JP2021535749A - ワクチン組成物を調製するためのプロセス - Google Patents

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Abstract

本開示は、がんの予防又は治療において利用されるポリペプチド、ポリ核酸、及びポリペプチドを含む医薬組成物に関する。また、本開示は、ペプチドを含む医薬組成物を投与することによって、被験体における細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する又はがんを治療する方法、及びコンパニオン診断方法に関する。また、本開示は、標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法で使用するためのペプチド又はポリ核酸を調製する方法であって、標的集団において最も高い割合の被験体の複数のＨＬＡアレルに結合する抗原におけるエピトープを特定することを含む方法に関する。【選択図】なし

Description

配列表
本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、そして、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。前記ＡＳＣＩＩのコピー（２０１９年８月２９日作成）は、Ｎ４１４３２２ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔと名付けられ、そして、サイズは１，４５０，０６５バイトである。
分野
本開示は、ワクチン及び免疫療法で利用されるペプチド及び組成物、このようなペプチドをコードしている核酸及びベクター、このようなペプチドを設計及び生成する方法、このようなペプチドによる治療に対して個々の被験体が応答するかどうかを予測する方法、このようなペプチドを含む被験体特異的組成物、並びにこのようなペプチドを使用する治療方法に関する。
何十年もの間、科学者たちは、慢性疾患はヒトが本来持っている防御力の及ばないものであると考えてきた。しかし、最近では、免疫抑制分子をブロックする抗体で処置した個体で腫瘍の著しい退縮が観察されたことから、がん免疫療法の分野が急速に進展している。これら臨床所見は、既存のＴ細胞応答が再活性化された結果、個体にとって有意義な臨床的利益が得られることを示す。これら進歩により、腫瘍特異的Ｔ細胞応答を誘導するがんワクチンの開発への熱意が新たにされた。
期待をよそに、現在の免疫療法はごく一部の個体にしか有効ではない。また、ほとんどのがんワクチン治験では、個体における腫瘍の退縮率及び抗腫瘍Ｔ細胞応答率が低かったことから、統計的に有意な効能を示すことができなかった。ＨＩＶ及びアレルギーの分野でも、Ｔ細胞応答を取り込もうとした治療用及び予防用ワクチンで同様の失敗が報告されている。免疫療法及びワクチンの臨床的失敗を克服することが求められている。
抗原提示細胞（ＡＰＣ）において、タンパク質抗原はペプチドにプロセシングされる。これらペプチドはＨＬＡ分子に結合し、ペプチド−ＨＬＡ複合体として細胞表面においてＴ細胞に提示される。異なる個体は異なるＨＬＡ分子を発現し、異なるＨＬＡ分子は異なるペプチドを提示する。本発明者らは、被験体において発現する単一のＨＬＡクラスＩアレルに結合するエピトープが、腫瘍特異的Ｔ細胞応答を誘導するのに必須であるが、十分ではないことを実証した。その代わり、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ遺伝子によってコードされているＨＬＡ分子によってエピトープが認識され、提示されたとき、腫瘍特異的Ｔ細胞応答は最適に活性化される（国際出願第ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３１号、同第ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３２号、同第ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３０号、欧州特許第３３７００６５号及び同第３３６９４３１号）。
この知見に基づき、本発明者らは、所与の標的ヒト集団において最も高い割合の被験体でＴ細胞応答を誘導するペプチドを設計及び調製する方法を開発し、この方法を用いて、がん治療において使用するためのペプチドのセットを設計した。
従って、第１の態様では、本開示は、最大５０アミノ酸長であり、配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドを提供する。
更なる態様では、本開示は、最大５０アミノ酸長であり、配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチドをコードしているポリ核酸又はベクターを提供する。
更なる態様では、本開示は、２つ以上のペプチド又は２つ以上のポリ核酸若しくはベクターのパネルであって、各ペプチドが、配列番号１〜２７８６及び／若しくは又は５４３２〜５９３１から選択される異なるアミノ酸配列を含むペプチドを含むか、あるいは各ポリ核酸又はベクターが、配列番号１〜２７８６及び／若しくは又は５４３２〜５９３１から選択される異なるアミノ酸配列を含むペプチドをコードしているパネルを提供する。
更なる態様では、本開示は、ペプチド、ポリ核酸、ベクター、又はパネルのうちの１つ以上を含む医薬組成物又はキットであって、任意で少なくとも１つの薬学的に許容し得る希釈剤、担体、又は保存剤を含む医薬組成物又はキットを提供する。
更なる態様では、本開示は、特定のヒト被験体が、医薬組成物又はキットのペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターの投与に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を有することを予測する方法であって、
（ｉ）ａ．該医薬組成物若しくはキットの１つ以上のペプチド若しくはコードされているペプチドが、該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含んでいると判定し；そして、
ｂ．該被験体が、該医薬組成物の投与に対して細胞傷害性Ｔ細胞応答を有すると予測すること；又は
（ｉｉ）ａ．該医薬組成物若しくはキットの１つ以上のペプチド若しくはコードされているペプチドが、該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含んでいると判定し；そして、
ｂ．該被験体が、該医薬組成物の投与に対してヘルパーＴ細胞応答を有すると予測すること
を含む方法を提供する。
更なる態様では、本開示は、ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する方法であって、医薬組成物、又はキットのペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターを該被験体に投与することを含む方法を提供する。
更なる態様では、本開示は、
− 免疫療法を提供するか又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するワクチン接種方法において使用するための、上記医薬組成物、又はキットのペプチド、ポリ核酸、若しくはベクター；及び
− 免疫療法を提供するか又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するワクチン接種のための医薬の製造における、上記ペプチド又はポリ核酸の使用
を提供する。
更なる態様では、本開示は、特定のヒト被験体におけるがんを治療する方法において使用するための医薬組成物又はキットを調製する方法であって、
ａ．２つ以上のペプチド又は少なくとも２つのペプチドをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを選択することであって、各ペプチド又はコードされているペプチドが、特定のヒト被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープを含む配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１から選択されるアミノ酸配列を含むことと；
ｂ．工程ａで選択された２つ以上のペプチド、又は１つ以上のポリヌクレオチド若しくはベクターを含む医薬組成物又はキットを調製することと
を含む方法を提供する。
更なる態様では、本開示は、標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、ペプチド、又はペプチドをコードしているポリ核酸若しくはベクター、又はペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを設計又は調製する方法であって、
（ｉ）それぞれＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によって定義される複数の被験体を含むモデルヒト集団を選択又は定義することと；
（ｉｉ）該モデル集団の各被験体について、
（ａ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである該標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｂ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである該標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｃ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ及び該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む該標的ポリペプチドのアミノ酸配列；又は
（ｄ）
ａ．少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであり；かつ
ｂ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む
該標的ポリペプチドのアミノ酸配列
を同定することと；
（ｉｉｉ）９〜５０アミノ酸のポリペプチド断片ウィンドウ長を選択することと；
（ｉｖ）
（ａ）工程（ｉｉｉ）で選択された長さを有し；かつ
（ｂ）該モデル集団で最も高い割合の被験体において工程（ｉｉ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つで同定されたアミノ酸配列を含む、
該標的ポリペプチドの断片を同定することと；
（ｖ）任意で、工程（ｉｖ）で同定された断片を追加の所定の基準に対して試験し、更なる所定の基準を満たさない場合は該断片を拒絶し、工程（ｉｖ）を繰り返して、
（ａ）工程（ｉｉｉ）で選択された長さを有し；かつ
（ｂ）該モデル集団で次に高い割合の被験体において工程（ｉｖ）で同定されたアミノ酸配列を含む
該標的ポリペプチドの代替断片を同定することと；
（ｖｉ）任意で、１つ以上の更なるラウンドで工程（ｉｖ）及び更に任意で工程（ｖ）を繰り返すことであって、各ラウンドにおいて該標的ポリペプチドの更なる断片が同定され、各ラウンドにおいて、前のラウンドのいずれかの工程（ｉｖ）で選択され、工程（ｖ）で拒絶されなかった断片のいずれかが、その被験体について工程（ｉｉ）で同定されたアミノ酸配列を含む場合、被験体を該モデル集団から除外することと；
（ｖｉｉ）ペプチド、ペプチドをコードしているポリ核酸若しくはベクター、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを設計又は調製することであって、各ペプチドが、工程（ｉｖ）、（ｖ）、又は（ｖｉ）で同定された該標的ポリペプチド断片のうちの１つ以上を含み、任意で、該ポリペプチド断片が、Ｎ及び／又はＣ末端で、該標的ポリペプチド抗原の配列の一部ではない追加のアミノ酸に隣接していることと
を含む方法を提供する。
更なる態様では、本開示は、該方法に従って設計及び／若しくは調製された、又は該方法に従って設計及び／若しくは調製された２つ以上のペプチドを含むか若しくはコードしている、パネルペプチド、ポリ核酸、又はベクターを提供する。
更なる態様では、本開示は、標的ヒト集団の被験体において１つ以上の標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターであって、該ペプチド、又はコードされているペプチドのそれぞれが、
（ａ）９〜５０アミノ酸長であり；かつ
（ｂ）該１つ以上の標的ポリペプチドの断片を含み、該断片が、治療企図ヒト集団の被験体の少なくとも１０％において、
ａ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
ｂ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
ｃ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ及び該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む標的ポリペプチドのアミノ酸配列；又は
ｄ．
ｉ．少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであり；かつ
ｉｉ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む
標的ポリペプチドのアミノ酸配列
を含むアミノ酸配列を含む、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを提供する。
更なる態様では、本開示は、ペプチドのパネル、又は該ペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを含む医薬組成物又はキットであって、任意で、少なくとも１つの薬学的に許容し得る希釈剤、担体、又は保存剤を含む医薬組成物又はキットを提供する。
更なる態様では、本開示は、ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する方法であって、医薬組成物、又はキットのペプチドのパネル、ポリ核酸、若しくはベクターを該被験体に投与することを含む方法を提供する。
次に、限定するものではなく一例として、添付の図面を参照して、本開示をより詳細に説明する。本開示が与えられた当業者には、多くの等価な改変及び変形例が明らかになるであろう。従って、記載される本開示の例示的な実施形態は、例証するものであって、限定するものではないと考えられる。本開示の範囲から逸脱することなく、説明した実施形態に様々な変更を加えることができる。上記であろうと下記であろうと、本明細書に引用される全ての文書は、その全体が参照により明示的に組み込まれる。
本開示は、明確に容認できない又は明示的に回避すべきであると記述されている場合を除いて、記載されている態様及び好ましい特徴の組み合わせを含む。本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用するとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、特に明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。従って、例えば、「ペプチド（ａ ｐｅｐｔｉｄｅ）」に対する言及は、２つ以上のこのようなペプチドを含む。
本明細書で使用されるセクション見出しは、単なる便宜的なものであり、いかなる方法でも限定するものであると解釈されるべきではない。
ＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩバイオマーカーのＲＯＣ曲線。 診断精度の判定のための≧１ ＰＥＰＩ３＋検査のＲＯＣ曲線。ＡＵＣ＝０．７３は、ＰＥＰＩバイオマーカーの公正な診断値を分類する。 ＣＤ８＋Ｔ細胞応答アッセイで使用したペプチドプールの中で技術水準のアッセイで測定したＣＤ８＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩ３＋の分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３＋。Ｔ細胞応答とＰＥＰＩ３＋ペプチドとの間の９０％全体一致率（ＯＰＡ）は、個体のワクチンに誘導されるＴ細胞応答セットの予測に本発明のペプチドが有用であることを示す（ｐ＜０．００１）。真陽性（ＴＰ）、ペプチド及びＴ細胞応答の両方が検出された（網掛け）；真陰性（ＴＮ）、ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった（網掛け）；偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された。 ＣＤ８＋Ｔ細胞応答アッセイで使用したペプチドプールの中で技術水準のアッセイで測定したＣＤ８＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩ３＋の分布。Ｂ：クラスＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ（ＰＥＰＩ１＋）。予測されたエピトープとＣＤ８＋Ｔ細胞応答との間のＯＰＡは２５％であった（統計的に有意ではない）。真陽性（ＴＰ）、ペプチド及びＴ細胞応答の両方が検出された（網掛け）；真陰性（ＴＮ）、ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった（網掛け）；偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された。 ＳＬＰワクチンで処置した患者におけるＰＥＰＩ検査で予測されたＣＤ４ペプチドとペプチドプールで測定されたＴ細胞反応性との相関。Ａ：≧３つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合するＰＥＰＩ；Ｂ：１つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合するエピトープ。灰色：真陽性（ＴＰ）及び真陰性（ＴＮ）の応答；白色：偽陰性（ＦＮ）及び偽陽性（ＦＰ）の応答。ＴＰ：ペプチド及びＴ細胞応答の両方が検出された；ＴＮ：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった；ＦＮ：Ｔ細胞応答のみが検出された；ＦＰ：ペプチドのみが検出された。 ２０人のＶＩＮ−３患者及び５人の子宮頸がん患者のＨＰＶ−１６ ＬＰＶワクチン特異的Ｔ細胞応答セットを定義する複数ＨＬＡ結合ペプチド。ＰＥＰＩカウントをＬＰＶによる処置後の臨床応答と比較した。ＨＬＡクラスＩのＰＥＰＩに従って予測されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答者（Ａ）及びＨＬＡクラスＩＩのＰＥＰＩに従って予測されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答者（Ｂ）。ＶＩＮ−３患者の３ヵ月間の経過観察期間におけるＨＬＡクラスＩ（Ｃ）及びクラスＩＩ（Ｄ）のＰＥＰＩカウントと臨床効果との間の相関。予測されたＴ細胞応答者：ＰＥＰＩカウント≧１。灰色の列、ＨＰＶ１６ Ｅ６及び／又はＥ７特異的Ｔ細胞応答を有する患者；破線の列、Ｔ細胞応答を有さない患者。ＣＲ、完全臨床応答者；ＰＲ、部分臨床応答者；ＮＲ、臨床非応答者。 ２人の患者のＨＰＶワクチン特異的Ｔ細胞応答セットを定義する複数ＨＬＡクラスＩ結合ペプチド。Ａ：ＨＰＶワクチンにおける４種のＨＰＶ抗原。ボックスは、Ｎ末端からＣ末端までのアミノ酸配列の長さを表す。Ｂ：２人の患者の複数ＨＬＡ結合ペプチドを同定するプロセス：患者のＨＬＡ配列は、患者のＩＤから４桁のＨＬＡ遺伝子型としてラベル付けされている。それぞれ患者１２−１１及び患者１４−５のＨＬＡ（ＰＥＰＩ１＋）に結合することができる５４個及び９１個のエピトープの１番目のアミノ酸の位置を線で示す。ＰＥＰＩ２は、患者の複数のＨＬＡに結合することができるＰＥＰＩ１＋から選択されたペプチド（ＰＥＰＩ２＋）を表す。ＰＥＰＩ３は、患者の≧３つのＨＬＡに結合することができるペプチド（ＰＥＰＩ３＋）を表す。ＰＥＰＩ４は、患者の≧４つのＨＬＡに結合することができるペプチド（ＰＥＰＩ４＋）を表す。ＰＥＰＩ５は、患者の≧５つのＨＬＡに結合することができるペプチド（ＰＥＰＩ５＋）を表す。ＰＥＰＩ６は、患者の６つのＨＬＡに結合することができるペプチド（ＰＥＰＩ６）を表す。Ｃ：２人の患者のＤＮＡワクチン特異的ＰＥＰＩ３＋セットは、該患者のワクチン特異的Ｔ細胞応答を特徴付ける。 ＩＭＡ９０１ワクチンが標的とするＴＳＡの発現確率。 ２，９１５個の共通アレルに対するＩＭＡ９０１ペプチドワクチンのＴＵＭＡＰのＨＬＡクラスＩアレル結合特性。（Ａ）そして、５１人のＨＬＡ−Ａ＊０２＋ＲＣＣ患者のクラスＩ遺伝子型（６つのアレル）について。底部の百分率は、ＴＵＭＡＰが結合することができるＨＬＡの割合を示す。濃い灰色の線は、結合するＨＬＡアレルを示す。（Ｂ）確率は、３つ以上のＨＬＡで指定の数のＴＵＭＡＰを提示することができる患者の割合を示す。ＡＰは、少なくとも１種のＰＥＰＩを生成することができる抗原の数を示す。この場合、抗原及び予測されるＰＥＰＩはいずれも９ｍｅｒであるので（記載順に、それぞれ、配列番号５９５８〜５９６６）、ＡＰ＝ＴＵＭＡＰ＝ＰＥＰＩである。 任意のＴＵＭＡＰについて測定した免疫応答と、腫瘍上で発現している抗原（ＡＧＰ）に対する免疫応答との間の相関 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ａ：ＰＥＰＩスコアと治療用ワクチンの免疫応答率との間の関係を調べるための予備実験（ｒ２＝０．７、ｐ＝０．００１）濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、灰色の破線は傾向線を示す。 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ｂ：ＩＲＲ−ＰＥＰＩスコアのプロット。（ｒ２＝０．４７、ｐ＝０．００１）。濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、灰色の破線は傾向線を示す。 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ｃ：マルチＰＥＰＩスコア及び治療用ワクチンの臨床応答率（ｒ２＝０．７５、ｐ＝０．００１）。濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、灰色の破線は傾向線を示す。 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ｄ：マルチＰＥＰＩスコアに対してプロットしたＯＲＲ（ｒ２＝０．１２、ｐ＝０．１２４）。濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、灰色の破線は傾向線を示す。 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ｅ：複数の抗原を含むワクチンについてのマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアに対してプロットしたＯＲＲ（ｒ２＝０．６４、ｐ＝０．００９）。濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、灰色の破線は傾向線を示す。 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ｆ：複数の抗原を含むワクチンについてのマルチＰＥＰＩスコアに対してプロットしたＯＲＲ（ｒ２＝０．８７、ｐ＝０．０００２）。濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、灰色の破線は傾向線を示す。 免疫応答率（ＩＲＲ）とＰＥＰＩスコアとの間、客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＰＥＰＩスコアとの間、及び客観的奏効率（ＯＲＲ）とマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間の相関研究。Ｇ：標的抗原陽性疾患の患者におけるマルチＰＥＰＩスコアに対してプロットしたＯＲＲ（ｒ２＝０．５６、ｐ＝０．００５）。濃い灰色の破線は９５％信頼区間を示し、薄い灰色の破線は傾向線を示す。 ＯＢＥＲＴＯ治験デザイン（ＮＣＴ０３３９１２３２） ＯＢＥＲＴＯ治験のＣＲＣコホートにおける抗原発現（ｎ＝１０）。Ａ：２３９１件の生検に基づいて求められたＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ソース抗原の発現頻度。Ｂ：ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチン設計は、７種のＴＳＡのうち３種が９５％を超える確率でＣＲＣ腫瘍において発現していることを特定した。Ｃ：平均して、１０人の患者のうちの４人が、各標的抗原に対する既存の免疫応答を有しており、これは、患者の腫瘍においてＴＳＡが実際に発現していることを意味する。Ｄ：１０人のうち７人が、最低１つ、平均して３つの異なるＴＳＡに対する既存の免疫応答を有していた。 ＣＲＣ患者におけるＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の免疫原性によって、標的抗原と標的ペプチドが適切に選択されたことが確認される。上部：ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチン組成物の標的ペプチド選択及びペプチド設計（配列番号５９６７）。代表的なモデル集団において優勢である９ｍｅｒ ＰＥＰＩ３＋を含むように、ＣＲＣ特異的ＣＴＡ（ＴＳＡ）から２つの１５ｍｅｒを選択した。表：ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンは、ＣＲＣコホートにおける前臨床試験中に後ろ向きに試験され、ＰＥＰＩ３＋を生成することによって、試験した個体全員において少なくとも１種の抗原について免疫原性であることが証明された。患者の９０％で少なくとも１種の抗原に特異的な臨床免疫応答が測定され、また、ワクチンを含むペプチドについて特異的に測定されたＩＦＮｙ蛍光スポットアッセイで試験したとき、患者の９０％で少なくとも２種、患者の８０％で少なくとも３種の抗原に対する多抗原免疫応答もみられた。 ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８処置に対する臨床応答。Ａ：ＯＢＥＲＴＯ治験（ＮＣＴ０３３９１２３２）の臨床応答のスイマープロット。 ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８処置に対する臨床応答。Ｂ：無増悪生存期間（ＰＦＳ）とＡＧＰカウントとの関連性。 ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８処置に対する臨床応答。Ｃ：腫瘍体積とＡＧＰカウントとの関連性。 ホットスポット分析の図解。分析により、７人の患者（Ｐａｔ１〜Ｐａｔ７）のサンプルにおいて、アミノ酸配列ＰＩＶＱＮＩＱＧＱＭＶＨＱＡＩＳＰＲＴＬＮＡＷＶＫＶＶＥＥＫ（配列番号５９３２）のペプチドにおけるホットスポットが同定される。×は、少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ（９ｍｅｒ）（ＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋）の位置を示す。薄い網掛けは、少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ（１５ｍｅｒ）（ＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋）を示す。濃い網掛けは、ＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋が組み込まれているＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋を示す。７人の患者のうち最大数でＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋を含有する２０ｍｅｒを示す。７人のうち最大数でＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋が組み込まれているＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋を含有する２０ｍｅｒを１回目のホットスポット２０ｍｅｒとして示す。この１回目のホットスポットは、本開示の方法の１回目のサイクルで選択され得る。２回目のサイクルでは、Ｐａｔ１、Ｐａｔ２、及びＰａｔ４を無視してよく、指定の２回目のホットスポットを選択する。 ３０サイクル後のホットスポットアミノ酸配列選択の分布。３０種未満のペプチドの選択は、モデル集団においてＨＬＡ結合基準を満たす配列（ＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋が組み込まれているＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋を含有する２０ｍｅｒ）がそれ以上同定できなかったことを示す。 個別化ワクチンのプロセス。プロセスは、唾液サンプルの収集及び腫瘍病理のための腫瘍サンプルの収集からなる。決定された患者のＨＬＡ遺伝子型及び患者の腫瘍型に基づいて、１２種の腫瘍及び患者に特異的なペプチドを選択し、選択された１２種のペプチドを含む個別化ワクチンを調製する。次いで、がん専門医が患者にワクチンを投与する。 「シミュレートした」乳がん臨床試験についての実現可能性研究。この例は、１００種の異なるペプチドの「ウェアハウス」から選択された「患者特異的」ワクチンで＞８０％の患者を治療できたことを実証する。 「シミュレートした」乳がん臨床試験についての実現可能性研究。この例は、１００種の異なるペプチドの「ウェアハウス」から選択された「患者特異的」ワクチンで＞８０％の患者を治療できたことを実証する。 患者Ａの腫瘍細胞においてワクチン抗原が発現する確率。ワクチンレジメンにおける１３種の標的抗原のうち５種が患者の腫瘍において発現する確率は９５％を超える。その結果、１３種のペプチドワクチンを合わせると、９５％の確率で少なくとも５種の卵巣がん抗原に対する免疫反応を誘導することができる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者Ａにおいて免疫応答を誘導する確率は８４％である。ＡＧＰ５０は、平均（期待値）＝７．９である（患者Ａの腫瘍の攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。 患者Ａの処置スケジュール 患者ＡのＴ細胞応答。Ａ．左：ワクチンペプチド特異的Ｔ細胞応答（２０ｍｅｒ）。右：ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答（９ｍｅｒ）。予測されたＴ細胞応答を、バイオアッセイによって確認する。 個別化（ＰＩＴ）ワクチンで処置した患者ＡのＭＲＩ所見。この末期の重度に前処置を受けた卵巣がん患者は、ＰＩＴワクチン処置後に予想外の客観的奏効を有していた。これらＭＲＩ所見は、ＰＩＴワクチンを化学療法と併用することにより、患者の腫瘍体積が著しく減少したが、腫瘍が発生した組織の正常細胞ではそのようには見えなかったことを示唆する。 患者Ｂの腫瘍細胞においてワクチン抗原が発現する確率、及び患者Ｂの処置スケジュール。Ａ：ワクチンにおける１３種の標的抗原のうち４種が患者の腫瘍において発現する確率は９５％を超える。Ｂ：その結果、１２種のペプチドワクチンを合わせると、９５％の確率で少なくとも４種の乳がん抗原に対する免疫反応を誘導することができる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者Ｂにおいて免疫応答を誘導する確率は８４％である。ＡＧＰ５０＝６．４５；患者Ｂの腫瘍の攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である。Ｃ：患者Ｂの処置スケジュール。 患者ＡのＴ細胞応答。左：Ｐのワクチンペプチド特異的Ｔ細胞応答（２０ｍｅｒ）。右：ワクチン特異的ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答の速度（９ｍｅｒ）。予測されたＴ細胞応答を、バイオアッセイによって確認する。 患者Ｃの処置スケジュール。 患者ＣのＴ細胞応答。Ａ：ワクチンペプチド特異的Ｔ細胞応答（２０ｍｅｒ）。Ｂ：ワクチンペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答（９ｍｅｒ）。Ｃ〜Ｄ：それぞれワクチン特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答の速度（９ｍｅｒ）。１４ヶ月後には、ＣＤ４及びＣＤ８Ｔ細胞の両方に特異的な長期にわたって持続する免疫応答が存在する。 患者Ｄの処置スケジュール。 ＰＩＴ治療についての患者Ｄの免疫応答。Ａ：ＣＤ４＋特異的Ｔ細胞応答（２０ｍｅｒ）及びＢ：ＣＤ８＋Ｔ細胞特異的Ｔ細胞応答（９ｍｅｒ）。０．５〜４ヶ月とは、最後のワクチン接種後、ＰＢＭＣサンプルを採取するまでの時間帯を指す。
配列の説明
配列番号１〜２７８６は、表２５Ａに記載のがん抗原からの「ホットスポット」配列を示す。
配列番号２７８７〜５４３１は、表２８に記載のがん抗原からの「ホットスポット」配列を示す。
配列番号５４３２〜５９３１は、表２５Ｂに記載のがん抗原からの「ホットスポット」配列を示す。
配列番号５９３２は、図１５に示すアミノ酸配列を示す。
配列番号５９３３〜５９４５は、患者Ａの個別化ワクチンの配列を示し、表３１に記載されている。
配列番号５９４６〜５９５７は、患者Ｂの個別化ワクチンの配列を示し、表３３に記載されている。
配列番号５９５８〜５９６６は、図８に示す９ｍｅｒの配列を示す。
配列番号５９６７は、図１３に示すＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８のワクチンペプチドを示す。
詳細な説明
ＨＬＡ遺伝子型
ＨＬＡは、ヒトゲノムの中で最も多型的な遺伝子によってコードされている。ヒトはそれぞれ、３つのＨＬＡクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ＊、ＨＬＡ−Ｂ＊、ＨＬＡ−Ｃ＊）及び４つのＨＬＡクラスＩＩ分子（ＨＬＡ−ＤＰ＊、ＨＬＡ−ＤＱ＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ３＊／４＊／５＊）について、母方と父方のアレルを有する。実際には、ヒトはそれぞれ、同じタンパク質抗原からの異なるエピトープを提示する６つのＨＬＡクラスＩ分子及び８つのＨＬＡクラスＩＩ分子の様々な組み合わせを発現する。
ＨＬＡ分子のアミノ酸配列を命名するために使用される名称は、以下の通りである：例えばＨＬＡ−Ａ＊０２：２５のような、遺伝子名＊アレル：タンパク質番号。この例では、「０２」はアレルを指す。ほとんどの場合、アレルは血清型によって定義される、すなわち、所与のアレルのタンパク質は、血清学的アッセイにおいて互いに反応しない。タンパク質の番号（上の例では「２５」）は、タンパク質が発見される度に連続して割り当てられる。異なるアミノ酸配列を有する任意のタンパク質には、新たなタンパク質番号が割り当てられる（例えば、配列におけるアミノ酸が１つ変化しただけであっても、異なるタンパク質番号とみなされる）。所与の遺伝子座の核酸配列に関する更なる情報がＨＬＡの名称に付加される場合もあるが、このような情報は本明細書に記載の方法には必要ない。
個体のＨＬＡクラスＩ遺伝子型又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型は、個体の各クラスＩ又はクラスＩＩのＨＬＡの実際のアミノ酸配列を参照する場合もあり、上記の通り、各ＨＬＡ遺伝子のアレル及びタンパク質番号を最小限命名する名称を参照する場合もある。幾つかの実施形態では、個体のＨＬＡ遺伝子型は、その個体からの生体サンプルをアッセイすることによって得られる又は決定される。生体サンプルは、典型的には、被験体のＤＮＡを含有する。生体サンプルは、例えば、血液、血清、血漿、唾液、尿、呼気、細胞、又は組織のサンプルであってよい。幾つかの実施態様では、生体サンプルは、唾液サンプルである。幾つかの実施態様では、生体サンプルは、頬側スワブサンプルである。ＨＬＡ遺伝子型は、任意の好適な方法を用いて得る又は決定することができる。例えば、当技術分野において公知の方法及びプロトコルを用いてＨＬＡ遺伝子座をシーケンシングすることを介して、配列を決定することができる。幾つかの実施形態では、ＨＬＡ遺伝子型は、配列特異的プライマー（ＳＳＰ）技術を用いて決定される。幾つかの実施形態では、ＨＬＡ遺伝子型は、配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）技術を用いて決定される。幾つかの実施形態では、ＨＬＡ遺伝子型は、配列ベースのタイピング（ＳＢＴ）技術を用いて決定される。幾つかの実施形態では、ＨＬＡ遺伝子型は、次世代シーケンシングを用いて決定される。あるいは、個体のＨＬＡセットをデータベースに保存し、当技術分野において公知の方法を用いてアクセスすることもできる。
ＨＬＡ−エピトープ結合
被験体の所与のＨＬＡは、ＡＰＣにおけるタンパク質抗原のプロセシングによって生成された限られた数の異なるペプチドのみをＴ細胞に提示する。本明細書で使用するとき、「ディスプレイ」又は「提示」とは、ＨＬＡに関連して使用するとき、ペプチド（エピトープ）とＨＬＡとの間の結合を参照する。これに関して、ペプチドを「ディスプレイ」又は「提示」するとは、ペプチドに「結合」すると同義である。
本明細書で使用するとき、用語「エピトープ」又は「Ｔ細胞エピトープ」は、１つ以上のＨＬＡに対して結合親和性を有する（結合することができる）、タンパク質抗原に含まれる連続するアミノ酸の配列を指す。エピトープは、ＨＬＡ及び抗原特異的（ＨＬＡ−エピトープ対、既知の方法で予測）であるが、被験体特異的ではない。
用語「パーソナルエピトープ」又は「ＰＥＰＩ」は、本明細書で使用するとき、被験体特異的エピトープをＨＬＡ特異的エピトープと区別する。「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験体の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。言い換えれば、「ＰＥＰＩ」は、特定の個体のＨＬＡクラスＩセットによって認識されるＴ細胞エピトープである。「エピトープ」とは対照的に、ＰＥＰＩは個体に特異的であるが、その理由は、異なる個体は異なるＨＬＡ分子を有し、該分子はそれぞれ異なるＴ細胞エピトープに結合するためである。適切な場合、「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験体の１つ以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片を指す場合もある。
「ＰＥＰＩ１」とは、本明細書で使用するとき、個体の１つのＨＬＡクラスＩ分子（又は、特定の状況では、ＨＬＡクラスＩＩ分子）に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ１＋」とは、個体の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ２」とは、個体の２つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ２＋」とは、個体の２つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片、すなわち、本明細書に開示される方法に従って同定される断片を指す。
「ＰＥＰＩ３」とは、個体の３つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ３＋」とは、個体の３つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ４」とは、個体の４つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ４＋」とは、個体の４つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ５」とは、個体の５つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ５＋」とは、個体の５つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ６」とは、個体の６つ全てのＨＬＡクラスＩ（又は６つのＨＬＡクラスＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
一般的に言えば、ＨＬＡクラスＩ分子によって提示されるエピトープは、約９アミノ酸長である。しかし、本開示の目的のために、エピトープがＨＬＡに結合することができる限り、エピトープは９アミノ酸長よりも長くてもよく、短くてもよい。例えば、１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子によって提示される（結合する）ことができるエピトープは、７アミノ酸長〜、又は８アミノ酸長〜、又は９アミノ酸長〜９アミノ酸長、又は〜１０アミノ酸長、又は〜１１アミノ酸長であってよい。
表１．エピトープ−ＨＬＡ結合を判定するためのソフトウェアの例
当技術分野において公知の技術を使用して、公知のＨＬＡに結合するエピトープを決定することができる。その方法を使用して、直接比較される複数のＨＬＡ−エピトープ結合対を決定することができる限り、任意の好適な方法を使用してよい。例えば、生化学的分析を使用してよい。また、所与のＨＬＡに結合することが知られているエピトープのリストを使用することも可能である。また、予測ソフトウェア又はモデリングソフトウェアを使用して、どのエピトープが所与のＨＬＡに結合できるかを判定することも可能である。例を表１に提供する。幾つかの場合では、Ｔ細胞エピトープは、ＩＣ５０又は予測ＩＣ５０が５０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、又は５００ｎＭ未満である場合、所与のＨＬＡに結合することができる。
Figure 2021535749
ＨＬＡ分子はＴ細胞応答を制御する。最近まで、個々のエピトープに対する免疫応答のトリガーは、単一のＨＬＡアレルの産物によるエピトープ、すなわち、ＨＬＡ拘束性エピトープの認識によって決定されると考えられていた。しかし、ＨＬＡ拘束性エピトープは、ほんのわずかな個体でしかＴ細胞応答を誘導しない。ある個体でＴ細胞応答を活性化するペプチドは、ＨＬＡアレルが一致しているにもかかわらず、他の個体では不活性である。従って、個体のＨＬＡ分子が、Ｔ細胞応答を積極的に活性化する抗原由来のエピトープをどのようにして提示するのかはこれまで不明であった。
本発明者らは、Ｔ細胞応答をトリガーするためには、個体が発現する複数のＨＬＡが同じペプチドを提示する必要があることを見出した。従って、特定の個体に対して免疫原性であるポリペプチド抗原の断片（エピトープ）（ＰＥＰＩ）は、その個体が発現する複数のクラスＩ（細胞傷害性Ｔ細胞を活性化する）又はクラスＩＩ（ヘルパーＴ細胞を活性化する）のＨＬＡに結合することができるものである。この発見は、国際出願第ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３１号、同第ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３２号、同第ＰＣＴ／ＥＰ２０１８／０５５２３０号、欧州特許第３３７００６５号、及び同第３３６９４３１号に記載されている。
ペプチド
いくつかの態様では、本開示は、表２５Ａに示す配列番号１〜２７８６及び／又は表２５Ｂに示す配列番号５４３２〜５９３１及び／又は表２８に示す配列番号２７８７〜５４３１のいずれか１つのアミノ酸配列を含むペプチドを提供する。配列番号１〜５９３１はそれぞれ、ＴＡＡの２０ｍｅｒ断片であって、〜１６，０００人の被験体のモデル集団の被験体において、少なくとも１つのＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋とＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋に組み込まれている少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋とを含む断片である。
２０ｍｅｒ断片は、各ＴＡＡについて、２０ｍｅｒのうちの１つを含む少なくとも１つのペプチドの投与に応答して対応するＴＡＡに対するＴ細胞応答を開始するモデル集団における被験体数を最大化するために、本明細書に記載の通り同定された。従って、それぞれが２０ｍｅｒ断片のうちの異なる１つ以上を含むペプチドのパネル又はその好適なサブセレクションは、個々のヒト被験体においてがんに対するワクチン接種又はがんを治療するための免疫療法の提供において使用するためのペプチドを選択するための理想的なペプチドのパネルとなる。
幾つかの場合では、本開示のペプチド又はパネルペプチドは、（それぞれ）表２４のもの等の１つ以上の特定のがん若しくはがんの種類に関連するポリペプチド抗原の断片である配列番号１〜２７８６及び／若しくは２７８７〜５４３１及び／若しくは５４３２〜５９３１の配列のうちの１つ以上、又は本明細書に記載の任意の他のものを含んでいてよい。対応するがんを治療するために、このようなパネルからペプチドを選択してよい。幾つかの場合では、ポリペプチド抗原は、このようながんの少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約３％、少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％で発現する等、がんにおける最小発現率を有していてよい。幾つかの場合では、ポリペプチド抗原は、がんにおいて最も高頻度で発現するもの、例えば、表２４に記載の通り、５０種、４５種、４０種、３５種、３０種、２５種、２０種、１５種、１０種、９種、８種、７種、６種、５種、４種、３種、２種、又は１種の最も一般的に発現する抗原であってよい。
幾つかの場合では、ペプチド又はパネルペプチドは、（それぞれ）本明細書に記載のいずれか等、特定のポリペプチド抗原又はポリペプチド抗原のファミリーの断片である配列番号１〜２７８６及び／又は２７８７〜５４３１及び／又は５４３２〜５９３１の配列を含むペプチドを含んでいてよい。抗原の発現に関連する対応するがんを治療するために、このようなパネルからペプチドを選択してよい。
幾つかの場合では、ペプチド又はパネルペプチドは、（それぞれ）本明細書に記載の方法の最初の２９サイクル、２８サイクル、２７サイクル、２６サイクル、２５サイクル、２４サイクル、２３サイクル、２２サイクル、２１サイクル、２０サイクル、１９サイクル、１８サイクル、１７サイクル、１６サイクル、１５サイクル、１４サイクル、１３サイクル、１２サイクル、１１サイクル、１０サイクル、９サイクル、８サイクル、７サイクル、６サイクル、５サイクル、４サイクル、３サイクル、２サイクル、又は１サイクルで、本明細書に記載の通り本発明者らによって同定された配列番号１〜２７８６及び／又は２７８７〜５４３１及び／又は５４３２〜５９３１の配列を含むペプチドを含んでいてよい。より早いサイクルで同定されたペプチドは、モデル集団において最も高い割合の被験体で対応する標的抗原に対するＴ細胞応答を誘導することができるものである。
幾つかの場合では、ペプチドのパネルは、表２５又は表２８のアミノ酸配列の、あるいは表２４に列挙するものから選択されたがんに関連するＴＡＡの断片である及び／又は本明細書に記載の通り最初の１サイクル、２サイクル、３サイクル、４サイクル、５サイクル、６サイクル、７サイクル、８サイクル、９サイクル、１０サイクル、１１サイクル、１２サイクル、１３サイクル、１４サイクル、１５サイクル、１６サイクル、１７サイクル、１８サイクル、１９サイクル、２０サイクル、２１サイクル、２２サイクル、２３サイクル、２４サイクル、２５サイクル、２６サイクル、２７サイクル、２８サイクル、２９サイクル、若しくは３０サイクルで得られた表２５又は表２８のアミノ酸配列のいずれか２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、４０又は５０個、１００個、２００個、３００個、４００個、又は５００個を一緒に含むペプチドを含む。
幾つかの場合では、パネルは、配列番号１〜２７８６及び／又は２７８７〜５４３１及び／又は５４３２〜５９３１から選択される少なくとも２個、又は少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、若しくは少なくとも１２個のアミノ酸配列を含んでいるか又はコードしており、各アミノ酸配列は、個々のヒト被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープを含む。このようなパネルは、特定の被験体においてＴ細胞応答を誘導するために使用することができるペプチドの個別化された被験体特異的な選択である。
幾つかの場合では、本開示のペプチドは、最大５０アミノ酸長、４５アミノ酸長、４０アミノ酸長、３５アミノ酸長、３４アミノ酸長、３３アミノ酸長、３２アミノ酸長、３１アミノ酸長、３０アミノ酸長、２９アミノ酸長、２８アミノ酸長、２７アミノ酸長、２６アミノ酸長、２５アミノ酸長、２４アミノ酸長、２３アミノ酸長、２２アミノ酸長、２１アミノ酸長、又は２０アミノ酸長であってよい。ペプチドは、表２４に示す１つ以上のＴＡＡの断片である、配列番号１〜２７８６及び／又は２７８７〜５４３１及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかから選択されるアミノ酸配列を含むか又はからなる。幾つかの場合では、断片は、配列番号１〜２７８６及び／又は２７８７〜５４３１及び／又は５４３２〜５９３１の配列がその一部であるＴＡＡのより長い断片を含んでいてもよく又はからなっていてもよい。用語「断片」又は「ポリペプチドの断片」は、本明細書で使用するとき、典型的には、基準ポリペプチドに比べて長さが短く、共通部分にわたって基準ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を含む、アミノ酸の鎖又はアミノ酸配列を指す。本開示に係るこのような断片は、適切な場合、それが構成要素となるより大きなポリペプチドに含まれていてもよい。
幾つかの場合では、配列番号１〜２７８６のいずれか１つのアミノ酸配列を有する断片、又は配列番号１〜２７８６のいずれか１つのアミノ酸配列を含むＴＡＡのより長い断片は、ペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端で、ＴＡＡの連続する配列の一部ではない追加のアミノ酸に隣接している。幾つかの場合では、Ｎ末端及び／若しくはＣ末端で、最大３０個、又は２５個、又は２０個、又は１５個、又は１０個、又は９個、又は８個、又は７個、又は６個、又は５個、又は４個、又は３個、又は２個、又は１個の追加のアミノ酸が、配列に隣接していてもよい。
いくつかの態様では、本開示は、１つ以上のペプチドをコードしているポリ核酸又はベクターであって、コードされているペプチドが、表２５及び２８に示す配列番号１〜２７８６及び／若しくは２７８７〜５４３１及び／若しくは５４３２〜５９３１及び／若しくは２７８７〜３９９７のいずれか１つのアミノ酸配列又はそのパネルを含むポリ核酸又はベクターを提供する。配列番号１〜２７８６のいずれかのアミノ酸配列を含み、表２５に示すペプチド（並びにこのようなペプチドに関連する方法及び組成物）に関する本明細書における開示は全て、配列番号１〜２７８６及び／又は２７８７〜５４３１及び／又は５４３２〜５９３１及び／又は２７８７〜３９９７のいずれかのアミノ酸配列を含む１つ以上のペプチドをコードしているポリ核酸又はベクターにも等しく適用される。
ペプチドの設計及び生成方法
いくつかの実施形態では、本開示は、被験体の所与の標的集団において１つ以上の所与のポリペプチド抗原に対するＴ細胞応答を誘導するために最適に使用することができる、１つ以上のペプチド、又はペプチドをコードしているポリヌクレオチド若しくはベクターを設計及び調製する方法を提供する。
標的ポリペプチド
本明細書で使用するとき、用語「ポリペプチド」は、完全長タンパク質、タンパク質の一部、又はアミノ酸の鎖として特徴付けられるペプチドを指す。本明細書で使用するとき、用語「ペプチド」は、短いポリペプチドを指す。ペプチドは、典型的には、９アミノ酸長、又は１０アミノ酸長、又は１１アミノ酸長、又は１２アミノ酸長、又は１３アミノ酸長、又は１４アミノ酸長、又は１５アミノ酸長、又は１６アミノ酸長、又は１７アミノ酸長、又は１８アミノ酸長、又は１９アミノ酸長、又は２０アミノ酸長、又は２１アミノ酸長、又は２２アミノ酸長、又は２３アミノ酸長、又は２４アミノ酸長、又は２５アミノ酸長、又は２６アミノ酸長、又は２７アミノ酸長、又は２８アミノ酸長、又は２９アミノ酸長、又は３０アミノ酸長、又は３５アミノ酸長、又は４０アミノ酸長、又は４５アミノ酸長、又は５０アミノ酸長である。幾つかの場合では、ペプチドは９ｍｅｒでも１５ｍｅｒでもない。短いペプチドは、抗原提示細胞によってプロセシングされない場合があるので、外因的にＨＬＡ分子に結合する。従って、注入された短いペプチドは、表面ＨＬＡクラスＩを有する全ての有核細胞のＨＬＡ分子に対してより多数結合することができ、これは寛容性につながる。他方、ポリペプチドは、長いペプチドほど効率的にはプロセシングされない。従って、幾つかの場合では、ペプチドは、約２０アミノ酸長又は２５アミノ酸長〜約３０アミノ酸長又は３５アミノ酸長であってよい。
方法は、１つ以上の標的ポリペプチド抗原を選択する工程を含んでいてもよい。標的ポリペプチド抗原は、標的集団の被験体においてそれに対するＴ細胞応答、例えばＣＤ４＋Ｔ細胞応答又はＣＤ８＋Ｔ細胞応答を開始させることが望ましい任意のポリペプチド又はポリペプチドの断片であってよい。典型的には、標的ポリペプチドは、病原生物（例えば、細菌又は寄生虫）、ウイルス、がん細胞、又は他の疾患関連細胞が発現するポリペプチドである。幾つかの場合では、ポリペプチドは、特定の又は標的のヒト集団の被験体等の被験体から採取されたサンプル中に存在していてよい。
ポリペプチドは、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）及び／又はがん若しくは腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）であってよい。ＴＡＡは、がん又は腫瘍細胞で発現するタンパク質である。ＴＡＡの例としては、新規抗原（腫瘍発生中に発現し、正常又は健常細胞における類似タンパク質から変化したネオ抗原）、がん遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子の産物、過剰発現又は異常に発現した細胞タンパク質（例えば、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１）、発がんウイルス（例えば、ＥＢＶ、ＨＰＶ、ＨＣＶ、ＨＢＶ、ＨＴＬＶ）によって生成される抗原、がん精巣抗原（ＣＴＡ、例えば、ＭＡＧＥファミリー、ＮＹ−ＥＳＯ）、並びに細胞型特異的分化抗原（例えば、ＭＡＲＴ−１）が挙げられる。ＴＡＡ配列は、実験的に、又は公開されている科学論文において、又はＬｕｄｗｉｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ｗｗｗ．ｃｔａ．ｌｎｃｃ．ｂｒ／）のデータベース、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｉｔｙデータベース（ｃａｎｃｅｒｉｍｍｕｎｉｔｙ．ｏｒｇ／ｐｅｐｔｉｄｅ／）、及びＴＡＮＴＩＧＥＮ腫瘍Ｔ細胞抗原データベース（ｃｖｃ．ｄｆｃｉ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｔａｄｂ／）等の公的に利用可能なデータベースを通じて見つけることができる。例示的なＴＡＡを表２及び２２に列挙する。ＴＳＡは、腫瘍が発生した組織の正常な細胞には存在しない、特定の種類の腫瘍が生成する抗原である。ＴＳＡとしては、共有抗原、ネオ抗原、及びユニーク抗原が挙げられる。幾つかの場合では、ポリペプチドは、正常な健常細胞又は組織では発現しないか又は最小限しか発現しないが、特定の疾患又は状態、例えば、ある種類のがん又は特定の細胞型若しくは組織に由来するがんを有する被験体では高い割合で（高頻度で）（その細胞又は組織において）発現する。あるいは、ポリペプチドは、正常な健常細胞では低レベルで発現するが、疾患（例えば、がん）細胞又は疾患若しくは状態を有する被験体では高レベルで発現する（過剰発現する）場合もある。幾つかの場合では、ポリペプチドは、このような個体の、あるいは被験体一致ヒト亜集団又はモデル若しくは標的集団のうちの少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又はそれ以上において発現するか、又は正常な健常細胞若しくは被験体と比べて高レベルで発現する。例えば、集団は、民族、地理的位置、性別、年齢、疾患、疾患の種類若しくは病期、遺伝子型、及び／又は１つ以上のバイオマーカーの発現によって一致させてよい。発現頻度（率）は、公開されている数値及び科学刊行物から求めることもできる。
幾つかの場合では、標的ポリペプチドは、がん精巣抗原（ＣＴＡ）である。ＣＴＡは、典型的には、健常細胞では胚発生を過ぎると発現しない。健常成人では、ＣＴＡの発現は、ＨＬＡを発現せず、Ｔ細胞に抗原を提示することができない男性生殖細胞に限られている。従って、ＣＴＡは、がん細胞で発現したとき、発現性ネオ抗原とみなされる。ＣＴＡの発現は、（ｉ）腫瘍細胞に特異的であり、（ｉｉ）原発性腫瘍よりも転移においてより高頻度であり、（ｉｉｉ）同じ患者の転移間で保存されている（Ｇａｊｅｗｓｋｉ ｅｄ．Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｉｎ Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２０１２）。
幾つかの場合では、標的ポリペプチドは、がん細胞、又は特定の種類のがん細胞、又は組織の特定の細胞型のがんに関連しているか又は発現しているものである。幾つかの場合では、がんは、固形腫瘍である。幾つかの場合では、がんは、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫である。がんは、ホルモン関連又は依存性がん（例えば、エストロゲン又はアンドロゲン関連がん）であってもよく、非ホルモン関連又は依存性がんであってもよい。腫瘍は、悪性であってもよく、良性であってもよい。がんは、転移性であってもよく、非転移性であってもよい。がんは、ウイルス感染又はウイルスのがん遺伝子と関連していてもよく、関連していなくてもよい。幾つかの場合では、がんは、メラノーマ、肺がん、腎細胞がん、結腸直腸がん、膀胱がん、神経膠腫、頭頸部がん、卵巣がん、非メラノーマ皮膚がん、前立腺がん、腎臓がん、胃がん、肝臓がん、子宮頸がん、食道がん、非ホジキンリンパ腫、白血病、膵臓がん、子宮体がん、口唇がん、口腔がん、甲状腺がん、脳がん、神経系がん、胆嚢がん、喉頭がん、咽頭がん、骨髄腫、上咽頭がん、ホジキンリンパ腫、精巣がん、乳がん、胃がん、結腸直腸がん、腎細胞がん、肝細胞がん、小児がん、及びカポジ肉腫から選択される１つ以上である。
ポリペプチドは、細胞内で発現するウイルス性タンパク質であってもよい。例としては、ＨＰＶ１６ Ｅ６、Ｅ７；ＨＩＶ Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ；ＨＴＬＶ−Ｔａｘ、Ｒｅｘ、Ｇａｇ、Ｅｎｖ、ヒトヘルペスウイルスタンパク質、デングウイルスタンパクが挙げられる。ポリペプチドは、細胞内で発現する寄生虫タンパク質、例えば、マラリアタンパク質であってもよい。
好適なポリペプチドの非限定的な例としては、表２〜表５の１つ以上に列挙されるものが挙げられる。
Figure 2021535749
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モデル集団
方法は、モデルヒト集団を選択又は定義する工程を含んでいてよい。好適なモデル集団は、方法によって設計又は調製されたペプチドを使用してＴ細胞応答を誘導することを意図するヒト集団又は亜集団に関連する集団である。これは、標的集団又は治療企図集団と称される場合もある。方法によって設計又は生成されるペプチド又はコードされているペプチドは、治療企図集団の被験体において標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するためのものである。関連集団とは、治療企図集団を代表する又は類似する集団である。幾つかの場合では、モデル集団はヒト全体を代表する。他の場合では、モデル集団は、疾患及び／又は被験体一致集団（亜集団）、例えば、民族、地理的位置、性別、年齢、疾患若しくはがん、疾患若しくはがんの種類又は病期、遺伝子型、及び／又は１つ以上のバイオマーカーの発現（例えば、乳がんワクチンについてはＢＲＣＡ変異を有する女性）、及び／又は部分的にＨＬＡ遺伝子型（例えば、被験体は１つ以上の特定のＨＬＡアレルを有する）によって、治療企図集団に一致させた亜集団であってよい。幾つかの場合では、治療企図集団は、本明細書に記載のいずれか等の、がん又はがんの種類を有する被験体であってもよい。例えば、モデル集団は、世界人口においてみられるもの又は被験体及び／若しくは疾患が一致する亜集団を代表するＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩのゲノムを有していてよい。幾つかの場合では、モデル集団は、ＨＬＡの多様性及び／又はＨＬＡの頻度によって、治療企図集団の少なくとも７０％、又は７５％、又は８０％、又は８４％、又は８５％、又は８６％、又は９０％、又は９５％を代表する。幾つかの場合では、モデル集団は、少なくとも１００人、又は少なくとも２００人、又は少なくとも３００人、又は少なくとも４００人、又は少なくとも５００人、又は少なくとも１０００人、又は少なくとも５０００人、又は少なくとも１００００人、又は１５０００人の被験体を含んでいてよい。
モデル集団における各被験体は、例えば、完全な４桁のＨＬＡクラスＩ遺伝子型等、ＨＬＡクラスＩ又はクラスＩＩの遺伝子型によって最小限に定義される。モデル集団のＨＬＡ遺伝子型に関するデータは、データベースに保存若しくは記録されているか又はデータベースから検索されたものであってもよく、あるいはインシリコモデルヒト集団であってもよい。
ＨＬＡ結合基準
方法は、モデル集団の各被験体について、本明細書に記載の複数のＨＬＡクラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＨＬＡ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む等、特定のＨＬＡ結合基準を満たす標的ポリペプチド内のアミノ酸配列を同定する工程を含む。例えば、被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ及び／又は被験体の少なくとも３つ若しくは４つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープを含むアミノ酸配列が、ＣＤ４＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ８＋Ｔ細胞の応答を誘導するのに最適である。幾つかの場合では、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープ及びＨＬＣクラスＩＩ結合Ｔ細胞エピトープは重複していてもよい。幾つかの場合では、ＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープは、ＨＬＡクラスＩＩ結合Ｔ細胞エピトープの配列に完全に組み込まれていてもよい。幾つかの場合では、複数のＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ結合エピトープは、互いに最小距離内にあり、例えば、両方とも標的ポリペプチドの５０アミノ酸断片、４５アミノ酸断片、４０アミノ酸断片、３５アミノ酸断片、３０アミノ酸断片、又は２５アミノ酸断片内にある。
方法は、ポリペプチド断片ウィンドウ長を選択することを含む。ポリペプチド断片ウィンドウ長は、モデル集団における最大数の被験体がＨＬＡ結合基準を満たすアミノ酸配列を有するホットスポットを同定するために使用される、標的ポリペプチド全体にわたる断片長を定義する。ポリペプチド断片ウィンドウ長は、９アミノ酸長〜５０アミノ酸長であってよい。
本明細書に記載の方法によって同定されたホットスポット配列を含むペプチドは、治療企図集団集団の高い割合の被験体でＴ細胞応答を誘導するのに特に有用であり得る。従って、このような配列を含むペプチドは、本開示に従って設計又は調製され、治療方法で使用され得る。ペプチドは、標的ポリペプチドのホットスポット断片のアミノ酸配列からなっていてもよく、又はホットスポット配列がその一部である標的ポリペプチドのより長い断片の配列を含んでいてもよい。幾つかの場合では、標的ポリペプチド断片は、ペプチドのＮ末端及び／又はＣ末端で、標的ポリペプチド抗原の連続する配列の一部ではない追加のアミノ酸に隣接していてもよい。幾つかの場合では、Ｎ末端及び／若しくはＣ末端で、最大３０個、又は２５個、又は２０個、又は１５個、又は１０個、又は９個、又は８個、又は７個、又は６個、又は５個、又は４個、又は３個、又は２個、又は１個の追加のアミノ酸が、断片に隣接していてもよい。
幾つかの場合では、モデル集団の被験体においてＨＬＡ結合基準を満たす標的ポリペプチド抗原の更なる断片を同定するために、本開示の方法を反復プロセスで繰り返してもよい。幾つかの場合では、本明細書に記載の方法を最大５０サイクル、４５サイクル、４０サイクル、３５サイクル、３０サイクル、２５サイクル、２０サイクル、１９サイクル、１８サイクル、１７サイクル、１６サイクル、１５サイクル、１４サイクル、１３サイクル、１２サイクル、１１サイクル、１０サイクル、９サイクル、８サイクル、７サイクル、６サイクル、５サイクル、４サイクル、３サイクル、２サイクル、又は１サイクル繰り返してよい。
幾つかの場合では、反復プロセスの目的は、モデル集団又は治療企図集団の最大数の被験体において所望のＴ細胞応答（細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答）を誘導する最小数のペプチド又はホットスポットを同定することであり得る。この場合、更なるサイクルで方法を繰り返す前に、任意の前のラウンドで選択されたホットスポット又はペプチドが既に所望の基準を満たしている被験体をモデル集団から除外することが望ましい。この反復法は、幾つかの場合では、ＨＬＡ結合基準を満たす配列をそれ以上同定することができなくなるまで、あるいは所定のサイクル数、ホットスポット数、又はモデル若しくは治療企図集団の所定の最小カバレッジに達するまで続けてよい。
幾つかの場合では、ホットスポット選択プロセスに更に所定の基準を適用してもよい。特定のホットスポット配列がこのような追加の基準を満たさない場合、そのホットスポットを無視してよく、追加の所定の基準を満たす配列に到達するまで、選択されたウィンドウ長の、モデル集団において次に多い数の被験体がＨＬＡ結合基準を満たす別のアミノ酸配列を選択してよい。反復プロセスでは、次のサイクルに進む前に、選択された配列がＨＬＡ結合基準及び他の基準を全て満たしているモデル集団の被験体を、モデル集団から取り除かなければならない。
一例では、追加の所定の基準は、製造実現可能性に影響を与えるペプチド配列の特徴に関するものであってよい。例えば幾つかの場合では、ペプチド／ホットスポット配列がシステイン等の特定のアミノ酸残基若しくは特定のアミノ酸モチーフを含む場合、又はペプチド／ホットスポット配列が最低レベル未満の親水性を有する場合、そのペプチド／ホットスポット配列を拒絶してもよい。
本開示の方法を使用して、所与のポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導するのに有用なペプチド、又は所与のヒト集団の特定の被験体において１つ以上の所与のポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導するためのペプチドを選択する理想的なペプチドセットを提供することができる。
他の場合では、ポリペプチドのセット、例えば、同じ疾患若しくは状態に関連するポリペプチドのセット、例えば、同じ病原体若しくは同じ種類の病原体が発現するか又は同じがん若しくは同じ種類のがんに関連するポリペプチド、例えば、本明細書に開示されているものについて方法を繰り返してもよい。次いで、方法は、所与のヒト集団の特定の被験体における疾患又は状態を治療するためのペプチドを選択するための理想的なペプチドのセットを提供することができる。
ペプチドのパネル
幾つかの場合では、本開示は、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしているポリ核酸若しくはベクターのパネルを提供する。パネルは、治療企図ヒト集団の被験体において１つ以上の標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するのに好適であり得る。治療企図ヒト集団は、本明細書に記載の集団であってよく、本明細書に記載の治療企図集団の被験体におけるＨＬＡ遺伝子型の分布によって定義され得る。
幾つかの場合では、パネルは、本明細書に記載の方法に従って設計及び／又は調製されたパネルである。他の場合では、パネルは、本明細書に記載の方法に従って設計及び／又は調製された２つ以上のペプチドを含むか又はコードしている。
他の場合では、パネルは、２つ以上のペプチドを含むか又はコードしており、各ペプチドは、１つ以上の標的ポリペプチドの断片を含み、該断片は、治療企図集団の高い割合で、本明細書に記載のＨＬＡ結合基準のいずれかを満たす配列を含む。幾つかの場合では、「高い」割合は、本明細書に記載の治療企図集団の少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１２％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、少なくとも２０％、少なくとも２１％、少なくとも２２％、少なくとも２３％、少なくとも２４％、少なくとも２５％、少なくとも２６％、少なくとも２７％、少なくとも２８％、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３１％、少なくとも３２％、少なくとも３３％、少なくとも３４％、少なくとも３５％、少なくとも３６％、少なくとも３７％、少なくとも３８％、少なくとも３９％、少なくとも４０％、少なくとも４１％、少なくとも４２％、少なくとも４３％、少なくとも４４％、少なくとも４５％、少なくとも４６％、少なくとも４７％、少なくとも４８％、少なくとも４９％、若しくは少なくとも５０％、又は１％超、２％超、５％超、１０％超、１２％超、１５％超、１６％超、１７％超、１８％超、１９％超、２０％超、２１％超、２２％超、２３％超、２４％超、２５％超、２６％超、２７％超、２８％超、２９％超、３０％超、３１％超、３２％超、３３％超、３４％超、３５％超、３６％超、３７％超、３８％超、３９％超、４０％超、４１％超、４２％超、４３％超、４４％超、４５％超、４６％超、４７％超、４８％超、４９％超、若しくは５０％超であってよい。
パネルのペプチドは、本明細書に記載のペプチドの特徴のいずれかを有していてよい。例えば、各ペプチドは、９〜５０アミノ酸長であってよい；９〜５０アミノ酸長でありかつＨＬＡ結合要件を満たす１つ以上の標的ポリペプチドの断片を含んでいてよい；標的ポリペプチド断片は、ペプチドのＮ末端及び／若しくはＣ末端で、標的ポリペプチド抗原の連続する配列の一部ではない追加のアミノ酸に隣接していてよい；並びに／又は標的ポリペプチド（複数可）は、本明細書に記載のいずれか、例えば、表２〜５に列挙されているもののいずれかであってよい。
幾つかの場合では、パネルの各ペプチドの標的ポリペプチドは同じであってよい；すなわち、各ペプチドは標的ポリペプチドの異なる断片を含み、該断片のそれぞれが、治療企図集団の高い割合でＨＬＡ結合要件を満たす。次いで、パネルは、異なるＨＬＡ一致被験体において同じ標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導するために使用することができるペプチドの選択を表す。幾つかの場合では、パネルのペプチドにおける標的ポリペプチドの断片は、重複していない、又は任意の共通のＴ細胞エピトープもＰＥＰＩも含まない。
他の場合では、パネルは、異なる標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導するように設計されたペプチドを含んでいてよい、すなわち、ペプチドに含まれる標的ポリペプチドの選択される断片は、異なる標的ポリペプチドからのものである。幾つかの場合では、パネルは、少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、２５種、２６種、２７種、２８種、２９種、３０種、３１種、３２種、３３種、３４種、３５種、３６種、３７種、３８種、３９種、又は４０種の異なる標的ポリペプチドからのこのような断片を含む。
異なる標的ポリペプチドは、標的にすることが有用であるか又は本明細書に記載の異なるＰＥＰＩが選択的に標的とすることができる任意の異なるポリペプチドであってよい。幾つかの場合では、異なる標的ポリペプチド抗原は、非ホモログである、又は非パラログである、又は各ポリペプチドの全長にわたって９５％未満、又は９０％未満、又は８５％未満、又は８０％未満、又は７５％未満、又は７０％未満、又は６０％未満、又は５０％未満の配列同一性を有する。
幾つかの場合では、パネルのペプチドが標的とする異なる標的ポリペプチドはそれぞれ、本明細書に記載のいずれか等、同じ疾患、状態、病原体、又はがんによって発現されるか又は関連している。このようなペプチドのパネルは、特にそのペプチドが本明細書に記載の特定の被験体とＨＬＡ／ＰＥＰＩが一致している場合、それを必要とする被験体における疾患又は状態の治療において使用するのに理想的であり得る。
幾つかの場合では、標的ポリペプチドのうちの１つ以上又はそれぞれが、ヒト被験体から採取したサンプル中に存在する。これは、例えば、被験体のがん細胞が発現しているがん又は腫瘍関連抗原、ＴＳＡ又はＣＴＡ等のポリペプチド（複数可）が被験体で発現していることを示す。
幾つかの場合では、標的ポリペプチド抗原のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、若しくは２５個、又はそれ以上、あるいはそれぞれが、ＴＳＡ及び／又はＣＴＡである。
ポリペプチド及び患者の選択
本明細書に記載のペプチドを使用して、そのために必要とされている被験体においてＴ細胞応答を誘導したり、ワクチン接種又は免疫療法を提供したりすることができる。被験体の治療には、典型的には、１つを超えるペプチドが選択される。（ｉ）被験体において治療される疾患若しくは状態及び／又は（ｉｉ）被験体のＨＬＡ遺伝子型に基づいて、被験体の治療のために各ペプチドを選択してよい。
被験体の治療のために選択される各ペプチドは、被験体において治療される疾患若しくは状態に関連するか又はがん細胞等の治療の標的細胞が発現する標的ポリペプチド抗原の本明細書に記載の断片を含んでいてよい。疾患又は状態及び標的ポリペプチド抗原は、本明細書に記載されているいずれであってもよい。典型的には、被験体の治療のために選択される各ペプチドは、異なる標的ポリペプチド抗原の本明細書に記載の断片を含む。標的ポリペプチド抗原は、被験体において標的細胞が発現することが知られているので、選択することができる。例えば、標的ポリペプチド抗原は、腫瘍生検等の被験体から得られたサンプルで検出されたことがあってよい。他の場合では、標的ポリペプチド抗原は、治療の標的となる細胞における発現率、例えば、本明細書に記載のいずれか等のがん又は特定の種類のがんにおける特定のＴＡＡの発現率に基づいて選択してもよい。典型的には、被験体の治療のために選択されるペプチドは、治療される状態について発現率が最も高い、状態に関連するポリペプチド抗原の本明細書に記載の断片を含むものである。更に、断片は、典型的には、本明細書に更に記載する通り、特定の被験体においてＴ細胞応答を誘導すると予測されている。
ポリペプチド抗原、特にワクチン接種及び免疫療法において一般的に使用されるポリペプチド抗原に由来する短いペプチドは、ほんのわずかなヒト被験体でしか免疫応答を誘導しない。本開示のポリペプチドは、一般集団の高い割合で又は所与の治療企図集団の高い割合で免疫応答を誘導するように特別に選択される。しかし、ＨＬＡ遺伝子型の不均一性のために、治療企図集団の全ての個体又は全ての被験体において有効であるわけではない可能性がある。
幾つかの場合では、本開示は、特定のヒト被験体が、本明細書に記載のペプチド、ペプチドのパネル、又は医薬組成物若しくはキットのいずれかの投与に対してＴ細胞応答（細胞傷害性及び／又はヘルパー）を有することを予測する方法を提供する。本明細書に提供されている通り、Ｔ細胞応答をトリガーするためには、一般的に、個体の複数のＨＬＡによるＴ細胞エピトープの提示が必要である。所与のポリペプチドに対する細胞傷害性（ＣＤ８＋）Ｔ細胞応答の最も優れた予測因子は、被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルによって提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在（≧１ ＰＥＰＩ３＋）である。同様に、被験体の少なくとも３つ又は４つのＨＬＡクラスＩＩアレルによって提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在から、ヘルパー（ＣＤ４＋）Ｔ細胞の応答を予測することができる。このようなＴ細胞エピトープが、本明細書に記載の任意の標的ポリペプチド抗原等の標的ポリペプチド抗原の断片に対応している場合、被験体は、存在する場合、標的ポリペプチドを発現する被験体の細胞を標的とするＴ細胞応答を開始すると予測される。従って、幾つかの場合では、方法は、本明細書に記載のいずれか等の標的ポリペプチド抗原に対する被験体におけるＴ細胞応答を予測するためのものであってよい。
本発明者らは、更に、（ｉ）１つ以上の標的ポリペプチド断片に対応しかつ（ｉｉ）個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができる少なくとも２つのＴ細胞エピトープがワクチン又は免疫療法組成物中に存在すると、臨床応答が予測されることを見出した。例えば、個体がワクチン又は免疫療法組成物の活性成分ペプチド（複数可）内に合計２個以上のＰＥＰＩ３＋を有し、これらＰＥＰＩ３＋が該個体における標的細胞が実際に発現する（例えば、該個体の標的腫瘍細胞が標的腫瘍関連抗原を発現する）ポリペプチド抗原に由来する場合、該個体は見込み臨床応答者（すなわち、臨床的に関連する免疫応答者）である。
「臨床応答」又は「臨床的利益」とは、本明細書で使用するとき、疾患若しくは状態の発症の予防若しくは遅延、１つ以上の症状の回復、寛解の誘導若しくは延長、又は再発若しくは回帰若しくは悪化の遅延、又は被験体の疾患状態における任意の他の改善若しくは安定化であってよい。適切な場合、「臨床応答」は、ＲＥＣＩＳＴ（固形腫瘍における応答評価基準）ガイドラインによって定義されている「病勢コントロール」又は「客観的奏功」と相関する場合がある。
従って、本開示の幾つかの態様は、特定のヒト被験体が、本明細書に記載の治療方法、あるいは本明細書に記載の医薬組成物又は医薬キットのペプチド、核酸、若しくはベクターの投与に対して、臨床応答を有することを予測する方法に関する。
幾つかの場合では、方法は、被験体を治療するための活性成分ペプチド（複数可）が２種以上の異なるアミノ酸配列を含み、該配列のそれぞれが、ａ）該被験体の標的細胞が発現する標的ポリペプチド抗原（例えば、生検で検出されたポリペプチド抗原）の断片であり；かつｂ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープであると判定することを含む。
幾つかの場合では、被験体の標的細胞、例えばがん細胞で標的抗原が発現しているかどうかを知らなくても及び／又は被験体のＨＬＡクラスＩの遺伝子型を決定しなくても、本明細書に記載されているもの等のペプチドワクチン又は免疫療法組成物に対して被験体が臨床応答を有する可能性を求めることができる。疾患における公知の抗原発現頻度（例えば、胃がんのような腫瘍型におけるＭＡＧＥ−Ａ３）並びに／又は標的集団（例えば、民族集団、一般集団、疾患集団）における被験体のＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ遺伝子型の公知の頻度を代わりに使用することができる。
被験体が治療に対して応答する可能性は、（ｉ）活性成分ポリペプチド中により多くの複数ＨＬＡ結合ＰＥＰＩが存在すること、（ｉｉ）より多くの標的ポリペプチド抗原にＰＥＰＩが存在すること、及び（ｉｉｉ）被験体又は被験体の疾患細胞において標的ポリペプチド抗原が発現していることによって高まる。被験体における標的細胞が、特定の又は任意の組み合わせの標的ポリペプチド抗原を（過剰）発現する確率は、集団発現頻度データ（発現率）、例えば、胃がんにおける抗原の発現確率を使用して求めることができる。集団発現頻度データは、被験体及び／若しくは疾患一致集団、又は治療企図集団に関するものであり得る。例えば、乳がん等の特定のがん又は特定のがんを有する被験体において特定のがん関連抗原が発現する頻度又は確率は、腫瘍、例えば乳がんの腫瘍サンプルで抗原を検出することによって求めることができる。このような発現頻度は、公開されている数値及び科学刊行物から求めることもできる。幾つかの場合では、本開示の方法は、関連集団における関連標的ポリペプチド抗原の発現頻度を求める工程を含んでいてもよい。
個々のヒト被験体及びヒト被験体の集団におけるワクチンの活性／効果を予測するための種々の薬力学的バイオマーカーが開示されている。これらバイオマーカーは、より有効なワクチン開発を促進し、また開発コストを削減し、そして、異なる組成物を評価及び比較するために使用することができる。例示的なバイオマーカーは以下の通りである。
・ＡＧ９５−ワクチンの効力：特定の腫瘍型が９５％の確率で発現する、がんワクチン中の抗原の数。ＡＧ９５は、ワクチンの効力の指標であり、ワクチン抗原の免疫原性とは無関係である。ＡＧ９５は、腫瘍抗原発現率のデータから算出される。このようなデータは、査読付きの科学雑誌に掲載された実験から得ることができる。技術的には、ＡＧ９５は、ワクチンにおける抗原の二項分布から求められ、全ての可能なばらつき及び発現率を考慮する。
・ＰＥＰＩ３＋カウント−被験体におけるワクチンの免疫原性：ワクチン由来のＰＥＰＩ３＋は、被験体の少なくとも３つのＨＬＡに結合し、Ｔ細胞応答を誘導するパーソナルエピトープである。ＰＥＰＩ３＋は、４桁のＨＬＡ遺伝子型が完全に知られている被験体においてＰＥＰＩ３＋検査を用いて判定することができる。
・ＡＰカウント−被験体におけるワクチンの抗原性：ＰＥＰＩ３＋を有するワクチン抗原の数。ワクチンは、疾患細胞が発現する標的ポリペプチド抗原からの配列を含有する。ＡＰカウントは、ＰＥＰＩ３＋を含有するワクチン中の抗原の数であり、ＡＰカウントは、被験体においてＴ細胞応答を誘導することができるワクチン中の抗原の数を表す。ＡＰカウントは、被験体のＨＬＡ遺伝子型のみに依存し、被験体の疾患、年齢、及び投薬とは無関係であるので、被験体のワクチン抗原特異的Ｔ細胞応答を特徴付けるものである。正確な値は、０（抗原がＰＥＰＩを提示しない）から抗原の最大数（全ての抗原がＰＥＰＩを提示する）の間である。
・ＡＰ５０−集団におけるワクチンの抗原性：ある集団におけるＰＥＰＩを有するワクチン抗原の平均数。ＡＰ５０は、集団内の被験体のＨＬＡ遺伝子型に依存するので、所与の集団におけるワクチン抗原特異的Ｔ細胞応答の特徴付けに好適である。
・ＡＧＰカウント−被験体におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを有する腫瘍で発現するワクチン抗原の数。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、それに対するＴ細胞応答を誘導する（標的にヒットする）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験体の腫瘍におけるワクチン抗原発現率及び被験体のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正確な値は、０（発現した抗原がＰＥＰＩを提示しない）から抗原の最大数（全ての抗原が発現し、ＰＥＰＩを提示する）の間である。
・ＡＧＰ５０−集団におけるがんワクチンの有効性：集団におけるＰＥＰＩを有する指定の腫瘍において発現するワクチン抗原の平均数（すなわち、ＡＧＰ）。ＡＧＰ５０は、ワクチンによって誘導されたＴ細胞応答が認識することができる腫瘍抗原の平均数を示す。ＡＧＰ５０は、指定の腫瘍型における抗原の発現率及び標的集団における抗原の免疫原性に依存する。ＡＧＰ５０は、異なる集団におけるワクチンの有効性を推定することができ、同一集団における異なるワクチンの比較にも使用することができる。ＡＧＰ５０のコンピュータによる計算は、発現したワクチン抗原における被験体のＰＥＰＩ３＋の出現率によって発現を重み付けすることを除いて、ＡＧ５０に使用したものと同様である。各被験体が各ワクチン抗原からのＰＥＰＩを有する理論上の集団では、ＡＧＰ５０はＡＧ５０と等しくなる。いずれかのワクチン抗原からのＰＥＰＩを有する被験体がいない別の理論上の集団では、ＡＧＰ５０は０になる。一般的には、以下の記述が有効である：０≦ＡＧＰ５０≦ＡＧ５０。
・ｍＡＧＰ−見込み応答者を選択するためのバイオマーカー候補：がんワクチンが、指定の腫瘍において発現する複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性。ｍＡＧＰは、腫瘍におけるワクチン抗原の発現率及び被験体におけるワクチン由来のＰＥＰＩの存在から算出される。技術的には、ＡＧＰ分布に基づいて、ｍＡＧＰは、複数のＡＧＰ（≧２ ＡＧＰ）の確率の合計である。
被験体の治療に関する医師の判断に情報を与えるために、上記のような予測結果を使用することができる。従って、幾つかの場合では、本開示の方法は、被験体が本明細書に記載の治療に対するＴ細胞応答及び／又は臨床応答を有する又は有する可能性が高いと予測し、該方法は、ヒト被験体ごとに治療を選択することを更に含む。幾つかの場合では、所定の数の標的ポリペプチド抗原であって、任意で発現している（発現すると予測される）標的ポリペプチド抗原を標的とする応答の可能性が所定の閾値を上回る場合、被験体が治療のために選択される。幾つかの場合では、標的ポリペプチド抗原又はエピトープの数は２である。幾つかの場合では、標的ポリペプチド抗原又はエピトープの数は、３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０である。方法は、ヒト被験体に治療を施すことを更に含んでいてもよい。あるいは、方法は、被験体が免疫応答及び／又は臨床応答を有さないと予測することもでき、被験体ごとに異なる治療を選択することを更に含んでいてもよい。
医薬組成物、治療方法、及び投与モード
幾つかの態様では、本開示は、本明細書に記載のペプチド、ポリ核酸、又はベクターのうちの１つ以上を含む医薬組成物又はキットに関する。このような医薬組成物又はキットは、免疫応答の誘導、治療、ワクチン接種、又は被験体への免疫療法の提供の方法に使用することができる。医薬組成物又はキットは、ワクチン又は免疫療法組成物又はキットであってもよい。このような治療は、医薬組成物又はキットのペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターを被験体に投与することを含んでいてよい。
本明細書に記載の医薬組成物又はキットは、１つ以上のペプチド、核酸、又はベクターに加えて、薬学的に許容し得る賦形剤、担体、希釈剤、緩衝剤、安定剤、保存剤、補助剤、又は当業者に周知の他の材料を含んでいてもよい。このような材料は、好ましくは非毒性であり、好ましくは活性成分（複数可）の薬学的活性に干渉しない。医薬担体又は希釈剤は、例えば、水含有溶液であってよい。担体又は他の材料の正確な性質は、投与経路、例えば、経口、静脈内、皮膚若しくは皮下、鼻腔内、筋肉内、皮内、及び腹腔内の経路に依存し得る。
本開示の医薬組成物は、１つ以上の「薬学的に許容し得る担体」を含んでいてもよい。これらは、典型的には、タンパク質、糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、高分子アミノ酸、アミノ酸コポリマー、スクロース（Ｐａｏｌｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｖａｃｃｉｎｅ，１９：２１１８）、トレハロース（国際公開公報第００／５６３６５号）、ラクトース及び脂質凝集体（油滴又はリポソーム等）等の大きく、緩徐に代謝される巨大分子である。このような担体は、当業者に周知である。また、医薬組成物は、水、生理食塩水、グリセロール等の希釈剤を含有していてもよい。更に、湿潤剤又は乳化剤、ｐＨ緩衝物質等の補助物質が存在していてもよい。滅菌パイロジェンフリーリン酸緩衝生理食塩水が、典型的な担体である（Ｇｅｎｎａｒｏ，２０００，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，ＩＳＢＮ：０６８３３０６４７２）。
本開示の医薬組成物は、凍結乾燥されていてもよく、水性形態、すなわち溶液又は懸濁液であってもよい。この種の液体製剤は、水性媒体で再構成する必要がなく、包装された形態から直接組成物を投与することができるので、注射にとって理想的である。医薬組成物は、バイアルで提供されてもよく、充填済みシリンジで提供されてもよい。シリンジは、針付きで供給されてもよく、針なしで供給されてもよい。シリンジには単一用量が含まれ、一方、バイアルには、単一用量又は複数用量が含まれ得る。
本開示の液体製剤は、また、凍結乾燥された形態から他の医薬を再構成するのにも好適である。医薬組成物がこのような即時再構成のために使用される場合、本開示は、２つのバイアルを含んでいてもよく又は１つの充填済みシリンジ及び１つのバイアルを含んでいてもよいキットを提供し、シリンジの内容物は、注射の前にバイアルの内容物を再構成するために使用される。
本開示の医薬組成物は、特に複数用量フォーマットで包装されている場合、抗菌剤を含んでいてもよい。２−フェノキシエタノール又はパラベン（メチルパラベン、エチルパラベン、プロピルパラベン）等の抗菌剤を使用してよい。いかなる保存剤も、低レベルで存在することが好ましい。保存剤は、外添されてもよい、及び／又は（例えば、百日咳抗原において保存剤として存在する）組成物を形成するために混合されるバルク抗原の成分であってもよい。
本開示の医薬組成物は、洗剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ（ポリソルベート）、ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）、ＤＭＦ（ジメチルホルムアミド）を含んでいてもよい。洗剤は、一般的に、低レベル、例えば＜０．０１％で存在するが、より高レベル、例えば０．０１〜５０％で使用されてもよい。
本開示の医薬組成物は、ナトリウム塩（例えば、塩化ナトリウム）及び溶液中の遊離リン酸イオン（例えば、リン酸緩衝液の使用による）を含んでいてもよい。
特定の実施形態では、ペプチドを抗原提示細胞に送達するために又は安定性を高めるために、医薬組成物を好適なビヒクルに封入してもよい。当業者であれば理解できるように、様々なビヒクルが、本開示の医薬組成物を送達するのに好適である。好適な構造化流体送達系の非限定的な例としては、ナノ粒子、リポソーム、マイクロエマルション、ミセル、デンドリマー、及び他のリン脂質含有系を挙げることができる。医薬組成物を送達ビヒクルに組み込む方法は、当技術分野において公知である。
組成物の免疫原性を高めるために、薬理学的組成物は、１つ以上のアジュバント及び／又はサイトカインを含んでいてもよい。
好適なアジュバントとしては、水酸化アルミニウム又はリン酸アルミニウム等のアルミニウム塩が挙げられるが、カルシウム、鉄、若しくは亜鉛の塩であってもよく、又はアシル化チロシン若しくはアシル化糖の不溶性懸濁液であってもよく、又はカチオン若しくはアニオンで誘導体化された糖類、ポリホスファゼン、生分解性ミクロスフェア、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、リピドＡ誘導体（例えば、毒性を低減したもの）、３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ［３Ｄ−ＭＰＬ］、キルＡ、サポニン、ＱＳ２１、フロイント不完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，Ｍｉｃｈ．）、Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ，Ｒａｈｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）、ＡＳ−２（Ｓｍｉｔｈ−Ｋｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．）、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、生体接着剤及び粘膜接着剤、マイクロ粒子、リポソーム、ポリオキシエチレンエーテル製剤、ポリオキシエチレンエステル製剤、ムラミルペプチド、若しくはイミダゾキノロン化合物（例えば、イミカモド及びそのホモログ）等であってもよい。本開示においてアジュバントとして使用するのに好適なヒト免疫調節物質としては、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）等のサイトカインが挙げられ、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、顆粒球、マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）もアジュバントとして使用することができる。
幾つかの実施形態では、組成物は、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１（Ｓｅｐｐｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｆａｉｒｆｉｅｌｄ，Ｎ．Ｊ．，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ）、ＱＳ−２１（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，Ｍａｓｓ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ）、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホサミド、カルメット・ゲラン菌（ＢＣＧ）、コリンバクテリウム・パルヴム（ｃｏｒｙｎｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、レバミゾール、アジメゾン、イソプリニゾン、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全及び不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、オイルエマルション、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）からなる群から選択されるアジュバントを含む。
一例として、サイトカインは、ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−β等であるがこれらに限定されないトランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子−Ｉ及び／又はインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロン−α、−β、及び−γ等であるがこれらに限定されないインターフェロン；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）、及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）等であるがこれらに限定されないコロニー刺激因子（ＣＳＦ）からなる群から選択することができる。幾つかの実施形態では、サイトカインは、ＮＧＦ−β等の神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−β等であるがこれらに限定されないトランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子−Ｉ及びインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨伝導因子；ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、及びＩＦＮ−γ等であるがこれらに限定されないインターフェロン（ＩＦＮ）；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）、及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）等のコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２；ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８等であるがこれらに限定されないインターロイキン（Ｉｌ）；ＬＩＦ；キット−リガンド又はＦＬＴ−３；アンジオスタチン；トロンボスポンジン；エンドスタチン；腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）；並びにＬＴからなる群から選択される。
アジュバント又はサイトカインは、１回の投与当たり約０．０１ｍｇ〜約１０ｍｇの量、好ましくは１回の投与当たり約０．２ｍｇ〜約５ｍｇの量で添加できると予測される。あるいは、アジュバント又はサイトカインは、約０．０１〜５０％の濃度、好ましくは約２％〜３０％の濃度であってもよい。
特定の態様では、本開示の医薬組成物は、公知の技術に従って適切な無菌条件下でアジュバント及び／又はサイトカインをＰＥＰＩと物理的に混合して、最終製品を製造することによって調製される。
ポリペプチド断片の好適な組成物及び投与方法の例は、Ｅｓｓｅｋｕ ａｎｄ Ａｄｅｙｅｙｅ（２０１１）及びＶａｎ ｄｅｎ Ｍｏｏｔｅｒ Ｇ．（２００６）に提供されている。ワクチン及び免疫療法組成物の調製については、Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ（“Ｔｈｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｐｐｒｏａｃｈ”（ｅｄｓ Ｐｏｗｅｌｌ Ｍ．Ｆ． ＆ Ｎｅｗｍａｎ Ｍ．Ｊ．（１９９５）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）に一般的に記載されている。同様に想定されるリポソーム内への封入は、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎの米国特許４，２３５，８７７号に記載されている。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、核酸ワクチンとして調製される。幾つかの実施形態では、核酸ワクチンは、ＤＮＡワクチンである。幾つかの実施形態では、ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンは、プロモーター並びに適切な転写及び翻訳の制御エレメントを含むプラスミドと、本開示の１つ以上のポリペプチドをコードしている核酸配列とを含む。幾つかの実施形態では、プラスミドは、例えば、発現レベル、細胞内ターゲティング、又はプロテアソームプロセシングを強化するための配列も含む。幾つかの実施形態では、ＤＮＡワクチンは、本開示の１つ以上のポリペプチドをコードしている核酸配列を含むウイルスベクターを含む。追加の態様では、本明細書に開示される組成物は、生体サンプルに対して免疫反応性を有すると判定されたペプチドをコードしている１つ以上の核酸を含む。例えば、幾つかの実施形態では、組成物は、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つ若しくは４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、又はそれ以上のペプチドをコードしている１つ以上のヌクレオチド配列を含む。幾つかの実施形態では、ペプチドは、がんで発現する抗原に由来する。幾つかの実施形態では、ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンは、ワクチンの効力を高める、免疫系を刺激する、又は免疫抑制を低減する等、結果として生じる免疫応答を操作するために免疫調節分子もコードしている。ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンの免疫原性を高めるための戦略としては、抗原の異種バージョンをコードさせること、Ｔ細胞を活性化させる若しくは連想認識（ａｓｓｏｃｉａｔｉｖｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ）をトリガーする分子に抗原を融合させること、ＤＮＡベクターでプライミングし、続いて、ウイルスベクターでブーストすること、及び免疫調節分子を利用することが挙げられる。幾つかの実施形態では、ＤＮＡワクチンは、幾つかある形態の中でも特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器によって、パッチを用いて、マイクロニードルを介して、擦過（ａｂｒａｓｉｏｎ）によって導入される。幾つかの形態では、ＤＮＡワクチンは、リポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。幾つかの実施形態では、ＤＮＡワクチンは、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルション；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール、及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子からなる群から選択される送達系を含む。幾つかの実施形態では、ＤＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。幾つかの実施形態では、ＤＮＡワクチンは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、又は他の部位に導入される。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、ＲＮＡワクチンとして調製される。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、非複製ｍＲＮＡ又はウイルス由来の自己増幅ＲＮＡである。幾つかの実施形態では、非複製ｍＲＮＡは、本明細書に開示されたペプチドをコードしており、５’及び３’非翻訳領域（ＵＴＲ）を含有する。幾つかの実施形態では、ウイルス由来の自己増幅ＲＮＡは、本明細書に開示されるペプチドだけでなく、細胞内ＲＮＡ増幅及び大量のタンパク質の発現を可能にするウイルス複製機構もコードしている。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、個体に直接導入される。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、化学的に合成されるか又はインビトロで転写される。幾つかの実施形態では、ｍＲＮＡは、Ｔ７、Ｔ３、又はＳｐ６ファージＲＮＡポリメラーゼを用いて線状ＤＮＡテンプレートから生成され、得られた生成物は、本明細書で開示されるペプチドをコードしているオープンリーディングフレーム、隣接するＵＴＲ、５’キャップ、及びポリ（Ａ）テールを含む。幾つかの実施形態では、ワクシニアウイルスキャッピング酵素を用いて又は合成キャップ若しくはアンチリバースキャップアナログを組み込むことによって、転写反応中若しくは後に様々なバージョンの５’キャップが付加される。幾つかの実施形態では、コーディングＤＮＡテンプレートから直接又はポリ（Ａ）ポリメラーゼを用いることによって、最適な長さのポリ（Ａ）テールがｍＲＮＡに付加される。ＲＮＡは、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つ若しくは４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１つ以上のペプチドをコードしていてよい。幾つかの実施形態では、断片は、がんで発現する抗原に由来する。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、安定性及び翻訳を強化するためのシグナルを含む。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、また、半減期を延長するための非天然ヌクレオチド又は免疫刺激性プロファイルを変化させるための修飾ヌクレオチドも含む。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、幾つかある形態の中でも特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器によって、パッチを用いて、マイクロニードルを介して、擦過によって導入される。幾つかの形態では、ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの細胞取り込みを促進し、ＲＮＡを分解から保護する、リポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。幾つかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルション；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール、及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子；及び／又はネイキッドｍＲＮＡ；インビボエレクトロポレーションによるネイキッドｍＲＮＡ；プロタミンと複合体化したｍＲＮＡ；正電荷を帯びた水中油型カチオン性ナノエマルションと会合したｍＲＮＡ；化学修飾されたデンドリマーと会合し、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質と複合体化したｍＲＮＡ；ＰＥＧ−脂質ナノ粒子においてプロタミンと複合体化したｍＲＮＡ；ポリエチレニミン（ＰＥＩ）等のカチオン性ポリマーと会合したｍＲＮＡ；ＰＥＩ等のカチオン性ポリマー及び脂質成分と会合したｍＲＮＡ；多糖類（例えば、キトサン）粒子又はゲルと会合したｍＲＮＡ；カチオン性脂質ナノ粒子（例えば、１，２−ジオレオイルオキシ−３−トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）又はジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）脂質）中のｍＲＮＡ；カチオン性脂質及びコレステロールと複合体化したｍＲＮＡ；又はカチオン性脂質、コレステロール、及びＰＥＧ−脂質と複合体化したｍＲＮＡからなる群から選択される送達系を含む。幾つかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。幾つかの実施形態では、ＲＮＡは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、若しくは他の部位に、及び／又は皮内、筋肉内、皮下、鼻腔内、節内、静脈内、脾臓内、腫瘍内、若しくは他の送達経路によって導入される。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの構成要素は、ネイキッドヌクレオチド配列であってもよく、カチオン性脂質、ポリマー、又はターゲティング系と組み合わされてもよい。これらは、任意の利用可能な技術によって送達され得る。例えば、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、針注射により、好ましくは皮内、皮下、又は筋肉内に導入することができる。あるいは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子媒介遺伝子送達等の送達デバイスを使用して、皮膚を超えて直接送達してもよい。ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、皮膚に局所的に投与してもよく、例えば、鼻腔内、経口、又は直腸内の投与により粘膜表面に投与してもよい。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのコンストラクトの取り込みは、幾つかの既知のトランスフェクション技術、例えば、トランスフェクション剤の使用を含むものによって増強され得る。これら剤の例としては、カチオン性剤、例えば、リン酸カルシウム及びＤＥＡＥ−デキストラン、並びにリポフェクション剤、例えば、リポフェクタム及びトランスフェクタムが挙げられる。投与されるポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの投与量は、変更することができる。
典型的には、「予防的に有効な量」又は「治療的に有効な量」（場合によっては、予防が治療とみなされる場合もあるが）が投与され、これは、臨床応答をもたらすか又は個体にとって臨床的利益を示すのに十分な量であり、例えば、疾患若しくは病態の発症を予防若しくは遅延させる、１つ以上の症状を回復させる、寛解を誘導若しくは延長する、又は再発若しくは回帰を遅延させるのに有効な量である。
用量は、様々なパラメータ、特に使用される物質；治療される個体の年齢、体重、及び状態；投与経路；並びに必要なレジメンに応じて決定され得る。各用量における抗原の量は、免疫応答を誘導する量として選択される。医師は、任意の特定の個体に必要な投与経路及び投与量を決定することができる。用量は、単回用量として提供されてもよく、複数回用量として提供されてもよく、例えば、１時間ごとに２回、３回、又は４回投与する等、一定の間隔で服用されてもよい。典型的には、ペプチド、ポリヌクレオチド、又はオリゴヌクレオチドは、典型的には、１ｐｇ〜１ｍｇ、より典型的には、粒子媒介送達の場合は１ｐｇ〜１０μｇ、そして、他の経路の場合は１μｇ〜１ｍｇ、より典型的には１〜１００μｇ、より典型的には５〜５０μｇの範囲で投与される。一般的に、各用量は、０．０１〜３ｍｇの抗原を含むと予測される。特定のワクチンの最適な量は、被験体における免疫応答の観察を含む研究によって確認することができる。
上記の技術及びプロトコルの例は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２０００，ｐｕｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓに見出すことができる。
幾つかの場合では、治療方法は、１つを超えるペプチド、ポリ核酸、又はベクターを被験体に投与することを含んでいてよい。これらは、一緒に／同時に及び／又は異なる時点で若しくは逐次投与してよい。腫瘍の遺伝的不均一性及び個体のＨＬＡの不均一性の課題を克服するためには、任意で異なる抗原を標的とする異なるペプチドの組み合わせを使用することが重要であり得る。本開示のペプチドを組み合わせて使用することで、ワクチン接種による臨床的利益を経験することができる個体群が広がる。１つのレジメンで使用するために製造されたＰＥＰＩの複数の医薬組成物が、製剤を定義することができる。幾つかの場合では、単一の治療の異なるペプチド、ポリ核酸、又はベクターを、例えば、１年間、又は６ヶ月間、又は３ヶ月間、又は６０日間、又は５０日間、又は４０日間、又は３０日間の期間内に被験体に投与してよい。
投与経路としては、鼻腔内、経口、皮下、皮内、及び筋肉内が挙げられるが、これらに限定されない。皮下投与が特に好ましい。皮下投与は、例えば、腹部、上腕若しくは大腿の側面及び前面、背中の肩甲骨部、又は上腹背側臀部等に注射することによって行ってよい。
また、本開示の組成物は、１用量又はそれ以上の用量で、並びに他の投与経路によって投与してもよい。例えば、このような他の経路としては、皮内、静脈内、血管内、動脈内、腹腔内、髄腔内、気管内、心臓内、小葉内、髄内、肺内、及び膣内が挙げられる。望ましい治療期間に応じて、本開示に係る組成物は、１回又は数回、また断続的に、例えば数か月間又は数年間にわたって毎月、異なる投与量で投与してよい。
経口投与用の固形剤形としては、カプセル、錠剤、カプレット、丸剤、散剤、ペレット、及び顆粒剤が挙げられる。このような固形剤形では、活性成分は、通常、１つ以上の薬学的に許容し得る賦形剤と組み合わされ、該賦形剤の例については上に詳述した通りである。また、経口剤は、水性懸濁剤、エリキシル剤、又はシロップ剤として投与してもよい。これらの場合、活性成分を、様々な甘味剤又は香味剤、着色剤、そして必要に応じて、乳化剤及び／又は懸濁剤、更には水、エタノール、グリセリン等の希釈剤、並びにこれらの組み合わせと組み合わせてもよい。
単独で、又は他の薬理学的組成物若しくは治療法、例えば、化学療法及び／若しくは免疫療法及び／若しくはワクチンと組み合わせて、本開示の１つ以上の組成物を投与してもよく、又は本開示に係る治療のための方法及び使用を実施してもよい。他の治療用組成物又は治療法は、例えば、本明細書で論じるもののうちの１つ以上であってよく、本開示の組成物又は治療法と同時に又は逐次（前又は後に）施してよい。
幾つかの場合では、チェックポイントブロック療法／チェックポイント阻害剤、共刺激性抗体、細胞傷害性若しくは非細胞傷害性の化学療法及び／若しくは放射線療法、標的療法、又はモノクローナル抗体療法と組み合わせて治療を施してよい。化学療法は、ワクチン接種によって誘導された腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞によって殺傷されるように腫瘍を感作することが実証されている（Ｒａｍａｋｒｉｓｈｎａｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１０；１２０（４）：１１１１−１１２４）。化学療法剤の例としては、ナイトロジェンマスタード、例えば、メクロレタミン（ＨＮ２）、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン（Ｌ−サルコリシン）、及びクロラムブシルを含むアルキル化剤；アントラサイクリン類；エポチロン類；ニトロソウレア類、例えば、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、セムスチン（メチル−ＣＣＮＵ）、及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）；トリアゼン類、例えば、デカルバジン（ＤＴＩＣ；ジメチルトリアゼノイミダゾール−カルボキサミド；エチレンイミン／メチルメラミン類、例えば、ヘキサメチルメラミン、チオテパ；アルキルスルホナート、例えば、ブスルファン；葉酸アナログ、例えば、メトトレキサート（アメトプテリン）を含む代謝拮抗物質；アルキル化剤、代謝拮抗物質、ピリミジンアナログ、例えば、フルオロウラシル（５−フルオロウラシル；５−ＦＵ）、フロクスウリジン（フルオロデオキシウリジン；ＦＵｄＲ）、及びシタラビン（シトシンアラビノシド）；プリンアナログ及び関連する阻害剤、例えば、メルカプトプリン（６−メルカプトプリン；６−ＭＰ）、チオグアニン（６−チオグアニン；ＴＧ）、及びペントスタチン（２’−デオキシコホルマイシン）；エピポドフィロトキシン類；酵素、例えば、Ｌ−アスパラギナーゼ；生物学的応答調節物質、例えば、ＩＦＮα、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ、及びＧＭ−ＣＳＦ；白金配位錯体、例えば、シスプラチン（シス−ＤＤＰ）、オキサリプラチン、及びカルボプラチン；アントラセンジオン類、例えば、ミトキサントロン及びアントラサイクリン；置換尿素、例えば、ヒドロキシウレア；プロカルバジン（Ｎ−メチルヒドラジン、ＭＩＨ）及びプロカルバジンを含むメチルヒドラジン誘導体；副腎皮質抑制物質、例えば、ミトタン（ｏ，ｐ’−ＤＤＤ）及びアミノグルテチミド；タキソール及びアナログ／誘導体；副腎皮質ステロイドアンタゴニスト、例えば、プレドニゾン及び等価物、デキサメタゾン、並びにアミノグルテチミド、プロゲスチン、例えば、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、及び酢酸メゲストロール、エストロゲン、例えば、ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール等価物、抗エストロゲン剤、例えば、タモキシフェン、プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／等価物を含むアンドロゲン、抗アンドロゲン剤、例えば、フルタミド、ゴナドトロピン放出ホルモンアナログ、及びロイプロリド、並びに非ステロイド性抗アンドロゲン剤、例えば、フルタミドを含む、ホルモン／ホルモン療法及びアゴニスト／アンタゴニスト；ビンカアルカロイド類、例えば、ビンブラスチン（ＶＬＢ）及びビンクリスチン、エピポドフィロトキシン類、例えば、エトポシド及びテニポシド、抗生物質、例えば、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ）、ダウノルビシン（ダウノマイシン；ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）、及びマイトマイシン（マイトマイシンＣ）、酵素、例えば、Ｌ−アスパラギナーゼ、並びに生物学的応答調節物質、例えば、インターフェロンアルフェノーム（ａｌｐｈｅｎｏｍｅ）を含む天然物が挙げられる。
幾つかの場合では、治療方法は、ワクチン接種する方法又は免疫療法を提供する方法である。本明細書で使用するとき、「免疫療法」は、個体における免疫応答を誘導又は増強することによる疾患又は状態の治療を意味する。特定の実施形態では、免疫療法とは、１つ以上の薬物を個体に投与してＴ細胞応答を誘発することを含む治療法を指す。特定の実施形態では、免疫療法とは、１つ以上のＰＥＰＩを含有するポリペプチドを個体に投与又は発現させて、クラスＩ ＨＬＡと連携してその細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩをディスプレイする細胞を認識し、殺傷するためにＴ細胞応答を誘発することを含む治療法を指す。別の特定の実施形態では、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを個体に投与して、該１つ以上のＰＥＰＩを含む腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）、又はがん精巣抗原（ＣＴＡ）をその細胞表面にディスプレイする細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発することを含む。別の実施形態では、免疫療法とは、クラスＩＩ ＨＬＡによって提示される１つ以上のＰＥＰＩを含有するポリペプチドを個体に投与又は発現させて、クラスＩ ＨＬＡと連携してその細胞表面上に該１つ以上のＰＥＰＩをディスプレイする疾患細胞を認識し、殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞に共刺激を与えるためにＴヘルパー応答を誘発することを含む治療法を指す。更に別の特定の実施形態では、免疫療法とは、既存のＴ細胞を再活性化して標的細胞を殺傷する１つ以上の薬物を個体に投与することを含む治療法を指す。理論的には、細胞傷害性Ｔ細胞応答によって、１つ以上のＰＥＰＩをディスプレイしている細胞が排除され、それにより、個体の臨床状態が改善する。幾つかの例では、腫瘍を治療するために免疫療法が用いられることがある。他の例では、細胞内病原体に基づく疾患又は障害を治療するために免疫療法を使用することができる。
幾つかの場合では、本開示は、がん又は本明細書に記載の任意の特定の種類のがんの治療に関する。他の幾つかの場合では、本開示は、ウイルス、細菌、真菌、若しくは寄生虫の感染症、又は免疫療法によって治療することができる任意の他の疾患若しくは状態の治療に関する。
本開示の更なる実施形態
１． ２種以上の異なるペプチドを含む医薬組成物であって、各ペプチドが、最大５０アミノ酸長でありかつ配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかのアミノ酸配列を含む、医薬組成物。
２． 少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、又は少なくとも１２種の異なるペプチドを含み、各ペプチドが、最大５０アミノ酸長でありかつ配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかのアミノ酸配列を含む、項目１に記載の医薬組成物。
３． ２種以上のペプチドをコードしている１つ以上のポリ核酸又はベクターを含む医薬組成物であって、各ペプチドが、最大５０アミノ酸長でありかつ配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかのアミノ酸配列を含む、医薬組成物。
４． 少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、又は少なくとも１２個のポリ核酸又はベクターを含む、項目２に記載の医薬組成物。
５． 各ペプチド又はコードされているペプチドが、以下の群のうちの１つから選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、項目１又は項目３に記載の医薬組成物：
（ａ）表２５Ａ及び／又は２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている乳がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｂ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている肺がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｃ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている前立腺がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｄ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている結腸直腸がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｅ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている膀胱がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｆ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている卵巣がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｇ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている膵臓がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｈ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている脳がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｉ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている白血病関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｊ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されているリンパ腫関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｋ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている肝細胞がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｌ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されているメラノーマ関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｍ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている甲状腺がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｎ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている小児がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｏ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている胃がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｐ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている腎臓がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
（ｑ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている頭頸部がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；並びに
（ｒ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている子宮頸がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列。
６． 薬学的に許容し得るアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はこれらの組み合わせを更に含む、項目１〜５のいずれかに記載の医薬組成物。
７．
ａ．１種以上のペプチドを含む第１の医薬組成物であって、各ペプチドが、配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれか１つのアミノ酸配列の異なるものを含む医薬組成物と；
ｂ．１種以上のペプチドを含む第２の異なる医薬組成物であって、各ペプチドが、配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれか１つのアミノ酸配列の異なるものを含む医薬組成物と
を含むキット。
８． 添付文書を更に含む、項目７に記載のキット。
９． 標的集団の被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を誘導する方法であって、項目１〜項目７のいずれか１つに記載の医薬組成物を投与することを含む方法。
１０． 投与工程の前に、
ａ．該医薬組成物の各ペプチド又はコードされているペプチドが、該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含んでいると判定し；そして、
ｂ．該被験体が、該医薬組成物の各ペプチド、各コードされているペプチド、ポリ核酸、又はベクターに対して細胞傷害性Ｔ細胞応答を有すると予測すること
によって、該被験体が、該医薬組成物の投与に対する臨床応答を有する可能性が高いかどうかを判定することを更に含む、項目９に記載の方法。
１１． ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する方法であって、項目１〜６のいずれか１つに記載の医薬組成物を該被験体に投与することを含む方法。
１２． 該医薬組成物のペプチド、ポリ核酸、又はベクターが、
ａ．該医薬組成物の各ペプチド又はコードされているペプチドが、該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含んでいると判定することと；
ｂ．該被験体が、該医薬組成物の各ペプチド、コードされているペプチド、ポリ核酸、又はベクターに対して細胞傷害性Ｔ細胞応答を有すると予測することと
を含む方法を用いて、該被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を誘導すると予測されている、項目１１に記載の方法。
１３． 該医薬組成物のペプチド又はコードされているペプチドが、表２２に列挙されているものから選択される２種以上の異なるがん関連抗原の断片である、項目１２に記載の方法。
１４． がん、任意で、膀胱がん、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、胃がん、肝細胞がん、白血病、肺がん、リンパ腫、メラノーマ、卵巣がん、膵臓がん、小児がん、甲状腺がん、又は前立腺がんを治療する方法である、項目９〜項目１４のいずれか１つに記載の方法。
１５． 標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、ペプチド、又はペプチドをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクター、又はペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを設計又は調製する方法であって、
（ｉ）それぞれＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によって定義される複数の被験体を含むモデルヒト集団を選択又は定義することと；
（ｉｉ）該モデル集団の各被験体について、
（ａ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである該標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｂ）該被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである該標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｃ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ及び該被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む該標的ポリペプチドのアミノ酸配列；又は
（ｄ）
ａ．少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであり；かつ
ｂ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む
該標的ポリペプチドのアミノ酸配列
を同定することと；
（ｉｉｉ）９〜５０アミノ酸のポリペプチド断片ウィンドウ長を選択することと；
（ｉｖ）
（ｃ）工程（ｉｉｉ）で選択された長さを有し；かつ
（ｄ）該モデル集団で最も高い割合の被験体において工程（ｉｉ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つで同定されたアミノ酸配列を含む、
該標的ポリペプチドの断片を同定することと；
（ｖ）任意で、工程（ｉｖ）で同定された断片を追加の所定の基準に対して試験し、更なる所定の基準を満たさない場合は該断片を拒絶し、工程（ｉｖ）を繰り返して、
（ａ）工程（ｉｉｉ）で選択された長さを有し；かつ
（ｂ）該モデル集団で次に高い割合の被験体において工程（ｉｖ）で同定されたアミノ酸配列を含む
該標的ポリペプチドの代替断片を同定することと；
（ｖｉ）任意で、１つ以上の更なるラウンドで工程（ｉｖ）及び更に任意で工程（ｖ）を繰り返すことであって、各ラウンドにおいて該標的ポリペプチドの更なる断片が同定され、各ラウンドにおいて、前のラウンドのいずれかの工程（ｉｖ）で選択され、工程（ｖ）で拒絶されなかった断片のいずれかが、その被験体について工程（ｉｉ）で同定されたアミノ酸配列を含む場合、被験体を該モデル集団から除外することと；
（ｖｉｉ）ペプチド、ペプチドをコードしているポリ核酸若しくはベクター、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを設計又は調製することであって、各ペプチドが、工程（ｉｖ）、（ｖ）、又は（ｖｉ）で同定された該標的ポリペプチド断片のうちの１つ以上を含み、任意で、該ポリペプチド断片が、Ｎ及び／又はＣ末端で、該標的ポリペプチド抗原の配列の一部ではない追加のアミノ酸に隣接していることと
を含む方法を提供する。
１６． 該標的ポリペプチドが、病原生物、ウイルス、若しくはがん細胞によって発現されるか、又はがん精巣抗原であり、任意で、該標的ポリペプチドが、表２〜５のいずれかに列挙されている抗原から選択される、項目１５に記載の方法。
１７． 項目１５又は項目１６に記載の方法であって、被験体においてワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は細胞傷害性及び／若しくはヘルパーＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、項目１５又は項目１６に記載の方法に従って設計又は調製された２つ以上のペプチド、ポリ核酸、又はベクターを選択することを更に含み、任意で、該２つ以上のペプチド又はコードされているペプチドのそれぞれが、
（ａ）病原生物、ウイルス、又はがん細胞によって発現されるポリペプチドの断片であり；かつ
（ｂ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ又は該被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである
アミノ酸配列を含み；
１つ以上のペプチド、ポリ核酸、又はベクターを該被験体に投与することを更に含む方法。
１８． 項目１５若しくは項目１６に記載の方法に従って設計及び／若しくは調製された、又は項目１５若しくは項目１６に記載の方法に従って設計及び／若しくは調製された２つ以上のペプチドを含むか若しくはコードしている、パネルのペプチド、ポリ核酸、又はベクターを含む医薬組成物。
１９． 標的ヒト集団の被験体において１つ以上の標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを含む医薬組成物であって、該ペプチド、又はコードされているペプチドのそれぞれが、
（ａ）９〜５０アミノ酸長であり；かつ
（ｂ）該１つ以上の標的ポリペプチドの断片を含み、該断片が、治療企図ヒト集団の被験体の少なくとも１０％において、
ａ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
ｂ．該被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
ｃ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ及び該被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む標的ポリペプチドのアミノ酸配列；又は
ｄ．
ｉ．少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであり；かつ
ｉｉ．該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む
標的ポリペプチドのアミノ酸配列
を含むアミノ酸配列を含む、医薬組成物。
２０． 薬学的に許容し得るアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はこれらの組み合わせを更に含む、項目１８又は１９に記載の医薬組成物。
２１． ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する方法であって、項目１８〜２０のいずれかに記載の医薬組成物を該被験体に投与することを含む方法。
２２． 該医薬組成物のペプチド又はコードされているペプチドの１つ以上又はそれぞれが、
（ａ）病原生物、ウイルス、又はがん細胞によって発現されるポリペプチドの断片であり；かつ
（ｂ）該被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ又は該被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである
アミノ酸配列を含む、項目２１に記載の方法。
実施例１ − ＨＬＡ−エピトープ結合予測プロセス及び検証
特定のＨＬＡとエピトープ（９ｍｅｒペプチド）との間の結合予測は、Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｄａｔａｂａｓｅ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｅｐｉｔｏｐｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ（ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇ）に基づくものであった。
実験室での実験によって求められたＨＬＡクラスＩ−エピトープ対と比較することによって、ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合予測プロセスを検証した。査読付きの刊行物又は公的な免疫学データベースで報告されたＨＬＡ Ｉ−エピトープ対のデータセットをコンパイルした。
実験で求められたデータセットとの一致率を求めた（表６）。データセットの結合ＨＬＡ Ｉ−エピトープ対は、９３％の確率で正しく予測された。偶然にも、非結合ＨＬＡ Ｉ−エピトープ対も９３％の確率で正しく予測された。
Figure 2021535749
また、複数ＨＬＡ結合エピトープの予測の精度も求めた（表７）。真陽性及び真陰性の予測についてはいずれも９３％の確率、偽陽性及び偽陰性の予測については７％（＝１００％−９３％）の確率を用いた分析の特異度及び感度に基づいて、ヒトにおいて複数ＨＬＡ結合エピトープが存在する確率を算出することができる。１つのエピトープに複数のＨＬＡが結合する確率は、エピトープに結合するＨＬＡの数と、実際の結合の予測最小数との関係を示す。ＰＥＰＩの定義に従って、エピトープに結合するＨＬＡの予測最小数は３個である（太字）。
Figure 2021535749
検証済みのＨＬＡ−エピトープ結合予測プロセスを用いて、以下の実施例に記載する全てのＨＬＡ−エピトープ結合対を決定した。
実施例２ − 複数のＨＬＡによるエピトープ提示が細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を予測する
この研究では、個体の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子によるポリペプチド抗原の１つ以上のエピトープの提示によって、ＣＴＬ応答が予測されるかどうかについて調べる。
本研究は、７１人のがん患者及び９人のＨＩＶ感染患者に対して実施された６件の臨床試験の後ろ向き分析によって行った（表８）。ＨＰＶワクチン、３種の異なるＮＹ−ＥＳＯ−１特異的がんワクチン、１種のＨＩＶ−１ワクチン、及びメラノーマ患者においてＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対するＣＴＬを再活性化することが示されているＣＴＬＡ−４特異的モノクローナル抗体（イピリムマブ）で、これら試験に参加した患者を処置した。これら臨床試験全てにおいて、ワクチン接種後の研究被験体における抗原特異的ＣＤ８＋ＣＴＬ応答（免疫原性）を測定した。幾つかの場合では、ＣＴＬ応答と臨床応答との間に相関関係が報告された。
データの入手可能性以外の何らかの理由により後ろ向き研究から除外された患者はいなかった。１５７人の患者のデータセット（表８）を標準的な乱数発生器で無作為化して、訓練試験及び評価試験のための２つの独立したコホートを作成した。幾つかの場合では、コホートは同一患者からの複数のデータセットを含んでおり、その結果、４８人の患者から７６個のデータセットの訓練用コホート及び５１人の患者から８１個のデータセットの試験／検証用コホートが得られた。
Figure 2021535749
訓練データセットの報告されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答を、ワクチン抗原のエピトープ（９ｍｅｒ）のＨＬＡクラスＩ拘束プロファイルと比較した。各患者の抗原配列及びＨＬＡクラスＩ遺伝子型は、公的に利用可能なタンパク質配列データベース又は査読付き刊行物から入手し、ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合予測プロセスは、ＣＤ８＋Ｔ細胞がワクチンペプチド（９ｍｅｒ）に特異的なＩＦＮ−ｙ産生ＣＴＬである患者の臨床ＣＤ８＋Ｔ細胞応答データについて盲検化された。各患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、又は少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、又は少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、又は少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、又は少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は６つ全て（ＰＥＰＩ６）のＨＬＡクラスＩ分子に結合すると予測される各抗原からのエピトープの数を求め、結合したＨＬＡの数を、報告されたＣＴＬ応答の分類器として使用した。各分類器（結合したＨＬＡの数）の訓練データセットから別々に真の陽性率（感度）及び真の陰性率（特異度）を求めた。
各分類器ごとにＲＯＣ分析を行った。ＲＯＣ曲線では、様々なカットオフポイントごとに真陽性率（感度）を偽陽性率（１−特異度）の関数としてプロットした（図１）。ＲＯＣ曲線上の各点は、特定の識別閾値（エピトープ（ＰＥＰＩ）カウント）に対応する感度／特異度対を表す。ＲＯＣ曲線下面積（ＡＵＣ）は、分類器が２つの診断グループ（ＣＴＬの応答者又は非応答者）をどの程度区別できるかの尺度である。
この分析により、予想外にも、被験体の複数のクラスＩ ＨＬＡによるエピトープ提示の予測値（ＰＥＰＩ２＋、ＰＥＰＩ３＋、ＰＥＰＩ４＋、ＰＥＰＩ５＋、又はＰＥＰＩ６）が、いずれの場合においても、単なる１つ以上のＨＬＡクラスＩによるエピトープ提示（ＰＥＰＩ１＋、ＡＵＣ＝０．４８、表９）よりも優れたＣＤ８＋Ｔ細胞応答又はＣＴＬ応答の予測因子であることが明らかになった。
Figure 2021535749
個体のＣＴＬ応答は、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルによって提示され得る抗原のエピトープを考慮することで、最も良好に予測された（ＰＥＰＩ３＋、ＡＵＣ＝０．６５、表９）。陽性ＣＴＬ応答を最も良好に予測したＰＥＰＩ３＋（個体の３つ以上のＨＬＡによって提示される抗原特異的エピトープの数）の閾値カウントは１であった（表１０）。すなわち、少なくとも１種の抗原由来のエピトープが被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩによって提示されると（≧１ ＰＥＰＩ３＋）、該抗原は少なくとも１つのＣＴＬクローンをトリガーすることができ、被験体は、見込みＣＴＬ応答者である。見込みＣＴＬ応答者を予測するために≧１ ＰＥＰＩ３＋の閾値を使用して（「≧１ ＰＥＰＩ３＋検査」）、７６％の真陽性率（診断感度）が得られた（表１０）。
Figure 2021535749
実施例３ − ＰＥＰＩ検査の新規バイオマーカーとしての≧１ ＰＥＰＩ３＋閾値の後ろ向き検証
後ろ向き分析では、５１人の患者からの８１個のデータセットの試験コホートを用いて、抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答又はＣＴＬ応答を予測するための≧１ ＰＥＰＩ３＋閾値を検証した。試験コホートにおける各データセットについて、≧１ ＰＥＰＩ３＋閾値が満たされている（少なくとも１種の抗原由来のエピトープが、個体の少なくとも３つのクラスＩ ＨＬＡによって提示される）かどうかを判定した。これを、臨床試験で報告された実験的に求められたＣＤ８＋Ｔ細胞応答（ＣＴＬ応答）と比較した（表１１）。
この後ろ向き検証により、ＰＥＰＩ３＋ペプチドが８４％の確率で個体においてＣＤ８＋Ｔ細胞応答（ＣＴＬ応答）を誘導することが証明された。８４％は、ＰＥＰＩ３＋予測、個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合するエピトープの分析的検証で求められたものと同じ値である（表７）。これらデータは、個体においてＰＥＰＩによって免疫応答が誘導されることの強力なエビデンスを提供する。
Figure 2021535749
ＰＥＰＩ３＋カウントをカットオフ値として用いて、ＲＯＣ分析によって診断精度を求めた（図２）。ＡＵＣ値＝０．７３であった。ＲＯＣ分析では、一般的に、０．７〜０．８のＡＵＣであれば、公正な診断値とみなされる。
試験データセットでは、少なくとも１のＰＥＰＩ３＋カウント（≧１ ＰＥＰＩ３＋）が、ＣＴＬ応答を最も良好に予測した（表１２）。この結果によって、訓練中に求められた閾値が裏付けられた（表９）。
Figure 2021535749
実施例４ − ＰＥＰＩ検査の新規バイオマーカーとしての≧１ ＰＥＰＩ３＋閾値の臨床的検証
ＰＥＰＩ３＋バイオマーカーに基づくワクチン設計は、ＯＢＥＲＴＯ第Ｉ／ＩＩ相臨床試験（ＮＣＴ０３３９１２３２）における転移性結腸直腸がん（ｍＣＲＣ）患者を対象とした第Ｉ相臨床試験で初めて試験された。この研究では、ｍＣＲＣの被験体における維持療法に対するアドオンとしての単一又は複数用量のＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の安全性、忍容性、及び免疫原性を評価した。ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８は、ｍＣＲＣにおいて高頻度で発現する７つの保存されたＴＳＡに由来する１２個の固有のエピトープを含むペプチドワクチンである（国際公開公報第２０１８１５８４５５Ａ１号）。これらエピトープは、単一のＨＬＡによって提示されるエピトープよりもＴ細胞応答を誘導する可能性が高い、少なくとも３つの自己ＨＬＡアレルに結合するように設計された（実施例２及び３を参照）。フルオロピリミジン及びベバシズマブによる維持療法に移行した直後に、一次治療においてｍＣＲＣ患者にワクチン（用量：０．２ｍｇ／ペプチド）を投与した。まず（患者の完全なＨＬＡ遺伝子型及びＣＲＣに特異的な抗原発現率を使用して）インシリコでＰＥＰＩ３＋を同定し、次いで、１サイクルのワクチン接種（治験の第Ｉ相部分）後にＥＬＩＳｐｏｔによって測定することによって、ワクチン特異的Ｔ細胞応答を予測した。
１０人の患者からの７０個のデータセット（第１相コホート及びＯＢＥＲＴＯ治験のデータセット）を用いて、ＰＥＰＩ３＋バイオマーカーが抗原特異的ＣＴＬ応答を予測することを前向きに検証した。各データセットについて、予測ＰＥＰＩ３＋をインシリコで求め、患者の血液からＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定したワクチン特異的免疫応答と比較した。次いで、このようにして求めた診断特性（陽性予測値、陰性予測値、全体一致率）を、実施例３に記載した後ろ向き検証結果と比較した。
全体一致率は６４％であり、陽性予測値は７９％と高く、これは、ＰＥＰＩ３＋と予測された患者が、分析した抗原に対してＣＤ８Ｔ細胞特異的免疫応答を生じる確率が７９％であることを表す。臨床試験データは、後ろ向き治験結果と有意に相関しており（ｐ＝０．０１）、ＰＥＰＩ検査を用いたＰＥＰＩ３＋算出が、患者の完全なＨＬＡ遺伝子型に基づいて抗原特異的Ｔ細胞応答を予測することについてのエビデンスを与える（表１３）。
Figure 2021535749
実施例５ − ≧１ ＰＥＰＩ３＋検査はＣＤ８＋Ｔ細胞反応性を予測する
≧１ ＰＥＰＩ３＋は臨床免疫原性データと相関するが、技術水準の単一ＨＬＡ特異的エピトープ決定はワクチン特異的免疫原性と相関を示さないことを示す裏付けデータが得られた。
≧１ ＰＥＰＩ３＋の算出を、ペプチド抗原に対する特定のヒト被験体のＣＴＬ応答を予測するための技術水準の方法と比較した。
２件の異なる臨床試験でＨＰＶ−１６特異的合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）の接種を受けた２８人の子宮頸がん及びＶＩＮ−３の患者のＨＬＡ遺伝子型をＤＮＡサンプルから決定した。ＬＰＶは、ＨＰＶ−１６ウイルスの腫瘍性タンパク質Ｅ６及びＥ７を網羅する長いペプチドからなる。ＬＰＶのアミノ酸配列は、Ｍ．Ｊ．Ｗｅｌｔｅｒｓ， ｅｔ ａｌ．Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｕｍｏｒ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＣＤ４＋ ａｎｄ ＣＤ８＋ Ｔ−ｃｅｌｌ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｃｅｒｖｉｃａｌ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｂｙ ａ ｈｕｍａｎ ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ ｔｙｐｅ １６ Ｅ６ ａｎｄ Ｅ７ ｌｏｎｇ ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｖａｃｃｉｎｅ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １４，１７８−１８７（２００８）、Ｇ．Ｇ．Ｋｅｎｔｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ＨＰＶ−１６ ｏｎｃｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｆｏｒ ｖｕｌｖａｒ ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｎｅｏｐｌａｓｉａ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３６１，１８３８−１８４７（２００９）、Ｍ．Ｊ．Ｗｅｌｔｅｒｓ，ｅｔ ａｌ．Ｓｕｃｃｅｓｓ ｏｒ ｆａｉｌｕｒｅ ｏｆ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ＨＰＶ１６−ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｖｕｌｖａｒ ｌｅｓｉｏｎｓ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ ｗｉｔｈ ｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ ｏｆ ｉｎｄｕｃｅｄ Ｔ−ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０７，１１８９５−１１８９９（２０１０）から入手した。また、これら刊行物は、ワクチンの重複するペプチドのプールに対する各ワクチン接種を受けた患者のＴ細胞応答についても報告している。２５人（ＶＩＮ−３を有する２０人及び子宮頸がんを有する５人）の患者が、入手可能な免疫応答データを有しており、２５人が、入手可能な臨床応答データを有していた。
各患者について、少なくとも３つの患者のクラスＩ ＨＬＡによって提示されるＬＰＶのエピトープ（９ｍｅｒ）（ＰＥＰＩ３＋）を同定し、そのペプチドプールの中での分布を決定した。少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋（≧１ ＰＥＰＩ３＋）を含むペプチドは、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導すると予測された。ＰＥＰＩ３＋を含まないペプチドは、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導しないと予測された。
≧１ ＰＥＰＩ３＋閾値は、ワクチン接種後に測定された５５５例の陰性ＣＤ８＋Ｔ細胞応答のうちの５２９例（９５％の真陰性（ＴＮ）率）及び４５例の陽性ＣＤ８＋Ｔ細胞応答のうちの９例（２０％の真陽性（ＴＰ）率）を正しく予測した（図３Ａ）。全体として、≧１ ＰＥＰＩ３＋閾値と実験的に求められたＣＤ８＋Ｔ細胞反応性との一致率は９０％であった（ｐ＜０．００１）。各患者について、少なくとも１つの患者のクラスＩ ＨＬＡによって提示されるエピトープ（≧１ ＰＥＰＩ１＋、ＨＬＡ拘束性エピトープ予測、先行技術の方法）のペプチドプールの中での分布も決定した。４２例のＨＬＡクラスＩ結合エピトープが、４５例のＣＤ８＋Ｔ細胞応答を予測した（ＴＰ率９３％）。対照的に、５５５例の陰性Ｔ細胞応答のうち、ＨＬＡ結合エピトープによって除外されたのはわずか１０５例であった（ＴＮ率１９％）（図３Ｂ）。全体として、単一ＨＬＡクラスＩアレル結合エピトープとＣＤ８＋Ｔ細胞応答との間の一致率は２５％であり、これは統計的に有意ではなかった。
実施例６ − ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞エピトープの予測
２件の異なる臨床試験（実施例５に詳述）においてＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を接種した２８人の子宮頸がん及びＶＩＮ−３の患者について、ＬＰＶワクチン接種後のＣＤ４＋Ｔヘルパー応答を調べた（図４）。ＨＬＡクラスＩＩ拘束性エピトープの予測のＴＰ率は９５％であったが、これは、技術水準のツールが、１１７例のうちの１１２例の陽性応答（ある人のＨＬＡクラスＩＩアレルについてのペプチドプールに対するＣＤ４＋Ｔ細胞反応性が陽性）を予測したためである。３３例の陰性Ｔ細胞応答のうち除外することができたのは０例であったので、ＴＮ率は０％であった。全体として、ＨＬＡ拘束性クラスＩＩのＰＥＰＩ予測とＣＤ４＋Ｔ細胞反応性との間の一致率は７５％であった（有意ではない）。
ＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ３＋は、１１７例の陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞応答のうちの８６例を予測し（ＴＰ率７３％）、３３例の陰性Ｔ細胞応答のうちの１７例を除外した（ＴＮ率５２％）。全体として、ＨＬＡクラスＩＩのＰＥＰＩ３＋とＣＤ４＋Ｔ細胞応答との間の一致率は６９％であった（ｐ＝０．００５）（図４Ａ）。
実施例７ − ≧１ ＰＥＰＩ３＋検査は、完全長ＬＰＶポリペプチドに対するＴ細胞応答を予測する
実施例５及び６で報告したのと同じ研究を用いて、≧１ ＰＥＰＩ３＋検査を使用して、ＬＰＶワクチンの完全長Ｅ６及びＥ７ポリペプチド抗原に対する患者のＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞応答を予測した。結果を、報告された実験的に求められた応答と比較した。この検査は、ＣＤ８＋Ｔ細胞反応性試験の結果が陽性であった１５人のＶＩＮ−３患者のうちの１１人（感度７０％、ＰＰＶ８５％）及び５人の子宮頸がん患者のうちの２人（感度４０％、ＰＰＶ１００％）のＣＤ８＋Ｔ細胞反応性（ＰＥＰＩ３＋）を正しく予測した（図５Ａ）。ＣＤ４＋Ｔ細胞反応性（ＰＥＰＩ３＋）は、ＶＩＮ−３及び子宮頸がんの患者の両方で１００％正しく予測された（図５Ｂ）。
また、クラスＩ及びクラスＩＩのＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩ３＋カウントは、ＬＰＶワクチンを接種した患者に対する報告されている臨床的利益と相関があることも観察された。ＰＥＰＩ３＋カウントの多い患者は、３ヶ月後にはすでに完全奏効又は部分奏効のいずれかを有していた。また、ＶＩＮ−３の患者において、ＨＬＡクラスＩＩ ＰＥＰＩについてはＰＥＰＩの数と臨床応答との間に相関がみられたが、ＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩではみられず、これによって、臨床試験の事後解析の結果が確認された（図５Ｃ及び５Ｄ）。
実施例８ − 症例研究、ＰＥＰＩ３＋とワクチン特異的免疫原性との相関
「ワクチン−１」は、間にリンカーが存在する完全長Ｅ６抗原及びＥ７抗原を含有するＨＰＶ１６ベースのＤＮＡワクチンである。「ワクチン−２」は、間にリンカーが存在する完全長Ｅ６抗原及びＥ７抗原を含有するＨＰＶ１８ベースのＤＮＡワクチンである（図６Ａ）。第２相臨床試験では、「ワクチン−１」及び「ワクチン−２」の両方が接種された、ＨＰＶに感染している子宮頸がん患者１７人のＴ細胞応答について調べた（「ワクチン−３」のワクチン接種、Ｂａｇａｒａｚｚｉ ｅｔ ａｌ． Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２０１２；４（１５５）：１５５ｒａ１３８．）。
図６Ｂは、２人の例示的な患者（患者１２−１１及び患者１４−５）について、２つのＨＰＶ−１６抗原及び２つのＨＰＶ−１８抗原の完全長配列内で、これら患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は６つ全て（ＰＥＰＩ６）のクラスＩ ＨＬＡによって提示される各エピトープ（９ｍｅｒ）の位置を示す。
患者１２−１１は、混合ワクチンについての全体ＰＥＰＩ１＋カウントが５４であった（５４個のエピトープが１つ以上のクラスＩ ＨＬＡによって提示された）。患者１４−５は、ＰＥＰＩ１＋カウントが９１であった。従って、上記４つのＨＰＶ抗原に関して、患者１４−５は患者１２−１１よりもＰＥＰＩ１＋カウントが多い。ＰＥＰＩ１＋は、患者１２−１１及び１４−５の異なるワクチン抗原特異的ＨＬＡ拘束性エピトープセットを表す。これら２人の患者の間で共通していたＰＥＰＩ１＋は、わずか２７個であった。
ＰＥＰＩ３＋カウント（３つ以上の患者のクラスＩ ＨＬＡによって提示されるエピトープの数）については、患者１２−１１及び１４−５の結果が逆転した。患者１２−１１のＰＥＰＩ３＋カウントは８であり、４つのＨＰＶ１６／１８抗原のそれぞれにおいて少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋を含んでいた。患者１４−５のＰＥＰＩ３＋カウントは０であった（図６Ｃ）。
これら２人の患者の報告された免疫応答は、ＰＥＰＩ３＋カウントと一致したが、ＰＥＰＩ１＋カウントとは一致しなかった。患者１２−１１は、ＥＬＩＳｐｏｔによって測定したときワクチン接種後に４つの抗原のそれぞれに対する免疫応答を発現したが、患者１４−５は、ワクチンの４つの抗原のいずれに対しても免疫応答を発現しなかった。治験における１７人の患者全員のＰＥＰＩ１＋及びＰＥＰＩ３＋のセットを比較したところ、同様のパターンが観察された。ＰＥＰＩ１＋カウントと臨床試験から報告された実験的に求められたＴ細胞応答との間に相関はみられなかった。しかし、≧１ ＰＥＰＩ３＋検査によって予測されたＴ細胞免疫と報告されたＴ細胞免疫との間には相関がみられた。≧１ ＰＥＰＩ３＋検査は、ＨＰＶ ＤＮＡワクチンに対する免疫応答者を予測した。
更に、患者のＰＥＰＩ３＋セットの多様性は、がんワクチン治験で一般的にみられるＴ細胞応答の多様性と類似していた。患者１２−３及び１２−６は、患者１４−５と同様にＰＥＰＩ３＋を有していなかったことから、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫をトリガーすることはできないと予測された。他の患者は全員少なくとも１つのＰＥＰＩ３を有していたことから、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫をトリガーすることができる可能性が予測された。１１人の患者は複数のＰＥＰＩ３＋を有していたことから、ＨＰＶワクチンがポリクローナルなＴ細胞応答をトリガーする可能性が高いと予測された。患者１５−２及び１５−３は、両方のＨＰＶのＥ６に対して大規模なＴ細胞免疫を開始することができたが、Ｅ７に対する免疫は乏しかった。他の患者１５−１及び１２−１１は、それぞれＨＰＶ１８及びＨＰＶ１６のＥ７に対して同じ規模の応答を有していた。
実施例９ − 大集団についてインシリコで治験を実施し、精密ワクチン標的の候補を同定するためのモデル集団の設計
完全な４桁のＨＬＡクラスＩ遺伝子型（２×ＨＬＡ−Ａ＊ｘｘ：ｘｘ；２×ＨＬＡ−Ｂ＊ｘｘ：ｘｘ；２×ＨＬＡ−Ｃ＊ｘｘ：ｘｘ）及び人口統計学的情報を備える４３３人の被験体のインシリコヒト治験コホートをコンパイルした。このモデル集団は、現在知られているアレルＧグループの＞８５％を代表する合計１５２種の異なるＨＬＡアレルを有する混合民族の被験体を有する。
また、４桁のＨＬＡ遺伝子型及び人口統計学的情報で特徴付けられた７，１８９人の被験体を含む「ビッグ集団」のデータベースも確立した。ビッグ集団は、３２８種の異なるＨＬＡクラスＩアレルを有している。モデル集団のＨＬＡアレル分布は、ビッグ集団と有意に相関していた（表１４）（ピアソンｐ＜．００１）。従って、４３３人の患者のモデル集団は、１６倍大きな集団を代表している。モデル集団は、ＨＬＡ頻度に加えてＨＬＡ多様性によっても示したとき、人類の８５％を代表している。
Figure 2021535749
実施例１０ − マルチペプチドワクチンＩＭＡ９０１における複数ＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ治験は、報告された臨床試験の免疫応答率を予測する
ＲＣＣ患者の腫瘍における複数の抗原を標的とする確率
ＩＭＡ９０１は、腫瘍関連抗原（ＴＵＭＡＰ）由来の９種のペプチドを含む腎細胞がん（ＲＣＣ）用の治療ワクチンである。ＴＵＭＡＰは、ヒトのがん組織において天然に提示され、所与のがん実体を有する患者のサブセットに共通して過剰発現する抗原であることが証明された（表１５）。ＩＭＡ９０１ワクチンで処置された被験体においてＴＳＡが発現する確率を、科学文献から入手可能なデータを用いて推定した（図７）。発現確率がベータ分布に従うと仮定して、ベイズの法則を使用した。
本発明者らは、特定の腫瘍型が５０％の確率で発現する、がんワクチンにおけるＴＳＡ（ＡＧ）の数としてＡＧ５０を定義した。がんワクチンのＡＧ５０モデリングでは、各ＡＧが腫瘍型におけるＡＧの発現率に比例して効果をもたらすと仮定する（ワクチン中の各ＡＧが免疫原性である場合）。
９種の抗原（９種のＴＵＭＡＰ）を標的とするＩＭＡ９０１ワクチンの場合、ＡＧ５０値は４．７であり、これは、抗原の約半数が患者の腫瘍の５０％で過剰発現することを意味する。更に、２種の発現した抗原を標的とする確率は１００％であり、３種の抗原では９６％である。これら結果は、標的抗原の選択に基づくＩＭＡ９０１ワクチンの高い効力を示唆している。
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ＲＣＣ患者の腫瘍における複数の抗原に対する免疫応答を誘導する確率
２件の独立した臨床試験（第Ｉ相及び第ＩＩ相）において、合計９６人の進行したＲＣＣを有するＨＬＡ−Ａ＊０２＋被験体をＩＭＡ９０１で処置した（Ｗａｌｔｅｒ Ｓ ｅｔ ａｌ，Ｍｕｌｔｉｐｅｐｔｉｄｅ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅ ＩＭＡ９０１ ａｆｔｅｒ ｓｉｎｇｌｅ−ｄｏｓｅ ｃｙｃｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ｗｉｔｈ ｌｏｎｇｅｒ ｐａｔｉｅｎｔ ｓｕｒｖｉｖａｌ，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，（２０１２），１８，１２５４−１２６１）。ＩＭＡ９０１における９種のペプチドはそれぞれ、ＨＬＡ−Ａ＊０２拘束性エピトープとして同定された。現在認められている基準に基づいて、９種のペプチドは全て腎がんに対するＴ細胞応答をブーストするための有力な候補であるが、その理由は、腎がん患者において存在が検出されており、また、各ペプチドを提示することができる少なくとも１つのＨＬＡ分子（ＨＬＡ−Ａ＊０２）を有するように治験患者が特別に選択されたためである。この制限にもかかわらず、ワクチンの少なくとも１種のペプチドについて測定された第Ｉ相及び第ＩＩ相臨床試験の免疫応答率は、それぞれ７４％及び６４％であった。ＩＭＡ９０１における各ＴＵＭＡＰのＨＬＡ結合特性をインシリコ予測によって解析したところ、９種のＴＵＭＡＰのうち８種が多くのＨＬＡ−Ａ＊０２アレルに結合できることが見出され、同定プロセスが裏付けられた（図８）。しかし、本発明者らは、各ＴＵＭＡＰが多くの他のＨＬＡ−Ｂ＊及びＨＬＡ−Ｃ＊アレルに結合できることを見出した（図８Ａ）。
ＩＭＡ９０１の臨床試験に参加した被験体の完全な４桁のＨＬＡ遺伝子型は入手不可能であったため、別の臨床試験からのＨＬＡ−Ａ＊０２で選択されたＲＣＣ被験体５１人の遺伝子型データを使用して、ＩＭＡ９０１ワクチンの免疫原性を特性評価した（参照：Ｃｈｏｗｅｌｌ Ｄ，Ｍｏｒｒｉｓ ＬＧＴ，Ｇｒｉｇｇ ＣＭ，Ｗｅｂｅｒ ＪＫ，Ｓａｍｓｔｅｉｎ ＲＭ，ｅｔ ａｌ．Ｐａｔｉｅｎｔ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｇｅｎｏｔｙｐｅ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅｓ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｂｌｏｃｋａｄｅ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１８；３５９（６３７５）：５８２−５８７．）。図８Ｂに示されている通り、同じ被験体の複数のＨＬＡに結合することができるＴＵＭＡＰはほんのわずかである。この状況において最も免疫原性の高いペプチドはＭＥＴ−００１であり、ＲＣＣ患者の３５％においてＰＥＰＩを生成することができた。しかし、図８Ａと一致して、ＣＣＮ−００１はいずれの患者においてもＰＥＰＩを生成することができず；ＣＣＮ−００１は、ＨＬＡ−Ａ＊０２アレルにのみ結合することができる。図８Ａに基づいて、ＭＵＣ−００１は、理論的には他のアレル（ＨＬＡ−ＢとＨＬＡ−Ｃの両方）にも結合することができるが、これらアレルは、本発明者らのモデル集団の患者には存在していなかったため、このペプチドはＰＥＰＩを生成することができなかった。
２件の臨床試験で求められたＩＭＡ９０１ワクチンの免疫原性を、本発明者らのＲＣＣモデル集団においてＰＥＰＩ検査を用いて求められたＰＥＰＩ応答率と比較した。ＩＭＡ９０１ワクチンの少なくとも１種のペプチドに対して６７％（ＣＩ９５ ５３〜７８％）の免疫応答がみられた。ＰＥＰＩ検査によれば、これらＨＬＡ−Ａ＊０２＋被験体の３３％（ＣＩ９５ ２２〜４７％）は、任意のＴＵＭＡＰに結合する３つのＨＬＡを有していなかった。興味深いことに、ＩＭＡ９０１は、それぞれ第Ｉ相及び第ＩＩ相臨床試験において、ＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された被験体の２５％及び３６％でＴ細胞応答を誘導しなかった。更に、ＰＥＰＩ検査は、被験体の３０％（ＣＩ９５ １９〜４３％）が１種のＴＵＭＡＰに対して１つのＰＥＰＩを有し、３７％（ＣＩ９５ ２５〜５１％）が少なくとも２種のＩＭＡ９０１ペプチドに対して２つ以上のＰＥＰＩを有すると予測したが、これは両臨床試験における１種又は２種以上のＴＵＭＡＰに対する平均４０％及び２７％の免疫応答と一致している（表１６）。３つのコホートでみられる免疫原性の差は、研究被験体のＨＬＡ遺伝子型の差、並びにＴ細胞応答の測定及びＰＥＰＩ検査によるＰＥＰＩの決定における潜在的な誤差によって説明することができる（実施例１を参照）。第Ｉ相及び第ＩＩ相試験の結果は、異なる治験コホートにおける同じワクチンの免疫応答率のばらつきを示す。しかし、ＰＥＰＩ応答率とペプチドワクチンの免疫原性との間の一致は、宿主のＨＬＡ配列によって決まる。
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ＡＧ５０と同様に、本発明者らは、ＡＰ５０をワクチンのＰＥＰＩを有する抗原の平均数と定義し、これは、ワクチンが、組成物が標的とする抗原に対する免疫応答（がんワクチン特異的免疫応答）をどの程度誘導できるかを示す。従って、ＡＰは、分析される集団のＨＬＡの不均一性に依存し、腫瘍における抗原の発現には依存しない。ＩＭＡ９０１組成物は、平均１．０６種のワクチン抗原に対する免疫応答を誘導することができる（ＡＰ５０＝１．０６）、すなわち、ＨＬＡ−Ａ＊０２で選択されたＲＣＣモデル集団において、少なくとも１種のワクチン抗原に対する免疫応答を誘導することができる。この結果は、免疫原性の設計された企図（９種のペプチドで処置されたＨＬＡ一致患者）に比べてはるかに少ない。
ＩＭＡ９０１ペプチドワクチンにおけるＴＵＭＡＰの免疫原性及び臨床応答の比較
単一の抗原に対するワクチンによって誘導された免疫応答は、所与の抗原が患者において発現しない可能性があるため、臨床活性にとって十分ではない場合がある。従って、本発明者らは、上に提示した、腫瘍におけるワクチン抗原の免疫原性及び発現確率の両方を考慮して、発現した抗原を標的とする免疫応答をＡＧＰと定義した。ＡＧＰは、適応となる腫瘍における抗原（ＡＧ）発現率及び試験集団においてＰＥＰＩ（Ｐ）を作製することができる被験体のＨＬＡ遺伝子型に依存する。
従って、様々な数の抗原（ＴＵＭＡＰ）に対する免疫応答と、発現する可能性の高い抗原に対する免疫応答（ＡＧＰ）との間の相関について調べた。１種のペプチド（１種のＴＵＭＡＰ）によって誘発される免疫応答は０．９８ＡＧＰに対応する、すなわち、ＩＭＡ９０１ワクチンの任意のペプチドによって誘導される免疫応答が、腫瘍において発現した抗原を標的とする確率は９８％であることが見出された（図９）。しかし、２種又は３種のＴＵＭＡＰによって誘発される免疫応答に対応するのは、それぞれわずか１．４４及び２．２１ＡＧＰである。０種のＴＵＭＡＰに対応する０．３５ＡＧＰは、ＰＥＰＩ検査予測の累積誤差を示す（実施例１を参照）。
がんワクチンの効力を特性評価するために、本発明者らは、ワクチンによって誘導されたＣＴＬが５０％の確率で腫瘍において認識できる抗原の数を示すパラメータであるＡＧＰ５０を定義した。コンピュータによる計算はＡＧ５０と同様であるが、発現に加えて、特定のワクチン抗原におけるＰＥＰＩ提示の発生も考慮する。ＲＣＣモデル集団についてのＩＭＡ９０１ワクチンのＡＧＰ５０は、１．１０である。
後ろ向き分析において、ＩＭＡ９０１臨床試験の担当者は、応答しなかった又は１種のＴＵＭＡＰにしか応答しなかった被験体に比べて、ＩＭＡ９０１の複数のＴＵＭＡＰに応答した被験体では、病勢コントロール（ＤＣ、病勢安定又は部分奏功）を経験した被験体が著しく多いことを見出した（表１７）。ＰＥＰＩの存在はＴＵＭＡＰに対する応答者を正確に予測したので、ＴＵＭＡＰ応答者の亜集団における病勢コントロール率とＡＧＰとの間の関係について調べた。治験担当者と同様に、本発明者らは、本発明者らによるＲＣＣモデル集団を用いて、０、１、又は２種のＴＵＭＡＰに対する免疫応答を有すると予測される亜集団について、発現した抗原に対する免疫応答を有する可能性が高い（すなわち、≧１ＡＧＰ）患者の割合を分析した。興味深いことに、１ＡＧＰを有する患者の割合は、亜集団における病勢コントロールを有する患者の割合と類似している：すなわち、患者の３３％が病勢コントロールを有していたのに対し、４７％（ＣＩ９５ ２３〜６７％）が１ＡＧＰを有しており、２種のＴＵＭＡＰに対する免疫応答を有するサブグループでは、それぞれ７５％対９０％（ＣＩ９５ ７０、９７％）とかなり多くの患者が病勢コントロール及びＡＧＰを有していた。これら結果は、少なくとも１つの発現した腫瘍抗原に対する免疫応答を有する患者のみが、臨床的利益を経験する可能性が高いことを示唆している。更に、本発明者らのＲＣＣモデル集団における１ＡＧＰを有する患者の割合は、ＩＭＡ９０１ワクチンを用いて実施された第Ｉ相及び第ＩＩ相治験の病勢コントロール率と類似している（表１７）。
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複数の集団におけるIMA901ワクチンの効力の分析
表１８に示すように、ＩＭＡ９０１ワクチンについては４．７のＡＧ５０値が観察され、これは、標的抗原の選択に基づく高い効力を示唆している。しかし、選択されていない一般集団及びＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された被験体の両方において、ＩＭＡ９０１についてのＡＰ５０は、それぞれわずか０．７５及び１．１２であった。選択されていないＲＣＣモデル集団及びＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された集団についても同様の結果が得られた。この結果は、ＨＬＡ−Ａ＊０２がより多く存在することによってＩＭＡ９０１の抗原性が向上することを実証するが、ワクチンの免疫原性を保証するものではなかった。結果的に、ワクチンの効力を表すＡＧＰ５０値は各集団において低い。
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実施例１１ − 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ治験は、臨床試験の報告されるＴ細胞応答率を予測する
この研究の目的は、実施例９に記載されているもの等のモデル集団を用いて、ワクチンのＣＴＬ反応性率を予測することができるかどうか、すなわち、インシリコ効能治験で使用することができるかどうか、また、ワクチン治験の臨床転帰とＰＥＰＩとの間の相関を求めることができるかどうかを判定することであった。
６１種の異なる抗原を網羅する４２種の治療用ワクチンで処置された６４件の臨床試験における１，７９０人の被験体が含まれていた治療用ワクチンを用いた研究から、公開されている臨床試験の結果を収集した（表１９）。これら臨床試験で使用されたのと同じワクチンを用いて、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）の遺伝子型が決定されている被験体４３３人のモデル集団でインシリコ治験を行った（実施例９に記載）。データの入手可能性以外の理由で除外された被験体はいなかった。ＩＲＲは、試験集団における、試験ワクチンによってＴ細胞応答が誘導された被験体の割合と定義した。ＯＲＲは、試験集団における、ワクチン接種後に客観的奏効（完全奏効及び部分奏効）が得られた被験体の割合と定義した。インシリコ治験において、ＰＥＰＩ（被験体の３つのＨＬＡアレルに結合するパーソナルエピトープ）、複数のＰＥＰＩ、及び複数の抗原におけるＰＥＰＩを有する被験体の割合をコンピュータで計算して、それぞれ、ＰＥＰＩスコア、マルチＰＥＰＩスコア、及びマルチＡｇＰＥＰＩスコアを得た。公開されている臨床試験からの免疫応答率及び客観的奏功率（ＩＲＲ及びＯＲＲ）を、ＰＥＰＩスコア、マルチＰＥＰＩスコア、及びマルチＡｇＰＥＰＩスコアと比較した。報告され、算出された全てのスコアを表２０にまとめる。
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本発明者らは、査読付き刊行物から特定した、１９件の臨床試験からの１７２人の被験体の亜集団においてＴ細胞応答を誘導したがん抗原由来の１２種のペプチドワクチンの過去の研究における≧１ ＰＥＰＩ３＋スコアと免疫応答率との間の相関について調べた。治験から報告された、実験で求められた応答率を、≧１ ＰＥＰＩ３＋スコアと比較したところ、≧１ ＰＥＰＩ３＋スコアと応答率との間に直線的相関（Ｒ２＝０．７０）がみられた（ｐ＝０．００１）（図１０Ａ）。次いで、４０種の異なるワクチンで処置した１，３４３人の被験体が参加した５９件の臨床試験を分析することによって、≧１ ＰＥＰＩ３＋スコアと免疫応答率との間の相関を確認した。臨床試験から公開されているＩＲＲをモデル集団からのＰＥＰＩスコアと比較することによって、各ワクチンを分析した。（図１０Ｂ）。ＩＲＲとＰＥＰＩスコアの間の相関は有意であった（ｒ２＝０．４６５及びｐ＝０．００１）。この結果は、ＭＰにおけるインシリコ治験によって求められたＰＥＰＩスコアが、臨床試験で観察されたＩＲＲを正確に予測することを証明した。
ポリクローナルなＴ細胞応答が腫瘍縮小の可能性を高めるかどうかを試験するために、ＯＲＲ及びマルチＰＥＰＩスコアを比較した。予備実験では、ペプチド及びＤＮＡベースの免疫療法ワクチンを用いて実施した１７件の臨床試験における臨床応答（ＯＲＲ又はＤＣＲのいずれか）とマルチＰＥＰＩスコアとの間の関係を分析した。これら実験の結果は、臨床応答率とマルチＰＥＰＩスコアとの間に有意な相関があることを証明した（ｒ２＝０．７５、ｐ＜０．００１）。これら知見を確認するために、６００人の被験体が参加した２１種の異なるワクチンを用いた２７件の臨床試験からＯＲＲデータを収集し、分析した（エラー！参照元が見つかりません）。マルチＰＥＰＩスコアは、モデル集団における、研究ワクチンから複数のＰＥＰＩを有する被験体の割合として算出した。この実験の結果は、ＯＲＲがマルチＰＥＰＩスコアと相関しないことを証明した（エラー！参照元が見つかりません）。
以前の研究の結果は、複数の抗原に対するＴ細胞応答が、より長い無増悪生存期間及び全生存期間に関連することを示唆していた。従って、本発明者らは、複数の腫瘍抗原に対するＴ細胞応答を誘導することで、腫瘍が縮小する可能性が高まるという仮説を立てた。この仮説を試験するために、多抗原標的ワクチンで処置した２６３人の被験体が参加した９種の異なるワクチンを用いて行った１０件の臨床試験からＯＲＲデータを収集し、分析した。マルチＡｇ ＰＥＰＩスコアは、少なくとも２種の抗原においてワクチン特異的ＰＥＰＩを有する被験体の割合として算出した。この実験の結果は、ＯＲＲとマルチＡｇ ＰＥＰＩスコアとの間（ｒ２＝０．６４、ｐ＝０．０１）及びＯＲＲとマルチＰＥＰＩスコアとの間（ｒ２＝０．８８、ｐ＝０．００１）に有意な相関があることを証明した（それぞれエラー！参照元が見つかりません及びＦ）。これら結果は、複数の腫瘍抗原に対するＴ細胞応答は、より大きな腫瘍細胞集団を認識することができ、それによって、腫瘍が縮小する可能性が高まることを示唆している。
次の分析では、対象となる腫瘍で発現している抗原に対するＰＥＰＩ特異的Ｔ細胞応答が、腫瘍縮小の可能性を高めるかどうかを調べた。合計１５件の臨床試験に標的抗原陽性疾患を有する被験体が登録されており、１１件の臨床試験で抗原発現に基づく被験体の予備選択を行っていなかった。客観的奏効が得られた被験体の割合は、予備選択を行わなかったＣＴに比べて、標的抗原陽性被験体を含むＣＴにおいて有意に高かった（それぞれ２１．０％対３．６％、ｐ＝０．０３）。
ＯＲＲとマルチＰＥＰＩスコアとの間の相関は、標的抗原の発現が確認された被験体において統計的に有意であった（ｒ２＝０．５６、ｐ＝０．００５）（図１０Ｇ）。これら結果は、腫瘍に同族ＰＥＰＩが存在することの重要性とともに、腫瘍に同族ＰＥＰＩが存在すると腫瘍が縮小する可能性が高まることを強調する。
この研究では、被験体のＨＬＡ遺伝子型とＰＥＰＩとの関連性が、ワクチンに対する臨床応答を予測する上で最も重要な因子であることが証明された。また、この研究では、ＰＥＰＩスコアが治療用ワクチンの臨床転帰を予測できることを示した。
実施例１２ − ＯＢＥＲＴＯ第Ｉ／ＩＩ相臨床試験の研究デザイン及び予備安全性データ
ＯＢＥＲＴＯ治験は、転移性結腸直腸がんの治療についてのＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチン及びＣＤｘの第Ｉ／ＩＩ相試験である（ＮＣＴ０３３９１２３２）。研究デザインを図１１に示す。
登録基準
・結腸又は直腸由来の転移性腺がんが組織学的に確認された
・ＲＥＣＩＳＴ１．１に従って測定可能な基準病変が少なくとも１つ存在する
・全身化学療法レジメン及び１つの生物学的療法レジメンによる一次治療中にＰＲ又は病勢安定を示す
・フルオロピリミジン（５−フルオロウラシル又はカペシタビン）＋導入中に使用したのと同じ生物学的製剤（ベバシズマブ、セツキシマブ、又はパニツムマブ）による維持療法を、治験薬による処置の初日より前に開始する予定である
・処置の初日の３週間以下前に最後のＣＴスキャンを受けた
被験体の脱落及び中止
・最初の試験期間（１２Ｗ）中に、患者が病勢進行を経験し、二次治療の開始が必要になった場合、その患者は試験から脱落する。
・試験の第２部（２回目の接種後）中に、患者が病勢進行を経験し、二次治療の開始が必要になった場合、患者は試験に留まり、予定通り３回目のワクチン接種を受け、経過観察を完了する。
・ワクチン接種部位で一過性の局所的な紅斑及び浮腫が予想通り観察されたことに加えて、軽度の発熱及び疲労を伴うインフルエンザ様症候群も観察された。これら反応は、ペプチドワクチン接種では既に周知であり、通常作用機序と関連しているが、その理由は、発熱及びインフルエンザ様症候群は、免疫応答の誘導の結果及び兆候である可能性があるためである（これは、小児の予防接種における典型的なワクチン反応として知られている）。
・ワクチンに「恐らく関連する」重篤な有害事象（ＳＡＥ）は１件のみ記録された（表２１）。
・ワクチンに関連しない用量制限毒性（ＤＬＴ）は１件発生した（失神）。
安全性の結果を表２１にまとめる。
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実施例１３ − ワクチン設計中の発現頻度に基づく標的抗原選択及びそのｍＣＲＣについての臨床的検証
共通腫瘍抗原によって、変異量の少ないものも含めて全ての腫瘍型を正確に標的とすることが可能になる。これまでに２，３９１例のＣＲＣ生検から収集された集団発現データは、世界中のＣＲＣ患者における抗原発現のばらつきを表す（図１２Ａ）。
ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８は、ｍＣＲＣにおいて高頻度で発現する７つの保存されている精巣特異的抗原（ＴＳＡ）に由来する１２個の固有のエピトープを含むように本発明者らが設計したペプチドワクチンである。本発明者らが想定したモデルでは、ＣＲＣにおいて高頻度で発現するＴＳＡを選択することによって、標的が正確に同定され、腫瘍の生検が不要になる。７つのＴＳＡのうちの３つが各腫瘍で発現する確率は９５％を超えると計算された。（図１２Ｂ）
第Ｉ相試験では、転移性結腸直腸がん（ｍＣＲＣ）を有する被験体における維持療法に対するアドオンとしてのＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の安全性、忍容性、及び免疫原性を評価した（ＮＣＴ０３３９１２３２）（実施例４も参照）。
免疫原性の測定により、既存の免疫応答が証明され、患者における標的抗原の発現が間接的に確認された。ワクチン接種前及びＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８による次の単回免疫後の様々な時点で単離したＰＢＭＣサンプルから濃縮蛍光スポットアッセイ（ＥＬＩＳＰＯＴ）で免疫原性を測定して、ワクチンによって誘導されたＴ細胞応答を確認した；ＰＢＭＣサンプルをインビトロにおいてワクチン特異的ペプチド（９ｍｅｒ及び３０ｍｅｒ）で刺激して、ベースラインを上回る、ワクチンによって誘導されたＴ細胞応答を判定した。平均４人、少なくとも２人の患者が、各標的抗原に対する既存のＣＤ８Ｔ細胞応答を有していた（図１２Ｃ）。１０人の患者のうち７人が、少なくとも１種の抗原に対する既存の免疫応答を有していた（平均３）（図１２Ｄ）。これら結果は、標的選択が適切である証拠を与えるが、その理由は、ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンを接種する前にＣＲＣ特異的標的ＴＳＡに対するＣＤ８＋Ｔ細胞応答によって、分析される患者におけるその標的抗原の発現が確認されるためである。実際の（発現している）ＴＳＡを標的にすることは、有効な腫瘍ワクチンの必要条件である。
実施例１４ − ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンの前臨床及び臨床免疫原性は適切なペプチド選択を証明する
ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンは、７つのＴＳＡに由来する２つの免疫原性１５ｍｅｒ断片（それぞれ９ｍｅｒのＰＥＰＩを含み、その結果、意図的にそれぞれ３０ｍｅｒ中に２つのＰＥＰＩが存在する）を接合させることによってそれぞれ設計された、６つの３０ｍｅｒペプチドを含有する（図１３）。これら抗原は、２，３９１例の生検の分析に基づいてＣＲＣ腫瘍において高頻度で発現する（図１２）。
モデル集団（ｎ＝４３３）及びＣＲＣコホート（ｎ＝３７）について算出された前臨床免疫原性の結果から、ＰＥＰＩ検査の予測に基づいて９８％及び１００％の予測免疫原性が得られ、これはＯＢＥＲＴＯ治験（ｎ＝１０）で臨床的に証明され、患者の９０％で少なくとも１種の抗原についての免疫応答が測定された。更に興味深いことに、患者の９０％が少なくとも２種の抗原に対してワクチンペプチド特異的免疫応答を有しており、８０％が３種以上の異なるワクチン抗原に対してＣＤ８＋Ｔ細胞応答を有しており、これは、ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８の設計中に適切な標的抗原が選択された証拠を示す。ＣＤ４＋Ｔ細胞特異的及びＣＤ８＋Ｔ細胞特異的な臨床免疫原性について表２２に詳しく示す。エフェクターＴ細胞及びメモリーエフェクターＴ細胞の両方について高い免疫応答率がみられ、ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方について、１０人の患者のうちの９人の免疫応答がワクチンによってブーストされた又はデノボ誘導された。また、ワクチン接種後の患者のＰＢＭＣにおいて、ＣＲＣ反応性の多機能ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の割合が、それぞれ２．５倍及び１３倍増加した。
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実施例１５ − ＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８処置についての臨床応答
実施例４、１２、１３及び１４で更に説明したＯＢＥＲＴＯ臨床試験（ＮＣＴ０３３９１２３２）を、予備的な客観的腫瘍奏功率（ＲＥＣＩＳＴ１．１）について分析した（図１４）。維持療法中のワクチン接種患者１１人のうち、５人は予備分析時点（１２週）で病勢安定（ＳＤ）を有しており、３人は処置中（維持療法＋ワクチン接種）に観察された予想外の腫瘍応答（部分奏功、ＰＲ）を経験し、３人はＲＥＣＩＳＴ１．１基準に従って病勢進行（ＰＤ）を有していた。維持療法（カペシタビン及びベバシズマブ）中の患者の６９％で、最良応答として病勢安定が達成された。患者０２０００４は、１２週間後に処置の効果が持続しており、患者０１０００４は、長期間にわたって持続する処置効果を有していたため、根治手術に適していた。３回目のワクチン接種後、図１４のスイマープロットに示すように、この患者は疾患の証拠を有しておらず、従って、完全奏功者であった。
１回のワクチン接種後、ＯＲＲは２７％であり、ＤＣＲは６３％であり、（３回の接種のうち）少なくとも２回の接種を受けた患者では、５人中２人がＯＲＲ（４０％）を有しており、ＤＣＲは８０％と高かった（５人中４人でＳＤ＋ＰＲ＋ＣＲ）（表２３）。
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ＯＢＥＲＴＯ−１０１臨床試験においてＰｏｌｙＰＥＰＩ１０１８ワクチンを複数回接種した５人の患者のデータに基づいて、予備的なデータは、より多いＡＧＰカウント（＞２）が、より長いＰＦＳ及び腫瘍サイズの縮小率の上昇と関連することを示唆している（図１４Ｂ及びＣ）。
実施例１６−がんの治療用ペプチドの選択
本明細書に記載のＴ細胞の活性化におけるＰＥＰＩの役割に関する知見に基づき、がんを治療するためのペプチドを設計する方法を開発した。具体的には、最大数のヒト被験体において、既知の腫瘍関連抗原に対するＴ細胞応答を刺激するようにペプチドを設計した。
１９種のがんの適応症のうちの１種以上で発現することが知られている１９２種のＴＳＡを選択した（表２４）。査読付きの刊行物で入手可能である場合、様々ながんの適応症におけるＴＳＡの発現率に関するデータを使用して、各適応症におけるＴＳＡを発現頻度でランク付けした。ＴＳＡのランキング順序は各適応症で異なる。
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幅広い民族のそれぞれから最大で男性５００人及び女性５００人の被験体の、１５，６９３人の被験体を含むモデル集団を使用した。各被験体について、完全な６つのＨＬＡクラスＩ及びＤＱ＆ＤＲＢ１クラスＩＩのアレルが入手可能である。全ゲノムをシミュレートするためにＨＬＡクラスＩＩ結合数を複製した。
１５，６９３人の被験体それぞれについて、以下のＨＬＡ結合基準を満たす各ＴＳＡ中の１５ｍｅｒのアミノ酸配列を全て同定した：（ｉ）被験体の少なくとも４つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合すると予測され（ＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ４＋）；かつ（ｉｉ）被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合すると予測される９ｍｅｒのアミノ酸配列を含む（ＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋）。
各ＴＳＡのアミノ酸配列中のホットスポットを同定したが、該ホットスポットは、１５，６９３人の被験体集団における最大数の被験体についてＨＬＡ結合基準を満たす１５ｍｅｒを含む２０ｍｅｒである。ホットスポット分析を図１５に示す。
ホットスポット分析を、更に２９サイクル又はＨＬＡ結合基準を満たす配列をそれ以上同定することができなくなるまで繰り返した。製造実現可能性の基準に照らしてホットスポット配列をスクリーニングした。システイン残基を含有しているか又は親水性の計算値が３３％未満であるホットスポット配列は全て拒否し、その代わり、次に多い数の被験体についてＨＬＡ結合基準を満たす１５ｍｅｒを含む別のホットスポット配列を選択した。
各サイクルにおいて、任意の前のサイクルで選択された任意のホットスポット配列についてＨＬＡ結合基準を満たしていた被験体は除外した。このようにして、選択されたホットスポットは、各サイクルにおいて、ＣＤ４＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の両方の反応を誘導すると予測されるホットスポット配列が選択された集団における被験体の数を最大化した。各サイクルで選択されたホットスポット配列と、それらが断片であるＴＳＡとを表２５に示す。合計３２８６個のホットスポット配列が選択された。図１６は、１９２個のＣＴＡ全体にわたるホットスポット配列選択の分布を示す。
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実施例１７ − がんを治療するためのペプチドの個別化選択
がん患者に対して有効な免疫療法は、特定の患者のがん細胞が発現するＴＡＡを標的とするＴ細胞応答（理想的には、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答）を刺激する。
特定のがん患者の治療につき、（ｉ）がんの種類（患者のがんに関連するＴＳＡの断片であるホットスポット配列を含むペプチドを選択する）；（ｉｉ）ＴＳＡの発現又はＴＳＡの発現率（患者のがん細胞をサンプリングし、患者のがん細胞で実際に発現しているＴＳＡの断片であるホットスポット配列を含むペプチドを選択する；又は、患者のがんの種類において最も高頻度で発現しているＴＳＡの断片であるホットスポット配列を含むペプチドを選択する）；（ｉｉｉ）患者のＨＬＡ遺伝子型（患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ（ＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋）であるアミノ酸配列を含む（理想的には、患者の複数のＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ（ＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩ２／３／４／５＋）であるアミノ酸配列も含む）ＴＳＡの断片を含むペプチドを選択する）に基づいて、３２８６個のホットスポットアミノ酸配列のうちの１つ以上を含むペプチドを選択することができる。
個々の患者を治療するためにホットスポットアミノ酸配列を含むペプチドを選択するための選択肢を説明するために、既知のＨＬＡ遺伝子型を有する結腸直腸がん患者３名、卵巣がん患者１名、及び乳がん患者３名のホットスポット配列においてＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩ３＋を同定した。対応するがん（結腸直腸がん、卵巣がん、乳がん、表２４）に関連するＴＳＡの断片であるホットスポット配列のみを検討した。このようなＰＥＰＩ３＋を含むホットスポット配列の数及びホットスポットアミノ酸配列を含む選択されたペプチドを用いて標的となり得る抗原の数を表２６に示す。予想通り、ＰＥＰＩ３＋を含むホットスポットがより多く同定され、より多数のサイクルの実施例１６に記載の方法後に同定されたホットスポット配列を用いるとより多くのＴＳＡが標的となり得た。
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表２７は、表２６の３人の乳がん患者においてＴ細胞応答を誘導すると予想される、実施例１６に記載の方法の１回目のサイクルでのみ同定された乳がん関連ＴＳＡの断片であるペプチド／ホットスポットのアミノ酸配列を示す。
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実施例１８ − がんを治療するためのポリ核酸の選択
ペプチドワクチンとして製造及び使用することが困難な幾つかのペプチドでも、ペプチドをコードしているポリ核酸又はベクターとして患者に送達した場合、ワクチン及び免疫療法において使用することができる。患者に投与するための核酸又はベクターによってコードされている、がんの治療用ペプチドのセットを最適に設計するために、ペプチドの製造実現可能性要件を満たさないホットスポット配列を排除しなかったことを除いて実施例１６の方法を繰り返した。表２８は、最初の２０サイクルで同定されたホットスポット配列と、それらが断片であるＴＳＡとを示す。
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実施例１９ − 個別化ワクチン接種のプロセス
個別化ワクチン接種のプロセスは、図１７に示すように３つの主な工程からなる。まず、がん専門医の診察時に、患者が腫瘍の病理検査のために唾液サンプル及び腫瘍サンプル（生検）を提出する。第２の工程では、ワクチンペプチドと患者の固有の遺伝子コードとを一致させる：決定された患者のＨＬＡ遺伝子型及び決定された患者の腫瘍型に基づいて、表２５に列挙したホットスポット配列から患者ごとに１２種の腫瘍及び患者に特異的なペプチドを選択する。次いで、ワクチンを調製し、フィルフィニッシュ＋ＱＣリリース後、ワクチンバイアルを臨床現場に出荷する。クリニックでは、プロセスの第３の工程として、がん専門医が患者にワクチンを投与する。個別化ワクチンの製造はＧＭＰ条件下で行う。ワクチンの選択及び調製は、６〜８週間の間に行うことができる。
個別化ワクチン接種の適格性基準は、以下の通りである：
・由来の１２種以上の免疫原性ペプチド（１２ ＰＥＰＩ）
・１２種以上のがん特異的抗原（疾患における発現率（ＥＲ）≧１０％）、及び
・ＡＧＰ≧３（患者の腫瘍で発現している抗原の予想数）
・ＰＥＰＩ ＰＡＮＥＬ「ウェアハウス」にストックがある。
実施例２０−「シミュレートされた」乳がん臨床試験のための実現可能性研究
ここでは、ペプチドセット（「ウェアハウス」）が、乳がん特異的ＴＳＡに由来する１００種の免疫原性ペプチドからなるモデルについて説明する（図１８）。これら１００種のペプチドが、この実施例におけるワクチン選択のためのペプチドセットとなる。このストックでは、各ペプチド１００ｍｇが利用可能であり、これは２５回のペプチド投与（ワクチン接種の場合）に相当する。
実現可能性研究中、ＨＬＡ遺伝子型が決定されている乳がん被験体５０９人をスクリーニングし、見出されたペプチドが１２種未満であったため適格ではなかった８２人（１６％）の患者を同定した。これは、患者の８２％を、１００種のペプチドからなるパネルからの「患者特異的」ワクチンで治療できることを意味する。しかし、治療中に患者１人当たり３回の投与を意図している場合、患者の３２％にとってしか量（各１００ｍｇ）が十分ではなく、従って、ウェアハウスに十分なペプチドがない２６７人（５２％）もこの実現可能性研究から除外しなければならない。その結果、１６０人の患者が登録され、３回の連続したワクチン投与で治療を受けることができる。約６ヶ月以内に製造（ＧＭＰ）を実施することができる。
実施例２１−乳がん患者（実施例２２の患者Ｃ）及び結腸直腸がん患者（実施例２２の患者Ｄ）のためのワクチン選択
ここでは、表２５に列挙したペプチドからのワクチン選択プロセスを２つの例で示す。
実施例２２に記載される患者ＣのＰＩＴワクチンを、完全に個別化された設計プロセスで設計し、個別に製造したところ、非常に高い免疫原性が証明された：１２種のワクチンペプチドのうち１１種（９２％）がＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導し、１１／１２種（９２％）がＣＤ４＋Ｔ細胞特異的免疫応答を生じさせた。
患者ＣのＨＬＡ遺伝子型及び腫瘍病理報告（乳がん）をもとに、実施例１６に従って患者整合プロセスを行った結果、（発現率（ＥＲ）≧１０％の選択基準に従って）乳がん特異的ＴＳＡ３８種から選択された３２８６個の配列のうち１１６個が得られた。これら１１６個のペプチドは、患者Ｃについてのワクチン選択に使用可能であり、ＰＩＴワクチン配列を含んでいる。１１６個のペプチドから１２個のペプチドをランダムに選択した３つの例を、予測ＡＧＰ数と共に表２５に示す。
患者ＣのＰＩＴワクチンの予測ＡＧＰ値は６．４５であり、これは、少なくとも６種のワクチン特異的ＴＳＡが患者の腫瘍において発現する可能性が高く、少なくとも５０％の確率で免疫応答の標的となることを意味する。（ＡＧＰ９５は４であり、これは、少なくとも４種の異なるＴＳＡ ＴＳＡからのＰＩＴワクチンペプチドが患者の腫瘍で発現する可能性が高く、少なくとも９５％の確率で患者Ｃの免疫応答の標的となることを意味する）。
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患者Ｄについても、同様の分析を行った。実施例１９に従った患者整合プロセスの間に、患者ＤのＨＬＡ遺伝子型及び腫瘍病理報告（結腸直腸がん、ＣＲＣ）データに基づいて、（５３種のＣＲＣ特異的ＴＳＡのうち３７種に由来する）３２８６個の配列のうちの１３６個を表２５から選択した。これら１３６個のペプチドは、患者Ｄのためのワクチン選択に使用可能である。１３６個のペプチドから１３個のペプチドをランダムに選択した３つの例を、算出されたＡＧＰ数と共に表３０に示す。患者Ｄは１３個のペプチドからなるＰＩＴワクチンを有していたので、ランダム選択も１３個のペプチドセットになるように行った。
実施例２２に記載される患者ＤのＰＩＴワクチンを、完全に個別化された設計プロセスで設計し、個別に製造したところ、非常に高い免疫原性が証明された：１３種のワクチンペプチドのうち１３種（１００％）がＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導し、７／１３種（５４％）がＣＤ４＋Ｔ細胞特異的免疫応答を生じさせた。
患者ＤのＰＩＴワクチンの予測ＡＧＰ値は６．６０であり、これは、少なくとも６種のワクチン特異的ＴＳＡが患者の腫瘍において発現する可能性が高く、少なくとも５０％の確率で免疫応答の標的となることを意味する。（ＡＧＰ９５は４であり、これは、少なくとも４種の異なるＴＳＡからのＰＩＴワクチンペプチドが患者の腫瘍で発現する可能性が高く、少なくとも９５％の確率で患者Ｄの免疫応答の標的となることを意味する）。
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実施例２２ − 卵巣がん、乳がん、及び結腸直腸がんについての個別化免疫療法（ＰＩＴ）の設計及び治療
この実施例は、本開示が部分的に基づいている、被験体の複数のＨＬＡによるエピトープの結合によって細胞傷害性Ｔ細胞応答が誘導される原理を裏付けるために、個別化免疫療法ワクチン組成物で処置された４人の転移性がん患者から得られた概念実証データを提供する。
ＰＯＣ０１−ＰＩＴを用いた卵巣がん治療のための組成物（患者Ａ）
この実施例は、本明細書に記載される開示に基づき、患者のＨＬＡ遺伝子型に基づいて、患者のために特別に設計された個別化免疫療法組成物による卵巣がん患者の治療について説明する。
転移性卵巣腺がん患者（患者Ａ）のＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩの遺伝子型を、唾液サンプルから決定した。
患者Ａのための個別化医薬組成物を作製するために、それぞれが以下の２つの基準を満たす１３種のペプチドを選択した：（ｉ）査読付きの科学出版物で報告されている、卵巣がんで発現する抗原に由来し、（ｉｉ）患者Ａの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む（表３１）。更に、各ペプチドは、患者の最大数のＨＬＡクラスＩＩに結合するように最適化される。
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この免疫療法組成物における１１種のＰＥＰＩ３ペプチドは、表７に示すＰＥＰＩ検査の検証に従って、８４％の確率で患者ＡにおけるＴ細胞応答を、９８％の確率で２種のＰＥＰＩ４ペプチド（ＰＯＣ０１−Ｐ２及びＰＯＣ０１−Ｐ５）を誘導することができる。Ｔ細胞応答は、卵巣がんで発現する１３種の抗原を標的とする。患者Ａにおけるこれらがん抗原の発現については試験しなかった。その代わり、患者のがん細胞における抗原発現の確率及び≧１ ＰＥＰＩ３＋検査の陽性予測値（ＡＧＰカウント）に基づいて、がん細胞の殺傷に成功する確率を求めた。ＡＧＰカウントは、被験体におけるワクチンの有効性を予測する：ＰＥＰＩを有する患者の腫瘍（卵巣腺がん）で発現するワクチン抗原の数。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、患者の腫瘍に対するＴ細胞応答を誘導する（標的にヒットする）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験体の腫瘍におけるワクチン抗原の発現率及び被験体のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正確な値は、０（発現した抗原がＰＥＰＩを提示していない）から最大数の抗原（全ての抗原が発現し、ＰＥＰＩを提示する）の間である。
患者Ａが１３種の抗原のうちの１種以上を発現する確率を図１９に示す。ＡＧＰ９５（９５％の確率でのＡＧＰ）＝５、ＡＧＰ５０（離散的確率分布の平均値−期待値−）＝７．９、ｍＡＧＰ（ＡＧＰが少なくとも２である確率）＝１００％、ＡＰ＝１３。
患者Ａのための医薬組成物は、１３種のペプチドからの少なくとも２種で構成されていてよいが（表３１）、その理由は、個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合することができる少なくとも２種のポリペプチド断片（エピトープ）がワクチン又は免疫療法組成物中に存在する（≧２ ＰＥＰＩ３＋）と臨床応答が予測されると判定されたためである。ペプチドを合成し、薬学的に許容し得る溶媒に溶解させ、アジュバントと混合した後に注射する。患者は、少なくとも２種のペプチドワクチンを用いた個別化免疫療法を受けることが望ましいが、がん細胞を殺傷する確率を高め、再発の可能性を減らすためには、更に多いことが好ましい。
患者Ａの治療については、１３種のペプチドを４×３又は４のペプチド（ＰＯＣ０１／１、ＰＯＣ０１／２、ＰＯＣ０１／３、ＰＯＣ０１／４）として処方した。１処置サイクルは、３０日間以内に１３種のペプチドを全て投与することと定義する。
患者の病歴：
診断：転移性卵巣腺がん
年齢：５１
家族の既往歴：結腸及び卵巣がん（母）、乳がん（祖母）
腫瘍病理：
２０１１年：卵巣腺がんと最初に診断；ウェルトヘイム手術及び化学療法；リンパ節切除
２０１５年：心膜脂肪組織に転移、切除
２０１６年：肝転移
２０１７年：後腹膜及び腸間膜リンパ節で進行；少量の腹水を伴う初発性腹膜がん症。
前療法：
２０１２年：パクリタキセル−カルボプラチン（６×）
２０１４年：Ｃａｅｌｙｘ−カルボプラチン（１×）
２０１６〜２０１７年（９ヶ月）：Ｌｙｍｐａｒｚａ（オラパリブ）２×４００ｍｇ／日、経口
２０１７年：ハイカムチンｉｎｆ．５×２，５ｍｇ（３×１ｓｅｒｉａ／月）
２０１７年４月２１日にＰＩＴワクチン処置を開始。図２０。
２０１７〜２０１８年：患者Ａは、アドオン療法として８サイクルのワクチン接種を受け、処置開始の１７ヶ月（５２８日）後も生存していた。この間隔中、３回目及び４回目のワクチン処置後、患者は最良の応答として部分奏功を経験した。患者は、２０１８年１０月に死亡した。
インターフェロン（ＩＦＮ）−γ ＥＬＩＳＰＯＴバイオアッセイにより、１３種のペプチドに対する患者Ａの予測されたＴ細胞応答が確認された。患者Ａの最大ＨＬＡクラスＩアレルに結合することができる各ペプチドのＰＥＰＩの配列を有する１３種の２０ｍｅｒペプチド全て及び１３種の９ｍｅｒペプチド全てについて、陽性Ｔ細胞応答（対照を＞５倍上回る、又は対照を＞３倍上回りかつスポットが＞５０個と定義）が検出された（図２１）。
患者の腫瘍ＭＲＩ所見（ベースライン２０１６年４月１５日）（ＢＬ：図２２における腫瘍応答評価のためのベースライン）
疾患は、主に肝臓及びリンパ節に限局していた。ＭＲＩの使用は、肺（肺内）転移の検出を制限する。
２０１６年５月〜２０１７年１月：オラパリブ処置（ＦＵ１：図２２の経過観察１）
２０１６年１２月２５日（ＰＩＴワクチン処置前）。腫瘍体積が劇的に減少し、（ＦＵ２：図２２の経過観察２）で応答の確認が得られた。
２０１７年１月〜３月−ＴＯＰＯプロトコル（トポイソメラーゼ）
２０１７年４月６日（図２２のＦＵ３）既存の病変が再成長し、病勢進行につながる新たな病変が出現していることが証明された。腹水量が増加した腹膜がん腫症。進行性肝腫瘍及びリンパ節
２０１７年４月２１日 ＰＩＴを開始
２０１７年７月２６日（２回目のサイクルのＰＩＴ後）：（図２２のＦＵ４）進行／疑進行
リンパ節、肝臓、後腹膜、及び胸部における急速な進行、著しい胸水及び腹水。カルボプラチン、ゲムシタビン、アバスチンを開始。
２０１７年９月２０日（３サイクルのＰＩＴ後）：（図２２のＦＵ５）部分奏功
胸膜領域／胸水及び腹水における完全寛解
肝臓、後腹膜領域、及びリンパ節における寛解
これら知見は、疑進行を示唆する。
２０１７年１１月２８日（４サイクルのＰＩＴ後）：（図２２のＦＵ６）部分奏功
胸部領域における完全寛解。肝臓、後腹膜領域、及びリンパ節における寛解
２０１８年４月１３日：進行
胸部及び腹膜後領域における完全寛解。肝臓中心及びリンパ節における進行
２０１８年６月１２日：病勢安定
胸部及び腹膜後領域における完全寛解。肝臓中心及びリンパ節における最小退縮
２０１８年７月：進行
２０１８年１０月：患者Ａが死亡
患者Ａの部分的なＭＲＩデータを表３２及び図２２に示す。
Figure 2021535749
転移性乳がんを治療するための個別化免疫療法組成物ＰＢＲＣ０１の設計、安全性、及び免疫原性（患者Ｂ）
転移性乳腺がん患者ＢのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩの遺伝子型を、唾液サンプルから決定した。患者Ｂのための個別化医薬組成物を作製するために、それぞれが以下の２つの基準を満たす１２種のペプチドを選択した：（ｉ）査読付きの科学出版物で報告されている、乳がんで発現する抗原に由来し、（ｉｉ）患者Ｂの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む（表３３）。更に、各ペプチドは、患者の最大数のＨＬＡクラスＩＩに結合するように最適化される。１２種のペプチドは、１２種の乳がん抗原を標的とする。患者Ｂが１２種の抗原のうちの１種以上を発現する確率を図２３に示す。
Figure 2021535749
予想される効能：ＡＧＰ９５＝４；ＰＩＴワクチンが患者Ｂの乳がん細胞で発現する４種のＴＳＡに対するＣＴＬ応答を誘導する可能性が９５％。追加の効能パラメータ：ＡＧＰ５０＝６．４５、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１２。
患者Ｂの治療については、１２種のペプチドを４×３のペプチド（ＰＢＲ０１／１、ＰＢＲ０１／２、ＰＢＲ０１／３、ＰＢＲ０１／４）として処方した。１処置サイクルは、３０日間以内に１２種の異なるペプチドワクチンを全て投与することと定義する（図２３Ｃ）。
患者の病歴：
２０１３年：診断：乳がんの診断；ＣＴスキャン及び骨スキャンで転移性疾患を除外。
２０１４年：両側乳房切除術、術後の化学療法
２０１６年：横隔膜の上下両方にリンパ節転移のある広範囲の転移性疾患。複数の肝臓及び肺への転移。
療法：
２０１３〜２０１４年：アドリアマイシン−シクロホスファミド及びパクリタキセル
２０１７年：レトロゾール、パルボシクリブ、及びゴゾレリン、並びにＰＩＴワクチン
２０１８年：状態が悪化し、１月に患者が死亡
２０１７年４月７日にＰＩＴワクチン処置を開始。患者Ｂの処置スケジュール及び
疾患の主な特徴を表３４に示す。
Figure 2021535749
８〜１２種のワクチンペプチドが患者ＢにおいてＴ細胞応答を誘導することが９５％の信頼度で予測された。インターフェロン（ＩＦＮ）−γ ＥＬＩＳＰＯＴバイオアッセイを用いて、利用可能な全てのＰＢＭＣサンプルにおいてペプチド特異的Ｔ細胞応答を測定した（図２４）。結果によって予測が確認された：９種のペプチドが陽性反応を示し、これは、ＦＩＳＰ１、ＢＯＲＩＳ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＳＣＰ１、ＭＡＧＥ−Ａ１、及びＭＡＧＥ−Ｃ２抗原を発現している患者Ｂの腫瘍細胞をＴ細胞が認識できることを証明する。一部の腫瘍特異的Ｔ細胞は、１回目のワクチン接種後に存在し、追加の処置でブーストされ（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ１）、他のものは、ブースト後に誘導された（例えば、ＭＡＧＥ−Ａ９）。このような幅広い腫瘍特異的Ｔ細胞応答は、末期がん患者において顕著である。
患者Ｂの病歴及び結果
２０１７年３月７日：前ＰＩＴワクチン処置
総胆管起始部の真に外的な圧迫及び肝内胆道全体の大規模な拡張を伴う肝多転移性疾患。腹腔、肝門、及び後腹膜の腺症
２０１７年３月：処置開始−レトロゾール、パルボシクリブ、ゴソレリン、及びＰＩＴワクチン
２０１７年５月：薬物の中断
２０１７年５月２６日：１サイクルのＰＩＴ後
腫瘍の代謝活性が８３％低下（ＰＥＴ ＣＴ）肝臓、肺リンパ節、及び他の転移。
２０１７年６月：好中球値の正常化は、患者によって確認された通り、パルボシクリブの中断を示す
腫瘍マーカーのリバウンドが４ヶ月遅延
２０１７年３月〜５月：患者の抗がん治療の転帰と一貫してＣＥＡ及びＣＡが上昇したままであった（Ｂａｎ，Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１８）
２０１７年６月〜９月：免疫療法への応答の遅延と一貫してＣＥＡ及びＣＡが減少した
生活の質
２０１７年２月〜３月：不良、黄疸で入院
２０１７年４月〜１０月：非常に良好
２０１７年１１月：状態の悪化（腫瘍エスケープ？）
２０１８年１月：患者Ｂが死亡。
免疫原性の結果を図２４にまとめる。
患者の臨床転帰の測定：ＰＩＴワクチン処置開始の１ヶ月前に、ＰＥＴ ＣＴにより、横隔膜の上下両方にリンパ節転移のある広範囲のＤＦＧ ａｖｉｄ疾患が確認された（表３４）。患者は、進行性の複数の肝臓、多巣性の骨、及び肺への転移、並びに後腹膜腺症を有していた。患者の肝内酵素は、肝転移によって引き起こされた損傷と一致して増加し、ビリルビンの上昇及び黄疸を伴っていた。抗がん治療としてレトロゾール、パルボシクリブ、及びゴゾレリンを患者に投与した。ＰＩＴワクチン接種開始の２ヶ月後、患者は体調が非常によいと感じるようになり、生活の質も正常化した。実際、患者のＰＥＴ ＣＴは、肝臓、肺、骨、及びリンパ節への転移において顕著な形態的退縮を示した。横隔膜上の段階では、代謝性腺症は同定不可能であった。
パブロシクリブと個別化ワクチンとの組み合わせが、ワクチン投与後に観察された顕著な早期応答の原因であった可能性が高かった。パブロシクリブは、ＨＬＡによるＴＳＡの提示を増加させ、Ｔｒｅｇの増殖を減少させることにより、免疫療法の活性を向上させることが示されている（Ｇｏｅｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１７：４７１−４７５）。患者Ｂの治療結果は、ＰＩＴワクチンを技術水準の療法に対するアドオンとして使用して、最大の効能が得られることを示唆する。
患者Ｂの腫瘍バイオマーカーを追跡して、技術水準の療法の効果をＰＩＴワクチンの効果から選り分けた。腫瘍マーカーは、治療の初期２〜３ヵ月間は変化がなく、その後、急激に低下したことから、免疫療法に典型的な遅延型効果が示唆された（表３４）。更に、腫瘍バイオマーカーが低下した時点で、患者は既に自発的に治療を中断しており、好中球数の増加によって確認された。
５回目のＰＩＴ処置の後、患者は症状を経験した。腫瘍マーカー及び肝酵素のレベルが再び上昇した。最後のＰＩＴワクチン接種の３３日間後、患者のＰＥＴ ＣＴは、肝臓、腹膜、骨格、及び左副腎部位において著しい代謝進行を示し、検査所見が確認された。遠隔転移における分離型再発は、潜在的な免疫耐性に起因する可能性があり；恐らく、ＰＩＴに誘導されたＴ細胞による腫瘍の認識を障害する両ＨＬＡの発現のダウンレギュレーションによって引き起こされた。しかし、ＰＥＴ ＣＴは、全ての腋窩及び縦隔腋窩の横隔膜上の標的の代謝活性の完全退縮を検出した（表３４）。抗がん薬治療の中断後にこれら腫瘍部位が再発しない可能性は低いことから、これら局在的な腫瘍応答は、免疫療法に対する既知の遅発性及び持続性の応答を説明することができる。
転移性乳がん患者（患者Ｃ）の治療のための個別化免疫療法組成物
転移性乳がん患者（患者Ｃ）を治療するために、患者Ａ及び患者Ｂで説明したものと同様の設計のＰＩＴワクチンを調製した。ＰＩＴワクチンは、１２種のＰＥＰＩを含有していた。ＰＩＴワクチンの予測効能はＡＧＰ＝４である。患者の治療スケジュールを図２５に示す。
腫瘍病理
２０１１年 原発腫瘍。ＨＥＲ２−、ＥＲ＋、前哨リンパ節陰性
２０１７年 複数の骨転移：ＥＲ＋、サイトケラチン７＋、サイトケラチン２０−、ＣＡ１２５−、ＴＴＦ１−、ＣＤＸ２−
治療
２０１１年 広範囲局所切除、前哨リンパ節陰性；放射線療法
２０１７年〜 抗がん療法（Ｔｘ）：レトロゾール（２．５ｍｇ／日）、デノスマブ； 放射線（Ｒｘ）：骨１本
標準治療に対するアドオンとしてのＰＩＴワクチン（３サイクル）
バイオアッセイによって、ＰＩＴワクチンの１２種の２０ｍｅｒペプチドのうちの１１種、及び患者の最大ＨＬＡクラスＩアレルに結合することができる各ペプチドのＰＥＰＩの配列を有する１２種の９ｍｅｒペプチドのうちの１１種に対して陽性Ｔ細胞応答（対照を＞５倍上回る、又は対照を＞３倍上回りかつスポットが＞５０個と定義）が確認された（図２６）。最後のワクチン接種から１４ヵ月後に、長期にわたって持続するメモリーＴ細胞応答が検出された（図２６Ｃ〜Ｄ）。
治療転帰
患者Ｃの治療の臨床結果を表３５に示す。患者Ｃは、部分奏功及び骨転移の治癒の兆候を有する。
Figure 2021535749
免疫応答を図２６に示す。予想される免疫原性、ＰＥＰＩ＝１２（ＣＩ９５％［８，１２］
検出された免疫原性：３回のＰＩＴワクチン接種後の１１種（２０ｍｅｒ）及び１１種（９ｍｅｒ）の抗原特異的Ｔ細胞応答（図２６Ａ、Ｂ）。最後のワクチン接種の４．５ヵ月後、１１ヵ月後、又は１４ヵ月後に、ＰＩＴワクチン特異的免疫応答を依然として検出することができた（図２６Ｃ、Ｄ）。
転移性結腸直腸がん患者（患者Ｄ）の治療のための個別化免疫療法組成物
腫瘍病理
２０１７年（２月） 肝転移を伴うｍＣＲＣ（ＭＳＳ）、原発腫瘍（Ｓ状結腸）の手術 ｐＴ３ ｐＮ２ｂ（８／１６）Ｍ１。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＴＰ５３−Ｃ１３５Ｙ、ＫＤＲ−Ｑ４７２Ｈ、ＭＥＴ−Ｔ１０１０Ｉの変異。ＳＡＴＢ２の発現。ＥＧＦＲ ｗｔ、ＰＩＫ３ＣＡ−Ｉ３９１Ｍ（非ドライバー）。
２０１７年（６月） 部分肝切除：ＫＲＡＳ−Ｇ１２Ｄ（３５Ｇ＞Ａ）ＮＲＡＳ ｗｔ、
２０１８年（５月） ２回目の切除：ＳＡＴＢ２の発現、肺転移３→２１
処置
２０１７年 ＦＯＬＦＯＸ−４（オキサリプラチン、ホリナートカルシウム、５−ＦＵ）→２回目の処置中にアレルギー反応
ＤｅＧｒａｍｏｎｔ（５−ＦＵ＋ホリナートカルシウム）
２０１８年（６月）→ＦＯＬＦＩＲＩ＋ラムシルマブ、週２回；化学塞栓療法
２０１８年（１０月） 標準治療に対するアドオンとしてＰＩＴワクチン接種（１３種の患者特異的ペプチド、４回投与）。
患者の治療スケジュールを図２７に示す。
治療転帰
患者の全身状態は良好であり、８ヶ月後に肺における病勢進行がＣＴによって確認された。
刺激のために９ｍｅｒ及び２０ｍｅｒのペプチドを用いて、ＰＩＴに誘導されたＴ細胞応答及び既存のＴ細胞応答の両方を、ＰＢＭＣから濃縮蛍光スポットによって測定した（図２８）。
免疫応答率及び免疫原性の結果の概要は、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋特異的なものの両方について、標的抗原選択並びに複数のペプチドを標的とする免疫応答の誘導のために適切に設計されていることを証明する。
Figure 2021535749

Claims (21)

  1. 最大５０アミノ酸長であり、配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１のいずれかのアミノ酸配列を含むペプチド。
  2. 請求項１に記載のペプチドをコードしているポリ核酸若しくはベクター。
  3. 請求項１に記載の２種以上のペプチド又は請求項２に記載の２種以上のポリヌクレオチド若しくはベクターのパネルであって、各ペプチドが、配列番号１〜２７８６及び／若しくは又は５４３２〜５９３１から選択される異なるアミノ酸配列を含むペプチドを含むか、あるいは各ポリ核酸又はベクターが、配列番号１〜２７８６及び／若しくは又は５４３２〜５９３１から選択される異なるアミノ酸配列を含むペプチドをコードしているパネル。
  4. 各ペプチド又はコードされているペプチドが、以下の群のうちの１つから選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、請求項３に記載のペプチド、ポリ核酸、又はベクターのパネル：
    （ａ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている乳がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｂ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている肺がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｃ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている前立腺がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｄ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている結腸直腸がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｅ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている膀胱がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｆ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている卵巣がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｇ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている膵臓がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｈ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている脳がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｉ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている白血病関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｊ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されているリンパ腫関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｋ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている肝細胞がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｌ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されているメラノーマ関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｍ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている甲状腺がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｎ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている小児がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｏ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている胃がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｐ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている腎臓がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｑ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている頭頸部がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列；
    （ｒ）表２５Ａ及び／又は表２５Ｂに列挙されており、表２４に列挙されている子宮頸がん関連抗原の断片であることが表２５Ａ又は２５Ｂに示されている配列。
  5. 請求項１に記載の１つ以上のペプチド、請求項２に記載の１つ以上のポリ核酸若しくはベクター、又は請求項３若しくは４に記載のペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターのパネルを含む医薬組成物又はキットであって、任意で、少なくとも１つの薬学的に許容し得る希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物又はキット。
  6. 請求項１に記載の少なくとも２種のペプチド又は請求項１に記載の少なくとも２種のペプチドをコードしている請求項２に記載の１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを含み、各ペプチド又はコードされているペプチドが、個々のヒト被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープを含む配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項５に記載の医薬組成物又はキット。
  7. 特定のヒト被験体が、請求項５に記載の医薬組成物又はキットの各ペプチド又はコードされているペプチドに対してＣＤ８＋Ｔ細胞応答及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞応答を有することを予測する方法であって、
    （ｉ）ａ．各ペプチド若しくはコードされているペプチドが、前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含んでいると判定し；そして、
    ｂ．前記被験体が、前記医薬組成物の各ペプチド、又は前記キットの各ペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターに対してＣＤ８＋Ｔ細胞応答を有すると予測すること；並びに／又は
    （ｉｉ）ａ．各ペプチド若しくはコードされているペプチドが、前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含んでいると判定し；そして、
    ｂ．前記被験体が、前記医薬組成物の各ペプチド、又は前記キットの各ペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターに対してＣＤ４＋Ｔ細胞応答を有すると予測すること
    を含む方法。
  8. 前記医薬組成物を前記被験体に投与することを更に含む、請求項７に記載の方法。
  9. ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する方法であって、請求項５又は６に記載の医薬組成物、又はキットのペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターを前記被験体に投与することを含む方法。
  10. 請求項７に記載の方法を用いて、前記医薬組成物又は前記キットのペプチド、ポリ核酸、又はベクターが、前記被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を誘導すると予測されている、請求項９に記載の方法。
  11. がん、任意で、膀胱がん、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、胃がん、肝細胞がん、白血病、肺がん、リンパ腫、メラノーマ、卵巣がん、膵臓がん、小児がん、甲状腺がん、前立腺がん、腎臓がん、頭頸部がん、食道がん、及び子宮頸がんを治療する方法である、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 特定のヒト被験体におけるがんを治療する方法において使用するための医薬組成物又はキットを調製する方法であって、
    ａ．請求項１に記載の２種以上のペプチド又は請求項１に記載の少なくとも２種のペプチドをコードしている請求項２に記載の１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを選択することであって、各ペプチド又はコードされているペプチドが、前記特定のヒト被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩアレルに結合することができるＴ細胞エピトープを含む配列番号１〜２７８６及び／又は５４３２〜５９３１から選択されるアミノ酸配列を含むことと；
    ｂ．工程ａで選択された２種以上のペプチド、又は１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを含む、医薬組成物又はキットを調製することと
    を含む方法。
  13. 標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、ペプチド、又はペプチドをコードしているポリ核酸若しくはベクター、又はペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを設計又は調製する方法であって、
    （ｉ）それぞれＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び／又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型によって定義される複数の被験体を含むモデルヒト集団を選択又は定義することと；
    （ｉｉ）前記モデル集団の各被験体について、
    （ａ）前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである前記標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
    （ｂ）前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである前記標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
    （ｃ）前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ及び前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む前記標的ポリペプチドのアミノ酸配列；又は
    （ｄ）
    ａ．少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであり；かつ
    ｂ．前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む
    前記標的ポリペプチドのアミノ酸配列
    を同定することと；
    （ｉｉｉ）９〜５０アミノ酸のポリペプチド断片ウィンドウ長を選択することと；
    （ｉｖ）
    （ａ）工程（ｉｉｉ）で選択された長さを有し；かつ
    （ｂ）前記モデル集団で最も高い割合の被験体において工程（ｉｉ）（ａ）〜（ｄ）のいずれか１つで同定されたアミノ酸配列を含む、
    前記標的ポリペプチドの断片を同定することと；
    （ｖ）任意で、工程（ｉｖ）で同定された断片を追加の所定の基準に対して試験し、更なる所定の基準を満たさない場合は前記断片を拒絶し、工程（ｉｖ）を繰り返して、
    （ａ）工程（ｉｉｉ）で選択された長さを有し；かつ
    （ｂ）前記モデル集団で次に高い割合の被験体において工程（ｉｖ）で同定されたアミノ酸配列を含む
    前記標的ポリペプチドの代替断片を同定することと；
    （ｖｉ）任意で、１つ以上の更なるラウンドで工程（ｉｖ）及び更に任意で工程（ｖ）を繰り返すことであって、各ラウンドにおいて前記標的ポリペプチドの更なる断片が同定され、各ラウンドにおいて、前のラウンドのいずれかの工程（ｉｖ）で選択され、工程（ｖ）で拒絶されなかった断片のいずれかが、その被験体について工程（ｉｉ）で同定されたアミノ酸配列を含む場合、被験体を前記モデル集団から除外することと；
    （ｖｉｉ）ペプチド、ペプチドをコードしているポリ核酸若しくはベクター、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを設計又は調製することであって、各ペプチドが、工程（ｉｖ）、（ｖ）、又は（ｖｉ）で同定された前記標的ポリペプチド断片のうちの１つ以上を含み、任意で、前記ポリペプチド断片が、Ｎ及び／又はＣ末端で、前記標的ポリペプチド抗原の配列の一部ではない追加のアミノ酸に隣接していることと
    を含む方法。
  14. 前記標的ポリペプチドが、病原生物、ウイルス、若しくはがん細胞によって発現されるか、又はがん精巣抗原であり、任意で、前記標的ポリペプチドが、表２〜５のいずれかに列挙されている抗原から選択される、請求項１３に記載の方法。
  15. 被験体において、ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は細胞傷害性及び／若しくはヘルパーＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、請求項１３又は１４に記載の方法に従って設計又は調製された１つ以上のペプチド、ポリ核酸、又はベクターを選択することを更に含み、任意で、前記１つ以上のペプチド又はコードされているペプチドのそれぞれが、
    （ａ）病原生物、ウイルス、又はがん細胞によって発現されるポリペプチドの断片であり；かつ
    （ｂ）前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ又は前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである
    アミノ酸配列を含む、請求項１３又は１４に記載の方法。
  16. 前記１つ以上のペプチド、ポリ核酸、又はベクターを前記被験体に投与することを更に含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 請求項１３若しくは１４に記載の方法に従って設計及び／若しくは調製された、又は請求項１３若しくは１４に記載の方法に従って設計及び／若しくは調製された２種以上のペプチドを含むか若しくはコードしているペプチド、ポリ核酸、若しくはベクターのパネル、あるいは請求項１５に記載の方法に従って選択されたペプチド、ポリ核酸、又はベクターのパネル。
  18. 標的ヒト集団の被験体において１つ以上の標的ポリペプチドに対するＴ細胞応答を誘導する方法において使用するための、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターであって、前記ペプチド、又はコードされているペプチドのそれぞれが、
    （ａ）９〜５０アミノ酸長であり；かつ
    （ｂ）前記１つ以上の標的ポリペプチドの断片を含み、前記断片が、治療企図ヒト集団の被験体の少なくとも１０％において、
    ａ．前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
    ｂ．前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである標的ポリペプチドのアミノ酸配列；
    ｃ．前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ及び前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープを含む標的ポリペプチドのアミノ酸配列；又は
    ｄ．
    ｉ．少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであり；かつ
    ｉｉ．前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む
    標的ポリペプチドのアミノ酸配列
    を含むアミノ酸配列を含む、ペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクター。
  19. 請求項１７又は１８に記載のペプチドのパネル、又はペプチドのパネルをコードしている１つ以上のポリ核酸若しくはベクターを含む医薬組成物又はキットであって、任意で、少なくとも１つの薬学的に許容し得る希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物又はキット。
  20. ワクチン接種する、免疫療法を提供する、又は被験体において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する方法であって、請求項１９に記載の医薬組成物、又はキットのペプチドのパネル、ポリ核酸、若しくはベクターを前記被験体に投与することを含む方法。
  21. 前記ペプチド又は前記コードされているペプチドの１つ以上又はそれぞれが、
    （ａ）病原生物、ウイルス、又はがん細胞によって発現されるポリペプチドの断片であり；かつ
    （ｂ）前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープ又は前記被験体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである
    アミノ酸配列を含む、請求項２０に記載の方法。
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