JP2022088880A - Method for determining genetic predisposition of rough skin - Google Patents
Method for determining genetic predisposition of rough skin Download PDFInfo
- Publication number
- JP2022088880A JP2022088880A JP2020200998A JP2020200998A JP2022088880A JP 2022088880 A JP2022088880 A JP 2022088880A JP 2020200998 A JP2020200998 A JP 2020200998A JP 2020200998 A JP2020200998 A JP 2020200998A JP 2022088880 A JP2022088880 A JP 2022088880A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- snp
- base
- seq
- sequence shown
- specified
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 85
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 title claims abstract description 36
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims abstract description 53
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 16
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 16
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 36
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 35
- 102100032191 Guanine nucleotide exchange factor VAV3 Human genes 0.000 claims description 12
- 101001107071 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 Proteins 0.000 claims description 12
- 101000775742 Homo sapiens Guanine nucleotide exchange factor VAV3 Proteins 0.000 claims description 12
- 101001111916 Homo sapiens RNA-binding protein 43 Proteins 0.000 claims description 12
- 101000847156 Homo sapiens Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein Proteins 0.000 claims description 12
- 101000982023 Homo sapiens Unconventional myosin-Ic Proteins 0.000 claims description 12
- 102100023860 RNA-binding protein 43 Human genes 0.000 claims description 12
- 102000004910 RNF8 Human genes 0.000 claims description 12
- 102100032807 Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein Human genes 0.000 claims description 12
- 102100026785 Unconventional myosin-Ic Human genes 0.000 claims description 12
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 10
- 239000002537 cosmetic Substances 0.000 claims description 9
- 235000013305 food Nutrition 0.000 claims description 9
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 7
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 claims description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 5
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 4
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 3
- 206010013786 Dry skin Diseases 0.000 claims 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 89
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 24
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 20
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 14
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 11
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 9
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 4
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 4
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 4
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 4
- 210000000434 stratum corneum Anatomy 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 3
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 3
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 206010040844 Skin exfoliation Diseases 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 238000003491 array Methods 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 210000002615 epidermis Anatomy 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 2
- HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N luminol Chemical compound O=C1NNC(=O)C2=C1C(N)=CC=C2 HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 238000000611 regression analysis Methods 0.000 description 2
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N D-Luciferin Chemical compound OC(=O)[C@H]1CSC(C=2SC3=CC=C(O)C=C3N=2)=N1 IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N Dehydro-luciferin Natural products OC(=O)C1=CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N Fivefly Luciferin Natural products OC(=O)C1CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150066002 GFP gene Proteins 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 101150028588 LUS gene Proteins 0.000 description 1
- DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N Luciferin Natural products CCc1c(C)c(CC2NC(=O)C(=C2C=C)C)[nH]c1Cc3[nH]c4C(=C5/NC(CC(=O)O)C(C)C5CC(=O)O)CC(=O)c4c3C DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 108010067902 Peptide Library Proteins 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 108010067787 Proteoglycans Proteins 0.000 description 1
- 102000016611 Proteoglycans Human genes 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000013329 compounding Methods 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000009223 counseling Methods 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 210000004207 dermis Anatomy 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000035618 desquamation Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000004299 exfoliation Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 1
- 101150054900 gus gene Proteins 0.000 description 1
- 210000004209 hair Anatomy 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 238000001459 lithography Methods 0.000 description 1
- KNJDBYZZKAZQNG-UHFFFAOYSA-N lucigenin Chemical compound [O-][N+]([O-])=O.[O-][N+]([O-])=O.C12=CC=CC=C2[N+](C)=C(C=CC=C2)C2=C1C1=C(C=CC=C2)C2=[N+](C)C2=CC=CC=C12 KNJDBYZZKAZQNG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000006996 mental state Effects 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 238000009629 microbiological culture Methods 0.000 description 1
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000000282 nail Anatomy 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 206010033675 panniculitis Diseases 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- YVSWPCCVTYEEHG-UHFFFAOYSA-N rhodamine B 5-isothiocyanate Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=C(N=C=S)C=C1C(O)=O YVSWPCCVTYEEHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 1
- 210000000498 stratum granulosum Anatomy 0.000 description 1
- 210000000437 stratum spinosum Anatomy 0.000 description 1
- 210000004304 subcutaneous tissue Anatomy 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 210000004243 sweat Anatomy 0.000 description 1
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Cosmetics (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Description
本発明は、肌荒れの遺伝的素因の判定方法に関する。より詳しくは、肌荒れに関連する一塩基多型(SNP)を検出することによる、肌荒れの遺伝的素因の判定方法、及び該方法に用いるキットに関する。 The present invention relates to a method for determining a genetic predisposition to rough skin. More specifically, the present invention relates to a method for determining a genetic predisposition to rough skin by detecting a single nucleotide polymorphism (SNP) associated with rough skin, and a kit used for the method.
肌（皮膚）は、ヒトの体全体を包む臓器であり、外側から表皮、真皮、皮下組織の３層から構成されている。最も表面にある表皮層は、さらに基底層、有棘層、顆粒層、角質層という４層に分けられる（非特許文献１）。このうち最外層に存在する角質層は、外部刺激から体を防御すると同時に、皮膚内部の水分を一定に保つバリア機能を有している。肌荒れとは、肌トラブルの一種であり皮膚の表面形態が乱れている状態の総称である。外観的には皮膚角質層の乾燥、剥離、キメ（肌理）の乱れなどを特徴とする。肌荒れには、紫外線、乾燥、気温、精神状態、睡眠の質・量など様々な要因が関与していると考えられている。 The skin (skin) is an organ that encloses the entire human body, and is composed of three layers of epidermis, dermis, and subcutaneous tissue from the outside. The most superficial epidermis layer is further divided into four layers: a basal layer, a stratum spinosum, a stratum granulosum, and a stratum corneum (Non-Patent Document 1). Of these, the stratum corneum, which exists in the outermost layer, has a barrier function that protects the body from external stimuli and at the same time keeps water inside the skin constant. Rough skin is a type of skin trouble and is a general term for a state in which the surface morphology of the skin is disturbed. The appearance is characterized by dryness, exfoliation, and disordered texture of the stratum corneum of the skin. It is thought that various factors such as ultraviolet rays, dryness, temperature, mental state, and quality / quantity of sleep are involved in rough skin.
これまでに、肌荒れ状態の評価方法として、被験者から採取した角層細胞における各種タンパク質を指標とする方法（特許文献１、特許文献２）や肌画像における落屑割合を解析する方法（特許文献３）などが知られている。一方で、これらの手法は、被験者の現在の肌状態を評価するものであり、被験者が本来的に有している肌荒れの起こし易さ（遺伝的素因）を評価するものではなかった。 So far, as a method for evaluating a rough skin state, a method using various proteins in stratum corneum cells collected from a subject as an index (Patent Document 1 and Patent Document 2) and a method for analyzing desquamation ratio in a skin image (Patent Document 3). Etc. are known. On the other hand, these methods evaluate the current skin condition of the subject, and do not evaluate the subject's inherent susceptibility to rough skin (genetic predisposition).
本発明の課題は、個人の肌荒れの遺伝的素因を正確かつ簡便に判定する手段を提供することにある。 An object of the present invention is to provide a means for accurately and easily determining the genetic predisposition of an individual's rough skin.
本発明者らは、年齢・性別が異なるサンプル提供者を対象にゲノムワイド関連解析(GWAS)を用いて一塩基多型(SNP)を網羅的に解析したところ、肌荒れの遺伝的素因（肌荒れの起こし易さ）に関連する一塩基多型(SNP)と遺伝子を見出し、本発明を完成するに至った。 The present inventors comprehensively analyzed single nucleotide polymorphisms (SNPs) using genome-wide association studies (GWAS) for sample donors of different ages and genders, and found that the genetic predisposition to rough skin (rough skin) We have found single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genes related to (easiness to cause), and have completed the present invention.
すなわち、本発明は、以下の発明を包含する。
[１] 被験者から採取したDNA含有試料について、以下の(a1)～(a82)の１種又は２種以上の一塩基多型（SNP）のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が肌荒れの遺伝的素因を有すると判定する工程を含む、肌荒れの遺伝的素因を判定する方法。
(a1) 配列番号１に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs557778で特定されるSNP)
(a2) 配列番号２に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs555337で特定されるSNP)
(a3) 配列番号３に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666003で特定されるSNP)
(a4) 配列番号４に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666460で特定されるSNP)
(a5) 配列番号５に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666461で特定されるSNP)
(a6) 配列番号６に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs526733で特定されるSNP)
(a7) 配列番号７に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs525842で特定されるSNP)
(a8) 配列番号８に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4915051で特定されるSNP)
(a9) 配列番号９に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs680867で特定されるSNP)
(a10) 配列番号10に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs499513で特定されるSNP)
(a11) 配列番号11に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs684624で特定されるSNP)
(a12) 配列番号12に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494757で特定されるSNP)
(a13) 配列番号13に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494696で特定されるSNP)
(a14) 配列番号14に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs580995で特定されるSNP)
(a15) 配列番号15に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs515202で特定されるSNP)
(a16) 配列番号16に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs566923で特定されるSNP)
(a17) 配列番号17に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs560683で特定されるSNP)
(a18) 配列番号18に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs560655で特定されるSNP)
(a19) 配列番号19に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs663391で特定されるSNP)
(a20) 配列番号20に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs663431で特定されるSNP)
(a21) 配列番号21に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12032660で特定されるSNP)
(a22) 配列番号22に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12035053で特定されるSNP)
(a23) 配列番号23に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11185132で特定されるSNP)
(a24) 配列番号24に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6665028で特定されるSNP)
(a25) 配列番号25に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6702592で特定されるSNP)
(a26) 配列番号26に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs534891で特定されるSNP)
(a27) 配列番号27に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666070で特定されるSNP)
(a28) 配列番号28に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666956で特定されるSNP)
(a29) 配列番号29に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1752681で特定されるSNP)
(a30) 配列番号30に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs505822で特定されるSNP)
(a31) 配列番号31に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs504881で特定されるSNP)
(a32) 配列番号32に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs504806で特定されるSNP)
(a33) 配列番号33に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs501057で特定されるSNP)
(a34) 配列番号34に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs499227で特定されるSNP)
(a35) 配列番号35に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs586180で特定されるSNP)
(a36) 配列番号36に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs476157で特定されるSNP)
(a37) 配列番号37に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs475072で特定されるSNP)
(a38) 配列番号38に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs473420で特定されるSNP)
(a39) 配列番号39に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs472527で特定されるSNP)
(a40) 配列番号40に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs580075で特定されるSNP)
(a41) 配列番号41に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs549903で特定されるSNP)
(a42) 配列番号42に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10785826で特定されるSNP)
(a43) 配列番号43に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494152で特定されるSNP)
(a44) 配列番号44に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs643908で特定されるSNP)
(a45) 配列番号45に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11811454で特定されるSNP)
(a46) 配列番号46に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs61819207で特定されるSNP)
(a47) 配列番号47に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs289852で特定されるSNP)
(a48) 配列番号48に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1056726で特定されるSNP)
(a49) 配列番号49に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs149819999で特定されるSNP)
(a50) 配列番号50に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs60254106で特定されるSNP)
(a51) 配列番号51に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs2173313で特定されるSNP)
(a52) 配列番号52に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12209775で特定されるSNP)
(a53) 配列番号53に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12211110で特定されるSNP)
(a54) 配列番号54に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs7738045で特定されるSNP)
(a55) 配列番号55に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1937834で特定されるSNP)
(a56) 配列番号56に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75741813で特定されるSNP)
(a57) 配列番号57に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74686576で特定されるSNP)
(a58) 配列番号58に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74415127で特定されるSNP)
(a59) 配列番号59に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77750385で特定されるSNP)
(a60) 配列番号60に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76145983で特定されるSNP)
(a61) 配列番号61に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75155123で特定されるSNP)
(a62) 配列番号62に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74302809で特定されるSNP)
(a63) 配列番号63に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs111523535で特定されるSNP)
(a64) 配列番号64に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs199627764で特定されるSNP)
(a65) 配列番号65に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs79187933で特定されるSNP)
(a66) 配列番号66に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77784037で特定されるSNP)
(a67) 配列番号67に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78530814で特定されるSNP)
(a68) 配列番号68に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739577で特定されるSNP)
(a69) 配列番号69に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78484770で特定されるSNP)
(a70) 配列番号70に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76611879で特定されるSNP)
(a71) 配列番号71に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs80335309で特定されるSNP)
(a72) 配列番号72に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75558330で特定されるSNP)
(a73) 配列番号73に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76151608で特定されるSNP)
(a74) 配列番号74に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74407439で特定されるSNP)
(a75) 配列番号75に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs112276204で特定されるSNP)
(a76) 配列番号76に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75023163で特定されるSNP)
(a77) 配列番号77に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739578で特定されるSNP)
(a78) 配列番号78に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739579で特定されるSNP)
(a79) 配列番号79に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs16882394で特定されるSNP)
(a80) 配列番号80に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77736544で特定されるSNP)
(a81) 配列番号81に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78585145で特定されるSNP)
(a82) 配列番号82に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs16882399で特定されるSNP)
[２] 被験者から採取したDNA含有試料について、VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子に関連する一塩基多型（SNP）のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が肌荒れの遺伝的素因を有すると判定する工程を含む、肌荒れの遺伝的素因を判定する方法。
[３] [１]又は[２]に記載の方法により判定された結果に基づいて、被験者の肌荒れの遺伝的素因の程度に応じた肌荒れの予防及び／又は改善作用を有する化粧料及び／又は飲食品を該被験者に提供する、化粧料及び／又は飲食品の提供方法。
[４] 配列番号1～82のいずれかに示される塩基配列において、101番目の塩基を含む10塩基以上の配列、又はその相補配列を有するプローブ、及び／又は、配列番号1～82のいずれかに示される塩基配列において、101番目の塩基を含む領域を増幅することのできるプライマーを含む、肌荒れの遺伝的素因を判定するためのキット。
[５] VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子の発現変化を指標とする、肌荒れの予防及び／又は改善剤のスクリーニング方法。
[６] VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子の発現を制御する素材を含有する、肌荒れの予防及び／又は改善用組成物。
That is, the present invention includes the following inventions.
[1] In the DNA-containing sample collected from the subject, the step of detecting one or more single nucleotide polymorphism (SNP) alleles of the following (a1) to (a82) and the base of the detected allele. A method for determining a genetic predisposition to rough skin, which comprises a step of determining that the subject has a genetic predisposition to rough skin when at least one of the alleles is a risk allele.
(a1) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 (SNP: SNP specified by ID rs557778)
(a2) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 2 (SNP: SNP specified by ID rs555337)
(a3) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 (SNP: SNP specified by ID rs666003)
(a4) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 4 (SNP: SNP specified by ID rs666460)
(a5) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 (SNP: SNP specified by ID rs666461)
(a6) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 6 (SNP: SNP specified by ID rs526733)
(a7) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 7 (SNP: SNP specified by ID rs525842)
(a8) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 8 (SNP: SNP specified by ID rs4915051)
(a9) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 (SNP: SNP specified by ID rs680867)
(a10) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 10 (SNP: SNP specified by ID rs499513)
(a11) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 (SNP: SNP specified by ID rs684624)
(a12) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 12 (SNP: SNP specified by ID rs494757)
(a13) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 (SNP: SNP specified by ID rs494696)
(a14) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 14 (SNP: SNP specified by ID rs580995)
(a15) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 (SNP: SNP specified by ID rs515202)
(a16) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 16 (SNP: SNP specified by ID rs566923)
(a17) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 (SNP: SNP specified by ID rs560683)
(a18) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 18 (SNP: SNP specified by ID rs560655)
(a19) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 (SNP: SNP specified by ID rs663391)
(a20) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 20 (SNP: SNP specified by ID rs663431)
(a21) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 (SNP: SNP specified by ID rs12032660)
(a22) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22 (SNP: SNP specified by ID rs12035053)
(a23) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 (SNP: SNP specified by ID rs11185132)
(a24) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24 (SNP: SNP specified by ID rs6665028)
(a25) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 (SNP: SNP specified by ID rs6702592)
(a26) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 26 (SNP: SNP specified by ID rs534891)
(a27) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 (SNP: SNP specified by ID rs666070)
(a28) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 28 (SNP: SNP specified by ID rs666956)
(a29) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 (SNP: SNP specified by ID rs1752681)
(a30) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 30 (SNP: SNP specified by ID rs505822)
(a31) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 (SNP: SNP specified by ID rs504881)
(a32) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 32 (SNP: SNP specified by ID rs504806)
(a33) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 (SNP: SNP specified by ID rs501057)
(a34) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 34 (SNP: SNP specified by ID rs499227)
(a35) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 (SNP: SNP specified by ID rs586180)
(a36) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 36 (SNP: SNP specified by ID rs476157)
(a37) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 (SNP: SNP specified by ID rs475072)
(a38) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 38 (SNP: SNP specified by ID rs473420)
(a39) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 (SNP: SNP specified by ID rs472527)
(a40) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 40 (SNP: SNP specified by ID rs580075)
(a41) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 (SNP: SNP specified by ID rs549903)
(a42) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 42 (SNP: SNP specified by ID rs10785826)
(a43) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 43 (SNP: SNP specified by ID rs494152)
(a44) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 44 (SNP: SNP specified by ID rs643908)
(a45) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 45 (SNP: SNP specified by ID rs11811454)
(a46) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 46 (SNP: SNP specified by ID rs61819207)
(a47) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 47 (SNP: SNP specified by ID rs289852)
(a48) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 48 (SNP: SNP specified by ID rs1056726)
(a49) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 49 (SNP: SNP specified by ID rs149819999)
(a50) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 50 (SNP: SNP specified by ID rs60254106)
(a51) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 51 (SNP: SNP specified by ID rs2173313)
(a52) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 52 (SNP: SNP specified by ID rs12209775)
(a53) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 53 (SNP: SNP specified by ID rs12211110)
(a54) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 54 (SNP: SNP specified by ID rs7738045)
(a55) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 55 (SNP: SNP specified by ID rs1937834)
(a56) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 56 (SNP: SNP specified by ID rs75741813)
(a57) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 57 (SNP: SNP specified by ID rs74686576)
(a58) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 58 (SNP: SNP specified by ID rs74415127)
(a59) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 59 (SNP: SNP specified by ID rs77750385)
(a60) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 60 (SNP: SNP specified by ID rs76145983)
(a61) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 61 (SNP: SNP specified by ID rs75155123)
(a62) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 62 (SNP: SNP specified by ID rs74302809)
(a63) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 63 (SNP: SNP specified by ID rs111523535)
(a64) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 64 (SNP: SNP specified by ID rs199627764)
(a65) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 65 (SNP: SNP specified by ID rs79187933)
(a66) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 66 (SNP: SNP specified by ID rs77784037)
(a67) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 67 (SNP: SNP specified by ID rs78530814)
(a68) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 68 (SNP: SNP specified by ID rs4739577)
(a69) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 69 (SNP: SNP specified by ID rs78484770)
(a70) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 70 (SNP: SNP specified by ID rs76611879)
(a71) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 71 (SNP: SNP specified by ID rs80335309)
(a72) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 72 (SNP: SNP specified by ID rs75558330)
(a73) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 73 (SNP: SNP specified by ID rs76151608)
(a74) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 74 (SNP: SNP specified by ID rs74407439)
(a75) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 75 (SNP: SNP specified by ID rs112276204)
(a76) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 76 (SNP: SNP specified by ID rs75023163)
(a77) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 77 (SNP: SNP specified by ID rs4739578)
(a78) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 78 (SNP: SNP specified by ID rs4739579)
(a79) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 79 (SNP: SNP specified by ID rs16882394)
(a80) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 80 (SNP: SNP specified by ID rs77736544)
(a81) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 81 (SNP: SNP specified by ID rs78585145)
(a82) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 82 (SNP: SNP specified by ID rs16882399)
[2] For DNA-containing samples collected from subjects, single nucleotide polymorphism (SNP) alleles associated with one or more genes selected from the group consisting of VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8. A method for determining a genetic predisposition to rough skin, comprising a step of detecting and a step of determining that the subject has a genetic predisposition to rough skin when at least one of the detected allele bases is a risk allele.
[3] Based on the results determined by the method according to [1] or [2], a cosmetic having a preventive and / or ameliorating effect on rough skin according to the degree of genetic predisposition of the subject's rough skin and / or A method of providing cosmetics and / or food and drink, which provides food and drink to the subject.
[4] In the base sequence shown in any of SEQ ID NOs: 1 to 82, a sequence containing 10 or more bases including the 101st base, a probe having a complementary sequence thereof, and / or any of SEQ ID NOs: 1 to 82. A kit for determining the genetic predisposition to rough skin, which comprises a primer capable of amplifying the region containing the 101st base in the base sequence shown in.
[5] A method for screening a preventive and / or ameliorating agent for rough skin, using an expression change of one or more genes selected from the group consisting of VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8 as an index.
[6] A composition for preventing and / or ameliorating rough skin, which comprises a material that controls the expression of one or more genes selected from the group consisting of VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8.
本発明の方法によれば、被験者の生体試料に存在するゲノム由来のDNAに含まれる一塩基多型（SNP)のアレルを検出することにより、該被験者が肌荒れになる遺伝的素因を有するか（肌荒れを起こし易いか）を正確かつ簡便に判定することができる。よって、この判定結果に基づき、肌荒れの予防や改善のための対策を早期に講じることができる。 According to the method of the present invention, does the subject have a genetic predisposition to rough skin by detecting a single nucleotide polymorphism (SNP) allele contained in the genome-derived DNA present in the biological sample of the subject? Whether it is prone to rough skin) can be accurately and easily determined. Therefore, based on this determination result, measures for prevention and improvement of rough skin can be taken at an early stage.
１．肌荒れの遺伝的素因の判定方法
本発明の肌荒れの遺伝的素因の判定方法は、被験者から採取したDNA含有試料について、以下の(a1)～（a82)の1種又は2種以上の一塩基多型（SNP）のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が肌荒れの遺伝的素因を有すると判定する工程を含む。
(a1) 配列番号１に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs557778で特定されるSNP)
(a2) 配列番号２に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs555337で特定されるSNP)
(a3) 配列番号３に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666003で特定されるSNP)
(a4) 配列番号４に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666460で特定されるSNP)
(a5) 配列番号５に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666461で特定されるSNP)
(a6) 配列番号６に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs526733で特定されるSNP)
(a7) 配列番号７に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs525842で特定されるSNP)
(a8) 配列番号８に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4915051で特定されるSNP)
(a9) 配列番号９に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs680867で特定されるSNP)
(a10) 配列番号10に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs499513で特定されるSNP)
(a11) 配列番号11に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs684624で特定されるSNP)
(a12) 配列番号12に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494757で特定されるSNP)
(a13) 配列番号13に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494696で特定されるSNP)
(a14) 配列番号14に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs580995で特定されるSNP)
(a15) 配列番号15に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs515202で特定されるSNP)
(a16) 配列番号16に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs566923で特定されるSNP)
(a17) 配列番号17に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs560683で特定されるSNP)
(a18) 配列番号18に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs560655で特定されるSNP)
(a19) 配列番号19に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs663391で特定されるSNP)
(a20) 配列番号20に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs663431で特定されるSNP)
(a21) 配列番号21に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12032660で特定されるSNP)
(a22) 配列番号22に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12035053で特定されるSNP)
(a23) 配列番号23に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11185132で特定されるSNP)
(a24) 配列番号24に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6665028で特定されるSNP)
(a25) 配列番号25に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6702592で特定されるSNP)
(a26) 配列番号26に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs534891で特定されるSNP)
(a27) 配列番号27に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666070で特定されるSNP)
(a28) 配列番号28に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666956で特定されるSNP)
(a29) 配列番号29に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1752681で特定されるSNP)
(a30) 配列番号30に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs505822で特定されるSNP)
(a31) 配列番号31に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs504881で特定されるSNP)
(a32) 配列番号32に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs504806で特定されるSNP)
(a33) 配列番号33に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs501057で特定されるSNP)
(a34) 配列番号34に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs499227で特定されるSNP)
(a35) 配列番号35に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs586180で特定されるSNP)
(a36) 配列番号36に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs476157で特定されるSNP)
(a37) 配列番号37に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs475072で特定されるSNP)
(a38) 配列番号38に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs473420で特定されるSNP)
(a39) 配列番号39に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs472527で特定されるSNP)
(a40) 配列番号40に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs580075で特定されるSNP)
(a41) 配列番号41に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs549903で特定されるSNP)
(a42) 配列番号42に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10785826で特定されるSNP)
(a43) 配列番号43に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494152で特定されるSNP)
(a44) 配列番号44に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs643908で特定されるSNP)
(a45) 配列番号45に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11811454で特定されるSNP)
(a46) 配列番号46に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs61819207で特定されるSNP)
(a47) 配列番号47に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs289852で特定されるSNP)
(a48) 配列番号48に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1056726で特定されるSNP)
(a49) 配列番号49に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs149819999で特定されるSNP)
(a50) 配列番号50に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs60254106で特定されるSNP)
(a51) 配列番号51に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs2173313で特定されるSNP)
(a52) 配列番号52に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12209775で特定されるSNP)
(a53) 配列番号53に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12211110で特定されるSNP)
(a54) 配列番号54に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs7738045で特定されるSNP)
(a55) 配列番号55に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1937834で特定されるSNP)
(a56) 配列番号56に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75741813で特定されるSNP)
(a57) 配列番号57に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74686576で特定されるSNP)
(a58) 配列番号58に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74415127で特定されるSNP)
(a59) 配列番号59に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77750385で特定されるSNP)
(a60) 配列番号60に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76145983で特定されるSNP)
(a61) 配列番号61に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75155123で特定されるSNP)
(a62) 配列番号62に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74302809で特定されるSNP)
(a63) 配列番号63に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs111523535で特定されるSNP)
(a64) 配列番号64に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs199627764で特定されるSNP)
(a65) 配列番号65に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs79187933で特定されるSNP)
(a66) 配列番号66に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77784037で特定されるSNP)
(a67) 配列番号67に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78530814で特定されるSNP)
(a68) 配列番号68に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739577で特定されるSNP)
(a69) 配列番号69に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78484770で特定されるSNP)
(a70) 配列番号70に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76611879で特定されるSNP)
(a71) 配列番号71に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs80335309で特定されるSNP)
(a72) 配列番号72に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75558330で特定されるSNP)
(a73) 配列番号73に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76151608で特定されるSNP)
(a74) 配列番号74に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74407439で特定されるSNP)
(a75) 配列番号75に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:IDrs112276204で特定されるSNP)
(a76) 配列番号76に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75023163で特定されるSNP)
(a77) 配列番号77に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739578で特定されるSNP)
(a78) 配列番号78に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739579で特定されるSNP)
(a79) 配列番号79に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs16882394で特定されるSNP)
(a80) 配列番号80に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77736544で特定されるSNP)
(a81) 配列番号81に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78585145で特定されるSNP)
(a82) 配列番号82に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs16882399で特定されるSNP)
1. 1. Method for determining the genetic predisposition to rough skin In the method for determining the genetic predisposition to rough skin of the present invention, one or more single nucleotide polymorphisms of the following (a1) to (a82) are used for DNA-containing samples collected from subjects. It comprises the step of detecting a type (SNP) allele and the step of determining that the subject has a genetic predisposition to rough skin when at least one of the detected allele's bases is a risk allele.
(a1) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 (SNP: SNP specified by ID rs557778)
(a2) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 2 (SNP: SNP specified by ID rs555337)
(a3) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 (SNP: SNP specified by ID rs666003)
(a4) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 4 (SNP: SNP specified by ID rs666460)
(a5) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 (SNP: SNP specified by ID rs666461)
(a6) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 6 (SNP: SNP specified by ID rs526733)
(a7) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 7 (SNP: SNP specified by ID rs525842)
(a8) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 8 (SNP: SNP specified by ID rs4915051)
(a9) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 (SNP: SNP specified by ID rs680867)
(a10) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 10 (SNP: SNP specified by ID rs499513)
(a11) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 (SNP: SNP specified by ID rs684624)
(a12) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 12 (SNP: SNP specified by ID rs494757)
(a13) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 (SNP: SNP specified by ID rs494696)
(a14) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 14 (SNP: SNP specified by ID rs580995)
(a15) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 (SNP: SNP specified by ID rs515202)
(a16) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 16 (SNP: SNP specified by ID rs566923)
(a17) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 (SNP: SNP specified by ID rs560683)
(a18) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 18 (SNP: SNP specified by ID rs560655)
(a19) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 (SNP: SNP specified by ID rs663391)
(a20) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 20 (SNP: SNP specified by ID rs663431)
(a21) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 (SNP: SNP specified by ID rs12032660)
(a22) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22 (SNP: SNP specified by ID rs12035053)
(a23) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 (SNP: SNP specified by ID rs11185132)
(a24) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24 (SNP: SNP specified by ID rs6665028)
(a25) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 (SNP: SNP specified by ID rs6702592)
(a26) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 26 (SNP: SNP specified by ID rs534891)
(a27) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 (SNP: SNP specified by ID rs666070)
(a28) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 28 (SNP: SNP specified by ID rs666956)
(a29) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 (SNP: SNP specified by ID rs1752681)
(a30) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 30 (SNP: SNP specified by ID rs505822)
(a31) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 (SNP: SNP specified by ID rs504881)
(a32) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 32 (SNP: SNP specified by ID rs504806)
(a33) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 (SNP: SNP specified by ID rs501057)
(a34) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 34 (SNP: SNP specified by ID rs499227)
(a35) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 (SNP: SNP specified by ID rs586180)
(a36) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 36 (SNP: SNP specified by ID rs476157)
(a37) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 (SNP: SNP specified by ID rs475072)
(a38) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 38 (SNP: SNP specified by ID rs473420)
(a39) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 (SNP: SNP specified by ID rs472527)
(a40) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 40 (SNP: SNP specified by ID rs580075)
(a41) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 (SNP: SNP specified by ID rs549903)
(a42) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 42 (SNP: SNP specified by ID rs10785826)
(a43) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 43 (SNP: SNP specified by ID rs494152)
(a44) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 44 (SNP: SNP specified by ID rs643908)
(a45) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 45 (SNP: SNP specified by ID rs11811454)
(a46) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 46 (SNP: SNP specified by ID rs61819207)
(a47) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 47 (SNP: SNP specified by ID rs289852)
(a48) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 48 (SNP: SNP specified by ID rs1056726)
(a49) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 49 (SNP: SNP specified by ID rs149819999)
(a50) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 50 (SNP: SNP specified by ID rs60254106)
(a51) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 51 (SNP: SNP specified by ID rs2173313)
(a52) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 52 (SNP: SNP specified by ID rs12209775)
(a53) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 53 (SNP: SNP specified by ID rs12211110)
(a54) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 54 (SNP: SNP specified by ID rs7738045)
(a55) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 55 (SNP: SNP specified by ID rs1937834)
(a56) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 56 (SNP: SNP specified by ID rs75741813)
(a57) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 57 (SNP: SNP specified by ID rs74686576)
(a58) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 58 (SNP: SNP specified by ID rs74415127)
(a59) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 59 (SNP: SNP specified by ID rs77750385)
(a60) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 60 (SNP: SNP specified by ID rs76145983)
(a61) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 61 (SNP: SNP specified by ID rs75155123)
(a62) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 62 (SNP: SNP specified by ID rs74302809)
(a63) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 63 (SNP: SNP specified by ID rs111523535)
(a64) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 64 (SNP: SNP specified by ID rs199627764)
(a65) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 65 (SNP: SNP specified by ID rs79187933)
(a66) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 66 (SNP: SNP specified by ID rs77784037)
(a67) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 67 (SNP: SNP specified by ID rs78530814)
(a68) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 68 (SNP: SNP specified by ID rs4739577)
(a69) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 69 (SNP: SNP specified by ID rs78484770)
(a70) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 70 (SNP: SNP specified by ID rs76611879)
(a71) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 71 (SNP: SNP specified by ID rs80335309)
(a72) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 72 (SNP: SNP specified by ID rs75558330)
(a73) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 73 (SNP: SNP specified by ID rs76151608)
(a74) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 74 (SNP: SNP specified by ID rs74407439)
(a75) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 75 (SNP: SNP specified by IDrs112276204)
(a76) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 76 (SNP: SNP specified by ID rs75023163)
(a77) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 77 (SNP: SNP specified by ID rs4739578)
(a78) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 78 (SNP: SNP specified by ID rs4739579)
(a79) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 79 (SNP: SNP specified by ID rs16882394)
(a80) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 80 (SNP: SNP specified by ID rs77736544)
(a81) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 81 (SNP: SNP specified by ID rs78585145)
(a82) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 82 (SNP: SNP specified by ID rs16882399)
上記の(a1)～（a82)のSNPを含む塩基配列（［］内はSNPを表す）を表１に示す。 Table 1 shows the above-mentioned nucleotide sequences (a1) to (a82) containing SNPs (indicated by []).
後述の実施例のゲノムワイド関連解析（GWAS)結果に示すように、上記(a1)～（a82)のSNPは、p値が1×10-5未満となるものであり、肌荒れの遺伝的素因と統計学的に関連が示唆されたものである。また、本発明において特定された上記の(a1)～（a82)のSNPが、近傍(100kb以内）に存在するか、当該SNPにより発現が変動することが文献的に知られている遺伝子として、下記表２に示すVAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8が同定された。よって、本発明によれば、被験者から採取したDNA含有試料について、VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子に関連する一塩基多型（SNP）のアレルを検出する工程と、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が肌荒れの遺伝的素因を有すると判定する工程を含む、肌荒れの遺伝的素因の判定方法が提供される。 As shown in the results of the genome-wide association study (GWAS) of the examples described later, the SNPs of (a1) to (a82) above have a p-value of less than 1 × 10 -5 , and are a genetic predisposition to rough skin. It is statistically suggested that it is related to. Further, as a gene whose expression is known in the literature to be present in the vicinity (within 100 kb) of the above-mentioned SNPs (a1) to (a82) identified in the present invention or whose expression varies depending on the SNP. VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8 shown in Table 2 below were identified. Therefore, according to the present invention, for a DNA-containing sample collected from a subject, a single nucleotide polymorphism associated with one or more genes selected from the group consisting of VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8 ( A genetic predisposition to rough skin, comprising a step of detecting an allele of SNP) and a step of determining that the subject has a genetic predisposition to rough skin when at least one of the detected allele bases is a risk allele. A determination method is provided.
一塩基多型（single nucleotide polymorphism：SNP、以下、「SNP」と記載する場合がある）とは、一般的には、遺伝子の塩基配列が1箇所だけ異なる状態及びその部位をいう。また、多型とは、一般的には、母集団中1%以上の頻度で存在する２以上の対立遺伝子（アレル）をいう。本発明における「SNP」は、当業者が自由に利用可能な公開されたデータベースである米国国立生物工学情報センター（National Center for Biotechnology Information ：NCBI)のSNPデータベース（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）に登録されたSNPであって、そのリファレンス番号であるrs番号により特定できる。 Single nucleotide polymorphism (SNP, hereinafter may be referred to as "SNP") generally refers to a state in which the base sequence of a gene differs only at one site and its site. In addition, the polymorphism generally refers to two or more alleles (alleles) that are present at a frequency of 1% or more in the population. The "SNP" in the present invention is an SNP database (http://www.ncbi.nlm) of the National Center for Biotechnology Information (NCBI), which is a public database freely available to those skilled in the art. It is an SNP registered in .nih.gov/SNP/) and can be specified by its reference number, rs number.
本明細書において「アレル」とは、あるSNP部位において取りうる、互いに異なる塩基を有するそれぞれの型をいう。また、本明細書において「遺伝型」とは、あるSNP部位において、対立するアレルの組み合わせをいう。あるSNP部位において、前記組み合わせである遺伝型には3つの型があり、同じアレルの組み合わせをホモ型とよび、異なるアレルの組み合わせをヘテロ型という。例えば、(a1)のrs557778で特定されるSNPにおいて対立するアレルの組み合わせである遺伝型には、A/A型、A/G型、G/G型の3つの型が存在する。 As used herein, the term "allele" refers to each type having different bases that can be taken at a certain SNP site. Further, as used herein, the term "genotype" refers to a combination of alleles that oppose each other at a certain SNP site. At a certain SNP site, there are three types of genotypes that are the combination, the combination of the same allele is called the homozygous type, and the combination of different alleles is called the heterozygous type. For example, there are three types of genotypes, which are combinations of alleles that oppose each other in SNP identified by rs557778 in (a1), A / A type, A / G type, and G / G type.
本発明の判定方法において、「一塩基多型（SNP)のアレルを検出する」とは、そのSNPのアレルの塩基の種類を同定することを意味し、「一塩基多型（SNP)のアレルを検出する」の態様には、当該SNPの一方のアレルを検出すること、当該SNPの両方のアレルを検出すること、当該SNPの遺伝型を同定することを含むものとする。 In the determination method of the present invention, "detecting a single nucleotide polymorphism (SNP) allele" means identifying the type of base of the SNP allele, and "single nucleotide polymorphism (SNP) allele". The aspect of "detecting" includes detecting one allele of the SNP, detecting both alleles of the SNP, and identifying the inheritance type of the SNP.
本発明の判定方法においては、検出されるアレルの塩基の少なくとも一つがリスクアレルである場合に、該被験者が肌荒れの遺伝的素因を有する（肌荒れを起こし易い）と判定する。具体的には、(a1)～（a82)の一塩基多型(SNP)において、下記表３に示すリスクアレルが、少なくとも一方のアレルにおいて検出されれば、該リスクアレルが検出されない場合と比較して、肌荒れの遺伝的素因を有する（肌荒れを起こし易い）と判定できる。 In the determination method of the present invention, when at least one of the detected allele bases is a risk allele, it is determined that the subject has a genetic predisposition to rough skin (prone to rough skin). Specifically, in the single nucleotide polymorphisms (SNPs) of (a1) to (a82), if the risk allele shown in Table 3 below is detected in at least one of the alleles, it is compared with the case where the risk allele is not detected. Therefore, it can be determined that the skin has a genetic predisposition to rough skin (prone to rough skin).
例えば、(a1)のrs557778で特定されるSNPの場合は、その遺伝型がA／A型であることが、A／G型又はG／G型である場合よりも肌荒れを起こし易いことを示し、その遺伝型がA／G型であることが、G／G型である場合よりも肌荒れを起こし易いことを示す。すなわち、A／A型、A／G型、G／G型の順で、肌荒れの起こし易さが高いことを示す。 For example, in the case of the SNP identified by rs557778 in (a1), it is shown that the genotype of A / A type is more likely to cause rough skin than the case of A / G type or G / G type. , It is shown that the genotype of A / G type is more likely to cause rough skin than the case of G / G type. That is, it shows that the susceptibility to rough skin is higher in the order of A / A type, A / G type, and G / G type.
本発明の判定方法において、被験者の人種は、特に限定はされないが、好ましくは東アジア人、より好ましくは日本人である。ここで、東アジア人とは、日本、朝鮮、中国、台湾及びモンゴルの人々のいずれかを起源に持つ人をいう。 In the determination method of the present invention, the race of the subject is not particularly limited, but is preferably East Asian, more preferably Japanese. Here, the East Asian means a person whose origin is any of the people of Japan, Korea, China, Taiwan and Mongolia.
本発明の判定方法において用いるDNA含有試料としては、被験者より採取されたDNAを含有する生体試料であれば、特に限定されない。DNA含有試料に含まれるDNAは、ゲノムDNAであることが好ましいが、検出するSNPが、プロモーター等の非転写領域や、イントロン等のRNAスプライシングにより除かれる領域以外の、mRNA中に存在する領域に位置するSNPである場合には、ゲノムDNAの代わりにmRNAやtotal RNAを含む生体試料を使用してもよい。DNA含有試料としては、例えば、ゲノムDNAを採取可能な任意の体液、分泌液、組織、細胞、組織や細胞の培養物等を使用することができ、具体的には、被験者の唾液、血液、尿、喀痰、咽頭ぬぐい液、鼻腔ぬぐい液、口腔（内頬）粘膜ぬぐい液、涙腺分泌液、汗、毛髪、爪、皮膚、粘膜、皮膚付着後に剥がしたテープストリップ等が挙げられるが、容易性及び低侵襲性の点から、唾液が好ましい。当該試料は、一般的な臨床検査で行われている方法に従って採取し、公知の抽出方法、精製方法を用いて調製することができる。その際、市販のゲノムDNA抽出キットを使用することができる。 The DNA-containing sample used in the determination method of the present invention is not particularly limited as long as it is a biological sample containing DNA collected from a subject. The DNA contained in the DNA-containing sample is preferably genomic DNA, but the detected SNP is located in a region existing in mRNA other than a non-transcription region such as a promoter or a region excluded by RNA splicing such as an intron. In the case of localized SNP, a biological sample containing mRNA or total RNA may be used instead of genomic DNA. As the DNA-containing sample, for example, any body fluid, secretory fluid, tissue, cell, tissue or cell culture from which genomic DNA can be collected can be used, and specifically, the saliva, blood, etc. of the subject. Urine, sputum, pharyngeal swab, nasal swab, oral (inner cheek) mucosal swab, tear gland secretion, sweat, hair, nails, skin, mucous membrane, tape strip peeled off after skin adhesion, etc. And saliva is preferred from the standpoint of minimal invasiveness. The sample can be collected according to a method performed in a general clinical test, and can be prepared by using a known extraction method and purification method. At that time, a commercially available genomic DNA extraction kit can be used.
SNPの検出及びSNPの型の判定（SNPタイピング）の方法は、特に制限されず、例えばアレル特異的プライマー（及びプローブ）を用い、PCR法等により増幅し、増幅産物の多型を蛍光又は発光によって検出する方法など、公知の方法により行うことできる。例えば、PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism)法、PCR-SSCP(single-strand conformation polymorphism)法、PCR-SSO (sequence specific oligonucleotide)法、ダイレクトシークエンス(direct sequencing)法、ASO(Allele Specific Oligonucleotide)ハイブリダイゼーション法、ASP-PCR(Allele Specific Primer-PCR)法、Snapshot法、ARMS(Amplification Refracting Mutation System)法、TaqMan PCR法、インベーダー法、MALDI-TOF/MS法、RNase A切断法、DOL(Dye-labeled Oligonucleotide Ligation)法、TDI（Template-directed Dye-terminator Incorporation）等が挙げられる。上記方法はいずれも当業者に周知の方法であり、また、SNPの型の判定のための試薬やキットも市販されており、例えば、TaqMan SNP Genotyping Assays (Thermo Fisher Scientific社製）等を用いることができる。 The method for detecting SNPs and determining the type of SNPs (SNP typing) is not particularly limited, and for example, allele-specific primers (and probes) are used, amplified by the PCR method, etc., and the polymorphism of the amplified product is fluorescent or luminescent. It can be carried out by a known method such as a method of detecting by. For example, PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) method, PCR-SSCP (single-strand conformation polymorphism) method, PCR-SSO (sequence specific oligonucleotide) method, direct sequencing method, ASO (Allele Specific Oligonucleotide) high Hybridization method, ASP-PCR (Allele Specific Primer-PCR) method, Snapshot method, ARMS (Amplification Refracting Mutation System) method, TaqMan PCR method, Invader method, MALDI-TOF / MS method, RNase A cleavage method, DOL (Dye-) Labeled Oligonucleotide Ligation) method, TDI (Template-directed Dye-terminator Incorporation) and the like can be mentioned. All of the above methods are well known to those skilled in the art, and reagents and kits for determining the type of SNP are also commercially available. For example, TaqMan SNP Genotyping Assays (manufactured by Thermo Fisher Scientific) may be used. Can be done.
上記の判定方法により得られた結果は、被験者が肌荒れの予防及び／又は改善作用を有する化粧料及び／又は飲食品を選択する上で有用な指標となり、例えば、肌荒れの遺伝的素因を有する（肌荒れを起こし易い）と判定された被験者は、肌荒れを予防する対策を推奨できる。よって、本発明の別の側面によれば、上記の判定方法により得られた結果に基づいて、被験者の肌荒れの遺伝的素因（肌荒れの起こし易さ）の程度に応じた肌荒れの予防及び／又は改善作用を有する化粧料及び／又は飲食品を該被験者に提供する、化粧料及び／又は飲食品の提供方法もまた提供される。 The results obtained by the above determination method are useful indicators for the subject to select cosmetics and / or foods and drinks having a preventive and / or ameliorating effect on rough skin, and have, for example, a genetic predisposition to rough skin (). Subjects who are determined to be prone to rough skin can recommend measures to prevent rough skin. Therefore, according to another aspect of the present invention, prevention and / or prevention of rough skin according to the degree of genetic predisposition (proneness of rough skin) of the subject's rough skin based on the result obtained by the above determination method. Also provided is a method of providing a cosmetic and / or food or drink that provides the subject with a cosmetic and / or food or drink having an improving effect.
２．肌荒れの遺伝的素因の判定用キット
上記のSNPの検出及びタイピング方法では、各方法に応じたプローブやプライマーが使用される。このようなプローブやプライマーもまた本発明の範囲に包含され、キットとして提供できる。
2. 2. Kit for determining the genetic predisposition of rough skin In the above-mentioned SNP detection and typing method, probes and primers corresponding to each method are used. Such probes and primers are also included in the scope of the present invention and can be provided as a kit.
プローブとしては、上記のSNP部位を含み、ハイブリダイズの有無によってSNP部位の塩基の種類を判別できるプローブが挙げられる。具体的には、配列番号1～82のいずれかに示される塩基配列の101番目の塩基を含む連続する少なくとも10塩基以上、好ましくは15塩基以上の配列又はその相補配列を有するプローブが挙げられる。プローブの長さは好ましくは15～40塩基、より好ましくは20～35塩基である。また、プローブは、適当な標識物質で標識されていてもよく、標識物質としては、例えば、酵素(ペルオキシダーゼ、β－ガラクトシダーゼ、アルカリフォスファターゼ等)、蛍光物質（FITC、RITC、Cy3、Cy5等）、発光物質（ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニン等）、放射性同位元素（3H、14C、32P、125I、131I等）、ビオチン、ジゴキシゲニン、タグ配列を含むポリペプチド等が挙げられる。あるいは、蛍光物質の近傍に該蛍光物質の発する蛍光エネルギーを吸収するクエンチャー（消光物質）がさらに結合されていてもよい。 Examples of the probe include the above-mentioned SNP site, and a probe capable of discriminating the type of base of the SNP site depending on the presence or absence of hybridization can be mentioned. Specific examples thereof include a probe having a sequence having at least 10 consecutive bases, preferably 15 or more bases, or a complementary sequence thereof containing the 101st base of the base sequence shown in any of SEQ ID NOs: 1 to 82. The length of the probe is preferably 15-40 bases, more preferably 20-35 bases. Further, the probe may be labeled with an appropriate labeling substance, and examples of the labeling substance include enzymes (peroxidase, β-galactosidase, alkaline phosphatase, etc.), fluorescent substances (FITC, RITC, Cy3, Cy5, etc.), and the like. Examples thereof include luminescent substances (luminol, luminol derivatives, luciferin, lucigenin, etc.), radioisotopes ( 3 H, 14 C, 32 P, 125 I, 131 I, etc.), biotin, digoxygenin, polypeptides containing tag sequences, and the like. Alternatively, a quencher (quenching substance) that absorbs the fluorescent energy emitted by the fluorescent substance may be further bonded in the vicinity of the fluorescent substance.
また、プローブは固相に固定されていてもよい（DNAアレイ）。DNAアレイは、同一平面上に配置した多数のプローブに対してサンプルDNAをハイブリダイズさせ、当該平面をスキャンすることによって、各プローブに対するハイブリダイズを同時に検出することが可能である。よって、多数のSNP部位を同時に解析するには、DNAアレイは有用である。アレイに搭載するプローブとなるオリゴヌクレオチドは、通常in situで合成される。例えば、リソグラフィー方式（Thermo Fisher Scientific社）、インクジェット方式(Agilent社)、ビーズアレイ方式(Illumina社)等によるオリゴヌクレオチドのin situ合成法が知られている。 Further, the probe may be immobilized on a solid phase (DNA array). The DNA array can simultaneously detect hybridization for each probe by hybridizing sample DNA to a large number of probes arranged on the same plane and scanning the plane. Therefore, DNA arrays are useful for simultaneously analyzing a large number of SNP sites. The oligonucleotides that serve as probes to be mounted on the array are usually synthesized in situ. For example, an in situ synthesis method of an oligonucleotide by a lithography method (Thermo Fisher Scientific), an inkjet method (Agilent), a bead array method (Illumina), or the like is known.
また、プライマーとしては、上記SNP部位を増幅するためのPCRに用いることのできるプライマー、又は上記SNP部位を配列解析（シークエンシング）するために用いることのできるプライマーが挙げられる。具体的には、配列番号1～82のいずれかに示される塩基配列の101番目の塩基を含む領域を増幅したり、シークエンシングしたりすることのできるプライマーが挙げられる。上記SNP部位を増幅するためのPCRに用いることのできるプライマーは、該SNP部位を含む領域のDNAを鋳型として、該SNP部位に向かって相補鎖合成を開示することができるオリゴヌクレオチドであればよく、このようなプライマーの長さは10～30塩基が好ましく、15～25塩基がより好ましい。プライマーは、配列番号1～82のいずれかに示される塩基配列において、SNP部位の上流または下流の位置に設定することができる。 Examples of the primer include a primer that can be used for PCR for amplifying the SNP site, and a primer that can be used for sequence analysis (sequencing) of the SNP site. Specific examples thereof include primers capable of amplifying or sequencing the region containing the 101st base of the base sequence shown in any of SEQ ID NOs: 1 to 82. The primer that can be used for PCR for amplifying the SNP site may be an oligonucleotide that can disclose complementary strand synthesis toward the SNP site using the DNA of the region containing the SNP site as a template. The length of such a primer is preferably 10 to 30 bases, more preferably 15 to 25 bases. The primer can be set at a position upstream or downstream of the SNP site in the base sequence shown in any of SEQ ID NOs: 1 to 82.
当業者であれば、SNP部位を含む周辺DNA領域の塩基配列情報を基に、解析手法に応じたプローブ及びプライマーを設計することができる。また、プローブ及びプライマーとなるオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの合成法として当技術分野で公知の方法、例えば、ホスホロアミダイト法、H－ホスホネート法等により、通常用いられるDNA自動合成装置を利用して合成することが可能である。 Those skilled in the art can design probes and primers according to the analysis method based on the base sequence information of the peripheral DNA region including the SNP site. Further, the oligonucleotide to be a probe and a primer is prepared by using a DNA automatic synthesizer usually used by a method known in the art as a method for synthesizing an oligonucleotide, for example, a phosphoramidite method, an H-phosphonate method or the like. It is possible to synthesize.
本発明のキットには、上記のプローブ及びプライマーとして用いるオリゴヌクレオチドを少なくとも含んでいればよい。また、当該キットには、必要に応じて、DNA抽出用試薬、PCR用緩衝液やDNAポリメラーゼ等のPCR用試薬、染色剤や電気泳動用ゲル等の検出用試薬、固定化担体、標識物質、標識の検出に用いられる基質化合物、陽性や陰性の標準試料、キットの使用方法を記載した指示書等を含めることもできる。なお、キット中の試薬は溶液でも凍結乾燥物でもよい。 The kit of the present invention may contain at least the oligonucleotide used as the above-mentioned probe and primer. In addition, if necessary, the kit includes reagents for DNA extraction, reagents for PCR such as PCR buffers and DNA polymerases, reagents for detection such as stains and gels for electrophoresis, immobilization carriers, labeling substances, and the like. It can also include substrate compounds used to detect the label, positive and negative standard samples, instructions describing how to use the kit, and the like. The reagent in the kit may be a solution or a freeze-dried product.
３．肌荒れの予防及び／又は改善剤のスクリーニング方法
上述のとおり、VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8は、上記の(a1)～（a82)のSNPが、その近傍(100kb以内）に存在するか、SNPにより発現が変動することが文献的に知られている遺伝子である。
3. 3. Screening method for preventive and / or ameliorating agents for rough skin As described above, for VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8, are the above SNPs (a1) to (a82) present in the vicinity (within 100 kb)? , It is a gene whose expression is known to be changed by SNP in the literature.
よって、本発明の別の側面によれば、VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子(以下、「肌荒れ感受性遺伝子」という）の発現変化を指標とする、肌荒れの予防及び／又は改善剤のスクリーニング方法が提供される。 Therefore, according to another aspect of the present invention, changes in the expression of one or more genes (hereinafter referred to as “rough skin susceptibility genes”) selected from the group consisting of VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8. A method for screening for a preventive and / or ameliorating agent for rough skin is provided.
本発明のスクリーニング方法は、肌荒れ感受性遺伝子の発現の評価に適切な細胞を用いる方法であれば、特に限定はされないが、典型的には、細胞における肌荒れ感受性遺伝子の発現量を測定する方法が挙げられる。より具体的には、本発明のスクリーニング方法は、被験物質の存在下で上記肌荒れ感受性遺伝子を発現する細胞を培養し、同細胞における肌荒れ感受性遺伝子の発現量を測定する工程、被験物質の非存在下（対照）における同細胞における肌荒れ感受性遺伝子の発現量を測定する工程、被験物質の存在下で測定した発現量が、被験物質の非存在下で測定した発現量に比べて有意に増加又は減少した場合に、当該被験物質を肌荒れの予防及び／又は改善剤の候補物質として選択する工程を行うことにより、行うことができる。 The screening method of the present invention is not particularly limited as long as it is a method using cells suitable for evaluating the expression of the rough skin susceptibility gene, but typically includes a method of measuring the expression level of the rough skin susceptibility gene in the cells. Be done. More specifically, the screening method of the present invention is a step of culturing cells expressing the above-mentioned rough skin susceptibility gene in the presence of a test substance and measuring the expression level of the rough skin susceptibility gene in the cells, the absence of the test substance. In the step of measuring the expression level of the rough skin susceptibility gene in the cells below (control), the expression level measured in the presence of the test substance was significantly increased or decreased as compared with the expression level measured in the absence of the test substance. If this is the case, it can be carried out by performing a step of selecting the test substance as a candidate substance for preventing and / or improving rough skin.
本発明において、被験試料及び対照試料における肌荒れ感受性遺伝子の発現量は、当業者に公知の任意の方法により測定することができ、また、測定は、各方法の常法に従って実施すればよい。遺伝子の発現量とは、遺伝子の転写産物であるmRNA量をいう。mRNA量の測定は、所望のmRNA量を測定できる方法であれば特に限定されず、公知の方法から適宜選択して用いることができる。例えば、肌荒れ感受性遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをプライマーとした遺伝子増幅法、又は、肌荒れ感受性遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをプローブとしたハイブリダイゼーション法を利用することができる。具体的には、RT-PCR法、リアルタイムRT-PCR法、マイクロアレイ法、ノーザンプロット法、ドットブロット法、RNアーゼプロテクションアッセイ法などが挙げられる。上記の方法に用いるプライマーやプローブは、標識し、当該標識のシグナル強度を調べることによりmRNA量を測定することができる。なかでも、リアルタイムRT-PCR法はRNAを直接サンプルに使用でき、遺伝子増幅過程を光学的に測定することで増幅に必要な温度サイクルの回数から遺伝子定量が可能である上で好ましい。なお、上記の方法に用いるプライマー及びプローブは肌荒れ感受性遺伝子の塩基配列をGenBank等のデータベースより取得し、当該塩基配列に基づいて当業者であれば適宜設計し、調製することができる。各方法について様々なプロトコルが報告されており、当業者であれば公知のプロトコルに従い、又は公知のプロトコルを適宜修正や変更を行い実施することができる。 In the present invention, the expression level of the rough skin susceptibility gene in the test sample and the control sample can be measured by any method known to those skilled in the art, and the measurement may be carried out according to the conventional method of each method. The expression level of a gene refers to the amount of mRNA that is a transcript of the gene. The measurement of the amount of mRNA is not particularly limited as long as it is a method capable of measuring a desired amount of mRNA, and a known method can be appropriately selected and used. For example, a gene amplification method using an oligonucleotide that hybridizes to a rough skin susceptibility gene as a primer or a hybridization method using an oligonucleotide that hybridizes to a rough skin susceptibility gene can be used. Specific examples thereof include RT-PCR method, real-time RT-PCR method, microarray method, Northern plot method, dot blotting method, RNase protection assay method and the like. The primers and probes used in the above method can be labeled, and the amount of mRNA can be measured by examining the signal intensity of the label. Among them, the real-time RT-PCR method is preferable because RNA can be directly used as a sample and the gene can be quantified from the number of temperature cycles required for amplification by optically measuring the gene amplification process. The primers and probes used in the above method can be appropriately designed and prepared by those skilled in the art based on the base sequence of the rough skin susceptibility gene obtained from a database such as GenBank. Various protocols have been reported for each method, and those skilled in the art can follow known protocols or modify or modify known protocols as appropriate.
また、本発明のスクリーニング方法の別の態様として、肌荒れ感受性遺伝子を発現する細胞として、レポーター遺伝子を肌荒れ感受性遺伝子の転写調節領域に作動可能に連結したプラスミドを導入した細胞を用い、レポーター遺伝子の発現量を測定してもよい。レポーター遺伝子としては、例えばGFP遺伝子、GUS遺伝子、LUS遺伝子等が挙げられる。 Further, as another aspect of the screening method of the present invention, as a cell expressing a rough skin susceptibility gene, a cell into which a plasmid in which a reporter gene is operably linked to a transcriptional regulatory region of the rough skin susceptibility gene is introduced is used to express the reporter gene. The amount may be measured. Examples of the reporter gene include a GFP gene, a GUS gene, a LUS gene and the like.
スクリーニングに用いる被験物質は、主に医薬品及び／又は飲食品に利用できる成分を対象とし、例えば、動・植物組織の抽出物もしくは微生物培養物等の複数の化合物を含む混合物、またそれらから精製された標品；天然に生じる分子（例えば、アミノ酸、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、タンパク質、核酸、脂質、ステロイド、糖タンパク質、プロテオグリカンなど）；あるいは天然に生じる分子の合成アナログ又は誘導体（例えば、ペプチド擬態物など）；及び天然に生じない分子（例えば、コンビナトリアルケミストリー技術等を用いて作製した低分子有機化合物）；ならびにそれらの混合物などを挙げることができる。また、被験物質としては単一の被験物質を独立に試験しても、いくつかの候補となる被験物質の混合物（ライブラリーなどを含む）について試験をしてもよい。複数の被験物質を含むライブラリーとしては、合成化合物ライブラリー、ペプチドライブラリーなどが挙げられる。 The test substances used for screening mainly target components that can be used in pharmaceuticals and / or foods and drinks, and are, for example, mixtures containing multiple compounds such as animal / plant tissue extracts or microbial cultures, or purified from them. Standards; naturally occurring molecules (eg, amino acids, peptides, oligopeptides, polypeptides, proteins, nucleic acids, lipids, steroids, glycoproteins, proteoglycans, etc.); or synthetic analogs or derivatives of naturally occurring molecules (eg, peptides). Mimics, etc.); and non-naturally occurring molecules (eg, low molecular weight organic compounds made using combinatorial chemistry techniques, etc.); and mixtures thereof. Further, as the test substance, a single test substance may be independently tested, or a mixture (including a library) of several candidate test substances may be tested. Examples of the library containing a plurality of test substances include a synthetic compound library and a peptide library.
上記スクリーニング方法により選択される肌荒れの予防及び／又は改善物質は、化粧品、医薬品、医薬部外品、飲食品等の肌荒れの予防及び／又は改善用組成物への配合成分として使用できる。よって、本発明のさらなる別の側面によれば、VAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、及びRNF8からなる群より選択される1種又は2種以上の遺伝子の発現を制御する素材を含有する、肌荒れの予防及び／又は改善用組成物が提供される。 The substance for preventing and / or improving rough skin selected by the above screening method can be used as a compounding component in a composition for preventing and / or improving rough skin in cosmetics, pharmaceuticals, quasi-drugs, foods and drinks, and the like. Thus, according to yet another aspect of the invention, the rough skin contains a material that controls the expression of one or more genes selected from the group consisting of VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, and RNF8. Compositions for prevention and / or improvement are provided.
以下、実施例により本発明をさらに具体的に説明する。但し、本発明はこれらに限定されるものではない。 Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. However, the present invention is not limited thereto.
（実施例１）肌荒れの遺伝的素因（肌荒れの起こし易さ）に関連する一塩基多型(SNP)の同定
本試験を実施するにあたり、同意書、遺伝型判定等について、自社における倫理審査委員会によって承認を受けた。同意書のサインにて同意を受けたサンプル提供者よりサンプル採取を行い、遺伝型判定及びゲノムワイド関連解析(GWAS)を行った。
(Example 1) Identification of single nucleotide polymorphism (SNP) related to the genetic predisposition of rough skin (proneness to cause rough skin) In conducting this test, the ethics review committee of the company regarding the consent form, genotype determination, etc. Approved by the association. Samples were taken from the sample donors who gave consent by signing the consent form, and genotyping and genome-wide association study (GWAS) were performed.
(1) DNAサンプル
1206人の女性被験者から唾液を採取し、Maxwell RSC Stabilized Saliva DNA Kit（プロメガ社製）を使用してゲノムDNAを抽出し、DNAサンプルを得た。
(1) DNA sample
Saliva was collected from 1206 female subjects and genomic DNA was extracted using the Maxwell RSC Stabilized Saliva DNA Kit (manufactured by Promega) to obtain DNA samples.
(2) 遺伝型の決定及びクオリティコントロール
得られたDNAサンプルについて、イルミナ社のAsian Screening Array（ASA）を用いて遺伝型の決定を行った。その結果、約65万個のSNPが検出された。遺伝統計解析ソフトPLINK(www.cog-genomics.org/plink/1.9/)を利用して、上記1206人の被験者とSNPから、コールレートが0.95未満の被験者と、コールレートが0.95未満のSNPを除外した。また、ハーディー・ワインベルク平衡の正確検定のｐ値が1×10-3未満、マイナーアレル頻度(MAF)が5％未満のSNPも除外した。遺伝型データから未確認血縁性を除去するために、PI_HAT=0.25以上の個体ペアを検出し、それぞれのペアについて、個体コールレートの低い個体を解析対象から除外した。さらに、遺伝型データから多次元尺度構成法によるクラスタリングを実施し、日本人由来の個体を選択した。クオリティコントロールにより解析対象として選択した個体数は1108人、SNP数は305180個であった。
(2) Genotype determination and quality control The obtained DNA samples were genotyped using Illumina's Asian Screening Array (ASA). As a result, about 650,000 SNPs were detected. Using the genetic statistics analysis software PLINK (www.cog-genomics.org/plink/1.9/), from the above 1206 subjects and SNPs, subjects with a call rate of less than 0.95 and SNPs with a call rate of less than 0.95 were selected. Excluded. We also excluded SNPs with an exact test of Hardy-Weinberg equilibrium with a p-value of less than 1 × 10 -3 and a minor allele frequency (MAF) of less than 5%. In order to remove unidentified kinship from genotype data, individual pairs with PI_HAT = 0.25 or higher were detected, and individuals with a low individual call rate were excluded from the analysis for each pair. Furthermore, clustering was performed by the multidimensional scaling method from the genotype data, and individuals derived from Japanese were selected. The number of individuals selected for analysis by quality control was 1108, and the number of SNPs was 305,180.
(3) ジェノタイプ・インピュテーション
ジェノタイプ・インピュテーションとは、リファレンスパネルと呼ばれる標準的なSNPのコレクションの情報を参照して、SNPアレイで設計されていない部位の遺伝型情報を統計的に推定する手法である。本実施例において、ジェノタイプ・インピュテーションは、1000 Genome Progect Phase3参照パネルに基づき、Eagle及びMinimac3を用いて行った。インピュテーション後、コールレートが0.95未満のSNP、ハーディー・ワインベルク平衡の正確検定のｐ値が1×10-3未満のSNP、インピュテーション結果の精度を表す指標Rsqの値が0.3未満のSNP、マイナーアレル頻度(MAF)が5％未満のSNPを除外し、最終的に6258233個のSNPが推定された。
(3) Genotype Imputation Genotype Imputation refers to information on a collection of standard SNPs called a reference panel, and statistically collects genotype information on sites not designed by SNP arrays. It is a method to estimate. In this example, genotype imputation was performed using Eagle and Minimac 3 based on the 1000 Genome Progect Phase 3 reference panel. After imputation, SNPs with a call rate of less than 0.95, SNPs with a Hardy-Weinberg equilibrium test p-value of less than 1 × 10 -3 , and Rsq, an indicator of the accuracy of imputation results, have a value of less than 0.3. SNPs, SNPs with a minor allele frequency (MAF) of less than 5% were excluded, and finally 6258233 SNPs were estimated.
(4) 表現型データ（肌荒れの起こし易さ）
肌荒れの起こし易さに関するアンケート項目は、「ストレス、睡眠不足、又は季節の変わり目などで肌荒れを起こし易いですか？」という質問に対して、「１.ほとんど肌荒れを起こさない」、「２．まれに肌荒れを起こす」、「３．時々肌荒れを起こす」、「４．よく肌荒れを起こす」の４つの選択肢から１つを回答するものであり、間隔尺度として扱った。
(4) Phenotypic data (prone to rough skin)
Questionnaire items regarding the susceptibility to rough skin are "1. Almost no rough skin" and "2. Rare" in response to the question "Is it easy to cause rough skin due to stress, lack of sleep, or the change of seasons?" One of the four options, "causes rough skin", "3. occasionally causes rough skin", and "4. often causes rough skin", was answered and treated as an interval scale.
(5) 関連解析
上記の通り、決定又は推定された遺伝型データと肌荒れの起こし易さとの関連性について、PLINKを利用して、表現型データを目的変数、遺伝型データのマイナーアレルの本数、及び年齢を説明変数とした重回帰分析を行い、前記マイナーアレルの本数の回帰係数のp値を評価した。前記重回帰分析により算出したp値が1×10-5未満となるSNP82個を表現型との関連性があるものとして抽出した。
(5) Association analysis As described above, regarding the relationship between the determined or estimated genotype data and the susceptibility to rough skin, phenotypic data is used as the objective variable, and the number of minor alleles of genotype data is used using PLINK. Multiple regression analysis was performed with age as an explanatory variable, and the p value of the regression coefficient of the number of minor alleles was evaluated. Eighty-two SNPs whose p-values calculated by the multiple regression analysis were less than 1 × 10 -5 were extracted as having a relationship with the phenotype.
肌荒れの起こし易さとの関連が示唆されたSNPについて、HaploReg v4.1（https://pubs.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php）を利用して、SNPの近傍の遺伝子(100kb以内）、及び当該SNPにより発現が変動することが文献的に知られている遺伝子のアノテーションを行った。 For SNPs that have been suggested to be associated with the likelihood of rough skin, use HaploReg v4.1 (https://pubs.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php) to generate genes in the vicinity of SNPs (within 100 kb). ), And the genes whose expression is known to fluctuate depending on the SNP were annotated.
(6) 結果
以上の解析から、肌荒れの起こし易さの遺伝的素因と関連性があり、肌荒れの起こし易さを判定できるSNPとして82個のSNPを特定した（表４）。特定した各SNPのSNP ID（NCBI dsSNP)、当該SNPが存在する染色体番号及び物理位置、アレル及びマイナーアレルの塩基、リスクアレルの塩基、マイナーアレルの効果量（β値）、遺伝型のp値を示す。p値の欄において、それぞれのｐ値は10を底とする指数形式で表示され、符号Eの前後に記載された数値はそれぞれｐ値を指数形式で表示した際の仮数部と指数部を示す。β値が正の値である場合は、マイナーアレルがリスク（肌荒れの起こし易さ）を増加させることを意味する。反対に、β値が負の値である場合は、マイナーアレルがリスクを減少させることを意味する。「Imputed or Direct Typing」は、各SNPがダイレクト(Direct)に遺伝子型特定（Genotyped）されたか、もしくはインピュテーションにより推定(Imputed)されたかを示す。
(6) Results From the above analysis, 82 SNPs were identified as SNPs that are related to the genetic predisposition of susceptibility to rough skin and can determine the susceptibility to rough skin (Table 4). SNP ID (NCBI dsSNP) of each identified SNP, chromosome number and physical position where the SNP exists, allele and minor allele base, risk allele base, minor allele effect amount (β value), hereditary p-value Is shown. In the p-value column, each p-value is displayed in an exponential format with a base of 10, and the numerical values before and after the sign E indicate the mantissa and exponential part when the p-value is displayed in the exponential format, respectively. .. If the β value is positive, it means that the minor allele increases the risk (proneness to rough skin). Conversely, a negative β value means that the minor allele reduces the risk. "Imputed or Direct Typing" indicates whether each SNP was directly genotyped or imputed.
また、当該SNPの近傍の遺伝子(100kb以内)（表４、遺伝子(I)）、及び当該SNPにより発現が変動することが文献的に知られている遺伝子（表４、遺伝子(II))としてVAV3、RBM43、NMI、TNFAIP6、RNF8を見出した。 In addition, as a gene in the vicinity of the SNP (within 100 kb) (Table 4, gene (I)) and a gene whose expression is known to fluctuate depending on the SNP (Table 4, gene (II)). We found VAV3, RBM43, NMI, TNFAIP6, RNF8.
本発明の方法により、サンプル提供者が肌荒れを起こし易い遺伝的素因を有するかどうかを正確かつ簡便に判定することができる。よって、その判定結果に基づき、サンプル提供者にカスタマイズした肌荒れ予防や改善のための化粧品やサプリメントを提供すること、また肌荒れ改善のためのケア方法に関するカウンセリングやアドバイスを行うことが可能となる。 According to the method of the present invention, it is possible to accurately and easily determine whether or not the sample donor has a genetic predisposition that is prone to rough skin. Therefore, based on the determination result, it is possible to provide the sample provider with customized cosmetics and supplements for preventing and improving rough skin, and to provide counseling and advice on care methods for improving rough skin.
Claims (6)
(a1) 配列番号１に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs557778で特定されるSNP)
(a2) 配列番号２に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs555337で特定されるSNP)
(a3) 配列番号３に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666003で特定されるSNP)
(a4) 配列番号４に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666460で特定されるSNP)
(a5) 配列番号５に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666461で特定されるSNP)
(a6) 配列番号６に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs526733で特定されるSNP)
(a7) 配列番号７に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs525842で特定されるSNP)
(a8) 配列番号８に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4915051で特定されるSNP)
(a9) 配列番号９に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs680867で特定されるSNP)
(a10) 配列番号10に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs499513で特定されるSNP)
(a11) 配列番号11に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs684624で特定されるSNP)
(a12) 配列番号12に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494757で特定されるSNP)
(a13) 配列番号13に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494696で特定されるSNP)
(a14) 配列番号14に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs580995で特定されるSNP)
(a15) 配列番号15に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs515202で特定されるSNP)
(a16) 配列番号16に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs566923で特定されるSNP)
(a17) 配列番号17に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs560683で特定されるSNP)
(a18) 配列番号18に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs560655で特定されるSNP)
(a19) 配列番号19に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs663391で特定されるSNP)
(a20) 配列番号20に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs663431で特定されるSNP)
(a21) 配列番号21に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12032660で特定されるSNP)
(a22) 配列番号22に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12035053で特定されるSNP)
(a23) 配列番号23に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11185132で特定されるSNP)
(a24) 配列番号24に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6665028で特定されるSNP)
(a25) 配列番号25に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs6702592で特定されるSNP)
(a26) 配列番号26に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs534891で特定されるSNP)
(a27) 配列番号27に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666070で特定されるSNP)
(a28) 配列番号28に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs666956で特定されるSNP)
(a29) 配列番号29に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1752681で特定されるSNP)
(a30) 配列番号30に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs505822で特定されるSNP)
(a31) 配列番号31に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs504881で特定されるSNP)
(a32) 配列番号32に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs504806で特定されるSNP)
(a33) 配列番号33に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs501057で特定されるSNP)
(a34) 配列番号34に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs499227で特定されるSNP)
(a35) 配列番号35に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs586180で特定されるSNP)
(a36) 配列番号36に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs476157で特定されるSNP)
(a37) 配列番号37に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs475072で特定されるSNP)
(a38) 配列番号38に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs473420で特定されるSNP)
(a39) 配列番号39に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs472527で特定されるSNP)
(a40) 配列番号40に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs580075で特定されるSNP)
(a41) 配列番号41に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs549903で特定されるSNP)
(a42) 配列番号42に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs10785826で特定されるSNP)
(a43) 配列番号43に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs494152で特定されるSNP)
(a44) 配列番号44に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs643908で特定されるSNP)
(a45) 配列番号45に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs11811454で特定されるSNP)
(a46) 配列番号46に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs61819207で特定されるSNP)
(a47) 配列番号47に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs289852で特定されるSNP)
(a48) 配列番号48に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1056726で特定されるSNP)
(a49) 配列番号49に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs149819999で特定されるSNP)
(a50) 配列番号50に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs60254106で特定されるSNP)
(a51) 配列番号51に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs2173313で特定されるSNP)
(a52) 配列番号52に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12209775で特定されるSNP)
(a53) 配列番号53に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs12211110で特定されるSNP)
(a54) 配列番号54に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs7738045で特定されるSNP)
(a55) 配列番号55に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs1937834で特定されるSNP)
(a56) 配列番号56に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75741813で特定されるSNP)
(a57) 配列番号57に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74686576で特定されるSNP)
(a58) 配列番号58に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74415127で特定されるSNP)
(a59) 配列番号59に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77750385で特定されるSNP)
(a60) 配列番号60に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76145983で特定されるSNP)
(a61) 配列番号61に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75155123で特定されるSNP)
(a62) 配列番号62に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74302809で特定されるSNP)
(a63) 配列番号63に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs111523535で特定されるSNP)
(a64) 配列番号64に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs199627764で特定されるSNP)
(a65) 配列番号65に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs79187933で特定されるSNP)
(a66) 配列番号66に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77784037で特定されるSNP)
(a67) 配列番号67に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78530814で特定されるSNP)
(a68) 配列番号68に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739577で特定されるSNP)
(a69) 配列番号69に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78484770で特定されるSNP)
(a70) 配列番号70に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76611879で特定されるSNP)
(a71) 配列番号71に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs80335309で特定されるSNP)
(a72) 配列番号72に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75558330で特定されるSNP)
(a73) 配列番号73に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs76151608で特定されるSNP)
(a74) 配列番号74に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs74407439で特定されるSNP)
(a75) 配列番号75に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs112276204で特定されるSNP)
(a76) 配列番号76に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs75023163で特定されるSNP)
(a77) 配列番号77に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739578で特定されるSNP)
(a78) 配列番号78に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs4739579で特定されるSNP)
(a79) 配列番号79に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs16882394で特定されるSNP)
(a80) 配列番号80に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs77736544で特定されるSNP)
(a81) 配列番号81に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs78585145で特定されるSNP)
(a82) 配列番号82に示される塩基配列の101番目の塩基におけるSNP(SNP:ID rs16882399で特定されるSNP) In the DNA-containing sample collected from the subject, the step of detecting one or more single nucleotide polymorphism (SNP) alleles of the following (a1) to (a82) and at least one of the detected allele bases. A method for determining a genetic predisposition to rough skin, comprising a step of determining that the subject has a genetic predisposition to rough skin when one is a risk allele.
(a1) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 (SNP: SNP specified by ID rs557778)
(a2) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 2 (SNP: SNP specified by ID rs555337)
(a3) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 (SNP: SNP specified by ID rs666003)
(a4) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 4 (SNP: SNP specified by ID rs666460)
(a5) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 (SNP: SNP specified by ID rs666461)
(a6) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 6 (SNP: SNP specified by ID rs526733)
(a7) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 7 (SNP: SNP specified by ID rs525842)
(a8) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 8 (SNP: SNP specified by ID rs4915051)
(a9) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 (SNP: SNP specified by ID rs680867)
(a10) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 10 (SNP: SNP specified by ID rs499513)
(a11) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 (SNP: SNP specified by ID rs684624)
(a12) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 12 (SNP: SNP specified by ID rs494757)
(a13) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 (SNP: SNP specified by ID rs494696)
(a14) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 14 (SNP: SNP specified by ID rs580995)
(a15) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 (SNP: SNP specified by ID rs515202)
(a16) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 16 (SNP: SNP specified by ID rs566923)
(a17) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 (SNP: SNP specified by ID rs560683)
(a18) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 18 (SNP: SNP specified by ID rs560655)
(a19) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 (SNP: SNP specified by ID rs663391)
(a20) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 20 (SNP: SNP specified by ID rs663431)
(a21) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 (SNP: SNP specified by ID rs12032660)
(a22) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22 (SNP: SNP specified by ID rs12035053)
(a23) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 (SNP: SNP specified by ID rs11185132)
(a24) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24 (SNP: SNP specified by ID rs6665028)
(a25) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 (SNP: SNP specified by ID rs6702592)
(a26) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 26 (SNP: SNP specified by ID rs534891)
(a27) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 (SNP: SNP specified by ID rs666070)
(a28) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 28 (SNP: SNP specified by ID rs666956)
(a29) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 (SNP: SNP specified by ID rs1752681)
(a30) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 30 (SNP: SNP specified by ID rs505822)
(a31) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 (SNP: SNP specified by ID rs504881)
(a32) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 32 (SNP: SNP specified by ID rs504806)
(a33) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 (SNP: SNP specified by ID rs501057)
(a34) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 34 (SNP: SNP specified by ID rs499227)
(a35) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 (SNP: SNP specified by ID rs586180)
(a36) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 36 (SNP: SNP specified by ID rs476157)
(a37) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 (SNP: SNP specified by ID rs475072)
(a38) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 38 (SNP: SNP specified by ID rs473420)
(a39) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 (SNP: SNP specified by ID rs472527)
(a40) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 40 (SNP: SNP specified by ID rs580075)
(a41) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 (SNP: SNP specified by ID rs549903)
(a42) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 42 (SNP: SNP specified by ID rs10785826)
(a43) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 43 (SNP: SNP specified by ID rs494152)
(a44) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 44 (SNP: SNP specified by ID rs643908)
(a45) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 45 (SNP: SNP specified by ID rs11811454)
(a46) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 46 (SNP: SNP specified by ID rs61819207)
(a47) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 47 (SNP: SNP specified by ID rs289852)
(a48) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 48 (SNP: SNP specified by ID rs1056726)
(a49) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 49 (SNP: SNP specified by ID rs149819999)
(a50) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 50 (SNP: SNP specified by ID rs60254106)
(a51) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 51 (SNP: SNP specified by ID rs2173313)
(a52) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 52 (SNP: SNP specified by ID rs12209775)
(a53) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 53 (SNP: SNP specified by ID rs12211110)
(a54) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 54 (SNP: SNP specified by ID rs7738045)
(a55) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 55 (SNP: SNP specified by ID rs1937834)
(a56) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 56 (SNP: SNP specified by ID rs75741813)
(a57) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 57 (SNP: SNP specified by ID rs74686576)
(a58) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 58 (SNP: SNP specified by ID rs74415127)
(a59) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 59 (SNP: SNP specified by ID rs77750385)
(a60) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 60 (SNP: SNP specified by ID rs76145983)
(a61) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 61 (SNP: SNP specified by ID rs75155123)
(a62) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 62 (SNP: SNP specified by ID rs74302809)
(a63) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 63 (SNP: SNP specified by ID rs111523535)
(a64) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 64 (SNP: SNP specified by ID rs199627764)
(a65) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 65 (SNP: SNP specified by ID rs79187933)
(a66) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 66 (SNP: SNP specified by ID rs77784037)
(a67) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 67 (SNP: SNP specified by ID rs78530814)
(a68) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 68 (SNP: SNP specified by ID rs4739577)
(a69) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 69 (SNP: SNP specified by ID rs78484770)
(a70) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 70 (SNP: SNP specified by ID rs76611879)
(a71) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 71 (SNP: SNP specified by ID rs80335309)
(a72) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 72 (SNP: SNP specified by ID rs75558330)
(a73) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 73 (SNP: SNP specified by ID rs76151608)
(a74) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 74 (SNP: SNP specified by ID rs74407439)
(a75) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 75 (SNP: SNP specified by ID rs112276204)
(a76) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 76 (SNP: SNP specified by ID rs75023163)
(a77) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 77 (SNP: SNP specified by ID rs4739578)
(a78) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 78 (SNP: SNP specified by ID rs4739579)
(a79) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 79 (SNP: SNP specified by ID rs16882394)
(a80) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 80 (SNP: SNP specified by ID rs77736544)
(a81) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 81 (SNP: SNP specified by ID rs78585145)
(a82) SNP at the 101st base of the base sequence shown in SEQ ID NO: 82 (SNP: SNP specified by ID rs16882399)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2020200998A JP2022088880A (en) | 2020-12-03 | 2020-12-03 | Method for determining genetic predisposition of rough skin |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2020200998A JP2022088880A (en) | 2020-12-03 | 2020-12-03 | Method for determining genetic predisposition of rough skin |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2022088880A true JP2022088880A (en) | 2022-06-15 |
Family
ID=81988131
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2020200998A Pending JP2022088880A (en) | 2020-12-03 | 2020-12-03 | Method for determining genetic predisposition of rough skin |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP2022088880A (en) |
-
2020
- 2020-12-03 JP JP2020200998A patent/JP2022088880A/en active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR101768419B1 (en) | Genetic polymorphic markers for determining type of white skin and use thereof | |
| JP6596724B1 (en) | Methods for determining genetic predisposition to gray hair | |
| JP7353628B2 (en) | How to determine genetic predisposition to wrinkles and sagging | |
| JP5427352B2 (en) | A method for determining the risk of developing obesity based on genetic polymorphisms associated with human body fat mass | |
| JP7437732B2 (en) | How to determine genetic predisposition to delayed epidermal turnover | |
| JP2022088880A (en) | Method for determining genetic predisposition of rough skin | |
| JP7448193B2 (en) | How to determine genetic predisposition to melanin content in corneocytes | |
| JP7046401B1 (en) | How to determine the genetic predisposition of sensitive skin | |
| JP7082834B1 (en) | How to determine the genetic predisposition to the tendency of the face to turn red | |
| JP6963341B1 (en) | How to determine the genetic predisposition of stains | |
| JP7180915B1 (en) | Skin Condition Improvement Possibility Evaluation Device and Beauty Advice Method | |
| JP2023180556A (en) | Method for determining genetic predisposition to thin hair | |
| KR20240057772A (en) | Single nucleotide polymorphism for diagnosing of depression and the use thereof | |
| KR20230036504A (en) | Markers for diagnosing Sarcopenia and use thereof | |
| KR20220141659A (en) | Genetic polymorphic markers for determining skin color and use thereof | |
| KR20130100640A (en) | Snp markers for abdominal obesity and use thereof | |
| JP2022050883A (en) | Method for determining genetic predisposition of delayed epidermal turnover | |
| KR20220141658A (en) | Genetic polymorphic markers for determining skin color and use thereof | |
| JP2009203204A (en) | Method for treating and diagnosing sleep disturbance |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20231101 |