JP2022513349A - Treatment of solid tumor cancer using ildin and biomarkers - Google Patents

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Abstract

固形腫瘍癌に罹患する対象が、イルジンを用いた治療から利益を受ける可能性を判定する方法が本明細書において開示される。さらに、当該判定に基づく治療方法も開示される。いくつかの実施形態において、マーカーのProstaglandin reductase 1(PTGR1)、Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type 14(PTPN14)、Aspartate Beta-Hydroxylase(ASPH)が、1つ以上の遺伝子とともに、または単独で、イルジンを用いた治療を強化または誘導するために使用されてもよい。ある実施形態では、当該タンパク質または当該遺伝子は、発現され、またはメチル化されてもよい。Disclosed herein are methods of determining the likelihood that a subject suffering from solid tumor cancer will benefit from treatment with ildin. Further, a treatment method based on the determination is also disclosed. In some embodiments, the markers Prostaglandin redutase 1 (PTGR1), Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type 14 (PTPN14), Aspartate Beta-Hydroxylase (ASP) alone, with Beta-Hydroxylase (ASP)) It may be used to enhance or induce the treatment used. In certain embodiments, the protein or gene may be expressed or methylated.

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2018年10月14日に出願された米国仮特許出願第62/745,382号明細書の利益を主張するものであり、当該出願はその全体で本明細書に参照により援用される。
Cross-references to related applications This application claims the benefit of US Provisional Patent Application No. 62 / 745,382 filed October 14, 2018, which is herein in its entirety. Incorporated by reference to.

本発明は、癌患者に投与される抗癌剤(例えば、イルジン(illudins))に対する癌患者の感受性の判定における使用のためのマーカー、および当該マーカーの応用に関するものであり、当該マーカーは、当該癌患者が当該抗癌剤に対する治療応答性を有するかを判定することができる。 The present invention relates to a marker for use in determining the susceptibility of a cancer patient to an anticancer agent (eg, illudins) administered to the cancer patient, and an application of the marker, wherein the marker is the cancer patient. Can be determined to have therapeutic responsiveness to the anticancer drug.

イルジンは化学的に修飾され、癌の治療に使用されている。イルジンであるイロフルベン(Irofulven)は、真菌毒素のイルジンSの化学修飾型である。イロフルベンはDNAアルキル化剤であり、独特な機序を有している。このイルジンはDNAおよびタンパク質に損傷を与える剤であり、急速に分裂する悪性腫瘍細胞を標的とする。イロフルベンは腫瘍細胞内に入り、DNAとタンパク質標的に結合することによってDNA複製と細胞分裂に干渉する。その結果、腫瘍細胞は停止状態となり、死に至る(アポトーシス)。研究によって、特定の用量で腫瘍細胞はイロフルベンの二重損傷活性に高度に感受性であり、一方で正常な細胞はこの細胞殺傷剤に対してわずかな応答しか示さないことが判明している。すべての固形癌がイルジンに感受性というわけではなく、イルジン感受性の対象を判定する方法は困難であった。 Illudin is chemically modified and used in the treatment of cancer. The ildin, Irofulven, is a chemically modified form of the mycotoxin ildin S. Irofulven is a DNA alkylating agent and has a unique mechanism. This ildin is a DNA and protein damaging agent that targets rapidly dividing malignant tumor cells. Irofulven enters tumor cells and interferes with DNA replication and cell division by binding to DNA and protein targets. As a result, the tumor cells become arrested and die (apoptosis). Studies have shown that at certain doses tumor cells are highly sensitive to the double-damaging activity of irofulven, while normal cells show a modest response to this cell-killing agent. Not all solid tumors are vulnerable to illudin, and methods for determining illudin-sensitive subjects have been difficult.

特に前立腺癌、卵巣癌、肝癌、および腎癌などの固形腫瘍患者に対する診断および治療戦略の近年の発展にも関わらず、スクリーニングと治療に関し、多くの重大な知識格差が存在している。診断の時点で対象を応答性群へと最適に階層化するための遺伝的プロファイルをはじめとする患者の特性に関する知識は不充分である。さらに、これら癌を発症、またはこれら癌によって死亡するリスク因子に関する知識も不充分であり、臨床診療に現実社会のエビデンスを効果的に導入することも不足している。この知識不足は、どの対象が特定の治療で最良の転帰となるかの予測が最適化されていないことを意味している。それに加えて、どの対象が不必要な、または不適切な治療で害を受ける可能性があるか、または治療を伴わなくても問題なく管理される可能性があるかについての現行の予測も乏しいままである。 Despite the recent developments in diagnostic and therapeutic strategies, especially for patients with solid tumors such as prostate, ovarian, liver and kidney cancer, there are many significant knowledge gaps regarding screening and treatment. Knowledge of patient characteristics, including genetic profiles, for optimal stratification of subjects into responsive groups at the time of diagnosis is inadequate. In addition, knowledge of the risk factors for developing these cancers or dying from these cancers is inadequate, and there is also a lack of effective introduction of real-world evidence into clinical practice. This lack of knowledge means that predictions of which subjects have the best outcomes for a particular treatment have not been optimized. In addition, there are few current predictions as to which subjects may be harmed by unnecessary or inappropriate treatment, or may be successfully managed without treatment. There is up to.

したがって、治療方法、および対象がイルジン治療に応答性であるか、または多少なりとも応答性である可能性があるかを判定する方法に対するニーズが存在する。特に本出願が目的とするのはこのニーズである。 Therefore, there is a need for a method of treatment and a method of determining whether a subject is responsive to illudin treatment or may be more or less responsive. It is this need that is particularly aimed at in this application.

本出願は、固形腫瘍癌に罹患する対象が、イルジンを用いた治療から利益を受ける可能性を判定する方法に関する。さらに、当該判定に基づく治療方法にも関する。いくつかの実施形態において、マーカーのProstaglandin reductase 1(PTGR1)、Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type 14(PTPN14)、Aspartate Beta-Hydroxylase(ASPH)は、1つ以上の遺伝子とともに、または単独で、本方法において使用される。ある実施形態では、当該タンパク質または当該遺伝子は、発現され、またはメチル化される場合がある。 The present application relates to a method for determining the likelihood that a subject suffering from solid tumor cancer will benefit from treatment with ildin. Further, it also relates to a treatment method based on the determination. In some embodiments, the markers Prostaglandin redutase 1 (PTGR1), Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type 14 (PTPN14), Aspartate Beta-Hydroxylase (ASP) alone, one gene, one gene, one or more, and one gene (ASP) alone. Used in. In certain embodiments, the protein or gene may be expressed or methylated.

標的化薬剤治療を用いて固形腫瘍癌を治療する方法は、
以下の式:
How to treat solid tumor cancer with targeted drug therapy
The following formula:

Figure 2022513349000002
Figure 2022513349000002

の化合物を用いた治療に対して感受性である癌を有する患者を特定することを含み、
式中、R1、R2およびR3は独立して、(C1-C4)アルキル、メチルまたはヒドロキシルである。
Including identifying patients with cancer who are sensitive to treatment with the compounds of
In the formula, R1, R2 and R3 are independently (C1-C4) alkyl, methyl or hydroxyl.

定義
「対象」という用語は、限定されないが、霊長類(例えば、ヒト)、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、イヌ、ネコ、ウサギ、ラットまたはマウスをはじめとする動物を指す。「対象」と「患者」という用語は、例えばヒト対象、1つの実施形態ではヒトなどの哺乳類対象に関連して、本明細書において相互交換可能に使用される。
Definitions The term "subject" refers to animals, including, but not limited to, primates (eg, humans), cows, pigs, sheep, goats, horses, dogs, cats, rabbits, rats or mice. The terms "subject" and "patient" are used interchangeably herein in the context of, for example, a human subject and, in one embodiment, a mammalian subject such as a human.

「治療する」、「治療すること」および「治療」という用語は、状態または当該状態と関連した症状のうちの1つ以上を緩和すること、もしくは消滅させること、または状態自体の原因を緩和すること、もしくは根絶させることを含むことが意図される。 The terms "treat," "treat," and "treat" alleviate or eliminate one or more of the condition or symptoms associated with the condition, or alleviate the cause of the condition itself. It is intended to include that, or eradication.

「管理する」、「管理すること」、および「管理」という用語は、特定の疾患、障害または状態にすでに罹患している患者において、当該疾患、障害または状態の再発を予防すること、および/または当該疾患、障害もしくは状態に罹患している患者が寛解に留まる時間を延長させることを包含する。当該用語は、当該疾患、障害もしくは状態の閾値、発展および/または期間を調節すること、または当該疾患、障害もしくは状態に対して患者が応答する状況を変えることを包含する。 The terms "manage," "manage," and "manage" are used to prevent the recurrence of a particular disease, disorder, or condition in a patient who is already suffering from that disease, disorder, or condition, and / Or it includes prolonging the time a patient suffering from the disease, disorder or condition stays in remission. The term includes adjusting the threshold, development and / or duration of the disease, disorder or condition, or changing the situation in which a patient responds to the disease, disorder or condition.

「予防する」、「予防すること」、および「予防」という用語は、傷害、疾患もしくは状態、またはその付随する症状の発生を遅延させる、および/または発生させない方法、対象が傷害、疾患または状態となることを妨げる方法、または傷害、疾患、もしくは状態となる対象のリスクを低下させる方法を含むことが意図される。 The terms "prevent," "prevent," and "prevention" are methods, subjects that delay and / or do not cause an injury, disease or condition, or associated symptoms. It is intended to include methods to prevent this from happening, or to reduce the risk of an injury, illness, or condition subject.

化合物を用いた治療に関連した、「感受性」および「感受性である」という用語は、治療される疾患、障害もしくは状態の進行を軽減させる、または減少させることにおける、化合物の有効性の程度を指す相対的な用語である。例えば、「感受性が増加した」または「治療に対して感受性である」という用語は、化合物に関連付けられて疾患、傷害または状態の治療に関して使用される場合、少なくとも3%、特に少なくとも5%以上の治療有効性における増加を指す。 The terms "susceptibility" and "susceptibility" associated with treatment with a compound refer to the degree of effectiveness of the compound in reducing or reducing the progression of the disease, disorder or condition being treated. It is a relative term. For example, the terms "increased susceptibility" or "susceptible to treatment" when used in connection with the treatment of a disease, injury or condition associated with a compound, at least 3%, in particular at least 5% or more. Refers to an increase in therapeutic efficacy.

本明細書において使用される場合、および別段の規定が無い限り、化合物の「治療有効量」という用語は、疾患、傷害もしくは状態の治療または管理において治療上の利益をもたらすために充分な量、または疾患、障害もしくは状態の存在と関連した1つ以上の症状を遅延させる、もしくは最小化させるために充分な量である。化合物の治療有効量とは、単独の治療剤の量、または疾患、障害もしくは状態の治療または管理において治療利益をもたらす他の治療剤と併用された治療剤の量を意味する。「治療有効量」という用語は、治療全体を改善する量、疾患、傷害もしくは状態の症状または原因を減少させる、または回避させる量、または別の治療剤の治療有効性を強化する量を包含し得る。 As used herein, and unless otherwise specified, the term "therapeutically effective amount" of a compound is an amount sufficient to provide therapeutic benefit in the treatment or management of a disease, injury or condition. Or an amount sufficient to delay or minimize one or more symptoms associated with the presence of a disease, disorder or condition. The therapeutically effective amount of a compound means the amount of a single therapeutic agent or the amount of a therapeutic agent used in combination with another therapeutic agent that provides therapeutic benefit in the treatment or management of a disease, disorder or condition. The term "therapeutically effective amount" includes an amount that improves overall treatment, reduces or avoids the symptoms or causes of a disease, injury or condition, or enhances the therapeutic efficacy of another therapeutic agent. obtain.

本明細書において使用される場合、「効果的な患者応答」とは、患者に対する治療利益における何らかの増加を指す。「効果的な患者応答」は、例えば、疾患、障害または状態の進行速度における、5%、7.5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、90%または100%の低下であり得る。「効果的な患者応答」は、例えば、疾患、障害または状態の身体的症状における、5%、7.5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、90%または100%の低下であり得る。「効果的な患者応答」は、例えば、遺伝子発現、細胞数、分析結果などの任意の適切な手段により測定されたときの患者の応答における、5%、7.5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、75%、80%、90%、100%、120%、140%、150%、170%、180%、190%、200%またはそれ以上の増加であり得る。 As used herein, "effective patient response" refers to any increase in therapeutic benefit to a patient. "Effective patient response" is, for example, 5%, 7.5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, in the rate of progression of a disease, disorder or condition. It can be a 45%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 90% or 100% reduction. "Effective patient response" is, for example, 5%, 7.5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40% in the physical symptoms of a disease, disorder or condition. , 45%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 90% or 100% reduction. "Effective patient response" is 5%, 7.5%, 10%, 15% of a patient's response as measured by any suitable means, such as gene expression, cell count, analysis results, etc. , 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 90%, 100%, 120%, 140%, 150%, 170 It can be an increase of%, 180%, 190%, 200% or more.

疾患、障害または状態における改善は、完全奏功または部分奏功として特徴付けられ得る。「完全奏功」とは、任意の過去の異常な放射線学的検査、骨髄および脳脊髄液(CSF)または異常なモノクローナルタンパク質の測定結果の正常化を伴う、臨床的に検出可能な疾患の非存在を指す。「部分奏功」とは、新たな病変がない場合のすべての測定可能な疾患、障害または状態の負荷量(すなわち、対象に存在する悪性細胞の数、または腫瘍塊の測定体積、または異常なモノクローナルタンパク質の量)における少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%の減少を指す。「治療」という用語は、完全奏功と部分奏功の両方を予期する。 Improvements in a disease, disorder or condition can be characterized as a complete or partial response. "Complete response" is the absence of clinically detectable disease with normalization of any past abnormal radiological examination, bone marrow and cerebrospinal fluid (CSF) or abnormal monoclonal protein measurements. Point to. "Partial response" is the load of any measurable disease, disorder or condition in the absence of new lesions (ie, the number of malignant cells present in the subject, or the measured volume of the tumor mass, or an abnormal monoclonal). Amount of protein) refers to a reduction of at least about 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, or 90%. The term "treatment" expects both complete and partial responses.

「難治性または耐性」という用語は、患者が、たとえ集中治療の後であっても、治療に応答しない状況を指す。例えば、患者は、リンパ系、血液および/または血液形成組織(例えば、骨髄)において残存癌細胞(例えば、白血病細胞またはリンパ腫細胞)を有する可能性がある。 The term "refractory or resistant" refers to a situation in which a patient does not respond to treatment, even after intensive care. For example, a patient may have residual cancer cells (eg, leukemia cells or lymphoma cells) in the lymphatic system, blood and / or blood-forming tissue (eg, bone marrow).

本明細書において使用される場合、「判定すること」、「測定すること」、「審査すること」、「評価すること」、および「分析すること」という用語は概して測定の任意の形態を指し、要素の存在または非存在を判定することを含む。これらの用語は、定量的および/または定性的な判定の両方を含む。評価は、相対的または絶対的であってもよい。「~の存在を評価すること」は、存在する何らかの量を判定すること、ならびに存在か非存在かを判定することを含み得る。 As used herein, the terms "determining," "measuring," "examining," "evaluating," and "analyzing" generally refer to any form of measurement. Includes determining the presence or absence of an element. These terms include both quantitative and / or qualitative judgments. The evaluation may be relative or absolute. "Evaluating the existence of ..." may include determining any quantity present, as well as determining existence or non-existence.

「単離された」および「精製された」という用語は、物質(例えば、DNA/mRNAまたはタンパク質)が存在するサンプルの大部分を当該物質が構成するよう、物質を単離することを指す。すなわち当該物質が自然状態で、または非単離状態で典型的に存在するよりも多くを構成するよう、物質を単離することを指す。典型的にはサンプルの大部分とは、例えば、サンプルの1%超、2%超、5%超、10%超、15%超、20%超、25%超、30%超、40%超、50%超、またはそれ以上、通常はサンプルの90%~100%以下を含む。例えば、単離されたDNA/mRNAのサンプルは典型的には、少なくとも約1%の総mRNAを含み得る。ポリヌクレオチドの精製技術は当分野に公知であり、例えば、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、フローソーティング、および密度に従う沈殿が挙げられる。 The terms "isolated" and "purified" refer to the isolation of a substance such that the substance constitutes the majority of the sample in which the substance (eg, DNA / mRNA or protein) is present. That is, it refers to isolating a substance so that it constitutes more than is typically present in its natural or non-isolated state. Typically, the majority of the sample is, for example, more than 1%, more than 2%, more than 5%, more than 10%, more than 15%, more than 20%, more than 25%, more than 30%, more than 40% of the sample. , 50% or more, usually 90% to 100% or less of the sample. For example, an isolated DNA / mRNA sample can typically contain at least about 1% total mRNA. Polynucleotide purification techniques are known in the art and include, for example, gel electrophoresis, ion exchange chromatography, affinity chromatography, flow sorting, and density-based precipitation.

本明細書において使用される場合、「サンプル」という用語は、素材または素材の混合物に関連し、典型的には、必ずではないが液状の形態であり、対象の1つ以上の構成要素を含有する。 As used herein, the term "sample" relates to a material or mixture of materials, typically in liquid form, but not necessarily, and contains one or more components of interest. do.

本明細書において使用される場合、「生物学的サンプル」とは、生物学的対象から取得されたサンプルを指し、インビボまたは原位置(in situ)で取得され、到達され、もしくは収集された生物学的な組織または液体が起源のサンプルを含む。また生物学的サンプルには、前癌性もしくは癌性の細胞または組織を含有する生物学的対象の領域に由来するサンプルも含まれる。そうしたサンプルは、限定されないが、哺乳動物から単離された器官、組織、分画および細胞であり得る。例示的な生物学的サンプルとしては限定されないが、細胞溶解物、細胞培養物、細胞株、組織、口腔組織、消化管組織、器官、細胞小器官、生物学的液体、血液サンプル、尿サンプル、皮膚サンプルなどが挙げられる。生物学的サンプルとしては限定されないが、全血、部分精製血液、PBMC、組織生検などが挙げられる。 As used herein, "biological sample" refers to a sample taken from a biological subject, an organism taken in vivo or in situ, reached or collected. Includes samples of scientific tissue or liquid origin. Biological samples also include samples derived from regions of biological subject containing precancerous or cancerous cells or tissues. Such samples can be, but are not limited to, organs, tissues, fractions and cells isolated from mammals. Not limited to exemplary biological samples, cell lysates, cell cultures, cell lines, tissues, oral tissues, gastrointestinal tissues, organs, cell microorganisms, biological fluids, blood samples, urine samples, Examples include skin samples. Biological samples include, but are not limited to, whole blood, partially purified blood, PBMCs, tissue biopsies and the like.

本明細書において使用される場合、および別段の示唆が無い限り、「光学的に純粋」という用語は、化合物の1つの光学異性体を含み、当該化合物の他の異性体を実質的に含まない組成物を意味する。例えば、1つのキラル中心を有する化合物の光学的に純粋な組成物は、当該化合物の反対側の鏡像異性体を実質的に含まない。2つのキラル中心を有する化合物の光学的に純粋な組成物は、当該化合物の他のジアステレオマーを実質的に含まない。典型的な光学的に純粋な化合物は、当該化合物の1つの鏡像異性体を約80重量%超、および当該化合物の他の鏡像異性体を約20重量%未満で含み、または当該化合物の1つの鏡像異性体を約90重量%超、および当該化合物の他の鏡像異性体を約10重量%未満で含み、または当該化合物の1つの鏡像異性体を約95重量%超、および当該化合物の他の鏡像異性体を約5%未満で含み、または当該化合物の1つの鏡像異性体を約97重量%超、および当該化合物の他の鏡像異性体を約3重量%未満で含み、または当該化合物の1つの鏡像異性体を約99重量%超、および当該化合物の他の鏡像異性体を約1重量%未満で含む。 As used herein, and unless otherwise indicated, the term "optically pure" comprises one optical isomer of a compound and substantially no other isomers of that compound. Means a composition. For example, an optically pure composition of a compound having one chiral center is substantially free of enantiomers on the opposite side of the compound. The optically pure composition of a compound having two chiral centers is substantially free of other diastereomers of the compound. A typical optically pure compound comprises more than about 80% by weight of one mirror isomer of the compound and less than about 20% by weight of the other mirror isomers of the compound, or one of the compounds. More than about 90% by weight of the mirror image isomer and less than about 10% by weight of the other mirror image isomers of the compound, or more than about 95% by weight of one mirror image isomer of the compound, and the other of the compound. It contains less than about 5% by weight of the mirror image isomer, or more than about 97% by weight of one mirror image isomer of the compound, and less than about 3% by weight of the other mirror image isomers of the compound, or one of the compounds. It contains more than about 99% by weight of one mirror isomer and less than about 1% by weight of other mirror isomers of the compound.

本明細書において使用される場合、「イルジン」という用語は、以下の式I: As used herein, the term "illudin" is used in Formula I:

Figure 2022513349000003
Figure 2022513349000003

を伴う化合物を含む。
1、R2、およびR3は独立して、(C1-C4)アルキル、メチル、またはヒドロキシルである。イルジンという用語は、ヒドロキシメチルアシルフルベン(HydroxyMethylAcylfulvene、HMAF、イロフルベン)を含む場合があり、当該化合物は以下の式II:
Includes compounds with.
R 1 , R 2 , and R 3 are independently (C1-C4) alkyl, methyl, or hydroxyl. The term illudin may include hydroxymethylacylfulvene (HMAF, irofulven), the compound being of formula II:

Figure 2022513349000004
Figure 2022513349000004

を有する。 Have.

イルジンという用語は、(-)-ヒドロキシウレアメチルアシルフルベン((-)-HydroxyUreaMethylAcylfulvene)を含む場合があり、当該化合物は以下の式III: The term illudin may include (-)-hydroxyureamethylacylfluvene ((-)-HydroxyUreaMethylAcylfulvene), the compound being of formula III:

Figure 2022513349000005
Figure 2022513349000005

を有する。 Have.

図1は、ヒドロキシウレアメチルアシルフルベンの例示的な遺伝子シグネチャーの相対的な重要性を示す。この相対的な変動性重要度グラフにおいて遺伝子の重み付け分析が実施され、癌におけるヒドロキシウレアメチルアシルフルベンのシグネチャーにおける上位10個の遺伝子に関する相対的ランキングが分析された。データから、PTGR1(Prostaglandin reductase 1)、次いでPTPN14とASPHが、ヒドロキシウレアメチルアシルフルベン感受性の遺伝子シグネチャーであることが示される。FIG. 1 shows the relative importance of the exemplary gene signature of hydroxyureamethylacylfluven. Gene weighting analysis was performed on this relative variability importance graph to analyze the relative ranking of the top 10 genes in the hydroxyureamethylacylfluvene signature in cancer. The data show that PTGR1 (Prostaglandin reductase 1), followed by PTPN14 and ASPH, are the gene signatures for hydroxyureamethylacylfluben sensitivity. 図2は、ヒドロキシウレアメチルアシルフルベンに対する陽性応答とのPTGR1とPTPN14の関連性を示す。この感受性分析グラフにおいて、lekprofile関数を使用して、LP-184遺伝子シグネチャー全体にわたり、応答性変動に対する遺伝子発現の効果が検証された。PTGR1(Prostaglandin reductase 1)の高発現は、LP-184に対する陽性応答と相関していた。PTPN14は、次点の高相関遺伝子であった。本実験は、癌細胞パネルに対して実施された。FIG. 2 shows the association between PTGR1 and PTPN14 with a positive response to hydroxyureamethylacylfluven. In this susceptibility analysis graph, the lekprofile function was used to validate the effect of gene expression on responsive variation across the LP-184 gene signature. High expression of PTGR1 (Prostaglandin reductase 1) correlated with a positive response to LP-184. PTPN14 was the runner-up highly correlated gene. This experiment was performed on a cancer cell panel.

上述の実施形態は単なる例示であることが意図されており、当業者であればルーチンを超えない実験を使用して特定の化合物、材料および手順の多くの均等を認識し、または確認することができるであろう。そのような均等のすべてが、本実施形態の範囲内にあるとみなされ、添付の請求の範囲に包含される。 The embodiments described above are intended to be merely exemplary, and one of ordinary skill in the art may recognize or confirm many equalities of a particular compound, material and procedure using experiments that do not go beyond routine. You can do it. All such equality is considered to be within the scope of the present embodiment and is included in the appended claims.

抗癌剤感受性判定マーカーのうちの1つのメンバーとしては、単独または1つ以上の遺伝子と併用される遺伝子マーカーのProstaglandin reductase 1(PTGR1)、Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type 14(PTPN14)、Aspartate Beta-Hydroxylase(ASPH)が挙げられる。ある実施形態では、タンパク質遺伝子は、発現され、またはメチル化される場合がある。Prostaglandin reductase 1(PTGR1)は、エノン還元酵素活性を伴う高度に誘導性の酵素である。マーカーのPTGR1は、イルジン系治療に対する感受性と相関し、またはイルジン系治療に対する真のレスポンダーと相関していた。このマーカーを単独で、または他と併用して使用することで、患者に対する個別化医療をベースとした治療を可能にする、予測バイオマーカーをベースとしたスクリーニング検査が開発され、癌(例えば、前立腺癌)の治療におけるギャップを減少させることができる。本発明者らは、固形腫瘍癌を有する対象において循環する、固形腫瘍に関連した変異型の核酸配列またはタンパク質配列の検出が、イルジンを用いた治療に対し対象が感受性であるかを正確に判定し得ることを見出した。 Members of one of the anti-cancer drug susceptibility determination markers include the gene markers Prostaglandin redictase 1 (PTGR1), Protein Tyrosine Phosphatase Non-Receptor Type14 (PTPN14), and AspN, which are gene markers used alone or in combination with one or more genes. (ASPH). In certain embodiments, the protein gene may be expressed or methylated. Prostaglandin redutase 1 (PTGR1) is a highly inducible enzyme with enone reductase activity. The marker PTGR1 correlated with susceptibility to illudin therapy or with a true responder to illudin therapy. Predictive biomarker-based screening tests have been developed that, when used alone or in combination with this marker, enable personalized care-based treatment of patients for cancer (eg, prostate). The gap in the treatment of cancer) can be reduced. We accurately determine whether the detection of a circulating, solid tumor-related mutant nucleic acid or protein sequence in a subject with solid tumor cancer is sensitive to treatment with ildin. I found it possible.

特定の実施形態では、PTGR1、PTPN14、ASPH遺伝子のDNAはメチル化される。DNAメチル化は、DNA分子にメチル基が付加されるプロセスである。メチル化は、配列を変えることなくDNAセグメントの活性を変えることができる。遺伝子プロモーターに位置づけられている場合、DNAメチル化は遺伝子の転写を抑制するよう作用することが多い。 In certain embodiments, the DNA of the PTGR1, PTPN14, ASPH genes is methylated. DNA methylation is the process by which a methyl group is added to a DNA molecule. Methylation can alter the activity of DNA segments without altering the sequence. When positioned as a gene promoter, DNA methylation often acts to suppress gene transcription.

固形腫瘍癌(例えば、前立腺癌、卵巣癌、肝癌、腎癌および甲状腺癌)の治療方法または管理方法は、
以下の式:
Treatment or management methods for solid tumor cancers (eg, prostate cancer, ovarian cancer, liver cancer, kidney cancer and thyroid cancer)
The following formula:

Figure 2022513349000006
Figure 2022513349000006

のイルジン、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体を用いた治療に感受性である癌を有する患者を特定すること、および
当該患者に、当該イルジンの治療有効量を投与することを含む。
To identify patients with cancer who are sensitive to treatment with illdin, or a pharmaceutically acceptable salt, solvate or stereoisomer thereof, and administer a therapeutically effective amount of the ildin to the patient. Including doing.

固形腫瘍を治療する方法または固形腫瘍治療を管理する方法は、
以下の式:
How to treat solid tumors or manage solid tumor treatment
The following formula:

Figure 2022513349000007
Figure 2022513349000007

を有するイルジン、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体を用いた治療に感受性である固形腫瘍癌を有する患者を特定すること、および
当該患者に、当該化合物の治療有効量を投与することを含む。
Identifying a patient with solid tumor cancer who is sensitive to treatment with illdin, or a pharmaceutically acceptable salt, solvate or stereoisomer thereof, and the therapeutic efficacy of the compound in the patient. Includes administration of dose.

固形腫瘍を有する患者における治療に対する応答性を予測する方法であって、
当該患者から生物学的サンプルを取得すること、
当該生物学的サンプル中のPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせの発現レベルを測定すること、および
当該生物学的サンプル中の発現レベルを、固形腫瘍を有さない対象由来の生物学的サンプルの発現レベルと比較すること、を含み、
固形腫瘍を有さない対象由来のレベルと比較した、当該患者由来の生物学的サンプル中の発現レベルの増加は、以下の式:
A method of predicting treatment responsiveness in patients with solid tumors.
Obtaining a biological sample from the patient,
Measuring the expression levels of PTGR1, PTPN14, ASPH, or a combination thereof in the biological sample, and the expression levels in the biological sample, are biological samples from subjects without solid tumors. Including, comparing with the expression level of
The increase in expression levels in biological samples from the patient as compared to levels from subjects without solid tumors is as follows:

Figure 2022513349000008
Figure 2022513349000008

の化合物またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体を用いた治療に対する効果的な応答の可能性を示す、方法。 A method of demonstrating the potential for an effective response to treatment with a compound of or a pharmaceutically acceptable salt, solvate or stereoisomer thereof.

固形腫瘍を有する患者における治療に対する応答性を予測する方法であって、
当該患者から生物学的サンプルを取得すること、
当該生物学的サンプル中のPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせの発現レベルを測定すること、および
当該生物学的サンプル中のPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせの発現レベルを、固形腫瘍を有さない対象由来の生物学的サンプルの発現レベルと比較すること、を含み、
固形腫瘍を有さない対象由来のレベルと比較した、当該患者由来の生物学的サンプル中のPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせの発現レベルの低下は、以下の式:
A method of predicting treatment responsiveness in patients with solid tumors.
Obtaining a biological sample from the patient,
Measuring the expression level of PTGR1, PTPN14, ASPH, or a combination thereof in the biological sample, and the expression level of PTGR1, PTPN14, ASPH, or a combination thereof in the biological sample, solid tumor. Comparing with the expression level of biological samples from subjects that do not have, including
The reduction in expression levels of PTGR1, PTPN14, ASPH, or a combination thereof in biological samples from the patient as compared to levels from subjects without solid tumors is as follows:

Figure 2022513349000009
Figure 2022513349000009

の化合物またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体を用いた治療に対する効果的な応答の可能性を示す、方法。 A method of demonstrating the potential for an effective response to treatment with a compound of or a pharmaceutically acceptable salt, solvate or stereoisomer thereof.

本明細書の1つの実施形態において、イルジン、またはその薬学的に許容可能な塩を用いた治療に感受性である固形腫瘍癌を有する患者を特定すること、および当該化合物の治療有効量を当該患者に投与すること、を含む、固形腫瘍癌を治療または管理する方法が提供される。ある実施形態では、本明細書において、イルジンである追加の活性剤の治療有効量を投与することをさらに含む方法が提供される。 In one embodiment of the specification, identifying a patient with solid tumor cancer who is sensitive to treatment with ildin, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a therapeutically effective amount of the compound. Provided are methods of treating or managing solid tumor cancer, including administration to. In certain embodiments, there is provided a method herein further comprising administering a therapeutically effective amount of an additional active agent that is an illudin.

1つの実施形態では、イルジンは、21日サイクルまたは別のサイクルの1日目に1回、投与される。 In one embodiment, the illudin is administered once on the first day of a 21-day cycle or another cycle.

別の実施形態では、イルジンは、一つ以上の第二の活性成分とともに投与されてもよい。そのような活性成分は、他の抗癌剤、または癌患者の治療に使用される剤であってもよい。 In another embodiment, the illudin may be administered with one or more second active ingredients. Such active ingredients may be other anti-cancer agents or agents used in the treatment of cancer patients.

上述のように、固形腫瘍癌は、結腸直腸癌、膵臓癌、原発性肝癌、腎癌、卵巣癌、子宮癌、肺癌、乳癌、前立腺癌、肉腫および脂肪組織の癌からなる群から選択されてもよい。 As mentioned above, solid tumor cancers are selected from the group consisting of colorectal cancer, pancreatic cancer, primary liver cancer, renal cancer, ovarian cancer, uterine cancer, lung cancer, breast cancer, prostate cancer, sarcoma and adipose tissue cancer. May be good.

1つの実施形態では、以下の遺伝子のうちの1つ以上が、PTGR1とともにマーカーとして使用されて、イルジン系の抗癌剤に対する感受性が判定されてもよい:TNFRSF1B、LCK、TAL1、GNG12、S100A10、CD247、ATP1B1、LAMC1、PTPRC、PTPN7、PTPN14、CAPN2、ENAH、LCT、CXCR4、ITGA4、CASP10、HDAC4、NUP210、WWTR1、PFN2、MLF1、CD38、RHOH、ITK、LCP2、HIST1H3B、MYB、IKZF1、PIK3CG、MET、NRF1、TRBC1、PTPRN2、PTK2B、ASPH、NFIB、CNTRL、PRKCQ、MYOF、CTBP2、LM02、CD3D、TWF1、NCKAP1L、CKAP4、LCP1、CFL2、TJP1、ALDH1A2、TLE3、TNFRSF12A、PRKCB、NFATC3、WWOX、CBFA2T3、ATP2A3、GIPC1、HAUS5、MAP4K1、SDC4、APP、SLC38A5、WAS、およびIL2RG。 In one embodiment, one or more of the following genes may be used as markers with PTGR1 to determine susceptibility to illudin-based anticancer agents: TNFRSF1B, LCK, TAL1, GNG12, S100A10, CD247, ATP1B1, LAMC1, PTPRC, PTPN7, PTPN14, CAPN2, ENAH, LCT, CXCR4, ITGA4, CASP10, HDAC4, NUP210, WWTR1, PFN2, MLF1, CD38, RHOH, ITK, LCP2, HIST1H3B, NRF1, TRBC1, PTPRN2, PTK2B, ASPH, NFIB, CNTRL, PRKCQ, MYOF, CTBP2, LM02, CD3D, TWF1, NCKAP1L, CKAP4, LCP1, CFL2, TJP1, ALDH1A2, TLC3 ATP2A3, GIPC1, HAUS5, MAP4K1, SDC4, APP, SLC38A5, WAS, and IL2RG.

別の実施形態では、以下の遺伝子マーカーのうちの1つ以上が使用されてもよい:WWTR1、HIST1H3B、ASPH、MYOF、CTBP2、CBFA2T3、およびSDC4。別の実施形態では、1つ以上のマーカーがPTGR1と組み合わせられ、以下の遺伝子のうちの1つ、それ以上、またはすべてと、PTGR1が組み合わせられた:PTPN14、ITGA4、HDAC4、ITK、IKZF1、PIK3CG、NRF1、ASPH、およびPRKCQ。一部の実施形態では、感受性は、100%に近づき得る。 In another embodiment, one or more of the following genetic markers may be used: WWTR1, HIST1H3B, ASPH, MYOF, CTBP2, CBFA2T3, and SDC4. In another embodiment, one or more markers were combined with PTGR1 and one, more, or all of the following genes were combined with PTGR1: PTPN14, ITGA4, HDAC4, ITK, IKZF1, PIK3CG. , NRF1, ASPH, and PRKCQ. In some embodiments, susceptibility can approach 100%.

さらに別の実施形態では、PTGR1とSDC4の2つのマーカーが、マーカーとして使用されてもよい。 In yet another embodiment, two markers, PTGR1 and SDC4, may be used as markers.

PTGR1の遺伝子組み合わせが使用される場合、抗癌剤感受性エンハンサーのスクリーニングは、イルジン系抗癌剤暴露後のPTGR1の遺伝子組み合わせの発現における変動を指標として採用することによって実施することができる。すなわち、インビトロまたはインビボで、イルジン系抗癌剤暴露前にPTGR1遺伝子組み合わせレベルを減少させる物質、または発現変動を促進する物質、またはイルジン系抗癌剤暴露後にレベルを上昇させる物質は、抗癌剤に対する感受性を強化する。それに加えて、インビトロの場合、発現の変動を促進する物質、または標的癌細胞に対応する抗癌剤暴露後にレベルを上昇させる物質は、イルジン系抗癌剤に対する感受性を強化する物質としての役割を果たし得る(すなわち、抗癌剤感受性エンハンサー)。 When the PTGR1 gene combination is used, screening of anticancer drug susceptibility enhancers can be performed by adopting the variation in the expression of the PTGR1 gene combination after exposure to an illudin-based anticancer drug as an index. That is, in vitro or in vivo, a substance that reduces the PTGR1 gene combination level before exposure to an illudin anticancer drug, or a substance that promotes expression fluctuation, or a substance that raises the level after exposure to an illudin anticancer drug enhances sensitivity to the anticancer drug. In addition, in vitro, substances that promote variability in expression, or substances that increase levels after exposure to the corresponding anti-cancer drug corresponding to the target cancer cell, can serve as substances that enhance susceptibility to illudin-based anti-cancer drugs (ie). , Anti-cancer drug sensitivity enhancer).

抗癌剤に対する、検体の感受性を判定する方法を実施するために、検体中に存在する物質のいずれかを測定するプロトコールを含むキットが採用される。キットは、これら物質のいずれかを測定するための試薬、試薬使用に関する取扱説明書の表示、イルジン系抗癌剤に対する感受性の有無を判定するための標準、などを含有する。標準には、これら代謝関連物質の(相対的)標準レベル、(相対的)高閾値レベル、(相対的)低閾値レベル、測定に影響を与える因子、効果の程度、が含まれる。これら物質レベルは、選択されたイルジン系抗癌剤に適合するように設定されてもよい。感受性判定は、標準に基づき、同じ様式で実施されてもよい。 To implement a method for determining the susceptibility of a sample to an anticancer drug, a kit containing a protocol for measuring any of the substances present in the sample is employed. The kit contains reagents for measuring any of these substances, labeling of instruction manuals for reagent use, standards for determining susceptibility to illudin-based anticancer agents, and the like. Standards include (relative) standard levels, (relative) high threshold levels, (relative) low threshold levels, factors influencing the measurement, and degree of effect of these metabolism-related substances. These substance levels may be set to suit the selected illudin anticancer agent. The susceptibility determination may be performed in the same manner based on the standard.

イルジン系抗癌剤のスクリーニングは、指標としてイルジン系抗癌剤感受性判定マーカーを使用して実施され得る。すなわち、インビトロまたはインビボで抗癌剤感受性判定マーカーのレベルを変化させることができる物質は、抗癌剤として判断される。例えば、インビトロの場合、様々な癌細胞において、物質への暴露後に抗癌剤感受性判定マーカーのレベルを変化させる物質は、抗癌剤としての役割を果たし得る。また、癌担持動物において、動物への物質投与後に抗癌剤感受性判定マーカーレベルが変化する場合、当該物質は、抗癌剤としての役割を果たし得る。抗癌剤が薬理学的効果を呈すると予測される場合、抗癌剤感受性判定マーカーレベルの上昇は、腫瘍縮小の発生前、または殺細胞作用の出現前に観察される。ゆえに指標として抗癌剤感受性判定マーカーレベルに基づくスクリーニングは、より短期間で、被験物質が有用な抗癌剤としての役割を果たすか否かの判定を行うことができ、それに伴い、抗癌剤開発にかかる労力やコストが大幅に低下すると予測される。 Screening for illudin-based anticancer agents can be performed using an illudin-based anticancer agent susceptibility determination marker as an index. That is, a substance capable of changing the level of the anticancer drug susceptibility determination marker in vitro or in vivo is judged as an anticancer drug. For example, in the case of in vitro, in various cancer cells, a substance that changes the level of an anticancer drug susceptibility determination marker after exposure to the substance can serve as an anticancer drug. Further, in a cancer-carrying animal, when the level of the anticancer drug susceptibility determination marker changes after administration of the substance to the animal, the substance can play a role as an anticancer drug. If the anti-cancer drug is expected to exhibit pharmacological effects, elevated levels of anti-cancer drug susceptibility determination markers are observed before the onset of tumor shrinkage or before the appearance of cell-killing effects. Therefore, screening based on the anti-cancer drug susceptibility determination marker level as an index can determine whether or not the test substance plays a role as a useful anti-cancer drug in a shorter period of time, and accordingly, the labor and cost required for developing the anti-cancer drug. Is expected to drop significantly.

癌が、抗癌剤に対する感受性を有さない場合、当該抗癌剤からは薬理学的効果を期待できない。そのような薬学的効果のない抗癌剤が患者に投与され続けた場合、癌が進行し、副作用が悪化する可能性がある。ゆえに、抗癌剤感受性判定マーカーは、抗癌剤への治療応答の判定に採用されるだけでなく、薬学的効果がない抗癌剤の継続投与により生じる副作用の悪化予防にも大きく貢献する可能性がある。 If the cancer is not sensitive to the anti-cancer drug, no pharmacological effect can be expected from the anti-cancer drug. If such non-pharmaceutical anti-cancer drugs continue to be administered to patients, the cancer may progress and side effects may be exacerbated. Therefore, the anti-cancer drug susceptibility determination marker is not only adopted for determining the therapeutic response to the anti-cancer drug, but may also greatly contribute to the prevention of exacerbation of side effects caused by continuous administration of the anti-cancer drug having no pharmaceutical effect.

そのようにして取得された抗癌剤感受性エンハンサーと、当該エンハンサーの感受性強化標的であるイルジン系抗癌剤を組み合わせて採用することで、イルジン系抗癌剤の治療効果は劇的に向上される。イルジン系抗癌剤感受性エンハンサーと、当該エンハンサーの感受性強化標的である抗癌剤の組み合わせは、両方の成分を含有する組成物であってもよく、または個々の成分を含有する製剤の併用薬であってもよい。 By adopting the anticancer drug sensitivity enhancer thus obtained in combination with the illudin-based anticancer drug which is the sensitivity enhancing target of the enhancer, the therapeutic effect of the illudin-based anticancer drug is dramatically improved. The combination of the illudin-based anticancer agent susceptibility enhancer and the anticancer agent which is the sensitivity enhancing target of the enhancer may be a composition containing both components, or may be a combination drug of a preparation containing individual components. ..

進行中のスクリーニングプログラムの一環として対象から参照値が取得される場合には特に対象のモニタリングが支援される。あるいは参照値は、固形腫瘍癌を有さない対象母集団から取得されてもよい。 Subject monitoring is assisted, especially when reference values are obtained from the subject as part of an ongoing screening program. Alternatively, the reference value may be obtained from a target population that does not have solid tumor cancer.

検証用の細胞は、限定されないが、外科的切除の際に、限定されないが針生検、コア生検、または吸引などの生検の際に、または例えば血液、尿、脳脊髄液、嚢胞液などの液体サンプルからの収集を含む、当分野に公知の任意の方法により取得されてもよい。DNA/mRNAの測定方法としては限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応、in situハイブリダイゼーション、ゲル電気泳動、配列解析、およびマイクロアレイ分析、またはそれらの組み合わせが挙げられる。タンパク質の測定方法としては限定されないが、質量分析法、1-Dまたは2-Dのゲル系分析システム、クロマトグラフィー、酵素結合型免疫吸着分析法(ELISA)、放射免疫分析法(RIA)、酵素免疫分析法(EIA)、ウェスタンブロッティング、免疫沈降、および免疫組織化学法が挙げられる。抗体アレイまたはタンパク質チップが採用されてもよい。対象において、剤により抗癌効果が生じる「可能性が高い」とは、検証されるパラメーター(例えば、PTGR1、PTPN14、およびASPHのmRNA、メチル化されたDNAおよび/またはタンパク質、実施例1に列挙される遺伝子またはエクソンの発現のレベルなど)において、対象が、当該剤が顕著な抗癌効果を生じさせない他の対象よりも、当該剤が顕著な抗癌効果を生じさせる他の対象とより類似していること、を意味する。対象において、剤により抗癌効果が生じる「可能性が低い」とは、検証されるパラメーターにおいて、対象が、当該剤が顕著な抗癌効果を生じさせる他の対象よりも、当該剤が顕著な抗癌効果を生じさせない他の対象とより類似していること、を意味する。 Validating cells include, but are not limited to, during surgical resection, but not limited to needle biopsy, core biopsy, or biopsy such as aspiration, or, for example, blood, urine, cerebrospinal fluid, cystic fluid, etc. It may be obtained by any method known in the art, including collection from liquid samples of. Methods for measuring DNA / mRNA include, but are not limited to, polymerase chain reaction, in situ hybridization, gel electrophoresis, sequence analysis, and microarray analysis, or a combination thereof. The method for measuring protein is not limited to mass spectrometry, 1-D or 2-D gel analysis system, chromatography, enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), radioimmunoassay (RIA), enzyme. Immunoanalysis (EIA), Western blotting, immunoprecipitation, and immunohistochemistry include. Antibody arrays or protein chips may be employed. In a subject, "probably" that the agent produces an anti-cancer effect is listed in the parameters validated (eg, PTGR1, PTPN14, and ASPH mRNA, methylated DNA and / or protein, Example 1). In (such as the level of expression of the gene or exon), the subject is more similar to other subjects to which the agent produces significant anticancer effects than to other subjects to which the agent does not produce significant anticancer effects. It means that you are doing. In a subject, "less likely" that the agent produces an anti-cancer effect is that the agent is more prominent than other subjects in which the agent produces a significant anti-cancer effect in the parameters being validated. It means that it is more similar to other subjects that do not produce anti-cancer effects.

医薬組成物は、個々の単一単位の剤形の製剤で使用され得る。本明細書において提供される医薬組成物および剤形は、本明細書において提供される免疫調節性化合物、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、立体異性体、もしくはプロドラッグを含む。本明細書において提供される医薬組成物および剤形は、1つ以上の賦形剤をさらに含み得る。 The pharmaceutical composition can be used as an individual single unit dosage form formulation. The pharmaceutical compositions and dosage forms provided herein are immunomodulatory compounds provided herein, or pharmaceutically acceptable salts, solvates, hydrates, stereoisomers, or steric isomers thereof. Includes prodrugs. The pharmaceutical compositions and dosage forms provided herein may further comprise one or more excipients.

本明細書において提供される医薬組成物および剤形は、一つ以上の第二の活性成分も含み得る。その結果、本明細書において提供される医薬組成物および剤形は、本明細書に開示される活性成分(例えば、免疫調節性化合物)を含む。最適な第二の活性成分または追加の活性成分の例は、本明細書に開示されている。 The pharmaceutical compositions and dosage forms provided herein may also include one or more second active ingredients. As a result, the pharmaceutical compositions and dosage forms provided herein include the active ingredients disclosed herein (eg, immunomodulatory compounds). Examples of the optimal second active ingredient or additional active ingredient are disclosed herein.

本明細書において提供される方法を実施するためのキットおよび組成物も予期される。ある実施形態では、本明細書において、抗癌化合物の有効性の判定に有用なキットが提供される。ある実施形態では、本明細書において、患者の治療における化合物の有効性の分析に有用なキットが提供される。一部の実施形態では、本明細書において、免疫調節性化合物の効果の判定に有用なキットが提供される。キットは、固形支持体と、生物学的サンプル中の少なくとも1つのバイオマーカーの遺伝子、タンパク質または糖タンパク質の発現の検出手段を含む。そうしたキットは、例えば、尿試験紙、膜、チップ、ディスク、試験紙、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレート、または光ファイバーなどを採用してもよい。キットの固形支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球、多糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドであってもよい。生物学的サンプルは、例えば、細胞培養物、細胞株、組織、口腔組織、消化管組織、器官、細胞内小器官、生物学的液体、血液サンプル、尿サンプル、または皮膚サンプルであってもよい。 Kits and compositions for carrying out the methods provided herein are also expected. In certain embodiments, kits are provided herein that are useful in determining the efficacy of anti-cancer compounds. In certain embodiments, the present specification provides a kit useful for analyzing the efficacy of a compound in treating a patient. In some embodiments, kits useful herein are provided to determine the effect of immunomodulatory compounds. The kit includes a solid support and means for detecting the expression of at least one biomarker gene, protein or glycoprotein in a biological sample. Such kits may employ, for example, urine test strips, membranes, chips, discs, test strips, filters, microspheres, slides, multiwell plates, or optical fibers. The solid support of the kit may be, for example, plastic, silicon, metal, resin, glass, membrane, particle, precipitate, gel, polymer, sheet, sphere, polysaccharide, capillary, film, plate or slide. The biological sample may be, for example, a cell culture, cell line, tissue, oral tissue, gastrointestinal tissue, organ, intracellular small organ, biological fluid, blood sample, urine sample, or skin sample. ..

1つの実施形態では、本明細書において提供されるキットは、本明細書において提供されるイルジン化合物、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、または水和物を含む。キットはさらに、限定されないが本明細書に開示される活性剤などの追加の活性剤を含んでもよい。 In one embodiment, the kits provided herein comprise an illudin compound provided herein, or a pharmaceutically acceptable salt, solvate, or hydrate thereof. The kit may further include additional activators, such as, but not limited to, the activators disclosed herein.

本明細書において提供されるある実施形態は、以下の非限定的な実施例により解説される。 Certain embodiments provided herein are described by the following non-limiting examples.

実施例1に示されるように、マルチオミクス分子プロファイルが判明している癌細胞株パネルからのインビトロでのイルジン(LP-184)感受性データの分析によって、10個の遺伝子(ASPH、HDAC4、IKZF1、ITGA4、ITK、NRF1、PIK3CG、PRKCQ、PTGR1およびPTPN14)のシグネチャーが明らかとなった。それら遺伝子は盲検試験で最大で100%を含む正確性でイルジン感受性を予測することができた。これら10個の遺伝子の遺伝子発現、DNA変異、DNAメチル化、およびタンパク質発現の状態はさらに、イルジン(LP-184)感受性との相関に関してコンピューター計算された。表1に示されるように、これら10個の遺伝子のうち3個の遺伝子が、マルチオミクスレベルでイルジンの生物活性と有意に高い相関があることが明らかとなった。それら遺伝子は、PTGR1、PTPN14、およびASPHである。それら3個の遺伝子は、図1にあるイルジン(LP-184)感受性を判定する中で、相対的な重要性に関し、最も高い遺伝子重み付けも有していた。それら3つの遺伝子は、図2に示されるように、イルジンのレスポンダーまたは非レスポンダーとしてサンプルを分類する際に最も突出した遺伝子であることが明らかとなった。まとめると、癌においてイルジン(LP-184)に対する感受性を判定し、応答を予測する新規の遺伝子セットが確立された。 As shown in Example 1, 10 genes (ASPH, HDAC4, IKZF1, IKZF1, The signatures of ITGA4, ITK, NRF1, PIK3CG, PRKCQ, PTGR1 and PTPN14) have been revealed. These genes were able to predict illudin susceptibility in blind trials with an accuracy of up to 100%. The gene expression, DNA mutation, DNA methylation, and protein expression status of these 10 genes were further computer-calculated for their correlation with ildin (LP-184) susceptibility. As shown in Table 1, it was revealed that 3 out of 10 genes were significantly highly correlated with the biological activity of ildin at the multiomics level. These genes are PTGR1, PTPN14, and ASPH. These three genes also had the highest gene weighting in terms of relative importance in determining illudin (LP-184) susceptibility in FIG. These three genes were found to be the most prominent genes in classifying samples as illudin responders or non-responders, as shown in FIG. Taken together, a novel set of genes was established to determine susceptibility to ildin (LP-184) and predict response in cancer.

実施例1 Example 1

Figure 2022513349000010
Figure 2022513349000010

Claims (19)

標的化薬剤治療を用いた固形腫瘍癌の治療方法であって、
以下の式:
Figure 2022513349000011
の化合物を用いた治療に対して感受性である癌を有する患者を特定すること、を含み、
式中、R1、R2およびR3は独立して、(C1-C4)アルキル、メチルまたはヒドロキシルである、方法。
A method of treating solid tumor cancer using targeted drug treatment.
The following formula:
Figure 2022513349000011
Including identifying patients with cancer who are sensitive to treatment with the compounds of
In the formula, R1, R2 and R3 are independently (C1-C4) alkyl, methyl or hydroxyl, the method.
生物学的サンプル中のその組み合わせのPTGR1の発現レベルを測定する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。 The method of claim 1, further comprising measuring the expression level of PTGR1 of the combination in a biological sample. 生物学的サンプル中のPTPN14の発現レベルを測定する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。 The method of claim 1, further comprising measuring the expression level of PTPN14 in a biological sample. 生物学的サンプル中のASPHの発現レベルを測定する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。 The method of claim 1, further comprising measuring the expression level of ASPH in a biological sample. 前記癌が、新たに診断された、再発した、または難治性である、請求項1に記載の方法。 The method of claim 1, wherein the cancer is newly diagnosed, relapsed, or refractory. 遺伝子の発現に基づき標的化薬剤治療を改変することをさらに含む、請求項1に記載の方法。 The method of claim 1, further comprising modifying the targeted drug therapy based on gene expression. PTGR1、PTPN14、またはASPHがメチル化される、請求項2に記載の方法。 The method of claim 2, wherein PTGR1, PTPN14, or ASPH is methylated. イルジンが、以下の構造:
Figure 2022513349000012
を有する、請求項1に記載の方法。
Illudin has the following structure:
Figure 2022513349000012
The method according to claim 1.
前記癌が、結腸直腸癌、膵臓癌、原発性肝癌、腎癌、卵巣癌、子宮癌、肺癌、乳癌、前立腺癌、肉腫、または脂肪組織の癌である、請求項1に記載の方法。 The method according to claim 1, wherein the cancer is colorectal cancer, pancreatic cancer, primary liver cancer, renal cancer, ovarian cancer, uterine cancer, lung cancer, breast cancer, prostate cancer, sarcoma, or adipose tissue cancer. 固形腫瘍を治療する方法または固形腫瘍治療を管理する方法であって、
以下の式:
Figure 2022513349000013
を有するイルジン、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物もしくは立体異性体を用いた治療に感受性である固形腫瘍癌を有する患者を特定すること、および
前記患者に、前記イルジンの治療有効量を投与すること、を含む方法。
A method of treating a solid tumor or a method of managing a solid tumor treatment,
The following formula:
Figure 2022513349000013
To identify a patient with solid tumor cancer who is sensitive to treatment with illdin, or a pharmaceutically acceptable salt, solvate or stereoisomer thereof, and to the patient, the therapeutic efficacy of the ildin. Methods including, in which a dose is administered.
前記生物学的サンプルが、血液、血漿、血清または組織生検である、請求項10に記載の方法。 10. The method of claim 10, wherein the biological sample is a blood, plasma, serum or tissue biopsy. 前記生物学的サンプル中のPTGR1の発現レベルを測定する工程をさらに含む、請求項11に記載の方法。 11. The method of claim 11, further comprising measuring the expression level of PTGR1 in the biological sample. 前記生物学的サンプル中のPTPN14の発現レベルを測定する工程をさらに含む、請求項12に記載の方法。 12. The method of claim 12, further comprising measuring the expression level of PTPN14 in the biological sample. 前記生物学的サンプル中のASPHの発現レベルを測定する工程をさらに含む、請求項12に記載の方法。 12. The method of claim 12, further comprising measuring the expression level of ASPH in the biological sample. 固形腫瘍を有する患者における治療に対する応答性を予測する方法であって、
前記患者から生物学的サンプルを取得すること、
前記生物学サンプル中のPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせの発現レベルを測定すること、および
前記生物学的サンプル中の発現レベルと、固形癌を有していない対象由来の生物学的サンプルの発現レベルとを比較すること、を含み、
前記固形腫瘍を有していない対象のレベルと比較した、前記患者由来の前記生物学的サンプル中の発現レベルの増加は、以下の式:
Figure 2022513349000014
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、もしくは立体異性体を用いた治療に対する効果的な応答の可能性を示す、方法。
A method of predicting treatment responsiveness in patients with solid tumors.
Obtaining a biological sample from the patient,
Measuring the expression levels of PTGR1, PTPN14, ASPH, or a combination thereof in the biological sample, and the expression levels in the biological sample and the biological sample from the subject without solid cancer. Including, comparing with the expression level of
The increase in expression levels in the biological sample from the patient as compared to the level of the subject without the solid tumor is as follows:
Figure 2022513349000014
A method of demonstrating the potential for an effective response to treatment with a compound of, or a pharmaceutically acceptable salt, solvate, or stereoisomer thereof.
イルジンにより癌において抗癌効果が生じる可能性があるかを判定するためのキットであって、癌におけるPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせのレベルを、固形腫瘍を有する対象由来と比較した、前記患者由来の生物学的サンプルの通常値と比較して判定する手段を含む、キット。 A kit for determining whether illudins may have anticancer effects in cancer, comparing the levels of PTGR1, PTPN14, ASPH, or a combination thereof in cancer with those from a subject with a solid tumor. A kit comprising means for determining by comparison with the normal value of the biological sample from the patient. 前記癌が、結腸直腸癌、膵臓癌、原発性肝癌、腎癌、卵巣癌、子宮癌、肺癌、乳癌、前立腺癌、肉腫、または脂肪組織の癌である、請求項16に記載のキット。 The kit according to claim 16, wherein the cancer is colorectal cancer, pancreatic cancer, primary liver cancer, renal cancer, ovarian cancer, uterine cancer, lung cancer, breast cancer, prostate cancer, sarcoma, or adipose tissue cancer. イルジンにより癌において抗癌効果が生じる可能性があるかを判定するためのキットであって、癌細胞においてPTGR1、PTPN14、ASPH、またはそれらの組み合わせに対応するmRNA、DNAおよび/またはタンパク質のレベルを判定するための手段を含む、キット。 A kit for determining whether ildins may have anticancer effects in cancer, such as mRNA, DNA and / or protein levels corresponding to PTGR1, PTPN14, ASPH, or combinations thereof in cancer cells. A kit containing means for determining. 前記イルジンが、以下:
Figure 2022513349000015
を有する、請求項16または18に記載のキット。
The illudin is as follows:
Figure 2022513349000015
The kit according to claim 16 or 18.
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