳ、ＳＩＮＡＩ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ Ｐｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ＢｉｏＢａｎｋ（ＵＰＥＮＮ－ＰＭＢＢ）、及びＭａｌｍｏ Ｄｉｅｔ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｔｕｄｙ（ＭＤＣＳ）における幅広い肝疾患との関係について、統計的に有意な所見を評価した。
肝疾患に対する保護遺伝子を発見するために、２段階アプローチを採用した。第１のステップでは、循環ＡＳＴ及びＡＬＴレベルのゲノムワイド解析研究を実行して、ＡＳＴまたはＡＬＴとゲノムワイド有意水準で関連する共通のタンパク質コードバリアントを有する遺伝子を特定した。第２のステップでは、ステップ１からの遺伝子における希少な機能喪失対立遺伝子の負荷と、ＡＬＴまたはＡＳＴとの関連を決定し、特定した遺伝子が原因であるという証拠を三角測量した。
ステップ１では、５０万人以上のヨーロッパ系個体における１１，９１４，６９８人のバリアントの帰属データセットを使用したＡＳＴ及びＡＬＴのゲノムワイドメタ分析により、７８４のゲノムワイド有意領域が特定された。ゲノムワイド有意遺伝子座のうちの１つは、遺伝子ＲＮＦ２１３を含み、この遺伝子座での関連シグナルを駆動する複数の関連するコードバリアントを含んでいた。ＡＳＴについて最も強いバリアントは、ＲＮＦ２１３ ｒｓ６１７４０６５８（ＮＰ＿００１２４３０００．２、Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙ）におけるミスセンスバリアントであった。ＡＬＴについて最も強いバリアントは、ＲＮＦ２１３ ｒｓ３５３３２０９０（ＮＰ＿００１２４３０００．２、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ）におけるミスセンスバリアントと完全な連鎖不均衡にあるイントロンバリアントｒｓ３６１０３７３３（１７：８０３６４０９３：Ｃ：Ｔ）であった。ＦＩＮＥＭＡＰソフトウェアを用いてファインマッピングを実施した後、９５％信頼できる原因バリアントのセットにおける２つの追加のコードバリアントが特定された：ＡＬＴについての事後確率０．２０、ＡＳＴについての事後確率０．４２のｒｓ１２９４４３８５（ＮＰ＿００１２４３０００．２、Ｌｙｓ４７３２Ｇｌｕ）、ＡＳＴについての事後確率０．５５のｒｓ７２８４９８４１（ＮＰ＿０６６００５．２、Ｐｒｏ７２９Ｌｅｕ）。これらのバリアントについての関連統計を、表２に列挙する。
ＲＲは、代替対立遺伝子を有しない集団研究における個体の数を示し、ＲＡは、１つ以上のヘテロ接合性代替対立遺伝子を有する個体の数を示し、ＡＡは、１つ以上のホモ接合性代替対立遺伝子を有する個体の数を示す。代替対立遺伝子は、１７：８０３６４０９３：Ｃ：Ｔについての、ＨＧＶＳ推奨事項に従ってコードされる機能喪失またはアミノ酸変化を引き起こす対立遺伝子であり、Ｃは、参照対立遺伝子であり、Ｔは、要約統計が報告されている代替対立遺伝子及び影響対立遺伝子である。ＳＤは、標準偏差単位を示し、ＡＡＦは、代替対立遺伝子頻度を示す。
ステップ２では、エクソーム配列データを使用して、ＲＮＦ２１３遺伝子における希少な（ＡＡＦ＜１％）予測機能喪失（ｐＬＯＦ）バリアントの負荷とＡＬＴ及びＡＳＴとの関連を推定した。この分析では、ＲＮＦ２１３におけるｐＬＯＦバリアントの１，７７３人のキャリアが、表３に示されるように、循環ＡＳＴ及びＡＬＴレベルを有意に低下させた。
機能喪失バリアントの負荷とＡＳＴまたはＡＬＴとの関連は、ＲＮＦ２１３における複数の機能喪失バリアントによって駆動された（表４を参照）。これらの結果は、表３に記載される共通のコード対立遺伝子が、ＲＮＦ２１３における機能喪失を引き起こしていることを示す。
タンパク質の変化は、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ Ｓｏｃｉｅｔｙの推奨に従い、各々がＥｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤに対応し、タンパク質コードバリアントの場合はｈｇｖｓｐ（タンパク質変化）とし、スプライスバリアントの場合はｈｇｖｓｃ（ｃＤＮＡ変化）とする。ＡＡＦは、代替対立遺伝子の頻度を示す。
表５は、ＲＮＦ２１３中の機能喪失対立遺伝子が、肝実質性疾患、アルコール性、非アルコール性肝疾患、肝線維症、及び肝硬変を含む肝疾患診断に対する保護とも強力に関連していることを示す。これらの結果は、ＲＮＦ２１３の機能喪失が慢性肝疾患から保護することを示す。
ＲＲは、代替対立遺伝子を有しない集団研究における個体の数を示し、ＲＡは、１つ以上のヘテロ接合性代替対立遺伝子を有する個体の数を示し、ＡＡは、１つ以上のホモ接合性代替対立遺伝子を有する個体の数を示す。代替対立遺伝子は、ＨＧＶＳ推奨事項に従ってコードされる機能喪失またはアミノ酸変化を引き起こす対立遺伝子であり、代替対立遺伝子は、ＨＧＶＳ推奨事項に従ってコードされる機能喪失またはアミノ酸変化を引き起こす対立遺伝子であり、ＯＲは、オッズ比を示し、ＡＡＦは、代替対立遺伝子の頻度を示す。
参加コホート
遺伝子関連研究は、Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ Ｂｉｏｂａｎｋ（ＵＫＢ）コホート（Ｓｕｄｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｍｅｄ．，２０１５，１２，ｅ１００１７７９）及びＧｅｉｓｉｎｇｅｒ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔｅｍ（ＧＨＳ）ＭｙＣｏｄｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｈｅａｌｔｈ ＩｎｉｔｉａｔｉｖｅからのＤｉｓｃｏｖｅｒＥＨＲコホート（Ｃａｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｄ．，２０１６，１８，９０６－１３）で実施した。ＵＫＢは、２００６年～２０１０年に英国の２２の検査センターを通じて募集した４０歳～６９歳の人々を対象とした集団ベースのコホート研究である。利用可能な全エクソーム配列決定及び表現型データを有するＵＫＢからの４３０，０００人を超えるヨーロッパ系参加者を含めた。ＧＨＳ ＭｙＣｏｄｅ研究Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｈｅａｌｔｈ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅは、２００７年～２０１９年に募集したペンシルベニア州中部及び東部（米国）の患者の医療システムベースのコホートである。利用可能な全エクソーム配列決定及び表現型データを有するＧＨＳからの１３０，０００人を超えるヨーロッパ系参加者を含めた。肝臓アウトカムとの関連はまた、Ｍｏｕｎｔ Ｓｉｎａｉ ＢｉｏＭｅ Ｂｉｏｂａｎｋコホート（ＳＩＮＡＩ，Ｃｅｌｌ，２０１９，１７７，５８－６９）、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ Ｐｅｎｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ＢｉｏＢａｎｋ（ＵＰＥＮＮ－ＰＭＢＢ；（Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，２０２０，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１４３６－０１９－０６２５－８））及び１９９１年から１９９６年の間に募集されたスウェーデンの集団ベースの有望な（ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ）観察コホートであるＭａｌｍｏ Ｄｉｅｔ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｔｕｄｙ（ＭＤＣＳ）を含んだ（Ｂｅｒｇｌｕｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９３，ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１３６５－２７９６．１９９３．ｔｂ００６４７．ｘ）。
表現型の定義
ＡＬＴまたはＡＳＴについての臨床検査室測定値は、ＧＨＳからの参加者の電子健康記録（ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ ｈｅａｌｔｈ ｒｅｃｏｒｄ、ＥＨＲ）から抽出した。２つ以上の測定値を有するすべての参加者について中央値を計算した。ＵＫＢでは、ＡＬＴ及びＡＳＴを、研究のベースライン来院時にＢｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ ＡＵ５８００のＩＦＣＣ（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｆｅｄｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：国際臨床化学連盟）分析によって測定し、Ｈｂ１Ａｃは、Ｂｉｏ－Ｒａｄ ＶＡＲＩＡＮＴ ＩＩ Ｔｕｒｂｏを使用するＨＰＬＣによって測定した。遺伝的関連分析の前に、連続表現型値を逆標準正規関数によって変換し、各祖先群内に適用し、男性及び女性に別々に適用した。疾病アウトカムは、ＥＨＲ及び利用可能な場合には自己報告を使用して、国際疾病分類第９版及び第１０版（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｎｉｎｔｈ ａｎｄ Ｔｅｎｔｈ Ｒｅｖｉｓｉｏｎ）（ＩＣＤ－９及びＩＣＤ－１０）に従って定義し、表６に示すように単一の変数に組み合わせた。
ＩＣＤ１０は、１０ｔｈ ｒｅｖｉｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｐｒｏｂｌｅｍｓを示し、ＵＫＢ．ＯＰＣＳ４は、ＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ（ＵＫＢ）で使用されるようなＯｆｆｉｃｅ ｏｆ Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ Ｃｅｎｓｕｓｅｓ ａｎｄ Ｓｕｒｖｅｙｓ（ＯＰＣＳ）Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ ｖｅｒｓｉｏｎ ４を示し、ＵＫＢ．ｆ．２０００２は、ＵＫＢで使用されるような自己報告された非がん疾患コードを示す。ＵＫＢ．ｆ．２０００４は、ＵＫＢで使用される自己報告された医療処置を示す。
遺伝子型データ
高カバレッジ全エクソーム配列決定を、前述のように（Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１６，３５４：ａａｆ６８１４、及びＮａｔｕｒｅ，２０２０；５８６，７４９－７５６）実施し、以下にまとめた。ＮｉｍｂｌｅＧｅｎプローブ（ＶＣＲｏｍｅ、ＧＨＳコホートの一部に対して）またはＩｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから入手可能なｘＧｅｎ設計の改変版（ＩＤＴ、ＧＨＳの残り及び他のコホートに対して）を、エクソームの標的配列捕捉に使用した。多重化エクソームの捕捉及び配列決定を容易にするために、ライブラリ調製中に独自の６塩基対（ｂｐ）バーコード（ＶＣＲｏｍｅ）または１０ｂｐバーコード（ＩＤＴ）を各ＤＮＡ断片に添加した。等量のサンプルを、エクソーム捕捉前にプールした。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｖ４ ＨｉＳｅｑ ２５００機器で（ＧＨＳコホートの一部に対して）、またはＮｏｖａＳｅｑ機器で（ＧＨＳの残り及び他のコホートに対して）、７５ｂｐのペアエンドリードを使用して配列決定を実施した。配列決定は、ＶＣＲｏｍｅサンプルの９６％において、標的塩基の８５％にわたる２０倍以上のカバレッジ、及びＩＤＴサンプルの９９％において、標的塩基の９０％にわたる２０倍のカバレッジを提供するのに十分なカバレッジ深さ（すなわち、ゲノムの標的領域内の各ヌクレオチドをカバーする配列リードの数）を有した。データ処理ステップは、Ｉｌｌｕｍｉｎａソフトウェアを使用したサンプル脱多重化、バイナリアラインメント及びマッピングファイル（ＢＡＭ）の生成を含むＧＲＣｈ３８ヒトゲノム参照配列へのアラインメント、ＢＡＭファイルの処理（例えば、重複リードのマーキング及び他のリードマッピング評価）を含む。バリアント呼び出しは、ＧＬＮｅｘｕｓシステム（ＤＯＩ：１０．１１０１／３４３９７０）を使用して実施した。バリアントマッピング及びアノテーションは、ｓｎｐＥｆｆソフトウェアを使用してＧＲＣｈ３８ヒトゲノム参照配列及びＥｎｓｅｍｂｌ ｖ８５遺伝子定義に基づいた。次いで、アノテーション付きの開始及び停止を伴うタンパク質コード転写産物を伴うｓｎｐＥｆｆ予測を、各遺伝子について最も有害な機能影響クラスを選択することによって単一の機能影響予測に組み合わせた。これらのアノテーションの階層（最も有害性が高いものから最も有害性が低いものまで）は、フレームシフト、ストップゲイン、ストップロス、スプライスアクセプター、スプライスドナー、ストップロス、フレーム内インデル、ミスセンス、その他のアノテーションであった。予測されるＬＯＦ遺伝的バリアントは、ａ）フレームシフトを生じさせる挿入または欠失、ｂ）早期終止コドンの導入または転写開始部位もしくは停止部位の喪失を生じさせる、挿入、欠失、または単一ヌクレオチドバリアント、及びｃ）ドナーまたはアクセプタースプライス部位におけるバリアントを含んでいた。ＳＩＦＴ（Ａｄｚｈｕｂｅｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２０１０，７，２４８－９）及びＰｏｌｙｐｈｅｎ２＿ＨＶＡＲ（Ａｄｚｈｕｂｅｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２０１０，７，２４８－９）、ＬＲＴ（Ｃｈｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，２００９，１９，１５５３－６１）、及びＭｕｔａｔｉｏｎＴａｓｔｅｒ（Ｓｃｈｗａｒｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２０１０，７，５７５－６）を使用して有害性を予測したインシリコ予測アルゴリズムの数に従って、ミスセンスバリアントを機能影響の可能性について分類した。各遺伝子について、各バリアントの代替対立遺伝子頻度（ＡＡＦ）及び機能的アノテーションは、これらの７つの総負荷曝露への包含を決定した：１）ＡＡＦ＜１％を有するｐＬＯＦバリアント；２）ＡＡＦ＜１％を有する５／５アルゴリズムによって有害と予測されたｐＬＯＦまたはミスセンスバリアント；３）ＡＡＦ＜０．１％を有する５／５アルゴリズムによって有害と予測されたｐＬＯＦまたはミスセンスバリアント；４）ＡＡＦ＜１％を有する少なくとも１／５アルゴリズムによって有害と予測されたｐＬＯＦまたはミスセンスバリアント；５）ＡＡＦ＜０．１％を有する少なくとも１／５アルゴリズムによって有害と予測されたｐＬＯＦまたはミスセンスバリアント；６）ＡＡＦ＜１％を有するｐＬＯＦまたは任意のミスセンス；７）ＡＡＦ＜０．１％を有するｐＬＯＦまたは任意のミスセンスバリアント。
希少な機能喪失バリエーションの遺伝子負荷の関連分析
所与の遺伝子における希少な予測機能喪失またはミスセンスバリアントの負荷と表現型との関連は、ＲＥＧＥＮＩＥ ｖ１．０（ｄｏｉ：「ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０６．１９．１６２３５４」における「ワールドワイドウェブ」）を使用してゲノム血縁マトリックスに近似する多遺伝子スコアのために調整された線形（量的形質の場合）またはファースバイアス補正ロジスティック（バイナリ形質の場合）回帰モデルを適合させることによって調べた。分析は、祖先によって層別化され、年齢、年齢２、性別、性別毎年齢及び性別毎年齢２の相互作用項、実験バッチ関連共変量、１０個の一般的なバリアント由来の主成分、及び２０個の希少なバリアント由来の主成分について調整した。各バリアント－表現型関連についてのコホートにわたる結果を、固定効果逆分散加重メタ分析を使用して組み合わせた。遺伝子負荷試験では、すべての個体は、（頻度及び機能アノテーションに基づいて上述したように）１つ以上の適格な希少なバリアントを有する場合はヘテロ接合体として標識され、ホモ接合体状態で任意の適格なバリアントを有する場合はホモ接合体として標識される。次いで、この「複合遺伝子型」を使用して、関連について試験する。
一般的なバリアント及びファインマッピング独立シグナルのＧＷＡＳ
関連する一般的なバリアントは、Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍパネルを使用して帰属された１，２００万を超える一般的～低頻度の遺伝的バリアントを含むゲノムワイド関連研究を実施することによって特定した。ＧＨＳ研究では、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｈｕｍａｎ Ｏｍｎｉ Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｅｘｏｍｅアレイ（ＯＭＮＩセット）及びＧｌｏｂａｌ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇアレイ（ＧＳＡセット）で遺伝子型決定されたサンプルにおいて、帰属を別々に実施した。次いで、インプレーションされたバリアントからの投薬量データを２つのＧＨＳセットにわたってマージして、関連分析のための組み合わせデータセットを取得した。ゲノムワイド関連分析は、ＲＥＧＥＮＩＥを使用して全ゲノム回帰モデルを適合させることによって、ＧＨＳ及びＵＫＢで別々に実施した（Ｍｂａｔｃｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，２０２０，ｄｏｉ：１０．１１０１／２０２０．０６．１９．１６２３５４）。負荷試験について上述したように、各コホート分析は、祖先によって層別化され、年齢、年齢２、性別、性別毎年齢及び性別毎年齢２の相互作用項、実験バッチ関連共変量、ならびに１０個の一般的なバリアント由来の主成分について調整した。次に、ＵＫＢ及びＧＨＳ分析の結果を、逆分散加重メタ分析によって組み合わせて、発見コホートのヨーロッパサブセットにおけるゲノムワイドメタ分析を得た。一般的なバリアントによって駆動される条件的に独立した遺伝子関連シグナルを特定するために、ＦＩＮＥＭＡＰを使用して、目的の各形質に関連する遺伝子バリアントを有するゲノム領域で、ゲノム全体の有意閾値ｐ＜５×１０－０８でファインマッピングを実施した（Ｂｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１６，ｄｏｉ：１０．１０９３／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ／ｂｔｗ０１８）。連鎖不均衡を、ゲノム全体の関連分析に含まれる個体の正確なセットからの遺伝子データを使用して推定した。ファインマッピングは、ヨーロッパ系ＧＨＳ及びＵＫＢコホートのメタ分析において別々に実施した。ファインマッピングは、独立した共通のバリアントシグナルを特定し、所与の独立したシグナルにリンクされたバリアントについての因果関係の事後確率を割り当てる。ファインマッピングされた各遺伝子座について、９５％信頼できる原因バリアントのセット（すなわち、因果関係の９５％事後確率を捕捉するバリアントの最小セット）を特定した。センチネルバリアントは、各々の所与の独立したシグナルでの因果関係の最も高い事後確率を有するバリアントとして定義された。
本明細書に記載されるものに加えて、記載されている主題の様々な改変形態が、前述の説明から当業者には明らかとなろう。そのような修正はまた、添付の特許請求の範囲内に入ることが意図される。本願で引用される各参考文献（学術誌記事、米国及び米国以外の特許、特許出願公報、国際特許出願公報、遺伝子バンクアクセッション番号等を含むが、これらに限定されない）は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。

Claims (96)

  1. 肝疾患を有する対象を治療する方法であって、リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  2. 脂肪肝疾患を有する対象を治療する方法であって、リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  3. 前記脂肪肝疾患は、アルコール性脂肪肝疾患（ＡＦＬＤ）または非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）である、請求項２に記載の方法。
  4. 肝細胞癌を有する対象を治療する方法であって、リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  5. 肝硬変を有する対象を治療する方法であって、リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  6. 肝線維症を有する対象を治療する方法であって、リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  7. 単純性脂肪肝、脂肪性肝炎、または非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）を有する対象を治療する方法であって、リングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  8. 前記ＲＮＦ２１３阻害剤は、ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡにハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
  9. 前記ＲＮＦ２１３阻害剤は、Ｃａｓタンパク質と、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列にハイブリダイズするｇＲＮＡと、を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
  10. 前記Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項９に記載の方法。
  11. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、配列番号１に従う１０２，３９１位、または配列番号１に従う１０３，２２６位に対応する位置を含むか、またはそれに近接している、請求項９または請求項１０に記載の方法。
  12. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、配列番号１に従う１０２，３９１位、または配列番号１に従う１０３，２２６位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて所在する、請求項９または請求項１０に記載の方法。
  13. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列は、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項９または請求項１０に記載の方法。
  14. 前記ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項９～１３のいずれか１項に記載の方法。
  15. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号６２～８１のうちのいずれか１つに従うヌクレオチド配列を含む、請求項９～１３のいずれか１項に記載の方法。
  16. 前記対象からの生物学的サンプル中のヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の存在または非存在を検出することをさらに含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 前記対象がＲＮＦ２１３参照である場合、前記対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量で投与される、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記対象がＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である場合、前記対象はまた、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量と同じまたはそれ未満の投薬量で投与される、請求項１６に記載の方法。
  19. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕをコードする核酸分子である、請求項１６～１８のいずれか１項に記載の方法。
  20. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、Ｇｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕをコードする核酸分子である、請求項１６～１８のいずれか１項に記載の方法。
  21. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、
    配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、
    配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、または
    ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子である、請求項１９に記載の方法。
  22. 検出ステップは、インビトロで実行される、請求項１６～２１のいずれか１項に記載の方法。
  23. 前記検出ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子である、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  24. 前記検出ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、は配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子である、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  25. 前記検出ステップは、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡから生成された前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号３７に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子である、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記検出ステップは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの伸長産物が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  27. 前記検出ステップは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  28. 前記検出ステップは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  29. 前記検出ステップは、前記核酸分子の全体を配列決定することを含む、請求項２３～２８のいずれか１項に記載の方法。
  30. 前記検出ステップは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記検出ステップは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  32. 前記検出ステップは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  33. 前記サンプル中の前記核酸分子はｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項３２に記載の方法。
  34. 前記検出ステップは、
    前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  35. 前記検出ステップは、
    前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  36. 前記検出ステップは、
    前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子から生成されたｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
  37. 肝疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、前記対象は肝疾患に罹患しており、前記方法は、
    前記対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び
    前記対象が前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを決定するために前記生物学的サンプルについて遺伝子型決定アッセイを実施することまたは実施したことによって、前記対象がヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするリングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有するかどうかを決定するステップと、
    前記対象がＲＮＦ２１３参照である場合、肝疾患を治療または阻害する前記治療剤を標準投薬量で前記対象に投与するか、または継続して投与し、かつＲＮＦ２１３阻害剤を前記対象に投与するステップと、
    前記対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性である場合、肝疾患を治療または阻害する前記治療剤を、標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で前記対象に投与するか、または継続して投与し、かつＲＮＦ２１３阻害剤を前記対象に投与するステップと、を含み、
    前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、前記対象が肝疾患を発症する低下したリスクを有することを示す、前記方法。
  38. 前記対象は、ＲＮＦ２１３参照であり、前記対象は、肝疾患を治療または阻害する前記治療剤を標準投薬量で投与されるか、または継続して投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤を投与される、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記対象はＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性であり、前記対象は、肝疾患を治療または阻害する前記治療剤を標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で投与されるか、または継続して投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤を投与される、請求項３７に記載の方法。
  40. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕをコードする核酸分子である、請求項３７～３９のいずれか１項に記載の方法。
  41. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、Ｇｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕをコードする核酸分子である、請求項３７～３９のいずれか１項に記載の方法。
  42. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、
    配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、
    配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、または
    ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子である、請求項４０に記載の方法。
  43. 前記遺伝子型決定アッセイは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子である、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  44. 前記遺伝子型決定アッセイは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子である、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  45. 前記遺伝子型決定アッセイは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子である、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  46. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの伸長産物が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  47. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  48. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  49. 前記遺伝子型決定アッセイは、前記核酸分子の全体を配列決定することを含む、請求項４３～４８のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  52. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  53. 前記サンプル中の前記核酸分子はｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項５２に記載の方法。
  54. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    前記生物学的サンプル中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    前記生物学的サンプル中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  56. 前記遺伝子型決定アッセイは、
    前記生物学的サンプル中の前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３７～４２のいずれか１項に記載の方法。
  57. 前記核酸分子は、前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項３７～５６のいずれか１項に記載の方法。
  58. 前記ＲＮＦ２１３阻害剤は、ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡにハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項３７～５７のいずれか１項に記載の方法。
  59. 前記ＲＮＦ２１３阻害剤は、Ｃａｓタンパク質と、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列にハイブリダイズするｇＲＮＡと、を含む、請求項３７～５７のいずれか１項に記載の方法。
  60. 前記Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、配列番号１に従う１０２，３９１位、または配列番号１に従う１０３，２２６位に対応する位置を含むか、またはそれに近接している、請求項５９または請求項６０に記載の方法。
  62. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、配列番号１に従う１０２，３９１位、または配列番号１に従う１０３，２２６位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて所在する、請求項５９または請求項６０に記載の方法。
  63. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列は、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～６ヌクレオチド下流である、請求項５９または請求項６０に記載の方法。
  64. 前記ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項５９～６３のいずれか１項に記載の方法。
  65. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号６２～８１のうちのいずれか１つに従うヌクレオチド配列を含む、請求項５９～６４のいずれか１項に記載の方法。
  66. 肝疾患を発症する増加したリスクを有する対象を特定する方法であって、前記方法は、
    前記対象から得られる生物学的サンプル中のヒトリングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）ポリペプチドをコードするＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子の存在または非存在を決定すること、または決定したことを含み、
    前記対象がＲＮＦ２１３参照である場合、前記対象は、肝疾患を発症する増加したリスクを有し、
    前記対象が、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性であるか、またはＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してホモ接合性である場合、前記対象は、肝疾患を発症する低下したリスクを有する、前記方法。
  67. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、Ｇｌｕ３９１５Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３９６４Ｇｌｙ、Ｇｌｕ８２２Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３５０Ｇｌｙ、Ｇｌｕ１４６Ｇｌｙ、Ｇｌｕ３７Ｇｌｙ、Ｇｌｕ２８Ｇｌｙ、Ｖａｌ３８３８Ｌｅｕ、Ｖａｌ３８８７Ｌｅｕ、Ｖａｌ７４５Ｌｅｕ、Ｖａｌ２７３Ｌｅｕ、またはＶａｌ６９Ｌｅｕをコードする核酸分子である、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、Ｇｌｕ３９１５ＧｌｙまたはＶａｌ３８３８Ｌｅｕをコードする核酸分子である、請求項６６に記載の方法。
  69. 前記ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアント核酸分子は、
    配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子、
    配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子、または
    ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子であって、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子である、請求項６７に記載の方法。
  70. 決定ステップは、インビトロで実行される、請求項６６～６９のいずれか１項に記載の方法。
  71. 前記決定ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記配列決定された部分が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントゲノム核酸分子である、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  72. 前記決定ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号１８に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子である、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  73. 前記決定ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定された部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置もしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
    前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された部分が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子である、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  74. 前記決定ステップは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号２に従う１０２，９１７位、配列番号３に従う１０２，３９１位、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの伸長産物が、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニン、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシン、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記決定ステップは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号１２に従う１１，８８７位、配列番号１３に従う１２，０３６位、配列番号１４に従う２，６８５位、配列番号１５に従う１，０５０位、配列番号１６に従う４３８位、配列番号１７に従う１１２位、配列番号１８に従う８４位、配列番号１９に従う１１，６５５位、配列番号２０に従う１１，８０４位、配列番号２１に従う２，４５３位、配列番号２２に従う８１８位、または配列番号２３に従う２０６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシン、もしくは配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記決定ステップは、
    ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置に近接する前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
    ｂ）少なくとも、配列番号３１に従う１１，８８７位、配列番号３２に従う１２，０３６位、配列番号３３に従う２，６８５位、配列番号３４に従う１，０５０位、配列番号３５に従う４３８位、配列番号３６に従う１１２位、配列番号３７に従う８４位、配列番号３８に従う１１，６５５位、配列番号３９に従う１１，８０４位、配列番号４０に従う２，４５３位、配列番号４１に従う８１８位、または配列番号４２に従う２０６位に対応する前記ＲＮＦ２１３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
    ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニン、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニン、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニン、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニン、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニン、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニン、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニン、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシン、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシン、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシン、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシン、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンを含むかどうかを決定することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記決定ステップは、前記核酸分子の全体を配列決定することを含む、請求項７１～７６のいずれか１項に記載の方法。
  78. 前記決定ステップは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  79. 前記決定ステップは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記決定ステップは、
    ａ）前記ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
    ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
    ｃ）前記標識された核酸分子を、変異特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  81. 前記サンプル中の前記核酸分子はｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項８０に記載の方法。
  82. 前記検出ステップは、
    前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  83. 前記検出ステップは、
    前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  84. 前記検出ステップは、
    前記生物学的サンプル中の前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変異特異的プローブと接触させることであって、前記変異特異的プローブは、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に記載の１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に記載の１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
    前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。
  85. 前記対象は、ＲＮＦ２１３参照であり、前記対象は、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量で投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤を投与される、請求項６６～８４のいずれか１項に記載の方法。
  86. 前記対象は、ＲＮＦ２１３で予測される機能喪失またはミスセンスバリアントに対してヘテロ接合性であり、前記対象は、肝疾患を治療または阻害する治療剤を標準投薬量と同じまたはそれ未満の量で投与され、かつＲＮＦ２１３阻害剤を投与される、請求項６６～８４のいずれか１項に記載の方法。
  87. 対象における肝疾患の治療に使用するための、肝疾患を治療または阻害する治療剤であって、前記対象は、
    ヒトリングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記ゲノム核酸分子と、
    ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記ｍＲＮＡ分子と、
    ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記部分は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記ｃＤＮＡ分子と、を有する、前記治療剤。
  88. 対象における肝疾患の治療に使用するためのリングフィンガータンパク質２１３（ＲＮＦ２１３）阻害剤であって、前記対象は、
    ヒトリングフィンガータンパク質２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う１０２，９１７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３に従う１０２，３９１位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４に従う１０３，２２６位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記ゲノム核酸分子と、
    ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１３に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１４に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１５に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１６に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１７に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１８に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号１９に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２０に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２１に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号２２に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号２３に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記ｍＲＮＡ分子と、
    ヒトＲＮＦ２１３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号３１に従う１１，８８７位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３２に従う１２，０３６位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３３に従う２，６８５位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３４に従う１，０５０位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３５に従う４３８位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３６に従う１１２位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３７に従う８４位に対応する位置にグアニンもしくはその相補物、配列番号３８に従う１１，６５５位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号３９に従う１１，８０４位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４０に従う２，４５３位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、配列番号４１に従う８１８位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物、または配列番号４２に従う２０６位に対応する位置にシトシンもしくはその相補物を含む、前記ｃＤＮＡ分子と、を有する、前記ＲＮＦ２１３阻害剤。
  89. ＲＮＦ２１３ ｍＲＮＡにハイブリダイズするアンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項８８に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  90. Ｃａｓタンパク質と、ＲＮＦ２１３ゲノム核酸分子内のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列にハイブリダイズするｇＲＮＡと、を含む、請求項８８に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  91. 前記Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項９０に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  92. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、配列番号１に従う１０２，３９１位、または配列番号１に従う１０３，２２６位を含むか、またはそれに近接している、請求項９０または請求項９１に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  93. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号１に従う１０２，９１７位、配列番号１に従う１０２，３９１位、または配列番号１に従う１０３，２２６位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて所在する、請求項９０または請求項９１に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  94. プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列は、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流である、請求項９０または請求項９１に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  95. 前記ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項９０～９４のいずれか１項に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
  96. 前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号６２～８１のうちのいずれか１つに従うヌクレオチド配列を含む、請求項９０～９５のいずれか１項に記載のＲＮＦ２１３阻害剤。
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