JP2021081835A - 生成装置および生成方法 - Google Patents

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Abstract

【課題】識別対象の診断の補助を促進させる学習データの生成装置および生成方法を提供する。【解決手段】撮像システムと生成装置がネットワークを介して接続された情報処理システムにおいて、生成装置100は、取得部131と、生成部134とを備える。取得部131は、撮像された第1の病理画像と、第1の病理画像に付与された情報であって、第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーションとを取得する。生成部134は、第1の病理画像とは異なる第2の病理画像に基づいて、アノテーションを第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する。【選択図】図6

Description

本発明は、生成装置および生成方法に関する。
医療又は病理等の分野において、光学顕微鏡により得られた、生体の細胞、組織、臓器などの切片の画像をデジタル化する場合がある。そして、医師や病理学者等は、デジタル化された画像であるデジタル画像に基づいて、患者を診断する場合がある。
病理画像のデジタル化を行うことの一つのメリットは、画像中の所定の領域に情報を付加できることである。ここで、画像中の所定の領域に付加された情報とは、病変部が存在する可能性のある領域などに、病理医などが注目すべき領域として付したマーク(以下、適宜、「アノテーション」とする。)である。また、他のメリットとしては、画像中の所定の領域に付加された情報を学習することで、症例や病名などの情報を適切に推定するための学習モデルを生成することである。ここで、学習モデルとは、例えば、癌である、癌でないなどの2値分類を推定するためのモデルである。他の例としては、学習モデルは、癌の中でも、進行ステージなどの詳細な分類を推定するためのモデルである。
従来、病理画像にアノテーションを付加して視覚的に観察しやすくすることにより病理医のための診断の補助を行うことが知られている(特許文献1参照)。
特開2011−133849号公報
従来の技術では、学習モデルの生成に用いた学習データを撮像した際に用いた撮像装置(以下、適宜、「学習用の撮像装置」とする。)と、評価したい対象を撮像する際の撮像装置(以下、適宜、「評価用の撮像装置」とする。)とが異なる場合、学習用の撮像装置を用いて学習モデルを生成したとしても、撮像装置間にばらつきがあるため、学習用の撮像装置を用いて生成された学習モデルでは、評価用の撮像装置で撮像された情報を適切に評価できない可能性がある。
本願は、上記に鑑みてなされたものであって、識別対象の診断の補助を促進させることを目的とする。
本願に係る生成装置は、撮像された第1の病理画像と、第1の病理画像に付与された情報であって、第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーションとを取得する取得部と、第1の病理画像とは異なる第2の病理画像に基づいて、アノテーションを第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する生成部とを備えることを特徴とする。
図1は、実施形態に係る情報処理システムの構成例を示す図である。 図2は、実施形態に係る情報処理の一例を示す図である。 図3は、実施形態に係る情報処理の一例を示す図である。 図4は、実施形態に係る情報処理の一例を示す図である。 図5は、実施形態に係る情報処理の一例を示す図である。 図6は、実施形態に係る生成装置の構成例を示す図である。 図7は、実施形態に係るスライド記憶部の一例を示す図である。 図8は、実施形態に係るスライドデータ記憶部の一例を示す図である。 図9は、実施形態に係るアノテーション記憶部の一例を示す図である。 図10は、実施形態に係る病理対象の一例を示す図である。 図11は、実施形態に係る新スライド記憶部の一例を示す図である。 図12は、実施形態に係る新スライドデータ記憶部の一例を示す図である。 図13は、実施形態に係る転記アノテーション記憶部の一例を示す図である。 図14は、実施形態に係る修正アノテーション記憶部の一例を示す図である。 図15は、実施形態に係るモデル記憶部の一例を示す図である。 図16は、実施形態に係る座標変換情報記憶部の一例を示す図である。 図17は、実施形態に係る座標変換情報の一例を示す図である。 図18は、実施形態に係る情報処理の一例を示すフローチャートである。 図19は、実施形態に係る情報処理の一例を示すフローチャートである。 図20は、実施形態に係る情報処理の一例を示すフローチャートである。 図21は、実施形態に係る生成装置の構成例とフローを示す図である。 図22は、変形例に係る生成装置の構成例とフローを示す図である。 図23は、変形例に係る生成装置の構成例を示す図である。 図24は、変形例に係る情報処理の一例を示すフローチャートである。 図25は、生成装置の機能を実現するコンピュータの一例を示すハードウェア構成図である。
以下に、本願に係る生成装置、生成方法及び生成プログラムを実施するための形態(以下、「実施形態」と呼ぶ)について図面を参照しつつ詳細に説明する。なお、この実施形態により本願に係る生成装置、生成方法及び生成プログラムが限定されるものではない。また、以下の各実施形態において同一の部位には同一の符号を付し、重複する説明は省略される。
以下に示す項目順序に従って本開示を説明する。
1.情報処理システムの構成
2.学習用の撮像装置と評価用の撮像装置が同じ場合の情報処理の一例
3.学習用の撮像装置と評価用の撮像装置が異なる場合の情報処理の一例
4.生成装置の構成
5.情報処理のフロー
6.処理のバリエーション
6−1.ラベルの種類
6−2.推定結果の提供
6−3.学習方法
6−4.病理対象
6−5.撮像対象
6−6.座標情報を用いたアノテーションの変換方法
6−7.撮像装置のフォーマットを用いたアノテーションの変換方法
6−8.実施形態に係るアノテーション
6−9.実施形態に係るスライド
6−10.アノテーションの変換
6−11.学習データ
6−12.病理症例番号を用いたスライドの特定
7.ハードウェア構成
8.その他
(実施形態)
〔1.情報処理システムの構成〕
図1を用いて情報処理システム1の構成について説明する。図1は、実施形態に係る情報処理システムの構成例を示す図である。図1に示すように、情報処理システム1には、撮像システム2と、生成装置100とが含まれる。撮像システム2と、生成装置100とは所定の通信網(ネットワークN)を介して、有線または無線により通信可能に接続される。図1は、実施形態に係る情報処理システムの構成例を示す図である。なお、図1に示した情報処理システム1には、複数の撮像システム2や、複数台の生成装置100が含まれてもよい。
撮像システム2は、主に病理医(以下、「ユーザ」とする。)が使用するシステムであり、例えば研究所や病院に適用される。図1に示すように、撮像システム2は、第1の撮像装置10と、サーバ11と、表示制御装置12と、表示装置13とを含む。
第1の撮像装置10は、スライドに収められた観察対象物を撮像し、デジタル画像である病理画像(医療画像の一例)(以下、適宜、「第1の病理画像」とする。)を生成する撮像装置である。なお、観察対象物とは、例えば、患者から採取された組織や細胞であり、臓器の肉片、唾液、血液などである。なお、第1の病理画像に対して、病理医などが付与したアノテーションに基づくアノテーションが、実施形態に係る学習データになる。具体的には、第1の病理画像に対して、病理医などが付与したアノテーションや、後述する転記アノテーション及び修正アノテーションなどが、実施形態に係る学習データになる。例えば、第1の撮像装置10は、癌である、癌でない、などの2値分類を推定するための学習データを生成する。第1の撮像装置10は、撮像した第1の病理画像を生成装置100等へネットワークNを介して送信する。例えば、第1の撮像装置10は、撮像した第1の病理画像と、第1の病理画像に付されたアノテーションに関する情報であるアノテーション情報とを生成装置100へ送信する。ここで、アノテーション情報には、アノテーションの位置を示す位置情報と、アノテーションに付加された情報である付加情報とが含まれる。アノテーションの位置情報は、ユーザが病理画像に付与したアノテーションの座標情報である。なお、アノテーション情報は、座標情報などのアノテーションの位置情報の代わりに、アノテーションの画像情報を含んでもよい。アノテーションの付加情報としては、例えば、アノテーションの注釈を示す注釈情報である。例えば、アノテーションの注釈情報は、病状や部位などに関する情報である。具体的には、アノテーションの注釈を示す情報は、「癌である」や「癌でない」などの、患者の病状を示すラベルである。
サーバ11は、第1の撮像装置10によって撮像された第1の病理画像を図示しない記憶部に記憶、保持する装置である。サーバ11は、表示制御装置12から閲覧要求を受け付けた場合に、図示しない記憶部から第1の病理画像を検索し、検索した第1の病理画像を表示制御装置12に送る。
また、サーバ11は、表示装置13で表示された第1の病理画像にユーザが付与したアノテーションを図示しない記憶部に記憶、保持する装置である。
サーバ11には、ユーザによる診断に関する情報が日々蓄積されるものとする。すなわち、サーバ11には、第1の撮像装置10によって撮像された第1の病理画像と、第1の病理画像に対して付与されたアノテーションとが保存される。
表示制御装置12は、ユーザから受け付けた第1の病理画像の閲覧要求をサーバ11に送る。そして、表示制御装置12は、サーバ11から受け付けた第1の病理画像を表示するよう表示装置13を制御する。
表示装置13は、例えば、液晶、EL(Electro-Luminescence)、CRT(Cathode Ray Tube)などが用いられた画面を有する。表示装置13は4Kや8Kに対応していてもよいし、複数の表示装置により形成されてもよい。表示装置13は、表示制御装置12によって表示するよう制御された第1の病理画像を表示する。
また、表示装置13は、表示された第1の病理画像に対するユーザの操作を受け付ける。表示装置13は、ユーザからアノテーションの付与を受け付けると、アノテーションをサーバ11に送る。また、表示装置13は、アノテーションが付与された第1の病理画像をサーバ11に送ってもよい。
第2の撮像装置20は、第1の撮像装置10から買い換えられた撮像装置であって、第1の撮像装置10よりも新しい撮像装置であるものとする。第2の撮像装置20は、第2の病理画像を生成装置100等へネットワークNを介して送信する。
生成装置100は、例えば、PC、WS(Work Station)等の情報処理装置であり、第1の撮像装置10や第2の撮像装置20等からネットワークNを介して送信されてきた情報に基づいて処理を行う。また、生成装置100は、第1の病理画像と第2の病理画像とに基づいて、第1の病理画像に付与されたアノテーションを第2の病理画像に転記する。そして、生成装置100は、第2の病理画像に転記されたアノテーションを、後述する吸着フィッティングの処理に基づいて修正する。このように、生成装置100は、症例や病名などの病理に関する情報の推定に用いられるデータである学習データを生成する。
ここまで情報処理システム1について簡単に説明した。以下では、生成装置100の構成及び処理を詳細に説明するが、これらの説明の前提となる各種情報(病理画像、アノテーション、学習モデルなど)を最初に説明する。
〔2.学習用の撮像装置と評価用の撮像装置が同じ場合の情報処理の一例〕
図2は、第1の撮像装置10により撮像された第1の病理画像と、第1の病理画像に付与されたアノテーション情報とに基づいて学習モデルを生成する場合を示す。以下、第1の病理画像に付与されたアノテーションに基づいて生成される学習モデルを、適宜、「学習モデルM1」とする。また、図2は、第1の撮像装置10により新たに撮像された第1の病理画像を診断する場合を示す。
以下、図2を用いて、実施形態に係る情報処理の一例を説明する。
スライドSA1乃至SA4は、第1の撮像装置10で撮像されるスライドである。また、スライドSA11は、第1の撮像装置10で撮像されたスライドである。なお、以下、スライドを病理対象と表記する場合がある。また、実施形態に係る学習モデルM1の生成に必要なスライドの数に制限はない。図2では、第1の撮像装置10が、スライドSA1乃至SA4の合計4枚のスライドを撮像する場合を示すが、第1の撮像装置10で撮像されるスライドの数は3枚以下であってもよいし5枚以上であってもよい。
病理画像LA1乃至LA4は、スライドSA1乃至SA4を撮像した病理画像である。また、病理画像LA11は、スライドSA11の病理画像である。なお、病理画像とスライドとは符号の番号が対応するものとする。例えば、病理画像LA1はスライドSA1の画像情報とする。
病理画像LLA1乃至LLA4は、病理画像LA1乃至LA4にアノテーションが付与された病理画像である。以下、アノテーションが付与された病理画像とスライドとは符号の番号が対応するものとする。また、アノテーションとスライドとは符号の番号が対応するものとする。例えば、病理画像LLA1乃至LLA4に対応するアノテーションは、アノテーションAA1乃至AA4である。なお、図2には示されていないが、病理画像LLA1乃至LLA4には、アノテーションの注釈情報が付与されていてもよい。例えば、病理画像LLA1乃至LLA4には、アノテーションの注釈情報として、ラベルが付与されていてもよい。例えば、病理画像LLA1乃至LLA4には、「ラベル1A」や「ラベル1B」などのラベルが付与されていてもよい。
学習モデルM1は、病理画像LLA1乃至LLA4のアノテーション情報を学習することにより生成されるモデルである。例えば、学習モデルM1は、アノテーションの付加情報を学習することにより生成されるモデルである。具体的な処理の例を挙げると、学習モデルM1は、アノテーションのラベルが「癌」である場合、「癌」のラベルが付与されたアノテーションを正解情報として学習することにより生成されるモデルである。また、学習モデルM1は、病理画像の入力に応じて、病理画像に病変が含まれる確率を出力する。例えば、学習モデルM1は、病理画像の入力に応じて、病理画像に病変を示す領域が含まれる確率を出力する。
学習モデルM1は、第1の撮像装置10により撮像された第1の病理画像に基づいて生成されるため、学習モデルM1を用いて、第1の撮像装置10により撮像された第1の病理画像を適切に評価することができる。
以上、第1の撮像装置10で撮像された病理画像に基づいて生成された学習モデルM1に、第1の撮像装置10で撮像された新たな病理画像を入力することにより、評価を行う処理について説明した。
しかしながら、第1の撮像装置10で撮像された病理画像に基づいて生成された学習モデルを用いて、第1の撮像装置10とは異なる第2の撮像装置20で撮像された新たな病理画像を評価しようとしても、撮像装置間で病理画像の色、倍率、解像度などが異なるため、上述した学習モデルでは適切な情報を出力することができるとは限らない。このため、上述した情報処理では、第2の撮像装置20などの他の撮像装置で撮像された病理画像を、適切に評価することができない可能性がある。
この点について詳細に説明する。例えば、第1の撮像装置10から第2の撮像装置20に買い替えた場合、第2の撮像装置20は第1の撮像装置10よりも新しい撮像装置であるため、第2の撮像装置20の方が、解像度が高いと考えられる。この場合、解像度が低い第1の撮像装置10で撮像された第1の病理画像を用いて生成された学習モデルを用いて、解像度が高い第2の撮像装置20で撮像された第2の病理画像を評価しようとしても、解像度が異なるため、適切に評価することができない可能性がある。
第1の撮像装置10から第2の撮像装置20に買い替えたことによる他の問題点としては、第1の撮像装置10で撮像された第1の病理画像はあるが、第2の撮像装置20で撮像された病理画像がない場合がある。例えば、ユーザが第1の撮像装置10から第2の撮像装置20へ撮像装置に買い替えたばかりでは、第1の撮像装置10で撮像された病理画像や、第1の撮像装置10で撮像された病理画像を用いた学習モデルM1しかないことがある。しかしながら、第1の撮像装置10で撮像された病理画像のスライドが保管されていれば、第2の撮像装置20を用いて再度スライドを撮像することが可能である。ただし、第2の撮像装置20を用いて再度撮像された病理画像にユーザがアノテーションを正確に付与するのは困難な場合もある。また、このアノテーションを付与する作業に多くの時間と作業者を要する。アノテーションを正確に付与できない場合、第2の撮像装置20を用いて撮像することにより得られる病理画像を用いて、病理に関する情報を適切に推定する学習モデルを生成することは難しい。
適切に診断をすることができる学習モデルを生成するために、本実施形態では、以下のような方法を用いる。具体的には、生成装置100は、第1の撮像装置10で撮像された病理画像に付与されたアノテーションに基づいて、第2の撮像装置20で撮像された病理画像にアノテーションを転記する。このように、生成装置100は、第1の撮像装置10で撮像された病理画像に基づいて、第2の撮像装置20で再度撮像された病理画像にアノテーションを転記することで、第2の撮像装置20で撮像された病理画像に基づく学習モデル(以下、適宜、「学習モデルM2」とする。)を容易に生成することができる。生成装置100は、この学習モデルM2を用いることにより、第2の撮像装置20で新たに撮像される病理画像からも高精度に病理に関する情報を推定することができる。
以下、図3を用いて、第2の撮像装置20で撮像された第2の病理画像の診断を行う場合の情報処理について説明する。なお、図2と同様の説明については記載を適宜省略する。
〔3.学習用の撮像装置と評価用の撮像装置が異なる場合の情報処理の一例〕
図3は、第2の撮像装置20により撮像された第2の病理画像に対し、第1の病理画像に付与されたアノテーションを転記する場合を示す。なお、図3では、第1の撮像装置10で撮像したスライドと同一のスライドを第2の撮像装置20でも撮像するものとする。また、実施形態に係るアノテーションの変換は、第1の病理画像の座標情報と、第2の病理画像の座標情報とに基づいて行われるものとする。そして、実施形態では、第1の病理画像のアノテーションを、第2の病理画像の対応する座標に転記する。
以下、生成装置100が、第2の病理画像に対応するようアノテーションを転記した学習用の学習データを生成する処理について説明する。なお、以下、アノテーションの転記後のアノテーションを、適宜、「転記アノテーション」とする。また、以下、転記アノテーションを、病理画像上の特徴の境界に沿ってフィッティングさせる処理である吸着フィッティングの処理が行われた吸着フィッティング後のアノテーションを、適宜、「修正アノテーション」とする。実施形態では、転記アノテーションと修正アノテーションとを区別するが、同一のアノテーションを示してもよい。例えば、吸着フィッティングの処理を行わない場合には、転記アノテーションと修正アノテーションとは同一のアノテーションを示してもよい。
スライドSA1は、第1の撮像装置10で過去に撮像されたスライドである。そして、病理画像LA1は、スライドSA1が過去に撮像された際に生成された画像である。また、病理医などによって、病理画像LA1に対するアノテーションの付与は、既に行われているものとする。また、スライドSA1は、あらためて、第2の撮像装置20でも撮像される。そして、病理画像LB1は、第1の撮像装置10で撮像済みのスライドSA1を、第1の撮像装置10であらためて撮像することにより生成される画像である。図3では、病理画像LA1とアノテーションAA1とに基づいて、病理画像LB1に対応するように、アノテーションを変換することにより、アノテーションBB1を生成する。そして、アノテーションBB1を吸着フィッティングさせることにより、アノテーションBB11を生成する。以下、実施形態に係る生成処理について図4及び5を用いて説明する。
図4(a)は、病理画像LA1を示す。図4(a)では、医療画像LA1に対してアノテーションAA1が付与されている。
図4(b)は、病理画像LB1を示す。図4(b)では、病理画像LB1に対してアノテーションBB1が付与されている。このアノテーションBB1は、病理画像LB1に対応するように、アノテーションAA1を変換することにより生成されたアノテーションである。
図5(a)は、病理画像LB1を示す。
図5(b)は、病理画像LB1にアノテーションBB1が付与された病理画像を示す。図5(b)に示すように、生成装置100は、病理画像LB1に、病理画像LA1のアノテーションAA1に基づくアノテーションBB1を転記する。例えば、生成装置100は、病理画像LB1と同一のスライドと認識されたスライドのアノテーションであるアノテーションAA1が変換されたアノテーションBB1を転記する。なお、ラベルに関する情報に基づいてスライドを一意に特定することが可能であれば、第2の撮像装置20で撮像されたスライドと同一のスライドを、効率的かつ効果的に特定することができる。
図5(b)に示すように、生成装置100は、病理画像LB1に対応するように変換されたアノテーションBB1を転記する。例えば、生成装置100は、病理画像LA1と病理画像LB1との座標情報を基に、基のアノテーションであるアノテーションAA1を病理画像LB1に対応するアノテーションBB1に変換する。ここで、アノテーションBB1は、実施形態に係る転記アノテーションである。以下、実施形態に係る変換処理について説明する。
上述したように、第1の撮像装置10で付与されたアノテーションを、第2の撮像装置20に対応するように変換する。例えば、第1の撮像装置10で撮像された第1の病理画像の座標情報と、第2の撮像装置20で撮像された第2の病理画像の座標情報とに基づいて、第1の撮像装置10で付与されたアノテーションを、第2の撮像装置20の形式に変換する。具体的な例を挙げると、第1の撮像装置10で撮像された病理画像の座標情報と、第2の撮像装置20で撮像された病理画像の座標情報とを比較することにより、第1の撮像装置10で付与されたアノテーションの座標情報を第2の撮像装置20の形式に変換する。例えば、予め定められた座標の変換情報(例えば、座標変換テーブル)を用いて、第2の撮像装置20の形式に対応する座標情報に第1の撮像装置10で付与されたアノテーションを変換する。例えば、所定の記憶部に記憶された座標の変換データを用いて、第2の撮像装置20の形式に対応する座標情報に第1の撮像装置10で付与されたアノテーションを変換する。
図5(c)では、転記アノテーションBB1と、病理画像LB1とから、学習用のアノテーションである修正アノテーションBB11を生成する。例えば、第2の病理画像に基づいて転記アノテーションを吸着フィッティングさせることにより修正アノテーションを生成する。なお、吸着フィッティングは、グラフカット(graph cut)などの技術を用いて行われてもよい。これにより、正確かつ均一なアノテーションを生成することができる。
このように、生成装置100は、修正アノテーションを用いることにより、以下の効果を奏する。例えば、生成装置100は、第1の撮像装置10と第2の撮像装置20との解像度が異なる場合や、撮像条件の違いによって病理画像の質が異なる場合であっても、吸着フィッティングの処理を行うことにより、より適切なアノテーションを付与することができる。この結果、生成装置100は、より質の高い学習モデルを生成することができる。
この場合、生成装置100は、病理画像LB1に対応するよう変換された修正アノテーションを学習することにより新たに学習された学習モデルM2を用いて、病理診断の補助を行う。また、実施形態に係る新たに学習された学習モデルM2とは、第1の撮像装置10により撮像された情報に基づいて第2の病理画像の診断を行うために、第2の病理画像に基づいて新たに生成された学習モデルである。例えば、実施形態に係る新たに学習された学習モデルM2とは、第1の病理画像と第2の病理画像とに基づいて補正されたアノテーションと、第2の病理画像とに基づいて新たに学習された学習モデルである。
生成装置100は、修正アノテーションを学習することにより生成された学習モデルM2を提供する。例えば、生成装置100は、第2の撮像装置20で撮像された第2の病理画像を入力することにより、第2の病理画像を推定する学習モデルM2を提供する。
生成装置100は、推定結果に対する病理医などの診断結果を取得して、修正アノテーションにラベル付を行う。例えば、生成装置100は、学習モデルM2を撮像システム2に送信し、送信された学習モデルM2を用いて推定された推定結果に対する病理医などの診断結果を取得して、修正アノテーションにラベル付を行う。例えば、生成装置100は、推定結果が癌であり、その推定結果に対する病理医などの診断結果も癌である場合には、「癌」といったラベルを修正アノテーションに付与する。このように、生成装置100は、学習モデルM2の正解情報を生成する。
上述したように、実施形態に係る情報処理は、以下に示す処理を含む。
(1)第1の撮像装置10で撮像したスライドを第2の撮像装置20で撮像する。
(2)画像処理を用いて、第2の撮像装置20で撮像したスライドと第1の撮像装置10で撮像したスライドとを特定する。
(3)第1の撮像装置10で付けたアノテーションを第2の撮像装置20の形式に変換する。
(4)第2の撮像装置20で撮像した病理画像と変換したアノテーションとを基に画像処理を用いて修正アノテーションに変換する。
(5)修正アノテーションに変換した後で旧スライドの教師データのラベルを基に修正アノテーションを学習する。
これにより、撮像装置の乗り換えを簡素化することができる。
なお、図2乃至5に示す各種の情報処理は、上記に限らず、種々の態様であってもよい。この点について以下説明する。
〔4.生成装置の構成〕
次に、図6を用いて、実施形態に係る生成装置100の構成について説明する。図6は、実施形態に係る生成装置100の構成例を示す図である。図6に示すように、生成装置100は、通信部110と、記憶部120と、制御部130とを有する。なお、生成装置100は、生成装置100の管理者から各種操作を受け付ける入力部(例えば、キーボードやマウス等)や、各種情報を表示するための表示部(例えば、液晶ディスプレイ等)を有してもよい。
(通信部110)
通信部110は、例えば、NIC等によって実現される。そして、通信部110は、ネットワークNと有線又は無線で接続され、ネットワークNを介して、第1の撮像装置10等との間で情報の送受信を行う。
(記憶部120)
記憶部120は、例えば、RAM、フラッシュメモリ等の半導体メモリ素子、または、ハードディスク、光ディスク等の記憶装置によって実現される。図6に示すように、記憶部120は、スライド記憶部121と、スライドデータ記憶部122と、アノテーション記憶部123と、新スライド記憶部124、新スライドデータ記憶部125と、転記アノテーション記憶部126と、修正アノテーション記憶部127と、モデル記憶部128と、座標変換情報記憶部129とを有する。
スライド記憶部121は、第1の撮像装置10で撮像されたスライドに関する情報を記憶する。スライド記憶部121は、スライドデータの保存パスに関する情報を記憶する。ここで、図7に、実施形態に係るスライド記憶部121の一例を示す。図7に示すように、スライド記憶部121は、「スライドID」、「スライドデータ保存パス」といった項目を有する。
「スライドID」は、スライドを識別するための識別情報を示す。「スライドデータ保存パス」は、スライドデータを保存した保存先に関する情報を示す。例えば、「スライドデータ保存パス」は、保存先のパス情報を示す。例えば、「スライドデータ保存パス」は、スライドデータ記憶部122に記憶されたパスのことを示す。例えば、「スライドデータ保存パス」は、スライドデータが所在するURLや、保存先のファイルパス名などであってもよい。図7の例では、スライドIDが「DS1」により識別されるスライドのスライドデータ保存パスが、「/data/hoge1」であることを示す。
スライドデータ記憶部122は、第1の撮像装置10で撮像されたスライドのスライドデータに関する情報を記憶する。ここで、図8に、実施形態に係るスライドデータ記憶部122の一例を示す。図8に示すように、スライドデータ記憶部122は、「スライドID」、「スライドデータ」といった項目を有する。
「スライドID」は、スライドを識別するための識別情報を示す。「スライドデータ」は、スライドデータに関する情報を示す。例えば、「スライドデータ」は、スライドを撮像した病理画像や、スライドに関する情報などを示す。図8に示す例では、「スライドデータ」に「スライドデータ#1」や「スライドデータ#2」といった概念的な情報が格納される例を示したが、実際には、病理画像などのデータが格納される。図8の例では、スライドIDが「DS1」により識別されるスライドのスライドデータが、「スライドデータ#1」であることを示す。
アノテーション記憶部123は、第1の撮像装置10で撮像されたスライドのアノテーションに関する情報を記憶する。ここで、図9に、実施形態に係るアノテーション記憶部123の一例を示す。図9に示すように、アノテーション記憶部123は、「アノテーションID」、「スライドID」、「アノテーションデータ」、「ラベル」といった項目を有する。
「アノテーションID」は、アノテーションを識別するための識別情報を示す。「スライドID」は、スライドを識別するための識別情報を示す。「スライドID」は、アノテーションがついているスライドを識別するための識別情報を示す。「アノテーションデータ」は、アノテーションデータに関する情報を示す。例えば、「アノテーションデータ」は、アノテーションの位置情報や、アノテーションの付加情報などを示す。図9に示す例では、「アノテーションデータ」に「A1_1.xml」や「A2_1.xml」といった座標情報がXML形式で保存されている例を示す。「ラベル」は、アノテーションに付与されたラベルに関する情報を示す。図9の例では、アノテーションIDが「DA1」と、スライドIDが「DS1」とにより識別されるアノテーションに付与されたラベルが、「癌」であることを示す。このように、「ラベル」は、例えば、対応する部位が癌か、非癌などのラベルであり、学習用に生成された学習データを示す。
図10は、図9に示す情報の一例である。図10に示すスライド1は、図9のDS1により識別されるスライドに対応する。図10に示すA1乃至A3は、図9のA1_1.xml乃至A3_1.xmlにより識別されるアノテーションに対応する。このように、1枚のスライドに複数のアノテーションが含まれる場合もある。この場合、アノテーションIDとスライドIDとに基づいて、アノテーションを特定することができる。
新スライド記憶部124は、第2の撮像装置20で撮像されたスライドに関する情報を記憶する。ここで、図11に、実施形態に係る新スライド記憶部124の一例を示す。新スライド記憶部124は、スライド記憶部121と同様の情報を記憶する。このため、説明を省略する。
新スライドデータ記憶部125は、第2の撮像装置20で撮像されたスライドのスライドデータに関する情報を記憶する。ここで、図12に、実施形態に係る新スライドデータ記憶部125の一例を示す。新スライドデータ記憶部125は、スライドデータ記憶部122と同様の情報を記憶する。このため、説明を省略する。
転記アノテーション記憶部126は、転記後のアノテーションに関する情報を記憶する。転記アノテーション記憶部126は、第1の撮像装置10で撮像されたスライドのアノテーションの変換後のアノテーションに関する情報を記憶する。転記アノテーション記憶部126は、アノテーション記憶部123に記憶されたアノテーションの変換後のアノテーションに関する情報を記憶する。ここで、図13に、実施形態に係る転記アノテーション記憶部126の一例を示す。転記アノテーション記憶部126は、アノテーション記憶部123と同様の情報を記憶する。このため、説明を省略する。
修正アノテーション記憶部127は、修正アノテーションに関する情報を記憶する。修正アノテーション記憶部127は、転記アノテーションと新スライドデータに関する情報とに基づいて生成される修正アノテーションに関する情報を記憶する。例えば、修正アノテーション記憶部127は、転記アノテーションと新スライドデータに関する情報とに基づく吸着フィッティング後の修正アノテーションに関する情報を記憶する。ここで、図14に、実施形態に係る修正アノテーション記憶部127の一例を示す。図14に示すように、修正アノテーション記憶部127は、「修正アノテーションID」、「新スライドデータ」、「転記アノテーションデータ」、「ラベル」といった項目を有する。
「修正アノテーションID」は、修正アノテーションを識別するための識別情報を示す。「新スライドデータ」は、新スライドデータに関する情報を示す。「転記アノテーションデータ」は、転記アノテーションデータに関する情報を示す。「ラベル」は、オリジナルのアノテーションに付与されたラベルに関する情報を示す。
モデル記憶部128は、モデルに関する情報を記憶する。例えば、モデル記憶部128は、病理対象に関する診断の度合を示す情報を出力するモデルに関する情報を記憶する。例えば、モデル記憶部128は、新スライドデータと修正アノテーションとに基づく診断の度合を示す情報を出力するモデルに関する情報を記憶する。図15は、モデル記憶部128の一例を示す。図15に示すように、モデル記憶部128は、「モデルID」、「モデル(算出式)」といった項目を有する。
「モデルID」は、モデルを識別するための識別情報を示す。「モデル(算出式)」は、モデルの算出式を示す。図15に示す例では、「モデル(算出式)」に「モデル#11」や「モデル#22」といった概念的な情報が格納される例を示したが、実際には、モデルの重みが格納される。例えば、「モデル(算出式)」には、ニューラルネットワークのノードの接続間の重みが格納される。
座標変換情報記憶部129は、座標情報を用いたアノテーションの変換に関する情報を記憶する。図16は、座標変換情報記憶部129の一例を示す。図16に示すように、座標変換情報記憶部129は、「座標変換ID」、「座標変換情報」といった項目を有する。
「座標変換ID」は、座標変換情報を識別するための識別情報を示す。「座標変換情報」は、第1の撮像装置10の形式のアノテーションを第2の撮像装置20の形式に変換するための座標情報に関する情報を示す。
図17は、座標変換情報の一例を示す。例えば、図17は、図16に示す「座標変換#11」の座標変換情報の一例を示す。図17は、座標変換情報で保持している値を示す。図17では、既撮像に利用した第1の撮像装置10の値と、第2の撮像装置20の値とが保持される場合を示す。図17では、撮像値が、1ピクセルが何umであるかを示すum/pixである場合を示す。図17では、縦も横も異なることがあるため、2軸の値が保持される場合を示す。図17では、第1の撮像装置10の形式から第2の撮像装置20の形式に変換するにあたり、縦軸の座標情報を既撮像値である5um/pixから新撮像値である2um/pix、横軸の座標情報を既撮像値である10um/pixから新撮像値である5um/pixに変換する場合を示す。
(制御部130)
制御部130は、コントローラであり、例えば、CPUやMPU等によって、生成装置100内部の記憶装置に記憶されている各種プログラムがRAMを作業領域として実行されることにより実現される。また、制御部130は、コントローラであり、例えば、ASICやFPGA等の集積回路により実現される。
図6に示すように、制御部130は、取得部131と、変換部132と、吸着部133と、生成部134と、提供部135とを有し、以下に説明する情報処理の作用を実現または実行する。なお、制御部130の内部構成は、図6に示した構成に限られず、後述する情報処理を行う構成であれば他の構成であってもよい。
(取得部131)
取得部131は、第1の撮像装置10により撮像された第1の病理画像を取得する。図1に示す例を用いると、取得部131は、サーバ11に保存された第1の病理画像を取得する。
取得部131は、第1の病理画像に付与されたアノテーションを取得する。図1に示す例を用いると、取得部131は、サーバ11に保存されたアノテーションを取得する。そして、取得部131は、取得したアノテーションをアノテーション記憶部123に記憶する。そして、取得部131は、取得した第1の病理画像のスライドIDをスライド記憶部121に記憶する。また、取得部131は、取得したスライドデータをスライドデータ記憶部122に記憶する。
取得部131は、第1の病理画像のアノテーションを、第2の病理画像に対応するように変換するための座標変換情報を取得する。例えば、取得部131は、第1の病理画像の座標情報を第2の病理画像の座標情報に変換するための座標変換情報を、座標変換情報記憶部129から取得する。
取得部131は、第2の病理画像を取得する。取得部131は、第2の撮像装置20により撮像された第2の病理画像を取得する。図1に示す例を用いると、取得部131は、サーバ21に保存された第2の病理画像を取得する。そして、取得部131は、取得した第2の病理画像のスライドIDを新スライド記憶部124に記憶する。また、取得部131は、取得した第2の病理画像を新スライドデータ記憶部125に記憶する。
取得部131は、転記アノテーションを取得する。例えば、取得部131は、転記アノテーションを転記アノテーション記憶部126から取得する。例えば、取得部131は、転記アノテーションと第2の病理画像とを取得する。
取得部131は、修正アノテーションを取得する。例えば、取得部131は、修正アノテーションを修正アノテーション記憶部127から取得する。例えば、取得部131は、修正アノテーションと第2の病理画像とを取得する。
取得部131は、学習モデルを取得する。例えば、取得部131は、学習モデルをモデル記憶部128から取得する。例えば、取得部131は、第1の病理画像を診断する場合には、学習モデルM1を取得する。例えば、取得部131は、第2の病理画像を診断する場合には、学習モデルM2を取得する。
(変換部132)
変換部132は、取得部131によって取得された、第1の病理画像に付与されたアノテーションを変換する。変換部132は、取得部131によって取得された座標変換情報を用いて、第1の病理画像に付与されたアノテーションを、第2の病理画像に対応するアノテーションに変換する。このように、変換部132は、転記アノテーションを生成する。そして、変換部132は、転記アノテーションを転記アノテーション記憶部126に記憶する。
変換部132は、撮像済みの病理画像に対応するアノテーションの座標情報を、新たに撮像された新撮像の病理画像に対応するアノテーションの座標情報に変換する。具体的な例を挙げると、撮像済みの病理画像に対応するアノテーションが四角のマークであり、四角の頂点の座標情報が、それぞれ、(0、0)、(0、100)、(100、0)、(100、100)とする。ところで、図16では、第1の撮像装置10と第2の撮像装置20との組み合わせと、「DX11」とが予め対応付けられているものとする。この場合、変換部132は、第1の撮像装置10と第2の撮像装置20との組み合わせが入力されると、座標変換情報記憶部129に記憶された、「DX11」に対応する座標変換情報を用いて、座標情報を変換する。ここで、「DX11」に対応する座標変換情報が、図17に示す座標変換情報である場合には、ピクセル標記である(0、0)、(0、100)、(100、0)、(100、100)をマイクロメートル標記にすると、それぞれ、(0、0)、(0、500)、(1000、0)、(1000、500)となる。そして、変換部132は、図17に示す座標変換情報を用いて、新撮像の病理画像に対応するアノテーションの座標情報に変換すると、それぞれ、(0、0)、(0、500/2)、(1000/5、0)、(1000/5、500/2)となる。このように、変換部132は、新撮像の病理画像に対応するアノテーションの座標情報に変換する。
(吸着部133)
吸着部133は、変換部132によって生成された転記アノテーションを第2の病理画像に転記する。例えば、吸着部133は、転記アノテーション記憶部126に記憶された転記アノテーションを、新スライドデータ記憶部125に記憶された第2の病理画像に転記する。具体的には、吸着部133は、取得部131によって転記アノテーション記憶部126から取得された転記アノテーションを、取得部131によって新スライドデータ記憶部125から取得された第2の病理画像に転記する。
吸着部133は、第2の病理画像に転記された転記アノテーションに対して吸着フィッティングの処理を行う。このように、吸着部133は、修正アノテーションを生成する。そして、吸着部133は、修正アノテーションを修正アノテーション記憶部127に記憶する。
(生成部134)
生成部134は、第2の病理画像の病理に関する情報を推定する学習モデルM2を生成する。生成部134は、第2の病理画像が入力されると、第2の病理画像の病理に関する情報を推定するための情報を出力する学習モデルM2を生成する。生成部134は、修正アノテーションを学習データとして、第2の病理画像の病理に関する情報を推定する学習モデルM2を生成する。例えば、生成部134は、病理に関する情報を推定する学習モデルM2を生成する。例えば、生成部134は、第2の病理画像に病変を含む領域が含まれる確率を推定する学習モデルM2を生成する。そして、生成部134は、生成した学習モデルM2をモデル記憶部128に記憶する。
生成部134は、転記アノテーションを学習データとして、第2の病理画像の病理に関する情報を推定する学習モデルM2を生成してもよい。例えば、吸着フィッティングの処理を行わない場合である。生成部134は、生成した学習モデルM2をモデル記憶部128に記憶する。
生成部134は、アノテーションを学習データとして、第1の病理画像の病理に関する情報を推定する学習モデルM1を生成してもよい。例えば、第1の病理画像の診断に用いる場合である。生成部134は、生成した学習モデルM1をモデル記憶部128に記憶する。
(提供部135)
提供部135は、生成部134によって生成された学習モデルを提供する。例えば、提供部135は、修正アノテーションを学習することにより生成された学習モデルを提供する。例えば、提供部135は、第2の撮像装置20で撮像された第2の病理画像を入力することにより、第2の病理画像の病理に関する情報を推定する学習モデルを提供する。
〔5.情報処理のフロー〕
次に、図18乃至20を用いて、実施形態に係る情報処理システム1による情報処理の手順について説明する。図18乃至20は、実施形態に係る情報処理システム1による情報処理の手順を示すフローチャートである。
図18に示すように、生成装置100は、対象となるスライドのアノテーションに関する情報を取得する(ステップS101)。生成装置100は、座標変換情報の値に関する情報を取得する(ステップS102)。生成装置100は、既撮像のアノテーションの座標情報を新撮像のアノテーションの座標情報に変換する(ステップS103)。生成装置100は、変換したアノテーションを転記アノテーション記憶部126にスライドIDとラベルとともに記憶する(ステップS104)。生成装置100は、スライドに含まれるアノテーションが他にあるかを推定する(ステップS105)。生成装置100は、スライドに含まれるアノテーションが他にある場合(ステップS105;YES)、スライドに含まれる他のアノテーションの数だけステップS103及びS104の処理を繰り返す。一方、生成装置100は、スライドに含まれるアノテーションが他にない場合(ステップS105;NO)、情報処理を終了する。
図19を用いて、生成部134の処理の一例を説明する。図19では、生成装置100が、転記アノテーションを、第2の病理画像を用いて、画像認識により、さらに高精細な座標に変換する処理を示す。図19に示すように、生成装置100は、スライドIDの指定を受け付ける(ステップS201)。生成装置100は、対象となるスライドの第2の病理画像を取得する(ステップS202)。生成装置100は、対象となるスライドの転記アノテーションを取得する(ステップS203)。生成装置100は、取得した転記アノテーションを、第2の病理画像を用いて高精細化する(ステップS204)。ここで、生成装置100は、高精細化の処理として、例えばグラフカットを用いてもよい。例えば、生成装置100は、高精細化の処理として、米国特許出願第US8787642B2号に記載の方法などを用いてもよい。生成装置100は、高精細化した修正アノテーションを修正アノテーション記憶部127に記憶する(ステップS205)。また、生成装置100は、アノテーションとともに付与されたラベルを、修正アノテーションのラベルとして、修正アノテーション記憶部127に記憶する。生成装置100は、スライドに含まれる転記アノテーションが他にあるかを推定する(ステップS206)。生成装置100は、スライドに含まれる転記アノテーションが他にある場合(ステップS206;YES)、スライドに含まれる他の転記アノテーションの数だけステップS204及びS205の処理を繰り返す。一方、生成装置100は、スライドに含まれる転記アノテーションが他にない場合(ステップS206;NO)、情報処理を終了する。
図20を用いて、生成部134の処理の一例を説明する。図20に示すように、生成装置100は、修正アノテーション記憶部127に記憶された修正アノテーションとラベルとを取得する(ステップS301)。生成装置100は、取得した修正アノテーションの近辺の画像のパッチを切り出す(ステップS302)。ここで、パッチのサイズは、どのようなサイズであってもよい。生成装置100は、切り出したパッチの画像とラベルとを学習することにより、学習モデルM2を生成する(ステップS303)。生成装置100は、生成した学習モデルM2をモデル記憶部128に記憶する(ステップS304)。
〔6.処理のバリエーション〕
上述した実施形態に係る情報処理システム1は、上記実施形態以外にも種々の異なる形態にて実施されてよい。そこで、以下では、情報処理システム1の他の実施形態について説明する。なお、上述した実施形態と同様の点については説明を適宜省略する。
〔6−1.ラベルの種類〕
上述した例では、実施形態に係るラベルは、アノテーションごとに付与される場合を示したが、対象となるスライドごとに付与されてもよい。例えば、上記実施形態において、スライドに一のアノテーションのみが含まれる場合、実施形態に係るラベルは、スライドごとに付与されてもよい。また、実施形態に係るラベルは、対象となる病理画像ごとに付与されてもよい。例えば、上記実施形態において、スライドを撮像した病理画像に一のアノテーションのみが含まれる場合、実施形態に係るラベルは、病理画像ごとに付与されてもよい。
〔6−2.推定結果の提供〕
上述した例では、生成装置100は、学習モデルM2をサーバ11へ提供する場合を示した。ここで、生成装置100は、第2の病理画像をサーバ11から受け付けることで、推定結果をサーバ11へ提供してもよい。例えば、生成装置100は、サーバ11から第2の病理画像を受け付けたら、その第2の病理画像に対応する学習モデルM2をモデル記憶部128から取得する。そして、生成装置100は、第2の病理画像を学習モデルM2に入力することにより、第2の病理画像の病理に関する情報を推定する。また、生成装置100は、この推定の結果に基づいて、修正アノテーションのラベル付を行う。そして、生成装置100は、第2の病理画像の病理に関する推定結果をサーバ11に送信する。この場合、サーバ11は、受信した推定結果を表示制御装置12に送る。表示制御装置12は、サーバ11から受け付けた推定結果を表示するよう表示装置13を制御する。なお、図6には示されていないが、生成装置100は、推定部137を有してもよい。推定部137は、取得部131によって取得された第2の病理画像を学習モデルM2に入力することにより、第2の病理画像の病理に関する情報を推定する。生成装置100が推定部137を有する場合、提供部135が、推定部137によって推定された推定結果をサーバ11へ提供する。
〔6−3.学習方法〕
実施形態に係る学習モデルは、ディープラーニングなどのニューラルネットワークに基づくモデルに限らず、機械学習のアルゴリズムに基づくものであれば、どのようなものであってもよい。例えば、学習モデルは、ランダムフォレストに基づくモデルであってもよい。
〔6−4.病理対象〕
上述した例では、実施形態に係る病理対象が、生体の細胞、組織、臓器などの切片である場合を示すが、患者から採取されるものであればどのようなものであってもよい。例えば、実施形態に係る病理対象は、血液などであってもよい。
〔6−5.撮像対象〕
上述した例では、第1の撮像装置10で撮像された病理対象と、第2の撮像装置20で撮像された病理対象とは、同一の組織、細胞、臓器などの同一の切片である場合を示した。すなわち、上述した例では、第1の撮像装置10で撮像したスライドと第2の撮像装置20で撮像したスライドとは同一のスライドである場合を示した。ここで、第1の撮像装置10で撮像したスライドと第2の撮像装置20で撮像したスライドとは、同一のスライドでなくてもよい。具体的には、第1の撮像装置10で撮像された病理対象と、第2の撮像装置20で撮像された病理対象とは、同一の組織、細胞、臓器などから採取された異なる切片であってもよい。例えば、第1の撮像装置10で撮像された病理対象と、第2の撮像装置20で撮像された病理対象とは、同一の組織ブロックから採取された異なる組織であってもよい。また、病理対象と同一の組織、細胞、臓器などの同一の切片とは、所定の期間が経過したなどの理由により病理対象がある程度劣化した状態のものも含むものとする。ここで、ある程度劣化した状態とは、劣化前の状態と比較して、撮像した際の病理画像上の特徴量の差が所定の閾値未満の状態であれば、どのような状態であってもよい。
〔6−6.座標情報を用いたアノテーションの変換方法)
上述した例では、2つの病理画像の座標情報を基に、一の病理画像のアノテーションを変換する場合を示した。ここで、実施形態に係る座標情報は、スライドに対応した座標情報であれば、どのように定められてもよい。例えば、実施形態に係る座標情報は、スライド上の特定の位置を原点として定められた座標情報であってもよい。例えば、実施形態に係る座標情報は、スライドの四隅のうち一の隅を原点として定められた座標情報であってもよい。
また、実施形態に係る変換は、撮像装置のステージ移動の仕様によるスライドの移動や、スライドの全体の傾きなどによるズレを補正する変換であってもよい。具体的には、撮像装置のステージ移動の仕様によるスライドの移動などによって、既に撮像済みの病理画像の位置と、新たに撮像された新撮像の病理画像の位置とが異なる場合がある。この場合、生成装置100は、画像認識処理に基づいて、病理画像のズレを補正する。例えば、生成装置100は、特徴点抽出やテンプレートマッチングなどの処理に基づいて、病理画像のズレを補正する。また、実施形態に係る変換は、これらの例に限らず、レンズの歪みによるズレを補正する変換であってもよい。また、レンズの歪み補正は、複数回撮像を行って統合することによる、スライド全体での補正であってもよい。この場合、生成装置100は、撮像された複数の病理画像の各々に対してレンズの歪み補正を行い、レンズの歪み補正が行われた複数の病理画像を統合することにより、スライド全体でのレンズの歪み補正を行ってもよい。また、レンズの歪み補正は、スライド全体での補正に限らず、局所的な補正であってもよい。
〔6−7.撮像装置のフォーマットを用いたアノテーションの変換方法〕
上述した例では、第1の撮像装置10で撮像された病理画像の座標情報と、第2の撮像装置20で撮像された病理画像の座標情報とに基づいて、第1の撮像装置10で付与されたアノテーションを第2の撮像装置20の形式に変換する場合を示した。ここで、実施形態に係るアノテーションの変換は、座標情報を用いた変換に限らない。例えば、実施形態に係るアノテーションの変換は、病理画像が保存されたフォーマットの形式に基づく変換であってもよい。この場合、生成装置100は、第1の病理画像が保存されたフォーマットの形式と、第2の病理画像が保存されたフォーマットの形式とが異なる場合、第2の病理画像が保存されたフォーマットの形式に対応するように、第1の病理画像で付与されたアノテーションを変換する。例えば、生成装置100は、フォーマットの対応付けが予め定められた変換情報を用いて、第2の病理画像のフォーマットの形式に対応するように、アノテーションを変換する。
〔6−8.実施形態に係るアノテーション〕
実施形態に係るアノテーションは、画像上に付与される情報であれば、どのような情報であってもよい。実施形態に係るアノテーションは、機械学習などを用いた物体認識により付与される情報であってもよいし、ユーザにより手動で付与される情報であってもよい。なお、実施形態に係るアノテーションは、閉曲線によるものに限らず、環が閉じていないものであってもよい。また、実施形態に係るアノテーションは、どのような幾何形状のものであってもよい。また、実施形態に係るアノテーションは、アノテーションの生成の過程で画像上に可視化された情報を含んでもよい。例えば、実施形態に係るアノテーションは、画像上の特徴となる情報に基づくアノテーションのフィッティングに関する情報を含んでもよい。例えば、実施形態に係るアノテーションは、アノテーションのフィッティング条件に関する情報を含んでもよい。
実施形態に係るラベルは、医療や病理に関する情報を対象とするラベルであれば、どのようなラベルであってもよい。例えば、実施形態に係るラベルは、患者の生体の細胞、組織、臓器などの状態を示すラベルである。具体的な例を挙げると、癌であることを示すラベルである。また、実施形態に係るラベルは、癌であるか否かなどの2値分類で示すラベルであってもよい。具体的には、実施形態に係るラベルは、「癌」又は「非癌」などのラベルであってもよい。また、実施形態に係るラベルは、例えば、癌の中でも詳細な分類を示すラベルであってもよい。具体的には、実施形態に係るラベルは、「ステージ1」、「ステージ2」、「ステージ3」などの癌の進行ステージを示すラベルであってもよいし、「食道癌」、「大腸癌」、「胃癌」などの癌の種類を示すラベルであってもよい。また、実施形態に係るラベルは、アノテーションごとに付与されるものとする。なお、実施形態では、一のアノテーションに対して複数のラベルが付与されてもよい。例えば、実施形態では、一のアノテーションに対して、「癌」、「ステージ1」、「食道癌」といった複数のラベルが付与されてもよい。なお、実施形態では、ラベルが付与されていないアノテーションには、異常なしを示すラベルが付与されたものとみなしてもよい。
〔6−9.実施形態に係るスライド〕
実施形態に係るスライドは、顕微鏡で利用される一般的なスライドであれば、どのようなスライドであってもよい。例えば、実施形態に係るスライドは、ガラススライドである。上記実施形態では、スライドを、「ガラススライド」又は「病理スライド」と表記してもよい。
〔6−10.アノテーションの変換〕
上述した例では、第1の病理画像の座標情報と第2の病理画像の座標情報とに基づいて、アノテーションを転記する場合を示した。また、本実施形態は、座標情報に基づいてアノテーションを転記する場合に限らない。例えば、生成装置100は、第1の病理画像と第2の病理画像との画像の特徴点に基づいて、アノテーションを転記してもよい。具体的には、生成装置100は、第1の病理画像の特徴点と、第2の病理画像の特徴点とを抽出する。そして、生成装置100は、各々の病理画像から抽出された特徴点がマッチングするように、第1の病理画像と第2の病理画像とをマッチングさせる。このように、生成装置100は、第1の病理画像の特徴点と、第2の病理画像の特徴点とに基づいて、第1の病理画像と第2の病理画像とをマッチングするための変換情報を生成する。そして、生成装置100は、その変換情報に応じて、アノテーションを転記する。
〔6−11.学習データ〕
上述した例では、座標情報を用いたアノテーションの変換と、吸着フィッティングとに基づいて、第2の病理画像の病理に関する情報を推定するための学習データを生成する場合を示した。ここで、生成装置100は、転記アノテーションを学習データとして、学習モデルM2を生成してもよい。すなわち、生成装置100は、吸着フィッティングの処理を行わなくてもよい。
〔6−12.病理症例番号を用いたスライドの特定〕
上述した例では、スライドを一意に特定できるスライドIDがラベルなどに印刷されている場合を想定した。しかしながら、ラベルやスライドIDは病院ごとに運用が異なり、スライドを一意に特定できないIDの形式で保持されている場合もある。例えば、最も典型的なものの一つが、病理症例番号単位で管理されている場合である。この場合、病理症例番号でIDが管理される。また、病理症例番号には、複数のスライドを含む場合もある。このため、ラベルを認識することにより、病理症例番号が特定できたとしても、スライドを特定することができるとは限らない。
以下、スライドを一意に特定できないIDの形式で保持されている場合に、スライドを特定する処理について説明する。変形例では、画像処理によってスライドを特定する情報処理が追加される。具体的には、変形例では、スライドを特定する検索部136が追加される。図22は、変形例に係る情報処理の全体の構成図を示す。なお、検索部136による情報処理以外の処理は、図21に示す例と同様であるため、説明を省略する。図23に示すように、制御部130は、検索部136を有してもよい。また、制御部130は、以下に説明する情報処理の作用を実現または実行してもよい。
(検索部136)
検索部136は、第1の病理画像のスライドを特定する。検索部136は、病理症例番号から対応するスライドを特定する。具体的には、検索部136は、第2の病理画像のスライドと同一のスライドを、画像処理に基づいて特定する。例えば、検索部136は、病理画像間のヒストグラムマッチ、特徴点抽出、テンプレートマッチングなどの技術を用いて、スライドを特定する。また、検索部136は、機械学習を用いて病理画像間の類似度を算出することにより、類似度が高い第1の病理画像のスライドを特定してもよい。
次に、図24を用いて、変形例に係る情報処理システム1による情報処理の手順について説明する。図24は、実施形態に係る情報処理システム1による情報処理の手順を示すフローチャートである。
図24に示すように、生成装置100は、スライドの病理症例番号を取得する(ステップS401)。生成装置100は、取得した病理症例番号から、既撮像の複数のスライドデータを取得する(ステップS402)。生成装置100は、撮像したスライドと、既撮像の複数のスライドデータとの類似度を算出する(ステップS403)。生成装置100は、算出した類似度に基づいて、最も類似度が高いスライドを特定する(ステップS404)。
〔7.ハードウェア構成〕
また、上述してきた実施形態に係る撮像システム2および生成装置100は、例えば、図25に示すような構成のコンピュータ1000によって実現される。図25は、撮像システム2および生成装置100の機能を実現するコンピュータの一例を示すハードウェア構成図である。コンピュータ1000は、CPU1100、RAM1200、ROM1300、HDD1400、通信インターフェイス(I/F)1500、入出力インターフェイス(I/F)1600、及びメディアインターフェイス(I/F)1700を有する。
CPU1100は、ROM1300またはHDD1400に格納されたプログラムに基づいて動作し、各部の制御を行う。ROM1300は、コンピュータ1000の起動時にCPU1100によって実行されるブートプログラムや、コンピュータ1000のハードウェアに依存するプログラム等を格納する。
HDD1400は、CPU1100によって実行されるプログラム、及び、かかるプログラムによって使用されるデータ等を格納する。通信インターフェイス1500は、所定の通信網を介して他の機器からデータを受信してCPU1100へ送り、CPU1100が生成したデータを所定の通信網を介して他の機器へ送信する。
CPU1100は、入出力インターフェイス1600を介して、ディスプレイやプリンタ等の出力装置、及び、キーボードやマウス等の入力装置を制御する。CPU1100は、入出力インターフェイス1600を介して、入力装置からデータを取得する。また、CPU1100は、生成したデータを入出力インターフェイス1600を介して出力装置へ出力する。
メディアインターフェイス1700は、記録媒体1800に格納されたプログラムまたはデータを読み取り、RAM1200を介してCPU1100に提供する。CPU1100は、かかるプログラムを、メディアインターフェイス1700を介して記録媒体1800からRAM1200上にロードし、ロードしたプログラムを実行する。記録媒体1800は、例えばDVD(Digital Versatile Disc)、PD(Phase change rewritable Disk)等の光学記録媒体、MO(Magneto-Optical disk)等の光磁気記録媒体、テープ媒体、磁気記録媒体、または半導体メモリ等である。
例えば、コンピュータ1000が実施形態に係る撮像システム2および生成装置100として機能する場合、コンピュータ1000のCPU1100は、RAM1200上にロードされたプログラムを実行することにより、各制御部の機能を実現する。コンピュータ1000のCPU1100は、これらのプログラムを記録媒体1800から読み取って実行するが、他の例として、他の装置から所定の通信網を介してこれらのプログラムを取得してもよい。
〔8.その他〕
また、上記実施形態および変形例において説明した各処理のうち、自動的に行われるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行われるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。この他、上記文書中や図面中で示した処理手順、具体的名称、各種のデータやパラメータを含む情報については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。例えば、各図に示した各種情報は、図示した情報に限られない。
また、図示した各装置の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。すなわち、各装置の分散・統合の具体的形態は図示のものに限られず、その全部または一部を、各種の負荷や使用状況などに応じて、任意の単位で機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。
また、上述してきた実施形態および変形例は、処理内容を矛盾させない範囲で適宜組み合わせることが可能である。
以上、本願の実施形態のいくつかを図面に基づいて詳細に説明したが、これらは例示であり、発明の開示の欄に記載の態様を始めとして、当業者の知識に基づいて種々の変形、改良を施した他の形態で本発明を実施することが可能である。
また、上述してきた「部(section、module、unit)」は、「手段」や「回路」などに読み替えることができる。例えば、取得部は、取得手段や取得回路に読み替えることができる。
なお、本技術は以下のような構成も取ることができる。
(1)
撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーション情報とを取得する取得部と、
前記第1の病理画像とは異なる第2の病理画像に基づいて、前記アノテーション情報を当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する生成部と、
を備える生成装置。
(2)
前記生成部は、
前記アノテーション情報を前記第2の病理画像に対応するアノテーション情報に変換した変換後のアノテーション情報を転記した前記学習データを生成する
(1)に記載の生成装置。
(3)
前記生成部は、
前記第1の病理画像とは解像度が異なる病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)または(2)に記載の生成装置。
(4)
前記生成部は、
前記第1の病理画像よりも視認性が高い病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(3)のいずれか1項に記載の生成装置。
(5)
前記生成部は、
前記第1の病理画像の解像度よりも低い解像度の病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(4)のいずれか1項に記載の生成装置。
(6)
前記生成部は、
前記第1の病理画像とは異なる撮像条件で撮像された病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(5)のいずれか1項に記載の生成装置。
(7)
前記生成部は、
前記第1の病理画像を撮像した撮像装置とは異なる撮像装置で撮像された病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(6)のいずれか1項に記載の生成装置。
(8)
前記生成部は、
前記1の病理画像とは異なる倍率で撮像された病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(7)のいずれか1項に記載の生成装置。
(9)
前記生成部は、
前記第1の病理画像と同一の標本から採取された切片を撮像した病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(8)のいずれか1項に記載の生成装置。
(10)
前記生成部は、
前記第1の病理画像のスライドと同一のスライドを撮像した病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
(1)〜(9)のいずれか1項に記載の生成装置。
(11)
前記生成部は、
前記アノテーションを、前記第2の病理画像を撮像した第2の撮像装置に関する情報に対応するアノテーションに変換した変換後のアノテーションを、前記第2の病理画像に対応するアノテーションに更に変換した変換後のアノテーションである修正アノテーションを転記した前記学習データを生成する
(1)〜(10)のいずれか1項に記載の生成装置。
(12)
第1の撮像装置により撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーション情報とを取得する取得部と、
前記第1の撮像装置とは異なる第2の撮像装置により撮像された第2の病理画像に基づいて、前記アノテーション情報を当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する生成部と、
を備える生成装置。
(13)
コンピュータが、
撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーション情報とを取得し、
前記第1の病理画像とは異なる第2の病理画像に基づいて、前記アノテーション情報を当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する
生成方法。
(14)
コンピュータが、
第1の撮像装置により撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーション情報とを取得し、
前記第1の撮像装置とは異なる第2の撮像装置により撮像された第2の病理画像に基づいて、前記アノテーション情報を当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する
生成方法。
1 情報処理システム
10 第1の撮像装置
20 第2の撮像装置
100 生成装置
110 通信部
120 記憶部
121 スライド記憶部
122 スライドデータ記憶部
123 アノテーション記憶部
124 新スライド記憶部
125 新スライドデータ記憶部
126 転記アノテーション記憶部
127 修正アノテーション記憶部
128 モデル記憶部
129 座標変換情報記憶部
130 制御部
131 取得部
132 変換部
133 吸着部
134 生成部
135 提供部
136 検索部
N ネットワーク

Claims (14)

  1. 撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーションとを取得する取得部と、
    前記第1の病理画像とは異なる第2の病理画像に基づいて、前記アノテーションを当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する生成部と、
    を備える生成装置。
  2. 前記生成部は、
    前記アノテーションを前記第2の病理画像に対応するアノテーションに変換した変換後のアノテーションを転記した前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項1に記載の生成装置。
  3. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像とは解像度が異なる病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項1に記載の生成装置。
  4. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像よりも視認性が高い病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項3に記載の生成装置。
  5. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像の解像度よりも低い解像度の病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項3に記載の生成装置。
  6. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像とは異なる撮像条件で撮像された病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項1に記載の生成装置。
  7. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像を撮像した撮像装置とは異なる撮像装置で撮像された病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項6に記載の生成装置。
  8. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像とは異なる倍率で撮像された病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項6に記載の生成装置。
  9. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像と同一の標本から採取された切片を撮像した病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項1に記載の生成装置。
  10. 前記生成部は、
    前記第1の病理画像のスライドと同一のスライドを撮像した病理画像である前記第2の病理画像に基づいて、前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項9に記載の生成装置。
  11. 前記生成部は、
    前記アノテーションを、前記第2の病理画像を撮像した第2の撮像装置に関する情報に対応するアノテーションに変換した変換後のアノテーションを、前記第2の病理画像に対応するアノテーションに更に変換した変換後のアノテーションである修正アノテーションを転記した前記学習データを生成する
    ことを特徴とする請求項1に記載の生成装置。
  12. 第1の撮像装置により撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーションとを取得する取得部と、
    前記第1の撮像装置とは異なる第2の撮像装置により撮像された第2の病理画像に基づいて、前記アノテーションを当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する生成部と、
    を備える生成装置。
  13. コンピュータが、
    撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーションとを取得し、
    前記第1の病理画像とは異なる第2の病理画像に基づいて、前記アノテーションを当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する
    生成方法。
  14. コンピュータが、
    第1の撮像装置により撮像された第1の病理画像と、当該第1の病理画像に付与された情報であって、当該第1の病理画像に関連するメタ情報であるアノテーションとを取得し、
    前記第1の撮像装置とは異なる第2の撮像装置により撮像された第2の病理画像に基づいて、前記アノテーションを当該第2の病理画像に対応するよう転記した学習用の学習データであって、当該第2の病理画像に応じて病理に関する情報を推定する学習データを生成する
    生成方法。
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