JP2023535162A - 抗新生物薬に対する感受性を決定するための方法 - Google Patents

抗新生物薬に対する感受性を決定するための方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、新生物疾患と診断された対象において、抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法であって、前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は前記対象から得られた生体サンプルにおいてＦＡＴ１発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定することを含み；前記抗新生物薬が上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される方法を提供する。本発明は更に、新生物疾患と診断された対象を治療する方法であって、抗新生物薬による治療に対する前記対象の感受性又は耐性を決定することを含む方法も提供する。【選択図】なし

Description

本発明は、広くは治療分野及びコンパニオン診断分野である。本発明は、特に、新生物疾患と診断された対象の、抗新生物薬、特に、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される抗新生物薬に対する感受性を決定するための方法に関する。本発明は更に、前記抗新生物薬に感受性があると決定された患者を前記抗新生物薬で治療することに関する。
抗新生物薬に対する新生物疾患の感受性は様々であり、ある程度はそれらの分子サブタイプに依存し得る。従って、抗新生物薬に関するコンパニオン診断は、患者が抗新生物薬による治療から利益を得るかどうかを決定するために有用である。特に、遺伝子の突然変異、エピジェネティック変化及び染色体の再配列は、抗新生物薬に対する腫瘍応答に機能的役割を果たすことが見出されている。
ＦＡＴ１は、広範なヒトがん、特に、皮膚、頭頸部、食道及び肺を含む様々な身体の場所に起源する扁平上皮癌（ＳＣＣ）で高頻度に変異している。最もよく用いられるがんマウスモデルである、発癌性化学物質（７，１２－ジメチルベンズアントラセン（ＤＭＢＡ）／１２－Ｏ－テトラデカノイルホルボール－１３－アセテート（ＴＰＡ））により誘発される皮膚ＳＣＣでは、Ｆａｔ１は、ヒトＳＣＣと同様に、約２０％の場合で変異している。ストップゲイン変異（未熟翻訳終止コドンを生じる突然変異）は高頻度に見られ、これらの突然変異は機能欠失（ＬＯＦ）を生じる可能性が最も高いこと、及びＦＡＴ１は腫瘍抑制遺伝子（ＴＳＧ）として働くことを示している。ヒトがん細胞株における短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）により媒介されるＦＡＴ１のノックダウンは細胞間接着を低下させ、細胞遊走を促進し、一方、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるがん細胞株では、上皮間葉転換（ＥＭＴ）の調節におけるＦＡＴ１の役割に関して矛盾する結果が得られている。しかしながら、ＦＡＴ１突然変異がｉｎ ｖｉｖｏで腫瘍形成を促進し、腫瘍の不均一性を制御する分子機構は全く知られていない。
頭頸部、食道又は肺などの種々の器官に由来する進行した扁平上皮癌（ＳＣＣ）の治療はなお困難であり、特に転移性疾患では予後は不良である。よって、当技術分野では、新生物疾患、特に、ＳＣＣの抗新生物薬に対する治療感受性の評価を向上させることがなお必要である。
本発明は、少なくとも一部には、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）又はＳＲＣキナーゼを含むものなど、ある特定のシグナル伝達カスケードは、ＦＡＴ１機能が混乱又は破壊された際に影響を受けるという本発明者らの知見に基づくものである。更に、本発明者らは、前述のシグナル伝達カスケードは抗新生物薬の標的となり得るため、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失が関与する新生物疾患におけるシグナル伝達カスケードの活性化の違いは、対象の新生物疾患のＦＡＴ１状態に基づいて、このような抗新生物薬に対する対象の治療耐性又は感受性を予測することを可能にすることを見出した。
よって、一態様は、新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含み、前記抗新生物薬は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される方法を提供する。
更なる態様は、新生物疾患と診断された対象を治療する方法であって、
抗新生物薬による治療に対する前記対象の感受性又は耐性を決定すること、これは、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含み、前記抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される；及び
前記対象が前記抗新生物薬に感受性があると決定された場合、前記対象を前記抗新生物薬で治療すること
を含む方法を提供する。
更なる態様は、抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのキットであって、
生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定するための手段、及び／又は
生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能を決定するための手段、及び
本明細書に教示されるような方法を実行するための１以上のプログラムが記録されたコンピューター可読記録媒体を含むキットを提供する。
更なる態様は、対象における新生物疾患の治療において使用するための、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬を提供し、前記対象は、
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化、又は
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失
を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されている。
別の態様は、対象における新生物疾患の治療において使用するための、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬を提供し、前記対象は、
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在、又は
正常な若しくは増加したＦＡＴ１発現若しくは機能
を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されている。
本発明のこれら及び更なる態様及び好ましい実施形態は、以下の節及び添付の特許請求の範囲に記載されている。添付の特許請求の範囲の主題は、本発明に具体的に組み込まれる。
ヒトＦＡＴ１ ｍＲＮＡの核酸配列。コード配列は下線と太字で示される。シグナルペプチドをコードする配列は斜体で示される。 Ａ．共通ｍＲＮＡシグネチャー（マウス皮膚及び肺Ｆａｔ１コンディショナルノックアウト（ｃＫＯ）扁平上皮癌（ＳＣＣ）及びヒトＦＡＴ１ ＫＯ ＳＣＣ細胞株）の分布を、ヒト肺ＳＣＣにおけるＦＡＴ１変異状況（ＴＣＧＡデータベース）と比較して示すボックスプロット（解析では変異体対立遺伝子頻度が２０％を超える影響の大きい突然変異のみを考慮し、「ＦＡＴ１変異」と呼称。「ＦＡＴ１ ＷＴ」という用語は、野生型ＦＡＴ１を指す。平均値、最低値、及び最高値、ウィルコクソンの順位和検定）。Ｂ．共通ｍＲＮＡシグネチャー（マウス皮膚及び肺Ｆａｔ１ｃＫＯ ＳＣＣ及びヒトＦＡＴ１ ＫＯ ＳＣＣ細胞株；「ＦＡＴ１欠失」とも呼称）の分布を、ヒト肺ＳＣＣにおけるＦＡＴ１コピー数変異（ＣＮＶ）の状態（ＴＣＧＡデータベース）と比較して示すボックスプロット（平均±ＳＤ、ウィルコクソンの順位和検定）。 ｙｅｓ関連タンパク質１（Ｙｅｓ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ １）（Ｙａｐ１）及び性決領域Ｙボックス２（ｓｅｘ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ Ｙ－ｂｏｘ ２）（Ｓｏｘ２）は、Ｆａｔ１欠失の下流の間葉系及び上皮系の状態を調節する。Ａ．トランスポゼースアクセシブルクロマチン（ｔｒａｎｓｐｏｓａｓｅ－ａｃｃｅｓｓｉｂｌｅ ｃｈｒｏｍａｔｉｎ）（ＡＴＡＣ）シークエンシングピークに関するアッセイで濃縮された転写因子（ＴＦ）モチーフは、Ｈｏｍｅｒにより判定したところ、Ｅｐｃａｍ＋ Ｆａｔ１ｃＫＯとＥｐｃａｍ＋ Ｆａｔ１ ＷＴ及びＥｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯとＥｐｃａｍ－ Ｆａｔ１野生型（ＷＴ）皮膚扁平上皮癌（ＳＣＣ）腫瘍細胞（ＴＣ）の間で上方調節されていた。Ｂ．限界希釈の黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）＋ Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ ＫＯ、ＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１／Ｓｏｘ２ ＫＯ及びＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ ＫＯ皮膚ＳＣＣ ＴＣの皮下移植時に見られた二次腫瘍の頻度並びに極限限界希釈分析（ＥＬＤＡ）を用いた腫瘍増殖細胞（ＴＰＣ）頻度の評価（カイ二乗検定）を示す表。 Ｃ．１０００ ＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ ＫＯ、ＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１／Ｓｏｘ２ ＫＯ及びＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ ＫＯ皮膚ＳＣＣ ＴＣの注射から生じる肺転移の数を示すグラフ（平均±平均の標準誤差（ＳＥＭ）、両側Ｔ検定）。Ｄ．超低接着表面プレートに４０００ｃをプレーティングした７日後の、ＦＡＴ１ ＫＯ、ＦＡＴ１／ＹＡＰ１／ＴＡＺ ＫＯ及びＦＡＴ１／ＳＯＸ２ ＫＯヒトＳＣＣ細胞により形成されたスフェロイド中の細胞の数を示す棒グラフ（平均±ＳＥＭ、両側Ｔ検定）。Ｅ．皮下移植（ｎ＝５）後のＦａｔ１ｃＫＯマウス皮膚ＳＣＣ由来細胞株におけるＣＤ１０６／Ｖｃａｍ１、ＣＤ６１／Ｉｔｇｂ３及びＣＤ５１／Ｉｔｇａｖ発現に基づくＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ ＴＣ亜集団の分布。ＴＮ：トリプルネガティブ（ＣＤ１０６－／ＣＤ５１－／ＣＤ６１－）；ＴＰ：トリプルポジティブ（ＣＤ１０６＋／ＣＤ５１＋／ＣＤ６１＋）。Ｆ．皮下移植（ｎ＝６）後のＦａｔ１／Ｓｏｘ２ ＫＯマウス皮膚ＳＣＣ細胞株におけるＣＤ１０６／Ｖｃａｍ１、ＣＤ６１／Ｉｔｇｂ３及びＣＤ５１／Ｉｔｇａｖ発現に基づくＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ ＴＣ亜集団の分布。ＴＮ：トリプルネガティブ（ＣＤ１０６－／ＣＤ５１－／ＣＤ６１－）；ＴＰ：トリプルポジティブ（ＣＤ１０６＋／ＣＤ５１＋／ＣＤ６１＋）。Ｇ．皮下移植（ｎ＝５）後のＦａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ１ ＫＯマウス皮膚ＳＣＣ細胞株におけるＣＤ１０６／Ｖｃａｍ１、ＣＤ６１／Ｉｔｇｂ３及びＣＤ５１／Ｉｔｇａｖ発現に基づくＹＦＰ＋ Ｅｐｃａｍ－ ＴＣ亜集団の分布。ＴＮ：トリプルネガティブ（ＣＤ１０６－／ＣＤ５１－／ＣＤ６１－）；ＴＰ：トリプルポジティブ（ＣＤ１０６＋／ＣＤ５１＋／ＣＤ６１＋） Ｈ．Ｓｏｘ２欠失時にＥｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯ皮膚ＳＣＣ ＴＣにおいて上方調節された遺伝子並びに後期ＥＭＴトリプルポジティブ（ＴＰ）（ＣＤ１０６＋／ＣＤ５１＋／ＣＤ６１＋）腫瘍細胞（初期ハイブリッドＥＭＴシグネチャー）に比べてハイブリッドＥＭＴトリプルネガティブ（ＴＮ）（ＣＤ１０６－／ＣＤ５１－／ＣＤ６１－）ＴＣにおいて及びＥｐｃａｍ＋ ＴＣ（後期ＥＭＴシグネチャー）に比べてＴＰにおいて自然に上方調節されている遺伝子のベン図（両側超幾何分布検定）。Ｉ．Ｙａｐ１／Ｔａｚ欠失時にＥｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯ皮膚ＳＣＣ ＴＣにおいて上方調節された遺伝子並びに後期ＥＭＴトリプルポジティブ（ＴＰ）ＴＣ（初期ハイブリッドＥＭＴシグネチャー）に比べてハイブリッドＥＭＴトリプルネガティブ（ＴＮ）ＴＣにおいて及びＥｐｃａｍ＋ ＴＣ（後期ＥＭＴシグネチャー）に比べてＴＰにおいて自然に上方調節されている遺伝子のベン図（両側超幾何分布検定）。Ｊ．Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯ及びＦａｔ１／Ｓｏｘ２ ＫＯ皮膚ＳＣＣ細胞において、ＲＮＡ－ｓｅｑにより定義された上皮遺伝子及びＳｏｘ２が制御する極性に関連する遺伝子のｍＲＮＡ発現（平均＋ＳＥＭ）。Ｋ．Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯ及びＦａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ ＫＯ皮膚ＳＣＣ細胞においてＲＮＡ－ｓｅｑにより定義されたＹａｐ１／Ｔａｚ標的遺伝子及びＹａｐ１／Ｔａｚが調節するその他の間葉遺伝子のｍＲＮＡ発現（平均＋ＳＥＭ）（ｎ＝２）。 ホスホプロテオミクス分析は、ＦＡＴ１欠失の下流のシグナル伝達カスケードを特定する。ａ．ＦＡＴ１ ＷＴとＦＡＴ１ ＫＯサンプルの間の各ホスホペプチドの倍率変化（Ｘ軸のｌｏｇ2）及び統計的有意性（Ｙ軸のＬｏｇ ｐ値）（Ｔ検定、誤検出率（ＦＤＲ）＝０．０５及びＳ0＝１）を示すボルカノプロット。ｂ．ＦＡＴ１ ＫＯに比べてＦＡＴ１ ＷＴにおいて有意に上方調節された種々のキナーゼのリン酸化部位（「Ｐｈ部位」）を示す表。ＦＣ：倍率変化。ｃ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるリン酸化ＭＥＫ１／２（抗体は、ＭＥＫ １／２のＳｅｒ２１８、ＳＥＲ２２２、Ｓｅｒ２２６のリン酸化を認識する）及び総ＭＥＫの発現レベルを示すウエスタンブロット。ｄ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるリン酸化ＥＧＦＲ（抗体は、ＥＧＦＲのＹ１１９７のリン酸化を認識する）及び総ＥＧＦＲの発現レベルを示すウエスタンブロット。ｅ．ＦＡＴ１ ＫＯとＷＴのＹＥＳ１ Ｙ１９４ホスホ部位の濃縮を示す表。ｆ．ＦＡＴ１ ＫＯ細胞において濃縮された、ＣＡＭＫ２によりリン酸化されると予測されるホスホ部位（「Ｐｈ部位」）を示す表。ＦＣ：倍率変化。ｇ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるリン酸化ＣＡＭＫ２（抗体は、ＣＡＭＫ２αのＴｈｒ２８６、及びＣＡＭＫ２β及びγのＴｈｒ２８７のリン酸化を認識する）及び総ＣＡＭＫ２タンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｈ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるリン酸化ＳＲＣ（抗体は、ＹＥＳ／ＳＲＣのＴｙｒ４１６のリン酸化を認識する）、総ＳＲＣ及びＹＥＳタンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｉ．ジメチルスルホキシド又はＣＡＭＫ２阻害剤（ＫＮ９３）で処理したＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるリン酸化ＳＲＣ、総ＳＲＣ及びＹＥＳタンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。 ｊ．ＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣにおける蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）によるＣＤ４４の発現を示すヒストグラム。ｋ．ＤＭＳＯ又は１０ｕＭ ＣＡＭＫ２阻害剤（ＫＮ９３）で処理したＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣ（ｎ＝１６）におけるＦＡＣＳによるＣＤ４４の発現を示すヒストグラム。 ｌ．ＤＭＳＯ又はＣＡＭＫ２阻害剤で処理した、高レベルのＣＤ４４を発現するＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣの割合を示す棒グラフ（平均＋ＳＥＭ、両側Ｔ検定）。ｍ．ＦＡＴ１ ＫＯ及びＦＡＴ１／ＣＤ４４ ＫＯ ＴＣにおけるリン酸化ＳＲＣ、総ＳＲＣ及びＹＥＳタンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｎ．ＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１／ＣＤ４４ ＫＯスフェロイドにおける、ＦＡＣＳによる細胞数の定量を示す棒グラフ（平均＋ＳＥＭ、両側Ｔ検定）。ｏ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３マーク及びＨ３タンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｐ．ＤＭＳＯ又はＣＡＭＫ２阻害剤（ＫＮ９３）で処理したＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣにおけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３マーク及びＨ３タンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｑ．ＤＭＳＯ又はＥＺＨ２阻害剤（ＧＳＫ３４３）で処理したＦＡＴ１ ＷＴ細胞におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３マーク及びＨ３タンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｒ．ＤＭＳＯ又はＥＺＨ２阻害剤（ＧＳＫ３４３）で７日間処理したＦＡＴ１ ＷＴ細胞における、ＲＴ－ｑＰＣＲによるＳＯＸ２ ｍＲＮＡ発現を示すドットプロット（平均±ＳＥＭ、両側Ｔ検定）。ＦＣ：倍率変化。ｓ．ＤＭＳＯ又はＥＺＨ２阻害剤（ＧＳＫ３４３）で７日間処理したＦＡＴ１ ＷＴ細胞における、ＳＯＸ２タンパク質の発現レベルを示すウエスタンブロット。ｔ．ＦＡＴ１ ＷＴ及びＫＯ細胞におけるＳＯＸ２ ＴＳＳ周囲のゲノム領域における種々のレベルのＨ３Ｋ２７ｍｅ３マーク付着を示すＣｈＩＰ－ｑＰＣＲ。データは、Ｆａｔ１ ＷＴ細胞とＫＯ細胞の示されたゲノム領域の相対濃縮の比率を表す。Ｃｔｒｌ１及び２は、ＥＺＨ２／Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の陰性対照領域である。（１つのサンプルＴ検定、平均±ＳＥＭ。対照１ ｎ＝３、ｐ＝０．６１；対照２ ｎ＝３、ｐ＝０．６３；－０．５ ｎ＝３、ｐ＝０．０４；０．１ ｎ＝３、ｐ＝０．００８；０．５ ｎ＝３、ｐ＝０．００６；０、７ ｎ＝３、ｐ＝０．０２）。 ｕ．ＦＡＣＳにより分析された４８時間時点でのＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞生存力に対する漸増用量のＥＧＦＲ阻害剤アファチニブの効果を示す代表的な用量反応曲線（ＤＭＳＯで処理した５ウェルの平均に対して正規化）。最小二乗法による非線形回帰ｌｏｇ（阻害剤）（ｎ＝３、平均±ＳＥＭ）。ｖ．ＦＡＣＳにより分析された４８時間時点でのＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞生存率に対する漸増用量のＳＲＣ阻害剤ダサチニブの効果を示す代表的な用量反応曲線（ＤＭＳＯで処理した４ウェルの平均に対して正規化）。最小二乗法による非線形回帰ｌｏｇ（阻害剤）（ｎ＝３、平均±ＳＥＭ）。ｗ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞に対する種々の薬物のｐＩＣ５０及びＳＥＭの概要を示す表（ｎ＝３）（両側Ｔ検定）。 ホスホプロテオミクス分析は、ＦＡＴ１機能欠失の下流のシグナル伝達カスケードを明らかにする。ａ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞に比べてＦＡＴ１ ＫＯ細胞において有意に多くリン酸化されたキナーゼを示す表。ｂ．ＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣにおいて有意に濃縮されたホスホ部位をリン酸化することが予測されるキナーゼを示す棒グラフ。ｃ．ＦＡＴ１ ＫＯに比べてＦＡＴ１ ＷＴ細胞において有意に多くリン酸化されたキナーゼを示す表。ｄ．ＦＡＴ１ ＷＴ ＴＣにおいて有意に濃縮されたホスホ部位をリン酸化することが予測されるキナーゼを示す棒グラフ。 ＦＡＴ１ ＬＯＦの下流のＹａｐ１及びＳｏｘ２シグナル伝達の増加は、基質の堅さには依存しない。ａ．異なる堅さ条件でのＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞における蛍光強度に基づくＹＡＰ１発現の定量。ｂ．異なる堅さ条件でのＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞における蛍光強度に基づくＹＡＰ１核／細胞質比の定量。ｃ．ＦＡＴ１ ＷＴ細胞及びＦＡＴ１ ＫＯ細胞において活性化され、療法に対する応答に異なる影響を予測するシグナル伝達経路を示す模式図。 患者由来異種移植（ＰＤＸ）サンプル及び突然変異に関する詳細な情報：コドン、アミノ酸（ＡＡ）変異、突然変異を保持するエキソン、対立遺伝子頻度、突然変異の種類及び３つの異なるバイオインフォマティクスアルゴリズム（ＳＩＦＴ、Ｍｅｍｏ及びＰｏｌｙＰｈｅｎ）によるタンパク質の機能に関する突然変異の影響のバイオインフォマティクス予測をまとめた表。
本明細書で使用する場合、単数形「１つの(a)」、「１つの(an)」、及び「その(the)」は、文脈上別段のことを示さない限り、単数及び複数の指示対象を含む。
「を含む(“comprising”, “comprises” and “comprised of”)」という用語は、本明細書で使用する場合、「を包含する(“including”, “includes” or “containing”, “contains”)」と同義であり、包含又はオープンエンドの用語であり、付加的な、列挙されていないメンバー、要素又は方法ステップを排除しない。これらの用語は又、特許用語として十分に確立された意味を持つ「からなる」及び「から本質的になる」も包含する。
端点による数値範囲の記載は、記載された端点だけでなく、それぞれの範囲に含まれる全ての数値及び分数を含む。
「約」又は「およそ」という用語は、パラメーター、量、時間的持続時間などの測定可能な値に言及する際に本明細書で使用する場合、開示された発明において実行するのに適切である限り、指定値の及び指定値からの変動、例えば、指定値の及び指定値からの±１０％以下、好ましくは±５％以下、更に好ましくは±１％以下、なお一層好ましくは±０．１％以下の変動を包含することを意味する。修飾語「約」が指す値自体も、具体的に、好ましくは開示されているものと理解される。
１以上のメンバー又はメンバーの群のうち少なくとも１つのメンバーなど、「１以上」又は「少なくとも１つ」という用語は、それ自体明確であるのに対し、更なる例示により、この用語は、特に、前記メンバーの任意の１つ、又は前記メンバーの任意の２つ以上、例えば、前記メンバーの任意の３以上、４以上、５以上、６以上又は７以上など、全ての前記メンバーまでの言及を包含している。別の例では、「１以上」又は「少なくとも１つ」は、１、２、３、４、５、６、７又はそれを超えるものを指す場合がある。
本明細書における発明の背景に関する議論は、発明の文脈を説明するために含まれる。これは、言及された資料のいずれかが、いずれかの請求項の優先日時点で、いずれかの国において公開されていた、知られていた、又は一般的な一般知識の一部であったことを認めるものとして受け取られるべきでない。
本開示を通じて、様々な刊行物、特許及び公開特許明細書は、識別引用符で参照される。本明細書で引用された全ての文書は、その全体が参照により本明細書の一部として援用される。特に、本明細書で特に言及されるそのような文書の教示又はセクションは、参照により本明細書の一部として援用される。
別段の定義がない限り、技術用語及び科学用語を含む、本発明を開示する際に使用される全ての用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解される意味を有する。更なる指針として、本発明の教示をよりよく理解するために用語の定義が含まれる。特定の用語が本発明の特定の態様又は本発明の特定の実施形態に関連して定義される場合、そのような意味合いは、別段の定義がない限り、本明細書全体、即ち、本発明の他の態様又は実施形態の文脈にも該当することを意味する。
以下の記載では、本発明の異なる態様又は実施形態をより詳細に定義する。このように定義された各態様又は実施形態は、別段のことが明示されない限り、他の任意の態様又は実施形態と組み合わせることができる。特に、好ましい又は有利であるとして示される特徴はいずれも、好ましい又は有利であるとして示される他のいずれの特徴又は機能と組み合わせてもよい。
本明細書を通じて「一実施形態」、「ある実施形態」という場合、その実施形態に関連して説明される特定の特徴、構造又は特性が、本発明の少なくとも１つの実施形態に含まれることを意味する。従って、本明細書中の様々な場所での「一実施形態において」又は「ある実施形態において」という語句の出現は、必ずしも全てが同じ実施形態を指すわけではないが、そうである可能性もある。更に、特定の特徴、構造又は特性は、本開示から当業者に明らかなように、１以上の実施形態において、任意の適切な方法で組み合わされてもよい。更に、本明細書に記載されたいくつかの実施形態は、他の実施形態に含まれるいくつかの特徴を含み他の特徴は含まないが、異なる実施形態の特徴の組合せは、本発明の範囲内であり、当業者によって理解されるように、異なる実施形態を形成することを意味する。例えば、添付の特許請求の範囲において、特許請求される実施形態のいずれを任意の組合せで使用してもよい。
本発明者らは、ＦＡＴ１の発現又は機能の欠損が、腫瘍幹細胞性及び転移の増加を示すハイブリッド上皮間葉転換（ＥＭＴ）状態の獲得を促進することに気付いた。更に、本発明者らは、ＦＡＴ１突然変異体のトランスクリプトーム的特性、エピゲノム的特性及びプロテオミクス的特性を含む包括的な分子特性解析により、ハイブリッドＥＭＴシグネチャーは、ｙｅｓ関連タンパク質１（ＹＡＰ１）及び性決領域Ｙボックス２（Ｓｏｘ２）の活性化により媒介されること、並びに上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）、Ｃａ2+/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）及びＳＲＣを含むいくつかのシグナル伝達カスケードが、前記の活性化を担っていることを見出した。更に、本発明者らは、ＦＡＴ１が、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、又はＳＲＣキナーゼ阻害剤などの、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失によって影響を受ける１以上のシグナル伝達カスケードを調節する抗新生物薬に対する対象の感受性を決定するための臨床マーカーとして使用できることを見出した。ＦＡＴ１の発現又は機能の欠損は、例えば、野生型ＦＡＴ１と比較して、ＦＡＴ１配列の変化（例えば、ＦＡＴ１末端切断）、ＦＡＴ１構造の変化、ＦＡＴ１輸送の変化、ＦＡＴ１のミスフォールディング、ＦＡＴ１ ｍＲＮＡの安定性又は翻訳の減少、ＦＡＴ１の発現低下を引き起こすＦＡＴ１のプロモーター又はエンハンサーの変異によって引き起こされ得る。
よって、一態様は、新生物疾患と診断された対象において、抗新生物薬による治療に対する感受性（応答性又は過敏性と表記されることもある）又は耐性（非応答性又は非過敏性と表記されることもある）を決定するための方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現又は機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含み、
前記抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される方法を提供する。言い換えれば、本態様は、新生物疾患と診断された対象においてある特定の抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのマーカーとしてＦＡＴ１の状態を使用する。
特定の実施形態では、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失（例えば、ＦＡＴ１の発現又は機能の欠損）は、ある特定の抗新生物薬による治療に対する対象の感受性のマーカーとして使用され得る。
特定の実施形態では、正常なＦＡＴ１発現又は機能が、特定の他の抗新生物薬による治療に対する対象の感受性のマーカーとして使用され得る。「マーカー」及び「バイオマーカー」という用語は、当技術分野で広く用いられ、一般に、試験対象におけるその定性的及び／又は定量的評価、例えば、対象からの生体サンプルの評価による、試験対象の表現型及び／又は遺伝子型の１以上の側面に関して予測的又は情報が得られる、生体成分又は生体分子、より詳しくは内因性生体成分又は分子、又はその検出可能な部分を広く表す。本明細書では、「感受性の決定」及び「感受性の予測」という語句を互換的に使用することができる。
「予測する」、「予側」又は「予測的」という用語は、本明細書で使用する場合、対象における療法に対する応答又は反応の事前の宣言、指示又は予告を指し、好ましくは、前記対象が（まだ）療法を受けていない場合である。例えば、対象における抗新生物薬による治療に対する感受性（又は応答性若しくは過敏性）の予測は、例えば、対象がその治療から臨床的利益を得る（例えば、腫瘍量の減少を示す）ように、例えば、ある期間内に対象が治療に応答又は反応することを示し得る。対象における抗新生物薬による治療に対する非感受性（又は不応答性又は非過敏性又は耐性）の予測は、対象がその治療から臨床的利益を得ない（例えば、腫瘍量の治療上意味のある低減を示さない）ように、例えば、ある期間内にその治療に対する応答又は反応が最小限であるか又は全くないことを示し得る。
「感受性」、「応答性」又は「過敏性」は、本明細書では互換的に使用でき、新生物疾患を有する対象が抗新生物薬による治療に対して感受性又は反応性があることを素因とする質を指す。対象が治療から臨床的利益を得る場合、対象は抗新生物薬による治療に対して「感受性である」、「応答性である」又は「過敏性がある」（これらの用語は互換的に使用され得る）。腫瘍などの新生物組織は、治療上有効な量の抗新生物薬との接触の結果、抗新生物薬との接触がない新生物組織の増殖率と比較して新生物組織の増殖率が阻害される場合、抗新生物薬による治療に対して「感受性である」、「応答性である」又は「過敏性がある」。
「非感受性」、「非応答性」、「非過敏性」又は「耐性」という用語は、本明細書において互換的に使用され、新生物疾患を有する対象が抗新生物薬による治療に対して最小限の（例えば、臨床的に重要ではない）応答しかしない又は全く応答しない素因となる質を指す。対象がその治療から臨床的利益を得ない場合、対象は抗新生物薬による治療に対して「非感受性」、「非応答性」、「非過敏性」又は「耐性」である（これらの用語は互換的に使用され得る）。腫瘍を含む新生物組織は、治療上有効な量の抗新生物薬との接触の結果、抗新生物薬との接触がない新生物組織の増殖率と比較して新生物組織の増殖率が阻害されない、又は阻害の程度が非常に低い（例えば、治療上重要ではない）場合、抗新生物薬による治療に対して「非感受性」、「非応答性」、「非過敏性」又は「耐性」である。
本明細書に開示されるような方法は、新生物疾患を有する対象が抗新生物薬による治療に対して感受性である、又は抗新生物薬による治療に対して耐性があるという予測を可能とし得る。これは、特定の実施形態において、新生物疾患を有する対象が、抗新生物薬による治療に感受性がある確率が比較的低い（例えば、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満又は１０％未満）こと；又は新生物疾患を有する対象が、抗新生物薬による治療に感受性がある確率が比較的高い（例えば、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％）ことを予測することを含み得る。
対象の所定の抗新生物治療に対する感受性又は耐性に関する情報を提供するためにＦＡＴ１の状態を評価する本方法は、一般に、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、対象から得られたサンプル（組織生検又は液体生検など）に対して実施される。「ｉｎ ｖｉｔｒｏ」という用語は、一般に、動物又はヒトの体外又は身体の外部を表す。「ｅｘ ｖｉｖｏ」という用語は、一般に、動物又はヒトの身体から取り出され、体外、例えば、培養容器内で維持又は増殖された組織又は細胞を意味する。本明細書で使用されるような「ｉｎ ｖｉｔｒｏ」という用語は、「ｅｘ ｖｉｖｏ」を含むと理解されるべきである。「ｉｎ ｖｉｖｏ」という用語は、一般に、動物又はヒトの体内又は身体の内部を表す。ＦＡＴ１は、カドヘリン型リピートの存在を特徴とする内在性膜タンパク質群であるカドヘリンスーパーファミリーのメンバーである。ＦＡＴ１は又、腫瘍抑制遺伝子又は腫瘍抑制因子としても記載されている。「ＦＡＴ１」という場合、当技術分野において当該呼称の下で一般に知られているようなＦＡＴ１タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、又は核酸を表す。更なる指針により、ＦＡＴ１は、関連の腫瘍抑制因子ホモログ、カドヘリン関連ファミリーメンバー８、カドヘリンファミリーメンバー７、ＣＤＨＦ７又はＣＤＨＲ８としても知られている。「ＦＡＴ１ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用する場合、「ＦＡＴ１タンパク質」と同義である。ＦＡＴ１とその突然変異体との区別を強調するために、用語「ＦＡＴ１」と共に「非修飾」、「非変更」、「元の」、「開始の」、「非変異」などの形容詞が使用される場合がある。特定の実施形態において、ＦＡＴ１は、集団において最も一般的に観察されるそれぞれの遺伝子の対立遺伝子によってコードされる形態という従来の意味における「野生型」タンパク質であり得る。特定の実施形態において、ＦＡＴ１は、疾患のような変化した表現型の原因とならない、又はそれに関連しない任意の形態の、表現型指向の意味で「野生型」タンパク質であり得る。例示として、限定されるものではないが、野生型ＦＡＴ１対立遺伝子は機能的な全長ＦＡＴ１タンパク質を産生するが、変異型ＦＡＴ１対立遺伝子はＦＡＴ１ ｍＲＮＡもＦＡＴ１タンパク質も産生しない場合があり、又は末端切断型ＦＡＴ１タンパク質（これらはリーディングフレームシフトから生じる非ＦＡＴ１配列を場合により含んでもよい（このような変異型ＦＡＴ１タンパク質は、非機能的であり、高速分解に向けられることが多い））をコードするＦＡＴ１ ｍＲＮＡを産生する場合があり、又は構造的に比較的小さな突然変異（例えば、一アミノ酸置換）を含むＦＡＴ１タンパク質を産生する場合がある（これもやはり細胞においてＦＡＴ１タンパク質の正常な機能を実質的に低下させるか、又は完全に停止させる）。
「核酸」という用語は、本明細書で使用する場合、一般に、ヌクレオシド単位から実質的になる任意の長さのポリマー（好ましくは、直鎖ポリマー）を指す。ヌクレオシド単位は、一般に、複素環式塩基及び糖基を含む。複素環式塩基には、特に、天然に存在する核酸中に広く存在するアデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）及びウラシル（Ｕ）などのプリン及びピリミジン塩基、他の天然に存在する塩基（例えば、キサンチン、イノシン、ヒポキサンチン）並びに化学的又は生化学的修飾（例えば、メチル化）、非天然又は誘導体化塩基を含んでもよい。少なくとも１つのリボヌクレオシド単位を含む核酸分子は、一般にリボ核酸又はＲＮＡと呼ばれることがある。このようなリボヌクレオシド単位は、２’－ＯＨ部分を含み、ここで、－Ｈは、リボヌクレオシドについて当技術分野で公知のように（例えば、メチル、エチル、アルキル、又はアルキルオキシアルキルによって）置換されてもよい。好ましくは、リボ核酸又はＲＮＡは、主としてリボヌクレオシド単位からなってもよく、例えば、核酸分子を構成するヌクレオシド単位の８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上又は１００％（数で）がリボヌクレオシド単位であってもよい。少なくとも１つのデオキシリボヌクレオシド単位を含む核酸分子は、一般に、デオキシリボ核酸又はＤＮＡと称されることがある。このようなデオキシリボヌクレオシド単位は、２’－Ｈを含む。好ましくは、デオキシリボ核酸又はＤＮＡは、主としてデオキシリボヌクレオシド単位からなってもよく、例えば、核酸分子を構成するヌクレオシド単位の８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上又は１００％（数で）がデオキシリボヌクレオシド単位であってもよい。「核酸」という用語は、更に好ましくは、ＤＮＡ、ＲＮＡ及びＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド分子を包含し、具体的には、ｈｎＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、増幅産物、オリゴヌクレオチド及び合成（例えば、化学合成）ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含む。ＲＮＡは、ＲＮＡｉ（阻害ＲＮＡ）、ｄｓＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）、ｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）、ｍｉＲＮＡ（マイクロＲＮＡ）、ｔＲＮＡ（転移ＲＮＡ、対応するアシル化アミノ酸で荷電されていても無荷電であってもよい）及びｃＲＮＡ（補完ＲＮＡ）を含む。核酸は、天然に存在するもの、例えば、自然界に存在するか、又は自然界から単離されたものであり得、組換え、即ち、組換えＤＮＡ技術によって生産することができ、及び／又は、一部若しくは全部を化学的若しくは生化学的に合成することもできる。「核酸」は、二本鎖、部分的二本鎖、又は一本鎖であり得る。一本鎖の場合、核酸はセンス鎖又はアンチセンス鎖であり得る。更に、核酸は、環状であっても直鎖であってもよい。
「タンパク質」という用語は、本明細書で使用する場合、一般に、１以上のポリペプチド鎖、即ち、ペプチド結合によって連結されたアミノ酸残基のポリマー鎖を含む高分子を包含する。この用語は、天然、組換え、半合成、又は合成的に生産されたタンパク質を包含し得る。この用語は又、ポリペプチド鎖の１以上の共発現型又は発現後型の修飾、例えば、限定されるものではないが、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、スルホン化、メチル化、ユビキチン化、シグナルペプチドの除去、Ｎ末端Ｍｅｔ除去、プロ酵素又はプレホルモンの活性型への変換などを有するタンパク質を包含する。この用語は更に又、対応する天然タンパク質に対して、例えば、アミノ酸の欠失、付加及び／又は置換などのアミノ酸配列の変異を有するタンパク質変異体又は突然変異体も含む。この用語は、全長タンパク質及びタンパク質部分又は断片、例えば、そのような全長タンパク質の処理から生じる天然に存在するタンパク質部分の両方を企図する。
「ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用する場合、一般に、ペプチド結合によって連結されたアミノ酸残基のポリマー鎖を包含する。従って、特に、タンパク質が単一のポリペプチド鎖のみからなる場合、本明細書において、「タンパク質」及び「ポリペプチド」という用語は、そのようなタンパク質を表して互換的に使用され得る。この用語は、ポリペプチド鎖の任意の最小長に限定されない。この用語は、天然、組換え、半合成、又は合成的に生産されたポリペプチドを包含し得る。この用語は又、ポリペプチド鎖の１以上の共発現型又は発現後型の修飾、例えば、限定されるものではないが、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、スルホン化、メチル化、ユビキチン化、シグナルペプチド除去、Ｎ末端Ｍｅｔ除去、プロ酵素又はプレホルモンの活性型への変換などを有するポリペプチドを包含する。この用語は更に又、対応する天然ポリペプチドに対して、例えば、アミノ酸の欠失、付加及び／又は置換などのアミノ酸配列の変異を有するポリペプチド変異体又は突然変異体も含む。この用語は、全長ポリペプチド及びポリペプチド部分又は断片、例えば、そのような全長ポリペプチドの処理から生じる天然に存在するポリペプチド部分の両方を企図する。
「ペプチド」という用語は、本明細書で使用される場合、好ましくは、５０アミノ酸以下、例えば、４５アミノ酸以下、好ましくは、４０アミノ酸以下、例えば、３５アミノ酸以下、より好ましくは、３０アミノ酸以下、例えば、２５以下、２０以下、１５以下、１０以下又は５以下のアミノ酸から本質的になる本明細書で使用するようなポリペプチドを指す。
「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸、天然にコードされるアミノ酸、天然にコードされないアミノ酸、天然に存在しないアミノ酸、アミノ酸類似体及び天然に存在するアミノ酸と同様の様式で機能するアミノ酸模倣物、それらのＤ－及びＬ－立体異性体の全て（但し、それらの構造がそのような立体異性体形態を可能にする場合）を包含する。アミノ酸は、本明細書において、その名称、その一般に知られている３文字記号、又はＩＵＰＡＣ－ＩＵＢ生化学命名委員会が推奨する１文字記号のいずれかによって呼称される。「天然にコードされるアミノ酸」は、２０種の一般アミノ酸又はピロリジン、ピロリン－カルボキシ－リシン又はセレノシステインの１つであるアミノ酸を指す。２０種の一般アミノ酸は、アラニン（Ａ又はＡｌａ）、システイン（Ｃ又はＣｙｓ）、アスパラギン酸（Ｄ又はＡｓｐ）、グルタミン酸（Ｅ又はＧｌｕ）、フェニルアラニン（Ｆ又はＰｈｅ）、グリシン（Ｇ又はＧｌｙ）、ヒスチジン（Ｈ又はＨｉｓ）、イソロイシン（Ｉ又はＩｌｅ）、リシン（Ｋ又はＬｙｓ）、ロイシン（Ｌ又はＬｅｕ）、メチオニン（Ｍ又はＭｅｔ）、アスパラギン（Ｎ又はＡｓｎ）、プロリン（Ｐ又はＰｒｏ）、グルタミン（Ｑ又はＧｌｎ）、アルギニン（Ｒ又はＡｒｇ）、セリン（Ｓ又はＳｅｒ）、トレオニン（Ｔ又はＴｈｒ）、バリン（Ｖ又はＶａｌ）、トリプトファン（Ｗ又はＴｒｐ）、及びチロシン（Ｙ又はＴｙｒ）である。又、１以上の個々の原子が異なる原子、同じ原子の同位体、又は異なる官能基で置換されているアミノ酸類似体も含まれる。本明細書で任意の核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドという場合には、その変異体も包含され得る。核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの「変異体」という用語は、配列（即ち、それぞれヌクレオチド配列又はアミノ酸配列）が列挙された前記核酸、タンパク質又はポリペプチドの配列と実質的に同一の（即ち、完全には同一でないが大部分が同一の）、例えば、少なくとも約８０％同一又は少なくとも約８５％同一、例えば、好ましくは少なくとも約９０％同一、例えば少なくとも９１％同一、９２％同一、より好ましくは少なくとも約９３％同一、例えば少なくとも９４％同一、一層より好ましくは少なくとも約９５％同一、例えば少なくとも９６％同一、なおより好ましくは少なくとも約９７％同一、例えば少なくとも９８％同一、最も好ましくは少なくとも９９％同一の核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドを指す。好ましくは、変異体は、列挙された核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの全配列が配列アラインメントにおいて照会される場合（即ち、全体の配列同一性）に、列挙された核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドに対してそのような同一性程度を示し得る。又、核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの断片及び変異体には、前記核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドと別の、一般には無関連の核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの融合産物も含まれる。配列同一性は、それ自体が知られている配列アラインメント及び配列同一性の判定を実行するための適切なアルゴリズムを使用して決定することができる。例示であり非限定的なアルゴリズムには、Ａｌｔｓｃｈｕｌら １９９０（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２１５：４０３－１０）に最初に記載されたＢａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）に基づくもの、例えば公開されたデフォルト設定又は他の適切な設定（例えば、ＢＬＡＳＴＮアルゴリズムの場合：ｃｏｓｔ ｔｏ ｏｐｅｎ ａ ｇａｐ＝５、ｃｏｓｔ ｔｏ ｅｘｔｅｎｄ ａ ｇａｐ＝２、ｐｅｎａｌｔｙ ｆｏｒ ａ ｍｉｓｍａｔｃｈ＝－２、ｒｅｗａｒｄ ｆｏｒ ａ ｍａｔｃｈ＝１、ｇａｐ ｘ＿ｄｒｏｐｏｆｆ＝５０、ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ ｖａｌｕｅ＝１０．０、ｗｏｒｄ ｓｉｚｅ＝２８；又はＢＬＡＳＴＰアルゴリズムの場合：ｍａｔｒｉｘ＝Ｂｌｏｓｕｍ６２、ｃｏｓｔ ｔｏ ｏｐｅｎ ａ ｇａｐ＝１１、ｃｏｓｔ ｔｏ ｅｘｔｅｎｄ ａ ｇａｐ＝１、ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ ｖａｌｕｅ＝１０．０、ｗｏｒｄ ｓｉｚｅ＝３）を使用する、例えばＴａｔｕｓｏｖａ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ １９９９（ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｌｅｔｔ １７４：２４７－２５０）に記載された「Ｂｌａｓｔ ２ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」アルゴリズムが含まれる。核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドの変異体は、前記核酸、タンパク質、ポリペプチド又はペプチドのホモログ（例えば、オルソログ又はパラログ）であってもよい。本明細書で使用される場合、用語「相同性」は、一般に、同一又は異なる分類群からの２つの高分子、特に２つの核酸、タンパク質又はポリペプチドの間の構造的類似性を表し、ここで前記類似性は、共有の祖先によるものである。本明細書で任意のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸という場合には又、その断片も包含する。従って、本明細書において、任意の１つのペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸を測定する（又はその量を測定する）という場合には、例えば、その任意の成熟した及び／又はプロセシングを受けた可溶性／分泌型（例えば、血漿循環型）の測定及び／又はその１以上の断片の測定など、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質又は核酸の測定を包含し得る。例えば、任意のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、若しくは核酸、及び／又はこれらの１以上の断片は、測定量が集合的に測定された種の合計量に対応するように、集合的に測定されてもよい。別の例では、任意のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、若しくは核酸、及び／又はその１以上の断片をそれぞれ個別に測定してもよい。
核酸（ポリヌクレオチド）に関して「断片」という用語は、一般に、核酸の５’末端切断型及び／又は３’末端切断型を表す。好ましくは、断片は、前記核酸の核酸配列長の少なくとも約３０％、例えば少なくとも約５０％又は少なくとも約７０％、好ましくは少なくとも約８０％、例えば少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、及びなおより好ましくは少なくとも約９５％又は更には約９９％を含み得る。例えば、全長核酸の長さを超えない限り、断片は、対応する全長核酸の５連続ヌクレオチド以上、又は１０連続ヌクレオチド以上、又は２０連続ヌクレオチド以上、又は３０連続ヌクレオチド以上、例えば４０連続ヌクレオチド以上、例えば５０連続ヌクレオチド以上、例えば６０以上、７０以上、８０以上、９０以上、１００以上、２００以上、３００以上、４００以上、５００以上、１０００以上、２０００以上、３０００以上、４０００以上、５０００以上、６０００以上、７０００以上、８０００以上、９０００以上、１００００以上、１１０００以上、１２０００以上、１３０００以上又は１４０００以上の連続ヌクレオチドの配列を含み得る。
この用語は、例えば、限定されるものではないが、代替転写又は翻訳、エキソ及び／若しくはエンド－タンパク質分解、エキソ及び／若しくはエンド－核分解、又はペプチド、ポリペプチド、タンパク質若しくは核酸の分解、例えば、物理的、化学的及び／又は酵素的タンパク質分解若しくは核分解など、ｉｎ ｖｉｖｏ及び／又はｉｎ ｖｉｔｒｏのいずれの機構によって生じる断片も包含する。
ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質に関して「断片」という用語は、一般に、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質のＮ末端及び／又はＣ末端切断型を表す。好ましくは、断片は、前記ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質のアミノ酸配列長の少なくとも約３０％、例えば少なくとも約５０％又は少なくとも約７０％、好ましくは少なくとも約８０％、例えば少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、及びなおより好ましくは少なくとも約９５％又は更には約９９％を含み得る。例えば、全長ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質の長さを超えない限り、断片は、対応する全長ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質の５連続アミノ酸以上、又は１０連続アミノ酸以上、又は２０連続アミノ酸以上、又は３０連続アミノ酸以上、例えば４０連続アミノ酸以上、例えば、５０連続アミノ酸以上、例えば６０以上、７０以上、８０以上、９０以上、１００以上、２００以上、３００以上、４００以上、５００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上、２５００以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上又は４５００以上の連続アミノ酸の配列を含み得る。
任意のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸という場合、当該技術分野においてそれぞれの呼称で一般に知られているペプチド、ポリペプチド、タンパク質、核酸に相当する。これらの用語は、見出される任意の生物、特に動物、好ましくは温血動物、より好ましくは脊椎動物、なおより好ましくはヒト及び非ヒト哺乳動物を含む哺乳動物、なおより好ましくはヒトの、このようなペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸を包含する。これらの用語は、天然配列を有するそのようなペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸、即ち、一次配列が、自然界に見られる、又は自然界に由来するペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸のものと同じであるものを特に包含する。当業者は、天然配列が、異種間の遺伝的分岐のために異種間で異なる場合があることを理解する。更に、天然配列は、所与の種内の通常の遺伝的多様性（変動）のために同じ種の異なる個体間又は個体内で異なる場合がある。又、天然配列は、転写後修飾又は翻訳後修飾のために同じ種の異なる個体間又は個体内でも異なる場合がある。ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸の任意のそのような変異体又はアイソフォームが本明細書で意図される。従って、自然界に見られる、又は自然界に由来するペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸の全ての配列は、「天然」と見なされる。これらの用語は、生体、器官、組織又は細胞の一部を形成する際、生体サンプルの一部を形成する際、並びにそのような供給源から少なくとも部分的に単離された際のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸を包含する。
特定の実施形態では、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸はヒトであり得、即ち、それらの一次配列は、天然に存在するヒトペプチド、ポリペプチド、タンパク質、若しくは核酸の、又はそれに存在する対応する一次配列と同じであり得る。従って、この関連の修飾語「ヒト」は、その起源又は供給源というよりも、それぞれのペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸の一次配列に関連する。例えば、そのようなペプチド、ポリペプチド、タンパク質、若しくは核酸は、ヒト対象のサンプル中に存在するか、又はそこから単離されてもよく、或いは他の手段（例えば、組換え発現、無細胞転写若しくは翻訳、又は非生物的核酸若しくはペプチド合成）によっても得られてよい。
特定の実施形態において、ＦＡＴ１は、ヒトＦＡＴ１である。例示的ヒトＦＡＴ１タンパク質配列は、米国政府の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）Ｇｅｎｂａｎｋ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)受託番号ＮＰ＿００５２３６．２、又はＳｗｉｓｓｐｒｏｔ／Ｕｎｉｐｒｏｔ(http://www.uniprot.org/)受託番号Ｑ１４５１７．２で注釈される通りであり得る。ＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００５２３６．２の下で注釈されている配列を以下に再現する：
＞ＮＰ＿００５２３６．２プロトカドヘリンＦａｔ １前駆体［ホモ・サピエンス］
MGRHLALLLLLLLLFQHFGDSDGSQRLEQTPLQFTHLEYNVTVQENSAAKTYVGHPVKMGVYITHPAWEVRYKIVSGDSENLFKAEEYILGDFCFLRIRTKGGNTAILNREVKDHYTLIVKALEKNTNVEARTKVRVQVLDTNDLRPLFSPTSYSVSLPENTAIRTSIARVSATDADIGTNGEFYYSFKDRTDMFAIHPTSGVIVLTGRLDYLETKLYEMEILAADRGMKLYGSSGISSMAKLTVHIEQANECAPVITAVTLSPSELDRDPAYAIVTVDDCDQGANGDIASLSIVAGDLLQQFRTVRSFPGSKEYKVKAIGGIDWDSHPFGYNLTLQAKDKGTPPQFSSVKVIHVTSPQFKAGPVKFEKDVYRAEISEFAPPNTPVVMVKAIPAYSHLRYVFKSTPGKAKFSLNYNTGLISILEPVKRQQAAHFELEVTTSDRKASTKVLVKVLGANSNPPEFTQTAYKAAFDENVPIGTTVMSLSAVDPDEGENGYVTYSIANLNHVPFAIDHFTGAVSTSENLDYELMPRVYTLRIRASDWGLPYRREVEVLATITLNNLNDNTPLFEKINCEGTIPRDLGVGEQITTVSAIDADELQLVQYQIEAGNELDFFSLNPNSGVLSLKRSLMDGLGAKVSFHSLRITATDGENFATPLYINITVAASHKLVNLQCEETGVAKMLAEKLLQANKLHNQGEVEDIFFDSHSVNAHIPQFRSTLPTGIQVKENQPVGSSVIFMNSTDLDTGFNGKLVYAVSGGNEDSCFMIDMETGMLKILSPLDRETTDKYTLNITVYDLGIPQKAAWRLLHVVVVDANDNPPEFLQESYFVEVSEDKEVHSEIIQVEATDKDLGPNGHVTYSIVTDTDTFSIDSVTGVVNIARPLDRELQHEHSLKIEARDQAREEPQLFSTVVVKVSLEDVNDNPPTFIPPNYRVKVREDLPEGTVIMWLEAHDPDLGQSGQVRYSLLDHGEGNFDVDKLSGAVRIVQQLDFEKKQVYNLTVRAKDKGKPVSLSSTCYVEVEVVDVNENLHPPVFSSFVEKGTVKEDAPVGSLVMTVSAHDEDARRDGEIRYSIRDGSGVGVFKIGEETGVIETSDRLDRESTSHYWLTVFATDQGVVPLSSFIEIYIEVEDVNDNAPQTSEPVYYPEIMENSPKDVSVVQIEAFDPDSSSNDKLMYKITSGNPQGFFSIHPKTGLITTTSRKLDREQQDEHILEVTVTDNGSPPKSTIARVIVKILDENDNKPQFLQKFYKIRLPEREKPDRERNARREPLYHVIATDKDEGPNAEISYSIEDGNEHGKFFIEPKTGVVSSKRFSAAGEYDILSIKAVDNGRPQKSSTTRLHIEWISKPKPSLEPISFEESFFTFTVMESDPVAHMIGVISVEPPGIPLWFDITGGNYDSHFDVDKGTGTIIVAKPLDAEQKSNYNLTVEATDGTTTILTQVFIKVIDTNDHRPQFSTSKYEVVIPEDTAPETEILQISAVDQDEKNKLIYTLQSSRDPLSLKKFRLDPATGSLYTSEKLDHEAVHQHTLTVMVRDQDVPVKRNFARIVVNVSDTNDHAPWFTASSYKGRVYESAAVGSVVLQVTALDKDKGKNAEVLYSIESGNIGNSFMIDPVLGSIKTAKELDRSNQAEYDLMVKATDKGSPPMSEITSVRIFVTIADNASPKFTSKEYSVELSETVSIGSFVGMVTAHSQSSVVYEIKDGNTGDAFDINPHSGTIITQKALDFETLPIYTLIIQGTNMAGLSTNTTVLVHLQDENDNAPVFMQAEYTGLISESASINSVVLTDRNVPLVIRAADADKDSNALLVYHIVEPSVHTYFAIDSSTGAIHTVLSLDYEETSIFHFTVQVHDMGTPRLFAEYAANVTVHVIDINDCPPVFAKPLYEASLLLPTYKGVKVITVNATDADSSAFSQLIYSITEGNIGEKFSMDYKTGALTVQNTTQLRSRYELTVRASDGRFAGLTSVKINVKESKESHLKFTQDVYSAVVKENSTEAETLAVITAIGNPINEPLFYHILNPDRRFKISRTSGVLSTTGTPFDREQQEAFDVVVEVTEEHKPSAVAHVVVKVIVEDQNDNAPVFVNLPYYAVVKVDTEVGHVIRYVTAVDRDSGRNGEVHYYLKEHHEHFQIGPLGEISLKKQFELDTLNKEYLVTVVAKDGGNPAFSAEVIVPITVMNKAMPVFEKPFYSAEIAESIQVHSPVVHVQANSPEGLKVFYSITDGDPFSQFTINFNTGVINVIAPLDFEAHPAYKLSIRATDSLTGAHAEVFVDIIVDDINDNPPVFAQQSYAVTLSEASVIGTSVVQVRATDSDSEPNRGISYQMFGNHSKSHDHFHVDSSTGLISLLRTLDYEQSRQHTIFVRAVDGGMPTLSSDVIVTVDVTDLNDNPPLFEQQIYEARISEHAPHGHFVTCVKAYDADSSDIDKLQYSILSGNDHKHFVIDSATGIITLSNLHRHALKPFYSLNLSVSDGVFRSSTQVHVTVIGGNLHSPAFLQNEYEVELAENAPLHTLVMEVKTTDGDSGIYGHVTYHIVNDFAKDRFYINERGQIFTLEKLDRETPAEKVISVRLMAKDAGGKVAFCTVNVILTDDNDNAPQFRATKYEVNIGSSAAKGTSVVKVLASDADEGSNADITYAIEADSESVKENLEINKLSGVITTKESLIGLENEFFTFFVRAVDNGSPSKESVVLVYVKILPPEMQLPKFSEPFYTFTVSEDVPIGTEIDLIRAEHSGTVLYSLVKGNTPESNRDESFVIDRQSGRLKLEKSLDHETTKWYQFSILARCTQDDHEMVASVDVSIQVKDANDNSPVFESSPYEAFIVENLPGGSRVIQIRASDADSGTNGQVMYSLDQSQSVEVIESFAINMETGWITTLKELDHEKRDNYQIKVVASDHGEKIQLSSTAIVDVTVTDVNDSPPRFTAEIYKGTVSEDDPQGGVIAILSTTDADSEEINRQVTYFITGGDPLGQFAVETIQNEWKVYVKKPLDREKRDNYLLTITATDGTFSSKAIVEVKVLDANDNSPVCEKTLYSDTIPEDVLPGKLIMQISATDADIRSNAEITYTLLGSGAEKFKLNPDTGELKTSTPLDREEQAVYHLLVRATDGGGRFCQASIVLTLEDVNDNAPEFSADPYAITVFENTEPGTLLTRVQATDADAGLNRKILYSLIDSADGQFSINELSGIIQLEKPLDRELQAVYTLSLKAVDQGLPRRLTATGTVIVSVLDINDNPPVFEYREYGATVSEDILVGTEVLQVYAASRDIEANAEITYSIISGNEHGKFSIDSKTGAVFIIENLDYESSHEYYLTVEATDGGTPSLSDVATVNVNVTDINDNTPVFSQDTYTTVISEDAVLEQSVITVMADDADGPSNSHIHYSIIDGNQGSSFTIDPVRGEVKVTKLLDRETISGYTLTVQASDNGSPPRVNTTTVNIDVSDVNDNAPVFSRGNYSVIIQENKPVGFSVLQLVVTDEDSSHNGPPFFFTIVTGNDEKAFEVNPQGVLLTSSAIKRKEKDHYLLQVKVADNGKPQLSSLTYIDIRVIEESIYPPAILPLEIFITSSGEEYSGGVIGKIHATDQDVYDTLTYSLDPQMDNLFSVSSTGGKLIAHKKLDIGQYLLNVSVTDGKFTTVADITVHIRQVTQEMLNHTIAIRFANLTPEEFVGDYWRNFQRALRNILGVRRNDIQIVSLQSSEPHPHLDVLLFVEKPGSAQISTKQLLHKINSSVTDIEEIIGVRILNVFQKLCAGLDCPWKFCDEKVSVDESVMSTHSTARLSFVTPRHHRAAVCLCKEGRCPPVHHGCEDDPCPEGSECVSDPWEEKHTCVCPSGRFGQCPGSSSMTLTGNSYVKYRLTENENKLEMKLTMRLRTYSTHAVVMYARGTDYSILEIHHGRLQYKFDCGSGPGIVSVQSIQVNDGQWHAVALEVNGNYARLVLDQVHTASGTAPGTLKTLNLDNYVFFGGHIRQQGTRHGRSPQVGNGFRGCMDSIYLNGQELPLNSKPRSYAHIEESVDVSPGCFLTATEDCASNPCQNGGVCNPSPAGGYYCKCSALYIGTHCEISVNPCSSKPCLYGGTCVVDNGGFVCQCRGLYTGQRCQLSPYCKDEPCKNGGTCFDSLDGAVCQCDSGFRGERCQSDIDECSGNPCLHGALCENTHGSYHCNCSHEYRGRHCEDAAPNQYVSTPWNIGLAEGIGIVVFVAGIFLLVVVFVLCRKMISRKKKHQAEPKDKHLGPATAFLQRPYFDSKLNKNIYSDIPPQVPVRPISYTPSIPSDSRNNLDRNSFEGSAIPEHPEFSTFNPESVHGHRKAVAVCSVAPNLPPPPPSNSPSDSDSIQKPSWDFDYDTKVVDLDPCLSKKPLEEKPSQPYSARESLSEVQSLSSFQSESCDDNGYHWDTSDWMPSVPLPDIQEFPNYEVIDEQTPLYSADPNAIDTDYYPGGYDIESDFPPPPEDFPAADELPPLPPEFSNQFESIHPPRDMPAAGSLGSSSRNRQRFNLNQYLPNFYPLDMSEPQTKGTGENSTCREPHAPYPPGYQRHFEAPAVESMPMSVYASTASCSDVSACCEVESEVMMSDYESGDDGHFEEVTIPPLDSQQHTEV (配列番号1)。
当業者は、配列データベース又は本明細書中で表される任意の配列が、それぞれのペプチド、ポリペプチド、タンパク質又は核酸の前駆体のものであってもよく、成熟分子から離れてプロセシングされる部分を含み得ることを理解することができる。
従って、ヒトＦＡＴ１タンパク質の成熟型（シグナルペプチドを含まない）は、ある実施形態では、配列番号１に示すようなアミノ配列を含み、そこから最初の２１個の連続するアミノ酸（即ち、シグナルペプチドＭＧＲＨＬＡＬＬＬＬＬＬＬＬＦＱＨＦＧＤＳ（配列番号２））が除去又は切除される。
例示的ヒトＦＡＴ１ ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）配列はＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００５２４５．４で注釈される通りであり得る。ＮＭ＿００５２４５．４核酸配列は図１に再現されている。
上記のように、本発明は、ＦＡＴ１状態の分析に基づく、例えば、ＦＡＴ１状態の情報が得られる遺伝的、エピジェネティック的、発現又は機能的分析に基づき、特定の抗新生物薬に対する感受性又は耐性の評価に関する。遺伝的変化は、例えば、変異していない又は野生型のＦＡＴ１タンパク質の配列、構造、安定性又は輸送と比較して、ＦＡＴ１タンパク質の配列、構造、安定性若しくは輸送、又はそれらの任意の組合せにおける変化を介して、ＦＡＴ１タンパク質の発現又は機能の変化を生じさせ得る。
より詳細には、ＦＡＴ１遺伝子における置換、欠失及び／又は挿入（ＦＡＴ１タンパク質をコードするＦＡＴ１遺伝子の部分、即ち、コード配列、並びにＦＡＴ１遺伝子の非コード部分、例えば特に任意の調節配列、例えばＦＡＴ１遺伝子プロモーター若しくは任意のエンハンサー、５’及び３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、又はＦＡＴ１エキソンを分離する任意の遺伝子内領域（イントロン）を含む）は、本明細書の他所に記載されるようにＦＡＴ１タンパク質のアミノ酸配列を変更し得る。
ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながり得る遺伝的変化には、置換、逆位、挿入及び欠失などの小規模な突然変異、並びにコピー数異常（ＣＮＡ）及び染色体異常などの大規模な突然変異が含まれる。「欠失」という用語は、遺伝的変化に関して本明細書で使用される場合、核酸の１以上のヌクレオチド、一般に連続したヌクレオチドが、核酸から除去される、即ち欠失する突然変異を指す。用語「挿入」は、遺伝的変化に関して本明細書で使用される場合、１以上のヌクレオチド、一般に連続したヌクレオチドが、核酸に付加される、即ち挿入される突然変異を指す。「置換」という用語は、遺伝的変化に関して本明細書で使用される場合、核酸の１以上のヌクレオチドがそれぞれ独立して別のヌクレオチドで置き換えられる、即ち、置換される突然変異を指す。
特定の実施形態では、突然変異は、一塩基が置換、挿入又は欠失された点突然変異であり得る。一塩基突然変異は、遺伝子変異の中でも頻繁に見られるカテゴリーであり、例えば、コード配列における一塩基の欠失及び挿入の場合にはリーディングフレームシフトにつながり、又はコード配列における一塩基置換の場合には一アミノ酸置換若しくは未熟終止コドンにつながるなど、様々な結果をもたらし得る。
本明細書で意図する遺伝的変化は、特に体細胞変化又は突然変異、即ち、対象に存在する細胞又は前がん病変又は腫瘍若しくはがんの細胞で生じるものなど、受胎後に生じる対象のＤＮＡ配列の後天的変化又は突然変異である。
更に、ヒトのような２倍体の生物は、常染色体（非性染色体；ＦＡＴ１は第４染色体の長腕に位置していることに注意）上に位置する各遺伝子を２コピー、即ち、その遺伝子の対立遺伝子を２つ持っている。２倍体の生物は、同一の対立遺伝子を持つこともあれば（即ち、遺伝子に対して異型接合体であり得る）、異なる対立遺伝子を持つこともある（即ち、遺伝子に対して異型接合体であり得る）。常染色体に影響を及ぼす大規模な体細胞染色体再配列によるなど、ある細胞において、ある遺伝子を一般に含む常染色体の領域が欠失した場合、その遺伝子の単一の対立遺伝子のみを有する細胞は、その遺伝子についてヘミ接合と表すことができる。２つの異なる対立遺伝子は、例えば、非変異型（野生型）対立遺伝子及び変異型対立遺伝子である。遺伝子の変化又は突然変異は、劣性変異若しくは突然変異又は優性変異若しくは突然変異であり得る。劣性突然変異は機能喪失につながり得るが、第二対立遺伝子が正常な非変異型の遺伝子コピーを提供する場合、部分的又は完全にマスクされることがある。劣性突然変異の場合、対象又は対象の特定の罹患細胞若しくは組織が異型接合体であり得る場合でもなお（部分的に）変異型の表現型を示すことがあり、又は対象若しくは対象の特定の罹患細胞若しくは組織が変異型の表現型を示すためには、同一又は異なる劣性突然変異の異型接合体である必要がある場合がある。一方、優性突然変異は、遺伝子の正常なコピーが存在する場合、変異型の表現型につながる。更に、「ドミナントネガティブ」突然変異は、非修飾タンパク質と拮抗的に作用するタンパク質の変異型をもたらし得る。従って、このようなドミナントネガティブ突然変異は、変異型タンパク質の機能を損なうだけでなく、変異型タンパク質は、例えば、野生型タンパク質と不活性複合体を形成することにより、又は野生型タンパク質と同様に、しかしながら関与の通常の結果を誘導せずに細胞パートナー若しくは細胞プロセスになお関与することによって、野生型タンパク質の機能を障害又は排除もする。
特定の実施形態では、対象、又は対象の特定の罹患細胞若しくは組織は、遺伝的変化に関して異型接合性又は同型接合性であり得、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながる。
特定の実施形態では、細胞におけるＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながるための遺伝的変化については、本明細書で意図されるような遺伝的変化は、劣性突然変異又はドミナントネガティブ突然変異などの優性突然変異であり得る。
特定の実施形態では、細胞におけるＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながる遺伝的変化については、遺伝的変化は、細胞のＦＡＴ１遺伝子の一方の対立遺伝子にだけ生じてよく、他方の対立遺伝子は野生型対立遺伝子である。
特定の実施形態では、細胞におけるＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながるための遺伝的変化については、遺伝的変化（同じ又は異なる遺伝的変化）は、細胞のＦＡＴ１遺伝子の両方の対立遺伝子で生じてよい。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて、一方又は両方のＦＡＴ１対立遺伝子におけるＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の有無を決定することを含む。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて、１以上のＦＡＴ１機能欠失型（ＬＯＦ）突然変異の有無を決定することを含む。
「ＦＡＴ１機能欠失型突然変異」又は「ＦＡＴ１ ＬＯＦ突然変異」という用語は、本明細書で使用する場合、参照の発現及び／又は機能に比べてＦＡＴ１遺伝子産物の発現及び／又は機能の統計的に有意な減少（又は低下若しくは下方調節）を引き起こすＦＡＴ１遺伝子の変化を指す。当業者は、そのような参照を選択することができる。適切な参照の例は、対応する非変異型（野生型）ＦＡＴ１遺伝子産物の発現及び／又は機能であり得る。例えば、そのような低下は、（例えば、標準偏差若しくは標準誤差、又はその所定の倍数、例えば、±１×ＳＤ若しくは±２×ＳＤ、又は±１×ＳＥ若しくは±２×ＳＥによって表されるように）参照の誤差の範囲外に入ることがある。例示として、ＦＡＴ１遺伝子産物の発現及び／又は機能は、参照の発現及び／又は機能と比較して少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、好ましくは少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、更により好ましくは少なくとも９０％、特に好ましくは少なくとも９５％、例えば９６％、９７％又は９８％、又は少なくとも９９％、最大１００％の低下（即ち、完全な消失）を含む低下の場合に低下したと見なすことができる。
特定の好ましい実施形態では、ＦＡＴ１ ＬＯＦ突然変異は、ＦＡＴ１タンパク質における単一のアミノ酸置換をもたらすか、若しくはＣ末端切断型ＦＡＴ１タンパク質につながる未熟終止コドンを導入する点突然変異、又はＦＡＴ１ ｍＲＮＡにおけるリーディングフレームシフト及びその結果としてしばしばフレーム外終止コドンで終わるＣ末端非ＦＡＴ１アミノ酸配列を含むＦＡＴ１タンパク質をもたらす点突然変異などの点突然変異であり得る。
ＦＡＴ１突然変異は、当技術分野で周知である。ヒトの遺伝子及びタンパク質は、特に前述のＧｅｎｂａｎｋ及びＵｎｉｐｒｏｔデータベースにおいて詳細に注釈されている。ヒトＦＡＴ１遺伝子又は遺伝子産物の既知の変異体及び突然変異体（アイソフォーム、多型、疾患原因又は関連突然変異体などを含む）もそこに、例えば、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００５２４５．４で注釈されたその転写物と共にヒトＦＡＴ１遺伝子のＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｖｉｅｗｅｒに注釈されている。
ヒトの遺伝子及びタンパク質における既知の疾患原因又は関連突然変異を注釈した専用のデータベースが存在する。例として、ＦＡＴ１突然変異はＯｎｌｉｎｅ Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎ（登録商標）（ＯＭＩＭ（登録商標），https://www.omim.org/）の受託番号*６００９７６、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）ＰｒｏｇｒａｍのＧＤＣデータポータル(https://portal.gdc.cancer.gov/)の受託番号ＥＮＳＧ００００００８３８５７、又はＣａｔａｌｏｇｕｅ ｏｆ Ｓｏｍａｔｉｃ Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ（ＣＯＳＭＩＣ，https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic）の受託番号ＣＯＳＧ８６４３８に見出すことができる。ＩＣＧＣ／ＴＣＧＡ Ｐａｎ－Ｃａｎｃｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｗｈｏｌｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（Ｎａｔｕｒｅ ２０２０， ｖｏｌ． ５７８， ８２－９３）の最近の発表では、３８種類の腫瘍における２，６５８個の全がんゲノムとそれらの正常組織の統合的解析が記載され、関連リソースはhttps://docs.icgc.org/pcawg/のデータポータル及び可視化から利用可能である。
上述のＣａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ ＰｒｏｇｒａｍのＧＤＣデータポータル及びＣａｔａｌｏｇｕｅ ｏｆ Ｓｏｍａｔｉｃ Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ（ＣＯＳＭＩＣ、https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic）などのデータベースもＦＡＴ１突然変異の潜在的機能的効果に関する情報を保持している。例えば、ＦＡＴ１遺伝子の突然変異が、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、又はフレームシフト突然変異のいずれであるかが、データベースに示されている場合がある。
当業者は、ＦＡＴ１突然変異がＬＯＦ変異であるかどうかを予測又は決定する方法を知っている。
例として、ＦＡＴ１ミスセンス突然変異は、一般に、ＦＡＴ１タンパク質のアミノ酸配列において、あるアミノ酸の別のアミノ酸への置換をもたらす。置換の位置と種類によって、アミノ酸置換は、例えば、影響を与えないか、ＦＡＴ１タンパク質を非機能的にし得るか、ＦＡＴ１タンパク質の機能を増強し得るか、又はＦＡＴ１タンパク質に何らかの新規活性、特性若しくは相互作用を付与し得る。破壊的インフレーム突然変異は、本明細書の他所に記載されるようなフレームシフトをもたらさないが、ＦＡＴ１の状態（例えば、ＦＡＴ１の発現及び／又は機能）を破壊する突然変異である。例えば、破壊的なインフレーム突然変異は、ＦＡＴ１ナンセンス突然変異であり得る。ＦＡＴ１ナンセンス突然変異は、一般に、ストップゲイン、ストップロス、スタートゲイン、又はスタートロスをもたらす。ストップゲイン突然変異は、一般に、ＦＡＴ１タンパク質のアミノ酸配列において、それまでにアミノ酸を特定するコドンがあったところに終止コドンの出現をもたらす。未熟終止コドンの存在により、ＦＡＴ１タンパク質のＣ末端切断型が生成される。ストップロス突然変異は、本来の終止コドンにおける、ＦＡＴ１タンパク質のカルボキシル末端の異常な伸長をもたらす突然変異である。スタートゲイン突然変異は、元の開始点の上流に開始コドンを出現させる。新しい開始コドンが本明細書の他所に記載されているようなフレームシフトを生じる場合、その遺伝子産物は、変異していない遺伝子産物とは全く異なるアミノ酸配列を有し得る。新しい開始コドンがＦＡＴ１をコードする配列とフレーム内にある場合、元のＦＡＴ１タンパク質のアミノ末端に付加的アミノ酸が追加される場合がある。スタートロス突然変異は、ＦＡＴ１遺伝子産物の産生の減少又は完全な消失をもたらす転写物のＡＵＧ開始コドンの突然変異である。従って、当業者は、ＦＡＴ１ナンセンス突然変異が、一般に、ＦＡＴ１機能の低下又は消失をもたらすことを理解するであろう。ＦＡＴ１遺伝子のエキソンにおける１以上のヌクレオチドの挿入又は欠失は、ＦＡＴ１フレームシフト突然変異をもたらし得る。遺伝子コードにおけるコドンのトリプレット性により、Ｘ核酸の挿入又は欠失（Ｘは０又は３の倍数でない）によってリーディングフレーム（即ち、コドンのグループ化）が変化し、フレームシフト突然変異の下流で遺伝子産物が非変異遺伝子産物と全く異なるアミノ酸配列を有する遺伝子産物となり得る。ＦＡＴ１フレームシフト突然変異は又、未熟終止コドン及びタンパク質のＣ末端切断型をもたらし得る。従って、当業者は、ＦＡＴ１フレームシフト突然変異が、一般に、ＦＡＴ１機能の低下又は消失をもたらすことを理解するであろう。エキソン、イントロン、又はエキソン－イントロン境界における突然変異は、ＦＡＴ１タンパク質のプレｍＲＮＡのスプライシングを変更し、例えば、リーディングフレームのシフトを伴うかどうかにかかわらず、１以上のエキソンのスキップ又は１以上のイントロンの包含をもたらし得る。このような突然変異は、スプライシング突然変異とも呼ばれる。例として、ｍＲＮＡによるイントロンＤＮＡの大きなセグメントの保持、又はエキソン全体のスプライシングは、一般に、非機能的なＦＡＴ１タンパク質の産生、従って、ＦＡＴ１機能の低下又は消失をもたらす。
ＦＡＴ１ミスセンス突然変異などのＦＡＴ１突然変異の、ＦＡＴ１の発現又は機能に対する潜在的な効果は、ＳＩＦＴ（バージョン５．２．２、http://sift.jcvi.org/）、ＰｏｌｙＰｈｅｎ－２（バージョン２．２．２、http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/）及びＭＥＭｏ（例えば、Ｃｉｒｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ， Ｍｕｔｕａｌ ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ｎｅｔｗｏｒｋ ｍｏｄｕｌｅｓ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ， ２０１２、２２巻（２）３９８－４０６）に記載の通り）を用いて予測することができる。更に、１以上の遺伝的変化によって引き起こされるＦＡＴ１の発現及び／又は機能における変化は、本明細書の他所に記載されるように決定してもよい。
特定の実施形態では、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、破壊型インフレーム突然変異、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異（例えば、ストップゲイン又はスタートロス突然変異）、フレームシフト突然変異、スプライシング突然変異、及びこれらの組合せからなる群から選択され、好ましくは、１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、破壊型インフレーム突然変異、ミスセンス突然変異、ストップゲイン突然変異、及びこれらの組合せからなる群から選択される。
特定の実施形態では、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、フレームシフト突然変異、スプライシング突然変異、及びこれらの組合せからなる群から選択され、好ましくは、１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、破壊型インフレーム突然変異、ミスセンス突然変異、ストップゲイン突然変異、及びこれらの組合せからなる群から選択され、予測ソフトウエア（例えば、ＳＩＦＴ、ＰｏｌｙＰｈｅｎ－２及び／又はＭＥＭｏ予測ソフトウエア）、好ましくは少なくとも３種類の異なる予測ソフトウエアによって、より好ましくはＳＩＦＴ、ＰｏｌｙＰｈｅｎ－２及びＭＥＭｏ予測ソフトウエアの３種類全てによってＦＡＴ１発現及び／又は機能の低下を生じると予測される。
例えば、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の３２８４番のＴｈｒのＡｒｇへの置換につながるミスセンス突然変異を含んでよく、前記ミスセンス突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の一方又は両方に生じ、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の１５８５番のＴｈｒのＭｅｔへの置換につながるミスセンス突然変異を含んでよく、前記ミスセンス突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の一方又は両方に生じ、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の１７６３番のＰｒｏのＬｅｕへの置換につながるミスセンス突然変異を含んでよく、前記ミスセンス突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の一方又は両方に生じ、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の８８５番のＡｒｇの終止コドンでの置換につながるストップゲイン突然変異を含んでよく、前記ストップゲイン突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の一方又は両方に生じ、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の１４８番のＬｅｕの終止コドンへの置換につながるストップゲイン突然変異を含んでよく、前記ストップゲイン突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の両方に生じ、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の３７２番のＴｙｒの終止コドンでの置換につながるストップゲイン突然変異を含んでよく、前記ストップゲイン突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の一方又は両方に生じ、前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の３１７９番のＧｌｙの終止コドンによる置換につながるストップゲイン突然変異を含んでよく、前記ストップゲイン突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の両方に生じ、及び／又は前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異は、配列番号１の３００９番のＶａｌの欠失につながる破壊的インフレーム突然変異を含んでよく、前記破壊的インフレーム突然変異は、ＦＡＴ１対立遺伝子の両方に生じる。
１以上のＦＡＴ１突然変異の有無を決定するための方法は当技術分野で周知であり、限定されるものではないが、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）（例えば、突然変異特異的ＦＩＳＨ）、ゲノムシークエンシング（例えば、直接ゲノムシークエンシング、サンガーシークエンシング、パイロシークエンシング、合成によるポロニーサイクリックシークエンシング、同時双方向シークエンシング、単一分子シークエンシング、単一分子リアルタイムシークエンシング、真の単一分子シークエンシング、ハイブリダイゼーション支援ナノポアシークエンシング、合成によるシークエンシング、単一細胞シークエンシングなど）が挙げられ、場合により、ポリメラーゼに基づく核酸増幅（例えば、ＰＣＲなど）と組み合わせてもよい。配列決定は、例えば、プロモーター及び任意のエンハンサーなどの非転写配列、並びにエキソン、イントロン及びＵＴＲなどの転写配列を含むＦＡＴ１遺伝子全体を精査してもよいし、又は転写配列に着目してもよいし、又はエキソン若しくはコード配列のみに着目してもよい（エクソームシークエンシング）。又、ＦＡＴ１の任意の既知の突然変異ホットスポットに特に着目してもよい。
例として、ＰＣＲなどのポリメラーゼに基づく核酸増幅を使用して、腫瘍生検又は液体生検などの１以上の腫瘍細胞を含む生体サンプルからのゲノムＤＮＡ調製物からＦＡＴ１遺伝子配列を直接増幅することができる。その後、増幅された配列のＤＮＡ配列を、シークエンシングを用いて決定し、参照と比較することによってそこから変異が同定され得る。
「ポリメラーゼに基づく核酸増幅」という句は、本明細書で使用する場合、一般に、核酸ポリメラーゼ、例えばＤＮＡポリメラーゼの作用によって、核酸分子内、好ましくはＤＮＡ分子内の標的核酸領域のコピー数を増加させるための任意のｉｎ ｖｉｔｒｏ法を包含する。この方法は、線形増幅と指数関数的増幅の両方を包含してもよく、特に好ましくは指数関数的増幅を指す。この方法は、特に好ましくは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を指す場合がある。ＰＣＲでは、核酸分子内、特にＤＮＡ分子内の標的核酸領域が、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ及び少なくとも２つの増幅プライマー（一方は増幅される標的配列の一端の（＋）鎖に相補的であり、他方は標的配列の他端の（－）鎖に相補的である）を用いて増幅される。本明細書で使用される際にＰＣＲという場合、例えば、高忠実度ＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲ、タッチダウンＰＣＲ、ネスト化ＰＣＲ、多重ＰＣＲ、定量ＰＣＲ、定量リアルタイムＰＣＲ、長距離ＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲなどの原型ＰＣＲの改変を包含する（例えば、ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｉｎｎｉｓら編， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， サンディエゴ， １９９０を参照）。
ＦＡＴ１遺伝子のシークエンシング又は増幅のためのプライマー又はプライマー対は、当技術分野で公知の任意の方法を用いて、例えば、プライマー３などのプライマー設計ツールの使用によって設計され得る。
更なる例として、１以上のＦＡＴ１（ＬＯＦ）突然変異の有無は、生体サンプルからの核酸配列を、好ましくは、１以上のＦＡＴ１遺伝的変化を含む核酸配列と特異的にハイブリダイズし得るＤＮＡを蛍光標識プローブと接触させること、及び前記ハイブリダイゼーションを検出することによって決定することができる。
染色体異常には、染色体の分布、数、構造、又は配列の不規則性又は異常が含まれる。このような構造異常は、染色体断片の欠失、染色体断片の倍加、ある染色体断片の他の染色体への転座、染色体断片の逆位、染色体断片の挿入（例えば、ある染色体から欠失し、他の染色体に挿入された断片など）、環、同腕染色体であり得る。染色体異常を決定するための方法は当技術分野で公知であり、メタフェース細胞遺伝学（ＭＣ）分析、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、スペクトル核型分析（ＳＫＹ）及びシークエンシング（例えば次世代シークエンシング（ＮＧＳ）及び単一細胞シークエンシング）を含み得る。
ＦＡＴ１は、細胞遺伝学的に４ｑ３５．２に位置し、分子的には第４染色体上の１８６ ５８７ ７８９～１８６ ７２６ ６９６塩基対に存在する。従って、染色体４ｑ３５．２を障害する染色体異常、例えば、染色体４ｑ３５．２若しくはその断片の欠失、又は別の染色体断片の染色体４ｑ３５．２への挿入は、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失をもたらし得る。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて第４染色体、好ましくは染色体４ｑ３５．２上の１以上の染色体異常の有無を決定することを包含し得る。特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて第４染色体又はその断片の欠失、好ましくは染色体４ｑ３５．２の欠失を決定することを包含し得る。
コピー数異常（ＣＮＡ）とは、ある染色体又は染色体セグメントが、参照ゲノムと比較して後天的に数が変わる（即ち、コピー数が増加又は減少する）ことである。増幅された染色体領域内に位置する遺伝子は一般に過剰発現し、染色体が消失した領域に位置する遺伝子は一般に下方調節される。染色体異常を決定するための方法は当技術分野で知られており、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）及びシークエンシング（例えば、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）及び単一細胞シークエンシング）を含み得る。
第４染色体、より具体的には、染色体４ｑ３５．２のコピー数の減少は、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失をもたらし得る。従って、特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて第４染色体、好ましくは、染色体４ｑ３５．２のコピー数変異の有無を決定することを包含し得る。更に詳しい実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて参照ゲノムと比較した第４染色体、好ましくは、染色体４ｑ３５．２のコピー数の減少の有無を決定することを包含し得る。ＤＮＡメチル化、ヒストン修飾及びＡＴＰ依存性クロマチンリモデリングを含むエピジェネティック変化は、ＤＮＡの接近性及びクロマチンの構造を変更する場合があり、その結果、それ自体、遺伝子産物をコードする遺伝子の核酸配列を変化させずに、遺伝子産物の発現及び／又は機能（例えば、変化が起こる場所に応じて、増加又は減少）を変化させる可能性がある。遺伝子のサイレンシング又は下方調節をもたらすエピジェネティック変化は、エピジェネティックサイレンシングとも呼ばれることがある。
異常なＤＮＡ高メチル化は、ハイパーメチル化と呼ばれることもあり、ＤＮＡの特定のシトシンにメチル基（ＣＨ3）を付加することで遺伝子活性が制御されるエピジェネティック修飾である。特に、ヒトの遺伝子では、プロモーター領域及びイントロンに集中するＣｐＧジヌクレオチド（ＣｐＧアイランド）のシトシンにメチル化が生じる。ＤＮＡのメチル化は、一般に、転写アクチベーターとして働くか、若しくはそれを動員するＤＮＡ結合タンパク質をブロックする結果としての、又は転写コレプレッサー複合体を動員するメチル結合タンパク質の動員の結果としての遺伝子サイレンシングに関連する。
一般に、メチル化状態は、遺伝子のプロモーター領域にしばしば見られる適切なＣｐＧアイランドにおいて決定される。「メチル化」、「メチル化状態(methylation state)」又は「メチル化状態(methylation status)」という用語は、ＤＮＡ配列内の１又は複数のＣｐＧジヌクレオチドにおける５－メチルシトシン（「５－ｍＣｙｔ」）の有無を指す。ＦＡＴ１遺伝子のメチル化状態は、ＤＮＡメチル化を決定するために当技術分野で知られているいずれの方法によって決定してもよく、これには限定されるものではないが、Ｋｕｒｄｙｕｋｏｖ Ｓ． ａｎｄ Ｂｕｌｌｏｃｋ Ｍ．， ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ： ｃｈｏｏｓｉｎｇ ｔｈｅ ｒｉｇｈｔ ｍｅｔｈｏｄ， Ｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１６， ５（１）：３に記載されているように、非メチル化アイランドの検出のためのバイサルファイトシークエンシング、パイロシークエンシング、メチル化特異的ＰＣＲ、高解像度メーティングによるＰＣＲ又はＣＯＬＤ－ＰＣＲが含まれる。
従って、特定の実施形態では、本明細書で教示されるような方法は、ゲノムＣｐＧ配列のメチル化状態を決定することを含み、ここで、ゲノムＣｐＧ配列はＦＡＴ１遺伝子内に位置している。当業者は、ＦＡＴ１遺伝子内に位置するゲノムＣｐＧ配列、例えばＦＡＴ１遺伝子のプロモーター領域内のＣｐＧ配列のメチル化状態が参照と比較して増加すると（例えば高メチル化）、一般に、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながることを理解するであろう。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、ＦＡＴ１遺伝子のプロモーター領域のメチル化状態を決定することを含む。
「プロモーター」又は「プロモーター領域」という場合、最も広い文脈で捉えられ、正確な転写開始、及び該当する場合、遺伝子発現又は例えば内部若しくは外部（例えば、外因性）刺激に対する応答の正確な空間及び／又は時間制御に必要な転写調節配列が含まれる。より詳細には、「プロモーター」は、ＲＮＡポリメラーゼが結合して転写を開始する核酸分子、好ましくはＤＮＡ分子上の領域を表し得る。プロモーターは、転写を制御する配列の上流、即ち５’に位置することが好ましいが、必ずしもそうである必要はない。プロモーター領域は、転写開始部位、ＲＮＡポリメラーゼの結合部位、一般的な転写因子結合部位（例えば、配列ＴＡＴＡを有するＴＡＴＡボックス又はコンセンサス配列ＳＳＲＣＧＣＣ（配列番号４）若しくはＲＴＤＫＫＫＫ（配列番号５）を有するＢ認識要素）及び任意で他の要素若しくはモチーフを含み得る。プロモーター配列は又、遺伝子クラスター内の遺伝子の転写レベルを高めるためにタンパク質（即ち、トランス作用因子）と結合することができるＤＮＡの１以上の領域である「エンハンサー領域」を含むことができる。エンハンサーは、一般にコーディング領域の５’末端にあるが、プロモーター配列から離れていてもよく、例えば、遺伝子のイントロン領域内又は遺伝子のコーディング領域に対して３’にあってもよい（従って、イントロン及び遺伝子間配列内のエンハンサーもよくある）。
更に、ＤＮＡの大きな領域への接近性は又、そのクロマチン構造にも依存し得る。クロマチンには２つの状態があり、ユークロマチンは開いていて転写が可能であるのに対し、ヘテロクロマチンはコンパクトなＤＮＡ－タンパク質構造であり、転写は不可能である。ヒストンの化学修飾（例えば、メチル化、アセチル化、リン酸化）は、ＤＮＡをユークロマチン状態からヘテロクロマチン状態へ、又はその逆に変換させる。例えば、ヒストンのメチル化は、メチル化部位に応じて、パッキングを増加させる（即ち、転写を減少させる）（例えば、Ｈ３Ｋ９ｍｅ３若しくはＨ３Ｋ２７ｍｅ３）又はパッキングを減少させる（即ち、転写を増加させる）（例えば、Ｈ３Ｋ４ｍｅ２、Ｈ３Ｋ４ｍｅ３、若しくはＨ３Ｋ３６ｍｅ３又はＨ３Ｋ７９ｍｅ）場合があり、一方でヒストンのアセチル化及びリン酸化は一般にパッキングを減少させる（即ち、転写を増加させる）。ＤＮＡの転写は、ヒストンタンパク質の翻訳後の化学修飾によって制御され得る。従って、ヒストン修飾は、ＦＡＴ１の発現及び／又は機能の変化をもたらし得る。
ＦＡＴ１アレル特異的ヒストン修飾を含むヒストン修飾は、ヒストン修飾を決定するために当業者に公知の任意の方法によって測定することができ、限定されるものではないが、クロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ）、ＣｈＩＰ－ＳＡＧＥ（クロマチン免疫沈降と一連の遺伝子発現分析の組合せ(Chromatin immunoprecipitation combined with serial analysis of gene expression)）、ＣｈＩＰ－Ｓｅｑ（クロマチン免疫沈降とハイスループットシークエンシング技術の組合せ(Chromatin immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing techniques)）又はＣｈＩＰとｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）及び近接ライゲーションアッセイ（ＰＬＡ）との組合せが含まれる。
当業者は、ＦＡＴ１遺伝子のＤＮＡをヘテロクロマチン状態に変換するヒストン修飾が、一般に、ＦＡＴ１の発現及び／又は機能の低下又は消失をもたらすことを理解するであろう。従って、特定の実施形態において、本明細書で教示されるような方法は、ＦＡＴ１遺伝子内のヒストン修飾を決定することを含む。
ＡＴＰ依存性クロマチンリモデリング複合体は、ＡＴＰ加水分解のエネルギーを利用してクロマチンを再構築し、その結果、遺伝子発現を制御する。従って、ＡＴＰ依存性クロマチンリモデリングは、ＦＡＴ１の発現及び／又は機能の変化をもたらし得る。ＡＴＰ依存性クロマチンリモデリングは、限定されるものではないがＣｈｉＰを含む、ヒストン修飾を決定するための当該技術分野において公知の任意の方法によって決定することができる。従って、特定の実施形態では、本明細書で教示されるような方法は、ＦＡＴ１遺伝子内のＡＴＰ依存性クロマチンリモデリングを決定することを含む。ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失は、ＦＡＴ１ ｍＲＮＡ及びＦＡＴ１タンパク質を含むＦＡＴ１遺伝子産物における変化からも生じ得る。
従って、特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながるＦＡＴ１ ｍＲＮＡ又はＦＡＴ１タンパク質における変化の有無を決定することを含み得る。
例として、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失は、一般に当技術分野で公知であるような転写後修飾又は転写同時修飾（例えば、Ｎ6－メチルアデノシン修飾などのＲＮＡ修飾）、及び／又は発現同時型若しくは発現後型の修飾から生じ得る。
先に示したように、変異型ＦＡＴ１遺伝子は、例えば、あるアミノ酸が他のアミノ酸に置換されている場合、変異型ＦＡＴ１タンパク質をコードし得る。本明細書で使用する場合、タンパク質の「突然変異体」という用語は、特に、アミノ酸配列においてそのタンパク質とは異なるタンパク質の形態を示すことがあり、突然変異形態は、そのタンパク質と同じ遺伝子又は遺伝子座によってコードされるが、その遺伝子の核酸配列は、そのタンパク質の突然変異形態をコードするように変更されている。本明細書の他所に記載されているように、時には、ＦＡＴ１とその突然変異体との区別を強調するために、「非修飾」、「非変更」、「元の」、「開始の」などの形容詞が、用語「ＦＡＴ１」と関連して使用されることがある。ＦＡＴ１アミノ酸配列の変化は、質量分析により、又は変異型ＦＡＴ１を特異的に認識する抗体を用いるなど、タンパク質の変化を決定するために当該技術分野で知られている方法によって決定することができる。
ＦＡＴ１の状態に悪影響を及ぼすＦＡＴ１ ｍＲＮＡ又はＦＡＴ１タンパク質の変化は、１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異によって引き起こされ得る。従って、ＦＡＴ１の発現又は活性に影響を与える遺伝的修飾又はエピジェネティック修飾を上記のように調べることができる。特定の実施形態において、ＦＡＴ１の発現又は機能も又そのように決定され得る。
従って、特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現が、例えば参照と比較して低下又は消失しているかどうかを決定することを含む。言い換えれば、本明細書に教示されるような方法は、ＦＡＴ１ ｍＲＮＡレベル及び／又はＦＡＴ１タンパク質レベルが前記対象の生体サンプルにおいて低下又は消失しているかどうかを決定することを含む。
本明細書では、「発現」、「発現レベル」、「量(quantity)」、「量(amount)」及び「レベル」という用語は、サンプル中の分子若しくは分析物の絶対定量、又はサンプル中の分子若しくは分析物の相対定量、即ち、参照値又は範囲、例えば所定の組織におけるマーカーのベースライン発現を示す参照に対する相対などの別の値に対する相対定量を指して互換的に使用される。これらの値又は範囲は、単一の対象から得てもよいし、又は対象群から得てもよい。サンプル中の分子又は分析物の絶対量は、有利には質量若しくはモル量として、又はより一般的には濃度、例えば、体積あたりの質量若しくは体積あたりのモルとして表すことができる。サンプル中の分子又は分析物の相対量は、有利には、参照値若しくは範囲に対する増加若しくは減少として、又は倍率増加若しくは倍率減少として表現され得る。第１及び第２のパラメーター（例えば、第１及び第２の量）間の相対比較を実行することは、前記第１及び第２のパラメーターの絶対値をまず決定することを必要としてもしなくてもよい。例えば、測定方法は、前記第１及び第２のパラメーターについて定量可能な読み出し（例えば、シグナル強度など）を生成することができ、前記読み出しは前記パラメーターの値の関数であり、前記読み出しをそれぞれのパラメーターの絶対値にまず変換することを実際に必要とせずに、第１のパラメーターと第２のパラメーターの相対値を生成するために、前記読み出しを直接比較することができる。
ＦＡＴ１発現（例えば、ＦＡＴ１ ｍＲＮＡレベル及び／又はＦＡＴ１タンパク質レベル）の低下又は消失は、ｍＲＮＡ及び／又はタンパク質レベルを決定するために当技術分野で公知のいずれの方法を用いて決定してもよい。
特定の例では、そのような方法には、核酸レベル、より詳細にはＲＮＡレベル、例えば、ｈｎＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、又はｃＤＮＡのレベルでマーカーを分離、検出、及び／又は定量することを含み得る。当技術分野で知られている標準的な定量的ＲＮＡ又はｃＤＮＡ測定ツールを使用することができる。非限定的な例としては、ハイブリダイゼーションに基づく解析、マイクロアレイ発現解析、デジタル遺伝子発現プロファイリング（ＤＧＥ）、ＲＮＡ ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＲＩＳＨ）、ノーザンブロット解析など；ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）、ＲＴ－定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、エンドポイントＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、デジタル液滴ＰＣＲなど；支持オリゴヌクレオチド検出、パイロシークエンシング、合成によるポロニーサイクリックシークエンシング、同時双方向シークエンシング、単一分子シークエンシング、単一分子リアルタイムシークエンシング、真の単一分子シークエンシング、ハイブリダイゼーション支援ナノポアシークエンシング、合成によるシークエンシング、単一細胞ＲＮＡ配列決定（ｓｃ－ＲＮＡ ｓｅｑ）などを含み得る。
他の例では、そのような方法としては、タンパク質レベルでマーカーを分離、検出及び／又は定量する方法を含み得る。そのような方法は、当技術分野において周知であり、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質を分離、検出、及び／又は定量するアッセイの能力が、免疫学的結合剤（例えば、抗体）のような分離可能、検出可能及び／又は定量可能な結合剤とペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質の間の特異的結合によって付与される免疫アッセイ方法が含まれる。免疫アッセイ法には、限定されるものではないが、免疫組織化学、免疫蛍光、免疫細胞化学、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、蛍光顕微鏡、マイクロ流体システムを用いる蛍光に基づく細胞選別、アフィニティークロマトグラフィーなどの免疫アフィニティー吸着に基づく技術、磁性粒子分離、磁気活性化細胞選別又はマイクロ流体システムを用いるビーズに基づく細胞選別、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及びＥＬＩＳＰＯＴに基づく技術、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、ウエスタンブロットなどが含まれる。
他の例では、そのような方法は、クロマトグラフィー法を含み得る。「クロマトグラフィー」という用語は、化学的又は生物学的物質、例えば、好ましくはペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質などのマーカーなどの物質を分離するための方法を包含し、そのように言及され、当技術分野で膨大に利用可能である。好ましいアプローチでは、クロマトグラフィーは、液体又は気体（「移動相」）の移動流によって運ばれる物質（分析物）の混合物が、固定液体又は固体相（「固定相」）の周囲又は上を流れる際に、前記移動相と前記固定相の間で、分析物が差次的分布をする結果として、成分に分離する方法を指す。固定相は、通常、微粉砕された固体、濾材シート、又は固体表面上の液体の薄膜などであり得る。又、クロマトグラフィーは、例えば、アミノ酸、タンパク質、タンパク質又はペプチドの断片などの生体由来の化学化合物の分離にも広く適用可能である。
クロマトグラフィーは、好ましくはカラム式（即ち、固定相がカラムに堆積又は充填されている）、好ましくは液体クロマトグラフィー、更に好ましくはＨＰＬＣであり得る。クロマトグラフィーの詳細は当技術分野で周知であるが、更なる指針としては、例えば、Ｍｅｙｅｒ Ｍ．， １９９８， ＩＳＢＮ： ０４７１９８３７３Ｘ、及び「Ｐｒａｃｔｉｃａｌ ＨＰＬＣ Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」， Ｂｉｄｌｉｎｇｍｅｙｅｒ， Ｂ． Ａ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ．， １９９３を参照のこと。クロマトグラフィーの例示的なタイプとしては、限定されるものではないが、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、順相ＨＰＬＣ（ＮＰ－ＨＰＬＣ）、逆相ＨＰＬＣ（ＲＰ－ＨＰＬＣ）、イオン交換クロマトグラフィー（ＩＥＣ）、例えばカチオン又はアニオン交換クロマトグラフィー、親水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＬＩＣ）、疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）、ゲル濾過クロマトグラフィー若しくはゲル浸透クロマトグラフィーを含むサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）、クロマトフォーカシング、イムノアフィニティーなどのアフィニティークロマトグラフィー、固定化金属アフィニティークロマトグラフィーなどが含まれる。
好ましくはペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質などのマーカーを分離、検出及び／又は定量するための更なる技術を、任意に上記の分析方法のいずれかと組み合わせて使用することができる。そのような方法としては、限定されるものではないが、化学抽出分配、キャピラリー等速度電気泳動（ＣＩＥＦ）を含む等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリーイソタコフォレーシス（ＣＩＴＰ）、キャピラリーエレクトロクロマトグラフィー（ＣＥＣ）など、一次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）、二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動（２Ｄ－ＰＡＧＥ）、キャピラリーゲル電気泳動（ＣＧＥ）、キャピラリーゾーン電気泳動（ＣＺＥ）、ミセル動電クロマトグラフィー（ＭＥＫＣ）、フリーフロー電気泳動（ＦＦＥ）などが含まれる。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、前記対象から得られた生体サンプルにおいてＦＡＴ１機能が低下又は消失しているかどうかを決定することを含む。
「生物学的機能」又は「機能」という用語は、本明細書で使用する場合、広義に解釈されるべきであり、一般に、任意のレベル（例えば、分子、細胞及び／又は生理学）における標的の生物学的機能の任意の１以上の側面、例えば、限定されるものではないが、（例えば、細胞、細胞集団、組織、器官又は生物中又は上の、例えば、対象からの生体サンプル中の）その生化学活性、シグナル活性、相互作用活性、受容体活性又は構造活性の任意の１以上の側面を包含し得る。
本発明者らは、ハイブリッドＥＭＴ状態の獲得を促進するＦａｔ１欠失を見出した。更に、本発明者らは、Ｆａｔ１突然変異体におけるハイブリッドＥＭＴシグネチャーが、がん細胞における間葉系及び上皮系の転写プログラムの共発現をそれぞれ調節するＹＡＰ１及びＳｏｘ２の活性化により媒介されることを見出した。更に、本発明者らは、Ｆａｔ１欠損はＣＡＭＫ２を活性化し、ＳＲＣ／ＹＥＳ及びＣＤ４４のリン酸化を誘導し、ＹＡＰの核移行及びＺＥＢ１発現を含むＥＭＴプログラムの誘導を促進することを見出した。又、ＣＡＭＫ２の活性化は、ＥＺＨ２のＴｈｒ４８７でのリン酸化をもたらし、その活性を抑制し、ＳＯＸ２調節領域でのクロマチン抑制マークの減少につながり、ＳＯＸ２の上方調節に至り、上皮系プログラムの発現を持続させる。更に、ＦＡＴ１欠失は、ＥＧＦＲ／ＭＥＫ経路の活性化も低下させる。
例として、限定されるものではないが、ＦＡＴ１機能の低下又は消失は、ＹＡＰ１又はＳＯＸ９の発現を決定することにより、又はＣＡＭＫ２若しくはＥＧＦＲ／ＭＥＫ経路の活性化を決定することにより決定され得る。遺伝子産物の発現レベルを決定するための方法は、本明細書の他所に記載されている。ＣＡＭＫ２の活性化を決定するための方法は当技術分野で知られており、ウエスタンブロット又はフローサイトメトリーによってＣＡＭＫ２又はその標的、例えばＳＲＣ又はＣＤ４４のリン酸化を決定することを含む。発現レベルを決定するための方法は、本明細書の他所に記載されている。ＥＧＦＲ／ＭＥＫ経路の活性化を決定するための方法は当技術分野で知られており、ウエスタンブロットによってＥＧＦＲ又はＭＥＫのリン酸化を決定することを含む。
更なる例では、本明細書で議論されるようなＦＡＴ１状態を決定するための方法の任意の組合せが採用され得る。当業者は、ＦＡＴ１状態を決定するための方法が、特に、マーカーの種類（例えば、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、又は核酸）、被検物の種類（例えば、細胞、細胞集団、組織、器官、又は生物、例えば、対象の生体サンプルの種類、例えば、全血、組織生検）、被検物におけるマーカーの予想される存在量、マーカーを検出するために用いられる検出方法の種類、堅牢性、過敏性及び／又は特異性などによって異なる場合があり、マーカーは被検物において直接測定してもよいし、又は被検物にマーカーの適切な測定を達成することを目的とした１以上の処理工程を行えばよいことを理解するであろう。
特定の実施形態では、遺伝的変化又はエピジェネティック変化又はＦＡＴ１の発現若しくは機能の有無は、核酸分析、免疫アッセイ、機能アッセイ、及びこれらの組合せからなる群から選択される技術を用いて決定される。
特定の実施形態では、前述の方法及び技術は、ＦＡＴ１遺伝子又はＦＡＴ１遺伝子産物（例えば、ＦＡＴ１ ｍＲＮＡ又はＦＡＴ１タンパク質）に結合するなど、ＦＡＴ１に特異的に結合し得る薬剤を採用することができる。
結合剤は、様々な形態、例えば、凍結乾燥、溶液中での遊離、又は固相への固定化であり得る。それらは、例えば、マルチウェルプレートに、又はアレイ若しくはマイクロアレイとして提供されてもよく、又はそれらは別々に、個別に、又は組み合わせてパッケージングされてもよい。
本明細書を通じて意図されるような結合剤は、特に、抗体、抗体フラグメント、抗体様タンパク質足場、アプタマー、シュピーゲルマー（L－アプタマー）、フォトアプタマー、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、オリゴヌクレオチド（例えば、ハイブリダイゼーションプローブ又は増幅若しくはシークエンシングプライマー及びプライマー対）などの核酸、低分子又はこれらの組合せを含み得る。
「特異的に結合する」という用語は、本明細書で使用する場合、薬剤（本明細書では「結合剤」又は「特異的結合剤」とも表記する）が、ランダム又は無関係な他の分子を実質的に排除し、任意に構造的に関連する他の分子を実質的に排除して１以上の目的の分子又は分析物（例えば、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質又は核酸）に結合することを意味している。「特異的に結合する」という用語は、薬剤がその意図する標的に排他的に結合することを必ずしも必要としない。例えば、ある薬剤は、結合の条件下でそのような意図する標的に対する親和性が非標的分子、例えば、適切な対照分子（例えば、ウシ血清アルブミン、カゼイン）に対する親和性の少なくとも約２倍、好ましくは少なくとも約５倍、より好ましくは少なくとも約１０倍、更により好ましくは少なくとも約２５倍、一層より好ましくは少なくとも約５０倍、更により好ましくは少なくとも約１００倍、又は少なくとも約１０００倍、又は少なくとも約１０4倍、又は少なくとも約１０5倍、又は少なくとも約１０6倍又はそれを超える倍率であれば、目的の標的と特異的に結合すると言える。
好ましくは、特異的結合剤は、このような結合の親和性定数（ＫA）がＫA≧１×１０6Ｍ-1、より好ましくはＫA≧１×１０7Ｍ-1、なおより好ましくはＫA≧１×１０8Ｍ-1、更により好ましくはＫA≧１×１０9Ｍ-1、一層より好ましくはＫA≧１×１０10Ｍ-1又はＫA≧１×１０11Ｍ-1又はＫA≧１×１０12Ｍ-1であるその意図する標的に結合し得る（ここで、ＫA＝［ＳＢＡ＿Ｔ］／［ＳＢＡ］［Ｔ］、ＳＢＡは特異的結合剤を表し、Ｔは意図する標的を表す）。ＫAの決定は、例えば、平衡透析及びスキャッチャードプロット分析の使用などの当技術分野で公知の方法によって行うことができる。
ヒトＦＡＴ１タンパク質のレベルを決定するために適切な抗体は当技術分野で公知であり、カタログ番号ＨＰＡ０２３８８２で特定されるＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈのウサギで生産された抗ＦＡＴ１抗体、カタログ番号ａｂ１９０２４２で特定されるａｂｃａｍの抗ＦＡＴ／ＦＡＴ１抗体、及びカタログ番号＃Ａ３０４－４０３Ａで特定されるＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃのＦＡＴ１抗体（Ａ３０４－４０３Ａ）が含まれる。
本明細書で使用する場合、「抗体」という用語は最も広い意味で使用され、一般に、任意の免疫学的結合剤を指す。この用語は、具体的には、無傷のモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも２つの無傷の抗体から形成される多価（例えば、２価、３価又はそれを超える価数）及び／又は多重特異性抗体（例えば、二重特異性以上の抗体）、並びに所望の生物活性（特に、目的の抗原と特異的に結合する能力、即ち、抗原結合断片）を示す限り、抗体断片、並びにこのような断片の多価及び／又は多重特異性複合体を包含する。「抗体」という用語は、免疫化を含む方法によって生成された抗体だけでなく、任意のポリペプチド、例えば、目的の抗原上のエピトープに特異的に結合することができる少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を包含するように作製された組換え発現ポリペプチドも含む。従って、この用語は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏのいずれで製造されたかにかかわらず、このような分子に適用される。
抗体は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭクラス、好ましくはＩｇＧクラスの抗体のいずれであってもよい。抗体は、ポリクローナル抗体、例えば、抗血清又はそれから精製（例えば、アフィニティー精製）された免疫グロブリンであってもよい。抗体は、モノクローナル抗体又はモノクローナル抗体の混合物であってもよい。モノクローナル抗体は、より高い選択性と再現性で、特定の抗原又は抗原内の特定のエピトープを標的とすることができる。例として、限定されるものではないが、モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， １９７５（Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５）により最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されてもよいし、又は組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号のように）により作製されてもよい。モノクローナル抗体は又、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， １９９１（Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４－６２８）及びＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．， １９９１（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２２：５８１－５９７）によって記載されるような技術を用いてファージ抗体ライブラリーから単離されてもよい。
抗体結合剤は、抗体断片であってもよい。「抗体断片」は、その抗原結合領域又は可変領域を含む、無傷の抗体の一部を含む。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ及びｓｃＦｖ断片、単一ドメイン（ｓｄ）Ｆｖ（ＶＨドメイン、ＶＬドメイン及びＶＨＨドメインなど）、ダイアボディ、線状抗体、単鎖抗体分子、特に、重鎖抗体、並びに抗体断片から形成される多価及び／又は多重特異性抗体、例えば、ジボディ、トリボディ及びマルチボディが挙げられる。上記のＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖなどの呼称は、それらの技術的に確立された意味を有することが意図される。
抗体という用語は、任意の動物種、好ましくは脊椎動物種（例えば鳥類及び哺乳類を含む）に起源する、又は前記のものに由来する１以上の部分を含む抗体を含む。限定されるものではないが、抗体は、ニワトリ、シチメンチョウ、ガチョウ、アヒル、ホロホロチョウ、ウズラ又はキジであり得る。又、限定されるものではないが、抗体は、ヒト、ネズミ（例えば、マウス、ラットなど）、ロバ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、モルモット、ラクダ（例えば、フタコブラクダ（Ｃａｍｅｌｕｓ ｂａｃｔｒｉａｎｕｓ）及びヒトコブラクダ（Ｃａｍｅｌｕｓ ｄｒｏｍａｄｅｒｉｕｓ））、ラマ（例えば、アルパカ（Ｌａｍａ ｐａｃｃｏｓ）、ラマ（Ｌａｍａ ｇｌａｍａ）若しくはビクーニャ（Ｌａｍａ ｖｉｃｕｇｎａ））又はウマであり得る。
特定の実施形態では、薬剤はナノボディ（登録商標）であってもよい。「ナノボディ（登録商標）という用語は、Ａｂｌｙｎｘ ＮＶ（ベルギー）の商標である。「抗体様タンパク質足場」又は「工学的タンパク質足場」という用語は、典型的にはコンビナトリアル工学（ファージディスプレイ又は他の分子選択技術と組み合わせた部位特異的ランダム変異誘発など）によって得られる、タンパク質性非免疫グロブリン特異的結合剤を広く包含する。通常、このような足場は、堅牢で小さな可溶性単量体タンパク質（クニッツ阻害剤若しくはリポカリンなど）又は細胞表面受容体（プロテインＡ、フィブロネクチン若しくはアンキリンリピートなど）の安定に折り畳まれた膜外ドメインに由来する。
「アプタマー」という用語は、ペプチドなどの標的分子に特異的に結合する一本鎖又は二本鎖のオリゴＤＮＡ、オリゴＲＮＡ、又はオリゴＤＮＡ／ＲＮＡ又はその類縁体を指す。有利には、アプタマーは、それらの標的に対してかなり高い特異性及び親和性（例えば、１×１０9Ｍ-1の桁のＫA）を示す。アプタマーの製造は、特に、参照により本明細書の一部として援用される米国特許第５，２７０，１６３号；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ ＆ Ｓｚｏｓｔａｋ １９９０ （Ｎａｔｕｒｅ ３４６： ８１８－８２２）；Ｔｕｅｒｋ ＆ Ｇｏｌｄ １９９０ （Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９： ５０５－５１０）；又は「Ｔｈｅ Ａｐｔａｍｅｒ Ｈａｎｄｂｏｏｋ：Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」， Ｋｌｕｓｓｍａｎｎ編， Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ ２００６， ＩＳＢＮ ３５２７３１０５９２に記載されている。「フォトアプタマー」という用語は、標的分子と共有結合又は架橋することができる１以上の光反応性官能基を含むアプタマーを指す。「スピーゲルマー」という用語は、Ｌ－ＤＮＡ、Ｌ－ＲＮＡ、又は他の左巻きヌクレオチド誘導体若しくはヌクレオチド様分子を含むアプタマーを指す。左巻きヌクレオチドを含むアプタマーは、通常、右巻きヌクレオチドを含む基質に作用する天然由来の酵素による分解に対して抵抗性がある。「ペプチド模倣物」という用語は、対応するペプチドのトポロジカルアナログである非ペプチド性の薬剤を指す。ペプチドのペプチド模倣物を合理的に設計する方法は、当該技術分野で周知である。例えば、硫酸化８マーペプチドＣＣＫ２６－３３に基づく３つのペプチド模倣物、及び１１マーペプチドであるサブスタンスＰに基づく２つのペプチド模倣物の合理的設計と、関連するペプチド模倣物設計原理は、Ｈｏｒｗｅｌｌ １９９５ （Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １３： １３２－１３４）に記載されている。
「オリゴヌクレオチド」という用語は，本明細書で使用する場合、本明細書で定義されるような核酸（核酸類似体及び模倣物を含む）オリゴマー又はポリマーを指す。好ましくは、オリゴヌクレオチド、例えば、より詳しくは、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、（実質的に）一本鎖である。ここで意図されるようなオリゴヌクレオチドは、好ましくは約１０～約１００ヌクレオシド単位（即ち、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体）、好ましくは約１５～約５０、より好ましくは約２０～約４０、又好ましくは約２０～約３０の長さであり得る。ここで意図されるようなオリゴヌクレオチドは、１以上の又は全ての非天然複素環式塩基及び／又は１以上の又は全ての非天然糖基及び／又は１以上の又は全ての非天然ヌクレオシド間結合を含んでよく、この包含により、例えば、ヌクレアーゼの存在下での安定性の増大及びハイブリダイゼーション親和性の増大、ミスマッチに対する忍容性の増大などの特性が向上し得る。
オリゴヌクレオチド結合剤などの核酸結合剤は一般に、目的の標的核酸に対して少なくとも部分的にアンチセンスである。「アンチセンス」という用語は、一般に、例えば、標的ＤＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡなどの標的核酸中の所与の配列と特異的にアニーリング（ハイブリダイズ）するように構成された薬剤（例えば、オリゴヌクレオチド）を指し、一般に、前記標的核酸配列と相補的又は実質的に相補的である核酸配列を含むか、から本質的になるか、又はからなる。ハイブリダイゼーションプローブ又は増幅若しくはシークエンシングプライマー及びプライマー対）などの本明細書における使用に適切なアンチセンス薬剤は、一般に、高ストリンジェンシー条件で各標的核酸配列とアニーリング（ハイブリダイズ）することができ、且つ、生理学的条件下で標的と特異的にハイブリダイズすることができる。「相補的な」又は「相補性」という用語は、本明細書を通じて核酸に関して使用される場合、塩（イオン強度）及び温度の許容条件下での一本鎖核酸の、塩基対形成、好ましくはワトソン－クリック塩基対形成による通常の結合を指す。例として、相補的ワトソン－クリック塩基対形成は、ＡとＴ、ＡとＵ又はＧとＣの塩基間で起こる。例えば、配列５’－Ａ－Ｇ－Ｕ－３’は、配列５’－Ａ－Ｃ－Ｕ－３’と相補的である。
オリゴヌクレオチドという場合には、特に、限定されるものではないが、核酸検出技術において慣用されるようなハイブリダイゼーションプローブ及び／又は増幅プライマー及び／又はシークエンシングプライマーなどが含まれる。
「低分子」とは、一般に医薬品に用いられる有機分子と同程度の大きさを有する化合物、好ましくは有機化合物を指す。この用語は、生体高分子（例えば、タンパク質、ペプチド、核酸など）を除外する。好ましい有機低分子の大きさは、約５０００Ｄａまで、例えば約４０００まで、好ましくは３０００Ｄａまで、より好ましくは２０００Ｄａまで、更により好ましくは約１０００Ｄａまで、例えば約９００、８００、７００、６００又は約５００Ｄａまでの範囲である。
本明細書で述べるような結合剤は、適切には、検出可能な標識を含み得る。「標識」という用語は、検出可能で好ましくは定量可能な読み出し又は特性を提供するために使用でき、結合剤などの目的の実体に付着されるか又はその一部とされてもよい任意の原子、分子、部分又は生体分子を指す。標識は、例えば、質量分析、分光学、光学、比色、磁気、光化学、生化学、免疫化学又は化学的手段によって適切に検出可能であり得る。標識には、限定されるものではないが、染料；32Ｐ、33Ｐ、35Ｓ、125Ｉ、131Ｉなどの放射性標識；高電子密度試薬；酵素（例えば、イムノアッセイで慣用されるようなホースラディッシュペルオキシダーゼ又はアルカリ性ホスファターゼ）；ビオチン－ストレプトアビジンなどの結合部分；ジゴキシゲニンなどのハプテン；発光性、リン光性又は蛍光性部分；質量タグ；及び蛍光色素単独又は蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）により発光スペクトルを抑制又はシフトさせ得る部分との組合せが含まれる。
いくつかの実施形態では、結合剤には、別の薬剤（例えば、プローブ結合相手）による検出を可能とするタグを提供してもよい。このようなタグは、例えば、ビオチン、ストレプトアビジン、ｈｉｓタグ、ｍｙｃタグ、マルトース、マルトース結合タンパク質又は結合相手を有する当技術分野で公知の任意の他のタグ種であり得る。プローブ：結合相手の配置において利用可能な会合の例は、いずれのものでもよく、例えば、ビオチン：ストレプトアビジン、ｈｉｓタグ：金属イオン（例えば、Ｎｉ2+）、マルトース：マルトース結合タンパク質などが挙げられる。
マーカー－結合剤コンジュゲートは、検出を促進するために検出剤と会合させるか、又は結合させることができる。検出薬剤の例としては、限定されるものではないが、発光標識；色素などの比色定量標識；蛍光標識；又は電気活性剤（例えば、フェロシアン化物）などの化学標識；酵素；放射性標識；又は高周波標識が挙げられる。検出剤は、粒子であってもよい。そのような粒子の例として、限定されるものではないが、コロイド金粒子；コロイド硫黄粒子；コロイドセレン粒子；コロイド硫酸バリウム粒子；コロイド硫酸鉄粒子；ヨウ素酸金属粒子；ハロゲン化銀粒子；シリカ粒子；コロイド金属（含水）酸化物粒子；コロイド金属硫化物粒子；コロイドセレン化鉛粒子；コロイドセレン化カドミウム粒子；コロイド金属リン酸塩粒子；コロイド金属フェライト粒子；有機又は無機層でコーティングされた上記のコロイド粒子のいずれか；タンパク質若しくはペプチド分子；リポソーム；又はポリスチレンラテックスビーズなどの有機ポリマーラテックス粒子が挙げられる。好ましい粒子は、コロイド金粒子であり得る。
新生物疾患と診断された対象の生体サンプルにおけるＦＡＴ１の状態は、参照値と比較して決定することができる。例えば、対象の生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失は、ＦＡＴ１の発現又は機能の相対量、即ち、参照サンプル、例えば、同一対象又は１以上の無関係な対象からの、非疾患組織、例えば、新生物細胞が由来する組織と同じ種類の非疾患組織におけるＦＡＴ１の発現又は機能の量と比較した対象の生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現又は機能の量を指し得る。
ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながる遺伝的変化の存在は、血液又は唾液などの対象の健康な（非新生物性の）組織に存在するＦＡＴ１遺伝子配列を参照して決定することができる。更に、多くのがん関連ＦＡＴ１突然変異が以前に文書化されており、多くのＦＡＴ１突然変異の効果（ＬＯＦ効果など）は、突然変異の性質に基づいて確実性をもって予測することができるので、特定の状況では、突然変異が配列決定などによって簡単に検出できる場合には、参照によりまとめて処理され、ＦＡＴ１に対する予想効果を有すると「呼ばれる」場合がある。
ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は消失につながるエピジェネティック変化については、健常組織、例えば、ａ）罹患対象の病態に罹患している組織と同じ組織種の健常対象由来の組織、又はｂ）罹患組織と同じ組織種であるがその病態には罹患していない罹患対象由来の組織、におけるエピジェネティック状態によって参照を構成することができる。
ＦＡＴ１の発現又はＦＡＴ１の機能については、参照値は、健常組織、例えば、ａ）罹患対象の病態に罹患している組織と同じ組織種の健常対象由来の組織、又はｂ）罹患組織と同じ組織種であるがその病態には罹患していない罹患対象由来の組織、におけるＦＡＴ１の発現又は機能に相当すると考えられる。
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的若しくはエピジェネティック変化に関する、又はＦＡＴ１の発現若しくはＦＡＴ１の機能に関する参照値は又、抗新生物薬による治療に対して感受性又は抵抗性を有する１人以上の参照対象を表す場合もある。
参照値は、既に上記で示したように、既知の手順に従って確立することができる。例えば、参照値は、新生物疾患に罹患している同じ対象の非新生物細胞において確立することができ、非新生物細胞は、新生物細胞が由来する細胞と同じ細胞種であり、例えば、新生物組織は、同じ種類の非新生物組織を参照して分析される。参照値は又、基準対象若しくは個体、又は個体集団、例えば、健常対象若しくは個体、又は健常個体の集団に由来する組織において確立することもできる。このような集団は、限定されるものではないが、２以上、１０以上、１００以上、又は数百以上の個体を含み得る。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、
新生物疾患に罹患している組織の生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化の有無を決定すること、前記の決定は、前記対象から得られた新生物疾患に罹患していない生体サンプルを参照して、若しくはＦＡＴ１野生型配列を参照してなされる、又は
新生物疾患に罹患している組織の生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながるエピジェネティック変化の有無を決定すること、前記の決定は、前記対象から得られた、罹患組織と同じ組織種であるが新生物疾患に罹患していない生体サンプルを参照してなされる、又は
新生物疾患に罹患している組織の生体サンプルにおいてＦＡＴ１発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること、前記の決定は、前記対象から得られた、罹患組織と同じ組織種であるが新生物疾患に罹患していない生体サンプルを参照してなされる
を含む。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、
前記新生物疾患を有すると診断された前記対象から得られた、新生物疾患に罹患している組織の生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化の有無を決定すること、前記の決定は、１以上の健常対象から得られた生体サンプルを参照して、若しくはＦＡＴ１野生型配列を参照してなされる、又は
前記新生物疾患を有すると診断された前記対象から得られた、新生物疾患に罹患している組織の生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながるエピジェネティック変化の有無を決定すること、前記の決定は、新生物疾患に罹患している組織と同じ組織種である１以上の健常対象から得られた生体サンプルを参照してなされる、又は
前記新生物疾患を有すると診断された前記対象から得られた、新生物疾患に罹患している組織の生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること、前記の決定は、新生物疾患に罹患している組織と同じ組織種である１以上の健常対象から得られた生体サンプルを参照してなされる
を含む。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法は、
（ａ）対象から得られた生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現又は機能を決定すること；
（ｂ）（ａ）で決定されるようなＦＡＴ１の発現又は機能を同じ種類の健常組織におけるＦＡＴ１の発現又は機能を表す参照値と比較すること；
（ｃ）（ａ）で前記参照値から決定されるようなＦＡＴ１の発現又は機能の偏差の有無を判定すること；
（ｄ）前記の偏差の有無の判定を、対象における抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性の特定の決定に帰結されること
を含む。
健常組織とは、例えば、ａ）罹患対象の病態に罹患している組織と同じ組織種である健常対象の組織、又はｂ）罹患した組織と同じ組織種であるがその病態に罹患していない罹患対象の組織のいずれであってもよい。
このような比較は、一般に、比較される値間の少なくとも１つの差又は偏差の有無、及び任意にその差又は偏差の大きさを決定するための任意の手段を含み得る。比較は、目視検査、測定値の算術的又は統計的比較を含み得る。このような統計的比較には、限定されるものではないが、規則の適用が含まれる。
第１の値の第２の値からの「偏差」は、一般に、任意の方向（例えば、減少：第１の値＞第２の値；又は増加：第１の値＜第２の値）及び任意の程度の変化を包含し得る。
見られる偏差は、対象から得られた生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現又は機能の、参照値と比較した低下であってもよい。例えば、偏差又は低下は、ＦＡＴ１の発現又は機能の第１の値の、比較が行われるＦＡＴ１の発現又は機能の第２の値と比較した、限定されるものではないが、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、例えば少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、例えば少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、例えば少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、例えば少なくとも約９５％、例えば少なくとも約９６％、９７％、９８％、９９％又は更には１００％、好ましくは少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、更により好ましくは少なくとも約９０％の低下を包含し得る。
好ましくは、偏差又は減少は、ＦＡＴ１の発現又は機能において観察された統計的に有意な変化又は減少を指し得る。例えば、偏差又は減少は、所与の集団の参照値の誤差限界（例えば、標準偏差若しくは標準誤差、又は所定のその倍数、例えば±１×ＳＤ又は±２×ＳＤ又は±３×ＳＤ、又は±１×ＳＥ又は±２×ＳＥ又は±３×ＳＥで表される）の外側にある観察された変化又は減少を指す場合もある。偏差又は減少は、所与の集団の値により定義される参照範囲の外側（例えば、前記集団の値の４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、７５％以上又は８０％以上又は８５％以上又は９０％以上又は９５％以上又は更には１００％以上を含む範囲の外側）にある値を指す場合もある。
鋭意研究により、本発明者らは、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は完全な喪失を示す対象は、ＥＧＦＲ阻害剤及び／又はＭＥＫ阻害剤による治療に対して耐性があり、一方、ＦＡＴ１の発現又は機能の低下又は完全な喪失を示す対象は、ＣＡＭＫ阻害剤及び／又はＳＲＣキナーゼ阻害剤による治療に対して感受性があることを見出した。
従って、特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１発現若しくは機能の低下若しくは消失の決定
は、前記対象が前記抗新生物薬による治療に対して耐性（又は非応答性若しくは非過敏性）であることを示す。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の不変若しくは増加の決定
は、前記対象が前記抗新生物薬による治療に対して感受性(sensitive)（又は応答性若しくは感受性(susceptible)）であることを示す。
前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である本明細書に教示されるような方法の特定の実施形態では、参照値は、健常組織におけるＦＡＴ１の発現又は機能を表し、
（ｉ）（ａ）で決定されるようなＦＡＴ１の発現若しくは機能が参照値と比較して低下若しくは消失していれば、その対象がその抗新生物薬による治療に耐性があることを示し、又は
（ｉｉ）（ａ）で決定されるようなＦＡＴ１の発現若しくは機能が参照値と比較して同等若しくは増加していれば、その対象はその抗新生物薬による治療に感受性があることを示す。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失の決定
は、前記対象が前記抗新生物薬による治療に対して感受性(sensitive)（又は応答性若しくは感受性(susceptible））であることを示す。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の不変若しくは増加の決定
は、前記対象が前記抗新生物薬による治療に対して耐性（又は非応答性若しくは非過敏性）であることを示す。
前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である本明細書に教示されるような方法の特定の実施形態では、参照値は、健常組織におけるＦＡＴ１の発現又は機能を表し、
（ｉ）（ａ）で決定されるようなＦＡＴ１の発現若しくは機能が参照値と比較して低下若しくは消失していれば、その対象がその抗新生物薬による治療に感受性があることを示し、又は
（ｉｉ）（ａ）で決定されるようなＦＡＴ１の発現若しくは機能が参照値と比較して同等又は増加していれば、その対象がその抗新生物薬による治療に耐性があることを示す。
「抗新生物薬」は、本明細書で使用する場合、新生物疾患の１以上の症状又は測定可能なマーカーを緩和又は測定可能に減少させることができる物質又は組成物を指す。本明細書で使用する場合、「薬剤」という用語は、広く、任意の化学物質（例えば、無機又は有機）、生化学又は生物学的物質、分子又は高分子（例えば、生体高分子）、これらの組合せ又は混合物、未確定の組成のサンプル、又は細菌、真菌、植物、若しくは動物の細胞若しくは組織などの生体材料から構成される抽出物を指す。非限定的であるが好ましい「薬剤」には、核酸、オリゴヌクレオチド、リボザイム、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、ペプチド模倣物、抗体、抗体断片、抗体様タンパク質足場、アプタマー、フォトアプタマー、シュピーゲルマー、化学物質、好ましくは有機分子、より好ましくは有機低分子、脂質、炭水化物、多糖など及びこれらの任意の組合せが含まれる。文脈によっては、「薬剤」という用語は、疾患の治療、治癒、予防、又は診断に有用な、又は使用される「治療薬」又は「薬物」を示す場合がある。
「阻害剤」、「阻害する」、又は「阻害すること」という用語は、本明細書で使用する場合、「低下させる」、「減少させる」、「減らす」、「妨害する」、「破壊する」、又は「障害する」などの用語と同義であることが意図され、妨害されているＥＧＦＲ、ＭＥＫファミリーキナーゼのメンバー、ＣＡＭＫファミリーキナーゼのメンバー又はＳＲＣファミリーキナーゼのメンバーなどのタンパク質の発現及び／又は機能の質的又は量的低下を表す。この用語は、そのような妨害の任意の程度を包含する。例えば、妨害は、前記妨害のない参照状態と比較して、少なくとも約２５％、例えば少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、例えば少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、例えば、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、例えば、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、例えば、少なくとも約９５％、例えば、少なくとも約９６％、９７％、９８％、９９％、又は更には１００％の低下（特に、統計的に有意な低下）を包含し得る。ＥＧＦＲ、ＭＥＫファミリーキナーゼのメンバー、ＣＡＭＫファミリーキナーゼのメンバー又はＳＲＣファミリーキナーゼのメンバーなどのタンパク質の発現及び／又は機能の低下は、本明細書の他所に記載されるように決定され得る。例として限定されるものではないが、ＥＧＦＲ、ＭＥＫファミリーキナーゼのメンバー、ＣＡＭＫファミリーキナーゼのメンバー又はＳＲＣファミリーキナーゼのメンバーなどのタンパク質の機能という場合には、特に、本明細書の他所に記載されているようなポリペプチドのタンパク質キナーゼ活性を表し得る。
特定の実施形態では、本明細書に開示されるような阻害剤は、化学物質、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、抗体、抗体断片、抗体様タンパク質足場、アプタマー、フォトアプタマー、シュピーゲルマー、ペプチド模倣物、遺伝子編集システム、核酸（ｓｉＲＮＡ及びｓｈＲＮＡを含む）、及びこれらの組合せを含むか、又はからなる群から選択される。このようなクラスの物質の構造については、本明細書の他所で既に述べた通りである。
特定の実施形態では、阻害剤は、タンパク質キナーゼ阻害剤である。
「タンパク質キナーゼ阻害剤」という用語は、本明細書で使用する場合、タンパク質キナーゼの酵素活性をベースラインのタンパク質キナーゼ活性に比べて例えば少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、例えば９６％、９７％又は９８％、又は少なくとも９９％、最大１００％（１００％の低下を含む）低下させ得る薬剤を指す。タンパク質キナーゼは、タンパク質をオン又はオフにし、従って、その活性及び機能レベルに影響を及ぼし得るリン酸化と呼ばれる過程で１以上のリン酸基を化学的に付加することにより、他のタンパク質を修飾することができるキナーゼ酵素である。従って、キナーゼ阻害剤は、１以上の標的タンパク質のリン酸化を低下又は排除することができる。タンパク質キナーゼ活性を決定するための方法及び手段は当技術分野で公知であり、リン酸化生成物の形成を検出することに基づくアッセイ、又は使用されたＡＴＰ（リン酸供与体）若しくは形成されたＡＤＰの量を測定することに基づくアッセイが含まれる。
ＥＧＦＲは、ＥｒｂＢ－１又はヒトＥＧＦＲ関連（ＨＥＲ）１としても知られ、チロシンキナーゼ受容体のＥｒｂＢファミリーのメンバーである膜貫通タンパク質である。ＥＧＦＲの異常な活性化は、腫瘍の成長及び進行に関連し、ＥＧＦＲシグナル伝達の遮断は、ＥＧＦＲ発現腫瘍の成長を妨げることができる。
特定の実施形態では、ＥＧＦＲは、ヒトＥＧＦＲである。例示的なヒトＥＧＦＲタンパク質配列は、米国政府の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）Ｇｅｎｂａｎｋ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)受託番号ＮＰ＿００５２１９．２（アイソフォームａ前駆体）、又はＳｗｉｓｓｐｒｏｔ／Ｕｎｉｐｒｏｔ(http://www.uniprot.org/)受託番号Ｐ００５３３．２として注釈された通りであり得る。例示的なヒトＥＧＦＲ ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）配列は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００５２２８．５（転写変異体１）として注釈された通りであり得る。
ＥＧＦＲ阻害剤の限定されない例としては、アファチニブ（例えば、ジオトリフ（商標））、ラパチニブ（例えば、タイケルブ（商標）又はタイバーブ（商標））、ネラチニブ（例えば、ネルリンクス（商標））、ゲフィチニブ（イレッサ（商標））、エルロチニブ（タルセバ（商標））、セツキシマブ（エルビタックス（商標））、オシメルチニブ（タグリッソ（商標））、パニツムマブ（ベクチビックス（商標））、ネラチニブ（ネルリンクス（商標））、バンデタニブ（カプレルサ（商標））、ネシツムマブ（ポートラーザ（商標））、ダコミチニブ（ビジンプロ（商標））、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）である。ＴＫＩは、ＥＧＦＲのＴＫドメインに結合し、ＥＧＦＲの活性を停止させることができる。ＥＧＦＲ ＴＫＩの限定されない例としては、アファチニブ（例えば、ジオトリフ（商標））、ラパチニブ（例えば、タイケルブ（商標）又はタイバーブ（商標））、ネラチニブ（例えば、ネルリンクス（商標））、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲの酵素活性をベースラインＥＧＦＲ酵素活性に比べて少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、例えば９６％、９７％又は９８％、又は少なくとも９９％、最大１００％（１００％の低下を含む）低下させる。ＥＧＦＲ酵素活性を測定するための方法は当技術分野で公知であり、ＥＧＦＲキナーゼ活性アッセイ、例えば、カタログ番号Ｖ３８３１のＰｒｏｍｅｇａのＥＧＦＲキナーゼ酵素システムが挙げられる。
特定の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、モノクローナル抗体である。ＥＧＦＲを標的とするモノクローナル抗体はＥＧＦＲの細胞外成分に結合し、ＥＧＦがＥＧＦＲに結合しないようにすることができ、それにより、細胞分裂を妨げる。ＥＧＦＲを阻害するモノクローナル抗体(monoclonal antobidies)の限定されない例としては、セツキシマブ（エルビタックス（商標））、パニツムマブ（ベクチビックス（商標））、ネシツムマブ（ポートラーザ（商標））、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ＥＧＦＲキナーゼとヒト上皮細胞増殖因子受容体２（ＨＥＲ２）／ｎｅｕキナーゼの両方を阻害する。ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２／ｎｅｕの両方を阻害する阻害剤の限定されない例としては、アファチニブ、ラパチニブ及びネラチニブが挙げられる。
特定の実施形態では、前記ＥＧＦＲ阻害剤は、アファチニブである。
ＭＥＫ又はマイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼは、トレオニン及びチロシン残基のリン酸化によって細胞外シグナル調節キナーゼを活性化する二重特異性トレオニン／チロシンキナーゼのファミリーである。ＭＥＫ１及びＭＥＫ２は、ＭＥＫファミリータンパク質の原型メンバーである。
特定の実施形態では、ＭＥＫ１は、ヒトＭＥＫ１である。例示的なヒトＭＥＫ１タンパク質配列は、米国政府の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）Ｇｅｎｂａｎｋ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)受託番号ＮＰ＿００２７４６．１、又はＳｗｉｓｓｐｒｏｔ／Ｕｎｉｐｒｏｔ(http://www.uniprot.org/)受託番号Ｑ０２７５０．２として注釈された通りであり得る。例示的なヒトＭＥＫ１ ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）配列は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００２７５５．４として注釈された通りであり得る。
特定の実施形態では、ＭＥＫ２は、ヒトＭＥＫ２である。例示的なヒトＭＥＫ２タンパク質配列は、米国政府の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）Ｇｅｎｂａｎｋ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)受託番号ＮＰ＿１０９５８７．１、又はＳｗｉｓｓｐｒｏｔ／Ｕｎｉｐｒｏｔ(http://www.uniprot.org/)受託番号Ｐ３６５０７．１として注釈された通りであり得る。例示的なヒトＭＥＫ２ ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）配列は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０３０６６２．４として注釈された通りであり得る。
ＭＥＫ阻害剤の限定されない例としては、トラメチニブ（メキニスト（商標））、セルメチニブ（コセルゴ（商標））、コビメチニブ（コテリック（商標））、レファメチニブ、ピマセルチブ、ＰＤ０３２５９０１、ＭＥＫ１６２、ＡＺＤ８３３０、ＲＯ４９８７６５５、ＲＯ５１２６７６６、ＷＸ－５５４、Ｅ６２０１、ＧＤＣ－０６２３、ＴＡＫ－７３３、ビニメチニブ、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、ＭＥＫ阻害剤は、ＭＥＫ１を阻害するがＭＥＫ２は阻害しないＭＥＫ阻害剤、ＭＥＫ２を阻害するがＭＥＫ１は阻害しないＭＥＫ阻害剤又はＭＥＫ１とＭＥＫ２の両方を阻害するＭＥＫ阻害剤である。
特定の実施形態では、ＭＥＫ阻害剤は、ＭＥＫ１とＭＥＫ２の両方を阻害する。ＭＥＫ１とＭＥＫ２の両方を阻害するＭＥＫ阻害剤の限定されない例としては、トラメチニブ、セルメチニブ、レファメチニブ、ピマセルチブ、ＰＤ０３２５９０１、ＭＥＫ１６２、ＡＺＤ８３３０、ＲＯ４９８７６５５、ＲＯ５１２６７６６、ＷＸ－５５４、Ｅ６２０１、ＴＡＫ－７３３、ビニメチニブ、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、ＭＥＫ阻害剤は、ＭＥＫ１及びＭＥＫ２の酵素活性をベースラインのＭＥＫ１及びＭＥＫ２酵素活性に比べて少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、例えば９６％、９７％又は９８％、又は少なくとも９９％、最大１００％（１００％の低下を含む）低下させる。ＭＥＫ１及びＭＥＫ２酵素活性を測定するための方法は当技術分野で公知であり、ＭＥＫ１及びＭＥＫ２キナーゼ活性アッセイ、例えば、カタログ番号ＶＡ７２１６のＰｒｏｍｅｇａのＭＥＫ１キナーゼ酵素システムが挙げられる。
特定の実施形態では、前記ＭＥＫ阻害剤は、トラメチニブである。
ＣＡＭＫは、ＣａｍＫとしても知られ、細胞内カルシウムイオン及びカルモジュリンの濃度の上昇によって活性化されるようになるセリン／トレオニンタンパク質キナーゼである。ＣＡＭＫファミリーのメンバーには、ＣＡＭＫＩ（例えば、ＣＡＭＫＩα、ＣＡＭＫＩβ、ＣＡＭＫＩδ、ＣＡＭＫＩγ）、ＣＡＭＫＩＩ（例えば、ＣＡＭＫＩＩα、ＣＡＭＫＩＩβ、ＣＡＭＫＩＩδ、ＣＡＭＫＩＩγ）、ＣＡＭＫＩＩＩ、ＣＡＭＫＩＶ、ＣＡＭＫＶ ＣａＭキナーゼ様小胞関連、ＳＣＡＭＫ及びＣａ2+/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼキナーゼ（例えば、ＣＡＭＫＫ１又はＣＡＭＫＫ２）が含まれる。
ＣＡＭＫ阻害剤の限定されない例としては、ＫＮ－９３（即ち、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤）、ＫＮ－９３リン酸（即ち、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤）、オートカムチド－３阻害剤（ＡＣ３－Ｉ）／オートカムチド－２阻害剤タンパク質（ＡＩＰ）（即ち、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤）、ＣａＭＫＩＩＮ（即ち、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤）、ＮＨ１２５（即ち、ＣＡＭＫＩＩＩ阻害剤）、ＳＴＯ－６０９（即ち、ＣＡＭＫＫα及びＣＡＭＫＫβ阻害剤）、ＫＮ－６２（即ち、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤）、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、前記ＣＡＭＫ阻害剤は、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤である。
ＣＡＭＫＩＩには４つのアイソフォーム（α、β、γ及びδ）がある。各アイソフォームは、別の遺伝子によってコードされている。ＣＡＭＫＩＩは、８～１２の同様の相同なサブユニットがＣ末端会合ドメイン間の相互作用によって共に保持され、ピンホイール様構造に配置された複合体である。
特定の実施形態では、ＣＡＭＫＩＩはヒトＣＡＭＫＩＩである。例示的なヒトＣＡＭＫＩＩサブユニットβタンパク質配列は、米国政府の国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）Ｇｅｎｂａｎｋ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)受託番号ＮＰ＿００１２１１．３（アイソフォーム１）、又はＳｗｉｓｓｐｒｏｔ／Ｕｎｉｐｒｏｔ(http://www.uniprot.org/)受託番号Ｑ１３５５４．３として注釈された通りであり得る。例示的ヒトＣＡＭＫＩＩサブユニットβ ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）配列は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１２２０．５（転写変異体１）として注釈された通りであり得る。
特定の実施形態では、ＣＡＭＫＩＩ阻害剤は、ＣＡＭＫＩＩの酵素活性をベースラインのＣＡＭＫＩＩ 酵素活性に比べて少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、例えば９６％、９７％又は９８％、又は少なくとも９９％、最大１００％（１００％の低下を含む）低下させる。ＣＡＭＫＩＩ酵素活性を測定するための方法は当技術分野で公知であり、ＣＡＭＫＩＩキナーゼ活性測定法、例えば、カタログ番号Ｖ４０１８のＰｒｏｍｅｇａのＣＡＭＫ２αキナーゼ酵素システムが挙げられる。
ＣＡＭＫＩＩ阻害剤の限定されない例としては、ＫＮ－９３、ＫＮ－９３リン酸、オートカムチド－３阻害剤（ＡＣ３－Ｉ）／オートカムチド－２阻害剤タンパク質（ＡＩＰ）、ＣａＭＫＩＩＮ、ＫＮ－６２、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、前記ＣＡＭＫ阻害剤は、ＫＮ９３である。
キナーゼのＳｒｃファミリーは、非受容体型チロシンキナーゼのファミリーである。キナーゼのＳｒｃファミリーのメンバーには、ｃ－Ｓｒｃ、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋが含まれる。特定の実施形態では、Ｓｒｃファミリーキナーゼは、ヒトＳｒｃファミリーキナーゼであり、そのファミリーメンバーは、ヒトｃ－Ｓｒｃ、ヒトＹｅｓ、ヒトＦｙｎ、ヒトＦｇｒ、ヒトＬｃｋ、ヒトＨｃｋ、ヒトＢｌｋ、ヒトＬｙｎ及びヒトＦｒｋである。
特定の実施形態では、ＳＲＣ阻害剤は、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋからなる群から選択されるＳｒｃファミリーキナーゼのうち少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、好ましくは９つ全てのファミリーメンバーを阻害する。
特定の実施形態では、ＳＲＣ阻害剤は、ｃ－Ｓｒｃ及びｃ－Ｓｒｃ、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋからなる群から選択されるＳｒｃファミリーキナーゼのうち少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、好ましくは８つ全てを阻害する。
特定の実施形態では、ＳＲＣ阻害剤は、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋからなる群から選択されるＳｒｃファミリーキナーゼのうち少なくとも１つ、例えば少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、好ましくは８つ全てのキナーゼの酵素活性を、Ｓｒｃファミリーキナーゼの１又は複数のキナーゼのベースラインの酵素活性と比べて少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、例えば９６％、９７％又は９８％、又は少なくとも９９％、最大１００％（１００％の低下を含む）を低下させる。
ｃ－Ｓｒｃ、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋからなる群から選択されるＳｒｃファミリーキナーゼの全てを阻害するＳＲＣ阻害剤の限定されない例としては、サラカチニブ（ＡＺＤ－０５３０）、ダサチニブ、ＫＸ２－３９１及びボスチニブ（ボシュリフ（商標））、及びこれらの任意の組合せが挙げられる。
特定の実施形態では、ＳＲＣ阻害剤は、Ｓｒｃ、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋからなる群から選択されるＳｒｃファミリーキナーゼの少なくとも１つの、好ましくは全てのキナーゼを阻害し、更にＢＣＲ－ＡＢＬキナーゼも阻害する。
Ｓｒｃ、Ｙｅｓ、Ｆｙｎ、Ｆｇｒ、Ｌｃｋ、Ｈｃｋ、Ｂｌｋ、Ｌｙｎ及びＦｒｋ、及びＢＣＲ－ＡＬＢからなる群から選択されるＳｒｃファミリーキナーゼの少なくとも１つのキナーゼを阻害するＳＲＣ阻害剤の限定されない例としては、サラカチニブ（ＡＺＤ－０５３０）、ダサチニブ（Ｓｐｙｒｅｌ（商標））、ボスチニブ（ボシュリフ（商標））が挙げられる。
特定の実施形態では、前記ＳＲＣ阻害剤は、サラカチニブ又はダサチニブである。
タンパク質、ポリペプチド、又はペプチド抗新生物薬は又、非天然コードアミノ酸も含み得る。「非天然コードアミノ酸」とは、２０種の一般アミノ酸又はピロリジン、ピロリン－カルボキシ－リシン又はセレノシステインの１つでないアミノ酸を指す。この用語には、限定されるものではないが、Ｎ－アセチルグルコサミニル－Ｌ－セリン、Ｎ－アセチルグルコサミニル－Ｌ－トレオニン、及びＯ－ホスホチロシンにより例示されるような、天然コードアミノ酸の修飾（翻訳後修飾など）によって生じるが、それら自体は翻訳複合体により成長中のポリペプチド鎖に自然には組み込まれないアミノ酸も含まれるがこれに限定されるものではない。非天然コード、非天然又は修飾アミノ酸の更なる例としては、２－アミノアジピン酸、３－アミノアジピン酸、β－アラニン、β－アミノプロピオン酸、２－アミノ酪酸、４－アミノ酪酸、ピペリジン酸、６－アミノカプロン酸、２－アミノヘプタン酸、２－アミノイソ酪酸、３－アミノイソ酪酸、２－アミノピメリン酸、２，４ジアミノ酪酸、デスモシン、２，２’－ジアミノピメリン酸、２，３－ジアミノプロピオン酸、Ｎ－エチルグリシン、Ｎ－エチルアスパラギン、ホモセリン、ホモシステイン、ヒドロキリジン、アロヒドロキシリジン、３－ヒドロキシプロリン、４－ヒドロキシプロリン、イソデスモシン、アロイソロイシン、Ｎ－メチルグリシン、Ｎ－メチルイソロイシン、６－Ｎ－メチルリシン、Ｎ－メチルバリン、ノルバリン、ノルロイシン、又はオルニチンが挙げられる。タンパク質、ポリペプチド、又はペプチド抗新生物薬は又、Ｅｌｌｍａｎ ｅｔ ａｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ． １９９１， ｖｏｌ． ２０２， ３０１－３６に記載される非天然アミノ酸及びアミノ酸類似体も含み得る。非天然アミノ酸のタンパク質、ポリペプチド又はペプチドの組込みは、多数の異なる方法において有利であり得る。例えば、Ｄ－アミノ酸を含有するタンパク質、ポリペプチド又はペプチドは、Ｌ－アミノ酸を含有する対応物に比べて高いｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏ安定性を示す。より具体的には、Ｄ－アミノ酸を含有するタンパク質、ポリペプチド又はペプチドは、内因性ペプチダーゼ及びプロテアーゼに対する耐性が大きく、それにより分子のバイオアベイラビリティの向上及びｉｎ ｖｉｖｏ寿命の延長をもたらし得る。
核酸抗新生物薬は、修飾核酸塩基を含んでもよく、限定されるものではないが、５置換ピリミジン、６－アザピリミジン及びＮ－２、Ｎ－６及びＯ－６置換プリン、例えば、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル及び５－プロピニルシトシンが挙げられる。特に、５－メチルシトシン置換は、核酸二重鎖の安定性を高めることが示されており、例えば、アンチセンス剤において、更により詳しくは、２’－Ｏ－メトキシエチル糖修飾と組み合わせた場合に、好ましい塩基置換であり得る。糖基としては、とりわけ、ペントース（ペントフラノース）基、例えば好ましくは、天然に存在する核酸に一般的なリボース及び／又は２－デオキシリボース、又はアラビノース、２－デオキシアラビノース、トレオース又はヘキソース糖基、並びに修飾又は置換糖基（例えば限定されるものではないが、２’－Ｏ－アルキル化、例えば、２’－Ｏ－メチル化又は２’－Ｏ－エチル化糖、例えばリボース；２’－Ｏ－アルキルオキシアルキル化、例えば、２’－Ｏ－メトキシエチル化糖基、例えばリボース；又は２’－Ｏ、４’－Ｃ－アルキレン結合、例えば２’－Ｏ、４’－Ｃ－メチレン結合又は２’－Ｏ、４’－Ｃ－エチレン結合糖、例えばリボース；２’－フルオロ－アラビノースなど）を含み得る。
「遺伝子編集システム」又は「ゲノム編集システム」という用語は、本明細書で使用する場合、細胞内の特定のＤＮＡ又はＲＮＡ配列にＤＮＡ又はＲＮＡ修飾などの１以上の核酸修飾を誘導するツールを指す。標的ゲノム修飾は、細胞及び哺乳類を含む生物の遺伝子操作のための有力なツールである。ゲノムにおけるＤＮＡの挿入、欠失又は置換を含むゲノム修飾又は遺伝子編集は、様々な既知の遺伝子編集システムを用いて実施することができる。遺伝子編集システムは、一般に、核酸修飾を誘導することができる薬剤を利用する。特定の実施形態では、核酸修飾を誘導することができる薬剤は、変化した又は修正された活性を有する（エンド）ヌクレアーゼ又はその変異体であり得る。（エンド）ヌクレアーゼは、一般に、非特異的なＤＮＡ又はＲＮＡ切断ドメインに連結されたプログラム可能な配列特異的ＤＮＡ又はＲＮＡ結合モジュールを含む。ＤＮＡでは、これらのヌクレアーゼは、ゲノムの所望の位置に部位特異的な二本鎖切断を作り出す。誘導された二本鎖切断は、非相同末端結合又は相同組換えによって修復されて標的突然変異を生じる。特定の実施形態では、前記（エンド）ヌクレアーゼは、ＲＮＡ誘導型であり得る。特定の実施形態では、前記（エンド）ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃｐｆ１、又はＣ２ｃ２などのＣＲＩＳＰＲ（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ Ｓｈｏｒｔ Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ Ｒｅｐｅａｔｓ）関連（Ｃａｓ）（エンド）ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、又はこれらの改変物などの操作されたヌクレアーゼであり得る。ＴＡＬＥＮ技術、ジンクフィンガー技術、及びＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ技術を使用するための方法は当業者に周知である。
本明細書に開示されるような抗新生物薬は、抗体又はその断片若しくは誘導体、タンパク質又はポリペプチド、ペプチド、核酸、アンチセンス剤又はＲＮＡｉ剤などの発現可能分子であってもよく、薬剤自体が対象に導入されてもよいし、又は薬剤をコードする前記配列の発現を可能にする１以上の調節配列に作動可能に連結されたアゴニストをコードする配列を含む組換え核酸によって導入されてもよい（例えば、遺伝子療法又は細胞療法）こと理解されるべきである。
「新生物疾患」という用語は、一般に、良性（周囲の正常な組織を侵さず、転移を形成しない）、前悪性（前がん）、又は悪性（隣接する組織を侵し、転移を生成できる）にかかわらず、新生物細胞の成長及び増殖を特徴とするあらゆる疾患又は障害を指す。新生物疾患という用語は、一般に、全ての形質転換された細胞及び組織、並びに全てのがん性細胞及び組織を含む。新生物疾患又は障害には、限定されるものではないが、異常な細胞増殖、良性腫瘍、前悪性又は前がん病変、悪性腫瘍、及びがんが含まれる。新生物疾患又は障害の例としては、前立腺、結腸、腹部、骨、乳房、消化器系、肝臓、膵臓、腹膜、内分泌腺（副腎、副甲状腺、下垂体、精巣、卵巣、胸腺、甲状腺）、眼、頭頸部、神経（中枢及び末梢）、リンパ系、骨盤、皮膚、軟組織、脾臓、胸部又は尿生殖器系などの任意の組織又は器官に存在する良性、前悪性、又は悪性の新生物が挙げられる。
本明細書で教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は腫瘍であってもよく、又は腫瘍の存在によって特徴付けられるものであり得る。
本明細書で使用する場合、「腫瘍」、「固形腫瘍」又は「腫瘍組織」という用語は、過度な細胞分裂から生じる異常な組織塊を指す。腫瘍又は腫瘍組織は、異常な成長特性を持ち、有用な身体機能のない新生物細胞である腫瘍細胞を含む。腫瘍、腫瘍組織及び腫瘍細胞は、良性、前悪性若しくは悪性であり得、又はがんの可能性のない病変を表す場合もある。腫瘍又は腫瘍組織は又、腫瘍関連の非腫瘍細胞、例えば腫瘍又は腫瘍組織に供給を行うための血管を形成する血管細胞も含み得る。例えば腫瘍又は腫瘍組織における血管新生の誘導など、非腫瘍細胞は、腫瘍細胞により複製及び発達を誘導される場合もある。
特定の実施形態では、前記新生物疾患は、上皮、間葉又はメラノサイト起源、好ましくは上皮起源である。
本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患はがんであり得る。
本明細書で使用する場合、「がん」という用語は、脱調節された又は調節されない細胞増殖を特徴とする悪性新生物を指す。「がん」という用語は、原発性悪性細胞又は腫瘍（例えば、その細胞は、元の悪性腫瘍又は腫瘍の部位以外の対象の身体の部位に移動していない）及び二次的悪性細胞又は腫瘍（例えば、転移、即ち、元の腫瘍の部位とは異なる二次的部位への悪性細胞又は腫瘍細胞の移動により生じるもの）を含む。「転移性」又は「転移」という用語は、一般に、ある器官又は組織から別の非隣接器官又は組織へのがんの拡散を指す。他の非隣接器官又は組織における新生物疾患の発生は転移と呼ばれる。
がんの例としては、限定されるものではないが、癌腫、肉腫、リンパ腫、芽細胞腫、及び白血病又はリンパ系悪性腫瘍が挙げられる。このようながんのより詳しい例としては、限定されるものではないが、扁平上皮細胞がん（例えば、上皮扁平上皮細胞がん）、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌、肺の扁平上皮癌及び肺の大細胞癌を含む肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、消化管がんを含む胃がん(gastric or stomach cancer)、膵臓がん、神経膠腫、膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝細胞腫、乳がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん又は子宮癌、唾液腺癌、腎臓がん(kidney or renal cancer)、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝臓癌腫、肛門癌、陰茎癌、並びにＣＮＳがん、黒色腫、頭頸部がん、骨がん、骨髄がん、十二指腸がん、食道がん、甲状腺がん、又は血液がんが挙げられる。
本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は、癌腫、肉腫又は固形腫瘍であり得る。
本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は癌腫であり得る。
特定の実施形態では、新生物疾患は、癌腫、好ましくは、皮膚、肺、腸、結腸、乳房、膀胱、頭頸部（口唇、口腔、唾液腺、鼻腔、鼻咽頭、副鼻腔、咽頭、咽喉、喉頭、及び関連の構造物）、食道、甲状腺、腎臓、肝臓、膵臓、膀胱、陰茎、精巣、前立腺、膣、子宮頸部、肛門、及びこれらの任意の組合せからなる群から選択される上皮組織に起源する癌腫である。
本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は、腺癌、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、腺扁平上皮癌、未分化癌、大細胞癌、又は小細胞癌であり得る。本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は、扁平上皮癌であり得る。例えば、新生物疾患は、皮膚扁平上皮癌であり得る。
特定の実施形態では、前記新生物疾患は、ＳＣＣ、好ましくは、皮膚のＳＣＣ、頭頸部のＳＣＣ、食道のＳＣＣ又は肺のＳＣＣである。
「癌腫」という用語は、上皮細胞から発生するがんの一種を指す。例えば、癌腫は、身体の内面又は外面を覆う組織から始まり、胚発生の際の内胚葉、中胚葉又は外胚葉層に由来する細胞から発生するがんである。
本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は肉腫であり得る。本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は、骨肉腫又は軟組織肉腫であり得る。
「肉腫」という用語は、間葉（結合組織）起源の形質転換細胞から生じるがんの一種を指す。結合組織には、骨、軟骨、脂肪、血管、又は造血組織が含まれ、肉腫はこれらの組織腫のいずれからも生じ得る。
骨肉腫の亜種として、骨肉腫、軟骨肉腫、低分化円形／紡錘細胞腫瘍（ユーイング肉腫を含む）、血管内皮細胞腫、血管肉腫、線維肉腫、筋線維肉腫、脊索腫、アダマンチノーマが含まれる。
軟組織肉腫の亜種として、脂肪肉腫（以下の種を含む：高分化型、特定不能型、脱分化型、粘液質／円形細胞型、及び多形性）；非定型脂肪腫、皮膚線維肉腫（線維肉腫型及び色素型を含む）、悪性孤立性線維性腫瘍、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、低悪性度筋線維芽細胞性肉腫、線維肉腫（成人型及び硬化性上皮性型を含む）；粘液線維肉腫（旧粘液性悪性線維性組織球腫）；低悪性度線維粘液性肉腫；軟組織の巨大細胞腫；平滑筋肉腫；悪性グロムス腫瘍；横紋筋肉腫（以下の種を含む：胚性、肺胞性、多形性、及び紡錘細胞性／硬化性）；血管内皮腫（以下の種を含む：血管内皮腫（以下の品種を含む：網状、偽菌糸状、及び上皮腫）；軟組織の血管肉腫；骨外骨肉腫；悪性消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）；悪性末梢神経鞘腫瘍（上皮腫型を含む）；悪性トリトン腫瘍；悪性顆粒細胞腫瘍；悪性骨化性線維粘液性腫瘍；特定不能の間質性肉腫；筋上皮癌；悪性リン脂質性間葉系腫瘍；滑膜性肉腫（以下の種を含む：紡錘体細胞、二相型、及び特定不能）；類上皮肉腫；肺胞軟部肉腫；軟組織明細胞肉腫；骨格外粘液性軟骨肉腫；骨格外ユーイング肉腫；線維形成性小円形細胞腫；腎外ラブドイド腫瘍、特定不能の血管周囲上皮細胞腫瘍；内膜肉腫；未分化紡錘細胞肉腫；未分化多形肉腫；未分化円形細胞肉腫；未分化類上皮肉腫；特定不能の未分化肉腫が挙げられる。
本明細書に教示されるような方法又は使用の特定の実施形態では、新生物疾患は（固形）腫瘍であり得る。
「サンプル」又は「生体サンプル」という用語は、本明細書で使用する場合、対象から得られた（単離された、取り出された）任意の生体試料を含む。サンプルには、限定されるものではないが、臓器組織（例えば、原発性又は転移性腫瘍組織）、全血、血漿、血清、全血球、赤血球、白血球（例えば、末梢血単核細胞）、唾液、尿、便（糞）、涙液、汗、皮脂、乳首吸引液、管腔洗浄液、腫瘍滲出液、滑液、脳脊髄液、リンパ、細針吸引液、羊水、任意の他の体液、滲出液又は分泌液、細胞溶解物、細胞分泌産物、炎症液、精液及び膣分泌液を含み得る。好ましくは、サンプルは、採血（「液体生検」）、採尿、排泄物採取、組織（例えば、腫瘍組織）生検又は細針吸引液などの非侵襲的又は最小侵襲的方法によって容易に得ることができ、対象からのサンプルの提供、取り出し、及び／又は単離が可能である。「組織」という用語は、本明細書で使用される場合、器官の細胞を含む身体の全ての細胞種を包含するが、上記で述べた血液及び他の体液も包含する。組織は、健康なものであってもよいし、病理学的変化、例えば、腫瘍組織によって影響を受けていてもよい。
生体サンプルは、１以上のＦＡＴ１突然変異の有無を決定することができるいずれのサンプルであってよい。特に有用なサンプルは、新生物細胞を含むことが知られている、又は含むことが予想若しくは予測される、又は潜在的に含むことが知られている、又は潜在的に含むことが予想若しくは予測されるものである。
本明細書で意図されるようなサンプルは、対象の遺伝物質を含有する。従って、特定の有用なサンプルは、対象の遺伝物質を含むことが知られている、又は含むことが予想若しくは予測されるものである。この文脈での遺伝物質は、対象のＦＡＴ１遺伝子の構造又は配列を評価することができる任意の１または複数の核酸分子を包含し、特に、対象の核デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、即ち、対象の核ゲノムＤＮＡを包含し得る。
特定の実施形態では、前記対象から得られる前記生体サンプルは、新生物細胞を含み、
好ましくは、前記対象から得られる前記生体サンプルは、腫瘍生検又液体生検である。
「生検」という用語は、一般に、検査のために生体対象から取り出される細胞又は組織のサンプルを指す。生検は、摘出生検（即ち、組織塊全体又は疑わしい領域を摘出する場合）、切開生検又はコア生検（即ち、組織の細胞の組織学的構造を保持したまま組織のサンプルを取り出しただけの場合）でも、又は針吸引生検（即ち、組織細胞の組織学的構造を保持せずに細胞が取り出されるように、針を用いて組織若しくは液体のサンプルが取り出される場合）でもよい。
サンプルは、サンプル中の１以上のＦＡＴ１突然変異の有無を決定する前に、様々な周知の収集後の調製及び保存技術（例えば、固定、保存、凍結、溶解、ホモジナイズ、ＤＮＡ又はＲＮＡ抽出、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離など）にかけることができる。
任意の適切な質量又は容量のサンプルを、分析のために対象から取り出すことができる。限定されるものではないが、液体サンプルは、０．１ｍｌ～１ｍｌ、例えば０．５ｍｌ、又は１ｍｌ～２０ｍｌ、例えば５ｍｌ、７．５ｍｌ、１０ｍｌ、１５ｍｌ又は２０ｍｌの容量であり得る。固体サンプルは、０．１ｇ～２０ｇ、例えば０．５ｇ、１ｇ、５ｇ、７．５ｇ、１０ｇ、１５ｇ又は２０ｇの質量であり得る。
用語「対象」、「個体」又は「患者」は、本明細書において互換的に使用することができ、一般に且つ好ましくはヒトを示すが、非ヒト動物、好ましくは温血動物、更により好ましくは哺乳類、例えば、非ヒト霊長類、齧歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなどに対する言及も包含され得る。「非ヒト動物」という用語は、全ての脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、（特に高等霊長類）、ヒツジ、イヌ、齧歯類（例えばマウス又はラット）、モルモット、ヤギ、ブタ、ネコ、ウサギ、ウシなどの哺乳類、及びニワトリ、両生類、爬虫類などの非哺乳類を含む。特定の実施形態では、対象は、非ヒト哺乳類である。特定の実施形態では、対象は、ヒト対象である。この用語は、特定の年齢又は性別を示すものではない。従って、成体及び新生対象、並びに胎児は、雄雌にかかわらず、包含することを意図する。対象の例としては、ヒト、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギ、及びマウスが挙げられる。
好適な対象には、限定されるものではないが、新生物疾患のスクリーニングのために医師を訪問する対象、新生物疾患を示す症状及び兆候を有し医師を訪問する対象、新生物疾患と診断された対象、抗がん治療を受けた対象、抗がん治療中の対象、及び寛解中の新生物疾患を有する対象を含み得る。新生物疾患を診断するための方法は当技術分野で知られており、皮膚生検などの組織又は器官の患部のサンプル（生検）の顕微鏡分析が含まれる。
特定の実施形態では、前記対象は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される前記抗新生物薬に対する前記対象の感受性を決定する前に抗がん療法を受けていない。
本明細書で使用する場合、「療法」又は「治療」という用語は、疾患又は障害などの病的状態の１以上の症状又は測定可能なマーカーの緩和又は測定可能な軽減を指す。これらの用語は、一次治療だけでなく、ネオアジュバント治療、アジュバント治療、及び補助療法を包含する。「抗がん療法」又は「抗がん治療」という用語は、広義には、新生物疾患の１以上の症状又は測定可能なマーカーの緩和又は測定可能な軽減を指す。測定可能な軽減には、測定可能なマーカー又は症状における統計的に有意ないずれの減少も含まれる。一般に、これらの用語は、治癒的治療と、症状を軽減し、且つ／又は疾患の進行を遅らせるように向けられた治療の両方を包含する。これらの用語は、既に発症した病的状態の治療的処置と、病的状態の発症の可能性を防止又は軽減することを目的とする予防的又は防止的措置の両方を包含する。特定の実施形態では、これらの用語は、治療的処置に関連し得る。特定の他の実施形態では、これらの用語は、予防的処置に関するものであり得る。寛解の期間中の慢性的な病的状態の治療も又、治療的処置を構成するものと見なすことができる。この用語は、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｖｉｖｏの治療を包含し得る。
抗がん療法の限定されない例としては、手術、放射線療法、化学療法、生物学的療法、及びこれらの組合せが含まれる。
特定の実施形態では、前記対象はヒトである。特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法又は使用は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤などの抗新生物薬による治療を、対象における新生物疾患に対する適切な治療又は不適切な治療として示すために有用である。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失の決定は、その抗新生物薬による治療が不適切な治療であること（その対象はその治療から臨床利益を得る見込みがないこと）を示す。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の不変若しくは増加の決定
は、その抗新生物薬による治療が適切な治療であること（その対象はその治療から臨床利益を得る見込みがあること）を示す。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失の決定
は、その抗新生物薬による治療が適切な治療であること（その対象はその治療から臨床利益を得る見込みがあること）を示す。
特定の実施形態では、前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬である場合、
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在の決定；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおける、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の不変若しくは増加の決定
は、その抗新生物薬による治療が不適切な治療であること（その対象はその治療から臨床利益を得る見込みがないこと）を示す。
従って、本方法は、適切な治療として抗悪性腫瘍薬による治療を予測することを可能にし得る。予測に基づいて、新生物疾患の治療を開始、継続、又は適合させることができる。特定の実施形態では、本明細書に教示されるような方法又は使用は、新生物疾患を有する対象における抗新生物薬による治療の転帰を予測するのに有用である。
「転帰」という用語は、一般に、例えば個々の症例又はシリーズにおけるこれらの介入の有効性、効果、安全性、実用性などを決定するために、疾患との闘いに用いられる管理及び手順（即ち、介入）の結果又は転帰を評価するために行われる評価を指す。「転帰を予測する」という句は、本明細書で使用する場合、新生物疾患に罹患した個体を抗新生物薬で治療する結果を評価する工程、即ち、前記個体が抗新生物薬に応答する可能性があるかどうかを予測する工程を指す。本明細書に教示されるような方法は、抗新生物薬で治療した場合に患者の新生物疾患がどのように進行するか、及び回復の可能性があるかどうかの予測を提供する。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法は、抗新生物薬に対する新生物疾患と診断された対象の応答を予測するための方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定するステップ、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定するステップ；及び
前記対象から得られた生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無から、又はＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失から、前記抗新生物薬に対する前記対象の応答を予測するステップ
を含み、前記抗新生物薬は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される方法である。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法は、抗新生物薬による阻害に対する新生物細胞成長の感受性を決定する方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定するステップ、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定するステップ；及び
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無から、又はＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失から、前記抗新生物薬に対する新生物細胞成長の感受性を決定するステップ
を含み、前記抗新生物薬は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される方法である。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法は、新生物疾患と診断された対象において、抗新生物薬に対する新生物の感受性又は耐性を決定する方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること；及び
前記対象から得られた生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無から、又はＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失から、前記新生物疾患と診断された対象における新生物の、前記抗新生物薬に対する感受性若しくは耐性を決定すること
を含み、
前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される方法である。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法は、新生物疾患を有する対象を抗新生物薬による治療の候補として特定するための方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること；及び
前記対象から得られた生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在から、又はＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失から、前記対象を前記抗新生物薬による治療の不良な候補として特定すること
を含み、
前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤又はＭＥＫ阻害剤である方法である。
「不良な候補」という用語は、本明細書で使用する場合、前記抗新生物薬による治療に最小限の（例えば、臨床的に重要でない）応答しか示さない又は全く応答を示さない新生物疾患を有する対象を指す。
本明細書に教示されるような新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法は、新生物疾患を有する対象を抗新生物薬による治療の候補として特定するための方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること；及び
前記対象から得られた生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在から、又はＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失から、前記対象を前記抗新生物薬による治療の良好な候補として特定すること
を含み、
前記薬剤がＣＡＭＫ阻害剤又はＳＲＣキナーゼ阻害剤である方法である。
「良好な候補」という用語は、本明細書で使用する場合、前記抗新生物薬による治療に感受性又は応答性がある、新生物疾患を有する対象を指す。
新生物疾患と診断された対象において特定の抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのマーカーとしてのＦＡＴ１状態は、治療方法の一部として使用することもでき、まず、特定の抗新生物薬に対する前記対象の感受性を検査し、次に、前記対象が前記抗新生物薬に感受性があると見なされた場合に、前記抗新生物薬が前記対象に投与される。対象が前記抗新生物薬治療に耐性を持つと判明した場合、前記対象に異なる抗がん療法を投与することが検討され得る。
従って、更なる態様は、新生物疾患と診断され、且つ／又は治療を必要とする対象を治療する方法であって、
抗新生物薬による治療に対する前記対象感受性又は耐性を決定することを含み（これは、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含む）、
前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される；及び
前記対象が前記抗新生物薬に感受性があると決定された場合、前記対象を前記抗新生物薬で治療すること
を含む方法を提供する。
言い換えれば、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される抗新生物薬は、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること；又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含み、
前記抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される；及び
前記対象が前記抗新生物薬に感受性があると決定された場合には、前記対象に前記抗新生物薬を投与すること、又は前記対象が前記抗新生物薬に非感受性であると決定された場合には、前記対象に前記抗新生物薬を投与しないこと
を含む新生物疾患の治療において使用され得る。
更なる態様は、対象における新生物疾患の治療において使用するための、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬を提供し、前記対象は、
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化、又は
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失
を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されたものである。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような治療において使用するための方法又は抗新生物薬は、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される前記抗新生物薬の治療上有効な量を前記対象に投与することを含む。
更なる態様は、対象における新生物疾患の治療において使用するための、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬を提供し、前記対象は、
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在、又は
正常な若しくは増加したＦＡＴ１発現又は機能
を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されたものである。
特定の実施形態では、前記対象がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される前記抗新生物薬に非感受性であると決定された場合、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される前記抗新生物薬とは異なる抗新生物薬療法を前記対象に投与する、本明細書に教示されるような治療において使用するための方法又は抗新生物薬。
ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びこれらの組合せからなる群から選択される前記抗新生物薬とは異なる抗新生物療法は当技術分野で公知であり、手術、放射線療法、化学療法、生物学的療法、及びこれらの組合せを含む。
本明細書で使用する場合、「治療を必要とする対象」などの句は、所定の病態、特に癌腫などの新生物疾患の治療から利益を得る対象を含む。そのような対象は、限定されるものではないが、前記病態を有すると診断された対象、前記病態を発症しやすい対象、及び／又は前記病態が予防されるべき対象を含み得る。
「治療する」又は「治療」という用語は、既に発症した疾患又は病態の治療的処置、例えば、既に発症した新生物疾患の療法、並びに予防的又は防止的措置の両方を包含し、その目的は、望ましくない苦痛の発生の機会を防止又は減少させること、例えば、新生物疾患の発生、発症及び進行を防止することである。有益な又は所望の臨床結果には、限定されるものではないが、１以上の症状又は１以上の生体マーカーの緩和、疾患の程度の減少、疾患の状態の安定化（即ち、悪化していない）、疾患の進行の遅延又は緩徐化、疾状の改善又は緩和などを含み得る。又、「治療」は、治療を受けない場合に予想される生存期間と比較して、生存期間を延長することも意味し得る。
本明細書に教示されるような使用及び方法のための生成物は、そのような治療から利益を得る新生物疾患を有する対象において、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される抗新生物薬の治療上有効な量を投与することを可能とする。「治療上有効な量」という用語は、本明細書で使用する場合、外科医、研究者、獣医師、医師又は他の臨床医が求めている生物学的又は薬学的応答(これには特に治療される疾患又は病態の症状の緩和が含まれ得る)を対象において誘発する活性化合物又は医薬剤の量を指す。調節剤又は抗新生物薬などの、本明細書で教示されるような薬剤の治療上有効な用量を決定するための方法は当技術分野で公知である。
特定の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される前記抗新生物薬は、医薬製剤又は組成物として調剤され、投与される。このような医薬製剤又は組成物は、パーツキットに含まれていてもよい。
「薬学上許容される」という用語は、本明細書で使用する場合、当技術分野で一貫し、医薬組成物の他の成分と適合し、そのレシピエントに有害でないことを意味する。
本明細書で使用する場合、「担体」又は「賦形剤」は、あらゆる溶媒、希釈剤、バッファー（例えば、中性緩衝生理食塩水又はリン酸緩衝生理食塩水）、可溶化剤、コロイド、分散媒、ビヒクル、増量剤、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ又はグルタチオン）、アミノ酸（例えば、グリシン）、タンパク質、崩壊剤、結合剤、滑沢剤、湿潤剤、乳化剤、甘味剤、着色剤、香料、芳香剤、増粘剤、デポー効果を得るための薬剤、コーティング剤、抗真菌剤、保存剤、抗酸化剤、張力制御剤、吸収遅延剤などを含む。医薬活性物質に対するこのような媒体及び薬剤の使用は、当技術分野で周知である。従来の媒体又は薬剤が活性物質と不適合である場合を除き、治療用組成物におけるその使用が企図され得る。
医薬組成物の調剤に使用するための例示的な限定されない担体としては、例えば、水中油型又は油中水型エマルション、静脈内（ＩＶ）使用に適切な有機補助溶媒を含む若しくは含まない水性組成物、リポソーム又は界面活性剤含有小胞、ミクロスフェア、マイクロビーズ及びミクロソーム、散剤、錠剤、カプセル剤、坐剤、水性懸濁液、エアロゾル、及び当業者に明らかなその他の担体が含まれる。
本明細書で意図されるような医薬組成物は、限定されるものではないが、経口投与（例えば、経口摂取又は吸入）、鼻腔内投与（例えば、鼻腔内吸入又は鼻腔内粘膜適用）、非経口投与（例えば、皮下、静脈内、筋肉内、腹腔内又は胸骨内注射又は注入）、経皮的な又は経粘膜（例えば、経口、舌下、鼻腔内）投与、局所投与、直腸、膣又は気管内注入などの本質的にいずれの投与経路向けにも調剤可能である。このように、本方法及び組成物によって達成可能な治療効果は、所定の用途の特定の必要性に応じて、例えば、全身的、局所的、組織特異的などとすることができる。
任意に投与される１以上の他の活性化合物と組み合わせて使用される本発明の抗新生物薬の用量又は量は、個々の場合によって異なり、慣例的に、最適な効果を得るために個々の状況に適合させることである。従って、治療される障害の性質及び重症度によって異なり、又、治療されるヒト又は動物の性別、年齢、体重、健康状態、食餌、投与の様式及び時間、並びに個々の応答性、使用する化合物の投与経路、効力、代謝安定性及び作用期間、治療が急性若しくは慢性若しくは予防的であるか、又は本明細書で教示されるような薬剤に加えて他の活性化合物が投与されるかどうかによっても異なる。
限定されるものではないが、疾患の種類及び重症度に応じて、本明細書に開示されるような抗新生物薬、又は２つ以上のそのような抗新生物薬の組合せの典型的な１日用量は、上記の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇ～１ｇ／ｋｇ体重以上の範囲であり得る。例えば、薬剤の１日用量は、約１ｍｇ／ｋｇ～１ｇ／ｋｇ体重の範囲であり得る。症状に応じて、数日又はそれを超える期間にわたって繰り返し投与する場合、疾患症状の所望の抑制が生じるまで治療を持続する。
特定の実施形態では、抗新生物薬は、治療中、毎日投与され得る。特定の実施形態では、薬剤は、治療中、少なくとも１日１回投与されてよく、例えば、抗新生物薬は、治療中、少なくとも１日２回投与されてよく、例えば、抗新生物薬は、治療中、少なくとも１日３回投与されてよい。特定の実施形態では、抗新生物薬は、治療中、例えば水性飲料溶液で連続的に投与されてもよい。
特定の実施形態では、本明細書に教示されるような抗新生物薬又は医薬製剤は、単独で又は新生物疾患の治療において適切な１以上の活性化合物と組み合わせて（即ち、併用療法）使用可能である。後者は、本明細書に教示されるような抗新生物薬又は医薬製剤の投与の前、後、又は同時に投与することができる。
ＦＡＴ１の状態が、新生物疾患と診断された対象の特定の抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのマーカーとして使用できるという本発明者らの発見は又ＦＡＴ１の状態に基づいて感受性又は耐性の決定を可能にし、新生物疾患と診断された対象に特定の抗新生物薬を投与するか否かについての外科医、研究者、獣医、医師又は他の臨床医の決定を下す過程を支援できるキットにも変換することができる。
従って、更なる態様は、新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのキットであって、
生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定するための手段、及び／又は
生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能を決定するための手段、及び
請求項１～６のいずれか一項に記載の方法を実行するための１以上のプログラムが記録されたコンピューター可読記録媒体
を含むキットを提供する。
本明細書で使用する場合、「パーツキット」及び「キット」という用語は、特定の方法を実施するために必要な構成要素を含み、輸送及び保存を可能にするように包装された製品を指す。キットに含まれる構成要素を包装するのに適した材料としては、水晶、プラスチック（例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリカーボネート）、ボトル、フラスコ、バイアル、アンプル、紙、封筒、又は他のタイプの容器、担体又は支持体が挙げられる。キットが複数の構成要素を含む場合、構成要素の少なくとも一部（例えば、複数の構成要素のうちの２つ以上）又は全ての構成要素は、物理的に分離されていてもよく、例えば、別の容器、担体又は支持体中又上に含んでもよい。キットに含まれる構成要素は、指定された方法を実施するのに十分であっても十分でなくてもよく、従って、外部の試薬又は物質は、それぞれ、方法を実施するのに必要でない場合も必要である場合もある。一般に、キットは、液体処理装置、環境（例えば、温度）制御装置、分析機器などの標準的な実験装置と一緒に使用される。挙げられている、場合によりアレイ又はマイクロアレイ上に提供される、本明細書で教示されるような単離されたオリゴヌクレオチドのセットに加えて、本キットは又、特定の方法において有用な、溶媒、バッファー（例えば、限定されるものではないが、ヒスチジンバッファー、クエン酸バッファー、コハク酸バッファー、酢酸バッファー、リン酸バッファー、ギ酸バッファー、安息香酸バッファー、ＴＲＩＳ（トリス（ヒドロキシメチル）－アミノメタン）バッファー又はマレイン酸バッファー、又はそれらの混合物）、酵素（例えば、限定されるものではないが、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ）、検出可能な標識、検出試薬及び対照製剤（陽性及び／又は陰性）の一部又は全てを含むことができる。一般に、キットは又、印刷された挿入物上又はコンピューター可読媒体上など、その使用に関する説明書を含み得る。これらの用語は、本文脈で使用する場合、任意の人工の有形構造製品を広く包含する「製造品」という用語と互換的に使用され得る。
本明細書に教示されるようなキットは、新生物疾患を有する対象において抗新生物薬による治療に対する感受性を決定するために使用可能であり、抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される。
本明細書に教示されるようなキットは、抗新生物薬による治療が対象において新生物疾患の適切な治療であることを示すため；又は新生物疾患を有する対象において抗新生物薬による治療の転帰を予測するために使用可能であり、全ての場合で、抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される。好ましくは、対象はヒト対象である。
特定の実施形態では、生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定するための手段、又は
生体サンプルにおいてＦＡＴ１発現若しくは機能を決定するための手段
は、本明細書の他所に記載されるようなＦＡＴ１遺伝子又は遺伝子産物と特異的に結合し得る１以上の薬剤である。
特定の実施形態では、このキットは、健常な組織における遺伝的変化又はエピジェネティック変化に対応する参照値を更に含んでよく、好ましくは、健常対象由来の組織は、罹患対象において病態に罹患している組織と同じ組織種のものである。
特定の実施形態では、このキットは、健常な組織におけるＦＡＴ１の発現又は機能に相当する参照値を更に含んでよく、好ましくは、健常対象由来の組織は、罹患対象において病態に罹患している組織と同じ組織種のものである。
当業者は、新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法の種々の実施形態は又、本明細書に教示されるような新生物疾患と診断された対象を治療する方法、本明細書に教示されるようなキット及び本明細書に教示されるような対象における新生物疾患の治療において使用するための抗新生物薬にも当てはまり、逆も又そうであることを理解するであろう。
本願は又、以下の記述に示されるような態様及び実施形態を提供する。
記述１ 新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法であって、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含み、前記抗新生物薬は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される、方法。
記述２ 新生物疾患と診断された対象を治療する方法であって、
抗新生物薬による治療に対する前記対象の感受性又は耐性を決定すること、これは、
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
を含み、前記抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される；及び
前記対象が前記抗新生物薬に感受性があると決定された場合、前記対象を前記抗新生物薬で治療すること
を含む、方法。
記述３ 前記抗新生物薬が、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬であり、
前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在、又は
前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失が、
前記対象が前記抗新生物薬による治療に耐性があることを示す、記述１又は２に記載の方法。
記述４ 前記抗新生物薬が、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬であり、
前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の存在、又は
前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失が、
前記対象が前記抗新生物薬による治療に感受性があることを示す、記述１又は２に記載の方法。
記述５ 前記生体サンプルが新生物細胞を含み、好ましくは、前記生体サンプルは腫瘍生検又は液性生検である、記述１～４のいずれか一項に記載の方法。
記述６ ＦＡＴ１の遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無又は発現若しくは機能が核酸分析、免疫アッセイ、機能アッセイ、及びそれらの組合せからなる群から選択される技術を用いて決定される、記述１～５のいずれか一項に記載の方法。
記述７ 抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのキットであって、
生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無を決定するための手段、又は
生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能を決定するための手段、及び
記述１～６のいずれか一項に記載の方法を実行するための１以上のプログラムが記録されたコンピューター可読記録媒体
を含む、キット。
記述８ 対象において新生物疾患の治療において使用するための抗新生物薬であって、
前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択され、前記対象が、
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化、又は
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失
を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されるか；あるいは
前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択され、前記対象が、
ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の不在、又は
正常な若しくは増加したＦＡＴ１発現若しくは機能
を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されている、抗新生物薬。
記述９ 前記新生物疾患が上皮、間葉又はメラノサイト起源、好ましくは上皮起源である、記述１～６のいずれか一項に記載の方法又は記述８に記載の使用のための抗新生物薬。
記述１０ 前記新生物疾患が皮膚、肺、腸、結腸、乳房、膀胱、頭頸部、食道、甲状腺、腎臓、肝臓、膵臓、膀胱、陰茎、精巣、前立腺、膣、子宮頸部、肛門、及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される上皮組織に起源する癌腫である、記述９に記載の方法、又は記述９に記載の使用のための抗新生物薬。
記述１１ 前記新生物疾患が扁平上皮癌（ＳＣＣ）、好ましくは、皮膚のＳＣＣ、頭頸部のＳＣＣ、食道のＳＣＣ又は肺のＳＣＣである、記述９若しくは１０に記載の方法、又は記述９若しくは１０に記載の使用のための抗新生物薬。
記述１２ 前記対象がヒトである、記述１～６若しくは９～１１のいずれか一項に記載の方法、又は記述８～１２のいずれか一項に記載の使用のための抗新生物薬。
記述１３ 前記ＣＡＭＫ阻害剤がＣＡＭＫ２阻害剤である、記述１～７若しくは９～１２のいずれか一項に記載の方法、記述７に記載のキット、又は記述９～１２のいずれか一項に記載の使用のための抗新生物薬。
記述１４ ＦＡＴ１機能の発現もしくは機能の低下又は消失につながる前記遺伝的変化が、
１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異、又は
ＦＡＴ１遺伝子若しくはその一部の欠失を含むコピー数変異（ＣＮＶ）
である、記述１～７若しくは９～１３のいずれか一項に記載の方法、記述７に記載のキット、又は記述９～１３のいずれか一項に記載の使用のための抗新生物薬。
記述１５ １以上のＦＡＴ１機能欠失型変異がミスセンス変異、ナンセンス変異、フレームシフト変異、スプライシング変異、及びそれらの組合せからなる群から選択される、記述１４に記載の方法。
本発明をその特定の実施形態に関して説明してきたが、前述の説明に照らして、多くの別法、改変および変形が当業者に自明であることが明白である。従って、添付の特許請求の範囲の趣旨及び広い範囲において、以下のような全てのそのような別法、改変および変形を包含することが意図される。
本発明の本明細書に開示された態様及び実施形態は、以下の非限定的な実施例によってさらに裏付けられる。
実施例１．実施例２及び３の材料及び方法
倫理規定の遵守
マウスコロニーは、欧州ガイドラインに準拠した認定動物施設で維持した。全ての実験は、対応する倫理委員会（Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ ｄ’ｅｔｉｑｕｅ ｅｔ ｄｕ ｂｉｅｎ ｅｔｒｅ ａｎｉｍａｌ ＣＥＢＥＡ， Ｆａｃｕｌｔｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ブリュッセル自由大学）により承認されたものである。ＣＥＢＥＡは「実験その他の科学的目的に使用される脊椎動物の保護に関する欧州条約」（ＥＴＳ Ｎｏ．１２３）に準拠している。マウスは毎日検査し、腫瘍がエンドポイントサイズ（直径１ｃｍ若しくは体積１ｃｍ3）に達した場合、又は腫瘍が大きさに関係なく潰瘍化した場合、マウスの体重が当初の２０％を超えて減少した場合、又はその他の苦痛の兆候（全身状態及び自発的活動性に基づく）があった場合に安楽死させた。この研究で行われた実験で、腫瘍の大きさの限界を超えることはなかった。全ての実験は、倫理委員会で承認されたプロトコールに厳密に準拠した。本研究でヒトＦａｔ１変異がんにおけるハイブリッドＥＭＴ状態を解析するために使用した患者由来異種移植片（ＰＤＸ）は、Ｅｒａｓｍｅ病院（ブリュッセル自由大学）の倫理委員会と患者募集に関わった全ての病院の倫理委員会により承認されたＰＤＸ事業の一部である。又、全ての患者からインフォームドコンセントを得た。
マウス系統
Ｋ１４Ｃｒｅ（Ｖａｓｉｏｕｋｈｉｎ， Ｖ．， ｅｔ ａｌ．． Ｈｙｐｅｒｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｄｅｆｅｃｔｓ ｉｎ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｐｏｌａｒｉｔｙ ｕｐｏｎ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ａｂｌａｔｉｏｎ ｏｆ ａｌｐｈａ－ｃａｔｅｎｉｎ ｉｎ ｓｋｉｎ． Ｃｅｌｌ， ２００１， ｖｏｌ． １０４， ６０５－６１７）、Ｋ１４ＣｒｅＥＲ（Ｖａｓｉｏｕｋｈｉｎ， Ｖ．， ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ ｍａｇｉｃａｌ ｔｏｕｃｈ： ｇｅｎｏｍｅ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｉｎ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｉｎｄｕｃｅｄ ｂｙ ｔａｍｏｘｉｆｅｎ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｍｏｕｓｅ ｓｋｉｎ． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ， １９９９， ｖｏｌ． ９６， ８５５１－８５５６）、Ｆａｔ１ｆｌ／ｆｌ（Ｃａｒｕｓｏ， Ｎ． ｅｔ ａｌ． Ｄｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｒｏｔｏｃａｄｈｅｒｉｎ ｇｅｎｅ ＦＡＴ１ ａｌｔｅｒｓ ｍｕｓｃｌｅ ｓｈａｐｅｓ： ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ｆａｃｉｏｓｃａｐｕｌｏｈｕｍｅｒａｌ ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ． ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ， ２０１３， ｖｏｌ． ９， ｅ１００３５５０）、Ｒｏｓａ２６－ＹＦＰ（Ｓｒｉｎｉｖａｓ， Ｓ． ｅｔ ａｌ． Ｃｒｅ ｒｅｐｏｒｔｅｒ ｓｔｒａｉｎｓ ｐｒｏｄｕｃｅｄ ｂｙ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ ｏｆ ＥＹＦＰ ａｎｄ ＥＣＦＰ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ＲＯＳＡ２６ ｌｏｃｕｓ． ＢＭＣ Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ， ２００１， ｖｏｌ． １， ４）、Ｌｇｒ５ＣｒｅＥＲ（Ｂａｒｋｅｒ， Ｎ． ｅｔ ａｌ． Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ ａｎｄ ｃｏｌｏｎ ｂｙ ｍａｒｋｅｒ ｇｅｎｅ Ｌｇｒ５． Ｎａｔｕｒｅ， ２００７， ｖｏｌ． ４４９， １００３－１００７）、ＫＲａｓＬＳＬ－Ｇ１２Ｄ（Ｂａｒｋｅｒ， Ｎ． ｅｔ ａｌ． Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ ａｎｄ ｃｏｌｏｎ ｂｙ ｍａｒｋｅｒ ｇｅｎｅ Ｌｇｒ５． Ｎａｔｕｒｅ， ２００７， ｖｏｌ． ４４９， １００３－１００７）及びｐ５３ｆｌ／ｆｌ（Ｊｏｎｋｅｒｓ， Ｊ． ｅｔ ａｌ． Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｉｃ ｔｕｍｏｒ ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ＢＲＣＡ２ ａｎｄ ｐ５３ ｉｎ ａ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ｍｏｕｓｅ ｍｏｄｅｌ ｆｏｒ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ． Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ， ２００１ ｖｏｌ． ２９， ４１８－４２５）マウスは、従前に記載されているか、ＮＣＩマウスリポジトリ及びＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから輸入されたものである。ＮＯＤ／ＳＣＩＤ／Ｉｌ２ＲγヌルマウスはＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ社から購入した。この研究で使用された全てのマウスは、遺伝的背景が混在する雄と雌で構成されていた。本研究では、無作為化及び盲検化は行わなかった。
ＫＲａｓLSL-G12Dｐ５３fl/fl由来皮膚腫瘍
タモキシフェンは、ヒマワリ種子油（Ｓｉｇｍａ）で２５ｍｇ／ｍｌに希釈した。１日４回腹腔内（ＩＰ）注射用量２．５ｍｇのタモキシフェンを従前に記載したように（Ｌａｐｏｕｇｅ， Ｇ． ｅｔ ａｌ．， Ｓｋｉｎ ｓｑｕａｍｏｕｓ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ ｐｒｏｐａｇａｔｉｎｇ ｃｅｌｌｓ ｉｎｃｒｅａｓｅ ｗｉｔｈ ｔｕｍｏｕｒ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｖａｓｉｖｅｎｅｓｓ， ＥＭＢＯ， ２０１２， ｖｏｌ． ３１： ４５６３－４５７５）Ｐ２８でＬｇｒ５ＣｒｅＥＲ／ＫｒａｓLSL-G12D／ｐ５３fl/fl／Ｆａｔ１ fl/fl／Ｒｏｓａ２６YFP/+に投与し、１回ＩＰ注射用量２．５ｍｇのタモキシフェンをＫ１４ＣｒｅＥＲ／ＫｒａｓLSL-G12D／ｐ５３fl/fl／Ｆａｔ１ fl/fl／Ｒｏｓａ２６YFP/+に投与した。腫瘍の外観及び大きさを毎日の観察及び触診によって検出した。腫瘍サイズが２ｃｍに達した時点で（Ｇｅｎｄｏｏ， Ｄ． Ｍ． ｅｔ ａｌ． Ｇｅｎｅｆｕ： ａｎ Ｒ／Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ－ｂａｓｅｄ ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１６， ｖｏｌ． ３２， １０９７－１０９９）又はマウスが苦痛の兆候を呈した際にマウスを安楽死させた。皮膚腫瘍は、０．１ｍｍサイズの変化を識別できる精密なノギスを使用して測定し、腫瘍体積は、腫瘍の出現の初日、その後、動物の死亡まで毎週、Ｖ＝π×［ｄ2×Ｄ］／６（ｄは小さい方の腫瘍軸、Ｄは大きい方の腫瘍軸）の式で測定した。
ＫＲａｓLSL-G12Dｐ５３fl/fl由来肺腫瘍
６～１２週齢のＫｒａｓLSL-G12D／ｐ５３fl/fl／Ｒｏｓａ２６YFP/+マウス及びＫｒａｓLSL-G12D／ｐ５３fl/fl／Ｆａｔ１ fl/fl／Ｒｏｓａ２６YFP/+マウスを麻酔し、従前に記載したように（ＤｕＰａｇｅ， Ｍ．， ｅｔ ａｌ． Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ｍｏｕｓｅ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒ ｍｏｄｅｌｓ ｕｓｉｎｇ ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ ｏｒ ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ Ｃｒｅ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅ． Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ， ２００９， ｖｏｌ． ４， １０６４－１０７２）、２．５×１０7ＰＦＵのＡｄ５ＣＭＶＣｒｅウイルス（アイオワ大学，Ｖｉｒａｌ Ｖｅｃｏｒ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙ）の５０μｌボーラス１回を管内注入によって施した。マウスは毎日観察し、体重を測定した。１～２日で５％を超える体重減少があった場合、実験開始時から２０％を超える体重減少があった場合、水若しくは餌の消費量が著しく減少した場合、又は異常行動（呼吸困難、消極性、若しくは浮腫）が見られた場合はマウスを犠死させた。
ヒトサンプルの採取
腫瘍サンプル及び対応する血液サンプルは、異なる臓器由来の扁平上皮癌と診断された患者から手術室で直接採取された。腫瘍は、１０％ＦＢＳ、及び１％ペニシリン／ストレプトマイシンを添加したＲＭＰＩ培養液中に採取し、４℃で保存または輸送した。血液サンプルはＥＤＴＡチューブで採取し、４℃で保存又は輸送した。腫瘍サンプルは直接処理するか、又はサンプルサイズが小さい場合は免疫不全マウスに移植して患者由来異種移植片（ＰＤＸ）を作製した。
サンプルサイズ、データの除外、無作為化及び盲検化
サンプルサイズは、特定の効果を検出するための高い検出力が得られるように、実験室での過去の経験に基づいて、各実験について選択された。サンプルサイズを事前に決定するために統計的方法は用いなかった。初代マウスモデルでのｉｎ ｖｉｖｏ研究では、適正な遺伝子型に基づいて動物を選択した：ＤＭＢＡ／ＴＰＡ腫瘍については２つ又は３つの適正な対立遺伝子（Ｋ１４Ｃｒｅ／ＲＹＦＰ、Ｋ１４Ｃｒｅ／Ｆａｔ１／ＲＹＦＰ、Ｋ１４ＣｒｅＥＲ／Ｆａｔ１／ＲＹＦＰ）、又は遺伝的腫瘍については５つの適正な対立遺伝子（Ｌｇｒ５ＣｒｅＥＲ／Ｋｒａｓ／ｐ５３／Ｆａｔ１／ＲＹＦＰ若しくはＫ１４ＣｒｅＥＲ／Ｋｒａｓ／ｐ５３／Ｆａｔ１／ＲＹＦＰ）を必要とする。全ての動物は、６～８週齢でＤＭＢＡ／ＴＰＡによる治療を開始するか、生後２８～３５日でタモキシフェンによる誘導を行った。性差は、可能な限り同数の雌雄の動物を含むことによって最小化した。解析、イメージング及び定量（組織学的解析、ＦＡＣＳ、サイトスピン定量、転移定量）において、研究者に対してマウスの遺伝子型を盲検化した。
腫瘍細胞亜集団の定義及びＦＡＣＳの単離
Ｌｇｒ５ＣｒｅＥＲ／ＫｒａｓG12D／ｐ５３fl/fl／Ｆａｔ１cKO／ＲＹＦＰマウス及びＫ１４ＣｒｅＥＲ／ＫｒａｓG12D／ｐ５３fl/fl／Ｆａｔ１cKO／ＲＹＦＰマウスからの皮膚腫瘍を解剖し、刻み、３７℃で１時間、ロッキングプレート上で遮光して３．５ｍｇ／ｍｌのＩ型コラゲナーゼ（Ｓｉｇｍａ）中で消化した。コラゲナーゼ活性をＥＤＴＡ（５ｍＭ）の添加によりブロックし、次に１０％ＦＢＳを添加したＰＢＳで細胞をすすぎ、細胞懸濁液を７０μｍのセルストレーナー（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で濾過した。ブリリアントバイオレット染色バッファー（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を加え（５０μｌ／サンプル）、細胞を、ＰＥ結合抗ＣＤ５１（ラットクローンＲＭＶ－７、Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ Ｃａｔ＃１０４１０６、１：５０希釈）、ＢＶ４２１結合抗ＣＤ６１（アルメニアハムスター、クローン２Ｃ９．Ｇ２、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃａｔ＃５５３３４５、１：５０希釈）、ビオチン結合抗ＣＤ１０６（ラット、クローン４２９（ＭＶＣＡＭ．Ａ）、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃａｔ＃５５３３３１、１：５０希釈）、ＢＶ７１１結合抗Ｅｐｃａｍ（ラットクローンＧ８．８、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃａｔ＃５６３１３４、１：１００希釈）、ＰｅｒＣＰＣｙ５．５結合抗ＣＤ４５（ラット、クローン３０－Ｆ１１、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃａｔ＃５５０９９４、１：１００希釈）及びＰｅｒＣＰＣｙ５．５結合抗ＣＤ３１（ラット、クローンＭＥＣ １３．３、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃａｔ＃５６２８６１、１：１００希釈）と共に、遮光して４℃で３０分間インキュベートした。細胞を、２％ＦＢＳを添加したＰＢＳで洗浄し、ストレプトアビジン－ＢＶ７８６（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｃａｔ＃５６３８５８、１：４００希釈）と共に、遮光して４℃で３０分間インキュベートした。単一の生腫瘍細胞を前方・側方散乱、ダブレット識別及び７ＡＡＤ色素排除により選択した。腫瘍細胞は、ＹＦＰの発現とＣＤ４５及びＣＤ３１（Ｌｉｎ－）の排除に基づいて選択した。Ｅｐｃａｍ－腫瘍細胞では、ＣＤ６１、ＣＤ５１及びＣＤ１０６マーカーを組み合わせて、異なる腫瘍細胞亜集団を定義した。
ＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１ ＫＯヒトＳＣＣ細胞におけるＣＤ４４発現は、細胞をトリプシン処理し、ＡＰＣ結合抗ＣＤ４４（クローンＩＭ７、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ Ｃａｔ＃１０３０１１、１：５０希釈）抗体と共にインキュベートした後に実施した。生腫瘍細胞は、前方・側方散乱、ダブレット識別及びＤＡＰＩ色素排除によって選択した。
蛍光活性化細胞選別及び分析は、ＦＡＣＳＡｒｉａ及びＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａを用い、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウエア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して実施した。選別された細胞は、培養培地（ｉｎ ｖｉｖｏ移植試験の場合）、溶解バッファー（ＲＮＡ抽出の場合）又は３％ＦＢＳ添加ＰＢＳ（ＡＴＡＣの場合に）中に採取した。
腫瘍移植アッセイ
種々のＦＡＣＳ単離腫瘍細胞亜集団（Ｋ１４Ｃｒｅ／ＲＹＦＰ及びＫ１４Ｃｒｅ／Ｆａｔ１fl/fl／ＲＹＦＰからのＹＦＰ＋／Ｅｐｃａｍ＋、ＹＦＰ＋／Ｅｐｃａｍ＋／Ｆａｔ１fl/fl、ＹＦＰ＋／Ｅｐｃａｍ－／Ｆａｔ１fl/fl）を４℃の培地に採取した。細胞を種々の希釈率（１０，０００、１０００、１００及び１０細胞）で５０μｌのマトリゲル（Ｅ１２７０、９７０ｍｇ／ｍｌ；Ｓｉｇｍａ）に再懸濁させ、ＮＯＤ／ＳＣＩＤ／Ｉｌ２Ｒγヌルマウスに皮下注射した。二次腫瘍を毎週触診により検出し、腫瘍が１ｃｍ3に達するか又はマウスが苦痛の兆候を呈するまでそれらのサイズをモニタリングした。マウスを犠死させ、二次腫瘍の数を定量した。腫瘍増殖細胞頻度を、従前に記載されているように(http://bioinf.wehi.edu.au/software/elda/)（Ｈｕ， Ｙ． ＆ Ｓｍｙｔｈ， Ｇ． Ｋ． ＥＬＤＡ： ｅｘｔｒｅｍｅ ｌｉｍｉｔｉｎｇ ｄｉｌｕｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ｄｅｐｌｅｔｅｄ ａｎｄ ｅｎｒｉｃｈｅｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ａｓｓａｙｓ． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ， ２００９， ｖｏｌ． ３４７， ７０－７８）、極限限界希釈分析（ＥＬＤＡ）オンラインソフトウエアを用いて計算した。
転移アッセイ
異なるＦＡＣＳ単離腫瘍細胞亜集団を４℃の培地に採取した。細胞を５０μｌのＰＢＳに再懸濁させ、ＮＯＤ／ＳＣＩＤ／Ｉｌ２Ｒγヌルマウスの尾静脈に注入した（１回の注入につき２０，０００細胞）。４０日目にマウスを犠死させ、肺を解析して転移の有無を検出した。転移の数は、ＹＦＰに基づき、肺当たり１０個の凍結切片（１００μｍで分離）で定量し、肺当たりの転移数として表した。転移は、免疫蛍光法によるＫ１４及びビメンチンの発現により同定した。
初代細胞培養
ＦＡＣＳで単離した新鮮なＹＦＰ＋Ｅｐｃａｍ－腫瘍細胞を６ウェルプレートに播種した。細胞は、１５％ＦＢＳ、０．４μｇ／ｍｌヒドロコルチゾン、１０ｎｇ／ｍｌ ＥＧＦ、２×１０－９Ｍ Ｔ３、１％ペニシリン／ストレプトマイシン及び２ｍＭ Ｌ－グルタミンを添加したＥＭＥＭ培地で培養した。細胞は２０％Ｏ２及び５％ＣＯ２、３７℃でインキュベートした。
細胞培養ヒト細胞株
Ａ３８８細胞（ヒト皮膚ＳＣＣ）細胞は、１０％ＦＢＳ、１００Ｕ／ｍｌ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ及び２ｍＭ Ｌ－グルタミンを添加したＤＭＥＭ培地で維持した。２９３Ｔ細胞は、１０％ＦＢＳ、２ｍＭグルタミン、１００Ｕ／ｍｌ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ溶液、ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液及びピルビン酸を添加したＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ）培地で維持した。全ての細胞株はＡＴＣＣから入手し、２０％Ｏ２及び５％ＣＯ２、３７℃で培養した。
ウエスタンブロット
氷上５分間、ホスファターゼ阻害剤カクテル（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ５８７０）及び１ｍＭ ＰＭＳＦ（Ｓｉｇｍａ、Ｃａｔ＃Ｐ７６２６）を加えた細胞溶解バッファー（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ＃９８０３）中で細胞を溶解させ、１０秒間５回超音波処理を行い、４℃、１４，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離をした。５～３０マイクログラムの範囲の細胞溶解液をＮｕＰａｇｅ １０％Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｔ＃ＮＰ０３１５ＢＯＸ）にロードし、電気泳動により分離した。タンパク質をニトロセルロース膜（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｃａｔ＃８８０１８）上に転写した。これらの膜を、抗ホスホ－ＣＡＭＫ２（ウサギ、１／１３３、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、クローンＤ２１Ｅ４、ｃａｔ＃１２７１６）又は抗ホスホ－ＳＣＲ Ｔｙｒ４１６（ウサギ、１：３０００、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、クローンＤ４９Ｇ４、Ｃａｔ＃６９４３）又は抗Ｈ３Ｋ２７Ｍｅ３ Ｌｙｓ２７（ウサギ、１：３０００、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、Ｃａｔ＃１７－６２２）又は抗ホスホ－ＭＥＫ１／ＭＥＫ２ Ｓｅｒ２１８、ＳＥＲ２２２、Ｓｅｒ２２６（ウサギ、１：１０００、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｔ＃４４－４５４Ｇ）又は抗ホスホ－ＥＧＦＲ Ｙ１１９７（ラット、１：５００、Ｒ＆Ｄ、ＭＡＢ８０５８）、抗ＣＡＭＫ２（ｐａｎ）（ウサギ、１／１２５、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、クローンＤ１１Ａ１０、Ｃａｔ＃４４３６）又は抗ＳＲＣ（ウサギ、１：１０００、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、クローン３２Ｇ６、Ｃａｔ＃２１２３）又は抗Ｈ３（ウサギ、１：６０００、Ａｂｃａｍ、Ｃａｔ＃ａｂ１７９１）又は抗ＭＥＫ１／ＭＥＫ２（ウサギ、１：１０００、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｔ＃ＰＡ５－３１９１７）又は抗ＥＧＦＲ（ウサギ、１：１０００、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、クローンＤ３８Ｂ１、Ｃａｔ＃４２６７）、抗ＹＥＳ（ウサギ、１：１０００、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、クローンＤ９Ｐ３Ｅ、Ｃａｔ＃６５８９０）及び抗β－アクチン（１：２０００、Ａｂｃａｍ、Ｃａｔ＃ａｂ８２２７）で一晩インキュベートした。二次抗体として、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と結合した抗ウサギ又は抗ラット免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）（１：３０００又は１：５０００；Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いた。
薬理学的阻害剤による処理
薬理学的阻害剤による処理では、培地に以下に記載するような異なる阻害剤を添加し、２０％Ｏ２及び５％ＣＯ２、３７℃で培養し、分析用に採取した。
ＣＡＭＫ２阻害のために本発明者らは、１０μＭのＣＡＭＫ２阻害剤ＫＮ９３（Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ７４２３、ＤＭＳＯに溶解）を用い、本発明者らは細胞を９６時間インキュベートし、４８時間後に一度培地を更新した。９６時間後、細胞を上記のようなＷＢのため、又はＦＡＣＳ分析のために採取した。免疫染色については、本発明者らは同じ処理に従ったが、細胞はゼラチンで覆われたカバーガラス上に予めプレーティングされていた。
ＹＥＳ／ＳＲＣ阻害のために、本発明者らは、５００ｎＭのサラカチニブ（Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ１００６、ＤＭＳＯに溶解）又は１００ｎＭのダサチニブ（Ｓｅｌｌｅｃｈｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ１０２１、ＤＭＳＯに溶解）を７２時間用い、４８時間後に１度培地を更新した。７２時間後、上記のようにＷＢまたは免疫染色のために細胞を採取した。
ＥＺＨ２阻害にはＧＳＫ３４３（Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ７１６４、ＤＭＳＯに溶解）を５００ｎＭで７日間使用し、４８時間ごとに培地を更新した。７日後、上記のようにＷＢまたは免疫染色のために細胞を採取した。
薬物感受性アッセイ
薬物感受性アッセイでは、９６ウェルプレートに４０００細胞／ウェルの密度で細胞を播種した。播種２４時間後に、５％ＦＢＳ培地中で、全ての阻害剤（アファチニブ－Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ１０１１、トラメチニブ－Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ２６７３、サラカチニブ－Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ１００６、ダサチニブ－Ｓｅｌｌｅｃｈｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ１０２１又はＫＮ９３－Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ Ｃａｔ＃Ｓ７４２３）、ビヒクル対照（ＤＭＳＯ）又は陽性対照（ピューロマイシン）の連続希釈液で細胞を処理した。処理開始から４８時間後、トリプシン処理により細胞を採取し、ＦＡＣＳにより生細胞数を計数することで定量した。生細胞は、前方・側方散乱、及びヘキスト色素排除によって選択した。各データポイントは、少なくとも３回の独立した反復の結果であり、反復のそれぞれは、技術的二反復を使用して評価されている。薬物応答曲線及びＩＣ５０値は、Ｐｒｉｓｍ８ソフトウエアを用いて算出した。
ソフト基材の作製とＹＡＰ１の定量
ソフト基板の作製については、本発明者らは（Ｖｉｇｎａｕｄ， Ｔ．， Ｅｎｎｏｍａｎｉ， Ｈ． ＆ Ｔｈｅｒｙ， Ｍ． Ｐｏｌｙａｃｒｙｌａｍｉｄｅ ｈｙｄｒｏｇｅｌ ｍｉｃｒｏｐａｔｔｅｒｎｉｎｇ． Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ， ２０１４， ｖｏｌ． １２０， ９３－１１６）と同様にポリアクリルアミドゲルにＥＣＭタンパク質を転写した。まず、カバーガラスを１０μｇ／ｍｌのフィブロネクチン（Ｆ１１４１、Ｓｉｇｍａ）及びラット尾部より抽出した１０μｇ／ｍｌのＩ型コラーゲンと共に、１００ｍＭ重炭酸ナトリウム（１４４－５５－８、Ｓｉｇｍａ）溶液ｐＨ８．３中で、３０分間インキュベートした。
ポリアクリルアミドゲルは、アクリルアミド（０１６９７、Ｆｌｕｋａ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ、ＵＳＡ）とビスアクリルアミド（６６６７５、Ｆｌｕｋａ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ、ＵＳＡ）を、それぞれ３ｋＰａゲルでは１０％／０．０３％、４０ｋＰａゲルでは８％／０．４８％の割合の混合を重合することにより調製した。ポリアクリルアミド混合物を真空チャンバー内で２０分間脱気し、１６５μｌを１μｌのテトラメチルエチレンジアミン（ＴＥＭＥＤ）（Ｔ９２８１、Ｓｉｇｍａ、ＵＳＡ）及び１μｌの１０％過硫酸アンモニウム（ＡＰＳ）（Ａ３６７８、Ｓｉｇｍａ、ＵＳＡ）と混合した。重合は，シラン処理したカバーガラス下、コーティングしたカバーガラス上で３０分間行った．その後、サンプルを滅菌ＰＢＳ（１４１９０、Ｇｉｂｃｏ）に浸漬し、シラン化カバーガラスをピンセットで取り除き、滅菌ＰＢＳ中、４℃で保存した。サンプルは細胞播種前に滅菌ＰＢＳで洗浄した。
ＹＡＰの定量については、本発明者らは、ＩｍａｇｅＪで細胞質領域と核領域を手動で定義し、蛍光強度を測定した。その後、各領域の面積に関して密度を算出し、最終的に核／細胞質比を算出した。
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ ＫＯ細胞株及び過剰発現（ＯＥ）細胞株の作出
安定なＯＥ細胞株の生成のために、ｓｈＲＮＡ担持ベクター又は対応する対照、並びにヘルパープラスミドｐＭＤ２－ＶＳＶｇ及びｐＰＡＸ２（それぞれＡｄｄｇｅｎｅプラスミド１２２５９及び１２２６０）でＨＥＫ２９３Ｔ細胞をリポフェクタミン２０００トランスフェクション（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によりＶＳＶ－Ｇ疑似型レンチウイルスを作製した。２９３Ｔ細胞は、１０％ＦＢＳ、２ｍＭグルタミン、１００Ｕ／ｍｌ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐ溶液、ＭＥＭ非必須アミノ酸溶液及びピルビン酸を添加したＤＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ）中で維持した。トランスフェクション４８時間後に、本発明者らはウイルス上清を回収し、０．４５μｍのポリフッ化ビニリデンフィルターで濾過した。感染には、ＦＡＣＳにより原発腫瘍から単離し培養で増殖させたＥｐｃａｍ細胞を６ウェルプレートの単一ウェルに６０～７０％コンフルエンスで播種し、３０μｇ／ｍＬポリブレンインフェクション／トランスフェクション試薬（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ＴＲ－１００３－Ｇ）を加えたウイルス上清と共にインキュベートした。本発明者らは、１２～１６時間後に培地を交換した。感染４８時間後に、本発明者らは、ピューロマイシン含有培地（２０μｇ／ｍＬピューロマイシン、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）で選抜を開始した。１週間のピューロマイシン選抜の後、細胞を免疫染色及びＦＡＣＳによりＣＤＨ１発現について試験した。
本発明者らは、エキソン２を標的とする４つのガイドＲＮＡを設計することにより、Ａ３８８細胞でＦＡＴ１ ＫＯ細胞株を作出した。最も効率的なガイドＲＮＡは、ＭＩＴ ＣＲＩＳＰＲデザインツール（Ｚｈａｎｇ Ｌａｂ、ＭＩＴ ２０１５、現在は中止）を使用して予測した。ｇＲＮＡ配列は、ｐＳｐＣａｓ９ｎ（ＢＢ）－２Ａ－ＧＦＰ（ＰＸ４６１）プラスミド（Ａｄｄｇｅｎｅ Ｐｌａｓｍｉｄ ＃４８１４０）に二本鎖オリゴヌクレオチドとしてクローニングし、Ｃａｓ９ Ｄ１０Ａ変異体とＥＧＦＰを同時に発現させた。本発明者らは、ガイドの各組合せによって生じた二本鎖切断の間に含まれるＤＮＡ配列がＤＮＡ修復時に組換えを再結合する際に、約４００ｂｐの欠失を生じるように、ガイドを設計した。ガイドの配列を表１に示す。ＣＲＩＳＰＲクローンの作製については、本発明者らは、Ａ３８８細胞を６０～７０％の密度で播種し、播種翌日に標準的なリポフェクタミン２０００トランスフェクションプロトコール（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を、当モル量の各ガイドと共に用いてトランスフェクションを行った。トランスフェクション４８時間後に、本発明者らはＧＦＰ蛍光に基づいてトランスフェクト細胞を単離し、９６ウェルプレートに単細胞として播種した。単細胞クローンが確認され次第、それらを増幅し、ゲノムＤＮＡを抽出し、欠失の有無を検出するプライマーの組合せを用いたＰＣＲによりプロービングした。本発明者らは更に、ガイドＲＮＡの位置を挟むＰＣＲプライマーを用いて欠失部位の配列決定を行い、生じた欠失がコーディング配列にフレームシフトを生じたことを確認することにより、欠失クローンの検証を行った。プライマー配列を表２に示す。
Ｆａｔ１／Ｓｏｘ２二重ＫＯ、Ｆａｔ１／Ｙａｐ１二重ＫＯ、Ｆａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ三重ＫＯ、ＦＡＴ１／ＣＤ４４二重ＫＯ及びＣＤＨ１ ＫＯ細胞株の生成は、既存のＦＡＴ１ ＫＯ又はＷＴ細胞株におけるＷＴ Ｃａｓ９発現時の単一ｇＲＮＡ媒介欠失を用いて行った。簡単に言うと、本発明者らは、ｌｅｎｔｉＣＲＩＳＰＲｖ２プラスミド（Ａｄｄｇｅｎｅ Ｐｌａｓｍｉｄ ＃５２９６１）又はｌｅｎｔｉＣＲＩＳＰＲｖ２－ｍＣｈｅｒｒｙプラスミド（Ａｄｄｇｅｎｅ Ｐｌａｓｍｉｄ ＃９９１５４）のレンチウイルス媒介導入とその後の導入細胞のプロマイシン選抜又はｍＣｈｅｒｒｙに基づく選別をそれぞれ使用した。全ての場合において、本発明者らは、抗体の利用可能性に応じて、ノックアウト効率を試験するための種々のアプローチ（免疫蛍光、ウエスタンブロット又はＦＡＣＳ）を用いて、４つの異なるｇＲＮＡの効率を調べた。本発明者らは、ＣＨＯＰＣＨＯＰウェブツール(http://chopchop.cbu.uib.no)又はブルネロライブラリー（ヒト遺伝子用）若しくはブリエライブラリー（マウス遺伝子用）で利用できるＢＲＯＡＤ研究所設計のガイドに基づいてｇＲＮＡを設計した。全ての配列を表１に示す。
Figure 2023535162000001
Figure 2023535162000002
Figure 2023535162000003
ＲＮＡ抽出及びリアルタイムＰＣＲ
ＦＡＣＳで単離した細胞からのＲＮＡ抽出は、ＲＮｅａｓｙマイクロキット（ＱＩＡＧＥＮ）を用いて、製造者の推奨に従って行った。リアルタイムＰＣＲでは、ナノドロップ定量の後、最終容量５０μｌのＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ ＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）とランダムヘキサマー（Ｒｏｃｈｅ）を用いて第一鎖ｃＤＮＡを合成した。ゲノム混入の制御は、逆転写酵素を含んで又は含まずに同じ手順を実行することにより、各サンプルについて測定した。定量的ＰＣＲアッセイは、１ｎｇのｃＤＮＡを鋳型として、ＳＹＢＲＧｒｅｅｎミックス（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を用い、Ｌｉｇｈｔ Ｃｙｃｌｅｒ ９６（Ｒｏｃｈｅ）リアルタイムＰＣＲシステムで行った。正規化にはＨＰＲＴハウスキーピング遺伝子を用いた。プライマーはＰｕｂｍｅｄツール(https://tumor.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)又はＲｏｃｈｅ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｐｒｏｂｅ Ｌｉｂｒａｒｙ Ａｓｓａｙ Ｄｅｓｉｇｎ ｃｅｎｔｅｒ(https://lifescience.roche.com/webapp/wcs/ stores/servlet/CategoryDisplay?tab=Assay+Design+Center&identifier=Universal+Probe+Library&langId=-1)を用いて設計した。
ＲＮＡシークエンシング
シークエンシングの前に、ＲＮＡの品質をＢｉｏａｎａｌｙｚｅｒ ２１００（Ａｇｉｌｅｎｔ）で評価した。Ｏｖａｔｉｏｎ Ｓｏｌｏ ＲＮＡ－ｓｅｑ Ｓｙｓｔｅｍｓ（ＮｕＧｅｎ）を用いて、製造者の推奨に従い、インデックス付きのｃＤＮＡライブラリーを得た。マルチプレックスライブラリー（１１ｐＭ／１８ｐＭ）をフローセルにロードし、ＨｉＳｅｑ ＰＥ Ｃｌｕｓｔｅｒ Ｋｉｔ ｖ４及びＴｒｕＳｅｑ ＳＢＳ Ｋｉｔ ｖ３－ＨＳ（２５０サイクル）を用いてＨｉＳｅｑ １５００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）で配列を作成した。リードは、ＳＴＡＲソフトウエア（Ｄｏｂｉｎ， Ａ． ｅｔ ａｌ． ＳＴＡＲ： ｕｌｔｒａｆａｓｔ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＲＮＡ－ｓｅｑ ａｌｉｇｎｅｒ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１３， ｖｏｌ． ２９， １５－２１）を用いてマウス参照ゲノム（Ｇｒｃｍ３８／ｍｍ１０）に対してマッピングし、各サンプルのリードアライメントを作成した。アノテーションＧｒｃｍ３８．８７は ｆｔｐ．Ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇから取得した。転写産物のアセンブル後、ＨＴｓｅｑを用いて遺伝子レベルのカウントを取得し、２０００万個のアライメントリードに対して正規化した。異なる腫瘍細胞集団の各遺伝子の平均発現を少なくとも２つの生物学的反復に基づいて計算し、亜集団間の倍率変化を算出した。１．５又は２以上の発現倍率変化を有する遺伝子は上方調節されていると見なされ、０．５又は０．６６以下の発現倍率変化を有する遺伝子は下方調節されていると見なされる。
ヒト腫瘍及び適合する血液サンプルのエクソームシークエンシング
全ゲノムＤＮＡライブラリーは、ＫＡＰＡ Ｈｙｐｅｒ ｐｒｅｐキット（Ｒｏｃｈｅ）Ｖ２を用い、製造者の説明書に従って作成した。次に、得られた全ゲノムライブラリーをＩｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ ６０００で配列決定し、７５ｂｐシングルエンドリードを生成し、平均被覆率は０．１×であった。
エクソーム－シークエンシング解析
アラインメント及び下流解析を開始する前に、ＦａｓｔＱＣ (https://tumor.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)により品質確認を行った。アダプター配列は、ＴｒｉｍｏｍａｔｉｃＰＥでオプション「ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ａｄａｐｔｏｒ．ｆｉｌｅ：２：３０：１０ ＬＥＡＤＩＮＧ：３ ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３ ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５ ＭＩＮＬＥＮ：３６」を用いて除去した。マウス参照ゲノムｍｍ１０にマップされたマウス混入配列リードは、ＢＢＭａｐ(https://github.com/BioInfoTools/BBMap)に属するｂｂｓｐｌｉｔ．ｓｈでフィルタリングして除き、ヒト参照ゲノムｈｇ３８にマッピングされていないリードもフィルタリングして除いた。このステップで、オプションａｍｂｉｇｕｏｕｓ＝ｂｅｓｔ ａｍｂｉｇｕｏｕｓ２＝ｔｏｓｓ ｍａｘｉｎｄｅｌ＝９０００００ ｑｔｒｉｍ＝ｆ ｕｎｔｒｉｍ＝ｆ ｍｉｎｒａｔｉｏ＝０．６５を使用した。
次に、ペアエンドリードをＢｕｒｒｏｗｓ－Ｗｈｅｅｌｅｒ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌ（Ｌｉ， Ｈ． ＆ Ｄｕｒｂｉｎ， Ｒ． Ｆａｓｔ ａｎｄ ａｃｃｕｒａｔｅ ｓｈｏｒｔ ｒｅａｄ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｗｉｔｈ Ｂｕｒｒｏｗｓ－Ｗｈｅｅｌｅｒ ｔｒａｎｓｆｏｒｍ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ， ２００９， ｖｏｌ． ２５， １７５４－１７６０）で、ａｌｎモードで、ヒト参照ゲノムｈｇ３８とアラインメントした。Ｐｉｃａｒｄ ｔｏｏｌｓ(http://broadinstitute.github.io/picard/)を用いて、リードのソートと重複リードの除去を行った。ローカルリアライメント工程は、Ｔｈｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｔｏｏｌｋｉｔ（ＧＡＴＫ）（ＭｃＫｅｎｎａ， Ａ． ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｔｏｏｌｋｉｔ： ａ ＭａｐＲｅｄｕｃｅ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｆｏｒ ａｎａｌｙｚｉｎｇ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ． Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ ２０１０， ｖｏｌ． ２０， １２９７－１３０３）を用いて行い、各リードとそのメイトペア間の全てのメイトペア情報をｐｉｃａｒｄ ｔｏｏｌｓで検証した。
領域の被覆率はＰｉｃａｒｄ ＣａｌｃｕｌａｔｅＨｓＭｅｔｒｉｃｓで算出し、平均被覆率が少なくとも１０である領域を変異判定に使用した。選択された領域の塩基性品質スコアはＧＡＴＫで再較正した。腫瘍及び正常の変異は、ＧＡＴＫのＨａｐｌｏｔｙｐｅＣａｌｌｅｒ機能で判定した。
体細胞変異を得るために、ｂｅｄｔｏｏｌｓ（バージョン２．２７．０）（Ｑｕｉｎｌａｎ， Ａ． Ｒ． ＆ Ｈａｌｌ， Ｉ． Ｍ． ＢＥＤＴｏｏｌｓ： ａ ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｓｕｉｔｅ ｏｆ ｕｔｉｌｉｔｉｅｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ｇｅｎｏｍｉｃ ｆｅａｔｕｒｅｓ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１０， ｖｏｌ．２６， ８４１－８４２）交差によって正常由来の変異を腫瘍由来の変異からフィルタリングして除いた。体細胞変異は、ａｎｎｏｔａｔｅ＿ｖａｒｉａｔｉｏｎ．ｐｌ， ｔａｂｌｅ＿ａｎｎｏｖａｒ．ｐｌ と呼ばれるプログラムであるＡＮＮＯＶＡＲ（ｖ２０１３Ｊｕｎ２１）（Ｗａｎｇ， Ｋ．， Ｌｉ， Ｍ． ＆ Ｈａｋｏｎａｒｓｏｎ， Ｈ． ＡＮＮＯＶＡＲ： ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｎｔｓ ｆｒｏｍ ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ， ２０１０， ｖｏｌ． ３８， ｅ１６４）により、対応する参照ゲノムを用いて注釈した。本研究では、同義置換は除外した。
コピー数変異（ＣＮＶ）分析
アラインメント及び下流解析を開始する前に、ＦａｓｔＱＣ(https://tumor.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)で品質確認を行った。アダプター配列はＴｒｉｍｏｍａｔｉｃＳＥでオプション「ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ａｄａｐｔｏｒ．ｆｉｌｅ：２：３０：１０ ＬＥＡＤＩＮＧ：３ ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３ ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５ ＭＩＮＬＥＮ：３６」（Ｂｏｌｇｅｒ， Ａ． Ｍ．， Ｌｏｈｓｅ， Ｍ． ＆ Ｕｓａｄｅｌ， Ｂ． Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ： ａ ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｔｒｉｍｍｅｒ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１４， ｖｏｌ． ３０， ２１１４－２１２０）を用いて除去した。マウス混入配列リードは、ＢＢＭａｐ(https://github.com/BioInfoTools/BBMap)に属するｂｂｓｐｌｉｔ．ｓｈでフィルタリングして除き、ｈｇ１９にマッピングされていない配列もフィルタリングして除いた。このステップで、オプション「ａｍｂｉｇｕｏｕｓ＝ｂｅｓｔ ａｍｂｉｇｕｏｕｓ２＝ｔｏｓｓ ｍａｘｉｎｄｅｌ＝９０００００ ｑｔｒｉｍ＝ｆ ｕｎｔｒｉｍ＝ｆ ｍｉｎｒａｔｉｏ＝０．６５」を使用した。
フィルタリングしたリードを、Ｂｕｒｒｏｗｓ－Ｗｈｅｅｌｅｒ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌを用いて、ヒト参照ゲノムｈｇ３８に対してｍｅｍモードでマッピングした。アラインメントされたリードのリードグループ情報は、ｐｉｃａｒｄ ＡｄｄＯｒＲｅｐｌａｃｅＲｅａｄＧｒｏｕｐｓで置換し、ｐｉｃａｒｄ ＳｏｒｔＳａｍでソートした。重複するリードは、ｐｉｃａｒｄ ＭａｒｋＤｕｐｌｉｃａｔｅｓアルゴリズムでマークし、除外した。
染色体異常は、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ(https://www.bioconductor.org)（バージョン３．１０）パッケージに属すＱＤＮＡｓｅｑ（バージョン１．２２．０）をＲバージョン３．６(https://www.R-project.org/)で定量する（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ， Ｍ． Ｄ．， ＭｃＣａｒｔｈｙ， Ｄ． Ｊ． ＆ Ｓｍｙｔｈ， Ｇ． Ｋ． ｅｄｇｅＲ： ａ Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｄｉｇｉｔａｌ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１０， ｖｏｌ． ２６， １３９－１４０； Ｓｃｈｅｉｎｉｎ， Ｉ． ｅｔ ａｌ． ＤＮＡ ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｆｒｅｓｈ ａｎｄ ｆｏｒｍａｌｉｎ－ｆｉｘｅｄ ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ ｂｙ ｓｈａｌｌｏｗ ｗｈｏｌｅ－ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｗｉｔｈ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｂｌｅｍａｔｉｃ ｒｅｇｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ． Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ， ２０１４， ｖｏｌ．２４， ２０２２－２０３２）。非重複ビンのサイズは３０ｋｂとし、ヒト参照ゲノムｈｇ１９の下でコピー数を定量した。定量されたコピー数は、マッピング可能性とＧＣ含有量に基づき、同時二次元ｌｏｅｓｓ補正で調整した。又、スプリアスなゲノム領域はフィルタリングして除いた。
ヒートマップは、対象領域を含むビンに対して作成した。ヒートマップの取得には発現基づくヒートマップと呼ばれるアプリケーションであるＨｅａｔｍａｐｐｅｒを使用し（Ｂａｂｉｃｋｉ， Ｓ． ｅｔ ａｌ． Ｈｅａｔｍａｐｐｅｒ： ｗｅｂ－ｅｎａｂｌｅｄ ｈｅａｔ ｍａｐｐｉｎｇ ｆｏｒ ａｌｌ． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ， ２０１６， ｖｏｌ． ４４， Ｗ１４７－１５３）、ヒートマップは、データセットのスケールなしで生成した。
ＡＴＡＣシークエンシング
ＡＴＡＣシークエンシングでは、異なる腫瘍亜集団から１０００００個の選別細胞を、３％ＦＢＳを添加した１ｍＬのＰＢＳ中に４℃で回収した。細胞を遠心分離し、細胞パレット(pallets)を１００μｌの溶解バッファー（ＴｒｉｓＨＣｌ １０ｍＭ、ＮａＣｌ １０ｍＭ、ＭｇＣｌ２ ３ｍＭ、Ｉｇｅｐａｌ ０．１％）に再懸濁させ、５００ｇで２５分間、４℃で遠心分離した。上清を慎重に廃棄し、核を５０μｌの反応バッファー（Ｔｎ５トランスポゼース２．５μｌ、ＴＤバッファー２２．５μｌ、Ｎｅｘｔｅｒａ ＤＮＡサンプル調製キットから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、及び２５μｌ Ｈ２０）に再懸濁させた。反応は３７℃で３０分間行い、５μｌのクリーンアップバッファー（ＮａＣｌ ９００ｍＭ、ＥＤＴＡ ３００ｍＭ）を加えて停止させた。ＤＮＡはＭｉｎｉＥｌｕｔｅ精製キット（ＱＩＡＧＥＮ）を用い、製造者のプロトコールに従って精製した。ＤＮＡライブラリーをＰＣＲで増幅させ（Ｎｅｘｔｅｒａ ＤＮＡサンプル調製キット、Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、製造者の推奨に従って２００～８００ｂｐでサイズを選択した（ＢｌｕｅＰｉｐｐｉｎ、Ｓａｇｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）。
ＡＴＡＣシークエンシング解析
アラインメントと下流解析を開始する前に、ＦａｓｔＱＣ(https://tumor.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)で品質確認を行った。アダプター配列は、ＴｒｉｍｏｍａｔｉｃＰＥでオプション「ＨＥＡＤＣＲＯＰ：１０ ＣＲＯＰ：７０ ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ａｄａｐｔｏｒ．ｆｉｌｅ：２：３０：１０ ＬＥＡＤＩＮＧ：３ ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３ ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５ ＭＩＮＬＥＮ：６０」 （Ｂｏｌｇｅｒ， Ａ． Ｍ．， Ｌｏｈｓｅ， Ｍ． ＆ Ｕｓａｄｅｌ， Ｂ． Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ： ａ ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｔｒｉｍｍｅｒ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１４， ｖｏｌ． ３０， ２１１４－２１２０， ｄｏｉ：１０．１０９３／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ／ｂｔｕ１７０）を使用して除去した。次に、オプション「－Ｘ ２０００－－ｆｒ－－ｖｅｒｙ－ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ－－ｎｏ－ｄｉｓｃｏｒｄａｎｔ－－ｎｏ－ｕｎａｌ－－ｎｏ－ｍｉｘｅｄ－ｎｏｎ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｓｔｉｃ」を用い、ＡＴＡＣ－ｓｅｑペアエンドリードをＢｏｗｔｉｅ２（バージョン２．２．６）を用いてマウスゲノムＧｒｃｍ３８に対してアラインした（Ｌａｎｇｍｅａｄ， Ｂ． ＆ Ｓａｌｚｂｅｒｇ， Ｓ． Ｌ． Ｆａｓｔ ｇａｐｐｅｄ－ｒｅａｄ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｗｉｔｈ Ｂｏｗｔｉｅ ２． Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ， ２０１２， ｖｏｌ．９）。ミトコンドリアリード、マッピングされていないコンティグ又はランダムコンティグからのリード、及びマッピング品質が２０未満のリードはｓａｍｔｏｏｌｓを用いて除去した（Ｌｉ， Ｈ． ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／Ｍａｐ ｆｏｒｍａｔ ａｎｄ ＳＡＭｔｏｏｌｓ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２００９， ｖｏｌ．２５）。重複リードはＰｉｃａｒｄ ｔｏｏｌｓ(http://broadinstitute.github.io/picard/)により除去した。
ピークコールは、個々のサンプルに対して、ｍａｃｓ２（バージョン２．１．０．２０１５１２２２）（Ｚｈａｎｇ， Ｙ． ｅｔ ａｌ． Ｍｏｄｅｌ－ｂａｓｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＣｈＩＰ－Ｓｅｑ （ＭＡＣＳ）． Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ， ２００８， ｖｏｌ． ９， Ｒ１３７）により、オプション「－ｆ ＢＡＭＰＥ －ｇ ｍｍ－ｑ ０．０５－－ｎｏｍｏｄｅｌ－－ｃａｌｌ－ｓｕｍｍｉｔｓ－Ｂ－ＳＰＭＲ」を用いて実施した。異なる亜集団からのピークを下流解析のためにマージした。
各個のサンプルのマージされた各ピークのリード数は、ＨＴＳｅｑ－ｃｏｕｎｔ（Ｈｅｉｎｚ， Ｓ． ｅｔ ａｌ． Ｓｉｍｐｌｅ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｌｉｎｅａｇｅ－ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ ｐｒｉｍｅ ｃｉｓ－ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｒｅｑｕｉｒｅｄ ｆｏｒ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ ａｎｄ Ｂ ｃｅｌｌ ｉｄｅｎｔｉｔｉｅｓ． Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ， ２０１０， ｖｏｌ． ３８， ５７６－５８９）により、オプション「－ｆ ｂａｍ －ｒ ｐｏｓ －ｍ ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｏｎ－ｎｏｎｅｍｐｔｙ」を用いて算出した。これらのカウントは、マージされたピークの１００万のマッピングリードに対して正規化し、亜集団間の変化倍率を算出した。ＧＲＥＡＴソフトウエア（ＭｃＬｅａｎ， Ｃ． Ｙ． ｅｔ ａｌ． ＧＲＥＡＴ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｉｓ－ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｒｅｇｉｏｎｓ． Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ， ２０１０， ｖｏｌ．２８）を用い、以下のパラメーター：近位上流５．０ｋｂ、近位下流１．０ｋｂ、遠位１００．０ｋｂとして、ピークを遺伝子に関連付けた。ほとんどの解析で、少なくとも１つの遺伝子に注釈されたピークのみが保持された。
差分ピークとは、２つの亜集団間で少なくとも２倍の変化を持つピークで、それが高い方の亜集団でピークと呼ばれるものと定義される。
デノボモチーフ検索は、ＨＯＭＥＲソフトウエア（Ａｎｄｅｒｓ， Ｓ．， Ｐｙｌ， Ｐ． Ｔ． ＆ Ｈｕｂｅｒ， Ｗ． ＨＴＳｅｑ－－ａ Ｐｙｔｈｏｎ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｔｏ ｗｏｒｋ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１５， ｖｏｌ．３１， １６６－１６９）のｆｉｎｄＭｏｔｉｆｓＧｅｎｏｍｅ．ｐｌを用い、パラメーター「－ｓｉｚｅ－２５０，２５０－Ｓ １５－ｌｅｎ ６，８，１０，１２，１６」用いて実施した。具体的なモチーフ研究は、ＨＯＭＥＲソフトウエアのａｎｎｏｔａｔｅＰｅａｋｓ．ｐｌプログラムを用い、パラメーター「－ｓｉｚｅ－２５０，２５０」を用いて実施した。
ヒトがんにおけるＦａｔ１シグネチャーの予測値の解析（ＴＣＧＡデータベース）
Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）コンソーシアムが公開している肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）データセットのＲＮＡシークエンシング生カウントは、国立がん研究センターのポータルサイト(https://portal.gdc.cancer.gov/)からダウンロードしたものである。各サンプルに固有のライブラリーサイズを考慮するために、ＨＴＳｅｑから算出した生カウント（Ａｎｄｅｒｓ， Ｓ．， ｅｔ ａｌ．． ＨＴＳｅｑ－－ａ Ｐｙｔｈｏｎ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｔｏ ｗｏｒｋ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１５， ｖｏｌ． ３１， １６６－１６９）を、ＲＰＫＭ（ｒｅａｄｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ）に正規化した（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ， Ｍ． Ｄ．， ｅｔ ａｌ．． ｅｄｇｅＲ： ａ Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｄｉｇｉｔａｌ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１０， ｖｏｌ． ２６， １３９－１４０）。
共通Ｆａｔ１ｃＫＯシグネチャーは、マウス皮膚Ｆａｔ１ｃＫＯ ＳＣＣと対照、マウス肺Ｆａｔ１ｃＫＯ ＳＣＣと対照、及びヒトＦＡＴ１ ＫＯ ＳＣＣ細胞とＦＡＴ１ ＷＴで共通して上方調節されている（倍率変化２）遺伝子として定義する。シグネチャーは、選択した遺伝子の対数発現の加重和として算出され、遺伝子固有の重みはＦａｔ１ｃＫＯ Ｅｐｃａｍ＋と対照Ｅｐｃａｍ＋との関連性の方向に応じて、＋１又は－１に相当する。次に、２．５％及び９７．５％の分位数がそれぞれ－１及び＋１となるように、シグネチャーのスケーリングを行った。Ｆａｔ１ｃＫＯマウスシグネチャーと全生存期間（ＯＳ）の間の関連性は、Ｃｏｘ比例ハザード回帰モデル（Ｒパッケージｇｅｎｅｆｕ、バージョン２．８．０のｋｍ．ｃｏｘｐｈ．ｐｌｏｔ関数）を使用して評価した（Ｇｅｎｄｏｏ， Ｄ． Ｍ． ｅｔ ａｌ． Ｇｅｎｅｆｕ： ａｎ Ｒ／Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ－ｂａｓｅｄ ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１６， ｖｏｌ． ３２， １０９７－１０９９））。
ＦＡＴ１突然変異（変異対立遺伝子頻度、ＶＡＦ、２０％以上の非同義突然変異）と変異型ＦＡＴ１シグネチャーとの関連は、ウィルコクソン順位和検定により評価した。ＦＡＴ１ ＶＡＦと変異型ＦＡＴ１シグネチャーの間の関連を評価するために、スピアマン相関を使用した。変異型ＦＡＴ１シグネチャーと全生存期間（ＯＳ）の間の関連は、Ｃｏｘ比例ハザードモデル及びカプラン－マイヤー生存曲線で報告されたログランク検定Ｐ値を用いて評価した（Ｖａｓｉｏｕｋｈｉｎ， Ｖ．， ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ ｍａｇｉｃａｌ ｔｏｕｃｈ： ｇｅｎｏｍｅ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｉｎ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｉｎｄｕｃｅｄ ｂｙ ｔａｍｏｘｉｆｅｎ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｍｏｕｓｅ ｓｋｉｎ． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ， １９９９， ｖｏｌ．９６， ８５５１－８５５６）。
解析は全てＲプラットフォーム（バージョン３．４．４）で実施した。統計解析は全て両側で行った。
ＣｈＩＰ－ｑＰＣＲ実験
ＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１ ＫＯ Ａ３８８細胞は、無血清培地中１％ホルムアルデヒドを用いて室温で１０分間架橋した。反応は０．１２５Ｍグリシンの添加でクエンチし、冷ＰＢＳで２回洗浄した。ＣｈＩＰ実験は、ＣｈＩＰ－ＩＴ Ｅｘｐｒｅｓｓキット（Ａｃｔｉｖｅ Ｍｏｔｉｆ）のプロトコールに従って実施した。簡単に述べると、バイオラプター（Ｄｉａｇｅｎｏｄｅ）を用いて超音波処理を行い、平均３００ｂｐのクロマチン断片を生成させた。５マイクログラムのＨ３Ｋ２７ｍｅ３用ウサギモノクローナル抗体（Ｃ３６Ｂ１１ Ｒａｂｂｉｔ ｍＡｂ、＃９７３３ Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を１０μｇのクロマチンと共に４℃で一晩インキュベートした。十分な洗浄工程の後、ＤＮＡを溶出させ、６５℃で一晩逆架橋した後、ｉＰｕｒｅｖ２キット（Ｄｉａｇｅｎｏｄｅ）を用いて精製した。１マイクロリットルの濃縮ＤＮＡ、０．５μＭのプライマー及びＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎマスターミックスを、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ４８０ ＩＩ（Ｒｏｃｈｅ）を用いた４５サイクルのＰＣＲに供した。ＷＴ細胞およびＦＡＴ１ＫＯ細胞における同一ゲノム領域のＨ３Ｋ２７ｍｅ３値の倍率変化は、入力正規化後の各細胞株のＩＰのΔΔＣｔに基づいて算出した。Ｐ値は両側１標本ｔ検定を用いて算出した。バックグラウンドのクロマチン結合を考慮してＩｇＧ対照を含めた（示されていない）。ヒトＳｏｘ２プロモーターのメチル化領域及び対照領域（ＥＺＨ２／Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３陰性対照領域）のＣｈＩＰ－ｑＰＣＲ用プライマーは、公開文献から入手した（Ｋｕｓｈｗａｈａ， Ｒ． ｅｔ ａｌ． Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ａｎｄ Ｒｏｌｅ ｏｆ ＳＯＸ２ Ｒｅｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｓｅｍｉｎｏｍａ： Ｒｅｌｅｖａｎｃｅ ｔｏ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｒｍｌｉｎｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｔｉｏｎ． Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ， ２０１６， ｖｏｌ． ６， ７７２－７８３； Ｔｏｒｉｇａｔａ， Ｋ． ｅｔ ａｌ． ＬＡＴＳ２ Ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｙ Ｒｅｇｕｌａｔｅｓ Ｐｏｌｙｃｏｍｂ Ｒｅｐｒｅｓｓｉｖｅ Ｃｏｍｐｌｅｘ ２． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ， ２０１６， ｖｏｌ． １１， ｅ０１５８５６２）。
プロテオミクス解析のためのサンプル調製
ヒトＡ３８８ ＳＣＣ細胞株のＦＡＴ１ ＷＴ ２クローンとＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ ＦＡＴ１ ＫＯ ２クローンの３反復に相当する合計１２サンプルをＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析用に調製した。細胞ペレット（ペレット当たり５００万細胞）を、８Ｍ尿素、２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ８．０及びＰｈｏｓＳＴＯＰホスファターゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ， １錠／１０ｍｌバッファー）を含む尿素溶解バッファーに溶解させた。サンプルは、３ｍｍプローブを用いて２０％の振幅で１５秒間の３パルスで超音波処理し、パルス間は１分間氷上でインキュベートした。室温で２０，０００×ｇ、１５分間遠心分離して不溶成分を除去した後、５ｍＭ ＤＴＴを加えて５５℃で３０分間インキュベートしてタンパク質を還元し、次いで、１０ｍＭヨードアセタミドを加えて室温、暗所で１５分間インキュベートすることによりアルキル化した。タンパク質濃度は、ブラッドフォードアッセイ（Ｂｉｏ－ｒａｄ）を用いて測定し、各サンプルから１ｍｇのタンパク質を用いてプロトコールを続けた。サンプルを更に２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ８．０で尿素の終濃度が４Ｍとなるように希釈し、タンパク質を５μｇ ＬｙｓＣ（Ｗａｋｏ）（１／２００，ｗ／ｗ）で３７℃にて４時間消化した。サンプルを再び２Ｍ尿素になるように希釈し、５μｇトリプシン（Ｐｒｏｍｅｇａ）（１／２００，ｗ／ｗ）で３７℃にて一晩消化した。得られたペプチド混合物を１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）の添加により酸性化し、氷上で１５分間インキュベートした後、サンプルを室温、１，７８０×ｇで１５分間遠心分離して不溶性成分を除去した。次に、ＳａｍｐｌｉＱ ＳＰＥ Ｃ１８カートリッジ（Ａｇｉｌｅｎｔ）でペプチドを精製した。カラムは、まず、１ｍｌの１００％アセトニトリル（ＡＣＮ）で洗浄し、３ｍｌの溶媒Ａ（水中０．１％ＴＦＡ／ＡＣＮ（９８：２，ｖ／ｖ））で予備平衡化してからサンプルをカラムにロードした。ペプチド結合後、カラムを２ｍｌの溶媒Ａで再び洗浄し、７００μｌの溶出バッファー（水中０．１％ＴＦＡ／ＡＣＮ（２０：８０，ｖ／ｖ））で２回ペプチドを溶出させた。若干の変更を加えた製造者の説明に従ったプロトコールに従い、ホスホペプチドをＭａｇＲｅＳｙｎ（登録商標）Ｔｉ－ＩＭＡＣビーズで濃縮した。簡単に述べると、１００μｌのＭａｇＲｅＳｙｎ（登録商標）Ｔｉ－ＩＭＡＣビーズ（サンプル当たり）を７０％ＥｔＯＨで２回、１％ＮＨ4ＯＨで１回、水／ＡＣＮ／ＴＦＡ（１４：８０：６，ｖ／ｖ／ｖ）の混合溶液で３回洗浄した。次に、消化したサンプルを洗浄したビーズと共に室温で３０分間インキュベートし、ビーズを水／ＡＣＮ／ＴＦＡ（１４：８０：６，ｖ／ｖ／ｖ）の混合液で１回、水／ＡＣＮ／ＴＦＡ（１９：８０：１，ｖ／ｖ／ｖ）の混合液で３回洗浄した。８０μｌの１％ＮＨ4ＯＨを３回加えて、ビーズからホスホペプチドを溶出させた。合わせた溶出液に６０μｌの１０％ギ酸（ＦＡ）を加え、スピードバック真空濃縮機でサンプルを完全に乾燥させた。
ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析
ホスホペプチド濃縮により得られたペプチドを２０μｌの溶媒Ａに再溶解させ、１５μｌをＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析のために、Ｎａｎｏｓｐｒａｙ Ｆｌｅｘイオン源を備えたＱ Ｅｘａｃｔｉｖｅ ＨＦ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ）にインラインで接続したＵｌｔｉｍａｔｅ ３０００ ＲＳＬＣｎａｎｏシステムに注入した。トラッピングは、２０ｍｍトラッピングカラム（自社製、内径（Ｉ．Ｄ．）１００μｍ、５μｍビーズ、Ｃ１８ Ｒｅｐｒｏｓｉｌ－ＨＤ、Ｄｒ． Ｍａｉｓｃｈ、ドイツ）にて、溶媒Ａ中、１０μｌ／分で４分間行い、サンプルは、５０℃でＵｌｔｉｍａｔｅ ３０００のカラムオーブンに取り付けたＣ１８エンドキャップ機能付き２００ｃｍ長マイクロピラーアレイカラム（ＰｈａｒｍａＦｌｕｉｄｉｃｓ）にロードした。適切なイオン化のために、溶融シリカＰｉｃｏＴｉｐエミッター（内径１０μｍ）（Ｎｅｗ Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）をμＰＡＣ（商標）アウトレットユニオンに接続し、このユニオンにアース接続を行った。ペプチドは、まず７５０ｎｌ／分、次に３００ｎｌ／分の流速で、１１６分かけて１から５５％のＭＳ溶媒Ｂ（水中０．１％ＦＡ／ＡＣＮ（２：８，ｖ／ｖ））まで非線形増加で溶出した後、９９％のＭＳ溶媒Ｂまで１４分間の洗浄とＭＳ溶媒Ａ（水中０．１％ＦＡ）による再平衡化を行った。質量分析計はデータ依存モードで動作し、ＭＳスペクトルごとに最も存在量の多い８つのイオンピークについて、ＭＳとＭＳ／ＭＳの取得を自動的に切り替えた。フルスキャンＭＳスペクトル（３７５～１５００ｍ／ｚ）は、目標値３，０００，０００まで蓄積した後、オービトラップアナライザーにて分解能６０，０００で取得した。８，３００の閾値を超える８つの最も強いイオンを分離し（１．５Ｔｈのウインドウ）、最大１２０ｍｓの間、目標値１００，０００でトラップを充填した後、２８％の正規化衝突エネルギーで断片化を行った。ＭＳ／ＭＳスペクトル（２００～２０００ｍ／ｚ）はオービトラップアナライザーにて分解能１５，０００で取得した。Ｓ－ｌｅｎｓのＲＦレベルは５０に設定し、シングルの割り当てられていない、電荷状態が７を超えるプリカーサーイオンをフラグメント化選択から除外した。本事業期間中に装置の経時的な性能を制御するためにＱＣｌｏｕｄを使用した（Ｃｈｉｖａ， Ｃ． ｅｔ ａｌ． ＱＣｌｏｕｄ： Ａ ｃｌｏｕｄ－ｂａｓｅｄ ｑｕａｌｉｔｙ ｃｏｎｔｒｏｌ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－ｂａｓｅｄ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ， ２０１８， ｖｏｌ． １３， ｅ０１８９２０９）。
リン酸化プロテオミクスデータ解析
リン酸化プロテオミクスデータのデータ解析は、Ａｎｄｒｏｍｅｄａ検索エンジンを、ＰＳＭ、ペプチド及びタンパク質レベルで１％に設定された偽発見率を含むデフォルトの検索設定で使用してＭａｘＱｕａｎｔ（バージョン１．６．３．４）で実施した。スペクトルは、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｐｒｏｔｅｏｍｅデータベース（２０，９６０のヒトタンパク質配列を含む２０１９年６月のデータベースリリースバージョン、http://www.uniprot.org）でヒトタンパク質に対して検索した。メイン検索時のプリカーサーイオンとフラグメントイオンの質量許容差は、それぞれ４．５ｐｐｍと２０ｐｐｍに設定した。酵素の特異性はＣ末端のアルギニンとリジンに設定し、プロリン結合での切断も許可し、切断ミスは最大２回とした。可変修飾はメチオニン残基の酸化、タンパク質Ｎ末端のアセチル化及びセリン、スレオニン又はチロシン残基のリン酸化に設定し、システイン残基のカルバミドメチル化を固定修飾に設定した。実施間のマッチングは、マッチング時間ウインドウを０．７分、アライメント時間ウインドウを２０分とした。少なくとも１つのユニークペプチド又はレイザーペプチドを持つタンパク質のみを保持し、７，８５６のリン酸化部位の同定に至った。タンパク質は、ＭａｘＱｕａｎｔソフトウエアに統合されたＭａｘＬＦＱアルゴリズムによって定量化した。定量には、２つのユニークペプチドまたはレイザーペプチドの最小比率カウントを必要とした。
ホスホプロテオミクスデータの解析のために、ホスホ（ＳＴＹ）部位ファイルをＰｅｒｓｅｕｓ ソフトウエア（バージョン１．６．２．１）にロードした。リバースヒットを削除し、サイトテーブルを展開し、強度値をｌｏｇ２変換し、中央値を減算した。繰り返しサンプルをグループ化し、少なくとも１つのグループで有効な値が３未満のホスホ部位を削除し、検出限界付近の正規分布から欠損値を入力して、３３１１個の定量化されたリン酸化ペプチドのリストを作成し、これを更なるデータ解析に使用した。次に対照サンプルとＫＯサンプルを比較するためにｔ検定を行い（ＦＤＲ＝０．０５及びｓ０＝１）、ボルカノプロットを作成した。ＦＡＴ１ ＫＯサンプルでは２８８個のホスホペプチドが有意に上方調節され、ＦＡＴ１ ＷＴサンプルでは３３５個のホスホペプチドが有意に上方調節され、非教師付き階層的クラスタリングの後にヒートマップにプロットされた。
定量及び統計解析
両側スチューデントｔ検定、両側マン・ホイットニーＵ検定および生存分析（カプラン－マイヤー）は、Ｍａｃ，ＧｒａｐｈＰａｄソフトウエア、ラホヤ、カリフォルニア州ＵＳＡ、ｔｕｍｏｒ．ｇｒａｐｈｐａｄ．ｃｏｍ用のＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍバージョン７．００を用いて実施した。
ＴＰＣの統計的ｐ値は、カイ二乗検定を用いて求めた。皮膚腫瘍及び転移性乳房腫瘍における転移数及び異なる亜集団の割合の統計的ｐ値は、ｔ検定を用いて算出した。
その他の統計手法 Ｒソフトウエア（Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ、ウィーン、オーストリア）(http://tumor.bioconductor.org/)のｈｅａｔｍａｐ．２関数によりキャンベラ距離と完全クラスタリング法を用いて、サンプル間で最も分散の大きい５００の注釈付きマージピークのリードの数で亜集団のクラスタリング用のデンドログラム（ＲＮＡ－ｓｅｑ及びＡＴＡＣ－ｓｅｑデータ）を描いた。
ＥＭＴ及びＭＥＴの全ての異なる比較について、ｓｍａｄ２結合部位を有する遺伝子に注釈されたピークの割合が全ゲノムよりも高いかどうかを推定するために、本発明者らは、ＲＳＡＴソフトウエアを用いて、全マウスゲノムにおいて５００ｂｐの１００００ピーク５セットをランダムに生成した（Ｍｅｄｉｎａ－Ｒｉｖｅｒａ， Ａ． ｅｔ ａｌ．， ＲＳＡＴ ２０１５： ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏｏｌｎ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ， ２０１５， ｖｏｌ． ４３， Ｗ５０－Ｗ５６）。ＳＭＡＤ２結合部位は、ＥＭＴのピークと全く同様にＨＯＭＥＲで検索し、ＳＭＡＤ２に対する少なくとも１つの潜在的結合を有する１００００のうち２８３２、２７８８、２７８２、２７６４及び２７９７のピークを導いた。本発明者らは、２７９３ピークを平均値とした。Ｒソフトのｐｒｏｐ．ｔｅｓｔ関数をａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ＝「ｇｒｅａｔｅｒ」パラメーターとともに用い、この割合が高いかどうかを検定した。
統計解析は全て生物学的反復（本文、図又は図の説明で示した「ｎ」に相当）に基づく。統計の算出に技術的反復は使用しなかった。
実施例２．Ｆａｔ１変異腫瘍に関連する主要なシグナル伝達経路、遺伝子及び転写因子
本発明者らは、最も頻度の高い腫瘍抑制遺伝子の１つであるＦＡＴ１機能欠失（ＬＯＦ）が、ｉｎ ｖｉｖｏでの腫瘍の発生及び進行を促進することを実証した。更に、本発明者らは、ＦＡＴ１ ＬＯＦが、腫瘍幹細胞性及び転移の増加を呈する上皮間葉転換（ＥＭＴ）ハイブリッド状態の獲得を促進することを見出した。例えば、本発明者らは、ＦＡＴ１変異ＳＣＣが、ＦＡＴ１ ＷＴ ＳＣＣと比較して、遙かに高いＥＭＴハイブリッドスコアを示すことを見出した。ＳＣＣのＦＡＴ１変異を図７に示す。Ｆａｔ１ ＬＯＦがハイブリッドＥＭＴ状態を促進する分子機構を調べるために、本発明者らは、ＷＴ及びＦａｔ１ｃＫＯマウス皮膚ＳＣＣからのＥｐｃａｍ＋及びＥｐｃａｍ－腫瘍細胞（ＴＣ）の転写及びクロマチンランドスケープを探索した。本発明者らは、Ｅｐｃａｍ＋ Ｆａｔ１ｃＫＯ ＴＣは、腫瘍形成中にＥＭＴを受けるように転写的にプライミングされ、ＥＭＴ後、Ｆａｔ１ｃＫＯ Ｅｐｃａｍ－ ＴＣは、肺がんの生存率の低さと関連するハイブリッドＥＭＴ状態で安定化することを実証した。より詳細には、本発明者らは、マウス皮膚及び肺Ｆａｔ１ｃＫＯ ＳＣＣとヒトＦＡＴ１ ＫＯ ＳＣＣとの間で共通するＲＮＡ間葉系シグネチャーの高い発現が、肺ＳＣＣ患者における不良な全生存率と関連し、この共通のＦａｔ１シグネチャーが、変異体対立頻度が２０％を超えるＦＡＴ１点突然変異の存在及びＦＡＴ１欠失と関連していることを見出した（図２ａ～ｂ）。
Ｙａｐ１及びＳｏｘ２はＦａｔ１欠失の下流で間葉及び上皮状態を調節する
Ｆａｔ１欠失後に起こるハイブリッドＥＭＴ状態の転写プライミングに関与するクロマチンランドスケープの変化を定義するために、本発明者らは、ＦＡＣＳで分離したＷＴ並びにＦａｔ１ｃＫＯ Ｅｐｃａｍ＋及びＥｐｃａｍ－ ＴＣ集団に対してＡＴＡＣ－ｓｅｑを実施した。本発明者らは、Ｚｅｂ１、Ｓｎａｉｌ１、Ｔｗｉｓｔ２などの主要なＥＭＴ ＴＦ及び他のＥＭＴマーカー（例えば、Ｖｉｍ、Ｃｏｌ６ａ３など）内のエンハンサーが、Ｅｐｃａｍ＋ Ｆａｔ１ｃＫＯ ＴＣではＷＴ Ｅｐｃａｍ＋ＴＣと比較して既により接近しやしくなっており、Ｆａｔ１欠失時にＥＭＴのエピジェネティックプライミングを説明する可能性があることを見出した。本発明者らは、Ｅｐｃａｍ＋と比較してＥｐｃａｍ－Ｆａｔ１ｃＫＯでのみ開放され、ＥＭＴの進行に関連するエンハンサー、例えばＰｒｒｘ１、Ｎｆａｔｃ１、Ｐｄｇｆｒｂ又はＶｃａｍ１／ＣＤ１０６の制御領域を見出した。Ｅｐｃａｍ＋ Ｆａｔ１ｃＫＯ細胞におけるＥＭＴのクロマチンプライミングに関与するＴＦを定義するために、本発明者らは、Ｅｐｃａｍ＋ Ｆａｔ１ｃＫＯ細胞ではＥｐｃａｍ＋ ＷＴ細胞と比較してより開放されているＡＴＡＣ－ｓｅｑピークについてモチーフ発見解析を行った。本発明者らは、ＡＰ１、Ｎｆｉ、Ｒｕｎｘ、Ｍａｆｋ、Ｔｅａｄ、Ｎｆｋｂ ＴＦのモチーフがＦａｔ１ｃＫＯ Ｅｐｃａｍ＋ ＴＣのクロマチン領域で統計的に強く濃縮されており、ＴＦのＪｕｎ／ＦｏｓファミリーがＹａｐ１経路を核に中継するＴＥＡＤファミリーを含む他のＴＦと協力し（図３ａ）、Ｆａｔ１変異がん細胞がｉｎ ｖｉｖｏで皮膚ＳＣＣにおけるＥＭＴを起こしやすくしていることが示唆された。
Ｅｐｃａｍ－Ｆａｔ１ｃＫＯ ＴＣにおけるハイブリッドＥＭＴ状態及びいくつかの上皮系遺伝子の持続的発現を担うクロマチン領域を定義するために、本発明者らは、前上皮系ＴＦの調節領域のクロマチンランドスケープを調査した。本発明者らは、それらの発現変化と一致して、Ｃｅｂｐａ、Ｃｅｂｐｂ、Ｇｒｈｌ１、Ｓｏｘ２、Ｋｌｆ４又はＡＰ２ｇなどの前上皮ＴＦの調節領域に位置する多くのエンハンサーが、Ｅｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯＴＣではなお開放されていたのに対し、Ｌｇｒ５ＣＲＥＥＲ／ＫＲａｓG12D／ｐ５３cKO ＳＣＣ由来のＥｐｃａｍ－ＴＣのＥｐｃａｍ－ＴＣではこれらのエンハンサーが完全に閉じていたことを見出した。免疫染色により、Ｆａｔ１ｃＫＯハイブリッドＥＭＴ細胞では、これらの前上皮系ＴＦ（Ｓｏｘ２、ｐ６３、又はＫｌｆ４）の持続的発現が確認された。ハイブリッド上皮表現型の維持に関与するＴＦを同定するために、本発明者らは、完全間葉系Ｌｇｒ５ＣＲＥＥＲ／ＫＲａｓG12D／ｐ５３cKO ＳＣＣ由来のＥｐｃａｍ－対照ＴＣと比較してＥｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯ ＴＣで上方調節されていたＡＴＡＣ－ｓｅｑピークのモチーフ発見分析を実施した。本発明者らは、ＡＰ１、Ｓｏｘ、Ｋｌｆ、Ｌｈｘ及びＭａｆＫモチーフがＥｐｃａｍ－ Ｆａｔ１ｃＫＯ ＴＣにおいて統計的に強く濃縮されていることを見出し（図３ａ）、Ｆａｔ１ｃＫＯにおけるハイブリッドＥＭＴ状態の上皮プログラムが、ＡＰ１／Ｓｏｘ２／Ｋｌｆ転写ネットワークによって媒介されていることを示唆した。ＡＰ１ ＴＦは、Ｒａｓが駆動するがんにおいて、上皮系エンハンサーと間葉系エンハンサーの両方でクロマチンリモデリングを誘導することができる。ＹＡＰ１／ＴｅａｄはＡＰ１と共働して皮膚腫瘍の発生とＥＭＴを促進する。ＳＯＸ２は多くのヒトＳＣＣで増幅され、皮膚ＳＣＣのがん幹細胞をマークし、Ｆａｔ１ｃＫＯ ＴＣにおけるハイブリッドＥＭＴ状態と上皮性遺伝子の持続的発現に関与している可能性がある。
Ｆａｔ１欠失腫瘍におけるハイブリッドＥＭＴ状態を制御する遺伝子調節ネットワークの生物情報学的予測を機能的に検証するために、本発明者らは、Ｙａｐ１／Ｔａｚ及びＳｏｘ２のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９媒介欠失が、マウス皮膚ＳＣＣの腫瘍幹細胞性、転移及び遺伝子発現プログラムに与える影響を評価した。Ｌｇｒ５ＣＲＥＥＲ／ＫＲａｓG12D／ｐ５３cKO／ＦａｔcKO ＳＣＣに由来するＳｏｘ２ ＫＯ及びＹａｐ１／Ｔａｚ ＫＯ初代Ｅｐｃａｍ陰性細胞株の限界希釈移植は、いずれの場合にもＴＰＣ頻度の減少を示した（図３ｂ）。又、Ｓｏｘ２又はＹａｐ１／Ｔａｚのいずれかを欠失させると、転移数も著しく減少し（図３ｃ）、このことから、Ｓｏｘ２及びＹａｐ１／Ｔａｚ転写プログラムが、マウス腫瘍におけるＦａｔ１欠失の下流で腫瘍幹細胞性及び転移を促進するのに重要であることが示された。これらの知見のヒトでの関連性を評価するために、本発明者らは、ＦＡＴ１欠失ヒトＳＣＣ細胞株におけるＳＯＸ２又はＹＡＰ１／ＴＡＺのいずれかのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９欠失を実施した。ＳＯＸ２又はＹＡＰ１／ＴＡＺ ＫＯは、３次元フェロイドアッセイにおけるＦＡＴ１欠失によって媒介される腫瘍成長の促進を減少させ（図３ｄ）、ＳＯＸ２及びＹＡＰ１／ＴＡＺがヒトがん細胞においてＦＡＴ１の下流の腫瘍成長を促進することを示した。逆に、同じ細胞株でＥ－カドヘリンを欠失させると、細胞接着の欠陥が誘導されるが、腫瘍成長は促進されず、ＳＯＸ２又はＺＥＢ１の発現も核ＹＡＰ１の増加も誘導されなかった。
Ｆａｔ１欠失により媒介される転写プログラムにおけるＳｏｘ２及びＹａｐ１／Ｔａｚのそれぞれの役割を評価するために、本発明者らは、免疫不全マウスへの移植後に、Ｓｏｘ２又はＹａｐ１／Ｔａｚの同時欠失を呈するＦａｔ１変異腫瘍において、ＦＡＣＳプロファイル、組織学、上皮及び間葉系マーカーの発現、並びに転写プロファイルを評価した。Ｌｇｒ５ＣＲＥＥＲ／ＫＲａｓG12D／ｐ５３cKO／ＦａｔｃKO ＳＣＣにおけるＳｏｘ２の欠失は、免疫染色（Ｋｒｔ１４の完全喪失）及びＦＡＣＳ分析（ハイブリッドから後期ＥＭＴ ＴＰ ＥＭＴ亜集団への移行）により示されるように、上皮の特徴の喪失とハイブリッドから完全ＥＭＴへの移行を生じた（図３ｅ～ｆ）。Ｆａｔ１／Ｓｏｘ２二重ＫＯのＲＮＡ－ｓｅｑは更に、間葉系マーカー（例えば、Ｌｏｘ、Ｃｏｌ４ａ６、Ｍｍｐ９、Ｐｄｇｆｒａ）の増加及び上皮系マーカー（例えば、Ｃｅｂｐａ、Ｋｒｔ５、Ｔｒｐ６３）の減少によって示される後期ＥＭＴシグネチャーの著しい濃縮（図３ｈ）を示した（図３ｊおよびデータは示されていない）。
その代わりに、Ｙａｐ／Ｔａｚの欠失は、Ｅｐｃａｍ三重陰性（ＴＮ）集団の濃縮と後期ＥＭＴ段階を呈するＴＣの不在によって示されるように、早期ハイブリッドＥＭＴ状態を促進した（図３ｇ）。
Ｆａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ三重ＫＯのトランスクリプトームは、Ｅｐｃａｍ＋上皮及び初期ハイブリッドＥＭＴ（ＴＮ）シグネチャーの有意な濃縮を示した（図３ｉ）。Ｆａｔ１／Ｙａｐ１／Ｔａｚ三重ＫＯにおいて下方調節される遺伝子のうち、本発明は、多くの古典的なＹａｐ１／Ｔａｚ標的遺伝子（例えば、Ｃｔｇｆ、Ａｍｏｔｌ２、Ｆｓｔｌ１）、並びに他の多くのＥＭＴ関連遺伝子（例えば、Ｖｃａｍ１、Ｔｈｙ１、Ｐｄｆｒｂ）がＦａｔ１ ＬＯＦと比較して減少していることを見出した（図３Ｋ）。これらのデータを合わせると、Ｓｏｘ２とＹａｐ１／ＴａｚはＦａｔ１ ＬＯＦの下流で安定したハイブリッドＥＭＴ表現型につながる異なる転写プログラムを制御していることが示される。
ホスホプロテオミクス解析によるＦＡＴ１欠失下流のシグナル伝達カスケードの特定
原形質膜に存在するプロトカドヘリンであるＦａｔ１の欠失が、Ｓｏｘ２及びＹａｐ１／Ｔａｚによって制御される転写プログラムの活性化につながることを理解するために、本発明者らは、ＷＴ及びＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ ＦＡＴ１ ＫＯヒトＳＣＣ細胞のホスホプロテオミクス解析を行ってＦＡＴ１欠失の下流で活性化しているシグナル伝達経路を段階的に詳細に吟味している。本発明者らは、ＷＴ細胞株及びＦＡＴ１欠失同系統ヒトＳＣＣ細胞株との間で調節が異なるホスホペプチドを定量した。ＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣでは、ＦＡＴ１ ＷＴと比較して２８８のホスホ部位が有意に上方調節され、３３５が有意に下方調節されていることが判明した（図４ａ）。
ＦＡＴ１ ＬＯＦ時に、ＺＯ－１（Ｓ１６１７）及びＺＯ－２（Ｓ１３０、Ｓ１３１、Ｓ１１５９、Ｓ９８６、Ｓ２２６）などの細胞間接着に関与するタンパク質のリン酸化が大きく減少することが観察された。ＬＡＴＳ１をリン酸化し、ＹＡＰ１を阻害し、ＹＡＰ１－ＴＥＡＤ４相互作用を減少させることが報告されているＭＡＰ４Ｋ４は、ＦＡＴ１ ＷＴ ＴＣにおいて最も強く上方調節されたキナーゼの一つであった（図４ｂ）。更に、本発明者らは、ＦＡＴ１ ＷＴ ＴＣにおいて有意にリン酸化が高かったタンパク質のうち、ＰＲＫＣＤ（Ｓ３０４）、ＥＧＦＲ（Ｔ６９３）、ＥＲＢＢ２（Ｓ９９８）、ＭＥＫ１（Ｔ３８６）、ＭＥＫ２（Ｓ２２６）、ＡＫＴ２（Ｔ４５１でリン酸化）及びＭＴＯＲ（Ｔ１１６２）を特定した（図４ｂ、図５ａ、ｂ）。リン酸化プロテオミクス解析とよく一致し、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時に下方調節される経路に関する本発明者らの予測を検証すると、ＦＡＴ１ ＷＴ ＴＣではＭＥＫが有意に高くリン酸化され、ＥＧＦＲ及びｐＥＧＦＲの総レベルが増加していた（図４ｃ、ｄ）。これらのデータは、ＥＧＦＲ－ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ－ＭＡＰＫ及びＥＧＦＲ－ＰＩ３Ｋ－ＡＣＴ－ＭＴＯＲシグナル伝達経路の活性が、ＦＡＴ１ ＬＯＦによって低下することを示唆している。
逆に、ＦＡＴ１欠損ＴＣは、ＳＲＣファミリーのチロシンキナーゼに属すがん原遺伝子チロシンタンパク質キナーゼＹＥＳのＹ１９４並びにＭＡＰ１Ｂタンパク質（Ｓ１２５２、Ｓ１７７９、Ｔ９４８、Ｔ９４８、Ｓ２０９８、Ｓ９３７、Ｓ１２９８及びＳ１３１２）及びＧＪＡ１タンパク質（Ｓ３０６、Ｓ３２８、Ｓ３２５、Ｓ３３０、Ｔ３２６、Ｓ３６５及びＳ３６４）のリン酸化が強く増加した（図４ｅ、図５ｃ）。ＧＪＡ１のリン酸化は、膜でのＧＪＡ１の局在を促進し、機能的なギャップジャンクション形成を増加させ、これはＴＣの転移能の増加と関連している。これらのデータは、ＦＡＴ１ ＬＯＦが細胞間接着、細胞間コミュニケーション及び細胞骨格の全体的なリモデリングを誘導し、ハイブリッドＥＭＴ表現型の獲得に至ることを示唆している。
ＦＡＴ１ ＬＯＦの下流で働くシグナル伝達カスケードを解読するために、本発明者らは、ＰｈｏｓｐｈｏＳｉｔｅＰｌｕｓオンラインツールと文献検索を用いて、同定されたホスホ部位の上流に作用するキナーゼを予測した。興味深いことに、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼＩＩ（ＣＡＭＫ２）は、ＦＡＴ１ｃＫＯ ＴＣに濃縮されたホスホペプチドの上流で作用することが最も高頻度に判明した（ＣＡＭＫ２は、ＣＤ４４のセリン７０６、ＥＺＨ２のスレオニン４８７、並びにＧＪＡ１のセリン３２８、セリン３２５、セリン３３０、セリン３６４及びセリン３６５をリン酸化すると予測された）（図４ｆ、図５ｄ）。ＰＬＫ１は、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時にて濃縮されるホスホペプチドの上流に高頻度に見られるもう一つのキナーゼであった（図５ｄ）。
次に、ウェスタンブロット（ＷＢ）を用いてこれらの知見を検証し、異なるキナーゼの低分子阻害剤を用いて、予測されたキナーゼ－タンパク質ネットワークの機能的関連性を定義した。生物情報学的予測によると、ＦＡＴ１のＬＯＦ時にＣＡＭＫ２が有意に高くリン酸化されることが判明した（図４ｇ）。更に、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時にＳＲＣ／ＹＥＳもより高く発現し、リン酸化されること（図４ｈ）、及びＣＡＭＫ２阻害剤（ＫＮ９３）がＳＲＣ／ＹＥＳのリン酸化レベルを大きく低下させることが確認され（図４ｉ）、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時にＣＡＭＫ２が直接又は間接的にＹＥＳ／ＳＲＣをリン酸化することが示された。
ＣＤ４４は、ＥＭＴ時に上方調節され、腫瘍の幹細胞性、腫瘍の進行及び転移を促進することが以前から報告されているタンパク質である。コンピューター解析により、ＥＳＲＰ１－ＣＤ４４－ＺＥＢ１ループが、ヒト肺がん細胞のハイブリッドＥＭＴ状態を安定化させることが予測された。リン酸化は、ＣＤ４４の細胞内局在及びシグナル伝達を調節する。本発明者らは、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時にＳ７０６上のリン酸化が上方調節されることを見出した（図４ｆ）。ＦＡＣＳ解析により、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞は、より高レベルの表面ＣＤ４４を発現していることが明らかになった（図４ｊ）。ＣＡＭＫ２が膜上のＣＤ４４の安定化に関与しているかどうかを理解するために、本発明者らは、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞をＣＡＭＫ２阻害剤で処理し、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞においてＣＡＭＫ２阻害時に表面ＣＤ４４のレベルが有意に低下することを認めた（図４ｋ、ｌ）。重要なこととして、ＣＤ４４シグナル伝達は、ＳＲＣのリン酸化を促進することが示されている。ＦＡＴ１ ＫＯ細胞においてＣＡＭＫ２がＹＥＳ／ＳＲＣを直接リン酸化するか、又はＣＤ４４シグナル伝達を介してリン酸化するかを決定するために、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９ ＣＤ４４欠失を行い、ＣＤ４４／ＦＡＴ１二重ＫＯ時にｐＳＲＣが減少することが判明した（図４ｍ）。これらのデータは、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時に、ＣＡＭＫ２が少なくとも部分的にＣＤ４４を介してＳＲＣを活性化することを示している。ＦＡＴ１／ＣＤ４４ ＫＯヒトＳＣＣ細胞のクローン形成性は、３次元腫瘍スフェロイドアッセイで有意に低下し（図４ｎ）、ＣＤ４４の安定化がＦＡＴ１ ＬＯＦ時に観察される腫瘍幹細胞性の増大に寄与していることを示す。
次に本発明者らは、ハイブリッドＥＭＴ表現型が、少なくとも部分的にＣＡＭＫ２－ＳＲＣシグナル伝達によって説明され得るかどうかを評価した。その目的のために、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞、ＦＡＴ１／ＣＤ４４ ＫＯ細胞、及びＣＡＭＫ２又はＳＲＣ阻害剤で処理したＦＡＴ１ ＫＯ細胞におけるＹＡＰ１、ＺＥＢ１、Ｅ－カドヘリン及びＳＯＸ２の発現を分析した。本発明者らは、ＦＡＴ１／ＣＤ４４ ＫＯ腫瘍細胞、ＣＡＭＫ阻害剤（ＫＮ９３）で処理したＦＡＴ１ ＫＯ細胞及びＳＲＣ阻害剤（サラカチニブ又はダサチニブ）で処理したＦＡＴ１ ＫＯ細胞が、核ＹＡＰ１及びＺＥＢ１の強い減少、Ｅ－カドヘリン発現の増加を示し、よりコンパクトな上皮コロニーで成長していた（データは示されていない）ことを見出した。これらの結果は、ＦＡＴ１ ＬＯＦが、間葉系プログラムの発現を促進するＣＡＭＫ２／ＣＤ４４／ＳＲＣ－ＹＡＰ／ＺＥＢ１軸を活性化することを示した。本発明者らは、ＣＡＭＫ２阻害剤で処理したＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣにおいて、ＳＯＸ２の発現が減少することを観察した。しかしながら、ＣＤ４４／ＳＲＣカスケードを阻害しても、ＳＯＸ２の変化は観察されなかった（データは示されていない）。
本発明者らのホスホプロテオミクス解析により、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞では、ＦＡＴ１ ＷＴ細胞と比較して、ＥＺＨ２がＴｈｒ４８７で有意に高くリン酸化されていることが明らかになった。このリン酸化部位は、ＥＺＨ２を不活性化することが報告されている。ＥＺＨ２は、Ｈ３をＬｙｓ２７でメチル化して転写抑制を媒介するＰＲＣ２複合体の重要な部分である。本発明者らは、ＳＣＣ形成時にＳｏｘ２遺伝子座でこのヒストンマークがリモデリングされることを以前に発見している。本発明者らは、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞でＥＺＨ２を阻害すると、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３抑制ヒストンマークが減少し、従って、ＳＯＸ２の発現が転写的に促進されると仮定した。ＦＡＴ１ ＫＯ細胞では、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の全体的なレベルが有意に減少しており（図４ｏ）、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時にＥＺＨ２の活性が低下している可能性があるとの見解を裏付ける。ＦＡＴ１ ＫＯ細胞をＣＡＭＫ２阻害剤で処理すると、Ｈ３Ｋ２７ｍｅ３の全体的なレベルが上昇し（図４ｐ）、ＣＡＭＫ２活性化がＴＣにおけるＥＺＨ２／ＰＲＣ２活性を阻害するという見解と一致していた。ＥＺＨ２阻害がＨ３Ｋ２７ｍｅ３マークの減少とＳＯＸ２ ｍＲＮＡ発現の増加をもたらすかどうかを機能的に評価するために、ＦＡＴ１ ＷＴ細胞をＥＺＨ２阻害剤（ＧＳＫ３４３）で処理した。ＦＡＴ１ ＷＴ細胞では、ＥＺＨ２阻害剤処理から７日後にＨ３Ｋ２７ｍｅ３が減少し、ＳＯＸ２ ｍＲＮＡとタンパク質の発現が増加し（図４ｑ、ｒ、ｓ）、このことはＳＯＸ２がＦＡＴ１／ＣＡＭＫ２／ＥＺＨ２依存性の機構によってエピジェネティック調節されることをさらに示唆している。ＦＡＴ１欠失がＳＯＸ２遺伝子座における抑制的ヒストンマークを減少させることをさらに証明するために、本発明者らは、ＦＡＴ１の存在下または不在下でＳＯＸ２プロモーター領域におけるＨ３Ｋ２７ｍｅ３抑制マークの付着を評価した。ＣｈＩＰ－ｑＰＣＲにより、ＳＯＸ２プロモーター周辺のＨ３Ｋ２７ｍｅ３マークがＦＡＴ１欠失時に有意に減少することが示され、ＦＡＴ１欠失がエピジェネティック機構を介してＳＯＸ２の発現を調節するという見解が裏付けられた（図４ｔ）。ＹＡＰ／ＴＡＺシグナル伝達は、細胞外マトリックスの硬さによって調節されることが示されているので、本発明者らは、マトリックスの硬さの変化が、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時にＹＡＰ１の核局在又はＳＯＸ２発現に少なくとも部分的に関与し得るかどうかを評価した。この目的のために、本発明者らは、ＦＡＴ１ ＷＴ及びＦＡＴ１ ＫＯを、異なる硬さ条件（３および４０ｋＰａ）でコーティングしたカバーガラス上及びガラス上で培養した。予想通り、ＦＡＴ１ ＷＴ細胞は、低硬度基質（３ＫＰ）上で培養すると極めて低い核内ＹＡＰ１を示し、高硬度基質（４０ＫＰ）またはガラス上で培養すると高い核内ＹＡＰ１を示した。興味深いことに、ＦＡＴ１ ＫＯ腫瘍細胞は、軟質基質上でも高レベルの総ＹＡＰ１発現及び核内ＹＡＰ１発現を示した。硬度が高いほど、ＹＡＰ１の核局在は更に増加した（図６ａ～ｂ）。これらのデータは、ＦＡＴ１の機能欠失が高いＹＡＰ１発現をもたらすシグナル伝達経路を構成的に活性化し、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞がＹＡＰ１核発現に関して、あたかも腫瘍細胞が硬い基質に曝されたかのように挙動することを示す。ＦＡＴ１ ＷＴ細胞は基質の硬さとは無関係にＳＯＸ２が陰性であったが、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞は全ての条件でＳＯＸ２を高レベルで発現し、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時に細胞外の硬さとは無関係にＳＯＸ２が恒常的に活性化されることを示す。
要約すると、本発明者らは、細胞極性及び細胞接着の喪失をＦａｔ１欠失の下流におけるハイブリッドＥＭＴ表現型の誘導と関連付けるエピジェネティック及び転写機構を同定した。本発明者らは、Ｆａｔ１突然変異体のトランスクリプトーム、エピゲノム、プロテオーム特性解析を含む包括的分子特性解析により、ハイブリッドＥＭＴシグネチャーが、がん細胞における間葉系および上皮系転写プログラムの共発現をそれぞれ調節するＹＡＰ１及びＳｏｘ２の活性化により媒介されることを示している。重要なことに、本発明者らは、Ｆａｔ１の機能欠失に関連する遺伝子シグネチャーが、肺がん患者の生存率低下の予測因子であることを示した。更に、本発明者らは、ＦＡＴ１欠失時に活性化又は阻害されるタンパク質リン酸化ネットワークの機能的特徴決定と組み合わせたリン酸化プロテオミクス解析を用いて、Ｆａｔ１ ＬＯＦの下流でＹＡＰ１及びＳＯＸ２の活性化につながるシグナル伝達カスケードを同定した。Ｆａｔ１欠失はＣＡＭＫ２を活性化し、ＳＲＣ／ＹＥＳ及びＣＤ４４のリン酸化を誘導し、ＹＡＰの核移行及びＺＥＢ１発現を含むＥＭＴプログラムの誘導を促進する。又、ＣＡＭＫ２の活性化は、ＥＺＨ２のＴｈｒ４８７でのリン酸化をもたらし、その活性を抑制し、ＳＯＸ２調節領域でのクロマチン抑制マークの減少をもたらし、ＳＯＸ２の上方調節をもたらし、上皮系プログラムの発現を持続させる。更に、ＦＡＴ１欠失は又、ＥＧＦＲ／ＭＥＫ経路の活性化も低下させる。
実施例３．ＦＡＴ１変異腫瘍における腫瘍薬への耐性と脆弱性
頭頸部、食道又は肺などの異なる臓器に由来する進行ＳＣＣの治療は依然として困難であり、特に転移性疾患では予後が不良である。ＦＡＴ１は、ＳＣＣにおいて最も高頻度に変異している遺伝子の一つである。ＦＡＴ１変異がこれらのがんの療法への応答にどの程度の影響を及ぼすかは現在のところ不明である。本発明者らは、ＦＡＴ１ ＬＯＦ時に変化するシグナル伝達カスケードが、これらのがんの治療耐性及び脆弱性を予測し得るかどうかを検証した。この仮説を検証するために、本発明者らは、ＷＴ細胞とＦＡＴ１ ＫＯ細胞の間で調節が異なることが判明したシグナル伝達経路の阻害剤に対するＷＴ株および同系統ＦＡＴ１ ＫＯヒトがん細胞株の感受性を評価した。アファチニブなどのＥＧＦＲ阻害剤は、転移性ＳＣＣ患者に広く使用されている。ＭＥＫ阻害剤も又、転移性ＳＣＣの魅力的な治療戦略であることが提唱されている。非常に興味深いことに、ＦＡＴ１ ＫＯ細胞は、ＦＡＴ１ ＷＴ ＳＣＣ細胞と比較して、ＥＧＦＲ阻害剤アファチニブ及びＭＥＫ阻害剤トラメチニブに対して有意に耐性があった（図４ｕ～ｖ）。
対照的に、ＦＡＴ１ ＫＯ ＴＣは、ＦＡＴ１ ＷＴ ＴＣと比較して、ＳＲＣ阻害剤ダサチニブ及びサラカチニブ並びにＣＡＭＫ２阻害剤ＫＮ９３に対して有意に高い感受性を示した（図４ｖ、ｗ）。これらの結果は、ＦＡＴ１ ＬＯＦの基礎にある分子機構を理解することで、ＦＡＴ１変異がん患者におけるより良い標的療法につながり得ることを示している。
要約すると、ＦＡＴ１野生型腫瘍細胞と比較してＦＡＴ１変異型腫瘍細胞で異なる調節を受けるシグナル伝達経路の活性化及び阻害は、ＣＡＭＫ２及びＳＲＣ阻害に対するＦＡＴ１変異型がん細胞の感受性を高め、ＥＧＦＲ及びＭＥＫ阻害に対する耐性につながる（図６ｃ）。この研究は、個別化医療及びＦＡＴ１変異を示すがんを有する多くの患者の予後及び治療にとって重要な意味を持つ。
実施例４．抗新生物薬による治療に対する対象の感受性又は耐性の決定及び対象の治療
ＳＣＣ患者（例えば、皮膚のＳＣＣ、頭頸部のＳＣＣ、食道のＳＣＣ又は肺のＳＣＣ）から生体サンプル（例えば、組織生検）を取得する。その後、生体サンプルの第１部分は配列解析用に調製し、サンプルの第２部分はタンパク質解析用に調製される。
生体サンプルの第１部分は、ゲノム配列解析に供される。
配列解析は、生体サンプル中に１以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異が存在することが判明した場合、その生体サンプルを採取した対象に、ＳＣＣを治療するためのＣＡＭＫ阻害剤又はＳＲＣキナーゼ阻害剤を投与することが決定される。生体サンプル中にＦＡＴ１機能欠失型突然変異が検出されない場合、その生体サンプルを採取した対象にＥＧＦＲ阻害剤又はＭＥＫ阻害剤を投与することが決定される。
サンプルの第２部分は、ＦＡＴ１タンパク質解析（例えば、ウェスタンブロット解析）に供される。
生体サンプル中にＦＡＴ１タンパク質レベルの減少が検出される又はＦＡＴ１タンパク質が検出されない場合、その生体サンプルを採取した対象に、ＳＣＣを治療するためのＣＡＭＫ阻害剤又はＳＲＣキナーゼ阻害剤を投与することが決定される。生体サンプル中にＦＡＴ１タンパク質レベルが増加している又は変化していない場合、その生体サンプルを採取した対象にＥＧＦＲ阻害剤又はＭＥＫ阻害剤を投与することが決定される。

Claims (15)

  1. 新生物疾患と診断された対象において抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するための方法であって、
    前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
    前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
    を含み、前記抗新生物薬は、上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）阻害剤、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＥＫ）阻害剤、Ｃａ2+／カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣＡＭＫ）阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される、方法。
  2. 新生物疾患と診断された対象を治療する方法であって、
    抗新生物薬による治療に対する前記対象の感受性又は耐性を決定することであって、
    前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の有無を決定すること、又は
    前記対象から得られた生体サンプルにおいて、ＦＡＴ１の発現若しくは機能が低下若しくは消失しているかどうかを決定すること
    を含み、前記抗新生物薬は、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、ＣＡＭＫ阻害剤、及びＳＲＣキナーゼ阻害剤からなる群から選択される、該決定すること；及び
    前記対象が前記抗新生物薬に感受性があると決定された場合、前記対象を前記抗新生物薬で治療すること
    を含む、方法。
  3. 前記抗新生物薬が、ＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬であり、
    前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の存在、又は
    前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失が、
    前記対象が前記抗新生物薬による治療に耐性があることを示す、請求項１又は２に記載の方法。
  4. 前記抗新生物薬が、ＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択される抗新生物薬であり、
    前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の存在、又は
    前記生体サンプルにおけるＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失が、
    前記対象が前記抗新生物薬による治療に感受性があることを示す、請求項１又は２に記載の方法。
  5. 前記生体サンプルが新生物細胞を含み、好ましくは、前記生体サンプルは腫瘍生検又は液性生検である、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
  6. ＦＡＴ１の遺伝的変化若しくはエピジェネティック変化の有無、又は発現若しくは機能が、核酸分析、免疫アッセイ、機能アッセイ、及びそれらの組合せからなる群から選択される技術を用いて決定される、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 抗新生物薬による治療に対する感受性又は耐性を決定するためのキットであって、
    生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の有無を決定するための手段、又は
    生体サンプルにおいてＦＡＴ１の発現若しくは機能を決定するための手段、及び
    請求項１～６のいずれか一項に記載の方法を実行するための１以上のプログラムが記録されたコンピューター可読記録媒体
    を含む、キット。
  8. 対象において新生物疾患の治療において使用するための抗新生物薬であって、
    前記抗新生物薬がＣＡＭＫ阻害剤、ＳＲＣキナーゼ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択され、前記対象が、
    ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化、又は
    ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失
    を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されているか；あるいは
    前記抗新生物薬がＥＧＦＲ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、及びそれらの組合せからなる群から選択され、前記対象が、
    ＦＡＴ１の発現若しくは機能の低下若しくは消失につながる遺伝的変化又はエピジェネティック変化の不在、又は
    正常な若しくは増加したＦＡＴ１の発現若しくは機能
    を特徴とする新生物疾患を有するとして選択されている、抗新生物薬。
  9. 前記新生物疾患が上皮、間葉又はメラノサイト起源、好ましくは上皮起源である、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法又は請求項８に記載の使用のための抗新生物薬。
  10. 前記新生物疾患が皮膚、肺、腸、結腸、乳房、膀胱、頭頸部、食道、甲状腺、腎臓、肝臓、膵臓、膀胱、陰茎、精巣、前立腺、膣、子宮頸部、肛門、及びそれらの組合せからなる群から選択される上皮組織に起源する癌腫である、請求項９に記載の方法、又は請求項９に記載の使用のための抗新生物薬。
  11. 前記新生物疾患が扁平上皮癌（ＳＣＣ）、好ましくは、皮膚のＳＣＣ、頭頸部のＳＣＣ、食道のＳＣＣ、又は肺のＳＣＣである、請求項９若しくは１０に記載の方法、又は請求項９若しくは１０に記載の使用のための抗新生物薬。
  12. 前記対象がヒトである、請求項１～６若しくは９～１１のいずれか一項に記載の方法、又は請求項８～１２のいずれか一項に記載の使用のための抗新生物薬。
  13. 前記ＣＡＭＫ阻害剤がＣＡＭＫ２阻害剤である、請求項１～７若しくは９～１２のいずれか一項に記載の方法、請求項７に記載のキット、又は請求項９～１２のいずれか一項に記載の使用のための抗新生物薬。
  14. ＦＡＴ１機能の発現若しくは機能の低下又は消失につながる前記遺伝的変化が、
    １以上のＦＡＴ１機能欠失型突然変異、又は
    ＦＡＴ１遺伝子若しくはその一部の欠失を含むコピー数変異（ＣＮＶ）
    である、請求項１～７若しくは９～１３のいずれか一項に記載の方法、請求項７に記載のキット、又は請求項９～１３のいずれか一項に記載の使用のための抗新生物薬。
  15. 前記１以上のＦＡＴ１機能欠失型変異が、ミスセンス変異、ナンセンス変異、フレームシフト変異、スプライシング変異、及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
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Xue et al. PADI2‐catalyzed MEK1 citrullination activates ERK1/2 and promotes IGF2BP1‐mediated SOX2 mRNA stability in endometrial cancer
Athie et al. Analysis of copy number alterations reveals the lncRNA ALAL-1 as a regulator of lung cancer immune evasion
Cheng et al. miR-144-3p serves as a tumor suppressor by targeting FZD7 and predicts the prognosis of human glioblastoma.
Schulze et al. RELN signaling modulates glioblastoma growth and substrate‐dependent migration
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Yu et al. PHAROH lncRNA regulates Myc translation in hepatocellular carcinoma via sequestering TIAR
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Chen et al. Kallikrein 6 protease advances colon tumorigenesis via induction of the high mobility group A2 protein
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