JP2023075912A - サブライブラリを用いた参照データセットに基づく細胞基質のスペクトル特性評価 - Google Patents
サブライブラリを用いた参照データセットに基づく細胞基質のスペクトル特性評価 Download PDFInfo
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Abstract
Description
細胞基質の分類学的分類を可能にするデータを各参照データセットが含む多数の参照データセットを含むライブラリを提供または作成する工程と、第1調製後の被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データを提供または作成する工程と、第1のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータをライブラリと比較して第1のマッチング結果を決定する工程(マッチング結果は、参照データセットのリストおよび、細胞基質またはそこから得られたデータのスペクトル測定データとのマッチング度を含む)と、被検細胞基質の分類学的分類を可能にすると第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含む第1のサブライブラリを提供または作成する工程と、被検細胞基質の特に種または属の分類学的分類を可能にしないと第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含む第2のサブライブラリを提供または作成する工程と、第1調製の条件と同一ではない条件で、少なくとも第2調製後に被検細胞基質からの第2のスペクトル測定データを提供または作成する工程と、第2マッチング結果を決定するために、第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータと第1のサブライブラリとを比較する工程と、第3マッチング結果を決定するために、第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータを第2のサブライブラリと比較する工程と、第3マッチング結果を用いて被検細胞基質の特性を決定し、被検細胞基質の不均一性を特性として決定する工程と、からなる。本実施の形態では、特に、種または亜種の分類学的分類を可能にすると第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを第1のサブライブラリに含むことができる。
別途定義しない限り、使用した明確な記述は、当業者の一般的および技術的な理解を含む。特に、以下の明確な記述は、当業者の技術的理解を説明する。例は、本発明を限定するものではなく、当業者の理解を説明するものである。
<発明の好ましい、かつ予備的な範囲>
1. 被検細胞基質をスペクトル分析学的に特性評価するための方法であって、
細胞基質の分類学的分類を可能にするデータを各参照データセットが含む多数の参照データセットを含むライブラリの提供または作成と、
第1調製後の被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データの提供または作成と、
第1のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータをライブラリと比較した第1のマッチング結果の決定(マッチング結果は、参照データセットのリストおよび、細胞基質またはそこから得られたデータのスペクトル測定データとのマッチング度を含む)と、
被検細胞基質の特に亜種、種および/または属の分類学的分類を可能にすると第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含むサブライブラリの提供または作成と、
第1調製の条件と同一ではない条件での、少なくとも第2調製後の被検細胞基質からの第2のスペクトル測定データの提供または作成と、
第2マッチング結果を決定するための、第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータとサブライブラリとの比較と、
第2マッチング結果を用いた、被検細胞基質の特性の決定と、
を含む、方法。
第1調製および第2調製が増殖工程を含み、
第2調製が増殖影響因子の存在下で実施され、
第1調製が、増殖影響因子を使用しない増殖対照として実施され、
分類学的分類が、属、種、亜種および変種もしくは血清型からなる群から選択される少なくとも1つの分類への被検細胞基質の帰属を含み、
参照データセットが、スペクトルまたはスペクトル由来のn組のデータを含み、
決定される特性が、抗菌物質として選択される増殖影響因子に対する被検細胞基質の感受性および/または耐性を含み、
被検細胞基質の分類学的分類を可能にしないと第1のマッチング結果が評価された参照データセットがサブライブラリの提供または作成において除外され、
被検細胞基質の特に種または属の分類学的分類を可能にすると第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含むサブライブラリが第1のサブライブラリであり、第2のサブライブラリが提供または作成され、被検細胞基質の特に種または属の分類学的分類を可能にしないと第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを第2のサブライブラリが含み、第3マッチング結果を決定するために、第2調製のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータを第2のサブライブラリと比較し、
第3マッチング結果が、被検細胞基質の特に種または属の分類学的分類を可能にしないと評価され、
被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データおよび/または第2のスペクトル測定データの提供または作成が質量スペクトル分析を含む、
項1~項14のいずれか1つに記載の方法。
1)細胞基質の分類学的分類を可能にするデータを各参照データセットが含む多数の参照データセットを含むライブラリを提供または作成する工程と、
2)第1調製後の被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データを提供または作成する工程と、
3)第1のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータをライブラリと比較して第1のマッチング結果を決定する工程(マッチング結果は、参照データセットのリストおよび、細胞基質またはそこから得られたデータのスペクトル測定データとのマッチング度を含む)と、
4)被検細胞基質の特に種および/または属の分類学的分類を可能にすると第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含むサブライブラリを提供または作成する工程と、
5)第1調製の条件と同一ではない条件で、少なくとも第2調製後に被検細胞基質からの第2のスペクトル測定データを提供または作成する工程と、
6)第2マッチング結果を決定するために、第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータとサブライブラリとを比較する工程と、
7)第2マッチング結果を用いて被検細胞基質の特性を決定する工程と、
を含むか、またはそれからなり、番号は、方法が実施される工程の順序を示す。
1)細胞基質の分類学的分類を可能にするデータを各参照データセットが含む多数の参照データセットを含むライブラリを提供または作成する工程と、
2)第1調製後の被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データを提供または作成する工程と、
3)第1のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータをライブラリと比較して第1のマッチング結果を決定する工程(マッチング結果は、参照データセットのリストおよび、細胞基質またはそこから得られたデータのスペクトル測定データとのマッチング度を含む)と、
4)被検細胞基質の特に種および/または属の分類学的分類を可能にすると第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含むサブライブラリを提供または作成する工程と、
5)被検細胞基質の特に種または属の分類学的分類を可能にしないと第1のマッチング結果が評価されたライブラリからの参照データセットを含む第2のサブライブラリを提供または作成する工程と、
6)第1調製の条件と同一ではない条件で、少なくとも第2調製後に被検細胞基質からの第2のスペクトル測定データを提供または作成する工程と、
7)第2マッチング結果を決定するために、第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータと第1のサブライブラリとを比較する工程と、
8)第3マッチング結果を決定するために、第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータを第2のサブライブラリと比較する工程と、
9)第3マッチング結果を用いて被検細胞基質の特性を決定する工程と、
を含むか、またはそれからなり、括弧付きの番号は、方法が実施される順序を示す。
Claims (15)
- 被検細胞基質をスペクトル分析学的に特性評価するための方法であって、
複数の参照データセットを含むライブラリを提供しまたは作成することであって、各参照データセットが細胞基質の分類学的分類を可能にするデータを含む、前記提供しまたは作成することと、
第1調製後の前記被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データを提供しまたは作成することと、
前記第1のスペクトル測定データまたはそれから得られたデータを、前記ライブラリと比較して第1のマッチング結果を決定することであって、マッチング結果は、参照データセットのリストおよび、細胞基質またはそこから得られたデータのスペクトル測定データとのマッチング度を含む、前記決定することと、
前記第1のマッチング結果が前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にすると評価された前記ライブラリからの参照データセットを含むサブライブラリを提供しまたは作成することと、
前記第1調製の条件と同一でない条件で、少なくとも第2調製後に前記被検細胞基質からの第2のスペクトル測定データを提供しまたは作成することと、
第2マッチング結果を決定するために、前記第2のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータと前記サブライブラリとを比較することと、
前記第2マッチング結果を用いて前記被検細胞基質の特性を決定することと、
を含む、方法。 - 前記分類学的分類が、属、種、亜種および変種もしくは血清型からなる群から選択される分類への前記被検細胞基質の帰属を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記被検細胞基質が、微生物、好ましくは細菌、より好ましくは腸内細菌科の細菌を含むか、またはそれからなる、請求項1に記載の方法。
- 前記第1調製および第2調製が、前記被検細胞基質の増殖工程を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第2調製が増殖影響因子の存在下で実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記第1調製が、増殖影響因子を使用しない増殖対照として実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記参照データセットが、スペクトルまたはスペクトル由来のn組のデータを含む、請求項1に記載の方法。
- 決定される前記特性が、前記被検細胞基質の増殖影響因子に対する感受性および/または耐性を含む、請求項1に記載の方法。
- 決定される前記特性が、前記被検細胞基質に対する前記増殖影響因子の最小発育阻止濃度(MIC)を含む、請求項8に記載の方法。
- 前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にしないと前記第1のマッチング結果が評価された参照データセットが、前記サブライブラリの提供または作成において除外される、請求項1に記載の方法。
- 前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にすると前記第1のマッチング結果が評価された前記ライブラリからの参照データセットを含む前記サブライブラリが、第1のサブライブラリであり、
前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にしないと前記第1のマッチング結果が評価された前記ライブラリからの参照データセットを含む第2のサブライブラリが提供または作成され、
第3マッチング結果を決定するために、前記第2調製のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータが前記第2のサブライブラリと比較され、
第3マッチング結果を用いて前記被検細胞基質の特性が決定される、請求項1に記載の方法。 - 前記被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データおよび/または第2のスペクトル測定データの提供または作成が、質量スペクトル分析を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1調製および前記第2調製に加えて、前記被検細胞基質の追加の調製が、前記第1調製または前記第2調製または相互の条件と同一ではない条件で実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記第1調製および/または前記第2調製が、スペクトル測定データを提供しまたは作成するための基質として機能する試料支持台上で直接実施される、請求項1に記載の方法。
- 前記被検細胞基質が、前記腸内細菌科の細菌を含むか、またはそれからなり、
前記第1調製および第2調製が増殖工程を含み、
前記第2調製が増殖影響因子の存在下で実施され、
前記第1調製が、増殖影響因子を使用しない増殖対照として実施され、
前記分類学的分類が、属、種、亜種および変種もしくは血清型からなる群から選択される分類への前記被検細胞基質の帰属を含み、
前記参照データセットが、スペクトルまたはスペクトル由来のn組のデータを含み、
決定される前記特性が、抗菌物質として選択される前記増殖影響因子に対する前記被検細胞基質の感受性および/または耐性を含み、
前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にしないと前記第1のマッチング結果が評価された参照データセットが前記サブライブラリの前記提供または作成において除外され、
前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にすると前記第1のマッチング結果が評価された前記ライブラリからの参照データセットを含む前記サブライブラリが第1のサブライブラリであり、前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にしないと前記第1のマッチング結果が評価された前記ライブラリからの参照データセットを含む第2のサブライブラリが提供または作成され、第3マッチング結果を決定するために、前記第2調製のスペクトル測定データまたはそこから得られたデータが前記第2のサブライブラリと比較され、
前記第3マッチング結果が、前記被検細胞基質の分類学的分類を可能にしないと評価され、
前記被検細胞基質からの第1のスペクトル測定データおよび/または第2のスペクトル測定データの前記提供または作成が、質量スペクトル分析を含む、
請求項1に記載の方法。
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