JP2021502338A - 感染の治療のためのグリカン調製物 - Google Patents

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Abstract

グリカン調製物を使用して、病原体の有害作用を低減するか、防止するか又はそのリスクを低減する方法が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、病原体は、薬物耐性病原体である。

Description

関連出願
本願は、「ＭＡＮＡＧＥＭＥＮＴ ＯＦ ＩＮＦＥＣＴＩＯＮＳ」という名称の、２０１７年１１月３日に出願された米国仮特許出願第６２／５８１５１７号明細書、「ＭＡＮＡＧＥＭＥＮＴ ＯＦ ＩＮＦＥＣＴＩＯＮＳ」という名称の、２０１８年９月１４日に出願された米国仮特許出願第６２／７３１７４６号明細書及び「ＯＬＩＧＯＳＡＣＣＨＡＲＩＤＥ ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＯＦ ＵＳＥ ＴＨＥＲＥＯＦ ＦＯＲ ＲＥＤＵＣＩＮＧ ＡＭＭＯＮＩＡ ＬＥＶＥＬＳ」という名称の、２０１８年８月２１日に出願された米国仮特許出願第６２／７２０９２４号明細書の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）の下での利益を主張するものであり、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
抗生物質耐性菌による院内感染は、世界的な健康危機を引き起こす。感染は、一般的に治療が難しく、致命的であることが多い。カルバペネム耐性腸内細菌（ＣＲＥ）感染は、病原体及び感染を封じ込めるための周知の努力にもかかわらず、いくつかの集団では５０％を超える死亡率を有する。さらに、再発の可能性が存在する。いくつかの場合、「サイレント」コロニー形成が数年間持続する。
コロニー形成は、感染及び感染のリスクの増加と関連付けられ得る。ＣＲＥ及びバンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）コロニー形成は、感染のリスクの増加と関連している。非感染患者と比較して、ＶＲＥ及びＣＲＥ感染患者では感染の相対リスクがより高い。また、広域スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生生物によるコロニー形成を伴う血流感染（ＢＳＩ）のはるかに高いリスクも存在する。さらに、コロニー形成は、院内感染（ＨＡＩ）の伝播と深く関連している。ＣＲＥ、ＶＲＥ及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染は、医療を受けた後の獲得と関連している（例えば、中心線関連血流感染（ＣＬＡＢＳＩ）、カテーテル関連尿路感染（ＣＡＵＴＩ）及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染（ＣＤＩ））。
既存の脱コロニー形成レジメンは、持続せず、抵抗性を高める役割を果たす可能性がある。さらに、抵抗への懸念が広汎な採用を妨げている。一部の細菌及び一部の患者では、利用可能な有効な治療の選択肢がなく、最後の防衛線である抗生物質は、望ましくない副作用及び毒性に関連している。これらの感染の臨床管理のための追加のアプローチが必要とされている。
本明細書では、施設内の施設参加者に対する病原体（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体）の有害作用の治療、獲得の低減又はリザーバの低減の方法が提供される。一態様では、本発明は、施設内の第１の施設参加者に対する病原体（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体）の有害作用を治療することを特徴とする。いくつかの実施形態では、施設参加者は、第１の施設参加者又は第２の施設参加者である。いくつかの実施形態では、方法は、第１の施設参加者及び第２の施設参加者の一方又は両方に、第１の施設参加者に対する病原体の有害作用を低減するか、防止するか又はそのリスクを低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより第１の施設参加者に対する病原体の有害作用を低減するか、防止するか又はそのリスクを低減することを含む。
別の態様では、本発明は、施設における第１の施設参加者による病原体、例えば薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体の獲得を低減する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、方法は、第２の施設参加者に、第１の施設参加者による病原体の獲得を低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより施設における第１の施設参加者による病原体の獲得を低減することを含む。
さらに別の態様では、本発明は、施設における病原体、例えば薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体のリザーバを低減する方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、方法は、施設参加者に、施設参加者による病原体、例えば薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体の獲得を低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより施設におけるＭＤＲ生物のリザーバを低減することを含む。
さらに別の態様では、本発明は、ａ）病原体負荷、ｂ）抗生物質耐性遺伝子負荷、及びｃ）施設参加者における治療用調製物への応答のいずれかをモニタリング又は評価する方法であって、ａ）病原体、並びに／又はｂ）抗生物質耐性遺伝子及び／若しくはマイクロバイオーム分析（例えば、特定の治療用調製物への応答に関連する１つ以上の微生物の存在）の値を（例えば、施設参加者からの適切な試料、例えば糞便試料を分析することによって）取得し、それにより施設参加者をモニタリング又は評価することを含む方法を特徴とする。
あらゆる全ての態様において、いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から第２の施設参加者への病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体のリザーバを低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子要素のリザーバを低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から第２の施設参加者への薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体が感染を引き起こす割合を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体感染の重症度を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素がドナー微生物（例えば、第１の病原体）からレシピエント微生物（例えば、第２の病原体又は共生微生物）に導入される割合を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与され、任意選択により、微生物は、細菌分類群である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、施設参加者に対する有害作用を有する因子、例えば、例えば疾患を引き起こす病原性因子又は毒素の病原体による発現及び／又は放出を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体による施設参加者のＧＩ管（例えば、小腸、大腸又は結腸）内の微生物叢のディスバイオシスを低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から、病原体を宿し得る実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第２の施設参加者から、病原体を宿し得る実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。
いくつかの実施形態では、第１の施設参加者は、施設の患者又は居住者である。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者は、施設の患者又は居住者以外である。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者は、施設の患者又は居住者であり、及び第２の施設参加者は、施設の患者又は居住者である。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者は、施設の患者又は居住者であり、及び第２の施設参加者は、施設の患者又は居住者以外である。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者は、施設の患者又は居住者以外であり、及び第２の施設参加者は、施設の患者又は居住者である。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者は、施設の患者又は居住者以外であり、及び第２の施設参加者は、施設の患者又は居住者以外である。
いくつかの実施形態では、病原体を宿し得る実体は、別の個体である。
いくつかの実施形態では、病原体を宿し得る実体は、無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）である。
いくつかの実施形態では、方法は、有効なグリカン調製物を第１の施設参加者に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、有効なグリカン調製物を第２の施設参加者に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、有効なグリカン調製物を第１の施設参加者及び第２の施設参加者に投与することを含む。
いくつかの実施形態では、第１の施設参加者及び第２の施設参加者に投与される有効なグリカン調製物は、同一である。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者及び第２の施設参加者に投与される有効なグリカン調製物は、異なり、例えば投与量又は化学組成において異なる。
いくつかの実施形態では、有効なグリカン調製物は、同一のレジメンで例えば同一の日数にわたって第１の施設参加者及び第２の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、有効なグリカン調製物は、異なるレジメンで例えば異なる日数にわたって第１の施設参加者及び第２の施設参加者に投与される。
いくつかの実施形態では、有効なグリカン調製物は、施設に入るか又は入院する前に施設参加者（例えば、施設の患者、居住者又は職員である施設参加者）に投与される。いくつかの実施形態では、有効なグリカン調製物は、施設にいる間に施設参加者（例えば、施設の患者、居住者又は職員である施設参加者）に投与される。いくつかの実施形態では、有効なグリカン調製物は、施設を出た後に施設参加者（例えば、施設の患者、居住者又は職員である施設参加者）に投与される。
いくつかの実施形態では、第１及び第２の施設参加者は、独立して、ａ）患者又は居住者；ｂ）医療提供者、例えば医療従事者、例えば医師又は看護師である個人、ｃ）家事労働者；ｄ）警備員（例えば、守衛）；ｅ）保守員；ｆ）調理師；ｇ）洗濯作業員；ｈ）管理労働者、例えばアドミッションワーカー；ｉ）ソーシャルワーカー；ｊ）訪問者又はゲスト；ｋ）（ｂ）〜（ｉ）に該当しない施設従業員（例えば、教師、兵士、水夫、役人）；ｌ）（ａ）患者又は居住者の第１の施設参加者と直接の接触を有するｂ）〜ｋ）の個人；ｍ）（ａ）患者又は居住者の第１の施設参加者と直接の接触を有しないｂ）〜ｋ）の個人から選択される。
いくつかの実施形態では、方法は、グリカン調製物をクラスａ〜ｍの複数、例えばクラスａ〜ｍの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は全てからの個人に投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、ａ〜ｍのクラスの個人の少なくとも５０、６０、７０、８０、９０若しくは９５％又は全てがグリカン調製物を投与されることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、クラスａ〜ｍの複数、例えばクラスａ〜ｍの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は全てからの個人の少なくとも５０、６０、７０、８０、９０若しくは９５％又は全てがグリカン調製物を投与されることを含む。
いくつかの実施形態では、施設参加者は、病原体に感染しており、任意選択により、施設参加者は、無症候性である（例えば、検出可能又は診断可能な感染の兆候を示さない）。いくつかの実施形態では、第１の施設参加者のリザーバ（例えば、病原体リザーバ又は耐性遺伝子リザーバ）は、低減される。いくつかの実施形態では、第２の施設参加者のリザーバ（例えば、病原体リザーバ又は耐性遺伝子リザーバ）は、低減される。いくつかの実施形態では、リザーバ（例えば、病原体リザーバ又は耐性遺伝子リザーバ）は、複数の施設参加者において低減される。
いくつかの実施形態では、ドナー微生物及びレシピエント微生物は、同じ分類群（例えば、属、種又は株）からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー微生物及びレシピエント微生物は、異なる分類群（例えば、属、種又は株）からのものである。いくつかの実施形態では、分類群は、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、プレシオモナス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）又はサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）を含む属）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む属）、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）を含む属）の１つ以上である。
いくつかの実施形態では、レシピエント微生物は、ドナー微生物と比較してより病原性であるか、又は施設参加者（例えば、第１の施設参加者）に対して追加の若しくはより重篤な有害作用を有する。いくつかの実施形態では、ドナー微生物は、レシピエント微生物と比較してより病原性であるか、又は施設参加者（例えば、第１の施設参加者）に対して追加の若しくはより重篤な有害作用を有する。
いくつかの実施形態では、有害作用（例えば、第１の施設参加者に対する）は、感染（例えば、細菌感染又は菌血症）である。
いくつかの実施形態では、感染は、血流感染、ＵＴＩ又は呼吸器感染である。
いくつかの実施形態では、病原性因子又は毒素は、志賀毒素、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）熱不安定性毒素並びにクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ａ及びＢの１つである。
いくつかの実施形態では、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素は、ＭｅｃＡ、ＫＰＣ、ＮＤＭ、ＯＸＡ、ＳＨＶ、ＴＩＭ、ＣＴＸ−Ｍ、ＶＩＭ、ＡｍｐＣ、ＶａｎＡ、ＶａｎＢ、フルオロキノリン耐性遺伝子（例えば、Ｑｎｒ）、トリメトプリム耐性遺伝子（例えば、ジヒドロ葉酸還元酵素）、スルファメトキサゾール耐性遺伝子（例えば、ジヒドロプテロエートシンテターゼ）、シプロフロキサシン耐性遺伝子及びアミノグリコシド耐性遺伝子（例えば、リボソームメチルトランスフェラーゼ）の１つである。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、施設参加者の腸（例えば、小腸、大腸又は結腸）内の病原体のレベルを低減するのに有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、施設参加者、例えば第１及び／又は第２の施設参加者における病原体によるコロニー形成を調節する（例えば、低減又は阻害する）か、又は脱コロニー形成を調節する（例えば、増加させる）のに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、治療は、第１の施設参加者、第２の施設参加者又は両方に対する病原体の有害作用のリスクを低減することを含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、第１及び／若しくは第２の施設参加者又は複数の施設参加者において、ａ）病原体バイオマス（例えば、病原体の数及び／或いは薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素キャリアの数）が調節されることを調節すること；ｂ）施設参加者によって（例えば、常在腸内微生物叢及び／又は宿主（例えば、ヒト細胞）によって）産生される抗微生物化合物のレベルを調節する（例えば、増加させる）こと；ｃ）ＧＩ管（例えば、小腸、大腸又は結腸）の環境を調節する、例えばｐＨを低減する（例えば、例えば、常在腸内微生物叢によって産生される乳酸の産生又はレベルを増加させることによる）こと；ｄ）薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素のドナー微生物のコンピテンシーの状態又は接合特性を調節する（例えば、低減する）こと；ｅ）薬剤耐性若しくは抗生物質耐性の遺伝子又はＭＤＲ要素のレシピエントの数を調節する（例えば、低減する）こと；ｆ）薬剤耐性若しくは抗生物質耐性の遺伝子又はＭＤＲ要素のコピー数（例えば、例えばドナー微生物における）総コピー数）を調節する（例えば、低減する）こと；及び／又はｇ）適応度欠乏を調節する（例えば、増加させる）（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を保有する負担を増加させる）ことのために有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ａ）常在腸内微生物叢において、病原体及び／或いは薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素キャリアの存在量（例えば、総数又は相対数）を減少させること；及び／又はｂ）常在腸内微生物叢において、共生菌又は有益な菌の存在量（例えば、総数又は相対数）を増加させることのために有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、常在腸内微生物叢において、共生菌又は有益な菌の存在量（例えば、総数又は相対数）を増加させ、それにより病原体のコロニー形成可能な空間の面積を低減するのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、常在腸内微生物叢において、共生菌又は有益な菌の存在量（例えば、総数又は相対数）を増加させ、それにより抗微生物防御化合物、例えばバクテリオシン、ＡＭＰ（抗微生物ペプチド）、過酸化水素又は酢酸塩（低ｐＨ）のレベルを増加させるのに有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、病原体は、細菌である。いくつかの実施形態では、病原体は、薬物耐性又は抗生物質耐性病原体、例えば細菌である。いくつかの実施形態では、病原体は、多剤耐性（ＭＤＲ）保有病原体、例えば細菌である。いくつかの実施形態では、病原体は、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）、カルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ））である。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、ｉ）癌治療を受けたことがあり；ｉｉ）移植レシピエント、例えば造血幹細胞レシピエントであり；ｉｉｉ）免疫抑制を受けたことがあり、及び／又はｉｖ）自己免疫疾患（例えば、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、シェーグレン症候群若しくはクローン病）を有する。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、嚢胞性線維症を有する。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、免疫系の欠陥、例えばｉ）後天的欠陥、例えばＨＩＶ／ＡＩＤＳ、又はｉｉ）遺伝性若しくは先天性欠陥、例えばＳＣＩＤ、ＣＶＩＤ、ブルートン型無ガンマグロブリン血症若しくは自己免疫疾患（例えば、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、シェーグレン症候群若しくはクローン病）を有する。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、慢性障害又は疾患を有する。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、ｉ）乳児、又はｉｉ）高齢者である。いくつかの実施形態では、施設参加者は、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５又は８０歳を超えている。いくつかの実施形態では、施設参加者は、１、２、３、６、１２、２４又は３６ヶ月未満の年齢である。いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、免疫不全状態であるか、又は免疫機能を低減する治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、透析治療を受けているか、受けたことがあるか又は受けることになる。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者は、侵襲的である、例えば皮膚を傷つける治療、例えば手術又はデバイス（例えば、カテーテル若しくはステント）の挿入若しくは留置、又は人工呼吸器、点滴ライン、侵入型モニター若しくは食品アプリケーターへの接続（経口、経直腸、経腸、ＩＶなど）を受けているか、受けたことがあるか又は受けることになる。
いくつかの実施形態では、施設は、病院、診療所、リハビリ施設、メンタルヘルス施設、集中治療施設（ＩＣＵ）、新生児施設、癌治療施設、看護施設、薬物治療施設、トレーニング施設、臨床試験施設、入院施設、外来施設を含む。いくつかの実施形態では、施設は、長期介護施設、例えば老人ホームを含む。いくつかの実施形態では、施設は、刑務所又は他の矯正施設若しくは刑罰施設を含む。いくつかの実施形態では、施設は、船、例えばクルーズ船又は軍用船を含む。いくつかの実施形態では、施設は、軍事施設、運動施設、教育施設（学校、キャンプ）又はレジャー施設（例えば、ホテル若しくはリゾート）を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、施設参加者に第２の治療、例えば抗生物質を投与することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、施設での作業前及び／又は施設での作業中に施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｉ）施設に入る前、ｉｉ）施設にいる間、ｉｉｉ）施設からの解放時若しくは後、又は（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）の組み合わせで施設参加者に投与される。
いくつかの実施形態では、方法は、施設参加者から病原体（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体）のレベルを取得すること（例えば、施設参加者の試料を分析することにより）、任意選択により取得を２回、３回、４回又はそれを超える回数反復することを含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｉ）グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース又はラムノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；ｉｉ）グリカン調製物中のグリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０、０．０１〜０．６、０．０５〜０．５、０．１〜０．４又は０．１５〜０．４であること；ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンポリマーの少なくとも５０％（少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％若しくは８５％又は５０％未満）は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位、少なくとも５〜２５未満のグリカン単位又は少なくとも１０〜３５未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８、約８〜１３、約１３〜２５、約５〜１５、約５〜２０又は約５〜１５であること；ｖ）前記グリカン調製物のグリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、０又は約０．８：１〜約５：１、約１：１〜約５：１、約１：１〜約３：１、約３：２〜約２：１若しくは約３：２〜約３：１であること、ｖｉ）前記グリカン調製物は、１５ｍｏｌ％〜７５ｍｏｌ％（２０ｍｏｌ％〜６０ｍｏｌ％、２５ｍｏｌ％〜５０ｍｏｌ％又は３０ｍｏｌ％〜４５ｍｏｌ％）の１，６グリコシド結合を含むこと；ｖｉｉ）グリカン調製物は、１ｍｏｌ％〜４０ｍｏｌ％（１ｍｏｌ％〜３０ｍｏｌ％、５ｍｏｌ％〜２５ｍｏｌ％、１０ｍｏｌ％〜２０ｍｏｌ％）の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；ｖｉｉｉ）グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約５０（少なくとも約６０、７０、少なくとも約７５又は５０未満）Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；又はｉｘ）グリカン調製物は、少なくとも５０％（少なくとも６０％、７０％、８０％若しくは少なくとも９０％又は５０％未満）の食物繊維含量を有すること、ｘ）ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つのいずれかの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、ＤＢは、０、０．０１〜０．０５、０．０１〜０．１５、０．０１〜０．２、０．０５〜０．２、０．１〜０．３、０．１〜０．４、０．１〜０．５、０．１〜０．６、０．１〜０．７、０．２〜０．５、０．１５〜０．６５又は０．４〜０．７５である。いくつかの実施形態では、ＤＢは、０．３５未満である。いくつかの実施形態では、ＤＢは、少なくとも０．３５である。いくつかの実施形態では、ＤＢは、０．１〜０．３である。いくつかの実施形態では、ＤＢは、０．３〜０．６である。いくつかの実施形態では、ＤＢは、０．０１〜０．１である。
いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物中のグリカンの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物中のグリカンの少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％又は８５％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物中のグリカンの５０％未満は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、ＤＰは、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位、少なくとも３〜１５未満のグリカン単位、少なくとも３〜２０未満のグリカン単位、少なくとも３〜２５未満のグリカン単位、少なくとも４〜１５未満のグリカン単位、少なくとも４〜２０未満のグリカン単位、少なくとも４〜２５未満のグリカン単位、少なくとも５〜１５未満のグリカン単位、少なくとも５〜２０未満のグリカン単位、少なくとも５〜２５未満のグリカン単位、少なくとも５〜３０未満のグリカン単位、少なくとも６〜１５未満のグリカン単位、少なくとも６〜２０未満のグリカン単位、少なくとも６〜２５未満のグリカン単位、少なくとも６〜３０未満のグリカン単位、少なくとも８〜１５未満のグリカン単位、少なくとも８〜２０未満のグリカン単位、少なくとも８〜２５未満のグリカン単位、少なくとも８〜３０未満のグリカン単位、少なくとも１０〜２０未満のグリカン単位又は少なくとも１０〜３０未満のグリカン単位である。いくつかの実施形態では、ＤＰは、３〜８である。いくつかの実施形態では、ＤＰは、８〜１３である。いくつかの実施形態では、ＤＰは、１３〜２５である。いくつかの実施形態では、ＤＰは、５〜２５である。いくつかの実施形態では、ＤＰは、１０〜３５である。
いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約０．８：１〜５：１である。いくつかの実施形態では、アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約０．１：１〜約４：１、０．２：１〜約４：１、０．３：１〜約４：１、０．４：１〜約４：１、０．５：１〜約４：１、０．６：１〜約４：１、０．７：１〜約４：１、０．８：１〜約４：１、０．９：１〜約４：１、１：１〜約２：１、１：１〜約３：１、１：１〜４：１、約２：１〜約４：１、２：１〜５：１、約３：１〜約５：１又は４：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約５：１である。いくつかの実施形態では、アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１である。いくつかの実施形態では、アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約３：２〜約２：１である。いくつかの実施形態では、アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約３：２〜約３：１である。
いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物の水中最終溶解限度は、少なくとも５０Ｂｒｉｘである。いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物の水中最終溶解限度は、２３℃で少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、又は少なくとも約７０、又は少なくとも約７５Ｂｒｉｘである。いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物の水中最終溶解限度は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘである。いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物の水中最終溶解限度は、２３℃で約５０Ｂｒｉｘ以下、約４０Ｂｒｉｘ以下、約３０Ｂｒｉｘ以下、約２０Ｂｒｉｘ以下、約１０Ｂｒｉｘ以下又は約５Ｂｒｉｘ以下である。
いくつかの実施形態では、グリカンポリマー調製物は、少なくとも５０％、６０％、７０％又は少なくとも８０％の総食物繊維含有量（方法ＡＯＡＣ ２００９．０１によって測定される）を有する。
いくつかの実施形態では、方法は、第１及び／又は第２の施設参加者に第２の治療を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、第２の治療は、抗生物質を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、施設参加者は、施設内の作業者又は将来の作業者であり、及び結果に応答して、施設参加者に施設へのアクセスを許可することを評価する。
いくつかの実施形態では、施設参加者は、施設の患者若しくは居住者又は将来の患者若しくは居住者であり、及び結果に応答して、施設参加者に施設への入場を許可することを評価する。
いくつかの実施形態では、施設参加者は、施設の患者若しくは居住者又は将来の患者若しくは居住者であり、及び結果に応答して、病原体を獲得するリスクを評価し、任意選択により、さらなる治療及び／又は治療レジメン若しくはケアに対する変更若しくは調整を評価する。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース又はラムノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．０５〜０．５であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜２０であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約０．８：１〜約５：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、１５モル％〜７５モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１モル％〜３０モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
いくつかの実施形態では、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース、ガラクトース又はマンノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．０５〜０．５であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜１５であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約０．８：１〜約５：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、１５モル％〜７５モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１モル％〜３０モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
いくつかの実施形態では、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む。
任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース又はガラクトースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの前記平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
いくつかの実施形態では、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む。
任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース、ガラクトース、マンノース、ラムノース、フコース、キシロース又はアラビノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．８（例えば、０．１〜０．５又は０．１〜０．６）であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の前記平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約ＤＰ３〜約ＤＰ１５（例えば、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０、約ＤＰ５〜約ＤＰ１５、約ＤＰ４〜約ＤＰ１２又は約ＤＰ６〜約ＤＰ１２の平均ＤＰ）であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約４：１（例えば、約１：１〜約２：１又は約１：１〜約３：１）であること；
ｖｉ）約５０％〜約９０％のアルファグリコシド結合（例えば、約５５％〜約７５％又は約５０％〜約７０％のアルファグリコシド結合）を含む調製物、
ｖｉｉ）約１０％〜約５０％のベータグリコシド結合（例えば、約２５％〜約４５％又は約３０％〜約５０％のベータグリコシド結合）を含む調製物、
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１０〜７０モル％（例えば、３０〜６０モル％）の１，６−グリコシド結合（例えば、キシロース、フコース及びアラビノース含有グリカンポリマー調製物：０〜６０モル％の１，６−グリコシド結合、例えば０モル％）を含むこと、
ｉｘ）グリカン調製物は、１〜３０モル％（例えば、３〜３０モル％）の１，２−グリコシド結合；１〜３０モル％（例えば、３〜３０モル％）の１，３−グリコシド結合及び１〜３０モル％（例えば、３〜３０モル％）の１，４−グリコシド結合を含むこと；
ｘ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；
ｘｉ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％（方法ＡＯＡＣ ２００９．０１で測定）の食物繊維含有量を有すること；
ｘｉｉ）前記グリカン調製物は、約１〜２．８（例えば、約１．１〜約２．２）の多分散性（ＰＤ）を有すること；
ｘｉｉｉ）前記グリカン調製物は、約１％〜約５０％（例えば、約５％〜３０％又は約１％〜１５％）のフラノース総含有量を有すること；又は
ｘｉｖ）ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）、ｉｘ）、ｘ）、ｘｉ）、ｘｉｉ）及びｘｉｉｉ）の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２又は１３のいずれかの組み合わせ
を含み、任意選択により、グリカン調製物は、医薬品グレードである（例えば、医薬品ＧＭＰの下で製造される）か；又はグリカンポリマー調製物は、食品グレードであり（例えば、食品ＧＭＰの下で製造される）；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、粉末（例えば、乾燥粉末）又はシロップである、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、グリカンポリマーは、グルコースグリカン単位を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇｌｕ１００である。いくつかの実施形態では、ｇｌｕ１００グリカン調製物は、表４ａ及び４ｂに記載されているｇｌｕ１００の特性を有する。
いくつかの実施形態では、グリカンポリマーは、グルコース及びガラクトースグリカン単位を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０である。いくつかの実施形態では、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０グリカン調製物は、表４ａ及び４ｂに記載されているｇｌｕ５０ｇａｌ５０の特性を有する。
いくつかの実施形態では、グリカンポリマーは、グルコース、ガラクトース及びマンノースグリカン単位を含む。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．５であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の前記平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約ＤＰ４〜約ＤＰ１２（例えば、約ＤＰ５〜約ＤＰ１０）であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約２：１であること；
ｖｉ）約５０％〜約７５％のアルファグリコシド結合を含む調製物、
ｖｉｉ）約２５％〜約５０％のベータグリコシド結合を含む調製物、
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、３０〜７０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｉｘ）グリカン調製物は、１〜３０モル％の１，２−グリコシド結合；３〜３０モル％の１，３−グリコシド結合及び３〜３０モル％の１，４−グリコシド結合を含むこと；
ｘ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；
ｘｉ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％（方法ＡＯＡＣ ２００９．０１で測定）の食物繊維含有量を有すること；
ｘｉｉ）前記グリカン調製物は、約１．１〜約２．２の多分散性（ＰＤ）を有すること；
ｘｉｉｉ）前記グリカン調製物は、約１％〜約３０％のフラノース総含有量を有すること；又は
ｘｉｖ）ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）、ｉｘ）、ｘ）、ｘｉ）、ｘｉｉ）及びｘｉｉｉ）の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２又は１３のいずれかの組み合わせ
を含み、任意選択により、グリカン調製物は、医薬品グレードである（例えば、医薬品ＧＭＰの下で製造される）か；又はグリカンポリマー調製物は、食品グレードであり（例えば、食品ＧＭＰの下で製造される）；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、粉末（例えば、乾燥粉末）又はシロップである、方法を対象とする。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース及びガラクトースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．６であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の前記平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約ＤＰ５〜約ＤＰ１５（ＤＰ６〜約ＤＰ１２）であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
ｖｉ）約５５％〜約７５％を含む調製物、
ｖｉｉ）約２５％〜約４５％のベータグリコシド結合を含む調製物、
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１０〜７０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｉｘ）グリカン調製物は、１〜３０モル％の１，２−グリコシド結合；１〜３０モル％の１，３−グリコシド結合及び１〜３０モル％の１，４−グリコシド結合を含むこと；
ｘ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；
ｘｉ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％（方法ＡＯＡＣ ２００９．０１で測定）の食物繊維含有量を有すること；
ｘｉｉ）前記グリカン調製物は、約１．１〜約２．５の多分散性（ＰＤ）を有すること；
ｘｉｉｉ）前記グリカン調製物は、約１％〜約５０％（例えば、約５％〜３０％）のフラノース総含有量を有すること；又は
ｘｉｖ）ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）、ｉｘ）、ｘ）、ｘｉ）、ｘｉｉ）及びｘｉｉｉ）の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２又は１３のいずれかの組み合わせ
を含み、任意選択により、グリカン調製物は、医薬品グレードである（例えば、医薬品ＧＭＰの下で製造される）か；又はグリカンポリマー調製物は、食品グレードであり（例えば、食品ＧＭＰの下で製造される）；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、粉末（例えば、乾燥粉末）又はシロップである、方法を対象とする。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース、ガラクトース及びマンノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．６であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の前記平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約ＤＰ５〜約ＤＰ１５（ＤＰ６〜約ＤＰ１２）であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
ｖｉ）約５５％〜約７５％を含む調製物、
ｖｉｉ）約２５％〜約４５％のベータグリコシド結合を含む調製物、
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１０〜７０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｉｘ）グリカン調製物は、１〜３０モル％の１，２−グリコシド結合；１〜３０モル％の１，３−グリコシド結合及び１〜３０モル％の１，４−グリコシド結合を含むこと；
ｘ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；
ｘｉ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％（方法ＡＯＡＣ ２００９．０１で測定）の食物繊維含有量を有すること；
ｘｉｉ）前記グリカン調製物は、約１．１〜約２．５の多分散性（ＰＤ）を有すること；
ｘｉｉｉ）前記グリカン調製物は、約１％〜約５０％（例えば、約５％〜３０％）のフラノース総含有量を有すること；又は
ｘｉｖ）ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）、ｉｘ）、ｘ）、ｘｉ）、ｘｉｉ）及びｘｉｉｉ）の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２又は１３のいずれかの組み合わせ
を含み、任意選択により、グリカン調製物は、医薬品グレードである（例えば、医薬品ＧＭＰの下で製造される）か；又はグリカンポリマー調製物は、食品グレードであり（例えば、食品ＧＭＰの下で製造される）；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、粉末（例えば、乾燥粉末）又はシロップである、方法を対象とする。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの前記平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの４５％〜５５％は、少なくとも３〜１０以下のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約１．５：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース又はガラクトースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの前記平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含み；任意選択により、グリカン調製物は、医薬品グレードである（例えば、医薬品ＧＭＰの下で製造される）か；又はグリカンポリマー調製物は、食品グレードであり（例えば、食品ＧＭＰの下で製造される）；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、粉末（例えば、乾燥粉末）又はシロップである。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース及びガラクトースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの前記平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの４５％〜５５％は、少なくとも３〜１０以下のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約２：１〜約３：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
別の態様では、本発明は、対象、例えばヒト対象における感染を管理するための方法であって、感染を治療するのに有効な量において且つ十分な時間にわたってグリカン調製物を投与することを含み、グリカン調製物は、
ｉ）グルコース又はガラクトースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの前記平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
を含む、方法を対象とする。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含み；任意選択により、グリカン調製物は、医薬品グレードである（例えば、医薬品ＧＭＰの下で製造される）か；又はグリカンポリマー調製物は、食品グレードであり（例えば、食品ＧＭＰの下で製造される）；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、粉末（例えば、乾燥粉末）又はシロップである。任意選択により、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートし、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、例えば広域スペクトルベータラクタマーゼ）（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、少なくとも２つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）分類群の増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＣＲＥの増殖をサポートせず；さらに、任意選択により、グリカン調製物は、ＶＲＥの増殖をサポートせず、さらに、任意選択により、グリカン調製物は、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、ヒト対象は、移植レシピエント、例えば造血幹細胞（ＨＳＣＴ）レシピエント又は肝移植レシピエントである。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＶＲＥでコロニー形成されている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、癌治療を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、免疫抑制を受けたことがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、細菌感染の危険性が高い（例えば、移植前の免疫系の切除による）。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、末期肝疾患（ＥＳＤＬ）を有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、肝移植待機リストに載っている。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、感染のために移植リストから除外されるリスクがある。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、菌血症を発症する。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、ＩＣＵ施設にいる。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、危篤状態又は高リスクの対象において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、感染（菌血症）を有する対象群：尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を有する、化学療法を受けている対象、抗生物質で治療された対象、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫不全状態の対象）、肝性脳症（ＨＥ）の対象の、対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
いくつかの実施形態では、前述の特性のいずれかを含むグリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、前述の方法（又はプロセス）のいずれかによって得ることができる（又はそれから製造することができる）グリカン調製物が提供される。
本発明の１つ以上の態様及び実施形態の詳細は、本明細書に記載されている。本発明の他の特徴、目的及び利点は、詳細な説明、図面、実施例及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。
１６〜２０．５分でのｇｌｕ１００サンプルの代表的なＳＥＣ曲線であり、平均ＭＷ並びに曲線の前縁及び後縁の両方における最大吸収の１０％位置でのＭＷを示す。 ｇｌｕ１００サンプルの１Ｈ−１３Ｃ ＨＳＱＣスペクトルの代表的なアノマー領域であり、アルファ−及びベータ−グリコシド結合のシグナル分布を示す。 ｇｌｕ１００（図３Ａ）、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０（図３Ｂ）及びｇａｌ１００（図３Ｃ）試料の１Ｈ−１３Ｃ ＨＳＱＣスペクトルの一連の代表的なアノマー領域であり、フィンガープリントピークの相加効果を示す。 ３つの代表的な過メチル化及び加水分解グリカン、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０（図４Ａ）、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９（図４Ｂ）及びｇｌｕ１００（図４Ｃ）の代表的なＧＣクロマトグラムであり、既知の標準との比較によって割り当てた位置化学の分布を示す。 ｇｌｕ１００サンプル１Ｈ−１３Ｃ ＨＳＱＣスペクトルのアノマー領域におけるピークの代表的な部分的帰属であり、アルファ異性体を低磁場（この場合、１Ｈ＞４．８ｐｐｍ）に、ベータ異性体を高磁場（この場合、１Ｈ＜４．８ｐｐｍ）に有する１Ｈ軸での、アルファ異性体とベータ異性体間の分離を示す。さらに、末端糖及び内部糖は、末端糖を高磁場（この場合、アルファでは１３Ｃ＜９４ｐｐｍ、ベータでは１３Ｃ＜１００ｐｐｍ）に、内部糖を低磁場（この場合、アルファでは１３Ｃ＞９４ｐｐｍ、ベータでは１３Ｃ＞１００ｐｐｍ）に有する１３Ｃ軸において区別することができる。 ｍａｎ１００（図６Ａ）及びｘｙｌ１００（図６Ｂ）の１Ｈ−１３Ｃ ＨＳＱＣスペクトルの一連のアノマー領域である。 グリカンの存在下で２４時間増殖させたカルバペネム耐性腸内細菌（ＣＲＥ）の大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）の増殖を示す棒グラフであり、グリカンを添加しない対照に対して標準化されている。ＣＲＥ大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の増殖を、１０％を超えて減少させるグリカンがプロットされる。対照に正規化された平均インデックス（１スケールの群の増殖＊スケールされた病原体の増殖）±標準偏差が示される。 グリカンの存在下で２４時間増殖させたバンコマイシン耐性腸内細菌（ＶＲＥ）のエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）の増殖を示す棒グラフであり、グリカンを添加しない対照に対して標準化されている。ＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ）の増殖を、５％を超えて減少させるグリカンがプロットされる。対照に正規化された平均インデックス（１スケールの群の増殖＊スケールされた病原体の増殖）±標準偏差が示される。 グリカンの存在下で２４時間増殖させたカルバペネム耐性腸内細菌（ＣＲＥ）の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅ）の増殖を示す棒グラフであり、グリカンを添加しない対照に対して標準化されている。ＣＲＥ肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅ）の増殖を、１０％を超えて減少させるグリカンがプロットされる。対照に正規化された平均インデックス（１スケールの群の増殖＊スケールされた病原体の増殖）±標準偏差が示される。 ５人の幹細胞移植患者からの糞便試料に加えられた場合のカルバペネム耐性腸内細菌（ＣＲＥ）の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅ）の増殖の減少を示すグラフである。表示されている全てのデータは、共生群の増殖の上位８０パーセンタイルであり、病原体の増殖の減少順に並んでいる。嫌気性フェーズ後の好気性増殖（病原体の増殖）の対数中期までの時間の逆数が示される。 病原菌の増殖速度を低下させるグリカン調製物を同定するためのハイスループットスクリーニング方法の説明図である。健常ドナーからの糞便スラリーは、嫌気性条件下において、病原体を伴って又は伴わずに９６ウェルマイクロプレートで培養される（左）。次いで、試料を選択培地に移し（中央）、好気性増殖曲線を測定する（右）。 ハイスループットスクリーニングの結果を提供するグラフである。嫌気性ＯＤ６００及び好気性増殖曲線から計算された対数中期までの時間により、病原菌の増殖に対する共生生物の増殖をサポートするグリカン調製物の選択（例えば、高嫌気性ＯＤ６００及び対数中期までの期間が長いものの選択）が可能となる。 選択されたグリカン調製物が病原体の増殖（ＶＲＥ及びＣＲＥ）をサポートしないことを示すグラフである。各データポイントは、水に対して、グリカン調製物の存在下で増殖した単一の病原体株の増殖曲線下の領域を表す。各グリカン調製物は、それぞれ７つの大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（ＣＲＥ Ｅ．ｃｏｌｉ）株（図１３Ａ、上パネル）、１０個の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（ＣＲＥ Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株（図１３Ａ、下パネル）及び１１個のエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）（ＶＲＥ）株（図１３Ｂ）の増殖について試験された。さらに、各グリカン調製物を２つのクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株の増殖について試験した（図１３Ｃ）。 健常対象及びＩＣＵで抗生物質を投与されている患者からのマイクロバイオーム試料の相対的なアルファ多様性のグラフを提供する。特に、ＩＣＵで抗生物質を投与されている患者のマイクロバイオームは、健常対象（左パネル）のものよりもはるかに多様性が低く、ＩＣＵ患者の細菌組成は、健常対象のもの（ＰＣプロットの左側に密集）と大きく異なる（右パネル）。 選択されたグリカン調製物及び市販の繊維と試料とをインキュベートした後、ＩＣＵで抗生物質を投与されている１３人の患者からのマイクロバイオーム試料におけるＣＲＥ病原体の、対照（水）と比較した相対存在量の倍率変化を示すグラフである。 インキュベーション後にＩＣＵで抗生物質を投与されている１３人の患者（Ｐｔ）と、試料をＧｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０（図１６Ａ）、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０（図１６Ｂ）及びＧｌｕ５０Ｇａｌ５０（図１６Ｃ）とインキュベートした後の健常患者からの個々のマイクロバイオーム試料における対照（水）との比較及びＣＲＥ病原体の相対存在量を示すグラフである。 対照（水）と比較して、選択されたグリカン調製物及び市販の繊維と試料をインキュベートした後、ＩＣＵで抗生物質を投与されている１３人の患者からのマイクロバイオーム試料におけるＶＲＥ病原体の相対存在量の倍率変化を示すグラフである。 インキュベーション後にＩＣＵで抗生物質を投与されている１３人の患者（Ｐｔ）と、試料をＧｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０（図１８Ａ）及びＧｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０（図１８Ｂ）とインキュベートした後の健常患者からの個々のマイクロバイオーム試料における対照（水）との比較及びＶＲＥ病原体の相対存在量を示すグラフである。 グリカンを共生細菌と組み合わせて、以前にグリカン調製物による投与に応答しなかった病原体レベルを有するＩＣＵ患者からの試料中の病原体の存在量を減少させるシンバイオティック効果を示すグラフである。 未修飾グリカン調製物と、実施例１８に記載されるように、アミンカラムフラッシュクロマトグラフィーによって脱モノマー化されたグリカン調製物とのＳＥＣ−ＨＰＬＣクロマトグラムを重ねて示す。
グリカン調製物（例えば、本明細書に記載されるグリカン調製物）の投与により、対象（施設参加者など）における病原体（の存在又はレベル）を調節する、例えば病原体のコロニー形成を低減又は防止するか、病原体のレベルを低下させるか、又は対象における病原体の有害作用のリスクを低減する方法が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、病原体は、薬物耐性病原体（例えば、抗生物質耐性病原体又は多剤耐性（ＭＤＲ）病原体）である。提供される方法は、施設、例えばヘルスケア施設（例えば、集中治療室（ＩＣＵ）、長期（ＬＴ）治療施設など）又は対象が接近して留まる他の施設、例えばｉ）刑務所又は他の矯正施設、ｉｉ）学校、大学のキャンパス、キャンプ又は他の教育施設、ｉｉｉ）リゾート、ホテル、クルーズ船又は他の旅行及びレジャー施設、ｉｖ）スポーツ施設、例えばアスレチッククラブ、スパ、ロッカールーム、チームトランスポートなど、又はｖ）薬物耐性病原体が特に懸念される他の施設で特に有用である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、第１の対象及び第２の対象の一方又は両方への投与を含む。いくつかの実施形態では、第１の対象及び第２の対象は、第１の施設参加者又は第２の施設参加者を含む。本明細書に記載される対象（例えば、第１の対象又は第２の対象、例えば第１の施設参加者又は第２の施設参加者）は、ａ）病院、診療所又は入院施設などのヘルスケア施設の患者又は居住者；ｂ）医療提供者、例えば医療従事者、例えば医師、看護師又は医師のアシスタント、技術者若しくは技師である個人、ｃ）家事労働者；ｄ）警備員；ｅ）保守員；ｆ）調理師；ｇ）洗濯作業員；ｈ）管理労働者、例えばアドミッションワーカー；ｉ）ソーシャルワーカー；ｊ）訪問者ｋ）施設の従業員；ｌ）上記の代替の場所（ｉ〜ｖ、例えば矯正施設、教育施設、レジャー施設、運動施設）のメンバー、居住者、労働者又はスタッフメンバー、ｍ）対象と直接の接触を有するｂ）〜ｌ）の個人；又はｎ）対象と直接の接触を有しないｂ）〜ｌ）の個人を含み得る。
いくつかの実施形態では、第１の対象（例えば、施設参加者）又は第２の対象（例えば、施設参加者）は、患者を含む。いくつかの実施形態では、患者は、ハイリスク患者である。いくつかの実施形態では、患者は、免疫抑制されている。いくつかの実施形態では、患者は、現在又は以前に癌を有していたか、又は臓器若しくは組織の移植を受けたことがある。いくつかの実施形態では、患者は、感染した又はコロニー形成した患者の近くにいるか又は曝露されている。いくつかの実施形態では、患者は、成人（例えば、高齢者）である。いくつかの実施形態では、患者は、小児である。いくつかの実施形態では、患者は、乳児である。
いくつかの実施形態では、施設（例えば、ＩＣＵ、長期治療施設又は老人ホーム）に入る前の対象へのグリカン調製物の投与が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、対象は、医療従事者（例えば、医師、看護師）、補助施設スタッフメンバー（例えば、調理スタッフ、清掃スタッフ、セキュリティスタッフ、メンテナンススタッフ）又は患者（例えば、来院患者又は将来の患者）である。いくつかの実施形態では、ａ）病原体負荷、ｂ）抗生物質耐性遺伝子負荷、又はｃ）（ＩＣＵ／長期治療施設の）医療従事者、来院患者／将来の患者又は入院患者における治療用調製物への応答の１つ以上をモニタリングする方法であって、ａ）病原体、並びに／又はｂ）抗生物質耐性遺伝子及び／又はマイクロバイオーム分析（例えば、特定の治療用調製物への応答することが知られている１つ以上の微生物の存在）のために、対象（例えば、施設参加者）からの適切な試料、例えば糞便試料を分析することを含む方法が提供される。
いくつかの実施形態では、第１の施設参加者及び第２の施設参加者の一方又は両方に対する病原体のコロニー形成を低減するか、コロニー形成を予防するか、又は有害作用のリスクを軽減若しくは予防するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより施設参加者に対する病原体の有害作用を低減するか、防止するか又はそのリスクを低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアから胃腸管（例えば、ＧＩ管の全体又はＧＩ管の一部、例えば小腸又は大腸）で脱コロニー形成する方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、胃腸管内の微生物群を共生集団へとシフトすること、例えばそれにより病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアを置換する（例えば、打ち負かす）ことを含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、全ての施設参加者又はそのサブセットに対するものである。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、感染又はコロニー形成などの有害事象のリスクが高いと見なされる施設参加者に対するものである。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、他の未治療の参加者への病原体の伝播を低減するために提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から第２の施設参加者への病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。そのような低減は、第１の施設参加者の環境及び第２の施設参加者に関連する環境の両方に由来する、本明細書に記載の試料のいずれかから、本明細書に記載の方法のいずれかによって測定され得る。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から、病原体を宿し得る実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、実体は、別の個体である。いくつかの実施形態では、実体は、無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）である。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第２の施設参加者から、病原体を宿し得る実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、実体は、別の個体である。いくつかの実施形態では、実体は、無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）である。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、対象に、例えば病原体リザーバが低減される有効量において且つ／又は十分な数の対象に投与することにより、対象（例えば、施設参加者）の病原体リザーバを低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、病原体リザーバは、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。いくつかの実施形態では、病原体リザーバは、病原体バイオマスを含む。
いくつかの実施形態では、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアのバイオマスを調節する方法が提供される。いくつかの実施形態では、調節は、例えば、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアのバイオマスを増加又は減少させることを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体のリザーバ又はバイオマスが低減される有効量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体バイオマスが調節される、例えば低減される（例えば、病原体の数及び／又は薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子若しくはＭＤＲ要素キャリアの数が調節される）有効量で投与される。いくつかの実施形態では、（例えば、集団、例えば微生物集団における）病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアの数を調節する方法が提供される。
例示的な病原体には、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、プレシオモナス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）又はサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）を含む属）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む属）、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）を含む属）、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、ビブリオ（Ｖｉｂｒｉｏ）、アエロモナス（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ）、ノロウイルス（Ｎｏｒｏｖｉｒｕｓ）、アストロウイルス（Ａｓｔｒｏｖｉｒｕｓ）、アデノウイルス（Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ）、サポウイルス（Ｓａｐｏｖｉｒｕｓ）又はロタウイルス（Ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）が含まれる。
いくつかの実施形態では、病原体は、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、プレシオモナス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）又はサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）を含む属）を含む。いくつかの実施形態では、病原体は、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む属）を含む。いくつかの実施形態では、病原体は、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）を含む。いくつかの実施形態では、病原体は、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、グリカン調製物を、対象（例えば、施設参加者）に、例えば病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の対象に投与することにより、病原体の伝播を低減することを含む。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、病原体の伝播は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。いくつかの実施形態では、病原体の伝播は、第１の対象（例えば、第１の施設参加者）から第２の対象（例えば、第２の施設参加者）への伝播を含む。いくつかの実施形態では、病原体の伝播は、第１の対象（例えば、第１の施設参加者）又は第２の対象（例えば、第２の施設参加者）から、病原体を宿すことができる実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への伝播を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から第２の施設参加者への薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。この低減は、本明細書に記載の方法のいずれかによって測定され得る。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、対象（例えば、施設参加者）に、例えば薬剤耐性遺伝子リザーバ（例えば、抗生物質耐性遺伝子リザーバ又はＭＤＲ遺伝子リザーバ）が低減されるのに有効な量において且つ／又は十分な数の対象に投与することにより、対象の薬物耐性遺伝子リザーバ（例えば、抗生物質耐性遺伝子リザーバ又はＭＤＲ遺伝子リザーバ）を低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、薬物耐性遺伝子リザーバ（例えば、抗生物質耐性遺伝子リザーバ又はＭＤＲ遺伝子リザーバ）は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。例示的な抗生物質耐性遺伝子には、ペニシリン耐性遺伝子、ＭｅｃＡ（メチシリン、ペニシリン及び他のペニシリン様抗生物質耐性を与える）及びタンパク質ＰＢＰ２Ａ（ペニシリン結合タンパク質２Ａ）をコードする他の遺伝子、カルバペネマーゼ耐性遺伝子（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）カルバペネマーゼ（ＫＰＣ））、ベータラクタマーゼ耐性遺伝子（例えば、ニューデリーベータラクタマーゼ（ＮＤＭ）、ＯＸＡ、ＳＨＶ、ＴＩＭ、ＣＴＸ−Ｍ、ＶＩＭ）、バンコマイシン耐性遺伝子（例えば、ＶａｎＡ、ＶａｎＢ、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）のバンコマイシン耐性遺伝子）、ＡｍｐＣ（腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）のカルバペネム及びベータラクタム耐性遺伝子）、フルオロキノリン耐性遺伝子（例えば、Ｑｎｒ）、トリメトプリム耐性遺伝子（例えば、ジヒドロ葉酸還元酵素）、スルファメトキサゾール耐性遺伝子（例えば、ジヒドロプテロエートシンテターゼ）、シプロフロキサシン耐性遺伝子及びアミノグリコシド耐性遺伝子（例えば、リボソームメチルトランスフェラーゼ）が含まれる。薬物耐性遺伝子リザーバ（例えば、抗生物質耐性遺伝子リザーバ又はＭＤＲ遺伝子リザーバ）の低減は、本明細書に記載される任意の技術、例えば病原体リザーバの評価について記載される技術を使用して評価され得る。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、対象（例えば、施設参加者）に、例えば薬剤耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の伝播が低減される有効量において且つ／又は十分な数の対象に投与することを含む、薬物耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の伝播を低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、抗生物質耐性遺伝子の伝播は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。いくつかの実施形態では、薬物耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の伝播は、第１の対象（例えば、第１の施設参加者）から第２の対象（例えば、第２の施設参加者）への伝播を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素が第１の病原体から第２の病原体に導入される速度が低下する有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。この導入は、第１の病原体と異なる第２の病原体に存在する、本明細書に記載の方法のいずれかによって同定される類似の遺伝子又は毒素の存在を示すことによって測定され得る。この区別は、生物の同定のレベル（例えば、代謝産物の産生、種の同一性又は抗生物質に対する感受性）であるか、又は本明細書に記載されるものなど、他の違いを示す分子的方法によるものであり得る。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、対象に、例えば感染速度が低下する有効量において且つ／又は十分な数の対象に投与することにより、（例えば、対象、例えば施設参加者において）病原体が感染を引き起こす速度を低下させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体が感染を引き起こす割合を低減するか、又は感染に関連する症状の評価によって示される病原体感染の重症度を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、感染率は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。
本明細書に記載の方法を使用した感染率の低下は、例えば、感染に対して前向き又は後ろ向きであり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、例えば、目的の病原体によって引き起こされるか又は特定されることが知られているものと同様の症状又は同様の特徴の観察を通して、同様の感染について対象（例えば、施設参加者）又は対象の集団をモニタリングすることを含む。臨床的特徴を使用するのではなく又はそれに加えて、本明細書に記載の方法のいずれかを使用して、関与する病原体のタイプ及び伝播に対するその関係（存在する場合）又はリザーバがさらに明確に決定され得る。
いくつかの実施形態では、対象（例えば、施設参加者）の胃腸管（例えば、ＧＩ管の全て又はその一部、例えば小腸、大腸、結腸など）を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、対象の胃腸管の環境（例えば、化学的又は物理的環境）を調節して、胃腸管（及びその中の微生物群）を病原体又は抗生物質耐性遺伝子に対してより低い選択性又はより低い受容性とすることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、グリカン調製物、例えば木炭又は抗生物質分解酵素（例えば、ベータラクタマーゼ）又はシンバイオティック（例えば、人工ベータラクタマーゼ（例えば、非感染性ベータラクタマーゼ）と組み合わせて第２の薬剤を投与することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、対象（例えば、施設参加者）に、例えば薬剤耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の導入が低減される有効量において且つ／又は十分な数の対象に投与することにより、薬物耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の、ある生物（例えば、細菌分類群、例えば抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子を含む分類群）から別の生物（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子を含有しない分類群）への導入を低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、薬物耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の、病原性の可能性が増大した生物への導入を低減することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象（例えば、施設参加者）において、抗生物質耐性遺伝子を取り込むことができるレシピエント細菌（例えば、共生細菌株）の数を減少させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアが抗生物質耐性遺伝子を伝播又は導入する可能性を低減することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアがコンピテンシーの状態に達する能力を低下させることを含む。コンピテンシーとは、環境から遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子）を取り込む細菌の能力を指す（ｖｏｎ Ｗｉｎｔｅｒｓｄｏｒｆｆ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（２０１６）；７：１７３）。いくつかの実施形態では、方法は、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアにおける遺伝子材料（例えば、接合ベース）の交換を低減することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、例えば、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアがコンピテンシーに達した後、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリア中の遊離核酸（例えば、微生物ＤＮＡ、例えば抗生物質耐性遺伝子カセットを含む）のレベルを低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、核酸（例えば、微生物ＤＮＡ、例えば抗生物質耐性遺伝子カセットを含む）の微生物代謝を増加させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、例えば、病原体由来又は抗生物質耐性遺伝子キャリア由来の核酸に結合するための、スカベンジャーとしての核酸結合分子の使用を含む。
いくつかの実施形態では、集団中の病原体の数の発生率によって決定される、病原体の感染力を低下させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を、別の生物に伝染させることができる病原体細胞の数を減少させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を受け取ることができる生物（例えば、細菌）の数を減少させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体細胞が、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を、別の生物に供与することができる状態に入る能力を低下させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体細胞が、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を、別の生物から受け取ることができる状態に入る能力を低下させるのに有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、微生物（例えば、病原体、例えば細菌性病原体）又は微生物集団における薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素の存在を低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、微生物（例えば、細菌性病原体、細胞ごと）中の薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素のコピー数を減少させるか、又は微生物集団の総数を減少させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素の（潜在的な）宿主ではない腸内微生物の集団を増加させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体、例えばストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）が、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を取り込む形質転換受容性を低下させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、細菌細胞（例えば、病原体）、例えばグラム陰性生物、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又はクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を取り込む能力を低下させるのに有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、施設参加者の微生物群をシフトさせて、病原体、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素（ドナー微生物）を供与できる生物、又は薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子、又はＭＤＲ要素（レシピエント微生物）を受け取ることができる生物を置換又は阻害するのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ドナー微生物が、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を伝播する可能性を低下させるのに有効な量で投与される。
いくつかの実施形態では、病原体による感染を管理する方法が提供される。いくつかの実施形態では、病原体による感染の管理は、病原体による感染を発症するリスクを治療、予防及び／又は低減することを含む。いくつかの実施形態では、病原体による感染の治療は、病原体の検出時に対象（例えば、施設参加者）又は集団にグリカン調製物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、病原体による感染の防止は、感染を発症するリスクのある対象（例えば、施設参加者）又は集団にグリカン調製物を投与することを含む。対象又は集団は、病原体に直接さらされた可能性がある人及び／又は感染した個人を含み得る。いくつかの実施形態では、病原体による感染を発症するリスクを低減することは、病原体に曝され得る対象又は集団にグリカン調製物を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、病原性因子又は毒素など、対象（例えば、施設参加者）に対する有害作用を有する因子の（例えば、病原体による）発現又は放出を低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、因子は、疾患を引き起こす。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、施設参加者に対する有害作用を有する因子、例えば、例えば疾患を引き起こす病原性因子又は毒素の微生物（例えば、病原体）による発現又は放出を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、因子（例えば、病原性因子）の発現は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。このような因子による対象（例えば、施設参加者）における有害作用には、疾患を引き起こすこと、疾患の診断を遅らせること又は疾患治療の有効性を低下させることが含まれる。
例示的な病原性因子には、志賀毒素、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）熱不安定性毒素及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ａ及びＢ並びに疾患を引き起こし得る類似の毒素が含まれる。有害作用を有する追加の因子には、抗生物質への耐性を媒介するものが含まれ、これは、治療への応答又は有効な治療の特定を遅らせ得る。いくつかの一般的な耐性遺伝子は、例えば、ＭｅｃＡ（ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）におけるメチシリン耐性）、ＫＰＣ、ＮＤＭ、ＯＸＡ、ＳＨＶ、ＴＩＭ、ＣＴＸ−Ｍ、ＶＩＭ及びＡｍｐＣ（腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）におけるカルバペネム及びベータラクタム耐性）、ＶａｎＡ及びＶａｎＢ（腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）におけるバンコマイシン耐性）などのマーカーである。これらのマーカーの減少は、ＣｈｒｏｍＩＤ ＶＲＥ又はＣｈｒｏｍＩＤ Ｃａｒｂａなどの選択培地（例えば、抗生物質含有）又はセファロスポリン又は他のベータラクタムを添加した培地で培養することにより評価され得る。代わりに、これは、参加者、医療従事者又は医療環境の通常の臨床ケア又は監視の過程で単離された菌株の抗生物質感受性試験によって評価され、それにより耐性又は毒素の存在が判定され得る。さらに、これは、特定の遺伝子を定量化する（又はその存在又は不存在を決定する）分子的方法により、例えばＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、デジタル液滴ＰＣＲ、ハイブリダイゼーション又は同様の方法により評価され得る。そのような方法は、広汎に使用されており、いくつかの使用可能な方法は、診断用にＦＤＡの承認を受けている。
いくつかの実施形態では、集団中の遺伝子ドナー（ドナー微生物）の数（例えば、コンピテンシー／接合の状態）を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態では、集団中の遺伝子レシピエント（レシピエント微生物）の数を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ドナー微生物（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を保有する微生物）の数を減少させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、レシピエント微生物の数を低減するのに有効な量で投与される。例えば、グリカン調製物は、菌株又は種間での毒素又は抗生物質耐性の決定因子の導入の頻度が低下するように細菌活性に影響を及ぼし得る。これは、例えば、形質転換、接合、ファージ産生又は形質導入、プラスミド放出又はプラスミド複製により達成され得、これによりこれらの毒素又は耐性決定因子にアクセスできる病原体がより少なくなる。これにより、新しい病原体に対するこれらのマーカーの利用可能性が低下し得る。そのような減少は、コンピテンシーの状態又は接合特性を調節することによって達成され得る。
いくつかの実施形態では、集団における耐性遺伝子のコピー数を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、薬物耐性又は抗生物質耐性遺伝子、毒素又は病原性因子のコピー数が低減される有効量で投与される。例えば、同一の遺伝要素のコピーがより少ない場合、一般的にその発現は低下する。したがって、薬物耐性又は抗生物質耐性遺伝子、毒素又は病原性因子のコピー数の減少をもたらすグリカン調製物は、抗生物質に対する感受性を増加させ、病原体の有害作用を低減するか、又は他の微生物レシピエントへの遺伝子、毒素又は病原性因子のアベイラビリティを低減することが予想され得る。これは、例えば、アディクションモジュール又は遺伝子、毒素若しくは耐性マーカーのコピー数を維持するために重要な他の要素の活性又は発現の低下により発生し得る。
いくつかの実施形態では、集団の適応度欠乏を調節する（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を保有する負担を増加させる）方法が提供される。いくつかの実施形態では、調節は、耐性遺伝子を保有する負担を増加させることを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、適応度欠乏が増加する有効量で投与される。適応度欠乏（例えば、毒素、病原性因子又は抗生物質耐性決定因子の保有又は発現によって引き起こされる）を増加させるグリカン調製物は、それを保有する微生物（例えば、細菌性病原体）の数又は特定の対象（例えば、施設参加者）において存続する能力を低減する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、窒素源が不足するように、ＧＩ管（又はそのサブセット、例えば小腸、大腸又は結腸）の生態を変化させる。これにより核酸合成によって追加の遺伝要素を維持するコストが増加し得る。いくつかの実施形態では、適応度欠乏は、宿主（例えば、ヒト対象）による認識又は応答の強化から生じる。例えば、細菌のリポ多糖（ＬＰＳ）などのいくつかの因子は、ヒト細胞によって直接認識され、免疫応答を引き起こす。
いくつかの病原体（例えば、ウイルス及び細菌、例えばコレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）及びノロウイルス）は、腸細胞に感染するために必要なグリカン受容体又はグリカン部分を有することが示されている（Ｈｏｌｍｅｒ，ｅｔ ａｌ．ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ ５８４（２０１０）２５４８−２５５５）。いくつかの実施形態では、病原体の細胞への結合を低減するか、細胞上又は細胞内の病原体の活性を低減するか、細胞内又は細胞上への病原体の侵入を低減するか、又は細胞に対する病原体の影響を低減する方法が提供され、ここで、方法は、病原体の結合、その活性、細胞への侵入又は細胞への影響を低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与すること、及び／又は十分な数の対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。いくつかの実施形態では、病原体に結合するグリカン調製物は、前記病原体又は別の病原体が細胞に到達及び侵入することを防止する。他の実施形態では、理論に拘束されるものではないが、グリカン調製物は、直接的又は間接的に腸の内壁又は粘膜の変化を誘発するか、又は細胞への病原体侵入、細胞に対する病原体の影響、病原体が細胞内に存続するか若しくは抗体若しくは免疫認識を回避する能力などの別の特性に影響を与える。
いくつかの実施形態では、対象の抗菌アウトプット（例えば、免疫応答）を調節する方法が提供される。例えば、グリカン調製物は、粘液産生、又は抗体産生若しくは分泌、又は抗菌ペプチド（例えば、ＲｅｇＩＩＩγなど）の産生を増加させ、それにより病原体に対する耐性を増加させるために投与される。ＲｅｇＩＩＩγは、ペプチドグリカン炭水化物との相互作用を介して腸内細菌に結合する抗微生物タンパク質である（Ｃａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．（２００６）Ａｕｇｕｓｔ ２５；３１３（５７９０）：１１２６−１１３０）。
いくつかの実施形態では、微生物群の組成及び／又は微生物群の代謝アウトプットを調節する、例えば病原体の増殖を調節（例えば、低減）するために、環境を調節する方法が提供される。いくつかの実施形態において、グリカン調製物は、微生物群を調節し、ＧＩ管の環境を変化させる（例えば、ｐＨを変化させる、乳酸を変化させる、微生物密度を変化させるなど）のに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、方法は、胃腸管内の空間又は栄養素について、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアを打ち負かすことを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、病原体がコロニー形成する「空間」、例えば物理的空間を減少させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態では、方法は、非病原性細菌をより適合させること（例えば、より選択的な食物源を提供すること又はより適合した（例えば、より速い）増殖の種／株の増殖を促進すること）を含む。いくつかの実施形態では、方法は、共生細菌株の集団を増加させることにより、又は共生細菌株における抗微生物防御機構を増加させること、例えばバクテリオシン、抗微生物ペプチド、過酸化水素又は低ｐＨ（例えば、酸（例えば、酢酸塩、酪酸塩など）のレベルの上昇による）の産生により、病原体又は抗生物質耐性遺伝子キャリアを打ち負かすことを含む。
いくつかの実施形態では、病原体の伝播を低減する方法が提供される。いくつかの実施形態では、病原体には、細菌性病原体（例えば、アビトロフィア属（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ ｓｐｐ．）（例えば、アビトロフィア・ディフェクティブ（Ａ．ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ）、アクロモバクター属（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）（例えば、アシネトバクター・バウマンニイ（Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ））、アクチノバクラム属（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ ｓｐｐ．）（例えば、アクチノバクラム・サッアリイ（Ａ．ｓｃｈａａｌｉｉ）、アクチノマイセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐｐ．）（例えば、アクチノマイセス・イスラエリイ（Ａ．ｉｓｒａｅｌｉｉ））、アエロコッカス属（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．）（例えば、アエロコッカス・ウリナエ（Ａ．ｕｒｉｎａｅ））アエロモナス属（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．）（例えば、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａ．ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ））、アグレガチバクター属（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）（例えば、アグレガチバクター・アフロフィラス（Ａ．ａｐｈｒｏｐｈｉｌｕｓ））、バチルス・アンシラシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｅｒｅｕｓ）群、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｓｐｐ．）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばブルセラ・ヘンセラエ（Ｂ．ｈｅｎｓｅｌａｅ）、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐｐ．）、例えばバークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）、例えばカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）、クラミディア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｓｐｐ．）、クラミドフィラ属（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ ｓｐｐ．）、シトロバクター属（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）、例えばシトロバクター・フレウンディイ（Ｃ．ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・パーフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．）、例えばコリネバクテリウム・アミコラツム（Ｃ．ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ）クロノバクター（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ）、例えばクロノバクター・サカザキイ（Ｃ．ｓａｋａｚａｋｉｉ）、以下の属の多くを含む腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ ｓｐｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）、例えばエンテロバクター・クロアカエ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．）例えば、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の腸管病原性、泌尿器病原性及び腸管出血性株を含む、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｓｐｐ．）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばフランシセラ・ツラレンシス（Ｆ．ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．）、例えばフソバクテリウム・ネクロフォーラム（Ｆ．ｎｅｃｒｏｐｈｏｒｕｍ）、ゲメラ属（Ｇｅｍｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばゲメラ・モビロルム（Ｇ．ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、グラニュリカテラ属（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばグラニュリカテラ・アディアセンス（Ｇ．ａｄｉａｃｅｎｓ）、ヘモフィラス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｓｐｐ．）、例えばインフルエンザ菌（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．）、例えばヘリコバクター・ピロリ（Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ）キンゲラ属（Ｋｉｎｇｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばキンゲラ・キンガエ（Ｋ．ｋｉｎｇａｅ）クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばレジオネラ・ニューモフィラ（Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ ｓｐｐ．）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｓｐｐ．）、例えばリステリア・モノサイトゲネス（Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、モーガネラ属（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばモーガネラ・モーガニイ（Ｍ．ｍｏｒｇａｎｉｉ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．）、例えばマイコバクテリウム・アブセサス（Ｍ．ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｓｐｐ．）、例えばナイセリア・ゴノレエ（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、ノカルディア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ ｓｐｐ．）、例えばノカルディア・アステロイデス（Ｎ．ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐｐ．）、例えばオクロバクトラム・アンスロピック（Ｏ．ａｎｔｈｒｏｐｉｃ）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐｐ．）、例えばパントエア・アグロメランス（Ｐ．ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばパスツレラ・ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．）、プレシオモナス属（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．）、例えばプレシオモナス・シゲロイデス（Ｐ．ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ ｓｐｐ．）、例えばプロテウス・ブルガリス（Ｐ．ｖｕｌｇａｒｉｓ）、プロビデンシア属（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ ｓｐｐ．）、例えばプロビデンシア・スチュアーティイ（Ｐ．ｓｔｕａｒｔｉｉ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．）、例えばシュードモナス・エルジノーサ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ラオウルテラ属（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばラオウルテラ・オルニチノリティカ（Ｒ．ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、ロチア属（Ｒｏｔｈｉａ ｓｐｐ．）、例えばロチア・ムシラジノーサ（Ｒ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばサルモネラ・エンテリカ（Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐｐ．）、例えばセラチア・マルセッセンス（Ｓ．ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｓｐｐ．）、例えばシゲラ・フレクスネリ（Ｓ．ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ）、スタフィロコッカス・シュードインターメディウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐｓｅｕｄｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、スタフィロコッカス・サプロフィティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、ステノトロホモナス属（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐｐ．）、例えばステノトロホモナス・アフリカナ（Ｓ．ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、ストレプトコッカス・アガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・アンギノーサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・コンステラタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・ディスガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ストレプトコッカス・ミレリ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｌｌｅｒｉ）、ストレプトコッカス・シュードニューモニエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｓｅｕｄｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・ニューモニエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｓｐｐ．）、ウレアプラズマ・ウレオリティカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｍ）、ビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ ｓｐｐ．）、例えばコレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）及びエルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｓｐｐ．）例えば、エルシニア・エンテロコリティカ（Ｙ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ））；ウイルス性病原体（例えば、アデノウイルス、アストロウイルス、サイトメガロウイルス、エンテロウイルス、ノロウイルス、ロタウイルス及びサポウイルス）；並びに消化管病原体（例えば、シクロスポラ属（Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ ｓｐｐ．）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ．）、赤痢アメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）及び微胞子虫（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、（例えば、エンケファリトゾーン・カナリクリ（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ ｃａｎａｌｉｃｕｌｉ）））が含まれる。
いくつかの実施形態では、方法は、抗生物質耐性生物の伝播を低減することを含む。抗生物質耐性菌には、ベータラクタマーゼ産生腸内細菌（広域スペクトルベータラクタマーゼ及びカルバペネマーゼ産生菌を含み、ＴＩＭ、ＯＸＡ、ＶＩＭ、ＳＨＶ、ＣＴＸ−Ｍ、ＫＰＣ．ＮＤＭ又はＡｍｐＣなどの遺伝子を保有）；バンコマイシン耐性腸球菌（例えば、ＶａｎＡ又はＶａｎＢなどの遺伝子を保有）；フルオロキノロン耐性腸内細菌（Ｑｎｒなどの遺伝子を含む）；カルバペネム耐性及び多剤耐性シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）；メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）及び肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（例えば、ＭｅｃＡ遺伝子を保有）；多剤耐性アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）（ベータラクタマーゼを含有することが多い）；トリメトプリム耐性菌（例えば、ジヒドロ葉酸還元酵素）；スルファメトキサゾール耐性遺伝子（例えば、ジヒドロプテロエートシンテターゼ）；及びアミノグリコシド耐性菌（例えば、リボソームメチルトランスフェラーゼ）が含まれる。
いくつかの実施形態では、第１及び／又は第２の施設参加者に第２の治療を投与することを含む、病原体による感染を管理する方法が提供される。いくつかの実施形態では、第２の治療は、木炭又は他の吸着剤を投与することを含む。この実施形態では、吸着剤は、ＧＩ管（例えば、小腸、大腸、結腸）内の抗生物質の存在を減少させて、抵抗決定因子を維持する選択圧を低下させ、それによりそのリザーバ、レベル、伝播又は有害作用を低減することを可能にする役割を果たし得る。代わりに、吸着剤は、グリカン調製物の有益な効果を高め得る。いくつかの実施形態では、第２の治療は、ベータラクタム又はベータラクタマーゼ阻害剤などの非吸収性抗生物質を対象（例えば、施設参加者）に投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２の治療は、抗生物質分解酵素、例えばベータ−ラクタマーゼ酵素を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、対象は、重篤な病気及び／又は移植の患者である。重症の対象及び／又は移植患者は、血流感染などの感染を発症しやすい（例えば、感染の発生率が高い）。いくつかの実施形態では、感染性微生物は、腸内に保有され（例えば、コロニー形成によって獲得され得る）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、他の腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）が含まれる。いくつかの実施形態では、微生物（例えば、病原体）は、薬物耐性（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌、バンコマイシン耐性腸球菌）である。
いくつかの実施形態では、例えばコロニー形成のレベルを（例えば、所定の細菌分類群の存在又は不存在について適切な試料を評価することにより、且つ／又は病原体負荷を評価することにより）感染のリスクと相関させることにより、感染（例えば、血流感染、尿路感染（ＵＴＩ）又は呼吸器感染、菌血症）のリスクを予測するためにコロニー形成（例えば、病原菌による）の評価が使用され、ここで、コロニー形成の根拠は、感染リスクの増加と相関し、培養陰性の対象は、感染のリスクが低い。いくつかの実施形態では、細菌のレベルが高いほど、感染率が高くなる。いくつかの実施形態では、腸内コロニー形成（例えば、病原体、例えばＶＲＥによる）は、他の組織（例えば、血流）における感染に先行する。胃腸管コロニー形成病原体の例には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ））及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）が含まれ得る。いくつかの実施形態では、胃腸管コロニー形成病原体は、多剤耐性菌（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌、バンコマイシン耐性腸球菌）をさらに含む。
いくつかの実施形態では、病原体の状態について対象集団をスクリーニングした結果が血流感染管理の経過を決定する。いくつかの実施形態では、スクリーニング方法は、対象の糞便試料採取（例えば、直腸スワブによる）を含む。いくつかの実施形態では、方法は、糞便中の薬物／抗生物質耐性病原体（例えば、ＶＲＥ）の存在／不在（存在量）を評価することを含む。いくつかの実施形態では、腸内の病原体のレベルは、感染リスクと相関している。いくつかの実施形態では、集中治療室（ＩＣＵ）対象、移植対象、化学療法を受けている対象及び抗生物質を受けている対象は、カルバペネム耐性腸内細菌及びバンコマイシン耐性腸球菌などの抗生物質耐性細菌からの病原体コロニー形成のリスクが高い。いくつかの実施形態では、腸内の病原体のレベルを低下させることは、リスクを低下させる（例えば、必要に応じて抗生物質と組み合わせて、グリカン調製物を投与することによる）。いくつかの実施形態では、薬物耐性病原体が存在しない場合、対象は、感染（例えば、血流感染）又は菌血症を防止するためにグリカン調製物を投与される。いくつかの実施形態では、薬物耐性病原体が存在する場合、対象は、感染（例えば、血流感染）又は菌血症を低減するためにグリカン調製物を投与される。
いくつかの実施形態では、高リスクの対象（例えば、施設参加者）のＧＩ管に保有される抗生物質耐性病原体のコロニー形成レベル又は存在率を低下させる方法が提供される。例示的な抗生物質耐性病原体には、カルバペネム耐性腸内細菌（例えば、拡張スペクトルベータラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ））及びバンコマイシン耐性腸球菌が含まれる。
いくつかの実施形態では、危篤状態又は高リスクの対象（例えば、施設参加者）において、（例えば、ＧＩ管にコロニーを形成する病原体からの）感染率を低下させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、尿路感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、血流感染の割合を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、気道感染の割合を低下させることを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、対象における感染を管理することを含む。感染（菌血症）を有する対象群の例には、尿路感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、血流感染（例えば、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に感染）を有する対象群、移植対象（例えば、骨髄（例えば、造血幹細胞移植を受けている）、実質臓器（例えば、肝臓））、集中治療患者（例えば、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及びＥＳＢＬ産生病原体に感染している）、移植前肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）、移植後肝不全患者（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）に感染している）が含まれる。化学療法を受けている対象は、他の対象（例えば、一般病院患者群）と比較して、高レベルの腸内病原体菌血症、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染症（ＣＤＩ）Ｃ及び化学療法誘発性下痢を経験する。いくつかの実施形態では、抗生物質で治療された対象は、抗生物質耐性病原体を含む、より高い病原体負荷を含む。いくつかの実施形態では、移植を受けているか又は受けようとしている対象、癌を有する対象、肝疾患（例えば、末期腎疾患）を有する対象又は免疫系が抑制された対象（例えば、免疫無防備状態の対象）は、感染、例えば腸由来の感染を発症する高いリスクを有し得る。いくつかの実施形態では、方法は、対象、例えば感染を発症するリスクが高い対象の予防的治療、例えばグリカン調製物による予防的治療を含む。いくつかの実施形態では、化学療法又は抗生物質治療を受けている対象は、共生細菌の多様性を低下させている。いくつかの実施形態では、方法は、対象（例えば、施設（例えば、病院又は長期介護施設）内の対象）における病原体、例えば多剤耐性病原体のコロニー形成を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、方法は、第１の対象から第２の対象（例えば、施設（例えば、病院又は長期介護施設）内の対象）への病原体、例えば多剤耐性病原体の伝染を低減するための対象の治療を含む。いくつかの実施形態では、対象にコロニー形成のリスクをもたらす（又は対象のＧＩ管にコロニー形成することができる）細菌には、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の耐性亜集団（例えば、エンテロバクター・クロアカ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）及び腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ））、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（Ｎａｐ１（汎流行性高病原性）クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株を含む）及び感染性下痢を引き起こす細菌（例えば、カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、サルモネラ菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、腸管出血性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＨＥＣ）、腸管毒素原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＴＥＣ）、腸内病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＰＥＣ）、腸管侵襲性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＩＥＣ）、腸内凝集性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥＡＥＣ）、びまん性付着性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＤＡＥＣ）及び尿路病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））が含まれる。
いくつかの実施形態では、方法は、他の障害を有する対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、過剰なアンモニアレベルを有する対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、肝性脳症（ＨＥ）を有する対象は、本明細書に提供される方法に従って治療され得る。いくつかの実施形態では、対象は、肝硬変の結果としてＨＥを有する。いくつかの実施形態では、そのような対象は、肝臓がアンモニアなどの毒性物質を血液から除去できない場合に発生する、肝臓の複数の有害な神経学的症状を示す。いくつかの実施形態では、対象は、ミニマルＨＥを有するか又は有する疑いがある。いくつかの実施形態では、対象は、顕性のＨＥを有するか又は有する疑いがある。顕性のＨＥの標準治療には、ラクツロース、ラクチトール及び抗生物質（例えば、リファキシミン又はネオマイシン）が含まれる。治療には、食事改善及びプロバイオティクスも含まれ得る。いくつかの実施形態では、このような方法は、アンモニア発作の将来のエピソードの発生率の低下又はＨＥのリスクがある対象では、アンモニア発作の初期エピソードの発生の減少を結果として生じる。
いくつかの実施形態では、方法は、臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を必要としている対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直前又はすぐ前に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象が臓器移植、例えば肝臓又は骨髄移植を受ける直後又はすぐ後に前記対象における感染を管理することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、末期肝疾患（ＥＳＬＤ）を有するか、有すると疑われるか又は有するリスクがある対象における感染を管理することを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される治療の有効性は、症状の解消又は上に列挙した診断基準（例えば、血清アンモニアレベルの低下）によって評価され得る。いくつかの実施形態では、ｉ）１年の期間にわたるアンモニア発作の数（例えば、少なくとも１、２又は少なくとも３発作による）、ｉｉ）神経発達遅延及び／又は認知機能低下を含む、アンモニア発作による合併症の重症度（例えば、オリゴ糖組成物を受けていない適切な対照群と比較して）の１つ又は両方が低減される。いくつかの実施形態では、アンモニア発作の間の期間は、例えば、少なくとも１５％、３０％、６０％、１００％又は２００％（例えば、オリゴ糖組成物を受けていない適切な対照群と比較して）増加する。
いくつかの実施形態では、方法は、例えば、対象、例えば対象の胃腸管（例えば、結腸）において病原体の存在量を減少させ、共生細菌の存在量の相対値を増加させる。いくつかの実施形態では、方法は、例えば、対象の腸の微生物群（例えば、共生細菌群）のアルファ多様性（例えば、高度の多様性）を増加させる。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、共生細菌によって実質的に発酵又は消費され、病原体によって発酵又は消費されない。いくつかの実施形態では、共生細菌によって実質的に消費されるグリカン調製物は、共生微生物叢の多様性及びバイオマスを増加させ、細菌病原体（例えば、病原性分類群）などの病原体の相対存在量の減少をもたらし得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、実質的に発酵されていないか、又はＶＲＥ又はＣＲＥ種によって消費されない。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、実質的に発酵されていないか、又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）によって消費されていない。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、腸内微生物叢において、共生細菌又はプロバイオティクス細菌の増殖をサポートする。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートせず、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）種の増殖をサポートしない。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の投与は、対象（例えば、ヒト患者）のマイクロバイオーム中の病原性細菌と比較して、共生細菌の濃度、量又は相対存在量を増加させ得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物及び生存可能な共生細菌又はプロバイオティック細菌の集団の投与は、対象（例えば、ヒト患者）のマイクロバイオーム中の病原性細菌と比較して、共生細菌の濃度、量又は相対存在量を増加させ得る。いくつかの実施形態では、例えば腸内マイクロバイオームにおいて、共生細菌又はプロバイオティック細菌の増殖をサポートするグリカン調製物の投与は、対象（例えば、ヒト患者）のマイクロバイオーム中の病原性細菌と比較して、共生細菌の濃度、量又は相対存在量を増加させ得る。いくつかの実施形態では、例えば腸内マイクロバイオームにおいて、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートしない、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）種の増殖をサポートしないグリカン調製物の投与は、対象（例えば、ヒト患者）のマイクロバイオーム中の病原性細菌と比較して、共生細菌の濃度、量又は相対存在量を増加させ得る。いくつかの実施形態では、例えば腸内マイクロバイオームにおいて、共生細菌又はプロバイオティック細菌の増殖をサポートし、少なくとも１つの病原体の増殖をサポートしない、例えばＣＲＥ、ＶＲＥ及び／又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）種の増殖をサポートしないグリカン調製物の投与は、対象（例えば、ヒト患者）のマイクロバイオーム中の病原性細菌と比較して、共生細菌の濃度、量又は相対存在量を増加させ得る。
評価方法
病原体リザーバ（例えば、対象、例えば施設参加者における）は、ＰＣＲ（例えば、Ｃｅｐｈｅｉｄ ＧｅｎｅＸｐｅｒｔ Ｃａｒｂａ−Ｒ ［ｗｗｗ．ｃｅｐｈｅｉｄ．ｃｏｍ／ｕｓ／ｃｅｐｈｅｉｄ−ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ／ｃｌｉｎｉｃａｌ−ｉｖｄ−ｔｅｓｔｓ／ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ／ｘｐｅｒｔ−ｃａｒｂａ−ｒ］又はＶａｎＡ［ｗｗｗ．ｃｅｐｈｅｉｄ．ｃｏｍ／ｕｓ／ｃｅｐｈｅｉｄ− ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ／ｃｌｉｎｉｃａｌ−ｉｖｄ−ｔｅｓｔｓ／ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ−ｒｅｌａｔｅｄ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ／ｘｐｅｒｔ−ｖａｎａ］又はクロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）［ｗｗｗ．ｃｅｐｈｅｉｄ．ｃｏｍ／ｕｓ／ｃｅｐｈｅｉｄ−ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ／ｃｌｉｎｉｃａｌ−ｉｖｄ−ｔｅｓｔｓ／ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ−ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ／ｘｐｅｒｔ−ｃ−ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ］などのカルバペネム耐性腸内細菌に関するＰＣＲベースの試験を参照）又はＢｉｏＭｅｒｉｅｕｘ ＣｈｒｏｍＩＤ Ｃａｒｂａ、ＶＲＥ、ＭＲＳＡ、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（ｗｗｗ．ｂｉｏｍｅｒｉｅｕｘ−ｕｓａ．ｃｏｍ／ｃｌｉｎｉｃａｌ／ｃｈｒｏｍｉｄ−ｃｕｌｔｕｒｅ−ｍｅｄｉａ）などの多剤耐性病原体でコロニー形成された対象を特定するために使用される選択培地など、当技術分野における任意の公知の方法によって測定され得る。
病原体リザーバは、直腸、結腸、糞便、皮膚又は対象（例えば、施設参加者）の身体の他の領域からの試料の分析などによる対象の直接スクリーニングによって評価され得る。代わりに、病原体リザーバは、環境試料採取により、例えば対象の家（介護施設の部屋を含む）若しくは所有物、例えば衣服、アクセサリー又は対象又は他の施設参加者に近接した表面、例えば洗濯場、流し、排水設備、ドア、ドアの取っ手若しくは空気処理装置又はリネン、タオル、シーツ、手袋、ガウン、マスク、内視鏡、喉頭鏡、包帯、カテーテル、ベッド、ストレッチャーなどの対象の治療又はケアで使用される物又は他の物から採取された試料の分析により評価され得る。
病原体リザーバは、対象、例えば施設内の第１の施設参加者又は第１の施設参加者の近隣者、例えば第２の施設参加者の感染率の測定によっても評価され得る。これは、例えば、特定の施設又は施設の領域で培養された病原体の分析により、例えば対象の標準ケアの過程で、又は対象上又は対象内の特定の解剖学的部位の監視により、標準的な臨床診断手順を使用して決定され得る。
いくつかの実施形態では、病原体リザーバの減少は、前記病原体を有する対象がより少ない（例えば、前記病原体を有する対象が約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％又は約９９％少ない）こと又は各対象が全体的により少ない総病原体を有する（例えば、各対象が約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％又は約９９％少ない総病原体を有する）ことの結果である。
病原体の伝播は、本明細書に記載される任意の技術、例えば病原体リザーバの評価について記載される技術を使用して評価され得る。病原体の伝播は、第１の対象（例えば、第１の施設参加者）に由来する病原体又はその成分（例えば、病原性因子又は耐性決定因子、例えばカルバペネマーゼ遺伝子又は毒素）が、第２の対象（例えば、第２の施設参加者）に由来する病原体又はその成分に類似しているかどうかの判定を通じてさらに評価され得る。このタイプの判定は、核酸配列決定、マイクロサテライト配列決定、ＰＣＲ、パルスフィールドゲル電気泳動又は病原体の特徴の比較（例えば、病原体の同定、生化学的特徴又は抗生物質感受性プロファイル）を含む、当技術分野で公知の任意の方法を使用して実行され得る。これらの判定は、公衆衛生調査の一環として日常的に行われる。いくつかの実施形態では、第１の対象に由来する病原体又はその成分は、第２の対象に由来する病原体又はその成分と約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％又は約９９％の同一性を有する。
薬物耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の減少は、本明細書に記載される任意の技術、例えば病原体リザーバの評価について記載される技術を使用して評価され得る。
いくつかの実施形態では、薬物耐性遺伝子の減少は、ＣｈｒｏｍＩＤ ＶＲＥ又はＣｈｒｏｍＩＤ Ｃａｒｂａなどの選択培地（例えば、抗生物質含有）又はセファロスポリン又は別のベータラクタムを添加した培地で微生物を培養することにより評価され得る。いくつかの実施形態では、薬物耐性遺伝子の減少は、対象（例えば、施設参加者）の標準臨床ケア若しくは監視の過程で単離された株の抗生物質感受性試験又は薬剤耐性遺伝子又は毒素の存在を決定するための環境全体によって評価される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物を、対象に、例えば感染速度が低下する有効量において且つ／又は十分な数の対象に投与することにより、（例えば、対象、例えば施設参加者において）病原体が感染を引き起こす速度を低下させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、感染率は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％低減される。
いくつかの実施形態では、感染率の低減は、感染が発生する比率を測定するために、例えば同様の症状又は同様の特性の観察を通した例えば同様の感染のモニタリングを含むスクリーニングプログラムの実施を含み得る。前記スクリーニングプログラムでは、グリカン調製物の投与前、投与中又は投与後の感染率を比較することにより、比率の低下が評価され得る。スクリーニングプログラムの施設参加者は、感染の既知の危険因子又は別の特徴（例えば、病歴、年齢、健康状態）によりマッチングされ得る。
いくつかの実施形態では、ａ）病原体負荷、ｂ）抗生物質耐性遺伝子負荷、及びｃ）施設参加者における治療用調製物への応答のいずれかをモニタリング又は評価する方法であって、ａ）病原体、並びに／又はｂ）抗生物質耐性遺伝子及び／若しくはマイクロバイオーム分析（例えば、特定の治療用調製物への応答に関連する１つ以上の微生物の存在）について、対象（例えば、施設参加者）からの適切な試料、例えば糞便試料を分析し、それにより施設参加者をモニタリング又は評価することを含む方法が提供される。
いくつかの実施形態では、薬剤耐性遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）の導入は、当技術分野で公知の利用可能な方法のいずれかを使用して測定され得る。例えば、導入は、第１の病原体における遺伝子の存在を、第２の病原体における遺伝子の存在と比較して評価することにより評価され得る。いくつかの実施形態では、例えば参照標準と比較して、薬物耐性遺伝子の導入（例えば、抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子）は、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９９％又は約１００％減少する。
グリカン組成物及びその製造
グリカン組成物は、本明細書中に記載されるグリカン、食物繊維、例えばＦＯＳ（フルクトオリゴ糖）、他の糖類（例えばモノマー、ダイマー、例えばラクツロース（ｌａｃｔｕｌｏｓｅ）など）及び糖アルコール並びに任意選択により、他の成分、例えばポリフェノール、脂肪酸、ペプチド、微量栄養素など、例えば国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレット、“ＭＩＣＲＯＢＩＯＭＥ ＲＥＧＵＬＡＴＯＲＳ ＡＮＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＵＳＥＳ ＴＨＥＲＥＯＦ”に記載されるもの及び細菌などの微生物を含み得る。
国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、“ＧＬＹＣＡＮ ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ ＡＮＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＴＨＥＲＥＯＦ”及び国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット“ＧＬＹＣＡＮ ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＯＦ ＴＲＥＡＴＭＥＮＴ”（これらは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されるグリカン調製物は、本明細書に記載の方法及び組成物に好適である。
グリカンを含む調製物は、非酵素触媒、例えば国際公開第２０１２／１１８７６７号パンフレット、“ＰＯＬＹＭＥＲＩＣ ＡＣＩＤ ＣＡＴＡＬＹＳＴＳ ＡＮＤ ＵＳＥＳ ＴＨＥＲＥＯＦ”に記載のポリマー触媒又は他の好適な方法によって生成することができる。本明細書に記載されるポリマー触媒及び固体担持触媒を調製する方法は、国際公開第２０１４／０３１９５６号パンフレット、“ＰＯＬＹＭＥＲＩＣ ＡＮＤ ＳＯＬＩＤ−ＳＵＰＰＯＲＴＥＤ ＣＡＴＡＬＹＳＴＳ、ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＯＦ ＤＩＧＥＳＴＩＮＧ ＣＥＬＬＵＬＯＳＩＣ ＭＡＴＥＲＩＡＬＳ ＵＳＩＮＧ ＳＵＣＨ ＣＡＴＡＬＹＳＴＳ”中に見出すことができる。例えば、国際公開第２０１６／００７７７８号パンフレット、“ＯＬＩＧＯＳＡＣＣＨＡＲＩＤＥ ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＡＮＤ ＭＥＴＨＯＤＳ ＦＯＲ ＰＲＯＤＵＣＩＮＧ ＴＨＥＲＥＯＦ”に記載されているような触媒を使用することによって生成されるグリカンは、本明細書に記載の方法及び組成物に好適である。全ての特許出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、グリカンは、固相オリゴ糖合成により、例えばグリカン合成を達成する種々の保護基を用いて作製される。例示的な方法は、“Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ”，Ｐｅｔｅｒ Ｈ．Ｓｅｅｂｅｒｇｅｒ ａｎｄ Ｗｉｌｍ−Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｈａａｓｅ，Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ，２０００；及び“Ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ ａｎｄ ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ ｉｎ ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ ａｎｄ ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｒｅｓｅａｒｃｈ”，Ｔｈｏｍａｓ Ｊ．Ｂｏｌｔｊｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｃｈｅｍ．２００９ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ １；１（８）：６１１−６２２に記載されている。
いくつかの実施形態では、グリカンは、酵素触媒（例えば、グリコシダーゼ又はグリコシルトランスフェラーゼ、細菌で単離又は発現される）を使用して合成され、反応に添加される個々のグリカンサブユニットからオリゴマーを作製する重合反応によってグリカンを合成し得る。例示的な方法は、“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇａｌａｃｔｏ−Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ：Ｓｔａｔｅ ｏｆ ｔｈｅ Ａｒｔ”，Ｃａｒｌｏｓ Ｖｅｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｗｏｒｌｄ Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１６；３２：１９７；“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｂｉｏａｃｔｉｖｅ Ｌａｃｔｏｓｅ−Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅｓ ｂｙ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｇｌｙｃｏｓｉｄｅ Ｈｙｄｒｏｌａｓｅｓ”，Ｍａｒｉｎａ Ｄｉｅｚ−Ｍｕｎｉｃｉｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１４；７（４），３１５−３３１；及び“Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ Ｔｒａｎｓ−Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｍｉｌｋ Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ Ｂｉｏｍｉｍｅｔｉｃｓ”，Ｂｉｒｇｉｔｔｅ Ｚｅｕｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｇｒｉｃ．Ｆｏｏｄ Ｃｈｅｍ．２０１４，６２，９６１５−９６３１、国際公開第２００５／００３３２９号パンフレット「ＮＯＶＥＬ ＧＡＬＡＣＴＯＯＬＩＧＯＳＡＣＣＨＡＲＩＤＥ ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮ ＡＮＤ ＴＨＥ ＰＲＥＰＡＲＡＴＩＯＮ ＴＨＥＲＥＯＦ」に記載され、これらは、全て参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、デンプン及び食物繊維（本明細書に記載のものなど）などの他の繊維などのグリカンポリマーを使用して調製され得、それらを触媒（例えば、酸触媒、固体又はポリマー触媒、酵素触媒）に供して、１つ以上のグリカン（又は繊維）特性、例えば重合度（例えば、解重合）、分岐度（例えば、脱分岐）又はグリコシド結合分布（例えば、新しいタイプのグリコシド結合の追加又は既存の結合の除去による）を変更し得る。コーンシロップの例示的な方法は、参照により組み込まれる米国特許出願公開第２０１６／０００７６４２号明細書、実施例１０１に記載されている。難消化性デンプンの調製に使用される方法などの他の方法（例えば、Ｍ．Ｇ．Ｓａｊｉｌａｔａ ｅｔ ａｌ．，“Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｓｔａｒｃｈ−Ａ Ｒｅｖｉｅｗ，” Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｆｏｏｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｆｏｏｄ Ｓａｆｅｔｙ−Ｖｏｌ．５，２００６及び米国特許出願公開第２００６／０２５７９７７号明細書「Ｓｌｏｗｌｙ ｄｉｇｅｓｔｉｂｌｅ ｓｔａｒｃｈ」に記載される）、例えば熱処理、酵素処理、化学処理又はそれらの組み合わせなどを使用して、本明細書に記載のグリカン調製物を産生し得る。
本明細書に記載のグリカン組成物及びグリカン調製物は、表４Ａ及び表４Ｂの行３〜５５のいずれか１つの特性を有し得る。いくつかの実施形態では、グリカン組成物及び／又はグリカン調製物は、表４Ａ及び表４Ｂに記載されるように、Ｇｌｕ５Ｇａｌ５Ｍａｎ９０−２、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ１０Ｍａｎ８０−１、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０−１、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０−２、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−８、Ｇａｌ５７Ｇｌｕ４３−１、Ｇｌｕ１００−８７、Ｇａｌ５７Ｇｌｕ４３−２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１４、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２７、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２３、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２、Ｇｌｕ１００−１２９、Ｇｌｕ１００−１３６、Ｇｌｕ１００−１７、Ｇｌｕ１００−６４、Ｇｌｕ１００−７６、Ｇｌｕ１００−１３１、Ｇｌｕ１００−８３、Ｇｌｕ１００−１３９、Ｇｌｕ１００−８４、Ｇｌｕ１００−７４、Ｇｌｕ１００−９８、Ｇｌｕ１００−１４１、Ｇｌｕ１００−２９、Ｇｌｕ１００−１８、Ｇｌｕ１００−９９、Ｇｌｕ１００−７２、Ｇｌｕ１００−８２、Ｇｌｕ１００−１３０、Ｇｌｕ１００−７８、Ｇｌｕ１００−６６、Ｇｌｕ１００−８９、Ｇｌｕ１００−１３３、Ｇｌｕ１００−６８、Ｇｌｕ１００−９０、Ｇｌｕ１００−９４、Ｇｌｕ１００−５、３−ＯｂｎＧｌｕ１００−１、Ｇａｌ１００−３０、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｆｕｃ３３−３、Ａｒａ１００−１２、Ｘｙｌ１００−８、Ｘｙｌ７５Ａｒａ２５−３、Ｇｌｕ８０Ｍａｎ２０−２、Ｇｌｕ６０Ｍａｎ４０−５、Ｍａｎ８０Ｇｌｕ２０−２、Ｍａｎ６０Ｇｌｕ４０−２、Ｍａｎ５２Ｇｌｕ２９Ｇａｌ１９−２、Ｍａｎ５２Ｇｌｕ２９Ｇａｌ１９−３又はＭａｎ１００−１７の特性を有する。
グリカン調製物特性
グリカンは、国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット、国際公開第２０１６／００７７７８号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレット（これらは、それぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に開示される特徴及び特性の１つ以上並びに本明細書に開示の特徴及び特性を有し得る。
本明細書に記載の方法によって製造されるグリカンは、オリゴ糖を含み得る。いくつかの実施形態では、グリカンは、ホモオリゴ糖（又はホモグリカン）を含み、ここで、ポリマー中の全ての単糖は同じ型である。
いくつかの実施形態では、グリカンは、ヘテロオリゴ糖（又はヘテログリカン）を含み、このポリマー中には複数の型の単糖が存在する。いくつかの実施形態では、グリカンは、本明細書に記載の特性の１つ以上を有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、本明細書に記載のバルク特性の１つ以上を有する。
重合度（ＤＰ）
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、例えば、本明細書中に記載される方法を用いて製造されるが、それらは、多分散系であり、ある範囲の重合度を示す。
任意選択により、調製物は、例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％又は９８％超の短い（ＤＰが約１〜２）、中等度（ＤＰが約３〜１０）、長い（ＤＰが約１１〜１８）又は非常に長い（ＤＰが＞１８）種を表すように分画し得る。一実施形態では、約３〜１０のＤＰを有する少なくとも８５％、９０％又は少なくとも９５％の中等度の長さの種を含む多分散の分画グリカン調製物が提供される。一実施形態では、約１１〜１８のＤＰを有する少なくとも８５％、９０％又は少なくとも９５％の長尺の種を含む多分散の分画グリカン調製物が提供される。一実施形態では、約１８〜３０のＤＰを有する少なくとも８５％、９０％又は少なくとも９５％の超長尺の種を含む多分散の分画グリカン調製物が提供される。
任意選択により、調製物は、例えば、調製物中に６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％又は９８％超の短い（ＤＰが約１〜２）又は中等度（ＤＰが約３〜１０）のグリカンを表すように分画し得る。代替として又は分画に加えて、小さいＤＰ画分（例えば、モノマー及びダイマー）は、例えば、これらの糖を分解するのに適した酵母を用いて、酵素による発酵に供される。一実施形態では、約３〜１０のＤＰを有するグリカンを少なくとも８５％、９０％又は少なくとも９５％含む、多分散の分画グリカン調製物が、本明細書に記載の方法を用いて調製される。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンの約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、少なくともＤＰ３、ＤＰ４、ＤＰ５、ＤＰ６又はＤＰ７のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンの約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、約ＤＰ３〜約ＤＰ１０、約ＤＰ３〜約ＤＰ８、約ＤＰ３〜約ＤＰ６、約ＤＰ３〜約ＤＰ５、約ＤＰ３〜約ＤＰ４、約ＤＰ２〜約ＤＰ４、約ＤＰ２〜約ＤＰ５、約ＤＰ２〜約ＤＰ６、約ＤＰ２〜約ＤＰ８又は約ＤＰ２〜約ＤＰ１０のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンの１％未満、２％、３％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％又は５０％未満は、ＤＰ２以下のＤＰを有する。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、２〜２５、３〜２５、４〜２５、５〜２５、６〜２５、７〜２５、８〜２５、９〜２５、１０〜２５、２〜３０、３〜３０、４〜３０、５〜３０、６〜３０、７〜３０、８〜３０、９〜３０又は１０〜３０のＤＰを有する。一実施形態では、グリカン調製物は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有する。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、少なくとも５〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、少なくとも８〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、１０以上３０未満のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、３、４、５、６、７、８〜１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９〜２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０のグリカン単位のＤＰを有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、３、４、５、６、７、８、９、１０〜２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８のグリカン単位のＤＰを有する。一実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、少なくとも２のＤＰを有する。一実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、少なくとも３のＤＰを有する。
平均ＤＰ
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、約ＤＰ２、ＤＰ３、ＤＰ４、ＤＰ５、ＤＰ６、ＤＰ７、ＤＰ８又はＤＰ９の平均重合度（平均ＤＰ）を有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、約２〜約１０、約２〜約８、約２〜約６、約２〜約４、約３〜約１０、約３〜約８、約３〜約６又は約３〜約４の平均重合度（平均ＤＰ）を有する。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物の約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、約ＤＰ５、ＤＰ６、ＤＰ７、ＤＰ８、ＤＰ９、ＤＰ１０、ＤＰ１１又はＤＰ１２の平均重合度（平均ＤＰ）を有する。いくつかの実施形態では、グリカン調製物の平均ＤＰは、約ＤＰ５〜ＤＰ１０、約ＤＰ６〜ＤＰ１０、約ＤＰ６〜ＤＰ１２、約ＤＰ６〜ＤＰ１４、約ＤＰ８〜ＤＰ１２、約ＤＰ８〜ＤＰ１４、約ＤＰ８〜ＤＰ１６、約ＤＰ１０〜ＤＰ１６、約ＤＰ１０〜ＤＰ１８、約ＤＰ４〜ＤＰ１８、約ＤＰ６〜ＤＰ１８又は約ＤＰ８〜ＤＰ１８である。
平均分子量
いくつかの実施形態では、調製物のグリカンの約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は約９７％は、約２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１５５０、１６００、１６５０、１７００、１７５０、１８００ｇ／ｍｏｌで、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３１００、３２００、３３００、３４００、３５００、３６００、３７００、３８００、３９００、４０００、４１００、４２００、４３００、４４００、４５００、４６００、４７００、４８００、４９００及び５０００ｇ／ｍｏｌ未満の平均分子量を有する。
分岐度（ＤＢ）
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、構造が直鎖状から分枝状まで様々である。分岐グリカンは、分岐を形成するように、アルファ又はベータグリコシド結合を介して連結している少なくとも１つのグリカンサブユニットを含み得る。分岐率又は分岐度（ＤＢ）は、調製物のグリカンがグリカン中に少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ又は少なくとも約６つの分岐点を含むように変化し得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンは非分岐である（ＤＢ＝０）。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物（例えば、オリゴ又は多糖類）は、線形から高度分岐の構造に及ぶ。非分岐グリカンは、アルファ結合のみ又はベータ結合のみを含有し得る。非分岐グリカンは、少なくとも１つのアルファ結合及び少なくとも１つのベータ結合を含有し得る。分岐グリカンは、アルファグリコシド結合又はベータグリコシド結合を介して結合して、分岐を形成する少なくとも１つのグリカン単位を含有し得る。分岐速度又は分岐度（ＤＢ）は、変化し得、そのため、約２番目、３番目、４番目、５番目、６番目、７番目、８番目、９番目、１０番目、１５番目、２０番目、２５番目、３０番目、３５番目、４０番目、４５番目、５０番目、６０番目又は７０番目毎の単位は、少なくとも１つの分岐点を含む。例えば、動物グリコーゲンは、ほぼ１０毎の単位に分岐点を含有する。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その調製物は、分岐グリカンの混合物を含み、その平均分岐度（ＤＢ、１残基あたりの分岐点）は、０（非分岐）、０．０１．０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、０．９５、０．９９、１又は２である。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その平均分岐度は、少なくとも０．０１、０．０５、０．１、０．２、０．３又は少なくとも０．４である。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その平均分岐度は、約０．０１〜０．１、０．０１〜０．２、０．０１〜０．３、０．０１〜０．４、０．０１〜０．５、０．０１〜０．６又は約０．０１〜０．７である。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その平均分岐度は、約０．０５〜０．１、０．０５〜０．２、０．０５〜０．３、０．０５〜０．４、０．０５〜０．５、０．０５〜０．６又は約０．０５〜０．７である。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その平均分岐度は、０ではない。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その平均分岐度は、０．１以上０．４未満でも、０．２以上０．４未満でもない。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、直鎖状グリカンを含む。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、分岐又はブランチオンブランチ（ｂｒａｎｃｈ−ｏｎ−ｂｒａｎｃｈ）構造を示すグリカンを含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物が提供され、その平均分岐度（ＤＢ）は、０ではなく、少なくとも０．０１、０．０５、０．１若しくは少なくとも０．２であるか、又は約０．０１〜約０．２若しくは約０．０５〜０．１の範囲である。
グリコシド結合及びグリコシド連結
グリカンの調製物中に見出される個々のグリカンサブユニット間の連結には、アルファ１−＞２、アルファ１−＞３、アルファ１−＞４、アルファ１−＞５、アルファ１−＞６、アルファ２−＞１、アルファ２−＞３、アルファ２−＞４、アルファ２−＞６、ベータ１−＞２、ベータ１−＞３、ベータ１−＞４、ベータ１−＞５、ベータ１−＞６、ベータ２−＞１、ベータ２−＞３、ベータ２−＞４及びベータ２−＞６が含まれ得る。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、アルファ連結のみを含む。いくつかの実施形態では、グリカンは、ベータ連結のみを含む。いくつかの実施形態では、グリカンは、アルファ連結及びベータ連結の混合物を含む。
いくつかの実施形態では、調製物中のアルファグリコシド結合：ベータグリコシド結合の比は、約１：１、２：１、３：１、４：１又は５：１である。いくつかの実施形態では、調製物中のベータグリコシド結合：アルファグリコシド結合の比は、約１：１、２：１、３：１、４：１又は５：１である。
いくつかの実施形態では、調製物中のアルファグリコシド結合：ベータグリコシド結合の比は、約０．１：１、０．２：１、０．３：１、０．４：１、０．５：１、０．６：１、０．７：１、０．８：１、０．９：１、１：１、１．２：１、１．５：１、１．７：１、２：１、２．２：１、２．５：１、２．７：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１又は約１０：１である。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンは、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合、１−＞５グリコシド結合及び１−＞６グリコシド結合からなる群から選択されるアルファグリコシド結合及びベータグリコシド結合の両方を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、少なくとも２つ又は少なくとも３つの、アルファ及びベータ１−＞２グリコシド結合、アルファ及びベータ１−＞３グリコシド結合、アルファ及びベータ１−＞４グリコシド結合、アルファ及びベータ１−＞５グリコシド結合、並びに／又はアルファ及びベータ１−＞６グリコシド結合を含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンは、実質的に全てアルファ配置又はベータ配置のグリカンサブユニットを含み、任意選択により、それぞれ他の配置を約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％又は２０％含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、アルファグリコシド結合を有する少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、少なくとも９９．９％又はさらに１００％のグリカンを含む。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、ベータグリコシド結合を有する少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、少なくとも９９．９％又はさらに１００％のグリカンを含む。いくつかの実施形態では、グリコシド結合を有する少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％又は少なくとも８５％のグリカンはアルファグリコシド結合であり、グリコシド結合を有する少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％又は少なくとも８５％のグリカンはベータグリコシド結合であり、アルファグリコシド結合及びベータグリコシド結合の割合は、１００％を超えない、グリカンの調製物が提供される。
いくつかの実施形態では、グリカングリコシド結合の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、少なくとも９９．９％又はさらに１００％は、１−＞２グリコシド結合、１−＞３グリコシド結合、１−＞４グリコシド結合及び１−＞６グリコシド結合の１つ以上である、グリカンの調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカングリコシド結合の各々の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、少なくとも２０％又は２５％は、１−＞２、１−＞３、１−＞４及び１−＞６グリコシド結合である、グリカンの調製物が提供される。
任意選択により、グリカンの調製物は、アルファ２−＞１、アルファ２−＞３、アルファ２−＞４、アルファ２−＞６、ベータ２−＞１、ベータ２−＞３、ベータ２−＞４及びベータ２−＞６グリコシド結合からなる群から選択されるグリカングリコシド結合の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％又は少なくとも８５％をさらに含む。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンは、アルファ１−＞２及びアルファ１−＞３、アルファ１−＞２及びアルファ１−＞４、アルファ１−＞２及びアルファ１−＞６、アルファ１−＞２及びベータ１−＞２、アルファ１−＞２及びベータ１−＞３、アルファ１−＞２及びベータ１−＞４、アルファ１−＞２及びベータ１−＞６、アルファ１−＞３及びアルファ１−＞４、アルファ１−＞３及びアルファ１−＞６、アルファ１−＞３及びベータ１−＞２、アルファ１−＞３及びベータ１−＞３、アルファ１−＞３及びベータ１−＞４、アルファ１−＞３及びベータ１−＞６、アルファ１−＞４及びアルファ１−＞６、アルファ１−＞４及びベータ１−＞２、アルファ１−＞４及びベータ１−＞３、アルファ１−＞４及びベータ１−＞４、アルファ１−＞４及びベータ１−＞６、アルファ１−＞６及びベータ１−＞２、アルファ１−＞６及びベータ１−＞３、アルファ１−＞６及びベータ１−＞４、アルファ１−＞６及びベータ１−＞６、ベータ１−＞２及びベータ１−＞３、ベータ１−＞２及びベータ１−＞４、ベータ１−＞２及びベータ１−＞６、ベータ１−＞３及びベータ１−＞４、ベータ１−＞３及びベータ１−＞６、並びにベータ１−＞４及びベータ１−＞６からなる群から選択される少なくとも２つのグリコシド結合を含む。
Ｌ型及びＤ型
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットがＬ型の糖であるグリカンの調製物が提供される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットがＤ型の糖であるグリカンの調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカンサブユニットが天然に存在するか、又はより一般的である（例えば、Ｄ−グルコース、Ｄ−キシロース、Ｌ−アラビノース）Ｌ型又はＤ型の糖であるグリカンの調製物が提供される。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物（例えば、オリゴ糖及び多糖）は、グリカンサブユニットのＬ型及びＤ型の所望の混合物、例えばＬ型対Ｄ型又はＤ型対Ｌ型が１：１、１：２、１：３、１：４、１：５などの所望の比の混合物を含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、グリカンユニットのＬ型及びＤ型の所望の混合物、例えばＬ型対Ｄ型又はＤ型対Ｌ型が１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２、１：１４、１：１６、１：１８、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０、１：１００、１：１５０などの所望の比の混合物を含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、実質的に全てＬ型又はＤ型のグリカンサブユニットを有するグリカンを含み、任意選択により、それぞれ他の型を約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％又は２０％含む。
グリカン単位の内容
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットが、テトロース、ペントース、ヘキソース又はヘプトースであるグリカンの調製物が提供される。任意選択により、グリカン調製物のグリカンの形成に関与するグリカンサブユニットは変化する。単糖グリカンサブユニットの例には、グルコース、ガラクトース及びフルクトースなどのヘキソース並びにキシロースなどのペントースが含まれる。単糖類は、一般に、化学式：Ｃｘ（Ｈ２Ｏ）ｙ（ここで、通常、ｘ≧３である）を有する。単糖類は、それらが含有する炭素原子の数ｘによって分類することができる：例えば、ジオース（２）、トリオース（３）、テトロース（４）、ペントース（５）、ヘキソース（６）及びヘプトース（７）。単糖グリカンサブユニットは、非環式（開鎖）形態で存在し得る。同じ分子グラフを有する開鎖の単糖類は、２つ以上の立体異性体として存在し得る。単糖類は、カルボニル基と同じ分子のヒドロキシルの１つとの間で求核付加反応を介して環状形態でも存在し得る。反応物は、１個の架橋酸素原子によって閉口している炭素原子の環を形成する。これらの環状形態では、環は、通常、５個の原子（フラノース）又は６個の原子（ピラノース）を有する。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、異なる単糖グリカンサブユニットの所望の混合物、例えばジオース（２）、トリオース（３）、テトロース（４）、ペントース（５）、ヘキソース（６）又はヘプトース（７）の混合物を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物のグリカンは、ペントース（５）及びヘキソース（６）の所望の混合物を含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、２つ、３つ、４つ又は５つの異なるグリカンサブユニットの所望の混合物、例えばｉ）グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース及びラムノースから選択される単糖類から選択される１つ以上のグリカンサブユニット、ｉｉ）アカルビオシン、ｎ−アセチルラクトサミン、アロラクトース、セロビオース、キトビオース、ガラクトース−アルファ−１，３−ガラクトース、ゲンチオビオース、イソマルト、イソマルトース、イソマルツロース、コージビオース、ラクチトール、ラクトビオン酸、ラクトース、ラクツロース、ラミナリビオース、マルチトール、マルトース、マンノビオース、メリビオース、メリビウロース、ネオヘスペリドース、ニゲロース、ロビノース、ルチノース、サンブビオース、ソホロース、スクラロース、スクロース、スクロース酢酸イソ酪酸エステル、オクタアセチルスクロース、トレハロース、ツラノース、ビシアノース及びキシロビオースから選択される二糖類から選択される１つ以上のグリカンサブユニット、ｉｉｉ）アカルボース、Ｎ−アセチルエマンノサミン、Ｎ−アセチルムラミン酸、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルエタロサミヌロニン酸（ａｃｅｔｙｌｅｔａｌｏｓａｍｉｎｕｒｏｎｉｃ ａｃｉｄ）、アラビノピラノシル−Ｎ−メチル−Ｎ−ニトロソ尿素、Ｄ−フルクトース−Ｌ−ヒスチジン、Ｎ−グリコリルノイラミン酸、ケトサミン、キダマイシン、マンノサミン、１Ｂ−メチルセレノ−Ｎ−アセチル−Ｄ−ガラクトサミン、ムラミン酸、ムラミルジペプチド、ホスホリボシールアミン、ＰＵＧＮＡｃ、シアリル−Ｌｅｗｉｓ Ａ、シアリル−Ｌｅｗｉｓ Ｘ、バリダマイシン、ボグリボース、Ｎ−アセチルガラクトサミン、Ｎ−アセチルグルコミサン、アスパルチルグルコサミン、バシリチオール、ダウノサミン、デソサミン、フルクトサミン、ガラクトサミン、グルコサミン、メグルミン及びペロサミンから選択されるアミノ糖から選択される１つ以上のグリカンサブユニット、ｉｖ）１−５−アヒドログルシトール、クラジノース、コリトース、２−デオキシ−Ｄ−グルコース、３−デオキシグルカソン、デオキシリボース、ジデオキシヌクレオチド、ジギタロース、フルデオオキシグルコース、サルメントース及びスルホキノボースから選択されるデオキシ糖から選択される１つ以上のグリカンサブユニット；ｖ）カスタノスペルミン、１−デオキシノジリマイシン、イミノ糖、ミグリトール、ミグルスタット及びスワインソニンから選択されるイミノ糖から選択される１つ以上のグリカンサブユニット、Ｎ−アセチルノイラミン酸、Ｎ−アセチルタロサムヌロニン酸（ａｃｅｔｙｌｔａｌｏｓａｍｎｕｒｏｎｉｃ ａｃｉｄ）、アルダル酸、アルドン酸、３−デオキシ−Ｄ−マンノ−オクト−２−ウロソニック酸、グルクロン酸、グルコサミンウロニック酸、グリセリン酸、Ｎ−グリコリルノイラミン酸、イズロン酸、イソサッカリン酸、パンガミン酸、シアル酸、トレオン酸、ウロソニック酸、ウロニック酸、キシロン酸、グルコン酸、アスコルビン酸、ケトデオキシオクツロソニック酸、ガラクツロン酸、ガラクトサミヌロン酸、マンヌロン酸、マンノサミヌロン酸、酒石酸、粘液酸、糖酸、乳酸、シュウ酸、コハク酸、ヘキサン酸、フマル酸、マレイン酸、酪酸、クエン酸、グルコサミン酸、リンゴ酸、スクシンアミド酸、セバシン酸及びカプリン酸から選択される糖酸から選択される１つ以上のグリカンサブユニット、ｖｉ）ギ酸、酢酸、プロピオン酸、ブチル酸、イソブチル酸、吉草酸及びイソ吉草酸から選択される短鎖脂肪酸から選択される１つ以上のグリカンサブユニット、並びにｖｉｉ）メタノール、エチレングリコール、グリセロール、エリトリトール、トレイトール、アラビトール、リビトール、キシリトール、マンニトール、ソルビトール、ガラクチトール、イジトール、ボレミトール、フシトール、イノシトール、マルトトリイトール、マルトテトライトール及びポリグリシトールから選択される糖アルコールから選択される１つ以上のグリカンサブユニットの混合物を含む。
例示的なグリカンは、モノマーが構成する物質の割合を反映する１００の中からの数に従って、単量体の糖成分を表す３文字コードによって記載されている。それ故に、「ｇｌｕ１００」は、１００％のＤ−グルコース（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに属し、「ｇｌｕ５０ｇａｌ５０」は、５０％のＤ−グルコース及び５０％のＤ−ガラクトース（グリカン単位）の入力から、又は代わりにラクトース二量体（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに属するものとみなす。本明細書に使用される場合、ｘｙｌ＝Ｄ−キシロース、ａｒａ＝Ｌ−アラビノース、ｇａｌ＝Ｄ−ガラクトース、ｇｌｕ＝Ｄ−グルコース、ｒｈａ＝Ｌ−ラムノース、ｆｕｃ＝Ｌ−フコース、ｍａｎ＝Ｄ−マンノース、ｓｏｒ＝Ｄ−ソルビトール、ｇｌｙ＝Ｄ−グリセロール、ｎｅｕ＝ＮＡｃ−ノイラミン酸。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から選択される１つのグリカン単位Ａを含み、グリカン単位Ａは、１００％のグリカン単位の入力を含む。例えば、いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ホモグリカンｘｙｌ１００、ｒｈａ１００、ａｒａ１００、ｇａｌ１００、ｇｌｕ１００及びｍａｎ１００から選択される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ホモグリカンｆｕｃ１００及びｆｒｕ１００から選択される。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される２つのグリカン単位Ａ及びＢの混合物を含み、Ａ及びＢは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じか又は異なる群から選択され得、且つＡ及びＢは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ及び９９〜１％のＢの範囲）で選択され得る。
例えば、いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ヘテログリカンａｒａ５０ｇａｌ５０、ａｒａ５０ｇａｌ５０、ｘｙｌ７５ｇａｌ２５、ａｒａ８０ｘｙｌ２０、ａｒａ６０ｘｙｌ４０、ａｒａ５０ｘｙｌ５０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、ｍａｎ７５ｇａｌ２５、ｇｌｕ８０ｇａｌ２０、ｇｌｕ６０ｇａｌ４０、ｇｌｕ４０ｇａｌ６０、ｇｌｕ２０ｇａｌ８０、ｇａｌ８０ｍａｎ２０、ｇａｌ６０ｍａｎ４０、ｇａｌ４０ｍａｎ６０、ｇｌｕ８０ｘｙｌ２０、ｇｌｕ６０ｘｙｌ４０、ｇｌｕ４０ｘｙｌ６０、ｇｌｕ２０ｘｙｌ８０、ｇｌｕ８０ａｒａ２０、ｇｌｕ６０ａｒａ４０、ｇｌｕ４０ａｒａ６０、ｇｌｕ２０ａｒａ８０、ｇａｌ８０ｘｙｌ２０、ｇａｌ６０ｘｙｌ４０、ｇａｌ４０ｘｙｌ６０、ｇａｌ２０ｘｙｌ８０、ｇａｌ８０ａｒａ２０、ｇａｌ６０ａｒａ４０、ｇａｌ４０ａｒａ６０、ｇａｌ２０ａｒａ８０、ｍａｎ８０ｘｙｌ２０、ｍａｎ６０ｘｙｌ４０、ｍａｎ４０ｘｙｌ６０、ｍａｎ２０ｘｙｌ８０、ｍａｎ８０ａｒａ２０、ｍａｎ６０ａｒａ４０、ｍａｎ４０ａｒａ６０、ｍａｎ２０ａｒａ８０、ｘｙｌ８０ａｒａ２０、ｘｙｌ６０ａｒａ４０、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０及びｍａｎ６２ｇｌｕ３８から選択される。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される３つのグリカン単位Ａ、Ｂ及びＣの混合物を含み、Ａ、Ｂ及びＣは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じ又は異なる群から選択され得、Ａ、Ｂ及びＣは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ、１〜９９％のＢ及び１〜９９％のＣの範囲）で選択され得る。
例えば、いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ヘテログリカンｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ１２、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３、ｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ１２、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｎｍａｎ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ａｒａ３３、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇａｌ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｍａｎ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ９０ｇａｌ５ｍａｎ５、ｇｌｕ８０ｇａｌ１０ｍａｎ１０、ｇｌｕ６０ｇａｌ２０ｍａｎ２０、ｇｌｕ４０ｇａｌ３０ｍａｎ３０、ｇｌｕ２０ｇａｌ４０ｍａｎ４０、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５、ｇｌｕ５ｇａｌ９０ｍａｎ５、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０、ｇｌｕ２０ｇａｌ６０ｍａｎ２０、ｇｌｕ３０ｇａｌ４０ｍａｎ３０、ｇｌｕ４０ｇａｌ２０ｍａｎ４０、ｇｌｕ４５ｇａｌ１０ｍａｎ４５、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０、ｇｌｕ１０ｇａｌ１０ｍａｎ８０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ６０、ｇｌｕ３０ｇａｌ３０ｍａｎ４０、ｇｌｕ４０ｇａｌ４０ｍａｎ２０及びｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０から選択される。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される４つのグリカン単位Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤの混合物を含み、Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じ又は異なる群から選択され得、Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ、１〜９９％のＢ、１〜９９％のＣ及び１〜９９％のＤの範囲）で選択され得る。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、上のｉ）〜ｖｉｉ）から独立して選択される５つのグリカン単位Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ及びＥの混合物を含み、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ及びＥは、ｉ）〜ｖｉｉ）の同じ又は異なる群から選択され得、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ及びＥは、任意の所望の比率（例えば、１００％を超えない、１〜９９％のＡ、１〜９９％のＢ、１〜９９％のＣ、１〜９９％のＤ及び１〜９９％のＥの範囲）で選択され得る。
本明細書で提供されるのは、グリカン調製物（本明細書に記載があるように、例えば任意のＤＰ、ＤＢ、アルファ：ベータのグリコシド結合比、グリコシド結合の数、結合位置化学及び結合立体化学、並びに本明細書中に記載がある他の特性（例えば、溶解度、醗酵性、粘度、甘味など）を有する）であって、
１）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のグルコースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、アラビノース、ガラクトース、マンノース、ラムノース、フルクトース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ｇａｌ５０ｇｌｕ２５ｆｒｕ２５、ｇａｌ５７ｇｌｕ４３、ｇａｌ５７ｇｌｕ４３、ｇｌｕ１００、ｇｌｕ１０ｇａｌ１０ｍａｎ８０、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０、ｇｌｕ２０ａｒａ８０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ２０ｘｙｌ２０ａｒａ２０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ６０、ｇｌｕ２０ｇａｌ４０ｍａｎ４０、ｇｌｕ２０ｇａｌ６０ｍａｎ２０、ｇｌｕ２０ｇａｌ８０、ｇｌｕ２０ｘｙｌ８０、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ３０ｇａｌ３０ｍａｎ４０、ｇｌｕ３０ｇａｌ４０ｍａｎ３０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｍａｎ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ４０ａｒａ６０、ｇｌｕ４０ｇａｌ２０ｍａｎ４０、ｇｌｕ４０ｇａｌ３０ｍａｎ３０、ｇｌｕ４０ｇａｌ４０ｍａｎ２０、ｇｌｕ４０ｇａｌ６０、ｇｌｕ４０ｘｙｌ６０、ｇｌｕ４５ｇａｌ１０ｍａｎ４５、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０、ｇｌｕ５ｇａｌ９０ｍａｎ５、ｇｌｕ６０ａｒａ４０、ｇｌｕ６０ｇａｌ２０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｇａｌ４０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｇｌｕ６０ｘｙｌ４０、ｇｌｕ６６ｆｒｕ３３、ｇｌｕ８０ａｒａ２０、ｇｌｕ８０ｇａｌ１０ｍａｎ１０、ｇｌｕ８０ｇａｌ２０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ８０ｘｙｌ２０、ｇｌｕ９０ｇａｌ５ｍａｎ５、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ６２ｇｌｕ３８、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３又はｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ１２の１つであるグルコースグリカン単位；
２）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のガラクトースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、アラビノース、グルコース、マンノース、ラムノース、フルクトース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ａｒａ５０ｇａｌ５０、ｇａｌ１００、ｇａｌ２０ａｒａ８０、ｇａｌ２０ｘｙｌ８０、ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇａｌ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇａｌ４０ａｒａ６０、ｇａｌ４０ｍａｎ６０、ｇａｌ４０ｘｙｌ６０、ｇａｌ５０ｇｌｕ２５ｆｒｕ２５、ｇａｌ５７ｆｒｕ４３、ｇａｌ５７ｇｌｕ４３、ｇａｌ６０ａｒａ４０、ｇａｌ６０ｍａｎ４０、ｇａｌ６０ｘｙｌ４０、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｇａｌ８０ａｒａ２０、ｇａｌ８０ｍａｎ２０、ｇａｌ８０ｘｙｌ２０、ｇｌｕ１０ｇａｌ１０ｍａｎ８０、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ２０ｘｙｌ２０ａｒａ２０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ６０、ｇｌｕ２０ｇａｌ４０ｍａｎ４０、ｇｌｕ２０ｇａｌ６０ｍａｎ２０、ｇｌｕ２０ｇａｌ８０、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ３０ｇａｌ３０ｍａｎ４０、ｇｌｕ３０ｇａｌ４０ｍａｎ３０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｍａｎ３３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ４０ｇａｌ２０ｍａｎ４０、ｇｌｕ４０ｇａｌ３０ｍａｎ３０、ｇｌｕ４０ｇａｌ４０ｍａｎ２０、ｇｌｕ４０ｇａｌ６０、ｇｌｕ４５ｇａｌ１０ｍａｎ４５、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０、ｇｌｕ５ｇａｌ９０ｍａｎ５、ｇｌｕ６０ｇａｌ２０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｇａｌ４０、ｇｌｕ８０ｇａｌ１０ｍａｎ１０、ｇｌｕ８０ｇａｌ２０、ｇｌｕ９０ｇａｌ５ｍａｎ５、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、ｍａｎ７５ｇａｌ２５、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３、ｘｙｌ７５ｇａｌ２５又はｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ１２の１つであるガラクトースグリカン単位；
３）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のマンノースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、アラビノース、グルコース、ガラクトース、ラムノース、フルクトース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇａｌ４０ｍａｎ６０、ｇａｌ６０ｍａｎ４０、ｇａｌ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ１０ｇａｌ１０ｍａｎ８０、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ２０ｘｙｌ２０ａｒａ２０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ６０、ｇｌｕ２０ｇａｌ４０ｍａｎ４０、ｇｌｕ２０ｇａｌ６０ｍａｎ２０、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５、ｇｌｕ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ３０ｇａｌ３０ｍａｎ４０、ｇｌｕ３０ｇａｌ４０ｍａｎ３０、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｍａｎ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ４０ｇａｌ２０ｍａｎ４０、ｇｌｕ４０ｇａｌ３０ｍａｎ３０、ｇｌｕ４０ｇａｌ４０ｍａｎ２０、ｇｌｕ４５ｇａｌ１０ｍａｎ４５、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０、ｇｌｕ５ｇａｌ９０ｍａｎ５、ｇｌｕ６０ｇａｌ２０ｍａｎ２０、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０、ｇｌｕ８０ｇａｌ１０ｍａｎ１０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ８０ｍａｎ２０、ｇｌｕ９０ｇａｌ５ｍａｎ５、ｍａｎ１００、ｍａｎ２０ａｒａ８０、ｍａｎ２０ｘｙｌ８０、ｍａｎ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｍａｎ４０ａｒａ６０、ｍａｎ４０ｘｙｌ６０、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９、ｍａｎ６０ａｒａ４０、ｍａｎ６０ｇｌｕ４０、ｍａｎ６０ｘｙｌ４０、ｍａｎ６２ｇｌｕ３８、ｍａｎ６６ｇａｌ３３、ｍａｎ７５ｇａｌ２５、ｍａｎ８０ａｒａ２０、ｍａｎ８０ｇａｌ２０、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０又はｍａｎ８０ｘｙｌ２０の１つであるマンノースグリカン単位；
４）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のアラビノースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、グルコース、ガラクトース、マンノース、ラムノース、フルクトース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ａｒａ１００、ａｒａ５０ｇａｌ５０、ａｒａ５０ｘｙｌ５０、ａｒａ６０ｘｙｌ４０、ａｒａ８０ｘｙｌ２０、ｇａｌ２０ａｒａ８０、ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇａｌ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇａｌ４０ａｒａ６０、ｇａｌ６０ａｒａ４０、ｇａｌ８０ａｒａ２０、ｇｌｕ２０ａｒａ８０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ２０ｘｙｌ２０ａｒａ２０、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ４０ａｒａ６０、ｇｌｕ６０ａｒａ４０、ｇｌｕ８０ａｒａ２０、ｍａｎ２０ａｒａ８０、ｍａｎ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｍａｎ４０ａｒａ６０、ｍａｎ６０ａｒａ４０、ｍａｎ８０ａｒａ２０、ｘｙｌ６０ａｒａ４０、ｘｙｌ７５ａｒａ２５又はｘｙｌ８０ａｒａ２０の１つであるアラビノースグリカン単位；
５）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のキシロースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、アラビノース、グルコース、ガラクトース、マンノース、ラムノース、フルクトース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ａｒａ５０ｘｙｌ５０、ａｒａ６０ｘｙｌ４０、ａｒａ８０ｘｙｌ２０、ｇａｌ２０ｘｙｌ８０、ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇａｌ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇａｌ４０ｘｙｌ６０、ｇａｌ６０ｘｙｌ４０、ｇａｌ７５ｘｙｌ２５、ｇａｌ８０ｘｙｌ２０、ｇｌｕ２０ｇａｌ２０ｍａｎ２０ｘｙｌ２０ａｒａ２０、ｇｌｕ２０ｘｙｌ８０、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ２５ｍａｎ２５ｘｙｌ２５ａｒａ２５、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ３３ｍａｎ３３ｘｙｌ３３、ｇｌｕ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｇｌｕ４０ｘｙｌ６０、ｇｌｕ６０ｘｙｌ４０、ｇｌｕ８０ｘｙｌ２０、ｍａｎ２０ｘｙｌ８０、ｍａｎ３３ｘｙｌ３３ａｒａ３３、ｍａｎ４０ｘｙｌ６０、ｍａｎ６０ｘｙｌ４０、ｍａｎ８０ｘｙｌ２０、ｘｙｌ１００、ｘｙｌ３３ｇｌｕ３３ｇａｌ３３、ｘｙｌ６０ａｒａ４０、ｘｙｌ７５ａｒａ２５、ｘｙｌ７５ｇａｌ２５、ｘｙｌ７５ｇｌｕ１２ｇａｌ１２又はｘｙｌ８０ａｒａ２０の１つであるキシロースグリカン単位；
６）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のフルクトースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、アラビノース、グルコース、ガラクトース、マンノース、ラムノース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ｆｒｕ１００、ｇａｌ５０ｇｌｕ２５ｆｒｕ２５、ｇａｌ５７ｆｒｕ４３又はｇｌｕ６６ｆｒｕ３３の１つであるフルクトースグリカン単位、
７）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のフコースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、アラビノース、グルコース、ガラクトース、マンノース、ラムノース又はフルクトースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｆｕｃ３３の１つであるフコースグリカン単位、
８）任意選択により、１％〜１００％の任意の量のラムノースを含み、さらに、任意選択により、第２、第３、第４又は第５のグリカン単位（任意選択により、キシロース、アラビノース、グルコース、ガラクトース、マンノース、フルクトース又はフコースから独立して選択される）を含み、さらに、任意選択により、ｒｈａ１００であるラムノースグリカン単位
を含むグリカンを含み、且つさらに、任意選択により、１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つ）の以下の特性（バルクの特性を含む）を含むグリカン調製物である：
ｉ）グリカン調製物は、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース若しくはラムノースグリカン単位を含むグリカンを含むこと；
ｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、０、０．０１〜０．６、０．０５〜０．５、０．１〜０．４若しくは０．１５〜０．４であること；
ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％（少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、若しくは８５％、若しくは５０％未満）は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位、少なくとも２〜１０未満のグリカン単位、少なくとも５〜２５未満のグリカン単位若しくは少なくとも１０〜３５未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）（任意選択により、グリカン単位はモノマー、例えば単糖である）を有すること；
ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約２〜５、約５〜８、約８〜１３、約１３〜２５、約５〜１５、約５〜２０若しくは約５〜１５であること；
ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するベータ−グリコシド結合に対するアルファ−グリコシド結合の比は、０若しくは約０．８：１〜約５：１、約１：１〜約５：１、約１：１〜約３：１、約３：２〜約２：１若しくは約３：２〜約３：１であること；
ｖｉ）グリカン調製物は、１５ｍｏｌ％〜７５ｍｏｌ％（２０ｍｏｌ％〜６０ｍｏｌ％、２５ｍｏｌ％〜５０ｍｏｌ％若しくは３０ｍｏｌ％〜４５ｍｏｌ％）の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）グリカン調製物は、１ｍｏｌ％〜４０ｍｏｌ％（１ｍｏｌ％〜３０ｍｏｌ％、５ｍｏｌ％〜２５ｍｏｌ％、１０ｍｏｌ％〜２０ｍｏｌ％）の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ若しくは３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）グリカン調製物は、水中最終溶解度の限度として、２３℃で少なくとも約５０（少なくとも約６０、７０、少なくとも約７５若しくは５０未満）Ｂｒｉｘであること；又は
ｉｘ）グリカン調製物は、少なくとも５０％（少なくとも６０％、７０％、８０％、若しくは少なくとも９０％、若しくは５０％未満）の食物線維含量（例えば、ＡＯＡＣ ２００９．０１によって測定して）を有すること；
ｘ）
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の２つ；
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の３つ；
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の４つ；
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の５つ；
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の６つ；
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の７つ；
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の任意の８つ；若しくは
− ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の全部の組み合わせであるグリカン調製物である。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットが、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース及びラムノースからなる群から選択される、グリカンの調製物が提供される。一実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットがグルコースであるグリカン調製物が提供される。一実施形態では、グルコースからなる少なくとも９０％、９５％、少なくとも９９％又は１００％のグリカンを含むグリカン調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇｌｕ１００を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、α−１，６−ｇｌｕ１００を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、アラビノガラクタンを含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇａｌ５０ｇｌｕ２５ｆｒｕ２５を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇａｌ５７ｇｌｕ４３を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇｌｕ６６ｆｒｕ３３を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、ｇａｌ８５ａｒａ１５を含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、例えば、グルコース及びガラクトース、グルコース及びアラビノース、グルコース及びマンノース、グルコース及びフルクトース、グルコース及びキシロース、グルコース及びフコース、グルコース及びラムノース、ガラクトース及びアラビノース、ガラクトース及びマンノース、ガラクトース及びフルクトース、ガラクトース及びキシロース、ガラクトース及びフコース、並びにガラクトース及びラムノース、アラビノース及びマンノース、アラビノース及びフルクトース、アラビノース及びキシロース、アラビノース及びフコース、並びにアラビノース及びラムノース、マンノース及びフルクトース、マンノース及びキシロース、マンノース及びフコース、並びにマンノース及びラムノース、フルクトース及びキシロース、フルクトース及びフコース、並びにフルクトース及びラムノース、キシロース及びフコース、キシロース及びラムノース、並びにフコース及びラムノースなどの混合物のような、２つの異なる単糖グリカンサブユニットの所望の混合物を、例えば、１：１、１：２、１：３、１：４又は１：５の比率又はそれらの逆比率又は１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１２、１：１４、１：１６、１：１８、１：２０、１：２５、１：３０、１：３５、１：４０、１：４５、１：５０、１：５５、１：６０、１：６５、１：７０、１：７５、１：８０、１：８５、１：９０又は１：１００の比率又はそれらの逆比率で含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、３つの異なる単糖グリカンサブユニットの所望の混合物、例えばグルコース含有グリカン調製物については、グルコース、ガラクトース及びアラビノース；グルコース、ガラクトース及びマンノース；グルコース、ガラクトース及びフルクトース；グルコース、ガラクトース及びキシロース；グルコース、ガラクトース及びフコース、グルコース、ガラクトース及びラムノース；グルコース、アラビノース及びマンノース；グルコース、アラビノース及びフルクトース；グルコース、アラビノース及びキシロース；グルコース、アラビノース及びフコース；グルコース、アラビノース及びラムノース；グルコース、マンノース及びフルクトース；グルコース、マンノース及びキシロース；グルコース、マンノース及びフコース；グルコース、マンノース、ラムノース；グルコース、フルクトース及びキシロース；グルコース、フルクトース及びフコース；グルコース、フルクトース及びラムノース；グルコース、フコース及びラムノースなどの混合物等を、例えば、１：１：１、１：２：１、１：３：１、１：４：１、１：５：１、１：１：２、１：２：２、１：３：２、１：４：２、１：１：３、１：２：３、１：３：３、１：１：４、１：２：４、１：１：５、１：２：５等の比率又は１：１：１、１：２：１、１：３：１、１：４：１、１：５：１、１：６：１、１：７：１、１：８：１、１：９：１、１：１０：１、１：１２：１、１：１４：１、１：１６：１、１：１８：１、１：２０：１、１：１：２、１：２：２、１：３：２、１：４：２、１：５：２、１：６：２、１：７：２、１：８：２、１：９：２、１：１０：２、１：１：３、１：２：３、１：３：３、１：４：３、１：５：３、１：６：３、１：７：３、１：８：３、１：９：３、１：１０：３、１：１：４、１：２：４、１：３：４、１：４：４、１：５：４、１：６：４、１：７：４、１：８：４、１：９：４、１：１０：４、１：１：５、１：２：５、１：３：５、１：４：５、１：５：５、１：６：５、１：７：５、１：８：５、１：９：５、１：１０：５等の比率で含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、Ｎ−アセチルガラクトサミン又はＮ−アセチルグルコサミンを含まない。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、シアル酸を含まない。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、脂質及び脂肪酸を含まない。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、アミノ酸を含まない。
フラノ―ス：ピラノース
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットがフラノ―ス糖であるグリカンの調製物が提供される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのグリカンサブユニットがピラノース糖であるグリカンの調製物が提供される。いくつかの実施形態では、グリカンは、フラノ―ス糖及びピラノース糖の混合物を含む。いくつかの実施形態では、調製物中のフラノース糖：ピラノース糖の比率は、約０．１：１、０．２：１、０．３：１、０．４：１、０．５：１、０．６：１、０．７：１、０．８：１、０．９：１、１：１、１．２：１、１．５：１、１．７：１、２：１、２．２：１、２．５：１、２．７：１、３：１、４：１、５：１若しくは約６：１であるか、又は調製物中のフラノース糖：ピラノース糖の比率は、約７：１、８：１、９：１若しくは約１０：１である。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、実質的に全てフラノース糖又はピラノース糖を含み、任意選択により、それぞれ他の糖を約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％又は２０％含む。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、実質的に全てピラノース糖を含み、調製物中のフラノース型のグリカン単位は約０．１％、０２％、０．５％、１％、２％、３％、４％未満又は５％未満である。いくつかの実施形態では、調製物中の単量体グリカン単位の３％、２％未満又は１％未満が、フラノース型である。
塩
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、例えば、塩酸塩、ヨウ化水素酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩、メタンスルファート、酢酸塩、ギ酸塩、酒石酸塩、リンゴ酸塩、クエン酸塩、コハク酸塩、乳酸塩、グルコン酸塩、ピルビン酸塩、フマル酸塩、プロピオン酸塩、アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩、安息香酸塩など塩の形態（例えば、薬学的に許容される塩の形態）で存在する１つのグリカンサブユニット又は複数のグリカンサブユニットを含む。
誘導体化
必要に応じて、グリカンの単糖類又はオリゴ糖グリカンサブユニットは、さらに置換又は誘導体化され、例えば、ヒドロキシル基は、エーテル化又はエステル化され得る。例えば、グリカン（例えば、オリゴ又は多糖類）は、修飾サッカリド単位、例えばヒドロキシル基が除去される２’−デオキシリボース、ヒドロキシル基がフッ素と置換される２’−フルオロリボース又はＮ−アセチルグルコサミン、グルコース（例えば、２’−フルオロリボース、デオキシリボース及びヘキソース）の窒素含有形態を含有し得る。置換度（ＤＳ、１グリコシル単位あたりのヒドロキシル基の平均数）は、１、２若しくは３又は別の好適なＤＳであり得る。いくつかの実施形態では、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％のグリカンサブユニットが、置換又は誘導体化される。いくつかの実施形態では、置換度は、例えば、ある特定の割合では誘導体化されず、１のＤＳを示し、２のＤＳを示し、３のＤＳを示す、サブユニット間で変動する。任意の望ましい混合物を生成することができ、例えば、０〜９９％のサブユニットは、誘導体化されず、０〜９９％のサブユニットは、１のＤＳを示し、０〜９９％のサブユニットは、２のＤＳを示し、０〜９９％のサブユニットは、３のＤＳを示し、合計で１００％になる。置換度は、グリコシル部分に添加される置換基（モル置換（ＭＳ））のモルの平均数を調整することによって制御され得る。グリカンのオリゴ糖又は多糖鎖の長さに沿った置換基の分布は、反応条件、試薬のタイプ及び置換の範囲を調整することによって制御され得る。いくつかの実施形態では、単量体のサブユニットは、酢酸エステル、硫酸半エステル、リン酸エステル又はピルビル環状アセタール基の１つ以上と置換される。
溶解度
いくつかの実施形態では、調製物中のグリカンは、高溶解性である。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、２３℃で明らかな固化又は結晶化を行わずに（最終溶解限度）、少なくとも５５Ｂｒｉｘ、６５Ｂｒｉｘ、６０Ｂｒｉｘ、６５Ｂｒｉｘ、７０Ｂｒｉｘ、７５Ｂｒｉｘ、８０Ｂｒｉｘ又は少なくとも８５Ｂｒｉｘまで濃縮され得る。いくつかの実施形態では、グリカン調製物は、２３℃で明らかな固化又は結晶化を行わずに（最終溶解限度）、少なくとも約０．５ｇ／ｍｌ、１ｇ／ｍｌ、１．５ｇ／ｍｌ、２ｇ／ｍｌ、２．５ｇ／ｍｌ、３ｇ／ｍｌ、３．５ｇ／ｍｌ又は少なくとも４ｇ／ｍｌまで濃縮され得る。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物（例えばオリゴ糖）は、分岐しており、例えば少なくとも０．０１、０．０５又は０．１の平均ＤＢを有し、且つ２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘ、７５Ｂｒｉｘ、８０Ｂｒｉｘ又は少なくとも約８５Ｂｒｉｘの水中に最終溶解限度を有するか、又は少なくとも約１ｇ／ｍｌ、２ｇ／ｍｌ又は少なくとも約３ｇ／ｍｌである。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、脱イオン水中又は好適な緩衝液中、例えばリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４又は類似の生理学的ｐＨ中、２０℃で、少なくとも０．００１ｇ／Ｌ、０．００５ｇ／Ｌ、０．０１ｇ／Ｌ、０．０５ｇ／Ｌ、０．１ｇ／Ｌ、０．２ｇ／Ｌ、０．３ｇ／Ｌ、０．４ｇ／Ｌ、０．５ｇ／Ｌ、０．６ｇ／Ｌ、０．７ｇ／Ｌ、０．８ｇ／Ｌ、０．９ｇ／Ｌ、１ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、３０ｇ／Ｌ、４０ｇ／Ｌ、５０ｇ／Ｌ、１００ｇ／Ｌ、２００ｇ／Ｌ、３００ｇ／Ｌ、４００ｇ／Ｌ、５００ｇ／Ｌ、６００ｇ／Ｌ、７００ｇ／Ｌ、８００ｇ／Ｌ、９００ｇ／Ｌ、１０００ｇ／Ｌの最終溶解限度を有する。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、９９％超又は９９．５％を超える溶解性があり、脱イオン水中又は好適な緩衝液中、例えばリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４又は類似の生理学的ｐＨ中、２０℃で、０．００１ｇ／Ｌ、０．００５ｇ／Ｌ、０．０１ｇ／Ｌ、０．０５ｇ／Ｌ、０．１ｇ／Ｌ、０．２ｇ／Ｌ、０．３ｇ／Ｌ、０．４ｇ／Ｌ、０．５ｇ／Ｌ、０．６ｇ／Ｌ、０．７ｇ／Ｌ、０．８ｇ／Ｌ、０．９ｇ／Ｌ、１ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、３０ｇ／Ｌ、４０ｇ／Ｌ、５０ｇ／Ｌ、１００ｇ／Ｌ、２００ｇ／Ｌ、３００ｇ／Ｌ、４００ｇ／Ｌ、５００ｇ／Ｌ、６００ｇ／Ｌ、７００ｇ／Ｌ、８００ｇ／Ｌ、９００ｇ／Ｌ、１０００ｇ／Ｌを超える濃度で観察される沈殿物を有しない。
甘味度
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、所望の甘味度を有する。例えば、スクロース（テーブルシュガー）は、プロトタイプの甘味物質である。溶液中のスクロースは、１の甘味知覚評価を有し、他の物質は、これと比較して評価される（例えば、フルクトースは、スクロースの甘味の１．７倍で評価される）。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物の甘味は、スクロースと比較して、０．１〜５００，０００の範囲に及ぶ。いくつかの実施形態では、相対的甘味は、スクロースと比較して、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、２５０００、５００００、７５０００、１０００００、１５００００、２０００００、２５００００、３０００００、３５００００、４００００、４５００００、５０００００又は５００，０００超である（スクロースが１と得点される）。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、軽度に甘さ又は甘さと苦味の両方がある。
いくつかの実施形態では、グリカンの調製物、例えば実質的に、ＤＰ２＋又はＤＰ３＋である調製物（例えば、ＤＰ２＋又はＤＰ３＋の少なくとも８０％、９０％、又は少なくとも９５％、又は分画化された調製物）は、実質的に、甘さとして感知できず、相対的な甘味は、スクロースと比較して、約０、０．０００１、０．００１、０．００５、０．０１、０．０５、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７又は約０．８である（スクロースが１と得点される）。
グリカン調製物は、任意の好適な方法、例えば参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット、国際公開第２０１６／００７７７８号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレットに記載の方法によってものを含む好適な方法によって特徴付けることができる。
実施形態では、グリカン組成物及びグリカン調製物は、以下の特性（バルク特性を含む）の１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ若しくはそれを超える）を含み得る：
ａ）グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース又はラムノースの少なくとも１つを含むグリカン、
ｂ）高重合度（ＤＰ）、例えばポリマーの少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％は、ＤＰが約３０〜１００，０００、約３０〜５０，０００、約３０〜１０，０００、約３０〜５，０００、約３０〜１，０００、約３０〜５００、約３０〜２００、約３０〜１００又は約３〜５０の範囲である、
ｃ）低重合度、例えばポリマーの少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％は、ＤＰが約２〜２９、約２〜２５、約２〜２０、約２〜１５、約２〜１０、約２〜８、約２〜６、約３〜８又は約４〜８の範囲である、
ｄ）例えば、２０℃、水中で、約１００〜１０，０００ｍＰａｓ、１００〜５，０００ｍＰａｓ、１００〜１，０００ｍＰａｓ、１００〜５００ｍＰａｓの範囲である高粘度、
ｅ）例えば、２０℃、水中で、約１〜９９ｍＰａｓ、１〜５０ｍＰａｓ、１〜１０ｍＰａｓ、１〜５ｍＰａｓ、２５〜７５ｍＰａｓ又は１０〜５０ｍＰａｓの範囲である低粘度、
ｆ）２３℃で少なくとも約６０、７０又は少なくとも約７５Ｂｒｉｘの水中における高い最終溶解限度、
ｇ）２３℃で５、１０、２０、３０、４０、５０Ｂｒｉｘ未満の低い水中最終溶解限度又は不溶性（０．１Ｂｒｉｘ未満）、
ｈ）約０．１ｃａｌ／ｇ〜３ｃａｌ／ｇ、０．１ｃａｌ／ｇ〜２ｃａｌ／ｇ、０．１ｃａｌ／ｇ〜１．５ｃａｌ／ｇ、０．１ｃａｌ／ｇ〜１ｃａｌ／ｇ、０．１ｃａｌ／ｇ〜０．５ｃａｌ／ｇのカロリー値、
ｉ）ノンカロリー値（例えば、約０ｃａｌ／ｇ〜０．０９ｃａｌ／ｇ、０ｃａｌ／ｇ〜０．０５ｃａｌ／ｇ又は約０ｃａｌ／ｇ〜０．０１ｃａｌ／ｇ、
ｊ）低消化度、グリカンの約３０％、２０％、１０％、５％、１％、０．５％未満が、ヒトグルコシラーゼ（例えば、アルファ−アミラーゼ）によって消化可能である、
ｋ）高消化度、グリカンの少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％が、ヒトグルコシラーゼ（例えば、アルファ−アミラーゼ）によって消化可能である、
ｌ）低発酵度、グリカンの約４０％、３０％、２０％、１０％、５％、１％、０．５％未満が、ヒト（例えば、結腸の）微生物群又は単一細菌株により発酵可能である、
ｍ）高発酵度、グリカンの少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％が、ヒト（例えば、結腸の）微生物群又は単一細菌株により発酵可能である、
ｎ）遅い発酵速度、グリカンの約０．５％、１％、２％、５％、１０％又は１５％未満が、ヒト（例えば、結腸の）微生物群又は単一細菌株により１２〜２４時間で発酵する、
ｏ）速い発酵速度、グリカンの少なくとも約１５％、２０％、３０％、４０％又は５０％が、ヒト（例えば、結腸の）微生物群又は単一細菌株により１２〜２４時間で発酵する、
ｐ）消化器の高い耐性度（例えば、対象が、高い１日服用量、例えば少なくとも約５ｇ／日、１０ｇ／日、１５ｇ／日、２０ｇ／日、３０ｇ／日、４０ｇ／日、５０ｇ／日、６０ｇ／日又は７０ｇ／日を、膨満感、過剰なガス、ＧＩの不快感、下痢、便秘などの実質的な副作用を生じることなく、許容する）。
ｑ）
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の２つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の３つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の４つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の５つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の６つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の７つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の８つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の９つ；
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の任意の１０；又は
− ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）、ｆ）、ｇ）、ｈ）、ｉ）、ｊ）、ｋ）、ｌ）、ｍ）、ｎ）、ｏ）、ｐ）の全部の組み合わせ。
実施形態では、グリカン組成物及びグリカン調製物は、以下の特性（バルク特性を含む）の１つ以上（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又はそれを超える）を含み得る：
ｉ）グリカン調製物は、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース若しくはラムノースグリカン単位を含むグリカンを含むこと；
ｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの平均分岐度（ＤＢ）は、０、０．０１〜０．６、０．０５〜０．５、０．１〜０．４又は０．１５〜０．４であること；
ｉｉｉ）グリカン調製物中のグリカンの少なくとも５０％（少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、若しくは８５％、若しくは５０％未満）は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位、少なくとも２〜１０未満のグリカン単位、少なくとも５〜２５未満のグリカン単位若しくは少なくとも１０〜３５未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）（任意選択により、グリカン単位はモノマー、例えば単糖である）を有すること；
ｉｖ）グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約２〜５、約５〜８、約８〜１３、約１３〜２５、約５〜１５、約５〜２０若しくは約５〜１５であること；
ｖ）グリカン調製物のグリカン中に存在するベータ−グリコシド結合に対するアルファ−グリコシド結合の比は、０若しくは約０．８：１〜約５：１、約１：１〜約５：１、約１：１〜約３：１、約３：２〜約２：１若しくは約３：２〜約３：１であること；
ｖｉ）グリカン調製物は、１５ｍｏｌ％〜７５ｍｏｌ％（２０ｍｏｌ％〜６０ｍｏｌ％、２５ｍｏｌ％〜５０ｍｏｌ％若しくは３０ｍｏｌ％〜４５ｍｏｌ％）の１，６グリコシド結合を含むこと；
ｖｉｉ）グリカン調製物は、１ｍｏｌ％〜４０ｍｏｌ％（１ｍｏｌ％〜３０ｍｏｌ％、５ｍｏｌ％〜２５ｍｏｌ％、１０ｍｏｌ％〜２０ｍｏｌ％）の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合のそれぞれ少なくとも１つ、２つ若しくは３つを含むこと；
ｖｉｉｉ）グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約５０（少なくとも約６０、７０、少なくとも約７５若しくは５０未満）Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；又は
ｉｘ）グリカン調製物は、少なくとも５０％（少なくとも６０％、７０％、８０％、若しくは少なくとも９０％、若しくは５０％未満）の食物線維含量（ＡＯＡＣ ２００９．０１によって測定して）を有すること；
ｘ）ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つの任意の組み合わせ。
本明細書に記載のグリカン組成物は、１つ以上の糖及び／又は糖アルコールを含み得る。組成物は、単糖（例えば、単糖、二糖、三糖、四糖又は五糖）、糖アルコール又はそれらの任意の組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態では、組成物は、代謝可能な糖又は代謝可能な糖アルコールを含み、糖又は糖アルコールは、宿主の消化管において代謝される。国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレット（これは参照により本明細書に組み込まれる）に開示される糖及び糖アルコールは、本明細書に記載される方法及び組成物における使用に好適である。実施形態では、本明細書中に記載の組成物、例えば本明細書に記載のグリカン組成物は、例えば、本明細書及び参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレット及び表Ａに記載されるような、ポリフェノール、脂肪酸（例えば、短鎖脂肪酸）、アミノ酸、ペプチド及び微量栄養素を含み得る。
Figure 2021502338
Figure 2021502338
プロバイオティクス
実施形態では、本明細書中に記載の組成物、例えば本明細書に記載のグリカン組成物は、共生若しくはプロバイオティクス細菌分類群、例えば表６〜８に記載されるもの及び一般に安全と認められる（ＧＲＡＳ）細菌又は既知の共生若しくはプロバイオティクス微生物を含み得る。実施形態では、本明細書に記載の組成物、例えば本明細書に記載のグリカン組成物は、表６〜８に記載の細菌分類群を含み得る。いくつかの実施形態では、プロバイオティクス若しくは共生細菌分類群（又はその調製物）は、グリカン調製物を受容する対象（例えば、施設参加者）に投与され得る。
いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも約１％（ｗ／ｗ）のプロバイオティクス若しくは共生細菌又はその組み合わせ（例えば、少なくとも約２％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％若しくはそれを超える）をさらに含む。
プロバイオティクス微生物はまた、グリカン組成物中に含まれ得るか、又は本明細書に記載されるグリカン組成物と組み合わせて使用され得る。プロバイオティクス微生物は、プロバイオティクスとも呼ばれる。プロバイオティクスには、発酵中にプロバイオティクス微生物によって生成される代謝産物が含まれ得る。これらの代謝産物は、発酵培地、例えば宿主生物（例えば、対象）に放出され得るか、又は微生物内に保存され得る。プロバイオティクス微生物には、例えば、治療用量で投与された場合、宿主動物に有益な機能を果たす、細菌、細菌ホモジネート、細菌タンパク質、細菌抽出物、細菌発酵上清及びそれらの組み合わせが含まれる。
有用なプロバイオティック微生物には、少なくとも１つの乳酸及び／又は酢酸及び／又はプロピオン酸を産生する細菌、例えばグルコース及びラクトースなどの炭水化物を分解することによって乳酸及び／又は酢酸及び／又はプロピオン酸を産生する微生物が含まれる。好ましくは、プロバイオティクス微生物は菌を産生する乳酸である。実施形態では、乳酸菌には、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、リューコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の菌が含まれる。好適なプロバイオティクス微生物には、宿主の腸内微生物バランスを改善することによって宿主に有益な影響を与える他の微生物、例えば、以下に限定はされないが、サッカロミセス属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、デバリオミセス属（Ｄｅｂａｒｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、ピチア属（Ｐｉｃｈｉａ）及びトルロプシス属（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ）などの酵母、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、及びペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、及びトルロプシス属（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ）などのカビ並びに以下に限定はされないが、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、メリソコッカス属（Ｍｅｌｉｓｓｃｏｃｃｕｓ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、ミクロコッカス属（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）、リューコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）、ワイセラ属（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）、アエロコッカス属（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びオエノコッカス属（Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ）などの他の細菌並びにこれらの組み合わせも含まれ得る。
本明細書における開示において有用な乳酸菌の非限定的な例には、ストレプトコッカス・ラクティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・クレモリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ジアセチラクティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｄｉａｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ブルガリカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ヘルベティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・ビフィダス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｉｆｉｄｕｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｌａｃｔｉｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・デルブレッキィ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｋｉｉ）、ラクトバチルス・サーモフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ファーメンティイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔｉｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマーリス（Ｂｉｆｉｄｏｂｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）及びペディオコッカス・セレビシアエ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、並びにこれらの組み合わせ、特にラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びその組み合わせの菌株が含まれる。
本開示において特に有用なプロバイオティクス微生物は、（ヒト投与のために）ヒト起源のもの（又はプロバイオティクス微生物が投与される哺乳動物起源のもの）であり、宿主に対して非病原性であり、技術的プロセスに耐え（すなわち、処理中及び送達手段中で生存及び活性を維持することができ）、胃内酸度及び胆汁毒性に対して抵抗性があり、腸上皮組織に付着し、消化管にコロニーを形成する能力を有し、抗微生物物質を産生し、宿主における免疫応答を調節し、且つ代謝活性（例えば、コレステロール同化、ラクターゼ活性、ビタミン産生）に影響を及ぼすものが含まれる。
プロバイオティクス微生物は、単一の株又は複数の株の組み合わせとしてグリカン調製物に含まれ得、ここで、プロバイオティクス微生物の用量中の細菌の総数は、１用量あたり、約１×１０３〜約１×１０１４、又は約１×１０〜約１×１０１２、又は約１×１０７〜約１×１０１１ＣＦＵである。
プロバイオティクス微生物は、生きているが、「仮死」又は傾眠状態にある間に、グリカン調製物に組み込むことができる。一旦凍結乾燥されると、プロバイオティクス微生物の生培養物は、培養物を再び生き返らせる水分への曝露を最小限に抑えるように取り扱われる。なぜなら、一旦生き返らせると、培養物は高水分の環境又は培地中ですぐに培養されない限り、高い罹患率を経験し得るからである。さらに、培養物は、高温（特に、湿気の存在下）に曝露される可能性を低減して罹患率を減少させるように取り扱われる。
プロバイオティクス微生物は、乾燥した粉末の形態で使用することができる。プロバイオティクス微生物は、グリカン調製物で、又はグリカン調製物と同時に、又は異なる時間に投与される別個のグリカン調製物で投与することもできる。
プロバイオティクスの例には、以下に限定はされないが、腸内病原体を阻害することが報告されている有機酸（乳酸及び酢酸）、過酸化水素及びバクテリオシンを産生することによって腸内微生物叢の健全なバランスを維持すると考えられているラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）又はビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）由来のものなど、結腸を酸性化するものが含まれる。
使用可能な他のラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の細菌には、以下に限定はされないが、Ｌ．クリスパータス（Ｌ．Ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）、Ｌ．ラムノーサス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、Ｌ．ロイテリー（Ｌ．ｒｅｕｔｅｒｉ）、Ｌ．ファーメンタム（Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、Ｌ．プランタルム（Ｌ．ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、Ｌ．スポロゲネス（Ｌ．ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）及びＬ．ブルガリカス（Ｌ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）が含まれる。
グリカン組成物に好適な他のプロバイオティクス細菌には、ビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、Ｂ．アニマーリス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ）、Ｂ．ビフィダム（Ｂ．ｂｉｆｉｄｕｍ）、Ｂ．ロングム（Ｂ．ｌｏｎｇｕｍ）、Ｂ．アドレスセンティス（Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）及びＢ．インファンティス（Ｂ．ｉｎｆａｎｔｉｓ）が含まれる。
実施形態では、本明細書に記載の組成物において且つ／又は組成物と組み合わせて使用することができる共生微生物分類群は、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アナエロコッカス属（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（例えば、ビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ、）、Ｂ．アニマーリス（Ｂ．ａｎｉｍａｌｉｓ）、Ｂ．ビフィダム（Ｂ．ｂｉｆｉｄｕｍ）、Ｂ．ロングム（Ｂ．ｌｏｎｇｕｍ）、Ｂ．アドレスセンティス（Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、Ｂ．ブレーベ（Ｂ．ｂｒｅｖｅ）及びＢ．インファンティス（Ｂ．ｉｎｆａｎｔｉｓ））、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィネゴルディア属（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（例えば、Ｌ．アシドフィラス（Ｌ．ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、Ｌ．ヘルベティカス（Ｌ．ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、Ｌ．ビフィダス（Ｌ．ｂｉｆｉｄｕｓ）、Ｌ．ラクティス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｌ．ファーメンティイ（Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｉｉ）、Ｌ．サリバリウス（Ｌ．ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、Ｌ．パラカゼイ（Ｌ．ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌ．ブレビス（Ｌ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｌ．デルブレッキィ（Ｌ．ｄｅｌｂｒｕｅｋｉｉ）、Ｌ．サーモフィラス（Ｌ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ）、Ｌ．クリスパータス（Ｌ．ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）、Ｌ．ラムノーサス（Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、Ｌ．ロイテリー（Ｌ．ｒｅｕｔｅｒｉ）、Ｌ．ファーメンタム（Ｌ．ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、Ｌ．プランタルム（Ｌ．ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、Ｌ．スポロゲネス（Ｌ．ｓｐｏｒｏｇｅｎｅ）及びＬ．ブルガリカス（Ｌ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ））、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトニフィラス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、並びに／又はストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、Ｓ．ラクティス（Ｓ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｓ．クレモリス（Ｓ．ｃｒｅｍｏｒｉｓ）、Ｓ．ジアセチラクティス（Ｓ．ｄｉａｃｅｔｙｌａｃｔｉｓ）、Ｓ．サーモフィラス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ））を含む。
実施形態では、本明細書に記載の組成物において且つ／又は組成物と組み合わせて使用することができる共生細菌分類群、例えばＧＲＡＳ株は、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｏａｇｕｌａｎｓ）ＧＢＩ−３０、６０８６；ビフィドバクテリウム・アニマーリス 亜種 ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．Ｌａｃｔｉｓ）ＢＢ−１２；ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ）ヤクルト；ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｆａｎｔｉｓ）３５６２４；ビフィドバクテリウム・アニマーリス 亜種 ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．Ｌａｃｔｉｓ）ＵＮＯ １９（ＤＲ１０）；ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）ＢＢ５３６；大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｍ−１７；大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ １９１７；ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＤＤＳ−１；ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＬＡ−５；ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＮＣＦＭ；ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）ＤＮ １１４−００１（ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）Ｉｍｍｕｎｉｔａｓ／Ｄｅｆｅｎｓｉｓ）；ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）ＣＲＬ４３１；ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）Ｆ１９；ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｒａｃａｓｅｉ）Ｓｔｌ ｌ（又はＮＣＣ２４６１）；ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）Ｌａｉ（ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）ＬＣＩ、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）ＮＣＣ５３３））；ラクトバチルス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ）Ｌ１Ａ；ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｌａｎｔａｒｕｍ）２９９Ｖ；ラクトバチルス・ロイテリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）ＡＴＴＣ ５５７３０（ラクトバチルス・ロイテリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）ＳＤ２１１２）；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＡＴＣＣ ５３０１３；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＬＢ２１；サッカロミセス・セレビシアエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（ブラウディ（ｂｏｕｌａｒｄｉｉ））ｌｙｏ；ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＧＲ−１及びラクトバチルス・ロイテリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ）ＲＣ−１４の混合物；ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＮＣＦＭ及びビフィドバクテリウム・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）ＢＢ−１２若しくはＢＬ−０４の混合物；ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）ＣＬ１２８５及びラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）の混合物；及びラクトバチルス・ヘルベティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）Ｒ００５２、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）Ｒ００１１及び／若しくはラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＧＧ（ＬＧＧ）の混合物を含む。
いくつかの実施形態では、方法は、グリカン調製物の投与及び共生細菌種又はプロバイオティック細菌種の投与を含む。いくつかの実施形態では、グリカン調製物と共生細菌との組み合わせ投与を使用して、マイクロバイオームが枯渇している患者（例えば、共生細菌がほとんど又はまったくない患者）、例えば化学療法を受けている又は抗生物質を投与されている患者に利益をもたらし得る。いくつかの実施形態では、対象又は患者は、検出可能な共生細菌を欠く腸内マイクロバイオームを有し得る。いくつかの実施形態では、方法は、検出可能な共生細菌を欠く腸内マイクロバイオームを有する対象又は患者へのグリカン調製物及び共生細菌の組み合わせ投与を含む。
シンバイオティクス
本明細書では、微生物の組み合わせ（例えば、細菌分類群）が、例えば、その微生物が増殖の基質として利用することができる、本明細書に開示のグリカン組成物と共に提供される。外因的に導入された微生物、例えば表６〜表８に記載されているものなどは、多くの有益な効果を提供することができる。これは、（グリカンを用いて）微生物の増殖を促進し、それによって微生物がコロニー形成部位で他の細菌より増殖させることによって起こり得る。
本明細書で提供される方法は、１つ以上（例えば、１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上など）の細菌分類群、例えば表６〜８に列挙されるような細菌分類群をグリカン組成物と組み合わせて対象（例えば、施設参加者）に投与することを含む。このような組み合わせは、特定の細菌分類群を増加、抑制及び／又は改変し得る。本明細書では、本明細書に記載の外因性物質の処理を調節する方法であって、１つ以上（例えば、１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上など）の細菌分類群を、本明細書に記載のグリカンと組み合わせて対象に投与することを含む方法が提供される。対象には、抗生物質を服用したか、服用しているか又は服用しようとしている対象が含まれ得る。対象には、抗生物質を服用していないか又は服用したことがない対象が含まれ得る。
プレバイオティクス
いくつかの実施形態では、グリカン組成物はプレバイオティクス物質を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、グリカン調製物を受容する対象（例えば、施設参加者）に投与され得る。プレバイオティクスは、摂取されると、腸内の限られた数の常在細菌の好ましい増殖又は活性を選択的に刺激することにより、宿主に有益な生理学的効果をもたらし得る、宿主に実質的に消化されない物質である（Ｇｉｂｓｏｎ Ｇ Ｒ，Ｒｏｂｅｒｆｒｏｉｄ Ｍ Ｂ．Ｊ Ｎｕｔｒ．（１９９５）１２５：１４０１−１２．）。食物繊維又はプレバイオティクスオリゴ糖（例えば、結晶性セルロース、コムギふすま、オートムギふすま、トウモロコシ繊維、ダイズ繊維、ビート繊維など）などのプレバイオティクスは、さらに、発酵可能な量の炭水化物を細菌に供給し、それらの微生物集団（例えば、乳酸菌とビフィズス菌）の消化管内のレベルを増加させることにより、腸内でのプロバイオティクス細菌及び／又は共生細菌の増殖を促進し得る。
プレバイオティクスとしては、様々なガラクタン及び炭水化物系ガム、例えばオオバコ、グアー、カラギーン、ジェラン、ラクツロース及びコンニャク等が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、ラクツロース、ラフィノース、スタキオース、ラクトスクロース、フルクト−オリゴ糖（ＦＯＳ、例えばオリゴフルクトース又はオリゴフルクタン）、イヌリン、イソマルト−オリゴ糖、キシロ−オリゴ糖（ＸＯＳ）、パラチノースオリゴ糖、イソマルトースオリゴ糖（ＩＭＯＳ）、トランスガラクトシル化オリゴ糖（例えば、トランスガラクト−オリゴ糖）、トランスガラクトシル化二糖類、大豆オリゴ糖（例えば、大豆オリゴ糖）、キトサンオリゴ糖（チオセス）、ゲンチオオリゴ糖、大豆及びペクチン性オリゴ糖、グルコオリゴ糖、ペクチンオリゴ糖、パラチノース重縮合物、ジフルクトース無水物ＩＩＩ、ソルビトール、マルチトール、ラクチトール、ポリオール、ポリデキストロース、直鎖及び分岐鎖デキストラン、プルラン（例えば、ＨＭＷ又はＬＭＷ）、ヘミセルロース、還元パラチノース、セルロース、ベータ−グルコース、ベータ−ガラクトース、ベータ−フルクトース、ベルバスコース、ガラクチノール、キシラン、イヌリン、キトサン、ベータ−グルカン、グアーガム、アラビアゴム、ペクチン、高アルギン酸ナトリウム及びラムダカラゲナン又はこれらの混合物の１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクスは、ｇｌｕ１００、α−１，６−ｇｌｕ１００、アラビノガラクタン、ｇａｌ５０ｇｌｕ２５ｆｒｕ２５、ｇａｌ５７ｇｌｕ４３、ｇｌｕ６６ｆｒｕ３３、ｇａｌ８５ａｒａ１５又はそれらの混合物の１つ以上である。
プレバイオティクスは、特定の食品、例えばチコリー根、キクイモ、タンポポの若葉、ニンニク、リーク、タマネギ、アスパラガス、コムギふすま、小麦粉、バナナ、ミルク、ヨーグルト、モロコシ、ゴボウ、ブロッコリー、芽キャベツ、キャベツ、カリフラワー、カラードグリーン、ケール、ラディシュ、及びルタバガ、及びミソに見出すことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物は、プレバイオティクスに富む食品を含む食事と共に対象（例えば、施設参加者）に投与される。可溶性及び不溶性繊維の好適な供給源は、商業的に入手可能である。
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、少なくとも約１％（ｗ／ｗ）のプレバイオティクス物質（例えば、少なくとも約２％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％若しくはそれを超える）を含む。実施形態では、グリカン組成物は、ＦＯＳを含む。実施形態では、グリカン組成物は、ラクツロースを含む。
細菌集団の変化は、「プレバイオティック指数」によって測定することができる。プレバイオティクス指数は、ビフィズス菌、真正細菌及び乳酸菌の増殖速度の増加を正の効果とみなし、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、バクテリオデス（ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｓ）、硫酸塩還元細菌及び大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）の増加を負の効果とみなす。プレバイオティクス指数（ＰＩ）は、（ビフィズス菌／全細菌）＋（乳酸菌／全細菌）−（バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）／全細菌）−（クロストリジウム菌／全細菌）の合計をいう（Ｐａｌｆｒａｍａｎ ｅｔ ａｌ，２００３，Ｌｅｔｔ Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ３７：２８１−２８４を参照）。実施形態では、対象へのグリカン組成物の投与は、プレバイオティクス指数の増加をもたらし得る。対象へのグリカン組成物の投与は、以下の増加をもたらし得る：バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、乳酸菌、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ ｍｉｎｕｔａ）又はクリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）。
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、抗生物質、抗真菌剤、抗ウイルス剤又は抗炎症剤（例えば、サイトカイン、ホルモンなど）を含む。
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、薬物などの第２の治療剤又はその調製物をさらに含む。
本明細書中に記載される方法及び組成物における使用に好適な医薬組成物、医療用食品、サプリメント（例えば、栄養補助食品）及び単位剤形は、国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレット（これらは、参照により本明細書に組み込まれる）に見出すことができる。食品サプリメント、食品成分及び機能性食品も本明細書に提供される。
いくつかの実施形態では、グリカン組成物はプレバイオティクス物質を含有しない。いくつかの実施形態では、グリカン組成物はプロバイオティクス細菌を含有しない。
いくつかの実施形態では、グリカン組成物は、本明細書に記載のグリカン調製物の１つ以上を含む。
本明細書に記載のグリカン調製物は、任意の好適な剤形、例えば経鼻、経口、直腸又は胃内投与用に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、経腸投与用に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物は、経管栄養（経鼻胃管、経口胃管又は胃管栄養）用に製剤化され得る。本明細書に記載の剤形は、当業者に知られている方法を用いて製造することができる。
剤形は、例えば、液体（例えば、飲料）、ゲル、クリーム、軟膏、粉末、錠剤、丸剤、カプセル剤、小袋、グミ、座薬、使い捨てアプリケーター又は医療デバイス（例えば、シリンジ）の形態で、グリカン調製物を入れる任意の個々の容器などのパケットであり得る。例えば、グリカン調製物の単位剤形を含む容器及びそのようなグリカンの使用説明書を含むラベルなどの製品も提供される。
経口で使用できる組成物の形態には、錠剤、押し込み型カプセル剤及び軟質密封カプセルが含まれる。圧縮錠剤は、粉末又は顆粒などの自由流動形態の活性成分を任意選択により結合剤（例えば、ポビドン、ゼラチン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース）、不活性希釈剤、防腐剤、酸化防止剤、崩壊剤（例えば、デンプングリコール酸ナトリウム、架橋ポビドン、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム）又は滑沢剤、界面活性剤若しくは分散剤と混合して、好適な機械で圧縮することにより調製することができる。錠剤は、任意選択により、コーティング又は刻み目を付けることができ、その中の活性成分の徐放又は制御放出を提供するように製剤化することができる。押し込み型カプセルは、活性成分を、ラクトースなどのフィラー、澱粉などの結合剤及び／又はタルク若しくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤及び任意選択により安定剤と混合して含有することができる。軟カプセル剤では、活性化合物及び／又は他の薬剤（例えば、プレバイオティクス又はプロバイオティクス）は、脂肪油、流動パラフィン又は液体ポリエチレングリコールなどの好適な液体に溶解又は懸濁することができる。一実施形態では、提供されるグリカン調製物は、ソフトゲル製剤を含む。ソフトゲルは、液体充填物を取り囲むゼラチンベースのシェルを含むことができる。シェルは、ゼラチン、可塑剤（例えば、グリセリン及び／又はソルビトール）、改質剤、水、着色剤、酸化防止剤又は香料から作ることができる。さらに、安定剤を添加することができる。
糖衣錠コアは、好適なコーティングを備える。この目的のために、濃縮された糖溶液が使用され得、これは、任意選択により、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコール又は二酸化チタン、ラッカー溶液及び好適な有機溶媒又は溶媒混合物を含み得る。活性化合物用量の異なる組み合わせを識別するか又は特徴付けるために、錠剤又は糖衣錠コーティングに染料又は色素を添加することができる。
経口使用のための製剤は、活性成分が不活性な固体希釈剤、例えば炭酸カルシウム、リン酸カルシウム又はカオリンと混合される硬質ゼラチンカプセルとして、或いは活性成分がポリエチレングリコールなどの水溶性担体又は油媒体、例えばピーナッツ油、流動パラフィン若しくはオリーブ油と混合される軟質ゼラチンカプセルとしても提供され得る。
経口使用のための固体製剤は、腸溶コーティングを含み得、これはグリカン調製物が消化系で吸収される位置を制御し得る。例えば、腸溶コーティングは、グリカン調製物が胃内で溶解せず、むしろ小腸に移動し、そこで溶解するように設計することができる。腸溶コーティングは、低ｐＨ（例えば、胃内など）で安定であり、より高いｐＨ（例えば、小腸内）で溶解することができる。腸溶コーティングに使用できる材料には、例えば、アルギン酸、酢酸フタル酸セルロース、プラスチック、蝋、シェラック及び脂肪酸（例えば、ステアリン酸、パルミチン酸）が含まれる。
液体調製物は、例えば、水性又は油性の懸濁液、溶液、エマルション、シロップ又はエリキシルの形態であり得るか、又は使用前に水又は他の好適な水性ビヒクルで再構成する乾燥製品（例えば、小袋）として提供され得る。このような液体調製物は、懸濁化剤、例えばソルビトール、メチルセルロース、グルコースシロップ、ゼラチン、ヒドロキシエチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ステアリン酸アルミニウムゲル又は水素化食用脂；乳化剤、例えばレシチン、モノオレイン酸ソルビタン、アカシアゴム；非水性ビヒクル（食用脂を含むことができる）、例えばアーモンド油、油性エステル（グリセリン、プロピレングリコール又はエチルアルコールなど）；保存料、例えばｐ−ヒドキシ安息香酸メチル若しくはｐ−ヒドキシ安息香酸プロピル又はソルビン酸及び必要に応じて従来の香味剤又は着色剤を含有することができる。いくつかの実施形態では、液体製剤は、例えば、溶液中水及び／又は懸濁形態の薬剤；並びにポリエトキシル化ヒマシ油、アルコール及び／又はポリオキシエチル化モノオレイン酸ソルビタンを含むビヒクルを、香味料と共に又は香味料なしで含み得る。各剤形は、有効量のグリカンを含み得、また任意選択により、従来の賦形剤、ビヒクル、充填剤、結合剤、崩壊剤、ｐＨ調整物質、緩衝剤、溶媒、可溶化剤、甘味料、着色剤及び投与のための医薬剤形に含めることができる任意の他の不活性薬剤などの薬学的に不活性な薬剤を含み得る。このようなビヒクル及び添加剤の例は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１７ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（１９８５）に見出すことができる。
本明細書に提供される医薬組成物は、単位剤形又は複数回投与剤形であり得る。単位剤形は、本明細書に使用される場合、それを必要とするヒトへの投与に好適な物理的に別々の単位を指す。一実施形態では、単位剤形は、パッケージ内に提供される。各単位用量は、所望の治療効果を生じさせるのに十分な所定の数量の有効成分を、他の薬学的担体又は賦形剤と共に含み得る。単位剤形の例としては、アンプル、シリンジ及び個別にパッケージ化された錠剤及びカプセルが挙げられるが、これらに限定されない。単位剤形は、その一部又はその複数を投与することができる。複数回投与剤形は、単一の容器内に同一の単位投与剤形が複数個パッケージ化されたものであり、区分された単位剤形として投与することができる。複数回投与剤形の例としては、バイアル、錠剤若しくはカプセルの瓶又は数パイント若しくは数ガロンの瓶が挙げられるが、これらに限定されない。別の実施形態では、複数回投与剤形は、異なる薬学的活性薬剤を含む。例えば、グリカンを含む組成物を含む第１の投与エレメントと、プレバイオティクス、治療剤及び／又はプロバイオティクスを含む第２の投与エレメント（これらは、改変放出形態であり得る）とを含む複数回投与剤形が提供され得る。この例では、一対の投与エレメントが単一の単位投与量を構成し得る。一実施形態では、複数の単位投与量を含み、各単位はグリカン調製物を含む組成物を含む第１の投与エレメントと、プロバイオティクス、医薬剤、プレバイオティクス又はこれらの組み合わせを含む第２の投与エレメント（これらは、改変放出形態であり得る）とを含むキットが提供される。別の実施形態では、キットは一組の説明書をさらに含む。
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約１ｍｇ〜約１００ｇのグリカン調製物（例えば、本明細書に記載のグリカン）を含む。例えば、単位剤形は、約５０ｍｇ〜約５０ｇ、約５００ｍｇ〜約５０ｇ、約５ｇ〜約５０ｇ、約１００ｍｇ〜約１００ｇ、約１ｇ〜約１００ｇ、約１０ｇ〜約１００ｇ、約１ｇ〜約１０ｇ、約１ｇ〜約２０ｇ、約１ｇ〜約３０ｇ、約１ｇ〜約４０ｇ、約１ｇ〜約５０ｇ、約１ｇ〜約６０ｇ、約１ｇ〜約７０ｇ、約１ｇ〜約８０ｇ、約１ｇ〜約９０ｇ、約１ｇ〜約１００ｇ、約１ｇ〜約１５０ｇ、約１ｇ〜約２００ｇのグリカンを含み得る。
他の実施形態では、単位剤形は、約０．００１ｍＬ〜約１０００ｍＬのグリカン（例えば、本明細書に記載のグリカン）を含む。例えば、単位剤形は、約０．００１ｍＬ〜約９５０ｍＬ、約０．００５ｍＬ〜約９００ｍＬ、約０．０１ｍＬ〜約８５０ｍＬ、約０．０５ｍＬ〜約８００ｍＬ、約０．０７５ｍＬ〜約７５０ｍＬ、約０．１ｍＬ〜約７００ｍＬ、約０．２５ｍＬ〜約６５０ｍＬ、約０．５ｍＬ〜約６００ｍＬ、約０．７５ｍＬ〜約５５０ｍＬ、約１ｍＬ〜約５００ｍＬ、約２．５ｍＬ〜約４５０ｍＬ、約５ｍＬ〜約４００ｍＬ、約７．５ｍＬ〜約３５０ｍＬ、約１０ｍＬ〜約３００ｍＬ、約１２．５ｍＬ〜約２５０ｍＬ、約１５ｍＬ〜約２００ｍＬ、約１７．５ｍＬ〜約１５０ｍＬ、約２０ｍＬ〜約１００ｍＬ又は約２５ｍＬ〜約７５ｍＬのグリカンを含む。
特定の実施形態では、単位剤形は、約０．００１ｍＬ〜約１０ｍＬ、約０．００５ｍＬ〜約７．５ｍＬ、約０．０１ｍＬ〜約５ｍＬ、約０．０５ｍＬ〜約２．５ｍＬ、約０．１ｍＬ〜約１ｍＬ、約０．２５ｍＬ〜約１ｍＬ又は約０．５ｍＬ〜約１ｍＬのグリカンを含む。他の実施形態では、単位剤形は、約０．０１ｍＬ〜約１０ｍＬ、約０．０２５ｍＬ〜約７．５ｍＬ、約０．０５ｍＬ〜約５ｍＬ又は約０．１ｍＬ〜約２．５ｍＬのグリカンを含む。他の実施形態では、単位剤形は、約０．１ｍＬ〜約１０ｍＬ、約０．２５ｍＬ〜約７．５ｍＬ、約０．５ｍＬ〜約５ｍＬ、約０．５ｍＬ〜約２．５ｍＬ又は約０．５ｍＬ〜約１ｍＬのグリカンを含む。
いくつかの実施形態では、単位剤形、例えば錠剤、カプセル剤（例えば、硬カプセル剤、押し込み型カプセル剤若しくは軟カプセル剤）又はソフトゲル剤は、約０．１インチ〜約１．５インチ（例えば、約０．５インチ及び約１インチ）又は約５ｍｍ〜約５０ｍｍ（例えば、約１０ｍｍ〜約２５ｍｍ）の長さを有する。いくつかの実施形態では、単位剤形、例えば錠剤、カプセル剤（例えば、硬カプセル剤、押し込み型カプセル剤若しくは軟カプセル剤）又はソフトゲル剤は、約０．０５インチ〜約１インチ（例えば、約０．１インチ〜約０．５インチ）又は約１ｍｍ〜約２５ｍｍ（例えば、約５ｍｍ〜約１０ｍｍ）の外径を有する。
グリカンの各単位剤形は、約０．０１ｋｃａｌ〜約１０００ｋｃａｌのカロリー値を有し得る。例えば、単位剤形は、約０．０１ｋｃａｌ〜約１００ｋｃａｌ、約０．０５ｋｃａｌ〜約５０ｋｃａｌ、約０．１ｋｃａｌ〜約１０ｋｃａｌ、約０．２５ｋｃａｌ〜約２．５ｋｃａｌ、約０．５ｋｃａｌ〜約５ｋｃａｌ、約０．７５ｋｃａｌ〜約７．５ｋｃａｌ、約１ｋｃａｌ〜１０ｋｃａｌ、約５ｋｃａｌ〜約５０ｋｃａｌ又は約１０ｋｃａｌ〜約１００ｋｃａｌのカロリー値を有し得る。特定の実施形態では、グリカンの単位剤形は、１０ｋｃａｌ〜約５００ｋｃａｌのカロリー値を有する。特定の実施形態では、グリカンの単位剤形は、１ｋｃａｌ〜約１００ｋｃａｌのカロリー値を有する。特定の実施形態では、グリカンの単位剤形は、０．１ｋｃａｌ〜約１０ｋｃａｌのカロリー値を有する。
さらに他の実施形態では、単位剤形は、約０．００１ｋｃａｌ〜約１０ｋｃａｌ、約０．００５ｋｃａｌ〜約１０ｋｃａｌ、約０．０１ｋｃａｌ〜約１０ｋｃａｌ、約０．０２５ｋｃａｌ〜約２５ｋｃａｌ、約０．０５ｋｃａｌ〜約５０ｋｃａｌ、約０．０７５ｋｃａｌ〜約７５ｋｃａｌ、約０．１ｋｃａｌ〜１００ｋｃａｌ、約０．２５ｋｃａｌ〜約１０ｋｃａｌ、約０．５ｋｃａｌ〜約５ｋｃａｌ、約０．２５ｋｃａｌ〜約２５ｋｃａｌ又は約０．１ｋｃａｌ〜約１ｋｃａｌのカロリー値を有し得る。
グリカンの単位剤形は、水溶液（例えば、水、ミルク、ジュースなど）に溶解するように製剤化され得、飲料、シロップ、溶液又は懸濁液として経口投与される。例えば、グリカンの単位剤形は、経口投与前に水溶液に溶解するように製剤化された、キューブ、パケット、トローチ、丸薬、錠剤、カプセル、キャンディ、粉末、エリキシル又は濃縮シロップを含み得る。他の実施形態では、グリカンの単位剤形は、経口投与の際に生体内、例えば対象の口、胃、腸又は結腸で溶解するように製剤化された、キューブ、パケット、トローチ、丸薬、錠剤、カプセル、キャンディ、粉末、エリキシル又は濃縮シロップを含み得る。
いくつかの実施形態では、グリカン調製物は腸内投与される。これには、経口投与又は経口チューブ若しくは経鼻チューブ（経鼻胃管、経鼻空腸管、経口胃管又は経口空腸管を含む）による投与が優先的に含まれる。他の実施形態では、投与には、直腸投与（注腸、坐薬又は結腸内視鏡を含む）を含む。
本明細書に記載の剤形は、当業者に知られている方法を用いて製造することができる。例えば、錠剤の製造では、例えば、高剪断造粒法、低剪断造粒法、流動床造粒法を使用して、又は直接圧縮のためにブレンドすることにより、有効量のプレバイオティクスを１つ以上の賦形剤又は添加剤中に均一に分散させることができる。賦形剤及び添加剤としては、希釈剤、結合剤、崩壊剤、分散剤、滑沢剤、流動促進剤、安定剤、界面活性剤、接着防止剤、吸着剤、甘味料及び着色剤又はそれらの組み合わせが含まれる。充填剤とも呼ばれる希釈剤は、圧縮のために実用的なサイズが提供されるように、錠剤の嵩を増加させるために使用することができる。希釈剤の非限定的な例には、ラクトース、セルロース、微結晶性セルロース、マンニトール、乾燥デンプン、加水分解デンプン、粉末糖、タルク、塩化ナトリウム、二酸化ケイ素、酸化チタン、リン酸二カルシウム二水和物、硫酸カルシウム、炭酸カルシウム、アルミナ及びカオリンが含まれる。結合剤は、錠剤製剤に凝集性を付与することができ、圧縮後に錠剤が無傷のままであるのを助けるために使用することができる。
好適な結合剤の非限定的な例としては、デンプン（コーンスターチ及びアルファ化デンプンを含む）、ゼラチン、糖（例えば、グルコース、デキストロース、スクロース、ラクトース及びソルビトール）、セルロース、ポリエチレングリコール、アルギン酸、デキストリン、カゼイン、メチルセルロース、蝋、天然及び合成ゴム、例えばアカシアゴム、トラガカントゴム、アルギン酸ナトリウム、アラビアゴム、キサンタンゴム、並びにポリメタクリル酸、ポリビニルアルコール、ヒドロキシプロピルセルロース及びポリビニルピロリドンなどの合成ポリマーが含まれる。滑沢剤は、錠剤の製造を容易にすることもでき、その非限定的な例には、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸、ベヘン酸グリセリル及びポリエチレングリコールが挙げられる。崩壊剤は、投与後の錠剤の崩壊を促進することができ、その非限定的な例には、デンプン、アルギン酸、例えば架橋ポリビニルピロリドンなどの架橋ポリマー、例えば架橋ポリビニルピロリドン、クロスカルメロースナトリウム、グリコール酸デンプンカリウム又はグリコール酸デンプンナトリウム、クレイ、セルロース（例えば、カルボキシメチルセルロース（例えば、カルボキシメチルセルロース（ＣＭＣ）、ＣＭＣ−Ｎａ、ＣＭＣ−Ｃａ））、デンプン、ゴムなどが含まれる。好適な流動促進剤の非限定的な例には、二酸化ケイ素、タルク等が含まれる。安定剤は、酸化反応を含む、薬物分解反応を阻害する又は遅延させることができる。界面活性剤も含めることができ、陰イオン性、陽イオン性、両性又は非イオン性であり得る。例示的な甘味料には、ステビア抽出物、アスパルテーム、スクロース、アリテーム、サッカリン等が含まれ得る。必要に応じて、錠剤は、ｐＨ緩衝剤、保存料、例えば酸化防止剤、湿潤剤又は乳化剤、可溶化剤、コーティング剤、香味剤（例えば、ミント、チェリー、アニス、モモ、アプリコット、甘草、ラズベリー、バニラ）等の非毒性補助物質も含み得る。さらなる賦形剤及び添加剤には、酢酸アルミニウム、ベンジルアルコール、ブチルパラベン、ブチル化ヒドロキシトルエン、カルシウム二ナトリウムＥＤＴＡ、リン酸水素カルシウム二水和物、二塩基性リン酸カルシウム、三塩基性リン酸カルシウム、カンデリラ蝋、カルナウバ蝋、水素化ヒマシ油、塩化セチルピリジン、クエン酸、コロイド状二酸化ケイ素、コポリビドン、トウモロコシデンプン、システインＨＣｌ、ジメチコン、リン酸水素二ナトリウム、エリトロシンナトリウム、エチルセルロース、ゼラチン、グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、モノステアリン酸グリセリル、グリシン、ＨＰＭＣフタレート（ｐｔｈａｌａｔｅ）、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシルプロピルメチルセルロース、ヒプロメロース、赤色酸化鉄若しくは酸化第二鉄、黄色酸化鉄、酸化鉄若しくは酸化第二鉄、炭酸マグネシウム、酸化マグネシウム、ステアリン酸マグネシウム、メチオニン、メタクリル酸コポリマー、メチルパラベン、ケイ化微結晶セルロース、鉱油、リン酸、普通リン酸カルシウム、無水リン酸カルシウム、ポラキサマー４０７、ポラキサマー１８８、普通ポラキサマー、ポリエチレンオキシド、ポリオキシ１４０ステアレート、ポリソルベート８０、炭酸水素カリウム、ソルビン酸ナトリウム、ジャガイモデンプン、ポビドン、プロピレングリコール、プロピレンパラベン、プロピルパラベン、レチニルパルミテート、サッカリンナトリウム、セレン、シリカ、シリカゲル、ヒュームドシリカ、安息香酸ナトリウム、炭酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム二水和物、クロスメロースナトリウム、ラウリン硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、ナトリウムデンプン、グリコール酸ナトリウムデンプン、ステアリルフマル酸ナトリウム、ソルビン酸、ソルビトール、モノオレイン酸ソルビタン、アルファ化デンプン、コハク酸、トリアセチン、クエン酸トリエチル、植物ステアリン、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＣ又はこれらの組み合わせが含まれ得る。これらの賦形剤及び添加剤の量は、他の構成成分との関係及び調合及び生成方法の特性に基づいて適切に選択され得る。
有効量のグリカン調製物の即時放出製剤は、薬学的活性剤の迅速な放出（投与後１分〜１時間など）を可能にする賦形剤の１つ以上の組み合わせを含み得る。制御放出製剤（持続放出（ＳＲ）、長時間放出（ＥＲ、ＸＲ又はＸＬ）、逐次継続放出（ｔｉｍｅ−ｒｅｌｅａｓｅ）若しくは時限放出（ｔｉｍｅｄ−ｒｅｌｅａｓｅ）、制御放出（ＣＲ）又は継続放出とも称される）とは、剤形が対象に投与された後の特定の所望の時点での、剤形からのグリカンの調製物の放出のことを指す。
一実施形態では、制御放出剤形はその放出を開始し、その放出を長期間にわたって続ける。放出は、ほぼ即時的に開始し得るか、又は持続的であり得る。放出は、一定であり得、経時的に増加又は減少し得、パルス状であり得、継続的若しくは間欠的等であり得る。一実施形態では、制御放出剤形は、薬剤が長期間にわたって所望のプロファイルに従って放出される、組成物又は剤形からの薬物の放出を指す。一態様では、制御放出は、放出がある期間の後に起こる所望のプロファイルに従って薬剤が放出される、組成物又は剤形からの薬物の遅延放出を指す。
本明細書で提供される化合物の投与に好適な薬学的担体又はビヒクルには、特定の投与モードに好適であると当業者に知られているような全ての担体が含まれる。さらに、本組成物は、所望の作用を損なわない１つ以上の構成成分又は所望の作用を補うか若しくは別の作用を有する構成成分を含むことができる。
さらなる態様では、剤形は、発泡性剤形であり得る。発泡性とは、剤形が水及び唾液を含む液体と混合された場合、気体を発生させることを意味する。ある種の発泡性薬剤（又は発泡性カップル）は、発泡性崩壊剤の水又は口腔内の唾液との曝露に際して起こる化学反応によって気体を発生させる。この反応は、可溶性酸性源と一炭酸アルカリ又は炭酸アルカリの源との反応の結果であり得る。これらの２つの一般的化合物の反応により、水又は唾液との接触に際して二酸化炭素ガスが生じる。発泡性カップルは（又は個々の酸及び塩基は個別に）、早過ぎる反応を防ぐために溶媒保護コーティング又は腸溶コーティングでコーティングすることができる。このようなカップルは、予め凍結乾燥した粒子（例えば、グリカン）と混合することもできる。酸源は、ヒトが摂取しても安全なものであり得、一般に、例えばクエン酸、酒石酸、アマリン酸、フメル酸、アジピン酸、コハク酸など、食用酸、酸及びヒドライト制酸剤を含み得る。炭酸塩源には、乾燥固体炭酸塩及び炭酸水素塩、例えば炭酸水素ナトリウム、炭酸ナトリウム、炭酸水素カリウム及び炭酸カリウム、炭酸マグネシウムなどが含まれる。酸素又は他のガスを発生し、ヒトが摂取しても安全である反応物も含まれる。一実施形態では、クエン酸及び炭酸水素ナトリウムが使用される。
別の態様では、剤形は、ロリポップ又はロゼンジ等のキャンディ形態（例えば、基材）であり得る。一実施形態では、グリカンの有効量をキャンディ基材中に分散させる。一実施形態では、キャンディ基材は、１種以上の糖（デキストロース又はスクロース等）を含む。別の実施形態では、キャンディ基材は糖を含まない基材である。特定のキャンディ基材の選択には幅広いバリエーションがある。従来の甘味料（例えば、スクロース）、糖尿病対象の使用に適する糖アルコール（例えば、ソルビトール若しくはマンニトール）又は他の甘味料（例えば、本明細書に記載される甘味料）は、使用され得る。キャンディ基材は、非常に軟質で迅速に溶解するものであり得るか、又は硬質でより緩徐に溶解するものであり得る。様々な形態は、異なる状況での利点を有するであろう。
有効量のグリカンを含むキャンディ塊（ｃａｎｄｙ ｍａｓｓ）組成物は、それを必要とする対象に対して経口投与し、キャンディ塊が溶解し飲み込まれるにつれて有効量のグリカンが対象の口腔内に放出されるようにすることができる。それを必要とする対象には、ヒトの成人又は子供が含まれる。
本明細書に記載される剤形は、高圧均質化、湿式若しくは乾式ボールミル粉砕又は小粒子沈殿を含むがこれらに限定されない、様々な方法によって製造される薬学的粒子の形態をとることもできる。好適な粉末製剤を作製するのに有用な他の方法は、有効成分及び賦形剤の溶液を調製し、その後に沈殿、濾過及び微粉化を行うこと、又はその後に凍結乾燥による溶液の除去を行い、その後に粉末を所望の粒径に微粉化することである。一実施形態では、薬学的粒子は、３〜１０００ミクロン、例えば最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００ミクロンの最終サイズを有する。別の実施形態では、薬学的粒子は、１０〜５００ミクロンの最終サイズを有する。別の実施形態では、薬学的粒子は、５０〜６００ミクロンの最終サイズを有する。別の実施形態では、薬学的粒子は、１００〜８００ミクロンの最終サイズを有する。
別の態様では、本開示は、グリカン（例えば、本明細書に記載のグリカン）を提供すること；グリカンを単位剤形（例えば、本明細書に記載の単位剤形）に製剤化すること；単位剤形をパッケージ化すること；パッケージ化した包装された単位剤形にラベル付けすること、及び／又はパッケージ化され、且つラベル付けされた単位剤形を販売するか若しくは販売に供することを含む、本明細書に記載の単位剤形を作製する方法を提供する。
本明細書に記載される単位剤形も処理され得る。一実施形態では、この処理は、剤形を医薬組成物に処理すること、例えば第２の構成成分、例えば賦形剤又は緩衝液で製剤化し、混合すること；より少量若しくは多量のアリコートを分割すること；容器、例えば気密性又は液密性容器に廃棄すること；パッケージ化すること；ラベルを一体化させること；異なる場所に出荷又は移動することの１つ以上を含む。一実施形態では、この処理は、分類すること、選択すること、許容若しくは廃棄すること、放出若しくは保留すること、医薬組成物に処理すること、異なる場所に出荷若しくは移動すること、製剤化すること、ラベル付けすること、パッケージ化すること、商取引に放出すること、又は販売若しくは販売に供すること、所定の閾値を満たすかどうかに応じて異なることの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、処理した剤形は、本明細書に記載されるグリカンを含む。
いくつかの実施形態では、この処理は、剤形を医薬組成物に処理すること、例えば第２の構成成分、例えば賦形剤又は緩衝剤と製剤化し、混合すること；より少量若しくはより多量のアリコートに分割すること；容器、例えば気密性又は液密性容器に処理すること；パッケージ化すること；ラベルと関連付けること；異なる場所に出荷又は移動させることの１つ以上を含む。一実施形態では、この処理は、分類すること、選択すること、許容若しくは廃棄すること、放出若しくは保留すること、医薬組成物に処理すること、異なる場所に出荷若しくは移動させること、製剤化すること、ラベル付けすること、パッケージ化すること、商取引に放出すること、又は販売するか若しくは販売に供すること、決定に応じることの１つ以上を含む。
別の実施形態では、グリカン調製物を含む経口剤形が提供され、経口剤形はシロップである。シロップは、約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％又は８５％の固体を含み得る。シロップは、約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％又は５０％の液体、例えば水を含み得る。固体は、グリカン調製物を含み得る。固体は、例えば、約１〜９６％、１０〜９６％、２０〜９６％、３０〜９６％、４０〜９６％、５０〜９６％、６０〜９６％、７０〜９６％、８０〜９６％又は９０〜９６％のグリカン調製物であり得る。別の実施形態では、グリカン調製物は、粘性流体として製剤化される。
一実施形態では、本組成物は、発泡成分、中和成分又は水不溶性食物繊維を含む。発泡成分は、炭酸水素ナトリウム、炭酸ナトリウム及び炭酸カルシウムからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。一実施形態では、中和成分は、クエン酸、Ｌ−酒石酸、フマル酸、Ｌ−アスコルビン酸、ＤＬ−リンゴ酸、酢酸、乳酸及び無水クエン酸からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。一実施形態では、水不溶性食物繊維は、結晶性セルロース、コムギふすま、オートムギふすま、トウモロコシ繊維、ダイズ繊維及びビート繊維からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。製剤は、スクロース脂肪酸エステル、粉末糖、フルーツジュース粉末及び／又は香味材料を含むことができる。
いくつかの実施形態では、剤形は、小腸又は大腸などのＧＩ管の特定の領域においてグリカン調製物を含む医薬組成物を放出するように製剤化される。いくつかの実施形態では、剤形は、盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸、Ｓ字結腸及び／又は直腸などのＧＩ管の特定の領域においてグリカン調製物を含む医薬組成物を放出するように製剤化される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、酵素応答性送達システムである。例えば、トリプシン応答性は、トリプシンによって分解されるペプチドによって架橋されるヒドロゲルを使用して作製され得る。トリプシンは小腸で活性である。トリプシン応答性送達システムは、グリカン調製物の小腸への送達を標的にするために使用され得る。別の例では、アルブミンで架橋されたポリ（ビニルピロリドン）からなる酵素消化性ヒドロゲルがペプシンの存在下で分解される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、ＧＩ管の特定の部位での長期の保持を可能にする送達デバイスである。例えば、胃保持性送達システムは、胃へのグリカン調製物の長期放出を可能にする。胃保持性送達は、胃又は上部小腸の細菌を調節するグリカン調製物に使用され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、胃の粘膜表面に付着する粘膜付着性送達システムである。それらは、通常、多数の水素結合基を有するポリマー、例えば架橋ポリアクリル酸、カルボキシメチルセルロースナトリウム、アルギン酸ナトリウム、カラギナン、Ｃａｒｂｏｐｏｌ ９３４Ｐ又はチオール化ポリカルボフィルから構成される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、胃においてサイズが急速に大きくなる膨張送達システムであり、これは、幽門の通過を遅らせる。このようなシステムは、胃内で広がるシステムを含む。例えば、四面体、環、円板などの幾何学的形状は、ゼラチンカプセルに詰め込むことができる。カプセルが溶解すると、形状は広がる。このシステムは、１つ以上の侵食性ポリマー（例えば、ヒドロキシプロピルセルロース）、１種以上の非侵食性ポリマー（例えば、ポリオレフィン、ポリアミド、ポリウレタン）から構成され得る。その後、グリカンがポリマーマトリックス内に分散され得る。保持時間は、ポリマーのブレンドによって微調整することができる。代わりに、胃の酸性ｐＨで安定であるが、さらにＧＩ管に沿った中性／アルカリ性条件で溶解する弾性ポリマーから作製されたデバイスが使用され得る。このようなポリマー製剤は、デバイスが胃を出るときの腸閉塞を防止することができる。例えば、ポリ（アクリロイル６−アミノカプロン酸）（ＰＡ６ＡＣＡ）及びポリ（メタクリル酸−コ−エチルアクリレート）（ＥＵＤＲＡＧＩＴ Ｌ １００−５５）からなる、カルボキシル基間の水素結合によって架橋された超分子ポリマーゲルも使用され得る。他のシステムには、コラーゲンスポンジなどの膨潤性賦形剤が含まれる。
例えば、ヒドロゲルマトリックス（例えば、膨潤性コア：ポリビニルピロリドンＸＬ、Ｃａｒｂｏｐｏｌ ９３４Ｐ、炭酸カルシウム）は、胃で２〜５０倍に膨潤する。超多孔質ヒドロゲル複合材料は、数分で元の体積の数百倍に膨潤する。いくつかのシステム、例えば親水性の膜に囲まれた二酸化炭素を発生する膨張可能なシステムは、膨張を達成するためにガス発生を利用する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、密度制御送達システムである。これらのシステムは、胃液中で浮遊又は沈降するように設計され、これは、それらの胃からの排出を遅らせる。例えば、高密度システムは、デバイスを幽門の下、胃の底部に沈ませ、これにより胃を空にすることを回避する。他のシステムは、低密度／フローティングシステムである。そのようなデバイスは、例えば、中空チャンバ内に閉じ込められた空気を含むか、又は脂肪、油若しくは発泡体粉末などの低密度材料を包含し得る。低密度は、例えば膨潤によって達成され得、例えばヒドロコロイド含有カプセルは胃液と接触すると溶解し、ヒドロコロイドが膨潤して粘液体を形成する。別のポリマーには、キトサン、アルギン酸ナトリウム及びモノオレイン酸グリセロールマトリックスが含まれる。低密度は、ガスの発生によって達成され得る。例えば、炭酸塩及び任意選択によりクエン酸を充填した錠剤は、酸性水性媒体と接触後に二酸化炭素を発生する。発生した二酸化炭素は、ゲル化ヒドロコロイド内に捕捉され、システムを浮遊させる。ヒドロコロイドには、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びＣａｒｂｏｐｏｌ ９３４Ｐが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、小腸又は大腸においてデバイスを保持するための設計を使用する。デバイスの位置特異性は、特定のトリガ方法、例えばｐＨ、酵素などによって提供される。これらには、粘膜接着のために設計されたシステムが含まれ、またマイクロニードルピルも含まれる。マイクロニードルピルは、ｐＨ応答性コーティングに封入された、マイクロニードルが添加された薬物リザーバを含む。ピルがＧＩ管内の所望の位置に到達し、コーティングが溶解すると、マイクロニードルが、ピルをＧＩ管の内層に付着させる。他の実施形態では、マイクロニードルピルは、クエン酸及び炭酸水素ナトリウムがそれぞれ充填された２つの化学的区画からなるカプセルを含む。ピルが消化器系で溶解するにつれて、２つの物質間の障壁が侵食され、それらが混合し、糖からなるマイクロニードルをカプセルの外層を通して小腸の内層に押し込む化学反応を生じさせる。糖のニードルは、糖が吸収されるにつれて、近くの血管に送達される薬物で満たされ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、ｐＨ感受性ポリマーコーティングを使用する。例えば、ｐＨ依存性ポリマー（二相又は三相）は、低いｐＨレベルで不溶であり得（例えば、胃における酸耐性、ｐＨ１〜２の胃において耐酸性である）、ｐＨが、例えば、十二指腸で約５．５〜６．２、上行結腸で約ｐＨ５．７、盲腸で約ｐＨ６．４、横行結腸で約ｐＨ６．６、下行結腸で約ｐＨ７．０、回腸で約ｐＨ７．２〜７．５又は遠位小腸で約ｐＨ７．５に上昇すると、溶解性が増大する。一例では、において、ＴＡＲＧＩＴＴＭ技術は、消化（ＧＩ）管におけるグリカン調製物の部位特異的送達のために使用され得る。このシステムは、末端回腸及び結腸を標的にするために、射出成形デンプンカプセル上にｐＨ感受性コーティングを使用する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、遅延放出システム又は時間制御放出システムである。このようなシステムは、通常、ｐＨ感受性及び時間放出機能と組み合わせることができる腸溶コーティングを使用する。例えば、３つの構成要素：グリカン含有コア錠（急速放出機能）、プレスコーティングされた膨潤性疎水性ポリマー層（例えば、ヒドロキシプロピルセルロース層（ＨＰＣ）及び時間放出機能からなるＥＴＰ（腸溶コーティングされた時間放出プレスコート）錠剤が使用され得る。遅滞期の持続時間は、ポリマー層及び腸溶コーティング層（耐酸性機能）の重量又は組成によって制御することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるグリカン調製物のための剤形は、錠剤及びカプセルのＥｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）腸溶コーティングを使用する。他の好適な合成ポリマーには、シェラック、エチルセルロース、酢酸フタル酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリ酢酸ビニルフタレート及びポリ−γ−グルタミン酸（γ−ＰＧＡ）などのポリグルタミン酸コーティングが含まれる。これらのコーティングは、粘膜接着性及びｐＨ依存性放出戦略の両方を組み合わせる。結腸標的送達を増強するために、Ｅｕｄｒａｇｉｔｓ（登録商標）は、それらが可溶性であるｐＨを変化させる種々の側鎖基組成を有するメタクリルコポリマーである。例えば、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）被覆システムでは、胃（例えば、ｐＨ１．４）及び小腸（例えば、ｐＨ６．３）において有意な薬物放出は生じず、一方、回盲部、ｐＨ７．８で、有意な薬物放出が見られる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、多糖ベース送達システムなどの微生物トリガーシステムである。多糖ベース送達システムは、生分解性で粘膜接着性のポリマーコーティング、例えばキトサン及びペクチンからなるコーティングを含む。他の好適な天然ポリマーには、例えば、グアーガム、イヌリン、シクロデキストリン、デキストラン、アミラーゼ、コンドロチン硫酸、ローカストビーンガムが含まれる。これらの送達システムは、グリカン調製物の小腸への送達を標的にするために使用され得る。グアーガム、キサンタンガム、キトサン、アルギン酸塩などの天然に存在する多糖類によるコーティングは、結腸の腸内微生物叢、例えばキシロシダーゼ、アラビノシダーゼ、ガラクトシダーゼなどの酵素によって分解される。例えば、ＣＯＤＥＳＴＭ技術を使用して、グリカン調製物を送達することができる。このシステムは、多糖類コーティングをｐＨ感受性コーティングと組み合わせる。いくつかの実施形態では、この系は、以下の３層のポリマーコーティングでコーティングされたコア錠剤からなる：外側コーティングは、Ｅｕｄｒａｇｉｔ Ｌから構成される。このコーティングは十二指腸で溶解し、次のコーティングを露出させる。次のコーティングは、Ｅｕｄｒａｇｉｔ Ｅから構成される。この層は、内部コアに存在するラクツロースの放出を可能にする。ラクツロースは、Ｅｕｄｒａｇｉｔ Ｅ層が溶解する周囲ｐＨを低下させる短鎖脂肪酸に代謝される。Ｅｕｄｒａｇｉｔ Ｅの溶解は、グリカンの露出をもたらす。結腸に存在する細菌は、コア錠剤から放出される多糖類の分解に関与する。多糖類の分解は、錠剤を取り囲む内容物のｐＨを低下させる有機酸の形成をもたらし得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、圧力制御送達システムである。このシステムは、小腸よりも結腸でより高い圧力に遭遇するという事実を利用する。例えば、水に不溶のエチルセルロースシステムでは、結腸の内腔内の圧力の結果として、水不溶性ポリマーカプセルの崩壊後に、グリカンの放出が生じる。放出プロフィールは、エチルセルロースの厚さ、カプセルのサイズ及び／又はカプセルの密度を変化させることによって調節することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、脈動性結腸標的デリバリーシステムである。例えば、このシステムは、パルシンキャップ（ｐｕｌｓｉｎｃａｐ）システムであり得る。使用されるカプセルは、グリカンの放出を制御するカプセル内に配置されるプラグを含む。膨潤性ヒドロゲル（例えば、ヒドロキシルプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、ポリメチルメタクリレート又はポリ酢酸ビニル）が、薬物内容物を密封する。カプセルが流体と接触すると、プラグがカプセルから押し出され、グリカンが放出される。放出プロフィールは、プラグとカプセル本体との交差する長さ及び／又は交点を変化させることによって制御することができる。別のシステムはポートシステムである。カプセル本体は、半透膜に包まれる。不溶性プラグは、浸透圧活性剤及びグリカンからなる。カプセルが流体と接触すると、半透膜が流体を流入させ、カプセル本体内の圧力を高める。これにより、プラグが押し出され、グリカンが放出される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、浸透圧制御結腸標的デリバリーシステムである。例示的なシステム、ＯＲＯＳ−ＣＴは、硬ゼラチンカプセルに封入された浸透圧ユニット（５又は６プッシュプルユニットまで）からなる。プッシュプルユニットは、外側の腸の不透過性膜及び内側の半透膜で二層化される。プッシュプルの内部の中央部分は、薬物層及びプッシュ層からなる。グリカンは、半透膜を通して放出される。プッシュプルユニットを取り囲むカプセル本体は、投与直後に溶解する。ＧＩ管では、腸不透過性膜が水の吸収を妨げる。腸溶コーティングは、小腸（より高いｐＨ、＞７）で溶解し、水は半透膜を通ってユニットに入り、プッシュ層を膨潤させ、グリカンを外に押し出す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、回盲弁に到達する直前にグリカンを放出するために使用することができる「スマートピル」である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のグリカン調製物のための剤形は、直腸投与製剤である。例えば、浣腸は、液体製剤のグリカン調製物を直腸に導入する。投与される容量は、通常、１０ｍＬ未満である。坐剤は、グリカン調製物を直腸に導入する。坐薬は直腸に挿入されると溶融又は溶解し、グリカンを放出する固体剤形である。坐薬製剤の一般的な賦形剤には、ココアバター、ポリエチレングリコール及び寒天が含まれる。
キット
キットも企図される。例えば、キットは、単位剤形のグリカン調製物及び胃腸の障害又は状態の治療におけるグリカンの使用説明書を含むパッケージ挿入物を含み得る。キットは、グリカン調製物を、それを必要としている対象による使用に好適なパッケージ化で含む。本明細書に記載の組成物のいずれも、キットの形態でパッケージ化することができる。キットは、治療の全過程又は治療の過程の一部に十分な量のグリカン調製物（任意選択により、さらに、プレバイオティクス物質、プロバイオティクス細菌及び／又は第２の治療剤）を含有し得る。グリカン調製物の投与量は個々にパッケージ化され得るか、又はグリカン調製物はバルクで、又はそれらの組み合わせで提供され得る。したがって、一実施形態では、キットは、好適なパッケージ化において、治療レジメンにおける投与ポイントに対応する個々の用量のグリカン調製物を提供し、この用量は１つ以上のパケットにパッケージ化される。
一実施形態では、グリカン調製物は、単一の容器又は２つ、３つ、４つ、５つ若しくは６つ以上の容器にバルクで提供され得る。例えば、各容器は、１ヶ月間実施される治療プログラムの特定の週に十分なグリカン調製物を含有し得る。複数のバルク容器が提供される場合、治療期間の全部又は一部に十分なグリカン調製物を提供するために、バルク容器は好適にはまとめてパッケージ化することができる。これらの１つ又は複数の容器は、それを必要とする対象又は例えば投与スケジュールなどの治療プロトコルを行う医師に有用な情報を示すラベルを付けることができる。
グリカン調製物は、本明細書に記載されるように、プロバイオティクス細菌、プレバイオティクス物質又は他の物質などの他の好適な物質と共にパッケージ化することができる。他の物質は、グリカン調製物とは別個にパッケージ化するか、又はグリカン調製物と混合するか、又はそれらの組み合わせとすることができる。したがって、一実施形態では、キットには、治療の過程又は治療の過程の一部で使用することが意図されている全ての成分、例えばグリカン調製物及び任意選択により、緩衝剤、賦形剤など、プロバイオティクス、プレバイオティクス又はポリマー剤を含有する剤形が含まれる。一実施形態では、グリカン調製物は、１つのパッケージ又は一組のパッケージでパッケージ化され、プロバイオティクス細菌、プレバイオティクス及び治療剤などの追加成分は、グリカン調製物とは別個にパッケージ化される。
キットは、資料、例えば取扱説明書、予想される結果、証言、説明、警告、臨床データ、医療従事者のための情報等をさらに含み得る。一実施形態では、キットは、このキットが医療従事者の指示の下でのみ使用されることを示すラベル又は他の情報を含む。容器は、匙、シリンジ、ボトル、カップ、アプリケーター又は他の測定若しくは給仕するデバイスをさらに含み得る。
医療用食品
医療用食品として製剤化されたグリカンの調製物も本明細書において提供される。本明細書に記載のグリカン調製物はいずれも、グリカン調製物を含む医療用食品及び医薬組成物として処方され得る。
医療用食品は、希少医薬品法（Ｏｒｐｈａｎ Ｄｒｕｇ Ａｃｔ）（２１Ｕ．Ｓ．Ｃ．３６０ｅｅ（ｂ）（３））第５条（ｂ）（３）に定義されている。医療用食品は、例えば、医師による、医学的管理下で、摂取（経口摂取）又は経腸投与（例えば、栄養補給／経鼻胃管）されるように処方される。それは、例えば、ディスバイオシス又はＧＩ管疾患などの疾患又は状態の特定の食事管理を目的としている。本明細書に使用される場合、医療用食品は、症状を管理するか、又は疾患若しくは状態のリスクを低減するために、全体的な食事の一部として医師によって単に推奨される食品は含まない。グリカンの調製物を含む医療用食品は、合成食品（例えば、経口摂取又はチューブによる経腸栄養補給による対象への部分的又は全体的な栄養補給のために処方されるような処方製品及び／又は加工製品）であり、天然の状態で使用される天然に存在する食品ではない。
いくつかの実施形態では、対象（例えば、施設参加者）は、通常の食品又は特定の栄養素を摂取、消化、吸収又は代謝する能力が限られているか又は損なわれている。他の実施形態では、対象は、他の特別な医学的に決定された栄養要求を有し、通常の食事のみを変えてもその栄養管理を達成することができない。グリカンの調製物を含む医療用食品は、それを必要とする対象に、医学的管理下（これは、現在関与し進行中であり得る）で投与され、通常、対象は、医療用食品の使用についての指示を受ける。医療用食品は、１つ以上の食品添加物、着色添加物、ＧＲＡＳ賦形剤及び医療用食品に好適な他の薬剤又は物質を含み得る。医療用食品調製物は、栄養的に完全な処方であるか又は不完全な処方であり得る。
栄養補助食品
本明細書中に記載のグリカン調製物はいずれも、例えば本明細書中に記載される方法において使用するための、栄養補助食品として処方され得る。栄養補助食品は、１９９４年のダイエタリーサプリメント健康教育法（Ｄｉｅｔａｒｙ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ａｃｔ）（ＤＳＨＥＡ）によって規制されている。栄養補助食品は、食事を補うことを目的とした「食事成分」を含有する経口摂取製品である。これらの製品における「食事成分」は、本明細書に記載のグリカン調製物に加えて、ビタミン、ミネラル、ハーブ又は他の植物、アミノ酸、並びに酵素、器官組織、腺及び代謝産物などの物質の１つ以上を含み得る。栄養補助食品は、抽出物又は濃縮物でもあり得、例えば錠剤、カプセル、ソフトゲル、ゲルキャップ、液体又は粉末などの多くの形態で見出され得る。それらは、棒などの他の形態でもあり得るが、その場合、そのラベル上の情報は、その製品を従来の食品又は食事の単独の品目として表してはならない。ＤＳＨＥＡは、全ての栄養補助食品が一般的な食品としてではなく、栄養補助食品としてラベル付けされることを要求する。
食品成分
本明細書に記載のグリカン調製物はいずれも、例えば本明細書に記載される方法において使用するための、食品成分又は食品添加物として処方され得る。食品成分は、一般に安全と認められる（ＧＲＡＳ）か、ＦＤＡの認可を必要とし得る。グリカン調製物は、任意の所望の食品、例えば飲料（例えば、フルーツジュース）、乳製品（例えば、ミルク、ヨーグルト、チーズ）、シリアル（任意の穀物製品）、パン、スプレッドなどに添加することができる。
グリカン調製物は、食品として処方され得る。連邦食品・医薬品・化粧品法（Ｆｅｄｅｒａｌ Ｆｏｏｄ，Ｄｒｕｇ ａｎｄ Ｃｏｓｍｅｔｉｃ Ａｃｔ）（２１Ｕ．Ｓ．Ｃ．第３２１条（ａ）（ｆ））に定義される「食品」という用語は、ヒト又は他の動物用の食品又は飲料に使用される物品、チューインガム及びそのような物品の成分に使用される物品を指す。食品は、摂取（経口摂取）されるように処方される。食品は、グリカン調製物に加えて、１つ以上の食品添加物、着色添加物、ＧＲＡＳ賦形剤及び食品に好適な他の薬剤又は物質を含み得る。食品調製物は、栄養的に完全な処方であるか又は不完全な処方であり得る。食品は、例えば、飲料、粉末飲料ミックス、バー、キャンディ、乳製品、菓子、焼き菓子、グミなどであり得る。
微生物分類群の調節方法
本明細書において提供される化合物及び組成物は、対象（例えば、施設参加者）の微生物叢に存在する細菌分類群（例えば、１、２、３、４、５つ又はそれを超える分類群）を調節する方法において使用され得る。いくつかの実施形態では、調節は、微生物叢の構造の変化、例えば分類群の相対組成の変化又は分類群の相対存在度の変化（例えば、他の分類群に対して又はその調節がなかった場合に観察されるであろうものに対して）を含む。他の実施形態では、調節は、微生物叢の機能の変化、例えば遺伝子発現の変化、遺伝子産物（例えば、ＲＮＡ若しくはタンパク質）のレベルの変化又は微生物叢の代謝出力の変化、或いは宿主の機能的経路の変化（例えば、遺伝子発現の変化、遺伝子産物のレベルの変化又は宿主細胞若しくは宿主処理の微生物叢の代謝出力の変化）を含み得る。国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレットに開示される微生物分類群の調節方法（これらは参照により本明細書に組み込まれる）は、本明細書に記載の方法における使用に好適である。
本明細書に記載の方法は、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を分類群の調節に有効な量で含む、本明細書に記載の組成物を対象（例えば、施設参加者）に投与することを含む。いくつかの実施形態では、組成物が投与され、増加が少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、１００％、２５０％、５００％、７５０％の増加又は少なくとも１０００％の増加であり得る場合、細菌分類群の存在度は他の分類群と比較して（又はある時点から別の時点までと比較して）増加し得る。組成物が投与され、減少が少なくとも５％、１０％、２５％５０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の減少又は少なくとも９９．９％の減少であり得る場合、細菌分類群の存在度は、他の分類群と比較して（又はある時点から別の時点までと比較して）も減少し得る。組成物の投与により、対象の胃腸微生物叢における所望の及び／又は非所望の細菌分類群の存在度を調節することができる。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、例えば、ＧＩ管で見出すことができる、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）及びサブドリグラヌルム属（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）に属するものなどの１種以上の細菌の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、例えば、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）の１種以上の細菌、並びに／又はアッカーマンシア・ムニシフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｎｉｃｉｐｈｉｌｉａ）種、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ ｍｉｎｕｔａ）種、クロストリジウム・コッコイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）種、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）種、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）種、ディアリスター・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｉｎｖｉｓｕｓ）種、ユウバクテリウム・レクタル（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌ）種、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）種、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）種及びストレプトコッカス・サーモフィラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）種の１種以上の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（エリュシペロトリクス綱（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ））、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ））、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アグリゲイティバクター属（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｖｅａｅ））、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）及びエンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）から選択される少なくとも２つの細菌分類群の増殖を調節（例えば、増加又は減少）する。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、例えば、ＧＩ管に見出すことができる、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）及びサブドリグラヌルム属（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）に属するものなど、ＧＩ管に存在する１つ以上の細菌分類群の増殖を調節（例えば、増加又は減少）する。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、健康な胃腸状態に関係すると考えられるものなどの１種以上の細菌分類群、例えばアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）の１種以上、並びに／又はアッカーマンシア・ムニシフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｎｉｃｉｐｈｉｌｉａ）種、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ ｍｉｎｕｔａ）種、クロストリジウム・コッコイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）種、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）種、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）種、ディアリスター・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｉｎｖｉｓｕｓ）種、ユウバクテリウム・レクタル（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌ）種、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）種、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）種及びストレプトコッカス・サーモフィラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）種の１種以上の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、ウェルコミクロビウム門（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）の分類群、例えばアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の分類群など、１つ以上の細菌分類群の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、主に小腸に存在する１つ以上の細菌分類群の増殖を調節（例えば、増加又は減少）する。例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、例えば、小腸に主に存在する１つ以上（２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の細菌分類群、例えばアクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）（バチルス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ））及びプロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）（アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ））を調節する。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書中に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、以下の属から選択される、小腸に主に存在する１つ以上（２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の細菌分類群を調節する：クリオコーラ属（Ｃｒｙｏｃｏｌａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ツリシバクター属（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ホールデマニア属（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、シュードラミバクター属（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アグロバクテリウム属（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スフィンゴモナス属（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、アクロモバクター属（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ）、バークホリデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）及びラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、大腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、例えば、大腸に主に存在する１つ以上（２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の細菌分類群、例えばバクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）（クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ））、ウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）及びプロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）（デルタプロテオバクテリア綱（Ｄｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ））を調節する。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書中に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、以下の属から選択される、大腸に主に存在する１つ以上（２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の細菌分類群を調節する：バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブチリシモナス属（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、ファストラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ビロフィラ属（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、盲腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群、例えばアクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バチルス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、上行結腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群、例えばアクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バチルス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、フソバクテリウム門（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デルタ／イプシロンプロテオバクテリア綱（Ｄｅｌｔａ／Ｅｐｓｉｌｏｎ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、横行結腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群、例えばアクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、フソバクテリウム門（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、下行結腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群、例えばバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、フソバクテリウム門（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デルタ／イプシロンプロテオバクテリア綱（Ｄｅｌｔａ／Ｅｐｓｉｌｏｎ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、Ｓ字結腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群、例えばアクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、バチルス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、直腸に主に存在する１つ以上の細菌分類群、例えばバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）、アルファプロテオバクテリア綱（Ａｌｐｈａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ガンマプロテオバクテリア綱（Ｇａｍｍａ Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）及びウェルコミクロビウム綱（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）の増殖を調節する（例えば、増加又は減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、例えば、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテーラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びサブドリグラヌルム属（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）並びにアッカーマンシア・ムニシフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｎｉｃｉｐｈｉｌｉａ）種、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ ｍｉｎｕｔａ）種、クロストリジウム・コッコイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）種、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｌｅｐｔｕｍ）種、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）種、ディアリスター・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ ｉｎｖｉｓｕｓ）種、ユウバクテリウム・レクタル（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌ）種、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）種、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）種、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）種及びストレプトコッカス・サーモフィラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）種を含む、１種以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の細菌分類群の増殖を調節する（例えば、刺激／増加又は抑制／減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、表６〜８に列挙された細菌分類群の１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の増殖（及び総数）を調節する（例えば、実質的に増加又は実質的に減少させる）（又は全（胃腸）コミュニティにおける相対的な表現／存在度を実質的に増加又は実質的に減少させる）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、表６〜８に列挙された細菌分類群の１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の増殖、例えば総数又は全（胃腸）コミュニティにおける相対的な表現／存在度を実質的に増加させる。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、表６〜８に列挙された細菌分類群の１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の増殖、例えば総数又は全（胃腸）コミュニティにおける相対的な表現／存在度を実質的に減少させる。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のグリカン組成物を含む、本明細書に記載の組成物は、表６〜８に列挙された細菌分類群の１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える）の増殖、例えば総数又は全（胃腸）コミュニティにおける相対的な表現／存在度を実質的に増加及び減少させる。
特定の実施形態では、特定の細菌分類群の比率又はそれらの相対存在度は、シフトさせることができる。そのようなシフトは、グリカン医薬組成物の投与前に対象に存在する比率に対して又はグリカン医薬組成物を摂取していない対照群に対して測定することができる。
いくつかの実施形態では、病原体の有害作用を低減することができるグリカン調製物は、グリカン調製物のライブラリのハイスループットスクリーニング試行を使用して同定され得る。一部の実施形態では、ハイスループットスクリーニングは、ｉ）スパイク又は細菌糞便群に病原体を添加し、嫌気的に群を繁殖させること；任意選択により、ｉｉ）糞便群に試験グリカン組成物を接触させること；ｉｉｉ）細菌の増殖を測定すること（例えば、光学密度、例えばＯＤ６００による）；ｉｖ）群を好気性状態に移行させること；ｖ）病原体の増殖の測定、例えば対数中期に到達するまでの時間の測定をすること；ｖｉ）高嫌気性増殖（例えば、共生細菌（実質的に嫌気性菌である）の増殖を表し、例えば光学密度、例えばＯＤ６００により測定される）及び／又は緩徐な好気性増殖（病原菌（好気性条件下で増殖する）の増殖を表す）に基づくグリカン組成を選択すること、例えば対数増殖中期までの時間間隔を測定すること；及び／又は群の試料を、グリカン組成物を添加する前及び後の一定時間、１６Ｓ配列決定にかけて、群における病原菌及び共生細菌の相対存在量を決定することを含み得る。
微生物集団のプロテオーム解析
グリカン組成物の調製は、外因性物質の処理に関連する微生物タンパク質、例えば酵素の発現を調節するそれらの能力に基づいて選択され得る。微生物集団のプロテオーム解析に好適な方法は、国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット（これらは参照により本明細書に組み込まれる）に見出すことができる。いくつかの実施形態では、プロテオーム解析は、例えば、Ｃｏｒｄｗｅｌｌ，Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ａｎｄ ｅｘｐｌｏｒｉｔｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｐｒｏｔｅｏｍｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００４，２６６：１１５に記載されるプロトコルに従って実施することができる。
微生物（例えば、細菌）成分の同定
例えば、ＧＩ管においてインビボで生じる、本明細書に記載のグリカン組成物による、微生物の（例えば、分類群の表現／存在度の）調節は、当技術分野で知られ、且つ本明細書に記載される多くの方法を用いて分析することができる。好適な方法は、国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレット（これらは参照により本明細書に組み込まれる）に見出すことができる。いくつかの実施形態では、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）は、グリカン組成物がＧＩ管における細菌集団のシフトをもたらし得るか否かを決定する方法として使用し得る。
いくつかの実施形態では、微生物成分は、微生物１６Ｓ小サブユニットリボソームＲＮＡ遺伝子（１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子）のＤＮＡ配列を特徴付けることによって同定され得る。他の実施形態では、微生物組成は、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子、特に高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）若しくはそれらの組合せを特徴付けることにより、又は全ゲノムショットガンシーケンス法（ＷＧＳ）により同定され得る。
対象への投与
本明細書に記載のグリカン組成物、医薬組成物及び治療剤は、任意の適切な手段により、それを必要とする対象に（例えば、施設参加者）投与することができる。いくつかの実施形態では、グリカン組成物は腸内投与される。これには、経口投与又は口腔チューブ若しくは鼻腔チューブ（経鼻胃管、経鼻空腸管、経口胃管又は経口空腸管を含む）による投与が含まれる。他の実施形態では、投与には、直腸投与（注腸、坐薬又は結腸内視鏡を含む）を含む。本明細書に記載される方法及び組成物における使用に好適な対象への投与方法は、国際公開第２０１６／１２２８８９号パンフレット、国際公開第２０１６／１７２６５７号パンフレット及び国際公開第２０１６／１７２６５８号パンフレットに見出すことができ、これらはその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
有効化合物及び医薬剤、例えばプレバイオティクス物質、プロバイオティクス細菌又は薬物は、別々に、例えばグリカン組成物の投与前、投与と同時に又は投与後にグリカン組成物の医薬組成物又は医療用食品又は栄養補助食品の一部として（例えば、共配合物として）でなく投与され得る。いくつかの実施形態では、グリカン組成物の調製物を含む医薬組成物又は医療用食品は、医師又は他の医療従事者によって決定され得るような、推奨された又は規定の食事、例えばプロバイオティクス及び／又はプレバイオティクス含有食品に富む食事と組み合わせて投与される。
定義
微生物分類群の「存在度」は、本明細書において使用される場合、相対的な用語であり、ＧＩ管等の定義された微生物生態学的地位又は宿主生物全体（例えば、疾患のヒト又は実験動物モデル）における微生物分類群の他の分類群に対する相対的な存在を指す。
用語が本明細書に使用される場合、「取得する」又は「取得すること」は、例えば、値又は物理的実体を「直接取得すること」又は「間接的に取得すること」により、値、例えば数値、又は画像、又は物理的実体（例えば試料）を入手することを指す。「直接取得すること」は、処理を行って（例えば、合成又は分析方法又はプロトコルを行って）、値又は物理的実体を得ることを意味する。「間接的に取得すること」とは、値又は物理的実体を別の団体又は供給元（例えば、物理的実体又は値を直接取得した第３者研究所）から受領することを指す。値又は物理的実体を直接取得することは、物理的物質の物理的変化又は機械若しくはデバイスの使用を含む処理を行うことを含む。値を直接取得することの例は、ヒト対象（例えば、施設参加者）から試料を得ることを含む。値を直接取得することは、機械又はデバイス、例えばＮＭＲ分光計を使用して、ＮＭＲスペクトルを得る処理を行うことを含む。
本明細書で使用される場合、「消化率」は、例えば、対象の胃腸管におけるグリカン又はグリカン調製物のカロリー値に関する値である。グリカン調製物は、宿主、例えば宿主酵素が（該当する場合に）どの程度良好にそれを消化できるかに応じて、様々なカロリー値を有し得る。例えば、宿主（例えば、哺乳動物、例えばヒト、酵素）によって消化されにくいグリカンポリマー調製物は、最小のカロリー値を含有する（例えば、カロリー値がなく、ノンカロリーである）。本明細書で使用されるカロリー値は、ボンベ熱量計又は同様のデバイスで決定されるカロリー値ではなく、対象が使用可能なカロリー値を指す。いくつかの例では、難消化性のグリカン調製物は、吸収されないため、ヒト身体のエネルギーとして吸収又は利用されない。カロリー値は、使用可能なカロリー値、例えばヒト身体のエネルギーとして吸収又は利用されるカロリーを指す。消化率は、ＭｃＣｌｅａｒｙ（ＡＯＡＣ Ｍｅｔｈｏｄ ２００９．０１、ＡＡＣＣ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ａｐｐｒｏｖｅｄ Ｍｅｔｈｏｄ ３２−４５．０１とも称される）（ＭｃＣｌｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．ＡＯＡＣ Ｉｎｔ．，９３（１），２２１−２３３）に記載されているように、例えば酵素インキュベーション工程に、膵臓α−アミラーゼ及び生理的条件に近い条件（ｐＨ６、３７℃）を使用して測定され得る。他の実施形態では、消化率は、例えば、ＡＯＡＣ ２０１ １．２５（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｔｏｔａｌ Ｄｉｅｔａｒｙ Ｆｉｂｅｒ Ａｓｓａｙ）を使用して、ＭｃＣｌｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ｊ．ＡＯＡＣ Ｉｎｔ．，９５（３），８２４−８４４に記載されるように測定され得る。
例えば、グリカンの種類に関連して本明細書に使用される場合、「明確に区別できる」は、それが化学的及び／又は構造的に他と異なることを意味するものとする。例えば、２つの糖が化学的に異なる場合（例えば、フコース及びキシロース）又は構造的に異なる場合（例えば、環状対非環状、Ｌ体対Ｄ体）、それらは、「明確に区別できる」。２つの二量体が同じ２つの単量体からなるが、一方の対がアルファ−１，４結合を含み、他方の対がベータ−１，６結合を含む場合、それらは、明確に区別できる。明確に区別できる実体は、当技術分野で知られており、且つ／又は本明細書に記載される方法によって検出することができる任意の他の適切な別個の特徴又は特性を有し得る。
本明細書に使用される場合、「投薬レジメン」、「投与レジメン」又は「治療レジメン」は、治療目標を達成する薬物投与のモダリティである。投薬レジメンは、投与経路、単位用量、投薬頻度及び治療の長さの１つ、２つ、３つ又は４つの定義を含む。
「ディスバイオシス」とは、正常な多様性、第１の細菌分類群の第２の細菌分類群に対する割合及び／又は生態学的ネットワークの機能（例えば、代謝産物の生成）が破壊されたか又は不安定である、例えば胃腸管内の微生物叢の不均衡な状態を指す。この望ましくない例えば不健康な状態は、宿主対象に必須機能をもはや提供せず、そのため、一実施形態では、対象における健康をもはや促進しないか又は望まれていない症状と関連する、微生物叢（例えば、細菌分類群）の多様性の減少若しくは増加、１つ以上の病原体若しくはパソビオントの過剰増殖又は生物学的微生物共同体へのシフトが含まれるが、これらに限定されない、多くの因子によるものであり得る。一実施形態では、代謝産物の産生は、疾患又は障害の発症に寄与するように調節される。
組成物（例えば、医薬組成物など）又は薬剤の「有効量」及び「治療有効量」という用語は、組成物又は薬剤の所望の効果を提供するのに十分な量を意味する。いくつかの実施形態では、医師又は他の医療従事者は、適切な量及び投与レジメンを決定する。有効量は、医学的状態の発症又は再発を防ぐ組成物（例えば、医薬組成物など）又は薬剤の量も指す。
本明細書で使用される「施設」は、対象が休息、レクリエーション、教育、矯正、リハビリテーション又は治療のために時間を費やす任意のタイプの場所を指す。施設のタイプには、病院、医師のオフィス、診療所、医療センター（例えば、緊急治療クリニック、病院の緊急治療室）、老人ホーム又は他のリハビリ、回復及び／又は熟練の医療／介護ケアを患者や居住者に提供する施設、矯正施設（例えば、刑務所（ｐｒｉｓｏｎ）、刑務所（ｊａｉｌ）、拘置所など）、長期介護施設、リハビリセンター、緊急治療クリニック、外来手術センター、医師のオフィス、医療センター、デイケア、幼稚園、小学校、中学校、高校、私立学校、予備校、カレッジ、大学、コミュニティカレッジ、専門学校、キャンプ、ヘルスクラブ（例えば、ジム）、公園、遊園地、テーマパーク、劇場、アリーナ、スタジアム、スポーツエンターテイメント複合施設、コンサートホール、講堂、ショッピングセンター（例えば、モール、小型モール、プラザ）、軍事基地、軍事船、リゾート、クルーズ船、ホステル、民宿、モーテル及びホテルが含まれる。
本明細書で使用される場合、「発酵度」は、グリカン又はグリカンポリマー調製物が、微生物、微生物群又はマイクロバイオーム（例えば、対象の胃腸管内）による発酵にどの程度容易に使用できるかについての値である。いくつかの例では、「非発酵性」は、例えば、４０重量％未満、例えば４０％、３５％、３０％、２０％、１５％未満（重量）の比較的低い発酵度を有するグリカンポリマー調製物を指す。いくつかの例において、「発酵性」は、比較的高い発酵度、例えば少なくとも６０重量％、例えば少なくとも６０重量％、６５重量％、７０重量％、７５重量％、８０重量％、８５重量％を有するグリカンポリマー調製物を指す。発酵性は、ＡＭＥＲＩＣＡＮ ＪＯＵＲＮＡＬ ＣＬＩＮＩＣＡＬ ＮＵＴＲＩＴＩＯＮ，１９９１，５３ １４１８−１４２４の「Ｆｅｒｍｅｎｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ Ｖａｒｉｏｕｓ Ｆｉｂｅｒ Ｓｏｕｒｃｅｓ ｂｙ Ｈｕｍａｎ Ｆｅｃａｌ Ｂａｃｔｅｒｉａ Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ」；又は米国特許第５，０８５，８８３号明細書に記載の方法により決定することができ、これらの両方は、参照により本明細書に組み込まれる。
「微生物移植」又は単に「移植」とは、（例えば、本明細書に記載のシンバイオティクスの形態において、例えば微生物分類群を対照に投与することによって）移植前にヒト対象において過少発現されるか（例えば健康な参照対象に対して）又は存在しない（例えば、検出不能である）、標的ニッチ（例えば、結腸又は腸（ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ）などのヒトの腸（ｇｕｔ））における微生物分類群の定着（例えば増殖）を指す。移植した微生物分類群は、一時的な期間定着し得るか、又は微生物分類群の移植後の対象を占める微生物叢において長期安定性を示し得る。いくつかの実施形態では、移植した微生物分類群は、ディスバイオシスから健康状態へのシフトを表現する、標的ニッチでの環境シフトを誘発し得る。
本明細書に使用される場合、「グリカン調製物」（「グリカンの調製物」、「グリカン調製物」、「グリカンポリマー調製物」「グリカンポリマー組成物」、「グリカン組成物」、「オリゴ糖調製物」、「オリゴ糖組成物」又は「グリカン」とも呼ばれる）は、所望の効果（例えば、治療効果）を示すグリカンを含む調製物である。いくつかの実施形態では、グリカンの調製物は、１つ以上の天然に存在するオリゴ糖、例えばグルコオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、イヌリン、リクノース、マルトテトラオース、ニゲロテトラオース、ニストース、セセモース（ｓｅｓｅｍｏｓｅ）、スタキオース、イソマルトトリオース、ニゲロトリオース、マルトトリオース、メレジトース、マルトトリウロース、ラフィノース、ケストース、フラクトオリゴ糖、２’−フコシルラクトース、ガラクトオリゴ糖、グリコシル、イドラパリナックス、イソマルトオリゴ糖、マルトデキストリン、キシロオリゴ糖、寒天、アガロース、アルギン酸、アルグロン酸、アルファグルカン、アミロペクチン、アミロース、アラビオキシラン、ベータ−グルカン、カロース、カプシュラン（ｃａｐｓｕｌａｎ）、カラギナン、セロデキストリン、セルリン、セルロース、キチン、キチンナノフィブリル、キチン−グルカン複合体、キトサン、クリソラミナリン、カードラン、シクロデキストリン、アルファ−シクロデキストリン、デキストラン、デキストリン、ジアルデヒドデンプン、フィコール、フルクタン、フコイダン、ガラクトグルコマンナン、ガラクトマンナン、ガラクトサミノガラクタン、ゲランガム、グルカン、グルコマンナン、グルクロノキシラン、グリコカリックス、グリコーゲン、ヘミセルロース、ヒプロメロース、イコデキストリン、ケフィラン、ラミナリン、レンチナン、レバン多糖、リケニン、マンナン、粘液、天然ガム、パラミロン、ペクチン酸、ペクチン、ペンタスターチ、植物グリコーゲン、プルーラン、ポリギーナン、ポリデキストロース、ポルフィラン、プルラン、シゾフィラン（ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌａｎ）、セファロース、シニストリン、シゾフィラン（ｓｉｚｏｆｉｒａｎ）、スガマデックス、ウェランガム、キサンタンガム、キシラン、キシログルカン、ザイモサンなどを含有しない。いくつかの実施形態では、グリカンは、塩、例えば薬学的に許容される塩として存在する。
本明細書に使用される場合、「グリカン単位」は、本明細書で開示されるグリカンの個々の単位、例えばグリカンを作る構成要素を指す。一実施形態では、グリカンサブユニットは、モノマーである。一実施形態では、グリカンサブユニットは、ダイマーである。一実施形態では、グリカンサブユニットは、単糖類である。一実施形態では、グリカンサブユニットは、二糖類である。いくつかの実施形態では、グリカンサブユニットは、炭水化物であり、糖アルコール、短鎖脂肪酸、糖酸、イミノ糖、デオキシ糖及びアミノ糖から選択され得る。いくつかの実施形態では、グリカンサブユニットは、エリトロース、トレオース、エリトルロース、アラビノース、キシロース、リブロース、キシルロース、アロース、アルトロース、ガラクトース、グルコース、グロース、イドース、マンノース、タロース、フルクトース、プシコース、ソルボース、タガトース、フコース、フクロース、ラムノース、マンノヘプツロース、セドヘプツロース等である。いくつかの実施形態では、グリカンサブユニットは、グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース又はラムノースである。実施形態では、グリカンは、別個のグリカンサブユニット、例えば第１及び第２の単糖類又は第１及び第２の二糖類を含む。実施形態では、グリカンは、別個のグリカンサブユニット、例えば第１、第２、第３、第４及び／又は第５の別個のグリカンサブユニットを含む。
本明細書で使用される場合、「肝性脳症（ＨＥ）」という用語は、進行した肝疾患の結果として又はそうでなければ肝臓がアンモニアなどの毒性物質を血液から除去できない場合に発生する、複数の有害な神経症状を含む疾患のクラスを指す。いくつかの実施形態では、ＨＥは、肝硬変の結果として又はそれに関連して発生する。いくつかの実施形態では、肝性脳症を有する対象は、通常の健常な対象と比較して、高いレベルのアンモニアを有する。いくつかの実施形態では、肝性脳症を有する対象は、軽度のＨＥ、重度のＨＥ又は顕性のＨＥを有し得る。ＨＥの標準治療には、ラクツロース、ラクチトール及び抗生物質（例えば、リファキシミン又はネオマイシン）が含まれる。治療には食事改善及びプロバイオティクスも含まれ得る。治療効果は、上記症状の分析（例えば、血清アンモニアレベルの低下）、ＨＥの将来のエピソードの発生率の低下又はＨＥのリスクがある対象では、ＨＥの初期エピソードの発生の減少によって評価され得る。いくつかの実施形態では、長期間の高アンモニア血症又は高ピークアンモニアを経験した患者、特に肝障害を有する患者（例えば、肝硬変を有する患者、例えば高齢の患者）は、重度の知的障害、例えば精神錯乱、健忘、不安神経症又は興奮状態、人格若しくは行動の急激な変化、睡眠パターンの変化、見当識障害、甘い若しくはかび臭い息、不明瞭言語及び／又は運動機能の制御困難など、日常活動に影響を与える実行機能の欠乏を含む、重度且つ慢性の神経学的病的状態に関連する肝性脳症（ＨＥ）を発症し得る。
本明細書で使用される場合、「高アンモニア血症」という用語は、高レベルのアンモニアに関連する対象（例えば、ヒト対象）における状態を指す。一般的に、高アンモニア血症を有する対象は、循環中、例えば血中のアンモニアのレベルが上昇している。いくつかの実施形態では、高アンモニア血症の期間及び重症度は、脳損傷と正の相関関係がある。いくつかの実施形態では、長期間の高アンモニア血症又は高ピークアンモニアを経験した患者、特に小児患者は、発達遅滞、重度の知的障害、日常活動に影響を与える実行機能の欠乏、脳性麻痺及び発作障害を含む、重度且つ慢性の神経学的病的状態を発症し得る。
本明細書に使用される場合、「単離された」又は「精製された」グリカン調製物は、実質的に純粋であり、且つ混入物質がなく、例えば病原体、酵素若しくはそうでなければ望まれていない生物物質又は毒性若しくはそうでなければ望まれていない有機若しくは無機化合物である。いくつかの実施形態では、純粋な又は単離された化合物、組成物又は調製物は、微量の溶媒及び／又は塩を含み得る（例えば、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ又はモル％で、１０％未満、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％未満又は０．１％）。精製された化合物又は調製物は、対象となる化合物のｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ又はモル％で少なくとも約６０％（ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ又はモル％で）、少なくとも約７５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％又は少なくとも約９９％含有する。例えば、精製された（実質的に純粋な）又は単離されたグリカンの調製物は、ｗ／ｗ、ｗ／ｖ、ｖ／ｖ又はモル％で、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、９９．８％、９９．９％又は１００％のグリカンであり（例えば、いかなる溶媒、例えば水も含まず、グリカン調製物は、溶解され得る）、例えば製造、抽出／精製及び／又は処理中、それらと同時に生じる構成成分から分離される（例えば、グリカンが望ましくない化合物を実質的に含まない）ものである。純度は、任意の適切な標準方法により、例えばカラムクロマトグラフィー（例えば、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ））、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光計により測定され得る。精製された又は純度は、ヒト対象への投与において安全である、例えば生存能力のある感染性又は毒性薬剤を欠いている滅菌の度合いも定義し得る。
本明細書に使用される「マイクロバイオーム」は、対象（例えば、ヒト対象）内及び上に持続的及び一時的の両方で生息する微生物群（「微生物叢」）の遺伝的内容物であり、これには、真核生物、古細菌、細菌及びウイルス（細菌ウイルス（例えば、ファージ）を含む）が含まれ、「遺伝的内容物」には、ゲノムＤＮＡ、リボソームＲＮＡ及びメッセンジャーＲＮＡ等のＲＮＡ、エピゲノム、プラスミド及び他の種類のゲノム情報の全てが包含される。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームは、具体的には、生態学的地位における微生物群の遺伝子内容物を指す。
「微生物叢」は、本明細書に使用される場合、対象（例えば、ヒト対象）内及び上に（持続的及び一時的に）生じる微生物群を指し、真核生物、古細菌、細菌及びウイルス（細菌ウイルス、例えばファージを含む）が包含される。いくつかの実施形態では、微生物叢は、具体的には、生態学的地位における微生物群を指す。
施設の「参加者」は、施設のメンバー、居住者、労働者、患者、訪問者又はスタッフを指す。参加者のタイプには患者（例えば、長期ケア施設居住者、外来患者）；医療従事者（例えば、医師、看護師又は医師のアシスタント）；技術者又は技師；家事労働者；警備員；保守員；調理師；洗濯作業員；管理労働者；ソーシャルワーカー；訪問者；及び／又は施設の従業員が含まれるが、これらに限定されない。患者には、長期ケア施設居住者；抗生物質を頻繁に投与されている患者；再発性尿路感染を有する患者；カテーテル施術された患者；尿路ハードウェア（例えば、フォーリーカテーテル、ステント）を有する患者；免疫抑制された患者（例えば、ＨＩＶ／ＡＩＤＳを有する患者）；化学療法（例えば、細胞傷害性化学療法及び／又は造血幹細胞移植）を受けている患者；固形臓器移植を受けている患者；末期臓器不全の患者；先天性免疫抑制患者（例えば、ＳＣＩＤ、ＣＶＩＤ、ブルートン型無ガンマグロブリン血症の患者）；嚢胞性線維症患者；及び頻繁な入院を必要とする慢性状態を有する患者が含まれ得る。
本明細書に使用される場合、「医薬組成物」は、組成物又は調製物であり、薬理学的活性又は疾患の緩和、治療若しくは予防における他の直接効果及び／又は完成した剤形若しくはその製剤化を有する組成物又は調製物であり、且つヒトに使用されるものである。医薬組成物は、典型的には、適正製造基準（ＧＭＰ）の条件下で生成される。医薬組成物は、滅菌又は非滅菌であり得る。非滅菌である場合、かかる医薬組成物は、典型的には、微生物学的規格及び米国薬局方（ＵＳＰ）又はヨーロッパ薬局方（ＥＰ）において記載される非滅菌薬学的製品のための基準を満たす。医薬組成物は、さらなる活性剤、例えばさらなる治療剤をさらに含み得るか、又はそれらと共に同時投与され得る。医薬組成物は、例えば、さらなる治療剤、ポリフェノール、プレバイオティクス物質、プロバイオティクス細菌、薬学的に許容される賦形剤、溶媒、担体又はこれらの任意の組み合わせも含み得る。本明細書に記載の任意のグリカン調製物は、医薬組成物として製剤化され得る。
「対象」という用語は、本明細書において使用される場合、任意のヒト対象を指す。いくつかの実施形態では、対象は、施設参加者である。この用語は、特定の年齢又は性別を示すものではない。対象は、妊婦を含み得る。対象は、新生児（早産児、満期新生児）、１歳までの乳児、幼児（例えば、１歳〜１２歳）、十代の若者（例えば、１３〜１９歳）、成人（例えば、２０〜６４歳）及び高齢者（６５歳以上）を含み得る。
「実質的減少」は、本明細書において使用される場合、（例えば、バイオマーカー又は代謝産物に対して）、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．９％又は１００％の減少である。
「実質的増加」は、本明細書において使用される場合、（例えば、バイオマーカー又は代謝産物に対して）、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、５５０％、６００％、６５０％、７００％、７５０％、８００％、８５０％、９００％、９５０％、１０００％又は１０００％超の増加である。
「合成物質」は、本明細書において使用される場合、天然に存在しない、グリカン調製物等の人工の化合物又は調製物を指す。一実施形態では、触媒（例えば、非酵素触媒（例えば、ポリマー又は固体酸触媒）又は酵素触媒（例えば、グリコシダーゼ又はグリコシルトランスフェラーゼ）は、適当な反応条件下、例えば反応物に添加される個々のグリカンサブユニットからオリゴマーを作製する重合反応により、調製物のグリカンを合成するために使用される。いくつかの実施形態では、触媒は、加水分解剤として作用し、グリコシド結合を破壊し得る。他の実施形態では、触媒は、グリコシド結合を形成し得る。一実施形態では、固相オリゴ糖合成は、適当な反応条件下、例えば反応物に添加される個々のグリカンサブユニットからオリゴマーを作製する重合反応により、調製物のグリカンを合成するために使用される。合成グリカン調製物は、天然のオリゴ糖源又は多糖源から単離されないグリカンも含み得る。グリカン調製物は、天然のオリゴ糖源又は多糖源から単離されないが、グリカンを作り上げるグリカンサブユニットは、本明細書に列挙されるものを含む天然のオリゴ糖源又は多糖源であり得、多くの場合にそれらから単離されるか又はデノボ合成されることが理解されよう。
本明細書に使用される場合、「治療すること」及び「治療」という用語は、症状の重症度及び／又は頻度の減少に影響を及ぼす、有害事象（を有すること）のリスクを予防又は減少させる、症状及び／又はその根本原因を解消する、且つ／又は損傷の改善若しくは修復を促進する、且つ／又は特定の有害な状態、障害若しくは疾患にかかりやすいか、又は状態、障害若しくは疾患を発症する若しくはそれらを発症する危険性がある無症候性対象における有害な状態、障害若しくは疾患を予防するための、対象（例えば、有害な状態、障害若しくは疾患を患っている症候性の対象）への薬剤又は組成物の投与を指す。
本明細書で使用される場合、「病原体負荷」は、相対的又は絶対的に質量あたり、体積あたり若しくは表面積あたりのコロニー形成単位又は相対的組成で表した、例えば腸内細菌の０．１％を占める、施設参加者に関連する病原体の量を指す。病原体負荷は、病原体バイオマスと同義である。
本明細書で使用される場合、「抗生物質耐性遺伝子負荷」は、微生物からの総遺伝物質と比較した相対的又は絶対的に質量あたり、体積あたり、表面積あたり又は人あたりの耐性決定因子のコピーに関する耐性決定因子の量を指す。
本明細書で使用される場合、「病原体リザーバ」は、臨床的に顕著な感染症状がない場合に病原体を宿す、医療施設又は施設参加者内又はそれに関連する１つ又は複数の特定の部位における病原体の量を指す。
本明細書で使用される場合、「適応度欠乏」は、微生物の集団が他の集団と同じ程度の数を維持できないか、又は経時的に持続できないような微生物の集団の相対的な不利益を指す。
本明細書で使用される場合、「アディクションモジュール」は、プラスミド又はトランスポゾンなどの伝達される遺伝要素が、それがコピーされ、娘細胞の次の世代に伝達されることを保証できるメカニズムを指す。これらには、毒素−抗毒素システムなどのメカニズムが含まれ、それにより、遺伝要素は、長寿命の毒素と短寿命の抗毒素とをコードする。遺伝物質が存在する場合、抗毒素の継続的な産生により、生物の継続的な増殖能力が保証されるが、遺伝物質が失われると、抗毒素が失われ、毒素が増殖を停止するか、又は結果として生じる細胞を殺傷する。集団レベルでは、これは、遺伝物質を維持している細胞のみが存続できることを保証する。
本明細書で使用される場合、「耐性決定因子」は、所与の抗生物質に対する耐性を付与するために必要な遺伝子、突然変異又は遺伝子群若しくは遺伝物質を指す。
本明細書で使用される場合、「病原性の可能性」は、特定の病原体が施設参加者の所与のグループに疾患の症状を引き起こす可能性を指す。
本明細書で使用される場合、「病原性感染性」は、それ自体病原性の可能性を有する所与の病原体が所与の施設参加者に症候性感染又は疾患を引き起こす可能性を指す。病原体感染の重症度は、身体検査、バイタルサイン、検査値、入院期間、関与する臓器系、治療に必要な手技又は手順、後遺症の可能性又は実際の後遺症、疾患の進行、入院期間及び救命救急診療又はリハビリの必要性を含む臨床検査などによる、多くの方法で測定される。
本明細書に引用又は参照した全ての刊行物、特許及び特許出願は、それぞれ個々の刊行物又は特許文献が参照により組み込まれることが具体的且つ個々に示されたのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、以下の実施例によってさらに例示される。実施例は、例示の目的のみで提供され、決して本発明の範囲又は内容を限定すると考えられるべきではない。本発明の実践は、別記されない限り、当技術分野の技術内の、タンパク質化学、生物化学、組換えＤＮＡ技術及び薬理学の従来の方法が用いられるであろう。かかる技術は、文献内に十分に説明される。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）、Ｇｒｅｅｎ＆Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２０１２）、Ｃｏｌｏｗｉｃｋ＆Ｋａｐｌａｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ）、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ，２０１２）、Ｓｕｎｄｂｅｒｇ＆Ｃａｒｅｙ，Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｐａｒｔｓ Ａ ａｎｄ Ｂ，５ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，２００７）を参照のこと。
実施例１．グリカン調製物
オーバーヘッド撹拌機及びジャケット付きショートパス凝縮器を備えた丸底フラスコに、乾燥重量で３〜２０％の１種以上の触媒、例えば、米国特許第９，０７９，１７１号明細書及び国際公開第２０１６／００７７７８号パンフレット（これらは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる）に記載されているような、例えば酸、イオン、イオン／酸含有触媒とともに、１種以上の単糖類又は二糖類を加えた。水又は別の互換性溶媒（０〜１０当量）を乾燥混合物に加え、選択した丸底フラスコの輪郭に可能な限り密接に一致する大きさのパドルを用いて約１００ｒｐｍでスラリーを混合した。その後、混合物を８０〜１８５℃に加熱した。固体が溶融状態に達したら、容器を１０〜１０００ｍｂａｒの真空圧下に置いた。反応物を３０分〜８時間撹拌し、反応物から絶えず水を除去した。反応の進行をＨＰＬＣでモニターした。十分なオリゴマー化が起こったとき、撹拌機を停止させ、反応物を室温にまで冷却し、大気圧にまで排気し、固体又はシロップのいずれかの生成物を、約５０Ｂｒｉｘ（１００ｇ溶液あたりの糖のグラム数）の溶液を生成するのに十分な体積の水に溶解させた。溶解が完了したら、固体触媒を濾過により除去し、オリゴマー溶液を回転蒸発により約５０〜７５Ｂｒｉｘに濃縮した。有機溶媒を使用した場合、水に非混和性の溶媒は二相抽出によって除去することができ、水に混和性の溶媒は濃縮工程に付随する回転蒸発によって除去することができる。
とりわけ、以下のグリカンが複数のバッチで生成しており、本明細書に記載の種々のアッセイで試験した：
単一グリカン単位（ホモグリカン）：ａｒａ１００、ｆｒｕ１００、ｇａｌ１００、ｇａｌＡ１００、ｇｌｃＮａｃ１００、ｇｌｕ１００、ｇｌｕＡ１００、Ｌｇｌｕ１００、ｍａｎ１００、ｒｈａ１００、ｘｙｌ１００。
２グリカン単位（ヘテログリカン）：Ａｒａ６０Ｘｙｌ４０、Ａｒａ８０Ｘｙｌ２０、Ｇａｌ２０Ａｒａ８０、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ８０、Ｇａｌ４０Ａｒａ６０、Ｇａｌ４０Ｍａｎ６０、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ６０、Ｇａｌ５７Ｇｌｕ４３、Ｇａｌ６０Ａｒａ４０、Ｇａｌ６０Ｍａｎ４０、Ｇａｌ６０Ｘｙｌ４０、Ｇａｌ８０Ａｒａ２０、Ｇａｌ８０Ｍａｎ２０、Ｇａｌ８０Ｘｙｌ２０、Ｇｌｕ２０Ａｒａ８０、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ８０、Ｇｌｕ４０Ａｒａ６０、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ６０、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ６０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０、Ｇｌｕ５０Ｌｇｌｕ５０、Ｇｌｕ６０Ａｒａ４０、Ｇｌｕ６０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０、Ｇｌｕ６０Ｇａｌ４０、Ｇｌｕ６０Ｍａｎ４０、Ｇｌｕ６０Ｘｙｌ４０、Ｇｌｕ６６Ｆｒｕ３３、Ｇｌｕ７５Ｇａｌａ２５、Ｇｌｕ７５ＧｌｕＡ２５、Ｇｌｕ７５ＧｌｕＮ２５、Ｇｌｕ８０Ａｒａ２０、Ｇｌｕ８０Ｇａｌ２０、Ｇｌｕ８０Ｌｇｌｕ２０、Ｇｌｕ８０Ｍａｎ２０、Ｇｌｕ８０Ｘｙｌ２０、Ｇｌｕ９０ＬＧｌｕ１０、Ｍａｎ２０Ａｒａ８０、Ｍａｎ２０Ｘｙｌ８０、Ｍａｎ４０Ａｒａ６０、Ｍａｎ４０Ｘｙｌ６０、Ｍａｎ６０Ａｒａ４０、Ｍａｎ６０Ｇｌｕ４０、Ｍａｎ６０Ｘｙｌ４０、Ｍａｎ７５Ｇａｌ２５、Ｍａｎ８０Ａｒａ２０、Ｍａｎ８０Ｇａｌ２０、Ｍａｎ８０Ｇｌｕ２１、Ｍａｎ８０Ｘｙｌ２０、Ｘｙｌ６０Ａｒａ４０、Ｘｙｌ７５Ａｒａ２５、Ｘｙｌ８０Ａｒａ２０、ａｎｄｔｈｅｈｙｂｒｉｄｇｌｙｃａｎｓｇｌｕ９０ｓｏｒ１０及びｇｌｕ９０ｇｌｙ１０。
３グリカン単位（ヘテログリカン）：Ｇａｌ５Ｘｙｌ５Ａｒａ９０、Ｇａｌ５Ｘｙｌ９０Ａｒａ５、Ｇａｌ１０Ｘｙｌ１０Ａｒａ８０、Ｇａｌ１０Ｘｙｌ４５Ａｒａ４５、Ｇａｌ１０Ｘｙｌ８０Ａｒａ１０、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ６０、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ４０Ａｒａ４０、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ６０Ａｒａ２０、Ｇａｌ３０Ｘｙｌ３０Ａｒａ４０、Ｇａｌ３０Ｘｙｌ４０Ａｒａ３０、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３、Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３、Ｇａｌ４５Ｘｙｌ１０Ａｒａ４５、Ｇａｌ４５Ｘｙｌ４５Ａｒａ１０、Ｇａｌ５０Ｇｌｕ２５Ｆｒｕ２５、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ２０Ａｒａ４０、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ３０Ａｒａ３０、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ４０Ａｒａ２０、Ｇａｌ６０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０、Ｇａｌ８０Ｘｙｌ１０Ａｒａ１０、Ｇａｌ９０Ｘｙｌ５Ａｒａ５、Ｇｌｕ５Ｇａｌ５Ｍａｎ９０、Ｇｌｕ５Ｇａｌ９０Ｍａｎ５、Ｇｌｕ５Ｘｙｌ５Ａｒａ９０、Ｇｌｕ５Ｘｙｌ９０Ａｒａ５、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ１０Ｍａｎ８０、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ４５Ｍａｎ４５、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０、Ｇｌｕ１０Ｘｙｌ１０Ａｒａ８０、Ｇｌｕ１０Ｘｙｌ４５Ａｒａ４５、Ｇｌｕ１０Ｘｙｌ８０Ａｒａ１０、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ６０、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ４０Ｍａｎ４０、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ６０Ｍａｎ２０、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ８０、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ６０、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ４０Ａｒａ４０、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ６０Ａｒａ２０、Ｇｌｕ３０Ｇａｌ３０Ｍａｎ４０、Ｇｌｕ３０Ｇａｌ４０Ｍａｎ３０、Ｇｌｕ３０Ｘｙｌ３０Ａｒａ４０、Ｇｌｕ３０Ｘｙｌ４０Ａｒａ３０、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ａｒａ３３、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｆｕｃ３３、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３、Ｇｌｕ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３、Ｇｌｕ３３Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３、Ｇｌｕ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ２０Ｍａｎ４０、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ３０Ｍａｎ３０、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ４０Ｍａｎ２０、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ２０Ａｒａ４０、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ３０Ａｒａ３０、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ４０Ａｒａ２０、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ１０Ｍａｎ４５、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０、Ｇｌｕ４５Ｘｙｌ１０Ａｒａ４５、Ｇｌｕ４５Ｘｙｌ４５Ａｒａ１０、Ｇｌｕ６０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０、Ｇｌｕ７５ＧｌｕＮＡｃ２５、Ｇｌｕ８０Ｇａｌ１０Ｍａｎ１０、Ｇｌｕ８０Ｘｙｌ１０Ａｒａ１０、Ｇｌｕ９０Ｇａｌ５Ｍａｎ５、Ｇｌｕ９０Ｘｙｌ５Ａｒａ５、Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３、Ｍａｎ５２Ｇｌｕ２９Ｇａｌ１９。
４グリカン単位（ヘテログリカン）：Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ａｒａ２５、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５、Ｇｌｕ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５。
５グリカン単位（ヘテログリカン）：Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０。
グリカンは、モノマーの糖成分を表す３〜６文字コード、それに続いて、モノマーが構成する物質のパーセンテージを反映する１００からの１つの数字によって記載されている。それ故に、「ｇｌｕ１００」は、１００％のＤ−グルコース（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに帰し、「ｇｌｕ５０ｇａｌ５０」は、５０％のＤ−グルコース及び５０％のＤ−ガラクトース（グリカン単位）の入力から、又は代わりにラクトース二量体（グリカン単位）の入力から生成されるグリカンに帰するものとみなす。本明細書では、ｘｙｌ＝Ｄ−キシロース、ａｒａ＝Ｌ−アラビノース、ｇａｌ＝Ｄ−ガラクトース、ｇｌｕ＝Ｄ−グルコース、ｒｈａ＝Ｌ−ラムノース、ｆｕｃ＝Ｌ−フコース、ｍａｎ＝Ｄ−マンノース、ｓｏｒ＝Ｄ−ソルビトール、ｇｌｙ＝Ｄ−グリセロール、ｎｅｕ＝ＮＡｃ−ノイラミン酸、Ｌｇｌｕ＝Ｌ−グルコース、ｇｌｕＡ＝Ｄ−グルクロン酸、ｇｌｕＮ＝Ｄ−グルコサミン、ｇｌｕＮＡｃ＝Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン、ｇａｌＡ＝Ｄ−ガラクツロン酸である。
実施例２．精製
オリゴ糖及び多糖を脱イオン水に溶解させて、２５〜５０Ｂｒｉｘの最終濃度にした。その後、少なくとも２質量当量のＤｏｗｅｘ Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ８８イオン交換樹脂に材料を曝露した。曝露は、溶液が３〜５の最終ｐＨを達成するのに滞留時間が十分である限り、フラスコ中において１２０〜１７０ｒｐｍで旋回させることにより、又は湿式スラリー充填カラムを通して濾過することにより起こり得る。オリゴマー溶液を濾過（旋回反応の場合のように）又は溶出（カラム濾過の場合のように）によって単離し、このプロセスは、溶液のｐＨが５．５を超えるまで、類似の仕方でＤｏｗｅｘ Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ７７イオン交換樹脂を用いて繰り返した。最後に、溶液が十分に清澄化されるまで、溶液をＤｏｗｅｘ Ｏｐｔｉｐｏｒｅ ＳＤ−２吸着剤脱色樹脂に曝露し、０．２ミクロンフィルターを通して濾過して残留樹脂及び樹脂微粉を除去した。その後、最終溶液を回転蒸発によって５０〜８５Ｂｒｉｘにまで濃縮するか、又は凍結乾燥によって固体にまで濃縮した。
実施例３．小規模でのハイスループット調製
２４−、４８−若しくは９６−ウェルプレート中又はアルミニウム加熱ブロックに収容された１ドラムバイアルの同様のサイズのアレイ中において、平行様式でオリゴマー及びポリマーを合成した。この実施例では、全ての液体移送はプログラム可能なロボットにより、又は較正されたピペットを使用して手動で行われた。各バイアル又はウェルに、乾燥重量で２０〜１００％の１種以上の触媒、例えば、米国特許第９，０７９，１７１号明細書及び国際公開第２０１６／００７７７８号パンフレットに記載されているものなどの例えば酸、イオン、イオン／酸含有触媒を加えた。プレート又は加熱ブロックは、１０〜８００ｍｂａｒの真空下、５０〜１５０℃に加熱された真空オーブン中に覆いなしで置いた。オーブンの真空ポンプは、再循環冷却トラップと、それに続くドライアイス／アセトントラップからなる二段凝縮器によって保護された。撹拌せずに、加熱温度及び減圧下で３０分間〜６時間、プレート又はブロックを加熱する。予め決められた時間の経過後、オーブンを大気圧に吸気し、プレート又はブロックを室温に冷却し、各ウェル又はバイアルを脱イオン水で約５０Ｂｒｉｘに希釈した。実施例２に記載した固相抽出工程は、蠕動ポンプ又は他の適切な小型ポンプを使用して、２〜６ベッド体積／時間の速度で、各カラムからの溶離剤を次のカラムの頂部に直ちに流入させる、連続湿式充填カラムを通過させる溶離によって実施した。その後、カラムスタックを脱イオン水で濯ぎ、一緒にした溶出液を凍結乾燥によって濃縮し、１〜１０質量％の残留水分含有率を有する固体粉末を単離した。
実施例４．低分子量種の除去
低分子量種を除去するために、オリゴマー又はポリマーを修飾した。
一実施形態では、分離は浸透圧分離によって達成された。Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｌａｂｓ社からの約４５ｃｍの１．０ｋＤ ＭＷＣＯ Ｂｉｏｔｅｃｈ ＣＥ透析チューブ（３１ｍｍ平坦幅）を脱イオン水に入れ、１０分間浸漬し、その後一端を透析チューブクリップで密閉した。８グラムの乾燥オリゴ糖の２５Ｂｒｉｘ溶液を滅菌濾過し、数ｍＬの空気と共に第２のクリップでチューブ内に密封し、チューブが浮遊できるようにした。その後、満たしたチューブを脱イオン水の３ガロンタンクに入れ、これを十分な力で撹拌して、密封した管のゆっくりとした旋回を引き起こした。８時間後、タンク内の水を交換し、チューブをさらに１６時間撹拌した。透析が完了し、材料が９５％を超えるＤＰ２＋収率及び９０％を超えるＤＰ３＋収率を有すれば、希釈溶液を滅菌濾過し、真空中で濃縮して、約６５Ｂｒｉｘの最終濃度にするか、又は凍結乾燥して、１〜１０％の残留水分を有する固体にした。
第２の実施形態では、分離は、接線流濾過（ＴＦＦ）によって達成された。この場合、脱イオン水に溶解し、滅菌濾過した１００ｍＬの２５Ｂｒｉｘグリカン試料を、Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｌａｂｓ ＫｒｏｓＦｌｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＩＩｉ ＴＦＦシステムの供給ボトルに入れた（試料は製造業者の推奨に従って調製した）。その後、試料を、１ｋＤ ｍＰＥＳ ＭｉｄｉＫｒｏｓ中空繊維フィルターを通して、２５ｐｓｉｇの膜間圧で透析濾過を行った。０．５透析濾過体積毎に採取した供給材料のＨＰＬＣ試料を使用して、材料のＤＰ２＋収率が９５％を超え、且つＤＰ３＋収率が９０％を超えるときを決定し、その時点で溶液を滅菌濾過し、真空中で濃縮して６５Ｂｒｉｘのシロップにするか、又は凍結乾燥して１〜１０質量％の残留水分含有率を有する固形物にした。
第３の実施形態では、分離はエタノール沈殿によって達成された。この場合、９００ｍＬの純粋なＵＳＰグレードのエタノールを含有する、激しく撹拌したビーカーに、１０ｍＬ／分以下の速度で、１００ｍＬの２５Ｂｒｉｘグリカン試料を注いだ。添加が完了したら、沈殿した固体を室温又はそれより僅かに低い温度でさらに１５分間の撹拌を行った。沈殿した固体は、水和及びガム生成を防ぐために窒素雰囲気下で、微細フリット焼結ガラス漏斗を通して濾過することによって単離した。固体をエタノールで１回濯ぎ、次いで水に溶解して最終濃度を２５Ｂｒｉｘとし、再濃縮して＞６５Ｂｒｉｘとした。その後、このシロップを２５Ｂｒｉｘに戻す希釈を行い、再度濃縮して、残留エタノールの除去を確実にした。
実施例５．調製物の分析方法
液体屈折率測定法による濃度測定
この試験は、任意の与えられた水溶液中のグリカンの量を定量するために設計された。高純度逆浸透脱イオン水を用いてＭｅｔｔｌｅｒ−Ｔｏｌｅｄｏ Ｒｅｆｒａｃｔｏ ３０ＧＳ携帯型糖屈折率計を較正した。０．２ミクロンのシリンジフィルターを通して、数滴のグリカン溶液を屈折率計のレンズ上に直接濾過した。測定は室温で行い、Ｂｒｉｘとして報告した。グリカンは、明らかな凝固又は結晶化を伴わずに、２３℃で、５０、６０、７０又は７５Ｂｒｉｘにルーチン的に濃縮した。そうすると、水の密度１．０ｇ／ｍＬに等しいと仮定して、Ｂｒｉｘを溶解度に変換し得る。したがって、７５Ｂｒｉｘ（７５グラムのグリカン及び２５グラムの水からなる１００グラムの溶液）は、３．０ｇ／ｍＬの水への溶解度に等しい。比較として、Ｄ−グルコースの水への溶解度は、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈにより、２５℃で０．９０９ｇ／ｍＬ（４８Ｂｒｉｘ）であると報告されている。
加水分解及びＧＣ−ＭＳによるモノマー組成物
この試験は、与えられたオリゴ糖内のモノマー含有量の比を定量するために設計された。グリコシルの組成分析は、Ｓａｎｔａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ（２０１３）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ １５９：１４７１によって以前に記載されているように、酸性メタノリシスによって試料から生成された単糖メチルグリコシドのペル−Ｏ−トリメチルシリル（ＴＭＳ）誘導体について、ガスクロマトグラフィー／質量分析（ＧＣ／ＭＳ）の組み合わせにより行った。１００〜２００μｇのサンプルを適切な試験管に凍結乾燥した。イノシトール（２０μｇ）を内部標準として試料に加え、その後、試料を１ＭのＨＣｌ／メタノール中、８０℃で１８時間加熱した。その後、得られた単糖を、ピリジン及び無水酢酸を使用してＭｅＯＨ中で再アセチル化し、８０℃で３０分間、Ｔｒｉ−Ｓｉｌ（Ｐｉｅｒｃｅ）によりペル−Ｏ−トリメチルシリル化した。ＴＭＳメチルグリコシドのＧＣ／ＭＳ分析は、Ｓｕｐｅｌｃｏ Ｅｑｕｉｔｙ−１溶融シリカキャピラリーカラム（３０ｍ×０．２５ｍｍ ＩＤ）を使用して、５９７５Ｃ ＭＳＤと連結したＡｇｉｌｅｎｔ ７８９０Ａ ＧＣで行った。各ピークは、既知の標準との比較に基づいて成分の糖に割り当てられ、それぞれのピークの積分は例示されたグリカン内のモノマーの相対パーセンテージのクリーンな計算を可能にした。全ての列挙されたグリカンで、与えられたオリゴ糖のモノマー組成が実験誤差内で入力比に一致し、出力組成が測定の精度内で入力組成に一致する条件をルーチン的に同定することができる。
サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）による分子量分布
この試験は、与えられたオリゴ糖内の分子量の分布を定量するために設計された。測定は、Ｍｏｎｏｇｒａｐｈ ｏｆ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ、３８（６）Ｉｎ−Ｐｒｏｃｅｓｓ Ｒｅｖｉｓｉｏｎ：Ｈｅｐａｒｉｎ Ｓｏｄｉｕｍ（ＵＳＰ３７−ＮＦ３２）に記載の方法を用いてＨＰＬＣにより行った。溶離剤として１．０ｍＬ／分の流速の５０ｍＭ酢酸アンモニウム及びＥＬＳＤ検出器を使用して、ＧＥ ｓｕｐｅｒｐｏｓｅ １２カラムによりＡｇｉｌｅｎｔ １２００ ＨＰＬＣシステムで分離を行った。カラム温度を３０℃に設定し、デキストラン（１ｋＤ、５ｋＤ、１０ｋＤ重量）を用いて標準曲線を作成した。２ｍｇ／ｍｌ溶液の試料を調製し、０．４５μｍスピンフィルターに通し、続いてＨＰＬＣに４０μｌを注入した。リストした標準物質の対数分子量及び溶出体積に基づき、３次多項式曲線を構築した。試料の重量平均分子量（Ｍｗ）、数平均分子量（Ｍｎ）及び多分散性指数（ＰＤＩ）を、標準曲線との比較によって計算した。図１は、平均分子量が１２１２ｇ／ｍｏｌ又は約ＤＰ７と決定されたｇｌｕ１００試料のＳＥＣ評価中に作成された曲線を示す。曲線の先導側の、最大吸収の１０％における曲線上の点によって定義される材料の分子量の上端は、４５５９ｇ／ｍｏｌ又は約ＤＰ２８と決定された。曲線の後続側の、最大吸収の１０％によって定義される材料の分子量の下端は、２００ｇ／ｍｏｌ又は約ＤＰ１と決定された。ｇｌｕ５０ｇａｌ５０試料の同様の分析は、高質量及び低質量のＭＷとして、それぞれ１１９５ｇ／ｍｏｌ（〜ＤＰ７）、４３３１ｇ／ｍｏｌ（〜ＤＰ２７）及び２２１ｇ／ｍｏｌ（〜ＤＰ１）を示した。
イオンアフィニティクロマトグラフィー（ＩＡＣ）による分子量分布
ＤＰが２（ＤＰ２＋）以上及び３（ＤＰ３＋）以上のグリカンの割合は、イオンアフィニティクロマトグラフィーによって測定し得る。グリカン試料を５０〜１００ｍｇ／ｍＬに希釈し、この溶液１０μＬを、７．８×３００ｍｍのＢｉｏＲａｄ Ａｍｉｎｅｘ ＨＰＸ−４２Ａカラム及びＲＩ検出器を備えたＡｇｉｌｅｎｔ １２６０ ＢｉｏＰｕｒｅ ＨＰＬＣに注入した。溶離液として純粋なＨＰＬＣグレードの水を使用し、８０℃のカラム及び５０℃に維持したＲＩ検出器を通して、０．６ｍＬ／分で試料を溶出させた。ＤＰ１〜６を表すピークは、参照用標準との比較によって割り当て、Ａｇｉｌｅｎｔ ＣｈｅｍＳｔａｔｉｏｎソフトウェアを使用して積分する。ピークは、典型的にはＤＰ１、ＤＰ２、ＤＰ３、ＤＰ４〜７及びＤＰ８＋として積分される。実施例１に記載した反応によって達成可能なＤＰは、モノマーごとに異なるが、手順に従えば、バッチ間で一貫している。例えば、ｇｌｕ１００の１７バッチにわたって、ＤＰ２＋の値は７７〜９３％の範囲であり、ＤＰ３＋の値は８０〜９０％の範囲であった。逆に、ａｒａ１００の６バッチにわたって、ＤＰ２＋の値は６３〜７８％の範囲であり、ＤＰ３＋値は４８〜７１％の範囲であった。モノマーの混合物は、個々の成分の平均として挙動した。
２Ｄ ＮＭＲによるアルファ／ベータ分布
この試験は、二次元ＮＭＲにより、与えられた試料内のアルファ−及びベータ−グリコシド結合の比を定量するために設計された。約１５０ｍｇの６５Ｂｒｉｘオリゴ糖溶液を、４００ｍｂａｒの圧力下、４５〜９５℃の真空オーブン中で質量が安定するまで乾燥させた。試料は、Ｄ２Ｏに溶解し、乾燥して残留Ｈ２Ｏを除去する２つのサイクルに供された。乾燥後、サンプルを、０．１％アセトンを含む７５０μＬのＤ２Ｏに溶解し、３ｍｍのＮＭＲ管に入れ、２１．１℃で動作するＢｒｕｋｅｒ ＢＢＦＯプローブを備えた、５００．１３ＭＨｚ １Ｈ（１２５．７７ＭＨｚ １３Ｃ）で動作するＢｒｕｋｅｒ Ａｖａｎｃｅ−ＩＩＩで分析した。標準的なＢｒｕｋｅｒパルスシーケンスを使用して、ヘテロ原子単一量子コヒーレンスパルスシーケンス（ＨＳＱＣ）を使用してサンプルを分析した。４〜６ｐｐｍ（１Ｈ）及び８０〜１２０ｐｐｍ（１３Ｃ）のアノマープロトンを、Ｒｏｓｌｕｎｄ，ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｒｅｓ．３４３：１０１−１１２に報告されているように、グルコースとの類似によって割り当てた。スペクトルは、内部アセトンシグナル、すなわち１Ｈで２．２２ｐｐｍ、１３Ｃで３０．８ｐｐｍを基準とした。Ｍｅｓｔｒｅｌａｂ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓａｎｔｉａｇｏ ｄｅ Ｃｏｍｐｏｓｔｅｌａ，Ｓｐａｉｎ）のＭＮｏｖａソフトウェアパッケージを使用して、異性体のそれぞれのピークを積分することにより定量した。図２は、代表的なスペクトルのアノマー領域を示す。３００以上のサンプルがこの方法で分析されており、表１は、アルファ／ベータ比がｒｈａ１００の場合に４：１の高さ、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０の場合に１：１の低さを示すモノマーの組合せ試料の横断的な分布を示す。
Figure 2021502338
ＮＭＲによる組成の同定
この試験は、成分モノマーの２Ｄ−ＮＭＲ同定によってグリカンの組成を同定するために設計された。約１５０ｍｇの６５Ｂｒｉｘオリゴ糖溶液を、４００ｍｂａｒの圧力下、４５〜９５℃の真空オーブン中で質量が安定するまで乾燥させた。試料は、Ｄ２Ｏに溶解し、乾燥して残留Ｈ２Ｏを除去する２つのサイクルに供した。乾燥後、サンプルを、０．１％アセトンを含む７５０μＬのＤ２Ｏに溶解し、３ｍｍのＮＭＲ管に入れ、７０℃で動作するＢｒｕｋｅｒ ＢＢＦＯプローブを備えた、５００．１３ＭＨｚ １Ｈ（１２５．７７ＭＨｚ １３Ｃ）で動作するＢｒｕｋｅｒ Ａｖａｎｃｅ−ＩＩＩで分析した。標準的なＢｒｕｋｅｒパルスシーケンスを使用して、ヘテロ原子単一量子コヒーレンスパルスシーケンス（ＨＳＱＣ）を使用してサンプルを分析した。その後、単一の糖モノマーから誘導された各グリカンスペクトルのアノマー領域を、そのモノマーに特徴的な特定のグリコシド結合を表すピークについて調べた。任意の与えられたグリカンについて、ＨＳＱＣスペクトルは、特定の位置化学的及び立体化学的結合配置に固有のピークを同定することを可能にする。例えば、図５は、特定のグリコシドの位置化学及び立体化学を同定するために、これらのピークがどのように使用され得るかを示す、ｇｌｕ１００調製物のスペクトルの部分的な割り当てを示す。多糖類内の単一の炭水化物環のスピン単離された性質のために、１種より多くのモノマーを有するグリカンのＨＳＱＣスペクトルは、その成分糖の各々のＨＳＱＣピークの合計によって表されると予測される。したがって、各成分モノマーは、他の成分モノマーに関係なく、そのモノマーを含有する任意のグリカンに現れる固有のＨＳＱＣピークを有し、さらに、グリカンを合成するために使用されるモノマーは、各成分モノマーに固有のフィンガープリントピークを同定することによって決定することができる。例えば、図３Ｂは、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０のＨＳＱＣスペクトルがｇｌｕ１００（図３Ａ）及びｇａｌ１００（図３Ｃ）のスペクトルのハイブリッドであることを示す。表２は、選択されたグリカン単位のフィンガープリントピークをリストする。
Figure 2021502338
３個以下の異なるグリカン単位を含有するグリカンの合成に際して出発物質として使用した各グリカン単位に、少なくとも５個のピークが現れた。４つ以上の異なるグリカン単位を含有するグリカンのＨＳＱＣスペクトルでは、各成分グリカン単位は少なくとも４つのピークを有する。
図６Ａ及び６Ｂは、それぞれｍａｎ１００及びｘｙｌ１００のＨＳＱＣスペクトルを示す。
グリコシドの結合分析
この試験は、与えられたオリゴ糖のグリコシド位置異性体（分岐）の分布を定量するために設計された。グリコシル結合分析では、Ｈｅｉｓｓ ｅｔ ａｌ（２００９）Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ．Ｒｅｓ．３４４：９１５に記載されているように、サンプルをペルメチル化、解重合、還元及びアセチル化し、得られた部分メチル化されたアルジトール酢酸（ＰＭＡＡ）をガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）によって分析した。試料を２００μＬのジメチルスルホキシド中に懸濁させ、１日間撹拌した。ペルメチル化は、水酸化ナトリウム（１５分間）及びヨウ化メチル（４５分間）の２ラウンド処理によって影響を受けた。水溶液を、２Ｍトリフルオロ酢酸を添加し、１２１℃へと２時間加熱することによって加水分解した。固体を真空中で単離し、酢酸／トリフルオロ酢酸中でアセチル化した。得られたＰＭＡＡを、５９７５Ｃ ＭＳＤ（質量選択検出器、電子衝撃イオン化モード）と連結したＡｇｉｌｅｎｔ ７８９０Ａ ＧＣで分析した；分離は、３０ｍのＳｕｐｅｌｃｏ ＳＰ−２３３１結合相溶融シリカキャピラリーカラムにより行った。図４は、この分析からの３つの代表的なＧＣスペクトルを示す。これらの分析はグリカンが少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、５％、１０％以上の１，２−グリコシド結合型を有すること、例えばａｒａ１００＝３．８％、ｇａｌ１００＝７．２％であり；少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、５％、１０％以上の１，３−グリコシド結合型を有すること、例えば、３−ｂｎ−ｇ−ｇｌｕ１００＝１．７％、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０＝１０．４％であり；少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、５％、１０％以上の１，４−グリコシド結合型を有すること、例えばｇｌｕ５０ｇａｌ５０＝５．９％、ｇａｌ３３ｍａｎａｒａ３３＝１０．１％であり；且つ少なくとも０．１％、０．２％、０．５％、１％、２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％以上の１，６−グリコシド結合型を有すること、例えば、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３＝１３．４％、ｇｌｕ１００＝２５．４％であることを示している。材料は、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％又はそれを超える分岐結合型（１，３，６−；１，４，６−；又は１，２，４−グリコシド、例えば表３を含むが、これらに限定されない）、少なくとも０．０５の分岐度（ＤＢ）も含有した。分岐度は、モノマー単位の総数に対する分岐モノマーの平均数として定義される。例えば、グルコースモノマー単位の２０％が３つ以上の他のグルコースモノマーへのグリコシド結合を含むｇｌｕ１００グリカンポリマーは、０．２０のＤＢを有するであろう。グリカンは、フラノース形態で約３〜１２％のモノマー単位も有する。単一のモノマーに由来するグリカンは、少なくとも１２の異なる非末端置換パターンからなるものであった。２つのモノマー起源のグリカンは少なくとも１８の異なる非末端置換パターン、例えば、ｇｌｕ−１，２−ｇｌｕ；ｇｌｕ−１，２−ｇａｌ；ｇａｌ−１，２−ｇｌｕ；ｇａｌ−１，２−ｇａｌ；ｇｌｕ−１，２（ｇｌｕ），６−ｇｌｕ；ｇｌｕ−１，３−ｇｌｕ；ｇｌｕ−１，３−ｇａｌ；などからなるものであった。３つ以上のモノマー起源のグリカンは、少なくとも２４の異なる非末端置換パターンからなるものであった。
Figure 2021502338
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実施例６：グリカン調製物の存在下で定義されたコミュニティアッセイにおける病原性細菌（ＶＲＥ及びＣＲＥを含む）の減少
唯一の炭素源としてグリカンの存在下で増殖した複雑な微生物群に追加したＣＲＥクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）、ＣＲＥ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）及びＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｃｅｉｕｍ）のレベルを調べて、病原体レベルが選択的に減少し得るかどうか調査した。
ブラウティア・プロダクタ（Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ）、ブラウティア・ハンセニ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈａｎｓｅｎｉｉ）、クロストリジウム・セラツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌａｔｕｍ）、バクテロイオデス・セルロシリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｏｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、オドリバクター・スプランキニクス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ユウバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｈａｌｌｉｉ）、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｏｒｅｉ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、バクテロイデス・コプロフィラス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ）、コプロコッカスカツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃａｔｕｓ）、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｇｕｌａｔｕｍ）、ユウバクテリウム・ベントリオサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、ラクノスピラ・マルチパラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ ｍｕｌｔｉｐａｒａ）、パラバクテロイデス・メルダエ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍｅｒｄａｅ）、バクテロイデス・フィネゴルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウティア・コッコイデス（Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・ボルテアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、ホールデマネラ・ビフォルミス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｅｌｌａ ｂｉｆｏｒｍｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ロングム亜種インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ ｓｕｂ．Ｉｎｆａｎｔａｌｉｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、コリンゼラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｅｌｉｇｅｎｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、プレボテーラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｃｏｐｒｉ）、ユウバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、バクテロイデス・ユニフォルミ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、サクシニビブリオ・デキストリノソルベンス（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ ｄｅｘｔｒｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ロゼブリア・インテスティナーリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、バクテロイデス・カカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・ブルガータス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・セルロシリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）及びルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）などのアクチノバクテリア（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）門、ファーミキューテス（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）門及びバクテロイデテス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）門に属する４６株で構成される定義された群が構築された。
４６株のそれぞれを、株に応じて１８〜４８時間、標準的な挽肉グルコース培地（ＣＭＧ）で個別に増殖させた。各培養物の光学密度（ＯＤ６００）を０．２に調整し、等量の各培養物を、１５％の最終グリセロールを含む１つのボトルに混合した。１．５ｍＬのアリコートを−８０℃で凍結した。凍結したアリコートを解凍し、炭素源を添加せずにクロストリジウム最小培地で洗浄し、ＯＤ＝０．０１に調整した。ＣＤＣから入手したＣＲＥクレブシエラ肺炎（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）、ＣＲＥ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）及びＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｃｅｉｕｍ）のそれぞれをＢＨＩ培地で、３７℃で１２時間好気的に増殖させた。各培養物の光学密度（ＯＤ６００）を０．０１に調整し、定義された群の溶液に最終濃度が１２％になるように添加した。
この群は、唯一の炭素源として以下のグリカン調製物を供給した培地上において嫌気性チャンバで２４時間増殖させた。Ｆｒｕ１００−９、Ｇａｌ５０Ｆｒｕ５０−２、Ｇｌｕ１００−１０４、Ｇｌｕ１００−２０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２７、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１１、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ６０Ｍａｎ２０−１、Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３−２、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３−１、Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３−１、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５−１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ａｒａ３３−３、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ａｒａ２５−２、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３−２、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５−２、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１８、Ｇｌｕ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５−１、水−１、Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５−２、Ｇｌｕ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−２、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０−１、Ｇｌｕ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ９０Ｇａｌ５Ｍａｎ５−２、Ｇｌｕ１００−１０３、Ｇｌｕ８０Ｇａｌ１０Ｍａｎ１０−１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３−３、Ｇｌｕ６０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３−３、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ３０Ｍａｎ３０−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１３、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ４０Ｍａｎ４０−１、Ｇｌｕ３３Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３−２、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ４５Ｍａｎ４５−２、Ｇｌｕ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ５Ｇａｌ９０Ｍａｎ５−１、Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０−１、Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３Ａｒａ３３−２、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ６０Ｍａｎ２０−２、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５−２、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３−２、Ｇｌｕ２５Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ａｒａ２５−１、Ｇｌｕ１００−７７、Ｇｌｕ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５−２、Ｇｌｕ５Ｇａｌ９０Ｍａｎ５−２、Ｇａｌ２５Ｍａｎ２５Ｘｙｌ２５Ａｒａ２５−１、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０−２、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０−２、Ｇｌｕ３０Ｇａｌ４０Ｍａｎ３０−２、Ｇｌｕ９０Ｇａｌ５Ｍａｎ５−１、Ｇｌｕ３０Ｇａｌ４０Ｍａｎ３０−１、Ｇｌｕ８０Ｇａｌ１０Ｍａｎ１０−２、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ２０Ｍａｎ４０−２、Ｇｌｕ６０Ｇａｌ２０Ｍａｎ２０−２、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ２０Ｍａｎ４０−１、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ３０Ｍａｎ３０−２、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ１０Ｍａｎ４５−１、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ４０Ｍａｎ４０−２、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ１０Ｍａｎ４５−２、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ４５Ｍａｎ４５−１、Ｇｌｕ５Ｇａｌ５Ｍａｎ９０−１、Ｇａｌ１００−１０、Ｘｙｌ７５Ａｒａ２５−２、Ｇｌｕ５Ｇａｌ５Ｍａｎ９０−２、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０−１、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ１０Ｍａｎ８０−２、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０−２、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ１０Ｍａｎ８０−１、Ａｒａ１００−３、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ６０−１、Ｍａｎ１００−６、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ２０Ｍａｎ６０−２、Ａｒａ１００−４、Ｇｌｕ３０Ｇａｌ３０Ｍａｎ４０−２、Ｘｙｌ１００−７、Ｇｌｕ３０Ｇａｌ３０Ｍａｎ４０−１、Ｍａｎ５２Ｇｌｕ２９Ｇａｌ１９−１、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ４０Ｍａｎ２０−２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３９、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ４０Ｍａｎ２０−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２１、Ｇａｌ１００−４、Ｇｌｕ２０Ｇａｌ８０−１、Ｇｌｕ１００−１２９、Ｇｌｕ１００−１３０、Ｇｌｕ１００−７４、Ｇｌｕ１００−１３６、Ｇｌｕ１００−９８、Ｇｌｕ１００−７８、Ｇｌｕ１００−１４１、Ｇｌｕ１００−６６、Ｇｌｕ１００−２９、Ｇｌｕ１００−８９、Ｇｌｕ１００−１８、Ｇｌｕ１００−１３３、Ｇｌｕ１００−９９、Ｇｌｕ１００−６８、Ｇｌｕ１００−７２、Ｇｌｕ１００−１７、Ｇｌｕ１００−８２、Ｇｌｕ１００−６４、Ｇｌｕ１００−３３、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−４２、Ｇｌｕ１００−７６、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３、Ｇｌｕ１００−１３１、Ｇａｌ８０Ｘｙｌ２０−１、Ｇｌｕ１００−８３、Ｇａｌ６０Ｘｙｌ４０−１、Ｇｌｕ１００−１３９、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ６０−１、Ｇｌｕ１００−８４、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ８０−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２２、Ｇａｌ８０Ａｒａ２０−１、Ｇａｌ６０Ａｒａ４０−１、Ｇａｌ４０Ａｒａ６０−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３２、Ｇａｌ２０Ａｒａ８０−１、Ｇａｌ１００−３、Ａｒａ１００−６、Ｍａｎ８０Ｘｙｌ２０−１、Ｘｙｌ６０Ａｒａ４０−１、Ｍａｎ６０Ｘｙｌ４０−１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３−４、Ｍａｎ４０Ｘｙｌ６０−１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｘｙｌ３３−２、Ｍａｎ２０Ｘｙｌ８０−１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ａｒａ３３−４、Ｍａｎ８０Ａｒａ２０−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ｘｙｌ３３−１、Ｍａｎ６０Ａｒａ４０−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１７、Ｍａｎ４０Ａｒａ６０−１、３−Ｏｂｎ、Ｍａｎ２０Ａｒａ８０−１、Ｇｌｕ８０Ｇａｌ２０−１、Ｘｙｌ８０Ａｒａ２０−１、Ｇｌｕ６０Ｇａｌ４０−１、Ａｒａ１００−２、Ａｒａ１００−５、Ｇｌｕ４０Ｇａｌ６０−１、Ｇｌｕ６０Ａｒａ４０−１、Ｇａｌ８０Ｍａｎ２０−１、Ｇｌｕ４０Ａｒａ６０−１、Ｇａｌ６０Ｍａｎ４０−１、Ｇｌｕ２０Ａｒａ８０−１、Ｇａｌ４０Ｍａｎ６０−１、Ｍａｎ７５Ｇａｌ２５−１、Ｇｌｕ８０Ｘｙｌ２０−１、Ａｒａ８０Ｘｙｌ２０−１、Ｇｌｕ６０Ｘｙｌ４０−１、Ａｒａ６０Ｘｙｌ４０−１、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ６０−１、Ｇｌｕ８０Ｍａｎ２０−１、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ８０−１、Ｇｌｕ６０Ｍａｎ４０−１、Ｇｌｕ８０Ａｒａ２０−１、Ｍａｎ８０Ｇｌｕ２０−１、Ａｒａ１００−７、Ｇａｌ１００−９、Ｍａｎ８０Ｇａｌ２０−３、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１８、Ｇｌｕ６０Ｍａｎ４０−２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−４０、Ｍａｎ６０Ｇｌｕ４０−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２８、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３−３、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−４１、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−９、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−４３、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ａｒａ３３−５、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−４６、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３３、Ｍａｎ１００−７、Ｇａｌ１００−８、Ｇａｌ１００−７、Ｇａｌ１００−２、Ｇａｌ５７Ｆｒｕ４３−１、Ｇｌｕ１００−１１４、Ｇｌｕ１００−１１６、Ｇｌｕ１００−１２７、Ｇｌｕ１００−８７、Ｍａｎ１００−１５、Ｇｌｕ６６Ｆｒｕ３３−１、ｇａｌｎａｃ１００−１、Ｇａｌ５７Ｇｌｕ４３−２、Ａｒａ８８Ｇａｌ３Ｒｈａ２ＧａｌＡ３−１、Ｇａｌ５０Ｇｌｕ２５Ｆｒｕ２５−１、Ｇａｌ８１Ａｒａ１４−１、Ｇａｌ５７Ｇｌｕ４３−１、ＧａｌＡ６０Ｒｈａ１０Ａｒａ１Ｘｙｌ１Ｇａｌ２３−１、Ｇｌｕ１００−１０７、Ｇｌｕ１００−１２３、ｇａｌｎａｃ５０ＧｌｕＡ５０−１、ＧａｌＡ９Ｒｈａ３Ａｒａ６Ｇａｌ８２−１、Ａｒａ３８Ｘｙｌ６２−１、Ｇｌｕ９７−１、Ｇａｌ２２Ｍａｎ７８−１、Ｘｙｌ３４Ｇｌｕ４５Ｇａｌ１８Ａｒａ３−１、Ｇｌｕ１００−１１２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３６、Ｇｌｕ３３Ｇａｌ３３Ｆｒｕ３３−１、Ｇｌｕ１００−１０５、Ｇｌｕ１００−１００、Ｇａｌ１００−１３、Ｇｌｕ１００−１２５、Ｇｌｕ１００−１３８、Ｘｙｌ１００−２、Ｇｌｕ１００−１３４、Ｇｌｕ１００−６７、Ｇｌｕ１００−８５、Ｇｌｕ１００−７９、Ｇｌｕ１００−１３５、Ｇｌｕ１００−７１、Ｇｌｕ１００−２１、Ｇｌｕ１００−１３７、Ｇｌｕ〜３０Ｇａｌ〜７０−１、Ｇｌｕ１００−１６、Ｇｌｕ〜５０Ｍａｎ〜５０−１、Ｇｌｕ１００−８１、Ｇｌｕ〜２０〜Ｘｙｌ８０−１、Ｇｌｕ〜２０Ｘｙｌ〜８０−１、ｇｌｕ５０ｆｒｕ５０−１、Ｆｕｃ１００−１、Ｇｌｕ１００−１１９、Ｒｉｂ１００−１、Ｍａｎ１００−１０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３７、Ｇａｌ１００−１４、Ｓｏｒ１００−１、Ａｒａ１００−９、ｇｌｙ１００−１、Ｌａｒａ１００−１、Ｎｅｕ１００−２、Ｆｒｕ１００−１０、Ｇｌｕｎ１００−１、Ｘｙｌ１００−６、Ｇａｌａ１００−２、Ｒｈａ１００−１、Ｇｌｕａ１００−１、Ｍａｎｎｉ１００−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２、Ｆｒｕ１００−７、Ｇｌｕ１００−６５、Ｇｌｕ１００−７５、Ｇｌｕ１００−９０、Ｇｌｕ５０Ｌｇｌｕ５０−１、Ｇｌｕ８０Ｌｇｌｕ２０−１、Ｇｌｕ９０Ｌｇｌｕ１０−１、Ｇｌｕ１００−１４０、Ｇｌｕ７５Ｇｌｕｎａｃ２５−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１１、Ｇｌｕ１００−６、Ｔｂｄｐｓ−Ｇａｌ１００−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−９、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−８、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１５、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−４５、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−７、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−４、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−３４、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−３、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１７、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１４、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１９、Ｇｌｕ９０Ｘｙｌ５Ａｒａ５−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１３、Ｇｌｕ８０Ｘｙｌ１０Ａｒａ１０−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−２、Ｇｌｕ６０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０−１、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１０、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ３０Ａｒａ３０−１、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ４０Ａｒａ４０−１、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ６０−１、Ｇｌｕ１０Ｘｙｌ４５Ａｒａ４５−１、Ｇｌｕ３０Ｘｙｌ３０Ａｒａ４０−１、Ｇｌｕ５Ｘｙｌ９０Ａｒａ５−１、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ４０Ａｒａ２０−１、Ｇｌｕ１０Ｘｙｌ８０Ａｒａ１０−１、Ｇｌｕ４５Ｘｙｌ４５Ａｒａ１０−１、Ｇｌｕ２０Ｘｙｌ６０Ａｒａ２０−１、Ｇａｌ９０Ｘｙｌ５Ａｒａ５−１、Ｇｌｕ３０Ｘｙｌ４０Ａｒａ３０−１、Ｇａｌ８０Ｘｙｌ１０Ａｒａ１０−１、Ｇｌｕ４０Ｘｙｌ２０Ａｒａ４０−１、Ｇａｌ６０Ｘｙｌ２０Ａｒａ２０−１、Ｇｌｕ４５Ｘｙｌ１０Ａｒａ４５−１、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ３０Ａｒａ３０−１、Ｇｌｕ５Ｘｙｌ５Ａｒａ９０−１、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ４０Ａｒａ４０−１、Ｇｌｕ１０Ｘｙｌ１０Ａｒａ８０−１、Ｇａｌ１０Ｘｙｌ４５Ａｒａ４５−１、Ｇａｌ５Ｘｙｌ９０Ａｒａ５−１、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ４０Ａｒａ２０−１、Ｇａｌ１０Ｘｙｌ８０Ａｒａ１０−１、Ｇａｌ４５Ｘｙｌ４５Ａｒａ１０−１、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ６０Ａｒａ２０−１、３−Ｂｎ、Ｇａｌ３０Ｘｙｌ４０Ａｒａ３０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２２、Ｇａｌ４０Ｘｙｌ２０Ａｒａ４０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２４、Ｇａｌ４５Ｘｙｌ１０Ａｒａ４５−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２３、Ｇａｌ５Ｘｙｌ５Ａｒａ９０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１５、Ｇａｌ１０Ｘｙｌ１０Ａｒａ８０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１９、Ｇａｌ２０Ｘｙｌ２０Ａｒａ６０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２０、Ｇａｌ３０Ｘｙｌ３０Ａｒａ４０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１３、Ｇｌｕ１００−３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１０、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１６、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１４、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１８、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１２、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１７、６−ＴＢＤＰＳ、Ｇｌｕ１００−６３、６−ＴＢＤＰＳ、Ｇｌｕ１００−７３、アセチル化、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−３、ブチリル化、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−８、Ｇｌｕ６０Ｍａｎ４０−４、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−４、Ｍａｎ８０Ｇａｌ２０−２、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−１、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−１４、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−２、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２４、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−６、Ｆｒｕ１００−８、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−７、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−５、Ｇｌｕ１００−７０、Ｇｌｕ１００−６９、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−８、Ｇａｌ１００−５、Ｍａｎ６６Ｇａｌ３３−３、Ｇｌｕ１００−２、Ｘｙｌ１
００−３、Ｇｌｕ１００−１１５、Ｇｌｕ１００−１２４、Ｇｌｕ１００−１０６、Ｇａｌ５０Ｆｒｕ５０−３、Ｇｌｕ１００−１１７、Ｇｌｕｎａｃ１００−１、Ｇｌｕｎａｃ１００−２、Ｍａｎ１００−９、Ｍａｎ１００−２、Ｇｌｕ１００−１２８、Ｍａｎ１００−１１、ａ−１，６−ｇｌｕ１００−１、Ｇｌｕ１００−９４、Ｍａｎ６６Ｇａｌ３３−１、Ｍａｎ６６Ｇａｌ３３−２、Ｇｌｕ１００−１４３、Ｇｌｕ１００−１０、Ｇｌｕ１００−１１、Ｇｌｕ１００−２６、Ｇｌｕ１００−１、Ｇｌｕ１００−２４、Ｇｌｕ１００−９、Ｇｌｕ１００−７、ブチリル化、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−１０、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−８、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−５、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−６、Ｇｌｕ１００−１５、Ｇｌｕ１００−１０２、Ｇｌｕ１００−２２、Ｇｌｕ１００−９２、Ｇｌｕ１００−１２、Ｇｌｕ１００−４、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−７、Ｇｌｕ１００−８、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−９及びＧｌｕ１００−２３。「Ｍａｎ」、「ｇｌｕ」、「ｇａｌ」、「ｘｙｌ」などは糖を示す；直後の数字は、調製物中の糖の相対量を示す（例えば、Ｍａｎ８０ｇａｌ２０は、調製物中に８０％のマンノースと２０％のガラクトースが含まれることを意味する）；また、ダッシュの後の数字は、本明細書に記載のグリカン調製物の範囲内で互いに異なる、別のグリカン調製物（例えば、−３）と異なる特性を有するグリカン調製物（例えば、−１）を示す。
対照として、炭素源を添加せずに水を培地に添加した。アッセイにおける各グリカンの最終濃度は０．５％であった。各グリカンは各増殖プレート内で３回提示され、細菌の唯一の炭素源であった。プレートを嫌気性チャンバＡＳ−５８０で、３７℃で合計２４時間インキュベートした。２４時間の時点で、グリカンとインキュベートした各群の光学密度を測定し、得られた測定値を嫌気性増殖の総計の代用として使用した。
この定義された群における病原体のレベルを決定するために、４ｕＬの培養液を新鮮なルリア・ベルターニ（ＬＢ）培地で希釈し、好気的に３７℃で５時間インキュベートした。光学密度の増殖曲線は、バイオテック（Ｂｉｏｔｅｋ）プレートリーダーを使用して実行され、Ｒパッケージのｇｒｏｗｔｈｃｕｒｖｅｒを使用して計算的に分析された。中間対数までの時間を計算し、これを使用して、実験の嫌気性フェーズの最後に総病原体負荷を決定した。中間対数の値が低いほど、実験の嫌気性フェーズの最後に病原体のレベルが高くなっていた。
病原体の増殖を抑制しながら、全体的な群の増殖をサポートしたグリカンを特定するには、中間対数までの時間（病原体増殖の代用−高いほど病原体増殖が少ないことを示す）及び嫌気性フェーズの最後でのＯＤ６００（高いほど共生的増殖であることを示す）の両方ともは、０から１までの各々の測定基準内で正規化された。これらの値を掛け合わせ、１から差し引いた（１−嫌気性増殖＊好気性増殖）。全てのグリカンは、炭素源を添加せずに対照に対して正規化され、病原体を最も減少させるグリカンが特定された。
共生群の全体的な増殖を改善すると同時に、総病原体増殖を抑制させるグリカンが同定された（表９〜１１）。共生群の増殖及び病原体増殖の減少の両方を組み合わせると、多くのグリカンがＣＲＥ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）では２５％超（図７参照）、ＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）では５％超（図８参照）及びクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅ）では３０％超（図９を参照）対照より改善する。これらの結果は、異なるグリカンを使用して、異なる病原性細菌を減少させることができることを示唆する。
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実施例７：グリカン調製物の存在下での幹細胞移植患者からの糞便スラリー中の病原性細菌の減少
さまざまなグリカンを利用し、病原性細菌の増殖を競合的に減少させるために、幹細胞移植を受けた患者から収集したヒト糞便群の能力を評価するためのアッセイが行われた。糞便試料は、急性骨髄性白血病、ホジキンリンパ腫又は慢性骨髄性白血病と診断された５人の患者から収集された。全ての患者は、フル前処置又は骨髄非破壊的前処置のいずれかで骨髄移植注入を受けた。全ての患者がレボフラキサシン抗生物質を投与された。患者の臨床的特徴を表８に示す。
ヒト糞便試料を−８０℃で保存した。作業ストックを調製するために、糞便試料を嫌気性チャンバに移し、解凍した。各糞便試料を、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）ｐＨ７．４（Ｐ０２６１、Ｔｅｋｎｏｖａ Ｉｎｃ．、Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ、ＣＡ））、１５％グリセロール中で２０％重量／体積に調製し、−８０℃で保存した。２０％重量／体積の糞便スラリー＋１５％グリセロールを２，０００×ｇで遠心分離し、上清を除去し、ペレットを、９００ｍｇ／Ｌ塩化ナトリウム、２６ｍｇ／Ｌ塩化カルシウム二水和物、２０ｍｇ／Ｌ塩化マグネシウム六水和物、１０ｍｇ／Ｌ塩化マンガン四水和物、４０ｍｇ／Ｌ硫酸アンモニウム、４ｍｇ／Ｌ硫酸鉄七水和物、１ｍｇ／Ｌ塩化コバルト六水和物、３００ｍｇ／Ｌリン酸カリウム二塩基、１．５ｇ／Ｌリン酸ナトリウム二塩基、５ｇ／Ｌ炭酸水素ナトリウム、０．１２５ｍｇ／Ｌビオチン、１ｍｇ／Ｌピリドキシン、１ｍ／Ｌパントテン酸塩、７５ｍｇ／Ｌヒスチジン、７５ｍｇ／Ｌグリシン、７５ｍｇ／Ｌトリプトファン、１５０ｍｇ／Ｌアルギニン、１５０ｍｇ／Ｌメチオニン、１５０ｍｇ／Ｌトレオニン、２２５ｍｇ／Ｌバリン、２２５ｍｇ／Ｌイソロイシン、３００ｍｇ／Ｌロイシン、４００ｍｇ／Ｌシステイン及び４５０ｍｇ／Ｌプロリン（Ｔｈｅｒｉｏｔ ＣＭ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１４；５：３１１４）に懸濁させて、１％重量／体積の糞便スラリーを調製した。ＣＤＣから入手したＣＲＥクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）は、ＢＨＩ培地で、３７℃で１２時間好気的に増殖させた。各培養物の光学密度（ＯＤ６００）を０．０１に調整し、定義された群の溶液に最終濃度が１２％になるように添加した。
調製した１％重量／体積の糞便スラリーを合計３４個のグリカンとインキュベートし、その後、病原体の増殖の効果的な減少を試験した。試験されたグリカンは、Ａｒａ１００−１１、Ｇａｌ１００−８、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２４、Ｆｒｕ１００−９、Ｇａｌ５０Ｆｒｕ５０−２、Ｇａｌ５７Ｆｒｕ４３−１、Ｇｌｕ１００−１１４、Ｇｌｕ１００−８、ｇａｌｎａｃ１００−２、Ｇｌｕ１００−９４、Ｇｌｕ１００−１０７、Ｇｌｕ１００−３４、Ｇｌｕ１００−３、Ａｒａ１００−９、Ｇａｌ８５Ａｒａ１５−５、Ｇｌｕ６６Ｆｒｕ３３−１、ａ−１，６−ｇｌｕ１００−１、Ｇａｌ１００−１３、Ｇｌｕ１００−１１９、Ｇｌｕ１００−２０、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２７、Ｇａｌ５０Ｇｌｕ２５Ｆｒｕ２５−１、ｇａｌｎａｃ５０ＧｌｕＡ５０−１、Ｇｌｕ１００−１２３、Ｍａｎ１００−１５、Ｇｌｕ１００−１１６、Ｇａｌ３３Ｍａｎ３３Ａｒａ３３−１１、Ｇｌｕ１００−２６、Ｇａｌ５７Ｇｌｕ４３−２、Ｇｌｕ１００−１２７、Ｌａｒａ１００−１、ｇｌｙ１００−１及びＭａｎ６６Ｇａｌ３３−２が９６ウェルのディープウェルマイクロプレートに最終濃度０．５％重量／体積で含まれ、グリカン対照を添加していない水を含み、ウェルごとの最終容量は１００μＬで、嫌気的に３７℃で２４時間試験された。「Ｍａｎ」、「ｇｌｕ」、「ｇａｌ」、「ａｒａ」などは糖を示す；直後の数字は、調製物中の糖の相対量を示す（例えば、Ｍａｎ８０ｇａｌ２０は、調製物中に８０％のマンノースと２０％のガラクトースが含まれることを意味する）；また、ダッシュの後の数字は、本明細書に記載のグリカン調製物の範囲内で互いに異なる、別のグリカン調製物（例えば、−３）と異なる特性を有するグリカン調製物（例えば、−１）を示す。
この群における病原体のレベルを決定するために、４ｕＬの培養液を新鮮なルリア・ベルターニ（ＬＢ）培地で希釈し、好気的に３７℃で５時間インキュベートした。光学密度の増殖曲線は、バイオテック（Ｂｉｏｔｅｋ）プレートリーダーを使用して実行され、ＲパッケージのＧｒｏｗｔｈｃｕｒｖｅｒを使用して計算的に分析された。中間対数までの時間を計算し、これを使用して、実験の嫌気性フェーズの最後に総病原体負荷を決定した。中間対数の値が低いほど、実験の嫌気性フェーズの最後に病原体のレベルが高くなっていた。
病原体の増殖を抑制しながら、全体的な群の増殖をサポートするグリカンを特定するには、中間対数までの時間（病原体増殖の代用−高いほど病原体増殖が少ないことを示す）及び嫌気性フェーズの最後での総ＯＤ６００（高いほど共生的増殖であることを示す）が使われた。ＯＤ６００で０．２を超えた総共生的増殖のカットオフを使用して、共生細菌が特定のグリカンで増殖したことを確認した。嫌気性フェーズ中の病原体の総増殖は、１／中間対数までの時間を使用し、グリカン化合物及び患者のマイクロバイオーム間で比較された。図１０は、５つ全ての幹細胞移植マイクロバイオームでの病原体の増殖を減少させるグリカンの同定を示している。病原体の減少は、他の患者と比較して患者３で改善された。この患者は、他の診断患者（ホジキンリンパ腫対ＡＭＬ／ＣＭＬ）、移植タイプ（同種ｖｓ自己）及びコンディショニング強度（骨髄非破壊的ｖｓフル前処置）と臨床的に異なっていた（図８）。これは、グリカンを使用して、異なる患者集団における病原性細菌の増殖を減少できることを示唆している。
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実施例８．糞便試料の収集
糞便試料は、対象にフィッシャーブランドの便器検体収集システム（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）及び関連する使用説明書を提供することによって収集された。収集された試料は、処理されるまでアイスパックと一緒に又は−８０℃で保管された（Ｍｃｌｎｎｅｓ＆Ｃｕｔｔｉｎｇ，Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ ｆｏｒ Ｈｕｍａｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ：Ｃｏｒｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ Ｓａｍｐｌｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌ Ａ，ｖｌ２．０，２０１０，ｈｍｐｄａｃｃ．ｏｒｇ／ｄｏｃ／ＨＭＰ＿ＭＯＰ＿Ｖｅｒｓｉｏｎｌ２＿０＿０７２９１０．ｐｄｆ）。別の収集装置を使用し得る。例えば、試料を、下流の核酸抽出及び分析のために微生物ＤＮＡを安定化する糞便チューブ５４ｘ２８ｍｍ（Ｓａｒｓｔｅｄｔ ＡＧ、２５ｍｌ ＳＣ糞便コンテナ、スクープ付き）、スプーン付きグローブサイエンティフィックスクリューキャップコンテナー（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）又はＯＭＮＩｇｅｎｅ−ＧＵＴコレクションシステム（ＤＮＡ Ｇｅｎｏｔｅｋ、Ｉｎｃ．）に収集し得る。当業者に公知の標準的なプロトコルに従って、糞便サンプルのアリコートを−２０℃及び−８０℃で保存した。
実施例９．対象の病原体のレベルを決定する。
胃腸管で運ばれる病原体の力価を決定するために、糞便試料又は直腸スワブを適切な方法で収集する。試料材料は、例えば、ｉ）嫌気的に培養し、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を選択的且つ差別的に増殖させるシクロセリン−セフォキシチンフルクトース寒天培地（例えば、Ａｎａｅｒｏｂｅ Ｓｙｓｔｅｍｓから入手可能）、ｉｉ）好気的に培養し、ほとんどは日和見病原菌である大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）及び他のグラム陰性腸内細菌の力価を測定するエオシンメチレンブルー寒天培地（例えばＴｅｋｎｏｖａから入手可能）、ｉｉｉ）エンテロコッカス種（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｅｃｉｅｓ）の力価測定のために好気的に培養された胆汁エスキュリン寒天培地（ＢＤ）、ｉｖ）エンテロコッカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）及び／又はストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種を増殖させるために好気的に培養されたフェニル−エチルアルコール血液寒天培地（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）又はコリスチン−ナリジクス酸（ＣＮＡ）血液寒天培地（例えば、Ｈａｒｄｙ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ製）、ｖ）ビフィズス菌種を力価測定するためのビフィズス菌選択寒天培地（Ａｎａｅｒｏｂｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ｖｉ）又は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）及び他のグラム陰性腸内細菌を力価測定するマッコンキ―（ＭａｃＣｏｎｋｅｙ）寒天培地（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して培養される。追加の抗生物質を適切に使用して、これらの細菌の薬剤耐性サブセットを選択する。例えば、バンコマイシン（例えば、バンコマイシン耐性腸球菌用）、セフォキシチン（例えば、広域スペクトルベータラクタマーゼ用又は腸球菌用）、シプロフロキサシン（例えば、フルオロキノロン耐性用）、アンピシリン（例えば、アンピシリン耐性菌用）及びセフタジジム（例えば、セファロスポリン耐性菌用）などの追加の抗生物質を適宜使用して、これらの細菌の薬剤耐性サブセットを選択することができる。さらに、発色基質を添加して、ＣｈｒｏｍＩＤプレート（Ｂｉｏｍｅｒｉｅｕｘ）又はＣｈｒｏｍ寒天培地（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）などの共生株から病原体の識別を促進し得る。病原体に応じて、好気性、嫌気性又は微好気性条件下でプレートを３５〜３７℃でインキュベートする。１６〜４８時間後、コロニーがカウントされ、元の試料の生存細胞の濃度を逆算するために使用される。
定量的評価のために、対象試料の体積又は重量を測定し、リン酸緩衝生理食塩水又は他の希釈液で段階１：１０希釈液を調製し、その後、プレーティング、増殖及びコロニー数をカウントして、試料中の病原体のレベルを決定する。
代わりに、病原体の量は定量的ＰＣＲによって測定される。この方法では、本明細書に記載の１つ以上の病原体（細菌性病原体、ウイルス性病原体、病原性原生動物を含む）に特異的なプライマーが設計され、リアルタイム定量ＰＣＲで使用される（例えば、Ｓｙｂｒ Ｇｒｅｅｎ又は配列特有のＴａｑｍａｎプローブ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）などの二重鎖特異的蛍光色素によるＰＣＲ反応を使用）。ゲノムＤＮＡは、製造元の使用説明書に従いＭｏ ＢｉｏＰｏｗｅｒｓｏｉｌ（登録商標）−ｈｔｐ９６ウェルＳｏｉｌ ＤＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｍｏ Ｂｉｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、カールスバッド、カリフォルニア州）を使用して又は例えばＢｉｏＳｐｅｃ Ｍｉｎｉ−Ｂｅａｄｂｅａｔｅｒ−９６（ＢｉｏＳｐｅｃ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、バートルズビル、オクラホマ州）を使用してビーズビーティングを２分間実行して、各試料から抽出される。代わりに、製造元の使用説明書に従い、Ｍｏ Ｂｉｏ Ｐｏｗｅｒｓｏｉｌ（登録商標）ＤＮＡ分離キット（Ｍｏ Ｂｉｏ Ｐｏｗｅｒｓｏｉｌ、カールスバッド、カリフォルニア州）又はＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｓｔｏｏｌ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ、バレンシア、カリフォルニア州）を使用し、ゲノムＤＮＡを単離する。次に、定量的ＰＣＲにおける対象の試料のサイクル閾値を既知量の病原体の標準曲線と比較し、試料中の病原体のレベルを決定する。アッセイの発展が記載されている（例えば、Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｆｌｕｏｒｏｇｅｎｉｃ ｐｒｏｂｅ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ（ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ）ｔｏ ｔｈｅ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．ａｎｄ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｉｎ ｗａｔｅｒ ｓａｍｐｌｅｓ”、Ｅｄｉｔｈ Ｆｒａｈｍ ａｎｄ Ｕｒｓａｌａ Ｏｂｓｔ，Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｅｔｈ．２００３ Ｊａｎ；５２（１）：１２３−３１．）。代わりに、アッセイ設計を簡略化するために、例えばＬｕｍｉｎｅｘ、Ｉｎｃ（ｗｗｗ．ｌｕｍｉｎｅｘｃｏｒｐ．ｃｏｍ）から、多くの病原体に分析物特異的試薬が使用可能である。代わりに又はさらに、ユニバーサルリボソームプライマーを使用して、病原体からのゲノムの総コピー数を定量的に測定し、病原体の絶対度ではなく、相対存在度を特定する。必要に応じて、総コピーに対する病原体の比率が計算される。コロニー数は、試料の全ＤＮＡ含有量又は例えばユニバーサルリボソームプライマーを使用したｑＰＣＲによって決定された定量的測定値に対して正規化（例えば、比率を計算）することができる。
代わりに、病原体又は組み合わさった全ての病原体のコロニー数を、非選択的条件下で培養した試料の総コロニー数と比較する。試料は、ブルセラブラッド寒天培地（Ａｎａｅｒｏｂｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、ブレインハートインフュージョンブロス（Ｔｅｋｎｏｖａ）又はチョコレート寒天培地（Ａｎａｅｒｏｂｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ）などの富栄養培地又は寒天で培養する。嫌気的に増殖させたこれらの培地上のコロニーの最大数は、相対測定値としての共生菌に対する病原菌の正規化された比率の基準として使用される。
病原体の量は、１６ｓリボソームＤＮＡプロフィリングによっても推定し得る。ゲノムＤＮＡを対象試料から抽出し（例えば、糞便試料、直腸スワブ、皮膚又は粘膜スワブ、生検又は組織サンプル）、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の可変領域４を増幅して配列を決定した（Ｅａｒｔｈ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌ ｗｗｗ．ｅａｒｔｈｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ．ｏｒｇ／ｅｍｐ−ｓｔａｎｄａｒｄ−ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ／１６ｓ／及びＣａｐｏｒａｓｏ ＪＧ ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｕｌｔｒａ−ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｔｈｅ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ａｎｄ ＭｉＳｅｑ ｐｌａｔｆｏｒｍｓ．ＩＳＭＥ Ｊ．）。操作的分類単位（Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ Ｕｎｉｔｓ）（ＯＴＵ）は、必要に応じて９７％以下の同一性で１６ｓ ｒＲＮＡ配列を整列させることにより形成される。次に、病原菌種を表す可能性のあるＯＴＵを、ＮＣＢＩ（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）又はリボソームデータベースプロジェクト（ｈｔｔｐｓ：／／ｒｄｐ．ｃｍｅ．ｍｓｕ．ｅｄｕ）によって維持されているような既知の分類構造にＯＴＵを整列させることにより評価し、それらの存在量は、例えば、病原体配列の数の配列の総数に対する比率として推定される。
実施例１０．動物モデルにおけるグリカンの存在下での病原体レベル及び／又は毒性軽減の評価
対象（例えば、ＩＵＣ患者）における病原体レベル及び／又は病原体毒性を軽減させるためのグリカン調製物の療法上の能力を試験するために、様々な動物モデルが使用され得る。１つの動物モデルでは、腸から他の臓器への病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の移行（Ｇｒｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（２０１５）８３（８）：３２４３−３２５６）は、グリカンの存在下又は非存在下で、化学療法誘発マウスモデルで分析される。腸管外病原性大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＥｘＰＥＣ）株（ＣＰ９など）は、Ｐ１ファージ形質導入を介して耐性マーカー（リファミピシン）で操作される。マウスに１０９の細胞で０．１ｍｌの容量で強制経口投与により接種（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＣＰ９又はビヒクル）する。その後、マウスに１５０ｍｇ／ｋｇのシクロホスファミド（ＣＴＸ）又はビヒクルを１日おきに（ｑ．ａ．ｄ）３日間、腹腔内注射する。グリカン化合物の投与は、−１日目から６日目まで毎日強制経口投与により行われる。グリカンを投与しないグループには、−１日目から研究が終了するまで、疑似強制経口投与される。糞便ペレットを収集し、選択（リファンピシン）を使用して細菌増殖（ＣＦＵ）を評価し、ＣＰ９株のみを測定する。ＣＦＵは、強制経口投与（１日目）による接種後の１日目から毎日カウントされる。以下のスコア：被毛粗剛（スコア０〜１）、円背位（０〜１）、嗜眠（０〜１）及び過呼吸（０又は１）を利用して動物は毎日健康状態を評価される。疾患の重症度の増加分は、１（はい）又は０（いいえ）のスコアが与えられている過呼吸を除いて、０．５の間隔で定量化される。７日目に、マウスを安楽死させ、盲腸内容物、肝臓、肺、腎臓及び脾臓から臓器ホモジネートを調製し、抗生物質を含むプレート上でコロニー形成単位（ＣＦＵ）をカウントして、投与された大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）を選択するために細菌感染を定量化する。盲腸内容物も寒天培地に播種して、酸素耐性細菌をカウントする。
別の動物モデルでは、病原性細菌分離株を用いた腸内マイクロバイオームによる再コロニー形成（Ｃａｂａｌｌｅｒｏ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｐａｔｈｏｇ．（２０１５）１１（９）：ｅ１００５１３２）は、グリカン抗生物質耐性菌（例、ＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）及びＣＲＥクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅ）の影響について分析される。細菌株は、ブレインハートインフュージョン（Ｂｒａｉｎ Ｈｅａｒｔ Ｉｎｆｕｓｉｏｎ）（ＶＲＥ）又はルリア・ベルターニ（Ｌｕｒｉａ−Ｂｅｒｔａｎｉ）Ｋ．肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ブロスで３７℃において増殖させて、初期静止期まで培養し、ＯＤ６００で記録する。培養液を遠心分離し、ＰＢＳで洗浄し、遠心分離してから、リン酸緩衝液（ＰＢＳ）に再懸濁する。ＶＲＥ及びＫ．肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の病原体カクテルの場合、接種材料は投与前に１：１の比率で混合する（１００ ｕｌのＫｐｎ：１００ ｕｌのＶＲＥ）。最初の接種材料をＣＨＲＯＭ＿ＫＰＣ、ＣＨＲＯＭ＿ＶＲＥ及びマッコンキ―にプレーティングして、開始ＣＦＵを特定する。
６〜８週齢のＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスを与えた対照／同等の飼料で最大５日間順応させる。動物は食料と水を自由に摂取することができる。マウスは、研究期間中、温度及び湿度が管理された部屋に１２時間の光周期で１匹ずつ収容される。８匹の動物からなる７つのグループが研究に利用される。グループ７には、糞便微生物移植（ＦＭＴ）投与用の新鮮な糞便ペレットが与えられている５匹の動物が含まれる。−５日目にグループ１〜６にアンピシリン飲料水（０．５ｇ／Ｌ）を投与し、８日間続ける。０日目に、グループ１〜６は、ＰＯ投与を通じて病原体カクテルを投与される。３日目に、グループ１〜６に抗生物質の水を与える。グループ１は、この研究が終了するまで疑似強制経口投与される。グループ２はこの研究が終了するまでグリカン処置（グリカン＃１）を受ける。グループ３は、この研究が終了するまでグリカン処置（グリカン＃２）を受ける。グループ４は、この研究が終了するまでグリカン処置（グリカン＃３）を受ける。グループ５はプルラン飼料（グリカン＃４）に切り替えられ、研究が終了するまで疑似強制経口投与される。グループ６は３日間（３〜５日目）ＦＭＴ治療を受け、６〜１４日は疑似強制経口投与される。ＣＦＵ糞便試料採取は、０、３、６、８、１０、１２及び１４日目に行われる。ＣＦＵの決定について、糞便は、０、３、６、８、１０、１２及び１４日目に収集される。各動物から１〜２個のペレットを採取し、計量して、１ｍＬの滅菌生理食塩水を入れた１４ｍＬの丸底ファルコンチューブに入れる。次に、試料を均一な濃度に均質化し、段階希釈する。スポットプレート技術を使用して、希釈した試料を選択的増殖培地にプレーティングする。ＣＦＵを一晩のインキュベーション（３７℃）後に数える。
全ての糞便試料をＣＨＲＯＭ＿ＫＰＣ、ＣＨＲＯＭ＿ＶＲＥ及びマッコンキ―プレートにプレーティングする。さらに、１６Ｓの糞便試料採取は−７、−５、０、３、６、８、１０、１２及び１４日目に行われる。糞便試料は、１６Ｓ分析のために−７、−５、０、３、６、８、１０、１２及び１４日目に収集される。１つの糞便ペレットを９６ウェルＭｏＢｉｏプレートの１つのウェルに入れ、収集期間中ドライアイス上に置き、全ての収集が完了したら−８０℃で凍結する。
糞便微生物移植（ＦＭＴ）では、ＦＭＴ投与量の各日、未処理のＣ５７ＢＬ／６マウス３匹から合計３つの新鮮な糞便ペレットが収集される。ペレットを３ｍｌのＰＢＳに再懸濁する。粒子状物質の沈降させた後（約５分）、マウス１匹あたり２００μｌの糞便懸濁液を強制経口投与する。
実施例１１．グリカン調製物のエクスビボスクリーニング
本明細書に記載の３００を超えるグリカン調製物及び市販の試験化合物（例えば、食物繊維）を含む全体で４３５バッチの試験組成物からなるハイスループットスクリーニングを実施して、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）及びカルベペナム（ｃａｒｂｅｐｅｎａｍ）耐性腸内細菌（ＣＲＥ）株を含む例示的なＭＤＲ病原体の増殖率の調節（例えば、抑制）することが可能なグリカン調製物の同定を実行した。さらに、これらのグリカン調製物が共生生物の増殖をサポートする能力、それにより群内の病原体の割合を軽減し、このようにしてキャリア負荷及び病原体を伝播する能力も試験した。
一次スクリーニング
一次スクリーニングでは、健常対象（病気に罹っていなかったヒト対象）からの糞便スラリーを、病原体の有無にかかわらず２４〜４２時間嫌気性でインキュベーションした（図１１）。具体的には、７つのＶＲＥ大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（１３１及び６４８株を含む）、１０のＣＲＥ Ｋ．肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（２５８、１１、３４０及び４３７株を含む）、１１のＶＲＥ Ｅフェシウム（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ）（７８及び４５株を含む）の集団及び２つのＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）株が試験のために健常な糞便スラリーに独自に追加された。
糞便試料を−８０℃で保存した。エクスビボアッセイで使用する糞便材料を調製するために、嫌気性チャンバに移し、リン酸緩衝生理食塩水に１５％グリセロールを添加した２０％重量／体積スラリーにした。この２０％スラリー＋１５％グリセロール溶液のアリコートを−８０℃で保存した。
実験当日、２０％スラリー＋１５％グリセロールのアリコートを嫌気性チャンバに移した。アリコートを２，０００ｘｇで遠心分離し、上清を除去し、ペレットを１０ｇ／Ｌトリプトンペプトン、５ｇ／Ｌ酵母エキス、４．１ｍＭ Ｌ−システイン、１００ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、０．００８ｍＭ硫酸マグネシウム、４．８ｍＭ重炭酸ナトリウム、１．３７ｍＭ塩化ナトリウム、５．８ｍＭビタミンＫ、０．８％塩化カルシウム、１．４４ｍＭ硫酸鉄（ＩＩ）７水和物、４ｍＭレサズリン、０．１％ヒスチジン−ヘマチン、１％ＡＴＣＣ微量ミネラルサプリメント、１％ＡＴＣＣビタミンサプリメント、２９．７ｍＭ酢酸、０．９ｍＭイソ吉草酸、８．１ｍＭプロピオン酸及び４．４ｍＭ Ｎ−酪酸を含み、水酸化ナトリウムを用いｐＨ７に調整した最小培地（ＭＭ）又は９００ｍｇ／Ｌ塩化ナトリウム、２６ｍｇ／Ｌ塩化カルシウム二水和物、２０ｍｇ／Ｌ塩化マグネシウム六水和物、１０ｍｇ／Ｌ塩化マンガン四水和物、４０ｍｇ／Ｌ硫酸アンモニウム、４ｍｇ／Ｌ硫酸鉄七水和物、１ｍｇ／Ｌ塩化コバルト六水和物、３００ｍｇ／Ｌリン酸二カリウム、１．５ｇ／Ｌリン酸ナトリウム二塩基性、５ｇ／Ｌ炭酸水素ナトリウム、０．１２５ｍｇ／Ｌビオチン、１ｍｇ／Ｌピリドキシン、１ｍｇ／Ｌパントテン酸、７５ｍｇ／Ｌヒスチジン、７５ｍｇ／Ｌグリシン、７５ｍｇ／Ｌトリプトファン、１５０ｍｇ／Ｌアルギニン、１５０ｍｇ／Ｌメチオニン、１５０ｍｇ／Ｌスレオニン、２２５ｍｇ／Ｌバリン、２２５ｍｇ／Ｌイソロイシン、３００ｍｇ／Ｌロイシン、４００ｍｇ／Ｌシステイン及び４５０ｍｇ／Ｌプロリンを含むクロストリジウム最小培地（ＣＭ）（Ｔｈｅｒｉｏｔ ＣＭ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１４；５：３１１４）のいずれかに再懸濁し、０．１％ペプトンと０．７５ｍＭ尿素が追加された。このアッセイで使用する前に、これらの培地を、０．２μｍフィルターを使用し滅菌濾過し、嫌気性チャンバに保存して、溶存酸素を発散させた。次に、再懸濁したペレットをさらにＣＭ又はＭＭの１％溶液に希釈した。
実験開始の１日前に、カルバペネム耐性腸内細菌科細菌又はバンコマイシン耐性腸球菌の単一株を、嫌気性チャンバ内で０．５％Ｄ−グルコースを含むＣＭ又はＭＭで一晩分離して培養した。実験当日、一晩培養のアリコートをリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、培養の光学密度（ＯＤ６００）を測定した。培養物は、ＣＭ又はＭＭでＯＤ０．０１に調整した。次に、正規化された病原体培養物を１％の糞便スラリーに加えることにより、培養物の最終容量の４％〜１２％を構成した。この混合培養物の試料を１６Ｓ配列決定にかけて、群における病原体の初期相対存在度を決定した。スパイクされた病原体を含む糞便スラリーを、各ウェルの唯一の炭素源として試験組成物を９６ウェルマイクロプレートに添加した。対照として、炭素源を添加せずに水をＣＭ又はＭＭに添加した。アッセイにおける各試験組成物の最終濃度は、０．０５％又は０．５％であった。各試験組成物は、各アッセイプレート内で３回提示された。プレートを嫌気性チャンバで合計２４〜４５時間、３７℃でインキュベートした。２４〜４５時間のインキュベーションの終了時に、プレートを嫌気性チャンバから取り出した。１５分ごとにＯＤ６００を測定し、Ｂｉｏｔｅｋ ＢｉｏＳｔａｃｋマイクロプレートスタッカー及びＢｉｏｔｅｋ Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ＨＴマイクロプレート分光光度計を使用して、各ウェルの増殖曲線を作成した。中間対数までの時間は、ＲＳｔｕｄｉｏのＧｒｏｗｔｈｃｕｒｖｅｒライブラリを使用して、各株及び試験組成物の組み合わせについて作成された増殖曲線に対して計算された。
糞便スラリー中の病原体の初期の嫌気性増殖後、グリカン調製物を含む試験組成物を糞便スラリーに移し、４５時間の経時変化で好気性増殖曲線を測定した。糞便スラリー群の共生菌株は、厳密な嫌気性菌であるため、好気性条件下では増殖しない。嫌気性ＯＤ６００（６００ｎｍでの光学密度）及び好気性増殖曲線から計算された中間対数増殖期までの時間により、共生生物の増殖を独占的にサポートするグリカン調製物（例えば、高嫌気性ＯＤ６００及び中間対数までの長時間）を選択できた（図１２）。この初期のスクリーニング作業の結果は、グリカン調製物を含む、選択された試験組成物に対する広範な病原体の減少及び共生のサポートを示した。合計で、５５種類のグリカン調製物を含む４３５種類の試験組成物のうちの１０９種類が今後の調査のために選択された。
２次スクリーニング
今後の研究のために選択された５５のグリカン調製物は、二次スクリーニングフェーズに進んで、富栄養培地又は最小培地（病原体に応じて）での分離（単一株）病原体の増殖をサポート又は促進する能力を特定した。
ＣＲＥ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、ＣＲＥクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む個々の病原性細菌株をクロストリジウム培地で増殖させ、単一株ＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）を最小培地で増殖させてから、単一グリカン調製物を添加した。
クロストリジウム最小培地で増殖させた場合の大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）やクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）を含む個々の病原菌株、クロストリジウム最小培地で増殖させた場合のクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）及び最小培地で増殖させた場合のエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）を含む単一株のバンコマイシン耐性細菌は、グリカン又は水（例えば、炭素対照なし）に曝露した。エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）を、１０ｇ／Ｌトリプトンペプトン、５ｇ／Ｌ酵母エキス、４．１ｍＭ Ｌ−システイン、１００ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、０．００８ｍＭ硫酸マグネシウム、４．８ｍＭ重炭酸ナトリウム、１．３７ｍＭ塩化ナトリウム、５．８ｍＭビタミンＫ、０．８％塩化カルシウム、１．４４ｍＭ硫酸鉄（ＩＩ）７水和物、４ｍＭレサズリン、０．１％ヒスチジン−ヘマチン、１％ＡＴＣＣ微量ミネラルサプリメント、１％ＡＴＣＣビタミンサプリメント、２９．７ｍＭ酢酸、０．９ｍＭイソ吉草酸、８．１ｍＭプロピオン酸、４．４ｍＭ Ｎ−酪酸を含み、水酸化ナトリウムを使用してｐＨを７に調整した培地（例：最小培地（ＭＭ））で培養した。この培地は０．２μｍフィルターを使用し、滅菌濾過され、使用前に嫌気性チャンバに保管して溶存酸素を発散させた。
単一株のカルバペネム耐性細菌（例えば、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）及びクレブシエラ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））及びクロストリジウム最小培地で増殖させた場合のクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、これは、９００ｍｇ／Ｌ塩化ナトリウム、２６ｍｇ／Ｌ塩化カルシウム二水和物、２０ｍｇ／Ｌ塩化マグネシウム六水和物、１０ｍｇ／Ｌ塩化マンガン四水和物、４０ｍｇ／Ｌ硫酸アンモニウム、４ｍｇ／Ｌ硫酸鉄七水和物、１ｍｇ／Ｌ塩化コバルト六水和物、３００ｍｇ／Ｌリン酸カリウム二塩基、１．５ｇ／Ｌリン酸ナトリウム二塩基、５ｇ／Ｌ炭酸水素ナトリウム、０．１２５ｍｇ／Ｌビオチン、１ｍｇ／Ｌピリドキシン、１ｍｇ／Ｌパントテン酸塩、７５ｍｇ／Ｌヒスチジン、７５ｍｇ／Ｌグリシン、７５ｍｇ／Ｌトリプトファン、１５０ｍｇ／Ｌアルギニン、１５０ｍｇ／Ｌメチオニン、１５０ｍｇ／Ｌトレオニン、２２５ｍｇ／Ｌバリン、２２５ｍｇ／Ｌイソロイシン、３００ｍｇ／Ｌロイシン、４００ｍｇ／Ｌシステイン及び４５０ｍｇ／Ｌプロリンを含む（Ｔｈｅｒｉｏｔ ＣＭ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１４；５：３１１４）。この培地は０．２μｍフィルターを使用し、滅菌濾過され、使用前に嫌気性チャンバに保管して溶存酸素を発散させた。
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の単一株（ＢＡＡ−２３４０、ＢＡＡ−９７、患者から分離させた４株及びＥＣＯ．１３９）、Ｋ．肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（ＡＴＣＣ ３３２５９、ＢＡＡ−１７０５、ＢＡＡ−２３４２及び患者から分離させた７株）及びＣディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）をＣＯＹ嫌気性チャンバ内で０．５％Ｄ−グルコースを含むＣＭで一晩分離培養した。Ｅフェシウム（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ）の単一株（ＡＴＣＣ ７００２２１及び患者から分離された９株及びＥＦＭ．７０）を、ＣＯＹ嫌気性チャンバ内で０．５％Ｄ−グルコースを含むＭＭ培地で一晩分離培養した。各一晩培養液１ｍＬをリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、各培養液の光学密度（ＯＤ６００）を測定した。各培養物は、培地（例えば、ＣＭ又はＭＭ）でＯＤ０．０１に調整した。
ＣＯＹ嫌気性チャンバ内で、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又はＫ．肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の正規化された単一株培養物を、各ウェルの唯一の炭素源として以下のグリカン調製物の１つを９６ウェルマイクロプレートに添加した：ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２２、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２３、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｘｙｌ３３−３、ｇａｌ６０ｍａｎ４０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５−１、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−３３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−４１、ａｒａ８８ｇａｌ３ｒｈａ２ｇａｌＡ３−３、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−３、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−４、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１、ｇｌｕ１００−１１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２１、ｇａｌ８５ａｒａ１５−６、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−５、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−３、ｇｌｕ１００−９４、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−４６、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９−１、ｇｌｕ１００−２１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２４、ｇｌｕ６０ｍａｎ４０−４、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５０、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２９、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−３、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−６、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１４、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−４９、ｇａｌ１００−８、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１１及びｇｌｕ５０ｇａｌ５０−３。
ＣＯＹ嫌気性チャンバ内で、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の正規化された単一株培養物を、各ウェルの唯一の炭素源として以下のグリカン調製物の１つを９６ウェルマイクロプレートに添加した：ａｒａ１００−１１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１２、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１５、ｇｌｕ５ｇａｌ９０ｍａｎ５−１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１７、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１８、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ａｒａ３３−２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２０、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１６、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｘｙｌ３３−３、ｇｌｕ２５ｇａｌ２５ｍａｎ２５ａｒａ２５−２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１１、ｇａｌ８５ａｒａ１５−３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５５、ｇａｌ１００−８、ｇａｌ８５ａｒａ１５−６、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−８，ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５６、ｇｌｕ１００−９４、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５８、水（例えば、炭素対照なし）、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１９、ｇｌｕ１００−２０、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２４、ｇｌｕ１００−１１、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−８、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−７、ｇｌｕ１００−９９、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５７、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−４、ｇｌｕ１００−２１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２２、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１４、ｇｌｕ３３ｇａｌ３３ｍａｎ３３−４、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−１１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−８、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−４３、ａｒａ８８ｇａｌ３ｒｈａ２ｇａｌＡ３−４、ｇｌｕ１００−３、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５−１、ｘｙｌ１００−７、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−３、ａｒａ８０ｘｙｌ２０−１、ａｒａ８８ｇａｌ３ｒｈａ２ｇａｌＡ３−３、ｇａｌ６０ｍａｎ４０−１、ｍａｎ８０ｇａｌ２０−２、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−６、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２７、ａｒａ８８ｇａｌ３ｒｈａ２ｇａｌＡ３−２、ｍａｎ５２ｇｌｕ２９ｇａｌ１９−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−４、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−９、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−３２、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−１、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１０、ｘｙｌ１００−９、ｇｌｕ１００−９０、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−５、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−６、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−４、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−７、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−５、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−７、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−４、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−５、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−４、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−６、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−３及びｍａｎ８０ｇｌｕ２０−６。
ＣＯＹ嫌気性チャンバ内で、Ｅ．フェシウム（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ）の正規化された単一株培養物を各ウェルの唯一の炭素源として以下のグリカン調製物の１つを９６ウェルマイクロプレートに添加した：ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５８、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−８、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−６、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１７、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２３、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−７、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５６、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５７、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１９、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１５、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２２、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２、ｇａｌ６０ｍａｎ４０−１、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１６、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−４、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−１、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２４、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−２０、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−６、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−４、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−７、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−５、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−８、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１４、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１８、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５−１、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−７、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１３、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−３、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−１、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２７、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−５５、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−４、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−６、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１１、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−９、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１０、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−１１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−５、ａｒａ８８ｇａｌ３ｒｈａ２ｇａｌＡ３−３、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２７、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−６、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−５、ｇｌｕ５０ｇａｌ５０−１３、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−３及びｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−４。
炭素源を含まない培地（ＣＭ又はＭＭなど）に水を添加した場合、対照実験として機能した。その後、これらのマイクロプレートをＣＯＹ嫌気性チャンバ内で、３７℃で合計４５時間インキュベートし、ＯＤ６００を１５分ごとに測定し、実験ウェルごとに増殖曲線を作成した。各グリカン調製物を、各細菌病原体に対して３回繰り返して試験した。
曲線下面積（ＡＵＣ）を増殖曲線について計算し、ｌｏｇ２までの時間を各実験で決定した（図１３Ａ〜１３Ｃ）。望ましいグリカン調製物は、少なくとも１つの病原体の病原体増殖をサポートしなかった、例えば、病原体は、発酵のために且つ炭素源としてグリカン調製物を利用することができなかった。３つの実験（ＶＲＥ、ＣＲＥ又はＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ））の少なくとも１つで水対照に同等の又はそれより優れたレベルで機能する全てのグリカン調製物は、機能し、操作可能なグリカン調製物（例えば、全てのＧｌｕ５０Ｇａｌ５０調製物及び全てのＭａｎ８０Ｇｌｕ２０調製物）と見なされる。３つの例示的なグリカン調製物（Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０（例えば、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０−２２）；Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０（例えば、Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０−１）；及びＧｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０（例えば、Ｇｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０−１））は、ＶＲＥ及び／又はＣＲＥ病原体の増殖をサポートしないと判断され、さらにＣ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）の増殖をサポートせず、高いアルファ多様性を提供した。これらの結果は、病原体増殖をサポートしないグリカン調製物が共生細菌の増殖を選択的に有利にすることにより、病原体の増殖を不利にするために使用し得る。
実施例１２．入院患者における選択されたグリカン調製物の評価
病原体が補充された健常対象のマイクロバイオーム試料におけるグリカン調製物の性能を評価することに加えて、集中治療室（ＩＣＵ）施設から抗生物質治療を受けている患者１３人の入院中の糞便スラリーからのマイクロバイオーム試料における病原体増殖を減少する能力について選択されたグリカン調製物（例えば、Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０；Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０；及びＧｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０）の能力を評価した。
ＩＣＵ患者及び健常対象からの糞便試料を収集し、−８０℃で保存した。エクスビボアッセイで使用する糞便材料を調製するために、ＡＳ−５８０嫌気性チャンバに移し、リン酸緩衝生理食塩水中の３０％重量／体積スラリーにした。次に、このスラリーをさらに１％の培養液（例えば、実施例１１で使用したＣＭ又はＭＭ）に希釈した。ＣＲＥ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）の単一株を、ＡＳ−５８０嫌気チャンバ内で、０．５％Ｄ−グルコースを含むＣＭ又はＭＭのいずれかで、一晩分離して増殖させた。実験当日、一晩培養のアリコートをリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、培養の光学密度（ＯＤ６００）を測定した。培養物をＣＭ又はＭＭのいずれかでＯＤ６００が０．０１になるように調整し、１％の糞便スラリーに添加した。次に、このＣＲＥ大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）及び糞便スラリーの混合培養物の試料を１６Ｓ配列決定にかけて、病原体及び共生細菌の初期相対存在度を決定した。次に、この混合培養物を、各ウェルに以下の炭素源（最終濃度０．５％重量：体積）の１つとして９６ウェルマイクロプレートに添加した：マルトデキストリン、フルクトオリゴ糖、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−１、ｇａｌ６０ｍａｎ４０−１、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５−１及びｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２２。炭素源を含まない培地（ＣＭ又はＭＭなど）に水を添加した場合、対照実験として機能した。その後、これらのマイクロプレートをＣＯＹ嫌気性チャンバ内で、３７℃で合計４５時間インキュベートし、ＯＤ６００を１５分ごとに測定し、実験ウェルごとに増殖曲線を作成した。各グリカン調製物を、各細菌病原体に対して３回繰り返して試験した。
ＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）の単一株を、ＡＳ−５８０嫌気チャンバ内で、０．５％Ｄ−グルコースを含むＣＭ又はＭＭのいずれかで、一晩分離して増殖させた。実験当日、一晩培養のアリコートをリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、培養の光学密度（ＯＤ６００）を測定した。培養物をＣＭ又はＭＭのいずれかでＯＤ６００が０．０１になるように調整し、１％の糞便スラリーに添加した。次に、ＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）及び糞便スラリーの混合培養物の試料を１６Ｓ配列決定にかけて、病原体及び共生細菌の初期相対存在度を決定した。次に、この混合培養物を、各ウェルにおいて以下の炭素源（最終濃度０．５％重量：体積）の１つとして９６ウェルマイクロプレートに添加した：マルトデキストリン、フルクトオリゴ糖、ｇｌｕ４５ｇａｌ４５ｍａｎ１０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−３、ｇｌｕ１０ｇａｌ８０ｍａｎ１０−４、ａｒａ８８ｇａｌ３ｒｈａ２ｇａｌＡ３−３、ｇａｌ６０ｍａｎ４０−１、ｇｌｕ５ｇａｌ５ｍａｎ９０−１、ｇｌｕ１０ｇａｌ４５ｍａｎ４５−１、ｍａｎ８０ｇｌｕ２０−１、ｇａｌ３３ｍａｎ３３ａｒａ３３−１１及びｇｌｕ５０ｇａｌ５０−２７。炭素源を含まない培地（例えば、ＣＭ又はＭＭなど）に水を添加した場合、対照実験として機能した。その後、これらのマイクロプレートをＣＯＹ嫌気性チャンバ内で、３７℃で合計４５時間インキュベートし、ＯＤ６００を１５分ごとに測定し、実験ウェルごとに増殖曲線を作成した。各グリカン調製物を、各細菌病原体に対して３回繰り返して試験した。
４５時間のインキュベーションの終了時に、各ウェルからの培養物の試料を１６Ｓ配列決定にかけて、グリカン調製物の介入後の群内における病原体及び共生細菌の最終的な相対存在度を決定した。
１６Ｓの配列決定について、糞便スラリーからゲノムＤＮＡを抽出し、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の可変領域４を増幅して配列決定した（Ｅａｒｔｈ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌ ｗｗｗ．ｅａｒｔｈｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ．ｏｒｇ／ｅｍｐ−ｓｔａｎｄａｒｄ−ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ／１６ｓ／ａｎｄ Ｃａｐｏｒａｓｏ ＪＧ ｅｔ ａｌ．Ｕｌｔｒａ−ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｔｈｅ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ａｎｄ ＭｉＳｅｑ ｐｌａｔｆｏｒｍｓ．ＩＳＭＥ Ｊ．（２０１２）Ａｕｇ；６（８）：１６２１−４）。生配列は逆多重化され、各試料はＵＮＯＩＳＥ２で個別に処理された（Ｒｏｂｅｒｔ Ｅｄｇａｒ ＵＮＯＩＳＥ２：ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｅｒｒｏｒ−ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ １６Ｓ ａｎｄ ＩＴＳ ａｍｐｌｉｃｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ｂｉｏＲｘｉｖ（２０１６）Ｏｃｔ．１５）。１６ｓＲＮＡアンプリコンシーケンシングデータからの読み取りは、置換なしで、５０００読み取りに希薄化され、結果として得られたＯＵＴテーブルを下流の計算に使用した。
１６Ｓデータを使用して健常対象及びＩＣＵ患者の群の違いを比較し、ＲのＶｅｇａｎパッケージ（左のボックスプロット）を使用してアルファ多様性を計算した（図１４左のパネル）。群の豊富さ及び／又は均一性を調べるために、アルファ多様性メトリックの使用が採用された。ここで、シャノンの指数の結果は、ＩＣＵ患者の群が相当少ないことを示している。群の豊富さ又は試料内の固有の分類群の数も、ＩＣＵドナーでは相当低かった。ベータ多様性測定の使用は、通常、試料間の違いを調査するために使用された。ここでは、試料間の差異が、Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓの非類似度の計算に基づいた多次元尺度順序プロット（右の座標プロット）で視覚化された。座標付けは、健常コホート及び病気コホート間に実質的な差異を示した（図１４右パネル）。ＩＣＵコホート全体に相当の不均一性もあった（例えば、健常ドナーと比較してドットの拡散がより大きい）。まとめると、データはＩＣＵ患者が健常ドナーと異なる多様性の低い群を抱えていることを示している。これらの群タイプ間の距離は、多様性の低いＩＣＵ患者を、優性病原体のない健康でより多様性に富んだ状態に移行させる機会を提供する。
対照と比較した各グリカン調製物及び患者試料についてＣＲＥ病原体の存在度の減少倍率が測定され、図１６Ａ（Ｇｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０）、図１６Ｂ（Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０）及び図１６Ｃ（Ｇｌｕ５０Ｇａｌ５０）に示されている。グリカン調製物は、市販の対照繊維、マルトデキストリン及びフルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）よりも、ＣＲＥ存在度の高い減少を示した（図１５）。これは、グリカン調製物がＣＲＥ大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）などの病原菌の増殖を抑制又は防止できる可能性があり得ることを示す。
対照と比較した各グリカン調製物及び患者試料のＶＲＥ病原体の存在度の減少倍率が測定され、図１８Ａ（Ｇｌｕ４５Ｇａｌ４５Ｍａｎ１０）及び図１８Ｂ（Ｇｌｕ１０Ｇａｌ８０Ｍａｎ１０）に示されている。グリカン調製物は、市販の対照繊維、マルトデキストリン及びフルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）よりも、ＶＲＥ存在度の高い減少を示した（図１７）。これは、グリカン調製物がＶＲＥエンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）などの病原体の増殖を抑制又は防止できる可能性があり得ることを示す。
さらに、グリカン調製物は、１３人の患者のうちの１０人の試料の病原体の相対存在度を有意に減少させることができた。３つの非応答患者試料では、グリカン調製物が増殖をサポートできる検出可能なレベルの生存可能な共生細菌はなかった（これらの患者の便中に生存可能な共生細菌はなかった）。これは、グリカン調製物の投与と共生菌株の投与を組み合わせると、抗生物質を投与されている患者など、マイクロバイオームが枯渇している患者に利益をもたらす可能性があることを示唆している。このようなシンバイオティックアプローチは、病原体の減少に相乗効果をもたらす可能性がある。
実施例１３．非応答ＩＣＵ患者における病原体減少へのシンバイオティックアプローチ
実施例１２では、病原体が定着したＩＣＵ患者からのいくつかの糞便群では、グリカン調製物の存在下で病原体存在度の有意な減少は観察されなかった。これらの非応答患者からの糞便試料は、共生細菌を実質的に欠いていることが判明した。一説によると、共生細菌は、適切なグリカン調製物の存在下での増殖において、病原体を打ち負かすことが可能である。群に添加されると、非応答性糞便試料中の病原体の存在度を減少させる共生細菌の能力をインビトロアッセイ（実施例１２ではエクスビボアッセイと呼ばれる）を使用して調査した。これらの共生菌は、グリカン調製物の存在が病原体レベルをさらに減少させるかどうかを判定するために、例示的なグリカン調製物とともに糞便試料に添加された。
腸内細菌科細菌によってコロニー形成された、実施例１２の非応答ＩＣＵ患者からの糞便試料を−８０℃で保存した。エクスビボアッセイで使用する糞便材料を調製するために、嫌気性チャンバに移し、リン酸緩衝生理食塩水に１５％グリセロールを添加した２０％重量／体積スラリーにした。この２０％スラリー＋１５％グリセロール溶液のアリコートを−８０℃で保存した。
実験当日、２０％スラリー及び１５％グリセロールのアリコートを嫌気性チャンバに移した。アリコートを２，０００ｘｇで遠心分離し、上清を除去し、ペレットをリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に再懸濁した。次に、再懸濁したペレットを、１０ｇ／Ｌトリプトンペプトン、５ｇ／Ｌ酵母エキス、４．１ｍＭ Ｌ−システイン、１００ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、０．００８ｍＭ硫酸マグネシウム、４．８ｍＭ重炭酸ナトリウム、１．３７ｍＭ塩化ナトリウム、５．８ｍＭビタミンＫ、０．８％塩化カルシウム、１．４４ｍＭ硫酸鉄（ＩＩ）７水和物、４ｍＭレサズリン、０．１％ヒスチジン−ヘマチン、１％ＡＴＣＣ微量ミネラルサプリメント、１％ＡＴＣＣビタミンサプリメント、２９．７ｍＭ酢酸、０．９ｍＭイソ吉草酸、８．１ｍＭプロピオン酸及び４．４ｍＭ Ｎ−酪酸を含み、水酸化ナトリウム（ＭＭ）を使用してｐＨを７に調整した培地で１％溶液にさらに希釈した。このアッセイで使用する前に、培地を、０．２μｍフィルターを使用し滅菌濾過し、嫌気性チャンバに保存して、溶存酸素を発散させた。
実験開始の１日前に、ブラウティア・ハンセニ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ブラウティア・プロダクタ（Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）及びバクテロイデス・シータイオタミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ）の単一株を、嫌気性チャンバ内の０．５％Ｄ−グルコースを含む培地で一晩分離培養した。一晩培養のアリコートを遠心分離し、ＰＢＳで洗浄した。各培養物の光学密度（ＯＤ６００）を測定した。各培養物は、培地中でＯＤ０．０１に調整した。次に、正規化された細菌培養物の組み合わせを１％の糞便スラリーに加えることにより、培養物の最終容量の４％を構成した。組み合わせには、１）ブラウティア・ハンセニ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ブラウティア・プロダクタ（Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ）及びクロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）の均等割合（細菌群Ａ）、２）パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）及びバクテロイデス・シータイオタミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ）の均等割合（細菌群Ｂ）、及び３）ブラウティア・ハンセニ（Ｂｌａｕｔｉａ ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ブラウティア・プロダクタ（Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）及びバクテロイデス・シータイオタミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｍｉｃｒｏｎ）の均等割合（細菌群Ａ＋Ｂ）を含んでいた。病原体減少の陰性対照として細菌群も試験されなかった。各混合培養物の試料を、１６Ｓ配列決定にかけて、群における病原体の初期相対存在度を決定した。スパイクされた共生細菌を含む糞便スラリーを、各ウェルの唯一の炭素源としてグリカン調製物であるＭａｎ８０Ｇｌｕ２０を９６ウェルマイクロプレートに添加した。対照として、炭素源を添加せずに水を培地に添加した。アッセイにおけるグリカン調製物の最終濃度は０．５％であった。グリカン調製物は、各アッセイプレート内で３回提示された。プレートを嫌気性チャンバで合計４５時間、３７℃でインキュベートした。４５時間のインキュベーションの終了時に、プレートを嫌気性チャンバから取り出した。各ウェルからの残りの培養物を、実施例１２に記載されるように１６Ｓ配列決定にかけて、グリカン調製物介入後の群内における病原体の最終的な相対存在度を確認した。
図１９、左側のパネルは、実施例１２に記載されている実験と一致して、病原体が定着したＩＣＵ患者の非応答者からの糞便群におけるグリカンの存在下での病原体存在度の有意な減少を示していない。グリカン調製物の非存在下で、細菌群Ａ、Ｂ及びＡ＋Ｂ（共生細菌）を添加すると（水のみを追加：「水」）、病原体（腸内細菌科細菌）の増殖が大幅に減少する（図１９、左から２番目、３番目、４番目のパネル）。Ｍａｎ８０Ｇｌｕ２０を共生群Ａ、Ｂ及びＡ＋Ｂ（「Ｍａｎ８０Ｇｌｕ２０」）と組み合わせると、腸内細菌科病原菌の存在度がさらに減少した。細菌群の共生数が増えるにつれて、効果はより顕著になった。これは、グリカン調製物を共生細菌と組み合わせて、非応答患者、例えば、共生的アプローチにおいて腸内マイクロバイオームに共生細菌を実質的に含まない患者における病原体レベルを減少し得ることを示唆している。
実施例１４：デキストロース一水和物又は７０ＤＳコーンデキストロースシロップからの１００ｇスケールのｇｌｕ１００グリカン調製物の産生
１００グラムスケールで、ｇｌｕ１００グリカン調製物（表４ａ及び４ｂに記載されている。例えば、同じｇｌｕ１００調製物の２つのバッチであるＧｌｕ１００−９４及びＧｌｕ１００−５）の合成のための手順が開発された。この手順は、以下に説明するように、デキストロース一水和物又はコーンデキストロースシロップのいずれかから合成を開始できるように開発された。手順は、オーバーヘッドスターラーで構成された加熱マントルを備えたマルチネック反応容器を利用した。プローブの熱電対を、隔壁を通過し容器内に配置し、プローブの先端が撹拌翼の上にあり、反応容器の壁に接触しないようにした。
手順では、Ｄ（＋）グルコース、デキストロース一水和物（１００グラム、乾燥固形分基準）又は９５ＤＥ、７０ＤＳコーンデキストロースシロップ（１００グラム、乾燥固形分基準）として利用する。デキストロース一水和物を使用した産生について、凝縮器は、最初は還流反応の配置で配置された。７０ＤＳコーンデキストロースシロップを使用して産生するために、装置は最初に蒸留用に設定された。
手順は、クエンチのために、オリゴマー化触媒（Ｄｏｗｅｘ Ｍａｒａｔｈｏｎ Ｃ）（７グラム、乾燥基準）及び脱イオン化水も使用した。
手順に従って、マルチネック反応容器に最初に１０９．９ｇのデキストロース一水和物粉末（又は１４２．９ｇの７０ＤＳ９５ＤＥコーンシロップ）を入れて、反応のために１００ｇの乾燥グルコースを入れた。
温度調節器を１３０℃に設定し、周囲圧力（大気圧）でシロップの温度が約１３０℃に達した時に、容器の内容物の撹拌を開始して、均一な熱伝達及び糖固形物の溶解を促進した。
デキストロース一水和物から開始して、約１３０℃の時点で、凝縮器還流システムを蒸留の配置に切り替えた。
次に、容器に７グラム（乾燥固形分基準）の触媒を入れて、反応混合物を生成した。場合によっては、触媒は湿った形状、例えば、４５〜５０重量％Ｈ２Ｏの公称含水率で処理された。正確な触媒含水率は、一般に、例えば、湿度分析天びん（例えば、Ｍｅｔｔｌｅｒ−Ｔｏｌｅｄｏ ＭＪ−３３）を使用して、実験ごとに決定された。
触媒の添加後、約４時間の持続混合下で、システムを約１３０℃に維持し、反応後ＨＰＬＣを行うことによって判断された。次に、常に撹拌をしながら、加熱を止めた。
次に、約６０ｍｌの熱（約８０℃）脱イオン（ＤＩ）水をゆっくりと加えて反応をクエンチし、生成物混合物を希釈及び冷却して、７０重量％溶解固形物の最終濃度を目標にした。一般に、水の添加速度は、グリカン調製物が冷却及び希釈される時に、混合物の粘度を制御するために行われた。
希釈後、グリカン調製物を約６０℃に冷却した。次に、１００ミクロンメッシュスクリーン又はフリットガラスフィルターによる真空濾過により触媒を除去し、最終的なグリカン調製物を得た。
実施例１５：デキストロース一水和物からの１０ｋｇスケールでのグリカン調製物の産生
本実施例は、２２Ｌの横型混合反応器における１０ｋｇスケールでｇｌｕ１００グリカン調製物（表４ａ及び４ｂに記載されている。例えば、同じｇｌｕ１００調製物の２つのバッチであるＧｌｕ１００−９４及びＧｌｕ１００−５）の合成を実証する。
約１０ｋｇの食品グレードのデキストロース一水和物を、ホットオイルジャケットを備えた２２Ｌの横型プラウミキサー（Ｌｉｔｔｌｅｆｏｒｄ−Ｄａｙ、Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＫＹ）に入れた。３０ＲＰＭで持続的に混合しながら、約１２０℃の温度まで徐々に加熱することにより、デキストロースを溶解した。次に、１．２７ｋｇ（乾燥固体基準で０．７０ｋｇ）の固体酸触媒（＞３．０ｍｍｏｌ／ｇスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／グラム カチオン部分を含むポリスチレン−ｃｏ−ジビニルベンゼン）を反応混合物に加え、混合懸濁液とした。反応温度は、大気圧で３時間かけて約１３０℃まで徐々に上昇させ、３０ＲＰＭに維持しながら持続的に混合した。反応を１３０℃の温度で７時間維持した。次に、反応器の内容物の温度が１２０℃に低下するまで、熱脱イオン水を６ｍｌ／ｍｉｎの速度で徐々に反応混合物に加え、その後、反応器の内容物の温度が１１０℃に低下するまで１５０ｍｌ／ｍｉｎで加えた。その後、４８０ｍｌ／ｍｉｎで、合計６ｋｇの水が追加され、反応器の内容物の温度が１００℃未満に低下した。反応器の内容物をさらに８５℃未満に冷却し、その後、反応器を１００メッシュのスクリーンを通して空にして、グリカン調製物から固体酸触媒を除去した。約１２ｋｇの生成物が回収された。
グリカン調製物をさらに脱イオン水で約３５重量％の濃度に希釈し、カチオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ８８Ｈ）カラム、アニオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ７７ＷＢＡ）カラム及び脱色ポリマー樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）ＯｐｔｉＰｏｒｅ ＳＤ−２）に流して精製した。次に、得られた精製された物質を真空回転蒸発器により約７５重量％固形分の最終濃度に濃縮して、精製されたグリカン調製物を得た。
実施例１６：デキストロース一水和物及びガラクトースからの１０ｋｇスケールでのグリカンポリマー調製物の産生
反応容器（２２Ｌ Ｌｉｔｔｌｅｆｏｒｄ−Ｄａｙ横型プラウミキサー）に、５ｋｇのデキストロース一水和物、４．５ｋｇのガラクトース及び０．８９２ｋｇ（乾燥固体基準で０．４５０ｋｇ）の固体酸触媒（＞３．０ｍｍｏｌ／ｇスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／ｇカチオン部分を含むポリスチレン−ｃｏ−ジビニルベンゼン）を加えた。内容物を約３０ＲＰＭで撹拌し、容器温度を２時間かけて大気圧で約１３０℃まで徐々に上昇させた。混合物を１時間その温度に維持し、その後、加熱を停止し、反応器の内容物の温度が１２０℃に低下するまで、予熱した水を６ｍｌ／ｍｉｎの速度で徐々に反応混合物に加え、その後、反応器の内容物の温度が１１０℃に低下するまで１５０ｍｌ／ｍｉｎで加えた。その後、４８０ｍｌ／ｍｉｎで、合計６ｋｇの水が追加され、反応器の内容物の温度が１００℃未満に低下した。反応混合物は容器から排出し、固形物を濾過により除去し、シロップとして１２ｋｇの生成物が得られた。
グリカン組成物をさらに脱イオン水で約３５重量％の濃度に希釈し、カチオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ８８Ｈ）カラム、アニオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ７７ＷＢＡ）カラム及び脱色ポリマー樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）ＯｐｔｉＰｏｒｅ ＳＤ−２）に流して精製した。次に、得られた生成された物質を真空回転蒸発器により７５重量％固形分の最終濃度に濃縮し、精製されたグリカン組成物を得た。
実施例１７：連続触媒添加によるデキストロース一水和物及びガラクトースからの１０ｋｇスケールでのグリカンポリマー調製物（例えば、グリカンポリマー調製物ｇｌｕ５０ｇａｌ５０）（１０ｋｇスケール）の産生
本実施例は、２２Ｌの横型混合反応器における２つの複製バッチについて、１０ｋｇスケールでのグルコース及びガラクトースサブユニットを含むグリカンポリマー調製物（乾燥グリカンポリマー調製物）の合成を実証する。
約５ｋｇの食品グレードのデキストロース一水和物及び４．５ｋｇの食品グレードのガラクトースを、ホットオイルジャケットを備えた２２Ｌの横型プラウミキサー（Ｌｉｔｔｌｅｆｏｒｄ−Ｄａｙ、Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＫＹ）に入れた。３０ＲＰＭで持続的に混合しながら、約１２０℃の温度まで徐々に加熱することにより、デキストロース及びガラクトースの混合物を溶解した。次に、０．８９２ｋｇ（乾燥固体基準で０．４５０ｋｇ）の固体酸触媒（＞３．０ｍｍｏｌ／ｇスルホン酸部分及び＜１．０ｍｍｏｌ／グラム カチオン部分を含むポリスチレン−ｃｏ−ジビニルベンゼン）を反応混合物に加え、混合懸濁液とした。反応温度は、大気圧で２時間かけて約１３０℃まで徐々に上昇させ、３０ＲＰＭに維持しながら持続的に混合した。次に、反応器の内容物の温度が１２０℃に低下するまで、予熱した水を６ｍｌ／ｍｉｎの速度で徐々に反応混合物に加え、その後、反応器の内容物の温度が１１０℃に低下するまで１５０ｍｌ／ｍｉｎで加えた。その後、４８０ｍｌ／ｍｉｎで、合計６ｋｇの水が追加され、反応器の内容物の温度が１００℃未満に低下した。反応器の内容物をさらに８５℃未満に冷却し、濾過して、グリカンポリマー調製物から固体酸触媒を除去した。約１２ｋｇの生成物が回収された。
グリカンポリマー調製物をさらに脱イオン水で約３５重量％の濃度に希釈し、カチオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ８８Ｈ）カラム、アニオン交換樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）Ｍｏｎｏｓｐｈｅｒｅ ７７ＷＢＡ）カラム及び脱色ポリマー樹脂（Ｄｏｗｅｘ（登録商標）ＯｐｔｉＰｏｒｅ ＳＤ−２）に流して精製した。次に、得られた精製された物質を約７５重量％固形分の最終濃度に濃縮し、精製されたグリカンポリマー調製物を得た。
実施例１８：脱モノマー化手順
一実施例では、グリカンポリマー調製物は、ブリックス屈折計で測定して約５０ブリックスになるまで回転蒸発器で濃縮した。得られたシロップ（２００ｍｇ）を、ルアーチップシリンジを使用してＴｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｒｆゴールドアミンカラム（１１グラム固定相）に充填した。Ｂｉｏｔａｇｅ ＳＮＡＰ ＫＰ−ＮＨカートリッジなどの他の同様のカラムも使用し得る。試料は、ＥＬＳＤ検出器を備えたＢｉｏｔａｇｅ Ｉｓｏｌｅｒａで、２０／８０〜５０／５０（体積／体積）の脱イオン水／ＡＣＮ移動相グラジエントを使用して、５５カラム容量で精製した。Ｔｅｌｅｄｙｎｅ ＩＳＣＯ Ｒｆなどの他のフラッシュクロマトグラフィーシステムも使用し得る。流速は、カラムとシステムの製造元の仕様書に従って設定された。モノマー画分が約２０カラム容量で完全に溶出した後、残りのグリカンが溶出して収集されるまで、移動相を１００％水に設定した。非モノマー含有画分を回転蒸発器で濃縮し、脱モノマー化生成物を得た。（図２０）。
均等物及び範囲
本願は、様々な交付済み特許、公開された特許出願、学術論文及び他の刊行物を指し、これらは、全て参照により本明細書に組み込まれる。組み込まれた参照文献の何らかと本願との間で矛盾がある場合、本願が制御するものとする。さらに、先行技術に含まれる本発明の任意の特定の実施形態は特許請求の範囲のいずれか１つ以上から明確に排除され得る。かかる実施形態は、当業者には公知であると見なされるため、排除が本明細書に明確に記述されない場合でも除外され得る。本発明の任意の特定の実施形態は、先行技術の存在に関連しているかどうかであっても、何らかの理由で、いかなる特許請求の範囲からも除外され得る。
当業者は、単なる通常の実験を用いて、本明細書に記載される特定の実施形態の多くの均等物を認識又は解明することができるであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の範囲は、添付の特許請求の範囲に記述されるが、上の発明の詳細な説明、図面又は実施例に限定されることは意図されない。当業者は、この説明への様々な変更及び修正が、以下の特許請求の範囲に定義されるように、本発明の趣旨又は範囲から逸脱することなくなされ得ることが理解されよう。
Figure 2021502338
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Claims (134)

  1. 施設内の第１の施設参加者に対する病原体（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体）の有害作用を治療する方法であって、前記第１の施設参加者及び第２の施設参加者の一方又は両方に、前記第１の施設参加者に対する前記病原体の前記有害作用を低減するか、防止するか又はそのリスクを低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより前記第１の施設参加者に対する病原体の有害作用を低減するか、防止するか又はそのリスクを低減することを含む方法。
  2. 前記グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から第２の施設参加者への前記病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記グリカン調製物は、病原体のリザーバを低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  4. 前記グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ遺伝子要素のリザーバを低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  5. 前記グリカン調製物は、例えば、前記第１の施設参加者から前記第２の施設参加者への薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  6. 前記グリカン調製物は、病原体が感染を引き起こす割合を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  7. 前記グリカン調製物は、病原体感染の重症度を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  8. 前記グリカン調製物は、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素がドナー微生物（例えば、第１の病原体）からレシピエント微生物（例えば、第２の病原体又は共生微生物）に導入される割合を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与され、任意選択により、前記微生物は、細菌分類群である、請求項１に記載の方法。
  9. 前記グリカン調製物は、前記施設参加者に対する有害作用を有する因子、例えば、例えば疾患を引き起こす病原性因子又は毒素の前記病原体による発現及び／又は放出を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  10. 前記グリカン調製物は、前記病原体による前記施設参加者のＧＩ管（例えば、小腸、大腸又は結腸）内の微生物叢のディスバイオシスを低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  11. 前記グリカン調製物は、例えば、第１の施設参加者から、前記病原体を宿し得る実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への前記病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  12. 前記グリカン調製物は、例えば、第２の施設参加者から、前記病原体を宿し得る実体（例えば、別の個体又は無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）への前記病原体の伝播を低減するのに有効な量において且つ／又は十分な数の施設参加者に投与される、請求項１に記載の方法。
  13. 前記第１の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記第１の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者以外である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記第１の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者であり、及び前記第２の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記第１の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者であり、及び前記第２の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者以外である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記第１の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者以外であり、及び前記第２の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記第１の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者以外であり、及び前記第２の施設参加者は、前記施設の患者又は居住者以外である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記病原体を宿し得る前記実体は、別の個体である、請求項１１又は１２に記載の方法。
  20. 前記病原体を宿し得る前記実体は、無生物、例えば施設構築面（例えば、流し、ドアの取っ手、トイレ、蛇口）又は医療用品（例えば、ドレッシング材若しくはデバイスを含むパッケージ又はドレッシング材若しくはデバイス自体）である、請求項１１又は１２に記載の方法。
  21. 前記有効なグリカン調製物を前記第１の施設参加者に投与することを含む、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記有効なグリカン調製物を前記第２の施設参加者に投与することを含む、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記有効なグリカン調製物を前記第１の施設参加者及び前記第２の施設参加者に投与することを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記第１の施設参加者及び前記第２の施設参加者に投与される前記有効なグリカン調製物は、同一である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記第１の施設参加者及び前記第２の施設参加者に投与される前記有効なグリカン調製物は、異なり、例えば投与量又は化学組成において異なる、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記有効なグリカン調製物は、同一のレジメンで例えば同一の日数にわたって前記第１の施設参加者及び前記第２の施設参加者に投与される、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記有効なグリカン調製物は、異なるレジメンで例えば異なる日数にわたって前記第１の施設参加者及び前記第２の施設参加者に投与される、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記有効なグリカン調製物は、前記施設に入るか又は入院する前に施設参加者（例えば、前記施設の患者、居住者又は職員である施設参加者）に投与される、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記有効なグリカン調製物は、前記施設にいる間に施設参加者（例えば、前記施設の患者、居住者又は職員である施設参加者）に投与される、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記有効なグリカン調製物は、前記施設を出た後に施設参加者（例えば、前記施設の患者、居住者又は職員である施設参加者）に投与される、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記第１及び第２の施設参加者は、独立して、
    ａ）患者又は居住者；
    ｂ）医療提供者、例えば医療従事者、例えば医師又は看護師である個人、
    ｃ）家事労働者；
    ｄ）警備員（例えば、守衛）；
    ｅ）保守員；
    ｆ）調理師；
    ｇ）洗濯作業員；
    ｈ）管理労働者、例えばアドミッションワーカー；
    ｉ）ソーシャルワーカー；
    ｊ）訪問者又はゲスト；
    ｋ）（ｂ）〜（ｉ）に該当しない施設従業員（例えば、教師、兵士、水夫、役人）；
    ｌ）（ａ）患者又は居住者の前記第１の施設参加者と直接の接触を有するｂ）〜ｋ）の個人；
    ｍ）（ａ）患者又は居住者の前記第１の施設参加者と直接の接触を有しないｂ）〜ｋ）の個人
    から選択される、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. グリカン調製物をクラスａ〜ｍの複数、例えばクラスａ〜ｍの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は全てからの個人に投与することを含む、請求項３１に記載の方法。
  33. ａ〜ｍのクラスの前記個人の少なくとも５０、６０、７０、８０、９０若しくは９５％又は全ては、グリカン調製物を投与される、請求項３１に記載の方法。
  34. クラスａ〜ｍの複数、例えばクラスａ〜ｍの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は全てからの前記個人の少なくとも５０、６０、７０、８０、９０若しくは９５％又は全ては、グリカン調製物を投与される、請求項３１に記載の方法。
  35. 所定のグループの前記施設参加者の少なくとも５０、６０、７０、８０、９０若しくは９５％又は全て、例えば前記第１の施設参加者の部屋を訪れる全員又は前記第１の施設参加者が住む前記施設の部屋若しくは区画内の全員は、グリカン調製物を投与される、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. クラスａ〜ｍの第１及び第２のクラスの有効用量は、同一である、請求項３５に記載の方法。
  37. クラスａ〜ｍの第１及び第２のクラスの有効用量は、異なる、請求項３５に記載の方法。
  38. 予定された用量は、クラスａ〜ｍのクラスからの個人に投与される、請求項３５に記載の方法。
  39. 施設参加者は、病原体に感染しており、任意選択により、前記施設参加者は、無症候性である（例えば、検出可能又は診断可能な感染の兆候を示さない）、請求項１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
  40. 前記第１の施設参加者の前記リザーバ（例えば、病原体リザーバ又は耐性遺伝子リザーバ）は、低減される、請求項３又は４に記載の方法。
  41. 前記第２の施設参加者の前記リザーバ（例えば、病原体リザーバ又は耐性遺伝子リザーバ）は、低減される、請求項３又は４に記載の方法。
  42. 前記リザーバ（例えば、病原体リザーバ又は耐性遺伝子リザーバ）は、複数の施設参加者において低減される、請求項３又は４に記載の方法。
  43. 前記ドナー微生物及び前記レシピエント微生物は、同一の分類群（例えば、属、種又は株）からのものである、請求項８に記載の方法。
  44. 前記ドナー微生物及び前記レシピエント微生物は、異なる分類群（例えば、属、種又は株）からのものである、請求項８に記載の方法。
  45. 前記分類群は、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、プレシオモナス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）又はサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）を含む属）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む属）、腸球菌（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）を含む属）の１つ以上である、請求項４３又は４４に記載の方法。
  46. 前記レシピエント微生物は、前記ドナー微生物と比較してより病原性であるか、又は施設参加者（例えば、前記第１の施設参加者）に対して追加の若しくはより重篤な有害作用を有する、請求項４３〜４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記ドナー微生物は、前記レシピエント微生物と比較してより病原性であるか、又は施設参加者（例えば、前記第１の施設参加者）に対して追加の若しくはより重篤な有害作用を有する、請求項４３〜４５のいずれか一項に記載の方法。
  48. 前記有害作用（例えば、前記第１の施設参加者に対する）は、感染（例えば、細菌感染又は菌血症）である、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
  49. 前記感染は、血流感染、ＵＴＩ又は呼吸器感染である、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記病原性因子又は毒素は、志賀毒素、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）熱不安定性毒素並びにクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）毒素Ａ及びＢの１つである、請求項９に記載の方法。
  51. 前記薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素は、ＭｅｃＡ、ＫＰＣ、ＮＤＭ、ＯＸＡ、ＳＨＶ、ＴＩＭ、ＣＴＸ−Ｍ、ＶＩＭ、ＡｍｐＣ、ＶａｎＡ、ＶａｎＢ、フルオロキノリン耐性遺伝子（例えば、Ｑｎｒ）、トリメトプリム耐性遺伝子（例えば、ジヒドロ葉酸還元酵素）、スルファメトキサゾール耐性遺伝子（例えば、ジヒドロプテロエートシンテターゼ）、シプロフロキサシン耐性遺伝子及びアミノグリコシド耐性遺伝子（例えば、リボソームメチルトランスフェラーゼ）の１つである、請求項１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
  52. 前記グリカン調製物は、施設参加者の腸（例えば、小腸、大腸又は結腸）内の前記病原体のレベルを低減するのに有効な量で投与される、請求項１〜５１のいずれか一項に記載の方法。
  53. 前記グリカン調製物は、施設参加者、例えば前記第１及び／又は第２の施設参加者における前記病原体によるコロニー形成を調節する（例えば、低減又は阻害する）か、又は脱コロニー形成を調節する（例えば、増加させる）のに有効な量で投与される、請求項１〜５２のいずれか一項に記載の方法。
  54. 前記グリカン調製物は、施設参加者、任意選択により前記病原体に感染した施設参加者の腸（例えば、小腸、大腸又は結腸）内のディスバイオシスを低減又は防止するのに十分な量で投与される、請求項１〜５３のいずれか一項に記載の方法。
  55. 治療することは、前記第１の施設参加者、前記第２の施設参加者又は両方に対する前記病原体の有害作用を低減することを含む、請求項１〜５４のいずれか一項に記載の方法。
  56. 治療することは、前記第１の施設参加者、前記第２の施設参加者又は両方に対する前記病原体の有害作用を予防することを含む、請求項１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. 治療することは、前記第１の施設参加者、前記第２の施設参加者又は両方に対する前記病原体の有害作用のリスクを低減することを含む、請求項１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
  58. 前記グリカン調製物は、前記第１及び／若しくは第２の施設参加者又は複数の施設参加者において、
    ａ）病原体バイオマス（例えば、病原体の数及び／或いは薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素キャリアの数）を調節する（例えば、低減する）こと；
    ｂ）前記施設参加者によって（例えば、常在腸内微生物叢及び／又は宿主（例えば、ヒト細胞）によって）産生される抗微生物化合物のレベルを調節する（例えば、増加させる）こと；
    ｃ）ＧＩ管（例えば、小腸、大腸又は結腸）の環境を調節する、例えばｐＨを低減する（例えば、例えば常在腸内微生物叢によって産生される乳酸の産生又はレベルを増加させることによる）こと；
    ｄ）薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素のドナー微生物のコンピテンシーの状態又は接合特性を調節する（例えば、低減する）こと；
    ｅ）薬剤耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素レシピエントの数を調節する（例えば、低減する）こと；
    ｆ）薬剤耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素のコピー数（例えば、例えばドナー微生物における総コピー数）を調節する（例えば、低減する）こと；及び／又は
    ｇ）適応度欠乏を調節する（例えば、増加させる）（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素を保有する負担を増加させる）こと
    のために有効な量で投与される、請求項１〜５７のいずれか一項に記載の方法。
  59. 前記グリカン調製物は、
    ａ）常在腸内微生物叢において、病原体及び／或いは薬物耐性若しくは抗生物質耐性遺伝子又はＭＤＲ要素キャリアの存在量（例えば、総数又は相対数）を減少させること；及び／又は
    ｂ）常在腸内微生物叢において、共生菌又は有益な菌の存在量（例えば、総数又は相対数）を増加させること
    のために有効な量で投与される、請求項１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
  60. 前記グリカン調製物は、常在腸内微生物叢において、共生菌又は有益な菌の存在量（例えば、総数又は相対数）を増加させ、それにより前記病原体のコロニー形成可能な空間の面積を低減するのに有効な量で投与される、請求項５９に記載の方法。
  61. 前記グリカン調製物は、常在腸内微生物叢において、共生菌又は有益な菌の存在量（例えば、総数又は相対数）を増加させ、それにより抗微生物防御化合物、例えばバクテリオシン、ＡＭＰ（抗微生物ペプチド）、過酸化水素又は酢酸塩（低ｐＨ）のレベルを増加させるのに有効な量で投与される、請求項５９に記載の方法。
  62. 前記病原体は、細菌である、請求項１〜６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. 前記病原体は、薬物耐性又は抗生物質耐性病原体、例えば細菌である、請求項１〜６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記病原体は、多剤耐性（ＭＤＲ）保有病原体、例えば細菌である、請求項１〜６３のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記病原体は、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）又はカルバペネム耐性（ＣＲＥ）腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ））である、請求項１〜６４のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記病原体は、バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）である、請求項１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記病原体は、カルバペネム耐性（ＣＲＥ）大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）である、請求項１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記病原体は、カルバペネム耐性（ＣＲＥ）肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅ）である、請求項１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記病原体は、グラム陽性菌である、請求項１〜６４のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記病原体は、グラム陰性菌である、請求項１〜６４のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、ｉ）癌治療を受けたことがあり；ｉｉ）移植レシピエント、例えば造血幹細胞レシピエントであり；ｉｉｉ）免疫抑制を受けたことがあり、及び／又はｉｖ）自己免疫疾患（例えば、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、シェーグレン症候群若しくはクローン病）を有する、請求項１〜７０のいずれか一項に記載の方法。
  72. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、嚢胞性線維症を有する、請求項１〜７１のいずれか一項に記載の方法。
  73. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、免疫系の欠陥、例えばｉ）後天的欠陥、例えばＨＩＶ／ＡＩＤＳ、又はｉｉ）遺伝性若しくは先天性欠陥、例えばＳＣＩＤ、ＣＶＩＤ、ブルートン型無ガンマグロブリン血症若しくは自己免疫疾患（例えば、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、シェーグレン症候群若しくはクローン病）を有する、請求項１〜７２のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、慢性障害又は疾患を有する、請求項１〜７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、ｉ）乳児、又はｉｉ）高齢者である、請求項１〜７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記施設参加者は、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５又は８０歳を超えている、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記施設参加者は、１、２、３、６、１２、２４又は３６ヶ月未満の年齢である、請求項７５に記載の方法。
  78. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、免疫不全状態であるか、又は免疫機能を低減する治療を受けたことがある、請求項１〜７７のいずれか一項に記載の方法。
  79. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、透析治療を受けているか、受けたことがあるか、又は受けることになる、請求項１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記第１及び／又は第２の施設参加者は、侵襲的である、例えば皮膚を傷つける治療、例えば手術又はデバイス（例えば、カテーテル若しくはステント）の挿入若しくは留置、又は人工呼吸器、点滴ライン、侵入型モニター若しくは食品アプリケーターへの接続（経口、経直腸、経腸、ＩＶなど）を受けているか、受けたことがあるか、又は受けることになる、請求項１〜７９のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前年の前記施設参加者は、施設内に１０日を超えて滞在していたか、又は施設に２回を超えて入院していた、請求項１〜８０のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記第１の施設参加者は、部屋又は他の施設若しくは空間を、病原体に感染したか又はコロニー形成された第２の施設参加者と共有していたか又は共有することになり、任意選択により、前記第２の施設参加者は、無症候性である、請求項１〜８１のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記第１の施設参加者は、病原体に感染したか又はコロニー形成された第２の施設参加者に近接していたか又は近接することになり、任意選択により、前記第２の施設参加者は、無症候性である、請求項１〜８２のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記施設は、病院、診療所、リハビリテーション施設、メンタルヘルス施設、集中治療施設（ＩＣＵ）、新生児施設、癌治療施設、看護施設、薬物治療施設、トレーニング施設、臨床試験施設、入院施設、外来施設を含む、請求項１〜８３のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記施設は、長期介護施設、例えば老人ホームを含む、請求項１〜８４のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記施設は、刑務所又は他の矯正施設若しくは刑罰施設を含む、請求項１〜８４のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記施設は、船、例えばクルーズ船又は軍用船を含む、請求項１〜８４のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記施設は、軍事施設、運動施設、教育施設（学校、キャンプ）又はレジャー施設（例えば、ホテル若しくはリゾート）を含む、請求項１〜８４のいずれか一項に記載の方法。
  89. 施設参加者に第２の治療、例えば抗生物質を投与することをさらに含む、請求項１〜８８のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記グリカン調製物は、前記施設での作業前及び／又は前記施設での作業中に前記施設参加者に投与される、請求項１〜８９のいずれか一項に記載の方法。
  91. 前記グリカン調製物は、ｉ）前記施設に入る前、ｉｉ）前記施設にいる間、ｉｉｉ）前記施設からの解放時若しくは後、又は（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）の組み合わせで前記施設参加者に投与される、請求項１〜９０のいずれか一項に記載の方法。
  92. 前記施設参加者から病原体（例えば、薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体）のレベルを取得すること（例えば、前記施設参加者の試料を分析することにより）、任意選択により前記取得を２回、３回、４回又はそれを超える回数反復することを含む、請求項１〜９１のいずれか一項に記載の方法。
  93. 前記グリカン調製物は、
    ｉ）グルコース、ガラクトース、アラビノース、マンノース、フルクトース、キシロース、フコース又はラムノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
    ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０、０．０１〜０．６、０．０５〜０．５、０．１〜０．４又は０．１５〜０．４であること；
    ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％（少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％若しくは８５％又は５０％未満）は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位、少なくとも５〜２５未満のグリカン単位又は少なくとも１０〜３５未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
    ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８、約８〜１３、約１３〜２５、約５〜１５、約５〜２０又は約５〜１５であること；
    ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、０又は約０．８：１〜約５：１、約１：１〜約５：１、約１：１〜約３：１、約３：２〜約２：１若しくは約３：２〜約３：１であること、
    ｖｉ）前記グリカン調製物は、１５ｍｏｌ％〜７５ｍｏｌ％（２０ｍｏｌ％〜６０ｍｏｌ％、２５ｍｏｌ％〜５０ｍｏｌ％又は３０ｍｏｌ％〜４５ｍｏｌ％）の１，６グリコシド結合を含むこと；
    ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１ｍｏｌ％〜４０ｍｏｌ％（１ｍｏｌ％〜３０ｍｏｌ％、５ｍｏｌ％〜２５ｍｏｌ％、１０ｍｏｌ％〜２０ｍｏｌ％）の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
    ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約５０（少なくとも約６０、７０、少なくとも約７５又は５０未満）Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
    ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも５０％（少なくとも６０％、７０％、８０％若しくは少なくとも９０％又は５０％未満）の食物繊維含量を有すること
    を含み、任意選択により、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む、請求項１〜９２のいずれか一項に記載の方法。
  94. 前記ＤＢは、０、０．０１〜０．０５、０．０１〜０．１５、０．０１〜０．２、０．０５〜０．２、０．１〜０．３、０．１〜０．４、０．１〜０．５、０．１〜０．６、０．１〜０．７、０．２〜０．５、０．１５〜０．６５又は０．４〜０．７５である、請求項９３に記載の方法。
  95. 前記ＤＢは、０．１〜０．３である、請求項９３に記載の方法。
  96. 前記ＤＢは、０．３〜０．６である、請求項９３に記載の方法。
  97. ＤＢは、０．０１〜０．１である、請求項９３に記載の方法。
  98. 前記グリカンポリマー調製物中のグリカンの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する、請求項９３〜９７のいずれか一項に記載の方法。
  99. 前記グリカンポリマー調製物中のグリカンの少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％又は８５％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する、請求項９３〜９７のいずれか一項に記載の方法。
  100. 前記グリカンポリマー調製物中のグリカンの５０％未満は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位のＤＰを有する、請求項９３〜９７のいずれか一項に記載の方法。
  101. 前記ＤＰは、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位、少なくとも３〜１５未満のグリカン単位、少なくとも３〜２０未満のグリカン単位、少なくとも３〜２５未満のグリカン単位、少なくとも４〜１５未満のグリカン単位、少なくとも４〜２０未満のグリカン単位、少なくとも４〜２５未満のグリカン単位、少なくとも５〜１５未満のグリカン単位、少なくとも５〜２０未満のグリカン単位、少なくとも５〜２５未満のグリカン単位、少なくとも５〜３０未満のグリカン単位、少なくとも６〜１５未満のグリカン単位、少なくとも６〜２０未満のグリカン単位、少なくとも６〜２５未満のグリカン単位、少なくとも６〜３０未満のグリカン単位、少なくとも８〜１５未満のグリカン単位、少なくとも８〜２０未満のグリカン単位、少なくとも８〜２５未満のグリカン単位、少なくとも８〜３０未満のグリカン単位、少なくとも１０〜２０未満のグリカン単位又は少なくとも１０〜３０未満のグリカン単位である、請求項９３〜９７のいずれか一項に記載の方法。
  102. 前記ＤＰは、３〜８である、請求項１０１に記載の方法。
  103. 前記ＤＰは、８〜１３である、請求項１０１に記載の方法。
  104. 前記ＤＰは、１３〜２５である、請求項１０１に記載の方法。
  105. 前記ＤＰは、５〜２５である、請求項１０１に記載の方法。
  106. 前記ＤＰは、１０〜３５である、請求項１０１に記載の方法。
  107. 前記グリカンポリマー調製物中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の前記比は、約０．８：１〜５：１である、請求項９３〜１０６のいずれか一項に記載の方法。
  108. アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の前記比は、約０．１：１〜約４：１、０．２：１〜約４：１、０．３：１〜約４：１、０．４：１〜約４：１、０．５：１〜約４：１、０．６：１〜約４：１、０．７：１〜約４：１、０．８：１〜約４：１、０．９：１〜約４：１、１：１〜約２：１、１：１〜約３：１、１：１〜４：１、約２：１〜約４：１、２：１〜５：１、約３：１〜約５：１又は４：１〜約５：１である、請求項９３〜１０６のいずれか一項に記載の方法。
  109. アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の前記比は、約１：１〜約５：１である、請求項１０８に記載の方法。
  110. アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の前記比は、約１：１〜約３：１である、請求項１０８に記載の方法。
  111. アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の前記比は、約３：２〜約２：１である、請求項１０８に記載の方法。
  112. アルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の前記比は、約３：２〜約３：１である、請求項１０８に記載の方法。
  113. 前記グリカンポリマー調製物の前記水中最終溶解限度は、少なくとも５０Ｂｒｉｘである、請求項９３〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
  114. 前記グリカンポリマー調製物の前記水中最終溶解限度は、２３℃で少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、又は少なくとも約７０、又は少なくとも約７５Ｂｒｉｘである、請求項９３〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記グリカンポリマー調製物の前記水中最終溶解限度は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘである、請求項１１４に記載の方法。
  116. 前記グリカンポリマー調製物は、少なくとも５０％、６０％、７０％又は少なくとも８０％の総食物繊維含有量（方法ＡＯＡＣ ２００９．０１によって測定される）を有する、請求項９３〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
  117. 前記グリカン調製物は、
    ｉ）グルコース、ガラクトース又はマンノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
    ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．０５〜０．５であること；
    ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
    ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜２０であること；
    ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約０．８：１〜約５：１であること；
    ｖｉ）前記グリカン調製物は、１５モル％〜７５モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
    ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１モル％〜３０モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
    ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
    ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
    を含み、任意選択により、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む、請求項１〜９２のいずれか一項に記載の方法。
  118. 前記グリカン調製物は、
    ｉ）グルコース、ガラクトース又はマンノースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
    ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．０５〜０．５であること；
    ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜３０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
    ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜１５であること；
    ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約０．８：１〜約５：１であること；
    ｖｉ）前記グリカン調製物は、１５モル％〜７５モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
    ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、１モル％〜３０モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
    ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
    ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
    を含み、任意選択により、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む、請求項１〜９２のいずれか一項に記載の方法。
  119. 前記グリカン調製物は、
    ｉ）グルコース又はガラクトースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
    ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
    ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
    ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
    ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
    ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
    ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
    ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
    ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
    を含み、任意選択により、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む、請求項１〜９２のいずれか一項に記載の方法。
  120. 前記グリカン調製物は、
    ｉ）グルコースグリカン単位を含むグリカンポリマー；
    ｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの平均分岐度（ＤＢ）は、０．１〜０．４であること；
    ｉｉｉ）前記グリカン調製物中の前記グリカンポリマーの少なくとも５０％は、少なくとも３〜１０未満のグリカン単位の重合度（ＤＰ）を有すること；
    ｉｖ）前記グリカン調製物の平均ＤＰ（平均ＤＰ）は、約５〜８であること；
    ｖ）前記グリカン調製物の前記グリカンポリマー中に存在するアルファ−グリコシド結合対ベータ−グリコシド結合の比は、約１：１〜約３：１であること；
    ｖｉ）前記グリカン調製物は、２０モル％〜６０モル％の１，６グリコシド結合を含むこと；
    ｖｉｉ）前記グリカン調製物は、５モル％〜２５モル％の、１，２グリコシド結合、１，３グリコシド結合及び１，４グリコシド結合の少なくとも１つ、２つ又は３つを含むこと；
    ｖｉｉｉ）前記グリカン調製物は、２３℃で少なくとも約７０Ｂｒｉｘの水中最終溶解限度を有すること；及び／又は
    ｉｘ）前記グリカン調製物は、少なくとも７０％の食物繊維含有量を有すること
    を含み、任意選択により、前記グリカン調製物は、ｉ）、ｉｉ）、ｉｉｉ）、ｉｖ）、ｖ）、ｖｉ）、ｖｉｉ）、ｖｉｉｉ）及びｉｘ）の選択された特性の２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ又は９つを含む、請求項１〜９２のいずれか一項に記載の方法。
  121. 前記第１及び／又は第２の施設参加者に第２の治療を投与することをさらに含む、請求項１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
  122. 前記第２の治療は、抗生物質を投与することを含む、請求項１２０に記載の方法。
  123. 施設における第１の施設参加者による病原体、例えば薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体の獲得を低減する方法であって、第２の施設参加者に、前記第１の施設参加者による前記病原体の前記獲得を低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより施設における第１の施設参加者による前記病原体の前記獲得を低減することを含む方法。
  124. 施設における病原体、例えば薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体のリザーバを低減する方法であって、施設参加者に、施設参加者による病原体、例えば薬物耐性若しくは抗生物質耐性病原体又はＭＤＲ病原体の獲得を低減するのに有効な量のグリカン調製物を投与し、それにより施設におけるＭＤＲ生物のリザーバを低減することを含む方法。
  125. ａ）病原体負荷、ｂ）抗生物質耐性遺伝子負荷、及びｃ）施設参加者における治療用調製物への応答のいずれかをモニタリング又は評価する方法であって、ａ）病原体、並びに／又はｂ）抗生物質耐性遺伝子及び／若しくはマイクロバイオーム分析（例えば、特定の治療用調製物への応答に関連する１つ以上の微生物の存在）の値を（例えば、前記施設参加者からの適切な試料、例えば糞便試料を分析することによって）取得し、それにより前記施設参加者をモニタリング又は評価することを含む方法。
  126. 前記施設参加者は、前記施設内の作業者又は将来の作業者であり、及び結果に応答して、前記施設参加者に前記施設へのアクセスを許可するかどうかを評価する、請求項１２４に記載の方法。
  127. 前記施設参加者は、前記施設の患者若しくは居住者又は将来の患者若しくは居住者であり、及び結果に応答して、前記施設参加者に前記施設への入場を許可するかどうかを評価する、請求項１２４に記載の方法。
  128. 前記施設参加者は、前記施設の患者若しくは居住者又は将来の患者若しくは居住者であり、及び結果に応答して、病原体を獲得するリスクを評価し、任意選択により、さらなる治療及び／又は治療レジメン若しくはケアに対する変更若しくは調整を評価する、請求項１２４に記載の方法。
  129. 有効量の、請求項１〜１２７のいずれか一項に記載のグリカン調製物をヒト対象に投与することを含む、前記ヒト対象におけるアンモニアレベルを低減することを含む、請求項１〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
  130. 前記アンモニアレベルは、前記ヒト対象の全身アンモニアレベルである、請求項１２８に記載の方法。
  131. アンモニアレベルの前記低減は、治療前の前記アンモニアレベルと比較して少なくとも２０％の低減である、請求項１２８又は１２９に記載の方法。
  132. 前記ヒト対象は、肝障害（例えば、肝硬変）を有するか又はそれを有すると診断されている、請求項１２８〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
  133. 前記対象は、高アンモニア血症を有するか又はそれを有すると診断されている、請求項１２８〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
  134. 前記対象は、顕性の肝性脳症（ＯＨＥ）を有するか又はそれを有すると診断されている、請求項１２８〜１３２のいずれか一項に記載の方法。
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