JP2023500141A - 単一試料からの腫瘍純度の推定 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2019年11月5日に出願された米国仮特許出願第62/931,096号の優先権を主張し、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に援用される。
少なくとも従来のシステムの上記欠陥に対処するために、本発明の手法は、訓練済み機械学習モデルを使用して、配列決定データのヘテロ接合部位のB対立遺伝子頻度分布を処理することにより、腫瘍純度を推定するために使用され得る。訓練済み機械学習モデルは、正常な対照試料の一致する配列決定データが存在しない場合でも、生物学的試料の腫瘍純度を特定する推定メトリックを生成し得る。したがって、本発明の技術は、一致した正常な対照なしに生物学的試料中の腫瘍純度を正確に推定することができ、これにより腫瘍のみの試料からの核酸配列決定データのより正確な分析を容易にする。
A.生物学的試料の腫瘍純度を推定するための機械学習モデルの例
本明細書で説明されるように、生物学的試料の腫瘍純度は、訓練済み機械学習モデルを使用して推定できる。訓練済み機械学習モデルは、生物学的試料の腫瘍純度を推定するために訓練された様々な機械学習モデルの1つに対応していてもよい。いくつかの実施形態では、訓練済み機械学習モデルは、複数のモデルを含む(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10の機械学習モデル)。例えば、完全に接続されたニューラルネットワーク、一次元畳み込みニューラルネットワーク、二次元畳み込みニューラルネットワークなど、3つの機械学習モデルの1つを訓練して、核酸配列決定データにおける腫瘍純度を推定できる。場合によっては、訓練済み機械学習モデルは、ディープニューラルネットワークを含む。ディープニューラルネットワークを使用して、拡大する高次元のデータセット(例えば、核酸配列データ)の内部構造をキャプチャできる。ディープニューラルネットワークは、高レベルの特徴を識別し、従来の統計モデルよりもパフォーマンスを向上させ、解釈可能性を高め、核酸配列データの構造に関するさらなる理解を提供する。
生物学的試料の腫瘍純度を推定するための機械学習モデルは、監視された訓練アルゴリズムを使用して訓練できる。教師あり訓練アルゴリズムを使用して、機械学習モデルを訓練し、腫瘍純度に対応する線形回帰値及び/又はロジスティック回帰値に対応する出力を生成してもよい。機械学習モデルは、訓練データセットに基づいて訓練できる。場合によっては、訓練データセットは、純粋な腫瘍試料、純粋な正常試料、及び正常細胞間の腫瘍細胞の希釈系列からの配列決定データセットを含む。配列決定データセットは、癌と診断された対象からの生物学的試料を含む、他の対象の生物学的試料に由来し得る。訓練データセットの生物学的試料は、悪性組織、良性組織、又はそれらの混合物に対応していてもよい。いくつかの実施形態では、癌組織を含む生物学的試料は、一致する正常な試料なしでえ取得される。追加的に又は代替的に、機械学習モデルの訓練及びテストのために、一致する正常試料が取得される(例)。
機械学習モデル(例えば、完全に接続されたニューラルネットワーク)は、訓練データセット(例えば、VCFレベルのデータセット)で訓練できる。場合によっては、機械学習モデルは最初にVCFレベルのデータセットで訓練される。機械学習モデルを「訓練(train)」セットに適合させ「訓練(train)」セットと「開発(dev)」セットのパフォーマンスに基づいてハイパーパラメーターを調整し、「テスト(test)」セットで最終的なパフォーマンスを評価できる。図4Aは、いくつかの実施形態による、VCFレベルデータセットで訓練済みの完全に接続されたニューラルネットワーク、一次元畳み込みニューラルネットワーク、及び二次元畳み込みニューラルネットワークの損失対エポックプロット400Aを示す。損失対エポックプロット400Aは、各訓練済み機械学習モデルのパフォーマンスレベルが各エポックで増加し、それによって約0.01~0.025の範囲の誤差値(平均二乗誤差など)に達することを示している。
最大で1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、又は20%のMAE。
最大で1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、又は20%のRMSE。
少なくとも約0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95、又はそれ以上の精度。追加的に又は代替的に、前記訓練済み機械学習モデルは、約0.2~1.0、0.2~0.9、0.2~0.8、0.2~0.7、0.2~0.6、0.2~0.5、0.2~0.4、0.2~0.3、0.3~1.0、0.3~0.9、0.3~0.8、0.3~0.7、0.3~0.6、0.3~0.5、0.3~0.4、0.4~1.0、0.4~0.9、0.4~0.8、0.4~0.7、0.4~0.6、0.4~0.5、0.5~1.0、0.5~0.9、0.5~0.8、0.5~0.7、0.5~0.6、0.6~1.0、0.6~0.9、0.6~0.8、0.6~0.7、0.7~1.0、0.7~0.9、0.7~0.8、0.8~1.0、0.8~0.9、又は0.9~1.0の精度で腫瘍純度を推定するように訓練される。
少なくとも約0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95、又はそれ以上のリコール。追加的に又は代替的に、前記訓練済み機械学習モデルは、約0.2~1.0、0.2~0.9、0.2~0.8、0.2~0.7、0.2~0.6、0.2~0.5、0.2~0.4、0.2~0.3、0.3~1.0、0.3~0.9、0.3~0.8、0.3~0.7、0.3~0.6、0.3~0.5、0.3~0.4、0.4~1.0、0.4~0.9、0.4~0.8、0.4~0.7、0.4~0.6、0.4~0.5、0.5~1.0、0.5~0.9、0.5~0.8、0.5~0.7、0.5~0.6、0.6~1.0、0.6~0.9、0.6~0.8、0.6~0.7、0.7~1.0、0.7~0.9、0.7~0.8、0.8~1.0、0.8~0.9、又は0.9~1.0のリコールで腫瘍純度を推定するように訓練される。
少なくとも約0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.86、0.87、0.88、0.89、0.9、0.91、0.92、0.93、0.94、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99、0.995、又はそれ以上のF1スコア(例えば、マクロ平均F1分類スコア)。追加的に又は代替的に、前記訓練済み機械学習モデルは、約0.2~1.0、0.2~0.99、0.2~0.95、0.2~0.9、0.2~0.8、0.2~0.7、0.2~0.6、0.2~0.5、0.2~0.4、0.2~0.3、0.3~1.0、0.3~0.99、0.2~0.95、0.3~0.9、0.3~0.8、0.3~0.7、0.3~0.6、0.3~0.5、0.3~0.4、0.4~1.0、0.4~0.99、0.4~0.95、0.4~0.9、0.4~0.8、0.4~0.7、0.4~0.6、0.4~0.5、0.5~1.0、0.5~0.99、0.5~0.95、0.5~0.9、0.5~0.8、0.5~0.7、0.5~0.6、0.6~1.0、0.6~0.99、0.6~0.95、0.6~0.9、0.6~0.8、0.6~0.7、0.7~1.0、0.7~0.99、0.7~0.98、0.7~0.97、0.7~0.96、0.7~0.95、0.7~0.9、0.7~0.8、0.8~1.0、0.8~0.99、0.8~0.98、0.8~0.97、0.8~0.96、0.8~0.95、0.8~0.9、0.9~1.0、0.9~0.99、0.9~0.98、0.9~0.97、0.9~0.96、又は0.9~0.95のF1スコアで腫瘍純度を推定するように訓練される。
図6は、いくつかの実施形態による、訓練済みの機械学習モデルを使用して腫瘍純度を推定するための模式図600の例を示す。不一致の生物学的試料の配列決定からの腫瘍純度は、訓練済み機械学習モデル(例えば、回帰モデル)を使用して推定できる。場合によっては、ディープニューラルネットワークを使用して、対を成さない生物学的試料中のヌクレオチド配列バリアントの対立遺伝子分画分布(例えば、B対立遺伝子頻度分布)から腫瘍純度を推定する。回帰モデルを使用して、全エクソーム配列決定データのB対立遺伝子頻度(BAF)から腫瘍純度を予測できる。
腫瘍純度を推定するために、複数の核酸分子を表す核酸配列データを対象の生物学的試料から取得することができる。前記対象はヒトであり得る。前記対象は、男性又は女性であり得る。前記対象は、胎児、乳児、小児、青年、ティーンエイジャー、又は成人であってもよい。前記対象は、あらゆる年齢の患者であり得る。例えば、前記対象は、約10歳未満の患者であり得る。例えば、前記対象は、少なくとも約0、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、又は100歳の患者であり得る。前記対象は、治療レジメンを受けている、又は治療レジメン(例えば、癌治療)について評価されている患者又は他の個人であり得る。しかしながら、場合によっては、前記対象は治療レジメンを受けていない。
いくつかの実施形態では、前記試料は、核酸配列データを取得するために処理される。「核酸」又は「核酸分子」は、プリン及びピリミジン塩基、又は他の天然、化学的若しくは生化学的に修飾された、非天然、又は誘導体化されたヌクレオチド塩基を含む、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、又はペプチド核酸(PNA)のいずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態に対応し得る。ポリヌクレオチドの骨格は、RNA又はDNAに典型的に見られるような糖及びリン酸基、あるいは修飾又は置換された糖又はリン酸基を含み得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断される可能性がある。したがって、ヌクレオシド、ヌクレオチド、デオキシヌクレオシド、及びデオキシヌクレオチドという用語は、概して、本明細書に記載されるものなどの類似体を含む。これらの類似体は、天然に存在するヌクレオシド又はヌクレオチドと共通するいくつかの構造的特徴を有する分子であるため、核酸配列又はオリゴヌクレオシド配列に組み込まれると、溶液中に天然に存在する核酸配列とのハイブリダイゼーションを可能にする。典型的には、これらの類似体は、塩基、リボース、又はホスホジエステル部分を置換及び/又は修飾することにより、天然に存在するヌクレオシド及びヌクレオチドに由来する。この変化は、ハイブリッド形成を安定化又は不安定化するか、必要に応じて相補的核酸配列とのハイブリダイゼーションの特異性を高めるように調整され得る。核酸分子は、DNA分子であってもよい。核酸分子は、RNA分子であってもよい。
生物学的試料の腫瘍純度を推定するために、生物学的試料のB対立遺伝子頻度(BAF)を決定することができる。BAFを決定するために、ゲノム領域のセットを特定することができ、ゲノム領域のセットの各々は、参照ゲノムの対応するゲノム領域に関連するヌクレオチド配列バリアントを含み得る。ゲノム領域のセットを決定するために、核酸配列データを参照ゲノムにアラインメントすることができる。例えば、核酸配列データに対応するFASTQファイルを参照ゲノムにアラインメントして、1又は複数のBAMファイルを生成することができる。1又は複数のBAMファイルを別のモジュール(例えば、GATK HaplotypeCaller)で処理して、ゲノム領域のセットを特定することができる。場合によっては、ゲノム領域のセットを含むVCFファイルが生成される。追加的に又は代替的に、VCFファイルは一致した対を成す細胞株に対して取得され得る。VCFファイルは、核酸配列データと参照ゲノムとの比較に基づいて、ヌクレオチド配列バリアントを有するゲノム領域のセットを特定し得る。
ゲノム領域のセットの各ゲノム領域について、B対立遺伝子頻度(BAF)を決定することができる。BAFは、2つの対立遺伝子(A及びB)の対立遺伝子強度比の正規化された測定値を指す。100又は0のBAFは、2つの対立遺伝子の1つ(例えば、AA又はBB)が完全に存在しないことを示す。例えば、試料の両方の染色体に参照ゲノムに関連するヌクレオチド配列バリアントが含まれている場合、特定のゲノム領域のBAFは100であり得る。したがって、バリアント対立遺伝子は、その試料の読み取りのほぼ100%に存在する必要がある。場合によっては、BAF分布を正規化して、曲線下面積の合計が1になるような密度プロットを生成する。具体的には、全てのバリアントのBAFのヒストグラムが作成され、このヒストグラムの面積が計算され、ヒストグラムの各ビンが計算された面積で除算される。
場合によっては、生物学的試料のBAF特性を使用して、生物学的試料を正常又は腫瘍があるものとして分類する。例えば、正規化されたBAF分布は、複数の純粋な腫瘍試料及び純粋な正常試料のエクソーム全体のヘテロ接合部位で計算できる。純粋な腫瘍試料及び純粋な正常試料は、全エクソームBAF特性を使用したロジスティック回帰を使用して分類できる。
訓練済み機械学習モデルを使用して前記生物学的試料のBAF分布を処理し、前記生物学的試料の腫瘍純度を特定するメトリックを推定し得る。いくつかの実施形態では、前記訓練済み機械学習モデルは、完全に接続されたニューラルネットワークを含む。前記完全に接続されたニューラルネットワークは、正規化線形ユニット(Rectified Linear Unit、ReLU)活性化関数を備えた完全に接続された層を含んでいてもよい。いくつかの実施形態では、前記完全に接続されたニューラルネットワークの出力活性化関数は、シグモイド関数である。前記完全に接続されたニューラルネットワークの損失関数は、平均二乗誤差(MSE)を生成するように構成され得る。いくつかの実施形態では、前記完全に接続されたニューラルネットワークは、層の線形検索、サイズの線形検索、学習率の対数検索、又はそれらの組み合わせを用いたランダムサンプリングを使用したハイパーパラメーター検索によって調整される。
図9は、特定の実施形態による生物学的試料の腫瘍純度を推定する方法の例を示すフローチャート900を含む。フローチャート900に記載されている操作は、例えば、訓練済み一次元又は二次元の畳み込みニューラルネットワークなどの訓練済み機械学習モデルを実装するコンピューターシステムによって実行され得る。フローチャート900は、操作を順次プロセスとして説明することができるが、様々な実施形態において、操作の多くは、並行して又は同時に実行され得る。また、操作の順序を変更してもよい。操作には、図示されていない追加の工程が含まれてもよい。さらに、この方法の実施形態は、ハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、ミドルウェア、マイクロコード、ハードウェア記述言語、又はそれらの任意の組み合わせによって実装され得る。ソフトウェア、ファームウェア、ミドルウェア、又はマイクロコードに実装されている場合、関連するタスクを実行するためのプログラムコード又はコードセグメントは、記憶媒体などのコンピューター可読媒体に格納され得る。
A.プロービング手法
特定の実施形態は、1又は複数の標識を含み得る。1又は複数の標識は、1又は複数の捕捉プローブ、核酸分子、ビーズ、プライマー、又はそれらの組み合わせに付着させることができる。標識の例には、放射性同位元素、蛍光色素分子(フルオロフォア)、化学発光物質(chemiluminophore)、発色団、ルミフォア(lumiphore)、酵素、コロイド粒子、蛍光微粒子などの検出可能な標識、量子ドット、並びに抗原、抗体、ハプテン、アビジン/ストレプトアビジン、ビオチン、ハプテン、酵素補因子/基質、クエンチング系の1又は複数のメンバー、色原体、ハプテン、磁性粒子、非線形光学を示す材料、半導体ナノ結晶、金属ナノ粒子、酵素、アプタマー、及び結合対の1又は複数のメンバーが含まれるが、これらに限定されない。
特定の実施形態は、1又は複数の核酸分子を含む試料に対して1又は複数のアッセイを実施することを含み得る。核酸分子の2以上のサブセットを生成することは、1又は複数のアッセイを実施することを含み得る。前記アッセイは、前記試料からの核酸分子のサブセットに対して実施してもよい。前記アッセイは、前記試料からの1又は複数の核酸分子に対して実施してもよい。前記アッセイは、核酸分子のサブセットの少なくとも一部に対して実施され得る。前記アッセイは、1又は複数の核酸分子の検出、定量化、及び/又は分析のための1又は複数の技術、試薬、捕捉プローブ、プライマー、標識、及び/又は構成要素を含み得る。
特定の実施形態は、1又は複数のデバイスを含み得る。特定の実施形態は、1又は複数のデバイスを含む1又は複数のアッセイを含み得る。特定の実施形態は、1又は複数の工程又はアッセイを実施するための1又は複数のデバイスの使用を含み得る。特定の実施形態は、1又は複数の工程又はアッセイにおける1又は複数のデバイスの使用を含み得る。例えば、配列決定反応を実施することは、1又は複数のシーケンサーを含み得る。別の例では、核酸分子のサブセットを生成することは、1又は複数の磁気セパレーターの使用を含み得る。さらに別の例では、1又は複数の核酸試料の分析において、1又は複数のプロセッサを使用してもよい。デバイスの例には、シーケンサー、サーモサイクラー、リアルタイムPCR機器、磁気セパレーター、伝送装置、ハイブリダイゼーションチャンバー、電気泳動装置、遠心分離機、顕微鏡、イメージャー、蛍光光度計、ルミノメーター、プレートリーダー、コンピューター、プロセッサ、及びバイオアナライザーが含まれるが、これらに限定されない。
特定の実施形態は、1又は複数のデータベースを含み得る。特定の実施形態は、少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30以上のデータベースを含み得る。前記データベースは、ゲノムデータベース、プロテオミクスデータベース、薬理ゲノミクスデータベース、生物医学データベース、及び科学データベースを含み得る。前記データベースは、公開されているデータベースであってもよい。代替的に又は追加的に、前記データベースは、専用のデータベースを含む場合がある。前記データベースは、商用のデータベースであってもよい。前記データベースには、Cosmic、GnomAD、Dbsnp、Mills Indels、MendelDB、PharmGKB、Varimed、Regulome、BreakSeq(キュレートされたジャンクション)、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)、HGMD(Human Genome Mutation Database)、NCBI db SNP、NCBI RefSeq、GENCODE、GO(Gene Ontology)、及びKEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)が挙げられるが、これらに限定されない。
特定の実施形態は、1又は複数のデータ、1又は複数のデータセット、1又は複数の結合されたデータ、1又は複数の結合されたデータセット、1又は複数の結果、1又は複数の結果のセット、1又は複数の結合された結果、又はそれらの組み合わせを含み得る。前記データ及び/又は結果は、1又は複数のアッセイ、1又は複数のデータベース、又はそれらの組み合わせに基づく又は由来するものであり得る。特定の実施形態は、1又は複数のデータ、1又は複数のデータセット、1又は複数の結合されたデータ、1又は複数の結合されたデータセット、1又は複数の結果、1又は複数の結果のセット、1又は複数の結合された結果、又はそれらの組み合わせの分析を含み得る。特定の実施形態は、1又は複数のデータ、1又は複数のデータセット、1又は複数の結合されたデータ、1又は複数の結合されたデータセット、1又は複数の結果、1又は複数の結果のセット、1又は複数の結合された結果、又はそれらの組み合わせの処理を含み得る。
特定の実施形態は、1又は複数の生物医学的出力に基づいて、対象における疾患又は状態の程度又は転帰を予測、診断、及び/又は予後診断することを含み得る。対象における疾患の程度又は転帰を予測、診断、及び/又は予後診断することは、疾患又は状態を診断すること、疾患又は状態を特定すること、疾患又は状態のステージを決定すること、疾患又は状態のリスクを評価すること、疾患再発のリスクを評価すること、薬物の有効性を評価すること、薬物有害反応のリスクを評価すること、最適な薬剤投与量を予測すること、薬剤耐性を予測すること、又はそれらの組み合わせを含み得る。
本開示の方法は、システム、キット、ライブラリー、又はそれらの組み合わせによって実施され得る。本発明の方法は、1又は複数のシステムを含んでいてもよい。本開示のシステムは、キット、ライブラリー、又はその両方を介して実施され得る。システムは、特定の実施形態の方法又は工程のいずれかを実施するための1又は複数の構成要素を含んでいてもよい。例えば、システムは、1又は複数のキット、デバイス、ライブラリー、又はそれらの組み合わせを含んでいてもよい。システムは、1又は複数のシーケンサー、プロセッサ、記憶場所、コンピューター、コンピューターシステム、又はそれらの組み合わせを含んでいてもよい。システムは、伝送装置を含んでいてもよい。
図10は、本明細書に開示される実施形態のいくつかを実施するためのコンピューターシステム1000の例を示す。コンピューターシステム1000は、いくつかの構成要素(例えば、メモリ及びプロセッサ)がエンドユーザーデバイスの一部であり、いくつかの他の同様の構成要素(例えば、メモリ及びプロセッサ)がコンピュータサーバーの一部である分散アーキテクチャを有していてもよい。コンピューターシステム1000は、少なくともプロセッサ1002、メモリ1004、記憶装置1006、入力/出力(I/O)周辺機器1008、通信周辺機器1010、及びインターフェースバス1012を含む。インターフェースバス1012は、コンピューターシステム1000の様々な構成要素間でデータ、制御、及びコマンドを通信、送信、及び転送するように構成される。プロセッサ1002は、CPU、GPU、TPU、シストリックアレイ、又はSIMDプロセッサなどの1又は複数の処理ユニットを含んでいてもよい。メモリ1004及び記憶装置1006は、RAM、ROM、電気的に消去可能なプログラム可能な読み取り専用メモリ(EEPROM)、ハードドライブ、CD-ROM、光記憶装置、磁気記憶装置、電子不揮発性コンピューター・ストレージ(例えば、Flash(登録商標))、及びその他の有形記憶媒体などのコンピューター可読記憶媒体を含む。そのようなコンピューター可読記憶媒体のいずれも、本開示の態様を具体化する命令又はプログラムコードを記憶するように構成され得る。メモリ1004及び記憶装置1006はまた、コンピューター可読信号媒体を含む。コンピューター可読信号媒体には、コンピューター可読プログラムコードが組み込まれた伝搬データ信号が含まれる。このような伝播された信号は、電磁的、光学的、又はそれらの任意の組み合わせを含むがこれらに限定されない様々な形態のいずれかをとる。コンピューター可読信号媒体には、コンピューター可読記憶媒体ではなく、コンピューターシステム1000に関連して使用するためのプログラムを通信、伝播、又は伝送し得る任意のコンピューター可読媒体が含まれる。
Claims (18)
- 腫瘍純度を決定する方法であって、
対象の生物学的資料の複数の核酸分子を表す核酸配列データを取得すること、
前記核酸配列データを参照ゲノムにアラインメントすること、
前記アラインメントされた核酸配列データに基づいて、ゲノム領域のセットを特定することであって、前記ゲノム領域のセットの各ゲノム領域は、前記参照ゲノムの対応するゲノム領域に関連する1又は複数のヌクレオチド配列バリアントを含むこと、
前記ゲノム領域のセットの各ゲノム領域のB対立遺伝子頻度を測定すること、
前記ゲノム領域のセットの前記B対立遺伝子頻度に基づいて、前記生物学的試料のB対立遺伝子頻度分布を測定すること、
訓練済み機械学習モデルを使用して前記B対立遺伝子頻度分布を処理し、前記生物学的試料の腫瘍純度を特定するメトリックを推定すること、及び
前記メトリックを出力すること、を含む方法。 - 前記核酸配列データが、全エクソーム配列決定データである、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸配列データが、全ゲノム配列決定データである、請求項1に記載の方法。
- 前記対象から前記腫瘍試料を取得すること、及び
前記腫瘍試料の前記複数の核酸分子を配列決定して、前記核酸配列データを生成すること、
をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - 配列決定の前に前記複数の核酸分子を単離することをさらに含む、請求項4に記載の方法。
- 前記ゲノム領域のセットを特定することが、
前記核酸配列データにおける1又は複数のヌクレオチド配列バリアント候補を特定すること、及び
前記1又は複数のヌクレオチド配列バリアント候補の各々の参照読み取り深度及び代替読み取り深度を計算すること、を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記訓練済み機械学習モデルは、正常細胞で希釈された1又は複数の腫瘍細胞に由来する核酸配列データから生成された訓練データセットで訓練されている、請求項1に記載の方法。
- 前記B対立遺伝子頻度分布が正規化されている、請求項1に記載の方法。
- 前記訓練済み機械学習モデルの平均絶対誤差が、約0.2未満である、請求項1に記載の方法。
- 前記B対立遺伝子頻度分布を特定する情報を含むレポートを出力することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 推定した前記腫瘍純度を特定するメトリックを含むレポートを出力することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記レポートが、少なくとも1つのバイオマーカーを特定する情報をさらに含む、請求項11に記載の方法。
- 前記レポートが、少なくとも1つの予後マーカーを特定する情報をさらに含む、請求項11に記載の方法。
- 前記レポートが、予測される体細胞バリアントを特定する情報を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記レポートが、治療推奨を含む、請求項11に記載の方法。
- 前記腫瘍試料が、ヒト対象由来である、請求項1に記載の方法。
- 前記治療推奨が、前記対象に治療を施さないという推奨を含む、請求項15に記載の方法。
- 前記対象に前記治療を施すことをさらに含む、請求項17に記載の方法。
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