JP2022544380A - 病原菌を抑制するための組成物及び方法 - Google Patents
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Abstract
病原菌を抑制するための組成物及び方法が本明細書に提供される。また、病原菌に応答して調節Ｔ細胞を誘導するための組成物及び方法、ならびに細菌の定着に関連する疾患または障害を処置するための方法も、本明細書に提供される。また、対象の腸への口腔微生物叢細菌の定着を抑制する方法も、本明細書に提供される。【選択図】図２
Description
関連出願
本出願は、２０１９年８月９日に出願された米国特許出願第６２／８８４，９１７号、２０１９年９月１６日に出願された米国特許出願第６２／９０１，２０６号、２０１９年１２月１２日に出願された米国特許出願第６２／９４７，５１７号、及び２０２０年５月２８日に出願された米国特許出願第６３／０３１，２９９号の米国特許法第１１９条（ｅ）に基づく利益を主張する。これらの参照出願の各々の内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０１９年８月９日に出願された米国特許出願第６２／８８４，９１７号、２０１９年９月１６日に出願された米国特許出願第６２／９０１，２０６号、２０１９年１２月１２日に出願された米国特許出願第６２／９４７，５１７号、及び２０２０年５月２８日に出願された米国特許出願第６３／０３１，２９９号の米国特許法第１１９条（ｅ）に基づく利益を主張する。これらの参照出願の各々の内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
政府の支援
本発明は、米国保健福祉省の事前準備・対応担当次官補局（ＨＨＳ／ＡＳＰＲ）から付与された助成金第４５００００３２３７号の下で政府の支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
本発明は、米国保健福祉省の事前準備・対応担当次官補局（ＨＨＳ／ＡＳＰＲ）から付与された助成金第４５００００３２３７号の下で政府の支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
病原菌を抑制するための組成物及び方法が本明細書に提供される。本明細書では、細菌の定着に関連する疾患または障害を処置するための組成物及び方法、または細菌によって誘導される免疫応答に関連する疾患または障害を処置するための組成物及び方法が提供される。病原菌に応答して調節Ｔ細胞及び短鎖脂肪酸産生を誘導するための組成物及び方法も本明細書に提供される。
多剤耐性菌（ＭＤＲＯ、「スーパーバグ」）、抗生物質などの１つ以上のクラスの抗菌剤に対する耐性を発達させた微生物は、深刻な世界的健康脅威として現れている。米国では、毎年２００万人以上が１つ以上の抗生物質に耐性のある重篤な細菌感染症に罹患していると推定されている（ＣＤＣ，Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ Ｔｈｒｅａｔｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ，２０１３。公開第ＣＳ２３９５５９－Ｂ号）。ＭＤＲＯを有する対象の処置選択肢は極めて限られており、伝播の防止が重要である。ＭＤＲＯの生成及び繁殖に寄与する最も重要な要因は、抗生物質の使用及び過剰使用／誤用であり、抗生物質耐性を有するさらなる病原菌が発生するにつれて、問題は深刻さを増すと考えられる（ＣＤＣ，２０１３、ＷＨＯ ２０１７）。
いくつかの態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科に属する細菌株である。いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａに属する細菌株である。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科に属する細菌株である。
いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株は、短鎖脂肪酸を産生する細菌株である。いくつかの実施形態では、短鎖脂肪酸は、酪酸である。
いくつかの態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍと、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含む、組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含む、組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本組成物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、または少なくとも３５個の精製された細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ ＦＡＡである。いくつかの実施形態では、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍである。
いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、バクテリオシン産生に関連する１つ以上の遺伝子をコードしている。いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、プラスミド取り込みと関連付けられる遺伝子をコードしていない。
いくつかの実施形態では、細菌株は、２人以上のヒトドナーを起源とする細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上の病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制するのに有効である。いくつかの実施形態では、組成物は、対象における病原菌による感染の処置に有効である。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に感受性である。
いくつかの実施形態では、病原菌は、１つ以上の抗生物質に耐性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、多剤耐性菌である。いくつかの実施形態では、多剤耐性菌は、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである。
いくつかの実施形態では、組成物は、腸における調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の産生を誘導するのに有効である。いくつかの実施形態では、組成物は、腸における短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生を誘導するのに有効である。いくつかの実施形態では、組成物は、Ｔｈ１免疫応答の誘導に関連する１つ以上の細菌による複製、生存、及び／または腸への定着を抑制するのに有効である。いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上の口腔微生物叢細菌による複製、生存、及び／または腸への定着を抑制するのに有効である。
いくつかの実施形態では、細菌株は、凍結乾燥されている。いくつかの実施形態では、細菌株は、噴霧乾燥されている。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は胞子型である。いくつかの実施形態では、細菌株の各々が、胞子型である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は栄養型である。いくつかの実施形態では、細菌株の各々が、栄養型である。
一態様では、本開示は、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかを含む医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、経口送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、直腸送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、腸への送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、結腸への送達のために製剤化される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、１回用量として投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、複数回投与として投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、複数のカプセルの投与を含む。
いくつかの態様では、本開示は、対象において病原菌による感染を抑制する方法であって、本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの態様では、本開示は、薬剤として使用するための本明細書に記載の組成物または食品のいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、病原菌による感染の抑制に使用するための本明細書に記載の組成物または食品のいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、病原菌による感染の抑制のための薬剤の調製における本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの使用を提供する。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に感受性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に耐性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである。いくつかの実施形態では、病原菌は、多剤耐性菌である。
いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、多剤耐性である。いくつかの実施形態では、多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。
いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅはＴｈ１応答を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、株ＢＡＡ－２５５２、株ＫＰ－１、株７００７２１、株１３８８２、株３４Ｅ１、株ＢＡＡ－１７０５、株７００６０３、または株Ｋｐ－２Ｈ７である。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、Ｋｐ－２Ｈ７である。
いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に複数回投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、経口投与によって対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、直腸投与によって対象に投与される。
いくつかの実施形態では、投与は、病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する。いくつかの実施形態では、病原菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである。
いくつかの実施形態では、この方法は、細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。
いくつかの態様では、本開示は、対象において病原菌による感染を処置する方法であって、本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの態様では、本開示は、薬剤として使用するための本明細書に記載の組成物または食品のいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、病原菌による感染の処置に使用するための本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、病原菌による感染の処置のための薬剤の調製における本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの使用を提供する。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に感受性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に耐性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである。いくつかの実施形態では、病原菌は、多剤耐性菌である。
いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、多剤耐性である。いくつかの実施形態では、多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。
いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅはＴｈ１応答を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、株ＢＡＡ－２５５２、株ＫＰ－１、株７００７２１、株１３８８２、株３４Ｅ１、株ＢＡＡ－１７０５、株７００６０３、または株Ｋｐ－２Ｈ７である。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、Ｋｐ－２Ｈ７である。
いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に複数回投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、経口投与によって対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、直腸投与によって対象に投与される。
いくつかの実施形態では、投与は、病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する。いくつかの実施形態では、病原菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである。
いくつかの実施形態では、この方法は、細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。
いくつかの態様では、本開示は、対象における細菌定着に関連する疾患または障害を処置する方法であって、本明細書に記載の組成物または医薬組成物のうちのいずれかの治療有効量を投与することを含む、方法を提供するいくつかの態様では、本開示は、薬剤として使用するための本明細書に記載の組成物または食品のいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、細菌定着に関連する疾患または障害の処置に使用するための本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、細菌定着に関連する疾患または障害の処置のための薬剤の調製における本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの使用を提供する。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に感受性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に耐性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである。いくつかの実施形態では、病原菌は、多剤耐性菌である。
いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、多剤耐性である。いくつかの実施形態では、多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。
いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅはＴｈ１応答を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、株ＢＡＡ－２５５２、株ＫＰ－１、株７００７２１、株１３８８２、株３４Ｅ１、株ＢＡＡ－１７０５、株７００６０３、または株Ｋｐ－２Ｈ７である。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、Ｋｐ－２Ｈ７である。
いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に複数回投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、経口投与によって対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、直腸投与によって対象に投与される。
いくつかの実施形態では、投与は、病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する。
いくつかの実施形態では、病原菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである。
いくつかの実施形態では、この方法は、細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。
いくつかの態様では、本開示は、腸への口腔微生物叢細菌の定着を抑制する方法であって、本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの治療有効量を投与することを含む、方法を提供する。いくつかの態様では、本開示は、薬剤として使用するための本明細書に記載の組成物または食品のいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、対象の腸への口腔微生物叢細菌の定着の抑制に使用するための本明細書に記載の組成物または食品のいずれかを提供する。いくつかの態様では、本開示は、対象の腸への口腔微生物叢細菌の定着の抑制のための薬剤の調製における本明細書に記載の組成物または食品のうちのいずれかの使用を提供する。
いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は、抗生物質に感受性である。いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は、抗生物質に耐性である。
いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に複数回投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、経口投与によって対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、直腸投与によって対象に投与される。
いくつかの実施形態では、投与は、口腔微生物叢細菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する。
いくつかの実施形態では、この方法は、細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない。いくつかの実施形態では、本方法は、本医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗生物質はバンコマイシンである。
添付の図面は縮尺どおりに描いたというわけではない。これらの図は例示にすぎず、本開示を可能にするために必須なものではない。明瞭にするため、すべての構成要素がすべての図面で標識付けられているわけではない。以下の図面である。
対象における望ましくない細菌を抑制または防止すること、または身体の特定の領域における細菌の定着を抑制または防止することは、困難であり得る。細菌定着は、対象における免疫応答（局所的または全身的）を誘導し得、これは重篤な疾患をもたらし得る。特に、多剤耐性菌、または抗生物質耐性を獲得した微生物の場合、抗生物質などの多くの従来の治療薬を用いた排除は、治療薬に対する耐性または寛容性のために不可能な場合がある。加えて、口腔微生物叢の細菌による腸内定着は、Ｔｈ１優位の免疫応答を誘導し、慢性炎症及び炎症状態をもたらすなど、腸の免疫環境に影響を及ぼし得ることが最近認識されている（例えば、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１７）３５８（３５９－３６５）を参照されたい）。口腔などの体の様々な領域の正常な細菌定着は、腸などの他の領域を移動して定着することができる細菌の貯蔵庫を提供し得る。
本明細書中提供されるのは、多剤耐性菌などの病原菌による定着を抑制するための組成物及び方法である。また、対象の腸への口腔微生物叢の細菌の定着を抑制するための組成物及び方法も本明細書に提供される。本明細書では、細菌定着に関連する疾患または障害を処置するための組成物及び方法、または細菌によって誘導される免疫応答に関連する疾患または障害を処置するための組成物及び方法が提供される。病原菌に応答して調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）産生を誘導するための組成物及び方法も本明細書に提供される。病原菌に応答して短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生を誘導するための組成物及び方法が本明細書に提供される。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する組成物の１つ以上の細菌株は、対象の腸管または腸管の一部（例えば、結腸または盲腸）に定着または再定着する。このような定着または再定着は、移植とも称され得る。いくつかの実施形態では、本組成物の１つ以上の細菌株は、例えば、別の微生物または微生物の集団が（例えば抗生物質処置によって）部分的にまたは完全に除去された後に、対象の腸管（例えば、結腸または盲腸）に再定着する。いくつかの実施形態では、本組成物の１つ以上の細菌株は、１つ以上の病原菌または他の微生物（例えば、免疫応答を誘導する細菌）が除去された後に、腸管（例えば、結腸または盲腸）に再定着する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の細菌株による腸管またはその一部の再定着は、望ましくない微生物（例えば、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌、免疫応答を誘導する細菌、病原性共生生物（ｐａｔｈｏｂｉｏｎｔ）、Ｔｒｅｇ産生を低減させる細菌、ＳＣＦＡ産生を低減させる細菌）による定着を防止または抑制する。
いくつかの実施形態では、本組成物の１つ以上の細菌株は、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌、免疫応答を誘導する細菌、Ｔｒｅｇ産生を低減させる細菌、またはＳＣＦＡ産生を低減させる細菌などの病原体または望ましくない細菌「よりも速く増殖する」ことができる。したがって、いくつかの実施形態では、病原体または望ましくない細菌（例えば、病原菌、多剤耐性生物、口腔微生物叢細菌、Ｔｒｅｇ産生を低減させる免疫応答を誘導する細菌、ＳＣＦＡ産生を低減させる細菌）と、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌とが両方とも腸管（例えば、結腸または盲腸）に存在する場合、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌は、病原体よりも速く増殖する（例えば、より短い倍加時間を有する）ことで、病原体が腸管（例えば、結腸または盲腸）に蓄積することを防止する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌は、他の点では無傷なまたは完全な微生物叢における病原体よりも速く増殖する。いくつかの実施形態では、本発明で提供する組成物の１つ以上の細菌は、枯渇した微生物叢（例えば、抗生物質処置後）中の病原体よりも速く増殖する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌は腸管（例えば、結腸または盲腸）での移植に優れているため、より速い増殖が生じる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の１つ以上の細菌は腸管（例えば、結腸または盲腸）に存在する栄養素の代謝に優れているため、より速い増殖が生じる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される細菌株の組成物は、病原体の複製を防止または阻害する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される細菌株の組成物は、病原体の死を誘導する（殺傷する）。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株は、細菌株間の相乗効果に起因して、病原性感染を処置することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細菌組成物は、病原体または望ましくない細菌（例えば、病原菌、多剤耐性生物、口腔微生物叢細菌、免疫応答を誘導する細菌、病原性共生生物、Ｔｒｅｇ産生を低減させる細菌、ＳＣＦＡ産生を低減させる細菌）による再定着を防止する。例えば、いくつかの実施形態では、病原体または望ましくない細菌は、例えば、第１の治療剤（抗生物質など）を使用して、対象から低減または除去されており、本明細書に記載の細菌組成物は、対象の再定着を防止するために投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細菌組成物は、対象から病原体または望ましくない細菌を低減または除去し、対象の再定着を防止する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせは、病原体または望ましくない細菌と比較して、栄養素の使用において優れており、それによって病原体または望ましくない細菌の増殖を抑制する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせは、病原体または望ましくない細菌と比較して、移植において優れており、それによって病原体または望ましくない細菌の増殖を抑制する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせは、病原体または望ましくない細菌と比較して、栄養素の使用及び移植において優れており、それによって病原体または望ましくない細菌の増殖を抑制する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせは、病原体または望ましくない細菌の増殖、生存、及び／または定着を阻害する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株の組み合わせは、病原体または望ましくない細菌に対する拮抗または阻害活性を有し、それにより病原体または望ましくない細菌の増殖、生存、及び／または定着を阻害する。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の少なくとも１つの細菌株は、病原体または望ましくない細菌に対する拮抗または阻害活性を有し、それにより、病原体または望ましくない細菌の増殖、生存、及び／または定着を阻害する。
いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが腸管（例えば、結腸または盲腸）の特定のニッチに定着する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが特定の栄養素を代謝する能力によってもたらされる。いくつかの実施形態では、相乗効果は、この組み合わせが特定の代謝産物を環境に提供する能力によってもたらされる。
本明細書で提供される組成物で使用される細菌株は、一般に、健康な個体の微生物叢から単離される。いくつかの実施形態では、本組成物は、単一の個体を起源とする株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、複数の個体を起源とする株を含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、複数の個体から取得し、単離し、個々に増殖させる。個々に増殖させた細菌組成物をその後組み合わせて、本開示の組成物を提供してもよい。本明細書に提供される組成物の細菌株の起源は、健康な個体由来のヒト微生物叢に限定されないことを理解されたい。いくつかの実施形態では、本細菌株は、腸内毒素症の微生物叢を有するヒトを起源とする。いくつかの実施形態では、細菌株は、非ヒト動物または環境（例えば、土壌または地表水）を起源とする。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される細菌株の組み合わせは、複数の供給源（例えば、ヒト及び非ヒト動物）を起源とする。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌は、嫌気性細菌である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌は、偏性嫌気性細菌である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａである。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａは、近縁な他の系統や種と共に系統発生的なクラスターに分類され得る。（例えば、Ｒａｊｉｌｉｃ－Ｓｔｏｊａｎｏｖｉｃ，Ｍ．，ａｎｄ ｄｅ Ｖｏｓ，Ｗ．Ｍ．ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ ３８，（２０１４）９９６－１０４７．を参照されたい）。概して、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａは、それらの１６Ｓ ｒＲＮＡ（または１６Ｓ ｒＤＮＡ）核酸配列に基づいて、特定のクラスターに属するものとして分類される。それらの１６Ｓ ｒＲＮＡ（または１６Ｓ ｒＤＮＡ）核酸配列に基づいて特定の細菌種の同一性を決定する方法は、当該技術分野で周知である（例えば、Ｊｕｍｐｓｔａｒｔ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ Ｈｕｍａｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ Ｄａｔａ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｗｏｒｋｉｎｇ，Ｇ．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ（２０１２）７，ｅ３９３１５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株とを含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様において、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる、組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）の１つ以上の精製された細菌株とを含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）の１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）の１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）の１つ以上の精製された細菌株とを含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）の１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）の１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門は、グアノシン及びシトシン含有量の少ないＤＮＡによって特徴付けられる。Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓは、マウス及びヒト微生物叢の最大の部分を占め、それらはエネルギー吸収及び糖尿病及び肥満の発症に関与している。Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅ細菌のクラスとしては、Ｂａｃｉｌｌｉ（例えば、Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ、Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｈａｌａｎａｅｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｎａｔｒａｎａｅｒｏｂｉａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ、及びＮｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）、ならびにＴｈｅｒｍｏｌｉｔｈｏｂａｃｔｅｒｉａが挙げられる。
いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科に属する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属に属する１つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＸＩＶａに属する１つ以上の細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば任意の本明細書に記載のＳＣＦＡなど、を産生する。いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、酪酸を産生する。酪酸は主に胃腸管内のＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓによって産生される。いくつかの実施形態では、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓに属する細菌株のうちの１つ以上は、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種）などの酪酸産生株である。
一態様では、本開示は、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、を含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、からなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる。
一態様では、本開示は、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、を含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、からなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる。
一態様では、本開示は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、を含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、からなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号８～２０、２５、２８、３０～３２、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３０及び３２として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３０及び３２として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３０及び３２として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～２９及び３３～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～２９及び３３～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～２９及び３３～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＰａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＰａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＰａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３３、３５、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３３、３５、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３３、３５、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１５、１７～２９、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１５、１７～２９、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１５、１７～２９、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２～４、６、７、９、１１～１３、１５、１８～２２、２４～２６、２８、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２～４、６、７、９、１１～１３、１５、１８～２２、２４～２６、２８、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２～４、６、７、９、１１～１３、１５、１８～２２、２４～２６、２８、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３、５～８、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３、５～８、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３、５～８、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１０、１４～１６、１９、２１～２７、２９、３１、及び３３～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１０、１４～１６、１９、２１～２７、２９、３１、及び３３～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１０、１４～１６、１９、２１～２７、２９、３１、及び３３～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉの細菌株からなる細菌株を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、及び２９として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１、１３～１５、１７、１９、２４～２６、２８、２９、３４及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１、１３～１５、１７、１９、２４～２６、２８、２９、３４及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる細菌株を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１、１３～１５、１７、１９、２４～２６、２８、２９、３４及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１、１３～１５、１７、１９、２４～２６、２８、２９、３４及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１、１３～１５、１７、１９、２４～２６、２８、２９、３４及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、及びＰａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、及びＰａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、及びＰａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３３及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３３及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３３及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる細菌株を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２８、３０～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２８、３０～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２８、３０～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～７、９、１１、１３～１５、１８～２０、２２、２４～２８、３０～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～７、９、１１、１３～１５、１８～２０、２２、２４～２８、３０～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～７、９、１１、１３～１５、１８～２０、２２、２４～２８、３０～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１、２、４～７、９、１１、１３、１４、１７～２２、２４～２７、２９～３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１、２、４～７、９、１１、１３、１４、１７～２２、２４～２７、２９～３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１、２、４～７、９、１１、１３、１４、１７～２２、２４～２７、２９～３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７～３２、及び３４～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７～３２、及び３４～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７～３２、及び３４～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、９、１１、１３～１６、１８～２０、２２～２６、及び２９～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、９、１１、１３～１６、１８～２０、２２～２６、及び２９～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、９、１１、１３～１６、１８～２０、２２～２６、及び２９～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１、４、７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２６、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１、４、７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２６、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１、４、７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２６、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１、２、４～７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１、２、４～７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１、２、４～７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１４、１７～１９、２１、２２、２４～２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、９、１１、１３、１４、１７～１９、２１、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、９、１１、１３、１４、１７～１９、２１、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、９、１１、１３、１４、１７～１９、２１、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３、４、７～９、１１～１６、１８、１９、２１、２５～２８、及び３０～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号３、４、７～９、１１～１６、１８、１９、２１、２５～２８、及び３０～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号３、４、７～９、１１～１６、１８、１９、２１、２５～２８、及び３０～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種 ＵＮＫ．ＭＧＳ－１２、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉの細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３、４、７、９、１１～１４、１８、１９、２１、２６、２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号３、４、７、９、１１～１４、１８、１９、２１、２６、２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号３、４、７、９、１１～１４、１８、１９、２１、２６、２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１４、１９、２２、２６、２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１４、１９、２２、２６、２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１４、１９、２２、２６、２７、２９～３２、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥ．ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１３、１５、１８、１９、２５～２７、３１、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１３、１５、１８、１９、２５～２７、３１、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、７、９、１１～１３、１５、１８、１９、２５～２７、３１、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、及び３２として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、及び３２として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、及び３２として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－９である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１０である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１１である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１２である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１３である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号９、４、２４、２、３、６、７、２１、２２、２６、１２、１３、１４、１９、２８、２０、２５、１１、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号９、４、２４、２、３、６、７、２１、２２、２６、１２、１３、１４、１９、２８、２０、２５、１１、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号９、４、２４、２、３、６、７、２１、２２、２６、１２、１３、１４、１９、２８、２０、２５、１１、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１４である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１５である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、３５、１６、１４、１９、１５、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、３５、１６、１４、１９、１５、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、３５、１６、１４、１９、１５、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１６である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、１８及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１７である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、及び１８として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、及び１８として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、２５、１１、１７、及び１８として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１８である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１３、１４、１９、１５、２８、２５、１１、１７、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１３、１４、１９、１５、２８、２５、１１、１７、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号４、５、２４、１、２、３、６、７、２６、２９、１３、１４、１９、１５、２８、２５、１１、１７、３４、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－１９である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、及び３１として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、及び３１として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、及び３１として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２０である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２１である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、８、９、４、５、２４、２、６、７、２２、２６、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、８、９、４、５、２４、２、６、７、２２、２６、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、８、９、４、５、２４、２、６、７、２２、２６、１２、１３、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２２である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、２、６、７、２２、２６、１２、１３、１４、１９、１５、２８、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び２４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、２、６、７、２２、２６、１２、１３、１４、１９、１５、２８、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び２４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、２、６、７、２２、２６、１２、１３、１４、１９、１５、２８、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び２４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２３である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、１、２、３３、６、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、１、２、３３、６、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、１、２、３３、６、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２４である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。に関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、２４、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、２４、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、１０、８、９、４、２４、７、２１、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、２０、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を本質的に含む。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２５である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供するいくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号９、４、５、２４、１、２、３、３３、６、７、２２、２３、２６、２９、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２６である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号９、４、５、２４、１、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号９、４、５、２４、１、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号９、４、５、２４、１、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２７である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、１、２、６、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、１、２、６、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、本細菌組成物は、配列番号２７、９、４、５、２４、１、２、６、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２８である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、２４、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、２４、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、２４、７、２１、２２、２６、２９、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－２９である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、２４、２１、２６、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、２４、２１、２６、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、２４、２１、２６、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１７、１８、３２、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－３０である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、８、９、４、３、３３、７、２１、２６、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡを含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、８、９、４、３、３３、７、２１、２６、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡを含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、８、９、４、３、３３、７、２１、２６、１２、１３、３５、１６、１４、１９、１５、２８、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡを含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－３１である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、３、７、２１、２６、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、３、７、２１、２６、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、３、７、２１、２６、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、１８、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－３２である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ，Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ，Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ，Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ，Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５，Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ，Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ，Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ，Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ，Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ，Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ，及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ，Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ，Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ，Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ，Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５，Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ，Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ，Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ，Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ，Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ，Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ，及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ，Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ，Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ，Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ，Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ，Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５，Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ，Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ，Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ，Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ，Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ，Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ，及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、７、２２、２６、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、７、２２、２６、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、７、２２、２６、１２、１３、１９、１５、３０、２５、１１、３２、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－３３である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、７、２６、１２、１３、１９、１５、２５、１１、１８、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、７、２６、１２、１３、１９、１５、２５、１１、１８、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２７、９、４、７、２６、１２、１３、１９、１５、２５、１１、１８、３１、３６、及び３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる。一態様では、細菌コンソーシアムは、ＬＢＰ－３４である（例えば、図３５を参照されたい）。
一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株とを含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株とからなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株とから本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）のうちの１つ以上の精製された細菌株とを含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）のうちの１つ以上の精製された細菌株とからなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｅ．ｃｏｌｉのようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）のうちの１つ以上の精製された細菌株とから本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）のうちの１つ以上の精製された細菌株とを含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）のうちの１つ以上のうちの精製された細菌株とからなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）のうちの１つ以上の精製された細菌株とから本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株を含む。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓは、グラム陰性、非胞子形成、桿状の細菌である。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓは日和見病原体であり得るが、多くのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ種は、マウス及びヒト胃腸管と共生しており、宿主のタンパク質及び複合糖ポリマーを分解する。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓの存在量の減少は、肥満及び過敏性腸症候群と関連している可能性があり、バクテリオデテスの存在量の増加は、１型及び２型糖尿病と関連している可能性がある。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門には、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）、Ｂａｌｎｅｏｌｉａ（例えば、Ｂａｌｎｅｏｌａｌｅｓ）、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇｉａ（例えば、Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｌｅｓ）、Ｃｙｔｏｐｈａｇｉａ （例えば、Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ）、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ（例えば、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、Ｒｈｏｄｏｔｈｅｒｍｉａ（例えば、Ｒｈｏｄｏｔｈｅｒｍａｌｅｓ）、及びＳｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）のクラスが含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ綱に属する。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科に属する。
いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）、例えば任意の本明細書に記載のＳＣＦＡなど、を産生する。いくつかの実施形態では、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の１つ以上の細菌株は、酪酸を産生する。いくつかの実施形態では、酪酸産生株であるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ細菌は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉである。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、を含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、からなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株とを含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株とからなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株とから本質的になる。
一態様では、本開示は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個）の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株とを含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株とからなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～７、２１～２４、２６、２９、及び３３として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株とから本質的になる。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ））に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／１１８５１５号を参照されたい。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ））に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ））に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～３３、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、を含む。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～３３、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、からなる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号１～３３、及び３５として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１つ以上の精製された細菌株と、から本質的になる。
本明細書に記載の組成物のいずれも、特定の細菌種の複数の菌株を含有し得ることを理解されたい。例えば、いくつかの実施形態では、組成物は、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓの２つの菌株及び／または、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅの２つの菌株を含んでもよい。
本開示はまた、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍの種に、近い配列同一性もしくは相同性を有する、及び／またはそれに含まれる細菌株を含む、組成物を包含する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示の組成物は、２つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、またはそれ以上の細菌株（例えば、精製された細菌株）を含む。
いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含まない。いくつかの実施形態では、本組成物は、潜在的な臨床リスクと見なされる細菌株を含まない。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｃ．ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ及び／またはＣ．ｓｏｒｄｅｌｌｉｉを含まない。いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科に属する細菌株、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ及び／またはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅを含まない。
本明細書で使用される「細菌」及び「細菌株」という用語は、交換可能であることを理解されたい。複数の精製された細菌株を含む本明細書に記載の組成物は、「生細菌産物」とも称され得る。
一態様では、本開示は、「３３－ｍｉｘＢ」と称される生細菌産物を提供する（図３及び５を参照）。図５に示すように、生細菌産物３３－ｍｉｘＢは、以下の種Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍに関連する３３の細菌株を含有する。
いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍからなる群から選択される２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の細菌種を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍからなる群から選択される２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の細菌種からなる。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の３３の細菌種を含む：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の３３の細菌種からなる：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の３３の細菌種から本質的になる：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１５、１７～３２、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む３３の細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１５、１７～３２、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む３３の細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～１５、１７～３２、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む３３の細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、「２７－ｍｉｘ」と称される生細菌産物を提供する（図３及び５を参照）。図５に示すように、生細菌産物２７－ｍｉｘは、以下の種に関連する２７の細菌株を含有する：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍからなる群から選択される２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の細菌種を含む。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の２７の細菌種を含む：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の２７の細菌種からなる：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の２７の細菌種から本質的になる：Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２７、２９～３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２、３、４、５、またはそれ以上）の精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２７、２９～３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２、３、４、５、またはそれ以上）の精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２７、２９～３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２、３、４、５、またはそれ以上）の精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２７、２９～３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２７の細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２７、２９～３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２７の細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号２、４～９、１１～１５、１７～２０、２２、２４～２７、２９～３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２７の細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、「２３－ｍｉｘ」と称される生細菌産物を提供する（図３及び５を参照）。図５に示すように、生細菌産物２３－ｍｉｘは、以下の種に関連する２３の細菌株を含有する：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍからなる群から選択される２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の細菌種を含む。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の２３の細菌株を含む：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の２３の細菌株からなる：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。
いくつかの実施形態では、本組成物は、次の２３の細菌株から本質的になる：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、任意の追加の治療上活性な細菌株を含まない組成物を指す。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の精製された細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の精製された細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）の精製された細菌株から本質的になる。
一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２３の細菌株を含む。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２３の細菌株からなる。一態様では、細菌組成物は、配列番号１～７、１１～１５、１７～２０、２４～２６、２８、２９、３４、及び３６から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２３の細菌株から本質的になる。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。細菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む組成物は、例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。菌株はまた、表１及び２に示されている。例えば、表１及び２に示されるような代替の菌株名もまた、使用できることを理解されたい。細菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む組成物は、ＶＥ３０３とも称される。ＶＥ３０３の細菌株の配列は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号、例えば表３にも提示されている。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３、８～１４、１６、１８、１９、２７、２８、３２、３５、及び３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３、８～１６、１８、１９、２５、２７、２８、３０、３２、及び３４～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３、４、８～１６、１８、１９、２１、２５、２７、２８、３０、及び３２～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号４、８～１２、１５、１６、１９、２１、２７、３０、及び３２～３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉに関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１７／２１８６８０号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
細菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む組成物は、例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。そのような細菌組成物はまた、例えば、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１１）３３１（６０１５）：３３７－３４１及びＡｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ（２０１３）５００（７３６１）：２３２－２３６に記載されている。
細菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）を含む組成物は、ＶＥ２０２とも称される。ＶＥ２０２の細菌株の配列は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号にも提示されている。細菌株の別名が使用されてもよいことを理解されたい。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供されている以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉについての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、からなる、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６ Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる、組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。細菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種を含む組成物は、例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に記載されており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。細菌株の配列は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号、例えば表１にも提示されている。細菌株を指すために、代替名が使用されてもよいことを理解されたい。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供されている菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種についての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供されている菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種についての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供されている菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種についての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉなど、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ種 ３＿２＿５３ＦＡＡ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供されている菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種についての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供されている菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種についての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供されている菌株Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種についての配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、配列番号３６として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、を含む組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、からなる組成物を提供する。一態様では、本開示は、以下の種Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種に関連する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）に属する精製された細菌株と、から本質的になる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株、及び配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株を含む組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株、及び配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株からなる組成物を提供する。
一態様では、本開示は、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号に提供される配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株、及び配列番号３４として示される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された細菌株から本質的になる組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する細菌株を含む。Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａは、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科に属するグラム陰性の非胞子形成細菌である。多くのＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種は、腸内微生物叢の共生メンバーである。いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ａｌｂｅｒｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｈｅｒｍａｎｎｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｍａｒｍｏｔａｅ、またはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｖｕｌｎｅｒｉｓである。いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉである。
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ株の非限定的な例は、限定されないが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡである。
いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種は、１つ以上のバクテリオシンを産生する遺伝子を含む。バクテリオシンは、バクテリオシン産生細菌に密接に関連する細菌（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに密接に関連する細菌）を殺す細菌によって産生される抗生物質化合物である。いくつかの実施形態では、バクテリオシンは、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉに密接に関連する細菌を死滅させるコリシンである。一般に、コリシンは、オペロン構造内のプラスミド上にコードされ、典型的には、毒素コード遺伝子、産生細胞を保護する免疫遺伝子、及び溶解遺伝子の３つのコリシン関連遺伝子が関与している。いくつかの実施形態では、コリシンプラスミドは、高コピー数プラスミドまたは低コピー数プラスミドである。いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ株によって産生されるコリシンは、コリシンＡ、Ｂ、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ７、Ｉａ、Ｉｂ、Ｎ、Ｍである。
いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、遺伝子導入（例えば、形質転換）と関連付けられる遺伝子を有さない。一般に、多くのＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ株は、細胞膜内のタンパク質複合体を介して、細胞外から外因性ＤＮＡ（例えば、薬剤耐性プラスミド）を取り込むことができる。細菌遺伝子の導入は、後天的な抗生物質耐性、栄養欠乏耐性、及び温度耐性などの現象を促進し得る。いくつかの実施形態では、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉは、外因性プラスミド（例えば、薬剤耐性プラスミド）の取り込みに関連する１つ以上のタンパク質をコードする１つ以上の遺伝子を有さない。いくつかの実施形態では、大腸菌は、ＳＸＹ ＣＲＰ、ＹＨＩＲ、ＹＨＧＨ、ＹＲＦＢ、ＹＲＦＡ、ＹＨＧＩ、ＨＯＦＱ、ＹＲＦＣ、及び／またはＹＲＦＤをコードする１つ以上の遺伝子などの外因性プラスミドの取り込みに関連する１つ以上のタンパク質をコードする１つ以上の遺伝子を有さない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｎｉｆｅｌｉｎｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｎｉｄｉａｆｏｒｍａｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｅｃｒｏｇｅｎｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｅｃｒｏｐｈｏｒｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｅｒｆｏｅｔｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｃｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｕｓｓｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ、またはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖａｒｉｕｍである。いくつかの実施形態では、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍである。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示の組成物は、２つ以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、またはそれ以上の細菌株（例えば、精製された細菌株）を含む。
当業者には理解されるように、病原体拮抗活性を有すると特定される任意の１つ以上の細菌株は、本明細書に記載の任意の組成物にも含まれ得る。
本開示の態様は、本明細書に記載の細菌株または種の配列のうちのいずれか１つの核酸配列に対して配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する細菌株に関する。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列という背景における「同一」または「同一性」パーセントという用語は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列が、比較ウィンドウにわたってまたは、以下の配列比較アルゴリズムのうちの１つを使用してもしくは手動アラインメント及び目視検査によって測定される指定領域にわたって、最大の対応を得るために比較及びアラインメントされた場合に、核酸またはアミノ酸配列の特定の領域にわたって、または配列全体にわたって、同一であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージ（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％の配列同一性）を有する場合、２つの配列は「実質的に同一」である。任意選択で、同一性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長である領域にわたって、またはより好ましくは１００～５００または１０００ヌクレオチド以上長である領域にわたって、存在する。いくつかの実施形態では、同一性は、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の長さにわたって存在する。
いくつかの実施形態では、細菌株は、特定の領域または配列全体にわたって、本明細書に記載の菌株または細菌株のいずれかと比較して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、少なくとも９９．６％、少なくとも９９．７％、少なくとも９９．８％、少なくとも９９．９％、または最大１００％の配列同一性を有する。２つ以上の核酸配列またはアミノ酸配列という背景において、用語「配列同一性」または「配列同一性パーセント」が、２つ以上の配列またはその一部（複数可）の間の類似性の尺度を指すことが、当業者には理解されるであろう。
いくつかの実施形態では、本組成物は、２つ以上（２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６またはそれ以上）の細菌株を含み、２つ以上の細菌株は、配列番号１～２２から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含有する。
加えて、またはあるいは、２つ以上の配列が、配列間のアラインメントについて評価されてもよい。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列という背景における「アラインメント」または「アラインメント」パーセントという用語は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列が、比較ウィンドウにわたって、または以下の配列比較アルゴリズムのうちの１つを使用してもしくは手動アラインメント及び目視検査によって測定される指定領域にわたって、最大の対応を得るために比較及びアラインメントされた場合に、特定の領域にわたって、または配列全体にわたって、同一であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージ（例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％同一）を有する場合、２つの配列は「実質的にアラインメント」している。任意選択で、アラインメントは、少なくとも約５０ヌクレオチド長である領域にわたって、またはより好ましくは１００～５００または１０００ヌクレオチド以上長である領域にわたって、存在する。いくつかの実施形態では、同一性は、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列の長さにわたって存在する。
配列比較の場合、典型的には、１つの配列が参照配列として機能し、これに対して試験配列を比較する。比較のための配列のアラインメントの方法は、当該技術分野で周知である。例えば、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９７０）Ａｄｖ． Ａｐｐｌ． Ｍａｔｈ． ２：４８２ｃのホモロジーアラインメントアルゴリズムによるもの、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７０）４８：４４３のホモロジーアラインメントアルゴリズムによるもの、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４，１９８８の類似性検索方法によるもの、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装によるもの（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ、
Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ製 Ｍａｄｉｓｏｎ． ＷＩ）、または手動アラインメント及び目視検査（例えば、Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（Ｒｉｎｇｂｏｕ ｅｄ．，２００３）を参照されたい）によるものを参照されたい。配列同一性パーセント及び配列類似性を決定するのに好適なアルゴリズムの２つの例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズム及びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムであり、これらは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２，１９７７、及びＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０、１９９０年にそれぞれ記載されている。
Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ製 Ｍａｄｉｓｏｎ． ＷＩ）、または手動アラインメント及び目視検査（例えば、Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（Ｒｉｎｇｂｏｕ ｅｄ．，２００３）を参照されたい）によるものを参照されたい。配列同一性パーセント及び配列類似性を決定するのに好適なアルゴリズムの２つの例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズム及びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムであり、これらは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２，１９７７、及びＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０、１９９０年にそれぞれ記載されている。
本明細書では、配列番号１～３６から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む細菌株、及び／またはＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１３／０８０５６１号、第ＷＯ２０１７／２１８６８０号、第ＷＯ２０１９／０９４８３７号に提供される細菌株と相同であるか、または高いパーセントの相同性を有する細菌株の組み合わせが提供される。本明細書に記載の細菌株は、配列番号１～３６から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有し、それらの全ゲノム配列、またはそれらの全ゲノム配列のサブセットに基づいて他の菌株にも相同であり得ることを理解されたい。
一態様では、組成物は、糞便試料の分画を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、糞便試料の非胞子形成分画を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、糞便試料の胞子形成分画を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、胞子形成及び非胞子形成細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、胞子形成細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、胞子形成細菌株のみを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、非胞子形成細菌株のみを含む。胞子形成細菌は、胞子型（すなわち、胞子として）または栄養型（すなわち、栄養細胞として）であり得る。胞子型において、細菌は、一般に、熱、酸、放射線、酸素、化学物質、及び抗生物質などの環境条件に対してより耐性がある。対照的に、栄養性状態（ｖｅｇｅｔａｔｉｖｅ ｓｔａｔｅ）または活発な増殖状態では、胞子型と比較して、細菌はそのような環境条件により影響を受けやすい。一般に、細菌胞子は、適切な条件下で、胞子の形態から栄養性／活発な増殖状態に発芽することができる。例えば、胞子型の細菌は、それらが腸に導入されると発芽し得る。
いくつかの実施形態では、本組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）は、胞子形成体（ｓｐｏｒｅ ｆｏｒｍｅｒ）である。いくつかの実施形態では、本組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）は、胞子型である。いくつかの実施形態では、本組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）は、非胞子形成体（ｎｏｎ－ｓｐｏｒｅ ｆｏｒｍｅｒ）である。いくつかの実施形態では、本組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）は、栄養型である。上で考察したように、胞子形成細菌は、栄養型でもあり得る。いくつかの実施形態では、本組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）は胞子型であり、本組成物中の細菌株のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれ以上）は栄養型である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの細菌株は、胞子を形成することができる（すなわち、胞子形成体）とみなされるが、栄養型で本組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、胞子を形成することができるとみなされる少なくとも１つの細菌株は、胞子型と栄養型との両方で本組成物中に存在する。
いくつかの実施形態では、本組成物は、胞子形成細菌株である細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、非胞子形成細菌株である細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、胞子形成細菌株である細菌株及び非胞子形成細菌株である細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、細菌株の混合物を含み、細菌株の少なくとも１０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも２０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも３０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも４０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも５０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも６０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも７０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも８０％が胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも９０％が胞子形成細菌株細菌であり、または最大１００％の胞子形成細菌株である。細菌株が胞子形成株であるかどうかは、例えば、胞子形成遺伝子の存在についての細菌株のゲノムを評価することによって決定することができる。しかしながら、胞子形成遺伝子をコードすると予測されるすべての細菌が胞子形成され得るわけではないことを理解されたい。加えて、細菌株が胞子形成株であるかどうかは、細菌株をストレス条件、例えば熱、に曝露するか、または胞子形成を誘導することが知られている化学物質（例えば、エタノールまたはクロロホルム）への曝露によって決定することができる。
胞子形成細菌は、胞子型であっても、または栄養型であってもよいことを理解されたい。本明細書に提供される組成物のいくつかの実施形態では、胞子形成細菌は、胞子型である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株は栄養型である。いくつかの実施形態では、胞子形成細菌は、胞子型と栄養型との両方で存在する。いくつかの実施形態では、組成物は、胞子形成細菌を含み、胞子形成細菌の少なくとも１０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも２０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも３０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも４０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも５０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも６０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも７０％が胞子型式であり、胞子形成細菌の少なくとも８０％が胞子形式であり、胞子形成細菌の少なくとも９０％が胞子型式であり、または胞子形成細菌の最大１００％が胞子型式である。
本明細書に提供される組成物の細菌株は、生きており、それらが標的領域（例えば、腸）に到達するときに生きていることが想定される。この点で、細菌の胞子は生きているとみなされる。いくつかの実施形態では、胞子として投与される細菌は、標的領域（例えば、腸）で出芽し得る。細菌のすべてが生きているわけではなく、本組成物は、生きていないパーセンテージ（例えば、重量による）を含み得ることをさらに理解されたい。加えて、いくつかの実施形態では、本組成物は、投与されたときまたは組成物が標的領域（例えば、腸）に到達するときに生きていない細菌株を含む。生きていない細菌は、組成物中の他の細菌株になんらかの栄養素及び代謝物を提供することによって、依然として有用である可能性があると想定される。
胞子形成細菌株の胞子形成を誘導する方法は、当該技術分野で周知である（例えば、Ｐａｒｅｄｅｓ－Ｓａｂｊａ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（２０１１）１９（２）：８５－９４を参照されたい）。一般に、胞子形成体である細菌株は、細菌株にストレスを与えることによって胞子型にすることができる。胞子形成を誘導し得るストレスの非限定的な例は、温度の上昇、利用可能な栄養素の変化、及び／または化学物質（例えば、エタノールまたはクロロホルム）への曝露である。例えば、胞子形成遺伝子が欠損しているために非胞子形成体である細菌は、ストレスによって胞子形成させることができないことに留意する必要がある。すべての細菌株が胞子型である組成物を調製するには、組成物を調製するために使用される組成物または細菌培養物は、例えば、組成物を熱に曝露し、非胞子型細菌を化学的に分解することによって、胞子型でない（例えば、栄養型である）任意の細菌を殺す処置に供され得る。胞子型式の細菌は、その後、例えば濾過によって非胞子細菌から分離することができる。
胞子の量は、当該技術分野で既知の技術を使用して定量化することができる。これらの技術は、血球測定器を使用して胞子を数えるための位相差顕微鏡法を含む。加えて、胞子の生存率は、胞子を播種し、胞子を成長させることによって決定することができる。例えば、胞子を適切な培地に播種し、嫌気性チャンバ内で一定期間（例えば、４８～９６時間）インキュベートすることができる。その後、発芽した胞子に対応するコロニー形成単位を定量化することによって、生存率を決定することができる。例えば、胞子は、ＴＣＣＦＡプレート（タウロコール酸、シクロセリン、セフォキシチン、フルクトース寒天プレート）上に播種することができ、タウロコール酸は、胞子の発芽を助ける。加えて、胞子は、ジピコリン酸アッセイ（ＤＰＡアッセイ）を使用して定量することができる。ＤＰＡは、胞子の選択を可能にする薬剤であり、内生胞子の明確な指標である。テルビウムと錯体を形成すると、明るい緑色の発光が観察される。
いくつかの実施形態では、本組成物は、非胞子形成細菌株である細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、胞子形成細菌株である細菌株及び非胞子形成細菌株である細菌株を含む。いくつかの実施形態では、本組成物は、細菌株の混合物を含み、細菌株の少なくとも１０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも２０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも３０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも４０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも５０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも６０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも７０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも８０％が非胞子形成細菌株であり、細菌株の少なくとも９０％が非胞子形成細菌株であり、または最大１００％の非胞子形成細菌株である。
本明細書に提供される組成物のうちのいずれにおいても、細菌株を精製され得る。本明細書に提供される組成物のうちのいずれにおいても、細菌株は単離され得る。本明細書に記載の細菌株のうちのいずれも、例えば、培養物または微生物叢試料（例えば、糞便物質）などの供給源から、単離及び／または精製され得る。本明細書で提供される組成物で使用される細菌株は、一般に、健康な個体の微生物叢から単離される。しかしながら、細菌株は、健康でないとみなされる個体から単離することもできる。いくつかの実施形態では、本組成物は、複数の個体を起源とする株を含む。
本明細書で使用される場合、「単離された」という用語は、別の細菌または細菌株などの１つ以上の望ましくない成分、増殖培地の１つ以上の成分、及び／または糞便試料などの試料の１つ以上の成分から分離された細菌または細菌株を指す。いくつかの実施形態では、細菌は、供給源の他の成分が検出されないように、供給源から実質的に単離される。
同様に本明細書で使用される場合、「精製された」という用語は、汚染物質などの１つ以上の成分から分離されたものを含む細菌株または組成物を指す。いくつかの実施形態では、細菌株は、実質的に汚染物質を含まない。いくつかの実施形態では、組成物の１つ以上の細菌株は、細菌株を含む培養物または試料中で産生された及び／またはその中に存在する１つ以上の他の細菌から独立して精製されてもよい。いくつかの実施形態では、細菌株は、試料から単離または精製され、次に、細菌の複製に適切な条件下、例えば、嫌気性培養条件下で培養される。細菌の複製に適した条件下で増殖した細菌は、その後、中で増殖した培養物から単離／精製され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の細菌株は、偏性嫌気性菌である。いくつかの実施形態では、組成物の細菌株が提供された。
本開示の態様は、望ましくない細菌を抑制するための方法に関する。本明細書で使用される場合、「抑制する」という用語は、望ましくない細菌を阻害する任意の形態を指す。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、望ましくない細菌（例えば、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌）の定着、複製、増殖、及び／または生存を低減／阻害または防止する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、望ましくない細菌（例えば、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌）の死を直接的または間接的に誘導する。
本開示の態様は、対象における多剤耐性菌を抑制するための方法に関する。本開示の態様は、対象における病原菌（例えば、細菌、ウイルス、真菌、または寄生虫）を抑制するための方法に関する。いくつかの実施形態では、病原菌は、多剤耐性ではない。いくつかの実施形態では、病原菌は、多剤耐性である。本開示の態様は、腸への口腔微生物叢細菌の定着を抑制または防止する方法に関する。本開示の態様は、対象における細菌定着に関連する疾患または障害を処置するための方法に関する。本開示の態様は、対象において細菌によって誘導される免疫応答に関連する疾患または障害を処置するための方法に関する。本明細書に記載の方法は、治療有効量の本明細書に記載の組成物のうちのいずれかを対象に投与することを伴う。本明細書で使用される場合、「対象」、「個体」、及び「患者」は、交換可能に使用され、脊椎動物、好ましくは、ヒトなどの哺乳動物を指す。哺乳動物には、ヒト霊長類、非ヒト霊長類、またはネズミ、ウシ、ウマ、イヌ、もしくはネコの種が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒト対象である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれも、１つ以上の病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制するのに有効である。ある場合には、病原菌は抗生物質に感受性であるが、他の場合には、病原菌は抗生物質に耐性である。いくつかの実施形態では、病原菌は、本明細書の他の箇所に記載される多剤耐性菌である。いくつかの実施形態では、病原菌は、口腔微生物叢細菌である。口腔微生物叢細菌は必ずしも病原性ではないが、胃腸管などの他の場所に位置するときに病原性となり得ることに留意されたい。１つ以上の病原菌の複製、生存、及び／または定着の抑制の量は、当該技術分野で既知の標準的なアッセイを使用して測定または同定することができ、そのうちのいくつかは本明細書にさらに記載され、例示される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、多剤耐性菌の定着、再定着、複製、増殖、及び／または生存が低減／阻害されるか、または防止される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、対象の胃腸管の、組成物の細菌株（複数可）による定着が可能となり、それにより、多剤耐性菌による定着が防止される。
いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである。いくつかの実施形態では、病原菌は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、多剤耐性である。いくつかの実施形態では、多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ菌はＴｈ１応答を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、多剤耐性であり、Ｔｈ１応答を誘導する。いくつかの実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１７）３５８，３５９－３６５に記載されるもののうちの１つ以上であり、例えば、菌株ＢＡＡ－２５５２、菌株ＫＰ－１、菌株７００７２１、菌株１３８８２、菌株３４Ｅ１、菌株ＢＡＡ－１７０５、菌株７００６０３、及び／または菌株Ｋｐ－２Ｈ７などである。特定の一実施形態では、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、菌株Ｋｐ－２Ｈ７である。
いくつかの実施形態では、病原菌は、病原性共生生物、すなわち、通常の状況下では、共生生物として生きる潜在的な病原菌である。
いくつかの実施形態では、対象は、多剤耐性菌の保菌者であり、感染の影響に罹患している。いくつかの実施形態では、対象は、多剤耐性菌の無症候性保菌者である。いくつかの実施形態では、対象は、多剤耐性菌による再発性または慢性定着を経験している。いくつかの実施形態では、対象は、特定の多剤耐性菌の最初の発症に罹患している。いくつかの実施形態では、対象は、以前の抗生物質使用などの、多剤耐性菌による定着のリスクにある。いくつかの実施形態では、対象は、多剤耐性菌による定着に関連するリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、対象は、以前に多剤耐性菌による感染または定着があったことがある。いくつかの実施形態では、対象は、多剤耐性菌の再発をもたらした、抗生物質で処置を受けたことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、対象の定着のリスクを高める処置を受け、組成物は予防的に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、プロトンポンプ阻害剤の使用と関連する疾患または障害を有し、これは、口腔細菌が腸内に移行する可能性を増加させ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、多剤耐性菌が定着するリスクを低下させるために対象に投与される。いくつかの実施形態では、本発明で提供される細菌組成物は、プロトンポンプ阻害剤の投与を受けている対象に投与される。
最近抗菌剤を受けた、免疫抑制状態にある（例えば、化学療法中で、悪性腫瘍を有し、移植を受けている、または受けた）、慢性疾患または炎症状態（糖尿病、腎疾患など）を有する、高齢である、血液透析、手術、または他の侵襲的処置を受けている、留置デバイス（複数可）を有する、及び／または長期療養施設に住んでいる、もしくは入院している場合、個体は、多剤耐性菌を獲得するリスクがあり得る。いくつかの実施形態では、対象は、多剤耐性菌により定着されている。皮膚及び粘膜定着は一般的である（Ｃａｓｓｏｎｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒ，Ｇｅｒｉａｔｒ Ｒｅｐ．（２０１５）４（１）：８７－８９を参照されたい）が、多剤耐性菌はまた、胃腸管（ＧＩ）及び口腔に定着し、炎症を引き起こし得る（Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１７）３５８，３５９－３６５を参照されたい）。定着は、皮膚、肺、尿路、または血流などの著しい感染症をもたらす可能性があり、死亡を含む重篤な合併症をもたらす可能性がある（ＣＤＣ、２０１３）。場合によっては、多剤耐性菌が摂取され、消化器系全体にわたって影響をもたらし得る。いくつかの実施形態では、多剤耐性菌は、口腔に定着し得る。
いくつかの実施形態では、多剤耐性菌は、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである。いくつかの実施形態では、多剤耐性菌は、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）である。いくつかの実施形態では、多剤耐性菌は、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）である。
本開示の態様は、対象における病原菌を抑制するための方法に関する。いくつかの実施形態では、病原菌は、抗生物質に感受性である（例えば、多剤耐性菌ではない）。病原菌は、対象において疾患を引き起こすことができる生物であり、ウイルス、細菌、真菌、原虫、及び寄生虫であり得る。本開示の病原菌の非限定的な例としては、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｇｒｏｕｐ Ａ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、もしくはＧｒｏｕｐ Ｂ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ、Ｇｉａｒｄｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ、及びＴｒｉｃｈｉｎｅｌｌａが挙げられる。
いくつかの実施形態では、対象における病原菌は、薬物による処置に耐性である。いくつかの実施形態では、対象における病原菌は、複数の薬物による処置に耐性である（例えば、多剤耐性）。本開示の病原菌を処置するために使用され得る薬物には、抗生物質、抗ウイルス剤、抗真菌剤、及び抗寄生虫剤が含まれ得る。
いくつかの実施形態では、薬物に感受性である病原菌は、１つ以上の薬物に対する耐性を獲得し得る。いくつかの実施形態では、抗生物質に感受性である病原菌は、１つ以上の抗生物質に対する耐性を獲得し得る。いくつかの実施形態では、病原菌は、１つ以上の薬物（例えば、抗生物質）に耐性であり、１つ以上の薬物（例えば、抗生物質）に対する耐性を獲得し得る。いくつかの実施形態では、病原菌は、１つ以上の薬物（例えば、抗生物質）に耐性であり、複数の薬物（例えば、抗生物質）に対する耐性を獲得することによって、多剤耐性生物になり得る。
一般に、微生物が薬剤耐性を獲得し得る手段には、複数ある。いくつかの実施形態では、微生物は、少なくとも１つの薬物の存在下での微生物の生存を促進するそのゲノムにおける変異を獲得することによって、薬物耐性を獲得し得る。いくつかの実施形態では、微生物は、１つ以上の薬物（例えば、抗生物質）に耐性である微生物からＤＮＡを獲得し、それによって薬物（例えば、抗生物質）に耐性になる。いくつかの実施形態では、微生物は、１つ以上の薬物（例えば、抗生物質）に耐性である微生物から、１つ以上の薬物（例えば、抗生物質）耐性遺伝子を含有するプラスミドなどのプラスミドを獲得し、それによって薬物（例えば、抗生物質）に耐性になる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与は、口腔微生物叢細菌による腸内定着を低減／阻害または防止する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、対象の腸管における口腔微生物叢細菌の定着、複製、増殖、及び／または生存が低減／阻害されるか、または防止される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、組成物の細菌株（複数可）による対象の胃腸管への定着が可能となり、それにより口腔微生物叢細菌による定着が防止される。
いくつかの実施形態では、対象は、口腔細菌の保菌者であり、感染の影響に罹患している。いくつかの実施形態では、対象は、口腔細菌の無症候性保菌者である。いくつかの実施形態では、対象は、口腔細菌による再発性または慢性の定着を経験している。いくつかの実施形態では、対象は、口腔細菌による定着のリスクにある。いくつかの実施形態では、対象は、口腔細菌による定着に関連するリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、対象は、プロトンポンプ阻害剤を服用している。いくつかの実施形態では、対象は、以前に口腔細菌による感染または定着があったことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、対象の定着のリスクを高める処置を受け、組成物は予防的に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、口腔細菌が定着するリスクを低下させるために対象に投与される。
７００以上の細菌種または系統型が口腔内で発見されているが、５０％以上はまだ培養されていない。口腔微生物叢で多くの門が同定されている、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｒａｃｈｎｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔｅｓ、ＳＲ１、Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、ＴＭ７、及びＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（Ｄｅｗｈｉｒｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ（２０１０）１９２（１９）：５００２－５０１０）。口腔微生物叢細菌の例には、限定されないが、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｎｇｕｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｏｒａｌｉｓ、Ａｃｉｎｏｍｙｃｅｓ ｍａｅｓｌｕｎｄｉｉ、及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｌａｎｉｎｇｅｎｉｃｕｓが挙げられる。ヒトの口腔内に見出される種の例のリストは、Ｈｕｍａｎ Ｏｒａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ｈｏｍｄ．ｏｒｇ）に見出すことができる。いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は、病原性であり得る。いくつかの実施形態では、細菌が身体の別の部位にアクセスした場合、口腔微生物叢細菌は病原性であり得る。いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は病原性ではない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与は、口腔微生物叢細菌による腸内定着を低減／阻害または防止する。いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍである（例えば、Ｙｏｎｅｄａ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｄｉｇ Ｓｙｓｔ（２０１６）６：２を参照されたい）。いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｎｃｉｓｕｓである（例えば、Ｙｏｎｅｄａ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｄｉｇ Ｓｙｓｔ（２０１６）６：２を参照されたい）。いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓである（例えば、Ｙｏｎｅｄａ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｄｉｇ Ｓｙｓｔ（２０１６）６：２を参照されたい）。追加の口腔微生物叢細菌は、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．の表Ｓ１Ａに記載されており（Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１７）３５８，３５９－３６５）、例えば、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｓｕｂｆｌａｖａ、Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ ｐａｒａ－ａｄｉａｃｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｔｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種 １＿１＿４１ＦＡＡ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｏｒａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｓｕｂｆｌａｖａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｃｏｐｏｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種 Ｍ１４３、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種 ＣＤ３＿３４、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍａｃａｃａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｐａｌｌｅｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ＣＷ０３４、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種 口腔株Ｔ１－Ｅ５、Ｇｅｍｅｌｌａ種 ９３３－８８、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ種 Ｃ５６１である。
いくつかの実施形態では、口腔微生物叢細菌による腸内定着は、対象においてＴｈ１免疫応答を誘導する。Ｔｈ１免疫応答を誘導し得る口腔微生物叢細菌の例が単離され、以下の種と有意に類似性（≧９６．３％）を示している：Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ種 ＣＭ９６、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｔｏｍａｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種 Ｇｒｏｕｐ ＩＩＩ－３、Ｓｌａｃｋｉａ ｅｘｉｇｕａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｄｅｎｔｉｃａｒｉｏｓｉ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｐａｒｖｕｌｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ種 ２０１１＿ｏｒａｌ＿ＶＳＡ＿Ａ３、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｎｃｉｓｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｏｒｅｉ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｅｎｔｉｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｅｌａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種 ３＿１＿３３、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓ、及びＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（例えば、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１７）３５８：３５９－３６５，Ｓｃｈｉｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｅ（２０１８）２４：６００－６１０を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、対象においてＴｈ１免疫応答（例えば、ＩＢＤ）を誘導する細菌は、病原性共生生物である。「病原性共生生物」は、通常の状況下では、共生生物として生きる、潜在的に病的な（病気を引き起こす）生物を指す。病原性共生生物の例としては、慢性炎症性状態（例えば、ＩＢＤ）に関連する細菌が挙げられる。病原性共生生物の非限定的な例としては、Ｓｈｉｇｅｌｌａ複数種、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ複数種、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ複数種、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ複数種、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ株（例えば、腸管病原性Ｅ．ｃｏｌｉ、腸管凝集性Ｅ．ｃｏｌｉ、腸管毒素原性Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｄｉｓｐａｒ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ｓｅｇｎｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ複数種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ複数種、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ複数種、Ｇｅｍｅｌｌａ複数種、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ複数種、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ複数種、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ複数種、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ複数種、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ複数種、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ複数種が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本方法は、口腔細菌が対象に存在するかどうかを決定することを伴い得る。いくつかの実施形態では、本方法は、口腔細菌が対象の口腔に定着するかどうかを決定することを伴い得る。いくつかの実施形態では、口腔細菌が対象の口腔内に存在する場合、対象は腸内定着のリスクにさらされ得る。いくつかの実施形態では、本方法は、口腔細菌が対象の口腔内で検出された場合に、本明細書に記載の組み合わせを対象に投与することを伴う。
いくつかの実施形態では、本方法は、口腔細菌が対象の腸内に存在するかどうかを判定することを伴い得る。いくつかの実施形態では、本方法は、口腔細菌が対象の腸内で検出された場合に、本明細書に記載の組み合わせを対象に投与することを伴う。
いくつかの実施形態では、本方法は、対象における細菌定着に関連する疾患または障害を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、本方法は、対象における細菌によって誘導される免疫応答と関連する疾患または障害を処置するためのものである。いくつかの実施形態では、本方法は、対象において細菌によって誘導される望ましくない免疫応答に関連する疾患または障害を処置するためのものである。
いくつかの実施形態では、本方法は、対象に細菌によって定着されているかどうかを決定することを伴い得る。いくつかの実施形態では、本方法は、対象が、細菌定着によって誘導される免疫応答を有しているか、または経験しているかどうかを決定することを伴い得る。いくつかの実施形態では、対象が細菌によって定着されている場合、対象は、細菌定着によって誘導される免疫応答のリスクにさらされ得る。いくつかの実施形態では、本方法は、対象が細菌によって定着されていると決定される場合、本明細書に記載の組み合わせを対象に投与することを伴う。いくつかの実施形態では、本方法は、対象が細菌定着によって誘導される免疫応答を経験しているかまたは経験していたと決定される場合に、本明細書に記載の組み合わせを対象に投与することを伴う。
いくつかの実施形態では、細菌定着によって誘導される免疫応答は、Ｔｈ１免疫応答である。当業者には明らかであるように、Ｔｈ１免疫応答は、ＣＤ４＋細胞のＴｈ１集団によって媒介される。Ｔｈ１細胞はＩＦＮ－γ及び他の炎症誘導因子を産生する。ＣＤ４＋細胞のＴｈ１細胞への分化は、ＩＬ－２及び／またはＩＬ－１２の存在と、転写因子であるＳＴＡＴ４及びＴ－ｂｅｔの活性化とによって促進される。いくつかの実施形態では、細菌定着によって誘導される免疫応答は、Ｔｈ１の炎症誘導応答である。ＩＦＮ－γの量またはＴｈ１細胞の数などのＴｈ１免疫応答の任意の直接的または間接的測定値を使用して、対象からの試料中の免疫応答のレベルまたは程度を評価することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象が自己免疫疾患を有する場合、対象に投与される。自己免疫疾患の例としては、これらに限定されないが、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、スプルー、自己免疫性関節炎、関節リウマチ、移植片対宿主病、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、変形性関節症、若年性慢性関節炎、ライム関節炎、乾癬性関節炎、反応性関節炎、脊椎関節症、全身性エリテマトーデス、インスリン依存性糖尿病、甲状腺炎、喘息、乾癬、硬化性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、サルコイドーシス、アテローム性動脈硬化症、播種性血管内凝固、川崎病、グレーブス病、ネフローゼ症候群、慢性疲労症候群、ウェーゲナー肉芽腫症、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、腎臓の微細血管炎（ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｉｃ ｖａｓｃｕｌｉｔｉｓ）、慢性活動性肝炎、ブドウ膜炎、悪液質、急性横断性脊髄炎、ハンチントン舞踏病、パーキンソン病、アルツハイマー病、脳卒中、原発性胆汁性肝硬変、溶血性貧血、多腺性不全Ｉ型症候群及び多腺性不全ＩＩ型症候群、シュミット症候群、成人（急性）呼吸窮迫症候群、脱毛症、円形脱毛症、血清反応陰性関節症、関節症、ライター病、乾癬性関節症、クラミジア、エルシニア及びサルモネラ関連関節症、脊椎関節症、アテローム性疾患／動脈硬化症、尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡、線状ＩｇＡ病、自己免疫性溶血性貧血、クームズ陽性溶血性貧血、後天性悪性貧血、若年性悪性貧血、筋痛性脳炎／ロイヤルフリー病、慢性粘膜皮膚カンジダ症、巨細胞性動脈炎、原発性硬化性肝炎、特発性自己免疫性肝炎、後天性免疫不全症候群、後天性免疫不全関連疾患、一般的な様々な免疫不全（分類不能原発性低ガンマグロブリン血症）、拡張型心筋症、線維性肺疾患、特発性線維化性肺胞炎、炎症後間質性肺疾患、間質性肺炎、結合組織疾患関連間質性肺疾患、混合性結合組織疾患関連肺疾患、全身性硬化症関連間質性肺疾患、関節リウマチ関連間質性肺疾患、全身性エリテマトーデス関連肺疾患、皮膚筋炎／多発性筋炎関連肺疾患、シェーグレン症候群関連肺疾患、強直性脊椎炎関連肺疾患、血管炎性びまん性肺疾患、ヘモジデリン沈着症関連肺疾患、薬剤性間質性肺疾患、放射線線維症、閉塞性細気管支炎、慢性好酸球性肺炎、リンパ球浸潤性肺疾患、感染後間質性肺疾患、痛風性関節炎、自己免疫性肝炎、１型自己免疫性肝炎（古典的自己免疫性またはルポイド肝炎）、自己免疫性低血糖、黒色表皮腫を伴うＢ型インスリン抵抗性、副甲状腺機能低下症、臓器移植に関連する急性免疫疾患、臓器移植に関連する慢性免疫疾患、変形性関節症、原発性硬化性胆管炎、特発性白血球減少症、自己免疫性好中球減少症、特定不能の腎疾患（ｒｅｎａｌ ｄｉｓｅａｓｅ ＮＯＳ）、糸球体腎炎、腎臓の微細血管炎、円板状エリテマトーデス、男性の特発性または特定不能の不妊症、精子の自己免疫、インスリン依存性真性糖尿病、交感性眼炎、結合組織疾患に続発する肺高血圧、グッドパスチャー症候群、結節性多発動脈炎の肺の症状、急性リウマチ熱、リウマチ性脊椎炎、スティル病、全身性硬化症、高安病／動脈炎、自己免疫性血小板減少症、特発性血小板減少症、自己免疫性甲状腺疾患、甲状腺機能亢進症、甲状腺腫性の自己免疫性甲状腺機能低下症（橋本病）、萎縮性自己免疫性甲状腺機能低下症、原発性粘液浮腫、水晶体起因性ブドウ膜炎、原発性血管炎、白斑、好酸球性食道炎、好酸球性増加症候群、好酸球性胃腸炎、皮膚エリテマトーデス、好酸球性食道炎、好酸球性増加症候群、好酸球性胃腸炎、及び下痢が挙げられる。いくつかの実施形態では、自己免疫疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。いくつかの実施形態では、自己免疫疾患は、潰瘍性大腸炎である。いくつかの実施形態では、自己免疫疾患は、クローン病である。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象が非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、胃食道逆流症（ＧＥＲＤ）、またはアルコール依存症を有する場合に対象に投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、細菌定着に関連する免疫応答が対象において検出された場合に、対象に投与される。いくつかの実施形態では、本方法は、対象が、望ましくない微生物による定着によって誘導される、またはそれと関連する免疫応答を有するかどうかを決定することを伴う。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象が腸内毒素症を有する（例えば、疾患状態に関連する微生物叢を有する）場合、対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物による処置は、対象の微生物叢の変化をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物による処置により、対象における腸内毒素症が除去され、健康な微生物叢をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物による処置により、対象における腸内毒素症が除去され、病原体による感染に対して抵抗性のまたは感受性の低い微生物叢がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、敗血症の処置及び／または防止のためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象が敗血症を有するか、または敗血症のリスクがある場合に対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、集中治療室（ＩＣＵ、集中療法室または集中治療室（ＩＴＵ）または重症治療室（ＣＣＵ）とも称される）内の患者などの重症患者における敗血症の処置及び／または防止のためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象が重症の対象であり、敗血症を有するか、または敗血症のリスクがある場合に対象に投与される。当業者には明らかとなるように、敗血症は、典型的には、細菌、真菌、ウイルス、または原虫による感染に起因する全身性炎症反応である。敗血症の重症度は、軽度（敗血症）から重度の敗血症、または敗血症性ショックまで様々である。がん、糖尿病、火傷、外傷、または重大な疾患をもたらす他の疾患もしくは障害によるものを含む、高齢（例えば、６５歳以上）、若年（例えば、１歳未満）、及び／または免疫不全の対象は、敗血症を発症するリスクが高くなる可能性がある。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、重症の対象、例えば、集中治療室（ＩＣＵ）内の患者における感染の処置及び／または防止のためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、対象が重症の対象である場合に対象に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、集中治療室の患者であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、重症の対象における細菌感染、真菌感染、ウイルス感染、または原虫感染を処置及び／または防止するために、対象に投与することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、胃腸管を含む外科的処置（すなわち、胃腸管手術）後の感染の処置及び／または防止のためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、対象が胃腸管を含む外科的処置を受けた場合、対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、対象が胃腸管を含む外科的処置を受けることになる場合、対象に投与される（例えば、外科的処置の前に投与）。いくつかの実施形態では、対象は、胃腸管に関連する疾患または障害を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、細菌感染、真菌感染、ウイルス感染、または原虫感染を処置及び／または防止するために、対象に投与することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、肝硬変を有する対象（すなわち、肝硬変患者）における感染の処置及び／または防止のためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、対象が肝硬変を有するか、または肝硬変のリスクがある場合、対象に投与される。当業者には明らかとなるように、肝硬変（ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ）は、肝硬変（ｌｉｖｅｒ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ）または肝硬変（ｈｅｐａｔｉｃ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ）とも称される、主に肝臓組織及びその細胞の長期的損傷に起因する肝機能障害に関連する状態である。肝硬変は、様々な要因、例えば、肝炎（例えば、Ｂ型肝炎またはＣ型肝炎によるウイルス感染症、自己免疫性肝炎）、及び過剰なアルコール摂取のうちのいずれかによって引き起こされ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、肝硬変患者における細菌感染、真菌感染、ウイルス感染、または原虫感染を処置及び／または防止するために、対象に投与することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、骨髄移植を受けた対象（すなわち、骨髄移植患者）における感染の処置及び／または防止のためのものである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、対象が骨髄移植を受けた、または受ける予定である場合、対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、骨髄移植患者における細菌感染、真菌感染、ウイルス感染、または原虫感染を処置及び／または防止するために、対象に投与することができる。
本明細書に記載の組成物のいずれも、例えば、細菌による定着に関連する疾患または障害、または細菌による定着に関連する免疫応答を処置または防止するために、治療有効量で、または治療有効量の用量で、対象に投与することができる。「処置する」及び「処置」という用語は、細菌による定着に関連する症状、または細菌による定着に関連する免疫応答のうちの１つ以上を低減または緩和することを指す。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、疾患または障害を防止するために対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、Ｔｈ１関連疾患または障害を防止するために対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、ＩＢＤを防止するために、対象に投与されてもよい。「防止する」及び「防止」という用語は、予防的投与を包含し、細菌による定着の発生率または可能性、または細菌による定着に関連する免疫応答を低下させることができる。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、病原性感染に抵抗性である健康な微生物叢がもたらされ、それによって病原性感染または病原菌による再定着が防止される。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」は、「有効量」という用語と互換的に使用され得る。治療有効量または有効量の、医薬組成物などの組成物は、本明細書に記載のものなどの対象における所望の応答または転帰をもたらす任意の量であり、これには、細菌による定着または細菌による定着に関連する免疫応答の低減または防止が含まれるが、これらに限定されない。
有効量という用語は、投与される細菌または細菌胞子の数として表されてもよいことを理解されたい。細菌は、投与されると増殖し得ることをさらに理解されたい。このため、比較的少量の細菌の投与であっても、治療効果があり得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの治療有効量は、対象の生存率を増強し、対象の細菌定着を低下させるもしくは防止し、及び／または病原性感染による毒素産生を低下させるもしくは阻害するのに十分な量である。いくつかの実施形態では、定着は、対象からの試料、例えば、糞便試料中の細菌を検出及び／または定量化することによって評価され得る。いくつかの実施形態では、治療有効量は、本明細書に記載の組成物のいずれも受けていない対象における細菌負荷と比較して、または組成物のいずれかの投与前に収集された同じ対象からの糞便試料と比較して、対象からの糞便試料中の定着細菌（例えば、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌）を、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上低下させるのに十分な量である。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、細菌定着に関連するか、または細菌定着によって誘導される免疫応答を低下させる。いくつかの実施形態では、治療有効量は、本組成物のいずれかの投与前の、細菌定着に関連する免疫応答または細菌定着によって誘導される免疫応答と比較して、細菌定着に関連する、または細菌定着によって誘導される免疫応答を、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、５００倍、またはそれ以上低下させるのに十分な量である。
いくつかの実施形態では、治療有効量は、対象の胃腸管を非病原性細菌で再定着または再生息させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、対象の胃腸管内に組成物の細菌株のうちの１つ以上を移植するのに十分な量である。いくつかの実施形態では、糞便試料は、望ましくない細菌（例えば、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌）の細菌負荷を評価し、及び／または本明細書に記載の細菌組成物の投与の有効性を評価するために、対象から得られる。いくつかの実施形態では、対象の微生物叢（例えば、微生物叢の菌株及び／または種の同一性及び存在量）を評価して、対象の疾患状態を決定し、及び／または処置の進行を評価することができる。いくつかの実施形態では、病原性感染を有する対象の微生物叢は、病原性感染を経験していない、または経験したことのない対象などの健康な対象の微生物叢と比較される。いくつかの実施形態では、病原性感染を有する対象の微生物叢を、病原性感染の前に対象から得られた糞便試料由来の同じ対象の微生物叢と比較する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象への任意の望ましくない微生物による定着を低減または防止して健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、任意の望ましくない微生物（例えば、病原菌、多剤耐性菌、口腔微生物叢細菌）による対象の腸内定着を低減または防止する健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、望ましくない微生物による定着などの細菌定着に関連する免疫応答を低減する健康な微生物叢がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物の投与により、対象におけるＴｈ１免疫応答を低下させる健康な微生物叢がもたらされる。
本明細書に記載の組成物のいずれも、Ｔｈ１応答を抑制し、及び／または調節性Ｔ細胞、及び／またはＴｈ１７細胞の蓄積及び／または増殖を誘導することができる１つ以上の追加の組成物と組み合わせて投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれも、調節性Ｔ細胞（「Ｔｒｅｇ」）の増殖及び／または蓄積を誘導する組成物と組み合わせて投与することができる。
一態様では、本開示は、Ｔｒｅｇ誘導細菌株（ＶＥ２０２またはＶＥ３０３など）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（Ｅ．ｃｏｌｉ（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ））及び／またはＦｕｓｏｂａｃｔｉｕｍ種（例えば、Ｆｕｓｏｂａｃｔｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）など）を含む組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれも、例えば、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ ．Ｎａｔｕｒｅ，（２０１３）５００：２３２－２３６に記載されている１７細菌株のＴｒｅｇ誘導組成物であるＶＥ－２０２と組み合わせて投与することができる。ＶＥ－２０２の１７細菌株は、以下の種によって表される：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種 ＭＬＧ０５５、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種 ＩＤ８、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ、及びＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４。ＶＥ－２０２細菌のサブセットもまた、Ｔｒｅｇ細胞を誘導することができることを理解されたい。Ｔｒｅｇ細胞を誘導するＶＥ２０２のサブセットの例は、例えば、Ａｔａｒａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ，（２０１３）５００：２３２－２３６及び対応する補足情報に見られる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれも、ＰＣＴ国際公開ＷＯ２０１６／２０９８０６に記載の細菌組成物のいずれかと組み合わせて投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれかは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ国際公開ＷＯ２０１９／０９４８３７に記載の細菌組成物のいずれかと組み合わせて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれかは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ国際公開ＷＯ２０１９／１１８５１５に記載の細菌組成物のいずれかと組み合わせて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれかは、３６細菌株の組成物（例えば、図４及び５に示される３６－ｍｉｉｘ）と組み合わせて投与される。
本明細書で使用される場合、「調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積を誘導する」という句は、未成熟Ｔ細胞の調節性Ｔ細胞への分化を誘導する効果を指し、その分化は調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積をもたらす。さらに、「調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積を誘導する」の意味には、インビボ効果、インビトロ効果、及び／またはエクスビボ効果が含まれる。いくつかの実施形態では、調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積は、例えばフローサイトメトリーによって、調節性Ｔ細胞（例えば、Ｆｏｘｐ３及びＣＤ４）のマーカーを発現する細胞の数を検出及び／または定量化することによって評価することができる。いくつかの実施形態では、調節性Ｔ細胞の増殖及び／または蓄積は、サイトカイン（例えば、ＩＬ－１０）の産生などの調節性Ｔ細胞の活性を決定することによって評価されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のいずれかも、Ｔｈ１７細胞の蓄積及び／または増殖を誘導する組成物と組み合わせて投与することができ、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ国際公開ＷＯ２０１５／１５６４１９に開示されている組成物を参照されたい。
いくつかの実施形態では、生きた細菌産物を抑制することはまた、対象の微生物叢を再生息させる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物投与前の対象（または、対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上、増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上、増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物の投与前の対象（または対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１０％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。
Ｔｒｅｇ細胞の誘導とそれに対応する病原菌の除菌とは複雑に関連している。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を投与する前の対象（または対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、１％～２０％、２％～１９％、３％～１７％、４％～１６％、４％～１５％、５％～１５％、６％～１４％、７％～１３％、８％～１２％、５％～１０％、５％～１５％、１０％～１５％、または８％～１５％増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の増殖及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の量と比較して、１％～２０％、２％～１９％、３％～１７％、４％～１６％、４％～１５％、５％～１５％、６％～１４％、７％～１３％、８％～１２％、５％～１０％、５％～１５％、１０％～１５％、または８％～１５％増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、対象の特定の部位（例えば、胃腸管）での調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の活性が増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を投与する前の対象（例えば、対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、１０４倍、１０５倍、またはそれ以上増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を投与する前の対象（例えば、対象の特定の部位）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の活性が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）における調節性Ｔ細胞の活性と比較して、少なくとも５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１２５％、１５０％、またはそれ以上増加する。
調節性Ｔ細胞（例えば、総Ｔｒｅｇまたは病原菌特異的Ｔｒｅｇ）の存在量は、例えば、調節性Ｔ細胞（例えば、ＦｏｘＰ３）を示す細胞マーカーを検出すること、調節性Ｔ細胞の直接的または間接的な活性を評価すること、及び／または調節性Ｔ細胞（例えば、ＩＬ－１０）によって産生される１つ以上のサイトカインの産生を測定することによって、当該技術分野で既知の任意の方法によって評価することができる。
本明細書に記載のいくつかの態様の組成物及び方法により、短鎖脂肪酸の産生（例えば、対象の胃腸管におけるもの）が増加する。いくつかの実施形態では、本方法には、対象に、短鎖脂肪酸を産生する細菌株を含む１つ以上の組成物を投与することを伴う。ＳＣＦＡは、健康な対象（例えば、病原菌感染を有しない対象）に豊富に存在し、病原菌感染（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染及びｒＣＤＩ）を有する対象において減少する。糞便物質移植（ＦＭＴ）により、ｒＣＤＩ後のＳＣＦＡが増加することが示されている（Ｓｅｅｋａｔｚ，ｅｔ ａｌ．，２０１８）５３：６４－７３）。
消化管で産生されるＳＣＦＡは、腸内微生物叢と宿主生物との間のシグナル伝達分子として機能すると考えられており、このＳＣＦＡは、宿主の局所代謝、中間代謝、及び末梢代謝において役割を果たす。例えば、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｇｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｅｓ（２０１６）７（３）：１８９－２００を参照されたい。いくつかの実施形態では、損傷した腸内粘膜バリアは、ＳＣＦＡを提供することによって修復することができる。
ＳＣＦＡの例には、ギ酸、酢酸、酪酸、イソ酪酸、吉草酸、またはイソ吉草酸が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは酪酸（酪酸（ｂｕｔｙｒａｔｅ））である。
ＳＣＦＡの産生とそれに対応する病原菌の除菌とは複雑に関連している。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、ＳＣＦＡ（例えば、総ＳＣＦＡまたは病原菌特異的ＳＣＦＡ）の産生及び／または蓄積が、本組成物を投与する前の対象（または対象の特定の部位）におけるＳＣＦＡの量と比較して、１％～２０％、２％～１９％、３％～１７％、４％～１６％、４％～１５％、５％～１５％、６％～１４％、７％～１３％、８％～１２％、５％～１０％、５％～１５％、１０％～１５％、または８％～１５％増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与により、ＳＣＦＡ（例えば、総ＳＣＦＡまたは病原菌特異的ＳＣＦＡ）の産生及び／または蓄積が、本組成物を受けなかった別の対象（例えば、参照対象）におけるＳＣＦＡの量と比較して、１％～２０％、２％～１９％、３％～１７％、４％～１６％、４％～１５％、５％～１５％、６％～１４％、７％～１３％、８％～１２％、５％～１０％、５％～１５％、１０％～１５％、または８％～１５％増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物及び方法は、対象の胃腸管で産生されるＳＣＦＡの量の増加をもたらす。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本明細書に記載の組成物の投与後に、１０倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本明細書に記載の組成物の投与後に、２０倍～２５０倍増加する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本明細書に記載の組成物の投与後に、１００倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、本明細書に記載の組成物の投与後に、少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍増加する。
いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酪酸を含む。いくつかの実施形態では、酪酸のレベル（例えば、対象の胃腸管における）は、本明細書に記載の組成物の投与後に、１０倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、酪酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、２０倍～２５０倍増加する。いくつかの実施形態では、酪酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、１００倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、酪酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍増加する。
いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、プロピオン酸を含む。いくつかの実施形態では、プロピオン酸のレベル（例えば、対象の胃腸管における）は、本明細書に記載の組成物の投与後に、１０倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、プロピオン酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、２０倍～２５０倍増加する。いくつかの実施形態では、プロピオン酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、１００倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、プロピオン酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍増加する。
いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、酢酸を含む。いくつかの実施形態では、酢酸のレベル（例えば、対象の胃腸管における）は、本明細書に記載の組成物の投与後に、１０倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、酢酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、２０倍～２５０倍増加する。いくつかの実施形態では、酢酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、１００倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、酢酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍増加する。
いくつかの実施形態では、ＳＣＦＡは、ギ酸を含む。いくつかの実施形態では、酢酸のレベル（例えば、対象の胃腸管における）は、本明細書に記載の組成物の投与後に、１０倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、ギ酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、２０倍～２５０倍増加する。いくつかの実施形態では、ギ酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、１００倍～５００倍増加する。いくつかの実施形態では、ギ酸のレベルは、本明細書に記載の組成物の投与後に、少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、または５００倍増加する。
いくつかの実施形態では、対象は、病原菌に感染している。いくつかの実施形態では、対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染（ＣＤＩ）を有する。いくつかの実施形態では、ＣＤＩは再発性（ｒＣＤＩ）である。ｒＣＤＩは、同じ対象で複数回発生するＣＤＩであり、対象の腸内微生物叢における短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の減少、一次胆汁酸の増加、及び二次胆汁酸の減少と関連している。
胆汁酸は、油脂をミセルに変える界面活性剤として作用することにより、食物油脂の消化を可能にするステロイド酸である。胆汁酸は、ファルネソイドＸ受容体及びＧＢＰＡＲ１を利用するホルモンとしても作用する。一次胆汁酸は、肝臓でコレステロールから合成され、分泌前にタウリンまたはグリシンのいずれかと複合体化する。一次胆汁酸が腸の内腔に分泌されると、細菌は部分的に脱ヒドロキシル化してグリシンまたはタウリン基を除去し、二次胆汁酸を形成する。
一次胆汁酸の非限定的な例は、コール酸（ＣＡ）、ケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）、グリココール酸（ＧＣＡ）、グリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ）、グリコデオキシコール酸（ＧＤＣＡ）、タウロコール酸（ＴＣＡ）、及びタウロケノデオキシコール酸（ＴＣＤＣＡ）である。二次胆汁酸の非限定的な例は、デオキシコール酸（ＤＣＡ）、リトコール酸（ＬＣＡ）、ウルソデオキシコール酸（ＵＤＣＡ）、タウロデオキシコール酸（ＴＤＣＡ）、タウロリトコール酸（ＴＬＣＡ）、及びタウロウルソデオキシコール酸（ＴＵＤＣＡ）である。
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染及びｒＣＤＩは、一次胆汁酸の増加及び二次胆汁酸の減少と関連している。糞便物質移植（ＦＭＴ）後は、一次胆汁酸が減少し、二次胆汁酸が増加する（Ｓｅｅｋａｔｚ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｅｒｏｂｅ （２０１８）５３：６４－７３）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細菌株または医薬組成物の投与により、一次胆汁酸が減少し、及び／または二次胆汁酸が増加する。
いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０分の１～１００，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０分の１～１，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２０分の１～１０，０００分の１に低下する。いくつかの実施形態では、一次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０分の１、１００分の１、２００分の１、３００分の１、４００分の１、５００分の１、６００分の１、７００分の１、８００分の１、９００分の１、１，０００分の１、１０，０００分の１、２０，０００分の１、３０，０００分の１、４０，０００分の１、５０，０００分の１、６０，０００分の１、７０，０００分の１、８０，０００分の１、９０，０００分の１、または１００，０００分の１に低下する。
いくつかの実施形態では、二次胆汁酸塩のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０倍～１０，０００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０倍～１，０００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、２０倍～１００倍に上昇する。いくつかの実施形態では、二次胆汁酸のレベルは、本細菌株または医薬組成物の投与後に、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、６００倍、７００倍、８００倍、９００倍、１，０００倍、２，０００倍、３，０００倍、４，０００倍、５，０００倍、６，０００倍、７，０００倍、８，０００倍、９，０００倍、または１，０００倍に上昇する。
一般に、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）は、６個以下の炭素原子を含有する脂肪酸である。これらは、食物繊維が腸で発酵されるときに産生される。ＳＣＦＡの非限定的な例としては、ヘキサン酸、ペンタン酸、酪酸、プロピオン酸、酢酸、及びギ酸が挙げられる。ＳＣＦＡは、脂質消化後に門脈において主に吸収され、脂質、エネルギー、及びビタミンの産生に影響を与え得る。さらに、ＳＣＦＡは、病原菌（例えば、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の感染を防止するために、腸上皮細胞膜の完全性を維持する上で重要な役割を果たす。
一態様では、本開示は、本医薬組成物の複数回用量の投与を含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）と、それに続く本医薬組成物の複数回用量の投与を含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着（生着）が増強される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回投与の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の回復が増強される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の存在量が増加される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが定着した対象の数が増加する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の耐久性の定着（例えば、最大６か月）がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべての耐久性の定着（例えば、６か月）がもたらされる。さらに、複数回用量の投与により、記載された結果の組み合わせが生じてもよいことを理解されたい。このため、例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着（生着）が増加し、かつその回復速度が増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物の複数回用量の投与により、本医薬組成物の単回用量の投与と比較して、本医薬組成物の１つ以上の細菌株の定着（生着）が増強される。本医薬組成物の複数回用量の投与により、定着（生着）が増強し、本医薬組成物の細菌株のそれぞれの存在量が増加し得る。いくつかの実施形態では、本医薬組成物の単回用量の投与により、本医薬組成物の複数回用量の投与と同じまたは同様のレベルの生着（例えば、全細菌）がもたらされるが、生着は、本医薬組成物の１つの細菌株または細菌株のサブセットのみによって占められ得る。
本明細書に記載の方法のうちのいずれも、本明細書に記載の医薬組成物を投与する前に、対象に抗生物質を投与することをさらに伴ってもよい。いくつかの実施形態では、抗生物質は、バンコマイシン、フィダキソマイシン、またはリジニラゾールである。本明細書に提供される方法のいずれにも使用され得る抗生物質の非限定的な例としては、セファロスポリン抗生物質、セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフトビプロール、クリンダマイシン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セファゾリン、セフォペラゾン、セフロキシム、セフメタゾール、フルオロキノロン、シプロフロキサシン、レバキン、フロキシン、テキン、アベロックス、ノルフロックス、テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、ドキシサイクリン、アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキシリン、ベンジルペニシリン、カルベニシリン、バンコマイシン、及びメチシリン、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、メロペネム、クラブラン酸塩、タゾバクタム、ピペラシリン、セフトリアキソン、セフォタキシム、セファゾリン、フルオロキノロン、イミペネム、メロペネム、メトロニダゾール、フィダキソミキシン（ｆｉｄａｘｏｍｙｘｉｎ）、またはリジニラゾールが挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のうちのいずれも、本明細書に記載の医薬組成物を投与する前に、対象にバンコマイシンを投与することをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することを含まない。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載の医薬組成物の投与前にバンコマイシンを対象に投与することを含まない。バンコマイシンの投与は、ヒトの腸内微生物叢の組成を改変することがわかっている。例えば、Ｒｅｉｊｎｄｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ（２０１６）２４（１）：６３－７２を参照されたい。特定の理論に拘束されることを望まないが、バンコマイシンの投与により、例えば胃腸管に存在する他の微生物を除去することで、本明細書に記載の医薬組成物の細菌株（複数可）の生着が助けられ得ると考えられる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、単回用量として、対象に１回投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、複数回用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、少なくとも２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量で対象に投与される。抗生物質（例えば、バンコマイシン）の複数回用量は、本明細書に記載の医薬組成物うちのいずれかを投与する前に、一定の間隔で対象に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の複数回用量の各々は、連続した日に投与される（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、またはそれ以上の間連続して、対象に投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、３日間連続して各日対象に投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、５日間連続して各日対象に投与した。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、７日間連続して各日対象に投与した。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、対象に１日間投与した。本明細書に記載の実施形態のうちのいずれにおいても、対象は、第１の抗生物質の１回以上の用量、続いて第２の抗生物質の１回以上の用量を投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の処置レジメンにおける第１の投与は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の最終用量の投与と同じ日に投与される。いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の処置レジメンにおける第１の投与は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の最終用量の投与の翌日に投与される。いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の処置レジメンにおける第１の投与は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の最終用量の投与の２日後に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の最終用量と本医薬組成物の第１の用量との間に休薬日を見越す。いくつかの実施形態では、単回用量、または複数回用量の処置レジメンにおける第１の用量は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の最終用量の投与の３日、４日、５日、６日、１０日、またはそれ以上の後に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の最終用量と本医薬組成物の第１の用量との間に複数の休薬日を見越す。
抗生物質（例えば、バンコマイシン）の各用量は、同じ量の抗生物質であっても、異なる量の抗生物質であってもよい。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、本明細書に記載の医薬組成物の細菌株のうちの１つ以上の定着を可能にするのに十分な量で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１日あたり約５０ｍｇ～１ｇ、１００ｍｇ～７５０ｍｇ、１００ｍｇ～５００ｍｇ、２００ｍｇ～７５０ｍｇ、２００ｍｇ～５００ｍｇ、３００ｍｇ～７５０ｍｇ、３００ｍｇ～５００ｍｇ、１００ｍｇ～４００ｍｇ、１００ｍｇ～３００ｍｇ、１００ｍｇ～２００ｍｇ、２００ｍｇ～４００ｍｇ、２００ｍｇ～３００ｍｇ、または４５０ｍｇ～５５０ｍｇの抗生物質を投与される。当業者には理解されるように、１日あたりの対象に投与されるバンコマイシンの総量は、単回用量で投与されても、合計すると１日あたりの抗生物質の総量となる複数回用量にわたって投与されてもよい。
いくつかの例では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与前に、１日あたり約５００ｍｇのバンコマイシンを投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり５００ｍｇのバンコマイシンが単回用量（例えば、５００ｍｇ）で投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり５００ｍｇのバンコマイシンは、合計すると１日あたり５００ｍｇのバンコマイシンとなる複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）で投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンの４回用量で投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に１日間投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に２日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に３日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に４日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に５日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に６日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に７日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に８日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に９日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、５００ｍｇのバンコマイシンは、対象に１０日間毎日投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与前に、１日あたり約２５０ｍｇのバンコマイシンを投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり２５０ｍｇのバンコマイシンが単回用量（例えば、２５０ｍｇ）で投与される。いくつかの実施形態では、１日あたり２５０ｍｇのバンコマイシンは、合計すると１日あたり２５０ｍｇのバンコマイシンとなる複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）で投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンの２回用量で投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に１日間投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に２日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に３日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に４日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に５日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に６日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に７日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に８日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に９日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、２５０ｍｇのバンコマイシンは、対象に１０日間毎日投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与前に、１日あたり約１２５ｍｇのバンコマイシンを投与される。いくつかの実施形態では、この１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンは、単回用量（例えば、１２５ｍｇ）で投与される。いくつかの実施形態では、この１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンは、合計すると１日あたり１２５ｍｇのバンコマイシンとなる複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）で投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に１日間投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に２日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に３日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に４日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に５日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に６日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に７日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に８日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に９日間毎日投与される。いくつかの実施形態では、１２５ｍｇのバンコマイシンは、対象に１０日間毎日投与される。
いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の抗生物質を対象に投与し、続いて本細菌組成物のうちのいずれかを１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、または少なくとも１０回以上対象に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、１つ以上の抗生物質を対象に投与し、続いて、本明細書に記載の細菌組成物のうちのいずれかを、２週間ごと、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、またはそれ以上など、一定の間隔で、複数回用量で、対象に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの１回用量が投与され、本組成物の第２の用量が翌日（例えば、連続した日）に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかの１用量が投与され、本組成物の追加用量の各々が連続する日に投与される（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
一態様では、本開示は、１つ以上の抗生物質を対象に投与し、続いて細菌組成物のいずれかを医薬組成物の複数の１日用量として投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、またはそれ以上の間、毎日投与される。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、漸減パルスレジームに従って投与される。例えば、Ｓｉｒｂｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ（２０１７）６５：１３９６－１３９９を参照されたい。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）は、本明細書に記載の医薬組成物の投与の少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、またはそれ以上前に、対象に投与される。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）の投与は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの投与の少なくとも１日（例えば、１日、２日、３日、４日、５日、またはそれ以上）前に終了される。
いくつかの実施形態では、追加の抗生物質が、本明細書に提供されるバンコマイシンレジームと組み合わせて投与される。
いくつかの実施形態では、バンコマイシン用量または投与レジメンのいずれかを、本明細書に提供される医薬組成物用量または投与レジメンのいずれかと組み合わせてもよいことを理解されたい。
一態様では、本開示は、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本明細書に提供される医薬組成物を投与することを含む方法を提供し、ここでは、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与した後で、本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与する。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量（生着）が増加する。いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで（例えば、最大６か月）、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の定着の期間が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が１０～１００倍（例えば、最初の４８時間以内）増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、抗生物質を投与せずに医薬組成物を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが微生物叢に存在する対象の数（量）がより大きくなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量（生着）が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の対象の微生物叢における細菌株の存在量（生着）が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が増加する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の初期量の生着速度が増加する。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量がより高くなる。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、対象の微生物叢における本医薬組成物の細菌株の存在量がより高くなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてが微生物叢に存在する対象の数（量）がより大きくなる。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、本医薬組成物の細菌株のすべてを微生物叢に有する対象の数（量）がより大きくなる。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に提供される医薬組成物の投与を含む方法を提供し、ここでは、本医薬品の複数回用量を投与することで、本医薬組成物の単回用量を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。
いくつかの実施形態では、抗生物質（例えば、バンコマイシン）を投与し、続いて本医薬組成物の単回用量または複数回用量を投与することで、医薬組成物を投与せずに抗生物物質（例えば、バンコマイシン）を投与した場合と比較して、微生物叢の回復が加速する（例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの細菌種が増加し、及び／またはＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａが減少する）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法には、本明細書に記載の組成物を投与する前に、対象を腸洗浄（腸潅注、全腸潅注、胃腸洗浄、胃洗浄）に供することが伴ってもよい。いくつかの実施形態では、腸洗浄は、対象の胃腸管から微生物叢を除去するかまたは除去するのを助け、本明細書に記載の組成物の細菌株のためにニッチを創出できる。いくつかの実施形態では、腸洗浄は、経口腸洗浄であっても経直腸腸洗浄であってもよい。
腸洗浄を行う方法は当該技術分野で既知であり、これには、概して、ポリエチレングリコールまたは平衡電解質溶液などの大量の溶液の急速な投与が伴う。経直腸腸洗浄には、本医薬組成物を含む溶液または坐剤の投与が伴い得る。腸洗浄は、医師の監督下で、入院中に、または自宅で行われ得る。
本組成物で構成される医薬組成物及び食品を含む、本明細書に記載の組成物のいずれかは、任意の形態で、例えば、溶液または懸濁液などの水性形態、半固体形態に包埋された形態、粉末形態または凍結乾燥形態で細菌株を含有することができる。いくつかの実施形態では、本組成物または本組成物の細菌株は凍結乾燥される。いくつかの実施形態では、組成物における細菌株のサブセットが凍結乾燥される。組成物、特に細菌を含む組成物を凍結乾燥する方法は、当該技術分野で周知である。例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第３，２６１，７６１号、同第４，２０５，１３２号、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ２０１４／０２９５７８号、及び同第ＷＯ２０１２／０９８３５８号を参照されたい。細菌は組み合わせとして凍結乾燥されてもよく、及び／または細菌は別々に凍結乾燥され、投与前に組み合わされてもよい。細菌株を、他の細菌株と組み合わせる前に医薬品賦形剤と組み合わせてもよく、または複数の凍結乾燥した細菌を、凍結乾燥形態にある間に組み合わせてもよく、この細菌の混合物を、組み合わせた時点で、続いて医薬品賦形剤と組み合わせてもよい。いくつかの実施形態では、細菌株は、凍結乾燥ケークである。いくつかの実施形態では、１つ以上の細菌株を含む組成物は、凍結乾燥ケークである。
いくつかの実施形態では、医薬組成物及び食品を含む、本組成物の細菌株のうちの１つ以上は、噴霧乾燥されている。いくつかの実施形態では、細菌株のサブセットが噴霧乾燥される。噴霧乾燥のプロセスは、細菌組成物を含む液体から乾燥粉末を作成することを指す（例えば、Ｌｅｄｅｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｐｒａｙ Ｄｒａｙｉｎｇ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ｉｎ"Ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ ａｎｄ Ｖａｃｃｉｎｅｓ"２７３－２９４，Ｓｐｒｉｎｇｅｒを参照されたい）。概して、本プロセスには、細菌組成物を高温ガスで急速に乾燥させることが伴う。細菌株を、他の細菌株と組み合わせる前に医薬品賦形剤と組み合わせてもよく、または複数の噴霧乾燥した細菌を、噴霧乾燥形態にある間に組み合わせてもよく、この細菌の混合物を、組み合わせた時点で、続いて医薬品賦形剤と組み合わせてもよい。
組成物の細菌株は、当該技術分野で周知の発酵技法を使用して製造することができる。いくつかの実施形態では、有効成分は、嫌気性細菌種の急速な増殖を支援することができる嫌気性発酵槽を使用して製造する。嫌気性発酵槽は、例えば、撹拌槽型反応器または使い捨て波動バイオリアクターであってもよい。ＢＬ培地及びＥＧ培地などの培養培地、または動物成分を含まないこれらの培地の類似版を使用して、細菌種の増殖を支援することができる。細菌産物は、遠心分離及び濾過などの従来の技法によって発酵ブロスから精製及び濃縮することができ、任意選択で、当該技術分野で周知の技法によって乾燥及び凍結乾燥することができる。
いくつかの実施形態では、細菌株の組成物は、医薬組成物として投与するために製剤化されてもよい。本明細書で使用される「医薬組成物」という用語は、本明細書に記載の精製された細菌株のうちのいずれか２つ以上などの少なくとも１つの有効成分と、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤を含んでもよい１つ以上の不活性成分との混合または組み合わせから生じる産物を意味する。
「許容される」賦形剤は、有効成分と適合性でなければならず、かつそれが投与される対象にとって有害であってはならない賦形剤を指す。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される賦形剤は、組成物の意図される投与経路に基づいて選択され、例えば、経口または経鼻投与のための組成物は、直腸投与のための組成物とは異なる薬学的に許容される賦形剤を含み得る。賦形剤の例には、滅菌水、生理食塩水、溶剤、基材、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香料、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張性調整剤、緩和剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、潤滑剤、着色剤、甘味料、増粘剤、及び可溶化剤が挙げられる。
本明細書に開示される医薬組成物は、当該技術分野で周知であり日常的に実施されている方法に従って調製することができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．２０ｔｈ ｅｄ．２０００を参照されたい）。本明細書に記載の医薬組成物は、凍結乾燥製剤または水溶液の形態にある任意の担体または安定剤をさらに含んでもよい。許容される賦形剤、担体、または安定剤には、例えば、緩衝液、抗酸化剤、防腐剤、ポリマー、キレート試薬、及び／または界面活性剤が含まれてもよい。医薬組成物は、好ましくは、ＧＭＰ条件下で製造される。本医薬組成物は、経口、経鼻、または非経口的に使用でき、例えば、カプセル剤、錠剤、丸薬、サシェ剤、液剤、粉末剤、顆粒剤、細顆粒剤、フィルムコーティング製剤、ペレット剤、トローチ剤、舌下製剤、チュアブル剤、口腔製剤、ペースト剤、シロップ剤、懸濁液、エリキシル剤、エマルション剤、リニメント剤、軟膏剤、石膏剤、パップ剤、経皮吸収システム剤、ローション剤、吸入剤、エアロゾル剤、注射剤、坐薬剤などの形態で使用することができる。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、静脈内、筋肉内、皮下、または皮内投与などによる注射によって使用することができる。
いくつかの実施形態では、細菌株を含む本組成物は、腸（例えば、小腸及び／または結腸）への送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、細菌株を含む本組成物は、胃内の過酷な環境での細菌の生存を増加させる腸溶性コーティングを用いて製剤化される。腸溶性コーティングは、胃内の胃液の作用に抵抗して、その中の組成物の細菌が胃を通過して腸に入るようにするコーティングである。腸溶性コーティングは、腸液と接触すると、コーティングに封入された細菌が腸管に放出されるように容易に溶解してもよい。腸溶性コーティングは、市販のＥＵＤＲＡＧＩＴ（Ｅｖｏｎｉｋ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ）などの当該技術分野で周知のポリマー及びコポリマーから構成され得る。（例えば、Ｚｈａｎｇ，ＡＡＰＳ ＰｈａｒｍＳｃｉＴｅｃｈ，（２０１６），１７（１）：５６－６７を参照されたい）。
細菌株を含む本組成物はまた、腸（例えば、結腸）への直腸送達のために製剤化されてもよい。したがって、いくつかの実施形態では、細菌を含む組成物は、坐剤、結腸内視鏡検査、内視鏡検査、Ｓ状結腸鏡検査、または浣腸による送達のために製剤化されてもよい。医薬調製物または製剤、及び特に経口投与用医薬調製物は、本開示の組成物の腸（例えば、結腸）への効率的な送達を可能にする追加の成分を含んでもよい。腸（例えば、結腸）への組成物の送達を可能にする様々な医薬調製物を使用することができる。その例には、ｐＨ感受性組成物、より具体的には、腸溶性ポリマーが胃を通過した後にｐＨがアルカリ性になるとそれらの内容物を放出する緩衝サシェ製剤または腸溶性ポリマーが挙げられる。ｐＨ感受性組成物が医薬調製物の製剤化に使用される場合、ｐＨ感受性組成物は、好ましくは、組成物の分解のｐＨ閾値が約６．８～約７．５であるポリマーである。このような数値範囲は、胃の遠位部分でｐＨがアルカリ側にシフトする範囲であり、したがって、結腸への送達に使用するのに好適な範囲である。さらに、腸の各部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸、及び直腸）は、異なる生化学的及び化学的環境を有することを理解されたい。例えば、腸の一部は異なるｐＨを有しているため、特定のｐＨ感受性を有する組成物による標的化された送達が可能となる。したがって、本明細書に提供される組成物は、適切なｐＨ感受性を有する製剤を提供することにより、腸または腸の特定の部分（例えば、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸、及び直腸）への送達のために製剤化されてもよい。（例えば、Ｖｉｌｌｅｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｐｈａｒｍ ２０１５，４８７（１－２）：３１４－９を参照されたい）。
腸（例えば、結腸）への組成物の送達に有用な医薬調製物の別の実施形態は、内容物（例えば、細菌株）の放出を小腸通過時間に対応する約３～５時間遅延させることによって、結腸への送達を確実にするものである。遅延放出のための医薬調製物の一実施形態では、ヒドロゲルがシェルとして使用される。ヒドロゲルは、胃腸液と接触すると水和して膨潤し、その結果、内容物が効果的に放出される（主に結腸で放出される）。遅延放出投与単位は、投与される薬物または有効成分をコーティングまたは選択的にコーティングする材料を有する薬物含有組成物を含む。そのような選択的コーティング材料の例には、インビボ分解性ポリマー、漸次加水分解性ポリマー、漸次水溶性ポリマー、及び／または酵素分解性ポリマーが挙げられる。放出を効率的に遅延させるための多種多様なコーティング材料が利用可能であり、これらには、例えば、ヒドロキシプロピルセルロースなどのセルロース系ポリマー、メタクリル酸ポリマー及びコポリマーなどのアクリル酸ポリマー及びコポリマー、ならびにポリビニルピロリドンなどのビニルポリマー及びコポリマーが含まれる。
腸（例えば、結腸）への送達を許容する医薬組成物の追加の例には、結腸粘膜に特異的に付着する生体接着性組成物（例えば、米国特許第６．３６８．５８６号の明細書に記載されているポリマー）、及び特に胃腸管内の生物医薬調製物をプロテアーゼの活性に起因する分解から保護するためにプロテアーゼ阻害剤が組み込まれている組成物が挙げられる。
腸（例えば、結腸）への送達を可能にするシステムの別の例は、胃の遠位部分での細菌発酵におけるガスの発生によって引き起こされる圧力変化を利用することによって内容物を放出させるような圧力変化によって、組成物を結腸に送達するシステムである。このようなシステムは特に限定されるものではなく、そのより具体的な例は、内容物が坐剤ベースに分散しており、疎水性ポリマー（例えば、エチルセルロース）でコーティングされたカプセルである。
腸（例えば、結腸）への組成物の送達を可能にするシステムのさらなる例は、例えば炭水化物加水分解酵素または炭水化物還元酵素などの胃腸（例えば、結腸）に存在する酵素によって除去され得るコーティングを含む組成物である。このようなシステムは特に限定されるものではなく、そのより具体的な例には、非デンプン性多糖類、アミロース、キサンタンガム、及びアゾポリマーなどの食品成分を使用するシステムが含まれる。
本明細書に提供される組成物はまた、開口部（例えば、鼻腔チューブ）を介したまたは手術を介した送達によって、腸などの特定の標的領域に送達することができる。加えて、特定の領域（例えば、盲腸または結腸）への送達のために製剤化される本明細書に提供される組成物は、チューブ（例えば、直接小腸に入れる）によって投与してもよい。チューブなどの機械的送達方法を、ｐＨ特異的コーティングなどの化学的送達方法と組み合わせると、本明細書に提供される組成物を所望の標的領域（例えば、盲腸または結腸）に送達することが可能になる。
細菌株を含む組成物は、当業者に既知である従来の方法によって、薬学的に許容される剤形に製剤化される。投薬レジメンは、最適な所望の応答（例えば、予防的または治療的効果）を提供するように調整される。いくつかの実施形態では、組成物の剤形は、錠剤、丸薬、カプセル剤、粉末剤、顆粒剤、溶液剤、または坐剤である。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、経口投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、組成物の細菌またはその一部が対象の胃を通過した後も生存し続けるように製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、例えば坐剤として、直腸投与のために製剤化される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、適切なコーティング（例えば、ｐＨ特異的コーティング、標的領域特異的酵素によって分解され得るコーティング、または標的領域に存在する受容体に結合することができるコーティング）を提供することによって、腸または腸の特定の領域（例えば、結腸）への送達のために製剤化される。
本明細書に開示される医薬組成物の有効成分の投与量は、対象に対して毒性であるまたは有害作用を有することなく、特定の対象、組成物、及び投与様式について所望の薬学的応答を達成するのに有効な有効成分の量を得るように変化させることができる。選択される用量レベルは、用いられる特定の組成物の活性、投与経路、投与時間、処置期間、用いられる特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物、及び／または材料、処置される対象の年齢、性別、体重、状態、一般的な健康、及び以前の病歴、ならびに同様の要因を含むさまざまな要因に依存する。
医師、獣医、または他の訓練を受けた施術者は、所望の治療効果を達成するのに必要なレベルよりも低いレベルで本医薬組成物の投薬を開始し、所望の効果が達成されるまで投薬量を徐々に増加させることができる。一般に、本明細書に記載される人々の群の予防的または治療的処置のための組成物の有効用量は、投与経路、対象の生理学的状態、対象がヒトであるか動物であるか、投与される他の薬剤、及び所望の治療効果を含む多くの異なる要因に応じて変化する。安全性及び有効性を最適化するために、投薬量を滴定する必要がある。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、本明細書に記載される組成物のうちのいずれかの用量の経口投与を必要とする。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、本明細書に記載される組成物のうちのいずれかの複数回用量の経口投与を必要とする。いくつかの実施形態では、組成物は、対象に、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、または少なくとも１０回、経口投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかは、対象に、２週間ごと、毎月、２か月ごと、３か月ごと、４か月ごと、５か月ごと、６か月ごと、またはそれ以上などの一定の間隔で、複数回用量で投与する。
本明細書に開示される医薬組成物を含む組成物には、選択された細菌株を含む組成物が含まれる。医薬組成物を含む組成物における細菌株の各々の細菌の量を含む細菌の量は、重量、細菌の数、及び／またはＣＦＵ（コロニー形成単位）で表され得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３個、またはそれ以上の各細菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３個、またはそれ以上の総細菌を含む。細菌株の各々の細菌が異なる量で存在してもよいことをさらに理解されたい。このため、例えば、非限定的な例として、組成物は、１０３の細菌Ａ、１０４の細菌Ｂ、及び１０６の細菌Ｃを含んでもよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、またはそれ以上のＣＦＵの細菌株の各々を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、組み合わせた細菌株のすべてについて、合計で約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、またはそれ以上のＣＦＵを含む。上で考察したように、細菌株の各々の細菌は、異なる量で存在してもよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、本組成物中の細菌株の各々の細菌を、投薬量あたり、約１０－７、約１０－６、約１０－５、約１０－４、約１０－３、約１０－２、約１０－１、またはそれ以上のグラムで含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、組み合わせた細菌株のすべてについて、合計で約１０－７、約１０－６、約１０－５、約１０－４、約１０－３、約１０－２、約１０－１、またはそれ以上のグラムの細菌を含む。
いくつかの実施形態では、投薬量は、１つの投与手段（例えば、錠剤、丸薬、またはカプセル剤）である。いくつかの実施形態において、投薬量は、一度に投与される量であり、これは、複数の投与手段（例えば、複数の錠剤、丸薬、またはカプセル剤）の形態であってもよい。いくつかの実施形態では、投薬量は、特定の期間（例えば、１日または１週間）で投与される量である。
本明細書に記載されるように、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、単回投与として１回投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、複数回用量で投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、１つ以上のカプセル剤の形態で投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、複数のカプセルの投与を含む。いくつかの実施形態では、各用量は、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、またはそれ以上のカプセルの形態で投与される。
いくつかの実施形態では、各カプセルは、カプセルあたり、１０～１０１３個、１０２～１０１３個、１０３～１０１３個、１０４～１０１３個、１０５～１０１３個、１０６～１０１３個、１０７～１０１３個、１０８～１０１３個、１０９～１０１３個、１０１０～１０１３個、１０１１～１０１３個、１０１２～１０１３個、１０～１０１２個、１０２～１０１２個、１０３～１０１２個、１０４～１０１２個、１０５～１０１２個、１０６～１０１２個、１０７～１０１２個、１０８～１０１２個、１０９～１０１２個、１０１０～１０１２個、１０１１～１０１２個、１０～１０１１個、１０２～１０１１個、１０３～１０１３個、１０４～１０１３個、１０５～１０１３個、１０６～１０１３個、１０７～１０１１個、１０８～１０１１個、１０９～１０１１個、１０１０～１０１１個、１０～１０１０個、１０２～１０１０個、１０３～１０１０個、１０４～１０１０個、１０５～１０１０個、１０６～１０１０個、１０７～１０１０個、１０８～１０１０個、１０９～１０１０個、１０～１０９個、１０２～１０９個、１０３～１０９個、１０４～１０９個、１０５～１０９個、１０６～１０９個、１０７～１０９個、１０８～１０９個、１０～１０８個、１０２～１０８個、１０３～１０８個、１０４～１０８個、１０５～１０８個、１０６～１０８個、１０７～１０８個、１０～１０７個、１０２～１０７個、１０３～１０７個、１０４～１０７個、１０５～１０７個、１０６～１０７個、１０～１０６個、１０２～１０６個、１０３～１０６個、１０４～１０６個、１０５～１０６個、１０～１０５個、１０２～１０５個、１０３～１０５個、１０４～１０５個、１０～１０４個、１０２～１０４個、１０３～１０４個、１０～１０３個、１０２～１０３個、または１０～１０２個の細菌株の各々を含む。
いくつかの実施形態では、各カプセルは、カプセルあたり、１０～１０１３個、１０２～１０１３個、１０３～１０１３個、１０４～１０１３個、１０５～１０１３個、１０６～１０１３個、１０７～１０１３個、１０８～１０１３個、１０９～１０１３個、１０１０～１０１３個、１０１１～１０１３個、１０１２～１０１３個、１０～１０１２個、１０２～１０１２個、１０３～１０１２個、１０４～１０１２個、１０５～１０１２個、１０６～１０１２個、１０７～１０１２個、１０８～１０１２個、１０９～１０１２個、１０１０～１０１２個、１０１１～１０１２個、１０～１０１１個、１０２～１０１１個、１０３～１０１３個、１０４～１０１３個、１０５～１０１３個、１０６～１０１３個、１０７～１０１１個、１０８～１０１１個、１０９～１０１１個、１０１０～１０１１個、１０～１０１０個、１０２～１０１０個、１０３～１０１０個、１０４～１０１０個、１０５～１０１０個、１０６～１０１０個、１０７～１０１０個、１０８～１０１０個、１０９～１０１０個、１０～１０９個、１０２～１０９個、１０３～１０９個、１０４～１０９個、１０５～１０９個、１０６～１０９個、１０７～１０９個、１０８～１０９個、１０～１０８個、１０２～１０８個、１０３～１０８個、１０４～１０８個、１０５～１０８個、１０６～１０８個、１０７～１０８個、１０～１０７個、１０２～１０７個、１０３～１０７個、１０４～１０７個、１０５～１０７個、１０６～１０７個、１０～１０６個、１０２～１０６個、１０３～１０６個、１０４～１０６個、１０５～１０６個、１０～１０５個、１０２～１０５個、１０３～１０５個、１０４～１０５個、１０～１０４個、１０２～１０４個、１０３～１０４個、１０～１０３個、１０２～１０３個、または１０～１０２個の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、１０７～１０９、１０７～１０８、または１０８～１０９個の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約１．０×１０７、２．０×１０７、３．０×１０７、４．０×１０７、５．０×１０７、６．０×１０７、７．０×１０７、８．０×１０７、９．０×１０７、１．０×１０８、２．０×１０８、３．０×１０８、４．０×１０８、５．０×１０８、６．０×１０８、７．０×１０８、８．０×１０８、９．０×１０８、１．０×１０９、１．１×１０９、１．２×１０９、１．３×１０９、１．４×１０９、１．５×１０９、１．６×１０９、１．７×１０９、１．８×１０９、１．９×１０９、２．０×１０９、２．１×１０９、２．２×１０９、２．３×１０９、２．４×１０９、２．５×１０９、２．６×１０９、２．７×１０９、２．８×１０９、２．９×１０９、３．０×１０９、３．１×１０９、３．２×１０９、３．３×１０９、３．４×１０９、３．５×１０９、３．６×１０９、３．７×１０９、３．８×１０９、３．９×１０９、４．０×１０９、４．１×１０９、４．２×１０９、４．３×１０９、４．４×１０９、４．５×１０９、４．６×１０９、４．７×１０９、４．８×１０９、４．９×１０９、５．０×１０９の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約８．０×１０８の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約１．６×１０９の総細菌を含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約８．０×１０８のＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、各カプセルは、約１．６×１０９のＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態では、各カプセルは、カプセルあたり、１０～１０１３個、１０２～１０１３個、１０３～１０１３個、１０４～１０１３個、１０５～１０１３個、１０６～１０１３個、１０７～１０１３個、１０８～１０１３個、１０９～１０１３個、１０１０～１０１３個、１０１１～１０１３個、１０１２～１０１３個、１０～１０１２個、１０２～１０１２個、１０３～１０１２個、１０４～１０１２個、１０５～１０１２個、１０６～１０１２個、１０７～１０１２個、１０８～１０１２個、１０９～１０１２個、１０１０～１０１２個、１０１１～１０１２個、１０～１０１１個、１０２～１０１１個、１０３～１０１３個、１０４～１０１３個、１０５～１０１３個、１０６～１０１３個、１０７～１０１１個、１０８～１０１１個、１０９～１０１１個、１０１０～１０１１個、１０～１０１０個、１０２～１０１０個、１０３～１０１０個、１０４～１０１０個、１０５～１０１０個、１０６～１０１０個、１０７～１０１０個、１０８～１０１０個、１０９～１０１０個、１０～１０９個、１０２～１０９個、１０３～１０９個、１０４～１０９個、１０５～１０９個、１０６～１０９個、１０７～１０９個、１０８～１０９個、１０～１０８個、１０２～１０８個、１０３～１０８個、１０４～１０８個、１０５～１０８個、１０６～１０８個、１０７～１０８個、１０～１０７個、１０２～１０７個、１０３～１０７個、１０４～１０７個、１０５～１０７個、１０６～１０７個、１０～１０６個、１０２～１０６個、１０３～１０６個、１０４～１０６個、１０５～１０６個、１０～１０５個、１０２～１０５個、１０３～１０５個、１０４～１０５個、１０～１０４個、１０２～１０４個、１０３～１０４個、１０～１０３個、１０２～１０３個、または１０～１０２個の各細菌株を含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、投与量あたり、１０～１０１３、１０２～１０１３、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１３、１０８～１０１３、１０９～１０１３、１０１０～１０１３、１０１１～１０１３、１０１２～１０１３、１０～１０１２、１０２～１０１２、１０３～１０１２、１０４～１０１２、１０５～１０１２、１０６～１０１２、１０７～１０１２、１０８～１０１２、１０９～１０１２、１０１０～１０１２、１０１１～１０１２、１０～１０１１、１０２～１０１１、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１１、１０８～１０１１、１０９～１０１１、１０１０～１０１１、１０～１０１０、１０２～１０１０、１０３～１０１０、１０４～１０１０、１０５～１０１０、１０６～１０１０、１０７～１０１０、１０８～１０１０、１０９～１０１０、１０～１０９、１０２～１０９、１０３～１０９、１０４～１０９、１０５～１０９、１０６～１０９、１０７～１０９、１０８～１０９、１０～１０８、１０２～１０８、１０３～１０８、１０４～１０８、１０５～１０８、１０６～１０８、１０７～１０８、１０～１０７、１０２～１０７、１０３～１０７、１０４～１０７、１０５～１０７、１０６～１０７、１０～１０６、１０２～１０６、１０３～１０６、１０４～１０６、１０５～１０６、１０～１０５、１０２～１０５、１０３～１０５、１０４～１０５、１０～１０４、１０２～１０４、１０３～１０４、１０～１０３、１０２～１０３、または１０～１０２ＣＦＵの細菌株の各々を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、投薬量あたり、１０～１０１３、１０２～１０１３、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１３、１０８～１０１３、１０９～１０１３、１０１０～１０１３、１０１１～１０１３、１０１２～１０１３、１０～１０１２、１０２～１０１２、１０３～１０１２、１０４～１０１２、１０５～１０１２、１０６～１０１２、１０７～１０１２、１０８～１０１２、１０９～１０１２、１０１０～１０１２、１０１１～１０１２、１０～１０１１、１０２～１０１１、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１１、１０８～１０１１、１０９～１０１１、１０１０～１０１１、１０～１０１０、１０２～１０１０、１０３～１０１０、１０４～１０１０、１０５～１０１０、１０６～１０１０、１０７～１０１０、１０８～１０１０、１０９～１０１０、１０～１０９、１０２～１０９、１０３～１０９、１０４～１０９、１０５～１０９、１０６～１０９、１０７～１０９、１０８～１０９、１０～１０８、１０２～１０８、１０３～１０８、１０４～１０８、１０５～１０８、１０６～１０８、１０７～１０８、１０～１０７、１０２～１０７、１０３～１０７、１０４～１０７、１０５～１０７、１０６～１０７、１０～１０６、１０２～１０６、１０３～１０６、１０４～１０６、１０５～１０６、１０～１０５、１０２～１０５、１０３～１０５、１０４～１０５、１０～１０４、１０２～１０４、１０３～１０４、１０～１０３、１０２～１０３、または１０～１０２の総ＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態において、医薬組成物は、少なくとも約１．０×１０８、１．１×１０８、１．２×１０８、１．３×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．７×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．１×１０８、２．２×１０８、２．３×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．７×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．１×１０８、３．２×１０８、３．３×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．７×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．１×１０８、４．２×１０８、４．３×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．７×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、５．０×１０８、５．１×１０８、５．２×１０８、５．３×１０８、５．４×１０８、５．５×１０８、５．６×１０８、５．７×１０８、５．８×１０８、５．９×１０８、６．０×１０８、６．１×１０８、６．２×１０８、６．３×１０８、６．４×１０８、６．５×１０８、６．６×１０８、６．７×１０８、６．８×１０８、６．９×１０８、７．０×１０８、７．１×１０８、７．２×１０８、７．３×１０８、７．４×１０８、７．５×１０８、７．６×１０８、７．７×１０８、７．８×１０８、７．９×１０８、８．０×１０８、８．１×１０８、８．２×１０８、８．３×１０８、８．４×１０８、８．５×１０８、８．６×１０８、８．７×１０８、８．８×１０８、８．９×１０８、９．０×１０８、９．１×１０８、９．２×１０８、９．３×１０８、９．４×１０８、９．５×１０８、９．６×１０８、９．７×１０８、９．８×１０８、９．９×１０８、１．０×１０９、１．１×１０９、１．２×１０９、１．３×１０９、１．４×１０９、１．５×１０９、１．６×１０９、１．７×１０９、１．８×１０９、１．９×１０９、２．０×１０９、２．１×１０９、２．２×１０９、２．３×１０９、２．４×１０９、２．５×１０９、２．６×１０９、２．７×１０９、２．８×１０９、２．９×１０９、３．０×１０９、３．１×１０９、３．２×１０９、３．３×１０９、３．４×１０９、３．５×１０９、３．６×１０９、３．７×１０９、３．８×１０９、３．９×１０９、４．０×１０９、４．１×１０９、４．２×１０９、４．３×１０９、４．４×１０９、４．５×１０９、４．６×１０９、４．７×１０９、４．８×１０９、４．９×１０９、５．０×１０９、５．１×１０９、５．２×１０９、５．３×１０９、５．４×１０９、５．５×１０９、５．６×１０９、５．７×１０９、５．８×１０９、５．９×１０９、６．０×１０９、６．１×１０９、６．２×１０９、６．３×１０９、６．４×１０９、６．５×１０９、６．６×１０９、６．７×１０９、６．８×１０９、６．９×１０９、７．０×１０９、７．１×１０９、７．２×１０９、７．３×１０９、７．４×１０９、７．５×１０９、７．６×１０９、７．７×１０９、７．８×１０９、７．９×１０９、８．０×１０９、８．１×１０９、８．２×１０９、８．３×１０９、８．４×１０９、８．５×１０９、８．６×１０９、８．７×１０９、８．８×１０９、８．９×１０９、９．０×１０９、９．１×１０９、９．２×１０９、９．３×１０９、９．４×１０９、９．５×１０９、９．６×１０９、９．７×１０９、９．８×１０９、９．９×１０９、１．０×１０１０、１．１×１０１０、１．２×１０１０、１．３×１０１０、１．４×１０１０、１．５×１０１０、１．６×１０１０、１．７×１０１０、１．８×１０１０、１．９×１０１０、２．０×１０１０、２．１×１０１０、２．２×１０１０、２．３×１０１０、２．４×１０１０、２．５×１０１０、２．６×１０１０、２．７×１０１０、２．８×１０１０、２．９×１０１０、３．０×１０１０、３．１×１０１０、３．２×１０１０、３．３×１０１０、３．４×１０１０、３．５×１０１０、３．６×１０１０、３．７×１０１０、３．８×１０１０、３．９×１０１０、４．０×１０１０、４．１×１０１０、４．２×１０１０、４．３×１０１０、４．４×１０１０、４．５×１０１０、４．６×１０１０、４．７×１０１０、４．８×１０１０、４．９×１０１０、５．０×１０１０、５．１×１０１０、５．２×１０１０、５．３×１０１０、５．４×１０１０、５．５×１０１０、５．６×１０１０、５．７×１０１０、５．８×１０１０、５．９×１０１０、６．０×１０１０、６．１×１０１０、６．２×１０１０、６．３×１０１０、６．４×１０１０、６．５×１０１０、６．６×１０１０、６．７×１０１０、６．８×１０１０、６．９×１０１０、７．０×１０１０、７．１×１０１０、７．２×１０１０、７．３×１０１０、７．４×１０１０、７．５×１０１０、７．６×１０１０、７．７×１０１０、７．８×１０１０、７．９×１０１０、８．０×１０１０、８．１×１０１０、８．２×１０１０、８．３×１０１０、８．４×１０１０、８．５×１０１０、８．６×１０１０、８．７×１０１０、８．８×１０１０、８．９×１０１０、９．０×１０１０、９．１×１０１０、９．２×１０１０、９．３×１０１０、９．４×１０１０、９．５×１０１０、９．６×１０１０、９．７×１０１０、９．８×１０１０、９．９×１０１０、１．０×１０１１、１．１×１０１１、１．２×１０１１、１．３×１０１１、１．４×１０１１、１．５×１０１１、１．６×１０１１、１．７×１０１１、１．８×１０１１、１．９×１０１１、２．０×１０１１、２．１×１０１１、２．２×１０１１、２．３×１０１１、２．４×１０１１、２．５×１０１１、２．６×１０１１、２．７×１０１１、２．８×１０１１、２．９×１０１１、３．０×１０１１、３．１×１０１１、３．２×１０１１、３．３×１０１１、３．４×１０１１、３．５×１０１１、３．６×１０１１、３．７×１０１１、３．８×１０１１、３．９×１０１１、４．０×１０１１、４．１×１０１１、４．２×１０１１、４．３×１０１１、４．４×１０１１、４．５×１０１１、４．６×１０１１、４．７×１０１１、４．８×１０１１、４．９×１０１１、５．０×１０１１、５．１×１０１１、５．２×１０１１、５．３×１０１１、５．４×１０１１、５．５×１０１１、５．６×１０１１、５．７×１０１１、５．８×１０１１、５．９×１０１１、６．０×１０１１、６．１×１０１１、６．２×１０１１、６．３×１０１１、６．４×１０１１、６．５×１０１１、６．６×１０１１、６．７×１０１１、６．８×１０１１、６．９×１０１１、７．０×１０１１、７．１×１０１１、７．２×１０１１、７．３×１０１１、７．４×１０１１、７．５×１０１１、７．６×１０１１、７．７×１０１１、７．８×１０１１、７．９×１０１１、８．０×１０１１、８．１×１０１１、８．２×１０１１、８．３×１０１１、８．４×１０１１、８．５×１０１１、８．６×１０１１、８．７×１０１１、８．８×１０１１、８．９×１０１１、９．０×１０１１、９．１×１０１１、９．２×１０１１、９．３×１０１１、９．４×１０１１、９．５×１０１１、９．６×１０１１、９．７×１０１１、９．８×１０１１、９．９×１０１１、または１．０×１０１２の総ＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．６×１０９の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０９の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも８．０×１０９の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．８×１０１０の総ＣＦＵを含み、７回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも４．０×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与され、その各々は５日連続して投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも５．６×１０１０の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与され、その各々は１４日連続して投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも１．１×１０１１の総ＣＦＵを含み、１４回用量として投与され、その各々は１４日連続して投与される。
いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含む。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、複数回（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量として投与される。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、一定の間隔で投与される。いくつかの実施形態では、複数回用量の各々は、連続した日に行われる（例えば、１日目に第１の用量、２日目の第２の用量、３日目に第３の用量など）。いくつかの実施形態では、本医薬組成物は、少なくとも２．１×１０１０の総ＣＦＵを含み、５回用量として投与され、その各々は５日連続して投与される。
本明細書に記載されるように、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、１回用量でまたは複数回用量で対象に投与されてもよく（例えば、初期投与）、その後、本明細書に記載の医薬組成物のいずれかの１回以上の追加用量で投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、初期投与の医薬組成物と同じ１つ以上の細菌株を含む医薬組成物の１回以上の追加用量が続いてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、本医薬組成物の初期投与に比べてより多くの総細菌（コロニー形成単位）を含む医薬組成物の１回以上の追加用量を続けてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、本医薬組成物の初期投与に比べてより多くの総細菌（コロニー形成単位）を含む医薬組成物の１回以上の追加用量を続けてもよい。いくつかの実施形態では、追加投与は、少なくとも１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量の本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、追加投与は、少なくとも１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、またはそれ以上の用量の本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、初期投与は、本医薬組成物のいずれかの２回用量を含み、追加投与は、本明細書に記載の医薬組成物のうちのいずれかの３回用量を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物のいずれも、初期投与において１回用量でまたは複数回用量で対象に投与され、その後、本医薬組成物の初期投与に比べてより多くの総細菌（コロニー形成単位）を含む医薬組成物の１回以上の追加用量を続けてもよい。そのような実施形態では、初期投与の用量（複数可）は「高用量」と称されてもよく、追加投与の用量（複数可）は「低用量」と称されてもよい。いくつかの実施形態では、高用量は、低用量よりも、少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、またはそれ以上高い。いくつかの実施形態では、高用量は８．０×１０９ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、低用量は１．６×１０９ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、初期投与は、８．０×１０９ＣＦＵの複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）を含み、追加投与は、１．６×１０９ＣＦＵの複数回用量（例えば、２回、３回、４回、５回、またはそれ以上）を含む。いくつかの実施形態では、低用量は１．６×１０９ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、初期投与は、８．０×１０９ＣＦＵの２回用量を含み、追加投与は、１．６×１０９ＣＦＵの３回用量を含む。
いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の翌日（例えば、連続した日）に行われる。いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１１週、１２週、１３週、１４週、１５週、１６週、１７週、１８週、１９週、２０週、またはそれ以上後に行われる。いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の少なくとも６週後に行われる。いくつかの実施形態では、１回以上の追加投与は、初期投与の少なくとも１２週後に行われる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投与量あたり、１０～１０１３、１０２～１０１３、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１３、１０８～１０１３、１０９～１０１３、１０１０～１０１３、１０１１～１０１３、１０１２～１０１３、１０～１０１２、１０２～１０１２、１０３～１０１２、１０４～１０１２、１０５～１０１２、１０６～１０１２、１０７～１０１２、１０８～１０１２、１０９～１０１２、１０１０～１０１２、１０１１～１０１２、１０～１０１１、１０２～１０１１、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１１、１０８～１０１１、１０９～１０１１、１０１０～１０１１、１０～１０１０、１０２～１０１０、１０３～１０１０、１０４～１０１０、１０５～１０１０、１０６～１０１０、１０７～１０１０、１０８～１０１０、１０９～１０１０、１０～１０９、１０２～１０９、１０３～１０９、１０４～１０９、１０５～１０９、１０６～１０９、１０７～１０９、１０８～１０９、１０～１０８、１０２～１０８、１０３～１０８、１０４～１０８、１０５～１０８、１０６～１０８、１０７～１０８、１０～１０７、１０２～１０７、１０３～１０７、１０４～１０７、１０５～１０７、１０６～１０７、１０～１０６、１０２～１０６、１０３～１０６、１０４～１０６、１０５～１０６、１０～１０５、１０２～１０５、１０３～１０５、１０４～１０５、１０～１０４、１０２～１０４、１０３～１０４、１０～１０３、１０２～１０３、または１０～１０２のＣＦＵの各細菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、１０１３、１０２～１０１３、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１３、１０８～１０１３、１０９～１０１３、１０１０～１０１３、１０１１～１０１３、１０１２～１０１３、１０～１０１２、１０２～１０１２、１０３～１０１２、１０４～１０１２、１０５～１０１２、１０６～１０１２、１０７～１０１２、１０８～１０１２、１０９～１０１２、１０１０～１０１２、１０１１～１０１２、１０～１０１１、１０２～１０１１、１０３～１０１３、１０４～１０１３、１０５～１０１３、１０６～１０１３、１０７～１０１１、１０８～１０１１、１０９～１０１１、１０１０～１０１１、１０～１０１０、１０２～１０１０、１０３～１０１０、１０４～１０１０、１０５～１０１０、１０６～１０１０、１０７～１０１０、１０８～１０１０、１０９～１０１０、１０～１０９、１０２～１０９、１０３～１０９、１０４～１０９、１０５～１０９、１０６～１０９、１０７～１０９、１０８～１０９、１０～１０８、１０２～１０８、１０３～１０８、１０４～１０８、１０５～１０８、１０６～１０８、１０７～１０８、１０～１０７、１０２～１０７、１０３～１０７、１０４～１０７、１０５～１０７、１０６～１０７、１０～１０６、１０２～１０６、１０３～１０６、１０４～１０６、１０５～１０６、１０～１０５、１０２～１０５、１０３～１０５、１０４～１０５、１０～１０４、１０２～１０４、１０３～１０４、１０～１０３、１０２～１０３、または１０～１０２の総ＣＦＵを含む。
いくつかの実施形態では、医薬組成物を含む組成物は、１０－７～１０－１、１０－６～１０－１、１０－５～１０－１、１０－４～１０－１、１０－３～１０－１、１０－２～１０－１、１０－７～１０－２、１０－６～１０－２、１０－５～１０－２、１０－４～１０－２、１０－３～１０－２、１０－７～１０－３、１０－６～１０－３、１０－５～１０－３、１０－４～１０－３、１０－７～１０－４、１０－６～１０－４、１０－５～１０－４、１０－７～１０－５１０－６～１０－５、または１０－７～１０－６グラムの細菌の、細菌株の各々を、投薬量あたりの組成物中に含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される医薬組成物を含む組成物は、投薬量あたり、１０－７～１０－１、１０－６～１０－１、１０－５～１０－１、１０－４～１０－１、１０－３～１０－１、１０－２～１０－１、１０－７～１０－２、１０－６～１０－２、１０－５～１０－２、１０－４～１０－２、１０－３～１０－２、１０－７～１０－３、１０－６～１０－３、１０－５～１０－３、１０－４～１０－３、１０－７～１０－４、１０－６～１０－４、１０－５～１０－４、１０－７～１０－５、１０－６～１０－５、または１０－７～１０－６グラムの全ての組み合わせた細菌（合計）を含む。
本開示の態様はまた、本明細書に提供される組成物のいずれかと栄養素とを含む食品を提供する。本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかと栄養素とを含む食品も、本開示の範囲内である。食品は、概して、ヒトまたは動物の消費を目的とする。本明細書に記載の細菌株のうちのいずれも、食品として配合され得る。いくつかの実施形態では、本細菌株は、胞子型の食品として配合される。いくつかの実施形態では、本細菌株は、栄養型で食品として配合される。いくつかの実施形態では、食品は、栄養型細菌と胞子型細菌との両方を含む。本明細書に開示の組成物は、健康食品もしくは飲料、例えば乳児用の食品もしくは飲料、妊婦、運動選手、高齢者、もしくは他の特定集団用の食品もしくは飲料、機能性食品、飲料、特定の健康用途のための食品または飲料、栄養補助食品、患者のための食品または飲料、または動物飼料などの、食品または飲料に使用できる。
食品及び飲料の非限定的な例には、ジュース、清涼飲料、茶飲料、飲料調製物、ゼリー飲料、及び機能性飲料などのさまざまな飲料；ビールなどのアルコール飲料；米食品、麺類、パン、及びパスタなどの炭水化物含有食品；魚肉ハム、ソーセージ、海産物の練物などの練物；カレー、濃厚なデンプン質のソースをかけた食品、スープなどのレトルトパウチ製品；牛乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズ、及びヨーグルトなどの乳製品；みそ、ヨーグルト、発酵飲料、及び漬物などの発酵製品、豆製品；ビスケット、クッキーなどを含むさまざまな洋菓子製品、餡饅頭、水ようかんなどを含むさまざまな和菓子製品、キャンディー、チューインガム、グミ；ゼリー、クリームキャラメル、及び冷凍デザートを含む冷製デザートなどの菓子製品、インスタントスープ及びインスタント大豆スープなどのインスタント食品；電子レンジ調理できる食品；などが挙げられる。さらに、例には、粉末、顆粒、錠剤、カプセル、液体、ペースト、及びゼリーの形態で調製された健康食品及び飲料も含まれる。
本明細書に記載の細菌株を含む食品は、当該技術分野で既知の方法を使用して製造されてもよく、本明細書に提供される医薬組成物と同じ量の細菌（例えば、重量、量、またはＣＦＵによる）を含んでもよい。食品中の適切な量の細菌の選択は、さまざまな要因に依存する可能性があり、例えば、食品の１食分量、食品の消費頻度、食品に含まれる特定の細菌株、食品中の水分量、及び／または食品中で細菌が生存するための追加の条件が含まれる。
本明細書に記載の細菌株のうちのいずれかを含むように配合されてもよい食品の例には、飲料（ｂｅｖｅｒａｇｅ）、飲み物（ｄｒｉｎｋ）、バー、スナック、乳製品、菓子製品、シリアル製品、すぐに食べられる製品、栄養補助製剤、食品または飲料添加物などの栄養調配合が含まれるが、これらに限定されない。
配列
配列番号１ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ 菌株１
ＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＣＴＡＧＣＴＡＣＡＧＧＣＴＴＡＡＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＧＧＧＧＣＡＴＣＡＧＴＴＴＧＧＴＴＴＧＣＴＴＧＣＡＡＡＣＣＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＣＣＧＧＣＧＣＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＡＣＧＴＡＴＣＣＡＡＣＣＴＧＣＣＴＣＡＴＡＣＴＣＧＧＧＧＡＴＡＧＣＣＴＴＴＣＧＡＡＡＧＡＡＡＧＡＴＴＡＡＴＡＴＣＣＧＡＴＡＧＣＡＴＡＴＡＴＴＴＣＣＣＧＣＡＴＧＧＧＴＴＴＴＡＴＡＴＴＡＡＡＧＡＡＡＴＴＣＧＧＴＡＴＧＡＧＡＴＧＧＧＧＡＴＧＣＧＴＴＣＣＡＴＴＡＧＴＴＴＧＴＴＧＧＧＧＧＧＧＴＡＡＣＧＧＣＣＣＡＣＣＡＡＧＡＣＴＡＣＧＡＴＧＧＡＴＡＧＧＧＧＴＴＣＴＧＡＧＡＧＧＡＡＧＧＴＣＣＣＣＣＡＣＡＴＴＧＧＡＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＴＣＣＡＡＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＡＧＧＡＡＴＡＴＴＧＧＴＣＡＡＴＧＧＡＣＧＣＧＡＧＴＣＴＧＡＡＣＣＡＧＣＣＡＡＧＴＡＧＣＧＴＧＡＡＧＧＡＴＧＡＣＴＧＣＣＣＴＡＴＧＧＧＴＴＧＴＡＡＡＣＴＴＣＴＴＴＴＡＴＡＴＧＧＧＡＡＴＡＡＡＧＴＴＧＴＣＣＡＣＧＴＧＴＧＧＡＴＴＴＴＴＧＴＡＴＧＴＡＣＣＡＴＡＴＧＡＡＴＡＡＧＧＡＴＣＧＧＣＴＡＡＣＴＣＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＧＡＧＧＡＴＣＣＧＡＧＣＧＴＴＡＴＣＣＧＧＡＴＴＴＡＴＴＧＧＧＴＴＴＡＡＡＧＧＧＡＧＣＧＴＡＧＧＣＧＧＡＴＴＧＴＴＡＡＧＴＣＡＧＴＴＧＴＧＡＡＡＧＴＴＴＧＣＧＧＣＴＣＡＡＣＣＧＴＡＡＡＡＴＴＧＣＡＧＴＴＧＡＴＡＣＴＧＧＣＡＧＴＣＴＴＧＡＧＴＧＣＡＧＴＡＧＡＧＧＴＧＧＧＣＧＧＡＡＴＴＣＧＴＧＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＴＴＡＧＡＴＡＴＣＡＣＧＡＡＧＡＡＣＴＣＣＧＡＴＴＧＣＧＡＡＧＧＣＡＧＣＣＡＣＴＧＧＡＧＴＧＴＡＡＣＴＧＡＣＧＣＴＧＡＴＧＣＴＣＧＡＡＡＧＴＧＴＧＧＧＴＡＴＣＡＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＧＴＣＣＡＣＡＣＡＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＡＴＡＣＴＣＧＣＴＧＴＴＴＧＣＧＡＴＡＴＡＣＡＧＴＡＡＧＣＧＧＣＣＡＡＧＣＧＡＡＡＧＣＡＴＴＡＡＧＴＡＴＴＣＣＡＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＣＣＧＧＣＡＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＧＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＡＧＧＡＡＣＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＴＧＡＴＡＣＧＣＧＡＧＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＣＧＧＧＣＴＴＡＡＡＴＴＧＣＡＡＡＴＧＡＡＴＴＡＴＧＧＧＧＡＡＡＣＣＣＡＴＡＧＧＣＣＧＣＡＡＧＧＣＡＴＴＴＧＴＧＡＡＧＧＴＧＣＴＧＣＡＴＧＧＴＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＣＣＧＴＧＡＧＧＴＧＴＣＧＧＣＴＴＡＡＧＴＧＣＣＡＴＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＴＴＡＴＣＴＴＣＡＧＴＴＡＣＴＡＡＣＡＧＧＴＣＡＴＧＣＴＧＡＧＧＡＣＴＣＴＧＧＡＧＡＧＡＣＴＧＣＣＧＴＣＧＴＡＡＧＡＴＧＴＧＡＧＧＡＡＧＧＴＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＡＴＣＡＧＣＡＣＧＧＣＣＣＴＴＡＣＧＴＣＣＧＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＧＴＴＡＣＡＡＴＧＧＧＧＧＧＴＡＣＡＧＡＡＧＧＣＣＧＣＴＡＣＣＴＧＧＴＧＡＣＡＧＧＡＴＧＣＣＡＡＴＣＣＣＡＡＡＡＡＣＣＴＣＴＣＴＣＡＧＴＴＣＧＧＡＴＣＧＡＡＧＴＣＴＧＣＡＡＣＣＣＧＡＣＴＴＣＧＴＧＡＡＧＣＴＧＧＡＴＴＣＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＧＣＡＴＣＡＧＣＣＡＴＧＧＣＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＣＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＡＧＣＣＡＴＧＡＡＡＧＣＣＧＧＧＧＧＴＡＣＣＴＧＡＡＧＴＡＣＧＴＡＡＣＣＧＣＡＡＧＧＡＧＣＧＴＣＣＴＡＧＧＧＴＡＡＡＡＣＴＧＧＴＡＡＴＴＧＧＧＧＣＴＡＡＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＴＡ
配列番号２ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ／Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ 菌株２
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配列番号３ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ 菌株３
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配列番号４ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ 菌株４
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配列番号５ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ 菌株５
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配列番号６ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ 菌株６
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配列番号７ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ 菌株７
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配列番号８ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ 菌株８
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配列番号９ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ 菌株９
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配列番号１０ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ菌株１０
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配列番号１１ Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ／Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ 菌株１１
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配列番号１２ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ 菌株１２
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配列番号１３ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ 菌株１３
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配列番号１４ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ 菌株１４
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配列番号１５ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ／Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５ 菌株１５
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配列番号１６ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ 菌株１６
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配列番号１７ Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ 菌株１７
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配列番号１８ Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ 菌株１８
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配列番号１９ Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ 菌株１９
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配列番号２０ Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ 菌株２０
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配列番号２１ Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ 菌株２１
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配列番号２２ Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ 菌株２２
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配列番号２３ Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ 菌株２３
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配列番号２４ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ 菌株２４
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配列番号２５ Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ 菌株２５
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配列番号２６ Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ 菌株２６
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配列番号２７ Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ 菌株２７
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配列番号２８ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ／Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ 菌株２８
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配列番号２９ Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ 菌株２９
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配列番号３０ Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ 菌株３０
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配列番号３１ Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ 菌株３１
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配列番号３２ Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ 菌株３２
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配列番号３３ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ 菌株３３
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配列番号３４ Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ 菌株３４
ＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＣＴＧＡＣＡＧＡＡＴＧＣＴＴＡＡＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＴＡＣＴＴＧＡＴＣＣＴＴＣＧＧＧＴＧＡＴＧＧＴＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＧＣＧＴＡＡＡＧＡＡＣＴＴＧＣＣＣＴＧＣＡＧＴＣＴＧＧＧＡＣＡＡＣＡＴＴＴＧＧＡＡＡＣＧＡＡＴＧＣＴＡＡＴＡＣＣＧＧＡＴＡＴＴＡＴＧＴ－ＡＴＴＴＣＴＣＧＣＡＴＧＡＧＴＴＴＴＡＣＡＴＧＡＡＡＧＣＴＡＴＡＴＧＣＧＣＴＧＣＡＧＧＡＧＡＧＣＴＴＴＧＣＧＴＣＣＴＡＴＴＡＧＣＴＡＧＴＴＧＧＴＧＡＧＧＴＡＡＣＧＧＣＴＣＡＣＣＡＡＧＧＣＣＡＴＧＡＴＡＧＧＴＡＧＣＣＧＧＣＣＴＧＡＧＡＧＧＧＴＧＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＡＧＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＴＴＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＡＡＴＡＴＴＧＧＡＣＡＡＴＧＧＡＣＣＡＡＡＡＧＴＣＴＧＡＴＣＣＡＧＣＡＡＴＴＣＴＧＴＧＴＧＣＡＣＧＡＴＧＡＡＧＴＴＴＴＴＣＧＧＡＡＴＧＴＡＡＡＧＴＧＣＴＴＴＣＡＧＴＴＧＧＧＡＣＧＡＡＧＴＡＡＧＴＧＡＣＧＧＴＡＣＣＡＡＣＡＧＡＡＧＡＡＧＣＧＡＣＧＧＣＴＡＡＡＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＴＧＴＣＧＣＡＡＧＣＧＴＴＡＴＣＣＧＧＡＴＴＴＡＴＴＧＧＧＣＧＴＡＡＡＧＣＧＣＧＴＣＴＡＧＧＣＧＧＴＴＴＧＧＴＡＡＧＴＣＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＡＴＧＣＧＧＧＧＣＴＣＡＡＣＴＣＣＧＴＡＴＴＧＣＧＴＴＧＧＡＡＡＣＴＧＣＴＡＡＡＣＴＡＧＡＧＴＡＣＴＧＧＡＧＡＧＧＴＧＧＧＣＧＧＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＧＴＡＧＡＧＧＴＧＡＡＡＴＴＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＴＧＴＡＧＧＡＡＴＧＣＣＧＡＴＧＧＧＧＡＡＧＣＣＡＧＣＣＣＡＣＴＧＧＡＣＡＧＡＴＡＣＴＧＡＣＧＣＴＡＡＡＧＣＧＣＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＧＴＡＧＣＡＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＧＴＣＣＡＣＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＴＴＡＣＴＡＧＧＴＧＴＴＧＧＧＧＧＴＣＧＡＡＣＣＴＣＡＧＣＧＣＣＣＡＡＧＣＴＡＡＣＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＡＴＣＣＧＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＣＧＴＡＣＧＣＡＡＧＴＡＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＡＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＴＧＧＡＧＣＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＣＧＣＡＡＣＧＣＧＡＧＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＧＣＧＴＴＴＧＡＣＡＴＣＣＴＡＡＧＡＡＡＴＴＡＧＣＡＧＡＧＡＴＧＣＴＴＴＴＧＴＧＣＣＣＣＴＴＣＧＧＧＧＧＡＡＣＴＴＡＧＴＧＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＴＧＧＣＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴ
配列番号３５ Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ／Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍａｎｔａｎｓ 菌株３５
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配列番号３６ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ／Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ 菌株３６
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配列番号１ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ 菌株１
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配列番号２ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ／Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ 菌株２
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配列番号３ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ 菌株３
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配列番号４ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ 菌株４
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配列番号５ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ 菌株５
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配列番号６ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ 菌株６
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配列番号７ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ 菌株７
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配列番号８ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ 菌株８
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配列番号９ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ 菌株９
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配列番号１０ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ菌株１０
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配列番号１１ Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ／Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ 菌株１１
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配列番号１２ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ 菌株１２
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配列番号１３ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ 菌株１３
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配列番号１４ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ 菌株１４
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配列番号１５ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ／Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５ 菌株１５
ＡＴＧＧＡＧＡＧＴＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＣＴＧＧＣＧＧＣＡＴＧＣＣＴＡＡＴＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＡＣＧＡＡＧＴ－ＴＴＣＧＡＧＧＡＡＧＣＴＴＧＣＴＴＣＣＡＡＡＧＡＧＡＣＴＴＡＧＴＧＧＣＧＡＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＡＣＧＴＡＧＧＴＡＡＣＣＴＧＣＣＣＡＴＧＴＧＴＣＣＧＧＧＡＴＡＡＣＴＧＣＴＧＧＡＡＡＣＧＧＴＡＧＣＴＡＡＡＡＣＣＧＧＡＴＡＧＧＴＡＴＡＣＡＧＡＧＣＧＣＡＴＧＣＴＣＡＧＴＡＴＡＴＴＡＡＡＧＣＧＣＣＣＡＴＣＡＡＧＧＣＧＴＧＡＡＣＡＴＧＧＡＴＧＧＡＣＣＴＧＣＧＧＣＧＣＡＴＴＡＧＣＴＡＧＴＴＧＧＴＧＡＧＧＴＡＡＣＧＧＣＣＣＡＣＣＡＡＧＧＣＧＡＴＧＡＴＧＣＧＴＡＧＣＣＧＧＣＣＴＧＡＧＡＧＧＧＴＡＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＴＴＧＧＧＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＣＣＣＡＡＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＡＧＧＧＡＡＴＴＴＴＣＧＴＣＡＡＴＧＧＧＧＧＡＡＡＣＣＣＴＧＡＡＣＧＡＧＣＡＡＴＧＣＣＧＣＧＴＧＡＧＴＧＡＡＧＡＡＧＧＴＣＴＴＣＧＧＡＴＣＧＴＡＡＡＧＣＴＣＴＧＴＴＧＴＡＡＧＴＧＡＡＧＡＡＣＧＧＣＴＣＡＴＡＧＡＧＧＡＡＡＴＧＣＴＡＴＧＧＧＡＧＴＧＡＣＧＧＴＡＧＣＴＴＡＣＣＡＧＡＡＡＧＣＣＡＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＧＧＴＧＧＣＡＡＧＣＧＴＴＡＴＣＣＧＧＡＡＴＣＡＴＴＧＧＧＣＧＴＡＡＡＧＧＧＴＧＣＧＴＡＧＧＴＧＧＣＧＴＡＣＴＡＡＧＴＣＴＧＴＡＧＴＡＡＡＡＧＧＣＡＡＴＧＧＣＴＣＡＡＣＣＡＴＴＧＴＡＡＧＣＴＡＴＧＧＡＡＡＣＴＧＧＴＡＴＧＣＴＧＧＡＧＴＧＣＡＧＡＡＧＡＧＧＧＣＧＡＴＧＧＡＡＴＴＣＣＡＴＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＡＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＡＴＧＧＡＧＧＡＡＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＧＡＡＧＧＣＧＧＴＣＧＣＣＴＧＧＴＣＴＧＴＡＡＣＴＧＡＣＡＣＴＧＡＧＧＣＡＣＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＴＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＡＧＴＡＧＴＣＣＡＣＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＧＡＡＣＴＡＡＧＴＧＴＴＧＧＡＧＧＡＡＴＴＣＡＧＴＧＣＴＧＣＡＧＴＴＡＡＣＧＣＡＡＴＡＡＧＴＴＣＴＣＣＧＣＣＴＧＧＧＧＡＧＴＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＧＴＧＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＧＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＧＧＴＧＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＡＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＧＧＣＣＴＴＧＡＣＡＴＧＧＡＡＡＣＡＡＡＴＡＣＣＣＴＡＧＡＧＡＴＡＧＧＧＧＧＡＴＡＡＴＴＡＴＧＧＡＴＣＡＣＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＴＧＧＴＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＴＴＧＴＣＧＣＡＴＧＴＴＡＣＣＡＧＣＡＴＣＡＡＧＴＴＧＧＧＧＡＣＴＣＡＴＧＣＧＡＧＡＣＴＧＣＣＧＧＴＧＡＣＡＡＡＣＣＧＧＡＧＧＡＡＧＧＴＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＡＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＧＣＣＴＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＡＣＴＡＣＡＡＴＧＧＣＧＡＣＣＡＣＡＡＡＧＡＧＣＡＧＣＧＡＣＡＣＡＧＴＧＡＴＧＴＧＡＡＧＣＧＡＡＴＣＴＣＡＴＡＡＡＧＧＴＣＧＴＣＴＣＡＧＴＴＣＧＧＡＴＴＧＡＡＧＴＣＴＧＣＡＡＣＴＣＧＡＣＴＴＣＡＴＧＡＡＧＴＣＧＧＡＡＴＣＧＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＡＧＡＴＣＡＧＣＡＴＧＣＴＧＣＧＧＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＣＴＣＧＧＧＣＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＡＡＣＣＡＴＧＧＧＡＧＴＣＡＧＴＡＡＴＡＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＧＴＧＧＣＡＴＡＡＣＣＧＴＡＡＧＧＡＧＴＧＡＧＣＣＧＴＣＧＡＡＧＧＴＡＧＧＡＣＣＧＡ
配列番号１６ Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ 菌株１６
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配列番号１７ Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ 菌株１７
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配列番号１８ Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ 菌株１８
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配列番号１９ Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ 菌株１９
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配列番号２０ Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ 菌株２０
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配列番号２１ Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ 菌株２１
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配列番号２２ Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ 菌株２２
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配列番号２３ Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ 菌株２３
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配列番号２４ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ 菌株２４
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配列番号２５ Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ 菌株２５
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配列番号２６ Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ 菌株２６
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配列番号２７ Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ 菌株２７
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配列番号２８ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ／Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ 菌株２８
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配列番号２９ Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ 菌株２９
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配列番号３０ Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ 菌株３０
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配列番号３１ Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ 菌株３１
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配列番号３２ Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ 菌株３２
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配列番号３３ Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ 菌株３３
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配列番号３４ Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ 菌株３４
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配列番号３５ Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ／Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍａｎｔａｎｓ 菌株３５
ＡＧＡＧＴＴＴＧＡＴＣＣＴＧＧＣＴＣＡＧＧＡＴＧＡＡＣＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＧＣＣＴＡＡＣＡＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＧＣＧＡＴＣＴＣＴＴＣＧＧＡＧＡＧＡＧＣＧＧＣＧＧＡＣＧＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＧＣＧＴＧＧＧＴＡＡＣＣＴＧＣＣＣＴＧＴＡＣＡＣＡＣＧＧＡＴＡＡＣＡＴＡＣＣＧＡＡＡＧＧＴＡＴＡＣＴＡＡＴＡＣＧＧＧＡＴＡＡＣＡＴＡＣＧＡＡＡＧＴＣＧＣＡＴＧＧＣＴＴＴＴＧＴＡＴＣＡＡＡＧＣＴＣＣＧＧＣＧＧＴＡＣＡＧＧＡＴＧＧＡＣＣＣＧＣＧＴＣＴＧＡＴＴＡＧＣＴＡＧＴＴＧＧＴＡＡＧＧＴＡＡＴＧＧＣＴＴＡＣＣＡＡＧＧＣＡＡＣＧＡＴＣＡＧＴＡＧＣＣＧＡＣＣＴＧＡＧＡＧＧＧＴＧＡＴＣＧＧＣＣＡＣＡＣＴＧＧＡＡＣＴＧＡＧＡＣＡＣＧＧＴＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴＧＧＧＧＡＡＴＡＴＴＧＣＡＣＡＡＴＧＧＧＣＧＡＡＡＧＣＣＴＧＡＴＧＣＡＧＣＡＡＣＧＣＣＧＣＧＴＧＡＧＣＧＡＴＧＡＡＧＧＣＣＴＴＣＧＧＧＴＣＧＴＡＡＡＧＣＴＣＴＧＴＣＣＴＣＡＡＧＧＡＡＧＡＴＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＣＴＴＧＡＧＧＡＧＧＡＡＧＣＣＣＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＴＡＧＧＧＧＧＣＴＡＧＣＧＴＴＡＴＣＣＧＧＡＡＴＴＡＣＴＧＧＧＣＧＴＡＡＡＧＧＧＴＧＣＧＴＡＧＧＴＧＧＴＴＴＴＴＴＡＡＧＴＣＡＧＡＡＧＴＧＡＡＡＧＧＣＴＡＣＧＧＣＴＣＡＡＣＣＧＴＡＧＴＡＡＧＣＴＴＴＴＧＡＡＡＣＴＡＧＡＧＡＡＣＴＴＧＡＧＴＧＣＡＧＧＡＧＡＧＧＡＧＡＧＴＡＧＡＡＴＴＣＣＴＡＧＴＧＴＡＧＣＧＧＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＡＧＡＴＡＴＴＡＧＧＡＧＧＡＡＴＡＣＣＡＧＴＡＧＣＧＡＡＧＧＣＧＧＣＴＣＴＣＴＧＧＡＣＴＧＴＡＡＣＴＧＡＣＡＣＴＧＡＧＧＣＡＣＧＡＡＡＧＣＧＴＧＧＧＧＡＧＣＡＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＧＴＣＣＡＣＧＣＣＧＴＡＡＡＣＧＡＴＧＡＧＴＡＣＴＡＧＧＴＧＴＣＧＧＧＧＧＴＴＡＣＣＣＣＣＣＴＣＧＧＴＧＣＣＧＣＡＧＣＴＡＡＣＧＣＡＴＴＡＡＧＴＡＣＴＣＣＧＣＣＴＧＧＧＡＡＧＴＡＣＧＣＴＣＧＣＡＡＧＡＧＴＧＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＡＡＴＴＧＡＣＧＧＧＧＡＣＣＣＧＣＡＣＡＡＧＴＡＧＣＧＧＡＧＣＡＴＧＴＧＧＴＴＴＡＡＴＴＣＧＡＡＧＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣＴＡＡＧＣＴＴＧＡＣＡＴＣＣＣＡＣＴＧＡＣＣＴＣＴＣＣＣＴＡＡＴＣＧＧＡＧＡＴＴＴＣＣＣＴＴＣＧＧＧＧＡＣＡＧＴＧＧＴＧＡＣＡＧＧＴＧＧＴＧＣＡＴＧＧＴＴＧＴＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＣＧＴＧＡＧＡＴＧＴＴＧＧＧＴＴＡＡＧＴＣＣＣＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＣＴＴＧＣＣＴＴＴＡＧＴＴＧＣＣＡＧＣＡＴＴＡＡＧＴＴＧＧＧＣＡＣＴＣＴＡＧＡＧＧＧＡＣＴＧＣＣＧＡＧＧＡＴＡＡＣＴＣＧＧＡＧＧＡＡＧＧＴＧＧＧＧＡＴＧＡＣＧＴＣＡＡＡＴＣＡＴＣＡＴＧＣＣＣＣＴＴＡＴＧＣＴＴＡＧＧＧＣＴＡＣＡＣＡＣＧＴＧＣＴＡＣＡＡＴＧＧＧＴＧＧＴＡＣＡＧＡＧＧＧＴＴＧＣＣＡＡＧＣＣＧＣＧＡＧＧＴＧＧＡＧＣＴＡＡＴＣＣＣＴＴＡＡＡＧＣＣＡＴＴＣＴＣＡＧＴＴＣＧＧＡＴＴＧＴＡＧＧＣＴＧＡＡＡＣＴＣＧＣＣＴＡＣＡＴＧＡＡＧＣＴＧＧＡＧＴＴＡＣＴＡＧＴＡＡＴＣＧＣＡＧＡＴＣＡＧＡＡＴＧＣＴＧＣＧＧＴＧＡＡＴＧＣＧＴＴＣＣＣＧＧＧＴＣＴＴＧＴＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴＣＡＣＡＣＣＡＴＧＧＡＡＧＴＴＧＧＧＧＧＣＧＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＧＴＴＡＧＣＴＡＡＣＣＴＴＴＴＡＧＧＡＡＧＣＧＧＣＣＧＴＣＧＡＡＧＧＴＧＡＡＡＣＣＡＡＴＧＡＣＴＧＧＧＧＴＧＡＡＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＧＡＡＧＧＴＧＣＧＧＣＴＧＧＡＴＣＡＣＣＴ
配列番号３６ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ／Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ 菌株３６
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本発明は、その適用において、以下の説明に示されるかまたは図面に図示される構成要素の構造及び配置の詳細に制限されない。本発明は、他の実施形態であることができ、様々な方法で実施または実行することができる。また、本明細書で使用される表現及び用語は、説明を目的とするものであり、限定的なものと見なされるべきではない。本明細書における「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、または「有する」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「伴う（ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ）」、及びそれらの変形の使用は、その後に列記される項目及びその同等物、ならびに追加の項目を包含することを意味する。
本開示と関連して使用される科学的及び技術的用語は、本明細書で別段の定義がされない限り、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の定めがある場合を除き、単数形の用語には複数形が含まれ、複数形の用語には単数形が含まれるものとする。本開示の方法及び技法は、一般に、当該技術分野で周知の従来の方法に従って行われる。概して、概して、本明細書に記載の生化学、酵素学、分子及び細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞または組織培養、遺伝学、ならびにタンパク質及び核酸化学に関連して使用される命名法及びそれらの技法は、当該技術分野で周知であり、一般的に使用されているものである。本開示の方法及び技法は、概して、当該技術分野で周知の従来の方法に従って行われ、別段の指示がない限り、本明細書を通して引用及び考察されるさまざまな一般的かつより具体的な参照文献に記載されているように実行される。
本発明は、以下の実施例によってさらに例解され、この実施例は、決してさらなる限定として解釈されるべきではない。本出願を通じて引用されているすべての参照（文献参照、取得された特許、公開された特許出願、及び同時係属中の特許出願を含む）の全内容は、特に上記で参照される教示について、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。ただし、いずれの参照の引用も、その参照が先行技術であることを認めることを意図したものではない。
実施例１：ＣＲＥを除菌する（ｄｅｃｏｌｏｎｉｚｅ）ための細菌組成物の有効性
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ Ｂ Ａ Ａ － ２ ８ １ ４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジした。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジした。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに処置（例えば、ＰＢＳ（対照）、３６ｍｉｘ生存生物学的製剤製品（３６－ｍｉｘ）、Ｅ．ｃｏｌｉを含まない３６－ｍｉｘ（３６－Ｅｃ）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含まない３６－ｍｉｘ（３６－Ｆｕｓｏ）、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含まない３６－ｍｉｘ（３６－Ｅｃ＆Ｆｕｓｏ）、または便分画ライブラリー（ＳＦＬ））を施した。糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。処置の有効性を表４の基準に基づいて評価した。
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ Ｂ Ａ Ａ － ２ ８ １ ４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジした。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジした。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに処置（例えば、ＰＢＳ（対照）、３６ｍｉｘ生存生物学的製剤製品（３６－ｍｉｘ）、Ｅ．ｃｏｌｉを含まない３６－ｍｉｘ（３６－Ｅｃ）、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含まない３６－ｍｉｘ（３６－Ｆｕｓｏ）、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含まない３６－ｍｉｘ（３６－Ｅｃ＆Ｆｕｓｏ）、または便分画ライブラリー（ＳＦＬ））を施した。糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。処置の有効性を表４の基準に基づいて評価した。
図２及び表５に示されるように、Ｅ．ｃｏｌｉ及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍの除去は、別々にまたは一緒に除去すると、３６－ｍｉｘ組成物と比較して、ＣＲＥ定着の増加をもたらした。Ｅ．ｃｏｌｉ及び／またはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含まない細菌組成物は、非常に有効な３６－ｍｉｘと比較して、ＣＲＥクリアランスにおける有効性が低下していることが特徴的であった。
実施例２：ＣＲＥ除菌に対する３６－ｍｉｘ誘導体の有効性
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ Ｂ Ａ Ａ － ２ ８ １ ４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジした。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジした。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに、処置（例えば、ＰＢＳ（対照）、３６－ｍｉｘ生存生物学的製剤製品（３６－ｍｉｘ）、３３－ｍｉｘ（３３－ｍｉｘ Ｂ）、３２－ｍｉｘ、２７－ｍｉｘ、２３－ｍｉｘ、または便分画ライブラリー（ＳＦＬ））を施した。糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。処置の有効性を表４の基準に基づいて評価した。
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ Ｂ Ａ Ａ － ２ ８ １ ４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジした。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジした。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに、処置（例えば、ＰＢＳ（対照）、３６－ｍｉｘ生存生物学的製剤製品（３６－ｍｉｘ）、３３－ｍｉｘ（３３－ｍｉｘ Ｂ）、３２－ｍｉｘ、２７－ｍｉｘ、２３－ｍｉｘ、または便分画ライブラリー（ＳＦＬ））を施した。糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。処置の有効性を表４の基準に基づいて評価した。
図３及び表６に示されるように、細菌組成物のうちのいくつかは、３６－ｍｉｘ組成物と同等のレベルまでＣＲＥ定着を低減することができた。
実施例３：ＣＲＥ除菌を促進するための細菌組成物の有効性
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジする。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジする。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに、以下の処置を施した：
ａ）ＰＢＳ（陰性対照）、
ｂ）便分画ライブラリー（ＳＦＬ）、
ｃ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及び
ｄ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、
ｅ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、
ｆ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、
ｅ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍならびに２つのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ菌株、
糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化する。
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジする。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジする。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに、以下の処置を施した：
ａ）ＰＢＳ（陰性対照）、
ｂ）便分画ライブラリー（ＳＦＬ）、
ｃ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及び
ｄ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、
ｅ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、
ｆ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、
ｅ）以下を含む細菌組成物：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍならびに２つのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ菌株、
糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化する。
実施例４：Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ８１－１７６を用いたインビトロ競合アッセイ
個々の細菌株を、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ株８１－１７６（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）を殺傷するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３菌株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した：Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種（ＪＬ１７）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２（Ｅｃ ２５９２２）、チオグリコレートブロス（Ｃａｍｐｙ ｔｈｉｏ）中のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、刻んだ肉を補充したチオグリコレートブロス中のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（Ｃａｍｐｙ ＣＭ－ｔｈｉｏ）、チオグリコレートブロス＋コハク酸塩中のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（Ｃａｍｐｙ ｔｈｉｏ＋Ｓ）及びＶＥ３０３菌株６。
個々の細菌株を、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ株８１－１７６（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）を殺傷するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３菌株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した：Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種（ＪＬ１７）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２（Ｅｃ ２５９２２）、チオグリコレートブロス（Ｃａｍｐｙ ｔｈｉｏ）中のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、刻んだ肉を補充したチオグリコレートブロス中のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（Ｃａｍｐｙ ＣＭ－ｔｈｉｏ）、チオグリコレートブロス＋コハク酸塩中のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ（Ｃａｍｐｙ ｔｈｉｏ＋Ｓ）及びＶＥ３０３菌株６。
細菌株の各々を、図１１Ｂに示すワークフロー図に従って評価した。簡単に説明すると、細菌株及びＣ．ｊｅｊｕｎｉの各々を、チオグリコレートブロス、Ｃａｍｐｙ ＣＭ－ｔｈｉｏ、またはＣａｍｐｙ ｔｈｉｏ＋Ｓ中、酸素濃度勾配で、約１０８コロニー形成単位（ＣＦＵ）まで、３７℃で２４時間別々に増殖させた。次いで、個々の細菌株の培養物をＣ．ｊｅｊｕｎｉ培養物に添加し、３７℃で２４時間インキュベートした。次いで、陽性対照及び陰性対照、ならびに競合実験の各々についてコロニーをカウントすることによるＣＦＵの計数のために、混合培養物をＣ．ｊｅｊｕｎｉ選択培地上にプレーティングした。各株を平均カンピロバクター投入量と比較して、個々の細菌株の存在下でのＣ．ｊｅｊｕｎｉ菌の殺傷を評価した。
結果を図６、図７、図１３、図１７～図２１、図３４Ａ及び図３４Ｂ、ならびに下記の表７及び表８に示す。Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ生存の減少において、細菌株８、９、１８及び１９、及びＶＥ３０３株６（ＶＥ３０３－０６）は「活性」とみなされ、細菌株１１、１４、１５、２７、３６、ＶＥ３０３株１（ＶＥ３０３－０１）及びＶＥ３０３株７（ＶＥ３０３－０７）は弱活性であった。
「活性」と見なすには、細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉ生存を≧３ ｌｏｇ低下させ、「弱活性」と見なすには、細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉ生存を１．５～２．９ ｌｏｇ低下させ、「非活性」とは、細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉ生存を＜１．５ ｌｏｇ低下させたことを意味する。
実施例５：Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ ２４５７Ｔを用いたインビトロ競合アッセイ
個々の細菌株を、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ株２４５７Ｔ（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ）の増殖を抑制するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３菌株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した：Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種（ＪＬ１７）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２（Ｅｃ ２５９２２）、ペプトン－酵母－グルコース培地（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＰＹＧ）中のＳｈｉｇｅｌｌａ、炭水化物ブロスとの刻んだ肉中のＳｈｉｇｅｌｌａ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＣＭＣ）、炭水化物ブロスとの酵母カジトン脂肪酸中のＳｈｉｇｅｌｌａ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＹＣＦＡＣ）、コハク酸塩を含むペプトン－酵母－グルコース培地中のＳｈｉｇｅｌｌａ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＰＹＧ＋Ｓ）、及び菌株２４。
個々の細菌株を、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ株２４５７Ｔ（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ）の増殖を抑制するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３菌株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した：Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種（ＪＬ１７）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２（Ｅｃ ２５９２２）、ペプトン－酵母－グルコース培地（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＰＹＧ）中のＳｈｉｇｅｌｌａ、炭水化物ブロスとの刻んだ肉中のＳｈｉｇｅｌｌａ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＣＭＣ）、炭水化物ブロスとの酵母カジトン脂肪酸中のＳｈｉｇｅｌｌａ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＹＣＦＡＣ）、コハク酸塩を含むペプトン－酵母－グルコース培地中のＳｈｉｇｅｌｌａ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ＰＹＧ＋Ｓ）、及び菌株２４。
細菌株の各々を、図１１Ａのワークフロー図に従って評価した。簡単に説明すると、細菌株及びＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉの各々を、嫌気条件下で３７℃で１８時間別々に増殖させた。次いで、個々の細菌株の培養物をＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ培養物（約１０２ＣＦＵ）に添加し、嫌気条件下で３７℃で１８時間インキュベートした。次いで、陽性対照及び陰性対照ならびに競合実験の各々についてコロニーをカウントすることによるＣＦＵの計数のために、共培養物をＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ選択培地上にプレーティングした。各株を、平均Ｓｈｉｇｅｌｌａ投入量及び対照と比較して、個々の細菌株の存在下でのＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉの増殖抑制を評価した。
結果を図８、９、１７～２１、３４Ａ及び３４Ｂ、ならびに以下の表９及び１０に示す。Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉのインビトロでの増殖の抑制において、細菌株８、９、１１、１６、２１、及び３６は「活性」と見なされ、細菌株１２、１３、１４、１５、２５、３０、３４、３５、ＶＥ３０３菌株１（ＶＥ３０３－０１）、ＶＥ３０３菌株４（ＶＥ３０３－０４）、及びＶＥ３０３菌株５（ＶＥ３０３－０５）は「弱活性」と見なされた。
「活性」とみなすには、細菌株がＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉを≧４ ｌｏｇ低下させ、「弱活性」とみなすには、細菌株がＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉを２～３．９ ｌｏｇ低下させ、「非活性」とは、細菌株がＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉを＜２ ｌｏｇ低下させたことを意味する。
実施例６：腸凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを用いたインビトロ競合アッセイ
個々の細菌株を、腸凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ）の増殖を抑制するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した。
個々の細菌株を、腸凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ）の増殖を抑制するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した。
細菌株の各々を、図１２のワークフロー図に従って評価した。簡単に説明すると、細菌株及びＥＡＥＣの各々を、嫌気条件下で３７℃で１８時間別々に増殖させた。次いで、個々の細菌株の培養物をＥＡＥＣ培養物（約１０２ ＣＦＵ）に添加し、嫌気条件下で３７℃で１８時間インキュベートした。次いで、陽性対照及び陰性対照ならびに競合実験の各々についてコロニーをカウントすることによるＣＦＵの計数のために、共培養物をＥＡＥＣ選択培地上にプレーティングした。
結果を図１７～２１及び以下の表１１及び１２に示す。ＥＡＥＣのインビトロでの増殖の抑制において、細菌株９，１３，１６、及び３６は「活性」と見なされ、細菌株８、９、１１、１２、１９、３０、３４、３５、ＶＥ３０３菌株１（ＶＥ３０３－１）、ＶＥ３０３菌株４（ＶＥ３０３－４）、及びＶＥ３０３菌株５（ＶＥ３０３－５）は「弱活性」と見なされた。「活性」とみなすには、細菌株がＥＡＥＣを≧４ ｌｏｇ低下させ、「弱活性」とみなすには、細菌株がＥＡＥＣを２～３．９ ｌｏｇ低下させ、「非活性」とは、細菌株がＥＡＥＣを＜２ ｌｏｇ低下させたことを意味する。
実施例７：病原性細菌に対する細菌株のインビトロスクリーニング
様々なインビトロスクリーニングアッセイを利用して、病原体（例えば、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、及び腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ））に対して活性である細菌株を同定することができる。
様々なインビトロスクリーニングアッセイを利用して、病原体（例えば、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、及び腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ））に対して活性である細菌株を同定することができる。
上で考察したように、ブロス競合アッセイは、選択的培地上のコロニー形成単位を読み出し値として使用して、細菌生存または増殖抑制を評価する。潜在的な作用機序としては、ｐＨ、栄養素競合、代謝産物（例えば、短鎖脂肪酸）、及び／または他の阻害分子（例えば、バクテリオシン）の産生が挙げられる。
加えて、軟寒天オーバーレイアッセイは、読み出し値として阻害ゾーンを使用して、細菌の生存または増殖抑制を測定するために使用できる。潜在的な作用機序としては、可溶性阻害分子（例えば、バクテリオシン）の産生が含まれる。
実施例８：インビトロ軟寒天オーバーレイアッセイ
個々の細菌株を、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ菌株８１－１７６（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ菌株２４５７Ｔ（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、腸内凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ）、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４（ＣＲＥ）の増殖を抑制するそれらの能力について、インビトロ軟寒天オーバーレイアッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した。
個々の細菌株を、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ菌株８１－１７６（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ菌株２４５７Ｔ（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、腸内凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ＥＡＥＣ）、またはＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４（ＣＲＥ）の増殖を抑制するそれらの能力について、インビトロ軟寒天オーバーレイアッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３株１～８のそれぞれを、対照と比較して評価した。
細菌株の各々を、図１４のワークフロー図に従って評価した。簡単に説明すると、寒天プレートに細菌株のうちの１つをスポットし、嫌気条件下で３７℃で２４時間増殖させた。次いで、個々の細菌株の寒天プレートに、Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ、Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、ＥＡＥＣ、またはＣＲＥを播種した軟寒天を重ね、嫌気条件（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、ＥＡＥＣ、及びＣＲＥ）または微好気条件（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）下、３７℃で２４時間インキュベートした。次いで、プレートを、対照、及び細菌株の実験の各々の阻害ゾーンについて評価する。各株を対照と比較して、個々の細菌株の存在下でのＣ．ｊｅｊｕｎｉ、Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、ＥＡＥＣ、またはＣＲＥの増殖抑制及び／または殺傷を評価した（図１５）。
各実験を細菌株当たり少なくとも３回行い、プレートを２人によって独立してスコアリングした。結果を、図１７～２１、図３４Ａ、図３４Ｂ、及び図３８ならびに以下の表１３～１８、及び表２３～２４に示す。「活性」とみなされるために、細菌株は、複製の≧６６％で阻害ゾーンを生成し、「弱活性」とみなされるために、細菌株は、複製の３３％～６６％で阻害ゾーンを生成し、「非活性」とみなされるために、細菌株は、複製の３３％未満で阻害ゾーンを生成した。
細菌株８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、２８、３２、３５、ＶＥ３０３菌株４（ＶＥ３０３－４）及びＶＥ３０３菌株７（ＶＥ３０３－７）は、インビトロでのＣ．ｊｅｊｕｎｉの増殖を抑制について「活性」と見なされ、細菌株３は「弱活性」と見なされた。
インビトロでのＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉの増殖の抑制において、細菌株９、１０、１１、１６、１９、及びＶＥ３０３－５は「活性」と見なされ、細菌株４及び３３は「弱活性」と見なされた。
インビトロでのＥＡＥＣの増殖の抑制において、細菌株８、９、１０、１１、及びＶＥ３０３－５は「活性」と見なされ、細菌株２５は「弱活性」と見なされた。
インビトロでのＣＲＥの増殖の抑制において、細菌株２、３、４、５、６、７、８、１０、１１、１５、１４、１６、１７、１９、２０、２３、２４、３０、３３、３５、ＶＥ３０３菌株２（ＶＥ３０３－２）、ＶＥ３０３菌株４（ＶＥ３０３－４）、ＶＥ３０３菌株５（ＶＥ３０３－５）、ＶＥ３０３株７（ＶＥ３０３－７）、及びＶＥ３０３菌株８（ＶＥ３０３－８）は、「活性」であると見なされた。
インビトロブロス競合アッセイ及び軟寒天オーバーレイアッセイにおける全ての活性株の要約を図１６、図３２、及び図３３に示す。全体として、試験した４４菌株のうちの３８菌株は、少なくとも１つの病原体（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ、Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ、またはＥＡＥＣ）の抑制に活性であった。この３８菌株のうち、３１菌株は３６－ｍｉｘから、７菌株はＶＥ３０３組成物から得られた。２１の細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉに対して活性であり、２０の細菌株がＳ．ｆｌｅｘｎｅｒｉに対して活性であり、１７の細菌株がＥＡＥＣに対して活性であり、２９の細菌株がＣＲＥに対して活性であった。
３８の活性菌株のうち、２６の菌株の活性は、アッセイ特異的であった：ブロス競合アッセイのみでは１２の細菌株が少なくとも１種の病原体を抑制するのに活性であり、軟寒天オーバーレイアッセイのみでは１４の細菌株が少なくとも１種の病原体を抑制するのに活性であった。
３６－ｍｉｘ組成物のうちの、５つの細菌株は、試験した３つの病原体全てに対して不活性であることがわかった。ＶＥ ３０３組成物のうちの、１つの細菌株は不活性であった。「不活性である」と見なされる細菌株を表１９に示す。以下の２つの細菌の科は、図１８～２１に示される組成物で表さなかった：Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｏｃｅａｅ及びＲｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ
実施例９：ＣＲＥ除菌を促進するための細菌組成物の有効性
インビトロの結果を使用して、さらなる試験のために細菌組成物を組み立てた。図１８に示した２５の細菌株のうち、９つの細菌の科と１５の属を表す。図１９に示した２９の細菌株のうち、１０の細菌の科と１７の属を表す。図２０に示した３１の細菌株のうち、１３の細菌の科と１８の属を表す。図２１に示した２５の細菌株のうち、１２の細菌の科と１６の属を表す。
インビトロの結果を使用して、さらなる試験のために細菌組成物を組み立てた。図１８に示した２５の細菌株のうち、９つの細菌の科と１５の属を表す。図１９に示した２９の細菌株のうち、１０の細菌の科と１７の属を表す。図２０に示した３１の細菌株のうち、１３の細菌の科と１８の属を表す。図２１に示した２５の細菌株のうち、１２の細菌の科と１６の属を表す。
図１に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅチャレンジ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４、「ＣＲＥ」）を用いてチャレンジする。－３日目に、マウスをＣＲＥでチャレンジする。０日目、１日目、及び２日目に、マウスに、以下の処置を施した：
ａ）ＰＢＳ（陰性対照）、
ｂ）便分画ライブラリー（ＳＦＬ）、
ｃ）以下を含む細菌組成物、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、
ｄ）以下を含む細菌組成物：Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、
ｅ）以下を含む細菌組成物：Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、ならびに
ｆ）以下を含む細菌組成物：Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。
ａ）ＰＢＳ（陰性対照）、
ｂ）便分画ライブラリー（ＳＦＬ）、
ｃ）以下を含む細菌組成物、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、
ｄ）以下を含む細菌組成物：Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、
ｅ）以下を含む細菌組成物：Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、ならびに
ｆ）以下を含む細菌組成物：Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ。
糞便試料（ペレット）を、処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化する。
実施例１０：ＣＲＥ除菌を促進するための、ＬＢＰ－１（「３６－ｍｉｘ」）に由来する細菌組成物の有効性
以下の生存生物学的製剤製品（ＬＢＰ）による処置の前に、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスに、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４、「ＣＲＥ」）を投与した：ＬＢＰ－１（「３６－ｍｉｘ」）、ＬＢＰ－９、ＬＢＰ－１０、ＬＢＰ－１１、ＬＢＰ－１２、ＬＢＰ－１３、ＬＢＰ－１４、ＬＢＰ－１５、ＬＢＰ－１６、ＬＢＰ－１７、ＬＢＰ－１８、ＬＢＰ－１９、ＬＢＰ－１９、ＬＢＰ－２０、ＬＢＰ－２１、ＬＢＰ－２２、ＬＢＰ－２３、ＬＢＰ－２４、ＬＢＰ－２５、ＬＢＰ－２６、ＬＢＰ－２７、ＬＢＰ－２８、ＬＢＰ－２９、ＬＢＰ－３０、ＬＢＰ－３１、ＬＢＰ－３２、及びＬＢＰ－３３、またはＰＢＳ（対照）。組成物中に存在する細菌株を図３６に示す。糞便試料（ペレット）を、処置後１５日目に収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。
以下の生存生物学的製剤製品（ＬＢＰ）による処置の前に、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスに、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４、「ＣＲＥ」）を投与した：ＬＢＰ－１（「３６－ｍｉｘ」）、ＬＢＰ－９、ＬＢＰ－１０、ＬＢＰ－１１、ＬＢＰ－１２、ＬＢＰ－１３、ＬＢＰ－１４、ＬＢＰ－１５、ＬＢＰ－１６、ＬＢＰ－１７、ＬＢＰ－１８、ＬＢＰ－１９、ＬＢＰ－１９、ＬＢＰ－２０、ＬＢＰ－２１、ＬＢＰ－２２、ＬＢＰ－２３、ＬＢＰ－２４、ＬＢＰ－２５、ＬＢＰ－２６、ＬＢＰ－２７、ＬＢＰ－２８、ＬＢＰ－２９、ＬＢＰ－３０、ＬＢＰ－３１、ＬＢＰ－３２、及びＬＢＰ－３３、またはＰＢＳ（対照）。組成物中に存在する細菌株を図３６に示す。糞便試料（ペレット）を、処置後１５日目に収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。
図２２及び表２０に示されるように、細菌組成物のうちのいくつかは、ＬＢＰ－１組成物（３６－ｍｉｘ）と少なくとも同等のレベルまでＣＲＥの定着を低減することができた。
除外実験を行い、ＣＲＥ除菌を促進するための、ＬＢＰ－１からの細菌種のサブセットを評価した。ＬＢＰ－１組成物には９つのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種が存在する。ＬＢＰ－２５組成物は、ＬＢＰ－１組成物に存在する９つのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種のうち６つ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）を除外して、ＬＢＰ－１と同様のＣＲＥ除菌活性を有する（図２３）。したがって、９つのＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種のうち６つはＣＲＥ除菌活性に必須なものではなく、活性を損なうことなく組成物から除外することができる。
ＣＲＥ除菌活性におけるＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍの重要性を評価するために、様々な組成物を組み立てた。図２及び３に示すように、Ｅ．ｃｏｌｉは完全な除菌活性に必要であり、Ｆ．ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍは有益であったが、完全な除菌活性には必要でない場合があった。
追加の組成物を組み立てて、他の細菌株の除外を評価した（図２４Ｂ）。図２４Ａに示されるように、Ｃ．ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｃ．ｓｏｒｄｅｌｌｉｉは、除菌活性に影響を与えることなく、組成物から除外され得る。
組成物ＬＢＰ－３２は、少なくとも１つの多剤耐性菌（ＭＤＲＯ）または本明細書で評価される他の病原体に対してインビトロで活性である１９の細菌株を含有し、これは、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｂａｃｔｉｕｍ ｆｅｃｉｕｍを添加して、以前の実験で除外された菌株（１７の菌株）を差し引いたものである（図２５Ａ）。ＣＲＥが定着したマウスに、ＬＢＰ－３２、ＬＢＰ－１（「３６－ｍｉｘ」）、またはＰＢＳ対照を投与した。糞便試料（ペレット）を、処置後０、３、８、１４、１７、及び２２日目に収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。図２５Ｂに示すように、ＬＢＰ－３２は、ＬＢＰ－１と同様のレベルのＣＲＥ除菌活性をもたらすことがわかった。処置後２２日目にマウスから取得した回腸試料においても、完全なＣＲＥ除菌が見られた（図２７）。したがって、２／３のＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）ならびにＥｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ及びＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）を除外しても、ＣＲＥ除菌活性は損なわれなかった。
組成物ＬＢＰ－３０は、ＬＢＰ－３２の改変版であり、１７の細菌株を含有する。特に、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓは除外される（図２６Ａ）。ＣＲＥが定着化したマウスに、ＬＢＰ－３０、ＬＢＰ－３２、ＬＢＰ－１、またはＰＢＳ対照を投与した。糞便試料（ペレット）を、処置後８日目に収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。ＬＢＰ－３０は、ＬＢＰ－３２と比較して、ＣＲＥ除菌活性の低下をもたらすことがわかった（図２６Ｂ）。これらの結果は、完全なＣＲＥ除菌活性を達成するために、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓが必要であることを示している。
組成物ＬＢＰ－３４は、ＬＢＰ－３２の改変版であり、１５の細菌株を含有する。特に、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、及びＡｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓが除外され、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａがＬＢＰ－３４に含まれていた（図３５）。糞便試料（ペレット）を、処置後１４日目に収集し、ＣＲＥ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。ＬＢＰ－３４は、ＬＢＰ－３２に匹敵するＣＲＥ定着の低下をもたらすことがわかった（図３９）。これらの結果は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５及びＤｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａが、完全なＬＢＰ－３２媒介ＣＲＥ除菌活性を促進するために必要ではないことを示唆している。
実施例１１：生きた生化学的製剤品の同定を加速する共定着化モデル
生きた生物学的製剤品（ＬＢＰ）は、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＣＲＥ）または基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅで単独定着化されたマウスモデルで、以前に試験されている。次に、ＬＢＰを最適化し、組み合わせて、単独定着化されたＣＲＥ及びＥＳＢＬマウスモデルにおいて試験する（図２８Ａ）。このプロセスは時間がかかり、長く、ＬＢＰを組み合わせると活性が低下するリスクがある。
生きた生物学的製剤品（ＬＢＰ）は、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＣＲＥ）または基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅで単独定着化されたマウスモデルで、以前に試験されている。次に、ＬＢＰを最適化し、組み合わせて、単独定着化されたＣＲＥ及びＥＳＢＬマウスモデルにおいて試験する（図２８Ａ）。このプロセスは時間がかかり、長く、ＬＢＰを組み合わせると活性が低下するリスクがある。
ＣＲＥ及びＥＳＢＬで二重定着化されたマウスモデルが、ＣＲＥ及びＥＳＢＬの除菌を促進する有効性についてＬＢＰを試験するために開発されており、ＬＢＰ評価のためのより簡単で迅速な戦略を提供する可能性がある（図２８Ｂ）。図２９に示されるように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスを、抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、腸内細菌科を産生するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、「ＣＲＥ」）または基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを用いて単独チャレンジしたか、またはＣＲＥ及びＥＳＢＬの両方を用いて共チャレンジした。糞便試料（ペレット）を、チャレンジ後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ及びＥＳＢＬ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。ＣＲＥ及びＥＳＢＬは、単独定着マウスと同様のレベルまで胃腸管に定着することが見出された（図３０Ａ及び３０Ｂ）。
同様に、ＣＲＥ及びＥＳＢＬで二重定着化されたマウスモデルを利用して、ＬＢＰ－１（「３６－ｍｉｘ」）組成物を試験した。図３１Ａに示すように、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊを抗生物質（例えば、０．５ｇ／Ｌのアンピシリン）で７日間処置した後、ＣＲＥもしくはＥＳＢＬを用いて単独チャレンジしたか、またはＣＲＥ及びＥＳＢＬの両方を用いて共チャレンジした。次いで、マウスを３６－ｍｉｘまたは対照（ＰＢＳ）で処置した。糞便試料（ペレット）を、チャレンジ後及び処置後の様々な時点で収集し、ＣＲＥ及びＥＳＢＬ定着レベルの尺度としてコロニー形成単位（ＣＦＵ）を定量化した。３６－ｍｉｘ組成物は、単独定着化された（例えば、ＣＲＥ Ｍｏｎｏ、ＥＳＢＬ Ｍｏｎｏ）及び共定着化された（例えば、ＣＲＥ Ｃｏ、ＥＳＢＬ Ｃｏ）マウスにおいて、同様のＣＲＥ及びＥＳＢＬ除菌を示す（図３１Ｂ）。
実施例１２：多剤耐性グラム陰性菌に対する拮抗活性についてのヒト共生生物の多様なライブラリーのスクリーニング
微生物叢を再構築し、感染症を処置するための定義された細菌コンソーシアムの開発は、新しい治療モダリティである。細菌株の十分に特徴付けられたライブラリーが、１２の異なる地域からの２７５人の健康なドナーからの＞９０，０００の糞便分離株から構成されて生成された。感染を防止するための戦略として、多剤耐性（ＭＤＲ）グラム陰性菌の除菌を促進するために合理的に設計された細菌コンソーシアムについて本明細書に記載する。いくつかのＭＤＲ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株に対する阻害活性を有する共生細菌株を同定するために、ハイスループット蛍光ベースの細菌競合アッセイ及び軟寒天オーバーレイアッセイが開発された。
微生物叢を再構築し、感染症を処置するための定義された細菌コンソーシアムの開発は、新しい治療モダリティである。細菌株の十分に特徴付けられたライブラリーが、１２の異なる地域からの２７５人の健康なドナーからの＞９０，０００の糞便分離株から構成されて生成された。感染を防止するための戦略として、多剤耐性（ＭＤＲ）グラム陰性菌の除菌を促進するために合理的に設計された細菌コンソーシアムについて本明細書に記載する。いくつかのＭＤＲ Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株に対する阻害活性を有する共生細菌株を同定するために、ハイスループット蛍光ベースの細菌競合アッセイ及び軟寒天オーバーレイアッセイが開発された。
共生菌株をＭＤＲ Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのいくつかの種と共培養して、様々な条件での拮抗活性を有する共生菌株を同定した。まず、大規模スクリーニングを可能にするために、ハイスループット競合アッセイが開発された。共培養後、試料を発色選択培地に添加し、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの増殖を防止した共生菌株を拮抗的であるとして定義した。異なるスクリーニング手順が細菌阻害の異なる機序を捕らえ得るため、Ｋ． ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの菌叢におけるクリアランスゾーンとして阻害活性が明らかになった軟寒天オーバーレイ競合アッセイも行った。
１５００株の共生ライブラリーの１３％は、ハイスループット液体アッセイにおいてＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する拮抗活性を有することが見出され、そのうち１８４株は、ＯＸＡ－４８（カルバペネマーゼ）、ＮＤＭ－１（メタロ－β－ラクタマーゼ）、ＥＳＢＬ（基質特異性拡張型βラクタマーゼ）、及びＫＰＣ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅカルバペネマーゼ）を含む多剤耐性機序を有する株に対して活性であった。液体培地及び固体培地の両方で活性であった菌株にはいくつかの一致（約３０％）があったが、一方のアッセイで活性を有したが、もう一方で活性を有さなかったいくつかの共生菌株があり、包括的なスクリーニングに複数のアッセイを使用することの重要性が強調された。５つのＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株全てに対して活性な菌株は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、及びＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓを含む１４属にわたってまたがっている。
新規の液体ハイスループット蛍光ベースのスクリーニングアッセイをミディアムスループットの固形寒天アッセイと組み合わせることは、ＭＤＲ Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに対して活性な細菌株を同定するための有効なプラットフォームを提供し、これらの生物を標的とするための微生物叢ベースの製品の開発を促進した。
実施例１３：病原体拮抗性腸共生生物を同定するためのデュアルインビトロスクリーニングプラットフォーム
本明細書に記載されるように、定義された細菌コンソーシアムは、多剤耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ及び腸凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む腸内病原体に対して、これらの生物への感染を防止するために開発された。コンソーシアム設計を支援するために、ブロス競合及び軟寒天オーバーレイアッセイが開発され、これらの病原体に対して機構的に多様な阻害活性を有する共生細菌を同定した。アッセイは、各共生菌株を標的病原体と共培養し、続いて選択的プレーティングを行うことによって（ブロスアッセイ）、または各共生菌株をスポットし、標的生物を播種した軟寒天を重ねることによって（寒天ベースのアッセイ）、行った。病原体の殺傷／抑制（ブロスアッセイ）またはクリアゾーンの形成（寒天ベースのアッセイ）をもたらした菌株は、活性であると見なされた。試験した４４の菌株のうち、７０％が少なくとも１つの病原体に対する活性を示し、菌株は１０の異なる細菌の科にまたがっていた。活性であることが見出された株の半分はアッセイ特異的であり、腸内病原体に対する微生物叢産物の開発を支援するための細菌拮抗作用を評価するためのコンビナトリアルなインビトロアプローチの重要性を強調している。
本明細書に記載されるように、定義された細菌コンソーシアムは、多剤耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｆｌｅｘｎｅｒｉ及び腸凝集性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む腸内病原体に対して、これらの生物への感染を防止するために開発された。コンソーシアム設計を支援するために、ブロス競合及び軟寒天オーバーレイアッセイが開発され、これらの病原体に対して機構的に多様な阻害活性を有する共生細菌を同定した。アッセイは、各共生菌株を標的病原体と共培養し、続いて選択的プレーティングを行うことによって（ブロスアッセイ）、または各共生菌株をスポットし、標的生物を播種した軟寒天を重ねることによって（寒天ベースのアッセイ）、行った。病原体の殺傷／抑制（ブロスアッセイ）またはクリアゾーンの形成（寒天ベースのアッセイ）をもたらした菌株は、活性であると見なされた。試験した４４の菌株のうち、７０％が少なくとも１つの病原体に対する活性を示し、菌株は１０の異なる細菌の科にまたがっていた。活性であることが見出された株の半分はアッセイ特異的であり、腸内病原体に対する微生物叢産物の開発を支援するための細菌拮抗作用を評価するためのコンビナトリアルなインビトロアプローチの重要性を強調している。
実施例１４：院内感染を防止するための戦略として多剤耐性グラム陰性菌の除菌のための生菌製品（ＬＢＰ）の開発
多剤耐性菌（ＭＤＲＯ）による腸内定着は、感染のリスク因子である。健康な微生物叢を回復させながら、感染及び定着の再発を防止するためのＭＤＲＯ除菌のための定義された細菌コンソーシアムを本明細書に記載する。糞便物質移植（ＦＭＴ）ドナー材料を、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＣＲＥ）定着のマウスモデルにおいて試験した。最も高いＣＲＥ除菌の有効性を有するＦＭＴドナーからの細菌種を単離した。インビトロ、インビボ、及びインシリコツールのコンビナトリアルなアプローチを使用して、選択された株を、インビボ試験のために様々なサイズの３５の細菌コンソーシアムに組み立てた。対照マウスは密集して定着されたままであったが、３５のコンソーシアムのうちの１つで処置した全てのマウスは、糞中のＣＲＥ定着の≧４ ｌｏｇの低下を示し、≧２５％が完全なＣＲＥクリアランスを示し、これはヒトＦＭＴで観察された有効性に匹敵した。これらの知見は、細菌コンソーシアムが、ＭＤＲＯの定着を排除し、感染のリスクを低減するための効果的な微生物叢ベースのアプローチであることを実証している。
多剤耐性菌（ＭＤＲＯ）による腸内定着は、感染のリスク因子である。健康な微生物叢を回復させながら、感染及び定着の再発を防止するためのＭＤＲＯ除菌のための定義された細菌コンソーシアムを本明細書に記載する。糞便物質移植（ＦＭＴ）ドナー材料を、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（ＣＲＥ）定着のマウスモデルにおいて試験した。最も高いＣＲＥ除菌の有効性を有するＦＭＴドナーからの細菌種を単離した。インビトロ、インビボ、及びインシリコツールのコンビナトリアルなアプローチを使用して、選択された株を、インビボ試験のために様々なサイズの３５の細菌コンソーシアムに組み立てた。対照マウスは密集して定着されたままであったが、３５のコンソーシアムのうちの１つで処置した全てのマウスは、糞中のＣＲＥ定着の≧４ ｌｏｇの低下を示し、≧２５％が完全なＣＲＥクリアランスを示し、これはヒトＦＭＴで観察された有効性に匹敵した。これらの知見は、細菌コンソーシアムが、ＭＤＲＯの定着を排除し、感染のリスクを低減するための効果的な微生物叢ベースのアプローチであることを実証している。
実施例１５：カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４を用いたインビトロ競合アッセイ
個々の細菌株を、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ菌株ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４（ＣＲＥ）を殺傷するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３株１～８の各々を、対照と比較して評価した。Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種（ＪＬ１７）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２（Ｅｃ ２５９２２）、ＶＥ３０３菌株６（ＶＥ３０３－０６）及びＣＲＥのみ（ＣＲＥ単独）。
個々の細菌株を、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ菌株ＡＴＣＣ ＢＡＡ－２８１４（ＣＲＥ）を殺傷するそれらの能力について、インビトロ混合培養競合アッセイによって評価した。細菌株１～３６及びＶＥ３０３株１～８の各々を、対照と比較して評価した。Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ種（ＪＬ１７）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＡＴＣＣ ２５９２２（Ｅｃ ２５９２２）、ＶＥ３０３菌株６（ＶＥ３０３－０６）及びＣＲＥのみ（ＣＲＥ単独）。
細菌株の各々を、図１２のワークフロー図に従って評価した。簡単に説明すると、細菌株及びＣＲＥの各々を、嫌気条件下で３７℃で１８時間別々に増殖させた。次いで、個々の細菌株の培養物をＣＲＥ培養物（約１０３ＣＦＵ）に添加し、嫌気条件下で３７℃で１８時間インキュベートした。次いで、陽性対照及び陰性対照ならびに競合実験の各々についてコロニーをカウントすることによるＣＦＵの計数のために、共培養物をＣＲＥ選択培地上にプレーティングした。各株を平均ＣＲＥ投入量及び対照と比較して、個々の細菌株の存在下でのＣＲＥの増殖抑制を評価した。
結果を図３６～３８及び以下の表２１及び２２に示す。細菌株８、９、１０、１６、及び３６は「活性」と見なされ、細菌株１１、３４、ＶＥ３０３株１（ＶＥ３０３－０１）及びＶＥ３０３株４（ＶＥ３０３－０７）は、ＣＲＥ生存の減少において「弱活性」であった。
「活性」と見なすには、細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉ生存率を≧４．０ ｌｏｇ低下させ、「弱活性」と見なすには、細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉ生存率を２．０～３．９ ｌｏｇ低下させ、「非活性」とは、細菌株がＣ．ｊｅｊｕｎｉ生存率を＜２．０ ｌｏｇ低下させたことを意味する。
Claims (160)
- （１）Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、
（２）Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種からなる群から選択される１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。 - （１）Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、
（２）Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種の１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。 - （１）Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、
（２）Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種の１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。 - （１）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、
（２）Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種の１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。 - （１）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株と、
（２）Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種の１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。 - Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ科に属する細菌株である、請求項１～３のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株が、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＩＶ及び／またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａに属する細菌株である、請求項１～３または６のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する１つ以上の精製された細菌株が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ科に属する細菌株である、請求項１、４、または５のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する精製された細菌株のうちの１つ以上が、短鎖脂肪酸を産生する細菌株である、請求項１～８のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門またはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門に属する精製された細菌株のうちの１つ以上が、酪酸を生成する細菌株である、請求項９に記載の組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ）である、請求項１、２、４、または６～１０のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｅ．ｃｏｌｉが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡである、請求項１１に記載の組成物。
- Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種が、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍである、請求項１、３、または５～１０のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株と、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、及びＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ ＪＣＭ １２９８）、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ ＡＴＣＣ ２９７９９）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ ＷＭ１）、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿６３ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ複数種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ＡＴＣＣ ＢＡＡ－６１３）、ｃｆ．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種ＭＬＧ０５５（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿２＿４４Ａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｄｏｌｉｓ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ ＤＳＭ １４６６２）、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ ＤＳＭ １７２４１）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＩＤ８（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２＿１＿４６ＦＡＡ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌａｖａｌｅｎｓｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ ＤＳＭ １５９８１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４１６３）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種Ｄ５）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ５＿１＿５７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種３１６００２／０８（Ｃｌｏｓｔｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ １＿７＿４７ＦＡＡ）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ Ａ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｓｅｌｌｉｍｏｎａｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種に属する精製された細菌株、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種に属する精製された細菌株を含む、組成物。
- Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物。
- Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物。
- Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物。
- Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｄｒａｎｃｏｕｒｔｅｌｌａ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉを含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｐａｅｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物。
- Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉを含む、組成物。
- 種Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＰｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍの細菌株と、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、及びＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉからなる群から選択される種のうちの１つ以上の精製された細菌株と、を含む、組成物。
- Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆａｅｃｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含む、組成物。
- Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含む、組成物。
- Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ６＿１＿４５、Ｂｌａｕｔｉａ ｏｂｅｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍを含む、組成物。
- Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ）である、請求項１４～１６、１８、１９、２１、２２、２４、２５、２７、２８、３０、または３３～４８のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｅ．ｃｏｌｉが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種３＿２＿５３ＦＡＡである、請求項５０に記載の組成物。
- Ｅ．ｃｏｌｉが、バクテリオシン産生に関連する１つ以上の遺伝子をコードしている、請求項３６～４９、４８、または４９のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｅ．ｃｏｌｉが、プラスミドの取り込みに関連する１つ以上の遺伝子をコードしていない、請求項３６～４９、４８及び４９のいずれか１項に記載の組成物。
- Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種が、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍである、請求項１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、及び３３～３５のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、または少なくとも３５個の精製された細菌株を含む、請求項１～５４のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、２人以上のヒトドナーを起源とする細菌株を含む、請求項１～５５のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、１つ以上の病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制するのに有効である、請求項１～５６のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、対象における病原菌による感染の処置に有効である、請求項１～５７のいずれか１項に記載の組成物。
- 病原菌が、抗生物質に感受性である、請求項５８に記載の組成物。
- 病原菌が、１つ以上の抗生物質に耐性である、請求項５８に記載の組成物。
- 病原菌が、多剤耐性菌である、請求項５７、５８、または６０のいずれか１項に記載の組成物。
- 多剤耐性菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである、請求項６１に記載の組成物。
- 組成物が、腸における調節Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の産生を誘導するのに有効である、請求項１～６２のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、腸における短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）の産生を誘導するのに有効である、請求項１～６３のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、Ｔｈ１免疫応答の誘導に関連する１つ以上の細菌による複製、生存、及び／または腸への定着を抑制するのに有効である、請求項１～６４のいずれか１項に記載の組成物。
- 組成物が、１つ以上の口腔微生物叢細菌による複製、生存、及び／または腸への定着を抑制するのに有効である、請求項１～６５のいずれか１項に記載の組成物。
- 細菌株が、凍結乾燥されている、請求項１～６６のいずれか１項に記載の組成物。
- 細菌株が、噴霧乾燥されている、請求項１～６７のいずれか１項に記載の組成物。
- 細菌株が、胞子型である、請求項１～６８のいずれか１項に記載の組成物。
- 細菌株の各々が、胞子型である、請求項１～６９のいずれか１項に記載の組成物。
- 細菌株のうちの１つ以上が、栄養型である、請求項１～６９のいずれか１項に記載の組成物。
- 細菌株の各々が、栄養型である、請求項１～６８または７１のいずれか１項に記載の組成物。
- 薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項１～７２のいずれか１項に記載の組成物を含む、医薬組成物。
- 経口送達のために製剤化される、請求項７３に記載の医薬組成物。
- 直腸送達のために製剤化される、請求項７３に記載の医薬組成物。
- 腸への送達のために製剤化される、請求項７３～７５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
- 結腸への送達のために製剤化される、請求項７３～７６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
- １回用量として投与される、請求項７３～７７のいずれか１項に記載の医薬組成物。
- 複数回用量として投与される、請求項７３～７７のいずれか１項に記載の医薬組成物。
- 各用量が、複数のカプセルの投与を含む、請求項７８または７９に記載の医薬組成物。
- 請求項１～７２のいずれか１項に記載の組成物と、栄養素と、を含む、食品。
- 対象における病原菌による感染を抑制する方法であって、治療有効量の請求項１～７２のいずれか１項に記載の組成物、または請求項８１に記載の食品を、対象に投与することを含む、方法。
- 病原菌が、抗生物質に感受性である、請求項８２に記載の方法。
- 病原菌が、抗生物質に耐性である、請求項８２に記載の方法。
- 病原菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである、請求項８２～８４のいずれか１項に記載の方法。
- 病原菌が、多剤耐性菌である、請求項８２、８３、または８５のいずれか１項に記載の方法。
- 病原菌が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項８２～８５のいずれか１項に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、多剤耐性である、請求項８７に記載の方法。
- 多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項８９に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、Ｔｈ１応答を誘導する、請求項８５～８７のいずれか１項に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、株ＢＡＡ－２５５２、株ＫＰ－１、株７００７２１、株１３８８２、株３４Ｅ１、株ＢＡＡ－１７０５、株７００６０３、または株Ｋｐ－２Ｈ７である、請求項８７に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、株Ｋｐ－２Ｈ７である、請求項８７に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項８２～９２のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、対象に複数回投与される、請求項８２～９３のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、経口投与によって対象に投与される、請求項８２～９４のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、直腸投与によって対象に投与される、請求項８２～９４のいずれか１項に記載の方法。
- 投与が、病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する、請求項８２～９６のいずれか１項に記載の方法。
- 病原菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである、請求項８２、８３、及び９３～９７のいずれか１項に記載の方法。
- 細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む、請求項８２～９８のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない、請求項８２～９９のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない、請求項８２～１００のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む、請求項８２～９９のいずれか１項に記載の方法。
- 抗生物質が、バンコマイシンである、請求項１０２に記載の方法。
- 対象における病原菌による感染を処置する方法であって、治療有効量の請求項１～８０のいずれか１項に記載の組成物、または請求項８１に記載の食品を、対象に投与することを含む、前記方法。
- 病原菌が、抗生物質に感受性である、請求項１０４に記載の方法。
- 病原菌が、抗生物質に耐性である、請求項１０４に記載の方法。
- 病原菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである、請求項１０４に記載の方法。
- 病原菌が、多剤耐性菌である、請求項１０４、１０６、または１０７のいずれか１項に記載の方法。
- 病原菌が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項１０８に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、多剤耐性である、請求項１０９に記載の方法。
- 多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項１１０に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、Ｔｈ１応答を誘導する、請求項１０９～１１１のいずれか１項に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、株ＢＡＡ－２５５２、株ＫＰ－１、株７００７２１、株１３８８２、株３４Ｅ１、株ＢＡＡ－１７０５、株７００６０３、または株Ｋｐ－２Ｈ７である、請求項１０９～１１２のいずれか１項に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、株Ｋｐ－２Ｈ７である、請求項１１３に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項１０４～１１４のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、対象に複数回投与される、請求項１０４～１１５のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、経口投与によって対象に投与される、請求項１０４～１１６のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、直腸投与によって対象に投与される、請求項１０４～１１６のいずれか１項に記載の方法。
- 投与が、病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する、請求項１０４～１１８のいずれか１項に記載の方法。
- 病原菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｙｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである、請求項１０４、１０６、及び１１５～１１９のいずれか１項に記載の方法。
- 細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む、請求項１０４～１２０のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない、請求項１０４～１２１のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない、請求項１０４～１２２のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む、請求項１０４～１２１のいずれか１項に記載の方法。
- 抗生物質が、バンコマイシンである、請求項１２４に記載の方法。
- 対象における細菌定着に関連する疾患または障害を処置する方法であって、治療有効量の請求項１～８０のいずれか１項に記載の組成物、または請求項８１に記載の食品を、対象に投与することを含む、前記方法。
- 病原菌が、抗生物質に感受性である、請求項１２６に記載の方法。
- 病原菌が、抗生物質に耐性である、請求項１２６に記載の方法。
- 病原菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである、請求項１２６に記載の方法。
- 病原菌が、多剤耐性菌である、請求項１２６に記載の方法。
- 病原菌が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項１２６に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、多剤耐性である、請求項１３１に記載の方法。
- 多剤耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、カルバペネム耐性Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項１３２に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、Ｔｈ１応答を誘導する、請求項１３１～１３３のいずれか１項に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、株ＢＡＡ－２５５２、株ＫＰ－１、株７００７２１、株１３８８２、株３４Ｅ１、株ＢＡＡ－１７０５、株７００６０３、または株Ｋｐ－２Ｈ７である、請求項１３４に記載の方法。
- Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、株Ｋｐ－２Ｈ７である、請求項１３１～１３５のいずれか１項に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項１２６～１３６のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、対象に複数回投与される、請求項１２６～１３７のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、経口投与によって対象に投与される、請求項１２６～１３８のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、直腸投与によって対象に投与される、請求項１２６～１３８のいずれか１項に記載の方法。
- 投与が、病原菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する、請求項１２６～１４０のいずれか１項に記載の方法。
- 病原菌が、バンコマイシン耐性Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ（ＣＲＥ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ、多剤耐性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、多剤耐性Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性非チフス性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、薬剤耐性Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉ、薬剤耐性Ｓｈｉｇｅｌｌａ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、薬剤耐性Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、薬剤耐性Ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、バンコマイシン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、エリスロマイシン耐性Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはクリンダマイシン耐性Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓである、請求項１２６に記載の方法。
- 細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む、請求項１２６～１４２のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない、請求項１２６～１４３のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない、請求項１２６～１４４のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む、請求項１２６～１４３のいずれか１項に記載の方法。
- 抗生物質が、バンコマイシンである、請求項１４６に記載の方法。
- 対象の腸への口腔微生物叢細菌の定着を抑制する方法であって、治療有効量の請求項１～８０のいずれか１項に記載の組成物、または請求項８１に記載の食品を、対象に投与することを含む、前記方法。
- 口腔微生物叢細菌が、抗生物質に感受性である、請求項１４８に記載の方法。
- 口腔微生物叢細菌が、抗生物質に耐性である、請求項１４８に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項１４８～１５８のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、対象に複数回投与される、請求項１４８～１５１のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、経口投与によって対象に投与される、請求項１４８～１５２のいずれか１項に記載の方法。
- 組成物が、直腸投与によって対象に投与される、請求項１４８～１５２のいずれか１項に記載の方法。
- 投与が、口腔微生物叢細菌の複製、生存、及び／または定着を抑制する、請求項１４８～１５４のいずれか１項に記載の方法。
- 細菌を含む１つ以上の追加の組成物を投与することをさらに含む、請求項１４８～１５５のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前に抗生物質の投与が行われない、請求項１４８～１５６のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与の前にバンコマイシンの投与が行われない、請求項１４８～１５７のいずれか１項に記載の方法。
- 医薬組成物の投与前に抗生物質を対象に投与することをさらに含む、請求項１４８～１５６のいずれか１項に記載の方法。
- 抗生物質が、バンコマイシンである、請求項１５９に記載の方法。
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