JP2023531123A - 粒子、ｄｎａ、及びｒｎａ - Google Patents

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Abstract

本発明は、ウイルス性感染の治療または予防のための競合的な粒子（例えば、ウイルス様粒子、ＲＮＡ、及びＤＮＡ）、ならびに対象（例えば、ヒトまたは動物）におけるウイルス性感染症（またはその症状）の治療もしくは予防またはそのリスク低減のために、このような粒子を使用する方法を提供する。例えば、本明細書における方法は、動物、例えば、家畜または野生動物（例えば、コウモリ、ラクダ科動物、または有鱗目（例えば、センザンコウ））におけるウイルスの人獣共通感染症集団を低減またはその確立を低減する方法である。【選択図】なし

Description

本発明は、ウイルス性感染症の治療または予防のための粒子（例えば、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）及び非自己複製性粒子）、ならびに対象（例えば、ヒトまたは動物）におけるウイルス性感染症（またはその症状）の治療もしくは予防またはそのリスク低減のために、このような粒子を使用する方法を提供する。粒子（例えば、ＶＬＰ）は、宿主細胞内でウイルスと競合することにより、ウイルスの複製または伝播を低減する。例えば、本明細書における方法は、動物、例えば、家畜または野生動物（例えば、コウモリ、ラクダ科動物、または有鱗目（例えば、センザンコウ））におけるウイルスの人獣共通感染症集団を低減またはその確立を低減する方法である。
ニドウイルスの中で最もよく研究されているコロナウイルス及びアルテリウイルスは、不連続ＲＮＡ転写という、類似性支援コピーチョイス（ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ－ａｓｓｉｓｔｅｄ ｃｏｐｙ－ｃｈｏｉｃｅ）ＲＮＡ組換えに似たプロセスを伴った独自の転写機構を用いる。感染時には、ｓｇマイナス鎖ＲＮＡ鋳型のミラーセットから複数のサブゲノム（ｓｇ）ｍＲＮＡが転写される。ｓｇｍＲＮＡはいずれも、ゲノムＲＮＡの５’末端に由来する短い５’共通リーダー配列（Ｌ）を有する。不連続の「リーダー」（ＴＲＳ－Ｌ）及び「本体」（ＴＲＳ－Ｂ）配列の連結は、おそらくはマイナス鎖の合成時に起こると考えられる。全てのニドウイルスでは、最も５’側の３分の２のゲノムがレプリカーゼポリタンパク質遺伝子で占められている。下流には複数のより小さな遺伝子が存在し、これらは、最大８個のｓｇｍＲＮＡの入れ子構造セットから発現する。アルテリウイルス及びコロナウイルスの場合、これらのｓｇｍＲＮＡはキメラであり、ゲノムと３’及び５’末端を共有している。これらは全て、ゲノムＲＮＡの５’末端に由来し転写物の「本体」（すなわち、コード情報を保有する３’末端部分）と融合した、５’共通リーダー配列を有する。コロナウイルスのリーダーが５５～９２ヌクレオチドであるのに対し、アルテリウイルスのリーダーの長さは約２００ヌクレオチドである。リーダー配列及びｍＲＮＡ本体配列は、各転写単位に先行する短い保存された配列モチーフである転写調節配列（ＴＲＳ）内で連結している。Ｓｎｉｊｄｅｒ及び共同研究者は、アルテリウイルスにおいて、（－）鎖ＲＮＡの合成中にリーダー－本体融合が生じるという説得力のある証拠を示し、これは類似性支援コピーチョイスＲＮＡ組み換えに似たプロセスを介して生じると考えられる。テンプレートスイッチングは、初期のｓｇ（－）鎖上の抗ＴＲＳと最も５’側のゲノムＴＲＳとの塩基対形成によって誘導されると思われる。
重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）は、ゲノムサイズがおよそ２９，７００ヌクレオチド（ｎｔ）の一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスであり、少なくとも１４個のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）をコードする典型的なコロナウイルスゲノム編成を有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムの最初の３分の２は、２つの大きな重複したＯＲＦ（ＯＲＦ １ａ及びＯＲＦ １ｂ）を産生する。残りの１２のＯＲＦは、ウイルスゲノムの残りの３分の１から生成される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶは、ヒト肺細胞などの宿主細胞に感染した後に、膜融合及びエンドサイトーシスにより、その遺伝子内容物を細胞質内に放出し、ＯＲＦ １ａ及びＯＲＦ １ｂから２つの大きなポリタンパク質ｐｐ１ａとｐｐ１ａｂを直ちに合成する。これらは、プログラム－１リボソームフレームシフトと呼ばれるプロセスに関与する。続いて、ポリタンパク質ｐｐ１ａ及びｐｐ１ａｂは、１６の非構造タンパク質生成のためのタンパク質分解に供される。これらのタンパク質には、ウイルスゲノム複製及びウイルスＲＮＡ合成に必須であるタンパク質が含まれる。ＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムの３’側の１／３に位置する５’→３’方向のＯＲＦは、構造タンパク質Ｓ（ＯＲＦ ２）、Ｅ（ＯＲＦ ４）、Ｍ（ＯＲＦ ５）、及びＮ（ＯＲＦ ９）をコードする主要な４つの遺伝子をコードする。残りのＯＲＦは、他の８つのアクセサリータンパク質をコードする。２つのＯＲＦ、ＯＲＦ３ａ及びＯＲＦ３ｂがＳ遺伝子とＥ遺伝子との間に位置し、ＯＲＦ ６、７ａ、７ｂ、８ａ、及び８ｂはＭ遺伝子とＮ遺伝子との間にあり、また、Ｎ遺伝子は、細胞質と核との間を往復し抗自然免疫応答を誘導する内部ＯＲＦ ９ｂタンパク質も含む。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶは、ウイルスレプリカーゼタンパク質が産生されると、プラスゲノムサイズＲＮＡと、不連続転写により５５～１００ヌクレオチドの同一の５’リーダー配列を有する３’共末端サブゲノムｍＲＮＡ（ｓｇｍＲＮＡ）の入れ子構造セットとを生成するために、ウイルスゲノムの転写及び複製を開始することにより、ウイルス性感染の第２段階を経る。マイナス鎖サブゲノムＲＮＡを合成するために、複製－転写複合体（ＲＴＣ）は、プラスＲＮＡゲノム鋳型に沿ってその３’末端から処理し、各ＯＲＦの上流の本体ＴＲＳ（ＴＲＳ－Ｂ）を減衰シグナルとして読み取り、初期ＲＮＡを再配置して、３’リーダーＴＲＳ（ＴＲＳ－Ｌ）を認識することによりゲノムリーダー配列をコピーするか、次のＴＲＳ－Ｂに出会うために継続的に転写する。ＴＲＳは、可変配列に囲まれた保存された６～７ｎｔコアエレメント配列（ＣＥ）を含む。マイナス鎖ＲＮＡの産生は、その後のｍＲＮＡの合成のための複製鋳型を提供するように機能する。マイナス鎖合成時に、ＲｄＲＰ（ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ）は本体内のＴＲＳ（ＴＲＳ－Ｂ）を横断すると休止し、鋳型をリーダー内のＴＲＳ（ＴＲＳ－Ｌ）に切り替え、その結果リーダー－本体融合が生じる。融合したマイナス鎖中間体から、プラス鎖のｍＲＮＡが転写される。短いｓｇＲＮＡは、保存された構造タンパク質（スパイクタンパク質（Ｓ）、エンベロープタンパク質（Ｅ）、膜タンパク質（Ｍ）、及びヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ））、６３、ならびにいくつかのアクセサリータンパク質をコードする。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、他のコロナウイルス（ニドビル目コロナウイルス科コロナウイルス亜科）と同様に、約３０ｋｂのプラスセンス一本鎖ＲＮＡゲノムを有するエンベロープ型ウイルスである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ及び中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）とともに、ベータコロナウイルス属に属する（それぞれ８０％、３９ ５０％の相同性を有する）。コロナウイルス（ＣｏＶ）は、主に鳥類及び哺乳類における地方病性感染症を引き起こすと考えられていた。しかし、ＳＡＲＳ、ＭＥＲＳ、続いてＣＯＶＩＤ－１９が繰り返し発生したことで、種の壁を越えてヒトの間を伝播するＣｏＶの顕著な能力が示された。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２は、ヒト細胞上のＡＣＥ２との結合に依存する感染性を含め、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖと多くの類似点を共有する。これらのウイルスはコロナウイルスであり、同様の不連続転写を共有すると考えられている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、８つのゲノムＲＮＡに加えて、全てのコロナウイルスに共通するタイプであるサブゲノムタイプＲＮＡを産生する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、現在のアノテーション（ＮＣＢＩ６５参照配列：ＮＣ＿０４５５１２．２）によると、６つのアクセサリータンパク質（３ａ、６、７ａ、７ｂ、８、及び１０）を有することが知られている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（旧２０１９－ｎＣｏＶ）ゲノムは、５’－レプリカーゼ（ｏｒｆ１／ａｂ）－構造タンパク質［スパイク（Ｓ）－エンベロープ（Ｅ）－膜（Ｍ）－ヌクレオカプシド（Ｎ）］－３’の順に配置され、系統Ａ β－ＣｏＶで特徴的に見られるヘマグルチニン－エステラーゼ遺伝子が欠如している。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク糖タンパク質は、Ｓ１サブユニット及びＳ２サブユニットから構成されている。Ｓ１サブユニットは、シグナルペプチド、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含み、一方Ｓ２サブユニットは、保存された融合ペプチド（ＦＰ）、ヘプタッドリピート（ＨＲ）１及び２、膜貫通ドメイン（ＴＭ）、ならびに細胞質ドメイン（ＣＰ）を含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ２サブユニットは高度に保存されており、２つのコウモリＳＡＲＳ様ＣｏＶ（ＳＬ－ＣｏＶ ＺＸＣ２１及びＺＣ４５）ならびにヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶのものと９９％の同一性を共有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のゲノムは、コウモリＳＡＲＳ関連ＣｏＶ ＳＬ－ＣｏＶＺＸＣ２１（ＭＧ７７２９３４．１）と全体で８９％のヌクレオチド同一性を有し、ヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＢＪ０１ ２００３（ＡＹ２７８４８８）及びヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｔｏｒ２（ＡＹ２７４１１９）と８２％のヌクレオチド同一性を有する。
本発明は、ウイルスがその生活環の一部として不連続な転写に関与する、対象におけるウイルス性感染症の治療もしくは予防またはそのリスクの低減に有用である。また、本発明は、ヒトまたは動物におけるこのようなウイルスによる感染の診断方法、ウイルス性核酸の検出方法、及びＲＮＡを含む粒子の産生方法も提供する。
第１の構成において、本発明は、
ヒトまたは動物の対象のウイルスによる感染症の治療またはそのリスクの低減のために、当該対象に投与するための粒子（例えば、ウイルス様粒子（ＶＬＰ））を提供し、ここで、ウイルスはＲＮＡ遺伝子を含み、ウイルスは対象の宿主細胞（例えば、ヒト細胞）に感染可能であり、ウイルスのゲノムはＲＮＡ配列（Ｌ）を含み、Ｌは第１の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ１）を含み、ウイルスの複製は第１のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ１）の転写を含み、ｓｇＲＮＡ１は第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ２）を含み、ＴＲＳ－ＣＥ１は宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能であり、
粒子はＲＮＡを含み、粒子は、粒子ＲＮＡの転写のために対象の宿主細胞内に粒子ＲＮＡを導入可能であり、粒子ＲＮＡまたはその転写物は、ＴＲＳ－ＣＥ（例えば、転写調節配列本体コアエレメント（ＴＲＳ－Ｂ ＣＥ））を含み、ウイルス性ＲＮＡが粒子ＲＮＡまたは転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、粒子ＲＮＡまたは転写物のＴＲＣ－ＣＥが、ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ（例えば、転写調節配列リーダーコアエレメント（ＴＲＳ－Ｌ ＣＥ））とハイブリダイズ可能であり、
粒子ＲＮＡまたは転写物のＴＲＳ－ＣＥ（例えば、ＴＲＳ－Ｂ ＣＥ）の、ウイルスＲＮＡに含まれる（例えば、ウイルスＲＮＡゲノムに含まれる）ＴＲＳ－ＣＥ（例えば、ＴＲＳ－Ｌ ＣＥ）とのハイブリダイズが、ウイルス複製を低減する。
例えば、ウイルスＲＮＡゲノム及び粒子ＲＮＡはいずれも（＋）ｓｓＲＮＡである。
第１の構成の１つの態様は、
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のために当該対象に投与するためのウイルス様粒子（ＶＬＰ）を提供し、ここで、ウイルスはＲＮＡゲノムを含み、
ウイルスは対象の宿主細胞（例えば、ヒト細胞）に感染可能であり、ウイルスゲノムはＲＮＡ配列（Ｌ）を含み、Ｌは第１の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ１）を含み、ウイルスの複製は第１のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ１）の転写を含み、ｓｇＲＮＡ１は第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ２）を含み、ＴＲＳ－ＣＥ１は宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能であり、
ＶＬＰはＲＮＡを含み、ＶＬＰは、ＶＬＰ ＲＮＡの転写のために対象の宿主細胞内にＶＬＰ ＲＮＡを導入可能であり、ＶＬＰ ＲＮＡまたはその転写物は、
（ｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ１もしくは（ｂ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズ可能な配列を含む、及び／または
（ｉｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ２もしくは（ｂ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
ウイルスＲＮＡが、ＶＬＰ ＲＮＡまたは転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、
（ｉｉｉ）構成要素（ｉ）（ａ）は、ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする、
（ｉｖ）構成要素（ｉ）（ｂ）は、ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、
（ｖ）構成要素（ｉｉ）（ａ）は、ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、及び／または
（ｖｉ）構成要素（ｉｉ）（ｂ）は、当該ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズし、
（ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかのハイブリダイズがウイルス複製を低減する。
第２の構成において、本発明は、
本発明に従う複数のＶＬＰを含む組成物を提供する。
第３の構成において、本発明は、
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のための方法も提供され、当該方法は、当該対象に当該組成物を投与することを含む。
第４の構成において、本発明は、
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の症状（例えば、炎症）の治療またはそのリスクの低減のための方法も提供され、当該方法は、当該対象に組成物を投与することを含む。
第５の構成において、本発明は、
宿主細胞におけるウイルスの複製を阻害する方法を提供し、ウイルスが（＋）ｓｓＲＮＡゲノムを含み、ウイルスゲノムが、ＴＲＳ－Ｌ ＣＥを含み、かつＴＲＳ－Ｂ ＣＥ（ＣＥ２）を含むｓｇＲＮＡ転写物をコードし、当該方法は、
ａ）宿主細胞を本発明の粒子（または本発明のＲＮＡ）に接触させることと、粒子ＲＮＡ（またはＲＮＡ）を宿主細胞内に導入することであって、粒子ＲＮＡが、ＣＥ２の相補物（例えば、１００％または少なくとも８０％の相補物）である配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡである、導入することとを含み、
ｂ）ステップ（ａ）と同時に、ステップ（ａ）の後に、またはステップ（ａ）の前に、ウイルスＲＮＡゲノムが宿主細胞内に導入され、
転写プロセスが行われ、粒子ＲＮＡが細胞内で転写されて、ＣＥ２またはウイルスＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能な配列を含むＲＮＡ転写物を産生し、当該転写物は、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡに含まれるＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズしてＲＮＡハイブリッドを形成し、当該ハイブリッドは、リーダー配列（Ｌ）を含むｍＲＮＡを産生するのに使用され、当該リーダーは、当該ウイルスの複製、伝播、及び感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列（Ａ）をコードするＲＮＡ配列に作用可能に結合していない。
第６の構成において、本発明は、
複数の粒子を産生する方法を提供し、当該方法は、複数の粒子（例えば、ＶＬＰ、リポソーム、ナノ粒子、エクソソーム、または微小胞）を複数のＲＮＡと組み合わせることであって、各ＲＮＡが本発明のＲＮＡであり、少なくとも１つのＲＮＡが、複数の粒子のそれぞれの粒子の中及び／または上に組み込まれる、組み合わせることと、任意選択で、ウイルス性感染症の治療または予防のためにヒトまたは動物の対象に投与するための医薬組成物を産生するために、粒子を製剤化することとを含む。
第７の構成において、本発明は、
試料中のウイルスＲＮＡを検出する方法を提供し、ウイルスは、第１のＴＲＳ－ＣＥ（ＣＥ１）及び第２のＴＲＳ－ＣＥ（ＣＥ２）のハイブリダイズを含む不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製し、当該方法は、試料を本発明のＲＮＡ（第１のＲＮＡ）に接触させることと、第１のＲＮＡと試料に含まれるウイルスＲＮＡとの間で形成されたハイブリッドを検出することとを含む。
第８の構成において、本発明は、
ヒトまたは動物の対象におけるウイルス性感染症を診断するための本発明のＲＮＡの使用を提供し、ここで、ウイルスは不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製する。
第９の構成において、本発明は、
ヒトまたは動物の対象におけるウイルス性感染症を治療または予防する方法を提供し、当該方法は、対象に、本発明の粒子またはＲＮＡを投与することを含む。
本発明は、ウイルスがその生活環の一部として不連続な転写に関与する、対象におけるウイルス性感染症の治療もしくは予防またはそのリスクの低減に有用である。したがって、好ましくは、ウイルスは不連続ＲＮＡ転写を利用して複製するウイルスである。本明細書では、粒子はＶＬＰによって例示されるが、本明細書内でＶＬＰが記載されている場合、文脈が許す限り、当該記載は、代替的に広く粒子（例えば、医薬的に許容される粒子、その例は当業者には明らかであろう）に必要な変更を加えて適用され得る。
本発明は、ウイルス性感染症の治療または予防のための粒子（例えば、ウイルス様粒子）、ならびに対象（例えば、ヒトまたは動物）におけるウイルス性感染（またはその症状）の治療もしくは予防またはそのリスク低減のために、このような粒子を使用する方法を提供する。例えば、本明細書における方法は、動物、例えば、家畜または野生動物（例えば、コウモリ、ラクダ科動物、または有鱗目（例えば、センザンコウ））におけるウイルスの人獣共通感染症集団を低減またはその確立を低減する方法である。宿主細胞において、ＶＬＰは有用に、ウイルスリーダーを含むｓｇＲＮＡを産生可能である。このようなｓｇＲＮＡは、細胞の翻訳機構と競合し、細胞内のウイルス核酸によって産生されるｓｇＲＮＡを遠ざける。ＶＬＰ由来ｓｇＲＮＡは、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含まない場合もあれば、ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされないタンパク質をコードする場合もあり、例えば、このタンパク質は、対象内でのウイルスの生存能力をさらに低減する抗ウイルス性タンパク質ですらあってもよい。ｓｇＲＮＡが産生される際には、転写のレベルでの競合ももたらされる。この例では、ｓｇＲＮＡ中間体が粒子またはＶＬＰ ＲＮＡを用いて転写され、各中間体は、その３’末端に、ウイルスゲノムのＴＲＳ配列（ＴＲＳ－Ｌ）のコアエレメント（ＣＥ１）とハイブリダイズすることができるコアエレメント（ＣＥ２）を有するＴＲＳ配列（ＴＲＳ－Ｂ）を含む。これは、例えば、ウイルスが（＋）ｓｓＲＮＡウイルスであり、本発明の粒子ＲＮＡが（＋）ｓｓＲＮＡであり、中間体が（－）ｓｓＲＮＡである場合に有用である。このようにして、このハイブリダイズは、ウイルスＴＲＳ－ＢがＴＲＳ－Ｌとハイブリダイズする必要性と競合するため、後者の事象の発生が低減または排除され、ウイルスｍＲＮＡが低減または排除される。したがって、例えば、これが１つ、複数、または全てのウイルス構造タンパク質（例えば、細胞内のＭ、Ｓ、Ｅ、及びＮ）の産生を低減し、このことがウイルスの複製または伝播を低減する。それにより本発明は、ウイルス性感染症またはその症状（例えば、炎症）の治療、予防、またはそのリスク低減に有用である。例えば、粒子またはＶＬＰが、ウイルスにとっての細胞受容体（例えば、ＡＣＥ２）と同族のリガンド（例えば、スパイクタンパク質）を含む場合、さらなるレベルの競争が存在し得る。このようにして、ＶＬＰは、宿主細胞への侵入に関して対象内でウイルスと競合し、これにより、予防レジームにおけるウイルス性感染またはその確立の低減にさらに寄与することができる。例えば、ウイルスがコロナウイルスである場合、そのスパイクタンパク質は、細胞表面のＡＣＥ２タンパク質に結合することによって、対象の宿主細胞に付着するが、本発明の粒子も表面スパイクタンパク質（例えば、ウイルスが産生するスパイクタンパク質と同一のもの）を含むことで、粒子は、ウイルス粒子と宿主細胞への付着に関して競合し、それにより、対象におけるウイルスの感染性を低減する。
ＶＬＰ、組成物、または方法が、動物におけるウイルスの感染を治療または予防するためのものである場合、これは、ヒトに伝播性のウイルスの人獣共通感染症集団（このような場合、ウイルスは、ヒトにおけるウイルス性感染または疾患もしくは状態（もしくは死）を引き起こす恐れがある）を低減するために有利である。この点において、動物は、家畜動物、例えば、ブタ、家禽（例えば、ニワトリ、アヒル、もしくはシチメンチョウ）、ヒツジ、ウシ、ヤギ、魚類、または甲殻類とすることができる。一例において、動物は、コウモリ、タヌキ、センザンコウ、イヌ、ネコ、パームシベット、またはラクダ科動物（例えば、ラクダもしくはヒトコブラクダ）である。一例において、動物は鳥類である。
１つの実施形態において、
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のために当該対象に投与するためのウイルス様粒子（ＶＬＰ）を提供し、ここで、ウイルスはＲＮＡゲノムを含み、
ウイルスは対象の宿主細胞（例えば、ヒト細胞）に感染可能であり、ウイルスゲノムはＲＮＡ配列（Ｌ）を含み、Ｌは第１の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ１）を含み、ウイルスの複製は第１のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ１）の転写を含み、ｓｇＲＮＡ１は第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ２）を含み、ＴＲＳ－ＣＥ１は宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能であり、
ＶＬＰはＲＮＡを含み、ＶＬＰは、ＶＬＰ ＲＮＡの転写のために対象の宿主細胞内にＶＬＰ ＲＮＡを導入可能であり、ＶＬＰ ＲＮＡまたはその転写物は、
（ｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ１もしくは（ｂ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズ可能な配列を含む、及び／または
（ｉｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ２もしくは（ｂ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
ウイルスＲＮＡが、ＶＬＰ ＲＮＡまたは転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、
（ｉｉｉ）構成要素（ｉ）（ａ）は、ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする、
（ｉｖ）構成要素（ｉ）（ｂ）は、ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、
（ｖ）構成要素（ｉｉ）（ａ）は、ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、及び／または
（ｖｉ）構成要素（ｉｉ）（ｂ）は、当該ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズし、
（ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかのハイブリダイズがウイルス複製を低減する。
当業者は知っているであろうように、ウイルス複製の一部として不連続ＲＮＡ転写を行うウイルスの場合、ＴＲＳ－ＣＥ１は、ｍＲＮＡ転写物を産生するプロセスにおいて、宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする。転写物の翻訳は、ウイルス複製に必要とされるウイルスタンパク質を発現するために必要である。
１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＴＲＳ－ＣＥ１及びＴＲＳ－ＣＥ２またはＴＲＳ－ＣＥ２の複数のコピーを含む。例えば、ＶＬＰ ＲＮＡは、本明細書に記載のような複数のｍＲＮＡを発現可能であり、この複数のｍＲＮＡはＴＲＳ－ＣＥ２を各々含む。
任意選択で、Ｌは、リーダーペプチド、例えば、２個の連続したアミノ酸を含むか、またはそれらからなるペプチド、例えば、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、または２５０個以下の連続したヌクレオチドを含むペプチドをコードする。
一例において、ｓｇＲＮＡ１は（－）ｓｓＲＮＡであり、粒子ＲＮＡは（＋）ｓｓＲＮＡであり、ウイルスゲノムは（＋）ｓｓＲＮＡである。
さらに、１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、
（ｉ）ＴＲＳ－ＣＥ１、及び／または
（ｉｉ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
ウイルスＲＮＡが、ＶＬＰ ＲＮＡとともに宿主細胞内に存在する場合、
（ｉｉｉ）構成要素（ｉ）は、ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする、及び／または
（ｉｖ）構成要素（ｉｉ）の転写物は、ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズし、
（ｉｉｉ）及び／または（ｉｖ）のハイブリダイズがウイルス複製を低減する。
（ｉｉｉ）に加えて、またはその代替として、構成要素（ｉ）は、構成要素（ｉｉ）の転写物に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする。したがって、宿主細胞において、粒子ＲＮＡのコピー内のＴＲＳ－ＣＥ１は、粒子ＲＮＡの転写物に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズし、粒子ＲＮＡの異なるコピーに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１は、ウイルスゲノムから転写されたｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズすることができる。このように、粒子ＲＮＡは、ウイルスの複製または感染性に必要とされるウイルスタンパク質をコードするＲＮＡ配列内に転写できないため、第１のハイブリダイズでは、このようなタンパク質の発現において非生産的なハイブリッドが産生され得る。さらに、粒子ＲＮＡは、ＴＲＳ－ＣＥ１のすぐ３’側に、（ａ）停止コドンを含む、及び／あるいはウイルスペプチドではないかまたはウイルスの複製もしくは感染性のための使用には機能しないペプチドをコードする、あるいは（ｂ）抗ウイルス剤である、ＲＮＡ配列を含むため、第２のハイブリダイズでは、ウイルス複製または感染性に必要とされるウイルスタンパク質の発現において非生産的なハイブリッドが産生され得る。したがって、タンパク質がＴＲＳ－ＣＥ１を含むリーダーを用いて産生されないか、ウイルスが複製もしくは感染性のために使用できないペプチドが産生されるか、またはタンパク質がウイルス複製もしくは感染性を阻害する。
好ましくは、ＶＬＰ ＲＮＡのＣＥ１は、ＴＲＳ－Ｌ配列、例えば、ウイルスのＴＲＳ－Ｌ配列と同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一のＴＲＳ－Ｌ配列に含まれる。一例において、ウイルスはＣｏＶウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）であり、ＶＬＰ ＲＮＡのＣＥ１は、ＴＲＳ－Ｌ配列（例えば、ウイルスまたは異なるＣｏＶ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）のＴＲＳ－Ｌ配列に同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＴＲＳ－Ｌ配列）に含まれる。例えば、ウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶであり、異なるウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２、及びＭＥＲＳ－Ｃｏｖから選択される。例えば、ウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２であり、異なるウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２、及びＭＥＲＳ－Ｃｏｖから選択される。例えば、ウイルスはＭＥＲＳ－ＣｏＶであり、異なるウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２、及びＭＥＲＳ－Ｃｏｖから選択される。
好ましくは、ＣＥ２は、ＴＲＳ－Ｂ配列、例えば、ウイルスのＴＲＳ－Ｂ配列と同一または９０、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＴＲＳ－Ｂ配列に含まれる。一例において、ウイルスはＣｏＶウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）であり、ＶＬＰ ＲＮＡのＣＥ１は、ＴＲＳ－Ｌ配列（例えば、ウイルスまたは異なるＣｏＶ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）のＴＲＳ－Ｌ配列に同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるＴＲＳ－Ｌ配列）に含まれる。例えば、ウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶであり、異なるウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２、及びＭＥＲＳ－Ｃｏｖから選択される。例えば、ウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２であり、異なるウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２、及びＭＥＲＳ－Ｃｏｖから選択される。例えば、ウイルスはＭＥＲＳ－ＣｏＶであり、異なるウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２、及びＭＥＲＳ－Ｃｏｖから選択される。
任意選択で、本発明のＣＥ１及びＣＥ２は、それぞれウイルスのＣＥ１及びＣＥ２と同一である。任意選択で、本発明のＴＲＳ－Ｌ及び／またはＴＲＳ－Ｂは、それぞれウイルスのＣＥ１及び／またはＣＥ２と同一である。
少なくとも、ハイブリダイズの効果は、ＶＬＰ ＲＮＡ（またはその転写物）が、ウイルスｓｇＲＮＡとウイルスリーダーＴＲＳ－ＣＥ１を巡って競合する、及び／またはウイルスリーダーＴＲＳ－ＣＥ１とウイルスｓｇＲＮＡ ＴＲＳ－ＣＥ２配列を巡って競合することである。したがって、少なくとも転写レベルでは競争が存在する。さらに、ＶＬＰ ＲＮＡにコードされたまたは含まれるＲＮＡ配列を含むｍＲＮＡハイブリッドの翻訳は、転写及び翻訳機構の使用を巡って完全ウイルスｍＲＮＡと競合するため、細胞の翻訳機構を巡る競合も生じ得る。これがウイルスの複製を低減することになる。
例えば、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＶＬＰ ＲＮＡの調節領域の３’側に作用可能に接続しているＴＲＳ－Ｌ配列の一部としてＴＲＳ－ＣＥ１を含み、この調節領域は、転写及び／もしくは翻訳の開始に関し欠陥があるか、またはＴＲＳ－Ｌの５’側に作用可能に接続している転写もしくは翻訳開始調節領域がないか、またはＴＲＳ－Ｌはリーダー配列として欠陥がある配列に含まれる。（一例において、この場合、ＶＬＰ ＲＮＡはプラス鎖ｓｓＲＮＡである）。このように、ＶＬＰ ＲＮＡのＴＲＳ－ＣＥ１がウイルスｓｇＲＮＡのＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズしてハイブリッドｍＲＮＡ（例えば、ＶＬＰ ＲＮＡがプラス鎖ＲＮＡの場合はプラス鎖ハイブリッドｍＲＮＡ）が産生されたとしても、ハイブリッドｍＲＮＡからの転写及び／または翻訳が生じないため、ウイルス遺伝子産物、例えば、ウイルス構造タンパク質は産生されない。代替形態として、ＶＬＰ ＲＮＡは、リーダー配列として機能しない、ＴＲＳ－ＣＥ１を含む欠陥配列をコードする。例えば、欠陥配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのリーダー配列の変異バージョンである。このように、ハイブリッドｍＲＮＡが産生されタンパク質に翻訳されたとしても、細胞はこのタンパク質を適切に処理することができない。そのため、これにより、生産的なウイルス複製に利用可能なタンパク質の量が低減される。任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、この段落に記載のように、複数のリーダー配列または欠陥配列を含む。任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、この段落に記載の複数のリーダー配列または欠陥配列を含み、その転写及び／または翻訳は、ＶＬＰ ＲＮＡ内の当該配列の最も５’側の５’に作用可能に接続された共通の調節領域から駆動される。したがって、ＶＬＰは、ウイルスによってコードされるｓｇＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＢのＣＥ２との結合を巡り、ウイルスＲＮＡゲノムの単一のＴＲＳ－ＣＥ１に打ち勝つことができる。一例において、本発明の各リーダー配列または欠陥配列は、それ自身のプロモーター（例えば、構成的プロモーターまたは強力プロモーター）を用いて転写可能であるが、そのｍＲＮＡは翻訳開始については機能せず、それにより、ウイルスゲノムによって産生されるよりもはるかに多くの本発明の欠陥配列の産生が可能となる。一例において、そのまたは各プロモーターはＵ６プロモーターである。
直前の段落の例に対する追加または代替形態として、ＶＬＰ ＲＮＡ（例えば、プラス鎖ｓｓＲＮＡ）はＴＲＳ－ＣＥ２を含むＴＲＳ－Ｂを含む相補物を含むことができ、ＴＲＳ－ＣＥ２の相補物は、ウイルスＲＮＡゲノムのＴＲＳ－ＬのＣＥ１とハイブリダイズ可能なＲＮＡ転写物をコードする。このように、転写物は、ウイルスゲノムによってコードされるｓｇＲＮＡと、ウイルスゲノムによってコードされるＴＲＳ－ＬのＣＥ１への結合を巡って競合し、それにより、転写レベル及び翻訳レベルで競合する。好ましくは、ＶＬＰ ＲＮＡのＴＲＳ－ＢまたはＴＲＳ－Ｂ相補物は、ウイルスタンパク質（例えば、ウイルスのタンパク質、例えば、ウイルスの構造タンパク質）をコードする配列に作用可能に結合していない。例えば、ＴＲＳ－ＢまたはＴＲＳ－Ｂの相補物は、ＯＲＦに作用可能に結合していないか、またはウイルスもしくは前述のウイルスのＮ、Ｓ、Ｅ、もしくはＭタンパク質をコードするＯＲＦに作用可能に結合していない。例えば、ＴＲＳ－ＢまたはＴＲＳ－Ｂ相補物は、前述のウイルス（または任意のウイルス）のＮ、Ｓ、７ａ、３ａ、８、Ｍ、Ｅ、６、または７ｂタンパク質をコードする配列に作用可能に結合していない。任意選択で、ここではウイルスはコロナウイルス、例えばＳＡＲＳ－コロナウイルスである。このように、転写物（すなわち、ＶＬＰ ＲＮＡによってコードされ、これを鋳型として発現した転写物）に含まれるＣＥ２が、ウイルスＲＮＡゲノムのＴＲＳ－ＬのＣＥ１とハイブリダイズし、ＲＮＡ鎖が伸長してｍＲＮＡが産生されたとしても、そのｍＲＮＡはこのようなタンパク質への翻訳において生産的でないため、ウイルス複製に有用なタンパク質が作出されず、それにより、ウイルス性感染、伝播、または感染性の低減に寄与することになる。一例において、ＴＲＳ－ＢまたはＴＲＳ－Ｂ相補物は、細胞内で抗ウイルスタンパク質（例えば、インターフェロン、例えば、Ｉ型インターフェロンまたはインターフェロン－β）を発現するためのＯＲＦに作用可能に結合している。任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、この段落に記載の複数の前述のＴＲＳ－ＢまたはＴＲＳ－Ｂの相補配列を含む。このように、ＶＬＰに由来するＴＲＳ－Ｂは、ＣＥ１との結合を巡って、ウイルスＲＮＡゲノムのＴＲＳ－Ｂに打ち勝つことができる。一例において、本発明の各前述のＴＲＳ－Ｂ配列またはその相補物は、それ自身のプロモーター（例えば、構成的プロモーターまたは強力プロモーター）を用いて転写可能であり、それにより、ウイルスゲノムによって産生されるよりもはるかに多くの本発明の欠陥配列の産生が可能となる。一例において、そのまたは各プロモーターはＵ６プロモーターである。
ＳＡＲ－Ｃｏｖゲノムは、以下の遺伝子構成を含む。
５’－レプリカーゼ（ｏｒｆ１／ａｂ）－［構造タンパク質：スパイク（Ｓ）－エンベロープ（Ｅ）－膜（Ｍ）－ヌクレオカプシド（Ｎ）］－３’
１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスのｓｇＲＮＡ ＴＲＳ－Ｂをコードする配列を以下の順序で含む。
５’－［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］－［エンベロープ（Ｅ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］－［膜（Ｍ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］－［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］－３’
１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスのＲＮＡ［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を含む。１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスのＲＮＡ［エンベロープ（Ｅ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を含む。１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスのＲＮＡ［膜（Ｍ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を含む。１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスのＲＮＡ［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を含む。
任意選択で、［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］は、ウイルスの切断された（例えば、Ｃ末端切断された）または変異したＳをコードするＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムの全体のＳ ＯＲＦに比べて切断されており、ウイルスＲＮＡゲノム内でＳをコードする配列の最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、または１５０個の連続したヌクレオチドを含む。これは、宿主細胞内でＶＬＰ ＲＮＡのこの部分を適切に転写及び／または翻訳するためのネイティブウイルスＴＲＳ－Ｂ／Ｓコード配列の接合部を保持するのに有用であり得る。切断または変異した配列は、それに対応して、ウイルスの複製、伝播、または感染性において機能しない変異形態または切断形態のＳタンパク質に翻訳され得る。そのため、このような欠陥タンパク質を、細胞によって産生され得る任意のウイルス粒子に組み込み、それにより、細胞から放出されたときの感染性を妨害することができる。これもまた、対象におけるウイルス性感染を低減する方法を提供する。さらに、ＶＬＰ及びウイルスＲＮＡの組換えにより、ウイルスゲノムに欠陥配列を挿入し、タンパク質の産生において非機能的にすることができる。これもまた、ウイルス性感染の低減に寄与し得る。さらに、任意のウイルス粒子が宿主細胞内でパッケージングされると、一部が欠陥配列をパッケージングし、これらの欠陥粒子が野生型ウイルス粒子と競合して対象内で循環し（ｃｉｒｕｌｃａｔｅｄ）、それによりさらなる感染低減の方法を提供することができる。実際に、ウイルス粒子は、ＶＬＰ ＲＮＡのコピーをパッケージ化し、これらの粒子を対象内に伝播させ、それにより、これらの粒子は野生型ウイルス粒子と競合することができる。ＶＬＰ粒子がそのＲＮＡを宿主細胞内に導入すると、次にこれらの細胞は「免疫」され、本明細書に記載の本発明の競合メカニズムを発現及び関与させることが可能になる。したがって、これもまた、対象におけるウイルス性感染症を低減するように作用し得る。
直前の段落における概念は、［エンベロープ（Ｅ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を使用する場合に必要な変更を加えて適用される。直前の段落における実施形態は、［膜（Ｍ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を使用する場合に必要な変更を加えて適用される。直前の段落における実施形態は、［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］を使用する場合に必要な変更を加えて適用される。１つの実施形態において、この概念は、Ｓ、Ｅ、Ｍ、及びＮの各々、ならびに任意選択でウイルスゲノムに見られる１つ以上の他のＯＲＦについてＶＬＰ ＲＮＡで使用される。
任意選択で、［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］は、ウイルスＲＮＡゲノム内のＳ ＴＲＳ－Ｂのすぐ５’側にある配列のサイズの５０～１５０％、または８０～１２０％（好ましくは１００％）であるＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。任意選択で、［エンベロープ（Ｅ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］は、ウイルスＲＮＡゲノム内のＳ ＴＲＳ－Ｂのすぐ５’側にある配列のサイズの５０～１５０％、または８０～１２０％（好ましくは１００％）であるＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。任意選択で、［膜（Ｍ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］は、ウイルスＲＮＡゲノム内のＳ ＴＲＳ－Ｂのすぐ５’側にある配列の５０～１５０％、または８０～１２０％（好ましくは１００％）のサイズであるＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。任意選択で、［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］は、ウイルスＲＮＡゲノム内のＳ ＴＲＳ－Ｂのすぐ５’側にある配列のサイズの５０～１５０％、または８０～１２０％（好ましくは１００％）であるＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡ内の［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］の５’末端ヌクレオチドからＶＬＰ ＲＮＡ内の［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂ］をコードする配列の３’末端ヌクレオチドまでのサイズは、ウイルスＲＮＡゲノム内の［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］の５’末端ヌクレオチドからウイルスＲＮＡゲノム内の［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］の３’末端ヌクレオチドまでのサイズの８０～１２０％（任意選択で１００％）である。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡ内のＴＲＳ－Ｂをコードする最初の配列の最も５’側のヌクレオチドからＴＲＳ－Ｂをコードする最後の配列の最も３’側の塩基までのサイズは、ウイルスＲＮＡゲノム内の［スパイク（Ｓ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］の最も５’側のヌクレオチドからウイルスＲＮＡゲノム内の［ヌクレオカプシド（Ｎ）ＴＲＳ－Ｂをコードする配列］の最も３’側のヌクレオチドまでのサイズの８０～１２０％（任意選択で１００％）である。
１つの実施形態において、ウイルスの複製は、第１及び第２のｓｇＲＮＡ転写物を産生するためのウイルスゲノムＲＮＡの転写を含み、ｓｇＲＮＡは同一の５’配列を共有し、第１のｓｇＲＮＡは、前述の５’配列の３’側にある第１のＴＲＳ－Ｂ ＣＥを含み、第２のｓｇＲＮＡは、前述の５’配列の３’側にある第２のＴＲＳ－Ｂ ＣＥを含み、第２のｓｇＲＮＡは第１のｓｇＲＮＡより長く、ウイルスゲノムＲＮＡはＴＲＳ－Ｌを含み、ＴＲＳ－ＬはＴＲＳ－Ｂ ＣＥの各々と別々にハイブリダイズ可能である。この実施形態の一例において、本発明のＲＮＡは、第１及び第２のＲＮＡ転写物を産生するように宿主細胞内で転写可能であり（または転写され）、第１及び第２のＲＮＡは同一の５’配列を共有し、第１のＲＮＡは、前述の５’配列の３’側にある第１のＴＲＳ－ Ｂ ＣＥを含み、第２のＲＮＡは、前述の５’配列の３’側にある第２のＴＲＳ－Ｂ ＣＥを含み、第２のＲＮＡは第１のＲＮＡよりも長く、ＲＮＡの各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥは、別々にウイルスゲノムＲＮＡのＴＲＳ－Ｌとハイブリダイズ可能である。一例において、ウイルスゲノムＲＮＡ及び本発明のＲＮＡの各々は（＋）ｓｓＲＮＡであり、ウイルス及び本発明のＲＮＡの前述の各転写物は（－）ｓｓＲＮＡである。代替的な例において、ウイルスゲノムＲＮＡ及び本発明のＲＮＡの各々は（－）ｓｓＲＮＡであり、ウイルス及び本発明のＲＮＡの前述の各転写物は（＋）ｓｓＲＮＡである。任意選択で、ウイルスゲノムＲＮＡは、ｓｇＲＮＡのそれぞれ第１及び第２のＴＲＳ－Ｂ ＣＥをコードする第１及び第２の配列を含み、第１及び第２の配列は、Ｘ個の連続したヌクレオチドの配列によって分離され、本発明のＲＮＡは、それぞれ第１及び第２のＲＮＡ転写物のＴＲＳ－Ｂ ＣＥをコードする第３及び第４の配列を含み、第３及び第４の配列は、Ｙ個の連続したヌクレオチドの配列によって分離され、ＹはＸの５０～１５０％、または８０～１２０％（例えば、９０～１１０、または１００％）である。例えば、Ｘは１００ｎｔ配列であり、Ｙは８０～１２０ｎｔ（例えば、１００ｎｔ）配列である。したがって、本発明のＲＮＡの使用によって産生される転写物内のＴＲＳ－Ｂ ＣＥ間の間隔を保持することは、ウイルス複製プロセスにおけるＴＲＳ－Ｂ ＣＥ間の間隔を模倣するために重要と考えられ、これは、本発明のＲＮＡ転写物の効率的な産生及び／またはその使用（例えば、ウイルスのＴＲＳ－Ｌとのハイブリダイズ）に有利であり得る。任意選択で、転写物の各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥは、ＴＲＳ－Ｂ配列、例えば、表１または２に示されるＴＲＳの相補物に含まれる。
一例において、本発明のＲＮＡは、宿主細胞内で転写可能であり（または転写され）、複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個）の異なるＲＮＡ転写物を産生し、各転写物は、宿主細胞内でウイルスＲＮＡのＴＲＳ－Ｌとハイブリダイズ可能なＴＲＳ－Ｂ ＣＥを（例えば、その３’末端に）含む。各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥは、本明細書で開示するＣＥ配列であってもよく、または本明細書で開示するＴＲＳ配列（またはこのようなＴＲＳ－Ｂの相補物）に含まれる。任意選択で、ＲＮＡ転写物は、本発明のＲＮＡに含まれる共通のプロモーターから転写されるか、または代替手段として、各ＲＮＡは、本発明のＲＮＡに含まれるそれぞれのプロモーター（例えば、Ｕ６プロモーター）から転写される。このようにして、本発明のＲＮＡは、ウイルス複製で産生されるｓｇＲＮＡと競合する複数のＲＮＡ転写物を産生し、それにより（例えば、対象においてウイルスによる感染を低減または治療もしくは予防するために）ウイルス複製を低減する。任意選択で、転写物の各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥは、ＴＲＳ－Ｂ配列、例えば、表１または２に示されるＴＲＳの相補物に含まれる。
別の例において、ウイルスの複製は、ＴＲＳ－Ｂ ＣＥを含む第３のｓｇＲＮＡの産生を含み、第３のｓｇＲＮＡは、第１及び第２のｓｇＲＮＡよりも長く、前述の５’配列を含み、ウイルスゲノムＲＮＡ ＴＲＳ－Ｌは、第３のｓｇＲＮＡの各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥにハイブリダイズ可能である。この例では、本発明のＲＮＡは、第３のＲＮＡ転写物を産生するように宿主細胞内で転写可能であり得（または転写することができ）、第１、第２、及び第３のＲＮＡは同一の５’配列を共有し、第３のＲＮＡは、前述の５’配列の３’側にある第３のＴＲＳ－Ｂ ＣＥを含み、第３のＲＮＡは第１及び第２のＲＮＡより長く、第１、第２、及び第３のＲＮＡの各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥは、別々にウイルスゲノムＲＮＡのＴＲＳ－Ｌとハイブリダイズ可能である。任意選択で、ウイルスゲノムＲＮＡは、第３のｓｇＲＮＡ ＴＲＳ－Ｂ ＣＥをコードする第３の配列を含み、ウイルスゲノムＲＮＡの第２及び第３のＴＲＳ－Ｂ ＣＥコード配列は、Ｚ個の連続するヌクレオチドの配列によって分離されており、本発明のＲＮＡは、第３のＲＮＡ転写物のＴＲＳ－Ｂ ＣＥをコードする第５の配列を含み、第４及び第５の配列は、Ｗ個の連続したヌクレオチドの配列によって分離され、ＷはＺの５０～１５０％、または８０～１２０％（例えば、９０～１１０、または１００％）である。例えば、Ｚは１００ｎｔの配列であり、Ｗは８０～１２０ｎｔ（例えば、１００ｎｔ）の配列である。したがって、本発明のＲＮＡの使用によって産生される転写物内のＴＲＳ－Ｂ ＣＥ間の間隔を保持することは、ウイルス複製プロセスにおけるＴＲＳ－Ｂ ＣＥ間の間隔を模倣するために重要と考えられ、これは、本発明のＲＮＡ転写物の効率的な産生及び／またはその使用（例えば、ウイルスのＴＲＳ－Ｌとのハイブリダイズ）に有利であり得る。任意選択で、転写物の各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥは、ＴＲＳ－Ｂ配列、例えば、表１または２に示されるＴＲＳの相補物に含まれる。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、（ウイルスに感染している）宿主細胞内でｍＲＮＡを産生可能であり、ｍＲＮＡはＲＮＡ配列のすぐ５’側にあるリーダーを含み、ＲＮＡ配列は、（ｉ）少なくとも５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００個の連続したヌクレオチドの長さ、（ｉｉ）ウイルスのＯＲＦと同じ長さ、または５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、もしくは１０００個以下の連続したヌクレオチドの長さであるか、または（ｉｉｉ）その５’末端にＡＵＧを含む、もしくはＡＵＧからなる。代替形態において、ＲＮＡ配列はｍＲＮＡ内に存在せず、ｍＲＮＡは、リーダー配列のみとポリＡテールからなる。この場合、ＶＬＰ ＲＮＡは、（ウイルスに感染した）宿主細胞内でポリＡテールを含む１つ以上のｍＲＮＡを産生可能であると考えられ、いずれのｍＲＮＡも、ウイルスが複製のために必要とするタンパク質をコードしない。この場合、ＶＬＰ ＲＮＡは、（ウイルスに感染した）宿主細胞内でポリＡテールを含む１つ以上のｍＲＮＡを産生可能であると考えられ、いずれのｍＲＮＡも、ウイルスが感染性のために必要とするタンパク質をコードしない。この場合、ＶＬＰ ＲＮＡは、（ウイルスに感染した）宿主細胞内でポリＡテールを含む１つ以上のｍＲＮＡを産生可能であると考えられ、いずれのｍＲＮＡも、ウイルスの機能的なＳ、Ｍ、Ｎ、またはＥタンパク質をコードしない。この場合、ＶＬＰ ＲＮＡは、（ウイルスに感染した）宿主細胞内でポリＡテールを含む１つ以上のｍＲＮＡを産生可能であると考えられ、いずれのｍＲＮＡも、ウイルスの機能的構造タンパク質をコードしない。この場合、ＶＬＰ ＲＮＡは、（ウイルスに感染した）宿主細胞内でポリＡテールを含む１つ以上のｍＲＮＡを産生可能であると考えられ、いずれのｍＲＮＡも、ＲｄＲｐをコードしない。これらの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスの複製及び／または感染性において欠陥のあるｍＲＮＡを産生し、したがってこれらのｍＲＮＡは、ウイルスゲノムによってコードされたｍＲＮＡと競合する。競争は、細胞内の転写及び／または翻訳機構の競合であり得る。
一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスＲＮＡゲノムの長さの１００、１１０、または１２０％以下である（好ましくは、ＲＮＡは同じ長さまたは実質的に同じ長さである）。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡの長さは、ウイルスカプシドのパッケージング容量の１００、１１０、または１２０％以下である。これらの例は、ウイルス粒子が宿主細胞内で作製される場合に有用であり、このとき、ＶＬＰ ＲＮＡはパッケージングされる可能性があり（ウイルスカプシドのパッケージングサイズ限界を満たし）、それにより、宿主細胞から放出され、ＶＬＰ ＲＮＡで対象内の他の宿主細胞を免疫することができるさらなる粒子が提供される。そのため、この意味において、本発明は、（ウイルスＲＮＡを保有する宿主細胞における感染症の治療に加えて）対象の予防ワクチン接種を提供する。これは、前述のＶＬＰ ＲＮＡを保有するさらなる粒子が、スパイク（または宿主細胞認識に使用される他のウイルスタンパク質）を介して新たな宿主細胞を認識することができ、それにより、ウイルス粒子によってその後の感染が起こる場合に備えて、ＶＬＰ ＲＮＡが導入され、まだ感染していない宿主細胞内で増幅することができるためである。
ＶＬＰがスパイク（またはウイルスが通常用いる宿主細胞認識に使用される他のリガンド）及び／またはウイルスカプシドタンパク質を有する場合、これは、ウイルスに対する防御抗体を生じるために対象の免疫系に抗原エピトープを提示することにより、対象のためのさらなる防御層を提供することができる。同様に、ＶＬＰ ＲＮＡが感染細胞によってパッケージングされて上記のようなさらなる粒子を産生する場合、これらも、粒子が対象内の宿主細胞から放出されるときに、このような抗原エピトープを含み提示することができる。
一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＲＮＡをウイルスのカプシドにパッケージングするためのパッケージングシグナルを含む。１つの実施形態において、パッケージングシグナルは、ウイルスゲノムに含まれるパッケージングシグナルである。１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡに含まれるパッケージングシグナルは、ウイルスゲノムのパッケージングよりも優先して細胞内で使用される。ＶＬＰ ＲＮＡのパッケージングにとって有益なことに、ＶＬＰ ＲＮＡ及びウイルスＲＮＡは同じ極性であってもよく（例えば、各々がプラス鎖ＲＮＡである）、任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡのサイズはウイルスＲＮＡゲノムのサイズの８０～１２０％（例えば、１００％）である。好適なパッケージングシグナルは、Ｍａｓｔｅｒｓ，Ｐａｕｌ．（２０１９）．“Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ｇｅｎｏｍｉｃ ＲＮＡ ｐａｃｋａｇｉｎｇ”，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．５３７．１０．１０１６／ｊ．ｖｉｒｏｌ．２０１９．０８．０３１でコロナウイルスに関し開示されたパッケージングシグナルであり得る（その開示内容（及び明示的に、本発明における可能な使用のためのパッケージングシグナル配列）は、本明細書に援用される）。１つの実施形態において、ＶＬＰ ＲＮＡに含まれるパッケージングシグナルは、これらのパッケージングシグナルまたはそのオルソログもしくはホモログのうちの１つである。
ホモログ：共通の祖先ＤＮＡまたはタンパク質配列からの系による第２の遺伝子、ヌクレオチド、またはタンパク質に関連する遺伝子、ヌクレオチド、またはタンパク質配列。このホモログという用語は、遺伝的重複の事象によって分離された遺伝子間の関係、または遺伝的重複の事象によって分離された遺伝子間の関係に適用することができる。
オルソログ：オルソログとは、種分化によって共通の祖先遺伝子、ヌクレオチド、またはタンパク質配列から進化した、異なる種または系統内の遺伝子、ヌクレオチド、またはタンパク質配列のことである。
通常、オルソログは進化の過程で同じ機能を保持する。
一例において、ＶＬＰは、単一の当該ＲＮＡ分子または複数の当該ＲＮＡ分子を含む。
代替形態において、ＶＬＰは、単一のＲＮＡタイプを含むのではなく、複数の異なるＲＮＡを含み、各ＲＮＡは、ＣＥ２もしくはその相補物を含む当該ＴＲＳ－Ｂのうちの少なくとも１つを含み、及び／または、各ＲＮＡは、ＣＥ１もしくはその相補物を含む当該ＴＲＳ－Ｌのうちの少なくとも１つを含む。ＲＮＡ情報を複数のＲＮＡに分割することにより、ウイルスのカプシドにパッケージングされないＲＮＡを提供することも可能と考えられる（対象内でＶＬＰ ＲＮＡの拡散を避けるためにそのように所望される場合）。
１つの実施形態において、当該ＲＮＡは、前述のウイルスのカプシドにパッケージングするためのパッケージングシグナルを含み、異なるＲＮＡはそれを含まない。
一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＣＥ１を含む複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）の前述のＴＲＳ－Ｌ、及び任意選択で、ＣＥ２を含む少なくとも１つのＴＲＳ－Ｂの相補物を含む。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＣＥ２を含むＴＲＳ－Ｂの複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９または１０）の相補配列、及び任意選択で、ＣＥ１を含む前述ＴＲＳ－Ｌのうちの少なくとも１つを含む。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＣＥ１を含む前述のＴＲＳ－Ｌのうちの少なくとも１つ、及びＣＥ２を含むＴＲＳ－Ｂの少なくとも１つの相補物を含む。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスゲノムの複数のＴＲＳ－Ｂ配列（例えば、コロナウイルスプラス鎖ＲＮＡのＴＲＳ－Ｂ配列のうちの１つ以上）またはこのようなＴＲＳ－Ｂの複数の相補配列を含む。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスゲノムの全てのエクソン配列を有しないが、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスゲノムの１つまたは複数のＴＲＳ－Ｂ配列（例えば、コロナウイルスプラス鎖ＲＮＡのＴＲＳ－Ｂ配列のうちの１つ以上）またはこのようなＴＲＳ－Ｂの複数の相補配列を含む。このような配列を有しないことにより、ＶＬＰ ＲＮＡとウイルスＲＮＡとの組み換えが発生してＶＬＰ ＲＮＡがウイルスタンパク質をコードする配列を１つ以上獲得する可能性を最小限に抑えることができる。
ＶＬＰは、合成粒子（例えば、リポソームもしくはナノ粒子）または弱毒化ウイルス（例えば、対象に感染するウイルスの弱毒化コピー、例えば、弱毒化コロナウイルス、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、もしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス）であってもよい。ここでの弱毒化とは、ＶＬＰが、対象内で病原性ウイルス性感染を引き起こすことが可能ではないこと、例えば、ＶＬＰが自己複製可能ではないことを意味する。例えば、この粒子は、ウイルスのいかなるＯＲＦ ＲＮＡも有しない。ウイルスの弱毒化形態（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、またはＭＥＲＳ－Ｃｏｖなどの弱毒化ＣｏＶ）は、このような目的に有用であり得る。
１つの実施形態において、「ＶＬＰ」が言及される場合、粒子は、「非自己複製可能粒子」、例えば、ウイルスのスパイクタンパク質を含む粒子である。任意選択で、ＶＬＰは、当該対象の細胞（例えば、ヒト細胞）内で非自己複製性である。「非自己複製性」とは、ＶＬＰが宿主細胞内で子孫ＶＬＰを産生するための自己複製に必要な全てのタンパク質をコードしないことを意味する。
１つの実施形態において、ＶＬＰは、ＶＬＰ ＲＮＡを宿主細胞内に導入するために、例えば、エンドサイトーシスによる宿主細胞との膜融合が可能である。
核酸がある特定のＶＬＰにカプセル化できることが知られている（例えば、Ｔａｋａｍｕｒａ，Ｓ．，Ｎｉｉｋｕｒａ，Ｍ．，Ｌｉ，Ｔ．ｅｔ ａｌ．ＤＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｎｃａｐｓｕｌａｔｅｄ ｖｉｒｕｓ－ｌｉｋｅ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ａｎ ｏｒａｌｌｙ ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅ ｖｉｒｕｓ ｓｔｉｍｕｌａｔｅ ｍｕｃｏｓａｌ ａｎｄ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｂｙ ｏｒａｌ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １１，６２８－６３５（２００４）．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓｊ．ｇｔ．３３０２１９３及びＬｅｅ，Ｅ．Ｂ．，Ｋｉｍ，Ｊ．，Ｈｕｒ，Ｗ．ｅｔ ａｌ．Ｌｉｖｅｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｕｓｉｎｇ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｖｉｒｕｓ－Ｌｉｋｅ Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｏｆ Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｅ Ｖｉｒｕｓ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ ９，１６１６（２０１９）．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５９８－０１９－３８５３３－７を参照（これらの開示内容は参照により本明細書に援用される））。したがって、１つの実施形態において、本発明のＲＮＡはＶＬＰの内部にカプセル化されている。
別の実施形態において、ＲＮＡは、粒子（例えば、ナノ粒子）の外側表面に付着している。
当業者が知るように、ＶＬＰは、ウイルスの遺伝情報を除いたバージョンのウイルスを模倣することができる（本発明の場合、ＶＬＰは、代わりに本発明のＶＬＰ ＲＮＡを含む）。現在のＶＬＰ産生は、細菌、酵母、昆虫、及び哺乳類細胞を含めたいくつかの系を利用することができる。産生プラットフォームの選択は、コスト及び翻訳後修飾（ＰＴＭ）の必要性（最適な免疫応答の生成に不可欠）を含めたいくつかの要因に依存する。いくつかの感染性疾患を予防するために設計されたいくつかのＶＬＰベースワクチンはすでに承認され市販されており、他の多くのものは臨床試験または研究の段階にある。知られているように、バキュロウイルス発現系（例えば、ｆｌａｓｈｂａｃｋ（商標）バキュロウイルス発現系）はｊ、ワクチン用ＶＬＰの産生に使用されている。ここで、ＶＬＰとは、実際の野生型ウイルスの構成を模倣したウイルス構造タンパク質の集合体であるが、ただし、このようなウイルスの完全な遺伝子材料を含まない。従来、ワクチンでは、ヒトにＶＬＰを接種すると、あたかも免疫系に本物の野生型ウイルスが提示されたかのような免疫応答が生じる。しかし、ＶＬＰは完全な遺伝材料を含まないため、複製して野生型ウイルスを産生することはできず、そのため、ワクチン接種者に野生型ウイルス性感染の影響をもたらすことはない。実際のウイルスを効果的に模倣した機能性ＶＬＰを産生するために、収率が良好な複数のウイルス構造タンパク質が使用される。次に、これらを正しく組み立てて、感染性の野生型ウイルスの外殻（カプシド）の確認を再現した粒子にする。有利なことに、粒子の産生に使用される発現系は、安全であると同時に、小規模（試験用）及び大規模（ワクチン製造用）の両方で複数のタンパク質を産生可能である。ＶＬＰワクチンを産生するためのバキュロウイルス発現系の使用に大きな関心が寄せられている。ＦＤＡが、バキュロウイルスにより製造されたワクチン（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ製Ｃｅｒｖａｒｉｘ（登録商標））をＨＰＶに対し保護するためにヒト向けの使用を認可したことに伴い、バキュロウイルス系がより広くＶＬＰ産生に使用されるようになった。また、バキュロウイルスシステムを使用して、インフルエンザウイルスに対する免疫化に使用できるＶＬＰを産生することにも大きな関心が寄せられている。
一例において、ＶＬＰは、ウイルスカプシドタンパク質及び／またはスパイクタンパク質（例えば、ウイルスのＳ、Ｅ、Ｍ、及びＮタンパク質）を含み、タンパク質は、細菌、酵母、昆虫、または哺乳類細胞から選択される細胞内での発現によって取得されるかまたは取得可能である。１つの実施形態において、タンパク質は、ヒトの肺（例えば、肺上皮細胞）、腎臓、または心臓の細胞株内での発現によって取得されるかまたは取得可能である。１つの実施形態において、タンパク質は、Ａ５４９細胞株（ヒト肺細胞株の１つ）内での発現によって取得されるかまたは取得可能である。１つの実施形態において、タンパク質は、ＨＥＫ（例えば、ＨＥＫ２９３）細胞株（ヒト腎臓細胞株の１つ）内での発現によって取得されるかまたは取得可能である。１つの実施形態において、タンパク質は、Ｖｅｒｏ（例えば、Ｖｅｒｏ Ｅ６）細胞株内での発現によって取得されるかまたは取得可能である。１つの実施形態において、タンパク質は、Ｖｅｒｏ Ｃ１００８（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８６（商標））細胞株内での発現によって取得されるかまたは取得可能である。
代替的な構成では、ＶＬＰを使用する代わりに、ＤＮＡワクチン接種によって本発明のＲＮＡを対象に導入する（この場合、このＤＮＡは宿主細胞内で本発明のＲＮＡをコードする）。代替形態として、ＲＮＡを対象に導入してもよく、例えば、この場合ＲＮＡは、ｍＲＮＡ治療薬の保護に使用される従来の技術（例えば、当業者が精通するであろうＭｏｄｅｒｎａ，Ｉｎｃの技術を参照）を用いて保護される。
宿主細胞（単数または複数）は、対象の肺細胞、対象の腎細胞、対象のＧＩ管細胞、または対象の心臓細胞とすることができる。
好ましくは、ＶＬＰ ＲＮＡは、構成要素（ｉ）（ａ）及び（ｉｉ）（ｂ）を含み、例えば、構成要素（ｉ）（ａ）は、ＶＬＰ ＲＮＡにおける構成要素（ｉｉ）（ｂ）の５’である。
ウイルスはコロナウイルス、例えば、α、β、またはγコロナウイルスとすることができる。例えば、ウイルスは、感染性胃腸炎ウイルス（ＴＧＥＶ）、マウス肝炎ウイルス（ＭＨＶ）、または感染性気管支炎ウイルス（ＩＢＶ）である。
ＣｏＶゲノムには５’末端ＣＡＰ及び３’末端ポリ（Ａ）が含まれ、これらは、ウイルス及び細胞のタンパク質によって媒介される５’－３’相互作用も促進し得る。これらの相互作用は、ＣｏＶの複製及び転写を制御するタイムリースイッチに関与する可能性がある。これらの活動には、二重層膜（ＤＭＶ）に関連するマイナス鎖ＲＮＡの合成が含まれる。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、５’末端ＣＡＰ及び３’末端ポリ（Ａ）（例えば、前述のウイルスの５’末端ＣＡＰ及び３’末端ポリ（Ａ））を含む。

任意選択で、（例えば、ウイルスがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２またはＳＡＲＳ－Ｃｏｖなどのコロナウイルスである場合）ＣＥ１または本明細書の任意のＣＥは、ＡＣＧＡＡＣまたはＣＵＡＡＡＣまたはＣＵＡＡＡＣＧＡＡＣ（５’→３’方向に記載）である。追加または代替形態として、（例えば、ウイルスがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２またはＳＡＲＳ－Ｃｏｖなどのコロナウイルスである場合）ＣＥ２は、ＡＣＧＡＡＣもしくはＣＵＡＡＡＣもしくはＣＵＡＡＡＣＧＡＡＣ（５’→３’方向に記載）、またはそれらの相補物である。例えば、粒子ＲＮＡがこのような配列を含むか、またはＲＮＡが、このような配列を含むＲＮＡを産生するように宿主細胞内で転写可能である。
一例において、ＣＥ２または本明細書の任意のＣＥは、ウイルスＲＮＡのＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、もしくは７－コード配列のＴＲＳのＣＥであるか、またはその相補物である。一例において、ＣＥ２または本明細書の任意のＣＥがＶＬＰ ＲＮＡ転写物に含まれ、ＣＥ２は、ウイルスＲＮＡのＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、または７－コード配列のＴＲＳのＣＥであり、ＣＥ２は、ウイルスのＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、または７をコードするＲＮＡ配列に作用可能に接続していない。例えば、ＶＬＰ ＲＮＡはプラス鎖ＲＮＡであり、転写物はマイナス鎖ＲＮＡであり、任意選択で、転写物中のＣＥ２は、ウイルスのタンパク質をコードしない、ウイルスの構造タンパク質をコードしない、またはウイルスＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、もしくは７タンパク質をコードしない、またはウイルスのＳ、３ａ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、もしくは７タンパク質をコードしないＲＮＡ配列のすぐ３’側にある。
一例において、ＣＥ２の相補物はＶＬＰ ＲＮＡに含まれ、ＣＥ２の相補物はウイルスＲＮＡのＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎまたは７をコードする配列に含まれ、ＶＬＰ ＲＮＡに含まれる相補物は、ウイルスのＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎまたは７をコードするＲＮＡ配列に作用可能に接続していない。例えば、ＶＬＰ ＲＮＡはプラス鎖ＲＮＡであり、任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡ内の前述の相補物は、ウイルスのタンパク質をコードしない、ウイルスの構造タンパク質をコードしない、またはウイルスＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、もしくは７タンパク質をコードしない、またはウイルスのＳ、３ａｂ、Ｅ、Ｍ、Ｎ、もしくは７タンパク質をコードしないＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。
任意選択で、Ｌは、ウイルスのＴＲＳ－ＣＥ１を含む転写調節配列を含む。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＴＲＳ－ＣＥ１を含むＴＲＳ－Ｌを含む。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡの転写物は、ＴＲＳ－ＣＥ２を含むＴＲＳ－Ｂを含む。例えば、ＴＲＳ－ＣＥ１はプラス鎖一本鎖ＲＮＡに含まれ、ＴＲＳ－ＣＥ２はマイナス鎖一本鎖ＲＮＡに含まれる。したがって、ＴＲＳ－ＣＥ１及びＴＲＳ－ＣＥ２は互いに１００％相補的であってもよい。
一例において、ウイルス複製の低減は、本発明の対象と同じ種及び性別及び年齢の対照対象におけるウイルス複製に比べて、少なくとも２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または９０％であり、このとき、対照対象は、本発明の対象と同じまたは同様の時間の間ウイルスに感染（例えば、同じ量または同様の量で）したが、本発明の対象には前述のＶＬＰが投与され、対照対象はこのようなＶＬＰが全く投与されなかった。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、タンパク質翻訳のための作用可能な調節エレメントを含み、調節エレメントは、構成要素（ｉ）（ａ）もしくは（ｉｉ）（ｂ）の５’側（または構成要素（ｉ）もしくは（ｉｉ）に対し５’側）に作用可能に結合している。例えば、構成要素は、リーダー配列をコードするＲＮＡ配列に含まれ、任意選択で、リーダーはウイルスのリーダー配列を含む。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡ（例えば、（＋）ｓｓＲＮＡ）は、構成要素（ｉ）または（ｉｉ）（例えば、構成要素（ｉ）（ａ）または（ｉｉ）（ｂ））を含み、ＶＬＰ ＲＮＡは、当該構成要素の３’側にあり、かつ当該ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列（Ａ）を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列を有しない。
一例において、ＶＬＰ ＲＮＡのＣＥ１または本明細書の任意のＣＥは、


から選択される配列（５’→３’方向に記載）により含まれている（下線はコアエレメント（ＣＥ）を示す）。代替形態として、ＶＬＰ ＲＮＡは、このような配列を含むＲＮＡを産生するように宿主細胞内で転写可能である（もしくは転写される）か、またはＶＬＰ ＲＮＡの相補物（例えば、１００％相補物）がこのような配列を含む。任意選択で、ここでのウイルスとはＣｏＶ、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２ウイルスである。
任意選択で、ＣＥ１は、５’→３’方向にＡＣＧＡＡＣであり、及び／またはＣＥ２は、５’→３’方向にＧＵＵＣＧＵである。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ１と各々ハイブリダイズ可能なＴＲＳ－ＣＥ相補物の複数のコピーを含み、当該コピーのいずれも、ウイルスの複製または伝播（例えば、宿主細胞からの放出または宿主細胞の感染）に必須のタンパク質をコードするＶＬＰ ＲＮＡのＲＮＡ配列に作用可能に接続していない。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、宿主またはウイルスのレプリカーゼを用いて宿主細胞内で複製可能である。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスゲノムによってコードされるＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）による認識及び結合に必要とされる調節エレメントを含み、任意選択で、調節エレメントは、ウイルスゲノムに含まれる調節エレメントと同一である。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＶＬＰ ＲＮＡを宿主細胞に感染可能なウイルスカプシドにパッケージングするためのウイルスパッケージングマシンによって認識されることが可能なパッケージングシグナルを含む。任意選択で、パッケージングシグナルは、ウイルスのパッケージングシグナルである。任意選択で、パッケージングシグナルは、ループモチーフ５’－ＵＵＵＣＧＵ’３’を含むか、またはこれをコードする。一例において、パッケージングシグナルは、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ．２０１９ Ｎｏｖ；５３７：１９８－２０７．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｖｉｒｏｌ．２０１９．０８．０３１．Ｅｐｕｂ ２０１９ Ａｕｇ ３０，“Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ｇｅｎｏｍｉｃ ＲＮＡ ｐａｃｋａｇｉｎｇ”，Ｍａｓｔｅｒｓ ＰＳ（例えば、図２に開示）で開示されている任意のパッケージングシグナル、またはその任意のホモログである。この参考文献内の全ての配列は、本発明で使用するために、参照により本明細書に援用される。一例において、本発明のウイルスはこの参考文献で開示されているウイルスであり、パッケージングシグナルは、このウイルスのパッケージングシグナルである。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、宿主細胞内で、作用可能な１つ以上（例えば、１つまたは２つ）の核局在化シグナルを含む。例えば、ＮＬＳはＶＬＰ ＲＮＡのリーダーまたはＣＥ１をコードする配列の５’側にあり、及び／またはＮＬＳはＣＥ２と相補的なＶＬＰ ＲＮＡの配列の３’側にある。
任意選択で、（ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかによって産生されたＲＮＡハイブリッドのＶＬＰ ＲＮＡは、ＲＮＡ産物を産生するように宿主細胞によって３’伸長されることが可能であり、ＲＮＡ産物は、細胞内で、ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質の発現において非生産的である。
任意選択で、ＶＬＰは、ウイルスが宿主細胞との結合に使用する受容体またはリガンドと同一である宿主細胞の受容体またはリガンドを含み、任意選択で、リガンドはウイルススパイク糖タンパク質である、及び／あるいは、リガンドは、宿主細胞の表面のＡＣＥ２タンパク質（例えば、ウイルスがＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスである場合）または宿主細胞の表面のＤＰＰ４タンパク質（例えば、ウイルスがＭＥＲＳ－ＣｏＶウイルスである場合）に結合可能である。一例において、リガンドは、ＶＬＰのカプシドまたは（ＶＬＰが脂質エンベロープを含む場合）ＶＬＰの脂質エンベロープに含まれる、ＶＬＰ表面露出リガンドである。
任意選択で、ウイルスの複製は、第１及び第２のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）の転写を含み、各ｓｇＲＮＡは第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ）を含み、ｓｇＲＮＡの各ＴＲＳ－ＣＥは、宿主細胞内のＶＬＰ ＲＮＡ ＴＲＳ－ＣＥ１の配列とハイブリダイズ可能である。
任意選択で、ウイルスのＲＮＡゲノムはプラス鎖ＲＮＡゲノムであり、ＶＬＰ ＲＮＡはプラス鎖ＲＮＡである。例えば、ウイルスのＲＮＡゲノムは、一本鎖プラスセンスＲＮＡである。代替形態において、ＲＮＡゲノムはプラスセンスＲＮＡゲノムである。任意選択で、ウイルスのＲＮＡ及びＶＬＰの両方がプラス鎖一本鎖ＲＮＡである。
例えば、ＶＬＰ ＲＮＡは、そのマイナス鎖相補ＲＮＡを産生するように宿主細胞内で複製可能である。例えば、ＶＬＰ ＲＮＡはプラス鎖一本鎖ＲＮＡであり、ＶＬＰ ＲＮＡは、マイナス鎖一本鎖ＲＮＡを産生するように宿主細胞内で複製可能である。
任意選択で、ＴＲＳ－ＣＥ１は６～１２個の連続したヌクレオチドである、及び／またはＴＲＳ－ＣＥ２は６～１２個の連続したヌクレオチドである。好ましくは、ＴＲＳ－ＣＥ１は６個の連続したヌクレオチドである、及び／またはＴＲＳ－ＣＥ２は６個の連続したヌクレオチドである。好ましくは、ＴＲＳ－ＣＥ１は、６、７、８、９、１０、１１または１２個の連続したヌクレオチドである。好ましくは、ＴＲＳ－ＣＥ２は、６、７、８、９、１０、１１または１２個の連続したヌクレオチドである。
任意選択で、ＶＬＰ ＲＮＡは、ＣＥ２に１００％相補的なＲＮＡ配列を含み、このとき、当該ＲＮＡ配列はウイルスのＣＥ１と同一である。
任意選択で、ＣＥ２の配列はＣＥ１に１００％相補的であるか、または、ＣＥ２は、ＣＥ２の１、２、もしくは３ヌクレオチドを除く全てのヌクレオチドにわたりＣＥ１に相補的である。
任意選択で、ＴＲＳ－ＣＥ１は、８～３０個（例えば、８～２５個）の連続したヌクレオチドのウイルス転写調節配列（ＴＲＳ１）に含まれる、及び／またはＴＲＳ－ＣＥ２は、８～３０個の連続したヌクレオチドのウイルスＴＲＳ（ＴＲＳ２）に含まれる。例えば、ＴＲＳ１は、１３、１５、１８、または２６個の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。例えば、ＴＲＳ１は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６個の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれらからなる。
任意選択で、ＴＲＳ１または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、配列ＮＮＮ－ＣＥ１（すなわち、ＣＥ１の最後のｎｔはＴＲＳ１の最後のｎｔである）またはＮＮＮ－ＣＥ１－ＮＮＮを含み、各ＮはＡ、Ｕ、Ｃ、及びＧから選択される任意のヌクレオチドであり、任意選択で、ＣＥ１は、５’→３’方向にＡＣＧＡＡＣである。
任意選択で、ＴＲＳ１または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、ＵＡＡ－ＣＥ１、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ１、ＡＧＵ－ＣＥ１、またはＵＧＡＧＵ－ＣＥ１を含む。
任意選択で、ＴＲＳ１または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、ＣＥ１－ＵＵ、ＣＥ１－ＵＵＵ、ＣＥ１－ＵＡＡ、ＣＥ１－ＵＡＡＣＵ、ＣＥ１－ＵＡＡＡＵ、またはＣＥ１－ＵＵ（すなわち、最後のＵはＴＲＳ１の最後のｎｔである）を含む。
任意選択で、ＴＲＳ１または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、ＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵＵ、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＡＡＣＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＡＡＡＵ、ＡＧＵ－ＣＥ１－ＵＵ、またはＵＧＡＧＵ－ＣＥ１－ＵＵを含む。
任意選択で、ＴＲＳ２または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、配列ＮＮＮ－ＣＥ２（すなわち、ＣＥ２の最後のｎｔはＴＲＳ２の最後のｎｔ）またはＮＮＮ－ＣＥ２－ＮＮＮを含み、各ＮはＡ、Ｕ、Ｃ、及びＧから選択される任意のヌクレオチドであり、任意選択で、ＣＥ２は、５’→３’方向にＡＣＧＡＡＣである。
任意選択で、ＴＲＳ２または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、ＵＡＡ－ＣＥ２、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ２、ＡＧＵ－ＣＥ２、またはＵＧＡＧＵ－ＣＥ２を含む。
任意選択で、ＴＲＳ２または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、ＣＥ２－ＵＵ、ＣＥ２－ＵＵＵ、ＣＥ２－ＵＡＡ、ＣＥ２－ＵＡＡＣＵ、ＣＥ２－ＵＡＡＡＵ、またはＣＥ２－ＵＵ（すなわち、最後のＵはＴＲＳ２の最後のｎｔである）を含む。
任意選択で、ＴＲＳ２または本明細書の任意の他のＴＲＳは、５’→３’方向に、ＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵＵ、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＡＡＣＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＡＡＡＵ、ＡＧＵ－ＣＥ２－ＵＵ、またはＵＧＡＧＵ－ＣＥ２－ＵＵを含む。
任意選択で、ウイルスは、不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製する。したがって、本発明におけるウイルスは、第１のウイルスＲＮＡと第２のウイルスＲＮＡとのハイブリダイズを含む不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製することができ、第１のＲＮＡは、第１のコアエレメント（ＣＥ１）を含むＴＲＳ－Ｌを含み、第２のＲＮＡは、第２のコアエレメント（ＣＥ２）を含むＴＲＳ－Ｂを含み、当該ハイブリダイズは、ＣＥ１とＣＥ２とのハイブリダイズを含む。任意選択で、第１のＲＮＡは（＋）ｓｓＲＮＡであり、第２のＲＮＡは（－）ｓｓＲＮＡであり、ＲＮＡの（＋）ＲＮＡ鎖ハイブリッドは、プロセス中に５’→３’方向に伸長して、ウイルス複製及び感染性に必要とされるウイルスタンパク質をコードするｍＲＮＡを産生する。
任意選択で、ウイルスは、ニドウイルス；Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅウイルス；Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｎａｅ、Ａｒｔｅｒｉｖｉｒｕｓ、Ｏｋａｖｉｒｕｓ、もしくはＴｏｒｏｖｉｒｉｎａｅウイルス、好ましくはＣｏｒｏｎａｖｉｒｉｎａｅ；ＳＡＲＳもしくはＭＥＲＳウイルス；またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、もしくはＭＥＲＳ－ＣｏＶウイルスである。
任意選択で、ウイルスは、ＥＡＶ、ウマ動脈炎ウイルス；ＩＢＶ（感染性気管支炎ウイルス）；ＭＥＲＳ－ＣｏＶ（中東呼吸器症候群コロナウイルス）；ＭＨＶ（マウス肝炎ウイルス）；ＰＲＲＳＶ（ブタ生殖器呼吸器症候群ウイルス）；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ（重症急性呼吸器症候群）コロナウイルス；またはＴＧＥＶ（感染性胃腸炎ウイルス）である。
任意選択で、ウイルスは、コロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス（ＳＡＲＳｒ－Ｃｏｖ）、ＨＣｏＶ－ＯＣ４３、ＨＣｏＶ－ＨＫＵ１、ＨＣｏＶ－ＮＬ６３、ＨＣｏＶ－２２９Ｅである。一例において、ウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＺＸＣ２１、ＺＣ４５、ＲａＴＧ１３、ＣＵＨＫ－Ｗ１、Ｕｒｂａｎｉ、ＧＺ０２、Ａ０３１、Ａ０２２、ＷＩＶ１６、ＷＩＶ１、Ｒｐ３、Ｒｓ６７２、またはＨＫＵ４である。一例において、ウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）、ＳＡＲＳｒ－ＣｏＶ ＲａＴＧ１３（ＱＨＲ６３３００．２）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｕｒｂａｎｉ（ＡＡＰ１３４４１．１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＣＵＨＫ－Ｗ１（ＡＡＰ１３５６７．１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＧＺ０２（ＡＡＳ００００３．１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ａ０３１（ＡＡＶ９７９８８．１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ａ０２２（ＡＡＶ９１６３１．１）、ＷＩＶ－１６（ＡＬＫ０２４５７．１）、ＷＩＶ－１（ＡＧＺ４８８２８．１）、ＳＡＲＳｒ－ＣｏＶ ＺＸＣ２１（ＡＶＰ７８０４２．１）、ＳＡＲＳｒ－ＣｏＶ ＺＣ４５（ＡＶＰ７８０３１．１）、ＳＡＲＳｒ－ＣｏＶ Ｒｐ３（Ｑ３Ｉ５Ｊ５．１）、ＳＡＲＳｒ－ＣｏＶ Ｒｓ６７２（ＡＣＵ３１０３２．１）から選択される。アクセッション番号を括弧内に示す。それらの配列は、本発明での使用のために参照により本明細書に明示的に援用される。
任意選択で、ウイルスは、（－）ｓｓＲＮＡウイルス、例えば、ＮｅｇａｒｎａｖｉｒｉｃｏｔａまたはＤｅｌｔａｖｉｒｕｓウイルス、例えばＤ型肝炎ウイルスであり、１つの実施形態において、本発明の粒子ＲＮＡは（－）ｓｓＲＮＡである。一例において、ウイルスは、Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ、Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ、Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ、Ｐｎｅｕｍｏｖｉｒｉｄａｅ、Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ、Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ、またはＴｅｎｕｉｖｉｒｕｓウイルスである。任意選択で、例えば、対象がヒトである場合、ウイルスは、マールブルグウイルス、エボラウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、狂犬病ウイルス、またはインフルエンザウイルスである。
代替形態として、対象は、脊椎動物、節足動物、または植物であってもよい。
また、
複数の粒子またはＶＬＰを含む組成物も提供される。
任意選択で、当該組成物は、ウイルスによるヒトもしくは動物の対象の感染症の治療もしくはそのリスクの低減のため、またはウイルスによる当該対象の感染症の症状の治療もしくはそのリスクの低減のために、ヒトまたは動物の対象に投与するために用いられる。例えば、当該症状は、対象のウイルスに対する炎症応答である。例えば、当該症状は、対象における炎症である。任意選択で、当該組成物は、当該ウイルスの複製、伝播、または感染を低減するように機能するステロイド及び／またはさらなる抗ウイルス剤を含む。
任意選択で、組成物は、吸入器またはネブライザーに含まれる。
また、
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のための方法も提供され、当該方法は、当該対象に当該組成物を投与することを含む。
また、
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の症状（例えば、炎症）の治療またはそのリスクの低減のための方法も提供され、当該方法は、当該対象に組成物を投与することを含む。
また、
宿主細胞におけるウイルスの複製を阻害する方法（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたは対象においてｉｎ ｖｉｖｏ）も提供され、ウイルスはＲＮＡゲノムを含む、当該方法は、
ａ）当該宿主細胞を本明細書に記載のＶＬＰに接触させることと、当該ＶＬＰ ＲＮＡを当該宿主細胞内に導入することとを含み、
ｂ）ステップ（ａ）と同時に、ステップ（ａ）の後に、またはステップ（ａ）の前に、当該ウイルスＲＮＡゲノムが当該宿主細胞内に導入され、
当該ＶＬＰ ＲＮＡがＴＲＳ－ＣＥ２を含む転写物を産生するように転写される転写プロセスが行われ、当該ＶＬＰ ＲＮＡ（またはそのコピー）は、ＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズするＴＲＳ－ＣＥ１を含み、当該プロセスは、配列（Ｌ）（任意選択でリーダーペプチドをコード）を含むｍＲＮＡを産生し、ＬはＴＲＳ－ＣＥ１を含み、リーダーは、アミノ酸配列（Ａ）をコードするＲＮＡ配列に作用可能に結合し、Ａは、当該ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸である。
任意選択で、転写物中のＴＲＳ－ＣＥ２は、当該ウイルスの複製、伝播、もしくは感染性に必要とされないタンパク質をコードするＲＮＡ配列のすぐ３’側にあるか、または転写物は、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）をコードしないＲＮＡ配列のすぐ３’側にある。
任意選択で、転写物はマイナス鎖一本鎖ＲＮＡであり、ウイルスＲＮＡはプラス鎖一本鎖ＲＮＡである。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルスのゲノムリーダーコード配列は、以下に示すＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号から入手することができる：ＧＺ０２、ＡＹ３９０５５６；ＨＺＳ２－Ｂｂ、ＡＹ３９５００４；ＺＳ－Ｃ、ＡＹ３９５００３；ＣＵＨＫ－ＬＣ５，ＡＹ３９５００２；ＣＵＨＫ－ＬＣ４、ＡＹ３９５００１；ＣＵＨＫ－ＬＣ３、ＡＹ３９５０００；ＣＵＨＫ－ＬＣ２、ＡＹ３９４９９９；ＺＳ－Ａ、ＡＹ３９４９９７；ＺＳ－Ｂ、ＡＹ３９４９９６；ＨＳＺ－Ｃｃ、ＡＹ３９４９９５；ＨＳＺ－Ｂｃ、ＡＹ３９４９９４；ＨＧＺ８Ｌ２、ＡＹ３９４９９３；ＨＺＳ２－Ｃ、ＡＹ３９４９９２；ＨＺＳ２－Ｆｃ、ＡＹ３９４９９１；ＨＺＳ２－Ｅ、ＡＹ３９４９９０；ＨＺＳ２－Ｄ、ＡＹ３９４９８９；ＪＭＤ、ＡＹ３９４９８８；ＨＺＳ２－Ｆｂ、ＡＹ３９４９８７；ＨＳＺ－Ｃｂ、ＡＹ３９４９８６；ＴＷ３、ＡＹ５０２９２６；ＢＪ０４、ＡＹ２７９３５４；ＨＧＺ８Ｌ１－Ａ、ＡＹ３９４９８１；ＨＧＺ８Ｌ１－Ｂ、ＡＹ３９４９８２；ＺＳ－Ｃ、ＡＹ３９５００３；ＨＳＺ２－Ａ、ＡＹ３９４９８３；ＧＺ－Ｃ、ＡＹ３９４９７９；Ｔｏｒ２、ＮＣ＿００４７１８；ＢＪ０１、ＡＹ５３９９５４；ＷＨＵ、ＡＹ３９４８５０；ＮＳ－１、ＡＹ５０８７２４；ＴＷ１０、ＡＹ５０２９２３；ＴＷ２、ＡＹ５０２９２５；ＳｈａｎｇｈａｉＱＸＣ１、ＡＹ４６３０５９；ＺＪ０１、ＡＹ２８６３２０；ＳｈａｎｇｈａｉＱＸＣ２、ＡＹ４６３０６０；ＧＤ６９、ＡＹ３１３９０６；ＦＲＡ、ＡＹ３１０１２０；ＳｏＤ、ＡＹ４６１６６０；Ｓｉｎｏ１－１１、ＡＹ４８５２７７；ＣＵＨＫ－ＡＧ０３、ＡＹ３４５９８８；ＣＵＨＫ－ＡＧ０２、ＡＹ３４５９８７；ＣＵＨＫ－ＡＧ０１、ＡＹ３４５９８６；ＣＵＨＫ－Ｓｕ１０、ＡＹ２８２７５２；ＰＵＭＣ０３、ＡＹ３５７０７６；ＰＵＭＣ０２、ＡＹ３５７０７５；ＰＵＭＣ０１、ＡＹ３５０７５０；ＧＺ５０、ＡＹ３０４４９５；ＳＺ１６、ＡＹ３０４４８８；ＳＺ３、ＡＹ３０４４８６；ＡＳ、ＡＹ４２７４３９；ＨＳＲ １、ＡＹ３２３９７７；Ｓｉｎ２７７４、ＡＹ２８３７９８；ＨＫＵ－３９８４９、ＡＹ２７８４９１；ＧＤ０１、ＡＹ２７８４８９；ＴＷＣ２、ＡＹ３６２６９８；Ｓｉｎ２７４８、ＡＹ２８３７９７；Ｓｉｎ２６７９、ＡＹ２８３７９６；Ｕｒｂａｎｉ、ＡＹ２７８７４１；ＺＭＹ １、ＡＹ３５１６８０；ＴＷＹ、ＡＰ００６５６１；ＴＷＳ、ＡＰ００６５６０；ＣＵＨＫ－Ｗ１、ＡＹ２７８５５４；ＴＣ３、ＡＹ３４８３１４；ＴＣ２、ＡＹ３３８１７５；ＴＣ１、ＡＹ３３８１７４；ＴＷＣ、ＡＹ３２１１１８；Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ １、ＡＹ２９１３１５；Ｓｉｎｏ３－１１、ＡＹ４８５２７８；ＢＪ０３、ＡＹ２７８４９０；ＢＪ０２、ＡＹ２７８４８７；ＺＪ０１、ＡＹ２９７０２８；ＴＷ１、ＡＹ２９１４５１（これらの配列及びそのリーダー、これらのＴＲＳ及びＴＲＳ－ＣＥ配列は、本発明での使用のために、参照により本明細書に明示的に援用される）。
ＶＬＰは、ＲＮＡの１実施例１つの設計（例えば、実施例１の設計１）、または２、３、もしくはそれ以上の設計（例えば、各ＶＬＰが１つのタイプのＲＮＡ設計を含む）をカプセル化して産生することができる。この場合、異なるＶＬＰの混合物が産生され、これは、対象、または広くヒトまたは動物の集団において、ＲＮＡに対しウイルスが生じる任意の耐性を回避するのに有用であり得る。
１つの実施形態において、第１のＶＬＰは、ちょうど１つの設計のＲＮＡ（例えば、設計１）をカプセル化して産生することができ、第２のＶＬＰは、第１のＶＬＰに使用された設計とは異なるちょうど１つの設計のＲＮＡ（例えば、設計２）をカプセル化して産生することができる。第１のＶＬＰは、第２のＶＬＰと同時にまたは連続して、ＣｏＶ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２またはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ）感染症に罹患しているかまたはそのリスクがある対象に投与することができる。投与は、肺への投与であり得る。
一例において、本発明の各ＣＥは、下記の表３に示されるＴＲＳ配列に含まれる。一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、それぞれのｍＲＮＡをコードするための１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはそれ以上の配列を含み、各配列は、本明細書で開示するＴＲＳ、例えば、表３に示されるＴＲＳ配列を含む。例えば、粒子ＲＮＡがこのような配列を含むか、または粒子ＲＮＡの相補物（例えば、１００％相補物）がこのような配列を含むか、または粒子ＲＮＡは、このような配列を含む転写物を産生するために宿主細胞内で転写可能である（または転写される）。任意選択で、各配列は、宿主細胞内で配列を発現するためにそれぞれのプロモーターに作用可能に接続されている。任意選択で、プロモーターの１つ以上または全てがＵ６プロモーターである。
１つの実施形態において、当該方法の粒子または組成物は、異なるウイルスの複製を低減可能である。例えば、ウイルスは同じＣＥ（例えば、ＴＲＳ－Ｌ ＣＥ及び／またはＴＲＳ－Ｂ ＣＥ）を含むウイルスである。例えば、ウイルスはＣｏＶウイルスであり、例えば、第１のウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶであり、もう１つのウイルスはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２である。この目的において、有利には、粒子ＲＮＡは、実施例１の表２に示されるＴＲＳ配列（または２、３、４、またはそれ以上のこのような配列）を含むことができる。代替形態として、この目的のために有利には、粒子ＲＮＡは、表２に示される配列（または２、３、４またはそれ以上のそのような配列）を含むＲＮＡを産生するために宿主細胞において転写可能（または転写されてもよい）であってもよい。実施例１に示されるように、１つを除く全ての場合において、ＴＲＳ配列の比較は、各ＯＲＦに関連するＳＡＲＳ－Ｃｏｖ及びＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２のＴＲＳ間で著しく同一性を示し、例外の場合には、１つの位置を除いて同一性が見られた。したがって、本発明者は、これらのいずれかのウイルスの複製を低減することができる粒子もしくは組成物または方法をもたらすための本発明のＲＮＡにおけるこれらの配列の有用性を理解した。したがって、別の例では、この目的において有利に、粒子ＲＮＡは、５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’及び５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’から選択される配列（または２、３、４、もしくはそれ以上のこのような配列）を含むＲＮＡを含むか、またはこれを産生するように宿主細胞内で転写可能である（もしくは転写される）ことができる。例えば、粒子ＲＮＡは、５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’を各々含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡであり、任意選択で、ウイルスは、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である。例えば、粒子ＲＮＡは、５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’を各々含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡを産生するように宿主細胞内で転写可能であり（または転写され）、任意選択で、ウイルスは、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である。例えば、粒子ＲＮＡは、５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’を各々含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の配列を含む（－）ｓｓＲＮＡを産生するように宿主細胞内で転写可能であり（または転写され）、任意選択で、ウイルスは、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である。例えば、粒子ＲＮＡは、５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’を各々含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の配列を含む（－）ｓｓＲＮＡであり、任意選択で、ウイルスは、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である。５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’は、表１または表２に開示されているＴＲＳ配列に含まれてもよい。５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’は、表１または表２に開示されているＴＲＳ配列の１００％相補物に含まれてもよい。また、本発明は、以下に説明するように、粒子に含まれるか否かにかかわらず、ＲＮＡそれ自体も提供する。このようなＲＮＡは、この段落中で、または本明細書でＶＬＰ ＲＮＡに関連して開示されている任意のＲＮＡによるものであり得る。
一例において、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスのＲＮＡゲノムのサイズの５０～１５０または８０～１２０％（好ましくは９０～１１０％）または１００％であり、ＶＬＰ ＲＮＡは、ウイルスＲＮＡの各ＯＲＦの配列の一部または全部を、ＶＬＰ ＲＮＡが置き換えるＯＲＦ配列のサイズの５０～１５０または８０～１２０％（好ましくは９０～１１０％）または１００％のＲＮＡ配列で置き換えることによって取得されるかまたは取得可能であり、ウイルスの各ＯＲＦは非機能的にされるが、ウイルスＲＮＡのＴＲＳ配列はＶＬＰ ＲＮＡ内で保持される。代替形態において、Ｓ、Ｍ、Ｅ、Ｎ遺伝子のＯＲＦだけをＲＮＡ配列に置き換える。ＯＲＦを置換するために使用されるＲＮＡ配列は、非ウイルス配列であってもよく、ウイルスの複製、伝播、または感染を阻害するのに有用なタンパク質（例えば、抗ウイルス剤、例えば、インターフェロン）をコードしてもよい。
ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び組成物
１つの構成において、本発明のＲＮＡ、またはその相補物もしくは転写物であるＲＮＡ（ＶＬＰまたは他の粒子に含まれても含まれなくてもよい）が提供される。例えば、ＲＮＡは、本発明の粒子に含まれるＲＮＡのＲＮＡ転写物であってもよい。例えば、ウイルスゲノムＲＮＡはｓｓＲＮＡであり、本発明のＲＮＡは、ウイルスゲノムｓｓＲＮＡのセンスと同じセンス（プラスまたはマイナス）のｓｓＲＮＡである。
一例において、本発明のＲＮＡの１００％相補物である配列を含むＲＮＡが提供される（すなわち、相補物の配列は、その長さに沿った各位置で他方のＲＮＡに相補的である）。一例において、本発明のＲＮＡと、その長さに沿って８０、９０、９５、９６、９７、９８、または９９％以上の位置で相補的な配列を含むＲＮＡが提供される。
一例において、本発明のＲＮＡの配列の１００％相補物である配列（すなわち、相補物の配列は、その長さに沿った各位置で他方のＲＮＡ配列に相補的である）を含むＲＮＡが提供され、本発明のＲＮＡの配列は、前述のＣＥもしくはＴＲＳ（またはその相補物）を含む。一例において、本発明のＲＮＡのＲＮＡ配列に、その長さに沿って８０、９０、９５、９６、９７、９８、または９９％以上の位置で相補的な配列を含むＲＮＡが提供され、本発明のＲＮＡの配列は、前述のＣＥもしくはＴＲＳ（またはその相補物）を含む。
一例において、本明細書のＲＮＡは（＋）ｓｓＲＮＡまたは（－）ｓｓＲＮＡである。一例において、本明細書のＲＮＡは、対象におけるウイルス性感染症を治療または予防するためにヒトまたは動物の対象に投与するための（＋）ｓｓＲＮＡであり、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである。一例において、本明細書のＲＮＡは、対象におけるウイルス性感染症を治療または予防するためにヒトまたは動物の対象に投与するための（－）ｓｓＲＮＡであり、ウイルスは（－）ｓｓＲＮＡウイルスである。
別の構成では、本明細書に記載のＲＮＡをコードするＤＮＡが提供される。任意選択で、ＤＮＡは、ＤＮＡを細胞内に導入して細胞内でその転写を行って、そのＲＮＡ転写物、例えば本発明のＲＮＡを産生可能なＶＬＰまたは他の粒子、例えば、ナノ粒子またはリポソームに含まれる。例えば、ＲＮＡ転写物は、本明細書で開示する任意のＲＮＡ、例えば、本明細書に記載の（＋）ｓｓＲＮＡである。一例において、ＤＮＡは一本鎖ＤＮＡまたは二本鎖ＤＮＡである。一例において、ＤＮＡは、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、（＋）ｓｓＲＮＡまたは（－）ｓｓＲＮＡ）のｓｓＤＮＡ相補物（例えば、少なくとも８０、９０、５６、または９９％の相補物、または１００％の相補物）である。一例において、ＤＮＡは、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、（＋）ｓｓＲＮＡまたは（－）ｓｓＲＮＡ）をコードするｓｓＤＮＡのｓｓＤＮＡ相補物（例えば、少なくとも８０、９０、５６、または９９％の相補物、または１００％の相補物）である。一例において、ＤＮＡは、（＋）ｓｓＲＮＡまたは（－）ｓｓＲＮＡをコードする。一例において、ＤＮＡは、対象におけるウイルス性感染症を治療または予防するためにヒトまたは動物の対象に投与するための（＋）ｓｓＲＮＡをコードし、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである。一例において、ＤＮＡは、対象におけるウイルス性感染を治療または予防するためにヒトまたは動物の対象に投与するための（－）ｓｓＲＮＡをコードし、ウイルスは（－）ｓｓＲＮＡウイルスである。任意選択で、本明細書のＲＮＡまたはＤＮＡは、例えば、遺伝子銃を用いて、患者へのＲＮＡまたはＤＮＡ注入により、ヒトまたは動物対象にそれぞれ投与される（または投与のために用いられる）。
本明細書の任意のＤＮＡまたはＲＮＡの対象への投与は、例えば、リポソーム、粒子、エクソソーム、微小胞、及びウイルスベクターから選択される送達ビヒクルを対象に投与することによって行われる。例えば、ＷＯ２０１６１６５８２５Ａ１では、好適な粒子及び製造方法の例について言及されており、この記載内容は、本発明での使用のために本明細書に援用される。
本発明のＤＮＡは、発現ベクターに含まれてもよく、当該ベクターは、ＤＮＡを転写してそのＲＮＡ転写物を産生させるためのプロモーターを含む。このような転写は、本発明のＲＮＡを産生するために、対象の宿主細胞（例えば、ヒト細胞、例えば、肺、腎臓、または心臓細胞）内で行われ得る。代替形態において、このような転写は、産生用細胞株（例えば、ヒト細胞株、例えば、肺、腎臓、または心臓の細胞株）で行われてもよく、このとき、産生用細胞株は複数の本発明のＲＮＡを産生する。
一例において、本発明は、複数の粒子を産生する方法を提供し、当該方法は、複数の粒子（例えば、ＶＬＰ、リポソーム、ナノ粒子、エクソソーム、または微小胞）を複数の本発明のＲＮＡ（例えば、ＲＮＡは同一である）と組み合わせることであって、少なくとも１つのＲＮＡが、当該複数の粒子のそれぞれの粒子の中及び／または上に組み込まれる、組み合わせることと、任意選択で、ウイルス性感染症の治療または予防のためにヒトまたは動物の対象に投与するための医薬組成物を産生するために、当該粒子を製剤化することとを含む。一例において、本発明は、１つ以上のタイプのタンパク質（例えば、ウイルスの構造タンパク質、例えば、ウイルスカプシド及び／またはスパイクタンパク質、例えば、Ｓ、Ｍ、及びＥ（及び任意選択でＮ）タンパク質）から形成される複数の粒子を製造する方法を提供し、当該方法は、本発明の複数のＲＮＡの存在下で（例えば、ＲＮＡは同一である）、当該タンパク質を複数の粒子（例えば、ＶＬＰ、リポソーム、ナノ粒子、エクソソーム、または微小胞）に形成することであって、少なくとも１つのＲＮＡが、当該複数の粒子のそれぞれの粒子の中及び／または上に取り込まれる、形成することと、任意選択で、ウイルス性感染症の治療または予防のためにヒトまたは動物の対象に投与するための医薬組成物を産生するために、当該粒子を製剤化することとを含む。
任意選択で、当該方法によって取得されるか、または取得可能なこのような組成物が提供される。代替の組成物は、本明細書に記載の複数のＤＮＡまたはＲＮＡ、例えば、遺伝子銃を用いて対象への投与に用いる裸のＤＮＡまたはＲＮＡを含む。代替形態において、本明細書に記載のＤＮＡがＲＮＡの代わりに当該方法で使用される。
例えば、組成物は、医薬投与デバイスまたは容器、例えば、吸入器、ＩＶバッグ、シリンジ、または注射ペンに含まれる。一例において、組成物は、希釈剤、賦形剤、または担体を含む。例示的な担体は吸入用担体であり、このとき、組成物は、ウイルス性感染の治療または予防のために吸入によって対象に投与するために用いられる。一例において、組成物はさらに、ステロイドを含む。一例において、組成物はさらに、抗炎症剤（例えば、コルチコステロイドなどのＮＳＡＩＤ）を含む。一例において、組成物はさらに、抗ウイルス剤、例えば、インターフェロン（例えば、アルファまたはベータインターフェロン）を含む。
一例において、抗ウイルス剤は、以下から選択される。

また、本発明は試料中のウイルスＲＮＡを検出する方法も提供し、ウイルスは、第１のＴＲＳ－ＣＥ（例えば、ＣＥ１）及び第２のＴＲＳ－ＣＥ（例えば、ＣＥ２）のハイブリダイズを含む不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製し、当該方法は、試料を本発明のＲＮＡに接触させることと、本発明のＲＮＡと試料に含まれるウイルスＲＮＡとの間で形成されたハイブリッドを検出することとを含む。任意選択で、当該方法は、本発明のＲＮＡとウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡゲノム、ウイルスのｍＲＮＡ、ウイルスのｓｇＲＮＡ、またはウイルスの（－）ｓｓＲＮＡとのハイブリッドの存在を検出することを含む。任意選択で、当該方法は、対象の試料（例えば、血液試料）を用いて、本明細書に記載の検出方法を行うことを含む。
一例において、当該方法は、試料が取得されたヒトまたは動物の対象におけるウイルスの感染を診断するための方法である。
本発明は、ヒトまたは動物の対象におけるウイルス感染症を診断するための、本明細書に記載の任意の本発明のＲＮＡの使用を提供し、ここで、ウイルスは不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製する。任意選択で、当該使用は、本発明のＲＮＡとウイルスのＲＮＡ（例えば、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡゲノム、ウイルスのｍＲＮＡ、ウイルスのｓｇＲＮＡ、またはウイルスの（－）ｓｓＲＮＡ）とのハイブリッドの存在を検出することを含む。任意選択で、当該使用は、対象の試料（例えば、血液試料）を用いて、本明細書に記載の検出方法を行うことを含む。
検出は、本発明のＲＮＡに含まれる、またはそれに付着する標識を検出することにより行うことができる。本発明のＲＮＡは、試験またはアッセイの知識を有する当業者は熟知しているであろうように、固体支持体（例えば、プレートまたはビーズ（例えば、磁気ビーズ））上で固定化することができる。また、当業者は、好適な標識及びタグ、例えば、蛍光タグ、ＲＮＡタグ（例えば、ＲＮＡバーコード）、化学標識、放射性アイソタイプ標識、または他の標識についても熟知しているであろう。一例において、検出方法はＥＬＩＳＡアッセイである。標識（例えば、蛍光標識）の検出は、試料中の標識の量を決定することを含んでもよく、及び／または試料中の標識の量を、同じ標識で標識された本発明のＲＮＡとハイブリダイズしたウイルスＲＮＡを含む陽性対照を用いて決定した参照量と比較することを含んでもよい。
好適な試料は、ヒトまたは動物の対象から得られた細胞、例えば、血液、口腔、膣、鼻、肺、腎臓、もしくは心臓の細胞、または対象の上皮または粘膜の細胞を含む試料であり得る。好ましくは、細胞は、ヒトの上皮または粘膜の細胞、例えば、（例えば、スワブを用いて得られる）ヒトの口または喉の細胞である。一例において、試料は、血液、血清、喀痰、または唾液の試料である。例えば、ウイルスはコロナウイルスであり、試料は喀痰試料である。例えば、ウイルスはコロナウイルスであり、試料は肺細胞試料である。例えば、ウイルスはコロナウイルスであり、試料は口腔細胞試料である。例えば、ウイルスはコロナウイルスであり、試料は口の細胞試料である。例えば、ウイルスはコロナウイルスであり、試料は咽頭細胞試料である。方法または使用は、例えば試料に含まれる宿主細胞を溶解することにより、試料からウイルスＲＮＡを取得することを含んでもよく、これは、試料を本発明の標識化またはタグ付けされたＲＮＡに接触する前に実施してもよい。
本発明の方法または使用において、本発明のＲＮＡをウイルスＲＮＡとハイブリダイズさせる代わりに、本発明のＤＮＡをウイルスＲＮＡとハイブリダイズさせてもよく、例えば、ＤＮＡは固体支持体に固定化される。一例において、ウイルスＲＮＡは（＋）ｓｓＲＮＡであり、ＤＮＡは（－）ｓｓＤＮＡである。別の例では、ウイルスＲＮＡは（－）ｓｓＲＮＡであり、ＤＮＡは（＋）ｓｓＤＮＡである。
（＋）ｓｓＲＮＡ
また、本発明は、本明細書で開示する粒子またはＶＬＰ ＲＮＡと同一である単離ＲＮＡも提供する。また、複数のこのようなＲＮＡも提供され、このときＲＮＡは同一である。
代替形態として、複数のものは、互いに異なる第１及び第２のこのようなＲＮＡを含む。複数のＲＮＡは、組成物、例えば、本明細書で開示する医薬組成物、または診断もしくは検出の方法もしくは使用で使用するための組成物に含まれてもよい。
本発明の構成は、
プラス鎖一本鎖ＲＮＡ（（＋）ｓｓＲＮＡ）を提供し、ＲＮＡは、１つ以上の（例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはこれ以上の）配列を含み、その各々が、（ｉ）（＋）ｓｓＲＮＡゲノムを有するウイルス（例えば、本明細書で開示する任意のこのようなウイルス、例えばＣｏＶ）の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－Ｌ ＣＥ）配列、または（ｉｉ）ウイルスのＴＲＳ－Ｂ ＣＥの相補配列（ＣＳ）であり、ＲＮＡは、ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列またはそれらの相補配列のうちの１つ、複数、または全てを有しない。
一例において、（ｉ）の各ＣＥは、ＴＲＳ－Ｌ配列に含まれる。一例において、（ｉｉ）の各ＣＳは、ＴＲＳ－Ｂ配列の相補物に含まれる。一例において、当該配列の最も５’側の配列はＴＲＳ－Ｌ配列であり、他の配列の各々はウイルスのＴＲＳ－Ｂ配列の相補物である。
宿主細胞内では、例えば上記のように、（ｉ）のＣＥは、（－）ｓｓＲＮＡのＴＲＳ－Ｂ ＣＥとハイブリダイズ可能である。このＴＲＳ－Ｂが、ウイルスの生活環で産生される（－）ｓｓＲＮＡ相補鎖に含まれる場合、本発明のＲＮＡに含まれる場合の（ｉ）のＣＥは、上記のように転写及び／または翻訳の開始において非機能的であり得、それにより、ウイルスの複製に必要とされるウイルスタンパク質の発現において非機能的となる。そのため、上記で説明したように、マイナス鎖、転写、及び翻訳を巡ってウイルスとの競合がもたらされる。したがって、ウイルス複製は低減される。
宿主細胞内では、例えば上記のように、本発明の（＋）ｓｓＲＮＡのＣＳは、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡのＴＲＬ－ＣＥとハイブリダイズ可能なＣＥを含む（－）ｓｓＲＮＡ転写物内で転写されることが可能である。このハイブリッドは、ウイルスのＯＲＦタンパク質産物の産生において非機能的と考えられる。そのため、上記で説明したように、プラス鎖、転写、及び翻訳を巡ってウイルスとの競合がもたらされる。さらに、ウイルスタンパク質の任意の発現した切断バージョンまたは別の点で欠陥を有するバージョンは、野生型ウイルスタンパク質と競合し、宿主細胞内で欠陥のあるまたは非生産的なウイルス産生をもたらし得る。したがって、ウイルス複製は低減される。
別の構成は、
ウイルスのＴＲＳ－Ｂ ＣＥの相補配列（ＣＳ）を各々含む複数の配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（任意選択で、直前の段落に記載のＲＮＡ）を提供し、当該ＲＮＡは、ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列のうちの１つ、複数、または全てを有しない。
ここで、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡゲノムウイルスであり、各ＣＳは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスゲノムに相補的な（－）ｓｓＲＮＡに含まれるＴＲＳ－Ｂ ＣＥの相補物である。一例において、本発明のＲＮＡの各ＣＳ間の相補性は、ＣＥ ＴＲＳ－Ｂ ＣＥの連続したヌクレオチド数にわたって比較される（例えば、少なくとも６個の連続したヌクレオチドの同一の長さ、例えば、６、７、または８個の連続したヌクレオチドにわたって比較される）。
任意選択で、各ＣＳは、ウイルスのＴＲＳ－Ｂ ＣＥ配列と１００％相補的であるか、または１、２、または３つ（好ましくは１つ）のヌクレオチド位置を除いて１００％相補的である。
ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡゲノムはＴＲＳリーダー（ＴＲＳ－Ｌ）配列を含み、ＴＲＳ－ＬはＣＥを含み、ウイルスは、ＴＲＳ－Ｌ ＣＥが第２のＣＥとハイブリダイズするプロセスでｍＲＮＡを産生する転写を含む生活環を有し、第２のＣＥはＴＲＳ本体（ＴＲＳ－Ｂ）配列に含まれ、ＴＲＳ－Ｂはウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡの相補物である（－）ｓｓＲＮＡに含まれ、各ｍＲＮＡはＯＲＦを含む。当業者は知っているように、ＯＲＦはタンパク質産物をコードする。
好ましくは、本発明の（＋）ｓｓＲＮＡの各ＣＥまたはＣＳは、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡの切断された（例えば、Ｃ末端切断された）または変異したＯＲＦをコードするＲＮＡ配列のすぐ５’側にある。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡの対応するＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド（すなわち、最も５’側のヌクレオチド）、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＳ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＥ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＭ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、または１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＮ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。特徴（ａ）は、例えば細胞内で本発明のＲＮＡのこの部分を適切に転写及び／または翻訳するために、ネイティブなウイルスＴＲＳ／ＯＲＦ配列の連結部を保存するのに有用であろう。切断されたまたは変異した配列は、ウイルスのＯＲＦによってコードされるタンパク質の対応して変異したまたは切断された形態に翻訳され得（例えば、切断されたまたは変異したＳ、Ｅ、Ｍ、またはＮを形成する）、これはウイルス複製、伝播、または感染において非機能的である。このように、本発明のＲＮＡは、ウイルスを形成するように宿主細胞内で自己複製可能ではない。これは、ウイルス粒子の産生が不可能であるように封じ込める目的に有用であり得る。
本発明のＲＮＡの一例において、第１（最も５’側の）ＣＳは、ウイルスのＴＲＳ－リーダー（ＴＲＳ－Ｌ）配列に含まれるＣＥの相補物（例えば、１００％相補物）である。代替形態として、第１のＣＳは、ウイルスのＴＲＳ本体（ＴＲＳ－Ｂ）配列に含まれるＣＥの相補物である。
好ましくは、本明細書の相補物は他の配列の１００％相補物であってもよい。代替形態において、相補物は、１、２、または３ヌクレオチド位置を除いて他の配列（例えば、他のＣＥ）に完全に相補的であってもよい、例えば、ＣＥ配列５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’は、配列５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’に１００％相補的であり、一方５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’は、配列５’－ＵＵＵＣＧＵ－３’（例えば、ヒト細胞などの宿主細胞内の場合）に相補的だが配列は互いに１００％相補的ではない。
一例において、
（ａ）本発明の（＋）ｓｓＲＮＡは、５’→３’方向に、第１のＣＳ及び第２のＣＳを含み、第１のＣＳはウイルスのＴＲＳ－Ｌに含まれるＣＥであり、第２のＣＳはウイルスの第１のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物であり、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスであり、任意選択で、本発明の（＋）ｓｓＲＮＡは、ウイルスの第２のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物である第３のＣＥを含む；
（ｂ）本発明の（＋）ｓｓＲＮＡは、５’→３’方向に、第１のＣＳ及び第２のＣＳを含み、第２のＣＳはウイルスの第１のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物であり、第１のＣＳはウイルスの第２のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物であり、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスであり、任意選択で、本発明の（＋）ｓｓＲＮＡは、ウイルスのさらなるＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物である第３のＣＳを含む；または
（ｃ）本発明の（＋）ｓｓＲＮＡは、５’→３’方向に、ウイルスのＴＲＳ－Ｌに含まれるＣＥ及びウイルスの第１のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物である第１のＣＳを含み、ウイルスは、（＋）ｓｓＲＮＡウイルスであり、任意選択で、本発明の（＋）ｓｓＲＮＡは、ウイルスの第２のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥの相補物である第２のＣＳを含む。
ここで、「ウイルスのＴＲＳ－Ｌ」とは、ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＴＲＳ－Ｌを指すものと理解されるであろう。ここで、「ウイルスのＴＲＳ－Ｂ」とは、ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡの相補物のＴＲＳ－Ｂを指すものと理解されるであろう。このとき、相補物はマイナス鎖一本鎖ＲＮＡ（（－）ｓｓＲＮＡ）である。このような（－）ｓｓＲＮＡは、（＋）ｓｓＲＮＡウイルスに典型的であり、当業者には明らかであろうように、ウイルスの複製中に通常作製される鎖であり得る。
第１及び第２のＣＳは、互いに同一であってもよい。第２及び第３のＣＳは、互いに同一であってもよい。全てのＣＳは、互いに同一であってもよい。ＣＳ（及び任意選択でＣＥ）は、同じヌクレオチド長（例えば、６、７、または８個の連続したヌクレオチド）であってもよい。任意選択で、第１のＣＳは、第１のＴＲＳ－ＢのＣＥの１００％相補物であってもよい。１００％相補物とは、第１のＣＳの配列がＣＥに対しその全長にわたって相補的であることを指し、すなわち、第１のＣＳの各ヌクレオチドは、ＣＥの対応するヌクレオチドの相補物であり、その結果、第１のＣＳの最も５’側のヌクレオチドがＣＥの最も３’側のヌクレオチドの相補物、などとなる。
一例において、本発明のＲＮＡまたはその相補物は、ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列の１つ、複数、または全てを有さず、前述の各ＯＲＦは、ＯＲＦ１ａ、ＯＲＦ１ｂ、ＯＲＦ３ａ、ＯＲＦ６、ＯＲＦ７ａ、ＯＲＦ７ｂ、ＯＲＦ８ａ、ＯＲＦ８ｂ、ＯＲＦ１０、タンパク質ＳをコードするＯＲＦ、タンパク質ＥをコードするＯＲＦ、タンパク質ＭをコードするＯＲＦ、及びタンパク質ＮをコードするＯＲＦから選択されるＣｏＶ ＯＲＦである。任意選択で、本発明のＲＮＡまたはその相補物は、タンパク質ＳをコードするＯＲＦ、タンパク質ＥをコードするＯＲＦ、タンパク質ＭをコードするＯＲＦ、及びタンパク質ＮをコードするＯＲＦのうちの１、２、３つ、または全てを有しない。例えば、本発明のＲＮＡまたはその相補物は、タンパク質ＳをコードするＯＲＦを有しない。例えば、本発明のＲＮＡまたはその相補物は、タンパク質ＥをコードするＯＲＦを有しない。例えば、本発明のＲＮＡまたはその相補物は、タンパク質ＭをコードするＯＲＦを有しない。例えば、本発明のＲＮＡまたはその相補物は、タンパク質ＮをコードするＯＲＦを有しない。例えば、ウイルスは、ＳＡＲＳ－またはＭＥＲＳ－ＣｏＶ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶまたはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２）である。
１つの実施形態において、（＋）ｓｓＲＮＡはｍＲＮＡである。例えば、ＲＮＡは、その相補物ＲＮＡを産生するように宿主細胞（例えば、本明細書で開示する任意の宿主細胞）内で転写可能であり、相補物は、ネガティブ鎖一本鎖ＲＮＡ（（－）ｓｓＲＮＡ）である。任意選択で、相補物ＲＮＡは、（＋）ｓｓＲＮＡの（または各）ＴＲＳ－ＣＥの相補物を含む。例えば、（－）ｓｓＲＮＡに含まれる各ＴＲＳ－ＣＥ相補物は、それぞれのＴＲＳ本体（ＴＲＳ－Ｂ）配列に含まれる。
任意選択で、ＲＮＡは５’メチル化キャップ及び３’ポリＡテール配列を含む。
本発明のＲＮＡは、組換えまたは単離ＲＮＡとすることができる。単離ＲＮＡは、細胞性物質もしくは粒子を含まないＲＮＡ、または相補的ＲＮＡもしくは相補的ＤＮＡに結合していないＲＮＡとすることができる。代替形態において、ＲＮＡは相補的ＲＮＡまたは相補的ＤＮＡと結合することができる。
一例において、（＋）ｓｓＲＮＡはＤＮＡとの混合物中に存在しない。一例において、（＋）ｓｓＲＮＡは、相補的なＤＮＡ（すなわち、例えばＲＮＡがヒト宿主細胞などの宿主細胞中に存在するときにＲＮＡとハイブリダイズ可能なＤＮＡ）との混合物中に存在しない。一例において、（＋）ｓｓＲＮＡは、相補的なＲＮＡ（すなわち、例えばＲＮＡがヒト宿主細胞などの宿主細胞中に存在するときにＲＮＡとハイブリダイズ可能なＲＮＡ）との混合物中に存在しない。
また、本発明の複数の（＋）ｓｓＲＮＡを含む組成物も提供される。一例において、ＲＮＡは同一である。別の例では、組成物は、本発明の異なる（＋）ｓｓＲＮＡを含む（例えば、ＴＲＳ－Ｂ相補物を含む配列が異なり、任意選択で、ＴＲＳ－Ｂが共通のＣＥ配列を含み、ＣＥ配列がウイルス（＋）ｓｓＲＮＡゲノムに含まれるＴＲＳ－ＣＥ配列と１００％同一である）。
（－）ｓｓＲＮＡ及びＤＮＡ
また、本発明は、本明細書で開示する粒子またはＶＬＰ ＲＮＡまたはその相補物と同一である（－）ｓｓＲＮＡも提供する。また、複数のこのようなＲＮＡも提供され、このときＲＮＡは同一である。代替形態として、この複数のＲＮＡは、互いに異なる第１及び第２のこのようなＲＮＡを含む。複数のＲＮＡは、組成物、例えば、本明細書で開示する医薬組成物、または診断もしくは検出の方法もしくは使用で使用するための組成物に含まれてもよい。
本発明の構成は、
マイナス鎖一本鎖ＲＮＡ（（－）ｓｓＲＮＡ）を提供し、ＲＮＡは、１つ以上の（例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、またはこれ以上の）配列を含み、その各々が、（ｉ）（＋）ｓｓＲＮＡゲノムを有するウイルス（例えば、本明細書で開示する任意のこのようなウイルス、例えばＣｏＶ）の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－Ｌ ＣＥ）配列の相補配列（ＣＳ）、または（ｉｉ）ウイルスのＴＲＳ－Ｂ ＣＥであり、ＲＮＡは、ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列またはそれらの相補配列のうちの１つ、複数、または全てを有しない。
一例において、（ｉ）の各ＣＳは、ＴＲＳ－Ｌ配列の相補物に含まれる。一例において、（ｉｉ）の各ＣＥは、ＴＲＳ－Ｂ配列に含まれる。一例において、当該配列の最も３’側の配列はＴＲＳ－Ｌ配列の相補物であり、他の配列の各々はウイルスのＴＲＳ－Ｂ配列である。
宿主細胞内では、例えば上記のように、（ｉ）のＣＳは（＋）ｓｓＲＮＡのＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能である。このＴＲＳ－Ｌが、ウイルスの生活環で産生される（＋）ｓｓＲＮＡ鎖に含まれる場合、本発明のＲＮＡに含まれる場合の（ｉ）のＣＳは、転写及び／または翻訳の開始において（＋）ｓｓＲＮＡを非機能的にすることができ、それにより、ウイルスの複製に必要とされるウイルスタンパク質の発現において非機能的となる。そのため、上記で説明したように、プラス鎖、転写、及び翻訳を巡ってウイルスとの競合がもたらされる。したがって、ウイルス複製は低減される。
宿主細胞内では、例えば上記のように、本発明の（－）ｓｓＲＮＡの各ＣＥは、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡのＴＲＬ－ＣＥとハイブリダイズ可能である。このハイブリッドは、ウイルスのＯＲＦタンパク質産物の産生において非機能的と考えられる。そのため、上記で説明したように、プラス鎖、転写、及び翻訳を巡ってウイルスとの競合がもたらされる。さらに、ウイルスタンパク質の任意の発現した切断バージョンまたは別の点で欠陥を有するバージョンは、野生型ウイルスタンパク質と競合し、宿主細胞内で欠陥のあるまたは非生産的なウイルス産生をもたらし得る。したがって、ウイルス複製は低減される。
別の構成は、
ウイルスのＴＲＳ－Ｂ ＣＥを各々含む複数の配列を含む（－）ｓｓＲＮＡ（任意選択で、直前の段落に記載のＲＮＡ）であって、当該ＲＮＡが、ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列またはそれらの相補配列のうちの１つ、複数、または全てを有しない、（－）ｓｓＲＮＡ。
任意選択で、各ＣＥは、ウイルスのＴＲＳ－Ｂ ＣＥ配列と１００％同一であるか、または１、２、または３つ（好ましくは１つ）のヌクレオチド位置を除いて１００％同一である。
好ましくは、本発明の（－）ｓｓＲＮＡの各ＣＥまたはＣＳは、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡの切断された（例えば、Ｃ末端切断された）または変異したＯＲＦをコードするＲＮＡ配列の相補物のすぐ３’側にある。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡの対応するＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド（すなわち、最も５’側のヌクレオチド）、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＳ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＥ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＭ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、または１０％以下を含む。例えば、ＲＮＡ配列は、ウイルスＲＮＡゲノムのＮ ＯＲＦ全体に比べて切断されており、（ａ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡ内のＯＲＦの最初の５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、８０、１００、もしくは１５０個の連続したヌクレオチド、または（ｉｉ）ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＯＲＦ配列の連続したヌクレオチドの７０、６０、５０、４０、３０ ３０、もしくは１０％以下を含む。特徴（ａ）は、例えば細胞内で本発明のＲＮＡのこの部分を適切に転写及び／または翻訳するために、ネイティブなウイルスＴＲＳ／ＯＲＦ配列の連結部を保存するのに有用であろう。切断されたまたは変異した配列は、ウイルスのＯＲＦによってコードされるタンパク質の対応して変異したまたは切断された形態に翻訳され得（例えば、切断されたまたは変異したＳ、Ｅ、Ｍ、またはＮを形成する）、これはウイルス複製、伝播、または感染において非機能的である。このように、本発明のＲＮＡは、ウイルスを形成するように宿主細胞内で自己複製可能ではない。これは、ウイルス粒子の産生が不可能であるように封じ込める目的に有用であり得る。
本発明の（－）ｓｓＲＮＡの一例において、最後の（最も３’側の）ＣＳは、ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡのＴＲＳリーダー（ＴＲＳ－Ｌ）配列に含まれるＣＥの相補物（例えば、１００％相補物）である。代替または追加形態として、第１のＣＥは、ウイルスのＴＲＳ本体（ＴＲＳ－Ｂ）ＣＥ配列である。
一例において、
（ａ）本発明の（－）ｓｓＲＮＡは、３’→５’方向に、第１のＣＳ及び第２のＣＳを含み、第１のＣＳは、ウイルスのＴＲＳ－Ｌに含まれるＣＥの相補物であり、第２のＣＳは、ウイルスの第１のＴＲＳ－Ｌに含まれるＣＥの相補物であり、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスであり、任意選択で、本発明の（－）ｓｓＲＮＡは、ウイルスのＴＲＳ－Ｌに含まれるＣＥの相補物である第３のＣＳを含む、または
（ｂ）本発明の（－）ｓｓＲＮＡは、３’→５’方向に、第１のＣＥ及び第２のＣＥを含み、第２のＣＥは、ウイルスの第１のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥであり、第１のＣＥは、ウイルスの第２のＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥであり、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスであり、任意選択で、本発明の（－）ｓｓＲＮＡはウイルスのさらなるＴＲＳ－Ｂに含まれるＣＥである第３のＣＥを含む。
ここで、「ウイルスのＴＲＳ－Ｌ」とは、ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡのＴＲＳ－Ｌを指すものと理解されるであろう。ここで、「ウイルスのＴＲＳ－Ｂ」とは、ウイルス（＋）ｓｓＲＮＡの相補物のＴＲＳ－Ｂを指すものと理解されるであろう。このとき、相補物はマイナス鎖一本鎖ＲＮＡ（（－）ｓｓＲＮＡ）である。このような（－）ｓｓＲＮＡは、（＋）ｓｓＲＮＡウイルスに典型的であり、当業者には明らかであろうように、ウイルスの複製中に通常作製される鎖であり得る。
第１及び第２のＣＳは、互いに同一であってもよい。第１及び第２のＣＥは、互いに同一であってもよい。第２及び第３のＣＥは、互いに同一であってもよい。全てのＣＳは、互いに同一であってもよい。全てのＣＥは、互いに同一であってもよい。ＣＥ（及び任意選択でＣＳ）は、同じヌクレオチド長（例えば、６、７、または８個の連続したヌクレオチド）であってもよい。任意選択で、第１のＣＥは、第１のＴＲＳ－ＢのＣＥと１００％同一であってもよい。
本発明の（－）ｓｓＲＮＡは、組換えＲＮＡであっても単離ＲＮＡであってもよい。単離ＲＮＡは、細胞性物質もしくは粒子を含まないＲＮＡ、または相補的ＲＮＡもしくは相補的ＤＮＡに結合していないＲＮＡとすることができる。代替形態において、ＲＮＡは相補的ＲＮＡまたは相補的ＤＮＡと結合することができる。
一例において、（－）ｓｓＲＮＡはＤＮＡとの混合物中に存在しない。一例において、（－）ｓｓＲＮＡは、相補的なＤＮＡ（すなわち、例えばＲＮＡがヒト宿主細胞などの宿主細胞中に存在するときにＲＮＡとハイブリダイズ可能なＤＮＡ）との混合物中に存在しない。一例において、（－）ｓｓＲＮＡは、相補的なＲＮＡ（すなわち、例えばＲＮＡがヒト宿主細胞などの宿主細胞中に存在するときにＲＮＡとハイブリダイズ可能なＲＮＡ）との混合物中に存在しない。
また、本発明の複数の（－）ｓｓＲＮＡを含む組成物も提供される。一例において、ＲＮＡは同一である。別の例では、組成物は、本発明の異なる（－）ｓｓＲＮＡを含む（例えば、ＴＲＳ－Ｂを含む配列が異なり、任意選択で、ＴＲＳ－Ｂが共通のＣＥ配列を含み、ＣＥ配列がウイルス（＋）ｓｓＲＮＡゲノムに含まれるＴＲＳ－ＣＥ配列と１００％同一である）。
また、本発明は、本発明の（＋）鎖ＲＮＡのＲＮＡ配列に相補的（例えば、１００％相補的）なＤＮＡ配列を含むか、またはそれからなる（－）鎖ＤＮＡも提供する。任意選択で、ＤＮＡ配列は、ＤＮＡを鋳型として用いてＲＮＡを転写するためのプロモーターに作用可能に接続している。プロモーターは、従来、ＤＮＡ鎖内のＤＮＡ配列の５’側に存在する。転写は、産生用細胞（例えば、真核生物、原核生物、哺乳類、酵母、ヒト、昆虫、または齧歯類の細胞）で行うことができる。例えば、産生用細胞はＨＥＫ２９３細胞である。例えば、産生用細胞はＣＯＳ細胞である。例えば、産生用細胞はＣＨＯ細胞である。
したがって、１つの構成において、
本発明の複数のＲＮＡの産生方法が提供され、当該方法は、ＲＮＡをコードする産生用細胞の核酸を用いて産生用細胞内でＲＮＡを発現させることと、任意選択で、細胞から複数のＲＮＡを単離することとを含む。
一例において、産生用細胞核酸は本発明の（－）鎖ＤＮＡであり、別の例では、産生用細胞核酸は本発明の（－）鎖ＲＮＡであり、任意選択で、ウイルスは（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである。したがって、ウイルスが（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである本明細書の検出または診断の方法または使用で使用することができる複数の（＋）ｓｓＲＮＡが産生される。代替形態として、本明細書に記載のように（＋）ｓｓＲＮＡウイルスと競合し、その複製を低減するために、ウイルスによる細胞の感染の前、後、または同時に宿主細胞内に導入することができる複数の（＋）ｓｓＲＮＡが産生される。そのため、一例において、
本発明の粒子（例えば、ＶＬＰ）を産生する方法が提供され、当該方法は、当該複数のＲＮＡをウイルスの複数の構造タンパク質またはカプシドタンパク質と組み合わせることであって、それにより、ＲＮＡのうちの１つ以上を各々含む粒子が形成される、組み合わせることと、任意選択で、（例えば、粒子が非粒子関連ＲＮＡと混合されていない組成物を産生するために）粒子を分離することとを含む。任意選択で、組成物は、本明細書に記載のような医薬組成物である。
概念：
以下の概念を示す。これらは請求項として解釈しないようにされたい（本明細書の請求項はこれより後に記載され、「特許請求の範囲」という表題で始まるものである）。
１．ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のために当該対象に投与するための粒子であって、当該ウイルスがＲＮＡゲノムを含み、
（Ａ）当該ウイルスが、当該対象の宿主細胞に感染可能であり、当該ウイルスゲノムがＲＮＡ配列（Ｌ）を含み、Ｌが第１の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ１）を含み、当該ウイルスの複製が第１のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ１）の転写を含み、（Ｂ）ｓｇＲＮＡ１が第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ２）を含み、ＴＲＳ－ＣＥ１が当該宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能であり、（Ｃ）当該粒子がＲＮＡを含み、当該粒子が、当該粒子ＲＮＡの転写のために当該対象の宿主細胞内に導入可能であり、当該粒子ＲＮＡまたはその転写物が、ＴＲＳ－ＣＥを含み、
（Ｄ）当該ウイルスＲＮＡが当該粒子ＲＮＡまたは当該転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、当該粒子ＲＮＡまたは転写物の当該ＴＲＣ－ＣＥが、当該ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥとハイブリダイズし、当該ハイブリダイズがウイルス複製を低減する、粒子。
代替形態において、概念１は、以下を提供する。
ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のために、当該対象に投与するための粒子（例えば、ウイルス様粒子（ＶＬＰ））であって、当該ウイルスがＲＮＡゲノムを含み、当該ウイルスが対象の宿主細胞（例えば、ヒト細胞）に感染可能であり、当該ウイルスゲノムがＲＮＡ配列（Ｌ）を含み、Ｌが第１の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ１）を含み、ウイルスの複製が第１のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ１）の転写を含み、ｓｇＲＮＡ１が第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ２）を含み、ＴＲＳ－ＣＥ１が宿主細胞のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能であり、当該ウイルスがＲＮＡゲノムを含み、当該粒子がＲＮＡを含み、当該粒子が、当該粒子ＲＮＡの転写のために当該粒子ＲＮＡを当該対象の当該宿主細胞内に導入可能であり、当該粒子ＲＮＡまたはその転写物が、
（ｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ１もしくは（ｂ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズ可能な配列を含む、及び／または
（ｉｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ２もしくは（ｂ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
当該ウイルスＲＮＡが粒子ＲＮＡまたは転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、
（ｉｉｉ）構成要素（ｉ）（ａ）が、当該ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする、
（ｉｖ）構成要素（ｉ）（ｂ）が、当該ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、
（ｖ）構成要素（ｉｉ）（ａ）が、当該ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、及び／または
（ｖｉ）構成要素（ｉｉ）（ｂ）が、当該ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズし、
（ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかのハイブリダイズがウイルス複製を低減する、粒子。
２．（Ａ）当該粒子ＲＮＡ（例えば、（＋）ｓｓＲＮＡ）が、タンパク質翻訳のために作用可能な調節要素を含み、当該調節要素が、構成要素（ｉ）（ａ）もしくは（ｉｉ）（ｂ）の５’側に作用可能に結合し、
（Ｂ）当該粒子ＲＮＡ（、（＋）ｓｓＲＮＡ）が、構成要素（ｉ）（ａ）もしくは（ｉｉ）（ｂ）を含み、当該粒子ＲＮＡが、当該構成要素の３’側にあり、かつ当該ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列（Ａ）を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列を有さず、
（Ｃ）当該粒子ＲＮＡ（例えば、（－）ｓｓＲＮＡ）が、構成要素（ｉ）（ｂ）もしくは（ｉｉ）（ａ）を含み、当該粒子ＲＮＡが、当該構成要素の５’側にあり、かつ当該ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列をコードするＲＮＡ配列を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列を有しない、
概念１に記載の粒子。
３．当該粒子ＲＮＡ（例えば、（－）ｓｓＲＮＡ）またはその転写物（例えば、（－）ｓｓＲＮＡ転写物）が、宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ１と各々ハイブリダイズ可能なＴＲＳ－ＣＥの複数のコピーを含み、ＴＲＳ－ＣＥの当該コピーのいずれも、当該ウイルスの複製または伝播に必須であるタンパク質をコードするＲＮＡ配列を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列に作用可能に接続していない、概念１～２のいずれかに記載の粒子。
４．宿主細胞内で複製可能な粒子ＲＮＡである、概念１～３のいずれかに記載の粒子。
５．当該粒子ＲＮＡが、当該ウイルスゲノムによってコードされるＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）による認識及び結合に必要とされる調節エレメントを含み、任意選択で、当該調節エレメントが、当該ウイルスゲノムに含まれる調節エレメントと同一である、概念１～４のいずれかに記載の粒子。
６．当該粒子ＲＮＡが、粒子ＲＮＡを宿主細胞に感染可能なウイルスカプシドにパッケージングするようにウイルスパッケージング機構によって認識されることが可能なパッケージングシグナルを含む、概念１～５のいずれかに記載の粒子。
７．（ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかによって産生されたＲＮＡハイブリッドが、ＲＮＡ産物を産生するように当該宿主細胞によって３’伸長されることが可能であり、当該ＲＮＡ産物が、当該細胞内で、当該ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質の発現において非生産的である、概念１～６のいずれかに記載の粒子。
８．当該粒子が、当該ウイルスが当該宿主細胞との結合に使用する受容体またはリガンドと同一である当該宿主細胞の受容体またはリガンドを含み、任意選択で、当該リガンドがウイルススパイク糖タンパク質である、及び／あるいは、当該リガンドが、当該宿主細胞の表面のＡＣＥ２タンパク質（例えば、当該ウイルスがＳＡＲＳ－ＣｏＶもしくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスである場合）または当該宿主細胞の表面のＤＰＰ４タンパク質（例えば、当該ウイルスがＭＥＲＳ－ＣｏＶウイルスである場合）に結合可能である、概念１～７のいずれかに記載の粒子。
９．（Ａ）当該ウイルスの複製が、第１及び第２のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）の転写を含み、各ｓｇＲＮＡが転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ）を含み、当該ｓｇＲＮＡの各ＴＲＳ－ＣＥが、宿主細胞内の当該粒子ＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１の配列とハイブリダイズ可能である、または
（Ｂ）当該粒子ＲＮＡの転写が、第１及び第２のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）を産生し、各ｓｇＲＮＡが転写調節配列本体コアエレメント（ＴＲＳ－Ｂ ＣＥ）を含み、当該ｓｇＲＮＡの各ＴＲＳ－ＣＥが、宿主細胞内の当該ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－Ｌ ＣＥ１との配列とハイブリダイズ可能である、
概念１～８のいずれかに記載の粒子。
１０．当該粒子が、当該対象の細胞（例えば、ヒト細胞）内で非自己複製的である、概念１～９のいずれかに記載の粒子。
１１．当該ウイルスの当該ＲＮＡゲノムがプラス鎖ＲＮＡゲノムであり、当該粒子ＲＮＡがプラス鎖ＲＮＡである、概念１～１０のいずれかに記載の粒子。
１２．ＴＲＳ－ＣＥ１が６～１２個の連続したヌクレオチドである、及び／またはＴＲＳ－ＣＥ２が６～１２個の連続したヌクレオチドである、概念１～１１のいずれかに記載の粒子。
１３．ＣＥ１が５’→３’方向にＡＣＧＡＡＣである、及び／またはＣＥ２が５’→３’方向にＧＵＵＣＧＵである、概念１～１２のいずれかに記載の粒子。
１４．当該粒子ＲＮＡがＣＥ２と１００％相補的なＲＮＡ配列を含み、当該ＲＮＡ配列がＣＥ１と同一である、概念１～１３のいずれかに記載の粒子。
１５．ＣＥ２の配列がＣＥ１に１００％相補的であり、またはＣＥ２が、ＣＥ２の１、２、もしくは３ヌクレオチドを除く全てのヌクレオチドにわたりＣＥ１に相補的である、概念１～１４のいずれかに記載の粒子。
１６．ＴＲＳ－ＣＥ１が、８～２５個の連続したヌクレオチドのウイルス転写調節配列（ＴＲＳ１）に含まれる、及び／またはＴＲＳ－ＣＥ２が８～３０個の連続したヌクレオチドのウイルスＴＲＳ（ＴＲＳ２）に含まれる、概念１～１５のいずれかに記載の粒子。
１７．ＴＲＳ１が、５’→３’方向に、配列ＮＮＮ－ＣＥ１（配列中、ＣＥ１はＴＲＳ１の３’末端にある）またはＮＮＮ－ＣＥ１－ＮＮＮ（配列中、各ＮはＡ、Ｕ、Ｃ、及びＧから選択される任意のヌクレオチドである）を含み、任意選択で、ＣＥ１が５’→３’方向にＡＣＧＡＡＣである、概念１６に記載の粒子。
１８．ＴＲＳ１が、５’→３’方向に、
（Ａ）ＵＡＡ－ＣＥ１、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ１、ＡＧＵ－ＣＥ１、もしくはＵＧＡＧＵ－ＣＥ１、
（Ｂ）ＣＥ１－ＵＵ、ＣＥ１－ＵＵＵ、ＣＥ１－ＵＡＡ、ＣＥ１－ＵＡＡＣＵ、ＣＥ１－ＵＡＡＡＵ、もしくはＣＥ１－ＵＵ、
（Ｃ）ＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵＵ、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＡＡＣＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＡＡＡＵ、ＡＧＵ－ＣＥ１－ＵＵ、もしくはＵＧＡＧＵ－ＣＥ１－ＵＵ、または
（Ｄ）ＣＵＡＡ－ＣＥ１、ＵＡＡ－ＣＥ１、もしくはＵＣＵＡＡ－ＣＥ１
を含む、概念１６または１７に記載の粒子。
１９．ＴＲＳ２が、５’→３’方向に、配列ＮＮＮ－ＣＥ２（配列中、ＣＥ２はＴＲＳ２の３’末端にある）またはＮＮＮ－ＣＥ２－ＮＮＮ（配列中、各ＮはＡ、Ｕ、Ｃ、及びＧから選択される任意のヌクレオチドである）を含み、任意選択で、ＣＥ２が５’→３’方向にＡＣＧＡＡＣである、概念１６～１８のいずれか１つに記載の粒子。
２０．ＴＲＳ２が、５’→３’方向に、
（Ａ）ＵＡＡ－ＣＥ２、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ２、ＡＧＵ－ＣＥ２、もしくはＵＧＡＧＵ－ＣＥ２、
（Ｂ）ＣＥ２－ＵＵ、ＣＥ２－ＵＵ、ＣＥ２－ＵＡＡ、ＣＥ２－ＵＡＡＣＵ、ＣＥ２－ＵＡＡＡＵ、もしくはＣＥ２－ＵＵ、または
（Ｃ）ＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵＵ、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＡＡＣＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＡＡＡＵ、ＡＧＵ－ＣＥ２－ＵＵ、もしくはＵＧＡＧＵ－ＣＥ２－ＵＵ
を含む、概念１６～１９のいずれか１つに記載の粒子。
２１．前記ウイルスが、ニドウイルス、Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｎａｅウイルス、Ｔｏｒｏｖｉｒｉｎａｅウイルス、ＳＡＲＳもしくはＭＥＲＳウイルス、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、もしくはＭＥＲＳ－ＣｏＶウイルスから選択される、概念１～２０のいずれかに記載の粒子。
２２．ｓｇＲＮＡ１が（－）ｓｓＲＮＡであり、当該粒子ＲＮＡが（＋）ｓｓＲＮＡであり、当該ウイルスゲノムが（＋）ｓｓＲＮＡである、概念１～２１のいずれかに記載の粒子。
２３．当該粒子ＲＮＡが、
（ｉ）ＴＲＳ－ＣＥ１、及び／または
（ｉｉ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
当該ウイルスＲＮＡが、当該粒子ＲＮＡとともに宿主細胞内に存在する場合、
（ｉｉｉ）構成要素（ｉ）が、当該ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする、及び／または
（ｉｖ）構成要素（ｉｉ）の相補物が、当該ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズし、
（ｉｉｉ）及び／または（ｉｖ）のハイブリダイズがウイルス複製を低減する、
概念１～２２のいずれかに記載の粒子。
２４．（Ａ）当該粒子ＲＮＡまたは当該粒子の構成要素（ｉｉ）（ｂ）のＣＥ１が、ＴＲＳ－Ｌ配列（例えば、当該ウイルスのＴＲＳ－Ｌ配列と同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＴＲＳ－Ｌ配列）に含まれる；及び／あるいは
（Ｂ）当該粒子ＲＮＡまたは当該粒子の構成要素（ｉ）（ｂ）のＣＥ２が、ＴＲＳ－Ｂ配列（例えば、当該ウイルスのＴＲＳ－Ｂ配列と同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＴＲＳ－Ｂ配列）に含まれる、
概念１～２３のいずれかに記載の粒子。
２５．当該粒子ＲＮＡの長さが、当該ウイルスＲＮＡゲノムの長さの１２０％以下である、概念１～２４のいずれかに記載の粒子。
２６．当該粒子ＲＮＡが、当該ウイルスＲＮＡゲノムの各オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の配列の一部または全部を、当該粒子ＲＮＡが置き換える前記ＯＲＦ配列のサイズの１２０％以下（好ましくは１００％）であるＲＮＡ配列で置き換えることによって取得可能であり、当該ウイルスの各ＯＲＦが非機能的にされるが、当該ウイルスＲＮＡの当該ＴＲＳ配列が当該粒子ＲＮＡ内で保持されている、概念１～２５のいずれかに記載の粒子。
２７．（＋）ｓｓＲＮＡ（任意選択で、概念１～２６のいずれかに記載のＲＮＡ）であって、ヒトまたは動物の対象の宿主細胞に感染するウイルスによって産生されるｓｇＲＮＡのＴＲＳ－Ｂ ＣＥの相補配列（ＣＳ）を各々含む複数の配列を含み、当該（＋）ｓｓＲＮＡが、当該ウイルスの１つ、複数、または全てのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列を有さず、ＴＲＳ－Ｂ ＣＥを各々含む１つ以上の転写物を産生するように宿主細胞内で転写可能であり、各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥが、当該ウイルスのＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能であり、それにより、各転写物が１つ以上のウイルスＯＲＦタンパク質産物の発現を阻害可能である、（＋）ｓｓＲＮＡ。
２８．当該ウイルスが、不連続ＲＮＡ転写を用いて複製するタイプの（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである、概念２７に記載のＲＮＡ。
２９．各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥがそれぞれの転写物のＴＲＳ－Ｂに含まれ、任意選択で、当該ＴＲＳ－Ｂが、概念１９または２０に記載のＴＲＳ２配列を含む、概念２７または２８に記載のＲＮＡ。
３０．概念１～２９のいずれかに記載の複数の粒子またはＲＮＡを含む、組成物。
３１．ウイルスによるヒトもしくは動物の対象の感染症の治療もしくはそのリスクの低減のため、またはウイルスによる当該対象の感染症の症状の治療もしくはそのリスクの低減のために、ヒトまたは動物の対象に投与するために用いられる、概念３０に記載の組成物。
３２．当該組成物が、吸入器もしくはネブライザーに含まれる、または遺伝子銃などの核酸注入デバイスに含まれる、概念３０または３１に記載の組成物。
３３．ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のための方法であって、当該対象に概念３０、３１、または３２に記載の組成物を投与することを含む、方法。
３４．ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の症状（例えば、炎症）の治療またはそのリスクの低減のための方法であって、当該対象に概念３０、３１、または３２に記載の組成物を投与することを含む、方法。
３５．宿主細胞におけるウイルスの複製を阻害する方法であって、当該ウイルスが（＋）ｓｓＲＮＡゲノムを含み、当該ウイルスゲノムが、ＴＲＳ－Ｌ ＣＥを含み、かつＴＲＳ－Ｂ ＣＥ（ＣＥ２）を含むｓｇＲＮＡ転写物をコードし、当該方法が、
ａ）当該宿主細胞を本発明の粒子またはＲＮＡに接触させることと、本発明のＲＮＡ（例えば、粒子ＲＮＡ）（以下、第１のＲＮＡ）を当該宿主細胞内に導入することとを含み、当該第１のＲＮＡが、当該ＣＥ２の相補物（例えば、１００％または少なくとも８０％の相補物）である配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡであり、
ｂ）ステップ（ａ）と同時に、ステップ（ａ）の後に、またはステップ（ａ）の前に、当該ウイルスＲＮＡゲノムが当該宿主細胞内に導入され、
当該第１のＲＮＡが、ＣＥ２またはウイルスＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能な配列を含むＲＮＡ転写物を産生するように細胞内で転写される転写プロセスが行われ、当該転写物が、当該ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡに含まれるＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズしてＲＮＡハイブリッドを形成し、当該ハイブリッドが、リーダー配列（Ｌ）を含むｍＲＮＡを産生するのに使用され、当該リーダーが、当該ウイルスの複製、伝播、及び感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列（Ａ）をコードするＲＮＡ配列に作用可能に結合しておらず、
任意選択で、当該ハイブリッドが５’→３’方向で伸長されて（例えば、１、２、３またはそれ以上のコドン、任意選択で１５０コドン以下）ｍＲＮＡを産生する、方法。
３６．当該転写物中のＣＥＳ２、またはウイルスＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能な当該配列が、
（Ａ）当該ウイルスの複製、伝播、もしくは感染性に必要とされないタンパク質を産生するように当該宿主細胞内で発現可能なｍＲＮＡ配列をコードするＲＮＡ配列、または
（Ｂ）オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の相補物を含まないＲＮＡ配列、または
（Ｃ）当該ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の相補物を含まないＲＮＡ配列
のすぐ３’側にある、概念３５に記載の方法。
３７．複数の粒子を産生する方法であって、複数の粒子（例えば、ＶＬＰ、リポソーム、ナノ粒子、エクソソーム、または微小胞）を複数のＲＮＡと組み合わせることであって、各ＲＮＡが本発明のＲＮＡであり、少なくとも１つのＲＮＡが、当該複数の粒子のそれぞれの粒子の中及び／または上に組み込まれる、組み合わせることと、任意選択で、ウイルス性感染症の治療または予防のためにヒトまたは動物の対象に投与するための医薬組成物を産生するために、当該粒子を製剤化することとを含む、方法。
３８．試料中のウイルスＲＮＡを検出する方法であって、当該ウイルスが、第１のＴＲＳ－ＣＥ（ＣＥ１）及び第２のＴＲＳ－ＣＥ（ＣＥ２）のハイブリダイズを含む不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製し、当該方法が、当該試料を本発明のＲＮＡ（第１のＲＮＡ）に接触させることと、第１のＲＮＡと当該試料に含まれるウイルスＲＮＡとの間で形成されたハイブリッドを検出することとを含む、方法。
３９．本発明のＲＮＡの相補物であるＤＮＡ配列を含むＤＮＡであって、任意選択で、当該ＤＮＡ配列が、宿主細胞内でＲＮＡを転写するためのプロモーターに作用可能に結合している、ＤＮＡ。
４０．ヒトまたは動物の対象におけるウイルス性感染症を診断するための本発明のＲＮＡまたはＤＮＡの使用であって、当該ウイルスが不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製する、使用。
４１．ヒトまたは動物の対象におけるウイルス性感染症を治療または予防する方法であって、当該対象に、本発明の粒子またはＲＮＡを投与することを含む、方法。
本明細書に記載の特定の実施形態が例として示されており、本発明の限定として示されていないことは理解されるであろう。本発明の主要な特徴は、本発明の範囲から逸脱することなく、様々な実施形態で用いることができる。当業者は、本明細書に記載の特定の手順に対する多くの等価物を認識するか、または単なる通例的試験を用いてこのような等価物を確認することができるであろう。このような等価物は、本発明の範囲に含まれるとみなされ、請求項によって網羅される。本明細書で言及されている全ての刊行物及び特許出願は、この発明が属する技術分野の当業者の技術水準を示すものである。全ての刊行物及び特許出願（言及された全ての特許出願及び特許の米国の等価物を含む）は、個々の刊行物または特許出願が具体的かつ個別に参照により援用されると示されている場合と同じ程度において、参照により本明細書に援用される。「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」という語の使用は、請求項及び／または明細書内で「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語とともに使用する際には「１つ（ｏｎｅ）」を意味し得るが、「１つ以上」、「少なくとも１つ」、及び「１つまたは２つ以上」という意味とも整合する。請求項における「または」という用語の使用は、明示的に代替形態のみを指すように示されない限り、または代替形態が相互に排他的でない限り、「及び／または」を意味するものとして用いられるが、本開示は、代替形態のみ及び「及び／または」を指す定義を支持している。本出願全体において、「約」という用語は、ある値が、デバイスにおける誤差の固有のばらつき、その値を決定するために用いられる方法、または試験対象間に存在するばらつきを含むことを示すために使用される。
本明細書及び請求項で使用する場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（ならびに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）などの、含むの任意形態）、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」（ならびに「有する（ｈａｖｅ）」及び「有する（ｈａｓ）」などの、有するの任意形態）、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」（ならびに「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」などの、含むの任意形態）または「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」（ならびに「含む（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」及び「含む（ｃｏｎｔａｉｎ）」などの、含むの任意形態）といった単語は、包括的または無制限的であり、追加の列挙されていない要素も方法ステップも除外しない。
本明細書で使用する場合、「またはその組合せ」という用語は、当該用語のすぐ前の項目の全ての順列及び組合せを指す。例えば、「Ａ、Ｂ、Ｃ、またはそれらの組合せ」は、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＡＢ、ＡＣ、ＢＣ、またはＡＢＣのうちの少なくとも１つを含むことが意図されており、特定の文脈において順序が重要な場合は、ＢＡ、ＣＡ、ＣＢ、ＣＢＡ、ＢＣＡ、ＡＣＢ、ＢＡＣ、またはＣＡＢも含む。この例を続けると、１つ以上の項目または用語の繰返しを含む組合せ、例えば、ＢＢ、ＡＡＡ、ＭＢ、ＢＢＣ、ＡＡＡＢＣＣＣＣ、ＣＢＢＡＡＡ、ＣＡＢＡＢＢは明示的に含まれる。当業者であれば、文脈から別の内容が明らかでない限り、典型的には、項目または用語の数が任意の組合せにおいて制限が存在しないことを理解するであろう。
本開示のいかなる部分も、文脈から別の内容が明らかでない限り、本開示の任意の他の部分と組み合わせて読むことができる。
本明細書で開示及び請求されている全ての組成物及び／または方法は、本開示に照らして過度の実験をせずに作製及び実行することができる。本発明の組成物及び方法は、好ましい実施形態の観点から説明しているが、本発明の概念、趣旨、及び範囲から逸脱することなく、この組成物及び／または方法、ならびに本明細書に記載の方法のステップまたはステップの順序にバリエーションを適用することができることは、当業者には明らかであろう。当業者にとって明白であるこのような同様の代用及び変更は全て、添付の請求項によって定義される本発明の趣旨、範囲、及び概念内にあるものとみなされる。
実施例１：ＲＮＡの設計
ＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルス及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス（下記表２のＷｕｈａｎ）のゲノム配列間で解析を実施した。ウイルスの様々なＯＲＦに関連するＴＲＳ配列をアラインメントしたところ、表２に示すような顕著な類似性が明らかになり、下記で詳述するＲＮＡ設計が可能となった。


以下のＴＲＳ配列を含むＲＮＡが産生される（ポジティブストランドｓｓＲＮＡ上の５’→３’方向に表示）。
ＲＮＡ設計１：配列Ｂ、Ｄ、Ｈ、Ｊ（Ｓ、Ｅ、及びＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計２：配列Ｄ、Ｈ、Ｊ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｓ、Ｅ、及びＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計３：配列Ｂ、Ｄ、Ｄ、Ｄ（Ｓのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計４：配列Ｂ、Ｈ、Ｈ、Ｈ（Ｅのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計５：配列Ｂ、Ｊ、Ｊ、Ｊ（Ｍのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計６：配列Ｂ、Ｄ、Ｄ、Ｊ、Ｊ（ＳまたはＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計７：配列Ｄ、Ｄ、Ｄ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｓのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計８：配列Ｂ、Ｈ、Ｈ、Ｈ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｅのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計９：配列Ｂ、Ｊ、Ｊ、Ｊ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｍのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１０：配列Ｂ、Ｄ、Ｄ、Ｊ、Ｊ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（ＳまたはＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１１：配列Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｉ（Ｓ、Ｅ、及びＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１２：配列Ｃ、Ｇ、Ｉ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｓ、Ｅ、及びＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１３：配列Ａ、Ｃ、Ｃ、Ｃ（Ｓのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１４：配列Ａ、Ｇ、Ｇ、Ｇ（Ｅのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１５：配列Ａ、Ｉ、Ｉ、Ｉ（Ｍのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１６：配列Ａ、Ｃ、Ｃ、Ｉ、Ｉ（ＳまたはＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１７：配列Ｃ、Ｃ、Ｃ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｓのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１８：配列Ａ、Ｇ、Ｇ、Ｇ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｅのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計１９：配列Ａ、Ｉ、Ｉ、Ｉ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（Ｍのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＲＮＡ設計２０：配列Ａ、Ｃ、Ｃ、Ｉ、Ｉ（各配列は、配列の転写及び翻訳のための調節領域のすぐ３’側にある）（ＳまたはＭのコード配列はＲＮＡ内に存在しない）
ＶＬＰは、ＲＮＡの１つの設計（例えば、設計１）、または２、３、もしくはそれ以上の設計（例えば、各ＶＬＰが１つのタイプのＲＮＡ設計を含む）をカプセル化して産生することができる。代替形態において、第１のＶＬＰは、ちょうど１つの設計のＲＮＡ（例えば、設計１）をカプセル化して産生することができ、第２のＶＬＰは、第１のＶＬＰに使用された設計とは異なるちょうど１つの設計のＲＮＡ（例えば、設計２）をカプセル化して産生することができる。第１のＶＬＰは、第２のＶＬＰと同時にまたは連続して、ＣｏＶ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２またはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ）感染症に罹患しているかまたはそのリスクがある対象に投与することができる。投与は、肺への投与であり得る。
実施例２：ＶＬＰの産生及びウイルス性感染症の治療
各々の長さが１０％以内のサイズ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２またはＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルスのＲＮＡゲノムの１００％）のプラス鎖ＲＮＡを産生する。各ＲＮＡは、ウイルスの野生型ゲノムに含まれる複数のＴＲＳ－Ｂを含む（そして任意選択で、野生型ウイルスゲノムのリーダーも含む）。例えば、各ＲＮＡは、実施例１におけるいずれかの設計のＲＮＡである。各ＴＲＳ－Ｂは、ウイルスタンパク質をコードしない配列のすぐ５’側にあり、各ＲＮＡは、ウイルスゲノムＲＮＡの５’キャップ及び３’ポリＡテールを含む。したがって、このＲＮＡはいかなるウイルスタンパク質も産生するように発現することができない。１つの実施形態において、コロナウイルスパッケージングシグナルが各ＲＮＡに組み込まれる。各ＲＮＡは、ウイルスのＲｄＲＰに認識及び複製されることが可能である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２またはＳＡＲＳ－ＣｏＶウイルスのカプシド及びスパイクタンパク質を含むＶＬＰが産生される。産生プロセスにおいて、この実施例のＲＮＡはＶＬＰにカプセル化される。
ＶＬＰを含む吸入可能な医薬製剤を生産し、肺への送達用にネブライザーまたは吸入器によってヒト患者に送達する。患者は、ウイルスの感染症に罹患している。ＶＬＰは、ウイルスに感染している宿主細胞に実施例のＲＮＡを送達し、肺内の非感染細胞にＲＮＡを送達することができる。この治療は、患者における感染を低減するか、感染または拡大の進行を遅らせる。代替形態では、ＶＬＰを患者に全身的に（例えば静脈内投与によって）投与する。別の代替形態では、鼻腔内投与を使用する。ＶＬＰに加えて、ステロイドまたはインターフェロンを投与する場合がある。

Claims (25)

  1. ウイルスによるヒトまたは動物の対象の感染症の治療またはそのリスクの低減のために前記対象に投与するための粒子であって、前記ウイルスがＲＮＡゲノムを含み、
    （Ａ）前記ウイルスが前記対象の宿主細胞に感染可能であり、前記ウイルスゲノムがＲＮＡ配列（Ｌ）を含み、Ｌが第１の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ１）を含み、前記ウイルスの複製が第１のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ１）の転写を含み、
    （Ｂ）ｓｇＲＮＡ１が第２の転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ２）を含み、ＴＲＳ－ＣＥ１が前記宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能であり、
    （Ｃ）前記粒子がＲＮＡを含み、前記粒子が、前記粒子ＲＮＡを転写するために前記粒子ＲＮＡを前記対象の宿主細胞内に導入可能であり、前記粒子ＲＮＡまたはその転写物がＴＲＳ－ＣＥを含み、
    （Ｄ）前記ウイルスＲＮＡが前記粒子ＲＮＡまたは前記転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、前記粒子ＲＮＡまたは転写物の前記ＴＲＣ－ＣＥが、前記ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥとハイブリダイズすることができ、前記ハイブリダイズがウイルス複製を低減する、粒子。
  2. 前記粒子ＲＮＡまたはその転写物が、
    （ｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ１もしくは（ｂ）前記宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズ可能な配列を含む；及び／または
    （ｉｉ）（ａ）ＴＲＳ－ＣＥ２もしくは（ｂ）前記宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
    前記ウイルスＲＮＡが、前記粒子ＲＮＡまたは前記転写物とともに宿主細胞内に存在する場合、
    （ｉｉｉ）構成要素（ｉ）（ａ）が、前記ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズする、
    （ｉｖ）構成要素（ｉ）（ｂ）が、前記ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、
    （ｖ）構成要素（ｉｉ）（ａ）が、前記ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズする、及び／または
    （ｖｉ）構成要素（ｉｉ）（ｂ）が、前記ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズし、
    （ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかのハイブリダイズがウイルス複製を低減する、請求項１に記載の粒子。
  3. （Ａ）前記粒子ＲＮＡ（任意選択で（＋）ｓｓＲＮＡ）が、タンパク質翻訳のために作用可能な調節要素を含み、前記調節要素が、構成要素（ｉ）（ａ）もしくは（ｉｉ）（ｂ）の５’側に作用可能に結合し、
    （Ｂ）前記粒子ＲＮＡ（任意選択で（＋）ｓｓＲＮＡ）が、構成要素（ｉ）（ａ）もしくは（ｉｉ）（ｂ）を含み、前記粒子ＲＮＡが、前記構成要素の３’側にあり、かつ前記ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列を有しない；または
    （Ｃ）前記粒子ＲＮＡ（任意選択で（－）ｓｓＲＮＡ）が、構成要素（ｉ）（ｂ）もしくは（ｉｉ）（ａ）を含み、前記粒子ＲＮＡが、前記構成要素の５’側にあり、かつ前記ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列をコードするＲＮＡ配列を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列を有しない、
    請求項２に記載の粒子。
  4. 前記粒子ＲＮＡ（任意選択で（－）ｓｓＲＮＡ）またはその転写物が、宿主細胞内のＴＲＳ－ＣＥ１と各々ハイブリダイズ可能なＴＲＳ－ＣＥの複数のコピーを含み、ＴＲＳ－ＣＥの前記コピーのいずれも、前記ウイルスの複製または伝播に必須であるタンパク質をコードするＲＮＡ配列を産生するように発現可能であるＲＮＡ配列に作用可能に接続していない、請求項１～３のいずれかに記載の粒子。
  5. 前記粒子ＲＮＡが、
    （Ａ）ウイルスゲノムによってコードされるＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）による認識及び結合に必要とされる調節エレメント（任意選択で、前記調節エレメントは、前記ウイルスゲノムに含まれる調節エレメントと同一である）；及び／または
    （Ｂ）粒子ＲＮＡを宿主細胞に感染可能なウイルスカプシドにパッケージングするためのウイルスパッケージングマシンによって認識されることが可能なパッケージングシグナル
    を含む、請求項１～４のいずれかに記載の粒子。
  6. （ｉｉｉ）～（ｖｉ）のいずれかによって産生されたＲＮＡハイブリッドが、ＲＮＡ産物を産生するように前記宿主細胞によって３’伸長されることが可能であり、前記ＲＮＡ産物が、前記細胞内で、前記ウイルスの複製、伝播、または感染性に必要とされるタンパク質の発現において非生産的である、請求項２～５のいずれかに記載の粒子。
  7. 前記粒子が、前記ウイルスが前記宿主細胞に結合するのに使用する受容体またはリガンドと同一である前記宿主細胞の前記受容体または前記リガンドを含み、任意選択で、前記リガンドがウイルススパイク糖タンパク質である、及び／または前記リガンドが、前記宿主細胞の表面のＡＣＥ２タンパク質もしくは前記宿主細胞の表面のＤＰＰ４タンパク質に結合可能である、請求項１～６のいずれかに記載の粒子。
  8. （Ａ）前記ウイルスの複製が、第１及び第２のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）の転写を含み、各ｓｇＲＮＡが転写調節配列コアエレメント（ＴＲＳ－ＣＥ）を含み、前記ｓｇＲＮＡの各ＴＲＳ－ＣＥが、宿主細胞内の前記粒子ＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１の配列とハイブリダイズ可能である、または
    （Ｂ）前記粒子ＲＮＡの転写が、第１及び第２のサブゲノムＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）を産生し、各ｓｇＲＮＡが転写調節配列本体コアエレメント（ＴＲＳ－Ｂ ＣＥ）を含み、前記ｓｇＲＮＡの各ＴＲＳ－ＣＥが、宿主細胞内の前記ウイルスＲＮＡに含まれる転写調節配列リーダーコアエレメント（ＴＲＳ－Ｌ ＣＥ）の配列とハイブリダイズ可能である、
    請求項１～７のいずれかに記載の粒子。
  9. 前記ウイルスの前記ＲＮＡゲノムがプラス鎖ＲＮＡゲノムであり、前記粒子ＲＮＡがプラス鎖ＲＮＡである、請求項１～８のいずれかに記載の粒子。
  10. （Ａ）前記粒子ＲＮＡが、５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’を各々含む１つ以上の配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡであり、前記ウイルスが、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である、
    （Ｂ）前記粒子ＲＮＡが、５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’を各々含む１つ以上の配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡを産生するように宿主細胞内で転写可能であり、前記ウイルスが、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である、
    （Ｃ）前記粒子ＲＮＡが、５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’を各々含む１つ以上の配列を含む（－）ｓｓＲＮＡを産生するように宿主細胞内で転写可能であり、前記ウイルスが、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である、または
    （Ｄ）前記粒子ＲＮＡが、５’－ＧＵＵＣＧＵ－３’を各々含む１つ以上の配列を含む（－）ｓｓＲＮＡであり、前記ウイルスが、そのＲＮＡゲノムが１つ以上の５’－ＡＣＧＡＡＣ－３’配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡ（例えば、ＣｏＶ）である、
    請求項１～９のいずれかに記載の粒子。
  11. ＴＲＳ－ＣＥ１が、８～２５個の連続したヌクレオチドの第１のウイルス転写調節配列（ＴＲＳ１）に含まれ、ＴＲＳ１が、５’→３’方向に、ＵＡＡ－ＣＥ１、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ１、ＡＧＵ－ＣＥ１、ＵＧＡＧＵ－ＣＥ１、ＣＥ１－ＵＵ、ＣＥ１－ＵＵＵ、ＣＥ１－ＵＡＡ、ＣＥ１－ＵＡＡＣＵ、ＣＥ１－ＵＡＡＡＵ、ＣＥ１－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵＵ、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＵＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＡＡＣＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ１－ＵＡＡＡＵ、ＡＧＵ－ＣＥ１－ＵＵ、ＵＧＡＧＵ－ＣＥ１－ＵＵ、ＣＵＡＡ－ＣＥ１、ＵＡＡ－ＣＥ１、もしくはＵＣＵＡＡ－ＣＥ１を含む、
    及び／または
    ＴＲＳ－ＣＥ２が、８～３０個の連続したヌクレオチドの第２のウイルスＴＲＳ（ＴＲＳ２）に含まれ、ＴＲＳ２が、５’→３’方向に、ＵＡＡ－ＣＥ２、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ２、ＡＧＵ－ＣＥ２、ＵＧＡＧＵ－ＣＥ２、ＣＥ２－ＵＵ、ＣＥ２－ＵＵＵ、ＣＥ２－ＵＡＡ、ＣＥ２－ＵＡＡＣＵ、ＣＥ２－ＵＡＡＡＵ、ＣＥ２－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵ、ＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵＵ、ＵＣＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＵＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＡＡＣＵ、ＧＧＵＣＵＡＡ－ＣＥ２－ＵＡＡＡＵ、ＡＧＵ－ＣＥ２－ＵＵ、もしくはＵＧＡＧＵ－ＣＥ２－ＵＵを含む、
    請求項１～１０のいずれかに記載の粒子。
  12. 前記ウイルスが、ニドウイルス、ＣｏｒｏｎａｖｉｒｉｎａｅもしくはＴｏｒｏｖｉｒｉｎａｅウイルス、ＳＡＲＳもしくはＭＥＲＳウイルス、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、もしくはＭＥＲＳ－ＣｏＶウイルスから選択される、請求項１～１１のいずれかに記載の粒子。
  13. 前記粒子ＲＮＡが、
    （ｉ）ＴＲＳ－ＣＥ１、及び／または
    （ｉｉ）宿主細胞内でＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能な配列を含み、
    前記ウイルスＲＮＡが、前記粒子ＲＮＡとともに宿主細胞内に存在する場合、
    （ｉｉｉ）構成要素（ｉ）が、前記ウイルスＲＮＡによってコードされるｓｇＲＮＡ１に含まれるＴＲＳ－ＣＥ２とハイブリダイズ可能である、及び／または
    （ｉｖ）構成要素（ｉｉ）の相補物が、前記ウイルスＲＮＡに含まれるＴＲＳ－ＣＥ１とハイブリダイズ可能であり、
    （ｉｉｉ）及び／または（ｉｖ）のハイブリダイズがウイルス複製を低減する、請求項１～１２のいずれかに記載の粒子。
  14. （Ａ）前記粒子ＲＮＡまたは前記粒子の構成要素（ｉｉ）（ｂ）のＣＥ１が、ＴＲＳ－Ｌ配列（例えば、前記ウイルスのＴＲＳ－Ｌ配列と同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＴＲＳ－Ｌ配列）に含まれる；及び／あるいは
    （Ｂ）前記粒子ＲＮＡまたは前記粒子の構成要素（ｉ）（ｂ）のＣＥ２が、ＴＲＳ－Ｂ配列（例えば、前記ウイルスのＴＲＳ－Ｂ配列と同一または少なくとも９０、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＴＲＳ－Ｂ配列）に含まれる、
    請求項２～１３のいずれかに記載の粒子。
  15. 前記粒子ＲＮＡの長さが、前記ウイルスＲＮＡゲノムの長さの１２０％以下である、請求項１～１４のいずれかに記載の粒子。
  16. 前記粒子ＲＮＡが、前記ウイルスＲＮＡゲノムの各オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の配列の一部または全部を、前記粒子ＲＮＡが置き換える前記ＯＲＦ配列のサイズの１２０％以下（好ましくは１００％）であるＲＮＡ配列で置き換えることによって取得可能であり、前記ウイルスの各ＯＲＦが非機能的にされるが、前記ウイルスＲＮＡの前記ＴＲＳ配列が前記粒子ＲＮＡ内で保持されている、請求項１～１５のいずれかに記載の粒子。
  17. 請求項１～１６のいずれかに記載の粒子で使用するための（＋）ｓｓＲＮＡであって、前記ＲＮＡが、ヒトまたは動物の対象の宿主細胞に感染するウイルスによって産生されるｓｇＲＮＡのＴＲＳ－Ｂ ＣＥの相補配列（ＣＳ）を各々含む複数の配列を含み、前記（＋）ｓｓＲＮＡが、前記ウイルスの１つ、複数、または全てのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列を有さず、ＴＲＳ－Ｂ ＣＥを各々含む１つ以上の転写物を産生するように宿主細胞内で転写可能であり、各ＴＲＳ－Ｂ ＣＥが、前記ウイルスのＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能であり、それにより、各転写物が１つ以上のウイルスＯＲＦタンパク質産物の発現を阻害可能である、（＋）ｓｓＲＮＡ。
  18. 前記ウイルスが、不連続ＲＮＡ転写を用いて複製するタイプの（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである、請求項１７に記載のＲＮＡ。
  19. 請求項１～１８のいずれかに記載の複数の粒子またはＲＮＡを含む組成物であって、任意選択で、前記組成物が、前記ウイルスによるヒトもしくは動物の対象の感染症の治療もしくはそのリスク低減のために、または前記ウイルスによる前記対象の感染の症状の治療もしくはそのリスク低減のために、前記対象に投与するために用いられる、組成物。
  20. 宿主細胞内のウイルスの複製を阻害するｉｎ ｖｉｔｒｏの方法であって、前記ウイルスが（＋）ｓｓＲＮＡゲノムを含み、前記ウイルスゲノムが、ＴＲＳ－Ｌ ＣＥを含み、かつＴＲＳ－Ｂ ＣＥ（ＣＥ２）を含むｓｇＲＮＡ転写物をコードし、前記方法が、
    ａ）前記宿主細胞を、請求項１～１６のいずれかに記載の粒子または請求項１７及び１８のいずれか１項に記載のＲＮＡに接触させることと、前記粒子ＲＮＡまたは請求項１７及び１８のいずれか１項に記載のＲＮＡ（第１のＲＮＡ）を宿主細胞内に導入することとを含み、前記第１のＲＮＡが、前記ＣＥ２の相補物（任意選択で、少なくとも８０％の相補物）である配列を含む（＋）ｓｓＲＮＡであり、
    ｂ）ステップ（ａ）と同時に、ステップ（ａ）の後に、またはステップ（ａ）の前に、前記ウイルスＲＮＡゲノムが前記宿主細胞内に導入され、
    ｃ）前記第１のＲＮＡが、ＣＥ２またはウイルスＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能な配列を含むＲＮＡ転写物を産生するように細胞内で転写される転写プロセスが行われ、前記転写物が、前記ウイルスの（＋）ｓｓＲＮＡに含まれるＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズしてＲＮＡハイブリッドを形成し、前記ハイブリッドが、リーダー配列（Ｌ）を含むｍＲＮＡを産生するのに使用され、前記リーダーが、前記ウイルスの複製、伝播、及び感染性に必要とされるタンパク質のアミノ酸配列（Ａ）をコードするＲＮＡ配列に作用可能に結合していない、方法。
  21. 前記転写物中のＣＥＳ２、またはウイルスＴＲＳ－Ｌ ＣＥとハイブリダイズ可能な前記配列が、
    （Ａ）前記ウイルスの複製、伝播、もしくは感染性に必要とされないタンパク質を産生するように前記宿主細胞内で発現可能なｍＲＮＡ配列をコードするＲＮＡ配列、または
    （Ｂ）オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の相補物を含まないＲＮＡ配列、または
    （Ｃ）ウイルスのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の相補物を含まないＲＮＡ配列
    のすぐ３’側にある、請求項２０に記載の方法。
  22. 複数の粒子を産生する方法であって、複数の粒子（任意選択で、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）、リポソーム、ナノ粒子、エクソソーム、または微小胞）を複数のＲＮＡと組み合わせることであって、各ＲＮＡが請求項１～１８のいずれかに記載のＲＮＡであり、少なくとも１つのＲＮＡが、前記複数の粒子のそれぞれの粒子の中及び／または上に組み込まれる、組み合わせることと、任意選択で、ウイルス性感染症の治療または予防のためにヒトまたは動物の対象に投与するための医薬組成物を産生するために、前記粒子を製剤化することとを含む、方法。
  23. 試料中のウイルスＲＮＡを検出する方法であって、前記ウイルスが、第１のＴＲＳ－ＣＥ（ＣＥ１）及び第２のＴＲＳ－ＣＥ（ＣＥ２）のハイブリダイズを含む不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製し、前記方法が、前記試料を請求項１～１８のいずれかに記載のＲＮＡ（第１のＲＮＡ）に接触させることと、第１のＲＮＡと前記試料に含まれるウイルスＲＮＡとの間で形成されたハイブリッドを検出することとを含む、方法。
  24. ＤＮＡであって、請求項１～１８のいずれか１項に記載のＲＮＡの相補物であるＤＮＡ配列を含み、任意選択で、前記ＤＮＡ配列が、宿主細胞内で前記ＲＮＡを転写するためのプロモーターに作用可能に結合している、ＤＮＡ。
  25. ヒトまたは動物の対象におけるウイルス性感染症を診断するための、請求項１～１８のいずれか１項に記載のＲＮＡまたは請求項２４に記載のＤＮＡの使用であって、前記ウイルスが不連続ＲＮＡ転写プロセスを用いて複製される、使用。
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